明朝
明朝（1368年1月23日－1644年4月25日）是中國歷史上最後一個由漢族建立的大一统朝代，歷經十二世、十六位皇帝，國祚二百七十六年。明朝初代皇帝是明太祖朱元璋，末代皇帝則是明思宗朱由检。
元朝末年政治腐败，種族紛爭，天灾不断，民不聊生，民變暴動屡禁不止，平民朱元璋加入红巾军，并在其中乘势崛起，跟隨佔據濠州的郭子興。郭子興死後，朱元璋被当时反抗军拥立的小明王韩林儿封为左副元帅，并率部眾先后攻占滁州、和州等地，并最终攻佔集慶（今南京市），採取朱升所建议的「高築牆，廣積糧，緩稱王」的政策，以鞏固根據地，讓士兵屯田積糧減少百姓負擔，以示自己為仁義之師而避免受敵。1364年，朱元璋称吴王，建立西吴政权。1368年，在扫灭陈友谅、張士誠和方国珍等群雄勢力后，朱元璋于当年农历正月初四日登基称帝，立国号为大明，定都應天府（今南京市），其轄區稱為京師，由因皇室姓朱，故又稱朱明，之後以「驅逐胡虜，恢復中華」為號召北伐中原，並收回了燕云十六州，結束了蒙元在中國漢地的統治，统一天下。
明初天下大定，经过朱元璋的休养生息，社会经济得以恢复和发展，国力迅速恢复，史称洪武之治。朱元璋去世后，其孙朱允炆即位，但其在靖难之役中败于驻守燕京的朱元璋第四子朱棣，也自此失蹤。朱棣登基后遷都至順天府（今北京市），将北平布政使司改為北直隶，原京師应天府改稱南京。成祖朱棣时期，开疆拓土，又派遣鄭和七下西洋，此後許多漢人遠赴海外，国势达到顶峰，史称永乐盛世。其後的仁宗和宣宗时期国家仍处于兴盛时期，史称仁宣之治。英宗和代宗時期，遭遇土木之变，對外政策由積極進攻漸轉為保守防禦，经于谦等人抗敌，最终解除国家危机。宪宗和孝宗相继与民休息，孝宗则力行节俭，减免税赋，百姓安居乐业，史称弘治中兴。武宗时期爆发了南巡之争和安化王之亂、寧王之亂。世宗即位初，引发大礼议之争，他清除宦官和权臣势力后总揽朝纲，实现嘉靖中兴，并于屯门海战与西草湾之战中击退葡萄牙殖民侵略，任用胡宗宪和俞大猷等将领平定东南沿海的倭患。世宗驾崩后经过隆庆新政国力得到恢复，神宗前期任用张居正，推行万历新政，国家收入大增，商品经济空前繁荣、科学巨匠迭出、社会风尚呈现出活泼开放的新鲜气息，史称万历中兴。后经过万历三大征平定内忧外患，粉碎丰臣秀吉攻占朝鮮进而入明的計劃，然而因為国本之争，皇帝逐渐疏于朝政，史稱萬曆怠政，同时东林党争也带来了明晚期的政治混乱。
萬曆一朝成為明朝由盛轉衰的轉折期。光宗继位不久因红丸案暴毙，熹宗继承大统改元天啟，天启年间魏忠贤阉党祸乱朝纲，至崇祯帝即位後铲除阉党，但閹黨倒臺後，黨爭又起，政治腐敗以及连年天灾，导致国力衰退，最终爆发大规模民变。崇祯年间爆发“明末大鼠疫”，传入北京城，死者以十万计，加速明朝灭亡。1644年4月25日（舊曆三月十九），李自成所建立的大順军攻破北京，崇祯帝自缢於煤山，是為甲申之變。隨後吴三桂倒戈相向，满族建立的满清入主中原。明朝宗室於江南地区相繼成立南明诸政权，而原本反明的流寇在李自成等领袖死后亦加入南明陣營，這些政權被清朝統治者先後以「为君父报仇」为名各个歼灭，1662年，明朝宗室最後政權被剷除，永曆帝被俘后被殺，滿清又陆续击败各地反抗军，以及攻取台湾、澎湖，1683年，奉大明為正朔的明郑向清朝投降，汉族抗争勢力方为清朝所消灭。
明代的核心領土囊括汉地，东北到外興安嶺及黑龍江流域，後縮為遼河流域；初年北達戈壁沙漠一帶，後改為今長城；西北至新疆哈密，後改為嘉峪關；西南临孟加拉湾，后折回约今云南境；曾經在今中国东北、新疆東部及西藏等地設有羈縻機構。。明成祖時期曾短暫征服及統治安南，永乐二十二年（1424年），明朝国土面积达到极盛，在东南亚设置旧港宣慰司等行政机构，加强对东南洋一带的管理。
明代商品经济繁荣，出现商业集镇，而手工业及文化艺术呈现世俗化趋势。根據《明实录》所载的人口峰值于成化十五年（1479年）达七千余万人，不过许多学者考虑到当时存在大量隐匿户口，故认为明朝人口峰值实际上逾亿，还有学者认为晚明人口峰值接近2亿。这一时期，其GDP总量所占的世界比例在中国古代史上也是最高的，1600年明朝GDP总量为960亿美元，占世界经济总量的29.2%，晚明中国人均GDP在600美元。
有学者认为明代是继汉唐之后的黄金时期，也被称为最后一个可以和汉唐媲美的盛世。清代張廷玉等官修《明史》评价明朝为「治隆唐宋」、「遠邁漢唐」。
朱元璋早期给新的王朝定名为大中，后正式定国号为“大明”，是元朝以来中国历史上第二个把“大”字加于正式国号之中的大一统王朝，又称皇明，后世称为明朝或明代，又因皇室姓朱，又称朱明。1644年4月24日（舊曆三月十八），明朝首都沦陷后，明朝宗室在江南地区建立政权仍沿用大明国号，史称南明或后明，清廷則称为伪明，一直坚持到1662年。而郑成功、郑經等郑家势力在台湾建立了政权，仍奉明朝为正朔，史稱明鄭或東寧王國。
部分人認為明朝之号承袭自小明王韩林儿之号，但韓林兒的國號為宋，而朱元璋部的大旗“山河奄有中華地，日月重開大宋天”、“九天日月開黃道，宋國江山複寶圖”反而有些關係。
明史研究者吳晗認爲明之得号出于明教，原因是朱元璋手下有一部分明教徒，以“大明”為国号以表示自己的正统地位，亦同时应和明教中的“明王出世”预言。其次，以明喻火，根据五德终始说，表示明朝取代元朝，是以火剋金。明教在唐朝武则天延载年间，传到中国，但是一直保持神秘，因为明教宣传的是“弥勒降生，明王下世”。一些反抗朝廷的人经常借助于明教来号召群众，为了保护自己，明教就跟佛教拉上关系，和佛教的白莲宗拉上关系，最后就形成了白莲教。所以从唐朝、宋朝、元朝明教是时而浮出，时而潜入地下，但是常常用作反抗朝廷的武器。
但七十年代，學界開始有人質疑“明王”是否出於明教。八十年代初，楊訥閱讀現存所有元代白蓮教史料後，否定吳晗學說。他除指出吳晗論文方法上的錯誤，及引証史料之疏漏外，並以傳世史料，証實元末起事者所提“彌勒佛下生”與“明王出世”口號，均與明教無涉，而出於佛教經典。但不論吳唅或楊訥，都是從宗教角度來探究。
2014年，北京大學博士生杜洪濤突破了吳晗學說窠臼，循元明承續的思路，參照趙翼大元國號出自《易經·乾卦》“大哉乾元”文義，而主張大明國號亦出自《易經·乾卦》“大明終始”這一字句。易經原文：「大哉乾元，萬物資始，乃統天。雲行雨施，品物流形。大明終始，六位時成，時乘六龍以御天。」所以明這個國號是暗示著對元的終結，為大明此一國號的源由又增添了一種說法。
元朝末期，官員貪污，貴族靡爛，朝政腐敗。為消除赤字，元廷加重賦稅，並且大量濫印新鈔「至正寶鈔」，隨之產生的通貨膨脹加上荒災、黃河氾濫等天災比以往任何時候發生得都要頻繁，使得民不聊生。元至正十一年（1351年），元順帝派賈魯治理黃河，徵調各地百姓二十萬人。同年五月，白蓮教韓山童與劉福通煽動飽受天災與督工苛待的百姓叛元起事。他自稱明王，建立紅巾軍，據有河南與安徽等地。紅巾軍與各地義軍陸續起事，勢力擴張到華中、華南地區。隔年，紅巾軍的郭子興聚眾起義，攻佔濠州（今安徽鳳陽）。不久，貧苦農民出身的安徽鳳陽人朱元璋投奔郭子興，屢立戰功，得到郭子興的器重和信任，並娶郭子興養女為妻。之後，朱元璋離開濠州，發展自己的勢力，。
元至正十六年（1356年），朱元璋率兵佔領集慶（今江蘇省南京市），改名為應天府，並攻下周圍一些軍事要地，獲得一塊立足的基地。朱元璋採納謀士朱升「高築牆，廣積糧，緩稱王」的建議，經過幾年努力，其軍事和經濟實力迅速壯大。元至正二十年（1360年），陳朱雙方在集慶西北的龍灣展開惡戰，陳友諒勢力遭到巨大打擊，逃至江州，史稱洪都之戰（今江西省南昌市）。元至正二十三年（1363年），通過鄱陽湖水戰，陳友諒勢力基本被消滅。元至正二十七年（1367年），朱元璋自稱吳王，建立西吴政权，率軍攻下平江（今江蘇省蘇州市），滅張士誠，同年又消滅割據浙江沿海的方國珍。
洪武元年正月初四日（1368年1月23日），朱元璋於南京稱帝，即明太祖，定國號「明」年號洪武。之後趁元朝內訌之際乘機北伐和西征，同年攻佔元大都（今北京），元廷撤出中原，史稱北元。之後於洪武四年（1371年）消滅位於四川的明玉珍勢力，於洪武十四年（1381年）消滅據守雲南的元朝梁王。最後，於洪武二十一年（1388年）深入漠北進攻北元。天下至此初定。而朱元璋对于不願效忠新朝的蒙古人和色目人，则表示愿意归顺的可以在大明，不愿意的可以自行离开。
明初不願仕官和不願效忠新朝廷的地主文人為了逃避徵辟而採取自殺、自殘、逃往漠北、隱居深山等方法，誓不出仕（中國古代銓選，有「身言書判」四方面標準，身體有殘疾者不能任官）。為應對元遺民對明政權的鄙夷與漠視，朱元璋設立新刑罰，宣告「士大夫不為君用」律，大規模徵辟前朝遺老、搜羅岩穴隱士，並且殺害不願效忠明朝以及為新朝當官的學者，表示「率土之濱，莫非王臣。寰中士大夫不為君用，是自外其教者，誅其身而沒其家，不為之過」，導致「才能之士，數年來倖存者百無一二，今所任率迂儒俗吏」。
由于幼年对于元末吏治痛苦记忆，明太祖即位后一方面減輕農民負擔，恢復社會的經濟生產，改革元朝遺留的吏治，懲治貪官，社會經濟從戰亂中得到恢復和發展，史稱洪武之治。明太祖確立里甲制，配合賦役黃冊戶籍登記簿冊和魚鱗圖冊的施行，落實賦稅勞役的徵收及地方治安的維持。同时对外加强海外交流，恢复中华宗主国地位。
平定天下後，明太祖大封功臣。但随后基于巩固皇权的考虑，加之不少功臣或骄纵或横行乡里或僭越等，明太祖兴起胡惟庸案和藍玉案，幾乎將功臣及权贵尽数誅殺。廖永忠成为最先被处置的功臣。丞相胡惟庸深得朱元璋寵信，但之后日益跋扈，朝中奏章大事須先經其手，若不利於其的奏章就予以隱匿，並且大肆收取賄賂。1380年明太祖以擅權枉法之罪名殺胡惟庸，又殺御史大夫陳寧、御史中丞塗節等人。并废除已在中国实施千年的丞相制度。1390年有人告發李善長與胡惟庸關係密切，李善長因此被賜死，家屬七十餘人被殺，總計株連者達三萬餘人，史稱胡惟庸案，明太祖更藉此案廢除中書省和相職。此後，明太祖又借大將軍藍玉張狂跋扈之名對其誅殺，連坐被族誅的有一萬五千餘人，史稱藍玉案。加上空印案與郭桓案合稱明初四大案。此時除湯和與耿炳文外功臣几乎全数被杀。明太祖通過打擊权臣、特務監視等一系列方式加強皇權，使明初的皇帝專-{制}-程度與中國歷代各朝相比更為嚴重。
明太祖分封诸子為王，以加強邊防，藩屏皇室。諸王之中，以北方諸王勢力較強，又以秦王朱樉、晉王朱棡與燕王朱棣的勢力最大。為防止朝中奸臣不軌，明太祖規定諸王可移文中央捉拿奸臣，必要時得奉天子密詔，領兵「靖難」（意为“平定國難”）。同時為防止諸王尾大不掉，明太祖也允許今後的皇帝在必要時可下令「削藩」。
洪武三十一年（1398年）明太祖驾崩，由於皇太子朱標於七年前因巡视陕西而病薨逝，遗诏由皇太孫朱允炆即位。改年號建文，即明惠宗（亦稱建文帝、明惠帝）。明惠宗為鞏固皇權，與親信大臣齊泰、黃子澄等密謀削藩。周王、代王、齊王、湘王等先後或被廢為庶人，或自殺。同時以邊防為名調離燕王的精兵，準備削除燕王。結果燕王朱棣在姚廣孝的建議下以「清君側，靖內難」的名義起兵，遭到盛庸等忠于建文帝的大臣的痛击，但最後迂迴南下，佔領京師，是為靖難之變。朱棣即位，即明成祖，年號永樂。明惠宗在宮城大火中下落不明。明成祖對支持明惠宗的官员大肆诛殺，諸如黃子澄、齊泰等。
繼洪武之治，明成祖、明仁宗與明宣宗相繼興起永樂盛世與仁宣之治，這是明朝的興盛時期之一。明成祖時期武功昌盛，明成祖先是出擊安南，将安南纳入明朝版图，设立交趾布政司。明成祖之后又親自五入漠北攻打北元分裂後的韃靼與瓦剌。明成祖冊封瓦剌三王，使與韃靼對立，等到瓦剌興盛後又助韃靼討伐瓦剌，不使任何一方独大。同时，明成祖撤去大宁都司，将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，但不允许三卫蒙古人南迁到大宁地区驻牧。明成祖还于1406年和1422年对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。
擴大明朝東疆，明成祖為安撫東北女真各部，在歸附的海西女真（位於松花江上游）與建州女真（位於松花江、牡丹江之間）設置羁縻卫所，並派亦失哈安撫位於黑龍江下游的野人女真。1407年亦失哈在黑龙江下游东岸奴儿干地方（元朝征东元帅府旧地）設置奴兒干都司，宣示明朝对此地的宗主权。明成祖一改明太祖閉關自守的外交策略，自1405年開始派宦官鄭和下西洋，亦失哈并于1413年视察海外的库页岛，向各國交往、宣示威德以及建立朝貢體制，也有為寻找建文帝，圍堵西亞帖木兒帝國的說法。鄭和下西洋前後七次，前六次均在永乐年间由明成祖派遣，郑和船队足迹遍佈東南亞與南亞地區，還於滿剌加建有基地。其規模空前，最遠到達東非索馬利亞地區，擴大明朝對南洋、西洋各國的影響力。
文治方面，明成祖修大型類書《永樂大典》，在三年時間內即告完成。《永樂大典》有22,877卷，其中凡例、目錄60卷，全書分裝為11,095冊，引書達七八千種，字數約有三億七千多萬，且未有任何刪節，《永樂大典》在編成後即被深鎖皇宮數百年，以至當時有多人認為《大典》已在戰火中被毀。根據記載，明朝年間僅有明孝宗和明世宗二帝閱《大典》。此外，明成祖并未将《永乐大典》复写刊刻，且决定只制作一份抄本，並于1409年完成。1405年明成祖將北平改名北京，稱行在，並設立北平國子監等衙門。1409年，明成祖巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京為逝世的徐皇后設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到繁榮。1416年明成祖公佈遷都的想法，得到認同，隔年開始大規模營造北京。1420年宣告完工，隔年正式永樂遷都。因為永樂年間天下大治，並且大力開拓海外交流，有學者將這段時期稱為永樂盛世，亦有史學家評價成祖遷都北京之舉是“天子守國門”，或称天子戍边、天子守边。
明成祖驾崩後，其長子朱高熾即位，即明仁宗，年號洪熙。明仁宗年齡已經偏高，即位僅一年就駕崩。其統治偏向保守固本，任用「三楊」（楊士奇、楊榮、楊溥）等賢臣入阁以輔佐朝政并提高内阁成员地位，停止鄭和下西洋和對外戰爭以積蓄民力，宽赦建文旧臣，鼓勵生產，寬行省獄，力行節儉。明仁宗驾崩後長子朱瞻基即位，是為明宣宗，年號宣德。他基本繼承父親的路線，實行德政治國，並且發起最後一次下西洋。明宣宗同樣熱愛美術，有畫作傳世。但是，其執政期間也並非毫無弊端。由於明宣宗喜好養蟋蟀，許多官吏因此競相拍馬，被稱為「促織天子」。同時，明宣宗打破明太祖留下的宦官不得干政的規矩，开始教宦官读书，并开始任用宦官，為明英宗時期的太監專權埋下隱患。虽然有此问题，但仍不失为明君，他与他父亲统治时期被称为仁宣之治。1435年明宣宗去世，九歲的朱祁鎮繼位，即明英宗，年號正統。
明英宗自小寵信服侍左右的宦官王振，自此開始明朝的宦官嚴重專權行為。1442年限制王振權勢的張太皇太后去世，當時明英宗僅十五歲，王振更加攬權。元老重臣「三楊」死後，王振專橫跋扈，將明太祖留下的禁止宦官干政的敕命鐵牌撤下，舉朝稱其為「翁父」，明英宗對他信任有加。王振擅權七年，家產計有金銀六十餘庫，其受賄程度可想而知。
1435年蒙古西部的瓦剌逐漸強大，經常在明朝邊境一帶生事。1449年瓦剌首領也先率軍南下伐明。王振聳使明英宗領兵二十萬御駕親征。大軍離燕京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡（今日河北省張家口懷來縣），八月十五日，也先假意求和，在王振的命令下全军撤出原有壕沟，被瓦剌軍追上，士兵死傷過半，隨從大臣有五十餘人陣亡。三大营几乎全军覆没，明英宗突圍不成被俘，王振為將軍樊忠所怒殺，史稱土木堡之變。
土木堡之變的消息來到北京後，朝中混亂。一些大臣要求遷都南京應天府，被兵部侍郎于謙駁斥。同年，大臣擁戴明英宗弟朱祁鈺即位，以求長君，即明景帝（又稱明代宗），年號景泰。于謙升兵部尚書，整頓邊防積極備戰，同時決定堅守北京，隨後京師、南京、河南、山東等地勤王部隊陸續趕到。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，也先安置明英宗於德勝門外土關。于謙率領各路明軍奮勇抗擊，屢次大破瓦剌軍，也先率軍撤退。明朝取得北京保衛戰的勝利，于謙力排眾議，加緊鞏固國防，拒絕求和，並於次年擊退瓦剌多次侵犯。
也先認為綁架明英宗已無意義，於1450年釋放之。然而明景帝因為皇權問題，不願意接受明英宗，先是不願遣使迎駕，又把明英宗困於南宮（今南池子）軟禁，並廢皇太子朱見深为沂王（明英宗之子，後來繼位為明憲宗），立自己的兒子朱見濟為太子。不久見濟病死，沒有兒子的景帝也遲遲不肯再立朱見深為太子，儼然有奪正之貌，英宗、景帝兄弟因而嚴重對立。
1457年石亨、徐有貞等人聯盟，欲擁戴明英宗復辟。趁著景帝重病之際發動兵變。徐有貞率軍攻入紫禁城，石亨等人占領東華門，立明英宗於奉天殿，改元天順。他們禁錮了景帝，並且捕殺了于謙及大學士王文，史稱奪門之變。由於兩次即位之故，明英宗也成為明清皇帝中，唯一使用兩個年號的皇帝。明英宗復辟後，略有新政，之後因為內部政變流放徐有貞，因為曹石之變誅殺石亨、曹吉祥等人，並且以李賢等賢臣掌政。1464年明英宗去世，在遗诏中廢除自明太祖時的殉葬制度。在天順一朝，國家機器運作基本正常，主要得力於英宗的勤政與賢臣李賢的輔佐，英宗吃穿簡約每日批閱奏章且聽取大臣簡報，同時如王竑、年富、程信、姚夔、李秉、崔恭、耿九疇、軒輗、李紹之類的忠良也在李賢的推薦與英宗的提拔下得以受重用，同時對流民問題始終採取寬仁安撫政策而無嚴重失誤，天順朝的朝政表明英宗已經成熟，可謂勤政且仁德，雖無力重振明朝往日雄風，但也遠沒有把明朝敗壞到正德、萬曆的程度。後兒子朱見深即位，即明憲宗，年號成化。
明憲宗為于謙冤昭雪，恢復景帝的帝號，平反奪門一案，人多稱快。而初年勵精圖治，任用賢臣，體諒民情，蠲賦省刑，善政史不絕書，又在武功有屢有建樹，如在丁亥之役中與朝鮮進攻屢次進犯的建州女真等，儼然為一代明君。但明憲宗口吃內向，因此很少廷見大臣，終日专宠萬貴妃，寵信宦官汪直、梁芳等人，晚年好方術。以至奸佞當權，西廠橫恣，盜竊威柄。明憲宗直接頒詔封官，是為傳奉官。這使得傳奉官氾濫，舞弊成風，直到明孝宗才全被裁撤。他也是皇莊的始置者。該舉措事實上鼓勵豪強門閥兼併土地，危害不淺。宦官汪直受到明憲宗的寵信，透過西廠張狂跋扈。不久後由於民憤四起，西廠被罷，但汪直依然握有大權。直到1482年汪直因言官彈劾才被貶。成化一朝羣小當道：女寵、外戚、佞幸、奸宦、僧道共聚一堂，朋比為奸，濁亂朝政。1487年明憲宗去世，其子朱祐樘繼位，即明孝宗，年號弘治。
明孝宗自幼出身寒微。其在位期間「更新庶政，言路大開」，使得自明英宗以來的陋習得以去除，被譽為「中興之令主」。明孝宗先是將明憲宗時期留下的一批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任，任用刘健、李东阳、谢迁入阁，史称弘治内阁。。明孝宗勤於政事，每日兩次視朝。明孝宗對宦官嚴加節制，錦衣衛與東廠也謹慎行事，用刑寬鬆。明孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。他本身踐行一夫一妻制，一生除張皇-{后}-外沒有任何妃嬪，也是中国历史上惟一践行一夫一妻制的皇帝。明孝宗的勵精圖治，使得弘治時期成為明朝中期以來形勢最好的時期，明史稱明孝宗「恭儉有制，勤政愛民」，被稱為弘治中興，然而在弘治後期明孝宗对朝政有所懈怠，又纵容外戚，並開始揮霍無度，導致國家步入了「一歲所入，不足以供一歲支用」，「太倉無儲，內府殫絀」以及邊備日弛的狀況，在弘治初期革除的弊政不僅全部恢復，而且還更加惡化。
1505年明孝宗去世，其子朱厚照即位，是為明武宗，年號正德。
及至明武宗一朝，宦官势力重新抬头，其归因于武宗精于游乐，怠于政事。不过，其祸患本身并未危及皇权，虽有刘瑾、谷大用等八虎为非作歹，但始终未曾如唐朝末年的宦官擅权情况，刘瑾等人最终仍被武宗处以极刑。武宗的喜好游逸，最终导致孝宗一脉绝嗣。并且致使大明统系发生第二次小宗入为大宗的情况。明武宗的荒游逸樂導致正德年間戰事頻生，先後發生韃靼達延汗（明史稱韃靼小王子）進犯、寧夏安化王朱-{寘鐇}-謀反、山東劉六劉七民變、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件。1520年明武宗假藉出征江西寧王為由而南下遊玩，以大將軍朱壽為名前往南京，親自俘虜已被王守仁擊敗的寧王。班師回京途中，於南直隸清江浦（江蘇淮安）泛舟取樂時落水染病，1521年於豹房驾崩。
明武宗驾崩后，明孝宗之侄，兴献王之子朱厚熜入嗣大统，是為明世宗，年號嘉靖。登基前后，因时任内阁首辅杨廷和、礼部尚书毛澄等权臣引宋濮安事强令明世宗尊亲生父母为皇叔父母，引起明世宗的反感，是为大礼议之争。最终明世宗在張璁等不服权臣此举的朝官支持下得以尊父母為皇帝與皇后、立太廟在明武宗之上、修皇帝實錄。這次政治風波使反對者被罷官或被入獄，受杖者一百八十餘人，杖死者十七人。在清除權臣與宦官後，明世宗開始實行自己的政治抱負，任用張璁等賢臣，英明苛察，嚴以馭官，整頓朝綱，鼓勵耕織和減輕租銀，又勘查皇室莊園和勛戚莊園，減輕土地兼併，在軍事上大力提拔將才征剿倭寇，清除外患，整頓邊防，以解除邊疆危機，史稱「嘉靖中興」。
1534年後明世宗即不視朝，但仍悉知帝国事务，事无巨细仍出于明世宗决断。明世宗信奉道教，信用方士，在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節入京，封為真人及禮部尚書。邵死後又大寵方士陶仲文。1542年十月，乾清宮發生楊金英、邢翠蓮等宮女十餘人與寧嬪王氏趁明世宗熟睡之際企圖將其勒死，但未成功，此即壬寅宮變。此事后，直至明世宗驾崩前一晚，明世宗迁离大内移居西内。明世宗寵信權臣嚴嵩，他借此排斥異己，結黨營私。其子嚴世蕃協助其父作惡。朝臣雖然不斷有人彈劾嚴嵩結黨營私，但均以失敗告終。世宗晚期，嚴嵩年事已高，朝臣徐階開始取代嚴嵩之位。1562年徐階策動言官彈劾首輔大臣嚴嵩。嚴嵩辭去官職回鄉。1565年嚴世蕃以通倭罪被判斬刑、嚴嵩被削為民，兩年後病死。
嘉靖一朝，國家外患不斷。北方韃靼趁明朝衰弱而佔據河套。1550年韃靼首領俺答進犯大同，宣大總兵仇鸞重金收買俺答，讓其轉向其他目標。結果俺答轉而直攻北京，在北京城郊大肆搶掠之後西去，明朝軍隊在追擊過程中戰敗，此為庚戌之變。由於世宗時期明朝宣布海禁，由日本浪人與中國海盜組成的倭寇與沿海居民合作走私，先並且後襲擾山東、浙江、福建與廣東等地區。朱紈、張經等將領受明廷干擾而未能平定倭寇。而後兵部尚書胡宗憲署理浙江巡撫兼浙直總督全力剿倭，招撫浙江勢力最強的汪直（後被明廷殺害）。戚繼光與俞大猷平定浙閩粵等地的倭寇，為後來隆慶開關建立好背景。在1557年葡萄牙人開始移民澳門，但及至明亡，葡萄牙人及澳门始终为广东布政司香山县管辖。1566年明世宗驾崩，皇太子朱載坖即位，即明穆宗，年號隆慶。
嘉靖三十四年农历腊月十二（1556年1月23日），山西、陕西和河南同时发生地震。这次地震分布在陕西、山西、河南、甘肃等地，地震波及大半个中国，有感范围远达福建、两广等地。百姓民众因压砸、焚溺、与饥疫而死者无法估计，其奏报有名者便达83万有多，不知名者不可胜数。死亡人口之多幾達當時中國人口的百分之一，也是古今中外地震史上僅有的案例。这次大地震致使陕西、山西、河南等省97州受灾，101个县受害，灾区面积大约28万平方公里。地震有感范围为5省227个县。“余震月动三五次者半年，未止息者三载，五年渐轻方止”。由于明代后期吏治腐败，国库空虚。地震发生后明朝从国库调拨大量资金用于救灾，导致明朝国库连续两年亏空，加上地震引发的自然灾害和瘟疫导致明朝政府税收减少，对明朝的国力和财政状况亦造成不同程度的影响。
明穆宗即位後，先後任用徐階、高拱與張居正等名臣。1567年位處執政之首的明世宗舊臣徐階策動朝官彈劾高拱，迫高拱辭官回鄉。高拱亦不甘示弱，一年後策動朝官彈劾徐階。徐階也被迫正式退休。朝廷的實際政務漸漸落到張居正的手上。隆慶末年，高拱回朝出任內閣首輔。隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與韃靼首領俺答汗達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿易，史稱隆慶開關；因為這兩項措施與其他改革措施，明朝開始進入中興時期，史稱隆慶新政。1572年，明穆宗因中風突然駕崩，年僅九歲的皇太子朱翊鈞繼位，即明神宗，年號萬曆。
由於明神宗年幼，於是由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官；相反的，張居正得到馮保的鼎力支持。張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出「尊主權，課吏職，行賞罰，一號令」，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。1393年明太祖時期，全國耕種田地有三百六十六萬零七千七頃，到1502年明孝宗時期也只上升到四百廿二萬八千零五十八頃。經過張居正的治理後於1581年達到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，以名將戚繼光守衛北京的重鎮薊州、以遼東李成梁安撫東北女真、以宣大王崇古、方逢時安撫韃靼，其他重臣如四川的劉顯、兩廣的殷正茂、凌雲翼、浙江的張佳胤，張居正也十分信任他們。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴懲貪官污吏，裁汰冗員。張居正整頓朝正，改革體制，史稱萬曆中興。
1577年張居正父親去世，按常理他需要丁憂，但張居正以為改革事業未竟，不願丁憂。他的政敵借此大做文章，此即為奪情之爭。最後在明神宗和兩太后的力挺下張居正被奪情起復，使得其改革並未被中斷。但是，這成為他的政敵之借口。同時，張居正利用自己的職權讓自己的兒子順利通過科舉進入翰林院。除此之外，張居正的私德也有問題，各種聚斂財物的情事被揭露，張居正也迫害了大量的政敵，好同惡異，為政專擅，他一死，立刻在萬曆的支持下，被昔年結怨的大臣清算，張居正家被抄家。張府一些來不及退出的人被囚禁於內，餓死十餘口。生前官爵也被剝奪。
張居正死後，明神宗親政，勵精圖治，勤於朝政，更新庶政，繁榮經濟，廢黜考成法等張居正改革中弊政，安撫流民，減少徭稅，有勤勉明君之風範，維持了中興。然后后来发生的国本之争，拉来了明末党争的纷乱和明朝没落的序幕。國本之爭是贯穿于明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是圍繞著皇長子朱常洛與福王朱常洵（鄭貴妃所生）繼承皇位之爭。由於皇后无嗣，明神宗偏愛皇三子朱常洵，不願立皇長子朱常洛為太子，令群臣憂心如焚，朝中的大臣也藉此開始黨爭。直到1601年在皇太后的強迫下，朱常洛才被封為太子，而朱常洵被封為福王，封地為洛城，卻遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩，太子朱常洛的地位也因而穩固。
明神宗於國本之爭對大臣極度不滿，采取以不上朝作為報復，僅偶爾批閱奏摺，以處理一些重要事件，但如明世宗一樣，悉知帝国事务，事无巨细仍出于其之决断。大理寺左評事上疏，稱明神宗沉湎於酒、色、財、氣，結果被貶為民。明神宗中後期财政困难，因此明神宗派太監為天下礦監和稅監以充實內庫，然而矿监税使大多假借名義搜刮民間財產，擾亂天下。由於明神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。1602年，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府廿五名。明神宗委頓於上，百官黨爭於下，明廷完全陷入空轉之中。因此明史言：「論者謂：明之亡，實亡於神宗。」，部分史學家認為明朝自此开始走向滅亡。
由於朝政混亂，部分中下階官吏在政治上受到排斥，紛紛要求政治改革，並強調道德標準。1593年癸巳京察促成東林黨的形成，其名稱源自顧憲成重修的東林書院。主持京察的孫鑨、李世達和趙南星，利用京察將不符他们標準和不属于东林党的官吏降職解雇。經過多次京察後，引起眾多反對黨如宣黨、崑黨、齊黨、浙黨等興起並與東林黨互相傾軋。自此門戶之禍堅固而不可拔，圖使朝政空轉內耗。明熹宗時反對黨在東廠魏忠賢的羽翼下成為閹黨，開始專權，並且迫害東林黨人，東林黨受到嚴重打擊，有所謂東林六君子、東林七賢等被閹黨殺害，直到崇祯帝即位，才整肅了閹黨。
在對外軍事方面，以萬曆三大征最為顯著，分別為平定蒙古哱拜叛變的寧夏之役、抗擊日本豐臣政權入侵朝鮮王朝的朝鮮之役，以及平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役，這三場戰爭幾乎同時發生，其性質均不相同。明朝於三戰皆勝以鞏固明朝邊疆、守護朝鮮王朝，但也消耗大量人力物力，成為國庫空虛、財政拮据的重要原因之一。粗略統計出這八年間國家的軍事開支高達一千一百六十餘萬兩白銀。1617年後金努爾哈赤以「七大恨」為由反明，兩年後在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝至此對後金改以防禦為主的戰略。
1620年明神宗去世。其長子朱常洛登基，即明光宗，年號泰昌，在位僅一個月。他發內帑賞賜在遼東前線明軍，重用東林黨人使朝政轉危為安，並且罷除天下礦監稅使。福王生母鄭貴妃為了攏絡明光宗，獻上四位美女。明光宗縱慾過度不久病倒，太監崔文升進以瀉藥而狂瀉，又因服用李可灼的紅丸而猝死，史稱紅丸案。明光宗逝世後，其寵妃李選侍欲居乾清宮，以挾皇長子朱由校自重。都給事中楊漣、御史左光斗等，為防其干預朝事，逼迫李選侍移到仁壽殿哕鸞宮，此即移宮案。皇長子朱由校最後得以繼位，即明熹宗，年號天啟。梃擊案、紅丸案與移宮案合稱明末三大案，是萬曆晚期國本之爭的延續，使得明廷的政治鬥爭更加劇烈，也是標誌著明末衰亡的開始。
明朝末年，明朝的对外贸易陷入低谷，白银输入大量减少，由于农民缴税需要用到白银，但是一般农民只有铜钱，导致白银价格暴涨，造成了通货紧缩的局面，这不仅使农民无法缴税，大量逃亡，而且还严重影响了手工业与商业城镇的发展，造成民变。
明熹宗幼年喪母，對乳母客氏有特殊感情。客氏與宦官魏忠賢狼狽為奸。熹宗早期，倚賴東林黨人力爭，方能登基，故大量啟用東林黨人，結果導致東林黨與其他黨鬥爭不斷，明熹宗因此對朝政失去耐心，魏忠賢借此機會干預政治，將齊楚浙黨的勢力集結，號為閹黨。1624年閹黨控制內閣，魏忠賢更加張狂，其爪牙遍佈中央與地方。在權勢最盛時，魏忠賢的養子竟能代替皇帝祭太廟。全國遍佈他的生祠，並號為九千歲後又稱九千九百歲。更有閹黨的國子監生提出魏忠賢配孔子，魏忠賢父配啟聖公。魏忠賢並大肆打擊東林黨，借「梃擊、紅丸、移宮」三案為由，唆使其黨羽偽造《東林黨點將錄》上報朝廷，1625年明熹宗下詔，燒燬全國書院。大量東林黨人入獄，甚至處死。
1626年北京西南隅的工部王恭廠火藥庫發生王恭廠大爆炸，造成2萬多人死傷。事發時的明朝正值內外交困、風雨飄搖之際，國家政治腐敗，宦官專權，善惡不分。災難的消息迅速傳遍全國後，朝野震驚，中外駭然，人心惶惶。天啟年間各種天災人禍都比不上王恭廠的破壞程度，故沈國元於《兩朝從信錄》中稱此災變「乃古今未有之變也」。很多大臣認為這場大爆炸是上天對皇帝的警告，紛紛上書，要求熹宗皇帝匡正時弊，重振朝綱。皇帝不得不下了一道罪己詔，表示要痛加省醒，告誡大小臣工「務要竭慮洗心辦事，痛加反省」，希望借此能使大明江山長治久安，萬事消弭，且下旨發府庫萬兩黄金賑災。此事後來亦被御筆太監載入明朝正史。
1627年明熹宗不慎落水病重，不久因霍維華之藥而去世，其五弟信王朱由檢繼位，即崇禎帝，年號崇禎。
崇禎帝即位後，銳意剷除魏忠賢的勢力以改革朝政。他下令停建生祠，逼奉聖夫人客氏移居宮外，最後押到浣衣局處死。下令魏忠賢去鳳陽守陵，魏忠賢於途中與黨羽李朝欽一起自縊，崇祯帝將其首級懸於河間老家，閹黨其他分子也被貶黜或處死。然而黨爭內鬥激烈，崇祯帝不信任百官，他剛愎自用，加強集權。當時東北方的後金（即後來的清朝）占領遼東地區，袁崇煥等人於遼西寧遠、錦州等抵禦後金可汗皇太極的入侵。1629年皇太極改採繞道長城以入侵北京，袁崇煥緊急回軍與皇太極對峙於北京廣渠門。经六部九卿会审，最後殺袁崇煥，史稱己巳之變。其後皇太極多番遠征蒙古，終於在六年後徹底擊敗林丹汗，取得了傳國玉璽，1636年在盛京稱帝，改國號為大清，即清朝。並且陸續發起五次經長城入侵明朝直隸、山東等地區，史稱清兵入塞。當時直隸連年災荒疫疾，民不聊生。遼西局勢亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰，最後於1640年占領錦州等地，明軍主力洪承疇等人投降，明朝勢力退縮至山海關。
崇禎帝雖勵精圖治，但其任人不得法（崇禎一朝撤換過五十個大學士，號稱「崇禎五十相」，為歷朝之最），朝政混亂與官員貪污昏庸；與後金的戰爭帶來大量遼餉的需求以及清兵的掠奪；以及因為小冰期氣候變冷，在當時連海南島都出現下雪氣候，農業減產帶來全國性饑荒，這些都加重明朝百姓的負擔。1627年，陝西澄城饑民暴動，拉開明末民變的序幕，隨後王自用、高迎祥、李自成、張獻忠等農民起事，最後發展成雄踞陝西、河南的李自成與先後占領湖廣、四川的張獻忠（最後成立大西政權）。1633年，山西地区爆发流行病，史称“明末大鼠疫”，1643年北京城爆发“京师大瘟疫”、造成20余万人死亡，加速明朝灭亡。1644年李自成建國大順，三月，李自成率軍北伐攻陷大同、宣府、居庸關，最後於崇禎十七年三月十八日（1644年4月24日）攻克北京。崇祯帝在煤山自縊，史稱甲申之變。後世有史學家評價崇禎帝在社稷危難之時沒有逃跑是“君主死社稷”，但亦有學者指出崇祯多次迁都南京的計劃。
李自成攻克北京後。原為明將、鎮守山海關的吳三桂帶領清軍入關，並於一片石戰役擊敗大順軍。清朝攝政王多爾袞與順治帝入關，北京成為清朝的首都。李自成退回陝西，最後被清軍圍殲於湖北，大順亡。
甲申之變後，明朝在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。明都北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護崇祯帝的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，史稱南明。弘光元年（1645年），清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰八十一日與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。同时明朝数十万皇族也惨遭清廷和農民軍的屠杀。
弘光帝死後，魯王朱以海於浙江紹興監國；而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位而互相攻打。永曆五年（1651年），在舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無所成。隆武二年（1646年），清軍分別占領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死後，其弟朱聿在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永曆帝。
隆武二年（1646年），永曆帝獲得瞿式耜、張獻忠餘部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支援之下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領先後反正，例如永曆二年（1648年），江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻忠與楊有光率部反正，一時之間南明收服華南各省。然而於同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先後占領湖南、廣東等地。兩年後，李定國、孫可望與鄭成功發動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，各路明軍因為距離互相難以照應，內部又發生孫可望等人的叛變，第二次反攻以節節敗退告終。永曆十五年（1661年），清軍三路攻入云南，永曆帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽達收留。後吴三桂攻入缅甸，莽達之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄後继8月12日，莽白發動咒水之难，杀盡永曆帝侍從近衛，永曆帝最後被吴三桂以弓弦絞死，南明亡。
此時反清勢力只剩夔東十三家與在金廈的鄭成功（史稱明鄭）。李自成-{zh-hans:余;zh-hant:餘}-部在湖南抗清失敗後，轉移到川、鄂山區進行活動，在夔州府以東地區繼續抗清，稱為夔東十三家。永曆十六年（1662年），清軍開始攻打之，永曆十八年（1664年），覆灭，其首領李來亨自焚而死。鄭成功在南京之戰失敗後退回金廈，於永曆十五年（1661年），率軍遠征荷蘭人占据的台灣岛成功，明鄭領有台灣，定都東寧（今台灣台南）。其子鄭經曾參與三藩之亂，率軍参与反攻失利。永曆三十七年（1683年），清朝康熙帝命施琅為水師提督進攻台灣。明鄭主鄭克塽率眾投降，明鄭亡。
明朝政治則是皇帝的權力趨於集中，明太祖在诛杀胡惟庸后废除中书省和丞相，終結了傳統的宰相制度，六部直接对皇帝負責，後来设置内阁和大学士承担了部分行政职能；地方上由承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司分掌权力，加强地方管理。仁宗、宣宗之后，文官治国的思想逐渐浓厚，行政权向内阁和六部转移。同时还设有都察院等監察机构，為加強對全國臣民的監視，明太祖設立特務機構錦衣衛，明成祖設立東廠，明憲宗时再設西廠（後取消），明武宗又設內行廠（後取消），合稱「廠衛」。但明朝皇帝并非完全独断独行，有许多事还必须经过经廷推、廷议、廷鞫程序，同时，能将原旨退还的给事中亦可对皇权形成制衡。到了后期皇帝出现了怠政，宦官行使大權的陋習，儘管决策权始终集中在皇帝手中，然而政務大部分已經由內閣處理，此外，到了明代中晚期文官集團的集體意見足以與皇帝抗衡，在遇到事情決斷兩相僵持不下時，也容易產生一種類似於「」的情況，因此「名義上他是天子，實際上他受制於廷臣。」但明朝皇權受制於廷臣主要是基於道德上而非法理上，因為明朝當時風氣普遍注重名節，受儒家教育的皇帝通常不愿被冠以「昏君」之名。但虽然皇权受制衡，皇帝仍可任意動用皇權，例如明世宗「大禮議」事件最後以廷杖朝臣多人的方式結束，明神宗在國本之爭失利後也以長期拒絕參與政事向朝臣們示威。 洪武十三年（1380年），明太祖以丞相胡惟庸謀反伏誅，於是廢去中書省和丞相一職。秦、漢以来實行一千六百餘年的宰相制度自此廢除，六部直接向皇帝負責，相權與君權合而為一，大權獨攬，施行軍權、行政權、監察權三權分立的國家體制。由於國家事務繁多，皇帝無法處理，而明太祖也一度深感疲憊，於是設立四輔制度來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十七年（1384年）後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職效仿唐宋馆阁学士旧制，被命為「某某殿（阁）大學士」，官階只有正五品。明成祖登基后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，由此始設內閣。
內閣最初只是皇帝的諮詢機構，相當於今日秘書或幕僚的職務，奏章的批答為皇帝的專責。到後來成為明朝實際上最高決策機構，首輔地位有時可比丞相，有票擬及封驳之權。明朝內閣由始至終都不是明朝中樞的正式行政機構，所謂內閣只是文淵閣的別稱。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中重臣擔任，只有有实无名之地位，而沒有法定地位。宣宗時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為「票擬」制度，又授予宦官機構司禮監「批紅」。票擬之法補救可君主不願面見閣臣之弊，但內閣大臣與皇帝溝通，全賴司禮監（宦官）。由是開啟明朝宦官專政之大門。
明朝在中央設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書、侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以禮部（主管教育，負責領導儒家學術，以及祭祀，外交等）和吏部（主管文官陞遷）最為重要，戶部（主管財政，土地和人口）人員最多。兵部（主管國防），刑部（主管司法，有對較大刑事案件的審判權）與工部（主管公共建設）地位較低。
在拟诏审议机构上，明朝開始只設給事中与中书舍人，不复设中书门下二省。明朝的审议机构为六科给事中，到洪武廿四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人，每科都给事中下设左右给事中各一人及给事中若干。六科给事中制度基本是繼承唐朝的門下省制度，但官位下降，机构更为精简，也失去了自魏晋以来皇帝内臣（皇室的收发站）和礼官的职责。六科官職品級雖低，然職權很高，他們可以批驳皇帝的意旨， 也能充当谏官的职责，对六部吏僚则具有分科对应的监察权，故該制度也發揮一定的改善朝政作用。明朝的拟诏机构为中书舍人官署，因其制度源流源于与门下并立的中书，故与六科相对俗称「中书科」，但是其地位大为下降，职能也大幅削弱，事实上只是内阁与翰林院的誊抄机构。中央的重要事务执行机构为五寺，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺，与唐宋相比，减省了四寺：宗正寺被并入宗人府，卫尉寺被并入兵部，司农寺与太府寺被并入户部。大理寺與刑部和都察院合為三法司，负责重大刑事案件的复审与复核。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹与全国牧政；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察制度，設立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢御史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下面設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為十二道監察御史。每道有監察御史三至五人，範圍大體為一省。但監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為十三道，共有一百一十人。都察院与六科同样具有谏官的职能和风闻言事的职责，故合称「科道言官」。
明初还實行特務機構，主要包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。錦衣衛設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。但是朱元璋晚年逐步废除了锦衣卫及其特权，还有一些比较残酷的刑法。
在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱。東廠成立於永樂十八年，是明成祖為鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝匯報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。內廠設置於武宗時期，首領為宦官劉瑾，劉瑾伏誅後，內廠與西廠同時被廢除，僅留東廠。
公孤官包括三公与三孤，是名义上的诸臣之首，但這些官職都是虛銜，一般授予功勞相當大的大臣以示榮耀。三公为太师、太傅、太保，三孤则是辅弼他们的少师、少傅、少保，三公三孤是皇帝名義上的老師，负责辅弼天子。另外还有太子三师及太子三少，太子三师为太子太师、太子太傅、太子太保，太子三少为太子少师、太子少傅、太子少保，三师三少是太子名义上的老师，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院，專門負責皇室人員的健康和醫療。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。翰林院作為政府的官方學術最高機構，地位相當重要，甚至在政府中都有相當大的影響力。翰林院首長是翰林大學士，此職位者經常會同時兼任內閣大臣。
诸司指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
外三监包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是最高官方教育機構，也是全国官学的领导机构，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的御花園，畜牧場與菜圃。
内十二监為宦官衙門。事實上只有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、御用監、司設監、御馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外宫内還設有四個司（惜薪、鐘鼓、寶鈔、混堂），八個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋面，司苑），合為內官廿四衙門。宮女也有六個局（尚宮、尚儀、尚服、尚食、尚寢、尚工），每個局下設四個司。
《大明律》，是明朝法令条例，由朱元璋总结历代法律施行的经验和教训制定而成，《大明律》为适应形势的发展，变通了体例，调整了刑名，肯定了明初人身地位的变化，注重了经济立法，在体例上表现了各部门法的相对独立性，并扩大了民法的范围，同时在“礼”与“法”的结合。
《大明律》共分30卷，篇目有名例一卷，包括五刑（笞、杖、徒、流、死）、十恶（谋反、谋大逆、谋叛、恶逆、不道、大不敬、不孝、不睦、不义、内乱）、八议（议亲、议故、议功、议贤、议能、议勤、议贵、议宾），以及吏律二卷、户律七卷、礼律二卷、兵律五卷、刑律十一卷、工律二卷，共460条。
有明一代比较重视法制的建设与实践，其中历经三次大规模修订的《大明律》。《大明律》在中国古代法典编纂史上具有革故鼎新的意义。不仅继承了明代以前的中国古代法律制定的优良传统，也是中国明代以前各个朝代法典文献编纂的历史总结，而且还开启了清代乃至近代中国立法活动的发展。《大明律》在明代实施的过程中，虽然也不断受到“朕言即法”的干扰，但这些干扰始终未能影响它的正统法典的地位。
而《大明律》对惩治贪财枉法者，严厉程度超过了历史上任何一个朝代。明太祖时期，贪污六十两以上银子者即被处死。。
明代早期軍隊的來源，有諸將原有之兵，即所謂從征，有元兵及群雄兵歸附的，有獲罪而謫發的，而最主要的來源則是籍選，亦即垛集軍，是由戶籍中抽丁而來。除此之外尚有簡拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以後又有強使民為軍的方式，不過都屬於少數，整體而言，衛所制仍然是最主要的軍制。衛所制為在全國各地軍事要地設立衛所駐軍，衛有軍隊五千六百人，其下依序有千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位，各衛所都隸屬於五軍都督府，亦隸屬於兵部，有事從徵調發，無事則還歸衛所。軍隊來源為世襲的軍戶，由每戶派一人為正丁至衛所當兵，軍人在衛所中輪流戊守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。其目標在養兵而不耗國家財力，但明宣宗以後漸無法維持，軍人生活水準及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢馳。
在嘉靖年間，應付倭寇之亂時，將領戚繼光在浙江地區採用招募民兵加以訓練的方式，來取代不堪的衛所兵。正因為明朝正規軍衛所軍的不堪用，故這些民兵，在明朝後期逐漸擔負起維持明朝有效統治的作戰部隊，而其中最為有名的就是戚繼光的召募以浙江人為主戚家軍，李如松的私人部隊遼東鐵騎，及袁崇煥所召募以遼東人為主的關寧鐵騎。
明朝的火器技术较高，不仅种类多，而且制造技术和性能也较前代提升明显，与欧洲差距不大。火箭与鸟枪是明朝军队的主要轻型火器，地雷在明朝也很盛行，管形火器的发展尤为显著。明朝中后期，西洋火器佛郎机、红夷大炮等相继传入，明朝汲取其瞄准器等长处，火器技术迅速发展，形如军事技术革命。學者梁柏力指出，中国的冷兵器时代行将终结，火器时代已在黎明，被認為有机会赶上欧洲，但这过程却随明朝灭亡而一度中断。後來清軍利用了明朝和西方的技術和經驗，多次改良並製造出比明朝更有威力的火器，到了三藩之亂期間，中國的熱兵器技術回升到接近西歐的水平，这也是郑成功能驱逐台湾荷兰人，以及清康熙時期的清軍能夠擊退入侵黑龍江的俄羅斯士兵的原因之一。在簽署尼布楚條約其後的150多年內，清朝境內大致升平，火器技术停滞甚至退化，直至鸦片战争时期。。
萬曆年間，日本火器技術領先中國，日本在萬曆援朝戰爭中一度佔据火力上風。明朝軍事家戚繼光批評當時多種形式的火器實際上並不實用，故一切禁之，以節靡費。亦有學者批評宋元明清历代為維護政權穩定而封鎖火器科學，故意忽視研制者的新發明和新創造，甚至棄置不用，如明朝的趙士楨、畢懋康和清朝的戴梓，他們的貢獻和成果都沒被恰當重視。
16、17世紀間，明朝是世界上手工業與經濟最繁榮的國家之一。明代初期推行的海禁政策，使得商業受到一定的壓制，但明穆宗隆慶元年（1567年）廢除海禁後，海外貿易重新活躍起來，全盛時遠洋船舶噸位高達18000噸，占當時世界總量的18%，推进了中国与国际市场的联系，促使晚明中国白银货币化的最终完成。明代手工业和商品经济繁荣，出现商业集镇，中国大陆学界认为出现「资本主义萌芽」，此说法仍然处于争议之中。
明朝初期，由於多年的戰爭加上通貨膨脹，且前朝元惠宗為治水加重徭役，經濟近乎在崩潰的邊緣。明太祖洪武年間實行休養生息的政策與移民墾荒，也實行屯田政策，軍屯面積佔全國耕地的近十分之一。此外，商屯也相當盛行，政府以買賣食鹽的專賣證（稱之為鹽引）作為交換，利用商人將糧食運往邊疆，以確保邊防的糧食需求，然而此方式並非以以物易物方式，而是要求鹽商先交錢再等曬鹽季再給鹽，卻又為稅收不足而將新產出的鹽另行外賣，延後交鹽給正規鹽商的時間，致使鹽商交了錢卻要三五年甚至十年後才拿得到鹽，卻又因身份管制而無法拋棄鹽商身份另行謀生，因此而家破人亡，私鹽亦大為流行。
明朝農業無論是產量還是生產工具，都高於前一朝代，番薯、南瓜、蠶豆、土豆、玉米、棉花等美洲高產作物在16世紀中葉時陸續傳到中國，尤其是棉花，已在全國普遍栽種。此外，較容易栽種的蕃薯和玉米，可以種植於土壤相對較貧瘠的地區，對於糧食需求日增的明清兩代尤其重要。
萬曆年間，耕地總面積达10.7亿市亩，為萬曆年間開始的人口穩步增長提供堅實的基礎。而在南宋時流行的俗諺「蘇常熟，天下足。」，由於長江下游地區城市居民的快速增加，及長江中游地區的快速開發，中晚明時，已經轉變為「湖廣熟，天下足」，意即當時主要的米糧生產區已經轉移到湖廣地區，也就是現在的湖北省和湖南省一帶。
隨着商業性農業的出現而發展起来的長途交通，有利於工商業的發展。晚明以後，湖廣的米開始被長途運送至江浙、閩廣等地區販售，使當地農民開始改種經濟作物。明太祖也曾派遣國子監下鄉督導水利建設，並以減免稅賦獎勵耕作。這些措施使得過去很多飽受戰亂損毀的地區恢復生氣，使明朝的經濟得到快速的恢復。
明朝无论是铁、造船、建筑，还是丝绸、纺织、瓷器、印刷等方面，在世界都是遥遥领先，产量占全世界的2/3以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的手工业不断壮大，而官营却不断萎缩，明朝后期，除了盐业等少数几个行业还在实行以商人为主体的盐引制外，一些手工业都摆脱了官府的控制，成为民间手工业。
自明初年起，以江南地區為代表的手工業高度發展，松江潞安府全盛時有織機一萬三千張，促進市場經濟化和城市化，南京、臨清等城市「周圍逾三十里，而一城之中，無論南北財貨，即紳士商民近百萬口」。南京一地有眾多的陶瓷廠，每年可生產100萬件瓷器。景德鎮成為世界瓷都。制瓷使用旋坯车，不但提高生产效率，還使旋出的瓷坯更为精细和规格化。施釉方式以吹釉法代替刷釉法，使施釉更加均匀光泽。並且發展出彩色瓷器。冶铁技术也有明显的提高，由灌钢冶炼法发展到苏钢冶炼法，是一种效率较高的炼钢方法。
明初期奉行「重本抑末」政策，甚至規定禁止商賈之家穿綢紗。明穆宗隆慶三年（1569年），大學士高拱上疏《議處商人錢法以蘇京邑民困疏》，反映商人的愁苦和商業的窘困，並奏請隆慶帝採取措施，革除宿弊。之後张居正提出農商榮枯相因，進一步肯定商人的作用。明代中後期商人地位有所提高，部分士大夫認為經商有成，在價值上也等同於讀書有得，「亦賈亦儒」「棄儒就賈」的現象也開始出現。此外，商業用的書也開始出現。商人為實用目的而編寫此類書籍，內容介紹貿易路徑沿途的交通、習俗及商品行情等。此類書籍現存最早者為《一統路程圖記》。此外，由於商業的發達，各地紛紛開始大量生產具有當地特色的商品，運銷他處，使得區域分工日益明顯。
明朝初期，明太祖洪武年間尝试使用「大明寶鈔」的紙幣，这种货币同样经历了迅速的通货膨胀，它在1450年暂停发行，但是直到1573年仍在流通。直到明朝晚期李自成威胁北京时，这种纸币才在1643年和1644年重新印刷。在明朝大部分时期，中国有一个包括所有重要交易的纯私人货币体系。而整個貨幣體系轉向為以銀本位為主。从海外流入的白银开始在南部省广东作为货币使用，并在1423年传到长江下游地区成为纳税的法定货币。各省税收自1465年起以白银的形式上交首都，灶户从1475年起开始使用白银支付，徭役豁免费从1485年起使用白银支付。中国对白银的需求部分通过西班牙人从美洲的进口得到满足，特别是秘鲁的波托西和墨西哥，在西班牙人1571年建立马尼拉之后。但这时的白银还没有被铸造。它们以重量为一个标准两（约36克）的银锭（被称为元宝）流通，尽管其纯度和重量在地区与地区间略有不同。
16世紀中葉之後日本和拉丁美洲的白銀大量流入也進一步促進中晚明經濟的發展，當時明朝佔有世界白銀需求量三成左右。明代經濟的另一個特色是城鎮經濟的繁榮，運河沿線由於往來商船不斷，周邊城市如濟寧、淮安、揚州等都非常發達。東南地區由於商品經濟繁榮，成為全國的經濟集散地。由於商品經濟的繁榮，明代形成按籍貫區分的商人集團，稱為「商幫」，如徽州商幫、晉陝商幫、廣東商幫、福建商幫、蘇州洞庭商幫、江西商幫等。這些商幫以「會館」為聯繫場所，互相支持，越做越大。
明嘉靖、萬曆間，各地出賣絲綢、酒肉、蔬果、煙草、農作物、瓷器等商品不計其數，大量外銷賺取外匯所得；外國的不少東西在中國城市都有賣，如歐洲的西洋鐘、美洲的煙草，當時商業大都會以江南的商業城市最多，有南京、儀征、揚州、瓜洲、蘇州、松江、杭州與嘉兴等，華中其他商業城市尚有汉口、南昌、淮安、蕪湖與景德鎮等，西南内陆有成都，華北有北京、濟寧與臨清等，而華南則有福州與廣州等。
有觀點認為，明朝生產總量在全世界所佔比例在中国三千年历史上是最高的。据英国经济学家安格斯·麦迪森的研究，1600年明朝生產總量为960亿美元，占世界经济总量的29.2%，晚明中国人均GDP約600美元。据他研究，1500年中国生產總量（618亿美元）已首次超过印度（605亿美元）（这里仅表明购买力平价，与财政收入是不同的概念）。部分中国学者如刘逖认为麦迪森高估了明朝的生產總量和人均生產總量，据刘逖指出国际公认的生存水平线是400美元，因此刘逖对麦迪森明朝数据做了调整，若以1990年的美元價值換算，1600年中国人均GDP在388美元、1610年在386美元、1620年在391美元、1630年在344美元、1640年在367美元，大幅低於麦迪森的600美元。
而隆庆年间的开关，进一步促进了当时中国经济的增长。
明代教育发达，学校兴盛，为唐宋所不及。明朝初期實行「科舉必由學校」的政策，明太祖多次強調：「古昔帝王育人才，正風俗，莫不先於學校。」並將學校列為「郡邑六事之首」，以官學結合科舉制度推行程朱理學，而不重視書院，書院因此沉寂近百年之久。也因此，明朝中早期最重要的教育機構也就是國子監。而各府、州、縣政府也皆立學校。府、州、縣學的學生稱為生員，俗稱秀才或相公。明初生員數目有定額，大致府學四十人，州學卅人，縣學廿人。明代中後期，地方官員六事皆舉者極少，「學校之政之修也久矣」，因此傳統書院再次承擔起培養科舉人才的重任。明代書院的創辦，以嘉靖年間為最多，據統計，明代書院共有1239所。書院的經費來源，大體上可以區分為官方撥置、和私人捐贈。由於政治上的牽連，書院屢遭劫難，歷史上共有四次禁毀書院的記載，但官方越是禁止，民間開辦的書院就越多。
科舉在明朝是正式的選拔官吏制度。科舉考試分為兩級，每三年舉行一次，稱為大比。科舉考試的內容主要是四書五經，考生必須用八股文做答。所謂股，即對偶之意。八股文萌芽於宋朝，形成於明成化以後。由於八股取士的制度，讀書人既不通經史，又不諳實際，嚴重束縛民眾智慧的進步。
文學方面，中國小說史上的四大名著中的《西遊記》、《水滸傳》、《三國演義》（原本是《金瓶梅》後被三國代替）就是出於明朝。馮夢龍加工編輯的三部白話短篇小說集「三言」（即《喻世明言》《警世通言》《醒世恆言》）每部四十篇，共一百二十篇，主要是描寫青年愛情故事以及平民市井生活，最著名的如《杜十娘怒沉百寶箱》、《金玉奴棒打薄情郎》、《轉運漢巧遇洞庭紅》等；與「三言」類似每部四十篇的短篇小說集還有凌蒙初編著的「二拍」以及1987年才被發現的《型世言》（陸人龍編著）。傳統雅文學的發展在明代繼續發展，著名文人有劉基、宋濂、高啟、方孝孺、唐寅、歸有光、徐渭、王世貞、袁宏道、錢謙益、張岱、吳偉業等人。散曲家則有王磐、馮維敏、薛論道、陳譯、康海等人。
萬曆時期，猛烈反對前後七子的擬古主義，有以公安袁宗道、袁宏道與袁中道為代表的公安派。他們認為文學是隨著時代的變化而變化的，有各個不同的時代，即有各種不同的文學。竟陵鍾惺、譚元春為代表的竟陵派主張獨抒性靈，並且乞靈於古人，目的為“引古人之精神以接後人之心目，使其心目有所止焉，如是而已矣”。
明朝時期，傳統雜劇逐漸衰落，而傳奇劇走向繁榮。在嘉靖後期到萬曆初期出現三部優秀的傳奇作品，即《寶劍記》、《浣紗記》及《鳴鳳記》。明代戲劇的集大成者是湯顯祖。他的代表作是臨川四夢（即《南柯記》、《邯鄲夢》、《紫釵記》及《牡丹亭·還魂記》）。南戲在明朝也進入最繁盛的時期。明朝的文學與戲劇在對「情慾」的描寫上是較為開放的，例如《牡丹亭》一劇中就充滿許多對少女情懷的正面刻寫。
明朝朝廷極力推崇書法，明朝書法以行書和草書為主。明初書法陷於台閣體泥沼，沈度學粲兄弟推波助瀾將工穩的小楷推向極致，“凡金版玉冊，用之朝廷，藏秘府，頒屬國，必命之書“。二沈書法被推為科舉楷則，於是台閣體盛行。明中期吳中四家崛起，書法開始朝尚態方向發展。祝允明、文征明、王寵與唐寅是這個時期的代表，書法開始邁入倡導個性化的新境域。晚明書壇興起一股批判思潮，書法上追求大尺幅，震盪的視覺效果，有名的有張瑞圖、黃道周、王鐸與倪元瑞等，而帖學殿軍董其昌仍堅持傳統立場。
明代的繪畫成就巨大，大致偏重於文人畫派，往上承襲唐、宋、元三代的體系，再經過充分發揮後而自成一家的。明代画风迭变，画派繁兴。在绘画的门类、题材方面，传统的人物画、山水画、花鳥画盛行，文人墨戏画的梅、兰、竹及杂画等也相当发达。其中最興盛的山水畫派可分為氣勢恢弘的浙派、蒼勁活潑的院派與清麗縝密的吳派三種。著名的書畫家如擅長花鳥的徐渭、擅長人物畫的陳洪綬，「明四家」沈周、文征明、唐寅和仇英，山水畫大師董其昌。明朝繪畫以山水和花鳥為主。人物畫和社會風俗畫相對較弱。明朝的雕像較多為城隍、孔子、關公、岳飛等為主。
明代晚期由于传教士纷纷来华，西方近代绘画也传入中国，开始了东西方艺术的第一次正面交流。但由于东西方审美观的差异，西方艺术的影响主要体现在西洋版画艺术方面，尤其是坤輿圖、西方原版图书以及圣迹画对明代晚期的绘画产生了重要影响。
明代的建築工藝創下新成就。南京和北京城池都是偉大的建築作品。应天府京城城墙營建於洪武二年，完成於洪武十九年，城牆周長達66里，一般寬10-18米，高12-15米，是世界上最長的城牆。南京城突破方正的格局，而是按照地理形勢修建。皇城位於東部，市肆和居民區位於南部，西北則是軍營。洪武二十三年起，明政府開始修建京师外郭城（即南京外城），周圍120里，開十六門，將雨花台和鍾山都包入其中。而北京城池則較為方正，體現皇權至上的思想。明朝的宮殿建築也十分宏偉，故宮即為例證。明朝各種歷制建築也十分嚴謹工整。天壇、太廟、社稷壇、孔廟都是十分巍峨莊嚴的建築。明代帝陵工程浩大，可謂歷代之最。而在明代被重建的萬里長城（明長城）更是舉世無雙的巨作，保衛明朝的邊疆，至今依然聳立。 明朝的興起與元末信奉明教與白蓮教的紅巾軍息息相關，所以明太祖建立明朝後對宗教採取抑制和利用兼並的政策。他主要希望阻斷摩尼教、白蓮教與彌勒宗等宗教組織再度變成反朝廷的起事軍，並且希望利用佛教、道教等宗教的力量來維護社會秩序。結果，得到「皇糧」全面保障的佛教與道教演變成缺乏精神上的創新追求，亦脫離廣大信眾，民眾轉而尋求民間宗教作為慰藉。
洪武元年（1368年），朱元璋登基以後，為了鞏固自己的統治，他在嚴厲禁止、鎮壓白蓮教等民間秘密宗教的同時，即大力提倡尊朱崇儒，確立儒家思想、並大搞神道設教，扶植佛教和道教。洪武年間，朱元璋不僅耗費大量財力和物力，修繕靈谷寺、天界寺、天禧寺、能仁寺、雞鳴寺、棲霞寺等許多佛教寺院，還修復、重建朝天宮等一批道教宮觀，「凡道家所號天帝之宮，靡不崇飾」。（注：《金陵玄觀志》卷1，商輅：《奉敕重建朝天宮》。） 他還撥給寺觀、宮觀大量田土、蘆蕩，免除其稅糧和差役，並多次召集名僧舉辦法會，自己親戴皮弁，腰插玉圭，率領群臣頂禮膜拜，或徵召道士，舉辦齋醮祈雨，自己「設藁席露坐，晝曝於日中，頃刻不移，夜臥於地，衣不解帶」，（注：《明太祖實錄》卷53，洪武三年六月戊午。）可謂虔誠至極。他還多次召見名僧、道士，賜坐講論，有些應對稱旨的僧人甚至擢為大官，充當心腹耳目。朱元璋還應僧、道之請，設立善世院、玄教院，後改為僧錄司、道錄司，以名僧、道徒總領全國的佛教、道教事務。為了擴大佛、道的影響，朱元璋又命四方名僧點校《大藏經》（即《洪武南藏》），令宗泐、如玘等僧人重新箋釋《般若心經》、《金剛經》和《楞伽經》，親自為《心經》作序；並仿效唐宋君主，親為《道德經》作注，撰成《御注道德經》二卷，還撰寫了《周顛仙人傳》，廣行刊布。 明朝官方還多次組織刊刻卷帙浩大的佛藏和道藏。佛藏除《洪武南藏》外，還有《永樂南藏》、《永樂北藏》、《萬曆續北藏》以及藏文的《大藏經》，道藏則有《正統道藏》和《萬曆續道藏》。
明朝流行對不同宗教兼容並取傾向，民間宗教性信仰、習俗多樣而活躍。基本精神在信仰自由主義、保持國家政治世俗性質、維持社會穩定和國家對社會的控制。集中體現這些政策精神的仍是儒家政治社會理念並倚賴士大夫群體的努力。其變動因素和矛盾來源，則在諸教向國家政權機關的滲透、皇室特殊化行為、民間泛神論多元信仰傾向、部分士大夫的信仰綜合主義。在此期間，回族的形成與猶太教的消亡，表現出作為外因的社會環境與作為內在動力的宗教本土化、世俗化運動，對宗教發展有著至關重要的影響。
明朝中期以後，佛教受皇室宗教活動加強的刺激與儒家的矛盾尖銳起來。這種矛盾促使部分士大夫強烈反對寺院修建並發表闢佛言論。明朝政府對藏傳佛教政策與對漢傳佛教政策有同有異。其重要差異之一是，明朝對藏傳佛教政策與對西部邊疆政策緊密相關，而對漢地佛教政策則於周邊關係政策基本無關。此外，部分士大夫以藏傳佛教為「番教」，認同程度遜於內地佛教。明朝一些皇帝因喇嘛多擅長某些「法術」，對其有特殊興趣，並因而導致士大夫針對相關政策的批評。道教起源於本土民間信仰，在明代與儒家士大夫的衝突比較和緩。但明朝君主中信奉道教者多，既影響到國家政治，也影響到士大夫與君主的關係。士大夫在反覆重申儒家原旨的同時，對道教的批評也日趨尖銳。民間宗教以最貼近下層百姓生活的組織形式和內容，滿足中下層民眾的宗教需求，甚至部分地滿足他們的政治要求和經濟要求。這是明朝中葉之後，民間宗教如火如荼發展起來的重要原因。明朝政府將民間宗教基本看作民俗，一般無干預，對視為「陋俗」者加以排斥，在涉及秘密社會活動時則嚴厲禁止。
明朝還是信仰伊斯蘭教諸民族、藏傳佛教黃教的形成和發展，以及天主教在中國傳播的重要時期。伊斯蘭教在社會生活中相對封閉，在明代政策中大體上表現為一個民族政策問題而不是一個宗教問題，基本與國家以及其他社會成分相安無事。明朝中期以後，天主教再度傳入中國，當時士大夫尋求改革，明朝對天主教大致寬容。
哲學思想上，王陽明繼承陸九淵的「心學」並發揚光大，他的思想強調「致良知」及「知行合一」，並且肯定人的主體性地位，將「人」的主動性放在學說的重心。而王陽明的弟子王艮更進一部的強化此方面的論述，提出「百姓日用即道」，肯定平民百姓日常生活的意義。而李贄則更肯定「人欲」的價值，認為人的道德觀念系源自於對日常生活的需求，表現追求個體價值的思想。而隨著西學的傳入，科學精神與實學風尚也開始流行。明末之際，伴隨著朝代的更替與異族的入主，哲學家開始更多的思考現實問題與政治改良，如王船山、黃梨洲、顧亭林等。
而明代晚期書院的興盛，衝擊官學的地位。許多知識分子利用在書院講學之際藉機批評時政，例如曾講學於東林書院的顧憲成及高攀龍，就常諷刺時政，也使東林書院成為與當權派對抗的中心，進而造成東林黨爭。當時學者也會借用寺廟周邊的空地舉行「講會」，倡導新的思想價值與人生觀。
以顧炎武、黃宗羲、王夫之並為明末清初三大儒。顧炎武提倡「經學即理學」，提出以「實學」代替宋明理學，要學者直接研習六經。提倡“天下興亡，匹夫有責”，著有《日知錄》、《音學五書》等。黃宗羲有「中國思想啟蒙之父」之譽稱，著有《明儒學案》、《宋元學案》，是中國學術史之祖。他保護陽明學，排斥宋明理學，力主誠意慎獨之說，蔚為浙東學派。王夫之強調實際行動是知識的基礎，認為歷史發展具有規律性，是「理勢相成」。其思想發展成船山學，後人編為《船山遺書》。
以民為天下之主的思想於明末清初亦有所流行，例如生活在明末又经历清初时期的黃宗羲和顧炎武、王夫之提倡民權，所著的《明夷待訪錄》攻擊君主專制體制，提倡天下為主，君為客的觀點，倍受清末革命黨的推崇。部分學者認爲黃宗羲的思想是近代民主主義的思想，有西方學者稱黃宗羲為「中國自由主義的先驅」。
西歐進入大航海時代後，葡萄牙意圖在中國建立貿易據點。1513年，葡萄牙國王曼努埃爾一世為想要與明廷通商，派出使節團前往中國。使節團本來想在廣州登陸，但被拒絕入境。他們改以武力佔據屯門，與明朝爆發屯門海戰、西草灣之戰，結果戰敗。最後明世宗嘉靖皇帝同意入境，並且讓葡萄牙人在澳門開設商行，允許他們每年來廣州「越冬」。其後西班牙、荷蘭、英國等國相繼派使團東來，使得不少西洋事物傳入中國。1582年，天主教傳教士利瑪竇奉命前往中國教區工作。利瑪竇很快學會中文，並穿儒服、通儒書，頗得明朝士大夫好感。後來他被舉薦到北京，頗得明神宗信任。他向中國進獻聖母瑪莉亞像、十字架、坤輿萬國全圖、西洋自鳴鐘、西洋大炮、西洋式望遠鏡、西洋式火槍、西藥等貢品，先後在北京、肇慶等地展出。
學者李正焕認為明朝是中国科技发展的极其重要的时期，涌现出一大批集大成的科学家和许多不朽的科技名著，而金觀濤、樊洪業、劉青峰則認為自宋元兩代以後，中國的科學發展日益趨於停滯狀態。
明朝初期的大統歷一直沿用元代授時歷，不准民间研究，下詣「国初学天文有厉禁，習曆者遺戍，造曆者誅死」，但天文导航、冶炼钢铁、商业数学等实用科技仍有许多重要成就。到了後期禁令被放寬後有學者編寫了一部天文著作，可是無人問津、不被重視且「未曾用之」，《大明律》規定：“造讖諱、妖書妖言及傳用惑眾者，皆斬。若私有妖書隱藏不送官者，杖一百，徒三年”，嚴厲處置撰寫、刊行、銷售或使用“妖書”的人。被送官燒毀的「妖書」名目有《換天圖》、《飛天歷》、《聚寶經》、《太上玄元鏡》等共計88種。明朝的大統歷是承襲元朝的授時歷，對日月蝕的預報早已不准，明朝開國一百多年後陸續有人建議改曆，被禮部以“古法未可輕變，請仍舊法”和“祖制不可變”的理由反對。明代欽天監的天文官們已無人能掌握元代郭守敬等製訂授時歷時所依據的原理和方法。利瑪竇憑藉西洋書本上的知識即可預測日月蝕，而欽天監的官員們卻一籌莫展。當徐光啟、李之藻等人打算用西法改曆而發動宣傳攻勢時亦引起了守舊勢力的反感。後來由於士大夫攻擊傳教活動，並謂私習天文為違反大明律，政府下令嚴禁，並將所有耶穌會士逐往澳門。
明太祖亦禁止民间進行天文研究，認為皆是「无益」之物並加以毀壞：“明太祖平元，司天监进水晶刻漏，中设二木偶人，能按时自击钲鼓。太祖以其无益而碎之”。
作明中晚期學術著作眾多，如李時珍的《本草綱目》、宋應星的《天工開物》、徐光啟的《農政全書》、方以智的《物理小識》、程大位的《算法統宗》、吳有性的《瘟疫論》、徐霞客的《徐霞客遊記》，這些科學家幾乎都是明朝有功名的士子。1637年宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出合乎科学的解释，认为声音是由于物体振动或急速运动冲击空气而产生的，并通过空气传播，同水波相类似。方以智在《物理小识》中提出：“宙（时间）轮于宇（空间），则宇中有宙，宙中有宇。”提出时间和空间不能彼此独立存在的时空观。在《物理小识》中正确地解释蒙气差（即大气折射）现象。民间光学仪器制造家孙云球制造放大镜、显微镜等几十种光学仪器，并著《镜史》。
明朝宗室在技術上也有贡献，朱載堉在世界上第一次正確地提出十二平均律，並在數學、天文學方面亦多有建樹；明初周王朱橚把四百余种植物种于府内，并让王府画工将植物绘图编制成书，名为《救荒本草》。《救荒本草》共记有植物414种，并详细描述各种植物的形态、产地、生境、可食用部位和食用方法，是生物学历史上的重要书籍。中晚明的軍事科技也有所進步，各種新式火器大量湧現，但也被當時的军事家批評不實用。西方傳入的佛郎機火炮和紅夷大炮都在中國製造和使用。還有一些專門的火器論著出現，如茅元儀所著之《武備志》。
明朝晚期，隨著耶穌會傳教士和西學的傳入，中晚明的科學技術出現新的進步。在他們傳播教義的同時，也大量傳入西方的科學技術。當時中國的科學發展趨於緩慢，落後于歐洲。隨著西學傳入，使得中國的少數士大夫開始認識到西方學問之中有其優於中國之處，但這並未造成中國人對於中西學的基本高下看法有所改變。西學中主要受到注意的仍是技術方面如天文曆法、測量以及所謂的「西洋奇器」等，對於中國學術本身的影響衝擊亦不大。而當時傳入中國的學問非常多樣，也有一些士大夫著手與傳教士合作翻譯西方書籍或著書介紹西學，例如徐光啟就曾與利瑪竇合譯幾何原本。李之藻與利瑪竇合譯同文算指。在中西文化交流的同時，基於雙方文化的歧異及認知方面的不同，也引發一些衝突，例如南京教案等。
西方汉学家李約瑟认为明朝數學的發展停滯，且遠比宋元落後，明朝中葉的著名數學家顧應祥與唐順之對「天元術」的茫昧不解，被認為是中國數學在十四世紀之後由盛而衰的一個見證。在明朝年間失傳了宋元兩代累積的數學知識，後來經過清代學者梅穀成等人重新發現並加以研究。学者駱祖英認為，整體而言，明代數學的整體水平並不比同期西方數學滯後，當時東西方數學水平相當。
明代早期，社會風氣比較節儉。後期伴隨著商品經濟的發達以及政府控制力的下降，社會風氣轉向浮華與奢靡，不論士大夫或百姓，在飲食、居住、穿著、娛樂各方面都更為講究，甚至贫穷人家也追慕仿效，與過去儒家崇尚簡樸的風氣有很大的差別。商人的地位也明顯提高。時人张瀚曾言：“今之世风，上下俱损矣！”明初朱元璋認為「元以寬失天下」，因此要「救之以猛」，一改元朝優容江南士人的政策，採取各種措施打壓及迫害江南文人。有明一代，明廷便擬定江南重賦，「官、民田視他地方倍蓗」，並且規定「浙江，江西，蘇松人毋得任戶部」。仕宦的江南士人，或因黨案，或因文字獄之故，動輒獲罪橫死。
明朝的另一項重要社會風氣就是藏書之風。無論官方與民間皆好藏書。私家藏書尤為發達。天一閣是中國目前現存的最早的私家藏書樓。其創建者是范欽。在范欽去世時，天一閣藏書的總數達到七萬卷。天一閣對藏書嚴加保管，水火不入。也嚴禁外借。明代重要的藏書樓還有汲古閣、絳雲樓等。而私人刻書也逐漸發達，出現的彩印的套印等新工藝，印製的書籍量更是達到一個新的高峰，也使得書籍的讀者群更為擴大，各種通俗小說的出現也為平民百姓提供另一種娛樂。裝幀方法也得到改進，出現對後世影響深遠的線裝書。
貞節旌表的制度在明朝成為固定持續的制度，使得女性守貞守節從原本的典範理想成為一般性的風氣甚至規範。此外，晚明社會風氣的開放，使當時成為中國歷史上才女文化最發達的時代之一。
16世纪的欧洲城市规模较小，1519年至1558年时期，拥有2万至3万人口即可称为“大城市”。从城市规模和人口比例看，晚明中国的城市化程度反倒稍高一些。据伊懋可的数据，中国城市人口在明末占总人口的6%至7.5%。而学者曹树基估计，1630年时中国城市化率已达到8%，略高于清代城市化率的7.4%。
明代百姓的娛樂風尚發達，「旅遊」一詞在中国歷史上首次出現。明代傢俱的樣式也進入一個新的階段，風格典雅，流傳至今者不在少數。園林藝術在明朝也非常興盛，代表著作是明代造园家計成的《園冶》一書，這是第一部全面總結私家園林的專著。
明朝是中国古代社会福利最好的时期，在平定天下驱除胡虏之后，朱元璋一方面实施“与民休息”的经济政策，另一方面推出了中国最早的福利政策。明朝的福利政策完备且有特色，对当时经济的发展起到了非常积极的推动作用。明代出现了免费养老院、免费医院和免费公墓等，而且对于60岁以上的老人，明朝政府制定了较为完备的养老政策。
明代的茶文化與酒文化也十分發達，民間盛行飲酒之風，酒令進入成熟的階段。各種新式茶色紛紛出現，紫砂壺也開始流行。酒樓茶館成為城市居民的重要休閒場所。
《乌青镇志》记载万历年间，市井之家的宴席：“万历年间，牙人以招商为业。初至，牙主人丰其款待，割鹅开宴，招妓演戏，以为常。”
万历进士顾起元在《客座赘语》中记述南京风俗民情说：“今则服舍违式，婚宴无节，白屋之家，侈僭无忌。”
张岱在《陶庵梦忆》中记载了许多美食：“越中清馋，无过余者，喜啖方物。北京则苹婆果、黄、马牙松；山东则羊肚梨、文官果、甜子；福建则福桔、福桔饼、牛皮糖、红腐乳；江西则青根丰城脯；山西则天花菜；苏州则带骨鲍螺、山楂丁、山楂糕、松子糖、白圆、橄榄脯；嘉兴则马交鱼脯、陶庄黄；南京则套樱桃、桃门枣、地栗团、窝笋团、山楂糖；杭州则西瓜、鸡豆子、花下藕、韭菜、元笋、塘栖蜜桔；萧山则杨梅、莼菜、鸠鸟、青鲫、方柿；诸暨则香狸、樱桃、虎栗；嵊则蕨粉、细榧、龙游糖；临海则枕头瓜；台州则瓦楞蚶、江瑶柱；浦江则火肉；东阳则南枣；山阴则破塘笋、谢桔、独山菱、河蟹、三江屯怪、白蛤、江鱼、鲥鱼、里河。远则岁致之，近则月致之，日致之。耽耽逐逐，的为口腹谋。”
叶梦珠在《阅世编》记述明末宴会：“肆筵设席，吴下向来丰盛。缙绅之家，或宴官长，一席之间水陆珍馐多至数十品。即庶士中人之家，新亲严席，有多至二三十品者。若十余品则是寻常之会矣。然品必用木漆果山如浮屠样，蔬用小瓷碟添案，小品用攒盒，俱以木漆架架高，取其适观而已。即食前方丈，盘中之餐，为物有限。崇祯初，始废果山碟架，用高装水果，严席则列五色，以饭盂盛之。相知之会则一大瓯而兼间数色，蔬用大铙碗，制渐大矣。”
明代笔记记载：“昔有一人，善制鹅掌。每豢养肥鹅将杀，先熬沸油一盂，投以鹅足，鹅痛欲绝，则纵之池中，任其跳跃。已而复擒复纵，炮瀹如初。若是者数回，则其为掌也，丰美甘甜，厚可经寸，是食中异品也。”。
明朝服饰继承了宋元两代的式样，但亦有一定程度的胡化和演变，例如明代流行的曳撒就是继承于元代蒙古人的腰线袄。中后期更出现了前代未见的形制款式如立领，以及于一件衣服的显眼处大量使用金属钮扣。至清朝期间逐渐被禁止，但仍有少数款式和特征流传至今。近代至现代朝鲜族、琉球族、京族的民族服饰（韩服、琉装、越服）亦深受明朝服饰影响。
明代婦女的服裝，主要有衫、襖、霞帔、褙子、披風、比甲及裙子等，明中期出現立領。比甲的名稱，見於宋元以後，但這種服飾的基本樣式，卻早已存在。比甲為對襟、無袖，左右兩側開衩。隋唐時期的半臂，就是與比甲有著一定淵源關係。明代比甲大多為年輕婦女所穿，而且多流行在士庶妻女及奴婢之間。成年女性多戴狄髻，並於上面插上成套的飾物，稱為頭面。明代上襦下裙的服裝形式，與唐宋時期的襦裙最大差別在於明代的上衣並不束在裙外，這種款式稱為襖裙。比如立领、宽衣大袖紧袖口与大褶裙装等，都是大明服饰的特色。勞動時常加一條短小的腰裙，以便活動，有些侍女丫環也喜歡這種裝束。上襦除傳統的交領外，到明中後期還出現立領。裙子除繼承前代的百褶裙、褶襉裙外，還出現了馬面裙。裙的顏色，初尚淺淡，雖有紋飾，但並不明顯。至中期則多飾以膝襴，有刺繡、織金、燙金等形式的裙襴。崇禎初年，裙子多為素白，即使刺繡紋樣，也僅在裙幅下邊一、二寸部位綴以一條花邊，作為壓腳。裙幅初為六幅，即所謂「裙拖六幅湘江水」；後用八幅，腰間有很多細褶，行動輒如水紋。到了明末，裙子的裝飾日益講究，裙幅也增至十幅，腰間的褶襉越來越密，此時出現一種裙子，每褶都有一種顏色，微風吹來，色如月華，故稱「月華裙」。腰間多掛上荷包、事件（小工具組合）等物品，裝飾與實用性兼備。明代崇祯年间出現一種以各色零碎錦料拼合縫制成的服裝，稱為水田衣，因整件服裝織料色彩互相交錯形如水田而得名。它具有其它服飾所無法具備的特殊效果，簡單而別致，水田衣的制作，在開始時還比較注意勻稱，各種錦緞料都事先裁成長方形，然後再有規律地編排縫制成衣。到了後來就不再那樣拘泥，織錦料子大小不一，參差不齊，形狀也各不相同，與戲台上的「百衲衣」（又稱富貴衣）十分相似。
明代男子常服、礼服、常禮服等，多用袍衫，有直身、直裰、道袍、道服、行衣、深衣等形制。上層社會及富家男子的便服面料以綢緞為主，上繪有紋樣，也有用織錦緞制作的，其制為大襟、右衽、寬袖，下長過膝。常服及吉服道袍、直裰、直身等，配以絲縧，勞動者多穿上衣下褲組成的裋褐。巾帽有多款，常見有幅巾、大帽、東坡巾、唐巾、儒巾、飄飄巾等。
明太祖朱元璋詔令「衣冠制度悉如唐宋之舊」，因此明朝漢族男子服式沿襲大襟右衽交領和圓領這兩種傳統服飾式樣，又大量吸收元代服飾特點，發展出曳撒、兵笠等特色服飾。明代服饰的多變與款式做工達到了中国服饰史的高峰。
元惠宗至正年間（1341年－1370年）全國發生多次大規模的災荒饑饉疾病和瘟疫，並最終促使紅巾軍起義爆發，期間造成人口大量減少。大明建立並統一全國後，明太祖實行休養生息政策，全國的農業生產在蒙元时代長期大規模战争而遭受極大破壞的背景下得到很大程度的恢復，加上洪武年間大規模向淮河以北和四川的荒無之地、墾荒填充移民，使人口得以穩定增長。到明太祖洪武廿六年（1393年）全國有6500萬人，其中民戶佔6175萬人，軍戶佔325萬人。北五省（北平、山西，山東、河南、陝西）人口有1755萬人，佔全國27%，其中山東最多，有5,462,850人，以下依次為山西（3,790,760人）、河南（2,825,300人）、陝西（2,646,450人）、北平（2,619,500人）。中五省（京師、浙江、江西、湖廣、四川）人口總數為3380萬，佔全國52%。其中，南直隸有11,291,460人；人口密度最高的蘇南太湖流域人口達6,320,300人，平均每平方公里220人；其次為浙江省，有9,959,270人；江西有7,260,000人，湖廣有4,318,420人，四川最少，僅1,314,260人。南五省（福建、廣東、廣西、雲南、貴州）總人口有1040萬人，佔全國的16%。
明朝人口的峰值出現在明朝后期，但由于明朝户籍人口数据是地方官员刻意维持明初人口数据的结果，因此對於具体时间與人口數量，不同學者有不同說法。易中天认为，明末人口六千余万；赵文林、谢淑君认为1626年明朝达到人口峰值，实际人口大约有99,873,000人；王育民认为万历年间明朝人口达到峰值，实际人口在130,000,000人至150,000,000人之间；葛剑雄认为1600年明朝实际人口大约有197,000,000人，明朝人口峰值接近2亿；曹树基认为1630年明朝达到人口峰值，实际人口大约有192,510,000人，1644年实际人口大约有152,470,000人；而英国经济学家安格斯·麦迪森则认为1600年明朝实际人口大约有160,000,000人。
根據南开大学王泉伟在《明代男女比例的统计分析——根据地方志数据的分析》一文當中的研究，明朝的性別比相當不平衡，明朝中期後，全國範圍內的性別比曾一度達到每100個女性中有150個男性的狀況，有些地區甚至出現每一百個女性中有大約300個男性的狀況；復旦大學中國歷史地理研究所的曹樹基也曾在《墓誌銘中所見明代人口結構》一文中提及明代性別比失衡、出現男性遠多於女性的狀況。
明世宗嘉靖末年美洲高產作物傳入後開始在明代人口最為稠密的江浙和嶺南地區普及和推廣，尤其是經過萬曆中興過後以較快速度穩定成長，到明神宗万历四十八年（1620年）根據當代學者研究估計達到前所未有的150,000,000人，分佈格局基本未變。崇禎十三年（1640年）到順治七年（1650年），由於战争、饥荒和瘟疫等造成中原地區死亡加大，特別是由於北方鼠疫和旱灾的爆發、以及八旗入關掠殺和為防範漢人而進行有計劃的遷移，造成人口大量減少，只有原先人口總數一半不到，特別是經歷鼠疫大爆發的北方，人口降到不足20%。
明代沿襲元代，將人戶分為民戶、軍戶、匠戶三等。手工業者為匠籍。也就是規定全國技術好的手工業工人必須於官營手工業部門服務的制度。匠籍、軍籍比一般民戶地位低，不得應試，並要世代承襲。若想脫離原戶籍極為困難，需經皇帝特旨批准方可。
明代定以前的匠戶為匠籍，並規定這些入匠籍的手工、工人子孫世代承襲，不得脫籍改行，但不同點在於明代時，他們不需永遠在王朝服役，而只要依規定每隔幾年輪班到京城服役一次即可，稱之為輪班匠。輪班匠的勞動是無償的，还由於到京城的路途遙遠，輪班匠仍然常常發生逃役的狀況，於是在明宪宗成化二十一年（1485年），朝廷便下令輪班匠可繳交銀兩折抵役期，稱為「匠班銀」。嘉靖四十一年（1562年）起，朝廷進一步改革匠役制度，輪班匠一律征銀，以銀代役，政府則以銀雇工。人身束縛大為削弱。但仍有部分工人留在官營手工業單位服務，匠籍制並未完全廢除。
明初为了恢复生产和发展经济，政府有组织的把山西一带的民众迁到中原等人口较少的地区，史称洪洞树大移民。17世纪开始的全国性大旱灾直接导致了全国性的大蝗灾。也引发了波及差不多整个华北地区的鼠疫。人口大量死亡，灾民大量离乡。但因明末的动乱很快结束，而灾民除死亡外，不久也回到了原籍，并未形成大规模的移民。
明朝大致上繼承元朝行政區劃，其一級地方行政區分置承宣布政使司（布政司）、提刑按察使司（按察司）與都指挥使司（都司）的都布按三司制度，分別掌管行政、司法與軍事等三種治權，防止地方權力集中。布政司通稱省，底下依序有道、府州與縣。道是明朝特別設置介於省和府州之間的行政單位，分為分守道和分巡道兩種，分守道为布政司的派出机构，负责监督协调府州行政，分巡道为按察司的派出机构，负责监督协调府州司法治安。府为明朝最主要的统县政区，原為元朝的路，以稅糧多寡為劃分標準，糧廿萬石以上為上府，廿萬以下十萬以上為中府，十萬以下為下府。州与府同样是统县政区，但人口税收比府少，地位也比府低。州按照其行政隶属分为两类，直辖于布政司的州称直隶州，隶属于府的称散州或属州。軍事區劃有衛、所兩级，但部分位于少数民族聚居区或边疆军屯区的卫所具有类似内地州县的行政职能，行政上分别相当于府与县。明代宗、明英宗時設有中央派出管理行政的巡撫與管理軍事的總督，地位在布政司與都司之上。為限制巡撫與總督的權力，又設有都御史制衡之。明朝最後有140府，193州，1138縣，493衛，359所。
承宣布政使司（布政司）主管地方行政，地位等同元朝的行中書省。明太祖原沿襲行中書省的稱呼，1376年時改為布政使司，通稱行省。明初設有十三個布政司與京師（非城市，地位等同布政司，轄現今江蘇與安徽兩省）。1380年胡惟庸案後撤廢中書省，京師及布政司直屬於六部之下。明成祖時期，於1407年到1428年間在原安南地区設置交阯布政司。於1413年設貴州布政司。為遷都北京，1403年將北平布政司升格為行在，1421年遷都北京後稱為京師（北直隸），原京師改稱南京（南直隸），形成「兩京十三省」的行政區劃。两京為明朝首都北京與南京的正式稱呼順天府與應天府，其与其周边州府分别合称北直隶与南直隶，不设布政司，十三布政司为陝西、山西、山東、河南、浙江、江西、湖广、四川、廣東、福建、廣西、貴州、雲南。明朝行政區劃設置大體符合山川形便之處，但仍有一些不合理之處，如南直隸地跨淮北、淮南、江南三個地區，语言文化上属于太湖吴越区的苏松地区归入南直而非传统上的浙江，秦岭以南的汉中等地归入陕西而非传统上的四川，河南也佔據局部的黃河以北土地。貴州省呈現中間窄兩邊寬的蝴蝶狀。
都指挥使司（都司）主管地方軍事，明太祖採用衛所制，於1370年於各省設置一都衛，1375年才設置都司管理。都司原隸屬大都督府，於胡惟庸案後析大都督府為五，分統諸軍司衛所。明朝一共設置十六個都司、五個行都司與兩個留守司。其中十三個是與布政使司同名的的都司，其他三個是萬全都司、大寧都司和遼東都司。五行都司是陝西（治甘州衛，今張掖）、四川（治建昌衛，今西昌）、湖廣（治鄖陽衛，今湖北鄖縣）、福建（治建寧府，今建甌市）、山西（治大同府）。兩留守司是洪武年間設置的中都留守司（今鳳陽）和嘉靖年間置於承天府（今湖北鍾祥）的興都留守司。屬羈縻性質的都司中，最有名的有統轄黑龍江和松花江流域、庫頁島的北半部的奴兒干都司，在政教合一的青藏地區設置有烏斯藏、朵甘二都司（但这是否代表當時的西藏受到了明朝的统治存在较大的争议，請參詳明朝治藏歷史），另有置於今甘肅、青海交界地區的哈密、曲先等衛。這些具羈縻性質的行政區劃與內地的都司、行都司性質不同。
巡撫主理民政，原本是明宣宗時期派六部、都察院大臣以此為名義督撫地方行政，通常为三品侍郎级，但四品的佥都御史亦可担任。到明代宗時正式形成一級行政區。總督於明英宗時設置，分短期與長期兩種，管轄數個布政司的軍務。通常辖有一至二个省，由二品尚书级官员担任。而巡撫與布政司的轄屬關係不一，有的巡撫轄有有一個到兩個布政司，如正統年間的山西河南巡撫。有的是一個布政司上面有數個巡撫，如北直隸有順天巡撫（駐遵化）、保定巡撫（駐真定，今河北正定）、宣府巡撫（駐宣府鎮，今河北宣化，一度兼領山西大同府）三巡撫；南直隸有兩巡撫：應天巡撫（駐蘇州府，今江蘇蘇州）、鳳陽巡撫（駐淮安府，今江蘇淮安市淮安區）。有的巡撫管轄布政司與布政司之間的交界處，如南贛韶汀巡撫就跨越江西、廣東、福建三個布政司。督师于明末时设立，职位在总督之上，是明代最大的地方官，但并不是正式职位，而是一个称呼，如卢象升曾总理陕、川、等七省军务，便可称督师七省。它是明末为应对农民军的非常措施，存在时间并不长。
明初武功强盛，多次對北元和隨後的韃靼和瓦剌作戰，並在與漠南一帶設置四十餘個衛所防衛，包括東勝衛、雲川衛、官山衛、全寧衛、老哈河衛等，這些都是明廷的邊防重地。其走向大致為陰山-大青山南麓-西拉木倫河一線。15世紀30年代後，由於天氣轉寒，農耕不濟，靖難之役時邊塞軍隊被燕王抽調。因此期間邊境略有南移。在明成祖永樂年間，明軍多次北伐，邊境形勢一度改觀。但在明中葉以後，隨著蒙古的再次崛起，邊境再次南移。並修建長城以防禦蒙古，在長城沿線設置九邊重鎮加強防禦。長城也成為明中後期的北邊，同時也是農耕區與遊牧區的界線。
明太祖設置遼東都司以經營遼東。並多次進軍黑龍江流域，招撫當地土著部落，明廷勢力一度達到外興安嶺與黑龍江口。明成祖永樂七年（1409年）於黑龍江地區設置奴兒干都司，然此都司並非常設機構，與東北130多個羁縻卫所不相轄屬，甚至庫頁島的北半部，明宣宗宣德九年（1434年）廢棄之，撤回在奴儿干的流官驻军，不过之后女真仍奉明朝为主，原設於此處的各衛所及遼東都司仍然存在，至万历年间卫所增加至384个，以對當地實行羈縻統治。明英宗正統年間後，韃靼兀良哈與建州女真部南遷，並不斷侵犯遼東都司。明憲宗成化五年（1469年），明廷修建遼東邊牆。16世紀末開始，建州女真酋長努爾哈赤開始興起，統一女真部，明廷設置的衛所逐漸消亡。明神宗萬曆四十四年（1616年）努爾哈赤稱汗，建國後金。明神宗萬曆四十七年（1619年）薩爾滸之戰後，後金軍隊破遼東邊牆，佔領遼東都司大部土地，明朝控制区一度仅至山海关，后在孙承宗、袁崇焕等将领的抗击下，收复锦州以西地区。。
明成祖永乐年間，西北疆界達到今新疆東部哈密地區，並設置沙州、安定、阿端、曲先、赤斤蒙古、罕东左一系列衛所。15世紀30年代之後，西北吐魯番與青海蒙古部日益強大。1472年，哈密衛城一度被吐魯番攻破，衛內遷，後復，1514年再度被並。16世紀後半期後，西北諸衛全部喪失，明軍退守嘉峪關。
明朝在1381年才將云贵地區完全劃入疆域，並設置一系列土司、宣慰司管轄之，除正式府州外另设有三宣六慰，永乐年间増设底兀刺、大古刺、底马撒三个宣慰司。邊界達到緬甸中北部、老撾北部、泰國北部一線。但後期這些地區多被周邊國家所並。
明成祖永樂四年（1406年）明軍進攻安南，南線達到日南州一帶。次年設置安南布政使司，下設十五府、卅六州、兩百餘縣。後因當地人民反抗激烈，明廷於明宣宗宣德二年（1427年）放棄，安南恢復黎氏王朝。
明初吐蕃宣慰使何锁南普等率吐蕃诸部归降，后明廷在青藏高原地区设乌思藏、朵甘卫指挥使司，采取广行招谕、多封众建、因俗以治的治藏政策。在完成藏区的统一后，明太祖要求藏民输马作赋、承担徭役，或蒸造乌茶、输纳租米，强调“民之有庸，土之有赋，必不可少”。永乐五年（1407年），明成祖派遣刘昭、何铭等人前往藏区设置驿站，永乐十二年（1414年），又遣中官杨三宝往藏区招谕各土官恢复驿站，经多年努力终使往来西番的驿道安全畅通。万历以后，明朝对边疆控制日益松弛，蒙古人攻占了整个青海草原，朵甘都司遂废弃。
明朝前期，设澎湖巡检司管理澎湖列岛。
1553年葡萄牙人獲得在澳門停泊船隻權，1557年取得居留權，在清光緒十三年（1887年）中葡签署《中葡和好通商条约》前，中国法律上一直拥有澳门主权。
1624年荷兰人进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙人进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，攻占台湾。
明成祖永乐年间，积极开展对外联系，特别是派遣郑和七下西洋，并积极对南海诸岛进行勘察和经营。多次往返南海诸岛的航行中而次次必登、必书南海诸岛。《郑和航海图》以“石塘”、“石星石塘”、“万生石塘屿”为今之西沙、东沙、中沙和南沙群岛之名。
永乐四年（1406年），郑和船队剿灭盘踞在旧港（今印尼巴邻旁）的海盗陈祖义，在其地设立旧港宣慰司，首任宣慰使施进卿即由郑和亲自前往册封。旧港宣慰司是为明朝最南方疆土，以控制南洋核心要冲地带，也确保了明朝在南洋的权威，令海外贸易大兴，还开启了华人大规模开发南洋的时代。
明朝时期各少数民族政权得到了迅猛发展，民族关系形势也非常复杂。明前期，退居漠北的北元政权伺机南下扰明，企图东山再起，成为明朝的心腹大害；明中晚期，白山黑水的女真族在首领努尔哈赤的带领下，建立后金政权，并最终取代明政权。
明初武功实力最强，具开拓进取精神。在“大一统”思想的指引下，明朝以实力为后盾，注意使用军事打击和政治招抚相结合的策略，积极经略周围边疆地区，对后期民族关系思想的形成产生了重大的影响。同时，儒家知识分子刘基的夷夏观在华夷易代之际也表现出开明与宽容的特色。后来仁宣之治时在民族关系上做出来调整，南北一同放弃大规模军事征伐，采取“顺则抚之，逆则御之”的守成求安思想。
土木之变后明朝对周边少数民族也由进攻态势全面转向防御，形成了“守备”为主的民族关系思想。随着西南地区麓川土司势力大增，大臣门对于是“剿”与“抚”展开争论。到了孝宗期间，面对国计日艰、边防日蹙，和北方的蒙古、女真等民族关系更加复杂的情况，明孝宗想在民族关系处理上想有番作为，让边臣献策，比如马文升的“抚安东夷”、“收复哈密”，杨一清的“关中奏议”，王鳌的“上议边八事”以及丘浚的“严武备”、“驭夷狄”等；另外随着明朝国力的衰微以及土鲁番势力的强大，哈密卫的“弃”与“守”成为当朝大臣讨论争锋的焦点。世宗和穆宗统治时期边患增多，北虜南倭使明朝疲于应付，特别是面对套寇屡屡犯边，边疆祸事不断，曾铣等有识之士就收复河套问题多次上疏。穆宗在位期间实现了明蒙之间具有里程碑意义的隆庆和议，结束了蒙古各部与中原王朝近二百年兵戈交战的局面。
神宗在位时爆发了万历三大征，虽然取得胜利，但是耗费了明朝人力物力财力，使国家日趋衰败。内阁首辅张居正启用大将李成梁和戚继光，在辽东和蓟镇取得大捷。天启至崇祯时明朝已衰落到不可收拾的地步，东北女真建立后金政权，不断扰明。因此，朝廷任用辽东总兵熊廷弼、袁崇焕等人和女真对抗。同时在明清易代之际，明末思想家王夫之表现出特有的悲壮情怀和对华夷问题的反思，成为近代民族主义思想的滥觞。
明朝承袭传统的华夷之辨民族思想，尊崇汉族，鄙视少数民族，并进一步强化。而明朝民族关系思想基本上是对传统儒家民族观“大一统”和“华夷之辨”思想的继承和发展，同时又受到蒙元政权的影响，表现出“华夷一家”与“华夷之防”思想的矛盾与统一。但是消极、保守的边疆政策不仅影响了民族关系的发展，对于一个整体的统一多民族国家的形成、发展，具有重大影响。
学术界一般认为明朝是回族最终形成的时期。元朝灭亡后，不断有归附明朝政府的回人，明初政府曾禁止蒙古、色目人更易姓氏，限制回族内部通婚，後來明廷支持對回民的漢化政策，讓回民改易漢姓。朱元璋“御制至圣百字赞”以及明皇室关于修建清真寺和保护清真寺宗教职业人员的谕旨，在一定程度上肯定了回族的宗教生活。明代學者陸容說：「回教門異於中國者，不供佛，不祭神，不拜屍。所尊敬者惟一天字。最敬孔聖人。故其言云：僧言佛子在西空，道說蓬萊往東海，唯有孔門真實事，眼前無日不春風。見中國人修齋記醮，則笑之。」大约经历了200多年，在伊斯兰教影响下，以回回人为主体，融合了国内汉、维、蒙等多种民族成分逐渐形成为新的民族共同体。在明末农民起义中，陕北和甘肃东部的回民在马守应的率领下，成为当时张献忠、李自成軍隊的主力之一。明末清初时期，米剌印、丁国栋在「反清复明」的口号下，率领了持续两年的甘州起义。到了清代，回族社会政治地位降到了历史上的最低点。
明朝邊境上最大的兩個威脅明朝安全的部族是蒙古和女真，時人稱其為東虜和西虜。在明朝初年武功強盛時，一度將蒙古驅至漠北，蒙古也因內亂分裂成韃靼、瓦剌等部而無力南侵。之後伴隨明朝的衰落，蒙古諸部中最有實力者稱霸於族內後，也多次進攻明朝，諸如瓦剌發起的土木之變和土默特部發起的庚戌之變，明朝的疆界因此內縮，也大大消耗明朝的國力。俺答汗後期開始於明朝通好，受封為順義王，其後的三娘子繼承和平的政策。明蒙之間邊境安寧和平，互通有無。這種情況直到後金控制蒙古後才告結束。明朝早期曾經設置奴兒干都司來管理東北諸部，這一階段女真人作為明朝於東北地區排除北元殘餘勢力的盟友，雙方關係處於蜜月期，但中後期明朝採取「犁庭掃穴」等一些列不適當政策，對女真人進行歧視、限制、挑撥、分化甚至屠戮，激化當地矛盾。隨著東北的蒙古部和女真部日益強大，奴兒干都司被廢，明朝在東北的控制力更是進一步下降。17世紀後，建州女真首領努爾哈赤統一女真各部，降服蒙古，於1616年建國後金，與明朝分庭抗禮。後金佔領遼東大部土地，曾對當地的漢人進行屠殺，並有入主中原的野心，嚴重威脅明朝的安全。1636年改國號大清，建立清朝，最終於1644年明朝滅亡後接替明朝統治中國276年的歷史。
吉里迷，是明代对库页岛的北半部上土著居民的称呼。在羁縻卫所，吉里迷（是尼夫赫人）的囊哈兒衛，鄂罗克人的兀列河衛和波羅河衛。永乐九年（1411年），明朝在黑龙江下游东岸特林设奴儿干都司，管理清代东三省。《重建永宁寺碑记》载：明钦差亦失哈等多次巡视奴儿干地方，曾对海外的库页岛的北半部。他们表示，“世世臣服，永无异意”。清代亦曾在此设姓长以统之。
中國學者對於明朝對藏政策的主流見解是「因俗以治」、「多封眾建」、「羈縻懷柔」。明朝对西南藏族地区的治理基本承袭元朝统治管理的办法。对西藏地区推行“多封众建”的政策，先后分封三大法王和五大地方之王。同时，通过朝贡和回赐，互通有无，体现西藏与中央政治上的隶属关系。明以来，藏族地区社会安定，经济发展迅速，文化艺术繁荣，与中國内地的交往更趋广泛和密切。美國漢學家認為，永樂帝是第一名積極尋求擴大與西藏關係的明朝統治者。
明朝时期傣族被称为“百夷”，而且经营百夷地区主要通过土司制度，明朝还制定了其他政策、采取了其他措施加强明朝对百夷的统治。百夷地处西南边疆地区，因此，明朝经营百夷的政策与明朝的西南边疆的形势发展息息相关。但由于明朝统治者的短视与误判，以“析解麓川地”的错误政策经略这一地区，最终导致明末缅甸東吁王朝对中缅边界中方一侧领土的侵扰和“蚕食”，造成明朝西南边界大幅内缩。
明朝初年，實施朝貢體制，朝貢貿易薄來厚往，許多日本人冒充朝貢使者來賺取好處。日本實際上是處於割據狀態，沒有統一的中央政權，很多到中國來冒充朝貢使者的日本人沒有日本政府的管轄，朝貢後他們滯留在中國沿海搶劫。這是明初的倭寇。為防止倭寇朱元璋就頒布海禁政策。從此之後，如果要來中國做生意，必需朝貢兼貿易，否則不予，這就是所謂的「朝貢貿易」，兼具有懷柔拉攏周圍國家的用途。明朝嚴格的貿易管制政策的影響導致正常貿易地下化，轉為走私貿易。貿易港集中地由廣東、福建轉往已成為殖民地的菲律賓、印尼。而海上的維持秩序角色由於中國官方的消失而導致海盜集團猖獗。由於海上貿易仍在暗處進行，美洲銀器又大量流入中國，銀開始成為流行的通貨。
明初鉴于倭寇的猖獗，明初曾实施海禁政策，永樂年間，明成祖派遣航海家三寶太監鄭和率遠洋船隊七下西洋，最遠到達非洲東海岸，又派遣吏部驗封司員外郎陳子魯出使撒馬兒罕、吐魯番、火州等西域十八國，加強明王朝同世界各國的經濟政治上的往來，為中國走向世界做出貢獻，體現永樂王朝的鼎盛和開放，也能表现出明朝海洋政策具有外向型海权意识。後来明仁宗聽從朝中一些大臣的意見，認為下西洋過於浪費，收效不大，宣佈停止下西洋的活動。不到一年，仁宗病逝，宣宗朱瞻基繼位，改年號宣德。宣德五年閏十二月初六（1431年1月19日），派鄭和第七次也是最後一次下西洋。明憲宗年間，曾有太監向憲宗提議再次下西洋，於是皇帝下詔到兵部索要鄭和出使的海圖等資料。但由於劉大夏等官員認為下西洋為一大弊政，有害無益，因此將當年鄭和出海地圖等資料藏匿起來（一說銷毀），兵部尚書項忠命吏入庫搜索無果，再次下西洋一事於是作罷。
而相当长时段内领先于世界的明朝海军，随着保守海洋政策的施行，海军实力迅速衰落。自唐宋以來中國的大航海事業，在明代出現衰退。儘管也有“鄭和下西洋”的驚世盛舉，但總的來說，海外貿易在整個明代的經濟體系中所佔比重不大。明代海禁約持續了兩百年的時間，其結果是關閉了民間對外貿易的通道。私人下海販易被視為違法，海外商船來華貿易也受到嚴格的控制。朝貢貿易則是唯一留下的貿易孔道，由官方壟斷專營海外貿易，並與朝貢制度嚴密掛鉤，從而形成朝貢與貿易合二為一的「貢市一體化」格局。明代學者王圻在《續文獻通考》中記述：「凡外夷貢者，我朝皆設市舶司以領之⋯⋯其來也，許帶方物，官設牙行與民貿易，謂之互市。是有貢舶即有互市，非入貢即不許其互市明矣。」日本學者內田直作認為：「明代之朝貢貿易，不論從貿易政策上或財政政策上講，都沒有重大的價值，只是舉揚所謂朝貢禮的服從關係而已。」由於朝貢貿易無視經濟法則，幾乎全靠國力的強盛來維持，因此在明初明太祖和明成祖之後，由於國力漸衰以及時勢發生變化，朝貢貿易也走向衰落，代之而起的是走私貿易。
後來倭寇橫行，明朝加大海禁的力度，直到明穆宗隆慶元年（1567年）之後，倭寇逐漸平息，朝廷有鑒於對外貿易對沿海居民的重要性，才逐步有限度地對外開放，並開放福建月港為中國商民出洋貿易的唯一口岸，允許民間商船出洋遠販東南亞各地，惟日本不在通商範圍之內，去日貿易仍被視為「通倭」之舉，史称「隆庆开关」。
唐朝以来秉持着中华正统史观的朝鲜一直都是以“藩国”自居，尊中原王朝为宗主国，但在历代王朝中，朝鲜最为心悦诚服的却是明朝。1392年，高丽王朝大将李成桂发动政变，建立了李氏朝鮮。上书朱元璋要求赐予“国号”，朱元璋认为“朝鲜”是古名，而且“朝日鲜明”出处文雅，因此裁定朝鲜为新国名。朝中关系进入了近三百年的相对稳定时期。明亡之后，朝鲜君臣无不思念明朝，最后修建了大报坛来纪念明朝皇帝，尽管此时朝鲜官方文书的纪年在明亡后早已采用清朝的年号，无论是私人文书，还是皇室的祭祀中，私下里一概都是延用明朝纪年，以至于出现了“崇祯两百多年”事情。
清朝基本上不干涉朝鮮的尊明之舉，朝鮮對明朝的崇拜不僅沒有影響到對清朝的忠誠，反而讓清朝感到朝鮮是一个知恩圖報、講情重義的國度。康熙帝曾說：「觀朝鮮国王，凡事极其敬慎，其国人亦皆感戴。」倭寇對明朝的海疆構成嚴重威脅。但是倭寇的主要構成並非日本人，而是中國沿海一帶的破產流民。期間雖有朱紈和張經的抗倭，但最後都未能取得完全的成功。為防止倭寇的侵擾，世宗時期實行海禁，斷絕對日貿易。直到戚繼光等名將力行抗倭，倭寇才被剿清，海疆形勢才趨於平靜。豐臣秀吉統一日本後，意欲佔領朝鮮。萬曆廿年，日本進攻朝鮮，朝鮮國王逃到義州並派使節向明朝求救。明朝一度取得戰爭的勝利。中日一度進行和談。但萬曆廿五年後，日本再次進攻朝鮮，戰爭進入僵局狀態。萬曆廿六年，豐臣秀吉逝世，日本軍心動搖，結果撤軍。此即為壬辰衛國戰爭。這次戰爭嚴重削弱明朝與朝鮮兩國，明朝在張居正期間積蓄的國力大量被消耗，日本復又陷入分裂，女真部落成為相對的得益者。苦兀或称苦夷，是明代对库页岛的南半部上土著居民的称呼。《敕修奴儿干永宁寺碑记》、载：明代奴儿干地方，曾对“海外苦夷诸民，赐男妇以衣服、器用，给以谷米，宴以酒食”。有人认为，“海外苦夷”（库页人）是指库页岛的南半部上的阿伊努人。
明廷於明宣宗宣德二年（1427年）放棄，安南恢復黎氏王朝的大越。1377年，朱元璋册封阿瑜陀耶国王为“暹罗国王”，“暹罗”这一名称正式固定下来，称为中文语境下对泰国的称呼。有明一代，阿瑜陀耶遣使臣访问中国达112次，而中国也派使臣访问阿瑜陀耶19次。歐洲進入大航海時代後，葡萄牙人持續開拓前往印度、中國的航路，1511年葡萄牙佔領馬六甲（約今馬來亞地區）後，就意圖在中國建立貿易據點。明武宗正德七年（1513年），葡萄牙國王曼努埃爾一世為想要與明廷通商，派出使節團前往中國。使節團本來想在廣州登陸，但被拒絕入境。他們改以武力佔據屯門，與明朝爆發屯門海戰、西草灣之戰，結果葡萄牙戰敗。最後明世宗同意葡方入境，並且讓葡萄牙人在澳門開設洋行，修建洋房，允許他們每年來廣州「越冬」，這是西方列強第一次正式性的登陸中國。其後西班牙、荷蘭、英國等歐洲國家相繼派使團東來，使得不少西洋事物傳入中國。
明神宗萬曆十年（1582年），利瑪竇奉命前往中國教區工作。利瑪竇很快學會中文，並穿儒服、通儒書，頗得明朝士大夫好感。後來他被舉薦到北京，頗得明神宗信任。他向中國進獻坤輿萬國全圖、自鳴鐘、日晷、西洋大炮、望遠鏡、火槍、西藥、聖母瑪莉亞像、十字架等貢品，先後在北京、肇慶等地展出。利瑪竇不僅傳播天主教，還啟發徐光啟、李之藻等人學習西學。另外他還將中國各種文化傳入歐洲，如儒家思想、佛道學說、圍棋等，可謂「貫通中西第一人」。另外，在明末時期有不少明朝軍隊曾裝備火器，尤其是西洋大炮。