國民政府軍事委員會
國民政府軍事委員會為中國國民黨主導之中華民國國民政府最高軍事機關。1925年7月1日，廣州國民政府正式成立時就設立軍事委員會，其職權是在中國國民黨指導、監督下，管理、統率國民政府所轄境內陸軍、海軍、航空隊及一切關於軍事之各機關。國民革命軍北伐開始後，又設國民革命軍總司令部，蔣中正任總司令，規定軍事委員會內各機關改隸總司令部。軍事委員會專責以軍事武力統一中國。
1928年6月，北伐完成，統一中國，國民政府遷至南京；同年11月10日，軍事委員會職務權責移交國民政府軍政部、參謀本部、軍事參議院等單位後正式結束。1932年，一二八事變爆發，為了與侵華日軍對抗，國民政府恢復設立軍事委員會。隨後，軍事委員會歷經第一次國共內戰及中日戰爭，直到1946年5月裁撤。
軍事委員會雖隸屬國民政府，不過在中華民國軍政、訓政、第二次世界大戰期間，不論是重要性或職責上都凌駕於其他政府組織。另外，該委員會雖於名義上採合議制，是一種軍事委員會制。但是實際上委員長統馭會務，享有極高軍事、行政、立法、甚至司法之決策權，是一種軍事集權政府。
事實上，自1932年開始，軍事委員會委員長蔣中正，一般是以此職務統治全中國。 因此，不但絕大部分的中國人習慣稱呼蔣中正為蔣委員長；西方人，特別是美國人和歐洲人，也習慣稱呼蔣中正為Gimo，指其特級上將背景（Generalissimo - 大元帥）之英文簡稱。
1917年7月，前中華民國臨時大總統孫中山於廣州成立軍政府，並研擬以武力消滅軍閥、統一中國。而中華民國軍政府轄下，設有諮詢功能的軍事委員。該委員會始設時，軍政府軍事委員名額為64名。隔年，孫中山再依其基礎，於軍政府轄下設置採合議制的軍事委員會，將軍事委員縮減為26名，並以李烈鈞爲委員長；不過此兩階段委員會，在以滇、桂、贛、粵等地方割據軍閥力量為主的軍政府組織下，委員會並無任何實權。
1924年7月，在歷經粵軍叛變及一連串軍事整合失敗後，孫中山將軍事力量寄望中國國民黨創立興起的黃埔軍校。軍事委員會改組，正式作爲中國國民黨中央執行委員會屬下最高軍事決策機關，負責東征北伐事宜。而由中央政治會議委派的軍事委員分別是許崇智、楊希閔、劉震寰、譚延闓、樊鍾秀、胡漢民、廖仲愷、蔣介石與伍朝樞等9人，除此還委由蘇俄軍官高和羅夫爲顧問。形式上，已有以軍領政的雛形。1924年11月，該委員會改組，再將權力擴大，並由汪精衛、許崇智、廖仲愷、胡漢民、譚延闓、蔣中正、加倫及伍朝樞擔任，採行合議制的集體領導方式。
1925年，孫中山應馮玉祥邀請北上商討國是，不料肝癌發作，於3月12日病逝於北京。為了統一全國，中國國民黨中央执行委员会政治委員會決議籌組國民政府，於7月1日在廣州正式成立，採取合議委員制，以汪精衛為主席。1925年7月3日中國國民黨中央执行委员会政治委員會設置以武力統一中國為主要任務之國民政府軍事委員會，指派汪精衛、蔣介石、譚延闓、胡汉民、许崇智、廖仲恺、朱培德、伍朝枢等八人為军事委员会委員。 以汪精衛、蔣介石、譚延闓為常務委員，汪精衛為兼任軍事委員會主席。后又增加程潜、李济深、李福林、古应芬、李宗仁、黄绍竑、陈公博、冯玉祥等为委员。1925年7月5日公布的《中华民国政府军事委员会组织法》规定，军事委员会受“中国国民党之指导及监督管理”，统率国民政府辖境内的陆海军、航空队和一切關於軍事各機關，並擁有軍事動員、國防政策、軍制改革、軍官任免、移防、預算、決算等有關事項。除此，該委員會其編制與領導方式則沿用中國國民黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方爲有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。军事委员会由国民党中央执行委员会选任的委员若干人组成，并从委员中推定一人为主席。並取消各地方部隊名稱，統一稱作國民革命軍，計畫北伐。军事委员会辖有政治训练部（主任陈公博）、参谋团（主任罗加觉夫、副主任为湘军总司令部参谋长岳森）、海军局（局长斯米诺夫）、航空局（局长李糜）、军需局（局长关道）、秘书厅（厅长朱和中）和兵工厂（厂长邓士章）等机构。参谋团下设总务厅（主任黄实）、军务厅（主任冯祝万）、步兵监（冯宝森）、炮兵监（邓演成）、工兵监（陈输誉）、交通监（特拉特脱治）、军医监（朱奉藻）。
1925年8月20日廖仲恺遇刺，胡汉民受牵连出洋，许崇智受牵连赴沪，由谭延闿署理国民政府军事部长。9月20日，军需局局长关道被免职，范其务接任。
1926年2月28日，蒋介石与汪精卫达成撤换俄籍顾问。3月1日，军事委员会参谋团改为军事委员会参谋部，李济深为部长；成立军事委员会军需部，部长朱培德；军事委员会各机构的俄籍顾问均被辞退，李之龙代理海军局局长，张静愚接任航空局局长。
1926年3月20日“中山舰事件”后，4月9日汪精卫辞职赴法就医。罗加觉夫、季山嘉为首的苏联军事顾问300余人被辞退返苏。4月16日举行的国民党中央执行委员会与国民政府委员会联席会议上，蒋介石成为军事委员会主席，谭延闿为国民政府主席。1926年5月15日国民党二届二中全会上，蒋介石当上中央组织部长、中央军人部长。1926年6月4日，国民党中央执行委员会常务委员会第31次会议决定组织国民革命军总司令部设于军事委员会内，军事委员的政治训练部、参谋局、海军局、航空局、军需局、秘书厅和兵工厂均属于总司令部；军事委员会仅剩下秘书厅，厅长周雍能。1926年6月5日，蒋介石当上总司令。1926年7月1日，军事委员会颁布北伐部队动员令，北伐战争正式开始。1926年7月7日公布《国民革命军总司令部组织大纲》，规定“凡国民政府所属军民财政各部机关，均须受总司令之指挥，秉承其意旨办理各事”，国民政府變成总司令部的后勤机关。1926年7月14日，李济深任国民革命军总参谋长，钮永建为总参议，邓演达为国民革命军总政治部主任。国民革命军总司令部统辖陆海空军实施北伐。
1927年2月21日，国民党中央和国民政府正式在武汉办公。1927年3月10日，中國国民党在武汉召开二届三中全会，全会决定把一切军事大权集中于党，确立军事委员会的集体领导制度，修订《军事委员会组织大纲》，废止《国民革命军总司令部组织条例》，决定在中央执行委员会下重设中國國民黨中央軍事委員會作为国民政府最高军事行政机关；军事委员会不设主席，由主席团执行中央执行委员会关于军事之决议及军事委员会之决议，并处理日常事务；国民革命军总司令只是军事委员会的委员之一，由军事委员会提名，中央执行委员会任免；高级军官任免和军队动员出征，必须由军事委员会决议，经中央执行委员会通过，交总司令部执行；总政治部不属于总司令部，而是直属于军事委员会；所属军校由校长负责制改为委员会制，确立在中央执行委员会领导之下；中央执行委员会下属的中央军人部裁撤；全会推举出汪精卫、蒋介石、李宗仁、朱培德、李济深、程潜、谭延闿、冯玉祥、张发奎、何应钦、孙科、邓演达、顾孟余、宋子文、徐谦、唐生智等16位军事委员会委员（后增加鲁涤平、于右任、陈公博），以汪精卫、谭延闿、蔣中正、唐生智、程潜、邓演达、徐谦7人组成军事委员会主席团，下辖总政治部（主任邓演达/七一五分共后陈公博接任）、秘书处（处长林伯渠）、参谋处（处长龚浩）、陆军处（处长刘骥）、海军处、航空处（处长孙科）、经理处（代处长谢晋）、审计处、军工制造处、军事学校及教育机关管理处、军事裁判所（所长徐谦）。4月5日，武汉国民政府决定北伐奉系张作霖，任命：
1927年4月18日，南京國民政府成立，蒋介石即以国民革命军总司令名义发表箇电，宣布軍事委員會從廣州遷往南京辦公，即日起开始办公。。1927年7月12日公布的《军事委员会组织大纲》规定：军事委员会为军事最高机关，负全国陆海空军编制、统御、教育、经理、卫生及充实国防之责；军事委员会委员由国民党中央执行委员会选任，委员互选5人至7人为常委，常委互选1人为主席；执行决议、发布命令时，由常务委员全体署名。军事委员会下设军务厅、总务厅、参谋厅、军事教育厅、海军处、航空处、经理处、政治训练处等直属机构；但在蒋介石下野前，军事委员会工作机构未来得及建立。南京国民政府任命胡汉民、冯玉祥、阎锡山、李烈钧、蒋中正、杨树庄、李济深、何应钦、李宗仁、温寿泉、李鸣钟、李福林、朱培德、王天培、白崇禧、朱绍良、陈铭枢、赖世璜、曹万顺、周凤岐、陈调元、柏文蔚、王普、贺耀祖、叶开鑫、杨森、刘湘、赖心辉、刘成勋、邓锡侯、田颂尧、刘文辉、周西成、胡若愚、陈可钰、黄绍竑、钮永建、商震、鹿钟麟、向传义、张之江、陈绍宽、陈季良、李景曦、陈仪、樊钟秀等46人为军事委员会委员。后增加陈训冰、蒋作宾、方声涛、何成濬、孙岳、方本仁为军事委员会委员。7月下旬，军事委员会退胡汉民、何应钦、李鸣钟、阎锡山、杨树庄、李宗仁、李济深为军事委员会常务委员。
1927年8月16日，蒋介石通电下野。9月17日召开宁沪汉三方组成的国民党中央特别委员会第二次会议，推选白崇禧、何应钦、朱培德、李宗仁、李济深、汪兆铭、胡汉民、唐生智、程潜、冯玉祥、蒋中正、杨树庄、阎锡山、谭延闿等14人组成军事委员会主席团，于右任、方振武、方声涛、王普、王钧、石青阳、白崇禧、田颂尧、朱培德、李烈钧、李宗仁、李济深、李鸣钟、李福林、李品仙、李景曦、何应钦、何成濬、何键、汪兆铭、周西成、周凤岐、岳维峻、金汉鼎、胡汉民、胡若愚、胡宗铎、柏文蔚、唐生智、孙科、孙岳、陈铭枢、陈绍宽、陈调元、陈季良、陈可钰、陈嘉佑、陈训冰、夏威、曹万顺、张发奎、张之江、商震、鹿钟麟、贺耀祖、许崇智、黄绍竑、程潜、温寿泉、冯玉祥、钮永建、杨树庄、杨杰、杨森、杨虎城、叶开鑫、邓锡侯、樊钟秀、刘湘、刘兴、刘郁芬、刘文辉、蒋中正、赖心辉、鲁涤平、阎锡山、谭延闿等67人为军事委员会委员，后增加刘峙、钱大钧、顾祝同、黄琪翔、李朗如、徐永昌、刘骥、傅作义为委员。修订的《军事委员会组织大纲》把主席制改为主席团制。之後，軍委會主席一度由胡漢民擔任。9月20日新的国民政府委员和军事委员会委员同时在南京小营举行就职典礼。军事委员会内设工作机构：
1928年1月4日蔣中正恢復總司令職後，胡漢民即辭去軍委會主席一職。1928年2月4日，在南京召开国民党二届四中全会，通過《国民政府军事委员会组织大纲》与《国民革命军总司令部组织大纲》，规定「軍事委員會隸屬國民政府，爲國民政府軍政最高機關，凡屬國民革命軍之陸海空軍，均歸其節制指揮」。也就是說，此時軍事委員會主席兼總司令成為中國的國家實際領導者，軍事強人蔣介石隨後當選該職務。“总司令是国民政府为战时军令之统一而特任的，凡属国民革命军之陆海空军，均归其节制指挥。”“总司令兼军事委员会主席，对中央执行委员会和国民政府负责”。军事委员会下设政治训练部。2月7日，全会推选于右任、白崇禧、李宗仁、李济深、朱培德、程潜、冯玉祥、杨树庄、蒋中正、阎锡山、谭延闿为军事委员会主席团成员，蒋中正为军事委员会主席。2月17日，经二届四中全会决定，国民政府特任于右任、方振武、方声涛、王钧、石青阳、白崇禧、田颂尧、朱培德、朱绍良、宋哲元、李宗仁、李烈钧、李济深、李鸣钟、李福林、李品仙、李景曦、何应钦、何成濬、汪兆铭、周西成、岳维峻、金汉鼎、胡汉民、胡宗铎、柏文蔚、柏文蔚、徐永昌、马福祥、孙良诚、孙科、孙岳、陈铭枢、陈绍宽、陈调元、陈季良、陈可钰、陈嘉佑、陈训冰、陈焯、夏威、曹万顺、张群、张之江、商震、鹿钟麟、贺耀祖、黄绍竑、程潜、温寿泉、冯玉祥、钮永建、杨树庄、杨爱源、杨杰、杨虎城、邓锡侯、邓宝珊、樊钟秀、熊斌、钱大钧、卢师谛、刘湘、刘骥、刘峙、刘郁芬、刘文辉、蒋中正、蒋作宾、赖心辉、鲁涤平、龙云、阎锡山、顾祝同、谭延闿等73人为军事委员会委员，后增加卫定一、孔繁爵、方本仁、方鼎英、丰玉玺、井岳秀、石友三、孙楚、孙连仲、任应岐、刘汝明、刘镇华、伊德钦、朱绶光、李虎臣、张维玺、张荫梧、赵守钰、黄国梁、高桂滋、曹浩森、谭庆林、韩复榘、夏斗寅、门致中、马麒、马鸿逵、马鸿宾、石敬亭、李景林、缪培南、周玳、南桂馨、郭宗汾、傅存怀、刘兴、叶琪、李燊、李品仙、何健、周烂、陶钧、廖磊、魏益三等为委员。
1928年3月，军事委员会主席团改称军事委员会常务委员会，军事委员会主席团办公厅改称军事委员会常务委员会办公厅。3月13日，主任马晓军调职，由杨杰/朱绍良代/贺国光代依次继任；军政厅长严重调职，朱绍良/张治中接任；交通处长李范一免职，邱炜/华振麟继任；审计处长黄经明免职，刘文藻接任。1928年6月军械处长陶树模免职，黄公柱接任。
1928年6月，因戰況順利，國民革命軍進佔北京，中華民國國民政府獲得國際承認。8月，中國国民党第二届第五次中央全会通过《整理军事案》， 撤销军事委员会及国民革命军总司令，改组为军政部、参谋本部、训练总监部及军事参议院。
1928年10月8日，國民政府公布《國民政府組織法》，其第一章第九条规定：“国民政府主席兼中华民国陆海空军总司令”。同日，国民党中央执行委员会常务委员会第173次会议选举蒋介石为国民政府主席。10月10日，蔣就任南京國民政府主席，兼任陸海空軍總司令，統轄全國武裝部隊。1928年11月7日，國民政府發佈命令：“軍事委員會著即裁撤，所有该管一切事宜限11月10日以前結束，分別移交行政院軍政部、行政院海军部、国民政府參謀部、国民政府訓練總監部、国民政府軍事參議院办理”。自始進入訓政時期。1929年3月15日，蒋介石通电于本日撤销国民革命军总司令部及第一集团军总司令部。不過事實上，軍委會權力移轉至蔣介石身上。
1931年11月30日，“陆海空军总司令部撤销，所掌事务移归参谋本部、军政部、训练总监部分别办理”。1931年12月15日，国民党中央常务委员会临时会议决议，准蔣介石辭去國民政府主席一職，第二次下野。
1932年1月28日，一二八事變爆發。1932年1月29日，中國國民黨召開臨時中央政治會議，決議重設軍事委員會，設委員7人至9人，並以參謀總長、軍政部長訓練總監、軍事參議院長、海軍部長為當然委員。2月6日军事委员会成立。臨時中央政治委员会會議通过《军事委员会暂行组织大纲》，于3月11日公布，复设军事委员会，直隶于国民政府。其任务为统率国防“绥靖”事宜，决定军事章制及军队教育方针，审核军费支配及军实补充，主持军事建设、军队编制以及中将及独立任务少将以上任免的审核。设委员长一人，副委员长二人，委员七人至九人，经国民党中央政治会议选定，由国民政府特任；并以本会各厅主任为当然委员；委员中互推三人至五人为常务委员，行政院院长得出席军事委员会会议。关于军令事项由委员长负责执行；关于其他事项，经会议决定后，交由主管部会办理。军事委员会下设办公厅、审计厅、铨叙厅，各设正副主任一人，分掌会务。此外，并设国防设计委员会。
1932年3月1日在洛阳市召开的国民党四届二中全会。3月5日，中國國民黨四屆二中全會通过通过《關於軍事委員會案》与《国民政府军事委员会暂行组织大纲》，军事委员会直隶于国民政府，作為國民政府軍事最高機關稱。此次重設軍事委員會，“其目的在捍御外侮，整理军事，俟抗日軍事終了，即撤銷之”。軍事委員會负责“国防绥靖之统率事宜”，第一次将国防内容写进军事委员会组织大纲；决定军事章制及军队教育方针，审核军费支配及军实补充，主持军事建设、军队编制以及中将及独立任务少将以上任免的审核。设委员长一人，副委员长二人，委员七人至九人，经国民党中央政治会议选定，由国民政府特任之；并以参谋总长、军政部长、训练总监、海军部长、军事参议院院长及本会各厅主任为当然委员；委员中互推三人至五人为常务委员，行政院院长得出席军事委员会会议。关于军令事项由委员长负责执行；关于其他事项，经会议决定后，交由主管部会办理。3月6日，国民党中央政治会议任命蒋介石为军事委员会委员长。3月7日，蒋介石即将原由国民政府直辖的参谋本部、训练总监部、军事参议院揽归军事委员会辖属。3月8日国民政府明令发表：蔣介石出任軍事委員會委員長，馮玉祥、閻錫山、張學良、李宗仁、陳銘樞、李烈鈞、陳濟棠等任軍事委員會委員。此外，依《国民政府军事委员会暂行组织大纲》规定，行政院长(汪精卫)、参谋总长(蒋介石兼)、军政部长〔何应钦)、训练总监(李济深，1933年12月15日被撤职，由朱培德兼代，1934年12月7日后为唐生智)、海军部长(陈绍宽)、军事参议院院长唐生智(1934年12月7日后为陈调元)为当然委员。軍事委員編制與領導方式沿用黨軍委會之習慣，所有決議，須經出席委員三分之二通過方為有效，並規定，如多數委員不在軍委會所在地時，主席與委員一人有決定處置之權。 军事委员会下设： 1932年7月16日，国民政府公布了国民党四届二中全会通过的《军事委员会组织大纲》，规定军事委员会直属国民政府，与国民政府直隶的参谋本部、训练总监部、军事参议院及行政院所辖军政部、海军部为指导关系。
1933年6月30日特任马占山、苏炳文为軍事委員會委员。1933年9月5日，增任白崇禧为委员。1933年12月15日因陈铭枢参加组织福建人民政府，被褫夺軍事委員會委员职。1935年12月18日，任冯玉祥、阎锡山为副委员长。1936年9月5日，以白崇禧继李宗仁为常务委员。1936年12月12日西安事变发生，蒋介石被张杨扣押，国民党中央常务委员会与中央政治委员会临时会议议决：军事委员会常务委员改为5—7人，加推何应钦、陈诚、程潜、李烈钧、唐生智、朱培德、陈绍宽加入常务委员会；军事委员会会议由副委员长冯玉祥及常务委员负责；指挥与调动军队，由常务委员、军政部部长何应钦负责。后又增加徐永昌、陈调元为常务委员。
1935年行政院禁烟委员会改隶军事委员会，由委员长兼任禁烟总监。
雖說此階段軍事委員會是為了抵抗日軍而設置，不過就事實上，至1937年第二次國共合作之前，該委員會最大任務乃是應對第一階段之國共內戰。为此，军事委员会设立了诸多国民政府军事委员会委员长行营、剿匪总司令部、绥靖公署。  1937年7月7日，盧溝橋事變啟動了全面的中國抗日戰爭。1937年8月11日，國民黨中政會第51次會議決議，設立國防最高會議。國防最高會議爲全國國防最高決定機關，以軍事委員會委員長爲主席。中政会第51次會議还决定军事委员会改组为陆海空军大本营，保举蒋介石为陆海空军大元帅，统帅全国陆海空军；将全国划分为5个战区，组建若干集团军。1937年8月27日，國民黨中常會授權蔣中正組織中華民國之戰時政府，將行政權歸於戰時軍事組織下。1937年9月1日因“中国为自卫而抗战，不采宣战方式”，蒋介石决定仍以军事委员会为抗戰最高统帅部，不另设大本营，原大本营所设各部转隶军事委员会。1937年9月17日，國民黨中常會第52次會議正式決議：“由军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权委员长对于党政统一指挥。”總的來說，從南京、武漢一路遷移，最後駐於重慶市的國民政府軍事委員會實為第二次世界大戰期間，中國的最高軍政統馭機構，而軍事委員長則超越行政院長，成為中國政府首腦。相對地，名義上的中國最高領導人國民政府主席則成為虛位元首。
在此委任下，軍事委員會職權與組織大肆擴張，馴至外界有認為軍事委員會為「第二政府」，成為戰時中國實際政治中心。原直隶于国民政府的参谋本部、训练总监部、军事参议院，均移军委会管辖；行政院所属的军政部、海军部也归军委会兼辖。此外，增设航空委员会，主持空军的事务;原来的国防设计委员会改为资源委员会，专管有关国防资源的调查研究；同时又设政训、防空、军法等处和进行特务活动的军事委员会调查统计局。除了配合首長制將原本合議制的常務委員編制取消外，也設立參謀總長、副參謀總長、秘書長、副秘書長幕僚人員。蔣能在軍務倥傯之際日理萬機，乃是因蔣設置的軍事委員會委員長侍從室在旁襄助之故，侍從室亦為蔣軍事權威建立期間，最為核心的組織。1937年9月军事委员会设六个部，在委员长和参谋总长指挥监督下分掌作战、战略、国防工业、国防经济、国防宣传、民众训练等事项。各部以数字命名，即第一部、第二部至第六部。
1937年11月16日中國國民黨中央常務委員會通过《非常时期党政军机构调整及人员疏散办法》，军事委员会的机构又有所调整：国民党中央党部的组织部、训练部及宣传部暂归军事委员会指挥，并入第六部；第二部撤销，即以其职掌有关总动员的划归国家总动员设计委员会；第五部取消，其职掌划归国民党中央宣传部；国民党中央执行委员会政治委员会停止開會，其職權交國防最高會議代行。
1938年1月17日，改组国民政府与军事委员会，党政军机构分开，国民政府公布《修正军事委员会组织大纲》，取消陆海空军大本营。军事委员会第三部、第四部以及资源委员会、农业调整委员会、工矿调整委员会合并入行政院经济部；海军部暂行撤销，其经管事项并归海军总司令部办理；军事委员会的禁烟委员会总会改隶行政院内政部，军事委员会委员长不再兼禁烟总监；军事委员会的贸易调整委员会、对外易货委员会、禁烟督察处均改隶财政部；军事委员会水陆运输联合办事处改隶交通部;军事委员会不设副委员长，增设参谋总长一人为委员长的幕僚长、副参谋总长二人辅助参谋总长；增设军事委员会政治部。
1939年1月，中國國民黨五届五中全會決議国防会议改组为國防最高委員會，以統一黨政軍之指揮，由中國國民黨總裁蔣中正出任委員長；军事委员会的国家总动员设计委员会改隶国防最高委员会；军事委员会添设战地党政委员会；军事委员会为国防最高委员会的下级机关，但国防最高委员会的主要工作为代行国民党中央政治会议的职权，对于狭义的国防并不甚过问，所以军事委员会的机构仍相当庞大。军事委员会委员长之下，除设参谋总长一人、副参谋总长二人之外，又设军事参议官多名，备委员长的咨询。军事委员会所属机构有：委员长侍从室、办公厅、军令部、军政部、军训部、政治部、航空委员会、军法执行总监部、铨叙厅、军事参议院、兵站总监部(后方勤务部)、战地党政委员会(后撤销)、海军总司令部、抚恤委员会、军事运输统制局(后裁撤)、调查统计局、中央干部训练团。
1941年12月，日軍突襲珍珠港，中國躍為同盟國之一，並與美英等國為作戰夥伴。1942年1月1日，中美英蘇等26國在美國華盛頓簽訂反侵略共同宣言，蔣委員長受推舉為同盟國「中國戰區最高統帥」，指揮中、泰、越等地區的同盟國軍隊作戰。
1941年－1945年的第二次世界大戰期間，雖然蔣中正在中國推行的的軍事委員會戰時政府與西方民主理念有很大差距，但是由於同為同盟國盟友，當時西方世界；尤其美國政府、國會、一般民眾對於蔣中正頗有好感。也因此不但中國民眾普遍尊稱蔣中正為委員長，而說英語的外國人；特別是美國人，自此都稱為蔣中正為「Gimo」。而此稱呼，其實就是大元帅（Generalissimo）的英語簡寫。
1943年9月，林森逝世，修改了《国民政府组织法》，国民政府主席由虚位职务改为负政治责任，蒋介石正式继任国民政府主席。
1945年8月，中日戰爭結束，中華民國獲得最後勝利。1945年8月31日，国民政府颁行《收复东北各省办理办法纲要》，决定在长春设立“东北行营”，综理一切事务。從同年9月25日開始，軍委會逐漸縮編。除了陸續關閉位於天水、桂林、漢中、昆明等地的委員長行營，也將防備共產黨軍隊功能的太原、廣西、滇黔、川陝鄂、晉陝綏等綏靖公署移交國民政府軍政部。
根据国防最高委员会的建议，1946年5月15日撤销军事委员会及其所属各机构；1946年5月31日，國民政府於宣佈中國即將實施憲政後，裁撤長達22年之久的軍事委員會，並將其所有職能改歸于1946年6月1日组建的中华民國國防部。