牡丹社事件
牡丹社事件是發生於1874年（清同治十三年，日本明治七年），日本以1871年八瑤灣事件殺害琉球族為由出兵攻打台灣南部原住民各部落的軍事行動，以及隨後大清政府和日本國兩方的外交折衝。在日本，这次事件被稱為「-{lang-ja|台灣出兵}-」或是「-{征}-台之役」。這起事件是日本自從明治維新以來首次對外用兵。
琉球王國自明朝起為清朝的從屬國，其國王接受之冊封，獲准朝貢貿易的次數為藩屬國中之最。由於大清政府長期拒絕日本進行貿易，琉球居間進行「大清 絲綢—日本白銀」轉口貿易獲得巨大利益，因此引起日本覬覦。
日本薩摩藩在關原之戰後，因財政困難、局勢不穩，加上欲以海外之功向江户幕府輸誠，遂有兼併琉球之舉。1609年，薩摩派遣將近三千名兵力，攻入琉球王都首里城，但德川幕府命令薩摩藩保留琉球王室，以便利用琉球對大清国进行貿易活动。然而琉球王國自此喪失獨立自主性，亦受薩摩藩支配，奄美群島也被薩摩藩佔領。自此琉球處於「清日（薩）兩屬」狀態，一方面接受清政府冊封並進行朝貢貿易，同時國政受到薩摩藩的控制。
1867年王政復古，幕府將軍德川慶喜被迫上表「大政奉還」，江戶時代結束。隨後的明治維新過程中，大量武士（維新時改稱「士族」）失業，造成極大的社會問題。於是西鄉隆盛等人提出「征韓論」，主張以海外擴張來解決內政問題。但征討朝鮮半島在外交上困難較大，未獲得日本內閣多數閣員支持，最後造成參議西鄉隆盛等征韓派官員下野。日本朝廷為了安撫士族情緒，遂有出兵台灣之議。
也有學者認為，日本政府「出兵台灣」並非僅為了緩和士族對內政的不滿，而是對台灣的經濟價值與戰略地位有很清楚的認識，「不能將掠奪台灣資源，或侵佔領土的動機矮小化。」
1871年（明治4年，同治10年）10月18日 ，一艘宮古島向那霸市上繳年貢的山原號 回航時遭遇颱風，漂流至台灣東南部八瑤灣（即今之九棚灣），船上69名宮古島乘客溺死3人，有66名宮古島人登陸。幾天後遇上排灣族高士佛社原住民，獲高士佛社人好心收留，但因雙方語言不通、文化差異甚至稍有爭吵，讓琉球人因害怕而偷偷逃離高士佛社，高士佛社族人打獵後回部落時赫然發現琉球人不辭而別，開始對琉球人起猜疑之心，懷疑其打算對外通報部落位置引大軍攻打，狠下心腸追上其大隊五十四人將其出草斬首殺害，死者包括琉球豪族仲宗根豐見親（忠導氏玄雅）十四世孫忠導氏玄安，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人楊友旺、楊阿才營救下前往台灣府，由清政府官員安排轉往福州琉球館，乘船歸國。史稱八瑤灣事件 。此類事件在當時不時發生，按慣例皆由明清政府撫卹並送回琉球王國，與日本政府無涉。
但日方於1871年日本明治政府「廢藩置縣」時，薩摩藩改為「鹿兒島縣」，原本為薩摩藩屬的琉球王國被改隸於鹿兒島縣，1872年日本政府單方廢止琉球王國，設置「琉球藩」，1873年日本政府外務卿副島種臣向清朝總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島（琉球與台灣）俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小田縣（今日本岡山縣小田郡）漁民的證據，又追問「貴國既然已知撫卹琉球民，為何不懲辦台番？」，毛以殺人者為置之化外的生番來回應，副島便言：「生番害人，貴國置之不理，我國有必要問罪島人，因與貴國盟好，特先來奉告」，毛昶熙回答：「（台灣）生番係我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。」日方便向「無主番界」出兵。
日本以陸軍中將西鄉從道（西鄉隆盛之弟）為「蕃地事務局都督」，向英、美等國租用輪船，僱用美國軍事顧問李仙得（C. W. Le Gendre，又名李讓禮），準備對臺灣出兵，並事先派遣樺山資紀、水野遵來台調查。
但在出兵前夕，英美等國卻轉變態度表示反對，聲明中立並拒絕租借船艦給日軍。日本政府迫於外交壓力決定停止此次行動，大久保利通並親自到長崎下令罷兵。但西鄉從道以「已經準備妥當」為由拒不受命，斷然率領三千六百名官兵前往台灣，這也成為日後日本軍國主義軍官在戰場上獨斷獨行的濫觴，充分表現出日本軍國主義的一個原型（prototype），亦即軍事的先行與政治的追認。著名文史學家司馬遼太郎曾評論這次出兵完全是無名之師，可稱為“官制的倭寇”（日语：「」）。
但是了1874年初，日本蠢蠢欲動並開始調兵遣將時，列強各國相繼質疑日本用兵的正當性，英國即扮演密報者、仲裁者雙重角色，他們向中國通風報信，並直指美國人李仙得為事件主謀者。而隨著事態的發展，到了4、5月間，臺灣道、臺灣鎮、閩浙總督、總理各國事務衙門等各級官員對於「番地」主權的發言立場漸趨一致，4月18日總理各國事務衙門對英國正使梅輝立表示：「其人雖不治以中國之法，其地究不外乎中國之土」，即代表清廷的基本立場。
1874年（清同治十三年）5月12日，日軍於社寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登陸，而排灣族從車城鄉統埔村友好的漢人那邊得知日軍行動，事先在要道石門埋伏。5月18日到5月21日，日軍與台灣原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，日本陸軍中佐佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到排灣族強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，排灣族在裝備劣勢和人數劣勢下被迫撤兵，牡丹社首領阿祿古父子身亡。經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠向日本。6月1日起日軍分三路掃蕩牡丹社、高士佛社、射不力社等原住民，沿途只有小規模抵抗，原住民人撤入山中，日軍佔領村落後焚燒村屋並撤回社寮營地。7月1日，牡丹社等終於投降。
之後日軍移營龜山（今車城鄉國立海洋生物博物館附近）長期駐紮，卻因氣候與衛生因素飽受瘧疾等熱帶疾病之苦，據日方紀錄，參與行動的日軍與隨軍人員5,990人共回報了1萬6,409件的患病紀錄，呈現出平均1人患病2.7次的慘況，而561名的病死者更達實際戰死者的數十倍之多。
日本5月中旬出兵台灣，同治帝隨即於5月下旬派遣船政大臣沈葆楨為欽差大臣，以巡閱為名來台，主持台灣海防及對各國的外交事務。李鴻章允調唐定奎率領的淮軍十三營六千五百人赴台，該部隊熟習西洋槍砲，是淮軍主力。當年農曆九月中旬以後到十月間陸續抵台，使得雙方戰力情勢逆轉，沈葆楨的談判地位因此頓時提升了許多。在外交方面，清朝當時以《台灣府志》記載了琅嶠諸社在1725年歸化大清，是為琅嶠歸化生番十八社一事，證明該處納入版圖並有效收取番餉。清廷認為此地已是中國領土，生番如何處置是自己的事，以此要求日本退兵。
加上此時日軍因熱病侵襲，病歿650人（陣亡者僅20餘人），又已耗軍費1260餘萬日圓（尚未計算購買運兵用船舶的770萬日圓），深感難以持續。於是日本政府派內務卿大久保利通為全權大臣，赴清廷交涉。
當時沈葆楨及李鴻章對情勢皆有清楚的判斷，分別上疏表示日本急於謀和，實因情勢窘迫。因此大清帝國起初態度強硬，軍機大臣文祥公開表示，對於日本方面要求的軍費賠償表示：「一錢不給」。
但大久保商請英國公使威妥瑪為調人，強勢介入。於是中日兩國在1874年10月31日簽訂北京專約，主旨有以下三條： 在大清方面，不言賠償兵費，而將五十萬兩白銀拆成十萬兩的「撫卹」與四十萬兩的「購買道路房屋」，算是在保存顏面的情況下息事罷兵。
但因為條約中有日本出兵是「保民義舉」字句，日本據此認定清國政府不否認琉球是日本的屬地。（1875年）繼續進行「琉球處分」，令琉球終止向大清朝貢，復在1879年迫使琉球國王尚泰移住東京，派軍警進駐琉球，廢止「琉球藩」改設「沖繩縣」，但大清並未放棄琉球宗主權對日本提出抗議。1880年，在前美國總統格蘭特調解之下，日本提議及外務省底線將割琉球群島以北歸日本，南邊的宮古、八重山島屬大清，清國政府則提出北邊的奄美群島歸日本，中間的琉球群島歸琉球國，南邊的八重山群島(含八重山、宮古島等)歸大清，最後並未成案。直到1894年甲午戰爭日本擊敗清國，台灣割讓給日本，清國無力繼續過問琉球問題，琉球遂在國際默認下歸屬日本，清國與日本之間並沒有簽訂任何條約，正式放棄琉球的宗主權改歸日本。 「牡丹社事件」後，中國體認到台灣的重要性，轉為積極治理台灣，增設府縣，並在1885年設省。
「牡丹社事件」前，台灣東部不屬於中國治理範圍。牡丹社事件之後，中國體認到台灣的重要性，轉為積極經營台灣，增設府縣，並對台灣東部及原住民地區以「開山撫番」進行開發、征服及台灣東西部越嶺古道，從未有效統治原住民地區。並於1884年爆發清法戰爭後，1885年建立福建台灣省。
1895年中日甲午戰爭清朝戰敗，日本由馬關條約奪取台灣後，鑒於此次攻台與接收過程中病死人數遠多於戰死，決意在台灣積極著手規劃建設醫療衛生設備，以方便統治台灣。
文獻記載日軍取下12個頭顱帶回日本，其中4具台灣原住民頭骨輾轉被攜帶到英國，目前收藏在英國愛丁堡大學中；文獻顯示，取得地點為牡丹社（Botan），由美國海軍軍官取得後經2次轉手，最後交由曾任愛丁堡大學校長解剖學家Sir William Turner收藏及記錄至今。雖然台英都有意促成返還美事，但牡丹當地居民謹慎面對，期盼先證明「真的是祖先頭骨」。 日本沖繩大學歷史系客座教授又吉盛清認為，牡丹社事件發生源自「語言隔閡的誤會」，非單一方面嗜殺所致。