东帝汶印度尼西亚占领时期
东帝汶印度尼西亚佔領时期（，，或称印尼佔东帝汶时期），指由1975年12月至1999年10月，印度尼西亚对东帝汶实施的军事占领与实际统治。
葡萄牙对东帝汶进行长达270余年的殖民统治后，1974年，葡国的康乃馨革命爆发，葡政府宣布实行非殖民化政策，放弃海外殖民地。各个殖民地纷纷脱离葡的统治，宣告独立，但这也让东帝汶的未来充满了不稳定因素。一场小规模的内战后，东帝汶独立革命阵线在帝力宣告胜利，并于1975年11月28日单方面宣告东帝汶独立。
1975年12月7日，印尼以东帝汶领导人要求其帮助为由，出兵东帝汶并实施占领。到了1979年，几乎所有东帝汶武装抵抗力量都遭到其摧毁。印度尼西亚遵照所谓“公民大会”不真实的自决，宣布东帝汶领土成为其第27个省。
24年来，东帝汶人民遭受到印尼有组织有系统的法外处决、酷刑、屠杀、强暴、瘟疫以及人为制造的饥荒的折磨。1991年，东帝汶发生了让世界为之震怒的事件，诸如此类残杀的报道更是不计其数。
东帝汶始终对印尼的统治进行着强烈的反抗。 1996年，来自东帝汶的若泽·拉莫斯·奥尔塔和卡洛斯·菲利普·西门内斯·贝洛被授予诺贝尔和平奖，以表彰他们为和平结束印尼统治所做的贡献。1999年，决定东帝汶未来的全民公投以压倒性多数支持独立。2002年，东帝汶成为一个独立国家。
据东帝汶接纳、真相与和解委员会调查结果，最低限度估计，东帝汶在1974至1999年间，死于冲突及其相关的人数为102,800(±12,000)。其中死于杀戮或失踪的人数为18,600(±1,000)，死于饥饿或疾病的人数为84,200(±11,000)。
1976年，印尼入侵东帝汶后，联合国大会和联合国安全理事会立即通过了第389号决议，要求印尼政府不再拖延地撤军。美国、澳大利亚和英国政府在印尼占领东帝汶整个期间向印尼政府提供了帮助。澳大利亚和印度尼西亚是仅有承认“东帝汶是印尼一个省”的两个国家。紧随着印尼占领东帝汶，印尼和澳大利亚开始展开对帝汶海沟（亦称帝汶缺口） 的划界谈判，以瓜分东帝汶的油气资源。包括日本、马来西亚、加拿大在内的他国政府支持了印尼的举动。然而，印尼对东帝汶的侵略以及对其独立运动的镇压，极大地损害了其名声信誉和国际形象。""
1999年东帝汶独立公决后，东帝汶危机爆发，东帝汶局势急转直下。亲印尼民兵四处纵火并袭击东帝汶独立人士，当地基础设施几近遭到全部破坏。联合国安理会批准建立一支具有统一指挥机构的多国部队，由澳大利亚牵头。多国联合部队最终平息了暴乱并恢复了当地秩序。印度尼西亚撤军后，东帝汶由联合国东帝汶过渡行政当局（1999年–2002年）接管，东帝汶人与许多观察人士曾要求联合国设立东帝汶战犯国际法庭却遭拒绝，取而代之的是设立重罪股（Serious Crime Unit）以调查和起诉暴徒的罪行。有鉴于其规模有限，以及印尼法院作出的相关判决较少，不少的观察者都呼吁为东帝汶建立国际法庭。
牛津大学的学术共识认为印度尼西亚对东帝汶的占领是种族灭绝。印尼的占领同样被列入了耶鲁大学的“种族灭绝研究”（"Genocide Studies"）计划之中。
16世纪，葡萄牙人以贸易为名入侵帝汶。1702年，东帝汶正式由葡萄牙进行殖民统治。1860年，葡荷两国签订条约瓜分帝汶岛，岛屿东部及欧库西区归属葡萄牙，西帝汶归属荷兰且并入荷属东印度群岛（即今印度尼西亚）。太平洋战争期间，日军两万士兵经入侵东帝汶并于1942至1945年占领帝汶岛全岛。太平洋战争中东帝汶以牺牲六万人的代价，阻止了日本入侵澳大利亚。
二战后，印度尼西亚在苏加诺的领导下获得独立，此时印尼并未对东帝汶进行主权声索。虽然在言辞上极力反对殖民主义，但印尼並未向葡萄牙对东帝汶的殖民统治提出反对，因為強行入侵印尼跟本打不過葡萄牙。1959年，东帝汶的反葡事件亦未获印尼政府支持。一份1962年的联合国文件记载道：“印尼政府已宣称将和葡萄牙保持友好关系，且不对葡属帝汶提出主权声索。”1965年，苏哈托掌握印尼军权，这些保证得以继续生效。1974年12月，印尼官方发布声明称：“印度尼西亚没有领土野心⋯⋯因此，印度尼西亚希望吞并葡属帝汶是不可能的。”
1974年，葡萄牙爆发军事政变。康乃馨革命使葡萄牙与东帝汶之间的关系发生了重大的转变。葡国放弃海外殖民地激发了莫桑比克和安哥拉的独立运动，非殖民化进程也开始在东帝汶起步。这一切只是东帝汶独立政治进程的开端。
1974年4月，东帝汶的政党首次得以合法化。后殖民时期的东帝汶，出现了三派主要政治力量。5月，公务人员、军官以及地主乡绅建立了（UDT，后文简称“民盟”），这个组织主张最初维持与前宗主国葡萄牙的关系，9月，民盟宣布将支持东帝汶独立。一周后，主张立即独立的帝汶社会民主协会（ASDT）成立，主要由下层殖民地政府官员和年轻的知识分子组成。然而，随着政治进程日趋紧张，帝汶社会民主协会更名为东帝汶独立革命阵线（FRETLIN，后文简称“革阵”），并自称“人民唯一的合法代表”。五月底，（APODETI，后文简称“民协”）成立，原名东帝汶并入印度尼西亚协会，支持东帝汶并入印尼。民协对东帝汶的经济表示严重关切，认为东帝汶的独立可能使其经济变得脆弱。
不久印尼国内的民族主义者，军方强硬派以及政府情报组织恢复安全与秩序作战指挥部（）与特种作战部队，认为葡萄牙帝國的崩潰是吞并东帝汶的绝好时机，因為印尼不用直接和葡萄牙軍隊交戰，希望印尼出兵东帝汶。除葡萄牙人撤离东帝汶之外，另外仍有两点是印度尼西亚占领东帝汶的原因：一、东帝汶若由左翼分子统治，极有可能成为袭击印尼本土的军事大本营。二、由于东帝汶处于印度尼西亚群岛以内，一个独立的东帝汶可能激发国内其他各省的分裂主义情绪，最终致使印度尼西亚解体。二十余年来，上述两条一直是印尼拒绝东帝汶自治或独立的主要原因。印尼的军事情报机构起初企图寻找非军事手段吞并东帝汶，曾计划利用民协以达非军事占领之目的。
1975年，为了实现国家的独立，民盟和革阵暂时结为同盟。同时，据澳大利亚方面报道，印尼軍隊在楠榜省进行了一场战前军事演习，意在入侵东帝汶。而后数月，印尼特种作战司令部（OPSUS）通过科摩多行动（以科摩多巨蜥命名）暗中向民协提供支持和援助。印尼政府通过广播指控革阵为共产党，并挑拨民盟和革阵间的关系，悄然间给东帝汶带去了诸多不稳定的因素。观察人士认为，这是印尼在为入侵东帝汶创造借口与条件。经印尼挑拨离间，革阵和民盟的关系变得日益紧张。5月，民盟宣布退出暂时同盟。
民盟领导人是在1975年4月，结束对澳大利亚与印度尼西亚的访问后断绝其同革阵的联盟关系的。6月，为了东帝汶的前途，葡萄牙非殖民化委员会（Portuguese Decolonization Commission）邀请三方在澳门举行会谈，共同商议东帝汶的去殖民地化问题，并解决争端达成协议。然而革阵领导人宣布抵制这次谈判，他们拒绝与民协代表共同与会。革阵认为，民协代表的是印度尼西亚的利益，而不是东帝汶的利益。民盟和民协抗议革阵的行为阻塞了东帝汶的非殖民化进程。时任革阵领导人的若泽·拉莫斯·奥尔塔于1987年在他的回忆录中表达了他对拒绝参会的后悔，他写道：“这是我们战术上的、政治上的错误之一，我无法找到一个更为恰当的说法了。”
1975年年中，谣言四起，东帝汶党派间的紧张状态已达到了一触即发的程度。8月，民盟在帝力发动政变，一场小规模的内战随即爆发。拉莫斯·奥尔塔在后来描述到，这是一场“血淋淋的”战争，并细数了革阵和民盟犯下的暴行。他引用红十字国际委员会的统计结果称，2000-3000名东帝汶人因战死于非命。东帝汶内战使葡萄牙方面感到不安，曾派官员到东帝汶的阿陶罗岛对局势进行观察。出乎印尼和葡萄牙预料：在两周后，革阵击败民盟，民盟领导人溃逃至印尼的西帝汶。9月7日，民盟在西帝汶请愿，希望印尼吞并东帝汶；许多报道称民盟的立场是印度尼西亚迫使其持有的。 革阵夺得对东帝汶控制权后，印尼軍隊（時稱印尼共和國軍，ABRI），和一小支民盟军队立即从西边发起进攻。 10月8日，印尼占领边境城市巴图给（Batugadé）。八天后，邻近的巴里布（Balibó）和玛利亚娜相继被占领。五名澳大利亚记者在巴里布遭到印尼士兵枪击。 印尼军方称记者的死亡是一场意外，而东帝汶的目击者称印尼士兵是有意而为。记者的遇难、随后发生的战事与侦查活动引起了国际社会的注意，国际社会开始为东帝汶独立争取支持。
11月初，印尼外交部长和葡方在罗马举行会见，以商谈解决东帝汶争端的解决方案。虽然没有任何帝汶领导者收到与会邀请，但革阵释放了有意和葡萄牙合作的信息。会议达成协议：葡萄牙将与东帝汶政治领导人会面，但双方之间的对话一直都没有得到实现。11月中旬，印尼军队开始从海上炮击东帝汶城市阿塔贝（Atabae），并于11月底成功占领该城。
然而对此，葡萄牙并没有采取任何行动，这让革阵领导人感到非常沮丧。他们相信，宣布东帝汶独立，可以有效避免印尼军队的进一步入侵。东帝汶国家政治委员会委员马里·阿尔卡蒂里展开了一次外交非洲之行，意在寻求政府或来自其他领域的支持。这项外交努力获得了25个国家对东帝汶的承认，其中包括中国、苏联、莫桑比克、瑞典和古巴。古巴至今与东帝汶有着紧密的外交关系。1975年11月28日，革阵单方面宣布东帝汶民主共和国独立。印尼情报组织起草通告称，巴里布及其周边的民协和民盟的领导人将会宣称该地区已脱离东帝汶独立并成为了印尼的一部分，以示回应。有趣的是，这份巴里布宣言（"Balibo Declaration"）是在巴厘（Bali）起草的，由此被戏称为“巴厘谎话宣言”（"Balibohong Declaration"）”，其中Balibohong的bali指巴厘，而bohong则是印度尼西亚语中谎言的意思。葡萄牙方面对这两份宣言表示拒绝，同时，印尼政府批准了军队以武力吞并东帝汶的军事行动。1976年7月，印尼总统签署了特别法案，单方面宣布东帝汶成为印尼的第27个省份。
1975年12月7日，印尼出兵入侵东帝汶，展开了该国有史以来的最大军事行动：莲之行动（印尼语：Operasi Seroja，英语：Operation Lotus）。东帝汶民族解放军（FALINTIL）与印尼武装部队在帝力展开街战。据报道，400名印尼伞兵在帝力降落时被杀。《昂卡萨杂志》报道称，帝力一战中，印尼共有35名士兵阵亡，东帝汶共有122名士兵阵亡。年末，印尼十万大军占领帝力，另有二十万部署在东帝汶各处。由于兵力过于悬殊，东帝汶民族解放军只得转战山区，展开游击战。媒体报道称，印尼士兵在东帝汶各城镇（尤其在帝力）恣意杀害平民，甚至犯下了强奸妇女和杀害儿童的暴行。 1976年6月，民盟领导人洛佩兹·达·克鲁斯宣称，有六万名东帝汶人在印尼入侵东帝汶时遭到杀害，一名印尼救援工作者代表对此数据表示认同。1977年4月5日，《悉尼先驱晨报》采访了印尼外交部长，亚当称，“死亡数字是五万或者甚至有可能达到了八万”。
印度尼西亚政府表示，吞并东帝汶是为了维护世界反殖民事业的统一性与整体性。1977年，印尼外交部印制《东帝汶的非殖民化》（"Decolonization of East Timor"），对“自决的神圣权利”大加赞扬，承认民协是东帝汶人民的真正代表，并对东帝汶民族解放军进行言语攻击，声称其利用恐怖手段胁迫东帝汶人民，实行威吓性的政策。印尼外交部长阿里·阿拉塔斯在他2006年的回忆录《东帝汶外交斗争》中重申了这一立场。对于原先帝汶岛的东西分裂状态，印尼在入侵后表示，这是葡萄牙和荷兰的帝国主义势力压迫殖民地人民造成的结果。因此，根据印尼的这些举措，吞并东帝汶作为它们的第27个省份仅仅是自1940年起，统一整个印尼群岛接下来的一步。
紧随着印尼的军事入侵行动，一天之后，联合国大会一委员会召开会议，对东帝汶局势展开了讨论。印度、日本、马来西亚等印度尼西亚盟国在决议中指责葡萄牙以及东帝汶政治党派造成了流血事件；由阿尔及利亚、古巴、塞内加尔和圭亚那等国的起草的草案对决议提出反对。这份草案最终通过，成为联合国大会第3485（XXX）号决议，决议要求“印度尼西亚政府停止进一步侵犯葡属帝汶的领土完整，立即将武装部队撤出该领土，……”十天后，联合国安全理事会一致通过第384（1975）号决议，同样要求印尼马上撤军。一年后，安理会在389（1976）号决议中表达了同样的观点。此后至1982年，每年联大都通过了呼吁东帝汶自决的决议。一些较大国家的政府如中国和美国反对联合国对东帝汶采取更多的行动，而一些较小的国家如哥斯达黎加、几内亚比绍和冰岛是唯一的委员国家呼吁要执行强硬的决议。1982年，联大第37届会议第77次全体会议通过第37/30号决议，要求“秘书长主动同有关各方协商，以探索全面解决这个问题的种种途径，并向第三十八届会议提出报告。”
法律学专家罗杰·S·克拉克注意到，印度尼西亚侵犯了东帝汶人民自决的权利，并发动了侵略战争，这无疑违反了国际法的两个关键要素。无论是1975年12月7日呼吁合并的请愿书还是在1976年5月“东帝汶人民议会”相关的决议都没有符合确定了自决权的规范准则的联合国大会第1541(XV)号决议。决议认为：“合并应为领土人民充分明了其地位之变更之情形下自由表示意愿之结果，其意愿之表达系经由公正主持之周知及民主程序，并基于成年人普选制度。……”其它的不足也存在于请愿书中。
在东帝汶使用军事力量的印尼被指违反了《》的规定：“所有成员国应避免在外交上采取挑衅或者直接动用武力，对他国领土完整或者政治上独立自主构成威胁...”但一些外界观察员认为在印尼发动入侵之时东帝汶不算作一个国家，因此不受《联合国宪章》的保护。这种说法与印度尼西亚独立革命独立时期反对印尼的荷兰人们异曲同工。针对这一观点，法律学者苏珊·马克斯提出了反对，认为如果东帝汶被认作是葡萄牙的殖民地，“那么这项规定（《联合国宪章第一章》）即使在殖民地和其宗主国之间的武装冲突可能不适用，但几乎无疑可以适用于主权国家与他国殖民地之间的武装冲突。”
12月17日，印尼成立东帝汶临时政府（PGET），由民协和民盟领导人暂时领导，任命为政府主席。许多资料显示，此政府是印尼军方创建的。临时政府上台后的第一项举措就是组建“公民大会”，宣称该大会“由来自帝汶各行各业的人民选举产生的代表组成”。可笑的是，临时政府通常被形容为印尼军方在东帝汶创造的政治宣传工具。1976年5月，来自各国的记者受邀前往东帝汶见证该组织的一次会议，然而记者的活动受到了极大的约束与限制。会上，“公民大会”起草了一份重要草案，要求正式将东帝汶并入印度尼西亚。此举被雅加达称之为“东帝汶人民的自决”，使得雅加达能够名正言顺地占领并统治东帝汶。
印尼情報局有權勢的人與蘇哈托最初認為，若先消除來自東解的抵抗勢力，東帝汶併入印度尼西亞就會變得迅速并相對輕鬆一些。隨後印尼發起的戰役對於東帝汶來說是毀滅性的，但這也消耗了印尼大量的資源，嚴重地損害了印尼的國際形象，故此根本上是印尼的重大失敗。施瓦茲認為，二十世紀七十年代中期，情報誤算與持續的失敗并未使印尼軍力之基礎受到削減，印度尼西亞依然具有軍事優勢。東帝汶儼然成為了印尼軍官與部隊的訓練場，印尼意在給亞齊和巴布亞施壓，以確保部隊之防區受印尼的絕對控制。
印尼除了二十世紀八十年代末和九十年代初的幾年外，沒有讓東帝汶向外界傳達真實的信息。一直以來，印尼總是聲稱大多數東帝汶人支持合併。這一立場總是被印尼媒體緊密追隨，他們利用宣傳工具宣稱東帝汶人民贊成合併，故印尼的軍事行為是受到了其許可的。但多數印尼人並不關注印尼對於東帝汶的行動。
1977年9月，印尼軍方展開了一項由東帝汶天主教官方稱之為「圍繞與毀滅」的行動。35,000名印尼武裝士兵對支持東革的地區實施包圍，并殺害了當地的男人、婦女和兒童。空襲和海上炮擊後，緊接著陸軍開始摧毀村莊與農業基礎設施。數以千計的人在這段時間內罹難。革阵領導人尼古劳·洛巴托在一次與印尼軍隊的交火中犧牲。他的繼承者是日後東帝汶民主共和國的第一任總統沙納納·古斯芒，他在建立毛贝雷反抗委员会(CNRM)時起到了重要作用，此組織旨在為反對印尼佔領東帝汶的人民及組織提供保護。
印尼部隊把成百上千的人們趕到集中營，人們在那裡被關押起來并遭受饥餓的折磨。革陣廣播稱印尼的飛機向東帝汶投放化學武器。一些觀察家（包括帝力大主教）稱他們在鄉下看到凝固汽油彈被投放下來。1981年，印尼軍隊發起「安全運動」，（或被稱為「腿之圍欄」計劃）。五萬東帝汶男性（含男童）被命令在崇山峻嶺中行軍，以將游擊隊清掃至該地區的中心地帶。然而這項計劃並未挫敗抵抗者的勢力，因而以失敗告終。經此之後，人民對印尼佔領與統治的憤怒情緒日益高涨。接下來的十年裡，隨著革陣在山區繼續著他們零零星星的反擊，接下来的十年内，印尼軍隊實施了許多行動以徹底消滅其勢力。同時，在城鎮以及鄉村，一場非暴力抵抗運動已初具規模。亦在同時，印尼軍隊继续在東帝汶肆意残暴地實施大規模的殺戮、酷刑、強迫失蹤、政治監禁以及其他践踏人權的暴力行動。1981年開始，印尼官方將數以千計的囚犯送至阿陶羅島進行關押，國際特赦組織对此描述到，那裡的條件「簡直是槽糕透顶了」。
印尼在東帝汶進行了慘無人道的大屠殺。1981年9月，有400名平民在lacluta（东帝汶的一个镇）遇害。1983年八月，有兩百人在creras的一个乡村被活活燒死，同时另有五百人在附近的河邊被殺害。一名目擊證人陳述道，士兵們用按住頭部撞向石頭的方式殺害了許多小孩子。
東帝汶的印尼反對者們常常遭到逮捕并被實施酷刑。1983年，國際特赦組織用印尼語出版了一本從東帝汶军事指挥人员那里收到的小冊子，記載了教授軍人如何對犯人帶去身心上的極度痛苦的方法，並告誡士兵「不要在實施酷刑（指被電擊或被脫光衣物等）時拍照」。平托在他的回憶錄《东帝汶未完成的解放斗争》中，描述了被印尼士兵實施酷刑時的場景：「每每出現了問題，他們就會在我的臉上打上兩三拳。當有人用拳猛烈并不斷地擊打你的臉時，這種感覺彷彿臉已被打爛了一般。人們用手重擊我的後背和兩腰，然後踢我……（在另一個地方）他們對我進行恐嚇；他們沒有打我，但是威脅要殺掉我，甚至把搶掏到了桌子上。」在米歇爾《講述東帝汶：個人證詞1942-1992》一書中，一位名叫法蒂玛(Fátima)的婦女描述了她在帝力一座監獄所看到的實施酷刑場景：「他們讓人們分排坐在椅子上，前一排的椅腳壓在後一排人們的腳趾上。士兵門在囚犯的飯菜中撒尿并攪拌，最後讓囚犯們把這些（骯髒的食物）吃下去。他們也對囚犯實施電擊。……」
印尼军队针对东帝汶妇女的暴行数不胜数并都是证据确凿的。除了遭到来自任意扣押，酷刑和法外处决的折磨以外，妇女们被士兵强奸，有些主张独立的激进分子甚至遭到性虐。由于针对女性实施暴行之问题所涉印尼的强硬管制与受害者所感之辱，其范围远超出了法律的界限，上升至道德伦理层面之高度。1995年，国际特赦组织（美国）在一份关于印尼与东帝汶针对妇女的暴力的报告中写道：“妇女并不情愿将有关强奸或性虐的信息透露给非政府组织，更不要说将这些暴行报告给军事或警察当局了。”
亦有针对妇女的其他暴力行为：骚扰、威吓和强制性婚姻。国际特赦组织引用了一名妇女被强行与印尼指挥官同居的事例。该妇女被指挥官放走后，仍天天遭受到印尼士兵的骚扰。诸如此类的“婚姻”在东帝汶印尼占领时期是非常普通的事情。妇女们被鼓励绝育，有些妇女被强迫使用避孕药物狄波-普维拉，然而妇女们对这些避孕手段的影响并不十分了解。
1999年，《Buibere:东帝汶女性的声音》一书出版（蕾贝佳·温德斯 著），该书以编年的形式记载了自二十世纪七十年代以来，东帝汶女性遭遇暴力与虐待的个人经历。一位妇女称：“印度尼西亚人在脱我衣服，对我实施酷刑，对我进行性骚扰和用死亡威胁我时审讯我。”另外一名妇女描述到：“（我的）手和脚被链条拴住，我被不停地强奸（指被印尼士兵轮流强奸），并被审讯了数个星期。”一位为革阵游击队准备食物的妇女被印尼士兵逮捕，她的皮肤被用香烟烧伤了，且被施以电击之刑。更为过分的是，她被强迫一丝不挂地从一排士兵面前走过，最终走入一辆满是尿液和粪便的坦克里。
由于东帝汶大量的人口住在安置营地里，食物供给极度匮乏。士兵允许安置营地里的人们在附近的一小块土地进行耕种，这些土地十分贫瘠并被反复使用，产出率极低。饥荒开始蔓延，在1970年代末已夺取了数千人的生命。据一名教堂的工作人员报告，在东帝汶的一个区，每个月都有500多人死于饥荒。1978年10月，世界宣明会（印度尼西亚）到访东帝汶，并声称约有七万东帝汶人民面临饥饿的威胁。1979年，红十字国际委员会一位大使报告称，安置营中80%的人口营养不良，“同比亚法拉情况一样糟”。红十字会警告称，“数以万计的人民”面临着饥饿的威胁。印尼称其正通过由政府运作的印尼红十字会缓解东帝汶危机，但该组织被指控售卖救援物资。
2006年，联合国东帝汶接纳、真相与和解委员会在訪問八千名目擊者，并參考了印尼軍方文件和來源於國際的情報後发表一份长约2500页的报告，指控印尼军方使用故意饿死的手段对东帝汶实行种族灭绝。大量受灾的人口被禁止使用食物等物资。报告还指出，印尼方面使用化学武器和凝固汽油在食物和供给用水中投毒，并详述了印尼士兵摧毁庄稼杀害牲畜的种种暴行。报告推断，因印尼占领，至少有七万三千名东帝汶人死于饥饿和疾病。
在東帝汶本土的黨派鬥爭之間，也存在著互相殺戮的情況。例如印尼對東帝汶發動侵略戰爭後不久，革陣就殺害了被其關押的140-150名民盟成員。印尼方面在1977報道稱他們在Ailieu和Samé發現了革陣製造的萬人坑，並稱被殺害的人「非常之多」。國際特赦組織在1985年也確認了這些報告，且認為革陣需要對這些法外處決負責。革陣一系列的攻擊行動造成九名平民的死亡的这一不幸事件，在1997年時受到了人權觀察組織的譴責。
印尼统治东帝汶期间，葡萄牙语被遭到禁止，取而代之地，印尼语成为了政府、教育和公共贸易的官方语言，并在学校被列为必修课程。印尼官方的国家意识形态潘查希拉（即印尼建国五项原则）也被强加于东帝汶，且东帝汶政府的工作局限于确保潘查希拉在当地得以实行。东帝汶人泛灵论之信仰不符合印尼宪法中一神论的精神，因而导致许多东帝汶人皈依天主教。印尼神父替换了葡萄牙的神父，印尼語弥撒取代了拉丁語和葡萄牙語弥撒。在印尼入侵之前的东帝汶，少于三成的民众是天主教徒，而到二十世纪八十年代时，已有八成民众信仰天主教。如今，此数字增长至九成，使东帝汶成为天主教徒最为密集的国家之一。
被占领后的东帝汶成了印尼政府移民计划（印尼语：Transmigrasi）的重点地区，此计划意在将一部分印尼人从人口稠密的地带移居至相对稀疏的地方。然而，因为印尼国内长期在新秩序下实行媒体审查制度，许多在此计划下的移民者，尤其是靠种植水稻为生的爪哇和巴厘贫农，对印尼与东帝汶的冲突毫不知情。由于印尼强占了东帝汶大片土地以供移居安置，于是当这些移居者到达东帝汶时才发现自己正处于东帝汶反抗攻击的威胁之中，并且成为当地民众发泄愤怒的对象。许多来到东帝汶的印尼移民者最终选择回到故土，留下的则为东帝汶的印尼化“做出了贡献”。截止1993年，印尼共有662个家庭（2208人）移居东帝汶。而到二十世纪九十年代中期时，共有约150,000名印尼人自由地生活在东帝汶，其中包含在政府或教育部门任职的印尼人。同时，由于越来越多具有商业头脑的印尼人抢占了东帝汶的社会资源，帝汶岛的原住民的愤怒情绪日益上涨。
随着印尼的入侵，葡萄牙在东帝汶的商业利益被印尼所占取。。东西帝汶边界开放以后，大量西帝汶农民涌入东帝汶。1989年，东帝汶向私人投资开放。来自苏拉威西南部（并非指南苏拉威西省）的布吉、望加锡和布顿企业家们给东帝汶城镇居民带去了经济化的生活，同时东帝汶生产的产品通过印尼军官和商人间的合作伙伴关系出口。1975年，随着印尼入侵东帝汶并占领大片种植园，军方建立了蒂诺克(Denok)公司。此公司垄断了东帝汶诸多有重大经济利益的商业行业，其中包含檀香木出口，旅馆业和消费品进口行业，而利益最为丰厚的行业应当属咖啡出口业，这也是当地最具价值的经济作物。除军方控制的蒂诺克公司之外，其余企业都被印尼的企业家们控制着，当地旧时的工业品不得不为印尼进口货物让路。
针对对相关政策的一些批评，印尼政府通常强调自己为东帝汶医疗、教育、通讯、交通和农业等事业做出的财政投入，以示回应。葡属帝汶并没有受到其宗主国葡萄牙的重视。然而，摆脱殖民统治的东帝汶，人民的生活仍旧不富裕。印尼批评家乔治·阿迪琼德罗（George Aditjondro）指出，印尼占领东帝汶的早期，由于冲突与战争使得东帝汶稻米和咖啡的出产量以及牲畜数量急剧下降。另外一些批评家谈道，印尼在东帝汶的基础设施建设，例如道路建设，主要是为了供军队使用或为了印尼公司的在东利益。正因印尼军方控制了东帝汶的核心商业领域，印尼或国际上的私人投资者才会故意避免来东帝汶投资。尽管当地的情况自1976年以来得到了诸多改善，然而印尼政府在1993年的一份报告中指出，东帝汶六十一个区县当中，仍有约四分之三的人口生活在贫困之中。
印尼政府自1975年以来，一直致力于改善东帝汶的基础设施、医疗设施和教育设施，然而这些重大的财力投资并未使东帝汶的抵抗势力有所停歇。经历早期的一些斗争后，革阵的军事力量遭到大大削减，至二十世纪八十年代时仅剩数百名武装士兵。迫于糟糕的境遇，革阵加强了同当地青少年之间的联系，一场非武力的寻求民族自决的抵抗运动在东帝汶初具雏形。抗议运动的许多参与者是东帝汶的小孩，这些小孩都在印尼的模式下接受教育。抗议的人群发泄道，印尼以牺牲帝汶文化与政治生活的代价来成全印尼人，对于印尼经济的发展是自相矛盾的。抗议者之间采用葡语沟通交流，以显示自己身为葡属帝汶遗民的优越感。他们将印尼的统治视为非法占领，以向葡方寻求东帝汶的民族自决。在国外，革阵成员们表现积极，尤以曾经作为记者的奥尔塔（日后成为东帝汶总理与总统）最为突出，他将东帝汶问题最为一项重大议题推至诸多外交论坛之上，以引起国际社会关注。
随着东帝汶抵抗势力日趋减弱，1988年，印尼政府对外开放东帝汶，此举包括取消记者的旅行禁令。这项新政策的提出者是时任印尼外长，他与那些以暴力镇压东帝汶的军方领导人持反对的意见，因为军方领导担心开放东帝汶可能会使印尼丧失对东帝汶的控制权。除此之外，为了回应国际社会对东帝汶事态的关切，他和几名外交官说服了苏哈托赞同此政策。1989年末，印尼一强硬的军方指挥官，身为准将的穆利阿迪（Mulyadi）被同样是准将的另外一人，鲁道夫·华柔所取代。新上任的鲁道夫承诺要找到一个更有说服力的方法来反对那些支持独立的人。不久便发生巨大的变化：对境内旅行的限制逐渐放宽，政治犯也被分组地被释放出狱，在审讯犯人时也不再经常使用酷刑以进行逼供。鲁道夫也试图改善印尼军队的纪律，并有所成效。例如在1990年2月，一名印尼士兵因非法行为遭到起诉，这也是自印尼入侵开始的第一例起诉案件。
印尼军方强硬派的下台，使东帝汶抵抗势力减轻了对受到印尼迫害的恐惧感，这直接促使了新一轮抵抗运动的爆发。1989年，伴随着波兰教宗若望·保祿二世对东帝汶的高规格访问，独立分子爆发抗议活动。冷战的结束让西方失去了支持印尼占领东帝汶的诸多理由。由此而来，国际社会对自决和人权的关注给印尼施加了更多的压力。二十世纪九十年代，在东帝汶发生的一系列后续事件大幅提升了东帝汶的国际形象，并显著增强了抵抗分子的势力。印尼对东帝汶的军事统治，逐渐地步入了末期。
1991年11月12日，东帝汶民众自发前往圣克鲁斯公墓悼念在两周前被印尼军方杀害的塞巴斯蒂奥·葛梅斯。聚集的人群有2500人左右，人们挥舞着革阵的旗帜，热闹但和平地呼喊着支持独立的口号。在示威人群与士兵发生短暂的冲突后，两百余名印尼士兵开火杀害了约271名抗议者。
1991年10月，由葡萄牙共和国议会代表和12名记者组成的的代表团计划访问东帝汶。此代表团受联合国支持，名义为联合国特派调查团。然而印尼政府反对此调查团入境东帝汶，因为在12人记者名单中有被印尼方面认为支持革阵势力的澳大利亚记者吉尔·乔利夫（Jill Jolliffe）。葡萄牙紧接着便取消了代表团对东帝汶的此次访问。访问的取消使得东帝汶的年轻激进分子们相当失望，他们本想依靠此次访问提升国际社会对东帝汶独立事业的关注度。获悉原因后，东帝汶独立分子与印尼东帝汶政府间的关系再度恶化，东帝汶局势日益紧张。
10月28日，印尼军方发现了东帝汶一部分年轻的独立分子在帝力的藏身点——Motael教堂。10月29日，印尼士兵闯入该教堂，葛梅斯被近射程手枪击中腹部，这致命的一枪直接使葛梅斯丧命。愤怒的群众自发组成送葬行列，向葛梅斯致以哀思。悼念活动很快演变成为一场声张独立，反对印尼暴政的抗议活动，但一切还是和平的。印尼士兵听闻了相关情况，立刻赶到了圣克鲁斯公墓，并对人群开火。屠杀结束以后，印尼军方封锁了公墓地区，并禁止宗教人士和救援人员进入该地区。开火直接导致了大批悼念者死亡，一些伤者在撤离圣克鲁斯公墓时由于失血过多而死。据信，这场惨剧导致约271人遇难，382人受伤，并有250人下落不明。
两位美国新闻记者：艾米·古德曼（女）和（他受到了印尼士兵的攻击）见证了此屠杀，澳大利亚记者（为英国约克郡电视台拍摄的记者）将场面录制了下来。同时，古德曼和奈恩庇护东帝汶民众时，印尼士兵开始对他们俩用武器发起攻击，奈恩为了保护古德曼而头骨受伤。不久，这起事件通过广播、电视等方式为世人所知，使国际社会勃然大怒。 世界各国的政治活动家与东帝汶支持独立的人们站到了一起，并迫切呼吁印尼当局给予东帝汶实行真实的人民自决的权利 。TAPOL增加了其围绕东帝汶所做之工作。东帝汶行动网络在美国成立，并于不久在美国的十座不同城市设立了该组织的分会 。葡萄牙、澳大利亚、日本、德国、马来西亚、爱尔兰和巴西在同一时期也出现了类似的团结组织。世界新媒体对事件的报道对印尼“新秩序”系统控制信息出入印尼造成了巨大的困难，成为新媒体对“新秩序”审查制度能力挑战的生动例子。后冷战时期，国际社会增加了对印尼政府动向的关注。 印尼国内支持民主的学生团体开始公开批评印尼在东帝汶的所作所为，并开始讨论“新秩序”和国家的历史与未来。
国际社会和一部分印尼高层严厉谴责了印尼的行为。事件使东帝汶的对外开放被迫中止，印尼东帝汶当局重新开始实施高压政策。提倡使用灵活变通的方式与东帝汶抵抗势力相处的鲁道夫下台，并遭其上司斥责不力。支持革阵的政治嫌犯们被逮捕，粗暴践踏人权的事情频频发生。对外国记者的来东禁令被重新实施。东帝汶人民对印尼的仇恨情绪再度上涨。为镇压当地抵抗势力，印尼少将帕拉博沃（Parabowo）的第三特种部队开始训练头戴黑巾的东帝汶亲印尼民兵团体。
1991年11月20日，革阵领导人沙纳纳·古斯芒被印尼士兵逮捕。1993年5月，古斯芒因“叛乱”被判处无期徒刑，但后来被减刑至有期徒刑20年。古斯芒是革阵成员普遍承认的领导人，他的被捕，对于东帝汶的独立运动打击巨大。然而他在芝比囊监狱内（印尼语：Lembaga Pemasyarakatan Cipinang，位于雅加达）对于支持独立的人们来说仍象征着革命胜利的希望。同时，非暴力抵抗运动在东帝汶依然存在。1994年比尔·克林顿总统访问雅加达时，29名东帝汶学生冲占美国使馆，以抗议美国对印度尼西亚的相关援助。
同时，人权观察者们呼吁社会关切印尼士兵和警察在东帝汶持续进行的暴力活动。人权观察组织在一份1995年的报告中说“发生在东帝汶的虐待行为数量持续上升”，包括刑罚的使用，故意失踪以及限制基本人权。1995年九至十月，东帝汶爆发一系列骚乱活动，国际特赦组织批评印尼政府武斷地逮捕一大批東帝汶民眾並對他們實施酷刑。报告特别指出，（狱警）用铁质长条鞭打被拘捕者，用脚踢他们；在精神上诋毁、侮辱、抨击被拘捕者，并以死亡相威胁。
1996年，挪威诺贝尔委员会将诺贝尔和平奖颁发给卡洛斯·菲利普·西门内斯·贝洛主教和何塞·拉莫斯·霍塔，以“表彰他们为实现公正与和平解决东帝汶冲突所做的努力。”这引起了国际社会对东帝汶问题的再度注意。诺贝尔委员会在其新闻稿中表示：“基于人民自决的权利，（希望此奖项可以）鼓励（有关东帝汶冲突各方）努力寻求解决东帝汶冲突的外交解决方案。”。诺贝尔奖学者欧文·艾布拉姆斯 (Irwin Abrams) 这样写道：
与此同时，应联合国大会1982年相关决议要求，印尼和葡萄牙的外交官们继续对被印尼外长阿拉塔斯称作“印尼鞋中的鹅卵石”的东帝汶问题展开协商。
新的在联合国斡旋下的印度尼西亚和葡萄牙两国间的调停工作始于1997年年初。 1998年5月21日，哈比比宣誓就任印尼总统。在此之前对于其前一任总统苏哈托的“新秩序”来说，一个独立的亦或是地区有限自治的东帝汶是决不允许的。尽管在九十年代，印尼舆论对东帝汶的状况与地位表示出勉强的理解，但对东帝汶独立可能破坏印尼的统一性从而造成不稳定表示广泛担忧。1997年，亚洲金融危机爆发，印尼经济遭到巨大冲击，市场混乱不堪。1998年5月，苏哈托政府倒台，结束了他对印尼长达三十年的统治。掌控印尼战略储备的帕拉博沃被流放至约旦，破产的印尼政府每天要向其在东帝汶的军事行动支付一百万美元。在接下来的后苏哈托过渡时期，相对的政治开放开始在印尼出现，人们对印尼与东帝汶的关系展开了空前的大讨论。为议计九八年剩余的时间，致力于实现东帝汶全民公投的论坛在帝力举行。印尼外长阿拉塔斯说，关于东帝汶阶段性自治到可能独立之计划，于印尼，是“徒然无功”的。1998年6月8日，哈比比就任总统三个星期后，宣告了印尼不久会出台一项关于东帝汶自治的特殊的计划。
1998年底，澳大利亚约翰·霍华德政府起草信文，告知印尼澳大利亚政策的发生了改变，并支持在十年之内组织独立公投。哈比比总统见澳方的举动是在暗示印尼对东帝汶的“殖民统治”，于是决定在此问题上进行一次紧急的东帝汶全民公投。
印尼和葡萄牙同意并于1999年5月5日宣布，允许东帝汶人民选择自治计划或独立。将由联合国驻东帝汶代表团（United Nations Mission in East Timor, UNAMET）执行投票选举。公投原定于8月8日进行，但推迟到了8月30日。印尼依旧负责东帝汶安全。这样的安排在东帝汶造成了恐慌，许多观察者认为，印尼将在公投期间拒绝外国在东帝汶的维和行动。
随着东帝汶独立呼声的日益上涨，亲印尼武装民兵开始在全国范围内制造暴力活动。以联合国东帝汶特派团对支持独立势力有偏见为借口，亲印尼民兵开始接受印尼士兵的训练并与其协作。早先于印尼与葡萄牙在5月宣布公投议定，1999年4月，一支准军事部队袭击了利逵萨的一处天主教堂，带走了约200人的生命。5月16日，一帮亲印尼民兵与印尼士兵在阿拉塔（Arata）村袭击了疑似的东帝汶独立支持分子；6月，另一支民兵袭击了联合国东帝汶特派团在瑪利亞娜设驻的办公地。印尼当局自称无力阻止东帝汶内部不同政治派别之间的暴力行动，但遭到了奥尔塔等的嘲笑。 奥尔塔在1999年2月说：“在（印尼）撤军之前，他们想要如他们所承诺地结束东帝汶境内的混乱与不稳定的局面，这是我们数年来一直从印尼驻东军队那里听闻的。”
民兵领导者警告民众，他们可能在东帝汶制造新一起“大屠杀”。印尼“巡回大使”弗朗西斯科·罗普斯·达·克鲁斯表态道:“若是民众反对自治计划，东帝汶可能血流成河。”一亲印尼准军事力量声称，自治投票会使东帝汶成为一片“火海”。“火海”一词借套用了“万隆火海”的意思。后者即1946年三月，万隆民众为抵抗荷兰殖民者而爆发的独立运动。随着公投临近，越来越多的反独立运动在东帝汶爆发。
1999年8月30日是公投日，总体而言，投票进行得平稳而有序。98.6%的登记投票者参与了此次独立公投。9月4日，安南宣布公投结果：78.5%的投票者选择独立。印尼人被震惊了，因为他们从小就被“新秩序”灌输“东帝汶支持民族融合”的概念，他们不相信东帝汶人会投票反对作为印度尼西亚的一部分。
公投结果宣布后数小时，准军事部队开始在帝力攻击民众并四处纵火。外国记者和观察家们撤离首都，数以千计的东帝汶人逃至山区。伊斯兰团伙袭击了帝力天主教区的建筑物并致二十余人死亡；第二天红十字委员会遭纵火，近乎被夷为平地。在苏艾，有几乎一百人被杀害。关于类似的屠杀事件的报道数量一时间在东帝汶呈爆炸式增长。联合国撤走了其大量的驻东人员，但帝力所有有围墙的建筑都被难民占满了。四名联合国人员宁愿死在准军事部队的枪口之下也坚决不撤离，除非难民们同样可以撤离帝力。同时，有超过二十万人被印尼军队和准军事团体强迫撤至西帝汶，并被安置在被人权观察形容为“条件糟透”的营帐里。
9月8日，联合国代表团抵达雅加达。印尼总统哈比比告诉代表团官员，关于东帝汶流血事件的一切报道皆为“幻想”与“谎言”。印尼军方的维兰托将军（General Wiranto）坚称他的士兵们使东帝汶局势得到了控制。维兰托在不久后的一次军嫂联欢会中，歌唱了一曲1975年流行歌《感觉》，由此表达对东帝汶的感情。
东帝汶独立公投后发生的暴力事件激起了澳大利亚、葡萄牙等国国内激进分子的愤怒。澳、葡、美等国政府被国内要求对此采取行动。澳大利亚总理约翰·霍华德与安南进行协商，并游说克林顿支持组建一支由澳大利亚牵头的国际维和部队进驻东帝汶，以结束在东帝汶的暴力事件。美国为此提供了必要的后勤、情报与武力威慑等军事资源，但并未承诺将参加维和行动。最终，于1999年9月11日，克林顿宣告：
1999年，印尼国内经济形势稍稍趋缓。9月12日，哈比比宣称印尼将从东帝汶撤军，并允许由澳大利亚牵头的国际维和部队进驻东帝汶。 9月15日，联合国安理会表达了对日益恶化的东帝汶局势的关切。通过了第1264(1999)号决议，决议要求：“设立一支具有统一指挥结构的多国部队，其任务如下：在东帝汶恢复和平与安全,保护和支持东帝汶特派团履行任务,在部队能力范围内协助人道主义援助行动。”
彼得·科斯格罗夫指挥下的东帝汶国际维和部队（INTERFET）于9月20日进驻东帝汶。10月31日，最后一支印尼军队撤离东帝汶。国际部队的到达致使亲印尼民兵四散逃离至印度尼西亚。 联合国安理会10月25日通过决议，决定设立联合国东帝汶过渡行政当局，在东帝汶独立前，全权管理东帝汶事务。由此东帝汶经过了长达两年的联合国过渡统治。2002年5月20日，过渡当局将东帝汶控制权移交给东帝汶政府，东帝汶宣告独立。同年9月27日，东帝汶加入联合国，成为了其第191个成员国。
联合国维和部队以澳大利亚军队为主体，澳大利亚籍士兵共有5,500人，包括一个拥有航空支持的装甲步兵旅。东帝汶国际维和部队由来自22个国家的11,000名士兵组建而成。美国在东帝汶危机全程提供了后勤与外交支持。此前在9月13日，克林顿曾表示美国不会向东帝汶派驻大量兵力，而是在波黑、科索沃保持了大量兵力。
印度尼西亚利用西方国家对共产主义的恐慌，从美国、澳大利亚等国获得对其入侵、占领东帝汶的支持。但对东帝汶的入侵与对东帝汶独立运动的镇压大大损害了印尼的形象和国际信誉。1980年代时，苏哈托为成为不结盟运动主席而作出的努力因为遭到发展中国家对其吞并东帝汶的批评而受到破坏。对于印度尼西亚的谴责在1990年代也未曾停息过。 1974年8月，澳大利亚总理高夫·惠特兰与苏哈托会面。惠特兰表示，一个独立的东帝汶会成为影响地区稳定的潜在威胁，若印尼吞并东帝汶，澳大利亚会表示支持。 。惠特兰的表述后来被外长唐·威尔西（Don Willesee）加以修饰，称：“澳大利亚会支持东帝汶人民对其前途的决定权。”1975年东帝汶爆发政变之后，澳总理惠特兰发表声明称，澳大利亚仍反对军事介入当前局势，澳方愿提供人道救援，呼吁各方停止战斗并进行对话。声明亦称，澳方承认印度尼西亚在“某区域”内的利益。
与之同时，澳政界与民间都有支持东帝汶独立的呼声，并愿意为东提供援助。1974年，澳民间在悉尼发起一项东独运动，旨在支持东帝汶自决与独立的权利，反对印尼的武力吞并，并支持革阵的社区项目（community projects）。墨尔本、堪培拉和珀斯等地也出现了相似的运动团体。他们召开公众集会，游说议员、教堂和社区组织（community groups）。政变爆发后，澳大利亞紅十字會帮助红十字国际委员会向西帝汶的难民营和东帝汶派驻医疗分队。澳政府为此工作先后向红十字会拨付了十万澳元和十五万澳元。澳大利亚帝汶国际援助协会（Australian Society for Intercountry Aid Timor，ASIAT）自政变以来也向东帝汶地区派驻了医疗分队。
1975年11月11日，惠特兰政府在1975年澳大利亚宪政危机中解散，这对新的看守政府总理马尔科姆·弗雷泽设下限制。因在1975年联邦选举结果未被公布之前，其任何行动都需得到两党与总督的批准。1975年12月4日，澳大利亚在联合国外交失败，联合国通过承认东帝汶独立的决议，澳政府从帝力撤离了澳大利亚与其他国家的侨民。12月5日，荷西·奥尔塔（José Ramos-Horta）抵达达尔文举行记者招待会，称澳大利亚红十字会和ASIAT在东帝汶已被禁止。他同时表示，东帝汶革阵政府不接受澳大利亚在内的来自联合国的任何援助。
在赢得12月大选后，弗雷泽政政府提出提议，并认为：与东南亚的政治与贸易关系对澳大利亚至关重要，不能让这项极易失败的事业受到威胁 。此后澳大利亚在1976和1977年的历次联大投票中弃权。在1978年前，澳政府是唯一一个除印尼政府外官方承认东帝汶是印尼的一个省的政府。 一年后，澳大利亚和印度尼西亚开始起草条约以瓜分帝汶海沟油气资源。1989年12月，两国签订了《帝汶海沟条约》（官方名称为《澳大利亚和印度尼西亚共和国之间关于在印度尼西亚东帝汶省和北澳大利亚之间的一个地区合作区条约》），据估计，两国从中获得了一百万至七百万桶的原油。此条约，与其同印尼广泛的经济合作伙伴关系一道，被援引作澳政府支持印尼这一立场的关键因素。太平洋战争期间，日澳间的战争曾使六万东帝汶人丧命，故澳国内有人认为，澳政府对这个曾经的葡属领地在历史上多有亏欠。詹姆斯·杜恩（James Dunn）曾在印尼占领东帝汶前与占领时，担任一名澳大利亚国会高级外交顾问，他后来说：“不管什么在1941年时是至关重要的、战略性的还是具有价值的，在1974年时，皆已无关紧要或可有可无。”一些澳大利亚的二战老兵以相似的理由对占领行动进行抗议。
之后澳大利亚政府几多更迭，澳大利亚与印度尼西亚都始终保持着不错的外交关系，国内秩序稳定的印尼也为澳大利亚充当了一道重要的安全屏障，不过历届澳政府都注意到：东帝汶问题复杂化了两国间的合作。澳大利亚为东帝汶独立支持者提供了政治避难，其中拉莫斯·奥尔塔甚至将澳大利亚作为自己流亡的根据地。整个20世纪80年代，印尼与澳大利亚间的贸易额不断增长。1995年12月18日，澳大利亚工党的基廷政府与印度尼西亚在雅加达签署了《澳大利亚-印度尼西亚安全协定》("The Australian-Indonesian Security Agreement")，澳大利亚将优先权给予了澳对印尼的诸方面关系。1998年5月，苏哈托倒台；同年，澳大利亚霍华德政府转变了澳对印尼政策。这促进推动了东帝汶的独立进程：越来越多要求举行独立公投的呼声出现。1998年年末，澳大利亚总理约翰·霍华德与外长亚历山大·唐纳致信印尼政府，指出应在十年内于东帝汶举行独立公投。这封信件惹恼了哈比比，他认为，澳大利亚之意在于暗示印尼是一个“殖民大国”。哈比比决定宣布在东帝汶举行一次紧急的独立公投。1999年，受联合国支持的独立公投在东帝汶举行。公投以压倒性多数赞成东帝汶独立，但紧接着亲印尼武装民兵在东帝汶动用暴力，制造了安全危机。由澳大利亚牵头的国际部队进入东帝汶，恢复了治安。虽然国际军事行动成功了，但是澳大利亚与印度尼西亚的关系则需时日加以修复。
1999年，澳大利亚工党一改其东帝汶政策，宣布将采取支持东帝汶独立并反对印尼在东之存在之政策，而这一信号是通过澳外交部发言人，工党党员劳瑞﹒布莱里顿 （Laurie Brereton）发出的。布莱里顿的信誉遭到了包括时任总理与外长在内来自执政党自由党-国家党联盟的攻击。 菲律宾虽与印度尼西亚有着牢固的外交关系，但菲方却在事件的最初保持沉默。1997年，奥尔塔准备前往菲律宾迪里曼大学进行演讲，却遭菲方拒绝入境，并被列入黑名单。然而，受到国际社会对东帝汶广伸援手之影响，菲律宾最终转变了其对东政策。东帝汶独立后，菲律宾虽未派地面部队参加东帝汶国际部队（INTERFET），但却向该部队派出了后勤人员和医疗人员。联合国曾任命菲律宾中将杰米·德洛斯·桑托斯（Jaime Delos Santos）代表已发展成熟的联合国维和部队接管东帝汶国际部队。
菲律宾同东帝汶是亚洲仅有的两个天主教国家，两国自然因宗教原因结为盟友，直到现在都保持着良好的关系。菲方早已将奥尔塔从黑名单中移除，现在奥尔塔常作客菲律宾多家大学开展讲座，例如菲律宾迪里曼大学、菲律宾理工大学、和。
印尼入侵行动展开之翌日，葡萄牙与印度尼西亚断交，并支持联合国谴责印尼入侵之决议。然而，七十年代末和八十年代初时，葡萄牙政府的积极性变得不如从前。美国印度尼西亚问题专家本尼迪克特·安德森（Benedict Anderson）认为葡萄牙态度的转变缘因其加入欧洲经济共同体之不确定性。八十年代中期开始，葡萄牙因不作为而受到的批评越来越尖锐。出于民众压力，在之后历次有关东帝汶民族自决的国际论坛上，葡萄牙的态度都十分高调。 九十年代时，在联合国的斡旋下，葡萄牙和印尼双方共同调解了东帝汶问题。
1975年4月30日，随着常风行动落下帷幕，越南战争以越南共和国的覆灭而结束。同年，柬埔寨和老挝也建立起了社会主义政权。为了在东南亚与社会主义势力抗衡，一个坚决反共的印度尼西亚对于美国来说变得尤为重要。有鉴于此，美国必须寻求与印尼政府建立友好关系，这样就让东帝汶的事务对美而言显得并不要紧。 美国同样想维持其潜艇穿越印尼的深水通道的通行权，借由此水道，美军潜艇可在太平洋与印度洋之间通行自如而不被侦测
入侵前夕，福特总统和国务卿基辛格会见了印尼总统苏哈托。根据报道，美方认可了印尼的侵略行为。苏哈托说：“如果必须要（在东帝汶）采取猛烈的军事行动，希望你们理解。”福特说：“我们会理解你们的，我们不会在这个问题（入侵）上向你们施压。我们深知问题所在以及你们的意图。”基辛格也表示赞同，尽管与此同时，基辛格和福特也希望控制美国国内对侵略的反应，毕竟印尼入侵中使用美国装备一事若被曝光于公众，一定会产生不良的影响。 美国也希望侵略行动尽可能的迅速而彻底，不会导致后续的长期的抵抗。基辛格对苏哈托说：“无论你们采取何种手段，尽最快速度取得成功是最重要的。” 基辛格主要的担忧应是，如果带有红色色彩的东帝汶独立革命阵线在侵略后重新暴力夺回东帝汶，亚洲范围内的共产主义武装活动可能被激起，以至于取得胜利。到那时，革阵胜利而引发的印尼国内一系列的暴动可能会威胁印尼国家安全，甚至灭亡印度尼西亚。
在印尼入侵行动以及接下来的占领过程之中，美国向印度尼西亚提供了武器支援。侵略事件发生一周后，美国国家安全委员会出台详细分析报告，称发现了印尼使用的装备绝大部分是美国提供的。 美国继续向印度尼西亚提供军事援助，事实上其规模已经超过了美国国务院之计划。在此基础上美国国会继续追加援助，几乎达到以前的两倍。而美国政府却声称，美国从1975年12月到1976年6月已经中止了对印尼的军援。1975年至1980年，东帝汶境内的暴力事件达到其峰值的六年间，美国向印尼政府提供了价值约3亿4000万美元的武器装备。1974年开始，美国对印尼的军事援助以及武器销售开始增长。美国的军事援助一直持续到老布什和克林顿时代，直到1999年才停止。1975年至1995年，美国向印尼提供的武器价值总额达到了11亿美元。克林顿政府时期，在 JCET 计划下，美国为印尼陆军精锐特种部队（）进行了训练，其内容包括城市游击战、侦查与反侦察、狙击战术以及“心理战术”等。
根据联合国的最终的报告中的“责任”一章，美国的“政治和军事援助是印尼侵略和占领（东帝汶）的基础”。报告同样指出“美国提供的武器对于提升印尼军力十分关键。从1977年开始，印尼开展的大规模的摧毁抵抗势力的运动中，美国提供的飞机扮演了关键的角色。”
革阵声称美国对印尼政府在东帝汶问题上的外交与物质帮助已经远超适度之标准。合众国际社在一篇1978年6月19日发自悉尼的报道中，援引了革阵的一份新闻稿，称：“在两场战斗中，美国顾问和雇佣兵站在印度尼西亚一边，联合与革阵作战⋯⋯同时，美国飞行员驾驶着北美羅克韋爾 OV-10 野馬戰術偵查攻擊機为印尼空军空袭革阵控制的解放区。”
在大多数联合国谴责印尼入侵的决议上，美国都投了弃权票。 时任美国驻联合国大使丹尼尔·帕特里克·莫伊尼汉（1975-76在任）在他的回忆录中写道：“国务院希望联合国无论采取什么措施终归是彻底的白费功夫。这项任务落在了我头上，我把它完成得非常顺利。” 1975年12月7日，印尼入侵东帝汶，屠杀民众。东帝汶年轻的领导者向国际社会争取援助，但遭到了西方和苏联的无视。华盛顿与堪培拉认为东帝汶革阵政府是共产党，与北京决裂的莫斯科怀疑其领导者是毛主义者而拒绝提供帮助。但在中国，东帝汶领导人听到了同情的声音。
1976年至1978年间访问中国的东帝汶领导人，现在已成为东帝汶总统与诺和奖获得者拉莫斯·奥尔塔，前总理马里·阿尔卡蒂里，前内政部长内政部长罗热里奥·蒂亚戈·洛巴托（Rogerio Tiago LOBATO），国家安全顾问国防国务秘书罗克·罗德里格斯（Roque RODRIGUES），北京热情于在联合国安理会向东帝汶提供外交与政治帮助。1975年11月28日，东帝汶革阵宣布独立，中国是少数几个承认其独立的国家。
北京政府热情于在联合国向东帝汶提供外交与政治帮助。中国代表多次在联大发言反对印尼的侵略行为，支持东帝汶独立： 由于当时中国奉行“三个世界”的外交方针，中国认为东帝汶问题属于第三世界内部的矛盾，故其也同时强调印尼与东帝汶应当友好相处，共同促进双方关系发展：
中国最早对东帝汶的支持始于毛泽东时代，其政策是对第三世界输出革命，支持第三世界国家独立运动以削弱帝国主义势力。1976年毛泽东逝世与1978年改革开放后，中国的外交基本路线由重视革命转变为重视经济建设，加之印尼对东占领既成事实与国际社会对东帝汶关注下降，柬越战争结束后中国与东盟国家搞好关系的意愿愈加强烈，中国对东帝汶问题的立场也发生了转变：从批判印尼并鼓励革阵战斗争取独立，变为强调通过和平方式解决问题。
东帝汶被占领的时期，英国、加拿大、日本等国曾对印尼的统治表示支持。在联大任何有关东帝汶的决议上，英国皆投以弃权票，且贯穿印尼占领的始终英国都在向其出售武器。1978年，印尼向英方购买了八架鹰式教练机 ，用以“围歼”（"encirclement and annihilation"） 作战计划之中。在九十年代，英方又向其出售了大量的喷气式战斗机。 加拿大在占领早期的有关东帝汶的联大决议中除了三次反对以外弃权。加拿大政府定期向印尼售武，并在九十年代同意了价值四亿加元的武器零件出口方案。 日本则在涉东决议上尽数反对。
印度政府也支持印度尼西亚，并将印尼吞并东帝汶比做1961年果阿并入印度。有分析人士指出，像法国归还印度本地治里一样，印尼本可能和平接收东帝汶，但事实却是一场血腥的悲剧。
在关于支持东帝汶民族自决的联大决议中，东盟国家悉数投以反对票。
印度尼西亚占领东帝汶时期的死亡人数难以确计。根据联合国东帝汶接纳、真相与和解委员会2005年报告中的最低估计，因双方冲突死亡的人数可达102,800 (+/- 12,000)。其中，18,600 (+/-1,000)人被杀害或失踪，另外84,000 (+/-11,000)人死于饥荒或疾病，这一数据远高于和平时期的正常死亡人数。这些数据仅为最低的保守估计，该委员会称其为基于科学手段的主要发现。报告没有给出死亡人数的上限，但委员会推测死亡总人数可能会高达183,000。此外，委员会认为印尼军方应为约70%的暴力杀戮负责。
研究者称，尽管人们可以给出二十万人甚至以上的估计数据，但“实际死亡人数应近于150,000人。” 的估计结果亦然。 1974年，天主教会对东帝汶的人口统计数据为688,711; 1982年时这一数字变为425,000。这意味着有约200,000人在印尼的占领行动中死亡，这一数据此后在全球范围内广泛报道。 其他来源诸如大赦国际和人权观察同样支持此数据。
专家盖布里埃尔•德菲尔（Gabriel Defert）根据葡萄牙、印度尼西亚官方的有效数据以及天主教会的相关统计，认为1975年12月至1981年12月间，约有308,000东帝汶人死亡，相当于是占领前人口的44%。相近的结果由印度尼西亚的原沙拉笛加大学教授乔治•阿迪琼德洛提出，他通过研究印尼军方数据，提出：“事实上300,000东帝汶人在印尼占领的早期死亡。”