徐階
徐阶（），字子升，号少湖，一号存斋，直隶松江府华亭县（今上海市松江区）人，是明代政治家、文学家及思想家，官至内阁首辅、吏部尚书、建极殿大学士。
徐阶自幼善于读书，少年时期结识陽明學江右學派门人聂豹。他十八岁时乡试中举，弱冠之年于殿试中为探花，受到杨廷和极高的赞赏。嘉靖早年张璁执掌朝廷时，徐阶直言反对张璁的提议，被贬出京城。当时嘉靖帝因此刻石说「徐阶小人，永不录用」，而徐阶在地方督学十数年后，在夏言的帮助下回到京城。徐阶回京后先主事国子监数年，在内结识杨继盛等谏臣，随后辗转六部之间。他先后主事礼部、吏部、翰林院等重要机构，在翰林院结识了后来的重臣张居正、高拱等学生。
徐阶随后依靠其出众的青词入直无逸殿，冷静处理了危在旦夕的庚戌之变，期间以礼部尚书之职负责北京城防，拖延敌军，成功保护京城不被攻入。他又改革了吏部、礼部、太医院所存在的旧弊，提高了他们的办事效率。于嘉靖三十一年入阁后徐阶因严嵩独断朝政，隐忍多年，最終取代严嵩的首辅之位，尽反严嵩之政，试图以“三语”政纲改良内阁的运作现状。嘉靖末，徐阶成功劝阻皇帝南幸承天府，叫停当地大兴土木；帝弥留之际，徐阶又劝其停服丹药，并将左右方士和相勾结的太监一体斩决。嘉靖驾崩后徐阶拟写了《嘉靖遗诏》和《隆庆登极诏》，在两张诏书下达后，朝野大臣都举手相贺，将此举和杨廷和所拟《嘉靖登极诏》被统称为正始正终第一政。但是，明人支大纶却批评徐阶说他只是依靠玄奇的青词入直，在任期间献媚讨好他人，没有做出任何政绩，只有到了隆庆时期才有所改善。
嘉靖死后，由于早年輔佐穆宗有功，隆庆年间徐阶依旧担任首辅，他多次调和穆宗和外廷的矛盾，在两年中多次上疏阻止宦官（中官）获得更多的权力，于隆庆二年成功引退致仕。徐阶共入內閣十七年，元辅七年，从政长达四十余年，时人誉为“元臣”、“名相”。他不但足智多谋，本身度量、器识都是上品，受到冯梦龙等人的推崇；现代学者对其则多有争议，也有一些人对他持有肯定态度，如谭平先生认为徐阶对比与其学生张居正，更加沉稳也更少贪恋权位。
徐阶在任内培养了张居正等后来居上的政治家，在任期间试图改变内阁在朝廷中的位置，对后期内阁制度做出很大影响；同时又试用新晋官员用他的方法教导宦官，试图依靠义理让他们不成为刘瑾等人的后继者，也可以藉此改变宦官在朝廷的面貌和作用。另一方面，抗倭寇名將张经被冤殺，以及胡宗宪瘐死獄中，也都是徐阶所一手造就，甚至高拱與張居正日後不和，亦與除階不無關係。。在徐阶致仕后，由于家中子弟作恶多端，徐阶被牵扯其中，多次与牢狱只有毫厘之差，甚至不得不致书好友求救，高拱等人同时又以旧案诘难徐阶。直到万历十一年，徐阶于华亭家中逝世，赠太师、谥文贞。
弘治十四年，徐黼就任宣平县丞。三年后的弘治十六年九月三十日，他第三位妻子顾氏的孩子，徐阶，在浙江宣平县出生。徐阶一周岁时便因婢女失手而意外坠井，被救出来后昏迷了三天才醒。正德二年，年方五岁的徐阶因父亲在宣平任上的功绩回程，一同路过括苍岭时再次发生意外，不小心坠下悬崖，大家都觉得没有生还的机会，其生母顾夫人更是因此恸哭很久。却不想徐阶因为衣服被树枝勾住，并没有坠崖而死，当时人们都感觉非常惊异。
不久后徐阶在一座古刹读书，本来有传闻闹鬼的古刹在徐阶读书时什么事都没有，徐黼便感觉徐阶很特殊。于是徐黼找了师傅教授徐阶《小学》，一直学到《四書》，徐阶也只花了很短时间就可背诵《四書》全文。正德六年，因徐黼改任宁都县丞，徐阶跟随他搬家去了江西。有一天徐黼从另一城回宁都，徐阶去迎接时徐黼笑话说：“父远回子远迎，父子之恩天性也”，而徐阶则回答说：“君居上臣居下，君臣之义人伦哉”，徐黼因此开始训练徐阶属文。而回到华亭的徐阶便在城西湖北侧的少湖读书学习，也因此自号少湖。后来徐阶更是写了一篇《雨观楼记》来抒发自己雨中看湖时和自然所共鸣的情感，以一首七言律诗《题西湖小景》描述了西湖周边让人想要结卢终老的景色。
正德十二年，十五岁的徐阶被选入府县学成为生员，时任广西按察佥事的潘奎为其座师，年少的徐阶却不太喜爱过多和他接触。在两年后徐阶以优等的成绩参与应天乡试，却不幸被淘汰。而就在一年后，聂豹被命为华亭知县，和诸生论学时发现徐阶的奇特，认为他是“国器”，并传授了徐阶陽明學的心学理念，成为徐阶新的座师。而不久后徐阶便成功在嘉靖元年壬午科乡试中举，因主考官董圯赏识，在卷上提名为第一，最后位列第七。徐阶也在董圯死后为其作墓志铭，在其中写道他之所以有今天，都是因为董圯的功劳。
嘉靖二年（1523年），徐阶前往京师，参加癸未科会试。当时时任刑部尚书的林俊看了徐阶的策论后，觉得他应該是第一名狀元，但是其他诸位大學士一致觉得徐階只能得到第三名探花，于是在殿試后，徐阶进士及第，列一甲第三名，被授翰林院編修。由于杨慎而缺席的杨廷和见到了徐阶，当场问次辅费宏说，徐阶的潜力不在他们之下，為何徐阶不是狀元？听说了徐阶及第的消息后，徐阶的叔父被问徐阶若是落榜是否依旧可以安睡，他回答说侄子（徐阶）已经及第，还需要什么吗？于是再回床安睡。而后徐阶父母也因此被赠封，徐阶再三乞求下被特许回乡并娶妻，他母亲顾夫人特地叮嘱徐阶说不要忘记最初她用簪子换饭菜招待其师友，不能因为进士及第就变得华侈而忘记勤俭谦和。嘉靖三年，聂豹以御史巡按福建，徐阶在华亭诸生所征《祀记》里说自己当时作为聂豹的门生，聂豹对他的影响很深。那时候的徐阶虽然身材矮小，但是他皮肤白哲，非常注重仪貌。而且他喜好读书，心有谋略，经常跟随王守仁的门人四处游学，因此在当时士大夫群体内也有一定名声。
不久之后徐阶便遇见了因为大礼议事件被贬官的杨慎、安磐和王元正，他为三人准备了盤纏，心想着也要做出一番贡献，但是由于父母俱在而顾忌许多，非常不乐。继续北上的徐阶在路过清源时，梦见父亲不停叫他的名字，就转而回去，在彭城听说了父亲的死，一路号哭，回到华亭为父亲置办葬礼。而在之后的三年里，徐阶便丁忧在家，直到嘉靖六年才復職，十二月时被命于内书堂教授文字。以前官員到内书堂教书，大多鄙视宦官，尽可能地敷衍，上課遲到又早退。如果有人有任何疑问，教師也都不回答，甚至發下文章讓他們讀誦，不能诵读也只隨便责骂几句，根本不管他们最后是否真的可以理解文章。徐阶反之，他早在寅时就到内书堂开始教书，最后在太陽下山的申时才离开，在此间对每一位宦官學生都严加管束，如果一个人没法诵读全文，就要站到他講桌前读，要是再不能读，就在门外跪着继续读，再不能读，就跪到庭院中央继续读，一直到可以通篇诵读为止。除此之外，徐阶在教书时不但教识文断字，也一直告诫他们不要违背祖制干政。当时由于嘉靖帝新上位，宦官的权势比正德年间減少很多，很多人非常不满，徐阶就说：“在洪武时中贵止于四品，不干涉政事，宣德以后才开始掌权，身穿蟒袍，腰繫玉带，间接把持着朝政，在正德时达到顶峰，这样的事情不可为训。比如刘瑾、张雄等人，生前愈骄纵，但是后果也越发悲惨，要这样的权势对自己有害无利，哪里又值得羡慕呢？你們用正德年間來看，覺得皇上（嘉靖）待你各位不好，但是相比太祖、太宗时已经非常优厚，因此你各位不应有怨恨。”听了这番言论后大家都很感动。历经三年的教課之后，大家也都称赞徐阶教得非常好，甚至在徐阶被贬出京城时，有十幾個宦官在左门抱着柱子大哭，因無法再上到徐阶的課而非常悲伤。另一方面，除了在内书堂任教，徐阶身为翰林院编修，也结识了后来的好友、同为王氏心学门人的罗洪先，他们在后来的大禮議中都因仗义执言被谪官。
嘉靖九年（1530年）十月十五日，嘉靖下敕以张璁为总裁，编纂专门为郊祀所准备的《祀仪成典》，徐阶也被征为纂修官。张璁那时候便建议皇帝废除孔子文宣王的王爵爵位，改称“至圣先师”，同时把孔子的神像也换成用木製的牌位，降低了祭祀规格。于是嘉靖让礼部会同翰林院一同讨论可行性，徐阶在十月二十八日毅然上《论孔子祀典》，在奏疏中提出孔子三个不必要去掉和五个不能去掉的称号，请求将封号和文庙一应按照祖制，恢复原状。不久之后，在十一月一日的朝会上，张璁斥责徐阶并指责徐阶背叛了他，而徐阶则以不曾依附于他何谈背叛回应。徐阶此举获得了天下士子的称赞，当是时，御史黎贯等人跟随徐阶，上疏请求恢复祖制，於是恼怒的张孚敬安排御史汪鋐等人弹劾徐阶，以他为首倡者为由要求重处。嘉靖也因此把徐阶打成佞臣，在宫内刻柱写“徐阶小人永不叙用”。而在闻渊、唐龙等人的帮助下，本会除名的徐阶被添为延平府推官，流离于中央以外。徐阶在辞别顾夫人时她也没有怪罪徐阶，而是告诉徐阶：他因直言上谏被谪是她的荣耀，以此安慰徐阶。同时徐旒也寄信给徐阶，认为这是好事，不要因此动摇自己的信念。
嘉靖十年（1531年）四月，徐阶抵达延平府，做了一首《抵郡作》诗感叹自己无法为国家做贡献。在延平任内徐阶遇见郑庆云和黄焯二人，是他当时的患难之交，徐阶描述说和两人一起可以欢笑度日。在其墓志铭上更是写郑公慷慨有节黄公攸然有度，虽然性格都不一样，但是都是好友。徐阶多年以后本想要提拔两人出言献策，但是两人先后在嘉靖十七年和嘉靖二十六年去世，徐阶十分惋惜。在延平任内，徐阶虚心掌理民讼，清查府库，毁灭淫祠的同时建立良好的教育系统，请了当地教授邓析教授诸生韵语等小学基础。后来尤溪匪盗四出，分巡道难以捉捕归案，徐阶自告奋勇，以三老之位悬赏，不久便逮捕了连同头领在内的一百二十人，受到了当地百姓的一致拥护。而在当地民俗的感染下，徐阶曾也想要直接迁家到延平，但是最后未能成为现实。三年后的嘉靖十三年三月，徐阶便因在延平三年政绩突出，升任湖广黄州府同知，走的时候延平百姓夹道送别，延平府学诸生甚至送徐阶一直到了建宁，徐阶寄言他们说要学习文靖、文质两位先生，不能因为小得而自满。
徐阶在前去黄州府的路上，途經严陵时被升为浙江按察佥事督理学政于是徐阶赶回华亭，在逗留的一个星期中娶了第二任正妻张氏，后奉顾夫人之命前往浙江赴任。随后徐阶便主持了在嘉兴的秋试，其间有一位来自湖州的考生落榜，向徐阶询问原因，徐阶说：「你文字艱澀，怎么可能考上？」，考生抱怨说：「科舉也太難了，上次主考官喜爱艱澀的文句，只好寫艱澀的；孰料这次的考官（徐阶）又喜欢平易的，又能怎么办？」徐阶批评说：“如果你的文字艱澀，就算提学喜好平易，你也不能改變文風為平易；如果你的文字平易，就算提学喜好艱澀，你也不能改變文風為艱澀。現在你没有主见，为了投他人的喜好，而数次改变自己的习惯，那麼你是不是在太平的时候當君子，而一到乱世就當小人了呢？”于是考生悚然而退。另有一名生员，在文中写“颜苦孔之卓”，意思是「颜回苦惱自己不如孔子的高超卓越」，徐阶認為這句話非常奇怪，便给那位学生批了四等，直接在卷上评价“杜撰”。等到结束后，那位生员來聆聽講評，解释说這句話是出自揚雄的《法言》，徐阶站起来向这位生员道歉，说：「本學道侥幸年紀輕輕就考取進士，以致於没有好好求取学问，今天多受您教導了。」他又立刻将这张卷子改为一等，时人都称赞了他的雅量。在浙江历经三年督学，徐阶再次牵动迁家之念，在《送大参三峰侯公入蜀序》中提出想要搬家到台州“与诸贤相追逐”，不过依旧未能成行。
嘉靖十五年（1536年）十月，徐阶改任江西按察副使、提督学政，他在江西正文体、端士习，开始传扬王守仁的心学理念，并兴建了王文成公祠，这为徐阶带来了一致好评，很多士人都很向往去那里求学。后来自徐阶手下所出来的这些江西学生，多数都参预朝政内外，活跃于台省之间，出名的比比皆是。而徐阶自己则对严嵩之名非常仰慕，写了一首诗《寄题严学士钤山堂》赞颂其节；另一方面，夏言有亲戚在江西想要幸进，被徐阶所拒绝，这使得夏言十分不悦。当时被时人称为“四铁御史”的冯恩因谪戍雷州经过南昌，徐阶听说后立刻率领诸生相迎，甚至还写《赠冯侍御南江戍雷州》诗一首称赞了冯恩在嘉靖十一年毅然反对张璁、方献夫等人后下狱绝不屈服的忠臣贞节。
嘉靖十八年（1539年）五月，皇太子入學，经由冯恩向夏言的推荐，虽然夏言和徐阶关系不佳，依旧同意召升徐阶为司经局洗马兼翰林侍讲，以四品服色俸供职。在他回京述职前顾夫人嘱咐说圣天子（嘉靖）在张孚敬一事后还录用他，需要尽心尽力，不要因为思念她耽误公事。而徐阶也在辞别聂豹时受到聂豹赠诗告诫说为善比强识才艺更加重要。于是徐阶赶往京城，并和邹守益、唐荆川、罗洪先等前辈一同探讨心学。不久后的嘉靖十九年春，顾夫人送徐阶的弟弟徐陟前往京城求学，本托话说若是有空，在徐陟及第后可以和徐阶一同回乡为她庆祝七十大寿。徐阶这时候却和另外二十二位同僚一同上疏请求嘉靖祭祀庶子，但是被嘉靖以祖制驳回，还罚了在文中言语不敬的官员的两个月俸禄。仅仅半年，顾夫人便与世长辞，徐阶因此在嘉靖二十年特意写诗《五月五日怀太恭人》一首，抒发他对顾夫人的怀念之情。由于母亲的去世，再次进入政治中心的徐阶不得不丁忧回家，所有官职被除。
嘉靖二十一年十二月（1543年初），徐阶丁忧期满，回朝升任国子监祭酒，在任内徐阶整顿了国子监的拨历。原本国子监有派监生在各部历事，由吏部文选司所开，徐阶上任后将各个监生的具体历事日期每月公开榜示，杜绝了以前存在的“偷拨”等弊端，而他自己也拒绝那些希望走后门的权贵，诸生对徐阶众心悦服。后来徐阶又关注监生的膳银问题，以前的祭酒对于发放膳银不闻不问，全权授理的典薄大多把膳银占为己有，用各种理由搪塞监生。因此徐阶让人记录人数，每天选一名堂官，在旁监督，一同为监生发放膳银。后来还每个月派堂官随典薄出馔米，防止官吏冒支。而后来多位以直言著称的言官也是徐阶担任祭酒时的门生，例如杨继盛，还被徐阶称为一名奇才，只是缺少指引。
嘉靖二十三年（1544年）十一月，徐阶因政绩突出，晋礼部右侍郎，在短短一个多月后又转为吏部左侍郎。当时徐阶即刻在墙上写说他二十一岁及第四十三岁就辅佐天官，是国家厚恩所致。在任期间，徐阶没有选择守循默辄，而是鼓励做官廉洁，并一改吏部以前的风气，折节下之，向下官询问边备、吏治，受到了很多官员的爱戴，也因此深得时任吏部尚书的熊浃的信任。在嘉靖二十四年三月，徐阶和熊浃以及都察院左都御史周用等一同考察下级官员，他们按例先自辞然后嘉靖下旨告诉说要悉心考察。后来熊浃因为直言上谏被罢官，嘉靖二十四年十二月，徐阶由右侍郎晋为左侍郎，原来在刑部的韩邦奇成为他的副手。而后继任本部尚书的唐龙、费采、周用依旧非常器重徐阶，但因为年老多病，徐阶多次奉旨掌管吏部。期间有很多人贿赂徐阶，都被他所拒绝，而后来徐阶推荐的宋景、张岳等人都是天下信服可以承担重任的大臣。
嘉靖二十五年七月，由于吏选存在的问题，唐龙被以年老体弱的理由夺吏部尚书一职，徐阶作为属官也被治罪，他虽然官职不变，但是俸禄被降了两级。八月时徐阶按照礼制，陪祭「帝社稷」之神，而后徐阶便负责确定大选具体方法，先废除以前用品阶、资历的复杂排行，后又为所有人分了等级，上、中、下各填己卷，这样一来省去了很多力气，受到了大家的称赞。嘉靖二十六年，周用去世，闻渊顶替成为吏部尚书，六月份和徐阶一同配祭帝社稷，后来闻渊以前辈的身份非常独断，徐阶因此十分不乐，上奏请避。随后徐阶成功从吏部抽身，被召兼任翰林院学士，教导包括张居正在内的诸位庶吉士。八月时，徐阶因三品满三年，他的儿子徐璠被进为国子生。
嘉靖二十七年（1548年）二月，徐阶受命掌管翰林院，八月份，徐阶和欧阳德、闻渊等祭历代帝王庙。嘉靖二十八年正月时因严嵩请简大臣协辅，于是吏部于二月份廷推闻渊、张治、韩邦齐、欧阳德、李本以及徐阶，嘉靖以“治本”为由，直接选取张治、李本二人入阁，而徐阶则在数日后就接替孙承恩成为礼部尚书。当时徐阶和诸位同僚为严嵩少师大学士像写赞词，他着重称赞了严嵩的德行，认为无人可比。
三月时，庄敬太子朱载壑行冠礼，徐阶身为礼部尚书负责宣读敕戒。但是太子仅仅过了两天以后就死了，徐阶先是要捧以太子谥为庄敬之册并令礼部颁示天下，随后又要负责率领礼部草拟葬礼仪注。徐阶以杜预所撰《通典》，向嘉靖说明太子虽然还是殇年，但是他已经册立许久并且曾經监国过，因此百官需要服喪。严嵩却以嘉靖所下旨意所说“百官服制可无”为由，令百官穿青衣角带，被徐阶强烈反对。徐阶认为以素衣去哭丧，以前从未有过记载，现在又没有明确旨意，谁敢擅自做这样的事；他自己宁可遵守礼制而被惩罚，也不敢为了避免罪责而破坏礼制。于是在哭临之时，有宦官回报嘉靖，嘉靖遂下令所有人改为衰服。
很快，徐阶就奉命成为《大明会典》副总裁，早在嘉靖八年，还是翰林院编修的徐阶就被征用为以杨一清为总裁的《大明会典》的纂修官，这一次他用杨一清自嘉靖八年写到嘉靖二十三年的初稿和诸司新事例共易四稿，直到嘉靖二十九年五月时完成一百二十卷的会典并被徐阶亲手奉予嘉靖过目，不过嘉靖重修大明会典最后并未刊行，直到万历十五年以申时行为总裁的万历重修会典共二百二十八卷最终刊行。王世贞后来如是说徐阶所修会典：“创义例，挚纲领，井然一代程书。”，给予了非常高的评价。
嘉靖二十八年（1549年）六月，由于徐阶擅长写青词，受到了嘉靖的宠信，被嘉靖召直无逸殿，赐飞鱼服给他和大学士张治、李本，徐阶入直后除了写青词外整顿了供奉在内殿的太医选拔制度-他上奏报告了御医吴梦龙尸位素餐，私自回乡，提出在宫内的医士大部分都是恩例进来，不遵守礼部三年考选的规定。他又请求对礼部和太医院对选拔和考察过程进行改动，把所有医士分为三等，只有最上等的才能留在内殿，其余的送入供奉，并让太医院派遣堂官监督让他们不轻易逃职，如果有病而无法一直供职的需要报备。嘉靖下旨同意，于是在奏疏中提到的吴梦龙等人都被革职，经过徐阶进一步调查，没有考试的医士侯时泰等二十四人也被去职并问罪。八月下旬，隰川王朱俊柏隐匿应该一百三十余没有受名封婚禄的宗室子女，徐阶上疏参奏，让山西抚按严督查对。九月下旬，徐阶被会推顶替因闻渊下位而空出来的礼部尚书，但是由于嘉靖认为徐阶小心恭谨，非常亲近他，以不能外迁为由转而任命夏邦谟。
十月时金陵乡试，徐階子徐璠请槍手替他捉刀應考，事發，被南京六部官員万文彩、杨顺、张鉴引以为由，彈劾徐阶，要求把徐阶免職。徐階便上疏自请去职，但是被嘉靖以徐阶任職於北京，無由得知千里以外的儿子在南京考試作弊，所以让徐阶继续安心做事。次年四月，礼部上疏说长久不下雨，请皇帝去郊祭，徐阶被派遣于西郊身着青衣角带行礼。而徐阶这时候也为聂豹伸冤，认为起初因夏言而被除职的聂豹“才大可用”，聂豹得以重新进入朝廷，成为右佥都御史、巡抚顺天，随后在庚戌之变爆发的时候聂豹改职为兵部右侍郎，在庚戌之变时功绩突出，为徐阶带来很多帮助，徐阶在事变后也上疏推荐了聂豹，认为可以用他替换那些不任事的内外臣工。
嘉靖二十九年（1550年）八月初四，逢万寿节，嘉靖加恩诸臣，严嵩为上柱国、徐阶也被晋为太子少保。徐阶随后提出京城军队久不操练，对其稍有了解的敌人都能迅速击败京营部队，因此需要释放有威望的将领并尽快集结勤王部队反击。八月十七日，俺答主力已经入寇通州，徐阶连上《御虏条宜》、《请还大内并召见大臣计议边事》、《答边事谕》疏，被嘉靖所采纳；更于三天后的二十日，徐阶又上《请巡视九门》疏，认为尽管已经有大臣被派去巡城，城守的器械依旧没有充分准备，军士非常散漫，因此以礼部尚书的身份自请巡城。于是嘉靖下旨要求徐阶传谕九门守将说虽然敌军还未临城，但是要注意城防，按时开关城门，不要玩忽职守。不过就在次日，俺答就已经攻到北京城下并要求大明朝贡，于是嘉靖诏严嵩、徐阶和李本三人于西苑商议对策。严嵩试图安稳帝心，解释说俺答只是来抢食的，被徐阶举出敌军杀人放火的事情顶了回去；而后嘉靖又问贡书的事情，严嵩推脱说是礼部的事，徐阶因此直言说局势危急，城内守军没有实力主动反击，不适宜在这个时候激怒敌军，最好拖延时间并静等援军到来，提出用贡书没有用汉文书写为由达成这个目的，此计被嘉靖所采纳；严嵩也顺势请嘉靖临朝，安稳民心。
第二天，徐阶召集诸臣商议对策，还没取得共识国子司业赵贞吉就直接上言说现在最重要的是沈束、周尚文之案，监视这次议会的人回报嘉靖后嘉靖非常满意，命赵贞吉和锦衣卫一同去激励军心。数日后，徐阶以礼部名义和诸臣正式上奏，贯彻执行拖延时间的计策，同时嘉靖下旨要求边军快速回援。徐阶后来在和友人书信时认为由于当时当路者无远见，所以无人体会他行为背后的意义，而在进策的时候因对当事者有所刺讥，间接的和严嵩以前的言论所针锋，使得严嵩对徐阶多加忌恨并因以前夏言简拔、嘉靖对徐阶的重视而决定压制徐阶。徐阶在庚戌之变中的表现被众多史家所称赞，称在京城的经略多赖于徐阶，认为很多事上可以效法徐阶之策。在庚戌之变结束后，徐阶试图增强京军战斗力的同时减少军费开支，他提出撤回一些不必要的京操班军，这样一来就可省去大量人力、物力。
不久后的十月二十日，礼部集议孝烈皇后方氏祔庙事，经过会议，礼部上疏认为还是最好安放在慈孝献皇后之侧，遵崇礼制。徐阶坚持严嵩一年前所提“阴不可当阳位”的奏议，除给事中杨思忠外无人敢附言徐阶。当时嘉靖派去旁听的人回去将事情经过报告给嘉靖后，嘉靖看到了徐阶的密疏一封，继续请求将方皇后祔于献后之侧，于是嘉靖在密疏上直接批写：“你每怀二心牢至于今”，令礼部再议。徐阶在次日的集议上再次上疏，用词更加委婉，提出太庙九室已满，先在太庙及奉先殿各赠二室，然后再升祔孝烈。嘉靖大怒，下旨责问说徐阶要履行臣子之义，就应该请祔于仁宗。徐阶和杨思忠在这样的情况下无法再坚持之前言论，但是天下人都知道他们说的才是正礼。不过徐阶依旧因为奉迎嘉靖，同时避免和严嵩有所冲突，在嘉靖怒火消后被进为少保，兼领文渊阁大学士，参预机务。
嘉靖三十一年（1552年）三月，时年五十岁的徐阶终于入阁，本官晋为东阁大学士，依旧掌管礼部诸事并参预机务，于是徐阶在初十便上《谢入阁疏》以一句自谦“伏愿因愚臣之不足任，益举群策而用厥中，念人才之难求全，姑取所长而衿其短”感谢世宗的提拔。八月，徐阶在仇鸾病死后密疏说仇鸾通虏误国，嘉靖非常愤怒，令人劈开他的棺材把他的头割下来巡视九边。而因仇鸾被逐出西苑的严嵩也得以重新入直西苑，后来他一次半夜扶床叹息，自认比徐阶大两纪但是智慧远远不及，和徐阶的关系更加缓和。月余，欧阳德取代徐阶成为礼部尚书，徐阶也得以专注阁事。
嘉靖二十八年七月九日，徐阶上《请册立东宫》疏请嘉靖册立新的太子，當時太子去世仅仅百餘日，徐阶认为只有太子之位定下来后，国本才能安稳，天下臣民也就可以安心。但是嘉靖并没有做出任何反应，徐阶连接在嘉靖二十九年正月二十一日上《再请册立东宫》疏、嘉靖三十年二月初一上《三请册立东宫》疏，再次请求册立太子，在三道奏疏中都提出了朝廷只有在太子之位稳定下来后才有一个可以共同发展的方向，而根据历朝的惯例，本部理应以百官勋贵题名共同陈情请立太子，并又说现在天下最重要的问题就是建储，如果这件事解决了是天下臣民之幸。然而嘉靖依旧没有反应，将前两道奏疏都留中不发，只在第三疏后题说“知道了。”；他又听了陶仲文所说二龙不能相见的理论后，并以此为由拒绝册立太子。徐阶等到嘉靖三十一年又上《四请册立东宫》疏请求建储，时任首辅的严嵩也罕见的附和了徐阶的奏议，都希望嘉靖尽早建储。却不想在裕王、景王分别要进行婚礼，在礼制区分上争议时嘉靖下旨要求“二王同体”，反对徐阶所说东宫及诸王有别的礼制。欧阳德接替徐阶为礼部尚书时，二王依旧在京城内居住，没有建储，徐阶却因为杨继盛之案不得不暂时放弃劝说嘉靖建储。
嘉靖三十二年（1553年），由于针对庚戌之变及倭寇的严重失策，严嵩被外廷大量弹劾，严嵩利用嘉靖对外廷报复时，时任次辅的徐阶多次上言求情。但是原先身为其门生的杨继盛不了解具体情况，对徐阶的不作为越发失望，杨继盛认为虽然徐阶有嘉靖知遇之情，但是屈服于严嵩的积威，不敢对抗這樣的權奸。严嵩在注意徐阶的动作后，开始猜疑徐阶，把矛头也指向徐阶。同时担任礼部尚书的孙承恩因不愿意迎合嘉靖佩戴黄冠，上疏请致仕被准，徐阶在送他回乡的时候为他作序，在其中表示对于臣子而言，侍奉英主非常困难，并感叹说孙承恩生逢其时，官做的非常通显，致仕后可以在山水间游玩，这样的事情不容易达成，徐阶当时透露出他羡慕孙承恩可以早早摆脱政坛，而他还要继续事嘉靖这位英主。
嘉靖三十三年（1554年）八月，徐阶以一品考满三年，被进为柱国、太子太傅、武英殿大学士、兼领吏部尚书；与此同时严世蕃也以工部左侍郎掌部事，双方的矛盾越发严重。嘉靖三十四年，杨继盛上疏直言顶撞严嵩，将他斥为小人，而严嵩就开始怀疑是徐阶的指使；徐阶另一方面在看到奏疏后认为，当时并不是没有人才，而是由于贿赂盛行导致功罪不明，贤否倒置，没人想要为朝廷效力，问题的根本是在庙堂之上，而不是各个机构。接着赵锦、王宗茂也连接上疏弹劾，徐阶依旧尚书请求减轻对他们的处罚。严嵩以杨继盛奏疏中提到二王为引，想让陆炳兴大狱深究，徐阶却以这样下去会遭致不忍处置二王的嘉靖把怒火发在左右近臣为由威胁严嵩。但是严嵩并不动摇，发动刑部治杨继盛“诈传亲王令旨”罪，最后徐阶也无能为力，刑部唯一提出反对意见的史朝宾最后也被谪官。嘉靖三十四年十月，杨继盛最终被害，徐阶在杨继盛的墓志铭中提到自他以后"君子小人者可以鉴矣"。
嘉靖三十五年（1556年）六月，徐阶以一品考满六年，被赐予宝钞和羊肉、酒。吏部按照惯例上疏为徐阶请加少傅，但是徐阶坚持不要，朝廷转而將其子恩荫徐琨为中书舍人、徐琳为生員。但是就在两年后，时称戊午三子的吴时来、张翀、董传策一同上疏弹劾严嵩，其中吴时来、张翀都是徐阶所主礼癸丑科进士，吴时来更是在嘉靖三十三年身为松江府推官和倭寇作战被徐阶予以极高的评价。而严嵩便也以他们背后有主使者的理由将三人下狱拷问，有很多后代的学者也认为这次事件有徐阶在幕后的操纵，如苏均炜先生所说：“他的门生吴时来、张翀、乡人董传策，同日分别上疏劾嵩，不能不让人怀疑是他争取主动的一个要着”。但三人雖然被刑求，卻都一直緘默，严嵩没有办法，只能發配他们去边境充軍。徐阶那时候却也自身危难，被外廷寄予厚望的徐阶，尽管也想救众多被害的大臣，但是又怕触犯嘉靖忌讳从而导致严嵩得逞。因此他不但无法帮助三人，在这一事件爆发后甚至不得不更加谨慎，至于称病谢客。徐阶当时和好几位好友的书信中都提到了在越中四谏、戊午三子相继上疏后，他和严嵩的关系已经无法调和，更是触怒圣上，内忧外患，连续数月“卧不贴席”。直到嘉靖三十八年五月初三，因一品考满九年，徐阶本官被改为吏部尚书，重新执掌吏部。
嘉靖三十九年（1560年），世宗加恩于诸臣，徐阶加太子太师。两个月后，春坊中允郭希颜所上《安储之疏》被嘉靖采纳，但是国本之争越发严重。冬天的时候，因为滦河事变而被抓住把柄的王忬被严嵩稍加挑拨便被害死，后徐阶以秦桧杀岳飞来比喻这一事件。随后在复书王舆龄时提到现在大家都老了但是问题依旧没有解决，不根除在政府内部的祸患，仅仅一直在那里修剪枝叶，问题一直会出现，聂豹等人离开朝廷后我党（心学）也越发孤独，不去除严嵩就没法摆脱。嘉靖四十年五月，由于旱灾，御史唐继禄上疏弹劾部院诸官，得到了嘉靖的关注后，严嵩和徐阶都不得不上疏请退，而徐阶也不得不等此事过去，寻求更好的时机对付严嵩。
嘉靖四十年（1561年）十一月，西苑永寿宫火灾，因此嘉靖不得不搬离到玉熙殿，但是空间非常狭小，嘉靖想要新的居所。当时便有人主张可以住在大内，不但节省工费，环境也更好。于是嘉靖诏严嵩讨论解決方案，严嵩提议要嘉靖住在南宫，而由于南宫是明英宗失去帝位時被明景帝禁錮之所，嘉靖十分不悦；他转而问徐阶，徐阶坚持嘉靖最好住在新的宫殿中，并提议用三殿留下的木石，并请工部尚书雷礼监督，防止中官侵冒。这样一来工程虽然规模浩大，但是“未尝加派天下一钱”，嘉靖心动之下指派徐阶和他的儿子徐璠负责这次复建工程，并再次搬迁居所至玄都殿。沈德符认为严嵩一生專門逢迎嘉靖旨意，而这一次事件中的處理，反而牴觸了嘉靖之意，所以严嵩失去了圣眷，徐阶相应受到的关注更多。而严嵩也因此在和雷礼评价徐阶的时候迁怒于雷礼，进一步和外廷交恶。但是严嵩非常惊惧，率一家人跪拜徐阶，向徐階敬酒，并对徐阶说：“嵩就快要死了，這些人都靠您照顧了。”，徐阶回应说不敢。经过三个月的工程，嘉靖住进了新完成的万寿宫，顺势晋徐阶为少师，他的儿子徐璠更是直接升为太常少卿，一时间严嵩的势力越发屈服。如此以后，徐阶的很多同僚都来为他庆贺，其中胡松在给徐阶的书信中提到说徐阶胸襟开阔，对人大度，令他十分敬佩。但是不想徐阶回信的时候说他不值得如此夸奖，在之前十年内他只是在严嵩的势力下忍耻含诟，不如同胡所说是在浅用神化。在重建永寿宫的同时，徐阶和雷礼都被命为嘉靖四十一年三月的廷试读卷，但是雷礼因为督工而没有参加。严嵩在看见徐阶此间非常有权谋手段，越发受到嘉靖器重后，希望通过结亲减少双方的摩擦，于是他以自己的孙子配以徐阶的孙女。
严嵩的儿子严世蕃行为在严嵩掌权后越发淫纵不忌，后来因道士蓝道行进宫为嘉靖扶鸾求神問卜，假装神諭说严嵩父子弄权，于是嘉靖越来越疏远严嵩。到后来皇帝找人開會，如果是国家政事基本都叫徐阶來討論，只有在关于祭典、斋醮、符箓方面才会找严嵩來發問。嘉靖四十一年四月，徐阶一品十二年考满，礼部本因预诰赐宴，但是被徐阶辞掉。随着徐阶开始接触更多事物，外廷大臣知道了后渐渐决定有所举动，严嵩看议论纷纷，也试图以显摆御赐之物让别人投鼠忌器。不过外廷并没有动摇，随后不久便以邹应龙上疏开始，弹劾严世蕃及严嵩。严世蕃在邹应龙上疏后也做出了相应的对策，他花了七万两银贿赂宦官内侍，让他们在宫内传言说：邹应龙之所以敢上疏弹劾严世蕃，都是因为蓝道行暗中把箕仙的结果告诉了言官。因此蓝道行被嘉靖下令逮捕到刑部进行审讯，严党中人鄢懋卿和万宷便在严世蕃的授意下，试图以十二万两白银让蓝道行牽連徐阶。而严党后来在暗中嘱咐蓝道行具体言辞时，蓝道行大声说御史弹劾贪官是其本职，他们要教他妄扯徐阶毫无天理。门外的围观群众都认为严党所为很不公平。最终严嵩被勒令致仕，严世蕃被贬去守边。尽管严嵩已经下台，但是由于内廷有传言说严嵩会被召回拜相，所以很多严党官员经常手指一些言官说：“這個應該免官了，這個應該坐牢了”，这导致了很多人十分惊惧，甚至还有人有时会開玩笑说，严嵩回到紫禁城了。而邹应龙也因此在被迁官时不敢赴任，前去找徐阶后徐阶告诉他不需要担心，邹应龙这才安心上路。
根据《明史》、《名山藏》、《皇明辅世编》、《宪章外史续编》所记载，徐阶因为知道世宗厌恶严世蕃，于是趁机指使邹应龙上疏弹劾；在《国榷》、《明通鉴》、《明史纪事本末》、《嘉靖以来首辅传》、《皇明永陵编年信史》中记载为邹应龙因为其他原因所发起的。《明实录》中仅仅记载邹应龙弹劾而没有写其背后的动机，而很多学者遵循《明史》的记载，相信徐阶是幕后的指使者；同时也有学者提出反对意见，如姜德成先生所说：“夜半邀遣邹应龙驰疏抢攻，均属险招，显然不符合徐阶的作风。”
嘉靖十九年（1540年）十一月，时任承天府知府的吴惺上疏请求修撰《承天府志》一书，嘉靖当时为献宗造势，同意撰写此书，并由上疏请求的工部尚书顾璘总理，以颜木、王廷陈等人撰写，于嘉靖二十一年完成，但是嘉靖觉得写得不好，很不高兴，以体裁不合要求为由转而让给礼部编修。直到嘉靖四十一年时，给事中邱岳上疏请求重修《承天府志》，于是徐阶被任命为总裁。当时朝廷中传言说此书写好后参与者会有超常的擢升，导致了很多大臣都想参与进来，这也使得徐阶和袁炜之间发生了很多矛盾。等到《承天府志》写完呈上后，尽管嘉靖非常高兴，然而除了邱岳升为礼部右侍郎，其他人都没有任何封赏；而《承天府志》则被嘉靖亲自命名为《承天大志》。
在严嵩下台后，徐阶和袁炜上疏请求增加阁臣，嘉靖不太愉快，下谕让他们自己推荐想要辅政的臣子；不久嘉靖再谕说，因用严嵩住在朝廷值班辦公，导致严家沒有家主，才讓儿子作奸犯科，還連累到严嵩本人，让徐阶等人三思，皇帝隐晦指出他不想让徐阶入西苑直庐。徐阶很快进言解释说虽然严世蕃在外无恶不作，確實是严嵩住在朝廷值班辦公所导致，但是严嵩非常宠爱严世蕃，甚至连政务都对他言听计从，这样纵使严嵩在家，也无法减弱其子的骄纵。嘉靖听后“大悟”，赐原来严嵩住的直庐给他，徐阶正式成为内阁首辅，他这才稍稍心安。徐阶又上疏请求嘉靖钦定阁臣，但是嘉靖用严嵩为例子托词说自己不了解百官，理应廷推。徐阶奏对回答说并非严嵩没有才能，只是由于权势才恃宠而骄，他又进一步劝说嘉靖要广纳言，再次用严嵩为例，说这样行事穷凶极恶、深情隐匿自会有人告发，在宫中也可以了解天下大事。
嘉靖尽管暂时认同了徐阶的言论，但是他依旧不放心徐阶是否如同严嵩一般乐於信奉道教，于是假意下谕说想要禪位给裕王朱載坖，说自己想要退居西苑修練長生術，观测诸臣的反应。徐阶会意后，上疏说不可退位，又附和嘉靖意志表示可以陪伴陛下一同阐玄修仙，嘉靖这才作罢，并在最后的谕旨中，提出再有敢如同邹应龙一般上奏严嵩事的一律俱斩。
徐阶写下了三句话，並公開懸掛起來：“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”，要把君權還給皇上，把政事的處理權還給百官，把升官、貶官，獎賞、處罰的權力還給公眾輿論。他把这三句话挂在直庐墙壁上，成为他后来行政的主旨，希望阻绝首辅一人獨裁，架空皇帝的旧态。早在严嵩刚刚下台的时候，徐阶为不使得首辅继续保持嘉靖口中“虽无相名，实有相职”的专制权力，他于嘉靖四十一年五月二十七日上疏请求和袁炜一同票拟所有事宜，这样一来，“每事必公拟，庶臣宿心克副，而亦可永杜弊源也”。与此同时，一方面因为张璁、严嵩的事情，嘉靖对言官非常不喜，认为他们总是抨击过当，于是徐阶委婉开导，想让嘉靖广开言路，对外廷的敌意尽量减少，并以“大奸似忠，大诈似信，惟广听纳，则穷凶极恶，人为我撄之，深情隐慝，人为我发之。故圣帝明王，有言必察，即不实，小者置之，大则薄责而容之，以鼓来者”劝服了嘉靖多加采纳言官的奏报；另一方面，徐阶觉得身为臣子，为政要有信于天下，用了伊尹的无私无利为例子，解释说当如君子一样心存道义，因此哪怕伊尹放逐过君主又还政给他，大家依旧信任他；徐阶还认为为政要“尽心”，尽心对待人民，不因为虚名才展现仁义。在徐阶的心中，朝廷贪官横行导致了吏治败坏，而个中最根本的原因还是由于士习不端，他说当时的士大夫好的在谈论玄理，而差的就为自身利益奔走贪渎。所以徐阶在严嵩走后，获取嘉靖的信任之后，一边肃清残留的严党，同时又开始整治吏治。王世贞后来也描述说徐阶上台后使得本来权势滔天的缇骑十去其九，使得直言者不用担心因为一语不当就锒铛入狱。八月，由于三殿受灾，嘉靖想要重录《永乐大典》，下内阁讨论，最后徐阶上疏说可以在秋后进行校理、分录，并在他的推荐下由时任礼部左侍郎的高拱为总校官、右中允张居正为修撰。
嘉靖四十二年（1563年）十一月十七日，徐阶上疏请求改变吏部旧弊，惟才是用。徐阶为存在的问题提出两个结论，一是尊主权，每次下旨后很多人阳奉阴违，最后功罪难定，还有人贪馈肆行，都是由于皇帝主权不尊的后果；二是定国是，很多人利用文章掩盖自己的能力不足，这样使得有才的人无法被擢升，因此需要改进国家制度让可以体恤人民的官员上任。嘉靖当天就立刻答回觉得徐阶说的很对，同意说现在由于王言不重，很多官员就非常恣放，徐阶顺势又上奏说重中之重是杜绝贪脏。于是在七月时，嘉靖下谕给徐阶，觉得欺谤、贪肆的官员太多，不把祖宗法度放在眼里，并觉得冢宰应该为此负责，于是徐阶告诉了时任吏部尚书的严讷，严讷赶紧上疏，提出让各地抚按官员加紧巡查，上报所有不法事。后来严讷将那些政绩优异的州县官员破格提升，使得朝廷效率高了很多，严讷也将他可以如此成功归功于徐阶，认为在徐阶执掌朝政的这段时间，不为他做事设置阻碍，任命的大臣也很有才贤。在这样的背景下，时任刑科给事中的陈瓒上疏请求恢复那些因为直言而被废斥的官员，平反各种冤狱。尽管徐阶因陈瓒为他出了很多计画，非常重视陈瓒，可惜嘉靖在看到奏疏后大怒，将陈瓒除名。
嘉靖四十三年（1564年）八月，在万寿节时徐阶晋为建极殿大学士，连带徐琨为尚宝司少卿。十一月，林润弹劾严世蕃和罗文龙，说他们有不臣之志，已经拥有四千部众，连路上行人都在讨论这两人要伙通倭寇，嘉靖下旨要求林润押解两人入京审问。次年徐阶因一品考满十五年，赐勋上柱国，并恩荫一子为尚宝司丞，祖上三代更是被封诰命大夫，但是徐阶坚持不要上柱国，被礼部以部宴和金币为补偿，后来循例请退被嘉靖留下，赐以蟒衣。随后刑部尚书黄光升、左都御史张永明、大理寺卿张守直等大臣因林润害怕被报复，挺身弹劾严世蕃。奏疏一上，嘉靖如他们所料非常愤怒，下令把严世蕃打入牢狱审判。严世蕃在得知奏疏内容后反而大喜，和严党诸臣说：“任他燎原火，自有倒海水”。不久后黄光升拿着已经写好的判词请徐阶评阅，徐阶看完后问他们，他们觉得严世蕃到底应当生还是死，大臣都回应说必须要他死，严世蕃死不足赎！徐阶这才说要将严世蕃害死杨继盛、沈炼的罪名隐去，他解释说杨继盛、沈炼的案子是由嘉靖亲自下旨判决，严嵩奉旨执行的，嘉靖肯定不想把这罪名引到自己身上，一看到这条必然会怀疑三法司想要借助严氏把罪名推给他，定然会非常愤怒，这样一来涉事的大臣没有一个可以逃脱，严世蕃反而可以以此脱身而去。而后诸臣认为如果时间拖晚了就容易泄漏这段秘谈，请徐阶帮忙修改状词，在徐阶谢让的时候一起再请，于是徐阶将他早已拟好的一篇拿出来，在大家都看过一遍后令书吏正式抄写下来并直接封印。这一切做完后严世蕃毫不知情，大家便将徐阶所改的奏疏呈上，列举严世蕃和罗文龙私通倭寇、外投日本、欲与蒙古内外相应之罪。嘉靖便下令说这样的事要都察院、大理寺和锦衣卫一同查明，有实证后再上报。徐阶接令出宫后向聚在门外的法司官员稍微问了两句情况就立刻回到了他家中再写一疏，说所有事情都已经勘实，严世蕃依旧被隐瞒过去。直到奏疏上去后严世蕃才得知，惊诧的感叹说：“必死矣”，果然嘉靖下旨斩严世蕃、罗文龙。三月时林润携严世蕃罗文龙抵达京城，立刻以谋叛罪判他们在西市处斩，同时借没严家家产。
嘉靖四十三年，御史姜儆、王大任巡视诸道，于十月为嘉靖带回刘文彬等方士，但是嘉靖并未服食方士进献的仙丹，他害怕被下毒，在十月十六日密谕徐阶，说所进献药贴上写着“先天水银”，问他们是甚麼成分、如何製成，他們都答不出來，想要徐阶帮忙询问解释。徐阶后回奏先说在《道德经》、《悟真篇》等经疏都没有提及所谓“义理工夫”；又说他没听说过这些进献丹藥者性命雙修，更加不通药理；他希望嘉靖不要轻易服食这些药物，这是天下之幸。
接着在嘉靖四十四年五月，原先以奸欺之罪回籍的胡大顺伪造《万寿金书》，令何廷玉托蓝田玉的门路进献《万寿金书》和他诈称“大顺三神丸”的丹药。蓝田玉看嘉靖正在考虑是否召胡大顺入京，猶疑不定。蓝田玉心焦難耐，居然直接偽造聖旨，直接召胡大顺入京，還让他在宫内居住。但是嘉靖依旧无法决定是否留下胡大顺，密谕徐阶询问对策，在谕中说尽管胡大顺改名后再次回京，却是因为他垂问因而蓝田玉、罗万象将他唤来，不知是否該任用他們。徐阶回奏说此类方士都是败类，蓝田玉、胡大顺等人不畏惧國法，从这次擅自唤人入京就可以类推；又说皇宫纷乱的原由，不是因为之前嘉靖所说的蓝道行下狱，只要用法律處理就可以了。嘉靖看到回奏后恍然大悟，再次密谕徐阶，表示了自己又看到的几处疑点，说这些人不惩治，就无法戒告後人，并询问徐阶说具体如何处置。经过多次讨论，在徐阶对这些人所造成的危害一一剖析后，嘉靖终于下定决心，将胡大顺打入詔獄，不久就将蓝田玉、罗万象、胡大顺还有一同供奉的太监赵楹一体處決。
嘉靖晚年时，内阁成员稀少，等到严嵩罢相下台后，仅存二三人。而徐阶则在成为首辅后致力于增补内阁成员，早在嘉靖四十二年正月，徐阶就上疏请求要增补内阁人员，并认为廷推选人不合适；嘉靖却认为廷推职同丞相的内阁成员是必须要的，但是在徐阶的劝说下放弃了廷推之事。而由于在嘉靖四十四年三月十四日袁炜因病不得不退出内阁，徐阶上疏请求嘉靖增补阁臣，他更是解释说在前几位皇帝时就有三四位阁臣，所有事情都可以商榷，不至于被一人所专断，增补几位廉静平实的阁臣可以有效防止如同夏言、严嵩一般独断专权。嘉靖在经过徐阶连接多次的奏对后才在四月份选择严讷、李春芳入阁，依旧以徐阶为首辅。
而后千步廓就因失火，各类奏疏底本毁于一旦，嘉靖当时生氣又惋惜，问时侍于西苑的徐阶说：“（这样一来）以后要编撰史书，用什么来作为凭证呢？”。徐阶为安抚嘉靖，奏说那些紧要的奏疏還有各國的國書共十三万两千本都在六科廓内，储存在千步廓的都是无用故纸，正好付之一炬。据沈德符的言论，就算是这些奏疏也经常被外借而不归还，只不過是下一个「文渊阁藏书」而已。
嘉靖四十五年二月八日，徐阶呈上《承天大志》成稿，请嘉靖批示，但是就在十二日，嘉靖突然密谕徐阶，说他觉得一病十四个月，借此次《承天大志》修成亲幸承天取药可以减轻病痛，期间免朝。徐阶接到谕旨后立即回复想要劝阻嘉靖的这个想法，他说路途遥远，已经十四个月都未痊愈更加应该静养，而取药只需要排遣当地官员取来就好。嘉靖并不理会徐阶的奏对，反而命已经升任工部尚书的张守直以及太监袁亨于承天督工建造宫殿等建筑，锦衣卫缇骑都被派了出去。等到十六日，嘉靖下谕表明了自己坚持要南幸，认为自己不会有问题。徐阶听说后第二次上疏反对南幸，在其中以嘉靖十八年时的南幸为例，表示这样一路会劳民伤财；更是说现在京城兵力不足，战力不强，认为嘉靖不应该离开京师；最后还举出湖广等地依旧有多兵荒，以前日湖广巡按陈省所呈《告灾伤疏》告诫嘉靖。最后嘉靖终于以防止有狡逆之徒趁机起事为由放弃南幸，明人吴伯与描述此事“祸患不可测”，在徐阶成功劝阻嘉靖南幸后，大家都称赞了嘉靖免除南幸会劳民伤财的仁明之举。徐阶也顺势在三月份再请增阁臣，选得郭朴、高拱入阁；而后嘉靖就说内阁政本只需要一人轮值，而徐阶认为不能离开，高拱却直言说徐阶已老，他和李春芳、郭朴可以互相轮值，导致他和徐阶的关系开始恶化。
半年后，承天府守备官员上疏请修宫殿，嘉靖顺势同意，徐阶却再次反对，连同李春芳上奏说湖广遭受水灾，无法担负工料钱粮，需要先下工部详查。于是嘉靖在九月二十二日询问徐阶户部的统计结果，时任户部尚书的高耀上疏说户部的预算都有常数，这些民众缴纳的钱粮需要节爱。嘉靖非常不满并又和徐阶商议想要用工部所存钱粮来支付耗费，徐阶即刻指出工部营缮司存银只有八万两，认为就算工部出资也无法供应。直到十月十六日嘉靖才下谕停止承天的修缮，让工匠都赶回京城。此事过后时任湖广巡抚的杨豫孙向徐阶恭贺，徐阶也在回书中说他此次成功后“忻慰不可言”，在陈省和他的帮助下，减少了需要的一半力气。明人黄景昉在《国史唯疑》中写道其实嘉靖知道此二事非常难行，他久病不愈，故意想要测试诸臣忠心而已。
嘉靖四十五年十月，时任户部主事的海瑞因嘉靖久不上朝、沉迷斋醮，独自上《治安疏》，在疏中指出嘉靖把自己的才能都用在了没有用的修道上面，对于国民困苦不闻不问；他又用贾谊和汉文帝的例子说尽管内外的臣子都知道皇帝的错误，但是都没有尽到自己身为臣子提醒嘉靖的职责，这些人就是为了献媚讨好皇帝而已；海瑞更是用了“嘉靖者言家家皆净而无财用也”这样的一句话说明天下臣民对皇帝的失望。徐阶在此疏中也被牵涉到并被指责说他掌权后政事相比之严嵩时候没有区别，海瑞认为徐阶没有以天下为重，在社稷臣民需要依赖的时候没有尽职。嘉靖看到《治安疏》以后非常愤怒，甚至把奏本摔到地上并想让人直接逮捕、杀死海瑞，在听说海瑞已经备好棺材后就只能先作罢，将奏疏留中数月。这段时间嘉靖还特意下谕于徐阶，让他暂住在南都理别殿用以避开海瑞。后来嘉靖生病，召徐阶议事时又提到海瑞，不想让海瑞在他病好以后还要诟病自己，就将海瑞下诏狱，让锦衣卫严查。后来又将海瑞转移到刑部继续审问，而徐阶为了保全海瑞，在拟罪时告诉法司诸臣说如果拟他从轻发落，嘉靖肯定会重处海瑞，只有拟重罪才有可能让这件事情沉没下去。徐阶又上疏说皇帝圣明的话那么臣子也会直言，尽管海瑞比较鲁莽，杀了他反而成全了他直谏的名声，不杀了他则也可以看到皇帝的心胸之广。嘉靖一开始将此疏扔到地上，又捡起来再读了一遍，并又读了海瑞的奏疏，最后免除了海瑞的死罪。而嘉靖的确如同徐阶之前所说的，将海瑞的奏疏继续留中，留海瑞在狱中。明人朱国祯在《皇明大事记》中评论说当时大多人都说徐阶本来想要杀死海瑞，幸赖嘉靖圣明没有听信；姜得成先生在《徐阶与嘉隆政治》一书中探讨了海瑞上疏一事，认同了朱国祯的评论。
在海瑞奏疏的刺激下，嘉靖在《治安疏》上呈于他被激怒后就密谕徐阶说现在传继是第一重要的事情，想要内阁诸臣拟票执行，更是在谕中称海瑞为“此物”。而徐阶为了不使得内廷与外廷进一步混乱并保护海瑞，回奏嘉靖解释说海瑞没有任何要他传继的意思，并说谕中让他们拟票的原本已经被封进，希望嘉靖再次裁定。很快嘉靖又下谕认为徐阶如此包庇海瑞，如果不依照他最初的处理，这样生病期间岂不是要受到这个“畜物”的肆言，因此嘉靖让徐阶再行计议。于是徐阶再次回奏，重新强调了说海瑞之所以有这样的言论还是因为依仗“圣主在上”。而嘉靖第三次下谕坚持传继时，徐阶坚持否决传继之事，说这是“必不可行之事”，这才打消嘉靖的传继之思。
早在嘉靖四十四年开始，嘉靖的身体就已经越发虚弱，并在四月份就下谕于徐阶说他“体力未强健，中气不足”，徐阶在回奏中认为嘉靖应该继续调养，尽少再服食道士所进丹药等物。徐阶后又于嘉靖四十五年正月阻止嘉靖服用方士刘文彬进献的丹药，并在接下来的几个月中多次上疏告诉嘉靖要“护养元气”。八月时，徐阶因九边奏捷被加恩，荫其子徐瑛为中书舍人。然而在十一月的时候嘉靖依旧服用了方士王金进献的丹药，身体越加虚弱，导致朝廷人心惶惶。十一月二十五日，宫内误传说嘉靖驾崩，时任裕王府内官承奉的李芳遣人询问徐阶，被徐阶以“圣躬无恙，何得有此怨言”斥退。一直到十二月十四日，嘉靖突然病情加剧，于午时驾崩于乾清宫。由于嘉靖在位近五十年，群臣都没有处理大丧礼的经验，徐阶身为首辅不得不查询章典，最后为嘉靖的丧事写成多篇仪注。在执行丧礼期间，徐阶召他的门生张居正一同撰写《嘉靖遗诏》稿，而当时已经入阁的高拱等人却因没有参与拟诏，越加忌恨徐阶，郭朴甚至放言说徐阶在诏中诽谤先帝（世宗），都可以被斩首了。
在遗诏中，徐阶列数嘉靖多项弊政，并后又平反因直言上谏得罪诸臣、将方士等人定罪、停止因修道的斋醮、采买的工作。此诏书下后“朝野号恸感激”，把遗诏和杨廷和所拟《世宗登极诏》并以为世宗一朝始终盛事。明人伍袁萃、黄景昉评说此遗诏是徐阶所撰平反诸事顺应社会潮流，大快人心，当时正好是改革之际，大家都希望有所革新，而遗诏“曲终奏雅，亦天意有以成之”。而此诏也因此使得徐阶达到了个人政治生涯的顶峰，开创出嘉隆政治中虽短暂却极其精彩的万物苏生、承上启下的崭新局面。
嘉靖四十五年十二月十八日起，根据徐阶所拟《劝进仪注》，群臣于十八日、十九日及二十日遵照遗诏三上劝进笺，劝裕王上位。二十一日由礼部上呈《登极仪注》，直到二十六日裕王正式登基，颁布《登极诏》。改元「隆慶」，是为隆庆皇帝。
在登极诏中，徐阶厘革旧政，写下三十条新政，包括革正礼仪制度，对百官的平反、考察、陟黜，管理、清查各库局，赋役、牛马、粮草的蠲免、征纳，以及各地军务管理。姜得成先生认为隆庆登极诏的基本主旨是“先志不可不成，圣训不敢不奉”，徐阶此举力求两纸诏书之和谐一致，淡化非正常父子关系投下的阴影，避免可能给新君带来的“改父”疑虑和嫌疑，弥补父子非正常关系给后人心理上带来的无限缺憾，在诏中渲染了父子的和谐融洽、一脉相承的气氛。
在颁布《隆庆登极诏》后，礼部就诏中所言事项一一商议，徐阶为此主持了嘉靖两位皇后的丧礼，拟定她们的谥号。
明穆宗登基后，徐阶依旧为内阁首辅，此时徐阶的权力相比于前朝更大，后被高拱形容其职权“无所不兼”。很快徐阶在二月份的时候就上疏请增阁臣，让张居正、陈以勤入阁。随后胡应嘉、岑用宾、李复聘、李贞元带头弹劾高拱，被误以为是徐阶之意，使得高拱和徐阶的关系恶化。没隔几天，隆庆册立皇后，以朱希忠为正使、徐阶为副使，昭告天下，并以徐阶是当初藩邸旧臣为由加恩他的儿子徐瑛为尚宝司少卿。
隆庆元年三月初，隆庆想要回他为裕王时旧邸，令孙斌传旨说他准备在十二号去一趟，但是旨意下达后徐阶即刻上疏想要隆庆呆在宫内，他解释说由于隆庆“身承宗庙社稷之重”，需要遵循典章不轻易外出，因此除郊祭等大典外最好“尊御法宫”。第二天，隆庆绕过徐阶下中旨给礼部，但是礼部官员也将此旨驳回，徐阶知晓后再次上《请允礼部止幸旧邸》疏请求隆庆可以收回成命；在三月十二日，隆庆预定要回旧邸的那一天，徐阶上第三疏《请允科道止幸旧邸疏》，以同样的理由想要隆庆不要轻易外出。然而，隆庆最后依旧选择幸临旧邸，徐阶等阁臣无法阻拦。
徐阶很快又上疏请求隆庆开始经筵、日讲，隆庆同意后后让徐阶和朱希忠一同知经筵事，于隆庆元年四月二十二日正式开始经筵。但是在时隔一个月后的五月二十一日，隆庆突然下旨说由于天气炎热，经筵和日讲全部暂停，等到八月份再行议论。尽管李春芳遵从了圣旨所说，多位科给事中上疏请求隆庆延续经筵日讲，当时告病在家的徐阶在知道此事后上《请允科道奏开讲读》疏，在疏内提出尽管经筵可以暂时停止，但是日讲最好不要停止，他解释说科道官员是因为想要隆庆学习更多“圣学”，这才上疏。然而奏疏被送进去后石沉大海，隆庆对此没有任何反应。直到六月九日，徐阶再次上疏，拿何其鸣、张卤的奏疏为例提出继续日讲可以让隆庆更好的施行国策。然而经过这一个月的僵持，隆庆最后没有听从徐阶的建议，依旧罢去经筵。
徐阶由于过度操劳，当时劳累时走路都需要人搀扶，早在四月初六不得不上《患病乞休》疏，请求致仕，却被穆宗留下。仅仅月后，时任广东道巡察御史的齐康弹劾徐阶，在疏中他认为高拱被屡次弹劾都是徐阶所指使，抨击徐阶专权误国，阻拦世宗传继之事，新皇登基后又和李春芳互相助长声势。虽然隆庆听后直接下旨指责说齐康在妄言并安抚徐阶、李春芳，但是徐阶在五月十八日依旧上《被论自陈》疏，就所言事一一解释，举例说明他位礼部尚书期间多次上疏请求立储，更是说明他所做事都有存档，只消请厂卫一探究竟，最后他又请求罢免自己和儿子以表清白。隆庆阅览此疏后，派李一元、侯瓘、郭瑀前往徐阶府中，宣旨说要徐阶继续工作，不得延误；徐阶却借卧病不出，在两天后上《再乞休》疏，此间说他自己根据齐康的言论罪有余辜，希望可以辞官。而外廷借此开始攻歼高拱所党，时任大理寺丞的海瑞为徐阶辩驳说徐阶执政的时候忧勤国事；而齐康身为鹰犬，罪大恶极。六科给事中多有上疏请求责罚高拱、齐康，隆庆在外廷的压力下，在徐阶上《再乞休》疏同日将齐康贬官到外地，仅仅三天后又将高拱送还乡里。尽管高拱已经退任在乡，但是徐阶依旧以身体为由于五月二十四日及二十六日上两本奏疏请求致仕，皆被隆庆驳回，外廷百官也顺势上疏请留，迫使徐阶再次复出。
这一事件最后被多人所职责，认为高拱浅衷狭量，甚至导致了后期高拱担任首辅时尽反徐阶隆庆初年的政事。
隆庆元年六月，隆庆对徐阶说尽管他登基以来徐阶等人都有辅弼，但是近来科道官员一直“欺言”，于是让徐阶对此做出解释。徐阶在阁中接到谕旨后有人提出说隆庆用“详处”二字，恐怕不能不给台谏官员降罪，却被徐阶驳回，在回复的奏疏中解释说由于不能揣测皇帝的意思，所以会多有言过其实、不谙世事之奏，而后隆庆果然没有因此降罪于任何人。但是在七月二日，时任御史的李惟观便上疏以北京暴雨、宣大地震以及江南的水灾为例认为隆庆此时不应该限制言官上奏；紧接着时任工科给事中的冯成能也以相同理由劝告隆庆，说言官谏言是十分重要的，而后经由徐阶拟票平息了隆庆和外廷继续追究的意愿。
次年四月，宦官许义在宫外手持利刃吓人财物，碰到时任巡视中城御史的李学道后甚至谩骂对方，李学道非常恼怒，并没有等上朝时参奏便就地处罚鞭笞许义。后许义所党都十分愤怒，到司礼监哭诉希望可以抓住李学道报复，徐阶告诉他们说尽管李学道不知事理，但是中官私自出宫也是重罪，众人听后也暂时放弃继续追究此事。然而在次日早朝，李学道就上疏参奏许义，激怒了那些宦官，在午门外被百余宦官殴打。以王廷为首的一众言官见此决定上奏纠问中官，却被徐阶以以前皇帝袒护宦官的理由而拖延。徐阶后又让人去问文书官尚文道他们司礼监现在又该如何做，尚文提出说只要徐阶不偏袒外廷一方就行，却被徐阶吓唬说这样继续发展下去会被皇帝重责于司礼监，因此需要先行奏报，在王廷等人奏上前参奏参与进去的那些宦官。而后太监滕详按照徐阶所言参奏给隆庆，许义等十二人被锦衣卫捉拿并在东上门外受杖刑并充军，外廷因此士气大振。
隆庆在早年多次在军队、地方启用中官，即宦官。徐阶并不赞同对中官过于放权，所以多次上疏阻止。隆庆元年七月，太和山提督中官吕详因贪墨之罪被时任湖广巡按御史的陈省弹劾，兵部在覆奏时更是提出要将中官分守地方的职权永远裁革，并停止当地的贡品。在此疏通过后隆庆却又下旨说要司礼监刘进去替代吕详，却又因欧阳一敬谏言再换另一监丞柳朝，因此徐阶上《论太和山提督内臣敕书》疏劝阻隆庆，在奏疏内解释说这本来是宪宗时候就有的旧制而且这些中官在地方会为害一方，民心不稳，希望隆庆可以撤回中官之职。最终隆庆被说服，按照宪宗朝制拟敕，令柳朝只能提督太和山关防而不再分守地方。
九月癸丑，隆庆下旨令中官吕用、高相、陶金坐营团营，尽管兵部尚书郭乾试图上疏阻止，被隆庆以《大明会典》所载条例驳回。后以时巡视京营的兵科都给事中欧阳一敬为首的多位言官都上疏请求隆庆撤回成命，却被他把本章都送到了内阁令徐阶过览。徐阶了解此事后上《进拟科道谏止内臣坐营票贴》疏，在其中赞同了郭乾的提议，说团营本就没有，嘉靖后来也取消了这一制度，希望隆庆可以效法太祖、先帝，撤回成命。隆庆接到奏疏后十分不悦，下谕指责徐阶和言官都不尊上意，使得徐阶不得不再上第二疏《缴内臣坐营谕》解释说现在恢复三大营后事态良好，中官坐镇团营则需要再次变更先帝的种种法规，最终说服隆庆罢去此念。
隆庆三年二月，隆庆派遣中官李佑前往苏杭等地负责织造事物，尽管受到了工部和都察院的阻扰，却依旧被执行。徐阶在拟定敕书前再三警告李佑，告诫他不要争利，在得到李佑的保证说他会将成品送到隆庆御前而不是通过织染局后，徐阶才写定了敕书交由李佑。
由于嘉靖已经去世，徐阶先是按照遗诏所写起复了前朝因言获罪的诸臣，将为诸臣平反而被除名的陈瓒引为吏部给事中，直接上疏为杨继盛、罗洪先、杨最等人请恤，此举得到了天下士子的称赞。隆庆二年初，徐阶引新科进士、翰林院编修黄凤翔在内书堂教导宦官，他在《田亭草》中感叹他在教习很久后才发现徐阶对于当时宦官教育的贡献巨大，在书内黄凤翔提到徐阶早在嘉靖四十四年时就开始改革对于宦官的教育，他认为以前教习宦官的都是已经有过多年经历的人，门生过多，因此开始录用新晋翰林教习宦官。徐階執政時期，为民办了许多事，減輕百姓負擔，并着力纠正严嵩担任首辅期间的乱政、怠政现象，朝野稱之為“名相”。
隆庆元年八月二十六日，隆庆下旨准备亲自于天寿山进行秋祭，徐阶得旨后并没有执行，而是先上《止驾诣天寿山》疏劝阻隆庆。徐阶在奏疏中解释尽管隆庆是因“圣孝”才想亲自去天寿山，但是天子之孝以社稷为重，这也是为什么礼制规定天子亲自去的只有太庙，山陵等之需要排遣官员就行；他还说宣大蓟辽四镇经常有警报，不适合天子外出。隆庆紧接着下旨让徐阶遵照之前的旨意执行，徐阶便于次日再上疏继续劝阻，他奏说边报紧急，而且沿路百姓由于天灾非常愁苦，如果隆庆一路走过去，难保没有什么意外。隆庆对此回应说他（徐阶）接到圣旨就应该执行，为何还要有这样的“烦言”，徐阶不得不继续回奏，引用了李世忠的回报，说喜峰口、古北口都有敌军要犯，继续劝说隆庆，隆庆最终放弃了在此时亲去，说等事态平稳后再议。
在隆庆二年二月，隆庆决定亲自去天寿山进行春祭，就在十三日，时卧病在家的徐阶被催促跟随前去，他更是被以“公独能高卧不一，扈跸奉俎豆于永陵之下乎？”所威胁，不得不在二十七日跟随隆庆一同春祭。二十八日到达天寿山后，隆庆本来想要出斋宫观看历代陵墓的形势，徐阶在旁以旅途劳累为由继续阻拦隆庆外出的念头，使得隆庆最后祭典完成后才得以一观。
在春祭结束后不久的三月十二日，隆庆因宦官提及南苑兴盛，下谕要去其南海上林苑视察。谕旨下达内阁后被徐阶留下，回奏说上林苑没有视学耕籍相关的事物，不值得他去视察；又说才从祭典回来不久，不宜再次出行。然而隆庆并未理睬，在二十五日下中旨通知了各衙门。以吏部尚书杨博、监察御史郝杰为首的一众官员都上疏请隆庆不要游幸，徐阶也根据他们的奏疏写了一篇奏疏呈上。却不想内阁传出说游观南海子是祖宗故事，行宫也还在，不需要多言什么。这引起了反对者的动摇，最后在傍晚奏疏才得以呈进。次日，隆庆起驾前往上林苑，到达后却发现那里一片莽荒，行宫治理不佳，也后悔来了，遂回程。而跟随隆庆的徐阶在路中因多有愤怒、惭愧之情，食不能咽，在归还后便生病了。因此他不得不请假在家调理，在奏中本还请求致仕，然而隆庆下旨派遣太医帮忙调养，并赐下不少酒肉，并婉言拒绝了徐阶的辞呈。
隆庆二年二月四日，徐阶一品考满十八年，他顺势上疏请求致仕，在疏内说他已经六十六岁，精力衰竭，体弱多病，希望可以致仕，并“不惟辅弼重任不玷于非人”。两天后，隆庆下旨说他九年再满十分高兴，不准辞职，还让吏部继续草拟徐阶的恩典。徐阶接到圣旨后又上《乞休并收回恩命》疏，说他这次历满九年并还有恩典的确不胜感激，然而他依旧年老体衰，最好请辞，吏部所拟的赏赐一概不要。隆庆以为徐阶前一次奏疏只是因为循例上疏请求恩典，所以在徐阶上第二疏的时候下旨垂问说已经让吏部重加恩赉，为什么还要继续请辞。随后他又下旨特为徐阶的俸禄加到伯爵一级，荫恩徐阶的一位儿子为锦衣卫正千户。在一个星期后被隆庆点为钦命九推大臣，但是徐阶在数日后上了第三疏致仕，又被隆庆拒绝，还遣人送他一套大红麒麟服及很多赏赐，并请他继续辅理朝政。事后徐阶则借由自己生病的机会，继续连上多道奏疏，想要致仕。
同年七月十四日，时任户科左给事中的张齐上《边事重大元辅不堪恳乞圣明大奋乾断亟赐议处以保安宗社事》疏弹劾徐阶，在疏内他举出徐阶早期支持嘉靖修道，然而在遗诏里面历数信道的过错，和严嵩结亲但是后来反而攻歼严家，这样的徐阶“为人臣不忠，与人交不信”。尽管隆庆随即就将张齐贬官出京，徐阶在七月十五日便上《被论乞休》疏，他在疏内借张齐所疏为由坚决请求致仕，但也在内详细解释了他被张齐所弹劾理由背后具体的原因。隆庆在犹豫两日后徐阶又上一疏请求致仕，他的辞呈被准许。此事在当时多有争议，多人记载徐阶的辞呈被同意是因为李芳的缘故。时任内官监太监的李芳和徐阶曾有结怨，他早初想要找徐阶的门路来当上司礼监太监，却被徐阶所拒绝；在徐阶上疏前又有吴时来弹劾刘秉仁勾结内侍，这导致李芳误以为徐阶想要斩杀他这个被刘秉仁所称赞的太监，由此更加怨恨。而在徐阶上奏后张居正向李芳透露了徐阶不想继续任职，因而李芳借此机会传旨同意了徐阶的辞呈。
谕旨下发后，内阁大学士张居正、李春芳等人上书想要穆宗挽留徐阶，穆宗解释徐阶已经多次递辞呈了，现在还照仿杨廷和旧事给予徐阶了很多赏赐。吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀等人也都上书请求将徐阶留下，被穆宗留中。这时，都察院左都御史王廷上奏说张齐如此弹劾徐阶的原因是因为他所勾结的盐商贿赂徐阶不成，利益收到损伤所致。穆宗很快下谕令将张齐下狱，并让锦衣卫去进一步定罪，徐阶因张齐所上的辞呈并没有因此被驳回。直到隆庆四年，张居正向徐阶致书，他在内向他老师说明了三件对不起徐阶的罪过，分别是在高拱被罢官时不帮助座师、徐阶致仕时也没有帮忙表明老师的诚节及在此后的三年中也没有为此表明清白。
徐阶在万历四年转告王锡爵的书信内对他的政绩进行了一番自我评论，他起头便解释了他之所以拒绝张四维为修《明世宗实录》的访问，是因为在此期间有很多难言甚至于不忍言之事。后他说嘉靖曾以为内阁阁臣无相名而有相道，他在内阁十七年，执掌朝政超过六年，对嘉靖恼怒、疑惑基本都可以转移解救；对朝廷士人，哪怕在被严嵩所黩贷之后，也能变贪为廉，通过诚、正使得官吏服气，能让他们大多不再放纵肆扰各个机构。对内的九卿及都察院，他以谦虚的态度对待他们，让他们各司其职；对外将帅他施以恩礼，使他们可以尽心守御。徐阶说这些事情通过他的拟票、所写诏敕还有奏对都可以看得出来，但是又有很多事情只是临时谋划，无法一一记住，也没办法写下来。徐阶认为他做的关系社稷的事情中最重要的是阻止了嘉靖南幸及保护穆宗，他觉得嘉靖父子之间的事情是不忍言之事，身为臣子需要仰护主上的盛美。
隆庆二年七月二十一日，徐阶正式从京城出发回家，九月初四抵达华亭。后来隆庆下褒美之敕，徐阶诵读后感激涕下，谒祖茔后刻辞于石。十二月十四日为世宗祭日，徐阶以素食竟日，这也成为他每年的习惯。徐阶在回到华亭后主要以享受生活为主，很少再阅读经籍，转而和好友共同钓鱼、咏诗。不久后由于长时间没有居住于南方，水土不服而患脚疾，不得不称病谢客，卧床在家听晚辈诵读诗文。在此期间，徐阶的思想观念多有转变，他以孔孟程朱为例，认为将自己的著述流于后世比之官爵更加有价值。
隆庆三年六月，时任佥都御史的海瑞巡抚应天，在其任期内颁布了《督抚条约》，清查当地政务。徐家由于拥田众多，海瑞清理土地的诉讼案件、勒令豪门大家清退田土时他们也受到了极大的影响。徐阶在了解到海瑞的施政意图后，他先是致书时为松江知府的衷贞吉，指出海瑞尽管为人民着想非常恳切，根据新法这样下来奸民就会坑害富户，并又向衷贞吉提议了一种新的借贷办法，认为这个方法可以一举两得使得“庶恤贫安富”。徐阶同时也支持海瑞当时的政策，即刻退还家族名下部分田地，是当地最早退田的人家之一。海瑞后再次复书徐阶，认为徐家还需要清退更多土地。时任内阁首辅的李春芳也致书海瑞，却想不到，海瑞坚持要徐阶继续清退土地，他在回复的书信内例举了徐阶以前在当地针对水灾等事的功劳，说为了徐阶“百年后得安静”，最好清退一半的土地，以免“群小”的骚扰。徐府此时也因大量诉讼者而被烦扰不堪。后来给事中戴凤祥等人也上疏弹劾海瑞，戴凤翔在疏内认为海瑞“鱼肉缙绅”，尽管有为国为民之心，但是做事太过急躁。最后海瑞被罢免。
徐家在海瑞就任时所拥有的土地数目有多种记载，少则二、三万亩，多则四、五十万亩。
仅仅半年后，高拱再次入阁并兼领吏部尚书一职。据记载，当时他曾说其做事要“正大磊落”，明言摆脱他与徐阶之恩怨。然而于九月初六，高拱就上《正纲常定是以仰裨圣政》疏，以唐枢、王俊民的事情为例，试图抨击徐阶恩恤嘉靖朝因直言获罪之臣一事。高拱在疏内指出徐阶这样大量为那些被世宗所贬官的人平反是“悖君臣之义，伤父子之恩”。不久于九月十六日，高拱又上《辨大冤明大义以正国法》疏，以嘉靖享年六十岁、聪明睿智等为由，以希推翻王金案，尽反徐阶之政，认为徐阶“诬先帝以不得正终”。在阅览其奏疏后，穆宗下旨令刑部、锦衣卫再次会审，最后推翻了原判。尽管有多人上疏反对此判决，这依旧使徐阶不得不致书曹贞庵为他解除困境。
隆庆五年，王元宾以孙克弘之案牵连至徐阶，在疏中极言诋毁徐阶，而两个月后苏松兵备副使蔡国熙也以此治罪徐阶诸子。徐璠、徐琨都被罢官充军、徐瑛更是被削籍为民；时值徐陟也去世，徐阶被迫向高拱书请宽释。不过就在次年四月，蔡国熙便被调职，高拱在神宗登基一月后被罢，徐阶为此朝天拜谢天子（万历），说：“天子圣明，念老臣无罪，何以报塞大恩”。而后有人问他以前的这些事情，都被他以“老而好忘，忘之久矣”回答。
万历三年，徐阶大病，在致书李见罗时说道自己已经七十三岁，夏天这次大病虽然没死，但是也已经是废人了。秋天时海潮倒灌淹没了很多田野，徐阶请托巡按御史上疏请减免漕粮和常赋。万历十一年二月，徐阶以八十一高寿因剧病在月末与世长辞，李廷机后为徐阶请上文贞谥号： 万历批准后又追赠徐阶为太师，他的孙子徐元春也升官为光禄少卿。
正德十五年，心学传人聂豹在华亭县担任知县，因徐阶学识奇异便传授给他王守仁所完善的心学。徐阶当时在座师聂豹的影响下，将心学“知行合一”以及“仁爱”等思想代入他对朝廷的理想，提出仁民爱物是天理自然、将万物总结为仁爱二字；他认为古人问学的目的是为了追求德性，而后来者则把学、德分离，失去了问学的本意，因此为政不德，将道德、勋业、文章分为三途。在徐阶的认知中，为政的官员需要将仁爱之良知先在自己身上施行，再施行与天下，这样一来就可以达到知行合一、政学不二的目的。徐阶后来在孙承恩致仕时也作序提到朝廷内有大臣用巧言花语顺从上意以获得荣宠，他们在得势时都认为他们的计策成功，却不知道技穷后逃不脱随之而来之戮，国家大事也会因为他们而变坏。徐阶不但自己提出各类观点，他后来重新回到京师做官时和罗洪先等王氏心学的传人一同游玩探讨，更是在灵济宫讲学，后来每次都有上千学徒在那里听讲，影响了朝廷内许多官员的为政理念。
徐阶掌权时行政的主旨用“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”概括，通过南炳文先生的研究，徐阶这三句话总结起来最终的作用是推动内阁回归其本职，让六部发挥其应该有的作用而不是成为内阁的附庸。徐阶认为之前的夏言、严嵩等人专制政事，自他开始不能延续这样的事情，需要将内阁的权力划分给六部分担，他想要重新调整内阁与部院的关系。姜德成先生认为徐阶此举在于学习前朝三杨内阁的运作模式，内阁和部院同寅协恭，这样一来可以达到充分发挥内阁综理庶政的职能，间接削弱嘉靖对于外廷的控制力。谭天星先生认为嘉靖时期就是内阁和部院关系的转折点，徐阶也是其中一位-在嘉靖三十一年徐阶进入内阁成为“决策层”的一员后依旧兼掌作为“执行层”的礼部的大小事宜，这样一来就使得内阁名正言顺的插手部院事务，以内阁成员的身份处理事务而非六部尚书的身份，徐阶在接掌首辅之位后“以政务还诸司”的理念就是在这样的背景下所产生的。
在徐阶退位后，他在政治上主要选择退让、不再在意的态度。在海瑞退田一案爆发后，张全山曾前去拜访徐阶，他因此案赠予“忍”字给徐阶，期望徐阶可以忍就海瑞之政。徐阶反而向张全山赠予另一字“忘”，表明其当时的心态。
徐阶身居九卿之位时需要主持、参与各类祭祀典礼，如表所示： 谈迁：“华亭虽任术，庸何伤”
《明史》：“徐阶以恭勤结主知，器量深沉。虽任智数，要为不失其正。”
李诩：“阶赤舄几几，羔羊素丝，嘉隆之际，亦何下廷和哉。惟其小用权术，收采物情，识者不无遗憾焉。”
黄宗羲：“先生之去分宜，诚有功于天下，然纯以机巧用事。敬斋曰：处事不用智计，只循天理，便是儒者气象；故无论先生田连阡陌、乡论雌黄，即其立朝，大节观之，绝无儒者气象，陷于霸术而不自知者也。”
徐阶一生有多种著述，包括自己所写文集及选编他人文章所成文集： 徐阶历经三朝，除各种文集以外，也有朝廷所命而写的作品：
徐阶共有两任正妻，元配夫人沈氏名仲恒，字可久。祖父名沈淮，曾任云南按察司历。父名沈锡，号柘山。沈仲恒是沈锡的女儿，正德十五年，时任华亭县令的聂豹向沈锡推荐说徐阶最适合当他的女婿，而同样中意的沈锡便纳聘徐阶。至嘉靖二年，进士及第的徐阶在父母之命下迎娶年方十九的沈仲恒。沈仲恒入徐家后明义理、识大体，对待公婆、弟妹都非常友善孝恭，更是以家中勤俭为乐，曾说过：“夫俭者廉之操，而奢者赂之端，劳者善之基，而逸者纵之始也。今仕宦而败者，何尝不由于奢与纵，吾夫方厉志节，吾敢以是为累乎？吾乐此不知为苦也。”。 ​嘉靖三年徐黼去世，徐阶三年服除。携妻复官。沈氏俭身节用、操持家务、侍候夫君、养育幼子，却不幸于嘉靖九年溘然病逝。卒年仅二十六岁。终前抗手谢夫君曰：“无恸妾，善保子躯。”时值徐阶以祀典事开罪首辅张璁，命运叵测。即贬延平刑推，匆促赴闽，不成葬丧，凄然叹曰：“我生漂零，汝死悲辱。”经过十年奔波后才得以回乡，在嘉靖二十年七月葬下沈氏，同时为她写了一篇祭文。 ​沈夫人卒后，徐阶仍与沈家保持密切关系。至沈柘山公去世时徐阶极悲哀，致诗沈夫人弟沈少畬，缅怀柘山岳丈：“君家原住苎湖西，乔木阴浓一望迷，往事祗今那可说，数株哀柳夕鸦啼。高才沦逝几经秋。每读遗文泪便流，往复老天应有意，凤雏连出旧丹秋。”至万历十一年徐阶去世，长孙徐元春方官太常卿，请赐祭典于朝，并及祖母沈氏。沈氏以夫徐阶尊，初封孺人，再赠恭人，累赠一品夫人。 徐阶第二位正妻是张氏，她是成化时期大臣张蓥的后人，她父亲张岦时任大名府别驾。嘉靖十三年徐阶升迁为浙江提学佥事，回乡看望顾夫人时迎娶张氏。由于在徐阶入阁期间操劳家务井井有条一直累封到一品诰命夫人。后来祭祀孝烈后时便下旨令张氏主祭，而张氏此时虽然贵盛至极，依旧雅尚俭朴，甚至亲自监督女工织造。张氏晚年信奉佛教，向周围邻里施舍很多，被大家口口传颂。万历十一年徐阶去世，张氏也因此悲哀过度而病倒。万历十一年九月二十日，张氏与世长辞，享年六十八。她临死前嘱咐儿女要好好就学，不能侈靡，她死了以后葬礼不要挂帛、摆祭牲，更不要作佛事，一切尊崇徐阶所定家法。