楊乃武與小白菜案
楊乃武與小白菜案，大清刑部定名浙江民人葛品连身死案，发生于大清国浙江省余杭县，事緣同治十二年（1873年）年末葛品连暴毙，其妻葛畢氏（俗称小白菜）卻被誣指与新科舉人杨乃武谋奸毒殺丈夫，后因为仵作错判尸格、知县刘锡彤刑逼下酿成冤案，后因《申报》持續报道引起朝野关注，杨乃武家属在北京的浙籍官員协助下两次到北京上诉至两宫太后处，案情经过多次重审维持原判后移交北京刑部，刑部开棺验尸确认葛品连非系毒死，最终光绪三年（1877年）刑部判决被告葛毕氏和杨乃武、原告沈喻氏及一干证人因伪证诬陷从轻判处杖责等刑，主审官员刘锡彤及仵作、门丁俱从重判处，其余参审官员大多以革职论处。
此案是清代法制史的標梽性案例。法學者鄭定、楊昂研究此案時認為：「閣部大臣到地方官僚，甚至上至兩宮皇太后，下至小小仵作，都在此案的審理中扮演了重要角色。因此我們有理由認為，這一案件是清代司法制度的最集中、最全面的體現。[...]官方重視，故而檔案卷宗保存較為完備；再加報紙報導、民間傳說、正史、野乘，以及眾多涉案人員的公牘、筆記、文集、日記、回憶錄等相關文獻的大量出版[...]。凡舉晚清法律研究之重要課題，略如刑訊、驗屍等證據制度，上控、京控、會審等上訴制度之諸端，皆可由此案而詳察其過程。」
中国古代长期将笞、杖、徒、流、死五刑列为基本刑罚，死刑是其中最严重的刑罚，在《大清律例·名例律》中规定死刑只有绞、斩两种行刑方式，然而在固定刑罚之外还有非常用的凌迟、枭示等酷刑。清代实行死刑监候制度，所谓死刑监候，根据《大清律例·名例律》律文“小注”，死刑犯人除了判处“应决不待时”之外，其余都需要先行监禁一段时间，等候刑部秋审、朝审复核，刑部将死刑案件分为“情实”（情况属实，理应死刑）、“缓决”（暂缓决定）、“可矜”（情有可原）、“可疑”（案情可疑）等类别，分别奏请调整刑罚或维持原判。此外，清代司法规定只有皇帝才有资格判处罪犯死刑，地方州县只有判决笞、杖等较轻罪的权力，对于徒、流及以上，只有总督、巡抚级别才有资格处理，地方督抚只有按照律令拟办罪名。
清代死刑案件需要经过侦查初审、审转解司、复审具题、中央审理5道程序：侦查初审一般由州县一级负责，清代州县衙门一般存在放告时间，一般在每月3、6、9或3、8日放告，专门处理民众呈控，但重大案件可以随时呈控，例如本案沈喻氏就是和地保在葛品连死后的10日呈控，州县一级虽然没有笞、杖以上的判决权力，但对于人命案件格外谨慎，《律例》要求县官务必亲自到场检验尸体，官员如不及时到场或转委他人则可判处杖刑，州县官员可以通过包括刑讯在内各种方法获取本案“实情”，接着需要按照《律例》或者判例进行拟罪，县级官员可以就十恶、命盗案件拟死罪，法律又规定州县结案需要犯人“服输口供”，因此逼供在所难免，结案后州县将犯人及案件材料递交上级的府；府一级的审转解司属于法律之外的司法惯例，州县递交案件后，府一级不仅需要审查其递交材料、人犯，还需要对州县押解的人犯、供词重新开堂审理，如果和县审没有出入就可以提交省一级的按察司和督抚，然而很多时候地方知府为图方便会直接将需要重新审理的案件转交下属首县处理，因此大多敷衍了事、很少平反；在省一级，死刑案件需要经过按察司和督抚两次复审，按察司主要负责具体审理，督抚主要负责向中央传达案情，清代按察司为彰显其权力几乎每案必驳，经常固执成见、不以实情定案，按察司程序核查后案件转至督抚审理，督抚主要关注官员在案件中的履职情况，不一定清楚案情来龙去脉，属于地方的最后一道审理程序，审理无异后便具题皇帝；中央负责死刑判决的主要为刑部、都察院、大理寺三法司，清代继承前代“刑部受天下刑名、都察院纠察、大理寺驳正”的制度，但刑部权力独重三法司，都察院有负责京控的职责，大理寺行使平复冤案职责较为罕见，按照规定审理后死刑案件将会具题呈送皇帝，皇帝一般形式上批准，但偶尔也会批复案件。
太平天国战争之后，清政府为了应对各地农民起义频发的动乱局面，不得不放宽死刑复核制度，允许地方官员直接将囚犯“就地正法”，这也导致了原本的死刑裁决权分散到地方，各地官员直接把控生杀大权，一旦有人鸣冤则官官相护、阻挠打压，对抗中央干预案情，因此冤假错案数不胜数，其中以浙江的杨乃武与小白菜案（本案）、江宁的三牌楼案、河南的王树汶顶凶案最为典型。因此在本案平复之后地方大员往往持抵触态度，例如当时沈葆桢就评论“不冤杀匹夫匹妇而反黜学臣”。
所谓上控制度，是中国古代特有的审判制度，当事人如果不满审理或判决结果，可以向上控诉，称之上控。根据《清史稿》记载，清代以州县审理为初审，当事人不服则需要逐级向府、道、司、院上控，如果违反规定越级上控则可判处笞刑，对于上控的案件，上级部门既可以自己审判，也可以发回初审部门重审，也可以转交其它州县审理，然而在实践中上控事件一般都发回原审部门重审。依照清律，上控分为两种情况：其一是案件尚未在州县审理或尚未审结，如果不涉及官员作弊一般都交回原审处理；其二则是案件不受州县受理或已经审结而当事人自认冤枉，上级不得托辞不受理，需要提审或者发回再审；如果事关重大，案件情节曲折，则有上级部门发交下级审理，例如在督抚处呈控，督抚则需要发给下级道台处理。京控是指，冤情上控至北京都察院、通政司或步军统领衙门处的情况。京控需先要府、道、司、院上控未果才能进行，属于最后才能进行的上控。叩阍，即直诉，直接向天子秉明申诉，根据顺治十七年（1660年）《木榜条例》，清代叩阍限制严格、处罚较重，非军国要务、大贪大奸、奇冤惨异不得到衙门前击鼓申诉，如果违反则可能视作刁民、奸人杖责示众；乃至康熙七年（1668年）《木榜条例》停止实行，稍微放宽叩阍限制，仍旧限制于事关重大的案件。
葛品连，案件死者，乳名小大，讹名葛品莲，浙江省杭州府余杭县人，系沈喻氏与葛奉来独子，妻子葛毕氏。父亲葛奉来早逝，母亲沈喻氏独自抚养葛品连，后太平军入侵余杭掳掠葛品连，沈喻氏无夫无子于同治二年改嫁木匠沈体仁。次年，葛品连从太平军那里逃回，继父沈体仁推荐他到豆腐店当伙计。当时沈家隔壁就是沈喻氏娘家远亲喻敬天家，他的妻子喻王氏也有一位前夫所生的女儿毕生姑，于是沈喻氏就通喻王氏订下婚约将毕生姑许配给葛品连。同治六年十月，喻敬天在余杭县澄清巷杨乃武家隔壁造房，举家搬到澄清巷居住。同治十年，毕生姑成年，葛品连找来母亲商量婚娶过门，丈人喻敬天于是讨要彩礼，要葛品连造房子，葛品连出不起房子的钱，于是他的义母冯许氏说情以洋钱八十元作为彩礼另附宴席费用洋钱六十元，借喻敬天家为婚房操办婚事，又托杨乃武择定吉日次年三月初四成亲。当时沈喻氏丈夫沈体仁正在为杨乃武家重修屋舍，沈喻氏听说杨乃武所自己家自住有余想要出租，委托赵兰荣向杨乃武于同治十一年二月签订租约，每月月租800文。同治十二年三月，葛品连与毕生姑结婚，毕生姑是为葛毕氏，次月二人从喻敬天家搬入杨乃武家租住。
葛毕氏，案件嫌疑人，葛品连之妻，本名毕生姑，讹名毕秀姑，浙江省杭州府余杭县人，出生于咸丰五年（1855年）。另据毕氏后人回忆乳名阿生，出生于浙江余杭仓前的毕家塘村，村子只有五六十人家，多数为毕姓。葛毕氏的父亲毕承祥是在太平天国攻打余杭时去世，死后祭祀在毕家塘村附近的毕氏祠堂，因此可以肯定葛毕氏系余杭人。不过据杨乃武女儿杨濬回忆，葛毕氏样貌白皙秀丽，又喜欢穿白衣绿裙，远远看去就像一颗白菜，因此人称“小白菜”，杨乃武称葛毕氏是太平天国遗民后裔，天京陷落后随父亲从南京逃出流落余杭，父亲死后被喻王氏收养。
杨乃武，案件嫌疑人，字书勋，一字子钊，浙江省杭州府余杭县人，家中排行老二，人称杨二先生，根据记录出生于道光十六年（1836年）至道光十八年（1838年）前后，兄长乃文早夭，家里只有姐姐叶杨氏。杨乃武咸丰三年考中生員，同治十二年（案发当年）八月考中乡试第104名举人，根据余杭地方志记载杨乃武系当年余杭县唯一一名举人。据妻子呈控，杨乃武在家以授业教书为生，按照女儿回忆则是务农蚕桑，偶尔替人写状书。杨父朴堂，桑蚕为业，妻杨姚氏。杨家世居余杭县澄清巷西首，向有临街屋舍一栋，澄清巷西连余杭县衙西接学署，为余杭县城闹市所在。太平天国战争期间杨家毁于战火，因此在同治十一年杨家重修之前租住在澄清巷姚氏家中，后来喻敬天搬来姚家隔壁与杨乃武做邻居，同治十年杨乃武重修屋舍，请来沈体仁修得三层三底，后将空屋出租给了葛品连。据杨乃武与詹彩凤女儿杨濬回忆，杨乃武姐姐叶杨氏名叫杨菊贞（淑英），出嫁不就就开始守寡，后来代为抚养尚在襁褓的杨乃武，因此姐弟感情很深；杨乃武为人正直，黑白分明，曾经为仓前农民代为交粮，抗诉收粮官何春芳陋习，并到知县刘锡彤堂前辩白，刘锡彤斥责后还连夜在衙门照墙上张贴“大清双王法，浙省两抚台”对联讽刺。
刘锡彤，案件初审主审，字翰臣，直隶天津府盐山县人，道光十七年（1837年）顺天乡试举人。刘锡彤最初抽签候补浙江余杭知县，不久改派到山东，接着父亲去世守丧三年，丁忧结束后，同治七年朝廷安排重新到余杭任职。刘锡彤独子刘潮，字海升。同治十一年夏，刘锡彤次孙在余杭病逝，七月刘锡彤离任余杭知县回乡安葬，至十二年九月（案发前一个月）回任余杭知县。
钱坦，案件主要证人，浙江省杭州府余杭县人，咸丰年间于余杭仓前创办爱仁堂，小有名气，乡人雅号“大慈先生”。钱坦作为店主乐善好施，经常帮助穷苦人赊账买药，自己又稍微了解药性，因此爱仁堂在当地颇有名气。
同治十一年（1872年）三月，葛品连娶母亲沈喻氏远亲喻敬天继妻女儿毕生姑为妻，四月搬入杨乃武家中租住。葛品连在豆腐店当伙计起早贪黑，经常在店里过夜，他的母亲沈喻氏已经改嫁，因此不和葛家同住。当年七八月间，葛品连因为屡次看到妻子与杨乃武坐一起吃饭，因此怀疑两人存在奸情，夜里经常偷偷回家观察两人，只看到杨乃武教葛毕氏读书，没有发现奸情，但还是和母亲沈喻氏和丈人喻敬天讲起这件事。沈喻氏也到葛品连家中，果然看到杨乃武与葛毕氏一起吃饭，因此心中猜忌，就和街坊谈论这件事。当时杨乃武想要涨房租，沈喻氏因此也劝儿子搬出去避嫌。同治十二年闰六月，葛品连搬到了喻敬天表弟王心培家隔壁居住，王心培代为监督，并没有发现杨乃武往来。八月二十四，葛品连以葛毕氏没有腌菜为由对妻子进行殴打，葛毕氏情急之下剪断头发说要出家，葛品连母亲沈喻氏和丈母娘喻王氏听闻打闹赶来，向王心培询问事情经过。葛毕氏母亲喻王氏了解完情况表示自己很生气，就说：“怎么能因为这种小事来打我女儿？”葛品连母亲沈喻氏也斥责了儿子，儿子就辩解称自己只是拿这件事为之前与杨乃武之间的事情出气。当年九月初八，杨乃武妻子大杨詹氏难产去世，街坊流传大杨詹氏是因为与丈夫发生口角而去世，于是杨乃武与小白菜之间的谣言愈演愈烈，而在丈母娘做主下杨乃武续弦妻妹，也就是后来为其伸冤的小杨詹氏。
据杨乃武女儿回忆，葛品连成亲之后，由于丈人喻敬天家太小，丈人催促葛品连赶快搬出去住，葛家于同治十一年四月二十四正式入住杨乃武家；由于葛品连经常不在家，葛毕氏也经常帮杨乃武妻子大杨詹氏做家务，因此杨家人都很喜欢葛毕氏并待之如家人，杨乃武也经常教她读书认字，后来市井无赖就谣言“杨乃武奸占小白菜”，并画了张“羊吃白菜”夜里张贴到杨家门墙，葛家听说也来探查，并没有见到所谓奸情，只看到葛毕氏和杨家一同吃饭，于是沈喻氏就和街坊说葛毕氏好像成了杨家的人，后来葛家为了避嫌就搬出去住了，杨乃武后来就和葛毕氏再无来往。
同治十二年（1873年）十月初七，葛品连出现中医的寒热症状，膝盖红肿。葛毕氏想到丈夫以前得过流火，劝丈夫请人代工，葛品连仍坚持上工。十月初九早晨，葛品连从店里回家。葛品连继父沈体仁在大桥附近的茶店看到葛品连行走迟缓、浑身发冷，地保王林看到葛品连到糕点店买粉团吃的时候面色发青并且还会呕吐，丈人喻敬天熟人朱大告也看到葛品连在余杭学宫字纸炉前呕吐，到家的时候王心培妻子看到葛品连双手抱肩、瑟瑟发抖就问了一下情况，葛品连就说自己是生病了。葛品连到家里上楼倒头就睡，时不时就想要呕吐，叫妻子葛毕氏给他盖两层被子，说自己这几天一直身体虚弱、四肢无力，估计是气虚了，让葛毕氏给他买来东洋参、桂圆煎汤服用。丈母娘喻王氏过来探望，葛品连已卧床发抖，一直呕吐，喻王氏问完病情就回家了。葛毕氏听到葛品连喉咙里有痰，就忙去询问，此时葛品连已经口吐白沫不能说话，情急之下葛毕氏就向外面街坊大喊，隔壁的王心培马上就赶过来，听完情况就把沈喻氏、喻王氏叫到葛品连家里。看到葛品连已经话也说不出来了，众人就赶紧请来医生，医生诊断葛品连得了痧气，就用万年青、萝卜子灌口施救，病情不见起色。申时，葛品连死亡。
葛品连死后，母亲沈喻氏为他儿子换寿服时尚未生疑。葛品连年轻体肥，且余杭地处南方冬天也很温暖，到了初十夜里尸体开始腐化，口鼻处有淡血水流出，葛品连义母冯许氏看到后，觉得葛品连暴毙一定有蹊跷，沈喻氏看到葛品连面色发青后也怀疑是毒杀。沈喻氏盘问葛毕氏，葛毕氏否认，但沈喻氏觉得葛毕氏素来举止放荡，找来地保王林以儿子死因不明为由抱告，十月十一黎明投递余杭县衙。当日，余杭知县刘锡彤正要寻访此案案由，恰好好友陈湖（字竹山）来看诊，陈湖告以传闻：1.葛毕氏曾与杨乃武一同居住，因两人不避嫌疑，邻里议论纷纷；2.葛毕氏搬家后，夫妻二人曾经吵架，葛毕氏一度剪发说要出家；3.葛品连死后，街坊传言是葛毕氏毒杀亲夫。刘锡彤又去邻里了解情况，听到果然如陈湖所说相差无几。
十月十一日正午，刘锡彤带领门丁沈彩泉、仵作沈详前来验尸。此时尸体腐化已经比较严重，尸体全身水肿，上半身呈现淡青黑色，尸体腹部表面出现数十水泡，指甲和趾甲都呈现暗灰色。沈详在查验中，将口鼻血水流入眼耳误认七窍流血，将指甲和趾甲的暗灰色误认做尸体的青黑色，从尸体取出银针后没有使用皂角水擦拭，误将银针上尸体残渣的青黑色认作毒物引起的银针发黑。沈详认为尸体软而不僵，可能是是服用鸦片致死；门丁沈彩泉则相信先前葛毕氏毒杀亲夫的说法，认为服用鸦片多为自杀因此排除鸦片中毒，以腹部起泡为由断定是砒霜中毒；沈详与沈彩泉互执勤一辞，沈详报告含糊说服毒死亡，没有具体说明是哪一种毒物。刘锡彤据此当场讯问邻里亲族，大家都不知道毒物从何而来，于是将葛毕氏带回官府审讯。葛毕氏一开始说自己毫不知情，后来官府严刑拷打，葛毕氏屈打成招，由于验毒无可辩驳，于是只能编造与杨乃武同居通奸，分居后十月初五杨乃武交砒霜毒杀葛品连的供词。随后刘锡彤传召杨乃武对质，杨乃武坚决不认，刘锡彤就称自己银针受皂角水洗涤而不褪色证据确凿，十二日刘锡彤上书革除杨乃武举人身份。十六日，杨乃武堂弟杨恭治及妻弟詹善政各自都以杨乃武十月初五在南乡詹家，不可能交砒霜为由到余杭县申诉，然而葛毕氏由于害怕刑罚没有翻供，杨乃武仍坚决不认。二十日，同治帝御批同意革除杨乃武举人资格，本案当事人俱移送省城杭州进行审理。杭州知府陈鲁亲自督办审理，对杨乃武严刑拷打，杨乃武认罪招供，问及砒霜从何而来，杨乃武想起自己从余杭到杭州路经仓前曾看到钱姓爱仁堂药店，于是编造供词说自己十月初三从仓前钱宝生药店处以毒鼠名义买了40文红砒交给葛毕氏。
十月二十七，陈鲁令刘锡彤回县传讯钱宝生，刘锡彤担心其害怕牵连不愿意作证，因此委托杭州府幕僚仓前人章濬（即章抡香，章太炎父亲）写信给钱宝生劝说，“钱宝生”到县衙拒绝呈供，说自己叫做钱坦，从来没有叫过钱宝生。刘锡彤给钱坦看了章濬书信，加以开导，指天发誓钱宝生不会受案件牵连，让他回去在考虑。当时他同父异母地胞弟钱垲听说兄长犯案，又知道陈湖与刘锡彤关系，于是央求陈湖为兄长说情，陈湖同钱垲到县衙门房，门丁说刘锡彤正在花厅审讯不便待客，于是向沈彩泉索要杨乃武供词。钱坦离开花厅门口时，陈湖走上前询问，钱坦就诉苦说官府强行让他承认贩卖砒霜，陈湖就复述杨乃武供词，告诫其卖砒霜毒鼠、不了解杀人事由，最多不过枷杖刑罚，劝说钱坦尽可能配合供述，钱坦于是依照杨乃武供词作出了甘结。刘锡彤怕案情拖延省里怪罪，于是没有令钱坦与杨乃武对质，直接将钱坦甘结送到杭州府，杭州知府陈鲁即按甘结定案。
据张召丰忆述1930年从光绪朝举人郎紫垣、余杭镇绅士董润卿等人以及曾在余杭县管理案件卷宗数十年的邱文燕管卷员说法，余杭地方传言及州县档案均有杨乃武在杭州初次供词中提及刘锡彤初次赴任余杭时曾经在文昌阁与杨乃武撞舟，二人也因此结怨的情节：文昌阁位于余杭塘河与南渠河交接处水中，南北通过拱桥连接两岸，船只靠右行驶通行固定桥洞；当时余杭卸任知县钱国珍派遣官船仪仗到杭州为刘锡彤接风，刘锡彤笃信风水，听说近年余杭时有水患，就说行舟忌讳在北岸航行，于是返程中强令到船夫从文昌阁南侧桥洞逆行通过，正好遇上乘小船到此的杨乃武，小船船夫看到大船不守规矩于是破口大骂，接着看到船上仪仗就不敢多说什么，刘锡彤看到小船上有一个年轻书生询问得知这是杨乃武——到了同治十二年杨乃武中举，杨乃武依照官场习俗拜叩主官、恩师，唯独没有拜见刘锡彤。
定案后，由于葛毕氏供词称八月二十四与杨乃武在房中调情被丈夫撞见因此受到殴打与最早沈喻氏上诉的控词不一致，沈喻氏急于为儿子报仇，因此按照葛毕氏说法重新录供，王心培不清楚情况也按照沈喻氏说辞录供，陈鲁就按照最新的供词录入案件详稿，没有交给余杭县先行审查，刘锡彤发现案件详稿中犯人口供称尸体口鼻流血与验尸报告不一致，担心自己会受到驳斥，因此将供词中口鼻流血全部涂改为七窍流血。杭州知府陈鲁拟刑，葛毕氏拟以凌迟论处，杨乃武拟以斩立决论处，“钱宝生”拟以杖责论处。十一月初六，案情经由浙江按察使蒯贺荪、浙江巡抚杨昌濬复核。葛毕氏、杨乃武因为已经供认，都对案宗签字画押。杨昌濬派手下候补知县郑锡滜到余杭仓前探查，然而“钱宝生”已经获得郑锡滜调查的消息，与陈湖商议按照原先的供词承认。郑锡滜探查后，以无冤无滥和刘锡彤一同回复杨昌濬，杨昌濬于是按照陈鲁原拟书写题呈。
同治十三年（1874年）四月，杨乃武在狱中亲自作供，称葛毕氏串通诬陷，主审官严刑逼供，委托亲姐姐叶杨氏上京伸冤，叶杨氏派杨廷南到都察院衙门呈控，案情又被打回浙江再审。浙江巡抚杨昌濬将本案委托给结案的杭州知府陈鲁再行审理，又传讯王林、沈体仁等到案。陈鲁以葛毕氏、杨乃武已经服罪，打算维持原判。案情还未上交刑部时，杨乃武妻子小杨詹氏六、七月连续到浙江巡抚、浙江提刑按察使司处上控不成，于是九月第二次入京到步军统领衙门叩阍，回复谕旨要求浙江巡抚会同浙江提刑按察使司重新审理。巡抚杨昌濬将案情委托给刚刚到任的下级——湖州知府锡光、绍兴知府龔嘉儁以及富阳知县许嘉德、黄岩知县陈宝善审理，锡光审理几次后就托辞不再审理，葛毕氏、杨乃武纷纷翻供，案件迟迟得不到审结。
据杨乃武女儿回忆，在第二次京控之前，恰逢夏同善丁忧期满，胡雪岩为其设宴饯行，父亲同年同乡生员吴以同系胡庆余堂西席，在席间向夏同善求情，并称此事关乎到浙江士林声誉，夏同善深感同情，允诺相机进言。杨家人在扣阍前两度探监，想杨乃武询问助力，杨乃武即举同榜举人汪树屏、夏同善堂弟武舉舉人夏缙川及胡庆余堂吴以同，杨家先去拜访汪树屏，王树屏写信给北京都察院任职的哥哥汪树棠，并打算联合18名举人一同到都察院控告；接着杨家找到夏缙川，夏缙川也写信给夏同善；最后见到吴以同，吴以同已经和夏同善说情，并且将杨家人引见给胡雪岩，胡雪岩资助杨家200两路费。到了北京后，杨家先是拜访夏同善，后在夏同善介绍下拜访浙籍京官30多人。夏同善还向翁同龢转呈杨乃武控状，翁同龢看完就去刑部，刑部尚书桑春荣正想要上奏结案，并不允许翁同龢查阅档案，后由林则徐子林拱枢私下调出档案送到翁同龢家审查，翁同龢对照杨乃武控呈逐条圈出可疑之处交给刑部，王树屏等人联名诉状也告至都察院和步军统领衙门，此事惊动皇帝和两宫太后，慈禧因此下旨要求杨昌濬重审。杨昌濬交给锡光审理，锡光没有用刑，因此杨乃武和葛毕氏纷纷翻供。另据葛毕氏出生地毕家塘村遗老回忆，毕家塘村当年也集体为葛毕氏进京伸冤，然而并未见诸报端。
光绪元年四月，刑部给事中王书瑞上奏称，怀疑地方主审官员故意拖延辦案以使当事人死于牢狱，好敷衍朝廷旨意了事，因此要求朝廷另派官员审理。朝廷指派浙江学政胡瑞澜主审，并令宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森，候补知县顾德恒、龚世潼随同办。胡瑞澜没有质疑先前的仵作鉴定，仍然让证人相互对质，虽然审讯供词有八月二十四杨乃武有無在葛家、買砒霜時間有初二又有初三這樣的出入，但胡瑞澜沒有究查緣由。胡瑞澜主要著重澄清杨乃武第二次扣阍呈辭的各种事实，发现了其中多处實屬诬陷，又調查到杨乃武家人曾经到仓前强求钱坦翻供、跪求原告沈喻氏撤回起诉等等不利於楊乃武平反的情節，因此決定维持原判。
获悉胡瑞澜维持原判后，户部给事中边宝泉进言称，案情内容与原先多有出入，请求交由刑部审理。十二月，浙江京官汪树屏等人以复审可能存在官官相护、案情蹊跷为由联名呈控都察院，本案都察院遂请旨本案转交刑部审理。慈禧之前批驳边宝泉的奏折，称向來没有地方案件交由刑部处理的先例，因此只是允許刑部審查案件給胡瑞瀾提點意見，浙江京官这封奏折反駁了慈禧的意見，例举道光、同治年间重大案件交由刑部审理的先例，因此慈禧才改口允许案件转交刑部审理。光绪二年正月初七，军机大臣奉旨将案件转交刑部，刑部立即下令案件人证犯人全部进京，并且特意嘱咐浙江巡抚杨昌濬等沿途保护，如有意外需负全责，并在押送人员入京后进行身份核查验收。刑部在验收时从沈喻氏身上搜出字条，里面具载北京两位官员地址，并写余杭县署内姜位隆恳托，刑部官员高度重视，后经审讯系沈喻氏觉得北京路途遥远，返途路费不够，因此托人请辞能在北京借款返乡。此外，刑部在收集證據时，浙江官吏曾经制作材料攻击人证，称杨家人以京中有人照顾故意派长工顶替证人，爱仁堂伙计因收受杨家贿赂，所以改供称知县收买钱坦证词。 刑部审理时，“钱宝生”已经病故，杨乃武再次翻供，刑部对案情卷宗进行查核，发现诸多疑点。刑部还审讯得出仵作并没有使用皂角水擦拭——推理可知，葛品连不一定是中毒身亡；仵作、门丁对于毒物判断各执一词，可知毒物未必是砒霜；进而钱坦所作供词可能系章濬、陈竹山等人误导作出，爱仁堂未必贩卖砒霜。光绪二年十二月九日，葛品连尸体在北京海会寺开棺验尸，仵作荀义、连顺鉴定，葛品连通身骨殖黄白，非毒杀而亡，向围观群众当场呼告结果。刑部调查原先仵作甘结，发现甘结中称原先尸检时尸体腐化就已经比较严重，同时由于尸体天气炎热腐化较快，天气炎热这一点也对应胡瑞澜七月审问沈体仁供词，据此推测当时的仵作很可能将尸体腐化迹象理解为毒杀情形。刑部审问杨乃武与县衙官吏之间的矛盾，以及杨乃武、刘锡彤之间是否存在矛盾，各方都否认私下有恩怨，杨乃武则坦承自己诬陷阮德等人只是为了脱罪。刑部还找到钱坦生母钱姚氏，确认钱坦从来没有叫过钱宝生，买砒霜系杨乃武畏罪编的供词。至此，案情已經審結，葛品连實係自然死亡，楊乃武和葛畢氏冤情得以洗清。
光绪三年二月十六日，刑部上奏审理结果，同日上谕颁布人员处置结果如下。 据杨乃武女儿回忆，杨乃武在出狱之后家徒四壁，转以桑蚕为业，其培育的“凤参牡丹杨乃武记”蚕种在抗日战争前一度名扬杭嘉湖，晚年更是埋身书籍、教育儿女直至去世。据杨乃武孙女杨南熏传，杨乃武平反后曾经到上海看《杨乃武与小白菜》戏曲，看完十分恼怒，大呼胡闹。据金建中回忆，其父金韻中係中醫外科醫生，金韻中造房後曾經託人請楊乃武看過風水，兩人因此認識，時至民國三年（1914年）楊乃武後頸生瘡（疑似蜂窝性组织炎併發敗血症），金韻中乘船到餘杭看診，楊乃武認為自己病重難除，於是讓金韻中挖去爛肉，金韻中二日後复诊时杨乃武已经不省人事，不久就撒手人寰。杨乃武死后，杨家人将其安葬在余杭县舟枕乡安山村，委托佃户叶家看守坟墓。文革时期，杨乃武坟墓受到破坏。1991年，地方从附近农户家里找回杨乃武墓碑，重新修复了杨乃武墓地。
葛毕氏回到余杭当日，远近民众争相围观，痛斥、嘲弄者不在少数。葛毕氏不见容于杨家和葛家，又因为狱中手指残破不能做工，因此在好心大嫂提点下到南门外准提庵出家，法号慧定。出家后，准提庵一度兴旺，不少人来此目睹小白菜尊容，葛毕氏也时常回乡为丈夫、父母上坟，杨乃武妻子小杨詹氏过世时还去杨家吊唁。民国十九年（1930年）慧定圆寂，据杨家称死前曾经留信一封证明杨乃武与其清白，死后余杭绅士董润卿等将其坟塔建于余杭县东南文昌阁边供人凭吊，50年代地方将坟塔移至余杭镇东安乐山（今余杭塔山公园内）。
爱仁堂店长钱坦受到杨乃武案牵连最终病死狱中，京审时母亲钱姚氏（钱坦继母，钱垲亲母）和妻子代其进京陈述。案件平反后，钱姚氏一直没有回到余杭，因此钱坦胞弟钱垲将自己儿子取名望京期盼母亲回家。据钱家后人回忆，钱坦在狱中弥留之际曾言自己一生清白，本分经商，不了因案件牵连，祸福在天，身不由己。杨乃武出狱后因为做蚕种生意，经常路过仓前，每每上岸到钱家探望，亦对当年表达遗憾，还曾书写杭州药王庙对联一则赠予钱家，题曰：名场利场，即是戏场，做得出漫天富贵；寒药热药，无非良药，医不尽遍地炎凉。钱家人一直经营爱仁堂直到1956年三大改造。
长期以来市井对于杨乃武冤案的成因来自于刘锡彤包庇自己儿子嫁祸他人的传说，民国学者黄濬在《花随人圣庵摭忆》辑录《清代野史》《余杭大狱记》即从此说。1984年，美国中华法学者安守廉发表《砒霜与旧律：清季刑事审判之省视》，第一次以规范研究方法审视本案，通过《光绪政要》《光绪朝东华录》等原始文献还原了案件原貌，分析晚清司法制度在地方的规定及实际施行情况，认为中国传统诉讼程序以正义为首要目的，并不像西方司法一样在案情審理過程中重视人权。
1992年，中国第一历史档案馆研究馆员牛创平发表《清代档案中的杨乃武与小白菜案件——葛品连身死案的冤狱与平反》。他通过整理馆内与本案相关的文件，发掘清代档案35件，另有一件光绪五年六月二十七日刘锡彤发配黑龙江期间请求宽大处理回到家乡的奏片，统计有奏折及附片21件、上谕4件、廷寄1件、题本2件、供单2件、字帖1件、呈4件，上溯光绪元年四月二十四，下至光绪三年二月二十六。牛创平根据自己整理的档案，回顾了事件的原貌及事后人员处分，分析了冤案平反的原因：他否定浙江地方势力与中央矛盾、浙江官员与浙籍京官矛盾等流传已久的论调，认为办事官员敷衍了事的渎职行为才是杨乃武蒙冤的主要原因——仵作没有按照程序检验导致误判，知县刘锡彤明知没有擦洗银针却捏造事实，太守陈鲁没有按照程序提审钱宝生而仅凭余杭县的甘结定案，至委任胡瑞澜专审明明案情已与原审不符却仍维持原判等等。
许多法律学者将本案的产生归结于清代司法的各种不合理制度。例如，郑定、杨昂曾从主审官员角度出发，指出清代法律对于主审官员法律规定繁多，违法规定严苛，知县刘锡彤既无“贪污”，又非“无能”，举人出身、年近耄耋的刘锡彤本就对司法鉴定、刑事审判专业知识匮乏，然而清律又对官员司法责任规定严苛，迫使官员不得不草率定案——刑部固然知道数十年未变的法律本就难以在基层官员中完全施行，因此在拟罪时对于刘锡彤的失职有些许了解之同情。刘学连则从女性主义角度观察到当时社会热议杨乃武伸冤却忽视葛毕氏冤屈，乃至于朝廷及《申报》都惯于将葛毕氏刻画为毒妇，葛毕氏在男权社会缺乏伸冤的话语权，葛毕氏冤情不解导致杨乃武冤情也无法解除，指出中国古代男尊女卑的社会结构是导致葛毕氏冤情的原因之一。陆永棣则认为，八股取士和捐纳导致官员学用不一、不学无术，地方积案数量多、时间长，办案草草了事，讨好上级；实权操于久任地方的师爷、书吏以及官员亲信的门丁，地方吏治缺乏法律监督，相互勾结，欺上瞒下；清末鼓励就地正法、格杀勿论，因此酷吏当道，刑逼冤案层出不绝。此外，也有学者认为重视口供的刑讯制度以及秘密审判制度等是造成冤情的原因。
民国黄濬在《花随人圣庵摭忆》中评价本案牵连甚广，涉及乡绅集体名誉、省籍偏见、官民矛盾、内外官矛盾，其中尤其以地方督抚枉法欺罔朝廷为重。清末民变四起，清政府为了挽回局面下放权力，地方逐渐获得了独立军事、财政、司法权力，地方督抚权重一方。所谓乱世用重典，清政府为了快速消灭起义，赋予地方督抚及乡绅团练就地正法、先斩后奏的权力，地方可以不经中央复核直接处决犯人，死刑案件及冤案数量大幅上升，至局势缓和中央试图收回权力，碍于地方督抚权势，以案件平反为由逐步削夺地方司法权，震慑封疆大吏，维护中央权威。本案中，御史王昕弹劾浙江巡抚杨昌濬结党营私、蔑法欺君，放大本案到地方吏治，指出地方对于朝廷发还的京控案件阳奉阴违、极少平反，长此以往内重外轻局面积重难返；清廷也意识到了中央大权逐渐旁落，借由本案罢黜官员，宣示其权威。
杨乃武举人的身份也是其平反的一大因素。虽然在本案中葛毕氏为第一被告，然而由于中国古代社会的男权至上、等级制度，葛毕氏身为女性反而处于从属地位。根据清代法律，对于谋杀亲夫案情，女方无论是否知情、参与、主谋，都被判处极刑，相比之下杨乃武是否参与本案对于杨乃武量刑差异较大，因此官员、舆论都更为关注。杨乃武作为举人，家庭相对富裕，可以负担京控费用，同时曾经有诉讼经验，诉状论证严密，并借由污蔑葛毕氏突出自己无辜牵连的悲情色彩，因此当时的媒体、官员都转而同情杨乃武境遇。杨乃武的举人身份背后还有浙江乡绅集团的支持，浙江士人为维护共同声誉奔走相告，在正當司法程序之外大大推动了本案平反。
美国汉学家欧中坦（Jonathan Ocko）曾书，杨乃武案得以广泛传播并被证实为冤，很大程度上要感谢《申报》充满活力的记者——《申报》对杨乃武案的深度介入及其发挥的舆论监督作用对于杨乃武案最终平反起到了很大作用。从同治十二年十一月十八日开始，成立不过一年的申报馆对杨乃武案展开了长达3年的跟踪报道，杨乃武因其所具有的才子佳人、奸情谋杀等要素吸引读者眼球，因此在读者群体中广泛传播。《申报》对于杨乃武案的报道主要集中在3个时间点：第一次在刊载杨乃武家人二次扣阍呈控后，《申报》自此坚持杨乃武系冤案的立场；第二次在朝廷钦定胡瑞澜重审后，当时人们对于胡瑞澜查明冤情有极大期望；第三次在刑部提审后，杨乃武案已然成为社会热点，申报也通过报道扬名天下。《申报》在报道中保持较为客观的立场，不仅刊载杨乃武案案情官文及传言，还刊登大量不同观点的评论文章，评论不仅讨论杨乃武案疑点与问题，为杨乃武进行庭外辩护，还大力批判当时刑讯制度、秘密审判制度，提出改革建议，因此引起了朝野官员的关注，舆论压力推动官员积极平反案情。
杨乃武案为清末民初公案小说提供了极佳素材。在当时近代媒体刚刚起步的背景下，许多相关报道及时人笔记都存在失实，乃如时人编写的《清代野记》《清朝野史大观》大肆渲染葛毕氏娼妓出身、水性杨花，李慈铭也在日记称杨乃武为讼棍无赖，这也影响到后来杨乃武案作品改编。清末民初鸳鸯蝴蝶派小说流行，杨乃武改编作品很多着眼于才子佳人，描绘杨乃武与小白菜之间的风流韵事。灵岩樵子小说《杨乃武与小白菜》可能为其中较早出现的作品，其剧情大致按照原案，隐讳部分在世人物人名，最早虚构“设计下毒”“密室相会”“慈禧觐见”等章回，后来的小说、戏曲、电视剧等许多都吸收了这些情节。
在戏曲领域，最早属1910年李文彬创作的评弹《杨乃武》。李文彬是浙江海宁人，从小对杨乃武案耳濡目染，并为创作广泛抄录当时的州县档案和《申报》报道，还到杭州妓院找到刘锡彤姨太太了解案情，最终创作了120回的台本，曲目在当时盛行一时。1912年，杨乃武和夫人到上海听了这部戏，听到一半就离场，李文彬后来特意去拜访了杨乃武。李文彬对于这部戏极为重视，只传授给自己家人，后来严雪亭从青浦一医生那里拿到了听书的笔记，自己开始讲《杨乃武》，在上海风靡一时。李文彬儿子李伯康和李仲康不和，严雪亭曾想从师李伯康被拒，李仲康念严雪亭好学许其抄录李家台本，李伯康为对抗严雪亭一怒之下将《杨乃武》传徐绿霞等外人。1910年代，杨乃武案改编为京剧，首映于上海丹桂第一台，1920年京剧名旦荀慧生更是以此居一举成名。1927年，杨乃武案改编为沪剧，首映于上海虹口新世界游艺场。1932年，杨乃武案改编为评剧，首映于辽宁安东，并在中国东北风靡一时。1938年，杨乃武案改编为越剧，首映于宁波兰江戏院。1949年后政府开始推动戏剧改革，以沪剧为首的杨乃武戏剧再度改编，北京曲剧、秦腔、淮剧等都根据沪剧台本移植改编。文革时期，杨乃武与小白菜因为“弘扬了封建统治阶级的英明”被列为“毒草戏”，禁止演出直至改革开放。1990年代以来，杨乃武与小白菜案剧种及衍生作品大量增加，涵盖沪剧、评剧、越剧、锡剧、庐剧、豫剧、蒲剧、潮剧、甬剧、姚剧、牛歌剧、莆仙戏、云南花灯等剧种，其中影响力较大的有1998年上海越剧院越剧版本和1999年余杭越剧院越剧版本。
1929年，上海天一影片公司开始拍摄《杨乃武与小白菜——清代四大名案之香艳名贵》，并于次年在上海中央大戏院首度将杨乃武案搬上荧幕，出品方在《申报》刊载大量广告宣传，以香艳桥段、离奇剧情和滑稽片段为卖点，影片放映完还有主演加演的舞台剧，因此开映数日日夜客满。随后的几十年里，杨乃武与小白菜被改编为多部电视剧和电影，陈列如下。