2018年國立臺灣大學校長遴選事件
2018年國立臺灣大學校長遴選事件（台灣媒體稱為拔管案、卡管案等）是指2018年國立臺灣大學（台大）遴選校長期間所發生的事件，主要是以台大2018年1月5日選出管中閔為臺大第12屆新任校長後，蔡英文政府的教育部指出此案有嚴重瑕疵，拒絕發給聘書，但教育部的作為亦遭到各界大力質疑，衍生出一連串關於校長遴選制度以及學術自主的爭議。因此爭議延燒，一年內先後有潘文忠、吳茂昆和葉俊榮三任教育部長為此下台，潘文忠部長事後回任。
2018年12月24日，教育部長葉俊榮宣布對台大校長遴選委員會的決議「勉予同意」，但要請台大提檢討報告，2019年1月8日管中閔正式上任，結束台大354天校長遴選爭議（2018年1月5日 - 2018年12月24日）及565天無正式校長的情況（2017年6月22日 - 2019年1月7日）。2018年12月25日，由於總統府及行政院認為未和總統蔡英文及行政院院長賴清德事先溝通，為此賴清德約談葉俊榮；葉俊榮表示會負起政務官責任並提出辭呈，賴清德亦批示「勉予同意」簽准葉俊榮請辭。
此案歷經台北地檢署2年多調查，就管中閔在校長遴選過程中「拔管風波」引爆隱瞞兼職獨董，赴中兼課，涉嫌違反國家機密法。台北地檢署共簽分9件「他」字案偵辦，兼職所為都有依照程序，並未使公務員登載不實，赴中兼課，比對出入境和核准文件，並無未經允許擅自出境或逾越核准地區等情事，確認沒有逾越，全案查無不法全數簽結。對此，管中閔回應說「正義雖然遲到，但不會永遠不到」。
由於臺灣大學在2016年11月發生台大醫學論文造假案，曾任台大醫學院院長和時任校長的楊泮池，雖已於2016年5月28日校務會議中通過他的續任案，但由於他本身亦為數篇論文共同作者，雖經調查後，並無違反學術倫理，但已引發軒然大波，因不捨台大再被繼續傷害，也為了學術界的和諧，遂於2017年3月18日的校務會議中忽然宣布，將於2017年6月21日任期屆滿，請辭台大校長，不再續任。於是臺灣大學於2017年6月24日，召開臨時校務會議組成臺大校長遴選委員會，準備遴選新任校長。 2017年6月24日，台大召開臨時校務會議，由173名校務會議代表選出18席遴選委員，加上教育部指派的3名遴選委員，組成台大校長遴選委員會。
2017年9月4日，教育部106年9月4日臺教人(二)字第1060109645號函修正，刪除台大遴選會作業細則第九點中「本會委員如認委員有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞，得主動提議，經本會議決後解除委員職務」的規定。經此修改，僅校長候選人才具有請求解除特定遴選委員職務之權力。此外，在教育部編印的「國立大學校長遴選作業參考彙編」當中的「常見問題及注意事項」亦註明：僅「候選人」得向遴委會舉其不得擔任委員之事由或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞之原因及事實，經遴委會議決後，始得解除委員職務。成為日後遴選會委員堅持遴選過程合法的依據。
2017年10月20日，遴選委員會選出第一階段校長人選8人：中研院副院長周美吟、中研院院士王汎森、台大文學院前院長陳弱水、台大電資學院院長陳銘憲、台大行政副校長張慶瑞、台大財金系教授管中閔、台大電機系教授吳瑞北與清大前副校長吳誠文。2017年12月23日，經校務會議推薦投票後，5位候選人進入第二階段：周美吟、陳弱水、陳銘憲、張慶瑞與管中閔。2018年1月5日，選出管中閔為臺灣大學校長當選人，預定二月上任：其過程為進行最終投票，分為兩輪，第一輪每位委員至少要投2名候選人、至多投5名，最高票兩人進入第二輪投票，過半數者（11票）當選；管中閔在遴選委員兩輪投票中都獲得最高票，且兩輪得票都過半數，第二輪投票管中閔獲12票，陳銘憲獲9票。
2018年1月9日，管中閔遭質疑未揭露台灣大哥大獨董身分，與遴選委員、富邦金董事長蔡明興有利益衝突，未利益迴避。然而台大仍將校長遴選結果報請教育部聘任。台大遴選委員會聲明蔡明興「並不具備」不得擔任委員的事由。
2018年1月12日，教育部第1次行文台大：報載校長遴選過程似有部分疑義，請於文到後3日內詳予說明並函復本部。2018年1月23日，台大遴選委員會受教育部要求召開會議。此次會議中，所有委員已明確知悉管教授兼任台灣大哥大獨立董事、審計委員會及薪資報酬委員會委員，亦查明校內審查程序時間點與公文。至於教育部認為遴選過程中有重大資訊揭露未盡完整，實屬法令制度未明確規範所致。歷經近7小時之充分討論與審視相關法規與文件後，才做成以下之書面決議：「本會自成立至今，作業程序皆依相關法規辦理。本會確認107年1月5日管教授之當選資格，並無疑義」。所有與會之遴選委員，皆於會議記錄上簽名確認。然而隔日教育部第2次行文台大：監察院函，遴選過程涉有瑕疵，請查照及轉請遴選委員會認定，檢附相關佐證資料到部。
2018年1月25日，管中閔遭立委張廖萬堅爆料，質疑其論文涉嫌抄襲。隔日教育部第3次行文台大：要求對報載管中閔發表論文似涉不當引用疑義，請轉請遴選委員會秉權責認定並妥適處理，並將處理情形報部。台大對此發佈聲明表示，此論文非屬台大「違反送審教師資格規定及學術倫理案件處理要點」之規範或處理對象，故決議不予立案調查，海外學術團體出了一份報告聲稱管中閔抄襲論文，但管中閔之論文是持續研究中並未完成，而該學生的論文亦引用「被指抄襲論文」的手稿，同時張廖萬堅被反咬自己涉嫌抄襲論文。
1月27日，教育部第4次行文台大：請台大就監察院所詢校長遴選過程中相關疑義，提供文件佐證確為遴選會合議認定。31日，台大校長遴選委員會第5次會議，認定管中閔當選無疑義。
2月6日，教育部第5次行文台大：請台大妥善查明管中閔論文疑義。是否違反學術倫理的處理原則，並將調查結果函送本部。2018年2月9日，教育部第6次行文台大：一周內函監察院調查遴選爭議所詢事項。2018年2月9日，為釐清遴選委員會第五次會議紀錄，教育部第7次行文台大：要求台大敘明「提會討論事項」的議決方式，例如多數決、共識決或其他方式？有無經委員書面或電郵確認？。2018年2月26日，教育部人事處，以電郵檢付兼職調查表格，要求台大人事室填寫管中閔兼職資料，而校方也在翌日回覆。
3月16日，管中閔遭綠營學者爆料在中國大陸多所大學違法兼職。20日，北檢分他字案調查管中閔是否違法赴陸兼職，以及是否違反涉密退職政務人員管制3年登陸的規定。
3月24日，針對遴選爭議，台大召開(第一次)臨時校務會議，曾針對是否擱置「成立本校校長遴選爭議調查小組案」進行投票，投票結果為同意90票、反對58票，同意票的比例為61%，決議擱置管中閔爭議，接受校長遴選結果。。巧合的是，陸委會副主委邱垂正在台大校務會議召開前公佈管中閔去了多少次大陸的詳細資料，教育部長潘文忠在台大校務會議後宣佈成立一個跨部會的專案小組，稱為「管中閔教授赴中國地區從事學術交流等活動適法性疑義諮詢會議」，審視管中閔赴大陸兼職的相關情事。
4月10日，教育部召開第一次「管中閔教授赴中國地區從事學術交流等活動適法性疑義諮詢會議」釐清管中閔爭議。
4月14日，時任教育部長潘文忠以「希望讓台灣大學校長遴選紛爭有重新釐清的機會」為由請辭教育部部長獲准。19日，由前東華大學校長吳茂昆接任教育部長。
4月25日，教育部召開第2次跨部會諮詢小組會議釐清管中閔爭議。在專案小組會議中，由於無法證實管中閔赴中國兼職一事，官方委員之一的法務部政次蔡碧仲轉攻管中閔的獨董兼任問題，結果會議討論從「管中閔教授赴中國地區從事學術交流等活動」變成「管中閔教授獨董爭議」。27日，教育部正式以有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮為由，駁回遴選結果，要求重新回到校長候選人推薦資格初審階段。
教育部次長林騰蛟代部長召開記者會，記者會上除提供文字說明外，也提供一份諮詢小組的法律研析意見作為「附件二」供媒體參考。「附件二」的結論指出，台大校長有重大公共利益性質，管中閔違法兼職在前，又未揭露與遴選委員間的利害關係在後，「應非能勝任立於執牛耳地位之台大校長」，具體主張台大應重新辦理遴選程序，且管中閔違法事證明確，依法不得再參加遴選。不過，林騰蛟在記者會上及後續受訪時強調，教育部並未完全採納諮詢小組這份法律研析意見，並說校長候選人的資格應由遴選委員會認定，如果認為符合資格，就能和其他候選人一同參與後續的遴選程序。晚間，傳出政院高層不滿意林騰蛟說法，甚至要求某特定媒體改稿，多位記者晚上將近11點致電吳茂昆，吳茂昆明確表示，管中閔有適法性問題，但是這個問題必須回到台大遴委會，讓台大遴委會去認定，「這也就彰顯大學自治。」，意指管中閔已不適任台大校長。吳茂昆晚間再度透過教育部幕僚單位轉達文字說明指出，跨部會諮詢小組意見明確指出管中閔在台灣大哥大兼職違法，遴選會沒有詳細檢視候選人資格，違背自己訂定的規範，背離學術誠信的準則。吳茂昆重申，管中閔是否能再參選，還是要回到台大遴選會，進行實質審查後決定，但諮詢小組已提出管中閔不能選的法律意見，「相信遴選委員會已經看到，也會尊重」。
吳茂昆為原本為專案小組的非官方成員之一，在行政院長賴清德宣佈教育部長的任命後立即被揭發一連串的爭議，甚至在宣佈不聘任管中閔後愈演愈烈，甚至被指在東華大學校長任內，涉嫌以東華大學的技術在外國申請專利云云，一直至其下台為止。而國民黨立委認為吳茂昆違法，因為依據《大學法》規定，國立大學校長教育部只有「聘任」之權，並沒有「審議後聘任」之權。而國立陽明大學校長亦被揭發在校長選舉過程中出現與管中閔一模一樣的爭議，獨董是校長當選人、經營者是遴選委員會召集人的爭議，教育部聲稱該校長在聘任被揭發而無法處理。所以國民黨立委在立法院中一直對吳茂昆進行追問及杯葛。
2018年5月4日，教育部發函台大應迅即重啟校長遴選程序案與釐清大學自治的範圍。12日，針對遴選爭議，台大召開(第二次)臨時校務會議，經過冗長的討論，以77:30的懸殊比數通過，作成「請教育部依大學法盡速核聘」校長決議，台大校方並據校務會議決議回文給教育部。據台大校務會議決議，大學校長遴選屬大學自治的一部分，請教育部「依大學法」精神，「盡速核聘」台大遴選委員會依法選出的校長人選。
5月13日，管中閔表示，今年520是蔡總統任期滿一半的日子，他誠懇希望蔡總統以政治智慧與高度，在7天內設法解決弭平因台大校長遴選衍生的風暴，並呼籲蔡總統不要讓校長遴選的政治風暴擴大，甚至成為總統五二○就職演說的「不可承受之重」。14日，總統蔡英文接受「蔻蔻早餐」節目專訪表示，要求總統做政治介入反而不好，這是法律問題不是政治問題，教育部依法處理，她尊重教育部。並表示，如果管中閔有事要說，就回到體制裡按照程序表示意見，她也注意到，整件事管中閔似乎都沒有回應外界質疑的問題，把很多事情就只有一個解釋，就是政治化。對於管中閔說蔡總統一定知道做出這些決策甚至拍板拔管的那位決定者是誰，蔡總統反問：「可不可以告知一下？」
5月25日，教育部行文台大，仍堅持台大應「迅即重啟遴選程序」。教育部回文也搬出大學法，認為國立大學校長遴選，學校的自治權限行使範圍僅限於「組織遴委會」，但遴委會組成後的相關運作，必須受相關法令規範，而教育部有權作「適法性監督」。
2018年5月29日，教育部長吳茂昆被國民黨立委柯志恩揭發，在國科會主委任內(2005年)到大陸考察時，在當時的香港科技大學校長朱經武的邀請下，原來只申請去蘇州出席國際科學理事會，沒有向政府申報而轉往杭州參加高新技術高峰論壇，違反了法律的規定，最後宣告下台。
5月31日，台大國發所博士生王宗偉等台大學生，下午到教育部完成遞交訴願書，希望教育部做成聘任管中閔。6月4日，台大正式委託律師向教育部提出訴願。6月5日，管中閔亦向教育部提起訴願，要求教育部依法聘任管中閔為台大校長。並於9月11日補正訴願理由。
2018年6月6日，蔡英文總統密邀台大校長遴選委員會召集人陳維昭和王金平到總統官邸，針對管中閔案交換意見。蔡總統與陳維昭和王金平談了約一個小時，在會中彼此爭鋒相對，最終沒有達成共識與結論。總統府發言人林鶴明12月25日表示，6月6日當天雙方各自堅持立場，會談並無交集，最終「不歡而散」。
2018年7月16日，葉俊榮接任教育部長。針對「台大校長」案，葉俊榮坦言這個案子對台大、整個台灣的人心造成衝擊，且變成一個「糟糕的僵局」，但他也認知到「不宜久拖」，「未來一、兩個月黃金處理時間內會與重要當事人溝通與傾聽」。
7月23日，蔡英文總統首度回應台大校長遴選案，她說，這件事情仍屬於教育部權責，現任葉俊榮部長是擅長溝通的部長，希望葉與各方溝通，讓教育部在台大校長遴選案，能引導各方來達成共識，讓台大校長問題早日解決。同時也藉此呼籲各方關心台大案，也要關心台大學生及老師權益。28日，葉俊榮部長出席大學社會實踐博覽會時受訪時表示，對於台大校長遴選案，社會上不適合用就任或不就任的「人」的角度來看這個問題，希望從制度來看，要大家不要一直聚焦在最後結果，而是面對整個制度性結構的問題，若雙方都能夠退一步釋出善意，看出這些「結構性」問題。葉俊榮最後也表示，透過與遴委會召集人陳維昭、台大校長郭大維互相交換意見，針對問題的困難點做討論，關於未來的發展，相信在善意之下會有一個合乎大家期待的制度。
7月30日，台大遴選委員會證實將重啟遴選，大會也已著手開會時間意見調查。但30日晚匯集遴委徵詢意見結果，最終決議台大遴委會將繼續堅持管案無瑕疵，籲請教育部聘任管中閔當校長，重啟遴選會確定流會，管案仍陷僵局。
8月2日，國立台灣大學校長遴選委員會發出聲明，強調已依法完成校長遴選，且兩次校務會議之決議皆為維持遴選委員會決議，再次籲請教育部應儘速依法聘任管中閔教授為台大新任校長。
隨著民進黨在九合一大選大敗，行政院即將改組的情況下，2018年12月24日，教育部長葉俊榮主持記者會說明「台大校長遴選進度說明記者會」，會中宣布對台大遴選委員會的決議勉予核定，但要請台大提檢討報告，意即教育部將發台大校長聘書給管中閔，結束台大354天遴選爭議及552天無正式校長的情況。隔日，行政院長賴清德中午召見葉俊榮；葉俊榮表示基於教育部權責、台大學生權益及維護大學自主教育原則，願對台大校長遴選案擔起政治責任，辭去教育部長職務。行政院於下午5點召開記者會證實，院長賴清德已「勉予同意」簽准葉俊榮請辭；葉俊榮確定成為臺大校長遴選風波以來繼潘文忠、吳茂昆第三位走人的教育部長。
12月28日，教育部正式發函台灣大學，確定管中閔民國108年1月8日接任台大校長，任期四年，至民國112年的1月7日。同日，行政院訴願審議委員會對於台大校方、管中閔及台大學生之前提起的3件訴願案，作成「訴願不受理」決定。 2019年1月1日，陳良博、周昌弘、李敦厚、賀德芬、張清溪、鄭秀玲、賴秀穗、周松男、陳榮基、楊惠郎等10位學者近日發起「撤銷教育部聘任管中閔為台大校長之違法處分」連署，號召關心台灣學術自由的人共同加入連署。呼籲政府依行政程序法第117條及訴願法第58條第2項的規定，迅即於一月七日以前撤銷教育部聘任管中閔之違法處分。4日，吳瑞北向法院聲請定暫時狀態假處分，防教育部聘管中閔。台北高等行政法院權衡公私益，認為聲請無理由，今裁定駁回，可抗告。
2019年1月8日，教育部常務次長林騰蛟發給管中閔校長聘書，該聘書由教育部政務次長姚立德署名，並隨後在林騰蛟次長的監交下，管中閔從代理校長郭大維的手中接過印信，正式成為臺灣大學第12任校長。
1月15日，監察院針對管中閔過去擔任學校主管及政府部門任職時在外兼職違法事宜召開彈劾審查會，以7：4通過管中閔彈劾案。按行政院前政務委員兼國家發展委員會主任委員管中閔於101年2月6日起至104年2月3日止之期間，身為國家高階政務官乃至機關首長，卻違反公務員服務法第14條第1項「禁止兼職」之規定，透過匿名方式「常態性」為壹週刊撰寫社論，以獲取年約新臺幣65萬元之兼職報酬，嚴重損害公務紀律及敗壞官箴，違失情節重大，爰依法提案彈劾 。公務員懲戒委員會於7月2日下午公開審理，並通知管中閔出席準備程序庭。公懲會受理案件後，已請管中閔說明，再給監察院核閱後，進行分案，由5位公懲會委員組成合議庭。本案合議庭成員為石木欽（公懲會委員長兼審判長）、廖宏明、吳景源、張清埤、黃梅月。合議庭日前已通知管中閔，於7月2日下午3時開庭，管中閔依法必須出席。公懲會借用台灣高等法院開庭，並開放60名民眾旁聽。
8月1日，教育部公布修正「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，明訂校務會議有權解散大學校長遴委會的權力。此一修法被外界稱為「管中閔條款」，新版辦法規定，國立大學校長就任前之遴選爭議，遴委會應於三個月內作成決議確實處理；若未於所定期限內確實處理遴選爭議，經學校校務會議代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意後解散。學校必須在解散後的兩個月內重組遴委會。教育部表示，以此機制來處理遴選過程可能產生的「當機」現象。
8月20日，公務員懲戒委員會針對台大校長管中閔被控在擔任政務官任內匿名在《壹週刊》寫社論而被監察院彈劾一案召開言詞辯論庭；9月2日，判處管中閔申誡。
管中閔當選後不久，隨即傳出管中閔在遴選過程中疑似違反利益迴避原則、論文爭議、赴陸授課等爆料，教育部以相關爆料為由暫緩核准臺大校長的聘任，多次要求臺大校方說明疑點，臺大校長遴選委員會也多次回文澄清並無疑慮。遴選會發言人表示各界對任何委員的投票意向都是純屬臆測，依遴選辦法各候選人及委員並無違反規定，已做到利益迴避，並舉遴選委員中央研究院院長廖俊智與候選人中研院副院長周美吟為例「難道也不符規定？」（依法務部法律字第 1000015676 號的行政函釋，與教育部編印的「國立大學校長遴選作業參考彙編」，遴選委員並沒有利益迴避的聲請權。廖俊智確實沒有利益迴避問題），遴選表格上並沒要求寫到私人企業職務。台大管理學院兼任教授暨富邦金控高級顧問龔天行不同意教育部所稱管和蔡兩人的職務有「經濟法律上重大利益」。國民黨的智庫國家政策研究基金會也發表評論說依據《證券交易法》，獨立董事「執行業務範圍內應保持獨立性，不得與公司有直接或間接之利害關係」，因此沒有理由要迴避。台大政治系教授陳淳文則從法理層面解釋指出：只有法定申報義務，沒有自我揭露義務；迴避義務的規範方式是以「法定關係」為原則，「具體事實」為例外；「瑕疵」與「重大明顯瑕疵」在法律上是完全不同的兩個概念，重大明顯瑕疵的認定標準；台大及教育部皆無權推翻遴選委員會之決定。
之後，陽明大學校長遴選程序同樣被質疑沒有利益迴避，教育部表示陽明大學校長遴選程序中確有召集人與候選人任同一公司（獨立）董事職務的關係，但是在教育部完成聘任後才被外界揭露，校長遴選委員會也已解散，隨後教育部於5月7日及17日二度函請陽明查明實情，而台大則是還沒聘任，遴選委員會仍未解散的狀況下就被揭露利益迴避的問題；目前台大案已進入訴願及司法程序，陽明案有相關法律見解及個案異同的情形，須一併慎重考量，教育部仍在積極研議可能的處理方式。(蔡委員離席迴避)依本會作業細則第9 點原規定：「…本會委員…應遵守以下規範：…有下列情形之一者，經本會確認後，解除其職務：…有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，經本會議決後，解除委員職務。…」嗣依教育部106 年9 月4 日臺教人(二)字第1060109645號函修正，刪除前揭「本會委員如認委員有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞，得主動提議，經本會議決後解除委員職務」之規定，並經教育部106 年11 月27 日臺教人(二)字第1060105102 號書函備查在案。候選人管教授與蔡明興委員並無「與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係者」、「學位論文指導之師生關係」，而蔡委員亦無「因故無法參與遴選作業」之情事；又本校辦理校長遴選期間迄今，並無候選人向本會提出具體事實足認蔡委員執行職務有偏頗之虞，爰本會自無從主動議決是否應解除其委員職務。行政程序法第33 條及第34 條雖對於迴避設有規定，惟查依大學法第9 條第3 項授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法第6 條另設有特別之迴避規定，此經法務部100 年7 月4 日法律字第1000015676 號函復教育部在案。本會作業細則第9 點係依前揭運作辦法所修正，併予敘明。
依照教育部編印的「國立大學校長遴選作業參考彙編」當中的「常見問題及注意事項」（2017年版為第60頁，2013年版為第86頁）註明：僅「候選人」得向遴委會舉其不得擔任委員之事由或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞之原因及事實，經遴委會議決後，始得解除委員職務。
管中閔在大多數時間都未直接表態回應任何爭議。支持者肯定其不隨抹黑者起舞的高度，反對者則認為管中閔有不肯澄清和回應是不負責任的作法。
由於此時的主政者為民進黨政府，而管中閔曾任國民黨政府的內閣成員，部分人士認為此案是民進黨基於政治立場干預大學自主而表達反對。《大學法》第一條開宗名義說大學「應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權」，顯示大學自主是大學的核心價值。然而，大學自主的的具體定義和範圍在臺灣尚未明晰，且大學的經費來自公共預算，自應受一定程度之監管。關於「大學自主」的意義以及教育部的權責之爭議因此而生。
依據《大學法》第9條規定，「新任公立大學校長之產生，由學校……遴選出校長後，由教育部或各該所屬地方政府"聘任之"。」即教育部只是形式上發聘書，不能進行實質審查。比較同一條文的後半部：「私立大學校長……報請教育部"核准聘任之"。」多了「核准」兩字，可見當初立法意旨，並未授予教育部在聘任公立大學校長前進行實質審查的權力。
同一條文的中間部分說「遴選委員除學校與社會人士各占五分之二外，其餘由教育部遴派之代表擔任之」。所以說教育部要實質影響大學校長的遴選結果，可藉由遴選委員的任命為之，但影響力就是遴選委員總額的五分之一，這就是《大學法》的立法精神：2005年6月，台大選出兩名校長人選送交教育部，當時的部長杜正勝決定圈選得票數較低的李嗣涔而非得票數過半的楊永斌，引發爭議，於是在2005年底立法院通過《大學法》修正案，將大學校長遴選由兩階段（大學選出數名人選，由教育部擇聘其一）改為一階段（大學只選出一名人選，由教育部聘任），讓教育部對大學校長遴選只保留五分之一的實質決定權，而非原本的二分之一。
2019年8月1日，教育部公布修正「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，明訂校務會議有權解散大學校長遴委會的權力。此一修法被外界稱為「管中閔條款」，新版辦法規定，國立大學校長就任前之遴選爭議，遴委會應於三個月內作成決議確實處理；若未於所定期限內確實處理遴選爭議，經學校校務會議代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意後解散。學校必須在解散後的兩個月內重組遴委會。
全國教育產業總工會認為，此舉嚴重戕害高教自主，也傷害了中華民國努力了幾十年的民主機制。全國教師工會總聯合會亦發起「三不運動」抵制吳茂昆領導的教育部。
2018年4月28日，國立大學校院協會發出聲明「基於大學自治精神，政府不應干預遴選結果」。4月29日，臺北商業大學校長張瑞雄、德明科技大學校長徐守德、中國科技大學校長俞明德、聖約翰科技大學校長艾和昌、東南科技大學校長李清吟、東方設計大學董事長李福登和文藻外語大學校長周守民在網路上發起全民連署要求教育部退出政治干預，一天內得到多於4萬簽名；在5月4日已超過8萬個聯署。私立大學校院協進會也發布聲明「台大校長遴選爭議的負面發展，是大學自治有史以來最黑暗的時刻」。4月30日，國立臺灣大學系統下的國立臺灣大學、國立臺灣師範大學、國立臺灣科技大學校長共同聲明呼籲教育部應尊重校長遴選結果。國立清華大學在校園內發起繫「政治退出校園」黃絲帶的聲援活動，清大教師會、前後四任清大校長與5位中研院院士清大教授聲明要求政府應落實校園自治，隨後國立臺灣大學、國立交通大學、國立中央大學財經系主任葉錦徽、經濟系教授徐之強等人發起，陸續在校園聲援此活動；國立交通大學校長張懋中則呼籲政府儘速讓國立大學法人化。7月3日，中央研究院院士會議表決通過由人文及社會科學組所提案的「國立大學校長遴選時，教育部應尊重大學法精神及規定，執行校長聘任事宜。」一案
5月1日，台大自主聯盟在傅鐘的集會中正式提出《台大自主聯盟五一聲明》，向全國人民呼籲重視台大校長遴選事件。5月4日適逢五四運動99周年，以文學院為首的台大師生以及台大EMBA的學生發起「新五四運動」，擴大抗爭規模，希望引起更多人對此事件的重視與發聲。5月29日，有多起學術爭議事件的教育部長吳茂昆在就任第41天時請辭獲准，成為任期最短的教育部長（7月，監察院以吳在東華校長任內的學術爭議通過彈劾並移送公懲會）。6月初，臺大學生、臺大校方與校長當選人分別委請律師向行政院提出行政訴願。
反對教育部介入的知名人士包括教育部前部長曾志朗、台北市長柯文哲、作家龍應台、曾任《新新聞》社長的王健壯、作家張大春、吳敦義、前行政院政務委員高思博等人。
2019年8月1日，教育部公布修正「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，明訂校務會議有權解散大學校長遴委會的權力。此一修法被外界稱為「管中閔條款」，新版辦法規定，國立大學校長就任前之遴選爭議，遴委會應於三個月內作成決議確實處理；若未於所定期限內確實處理遴選爭議，經學校校務會議代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意後解散。學校必須在解散後的兩個月內重組遴委會。清大校長賀陳弘認為此一修正將嚴重干預遴選委員的獨立自主；中研院院士、教育部前部長曾志朗則表示，教育部管太多，此一修法讓大學教育「從憲政時代退回訓政時代」。
中興大學法律系教授李惠宗撰文，以法學方法論方式，指出本案中許多法律爭點。其中，關於大學自治範圍部分，由於大學校長之性質屬於行政機關之首長，其聘(派)任屬於大學組織法事項(外部組織)，非涉大學教學研究學術自由範圍內等大學作用法之自治事項，因此校長遴選、聘任，其實並非所謂大學自治之範疇。所謂大學自治範疇，僅有於涉及教學、研究、學習等自由範圍內之事項，始克當之。
台大經濟系教授鄭秀玲在《讀報》撰文指出，前台大校長、台大行政高層動員人力向校務會議代表「關說」，要求「撤簽」連署召開臨時行政會議提案，導致臨時校務會議延至3/24。而三月時，管中閔違法兼職、違法赴中兼職、論文抄襲等爭議已經擴大。鄭秀玲認為，3/24臨時校務會議，是完全複製陳維昭校長時代的會議運作模式，當天的會議流程與最後的擱置決議，導致各項爭議都無法得到釐清。
台大學生議長周安履發三點聲明指出，「教育部駁回台大校長遴選結果，於法有據且並無侵犯大學自治」、「管中閔兼職事實違法明確」、「呼籲執政當局正視學生意見，為所當為」，力挺教育部不聘管中閔的決定。
台大社會系副教授范雲認為，教育部的行為是遲來的程序正義。台灣大學研究生協會會長王昱鈞表示：「教育部駁回聘任案有一定的考量、一定的證據」，他要呼籲台大校方理性面對，不要藉機鼓吹愛校情感、激起對立，事後參加台灣北社召開的記者會支持教育部決定。全國家長團體聯盟榮譽理事長吳福濱表示，教育部有監督台灣的大學之責任，教育部在昨天做出駁回的決定，對於台大身為高教的龍頭來說算是正確的決定，這讓台大能回歸學術，擺脫政治紛擾。身兼民進黨智庫的台大社會科學院教授陳東升則認為，大學自治的意義並非無限上綱，大學自治仍需基於正當、合法等兩前提，並不是他人無論如何完全都不能介入，譬如說：發生遴選委員、候選人資訊沒有充分揭露利益迴避的問題時，行政部門有權提出質疑。台大遴委會、校方得負起相關責任，不能只批外部介入。
其他支持教育部介入者包括台大退休教授黃武雄、金管會主委顧立雄、台大機械系特聘教授陳炳煇、行政院發言人徐國勇、台大學生代表大會議長周安履等。