ยุคก่อนประวัติศาสตร์ในมาเลเซีย
หลักฐานที่เก่าที่สุดสำหรับการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ยุคแรกในมาเลเซีย พบเมื่อ พ.ศ. 2551 โดยพบขวานหินทำด้วยมนุษย์ในแหล่งประวัติศาสตร์เล็งกง ที่มีอายุย้อนหลังไปได้ 1.83 ล้านปี โครงกระดูกมนุษย์ที่เก่าที่สุดที่พบในคาบสมุทรมลายูคือมนุษย์ผู้ชายเประก์นั้นมีอายุย้อนหลังไป 11,000 ปี และมนุษย์ผู้หญิงเประก์มีอายุย้อนหลังไปได้ 8,000 ปี พบที่เล็งกงเช่นกัน บริเวณนี้เป็นแหล่งผลิตเครื่องมือที่ทำด้วยหิน และยังพบภาพวาดที่ถ้ำตัมบุนที่เประก์ด้วย ในมาเลเซียตะวันออก ถ้ำเนียะฮ์ที่ซาราวะก์เป็นหลักฐานการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ในมาเลเซียย้อนหลังไป 4,000 ปี
ถ้ำเนียะฮ์ในซาราวะก์เป็นแหล่งที่อยู่ของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่สำคัญ มีมนุษย์อาศัยอยู่เมื่อ 40,000 ปีที่ผ่านมา นักโบราณคดียังอ้างว่ามีเครื่องมือหินอายุเก่ากว่านั้นในหุบเขามันซูลีใกล้ลาฮัดดาตูในซาบาห์ แต่ยังไม่ได้ระบุอายุที่แน่นอน
ได้มีการศึกษาเกี่ยวกับกลุ่มชนผู้มาใหม่ซึ่งเป็นชาวทะเลมลายูดั้งเดิมจากที่ห่างไกล ซึ่งอพยพจากยูนนานมายังมาเลเซีย ชาวนิกรีโต และชาวพื้นเมืองอื่น ๆ ถูกผู้มาใหม่ผลักดันให้ขึ้นไปอยู่บนภูเขา ในยุคนี้ ประชาชนเรียนรู้ที่จะแต่งตัว ทำอาหาร ล่าสัตว์ด้วยเครื่องมือหินที่ทันสมัยขึ้น ปรับปรุงเทคนิคการติดต่อสื่อสาร
พบหลักฐานการตั้งถิ่นฐานในหุบเขาเล็งกงในเประก์ ซึ่งมนุษย์ใช้เครื่องมือหินและตกแต่งด้วยอัญมณี
มีประชาชนเข้ามาตั้งถิ่นฐานมากขึ้น ทั้งชนเผ่าใหม่และชาวทะเลจากที่ห่างไกล คาบสมุทรมลายูกลายเป็นทางผ่านของการค้าทางทะเลในยุคโบราณ ชาวทะเลที่เดินทางมาถึงมีทั้งชาวอินเดีย อียิปต์ ตะวันออกกลาง ชวา และจีน ทอเลมีเรียกคาบสมุทรมลายูว่าคาบสมุทรทองคำ
แม่น้ำโขงซึ่งยาว 4,180 กิโลเมตร เริ่มต้นผ่านทิเบต เข้าสู่ยูนนานในจีน พม่า ไทย ลาว กัมพูชา และเวียดนามใต้ การอพยพของชาวมลายูดั้งเดิม เมื่อราว 10,000 ปีก่อน โดยการแล่นเรือตามแม่น้ำโขง จากยูนนาน ออกสู่ทะเลจีนใต้ แล้วตั้งหลักแหล่งตามที่ต่าง ๆ
ผู้ตั้งถิ่นฐานในยูนนานรุ่นแรก ๆ เป็นมนุษย์โฮโมอิเร็กตัสที่เรียกว่ามนุษย์ยวนมู ซึ่งขุดพบเมื่อราว พ.ศ. 2503 ฉินซื่อหวงหรือจิ๋นซีฮ่องเต้ได้รวมรวบจีนเป็นปึกแผ่นและรวมยูนนานเข้าเป็นมณฑลหนึ่งของจีน เมื่อ พ.ศ. 322 กลุ่มชนในยูนนานเป็นบรรพบุรุษของชนที่กินข้าวเป็นอาหารหลัก มีวัฒนธรรมการทำนา ชื่อท้องถิ่นของคนลุ่มแม่น้ำโขงที่อยู่ในยูนนานคือสิบสองปันนาซึ่งเป็นชนเผ่าไท
ทฤษฎีที่ว่าชาวมลายูดั้งเดิมอพยพมาจากยูนนานเสนอโดยอาร์เอช เกลเดิร์น และคณะ ชาวมลายูดั้งเดิมมาถึงพร้อมด้วยทักษะทางการเกษตร และชาวมลายูรุ่นที่สองซึ่งเป็นเลือดผสมได้กระจายตัวไปตามแนวชายฝั่งและเพิ่มทักษะการประมง ระหว่างการอพยพ ทั้งสองกลุ่มแต่งงานกับคนในหมู่เกาะทางใต้ เช่นจากชวา และชาวพื้นเมือง เช่น นิกรีโตและเมลานีซอยด์ หลักฐานอื่นที่สนับสนุนทฤษฎีนี้ได้แก่ เครื่องมือหินที่พบในคาบสมุทรมลายูคล้ายกับที่พบในเอเชียตอนกลาง เครื่องแต่งกายของชาวมลายูคล้ายกับชาวอัสสัม ภาษามลายูและภาษาเขมรมีความคล้ายคลึงกันเพราะชาวกัมพูชามีต้นกำเนิดจากลุ่มน้ำโขง
อาณาจักรเกอดะฮ์หรือกาดารัมได้รับการก่อตั้งโดยมหาราชาเดอร์บา ราชา จากเปอร์เซียเมื่อราว พ.ศ. 1173 และมีการกล่าวอ้างว่าสายเลือดของเชื้อพระวงศ์เกอดะฮ์มาจากอเล็กซานเดอร์มหาราช เซอจาระฮ์เมอลายู (วรรณกรรมมลายูเรื่องหนึ่ง) ก็กล่าวอ้างว่าเชื้อพระวงศ์เกอดะฮ์สืบเชื้อสายมาจากอเล็กซานเดอร์มหาราชเช่นกัน
การรวมกันของความเชื่อในศาสนาฮินดู-พุทธ ชาวอินโด-เปอร์เซียและพ่อค้าโดยเฉพาะจีนตอนใต้ คนเหล่านี้รวมกับชนพื้นเมืองและชาวมลายูดั้งเดิมกลายเป็นชาวมลายูเลือดผสมและกลายเป็นชาวมลายูในปัจจุบัน
ความคล้ายคลึงของภาษาจามและภาษามลายูพบทั้งในชื่อสถานที่ เช่น กำปงจาม กำปงชนัง เซอจาระฮ์เมอลายูได้กล่าวว่ามีชุมชนชาวจามในมะละกาสมัยพระเจ้าปรเมศวร ภาษาจามมีความเกี่ยวข้องกับภาษากลุ่มมาเลโย-พอลินีเชียนที่พบในมาเลเซีย อินโดนีเซีย มาดากัสการ์ และฟิลิปปินส์ เมื่อชาวจามพ่ายแพ้แก่เวียดนาม จักรพรรดิจามปาหันมานับถือศาสนาอิสลาม กษัตริย์มุสลิมจามปาองค์สุดท้ายหลบหนีเข้ากัมพูชาและมาอยู่ที่ตรังกานูและกลันตัน รัฐธรรมนูญมาเลเซียให้สิทธิ์ชาวจามเท่ากับชาวมลายูในฐานะภูมิบุตร เชื่อว่าพระเจ้าปรเมศวรเป็นชาวจามที่อพยพมายังปาเลมบังก่อนจะอพยพต่อไปที่เทมาสิกและมะละกาตามลำดับ และเป็นที่น่าสนใจว่ากษัตริย์องค์สุดท้ายของจักรวรรดิเขมรยุคพระนครมีพระนามว่าปรเมศวรบาท