สงครามโบชิน
สงครามโบชิน () บ้างเรียก การปฏิวัติญี่ปุ่น เป็นสงครามกลางเมืองในประเทศญี่ปุ่น รบพุ่งกันตั้งแต่ ค.ศ. 1868 ถึง 1869 ระหว่างกำลังของรัฐบาลเอโดะซึ่งปกครองและผู้ที่มุ่งถวายอำนาจการเมืองแก่ราชสำนักจักรพรรดิ
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ทว่า ความเคลื่อนไหวทางการทหารของกองทัพราชสำนัก ความรุนแรงของกลุ่มผู้สนับสนุนราชสำนักในเอะโดะ และพระราชกฤษฎีกาซึ่งแคว้นซัตสึมะและแคว้นโชชูสนับสนุนเลิกตระกูลโทกูงาวะ ทำให้โยชิโนบุเปิดฉากการทัพเพื่อยึดราชสำนักจักรพรรดิที่เกียวโต กระแสของสงครามพลิกกลับไปยังกลุ่มแยกจักรพรรดิที่มีขนาดเล็กกว่าแต่ค่อนข้างทันสมัยอย่างรวดเร็ว และหลังยุทธการต่าง ๆ ซึ่งลงเอยด้วยการยอมจำนนของเอะโดะ โยชิโนบุยอมจำนนด้วยตนเอง ส่วนผู้ภักดีต่อโทกูงาวะล่าทัพขึ้นตอนเหนือของเกาะฮนชูและเกาะฮกไกโดในภายหลัง ที่ซึ่งพวกเขาก่อตั้งสาธารณรัฐเอะโซะ ความพ่ายแพ้ในยุทธการที่ฮาโกดาเตะทำลายที่มั่นแห่งสุดท้ายนี้ และเหลือให้การปกครองของราชสำนักเด็ดขาดทั่วญี่ปุ่น เป็นการสิ้นสุดระยะทางทหารในการคืนสู่ราชบัลลังก์ของจักรพรรดิเมจิ
มีการระดมพลประมาณ 120,000 คนระหว่างสงคราม และในจำนวนนี้ มีผู้เสียชีวิตราว 3,500 คน ในบั้นปลาย ฝ่ายราชสำนักผู้ชนะทิ้งเป้าหมายการขับชาวต่างชาติจากญี่ปุ่น แล้วรับนโยบายทำให้ทันสมัยต่อแทน โดยมีเป้าหมายเจรจาแก้ไขสนธิสัญญาไม่เป็นธรรมกับชาติตะวันตกในที่สุด ไซโง ทะกะโมะริ ผู้นำคนสำคัญของกลุ่มแยกจักรพรรดิ ยืนกรานให้ ฝ่ายผู้ภักดีต่อตระกูลโทกูงาวะจึงได้รับการผ่อนผัน และในเวลาต่อมา อดีตผู้นำในรัฐบาลโชกุนหลายคนได้รับตำแหน่งรับผิดชอบงานภายใต้รัฐบาลใหม่
เมื่อสงครามโบชินเริ่ม ประเทศญี่ปุ่นกำลังทำให้ทันสมัยอยู่แล้ว ตามเส้นทางเดียวกับความก้าวหน้าของชาติตะวันตกที่กลายเป็นอุตสาหกรรม ทว่า ประเทศญี่ปุ่นปกป้องเศรษฐกิจที่อ่อนแอของตนโดยปฏิเสธการค้าเสรีที่ชาติตะวันตกบังคับ และเนื่องจากชาติตะวันตก (โดยเฉพาะสหราชอาณาจักรและฝรั่งเศส เกี่ยวข้องกับการเมืองของประเทศอย่างลึกซึ้ง การสถาปนาอำนาจจักรพรรดิจึงเพิ่มความผันผวนแก่ความขัดแย้ง ต่อมา สงครามถูกทำให้เป็นจินตนิยม (romanticized) ว่าเป็น "การปฏิวัติที่ไม่เสียเลือดเนื้อ" (bloodless revolution) แม้ว่ามีความสูญเสียจำนวนมากก็ตาม
เป็นเวลาสองศตวรรษก่อนหน้า ค.ศ. 1854 ญี่ปุ่นจำกัดการติดต่อกับต่างประเทศอย่างรุนแรง โดยยกเว้นสำคัญ คือ เกาหลีผ่านทางเกาะสึชิมะ จักรวรรดิต้าชิงผ่านทางหมู่เกาะริวกิว และดัตช์ผ่านทางสถานีการค้าเกาะเดะจิมะ ใน ค.ศ. 1854 พลเรือจัตวาแมทธิว ซี. เพร์รี ได้ขู่ใช้กำลังบังคับให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศสู่การค้าโลก นำมาซึ่งยุคสมัยการพัฒนาอย่างรวดเร็วในการค้าต่างประเทศและการทำให้เป็นตะวันตก (Westernization) ส่วนใหญ่เนื่องจากเงื่อนไขอัปยศของสนธิสัญญาไม่เป็นธรรมต่าง ๆ ดังที่เรียกความตกลงเช่นที่เพอร์รีถ่ายทอด ไม่นานรัฐบาลโชกุนเผชิญกับบความเป็นปรปักษ์ภายในประเทศ ซึ่งปรากฏเป็นรูปธรรมเป็นขบวนการมูลวิวัติ "ซนโนโจอิ" (ความหมายตามตัวแปลว่า "เทิดทูนจักรพรรดิ ขับอนารยชน")
จักรพรรดิโคเมทรงเห็นด้วยกับอารมณ์ดังกล่าว และทรงเริ่มแสดงบทบาทในกิจการของรัฐ อันเป็นการทำลายธรรมเนียมของจักรพรรดิหลายศตวรรษ เมื่อสบโอกาส พระองค์ทรงวิพากษ์วิจารณ์สนธิสัญญาต่าง ๆ อย่างรุนแรง และทรงพยายามก้าวก่ายการสืบทอดตำแหน่งโชกุน ความพยายามของพระองค์สิ้นสุดด้วย "พระราชโองการขับอนารยชน" ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1863 แม้รัฐบาลโชกุนไม่มีความตั้งใจบังคับใช้ กระนั้นพระราชโองการก็จุดประกายการโจมตีรัฐบาลโชกุนเองและชาวต่างชาติในญี่ปุ่นขึ้นมา กรณีที่โด่งดังที่สุด คือ การเสียชีวิตของพ่อค้าอังกฤษชื่อ ชาร์ล เลนน็อกซ์ ริชาร์ดสัน (Charles Lennox Richardson) การเสียชีวิตของเขาทำให้รัฐบาลเอโดะต้องจ่ายค่าสินไหมทดแทน 100,000 ปอนด์สเตอร์ลิง การโจมตีอื่นมีการระดมยิงการเดินเรือของต่างชาติในชิโมะโนะเซะกิ
ระหว่าง ค.ศ. 1864 ต่างชาติตอบแทนการกระทำเหล่านี้สำเร็จด้วยการทำตอบโต้ด้วยอาวุธ เช่น การยิงถล่มคาโงชิมะของอังกฤษ และการยิงถล่มชิโมะโนะเซะกิโดยกองเรือนานาชาติ เวลาเดียวกัน กำลังแคว้นโชชูพร้อมด้วยโรนิน ก่อกบฏฮะมะกุริเพื่อยึดพระนครเกียวโตอันเป็นที่ตั้งของราชสำนักแต่ถูกกำลังรัฐบาลโชกุน ภายใต้การนำของโทกูงาวะ โยชิโนบุ อนาคตโชกุน รัฐบาลโชกุนออกคำสั่งเพิ่มให้มีการรบนอกประเทศลงโทษแคว้นโชชู และได้รับการยอมอ่อนน้อมของโชชูโดยปราศจากการรบอย่างจริงจัง ณ จุดนี้ การต่อต้านทีแรกในบรรดาผู้นำในโชชูและราชสำนักจักรพรรดิเพลาลง แต่ในปีต่อมา โทกุงะวะพิสูจน์ว่าไม่สามารถกลับควบคุมประเทศอย่างสมบูรณ์ได้เพราะไดเมียวส่วนใหญ่เริ่มเมินเฉยต่อคำสั่งและคำถามจากเอะโดะ
แม้เหตุยิงถล่มคาโงชิมะ แคว้นซัตสึมะก็ยังใกล้ชิดกับบริเตนมากขึ้น และมุ่งทำให้กองทัพบกและกองทัพเรือของตนให้ทันสัยด้วยการสนับสนุนจากชาติดังกล่าว โทมัส เบลก โกลเวอร์ พ่อค้าชาวสกอต ขายปืนและเรือรบจำนวนมากให้หลายแคว้นทางใต้ ผู้เชี่ยวชาญทางทหารหลายคนชาวอเมริกันและอังกฤษหลายคน ซึ่งโดยทั่วไปเป็นอดีตนายทหาร อาจมีส่วนเกี่ยวข้องโดยตรงในความพยายามทางทหารนี้ แฮร์รี สมิธ ปากส์ (Harry Smith Parkes) เอกอัครราชทูตบริเตน สนับสนุนกำลังฝ่ายต่อต้านรัฐบาลโชกุนในการผลักดันให้สถาปนาการปกครองของจักรพรรดิเอกภาพและชอบธรรมในประเทศญี่ปุ่น และเพื่อตอบโต้อิทธิพลของฝรั่งเศสกับรัฐบาลโชกุน ในระยะเวลาดังกล่าว ผู้นำญี่ปุ่นภาคใต้ เช่น ไซโง ทะกะโมะริแห่งซัตสึมะ หรืออิโต ฮิโระบุมิ และอิโนะอุเอะ คะโอะรุแห่งโชชู เริ่มสร้างสายสัมพันธ์เฉพาะบุคคลกับนักการทูตบริติชหลายคน ที่สำคัญได้แก่ เออร์เนสต์ เมสัน ซาโตว์ (Ernest Mason Satow).
รัฐบาลโชกุนยังเตรียมรับความขัดแย้งอีกโดยการทำให้กองทัพของตนทันสมัย ตามแนวการออกแบบของปากส์ ชาวบริติช ซึ่งจนถึงเวลานั้นเป็นหุ้นส่วนหลักของรัฐบาลโชกุน พิสูจน์ว่าไม่เต็มใจยื่นความช่วยเหลือ โทกุงะวะจึงอาศัยความชำนาญของฝรั่งเศสเป็นหลัก โดยสบายใจกับเกียรติภูมิทางทหารของจักรพรรดินโปเลียนที่ 3 ในเวลานั้น ซึ่งได้มาจากความสำเร็จในสงครามไครเมียและสงครามอิตาลี
รัฐบาลโชกุนดำเนินก้าวสำคัญสู่การสร้างกองทัพสมัยใหม่ที่ทรงอำนาจ คือ กองทัพเรือโดยมีแกนกลางเป็นเรือรบไอน้ำแปดลำที่มีการสร้างโดยใช้เวลาหลายปีและเป็นกองทัพเรือที่เข้มแข็งที่สุดในทวีปเอเชียแล้ว ใน ค.ศ. 1865 มีการก่อสร้างโรงงานสรรพาวุธกองทัพเรือสมัยใหม่แห่งแรกของประเทศญี่ปุ่นในโยะโกะซุกะโดย Léonce Verny วิศวกรชาวฝรั่งเศส ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1867 คณะผู้แทนทหารฝรั่งเศสมาถึงเพื่อจัดระเบียบกองทัพรัฐบาลโชกุนใหม่และสร้างกำลังหัวกะทิเด็นชูตะอิ และมีคำสั่งซื้อเรือรบซีเอสเอส "สโตนวอลล์" เรือรบหุ้มเกราะเหล็ก (ironclad) ที่ฝรั่งเศสสร้าง จากสหรัฐ ซึ่งเป็นสิ่งตกทอดจากสงครามกลางเมืองอเมริกา เนื่องจากชาติตะวันตกประกาศเป็นกลาง อเมริกาจึงปฏิเสธไม่ขายเรือ แต่เมื่อยกเลิกความเป็นกลางแล้ว กลุ่มแยกจักรพรรดิได้เรือและใช้ในยุทธนาการในฮาโกดาเตะโดยใช้ชื่อว่า โคเตะสึ ("เรือหุ้มเกราะเหล็ก")
หลังรัฐประหารในโชชูซึ่งส่งผลให้กลุ่มแยกต่อต้านรัฐบาลโชกุนหัวรุนแรงกลับเถลิงอำนาจ รัฐบาลโชกุนจึงประกาศเจตนานำการรบนอกประเทศโคชูครั้งที่สองเพื่อลงโทษแคว้นทรยศนั้น เหตุนี้กระตุ้นให้โชชูตั้งพันธมิตรกับแคว้นซัตสึมะอย่างลับ ๆ ในฤดูร้อน ค.ศ. 1866 รัฐบาลโชกุนแพ้ต่อโคชู ทำให้เสื่อมอำนาจลงมาก ทว่า ปลาย ค.ศ. 1866 ทีแรกโชกุนอิเอะโมะชิเสียชีวิต แล้วจักรพรรดิโคเมเสด็จสวรรคต ซึ่งตำแหน่งตกแก่โยชิโนบุและจักรพรรดิเมจิตามลำดับ เหตุการณ์เหล่านี้ "ทำให้เลี่ยงการสงบศึกไม่ได้" ตามคำของนักประวัติศาสตร์ มารีอัส เจนเซน
วันที่ 9 พฤศจิกายน ค.ศ. 1867 มีการประกอบพระราชโองการลับโดยแคว้นซัตสึมะและแคว้นโชชูในพระปรมาภิไธยจักรพรรดิเมจิ บัญชาให้ "ฆ่าโยชิโนบุโทษฐานทรยศ" ทว่า ก่อนหน้านี้ และให้หลังข้อเสนอจากไดเมียวโทะซะ โยชิโนบุลาออกจากตำแหน่งและถวายอำนาจคืนแก่จักรพรรดิ โดยตกลง "เป็นเครื่องมือนำไปปฏิบัติ" ซึ่งพระบรมราชโองการของจักรพรรดิ รัฐบาลเอโดะจึงสิ้นสุด
แม้การลาออกของโยชิโนบุทำให้เกิดสุญญากาศในตำแหน่งระดับสูงสุดของรัฐบาล ระบบกลไกรัฐของเขานั้นยังดำรงอยู่ ยิ่งกว่านั้นรัฐบาลโชกุน โดยเฉพาะตระกูลโทกูงาวะ จะยังเป็นกำลังสำคัญในระเบียบการเมืองที่วิวัฒนาและจะมีอำนาจบริหารหลายอย่าง เป็นภาพที่ผู้ไม่ประนีประนอม (hard-liner) จากซัตสึมะและโชชูทนไม่ได้ เหตุการณ์มาถึงจุดสูงสุดในวันที่ 3 มกราคม ค.ศ. 1868 เมื่อทั้งสองแคว้นยึดพระราชวังจักรพรรดิที่กรุงเกียวโต และในวันรุ่งขึ้น จักรพรรดิเมจิ พระชนมายุ 15 พรรษา ทรงประกาศฟื้นฟูพระราชอำนาจเต็มของพระองค์ แม้สภาองคมนตรีจักรพรรดิฝ่ายข้างมากสุขกับคำประกาศการปกครองโดยตรงอย่างเป็นทางการของราชสำนักและมีแนวโน้มสนับสนุนการร่วมมือกับโทกูงาวะต่อ (ภายใต้มโนทัศน์ "รัฐบาลอันเป็นธรรม" ) แต่ไซโง ทะกะโมะริคุกคามสภาให้เลิกตำแหน่ง "โชกุน" และสั่งริบที่ดินของโยชิโนบุ
แม้ทีแรกเขาเห็นพ้องกับข้อเรียกร้องเหล่านี้ แต่ในวันที่ 17 มกราคม ค.ศ. 1868 โยชิโนบุประกาศว่า เขาไม่ถูกผูกมัดกับคำประกาศฟื้นฟูพระราชอำนาจและเรียกร้องให้เลิกประกาศนั้น วันที่ 24 มกราคม โยชิโนบุตัดสินใจเตรียมการโจมตีพระนครเกียวโตซึ่งถูกกำลังซัตสึมะและโชชูยึดครองอยู่ การตัดสินใจดังกล่าวนี้ถูกกระตุ้นจากที่เขาทราบว่าเกิดการลอบวางเพลิงหลายครั้งในเอะโดะ เริ่มจากการเผาฝ่ายหน้าของปราสาทเอะโดะ อันเป็นที่พำนักหลักของตระกูลโทกูงาวะ เหตุนี้ถูกกล่าวโทษแก่โรนินซัตสึมะ ซึ่งในวันนั้นโจมตีสำนักงานรัฐบาลแห่งหนึ่ง วันรุ่งขึ้น กำลังรัฐบาลโชกุนสนองโดยโจมตีที่พำนักของไดเมียวซัตสึมะในเอะโดะ ซึ่งคู่แข่งหลายคนของรัฐบาลโชกุน ภายใต้การชี้นำของทะกะโมะริ กำลังซ่อนตัวและก่อปัญหาอยู่ พระราชวังถูกเผหา และคู่แข่งหลายคนถูกฆ่าหรือถูกประหารชีวิตทีหลัง
วันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 1868 กำลังฝ่ายรัฐบาลโชกุนโจมตีกำลังของโชชูและซะซึมะ โดยปะทะใกล้โทะบะและฟุชิมิ ณ ทางเข้าทิศใต้ของกรุงเกียวโต บางส่วนของกำลังฝ่ายรัฐบาลโชกุนจำนวน 15,000 นายได้รับฝึกโดยที่ปรึกษาทางทหารชาวฝรั่งเศส แต่ส่วนใหญ่ยังเป็นกำลังซามูไรสมัยกลาง ในกำลังซามูไรนั้นยังมีชินเซ็งงุมิด้วย ขณะเดียวกัน กำลังโชชูและซัตสึมะเป็นจำนวนน้อยกว่าถึง 3:1 แต่มีกองทัพทันสมัยโดยมีเฮาวิตเซอร์อาร์มสตรอง ปืนเล็กยาวมีนี (Minié rifle) และปืนแกตลิง (Gatling gun) หลังเริ่มต้นโดยไม่รู้ผลแพ้ชนะ ในวันที่สอง มีการส่งธงจักรพรรดิให้ทหารฝ่ายป้องกัน และพระญาติของจักรพรรดิ นินนะจิโนะมิยะ โยะชิอะกิ ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการทหาร ทำให้กองทัพนั้นเป็นกองทัพจักรพรรดิ () อย่างเป็นทางการ ยิ่งไปกว่านั้น ไดเมียวท้องถิ่นหลายคนซึ่งจนถึงบัดนี้ยังซื่อสัตย์ต่อโชกุน เริ่มแปรพักตร์เข้ากับฝ่ายราชสำนักจักรพรรดิเพราะถูกมหาดเล็กชักจูง ไดเมียวดังกล่าวมีไดเมียวโยโดะเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ และไดเมียวสึเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ เปลี่ยนสมดุลทางทหารให้เข้าทางฝ่ายจักรพรรดิมากขึ้น
วันที่ 7 กุมภาพันธ์ โทกูงาวะ โยชิโนบุ ซึ่งชัดเจนว่าอึดอัดกับพระบรมราชานุญาตที่จักรพรรดิพระราชทานแก่การกระทำของซัตสึมะและโชชู หนีจากโอซะกะบนเรือ"ไคโยมะรุ" ไปเอะโดะ กำลังรัฐบาลโชกุนที่เสียขวัญจากการหนีของโชกุนและการหักหลังของโยะโดะและสึถอย ทำให้การประจัญหน้าที่โทะบะ-ฟุชิมิเป็นชัยของฝ่ายจักรพรรดิ แม้มักถือกันว่าฝ่ายรัฐบาลโชกุนน่าจะชนะ ไม่ช้าปราสาทโอซะกะถูกล้อมในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ (หรือวันที่ 1 มกราคมตามปฏิทินตะวันตก) นำให้ยุทธการที่โทะบะ-ฟุชิมิสิ้นสุด
ขณะเดียวกัน ในวันที่ 28 มกราคม ค.ศ. 1868 เกิดยุทธนาวีที่อะวะระหว่างรัฐบาลโชกุนและกองทัพเรือซัตสึมะบางส่วน นับเป็นยุทธนาการระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่สองทัพครั้งที่สองของประเทศญี่ปุ่น ยุทธนาวีขนาดเล็กดังกล่าวยุติลงโดยรัฐบาลโชกุนเป็นฝ่ายชนะ 
ส่วนในด้านการทูต รัฐมนตรีของต่างชาติประชุมในท่าเปิดฮโยโงะ (ปัจจุบันคือ โคเบะ) ในต้นเดือนกุมภาพันธ์ ออกคำประกาศว่ารัฐบาลโชกุนยังถือเป็นรัฐบาลโดยชอบแห่งเดียวของญี่ปุ่น ให้ความหวังแก่โทกูงาวะ โยชิโนบุว่าต่างชาติ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งฝรั่งเศส) อาจพิจารณาแทรกแซงโดยถือข้างเขา ทว่า ไม่กี่วันต่อมา ผู้แทนจักรพรรดิที่เยี่ยมรัฐมนตรีเหล่านั้นประกาศว่ายุบรัฐบาลโชกุนแล้ว จะเปิดท่าตามสนธิสัญญาระหว่างประเทศ และจะคุ้มครองคนต่างด้าว รัฐมนตรีดังกล่าวจึงตัดสินใจรับรองรัฐบาลใหม่
กระนั้น ความรู้สึกต่อต้านต่างด้าวนำสู่การโจมตีคนต่างด้าวหลายครั้งในหลายเดือนต่อมา ซามูไรโทะซะฆ่ากะลาสีชาวฝรั่งเศสสิบเอ็ดคนจากเรือคอร์เว็ต"ดูเปลอิส" ("Dupleix") ในเหตุการณ์ซะไกในวันที่ 8 มีนาคม ค.ศ. 1868 สิบห้าวันต่อมา เซอร์แฮร์รี ปากส์ เอกอัครราชทูตบริติช ถูกซามูไรกลุ่มหนึ่งทำร้ายในถนนกรุงเกียวโต
ตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ด้วยความช่วยเหลือของเลยง โรเช (Léon Roches) เอกอัครราชทูตฝรั่งเศส มีการร่างแผนเพื่อหยุดการรุกของราชสำนักจักรพรรดิที่โอะดะวะระ จุดเข้ายุทธศาสตร์สุดท้ายสู่เอะโดะ แต่โยชิโนบุตัดสินใจค้านแผนนี้ เลยง โรเชประหลาดใจและลาออกจากตำแหน่ง ในต้นเดือนมีนาคม ภายใต้อิทธิพลของรัฐมนตรีบริติช แฮร์รี ปากส์ ต่างชาติลงนามความตกลงความเป็นกลางเข้มงวด ซึ่งตามสนธิสัญญานั้น ต่างชาติไม่สามารถแทรกแซงหรือให้กำลังบำรุงทางทหารแก่ฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งจนความขัดแย้งยุติ
ไซโง ทะกะโมะรินำทัพจักรพรรดิคว้าชัยไปทางเหนือและตะวันออกทั่วประเทศญี่ปุ่น โดยชนะที่ยุทธการที่โคชู-คะสึนุมะ สุดท้ายเขาล้อมเอะโดะในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 นำไปสู่ความปราชัยอย่างไม่มีเงื่อนไขหลังคัตสึ คะอิชู รัฐมนตรีสงครามของโชกุน เจรจาการยอมจำนน บางกลุ่มยังต่อต้านต่อไปหลังการยอมจำนนนี้แต่แพ้ในยุทธการที่อุเอะโนะในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1868
ขณะเดียวกัน ผู้นำกองทัพเรือของโชกุน เอะโนะโมะโตะ ทะเกอะกิ ปฏิเสธยอมจำนนเรือทั้งหมดของเขา เขาส่งเรือให้เพียงสี่ลำ ซึ่งในนั้นมีฟุจิซัง แต่เขาหลบหนีขึ้นเหนือไปพร้อมกับกองทัพเรือโชกุนที่เหลือ (เรือรบไอน้ำแปดลำ) และทหารเรือ 2,000 นาย ด้วยหวังจัดการโจมตีตอบโต้ร่วมกับไดเมียวทางเหนือ เขามีที่ปรึกษาทางทหารชาวฝรั่งเศสจำนวนหนึ่งเข้าด้วย ที่ขึ้นชื่อที่สุดคือ ฌูล บรูเน (Jules Brunet) ซึ่งลาออกจากกองทัพบกฝรั่งเศสอย่างเป็นทางการเพื่อเข้ากับกบฏ
หลังโยชิโนบุยอมจำนน ประเทศญี่ปุ่นส่วนมากก็ยอมรับการปกครองของจักรพรรดิ แต่แนวร่วมแว่นแคว้นในภาคเหนือซึ่งสนับสนุนแคว้นไอสึยังแข็งข้อต่อไป ในเดือนพฤษภาคม ไดเมียวในภาคเหนือหลายคนตั้งพันธมิตรเพื่อต่อกรกองทัพจักรพรรดิ ส่วนใหญ่ประกอบด้วยกำลังจากแคว้นเซ็นได โยะเนะซะวะ ไอสึ โชนะอิและนะงะโอะกะ มีทั้งสิ้น 50,000 นาย เจ้าฝ่ายจักรพรรดิพระองค์หนึ่ง คิตะชิระกะวะ โยะชิฮิซะ เสด็จหนีขึ้นเหนือพร้อมพลพรรครัฐบาลเอโดะ และได้รับแต่งตั้งเป็นหัวหน้าในนามของแนวร่วมฝ่ายเหนือ โดยเจตนาตั้งพระองค์เป็น "จักรพรรดิโทะบุ"
กองเรือของเอะโนะโมะโตะถึงท่าเซ็นไดในวันที่ 26 สิงหาคม แม้ว่าแนวร่วมฝ่ายเหนือมีทหารมากมาย แต่ติดอาวุธเลวและอาศัยวิธีการต่อสู้แบบเก่า ยุทธภัณฑ์สมัยใหม่ขาดแคลน และมีความพยายามกระชั้นชิดในการสร้างปืนใหญ่ทำด้วยไม้และเสริมความแข็งแรงด้วยการรัดเชือกและยิงกระสุนหิน ปืนใหญ่ดังกล่าวที่ติดตั้งบนสิ่งปลูกสร้างตั้งรับ ยิงกระสุนได้สี่ถึงห้านัดเท่านั้นก่อนระเบิด อีกฝ่ายหนึ่ง ไดเมียวนะงะโอะกะจัดการหาปืนแกตลิงสองจากสามกระบอกในประเทศญี่ปุ่น และปืนเล็กยาวฝรั่งเศสสมัยใหม่ 2,000 กระบอกจากพ่อค้าอาวุธชาวเยอรมัน เฮนรี ชเนลล์ (Henry Schnell)
ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 ไดเมียวนะงะโอะกะสร้างความสูญเสียใหญ่หลวงต่อกำลังฝ่ายจักรพรรดิในยุทธการที่โฮะกุเอตสึ (Hokuetsu) แต่สุดท้ายปราสาทของเขาเสียในวันที่ 19 พฤษภาคม ทหารฝ่ายจักรพรรดิยังเคลื่อนขึ้นเหนือ พิชิตชินเซ็งงุมิที่ยุทธการที่ช่องเขาโบะนะริ ซึ่งเปิดทางให้เข้าตีปราสาทไอสึวะกะมัตสึในยุทธการที่ไอสึในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1868 ทำให้ป้องกันที่ตั้งดังกล่าวไม่ได้
แนวร่วมพังทลาย และในวันที่ 12 ตุลาคม กองเรือออกจากเซ็นไดมุ่งหน้าสู่ฮกไกโด หลังได้เรืออีกสองลำ และทหารอีกประมาณ 1,000 นาย กำลังรัฐบาลโชกุนที่เหลือภายใต้โอโตะริ เคสึเกะ กำลังชินเซ็งงุมิภายใต้ฮิจิกะตะ โทะชิโซ เหล่ากองโจร (ยูเงะกิไต) ภายใต้ฮิโตะมิ คัตสึตะโร เช่นเดียวกับที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสอีกหลายคน
วันที่ 26 ตุลาคม เอะโดะถูกเปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียว และสมัยเมจิเริ่มต้นอย่างเป็นทางการ ไอสึถูกล้อมเริ่มตั้งแต่เดือนนั้น นำไปสู่การฆ่าตัวตายหมู่ของนักรบหนุ่มเบียะโกะไต (เหล่าพยัคฆ์ขาว) หลังยุทธการยืดเยื้อหนึ่งเดือน สุดท้ายไอสึยอมจำนนในวันที่ 6 พฤศจิกายน
หลังปราชัยบนเกาะฮนชู เอะโนะโมะโตะ ทะเกะอะกิหนีไปฮกไกโดพร้อมด้วยกองทัพเรือที่เหลืออยู่และที่ปรึกษาการทหารชาวฝรั่งเศสอีกจำนวนหนึ่ง พวกเขาร่วมกันจัดตั้งรัฐบาลโดยมีวัตถุประสงค์สถาปนารัฐชาติอิสระขึ้นบนเกาะเพื่ออุทิศให้การพัฒนาเกาะฮกไกโด สาธารณรัฐเอะโซะตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 25 ธันวาคมตามแบบจำลองสหรัฐอเมริกา นับเป็นสาธารณรัฐแห่งเดียวของประเทศญี่ปุ่นที่เคยมี และเอะโนะโมะโตะได้รับเลือกตั้งเป็นประธานาธิบดีด้วยเสียงข้างมาก สาธารณรัฐพยายามติดต่อกับสถานเอกอัครราชทูตต่างประเทศที่อยู่ในฮาโกดาเตะ เช่น สหรัฐอเมริกา ฝรั่งเศสและรัสเซีย แต่ไม่สามารถได้การรับรองหรือการสนับสนุนระหว่างประเทศ เอะโนะโมะโตะเสนอให้โอนดินแดนให้โชกุนโทกูงาวะภายใต้การปกครองของจักรพรรดิ แต่สภาปกครองจักรวรรดิปฏิเสธข้อเสนอของเขา
ในฤดูหนาว พวกเขาเสริมการป้องกันบริเวณคาบสมุทรทางใต้ของฮาโกดาเตะ โดยมีป้อมโกะเรียวคะคุอยู่ตรงกลาง มีการจัดระเบียบกำลังภายใต้การบัญชาการร่วมของญี่ปุ่น-ฝรั่งเศส โดยมีโอะโตะริ เคซุกะเป็นผู้บัญชาการทหาร และร้อยเอก ฌูลส์ บรูเน ชาวฝรั่งเศส เป็นรองผู้บัญชาการ และแบ่งกำลังออกเป็น 4 กองพลน้อย แต่ละกองพลน้อยมีนายทหารประทวนชาวฝรั่งเศสเป็นผู้บังคับบัญชา (อาเธอร์ ฟอร์ตังต์, ฌอง มาร์แลง, อังเดร กาเซอเนิฟ, ฟรองซัวส์ บูฟฟิเยร์) และแบ่งกำลังย่อยออกเป็น 8 กึ่งกองพลน้อย (half-brigade) ที่อยู่ใต้การบังคับบัญชาของญี่ปุ่น
กองทัพเรือจักรพรรดิถึงท่ามิยะโกะเมื่อวันที่ 20 มีนาคม แต่กบฏเอะโซะคาดหมายการมาของเรือฝ่ายจักรพรรดิและจัดระเบียบแผนบ้าบิ่นในการยึดโคเตะซึ มีการส่งเรือรบสามลำสำหรับโจมตีผิดคาด โดยมีผู้บังคับบัญชาชินเซ็งงุมิ ฮิจิกะตะ โทะชิโซเป็นผู้นำ เรียก ยุทธนาวีที่อ่าวมิยะโกะ ยุทธนาวียุติลงด้วยความล้มเหลวของฝ่ายโทกูงาวะ เนื่องจากสภาพอากาศเลว ปัญหาเครื่องยนต์และการใช้ปืนแกตลิงโดยกำลังฝ่ายจักรพรรดิต่อคณะขึ้นเรือซามูไรอย่างเด็ดขาด
ไม่นาน กำลังฝ่ายจักรพรรดิรวบรวมการควบคุมบนแผ่นดินใหญ่ญี่ปุ่น และในเดือนเมษายน ค.ศ. 1869 ส่งกองเรือและกำลังทหารราบ 7,000 นายไปเอะโซะ เริ่มต้นยุทธการที่ฮาโกดาเตะ กำลังฝ่ายจักรพรรดิคืบหน้าอย่างรวดเร็วและชนะยุทธนาการทางเรือ ณ อ่าวฮาโกดาเตะ เป็นยุทธนาวีทางเรือขนาดใหญ่ครั้งแรกของประทเศญี่ปุ่นระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่ ขณะที่ป้อมโกะเรียวกะกุถูกทหารที่เหลือ 800 นายล้อม เมื่อเห็นสถานการณ์เข้าตาจน ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสหลบหนีไปเรือฝรั่งเศสซึ่งประจำอยู่ในอ่าวฮาโกดาเตะ แคตโลกง (Coëtlogon) ภายใต้การบังคับบัญชาของดูว์เปตี-ตูอาร์ (Dupetit-Thouars) แล้วโดยสารกลับไปโยะโกะฮะมะและฝรั่งเศส ญี่ปุ่นขอให้ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสรับการพิพากษาในประเทศฝรั่งเศส ทว่า เนื่องจากการสนับสนุนของประชาชนในประเทศฝรั่งเศสจากกรรมของพวกเขา อดีตที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสในประเทศญี่ปุ่นจึงไม่ถูกลงโทษ
เอะโนะโมะโตะแน่วแน่ที่จะต่อสู้จนจบ และส่งทรัพย์มีค่าของเขาให้ข้าศึกเพื่อเก็บรักษา ในนั้นมีรหัสกองทัพเรือที่เขานำกลับจากฮอลแลนด์ซึ่งเขามอบให้พลเอกของฝ่ายจักรพรรดิ คุโระดะ คิโยะตะกะ และโอะโตะริเกลี้ยกล่อมให้เขายอมจำนน โดยบอกเขาให้ตัดสินใจใช้ชีวิตผ่านความพ่ายแพ้เป็นวิถีที่หาญกล้าอย่างแท้จริง "หากท่านประสงค์ตาย ท่านสามารถทำได้ทุกเวลา" เอะโนะโมะโตะยอมจำนนเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน ค.ศ. 1869 โดยยอมรับการปกครองของจักรพรรดิเมจิ และสาธารณรัฐเอะโซะก็ไม่มีอีกต่อไป
ให้หลังชนะ รัฐบาลใหม่ดำเนินรวมประเทศภายใต้การปกครองทรงอำนาจโดยชอบเดียวโดยราชสำนักจักรพรรดิ ที่พำนักของจักรพรรดิย้ายจากเกียวโตไปโตเกียวในปลาย ค.ศ. 1868 อำนาจทางทหารและการเมืองของแว่นแคว้นต่าง ๆ ทยอยถูกริดรอนไป และไม่ช้าแคว้นต่าง ๆ ก็กลายสภาพเป็นจังหวัด ซึ่งจักรพรรดิทรงตั้งผู้ว่าราชการ การปฏิรูปสำคัญ คือ การเวนคืนและเลิกชนชั้นซามูไร ทำให้ซามูไรจำนวนมากเปลี่ยนเข้าตำแหน่งบริหารราชการแผ่นดินหรือผู้ประกอบการ แต่บีบให้อีกจำนวนมากยากจน แคว้นทางใต้ซัตสึมะ โชชูและโทะซะซึ่งมีบทบาทชี้ขาดในชัย ยึดตำแหน่งสำคัญในรัฐบาลอีกหลายทศวรรษให้หลังความขัดแย้งนี้ บ้างเรียกสถานการณ์นี้ว่า "คณาธิปไตยเมจิ" และกลายเป็นทางการด้วยสถาบันเก็นโร ใน ค.ศ. 1869 มีการสร้างศาลเจ้ายะซุกุนิในกรุงโตเกียวเพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้เสียชีวิตในสงครามโบชิน
พลพรรคผู้นำบางส่วนของอดีตโชกุนถูกจำคุก แต่รอดการประหารชีวิตอย่างหวุดหวิด มาจากการยืนยันของไซโง ทะกะโมะริและอิวะกุระ โทะโมะมิ แม้อาศัยคำแนะนำจากพากส์ ผู้แทนทางทูตบริติชมากก็ตาม เขากระตุ้นไซโง ตามคำของเออร์เนส ซาโท (Ernest Satow) ว่า "ความรุนแรงต่อเคคิ [โยชิโนบุ] หรือผู้สนับสนุนเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในวิถีการลงโทษบุคคล จะทำร้ายชื่อเสียงของรัฐบาลใหม่ในสายตาชาติยุโรป" หลังจำคุกสองหรือสามปี พวกเขาส่วนมากก็ถูกเรียกตัวมารับราชการรัฐบาลใหม่ และหลายคนมีอาชีพรุ่งเรือง ตัวอย่างเช่น เอะโนะโมะโตะ ทะเกะอะกิต่อมาจะรับราชการเป็นผู้แทนทางทูตประจำประเทศรัสเซียและจีนและเป็นรัฐมนตรีศึกษาธิการ
ฝ่ายจักรพรรดิมิได้แสวงความมุ่งหมายขับผลประโยชน์ต่างชาติจากประเทศญี่ปุ่นอีก แต่หันไปรับนโยบายก้าวหน้ามากขึ้นโดยมุ่งปรับประเทศให้ทันสมัยต่อและการเจรจาสนธิสัญญาไม่เท่าเทียมใหม่กับต่างชาติ และต่อมาภายใต้คำขวัญ "ประเทศร่ำรวย กองทัพเข้มแข็ง" () การเปลี่ยนท่าทีต่อต่างชาตินี้มาจากวันแรก ๆ ของสงครามกลางเมือง วันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 1868 มีการตั้งป้ายในกรุงเกียวโต (และต่อมาทั่วประเทศ) ซึ่งเจาะจงบอกเลิกความรุนแรงต่อคนต่างด้าว ระหว่างห้วงความขัดแย้ง จักรพรรดิเมจิทรงต้อนรับผู้แทนทางทูตยุโรปเป็นการส่วนพระองค์ ครั้งแรกในกรุงเกียวโต และต่อมาในโอซากะและโตเกียว และที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน คือ การต้อนรับอัลเฟรด ดุ๊กเอดินบะระของจักรพรรดิเมจิในกรุงโตเกียวว่า "เป็นผู้มีโลหิตทัดเทียมพระองค์" (as his equal in point of blood)
แม้สมัยเมจิตอนต้น ความสัมพันธ์ระหว่างราชสำนักจักรพรรดิและต่างประเทศดีขึ้น แต่ความสัมพันธ์กับประเทศฝรั่งเศสเสื่อมชั่วคราวเนื่องจากฝรั่งเศสสนับสนุนโชกุนในทีแรก ทว่าในไม่ช้า มีการเชิญคณะทูตทหารคณะที่สองมาประเทศญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1874 และคณะที่สามใน ค.ศ. 1884 อันตรกิริยาระดับสูงกลับคืนประมาณ ค.ศ. 1886 เมื่อประเทศฝรั่งเศสช่วยสร้างกองเรือสมัยใหม่ขนาดใหญ่ของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่น ภายใต้การชี้นำของวิศวกรนาวี หลุยส์-เอมิล แบร์แต็ง (Louis-Émile Bertin) การปรับประเทศให้ทันสมัยเริ่มระหว่างปลายรัฐบาลโชกุนแล้ว และรัฐบาลเมจิสุดท้ายก็รับนโยบายเดียวกัน
ครั้นราชาภิเษก จักรพรรดิเมจิทรงออกกฎบัตรคำปฏิญาณ (Charter Oath) โดยเรียกร้องให้มีการประชุมอภิปราย สัญญาเพิ่มโอกาสแก่สามัญชน เลิก "ขนบธรรมเนียมชั่วจากอดีต" และแสวงความรู้ทั่วโลก "เพื่อเสริมสร้างรากฐานของการปกครองจักรพรรดิ" การปฏิรูปสำคัญของรัฐบาลเมจิมีการเลิกระบบแคว้นใน ค.ศ. 1871 ซึ่งแคว้นแบบฟิวดัลและผู้ปกครองที่สืบสายโลหิตถูกเปลี่ยนเป็นจังหวัดโดยมีผู้ว่าราชการจากการแต่งตั้งของจักรพรรดิ อื่น ๆ มีการศึกษาภาคบังคับและการเลิกสถานภาพชนชั้นขงจื๊อ การปฏิรูปต่าง ๆ ลงเอยด้วยการออกรัฐธรรมนูญเมจิ ค.ศ. 1889 ทว่า แม้ซามูไรสนับสนุนราชสำนักจักรพรรดิ แต่การปฏิรูปสมัยเมจิช่วงต้นหลายอย่างถูกมองว่าเป็นโทษต่อประโยชน์ของพวกเขา คือ การสร้างกองทัพทหารเกณฑ์จากสามัญชน ตลอดจนการเสียเกียรติภูมิสืบเชื้อสายและเงินเดือนที่ทำให้อดีตซามูไรจำนวนมากเป็นปรปักษ์ ความตึงเครียดสูงเป็นพิเศษในภาคใต้ นำสู่กบฏซะกะ ค.ศ. 1874 และกบฏในโชชูใน ค.ศ. 1876 อดีตซามูไรในซัตสึมะ โดยมีไซโง ทะกะโมะริเป็นผู้นำ ซึ่งออกจากรัฐบาลเนื่องจากขัดแย้งเรื่องนโยบายต่างประเทศ เริ่มกบฏซัตสึมะใน ค.ศ. 1877 การต่อสู้เพื่อธำรงชนชั้นซามูไรและรัฐบาลที่มีคุณธรรมมากขึ้น มีคำวัญว่า "รัฐบาลใหม่ ศีลธรรมสูง" () กบฏยุติด้วยความปราชัยเยี่ยงวีรบุรุษแต่ย่อยยับ ณ ยุทธการที่ชิโระยะมะ