การดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีของทักษิณ ชินวัตร
ดร.ทักษิณ ชินวัตร เป็นนายกรัฐมนตรีไทย คนที่ 23 ดำรงตำแหน่งระหว่างปี 2544–2549 ระหว่างดำรงตำแหน่ง ทักษิณริเริ่มหลายนโยบายซึ่งส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจ สาธารณสุข การศึกษา พลังงาน ยาเสพติดและความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ เขาชนะการเลือกตั้งถล่มทลายถึงสองสมัย นโยบายของทักษิณลดความยากจนในชนบทได้อย่างเด่นชัด และจัดบริการสาธารณสุขในราคาที่สามารถจ่ายได้ ด้วยเหตุนี้ ฐานเสียงสนับสนุนของเขาส่วนใหญ่จึงมาจากคนยากจนในชนบท
การที่เขาเป็นรัฐบาลจากพรรคเดียว ทำให้รัฐบาลของเขามักถูกโจมตีว่าเป็นเผด็จการรัฐสภา ฉวยโอกาสทางการเมือง ฉ้อราษฎร์บังหลวง มีการขัดกันแห่งผลประโยชน์ ละเมิดสิทธิมนุษยชน กระทำอันไม่เหมาะสมในทางการทูต การใช้ช่องโหว่ของกฎหมายและเป็นปฏิปักษ์ต่อสื่อเสรี นอกจากนี้เขายังถูกโจมตีด้วยข้อกล่าวหาความผิดต่อองค์พระมหากษัตริย์ไทย กบฏ ช่วงชิงอำนาจของศาสนาและพระมหากษัตริย์ ขายทรัพย์สินให้แก่นักลงทุนต่างชาติ การดูหมิ่นศาสนาและเข้ากับอำนาจมืด
เมื่อทักษิณเข้ารับตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2544 ขณะนั้นเศรษฐกิจของประเทศไทยอยู่ในภาวะหดตัว ทักษิณตระหนักว่ากลุ่มผู้เดือดร้อนจากวิกฤตการณ์ต้มยำกุ้งนั้นล้วนเป็นกลุ่มผู้มีอันจะกิน ในขณะที่ชนชั้นเกษตรกรซึ่งเป็นประชากรส่วนใหญ่ของประเทศไม่ได้รับผลกระทบมากนัก เขาจึงเริ่มดำเนินนโยบายพื้นฟูเศรษฐกิจของประเทศจากฐานล่างขึ้นบนว่า ""จากรากหญ้าสู่รากแก้ว"" นโยบายแรกที่ทักษิณได้ทำคือ ""หนึ่งตำบล หนึ่งผลิตภัณฑ์"" ต่อมามีการจัดตั้งกองทุนหมู่บ้าน หมู่บ้านละหนึ่งล้านบาทเพื่อปล่อยกู้ให้แก่คนในชุมชนในอัตราดอกเบี้ยต่ำเพื่อนำไปสร้างอาชีพ มีการพักชำระหนี้เกษตรกรสามปี
จากการสำรวจพบว่าประเทศไทยขณะนั้นมีคนจนถึง 10 ล้านคนที่ไม่สามารถซื้อประกันสุขภาพ ทักษิณได้รับเอาแนวคิดของนายแพทย์สงวน นิตยารัมภ์พงศ์ที่จะจัดตั้งระบบประกันสุขภาพถ้วนหน้า และสามารถผลักดันแผนดังกล่าวเกิดเป็นโครงการ ""30 บาท รักษาทุกโรค"" ในช่วงแรกที่ประชาสัมพันธ์โครงการดังกล่าว แทบไม่ปรากฏการคัดค้านในสื่อใดเลย โครงการนี้ช่วยเพิ่มการเข้าถึงสาธารณสุขเพิ่มขึ้นจาก 76% ของประชากรเป็น 96% ของประชากร โครงการนี้เพิ่มภาระงานแก่ลูกจ้างสาธารณสุขจนทำให้แพทย์จำนวนมากลาออก การบริการเป็นไปได้อย่างล่าช้าและด้อยประสิทธิภาพลง จึงถูกโจมตีจากพรรคประชาธิปัตย์ว่าเป็นโครงการ ""30 บาท ตายทุกโรค"" แม้จะถูกโจมตีเรื่องคุณภาพในการรักษาแต่โครงการนี้ก็ยังเป็นที่นิยมในหมู่คนชนบทซึ่งไม่มีทางเลือกมากนัก
โครงการหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้าทำให้รายได้ของอุตสาหกรรมโรงพยาบาลลดลงไปมาก โรงพยาบาลหลายแห่งต้องหาแหล่งรายได้อื่น ส่งผลให้เกิดการเติบโตอย่างมากในอุตสาหกรรมการท่องเที่ยวทางการแพทย์ (medical tourism) โดยมีผู้ป่วยต่างชาติ 1.3 ล้านคน สร้างรายได้ให้ประเทศ 33,000 ล้านบาทในปี 2548
รัฐบาลทักษิณยังเปิดให้มีการเข้าถึงยาต้านรีโทรไวรัสเอชไอวีราคาถูกถ้วนหน้า ทำให้จำนวนผู้ที่ป่วยเอชไอวีตลอดจนอัตราความชุกของโรคโดยรวมลดลงอย่างมีนัยยะ เพราะมีผู้ติดเชื้อลดลง นอกจากนี้ ทักษิณอนุญาตให้แรงงานต่างด้าวประมาณ 2.3 ล้านคนขึ้นทะเบียนและรับบริการสาธารณสุขภายใต้ระบบสาธารณสุขของไทย พวกเขายังมีสิทธิได้ใบอนุญาตทำงานเมื่อสิ้นสุดระยะขึ้นทะเบียน ทำให้พวกเขาได้รับการคุ้มครองแรงงานอย่างสมบูรณ์
ในเดือนมีนาคม 2544 ทักษิณได้เรียกประชุมหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อระดมความคิดเห็นในการกำหนดแนวทางการพัฒนาตลาดทุน และได้มีการกำหนดแผนเตรียมความพร้อมในการนำรัฐวิสาหกิจเข้าจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย หนึ่งในนั้นคือการแปรรูปการปิโตรเลียมแห่งประเทศไทยเข้าจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์เป็นบริษัท ปตท. จำกัด (มหาชน) ซึ่งทำให้ทักษิณถูกโจมตีจากฝ่ายต่อต้านอย่างมากด้วยข้อกล่าวหา ""นำสมบัติชาติไปขายให้ต่างชาติ"" และ ""ปล้นชาติ"" การนำปตท. เข้าตลาดหุ้นครั้งนั้นทำให้เงินทุนเริ่มกลับเข้ามาในระบบการเงินของไทย ช่วยปลุกตลาดหุ้นไทยขึ้นมาใหม่หลังอยู่ในภาวะซบเซาอย่างหนักเป็นเวลากว่าสี่ปี หลังแปรรูปแล้วแม้รัฐบาลจะถือหุ้นในสัดส่วนลดลง แต่ปตท.กลับส่งเงินเข้าคลังเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง นอกจากนี้ ทักษิณยังได้แปรรูปรัฐวิสาหกิจอื่นๆอีก คือ
ในปี 2544 ทักษิณได้สั่งการแก้ปัญหาภาวะขาดทุนของบางจากปิโตรเลียม โดยแปรรูปบริษัทบางจากให้พ้นจากการเป็นรัฐวิสาหกิจและไปเป็นบริษัทลูกของปตท.แทน ทักษิณยังมีความพยายามแปรรูปการไฟฟ้าฝ่ายผลิตแห่งประเทศไทยเข้าตลาดหลักทรัพย์ แต่ถูกระงับแผนไว้จากคำสั่งศาลปกครอง
แม้กระบวนการก่อสร้างท่าอากาศยานสุวรรณภูมิจะดำเนินมาอย่างต่อเนื่องในหลายรัฐบาล แต่การแปรรูปทอท.และนำเข้าจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์ในสมัยทักษิณเป็นตัวแปรสำคัญที่ทำให้ภาระหนี้ของทอท.ลดลง และได้เงินจำนวน 18,462 ล้านบาทจากการระดมทุนในตลาดฯมาเป็นทุนก่อสร้าง นอกจากนี้ เพื่อให้การก่อสร้างดำเนินการได้อย่างรวดเร็ว รัฐบาลยังได้กู้เงิน 35,453 ล้านเยนจากธนาคารเพื่อความร่วมมือระหว่างประเทศแห่งญี่ปุ่นมาเสริม รัฐบาลทักษิณยังได้ตระหนักถึงการเปิดน่านฟ้าเสรีในอนาคต จึงได้ปรับแบบให้ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิรองรับผู้โดยสารได้ 45 ล้านคนต่อปี จากแผนเดิมรองรับที่ 30 ล้านคนต่อปี นอกจากนี้ ทักษิณยังมีแนวคิดพัฒนาท่าอากาศยานสุวรรณภูมิเป็นเขตศูนย์กลางการบินและพาณิชยกรรมที่มีชื่อว่า "สุวรรณภูมิมหานคร"
มีข้อกล่าวหาการทุจริตในโครงการท่าอากาศยานสุวรรณภูมิเป็นจำนวนมากระหว่างการก่อสร้าง ข้อกล่าวหาเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งที่ทำเกิดการชุมนุมขับไล่ทักษิณในปี 2549 และเป็นหนึ่งในเหตุผลที่คณะรัฐประหารทำการยึดอำนาจเมื่อ 19 กันยายน 2549 ข้อกล่าวหาต่างๆเป็นอันตกไปเมื่อป.ป.ช. มีมติยกคำร้องเมื่อ 28 สิงหาคม 2555 เนื่องจากพยานหลักฐานไม่เพียงพอ
วันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2546 ผู้ชุมนุมชาวกัมพูชาได้บุกเข้าทำลายสถานเอกอัครราชทูตไทยตลอดจนทรัพย์สินต่างๆของธุรกิจสัญชาติไทยในกรุงพนมเปญ ประเทศกัมพูชา กลุ่มผู้ประท้วงออกตระเวณไล่ล่าหาคนไทยในกรุงพนมเปญท่ามกลางเปลวเพลิงที่กำลังเผาสถานเอกอัครราชทูตไทย ในเวลาหนึ่งทุ่ม ทักษิณได้เรียกรัฐมนตรีและปลัดกระทรวงกลาโหมเข้าหารือที่ศูนย์การประชุมแห่งชาติสิริกิติ์ ในเวลานั้น ทักษิณไม่สามารถติดต่อกับนายกรัฐมนตรีฮุน เซนได้ แต่นายอดิศัย โพธารามิกซึ่งกำลังอยู่กับรัฐมนตรีชาวกัมพูชาโทรเข้ามา ทักษิณจึงขอสายรัฐมนตรีชาวกัมพูชาคนนั้นและแจ้งว่า ""หาก 1 ชั่วโมงข้างหน้ายังไม่สามารถคุมสถานการณ์ได้ ผมจะส่งคอมมานโดเข้าไปปกป้องคนไทย"" แต่ทางรัฐมนตรีชาวกัมพูชาร้องขอไม่ให้ส่งคอมมานโดเข้ามา
ในเวลาสี่ทุ่มเศษ สถานการณ์ยังไม่คลี่คลาย ทักษิณได้เรียกหน่วยงานความมั่นคงและผู้บัญชาการทหารทุกเหล่าทัพเข้าประชุมฉุกเฉินที่ทำเนียบรัฐบาล ทักษิณได้แต่งตั้งให้พลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ ผู้บัญชาการทหารสูงสุด เป็นผู้บัญชาการเพื่อคลี่คลายสถานการณ์นี้ ทักษิณได้สั่งการให้กองทัพอากาศส่งเครื่องบินแบบ C-130 พร้อมหน่วยคอมมานโดไปยังกรุงพนมเปญโดยไม่สนว่ารัฐบาลกัมพูชาจะยินดีหรือไม่
ที่ประชุมได้อนุมัติแผนช่วยเหลือพลเรือนไทยที่ชื่อว่า "โปเชนตง 1" นอกจากนี้นี้ ทักษิณยังใช้อำนาจนายกรัฐมนตรีอนุมัติแผนสำรองที่ชื่อ "โปเชนตง 2" ที่อาจจำเป็นต้องใช้กำลังทหารไทยเข้าควบคุมกรุงพนมเปญ อย่างไรก็ตามปฏิบัติการโปเชนตง 1 เป็นไปด้วยความสำเร็จด้วยความช่วยเหลือของรัฐบาลกัมพูชา ในวันที่ 30 มกราคม เครื่องบิน C-130 ทั้ง 7 ลำได้พาพลเรือนไทยมาถึงท่าอากาศยานดอนเมืองโดยสวัสดิภาพโดยมีทักษิณมารอต้อนรับ ส่งผลให้ภาพลักษณ์ความเป็นผู้นำของทักษิณพุ่งขึ้นทันที
สืบเนื่องจากวิกฤตการณ์การเงินในเอเชีย พ.ศ. 2540 ทำให้ประเทศไทยจำเป็นต้องกู้เงินจากกองทุนการเงินระหว่างประเทศ (ไอเอ็มเอฟ) เพื่อมาประคองเศรษฐกิจของประเทศ ประเทศไทยไม่สามารถดำเนินนโยบายเศรษฐกิจได้อย่างเสรี จำยอมต้องดำเนินนโยบายการเงินและคลังตามเงื่อนไขที่เข้มงวดของไอเอ็มเอฟ แม้ทักษิณจะได้รับคำทัดทานว่าอาจจะทำให้ประเทศขาดสภาพคล่องแต่ทักษิณก็เร่งรัดให้มีการใช้หนี้ไอเอ็มเอฟก่อนกำหนด ด้วยเหตุผลที่ว่า ""...ผมมีประสบการณ์เป็นนักกู้เงินมาก่อน ถ้าเราเป็นหนี้แล้วใช้คืนได้เขาถึงว่าเราเป็นลูกค้าชั้นดีที่จะให้กู้มากขึ้นอีก"" ในเวลา 20.30น. ของวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2546 ทักษิณได้กล่าวสุนทรพจน์ทางโทรทัศน์รวมการเฉพาะกิจแห่งประเทศไทยความว่า:
การชำระหนี้ดังกล่าวเป็นการชำระก่อนกำหนดถึงสองปี แม้จะถูกฝ่ายต่อต้านโจมตีว่าทักษิณใช้วิธีกู้เงินจากแหล่งใหม่ด้วยดอกเบี้ยที่แพงกว่ามาใช้คืนไอเอ็มเอฟ (รัฐบาลคงเป็นหนี้เหมือนเดิม) แต่ก็ปฏิเสธไม่ได้ว่าการพ้นพันธะจากไอเอ็มเอฟทำให้รัฐบาลสามารถแก้ไขกฎหมายฟื้นฟูเศรษฐกิจ 11 ฉบับและไม่ต้องเพิ่มภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นร้อยละ 10 นักลงทุนเกิดความเชื่อมั่นในเศรษฐกิจไทย ส่งผลให้มีกระแสเงินเข้ามาลงทุนในภาคเศรษฐกิจของไทยมากขึ้นจนกระทั่งในปี พ.ศ. 2547 ประเทศไทยได้รับการปรับระดับความน่าเชื่อถือ (Credit rating) โดยสแตนดาร์ดแอนด์พัวร์ส จากระดับ BBB ขึ้นสู่ระดับ BBB+ซึ่งส่งผลให้ต้นทุนทางการเงินของประเทศต่ำลง อย่างไรก็ตาม พรรคประชาธิปัตย์ได้ออกมาแถลงต่อกรณีดังกล่าวว่า ""..สิ่งที่ทำให้รัฐบาลชุดนี้ใช้หนี้ได้ก่อนกำหนด เนื่องจากรัฐบาลชุดที่แล้วกู้เงินต่ำกว่าที่ไอเอ็มเอฟกำหนดถึง 2,800 ล้านเหรียญสหรัฐ ดังนั้นจึงไม่อยากให้รัฐบาลนำเรื่องนี้มาเป็นผลงานมากจนเกินไป""
ทักษิณตระหนักว่าธุรกิจหวยใต้ดินนั้นมีเงินหมุนเวียนมหาศาลและรัฐไม่ได้รับประโยชน์ใดๆ นอกจากนี้ ธุรกิจหวยใต้ดินยังเป็นเสมือนบ่อเงินบ่อทองของเหล่าผู้มีอิทธิพล ทักษิณจึงกำหนดให้มีการออกสลากกินแบ่งรัฐบาลแบบเลขท้าย 2 และ 3 ตัว ซึ่งเรียกว่า "หวยบนดิน" ขึ้นมาเพื่อดึงเม็ดเงินเข้าสู่ระบบ โดยที่เงินรายได้จากโครงการนี้ถือเป็น "เงินบริจาค" จากประชาชนสู่รัฐบาล รัฐบาลสามารถใช้จ่ายได้โดยตรงโดยไม่ต้องส่งเข้าคลัง โครงการหวยบนดินนี้มีการดำเนินงาน 72 งวดระหว่างเดือนกันยายน 2546 ถึงกรกฎาคม 2547 และสร้างรายได้สุทธิให้แก่รัฐบาลเป็นเงินถึง 28,267 ล้านบาท เงินรายได้ทั้งหมดถูกนำไปเป็นทุนการศึกษาให้แก่เด็กและนักศึกษายากจนราว 5 แสนคนทั่วประเทศ ตลอดจนโครงการ "หนึ่งอำเภอหนึ่งทุน" มีทั้งที่ส่งเรียนในประเทศและต่างประเทศ
อย่างไรก็ตาม โครงการนี้ถูกโจมตีว่าเป็นการมอมเมาประชาชนให้เชื่อในโชคมากกว่าความมานะบากบั่น เป็นความเสื่อมทรามทางสังคมที่ขัดกับหลักเศรษฐกิจพอเพียง ในปี 2551 ป.ป.ช. ได้ยื่นฟ้องทักษิณและพวกฐาน ""นำเงินหวยใช้สอยตามอำเภอใจ"" และยังวิพากษ์ว่ารัฐบาลทักษิณมีการใช้จ่ายเงินดังกล่าวอย่าง ""ผิดหลักการบริหารประเทศไทย"" ท้ายที่สุดศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองมีคำพิพากษาในเดือนกันยายน 2552 ว่ามติคณะรัฐมนตรีที่ให้ออกหวยบนดินนั้นไม่ชอบด้วยกฎหมาย แต่ก็ไม่ปรากฏหลักฐานว่ามีการใช้จ่ายเงินเพื่อประโยชน์ส่วนตัวหรือประโยชน์แก่พวกพ้องแต่อย่างใด แต่เนื่องจากทักษิณยังอยู่ระหว่างหลบหนีหมายจับ ศาลจึงยังไม่มีคำพิพากษาความผิดในส่วนของทักษิณ โดยให้จำหน่ายคดีไว้
ทักษิณ เข้ารับตำแหน่งนายกรัฐมนตรีสมัยที่สอง จากการเลือกตั้งเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 ด้วยคะแนนเสียงอันเป็นประวัติศาสตร์กว่า 19 ล้านเสียง โดยได้ตำแหน่ง ส.ส.ในสภา จำนวน 376 ที่นั่ง ขณะที่พรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งเป็นคู่แข่งสำคัญ กลับได้เพียง 96 ที่นั่ง โดยคะแนนเสียงหลักของพรรคไทยรักไทยมาจากภาคเหนือ ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และกรุงเทพมหานคร โดยในกรุงเทพมหานคร พรรคไทยรักไทยได้ถึง 32 ที่นั่ง จาก 37 เขตเลือกตั้ง จากนโยบายเมกะโปรเจกต์ สร้างรถไฟฟ้า 7 สาย และการช่วยเหลือผู้ประสบภัยสึนามิ
รัฐบาลไทยรักไทยในสมัยที่สองนี้เป็นรัฐบาลชุดแรกในประวัติศาสตร์ ภายใต้ระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ที่มาจากพรรคการเมืองเดียว ซึ่งได้รับการเลือกตั้งเกินกึ่งหนึ่งของสภาผู้แทนราษฎร ผลการเลือกตั้งในครั้งนี้ ทำให้การเมืองไทย มีแนวโน้มที่จะพัฒนาเข้าสู่ระบบสองพรรค ในการดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีสมัยที่ 2 ทักษิณ ได้ประสบปัญหาทางด้านเศรษฐกิจ และการชุมนุมขับไล่นายกรัฐมนตรีของแกนนำพันธมิตรเพื่อประชาธิปไตย และมีการขยายการชุมนุมให้มากขึ้น และอีกทั่งการคอร์รัปชั่นและเอื้อประโยชน์ให้แก่พวกพ้อง ตามที่กลุ่มผู้ไม่พอใจได้กล่าวมา จนกระทั่งพ.ต.ท. ทักษิณ ตัดสินใจประกาศยุบสภาผู้แทนราษฎร เมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 และกำหนดให้มีการเลือกตั้งใหม่
วันที่ 4 เมษายน เวลา 20.30 น. ทักษิณ แถลงการณ์ทางโทรทัศน์รวมการเฉพาะกิจแห่งประเทศไทยว่า"ผมขออนุญาตพี่น้องประชาชนที่ดูละครอยู่นะครับ แม้พรรคไทยรักไทยจะชนะการเลือกตั้ง 2 เมษายน แต่ตนจะไม่ขอรับตำแหน่งนายกรัฐมนตรี เพื่อเป็นการสร้างความสมานฉันท์ และปรองดองในชาติ แต่ยังจำเป็นจะต้องรักษาการในตำแหน่งนายกรัฐมนตรี จนกว่าการสรรหานายกรัฐมนตรีคนใหม่จะแล้วเสร็จ" แต่เมื่อยังคงมีกระแสต่อต้านจากพรรคฝ่ายค้าน และกลุ่มพันธมิตรฯ การที่ พ.ต.ท.ทักษิณ ยังคงปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ดังนั้น ในวันที่ 6 เมษายน ทักษิณ ได้ลาราชการ และแต่งตั้งให้ พล.ต.อ.ชิดชัย วรรณสถิตย์ รองนายกรัฐมนตรี ปฏิบัติราชการแทน
ในระหว่างลาราชการ ทักษิณ ได้เดินทางเยือน และพบปะหารือ เป็นการส่วนตัว กับผู้นำหลายประเทศ ได้แก่ อังกฤษ ฝรั่งเศส รัสเซีย ญี่ปุ่น จีน และ ฮ่องกง ตั้งแต่ วันที่ 24 ถึง 30 เมษายน
อย่างไรก็ตาม คณะตุลาการรัฐธรรมนูญ ที่คณะรัฐประหารแต่งตั้ง ได้มีคำพิพากษาให้ การเลือกตั้ง ในวันที่ 2 เมษายน เป็นโฆฆะ หลังจากนั้นศาลฎีกาได้ตัดสินจำคุกและตัดสิทธิทางการเมืองคณะกรรมการการเลือกตั้ง 3 คน คือ พล.ต.อ.วาสนา เพิ่มลาภ นายปริญญา นาคฉัตรีย์ และนายวีระชัย แนวบุญเนียร เป็นเวลา 10 ปี ทำให้ทั้งสามคนจึงพ้นจากตำแหน่งกรรมการการเลือกตั้ง
ภายหลังศาลรัฐธรรมนูญตัดสินให้การเลือกตั้งเป็นโมฆะ ทักษิณ ก็เดินทางกลับมาทำหน้าที่รักษาการนายกรัฐมนตรีในวันที่ 23 พฤษภาคม และได้มีพระบรมราชโองการ ประกาศให้วันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2549 เป็นวันเลือกตั้งใหม่ แต่ก่อนจะมีการเลือกตั้งใหม่ ก็เกิดการก่อรัฐประหาร เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 โดยคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข
รัฐบาลทักษิณออกแบบนโยบายเพื่อตอบสนองผู้ออกเสียงลงคะแนนฝ่ายข้างมากในชนบท ริเริ่มโครงการอย่างกองทุนพัฒนาไมโครเครดิตที่หมู่บ้านเป็นผู้จัดการ เงินกู้ยืมการเกษตรดอกเบี้ยต่ำ การอัดฉีดเงินสดเข้ากองทุนพัฒนาหมู่บ้านโดยตรง (แผนเอสเอ็มแอล) การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน โครงการหนึ่งตำบลหนึ่งผลิตภัณฑ์ (โอทอป) โครงการพัฒนาวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อมชนบท
ทักษิโณมิค นโยบายเศรษฐกิจของทักษิณ ช่วยเร่งการฟื้นฟูเศรษฐกิจไทยจากวิกฤตการณ์ทางการเงินในเอเชีย พ.ศ. 2540 และลดความยากจน จีดีพีเติบโตจาก 4.9 ล้านล้านบาทเมื่อปลายปี 2544 เป็น 7.1 ล้านล้านบาทเมื่อปลายปี 2549 ประเทศไทยจ่ายหนี้ของกองทุนการเงินระหว่างประเทศก่อนกำหนดสองปี ระหว่างปี 2543 ถึง 2547 รายได้ของภาคอีสานซึ่งเป็นภาคที่ยากจนที่สุดในประเทศเพิ่มขึ้น 40% และอัตราความยากจนทั่วประเทศลดลงจาก 21.3% เหลือ 11.3% ตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทยมีการซื้อขายเหนือตลาดอื่นในภูมิภาค หลังขาดดุลการคลังในปี 2544 และ 2545 ทักษิณได้ปรับดุลงบประมาณของชาติ ซึ่งทำให้มีงบประมาณส่วนเกินเหลือไว้สำหรับปี 2546 ถึง 2548 แม้ว่ามีโครงการการลงทุนสาธารณูปโภคขนาดใหญ่ แต่มีการกำหนดงบประมาณสมดุลสำหรับปี 2550 หนี้สาธารณะของไทยลดลงจาก 57% ของจีดีพีเมื่อเดือนมกราคม 2544 เหลือ 41% ของจีดีพีในเดือนกันยายน 2549 เงินทุนสำรองระหว่างประเทศเพิ่มขึ้นจาก 30,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐในปี 2544 เป็น 64,000 ล้านดอลลาร์สหรัฐในปี 2549
นักวิจารณ์อ้างว่าทักษิโณมิคไม่ได้มากไปกว่านโยบายกระตุ้นเศรษฐกิจแบบเคนส์ซึ่งนำมาทำใหม่เท่านั้น นักเศรษฐศาสตร์จากสถาบันวิจัยเพื่อการพัฒนาประเทศไทยแย้งว่าปัจจัยอื่น อย่างเช่นการฟื้นตัวของความต้องการการส่งออก เป็นปัจจัยหลักเบื้องหลังการฟื้นตัวของเศรษฐกิจ ส่วนคนอื่นอ้างว่านโยบายดังกล่าวทำให้คนยากจนในชนบท "ยึดติดกับการแจกเงินของทักษิณ"
ทักษิณริเริ่มนโยบายซึ่งมีข้อโต้เถียงอย่างสูงหลายอย่างเพื่อตอบโต้การเติบโตของตลาดยาเสพติดไทย โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมแทมเฟตามีน หลังนโยบายต้านยาเสพติดก่อนหน้านี้ เช่น การปิดพรมแดน (เมทแอมเฟตามีนส่วนมากผลิตในประเทศพม่า) การศึกษาสาธารณะ กีฬา และการสนับสนุนแรงกดดันกลุ่มต่อการใช้ยาเสพติดให้ผลไม่ค่อยมีประสิทธิภาพเท่าใด ทักษิณออกการรณรงค์ปราบปรามหลายทิศทางซึ่งมุ่งจำกัดการใช้เมทแอมเฟตามีนใน 3 เดือน โดยเปลี่ยนการลงโทษสำหรับการติดยาเสพติด การตั้งเป้าหมายการจับและยึดของจังหวัด การให้รางวัลข้าราชการของรัฐสำหรับการบรรลุเป้าหมาย การกำจัดผู้ค้าและสั่งการนำไปปฏิบัติอย่าง "ไร้ปราณี"
ในสามเดือนแรก ฮิวแมนไรต์วอชรายงานว่ามีผู้เสียชีวิต 2,275 คน รัฐบาลอ้างว่ามีผู้เสียชีวิตจากมือตำรวจเพียงประมาณ 50 คน นักวิจารณ์สิทธิมนุษยชนกล่าวว่ามีจำนวนมากถูกประหารชีวิตนอกกระบวนการยุติธรรม รัฐบาลเดินหน้าป่าวการรณรงค์ดังกล่าวผ่านการประกาศการจับกุม การยึดและสถิติเสียชีวิตรายวัน
ในพระราชดำรัสวันเฉลิมพระชนมพรรษาฯ ปี 2546 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ตรัสสนับสนุนแนวทางต้านยาเสพติดของทักษิณ แม้พระองค์ทรงขอให้ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติแยกแยะการเสียชีวิตจากผู้ที่ถูกตำรวจฆ่าและผู้ที่ถูกผู้ค้ายาเสพติดด้วยกันฆ่า สันต์ ศรุตานนท์ ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ เปิดการสืบสวนการเสียชีวิตใหม่ และพบอีกว่ามีผู้เสียชีวิตจากมือตำรวจน้อย แนวทางต้านยาเสพติดของทักษิณถูกประชาคมนานาชาติประณามอย่างกว้างขวาง ทักษิณขอให้คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติส่งทูตพิเศษมาประเมินสถานการณ์
หลังรัฐประหารปี 2549 คณะทหารผู้ยึดอำนาจการปกครองสั่งการสืบสวนการรณรงค์ต้านยาเสพติดอีกชุด โดยมีอดีตอัยการสูงสุด คณิต ณ นคร เป็นประธานคณะกรรมการสืบสวนพิเศษ คณะกรรมการพบว่าผู้ที่ถูกฆ่ามากถึง 1,400 คนจาก 2,500 คนไม่มีความเชื่อมโยงกับยาเสพติด คณะกรรมการให้ความเห็นว่าการฆ่านี้มาจากนโยบายของรัฐบาล แต่ไม่มีการดำเนินคดีกับผู้ที่เกี่ยวข้อง
นโยบายต่างประเทศของทักษิณมีลักษณะเป็นการทูตเชิงธุรกิจ จากวิกฤตการณ์การเงิน พ.ศ. 2540 ทำให้ทักษิณหันไปให้ความสำคัญกับภูมิภาคเอเชียมากขึ้น และยังชูกระแสชาตินิยมและเอเชียนิยม ตลอดจนแสดงท่าทีแข็งกร้าวต่อตะวันตก ความสัมพันธ์กับชาติตะวันตกค่อนข้างห่างเหิน จนทำให้ในช่วงแรกๆของการดำรงตำแหน่งนายกฯ นักลงทุนต่างชาติเกิดความกังวลว่ารัฐบาลทักษิณมีแนวคิดต่อต้านการลงทุนจากต่างชาติและเป็นพวกชาตินิยม จนทักษิณต้องทำการชี้แจงต่อนักลงทุนต่างชาติ
ไทยได้ลงนามข้อตกลงทางการค้าเสรี (FTA) กับหลายประเทศในสมัยทักษิณ ได้แก่ จีน, ญี่ปุ่น, อินเดีย, บังกลาเทศ, พม่า, ศรีลังกา, บาห์เรน, เปรู, ออสเตรเลีย, นิวซีแลนด์ นอกจากนี้ยังมีความพยายามลงนาม FTA กับสหรัฐอเมริกาแต่ถูกต่อต้านจนต้องล่มไป
หลังเกิดวินาศกรรม 11 กันยายน พ.ศ. 2544 ทักษิณจำยอมต้องเดือนทางเยือนสหรัฐ และได้มีแถลงการณ์ร่วมกับสหรัฐว่าไทยเข้าเป็นพันธมิตรกับสหรัฐ และจะให้ความร่วมมือในการต่อต้านการก่อการร้าย และได้ลงนามในสนธิสัญญากับสหรัฐจำนวน 12 ฉบับ ทำให้ความสัมพันธ์กับสหรัฐพัฒนาขึ้น อย่างไรก็ตาม รัฐบาลทักษิณมีการดำเนินการในเรื่องนี้อย่างระมัดระวัง โดยหลีกเลี่ยงมาตรการต่างๆที่จะทำให้ไทยตกเป็นเป้าของกลุ่มก่อการร้ายได้ ยุทธศาสตร์ "พรางตัวทางการทูต" เช่นนี้ของไทยทำให้สหรัฐไม่ค่อยพอใจ มองว่าไทยไม่เต็มใจที่จะช่วยสหรัฐ
เมื่อสงครามอิรักปะทุขึ้น ทักษิณจึงจำยอมต้องส่งทหารไทย 423 นายเข้าร่วมกับสหรัฐอเมริกา ทำให้ทางสหรัฐพอใจ และให้สถานะพันธมิตรหลักนอกนาโตแก่ประเทศไทยในพ.ศ. 2546
รัฐบาลทักษิณยังมีความทะเยอทะยานในการนำไทยเป็นผู้นำภูมิภาค โดยได้จัดตั้งกรอบความร่วมมือเอเชีย (Asia Cooperation Dialogue) ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2545 มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมประเทศในแถบเอเชียให้สนับสนุนกันเอง โดยมีสมาชิกแรกเริ่ม 18 ประเทศ ถือเป็นองค์กรระหว่างประเทศที่มีไทยเป็นผู้นำ นอกจากนี้ยังมีการจัดตั้งความร่วมมือทางเศรษฐกิจลุ่มเจ้าพระยาและอิรวดี เป็นนโยบายที่ไทยชูความเป็นผู้นำโดยการสนับสนุนเงินกู้ดอกเบี้ยต่ำให้ลาวและพม่า และจากความสัมพันธ์กับสหรัฐที่พัฒนาขึ้น ทำให้ทักษิณได้ขอแรงสนับสนุนจากสหรัฐในการช่วยล็อบบี้ประเทศต่างๆให้สนับสนุนนายสุรเกียรติ์ เสถียรไทย ลงชิงตำแหน่งเป็นเลขาธิการสหประชาชาติคนที่ 9