ประวัติศาสตร์เอชไอวี/เอดส์
เชื้อเอชไอวีซึ่งทำให้เกิดโรคเอดส์นั้นมีแหล่งกำเนิดมาจากไพรเมทที่ไม่ใช่มนุษย์ใน sub-Saharan Africa ต่อมาจึงถ่ายทอดมายังมนุษย์ในช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 หรือต้นศตวรรษที่ 20
มีเชื้อเอชไอวีสองชนิดที่ติดต่อมายังมนุษย์ คือเอชไอวี-1 และเอชไอวี-2 โดย เอชไอวี-1 นั้นเป็นอันตรายมากกว่า ติดต่อง่ายกว่า และเป็นสาเหตุของการติดเชื้อเอชไอวีส่วนใหญ่บนโลกนี้ เชื้อเอชไอวี-1 มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับเชื้อไวรัสที่พบในลิงชิมแปนซี และการศึกษาทาง molecular phylogenetics ก็บ่งชี้ว่าเชื้อไวรัสเอชไอวี-1 ปรากฏขึ้นในช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1884-1924 ในแอฟริกาเขตเส้นศูนย์สูตร เชื้อเอชไอวี-2 นั้นติดต่อกันได้ยากกว่าและส่วนใหญ่พบอยู่ในแอฟริกาตะวันตกร่วมกับเชื้อใกล้ชิดอื่นๆ ได้แก่ไวรัสที่พบใน Sooty Mangabey ("Cercocebus atys") ซึ่งเป็นลิงโลกเก่าใน Guinea-Bissau, Gabon และ Cameroon
นักวิจัยเรื่องเอชไอวีส่วนใหญ่ยอมรับว่าเชื้อเอชไอวีวิวัฒนาการมาจากเชื้อไวรัสภูมิคุ้มกันเสื่อมในลิงหรือเอสไอวี (Simian Immunodeficiency Virus - SIV) และเชื้อเอชไอวีแพร่มาจากไพรเมทที่ไม่ใช่มนุษย์ในอดีต (แบบโรครับจากสัตว์ - zoonosis) งานวิจัยในเรื่องนี้ทำโดยใช้ความรู้ทาง molecular phylogenetics เพื่อเปรียบเทียบลำดับจีโนมของไวรัสเพื่อหาความเกี่ยวข้องกัน
เนื่องจากชนิดส่วนใหญ่ของเอชไอวี-1 นั้นมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับสายพันธุ์เชื้อเอสไอวีที่ติดต่อในลิงชิมแปนซีสายพันธุ์ "Pan troglodytes troglodytes" (SIVcpz) นักวิทยาศาสตร์ส่วนใหญ่ยอมรับว่าเชื้อเอชไอวีมีขึ้นครั้งแรกในประชากรชิมแปนซีป่าใน West-Central Africa จะเป็นในป่าฝนทางตอนตะวันออกเฉียงใต้ของแคเมอรูน (modern East Province) ใกล้แม่น้ำ Sanaga หรือตอนใต้ลงไปกว่านั้นใกล้ Kinshasa ในสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโกนั้นยังเป็นประเด็นสนทนาในแวดวงวิทยาศาสตร์อยู่
จากการตรวจลำดับพันธุกรรมเชื้อเอชไอวี-1 ที่ได้รับการเก็บรักษาไว้ในตัวอย่างเชื้อร่วมกับการประมาณอัตราการกลายพันธุ์ของเชื้อไวรัส นักวิทยาศาสตร์ได้คำนวณพบว่าการติดเชื้อข้ามจากชิมแปนซีมาสู่มนุษย์เกิดขึ้นในช่วงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 19 ถึงต้นศตวรรษที่ 20 โดยอาจเป็นช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1915-1941 งานวิจัยชิ้นหนึ่งตีพิมพ์เมื่อ ค.ศ. 2008 ได้ทำการวิเคราะห์ลำดับสารพันธุกรรมของไวรัสที่ได้จากชิ้นเนื้อปี ค.ศ. 1960 ที่เพิ่งได้รับการค้นพบเทียบกับลำดับสารพันธุกรรมที่ทราบอยู่ก่อนแล้ว ทำให้เชื่อว่าน่าจะมีบรรพบุรุษของเชื้อร่วมกันช่วงระหว่างปี ค.ศ. 1884 ถึง ค.ศ. 1924
ก่อนหน้านี้เคยเชื่อกันว่า genetic recombination จะ "กวน" (confound) การวิเคราะห์ทาง phylogenetic เช่นนี้อย่างมาก แต่งานวิจัยในช่วงหลังทำให้เชื่อว่า recombination เหล่านี้ไม่น่าจะทำให้เกิด systematic bias แม้จะเชื่อว่าทำให้เกิด variance มากขึ้นก็ตาม ผลการวิจัยทาง phylogenetics สนับสนุนงานวิจัยในช่วงหลังที่เสนอว่าเชื้อเอชไอวีมีการกลายพันธุ์อย่าง "ค่อนข้างน่าเชื่อถือ" (fairly reliably).
ตามทฤษฎีว่าด้วยนักล่านั้น คำอธิบายที่เรียบง่ายและเป็นไปได้มากที่สุดของการแพร่ข้ามสายพันธุ์ของเชื้อคือไวรัสนี้แพร่จากชิมแปนซีมายังมนุษย์เมื่อนักล่าคนหนึ่งถูกกัดหรือมีแผลบาดขณะล่าหรือหั่นเนื้อลิง การที่ผู้ล่าต้องสัมผัสกับเลือดหรือสารคัดหลั่งอื่นๆ ของลิงสามารถทำให้เกิดการติดเชื้อได้ และจากการผสมพันธุ์กันระหว่างคนโรคจิตกับลิงในทวีปแอฟริกาก็เป็นสาเหตุหนึ่งของการติดเชื้อเช่นกัน
ปี ค.ศ. 1969 ชายชาวแอฟริกัน-อเมริกัน อายุ 15 ปี ผู้เป็นที่รู้จักในวงการแพทย์ในนาม Robert R. เสียชีวิตที่โรงพยาบาลเมืองเซนต์หลุยส์จากโรคมะเร็งคาโปซีรุนแรง เมื่อครั้งโรคเอดส์ถูกสงสัยเป็นครั้งแรกๆ ในช่วงปี ค.ศ. 1984 และในปี ค.ศ. 1987 นักวิจัยที่ Tulane University School of Medicine ได้ยืนยันเรื่องนี้โดยตรวจพบเชื้อเอชไอวี-1 ในเลือดและเนื้อเยื่อที่เก็บไว้ของชายผู้นี้ แพทย์ที่ดูแลผู้ป่วยในตอนนั้นสงสัยผู้ป่วยจะประกอบอาชีพโสเภณี แม้ผู้ป่วยจะไม่ได้ลงรายละเอียดเกี่ยวกับประวัติเพศสัมพันธ์ไว้ก็ตาม
สจ๊วตสายการบินแคนาดาชื่อ Gaëtan Dugas ได้รับการเรียกถึงในชื่อ "Patient 0" ("ผู้ป่วยหมายเลข 0") ในงานวิจัยเกี่ยวกับเอดส์ในยุคแรกๆ ของ Dr. William Darrow แห่ง Centers for Disease Control หลายคนเชื่อว่า Dugas เป็นผู้ที่นำเชื้อเอชไอวีมายังอเมริกาเหนือ ซึ่งไม่เป็นความจริงเนื่องจากเชื้อเอชไอวีได้แพร่ระบาดอยู่แล้วก่อนที่ Dugas จะทำอาชีพนี้เสียอีก ข่าวลือนี้อาจมีที่มาจากหนังสือ "And the Band Played On" ของ Randy Shilts ที่ตีพิมพ์ในปี พ.ศ. 2530 (รวมถึงภาพยนตร์ที่ดัดแปลงจากหนังสือนี้ซึ่งกล่าวถึง Dugas ว่าเป็น Patient 0 ของโรคเอดส์) แต่ทั้งหนังสือและภาพยนตร์ก็ไม่ได้ระบุว่า Dugas เป็นคนแรกที่นำเชื้อเอชไอวีมาสู่อเมริกาเหนือ สาเหตุที่ Dugas ถูกเรียกว่าเป็น "Patient Zero" เนื่องจากมีคนจำนวนอย่างน้อย 40 คนจากที่ติดเชื้อเอชไอวี 248 คนในปี พ.ศ. 2526 ที่มีเพศสัมพันธ์กับ Dugas หรือคนที่ได้มีเพศสัมพันธ์กับเขา
ข้อสรุปในปัจจุบันเชื่อว่าเชื้อเอชไอวีมาสู่อเมริกาเหนือกับผู้อพยพชาวเฮติที่ได้รับเชื้อนี้ขณะทำงานในคองโกในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1960 หรือจากคนอื่นที่ทำงานที่นั่นในเวลานั้น