สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2
สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 (The Second East Turkestan Republic หรือ East Turkestan Republic; ETR) เป็นรัฐคอมมิวนิสต์อายุสั้นของชาวเติร์กที่สหภาพโซเวียต ให้การสนับสนุน ระหว่าง 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2487 ถึง 20 ตุลาคม พ.ศ. 2492 ตั้งอยู่ในดินแดนที่ปัจจุบันคือซินเจียง เริ่มต้นด้วยการปฏิวัตในสามตำบลทางตอนเหนือ (อิลี ตาร์บาฆาไต อัลไต) ในจังหวัดซินเจียงของสาธารณรัฐจีน สิ่งที่ตามมาคือกบฏอิลี ดินแดนที่เหลือของซินเจียงอยู่ภายใต้การควบคุมของก๊กมินตั๋ง ในปัจจุบัน บริเวณนี้คือเขตปกครองตนเองซินเจียงอุยกูร์ของสาธารณรัฐประชาชนจีน 
ระหว่าง พ.ศ. 2477 – 2484 ซินเจียงตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของสหภาพโซเวียต ขุนศึกในท้องถิ่น เชิ่ง ชีไข่ ขึ้นกับสหภาพโซเวียต โดยได้รับความช่วยเหลือทางทหารและการค้า ทหารโซเวียตเข้าสู่ซินเจียง 2 ครั้ง ใน พ.ศ. 2477 และ พ.ศ. 2480 ในระยะเวลาที่จำกัด เพื่อสนับสนุนการปกครองของเชิ่ง ชีไข่ หลังจากกดดันกองพลที่ 36 ของนายพลหม่า จ้งยิน ใน พ.ศ. 2477 และการถอนตัวของทหารโซเวียตใน พ.ศ. 2478 โซเวียตส่งคณะกรรมการไปซินเจียงเพื่อวางแผนในการฟื้นฟูจังหวัดนำโดยพี่เขยของสตาลิน รองประธานธนาคารแห่งรัฐโซเวียต อเล็กซานเดอร์ สวานิดซ์ ทำให้โซเวียตให้เงินยืมระยะยาว 5 ปี เป็นเงิน 5 ล้านรูเบิลทองแก่ เชิ่ง ชีไข่ เชิ่งได้ลงนามในสัญญานี้เมื่อ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2478 โดยไม่ได้ปรึกษาตัวแทนรัฐบาลจีน เมื่อโซเวียตเข้ามาปราบกบฏตันกันและกบฏอุยกูร์ทางใต้ของซินเจียงใน พ.ศ. 2480 รัฐบาลโซเวียตไม่ได้ถอนทหารออกไปทั้งหมด การปกครองแบบเผด็จการทหารในกูมุลเริ่มต้นเมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2480 เพื่อป้องกันการรุกรานของญี่ปุ่นเข้าสู่ซินเจียงผ่านทางมองโกเลียใน ใน พ.ศ. 2479 หลังจากเชิ่งเนรเทศชาวคาซัก 20,000 คนจากซินเจียงไปยังชิงไห่ ชาวหุยนำโดยนายพลหม่า ปูฟัง ได้สังหารคนเหล่านั้นจนเหลือเพียง135 คน
ในวันที่ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2483 เชิ่ง ชีไข่ได้ทำข้อตกลงกับโซเวียตโดยเพิ่มสัมปทานในจังหวัดซินเจียงเป็นเวลาห้าสิบปีรวมทั้งบริเวณที่ติดกับแนวชายแดนอินเดียและทิเบต ทำให้ซินเจียงถูกควบคุมทั้งทางการเมืองและเศรษฐกิจจากโซเวียต กลายเป็นส่วนหนึ่งของจีนแต่เพียงในนาม เชิ่ง ชีไข่ได้กล่าวไว้หนังสือเรื่อง "Red failure in Sinkiang" (ความล้มเหลวของคอมมิวนิสต์ในซินเจียง) ที่ตีพิมพ์โดยมหาวิทยาลัยมิชิแกนเมื่อ พ.ศ. 2501 ว่า โจเซฟ สตาลินกดดันเขาให้ลงนามในข้อตกลงนี้ ทำให้ซินเจียงอยู่ในสถานะเช่นเดียวกับโปแลนด์ มีตัวแทนของโซเวียตอยู่ที่อูรุมชี
มาตราแรกของข้อตกลงนั้น อนุญาตให้โซเวียตเข้ามาพัฒนาเหมืองแร่ในซินเจียงได้ ทำให้หลังจากการลงนาม มีการสำรวจทางภูมิศาสตร์ในซินเจียงโดยโซเวียตเป็นจำนวนมากระหว่าง พ.ศ. 2483 – 2484 และพบแร่จำนวนมาก เช่น ยูเรเนียม เบริลเลียม ในภูเขาใกล้กัชการ์ และในบริเวณอัลไต แร่ธาตุจากเหมืองทั้งสองถูกขนส่งจากซินเจียงไปยังโซเวียตจนสิ้นปี พ.ศ. 2492 นักภูมิศาสตร์จากโซเวียตทำงานในซินเจียงจนถึง พ.ศ. 2498 เมื่อนีกีตา ครุชชอฟปฏิเสธความต้องการของเหมา เจ๋อตุงในการเข้าครอบครองเทคโนโลยีการผลิตอาวุธนิวเคลียร์ โครงการอะตอมของจีนเริ่มต้นโดยใช้โครงสร้างที่สร้างโดยโซเวียตในชูกูชักและอัลไตทางภาคเหนือของซินเจียง โครงสร้างเหล่านี้ โซเวียตใช้ในการออกแบบอาวุธนิวเคลียร์และสร้างระเบิดนิวเคลียร์ลูกแรกของสหภาพโซเวียต ที่ทดลองในสหภาพโซเวียตเมื่อ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2492
หลังจากการทัพบาร์บารอสซา การรุกรานโซเวียตของเยอรมันในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2484 และการเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่ 2 ของสหรัฐในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2484 สหภาพโซเวียตมีความดึงดูดใจต่อเชิ่ง ชีไข่น้อยกว่าก๊กมินตั๋ง ใน พ.ศ. 2486 เชิ่งได้เปลี่ยนไปเป็นพันธมิตรกับก๊กมินตั๋ง หลังจากสหภาพโซเวียตพ่ายแพ้เยอรมันในสงครามโลกครั้งที่ 2 กองทัพแดงของโซเวียตและอาวุธถูกขับออกไป กองทัพปฏิวัติแห่งชาติสาธารณรัฐจีนนำโดยหม่า ปูฟัง เคลื่อนย้ายเข้ามาควบคุมซินเจียง ปูฟังช่วยก๊กมินตั๋งสร้างถนนเชื่อมต่อชิงไห่กับซินเจียง ทำให้ก๊กมินตั๋งควบคุมซินเจียงได้ง่ายขึ้น ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2485 เชิ่งพบกับเดกาโนซอฟ อดีตทูตโซเวียตในนาซีเยอรมันและรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการต่างประเทศของสหภาพโซเวียตที่อูรุมชีและแจ้งว่าต้องการให้สหภาพโซเวียตถอนทหารและเจ้าหน้าที่ทั้งหมดออกไปจากซินเจียงภายใน 3 เดือน เคลื่อนย้ายอุปกรณ์ออกไปจากพื้นที่สัมปทาน รวมทั้งปิดแหล่งขุดเจาะน้ำมันที่ตูซังเซและโรงงานผลิตเครื่องบินของโซเวียตที่อูรุมชี ในวันที่ 29 สิงหาคม พ.ศ. 2485 ซึ่งเป็นวันถัดมา เชิ่งเข้าพบกับมาดามเจียงไคเช็ก และได้รับหนังสือขอบคุณจากเจียงไคเช็ก เชิ่งเป็นหัวหน้าก๊กมินตั๋งสาขาซินเจียงใน พ.ศ. 2486 เชิ่งจับกุมสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์จีนในวันที่ 17 กันยายน พ.ศ. 2485 คนเหล่านี้เป็นคนที่พรรคคอมมิวนิสต์จีนส่งมาตั้งแต่ พ.ศ. 2481 เชิ่งสั่งประหารชีวิตคนกลุ่มนี้ใน พ.ศ. 2486 กลุ่มคนที่ถูกประหารนี้มีเหมาเจ๋อมิน พี่ชายของเหมาเจ๋อตุงรวมอยู่ด้วย ในฤดูร้อนของ พ.ศ. 2487 เยอรมันพ่ายแพ้ในแนวรบด้านตะวันออก เชิ่งพยายามหันไปรับการสนับสนุนจากสหภาพโซเวียตอีก เขาจับกุมสมาชิกพรรคก๊กมินตั๋งในซินเจียงและส่งไปให้สตาลิน สตาลินปฏิเสธการร่วมมือกับเชิ่งและส่งต่อจดหมายของเชิ่งไปให้เจียงไคเช็ก ทำให้ก๊กมินตั๋งย้ายเขาออกจากซินเจียงใน พ.ศ. 2487 ในปีเดียวกันนี้ สหภาพโซเวียตเข้ามาสนับสนุนกลุ่มกบฏชาวเตอร์กิกในบริเวณอิลีทางเหนือของซินเจียงต่อต้านก๊กมินตั๋ง เพิ่อฟื้นฟูอิทธิพลของโซเวียตในบริเวณนี้
ชาวเตอร์กิกจำนวนมากในอิลีของซินเจียงมีวัฒนธรรม การเมือง และเศรษฐกิจใกล้เคียงกับรัสเซีย พวกเขาส่วนใหญ่ได้รับการศึกษาจากสหภาพโซเวียตและมีชุมชนชาวรัสเซียในบริเวณนั้น กบฏชาวเตอร์กิกส่วนใหญ่เข้าสู่สหภาพโซเวียตและได้รับความช่วยเหลือจากสหภาพโซเวียตในการจัดตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยประชาชนเตอร์กิกซินเจียง ใน พ.ศ. 2486 เพื่อต่อต้านการปกครองของก๊กมินตั๋ง ในเหตุการณ์กบฏอิลี ชาวอุยกูร์ที่นิยมโซเวียตกลายเป็นผู้นำการปฏิวัติและสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 เอห์เมตยัน กวาซิมซึ่งได้รับการศึกษาจากสหภาพโซเวียต จัดเป็นเด็กของสตาลินและคอมมิวนิสต์หัวรุนแรง กวาซิมเปลี่ยนนามสกุลของตนให้เป็นรัสเซียขึ้นว่ากาซิมอฟ และเข้าเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์แห่งสหภาพโซเวียต
หลิวปินไตเป็นเจ้าหน้าที่ก๊กมินตั๋งชาวหุยมุสลิม และถูกส่งเข้าไปในอูรุมชีเพื่อประสานกับชาวเติร์กมุสลิมที่เตรียมล้มล้างการปกครองของชาวจีน การทำงานของเขาล้มเหลวเพราะไปถึงช้าเกินไป ชาวเตอร์กิกโจมตีกองทัพของเขา หลิวถูกฆ่าในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2487 และเป็นจุดเริ่มต้นของกบฏอิลี
หลังจากเชิ่งออกไปจากซินเจียง การบริหารแบบใหม่จากก๊กมินตั๋งได้เพิ่มปัญหาในการใช้กฎหมาย ในวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2487 ทหารที่ถูกส่งเข้าไปในคงคา ซึ่งมีชาวคาซักเป็นส่วนใหญ่ ไม่สามารถควบคุมผู้ก่อเหตุรุนแรงได้
ในวันที่ 8 ตุลาคม ผู้ก่อการได้เข้ายึดนิลกา ในช่วงเดือนตุลาคม เกิดกบฏสามตำบลที่ทางใต้ของคุลชาในอิลี อัลไต และตาร์บากาไตยในซินเจียงเหนือ ด้วยความช่วยเหลือจากสหภาพโซเวียตและการสนับสนุนโดยพันธมิตรซินเจียงที่ฝึกอบรมในโซเวียต กลุ่มกบฏเข้าควบคุมพื้นที่ทั้งสามได้อย่างรวดเร็ว และยึดคุลชาได้ในเดือนพฤศจิกายน ชนกลุ่มน้อยชาวจีนในบริเวณนั้นถูกสังหารและถูกผลักดันให้ออกไป ตามข้อมูลจากสหรัฐอเมริกา นักวิชาการอิสลาม เอลิฮัน โทเร ประกาศจัดตั้งรัฐบาลอิสลามเตอร์กิสถาน
กลุ่มกบฏยึดครองคุลชาเมื่อ 7 พฤศจิกายน พ.ศ. 2487 และเข้ายึดครองพื้นที่ต่างๆในเมืองอย่างรวดเร็ว ต่อสู้กับกองทัพก๊กมินตั๋งโดยกองทัพก๊กมินตั๋งได้ต่อต้านการยึดครองสถานีตำรวจกลางเมืองไว้ได้จนถึงวันที่ 13 พฤศจิกายน การจัดตั้งสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเกิดขึ้นในวันที่ 15 พฤศจิกายน กองทัพสหภาพโซเวียตเข้าช่วยกองทัพอิลีอุยกูร์เข้ายึดหลายเมืองทางอากาศ รัสเซียที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์เช่น รัสเซียขาว และชาวรัสเซียที่อาศัยในซินเจียงตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 24 ช่วยเหลือกองทัพแดงของโซเวียตและกองทัพกบฏอิลีด้วย พวกเขาสูญเสียมาก ผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกหลายคนเป็นตัวแทนของสหภาพโซเวียตหรือทำงานร่วมกับสหภาพโซเวียต เช่น อับดุลการิม อับบาส อิสซัก เบก ไซฟุดดิน อาซีซี และรัสเซียขาว ได้แก่ เอฟ เลสกิน เอ โปลินอฟ และกลิมคิน เมื่อกลุ่มกบฏมีปัญหาในการยึดสนามบินไอรามเบกจากจีน กองทัพสหภาพโซเวียตได้เข้าช่วยโดยตรง
กลุ่มกบฏได้สังหารหมู่พลเรือนชาวจีนฮั่นโดยเฉพาะประชาชนที่เกี่ยวข้องกับกองทัพก๊กมินตั๋งและเชิ่ง ชีไข่ ในประกาศคุลชาเมื่อ 5 มกราคม พ.ศ. 2488 ได้ประกาศว่าสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกได้ตั้งขึ้นเพื่อเป็นพันธมิตรที่แนบแน่นกับสหภาพโซเวียต ต่อต้านจีนฮั่น การสังหารหมู่ชาวจีนฮั่นส่วนใหญ่เกิดขึ้นระหว่าง พ.ศ. 2487 – 2488 ฝ่ายก๊กมินตั๋งตอบโต้โดยสังหารนักโทษที่เกี่ยวข้องกับสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก ในพื้นที่ที่ควบคุมโดยสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เช่น คุลชา มีความตึงเครียดหลายอย่างเกิดขึ้น เช่น ห้ามชาวจีนฮั่นครอบครองอาวุธ มีตำรวจลับแบบสหภาพโซเวียต กำหนดให้ใช้ภาษารัสเซียและภาษาเติร์กเป็นภาษาราชการ แต่ห้ามใช้ภาษาจีน ชาวตังกูสิตที่ไม่ใช่มุสลิมมีบทบาทสำคัญในการช่วยเหลือฝ่ายกบฏโดยสนับสนุนผลผลิตทางการเกษตร ชาวมุสลิมตันกันหรือหุยในอิลีไม่มีความสำคัญ โดยช่วยเหลือฝ่ายกบฏเล็กน้อยหรือไม่ช่วยเหลือเลย
ความต้องการของกลุ่มกบฏได้แก่ ยุติการปกครองของจีน สร้างความเสมอภาคในทุกเชื้อชาติ ยอมรับการใช้ภาษาแม่ เป็นมิตรกับสหภาพโซเวียต และต่อต้านการอพยพชาวจีนเข้ามาในซินเจียง กลุ่มกบฏได้จัดตั้งกองทัพแห่งชาติอิลี และต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นกองทัพแห่งชาติเตอร์กิสถานตะวันออก ประกอบด้วยทหารที่เป็นชาวอุยกูร์ คาซัก และรัสเซียขาว และกลุ่มของชนเผ่าในคาซักไกรที่อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของออสมาน บาตูร์ ชาวคาซักได้แพร่ขยายขึ้นไปทางเหนือ ในขณะที่กองทัพแห่งชาติแพร่ขยายลงมาทางใต้ ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488 กองทัพก๊กมินตั๋งและกองทัพแห่งชาติอิลียึดครองตำแหน่งคนละด้านของแม่น้ำมานาซีใกล้อูรุมชี ในเวลานั้น สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกยึดครองซุงกาเรียและคาชการ์ตา ในขณะที่กองทัพก๊กมินตั๋งยึดครองบริเวณอูรุมชีหรือตีฮูวา
กองทัพแห่งชาติอิลีซึ่งก่อตั้งขึ้นเมื่อ 8 เมษายน พ.ศ. 2488 ในฐานะกองทัพของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก นำโดยชาวคีร์กิซ อิซฮัก เบก และชาวรัสเซียขาว โปลินอฟและเลสกิ้น ทั้งสามคนนิยมโซเวียตและเคยทำงานกับกองทัพสหภาพโซเวียตมาก่อน โซเวียตสนับสนุนเครื่องแบบ และช่วยเหลือกองทัพแห่งชาติสู้รบกับทหารจีน เครื่องแบบและธงของทัพแห่งชาติมีคำว่า สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก (Vostochnaya Turkestanskaya Respublika; VTR) เขียนด้วยอักษรซีริลลิก สหภาพโซเวียตได้ช่วยเหลือกบฏในอุยกูร์มาตั้งแต่ส่งคลื่นวิทยุออกอากาศในอุยกูร์จากทัชเคนท์มายังซินเจียงตั้งแต่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2470 ซึ่งแสดงข้อเท็จจริงว่าสหภาพโซเวียตได้อบรมและส่งอาวุธแก่กองทัพเตอร์กิสถานตะวันออกต่อต้านจีน นอกจากสหภาพโซเวียตและกองทัพแห่งชาติจะร่วมมือกันต่อต้านกองทัพจีนแล้ว ยังรุกคืบไปถึงอุรุมชี แต่กองทัพจีนต้านทานไว้ได้ โดยนำทหารจีนมุสลิมไปต่อสู้กับกบฏเติร์กมุสลิม ทหารจีนมุสลิมนับพันคน นำโดยนายพลหม่า ปู้ฟังและหลานของเขา นายพลหม่า เชิงเซียง เคลื่อนย้ายจากชิงไห่เข้าสู่ซินเจียงเพื่อต่อสู้กับกองทัพโซเวียตและชาวอุยกูร์ อาวุธและอุปกรณ์ของกองทัพอิลีมาจากสหภาพโซเวียต กบฏอิลีได้ผลักดันกองทัพจีนออกจากที่ราบ และไปถึงกัชการ์ กักลิก และยาร์คัน อย่างไรก็ตาม ชาวอุยกูร์ในโอเอซิสไม่สนับสนุนกบฏที่มีโซเวียตหนุนหลัง ทำให้กองทัพจีนขับกลุ่มกบฏออกไปได้ กลุ่มกบฏนี้ทำลายผลผลิตทางการเกษตรของชาวทาจิกและชาวคาซัก และต่อต้านชาวทาจิกและชาวคาซักในจีนอย่างรุนแรง
ชาวจีนมุสลิม หม่า คลิก เจ้าที่ดินในชิงไห่ และหม่าปู้ฟังถูกส่งเข้าสู่อุรุมชีพร้อมด้วยชาวจีนมุสลิมโดยก๊กมินตั๋งใน พ.ศ. 2488 เพื่อต่อสู้กับกบฏอิลี ในปีเดียวกัน ชาวตันกันหรือหุยจากชิงไห่ถูกส่งไปซินเจียง การรวมกำลังกันทำให้ได้ทหารชาวหุยและจีนฮั่น 100,000 คนภายใต้การควบคุมของก๊กมินตั๋ง ได้มีการลงนามในสนธิสัญญาสงบศึกใน พ.ศ. 2489 โดยสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 อยู่ภายใต้การควบคุมของอิลี และจีนควบคุมส่วนที่เหลือของซินเจียง รวมทั้งอุรุมชี
ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2488 จีนได้ลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับสหภาพโซเวียตและสหรัฐอเมริกาในการประชุมยัลตา ทำให้การสนับสนุนสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกของสหภาพโซเวียตสิ้นสุดลง ก๊กมินตั๋งจัดให้มีการเจรจากับผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2489 แต่มีการเปลี่ยนแปลงเพียงเล็กน้อย สาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกยังคงเป็นรัฐนิยมโซเวียตที่แยกตัวออกมาโดยพฤตินัย มีสกุลเงินและกองทัพเป็นของตัวเอง กิจกรรมทางการเมืองในสาธารณรัฐถูกจำกัดโดยสหภาพเพื่อการปกป้องสันติภาพและประชาธิปไตย ซึ่งเป็นพรรคในระบบพรรคการเมืองเดียวของเลนิน เจ้าหน้าที่ของก๊กมินตั๋งและกิจกรรมทางการเมืองของฝ่ายตรงข้ามถูกห้ามในสามตำบล ในเวลานั้น นักการเมืองฝ่ายตรงข้ามได้แก่ เอลีฮัน โตเร ผู้หายตัวไประหว่างเดินทางไปสหภาพโซเวียต และผู้นำชาวคาซักออสมาน บาตูร์ ผู้แตกแยกออกมาจากกลุ่มกบฏอื่นเมื่อการสนับสนุนโซเวียตของพวกเขาชัดเจนขึ้น ก๊กมินตั๋งมอบหมายให้ชาวอุยกูร์ที่สำคัญหลายคนเป็นที่ปรึกษาในการบริหารซินเจียงและเอห์เมตจัน กวาซิม ผู้นำของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเป็นรองผู้ว่าการมณฑล ไป จงซี มุสลิมและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมของจีนได้รับการพิจารณาให้เป็นผู้บริหารของซินเจียง ตำแหน่งนี้ถูกมอบต่อให้มาซุด ซาบรี ชาวอุยกูร์ที่นิยมก๊กมินตั๋งและเป็นนักการเมืองที่ต่อต้านสหภาพโซเวียต
กลุ่มที่นิยมก๊กมินตั๋งในซินเจียงเป็นกลุ่มอนุรักษ์นิยม ต้องการปกป้องศาสนาดั้งเดิมของอุยกูร์ ส่วนใหญ่อยู่ทางใต้ของซินเจียง ต่างจากกลุ่มที่นิยมรัสเซียหรือนิยมโซเวียตในอิลีทางเหนือของซินเจียง ก๊กมินตั๋งยอมให้นักการเมืองที่ต่อต้านโซเวียตและเน้นชาตินิยมเติร์ก ได้แก่ มาซุด ซาบรี มูฮัมหมัด อามิน บูครา และอีซา ยูซุป อัลเตกิน ให้เขียนและตีพิมพ์แนวคิดเพื่อประชาสัมพันธ์ชาตินิยมเติร์กเพื่อดึงชาวเติร์กทั้งหมดให้ต่อต้านโซเวียต ซึ่งทำให้โซเวียตไม่พอใจมาก โทรเลขของสหรัฐได้รายงานว่าชาวอุยกูร์ทางภาคใต้เรียกร้องให้ขับไล่รัสเซียขาวออกไปจากซินเจียง หลังจากที่ชาวจีนฮั่นถูกขับไล่ไปแล้ว ผู้นำชาวมุสลิมส่วนใหญ่วางแผนที่จะย้ายไปอูรุมชีและอพยพเข้าสู่ดินแดนจีนตอนในเพื่อหลีกเลี่ยงแรงกดดันจากสหภาพโซเวียต กลัวจะถูกทหารโซเวียตสังหาร
เอห์เมตจัน กวาซิมเรียกร้องให้มาซุด ซาบรีลาออกจากตำแหน่งหัวหน้ารัฐบาลและให้ปล่อยนักโทษทั้งหมดออกจากคุกของก๊กมินตั๋ง นักภาษาศาสตร์ชาวอุยกูร์ อิบราฮิม มุตตีอี ต่อต้านสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก และต่อต้านกบฏอิลีเพราะมีสหภาพโซเวียตและสตาลินให้การสนับสนุน ต่อมา ไซฟุดดิน อาซีซี อดีตผู้นำของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกได้ขอโทษมุตตีอีและยอมรับว่าการต่อต้านสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเป็นสิ่งถูกต้อง
ออสมาน บาตูร์ ผู้นำชาวคาซักที่สนับสนุนก๊กมินตั๋ง ต่อต้านสหภาพโซเวียตและกองทัพมองโกเลียระหว่างเหตุการณ์เปยตาชาน รัฐบาลจีนได้ส่งชาวตันกัน (ชาวจีนมุสลิมหรือหุย) ที่ทำงานกับก๊กมินตั๋งไปโจมตีกองทัพมองโกลและโซเวียตที่เปยตาชานซึ่งอยู่ที่ชายแดนระหว่างมองโกเลียกับซินเจียง
เหตุการณ์เปยตาชาน (Pei-ta-shan Incident) เป็นเหตุปะทะตามแนวชายแดนระหว่างสาธารณรัฐจีนและสาธารณรัฐประชาชนมองโกเลีย รัฐบาลจีนสั่งชาวจีนมุสลิมให้ไปโจมตีตำแหน่งของชาวมองโกลและสหภาพโซเวียตจนเกิดความขัดแย้งขึ้น กองกำลังของชาวจีนมุสลิมและชาวคาซักทำงานให้ก๊กมินตั๋ง ต่อต้านทหารรัสเซียและมองโกล ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2490 ทหารรัสเซียและมองโกลร่วมมือกันโจมตีชาวคาซักให้กลับเข้าสู่ชายแดนจีน การต่อสู่ดำเนินไปจนถึงอีกปีหนึ่ง มีการปะทะกันเกิดขึ้น 13 ครั้ง ระหว่าง 5 มิถุนายน พ.ศ. 2490 ถึงเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2491
ก๊กมินตั๋งได้ส่งชาวจีนหุยจากชิงไห่ทำลายทหารรัสเซียและมองโกเลียใน พ.ศ. 2490 ทหารจีนเข้ายึดครองเปยตาชานได้อีกครั้ง และรบกับมองโกเลียและรัสเซียอย่างต่อเนื่องตลอดเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2490 อุสมานยังต่อสู้กับกองกำลังอุยกูร์ในบริเวณยิลีก่อนจะพ่ายแพ้ทหารรัสเซีย
ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2492 กองทัพปลดปล่อยประชาชนจีนได้ข้ามแม่น้ำแยงซีเกียงและตัดขาดการบริหารของก๊กมินตั๋งในซินเจียงใต้ สิ้นปี พ.ศ. 2492 เจ้าหน้าที่ของก๊กมินตั๋งบางส่วนลี้ภัยไปอัฟกานิสถาน อินเดีย และปากีสถาน แต่ส่วนใหญ่ยอมแพ้ต่อพรรคคอมมิวนิสต์จีน พรรคคอมมิวนิสต์จีนส่งเติ้ง ลีกุน มาเจรจากับผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่คุลยาเชิญให้เข้าเป็นส่วนหนึ่งของการประชุมเกี่ยวกับการเมืองของสาธารณรัฐประชาชนจีนในปลายปีนั้น ผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเดินทางไปสหภาพโซเวียตเมื่อ 22 สิงหาคม การเจรจาระหว่างตัวแทนสหภาพโซเวียตกับสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่อัลมา-อตาดำเนินไป 3 วัน และตกลงที่จะรวมพื้นที่ 3 ตำบลเข้ากับรัฐจีนคอมมิวนิสต์ในอนาคตราวๆ พ.ศ. 2494 พวกเขาเห็นว่านี่เป็นโอกาสดีของชาวอุยกูร์ที่จะได้เสรีภาพและเอกราชแต่กลับเสียไป ผู้แทนสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกจึงตัดสินใจที่จะเจรจากับสตาลินโดยตรงก่อนจะไปปักกิ่ง ในวันที่ 24 สิงหาคม เอห์เมตจัน กวาซิมี และคณะรวม 11 คน ขึ้นเครื่องบินที่อัลมา-อตาในคาซักสถาน ที่หมายอย่างเป็นทางการคือปักกิ่ง แต่เครื่องกลับไปยังมอสโก ในวันที่ 3 กันยายน รัฐบาลโซเวียตให้ข้อมูลแก่รัฐบาลจีนว่าเครื่องบินถูกจี้ที่ไบคาลบนเส้นทางไปปักกิ่งและคนบนเครื่องถูกฆ่าหมด ในวันเดียวกัน โมโลตอฟได้ส่งโทรเลขไปคุลยาเพื่อแจ้งไซฟุดดิน อาซีซี ผู้ที่เป็นรัฐมนตรีกระทรวงศึกษาธิการในรัฐบาลสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกและเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์สหภาพโซเวียต เกี่ยวกับการเสียชีวิตของคณะจากสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกบนเครื่องบินที่ถูกปล้นที่ไบคาลระหว่างทางไปปักกิ่ง อาซีซีได้เก็บข่าวนี้เป็นความลับจากสาธารณชนในสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก จนกระทั่งต้นเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 เมื่อร่างของผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกถูกส่งมาจากสหภาพโซเวียตในสภาพที่จดจำไม่ได้ และเมื่อกองทัพปลดปล่อยประชาชนของจีนเข้ารักษาความปลอดภัยในพื้นที่ส่วนใหญ่ของจังหวัดซินเจียง
หลังจากการสลายตัวของสหภาพโซเวียตใน พ.ศ. 2534 อดีตสมาชิกเคจีบีบางคนได้เล่าว่าผู้นำคนสำคัญของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก 5 คน ถูกฆ่าตามคำสั่งของสตาลินเมื่อ 27 สิงหาคม พ.ศ. 2492 หลังจากที่ถูกจับกุมทันทีที่ไปถึงมอสโกและถูกคุมขังอยู่สามวัน คำสั่งนี้เป็นความร่วมมือระหว่างสตาลินกับเหมา เจ๋อตุง แต่ความร่วมมือนี้ไม่ได้รับการยืนยัน ผู้นำที่เหลืออยู่ของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกรวมทั้งไซฟุดดิน อาซีซี ตกลงที่จะรวมสามตำบลในเขตของตนเข้ากับเขตปกครองตนเองซินเจียงอุยกูร์ซึ่งตั้งขึ้นแทนที่มณฑลซินเจียงใน พ.ศ. 2498 และยอมรับตำแหน่งบริหาร ผู้นำชาวคาซักบางคน เช่น ออสมาน บาตูร์ ยังคงต่อต้านจนถึง พ.ศ. 2497 ไซฟุดดิน อาซีซีเป็นประธานคนแรกของเขตปกครองตนเองที่ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 ด้วย กองทัพปลดปล่อยประชาชนเข้าถึงสนามบินอุรุมชีครั้งแรกเมื่อ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2492 ด้วยเครื่องบินของโซเวียตที่อนุเคราะห์โดยสตาลินและเข้าควบคุมซินเจียงเหนืออย่างรวดเร็ว แล้วร่วมมือกับกองทัพแห่งชาติของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเพื่อเข้าสู่ซินเจียงใต้ และเข้าควบคุมพื้นที่ 10 ตำบลของมณฑลซินเจียง ก่อนหน้านี้เมื่อ 26 กันยายน พ.ศ. 2492 ทหารของก๊กมินตั๋งราว 100,000 คนมอบตัวกับพรรคคอมมิวนิสต์จีน และอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของบูร์ฮาน ชาฮิดี ประธานมณฑลซินเจียง ซึ่งเป็นหนึ่งในไม่กี่คนที่รู้ถึงชะตากรรมที่แท้จริงของผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกในเดือนสิงหาคมที่สหภาพโซเวียต ในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2492 กองทัพแห่งชาติเข้าร่วมกับกองทัพปลดปล่อยประชาชนในฐานะกองทัพที่ 5 การสลายตัวทางการเมืองครั้งสุดท้ายของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกเกิดขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 โดยจัดการปกครองในรูปของเขตปกครองตนเองที่ประกอบไปด้วย 13 เชื้อชาติในซินเจียง
กองทัพแห่งชาติของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่สอง จัดตั้งขึ้นเมื่อ 8 เมษายน พ.ศ. 2488 ทหารประกอบด้วยทุกเชื้อชาติ ยกเว้นจีน
การรบกับจีนและมองโกลได้ช่วยปรับปรุงการจัดกองทัพ เมื่อทหารคาซักภายใต้การนำของออสมาน บาตูร์รบชนะก๊กมินตั๋งใน พ.ศ. 2490 บาตูร์ได้เป็นผู้นำทหารชาวคาซัก
กองทัพอากาศประกอบด้วยเครื่องบิน 2 เครื่องที่ถูกก๊กมินตั๋งยึดที่คุลยาเมื่อ 31 มกราคม พ.ศ. 2488 ทั้งหมดถูกทำลาย บางส่วนถูกซ่อมแซมและนำกลับมาใช้โดยทหารโซเวียตในสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เครื่องบินเหล่านี้เข้าร่วมในการรบระหว่างกบฏอิลีและก๊กมินตั๋งที่ชิเฮลีและจิงเฮในเดือนกันยายน พ.ศ. 2488
การรบครั้งนี้สิ้นสุดลงโดยสามารถยึดที่มั่นของก๊กมินตั๋งและบ่อน้ำมันในดูชานซี ระหว่างการรบ เครื่องบินของก๊กมินตั๋งถูกยึดโดยกองทัพแห่งชาติที่บริเวณแม่น้ำมานาซี ทางเหนือของอูรุมชี ซึ่งทำให้ในเมืองเต็มไปด้วยความหวาดกลัว การรุกรานเมืองหลวงของซินเจียงถูกยกเลิกเพราะแรงกดดันโดยตรงจากมอสโกต่อผู้นำกบฏอิลีที่ยอมเริ่มเจรจาสันติภาพกับก๊กมินตั๋งตามคำสั่งของมอสโก ตามมาด้วยสุนทรพจน์ของเจียงไคเช็กทางสถานีวิทยุของจีนให้แก้ปัญหาวิกฤติซินเจียงด้วยสันติภาพ การเจรจาสันติภาพนี้ดำเนินการโดยสหภาพโซเวียตและเริ่มที่อูรุมชี เมื่อ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2488
กองทัพแห่งชาติมีทหารราว 25,000 - 30,000 คน หลังจากมีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับเจียงไคเช็กเมื่อ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2489 จำนวนทหารลดลงเหลือ 11,000 - 12,000 คน และถูกจำกัดให้ตั้งสถานีได้เฉพาะในพื้นที่สามตำบลในซินเจียงเหนือ คืออิลี ตาร์บาคาไต และอัลไต กองทัพแห่งชาติต้องถอนตัวออกจากซินเจียงใต้ ออกจากเขตเมืองเก่อักชู และเปิดเส้นทางจากอูรุมชีไปยังกัชการ์ ซึ่งเป็นการเปิดโอกาสให้ก๊กมินตั๋งส่งทหาร 70,000 นายและผลักดันกลุ่มกบฏไปยังเทือกเขาปาร์มี
กลุ่มกบฏนี้แตกไปเมื่อ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2488 ในบริเวณซาริโกลของตักดุมบาช ปาร์มี กบฏภายใต้การนำของซาดิก ข่าน โคยา ชาวอุยกูร์ ที่มาจากการ์กิลิก และการาวาน ชาห์ ชาวคาซักจากการิโกลี เข้ายึดครองในบริเวณแนวชายแดนระหว่างอัฟกานิสถาน อินเดีย และสหภาพโซเวียต กลุ่มกบฏทัชกุรคันโจมตีทหารก๊กมินตั๋งระหว่างเฉลิมฉลองการรบชนะทหารญี่ปุ่นที่แมนจูเรีย ทหารก๊กมินตั๋งในซาริโกลีรอดชีวิตน้อยและหนีไปอินเดียระหว่างที่กลุ่มกบฏโจมตี ที่ตั้งดั้งเดิมของกลุ่มกบฏอยู่ที่ตาการ์มาในเทือกเขาปาร์มีใกล้กับชายแดนสหภาพโซเวียต ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2488 กลุ่มกบฏทัชกุรคันไปยังอีกิซ-ยาร์ตามถนนสู่ยังกิฮิสซาร์ ในขณะที่กลุ่มกบฏอีกกลุ่มไปยังโอยตัก, บอสตัน-เตเรก และทัชมาลิก ตามถนนสู่กัชการ์
สิ้นปี พ.ศ. 2488 กลุ่มกบฏที่ทัชกุรคันรุกรานกัชการ์และยาร์คันเมื่อ 2 มกราคม พ.ศ. 2489 ในขณะที่ข้อตกลงสันติภาพเริ่มต้น มีการลงนามระหว่างกบฏอูรุมชีและตัวแทนก๊กมินตั๋ง ภายใต้การจัดตั้งของสหภาพโซเวียต กลุ่มกบฏเข้ายึดคูมา การ์กิลิก และโปสกัม เมืองสำคัญที่ควบคุมการสื่อสารระหว่างซินเจียง ทิเบต และอินเดีย ในวันที่ 11 มกราคม กองทัพก๊กมินตั๋งเข้าโจมตียาร์คัน ยึดบริเวณอักซูคืนได้ การโจมตีทำให้จีนสามารถควบคุมกลุ่มกบฏได้ในฤดูร้อนของ พ.ศ. 2489
ทหารของกลุ่มกบฏเหลือรอดไม่กี่ร้อยคน ผู้รอดชีวิตเข้ายึดภูเขาปาร์มี กองทัพแห่งชาติไม่มีการดำเนินการใดๆระหว่าง พ.ศ. 2489 – 2492 จนกระทั่งกองทัพปลดปล่อยประชาชนเข้าสู่ซินเจียง เติ้ง ลิชุน ผู้ช่วยของเหมา เจ๋อตุงมาถึงดุลยาเมื่อ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2492 เพื่อเจรจากับผู้นำสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เกี่ยวกับอนาคตของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออก เติ้งส่งโทรเลขถึงเหมาเกี่ยวกับกองทัพของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกในวันต่อมา โดยระบุว่า มีทหาร 14,000 คน ส่วนใหญ่ใช้อาวุธของเยอรมัน มีรถบรรทุกทหาร 120 คัน ม้า 6,000 ตัว มีผู้ช่วยจากสหภาพโซเวียตอยู่ในกองทัพและดูแลเครื่องบิน 14 ลำ ใช้สำหรับทิ้งระเบิด ในวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2492 กองทัพแห่งชาติได้รวมเข้ากับกองทัพปลดปล่อยประชาชนในฐานะกองทัพที่ 5 แห่งซินเจียง
หนังสือพิมพ์ของสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกคือ "Azat Sherkiy Turkistan" (เตอร์กิสถานตะวันออกอิสระ) ตีพิมพ์ครั้งแรกเมื่อ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2487 ในดุลยา ซึ่งเป็นวันที่ 5 หลังจากสถาปนาสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่สอง ต่อมา หนังสือพิมพ์นี้เปลี่ยนชื่อเป็น "Inqlawiy Sherkiy Turkistan" (เตอร์กิสถานตะวันออกปฏิวัติ)
ในความขัดแย้งซินเจียง สหภาพโซเวียตหนุนหลังขบวนการแบ่งแยกดินแดนอุยกูร์ต่อต้านจีน ตั้งแต่ พ.ศ. 2503 โดยการโฆษณาชวนเชื่อกระตุ้นให้ชาวคาซักเดินทางไปสหภาพโซเวียตและโจมตีจีน จีนตอบสนองโดยการควบคุมชายแดนจีน – โซเวียตอย่างเข้มงวด โซเวียตได้ออกอากาศกระตุ้นให้อุยกูร์ปฏิวัติต่อต้านจีนผ่านทางวิทยุทัชเคนท์ตั้งแต่ พ.ศ. 2510 และสนับสนุนนักรบกองโจรใต้ดินให้โจมตีชายแดนจีน การส่งสัญญาณวิทยุจากทัชเคนท์เริ่มเมื่อ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2510 ซึ่งเป็นข้อเท็จจริงที่แสดงว่าสหภาพโซเวียตสนับสนุนสาธารณรัฐเตอร์กิสถานตะวันออกที่ 2 ให้ต่อต้านจีน มีสื่ออื่นๆที่ส่งไปยังชาวอุยกูร์ให้กล่าวอ้างเอกราชและปฏิวัติต่อต้านจีน ได้แก่ วิทยุอัลมาคาตา และหนังลือพิมพ์ "Sherki Türkistan Evazi" (เสียงจากเตอร์กิสถานตะวันออก) หลังจากความขัดแย้งระหว่างจีนกับสหภาพโซเวียตใน พ.ศ. 2505 ชาวอุยกูร์และคาซักราว 60,000 คนอพยพออกจากซินเจียงไปยังสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตคาซักเพื่อตอบสนองต่อการโฆษณาชวนเชื่อของโซเวียตที่สัญญาว่าจะให้เอกราชแก่ซินเจียง ชาวอุยกูร์ที่ลี้ภัยได้จัดตั้งกองทัพปลดปล่อยที่ได้รับการสนับสนุนจากโซเวียต
สหภาพโซเวียตเกี่ยวข้องกับการให้ทุนสนับสนุนพรรคปฏิวัติประชาชนเตอร์กิสถานตะวันออก ซึ่งเป็นองค์กรแบ่งแยกดินแดนติดอาวุธที่ใหญ่ที่สุดของอุยกูร์ในเวลานั้น เพื่อลุกขึ้นสู้ด้วยความรุนแรงต่อต้านจีนใน พ.ศ. 2511 ใน พ.ศ. 2513 โซเวียตยังสนับสนุนแนวร่วมสหปฏิวัติแห่งเตอร์กิสถานตะวันออกให้ต่อสู้กับจีน
เหตุการณ์นองเลือดใน พ.ศ. 2509 – 2510 ระหว่างจีนกับโซเวียตเกิดขึ้นตามแนวชายแดนเมื่อกองทัพต่อต้านจีนที่ฝึกโดยโซเวียตได้ออกมาต่อต้านจีนเพื่อปลดปล่อยชาติ ใน พ.ศ. 2512 กองทัพจีนและโซเวียตสู้รบกันโดยตรงตามแนวชายแดนซินเจียง-โซเวียต
นักประวัติศาสตร์สหภาพโซเวียตกล่าวว่าแผ่นดินแม่ของอุยกูร์คือซินเจียง โซเวียตสนับสนุนชาตินิยมอุยกูร์ นักเขียนที่นิยมโซเวียตเขียนประวัติศาสตร์อุยกูร์สนับสนุนเอกราชและโจมตีรัฐบาลจีน กล่าวว่าซินเจียงถูกกำหนดขึ้นโดยจีน โดยกำหนดจากดินแดนที่ต่างกันคือเตอร์กิสถานตะวันออกและซุงกาเรีย พรรคคอมมิวนิสต์สหภาพโซเวียตสนับสนุนการตีพิมพ์ผลงานเหล่านี้ นักเขียนที่นิยมโซเวียตเขียนงานที่กล่าวอ้างว่าชาวอุยกูร์มีชีวิตที่ดีกว่าและสามารถรักษาวัฒนธรรมของตนไว้ได้ในเอเชียกลางของโซเวียต แต่ไม่ใช่ในซินเจียง ใน พ.ศ. 2522 วิกเตอร์ หลุยส์ ผู้ที่เคจีบีของสหภาพโซเวียตสนับสนุนเขียนวิทยานิพนธ์กล่าวว่าโซเวียตควรสนับสนุนสงครามเพื่อการปลดปล่อยต่อต้านจักรวรรดิจีน สนับสนุนเอกราชของอุยกูร์ ทิเบต มองโกล และแมนจู นักประวัติศาสตร์ชาตินิยมอุยกูร์เขียนหนังสือเกี่ยวกับอุยกูร์ซึ่งได้รับอิทธิพลมาจากนักประวัติศาสตร์ของสหภาพโซเวียต
ความสำคัญของซินเจียงต่อจีนเพิ่มขึ้นหลังจากสหภาพโซเวียตรุกรานอัฟกานิสถานใน พ.ศ. 2522 ทำให้จีนถูกล้อมโดยสหภาพโซเวียต จีนสนับสนุนมูญาฮิดีนในอัฟกานิสถานระหว่างที่สหภาพโซเวียตรุกราน และออกอากาศรายงานการกระทำของโซเวียตต่อมุสลิมอัฟกันให้ชาวอุยกูร์รับรู้ และวิทยุจีนสนับสนุนการต่อต้านโซเวียตของชนกลุ่มน้อยในเอเชียกลาง เช่น ชาวคาซัก ทำให้โซเวียตกังวลเกี่ยวกับความภักดีของกลุ่มชนที่ไม่ใช่รัสเซียในเอเชียกลาง รัฐบาลจีนเห็นว่าชาวจีนฮั่นในซินเจียงจะช่วยป้องกันพื้นที่จากการรุกรานของสหภาพโซเวียต จีนเปิดค่ายฝึกมูญาฮืดีนชาวอัฟกันใกล้กัชการ์และโคตาน สนับสนุนเงินและอาวุธให้พวกเขา