การบุกครองเกาหลีของญี่ปุ่น (ค.ศ. 1592–98)
การรุกรานเกาหลีของญี่ปุ่น คือ เหตุการณ์สู้รบบนคาบสมุทรเกาหลีและยุทธการที่เกิดขึ้นตามมา ในช่วงระหว่าง ค.ศ. 1592–98 โดยฝ่ายญี่ปุ่นผู้รุกราน ภายใต้การนำของโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ ไดเมียวคนสำคัญในยุคอะซุชิ-โมะโมะยะมะซึ่งเป็นยุคที่ญี่ปุ่นเพิ่งจะรวมกันเป็นปึกแผ่นอีกครั้งหลังจากยุคสงครามกลางเมือง โดยญี่ปุ่นรุกรานเกาหลี 2 ครั้ง ซึ่งในการรุกรานครั้งแรก (ค.ศ. 1592–1593) มีเป้าหมายที่จะยึดครองเกาหลี (ปัจจุบันคือ) จีนหมิง และอินเดีย ส่วนในการรุกรานครั้งที่สอง (ค.ศ. 1597–1598) มีเป้าหมายเพื่อแก้แค้นชาวเกาหลีเพียงอย่างเดียว การรุกรานทั้งสองครั้งยังมีชื่อเรียกอื่นคือ การรุกรานเกาหลีของฮิเดะโยะชิ สงครามเจ็ดปี และสงครามอิมจิน
นอกจากความสูญเสียชีวิตของพลเรือนแล้ว เกาหลียังประสบความสูญเสียอย่างใหญ่หลวงต่อวัฒนธรรม เศรษฐกิจ และสาธารณูปโภคมูลฐาน รวมไปถึงพื้นที่เกษตรกรรมจำนวนมากที่เสียหายจนมิอาจจะทำการเพาะปลูกได้ งานศิลปะ เครื่องมือ และเอกสารทำคัญทางประวัติศาสตร์ของเกาหลีจำนวนมากถูกยึดและทำลาย รวมไปถึงการลักพาตัวช่างเทคนิกและช่างฝีมือของเกาหลีหลายคน ในระหว่างสงครามครั้งนี้ ราชวังสำคัญอย่าง คยองบกกุง และ ถูกเผาทำลาย ทำให้ต้องมีการสร้างราชวังขึ้นมาเพื่อใช้งานชั่วคราว
ทางฝ่ายจีนเองก็ได้รับความเสียหายทางการเงินอย่างหนักจากสงคราม ซึ่งส่งผลกระทบต่อความสามารถทางการทหารของจีน และนำไปสู่การล่มสลายของราชวงศ์หมิง โดยมีราชวงศ์ชิงเข้ามาแทนที่ อย่างไรก็ตาม ระบบรัฐในอารักขาของจีนนั้น ได้รับการบูรณะอีกครั้งโดยราชวงศ์ชิง และความสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างเกาหลีและญี่ปุ่นกลับมาเป็นปกติในภายหลัง
ค.ศ. 1935 แม่ทัพเกาหลีนามว่า ลี ซองเก ประสบความสำเร็จในการก่อรัฐประหารและยึดอำนาจทางการเมืองมาจากแห่งราชวงศ์โครยอ โดยการใช้กำลังทหาร และได้ปราบดาภิเษกตนเองขึ้นเป็นพระเจ้าแทโจแห่งราชวงศ์โชซ็อน ตามคำเรียกร้องของผู้ติดตามในกองทัพ ในการแสวงหาความชอบธรรมให้กับการปกครองของตนซึ่งปราศจากเชื้อสายกษัตริย์ ราชวงศ์ใหม่จึงต้องการการยอมรับจากจีน โดยยอมส่งเครื่องราชบรรณาการให้และยอมรับเป็นรัฐในอารักขา ภายใต้อรรถอธิบายของ (, ) ในตอนปลายคริสต์ศตวรรษที่ 15 ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นโชกุนแห่ง ก็เลือกยอมที่จะส่งบรรณาการให้จีนยอมรับเป็นรัฐในอารักขาเช่นกัน (จนกระทั่งถูกยกเลิกในปี ค.ศ. 1547) ด้วยเหตุนี้ ในระบบรัฐในอารักขาของจีน จีนจึงเป็นเสมือนพี่ใหญ่ เกาหลีเป็นน้องคนกลาง ส่วนญี่ปุ่นเป็นน้องคนเล็ก
สิ่งหนึ่งที่ต่างออกไปจากยุคสมัยราชวงศ์โครยอ กับราชวงศ์อื่น ๆ ของจีนเมื่อพันปีก่อนก็คือ ราชวงศ์โชซ็อน หาได้มีความสัมพันธ์ทางสายเลือดกับทางจีนเลยไม่ อย่างไรก็ตาม ราชวงศ์หมิงก็มีความสัมพันธ์ทางการค้าและการทูตที่ดีต่อราชวงศ์โชซ็อน และพึงพอใจในความสัมพันธ์ทางการค้ากับญี่ปุ่น
ทั้งราชวงศ์หมิงและโจซ็อนมีหลาย ๆ สิ่งที่คล้ายคลึงกัน เช่น ในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 14 ต่างก็อยู่ภายใต้การปกครองของมองโกล ใช้แนวคิดของลัทธิขงจื๊อในการดำเนินชีวิตในสังคม และเผชิญหน้าข้าศึกภายนอกร่วมกัน คือ พวกคนเถื่อน "" และสลัดญี่ปุ่น"" สำหรับกิจการภายใน ทั้งสองราชวงศ์ต่างก็มีปัญหาการแบ่งฝักแบ่งฝ่ายและขั้วทางการเมือง ช่วงชิงินาจ ชิงดีชิงเด่นซึ่งกันและกัน ซึ่งส่งผลอย่างมากต่อการตัดสินใจของเกาหลีในช่วงก่อนสงคราม และของจีนในช่วงระหว่างสงคราม ด้วยเหตุผลที่ต้องพึงพิงในการค้าขายระหว่างกันและการเผชิญศัตรูร่วมกันทำให้ทั้งเกาหลีและจีนจึงมีความสัมพันธ์ฉันท์มิตรตลอดมา
ช่วงทศวรรษสุดท้ายของคริสต์ศตวรรษที่ 16 โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ ไดเมียวผู้มีชื่อเสียงสามารถรวบรวมญี่ปุ่นให้เป็นปึกแผ่นได้อีกครั้ง นับแต่ที่เขาได้ตำแหน่งไทโค (มหาเสนาบดี/พระอาจารย์) มา เขาพยายามเพิ่มพูนอำนาจทางทหารของเขา เพื่อลดการพึ่งพาพระราชอำนาจอันมาจากพระราชวงศ์ นอกจากนี้ ยังมีการกล่าวกันว่า เขาวางแผนการรุกรานจีนในครั้งนี้ เพื่อเป็นสานต่อความฝันของนายเก่าของเขา โอะดะ โนะบุนะงะ และเพื่อกำจัดภัยคุกคามที่เป็นไปได้จากความไม่สงบภายใน และการก่อการกบฏเนื่องจากปรากฏว่ามีจำนวนทหารและซามูไรมากเกินไป
แต่ก็มีความเป็นไปได้เช่นกันว่าแท้จริงแล้ว ฮิเดะโยะชิอาจมุ่งเพียงแต่การยึดครองรัฐเพื่อนบ้านขนาดเล็กที่อยู่ใกล้เคียง อย่างเช่น หมู่เกาะรีวกีว เกาะลูซอน ไต้หวัน และประเทศเกาหลี ในขณะที่พยายามจะรักษาความสัมพันธ์ทางการค้ากับรัฐที่มีขนาดใหญ่และรัฐที่อยู่ห่างไกล โดยสังเกตได้จากว่าในช่วงระหว่างสงคราม ฮิเดะโยะชิเรียกร้องจีนให้มีการทำสนธิสัญญาการค้าระหว่างจีนกับญี่ปุ่น และเมื่อพิจารณาในระดับระหว่างประเทศแล้ว จากเหตุที่ว่าฮิเดะโยะชิมีไม่มีภูมิหลังอย่างโชกุนเคยมีมา ทำให้เขาต้องการความเหนือกว่าทางทหาร เพื่อแปรสภาพเป็นระบบของญี่ปุ่น และการควบคุมประเทศเพื่อนบ้านให้อยู่ภายใต้อำนาจของญี่ปุ่น นักประวัติศาสตร์ท่านหนึ่งนาม "เคนเนทท์ สโวป" ยังได้ตั้งสมมติฐานเอาไว้ว่า แท้จริงแล้วฮิเดะโยะชิเป็นคนจีนที่หนีเงื้อมือกฎหมายจีนไปที่ญี่ปุ่น และพยายามแก้แค้นจีน
การพิชิตฐานของใน ใน ค.ศ. 1590
นั้น เป็นการรวมญี่ปุ่นให้เป็นปึกแผ่นเป็นครั้งที่สอง
และฮิเดะโยะชิก็มีแผนสำหรับสงครามครั้งต่อไป เดือนมีนาคม ค.ศ. 1591 ไดเมียวแห่งแคว้นคีวชูเริ่มดำเนินการก่อสร้าง (ปัจจุบันอยู่ใน) ซึ่งต่อมาได้ชื่อว่าปราสาทคะระสึ เพื่อใช้เป็นศูนย์รวมกองทหารเกณฑ์ในการเตรียมกองกำลังรุกราน
สำหรับการเตรียมพร้อมทางทหาร มีการเริ่มต่อเรือรบมากกว่า 2,000 ลำ ตั้งแต่ต้นปี ค.ศ. 1586และเพื่อเป็นการหยั่งวัดกำลังของเกาหลี ฮิเดะโยะชิส่งเรือโจมตี 26 ลำเข้าหยั่งกำลังของเกาหลี ซึ่งได้ข้อสรุปว่าเกาหลีนั้นไม่สามารถต่อกรกับญี่ปุ่นได้ สำหรับฉากหน้าทางทูตนั้น เริ่มสร้างความสัมพันธ์ทางทูตกับจีนมาตั้งแต่ก่อนที่เขาจะรวบรวมญี่ปุ่นให้เป็นปึกแผ่นเสียอีก และช่วยป้องกันเส้นทางเดินเรือระหว่างชาติด้วยการปราบโจรสลัด
ค.ศ. 1587 ฮิเดะโยะชิส่งทาจิบานะ ยาสุฮิโร เป็นตัวแทนคนแรกไปเกาหลี
ซึ่งตรงกับรัชสมัยของพระเจ้าซอนโจ
เพื่อรื้อพื้นความสัมพันธ์ทางทูต หลังจากที่ขาดความสัมพันธ์กันเพราะโจรสลัดญี่ปุ่นรุกรานเกาหลีใน ค.ศ. 1555
ซึ่งฮิเดะโยะชิหวังว่าเกาหลีจะให้ความร่วมมือในการต่อต้านจีน
อย่างไรก็ตาม ด้วยความที่ยาสุฮิโรมีพื้นเพเป็นนักรบและมีความคิดดูถูกดูแคลนระเบียบพิธีการและธรรมเนียมของชาวเกาหลีว่าอ่อนนุ่ม ไม่สมชายชาตรี จึงทำให้ภารกิจการทูตของเขาล้มเหลว
พฤษภาคม ค.ศ. 1589 ฮิเดะโยะชิส่งคณะทูตชุดที่สอง ประกอบด้วย โช โยชิโทชิ (หรือ โยชิโทโมะ)
, เก็นโซ และทะสึกิโนบุ ไปเกาหลีเป็นครั้งที่สอง โดยคราวนี้ยื่นข้อเสนอว่าจะยอมส่งตัวกบฏที่ลี้ภัยไปญี่ปุ่นให้แก่เกาหลี
แท้จริงแล้ว ฮิเดะโยะชิเคยสั่งให้ โช โยชิโนริ ไดเมียวแห่ง บิดาของโยชิโทชิไปเจรจาขั้นเด็ดขาดกับทางเกาหลีว่าจะร่วมมือกับญี่ปุ่นรุกรานจีน หรือจะทำสงครามกับญี่ปุ่นตั้งแต่ ค.ศ. 1587 แล้ว แต่โยชิโนรินั้นได้รับผลประโยชน์ทางการค้าพิเศษกับเกาหลี ด้วยการเป็นท่าเทียบเรือเดียวที่เรือสินค้าจากทั่วญี่ปุ่นจะต้องมาจอดในก่อน ถึงจะเดินทางไปเกาหลีได้ และได้รับอนุญาตให้ค้าขายกับเกาหลีในปริมาณสินค้าเทียบเท่าเรือสินค้าของเกาหลี 50ลำ
ดังนั้น ตระกูลโชจึงถ่วงเวลาการเจรจาออกไปนานถึง 2ปี
ถึงแม้ว่าฮิเดะโยะชิจะออกคำสั่งซ้ำลงไป โช โยชิโทชิก็แปลงสารลดความรุนแรงลง เพื่อความสัมพันธ์อันดีต่อทั้งสองประเทศ ในช่วงท้าย ๆ ของภารกิจการทูตนี้ เขายังทูลเกล้าถวายมัดขนนกยูงและนกปืน ซึ่งนับเป็นนกปืนรุ่นใหม่ชุดแรกที่เข้ามาในเกาหลี แด่พระเจ้าซอนโจด้วยซ้ำไป
ยู ซองลยองเจ้าหน้าที่ฝ่ายพลเรือนระดับสูงของราชสำนักโชซ็อนเสนอให้มีการผลิตและนำปืนไฟเข้าประจำการในกองทัพ แต่ถูกปฏิเสธไป
ซึ่งการไม่สนใจและประเมินค่าประสิทธิภาพของปืนไฟต่ำเกินไปของราชสำนัก เป็นเหตุให้กองทัพบกเกาหลีประสบความปราชัยในช่วงแรกของสงคราม
เมษายน ค.ศ. 1590 เกาหลีส่งคณะราชทูตเดินทางไปญี่ปุ่น อันนำโดย ฮวาง ยูนกิล และคิม ซงลี
ไปยังเกียวโต และต้องอยู่รอฮิเดะโยะชิกลับจากการทัพปราบตระกูลโอดาวาระ และโฮโจนานถึง 2เดือน
เมื่อฮิเดะโยะชิเดินทางกลับมาถึง ทั้งสองฝ่ายจึงแลกของที่ระลึกให้กันและกัน และส่งพระราชสารในพระเจ้าซอนโจให้แก่ฮิเดะโยะชิ
ซึ่งทำให้ฮิเดะโยะชิเข้าใจว่าเกาหลียอมมาสวามิภักดิ์ เป็นรัฐในอารักขาของเขา แต่ทางเกาหลีกลับมองว่าญี่ปุ่นเป็นน้องเล็กเฉกเช่นที่เคยเป็นมานับร้อย ๆ ปี ด้วยเหตุนี้ คณะทูตเกาหลีจึงไม่ได้รับการปฏิบัติตามประเพณีทางทูตเฉกเช่นที่ควรจะเป็น อย่างน้อย พวกเขาต้องเรียกร้องให้ฮิเดะโยะชิเขียนจดหมายตอบพระเจ้าซอนโจ ซึ่งทำให้พวกเขาต้องรออยู่ที่ท่าเรือซาไกอยู่นานถึง 20วัน
จดหมายนั้น ได้ถูกเขียนขึ้นใหม่ ปรับปรุงเนื้อหาให้ดีขึ้นโดยคณะทูตเนื่องจากว่าเนื้อหาในต้นฉบับเดิมนั้น เชื้อเชิญเกาหลีให้เข้าร่วมโจมตีจีนร่วมกับญี่ปุ่นอย่างห้วน ๆ และหยาบคาย
เมื่อคณะทูตกลับมาถึง ราชสำนักก็ถกเถียงเกี่ยวกับคำเชื้อเชิญนี้อย่างตึงเครียด
คำรายงานของคณะทูตกลับแตกเป็นสองฝ่ายโดยฮวาง ยูนกิลรายงานถึงกำลังทหารและความตั้งใจที่จะทำสงครามของญี่ปุ่น และย้ำว่าสงครามจะเกิดในไม่ช้า แต่คิม ซงลีกลับรายงานว่าคำพูดของฮิเดะโยะชิไม่มีค่ามากไปก่าการข่มขู่ ข้าราชสำนักส่วนใหญ่เห็นว่าญี่ปุ่นไม่มีความสามารถที่จะรบกับเกาหลี บางคน รวมทั้งพระเจ้าซอนโจเห็นว่าควรจะรายงานเรื่องนี้ไปยังจีน เพื่อที่จีนจะได้มองเกาหลีเป็นพันธมิตร แต่สุดท้ายกลับได้ข้อสรุปว่าให้รอดูการณ์ไปก่อนจนกว่าสถานการณ์จักแน่ชัด
ฮิเดะโยะชิเริ่มปฏิบัติทางทูตต่อเกาหลีด้วยสำคัญว่าเกาหลีคือดินแดนใต้การปกครองของ ในขณะที่เกาหลีมองว่าญี่ปุ่นเป็นรัฐในอารักขาของจีน และคาดว่าการรุกรานของญี่ปุ่น ก็คงไม่ต่างอะไรกับการปล้นสะดมของสลัดญี่ปุ่นทั่วไป
ราชสำนักโชซ็อนให้การต้อนรับเก็นโซ และไทราโนะ คณะทูตที่สามของฮิเดะโยะชิ ซึ่งพระเจ้าซอนโจทรงส่งพระราชสารย้ำเตือนฮิเดะโยะชิว่าการกระทำของเขาเป็นการท้าทายต่อระบบรัฐในอารักขาของจีน ซึ่งฮิเดะโยะชิก็เขียนจดหมายตอบอย่างไม่ไว้หน้าพระเจ้าซอนโจ แต่เนื่องด้วยจดหมายฉบับนี้ไม่ได้ส่งมาโดยคณะทูตตามประเพณี ราชสำนักโชซ็อนจึงปฏิเสธที่จะรับเอาไว้
หลังถูกปฏิเสธเป็นครั้งที่สอง ฮิเดะโยะชิจึงได้ออกคำสั่งโจมตีเกาหลี ซึ่งการรุกรานเกาหลีนี้ มีผู้ไม่เห็นด้วยในรัฐบาลญี่ปุ่นเช่นกัน อันประกอบด้วย โทะกุงะวะ อิเอะยะสึ, โคะนิชิ ยุกินะงะ และโซ โยะชิโทะชิ
ภัยคุกคามด้านความมั่นคงของทั้งจีนและเกาหลีในยุคนั้นคือพวกหนู่เจิ้นที่คอยรุกเข้าปล้นสะดมตามแนวชายแดน และพวกโจรสลัดญี่ปุ่น ที่มักเข้าปล้นหมู่บ้านชายฝั่งและเรือสินค้าในทะเล
ด้วยเหตุนี้ เกาหลีจึงได้พัฒนานาวิกานุภาพของตัวเอง, สร้างแนวป้อมปราการตามแนวและ
เนื่องด้วยสภาวะสันติภาพนี้ ทำให้เกาหลีพัฒนาเพียงอำนาจยิงของปืนใหญ่ประจำป้อมและเรือรบ การเข้ามาของดินปืนในช่วงราชวงศ์โครยอทำให้เกาหลีพัฒนาปืนใหญ่ อันใช้ได้ดียิ่งในทะเล ถึงแม้ว่าจีนจะเป็นต้นธารของเทคโนโลยีของเอเชียในยุคนั้น แต่เกาหลีเองก็มีศักยภาพที่จะผลิตปืนใหญ่และเรือชั้นยอดได้เอง
สำหรับญี่ปุ่นนั้นเป็นไปในทางตรงข้าม ญี่ปุ่นนั้นผ่านช่วงสงครามกลางเมืองมานานนับร้อยปี ทางญี่ปุ่นได้รับเอาปืนไฟจากโปรตุเกสมาใช้ ดังนั้นกลยุทธ์ในการพัฒนาแสนยานุภาพของทั้งสองชาติจึงแตกต่างกันออกไป โดยญี่ปุ่นจะเน้นไปที่การรบทางบก ในขณะที่เกาหลีเน้นไปที่ทางนาวี.
เนื่องจากญี่ปุ่นมีสงครามกลางเมืองมาตั้งแต่กลางคริสตวรรตที่ 15 ฮิเดะโยะชิจึงมีทหารชาญศึกอยู่ในควบคุมถึงครึ่งล้านนาย
เพื่อตั้งเป็นกองทัพที่เก่งกาจที่สุดในเอเชีย
และด้วยความวุ่นวายทางการเมืองภายในของญี่ปุ่น ทำให้เกาหลีไม่เคยมองญี่ปุ่นในฐานะภัยคุกคามทางทหารเลย
เนื่องด้วยความรู้สึกเป็นน้ำหนึ่งใจเดียวกันของเหล่ากลุ่มการเมืองในญี่ปุ่น กปอรด้วยคำสั่ง"" (, ) อันเป็นคำสั่งยึดอาวุธจากประชาชนสามัญ ทำให้การเมืองภายในญี่ปุ่นเกิดเสถียรภาพ
ซึ่งส่งผลให้เกิดการลดจำนวนโจรสลัดอย่างมีประสิทธิภาพ ด้วยการบังคับมิให้เหล่าไดเมียวให้การสนับสนุนโจรสลัดในดินแดนของตัว
เป็นเรื่องน่าขันยิ่งที่เกาหลีเชื่อว่าการรุกรานของฮิเดะโยะชินี้ เป็นเพียงการขยายวงการปล้นสะดมของโจรสลัดญี่ปุ่นเฉกเช่นครั้งก่อนหน้าเท่านั้น
สำหรับสถานการณ์ทางทหารของเกาหลีนั้น ยู ซองลยองราชบัณฑิตของเกาหลีพบว่า "ไม่มีแม่ทัพสักคนที่รู้วิธีฝึกทหาร"
การเลื่อนตำแหน่งในกองทัพนั้น ขึ้นอยู่กับเส้นสายมากกว่าความรู้ทางทหาร
กองทัพเกาหลีนั้นก็ไม่ได้รับการจัดการอย่างเป็นองค์กร ทหารขาดการฝึกฝนและอาวุธ
งบประมาณทางทหารส่วนมากหมดไปกับการก่อสร้าง โดยเฉพาะกำแพงปราสาท
มีความผิดพลาดในองค์กรกองทัพเกาหลีมากมาย ตัวอย่างแรกคือนายทหารในพื้นที่ไม่มีอำนาจตัดสินใจรับมือกับผู้รุกรานต่างชาติได้เลย ต้องรอจนกว่าจะนายพลที่ได้รับพระบรมราชโองการจะเดินทางมาถึงพื้นที่พร้อมกำลังเสริม สิ่งเดียวที่พวกทหารประจำด่านจะกระทำได้คืออยู่ในที่ตั้ง รอเวลาที่นายพลผู้มีอำนาจตัดสินใจเดินทางมาถึงพื้นที่และสั่งการ ซึ่งเป็นระบบการสั่งการที่ไร้ประสิทธิภาพยิ่ง ประการที่สอง นายพลที่ถูกส่งมาจากราชสำนัก มักจะมาจากนอกพื้นที่ ไม่ค่อยคุ้นเคยกับสภาพภูมิประเทศ ภูมิอากาศ และไม่ทราบถึงอาวุธและกำลังพลที่ประจำการในพื้นที่นั้น ๆ และสุดท้าย ทหารส่วนใหญ่ในกองทัพนั้นคือทหารที่อ่อนซ้อม, ถูกเกณฑ์มาใหม่ และกองทัพก็ไม่เคยได้ใส่ใจต่อการฝึกทหารเลย ราชสำนักเคยพยายามปรับปรุงกองทัพ แต่ก็ยังคงมีปัญหาอยู่ ตัวอย่างเช่น ค.ศ. 1589 มีการจัดตั้งศูนย์ฝึกทหารใน แต่ทหารที่ถูกเกณฑ์เข้ามานั้น ล้วนเด็กเกินไป หรือแก่เกินไป เนื่องด้วยชายฉกรรณ์ที่อายุเหมาะสมนั้น มีสิ่งอื่นที่สำคัญกว่าต้องทำ เช่นทำเกษตรกรรมและกิจกรรมทางเศรษฐกิจอื่น ๆ และปัญหาการเพิ่มขึ้นของเหล่าลูกผู้ดีที่ชอบการพเนจรและทาสที่ขายอิสรภาพของตัวเอง
ลักษณะของป้อมปราการในเกาหลีนั้นคือ "ป้อมภูเขา" (,)อันประกอบขึ้นจากแนวกำแพงหินที่ทอดยาวคดเคี้ยวรอบภูเขา แนวกำแพงเหล่านี้ได้รับการออกแบบที่ไม่ดีนัก มีการสร้างหอคอยและแนวยิงต่อต้านน้อย (ต่างจากของยุโรป) และโดยมากก็ไม่ได้สูงมากนัก มีนโยบายอัยการศึกที่ว่า เมื่อมีสงคราม ประชาชนสามารถลี้ภัยเข้าไปในป้อมที่อยู่ใกล้ตัวได้ และสำหรับผู้ที่ไม่สามารถลี้ภัยเข้าไปในป้อมได้ ก็จะถูกเข้าใจว่าแปรพักตร์ไปร่วมมือกับข้าศึก แต่อย่างไรก็ตาม นโยบายนี้ไม่เคยได้ใช้อย่างมีประสิทธิภาพเลยเนื่องจากป้อนนั้นตั้งอยู่ไกลเกินไปสำหรับผู้ลี้ภัยส่วนใหญ่
ฮิเดะโยะชิเคลื่อนพลไปที่ปราสาทนะโงะยะในคีวชู ที่ถูกสร้างเพื่อใช้เป็นฐานปฏิบัติการหน้าสำหรับกำลังพลรุกรานและกำลังพลสำรอง
กองทัพรุกรานประกอบด้วยเก้ากองพล รวมเป็นจำนวน 158,800 นาย และ อีกสองกองพลจำนวน 21,500 นายประจำการเป็นกำลังหนุนที่ ทสึชิมา และอีกิตามลำดับ
ในทางกลับกัน โชซ็อนกลับมีหน่วยทหารน้อยนิด และไม่มีกองทัพภาคสนาม การป้องกันประเทศนั้น ขึ้นอยู่กับการระดมพลเรือนมาขึ้นทะเบียนทหารเพื่อใช้ในสถานการณ์ฉุกเฉิน ในช่วงระหว่างการรุกรานครั้งแรก โชซ็อนระดมทหารประจำการเข้ามารบ 84,500 นาย และทหารอาสาที่ถูกเกณฑ์เข้ามา 22,000 นาย
การเข้ามาแทรกแทรงสงครามนี้ของจีนไม่ได้ช่วยสร้างให้เกิดความได้เปรียบมากนัก ในเชิงกำลังพล เนื่องจากจีนไม่เคยส่งทหารไปร่วมรบในเกาหลีมากกว่า60,000 นายเลย ในขณะที่ญี่ปุ่นใช้ทหารในสงครามนี้ 500,000 นายตลอดการรุกราน
ช่วงต้น ค.ศ. 1582 นักปราชญ์นามกระเดื่อง ลี อี แนะนำให้ราชสำนักเพิ่มกำลังทหารเป็น 100,000 นาย รวมทั้งการเกณฑ์เอาทาสและลูกโสเภณีมาเป็นทหารในกองทัพ หลังจากกองทัพภาคเหนือไม่สามารถต่อต้านพวกหนู่เจิ้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ
อย่างไรก็ตาม ลีอี เป็นขุนนางฝ่ายตะวันตก ซึ่งเป็นคู่แข่งของกลุ่มขุนนางฝ่ายตะวันออก (นำโดย ยู ซองลยอง) ที่เป็นกลุ่มใหญ่มีอำนาจ ดังนั้น ข้อเสนอของเขาจึงถูกปฏิเสธ และเหตุการณ์เดียวกันนี้ก็เกิดขึ้นใน ค.ศ. 2131 เมื่อข้อเสนอโครงการเสริมกำลังบนเกาะสิบสองเกาะ ตลอดแนวชายฝั่งทางใต้ของคาบสมุทรเกาหลี และการปฏิเสธการสร้างป้อมเพื่อป้องกันเมืองปูซานในปี ค.ศ. 1590 ถึงแม้ว่าโอกาสที่ญี่ปุ่นจะรุกรานเกาหลีนั้นมีมากขึ้น และยู ซองลยองย้ายข้างมาสนับสนุนแนวคิดเพิ่มกำลังทหารป้องกันญี่ปุ่นภายใต้สถานการณ์แบ่งฝักแบ่งฝ่ายที่ชัดเจนของราชสำนักในขณะนั้น การกระทำของยู ซองลยองไม่ได้รับผลประโยชน์ใด ๆ จากผู้สนับสนุนแนวคิดขยายกำลังทหารเลย แต่เป็นไปเพื่อผลประโยชน์ของชาติล้วน ๆ อย่างไรก็ตาม ค.ศ. 1592 เกาหลีก็ยังไม่มีกำลังพลเพียงพอ
นับแต่พ่อค้าชาวโปรตุเกสนำปืนคาบศิลาเข้ามาสู้ญี่ปุ่นบน ที่อยู่ทางตอนใต้ของคีวชู ใน ค.ศ. 2086
ปืนคาบศิลาก็ได้ถูกใช้อย่างกว้างขวางในญี่ปุ่น
ทั้งฝ่ายจีนและเกาหลีเองก็ใช้ปืนคาบศิลาโปรตุเกศทั้งคู่แต่ใช้รุ่นที่เก่ากว่า อาวุธรุ่นเก่าเหล่านี้ ต่างก็ถูกใช้อย่างผิด ๆ ในเกาหลี อีกทั้งเกาหลีให้ความสำคัญกับอาวุธดินปืนที่ใช้ในหน่วยปืนใหญ่และหน่วยพลธนูในระดับพื้นฐานเท่านั้น
เมื่อปืนคาบศิลารุ่นใหม่ได้ถูกนำเสนอในราชสำนักโชซ็อนโดยทูตญี่ปุ่น ยู ซองลยองสนับสนุนให้มีการนำปืนไฟเหล่านี้เข้าประจำการในกองทัพ แต่ล้มเหลวเนื่องจากราชสำนักไม่เชื่อมั่นในศักยภาพของอาวุธใหม่
ในทางกลับกัน ฝั่งญี่ปุ่นให้ความสำคัญอย่างมากกับปืนไฟ และใช้คู่กับธนู
ทหารราบเกาหลีหนึ่งนายอาจจะมี, หอก, สามง่าม หรือธนูเป็นอาวุธประจำกายอย่างน้อยหนึ่งอย่าง สำหรับนั้น ถือได้ว่าเป็นธนูที่มีความยอดเยี่ยมมากในเอเชียนั้นเป็นธนูไม้เนื้อผสม แบบ Reflex ที่เกิดจากการนำวัสดุหลาย ๆ ชนิดมาทำให้เป็นแผ่น ๆ แล้วซ้อน ๆ กัน (ขึ้นกับการเลือกชนิดของวัสดุตามที่ได้รับการออกแบบไว้) และถูกทำให้โค้งเข้า (Reflex bow) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพให้สูงสุด
อย่างไรก็ตามการฝึกฝนพลธนูให้มีประสิทธิภาพนั้นใช้ทั้งยากลำบากและกินเวลา ต่างจากปืนไฟ ส่วนทหารราบจีนนั้นใช้อาวุธหลายหลายรูปแบบ ขึ้นกับสิ่งแวดล้อมของพื้นที่ที่พวกเขาประจำการ รวมถึงธนูและหน้าไม้ และดาบ ที่ใช้ทั้งในทหารราบและทหารม้า อีกทั้งยังมาปืนไฟ, ระเบิดควัน และระเบิดมือ
ในช่วงระยะต้นของสงคราม ญี่ปุ่นได้เปรียบจากระยะยิงของปืนไฟ 548.64 เมตรที่ไกลกว่า
ส่งเสียงกึกก้องกัมปนาทฟังดูน่าเกรงขามกว่า
ซึ่งสามารถใช้งานได้ในลักษณะการยิงประสานแบบรวมจุดเพื่อทดแทดความไม่แม่นยำ ทั้งในระยะประชิดและระยะยาว อย่างไรก็ตาม ในช่วงปลายของสงคราม เกาหลีและจีนต่างก็นำปืนไฟของญี่ปุ่นเข้ามาใช้เองเป็นจำนวนมาก
และยังกล่าวกันว่าจีนคิดค้นชุดเกราะกันกระสุนขึ้นมาใช้ในช่วงการรุกรานครั้งที่สองด้วย
เกาหลีกระตือรือล้นที่จะพัฒนากองทหารม้าเพื่อใช้ในราชการสงคราม แต่ผลลัพธ์กลับส่งผลเสียอย่างรุนแรง เนื่องจากลักษณะภูมิประเทศของเกาหลีนั้นเป็นพื้นที่ภูเขา ไม่มีพื้นที่ราบมากพอที่จะให้ทหารม้าเข้าประชิด และไม่มีหญ้าเพียงพอที่จะเป็นอาหารม้า และญี่ปุ่นก็ใช้ปืนไฟในการยิงระยะไกลเพื่อสกัดกั้นกองทหารม้าอย่างได้ผลยิ่งนัก
ทหารม้าเกาหลีมีตุ้มโซ่และหอกเป็นอาวุธประจำกาย เพื่อการรบระยะประชิด และธนูเพื่อการยิงจากระยะไกล
โดยมากแล้ว การเข้ารบทหารม้าเกาหลีถูกใช้มากในยุทธการแห่งชุงจู ซึ่งต้องรบกับทหารราบญี่ปุ่นที่มีจำนวนมากกว่า ก่อนที่จะถูกกวาดล้าง
ทหารม้าญี่ปุ่นนั้น บางครั้งก็ใช้ปืนไฟ ที่ถูกออกแบบให้เล็กกว่าเพื่อการใช้บนหลังม้าโดยเฉพาะ แต่โดยมากแล้วจะใช้หอกญี่ปุ่นที่เรียกว่า "ยาริ" เป็นอาวุธประจำกายทหารม้า การนำทหารม้ามาใช้ของญี่ปุ่นนั้นได้ลดลงไปจากประสบการณ์ของญี่ปุ่นในสงครามกลางเมืองที่ว่า กองทหารม้ามิอาจจะต้านทานอำนาจการยิงประสานของปืนไฟได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง จาก ที่โอะดะ โนะบุนะงะใช้ปืนไฟของเขาปราบปรามกองพลทหารม้าของ เสียราบคาบ
ในขณะที่กองทัพบกเกาหลีเป็นรองญี่ปุ่น แต่กองทัพเรือกลับเป็นไปในทางกลับกัน กองทัพเรือเกาหลีนั้นจัดได้ว่ายอดเยี่ยมมาก ความเป็นเลิศในทักษะการสร้างธนูและการต่อเรือของเกาหลี ทำให้กองทัพเรือเกาหลีได้เปรียบญี่ปุ่นอย่างมหาศาล ด้วยประวัติศาสตร์เกาหลีล้วนเกี่ยวพันต่อความมั่นคงทางทะเล และความจำเป็นในการต่อต้านโจรสลัดญี่ปุ่น การพัฒนาเชิงนาวีได้รับการพัฒนาอย่างมากตั้งแต่ราชวงศ์โครยอ จนกลายมาเป็นผู้นำเชิงนาวีในราชวงศ์โชซ็อน ในช่วงที่ญี่ปุ่นรุกรานครั้งนี้ กองทัพเรือเกาหลีใช้"เรือรบ" เป็นเรือรบหลักของกองทัพ
โดยเฉพาะอย่างยิ่งการไม่มีปืนใหญ่เข้าประจำการบนเรือรบญี่ปุ่นในการรุกรานครั้งแรก
ทำให้กองทัพเรือเกาหลีสามารถยิงถล่มกองเรือญี่ปุ่นจากนอกระยะยิงของปืนไฟ, ธนู และเครื่องยิงหินของญี่ปุ่นได้
และถึงแม้ว่าญี่ปุ่นจะพยายามเพิ่มปืนใหญ่เข้าประจำการ
แต่เรือรบของญี่ปุ่นไม่ได้ถูกออกแบบมาเพื่อบรรทุกน้ำหนักจำนวนมาก กลายเป็นข้อจำกัดให้ญี่ปุ่นไม่สามารถบรรทุกปืนใหญ่ได้มากเท่ากับฝ่ายตรงข้าม
ความไม่สมบูรณ์แบบของเรือรบญี่ปุ่นในระดับรากฐานนั้นมีดังนี้ ประการแรก เรือรบส่วนใหญ่ของญี่ปุ่นคือเรือสินค้าที่ถูกนำมาดัดแปลงใช้เป็นเรือลำเลียงพล (แต่ก็สังเกตได้เช่นกันว่าเรือประมงก็ถูกใช้ในกองทัพเรือเกาหลี)
ประการที่สอง เรือญี่ปุ่นนั้นมีเพียงใบเรือผืนสี่เหลี่ยมจตุรัสเพียงใบเดียว ซึ่งใช้งานได้ดีในภาวะลมดีเท่านั้น ในขณะที่เกาหลีใช้ทั้งกำลังฝีพายและใบเรือ ประการที่สาม ท้องเรือของญี่ปุ่นนั้นเป็นทรงแหลม หรือทรงตัวV (เช่นเดียวกับจีน) ซึ่งทำให้มีความเร็วสูงแต่การบังคับเลี้ยวยากเมื่อเทียบกับเรือพานโอกซอนที่เป็นเรือท้องแบน และประการสุดท้าย เรือรบญี่ปุ่นนั้นใช้ตะปูเหล็กในการตอกยึดแผ่นไม้เรือเข้าด้วยกันในขณะที่เกาหลีใช้ร่องไม้ในการยึดเรือเข้าด้วยกัน การใช้ตะปูโลหะในทะเลนั้นจะทำให้ตะปูนั้นสึกกร่อนและทำให้โครงสร้างเรือนั้นอ่อนแออลง ในขณะที่ร่องไม้นั้นกลับยึดแน่นแข็งแกร่งกว่า
นอกจากนี้ความสำเร็จในการป้องกันประเทศครั้งนี้ ผู้ที่สมควรจะได้รับการยกย่องเชิดชูที่สุดคือ แม่ทัพอี ซุน-ชิน ชายผู้มีความเป็นผู้นำและมีกลยุทธ์ วางแผนการรบเพื่อที่จะนำหายนะมาสู่เส้นทางลำเลียงของญี่ปุ่น
อีกประการหนึ่งที่ควรจะกล่าวถึงก็คือ ฮิเดะโยะชิเคยพยายามจ้างเรือรบโปรตุเกสเข้าร่วมรบด้วยแต่กลับประสบความล้มเหลว
23 พฤษภาคม ค.ศ. 1592 (1592) กองพลที่หนึ่งจำนวน 7,000นาย นำโดยโคนิชิ ยูกินะงะ
ออกเดินทางจากทสึชิมะในเวลาเช้า ถึงปูซานในเวลาเย็น
หน่วยสืบราชการลับกองทัพเรือโชซ็อนตรวจพบกองเรือเกาหลีได้ แต่ วอน กยูนผู้บัญชาการทหารเรือฝ่ายขวาแห่งกยองแซงกลับเข้าใจว่าเป็นเพียงกองเรือสินค้าเดินทางมาค้าขาย
ในเวลาต่อมา มีรายงานถึงจำนวนเรือรบญี่ปุ่น 100 ลำ ทำให้วอน กยูนเริ่มสงสัยแต่เขากลับไม่มีการตอบสนองใด ๆ
โช โยชิโตชิขึ้นบกบนชายฝั่งของเมืองปูซาน เรียกร้องให้เกาหลีเปิดทางสู่จีนอย่างปลอดภัย แต่ถูกปฏิเสธ เขาจึงนำทัพเข้ายึดเมืองปูซานในเช้าวันถัดมา
ขณะเดียวกัน ยูกินะงะนำทัพตีเมืองดาแดจินที่อยู่ใกล้เคียง
ตามบันทึกของฝั่งญี่ปุ่นอ้างว่าฝ่ายเกาหลีนั้นถูกสังหารตายหมด แต่ตัวเลขในบันทึกหลาย ๆ ฉบับกลับไม่ตรงกัน บ้างก็ว่า 8,500 ศพ บ้างก็ว่า 30,000 หัว
ในขณะที่ทางเกาหลีก็อ้างว่าฝั่งญี่ปุ่นก็สูญเสียทหารไปเยอะเช่นกัน
เช้าวันที่ 25 พฤษภาคม กองพลที่หนึ่งเดินทางถึงป้อมโตงแลย
การสู้รบดำเนินไปถึงสิบสองชั่วโมง มีทหารเสียชีวิตไป 3,000 ศพ ก่อนที่ญี่ปุ่นจะได้รับชัยชนะ
ที่นี่เป็นที่มาของอีกตำนานอันน่าประทับใจของเกาหลีเกี่ยวกับซอง แซงฮย็อน เจ้าเมืองโตงแลย ที่ตอบข้อเรียกร้องให้เปิดทางให้กองทัพญี่ปุ่นเคลื่อนพลผ่านไปอย่างปลอดภัยของยูกินะงะไปว่า "ให้ข้าตายยังง่ายกว่าให้เจ้าผ่าน"
ถึงแม้ว่าเมื่อทหารญี่ปุ่นบุกเข้าใกล้ศูนย์บัญชาการของเขาได้แล้ว เขาก็ยังคงนั่งอยู่บนเก้าอี้อย่างสงบ
เมื่อทหารญี่ปุ่นเข้าถึงตัวเขาและตัดแขนขวาที่เขาถือเครื่องมือสั่งการ เขาก็หยิบเครื่องมือสั่งการขึ้นมาใหม่ด้วยมือซ้าย และเมื่อเขาถูกตัดมือซ้าย เขาก็หยิบมันขึ้นมาใหม่ด้วยปาก และถูกฆ่าตายในคราวนี้เอง
ญี่ปุ่นประทับใจในความองอาจของเขา จึงประกอบพิธีศพให้อย่างสมเกียรติ
กองพลที่สองของคะโต คิโยะมะซะยกพลขึ้นบกที่ปูซานในวันที่ 27 พฤษภาคม และกองพลที่สามของคุโรดะ นะกะมะสะขึ้นบกที่ฝั่งตะวันตกของนักโดงในถัดมา
กองพลที่สองยึดเมืองตองโดที่ถูกทิ้งร้างได้ในวันที่ 28 พฤษภาคม และยึดเมืองกยองจูได้ในวันที่ 30
กองพลที่สาม นับแต่ยกพลขึ้นบกได้ ก็เข้าโจมตีปราสาทกีมแฮที่อยู่ใกล้ ๆ ได้ด้วยการระดมยิงด้วยปืนในขณะที่ถมพื้นเนินขึ้นกำแพงด้วยกองซากศพจนกระทั่งปราสาทแตก
ในวันที่ 3 มิถุนายน กองพลที่สามสามารถยึดเมืองอันซาน, ชางนยอง, ฮย็อนพุง และซองจูได้
ในขณะเดียวกันกองพลที่หนึ่งของยูกินะกะสามารถผ่านป้อมภูเขาหยางซานได้ในคืนที่ได้ชัยจากยุทธการตีป้อมโตงแลย โดนปราศจากการปะทะเนื่องจากฝ่ายเกาหลีหนีจากไปก่อนด้วยการยิงขู่ของหน่วยลาดตระเวน
และยึกปราสาทไมรยางได้ในวันที่ 26 พฤษภาคม
กองพลที่หนึ่งรักษาป้อมโชงโดเอาไว้วันสองวันและทำลายเมืองแดกู
จากนั้นจึงข้ามผ่านแม่น้ำนากโตง และหยุดทัพที่ภูเขาโซนซันในวันที่ 3 มิถุนายน
ทันที่ที่ได้รับข่าว รัฐบาลโชซ็อนจึงแต่งตั้งนายพลลี อีให้เป็นผู้บัญชาการกองพลลาดตระเวนชายแดนตามนโยบายที่ได้วางกันไว้ก่อนนี้
นายพลลีจึงได้เคลื่อนทัพไปยังมยองยอง ที่อยู่ใกล้ช่องทางโชรยอง อันเป็นจุดยุทธศาสตร์สำคัญในการสนธิกำลังพล และเคลื่อนพลลงไปทางใต้ต่อไป เพื่อรวมกำลังพลอีกที่เมืองแดกู
จากนั้น นายพลลีจึงได้เคลื่อนพลกลับไปที่เมืองแซงจู โดยทิ้งกำลังพลที่รอดชีวิตมาจากยุทธการตีป้อมโตงแลย เอาไว้ให้เป็นกองระวังหลังให้กองกำลังที่โชรยอง
25 เมษายน
นายพลลีวางกำลังทหารน้อยกว่า 1,000 นายบนเนินเขาสองลูกเพื่อเผชิญหน้ากับกองพลที่หนึ่งของญี่ปุ่น
โดยสันนิษฐานว่าควันไฟที่พบเห็นนั้น มาจากการเผาไหม้ของอาคารที่ถูกกองทหารญี่ปุ่นที่อยู่ใกล้ที่สุดทำลาย
ดังนั้นเขาจึงส่งทหารม้าหนึ่งนายเพื่อการลาดตระเวนหาข่าว แต่เมื่อทหารนายเดินทางเข้าใกล้สะพาน นั้นกลับถูกทหารญี่ปุ่นที่ซุ่มอยู่ใต้สะพานโจมตีด้วยปืนคาบศิลา ก่อนที่จะถูกตัดหัวไป
การกระทำของญี่ปุ่นนี้ ส่งผลให้ทหารเกาหลีเสียขวัญอย่างรุนแรง
กองพลญี่ปุ่นเข้าโจมตีด้วยการแบ่งกำลังเป็นสามส่วน และเข้าตีทั้งตรงหน้าและสองปีก
การรบนี้จบลงด้วยการถอยร่นของนายพลลี มีทหารเกาหลีบาดเจ็บ 700 นาย
แต่แรกเริ่ม นายพลลีวางแผนจะใช้ทางผ่านโชรยองซึ่งเป็นช่องทางเดียวใน เพื่อที่จะหยุดกองทัพญี่ปุ่นเอาไว้
อย่างไรก็ตาม นายพลซิน ลีบ แม่ทัพอีกนายที่ได้รับคำสั่งจากราชสำนักนำกองพลทหารม้า 8,000 นาย เดินทางมาถึงป้อมซุงจู อันตั้งอยู่เหนือช่องทางโชรยอง
นั้น กลับมีความเห็นที่แตกต่าง โดยเขาคิดจะใช้กองพลทหารม้าของเขาในการรบกับญี่ปุ่นบนทุ่งโล่ง และเขาก็วางกำลังไว้ที่
ด้วยความที่นายพลซินเกรงว่าทหารม้าของเขาอันเป็นทหารที่เพิ่งจะเกณฑ์มาใหม่จะหนีไปจากสนามรบอย่างง่ายดาย
เขาจึงวางกำลังไว้ที่สามเหลี่ยมแม่น้ำ อันเป็นพื้นที่ที่เกิดจากการบรรจบกันเป็นรูปตัววาย (Y) ของ กับ
แต่ทว่าพื้นที่ตรงนั้นกลับเป็นพื้นที่อันเต็มไปด้วยทุ่งนาอันอุดมไปด้วยรวงข้าว ไม่เหมาะสมต่อการเคลื่อนไหวของทหารม้า
5 มิถุนายน กองพลที่หนึ่ง 18,000 นายของยูกินะงะ
เดินทางออกจากแซงจูมาถึงป้อมมุงกยองในเวลากลางคืน
และเดินทางต่อในวันถัดมาจนถึงแทงกุมแด อันเป็นที่ที่เกาหลีตั้งทัพรออยู่ในเวลาบ่าย
เมื่อการยุทธเริ่มขึ้น ฝ่ายญี่ปุ่นได้แบ่งกำลังออกเป็นสามส่วนเป็นรูปทัพปีกกา และให้ปืนคาบศิลาในการต่อสู้
ฝ่ายเกาหลียิงธนูใส่ญี่ปุ่นแต่ทว่ายิงไม่ถึง
นายพลซินพยายามส่งทหารม้าบุกเข้าประชิดถึงสองครั้งแต่ล้มเหลวในยุทธวิธี
สุดท้าย เมื่อนายพลซินเห็นว่าไม่มีทางรอด จึงกระทำอัตวินิบาตกรรมในแม่น้ำ ฝ่ายทหารเกาหลีที่พยายามหนีนั้น บ้างก็จมน้ำตาย บ้างก็ถูกทหารญี่ปุ่นกุดหัว
กองพลที่สองนำโดยคาโต้ คิโยมะสะเดินทางตามมาถึงซุงจู ตามด้วยกองพลที่สามของคุโรดะ นะกะมะสะที่เดินทางตามมาติด ๆ
ที่นั่นเอง คาโตแสดงอาการโกรธที่โคนิชิไม่ยอมรอเขาทีปูซานตามแผน และพยายามจะอ้างเอาความชอบในเกียรติยศทั้งหมดไว้ที่ตนผู้เดียว
ดังนั้น นะเบะชิมะ นะโอะชิเกะจึงยื่นข้อเสนอให้แบ่งกำลังพลออกเป็นสองกองพล เดินทางสู่กรุงฮันโซง (เมืองหลวงของโชซ็อน ซึ่งปัจจุบันก็คือโซล) เป็นสองสาย
โดยให้คาโตเป็นคนเลือกเส้นทางก่อน
ทั้งสองกองพลเริ่มแข่งกันเข้ายึดฮันโซงในวันที่ 8 มิถุนายน
โดยคาโต้เลือกที่จะข้ามแม่น้ำฮัน ซึ่งมีระยะทางสั้นกว่า ส่วนโคนิชิต้องนำทัพขึ้นไปทางต้นน้ำซึ่งมีความกว้างแม่น้ำน้อยกว่า และข้ามได้ง่ายกว่า
ทัพที่หนึ่งของโคนิชิสามารถไปถึงกรุงฮันโซงได้ก่อนในวันที่ 10 ในขณะที่ทัพที่สองคาโต้ข้ามแม่น้ำไม่ได้เพราะไม่มีเรือ
อย่างไรก็ตาม พระราชวังนั้นไม่มีการป้องกันใด ๆ ยกเว้นประตูที่ถูกลั่นกุญแจเอาไว้อย่างแน่นหนา
ส่วนตัวพระเจ้าซอนโจนั้น ได้เสด็จแปรพระราชฐานหนีไปหนึ่งวันก่อนหน้าแล้ว
ฝ่ายญี่ปุ่นจึงพังประตูระบายน้ำของกำแพง ๆ หนึ่งเข้าไปในตัวเมือง และเปิดประตูวังจากด้านใน
กองพลที่สองของคาโต้นั้นเดินทางมาถึงในวันถัดมาได้ ด้วยการใช้เส้นทางเดียวกับกองพลที่หนึ่ง
ส่วนกองพลที่สามและสี่เดินทางมาถึงในวันถัดมา
ในขณะที่กองพลที่ห้า, หก, เจ็ด และแปดยกพลขึ้นบกที่ปูซาน คงไว้เพียงกองพลที่เก้าเป็นกำลังสำรองที่เกาะอิคิ
ภายในเมืองฮันโซงนั้น บางส่วนได้ถูกปล้นสะดม, เผาทำลาย (เช่นเอกสารสัญญาทาสและอาวุธ) และทิ้งร้างโดยชาวเมืองฮันโซงเอง
นายพล คิม มยองวอน ผู้บัญชาการกองกำลังป้องกันแม่น้ำฮันถอนกำลังออกไปก่อนแล้ว
ข้าราชบริพารของพระเจ้าซอนโจสัตว์ไปจากปศุสัตว์หลวงและหนีไปก่อนหน้าพระองค์ ปล่อยให้พระองค์ต้องหาอาหารจากคอกสัตว์ของประชาชน
ในทุก ๆ หมู่บ้านที่ขบวนเสด็จเดินทางไปถึง ชาวบ้านก็ออกมาตั้งแถวเรียงรายตามข้างทาง ต่อว่าพระองค์ที่ละทิ้งหน้าที่ในการปกป้องชาวประชาแลขอบขัณฑสีมา และปฏิเสธที่จะถวายความเคารพต่อประองค์
บางส่วนของชายฝั่งทิศใต้ของถูกเผาทิ้ง เพื่อป้องกันมิให้ญี่ปุ่นใช้เป็นวัสดุในการต่อแพข้ามแม่น้ำมา และนายพลคิม มยองวอนวางกำลังทหาร 12,000 นาย ประจำการรักษาฝั่งเอาไว้ห้าจุด
ในขณะที่กองพลที่หนึ่งหยุดทัพในกรุงฮันโซง กองพลที่สองก็รุดขึ้นเหนือ โดยระหว่างการเดินทัพก็ต้องหยุดทัพที่แม่น้ำรีมจีนอยู่สองสัปดาห์
ทางญี่ปุ่นยังคงส่งสารไปทางเกาหลียืนกรานขอให้เปิดทางไปสู่จีนแต่โดนดี แต่ก็ถูกปฏิเสธเช่นเดิม
ดังนั้นแม่ทัพฝั่งญี่ปุ่นจึงตัดสินใจร่อนถอยกำลังหลักลงมาปลงทัพในป้อมปาจู แต่เกาหลีเข้าใจว่าข้าศึกถอยหนีจึงยกกำลังข้ามแม่น้ำลงใต้เข้าโจมตีกำลังส่วนที่เหลือของญี่ปุ่นในยามรุ่งอรุณ
แต่ทว่ากำลังหลักของญี่ปุ่นเองก็เข้าตีโต้ ล่าสังหารกองกำลังที่ข้ามแม่น้ำมา และถูกโดดเดี่ยว หลังพิงแม่น้ำ
เรือที่ฝั่งเกาหลีใช้ข้ามแม่น้ำมาถูกญี่ปุ่นยึดเอาไว้ใช้ข้ามแม่น้ำ
แม่ทัพคิม มยองวอนตัดสินใจล่าถอยกลับไปที่ป้อมแกซอง
คิม มยองวอนสามารถรักษาปราสาทแกซองได้เพียงระยะสั้น ๆ เท่านั้น ก่อนที่เขาจะถอยหนีไปเปียงยาง
จากนั้น กองทัพญี่ปุ่นจึงตกลงแบ่งทัพไปทำหน้าที่กันไปทำเพื่อบรรลุวัตถุประสงค์ทางทหารดังนี้
กองพลที่หนึ่งของโคนิชิ กินะกะเดินทางขึ้นไปทางเหนือมุ่งหน้าไปยังเมืองเปียงยางตามเป้าหมายที่ได้รับมา และระหว่างทางก็เข้ายึดเมืองปยองซาน, โซฮุง, ปุงซาน, ฮวางจู และชุงฮวา เอาไว้ได้
และกองพลที่หนึ่งก็พบแล้วรวมพลกับกองพลที่สามของคุโรดะ นะกะมะสะที่ชุงฮวา
หลังจากสนธิกำลังกันแล้ว กองพลทั้งสองก็รุกคืบต่อไปยังเปียงยางที่ตั้งอยู่หลังแม่น้ำแทดง
ที่เปียงยาง ฝ่ายโชซ็อนวางกำลังทหาร 10,000 นาย เพื่อรับมือกับทหารญี่ปุ่นที่มีกำลังมากกว่าสามเท่า และมีนายทหารหลายนายอยู่บัญชาการทัพ รวมถึงนายพลลี อี และนายพล คิม มยองวอน
โดยแผนการเตรียมตัวของฝั่งโชซ็อนคือการทำลายเรือที่ญี่ปุ่นอาจจะนำมาใช้ข้ามแม่น้ำได้
กลางคืนของวันที่ 22 กรกฎาคม ค.ศ. 1592 ฝ่ายเกาหลีลอบข้ามแม่น้ำไปอย่างเงียบ ๆ และเข้าโจมตีค่ายญี่ปุ่นอย่างฉับพลัน
แต่ทว่านั่นเป็นการทำให้กองทัพญี่ปุ่นที่เหลือเข้าตีตัดกลาง ขวางกองหนุนของเกาหลีที่เหลือไม่ให้ข้ามแม่น้ำมาได้
ทหารเกาหลีที่เหลือจึงพยายามหลบหนีกลับเปียงยาง และฝ่ายญี่ปุ่นก็ไม่ติดตามล่าสังหาร เพื่อดูช่องทางการหลบหนีข้ามแม่น้ำของเกาหลี
ในวันรุ่งขึ้น ทหารญี่ปุ่นซึ่งทราบวิธีข้ามแม่น้ำจากทหารเกาหลีในการรบคืนก่อน จึงทยอยส่งกำลังข้ามแม่น้ำ ในจุดที่ตื้นเขินอย่างเป็นระเบียบ
ส่วนกองทัพเกาหลีนั้น หลบหนีทิ้งเมืองไปในคืนที่ทหารญี่ปุ่นข้ามแม่น้ำมาได้
ดังนั้น กองพลที่หนึ่งและสามจึงสามารถเข้าเมืองเปียงยางที่ถูกทิ้งร้างได้ในวันที่ 24 กรกฎาคม
กองพลที่สี่ ภายใต้การบังคับบัญชาของโมริ โยชินะริ เคลื่อนพลไปทางทิศตะวันออกของกรุงฮัมโซงในเดือนกรกฎาคม เข้ายึดป้อมปราการต่าง ๆ ริมชายฝั่งทะเลตะวันออก ตั้งแต่อานปยอนถึงซามโชก
จากนั้นจึงได้เดินทัพย้อนกลับมาทางตะวันตกเพื่อยึดเมืองโจงโซน,ยองวอลและ ปยองชาง ก่อนที่จะหยุดทัพที่วอนจู ซึ่งเป็นเมืองหลวงของมณฑล
ที่วอนจู โมริจัดตั้งหน่วยงานบริหารพลเรือน, จัดการระบบสังคมให้เป็นไปตามอย่างญี่ปุ่น และทำการสำรวจพื้นที่
ชิมะทสึ โยชิฮิโระ หนึ่งในนายทัพในกองพลที่สี่เดินทางมาถึงวอนจูล่าช้าเนื่องจากการปราบกบฏ และสิ้นสุดภารกิจด้วยการรักษาเมืองชูนชอน
คะโต้ คิโยมะสะนำกองพลที่สอง กำลังมากกว่า 20,000 นายข้ามคาบสมุครไปยัง โดยใช้เวลาสิบวันในการกวาดเมืองชายฝั่งตะวันออกขึ้นเหนือ บรรดาปราสาทที่ถูกยึดได้นั้น คือปราสาทหนึ่ง ซึ่งเป็นเมืองหลวงของฮัมกยองที่ถูกยึดได้และถูกใช้เป็นศูนย์กลางกลายจัดการพลเรือน
กองกำลังที่เหลือ 10,000 นายยังคงเดินทัพขึ้นเหนือ และเข้าปะทะกับกองทัพส่วนเหนือและใต้แห่งฮัมยองในวันที่ 24 เมษายนที่ซงจิน (ปัจจุบันคือ ถายใต้การนำทัพของลี ยง
กองทหารม้าเกาหลีใช้ประโยชน์จากพื้นที่ทุ่งราบเปิดผลักดันกองทัพญี่ปุ่นให้ถอยร่นไปจนถึงโรงเก็บเมล็ดพันธุ์
จากนั้น กองทัพญี่ปุ่นก็ตั้งแนวรับบริเวณกองข้าวสาลี และสามารถผลัดดันกองกำลังเกาหลีให้ล่าถอยกลับไปด้วยปืนคาบศิลาได้สำเร็จ
ในคำคืนนั้น คะโต้ คิโยมะสะซุ่มกำลังเอาไว้ ในขณะที่เกาหลีรวมกำลังเพื่อเข้าโจมตีระลอกใหม่
ซึ่งนั่นทำให้กองกำลังเกาหลีถูกล้อมเอาไว้ทุกด้าน ยกเว้นทางที่มุ่งไปยังหนองน้ำ
กองกำลังเกาหลีมุ่งไปยังหนองน้ำนั้น โดยมิได้เฉลียวใจเลยว่านี่เป็นกับดักของญี่ปุ่น และติดอยู่ในหนองน้ำนั้นเอง
ทหารเกาหลีที่หนีรอดไปได้ ได้แจ้งเตือนไปยังค่ายทัพอื่น ๆ ซึ่งนั่นทำให้ญี่ปุ่นสามารถยึดเมือง, และได้อย่างง่ายดาย จากนั้น กองพลที่สองเคลื่อนพลย้อนเข้าไปในคาบสมุทร มุ่งไปยัง ผ่านเมือง ที่ซึ่งมีเจ้าชายสองพระองค์ของเกาหลีซึ่งเสด็จลี้ภัยมาประทับอยู่ 30 เมษายน ค.ศ. 1592 กองพลที่สองสามารถเคลื่อนทัพเข้าเมืองโฮลอยง ได้ตัวเจ้าชายทั้งสองและยู ยงริบ ผู้ว่าการมณฑลได้ ผู้ซึ่งถูกจับโดยชาวเมืองนั่นเอง
จากนั้นไม่นาน กลุ่มทหารญี่ปุ่นกลุ่มหนึ่งก็นำหัวนายพลเกาหลีไม่ทราบนามพร้อมทั้งนายพล ฮาน กูกฮามมาส่ง
จากนั้น คาโต้ คิโยมะสะตัดสินใจโจมตีปราสาทของที่ตั้งอยู่ฝั่งตรงข้ามของ (ถูเหมินในภาษาจีน) ในแมนจูเรีย เพื่อทดสอบความสามารถของกำลังพลของเรา ในการรบกับ"พวกคนเถื่อน"ที่ชาวเกาหลีเรียกกัน ในการรบครั้งนี้ มีทหารเกาหลี 3,000นายเข้าร่วมกับกองกำลังญี่ปุ่น 8,000 นาย เนื่องจากแต่เดิมพวกหนู่เจิ้นมักจะเข้าปล้นสะดมชายแดนอยู่เนือง ๆ
ไม่นานนักหลังจากที่ยึดปราสาทได้ กองกำลังญี่ปุ่นตั้งค่ายอยู่บริเวณนั้น ในขณะที่กองกำลังเกาหลีเดินทางกลับบ้าน กองทัพหนู่เจิ้นก็เข้าตีตอบโต้
แทนที่คิโยมะสะจะตอบโต้ เขากลับเลือกที่จะร่นถอยกลับมาเพื่อหลีกเลี่ยงการสูญเสียที่ใหญ่หลวง
ด้วยเหตุนี้ หัวหน้าหนู่เจิ้นจึงยื่นข้อเสนอที่จะลอบสังหารญี่ปุ่นไปยังโซซอนและหมิงเนื่องจากการโจมตีของญี่ปุ่นเป็นสาเหตุหลัก และเนื่องจากบรรพบุรุษของหนู่เจิ้นเองก็มีเชื้อสายเกาหลี อย่างไรก็ตามทั้งโซซอนและหมิงต่างก็ปฏิเสธข้อเสนอนี้ โดยเฉพาะโซซอนที่ระบุว่าการยอมรับข้อตกลงลอบสังหารจากคนเถื่อนนั้น เป็นการ"เสื่อมเสียเกียรติ"
กองพลที่สองเคลื่อนพลไปยังทิศตะวันออก ยึดป้อม , , , และสุดท้ายก็ถึง ที่ตั้งอยู่ปากแม่น้ำตูมาน
ที่นั่น กองพลญี่ปุ่นตั้งทัพพักผ่อนริมชายหาด นั่งชมเกาะภูเขาไฟ ณ เส้นขอบฟ้าที่พวกเขาเข้าใจว่าคือภูเขาไฟฟูจิ
หลังการท่องเที่ยวพักผ่อน ญี่ปุ่นก็เริ่มนำเนินการตามแผนที่ตั้งไว้ในการเข้าปกครองดูแลมณฑล โดยยังยอมให้บางค่ายทหารเกาหลีมีนายทหารเกาหลีดูแลต่อไป
หลังการยึดเปียงยางได้ ญี่ปุ่นก็วางแผนที่จะข้ามเข้าไปสู่ดินแดนของหนี่เจิน โดยอาศัยการลำเลียงเสบียงตามทางน้ำฝั่งตะวันตก
อย่างไรก็ตาม อี ซุน-ชินผู้บัญชาการทหารเรือฝ่ายซ้านแห่ง ซึ่งมีพื้นที่ปฏิบัติการครอบคลุมพื้นน้ำฝั่งตะวันตกทั้งหมด ประสบความสำเร็จในการตัดเส้นทางลำเลียงเสบียงทางน้ำ ทำลายเรือขนส่งและเรือลำเลียงเสบียงเสบียงของญี่ปุ่นลงได้
ดังนั้นทางญี่ปุ่นที่ไม่มีกำลังและยุทธปัจจัยเพียงพอต่อการดำเนินการทางยุทธวิธี จึงได้เปลี่ยนเป้าหมายทางยุทธศาตร์มาเป็นการครอบครองเกาหลีแทน
ณ เวลาที่กองทัพญี่ปุ่นยกพลขึ้นบกที่ปูซาน ปาร์ค ฮอง ผู้บัญชาการทหารเรือฝ่ายซ้ายแห่งกยองซานสั่งให้ทำลายเรือ, ฐานทัพเรือ แลอาวุธยุทธปัจจัยในความรับผิดชอบของเขาทิ้งและหนี
วอน กยูน ผู้บัญชาการทหารเรือฝ่ายซ้ายเองก็ละทิ้งและทำลายฐานทัพของตัวเองและหนีไปคอนยางด้วยเรือเพียงสี่ลำ
ด้วยเหตุนี้เอง การดำเนินกิจกรรมทางทะเลของฝ่ายเกาหลีรอบ ๆ กยองซานจึงไม่มี
ส่วนกองเรือเกาหลีอีกสองกองเรือจากทั้งหมดสี่กองเรือ ก็มีพื้นที่ปฏิบัติการอยู่ในน่านน้ำฝั่งตะวันออก
ต่อมา นายพลวอนส่งสารถึงนายพลลี แจ้งว่าเขาหนีทหารญี่ปุ่นไปคอนยางเนื่องด้วยกำลังทางฝ่ายญี่ปุ่นมีมากกว่า
พลนำสารที่แม่ทัพลีส่งไปยังเกาะเพื่อแจ้งให้เตรียมตัวเข้าสู่สงครามกลับพบเห็นเพียงเมืองที่ถูกปล้นสะดมและทิ้งร้างโดยชาวเมืองเอง
เนื่องจากมีทหารหนีทัพไปอย่างลับ ๆ นายพลลีจึงออกคำสั่งให้"จับทหารหนีทัพ" แต่ก็จับกลับมาได้เพียงสองนาย และถูกลงโทษให้ตัดหัวเสียบประจาน
ปฏิบัติการทางทะเลของแม่ทัพลีนี้ ส่งผลกระทบอย่างใหญ่หลวงต่อสงคราม และสร้างแรงกดดันอย่างยิ่งต่อเส้นทางลำเลียงของญี่ปุ่น
แม่ทัพลีเชื่อถือในข่าวสารที่ได้จากชาวประมงในพื้นที่และเรือเล็กตรวจการณ์ที่ทำหน้าที่เป็นสายข่าวสอดส่องความเคลื่อนไหวของข้าศึกให้
รุ่งอรุณวันที่ 13 มิถุนายน ค.ศ. 1592 แม่ทัพลี พร้อมด้วยแม่ทัพเรือ ลี โอ๊กกี ถอนสมอนำเรือ (เรือรบหลักของเกาหลี) 24 ลำ, เรือรบขนาดเล็ก 15 ลำ และ เรือพาย 46 ลำ (เช่นเรือหาปลา) และได้เดินเรือถึงน่านน้ำในยามเย็น
วันรุ่งขึ้น กองเรือจอนลาออกเดินเรือต่อมุ่งหน้าไปยังพื้นที่ที่ได้จัดไว้ เพื่อที่จะสนธิกำลังกับกองเรือของแม่ทัพวอน กยูน และกองเรือทั้งสองพบกันในวันที่ 15
จากนั้นกองเรือที่ถูกเพิ่มเข้ามาจากการสนธิกำลังจำนวน 91 ลำ เริ่มปฏิบัติการลาดตระเวนรอบ เดินทางผ่านเกาะกาโด๊ก, แต่หมู่เรือลาดตระเวนล่อเรือรบญี่ปุ่นให้ออกมาได้ 50 ลำที่อ่าว
การปรากฏตัวของกองเรือเกาหลี ทำให้ทหารญี่ปุ่นบางส่วนที่กำลังสาละวนอยู่กับการปล้นสะดมรีบหนีกลับขึ้นเรือ ในขณะที่บางส่วนหลบหนี
ดังนั้น กองเรือเกาหลีจึงเข้าโอบล้อมกองเรือญี่ปุ่นไว้ และเริ่มการระดมยิงสังหารด้วยปืนใหญ่
ในคืนนั้น กองเรือเกาหลียังตรวจพบเรือญี่ปุ่นที่หลงเหลือ 5 ลำ แต่สามารถจมได้เพียง 4 ลำ
ในวันถัดมา กองเรือเกาหลีเข้าปะทะกับเรือญี่ปุ่นอีก 13 ลำที่โจ๊กจินโป ตามที่สายรายงาน
ด้วยยุทธวิธีเดียวกับที่โอ๊กโป เรือญี่ปุ่นถูกทำลาย 11 ลำ
เป็นการปิดฉากยุทธนาวีแห่งโอ๊กโปโดยที่ฝ่ายเกาหลีไม่เสียเรือรบเลยแม้แต่ลำเดียว
ประมาณ 3 สัปดาห์ลังยุทธนาวีแห่งโอ๊กโป แม่ทัพลี และแม่ทัพวอนเดินเรือ 26ลำ (23 ลำภายใต้การบังคับบัญชาของแม่ทัพลี) เดินทางผ่านอ่าวเนื่องจากได้รับข่าวการปรากฏตัวของกองทัพญี่ปุ่น การเดินทางครั้งนี้ ลีซุนชินโดยสารมากับเรือประมงที่ได้รับการปรับปรุงให้เป็นเรือรบรุ่นใหม่ เรือเต่า
เรือเต่านี้ มีลักษณะพื้นฐานของเรือพานโอ๊กซอนที่ย้ายเอาแท่นบัญชาการรบออกไป ปรับชั้นบนของกราบทั้งสองข้างให้โค้งมน และเพิ่มหลังคามุงเหล็กแหลม (และแผ่นเหล็กมุงหลังคารูปแปดเหลี่ยมที่ยังถกเถียงกันอยู่ว่ามีจริงหรือไม่?) กำแพงกราบเรือมีการเจาะช่องปืนใหญ่เอาไว้ 36ช่อง และที่ด้านบนของแนวปืนใหญ่มีช่องสำหรับให้พลประจำเรือสามารถสังเกตการณ์และยิงอาวุธประจำกายได้ อีกทั้งเรือนี้ถูกออกแบบให้ยากต่อการบุกเข้ายึดเรือและยิงเข้ามาในตัวเรืออีกด้วย เรือเต่านี้ขับเคลื่อนด้วยใบเรือสองใบ และใบพาย 18เล่ม ใช้แรงงาน 80ฝีพาย กลายเป็นเรือที่เร็วที่สุดและมีความสามารถในการบังคับเลี้ยวดีที่สุดในเอเชียตะวันออกยุคนั้นเลยทีเดียว ในตลอดสงครามครั้งนี้ มีเรือเต่าเข้าประจำการไม่เกิน 6ลำ หน้าที่หลักของเรือก็คือการตัดแนวรบของข้าศึก, สร้างความพินาศแก่ข้าศึกด้วยอำนาจทำลายของปืนใหญ่ และทำลายเรือธงของข้าศึก
8 กรกฎาคม ค.ศ. 1592 กองเรือเกาหลีเดินทางมาถึงอ่าวซาซอน คลื่นทะเลพัดออกนอกอ่าวทำให้กองเรือไม่สมารถเข้าสู้ตัวอ่าวได้ ฝ่ายแม่ทัพญี่ปุ่นซึ่งตั้งกระโจมบัญชาการอยู่บนเนินหินสังเกตเห็นกองเรือเกาหลีล่าถอย (ซึ่งเป็นเพียงแผนลวงของแม่ทัพลี) จึงออกคำสั่งให้กองเรือญี่ปุ่น 12ลำเร่งเข้าโจมตีเกาหลี ฝ่ายเกาหลีจึงโต้ตอบโดยการวางเรือเต่าไว้ในแนวหน้าและประสบความสำเร็จในการจมเรือญี่ปุ่นทั้ง12ลำ ในยุทธนาวีครั้งนี้ อี ซุน-ชิน ถูกยิงเข้าที่หัวไหล่แต่รอดตาย
10 กรกฎาคม ค.ศ. 1592 กองเรือเกาหลีลาดตระเวนพบเรือญี่ปุ่น 21ลำ ทอดสมออยู่ที่อ่าวตางโพ และปล้นสะดมเมืองชายฝั่งกองเรือจึงเปิดฉากล่าทำลายฝ่ายญี่ปุ่นจนราบพานสูญ
แม่ทัพลี โอ๊กกี เข้าร่วมกับแม่ทัพ อี ซุน-ชิน และวอน กยูนในปฏิบัติการล่าทำลายข้าศึกในน่านน้ำกยองซาน และ 10 กรกฎาคม ค.ศ. 1592 แม่ทัพทั้งสามก็ได้รับข่าวทางทหารว่ากองเรือญี่ปุ่น รวมทั้งพวกที่หนีจากยุทธนาวีตางโพได้จอดเรือพักที่ตางฮางโพ เนื่องด้วยการเดินเรือผ่านอ่าวแคบ ๆ ฝ่ายเกาหลีตรวจการณ์พบเรือญี่ปุ่นทั้งหมด 26ลำ เรือเต่าถูกใช้ในการเจาะแรวรบข้าศึกและระดมยิงเรือธงในขณะที่เรืออื่นรั้งรออยู่หลังแนว แม่ทัพลีสั่งการให้กองเรือถอยลวงเพื่อเปิดโอกาสให้ญี่ปุ่นหลบหนีขึ้นบก จนเมื่อญี่ปุ่นหนีไปได้ไกลมากพอแล้วจึงเข้าโอบล้อมและใช้เรือเต่าระดมยิงเรือธงข้าศึกอีกครั้ง ทางฝ่ายญี่ปุ่นนั้นไม่สามารถตอบโต้ปืนใหญ่เกาหลีได้เลยและมีเพียงเรือรบญี่ปุ่นเพียง 1ลำเท่านั้นที่ฝ่าวงล้อมหลบหนีออกไปได้ แต่ก็ถูกเกาหลีจับและทำลายในเช้าวันถัดมา
15 กรกฎาคม กองเรือเกาหลีเดินเรือไปทางตะวันออก มุ่งหน้ากลับเกาะกาโด๊ก เข้าแทรกแซงและทำลายเรือรบญี่ปุ่นหลายลำที่เดินเรือออกจากอ่าวยูลโพ
เพื่อแก้ปัญหาความปราชัญทางทะเลอย่างต่อเนื่อง โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิจึงสั่งให้แม่ทัพสามนายคือ วะกิซะกะ ยะชุฮะรุ, คาโต้ โยชิอะกิ และคุคิ โยชิทะกะ ซึ่งอยู่ในระหว่างปฏิบัติการภาคพื้นดิน เข้ามารับหน้าที่ต่อต้านกองทัพเรือเกาหลี และแม่ทัพทั้งสามนี้คือผู้ที่รับผิดชอบกองทัพเรือญี่ปุ่นจากนี้ไปจนสิ้นสุดสงคราม แต่ในทางปฏิบัติแล้ว แม่ทัพทั้งสามเดินทางมาถึงปูซาน 9 วันก่อนที่คำสั่งของฮิเดะโยะชิจะถูกสั่งลงมาอย่างเป็นทางการเสียอีก และทำการจัดตั้งกองเรือเพื่อทำการรบทางทะเล แม่ทัพวะกิซะกะ ยุชุฮะระนั้นสามารถจัดกองเรือได้เสร็จเร็วกว่าเพื่อ และด้วยความกระหายในเกียรติยศ เขาจึงเริ่มปฏิบัติการทางทะเลก่อนโดยไม่รอคอยแม่ทัพอีกสองนาย
นั้นเป็นมณฑลเดียวในดินแดนเกาหลีที่ไม่เป็นเป้าโจมตีโดยปฏิบัติการทางทหารขนาดใหญ่ของญี่ปุ่นเลย อีกทั้งยังถูกใช้เป็นฐานปฏิบัติการของแม่ทัพเรือเกาหลีทั้งสาม และเป็นฐานปฏิบัติการเดียวของกองทัพเรือเกาหลีที่ยังคงสามารถออกปฏิบัติการได้ เพื่อลดผลกระทบจากการรุกรานทางบกของฝ่ายญี่ปุ่น แม่ทัพเรือทั้งสามเห็นพ้องว่าเป็นการดีที่สุดที่จะทำลายการสนับสนุนทางทะเลของฝ่ายญี่ปุ่นเพื่อลดขีดความสามารถของกองทหารทางบกของข้าศึก กองเรือผสมเกาหลีจำนวน 70ลำ ภายใต้การบังคับบัญชาร่วมของ อี ซุน-ชิน และ ลี โอ๊กกีกำลังจึงรับผิดชอบปฏิบัติการลาดตระเวนล่าทำลาย
13 สิงหาคม ค.ศ. 1592 กองเรือเกาหลีออกเดินเรือจากเกาะมิรุก ในตางโพและได้รับข่าวการมาของกองเรือขนาดใหญ่ของญี่ปุ่น เช้าวันถัดมา กองเรือเกาหลีตรวจพบกองเรือญี่ปุ่นจำนวน 82ลำ ทอดสมอบริเวณช่องแคบกยอนแนรยาง เนื่องจากความแคบของช่องแคบและอันตรายจากหินโสโครกใต้ทะเล อี ซุน-ชิน ส่งเรือ 6ลำ ล่อเรือรบญี่ปุ่น 63ลำ ออกมาสู่ทะเลกว้าง และกองเรือญี่ปุ่นก็ไล่ติดตามออกมา ที่นั่นเอง กองเรือเกาหลีภายใต้การบัญชาการโดบ อี ซุน-ชิน จัดทัพในลักษณะกึ่งวงกลม หรือที่เรียกว่า"กระบวนทัพปีกกา (Crane's wing formation)" เข้าโอบล้อมญี่ปุ่น เรือเต่าอย่างน้อยสามลำ (สองลำเพิ่งต่อเสร็จใหม่ ๆ ) ถูกใช้เป็นกองหน้าเข้าปะทะกับญี่ปุ่น ส่วนเรือรบเกาหลีกระหน่ำยิงปืนใหญ่เข้ากระทำต่อกระบวนเรือญี่ปุ่น มีเรือรบเกาหลีเพียงบางส่วนเท่านั้นที่ได้รับคำสั่งให้ปฏิบัติการได้โดยอิสระจากส่วนบัญชาการกลางในการทำลายเรือข้าศึก โดยให้ยุทธวิธีโจมตีจากระยะห่างเพื่อมิให้ฝ่ายญี่ปุ่นสามารถยกพลขึ้นเรือได้ แม่ทัพลียอมให้มีการเข้ารบระยะประชิดต่อเรือรบญี่ปุ่นที่ได้รับความเสียหายอย่างหนักแล้วเท่านั้น ยุทธนาวีครั้งนี้จบลงด้วยชัยชนะของเกาหลี สามารถจมเรือญี่ปุ่นได้ 47ลำ และยึดได้ 12ลำ แม่ทัพวะกิซะกะสามารถหนีไปได้โดยอาศัยความเร็วของเรือธงของเขาเมื่อข่าวการพ่ายแพ้ไปถึงหูฮิเดะโยะชิ เขาสั่งให้กองทัพญี่ปุ่นทั้งหมดยุติปฏิบัติการทางทะเลทั้งหมด
16 สิงหาคม ค.ศ. 1592 อี ซุน-ชิน นำกองเรือเกาหลีไปที่อ่าวอันโกลโพ ซึ่งเรือรบญี่ปุ่น 42ลำจอดเทียบท่าอยู่ แม่ทัพลีใช้ยุทธวิธีถอยลวงให้ญี่ปุ่นถอนสมอออกมาเข้ารบ แต่ญี่ปุ่นไม่เคลื่อนไหวใด ๆ ดังนั้นแม่ทัพลีจึงสั่งให้ระดมยิงทำลายญี่ปุ่นแทน เนื่องด้วยเกรงว่าญี่ปุ่นจะระบายความแค้นเอากับชาวเมืองในพื้นที่ แม่ทัพลีจึงสั่งให้ยุติการระดมยิงทำลายล้างเรือรบญี่ปุ่นที่เหลือน้อยนิด
นับแต่ช่วงต้นของสงคราม ชาวเกาหลีจัดต้องกองกำลังทหารอาสาเรียกว่า "กองทัพแห่งความชอบธรรม ( )"เพื่อต่อต้านการรุกรานของญี่ปุ่น การต่อสู้ของกองทหารอาสานี้มีขึ้นทั่วทุกถิ่นในเกาหลี และมีส่วนร่วมในการสู้รบ, สงครามกองโจร, การปิดล้อม, การขนส่งและก่อสร้างสิ่งจำเป็นในยามสงคราม
กองทหารอาสานี้แบ่งได้สามกลุ่มคือ
ในช่วงการรุกรานครั้งแรกนั้น เป็นเพียงมณฑลเดียวที่ไม่ได้รับความเสียหายจากข้าศึก ความเคลื่อนไหวของทหารอาสาเกาหลีนี้ มีส่วนช่วยให้ปฏิบัติการทางทะเลของแม่ทัพลีดำเนินไปด้วยดี โดยกดดันให้ทหารญี่ปุ่นเบนความสนใจไปที่พื้นที่อื่นมากกว่าที่จะโจมตีมณฑลจอนลาซึ่งเป็นฐานปฏิบัติการของกองทัพเรือเกาหลี
กวาก แจยูเป็นผู้นำกองกำลังที่มีชื่อเสียงที่สุดในบรรดากองกำลังทหารอาสาทั้งหมด อีกทั้งยังเป็นที่ยอมรับอย่างกว้างขวางด้วยว่าเขาคือคน ๆ แรกที่ตั้งกองกำลังต่อต้านข้าศึกชาวญี่ปุ่น เขาเป็นเจ้าของที่ดินในเมืองอีรยอง เมืองริมแม่น้ำนาม ในมณฑลกยองซาง เนื่องจากกองกำลังประจำการละทิ้งเมืองไปและข้าศึกก็กำลังใกล้เข้ามา กวากจึงได้รวบรวมชาวเมือง 50คน ตั้งเป็นกองกำลังขึ้นมา แต่ทว่ากองพลที่ 3ของญี่ปุ่นกลับเดินทัพจากไปซองจูตรง ๆ เมื่อกวากตัดสินใจใช้เสบียงทางการที่ถูกทิ้งเอาไว้เป็นเสบียงกองทัพตน เขาก็ถูกข้าหลวงการมณฑลกยองซาน คิม ซูตราหน้าว่าเป็นกบฏและถูกสั่งให้ยุบกองกำลัง เมื่อนายพลกวากส่งสารไปขอความช่วยเหลือจากผู้ครองที่อื่น ๆ และยื่นฎีกาไปถึงพระเจ้าซอนโจ คิมซูจึงส่งกองทหารเข้ากวาดล้างกองกำลังของกวากที่ตึงมือกับการต่อสู้กับญี่ปุ่นอยู่แล้ว อย่างไรก็ตาม ราชสำนักมีพระบรมราชานุญาตให้ตั้งกองกำลังทหารอาสาได้เนื่องจากราชสำนักนั้นไม่ได้อยู่ไกลจากมณฑลอีกทั้งรู้เรื่องราวกวาก แจยูเป็นอย่างดี จึงช่วยป้องกันปัญหาจากข้าหลวงมณฑลไปได้
กองพลที่หกภายใต้การบังคับบัญชาของโคบะยะกะวะ ทะกะคะเกะได้รับหน้าที่ยึดครองมณฑลจอนลา โดยเดินทางสู่ซองจูผ่านเส้นทางที่กองทัพญี่ปุ่นได้กรุยทางเอาไว้แล้ว และตัดสู่ในซึ่งกองพลที่หกใช้เป็นฐานปฏิบัติการหน้าในการเข้ายึดครองชุงโชง
อันโคะคุจิ เอไกอดีตพระนักรบที่ได้รับการอวยยศให้เป็นนายพลจากผลงานการเจรจาระหว่างโมริ เทรุโมโต กับ โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ ได้รับหน้าที่นำหน่วยรบของกองพลเข้ารุกมณฑลจอนลา หน่วยรบนี้เดินทางเข้าสู่อีรยองที่ และเดินทางถึงแม่น้ำนัม ที่นั่น อันโคะคุจิส่งคนลงไปปักไม้วัดระดับความลึกของแม่น้ำเพื่อที่กองทหารของเขาจะสามารถข้ามแม่น้ำไปได้ แต่ในคืนนั้นเอง กองทหารอาสาของเกาหลี้วัดระดับลอบเข้ามาย้ายไม้นั้นไปยังส่วนที่ลึกกว่าของแม่น้ำ และเมื่อกองทัพญี่ปุ่นทำการข้ามแม่น้ำ กวากแจยูซึ่งซุ่มกำลังอยู่ก็เข้าโจมตีสร้างความเสียหายให้แก่ฝ่ายญี่ปุ่นอย่างมาก สุดท้าย เพื่อที่จะรุกคืบเข้าสู่จอนลา กองกำลังของอันโคะคุจิต้องเดินทางขึ้นเหนือรอบ ๆ บริเวณที่ไม่ปลอดภัยและเฝ้าระวังป้องกันตัวเองด้วยการตั้งป้อมค่าย อย่างไรก็ตาม การทัพจอนลาก็มีอันต้องล้มเลิกเมื่อคิม มยองและกองโจรของเขาประสบความสำเร็จในการซุ่มโจมตีกองทหารของอันโคะคุจิจากที่ซ่อนบนผู้เขา
เมื่อกองทัพญี่ปุ่นยาตราถึงกรุงฮันซอง (โซลในปัจจุบัน) ลี กวาง ข้าหลวงมณฑลจอนลาพยายามจะหยั่งดูความเคลื่อนไหวของข้าศึกจึงส่งกำลังไปยังเมืองหลวง แต่เนื่องจากว่าญี่ปุ่นสามารถยึดเมืองหลวงได้ก่อน ลี กวางจึงตัดสินใจถอนทัพ อย่างไรก็ตาม ระหว่างทางเขาสามารถรวบรวมรี้พลจากพลเรือนอาสาเข้ามาร่วมทัพจนขนาดของกองทัพของเขามีถึง 50,000 นาย ลี กวางและผู้นำทหารอาสาต่างก็พิจารณาปรับแผนการยึดกรุงฮันซองคืนเสียใหม่และตัดสินใจใจยกทัพขึ้นเหนือไปตั้งมั่นที่ซึ่งตั้งอยู่ทางใต้ของกรุงฮันซองเป็นระยะทาง 42 กิโลเมตร 4 มิถุนายน ลี กวางส่งกองกำลัง 1,900 นายเข้าปฏิบัติการจู่โจมป้อมใกล้ ๆ ยองอิน ซึ่งมีทหารญี่ปุ่น 600 นายรักษาอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของ วะกิซะกะ ยะชุฮะรุ ซึ่งหลีกเลี่ยงการสู้รบกับฝ่ายเกาหลีแต่รอจนกำลังเสริมเดินทางมาถึงในวันถัดมา การตอบโต้ของกองหนุนฝ่ายี่ปุ่นบังคับให้ฝ่ายเกาหลีจำต้องล่าถอยกลับไป
ในขณะที่นายพลสร้างกำลังทหารอาสาของเขาในมณฑลกยองซาง โก กยอง-มยอง ในมณฑลจอนลาก็สร้างสร้างกองกำลังอาสา 6,000 นายขึ้นมาเช่นกัน โกพยายามสนธิกำลังของเขาเข้ากับกองทหารอาสาอื่น ๆ ในมณฑลชุงโชงแต่ในระหว่างการเดินทางข้ามพรมแดนมณฑลนั้นเขาได้ข่าวการโจมตีจุงโจ เมืองหลวงของมณฑลจอนลาโดยกองพลที่หกของโคบะยะคะวะ ทะกะคะเกะจากป้อมภูเขากืมซาน เขาจึงเดินทางกลับจอนลาเพื่อนำทหารเข้ารบที่กืมซานโดยมาแม่ทัพกวาก ยงเข้าร่วมด้วย วันที่ 10 มิถุนายนกองทหารอาสาเข้าปะทะกับทหารญี่ปุ่นที่พ่ายแพ้ในการรบที่ไอชิสองวันก่อนหน้านี้]
แผนการรุกรานมณฑลจอนลาของญี่ปุ่นถูกทำลายลงและถูกผลักดันให้ร่อนถอยโดนนายพลกวอน ยูลลที่เนินอิชิรยอง ซึ่งฝ่ายเกาหลีที่มีจำนวนน้อยกว่ามากกลับเป็นฝ่ายกุมชัย กวอน ยูลนรุกคืบไปทางเหนืออย่างรวดเร็ว เข้ายึดซูวอน ซวูง และไปถึงฮแยงจู ซึ่งเป็นที่ที่เขาหยุดทัพรอกำลังเสริมจากจีน หลังจากได้ข่าวกองกำลังเกาหลีถูกกวาดล้างที่บโยคจีกวอน ยูลนจึงตัดสินใจสร้างป้อมที่ฮแยงจู
หลังจากมีชัยที่บโยคจี กองทัพสามหมื่นของคาโตมีขวัญกำลังใจมากขึ้น จึงเคลื่อนทัพลงใต้ลงสู่ฮันซองเพื่อทำลายป้อมฮแยงจู ป้อมฮแยงจูเป็นป้อมภูเขาที่น่าทึ่งสามารถมองดูบริเวณโดยรอบได้อย่างทั่วถึง ณ ที่นั้นเอง กองพันเรือนพันของกวอน ยูลฝ่ายเกาหลีตั้งค่ายรอการมาของญี่ปุ่นอยู่ คาโตเชื่อมั่นว่ากองทัพที่มากกว่าเหลือคณาของเขาจักสามารถมีชัยเหนือเกาหลีได้จึงสั่งให้ทหารเคลือนพลเข้าตีตรง ๆ และแทบจะไม่มีแผนการอะไรเลย กวอน ยูลจึงตอบโต้ฝ่ายญี่ปุ่นด้วยอำนาจยิงที่รุนแรงด้วยการใช้ทั้งฮวาชา ทุ่มหิน ปืนพก แลเกาทัณฑ์ หลังการเข้าตีอย่างหนักถึงเก้าหน จนมีทหารบาดเจ็บล้มตายถึง 10,000 นาย คาโต้ตัดสินใจถอยทัพในที่สุด
ยุทธการฮแยงจูนับว่ามีความสำคัญต่อกองทัพเกาหลีมาก เนื่องจากเป็นการเรียกขวัญและกำลังใจทัพให้อย่างมหาศาล ทุกวันนี้ ชัยชนะในยุทธการนี้ได้รับการเฉลิมฉลองในฐานนะหนึ่งในสามการศึกที่ยิ่งใหญ่ของเกาหลีคือ ยุทธการฮแยงจู ยุทธการตีป้อมจีนจู (ค.ศ. 1593) และ ยุทธนาวีที่เกาะฮานซาน
ทุกวันนี้ ที่ป้อมฮแยงจู มีสิ่งก่อสร้างเพื่อรำลึกถึงกวอน ยูลอยู่
จีนจู (진주) เป็นปราสาทขนากใหญ่และเป็นจุดยุทธศาสตร์สำคัญในมณฑลจอนลา ฝ่ายญี่ปุ่นเองก็รู้ดีแก่ใจว่าการยึดจีนจูได้ย่อมหมายถึงการครอบครองจอนลาทั้งมณฑล ดังนั้น โฮโซกะวะ ทะดะโอกิจึงเคลื่อนทัพขนาดใหญ่มายังจีนจูอย่างคึกคัก ทางฝ่ายเกาหลีนั้นมี กีม ซีมีน หนึ่งในแม่ทัพชั้นเยี่ยมคนหนึ่งของเกาหลีนำทหาร 3,000 นายเพื่อการรักษาปราสาท ในช่วงเวลานั้นเอง กีมได้รับปืนคาบศิลาซึ่งมีอำนาจยิงเทียบเท่ากับฝ่ายญี่ปุ่น 200 กระบอกมากประจำการในกองทัพของเขา ด้วยการอาศัยอำนาจยิงของปืนคาบศิลา ปืนใหญ่และปืนครกนี้เอง ทำให้ฝ่ายเกาหลีสามารถผลักดันฝ่ายญี่ปุ่นให้ล่าถอยออกจากมณฑลจอนลาได้ในที่สุด โดยฝ่ายญี่ปุ่นเสียทหารไปมากกว่า 30,000 นาย ยุทธการนี้ได้รับการพิจารณาว่าเป็นชัยชนะอันยิ่งใหญ่ พิทักษ์มณฑลจอนลาจากญี่ปุ่นเอาไว้ได้
แต่เดิมทีพระเจ้าซอนโจมีพระราชสารร้องขอความช่วยเหลือไปยังจักรพรรดิว่านลี่ แต่กองทัพ 5,000 นายของพระจักรพรรดินั้นไม่สามารถรับมือญี่ปุ่นได้ ดังนั้น พระจักรพรรดิจึงทรงส่งกองทัพขนาดใหญ่ภายใต้การบังคับบัญชาของสองนายพลคือซ่ง หยิงชาง และ หลี่ หรูซุ้ง ซึ่งมีเชื้อสายของเกาหลี/หนู่เจิน กองทัพที่ถูกส่งมาจากจีนมีกำลังพลถึง 100,000 นาย ประกอบด้วยทหารจากห้าตำบลทหารตอนเหนือของจีน 42,000 นาย และกลุ่มทหารจากทางตอนใต้ที่มีความเชี่ยวชาญการใช้อาวุธยิง 3,000 นาย
มกราคม ค.ศ. 1592 กองทัพจีนเคลื่อนพลออกจากจีนและสนธิกำลังกับกองทหารเกลหลีนอกเปียงยาง พระเจ้าซอนโจมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมแต่งตั้งให้ หลี่ หรู้ซุ้งเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุดแห่งกองทัพเกาหลี หลี่ หรู้ซุ้งสามารถนำกองทัพผสมเอาชนะข้าศึกในยุทธการตีเปียงยางอันนองเลือด และผลักดันกองทัพญี่ปุ่นไปทางตะวันออกได้ เนื่องด้วยความมั่นใจเกินไปจากการเอาชนะญี่ปุ่นได้ทำให้หลี่ หรู้ซุ้งนำกองทหารองครักษ์ 5,000 นายและทหารเกาหลีอาสากลุ่มเล็กไล่ตามกองทัพญี่ปุ่นไปโดยพลการ อันเป็นเหตุเขาถูกทหาร 40,000 นายลอบซุ่มโจมตี หลี่ หรูซุ้งสามารถฝ่าวงล้อมออกมาได้เมื่อกำลังหนุน 5,000 นายเดินทางมาช่วยเหลือ และฝ่ายญี่ปุ่นก็ถอยออกนอกเขตเปียงยางอย่างเป็นทางการ
เนื่องด้วยฝ่ายญี่ปุ่นถูกกดดันอย่างหนักจากทางกองทัพจีนและกองทหารท้องถิ่น กอปรการถูกตัดเส้นทางลำเลียงเสบียง อีกทั้งกำลังพลที่หดหายลงไปเหลือเพียงหนึ่งในสามจากการเจ็บป่วยและการเสียชีวิต การหนีทัพ ทั้งหมดนี้ล้วนบีบบังคับให้โคนิชิต้องเรียกร้องให้มีการเจรจาสันติภาพ และแม่ทัพหลี่ หรูซุ้งก็เปิดโอกาสให้แม่ทัพโคนิชิเข้าเจรจาสงบศึกเช่นกัน การเจรจาสงบศึกเริ่มขึ้นในฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. 1593 โดยทั้งจีนและเกาหลียื่นข้อเสนอให้ญี่ปุ่นถอนกำลังออกไปจากคาบสมุทรเกาหลีทั้งหมด แม่ทัพโคนิชิไม่มีทางเลือกอื่นใดนอกจากจำใจยอมรับข้อเสนอ และเขาก็ประสบกับความยากลำบากในการอธิบายให้ฮิเดะโยะชิเข้าใจว่าเขาไม่มีทางเลือกอื่นอีกแล้ว
ฮิเดะโยะชิยื่นข้อเสนอต่อจีนให้แบ่งเกาหลีออกเป็นสองส่วน ตอนเหนือให้เป็นประเทศราชของจีนและตอนใต้เป็นของญี่ปุ่น โดยมีโคะนิชิ ยุกินะกะผู้ซึ่งทำการรบต่อต้านจีนมากที่สุดเป็นผู้เจรจา ข้อเสนอของฮิเดะโยะชินี้ได้รับการพิจารณาในราชสำนักหมิงมาจนกระทั่งฮิเดะโยะชิร้องขอเจ้าหญิงจีนมาเป็นนางสนม อันเป็นเหตุให้ข้อเสนอดังกล่าวถูกปฏิเสธอย่างรวดเร็ว การเจรจาทั้งหมดที่กล่าวมานี้ถูกปิดเป็นความลับโดยมิให้ราชสำนักโซซอนล่วงรู้
18 พฤษภาคม ค.ศ. 1593 ญี่ปุ่นถอนทหารกลับบ้าน ในฤดูร้อนปีเดียวกัน คณะทูตจีนเดินทางไปเยือนที่ว่าราชการของฮิเดะโยะชินานกว่าหนึ่งเดือน ฝ่ายหมิงเองก็ถอนทหารออกจากคาบสมุทรเกาหลี เหลือเพียงทหาร 16,000 นายเพื่อการรักษาสันติภาพ
ฮิเดะโยะชิส่งเครื่องบรรณาการไปให้ราชสำนักหมิงที่ปักกิ่งใน ค.ศ. 1594 และทหารส่วนใหญ่ของญี่ปุ่นก็ถอนกำลังกลับบ้านในฤดูใบไม้ร่วง ค.ศ. 1596 เหลือไว้เพียงกองกำลังเล็ก ๆ ในปูซาน ราชสำนักหมิงพอใจกับปฏิบัติการถอนทหารของญี่ปุ่นมากจึงส่งคณะทูตไปญี่ปุ่นเพื่อโปรดเกล้าฯให้ฮิเดะโยะชิมีตำแหน่งเป็น "กษัตริย์แห่งญี่ปุ่น"
ตุลาคม ค.ศ. 1596 ราชทูตหมิงเดินทางไปพบกับฮิเดะโยะชิ ซึ่งฮิเดะโยะชิแต่งกายด้วยเครื่องแบบหมิงและทำความเคารพราชทูตหมิงด้วย เพื่อแสดงการยอมรับสถานะที่ราชสำนักหมิงแต่งตั้งให้ อย่างไรก็ตาม ราชสำนักหมิงปฏิเสธข้อเสนอการร้องขอพระราชธิดาในสมเด็จพระจักรพรรดิว่านลี่ การร้องขอเจ้าชายเกาหลีมาเป็นองค์ประกันและมณฑลตอนใต้สี่มณฑลของเกาหลี
ต่อมา ฮิเดะโยะชิล้มเลิกการเจรจาข้างเดียว การเจรจาสันติภาพล้มเหลว และสงครามก็ดำเนินเข้าสู้ระรอกที่สองเมื่อฮิเดะโยะชิส่งทหารเข้าสู่เกาหลีอีกครั้งในปลาย ค.ศ. 1597
ในช่วงระหว่างการเจรจาสันติภาพ รัฐบาลเกาหลีมีโอกาสที่จะศึกษาถึงสาเหตุที่ญี่ปุ่นสามารถเข้ายึดครองเกาหลีได้อย่างง่ายดาย ซึ่งมหาอุปราชยู ซองลยองเป็นผู้บรรยายถึงข้อเสียเปรียบของฝ่ายเกาหลี
ยูระบุว่าปราสาทเกาหลีนั้นอ่อนแออย่างมากซึ่งเป็นประเด็นที่เขาเคยกล่าวเตือนในราชสำนักมาก่อนสงครามเสียอีก เขาแจกแจงถึงจุดบกพร่องของปราสาท ป้อมปราการ ตลอดจนแนวกำแพงซึ่งง่ายอย่างมากต่อการป่ายปีน เขาโน้มน้าวให้มีการสร้างหอคอยแข็งแรงพร้อมแนวยิงปืนใหญ่ นอกเหนือไปจากปราสาทแล้ว เขายังโน้มน้าวให้มีการสร้างแนวกำแพงและป้อมป้องกันเพิ่มเติมหลาย ๆ ชั้นอีกด้วย ซึ่งการทำเช่นนี้จะทำให้ยากต่อข้าศึกในการรุกรานเนื่องจากต้องข้ามกำแพงหลายชั้นก่อนที่จะเดินทางเข้าถึงโซล
ยู ซองลยองยังชี้ให้เห็นถึงประสิทธิภาพของกองทัพญี่ปุ่นอันสามารถรุกคืบถึงโซลได้ในเวลาเพียงแค่เดือนเดียวเท่านั้น รวมไปถึงความยอดเยี่ยมในการจัดหน่วยของญี่ปุ่น ยูชี้แจงยุทธวิธีอันซับซ้อนของฝ่ายญี่ปุ่น มักจะเริ่มด้วยการตัดกำลังข้าศึกด้วยปืนคาบศิลาก่อนที่จะเข้าโจมตีในระยะประชิด ในขณะที่กองทัพเกาหลีมักจะเคลื่อนที่ไปข้างหน้าอย่างไร้ยุทธวิธีและการจัดหน่วย
ในท้ายที่สุดพระเจ้าซอนโจและราชสำนักของพระองค์ก็ทรงตัดสินพระทัพจัดตั้งหน่วยฝึกทหารขึ้นในเดือนกันยายน ค.ศ. 1593 หน่วยฝึกทหารนี้ถูกแบ่งออกกองทัพออกเป็นหน่วย ๆ อย่างระมัดระวัง ในแต่ละกองร้อยจะประกอบไปด้วยหมวดพลธนู หมวดพลปืนคาบศิลา หมวดพลดาบ และหมวดพลทวน หน่วยฝึกทหารนี้ยังจัดระเบียบกองพลในแต่ละมณฑลและการประจำการของแต่ละกองพันในแต่ละปราสาทอีกด้วย หน่วยงานนี้แต่แรกเริ่มมีข้าราชการทำงานเพียง 80 นาย แต่เติบโตขึ้นเป็นประมาณ 10,000 นายอย่างรวดเร็ว
ในช่วงเวลานี้เอง ฮัน กโย (한교) บัณฑิตสายทหารแต่งคู่มือฝึกทหาร ซึ่งดัดแปลงมาจากตำรา ซึ่งแต่งโดยแม่ทัพคนดังของจีนนาม
ฮิเดะโยะชิรู้สึกไม่พอใจกับการรุกรานครั้งแรกที่ผ่านมา ความล้มเหลวในการยึดครองพื้นที่ในจีนและการถอนกำลังทั้งหมดกลับญี่ปุ่นทำลายขวัญทหารฝ่ายญี่ปุ่นอย่างมาก ด้วยเหตุนี้ ในจุดที่แตกต่างอย่างที่สุดของการทัพครั้งแรกและครั้งที่สองคือเป้าหมายของการรุกราน ที่ลดขนาดจากเดิมที่มุ่งหมายจะยึดครองจีนลงเป็นการยึดครองเกาหลีแทน
นอกจากนี้ การแบ่งกำลังพลซึ่งแต่เดิมแบ่งออกเป็นเก้ากองพล ก็เปลี่ยนเป็นกองทัพฝ่ายซ้ายและกองทัพฝ่ายขวา ซึ่งมีกำลังพล 49,600 นาย และ 30,000 นายตามลำดับ
ไม่นานนักหลังจากที่คณะทูตจีนเดินทางกลับอย่างปลอดภัยใน ค.ศ. 1597 ฮิเดะโยะชิส่งเรือ 200 ลำ พร้อมด้วยกำลังพล 141,100 นาย ภายใต้การบังคับบัญชาอย่างเด็ดขาดของโคบะยะกะวะ ฮิเดะอะกิ ในการรุกรานครั้งที่สองนี้ ฝ่ายญี่ปุ่นเดินทางขึ้นบกบนชายฝั่งทางตอนใต้ของมณฑลกยองแซงโดยไร้การต้านทาน แต่ทว่าฝั่งญี่ปุ่นกลับพบว่าฝ่ายเกาหลีได้การปรับปรุงยุทโธปกรณ์และพร้อมต่อการตั้งรับในครั้งนี้ เมื่อทางจีนได้รับข่าวการมาของญี่ปุ่น ราชสำนักหมิงจึงแต่งตั้ง หยาง เหา เป็นผู้บัญชาการกองทัพชุดแรก นำกำลังพล 55,000 นาย จากหลาย ๆ มณฑลในจีน (ซึ่งบางที่ห่างไกลมาก) เช่น เสฉวน เจ้อเจียง ฟูเจี้ยน และกวนตง ในกองทำลังนี้มีทหารเรือเข้าร่วมด้วย 21,000 นาย เล่น หวง นักประวัติศาสตร์ชาวจีนประมาณว่ากำลังพลทั้งทหารบกและทหารเรือที่เข้าร่วมในสงครามครั้งที่สองนี้มีมากกว่าครั้งแรกประมาณ 75,000 นาย ฝ่ายเกาหลีมีกำลังทั้งสิ้น 30,000 นาย ภายใต้การนำของนายพล กวอน ยูนซึ่งตั้งทัพที่ภูเขาโกง (공산; 公山) ในแดกู กองทัพของกวอนยุงในกยองจู กองกำลังของกวาก แจยูในชางนยอง กองทัพของลี บุกนามในนาจูและกองกำลังของลี ซียุนในชุงปุงนยอง
ในช่วงต้นของการทัพ ฝ่ายญี่ปุ่นประสบความสำเร็จเล็กน้อยจากการเข้าครองพื้นที่ในมณฑลกยองแซงและจากการโจมตีระยะสั้นหลาย ๆ ครั้งเพื่อทำลายแนวรับของกองกำลังฝ่ายเกาหลีและจีน และโตลอดการรุกรานครั้งที่สองนี้ ญี่ปุ่นกลับตกเป็นฝ่ายตั้งรับและถูกกักบริเวณเอาไว้ในมณฑลกยองแซงเสียส่วนมาก ฝ่ายญี่ปุ่นวางแผนที่จะโจมตีมณฑลจอนลาซึ่งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของคาบสมุทรเกาหลีโดยมีจจอนจูเมืองหลวงของมณฑลเป็นเป้าหมาย ยุทธการตีป้อมจีนจูครั้งแรกเมื่อการรุกรานครั้งที่หนึ่งใน ค.ศ. 1592 ช่วยปกป้องความเสียหายอันอาจจะเกิดขึ้นจากการสู้รบระหว่างสองฝ่ายเอาไว้ได้ แต่ในครั้งนี้ ฝ่ายเกาหลีตกเป็นฝ่ายปราชัย กองกำลังญี่ปุ่นสองกองทัพนำโดยโมริ ฮิเดะโทะโมะ และ ยุกิตะ ฮิเดะอิเอะเคลื่อนทัพเข้าโจมตีปูซาน และเดินทางฝ่ายจอนจู ยึดครองซาชอนและชางปยองซึ่งเป็นทางผ่าน
นามวอนเป็นเมืองที่อยู่ทางตะวันออกเฉียงใต้ของเมืองจอนจู ระยะห่าง 48 กิโลเมตร เนื่องจากว่าถูกคาดการณ์เอาไว้แล้วว่าจะถูกโจมตี กองกำลังผสมจีน-เกาหลี 6,000 นาย (เป็นทหารและทหารอาสาจีน 3,000 นาย) จึงมีความพร้อมต่อการเข้ารณยุทธ ญี่ปุ่นเข้าล้อมแนวกำแพงของป้อมด้วยบันไดและหอคอยเคลื่อนที่ ทั้งสองฝ่ายระดมยิงปืนคาบศิลาและธนูเข้าใส่กัน และสุดท้ายญี่ปุ่นสามารถขึ้นสู่กำแพงและทะลวงเข้าสู่ป้อมได้ โอโคะชิ ฮิเมะโมะโตะเขียนบันทึกเอาไว้ว่าฝ่ายเกาหลีและจีนเสียชีวิต 3,726 นาย แลมณฑลจอนลาทั้งมณฑลก็ตกอยู่ใต้อำนาจของญี่ปุ่นแต่การยุทธครั้งนี้ทำให้ญี่ปุ่นพบว่าตัวเองถูกปิดทางถอยเอาไว้รอบด้านและแนวป้องกันก็มีเพียงรอบมณฑลกยองแซงเท่านั้น
ป้อมฮวางโซคซานคือป้อมที่สีการสร้างแนวกำแพงโอบล้อมภูเขาฮวางโซกเอาไว้และมีทหารประจำการนับพันนายภายใต้การบังคับบัญชาของนายพลโจ จองโดและกวาก จุน เมื่อคาโต้ คิโยมะสะเคลื่อนพลเข้าล้อมด้วยกองทัพขนาดใหญ่ ฝ่ายเกาหลีก็เสียขวัญและถอนกำลังด้วยยอดสูญเสีย 350 นาย แต่ถึงแม้จะยึดป้อมได้แต่ฝ่ายญี่ปุ่นก็ยังไม่สามารถที่จะขยับกำลังออกจากมณฑลกยองแซงได้แต่ยังคงถูกบีบให้รักษาที่มั่นของตัวจากการโจมตีของกำลังผสมจีน-เกาหลีอย่างสม่ำเสมอ
เช่นเดียวกับการรุกรานระรอกที่หนึ่ง กองทัพเรือโซซอนยังคงเป็นส่วนสำคัญในปฏิบัติการทางทหารเพื่อการปกป้องอธิปไตยของโซซอนในการรุกรานครั้งนี้เช่นเดิม การดำเนินกิจกรรมทางทหารของญี่ปุ่นต้องมีอันหยุดชะงักเนื่องจากความขาดแคลนกำลังหนุน เสบียงแลยุทธปัจจัย เนื่องจากชัยชนะของกองทัพเรือเกาหลีสกัดกั้นการเข้ามาของฝ่ายญี่ปุ่นทางฝั่งตะวันตกเฉียงใต้ของคาบสมุทรเกาหลี อีกทั้งในการรุกรานระรอกที่สองนี้ จีนได้ส่งกองเรือเข้ามาช่วยหนุนเกาหลี จนทำให้กองทัพเรือเกาหลีกลายเป็นภัยคุกคามที่หนักหนาขึ้นสำหรับญี่ปุ่นเนื่องจากขนาดที่มากขึ้น
ในช่วงต้นของการรุกราน ปฏิบัติการนาวีของเกาหลีนั้นเชื่องช้าเนื่องจากว่านายพล วอน กยูน เข้ามาแทนที่ตำแหน่งผู้บัญชาการทหารเรือของนายพลอี ซุน-ชิน
เนื่องจากนายพลอี ซุน-ชิน ผู้บัญชาการทหารเรือโซซอนนั้นเป็นผู้เชี่ยวชาญทางนาวียิ่ง ฝ่ายญี่ปุ่นจึงวางแผนกำจัดเขาด้วยการใช้ประโยชน์จากพระธรรมนูญทหารของโซซอนให้เป็นประโยชน์ ฝ่ายญี่ปุ่นใช้สายลับสองหน้าเข้าไปปล่อยข่าวลวงว่านายพลคาโต้ คิโยะมะซะจะเคลื่อนกองเรือขนาดใหญ่ในวันเวลาที่แน่นอนเพื่อโจมตีชายฝั่งเกาหลีและให้ อี ซุน-ชิน ออกไปซุ่มโจมตี
เนื่องจาก อี ซุน-ชิน ทราบถึงสมุทรศาสตร์ของยุทธบริเวณนั้นเป็นอย่างดีว่าเต็มไปด้วยหินโสโครก เขาจึงปฏิเสธพระบรมราชโองการที่จะออกรบอันเป็นเหตุให้พระเจ้าซอนโจลงพระอาญาปลดเขาและจองจำข้อหาไม่ปฏิบัติตามพระบรมราชโองการ ยิ่งไปกว่านั้น วอน กยูน ผู้ซึ่งขึ้นมาแทนตำแหน่งของ อี ซุน-ชิน ยังใส่ความเพ็ดทูลว่า อี ซุน-ชิน นั้นมักจะเมาสุราและเฉื่อยชาอีกด้วย
หลังจากวอน กยูนเข้าแทนที่ตำแหน่งของ อี ซุน-ชิน เขาก็เรียกกองเรือทั้งหมดของเกาหลี ประมาณ 100 ลำ ที่แม่ทัพลีรวบรวมมาได้อย่างยากเย็น มาประชุมพลที่ยอสุเพื่อหาฝ่ายญี่ปุ่น จากนั้นวอน กยูนก็ออกเดินเรือมุ่งหน้าสู่ปูซานโดยปราศจากการวางแผนหรือเตรียมพร้อมใด ๆ ทั้งสิ้น
หนึ่งวันผ่านไป วอน กยูนได้รับข่าวที่ตั้งของกองเรือขนาดใหญ่ญี่ปุ่นบริเวณปูซาน เขาออกคำสั่งโจมตีโดยทันทีโดยไม่สนใจคำทักท้วงของบรรดาผู้บังคับการเรือเกี่ยวกับความเหนื่อยล้าของบรรดากะลาสี
และในยุทธนาวีที่ช่องแคบชีลชอนลยองนี้เอง วอน กยูนถูกตรึงเอาไว้ด้วยการโจมตีฉับพลันของญี่ปุ่น กองเรือของเขาถูกระดมยิงด้วยปืนไฟและการบุกยึดเรือซึ่งเป็นยุทธวิธีที่ญี่ปุ่นช่ำชอง อย่างไรก็ตาม หลายเดือนก่อนการรบจะเริ่มขึ้น แบ โซล หนีทัพพร้อมด้วยเรือพานโอกซอน 13 ลำ
และนี่ครจะได้รับการชี้ชัดว่ายุทธนาวีครั้งนี้เป็นการรบเพียงครั้งเดียวที่กองเรือญี่ปุ่นมีชัยเหนือกองเรือเกาหลี ส่วนตัววอน กยูนเองก็เสียชีวิตในการรบจากการถูกทหารญี่ปุ่นที่ตั้งค่ายอยู่ชายฝั่งสังหาร
ข่าวความปราชัยของวอน กยูนที่ช่องแคบชีลชอนลยองทำให้พระเจ้าซอนโจมีพระบรมราชโองการปล่อย อี ซุน-ชิน ออกจากคุกพร้อมทั้งคืนตำแหน่งให้เขา อี ซุน-ชิน เร่งกลับไปที่ฐานทัพเรือและพบว่าเขามีเรือรบเหลืออยู่เพียง 12 ลำ พร้อมกำลังพลเพียง 200 นายจากความปราชัยในยุทธการครั้งก่อน อย่างไรก็ตาม ความชาญยุทธพิชัยของ อี ซุน-ชิน หาได้ถดถอยลงไม่และในวันที่ 16 กันยายน ค.ศ. 1597 อี ซุน-ชิน ใช้เรือรบเพียง 12 ลำ เข้าสัพประยุทธกับเรือรบญี่ปุ่น 133 ลำที่ช่องแคบมลองยอง และในยุทธนาวีนี้เองฝ่ายเกาหลีกลับเป็นผู้มีชัยและบีบบังคับให้โมริ ฮิเดะโทะโมะถอนกองเรือญี่ปุ่นกลับปูซานเปิดช่องให้ลีซุนชินเข้าครอบครองชายฝั่งเกาหลี ยุทธนาวีที่ช่องแคบมลองยองนับได้ว่าเป็นยุทธนาวีที่ยอดเยี่ยมที่สุดของ อี ซุน-ชิน จากความแตกต่างของกำลังรบนี้เอง
ช่วงปลาย ค.ศ. 1597 กองทัพผสมหมิง-โซซอนได้ชัยชนะในจีกซานและผลักดันญี่ปุ่นลงใต้ได้สำเร็จ หลังจากได้ทราบข่าวความปราชัยที่มยองลยาง คาโต้ คิโยะมะซะและกองทัพที่กำลังร่นถอยของเขาตัดสินใจทำลายกยองจู อดีตเมืองหลวงของของอาณาจักรซิลลาทิ้ง
อย่างแน่นอนที่สุดว่าเมื่อญี่ปุ่นทำลายเมือง ข้าวของแลวัดวาอารามล้วนถูกทำลาย ซึ่งสิ่งก่อสร้างที่มีชื่อเสียงที่ถูกทำลายไปในครั้งนี้คือวัดพุลกุกซา อย่างไรก็ตามกองทัพผสมยังคงไล่ตามตีญี่ปุ่นจนถึงอูลซาน เมืองท่าที่เคยเป็นแหล่งขนส่งสินค้าที่สำคัญของญี่ปุ่นมานานนับร้อยปี และคาโต้ คิโยมะสะเลือกเป็นจุดยุทธศาสตร์ในการตั้งรับ
อีกทั้งเนื่องจากแม่ทัพลีครอบครองน่านน้ำในช่องแคบเกาหลีทั้งหมด ตัดเส้นทางลำเลียงจากทะเลฝั่งตะวันตกเข้าสู่ลำน้ำในแผ่นดินเกาหลี เนื่องจากความขาดแคลนเสบียงและกำลังหนุน ฝ่ายญี่ปุ่นไม่มีทางเลือกนอกจากตั้งรับอยู่ในที่สร้างขึ้นและยังไม่แตก เพิ่อฉกฉวยความได้เปรียบนี้เอง กองทัพผสมเกาหลี-จีนจึงสนธิกำลังกันเข้าตีป้อมอูลซานนี้ และนี่เป็นยุทธการเข้าตีครั้งใหญ่ครั้งแรกของฝ่ายเกาหลี-จีนในการรุกรานระรอกที่สองนี้
ฝ่ายญี่ปุ่นวางกำลังทหารขนาดใหญ่ 7,000 นายไว้ที่อูลซาน และทุ่มเทกำลังเสริมความแข็งแกร่งของป้อมเพื่อเตรียมตัวรับมือการโจมตีที่กำลังจะมาถึง คาโต้ คิโยะมะซะมอบอำนาจการบัญชาการและการป้องกันเอาไว้กับคาโต้ ยะสุมะสะ คิคุ ฮิโระฮะตะ อะสะโนะ นะกะโยะชิ และนายทหารอื่นก่อนที่ตัวเองจะเดินทางไปโซแซงโป ฝ่ายเกาหลีและจีนเริ่มการโจมตีในวันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1597 โจมตีทหารญี่ปุ่นที่ไม่ทันระวังตัวและกำลังตั้งค่ายเพื่องานก่อสร้างแนวกำแพงที่ยังไม่เสร็จ
กองกำลังผสม 36,000 นายพร้อมด้วยและฮวาชาเกือบจะบุกเข้ายึดปราสาทได้แล้วแต่ว่ากำลังเสริมนำโดยโมริ ฮิเดะโทะโมะยกพลข้ามแม่น้ำเข้ามาช่วยกู้สถานการณ์และทำให้การรบยืดเยื้อขึ้น ต่อมา เนื่องจากเสบียงที่ร่อยหรอลงเรื่อย ๆ ของฝ่ายญี่ปุ่นทำให้ชัยชนะเกือบจะตกเป็นของฝ่ายเกาหลี แต่ทว่ากำลังเสริมของญี่ปุ่นกลับโผล่ขึ้นมาตีด้านหลังกองทัพผสมจีน-เกาหลี ทำให้สถานการณ์พลิกกลายมาเป็นเสมอกัน อย่างไรก็ตามฝ่ายญี่ปุ่นนั้นอ่อนแอลงอย่างเห็นได้ชัดหลังจากผ่านความสูญเสียมามาก
ฤดูใบไม้ร่วง ค.ศ. 1597 กองกำลังผสมเกาหลี-จีนสามารถป้องการการเข้ายึดจีกซาน (ปัจจุบันคือ) เอาไว้ได้ ทำให้ฝ่ายญี่ปุ่นสิ้นหวังที่จะยึดครองเกลาหลีและเตรียมการถอนกำลังกลับ นับแต่ต้นฤดูใบไม้ผลิของปีถัดมา ฝ่ายเกาหลีและกองทหารจีนหนึ่งแสนนายเริ่มทำการยึดปราสาทตามแนวชายฝั่งคืน และเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1598 สมเด็จพระจักรพรรดิว่านลี่มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าให้เฉิน หลิน ผู้เชี่ยวชาญด้านปืนใหญ่คุมกองเรือเดินทางมาช่วยราชการกองทัพเรือเกาหลีในปฏิบัติการต่อต้านกองทัพเรือญี่ปุ่น เดือนมิถุนายน จากการเตือนถึงสถานการณ์ที่เลวร้ายของการทัพนี้โดยโคนิชิ ยุกินะกะ ทหารเจ็ดหมื่นนายถูกถอนกำลังกลับคงเหลือทหารหกหมื่นนายซึ่งส่วนมากเป็นทหารจากแคว้นเซ็ตซึมะภายใต้การบัญชาการของชิมะสึ โยะชิฮิโระ และลูกชายของเขา ชิมะสึ ทะดะทสึเนะ ซึ่งต้องต่อสู้อย่างโดดเดี่ยวต่อต้านการโจมตีของจีนในซูชอนและซาชอน
ฝ่ายจีนเชื่อว่าซาชอนนั้นเป็นจุดสำคัญต่อแผนการยึดคืนปราสาทและสั่งให้มีการโจมตีซาชอน ถึงแม้ว่าฝ่ายจีนจะมีความเข้มแข็งกว่าในช่วงต้น แต่เพราะกำลังเสริมของฝ่ายญี่ปุ่นเข้าตีท้ายกองทัพจีนและทหารญี่ปุ่นจากในป้อมเปิดประตูออกตีกระหนาบ ทำให้สถานการณ์สู้รบพลิกกลับ และทหารจีนต้องถอยหนีและมียอดสูญเสียสามหมื่น อย่างไรก็ตาม จากการถูกเข้าตีหลายต่อหลายครั้ง ทำให้ญี่ปุ่นอ่อนแอลงเรื่อย ๆ และต้องถอนกำลังออกจากบริเวณแนวชายฝั่ง
วันที่ 18 กันยายน ค.ศ. 1598 ฮิเดะโยะชิออกคำสั่งถอนทัพออกจากเกาหลีจากบนเตียงของเขาก่อนสิ้นใจ ตัดสินใจปิดข่าวการถึงแก่อสัญกรรมของฮิเดะโยะชิเอาไว้เป็นความลับเพื่อป้องกันมิให้ขวัญกองทัพเสียและส่งคำสั่งถอนทัพไปยังนายทหารญี่ปุ่นปลายเดือนตุลาคม
ยุทธนาวีที่โนลยางเป็นการรบทางทะเลครั้งสุดท้ายของการรุกรานครั้งนี้ กองทัพเรือเกาหลีภายใต้การบังคับบัญชาของ อี ซุน-ชิน ได้รับการบูรณะขึ้นใหม่และได้ความความช่วยเหลือจากกองทัพเรือจีนภายใต้การบังคับบัญชาของเฉิน หลิน ฝ่ายข่าวกรองรายงานการถอนสมอของเรือญี่ปุ่นห้าร้อยลำบริเวณช่องแคยโนลยางเพิ่นำทหารญี่ปุ่นที่เหลือกลับบ้าน อี ซุน-ชิน และเฉิน หลินเลือกบริเวณที่แคบในการเข้าโจมตีฉับพลันต่อกองเรือญี่ปุ่น ในวันที่ 16 ธันวาคม ค.ศ. 1598 เวลาตีสองด้วยการระดมยิงปืนใหญ่และธนูไฟ
ช่วงรุ่งสาง เรือญี่ปุ่นจมลงสู่ทะเลกว่าครึ่ง และเนื่องจากญี่ปุ่นกำลังเริ่มถอย อี ซุน-ชิน สั่งให้เข้าประจันบาญกวาดล้างเรือที่ยังเหลือ และเนื่องจากเรือธงของเขาอยู่หัวขบวน อี ซุน-ชิน ถูกยิงเข้าที่อกซ้ายบริเวณใต้แขน อันเป็นครั้งที่สามที่เขาถูกยิงตลอดการรุกรานครั้งนี้ เขาสั่งให้นายทหารเก็บข่าวการเสียชีวิตเอาไว้เป็นความลับและสั่งให้มีการสู้รบต่อไปเพื่อดำรงไว้ซึ่งขวัญกำลังใจกองทัพ แม่ทัพลี ถึงแก่อสัญกรรมหลังจากนั้นไม่นาน มีเพียงนายทหารเพียงสามนายเท่านั้นที่ได้อยู่ดูใจเขาก่อนตายรวมทั้งหลานของเขาด้วย
การสู้รบจบลงด้วยชัยชนะของฝ่ายเกาหลี-จีน โดยเรือฝ่ายญี่ปุ่นถูกทำลายไปเกือบ 250 ลำ จาก 500 ลำ แต่สิ่งที่ทหารได้รับทราบหลังการรบคือข่าวการถึงแก่อสัญกรรมของแม่ทัพ อี ซุน-ชิน และว่ากันว่าเฉินหลินตกใจกับข่าวการตายของเขาอย่างมากจนสิ้นสติไปหลายครั้งและกล่าวไว้อาลัยให้แก่ อี ซุน-ชิน
เนื่องจากทสึชิมะได้รับความสูญเสียทางการค้ากับเกาหลีอย่างมากจากการรุกรานเกาหลี โยะชิโทะชิแห่งตระกูลโช ผู้เป็นบุคคลสำคัญในทสึชิมะส่งคณะทูตไปเกาหลีถึงสี่ครั้งใน ค.ศ. 1599 แต่สามคณะแรกถูกฝ่ายจีนจับตัวเอาไว้ได้หมดและถูกส่งตัวไปปักกิ่งมีเพียงคณะที่สี่ที่สามารถเดินทางไปถึงเกาหลีจนได้รับข้อตกลงในการคืนตัวเชลยชาวเกาหลีเพื่อสันติภาพใน ค.ศ. 1601 อย่างไรก็ตาม สาเหตุหลักที่เกาหลีต้องการเจรจาสันติภาพก็เนื่องมาจากการถอนกำลังกลับของจีนเนื่องจากสุญญากาศทางการเมืองภายในของจีนเหมือน ๆ กับที่เกิดขึ้นในญี่ปุ่นเอง โยะชิโทะชิเองก็ปล่อยตัวเชลยเกาหลีและช่วยเจรจาส่งตัวนักโทษเกาหลีกลับบ้านอีกสองคณะ จำนวนสามพัน ระหว่างปี ค.ศ. 1603 และ 1604 ผ่านการจัดการการเจรจาตกลงกันที่เกียวโตกับโทะคุงะวะ อิเอะยะสุ ผู้ซึ่งขึ้นเป็นโชกุนในห้วงเวลานั้น
ในการเจรจาทางทูตอย่างต่อเนื่องนั้นเอง ใน ค.ศ. 1606 เกาหลีแจ้งเจตจำจงให้โชกุนเขียนหนังสือร้องขอสันติภาพอย่างเป็นทางการและเรียกร้องให้มีการส่งตัวทหารญี่ปุ่นที่ทำลายสุสานหลวงไปยังโซลในฐานะอาชญากรข้ามชาติ เนื่องจากข้อเสนอเรื่องอาชญากรข้ามชาติถูกปฏิเสธ โยะชิโทะชิจึงปลอมแปลงหนังสือและส่งตัวนักโทษไปเกาหลีแทน ถึงแม้ว่าทางราชสำนักโซซอนจะทราบว่าเป็นของปลอมแต่ความต้องการยวดยิ่งที่จะให้มีการถอนทหารจีนออกจากดินแดนเกาหลีบีบให้เกาหลีส่งคณะทูตไปญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1608 และผลลัพธ์จากการเดินทางของคณะทูต ทางเกาหลีได้นักโทษคืนอีกร้อยกว่าคนพร้อม ๆ กับการฟื้นฟูความสัมพันธ์ทางทูตระหว่างสองประเทศ
การรุกรานของญี่ปุ่นในครั้งนี้จัดได้ว่าเป็นการรบที่กินยุทธบริเวณในระดับภูมิภาคและมีการระดมสรรพกำลังติดอาวุธสมัยใหม่ขนาดใหญ่เข้าโรมรันกันเป็นครั้งแรกในทวีปเอเซีย โดยกองกำลังประจำการของญี่ปุ่นนั้นมีขนาดถึงสองแสนนายและจีนแปดหมื่นนาย สำหรับฝ่ายเกาหลีแล้วมีทั้งกองทหารประจำการและทหารอาสาเข้าร่วมในการสู้รบนับแสนนาย อันมีจำนวนเทียบเคียงได้กับจำนวนทหารที่เข้าร่วมรบในสงครามสามสิบปีของยุโรปเลยทีดียว
การรุกรานในครั้งนี้นับได้ว่าเป็นการท้าทายความเป็นศูนย์กลางอำนาจของจีนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกถึงสองระดับ หนึ่งคือในระดับการทหารซึ่งเป็นการท้าทายต่อแสนยานุภาพทางทหารของราชวงศ์หมิงในภูมิภาคนี้ และสองคือในระดับการเมืองซึ่งท้าทายความสามารถในการพิทักษ์ดินแดนในอารักขาของจีน
ถ้าหากทฤษฎีที่ว่าเป้าหมายในการรุกรานของฮิเดะโยะชิคือการยึดครองจีนเป็นจริงแล้ว (ซึ่งขัดแย้งกับแนวคิดที่ว่าเป้าหมายของฮิเดะโยะชิคือการสร้างความเป็นศูนย์กลางอำนาจของญี่ปุ่น ซึ่งมีความเป็นไปได้สูงกว่าแต่ก็ยังเป็นเพียงสมมติฐาน) นี่แสดงให้เห็นว่าเกาหลีนั้นมีความสำคัญในฐานะทางผ่านสำหรับญี่ปุ่นในการรุกรานจีนในสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่ 1 และและสำหรับจีนในการรุกรานญี่ปุ่นในการรุกรานญี่ปุ่นของมองโกล
ญี่ปุ่นนั้นได้รับเอาวิทยาการในการผลิตเครื่องดินเผา ผ้าไหม และการตีโลหะขึ้นรูปจากเกาหลีโดยแลกกับชีวิตนับแสนและเงินคงคลังของชาติจำนวนมหาศาล หลังการอสัญกรรมของฮิเดะโยะชิ บุตรชายของเขาโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะริขึ้นมาสืบทอดตำแหน่งต่อ แต่ทว่าการรุกรานเกาหลีในครั้งนี้ลดทอนอิทธิพลและความน่ายำเกรงของตระกูลโทะโยะโตะมิลงในช่วงเวลาไม่กี่เดือน ส่งผลให้ดุลย์อำนาจในญี่ปุ่นสั่นคลอน ในเวลาต่อมาโทะกุงะวะ อิเอะยะซุมีชัยในยุทธการเซะกิงะฮะระจนสามารถสถาปนาอำนาจขึ้นเป็นโชกุนได้ใน ค.ศ. 1603
ฝ่ายจีนเองก็เสียเงินท้องพระคลังจำนวนมหาศาลในการพิทักษ์เกาหลีในช่วงเวลาที่ต้องเผชิญหน้ากับเผ่าแมนจูในสงครามครั้งใหม่ ซึ่งต่อมาประสบความปราชัย ฝ่ายแมนจูสามารถสถาปนาราชวงศ์ชิงได้ในท้ายที่สุด
สำหรับเกาหลีซึ่งเป็นสมรภูมิรบนั้นได้รับความสูญเสียมากที่สุดในสามฝ่าย และความขัดแย้งครั้งนี้เป็นเหตุการณ์ที่เกาหลีประสบกับความย่อยยับมากที่สุดในประวัติศาสตร์ของเกาหลีและแม้แต่สงครามภายในประเทศเองก็ยังมิอาจะเทียบเคียง พื้นที่เกษตรกรรมเสียหายไปถึงร้อยละหกสิบหกเทียบกับเมื่อก่อนสงคราม ซึ่งทำลายเศรษฐกิจการเกษตรของเกาหลีอย่างใหญ่หลวง ความอดอยาก โรคระบาดและความไม่สงบแพร่กระจายไปทั่วทุกหย่อมหญ้า โดยเฉพาะอย่างยิ่งสมบัติประจำชาติ วัฒนธรรม และเครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ เช่นนาฬิกาน้ำ "จากยูครู" และการเสียช่างฝีมือจนทำให้วิทยาการของเกาหลีเสื่อมถอยไป
จีโอ เฮช โจนส์ประเมินยอดทหารและพลเรือนที่บาดเจ็บล้มตายจากสงครามว่ามีถึงหนึ่งล้านคน และยอดผู้บาดเจ็บล้มตายจากการรบ 250,000 นาย มีจำนวนชาวเกาหลีที่บาดเจ็บล้มตาย 185,738 คนและชาวจีน 29,014 คนและมีเชลยสงครามถูกจับห้าถึงหกหมื่นคน จากจำนวนเชลยสงครามเหล่านี้ มีเพียง 7,500 คนเท่านั้นที่ได้รับการปล่อยตัวกลับมาตุภูมิจากการเจรจาสันติภาพ เชลยส่วนมากถูกขายต่อให้พ่อค้าชาวยุโรป โดยเฉพาะชาวโปรตุเกสซึ่งนำไปขายต่อในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
เชลยที่ถูกจับส่งไปญี่ปุ่นนั้นมีตั้งแต่บัณฑิต ช่างฝีมือ เภษัชกร และช่างย่างแร่ทอง ทำให้ญี่ปุ่นได้รับวัฒนธรรมและวิทยาการจากเกาหลีมากมาย จึงไม่น่าแปลกใจเลยที่ศิลปะและเรื่องปั้นดินเผาของญี่ปุ่นมีความคล้ายคลึงกับเกาหลี
ญี่ปุ่นเริ่มต้นจากอักษรเกาหลีและช่างฝีมือเกาหลีผสานกับการรับเอาเทคนิกของยุโรปมาใช้ การผลิตเครื่องเคลือบดินเผาครั้งแรกในญี่ปุ่นคือ ซึ่งเริ่มผลิตใน ค.ศ. 1616 ในเมืองอิมะริ ซึ่งลี ซามปยอง ช่างปั้นชาวเกาหลีค้นพบดินโคลนที่อุดมไปด้วย ช่างปั้นชาวเกาหลีมีราคาสูงมาก ไดเมียวหลายคนก็สั่งห้มีการสร้างเตาอบดินเผาเพื่อให้ช่างเหล่านี้ทำงานหลายแห่งในคีวชูและบริเวณอื่น ๆ ของญี่ปุ่น และชุมชนชาวเกาหลีนี้ถูกบังคับให้คงไว้ซึ่งวัฒนธรรมดั้งเดิมและถูกซ่อนเอาไว้จากโลกภายนอก
นักประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นกล่าวว่าทหารญี่ปุ่นก่ออาชญากรรมฆ่าสังหารต่อพลเรือนราวกับผักปลารวมทั้งการสังหารสัตว์ที่ใช้ในการเกษตรด้วย นอกเหนือไปจากการสู้รบหลัก ทหารญี่ปุ่นยังโจมตีชาวเกาหลีเพื่อฆ่า ข่มขืนและขโมยอย่างทารุณ ทหารญี่ปุ่นไม่ได้ปฏิบัติต่อข้าทาสของตัวดีไปกว่าเชลยชาวเกาหลีเลยและหลายคนก็ต้องจบชีวิตจากความอดอยากหรือถูกทรมาณจนตาย ญี่ปุ่นสะสมหูและจมูก (ซึ่งเป็นธรรมเนียมปฏิบัติอยู่แล้ว) จำนวนมากพอที่จะสร้างเนินข้างมหาพระพุทธรูปของฮิเดะโยะชินาม"มิมิสุกะ"หรือ"เนินแห่งหู"
ฝ่ายจีนเอง เทิร์นบลูกล่าวว่าก็ทำลายล้างและก่ออาชญากรรมไม่ได้น้อยไปกว่าญี่ปุ่นเลย บางครั้งกองทัพจีนกลับโจมตีกองกำลังเกาหลีด้วย และแยกแยะความแตกต่างระหว่างพลเรือนเกาหลีและทหารญี่ปุ่นไม่ออก และท่ามกลางการแข่งขันทางทหารระหว่างนายพลจีนและเกาหลี ส่งผลให้เกิดการสังหารพลเรือนชาวเกาหลีที่นามแฮแบบไม่เลือกหน้าในช่วงปลายของสงครามโดยนายพลเฉิน หลิน ตราหน้าพลเรือนที่ถูกสังหารว่าเป็นไส้ศึก/ผู้เข้าร่วมกับฝ่ายญี่ปุ่นเพื่อให้ได้จำนวนหัวที่มากกว่าเดิม
สำหรับกองโจรและโจรเร่ร่อนชาวเกาหลีเองก็ฉวยโอกาสจากความวุ่นวายเข้าโจมตีและขโมยชาวเกาหลีอื่น ๆ พลเมืองเกาหลีในมณฑลฮามกยอง (ตอนเหนือของคาบสมุทรเกาหลี) กลับเลือกที่จะยอมจำนนยกป้อมหลายป้อมและจับนายพลแลข้าราชการเกาหลีส่งให้ผู้รุกรานชาวญี่ปุ่นเนื่องจากรู้สึกไม่พอใจต่อรัฐบาลโซซอน และแม่ทัพและข้าราชการเกาหลีหลายคนก็หนีทัพทิ้งหน้าที่เมื่อภัยกำลังใกล้เข้ามา
สงครามในครั้งนี้ทิ้งมรดกตกทอดเอาไว้ให้แก่ทั้งสามชาติที่เข้าร่วมรบ ฝ่ายเกาหลีมีเรื่องราวของวีรบุรุษเกิดขึ้นหลายท่าน อี ซุน-ชิน ได้รับการยอมรับนับถืออย่างมากในญี่ปุ่น ตัวอย่างเช่นนายพลเรือกล่าวถึงความสำเร็จของท่านในยุทธนาวีแห่งทสึชิมะในสงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่นเอาไว้ว่า อี ซุน-ชิน นั้นเป็นแม่ทัพเรือที่เก่งกาจที่สุดในประวัติศาสตร์ และเนื่องด้วยความช่วยเหลือจากจีน ชาวเกาหลีจึงสร้างสิ่งสักการะสำหรับสมเด็จพระจักรพรรดิว่านลี่ด้วยเช่นกัน ในทางวิชาการจีน นักประวัติศาสตร์จัดว่าสงครามครั้งนี้เป็นหนึ่งใน"สามการทัพลงทัณฑ์ที่ยิ่งใหญ่ของสมเด็จพระจักรพรรดิว่านลี่" นอกจากนี้นักประวัติศาสตร์ยังยกเอาสงครามนี้เป็นตัวอย่างของความสัมพันธ์ระหว่างจีน-เกาหลี สำหรับฝ่ายผู้นำญี่ปุ่นนั้นตัดสินใจเข้าสู่สงครามจากการเข้าโจมตีเกาหลีครั้งก่อนหน้าโดยจักรพรรดินีจินกูในตำนานช่วงประมาณ 812 ปีก่อนพุทธกาล และอ้างว่าพวกเขาได้รับการอวยชัยจากเทพฮะจิมัง เทพแห่งสงครามซึ่งอยู่ในครรภ์ของจักรพรรดินีในระหว่างการุกราน การยึดครองเกาหลีชั่วคราวและเพียงบางส่วนในครั้งนี้ช่วยแก้ไขข้อโต้แย้งของญี่ปุ่นที่ว่าเกาหลีเป็นส่วนหนึ่งของญี่ปุ่น และผู้นำญี่ปุ่นในช่วงปลายคริสตวรรษที่ 19 - ต้นคริสตวรรษที่ 20 ต่างใช้การรุกรานครั้งนี้ในการวางแผนยึดครองเกาหลี ทุกวันนี้ กลุ่มต่อต้านญี่ปุ่นสามารถสืบสายกลับไปได้ถึงการรุกรานใน ค.ศ. 1592
ปราสาทโอซะกะซึ่งเคยเป็นของฮิเดะโยะชิถูกดัดแปลงให้เป็นพิพิธภัณฑ์ในช่วงหนึ่งทศวรรษก่อนสงครามโลกครั้งที่สองเพื่อยกย่องประวัติศาสตร์การทหารของญี่ปุ่น ในมุมมองของจักรวรดินิยมญี่ปุ่น การรุกรานครั้งนี้นับเป็นความพยายามครั้งแรกของญี่ปุ่นที่จะเป็นมหาอำนาจของโลก ในจีนและเกาหลี สงครามครั้งนี้เองก็เป็นแรงบันดาลใจให้แก่ผู้ต่อต้านญี่ปุ่นที่รักชาติในการต่อต้านจักรวรรดินิยมญี่ปุ่นในช่วงคริสตศัตวรรษที่ 20 เช่นกัน