ความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย
สถานการณ์ความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย หรือ ไฟใต้ เป็นความขัดแย้งที่กำลังดำเนินอยู่ในภาคใต้ของประเทศไทย ความขัดแย้งนี้กำเนิดในปี พ.ศ. 2491 เริ่มจากกบฏดุซงญอ เป็นการก่อกำเริบการแยกออกทางเชื้อชาติและศาสนาในภูมิภาคมลายูปัตตานี แต่ความไม่สงบดังกล่าวเริ่มบานปลายขึ้นหลังปี พ.ศ. 2547
อดีตรัฐสุลต่านปัตตานีซึ่งมีสามจังหวัดชายแดนใต้ของไทย ได้แก่ จังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส ตลอดจนบางส่วนของจังหวัดสงขลาที่อยู่ใกล้เคียง และส่วนตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศมาเลเซียถูกราชอาณาจักรรัตนโกสินทร์พิชิตในปี พ.ศ. 2328 และถูกไทยปกครองนับแต่นั้น ยกเว้นกะลันตัน
แม้เกิดความรุนแรงแยกตัวออกระดับต่ำในภูมิภาคมาหลายทศวรรษแล้วโดยนิยมนับตั้งแต่ปลาย ปี พ.ศ. 2490 สถานการณ์ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ร้อนระอุ เกิดเหตุการณ์เผาโรงเรียนในเขตเทศบาลเมืองปัตตานีจำนวน 1 หลัง นอกจากนั้นมีการปล้นสดมภ์ในท้องที่ต่างๆรวมได้ประมาณ 200 คดีในวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2496 รัฐบาลประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน ในอำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา และจังหวัดยะลาในปี พ.ศ. 2497 หะยีสุหลง ได้หายตัวไปอย่างไร้ร่องรอยและในปี พ.ศ. 2498 นายสมรรถ เอี่ยมวิโรจน์ อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดนราธิวาสถูกลอบสังหาร
ปี พ.ศ. 2524 มีเหตุการณ์ก่อเหตุร้ายต่างๆเกิดขึ้นเป็นระยะๆ เช่น การจับครูเรียกค่าคุ้มครองหรือค่าไถ การกรรโชกข่มขู่นักธุรกิจพ่อค้าคนจีนโดยส่งเป็นหนังสือประทับตรากลุ่มต่างๆ ที่เคลื่อนไหวในพื้นที่และนอกพื้นที่ให้จ่ายค่าคุ้มครองดูแลความปลอดภัยของ บุคคลและกิจการธุรกิจการค้าหรือที่คนทั่วไปเรียกว่าภาษีเถื่อนนอกกฎหมาย เหตุการณ์ที่มีชื่อเสียงคือการลอบสังหาร กำธร ลาชโรจน์ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดปัตตานี เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม พ.ศ. 2524
ในวันที่ 4 กันยายน พ.ศ. 2531คนร้ายบุกเผาบ้านพักตำรวจและโรงเรียน ในจังหวัดปัตตานีรวม 4 จุด ต่อมาวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2531 จังหวัดนราธิวาส คนร้ายบุกเข้าจับคนงานไทยพุทธ บริษัท ไทยถาวรท่าไม้ ก่อนฆ่าด้วยอาวุธปืน ทั้ง 3 ราย
แต่สถานการณ์บานปลายหลังปี 2544 และมีการระบาดใหม่ในปี 2547 ซึ่งบางครั้งล้นไปจังหวัดใกล้เคียง มีเหตุการณ์ที่มีการอ้างว่าผู้ก่อการกำเริบภาคใต้ เป็นผู้ลงมือเกิดในกรุงเทพมหานครและจังหวัดภูเก็ต
นักสื่อสารมวลชนมักอ้างอิงเหตุการณ์ที่ ทักษิณ ชินวัตร ตัดสินใจยุบ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ คณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภารใต้ สำนักงานคณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ และกองบัญชาการผสมพลเรือน ตำรวจ ทหารที่ 43 ในวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2545 เป็นปฐมบทของความรุนแรงของความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย ที่เกิดขึ้นจนถึงปัจจุบันส่วนเหตุการณ์ที่นักวิชาการถือว่าเป็นปฐมบทของความรุนแรงรอบใหม่ได้แก่เหตุการณ์ปล้นปืนครั้งใหญ่เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2547 ที่กองพันพัฒนาที่ 4 ค่ายกรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ อ.เจาะไอร้อง จ.นราธิวาส
ในวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 นายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉิน เพื่อรับมือกับสถานการณ์ความไม่สงบภาคใต้ แต่การก่อการกำเริบยิ่งบานปลาย ในเดือนกันยายน 2549 คณะทหารผู้ยึดอำนาจการปกครองรัฐประหาร คณะผู้ยึดอำนาจการปกครองมีการเปลี่ยนนโยบายใหญ่ โดยแทนแนวทางก่อนหน้าของทักษิณ ชินวัตร ด้วยการรณรงค์เพื่อชนะใจของผู้ก่อการกำเริบ แม้มีความคืบหน้าเล็กน้อยในการจัดการกับความรุนแรง แต่คณะผู้ยึดอำนาจการปกครองประกาศว่าความมั่นคงกำลังดีขึ้นและสันติภาพจะคืนสู่ภูมิภาคภายในปี 2551 ทว่า ในเดือนมีนาคม 2551 ยอดผู้เสียชีวิตเกิน 3,000 คน
ในสมัยรัฐบาลอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ กษิต ภิรมย์ ว่า เขามั่นใจว่าจะนำสันติภาพสู่ภูมิภาคภายใน พ.ศ. 2553 แต่เมื่อถึงปลายปีนั้น ความรุนแรงได้มีเพิ่มมากขึ้น ตรงกันข้ามกับการมองโลกในแง่ดีของรัฐบาลกรมสอบสวนคดีพิเศษ จัดตั้ง ศูนย์ปฏิบัติการคดีพิเศษจังหวัดชายแดนภาคใต้ ในปี พ.ศ. 2554 และในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2554 รัฐบาลยอมรับว่าสถานการณ์ได้เพิ่มมากขึ้น และไม่สามารถแก้ไขได้ภายในเวลาไม่กี่เดือนหลังวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 เวลา 3.00 น.คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ประกาศใช้กฎอัยการศึกทั่วประเทศ 10 เดือน 11 วัน โดยยกเลิกในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2558
ผู้นำท้องถิ่นเรียกร้องอัตตาณัติระดับหนึ่งแก่ภูมิภาคปัตตานีจากประเทศไทยอย่างต่อเนื่องและขบวนการผู้ก่อการกำเริบแยกตัวออกบางส่วนเรียกร้องให้มีการเจรจาสันติภาพ ทว่า กลุ่มเหล่านี้ส่วนใหญ่ถูกเบี่ยงเบนความสนใจโดยกลุ่มขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี-โคออร์ดิเนต (BRN-C) ซึ่งเป็นกลุ่มที่กำลังเป็นหัวหอกการก่อการกำเริบ กลุ่มนี้ไม่เห็นเหตุผลให้ต้องเจรจาแและคัดค้านการพูดคุยกับกลุ่มก่อการกำเริบอื่น BRN-C มีเป้าหมายทันทีเพื่อทำให้ภาคใต้ของประเทศไทยปกครองไม่ได้และประสบความสำเร็จเป็นส่วนใหญ่
รัฐบาลได้จัดตั้งคณะกรรมการวิสามัญศึกษาปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ครั้งแรกเมื่อ 22 พฤษภาคม ปี พ.ศ. 2533
ในวันที 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2534 มีประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในบางพื้นที่ แต่ยังคงใช้กับจังหวัดยะลาเฉพาะ อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอเบตา และอำเภอยะหา จังหวัดนราธิวาสเฉพาะอำเภอจะแนะ อำเภอเจาะไอร้อง อำเภอระแงะ อำเภอแว้ง อำเภอศรีสาคร และอำเภอสุคิริน นับเป็นการใช้กฎอัยการศึกอย่างเป็นทางการในการแก้ปัญหาเป็นครั้งแรก
ในวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 มีประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในบางพื้นที่ แต่ยังคงใช้กับ จังหวัดนราธิวาสเฉพาะอำเภอจะแนะ อำเภอเจาะไอร้อง อำเภอระแงะ อำเภอแว้ง อำเภอศรีสาคร และอำเภอสุคิริน
จังหวัดยะลาเฉพาะอำเภอกาบัง อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอเบตา และอำเภอยะหาและประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2548
กลุ่มทหารโจรปัตตานี เริ่มต้นสร้างสถานการณ์ความไม่สงบขึ้นอีกครั้งในปี พ.ศ. 2544 เอกลักษณ์ของผู้ก่อการที่ต้องการผลักดันให้เกิดความขัดแย้งขึ้นนั้น ยังคงคลุมเครือเสียเป็นส่วนใหญ่ ผู้เชี่ยวชาญในระดับท้องถิ่นและภูมิภาคได้แสดงให้เห็นว่า สถานการณ์ดังกล่าวเกี่ยวข้องกับกลุ่มแบ่งแยกดินแดนดั้งเดิมในภูมิภาค อย่างเช่น พูโล บีอาร์เอ็น และจีเอ็มไอพี โดยเฉพาะอย่างยิ่ง บีอาร์เอ็น โคออดิเนต (อันเป็นสาขาหนึ่งของบีอาร์เอ็น) และกลุ่มติดอาวุธที่ถูกกล่าวหาว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับบีอาร์เอ็น คือ รันดา คัมปูรัน คีซิล ส่วนคนอื่นเสนอแนะว่า ความรุนแรงดังกล่าวเกิดขึ้นภายใต้อิทธิพลของกลุ่มอิสลามต่างชาติ อาทิ อัลกออิดะห์และญะมาอะห์ อิสลามียะห์ แต่ด้วยวิธีการทำงานของกองโจรในภาคใต้ ซึ่งโจมตีคลังอาวุธทหารและโรงเรียน ไม่เหมือนกับวิธีการปฏิบัติของกลุ่มอื่นซึ่งโจมตีเป้าหมายของชาติตะวันตก มุมมองที่ว่ากองโจรในภูมิภาคมีส่วนเกี่ยวข้องกับกลุ่มต่างชาตินั้นจึงอ่อน
ในตอนแรก รัฐบาลมองว่าการสร้างสถานการณ์ดังกล่าวเป็นฝีมือของโจร และอันที่จริงแล้ว ผู้สังเกตการณ์ภายนอกจำนวนมากก็เชื่อว่า กลุ่มท้องถิ่น คู่แข่งทางธุรกิจหรืออาชญากรรม มีส่วนเกี่ยวข้องกับสถานการณ์ในภูมิภาคดังกล่าว เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2545 หลังจากตำรวจเสียชีวิตไป 14 นาย ในการโจมตีหลายครั้งซึ่งเกิดขึ้นในช่วงเวลานานเจ็ดเดือน นายกรัฐมนตรี ทักษิณ ชินวัตร ได้ปฏิเสธถึงบทบาทของศาสนาในการโจมตีดังกล่าว เพราะตำรวจที่เสียชีวิตไปหลายคนนั้นเป็นมุสลิมด้วย
พล.อ.กิตติ รัตนฉายา ให้สัมภาษณ์ลง หนังสือพิมพ์ผู้จัดการรายวัน เมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2545 โดยกล่าวตอนหนึ่งว่า จริง ๆ แล้ว ณ วันนี้ยังไม่มีใครหาคำตอบได้ว่า สถานการณ์ที่เกิดขึ้นในภาคใต้นั้น เป็นโจรธรรมดา หรือกลุ่มขบวนการ แต่ความจริงเรื่องหนึ่งที่สังคมต้องยอมรับก็คือ ขบวนการโจรก่อการร้ายนั้นยังมีอยู่ โดยส่วนนำอยู่ที่ประเทศมาเลเซีย ตะวันออกกลาง และในกลุ่มประเทศยุโรป ซึ่งแนวร่วมก็คือประชาชนในพื้นที่นั่นเอง วันนี้ เราชอบพูดว่า ไม่มีแล้วขบวนการ แต่จริง ๆ นั้นมี และเรื่องภาคใต้วันนี้ก็เชื่อมโยงถึงขบวนการแน่นอน
รัฐบาลทักษิณ 1 (พ.ศ. 2544-48) มีสมาชิกรัฐสภาเป็นมุสลิมหลายสิบคน สภาจังหวัดในจังหวัดชายแดนมีสมาชิกส่วนใหญ่เป็นมุสลิม และเทศบาลหลายแห่งในภาคใต้ มีนายกเทศมนตรีเป็นมุสลิม มุสลิมเริ่มมีสิทธิ์มีเสียงในทางการเมืองอย่างเปิดเผยมากขึ้น และได้รับเสรีภาพในการนับถือศาสนามากยิ่งขึ้น อย่างไรก็ตาม เมื่อ ทักษิณ ชินวัตร มีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 123/2545 ยุบศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ คณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ สำนักงานคณะกรรมการอำนวยการแก้ไขปัญหาความมั่นคงจังหวัดชายแดนภาคใต้ และกองบัญชาการผสมพลเรือน ตำรวจ ทหารที่ 43 ในวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2545ต่อมาในวันที่ 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2545 มีประกาศสภาผู้แทนราษฎร เรื่องตั้งคณะกรรมมาธิการวิสามัญพิจารณาศึกษาการลอบวางระเบิด และก่อความไม่สงบเรียบร้อยในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้
กองกำลังที่ถูกยุบถูกแทนที่ด้วยกองกำลังตำรวจ ที่มีเรื่องฉาวโฉ่ในด้านการคอร์รัปชั่น ซึ่งได้เริ่มการปราบปรามอย่างกว้างขวางในทันที การปรึกษาหารือกับผู้นำชุมชนท้องถิ่น ก็ได้ถูกยกเลิกไปด้วย ความไม่พอใจต่อการละเมิดดังกล่าว ได้นำไปสู่ความรุนแรงที่เพิ่มมากขึ้นระหว่าง พ.ศ. 2547 และ 2548
ในปีเดียวกัน ทักษิณ ชินวัตร กล่าวว่า "ไม่มีการแบ่งแยกดินแดน ไม่มีผู้ก่อการร้ายอุดมการณ์ มีแต่โจรกระจอก" แต่ในปี พ.ศ. 2547 เขาได้เปลี่ยนท่าที และจัดว่าสถานการณ์ดังกล่าวเป็นสงครามต่อต้านการก่อการร้ายในประเทศ มีการประกาศกฎอัยการศึกในจังหวัดปัตตานี ยะลา และนราธิวาส ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2547โดยสื่อมวลชนและนักวิชาการถือว่าเหตุการณ์ปล้นปืนครั้งใหญ่เมื่อวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2547 ที่กองพันพัฒนาที่ 4 ค่ายกรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ อ.เจาะไอร้อง จ.นราธิวาส เป็นจุดเริ่มต้นของความรุนแรงในพื้นที่รอบใหม่ในวันที่ 4 ตุลาคม 2547 รัฐบาลจัดตั้งกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ตามคำสั่ง สำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 260/2547โดยยกเลิกคำสั่งเดิม
เมื่อ วันที่ 25 ตุลาคม พ.ศ. 2547 เกิดเหตุกรณีตากใบซึ่งส่งผลให้ชาวบ้านไม่ไว้ใจเจ้าหน้าที่ตำรวจทหาร และหันมาเป็นศัตรูกับทหารและตำรวจมากขึ้น เนื่องจากเจ้าหน้าที่อ้างว่ากลุ่มชาวบ้านที่ประท้วงถูกจ้างและจัดตั้งขึ้นมา ในขณะที่ชาวบ้านเสียชีวิตถึง 85 รายภายหลังจากเหตุการณ์นี้คำอธิบายจากเจ้าหน้าที่รัฐกรณีเกิดเหตุก่อการร้ายมักได้รับการอธิบายว่าเกิดจากชาวบ้านรับจ้างให้ก่อเหตุ
มุข สุไลมาน กล่าวสัมภาษณ์ลง หนังสือพิมพ์ผู้จัดการรายวัน เมื่อวันที่ 15 พฤศจิกายน 2545 ตอนหนึ่งว่า เหตุการณ์เผาโรงเรียน และวางระเบิดที่ต่าง ๆ ผมมั่นใจว่าไม่ใช่ขบวนการแบ่งแยกดินแดนอย่างชัดเจน แต่เกิดจากบางคนที่ชอบรับจ้าง โดยอาจจะติดยาเสพติด เคยมีคดีลักขโมยน้อย รอรับจ้างอย่างเดียว ใครจ้างก็ทำตลอด แม้ว่าจะจับคนหนึ่งก็จะมีคนหนึ่งทำต่อ เพราะคนรับจ้างมันเยอะ จะสาวไปถึงผู้ว่าจ้างมันก็ยาก ทั้ง ๆ ที่รู้ แต่ไม่สามารถหาของกลางได้ ซึ่งเมื่อถามผมว่า รู้ได้อย่างไร ในหลักฐานผมก็บอกไม่ได้
ในขณะที่ สมชาย นีละไพจิตร ให้สัมภาษณ์ว่าหลายกรณีเจ้าหน้าที่ทหารตำรวจ ทรมานผู้ต้องสงสัยให้รับสารภาพ ด้วยการให้คนอื่นปัสสาวะใส่หน้า ใช้ไฟฟ้าช็อตตามร่างกายและอวัยวะเพศ สมชาย นีละไพจิตร หายตัวไปอย่างลึกลับแม้อัยการสั่งฟ้องเจ้าหน้าที่ตำรวจ 5 ราย แต่ศาลยกฟ้องในที่สุด
ในวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 มีการใช้พระราชกำหนดในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 ในพื้นที่จังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส รัฐบาลแต่งตั้ง พลโท ขวัญชาติ กล้าหาญ แม่ทัพภาคที่4 เป็นผู้อำนวยการ กองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ พร้อมทั้งตั้ง คณะกรรมการนโยบายเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ให้พลตำรวจเอก ชิดชัย วรรณสถิตย์ เป็นประธานกรรมการ
ในวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ. 2548 รัฐบาลแต่งตั้ง คณะกรรมการบริหารจัดการในพื้นที่ตามนโยบายและยุทธศาสตร์เสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ หรือ กบชต.
หลังจากรัฐประหารในปี พ.ศ. 2549 ซึ่งทำให้ ทักษิณ ชินวัตร พ้นจากตำแหน่ง รัฐบาล สุรยุทธ์ จุลานนท์ มีการประกาศกฎอัยการศึกในพื้นที่ทั่วราชอาณาจักรในวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 ต่อมาในวันที่ 21 มกราคม พ.ศ. 2550 รัฐบาลคงกฎอัยการศึกในจังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส จังหวัดยะลา และจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอจะนะ อำเภอเทพา อำเภอนาทวี อำเภอสะเดา อำเภอสะบ้าย้อย ใน31 ธันวาคม พ.ศ. 2550 รัฐบาลคงกฎอัยการศึกในจังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส จังหวัดยะลา และจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอจะนะ อำเภอเทพา อำเภอนาทวี อำเภอสะเดา อำเภอสะบ้าย้อย นับว่ารัฐบาล สุรยุทธ์ จุลานนท์ ใช้อำนาจตามกฎหมายมากที่สุดเป็นประวัติศาสตร์ กล่าวคือใช้อำนาจตาม พระราชกำหนดในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 ในจังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส และจังหวัดยะลา และขยายพื้นที่กฎอัยการศึกในจังหวัดปัตตานี และจังหวัดสงขลาเฉพาะอำเภอจะนะ อำเภอเทพา อำเภอนาทวี อำเภอสะเดา อำเภอสะบ้าย้อย
ในวันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2553 รัฐบาล อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ คงกฎอัยการศึกในจังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส จังหวัดยะลา และจังหวัดสงขลา อำเภอสะเดากฎอัยการศึกยังคงใช้ในพื้นที่ดังกล่าวถึงปัจจุบัน เป็นระยะเวลา 10 ปี เนื่องจาก ประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกไม่กระทบต่อการประกาศใช้กฎอัยการศึกที่มีผลใช้บังคับก่อนวันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2557
อย่างไรก็ตาม สถานการณ์กลับทวีความรุนแรงยิ่งขึ้น ซึ่งข้อเท็จจริงดังกล่าวน่าจะเป็นการสนับสนุนการยืนยันที่ว่า มีกลุ่มหลายกลุ่มมีส่วนเกี่ยวข้องในการสร้างสถานการณ์ และมีกลุ่มจำนวนน้อยที่สงบลง จากการเปลี่ยนยุทธศาสตร์ของรัฐบาล
ก่อนหน้านี้ ในปี พ.ศ. 2539 ได้เกิดเหตุการณ์รุนแรงทั้งหมด 42 ครั้ง และเพิ่มเป็น 83 ครั้งในปี พ.ศ. 2540 และ 139 ครั้งในปี พ.ศ. 2541 ส่วนในปี พ.ศ. 2545 เกิดเหตุการณ์รุนแรงขึ้น 82 ครั้ง และ 84 ครั้งในปี พ.ศ. 2546
ในปี พ.ศ. 2551 รัฐบาลจัดตั้ง กองร้อยบังคับการและบริการส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ ขึ้น ตามคำสั่งกองบัญชาการกองอาสารักษาดินแดนที่ 10/2551 ลงวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2551ตามคำสั่ง พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ ในฐานะผู้บัญชาการกองอาสารักษาดินแดน และจัดตั้ง กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร ภาค 4 และ คณะกรรมการเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยออกระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยระบบบริหารจัดการเพื่อเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ. 2551
อย่างไรก็ตามรัฐบาลไม่สามารถแก้ปัญหาได้ โดยเป็นที่รับรู้โดยทั่วไปว่า พื้นที่ในจังหวัดปัตตานี จังหวัดนราธิวาส และจังหวัดยะลา เป็นพื้นที่ที่มีธุรกิจผิดกฎหมายเติบโตขึ้นอย่างมากอาทิ ธุรกิจยาเสพติด บ่อนการพนัน การค้าประเวณี ธุรกิจน้ำมันเถื่อน และ ตำรวจทหารเป็นคนเก็บเงินค่าส่วยในพื้นที่เสียเอง สถานการณ์จึงยิ่งซับซ้อนขึ้นเนื่องจากทหารและตำรวจ ต้องรบกับทหารและตำรวจส่วนหนึ่ง ที่หันมาเป็นผู้มีอิทธิพลหรือเป็นโจรเสียเองปัญหาความไม่ไว้วางใจของประชาชนที่มีต่อเจ้าหน้าที่ตำรวจทหารเนื่องจากสงสัยว่าหลายกรณีมีการจับแพะและเคยมีกรณีที่ถูกเจ้าหน้าที่ทรมานผู้ต้องหา ปัญหาการไม่ให้ความร่วมมือของประชาชนในพื้นที่ ปัญหาความขัดแย้งระหว่างชาวไทยพุทธและชาวไทยมุสลิม ปัญหาความขัดแย้งผลประโยชน์นักการเมืองท้องถิ่น ปัญหาความต้องการแบ่งแยกดินแดน ปัญหาธุรกิจยาเสพติดบ่อนการพนันและค้าประเวณี ปัญหาความไม่แน่ชัดว่าศัตรูของทหาร ตำรวจ และ กองอาสารักษาดินแดน นั้นคือใคร
บางปัญหาก็มีความขัดแย้งระหว่างเจ้าหน้าที่รัฐกับประชาชน อาจกล่าวสรุปได้ว่า เจ้าหน้าที่รัฐเห็นว่าประชาชนเป็นผู้ร้าย ส่วน ประชาชนเห็นว่าเจ้าหน้าที่รัฐเป็นผู้ร้าย เจ้าหน้าที่รัฐยืนยันถึงสงครามระหว่างขบวนการโจรแบ่งแยกดินแดนเป็นประเด็นสำคัญซึ่ง ซัยยิดสุไลมาน ฮูซัยนี ประธานสถาบันศึกษาอัล-มะห์ดีย์ เห็นว่าเป็นประเด็นรองเขากล่าวตอนหนึ่งว่า ส่วนตัวเองมองว่า สถานการณ์ภาคใต้ มีสถานการณ์แอบแฝงอยู่ กลุ่มก่อการอาจมาจากหลายกลุ่ม กลุ่มอิทธิพลท้องถิ่น หรืออะไรก็ตาม แต่พี่น้องมุสลิม ไม่สามารถทำได้ เพราะเก่งกาจขนาดนี้ ไม่เคยมีประวัติศาสตร์การต่อสู้ของชาวมุสลิม กลุ่มมุสลิมไม่ใช่คนก่อเหตุ
ฝ่ายเจ้าหน้าที่รัฐยืนยันถึงความเกลียดชัง ความขัดแย้งระหว่างชาวไทยพุทธ และชาวไทยมุสลิม ส่วน ฝ่ายประชาชนเห็นว่าความขัดแย้งระหว่างชาวไทยต่างศาสนาไม่มีในพื้นที่เลย
ในปี พ.ศ. 2553 รัฐบาลออกกฎหมาย พระราชบัญญัติการบริหารราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ. 2553 กำหนดให้มี คณะกรรมการยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กพต.) โดยมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน ในปี พ.ศ. 2554 กรมสอบสวนคดีพิเศษ จัดตั้ง ศูนย์ปฏิบัติการคดีพิเศษจังหวัดชายแดนภาคใต้ ขึ้น และในวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ. 2555 รัฐบาล ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร จัดตั้ง ศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้
มีการอ้างว่าความยากจนและปัญหาเศรษฐกิจ เป็นปัจจัยหนึ่งเบื้องหลังการก่อการกำเริบด้วย จังหวัดชายแดน ยังมีรายได้เฉลี่ยต่ำสุด เมื่อเทียบกับจังหวัดภาคใต้ด้วยกัน แม้ว่าสมรรถนะของเศรษฐกิจชายแดนภาคใต้ พัฒนาขึ้นอย่างเห็นได้ชัดในช่วงทศวรรษหลัง ๆ ระหว่างปี 2526 ถึง 2546 รายได้ต่อหัวของจังหวัดปัตตานีเพิ่มขึ้นจาก 9,340 บาท เป็น 57,621 บาท ขณะที่รายได้ต่อหัวของจังหวัดยะลาและนราธิวาส ก็เพิ่มขึ้นจาก 14,987 บาท เป็น 52,737 บาท และจาก 10,340 บาท เป็น 38,553 บาท ตามลำดับ กระนั้น
การขาดประสิทธิภาพการจัดการทรัพยากรเพื่อพัฒนาท้องถิ่น เป็นปัจจัยหนึ่งของความไม่สงบ เอกชนมักไม่มีส่วนร่วมในการลงทุน เพราะพื้นที่อยู่ภายใต้หน่วยงานความมั่นคงของรัฐ คณะกรรมการสมานฉันท์แห่งชาติรายงานว่า โครงสร้างการพัฒนาเศรษฐกิจของภาคใต้มีปัญหา เพราะมีประชากรยากจนสูง และมีการแย่งชิงทรัพยากร กระนั้น นักวิเคราะห์ทางสังคมกลับมองว่า ความยากจนเองมิใช่ปัญหาทั้งหมด แต่เป็นการไม่ได้รับความยุติธรรมมากกว่า และในการแก้ปัญหาความรุนแรง รัฐควรแก้ปัญหาแรงจูงใจทางการเมือง
อย่างไรก็ตาม พล.ต.ท. อุดม เจริญ อดีตผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติให้สัมภาษณ์หนังสือพิมพ์มติชนรายวัน ในวันที่ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2547 โดยกล่าวว่า จากประสบการณ์ที่อยู่ใน จ.ยะลา 10 กว่าปี รู้ว่าอะไรเป็นอะไร และรู้ว่ามีกลุ่มที่ก่อความไม่สงบในภาคใต้ รับเงินจากต่างประเทศ แล้วนำเงินมาปลูกฝังความเข้าใจผิด ๆ ให้นักเรียน
เป็นที่ยอมรับโดยทั่วไปว่าเจ้าหน้าที่รัฐมักเอ่ยถึงผู้ว่างงาน รับจ้างก่ออาชญากรรมในพื้นที่
ในระบบโรงเรียนปอเนาะ (Ponok) ของไทย พบว่ามีบางโรงเรียนที่มีเป้าหมายการแบ่งแยกดินแดน หรือการทำสงครามศักดิ์สิทธิ์ เพื่อตอบโต้รัฐบาลไทย ที่ชาวมุสลิมมลายูในพื้นที่เชื่อว่ากดขี่ข่มเหงพวกเขาชัดเจน ระบบโรงเรียนดังกล่าวถูกกลุ่มแบ่งแยกดินแดนแทรกซึม แล้วเผยแพร่ลัทธิอุดมการณ์ ซึ่งหน่วยข่าวกรองกองทัพบก ระบุว่า โรงเรียนสอนศาสนากลายเป็นแหล่งบ่มเพาะสมาชิกใหม่ของกลุ่มต่าง ๆ และหัวหน้ากลุ่มแบ่งแยกดินแดนนั้น ก็สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนปอเนาะ
เป็นที่ยอมรับอย่างกว้างขวางว่ามีความขัดแย้งทางผลประโยชน์ระหว่างนักการเมืองท้องถิ่น ในวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2544 นายมีลาภ เทพฉิม ประธานกรรมการบริหาร อบต.ปากแตระ อ.ระโนด จ.สงขลา ใช้อาวุธปืน 11 มม.จ่อยิงประธานสภา และสมาชิกสภา อบต.ทีละคน เสียชีวิต 3 ราย
พล.อ.หาญ ลีนานนท์ ให้สัมภาษณ์ลงหนังสือพิมพ์มติชนรายวัน ในวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2547 ตอนหนึ่งว่าการเมืองท้องถิ่นนั้นแหละตัวแสบ ทำให้พื้นที่ตกอยู่ภายในอำนาจมืด คนในพื้นที่รู้ดีว่าพวกนี้ถือหางใคร เป็นหัวคะแนนใคร แก้ปัญหาที่ลูบหน้าปะจมูก จนทำให้รังสีโจรแน่น ครอบคลุมพื้นที่ไปหมด แล้วอย่างนี้ ท่านผู้ทรงเกียรติทั้งหลาย จะไม่ทำให้สภาปั่นป่วนหรือ
ในวันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2554 เกิดเหตุคนร้ายลอบฆ่า นายมุคตาร์ กีละ อายุ 47 ปี หัวหน้าพรรคประชาธรรม
ในวันที่ 4 กรฎาคม พ.ศ. 2556 เกิดเหตุคนร้ายลอบฆ่า นายแวตูลอ แวเต๊ะ สมาชิก อบต.เนินงาม เสียชีวิต ต่อมา ในวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2556 นายอับดุลรอฟา ปูแทน อดีต สจ.ปัตตานี เขต อ.ยะรัง ถูกคนร้ายลอบฆ่าเสียชีวิต
ในวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2556 พ.อ.บรรพต พูลเพียร โฆษก กอ.รมน. กล่าวตอนหนึ่งว่า โดยทั่วไป ความขัดแย้งของการเมืองท้องถิ่น จะเชื่อมโยงกับกลุ่มผู้มีอิทธิพลในพื้นที่ ที่ต้องการรักษาผลประโยชน์ของกลุ่ม จนกลายเป็นปัญหาภัยแทรกซ้อน
วันที่ 19 ธันวาคม 2556 คนร้ายลอบยิงกำนัน ต.มะนังดาลำ นางมัสกะ มะอิง เสียชีวิต
ภายหลังปี พ.ศ. 2547 พบเหตุการณ์ข่มขู่คนไทยที่นับถือศาสนาพุทธเพิ่มขึ้นอาทิ มีการแจกใบปลิวไปทั่วหมู่บ้าน ใจความข่มขู่เอาชีวิต หากชาวไทยพุทธรายใดไม่ยอมขายสวนยางพาราในราคาถูกในวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2556 พบใบปลิว เขียนข้อความโจมตีเจ้าหน้าที่รัฐเกี่ยวกับเหตุการณ์สังหาร นายอับดุลรอฟา พร้อมประกาศเอาชีวิตคนไทยพุทธหากเกิดการฆ่าชาวมลายูมุสลิม นายจอห์น แบรนดอน ผอ.โครงการความสัมพันธ์ระหว่างประเทศแห่งมูลนิธิเอเซีย ในกรุงวอชิงตัน ดี.ซี .สหรัฐอเมริกา กล่าวตอนหนึ่งว่ามุสลิม 5 ล้านคน ไม่พอใจยิ่ง ที่ถูกปฏิเสธไม่ยอมรับภาษา วัฒนธรรม และความเป็นมลายู
รัฐบาลในหลาย ๆ รัฐบาลได้จัดตั้ง หน่วยงานในลักษณะที่ส่งตำรวจทหาร และเจ้าหน้าที่จากส่วนกลางหรือจากกรุงเทพมหานคร ลงไปทำงานในพื้นที่ แม้แต่รัฐบาล พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา ก็แก้ปัญหาในลักษณะเดียวกัน แตกต่างตรงที่รัฐบาลแต่งตั้งบุคคลเองทั้งหมดในนาม ผู้แทนพิเศษของรัฐบาลหน่วยงานเหล่านี้ถูกแต่งตั้งขึ้นและยุบแล้วแต่งตั้งใหม่ในชื่อที่แตกต่างกันไป อาทิ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ คณะกรรมการนโยบายเฉพาะกิจแก้ไขปัญหาและพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ กองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ศูนย์ปฏิบัติการคดีพิเศษจังหวัดชายแดนภาคใต้ คณะกรรมการบริหารจัดการในพื้นที่ตามนโยบายและยุทธศาสตร์เสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักรภาค 4 ส่วนหน้า ศูนย์ปฏิบัติการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ กองร้อยบังคับการและบริการส่วนหน้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ คณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ การแก้ปัญหามีปัญหาอย่างมากเนื่องจากมีความเห็นแตกต่างกันอย่างมากในเรื่องของอำนาจในการคุมพื้นที่โดยฝ่ายทหารต้องการคุมพื้นที่ทั้งหมด และกดดัน รัฐบาล ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร ให้ลดอำนาจ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ลง ซึ่ง ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ มีอำนาจเพิ่มขึ้นในสมัยรัฐบาล อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ เนื่องจากมีการออก พรบ.การบริหารราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ. 2553 การแก้ปัญหาของภาครัฐก่อให้เกิดปัญหาเสียเองเนื่องจากคนในภาครัฐแย่งอำนาจกันเองในการคุมพื้นที่
ในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2534 คณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ ก่อเหตุการณ์รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2534นับเป็นการใช้กฎอัยการศึกทั่วราชอาณาจักรส่งผลให้การแก้ปัญหาความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย อยู่ภายใต้กฎอัยการศึก อย่างเป็นทางการ
ในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2534 มีประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในบางพื้นที่ แต่ยังคงใช้กับจังหวัดยะลาเฉพาะ อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอเบตง และอำเภอยะหา จังหวัดนราธิวาสเฉพาะอำเภอจะแนะ อำเภอเจาะไอร้อง อำเภอระแงะ อำเภอแว้ง อำเภอศรีสาคร และอำเภอสุคิริน จังหวัดสงขลา เฉพาะ อำเภอนาทวี อำเภอสะเดา และ อำเภอสะบ้าย้อย
ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2540 มีพระราชกฤษฎีกาตั้งอำเภอกาบัง จังหวัดยะลา
ในวันที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 มีประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในบางพื้นที่ แต่ยังคงใช้กับ จังหวัดนราธิวาสเฉพาะ อำเภอจะแนะ อำเภอเจาะไอร้อง อำเภอระแงะ อำเภอแว้ง อำเภอศรีสาคร และอำเภอสุคิริน จังหวัดยะลาเฉพาะอำเภอกาบัง อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอเบตง และอำเภอยะหาจังหวัดสงขลา เฉพาะ อำเภอนาทวี อำเภอสะเดา และ อำเภอสะบ้าย้อยและประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2548
จึงสรุปได้ว่าจังหวัดนราธิวาส เฉพาะอำเภอจะแนะ อำเภอเจาะไอร้อง อำเภอระแงะ อำเภอแว้ง อำเภอศรีสาคร และอำเภอสุคิริน จังหวัดยะลาเฉพาะอำเภอกาบัง อำเภอธารโต อำเภอบันนังสตา อำเภอเบตง และอำเภอยะหา มีการประกาศกฎอัยการศึกตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2534 ถึงวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 เป็นระยะเวลา 14 ปี 4 เดือน 26 วัน
ส่วนจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอสะเดา ไม่ได้รับการยกเลิกกฎอัยการศึกตามพระบรมราชโองการประกาศเลิกใช้กฎอัยการศึกในบางเขตพื้นที่ อำเภอสะเดา จึงใช้กฎอัยการศึกยาวนาน จนเลิกเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2558 รวมระยะเวลาประกาศกฎอัยการศึก ยาวนานถึง 24 ปี 1 เดือน 8 วัน
หลังรัฐประหารในปี พ.ศ. 2557 พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา ดำเนินนโยบายโดยให้มีแม่ทัพภาคที่ 4 เป็นคนในพื้นที่เป็นครั้งแรกได้แก่ พลโท วิวรรธน์ ปฐมภาคย์ รัฐบาลจัดตั้ง คณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ จัดตั้ง คณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ให้ พลเอก กิตติ อินทสร เป็นประธานกรรมการ นายบัญญัติ จันทน์เสนะ เป็นรองประธานกรรมการ พลโท เรืองศักดิ์ สุวรรณนาคะ เป็นรองประธานกรรมการนาย ศุภณัฐ สิรันทวิเนติ ผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นกรรมการและเลขานุการ นับเป็นครั้งแรกที่ผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นกรรมการในคณะกรรมการที่รัฐบาลแต่งตั้งขึ้นโดยก่อนหน้านี้ไม่มีการแต่งตั้งผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นกรรมการในคณะกรรมการเพื่อแก้ไขความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย โดยมีผลในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2559
รัฐบาลได้แต่งตั้ง พลโท ปิยวัฒน์ นาควานิช น้องชาย พลเอก ธีรชัย นาควานิช อดีตเลขาธิการคณะรักษาความสงบแห่งชาติ และอดีตผู้บัญชาการทหารบก เป็นแม่ทัพภาคที่ 4 นับเป็นครั้งแรกที่ แม่ทัพภาคที่ 4 เป็นน้องชายของอดีตผู้บัญชาการทหารบก โดยมีผลในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2559
ในปี พ.ศ. 2558 ได้มีการแปรสภาพ ตำแหน่ง จังหวัดทหารบกปัตตานีและจังหวัดทหารบกสงขลาเป็นมณฑลทหารบกมีการแต่งตั้ง พลตรี เอกรัตน์ ช้างแก้ว เป็นผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจนราธิวาส ในปี พ.ศ. 2559 ได้มีการแต่งตั้งพลตรี สมพล ปานกุล เป็นผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจยะลา พลตรี วิรัชช์ กมลศิลป์ เป็น ผู้บัญชาการมณฑลทหารบกที่ 42 และผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจสงขลา ในวันที่ 1 เมษายน 2560 ได้แต่งตั้ง พันเอก จตุพร กลัมพสุต เป็น ผู้บัญชาการมณฑลทหารบกที่ 46 แทน พลตรี โภชน์ นวลบุญ
พลตำรวจเอก จักรทิพย์ ชัยจินดา มอบหมายให้ พลตำรวจโท รณศิลป์ ภู่สาระ เพื่อนร่วมรุ่นนักเรียนนายร้อยตำรวจ รุ่น 36 เป็นผู้อำนวยการศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้พลตำรวจตรี พัฒนวุธ อังคะนาวิน พลตำรวจตรี พุทธิชาต เอกฉันท์ พลตำรวจตรี มณฑล เงินวัฒนะ พลตำรวจตรี ทนงศักดิ์ วังสุภา เป็นรองผู้อำนวยการศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้ต่อมามีการยุบศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้รวมกับกองบัญชาการตำรวจภูธรภาค 9 ในวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2560 ส่งผลให้ผู้บัญชาการสูงสุดฝ่ายตำรวจที่แก้ไขปัญหาความไม่สงบชายแดนภาคใต้เปลี่ยนตัวบุคคลเป็น พลตำรวจโท สาคร ทองมุณี
ในส่วน กองอาสารักษาดินแดน พลเอก อนุพงษ์ เผ่าจินดา ในฐานะผู้บัญชาการกองอาสารักษาดินแดน ลงนามในคำสั่งกองบัญชาการกองรักษาดินแดนที่ 57/2559 เรื่องจัดตั้งส่วนราชการในกองบัญชาการกองรักษาดินแดน จัดตั้ง กองร้อยปฏิบัติการฝึกที่ 1 ที่ อำเภอเมืองยะลา และ กองร้อยปฏิบัติการพิเศษที่ 2 ในวันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2559 โดยมี นายกองตรี ปารเมศ เห้งสวัสดิ์ เป็น ผู้บังคับกองร้อย ปฏิบัติการพิเศษที่ 2 คนแรก และ นายหมวดเอก เศรษฐการ เพชรวารี เป็นรองผู้บังคับกองร้อย และในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2559 มีการแต่งตั้ง นายหมวดโท อดุลย์ หมื่นลึก เป็นผู้บังคับหมวด
พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา ประกาศพื้นที่ประกาศพื้นที่ปรากฏเหตุการณ์อันกระทบต่อความมั่นคงภายในราชอาณาจักร ในเขตพื้นที่อำเภอแม่ลาน จังหวัดปัตตานี และอำเภอจะนะ อำเภอนาทวี อำเภอเทพา และอำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา โดยประกาศใช้พระราชบัญญัติความมั่นคงภายในราชอาณาจักร พ.ศ. 2551 มีผลตั้งแต่ ระหว่างวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2559 ถึงวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2561 และมอบหมายให้กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักรเป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการ
รัฐบาลแต่งตั้งผู้แทนพิเศษของรัฐบาล ในวันที่ 4 ตุลาคม พ.ศ. 2559 โดยผู้แทนพิเศษของรัฐบาล จำนวน 13 ราย มี พล.อ.อุดมเดช สีตบุตร เป็นหัวหน้าผู้แทนพิเศษของรัฐบาล พล.อ.สุรเชษฐ์ ชัยวงศ์ เป็นรองหัวหน้าผู้แทนพิเศษของรัฐบาล และให้ผู้แทนพิเศษของรัฐบาลเป็นคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ นับว่ามีการแต่งตั้งบุคคลเป็นกรรมการเพื่อแก้ไขปัญหาความไม่สงบมากที่สุดในประวัติศาสตร์ กล่าวคือคณะกรรมการขับเคลื่อนการแก้ไข้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ จำนวน 20 ราย คณะกรรมการที่ปรึกษาการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ 60 ราย และคณะผู้แทนพิเศษรัฐบาลจำนวน 13 ราย รวมทั้งสิ้น 93 ราย สำหรับผู้แทนพิเศษของรัฐบาลในการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้มีรายนาม ดังนี้ ต่อมาวันที่ 4 ธันวาคม พ.ศ. 2560 มีการเปลี่ยนตำแหน่งโดยให้ พล.อ.สุรเชษฐ์ ชัยวงศ์ เป็นหัวหน้าผู้แทนพิเศษของรัฐบาล และ พล.อ.ชัยชาญ ช้างมงคล เป็นรองหัวหน้าผู้แทนพิเศษของรัฐบาล ต่อมาใน วันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2561 มีมติคณะรัฐมนตรี สั่งให้มีการเปลี่ยนแปลงคณะกรรมการ จาก นาย พรชาต บุนนาค เป็น นาย ฉัตรพงศ์ ฉัตราคม