ยุคเอโดะ
ยุคเอโดะ () หรือยุคที่เรียกว่ายุคโทกูงาวะ (徳川時代 Tokugawa-jidai) ค.ศ. 1603 - ค.ศ. 1868 คือยุคที่มีไดเมียวตระกูลโทกูงาวะเป็นโชกุน เริ่มเมื่อโทกูงาวะ อิเอยาซุ ได้รวบอำนาจและตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นที่เอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) ใน ค.ศ. 1603 และหลังจากนั้นอีก 260 ปี การปกครองทั้งหลายก็ตกอยู่ในอำนาจของตระกูลโทกูงาวะ รัฐบาลเอโดะได้ลิดรอนอำนาจจากจักรพรรดิ เชื้อพระวงศ์ และพระสงฆ์จนหมดสิ้น และปกครองเกษตรกรไปทีละเล็กละน้อย เมื่อเกษตรกรอันเป็นฐานอำนาจของรัฐบาลเอโดะยากจนลงจนเดือดร้อน การปกครองของตระกูลโทกูงาวะก็เริ่มสั่นคลอนลงตั้งแต่เข้าศตวรรษที่ 19
ยุคนี้เป็นยุคที่วัฒนธรรมของราษฎรสามัญเจริญจนถึงที่สุด ตั้งแต่ปลายศตวรรษที่ 17 จนถึงต้นศตวรรษที่ 18 เป็นยุคของวัฒนธรรมเก็นโรกุ (元禄文化 Genroku-bunka) ซึ่งเป็นของนักรบผสมกับราษฎรสามัญ มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองใหญ่ ๆ อย่างเกียวโตหรือโอซากะ เอกลักษณ์คือละครหุ่น ละครคาบูกิ และหัตถกรรมต่าง ๆ มีศิลปินกำเนิดจากราษฎรสามัญมากมาย เช่น นักเขียนอย่างอิฮาระ ไซกากุ (井原西鶴 Ihara Saikaku) นักกลอนไฮกุอย่างมัตสึโอะ บาโช (松尾芭蕉 Matsuo Bashou) นักแต่งบทละครหุ่น ละครคาบูกิอย่างชิกามัตสึ มนซาเอมง (近松門左衛門 Chikamatsu Monzaemon) จนเมื่อศตวรรษที่ 19 ศูนย์กลางของวัฒนธรรมได้ย้ายไปอยู่เอโดะ เป็นยุคของวัฒนธรรม คะเซ (化政文化 Kasei-bunka) ซึ่งเป็นวัฒนธรรมของชนชาวเมือง อันได้แก่ นวนิยาย ละครคาบูกิ ภาพอูกิโยะ บุนจิงงะ เป็นต้น
การศึกษาและวิชาการก็เจริญรุ่งเรือง ชนชั้นนักรบเล่าเรียนปรัชญาของขงจื๊อและหลักคำสอนจูจื่อ (朱子学 Shushi-gaku) ซึ่งเป็นปรัชญาพื้นฐานที่ค้ำจุนการปกครองของรัฐบาลเอโดะ การศึกษาเกี่ยวกับญี่ปุ่นและดัตช์ (ฮอลันดา) (蘭学 Ran-gaku) เจริญรุ่งเรืองตั้งแต่ศตวรรษที่ 18 เป็นต้นมา มีการเปิดโรงเรียนตามหัวเมืองต่าง ๆ เพื่อลูกหลานของชนชั้นนักรบ ราษฎรสามัญเองก็นิยมส่งลูกหลานเรียนหนังสือเช่นกัน
ใน ค.ศ. 1600 ยุทธการที่เซกิงาฮาระ () ทำให้โทกูงาวะ อิเอยาซุ ไดเมียวผู้มีอำนาจหลังจากการอสัญกรรมของไทโกโทโยโตมิ ฮิเดโยชิ () กลายเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยเบ็ดเสร็จปราศจากไดเมียวที่จะท้าทายอำนาจ และอิเอยาซุยังสามารถอ้างการสืบเชื้อสายจากตระกูลมินาโมโตะโบราณได้ จึงได้รับการแต่งตั้งจากราชสำนักเกียวโตให้เป็น"เซอิไทโชกุน" () ใน ค.ศ. 1603 เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลเอโดะหรือ "เอโดบากูฟุ" () ที่ปกครองโดยตระกูลโทกูงาวะเป็นระยะเวลาประมาณสองร้อยห้าสิบปี
ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่สิบเจ็ด ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษได้เข้ามาติดต่อค้าขายที่เมืองนางาซากิ ซึ่งโชกุนอิเอยาซุก็ได้ให้การต้อนรับอย่างดี ด้วยเหตุที่ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษเข้ามาทำการค้าขายเพียงอย่างเดียวไม่เผยแผ่ศาสนา ในค.ศ. 1604 โชกุนอิเอยาซุมีคำสั่งให้วิลเลียม อดัมส์ (William Adams) ต่อเรือแบบตะวันตกให้แก่ญี่ปุ่นครั้งแรก และอนุญาตให้ชนชั้นพ่อค้าล่องเรือออกไปค้าขายยังอาณาจักรต่างๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ได้ เรียกว่าเรือตราแดงหรือ"ชูอินเซ็ง" () ทำให้พ่อค้าชาวญี่ปุ่นเป็นคู่แข่งรายสำคัญของชาวฮอลันดาในภูมิภาค และใน ค.ศ. 1609 โอโงโชอิเอยาซุได้ออกประกาศอนุญาตให้บริษัทอินเดียตะวันออกของดัตช์เข้ามาตั้งสถานีการค้าที่เมืองฮิราโดะ () ใกล้กับเมืองนางาซากิ และใน ค.ศ. 1613 ไดเมียวดาเตะ มาซามูเนะ () ได้ส่งฮาเซกูระ สึเนนางะ () ไปเจริญสัมพันธไมตรีกับชาติต่าง ๆ ในทวีปยุโรป เรียกว่า คณะทูตปีเคโจ ()
ใน ค.ศ. 1605 โชกุนอิเอยาซุได้สละตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายคือโทกูงาวะ ฮิเดตาดะ () แต่อำนาจการปกครองยังคงอยู่ที่อิเอยาซุซึ่งดำรงตำแหน่ง"โอโงโช" () หรือโชกุนผู้สละตำแหน่ง โอโงโชอิเอยาซุถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1616 เมื่อโชกุนฮิเดตาดะขึ้นมามีอำนาจ ได้ดำเนินการปราบปรามชาวคริสเตียนอย่างรุนแรง ในค.ศ. 1622 ได้ทำการสังหารชาวคริสเตียนจำนวนห้าสิบคนที่เมืองนางาซากิ (Great Martyrdom of Nagasaki) เรียกว่า การปราบปรามชาวคริสเตียนปีเง็นนะ () ใน ค.ศ. 1615 โชกุนฮิเดตาดะได้ออกกฎหมายซามูไรหรือบูเกชูฮัตโตะ () ออกมาเป็นฉบับแรกของสมัยเอโดะ ในค.ศ. 1623 โชกุนฮิเดตาดะได้สละตำแหน่งให้แก่บุตรชายคือโชกุนโทกูงาวะ อิเอมิตสึ () แล้วลงมาดำรงตำแหน่งเป็นโอโงโช การปราบปรามชาวคริสต์ระลอกใหญ่เกิดขึ้นอีกครั้งใน ค.ศ. 1629 ที่เมืองนางาซากิ โดยทางบากูฟุได้บังคับให้ชาวเมืองกระทำการ"ฟูมิเอะ" () คือการเหยียบย่ำลงบนรูปของพระเยซูเพื่อพิสูจน์ว่าตนไม่ได้เป็นคริสเตียน
โอโงโชฮิเดตาดะถึงแก่อสัญกรรมใน ค.ศ. 1632 ทำให้โชกุนอิเอมิตสึมีอำนาจเต็มในการปกครองญี่ปุ่น โชกุนอิเอมิตสึเป็นโชกุนคนแรกที่เติบโตมาอย่างนักปราชญ์และไม่เคยผ่านประสบการณ์สงครามมาก่อน ใน ค.ศ. 1635 โชกุนอิเอมิตสึได้ออกกฎหมาย"ซังกิงโกไต" () บังคับให้ไดเมียวของทุกแคว้นต้องพำนักอยู่ในเมืองเอโดะหนึ่งปีสลับกับอยู่ในแคว้นของตนอีกหนึ่งปี เป็นการลดทอนอำนาจของไดเมียวไม่ให้มีการซ่องสุมอำนาจหรือกำลังทหารในแคว้นของตนได้ การกดขี่ชาวคริสเตียนอย่างหนักและภาวะอดอยากทำให้ชาวคริสเตียนบนแหลมชิมาบาระและเกาะอามากูซะ อันเป็นส่วนหนึ่งของเกาะคีวชู ได้ก่อกบฏขึ้นในค.ศ. 1637 เรียกว่า กบฏชิมาบาระ () ทัพของบากูฟุใช้เวลาถึงหนึ่งปีจนกระทั่งเข้ายึดปราสาทฮาระอันเป็นฐานที่มั่นของกบฏได้ใน ค.ศ. 1638
โชกุนอิเอมิตสึได้รับอิทธิพลจากที่ปรึกษาที่เป็นปราชญ์ขงจื๊อ โดยเฉพาะฮายาชิ ราซัง () ให้ดำเนินนโยบายการปิดประเทศหรือ"ไคกิง" () ซึ่งต่อมาภายหลังเรียกว่า"ซาโกกุ" () โดยการเลิกการค้าขายของเรือตราแดง เลิกการค้ากับชาวโปรตุเกส อนุญาตให้มีการค้าขายกับชาวจีนและฮอลันดาที่เมืองนางาซากิเท่านั้น และย้ายสถานีการค้าของฮอลันดาออกไปยังเกาะเดจิมะ () รวมทั้งการห้ามชาวญี่ปุ่นออกนอกประเทศโดยระวางโทษถึงประหารชีวิต นโยบายปิดประเทศของโชกุนอิเอมิตสึส่งผลต่อการต่างประเทศของญี่ปุ่นไปเป็นเวลาอีกสองร้อยปี โดยที่มีชาวฮอลันดาเป็นชาวตะวันตกเพียงชาติเดียวที่ทำการค้ากับญี่ปุ่น
ช่วงสมัยของโชกุนสามคนแรกนั้นเรียกว่าสมัยการปกครองของทหาร () การติดต่อกับเกาหลีและจีนในช่วงต้นศตวรรษที่สิบเจ็ดทำให้ลัทธิขงจื๊อใหม่ (Neo-Confucianism) แพร่เข้ามาในชนชั้นซามูไรอันเป็นชนชั้นปกครองของญี่ปุ่น ประกอบกับสภาพว่างเว้นสงครามเป็นเวลานานถึงสองร้อยปี ทำให้ชนชั้นซามูไรผันตนเองจากชนชั้นนักรบมาเป็นชนชั้นนักปราชญ์ ในค.ศ. 1651 โชกุนอิเอมิตสึถึงแก่อสัญกรรม โชกุนโทกูงาวะ อิเอ็ตสึนะ () อายุเพียงเก้าปีสืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อมา ทำให้อำนาจการปกครองตกอยู่ที่ขุนนางไดเมียว"ฟูได"และปราชญ์ขงจื๊อ ซึ่งเข้าครอบงำบากูฟุทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในด้านการปกครอง สังคมและวัฒนธรรมไปในทางของพลเรือนมากขึ้นเรียกว่าสมัยการปกครองของพลเรือน () ปรัชญาของลัทธิขงจื๊อทำให้สังคมญี่ปุ่นแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นอย่างชัดเจน และมีผลให้สังคมญี่ปุ่นมีความเคร่งครัดและพิธีรีตองมากอย่างที่ไม่เคยเป็นมาก่อน 
ภาวะว่างเว้นสงครามทำให้เกิดปัญหาของโรนิน () หรือซามูไรตกงานจำนวนมาก ส่วนใหญ่เป็นซามูไรที่เคยรับใช้ฝ่ายตระกูลโทโยโตมิ ซึ่งทาง"บากูฟุ"ได้กีดกันและไม่ให้การสนับสนุนเนื่องจากเห็นว่าเป็นภัยสังคมและโรนินเหล่านี้ก็ไม่ได้รับโอกาสในสังคมขงจื๊อแบบใหม่ ทำให้โรนินกลายเป็นตัวแทนหรือสัญลักษณ์ของการต่อต้านการปกครองของโชกุนตระกูลโทกูงาวะ
ในช่วงศตวรรษที่สิบเจ็ดเป็นช่วงเวลาของปราชญ์ขงจื๊อชาวญี่ปุ่นคนสำคัญหลายคนได้แก่ฮายาชิ ราซัง () และยามาซากิ อันไซ () เป็นปราชญ์ขงจื๊อที่ส่งเสริมให้บากูฟุยึดลัทธิขงจื๊อสำนักของจูซื่อ (Zhu Xi ) ให้เป็นศาสนาประจำชาติ โดยเฉพาะตระกูลฮายาชิ ซึ่งผูกขาดตำแหน่งที่ปรึกษาของโชกุน และยังมีปราชญ์ขงจื๊อที่เป็นโรนินต่อต้านลัทธิขงจื๊อสำนักของจูซื่อซึ่งเป็นสำนักที่บากูฟุยึดถือ ยกตัวอย่างเช่นคูมาซาวะ บันซัง () ผู้ยึดมั่นในลัทธิขงจื๊อสำนักของหวังหยางหมิง (Wang Yangming) อันเป็นสำนักคู่แข่งของจูซื่อ และยามางะ โซโก () ผู้ซึ่งนำลัทธิขงจื๊อมาประยุกต์เข้ากับหลัก"บูชิโด"อันเป็นหลักการของชนชั้นซามูไรในสมัยก่อน
ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ สึนาโยชิ () ศิลปวัฒนธรรมญี่ปุ่นสมัยเอโดะเจริญรุ่งเรืองถึงขีดสุด เรียกว่า สมัยเก็นโรกุ () และวัฒนธรรมเก็นโรกุ () ประกอบด้วยการศึกษาอักษรศาสตร์และหลักปรัชญาตามลัทธิขงจื๊อ งานศิลปกรรมต่างๆ และการบันเทิงอย่างเช่นละครคะบุกิ และละครโนะ ทั้งสามเมืองได้แก่ เอโดะ เกียวโต และโอซากะ เจริญขึ้นเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมและเศรษฐกิจ
แต่ชาวญี่ปุ่นกลับมองว่าสมัยเก็นโรกุเป็นสมัยที่มีความเสื่อมโทรมในด้านสังคมและจริยธรรมมากที่สุดสมัยหนึ่ง ด้วยการเรืองอำนาจของขุนนางไดเมียวฟูไดในบากูฟุทำให้มีการทุจริตฉ้อราษฎร์บังหลวงอย่างกว้างขวาง ดังจะเห็นได้จากเหตุการณ์โรนินสี่สิบเจ็ดคน (Forty-Seven Ronins; ) โชกุนสึนาโยชิได้ปราบปรามและลดอำนาจกลุ่มขุนนางฟูไดอย่างหนัก ทำให้โชกุนสึนาโยชิได้ชื่อว่าเป็นโชกุนที่เข้มงวดและเหี้ยมโหดที่สุดคนหนึ่ง และดึงกลุ่มขุนนางคนสนิทหรือ"โซบาโยนิน" () เข้ามามีอำนาจแทน และโชกุนสึนาโยชิยังได้ส่งเสริมลัทธิขงจื๊อด้วยการก่อตั้งสำนักยูชิมะ () ในค.ศ. 1691 ให้เป็นสำนักขงจื๊อประจำชาติของญี่ปุ่น ตลอดช่วงสองร้อยปีในยุคเอโดะรัฐบาลโชกุนดำเนินนโยบายปิดประเทศโดยทำการค้าขายกับจีนและฮอลันดาในปริมาณที่จำกัด อิทธิพลของลัทธิขงจื้อทำให้สถาบันโชกุนในยุคเอโดะมิได้เป็นเพียงผู้นำเผด็จการทหารเพียงอย่างเดียวแต่เป็นรัฏฐาถิปัตย์ผู้ทรงธรรมและศักดิ์สิทธิ์ตามหลักขงจื้อ
ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่สิบแปดประเทศญี่ปุ่นประสบปัญหาภาวะค่าเงินแข็งตัวอันเนื่องมาจากเงินทองที่หมุนเวียนอยู่ภายในประเทศญี่ปุ่นรั่วไหลออกไปทางการค้ากับต่างประเทศ คนสนิทของโชกุนได้แก่อาราอิ ฮากูเซกิ () และมานาเบะ อากิฟูสะ () ออกนโยบายเพิ่มปริมาณเงินในระบบด้วยการออกเงินกษาปณ์ชุดใหญ่ชุดใหม่ในค.ศ. 1714 และกำจัดการนำเงินไปใช้จ่ายในการค้ากับต่างประเทศ หลังจากที่โชกุนโทกูงาวะ อิเอ็ตสึงุ () ถึงแก่กรรมโดยปราศจากทายาทในค.ศ. 1716 ทำให้ตระกูลโทกูงาวะสาขาหลักต้องสูญสิ้นไป และโทกูงาวะ โยชิมูเนะ () ไดเมียวแห่งแคว้นคีอิจากสาขาย่อยของตระกูลโทกูงาวะได้ขึ้นครองตำแหน่งโชกุน โชกุนโทกูงาวะ โยชิมูเนะ ออกนโยบายการปฏิรูปปีเคียวโฮ () ขึ้นในค.ศ. 1721 เพื่อแก้ไขปัญหาทางเศรษฐกิจ ตัดรายจ่ายที่ไม่จำเป็นส่งเสริมบทบาทของข้าวไว้ใช้เป็นสื่อกลางในการแลกเปลี่ยนสินค้าแทนเงิน รวมทั้งการผ่อนคลายความเข้มงวดของลัทธิขงจื้อทำให้ชนชั้นพ่อค้ามีบทบาทมากขึ้นและผ่อนคลายการปิดประเทศทำให้สื่อและองค์ความรู้ตะวันตกเข้ามาในญี่ปุ่นได้มากขึ้นเกิดเป็นรังงากุ () หรือศิลปศาสตร์ตะวันตก ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอฮารุ () ซึ่งเข้ารับตำแหน่งในค.ศ. 1760 อำนาจการปกครองในรัฐบาลโชกุนเป็นของทานูมะ โอกิตสึงุ () เป็นสมัยที่รัฐบาลโชกุนมีความเสรีนิยมมากขึ้น ชนชั้นพ่อค้ามีอำนาจมากขึ้นและศิลปศาสตร์รังงากุเจริญรุ่งเรือง แต่ก็เป็นช่วงเวลาที่มีความเสื่อมถอยของคุณธรรมเกิดการทุจริตติดสินบนขึ้นอย่างกว้างขวางโดยมีทานูมะ โอกิตสึงุ เป็นศูนย์กลางของความฉ้อฉลเหล่านั้น
ในสมัยเอโดะมีการอพยพของชาวญี่ปุ่นเข้าไปตั้งถิ่นฐานบนเกาะเอโซะ () หรือเกาะฮกไกโดในปัจจุบัน ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างฝ่ายรัฐบาลโชกุนและชาวญี่ปุ่นกับฝ่ายชาวไอนุ (Ainu) ซึ่งเป็นชนพื้นเมืองดั้งเดิมบนเกาะเอโซะ ชาวไอนุพื้นเมืองลุกฮือขึ้นต่อต้านการปกครองของรัฐบาลโชกุนในปีค.ศ. 1669-1672 กบฎของชากูชาอิน (Shakushain's revolt) และในค.ศ. 1789 กบฎเมนาชิ-คูนาชีร์ (Menashi-Kunashir rebellion)
ในสมัยของทานูมะเป็นสมัยที่ชนชั้นพ่อค้าเรืองอำนาจ แม้วัตถุเจริญรุ่งเรืองแต่สังคมกลับถดถอยลง เมื่อโชกุนอิเอฮารุถึงแก่กรรมในค.ศ. 1786 ทำให้ทานูมะ โอกิตสึงุสูญสิ้นอำนาจไป โชกุนคนต่อมาคือโทกูงาวะ อิเอนาริ () อำนาจการปกครองอยู่ที่"โรจู"มัตสึไดระ ซาดาโนบุ () มัตสึไดระ ซาดาโนบุ มีความยึดมั่นในลัทธิขงจื้อและต้องการที่จะฟื้นฟูความเรียบร้อยในสังคมญี่ปุ่นให้เป็นไปอย่างถูกต้องตามธรรมนองเดิม นำไปสู่การปฏิรูปปีคันเซ () ในค.ศ. 1790 เน้นย้ำความสำคัญของหลักการลัทธิขงจื้อในสังคมโดยการประกาศให้ลัทธิขงจื้อของจูซื่อเป็นศาสนาประจำชาติ ลดอำนาจของชนชั้นพ่อค้าและปราบปรามอิทธิพลของรังงากุ ในค.ศ. 1842 "โรจู"มิตซูโนะ ทาดากูนิ () ออกนโยบายการปฏิรูปปีเทมโป () ลดความฟุ่มเฟือยต่างๆในสังคม
ในค.ศ. 1792 ญี่ปุ่นมีการติดต่อกับจักรวรรดิรัสเซียเป็นครั้งแรก เรือของรัสเซียซึ่งนำโดยนายอดัม แลกซ์แมน (Adam Laxman) มาเทียบท่าเมืองมัตสึมาเอะบนเกาะฮกไกโดเพื่อเจรจาขอทำการค้าขายกับญี่ปุ่น "โรจู"มะสึไดระ ซะดะโนะบุ ปฏิเสธที่จะให้รัสเซียค้าขายที่ฮกไกโดแต่ให้อนุญาตให้เรือสินค้ารัสเซียไปเทียบท่าที่นางาซากิแทน การยอมให้สิทธิการค้าแก่รัสเซียทำให้มะสึไดระ ซะดะโนะบุ ถูกโจมตีอย่างหนักจนพ้นจากอำนาจไปในค.ศ. 1793 หลังจากนั้นมีเหตุการณ์เรือของชาติตะวันตกหยั่งเชิงเข้าเทียบท่าที่ญี่ปุ่นหลายครั้งเพื่อท้าทายนโยบายการปิดประเทศและเปิดโอกาสการทำสนธิสัญญาการค้า แต่รัฐบาลโชกุนเพิกเฉยไม่สนใจต่อชาวตะวันตกเหล่านั้น ในค.ศ. 1837 เรือของสหรัฐอเมริกาชื่อว่า"มอร์ริสัน" ("Morrison") ได้เข้าเทียบท่าที่เมืองคาโงชิมะและอ่าวอูรางะใกล้เมืองเอโดะ ฝ่ายรัฐบาลโชกุนทำการตอบโต้อย่างรุนแรงด้วยการยิงปืนใหญ่เรียกว่า เหตุการณ์มอร์ริสัน (Morrison Incident)
ในช่วงปลายยุคเอโดะในขณะที่ชนชั้นซามูไรและรัฐบาลโชกุนให้การสนับสนุนแก่ลัทธิขงจื้อของจูซื่อและชื่นชมวัฒนธรรมจีนโบราณ เกิดแนวความคิดที่หันกลับมาศึกษาและชื่นชมวัฒนธรรมญี่ปุ่นดั้งเดิม เรียกว่า "โคกูงากุ" () นักปราชญ์ในปลายยุคเอโดะได้แก่ โทกูงาวะ มิตสึกูนิ () ไดเมียวแห่งแคว้นมิโตะ และโมโตโอริ โมรินากะ () เป็นผู้ริเริ่มแนวความคิดโคกูงากุ โดยที่นักปราชญ์สำนักนี้ให้ความสำคัญแก่ศาสนาชินโตและยกย่องสถาบันพระจักรพรรดิซึ่งอยู่คู่ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นมาตั้งแต่โบราณ แนวความคิดแบบโคกูงากุจะมีอิทธิพลอย่างมากต่อการเมืองในช่วงปลายยุคเอโตะในสมัยต่อมา
ในสมัยของโชกุนโทกูงาวะ อิเอโยชิ () ปีค.ศ. 1853 พลเรือจัตวาแมทธิว ซี. เพร์รี (Matthew C. Perry) นำเรือรบของสหรัฐอเมริกาจำนวนสี่ลำ ที่ชาวญี่ปุ่นเรียกว่า "เรือดำ" () เข้ามาจอดปิดอ่าวอูรางะใกล้กับนครเอโดะ เรียกร้องให้รัฐบาลโชกุนเปิดประเทศทำการค้าขายกับสหรัฐอเมริกา มิฉะนั้นจะนำเรือติดอาวุธปืนใหญ่เข้าโจมตีเมืองเอโดะ พลเรือจัตวาแมทธิว เพร์รี ใช้วิธีทางการฑูตแบบเรือปืน (Gunboat diplomacy) ข่มขู่รัฐบาลโชกุนให้ยอมเปิดประเทศ รัฐบาลโชกุนภายใต้การนำของโชกุนอิเอโยชิและ"โรจู"อาเบะ มาซาฮิโระ () ตื่นตระหนกอย่างมากกับการข่มขู่จากเรือดำ โชกุนอิเอโยชิล้มป่วยจนถึงแก่กรรมในปีเดียวกันนั้น บุตรชายของโชกุนอิเอโยชิคือ โทกูงาวะ อิเอซาดะ () ซึ่งสุขภาพอ่อนแอเช่นเดียวกันขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนคนต่อมา ในปีค.ศ. 1854 "โรจู"อาเบะ มาซาฮิโระ ยินยอมทำตามข้อเรียกร้องของนายแมทธิวเพร์รี นำไปสูงการลงนามในข้อตกลงเมืองคานางาวะ (Convention of Kanagawa) โดยรัฐบาลโชกุนยอมเปิดเมืองท่าชิโมดะ (Shimoda) และฮาโกดาเตะ (Hakodate) ให้แก่เรือของสหรัฐอเมริกาเข้ามาทำการค้าขาย เท่ากับเป็นการสิ้นสุดการปิดประเทศญี่ปุ่นาเป็นเวลาสองร้อยกว่าปี การที่รัฐบาลโชกุนยินยอมลงนามเปิดประเทศค้าขายนั้น มิได้ทำเรื่องขึ้นทูลถวายฯพระจักรพรรดิแต่อย่างใด ทำให้นายอาเบะ มาซาฮิโระ และรัฐบาลโชกุนถูกตำหนิอย่างมากว่ากระทำโดยพลการ จนอาเบะ มาซาฮิโระต้องลาออกจากตำแหน่ง"โรจู"ไปในค.ศ. 1855 นอกจากสหรัฐอเมริกาแล้วรัฐบาลโชกุนยังทำสนธิสัญญาการค้ากับประเทศตะวันตกอื่นๆอีกได้แก่ อังกฤษ รัสเซีย และฝรั่งเศส
การที่รัฐบาลโชกุนเปิดประเทศญี่ปุ่นให้แก่ชาวตะวันตกเข้ามาติดต่อค้าขาย สร้างความไม่พอใจแก่ฝ่ายที่ต่อต้านรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ โดยเฉพาะกลุ่มซามูไรในภาคตะวันตกของญี่ปุ่น ได้ใช้การเปิดประเทศญี่ปุ่นมาโจมตีรัฐบาลโชกุนในทางการเมืองและให้การสนับสนุนแก่พระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโต ภายใต้คติพจน์ "ซนโนโจอิ" () หรือ "เชิดชูองค์จักรพรรดิ ต่อต้านอนารยชน" โดยเฉพะซามูไรในแคว้นซัตสึมะ () และแคว้นโจชู () ซึ่งมีความเห็นว่าการยินยอมทำสนธิสัญญาที่เสียเปรียบทางการค้ากับชาติตะวันตกเกิดผลเสียแก่ประเทศ ในค.ศ. 1858 โชกุนอิเอซาดะถึงแก่กรรมโดยที่ปราศจากบุตรและทายาท ฝ่ายต่อต้านรัฐบาลโชกุนนำโดยโทกูงาวะ นาริอากิ () ไดเมียวแห่งแคว้นมิโตะ ต้องการผลักดันให้บุตรชายของตนคือ โทกูงาวะ โยชิโนบุ () ขึ้นเป็นโชกุนคนต่อมาแต่ไม่สำเร็จ ฝ่ายรัฐบาลโชกุนซึ่งนำโดยอิอี นาโอซูเกะ () สามารถผลักดันให้ตำแหน่งโชกุนเป็นของโทกูงาวะ อิเอโมจิ () ได้สำเร็จ ทำให้อิอี นาโอซูเกะ เรืองอำนาจขึ้นในรัฐบาลโชกุน "ไทโร"อิอี นาโอซูเกะ นำประเทศญี่ปุ่นเข้าทำสนธิสัญญาเพื่อมิตรภาพและการค้า (Treaty of Amity and Commerce) กับสหรัฐอเมริกาซึ่งมีนายทาวน์เซนด์ แฮร์ริส (Townsend Harris) เป็นตัวแทนในค.ศ. 1858 เรียกว่า สนธิสัญญาแฮร์ริส (Harris Treaty) เปิดเมืองท่าเพิ่มเติมได้แก่เมืองคานางาวะและนางาซากิให้แก่เรือของอเมริกา และมอบสิทธิสภาพนอกอาณาเขตให้แก่ชาวอเมริกันในญี่ปุ่น อิอี นาโอซูเกะ กำจัดคู่แข่งทางการเมืองกลุ่มที่ต่อต้านรัฐบาลโชกุน เรียกว่า การกวาดล้างทางการเมืองปีอันเซ ไดเมียวโทกูงาวะ นาริอากิ ถูกกักบริเวณ ขุนนางซามูไรกลุ่มซนโนโจอิต่างต้องโทษต่างๆนานาตั้งแต่ประหารชีวิตจนถึงเนรเทศ อิอี นาโอซูเกะ ถูกลอบสังหารโดยซามูไรจากแคว้นมิโตะ ในเหตุการณ์ที่ประตูซากูระดะ (Sakuradamon Gate Incident) ที่ปราสาทเอโดะในปีค.ศ. 1860
รัฐบาลโชกุนแต่งตั้งคณะทูตเดินทางไปยังสหรัฐอเมริกาในค.ศ. 1860 เพื่อเจริญสัมพันธไมตรีและเรียนรู้วิทยาการตะวันตก แม้ว่าจะสูญเสียอำนาจทางการเมืองแต่ซามูไรกลุ่มซนโนโจอิยังคงดำเนินการต่อต้านรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะอย่างต่อเนื่อง โดยเข้ายึดอำนาจในนครเกียวโตและทำร้ายขุนนางจากรัฐบาลโชกุน ในค.ศ. 1863 พระจักรพรรดิโคเมมีพระราชโองการให้ขับไล่ชาวตะวันตกออกไปจากญี่ปุ่น ในค.ศ. 1864 กองกำลังจากแคว้นโจชูเข้ารุกรานพระราชวังหลวงเมืองเกียวโตเพื่อจะยึดถวายอำนาจคืนแด่พระจักรพรรดิในเหตุการณ์ที่ประตูคิมมง (Kinmon Incident) แต่ไม่สำเร็จ ในค.ศ. 1866 รัฐบาลโชกุนนำโดยโชกุนโทกูงาวะ อิเอโมจิ นำทัพของรัฐบาลโชกุนเข้ารุกรานตอบโต้แคว้นโจชู (Second Chōshū Expedition) โดยมีแคว้นซัตสึมะคอยช่วยเหลือฝ่ายรัฐบาล แต่ทว่าโชกุนอิเอโมจิกลับล้มป่วงลงจนถึงแก่กรรมที่ปราสาทโอซากะในปีเดียวกัน โทกูงาวะ โยชิโนบุ ขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนคนต่อมาเป็นโชกุนคนสุดท้ายของรัฐบาลโทกูงาวะ ซากาโมโตะ เรียวมะ () เป็นคนกลางนำซามูไรจากแคว้นซัตสึมะ นำโดยไซโง ทากาโมริ () และแคว้นโจชู นำโดยคัตสึระ โคโกโร () มาทำข้อตกลงเป็นพันธมิตรกัน () เพื่อล้มการปกครองของรัฐบาลโชกุน
ในปีค.ศ. 1867 โชกุนโทกูงาวะ โยชิโนบุ ประกาศสละตำแหน่งโชกุนและถวายอำนาจคืนแด่พระจักรพรรดิเมจิ เป็นการสิ้นสุดการปกครองของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะที่มีมาเป็นเวลาสองร้อยห้าสิบกว่าปี แต่ความขัดแย้งทางการเมืองและการทหาร ระหว่างฝ่ายตระกูลโทกูงาวะและฝ่ายซนโนโจอิยังคงดำเนินต่อไป จนนำไปสู่สงครามโบชิง (Boshin War)
สังคมญี่ปุ่นในยุคเอโดะแตกต่างจากสังคมญี่ปุ่นในยุคอื่น ๆ เนื่องจากลัทธิขงจื๊อใหม่เข้ามามีอิทธิพล สังคมยุคเอโดะแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นเรียกว่าชิโนโกโช () ประกอบด้วย ชนชั้นซามูไร ชนชั้นชาวนา ชนชั้นช่างฝีมือ และชนชั้นพ่อค้า แต่ละชนชั้นมีบทบาทและหน้าที่ของตนเองอย่างชัดเจนเคร่งครัด และการเปลี่ยนแปลงทางชนชั้นเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นได้ยาก ในยุคเอโดะสถาบันพระจักรพรรดิและราชสำนักที่เมืองเกียวโตยังคงเป็นสถาบันสูงสุดของประเทศในทางทฤษฎี ในทางปฏิบัติราชสำนักเมืองเกียวโตมีบทบาททางการเมืองและสังคมน้อย
นอกเหนือจากสี่ชนชั้น ยังมีกลุ่มคนอื่นๆในสังคมญี่ปุ่นในสมัยเอโดะได้แก่
หลังจากการการฟื้นฟูเมจิ รัฐบาลเมจิได้ออกกฎหมายในปีค.ศ. 1871 เลิกระบอบชนชั้นต่าง ๆ ของยุคเอโดะ ทำให้ชาวญี่ปุ่นส่วนใหญ่ของประเทศมีสิทธิเท่าเทียมกันทางกฎหมาย