รูนแท้ทั้ง 27
ในเกมตระกูลเก็นโซซุยโคเด็น รูนแท้ (ญี่ปุ่น:真の紋章, ​อังกฤษ: True Rune) เป็นรูนที่มีพลังอำนาจมากกว่ารูนทั่วๆ ไปมีอยู่ 27 รูน แต่มีเพียง 18 รูนเท่านั้นที่อยู่ในเกมเก็นโซซุยโคเด็นที่ผ่านมา (เมษายน 2549) รูนแท้แต่ละรูนเป็นตัวแทนของพลังแห่งธรรมชาติหนึ่งชนิด และจิตเป็นของตัวเองทำให้มันสามารถเลือกคนที่จะถือครองหรือสิ่งของที่มันจะไปสถิตย์อยู่ได้ ผิดกับรูนทั่วไปที่จะสักไว้บนใครหรือสิ่งของใดก็ได้ ผู้ถือครองรูนแท้ส่วนมากจะมีชีวิตเป็นอมตะแต่รูนแท้บางรูนจะดูดกินชีวิตของคนถือครองมัน เนื่องจากรูนแท้เป็นบ่อเกิดแห่งพลังอันมหาศาลพวกมันจึงเป็นชนวนของสงครามหลายๆ สงครามในโลกของเก็นโซซุยโคเด็น​
ในตอนแรกที่ยังไม่มีแม้แต่โลกหรือดวงดาว ทั้งพิภพมีแต่ความมืดมิด, ความอ้างว้าง, ความโดดเดี่ยว ความมืดมิดได้ร้องไห้อย่างปล่าวเปลี่ยว และน้ำตานั้นเองได้กำเนิดออกมาเป็นสองพี่น้อง ดาบและโล่ห์, ดาบได้บอกว่าตนเองนั้นไม่มีอะไรที่ตัดไม่ขาด ส่วนโล่ห์นั้นบอกว่าไม่มีอะไรที่สามารถทำให้มันเป็นรอยหรือแตกหักได้ ทั้งคู่ได้เข้าสู่สงครามที่ยาวนานเป็นเวลา 7 วัน 7 คืน ท้ายที่สุดแล้วดาบได้ทำลายโล่ห์และโล่ห์ได้ทำลายดาบ ส่วนของดาบที่แตกหักได้กลายเป็นท้องฟ้า ส่วนของโล่ห์ที่แตกหักได้กลายเป็นพื้นโลก แสงประกายจากการต่อสู้ได้กลายเป็นดวงดาว และชิ้นส่วนอัญมณีของดาบและโล่ห์ได้กลายเป็นรูนแท้ทั้ง 27 และนั้นคือบทกำเนิดของสิ่งมีชีวิต
รูนแห่งการเริ่มต้น (ญี่ปุ่น: 始まりの紋章, อังกฤษ: Rune of the Beginning) รูนนี้ได้แตกออกเป็นสองรูนย่อยคือ รูนโล่ห์แห่งแสง และรูนดาบแห่งความมืด รูนทั้งสองมีความต้องการที่กล้าแข็งชักนำให้ผู้ถือครองทำสงครามกันจนกว่าจะแตกหักกันไปข้างหนึ่ง ตัวของรูนโลห์แห่งแสง และรูนดาบแห่งความมืดนั้นไม่ใช่รูนแท้ แต่เมื่อรูนทั้งสองจะรวมกันจะกลายเป็นรูนแห่งการเริ่มต้น รูนนี้ได้แตกออกเป็นสองรูนย่อยออกมานานมาก และได้กลับไปอยู่ในรูปแบบของรูนแห่งการเริ่มต้นอีกครั้งในสมัยของริโอและโจอี้ รูนแห่งการเริ่มต้นเป็นแรกผลักดันสำคัญในสงครามรวบรวมแผ่นดินดูนัน (Dunan Unification War) ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญในเกมเก็นโซซุยโคเด็น II
ญี่ปุ่น: 生と死をつかさどる紋章, อังกฤษ: Rune of Life and Death) หรือ โซลอีตเตอร์ (ญี่ปุ่น: ソウルイーター, อังกฤษ: Soul Eater Rune) มีพลังในการให้และพรากชีวิต โดยปกติรูนนี้จะถูกเก็บซ่อนไว้ที่หมู่บ้านของรูนที่สาบสูญ (village of the Hidden Rune) จนกระทั่งในปีโซลิดที่ 150 วินดี้ ยูเบอร์ และเนลอร์ด ได้เข้ามาทำลายหมู่บ้านเพื่อค้นหารูนแท้ทั้ง 27 แต่กลับไม่พบอะไรเนื่องจากรูนโซลอีตเตอร์ได้ถูกถือครองโดยปู่ของเท็ด และสืบทอดต่อมายังเท็ดอีกทีหนึ่ง เท็ดจึงได้ออกเดินทางจากหมู่บ้านไปยังที่ต่างๆ พร้อมด้วยคำสาปจากรูนโซลอีตเตอร์ เท็ดได้รับข้อเสนอของเรือหมอกในการถอดรูนออกเพื่อหนีจากชีวิตที่ไม่แก่ไม่ตาย รูนนี้จึงตกไปอยู่กับเรือหมอกในช่วงระยะเวลาหนึ่ง แต่ในที่สุดเท็ดก็ตัดสินใจออกจากเรือหมอกและกลับมาสู่โลกเดิม ทำให้รูนตกมาอยู่กับเท็ดอีกครั้งหนึ่ง (เนื้อเรื่องซุยโคเด็นภาค IV) หลังจากผ่านไปเป็นระยะเวลายาวนาน เท็ดได้กลายเป็นเพื่อนสนิทกับ เทอร์ แม็คโดห์ล ในขณะที่ถูกวินดี้ตามล่าอีกครั้งหนึ่ง เขามอบรูนนี้ให้กับเทอร์ แม็คโดห์ล นอกจากนี้รูนโซลอีตเตอร์นี้ยังเป็นชนวนของสงครามรูนแห่งประตู (Gate Rune War) ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญของเนื้อเรื่องของเกมเก็นโซซุยโคเด็นภาคหนึ่ง
รูนแห่งดินที่แท้จริง (ญี่ปุ่น:真なる土の紋章, อังกฤษ:True Earth Rune) ถูกถือครองโดย ซาซาไร สังฆราชแห่งราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย มีพลังในการป้องกันมากกว่าการโจมตี ครั้งหนึ่งเคยถูกขโมยโดยลุค เพื่อเป็นหนึ่งในส่วนประกอบที่จำเป็นสำหรับทำลายรูนแห่งลมที่แท้จริงแต่ไม่สำเร็จ ภายหลังก็กลับมาอยู่กับซาซาไรตามเดิม
รูนแห่งไฟที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる火の紋章, อังกฤษ: True Fire Rune) ถูกถือครองโดยผู้กล้าของกลาสแลนด์ จ้าวแห่งเพลิง แต่เดิมรูนนี้เป็นของราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย ถูกซ่อนอยู่ภายในวิหารแห่งหนึ่งแต่รูนนี้กลับถูกขโมยออกมาโดยไฟบริงเกอร์ (Fire Bringer) หลังจากนั้นจ้าวแห่งเพลิงก็ได้เข้าต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนียที่เข้ามารุกรานกลาสแลนด์ ภายหลังจ้าวแห่งเพลิงกลับยอมปลดปล่อยรูนแห่งไปที่แท้จริงนี้เพื่อที่จะอยู่กับคนที่ตัวเองรักและแก่ตายไปพร้อมๆ กัน รูนนี้จึงได้เข้าไปสถิตย์อยู่ในโบราณสถานแห่งซินดาร์ โดยการอ้างอิงตามนิยายฮิวโกจะเป็นผู้ถือครองรูนแห่งไฟที่แท้จริงนี้ต่อจากจ้าวแห่งเพลิง และเข้าต่อสู้กับลุค จนสามารถเอาชนะลุคได้ในที่สุด
รูนแห่งน้ำที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる水の紋章, อังกฤษ: True Water Rune) ถูกถือครองโดย ไวแอทท์ ไลท์เฟลโลว์ เพื่อนำมาใช้ต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย เป็นกำลังหนุนให้กับกองทัพไฟบริงเกอร์ (Fire Bringer) หลังสิ้นสุดสงครามไวแอทท์ได้เดินทางไปยังหลายๆ ที่เพื่อทำการปิดผนึกรูนน้ำที่แท้จริง เป็นการป้องกันไม่ให้ถูกค้นพบหรือถูกใช้โดยราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย ภายหลังจากนั้นรูนน้ำที่แท้จริงได้ตกไปอยู่กับลูกสาวของเขา คริส ไลท์เฟลโลว์ และได้กลายเป็นผู้ช่วยเหลือจ้าวแห่งเพลิงคนใหม่
รูนแห่งลมที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる風の紋章, อังกฤษ: True Wind Rune) ถูกถือครองโดยลุค ในสมัยสงครามรวบรวมแผ่นดินดูนันลุคเคยใช้รูนแห่งลมที่แท้จริงนี้ในการเรียกอสูรโกเล็มเข้าต่อสู้กับราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และยังคงใช้รูนนี้ในการต่อสู้ในสงครามทูตแห่งเพลิงครั้งที่สอง แต่กลับพ่ายแพ้ต่อจ้าวแห่งเพลิงคนใหม่
รูนแห่งสายฟ้าที่แท้จริง (ญี่ปุ่น: 真なる雷の紋章, อังกฤษ: True Lightning Rune) ถูกถือครองโดยเกดโด แต่เดิมรูนนี้เป็นสมบัติของราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และสาเหตุที่เกดโดได้ถือครองรูนนี้ก็ยังไม่ปรากฏ แต่คาดว่าเกดโดอาจจะเคยเป็นส่วนหนึ่งในกลุ่มที่เข้าขโมยรูนจากราชอาณาจักรฮาร์โมเนีย และทำการถือครองรูนนี้เอาไว้เองเพื่อที่จะช่วยจ้าวแห่งเพลิง (Flame Champion) ในการปกป้องกลาสแลนด์ หลังสิ้นสุดสงครามเกดโดได้ปิดผนึกรูนนี้เอาไว้ในร่างกายของเขาเองเป็นเวลายาวนานกว่า 50 ปี รูนนี้เคยถูกขโมยโดยลุคเพื่อนำทำลายแต่ไม่สำเร็จ ภายหลังถูกค้นพบในโบราณสถานแห่งซินดาร์
รูนแห่งการลงทัณฑ์ (ญี่ปุ่น: 罰の紋章, อังกฤษ: Rune of Punishment) ในอดีตมีผู้ถือครองหลายคน และทุกคนต่างถูกรูนแห่งการลงทัณฑ์กลืนกินชีวิตจนตายไปในที่สุด รูนนี้ให้พลังในการปกป้องผู้อื่นกับผู้ถือครอง แต่กัดกินชีวิตของผู้ที่ใช้พลังของมันเป็นเครื่องแลกเปลี่ยน ผู้ถือครองรูนในปัจจุบันคือลาซโลซึ่งได้รับช่วงต่อมาจาก เกรน คอต ซึ่งเป็นหัวหน้ากองทัพของลาซโล การแย่งชิงรูนแห่งการลงทัณฑ์เป็นสาเหตุของสงครามการขยายพรมแดนทางใต้ของคูลุก (Kooluk Southern Expansion) ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญในเกมเก็นโซซุยโคเด็น IV
รูนแห่งตะวัน (ญี่ปุ่น: 太陽の紋章, อังกฤษ: Sun Rune) รูนแห่งตะวันเป็นสมบัติที่สืบทอดต่อกันมาภายในราชวงศ์แห่งราชอาณาจักรฟาเลนา (Queendom of Falena) มีพลังในการสร้างคลื่นความร้อน แสง และชีวิต การใช้รูนนี้ทำให้ผู้ถือครองไม่สามารถควบคุมตนเองได้ในบางครั้ง จึงจำเป็นต้องมีผู้ถือครองรูนรุ่งอรุณและรูนสนธยา เพื่อเป็นการป้องกันอำนาจอันแข็งแกร่งของรูนแห่งตะวัน เมื่อเกิดเหตุการณ์สงครามกลางเมืองในฟาเลนา ราชินีอาสแตสได้ถูกสังหาร รูนแห่งตะวันจึงเข้าสถิตย์อยู่ภายในรูปปั้น และไม่มีใครสามารถถือครองได้ (กล่าวกันว่าคนที่สามารถถือครองรูนแห่งตะวันได้ต้องเป็นคนภายในราชวงศ์ฟาเลนาเท่านั้น) โดยมีสถานที่เก็บรักษารูนรุ่งอรุณและรูนสนธยาอยู่ใกล้เคียงกับราชอาณาจักรฟาเลนาเรียกว่าวิหารทิศตะวันออก (East Palace) และวิหารทิศตะวันตก (West Palace) ครั้งหนึ่งรูนรุ่งอรุณ เคยถูกขโมยและหายสาบสูญไป (ทราบภายหลังว่าตระกูลบาโรว์เป็นผู้ขโมยไป) โดยเจ้าชายแห่งฟาเลนาได้ถือครองรูนนี้เพื่อเข้าป้องกันอำนาจของรูนแห่งตะวัน ภายหลังสิ้นสุดสงครามรูนทั้ง 3 ได้กลับมาอยู่ภายในราชวงศ์แห่งราชอาณาจักรฟาเลนาอีกครั้งโดยสถิตย์อยู่ภายในรูปปั้นและไม่มีผู้ถือครอง การแย่งชิงรูนแห่งตะวันเป็นสาเหตุของสงครามกลางเมืองในฟาเลนาซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญในเกมเก็นโซซุยโคเด็น V 
รูนแห่งจันทรา (ญี่ปุ่น: 月の紋章, อังกฤษ: Blue Moon Rune) มีฤทธิ์ทำให้ผู้ถือครองกลายเป็นผีดูดเลือดซึ่งจะต้องดื่มเลือดเพื่อดำรงชีวิตไปจนกระทั่งสามารถควบคุมรูนแห่งจันทราได้ ตั้งแต่รูนนี้ปรากฏขึ้นมายังไม่มีบันทึกว่ามีผู้อื่นที่สามารถถือครองจนกระทั่งสามารถควบคุมรูนได้นอกจากเซียร์ราเพียงคนเดียว ในอดีตเซียร์ร่าได้ตั้งหมู่บ้านบลูมูนขึ้นมา (Blue Moon Village) และได้นำรูนแห่งจันทรานี้ไปตั้งไว้ที่ศาลกลางหมู่บ้าน แต่เนคลอร์ดได้ขโมยรูนนี้ออกจากหมู่บ้านไปเพื่อเพิ่มอำนาจให้ตนเอง แต่ภายหลังรูนนี้ก็ได้กลับมาอยู่กับเซียร์ราอีกครั้งหนึ่ง การตามล่าเนคลอร์ด​ เป็นโครงเรื่องย่อยหนึ่งของเกมเก็นโซซุยโคเด็น, เก็นโซซุยโคเด็น II และเก็นโซซุยโคไกเด็นฉบับที่ 1 
รูนแห่งรัตติกาล (ญี่ปุ่น: 夜の紋章, อังกฤษ: Night Rune) มีร่างเป็นดาบพูดได้ชื่อ ดาบมังกรดารา (ญี่ปุ่น: 星辰剣, อังกฤษ: Star Dragon Sword) ซึ่งเป็นอาวุธเพียงหนึ่งเดียวที่สามารถฆ่าผีดูดเลือดได้ รูนแห่งรัตติกาลปรากฏตัวในภาคที่ I, II และ III ของเกมเก็นโซซุยโคเด็น​
รูนแห่งกษัตริย์ (ญี่ปุ่น: 覇王の紋章, อังกฤษ: Sovereign Rune) มีพลังในการต่อต้านฤทธิ์รูนทุกประเภท มีร่างเป็นดาบชื่อว่า ดาบราชันย์มังกร (ญี่ปุ่น: 竜王剣, อังกฤษ: Dragon King Sword) ราชวงศ์รักเนอร์ของจักรวรรดิสการ์เล็ตมูนเป็นผู้ถือครองรูนนี้ พระเจ้าบัลบารอสซาได้ใช้พลังของรูนนี้ทำให้รูนกลายร่างเป็นมังกรทองสามเศียร ซึ่งเป็นหัวหน้าใหญ่เกมเก็นโซซุยโคเด็น
รูนแห่งการเปลี่ยนแปลง (ญี่ปุ่น: 変化の紋章, อังกฤษ: Rune of Change) รูนนี้มีพลังทำให้ผู้ถือครองต้องพบกับความเปลี่ยนแปลงตลอดกาล ตามตำราโบราณในเก็นโซซุยโคเด็น II กล่าวว่าหัวหน้าเผ่าซินดาร์เป็นผู้ถือครองรูนชนิดนี้ทำให้ชาวซินดาร์ไม่สามารถลงหลักปักฐานในที่ๆ หนึ่งได้ ต้องอพยพอยู่ตลอดเวลา
รูนแห่งประตู (ญี่ปุ่น: 門の紋章, อังกฤษ: Gate Rune) มีพลังในการเชื่อมต่อโลกสองโลกเข้าด้วยกัน สามารถใช้เรียกปีศาจมาจากโลกอื่นได้ แต่เดิมสถิตย์อยู่ในหมู่บ้านรูนแห่งประตู (Gate Rune Village) แต่หมู่บ้านนี้กลับถูกราชอาณาจักรฮาร์โมเนียโจมตีในปีโซลิดที่ 78 วินดี้และเล็คนาร์ทสองพี่น้อง (ในหมู่บ้านทุกคนถือว่าตัวเองเป็นพี่และน้อง) ได้ทำการแบ่งรูนนี้ออกเป็น 2 ส่วนและแยกกันหนีจากการถูกโจมตี สงครามรูนแห่งประตูเป็นการเผชิญหน้าระหว่างกองทัพที่ผู้ถือรูนแห่งประตูด้านหน้าควบคุมและกองทัพที่ผู้ถือรูนแห่งประตูด้านหลังให้การสนับสนุน ​
ญี่ปุ่น: 竜の紋章, อังกฤษ: Dragon Rune) มอบพลังที่ทำให้มังกร (สิ่งมีชีวิตจากมิติแห่งปีกและเกล็ด) สามารถดำรงชีวิตอยู่ในโลกของเก็นโซซุยโคเด็นได้ และยังมอบสิทธิให้ผู้ถือครองรูนสามารถควบคุมมังกรได้ ครึ่งหนึ่งเคยถูกถือครองโดยโจชัว เลเวลไฮท์, หัวหน้าอัศวินมังกรแห่งอาณาจักรโทแรน (head of Dragon Knights of the Toran Republic) และได้เปลี่ยนไปอยู่กับรองผู้บัญชาการมิเลีย ในช่วงท้ายของสงครามรูนแห่งประตู โจชัวได้ใช้รูนแห่งมังกรรวมพลังกับรูนแห่งประตูด้านหลังของเลคนาร์ท เพื่อส่งกองทัพปีศาจของวินดี้กลับไปยังโลกแห่งความว่างเปล่า
รูนแปดด้าน (ญี่ปุ่น: 八房の紋章, อังกฤษ: Eightfold (Yafusa/Hachifusa) Rune) เป็นรูนแท้ที่ยูเบอร์เป็นผู้ถือครอง มีพลังในการแยกร่าง(ส่วนพลังด้านอื่นยังไม่ปรากฏ)
รูนแห่งสัตว์ป่า (ญี่ปุ่น: 獣の紋章, อังกฤษ: Beast Rune) สังฆราชจากฮาร์โมเนียได้มอบรูนนี้ให้ราชวงศ์ไบลท์แห่งไฮแลนด์เพื่อเป็นเครื่องกระชับสัมพันธไมตรี รูนแห่งสัตว์ป่าอยู่ได้ด้วยการดูดกลืนวิญญาณของมนุษย์ รูนแห่งสัตว์ป่ามีบทบาทสำคัญในเกมส์เก็นโซซุยโคเด็น II
รูนแห่งวัฏ (ญี่ปุ่น: 円の紋章, อังกฤษ: Circle Rune) รูนที่มอบสันติภาพและความกลมเลียวให้แก่ดินแดนภายใต้การปกครองของผู้ถือรูน