การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง
การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองหรือ สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง เป็นความขัดแย้งทางทหารครั้งที่สองระหว่างราชวงศ์โกนบองแห่งพม่า กับราชวงศ์บ้านพลูหลวงแห่งอยุธยา ในการทัพครั้งนี้ กรุงศรีอยุธยาซึ่งเป็นราชธานีคนไทยเกือบสี่ศตวรรษได้เสียแก่พม่าและถึงกาลสิ้นสุดลงไปด้วย เหตุการณ์ได้เกิดขึ้นเมื่อวันอังคาร ขึ้น 9 ค่ำ เดือน 5 ปีกุน ตรงกับวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310
ยุทธนาการนี้เป็นผลพวงของสงครามพระเจ้าอลองพญาเมื่อ พ.ศ. 2303 และอุบัติขึ้นใน พ.ศ. 2308 เมื่อพม่าส่งกองทัพเข้าบุกครองอยุธยาเป็นสองทางแบบคีม ทัพพม่าพิชิตการป้องกันของฝ่ายอยุธยาที่ประกอบด้วยกำลังอันเหนือกว่าแต่ขาดการประสานงานกันได้ และเริ่มล้อมกรุงศรีอยุธยานาน 14 เดือน กระทั่งเดือนมีนาคม พ.ศ. 2310 พระเจ้าเอกทัศทรงยอมเป็นประเทศราชของพม่า แต่พม่าประสงค์ให้ยอมแพ้อย่างไม่มีเงื่อนไข ในที่สุด กองทัพพม่าหักเข้าพระนครได้เป็นครั้งที่สองในประวัติศาสตร์ แล้วทำลายล้างพระนคร ทำให้ความสัมพันธ์ไทย-พม่าเสื่อมลงจนถึงปัจจุบัน
การเสียกรุงครั้งนี้ นอกจากจะส่งผลให้อาณาจักรอยุธยาล่มสลายลงแล้ว ตะนาวศรีตอนใต้ยังได้ตกเป็นของพม่าเป็นการถาวร และเกิดความขัดแย้งระหว่างกลุ่มการเมืองในระดับต่าง ๆ จนแทบนำไปสู่การล่มสลายของรัฐไทย อย่างไรก็ดี พม่าจำต้องถอนกำลังส่วนใหญ่ในอาณาจักรอยุธยาเดิมกลับคืนประเทศไปเมื่อถูกจีนบุกครอง จึงเป็นเหตุให้สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงเถลิงอำนาจและตั้งอาณาจักรของคนไทยใหม่
สมเด็จพระเจ้าเอกทัศ พระมหากษัตริย์พระองค์สุดท้ายแห่งกรุงศรีอยุธยานั้น มีพระนามเดิมว่า "กรมขุนอนุรักษ์มนตรี" เป็นพระราชโอรสองค์ที่ 2 ในสมเด็จพระเจ้าบรมโกศ พระองค์แรก คือ เจ้าฟ้าธรรมธิเบศรไชยเชษฐสุริยวงศ์ หรือเจ้าฟ้ากุ้ง ผู้ต้องพระราชอาญาสิ้นพระชนม์ไปแล้ว
คราวต้องเวนราชสมบัติ สมเด็จพระเจ้าบรมโกศไม่โปรดกรมขุนอนุรักษ์มนตรี จึงทรงข้ามไปพระราชทานพระราชบัลลังก์ให้พระราชโอรสองค์ที่ 3 คือ "เจ้าฟ้าอุทุมพร" ผู้มีพระปรีชาสามารถมากกว่า แทน ครั้นสิ้นรัชกาลสมเด็จพระเจ้าบรมโกศ เจ้าฟ้าอุทุมพรก็ราชาภิเษกเป็นสมเด็จพระเจ้าอุทุมพร เสวยราชย์ได้ไม่ถึง 3 เดือน กรมขุนอนุรักษ์มนตรีก็ตั้งพระองค์เองขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์อีกพระองค์หนึ่ง เป็นเหตุให้กรมหมื่นจิตรสุนทร, กรมหมื่นสุนทรเทพ และกรมหมื่นเสพภักดี พระเชษฐาและพระอนุชาร่วมพระชนก ซึ่งมักเรียกรวมกันว่า "เจ้าสามกรม" ทรงไม่พอพระทัยเป็นอันมาก และคิดกบฏ แต่ทรงถูกเจ้าฟ้าเอกทัศจับได้ ก่อนถูกประหารชีวิตทั้งสามพระองค์ ส่วนสมเด็จพระเจ้าอุทุมพรนั้นทรงตัดสินพระทัยเลี่ยงไปผนวชเสียด้วยเหตุผลส่วนพระองค์ กรมขุนอนุรักษ์มนตรีจึงได้ราชสมบัติเป็นสมเด็จพระเจ้าเอกทัศ
นับตั้งแต่ พ.ศ. 2301 สืบมา อันเป็นรัชกาลสมเด็จพระเจ้าเอกทัศนั้น ได้มีหลักฐานบรรยายสภาพบ้านเมืองในช่วงเวลานั้นอยู่หลายมุมมอง หลักฐานฝ่ายไทยสมัยหลังส่วนใหญ่อธิบายไว้ทำนองว่า ในรัชกาลนี้ ข้าราชการระส่ำระสาย บางคนลาออกจากราชการ และมีบาทหลวงฝรั่งเศสเขียนจดหมายเหตุว่า ในยามนั้น ""...บ้านเมืองแปรปรวน เพราะฝ่ายใน [พระราชชายา] ได้มีอำนาจเท่ากับพระเจ้าแผ่นดิน ผู้มีความผิดฐานกบฏ ฆ่าคนตาย เอาไฟเผาบ้านเรือน จะต้องได้รับโทษถึงประหารชีวิต แต่ความโลภของฝ่ายในให้เปลี่ยนเป็นริบทรัพย์สิน ริบได้ก็ตกเป็นของฝ่ายในทั้งสิ้น พวกข้าราชการเห็นความโลภของฝ่ายใน ก็แสวงหาผลประโยชน์กับผู้ต้องหาคดีให้ได้มากที่สุดที่จะหาได้ จะได้แบ่งเอาบ้าง ความเดือดร้อนลำเค็ญก็ยิ่งทับถมราษฎรมากขึ้น..."" เป็นต้น ขณะที่หลักฐานอีกฝ่ายหนึ่งมีว่าไว้ถึงพระราชกิจของพระเจ้าเอกทัศที่ถูกมองข้าม และมิได้มองว่า พระเจ้าเอกทัศทรงมีความประพฤติย่ำแย่เช่นนั้นเลย แต่ว่า พระองค์ ""ทรงทำนุบำรุงพระพุทธศาสนา บ้านเมืองสงบ การค้าขายเจริญ ทรงบริจาคทรัพย์ให้แก่คนยากจนจำนวนมาก"" เป็นต้น
ในแง่เศรษฐกิจ ความมั่งคั่งของอาณาจักรอยุธยาถดถอยลง เนื่องจากส่งของป่าออกไปขายให้ต่างประเทศได้ยากมาก อันของป่านี้เป็นสินค้าส่งออกสำคัญและสร้างรายได้ให้แก่รัฐบาลมานานนับศตวรรษ ทั้งนี้ เป็นผลพวงของการเปลี่ยนแปลง ทั้งในด้านนโยบายทางการเมืองภายในที่ไม่เป็นมิตรกับชาวต่างชาติครั้นเหตุประหารชีวิตคอนสแตนติน ฟอลคอนเมื่อต้นราชวงศ์บ้านพลูหลวง ประกอบกับตลาดต่างประเทศมีความต้องการสินค้าเหล่านี้น้อยลง พ่อค้าจากมหาสมุทรอินเดีย จีน ญี่ปุ่น และชาติตะวันตกพากันลดการติดต่อซื้อขาย
ใน พ.ศ. 2303 พระเจ้าอลองพญา ปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์โกนบอง ทรงกรีฑาทัพมาชิงเอากรุงศรีอยุธยาในรัชกาลสมเด็จพระเจ้าเอกทัศ หมายแผ่อิทธิพลเข้าดินแดนมะริดและตะนาวศรีและกำจัดภัยคุกคามจากอยุธยาที่มักยั่วยุให้หัวเมืองชายขอบของพม่ากระด้างกระเดื่องอยู่เสมอ หรือไม่พระองค์ก็ทรงเห็นว่า อาณาจักรอยุธยามีความอ่อนแอ นับเป็นโอกาสอันดี อนึ่ง ก่อนหน้านี้ อาณาจักรอยุธยาว่างเว้นการศึกกับพม่ามานานกว่า 150 ปีแล้ว ทว่า กองทัพพม่าก็มิอาจเอาชัยเหนือกรุงศรีอยุธยาได้ในครานั้น เพราะพระเจ้าอลองพญาสวรรคาลัยกลางคัน กองทัพพม่าจึงต้องยกกลับไปเสียก่อน สำหรับเหตุแห่งการสวรรคตดังว่านั้น หลักฐานของฝ่ายไทยและฝ่ายพม่าบันทึกไว้แตกต่างกัน ไทยว่า สะเก็ดปืนแตกมาต้องพระองค์ ส่วนพม่าว่า ทรงพระประชวรโรคบิด
สมเด็จพระเจ้าอุทุมพรซึ่งตัดสินพระทัยปลีกพระองค์ไปผนวชนั้น เสด็จกลับมาราชาภิเษกอีกหนเพื่อบัญชาการรบตามคำกราบบังคมทูลเชิญของพระเจ้าเอกทัศ แต่เมื่อบ้านเมืองคืนสู่ความสงบ พระเจ้าเอกทัศก็ทรงแสดงพระองค์เป็นพระมหากษัตริย์อีก สมเด็จพระเจ้าอุทุมพรจึงตัดสินพระทัยผนวชไม่สึกอีกเลย แม้ในระหว่างการทัพคราวต่อมา จะมีราษฎรและข้าราชการทั้งหลายถวายฎีกาให้พระองค์ลาผนวชมาป้องกันบ้านเมืองก็ตาม เพราะเหตุที่ผนวชถึงสองครั้งนี้ สมเด็จพระเจ้าอุทุมพรจึงทรงได้รับสมัญญาว่า "ขุนหลวงหาวัด"
พระเจ้ามังระสืบราชย์ต่อจากพระเจ้ามังลอก พระเชษฐา ใน พ.ศ. 2306 และอาจนับได้ว่า พระเจ้ามังระมีพระราชดำริพิชิตดินแดนอยุธยานับแต่นั้น ในคราวที่พระเจ้าอลงพญาเสด็จมาบุกครองอาณาจักรอยุธยานั้น พระเจ้ามังระก็ทรงร่วมทัพมาด้วย หลังเสวยราชย์แล้ว ด้วยความที่ทรงมีประสบการณ์ในการณรงค์หนก่อน พระเจ้ามังระจึงทรงทราบจุดอ่อนของอาณาจักรอยุธยาพอสมควร และตระเตรียมงานสงครามไว้เป็นอันดี
ในรัชกาลพระเจ้ามังระ มีการปราบกบฏในแว่นแคว้นต่าง ๆ และพระองค์ก็ทรงเห็นความจำเป็นต้องลดอำนาจของกรุงศรีอยุธยาลง ถึงขนาดต้องให้แตกสลายหรืออ่อนแอไป เพื่อมิให้เป็นที่พึ่งของเหล่าหัวเมืองที่คิดตีตัวออกห่างได้อีก พระองค์ไม่มีพระราชประสงค์ในอันที่จะขยายอาณาเขตอย่างเคย ในเวลาไล่เลี่ยกัน หัวเมืองล้านนาและหัวเมืองทวายก็กระด้างกระเดื่องต่ออาณาจักรพม่า พระเจ้ามังระจึงต้องทรงส่งรี้พลไปปราบกบฏเดี๋ยวนั้น ฝ่ายพม่าบันทึกว่า อยุธยาได้ส่งกำลังมาหนุนกบฏล้านนานี้ด้วย แต่พงศาวดารไทยระบุว่า ทหารอยุธยาไม่ได้ร่วมรบ เพราะพม่าปราบปรามกบฏเสร็จก่อนกองทัพอยุธยาจะไปถึง
นอกจากนี้ คาดว่ามีสาเหตุอื่น ๆ อันนำไปสู่การสงครามกับอยุธยาด้วย เป็นต้นว่า อยุธยาไม่ส่งหุยตองจา ที่เป็นผู้นำกบฏมอญ คืนพม่าตามที่พม่าร้องขอ (ตามความเข้าใจของชาวกรุงเก่า), พระเจ้ามังระหมายพระทัยจะเป็นใหญ่เสมอพระเจ้าบุเรงนอง, หลังพระเจ้าอลองพญารุกรานในครั้งก่อน มีการตกลงว่าฝ่ายอยุธยาจะถวายราชบรรณาการ แต่กลับบิดพลิ้ว (ปรากฏใน "The Description of the Burmese Empire") หรือไม่ก็พระเจ้ามังระมีพระดำริว่า อาณาจักรอยุธยาอ่อนแอ จึงสบโอกาสที่จะเข้าช่วงชิงเอาทรัพย์ศฤงคาร และจะได้นำไปใช้เตรียมตัวรับศึกกับจีนด้วย
ด้านแม่ทัพของพระเจ้ามังระกราบทูลให้ใช้การตีกระหนาบแบบคีมจากทั้งทางเหนือและทางใต้ ในพงศาวดารฉบับหอแก้วและโกนบองได้ระบุว่า พระเจ้ามังระทรงดำริว่า หากจะส่งเนเมียวสีหบดีนำกองทัพไปทำสงครามกับอยุธยาเพียงด้านเดียวเห็นจะไม่พอ จึงโปรดให้มังมหานรธานำทัพรุกรานมาอีกด้านหนึ่งด้วย โดยก่อนหน้านั้น กองทัพทั้งสองได้รับมอบหมายให้บรรลุภารกิจอื่นเสียก่อน คือ การปราบกบฏต่อพม่า ทั้งทางเหนือและทางใต้ ซึ่งจะเป็นการช่วยเสริมความสำเร็จในการเข้าตีกรุงศรีอยุธยาอันเป็นเป้าหมายหลัก
ฝ่ายเนเมียวสีหบดีมีหน้าที่ปราบกบฏในแคว้นล้านนา กองทัพเนเมียวสีหบดีเคลื่อนไปกะเกณฑ์ผู้คนทางหัวเมืองฉาน โดยทหารฉานนั้นมีเจ้าฟ้าทั้งหลายเป็นผู้นำ อย่างไรก็ตาม ไม่ใช่ทุกคนที่ยินดีกับการเกณฑ์ทหาร เจ้าฟ้าบางองค์ในฉานทางเหนือหลบหนีไปเมืองจีน แล้วฟ้องแก่จักรพรรดิจีน หลังจากเกณฑ์ทหารได้แล้ว เนเมียวสีหบดียกทัพจากเมืองเชียงตุงเข้าสู่เมืองเชียงใหม่ และสามารถปราบปรามกบฏลงได้อย่างราบคาบ และภายในฤดูฝน พ.ศ. 2307 ได้ยกขึ้นไปปราบเมืองล้านช้างได้ทั้งหมด และล้านช้างถูกบีบบังคับให้เกณฑ์ทหารเข้าร่วมทัพฝ่ายเหนือ ก่อนจะจัดเตรียมทัพยกเข้าตีกรุงศรีอยุธยาที่เมืองลำปาง และเริ่มเคลื่อนทัพเมื่อฤดูหนาวของปี พ.ศ. 2307
ขณะที่ทางพม่าได้เกิดกบฏขึ้นที่เมืองมณีปุระ พระเจ้ามังระทรงตัดสินพระทัยไม่เรียกทัพกลับ ทรงนำกองทัพไปปราบกบฏด้วยพระองค์เอง เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2307 เสร็จแล้วจึงทรงส่งกองทัพหนุนมาให้ทัพฝ่ายใต้ ทัพของมังมหานรธามีทหารเดิม 20,000 นาย ทำให้มีทหารเพิ่มขึ้นอีก 30,000 นาย ทัพพม่าของมังมหานรธา จึงมีทหารรวมทั้งสิ้น 50,000 นาย ซึ่งนับได้ว่าเป็นการระดมทหารครั้งใหญ่ที่สุดนับตั้งแต่สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่หนึ่ง นอกจากนี้ ฝ่ายพม่ายังมีกำลังปืนใหญ่ 200 นายที่เป็นทหารบริษัทอินเดียตะวันออกของฝรั่งเศสที่ถูกจับเป็นเชลยเมื่อคราวพม่าเกิดศึกภายในด้วย
ฝ่ายทัพมังมหานรธา ราว พ.ศ. 2307 มีราชการต้องปราบกบฏที่ทวาย ต่อมาโจมตีลึกเข้าไปถึงเพชรบุรี แต่ถูกขัดขวางจากทัพอยุธยาต้องยกทัพกลับ ศึกครั้งนี่อยุธยาเสียทวาย และตะนาวศรีเป็นการถาวร หลังจากที่ได้พักค้างฝนที่ทวายใน พ.ศ. 2308 พร้อมกะเกณฑ์ไพร่พลจากหงสาวดี เมาะตะมะ มะริด ทวาย และตะนาวศรี เข้าสมทบในกองทัพ จนย่างเข้าฤดูแล้ง พ.ศ. 2307 จึงได้เคลื่อนทัพเข้าสู่อาณาจักรอยุธยาตามนัดหมายในเวลาใกล้เคียงกับทัพของเนเมียวสีหบดี
แผนการรบฝ่ายพม่าส่วนใหญ่มาจากประสบการณ์ในสงครามพระเจ้าอลองพญา ประการแรก ในคราวนี้มีการวางแผนจะโจมตีหลายทางเพื่อกระจายการป้องกันที่มีกำลังพลมากกว่าของอยุธยา พม่าจะหลีกเลี่ยงเส้นทางโจมตีเพียงด้านเดียวตามแนวชายฝั่งอ่าวไทยแคบ ๆ ซึ่งหากถูกฝ่ายอยุธยาพบแล้วจะถูกสกัดอย่างง่ายดายโดยฝ่ายอยุธยาที่มีกำลังพลมากกว่า ในสงครามคราวก่อน ฝ่ายพม่าถูกชะลอให้ต้องใช้เวลาเกือบสามเดือนเพื่อสู้รบออกจากแนวชายฝั่ง
ประการที่สอง พม่าจะต้องเริ่มการรุกรานให้เร็วที่สุดเพื่อให้มีเวลาทำสงครามในฤดูแล้งให้ได้นานที่สุด ในสงครามคราวที่แล้ว พระเจ้าอลองพญาเริ่มต้นรุกรานช้าเกินไป ทำให้เมื่อกองทัพพม่ามาถึงกรุงศรีอยุธยาในเดือนเมษายน ก็เหลือเวลาเพียงเดือนเดียวก่อนที่จะถึงฤดูน้ำหลาก คราวนี้ฝ่ายพม่าจึงเริ่มต้นรุกรานตั้งแต่กลางฤดูฝน โดยหวังว่าจะไปถึงกรุงศรีอยุธยาในช่วงต้นฤดูแล้งพอดี
ทางด้านการปฏิบัติของอาณาจักรอยุธยาระหว่างการทัพทั้งสองนั้น กษัตริย์อยุธยาได้ทรงส่งกองทัพมาช่วยเหลือเชียงใหม่ให้เป็นกบฏต่อพม่า และช่วยหัวเมืองมอญที่เมืองทวายให้ประกาศอิสรภาพ ทำให้กองทัพพม่าต้องส่งกองทัพไปตีดินแดนทั้งสองคืน เลยไปจนถึงอาณาจักรล้านช้าง เพื่อตัดชัยชนะของกรุงศรีอยุธยา และในการรุกรานกรุงศรีอยุธยาในรัชสมัยพระเจ้ามังระ กองทัพอยุธยาก็ยังคงเตรียมตัวรับกองทัพพม่าในพระนครอีกเช่นเดิม
พระเจ้าเอกทัศทรงระดมทหารครั้งใหญ่ในราชอาณาจักรตั้งแต่มังมหานรธายกกองทัพลงใต้มายึดทวายเป็นการถาวรเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2307 การป้องกันด้านทิศใต้ประกอบด้วยทหารมากกว่า 60,000 นาย ซึ่งพระเจ้าเอกทัศทรงวาง "กำลังที่ดีที่สุด" ไว้ตลอดทางตะวันตกของกรุงศรีอยุธยาตั้งแต่ด่านเจดีย์สามองค์มาจนถึงกาญจนบุรี ผ่านทวาย ไปจนถึงอ่าวไทยที่อยู่ทางใต้สุดเพื่อรับมือกับมังมหานรธา ส่วนทางด้านทิศเหนือ แนวป้องกันหลักของอยุธยาเริ่มตั้งแต่สุโขทัยและพิษณุโลก ส่วนการป้องกันที่อยู่เหนือไปกว่านี้มีการจัดตั้งเป็นค่ายทหารขนาดเล็กโดยผู้นำท้องถิ่น
ฝ่ายอยุธยายังคงเน้นการตั้งรับในพระนคร โดยใช้แผนตั้งรับจนถึงฤดูน้ำหลากแล้วรอจนกองทัพข้าศึกถอยทัพกลับไปเอง ยุทธศาสตร์ดังกล่าวได้เอาชนะข้าศึกมาเป็นเวลาหลายศตวรรษ ฝ่ายอยุธยายังมีเงินพอจะซื้อปืนคาบศิลาและปืนใหญ่ด้วย ปืนใหญ่บางกระบอกยาวถึง 9 เมตร และยิงลูกปืนใหญ่น้ำหนักกว่า 45 กิโลกรัม และครั้งเมื่อพม่าตีกรุงศรีอยุธยาแตก ทหารพม่าได้ไปพบปืนคาบศิลาใหม่กว่า 10,000 กระบอก และเครื่องกระสุนอีกเป็นจำนวนมากที่ยังไม่ได้ใช้ แม้ว่าจะอยู่ในระหว่างการล้อมนาน 14 เดือนก็ตาม นอกจากนี้ ฝ่ายอยุธยายังได้มีการใช้ทหารรับจ้างต่างด้าวเพื่อเสริมทัพด้วย ซึ่งส่วนใหญ่เป็นชาวยุโรปและชาวจีน โดยมีเรือรบอังกฤษอย่างน้อยหนึ่งลำถูกจัดให้ป้องกันด้านปีกด้วย
นิธิ เอียวศรีวงศ์ กล่าวว่า รัฐบาลอยุธยาเองก็เห็นว่ายุทธศาสตร์การตั้งรับในพระนครเห็นจะไม่ไหว จำต้องไม่ให้ข้าศึกประชิดพระนครอย่างยุทธศาสตร์ของสมเด็จพระนเรศวร เพียงแต่ว่าระบบป้องกันตนเองของอยุธยามีจุดอ่อนมาก่อนแล้ว จึงทำให้รัฐบาลต้องเตรียมการป้องกันพระนครควบคู่ไปด้วย ดังที่เห็นได้จากการเตรียมเสบียงอาหารและเกณฑ์กองทัพหัวเมือง เพียงแต่ว่าการเกณฑ์กองทัพหัวเมืองได้ทหารจำนวนไม่มากนัก ซึ่งคงเป็นผลมาจากระบบป้องกันตนเองที่มีปัญหานั่นเอง ตรงกันข้ามกับ สุเนตร ชุตินธรานนท์ ที่เห็นว่าทางการอยุธยายังคงใช้พระนครเป็นปราการรับข้าศึกตามยุทธศาสตร์เดิมแต่โบราณ
กองทัพฝ่ายเหนือของอาณาจักรพม่า ภายใต้การบัญชาการของเนเมียวสีหบดี ได้จัดแบ่งกำลังพลออกเป็นทัพบกและทัพเรือ ทั้งหมดยกออกจากลำปางในเดือนกันยายน พ.ศ. 2308 ลงมาตามแม่น้ำวัง ซึ่งการรุกรานของกองทัพฝ่ายเหนือนั้นถูกชะลอลงอย่างมากเนื่องจากฤดูฝนและผู้นำท้องถิ่น ทำให้เนเมียวสีหบดีต้องโจมตีเมืองแล้วเมืองเล่าไปตลอดทาง ท้ายที่สุดแล้วก็ยึดได้เมืองตากและกำแพงเพชรเมื่อสิ้นฤดูฝน
ในเวลาเดียวกัน มังมหานรธาได้เปิดฉากการโจมตีจากทางใต้ในช่วงกลางเดือนตุลาคมโดยแบ่งการโจมตีออกเป็นสามทาง กองทัพฝ่ายใต้ของพม่ามีทหาร 20,000 ถึง 30,000 นาย กองทัพขนาดเล็กถูกส่งผ่านด่านเจดีย์สามองค์มุ่งไปยังสุพรรณบุรี ส่วนกองทัพขนาดเล็กอีกกองหนึ่งรุกลงใต้ไปตามชายฝั่งตะนาวศรีมุ่งหน้าไปยังมะริดและตะนาวศรี และกองทัพหลักฝ่ายใต้รุกรานผ่านด่านเมียตตา และกาญจนบุรีเสียแก่ข้าศึกโดยมีการต้านทานเพียงเล็กน้อย
เหตุหลักที่กาญจนบุรีเสียแก่พม่าโดยง่ายนั้นอาจเป็นเพราะทหารพม่ากรำศึกกว่าทหารอยุธยา แต่ก็อาจอธิบายได้ว่าแม่ทัพอยุธยาคำนวณผิดพลาดถึงเส้นทางเดินทัพหลักของพม่า และไม่มีการเสริมกำลังอย่างเพียงพอเพื่อให้เมืองสามารถต้านทานการโจมตีขนาดใหญ่ได้ หากตัดสินจากการรายงานเส้นทางโจมตีของฝ่ายพม่าจากพงศาวดารไทยแล้ว พบว่าแม่ทัพอยุธยาดูเหมือนจะเชื่อว่าเส้นทางโจมตีหลักของพม่าจพมาจากชายฝั่งอ่าวไทย แทนที่จะเป็นเส้นทางที่สั้นและชัดเจนที่สุดผ่านทางกาญจนบุรี หลักฐานไทยระบุว่าเส้นทางโจมตีหลักของมังมหานรธามาจากตะนาวศรีตอนใต้ โดยข้ามเทือกเขาตะนาวศรีที่ชุมพรและเพชรบุรี อันเป็นเส้นทางที่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิงกับเส้นทางกาญจนบุรีที่บันทึกไว้ในพงศาวดารพม่า นักประวัติศาสตร์เกียว เติด ระบุเพิ่มเติมโดยเฉพาะว่าเส้นทางโจมตีหลักคือทางด่านเมียตตา
หลังจากยึดกาญจนบุรีแล้ว กองทัพฝ่ายใต้ของมังมหานรธาเดินทัพต่อมายังอยุธยา และเผชิญการต้านทานเพียงเล็กน้อยจนกระทั่งมาถึงนนทบุรี ซึ่งอยู่ห่างจากกรุงศรีอยุธยามาทางทิศใต้ 60 กิโลเมตร ซึ่งอยุธยาตั้งแนวป้องกันสำคัญขึ้นขัดเส้นทางมุ่งสู่พระนคร ฝ่ายอยุธยาใช้กองทัพบกและกองทัพเรือโจมตีค่ายพม่าร่วมกัน กองทัพเรือประกอบด้วยเรือรบหลายลำและเรืออังกฤษลำหนึ่งที่ใช้ยิงปืนใหญ่ถล่มที่ตั้งของพม่า แต่ทหารพม่าสามารถป้องกันค่ายไว้ได้ และทหารอยุธยาถอยทัพกลับไป ส่วนเรืออังกฤษลำนั้นหนีออกทะเลไป
หลังจากนั้นกองทัพมังมหานรธาก็ไปเผชิญกับกองทัพอยุธยาที่มีกำลังพล 60,000 นายใกล้กับทางตะวันตกของกรุง แต่ถึงแม้ว่าจะมีกำลังต่างกันหลายเท่าก็ตาม ทหารพม่าที่กรำศึกกว่าก็สามารถเอาชนะได้ จนทหารอยุธยาต้องหนีกลับไปตั้งมั่นอยู่ในพระนคร มังมหานรธาใช้เวลาเพียงสองเดือนก็มาถึงพระนคร แต่ต้องเคลื่อนทัพไปทางตะวันตกเฉียงเหนือเพราะกองทัพฝ่ายเหนือของเนเมียวสีหบดียังมาไม่ถึง เขาตั้งค่ายใหญ่ไว้ที่เจดีย์ซึ่งพระเจ้าบุเรงนองทรงสร้างไว้เมื่อสองศตวรรษก่อน
ขณะเดียวกัน กองทัพฝ่ายเหนือของเนเมียวสีหบดียังคงติดอยู่ทางตอนเหนือของอยุธยา ถึงแม้ว่าอัตราการเคลื่อนทัพจะเร็วขึ้นมากแล้วหลังสิ้นฤดูฝน หลังจากยึดกำแพงเพชรได้แล้ว เนเมียวสีหบดีเปลี่ยนเส้นทางไปทางตะวันออกเฉียงเหนือ และสามารถยึดหัวเมืองหลักทั้งเหนือคือ สุโขทัยและพิษณุโลกได้เป็นผลสำเร็จ (ส่วนในหลักฐานไทยไม่มีระบุว่า กองทัพพม่ายกเข้าตีเมืองพิษณุโลก) ที่พิษณุโลก เนเมียวสีหบดีพักทัพไว้ระยะหนึ่งเพื่อฟื้นฟูกำลังทหารที่สูญเสียไปในการทัพอันทรหดและโรคระบาด ผู้นำท้องถิ่นถูกบังคับให้ดื่มน้ำสาบานความภักดีและจัดหาทหารเกณฑ์ให้แก่พม่า เช่นเดียวกับมังมหานรธาที่หาทหารเกณฑ์เพิ่มเติมจากในท้องที่นอกพระนครนั้นเอง
ขณะที่พม่ากำลังฟื้นฟูกำลังทหารของตน ทางการไทยได้ส่งทหารอีกกองหนึ่งเพื่อมายึดพิษณุโลกคืน แต่ถูกตีแตกพ่ายกลับไปโดยประสบความสูญเสียอย่างหนัก นับเป็นความพยายามป้องกันครั้งสุดท้ายในทางเหนือ การป้องกันของอยุธยาพังทลายลงหลังจากนั้น กองทัพพม่าเคลื่อนลงมาทางเรือตามแม่น้ำน่าน ยึดได้เมืองพิชัย พิจิตร นครสวรรค์ ลงมาจนถึงแม่น้ำเจ้าพระยาจนถึงอ่างทอง เนเมียวสีหบดีมาถึงชานพระนครเมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2309 และสามารถติดต่อกับกองทัพมังมหานรธาได้
ทางด้านในกรุงได้ส่งกองทัพออกไปรับกองทัพเนเมียวสีหบดีที่ปากน้ำประสบ ริมแม่น้ำลพบุรีเก่าหรือโพธิ์สามต้น มีพระยากูระติเป็นแม่ทัพบก พระยาคะรานหรือพระยากลาโหมเป็นแม่ทัพเรือ กองทัพอยุธยาถูกตีแตก พม่าสามารถริบไพร่พลและยุทธปัจจัยเป็นจำนวนมาก อีกทั้งพระยากลาโหมก็ตกเป็นเชลย แล้วจึงยกกองทัพมาตั้งยังปากน้ำประสบ ราวเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2309 ในเวลาไล่เลี่ยกันนั้น ในกรุงก็ได้ส่งพระยาพลเทพออกรับกองทัพมังมหานรธาที่เมืองสีกุก กองทัพพม่ารบชนะได้เคลื่อนไปตั้งยังหมู่บ้านกานนี จนเมื่อทราบว่าทัพเนเมียวสีหบดีมาถึงชานพระนครแล้วจึงย้ายมาตั้งประชิดที่ด้านหลังของพระมหาเจดีย์ภูเขาทอง ในระยะไม่เกิน 1.25 ไมล์จากกำแพงพระนคร (ในพงศาวดารไทยบันทึกไว้ว่า ตั้งค่ายที่ตอกระออมและดงรักหนองขาว) การเคลื่อนทัพของเนเมียวสีหบดีและมังมหานรธาได้แสดงให้เห็นถึงปฏิบัติการที่ประสานและเกื้อหนุนแก่กัน เพราะต่างก็ร่วมดำเนินการอย่างเป็นขั้นตอน เพื่อปิดกั้นให้อยุธยาตกอยู่ในสภาพที่จนตรอกคือ ช่วยกันทำลายหรือมิฉะนั้นก็ยึดครองหัวเมืองรอบนอก ไม่ให้มีโอกาสเข้ามาช่วยกู้กรุงศรีอยุธยา
หลักที่กองทัพทั้งสองของพม่าใช้ในการปราบปรามหัวเมืองทั้งหลายนั้นตรงกันคือ "หากเมืองใดต่อสู้ก็จะปล้นสะดมริบทรัพย์จับเชลย เป็นการลงโทษเมื่อตีเมืองได้ เมืองใดยอมอ่อนน้อมแต่โดยดีก็เพียงแต่กะเกณฑ์ผู้คนเสบียงอาหารใช้ในกองทัพ โดยไม่ลงโทษ" นอกจากนี้พม่ายังใช้การกระจายกำลังออกเกลี้ยกล่อมผู้คนพลเมืองทั่วไปในท้องถิ่นภาคกลางฝั่งตะวันตกลุ่มน้ำเจ้าพระยา จึงทำให้คนไทยที่เดือดร้อนไปเข้ากับพม่าเป็นอันมาก
พระเจ้าเอกทัศโปรดให้รวบรวมประชาชนและเสบียงเข้ามาไว้ในพระนคร และเตรียมการป้องกันไว้อย่างแน่นหนา โดยรอคอยฤดูน้ำหลากและอาศัยยุทธวิธีคอยตีซ้ำเมื่อกองทัพพม่าถอนกำลังออกไป อย่างไรก็ตาม ฝ่ายอยุธยาก็มิได้ตั้งรับอยู่ในพระนครแต่เพียงฝ่ายเดียว ยังส่งกำลังออกไปโจมตีค่ายเนเมียวสีหบดีและค่ายมังมหานรธาอยู่หลายครั้ง ส่วนทางด้านกองทัพพม่ากระจายกำลังออกล้อมกรุงเอาไว้ทุกด้าน พยายามเข้าประชิดกำแพงพระนครหลายครั้งก็ไม่ประสบผล จึงยังมีราษฎรหลบหนีภัยพม่าเข้ามาอาศัยอยู่ในกรุงอยู่เสมอ สำหรับเสบียงอาหารในกรุงก็ยังคงบริบูรณ์ดีอยู่ ดังปรากฏในจดหมายเหตุของบาทหลวงฝรั่งเศสว่า "..."เมื่อพม่าเข้าตั้งประชิดพระนครและล้อมกรุงอย่างกวดขันขึ้นตั้งแต่วันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2309 นั้น เสบียงอาหารในกรุงก็ยังบริบูรณ์ดี มีแต่ขอทานเท่านั้นที่อดตาย"..."
เมื่อฤดูน้ำหลากใกล้เข้ามา แม่ทัพพม่าบางส่วนเห็นว่าควรจะล้มเลิกการรุกรานเสีย แต่มังมหานรธาและเนเมียวสีหบดีไม่เห็นด้วย และกองทัพพม่าเตรียมพร้อมรับการไหลหลากของน้ำด้วยการสร้างเรือและเขื่อนบนที่สูง ครั้นเมื่อถึงฤดูน้ำหลาก มังมหานรธาให้กองทัพรวบรวมเสบียงอาหารสำรองไว้ใช้ ให้ทหารปลูกข้าวในที่นาละแวกใกล้เคียง ระดับน้ำที่เพิ่มสูงขึ้นทำให้ทหารพม่าถูกแบ่งแยกเป็นหลายส่วนบนเกาะประดิษฐ์เหล่านั้น ในระหว่างวันที่ 5-10 หลังฤดูน้ำหลากเริ่มต้น เรืออยุธยาถูกส่งออกไปโจมตีค่ายมังมหานรธาและค่ายเนเมียวสีหบดี ครั้งแรกมีพระยาตาน และครั้งที่สองมีพระยากูระติเป็นแม่ทัพตามลำดับ ในการรบคราวแรกนั้นพระยาตานถูกยิงด้วยปืนคาบศิลา และกองเรือที่ถูกส่งออกมานั้นก็หนีกลับเข้าพระนคร ส่วนในการเผชิญหน้าอีกคราวหนึ่งนั้น ปืนใหญ่อยุธยาสามารถทำลายเรือพม่าได้สองลำ พร้อมฆ่าทหารไปหลายนาย
หลังฤดูน้ำหลากผ่านพ้นไป อยุธยาพยายามที่จะตีค่ายพม่าพร้อมกับสร้างแนวปะทะใหม่ขึ้น โดยส่งพระยาไต๊ตีค่ายมังมหานรธา และส่งพระยาพระนริศตีค่ายเนเมียวสีหบดี แต่ก็ถูกตีแตกกลับมาทั้งสองทาง พระเจ้าเอกทัศจึงโปรดให้เพิ่มการป้องกันให้แน่นหนาขึ้น และที่สำคัญที่สุด คือ การสร้างค่ายล้อมกรุงเอาไว้ทุกด้าน ฝ่ายพม่าก็พยายามเคลื่อนเข้าใกล้กำแพงพระนครขึ้นทุกขณะ เมื่อถึงวันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2309 ฝ่ายพม่าก็เข้ามาตั้งติดกำแพงพระนครห่างกันเพียงแค่ระยะปืนใหญ่ ส่วนฝ่ายพม่าได้ก่อมูลดินขึ้นรอบพระนคร โดยบางกองนั้นสูงกว่ากำแพงเมือง แล้วยิงปืนใหญ่เข้าไปในกรุงและพระราชวัง ปลายปี พ.ศ. 2309 พระยาตากและพระยาเพชรบุรีนำกำลังทางน้ำไปโจมตีเพื่อปลดปล่อยวงล้อม แต่ประสบความพ่ายแพ้ พระยาเพชรบุรีก็เสียชีวิตในที่รบ พระยาตากซึ่งถูกประณามว่าเป็นต้นเหตุของความพ่ายแพ้คราวนั้น ก็นำทหารของตัวฝ่าวงล้อมไปทางตะวันออก ในระหว่างที่อยู่ภายใต้วงล้อมนี้ การวางแนวปะทะของอยุธยาไม่สามารถพลิกผลของสถานการณ์ได้เลย ในพระนครเริ่มขาดแคลนอาหาร ประสิทธิภาพและขวัญกำลังใจของกองทัพตกต่ำ ช่วงต้นปี พ.ศ. 2310 เกิดเพลิงไหม้ในพระนครซึ่งเผาผลาญบ้านเรือนไปกว่า 10,000 หลังคาเรือน
มังมหานรธาเสนอในที่ประชุมแม่ทัพนายกองแนะให้ใช้อุบายลอบขุดอุโมงค์เข้าไปในกรุง พร้อมกับสร้างค่ายทหารขึ้น 27 ค่ายล้อมรอบพระนคร ซึ่งรวมไปถึงเพนียด วัดสามพิหาร วัดมณฑบ วัดนางปลื้ม และวัดศรีโพธิ์ เพื่อจะได้ยิงปืนใหญ่ด้วยความแม่นยำยิ่งขึ้น อันเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่กองทัพหัวเมืองทางเหนือราว 20,000 นาย มาช่วยอยุธยา แต่ก็ถูกตีแตกกลับไปอย่างง่ายดาย
ระหว่างเดือนมกราคมและเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2310 ทหารพม่าก็เริ่มการขุดอุโมงค์ด้านหัวรอจำนวน 5 แห่งอย่างเป็นขั้นตอน โดยตั้งค่ายใหม่เพิ่มอีก 3 แห่ง พร้อมกับยึดค่ายป้องกันพระนครทางเหนือและตะวันออกเฉียงเหนือทั้งหมด และยึดค่ายป้องกันทางด้านทิศใต้ภายในเดือนมีนาคม ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2310 พระเจ้าเอกทัศทรงแต่งทูตออกไปเจรจาขอเป็นเมืองขึ้นของพม่า แต่แม่ทัพพม่าก็ปฏิเสธ โดยอ้างพระบรมราชโองการของพระเจ้ามังระ และต้องการการยอมจำนนโดยไม่มีเงื่อนไข มังมหานรธาเสียชีวิตในช่วงนี้ และพระเจ้ามังระมีพระราชโองการให้ฝังศพอย่างสมเกียรติเป็นพิเศษ หลังจากนี้เนเมียวสีหบดีก็ได้เป็นแม่ทัพใหญ่พม่าแต่เพียงผู้เดียว
ต่อมา ฝ่ายเนเมียวสีหบดีก็เสนอแก่นายกองทั้งหลายให้ใช้ไฟสุมเผารากกำแพงเมืองจากใต้อุโมงค์ซึ่งขุดไว้แล้ว จากนั้นก็ตกลงกันเตรียมเชื้อเพลิงและกำลังพลไว้พร้อม
ครั้นถึงวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310 เวลาประมาณบ่ายสามโมง พม่าจุดไฟสุมรากกำแพงเมืองตรงหัวรอที่ริมป้อมมหาชัย และยิงปืนใหญ่ระดมเข้าไปในพระนคร จากบรรดาค่ายที่รายล้อมทุกค่าย พอเพลาพลบค่ำกำแพงเมืองตรงที่เอาไฟสุมทรุดลง เวลา 2 ทุ่ม แม่ทัพพม่ายิงปืนเป็นสัญญาณให้ทหารเข้าพระนครพร้อมกันทุกด้าน พม่าเอาบันไดปีนพาดเข้ามาได้ตรงที่กำแพงทรุดนั้นก่อน ทหารอยุธยาที่รักษาหน้าที่เหลือกำลังจะต่อสู้ พม่าก็สามารถเข้าพระนครได้ในเวลาค่ำวันนั้นทุกทาง
ในขณะเดียวกับที่กองทัพพม่าฝ่ายเหนือยกทัพมารุกรานกรุงศรีอยุธยาผ่านหัวเมืองต่าง ๆ นั้น ปรากฏว่าได้มีทหารพม่ากองหนึ่งกวาดต้อนผู้คนและทรัพย์สิน สร้างความเดือดร้อนให้กับชาวบ้านเป็นอันมาก จนมีการรวมตัวกันเข้าของชาวเมืองวิเศษชัยชาญและชาวเมืองใกล้เคียง ภายใต้การนำของพระครูธรรมโชติ และหัวหน้าชาวบ้านจำนวน 11 คน สามารถทำการรบต้านทานการเข้าตีของพม่าได้ถึง 8 ครั้ง แต่สุดท้าย ค่ายบางระจันถูกตีแตกด้วยยุทธวิธีของสุกี้ เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2309 รวมเวลาต้านกองทัพพม่าได้นาน 5 เดือน ซึ่งการรบของชาวค่ายบางระจัน "นับว่าเข้มแข็งกว่ากองทัพของกรุงศรีอยุธยาในสมัยนั้น"
พงศาวดารไทยและพม่าไม่ค่อยจะกล่าวถึงชาวบ้านบางกระจันมากนัก โดยเป็นการกล่าวถึงแบบรวบรัด เนื่องจากพงศาวดารมักจะกล่าวถึงความขัดแย้งในระดับรัฐต่อรัฐเท่านั้นหรือเพราะชาวบ้านบางระจันทำการรบเพื่อป้องกันตนเอง หรือมิฉะนั้นก็ไม่เคยเกิดเหตุการณ์นี้ขึ้นเลยก็เป็นได้ ในพงศาวดารพม่ากล่าวถึง "ผู้นำเล็กน้อย" ที่หยุดการรุกกองทัพฝ่ายเหนือ แต่ระบุไว้ว่า เกิดขึ้นในช่วงต้นของการทัพตามแม่น้ำวัง ช่วงฤดูฝน (สิงหาคม-ตุลาคม) แม่ทัพพม่าผู้ประจำอยู่ใกล้กับอยุธยาเวลานั้น มิใช่เนเมียวสีหบดี แต่เป็นมังมหานรธา ซึ่งกองทัพฝ่ายใต้ได้ตั้งรอกองทัพฝ่ายเหนือนานนับเดือน ดูเหมือนว่าการบรรยายทั้งสอง ผู้นำเล็กน้อยที่ต้านทานเนเมียวสีหบดีในทางเหนือ และมังมหานรธาที่รั้งทัพไว้ที่กรุงศรีอยุธยา ผสมกันจนเกิดเป็นตำนานดังกล่าวขึ้น
ในระหว่างการทัพ กรมหมื่นเทพพิพิธได้หนีจากการคุมขังในเมืองจันทบุรี พร้อมกับจัดตั้งกองทัพอาสาขึ้นเพื่อจะกู้กรุงศรีอยุธยา ในประมาณเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2309 นับได้ทหารประมาณ 10,000 นาย ยกมาตั้ง ณ เมืองปราจีนบุรี หลังจากนั้น กองทัพอาสาดังกล่าวได้ทำการรบกับทหารของทางการอยุธยา ซึ่งไม่ไว้ใจกรมหมื่นเทพพิพิธ แต่สู้รบกันหลายครั้ง ก็ไม่ได้มีผลแพ้ชนะเด็ดขาด ก่อนที่มังมหานรธาจะทราบข่าว และได้ส่งทหาร 3,000 นาย ไปปราบกองทัพอาสา ภายหลังจากทัพหน้าถูกตีแตก แม่ทัพหน้าก็ตายในที่รบ กองทัพอาสาดังกล่าวจึงสลายตัวไป ส่วนกรมหมื่นเทพพิพิธหนีไปยังเมืองนครราชสีมา
ในระหว่างการทัพ เจ้าเมืองที่ถูกขอความช่วยเหลือส่งความช่วยเหลือมายังกรุงศรีอยุธยาเพียงเล็กน้อย โดยหัวเมืองตามเส้นทางเดินทัพเลือกที่จะใช้กำลังเพื่อป้องกันตนเองหรือไม่ก็ยอมจำนนต่อพม่า ซ้ำยังมีไพร่พลเมืองยังติดสินบนข้าหลวงเพื่อเลี่ยงการเกณฑ์ทหาร
ครั้นเมื่อข้าศึกเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยา ได้ปรากฏข้าราชการและราษฎรจำนวนมากหลบหนีไป ทำให้พวกที่เหลืออยู่ในกรุงเกิดการท้อหมดกำลังใจ ทั้งที่ผู้ซึ่งหลบหนีไปจำนวนมากนั้นได้สร้างวีรกรรมในสมัยต่อมา นอกจากนี้ กองทัพหัวเมืองทั้งหลายที่มีจำนวนน้อยอยู่แล้ว และส่วนใหญ่ก็คงไม่เต็มใจจะช่วยเหลือกรุง เป็นผลให้หลังจากกองทัพพิษณุโลกยกกลับไป กองทัพหัวเมืองอื่นก็ไม่มีกำลังใจอยู่ต่อสู้อีก ตัวอย่างข้าราชการผู้ละทิ้งหน้าที่ระหว่างการทัพ ได้แก่ พระยาพลเทพ หลวงโกษา พระยารัตนาธิเบศร์ พระยานครราชสีมา เจ้าศรีสังข์ และพระยาตาก เป็นต้น ความล้มเหลวของยุทธวิธีน้ำหลากนี้เองซึ่งส่งผลกระทบถึงความเข้มแข็งและวินัยทหาร
ขณะที่สงครามดำเนินไปนั้น จากการเกณฑ์ทหารในรัฐฉานตอนเหนือของเนเมียวสีหบดี ซึ่งทางการจีนถือว่าเป็นดินแดนของตน จักรพรรดิเฉียนหลงจึงมีพระบรมราชโองการให้รุกรานสิบสองปันนาและเชียงตุง ราวเดือนธันวาคม พ.ศ. 2308 ขณะที่พม่าทำสงครามอยู่ที่พิษณุโลกและอยุธยา จีนได้ส่งทหาร 6,000 นายล้อมเมืองเชียงตุง แต่ก็ถูกตีแตกกลับไป
เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2309 จีนส่งกำลังเข้ารุกรานพม่าเป็นครั้งที่สองโดยมีเป้าหมายมุ่งตรงไปยังกรุงอังวะ คราวนี้จีนมีกำลังพลถึง 25,000 นาย พระเจ้ามังระแม้จะไม่ได้ทรงคาดการณ์ถึงกำลังรบจำนวนมากเช่นนี้ แต่พระองค์ก็ไม่ทรงเต็มพระทัยจะเรียกกองทัพกลับมาจากอยุธยา พระองค์ทรงออกรบด้วยพระองค์เอง และมีคำบัญชาแก่แม่ทัพในอยุธยาให้ตีกรุงให้แตกโดยเร็ว เพื่อจะได้กลับมาตุภูมิเพื่อป้องกันบ้านเมือง และในภายหลัง พระองค์ทรงมีบัญชาอีกหนหนึ่งให้ "บากบั่น" ในการล้อม
หนังสือพระราชพงศาวดาร ฉบับกรมศึกษาธิการ ร.ศ. 120 ว่า พม่าหักเข้ากรุงได้แล้ว ก็เริ่มเผาเมืองทั้งเมืองใน "เพลาเที่ยงคืน ประมาณสองยามเศษ" เพลิงไหม้ไม่เลือกตั้งแต่เหย้าเรือนราษฎรไปจนถึงปราสาทราชมนเทียร เพลิงผลาญพระนครเป็นเวลาถึงสิบห้าวัน โดยหนังสือพระราชพงศาวดารฯ ดังกล่าว บันทึกว่า ""เพลาเที่ยงคืน ประมาณสองยามเศษ เพลิงเกิดในกรุงเทพมหานคร ไหม้แต่ท่าทราย ตลอดถนนหลวง ไปจนถึงวัดฉัททันต์ แสงเพลิงรุ่งโรจน์โชตนาการ ครั้นได้ทัศนาการเห็นก็สังเวชสลดใจ..."" นอกจากการล้างผลาญบ้านเรือนแล้ว ทัพพม่ายังปล้นชิงทรัพย์สินในพระนคร บังคับราษฎรทั้งภิกษุทั้งฆราวาสให้แจ้งที่อยู่ทรัพย์สิน ผู้ขัดขืนต้องเผชิญโทษทัณฑ์ต่าง ๆ แล้วให้จับผู้คน รวมถึงพระราชวงศ์ ข้าราชการ สมณะ ไปคุมขังไว้ โดยพระสงฆ์ให้กักไว้ที่ค่ายโพธิ์สามต้น ส่วนฆราวาสให้ไว้ตามค่ายของแม่ทัพนายกองทั้งหลาย คำนวณแล้ว ปรากฏว่า เชื้อพระวงศ์ถูกกวาดต้อนไปกว่า 2,000 พระองค์ รวมจำนวนผู้ถูกพม่ากวาดต้อนไปนั้นมากกว่า 30,000 คน
ในจำนวนเชลยนี้มีสมเด็จพระเจ้าอุทุมพรรวมอยู่ด้วย พระองค์ได้เป็นผู้ให้ปากคำเรื่องประวัติศาสตร์อยุธยาแก่พม่า ซึ่งได้ชื่อว่า "คำให้การขุนหลวงหาวัด" นอกจากพระเจ้าอุทุมพรแล้ว ยังมีนายขนมต้ม เชลยไทยที่สร้างชื่อเสียงในทางหมัดมวยในเวลาต่อมา
เผาทำลายพระนครแล้ว ทัพพม่าได้พำนักอยู่ ณ ที่นั้นจนถึงวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2310 ก่อนยกกลับประเทศตน โดยประมวลเอาทรัพย์สินและเชลยศึกไปด้วย เนเมียวสีหบดีได้แต่งตั้งให้สุกี้เป็นนายทัพ คุมพล 3,000 คน รั้งทัพอยู่ที่ค่ายโพธิ์สามต้น คอยกวาดต้อนผู้คนและทรัพย์สินตามกลับไปภายหลัง อย่างไรก็ดี หลักฐานพม่ากล่าวตรงกันข้ามกับหลักฐานไทย คือ ทหารพม่ามิได้ฆ่าฟันผู้คนมากมาย เพียงแต่เผาเมือง ริบสมบัติ และจับพระเจ้าแผ่นดิน ข้าราชสำนัก และพลเมืองกลับไปด้วยเท่านั้น
ฝ่ายพระเจ้ามังระทรงพระดำริว่า จะไว้กำลังจำนวนหนึ่งที่กรุงศรีอยุธยา โดยอาจทรงให้อยู่ในบังคับบัญชาของพระราชวงศ์อยุธยาหรือข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ของพม่าโดยตรง แต่เผอิญ พม่าเกิดการสงครามกับจีน พระองค์จึงเปลี่ยนพระทัยเรียกกองทัพส่วนใหญ่กลับไปป้องกันมาตุภูมิ และให้คงกองทหารขนาดเล็กไว้ประจำในหลายพื้นที่เท่านั้น กองทัพพม่าที่เหลืออยู่ในอาณาจักรอยุธยาที่เป็นซากไปแล้วนั้นมีอยู่ไม่ถึง 10,000 นาย ซึ่งไม่รับกับอาณาเขตของกรุงศรีอยุธยา กองทัพเหล่านี้จึงมีอำนาจอยู่แต่ในบริเวณค่ายคูประตูหอรบของตนและปริมณฑลเท่านั้น ท้องที่ห่างไกลล้วนอยู่นอกเหนือการควบคุม ซ้ำบางแห่งกลายเป็นซ่องโจรไปเสีย
แม้ว่าพม่าจะได้ชายฝั่งตะนาวศรีตอนล่างมาเป็นของตนก็ตาม แต่พม่าไม่บรรลุวัตถุประสงค์สำคัญในอันที่จะพิชิตคนไทยและควบคุมดินแดนโดยรอบทั้งสิ้น เพราะคนไทยภายใต้การนำของพระมหากษัตริย์พระองค์ใหม่เป็นแรงหนุนเหล่ากบฏในล้านนาและพม่าตอนล่างได้ดีกว่าเดิม ประกอบกับพม่าสูญเสียความสามารถในการรบลงมากหลังผ่านพ้นสงครามกับสยาม ทั้งต้องรบกับจีนอีกหลายปี
ภายหลังจากการล่มสลายของกรุงศรีอยุธยา เพื่อความอยู่รอด ทำให้เกิดชุมนุมทางการเมืองในระดับต่าง ๆ ซึ่งเป็น ""รัฐบาลธรรมชาติ"" ขึ้นมาในท้องถิ่นทันที ส่วนรัฐบาลธรรมชาติเหล่านี้เกิดจากการที่บรรดาเจ้าเมืองขนาดใหญ่ที่ไม่ได้รับผลกระทบจากสงครามมากนักได้ตั้งตนเป็นใหญ่ในเขตอิทธิพลของตน เรียกว่า "ชุมนุม" หรือ "ก๊ก" ซึ่งมีจำนวน 4-6 แห่ง นับว่ารัฐไทยเกือบสิ้นสลายไปเพราะไม่อาจรวมกันเป็นปึกแผ่นได้อีก
เป็นเวลาไล่เลี่ยกับการตั้งตนเป็นใหญ่ของพระยาตากแถบเมืองจันทบุรี, การขับไล่ทหารพม่าที่หลงเหลืออยู่ในดินแดนอยุธยาออกไปทั้งหมด, การปราบดาภิเษกตนเองเป็นกษัตริย์ของคนไทย พร้อมกับย้ายเมืองหลวงไปยังกรุงธนบุรี อย่างไรก็ตาม สภาวะความวุ่นวายทางการเมืองยังดำเนินอยู่ตลอดรัชสมัยของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี จนกระทั่งคนไทยเริ่มกลับเป็นปึกแผ่นอีกครั้งเมื่อย่างเข้าสมัยรัตนโกสินทร์
ผลกระทบโดยตรงของสงครามคราวเสียกรุงครั้งนี้ คือ การเกิดทุพภิกขภัยครั้งร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์ไทย ทหารพม่าได้ทำลายไร่นาสวนในภาคกลาง ราษฎรไม่มีโอกาสทำมาหากินอย่างปกติ ซ้ำยังทำให้เศรษฐกิจของรัฐไทยตกต่ำอย่างหนักด้วยการปล้นท้องพระคลัง เผาบ้านเรือน วัด และสถานที่ราชการทั้งหลาย ทั้งนี้ ในระหว่างการทัพเองก็มีเรือต่างประเทศจะนำเสบียงและยุทธภัณฑ์มาช่วยเหลืออยุธยา แต่ทัพเรือพม่าก็ขัดขวางจนมิอาจให้ความช่วยเหลือได้
ความเสื่อมโทรมหลายประการในภายหลังก็มีสาเหตุมาจากการปล้นทรัพย์สมบัติของพม่าเมื่อคราวเสียกรุง เช่น มะริดและตะนาวศรีตกเป็นเมืองท่าของพม่าอย่างเด็ดขาด การค้าขายกับชาวตะวันตกจึงเสื่อมโทรมลง อีกทั้งยังทำให้การทหารของชาติอ่อนแอลงจากการสูญเสียปืนน้อยใหญ่เรือนหมื่นที่พม่าขนกลับบ้านเมืองไปด้วย นอกจากนี้ ยังมีประชากรในลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาที่ละทิ้งบ้านเรือนหนีภัยสงครามเป็นจำนวนมาก เป็นอุปสรรคต่อการฟื้นฟูเศรษฐกิจในเวลาต่อมา
การวิเคราะห์สาเหตุอันนำไปสู่การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองได้มีการตีความในหลายประเด็น แต่การจะสรุปสาเหตุที่แท้จริงนั้นยังระบุลงไปแน่นอนมิได้
พงศาวดารไทยในอดีตส่วนใหญ่มักจะกล่าวถึงความอ่อนแอของกษัตริย์ ขุนนางและระบบราชการ ว่าเป็นประเด็นสำคัญประเด็นหนึ่งที่นำไปสู่การเสียกรุงศรีอยุธยา ประเด็นดังกล่าวนับว่าเป็นกรอบความคิดที่ส่งต่อกันมาผ่านทางจารีต การจดบันทึกและการบอกเล่า โดยเฉพาะอย่างยิ่ง พระเจ้าเอกทัศ ซึ่งถูกมองว่า ""เป็นผู้ปกครองที่มีความอ่อนแอเหลวไหล...พร้อมกับแสวงหาความฟุ้งเฟ้อสนุกสนานส่วนตัวแม้ในยามศึก""
จากมุมมองเดียวกัน ในสงครามสยาม-ฝรั่งเศส ร.ศ. 112 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงตรอมพระทัยจนประชวรหนัก เพราะทรงเห็นว่าพระองค์ไม่สามารถปกป้องแผ่นดินสยามจากฝรั่งเศสได้ และทรงเกรงว่าจะถูกติฉินนินทาสืบไป ดุจดั่งพระเจ้าอุทุมพรและพระเจ้าเอกทัศที่ไม่คิดป้องกันจึงเสียเมืองและเป็นที่ครหาไม่หยุดหย่อน โดยทรงพระราชนิพนธ์ว่า
นอกจากนี้ ต้นกรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท พระราชภาตาในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ยังได้ทรงพระราชนิพนธ์เพลงยาวสะท้อนความรู้สึกคับแค้นพระทัยในพระเจ้าเอกทัศด้วย ความตอนหนึ่งว่า
อย่างไรก็ตาม แนวคิดซึ่งปรากฏในงานเขียนทางประวัติศาสตร์สมัยใหม่ได้พยายามมองประเด็นที่ต่างออกไปว่า พระองค์มิใช่กษัตริย์ที่อ่อนแอ หากแต่เป็นกษัตริย์ชาตินักรบพระองค์หนึ่ง และมองว่าประวัติศาสตร์ซึ่งยึดถือกันมานี้ถูกครอบงำจากเงื่อนไขทางการเมืองของชนชั้นผู้ปกครองในภายหลัง แต่ก็มีข้อเท็จจริงปรากฏว่า ผู้ปกครองในสมัยอยุธยาตอนปลายต่างก็แย่งชิงความเป็นใหญ่กันเอง บ้านเมืองสูญเสียกำลังพลและขุนนางเป็นจำนวนมากในสงครามกลางเมือง ดังที่สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงสรุปว่า ""ไทยอ่อนกำลังลงด้วยการจลาจลในประเทศ ไทยด้วยกันมุ่งหมายกำจัดพวกเดียวกันเอง เนื่องจากการชิงราชสมบัติมาหลายซับซ้อนนับตั้งแต่สิ้นสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถเป็นต้นมา กรุงศรีอยุธยาจึงทรุดโทรมลงเป็นลำดับ""
การที่รัฐบาลกลางของอยุธยามีการควบคุมอำนาจท้องถิ่นอย่างหละหลวม ทำให้กรุงศรีอยุธยามีอำนาจและความสามารถในการป้องกันตนเองที่จำกัด เพราะไม่ได้รับการช่วยเหลือจากกองทัพหัวเมือง ที่ไม่ปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลกลาง ซึ่งแนวคิดดังกล่าว นิธิ เอียวศรีวงศ์ ได้เน้นเป็นพิเศษ และกล่าวว่าการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง ""เป็นความล้มเหลวของระบบป้องกันตนเองของอาณาจักรมากกว่าความผิดของบุคคลหรือกลุ่มบุคคลหนึ่งเท่านั้น"" ความเสื่อมโทรมของระบบการป้องกันตนเองของอาณาจักรอยุธยาอีกประการหนึ่ง คือ จำนวนไพร่ที่สามารถเรียกเกณฑ์เข้าสู่กองทัพมีน้อย เพราะรัฐบาลได้สูญเสียไพร่ให้กับเจ้านายและขุนนางไปเป็นอันมาก และอีกจำนวนหนึ่งก็หลีกเลี่ยงการขึ้นทะเบียน เช่น ชาวบ้านบางระจัน นอกจากนี้ หากจะใช้วิธีการกวาดต้อนไพร่มายังภาคกลางเพื่อตั้งกองทัพขนาดใหญ่อย่างสมัยสมเด็จพระนเรศวรก็จะก่อให้เกิดจลาจลขึ้นอีก
สุเนตร ชุตินธรานนท์ได้เสนอแนวคิดว่า จำนวนประชากรที่เติบโตหลังจากการค้าขายกับต่างชาติในสมัยอยุธยาตอนปลาย ซึ่งมีการขัดกับจารีตการปกครองเดิมจนทำให้เกิดความปั่นป่วน อันทำให้การจัดระเบียบและควบคุมเกิดความยุ่งยาก
สงครามครั้งนี้เกิดในช่วงที่อำนาจทางทหารของราชวงศ์โกนบองรุ่งเรืองเกือบถึงขีดสุด โดยนักประวัติศาสตร์ถือว่าชัยชนะเหนือจีนเป็นช่วงที่อำนาจทางทหารของราชวงศ์โกนบองรุ่งเรืองถึงขีดสุด สาเหตุหลักที่พม่ารบชนะอยุธยาและจีนนั้น มิใช่เพราะกำลังพลหรืออาวุธที่เหนือกว่า แต่ทหารพม่ากรำศึก และมีผู้บังคับบัญชาทหารที่มีความมั่นใจและได้พิสูจน์ความสามารถมาแล้ว ขณะที่ฝ่ายผู้นำอยุธยามีประสบการณ์สงครามเพียงเล็กน้อยในสงครามพระเจ้าอลองพญาเท่านั้น ซ้ำแม้ว่าจะมีการเตรียมการสงครามอย่างกว้างขวาง แต่เมื่อสงครามมาถึง ผู้บังคับบัญชาอยุธยากลับล่าช้าและไม่ประสานงานกัน
ในสงครามคราวนี้ ฝ่ายอยุธยาประสบกับความพ่ายแพ้ทางยุทธศาสตร์อย่างเห็นได้ชัด เพราะยุทธวิธีของฝ่ายพม่าสามารถรับมือกับยุทธวิธีน้ำหลากที่ฝ่ายอยุธยามักใช้ได้เป็นผลสำเร็จหลายครั้งในประวัติศาสตร์การสงคราม นอกจากนี้ พม่ายังได้โจมตีหัวเมืองทางเหนือเพื่อป้องกันการตีกระหนาบ ก่อนกองทัพเหนือและใต้เข้าปิดล้อมพระนครพร้อมกัน ซึ่งช่วยแก้ปัญหาการขาดแคลนเสบียงได้อีกด้วย ดังนั้น ฝ่ายอยุธยาจึงไม่เหลือยุทธศาสตร์อื่นใดที่จะสู้กับพม่าได้อีก ส่วนการที่ฝ่ายอยุธยาพยายามป้องกันมิให้ข้าศึกเข้าประชิดพระนคร แต่ได้มีการจัดวางกำลังกระจัดกระจายกันเกินไป อันแสดงให้เห็นถึงข้อผิดพลาดทางด้านการข่าวอีกด้วย เพราะมีที่ตั้งทัพหลายแห่งที่พม่ามิได้ยกเข้ามาเลย ส่วนทางที่พบกับพม่านั้นก็ปราชัยทุกทิศทาง
สมเด็จพระเจ้าเอกทัศไม่แสดงความสามารถด้านการบัญชาการรบ เนื่องจากทรงมอบหมายการป้องกันบ้านเมืองแก่คณะลูกขุน ณ ศาลา
ตาม "คำให้การของชาวกรุงเก่า" ได้ระบุว่ามีคนไทยทรยศ ชื่อว่า พระยาพลเทพ ความว่า ""...มีคนไทยชื่อ พระยาพลเทพ ข้าราชการในกรุงศรีอยุธยาเอาใจออกห่าง ลอบส่งศาสตราวุธเสบียงอาหารให้แก่พม่า สัญญาว่าจะเปิดประตู [ด้านทิศตะวันออก] คอยรับเมื่อพม่าเข้าโจมตี เข้าใจว่าเป็นบริเวณหัวรอหรือใกล้เคียง ซึ่งพม่าก็ได้ระดมเข้าตีกรุงศรีอยุธยาทางด้านนี้ ตามที่พระยาพลเทพนัดหมายไว้..." และนายพี วัน เดอวูร์ท ชาวฮอลันดา ก็ได้บันทึกในลักษณะใกล้เคียงกัน แต่บอกว่าไส้ศึกเป็นชาวพม่าที่อาศัยอยู่ในพระนคร
ในการศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาในช่วงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง นักประวัติศาสตร์ไทยในภายหลังส่วนใหญ่มักจะอิงจากหลักฐานประเภทพงศาวดารไทยที่ถูกชำระขึ้นในสมัยธนบุรีและสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น อันเป็นกรอบความคิดซึ่งเน้นกล่าวถึงความเสื่อมของอาณาจักรอยุธยาในราชวงศ์บ้านพลูหลวง แต่หลักฐานเหล่านี้ได้กล่าวถึงช่วงเวลาคราวเสียกรุงอย่างรวบรัด และยังมีความสับสนในความบางตอนอีกด้วย รวมทั้งมีอคติและกล่าวประณามพระเจ้าเอกทัศ และเน้นกล่าวถึงความอ่อนแอทางทหารของอาณาจักรอยุธยามากกว่าอย่างอื่น ทั้งนี้ นักประวัติศาสตร์ไทยไม่ค่อยยึดถือจาก "คำให้การชาวกรุงเก่า" และ "คำให้การขุนหลวงหาวัด" มากนัก แต่กลับเน้น "คำให้การชาวอังวะ" ซึ่งกล่าวคลาดเคลื่อนและรวบรัดเช่นเดียวกับพงศาวดารไทยที่ถูกชำระขึ้นนั้น และถึงแม้ว่าจะมีการเลือกความจากหลักฐานต่างประเทศ ก็มักจะเลือกเอาแต่ความที่ไม่ขัดแย้งกับพงศาวดารนั้น
ตรงกันข้ามกับหลักฐานที่เป็นพงศาวดารพม่าและ "คำให้การขุนหลวงหาวัด" ซึ่งมีการกล่าวถึงช่วงเวลาเสียกรุงอย่างละเอียด รวมทั้งยุทธวิธีของพม่าที่ใช้เอาชนะอยุธยา นอกจากนี้ ในพงศาวดารพม่ากล่าวถึงความฉลาดทางยุทธวิธีที่แม่ทัพพม่าใช้เอาชนะแม่ทัพอยุธยา ซึ่งย่อมหมายถึง ความเข้มแข็งในระดับที่สามารถรบด้วยกับพม่าเช่นกัน อย่างไรก็ตาม ในพงศาวดารพม่าเองก็มีอคติและความคลาดเคลื่อน รวมทั้งกล่าวถึงชัยชนะของตนอย่างเกินจริง
ในการศึกษาสงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพได้ทรงเรียกกองทัพพม่าว่า "มาอย่างกองโจร" คือ เที่ยวปล้นอยู่โดยรอบเป็นเวลานานกว่าจะหักเอากรุงศรีอยุธยาได้ นอกจากนี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพยังมิทรงเชื่อข้อความในพงศาวดารพม่าซึ่งกล่าวว่า การรุกรานดังกล่าวมีการวางแผนอย่างถูกต้อง ด้วยทรงเห็นว่าอาจเป็นความที่ถูกแต่งเติมขึ้นในภายหลัง อย่างไรก็ตาม นิธิ เอียวศรีวงศ์ มีความเห็นว่า ความแตกต่างระหว่างทัพที่มีกษัตริย์นำมาหรือไม่มีกษัตริย์นำมาดูจะไม่แตกต่างกันมากนัก เพราะแม่ทัพทั้งสองต่างก็ปฏิบัติตามพระราชโองการของกษัตริย์ มิได้กระทำการตามอำเภอใจ หรือล่วงเข้ามาในอาณาจักรอยุธยาเพราะเห็นว่าอ่อนแอเลย สำหรับที่มาของความเชื่อนี้ สุเนตร ชุตันธรานนท์ อธิบายว่า เป็น ""แนวคิดที่รับกับการอธิบายถึงความเสื่อมของอาณาจักรอยุธยาในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวง""
หากแต่ประเด็นที่โดดเด่นกว่า คือ ความแตกต่างในจุดประสงค์ของสงครามคราวเสียกรุงทั้งสองครั้งมากกว่า เพราะในสมัยพระเจ้าบุเรงนอง เมื่อปี พ.ศ. 2112 เป้าหมายในการทัพครั้งนั้นเป็นเพียงการสร้างความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันของอาณาจักรตองอู โดยประสงค์เพียงจะตีเอากรุงศรีอยุธยาเป็นประเทศราชเท่านั้น แต่เป้าหมายในการทัพครั้งนี้ เป็นการสร้างความแตกแยกให้กับกลุ่มการเมืองทั้งหลายในอาณาจักรอยุธยา หรือไม่ก็ทำลายลักษณะทางกายภาพ ทรัพยากรมนุษย์ ทรัพย์ทางคติความเชื่อศิลปะ และทรัพย์ทางปัญญาจนไม่อาจฟื้นฟูได้
เชลยศึกอยุธยาที่ถูกกวาดต้อนไปกรุงอังวะนั้นได้เข้าไปมีอิทธิพลอย่างมากต่อการละครและการเต้นของพม่า ในปี พ.ศ. 2332 ข้าหลวงพม่าอันประกอบด้วยเจ้าชายและรัฐมนตรีได้รับมอบหมายให้แปลละครไทยและชวาจากภาษาไทยเป็นภาษาพม่า ด้วยความช่วยเหลือจากศิลปินอยุธยาที่ถูกกวาดต้อนไปนั้น ข้าหลวงจึงสามารถแปลวรรณคดีเรื่องสำคัญได้ถึงสองเรื่อง ได้แก่ รามเกียรติ์และ อิเหนา
ในปี พ.ศ. 2460 กรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงตีพิมพ์ประวัติศาสตร์ความขัดแย้งอันยาวนานหลายศตวรรษระหว่างสองประเทศที่มีความเป็นชาตินิยมสูง ชื่อว่า "ไทยรบพม่า" ซึ่งได้มีอิทธิพลสำคัญต่อการพัฒนามุมมองประวัติศาสตร์ชาติไทย ซึ่งมักพบปรากฏในหนังสือเรียนและวัฒนธรรมสมัยนิยม ในมุมมองนี้ ไม่เพียงแต่ชาวพม่าจะถูกมองว่าเป็นพวกป่าเถื่อนและก้าวร้าว แต่ว่าอยุธยาพ่ายแพ้ในสงครามเพราะว่าขาดการเตรียมตัวและเกิดการแตกแยกภายในอีกด้วย พระมหากษัตริย์ผู้ทรงนำประชาชน อย่างเช่น สมเด็จพระนเรศวรมหาราชและพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงทำสงครามปลดปล่อยชาติจากการครอบงำของข้าศึก และการศึกสมัยโบราณระหว่างผู้ปกครองสองฝ่ายได้กลายมาเป็นสงครามระหว่างชาติไป
ล่าสุด นักวิชาการจำนวนมากขึ้นได้เตือนการมองประวัติศาสตร์คริสต์ศตวรรษที่ 16 และ 18 ในกรอบความคิดของคริสต์ศตวรรษที่ 20 นักประวัติศาสตร์ แดเนียล ซีคินส์ เขียนว่า "สงครามไทย-พม่าทั้ง 24 ครั้ง ที่กรมพระยาดำรงราชานุภาพอธิบายนั้น เป็นสงครามระหว่างพระมหากษัตริย์มากกว่าสงครามระหว่างชาติ" และ "ชาวสยามคนสำคัญในสมัยนั้น รวมทั้งพระราชบิดาของสมเด็จพระนเรศวร สมัครพระทัยยอมรับอำนาจเหนือกว่าของพม่า" นักประวัติศาสตร์อีกคนหนึ่ง เฮเลน เจมส์ เขียนว่า "โดยพื้นฐาน สงครามเหล่านี้เป็นการต่อสู้ช่วงชิงความเป็นใหญ่ในภูมิภาคและในหมู่ราชวงศ์ และไม่ใช่ทั้งความขัดแย้งระหว่างชาติหรือชาติพันธุ์เลย" สุดท้าย ทหารเกณฑ์สยามจำนวนมากมีส่วนในการโจมตีกรุงศรีอยุธยา มุมมองนี้ถูกสะท้อนในวิชาการไทยสมัยใหม่ อย่างเช่น นิธิ เอียวศรีวงศ์ และสุเนตร ชุติธรานนท์ สุเนตร เขียนว่า "ทัศนคติแง่ลบที่มีต่อชาวพม่านั้นเกิดขึ้นไม่เพียงแต่เฉพาะผลจากความสัมพันธ์ในอดีตเท่านั้น แต่เป็นผลจากอุบายทางการเมืองของรัฐบาลชาตินิยมมากกว่า โดยเฉพาะอย่างยิ่ง รัฐบาลทหาร"
อย่างไรก็ตาม มุมมองทางวิชาการสมัยใหม่ยังมิได้แทนที่มุมมองของกรมพระยาดำรงราชานุภาพในหนังสือเรียนหรือวัฒนธรรมสมัยนิยม ซึ่งเป็นการส่งเสริมความรู้สึกเป็นปรปักษ์ในหมู่ประชาชนชาวไทยต่อพม่า ความเป็นปรปักษ์นี้อย่างน้อยผู้นำทางการเมืองของไทยได้แสดงออกมาในนโยบาย "พื้นที่กันชน" ของไทย ซึ่งได้จัดหาที่พัก ซึ่งในหลายโอกาสได้กระตุ้นอย่างแข็งขันและ "ให้การสนับสนุน" กลุ่มเชื้อชาติต่อต้านรัฐบาลพม่าหลายกลุ่มแนวชายแดน
เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2497 อู นุ นายกรัฐมนตรีคนแรกของสหภาพพม่า ได้กล่าวขอโทษต่อสาธารณะถึงการกระทำผิดศีลธรรมในอดีตของพม่าระหว่างการเดินทางเยือนกรุงเทพมหานครอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตาม ชาวพม่าส่วนใหญ่ในปัจจุบันทราบถึงรายละเอียดการขยายอาณาเขตของพระมหากษัตริย์ในอดีตเพียงผิวเผิน ทำให้หลายคนไม่ทราบถึงเหตุผลทางประวัติศาสตร์เบื้องหลังความเป็นปรปักษ์ของไทย และนโยบายพื้นที่กันชนของไทย ชาวพม่าจำนวนมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่ทหาร ไม่เชื่อในการรับประกันของรัฐบาลไทยที่ว่าไทยจะไม่ยินยอมให้มีกิจกรรมใด ๆ อัน "บั่นทอนเสถียรภาพของประเทศเพื่อนบ้าน". ในหลักฐานของทั้งสองฝ่ายพบว่ามีเวลาที่เสียกรุงแตกต่างกัน หลักฐานไทยกล่าวว่า การเสียกรุงเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310 (เมื่อเทียบกับการนับเวลาทางจันทรคติ) ในพงศาวดารพม่าระบุว่า ทัพพม่าตีเข้าพระนครศรีอยุธยาได้ในเวลาตี 4 กว่า ของวันพฤหัสบดี ขึ้น 11 ค่ำ เดือนเมษายน พุทธศักราช 2310 ตรงกับจุลศักราช 1129 นอกจากนี้ ยังมีบันทึกอีกว่า พม่าสามารถเข้ากรุงศรีอยุธยาได้ในวันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2310 ซึ่งสาเหตุที่นับวันแตกต่างกันนี้ อาจเนื่องมาจากนับวันที่ต่างกัน หรือใช้หลักเกณฑ์แตกต่างกันก็เป็นได้
. ในพงศาวดารไทยและพม่ากล่าวตรงกันว่ามังมหานรธาป่วยไข้ตาย แต่ระบุระยะเวลาตายไม่แน่นอน ส่วนในหนังสือ "History of Siam" ของ Turpin กล่าวว่า การตายของมังมหานรธามีสาเหตุจากปมความขัดแย้งกับเนเมียวสีหบดี พระเจ้ามังระทรงแต่งตั้ง เมงเย เมงละอูสะนา (เจ้าเมืองเมาะตะมะ) ขึ้นเป็นแม่ทัพแทนมังมหานรธา แต่อำนาจทั้งหมดก็เหมือนกับจะตกอยู่ในมือของเนเมียวสีหบดีแต่เพียงผู้เดียว
. หม่องทินอ่อง เขียนใน "ประวัติศาสตร์พม่า" ว่า ""ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1766 กองทัพพม่าทั้งสองรวบรวมรี้พลได้ประมาณ 50,000 คน พอ ๆ กับที่กษัตริย์อยุธยาทรงรวบรวมได้ที่อยุธยา"" ส่วนตัวเลขของเดวิด เค. วัยอาจ ระบุไว้ว่าการป้องกันทางใต้ของอยุธยามีทหารจำนวนมากกว่า 60,000 นาย แต่จำนวนดังกล่าวอาจมิใช่กำลังพลทั้งหมดของอาณาจักรอยุธยาในยามนั้นก็เป็นได้ เพราะอาจยังไม่นับรวมทหารที่เกณฑ์มาจากหัวเมือง หรือรวมทหารซึ่งถูกส่งออกไปรับศึกยังหัวเมืองรอบนอก และทหารอยุธยาอีกไม่ทราบจำนวนที่น่าจะไม่ได้เข้าร่วมรบจริง ๆ
. จำนวนกำลังพลในกองทัพพม่าถูกระบุไว้ในจำนวนที่แตกต่างกันไป: ใน "ประวัติศาสตร์ไทย" ของ พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ ระบุไว้ที่ 40,000 นาย (เนเมียวสีหบดีและมังมหานรธาคนละ 20,000 นาย); ใน "ประวัติศาสตร์พม่า" ของ หม่องทินอ่อง ระบุไว้ที่ 50,000 นาย; ใน "พงศาวดารฉบับราชวงศ์โกนบอง" ระบุไว้ที่ 73,000 นาย; ใน "การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ พ.ศ. ๒๓๑๐" ของ พลตรี จรรยา ประชิตโรมรัน ระบุไว้ที่ 78,000 นาย; ใน "คำให้การชาวกรุงเก่า" ระบุไว้ที่ 80,000 นาย; ศ. ขจร สุขพานิช ได้ประเมินไว้ที่ 120,000 นาย (ภายใต้เนเมียวสีหบดี 70,000 และภายใต้มังมหานรธา 50,000)
. ในพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขา เล่ม 2 หน้า 299 ได้กล่าวว่า ""พม่าเสียรี้พลประมาณสามพันสี่พันนายทั้งป่วยไข้ตาย ชาวเมืองอยุทยาเสียคนประมาณสองแสนเศษ ทั้งตายด้วยอาวุธและป่วยไข้ตาย"" ซึ่ง ชัย เรืองศิลป์ ได้ประมาณว่า มีชาวอยุธยาเสียชีวิตจากการอดอาหารตายมากกว่าต้องอาวุธศัตรูถึงห้าหกเท่า