日本におけるLGBTの権利
日本では同性愛は違法ではない。同性婚はG7国家で唯一(イタリアは結婚に準ずるパートーシップ法)認められていない。
日本文化や日本国内で広く信仰されている宗教においても、歴史上LGBTへの敵意は存在しないとする見方もある。
一部のコメディアンやテレビのバラエティ番組において「同性愛者やトランスジェンダーらを特異な存在として扱う」傾向は存在する一方で、多数の同性愛者が数多くのメディア媒体へ進出を果たしており、。
一般社会においては、就職活動でもまだLGBTに対する差別や偏見が存在する。
現在のところ、同性間のリレーションシップを承認する法律はない。補完手段として、同性間カップルが養子縁組を結ぶケースが昔からあるともいわれている。
日本の伝統的な民族宗教である神道や、日本における仏教（日本の仏教）、儒教などは、同性愛や異性装を明示的に禁止しておらず、日本の歴史においてそれらは肯定的なものと捉えられていた。その後、明治時代初頭の1872年（明治5年）、西洋の政治・文化の影響などで男性同性愛の鶏姦（肛門性交）が違法とされたが（鶏姦罪）、8年後の1880年（明治13年）・1882年（明治15年）に制定された旧刑法からはこの規定はなくなった（後述）。
欧米諸国では教義上同性愛を罪とするキリスト教や19世紀帝政ドイツの衛生思想の影響で、同性愛者が激しく弾圧されたことや、第二次世界大戦後のマッカーシズムの「ゲイ狩り」などへの反動としてゲイ解放が興った。対して日本は、同性愛者の迫害や逮捕などの歴史を持たず、政府などによる表立った差別もほとんどみられなかったため、社会の抑圧に反発する形での強い同性愛者の意識・権利の向上を目指すゲイ解放運動も、歴史的に見て一部を除いて低調である。
欧米圏や太平洋諸国、タイ、台湾などで同性結婚やシビル・ユニオンなどの制度が順次確立されつつある一方で、日本では同性婚はおろかシビル・ユニオンも認められていない。G7の国家で同性婚を認めない国は日本のみとなった。一方2018年現在、各地方自治体で独自にパートナーシップ条例が制定される動きが広まりつつある。あくまで自治体内で限定的な効果が生じるものであり、シビル・ユニオンや結婚、事実婚とは機能的に全く異なることに留意する必要がある。結婚の補完手段として、養子縁組を結ぶこともあるとされる。
そうした中でも1971年（昭和46年）、東郷健が同性愛者であることを公言して選挙に初立候補した。彼は同性愛者を中心とした社会的少数者の人権を守ることを目的とした政治団体「雑民党」を結成し、幾度となく選挙に立候補して同性愛者の権利と存在を訴えた（後述）。1970年代後半から1980年代前半にかけては、当時の若い世代のゲイ達が「日本同性愛者解放連合」「フロントランナーズ」「プラトニカ・クラブ」など、いくつかのゲイ団体を結成して活動した（参照）。1984年には、国際的LGBT団体「国際ゲイ協会（IGA）日本支部」（現ILGA、代表・南定四郎）が発足し、1986年5月「第1回アジアゲイ会議」を開催した。1986年3月には「動くゲイとレズビアンの会」が結成され、1997年（平成9年）には東京都による1990年（平成2年）に発生した「府中青年の家貸し出し拒否」を巡る裁判に全面勝訴した（後述）。1994年（平成6年）8月28日にはレズビアン・ゲイ・パレード（ILGA日本を中心とした実行委員会主催）が日本で初開催された。1994年（平成6年）はまた、厚生省（当時、現・厚生労働省）が同性愛を治療対象から除外した世界保健機関（WHO）の見解を踏襲し、文部省（当時、現・文部科学省）も指導書の性非行の項目から同性愛を除外した。日本精神神経学会も同性愛者団体の働きかけを受け、1995年（平成7年）にWHO見解を尊重すると表明した。
なお、日本は、国連のLGBTコアグループのアジアからの唯一の参加国である。同グループは、LGBTフレンドリーな国11カ国や2つの国際機関などで構成され（2013年時点）、2013年9月にニューヨークの国連本部で開かれた閣僚級会合で、日本からは当時の吉川元偉国連大使が出席した。LGBTの権利は人権問題として取り上げられるが、公の場で討論となるケースは多くない。
2001年（平成13年）に法務省の人権擁護推進審議会は「人権救済制度の在り方について」という答申をまとめた。この答申には性的指向に基づく差別の禁止が盛り込まれ、人権擁護法案として国会に提出されたが廃案となった。
2007年（平成19年）8月11日開催の第6回東京プライドパレードには、初めて厚生労働省と東京都が後援となった。また、パレードの開催地区の渋谷区とセクシュアル・マイノリティに縁の深い新宿二丁目を擁する新宿区の区長からメッセージが寄せられた。
2014年（平成26年）の東京レインボープライドでは、安倍昭恵首相夫人が参加、性的少数者の支持を表明した。
2016年（平成28年）5月27日、民進、共産、社民、生活の野党4党が国や地方公共団体に差別の解消施策を取るよう義務付け、企業や学校が性自認や性的指向を理由とした不当な取り扱いを禁止する「性的指向又は性自認を理由とする差別の解消等の推進に関する法律案」（LGBT差別解消法案）を提出し、継続審議となっている。
政党用件を満たす政党の中で、LGBTに関する公約を掲げているのは、自民党、立憲民主党、公明党、日本共産党、社会民主党 の5政党である。
2003年（平成15年）7月10日には自民党と公明党（自公連立政権）により、第1次小泉第1次改造内閣（小泉純一郎首相）により、性同一性障害の人々の戸籍変更などを認める「性同一性障害者の性別の取扱いの特例に関する法律」（性同一性障害特例法）が成立された。同法は、翌2004年（平成16年）7月16日に施行された。
その他政治団体では緑の党グリーンズジャパンと幸福実現党、東京・生活者ネットワークが言及しているほか、日本維新の会も、「レインボープライド愛媛」が2012年（平成24年）に行った政党アンケートで、人権問題として性的少数者らの問題に取り組んで行くことや同性結婚の導入に賛成した。ただし、日本維新の会の公約では言及していない。2014年（平成26年）には、次世代の党（当時、現在の日本のこころ）も言及したが公約では言及していない。
自由民主党は、2000年（平成12年）9月に性同一性障害に関する勉強会を発足させ、その法的扱いについて検討してきたが、南野知惠子参議院議員が中心となり、「性同一性障害特例法」案をまとめ、2003年（平成15年）7月、小泉政権の下で同法案は可決、成立した（後述）。2008年（平成20年）6月の福田康夫政権時には、一部の要件を緩和する同法改正案が成立した。
2013年（平成25年）、福田峰之衆議院議員の働きかけなどで、自民党内に「性的マイノリティに関する課題を考える会」（会長：馳浩、事務局：牧島かれん）が結成された。同会は学校で「オカマ」「おとこおんな」などと嘲笑されやすい、性的マイノリティのいじめ問題などの課題に取り組んでいる。
また、稲田朋美は2015年（平成27年）9月に米国・ワシントンD.C.で行った講演で「保守政治家と位置付けられる私ですが、LGBTへの偏見をなくす政策をとるべきと考えています」と発言している。
これまでは党として態度を明確にはしてこなかったが2016年参議院選挙にて「性的指向・性自認に関する広く正しい理解の増進を目的とした議員立法の制定」とともに、「各省庁が連携して取り組むべき施策を推進し、社会全体が多様性を受け入れていく環境を目指す」と公約で明記した。
民主党時代の2013年参議院選挙の公約より言及し、「性的指向による差別や偏見をなくすよう、支援団体と協力して性的マイノリティに関する政策を充実させる」とする。具体的にはLGBT差別解消法の制定をする。また民主党政権時代、同党議員有志で「性的マイノリティ小委員会」を作り、主としてLGBTの自殺対策について討議した。また日本で初めて、自らが同性愛者と公言した政治家の尾辻かな子が国会議員として存在している。尾辻は2013年（平成25年）に参議院議員を務め、2017年（平成29年）10月22日実施の第48回衆議院議員総選挙に比例復活で当選し、立憲民主党所属の衆議院議員として国政復帰した。
「ダイバーシティ社会の実現」のための政策の一つとして、「LGBTに対する差別を禁止する法律の制定」を掲げている。
「性的指向や性自認を理由とする差別のない社会を目指し、性の多様性を 尊重し、性的マイノリティへの理解促進を図る」をする。具体的には、性別適合手術の保健適用化や性的指向・性自認に係わる児童生徒への対応について、教職員の研修を強化する、相談体制を充実させるとした。
「性的マイノリティの人たちの人権と生活向上のためにとりくむ」とする。具体的には性同一性障害に対応できる医療機関を増やし、性別適合手術に医療保険を適用する。公営住宅、民間賃貸住宅の入居や継続、看護・面接、医療決定の問題など、同性のカップルがいっしょに暮らすにあたっての不利益を解消する。性同一性障害者特例法の「子無し要件」を廃止する。企業が規模に応じて、相談窓口の設置や福利厚生、社内研修など適切なSOGI、LGBT対策を実施し、国、自治体としてSOGI、LGBT対策に積極的にとりくむ企業の顕彰をおこなう。公的書類における不必要な性別欄を撤廃する。すべての自治体で、東京都渋谷区や三重県伊賀市などで導入したような、同性カップルを「結婚に相当する関係」と認定する条例や施策を実現するとした。
「レズビアン、ゲイ、バイセクシャル、トランスジェンダーなどの性的マイノリティ（LGBT）への偏見解消に取り組む」とする。具体的にはLGBT差別解消法を制定する。職業・雇用、公営住宅や高齢者施設の入所などにおける差別を禁止し、教育現場において啓蒙とサポート、いじめ調査を行うとした。また、フランスの民事連帯契約法にならった制度の創設、性同一性障害者特例法の適用拡大を掲げた。2012年党首選には同性愛者の石川大我豊島区区議会員が出馬している(落選)。2014年衆議院議員選挙以降は同性婚の合法化にも言及した。2012年（平成24年）12月の第46回衆議院議員総選挙に際し、「レインボープライド愛媛」が各政党に対して行った「性的マイノリティに関するアンケート」（注：みんなの党は未回答）。
また、2014年（平成26年）の第47回衆議院議員総選挙に際し同団体が行ったアンケートは以下のとおりである。（注:維新の党、生活の党は未回答）近年、日本の政党もLGBT政策を公約に掲げ始めたが、戦後史の中では、同性愛者に無関心か差別的だった歴史がある。かつてスターリンの血の粛清以来、共産主義・社会主義圏の大半の国々で同性愛に非常に厳しい姿勢が取られ、同性愛者を収容所に収監し思想教育をするなどしていた。ソビエト連邦などでは大粛清の口実にされていたり、中華人民共和国の毛沢東も同性愛者らを「性的な逸脱者」として彼らの性的去勢を信じ、成人間の合意に基づく同性愛行為も「流氓罪」として、拘留や労働教育刑などの対象になった。こうした「同性愛はブルジョワ的頽廃」というイデオロギーが、1980年代頃までの日本の革新政党にも影を落としていた。
例えば、日本社会党時代、社会主義協会（社会党最左派派閥）代表の向坂逸郎がゲイの東郷健に対し、「ソビエト共産主義になればお前の病気は治ってしまう」と発言した。日本共産党も党員がゲイが集まる旅館のロッカールームで他人の下着を盗む事件を起こした時に、窃盗を非難するだけではなく、同性愛そのものを「ブルジョア的頽廃」と否定した。また1993年放送の日本テレビ系ゲイドラマ『同窓会』について、共産党機関紙・赤旗は「青少年教育に悪影響を与える」と書いていた。このほか政党には属さないが上野千鶴子も「私は同性愛者を差別する。なぜなら彼らは自然に反しているからだ」と断じていた。このように当時の革新政党らは、ゲイを差別する側に立っていた。（ただし1990年代頃から変化し始め、当時の社会党機関紙「社会新報」にLGBT関連記事が載り始めるようになり、2000年代には共産党機関紙、「赤旗」にもLGBT関連記事が載り始めた。）
一方、資本主義・自由主義陣営の保守派にもホモフォビアがあった。たとえばアメリカ合衆国で赤狩りを推進した検事のロイ・コーン（晩年はドナルド・トランプの弁護士となった）はジョーゼフ・マッカーシー上院議員の反ゲイ政策を積極的に支持し、ゲイの権利擁護に反対する発言をしばしば行った。同性愛行為が完全に合法化されたのは、アメリカ合衆国では2003年のことである（ローレンス対テキサス州事件）。日本では、自民党は同性愛に関してまとまった考えなどは表明してこなかったが、キリスト教系保守を中心に同性婚を「家族の否定」だとして反対する立場を取る政治家もいる。「レインボープライド愛媛」が2012年衆議院議員総選挙に際し行ったLGBT施策の政党アンケートで同党は、性的少数者の人権を守る施策について、性同一性障害に関しては必要としているが、同性愛については「取り組んで行かなくてもよい」と回答した。他の保守政治家では、石原慎太郎が「同性愛者は足りない感じがする」、「私はホモといわれる種族の男たちにはアレルギィ的な反応を示すたちで、興味がないだけでなくて、どうにも好きになれない」と発言し、維新政党・新風の故・松村久義は2004年参院選の政策アンケートで、「同性愛者は異常性愛嗜好者である。この者達の人権等を認めるとなると、ロリコン・小年愛、果ては死姦まで認めなければならない。監禁すべきである」「日本社会から、ホモの排除を要求する」と回答した（ただし松村個人の発言であり、党の公式見解ではなかった。新風事務局もこの発言当時「同性愛も人間と人間が愛すことには変わりない」と書いている）。
ただ保守系政治家・政党も多様であり、自民党や民主党内には同性愛に関し様々な意見がある。またかつての日本維新の会や、同会から分離して結成された次世代の党は、前述の政党アンケートで同性婚や性的少数者の人権擁護施策などに賛成しており、幸福の科学を支持母体とする幸福実現党も性的マイノリティに関する公約を掲げている。同性愛に否定的なのは日本の保守の一角のクリスチャン保守や韓国統一教会（キリスト教ベース）系であり、神道・仏教系など保守本流は日本の歴史の中でホモフォビアだったことはほとんどないとされる。ちなみに同性愛団体への東京都施設貸し出し拒否の是非が争われた東京都青年の家事件も、キリスト教原理主義団体がゲイ団体に嫌がらせをしたことが発端であり、かつて同性愛者差別発言をした上野千鶴子もクリスチャン・ファミリーの出身である。
井原西鶴は「天照る神代のはじめ、浮橋の河原に住める尻引きといへる鳥のをしへて、衆道にもとづき、日の千麿の尊を愛したまへり。万の虫までも若契の形をあらはすがゆゑに、日本を蜻蛉国（せいれいこく）ともいへり」（『男色大鑑』巻一冒頭）と述べている。大島清は「日本の古代人がホモに寛容であった」、「獣姦や、とくに実母との相姦がタブーであった古代でも、同性愛は大目にみられていた」と指摘している。織田信長は小姓の森蘭丸を寵愛し、幕末の志士・西郷隆盛には月照と同性心中を企てた有名な逸話がある。新撰組局長、近藤勇の書簡にも新選組内で男色が流行していると記されている。華族階級でも男色は盛んに行われていたが、それでも「変態的」醜行とされていたことに変わりはなく、細川護貞と酒井恕博が学習院在学中の男色関係を理由に不良団「百足」から恐喝され、当時の金員で数千円を支払った。このほか、徳川家達も華族会館の給仕を鶏姦して口止め料を支払う羽目になった上、この醜聞のために学習院総裁就任の話が立ち消えになったことがある。
その他、保守系出版社の雄、文藝春秋を創刊した菊池寛、戦時中に政治結社をつくって挺身行動隊の副隊長をやるなど保守運動に邁進し、戦後、会員制の同性愛雑誌『同好』を大阪で創刊した毛利晴一、戦後保守思想を代表する三島由紀夫が同性愛者として知られている。ただし三島の同性愛傾向について保守派評論家の村松剛は「仮面」と位置づけている。この分析に対しては「村松の考えの中にホモフォビアが無いとは言えず」との批判がある。また、保守派の論客の渡部昇一も「今日一部で同性結婚というものが認められ、流行のようになっているが、これにはかなり問題がある」、「日本は同性愛に対して昔から寛容な国だが、それを法として認めるというのはまた話が違う」、「自然法の根幹としては、国造りをした神様が夫婦の道を示しているわけだから、これを正しいものとみなしてきたのである」と述べ、異性婚を日本の正しい伝統と位置づけている。さらに、保守派の教育学者である高橋史朗は「国民の道徳心を低下させ、国民としての誇りとアイデンティティーを『完全に破砕』するための長期洗脳計画を研究したのがタヴィストック研究所であるが、その一つが同性愛を推奨することにあった。性役割や男らしさ・女らしさを否定する『性革命』によって、性道徳を破壊し、『女性を社会に進出させて税収を増やし、家族崩壊へと導く「男女同権運動」』を推進する戦略を考案したのである」と述べている。
07/23/2018 - 自民党の杉田水脈衆院議員が月刊誌への寄稿で、同性カップルを念頭に「彼ら彼女らは子供を作らない、つまり『生産性』がない。そこに税金を投入することが果たしていいのかどうか」と行政による支援を疑問視した。人権意識を欠いた記述だと批判が上がっている。
日本の刑法176条（強制わいせつ罪）の規定においては、男女ともに性的同意年齢は13歳に設定されている。しかし、都道府県などで淫行条例により成年と18歳未満との「淫行」(詳細な定義は淫行条例の項を参照)は禁止されている。また日本の売春防止法は売春における実際の性行為（または管理売春）を禁じている。同法では男女間の行為を定義しており、同性間の行為はその模倣とみられるため、同性間の売春は直接的に禁止されていない。
"鶏姦罪についての詳細は「日本における同性愛#幕末・明治初期： 一時的な違法化」参照。"
明治時代初頭の1872年（明治5年）、西洋の政治・文化の影響もあり、ソドミーの中で男性同士の肛門性交のみを禁じる鶏姦条例が発令された(ソドミー法)。この条例名は清律()の㚻姦（けいかん）罪から取られ、㚻の字には音が同じ「鶏」が当てられた。翌1873年（明治6年）には「改定律例」第266条に鶏姦罪として規定し直され、違反した者は懲役刑とされた。しかし1880年（明治13年）制定の旧刑法にはこの規定は盛り込まれず、1882年（明治15年）1月1日の同法施行をもって鶏姦罪は消滅した。短い期間ではあるが、日本の歴史で唯一、男色が禁止されていた時期であった（元禄時代は衆道が日常的だった）。。この期間を除いて日本では同性愛行為を規制する法律は存在せず、成人の同性間の私的な性的行為は、日本国内では違法ではない。
1872年（明治5年）、当時の東京などで違式註違条例布達が出され女子の断髪が禁止された。違反者は罰金が科されたため、FTMのトランスジェンダー、トランスセクシュアルは自身のセクシュアリティを表現できなかった。
強姦罪は、男性器が女性器に挿入された場合のみ適用され、ゲイの加害者が男性の被害者に暴行又は脅迫を用いて肛門性交を行う、もしくはレズビアンの加害者が女性の被害者に暴行又は脅迫を用いて性行為を行ったとしても量刑が軽い強制わいせつ罪が適用された(強姦罪は3年以上の20年以下の懲役であるが、強制わいせつ罪では6ヶ月以上10年以下)。やがて2017年（平成29年）7月13日に、被害者が女性の場合のみに限定されていた強姦罪は廃止され、女性に限らず男性が被害者の場合を含む性別不問の強制性交等罪の規定が設けられた「強制性交等罪」がその役割を引き継いだ。
ストーカー規制法は加害者が同性であっても適用される。
2000年（平成12年）の段階で、日本の国内では公民権に関連する法律において性的指向を明示して保護していない。これは日本においてLGBTの人々が雇用や教育、居住や健康、財産などで差別を受けた場合に拠り所となる法的手段がないことを示している。
例えば、学校教員の採用面接時にカミングアウトしていないことが多いとはいえ、ゲイ・レスビアン・トランスジェンダーの教員が勤務すること自体には全ての教育レベルにおいても規制がない。また、自衛隊では、米国でのビル・クリントン大統領政権時代に起こった同性愛者の従軍議論に関連し、「同性関係が職務やその他の問題に影響しない限りは問題とされない」と回答している。
日本の憲法では平等な権利を謳い、法の下の平等の理念の基にいかなる理由の差別も禁止していると解釈されている(詳細は日本国憲法第14条を参照)。しかしながら同性愛者とトランスジェンダーの人々は、異性または同性のパートナーから肉体的、性的、心理的な暴力を受けた場合に、「配偶者からの暴力の防止及び被害者の保護等に関する法律」の適用外とされ、法的保護を受けることができないケースがある。日本は差別行為を包括的に禁じる条項を盛り込んだ「市民的及び政治的権利に関する国際規約」の締約国であり、性的指向や性自認による差別を行った者への処罰の必要性が記された「性的指向と性自認に関する声明」（）にも賛成の意を示しているが、法整備が追いついていない。
労働基準法第1章 総則 第3条（均等待遇）には、「使用者は、労働者の国籍、信条又は社会的身分を理由として、賃金、労働時間その他の労働条件について、差別的取扱をしてはならない。」とあり、こちらも憲法同様限定列挙と解され、性的志向、性自認を理由とした不利益な取り扱いも禁止されている。
男女雇用機会均等法は性差別の禁止や職場におけるハラスメントの禁止など数度に渡って改正されてきたが、ジェンダーや性的指向による差別の禁止への拡大適用を見送っている。
1991年（平成3年）、「動くゲイとレズビアンの会」が公的施設の利用を拒否されたとして東京都を訴えた東京都青年の家事件が起きた。裁判は1997年（平成9年）に原告団体の全面勝訴で結審。裁判後、
2017年（平成29年）3月14日、文部科学省は学校教育における「いじめの防止等のための基本的な方針」を改定し、性的マイノリティの生徒への配慮を初めて盛り込んだ。ヒューマン・ライツ・ウォッチは、「LGBTの権利の分野での日本の評価を高めるであろう」「日本政府はLGBT生徒を守るため、教職員への教育とエンパワーメントの分野での指導力を見せた」とこの改定を評価し、日本がLGBT権利擁護について、世界のリーダーシップを取る事を期待した。
2003年（平成15年）7月10日に性同一性障害者が性別適合手術後に法的な性別の変更を認める「性同一性障害者特例法」が成立し、2004年（平成16年）7月16日に施行された。これにより、以下の要件を満たす場合、家庭裁判所に対して性別の取扱いの変更の審判を請求することが可能となった。審判の許可を受けることで、法令上の性別の取扱いと戸籍上の性別記載が変更できるようになった。
2012年（平成24年）2月24日、兵庫県弁護士会は男性刑務所に収容されているトランスセクシャルの女性を女性刑務所に入れるよう勧告を行った。それらを受け、法務省は該当者の個室利用や単独入浴を許可する方針を発表した。
日本国憲法第24条で「婚姻は、両性の合意のみに基いて成立し、夫婦が同等の権利を有することを基本として、相互の協力により、維持されなければならない」と規定されていることから、同性間のカップルは結婚が認められておらず、結婚によって得られる権利を得られないとする説がある。一方で、憲法第24条は「異性結婚」が両性の合意のみに基づいて成立することを示しているにすぎず、同性結婚を禁止した条文ではないとする説もある。
同性間の「養子縁組」は比較的結びやすいとされており、同性間のリレーションシップを保障するための代替的な機能を果たしてきた。しかし近年では、欧米での同性結婚の合法化の波を受けて、「親子擬制の養子縁組ではなく、男女の結婚のようなきちんとした婚姻関係を結びたい」という声も高まってきている。
外国で成立した同性結婚は日本国内で認知されず、外国人のパートナーはその関係性に基づいてビザを取得できないのが現状である。
2009年（平成21年）3月27日、同性結婚が認められた国に住む外国人と、相手国で同性結婚をすることが可能になることが報じられた。日本は国内での同性結婚を認めていないことから、同性のパートナーと国際結婚をするために必要な書類の申請は拒否されていたが、法務省の通達がなされたことで、同性結婚を望む者には独身の成人である証明書を発行するようになった。
2012年（平成24年）5月15日、東京ディズニーリゾート（ミリアルリゾートホテルズ）内の3つのホテルにおける同性結婚式実施の照会について、広報担当者が可能と回答した。
欧米諸国には、同性カップル/夫婦が養子を引き取ることや、独身者に限り同性愛者が養子を持つことを認めている国があるが、日本ではそれらが認められていない。また米国では提供卵子と代理母で実子を授かるゲイカップルが急増していて、英国のロック歌手・エルトン・ジョン、米国の俳優・ニール・パトリック・ハリスにも、パートナーのゲイとの間にそうしてもうけた子供がいる。
かつて文部省（現・文部科学省）は、同性愛を「性非行」の倒錯型性非行として問題視しており、1979年（昭和54年）の文部省『生徒の問題行動に関する基礎資料』「IV性非行 - ④倒錯型性非行 - オ同性愛」では、「同性愛は一般的に言って健全な異性愛の発達を阻害する恐れがあり、また社会的にも、健全な社会道徳に反し、性の秩序を乱す行為となり得るもので、現在社会であっても是認されるものではないであろう」（抜粋）として、「専門機関による治療が望まれる」と記述していた。また、1955年（昭和30年）11月28日付け読売新聞「同性にあこがれ」（『人生案内』）では、同性愛は「色情の異常で人間性の悲劇」とされ、1980年代後半の「中2の息子が同性愛」（『人生案内』）も、帰宅したら息子が同じ学校の男子生徒と全裸で抱き合っているところを見てしまったという母親の相談に「（息子はゲイでないのにゲイの生徒に振り回されているという憶測に基づいて）息子さんの将来を思えば、相手から引き離すべきだ」などとする専門家による回答がなされた。この回答は当時の薔薇族が取り上げ批判したが、その薔薇族も異性愛者の編集長、伊藤文學が「どうせこの母親は甘やかして息子を育てたに決まっている（だから息子もゲイになった）」と同性愛についての持論を書いていた。
『高校教育展望』（1985年5月号,小学館）で、関西性教育相談所長の黒川義和は「高校生の問題行動」として同性愛について触れ、「人は男女の立場から、これに夫・妻の立場、さらに父親と母親の立場が加わって、責任もあるが、また幸せな一生を送ることができるわけであるが、同性愛者にはこの全てが欠落しているのである」とした。そして対応例として、「原因発生の時期をつかみ、これを起点として対応法を考え、早期に指導すれば修正の可能性がある」「最近話題になっているエイズの話を付け加えるのもよいと思う」と主張していた。
性科学者で京都大学霊長類研究所長（当時）の大島清は自らの著書で同性愛を取り上げては、「オスが男になるには二重の壁がある」などとして、その壁を乗り越えられないと同性愛になってしまうというロジックで同性愛を否定していた。京都精華大学助教授（当時）の上野千鶴子も「同性愛者を差別する」（「スカートの下の劇場」より）、「レズビアニズムはヘテロセクシュアルの副産物、カウンター・イデオロギーであり、時代が変われば変わる」（同）と断じていた。
ゲイやレズビアンの当事者個人や、1979年（昭和54年）結成の「JGC（ジャパン・ゲイ・センター）」、1986年（昭和61年）結成の「動くゲイとレスビアンの会」などが積極的に出版社などに働きかけ、差別表現の是正を求めていた。
そうした中、1983年（昭和58年）に出版された赤塚不二夫「ニャロメのおもしろ性教育」（西武タイム）では同性愛が肯定的に取り上げられた。漫画に男性同士のカップルを登場させ、同性愛の歴史やそれが古代ギリシャやアメリカ・インディアンの中では自然な行為だったこと、同性愛者の差別の現状や、SEXのやり方、米国のゲイ解放運動などを解説した。そして「心理的に人間には、同性愛の可能性が潜んでいるといわれる。」「彼らの行動を無理に邪魔したり、からかったりしないほうがいい。」と説いた。
また山本直英らは同性愛を肯定的に扱う性教育を先駆的に行った。教育現場では、1991年（平成3年）に劇場公開されゲイの生活を4年間追い続けたドキュメンタリー映画「らせんの素描」にも出演した高校教師の平野広朗は、ゲイであることをカミングアウトして授業を行った。性教育に関する副教材「ひとりで ふたりで みんなと」（小学生用）「おとなに近づく日々」（中高生用）でも同性愛のことが触れられた（その後廃刊）。
1994年（平成6年）には政治的にも大きな変化があり、ゲイ団体の度重なる抗議や世界保健機関（WHO）が同性愛を治療対象から除外したことなどを受け、文部省は指導書の「性非行」の項目から同性愛を削除した。こうして同性愛を指導資料などで否定的に記述することはなくなった。ただ文部省が同性愛を性非行としてきたからといって、教育現場で同性愛が否定的に教えられてきたということはない。1980年代頃は「同性愛が教材になることは、まずない。」という状況であり、存在自体が無視（社会的無化）されてきた。
同性愛者の自殺率は異性愛者のそれより高いという報告があり、近年漸く注目されつつある。1999年と2005年に行われたインターネット調査では、日本のゲイ・バイセクシュアル男性全体の65%が自殺を考えたことがあり、15%が自殺未遂をしているという結果が出ている。また2001年（平成13年）の厚生労働省の調査では、ゲイ・バイセクシュアル男性の自殺未遂リスクは異性愛者よりも5.9倍高いことが示唆されている。周囲と違うから、女性（男性）的だからなどの理由でいじめに遭うことも少なくない。日本でも2012年（平成24年）に民主党内に「性的マイノリティ小委員会」が設けられ、2013年（平成25年）には自民党内に「性的マイノリティに関する課題を考える会」が結成されるなど、少しずつではあるが対策が始まりつつある。
岡山大学病院が調査した結果、性同一性障害者の6割程度に希死念慮があり、3割程度に自傷行為や自殺未遂の経験があるという。
1994年（平成6年）、厚生省（現・厚生労働省）が同性愛を治療の対象から除外したWHOなどの見解を踏襲し、1995年（平成7年）には日本精神神経学会も同性愛を治療対象から除外した世界保健機関（WHO）の見解を尊重するとし、「同性愛は治療の対象にならない」と表明した。
かつて厚生省は同性愛を異常性欲の一つとみなし、治療の対象にしていた。そして日本の精神病院でも同性愛者（性同一性障害）に対し、治療と称して電気けいれん療法（電気ショック）が行われていた。
日本では主に精神科医、泌尿器科医、婦人科医、形成外科医が治療を行う。医療機関によっては「ジェンダークリニック」、「GIDクリニック」と専門外来を設けている場合もある。日本では精神科領域のカウンセリングは健康保険の適用範囲となっているが、ホルモン療法や性別適合手術は保険の対象外で自由診療となる。性同一性障害の治療は原則的に日本精神神経学会が制定している『性同一性障害に関する診断と治療のガイドライン』に従うことになっているが、和田耕治のようにガイドラインに従わず独自にホルモン療法や性別適合手術を行う医師や医療機関も存在する。2015年現在性同一性障害者に適切な治療を行える病院は少なく、タイ王国など海外で治療を受けるものも多い。性同一性障害に関する治療（カウンセリング、ホルモン療法、性別適合手術）を行っていると明言している医療機関は以下のとおりである。
日本赤十字社は、過去6ヵ月間に「不特定の異性または新たな異性との性的接触があった」「男性どうしの性的接触があった」「麻薬・覚せい剤を使用した」「エイズ検査（HIV検査）の結果が陽性だった（6ヵ月以前も含む）」「上記に該当する人と性的接触をもった」者については「エイズウイルス（HIV）やB型肝炎およびC型肝炎ウイルス感染の危険性が高い行為」をおこなったとして献血を禁止している。異性間は6ヶ月以内の不特定多数又は、新たな異性に限定しているのに、男性同士は6ヶ月以内に性的接触をした者の全てが禁止対象にされている。
同様の禁止規定がある米国では2010年3月4日、18人の上院議員が「科学は劇的に変わった」として「献血された血液は2つの非常に正確な検査を受けなければならないため、薬害の可能性はほぼゼロ」と語った。彼らの書簡では、2006年3月、アメリカ赤十字社、アメリカ血液センター及び血液銀行協会が「この禁止規定は、医学的、科学的に不当である」と報告したことにも注目している。
同性愛や性同一性障害などLGBTの学生は「ありのままの自分で働きたい」という思いがある一方、希望する企業に理解があるかどうか分かりづらく、悩みが多い。だが、金融関連企業11社によるLGBT学生向けセミナーが2015年3月に開かれるなど、企業や社会の理解は少しずつ広まりつつある。
2016年からは、企業・団体等におけるLGBTの働きやすさへの取り組みを評価する指標としてWork with PrideによるPRIDE指標が発表されるようになった。2017年に最高点「ゴールド」を獲得した企業には、次項「先進的取組」に挙げた日本アイ・ビー・エムをはじめ、資生堂、関西電力、日本航空、UBS、筑波大学などが挙げられる。
ダイバーシティ・マネジメントの先進的な取り組みとしては、日本アイ・ビー・エムの例が挙げられる。同社に設置された「ダイバーシティー委員会」には、「ゲイ、レズビアン、バイセクシュアルなどといった性的マイノリティーの人々も気兼ねなく働ける環境とネットワーク作り」を目標として掲げる「セクシュアル・オリエンテーション部門」が下部機関として設けられている。部門の設置を決めた社長の大歳卓麻自らダイバーシティー委員会の委員長に就任していた。これらの取り組みについて、大歳は「ゲイは、世界的には男性の7%存在するとされますが、隠して不自由な思いをしながら働くより、会社として認め、サポートを約束することで、本人は働きやすくなります。カミングアウトする者も現れる。これはプラスです。」と発言した。
2003年（平成15年）秋より都市再生機構は、管理する建物300件について、異性間のカップルと同様に同性間のカップルにも住宅の貸し出しを認めた。大阪市でも2005年（平成17年）9月から同様のルールを適用している。
携帯電話キャリアによっては家族割のような割引が、居住地が一緒の同性愛者のカップルにも適用されることがある。女装での出勤を禁止した業務命令や、配置転換に従わなかったとして解雇された性同一性障害者の会社員が解雇を無効にするよう提訴した。それに対し2002年（平成14年）6月20日東京地裁は、「債権者は本件申出をした当時には、性同一性障害（性転換症）として、精神的、肉体的に女性として行動することを強く求めており、他者から男性としての行動を要求され又は女性としての行動を抑制されると、多大な精神的苦痛を被る状態にあったということができる」とし、「女性の容姿をした社員を就労させることが、会社における企業秩序又は業務遂行において、著しい支障を来すと認められないから、本件服務命令違反を理由とする懲戒解雇に相当性は認められない」と述べ、解雇は無効であるとの判決を下した。
2012年（平成24年）11月、性同一性障害で戸籍上の性別を男性から女性に変えた会社経営者が静岡県湖西市の会員制ゴルフ場から入会を拒否されたとして、運営会社などを相手に約786万円の損害賠償を求めた訴訟を静岡地裁浜松支部に起こした。運営会社側は第1回口頭弁論で請求棄却を求めており、2013年3月時点で係争中である。運営会社側は「更衣室で女性会員から苦情が出るのを懸念した。」としている。
明治時代にはグラビア雑誌『風俗画報』などいくつかの雑誌などに同性愛について書かれており、大正デモクラシー〜昭和初頭にかけても中央公論や一部性科学誌などで同性愛について触れられている。
戦後においては、戦後直後のSM・風俗雑誌や会員制ゲイ雑誌などを除いた一般のメディアでは、1960年代に『平凡パンチ』に同性愛関連記事が集中的に掲載された。まだ商業ゲイ雑誌がない頃で、取り上げられた回数は1965年（昭和40年）から70年（昭和45年）までに約20回(号)に及んだ。同誌は当時の若者のバイブル的な存在でもあり、そういう雑誌に同性愛が取り上げられたことは画期だった。
その後、1971年7月創刊の薔薇族を皮切りに、1980年代前半にかけて商業ゲイ雑誌の創刊が相次いだ。テレビメディアでも1970年代後半頃から、非芸能の分野で少しずつゲイなどの性的少数者が取り上げられるようになっていった。一例としてフジテレビ系「3時のあなた」の扇千景と逸見政孝が司会・サブ司会を務めていた1974年（昭和49年）4月から1977年（昭和52年）5月の間に、薔薇族の伊藤文学らが出演したことがあり、そこで同性愛者の置かれた状況を訴えた。
2001年（平成13年）、一部週刊誌が東郷健を取り上げた記事「伝説のオカマ 愛欲と反逆に燃えたぎる」における「オカマ」（原義は肛門を指す江戸時代の俗語）表現を巡り、論争が起きた。オカマという言葉の使用にはゲイの中にも賛否両論があり、1990年代頃までは差別用語、若しくは放送上好ましくない用語として、マスメディアでは余り使われなくなっていた経緯がある。使われたとしても「先ほど不適切な発言がありました」などとして撤回されることがあった。それが近年ブレイクしはじめたオネエタレントらが自ら「所詮、私たちはオカマだから」と自虐的に用いることにより、再び使われる機会が増えている（一部番組ではテロップで「オネエ」など別の言葉に置き換えられることがある）。同性愛者の中でも取り分けオネエやトランスジェンダー（女装/非女装の両方）といった女性性が極端に高く、それでいて男性的な部分も一定程度残っているゲイの一部が「オカマ」を使いたがる傾向があり、男性性を受容しているゲイやニューハーフ（トランスセクシュアル、現在は女性にカテゴライズされる）は「オカマ」を差別表現だとして嫌がる傾向がある。
自身が当事者である美輪明宏は一部同性愛者の自己卑下した物言いについて、「同性愛者がからかわれる事になる。折角、同性愛が市民権を得てきたのに、歴史が逆戻りする」と批判している。また「所詮、オカマだから」（マツコDX）、「私たち汚いオカマは」（おすぎ）という言い方は、石原慎太郎元東京都知事の同性愛者蔑視発言と通底しているという意見もある。一方、ゲイライターの伏見憲明らは、これまで「オカマ」がネガティブに使われてきたことを逆手に取り、自らが肯定的に使い直すことでこの言葉に込められたネガティブな意味合いを一掃する「イメージ置換戦略」を提唱した。また「キャンプ」という概念を援用しつつ、傷つくことを他人から言われる前に自分でいって「笑い」に転化してしまえば生きるのがむしろ楽になる、という考えに立ち、一部のゲイ（トランスジェンダーなど）が自ら「オカマ」を使うのは世間智や生存戦略の一つだ、という主張もある。その主張に対しても、同性愛者を「笑う」ということ自体に偏見を助長する危険があるという意見もある。
元々「オカマ」は肛門を意味し、戦後の一時期まで女装する男娼への蔑称だった。戦後直後の1948年（昭和23年）、既に上野の女装男娼らは、オカマと呼ばれたくないという抗議の声を上げ、それに代わる言葉を自ら考えていた。女装家の青江忠一（青江のママ）は自分を「ゲイボーイ」と自認しているので、街中で「オカマ」と罵られると、追いかけて下駄で殴って抗議していた。それほど女装者にとって「オカマ」は差別的な蔑称として受け止められていた。
この蔑称の指し示す範囲が広がり、また一般的になり始めたのは1971年（昭和46年）、東郷健が国政選挙に初立候補して以降のことだとされる。彼が選挙に出る度に演説や選挙広報番組で繰り返し「オカマの東郷健です」と言ったのが始まりで、少し後れて1975年（昭和50年）にデビューしたおすぎとピーコがそれを受け継ぎ、「私たちオカマです」という自己卑下的な物言いでお茶の間に拡散させた。このようにメディアで顔が知られた女装しない女性的なゲイ（オネエ若しくは非女装トランスジェンダー）の一部が「オカマ」蔑称を広めた。
これにより、当初は女装男娼者の中のそれも肛門性交をよくする者への蔑称だったのが、1980年代頃からは「女性的な男性」全体に拡大し、性同一性障害者（MtF）を含む女装男性（TG）は勿論、女装しない女性的なゲイ（オネエ）、女性的な異性愛（ヘテロ）男性への蔑称としても盛んに使われるようになった。学校などではゲイ・ヘテロを問わず、少し女性的だと「オカマ」と罵られ、暴力的ないじめに遭う被害も起きた。
すこたんソーシャルサービスの主宰者は、大学の非常勤講師として学生に接すると、ヘテロだが少し女性的な男子学生で「オカマと言われて凄く辛い経験をした」という者が、「毎年、200人中4〜5人はいる」と話している。男性からのみ言われるとは限らず、女性やクラスの女子生徒、果ては母親からも「オカマ」と罵られ、嘲笑され、人間としての尊厳やセクシュアリティを否定・侮辱されることも多い。「男は男らしく」という性差別的意識も背景にあるとされる。この様に「オカマ」蔑称は、ゲイ/ヘテロ男性の両方を傷つけることになっている。
1980年代後半以降は、オカマ蔑称の広がりと同時に、それを不快に思うゲイ当事者やゲイ雑誌、ゲイ団体らが抗議の声を上げ始めたこともあり、メディアでは「オカマ」の使用に慎重になった時期があった。それが近年の「オネエブーム」でカバちゃんやマツコDXなど、オカマを自称するトランスジェンダーが多くメディアに出るようになり、彼らがオカマ蔑称を復活させた。
2012年（平成24年）、テレビ朝日の視聴者センターで電話応対した女性社員は、同性愛男性を侮蔑的な脈絡でオカマと呼んだと感じた番組に抗議したゲイ男性に「でも、ゲイの人自身がオカマといっていますよね。それはどうなるんですか？差別とは思わない」と猛然と反論を加えた。この事例が物語るように、オカマと呼ばれたくなかったり、オカマと聞いて不快になるゲイが多くいる一方で、メディアに出る一部オネエやトランスジェンダー自身がオカマ・アピールをしてしまっているため、オカマ呼称は止めて欲しいという切実な抗議に居直られてしまい、反論しようがないという袋小路に陥っている。
女装家で性社会史研究家の三橋順子は「一部の同性愛者が自らオカマという分には認めていい、としてしまうのは危険」とした上で、一部にある「オカマちゃん」など敬称を付ければいいのかという論議にも、「部落や身体障害の差別語に“ちゃん”を付けたら認められるのか」と疑問を呈している。また女装しないゲイの一部がオカマ呼称を肯定していることにも「女装しないゲイは街を歩いていて、指差されて『オカマ』と嘲笑され差別されることはない」「実際に街中でいつも差別被害に遭うのは、私たちトランスジェンダーだ」といっている。そして「部落や在日、身体障害などを指す、様々な蔑称や差別用語の使用に慎重になってきたが、“オカマ”だけが今も遠慮なく使われ、性的マイノリティだけは別になっている」「“オカマ”は日本社会に残った差別カテゴリー。メディアにおける最後の差別カテゴリーだ」と言っている。
近年、メディアの中で「オカマ」が差別表現だとして批判されてきたことから、それに代わり「オネエ」が男性同性愛者全体を指す言葉として使われ始めている。しかし新宿二丁目などゲイコミュニティやゲイ当事者の中では、女装をしないゲイの中の女性的なゲイ（オネエ言葉を使うゲイ）のみをオネエと言ってきた歴史があり、男性性を受容しているゲイはオネエ概念に含まれない。
またゲイ同士の会話で「彼、オネエ（言葉）だね」という場合、友達としてはいいけれど、恋愛対象ではない、生理的に受け付けないなどを含意することもあり、ゲイの中でもオネエやオネエ言葉を嫌う人や、自分がオネエ言葉を使うのは抵抗があるという人は多い。その理由として、生理的な嫌悪感の他に、オネエ言葉から連想されるイメージと自分が同一視されることへの嫌悪感や、オネエ言葉を振り撒いて見世物やピエロになることへの反発などがある。また男同士の愛は誇り高く対等なもので、片方が女役になることではないはずだ、という考えもある。20歳前後の若いゲイがオネエ言葉を使うにはまだ可愛いといっていられるが、大人のゲイがクネクネとオネエ言葉を使う姿は多くのゲイにとっても気持ちの良いものとはいえない、とする意見もある。なお、テレビに出演する著名なゲイが極度に女性的なゲイイメージを振りまくことや、彼らが使うオネエ言葉、自虐的オカマ呼称に対しては昔から批判があり、1970年代から1980年代のゲイ雑誌などの読者投稿欄の定番テーマでもあった。
メディアの同性愛者のステレオタイプな取り上げ方は変わっておらず、女装男性や女性的な仕草のゲイを茶化して笑おうとすることや、男性的なゲイや女性同性愛者の抹消（社会的無化）などの課題がある、と三橋順子は主張する。2000年（平成12年）に起きた「新木場殺人事件」を始め、ゲイが集まる深夜の出会いの場で、少年グループによるゲイ襲撃事件が発生している。戦後直後には「男娼の森」といわれた上野公園などでゲイを恐喝するものがいたとされ、比較的的直近では、日本テレビ系ゲイドラマ『同窓会』（1993年）にも「ホモ狩り」シーンが出てくる。ゲイは警察に被害届を出しにくいという理由で狙っているとされる。ゲイ雑誌やゲイ団体などは自分の身を守るため、野外でのそうした行為はしないという自衛策を講じることが必要だと呼びかけている。また歌舞伎町の「暴力・恐喝バー」の被害に遭うゲイも後を絶たない。新宿2丁目の路上やゲイが集まる施設などで「彼氏や友達になろう」と声をかけて店まで連れて行き、泥酔させた上で大金を要求するという手口。90年代頃からゲイ雑誌で、恐喝バーの被害に遭わないために、怪しい店には着いて行かないよう呼びかけが行われてきた。