中央新幹線
中央新幹線（ちゅうおうしんかんせん）とは、東京都から大阪市に至る新幹線の整備計画路線である。
誘致側・マスコミ報道などでは「リニア中央新幹線」や「中央リニア新幹線」、さらに「リニア中央エクスプレス」、「中央リニアエクスプレス」と呼ばれることもあるが、国による整備計画では「中央新幹線」と称している。建設・営業主体の東海旅客鉄道（JR東海）は報道発表や沿線向けの説明資料では「中央新幹線」と称しているが、2018年4月5日に開設した一般向け解説サイトでは「リニア中央新幹線」を使用している。
高速輸送を目的としているため、直線的なルートで、最高設計速度505km/hの高速走行が可能な超電導磁気浮上式リニアモーターカー「超電導リニア」により建設される。2011年5月26日に整備計画が決定され、営業主体および建設主体に指名されていた東海旅客鉄道（JR東海）が建設すべきことが同年5月27日に定められた。首都圏 - 中京圏間の2027年の先行開業を目指しており、2014年12月17日に同区間の起工式が行われた。完成後は東京（品川駅） - 名古屋駅間を最速で40分で結ぶ予定。東京都 - 大阪市の全線開業は最短で2037年の予定で、東京 - 大阪間を最速67分で結ぶと試算されている。
東京都 - 大阪市の間をほぼ直線で結んだ建設ルートが予定され、整備計画によると経由地は甲府市附近、赤石山脈中南部、名古屋市附近、奈良市附近とされており、東海道新幹線のバイパス路線としての性格を強く持つ。国鉄は1972年からリニアモーターカー（後の超電導リニア）の開発に着手した。当初、リニアモーターカーによる超高速新幹線として第二東海道新幹線が構想されていたが、中央新幹線の計画と統合され、このため中央新幹線はリニア方式で建設され、リニアモーターカーは中央新幹線で実用化されるものとしてセットで考えられてきた。リニア方式で全線開業すれば東京都と大阪市が最短1時間7分で結ばれ、東海道新幹線と比較して所要時間を大幅に短縮できると見込まれている。2027年にリニア方式で東京都 - 名古屋市の間で先行して営業運転を開始する構想がJR東海から発表されており、同区間については2014年12月17日に着工された。
なお、新幹線の基本計画路線であり、2011年5月には整備計画も決定されたが、整備新幹線には含まれない。
日本経済がオイルショック後に低成長に転じたことなどから新幹線の建設は全体的に停滞したが、バブル期には東海道新幹線の輸送量が急伸し、近い将来に輸送力が逼迫すると考えられたことから中央新幹線が注目され、リニア方式での建設を前提として、JR東海による建設促進運動や沿線自治体による誘致運動が展開された。沿線各駅は東京や大阪へ1時間以内で到達できることから、首都機能移転議論のきっかけの一つにもなった。また、建設の理由としては東海道・山陽新幹線が兵庫県南部地震の被害で長期間不通になった経験から、「東海地震の予想被災地域を通過する東海道新幹線の代替路線が必要である」ことや、「東海道新幹線自体の老朽化により長期運休を伴う改築工事の必要が生じる可能性がある」ことが挙げられた。
以下は、東京都 - 名古屋市間の概要である。
品川駅、名古屋駅、新大阪駅は現在の東海道新幹線の駅に中央新幹線の駅が設置されることが計画で明らかになっている。
山梨県駅と長野県駅の間で静岡県静岡市葵区を通過するが、赤石山脈内の大井川源流部であり駅の設置予定はない。
相模原市緑区鳥屋付近に関東車両基地（仮称）が設けられる。神奈川県駅（仮称）の名古屋駅側に位置する。
中津川市に中部総合車両基地（仮称）が設けられる。岐阜県駅（仮称）の品川駅側に位置する。
山梨リニア実験線の先行区間18kmでは、1996年から2011年にかけてMLX01による試験が行われた。実験線全区間43kmの完成後、2013年から営業用車両L0系での試験が開始されている。
L0系の試験車両製造は日本車輌製造に加えて三菱重工業でも行ったが、量産車両については発注元であるJR東海と製造コストの面で折り合えなかったことから三菱重工業が開発・製造から撤退している。
2018年度、リニアモーターカー車両の製造は日本車輌製造と日立製作所に変更された。
1990年には中央新幹線の通過予定地である山梨県都留市付近に山梨リニア実験線を建設する工事に着手した。過去の新幹線では先行して建設した実験線が実用路線の一部になってきたことから、事実上の中央新幹線着工と期待された。当初は総延長42.8kmの複線路線が計画されたが、予算節減のため先行区間として18.4kmのみを建設し、1997年より実験を開始した。
運輸省（当時）超電導磁気浮上式鉄道実用技術評価委員会は2000年に「長期耐久性、経済性の一部に引き続き検討する課題はあるものの、超高速大量輸送システムとして実用化に向けた技術上のめどは立ったものと考えられる」と評価した。2005年には「実用化の基盤技術が確立したと判断できる」と総合技術評価した。2006年には「2016年度までに他の交通機関に対して一定の競争力を有する超高速大量輸送システムとして実用化の技術を確立することを目指す」と表明した。2011年の交通政策審議会中央新幹線小委員会による答申でも超電導リニア方式が適当とされ、整備計画もそれで決定された。
鉄軌道方式で建設される可能性も存在した。JR東海は鉄軌道での高速試験車両として955形新幹線高速試験電車（通称300X）を開発し、1995年から7年間にわたり走行試験を実施した。リニアには及ばないものの、東日本旅客鉄道（JR東日本）の新幹線E5系電車は2013年3月から最高速度320km/hで営業運転を実施している。また、鉄軌道方式であれば山陽新幹線への直通、および東海道新幹線との共通運用も可能になる。
このような理由から鉄軌道方式を推す意見も一部にあったものの、事業主体であるJR東海は自己負担による超電導リニア方式（超電導磁気浮上方式）での建設を発表し、国土交通省はJR東海に対し超電導磁気浮上方式による建設を指示した。なお、2009年に発表されたJR東海の試算には、超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。
1座席（＝1乗客）が1km移動するのに必要な電気エネルギーの比較
つまり、リニア（中央）新幹線は、同じ1名の乗客が同じ距離を移動するのに、従来の鉄軌道の新幹線の3倍ほどの電気を消費すると推算される。
首都圏から相模原市付近、山梨リニア実験線を経由し、名古屋に至るまでのルートとして下記の3案が検討されていた。
JR東海は、距離が短く経済合理性が高いとされる「南アルプスを貫く直線ルートでの建設は可能」とする地形・地質調査結果に基づき、Cルートでのリニア中央新幹線の建設方針を2008年10月21日に固めた。これに対し長野県は1989年（平成元年）の県内合意に基づきBルートによる建設を要望し、Cルートでの建設へは反対を取り続けていたため、リニア新幹線構想が頓挫しかねない場合の状況打開策として長野県を迂回する第4のルートが提案されるとの声もあがった。
Bルート支持・Cルート反対の立場を取ってきた長野県だが、2010年6月の交通政策審議会中央新幹線小委員会では特定のルートへの賛否を明言しない中立方針へと転換した。同年10月20日には、小委員会が「Cルート」（南アルプスルート、直線ルート）が費用対効果などで優位とする試算を発表し、中央新幹線のルートはJR東海が主張していたCルートで事実上、決着した。同年12月に中央新幹線小委員会が出した「中間とりまとめ」では、費用対効果、技術面での評価、環境の保全、地域の意見についてまとめたうえで『"以上を総合的に勘案し、中央新幹線のルートとして南アルプスルートを採択することが適当と考えられる。"』と結んでいる。これについて長野県は「最終的に国の判断は尊重すべき」としている。2011年5月12日、「南アルプスルートを採択することが適当」とする最終答申をし、同26日には国の整備計画として「赤石山脈中南部」を経由地とする（Cルートでの）整備計画が決定された。
2013年9月、JR東海は「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価準備書」を公表し、東京と名古屋間のルートと駅の位置などについての計画を明らかにした。
ルートの検討にあたり、各ルートの路線長、所要時間、需要量および費用などの試算が2009年に公表された。これによる試算の結果は下記の通りである。超電導リニア方式との比較のため、在来型新幹線方式の試算も併記されている。
2011年6月7日、JR東海は東京・名古屋間のルートおよび駅位置のその時点での計画を発表した。調査の結果、東京都は品川駅、神奈川県は相模原市緑区、山梨県は峡中地域、岐阜県は中津川市西部、愛知県は名古屋駅に駅が設置される予定だと発表された。別途選定するとされていた長野県は、2011年8月5日、高森町・飯田市北部に駅を設置する予定であることが発表された。
2013年9月にJR東海が公表した「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価準備書」によると、東京都港区と名古屋市にターミナル駅を置き、神奈川県相模原市、山梨県甲府市、長野県飯田市、岐阜県中津川市に中間駅を置くという計画になっている。
名古屋以西のルートについては、基本計画（昭和48年11月15日運輸省告示第466号）の主要な経過地で「奈良市附近」とあるのみで、具体的なルートは記されていない。経由地付近の自治体では中間駅の検討、誘致運動が行われている（後述）。
1979年、東京都・神奈川県・山梨県・長野県・岐阜県・愛知県・三重県・奈良県・大阪府の9都府県により「中央新幹線建設促進期成同盟会」が発足し、1988年に「リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会」、2009年に現在の「リニア中央新幹線建設促進期成同盟会」に改称した。早期実現に向けて広報啓発・調査・要望活動などを積極的に行い、年に1回「リニア中央新幹線建設促進期成同盟会総会」を開催している。事務局は愛知県地域振興部交通対策課にあり、愛知県知事の大村秀章が会長を務めている。
また東京都を除く8府県には、それぞれの府・県知事が会長を務める「リニア中央新幹線建設促進○○県期成同盟会」（○○には県名が入る。長野県はリニア中央新幹線建設促進長野県協議会、大阪府はリニア中央新幹線等建設促進大阪協議会）が設立されている。
国会議員連盟には超党派議連による「リニア中央新幹線建設促進国会議員連盟」（1988年設立、2008年改称）と自由民主党議連による「リニア中央新幹線建設促進議員連盟」（1978年設立、2008年改称）、民主党議連による「民主党リニア中央新幹線推進議員連盟」（2008年設立）が存在する。
東海道新幹線を抱えるJR東海は、会社設立時からリニア建設に積極的であり、1987年7月には社内にリニア対策本部を設けている。
1990年2月、運輸大臣（当時）はJR東海および日本鉄道建設公団に対し、中央新幹線の整備計画決定に向けて地形や地質などの調査を全線にわたり行うよう指示した。JR東海は中央新幹線を「中央リニアエクスプレス」と称して、東海道新幹線主要駅にリニア車両の実物大模型を展示するなど建設へ向けたキャンペーンを展開した。
ただし、当時JR東海がリニア建設に積極的だったのに対し、首都圏エリア・中央本線の在来線を担当するJR東日本が疑念を示すなどして、一部で対立がみられた。
その後、東海道新幹線は品川駅新設などの輸送力増強策に加えバブル崩壊後の輸送量頭打ちにより輸送需給が逼迫する可能性が遠のいたため、中央新幹線建設の動きも一旦は低調になった。しかし、景気の回復により再び2003年から輸送量が増加に転じたことから、JR東海はふたたび中央新幹線のリニア方式での建設に乗り出した。
2005年に開催された「愛・地球博」では、JR東海は「超電導リニア館」を出展した。会場にはMLX01-1の実物が展示され、来場者が実際に車中に入ることもできた（なお、JR東海は1989年に開催されたこうふ博'89などの地方博でもリニアモーターカーに関するパビリオンを出している）。
2006年9月25日、JR東海は独自資金3550億円を投入して山梨リニア実験線の未建設区間を建設し当初計画通りの42.8kmに延伸することを発表した。同時にこれまでの実験にもとづいて開発された経済性や耐久性を高めた機器を導入し全面的に設備を更新するほか、実用時に近い長編成の車両や大深度地下を想定し長編成にも対応した駅設備も導入する。本計画は2007年には国土交通省に認可され、2008年5月30日に延伸工事が着工された。
2007年4月26日に東海道新幹線の輸送量が過去最高となった2006年度の決算短信が発表され、首都圏 - 中部圏 - 関西圏を結ぶ東海道新幹線の発展的・代替的バイパスを自らのイニシアティブのもとに推進・実現するための第一局面として、2025年に首都圏 - 中部圏でリニアモーターカーを使った中央新幹線の営業運転開始を目指す方針が明記された。これにより、具体的な工事計画、ルート、建設費用の負担などの検討を開始することとなった。
2007年10月16日にJR東海は東京 - 名古屋間の用地買収を含む建設費を4兆から6兆円と試算していることを明らかにした。1km当たりの建設費は平均すると150億から200億円と試算しており、これは東京 - 名古屋間を最短距離である280kmで結ぶことを前提としている。また、山梨県から長野県にまたがる区間は、南アルプス（赤石山脈）にトンネルを掘る計画を打ち出し、実現可能かの検討を開始した。
2007年10月23日には、JR東海が南アルプス付近で地形・地質調査を行うことを決定した。中央新幹線の南アルプスでのトンネル建設の可能性を探るのが目的とみられている。リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会が作成した中央新幹線のルート概略図では、長野県内で南アルプスを避けるようにカーブを描くため、この概略図通りに建設された場合は時間的なロスが想定されていた。もし、南アルプスにトンネルが建設された場合、ほぼ直線に近いルートになることに加え走行距離も短くなるため、建設促進期成同盟会が想定したルートよりも所要時間を短縮できる。トンネルの建設工事に伴い、建設費が膨らむことも予想されるが、JR東海は諏訪を通るBルートで建設するより用地買収費が安くなるとしている。なお、中央自動車道は当初、東京から南アルプスを貫通して愛知県に至るルートで計画され、一部建設を開始していたが、建設費の増大や、当時の技術力不足などを理由に現在のルートに変更された経緯がある。現在の中央道富士吉田線は、その旧計画による先行建設部分である。
2007年12月25日に、JR東海は首都圏 - 中部圏間を超電導リニア方式による東海道新幹線バイパスとして中央新幹線を全額自己負担で建設することを発表した。路線距離は約290km、総事業費は約5.1兆円、具体的な資金調達方法は未定としたが、試算では開業8年目には2007年度と同水準の長期債務残高に戻り、自力（東海道新幹線の黒字と、借入金による資金調達）で建設しても財務の健全性に問題ないとの説明を行った。また、全額自己負担での建設が実現した場合、民間企業が独力で開業する初の新幹線となるが、地元の要望で建設される途中駅については、地元に建設費用の負担を求めるものとした。今後、実用化・建設にあたっては全国新幹線鉄道整備法に則る方向も打ち出した。
2007年12月28日に、JR東海がこれまで「首都圏」としてきた中央新幹線の乗り入れ先を、東京駅、品川駅、新横浜駅の3駅に絞り込んでいること、「中部圏」での乗り入れ先を名古屋駅と見込むことを明らかにした。これには、既存の東海道新幹線と接続し、利用客が東海道・中央の両新幹線を容易に選択できるようにすることで利便性を高める狙いがあることも示した。時事通信社によれば、首都圏の乗り入れ候補駅のうち有力視するのは、東海道新幹線などの主要路線の起点である東京駅、またはJR東海が拠点化を進めている品川駅のいずれかであり、ルートは山梨リニア実験線の東端となる山梨県上野原市からさらに延伸させ東京都心を深さ40m超の大深度地下トンネルで貫く構想であるとされた。ただし、建設条件などで都心ルートが困難になった場合は新横浜駅とするか、または同駅を経由して東海道新幹線と並走し、東京駅に乗り入れる可能性も残した。
2008年1月23日には、共同通信社によってJR東海の松本正之社長（当時）へのインタビューが行われた。このインタビューの中で松本社長は、中央新幹線の開業後は、既存の東海道新幹線の停車駅数を増やすことで、生活密着型の鉄道路線として、中央新幹線との差別化を図る考えを示した。中央新幹線を都市間の超高速専用線と位置づけ、現在の「のぞみ」の役割を中央新幹線が担うことで、停車駅を増やすことができるようになり、沿線の利便性の向上が見込めるとの指摘である。
2008年2月20日にJR東海の葛西敬之会長（当時）が東京都内で講演し、中央新幹線の運賃は東海道新幹線より数百円から1000円高い程度にすると述べた。また、座席は「グリーン」や「普通」などの区分を設けずに、全席指定とする考えを示した。
2008年5月31日の中日新聞によると、JR東海関係者の話として東名間の中間駅は2、3駅程度、かかる費用は地元負担とし、途中駅の候補として橋本駅付近、甲府市付近、飯田市付近を挙げた。
2008年7月3日にJR東海の松本正之社長（当時）による記者会見が行われ、松本社長は首都圏の中央新幹線の乗り入れ先として、品川駅が有力であるとの見方を示した。東京都心からの距離に加えて、新幹線などとの接続を考慮すると東京駅もしくは品川駅に絞られ、建設の難易度からすると、東京駅のほうが難しいと述べた。
2008年11月7日には、JR東海の葛西敬之会長（当時）が名古屋市内で講演し、「東京、名古屋、大阪では新幹線とリニアのどちらでも乗り換えが可能にしたい」と中央新幹線の新大阪駅乗り入れの意向を示した。
2009年1月29日、JR東海の松本正之社長（当時）は読売新聞のインタビューに答え、中央新幹線の車両編成は「10両以上は必要」として東海道新幹線の16両編成に近づける考えと、運賃について東海道新幹線の1.4倍を下回る範囲で検討を進める意向を示した。
2009年2月20日、JR東海は中央新幹線建設に向けて業務量が増えるため、技術職を中心に人材を確保することを狙い、2010年の新規採用者数を過去最高の1030人にすると発表した。
2009年6月18日、検討中の3案のルートに対する、路線長および建設工事費に関する試算を、また2009年7月21日には維持運営費、設備更新費、輸送需要量に関する試算をそれぞれ公表した（前述の項を参照）。これは2008年12月に金子一義国土交通相による指示のもとで試算がなされた。
2009年8月5日には、JR東海の葛西敬之会長（当時）が都内で講演し、中央新幹線が名古屋まで開通した場合には「ひかりとこだまの列車体系に戻る」と述べ、のぞみは廃止する意向を示した。
2009年9月27日、「JR東海が中央新幹線を大阪まで延伸した場合、全体の工事費が7 - 8兆円になるという試算をまとめた」と報じられた。
2010年1月8日に名古屋市内で開かれた地元経済界の賀詞交歓会において、JR東海の葛西敬之会長（当時）が、2025年開業予定（当時）の東京 - 名古屋間のうち、可能な区間から前倒しして開業させること、その区間としては神奈川 - 山梨間が有力であることを明らかにした。ただし、その先行開業の時期について葛西は『"言える段階ではない"』とした。翌日の読売、朝日、日経、毎日の各紙は揃ってこれを報じたが、産経新聞は「JR東海が明らかにした」こととして『"神奈川県相模原市付近から山梨県笛吹市付近"』『"32年度をめどに開業にこぎつけたい意向"』『"ルート選定をめぐって（中略）長野県との間で協議が難航。先に実験線を東に延伸させ…"』と、他4紙と大きく異なる記事を掲載した。その後、東京 - 名古屋間の開業予定が2025年から2027年と改められたが、同年11月になって読売新聞が「2020年前後」に相模原市 - 甲府市周辺の先行開業が検討中と報じている。2011年9月に朝日新聞が報じたところによると、工事期間に余裕がないことなどを理由にJR東海が先行開業を断念したという。
2010年4月28日、JR東海は東京 - 名古屋間の中央新幹線の開業時期を当初計画の2年遅れの2027年にすると発表した。景気低迷の影響で東海道新幹線の利用が落ち込み、今後の資金計画を見直した。
2010年12月8日、中央新幹線のルート計画から外れる横浜市、京都市、そして中央新幹線自体が通る計画すら無い神戸市の各周辺の利用者に考慮し、JR東海山田佳臣社長（現・会長）が、前年の当時の会長の発言とは一転して、東海道新幹線の「のぞみ」を残す考えを示した。
2011年5月20日、国土交通大臣がJR東海を中央新幹線の営業主体および建設主体に指名した。
2011年5月27日、国土交通大臣がJR東海に対して中央新幹線の建設を行うよう指示した。
2011年5月30日、JR東海は、山陽新幹線との利便性を考慮し、リニア中央新幹線の大阪駅を現在の新大阪駅がある場所とする方針を初めて明らかにした。
2004年、国土交通省鉄道局長の私的諮問機関「中央リニア新幹線基本スキーム検討会議」は2000年のデータに基づいた試算結果を公表した。
「国土形成計画」（平成27年閣議決定）において、中央新幹線によるスーパー・メガリージョンの形成が期待され、その効果を最大化し、全国に波及させるための取組が必要としており、2017年（平成29年）9月22日から国土交通省国土政策局において国・地方公共団体・経済団体のビジョンの構築を図るべく「スーパー・メガリージョン構想検討会」を実施している。
「リニア中央エクスプレス建設促進期成同盟会」の試算によると、経済効果は最大21兆円になるとされる。総投資額約8.3から9.9兆円といわれる資金調達は明確ではないが、2017年には東海道新幹線施設購入費の支払いがほぼ終了するという見通しを示している。また建設費を圧縮するため、山梨リニア実験線では延伸工事に合わせ、より経済的な設計の軌道や駅設備等を設置し実証する予定である。
JR東海は2027年に開業を目指している首都圏 - 中部圏間の総事業費を約5兆円と試算している。この金額に関して同社は首都圏 - 中部圏だけなら全線（東京 - 大阪）に比べ建設費が少なく、技術革新で車両製造費を大きく削減できるとみている。また、同社は首都圏 - 中部圏間を超電導リニアによる東海道新幹線バイパスとして、地元自治体に建設資金を負担させる中間駅を除くインフラを全額自己負担で建設する計画を発表しているが、詳細は発表されていない。
JR東海は、自社収入の85%（当時）を稼ぎ出す東海道新幹線の代替路線として中央新幹線を位置付け、東海道新幹線が更新工事で長期間運休することも念頭に、発足当初から中央新幹線の建設を働きかけていた。1988年、JR東海が中央新幹線を自社で運営することを前提に山梨実験線の建設費を負担する案が浮上すると、JRグループ内で対立が生じた。なかでも東京圏でライバル関係にある東日本旅客鉄道（JR東日本）は、「JR東海の独走が認められたわけではない」と強く反発。JR東日本や西日本旅客鉄道（JR西日本）の在来線への影響を考慮せず、リニアの運営を独占しようとしていると激しく非難した。
1989年3月、JR東海とJR東日本、JR西日本、運輸省の幹部が極秘の会合を開いたといわれる。報道によれば、この場で「中央新幹線をJR東海が一元的に経営する」「東京-甲府間と大阪-奈良間の在来線の収入減の影響は、各社間で経費配分する」ことが合意されたという。
1989年12月4日、江藤隆美運輸大臣（当時）は記者会見で、中央リニアをJR東海が一元的に管理するというJR3社の合意に異論はない、山梨実験線の建設費を負担するJR東海の役割は当然念頭においていると発言した。JR東海は、実験線建設費を負担するのは自社がリニアの経営主体になれることが前提だと発言した。1990年6月8日、運輸省は山梨実験線の建設計画作成をJR東海に指示した。22日、運輸省は公式に「中央新幹線の経営は、JR東海が東海道新幹線の経営と一元的に行う」ことを確認した。
2007年、JR東海が自己資金による中央新幹線建設を表明して以降も、JR東海は1990年の運輸省確認を根拠に自社一体経営を掲げている。しかし、中央新幹線のルートや駅の位置によっては、JR東日本の在来線の経営に影響を及ぼす可能性もあるとの指摘もある。
新幹線は、東海道新幹線の関ヶ原付近で雪の影響を強く受けた経験から、後に積雪地帯に建設された区間では排雪や消雪に対応した軌道設備、車両構造を開発して解決した。中央新幹線は山間部に建設されるため、リニア方式での積雪対策技術が開発されている。国鉄時代には、北海道千歳地区にリニア軌道を模した高架構造物を設置して、軌道の隙間から雪が落ちる構造が試験された。また、山梨実験線では積雪時の走行や除雪、設備の耐久性なども研究対象になっており、中央新幹線に向けて技術実証を続けている。
また、赤石山脈など多くの山を通過するため地形問題のクリアも課題となっている。赤石山脈付近のルートの案は、長野県の木曽谷を南下する「木曽谷ルート」、同県の伊那谷を通る「伊那谷ルート」、赤石山脈を貫通する「南アルプスルート」の3つがあり（検討されていたルートを参照）、2008年時点には伊那谷ルートと南アルプスルートのいずれかにほぼ絞り込まれている。長野県や諏訪地域、上伊那地域の自治体などは伊那谷ルートを支持しているが、JR東海は最短距離で建設できる南アルプスルートを考えており、糸魚川静岡構造線の大断層帯を長大トンネルで貫通することになるため、地質調査を行い、2008年10月に適切な施工法を選択すれば建設可能との調査結果をまとめた。
なお、2008年10月3日、同月4日付の中日新聞によるとCルート（南アルプスルート）が有力となっており、同月7日の朝日新聞によれば、JR東海は南アルプスルートで建設する方針を固め、2008年12月26日にはJR東海の葛西敬之会長が都内で会見を行って「実現可能なのは直線ルートだけ」と強調した。
JR東海は、東京から名古屋までを建設する時点では、沿線の各県に1駅ずつ中間駅を建設する構想を示している。途中で通過する県は神奈川、山梨、長野、岐阜の4県で、これら各県でどこに中間駅を建設するかの検討・誘致が行われている。なお、JR東海の松本正之社長（当時）は1県に1駅ずつ設置するのが適切だとの考えを表明している。これに対し金子一義国土交通相（当時）は1県に1駅は合理的な判断と評価した。
2009年12月11日には中間駅の建設費として、1駅あたり地上駅は350億円（全体整備費は460億円）地下駅は2,200億円とする試算を公表した。また、神奈川県と奈良県は地下駅を想定していることも同時に公表した。JR東海は当初、これら中間駅の建設費用は全額の地元負担を要望していたが2011年11月21日、JR東海が全額負担することを表明した。また、2013年5月13日にはJR東海が用意する中間駅の地上駅のイメージを、同年7月24日には地下駅のイメージをそれぞれ公表したが、中間駅は待合室、切符売り場などが存在しないという既存駅と比較して簡略化した構造としている。
なお、東京都 - 愛知県間の正式なルートおよび詳細な駅位置については2013年秋に決定する見込みとしていたが、その後JR東海は同年9月18日に発表することを公表し、予定通り18日に公表された。
基本計画当初から始点は東京都とされている。JR東海では始発駅の候補として東京駅、品川駅、新横浜駅（神奈川県）の3つを挙げていたが、品川駅とする方針を固めた。品川駅選定の理由は、地下空間に余裕があった点と羽田空港への接続を考慮したため。さらにJR東海が品川駅を東京でのターミナル駅に位置付けているため。なお東京駅はJR東日本の在来線（京葉線・総武快速線・横須賀線）と地下鉄が入り組んでいるため、空間に余裕がないと判断され、未調査で打ち切りになっているが、これについてはJR東日本への対抗意識があるのではないかという見方もある。品川駅に方針が固まったことで、東北・上越・北陸新幹線からの接続の悪さが指摘されている。その後JR東海が進める案では、品川駅付近に南北方向で設置することが発表された。中央新幹線の品川駅は東海道新幹線の駅と東側道路の下に設けることが公表されている。
非常口については、2018年11月28日に品川区北品川の「北品川非常口」工事現場を報道初公開した。
神奈川県においては、相模原市付近を通過することが想定されており、橋本駅付近に新駅の設置が計画されている。
橋本駅は県の「北のゲート」としての構想から、相模線の複線化、相模線倉見駅への東海道新幹線の新駅設置とともに検討が行われている。また松沢成文前神奈川県知事はアクセスのよい橋本駅への設置が望ましいとの考えを示した。
なお橋本駅以外にも、在日米軍相模総合補給廠の一部返還が予定される相模原駅にも小田急電鉄多摩線の延伸とともにリニア中央新幹線の誘致も求める声があったが、この案の場合米軍補給廠の真下を横断することとなり、安全保障上の観点から米軍の同意を取り付けることは非現実的であり、立ち消えとなった。 なお、2200億円に上る駅建設費の地元負担に対し松沢前神奈川県知事および加山俊夫相模原市長はともに負担できないとし、国などに負担を求めることを明らかにしている。また、橋本地区は東京都に隣接した地域にあり、八王子駅や多摩ニュータウンにも近く、駅の設置は多摩地域を中心とした東京都にも恩恵が大きいと考えられることから、地元負担が発生した場合は東京都にも負担を求める声も挙がっている。その後JR東海が進める案では、相模原市の緑区に地下駅で設置することが発表された。橋本駅（緑区）南口に隣接する神奈川県立相原高等学校を西約3キロの位置にある職業能力開発総合大学校移転後のキャンパス跡地に移転させ、2019年（平成31年）春より開校予定。その後、相原高等学校跡地に駅を建設することが予定されている。相模原市役所でも2016年2月の「広域交流拠点整備計画」で明らかにし、同年3月3日付で具体的に答申している。
山梨県においては、都留市を中心とする郡内地域、笛吹市を中心とする峡東地域、甲府市に近い峡中地域、市川三郷町など峡南地域の4地域が誘致に名乗りを上げた。郡内地域は実験センターに既に設置されているプラットフォームを有効活用できるとしたが、同時に富士五湖方面への支線建設を要求した。峡東地域は、リニア実験線建設に際して出た残土の捨て場があり、用地買収のコストが必要ないとされた。峡中地域は4地域の中で甲府市に最も近く、周辺人口が多いという利点がある。峡南地域は身延線や中部横断自動車道との連絡が良い。このうち、峡南地域は建設ルートが南アルプスルートになった場合にのみ可能性があると見られていた。横内正明知事は甲府盆地の市街地を縦断するAおよびBルートに対し、用地買収の困難さ、振動騒音などの環境問題、並行する中央本線の特急列車の本数が減るなどの問題が生じるとして、直線のCルート支持を表明した。
その後JR東海は、4地域を比較検討した結果、峡中地域に約20mの高さで設置するという計画を発表した。2011年9月6日、甲府市、甲斐市、中央市、昭和町の4市町長ら「甲府圏域建設促進協議会」が横内県知事に、中央自動車道のスマートインターチェンジが設置される予定の甲府市大津町周辺、JR身延線小井川駅近くの中央市上三條周辺2か所を候補地として提示。県主導でこの提案を基に詳細な位置を絞り込み、同年内に決定する方針を明らかにした。同年10月にNHKが報道したところによると、山梨県は候補地を（小井川駅付近ではなく）甲府市の大津町周辺とする方針を固めたとされる。
2013年にJR東海が明らかにした計画では、山梨県の駅としては甲府市大津町付近とされた。2018年3月30日に甲府市役所がリニア駅を含めたエリア別の「甲府市都市計画マスタープラン」を発表している。
長野県ではルート決定まで、諏訪市・茅野市・松本市といった中信地域にメリットの見込める伊那谷ルート（Bルート）で建設されることを軸とし、他の地域にも配慮した県内に複数の駅を設置することなどを強く要求していた。しかし、これがJR東海の推進する南アルプスルート（Cルート）案と1県1駅案に反発する構図を生むことになり、最悪の場合には長野県は迂回されるという代替案があがるまでになっていた。さらにCルート上では順当に駅の設置が予想されている飯田市・下伊那地区を中心とした南信地域の要望が、県の総意とするものと異なることに危惧した村井長野県知事（当時）は、2010年6月の小委員会で特定ルートの要望をせず事実上の方針転換の姿勢をみせた。また、同じくルート選定に関わる山梨県の横内知事が正式にCルート案を支持する姿勢をみせるなど、Cルート案の現実性がさらに高まった。これには、長野県が従来のような主張を続けた場合、JR東海、並びに沿線となる他県との意見の相違によって、リニア中央新幹線の誘致で孤立化するのは得策ではないと判断したのが背景にあるとされた。
また、Cルート上の飯田市は一時、飯田駅へのリニア駅併設を要望していた。しかし、JR東海側は用地買収の問題などから併設は困難とし、当初北隣の高森町内に駅を設置する案を提示していた。これに加えて、地元の要望を受けて同町と接する飯田市座光寺地区への設置という折衷的な案等、複数の案を長野県側に提示した。それを受け飯田市はJR東海案を受け入れ、長野県内のリニア駅は飯田市座光寺地区に作ることで決着した。東京都 - 愛知県の区間で唯一ルートと駅の案が発表されていなかった長野県でも、2011年8月5日にJR東海から発表され、駅予定地は飯田駅付近ではなく、飯田市座光寺地区と高森町を含む「天竜川右岸平地」とされた。その後の報道では、座光寺地区には遺跡群（史跡恒川官衙遺跡）があることから、ルートを遺跡群の南側に変更したため、元善光寺駅南西1kmの飯田市座光寺・上郷飯沼地区に設置されると報道されており、飯田線の伊那上郷駅 - 元善光寺駅間に新駅を設置することも検討される。
2013年にJR東海が明らかにした計画では、長野県の駅は飯田市上郷飯沼付近とされた。移転が必要となる住民には、2018年8月1日に移転可能な代替地情報の閲覧が開始される。
また、飯田市により駅周辺整備が進められている。
岐阜県では、東側から中津川市、恵那市、瑞浪市、土岐市、多治見市などを通過する。これら5市は合同で東濃地区への駅設置を求めており、これらのどこかに1駅建設されると考えられていた。その後JR東海が発表した案では中津川市西部とされた。岐阜県などによる建設促進県期成同盟会は美乃坂本駅への併設または近接地への駅設置をJR東海に求めている。2013年にJR東海が明らかにした計画では、岐阜県の駅としては美乃坂本駅に近い中津川市千旦林付近とされた。
2015年4月27日にリニア 中心線測量を中津川市山口から開始した。JR東海が利用権を設定するトンネル区間であり、測量結果から路線を確定し地元への説明を経て用地取得をする予定である。
2017年6月2日に中津川市役所でも岐阜県駅の位置について同様の発表をしている。
基本計画当初より名古屋市附近が念頭に置かれており、名古屋駅近辺を要望している。JR東海は、将来の関西圏への延伸まで一部の乗客が行う既存新幹線との相互乗り換えに配慮し名古屋駅新幹線ホーム直下の大深度に新駅を建設した場合に乗り換えに掛かる移動時間が3分から9分であると試算報告し、既存の名古屋駅を拡張する計画である。その後JR東海が進める案では、名古屋駅直下に東西方向で「ターミナル駅」を設置することが発表された。
2015年3月31日より名古屋駅周辺で測量が始まった。JR東海は2015年秋に名古屋ターミナル駅の本格工事に着手する考えで、地元の理解を得た上で測量作業を進めたいとしている。
2016年12月にJR東海は「中央新幹線名古屋駅新設（中央東工区・中央西工区）工事における環境保全について」を公表した。
名古屋以西のルートについては、ルート自体が決定されていないため、関西地方各地でルート選定も絡んだ中間駅の誘致運動が2018年現在も行われている。
三重県においては、リニア中央エクスプレス建設促進三重県期成同盟会が県内停車駅の設置を要望しているが、中でも亀山市は「リニア中央新幹線・JR複線電化推進亀山市民会議」を中心に亀山駅への誘致運動を行っているほか、リニア中央新幹線亀山駅整備基金の積み立てを行っている。
基本計画当初より「奈良市附近」が経由地となることが計画されている。計画策定には時の新谷寅三郎運輸大臣の功績が大きいとされ、奈良県を中心に「リニア奈良駅」の設置を要望している。JR東海は駅の設置場所について「奈良、生駒、大和郡山、天理の各市と周辺市町とを含む範囲」を想定している。
しかし、奈良県内においては、奈良、生駒、大和郡山、天理の4市が「リニア奈良駅」の誘致をめぐって対立していた。このうち、奈良市は奈良県の最大都市であり県庁所在地であること、生駒市は関西文化学術研究都市の中心部に近く大学や研究機関の集積があること、大和郡山市は奈良盆地の中央にあって交通の便がよい上に奈良県中南部やさらには紀伊半島全体にも波及効果があること、天理市は西名阪自動車道や京奈和自動車道のインターチェンジに近い交通上の利点があることを強調している。さらに奈良市では、新駅の候補地として、JR奈良駅や近鉄奈良駅または近鉄新大宮駅がある奈良市街地中心部と、奈良市街地の北郊で京都府との府県境附近にあたるJR関西本線の平城山駅のふたつを挙げている。2018年4月現在は奈良、生駒、大和郡山の3市に中間駅設置の要望箇所が絞られている。
2013年12月26日、奈良県内の33市町村と県議会議員15人が参加して「『奈良県にリニアを！』の会」（世話人代表は橿原市長、世話人は御所市長、高取町長、上牧町長）を結成し、「リニア奈良駅」の誘致先を大和郡山市とするように奈良県知事に要望した。これに先立つ12月18日、天理市は「リニア奈良駅」誘致から撤退する方針を表明し、「『奈良県にリニアを！』の会」に同調した。しかしこの会が要望を出すにあたって、同じく「リニア奈良駅」の誘致を進めている奈良・生駒両市に対する事前打診は行われず、この両市は反発している事からも、県内での足並みは揃っているとは言えない現状である。
現在検討されているルートは滋賀県を経由していない。
しかしながら、中間駅が京都府内に設置された場合、同県に中間駅の期待もある。
2012年3月25日の関西広域連合委員会にて、当時の嘉田由紀子滋賀県知事は京都駅経由のルートを支持し、会合後に「中間駅の期待もある」と発言した。
一方、2014年7月13日に投開票が行われ当選した三日月大造滋賀県知事は、同年10月20日の定例会見において「何でもかんでも京都でなくてもいいのではないか」と述べ、奈良市付近とされているルートが望ましいとの考えを示した。
現在検討されている計画では京都府に駅は作られないが、京都府では京都駅などへ誘致が行われている。京都市は公式サイトで、名古屋・大阪間のルートが「リニアではなく、時速250kmの新幹線を前提とした、東海道新幹線の老朽化等に備えた代替ルート、『第2東海道新幹線』として決定されたもの」であり、「日本にとって最適なルート」として京都を経由することを求めており、さもなくば「『リニアは通らず、のぞみも減る』ことになり、京都の産業や観光、市民の皆様の生活への影響は大きい」としている。京都市長の門川大作は「JR東海さんは可能性がないということを言われていますが、要望し続けていきたい」と述べ、京都駅経由を主張している。
京都府・京都市などによる「京都府中央リニアエクスプレス推進協議会」、京都経済同友会、京都府による委員会などが活動していたが、経済効果が高いとして国とJR東海に再考を働きかけることを京都府が発表し、関西広域連合委員会で議題となった。下記の試算と方針が公表されている。
これに対し、JR東海は「奈良市付近を通る法律上のルートで進めるのが今の構想。京都（駅）へは新幹線および在来線のダイヤを工夫し対応する」と述べ、京都駅経由を考えていないことを表明しており、周辺府県および市町村の首長からも奈良ルート支持が多勢を占めている状況にある。
ただし、現在有力候補として検討されているルートは「奈良市附近」であり、JR東海も奈良市に隣接する京都府南部を経由する可能性に含みを残している。2013年、京都府南部にある相楽郡精華町の町議会は、中間駅を精華町を含む関西文化学術研究都市の中心部に設置することを求める決議案を可決し、翌年に議長が京都府町村議会議長会の会長として「リニア中央新幹線の京都誘致に向けた決起会」に出席した。
基本計画当初より大阪市が終点となることが計画されており、山陽・九州方面への乗り継ぎの利便性などから新大阪駅に乗り入れの意向がJR東海によって示されている。一方、橋下徹大阪市長が代表の地域政党「大阪維新の会」は、マニフェストで「リニアの駅を梅田北ヤードに誘致する」ことを挙げていたが、2012年4月20日の大阪府知事、大阪市長、関西経済3団体トップの意見交換会において、「東京・大阪間の早期着工を求めるには新大阪駅乗り入れの方が説得力がある」という方針で一致した。2013年12月には在阪経済4団体と関西広域連合が大阪までの同時開業を求める決起大会を行った。
国土交通省中央新幹線小委員会委員として、中央新幹線計画の策定にあたった東京女子大学の竹内健蔵教授（交通経済学）は、東海道新幹線は老朽化しており、災害で停止する危険性があるため、2本目の路線を整備する必要性があるとする。一方で同教授は、衆議院国土交通委員会に参考人として出席した際に、「単にリニアの駅ができれば客が集まるわけではなく、下車したくなる魅力ある街づくりが必要だ」と、地域活性化に対する効果については限定的であるとの見方を示した。
リニア中央新幹線計画は、事業規模や建設費等が日本有数の巨大プロジェクトであり、また、超電導リニアというこれまでに類を見ない技術を導入する交通機関だけに、計画そのものの採算性や環境適応性などに関する懸念や批判、反対の声も存在している。
2014年7月15日には、日本科学者会議が当路線の撤回・中止を求める声明を出している。
沿線住民の市民団体は連携して「リニア新幹線沿線住民ネットワーク」として活動している。また、JR東海労働組合もリニア計画反対を表明している。
自主的な市民運動としては、山梨県中央市での市民運動では立木トラスト運動を実施している。
2017年6月1日には、北陸新幹線の長野 - 飯山駅間の高丘トンネル（長野県中野市）のトンネル工事にて、周辺の住宅の88世帯182棟にゆがみ・傾きが発生したことが明らかになっており、「トンネル工事で建物に影響が及ぶのは珍しいことではない。補償の詳細は住民のプライバシーもあり、明らかにできない」と独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が回答している。それに対し愛知県春日井市の市民団体「春日井リニアを問う会」は、先の整備新幹線での被害住民に対する不透明な回答やラドンの問題も含めた工事対応に不信感を持っている。
そこで「リニア新幹線沿線住民ネットワーク」は、採算面・安全性・環境面の問題でリニア着工認可の取り消しを求める訴訟を2016年5月20日に東京地方裁判所に起こすことを明らかにした。第1回口頭弁論は2016年9月24日に開催している。また、第1-9回口頭弁論の争点を2018年3月23日に原告弁護士団でまとめている。
2017年9月8日の第6回口頭弁論では大井川水系の源流部を路線予定地としているが、元々該当水系では渇水問題があると指摘された。同年10月10日に川勝平太・静岡県知事は同様の指摘をしており、「JR東海は水問題について全量を戻すと明言していない。静岡県はJR東海にとって重要な経営基盤であるにもかかわらず、しっかりとした説明がないままルートが設定され、静岡県にとってまったくメリットがない。JR東海は静岡県民に誠意を示す姿勢がなく心から憤っている。現時点ではJR東海への協力は難しい」と発言している。
2018年1月19日の第8回口頭弁論後には参議院会館にてリニア訴訟報告集会「リニア工事談合事件の徹底解明と工事中止を求める集会」が行われ、国会議員からは福島瑞穂・本村伸子・辰巳孝太郎・山添拓が出席している。談合問題についてはフリージャーナリストの横田一が講演し、談合はJR東海と大手ゼネコン4社との共謀であると述べた。
2018年6月25日の第10回口頭弁論では、まずは日照問題・騒音問題を生活環境問題をはじめ、車両基地での発生土の大量産出を含めた発生土の問題を指摘している。2017年12月21日には長野県上伊那郡中川村で県道59号松川インター大鹿線で路線工事による土砂崩落が発生した上でJR東海側は謝罪をしており、今後の工事における事故の危険性を指摘している。更には、東海道新幹線においても東海道新幹線火災事件・のぞみ265号殺人事件における乗客の危機管理も指摘しており、計画に当該の危機管理での修正が行われておらず、トンネルで閉鎖的な環境になり避難の際に非常口が限られていることへの危機感を述べた。
2018年9月14日の第11回口頭弁論では、山梨実験線の環境影響報告が未だに不十分であることや静岡県でのJR東海の工事計画について指摘している。裁判長も「この工事の認可が抽象的な議論で認可された。」と感想を述べており、国の認定が甘い判断と基準で行われたとの印象を明らにした。また、静岡県内の環境影響評価については、水資源の対策については大井川の流量が毎秒2立方メートル減ることを評価書に記載しているものの、他の要素で工事影響が起こることを想定していない。また、認可時の「トンネル内に湧出した水をポンプで汲み上げる」案についても恒久的に行えば巨額のコストが掛かることは明らかであり、「導水路トンネル」案に2か月後に変更したのは問題点を隠蔽して許可を騙し取る行為であると指摘している。そんな経緯から環境負担を軽減することが重要であるのに対し関係法令に従うだけの事業では意味を持たないとしている。また、発生土の問題も同様であり、環境影響や山体崩壊の危険があり、水量問題だけでなく南アルプスの理解不十分で重金属汚染による影響の可能性もあるものだと静岡県知事会見や環境局水資源資料でも指摘している。
2018年11月30日の第12回口頭弁論では、愛知県・岐阜県での亜炭鉱跡やウラン鉱床を巡るアセスメントの違法性を指摘した。そして、長野県・東京都・神奈川県におけるアセスメントについても反論したいと申し出があったと述べられた。また、原告の適格についても調整・整理しており、次回の口頭弁論の際に主張する予定である。次回の公判は2019年2月8日に決定した。報告集会では、山梨県立大学の当時の前学長（前理事長）である伊藤洋が講演でインパール作戦の例を挙げ、この中央新幹線の計画が無謀であることも指摘している。
2018年3月9日に山梨県庁発行の教材『リニアで変わるやまなしの姿』に対し、山梨県の市民団体「リニア・市民ネット山梨」が経済効果・人口増加について一部機関の希望観測だけを提示しており、環境問題・沿線住民問題を無視した偏向的な内容で、教育基本法第2条および学校教育法第21条の意図に反しており、教育の中立性を侵すものであるとして、配布先の教育機関から回収することを求める要望書を山梨県知事・教育委員会に提出している。同年5月20日には「開業のデメリットに触れていない」と山梨県監査委員に請求趣旨を陳述したが、同年6月15日に「（市民団体の）主張には理由がない」と棄却された。この問題に関しては2018年7月9日山梨県の住民を原告として、甲府地方裁判所で山梨県知事に対し地方自治法242条により提訴し、山梨県に教育関連諸法に違反するものと考え中立性を問うべきと主張している。この訴訟は「平成３０年（行ウ）第２号 損害賠償命令請求住民訴訟事件」として、2018年10月16日に第1回口頭弁論を行った。
2018年12月25日には第2回口頭弁論を行っており、次回の口頭弁論が2019年3月5日に決定している。
県・市町村における地方自治体の以下の環境対応を行われている。
2014年8月にJR東海の評価書での梶ヶ谷非常口及び資材搬入口新設工事における発生土の処理について、川崎市に「川崎市環境影響評価に関する条例（平成11年12月24日条例第48号）」に基いて陳情をしており、2014年11月11日のリニア事業中原区説明会でも川崎市リニア担当部は「ＪＲ東海の回答に納得していない」としている。それに対し、JR東海は2017年3月に工事説明会をしていると発表している。発生土の輸送については道路渋滞の回避を考慮して貨物列車を活用することになり、2017年3月30日に梶ヶ谷非常口と資材搬入口の工事が開始され、2017年5月26日には梶ヶ谷貨物ターミナル駅 - 扇町駅 - 三井埠頭間に、武蔵野南線・南武線（尻手短絡線・浜川崎支線）・鶴見線本線・三井埠頭専用線経由で運行する発生土運搬専用貨物列車の出発式がJR東海とJR貨物により行われた。ただし、梶ヶ谷非常口以外の他の箇所ではまだ発生土輸送の目処が立っておらず、大深度地下トンネル工事も含めた調整が必要となってくる。
2017年3月10日の川崎市議会まちづくり委員会では、リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会から3件の陳情が審査された。2017年1月・3月のJR東海からの住民説明会でリニア東百合丘非常口については矢上川雨水貯留管からの雨水調整池への影響が指摘された。また、東百合丘の工事ヤードの影響から来る交通渋滞も朝ラッシュにおいては深刻になると市民にメリットがないと指摘している。JR東海は環境保全書に示された環境保全対策が住民との約束事とはしているものの、説明会では住民の意見が取り入れておらず、まちづくり委員会でも同じ内容の指摘が各委員からされている。雨水調整池についてはJR東海も調整中としており、工事車両・時間の調整も周辺住民には工事前に行うべきであるとする一方で、3件の連絡会からの陳情は審議継続するが、JR東海が工事着工を急ぐために川崎市も市議会も住民への問題を先延ばしに出来ないとした。それを受けてのJR東海の対応としては先述の川崎市に関して、2017年2月に東百合丘非常口の工事に関しての調査をした上、2017年3月に工事計画を変更している。
2017年6月1日にJR東海は川崎市長に対し「梶ヶ谷非常口から排出される建設発生土を東扇島造成事業に受け入れるよう要請する申し入れ」をしたことが明らかになり、市民団体（リニア新幹線を考える東京・神奈川連絡会）は、千葉県安房郡鋸南町の採石場跡に予定されていた汚染土壌の受け入れ施設の建設において、地元住民51人および漁協が「生活環境が悪化し漁場が汚染される」として申請していた操業差し止めを命じる仮処分を千葉地裁木更津支部が2016年6月20日に住民のうち17人と漁協の訴えを認めた上で決定したことから、川崎市の「東扇島造成事業」に残土を流用しようとすることについて、処分先が未定の環境影響評価は環境影響評価法違反であると指摘した。これに対し川崎市長も発生土受け入れ可否については考え方を整理し、中央新幹線の非常口設置工事については環境影響に最大限配慮した対策を取り住民理解を得ると回答している。2017年8月28日にJR東海と川崎市は東扇島堀込部土地造成事業において、中央新幹線の発生土を有効活用する覚書を締結した。
2018年12月13日には、横浜市は新本牧ふ頭 第1期地区におけるロジスティクス用地の護岸に建設発生土の受け入れを表明している。
2017年11月20日には、山梨県南巨摩郡早川町における発生土から環境基準値を越えたフッ素が検出されたとの同年6月30日の報道を受けて、市民団体「リニア・市民ネット山梨」は山梨県知事への今後の対応も含めた質問書を提出している。富士川水系早川支流雨畑川等の調査を経た上で、JR東海側の報告も含めてモニタリングに問題がないと回答している。（上記のJR東海のプレスリリース「中央新幹線第四南巨摩トンネル新設（西工区）工事における環境保全について」も参照）
2018年3月14日に甲府市議会議員の山田厚が山梨リニア実験線に試乗した際の報告では85デシベルの騒音や高電磁波の人体への影響を指摘している。
2017年11月30日には静岡県知事が記者会見において、大井川水系の水量が中央新幹線の影響で減少する問題についてJR東海の地元や利水者への理解や流量の見識が不足していると指摘し、水資源が元に戻らない問題だと述べている一方で、富士山噴火により羽田や成田空港が使用不可能になった場合に重要性が出てくる静岡空港の直下に東海道新幹線の新駅をつくる件とは別次元の話であると述べている。更に2017年12月18日の知事記者会見では独占禁止法違反の疑いでの工事業者のモラルやJR東海に対しての企業倫理も述べている。
2018年3月13日には引き続き静岡県知事が記者会見で、中央新幹線の工事業者が指名停止処分を受けたことについて、不正がはっきりした場合はそれに応じた仕事はそちらに回せないという形で対応したい旨発言している。
2018年7月11日に静岡県知事はトンネル工事の作業員の宿舎や道路については問題はないということだが、水の問題についてはトンネル工事開始の段階で別の話としている。
2018年8月の日経ビジネスでは、トンネル工事を開始していない2017年度でも渇水で90日近く取水制限をした経緯もあり、静岡県内は通過するだけである事情から大井川水系の水量が全量保証出来ない限りは静岡県としては着工を認めないとの態度を示している。
2018年8月29日には静岡県が大井川の水資源が減少する問題について、トンネル工事でポンプアップしないと一部が山梨県側に流れるものとしている。静岡県内では渇水問題で取水制限の節水対策が継続している状況で全量を静岡県側へ戻すものとしないといけないものと資料で提示している。
2018年9月14日には「南アルプストンネル工事静岡工区の準備工事」の資料提示に対しトンネル工事における水資源の対応は記載されておらず、静岡県知事は「私たちが問題にしているのは、南アルプスにトンネルを掘ると大井川の水が減少すること。それはとても心配している。工事は誠意ある形にしてもらわないと周りの非難を浴びる」と同月19日に報道されている。
2018年9月20日には静岡市長の記者会見において、静岡県とJR東海が「大井川の流量減少問題」について合意がない段階でも「南アルプストンネル工事静岡工区」での林道東俣線の通行許可をJR東海に出すとし、トンネル建設に向けた準備工事にあたる作業員用宿舎建設工事に限って林道の使用許可を出したことが報道された。
2018年10月9日には、静岡県知事は大井川の水資源喪失について丹那トンネルの丹那盆地での産業変化を例に挙げて、失われた水資源は戻らないことを指摘している。同月19日にはトンネルを掘れば必ず水が出るが、失われた水は戻ってこない。2027年開通にこだわる理由が国への債務であると考えているが、南アルプス山脈は軟弱土質で重金属が出る所もあり、中部横断自動車道の開通が1年以上延期になったように軟弱土質にぶつかれば2027年どころではない。JR東海はようやく問題の重大さに気付いたようだが、環境調査を精査するべきであると指摘している。大井川水資源の問題は国土交通省の関係者も「2018年8月の日経ビジネス」で掲載されるまで認識していなかったのではとする一方で、技術的に可能、大阪まで一気に開通しないとリニア新幹線としての有効性がないという判断でルートを決定したのは安易であると問題提起している。
2018年11月21日には「静岡県中央新幹線環境保全連絡会議」を開き、JR東海は静岡県に対し大井川水系の水量を全量戻す方法などを説明し、今後も協議を重ねていく。ただ、水量を戻す手段や水利権者の合意が課題となる。ただ、静岡県知事は同年12月18日の記者会見において、リニアの耐久年数から水量の全量戻しが30年の補償期間がないことも懸念している。
2017年4月19日には、長野県の沿線行政の首長との意見交換会が県飯田合同庁舎でおこなわれ、残土処分地安全性確保・現地要因の増員・残土運搬計画確認書を早期に提示するように求めた。一方でJR東海の宇野護中央新幹線推進本部長は、三六災害の経験を伊那谷全体の特殊な事情と位置付け、自社による残土処分地の長期管理を「一つの方策」として豊丘村本山の計画地に限らないとする考えを示した。JR東海側のマンパワー不足についても「協議や調整を進める上で課題」と複数の首長が指摘しているが、宇野本部長は「人数はそれほど多く望めないが、仕事内容の方で努力する」とも述べている。1961年（昭和36年）の三六災害からの残土処分地の長期管理における住民不安が「伊那谷全体の事情」ともしている。また、残土問題以外でも観光・地域振興への協力も合わせて求めている。
2018年6月6日-7日には風越山トンネル工事に関する説明会が長野県飯田市の座光寺地区および上郷飯沼北条地区で実施された。苦手とされている巨石や高い地下水位が確認されているものの「軟らかくなっている可能性が高いこと、地下水位が特に高い区間は短い」として、シールド工法が適用可能と説明されたが、未調査箇所があることも説明されている。また、住民移転の代替地の説明では長野県駅周辺整備の説明から開始したため、住民軽視との抗議で駅周辺整備の説明を途中で中止せざるを得なくなったことや、住民相談に応じるために飯田市が設けた現地事務所の対応に不満が出ていることから、同年6月26日に飯田市議会リニア推進特別委員会は飯田市に地権者との信頼関係を重視した協議の場を設けることなどを要求する要望書を提出した。同年8月1日には移転可能な代替地情報の閲覧が飯田市で開始された。
2017年12月11日-2018年1月16日に岐阜県庁ではパブリックコメントを募集し、県環境管理課はその期間中に中津川市・恵那市・可児市・御嵩町の3市1町で環境基準の類型の当てはめ方針（案）についての住民説明会を実施。その結果が公表されている。2018年6月26日には、JR東海が2017年（平成29年）のウラン鉱床に比較的近い地域における掘削調査においても「ウラン鉱床のようなウラン濃度が高い地盤を掘削する可能性は低いことが確認されている」と岐阜県に報告し、日吉トンネルでのウラン濃度の管理結果を「平成２９年度における環境調査の結果等について【岐阜県】」に記載している。また、「「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価書【岐阜県】平成２６年８月」に基づく事後調査報告書（平成２９年度）」を岐阜県知事・多治見市長・中津川市長・瑞浪市長・恵那市長・土岐市長・可児市長・御嵩町長に提出しており、提出先の各地方自治体で縦覧可能である。
2018年10月22日に談合事件において大成建設・鹿島建設の公判が始まっていない背景から、行政罰の課徴金納付命令における審査の本格化を報道されている。
JR東海は2017年（平成29年）6月までに、路線の工事の状況や沿線の事後調査・モニタリングを更新しており、その中では2015年（平成27年）・2016年（平成28年）度の環境調査の結果や岐阜県のウラン鉱床の調査についても公表している。大井川水系の問題に関しても、工事の影響による河川における静岡県静岡市葵区の流量調査を年2回から月1回に変更している。
2017年11月1日には山梨県南巨摩郡早川町での第四南巨摩トンネル新設工事における環境保全を一部更新している（初版：2016年12月）。
2018年1月18日には、工事業者の独占禁止法違反について、工事契約手続きにおいて2017年12月25日分に加えて追加の対応を発表している。
2018年2月1日には「第一中京圏トンネル新設（西尾工区）工事」・「中央アルプストンネル（松川）外工事」における環境保全措置を公表すると発表している。
2018年2月21日には長野県下伊那郡大鹿村内発生土置き場（旧荒川荘）における環境調査・保全の概要が公表されている。
2018年3月20日には「大深度地下の公共的使用に関する特別措置法」に基づく、大深度地下使用の認可申請を行ったことと説明会を実施することを発表している。2018年5月に神奈川県川崎市に行われた説明会資料も公開されている。
2018年9月14日には、静岡県・静岡市を始めとした関係自治体に対して作業員宿舎の工事の環境保全措置資料を送付し、静岡県・静岡市には工事着手前の事後調査報告書を提出している。
2018年12月には、第一中京圏トンネル新設（大森工区）の工事に当たり、「中央新幹線（東京都・名古屋市間）環境影響評価書【岐阜県】平成２６年８月」に基づいた工事中の環境保全・事後調査・モニタリングにおける工事計画を公表している。
2014年4月23日に、JR東海はリニア中央新幹線の環境影響評価書を国土交通大臣に送付したが、環境省はこれを審査し、同年6月5日に石原伸晃環境大臣（当時）が意見を太田昭宏国土交通大臣（当時）に提出した。この中では、リニア新幹線計画全体について、「その事業規模の大きさから、本事業の工事及び供用時に生じる環境影響を、最大限、回避、低減するとしても、なお、相当な環境負荷が生じることは否めない」と指摘している。地下水の問題については、「本事業のほとんどの区間はトンネルで通過することとなっているが、多くの水系を横切ることとなることから、地下水がトンネル湧水として発生し、地下水位の低下、河川流量の減少及び枯渇を招き、ひいては河川の生態系に不可逆的な影響を与える可能性が高い」とした上で、「水量の変化等、本事業が水資源に影響を及ぼす可能性が確認された場合、応急対策を講じた上で恒久対策を講じること。また、湧水については、水質、水量等を管理し、適正に処理すること」が勧告された。また、電力消費の問題については、「本事業の供用時には現時点で約27万kW と試算される大量のエネルギーを必要としているが、現在我が国が、あらゆる政策手段を講じて地球温暖化対策に取り組んでいる状況下、これほどのエネルギー需要が増加することは看過できない」とした上で、再生可能エネルギーや省エネ設備の導入計画（できる限り定量的な削減目標）を策定し、計画的に温室効果ガス排出を削減することが勧告された。他にも、「南アルプス国立公園及び拡張予定地の影響をできる限り回避すること」や、発生土の抑制・管理計画、大気質、騒音、振動、土壌のモニタリングと措置などの点についても指摘されている。