大阪・愛知・岐阜連続リンチ殺人事件
大阪・愛知・岐阜連続リンチ殺人事件（おおさか・あいち・ぎふ れんぞくリンチさつじんじけん）とは、1994年（平成6年）9月28日から、10月8日までの計11日間、大阪府・愛知県・岐阜県の3府県で発生し、同10月8日以降に相次いで発覚した、不良少年グループによる連続殺人事件である。
暴力団に所属した、当時未成年の不良少年らによる、凄絶なリンチの末の凶行として、社会を震撼させ、戦後史に残る少年犯罪となったこの事件では、計10人が逮捕された。このうち主犯格3人は、全員が犯行当時少年でありながら、それぞれ控訴審までに死刑判決を言い渡され、最高裁判所で、死刑が確定した（少年死刑囚）。
警察庁から中部管区警察局第3号事件に指定されたこの事件は、3府県にまたがって発生したことから3府県連続リンチ殺人事件（3ふけん れんぞくリンチさつじんじけん）、名古屋市近郊（東海3県、中京圏）を流れる木曽三川のうち、木曽川・長良川両河川の河川敷が事件現場となったことから、地元紙『中日新聞』を中心に木曽川・長良川連続リンチ殺人事件（きそがわ・ながらがわ れんぞくリンチさつじんじけん）や木曽川・長良川事件とも呼ばれ、また単に連続リンチ殺人事件（れんぞくリンチさつじんじけん）とも呼ばれる。
一連の事件では、暴力団組員1人を含む成人3人と、未成年者7人の男女計10人が犯行に関与したと認定され、8人の有罪判決が確定、2人が少年院送致された。
このうち、確定判決となった控訴審・上告審判決で主犯格と認定され、求刑通り死刑判決を受け確定した少年死刑囚は一連の3事件すべてに関与した、以下の犯行当時18歳及び19歳の少年3人（KM・KA・HM）である。
主犯格3人は犯行当時、いずれも自ら暴力団に加わるなど反社会的な生活を送っていた。
主犯格3人を含め、犯行グループには親兄弟から見放された劣悪な家庭環境で育った者が多く、社会の底辺を這うような少年期の中で、冷酷で非情な人間性が形成されていった。
なお、死刑囚らの本記事中での表記は、最高裁での死刑判決確定を受けて実名報道に切り替えた、各新聞記事に記載された実名が知られているが、本記事中では最高裁判決時点の実名に基づくイニシャルで表記する。実名報道切り替え以前は、KMから順にそれぞれ「A」「B」「C」と表記されることが多かった。
1975年（昭和50年）3月19日、愛知県一宮市生まれ、本籍愛知県稲沢市。
3人の中で唯一、第一審・控訴審・上告審と、一貫して主犯格と認定され、死刑判決を受け確定した。
起訴後の1995年頃から、被告人として名古屋拘置所に収監され、2011年3月30日付の死刑判決確定から、同年9月27日までは、死刑囚として、同拘置所に収監されていた。その後、同年9月27日付で東京拘置所に移送され、2017年9月22日現在、死刑囚として同拘置所に収監されている。
犯行グループを含めた十数人の遊び仲間のリーダー的存在で、素行の悪さが目立ち、愛知県警の尾張にある各警察署が動きをマークしていた。
地元では暴力団関係者と深い付き合いがあり、長良川事件の犯行当時に立ち寄ったコンビニエンスストアの防犯カメラに記録された画像からすぐに身元が割れたほど、地元では有名な「ワル」だったという。
出生直後、高齢出産だった実母と死別し、養育に困った実父が姻戚関係にあった夫妻に養子として預けた。しかし、その先は養母の弟4人中3人が暴力団組員という環境で、それに加え、KMが預けられて間もなく養父が事業に失敗して破産に追い込まれ、KMは極度に孤独な幼少期を過ごした。養母から手の甲にたばこの火を押し付けられるなど、虐待まがいの行為を受けて育ったKMは、幼少期から盗みを繰り返したり、万引きやカツアゲを日常茶飯事に行っていた。
小学校3年の時、担任教師の万年筆がなくなる事件が起き、これは実際にはKMではなく別の児童によるもので、KMもその児童を知っていたが、担任をはじめ学校は、盗み癖のあったKMを犯人と疑い、教師ばかりか親までもKMに厳しく詰め寄り、警察沙汰になったことがあった。その後、ますます盗み癖が激しくなり、小学校高学年で喫煙などを、中学1年の時にシンナーを覚え、家出をし、中学2年生で児童相談所に一時保護され、赤ん坊の顔面に向けてパチンコ玉を放ったこともあるなど、手の付けられないほどの不良少年に育っていった。
児童相談所・教護院の記録によれば、当時は決して攻撃的な性格ではなく、むしろ気の弱い子供だったといい、児相によれば「心理判定…自分の要求を通すことだけが常に先走り、協調的に行動できない。ただ、基本的には人一倍気が弱く、いざという場面、特に成人男性を目の前にすると、気の毒なほど委縮する」「観察記録…中学2年生でありながら、まだ小学校中学年程度に感じられる。職員男女への反応差が顕著で、父母の養育のアンバランスさを感じさせる」と記録されている。
1989年（平成元年）2月、13歳で県立の教護院「愛知学園」に入所し、中学卒業までをここで過ごしたが、当時のKMを知る関係者は「どちらかというといじめられるタイプだったと思う。かなり抑圧された幼年期を過ごしたのか、男の先生と普通に話しているときでも、身を縮めて体罰から身を守るような仕草をしていた。一方で母性愛に飢えていたのか、慕った女性職員にくっついて離れない。親の愛を知らない非常に孤独な子供、という感じだった」と振り返っている。後に入所した愛知少年院などの記録には「基本的信頼感の揺らぎ、過度の被害観、不信感、猜疑心」などと記されており、逮捕後のKMを知る名古屋拘置所の関係者も「大人への敵意がむき出しで、全く信用しようとしない。まるで狼に育てられた少年のようだった」と振り返った。
教護院「愛知学園」での生活は比較的居心地が良かったのか、一連の事件直前にあたる1994年6月には園を訪れ、ジュースや菓子などを教師・後輩たちに差し入れていた。この頃は少し落ち着きを取り戻したように見えたが、1990年（平成2年）3月に稲沢市立稲沢西中学校を卒業し、同時に県立の教護院「愛知学園」を卒園すると再び非行がエスカレートしていった。
その後就職した稲沢市内の会社はわずか1か月で退職し、その後は定職に就こうとせずシンナー遊びにふけっていた。その後、1991年（平成3年）8月には窃盗、道路交通法違反容疑により補導され、名古屋家庭裁判所一宮支部で中等少年院送致の決定がなされ、瀬戸少年院に入所した。少年院を退院後はますます荒れ、窃盗、毒物及び劇物取締法違反、住居侵入、銃刀法違反、暴行、強姦など10の罪状で補導され、1993年（平成5年）4月には特別少年院送致が決定され、愛知少年院に入所した。
1994年2月に愛知少年院を仮退院したが、直後に強姦罪で愛知県警津島警察署に補導されるなど、凶暴性・反社会性の強さをうかがわせる前科・前歴の数々があった。教護院に入ってから事件を起こすまでのほとんどの期間を、児童矯正施設で過ごしたKMだったが、そのどれもが矯正に導くことができなかった。この合間のわずかな期間に、難病である筋萎縮症を患う年下の女性と深く交際し、一緒に放浪生活を送ったこともあった。
青木理が2008年に取材した名古屋拘置所関係者によれば、事件を起こして間もない頃は社会への敵意を剥き出しにし、面会に来る弁護士にまで警戒感を露わにし、反抗的に「生まれてこなければよかった。生きてたって何もいいことはない」とつぶやいていたが、拘置所内で宗教教誨を受け、弁護士・篤志家・教誨師らとの交流を続けるうちに、事件直後から3人を見続けている拘置所関係者曰く「徐々に成長し、内省を深めてきている」という。1998年11月から面会を続けている、篤志家であるクリスチャンの女性を、2006年頃から「おかん」と呼び慕うようになり、KA・HM同様、被害者の命日などになると自ら祈りを捧げているという。
1975年7月21日、大阪府松原市生まれ、本籍和歌山県東牟婁郡（元・西牟婁郡）串本町。
2017年9月22日現在、死刑囚として名古屋拘置所に収監されている。
最高裁判決時点では旧姓Ko、死刑確定後Oに改姓、現姓Ku。
第一審ではKMの従犯認定されていたが、控訴審・上告審でKMと同じく主犯格と認定された。
3人の中では、所属暴力団において最も上位で、KMとの初対面時は山口組所属と自称した。
3人姉弟の末っ子として生まれ、KM・HMに比べると、まだ恵まれた家庭で育ったが、姉2人が女の子だったこともあり、待望の男の子として、両親は過度な愛情を注いだ。小学生の頃から、両親からは甘やかされて育っており、悪さをしてもろくに叱られなかったという。小学校時代から落ちこぼれ、万引きなどで補導された。
松原市立松原第六中学校入学後から、反抗的な態度が目立つようになった。中学入学から約2年間、野球部に所属し、熱心に活動したが、2年生の時に退部した。この頃から、シンナー吸引や、原動機付自転車の窃盗など、非行を繰り返すようになった。
高校受験に失敗し、1991年（平成3年）4月から、府立の工業定時制高校に進学した。この頃から、昼間はプラスチック工場・精肉店で働き、夜は定時制高校に通うという生活を始めたが、いずれの仕事も長続きせず、同年夏頃、高校も中退した。
その後、料理店・自転車店・自動車整備工場・瓦店・引越センターなどで働いたが、いずれの仕事も長続きしなかった。ホストクラブ勤めなどを経て、1992年（平成4年）春頃、交際していた女性を通じて、広域暴力団の元組員であるTと知り合った。やがて、政治結社幹部としても活動していたTと親しくなったことで、Tに心酔し、両親の承諾を得て、Tの下でたこ焼きの露店販売などをするようになった。そしてこの頃、Tと仮の杯を交わし、暴力団に準構成員として入った。KAのやんちゃぶりに手を焼いた両親も、そのTに対し「息子をよろしくお願いします」と世話を預けてしまうような、相当荒んだ心性の有様だった。
父親は、上告中の2008年10月、持病の白血病で他界したが、KAはその訃報を、拘置所に母親から送られた喪中葉書で知った。青木との面会で、KAは「事件のショックが影響したのだろうか。本当に自分は罪深いと思わされた」と語った。
暴力団に入った後、恐喝や強盗などを働くようになり、1993年（平成5年）11月、暴力行為等処罰に関する法律違反の非行で、保護観察処分を受けた。その際、KAの依頼を受けて加勢したTが、懲役1年の判決を受け、刑務所に服役したため、そのことを気にかけるようになった。
1994年4月頃、Tが刑務所を出所し、山口組系暴力団山健組内にある山本組の舎弟となったため、KAは、その配下として活動するようになった。
青木理の名古屋拘置所関係者らへの取材によれば、拘置所内の時給二十数円の請願作業を続け、わずかな収入を被害者遺族に送ろうとしており、被害者遺族への謝罪の手紙を書き続けている。
青木に対して送った手紙には「誤解を恐れずに書きますと、私自身も、こんな大きな事件を起こしてしまったのが信じられない位です。人との出会いが人生を左右するのではないかと思えてなりません。被害者やご遺族を思えば、何を言っても言い訳になるかもしれませんが、悔やんでも悔やみきれないです」と綴った。
1975年10月23日、大阪市西成区生まれ、本籍大阪府和泉市。旧姓K。
2017年9月22日現在、死刑囚として名古屋拘置所に収監されている。
3人の中では下っ端で、KA同様、第一審ではKMの従犯認定されていたが、控訴審・上告審で主犯格と認定された。
7人兄弟という、子だくさんの家に第4子として生まれたが、父親は酒浸りの、背中に刺青があり、指詰めもした元暴力団員で、母親もたばこを咥えつつ、ゲームセンターに入り浸るような、放任家庭の中で育った。
9人家族で暮らしていた家は長屋で、貧困のどん底のような生育環境だった。父親は、当初は子供たちを可愛がってはいたが、HMの出生時には、サラ金（消費者金融）に追われたため、母親と別居し、HMら兄弟は、母親の手で育てられた。
小学校時代は、汚らわしい服装をしていたことなどを理由に、激しいいじめを受け、母親も次第に家事をほとんどしなくなり、家の中は、足の踏み場もないほどに荒れ果て、兄弟が1つのカップラーメンを分け合って食べるような状態だった。
小学校4年生になった1985年（昭和60年）頃から、大阪市内の少年野球チームに捕手として所属しており、人の良いコーチを慕い、試合や練習にのめり込んだ。1988年3月に小学校を卒業した時、当時小学校2年生だった後輩の少年を、チームに誘い入れたが、その少年は後にプロ野球パ・リーグで強打者として活躍した、2017年時点で30歳代の元プロ野球選手だった。しかしその一方で、いじめや家庭の問題を忘れられるという理由で、小学校6年生頃から、毎日のようにシンナーを吸引するようになった。
中学校2年生だった1989年（平成元年）頃、母親が蒸発した。同年8月、窃盗で補導され、同年9月以降、教護院に入院した。
中学校も、入学してから間もなく不登校になり、西成区内の建設現場で働きつつ暮らしたこともあった。1990年（平成2年）8月、窃盗の非行で初等少年院に送致された。この頃、兄弟は父親の下に引き取られたが、その父も、HMが少年院に入所していた、1991年（平成3年）9月、がんで他界した。父親の死去した1991年9月、少年院を仮退院し、パチンコ店店員・鉄筋工として働いた。
その後も、窃盗、シンナー吸入などで何度も補導され、初等・中等少年院などを出入りしていた。17歳だった1994年5月、女性と同棲し、1児を設けて入籍するが、HMと同じホストクラブに勤めるようになり、派手な女性交友が原因で、同年8月に離婚していた。
HMが中学校に入学した直後の1988年5月、HMの7つ年上の姉の義母（当時45歳、姉の夫の母親、スナック店主）が、大阪事件の現場から北へ約5km離れた勤め先のスナックがあったビルで、当時39歳の元自衛官の男に殺害された事件があった。HMの姉の義母を殺害し、約12000円を奪った強盗殺人罪に問われた男は、大阪地方裁判所で1989年3月、無期懲役判決を受けて服役した。
HMの姉は2009年2月、『毎日新聞』取材に対し、「事件直後、男を殺したいと思ったし、今も許せないが、夫は『男を死刑にしても戻ってくるわけじゃない』と言った。それがきっかけで、『犯人であってももう人が死ぬのは嫌だ』と思うようになった。被害者の方のことを考えたら、弟（HM）は許せないし、優しくされてはいけないが、できれば人生をやり直すチャンスを与えてやってほしい」と語った。
第一審の段階から、キリスト教に帰依し、洗礼も受けるようになり、青木理との面会の際には「もし許されるなら伝道師になりたい」と語った。拘置所関係者曰く、独房では懸命に聖書を読み、教誨師による教誨にも最も熱心に取り組んでいるという。前述のように、この一連の事件は事件から23年後の地元紙『中日新聞』2017年3月30日朝刊に掲載された特集記事にて「戦後史に残る少年犯罪として社会を震撼させた」と表現された。事件の少し前には後にオウム真理教による犯行と判明した松本サリン事件が発生しており、また事件発覚当時は品川医師射殺事件・つくば母子殺人事件などが発生して社会を震撼させた時期と重なり、さらに一連の事件のうち最初に長良川事件が発覚した日の『中日新聞』1994年10月8日夕刊社会面や翌10月9日朝刊社会面でも、ナゴヤ球場で同日開催された10.8決戦が大きく取り上げられる一方で、このニュースの扱いは小さかった。
その後、少年による残虐な犯行が明らかになると『中日新聞』など中京圏の新聞各紙では大きく扱われるようになり、中京圏では1988年に発生した名古屋アベック殺人事件に続く、不良少年グループによる凶悪犯罪として大きく取り上げられたが、年を越して1995年を迎えてからは新聞報道は少なくなっていった。
その一方で、主犯格の最後の1人が大阪市内で逮捕されたのは阪神・淡路大震災（兵庫県南部地震）が発生した翌日の1995年1月18日、それからほどなくして地下鉄サリン事件などオウム真理教による一連の重大事件と、同時期に大事件が続出した。
それ故、この事件は大震災やオウム事件などの陰に隠れたためすっかり見過ごされた形となり、当時はマスメディアで取り上げられることは少なかった。『週刊文春』（文藝春秋）1995年7月6日号では「オウム真理教の出現が世紀末現象であるとするならば、この少年らによる犯罪は、21世紀型ともいえそうなのである」と綴られた。
3府県にまたがって発生したこの一連の連続殺人事件は、最初の事件から順にそれぞれ、9月28日に発生し男性1人が殺害された殺人・死体遺棄事件の「大阪事件」、10月6日深夜に発生し、犯行グループの仲間だった男性1人が死亡した「木曽川事件」、翌10月7日深夜に発生し男性2人が殺害され、1人が負傷させられた強盗殺人・強盗致傷事件の「長良川事件」と、3つの事件に分かれる。
このうち、木曽川事件は第一審では傷害致死事件と認定され、主犯格3人のうち2人への死刑が回避されたが、控訴審・上告審では殺人事件として認定され、主犯格3人全員に死刑判決が言い渡され、確定することとなった。
第一審判決では「いずれの犯行も、経緯などを見ると、自らの欲望、感情の赴くまま行動して傷害や強盗などを犯した少年たちが、被害者らを解放すれば警察に捕まるなどと考え、自らの行動によって生じた結果の処置に困惑し、その際、虚勢を張る心理も混じって声高に激化した言動をする者に影響され、相手に弱みを見せられないという少年期特有の心理状態も手伝い、これに同調し、お互いが適切に事態を収束させることができないまま、最悪の結果を招いた」と認定された。
また、成田青央は著書『壊れた少年』にて、犯行の残虐性・犯行の連続性・集団事件特有の心理状況・犯行グループ内の関係の希薄さ・安易さや無責任さといった観点から、この事件の6年前（1988年）に発生した少年集団らによる凶悪犯罪である女子高生コンクリート詰め殺人事件・名古屋アベック殺人事件との共通性を指摘している。
コンビニエンスストアなどで知り合った不良少年グループがギャング化したこの事件について、赤塚行雄（当時・中部大学女子短期大学副学長）は「公園の噴水周辺にたむろした『噴水族』が狂気に走った名古屋アベック殺人事件を彷彿とさせる事件だ」と述べた。
KMは1994年8月10日午後9時過ぎ、愛知県津島市杁前町のパチンコ店駐車場で、岐阜県海津郡の当時18歳の少年（一連の事件とは無関係、保護観察処分）と共謀し、当時22歳の会社員から現金3万円を奪い、会社員の顔を殴って顔に2週間の怪我を負わせた事件を起こし、強盗致傷容疑で、愛知県警察から指名手配された。
奪った金をもとに、KMは大阪府に逃亡したが、漠然と「暴力団に入りたい」とは思っていたものの、当てがあったわけではなかった。大阪市内のパチンコ店で遊び、店内をうろついていたKMは、そこでKAと出会った。初対面で、茶髪を派手に逆立て、目つきの悪いKMを、KAは「ヤバそうなやつだ」と一瞬思ったが、その後、KMに対し「山口組に所属している」と打ち明けた。これを聞いたKMは、KAに対し「俺もヤクザになりたい」と要望した。
KAは、KMの要望を聞き入れ、案内した千日前のスナックバーで、当時45歳の元暴力団組員の男Tを、「Tさんは殺人罪で13年間も懲役に入っていた。2年前（1992年）に刑務所を出所し、今はこのスナックのママが奥さんだ」と紹介した。Tは、刑務所を出所してからまだ日が浅く、手下も少ない状態であったため、KMに「自分も舎弟にしてください」と頭を下げられると、すぐに了承した。Tの配下には、他に当時18歳の少年Uがおり、またKMの他に、9月になってから、HMもTの配下に加わった。Tにしてみれば、正式には4人が成人するまでの「仮杯」ではあったが、T自身、いずれは自身の組を立ち上げるため、配下として若衆を求めていた。
KM・KA・HMの3人と、Uは同学年であったが、杯を交わした順番で、以前からTの舎弟だったKAが、成り行きでリーダー格となり、それに続いてU、唯一関西生まれではなく、名古屋出身の外様であるKM、そして下っ端としてHM、という序列ができた。しかし、4人は出会ってから、まだ1か月ほどしか経っておらず、共通点といえば、「社会に背を向け、アウトローの世界に憧れている」という境遇くらいで、互いへの虚勢と見栄、幼稚さと猜疑心を併せ持つ、薄く危うい関係だった。
KAは、自分たちのたまり場だった、大阪市中央区島之内2丁目の、1階にブティックなどの店舗があったマンションの、4階408号室にあった、2LDKの「事務所」へと、KMを案内し、この部屋が、暴力団配下4人組の「アジト」と化した。『週刊文春』では、この408号室の借主は、Tの知人だと報道されたが、判決ではT自身と認定された。
新米ヤクザとなった、KM・KA・HM・Uの4人組は、道頓堀付近にある、その「事務所」をアジトとし、シンナー遊びやパチンコ、ナンパに興じる一方、大阪市内で「シノギ」として、カツアゲ（恐喝）を繰り返していた。
警察関係者によれば、標的にするのは真面目そうな社会人などは「すぐに警察に通報される」として避け、自分たちに似た相手である暴走族風や、ヤンキー、不良学生などに絞っていたという。「カツアゲ」の手口は、橋のたもとや路上で、標的に声をかけ、最初は和気あいあいと話を合わせているが、ちょっとしたことで「なんやと？」「もういっぺん言うてみい」などと、態度を豹変させて詰め寄り、小突く、殴る蹴るなどの暴行を加えて、金品を巻き上げるというものであった。
最初の事件となった大阪事件は、1994年9月28日午前1時頃に発生した。これはKM・KA・HMとUの計4人が、ヤクザの世界でいう「義兄弟関係」を結んでからわずか2週間後だった。
KM・HMの2人は、自分たちの「シマ」であった、大阪市中央区道頓堀1丁目の繁華街で、大阪府柏原市在住、元寿司店店員、当時無職の男性A（当時26歳）と、Aの友人男性（同26歳）の2人に、因縁をつけた。
この際、Aら2人が「広域暴力団の名を口にした」として、KM・HMは逆上し、2人を何度も殴りつけ、「タコにしてやろう」と思い付いた。KM・HMは、2人を小突きながら、事務所前まで来たが、そこで友人男性が逃げたため、Aだけを、たまり場のマンションの一室に連れ込んで監禁し、KAを加えた主犯格3人と、Uの計4人で、裸にしたAの両手首、両足首を縛り、Aの顔面にガムテープを巻き付けるなどして、身動きできない状態にした。
その上で、KMら4人は、身動きできないAに対し、19時間にわたって、殴る蹴るなど、暴行を繰り返した。
身長160cm前後で、童顔、染髪はしておらず、前を少し立たせたような長髪、という風貌だったKMは、Aに対し、「住所氏名を明かせ」と強要したが、Aにしてみれば、明らかに自分よりも年下の少年らから、生意気な口を利かれていたためか、Aは素直に従う気にはなれず、反抗的な態度を取った。
これに対し、逆上したKMは、Aを拳で殴りつけたが、これを見ていたKAが「（お前の生まれた）名古屋ではそういうやり方か、甘いのう。ほな、大阪のどつき方を教えたるわ」と、地元意識から競争心を燃え上がらせたかのように、Aを殴りつけ、名古屋と大阪が張り合う格好で、暴行がエスカレートした。
これを見たUも、Aに対し、背中を殴る蹴るなどの暴行を加え、HMも加え、計4人で、Aを袋叩きにした。そのすさまじさを、マンションの住民は「真夜中にドスン、バタンと物音が響いてきた。『ぐえーっ』とカエルでも踏んだかのような声が聞こえ、薄気味悪かったが、まさか人がリンチされているとは思わなかった。事件から1か月後ぐらいに刑事が来て、事情を知りぞっとした」と語った。
KMら4人は、凄惨な暴行の末にぐったりしたAを、衣服をはぎ取ってトランクス1枚にし、所持していた携帯電話・指輪を強奪し、Aを押し入れに閉じ込めた。HMは、この事件以前から、三重県に本拠を置く「人夫出し」業者に知人がいたため、Aをその業者に引き渡し、「タコ部屋」送りにすれば、カネになるだろうと考えた。そのため、KMらはAを、土木作業場（飯場）に売り飛ばそうと、業者に相談したが、その取引相手は、HMの連絡に対しても「上の者がいないから待ってくれ」「今は車が出せない」という返事しかしなかった。
仕方なく4人は、しばらく業者から連絡を待とうと、賭けトランプなどに興じて時間潰しをし、いつものようにシンナーも吸引したが、やがてHMが、博打に負けた腹いせで、Aに暴行を加えた。その暴行も、当初は散発的だったが、いつまでたっても業者から思わしい返事は来なかったことから、Aの扱いを巡り、4人は徐々に苛立ちを募らせ、シンナーによる酩酊・互いへの虚勢や猜疑心も加わり、29日夜になると、暴行は殴る・蹴る・タバコの火を押し付ける・傷口をペンでつつく・背中にライターのオイルを垂らして火をつけるなど、徐々に過激さを増した。
KMらは、Aの処置に困った挙句、「生かしておくと警察に通報される」として、犯跡を隠蔽するため、Aを殺害することを決意した。当初、カツアゲをするつもりが、いつの間にか殺人にエスカレートするという、あまりにも異様な状況だったが、4人の中に「待った」をかける者は誰もいなかった。
KMらは、同日午後8時頃、虫の息のAを、監禁していた押し入れから引きずり出すと、KM・KA・Uの3人が、Aから脱がせたズボンから、ベルトを抜き取り、命乞いをし、体を痙攣させて苦悶するAの首に、着けていたベルトを巻き付けた。
最初はHMが、ベルトの両端を両手で持ち、引っ張り上げて絞め付けた。
そして4人は、抵抗できずに苦しむAに構わず、4人で執拗に、ベルトの両端を力いっぱい引き合うなどして、Aを絞殺した。Aが、血の混じった鼻水を出したり、失禁した後も、KMら4人は、Aを確実に死亡させようと、さらに首を絞めた上、たばこの火をAの遺体に押し付け、反応がないことを見て、その死亡を確認するという、非情・残忍な犯行であった。
事態の処理に困り果てた挙句、人命を奪った4人だったが、その直後、同じビルにある中華料理店で、平然と食事をした。その後、翌9月29日未明になって、Tが事務所に顔を出したため、KAが事情を説明した。
KMらは、前述の取引に関与した、マンションの部屋の借主である、Tに対し、Aの遺体の処分を相談した上で、遺体の口から、血や体液が流れ出すのを封じるため、遺体の口にガムテープを貼り、遺体を布団で包んで二重巻きにし、ロープで縛り、4人がかりで外へと運び出して、Tの乗用車のトランクに押し込んだ。
徳島県出身のTは、四国山中の人目に付かない場所、それも足が付かないよう、大阪からなるべく離れた場所に、遺体を遺棄しようと考えた。KA・Uが事務所に残った上で、KM・HMの2人が、Tとともに遺体を積んだ車に乗り、神戸市の六甲アイランドフェリーターミナルから、徳島港行きのカーフェリーに乗船し、四国に渡った。
『読売新聞』報道によれば、KMらは当初、遺体を室戸岬の夫婦岩近くから、土佐湾に遺棄しようと考えていたが、この日は台風26号が接近していたため、室戸岬付近には未明から、地元テレビ局の取材陣が大勢、海の荒れ具合を実況するために集まっていた。このことから、KMらは海に遺体を流すことを断念し、山中に遺体を遺棄することにした。
Tが運転していた車は、土佐湾沿いの国道55号を、約30km西進し、翌30日午前4時頃、国道55号を南下して辿り着いた、高知県安芸郡奈半利町須川甲1845番地の、国道55号から山中に入った、急なつづら折りの林道に入った。林道では、一度頂上まで上り詰めた後、Uターンするなど、捜査幹部曰く「初めての殺人の直後に、台風に向かってのドライブ故の不安・迷いや動揺」もみられたが、KM・HMの2人は、Aの遺体を、林道のガードレール越しに、林道の約50m下の斜面めがけて放り投げ、ゴミ同然に遺棄した。
遺体を遺棄してからは、吹っ切れたのか、KMらは高知自動車道・高松自動車道、瀬戸大橋（瀬戸中央自動車道）を経由する、1994年当時の最短経路で、大阪に戻った。
11月22日に山中で発見されたAの遺体は、わずか9.1kgしかなく、腐敗が進行し、多数の蛆が発生し、全身がほぼ白骨化するという、あまりにも無惨な状態だった。司法解剖の結果、Aの遺体は内臓破裂、左鎖骨・左第3肋骨・第4肋骨の骨折が確認された。
KMは取り調べの中で、行きずりの何の恨みもない人を惨殺した挙句、遺体をゴミのように捨てた、当時の状況について「明け方の海（土佐湾）がきれいで印象深かった」と答えており、『週刊文春』1995年7月6日号では「凶行への呵責はそこにはない。むしろ一仕事終えた爽快感さえ漂っている」と綴られた。
大阪事件から2日後の10月1日、KMら4人は、またも道頓堀で高校生3人組を恐喝し、現金・ネックレスなどを強奪、うち1人を事務所に拉致、監禁した。殺害には至らなかったが、逃げた被害者らが親に被害を打ち明け、警察に通報した。
翌2日、パトロール中の大阪府警察南警察署署員により、Uが逮捕され、アジトの一室を大阪府警が、恐喝容疑で家宅捜索した。これを受け、たまたま外出中で警察の手を逃れたKMら3人は、直ちに逃走にかかった。
Uを欠き3人となったメンバーは、数日の曲折の末、KMの地元である愛知県に辿り着き、これが木曽川・長良川両河川の河川敷を舞台とした、さらなる連続リンチ殺人事件に発展していった。
10月4日、3人は兄貴分のKAの提案で、近鉄南大阪線でKAの育った松原市に向かい、同市内のパチンコ店に遊びとカツアゲを目的に入店した。暴走族風の男に狙いを定めて当たり障りのない会話を振った相手は、福岡県生まれの当時20歳の男Vだった。Vは自家用車の白いホンダ・シビックを持っていた一方、定職を持たずにぶらぶらしており、3人の仲間に入れてほしいと頭を下げた。
KAはVに「運転手をやれ。俺たちに従うなら飯はただで食わせてやる。女も紹介してやろう。給料も払ってやる」と条件を提示し、Vはこれを快諾し仲間に加わった。Vとともにシビックに乗った3人は、一時は奈良方面に行こうという話も挙げつつ、八尾市、高槻市と府内をドライブした。
HMはその途中、少年時代に所属していた大阪市内の少年野球チームが活動していたグラウンドを訪れ、兄同然に慕っていた、恩師であるコーチに会った。フェンスの向こうから数年ぶりに現れたHMはコーチから「子供らにジュースでも」と千円札を数枚手渡され、「僕、こんな道しか行かれへんねん」というつぶやきを残し、事件について語ることはなく5分ほどでKMらの待つ車に消えたという。このチームには、1988年、中学入学直後のHMから、小学2年生の時に誘われてチームに入り、HMの使っていたユニフォームを、お下がりとして使っていた後輩の少年　がいたが、その少年は後に同じコーチの手ほどきを受け、中学入学後に硬式野球に転向、野球の強豪校を経てプロ野球パ・リーグで強打者として活躍した元プロ野球選手だという。
その後、深夜になって「女を紹介するという約束はどうなったんだ」と半信半疑でVがKAに尋ねてきた。Vを信用させるため、KMはかつてシンナー仲間だった一宮市在住の当時18歳少女W子に、電話を掛けて「シンナーパーティーをやろう」と持ち掛け、W子も快諾した。Vは夜通しで愛知まで車を走らせ、10月5日午前7時半頃、一宮市内にあるW子宅に到着した。W子はシンナー仲間であり、KMとも面識があった同市在住の当時19歳の少年Xを誘い、この時点でグループは計6人となった。6人は後述の長良川事件の現場となった稲沢市内のボウリング場「稲沢グランドボウル」、愛知県葉栗郡木曽川町（現・一宮市）内のパチンコ店を回って時間を潰した。
翌10月6日午前1時頃、W子が仲間の少女Y子（一宮市内在住の当時16歳）を呼び出し、名古屋市内にシンナーの買い出しに向かった。シビックにはY子を加えて7人が乗り込み、名古屋市中区栄でシンナーを入手して一宮市にUターンした。一宮市内の名神高速道路一宮インターチェンジ（IC）付近にあるラブホテルに入ると、7人は午前3時40分頃からシンナーを吸い、カラオケを歌い、酒を飲むなどの乱痴気騒ぎをし、午後1時10分頃にチェックアウトした後もその日の午後をパチンコなどで過ごした。午後6時頃になってシンナーを吸いたくなったKMがXに「落ち着いて（シンナーを）吸える場所はないか」と尋ね、Xはシンナー仲間の古株である愛知県稲沢市在住の当時21歳の男Z宅を提案した。Zの両親は飲食店を経営しており、深夜まで帰宅してこないため、3人は「ここならゆっくりとシンナーを楽しめそうだ」と、KMの仲間である数人の男女とともにZ宅に向かった。Vの運転で寿司詰め状態の車は午後6時半頃にZ宅に到着し、たまり場となっていた平屋建ての離れにある4畳半の和室で、V以外の6人と、家の住人であるZ、Zの妹とその女友達の計9人でシンナーを吸い始め、シンナーパーティーが始まった。しばらくして突然KMが「Zが睨んだ」と言いがかりをつけ、場所を提供している家人のZに襲い掛かった。KMがZの顔面を3発続けて殴りつけ、よろけたZをKAが掴んで右目に集中打を浴びせ、KMが腹部めがけて蹴りつけようとしたところでZの妹が割って入り、Zへの暴行は中断した。家人のZにしてみれば「場所を提供しているのに感謝されないどころか、因縁を付けられて暴行まで受ける」という踏んだり蹴ったりの有様であった。Zの両親は不在がちで、近所の話ではZ宅は5年ほど前からKMらのたまり場になっていたという。
シンナーパーティーが始まってから1時間後、シンナーが足りなくなったため、Zが近くに住む不良グループの仲間の1人であり、KMとも以前から知り合いだった、土木作業員の男性B（当時22歳）に、「シンナーを持ってきてくれ」と電話した。
稲沢市在住で、4人兄弟の三男だったBは、同年6月に父親が死去し、兄2人は独立していたため、実家アパートで母親・弟との3人暮らしだった。Bはジュースの空き瓶に小分けされたシンナーを2500円で購入して持参し、Z宅を訪れた。BはKMとともによくシンナーを吸った仲であったが、交際していた女性をKMに強姦同然に奪われた過去があった。
家に来たBは、KMに女友達を強姦された恨みから、KMを睨み付け、逆上したKMがBに掴みかかった。BはKMを牽制しようと「お前のしたことを刑事に言うぞ」と言い放ったが、シンナー吸引による意識混濁も影響を与えたのか、殺人を犯して警察に追われていると思い込んでいたKMはその言葉に逆上してBに殴り掛かった。
KAも弟分のKM同様、「刑事」という言葉に対して過剰反応し「誰の下の者に文句をつけている」とBに殴り掛かった。Zの時と違い、シンナー仲間たちは「せっかくいい気分で楽しもうとしているのにBが水を差した」と受け取ったために誰もBへの暴行を止めようとせず、大阪事件とは無関係のXまでもBへのリンチに加わった。
逆上したKMはBの血を見てますます興奮したらしく、これに加えて「（Bが邪魔で）テレビが見えにくい」「（Bが）にらむような目つきをする」という理由で、KA・HMら仲間5人を加えた計6人で、Bの頭や身体をビール瓶や鉄パイプ、ほうきなどで数百回殴る、タバコの火を押し付ける、箸やフォークで傷口をつつく、頭から醤油やウィスキー、シンナーをかける、目の前に包丁を突き付けるなど、約7時間にわたって激しく暴行した。
BがKMらの従った行動をとらなかったため、KMらは更に逆上しさらなる暴行に発展した。Bは「ごめんなさい。許してください」と懇願したが、KMらは手加減しなかった。Bに対して残虐な集団リンチが繰り広げられている中、少女らは我関せずといった態度であり、W子はZ宅の電話を使って宅配ピザを注文した。畳に伏せ、血を流し呻いているBを目の前にして、KMら10人は午後9時20分頃に配達された宅配ピザを食べ、ウィスキーを飲んだ。
ピザを食べ終わった後再びBへの暴行が始まり、KMはピザを食べるのに使ったフォークをBの頭部の傷口に突き刺し、その上からウィスキーを注ぐという暴行を加え、仲間たちもニヤニヤと笑いながら見物していた。調子に乗ったKMは台所から包丁と醤油さしを持ち出し、恐怖におののくBの目の前に包丁を突き付け、Xが醬油をBの頭にかけた。W子も座敷ほうきでBの背中をたたいて面白がっており、弱い者に対して情け容赦なく攻撃するこの陰惨な「いじめ」に対して誰もストップをかける者はいなかった。
午後10時半頃、Zが「そろそろ父親が帰宅する時間だ」と告げると、KMは無抵抗のBを立ち上がらせて歩くように促した。Bは玄関を出たところで、足を引きずりながら懸命に脱走を試みたが、20mも行かないうちにすぐにXらに追いつかれて捕まり、連れ戻された。もはや誰もBへの暴行を止めようとせず、Xの「木曽川べりの緑地公園なら人気がない」との一言でリンチの場所が決まった。
午後11時過ぎ、Vが2手に分かれてBと、KMら仲間を木曽川堤防まで運び、Z宅から7kmほど離れた同県中島郡祖父江町（現・稲沢市）の愛知県木曽川の祖父江緑地公園駐車場でリンチを再開した。翌10月7日未明（午前1時頃）、KMらは木曽川河川敷公園の駐車場で、Bの頭を殴打し、腹部を蹴るなどの暴行を加えた。
ここでHMはカーボン製のパイプを拾い、これを凶器にBを殴りつけた。KMもZ宅から持参したほうきを使ってBを殴りつけた。そのリンチの最中、突然付近を走行中の自動車のヘッドライトが点灯して走り去ったのに気付いたKMらは「警察に垂れ込まれるかもしれない」と恐れ、BをVのシビックに押し込んで、愛知県尾西市（現・一宮市）の尾西文化広場駐車場へと移動した。この時点ではBは重傷を負ってはいたものの、死に至るほどではなく、最悪の事態を避ける機会はあったが、KMらは誰一人として病院で治療を受けさせるなどの適切な措置を取ろうとしなかった。
KMらはさらに午前2時頃、尾西市祐久字外浦36番地の、先述の現場から直線距離で約3km、翌日の長良川事件の現場から約7km離れた、木曽川左岸河川敷にある、尾西文化広場テニスコート付近で、Bの頭や背中をカーボン製パイプで殴りつけ、瀕死の重傷を負わせた。KMは「死ね」と叫びつつBを乱打しており、それを見たW子が「本当に殺してしまう」と制止したが、KMらは聞き入れなかった。
Bは瀕死の重傷を負い、自力で立ち上がることさえも困難となり、地面に横たわった状態で首筋や腹に置かれたシンナー入りビニール袋をライターで点火して燃やされても、緩慢で微弱な反応しかできないほどに重篤な状態に陥っていた。KMらはBを堤防から蹴って突き落とし、更に雑木林へ両手足を持って引きずり、シンナーをかけた上でライターで火をつけ、河川敷雑木林に放置して殺害した。
KMらはBを木曽川に流すつもりで、実際にぐったりと倒れたBを前に「端から落とせ」「川に流せばいい」という声まで上がったというが、河川敷を引きずってBを移動させている途中で、KMが「もうそこらへんでいいわ。そこなら見えん」と指示し、まだかすかに息のあったBを堤防から10mほど離れた雑木林の茂みに放置した。
10月13日午後に発見されたBの遺体はわずか12.5kgしかなく、A同様腐敗が進行して大量の蛆が発生し、皮膚は蛆に食い破られ、筋肉、内臓などもほとんど食い尽くされてほぼ白骨化し、頭蓋骨が脊椎から分断されて死因すら断定できないほどの惨状だった。確定判決ではBの死因は硬膜下血腫、内臓損傷又は全身打撲による外傷性ショック死のいずれかと推定された。
木曽川事件の凄惨な犯行の直前、KMらは友人のネコを獣医師のところに連れて行き診察を受けさせていた。本事件の犯行グループ6人は主犯格3人を含めた全員が翌日の長良川事件にも関与した。部屋には他にも男1人と女2人の計3人がいたが、いずれもリンチが始まった際には姿を消していた。
Bを殺害した後8人のうち男女2人（後述するX・W子）がグループから分かれて帰宅し、KMら残る6人は前述の一宮IC付近にあるラブホテルの一室で雑魚寝をした。
翌日10月7日午後4時頃にKMらはホテルを立ち去り、「大阪に戻ろうか」という声も上がったが、いったん解散してパチンコ・カラオケなどで時間潰しをした後、再び合流して食事を摂り、午後8時頃に週末で込み合う稲沢市内のボウリング場・稲沢グランドボウルに現れた。
同日午後10時頃、KM・KA・HMと仲間5人（うち2人は前日の木曽川事件にも関与）の計8人は、遊ぶ金を得るために恐喝する「カモ」を、「誰でもよかった」（検察側主張及び判決の認定）と通り魔同然に物色していた。その中で偶然、ボウリングの球を選んでいた、尾西市在住のアルバイト男性C（事件当時19歳）、会社員男性D（事件当時20歳）、大学生男性E（事件当時20歳）の、計3人組を見つけた。3人は中学時代の同級生で、それぞれ親しい間柄にあり、偶然ボウリング場に遊びに来ていた。
KMは3人を「お前ら、どこの者や」と脅し、KA・HMらも加勢してボウリング場外の駐車場に3人を連れ出し、植え込みの陰で暴行を加えたが、ショッピングセンターの中にある駐車場は、夜間も多数の車が来訪していた。このため、KMらは犯行を目撃されることを恐れ、金品を強奪する目的で、Cら3人を約3時間にわたり、Eから強奪した軽自動車を含めた自動車2台の車内に監禁し、金品を奪って拉致した。
その「動機」は、KM・KAが、偶然すれ違ったCらを見て、自分たちが笑われたと感じ、腹を立てたことであり、またKMらは「髪の毛が赤っぽかったから」「服装が派手だったから」と因縁をつけたと供述したが、Cの母親は「Cが髪を染めたのは夏頃で、この時点ではもう2か月が経過しており、染めた部分は先っぽの2cmぐらいだった。髪が赤いというのは言いがかりだ」と反論している。
Dの軽自動車後部座席に、C・Dを監禁した上で、KA・HMが乗り込み、Vのシビックの後部座席に、Eを監禁し、KMらが乗った。Eは、KMらに襲われた際、とっさに財布から現金1万1000円とキャッシュカードを抜き取り、トレーナーの袖口の中に隠したが、車内でKMは、Eの顔を殴りつけ、金銭を要求した。
ここで出し渋っては、更に暴行されると判断したEは、KMから言われるがままに、現金3000円が入った財布を渡したが、KMはうち2000円を奪い「キャッシュカードは」と聞いた。Eが首を横に振ると、KMは「他の2人（C・D）はいくらぐらい持っているんだ」と聞いたが、Eは「知らない」と答えた。KMらは午後11時半頃、津島市内のコンビニエンスストアに立ち寄り、そこで弁当などを購入したが、この店のフェンスにあった、長さ約70cmの四角い鋼管を発見し、KMが4本、HMが2本、それぞれ盗み出し、車内に持ち込んだ。
KMらは、C・D両名から、現金8000円を奪った上、監禁した車内で、両名の顔を殴るなど、暴行を加え、ボウリング場駐車場から、江南緑地公園木曽川左岸グランド駐車場、養老公園（岐阜県こどもの国）駐車場などを経て、殺害現場となった、岐阜県安八郡輪之内町楡俣92番地の長良川右岸堤防まで、車内に監禁して連れ回した。また、Eに対しても、顔を殴る蹴るなど、暴行を加えつつ、監禁した車内で、Eから現金3000円・財布を奪うなどした。
KMらは行き先を定めないまま場所を離れたが、殺害現場にたどり着くまでのルートは、同じルートをレンタカーで走ると、走行メーターが示す移動距離が100kmに達するような、場当たりな彷徨いそのものであった。そのような迷走同然の車内でも、KMらはCらに暴行を加えたが、前夜からKM・KA・HMの3人に同行していた、少女Y子が、暴行をやめるように訴えたり、KAが、Cらに飲み物を与えるようなこともあった。KAは金を奪った直後、3人を解放しようと提案したが、KMが「こんな（怪我を負った）顔で帰したら絶対に通報される」と反対し、殺害を暗に促すと、KAもHMに対し「KMはやる気やで」と暗示した。HMは「昨日も（木曽川事件を）やって今日もか」という躊躇いもあったが、結局警察への通報を恐れ、口封じのためにも、C・D両名の殺害を決意した。
KMらは、Cらの口封じをし、犯行を隠蔽しようと、日付が変わった翌10月8日午前1時頃、輪之内町楡俣92番地の長良川右岸河川敷で、命乞いをするC・Dの計2人の全身を、農機具小屋から盗んだ、太いアルミニウム製パイプや角材などで、頭部や胸部をめった打ちにするなど、午前2時頃に至るまで、約1時間にわたって執拗に暴行し、多発損傷による組織間出血により失血死させた。
2人は頭蓋骨陥没、左肩や両腕などの全身骨折と、体中の血管が裂けたことにより、大量出血で失血死するという、あまりにも無惨な死を遂げた。暴行が終わった午前2時頃、堤防道路を通過する車のヘッドライトが見えたのを機に、KMらは2人を遺棄し、凶器の金属製パイプなどを拾い集めて立ち去ったが、KMらはその後も、「つるはしでとどめを刺しておけばよかった」と、現場にUターンし、2人が死亡したことを確認しに戻っていた。また、KM・HMは、殺害された2人に対し、特に激しい暴行を加えており、2人がぐったりした後も、たばこの火を押し付けてみたり、ダメ押しするかのように、さらに殴打していた。河川敷上の堤防上には、細い堤防道路が走っていたが、深夜になれば交通量はほとんどなく、河川敷からははるか遠くに、マンションや国道の灯火が見えるだけだった。
Eは、殺害されたC・Dの2人がリンチされている間、堤防道路上の車に監禁されており、犯行グループから「あの音が聞こえるか。あれはCたちを殴っている音だ」「あの人たちはヤクザだ」などと脅されていた。Eは、殺害された2人とは異なり、身を守ろうとするなどの抵抗をせず、殴られるまま無抵抗だったため、殺害せず、同県江南市の江南緑地公園木曽川左岸グランド駐車場、輪之内町の長良川右岸堤防（前述のCらの殺害現場）、後述の一宮市内のコンビニエンスストアなどを経て、大阪市中央区内まで、車内に監禁して連れ回した。
HMはその間、Eを「琵琶湖に沈めてやろうか、それとも瀬戸大橋から突き落としてやろうか」などと執拗に脅したが、後述のようにこの時点で、既にC・D両名の遺体が発見されていた翌8日午前8時30分頃、KAが奪った現金のうち、近鉄名古屋駅までの電車賃として、現金3000円を返した上で、近鉄難波駅（現・大阪難波駅）近くの、大阪市中央区難波3丁目5番地8号路上で、Eを解放した。Eは一連の暴行により、全治約1週間の頭部外傷、顔面・頸部挫傷の怪我を負った。
翌10月8日、一宮IC付近にある、一宮市役所丹陽町出張所の駐車場で、Eの車がエンジンをかけたまま、乗り捨てられているのが発見された。車は消火器を噴射し、指紋を消そうとしたためか、車内まで消火剤にまみれていたが、消火剤は逆に、窓ガラスに付着していたKMの指紋を、鮮明に浮かび上がらせていた。
KM・KA・HMの3人は、C・D両名を殺害し、その現場を離れた直後、Eを車内に監禁しつつ、一宮IC付近のコンビニエンスストアに立ち寄り、店の前で話し合った。KMは「地元に残ってやることがある」と残り、KA・HMはともに、Eを連れ、地元・大阪方面へと逃亡したが、店に設置されていた防犯カメラが、KMらの姿を捉えていた。
長良川事件の翌日の10月8日午前6時15分頃、現場付近の長良川堤防道路を通りかかった、トラックの運転手が、車を整備しようと路肩に停車したところ、堤防道路の駐車帯から約30m下ったところの雑草地で、頭から血を流してうつぶせに倒れ死亡している男性2人の遺体を発見し、近くの民家を通じて岐阜県警察大垣警察署に110番通報した。
現場は安八郡安八町との境界の、名神高速道路から南に約2kmの地点で、堤防の外側は水田や民家が点在している。普段は夜間、この駐車帯にトラックが何台も停まっているが、事件発覚当時は週末のせいか、ほとんど車は停まっていなかったという。また、警察に通報した近隣住民によれば、現場一帯は自動車の転落事故が多発していたが、現場に車がないことから不審に思ったものの、これが殺人事件によるものだとは思わなかったという。
同日午後、遺体の司法解剖が岐阜大学医学部で行われ、遺体の身元はともに愛知県尾西市在住のC・Dと確認された。
C・Dの遺体は、激しい暴行により、頭部がべっとりと血に染まり、衣服はズタズタに裂け、全身にわたって棒状のものなどで何度も殴られたような外傷が見つかった。遺体の両腕は、振り下ろされる凶器を必死で防ごうとしたためか、傷でボロボロになっており、指の付け根が裂けるほどの傷を負っていたという。
その後の調べで、現場には暴行の形跡はうかがえなかったが、現場一帯に多くの足跡や車のわだちが見つかり、近くの堤防法面の雑草の上や、遺体の足元から約3m離れた直径10cmほどの石の上に、それぞれ少量の血痕があり、堤防道路上に中央線をまたぐ形で、乗用車より幅の広いスリップ痕が、長さ5、6mにわたり確認された。このため、岐阜県警捜査一課、大垣署などは、C・Dは殺人、もしくはひき逃げなどにより死亡し、何者かが遺体を運んで遺棄したとみて、その後は遺体の状況などから、複数人による暴行を受け、発見現場に遺棄された可能性が高いとみて捜査した。
10月9日までに、C・Dと同様、もう1人の被害者である、男性Eも事件に巻き込まれ、顔に軽傷を負っていたことが、岐阜県警の捜査で判明した。Eの話によれば、犯行グループは見知らぬ相手で、10代後半から20代前半の若い4人以上であり、車で外出して3人で一緒に行動中、犯人グループとのトラブルに巻き込まれて空き地のような場所で襲われたという。『中日新聞』1994年10月10日朝刊では「Eだけは途中で命からがら逃げ出した」と報道されたが、後に前述のように大阪まで連れ回されてから解放されたことが判明している。
司法解剖の結果、死亡推定時刻はCが7日午後10時前後、Dは翌8日午前2時40分前後であることが判明し、死因については、鉄パイプ・角材など、複数種類の棒状の凶器により、多数の打撲を受けたことによる、失血死と判明した。大垣署は、犯人を複数人のグループと断定した上で、同日付で署内に捜査本部を設置し、悪質な傷害致死事件として、捜査を開始した。また、2人とも財布などの所持品がなかったことから、犯人グループが奪った可能性が高いとみて、Eから詳しく事情を聴き、犯行グループの割り出しに全力を挙げた。
翌10日のEからの事情聴取では、C・D・Eはボウリング場で女性と知り合ったが、この女性を巡って見知らぬ若い男たちのグループとのトラブルに巻き込まれ、C・DとEは、それぞれ別々に拉致され、犯行グループの車に連れ込まれた。その後、3人は犯行グループが便乗した車に別々に押し込まれ、数か所に連れ回され、遺体発見現場の河川敷堤防上に到着した。Eは車内後部座席で「うつむいておれ」などと脅され、複数人から殴られた後、別の場所で自分だけ解放されたというが、女性が一緒にいたかどうかは分からなかったという。1日までに、被害者と犯行グループのトラブルの発端となった女性とみられる、犯行グループに加わっていた20歳前後の若い女性の存在が突き止められ、岐阜県警・大垣署はこの女性を含め6人の犯行グループの行方を追った。
12日までの調べで、犯人グループに奪われ、事件後に一宮市内で消火剤を撒かれて放置されていた、Eの軽乗用車に残っていた指紋から、津島市の強盗致傷事件で愛知県警から指名手配されていた少年KMが、被疑者の1人として割り出された。捜査本部は、KMを含む尾張地区の不良少年グループ6人による犯行と断定し、事件後に行方をくらました男性2人、トラブルの原因になった女性1人を特定して行方を追い、残る男2人もKMの周辺にいるとみて特定を急いだ。KMは既に愛知県警に指名手配されていたことから、関係者への事情聴取で、犯行グループの中でも真っ先に長良川事件への関与が浮上した。
Eの証言では、さらに「C・Dの殺害現場から、大阪市内へ車で運ばれる途中、犯行グループがコンビニに立ち寄っていた」ということが判明した。捜査本部は、その店を特定した上で、事件当日の7日夜から8日未明にかけての、防犯カメラに記録されたビデオ映像を分析した。その結果、犯行グループの中心にいた、若い女の姿が映っており、特定に成功した。
事件発覚翌日の10月9日、大阪から運転手役のVが一宮市に戻り、X・W子・Y子らと合流して車内でシンナーを吸っていたが、その現場を一宮警察署の署員に押さえられた。13日までに捜査本部は、犯行グループ6人のうち5人を特定し、そのうち男2人、女1人の計3人について、潜伏先を突き止めた。その上で捜査本部は、Cらの財布が奪われていたことから、容疑を傷害致死から強盗致死に切り替え、同日朝から事情聴取を始めた。
一方、KMら残る男2人についても、強盗致死容疑で全国に指名手配し、メンバーの一部が近畿地方で暮らしていた経歴があることなどから、関西方面に潜伏している可能性もあるとみて、捜査員を派遣し、その行方を追った。同日、稲沢市在住の当時21歳の男Zと、一宮市内在住の当時16歳の少女Y子の2人が、岐阜県警捜査一課と大垣警察署の捜査本部に、長良川事件での殺人、逮捕・監禁、強盗などの容疑で逮捕され、KMや、福岡県生まれの当時20歳の男Vら、計4人が、殺人などの容疑で指名手配された。
また、事件の参考人として聴取していた、一宮市在住の当時19歳の少年Xと、家事手伝いの当時18歳の少女W子が、それぞれ「仲間数人で友人を暴行して木曽川に捨てた」と自供し、供述通りに尾西市の木曽川河川敷で、Bの遺体が発見されたため、愛知県警は同日夜、X・W子を殺人容疑で逮捕した。X・W子は木曽川事件直後にグループから分かれており、長良川事件には関与していなかった。
KMは事件発覚後も一宮市周辺に潜伏してシンナー仲間や少年院に入所していた際の知人を頼りに転々としつつ、逃亡を続けていた。その際の知人男性XXによれば「KMは10月10日夜、自分の知り合いの女の子の紹介で、自分の家に『人を殺してしまったので逃げる場所を教えてほしい』と相談に来た。別に動転しているようでもなかった。自分も、人を殺した者と会うのは初めてじゃなかった」といい、KMはこの知人宅に泊まった後いったん外出したが、仲間（後輩の男）とともに戻ってきた。KMはその後輩を「自分の前を横切った」などの些細な理由で殴っていたという。
KMは逃走中、「第3の事件」（厳密には逮捕時点では発覚していなかった大阪事件を含めて「第4の事件」）を起こしていた可能性があった。KMは10月13日深夜、一宮市内のコンビニエンスストア前で、駐車して車内で弁当を食べていた、18歳の若者の車にいきなり乗り込み、車の鍵を奪い、仲間とみられる男女2人（XXと友人の少女）とともに、若者を拉致したまま、江南市方面へと走行した。被害者の若者によれば、KMは関西弁を用いて脅したため「大阪のヤクザだ、逆らうとまずい」と直感し、KMの言いなりになったといい、またKMとともに乗り込んできた男女は、どちらもシンナー臭かったという。この様子を若者の知人が目撃しており、若者の家族が連絡を受けて110番通報したため、パトカーが出動、KMが奪った乗用車を追跡する騒ぎとなった。約3時間後の10月14日午前零時過ぎ、KMが運転していた乗用車は、江南市東野郷前で街路樹に衝突し、乗っていた4人（KM・XX・仲間の少女の計3人と、連れ去られた若者1人）全員が負傷し、このうち助手席に乗っていたXXは、フロントガラスを割って前方に投げ出され、右大腿骨骨折の重傷を負い入院したが、KMは再び逃げ去った。KMはその後、相談に行った先で説得され、この日の深夜に愛知県警一宮警察署に出頭し、指名手配容疑である、木曽川事件での殺人容疑で逮捕された。中部管区警察局は同日、本事件を管区第3号事件に指定した。
逮捕当時、KMは前述の衝突事故による怪我のため、右足を引きずっていた。その後、KMは11月4日、長良川事件での殺人容疑で、岐阜県警捜査一課に、11月26日にも、一連の事件前の指名手配容疑である、津島市の強盗致傷事件で、愛知県警捜査一課・津島警察署に、それぞれ再逮捕された。
KMが逮捕された翌日の10月15日、前述の福岡県生まれ（大阪市平野区在住）の当時20歳の男Vが、岐阜県警捜査一課・大垣署に、殺人、逮捕・監禁致傷などの容疑で逮捕された。
10月15日、岐阜県警・長良川事件捜査本部は、同事件の犯行グループ6人のうち行方不明になっていたKAを、殺人容疑で指名手配したが、KAは既に別の強盗事件で10月12日に大阪府警に出頭し、逮捕されていたことが判明した。10月23日、大垣署にKAの身柄が移され、KAは殺人、逮捕・監禁致傷の疑いで岐阜県警捜査一課・大垣署に逮捕された。その後、KAは11月14日、木曽川事件の殺人容疑で、再逮捕された。
また、KMがグループの仲間である2人の少女（W子・Y子）の殺害も他の仲間に対して漏らしていたことが11月1日までの愛知・岐阜両県警の共同捜査本部による捜査で判明した。犯行グループは木曽川事件が男6人、少女2人の合計8人が犯行に関与したが、少女1人を含め6人が長良川事件にも関与した。少女は主犯格のKMらがBらにリンチを加えている時も手を出さず、苦しんでいるBらを見かね「もう死んでしまうからやめて」などと犯行を阻止しようとする態度も見せていた。グループ内の仲間によると、KMは少女らが被害者に同情的だったことから「警察に通報されるかもしれない」と恐れ、リーダーとしての虚勢及び仲間割れを防ぐための脅しなのか、本気なのかは不明だが「あとで殺すつもりだ」「1人殺すのも100人殺すのも同じだ」などと発言していたという。両事件で計3人を殺害した上に犯行を隠蔽するために仲間までも抹殺しようとエスカレートしていくKMに、比較的絆が強かったという仲間たちでさえ「もうついていけない。今度は自分たちがやられるかも」と恐れ、身の危険を感じ自ら警察に通報して逮捕されるに至った。
さらに11月18日までにKMが「9月下旬、大阪市内でも男性を殺害し高知県内に捨てた」と自供し、翌11月19日に報じられた。11月21日までに、木曽川・長良川事件の愛知・岐阜両県警共同捜査本部は、被害者男性の身元を男性Aと断定した。Aは当初23歳の大阪市在住と報じられたが、正しくは大阪府柏原市在住の当時26歳だった。岐阜・愛知両県警の合同捜査本部と大阪府警察、高知県警察はKMの供述に基づきAの遺体捜索のため捜査員を派遣し、岐阜県警もKMを捜査に立ち会わせるため高知県に移送した。遺体捜索は11月23日朝からの予定であったが、岐阜県警がKMを高知県警安芸警察署に移送する途中、KM本人が希望したため、捜査員が遺棄場所を案内させ、大阪府警、高知県警とともに捜索に入ったところ、11月22日午後7時過ぎに室戸岬北西の、高知県安芸郡奈半利町の山中で、布団に巻かれた裸の男性の遺体を発見した。これを受け、4府県警は、広域連続強盗殺人・死体遺棄事件として共同捜査本部を設置した。翌11月23日、岐阜・愛知・高知各県警及び大阪府警の共同捜査本部は、大阪大学医学部で遺体を司法解剖し、歯形から、遺体の身元をAと断定した。このように、大阪事件を自供したことについては、KMの自首が成立すると、確定判決でも認定されている。なお、大阪事件に関与したUは10月2日、別の強盗致傷事件で大阪府警南警察署に逮捕され、大阪家庭裁判所送致を経て保護観察処分になり、その後行方を晦ましていたが、11月26日午前に両親に付き添われて南署に出頭し、殺人・死体遺棄容疑で逮捕された。大阪事件において、KM・KA両名は12月5日、大阪府警南署捜査本部により、殺人、死体遺棄容疑で再逮捕された。KM・KA・Uの3人は、大阪地方検察庁により、12月27日までに「刑事処分相当」の意見付きで、大阪家庭裁判所に送致された。
一連の事件の被疑者の中で、HMは最後まで逃亡していたが、翌1995年（平成7年）1月17日に発生し、出身地の神戸市に甚大な被害をもたらした、兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）の混乱の中で、和歌山市内に逃走した。翌1月18日、HMは和歌山市内のラブホテルに女性とともにいたところ、大阪事件の殺人容疑で、大阪府警南署に逮捕された。大阪事件の死体遺棄容疑で指名手配されていたTも同日までに、大阪府警南署に逮捕された。HMは長良川事件についても、強盗殺人、強盗致傷、逮捕・監禁容疑で2月9日、大垣署に、木曽川事件についても、殺人容疑で3月3日、愛知県警捜査一課・一宮署に、それぞれ再逮捕された。
KMら犯行グループと、被害者らの接点は、前述のようにボウリング場で偶然出会ったCらに対し、KMらが一方的に因縁をつけたことであり、また最初に逮捕された当時16歳の少女W子は「6人の犯行グループのうち、3, 4人は当日まで顔を見たこともない」と供述した。些細なことで面識のない6人の非行グループが、出会い頭的に見も知らぬ相手を襲い、鉄パイプ（厳密には前述のようにアルミニウム製）で滅多打ちにして殺害するという凶行に、捜査員は「昔の殺しには必ず目的や動機があった。こんな理由なき殺しはしなかった。何がいったい彼らを駆り立てたのか」と、その異常さにショックを受けた。別の捜査関係者は「最近、20歳前後の若者でこうしたタイプの犯罪が増えている」と指摘し、『中日新聞』1994年10月14日朝刊は、同年7月に岐阜市内で起きた、別の若者らによる殺人事件についても、「『むしゃくしゃして誰かに当たりたかった』という理由にもならない理由で殺人が起きた」と言及した。また、合同捜査本部の幹部は「本当の動機なんてないじゃないか。結果を考えず衝動任せ。人を殴ったり、金を奪ったりということを悪いと思う意識が欠落している。まるでゲーム感覚だ」と憤った。『週刊文春』1995年7月13日号では、「（KMら）少年ヤクザは殺害した4人を、いずれもゴミのように乱雑にうち捨てた。死者の尊厳も何もあったものではない」「一般的な価値観さえ備えていれば、なにも生命まで奪わなくてもすむような単純な『動機』である」と綴られた。その凶悪さについて、『週刊新潮』（新潮社）2005年10月27日号にて小田晋（当時・帝塚山学院大学教授）は「他人に対して一切の同情や憐みの感情を抱くことなく、ひたすら冷酷に、非道な行為を続けることができる残忍極まりない人種、つまり冷情性精神病質の持ち主たちの犯罪に他ならない」とコメントした。
主犯格らは、KM・KAは1995年1月18日に名古屋家庭裁判所（猪瀬俊雄裁判官）の審判により「刑事処分が相当」として名古屋地方検察庁に逆送致され、3月24日に名古屋地検により強盗殺人や逮捕・監禁などの容疑で名古屋地方裁判所に起訴された。
HMは1995年3月24日に名古屋地検から名古屋家裁に送致され、その後名古屋地検への逆送致を経て、4月28日に名古屋地検により木曽川・長良川事件の強盗殺人容疑などで起訴された。
刑事裁判の初公判は、KMは1995年5月29日、KAは同年6月8日、いずれも大阪地方裁判所で、大阪事件について開かれた。その後、後述するように、同事件についての審理は、いずれも名古屋地裁に併合された。
犯行当時少年であるが故に、事件の被害者遺族らは、報道では犯人らの実名さえも知ることは叶わず、自分の家族が殺された理由どころか、どこの誰を恨んだらいいかさえも、刑事裁判公判の日程も分からない、という苦悩を抱えていた。Cの両親は、岐阜県警に話を聞きに行った翌日、新聞記事で、名古屋地裁での初公判が終わったことを知ったという。そんな中、1995年9月6日に第3回公判が行われることを知り、Cの両親は同公判以降、月2回ほどの法廷通いを開始した。Cの父親は、法廷前の廊下に貼り出されていたKMら3人の実名が記された紙を見てすぐに書き写した。Cの父は、営業回りの仕事を終えた後、背広姿のまま傍聴席に座ったこともあった。両親は、傍聴する度に「剣道の要領で殴った」「パイプに付いた血が手にベタッと」など、KMらの一言一句を、傍聴席で手帳に記し続けるようになり、一・二審での公判の回数は150回近くに上った。
取り調べや刑事裁判の当初、主犯格の被告人3人は、反省のない態度を見せ、入廷したKMが、傍聴席にいる知り合いに笑みを浮かべる、入廷するたびにわざとらしくため息をつく、無意味にきょろきょろするなど、傍若無人な態度を繰り返した。この時点で既に、永山則夫連続射殺事件以降にも、名古屋アベック殺人事件・市川一家4人殺人事件の両事件で、犯行当時少年の被告人に、それぞれ第一審で死刑判決が出ているにも関わらず、
また、KMらは証人陳述の際に、自分たちが有利になるように、凶器の鉄パイプが左右どちらに置いてあったか、どちらが凶器を持っていたかなど、被害者遺族曰く「どうでもよいことにこだわる」者までいたという。刑事裁判の傍聴を続けてきた司法記者曰く、「裁判の途中で3人が仲違いし、誰が主導的に犯罪を行ったかで被告人らの主張が異なってきた。1人は合同の審理から分離され、別々に裁判が進行した」という。
第一審の実質審理は初公判から、2000年12月11日までの5年半にわたって、計105回行われたが、3人は事件の事実関係については認めつつも、KMは各事件の外形的事実は認めつつ、殺意は否認し、HMは大阪事件で殺人罪の成立を否認し、そして互いに「木曽川・長良川事件はHMが主犯」（KM）「KMが最初に殴った」（HM）などのように、首謀者は自分ではないとして、仲間に責任を押し付け合っていた。HMは、獄中で死刑廃止を求める市民団体のメンバーとなり、後述のように、自分の実名が類推される仮名を使用した『週刊文春』の記事をめぐり、「少年法の趣旨に反する」として、発行元の文藝春秋に対し、民事訴訟を起こした。しかし、この訴訟は被害者遺族の感情を逆撫でする結果となり、遺族は「自分に対する挑戦と感じた」と公判で証言した。これに対し、HMは「実名を推測できる報道により、触法少年がどう更生していくか、心のやり場がなくなる。少年法が守られないのはおかしい」と反論した。一方で、一番の兄貴分とされたKAは、公判の途中から3事件すべてについて、全面的に容疑を認め、「恥ずかしいほど無知だった。本当に申し訳なく思う。自分は死刑になっても仕方がない」と、涙を流しつつ、反省の言葉を繰り返していた。
論告求刑公判直前の2000年11月、被告人HMの姉が情状証人として出廷した。HMの姉は、犯罪加害者の家族である一方、前述のように義母を殺害された犯罪被害者遺族でもあり、弁護人から心境を問われ、「最初は弟が許せなかったが、できれば人生をやり直すチャンスを与えてほしい。もうこれ以上人が死ぬのは嫌だ」と訴えた。
また、論告求刑の頃から3人の態度は変化し、その、後の最終弁論の際には「生きて償いたい」「宗教に帰依」「キリスト教の洗礼を受ける」などの発言がなされるようになったが、被害者遺族にはかつて命乞いをする被害者らを惨殺しておきながら、いけしゃあしゃあと命乞いしているようにしか聞こえず、反省と謝罪の態度を示すことで、刑の減軽を勝ち取ろうとする露骨な態度に、ますます嫌悪感が増幅していったという。長良川事件の被害者Dの遺族の下には、Dの命日の10月8日が近づくたびに、KM・KAから手紙が届くようになったが、Dの兄曰く「一体こういうものを誰が書かせるのか。とても自発的に書いているとは思えない」という。
1995年6月26日、名古屋地裁で、KM・KA・HMの3被告人が揃った、木曽川・長良川事件の初公判が開かれた。
この時点では、弁護側が「被告人らとの打ち合わせが不十分」などと主張したため、この日予定していた罪状認否は、8月21日の次回公判に持ち越され、検察側も、この日に予定していた冒頭陳述を次回公判に持ち越した。
1995年8月21日に開かれた第2回公判で、初公判では留保された冒頭陳述・罪状認否が行われた。
木曽川・長良川事件の起訴事実について、3人とも各事件の被害者3人への暴行などの事実関係は大筋で認めたが、一方で「殺す気はなかった」として、殺意はすべて否認し、強盗についても、それぞれ犯行や犯意を否定した。
公判中、KMは陳述書を朗読し、暴行については「仲間の前で弱いところを見せたくなかった」と供述した。
KAも、裁判長の質問に対し「1人がやったらみんながやる、いつものカツアゲのつもりだった」と供述した。
3人の弁護人も、殺意の有無について争うとともに、事件の特殊性や少年法の趣旨から、精神鑑定などを含めた、多角的な情状を訴える方針を明らかにした。
検察側は、冒頭陳述で「3人は、大阪で知り合って暴力団に入り、恐喝行為を繰り返し、その結果引き起こした大阪事件の発覚を恐れて、愛知県に逃走してきた」「3人の間には、KA＞KM＞HMの序列があり、木曽川・長良川事件も、初めはいつもの”カツアゲ”のつもりだったが、『兄貴』分の俺が、あるいは『兄貴』より格下の自分がやらねば、などとの思いが犯行をエスカレートさせた。特に長良川事件では、ある1人は『昨日やって（木曽川事件）今日もか』と躊躇いもあったが、結局警察への通報を恐れて、口封じのためにも、C・D両名を殺害した」などと述べた。
1998年（平成10年）5月13日、名古屋地裁（佐藤学裁判長）で、第54回公判が開かれた。
同日、裁判官の交代に伴う更新手続きが行われ、木曽川事件・長良川事件について、それまで共謀や殺意を否定してきたHMが、一転して「法的な理解ができていなかったため、意に反する認否をした。確定的な殺意や殺害の企てはなかったが、このまま（被害者らを）放置すれば死んでしまうかもしれないと思った」「自分の暴行により重傷を負わせて放置したことで死亡したのだから責任があると思う。兄貴分だった2人の指示に従えず従ったもので、共謀したと言われてもやむを得ない」などと、それまで否定していた、犯行時の共謀や、未必の故意による殺意などを、それぞれ認める供述をした。
次回公判の1998年5月27日、第55回公判が開かれた。この日、KAも、それまで否定していた、他の被告人との共謀を認め、殺意についても、積極的なものではなかったとしつつも、「放置すれば亡くなってしまうかもしれないとは思ったが、仕方ないと思った」「殺してしまうことについて後戻りできないと思うようになった」として、未必の故意を認める意見陳述をした。
一方、KMは2人と異なり、これまで通り共謀や殺意を否認した。
1998年8月13日までに、名古屋地裁（佐藤学裁判長）は、それまで大阪地検によって起訴され、大阪地裁で開かれてきた大阪事件の審理について、木曽川・長良川事件の審理に併合し、3事件を一括して審理することを決めた。
大阪事件についての審理は、KAについては、木曽川・長良川事件の初公判時点までに、名古屋地裁に併合されていた一方、KM・HMの2人については、うち1人は1995年に名古屋地裁に移されたが、その後審理は中断し、もう1人については、大阪地裁で審理が続いていた。併合手続きは、次回公判の1998年9月21日に行われた。
次回公判の1998年10月5日、更新手続きの意見陳述が行われた。同日の公判では、大阪事件について、KAが事実関係を認めたが、KM・HM両名は殺意や共謀について否認した。
名古屋地裁（石山容示裁判長）で2000年（平成12年）12年27日、第106回公判（論告求刑公判）が開かれ、検察側は3人全員に対し、いずれも死刑を求刑した。
この日行われた論告は、5時間半にわたる異例の長時間となり、あまりに残虐な犯行から、検察側は「人間の顔を被ったけだもの」「人間性のかけらもない」「むしろ楽しんで殺した」と、3人を激しく断罪した。
その上で、検察側は「（各事件での3人の関与の度合いについて）それぞれの事件で果たした役割に軽重を見出すことはできず、刑事責任は同等」との判断を示した上で、「犯行は、場当たり的に何の落ち度もない4人を殺害したもので、命乞いをしながら嬲り殺された被害者もおり、遺族の悲嘆も強烈」と断罪し、「わずか10日間で4人を殺害した少年犯罪史上、まれに見る凶悪かつ残虐な事件。犯行当時少年とはいえ、3人の反社会性は極めて顕著で、矯正可能性はまったくなく、極刑をもって臨むしかない」「（永山則夫連続射殺事件の第一次上告審で最高裁から示された死刑適用基準「永山基準」を示し）少年による未熟で無軌道な犯行の側面はあるが、それは刑事責任を軽減させられる理由にはできず、3人はすべての条件において死刑選択が許される基準に合致している」と指弾した。
閉廷後、Eの父親は「求刑は私の希望した通り。凶悪な少年犯罪が多発する中、適切な判断だ」とコメントし、法廷での3人の姿について「論告を真面目に聞いていない。許せない思いが募る」と怒りを隠さず「死刑になってほしい気持ちは被害者にならないと絶対にわからない。判決も求刑通りになってほしい」と語った。
翌2001年（平成13年）2月28日、弁護側による最終弁論が行われた。
この日の最終弁論は、午前に開廷してから約10時間という、異例の長時間となり、3回の休憩を挟みながら、午後9時まで続いた。
冒頭で、KMの弁護人は「10日間に4人を死亡させた刑事責任の重さは本人が誰よりも痛感している。矯正教育を図るという少年法の精神は最大限に尊重されるべきだ」として、犯行当時少年だった点を踏まえ、死刑判決の回避を求めた。その上で、「一連の事件を理解するには、被告人らの人格理解が不可欠だ」と強調し、「3人は未成熟で深い思慮がなく、意志とは裏腹に暴力に対する歯止めが効かなかった」と、背景事情を説明するなどして、情状酌量を訴えた。事実認定について、木曽川事件では「KMには動機がなく殺意もなかった。被害者の放置と死亡の因果関係はなく、傷害罪しか成立しない」、長良川事件については「傷害致死罪に当たる」、大阪事件については「殺害には消極的で未必の故意しかなかった。自発的な自供は自首に当たる」と、それぞれ主張した。
KAの弁護人は、「形式的な兄貴分で、統率力はなく、事件関与の度合いは低い。遺族に謝罪の手紙を書くなど反省している」と、HMの弁護人も「捜査段階の自白調書や殺意認定には疑問がある。人間的に成長しており、更生の余地はある」として、それぞれ死刑判決の回避を訴えた。
弁論後、最終最終陳述で、被告人3人は「大切な命を奪いながら生かしてほしいというのは虫がよすぎる。それでも生きたい気持ちを隠せない。（懲役刑で）刑務所で働き、慰謝料を被害者遺族に送りたい」（KM）、「重大事件を起こし、本当に申し訳ない。二度と事件を起こさないよう精一杯努力します」（KA）、「拘置所でキリスト教を信仰するようになり、被害者の冥福を祈ってきた。教えに従いやり直せると思う。許されるなら生きて罪を償いたい」（HM）と、それぞれ述べた。
この日の第107回公判をもって、第一審は初公判から、約5年8か月ぶりに結審した。
閉廷後、Cの父親は「反省していると言っているが、少年院でも更生できなかったのに無理だと思う」とコメントし、Dの親族も「反省の言葉を聞いても心にひっかかり信用できない。終身刑がない以上、死刑を望む」と、死刑判決を望む気持ちに変わりはなかった。
2001年7月9日、名古屋地裁（石山容示裁判長）で判決公判が開かれ、名古屋地裁は被告人KMに求刑通り死刑判決、被告人KA・HM両名に無期懲役判決（求刑はいずれも死刑）を、それぞれ言い渡した。
少年事件での死刑判決は、1983年の永山則夫連続射殺事件・最高裁判決以降では、第一審では1989年の名古屋地裁・名古屋アベック殺人事件判決と、1994年の千葉地裁・市川一家4人殺人事件判決に続き3件目で、平成の事件では、市川一家4人殺人事件に続き2件目であった。
名古屋地裁は、判決理由で、3事件いずれについても、3人の殺意は認めたものの、木曽川事件だけは「暴行後、殺すつもりでBを河川敷雑木林に放置したが、放置と死亡の因果関係が立証されていない」として、殺人罪の成立を認めず、傷害致死罪の成立にとどまると認定した。
その上で、特に長良川事件で「強固な殺意」があったとされたKMは、「4人殺害すべての実行行為者で、反社会性は顕著。中心的な立場で、重要で不可欠な地位にあり、集団の推進力として事件を主導した。KMが居なければ一連の事件は起きなかった。当時少年で反省の兆しが現れるようになったことなど情状を最大限考慮しても極刑はやむを得ない」として、死刑を適用した。
KA・HM両名については、KMとの共謀共同正犯を認定した一方、「追従的な立場で、暴行や矯正可能性などの程度がKMと異なる」として、死刑選択を回避し、無期懲役が妥当だと結論付けた。
犯行当時少年であるとはいえ、KMに死刑判決が言い渡されたが、被害者遺族らの希望や検察側の求刑と異なり、名古屋地裁は3人全員を死刑としなかった。そのため、この判決に対しては被害者遺族から「何だ、これは」と不満の声が上がり、また「墓前にどう報告していいのか」という怒りと、やりきれない思いが口にされた。また、当時は同一の少年犯罪では、複数人の被告人に死刑判決が言い渡された前例はなかったことから、「裁判官は3人全員を死刑にするのを躊躇したのではないか」とも噂された。
3人の弁護側は、死刑及び無期懲役判決を、事実誤認及び量刑不当を理由に不服として、いずれも名古屋高等裁判所に控訴した。
唯一死刑判決を受けたKMは、弁護人とともに翌7月10日付で、HMも、後述の検察側の控訴に対抗して、7月23日付で、KAも控訴期限までに、それぞれ名古屋高裁に控訴した。
また、検察側も、KA・HMの無期懲役判決は量刑不当である上に、殺人罪ではなく傷害致死罪と事実認定された、木曽川事件についての事実誤認を理由に不服として、それぞれ3人全員について、名古屋高裁に控訴した。求刑通り死刑判決を受けた被告人について、検察側が控訴したのは、極めて異例だが、名古屋地検は「（KMを含めた）全員について控訴しなければ、犯罪事実が被告人によって異なることになる。放置することはできない」として、求刑通り死刑判決を受けたKMも含めて、控訴期限の7月23日、控訴に踏み切った。
名古屋高等裁判所は、2002年7月2日までに、3被告人の控訴審初公判を翌2003年5月26日に行うことを決めた。
2003年（平成15年）5月26日、名古屋高裁（川原誠裁判長）で、控訴審初公判が開かれた。
第一審で傷害致死と認定された木曽川事件について、検察側は「Bを激しい暴行の末に雑木林内に遺棄した結果、頭内の出血が促されて死期が早められたのは明らか」として、殺人罪の適用を求めた。その上で検察側は、2人を無期懲役とした、第一審判決の量刑について、「KAは主体的・積極的に集団暴行に関与しており、HMもあらかじめ凶器を準備し、実行行為にも積極的に加わった。量刑は著しく軽く不当で、矯正はもはや不可能」と主張し、改めて第一審の求刑通り、3人全員への死刑を求めた。
KMの弁護人は、死刑制度違憲論も展開した上で、「長良川事件で被害者から金品を奪った行為は、暴行とは別の機会に行われており、強盗殺人罪は成立しない。一連の暴行は、居合わせた女性を巡る対抗意識や、互いに虚勢を張る『強気の論理』が原因であり、KMには殺意もなかったため、傷害致死罪とされるべきである。『KMが主犯』という話は、KMに反感を持った事件関係者らが、自己弁解のために作り上げたもので、主犯ではなく、3人の罪責に差はない」と主張した。
KAの弁護人は、「形式上兄貴とされていたが、KMに追随しており、殺意もなかった」と、HM側は「長良川事件は連続した金品喝取の後の集団リンチであり、強盗あるいは恐喝と、傷害致死あるいは殺人と、2つの犯行に分かれる」「大阪事件では最初に首を絞めるふりをしただけで、すぐにその場から離れており、殺害の実行行為や共謀は成立しない」「他の被告人の手下に過ぎない」と、それぞれ強調した。
3被告人側は、いずれも長良川事件の強盗殺人罪を否定した上で、「社会的適応能力がなく、即成的な未成年の集団による犯行や、少年特有の心理を事実認定・量刑に反映させるべき」と主張し、矯正可能と訴えた。
2003年6月30日、木曽川事件の被害者Bの司法解剖を行った医師が、検察側証人として出廷し「第一審判決ではBの死因は特定できず、遺棄と死亡の因果関係も立証できないとされたが、暴行の態様から、死因は検察側の主張通り硬膜下血腫で、遺棄により死期が早まった可能性が高い」と証言した。
控訴審公判は計36回開かれ、長良川事件の被害者Cの遺族夫妻は、高齢の身を押して、ほぼ全てを傍聴した。2005年（平成17年）3月15日の公判で、Cの父親は、被害者遺族の代表として、意見陳述した。父親は、それまでに1ヶ月かけて練った原稿を、意見陳述の場で読み上げ、「貴様らは生きて償いたいと言っている。ぜひ聞かせてほしい。具体的にどのような償いをしようとしているのか。私はまだ聞いていない」、「私は貴様らが社会に出てくるのを望んでいない」などと、3人に対して憤りを隠さずに訴えた。この日、初公判から約10年にわたった事実審の証拠調べが終わった。
2005年8月19日の公判で、検察側・弁護側の双方が意見を述べ合う最終弁論が開かれ、初公判から10年2か月の長期間に及んだ、事実審が結審した。
検察側は、「何ら落ち度のない4人の若者に、激しい集団暴行を加え、犯行を隠すために次々と殺害した、自己中心的な犯行で、結果はあまりにも悲惨で重大。木曽川事件は殺人罪が成立する。3被告人の役割に差はなく、死刑以外に選択肢はない」として、改めて3人全員への死刑適用を求めた。
弁護側は、KMの弁護人が量刑不当を訴え、KAの弁護人は「従属的な役割だった」と述べ、3事件のうち2事件の殺意を否認した。HMの弁護人は、大阪事件への関与、木曽川事件・長良川事件の殺意を、それぞれ否定した。その上で、弁護側は「（各被告人の事件での主体的役割を否定し）『死刑や無期懲役は重すぎる』、（一連の犯行について殺意や計画性を否定し）『未成年者の未熟な集団が引き起こした最悪の結果』」と、それぞれ主張した上で、「十分に反省している」として、有期懲役刑を求めた。
2005年10月14日、名古屋高裁（川原誠裁判長）で控訴審判決公判が開かれ、名古屋高裁は被告人KMを死刑、被告人KA・HM両名を無期懲役とした第一審判決を破棄し、KM・KA・HMの被告人3人全員に対し、いずれも検察側の求刑通り、死刑判決を言い渡した。
犯行当時少年の被告人に対し、高裁で死刑判決が言い渡されたのは、1996年の東京高裁における、市川一家4人殺人事件（1992年事件発生、2001年死刑確定、2017年死刑執行）控訴審判決以来で、この判決は、日本における同一の少年犯罪で、複数の被告人に対し、死刑判決が言い渡された、初めての判例でもあった。
名古屋高裁は判決理由で、KMについて「重大な結果を導く発端を作るなど、終始主導的立場で、他の共犯者らを被害者4人の殺害に向かわせ、自ら積極的に激しい攻撃を執拗に加えるなどして犯行を強力に推進し、最も中心的で際立って重要な役割を果たしている」と、KAについて「所属暴力団の中で、3人の中で最上位であることの影響力を行使し、KMとともに主導的立場で、犯行を推進するとともに、被害者らに激しい暴行を加えるなど、実行行為にも積極的に加わり、木曽川・長良川事件においても、事件全体を通じて、極めて重要な役割を果たしており、その点ではKM・HMとの間には、さほどの差異はない」と、HMについて「所属暴力団における序列が、3人の中では一番下ではあったが、殺害の動機を形成するに至った暴行に、自ら積極的に関与し、KM・KAから被害者の殺害を暗に促されるや、ためらうことなく賛成し、進んで殺害に着手したり、凶器を準備し、殺害の早期実行を決め、率先して被害者への攻撃に出るなど、犯行を強力に推進し、重要な役割を果たした」と、それぞれ認定した。
その上で、名古屋高裁は「犯行は極めて悪質で残虐。非道さは言うべき言葉を見いだせない」、「4人の生命が無残にも奪われた結果は誠に重大。3被告人の役割には大差はなく、犯行時少年だったことを考慮しても極刑はやむを得ない」と断罪し、第一審判決で傷害致死罪とされた木曽川事件を含め、すべての事件について強盗殺人・殺人罪の成立を認定、一転して死刑積極適用に動いた。
死刑判決宣告の瞬間、3人は青ざめた顔で体をこわばらせた一方、全員の極刑を求めていた被害者遺族らは涙を拭い頷き、被害者遺族のうち2人（長良川事件被害者Cの両親）は閉廷後の記者会見で「裁判所は実態をきっちり見分けてくれた」「これでやっと息子に報告できる。今日の判決のありのままを（墓参りで）伝えてやりたい」と判決を評価しながらも「判決が1つの区切りになったとしても、彼らを許すかどうかは別問題」と語り、別の被害者遺族（長良川事件の別の被害者Dの兄）は「極刑が下っても弟は帰ってこない。私達の苦しみ、悲しみは一生癒やされない」「被告人らは『生きて償いたい』と言う。だが、殺された弟たちはもっと『生きたい』という思いが強かったはず」と、晴れることのない胸の内を語った。
3被告人側は判決を不服として、全員が最高裁判所に上告した。
KAは10月18日付、HMは10月24日付、KMは10月26日付で、それぞれ上告した。
上告直後の2005年11月、HMは名古屋拘置所で姉と面会し、差し入れの衣類を受け取った。
最高裁判所第一小法廷（桜井龍子裁判長）は、2010年（平成22年）7月8日までに、上告審口頭弁論公判の開廷期日を、翌2011年（平成23年）2月10日に指定し、関係者に通知した。
2011年2月10日、最高裁第一小法廷（桜井龍子裁判長）で上告審口頭弁論公判が開かれた。
弁護側は「控訴審判決は少年の精神的未熟さを考慮していない」などと主張し、死刑判決の破棄を訴えた。
一方、検察側は「動機や結果の重大性、遺族の処罰感情に照らし、死刑を回避すべき事情は認められない」と主張し、上告棄却を求めた。
被害者遺族（Cの父親）は傍聴後、『中日新聞』の取材に対し「責任転嫁が多い。自分さえよければ、という主張は今回も変わらなかった」と被告人らを批判した上で、「被告人からの（謝罪の）手紙を受け取るのも、法廷での主張との違いを見つけるため」と断言し、未熟な少年には死刑を適用すべきではないとの主張には「法律（少年法）で18歳以上の死刑はあり、回避の理由に当たらない。犯した行為で裁かれるべきだ」と一蹴した。
最高裁第一小法廷（桜井龍子裁判長）は、2011年2月21日までに、上告審判決公判開廷期日を3月10日に指定し、関係者に通知した。
2011年3月10日、最高裁第一小法廷（桜井龍子裁判長）で判決公判が開かれ、最高裁第一小法廷は「11日間という短期間に犯行を重ねており、執拗で残虐。地域社会に与えた影響は大きい」として、KM・KA・HMの被告人3人全員に対する控訴審の死刑判決を支持し、被告人3人の上告を、いずれも棄却する判決を言い渡した。これにより、初公判から16年にわたった刑事裁判は、犯行当時少年だったKM・KA・HMの被告人3人に対し、いずれも控訴審で言い渡された死刑判決が確定することで終結することとなった。
事件当時、18歳・19歳の少年だったKM・KA・HMは、いずれも35歳になっていた。少年事件で死刑判決が確定するのは、1992年に発生した市川一家4人殺人事件の犯行当時19歳の少年死刑囚（2001年死刑確定、2017年死刑執行）以来、平成の少年事件では2件目（4人目）で、最高裁判所が把握している1966年以降では10件目だった。また、戦後の少年事件で複数の被告人の死刑が同時に確定するのは史上初のケースとなった。
主文言い渡し後、すぐに閉廷すると、傍聴席の最前列で判決を聞いた、長良川事件被害者Cの父親は、起立して法廷に深々と一礼し、母親も溢れ出る涙を、ハンカチで何度も抑えた。その後、記者会見で父親は「死刑の二文字をずっと頭に描いてきた」「判決を息子も一緒に聞いてくれたと思う。これで私たちも新たな一歩を踏み出せる」と、母親も「無念を晴らすために16年間を費やしたようなもの。頑張ってよかった。息子は安らかに眠れる」と、それぞれ語った。
KMは、所内のラジオ放送で、判決内容を知り、判決翌日の2011年3月11日午前、名古屋拘置所で弁護人の山下幸夫と面会した。弁護人が判決要旨を読み上げると、KMは「少年事件への厳罰化と受け止めた。判決は政治的な判断」という趣旨の感想を伝え、再審請求の希望を口にした。判決に動揺した様子はなく、今回の判決で事件当時未成年だった自分たち3人を実名報道するか匿名報道を続けるかで各報道機関の対応が分かれた（後述）点にも関心を示していたという。また、同日午前にKAと面会した別の弁護人によれば、KAはこの判決について「重く受け止めている」と話したという。
弁護側は2011年3月22日付で、判決を不服として、最高裁第一小法廷に対し、判決訂正を申し立てた。
しかし、同月30日付で、最高裁第一小法廷の決定により、申し立てはいずれも棄却された。これにより、犯行当時少年だった被告人3人に対し、いずれも死刑判決が確定した。
2018年（平成30年）現在、死刑囚3人の収監先は、全員が同一ではない。
3人の弁護人は2011年5月28日、東京都新宿区内で開かれた市民団体の集会で「互いに虚勢を張りながら暴行をエスカレートさせた少年事件の特質に触れず、第一審で傷害致死罪認定された木曽川事件を殺人罪と認定した最高裁判決は不当」として、いずれの死刑囚も再審を望んでいるとして、近く再審請求する方針を明らかにした。
2016年（平成28年）12月、KM・KA両名は、第1次再審請求が最高裁の特別抗告審で棄却されたことを受け、直ちに名古屋高裁に第2次再審請求を行い、またこれまで再審請求をしてこなかったHMも、同じく名古屋高裁に初の再審請求を起こした（いずれも後述）ことが、2017年3月に報じられた。
主犯格の被告人であった、KM・KA・HMの3人全員に対し、控訴審判決で、いずれも死刑判決が言い渡された直後の2005年10月20日、『週刊新潮』（新潮社）2005年10月27日号が発売された。
同誌は、「史上最凶『リンチ殺人』で死刑判決なのに新聞が載せない元少年3人の『実名と顔写真』」と題した特集記事で、KM・KA・HMの3人を実名報道し、うちKM・KAの2人については、中学卒業時の顔写真も掲載した。
同誌編集部は、この事件について「3人が死刑判決を受けるほどの凶悪無比な犯罪であり、被害者遺族の被害感情も峻烈であることを考慮し、実名報道すべきと判断した」とコメントし、誌上でも同様の説明を入れた。
これに対し、日本弁護士連合会（日弁連）・愛知県弁護士会は、「少年法の精神を守って同様の報道がないよう強く要望する」との声明を出した。
この時点では、事実審が結審したとはいえ、最高裁判所での上告審が残されていることもあり、在京の新聞・テレビ各社は「少年の更生を目的とする少年法の精神を尊重した」として、匿名報道を継続したが、一方で『朝日新聞』、テレビ朝日は、死刑が確定した場合は実名報道する方針を、既に決めていた。また、TBSは、堺市通り魔事件に関連して、触法少年の実名報道を合法とした大阪高裁判決以降、社内で少年犯罪と実名報道について議論を重ねており、テレビ東京、日本テレビ、NHK、『読売新聞』、『毎日新聞』も、それぞれ「今後も検討を続けていく」とした。
そして最高裁判決により、「死刑が確定して更生や社会復帰の可能性が事実上なくなった」（読売・産経・日経）「国家によって人命が奪われる死刑の対象は明らかにされるべき」（読売・朝日）「事件の重大性を考慮」（産経・日経）などの理由から、『毎日新聞』を除く各全国報道機関は、KM・KA・HMの被告人3人を実名報道した。同日、日本弁護士連合会は、宇都宮健児会長名義で、「少年の更生・社会復帰を阻害する実名報道を禁止した少年法の理念は死刑判決でも変わらず、それに反する事態で極めて遺憾。再審や恩赦で少年が社会復帰する可能性は残っており、実名が報道に不可欠な要素とも言えない。今後、実名報道することがないよう強く要望する」との声明を出した。また、愛知県弁護士会の斎藤勉会長も、翌3月11日付で、「実名報道した社が示した『更生の可能性がなくなった』という理由は、死刑囚となっても更生の可能性を失うものではなく、罪の意味を内省することもあり不適切である。実名報道は少年法に違反する」として厳重に抗議する声明を出した。
なお、名古屋拘置所は「撮影はできない」との拘置所長名の注意書きを面会室に掲示しており、また法務省矯正局は、刑事収容施設法に基づく拘置所長の施設管理権で、拘置所面会室への撮影機器の持ち込みを認めていない。しかし、写真週刊誌『フライデー』（講談社）2011年5月27日号（5月12日発売）は、上告審判決翌日の3月11日に、ジャーナリストの青木理が、KAと名古屋拘置所で面会した際に撮影したとする、KAが面会室で涙をぬぐう様子などを写した3枚の写真を掲載した。フライデー編集部は「本人の同意があったかや撮影方法はコメントしない。編集部独自の判断で、報道に意義があると考えている」としている。これを受けて矯正局成人矯正課は「調査結果を踏まえて対処する」とコメント、KAの弁護人の村上満宏は「写真掲載に少年法上の問題はあるが、写真を掲載することで、この死刑囚（KA）を死刑にしてよいのかとの是非を問う意味では理解できる」とコメントした。
HM（当時K姓）は第一審公判中の1997年（平成9年）、『週刊文春』1997年7月24日号・8月7日号にて、前述の通り高知県はAの遺体が遺棄された場所であり同県内では殺人は犯しておらず、また強盗殺人罪で起訴されたのは長良川事件のみであるのに反して、本事件を報じる「愛知、岐阜、大阪、高知にまたがる連続強盗殺人」などと題した記事の中で、実名にある字と同じ読みの字などを使った仮名で報じられた。面会に訪れた知人からの指摘でこの報道を知ったHMは、「罪への批判は当然だと思うが、記事が凶器となって人の心を閉ざしてしまうこともある。少年の心を傷つけ、更生について考えない記事が書かれることはあってはならない」と考え、「仮名は関係者が見て容易に本人を推測でき、（本人とわかるような記事や写真の報道、出版を禁じた）少年法第61条に違反している。連続した複数の強盗殺人犯と断定され、全く反省がないかのような記述もされた」として、プライバシー権の侵害と名誉毀損で大変な精神的苦痛を受けたと主張し、当初は代理人の弁護士を付けず、HMが自ら訴状を書き、同年12月25日付で、『週刊文春』の発行元である文藝春秋を相手取り100万円の損害賠償を訴える民事訴訟を名古屋地裁に起こした。
文藝春秋側は「仮名は実名を隠すために使われており、容易に本名は分からない。起訴事実から連続の強盗殺人は明らかで、反省がないのは事実」と反論していたが、1999年（平成11年）6月30日、名古屋地裁（水谷正俊裁判長）は「（少年法第61条の趣旨について）たとえ仮名を用いたとしても、本人が容易にわかるような記事の掲載は、将来の更生の観点から実名報道と同様に大きな障害になり、少年法に違反する」「（今回の仮名記事について）仮名は氏及び名ともに全体として音が実名と類似している上、本人の経歴に合う内容が詳細に記述されており、面識のある不特定多数の読者は容易に本人と推知できる」としてHMの訴えの一部を認め、文藝春秋側に30万円の損害賠償を支払うよう命じた。これに対し、文藝春秋の雨宮秀樹社長室長（当時）は「少年法の精神を遵守し、加害少年の氏名を仮名として一般読者からプライバシーの推知ができないようにした。判決は極めて心外」「少年事件をめぐる裁判はこのところ、当たり前の市民感覚とかけ離れてきているのではないか」と批判し、文春側が名古屋高裁に控訴した。文藝春秋側の代理人の古賀正義弁護士は「仮名が実名に似ていたとしても、それが加害少年を指すとわかるのは少年の知り合いだけ。その人たちは既に（HMが）犯人と知っている」と指摘し、「仮名報道で賠償を認めた例など聞いたことがない。驚くべき判決だ」「19歳と成人に限りなく近い少年の実名を出すことにあまりに神経質になるのはどうなのか。公益性がある場合なら、少年でも実名報道があってもいいのでは」と指摘した。この判決の約1か月前の6月9日には堺市通り魔事件の少年被告人の実名・顔写真を新潮社の月刊誌『新潮45』が報じたことに対し「実名や写真を掲載する特段の公益上の必要性はなかった」として、大阪地裁から新潮社に対し損害賠償を命じる初判断（その後破棄、2000年2月の大阪高裁控訴審では実名報道を容認する判決）が示されていた。
控訴審からHMを支援する弁護団が発足し、2000年（平成12年）6月29日、名古屋高裁（宮本増裁判長）は「仮名は氏・名ともに音が実名と類似しており、面識のある不特定多数の読者は容易に本人と分かるとしてプライバシー侵害を認定、記事掲載は「少年法に基づいたHMの法的利益より、社会的利益が強く優先される特段の事情があったとは言えない」と結論付け、第一審判決を支持して控訴を棄却した。少年による凶悪犯罪が多発していた当時の現状に触れ、刑事裁判を受けている少年まで匿名で保護する必要があるか否かについては「この問題は高度の立法裁量に属する事柄」とし「保護の必要性については、少年の権利などを総合的に検討し、慎重に決定されるべきだ」とした。判決の中では日本国憲法第13条（個人の尊厳）のほか国連「子どもの権利条約」も引用し、実名報道などを禁じた少年法第61条について「少年の人権を守るための制約であり、国民の知る権利も一定の限度で譲歩すべきだ」と総合的に判断した一方「少年の利益よりも社会的利益を擁護する要請が強く優先されるなど、特段の余地がある場合には実名報道などの違法性が免責される」と認定し、少年事件でも実名報道が許される余地を認めた。文藝春秋側は判決についてのコメントで「仮名にしてさえ、少年殺人犯の名誉が傷つくというのか。同じことなら、いっそ実名報道すればよかったとすら思わせかねない。判断は根本的に間違っている」と反発し、最高裁に上告した。
2003年（平成15年）2月7日、最高裁第二小法廷（北川弘治裁判長）は上告審口頭弁論公判を開き、文藝春秋側は「（控訴審の）名古屋高裁判決は、少年法の規定は公益目的でも一律に報道を禁止するものだと解釈しているが、表現の自由を謳った日本国憲法第21条を優先すべきだ」と主張した。同年3月14日、最高裁第二小法廷は「本人と分かる報道を禁じた少年法に違反するのは、面識のない不特定多数が推測できる場合」とする最高裁としての初判断を示し、その上で、記事がHMのプライバシー権を侵害していることは認めたが「使用された仮名では不特定多数の人が本人だと推し量ることはできない」と述べ、少年法に違反しないと判断した。そして、仮に名誉を毀損する内容の記事であったとしても、違法となるかどうかは「公益性などとの比較で個別・具体的に判断すべきだ」と述べ、文藝春秋側への損害賠償を命じた控訴審判決を破棄して審理を名古屋高裁に差し戻しした。少年法第61条の規定が、少年の「報道されない権利」まで認めたものかどうかは判断しなかった。
2003年5月30日、名古屋高裁（熊田士郎裁判長）で差し戻し控訴審第一回口頭弁論公判が開かれ、HM側は「記事掲載によって名誉毀損やプライバシー侵害、成長発達権の侵害という不法行為が成立する」との準備書面を陳述した。文藝春秋側は9月12日の口頭弁論で反論した。
名古屋高裁（熊田士郎裁判長）は2004年（平成16年）5月12日、本事件の刑事裁判を傍聴した被害者遺族の両親の手記で構成した記事の内容に触れ、記事中で刑事裁判を傍聴したことになっている筆者が、実は一度も傍聴に行っていなかったという虚偽を認定した一方で、「記事に私利私欲を追及する意図はない。少年犯罪に対する国民の関心が高まっていたことを考慮すると、記事を公表する理由は公表されない法的利益より優越する」「極めて凶悪かつ重大な犯罪であり、少年犯罪に関心が高まっていたことや社会への影響を考慮すると、HMは犯罪事実などの公表を受認しなければならない。将来の更生に妨げになる可能性を否定できないとしても、HMの経歴を含めて公表の必要性は認められ、社会的な意義がある」として、第一審判決を破棄してHMの訴えを退け、文藝春秋側が逆転勝訴した。文藝春秋側は「我々は少年法の精神を遵守し、かつ加害者のプライバシーにも十分配慮して仮名報道とした。今回（HM側の）訴えがすべて退けられたのは当然のことだ。これを機に、迷走する司法という昨今の悪い風潮への歯止めとなることを願っている」とコメントした。
判決を不服としたHM側は、判例違反・憲法違反を訴えて5月25日付で上告したが、2004年11月2日付で最高裁第三小法廷（上田豊三裁判長）は「記事に書かれたプライバシーの範囲は限定的でHMの被害は小さく、更生の妨げとなる可能性はあるが、記事を公表する社会的意義が勝る」としてHMの上告を棄却し、文藝春秋側逆転勝訴とした差し戻し控訴審判決が確定した。
長良川事件の被害者遺族夫妻（同事件で殺害された、当時19歳のCの両親）は事件当初、息子を殺害したKMらの実名さえも報道では知ることができないという苦悩を、第3回公判で初めて公判を傍聴するまでの約1年にわたって抱え続けた。また、事件当時は犯罪被害者に対する支援制度がなく、人々から「殺される側にも理由がある」と冷たい言葉を浴びせられることもあった。Cの父親は1995年、『週刊文春』の取材に対し「犯人らは少年とはいえ、息子たちと同年代で、半年以内には20歳になっているような年齢だったが、あれでも少年だというのか。百歩譲って子供だとしても、せめて犯人らの親たちが謝罪し、線香の1本でもよこすのが筋だろう。しかし、無責任なことに親たちは何も言ってこない。一体誰が息子たちの死に責任を取るのか」と、被害者遺族の「殺され損」へのやり場のない怒りを口にしていた。
3人全員の死刑を望んだCの両親は、月2回ほどの公判に通い続け、第一審・名古屋地裁での公判は仕事の都合で傍聴できないこともあったが、3人全員を死刑としなかった一審判決に納得できなかったため、控訴審・名古屋高裁での公判は全法廷を傍聴したという。夫妻は控訴審初公判を控えた2003年、長良川河川敷で発見された息子の遺体の写真を初めて名古屋高等検察庁で閲覧した。高検検事からは「見ないほうがいい」と注意されたが、控訴審での証人尋問を前に「息子がどう息を引き取ったのか確認しておきたかった」（母親）ために閲覧を決意したという。控訴審では3人は傍聴席の被害者遺族に会釈するようになったが、夫妻からは裁判官の心証をよくするための演技にしか見えなかったという。父親は控訴審では前述のように意見陳述で「私は貴様らが社会に出てくるのを望んでいない」などと3人を厳しく問い詰め、母親も「私たちは息子を殺されるために育てたのではない。私の大事な宝物を元気な姿で返してもらいたい」と訴えた。控訴・上告中のKMら3人や弁護人からの謝罪の手紙の申し出に対しても「誠実な理由が伝わってこない」として受け取りを拒否した。3人が控訴審での死刑判決を不服として上告した4日後、父親は中日新聞社に「判決翌日の『中日新聞』朝刊紙面に掲載された、被告人の『遺族への謝罪文』（3人のうち1人が、判決前に中日新聞社に寄せた手紙）を見せていただけないでしょうか」とメールを送った。これを受け、その1か月後に同社司法担当記者の後藤厚三が、被告人から許可を得て、原稿用紙3枚分になる謝罪文全文のコピーを、Cの両親に閲覧させた。その後、後藤から謝罪文の感想を尋ねられたCの父親は「（判決を不服に）上告したという事実が全てを打ち消している。結局、すべてが綺麗事でしょう」と語り、被告人らの謝罪に対しても「あの（死刑）判決が真実なのです。死刑という重い判決の中に、すべての謝罪・贖罪が含まれているのだと受け止めています。これ以上のものは何も必要ありません」と厳しく述べ、応じる気持ちはないと語った。
控訴審判決後の12月21日、事件の証拠品として検察側が保管していた、Cが事件当時身に着けていた遺品の衣服や靴、腕時計などが「事実審が終わり、証拠調べを行う必要がなくなった」ことから、C・Dそれぞれの遺族の要望を受け、事件から11年ぶりに名古屋高検から遺族のもとへ返却された。KMらとの面会を続けている青木理の取材に対しても、父親は「彼らの、まるで通り魔のような凶行で私たち家族の未来と夢はズタズタに切り裂かれ、不幸のどん底に突き落とされたんです。生い立ちなんて言い訳になりますか？もっと大変な生い立ちの子でも、真っすぐに生きている子はたくさんいるでしょう。彼らから謝罪の手紙も来ていますが、書かれているのは綺麗事ばかりに見えてしまう。死刑を免れるための『情状狙い』としか思えないんです。（責任を擦り付け合うような）法廷での態度と、あまりにもギャップがありすぎるんです」「はたして彼らが言っていることは、本当の意味での反省なのか。内省を深めていると言えるのか。私だって、死刑が必ずしもいいと思っているわけじゃない。ただ、死刑でしか償えない罪というものもあるんじゃないでしょうか」、母親も「どうしてあんなひどいことができたのか。あんな風に殺されて、（息子が）どれだけ苦しんだのか、どれだけ辛い思いをしたのか…私たちも言葉にできないくらい辛いです。毎日ずっとそんな思いで過ごしてきて、明けても暮れてもあの子のことが頭から消えません。今になって反省や更生したところで、それは当たり前のことです。もう、絶対死刑しかないという気持ちです」と語った。夫妻は「KAからの手紙に『自分の行いが、自分の父親の死期を早めた』などと綴られていたのを読んだ際には、境遇に同情しかけたこともあった。自分たちも人間だから葛藤もあるし、情に流されることもある。KM・HMの悲惨な家庭環境も重々に承知している。しかし、それとこれは別だ。情とか育ちとか関係なく、犯したことの責任はきっちり償うべきだ」と語っており、謝罪・反省の手紙を受け取った際、悲惨な生い立ち・家庭環境に思いを馳せた際には、気持ちが乱れることはあるが、そのような時は事件の判決文などを読み直し、3人が引き起こした犯罪の凶悪さを改めて思い起こしているという。また、死刑存廃問題についても父親は「1つの方向ばかりから物を見てはいけないだろうと思い、両方の意見を平等に考えようと、死刑反対論・賛成論双方の意見を取り入れ続けた。それでも『木曽川・長良川』という事件に戻ってきてしまい、被害者の感情が強くなる。私たちがこんな被害を受けずにいれば、それぞれに一長一短あるんだな、と思うことができたのかもしれないが、やっぱり事件に戻ってきてしまう」という。夫妻は事件後、犯罪・交通事故の被害者遺族が集う活動「生命のメッセージ展」に参加し続け、全国各地で開催される集会などで生命の大切さを訴え続けてきたが、2008年頃の青木の取材に対し、父親は「その活動は本来、命の大切さを訴えるものだ。そんな中で、私たちが死刑を求めても良いのだろうか…たとえ加害者でも命の重さはある。その命を私は『奪ってくれ』と言っている。彼らの死刑が確定すればいずれは執行される。それは私の頭から消えないが、だからと言って赦せるわけでもない。謝ればいいなんて問題とは違う。死刑しかないという気持ちの方がまだ強い」と、活動への参加を止めた方が良いのではないかと思う心境を語った。
上告審口頭弁論公判期日決定後の2010年10月初旬、夫妻は息子が殺害された輪之内町の長良川河川敷を含め、事件の経過と同じ時刻に息子がKMらに連れ回された5つの現場を「追悼というより、上告審の前に気持ちを再確認したい」として初めて巡った。上告審口頭弁論公判直前や判決直後には『中日新聞』『朝日新聞』の取材に対し「私たちの気持ちは事件当時と少しも変わらない。この16年間は長く、負担でした。（死刑）判決が確定しなければ、新しい一歩を踏み出せないのです」（母親）、「（控訴審で死刑の）判決が出た以上、（謝罪の）手紙はいらない。謝罪も贖罪も死刑の二文字にすべて含まれる」（父親）と語っていた。
Cの父親は2008年に定年退職していたが、KMら3人の死刑が確定したことを機にこの事件に区切りを付け、「新しい一歩を踏み出そう」と中野の渡し（事件現場の一つである木曽川で今も続く渡し船）の船頭として、3年ぶりに仕事を始めた。後述のように3人が再審請求を起こしたことについても、Cの父親は『中日新聞』の取材に対し「死刑判決の確定から6年近く経ち、新しい視点や証拠があるとは考えられない。再審請求は、遺族を苦しめるだけで、これまでの反省の言葉は信用できない」と話した。Cの父親は健全育成をうたう少年法の理念には理解を示した上で、『中日新聞』の取材に対し「被害者や遺族にとって犯人が何歳だろうと苦しみに変わりはない」と語っている。
一方で木曽川事件で、4人兄弟の三男だったBを失った被害者遺族は、2006年4月12日、Bの母親と弟（四男）が当時上告中のKAと面会して以降、死刑判決が確定するまで、KAとの面会を続けた。KAがBの母親に送り続けた謝罪の手紙に心を動かされ、KAの弁護人・村上満宏の熱心な勧めもあって、面会するようになったという。
面会前夜からひどく緊張しつつも、とにかく誠心誠意、謝罪する以外にないと考えたKAは、開口一番に「本当に申し訳ありませんでした」と、アクリル板越しに頭を下げた。これに対し、Bの弟は「兄貴は堤防で何か言ってなかったか」「どんな暴行を加えたんだ」「誰か止めるやつはいなかったのか！」と問い詰め、KAは事件当時の様子を「Bさんは何も言いませんでした。唸っている場面を見ました」「シンナーを吸いながら10発程度殴りました」と答えた。Bの弟はなお「兄貴はどんな様子だったんだ？血だらけだったのか？」「殴っているときは気持ちよかったのか」と声を荒らげつつKAを問い詰め、KAは「真っ暗でよく見えませんでした」「殴っていて気持ちよいということはありませんでした」と答えた。Bの弟は声を荒らげつつも、同時に「希望を持て」「生き続けろ」とも励まし、KAがうつむきがちになると「俺の目を見て話せ。男が泣くな」と叱責し、その上で「兄貴の分を俺がここで殴ってやりたい。俺もお前を10発殴る。歯が欠けるほど殴ってやる。だから、それまで頑張って出て来い」と語りかけた。そのやり取りを傍らで聞いていたBの母親も、最後にKAに「出てきたら、Bにお線香の一本でも上げて」と語りかけ、最後に母子はKAと、アクリル板越しに手を合わせ、“握手”をして別れた。この時KAは泣くのをこらえていたが、目を赤くしており、立ち合いの刑務官も涙を浮かべ、刑務官からこの面会の様子を知らされたHMも「涙が止まらなかった」という。
Bの7歳年上の兄（長男）は、母・下の弟がKAに面会したことを聞き「なんで（上の）弟を殺したやつに会いに行くのかな、と自分でも思ったけど、KAが苦しみつつ、必死で反省しているのがわかった」と、2009年4月7日、村上らの同席のもとでKAと面会した。Bの兄はKAを気遣ってか、母・弟と面会した際と同じように詫びるKAに対し、事件について問い詰めることはせず「元気でやってるか。こういうところにいるのはつらいだろう。早く出たいだろう」と語りかけたが、KAは「自分なんかが生きていていいのかと思うことがあります」と語った。Bの兄は「生きてていいとか、悪いとかの問題じゃない。道はもう1つしかないんだから、その道を考えろ。自分のために、社会に出ることを考えろ」と諭し、KAが「Bさんの尊い命を奪ってしまって、大変申し訳なくて」と言葉に詰まると「どうこう言っても、Bが帰ってくる訳でもない。みんながいると、気が強くなって（悪いことを）やってしまう。だから、そういうことをしたらいけない。これからも自分の気持ちをはっきり持って、自分の行動を考えられるようになれ」と諭した。その上で、Bの兄は、上の弟Bの仏前にKAが送った作業報奨金を挙げていることを伝え、別れ際には、母・下の弟がしたようにKAと“握手”し、「この手を思い出せ。人間は生きている、血が流れている。暖かいんだ。その温かいことを十分に考えろ。反省しているんだろ？反省は反省でずっとやって、人を裏切るな。絶対（約束を）守れ。人を信じろ」と声を掛け、「今からが大変だ。最高裁で、もし話すことがあったら、俺が出て行って『無期懲役でいい』と言う。死刑より無期懲役の方がいいだろう？ずっと働いて、自分の命あるまで働ける方がいいだろう」と諭した。拘置所での面会時間は本来15分ほどだが、この日は被害者遺族に対する名古屋拘置所側の配慮か、少し時間延長が認められたという。それから2週間後の4月23日、Bの兄はKAと2度目の面会に赴き、拘置所内の売店で購入した菓子パンをKAに差し入れた。その中で、Bの兄は前回同様“握手”を交わし、KAらの手紙を受け取ったこと、今後返事を書くつもりでいることを伝え、KAが拘置所内での請願作業を行って受け取った報奨金を同封したことへの礼を言った後、事件のことについて触れ「なぜグループに入ったのか」「グループにさえ入らなければ、今頃ここにはいないだろう」と問いかけた。KAはこれに対し「パチンコ店でKMと会って、そのままグループに入った」と答え、続いて話そうとしたところで、Bの兄は「大事なのはそこからだ。死んでしまったBはもう戻ってこない。だから、これからもしっかりやるしかない。道は2つのうちの1つだ。死んでしまうということと、生きていくということ」と語り、続いて「お前は死刑になりたいのか、無期懲役がいいのか、どっちなんだ」と問いかけた。KAは少し間をおいて「生きている限り、償っていきたいです」と答えた。Bの兄はKAに対し、最高裁第一小法廷宛に死刑回避を求める嘆願書を書いたことを伝え「自分の考えをしっかり持て」と諭した。
『中日新聞』の取材によれば、Bの兄はKAの言動に直接触れ「その場の雰囲気に流されて犯行に及んだのではないか」と考え始め「自分が助けなくては、（KAは）独りぼっちだ」と思うようになったという。その後も、Bの兄は面会の度に、分厚いアクリル板越しにKAと手を合わせる「握手」をし、「体温を感じるか」「人を信じろ」と言葉をかけたこともあった。Bの兄は最高裁に3人の減軽を求める嘆願書も提出しており、最高裁判決直前の3月4日に面会した際、『朝日新聞』記者が同席する中で「お前は一人じゃないよ。俺の友人だと思っているから」と語りかけた。KAが「最高裁判決の後は会えなくなります」と説明すると、Bの兄は「手紙、待っとるわ。元気でな」と伝えた。KAは「（Bの兄からの）言葉が重い。しっかり反省して償わないといけない。それを少しでも形にしたい」と『朝日新聞』記者に語った。最高裁判決でKAらの死刑が確定することとなった際、Bの兄は『朝日新聞』記者に対し「やるだけのことはやったので仕方ない」と語り、判決訂正申し立て棄却によりKAら3人の死刑判決が正式に確定した翌日には『中日新聞』記者同席の下でKAと最後の面会をし、「なんでやったんだ」とKAを厳しく問いただした。Bの兄はKAの態度に反省を感じ「生きて償ってほしい」と願い交流を続けてきた一方「犯した罪は意識し続けてほしい」とも語っており、死刑確定を知り涙をこぼした。
それでも、Bの遺族の悲嘆が完全に整理されたわけではないといい、2008年夏に青木理の取材に答えた母親は「3人ともずいぶん反省しているようだし、死刑になっても私たちの気持ちが癒えるわけでもない。でも、息子のことを一日も忘れたことはないし、息子を思い出すと今もたまらない気持ちになる。彼らを死刑にすべきかを考える余裕もないし、もちろん赦す気持ちにはなれない」、兄も「許すとか許さないとかの問題じゃない。他の2人（KM・HM）のことは分からないが、KAが本当に反省しているのはよくわかった。あいつなら、もし（拘置所から）出てきても大丈夫だろうと思った。死刑にするより、反省して生き続けてほしい」と、生前のBと一定の間柄を持っていた、KMらに対する複雑な心境を語っていた。
共犯者の少女2人（W子・Y子）は少年院送致された。その他5人の共犯者らは主犯格3人同様に起訴され、主犯格3人の第一審結審までに刑事裁判でいずれも有罪判決が確定した。