九州新幹線 (長崎ルート)
九州新幹線（長崎ルート）（きゅうしゅうしんかんせん ながさきルート）は、福岡市と鹿児島市・長崎市を結ぶ整備新幹線計画（九州新幹線）のうち、福岡市（博多駅）と長崎市（長崎駅）を結ぶルートを指す。
九州新幹線（長崎ルート）は1972年（昭和47年）12月12日、全国新幹線鉄道整備法第4条第1項の規定による『建設を開始すべき新幹線鉄道の路線を定める基本計画』（昭和47年運輸省告示第466号）により告示され、1973年（昭和48年）11月13日に整備計画が決定された5路線（いわゆる整備新幹線）の路線の一つである。整備計画決定以降もルートや整備方式などをめぐって様々な曲折があり着工には至っていなかったが、上下分離方式により並行在来線をJR九州から経営分離しない方針が示されたため、2008年に武雄温泉駅 - 諫早駅間が着工された。その後、新鳥栖駅 - 武雄温泉駅間は在来線を活用し、軌間の異なる在来線（狭軌）と新幹線（標準軌）を直通できる軌間可変電車（フリーゲージトレイン、FGT）を導入する方針が決定され、2012年には諫早駅 - 長崎駅間が着工された。武雄温泉駅 - 長崎駅間は2022年度内に開業予定である。当初の計画よりフリーゲージトレインの開発が難航し2022年の開業に間に合わないため、2022年の暫定開業時点では武雄温泉駅で在来線と新幹線の対面乗り換え方式がとられる予定である。さらに、運営予定者の九州旅客鉄道（JR九州）が車両や保守費用が割高なフリーゲージトレインの導入を断念し、全線フル規格での建設を求める方針を示した。このような状況を踏まえて、2018年時点で未着工であり九州新幹線（鹿児島ルート）との分岐点である新鳥栖 - 武雄温泉間の整備方式について、フル規格新幹線やミニ新幹線方式も含めた整備方式の検討が行われている。
国の整備計画では「九州新幹線（長崎ルート）」という名称だが、建設を行う鉄道・運輸機構や地元の長崎県、佐賀県は長崎ルートではなく「九州新幹線（西九州ルート）」という呼称を使用している。
計画時から「長崎ルート」と呼ばれてきたが、2005年（平成17年）10月に佐賀県・長崎県は独自に「西九州ルート」へと名称を変更した。これは「長崎ルート」表記だと長崎県がことさら強調されるため、同じく影響を受ける佐賀県民に配慮する形で名付けられたものである。JR九州も自主的にこれに対応し、「長崎ルート」の名称は併記される形となった。政府・与党・法令上の名称は引き続き「長崎ルート」の呼称を用いている。
「九州新幹線」という呼称で既に営業している鹿児島ルートと区別するために「長崎新幹線」とも呼ばれることがあるが、マスコミによっては本来の呼称である「九州新幹線」を用いる例も見られる。例えばテレビではNHK佐賀放送局は「九州新幹線長崎ルート」をそのまま使用しているのに対し、地元唯一の民放テレビ局であるサガテレビは「九州新幹線西九州ルート」を使用する。また、地元紙の佐賀新聞社は「九州新幹線長崎ルート」、ブロック紙の西日本新聞は「九州新幹線西九州ルート」と分かれている。
佐賀県
長崎県
佐賀県
長崎県
九州新幹線のうち福岡市・長崎市の区間は1972年（昭和47年）12月12日、全国新幹線鉄道整備法第4条第1項の規定による『建設を開始すべき新幹線鉄道の路線を定める基本計画』（昭和47年運輸省告示第466号）により告示された。その後、1973年（昭和48年）11月13日に東北新幹線（盛岡市・青森市）、北海道新幹線（青森市・札幌市）、北陸新幹線（東京都・大阪市）、九州新幹線（福岡市・鹿児島市）とともに整備計画が決定された。この整備計画において現在の九州新幹線（福岡市・長崎市）は主要な経過地として「佐賀市附近」、その他「九州新幹線（福岡市・鹿児島市）と筑紫平野で分岐するものとし、福岡市・分岐点間は共用する。」とされた。1985年（昭和60年）に国鉄は博多 - 長崎間の（早岐経由）ルートを公表した。
1987年（昭和62年）、JR九州は「早岐経由では、全額公的負担で整備しても収支改善効果は現れない」との意見表明を行った。その後、1992年（平成4年）2月にJR九州は、長崎本線肥前山口 - 諌早間の経営分離を前提に、構造物は新幹線規格で建設するが、軌間は在来線と同じ狭軌で整備する新幹線鉄道規格新線（スーパー特急方式）での収支試算結果を公表した。同年6月には短絡ルートの通過地点となる佐賀県嬉野町が「九州新幹線長崎ルート『嬉野温泉駅』設置に関する陳情」を提出した。
一方、新幹線の恩恵を受けにくく、長崎本線が並行在来線としてJR九州から経営分離されることを懸念した有明海沿いの鹿島市、江北町、福富町、白石町、有明町、塩田町、嬉野町、太良町が「JR長崎本線経営分離に関する要望書」を提出し、長崎本線の肥前山口駅 - 諫早駅が経営分離の対象にしないことを求めた。同年8月には江北町が江北町「九州新幹線長崎ルートの新整備案の早期実現とJR肥前山口駅への停車について」の陳情書を提出し、長崎本線・佐世保線の分岐駅である肥前山口駅を九州新幹線長崎ルートの停車駅にするよう求めた。
1998年（平成10年）1月21日の政府・与党整備新幹線検討委員会における検討結果において、その他の区間として「（略）及び九州新幹線（長崎ルート）武雄温泉・新大村間については、需要予測や収支採算性の見通し等の基本条件の確認作業を行うに当たって必要となる、駅・ルート公表を速やかに行い、引き続き環境影響評価に着手するとともに、（略）及び九州新幹線（長崎ルート）長崎駅における駅部調査を開始する。」とされた。同年2月3日に日本鉄道建設公団は武雄温泉 - 新大村（仮称）間の駅・ルートを公表した。
2000年（平成12年）12月18日の「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申し合わせの中で、九州新幹線については鹿児島ルートの全線をフル化し、今後概ね12年後の完成を目指す交通結節点として新島栖駅の整備を行うこと、長崎ルートの武雄温泉 - 長崎間は環境影響評価終了後工事実施計画の認可申請を行うことが示された。
2002年（平成14年）1月8日に日本鉄道建設公団が武雄温泉 - 新大村（仮称）間および新大村（仮称） - 長崎間の環境影響評価書を佐賀県知事へ提出し、同日に武雄温泉 - 長崎間の工事実施計画をスーパー特急方式で認可申請した。
肥前山口駅 - 肥前鹿島駅を上下分離方式によりJR九州が運営することや長崎県の応分の負担といった提案などの状況変化を踏まえ、2004年（平成16年）12月9日に佐賀県知事は並行在来線の経営分離はやむを得ないとの判断を表明、12月16日に「整備新幹線の取扱いについて」政府・与党申し合わせが公表された。この中で九州新幹線（長崎ルート）については「並行在来線区間の運営のあり方については、長崎県の協力を得ながら佐賀県において検討を行うこととし、速やかに結論を出すこととする。調整が整った場合には、着工する。その際、軌間可変電車方式による整備を目指す。 長崎駅部の調査を行う」とされた。この時点では佐賀県内のすべての沿線自治体からの同意が得られているわけではなかった。九州新幹線（長崎ルート）には平成17年度から毎年度10億円の予算が計上されていたが、着工の条件である並行在来線の経営分離の同意が得られていなかったため、着工には至っていなかった。その後、2005年（平成17年）12月に白石町が、2006年（平成18年）2月に太良町、同年3月に江北町が並行在来線の経営分離に同意した。2007年（平成19年）12月16日に佐賀県、長崎県、JR九州の三者は、1. JR九州は肥前山口駅 - 諫早駅の全区間を経営分離せず、上下分離方式により新幹線開業後20年間運行を維持する。2. JR九州は線路等の設備の修繕を行った上で、佐賀県・長崎県に14億円で資産譲渡を行う。という合意に達した。これにより2008年（平成20年）3月5日に政府・与党ワーキンググループにおいて、着工の基本条件が満たされたことが確認された。これを受けて3月19日に鉄道・運輸機構は九州新幹線西九州ルート（武雄温泉～諫早間）の工事実施計画を認可申請、3月26日に暫定整備認可された。同年4月28日には起工式が行われた。
2011年（平成23年）12月26日に「整備新幹線の取扱いについて（政府・与党確認事項）」が公表され、九州新幹線武雄温泉・長崎間については想定完成・開業時期を「武雄温泉・長崎間を一体として、諫早・長崎間の着工から概ね１０年後」とし、「（注）現在建設中の武雄温泉・諫早間と新たな区間である諫早・長崎間を、一体的な事業（佐世保線肥前山口・武雄温泉間の複線化事業を含む。）として扱い、軌間可変電車方式（標準軌）により整備する。」という方針が示された。その後、2012年（平成24年）6月12日に九州新幹線武雄温泉・長崎間の認可申請（フル規格）が行われ、6月29日に認可された。
2014年10月からフリーゲージトレインの3モード耐久走行試験が開始されたが、約3万km走行した時点で不具合が発生し12月に試験が一時休止された。2015年（平成27年）1月14日に「整備新幹線の取扱いについて」が公表され、整備新幹線の新規開業区間の貸付料収入を財源に北海道新幹線（新函館北斗 - 札幌間）、北陸新幹線（金沢 - 敦賀間）、及び九州新幹線（武雄温泉 - 長崎間）の完成・開業時期を前倒しする方針が示された。この中で九州新幹線（武雄温泉 - 長崎間）は「フリーゲージトレインの技術開発を推進し、完成・開業時期を平成34年度から可能な限り前倒しする。」とされた。しかし、フリーゲージトレインの開発方針が不透明となったことから、2016年（平成28年）3月29日の与党整備新幹線PT検討委員会、国土交通省、鉄道・運輸機構、長崎県、佐賀県、JR九州の6者による「九州新幹線（西九州ルート）の開業のあり方に係る合意」が発表された。この合意では、武雄温泉 - 長崎間が完成する2022年度にこの区間にフル規格車両を投入し、博多 - 武雄温泉間を走行する在来線特急との対面乗換方式により開業すること。および、これに関わる施設は整備新幹線スキームで整備すること。佐世保線肥前山口 - 武雄温泉間の複線化事業を整備新幹線スキームで段階的に行い、2022年度の開業時までに大町 - 高橋間の複線化を行うことなどが示された。
2017年（平成29年）7月25日、JR九州の青柳俊彦社長は、「フリーゲージトレインによる運営は困難」だとして、長崎新幹線へのフリーゲージトレイン導入を断念すると発表。一般の新幹線より車両関連費が2倍前後かかり、全面導入すればJRにとっては年間約50億円の負担増につながると試算されたため「前提である収支採算性が成り立たない」とし、また安全性も「まだ確立できていない状態」であることを理由に述べた。同時に、博多 - 長崎間の全線フル規格での整備を求める考えも示した。
上述のように、フリーゲージトレインの採用が断念されたことを受けて、武雄温泉以東の整備方式について再検討が行われているが、利便性・速達性が向上するとしてフル規格（標準軌新線）による整備を求める長崎県と、フリーゲージトレインに比べて費用負担が増大することや、並行在来線問題の懸念から、県内のフル規格整備に反対する佐賀県との間で対立が生じている。
2018年（平成30年）3月30日、国土交通省は同日開催された与党整備新幹線建設推進プロジェクトチーム九州新幹線（西九州ルート）検討委員会にて、「九州新幹線（西九州ルート）の整備のあり方について（比較検討結果）」を報告すると同時に、対面乗換開業時・FGT・ミニ新幹線（単線並列と複線三線軌の2パターン）・全線フル規格の場合の所要時間の試算をそれぞれ公表した。
この比較案を元に、佐賀県は全線フル規格で整備した場合の負担額について独自に試算。国の交付金措置等を考慮しない歳出予算ベースで約2400億円と、佐賀県よりも利便性が向上する長崎県の負担割合（約1000億円）を上回り、ルールどおりであれば佐賀県の負担が大きすぎるとの見解を示した。佐賀県の試算に対し、与党プロジェクトチームでは佐賀県の求める「追加負担ゼロ」は現実的ではないとしつつ、JR九州との貸付料交渉と長崎県による協力により、佐賀県の負担をどれだけ減らせるか検討した上で佐賀県に提案する予定であるとしている。2018年7月19日に行われた与党整備新幹線建設推進プロジェクトチーム九州新幹線（西九州ルート）検討委員会の会合で、フリーゲージトレインの導入を正式断念する一方で、2018年夏までに一定の結論を出すとしていた全線フル規格かミニ新幹線方式かの整備方法決定について、佐賀県の財政面での見解を受けて、結論を先送りすることを決めた。
九州新幹線（長崎ルート）において並行在来線となる長崎本線のうち肥前山口駅 - 諫早駅間は上下分離方式により佐賀県・長崎県が鉄道施設を保有し、JR九州が経営維持するとされている。また、長崎本線の諫早駅 - 長崎駅間は経営分離されない。これについては様々な曲折があった。
佐賀・長崎両県が当初示していた並行在来線の運行計画としては、以下の様なものであった。
佐賀・長崎両県は、以上の計画が実施され、普通列車の乗客数が現在と同じ水準であると仮定した場合、第三セクター鉄道の収支はほぼ均衡すると主張していた。この計画について、前述の運転計画とあわせた利便性の大幅な低下と、将来の並行在来線区間の（利用低迷による）廃線の可能性に懸念を示した鹿島市・江北町が肥前鹿島 - 諫早間の経営分離計画に同意せず、2005（平成17）年度以降長崎ルート（西九州ルート）の事業予算が毎年計上されながら工事着手が行えない状況が続いていた。同意しなかった2自治体は「JR長崎本線存続期成会」を結成し、並行在来線の第三セクター鉄道化に反対すると同時に、第一期工事の時間短縮効果が余り見込めない・費用対効果が悪い、といった主張を行っていた。また、両自治体は長崎本線の輸送改善は新幹線建設ではなく既存区間の複線化で対応できると期成会において主張していたが、両県（特に長崎県）は時間短縮効果がほとんどない、複線化費用に対する国の補助金額が少なく現在の国の補助予算規模では肥前山口 - 諫早間の複線化に60年近くかかる、補助金以外の費用はJR九州ならびに佐賀・長崎両県の負担となり、特にJR九州に負担の意思がない、等の理由を示し否定的見解を示し続けた。もちろん、この見解には将来の長崎新幹線の全線フル規格化を目論んでいる長崎県の意思が色濃く反映されている。
新幹線計画を推進したい佐賀・長崎両県は両市町との協議を継続しつつ、並行して新幹線の工事着手が可能となる方法を模索していたが、2007年（平成19年）12月17日、佐賀・長崎両県とJR九州の話し合いにより「並行在来線を引き続きJR九州が運行する方向」で合意した。合意内容は、
というものであった。この合意内容について、佐賀県知事の古川康は記者会見で「これは経営分離ではない、JRがそのまま続けるということにほかならない」「今回の案、合意で、鹿島市と江北町の（経営分離に対する）同意は必要なくなった」という趣旨の発言を行った。また、当初は肥前山口 - 諫早間の地上設備はJR九州から無償譲渡される予定を14億円での有償譲渡に変更しているが、これについて佐賀・長崎両県は、第三セクター鉄道設立時に想定していた車両購入費等の開業時の初期費用約16.4億円よりは少ない、と説明した。
一方でこの案については（経営分離への不同意を貫く）鹿島市・江北町長を疎外した推進派三者による恣意的な合意であり「実質的に経営分離ではないのか」との疑問の声が生じており、江北町長等も「経営分離にあたる」として直ちに異議を唱えたが、2008年（平成20年）1月23日に開催された政府・与党のワーキンググループ会合において、国土交通省はこの案は「経営分離にはあたらない」との見解を示した。同省内で新幹線の採算性などについての精査が終わり、2008年（平成20年）3月26日に工事着工が認可された。佐賀・長崎両県は2007年度内に着工認可が下りることを前提に2007年度補正予算案並びに2008年度本予算案に建設費を計上した。
これに対し、2008年（平成20年）2月24日に投開票された江北町長選挙では、新幹線着工反対を訴えた現職の田中源一が新幹線容認派で新人の元県職員を破って5選を果たし、「選挙結果が（町民による）最大の意思表示」として町として改めて新幹線の着工に反対を表明しつつ、「着工が決まれば現実的に受け止めなければならない」と現実的対応も示唆した。2008年（平成20年）3月には佐賀県議会において民主・社民系会派等の共同提案により長崎新幹線の建設賛否を問う県民投票を実施する条例案が提出されたが、最大会派の自民党・公明党ならびに保守系会派の反対多数で否決された。田中はその後のシンポジウムの席上で「本格着工までは（新幹線建設への）反対を続ける」と明言した。その後、事実上「本格着工」となり建設工事は進んでいるが、田中は後述の通り機会を見ては建設中止もしくは凍結を求める発言を続けている。
一方、鹿島市長の桑原允彦はJR長崎本線経営分離反対運動を終息させるとした。そのため、2011年（平成23年）9月現在、関係する自治体の首長で公式に長崎新幹線建設反対の立場を取っているのは江北町長の田中ただ一人となっている。また、民主党政権への交代後にフリーゲージトレインへの国費投入についてもいわゆる「事業仕分け」の対象となり、検討が行われたが、条件付きで継続となった。その際に田中は長崎新幹線建設自体についても「事業仕分け」の対象にすべきだった、と発言した。
佐賀・長崎両県は、在来線維持のために両県が負担することとなる設備購入費を14億円、開業後20年間の維持管理費を46億円と見積もっているが、この計60億円を、長崎県が40億円、佐賀県が20億円負担することで2008年（平成20年）4月25日に合意した。この負担割合について長崎県の金子原二郎知事は、「佐賀県の理解と協力がなければ、新幹線は実現しなかった。長崎の誠意を具体化した」と述べている。
一方、長崎県内の旧小長井町（諫早市に合併済）などではJR九州の運営となることで普通列車の運行本数増加と新駅設置という長崎県が将来の第三セクター鉄道転換の際に表明していた約束が実行されないのでは、という懸念を示す動きが出ている。
2016年（平成28年）3月29日の与党整備新幹線PT検討委員会、国土交通省、鉄道・運輸機構、長崎県、佐賀県、JR九州の6者による「九州新幹線（西九州ルート）の開業のあり方に係る合意」では在来線について以下のように記されている。
フリーゲージトレインによる在来線活用計画であった長崎本線の新鳥栖駅 - 肥前山口駅間及び佐世保線の肥前山口駅 - 武雄温泉駅間は、フリーゲージトレインの開発の遅れによりフル規格新幹線、ミニ新幹線も含めた整備方式の再検討がなされているが、フル規格での建設となった場合、新たに並行在来線問題が生じる可能性がある。