新宿駅
新宿駅（しんじゅくえき）は、東京都新宿区・渋谷区にある、東日本旅客鉄道（JR東日本）・京王電鉄・小田急電鉄・東京地下鉄（東京メトロ）・東京都交通局（都営地下鉄）の駅である。
東京の副都心・新宿に位置するターミナル駅である。1885年（明治18年）に日本鉄道により現在の山手線が開業したのが当駅の始まりである。4年後の1889年（明治22年）には南豊島郡淀橋町となる。開業時から新宿を副都心にする計画が発表されるまでは当駅周辺はまだ街の外れであり利用客は少ないものだったが、大正期に入り次第に市街地が拡大するにつれ、多くの私鉄が乗り入れるようになる。ターミナルとなって周辺が発展するにつれて利用客は増え続け、1931年には私鉄や日本国有鉄道（国鉄）などを合わせた利用者数で日本一になった。そして、1966年（昭和41年）の乗車人数では、国鉄池袋駅の41万67人を抜いて、当駅が41万69人と日本一になっている。さらに1960年代から当駅西側一帯で進められた新宿副都心計画によって、70年代には多くの超高層ビルが建てられ利用者の増加に拍車がかかった。
現在ではJR・私鉄・地下鉄の多くの路線が周辺地域のベッドタウンとを結んでおり、多くのビジネス客が利用する。さらに、当駅周辺は日本最大の繁華街・歓楽街となっており、昼夜を問わず人の流れが絶えない。JRの駅を中心に東・西・南口、周辺の各地下鉄駅、商業施設などが通路や地下街などで広範囲に連絡している。
1日平均乗降者数は約353万人（2017年）と世界一（ギネス世界記録認定）多い駅であり、地下道などで接続する西武新宿駅・新宿西口駅まで含めると約377万人（2017年）となり、この数字は横浜市や静岡県の人口に匹敵する。
JR東日本・京王電鉄・小田急電鉄・東京メトロ・東京都交通局の5社局が乗り入れるターミナル駅である。以下のうち、京王線と小田急小田原線は当駅を起点としている。
以下の駅とは地下通路などでつながっているが、各鉄道会社によっては公式な接続駅となっている駅もある。当駅において京王・小田急・東京メトロ・都営地下鉄の相互間で乗継割引が適用される場合があるが、連絡する事業者によって割引の有無が異なる。なお、東京メトロ丸ノ内線と都営地下鉄新宿線・大江戸線は両駅間の距離が遠いため、乗継割引が適用されない。丸ノ内線と新宿線の乗換は新宿三丁目駅、丸ノ内線と大江戸線の乗換は東京メトロ新宿駅・都営地下鉄新宿西口駅間（同一駅扱い）で行えば乗継割引70円が適用される。
乗継割引適用の有無（○：適用、×：不適用）
新宿駅という駅名は、江戸時代に甲州道中（甲州街道）の日本橋と高井戸の間に新しく作られた宿駅である「内藤新宿」が由来となっている。
新宿に鉄道の駅ができたのは、1885年（明治18年）に日本鉄道により赤羽 - 品川間の路線、（現在の山手線および赤羽線【埼京線の一部】）が開設されたときである。しかし、この頃は新宿と言っても町外れに駅が設けられたために1日50人程度の乗降客数であり、雨の日はほとんど利用がないこともあったと伝えられている。
次いで、1889年（明治22年）に甲武鉄道によって立川までの路線（現・中央本線）が開設され、同年8月には八王子まで延長された。また、この頃に電車線用のプラットホームとして、本来の新宿駅のプラットホームのほかに、構内の大久保寄りの青梅街道付近にもプラットホームが設けられていた。
その後も私鉄の乗り入れは相次ぎ、1915年（大正4年）に京王電気軌道（現・京王電鉄）が南口の甲州街道上に、1923年（大正12年）には帝国電灯西武軌道線（後の都電杉並線）が東口に、1927年（昭和2年）には小田原急行鉄道（現・小田急電鉄）が西口にそれぞれ新宿駅を開業させている。
京王線の新宿起点は、新宿駅ではなく新宿追分交差点であり、現在の新宿三丁目駅の位置付近（伊勢丹の交差点南側路上）にあった。後に隣接する路面外の土地に移設され京王新宿駅を名乗るが、1945年（昭和20年）に空襲で初台の変電所が被災し京王線の電圧が下降した影響で南口跨線橋の急勾配を電車が走行できなくなり、同年7月に東横線新宿駅予定地だった現在の西口に移転している（京王線の新宿駅付近の廃駅を参照）。1952年（昭和27年）には西武鉄道の新宿線が西武新宿駅（歌舞伎町付近）まで延伸した。
京王と小田急のホームが地上にあった一時期に、のりばの番号が国鉄（現・JR）→小田急→京王の順で連番だったこともある。この当時は、各社の駅をつなぐ連絡跨線橋が設置され、乗客の乗り換えに供用されていた。また、軌間が同じ国鉄と小田急の間には連絡線が設置されていた。
戦後の復興と経済成長の中で、新宿駅を出てすぐに甲州街道上を走っていた京王線が路面区間解消のために地下化、小田急小田原線も限られたスペースでの発着番線確保のために駅が二層化され、地下鉄各線の開業、ターミナルビルの建設などが相次いで行われ、現在の姿となった。2008年（平成20年）3月15日現在、8面16線の島式ホームと線路を使用している。ホームと線路は南北に伸び、東から1 - 16番線となっている。連絡通路は「北通路」「中央通路」と呼ばれる地下道、南口の跨線橋、JR新宿ミライナタワー・バスタ新宿と接続する跨線橋（旧新南口・旧サザンテラス口）の4つである。
かつては、新南口は1 - 6番線のホームからのみ利用できたが、2006年（平成18年）4月16日に跨線橋が延伸されるとともに仮駅舎としてサザンテラス口が開設され、すべてのホームから直接アクセスできるようになった（工事の進捗により、いずれも移転・改称している）。
1 - 6番線は他のホームに比べると南に位置している。特に5・6番線のホームの一番北側は7・8番線の一番南側と南北でほぼ同じ位置にあり、ホームのほぼ全域が甲州街道（国道20号）より南側の渋谷区に属する。さらにすぐ南隣の代々木駅との距離は5・6番線だと約200 mほど（これは同ホームの長さより短い）で、発車メロディが聞こえる程である（同駅東側に中央線特急用の引き上げ線がある）。
現在、JR東日本の駅では改良工事が行われている。主な理由は以下の4つが挙げられる。
改良工事終了後には、新南改札・甲州街道改札・ミライナタワー改札を覆うようにタクシー・高速バスの乗降場（バスタ新宿）と駅ビル（JR新宿ミライナタワー）、人工緑地が整備された。これら南口一帯の整備は2016年（平成28年）度までに完了した。
当駅の所管は東京支社で、電報略号は『シク』である（JR西日本のさくら夙川駅、新倉敷駅、新宮駅などと同じ）。
山手線と中央・総武線各駅停車の発車標は、埼京線の開業前から設置されており、外装は現在でも古いままである。
2007年（平成19年）5月より、各改札前などに東京近郊の系統路線における運行状況マップを掲載したディスプレイが設置された。
（出典：JR東日本:駅構内図）
各線とも北向きの列車が下り、南向きの列車が上りである（一部異なるホームから発着するものもある）。路線では内回りや南行などの言い回しをするものもある（山手線や中央緩行線、湘南新宿ライン）が、線路名称としては上り・下りの方向が揃っている。
2008年（平成20年）3月15日のダイヤ改正で、1番線発の埼京線下り列車の設定がなくなり直後の線路切り替え工事において、1番線から池袋方面へ折り返すために必要な出発信号機やポイントも撤去された。しかし、2009年（平成21年）11月7日の工事により1・2番線がシーサスクロッシングに戻り、出発信号機も再設置されたため、再び1番線から大宮方面へ折り返せるようになった。そして、2010年（平成22年）3月13日のダイヤ改正により、1番線発の埼京線下り列車の設定が復活した。
かつて、湘南新宿ライン南行の横須賀線方面は横須賀線の路線色（青）で表記されていた（赤羽・池袋・渋谷・恵比寿・大崎の各駅でも同様）。以前は当駅発着の列車のみ横須賀線の車両（215系・E217系）の運用があったが、それが2004年（平成16年）10月16日のダイヤ改正でなくなり、2008年（平成20年）3月15日現在は、南行（1番線）と北行（4番線）どちらもオレンジ色と青色を縦に並べた表記になっている。
湘南新宿ラインのダイヤ乱れ時は、2番線に加え、湘南新宿ラインの案内が現在は無い3番線ホームを中心に折り返す。また5・6番線にも15両編成が入線可能で、埼京線を含む全列車折り返し運転などで1-4番線だけでは足りない場合、湘南新宿ラインは5番線も使用する場合がある。
5・6番線には北側にエスカレーターが設置されている。また、7・8番線にも南口跨線橋の下にエスカレーターやエレベーターが設置されているので、5・6番線への連絡がスムーズになっている。
7・8番線（中央線快速上り）は、東京行は基本的にはほぼ終日8番線を使用しており、平日朝ラッシュ時（7 - 9時台）は東京行が7番線と8番線で交互発着し、当駅での大量の乗降客による各列車の長時間停車に対応している。なお、当ホームを発着する東京行の列車に対しては、当駅以降は特急・ライナーを除く全列車が四ツ谷・御茶ノ水・神田・東京の順に停車するので、到着列車はすべて「快速 東京」行と音声、電光表示案内している。7番線は、東京・千葉行の「あずさ」「かいじ」、終着の「スーパーあずさ」「あずさ」号および東京行の橙色の列車が使用している。当駅止まりの「スーパーあずさ」「あずさ」「かいじ」で7番線に到着する列車は東京駅まで回送され、東京始発の「かいじ」「中央ライナー」「青梅ライナー」として運転される。
9・10番線の特急ホームにある駅名標は、下り方面のみ矢印になっており、隣の駅には特急「かいじ」の次の停車駅である三鷹が表記されている。上りの隣の駅名は表記されていない（ただし、東京方面からの中距離列車がない訳ではない。）。
7番線側と11番線（旧9番線）側の方面案内サインは以前背景が青色（中電色）で「中央本線（普通）　大月・甲府方面」と表記（後に無表記）だったが、湘南新宿ライン登場に伴う更新で快速と同じオレンジ色のものに変更された。現在も7番線の方面案内は無表記だが、11番線の方面案内には12番線と同様の表記になっている。以前は、9・10番線の特急ホームと同様に下りの隣の駅が三鷹と表記されている。三鷹は、特急および（現在は臨時のみ運転の）中距離列車（中電）の駅としては下り側の隣の駅である。ちなみに上り側は快速と同様に四ツ谷と表記されていた。現在は上下とも快速と同様に下り側は中野、上りは四ツ谷と表記されている。ただし、現在でも階段付近の帯には、中距離カラーのブルーと快速カラーのオレンジを併用したものがある。
現在でも、当駅に発着する中距離列車（特急ホーム発着除く）は原則として上りは7番線、下りは7・11番線発着であり、8・12番線は使用しない（ただし、高尾以西を中距離列車として運行する快速・通勤快速・中央特快・通勤特別快速を除く）。
11・12番線（中央線快速下り）ホームは、下り電車は基本的には12番線を使用している。平日朝8 - 9時台後半と夕方18 - 19時は11番線と交互発着している。他のホームに比べて幅が狭い。そのため、ダイヤが乱れた際や金曜日など休日前の夜の帰宅ラッシュ時間帯は列車を待つ旅客でホーム上が混雑し、12番線に到着した列車からも大量の旅客が降車するため、大変危険な状況に陥ることがある。また、平日深夜の当駅始発の快速（23:33発・0:16発）は11番線から発車する。
13・14番線と15・16番線はそれぞれ方向別配線で、同一方向の列車の乗り換えが便利になっているが、接続がとられていない場合もある。
国鉄（現・JR東日本）の駅は1960年代中に1 - 10番線まで供用されるようになった。以下に以降の各ホームの使用状況変遷を挙げる。
1986年（昭和61年）に埼京線を当駅に延伸するため、現在の1・2番線の場所に1面2線のホームを設置したが、当時の国鉄では「番線は駅長室に近い方（当駅は東側）から番号を振る」という方針だったため、上記5つのホームすべての番線をずらすことになった。約20年ぶりの番線変更でもあり、のりばを番線で覚えていた利用者は混乱した。
さらに、1991年（平成3年）の成田エクスプレスの運転開始で当駅が始発駅となったために、第2ホーム（現3・4番線）が新設された。その後の中央線特急ホームの改良工事により、2003年（平成15年）にその機能は代々木寄りに新設された仮設ホーム（現5・6番線）へと移行され、改良工事中だった第3ホームは2004年（平成16年）に中央線快速上り用（現7・8番線）となり、同時にそれまで中央線快速上り用だった第4ホームの工事を行った。このホームは2006年（平成18年）4月16日から中央線快速下り用（新9・10番線）となり、元の中央快速下り用であった第5ホーム（旧9・10番線）の工事を行い、2007年（平成19年）4月15日の工事で再び中央線快速下りは同ホームを新11・12番線として使用するようになった。第4ホームは再び工事された後、同年11月25日に中央線特急ホームとして使用されるようになった。また、5・6番線は従来は中央線特急ホームとして使われてきたが、同日より9・10番線に移転したため、5・6番線ホームは「ホームライナー小田原」やごく一部の「あずさ」の終着、「かいじ」の全列車、高崎線・宇都宮線方面の特急やライナーなどに使われていた。2008年（平成20年）3月15日のダイヤ改正以降は、「成田エクスプレス」の全列車と、東海道・宇都宮・高崎線方面のライナー・特急の多くの列車が発着するようになっている。なお、駅名標の両隣の駅は池袋と渋谷であり、湘南新宿ラインにおける隣の駅に準拠している。なお、帯中央の色は青色とオレンジ色で、成田エクスプレスと東武線直通特急の案内色と重なる。
湘南新宿ラインが登場した当初は、1・2番線が15両編成に対応していなかったのに対し、3・4番線は湘南新宿ラインの開業前から成田エクスプレスや東海道線・宇都宮線・高崎線に直通する特急列車および宇都宮線・高崎線に直通する普通列車の発着に使われており、15両編成に対応していた。そのため、1・2番線は埼京線の専用ホームとして使用され、湘南新宿ラインは進行方向にかかわらず3・4番線から発車していた。しかし、3・4番線は前述の各種列車や恵比寿方面からの埼京線にも使われていたため、増発が困難となっていた。さらに南行の列車でも4番線から発車するものもあったため、同じホームから北行の列車と南行の列車が発着するため利用客が混乱した。このため、1・2番線も15両編成対応とし湘南新宿ラインも発着できるようにした。2008年（平成20年）3月15日現在は、南行の湘南新宿ラインと南行の埼京線が1番線、新宿折り返しの埼京線が2・3番線、北行の湘南新宿ラインと北行の埼京線が4番線を使用している。ただし、1 - 4番線は運転系統が複雑なため、より多くの情報を表示できるような横幅の広い発車標が設置されている（1・2番線は新設当初反転フラップ式案内表示機を設置し、後に中型のLED式発車標を新設、その後反転フラップ式の発車標も中型のLED式のものに置き換えた）。
7 - 16番線の北端を東西に連絡する地下通路である。東端は東口でルミネエスト新宿の地下1番街に出る。西端は西口で小田急百貨店新宿店の階下であり、西口地下広場に出てバスターミナルに連絡している。共に地下改札であるが、地上にもみどりの窓口がある。東口手前から後述の中央通路に通じる地下通路があり、「アルプス広場」と呼んでいる。そのアルプス広場には7・8番線用の上下のエスカレーターやトイレのほか、BECK'S COFFEE SHOPがある。
15・16番線から北通路へのエスカレーターは下り方向のみであり、大久保・新大久保方に設置されている。
SuiPo（Suica連動型広告、後述）が東口付近に設置されている。
北通路を17mから25mに拡幅した上で、東口と西口の改札を北通路の南側に移設して北通路を自由通路化させる工事が進められており、2020年7月に供用予定である。これにより駅周辺の歩行者が改札内に入らずに東口・西口間を移動する際に、南側の甲州街道や北側のメトロプロムナード（地下街）や角筈ガードや大ガード（靖国通り）に迂回する必要がなくなり、利便性が飛躍的に向上する予定である。
1 - 6番線の北側と7 - 16番線の中央を東西に（やや東が北寄りになる）連絡する地下通路である。東端は中央東口でルミネエスト新宿の地下1番街の南端に出る。改札内で東口とつながっており、自動券売機も北通路と共通である。なお、5・6番線ホームはここから大きく離れているため、地下通路が設置されている。
中央東口改札口は京王線と小田急線の改札口（出札・集札）を兼ねており、京王と小田急にとって唯一の駅東側の改札口で、JR東日本に改札業務を委託している。中央東口改札口に隣接して、JR東日本線の他に京王線と小田急線の運賃表と自動券売機がある。JR改札内（中央通路）を経由して連絡改札口を通ることで、京王や小田急の改札内へ入れる。なお、中央通路からSuica・PASMOで京王線や小田急線を利用する場合は中央東口改札口から入場しなければならない（その逆も同様）。Suica・PASMOのチャージは京王線・小田急線用の券売機ではできないが、JR線用の券売機でできる。なお、京王線・小田急線用の券売機はSuica・PASMOには対応していない。また、京王線用の券売機は通常の私鉄共通の地紋の券を発行するが、小田急線用の券売機はJR東日本の地紋の券を発行する。ここで購入した券は中央東口でしか使えない旨の告知があるが、それは他のJRの改札口で使えないことを意味しており、実際はここで購入した券を各社の改札口で用いたり、各社の改札口の券売機（都営大江戸線改札Cで発売する都営地紋の京王線乗車券を含む）を中央東口で用いることができる。ちなみに、京王線および小田急線の入場券で入場することもできるが、他のJRの改札口や各社への連絡改札は通ることができず、中央東口からしか出場できない。また、京王線については京王線新宿に準じているため、前述の通り都営地紋の京王線乗車券での入場は可能（逆にJR中央西口で京王線に乗り継ぎ精算したJR地紋の京王線乗車券でJR中央西口を出場し都営大江戸線改札Cから入場することも可能）なものの、自動改札機においては都営線乗車券では入出場共に不可。出場については京王線および小田急線の精算券の取り扱いは可能なので都営線の切符を京王の精算機で精算したものは中央東口から出ることができる（京王線のものについては後述）。ちなみに、Suica・PASMOでの入出場であればJR中央東口から京王線ホームを経由しての都営線の利用も可能である。
西端の中央西口改札口は5つある。地下道から見て左端および右から2番目が小田急線連絡口、右端が出口専用改札（中央通路から西口へ出るためにある。改札内で中央通路から西口に行くにはホームかアルプス広場を経由する必要がある。）である。出口専用改札を出ると小田急百貨店新宿店の地下から西口地下広場に出る。2つの小田急線連絡口の間には京王線連絡口へと通じる通路が続いている。その通路を歩くと右が京王線連絡口、左が出入口兼用のJR中央西口（通称京王口）改札口であり、出ると京王百貨店の地下入口から小田急エース南コーナー、京王モール方面に連絡する。京王口は京王に改札業務を委託しており、京王線と同じ係員が京王線と同じ機器で対応する。
トイレはJR中央東口の外に向かって右側と前述の北通路に通じるアルプス広場にある。車椅子やオストメイトなどの利用に対応した多機能トイレも設置されているが、普段は施錠されており、利用時はドア横のインターホンから駅員に連絡する。
エスカレーターは7 - 14番線の各ホームと中央通路を結び、エレベーターは7・8番線と中央通路を結んでいる。なお、9・10番線のホームには、7・8番線ホームと同じ位置にエレベーターを設置するスペースが確保されている。
中央東口に近いコンコースにある発車標は、通常よりも小さいものが設置されている。
1・2番線の中央、3・4番線の北側、7 - 16番線の南側を東西に連絡する跨線橋である。階上には新宿ルミネ2がある。南に出ると南口改札で甲州街道の跨線橋に直結する。西端には小田急線連絡口がある。また東端に東南口がある。東南口改札の営業時間は6 - 24時である。跨線橋には構内にドトールがある。改札を出て右に向かうと小田急線改札、小田急百貨店新宿店、ミロード新宿店がある。
トイレは7・8番線の近くにある。車いすやオストメイトなどの利用に対応した多機能トイレも設置されているが、普段は施錠されており、利用時はドア横のインターホンから駅員に連絡する。
5・6番線を除くすべてのホームからエスカレーターやエレベーターが直結している（7・8番線からはさらに5・6番線への地下通路に直結）。ただし、13 - 16番線へのエスカレーターはホームから上り方向までのみだが、エレベーターが設置されているので車いすなどの移動に支障はない。
13 - 16番線は、2006年（平成18年）4月16日から新南口跨線橋の延伸に伴い新南口とサザンテラス口とのアクセスが可能になりホームが南側に延伸されたため、従来ホーム南端にあった階段の幅が狭くなっている（端のため、通路の幅ほぼ全てを利用して階段にしていたため、通路確保のために階段を削った）。
1 - 6番線の中央と7 - 16番線の南端を連絡する、甲州街道南側の渋谷区に設けられた人工地盤上の建物であるバスタ新宿の最下層・2階部分に相当する。
北側の東西通路の西端にトイレがあり（こちらの向かいに旧・サザンテラス口改札があった）、その東側に甲州街道改札（旧・サザンテラス口）がある（7・8番線へのエスカレータの位置）。東西通路の東端にはミライナタワー改札がある。ミライナタワー改札の位置関係上、1・2番線の階段は通路沿いには池袋方のエスカレータのみ設置されており（渋谷方はミライナタワー改札窓口・精算機）、手前で分岐する形で、1・2番線の階段専用通路が設けられている。甲州街道改札の位置から南にも通路が延びており、南北通路の南端に新南改札（旧・新南口）がある。
北側の東西通路には、7 - 16番線への階段・エスカレータが設置されており、7 - 16番線からは列車の停車位置（列車の最端）から南側にホームを延伸した先にエスカレーター（階段は無い）があり、跨線橋の北端と辛うじて接続している状態のため、ホーム上をやや歩かなければならない（なお、列車の停車しない延伸箇所には柵が設置されている）。
工事は随時位置が変更されており、利用の際は注意が必要であったが、バスタ新宿開業と共に概ね確定した。
甲州街道改札は、その名の通りこの跨線橋に設けられた新駅舎の中で甲州街道に直結した出入口として設けられており、同じく甲州街道に面した既存の南口の斜め向かいに位置している。元の名称はサザンテラス口であるが、新宿サザンテラスへは直結していない（旧・サザンテラス口は直結していた）。
新南改札は、甲州街道改札の真裏にあり、タカシマヤタイムズスクエアに近い。また、工事中は改札外の通路で旧・サザンテラス口改札跡地前を経て新宿サザンテラスと繋がっていたが、現在は改札前に設けられたSuicaのペンギン広場がサザンテラスに直結している。ミライナタワー改札は、駅舎に直結したJR新宿ミライナタワーの出入口に面した場所に位置している。
1991年（平成3年）3月19日に開設されたこの跨線橋は、当時1 - 4番線のみ利用可能で、東端に移設前の旧・新南口が設置されていた。トイレは同改札外に設置された。
2003年（平成15年）2月1日より、現在の位置に5・6番線が設置されたことに伴い、西側の突き当たりからL字型に延伸と5・6番線への階段・エスカレータ（移設前）の新設が実施された。
2006年（平成18年）4月16日より、2003年（平成15年）の延伸部から西側への更なる延伸（このため、クランク状になっていた）と「サザンテラス口」新設が実施され、同日より7 - 14番線（現 7 - 16番線）との直接アクセスが可能になった。
さらに、2010年（平成22年）11月28日、中央部から従来の通路とT字型に繋がる形で跨線橋の延伸と新南口および5・6番ホームへの階段・エスカレータの移設・トイレの設置が実施され東端の旧・新南口は閉鎖された。旧・新南口は、JR高速バスターミナルへのアクセスが他の改札口よりも最短だった（移設後の一時期は南口跨線橋東南口改札からが最短だったが、その後2011年5月11日に高速バスの乗り場が代々木駅の近くに移転したため、新宿駅から行く場合は再び新南口の方が近くなっていた）。
また、2011年（平成23年）2月27日、3・4番線の階段が移設され、5・6番線の特急ホーム階段と並ぶ形となった。
さらに、2012年（平成24年）、1・2番線の階段も移転。これに伴い1991年・2003年に設置された旧・新南口跨線橋はその役目を終えた。
2013年（平成25年）、サザンテラス口が7・8番線ホーム階段と9・10番線ホーム階段の間の新南口と一直線に結ばれる位置に移転（新宿サザンテラス直結から甲州街道に面するようになった。南口の斜め前になる）。またトイレは、旧サザンテラス口改札跡地正面の13-16番線階段隣接地に移転している。
その後も幾度か1‐6番線の階段配置等が変更されており、1・2番線階段通路を除き、各階段・エスカレータ・エレベータが1つの通路上に集まり、乗り換えしやすくなった（2016年3月現在）。
2016年（平成28年）3月7日、1・2番線側（旧新南口に近いエリア）にJR新宿ミライナタワー入口最寄りとなるミライナタワー改札を新設、また同時に新南口を新南改札、サザンテラス口を甲州街道改札に改称した。同年4月15日、上階およびミライナタワー内に展開しているNEWoManの駅ナカエリアが開業。
JR東日本では、日本の楽器メーカー「ヤマハ」に、発車メロディ放送システムの開発を依頼し、1989年（平成元年）3月11日に当駅と渋谷駅に首都圏で初となる発車メロディを試験的に導入した。この目的は、従来より不評であった電子ベルによるイライラ感を解消するためであった。ヤマハが制作した曲には、ピアノやハープ、マリンバなどの音色の後ろに鈴、川のせせらぎ、鳥のさえずりといった人の心を落ち着かせる音が入っている、長さ数秒程度のシンプルで素朴なものだった。
この取り組みは乗客に好評だったため、他の駅にも発車メロディが導入される運びとなったが、以後水戸駅を除きヤマハが制作した発車メロディが他駅に導入されることはなかった。
長年、当駅のオリジナル曲として使用されていたが、放送機器の老朽化により、1997年（平成9年）11月29日の3・4番線を皮切りに順次櫻井音楽工房制作の曲への変更が行われ、2001年（平成13年）12月16日の1・2番線の変更を以て全ホームの発車メロディの変更が終了した。
新線新宿駅と区別するため、旅客案内では京王線新宿駅と表記されることが多い。
小田急電鉄の西隣、京王百貨店新宿店の地下2階相当および新宿ルミネ1の地下3階相当に3面3線の頭端式ホームがある。南北に線路が延びており、駅先端部で西へ折れている。東側から1 - 3番線で、1番線を除き両側にホームがある。3面のホームのうち中央のホームは降車専用である。3番線乗車ホームの北寄りに車椅子などでの利用に対応したトイレがある。
管区長所在駅であり、新宿管区として当駅と新線新宿駅を管理している。
当駅から発車するすべての列車が初台駅と幡ヶ谷駅を通過する。この2駅へは、のりばが異なる場所にある京王新線（後述）を利用する。また、当駅の最終列車は0時35分発の各停調布行であるが、それ以降に新線新宿駅から桜上水行の最終列車がある。京王の初電2本（高尾山口行）も新線新宿駅から発車する。
1963年（昭和38年）の完成当初は18m車6両編成対応の頭端式ホーム5面4線の構造であったが、西口地下広場下にある西口駐車場などの存在で頭端方向へのホーム延伸ができなかったため、その後行われたホーム延伸工事の際に一部のホームと線路の閉鎖、移設などが行われている。1968年（昭和43年）の18メートル車7両対応工事の時にホームを京王八王子方面に延伸し、1975年（昭和50年）の20 m級車両の8両編成対応工事の際に4番線乗車ホーム・降車ホーム（いずれも当時。現在新線新宿駅にある4番線とは異なる）および線路の閉鎖を行い4面3線の構造となった後、1982年（昭和57年）の10両編成対応に伴い1番線降車ホーム（当時）の撤去および線路の移設、および京王八王子方の両渡り線の移設が行われ現在の3面3線の構造となっている。現在でもホーム下に僅かにレールが残り、一部やホームの支柱配置にもその名残が見られる。
かつて発売していたパスネットの西口での乗降時の乗車駅表示は「京王新宿（最低金額、2007年（平成19年）現行120円のため12）」、降車駅表示は「KO宿」となっていた。
2011年（平成23年）2月8日、京王電鉄は当駅にホームドアを設置すると発表した。2011年（平成23年）度上期から工事を開始し、2012年（平成24年）度に3番線で、2013年（平成25年）度に1番線と2番線で、それぞれ使用開始した。京王線の改札口はすべて地下にある。当駅は大手私鉄のターミナル駅にはよくある頭端式ホームであるが、その多くが頭端部の車止め正面にホーム全幅にわたり改札口が並んでいるのと異なり、正面は壁で塞がれている。頭端部から階段を上ると西口地下広場への出口専用の広場口改札である。また別の階段から朝ラッシュ時専用の出口専用臨時口改札がある（階段の手前のシャッターの開閉により7:10 - 9:00のみ利用可能で、C&C新宿本店の前に行く出口である。）。この頭端部から降車専用を含む1 - 3番線各ホーム相互で段差のない移動が可能である。
中央の階段を上がると南北に分かれ、北が京王西口（桃色）、南が京王百貨店口（紺色）であり、両者を区別するために京王のコーポレートカラーの2色で塗り分けられている。この2色は、京王線内の行先イメージカラーとなっており、車止め側に近い西口のイメージカラーの桃色は上り、笹塚駅側の京王百貨店口のイメージカラーである紺色を下りとしている。京王百貨店口はJR中央西口改札口に隣接し、東隣にJR連絡口と中央東口への中間改札口（自動改札機の色が黄色）がある。そこから小田急の地下コンコースを潜るJR連絡通路を通るとJRの中央通路に出る。
南寄りの階段を上がるとルミネ口改札口で、新宿ルミネ1の地下2階に出る。新宿ルミネ2とは別の建物で、1階以外ではつながっていない。営業時間は7時から22時（以前は20時）まで。階段を上がると建物から出ずにJRと小田急の南口に行ける。なお、ルミネ口とホームを結ぶ階段とエスカレーターは乗車ホームのみにあるが、それぞれ1台ずつしかなく、17時までは上り、17時以降は下りとなる。なお、ルミネ口の発車標はリニューアル工事の時に使われていた液晶型のものが引き続き使われていたが、2012年にLED式の発車標が改札前にない駅と同様の液晶パネル式のものに更新されている。
3番線南端より連絡通路を通ると新線新宿駅に抜ける。この連絡通路には階段があり、下って上る形になっている。
トイレは3番線の乗車ホーム北寄りにあり、「だれでもトイレ」を併設している。男性用と女性用、だれでもトイレの入口は離れた位置に設置されている。
エレベーターは京王西口・京王百貨店口階と3番線の乗車ホームを結ぶ。他のホームからは頭端部を経由して3番線の乗車ホームへ移動して利用する。また、京王百貨店口に近い地下通路と地上を結ぶエレベーターも設置されている。
エスカレーターは各乗車ホームと北側が京王西口・京王百貨店口階、南側がルミネ口を結ぶ。北側は各ホーム片方向1本ずつで2ホーム両方向合計4本（ただし、朝ラッシュ時には改札階→3番線乗車ホームを運転せず、3番線乗車ホーム→改札階方向で2本運転する。）、南側は各ホーム1本ずつで時間帯により向きが変わる片方向運転となる。
以前は、ドアの数や両数により乗車位置を黄色の8番や緑の7番などと案内していたが、当駅発着のほとんどの列車が4つドアとなった頃の駅リニューアルで先発などのものに置き換えられた。現在、降車専用ホームには4つドアのドア位置を除き柵が設置されている。
改札階の発車標は、1 - 3番線の列車が先発から5番目までの発車時刻・種別・行先・のりば・備考が表示されている。京王のほとんどの駅で見られるものを使用しているが、種別表示が他の駅と違ってフルカラー標記となっている。以前は1・2番線用と3番線用で別の案内となっており、それぞれの先発から3台の種別・行先などが表示され、その下にそれぞれの先発列車の停車駅が表示されていた。橋本行の特急（初代）があった頃のその運転時間帯には、停車駅の下に「特急橋本ゆきは2番線から発車します」という案内が表示されていた。
降車専用ホームにあった列車接近装置には、ほかの駅ではあまり見られない「電車にご注意ください」という表示があった。
かつては西側にも中地階通路があったが、駅リニューアル時に閉鎖されている。
当駅は、京王電鉄と東京都交通局の共同使用駅で、駅管轄は京王電鉄が行っている。このため、コンコースの方面案内板や駅名標、掲示物は同社のフォーマットになっている（ただし、改札内に東京都交通局系の売店「メルシー」が、改札外に東京都交通局の定期券うりばがある。）が、駅の内装は全体的に他の都営新宿線の駅に類似している。ただし都営地下鉄大江戸線の駅とは違い、都営地下鉄の企画乗車券を購入することはできない。
JRの駅南口の西側、甲州街道の地下5階に位置する。東西に伸びる1面2線の島式ホームを持ち、京王線の駅とは改札内でつながっているが、この2路線と京王線はそれぞれ離れているため、新線新宿駅と案内されている。なお、都営線からの切符は中央東口では出場できず、さらに都営線の精算機で精算した切符では出場できない（後述）。なお、都営の駅と東京メトロの駅とは接続していない。#地下鉄各線との連絡も参照。
先述の通り、京王の終電2本（桜上水行）と初電からの数本（高尾山口行）はここから発車する。東寄りの階段またはエスカレーターを乗り継ぐと地下1階で、ここに京王新線口改札口があり、京王モールの南の地下広場に出る。改札手前の北寄りに京王線の3番線乗車ホームに抜ける通路とトイレがある。また地下4階から大江戸線ホームに抜ける連絡通路がある。そしてホームから西寄りの階段を上がると地下1階に新都心口改札口がある。
トイレは京王新線口北寄りの京王線3番線乗車ホームへの通路の脇にあるが、車椅子などでの利用には対応していない。改札外の京王新線口と新都心口をつなぐ連絡通路（フレンテ新宿）には車椅子などでの利用に対応したトイレが設置され、併設された多機能トイレに温水洗浄便座が設置されている。
エレベーターは改札内と改札外を直結するものとホーム・大江戸線連絡通路（後述）・京王新線口を改札内で結ぶものの2基がある。このうち前者は業務用であるため一般の客は利用できない。エスカレーターは新都心口から途中の地下4階→ホーム（地下5階）がない他は改札とホームの間のみを移動する。
定期券うりばは2006年（平成18年）6月まで京王と都営で共用していたが、翌7月から別々になった。なお、京王側は2009年（平成21年）末に廃止されている。
都庁前駅務管区都庁前駅務区の被管理駅。直営駅。
京王新線と都営新宿線の駅からさらに南側にある、都道の地下7階に島式ホーム1面2線を有する地下駅。ホームは南北に伸びている。副駅名は京王百貨店前。
建設に際し、ホーム階はシールドトンネルで、上層階は開削工法で施工された。
1997年（平成9年）12月19日に練馬駅から当駅まで延伸開業した時は、都庁前駅から単線並列運転を行っていたが、2000年（平成12年）4月20日の国立競技場駅延伸時に複線運転に移行された。
ホームの北側から階段やエスカレーターで上がると地下1階に改札Bがあり、京王新線口と相対する。そこから南寄りにもエスカレータがあり、地下4階から都営新宿線と京王新線のホームへ連絡している。
ホーム中央から階段、またはホーム端（六本木方面）からエレベーターで上がると地下3階に改札Cがあり、新宿マインズタワーなどへの出口となる。地上へ向かうエレベーターも設置されていて、ホテルサンルートプラザ新宿前に出る。
なお、改札外と大江戸線ホームの間の移動は「大江戸線のりば」と書かれた改札Bを経由する他に、それと相対する「京王新線のりば」を通り改札内地下4階にある「大江戸線連絡通路」を使うこともできる。JR方面からエレベーターを使いたい場合などに便利である。
この連絡通路には中間改札が設置可能な構造になっていて、自動精算機などを置くスペースも用意されているが、都営線同士の乗り換えを考慮して未設置である（このスペースには、1998年（平成10年）末にICカードシステムの実証実験を行った際にICカードの積み増し機を設置した）。
改札内で行き来ができるので、大江戸線の改札口から入って京王線に乗ることもできる。そのため、かつて発売していた乗降時のパスネットの乗車駅表示は「都 新宿12」（都営地下鉄の初乗り運賃ではなく京王の初乗り運賃が引かれる）、降車駅表示は「TO宿」となっていた。
なお、大江戸線単独の改札口の券売機でも京王線の乗車券は発売されているが、すべての券売機が都営仕様であり、京王線（新線も含む）の券売機と異なり、入場券の口座が設定されていない（京王線の初乗り運賃の乗車券で代用可。出場時は有人改札口を利用。）が、都営の全ての改札口では他の京王線の券売機で購入した入場券を用いることができる。但し、精算券は都営で精算した券で京王の改札口を出ることはできない（その逆は可）。
トイレは地下4階にある。エレベーターはホーム（地下7階） - 地下4階 - 改札C階を結ぶ。エスカレーターのみでホーム階と改札Cの間の移動が可能である。
JRの新宿駅の西隣に位置し、階上には小田急百貨店新宿店本館と新宿ミロードがある。小田原線の起点であり、小田急電鉄の東京側ターミナル駅である。管区長・駅長所在駅であり、新宿管区として新宿 - 代々木上原間、新宿管内として当駅を管理している。
1964年に現在のような地上4面3線と地下3面2線の2層構造の駅になった。南北に線路が延びており、各階とも北端が頭端式ホームで、列車は南側から発着する。地上東側から1 - 6番ホーム（1 - 3号線）、地下東側から7 - 10番ホーム（4・5号線）と呼んでいるが、1・2番ホーム（1号線）、……、9・10番ホーム（5号線）はそれぞれ同じ線路を挟み、両側にホームがあるためホーム名を呼び分けている。2・3番ホームと7番ホーム、4・5番ホームと8・9番ホーム、6番ホームと10番ホームと南口改札の間には連絡階段およびエレベーターがある（2・3番ホームからはエスカレーターもあり）。なお、○号線という言い回しは各線路の列車の接近を示す四角いランプ（および業務放送）のみで用いられている。
3・4番ホームは、後述の通り特急ロマンスカーと急行・準急などで用いられるが、到着時などの自動アナウンスは、特急ロマンスカーは3番ホーム側、急行・準急などは4番ホーム側のみ放送される。しかし、主に特急列車の発車時に4番ホーム側を歩く人に対して危険防止の観点から「特急列車が発車いたします」という駅員アナウンスをする。
1996年2月頃、地上・地下ホーム、各コンコースにある発車案内表示器がパタパタ式から3色LED式に更新された。
1番ホームは長年にわたって降車専用ホームと待合スペースとしての機能を有し、2番ホームから乗車する乗客との分散機能を補うほか1・2番に入線するロマンスカー各車種の撮影地の一つとしても親しまれていたが、安全面での影響や旅客状況の変化等もあり、2005年 - 2006年頃に使用停止、以後乗降はどちらも2番ホームに統合されて使用停止後現在まで西口中央改札口寄り入口には柵が設置されており小田急関係者以外立ち入り禁止となった。乗客は立ち入ることができなくなっている。
2007年1月頃、地上・地下ホーム、各コンコースにある発車案内表示器が3色LED式からフルカラーLED式に更新された。
2011年（平成23年）度の鉄道事業設備投資計画において、地上4・5番ホームに可動式ホーム柵が2011年7月から設置される工事が予定されており、2012年（平成24年）9月2日に完成、30日から使用開始した。
基本的に地下ホームは6・8両編成（各駅停車）が、地上ホームはロマンスカーと10両編成（急行・快速急行）が始発として運転する。当駅に到着する際はすべての列車が両数に関係なく最奥（最も西口地上／地下改札に近いところ）の一定の場所に停車・到着する。
乗車と降車で別のホームを用いるが、朝のラッシュ時間帯は乗車ホーム側にも乗客を降車させる。特急ロマンスカーは乗客を降車させた後に車内の清掃と点検を行い、同じホームから乗車させる。回送運転で到着した場合には到着後すぐに乗車できる。
地上ホームの隣の駅は代々木上原が表示されている。ここから出発する列車は特急ロマンスカー・快速急行・急行であり、特急ロマンスカーを除いては次の停車駅が同駅であるからである。また、地下ホームの隣の駅は各駅停車の南新宿が記載されている。なおかつて区間準急が運転されていたころの地下ホームは南新宿と代々木上原が併記されていた。
ホームののりば案内では、のりばの番号と種別（または降車専用）が表記されており、具体的な駅名は記載されていない。
地上線と地下線の分岐点（合流点）は都道四谷角筈線踏切を跨いだ先の隣の南新宿駅すぐ近くにあり、そこまでが新宿駅の構内となる。すなわち、4線が併走する部分を長く取ることによって、終日間断なく発着する列車を捌いている。
5・6番ホームに10両編成が、9・10番ホームに8両編成が夜間留置される。
各階の頭端部に西口地上改札口と西口地下改札口がある。西口地下改札口の東にはJRへの中央地下連絡口と中央東口への中間改札口（自動改札機の色が黄色）があり、JR改札内である中央通路を経て中央東口から出入りできる西口地下改札口および中央地下連絡口は、地上ホームからは西口地上改札口寄りにある階段（10両編成の8・9号車付近）下辺りとなる。
ホームの南寄りに跨線橋があり、地上ホームからつながっている。ここを南に出ると南口で、JR南口に隣接している。その東側にJRへの南口連絡口がある。
トイレは西口地下改札内外と南口改札内（共に出口改札に向かって左側、改札内）にある。車椅子などでの利用に対応した多目的トイレは西口地下改札外と南口改札内に設置され、どちらもオストメイトに対応しており、南口側にはオストメイト用の給湯設備を備えている。西口地下改札外のトイレには一般用の洋式便器の設置がない。
改札内のエレベーターは南口改札口と各ホーム（南口改札 - 2・3番ホーム - 7番ホーム、南口改札 - 4・5番ホーム - 8・9番ホーム、南口改札 - 6番ホーム - 10番ホーム）を結んでおり、いずれも2005年（平成17年）に完成した。地上ホームでのVSE以外の10両編成の場合は5 - 6号車付近となる。また、地下ホーム（7 - 10番線）での10両編成の場合は7 - 8号車付近となる。
改札外のエレベーターは、改札を出た右側に小田急百貨店のものがある。これは、西口地上改札口が2006年（平成18年）にリニューアルしたのに伴い、同改札口に隣接する小田急百貨店のエレベーターが1階にも停止するようになり、同時に西口地下改札口のある地下1階からは初電から終電まで利用できるようになったものである。また、西口地上改札口付近と西口地下改札口外側のトイレ付近を結ぶ業務用のエレベーターが設置されているが、駅係員の付添がないと利用できない。
エスカレーターは2・3番ホームから南口改札への上りのみで、幅の狭いタイプである。西口側の線路端からは11両編成のロマンスカーの長さ程度離れており、VSE以外の10両編成の3号車付近となる。
4・5番ホームの後（西口地上改札口寄り）から4・5両目の間（10両編成の6・7号車の間）には分割案内板Aがあり、分割駅と分割後の列車の種別・行先を表示できるようになっている。以前は分割案内板Aから2両程小田原寄り（6両編成が停車する最も小田原寄りの端）に同様の表示ができる分割案内板Bが存在していた。
地上ホームの現在の乗車位置目標は、先発が赤い丸印、次発が青い三角印（発車案内表示器では緑色で表示）で案内されているが、以前は足下に埋め込まれたランプを使って案内していた（先発は点滅、次発は連続点灯）。乗車位置案内がランプの頃は、6両編成などの場合は列車が止まる位置しかランプが点滅・連続点灯しなかったが、現在はシールが貼付されているため区別されていない。また、6両編成の場合の小田原寄りの端の案内は存在しない。
地下ホームには、4・6・8両編成（うち営業運転があるのは6・8両編成のみ）の小田原寄りの端という案内をするランプが天井から吊されている。
当駅を発車する列車は、発車時に発車ベルを鳴らす。
2006年（平成18年）3月31日、西口地上改札口横の1・2番ホーム頭端部に喫茶店「ロマンスカーカフェ」が開店した。西口地下改札口手前の7・8番ホーム先にはジューススタンド「オアシスステーション」（新宿店）が入居しており、営業主体は共に小田急レストランシステムである。また、7番ホーム頭端部にはかつて文教堂（カルチャーエージェント文教堂小田急新宿店）が入居しており、1・2番ホーム頭端部にはかつて特急券券売1台のみが設置されているスペースでさらにそれ以前には2000年頃まで改札内前売特急券販売窓口・「小田急新宿インフォメーションセンター」が設置されていた。
JRの北側付近から新宿通りに掛けての地下2階に、東西に伸びる島式ホーム1面2線を有する地下駅。西新宿方に引き上げ線があり、当駅始発・終着で池袋方面の列車が運行されている。
JR・京王・小田急の駅と新宿西口駅（都営地下鉄大江戸線）・西武新宿駅（西武新宿線）と接続している。ただし都営地下鉄新宿線・都営地下鉄大江戸線の新宿駅とは接続していない。
駅務管区所在駅であり、新宿駅務管区として新宿地域・荻窪地域・四ツ谷地域・中野坂上地域を管理する。
1番線の接近放送では「中野富士見町・方南町方面は、中野坂上でお乗り換えです」という放送が流れる。西新宿駅開業以前までは「中野富士見町・方南町方面は、次の中野坂上でお乗り換えです」であったが、同駅開業後に一旦省略し、発車標更新時に現在の放送様式となった。
都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅が開業した後は、「新宿西口駅接続都営大江戸線はお乗り換えです」という案内放送を行っている。
2006年（平成18年）10月に可動式ホーム柵を設置するとともに発車ブザーを線路側に移設した。2008年（平成20年）6月より発車メロディーを採用している。混雑時は発車メロディー採用前から使用している発車ブザーを鳴らし、その際に可動式ホーム柵も車両の扉とは別に閉めるようになっていたが、丸ノ内線がワンマン運転を開始した後は発車ブザーの使用を停止している。平日朝ラッシュ時は特殊取扱を行っており、ブザーが鳴り終わると同時にドアを閉める。その際、車両側のドアと可動式ホーム柵は連動せず、最初に車両のドアが閉まると後から駅係員が可動式ホーム柵を閉める二段階方式を採用している。この方式は、池袋駅でも同様である。
かつては、液晶型の発車標が両方向のみ設置されていた。
ホームの東西の端に地下1階への階段があり、それぞれに改札口がある。改札を出ると自由通路（メトロプロムナード）となっていて、東は新宿三丁目駅までつながっている。東側の改札口はJR東口と新宿サブナードが近く、西側の改札口はJR・京王線・小田急線の西口、西口地下広場とバスターミナルに連絡している。東側の改札付近と西側の改札付近の間は早朝・深夜は通り抜けることができない。
エレベーターとエスカレーターは東側にあり、改札階とホーム階を結ぶが、エスカレーターは改札階方向だけである。
トイレは改札外に2か所ある。
2017年度の各社局における1日平均乗降人員を合算した値は約353万人となり、日本のみならず世界一の乗降人員を誇る駅である。ただし、この値は京王新線・都営新宿線間の相互直通人員、および都営地下鉄線間の乗換人員を含んだ値である。開業当初の乗車人員が1日平均36人であることから（降車人員が同じ36人と仮定すると）約5万倍にまで膨れ上がった計算になる。
2008年に東京メトロ副都心線が開業した影響で、一部の旅客が新宿三丁目駅に分散されたため、2007年度をピークにJR東日本および東京メトロを中心として利用客数は減少傾向にあったが2011年度を底に現在は回復基調にある。なお、2016年度まででの当駅の最盛期は2017年度、次いで2007年度である。
各年度の1日平均乗降人員は下表の通り（JRを除く）。
各年度の1日平均乗車人員は下表の通り。JR駅で販売している主な駅弁は下記の通り。JR以外では、小田急電鉄の新宿駅構内売店でも特急ロマンスカーの乗客向けに駅弁が販売されている。
周辺はビジネス・ショッピング街など、様々なものが集中し、東京駅周辺などと比べれば華やいだ雰囲気を持つ。乗り入れる路線も東京都多摩地域、神奈川県北西部、埼玉県南部といったベッドタウンとを結んでいるため、終日利用者は絶えない。
甲州街道（国道20号）の跨線橋の架替工事終了後には、交通ターミナル「バスタ新宿」やJR新宿ミライナタワーが建設された。このほか、現東口のルミネエスト新宿ビルの建て替えによる200 m級の超高層ビルの建設計画がある。
西口（JR・京王・小田急）、中央西口 (JR)、京王百貨店口（京王）、広場口（京王）、A10 - A18・B14 - B18（東京メトロ）
出口や改札口の名称に関わりなく、俗に「西口」と呼ばれることが多い。丸ノ内線の駅の地上出入口はJR・京王・小田急の各線の駅の各西口・中央西口改札口の改札外コンコースとつながっているので、事実上それらの駅の地上側出入口でもある（後述を参照のこと）。また、西口の駅前バスターミナルの近くではよく政党・政治団体などによる街頭演説が行われている。また、西口の道路は都道四谷角筈線に属する。
東口 (JR) 、中央東口（JR・京王・小田急）、A8 - A9・B12 - B13（東京メトロ）
出口や改札口の名称に関わりなく、俗に「東口」と呼ばれることが多い。新宿サブナード（地下街）を経由していくと西武新宿駅に出られる。東口ターミナル部分は東京都道430号である。新宿駅東口の駅ビルは立て替え工事が1962年（昭和37年）暮より始まり1964年（昭和39年）5月20日にオープンした。オープン当初の駅ビルの名称は「新宿民衆駅ビル」。そのあと名称は「新宿ステーションビル」へと改められた。そして名称は「MyCity（マイ・シティ）」を経て、現在では「ルミネエスト新宿 (LUMINE EST)」になっている。
東南口 (JR)
南口（JR・小田急）、ルミネ口（京王）
甲州街道新宿跨線橋上のJR東日本と小田急の出口で、東西に出られる。京王のルミネ口はルミネ内の階段を通じてJR・小田急の南口に接続している。この階段の途中には京王百貨店口に通じる通路があり、ルミネ口が閉鎖されている時間帯は専らその通路を用いて京王線と南口の連絡を行う。
JR東日本専用の改札口および出口で、南口とは新宿跨線橋を挟んで南側の人工地盤上にある。
新南改札、ミライナタワー改札
こちらもJR東日本専用の改札口および出口で、新南改札は人工地盤の中央部付近に、ミライナタワー改札は東端に位置している。タカシマヤタイムズスクエアや新宿サザンテラスと接続している。
地下鉄丸ノ内線の駅の地上出入口はJR線の北側にある。東西にそれぞれ丸ノ内線の改札口があり、東側の各出口（新宿通り）と西側の各出口（西口広場）に大別できる。東西の各出口間は地下通路「メトロプロムナード」で改札外がつながる。各出入口はＪＲ・京王・小田急の各線の西口と中央東口改札口およびＪＲの中央西口（出口）と東口改札口の改札外とつながっているため、事実上ＪＲ・京王・小田急の各線の駅の地上出入口としても使用できる。
新宿三丁目駅と地下道（メトロプロムナード）でつながっているので、同駅と出口番号が連続している。紀伊國屋書店方面（B9・B8・B7・B6など）は新宿三丁目駅を参照のこと。
また、都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅とも改札外でつながっているが、西側の改札口が近く、同駅に属する各地上出入口も共通で利用できる。さらに西武新宿駅と地下街「新宿サブナード」を介してつながってはいるものの、A9、B13出口などから地上に出た方が早い場合がある。
新宿通りにある出入口（JR線東側）
西口広場付近にある出入口（JR線西側）
地下駅である京王新線と都営地下鉄の地上出入口は、甲州街道のJR線より西側、JRと小田急の駅の南西側にある（ただしA1出口は甲州街道西新宿1丁目交差点より約200 m南のマインズタワー地下にある）。京王線 - 京王新線・都営新宿線 - 都営大江戸線は改札内移動が可能である。
京王新線と都営地下鉄の2 - 8出口は、JR・小田急の南口改札外と「ルミネ1」を介してつながっている。また、大江戸線C改札口を除く改札外フロアは「京王モール」を介してJR・京王・小田急の各線の西口・中央地下西口とつながっている。1991年（平成3年）3月16日から2012年3月17日のダイヤ改正まで、小田急電鉄と東海旅客鉄道（JR東海）が特急列車の相互乗り入れ（「あさぎり」）を行い、「小田急のホームにJRの車両が入線する」という光景が見られた。一方、2002年（平成14年）12月1日のダイヤ改正からJR東日本と東京臨海高速鉄道が相互乗り入れを開始したことで、逆に「JRのホームに他社車両が入線する」光景も見られるようになった。さらに、2006年（平成18年）3月18日のダイヤ改正でJR東日本と東武鉄道が特急列車の相互乗り入れ（日光・きぬがわ・スペーシア日光・スペーシアきぬがわ）を開始している。なお、現在では、小田急小田原線や代々木上原駅から直通している東京メトロ千代田線で大幅なダイヤ乱れが生じた際、常磐緩行線所属のE233系2000番台や、千代田線所属の16000系が小田急線のホームに入線する場合がある。
2006年（平成18年）7月31日より当駅限定でSuicaポスター (Suipo) のサービスが開始された。なお、利用するには事前に広告の横にある登録機で登録を行う必要がある。
当初の計画では上越新幹線の起点は新宿駅で、ここから大宮駅まで建設される計画があった。
。鉄道総合技術研究所の小野田滋は「このルートは工事費が巨額となることから現実的ではないと判断され打ち切られ」たとしている。
また、かつてはリニア中央新幹線の起点駅となるなどの構想などが語られたものの、2000年代に入ってからはそのようには考えられていない。
南口コンコースにある「駅弁屋」新宿店では、原則として毎週土曜・休日にミニ駅弁大会を開催している。
※東日本旅客鉄道の特急列車ならびに臨時快速列車の停車駅は各列車の記事、ホームライナーの停車駅は路線記事を参照。同様に小田急電鉄の特急ロマンスカーの停車駅は小田急ロマンスカーと「スーパーはこね」「はこね」「さがみ」「モーニングウェイ」「ホームウェイ」「えのしま」「ふじさん」の各記事を参照。