日本の高校野球
日本における高校野球（こうこうやきゅう）は、日本の中等教育学校後期課程及び高等学校の生徒、高等専門学校の第1学年から第3学年の学生が行う野球のことである。
特に阪神甲子園球場で行われる2つの全国的な男子硬式野球大会は「甲子園大会」あるいは単に「甲子園」と呼ばれている。
なお、高等学校野球 (旧制)とは言葉が同じであるが、これは現在の大学野球の前身で全く異なる。現在の高校野球の前身は、旧学制による「中等学校野球」が該当する。1946年以降の学制改革によって再編・継続され、名称も変更されているためである。
選抜高等学校野球大会、全国高等学校野球選手権大会の2大会を総称して「甲子園大会」あるいは単に「甲子園」と呼ぶ。通常、新入学生（1年生）の選手は夏の大会のみしか出場できない（春の大会は新学期の2年生、3年生の選手のみとなる）ため、甲子園出場のチャンスは3年間で最大5回になる。
※以降の記述は特記なき場合、男子硬式大会に関するものである。
主催は、全国大会は日本高等学校野球連盟（高野連）と新聞社（春の選抜高等学校野球大会は毎日新聞社、夏の全国高等学校野球選手権大会は朝日新聞社）が行っている。
2010年より選抜の後援に朝日新聞社が、選手権（全国大会のみ）の後援に毎日新聞社が、完成以来両大会の会場を提供してきた阪神甲子園球場が「特別協力」として加わる。また軟式選手権に関しては朝日・毎日両新聞社に加え全日本軟式野球連盟も後援する。
この他、地方大会は各都道府県高等学校野球連盟など（夏の全国選手権出場校を決めるための地方大会は朝日新聞社も）が主催する。
明治神宮野球大会高校の部は日本学生野球協会、明治神宮の主催であり高野連は関与していない。
このため運営ルールは大学の部に準じており、コールドゲーム規定や応援ルールなども高野連主催の大会とは異なっている。
春の選抜高校野球、夏の全国高校野球共にNHK地上波放送、及びNHKラジオ第1で全国中継がされる（国会中継などの特別編成により別媒体での放送あり）。このうちNHK地上波放送は時間帯によってNHK総合とNHK Eテレのリレーで放送される。原則として、午後12時台（土曜日は大河ドラマ再放送の関係で午後1時台も）は定時番組の視聴者確保のため、午後6時台は夕方の定時ニュース放送のためEテレにリレーする。（国会等特殊番組のために本来総合で流すべき時間帯にEテレへ臨時移動する場合もある。選抜期間中は、大相撲春場所のため、幕内の時間に合わせてEテレヘリレーする。後述）
リレー中継のきっかけとして、1974年の第56回全国高校野球選手権大会「鹿児島実業対東海大相模」の準々決勝が延長戦にもつれ、午後7時以後定時番組を放送する都合で総合テレビでの放送を打ち切ることになってしまい（ラジオ第1は定時ニュースを休止して中継を続けた）、視聴者からNHK鹿児島放送局に抗議の電話が相次いでしまい、急きょ7時のニュースを終えた同7:20から、NHK大阪放送局から裏送りをしてもらう形で、鹿児島向けの中継のみを行った。これがきっかけで、あくる1975年の第47回選抜高校野球選手権大会以後、総合-教育（Eテレ）の相互リレーを行うことになった。
その他、毎日放送/毎日新聞社系列のGAORAでも全試合を全国に中継し、決勝は近畿ローカル（決勝進出校の地元局がネットする場合あり）でMBSテレビでも生中継されている。（2002年までは全日程を放送していたが、後述の夏の大会とは違い、近畿地区の各独立（非ネット）テレビ局とのリレー中継は実施していない）
また、夏の全国高校野球は近畿地区では全国高校野球選手権大会中継として朝日放送テレビ（ABC）でも中継される。これは夏の全国高校野球が朝日新聞社主催のためである。なお昼の一部の時間帯は近畿地区の各独立テレビ局とのリレー中継となる。BSではBS朝日で、CSはスカイ・エーで朝日放送テレビ制作の中継がノーカットで放送される（スカイ・エーは当日ディレイ放送）。また朝日放送のホームページでインターネット配信によるライブ映像が無償で視聴できる。決勝戦と表彰式（閉会式）はテレビ朝日系列全局で放送されていたが、2015年の大会より同試合の地上波放送がネットワークセールス枠からローカルセールス枠へと変更されたことに伴い、同年はテレビ朝日のみ中継がされず、翌年以降は一部の系列局と衛星放送での放送となっている。
2010年夏の大会まではNHK衛星第2放送（1984年-1986年は衛星第1放送）でも放送された。当初は地上波との同時中継だったが、のちに開会式、開幕戦、決勝戦と、東京都と沖縄県の代表の試合に限り放送されるようになった。これは東京都の小笠原諸島と沖縄県の大東諸島に地上波の中継局がなかった ことによるものである。
この他、独立テレビ局のある県ではその県の予選大会も中継され、地区大会の準決勝以上となると地元のNHKテレビ(放送エリアが複数地区にまたがる地区では総合テレビで愛知県大会、Eテレで岐阜県大会というようにチャンネルを分けて放送している。決勝も同様)が放送し、地区大会の決勝戦はNHKテレビに加えて地元のテレビ朝日系列局による中継も行なわれる場合がある。
なお、民放テレビでの中継は1957年 - 1958年の2年間、大阪テレビ放送（現在チャンネルとしては朝日放送テレビが系譜）が春・夏を通して独占して放送していた。大阪テレビは現在の朝日放送、毎日放送が合弁出資し、新聞社資本も朝日・毎日双方から受けていた関係による。高校野球の審判員は高校野球審判員という資格が必要であり、各都道府県の野球連盟の審判部に登録されている高校野球審判員の中から各都道府県高野連理事の推薦により、甲子園に出場する審判が選ばれている。そのため審判員は元高校球児など野球経験者が多いが全てボランティアである。
春の選抜大会で優勝した年の夏の全国大会で優勝することを春夏連覇という。また、夏の全国大会で優勝した翌年の春の選抜大会で優勝することを夏春連覇という。春夏連覇や夏春連覇をすると、優勝校には2つの優勝旗が同時期に置かれることになる。過去に11例がある。
第1回は含まない。
高校野球主要四大大会（選抜・選手権・国体・神宮）全てを制覇した高校は以下の6校である。年は初優勝した年度。
2018年現在、春は福島・新潟・石川・滋賀・島根・佐賀の6県が、夏は富山県がベスト4に入っていない。
北海道は1959年から南・北に分割され、南北海道代表は函館（渡島・檜山管内全域）・小樽（後志管内全域）・室蘭（胆振・日高管内全域）・札幌（石狩管内全域）の4地区、北北海道代表は空知（空知管内全域）・旭川（上川・留萌管内中南部）・名寄（上川・留萌管内北部及び宗谷管内全域）・北見（オホーツク管内全域）・十勝（十勝管内全域）・釧根（釧路・根室管内全域）の6地区に分かれている。なお2006年まで空知地区は、南空知地区が南北海道・北空知地区が北北海道だった。少子化・過疎化に伴う学校数減少と南北北海道の学校数のバランスを取るために、2007年春季全道大会から南空知地区（南北海道）と北空知地区（北北海道）を空知地区として統一の上、北北海道に編入した経緯がある。
南北海道はかつては札幌地区に有力校が多かったが、進学校化や選手の分散・流出や駒大苫小牧を筆頭とする苫小牧近郊の高校の台頭も著しい。北北海道は旭川地区が圧倒的勢力で、十勝地区がこれに次いでいたが、空知地区の編入により、勢力が移りつつある。名寄地区のみが春夏通じて甲子園出場校を出していない。
かつて、北海道は、夏の駒大苫小牧の優勝まではベスト4進出が1928年の北海のみ、ベスト8進出は1931年の札幌商（南北海道）、1961年・1962年・1994年の北海（南北海道）と1995年の旭川実（北北海道）のみだった。春の代表は1963年に北海が、2015年に東海大四が準優勝、駒大岩見沢が1983年にベスト8、1993年にベスト4まで勝ち進んでいる。
駒大苫小牧が大会のチーム打率（チーム打率.448を記録）を更新する豪打で2004年夏に北海道勢として初優勝。その駒苫ナインを乗せた飛行機内では、深紅の大優勝旗が史上初めて北の大地へと到達することを記念して、キャビンアテンダントが「みなさま、当機はただいま津軽海峡を越えました。当機には高校野球の甲子園大会で優勝された駒大苫小牧高校の選手や関係者の方々にご搭乗いただいております。甲子園大会の深紅の大優勝旗も、ただいま初めて津軽海峡を越えました」と放送し、乗客はこぞって歓声を上げたという（駒苫の優勝時に発行された北海道新聞の号外では「大旗海峡渡る」と表記された）。続く2005年夏には57年ぶりの夏2連覇、そして2006年夏には優勝こそ逃したものの、決勝で早稲田実業と球史に残る死闘を演じ、延長15回引き分け再試合の末、準優勝。21年ぶりの夏3年連続決勝進出を果たした。
甲子園で北海道のチーム同士の対戦が今までに1度だけある。1994年夏の2回戦、北海（南北海道）対砂川北（北北海道）の試合であり、北海が10-1で勝利を収めた。この大会で、北海は北海道勢として夏は32年ぶりのベスト8進出を果たした。
旭川市より北側の日本最北端に近い地域の野球部として、1993年夏に稚内大谷、2004年夏に雄武、2005年夏・2006年夏・2011年夏・2012年夏に遠軽が北北海道大会決勝に進出したが、いずれも敗退した。2005年夏には日本最東端の根室と最北端野球部の稚内（日本最北端の礼文は野球部が無い）が北大会に出場したが、初戦で敗退した。
2018年現在、最北の出場校は遠軽（2013年春・21世紀枠）、夏では網走南ヶ丘（1967年夏）である。最東の出場校は中標津（1990年夏）である。
甲子園大会ではかつて東北地方以北からは優勝校が出なかったため、関東の高校が優勝して『箱根の関』を越えて以降は、歴史上の関所になぞらえて優勝旗が『白河の関』を越す・越さない、と象徴的に表現されてきた。
しかし2004年・夏の大会において、駒大苫小牧（南北海道）が全国制覇を成し遂げると、それまでの最北だった作新学院（栃木）を大きく更新し、優勝旗は白河の関どころか一気に津軽海峡をも渡り、高校野球史上初めて北の大地に達することとなった（北海道の欄参照）。駒大苫小牧の優勝後、白河市長が苫小牧市長宛てに祝福の手紙を送っている。
東北地方の高校は、2018年夏までに春夏合計で12回（春3回・夏9回）も決勝戦まで勝ち進んでいながら、未だ優勝したことは1度も無い。東北地方の学校が優勝していない原因については、北海道と同様の不利を挙げられることがある。実際、降雪期から隔たった秋季に行われる国体や明治神宮大会は、優勝校を出すことに成功している。国体でも1952年に盛岡商（岩手）が、明治神宮大会では1977年に東北（宮城）が、それぞれ東北勢として初優勝している。
白河関跡に建立されている白河神社は2009年以降、東北代表の6校に白河関の通行手形を送っている。
青森勢の初の決勝進出は1969年夏の三沢。決勝では松山商と延長18回引き分け再試合の激闘を繰り広げ、準優勝。
2011年は光星学院が青森勢としては夏選手権で42年ぶりに、さらに翌2012年春選抜では再び光星学院が青森勢として史上初の決勝進出をそれぞれ果たしたものの、いずれも決勝戦で敗れ準優勝に終わった。
さらに、同2012年夏も光星学院が3季連続で甲子園大会の決勝戦に進出。3季連続の決勝進出は、1983年夏から1984年夏のPL学園以来28年ぶりとなった。また、対戦相手は奇しくも同年春選抜優勝の大阪桐蔭（大阪）とだったが、同じ年の春夏の甲子園大会で決勝戦が同一カードとなるのは史上初だった。「三度目の正直」での優勝を目指した光星学院だった。その2012年夏の大会決勝戦を前に光星学院（現・八戸学院光星）の仲井宗基監督は「いつまでも（マスコミから）白河の関と言われないように結果を出したい」とコメントするほどであった。しかし、又しても大阪桐蔭に敗れて3季連続の準優勝に終わり、悲願の全国制覇はならなかった。
秋田勢は秋田中が1915年夏の第1回全国中等学校優勝野球大会に決勝に進出し準優勝。東北勢としては唯一、学制改革前の大会で決勝に進出している。
平成に入ると、1998年から選手権大会では13年連続初戦敗退という状況が続いた。
2018年夏に金足農が秋田勢として103年ぶりの決勝進出。決勝では大阪桐蔭に敗れるも、準優勝を果たす。
選抜では1960年の秋田商のベスト4が最高成績。
2009年春に花巻東が決勝に駒を進めたが、紫紺旗を長崎にもたらした初の高校である清峰に敗れ、準優勝。翌日の一部スポーツ紙には「津軽海峡は渡ったけどまだ越えられない白河の関」という見出しがつけられた。
選手権での最高成績はベスト4に進出した盛岡中（1917年・1919年）花巻東（2009年・2013年）。
山形県のみ、東北の県の中で春夏とも決勝進出経験が無く、2005年春の羽黒、2013年夏の日大山形のベスト4が最高成績である。
1985年夏に出場した東海大山形がKKコンビ擁するPL学園に7-29の惨敗を喫している。
仙台育英（1989年夏・2001年春・2015年夏）・東北（2003年夏）と4度決勝に進出しているが、接戦の末、何れも準優勝に終わっている。
2007年より選手権大会は聖光学院の独占状態になっている。
福島勢の最高成績は、1971年夏の磐城の準優勝。
関東の学校が全国制覇を成し遂げ優勝旗がその学校にもたらされることを、江戸時代の交通の難所（あるいは関所）になぞらえ「箱根の関を越える」と表現することがあった。初めて「箱根を越した」のは1916年の夏の大会の慶應普通部（東京）、その後1949年の夏の大会の湘南（神奈川）が達成した。
1916年夏に慶應普通部の優勝から湘南の優勝まで33年間の空白があるが、これが関東勢（東京都含む）にとって最長である。
春の優勝は1957年の早稲田実（東京）が最初となった。以後、1962年に作新学院（栃木）が史上初の春夏連覇を達成し、ここで関は箱根から白河に移った。2004年夏に駒大苫小牧（南北海道）が優勝するまでの間、最北端の優勝校だった。
茨城県勢の優勝は3回（夏2回、春1回）だが、いずれも木内幸男率いるチーム（取手二及び常総学院）によりもたらされたものである。
栃木県勢の優勝は3回（春1回、夏2回）。その3回は1962年に作新学院が同一年度に優勝し、史上初の春夏連覇を達成した、2016年夏に2回目の優勝を果たした。準優勝は3回（春2回、夏1回）。
群馬県勢の決勝戦進出は春夏通じて過去4回。1999年、夏選手権に群馬代表で初めて決勝進出の桐生第一が、群馬県勢として念願の全国制覇を達成した。2013年夏には、前橋育英が初出場・初優勝を達成。なお、春選抜は準優勝の桐生（旧・桐生中）が2回のみで、群馬代表として春の優勝はまだ一度も無い。
2017年まで関東1都6県の内、埼玉県勢のみ夏の優勝がなかったが、同年に県勢3度目の決勝進出となった花咲徳栄が初めて夏選手権を制した。なお、春選抜は1968年に大宮工、2013年に浦和学院がそれぞれ全国制覇を達成している。
千葉県勢の決勝戦進出は春夏通じて過去8回（夏6回、春2回）。春の決勝戦進出は過去2回有るが、いずれも準優勝に終わっている。なお、夏選手権では1967年と1975年に習志野、1974年に銚子商がそれぞれ全国制覇を達成した。
山梨県勢は、春夏通じて決勝戦進出の経験がない。春は甲府商（1967年・第39回）、東海大甲府（1987年・第59回、1990年・第62回）、市川（1991年・第63回）と、過去4回ベスト4進出を果たしたが、全て準決勝で敗れている。夏でも、東海大甲府が過去3回（1985年・第67回、2004年・第86回、2012年・第94回）ベスト4に進出したが、いずれも準決勝で敗退し決勝進出は果たしていない。
東海4県はいずれも春夏の両方で最低1度の優勝経験がある。近年はベスト4以上に勝ち進むことはそれほど多くないが、かつては中京商（現・中京大中京）の夏3連覇や1932年から1936年にかけて春に東海勢が4年連続優勝するなど輝かしい成績を収めていた。
北信越地方（新潟県・長野県・富山県・石川県・福井県）は、長野の松本商（1928年夏）と飯田長姫（1954年春）、福井の敦賀気比（2015年春）の3校が優勝校。
なお2014年夏には、北信越地区の5校が初の全校初戦突破を果たしている。
新潟県勢は、優勝なし。準優勝は2009年夏の日本文理。なおこの時、47都道府県すべて春夏のどちらかでベスト4進出を果たしたこととなった。春は2006年に県勢初勝利を挙げた日本文理のベスト8進出が最高。
長野県勢は、1928年夏に松本商が、1954年春に飯田長姫がそれぞれ優勝。準優勝は、春2回（1926年・1991年）、夏3回（1919年・1924年・1930年）。なお明治神宮野球大会では2度優勝（1979年東海大三、1985年松商学園）、国体では1度優勝（1991年松商学園）している。
富山県勢は、優勝なし。準優勝もなし。春は新湊のベスト4進出、夏は過去に6回（1947年・1958年・1967年・1969年・1973年・2013年）のベスト8進出が最高。
石川県勢は、優勝なし。準優勝は1995年夏の星稜。春は金沢（1964年・1966年・1990年）、星稜（1992年・1995年・2018年）、日本航空石川（2018年）と過去7回のベスト8進出が最高。なお明治神宮野球大会では2度優勝（1980年、1991年ともに星稜）、国体では1度優勝（1992年星稜）している。
福井県勢は、2015年春に敦賀気比が優勝（北陸勢としても春夏通じて初の全国制覇）。準優勝は1978年春の福井商。夏は若狭（1969年）・敦賀気比（1995年・2014年)・福井商（1996年）と過去4回のベスト4進出が最高。なお明治神宮野球大会では2度優勝（1973年若狭、1974年福井商）、国体では1度優勝（1968年若狭）している。
滋賀県を除く5府県は春夏の両方で最低2度優勝経験があり、かなりの強豪地方である。近畿地方の高校同士の決勝戦も何度か行われている。
甲子園のお膝元である近畿地方に属するものの、滋賀県勢は近畿勢で唯一2018年現在春夏とも優勝校がない。滋賀県はかつて夏選手権大会の区分が、1915 - 1972年まで京都府（京津・京滋大会）と、1974 - 1977年まで福井県（福滋大会）と、各2府県と合わせての代表だったが、滋賀県勢の出場が非常に少なかった。滋賀県勢が夏の大会でようやく初勝利を挙げたのは、1979年・第61回大会の比叡山で、47都道府県では最後であった。2001年・第83回大会、夏選手権で近江が春夏通じて滋賀県勢初の決勝進出を果たしたが、決勝では日大三に敗れて準優勝となった。なお春選抜は、八幡商（1957年・1962年・1993年）と近江（2003年）と滋賀学園（2016年）が過去5回のベスト8進出が最高位である。
山陽地方は、岡山県のみ夏の優勝がない。
山陰地方（鳥取県・島根県）の高校も、甲子園大会優勝経験が未だ一度もない。
2016年夏までの甲子園での通算成績は、鳥取が57勝97敗（春：19勝26敗、夏：38勝71敗）、島根は40勝91敗（春：11勝31敗、夏：29勝60敗）と大きく負け越している。
鳥取県・島根県については、草創期には何度か上位進出があるものの、日本高野連が公表している統計（2014年度）によると鳥取県の高校野球部員数は47都道府県で最少となっている。ただし島根県に関しては徳島県や高知県の方が部員数は少ない。
2018年現在まで山陰地方から決勝進出を果たした学校は、1960年春で準優勝した鳥取の米子東のみである。また2003年夏では、島根の江の川（現・石見智翠館）が、島根県勢として80年ぶり（80年前は松江中＝現・松江北以来）にベスト4に進出した（準決勝戦、1-6で宮城・東北高校に敗退）。
さらに鳥取県勢の夏選手権では、鳥取中・鳥取一中（現・鳥取西。1916年・1920年・1924年・1929年）及び米子東（1956年）と過去5回のベスト4進出が最高位。島根県勢の春選抜では、松江商（1961年）及び大社（1983年）のと過去2回のベスト8進出が最高位である。
四国4県も全て春夏の両方で最低1回優勝経験があり（徳島県のみ夏の優勝は1回で他は2回以上優勝している）、全国的にも強い地方と言える。
徳島県だけは、2018年現在私立高校の甲子園出場がない。理由のひとつとして徳島県内に私立高校が3校しかなく、3校のうち硬式野球部があるのが生光学園1校だけということが挙げられる。また、2013年夏に富山第一が富山県の私立高校として初めて甲子園勝利を収めたため、私立校の甲子園勝利がないのも徳島県のみとなった。
九州・沖縄では1947年の夏の大会で小倉中（福岡）が優勝し、深紅の大優勝旗は初めて関門海峡を越え、それまでの最西だった松山商（愛媛）を更新した。小倉中学の春の選抜準優勝に続く夏の全国制覇は九州地区の中学校の野球熱を一段と高めた。この機運に乗って朝日新聞西部本社の運動部長芥田武夫は全国に先駆け、全国中等学校野球連盟九州支部を組織し、秋に第一回九州大会を鹿児島の鴨池球場で開催した。九州大会は大成功を収め、他の地域も翌秋から地区大会を開催するようになる。この秋の地区大会での成績が以後、春の選抜大会出場校を決める際の重要な選考基準になる 。春の大会では1958年の済々黌（熊本）が達成。その他1967年春に津久見（大分）、1994年夏に佐賀商（佐賀）、1996年春に鹿児島実（鹿児島）、1999年春に沖縄尚学（沖縄）、2009年春に清峰（長崎）が優勝し、それぞれ県勢初優勝を果たした。2010年には興南が九州・沖縄勢として初めての春夏連覇を達成。
九州では宮崎だけが春夏通じて優勝がないが、1999年度の明治神宮野球大会で日南学園が優勝している（#宮崎県を参照）。九州のみで春夏共に優勝しているところは大分（津久見が春夏共に1度優勝）だけで、福岡・佐賀は春の優勝がなく、長崎・熊本・鹿児島は夏の優勝がない。
佐賀県は春において、1955年大会で佐賀商（高田に1-4で敗退）と、1989年大会で龍谷（横浜商に2-13で敗退）が、共にベスト8進出が現時点の最高成績である。
長崎県は夏において、1952年大会で長崎商、1976年大会で海星、2007年大会で長崎日大がベスト4進出（佐賀北に0-3で敗退）が現時点の最高成績である。
宮崎県は2013年夏において、延岡学園が決勝進出（前橋育英に3-4で敗れ準優勝）するまで、九州で唯一決勝進出経験が無かった。春では、1984年大会で都城がベスト4進出（PL学園に延長11回・0-1xでサヨナラ敗退）が現時点の最高成績である。
沖縄はアメリカ管轄下にあった1958年に初出場。1988年の国体で沖縄水産が優勝した他、1999年春で沖縄尚学が沖縄勢として初優勝、優勝旗は海を渡り翌日の新聞紙面も「優勝旗が海を渡る」などと表現した。また、それまでの最南端優勝校だった鹿児島実（鹿児島）を更新した。2010年に興南が沖縄勢として夏の初優勝と史上6校目の春夏連覇を達成した。
沖縄では夏の大会では1977 - 78年に宮古、1988年に八重山がそれぞれ県大会準優勝とあと一歩のところで甲子園出場を逃しているが、2006年夏に八重山商工が出場（同年選抜で沖縄県の離島勢として初めて出場した）し、2勝を挙げている。
八重山商工の他、沖縄本島以外の「島」からは久賀（山口：1962年春、1999年夏）、隠岐（島根：2003年春）、洲本（兵庫：1953年春、1975年夏、1986年春、2012年春）、佐渡（新潟：2011年春）、大島（鹿児島：2014年春）、小豆島（現：小豆島中央）（香川：2016年春）が甲子園に出場している。
離島による甲子園優勝は沖縄本島を除くと、1953年春の洲本のみである。
第二次世界大戦前は、日本領である台湾、朝鮮、満州租借地といった外地の学校も予選および全国大会に参加していた（春は台湾のみの参加）。1921年の夏の第7回大会に釜山商（釜慶高等学校）（朝鮮）、大連商が外地の学校として初出場していた。準優勝した例もあったが戦後、台湾・朝鮮・満州らは日本領では無くなったため参加がなくなった。
日本高等学校野球連盟（高野連）の大会参加資格規定では、「参加チームは、その学校の代表であることを要する」としており、原則として1校1チームでの出場が求められるが、本校との距離等の問題で本校と同一チームと出来ない分校は高野連に単独加盟することができる。この例が適用され、都道府県大会に参加した学校は複数存在するが、実際に全国大会に出場した経験を持つ学校は、1997年の選抜大会に出場した和歌山県立日高高等学校中津分校のみであり、夏の選手権大会に出場した分校チームはない。
また、1997年の規約改正で全国高等学校体育連盟の定めた指針に準じる形で、学校が統廃合される場合に限り各都道府県高野連の承認を得た上で、新旧学校による連合チームの出場が認められるようになった。同年の高知大会では高岡宇佐・高知海洋の連合チームが出場した。逆に野球部側の希望で連合解消もできる。また、2011年には東日本大震災に被災して部員数が減少した高校同士による連合チームの出場を容認する特例措置を設けられていた。2012年夏の選手権地方大会からは条件が大幅に緩和され、部員が8人以下の学校同士による連合チームの結成や部員を他校から借りるケースが認められるようになった。
これらの形で各都道府県大会に出場する連合チームがあるが、春・夏の甲子園に出場した連合チームはまだない。
全国大会が発足してしばらくは、大学野球経験者が大会に出場することがあった。また初期の選抜中等野球では、年齢制限がなかった。
1918年、全国大会に出場した慶應普通部（東京）の山口昇は、慶應義塾大学の選手として大学野球経験があった。山口は全国大会出場時は中学5年だったが、当時の大学野球の規約では系列校であれば大学生でなくても大学野球に出場できた。また、1920年、全国大会に出場した豊国中（福岡）の小方二十世は出場時19歳であり、法政大学の選手として大学野球経験があった。当時の中学野球の規約では選手の年齢制限はなく、在籍生を学校長が代表選手と認めればどんな選手でも出場できたため、このような現象が起こった。
1922年に規約改正が行われ、以降は大学野球経験者が出場できなくなった。
1927年の第4回選抜大会に田部武雄が、広陵中の投手として21歳で出場している。田部は同年夏の選手権大会には、「年齢制限」ではなく「他チームでの在籍は1年のみ」という制限に引っ掛かり出場できなかった。また、1931年の夏の選手権大会に上松耕一が嘉義農林の選手として26歳で出場している。
戦後も年齢制限を超えながら出場特例が認められ、甲子園に出場した選手が何人かいる。の夏大会で甲子園に出場した米子東（鳥取）の長島康夫は、外地からの引揚者であり大会出場時には19歳になっていたが、高野連は事情を考慮して、予選1ヶ月前に特例を設けて長島の出場を許可している。その後、中学卒業後に1年以上何らかの事情で高校に進学できなかった選手に関しては、満19歳でも出場資格が得られる規則になっている。の春大会で甲子園に出場した明徳義塾（高知）の森岡エーデル次郎は、ブラジルからの帰国子女のため学年がずれ、大会出場時には満19歳（20歳になる年度）になっていたが、特例が認められ出場した。この森岡は1980年の早生まれだが、ブラジルの中学を卒業後に日本の高校野球を目指し、祖父母ゆかりの高知県に渡った。そこでひとまず日本語習得の為に明徳義塾中学校に編入した。そして1997年度に明徳義塾高に入学した際、学校側が早生まれを見落として選手登録（森岡は1979年度の生まれだが1980年度生まれと誤認）をし、また高野連もそれに気付かずに許可を継続していたので、いわば過失相殺の意味があっての正に特例中の特例と言える。その為、森岡は在校3年目だが、その3年目となる1999年センバツ以降の公式戦は出場できなかった。この1999年センバツ2回戦、敗北した海星戦が最後の公式戦となった。森岡のように帰国子女生徒の学年が2学年ずれるのは非常に稀であった（2005年春に羽黒の主戦投手として出場した新3年生の片山マウリシオは1987年1月生まれの早生まれだったが、これまでの日系帰国子女選手には早生まれの選手が目立った）。
その後も1983年春夏の仲田幸司や2010年春の大湾圭人（ともに興南）、2004年春の蕭一傑（日南学園）、2014年春の蔡鉦宇（八戸学院光星）など、19歳になる年度（4月1日時点で満18歳）の大会に出場した選手は何人かいる。東筑や米子東など、地方の進学校の3年生選手には、19歳になる年度の大会への出場が過去に見られた。
前述の森岡の一件から規則が一部改められた。中学卒業の翌年度に何らかの理由で高校に進学せず、高校入学が通常より2学年遅れとなる18歳になる年度（4月1日時点で満17歳、中学卒業までに原級留置が2年あった場合を含む）になった選手は、高校2年の学年末まで試合出場可と改められた。ただしセンバツ大会では、前年度の大会でもあり新年度の大会でもある側面を持つ為、最長で新3年生となる年のセンバツ大会決勝まで出場可となった。森岡が出場した海星戦は、文字通り新年度となる4月1日に行われたが、今後2学年ずれて入学した選手が学齢で最も早い誕生日となる4月2日生まれの選手であった場合、センバツ大会で上位に進出すれば20歳で出場することもあり得ることになる（この制度が設置される以前の2学年遅れの高校入学者としては林威助が知られており、林威助もまた早生まれである）。
中学卒業の翌年度に何らかの理由で高校に進学せず、高校入学が通常より3学年遅れとなる19歳になる年度（中学卒業までに原級留置が3年あった場合を含む）になった選手についての取り扱いは、特にされていない。
規約では高野連に部員登録をしたことがある生徒が、正当な理由（廃校や家族を伴う転居など）以外で転校した場合、新たな学校への転入の日から1年間は公式戦に選手登録することができない（前学校で高野連に部員登録がない場合は登録可能）。部員登録をしたことがあっても中退・再入試を経て別の学校に入学すれば、公式戦に出場できる。ただしこの措置は、公式戦における通常（3年夏まで）の選手登録を保証するものではなく、選手登録は高等学校または高等学校に準ずる学校への在籍期間が3年以下の選手に限り認可される。例えば1年の途中で中退し、翌年度別の学校に入学すると、3年の選抜大会に出場しない限り2年秋までしか選手登録はできない（前述の大湾や蕭はこれに該当する。また前学校に野球部が存在しない場合は除く）。同様に、同じ学校内で軟式から硬式、硬式から軟式への転部した場合も、1年間公式戦に選手登録できない（部員不足の部の救済などの場合を除く）。
家庭の事情を考慮した特例（一家転住）もあるが、過去には1998年秋季中国大会で開星は一旦は優勝を果たしたが、試合に正選手として出場していた選手2名（ともに1998年1月に埼玉県より転入学）が、選手登録できない選手（1998年3月に家族とともに島根県に住民票を移していたが、家族は選手が1998年5月に選手登録されてすぐに埼玉県に住民票を戻しており、家庭の事情とは言い難い）と判明し、この2選手が出場した秋季中国大会優勝までの14試合の記録と秋季中国大会優勝が取り消されたことがある。
現在、1人の選手が甲子園に出場できる回数は最大5回まで。しかし、学制改革前は旧制中学が5年制のため6回以上甲子園に出場することが可能であり（ここには学制改革が行われた直後の高校生を含む）、理論上は1人の選手が9回出場することが可能だった。1人の選手による最多出場回数は小川正太郎（和歌山中、現・和歌山県立桐蔭高校）の8回が最高。学制改革後に、5回すべてに出場した選手は荒木大輔（早稲田実・1980年〜1982年、のちヤクルトスワローズ）、小沢章一（早稲田実・1980年〜1982年、荒木と同期の選手）、清原和博（PL学園・1983年〜1985年、のち西武ライオンズ他）、桑田真澄（PL学園・1983年〜1985年、のち読売ジャイアンツ）、梅田大喜（明徳義塾・2002年〜2004年）、鶴川将吾（明徳義塾・2002年〜2004年）、道端俊輔（智弁和歌山・2009年〜2011年）などがいる。
現在では甲子園での最後となった試合の後に選手が土を拾って持ち帰ることが伝統となっているが、いつごろに定着したかははっきりしていない。定着する以前の具体的な持ち帰り事例には以下の3例がある。学校や指導者の方針によっては土を持ち帰らないことがあり、監督として春夏通算10回出場した野々村直通は試合に敗れても選手に土を持ち帰らせなかった。また出場機会を残す選手が「次も来る」という意思表示で個人的に持ち帰らないケースもある。
1958年当時の沖縄はアメリカ統治下にあった。その夏の大会で、春夏を通じて初めて沖縄から首里が出場。1回戦で敦賀（福井）に敗戦し、試合終了後に甲子園の土を拾った。しかし検疫の関係で沖縄に持ち帰ることができず、帰郷後処分されたという。外国の土・動植物を検疫を経ずに持ち込む事はどこの国でも法で禁じられているが、沖縄以外のもの（外国や日本本土も含めて）という理由での処分にも関わらず、那覇港の沿岸に捨てられている。なお、那覇港にてアメリカ人職員が高圧的に没収したわけではなく、沖縄の係官が申し訳なさそうに「規則なので…」といった感じでの没収だったため、申し出ずに土を持ちかえった高校生もいたという。それを知った日本航空の客室乗務員有志らが、球場周辺にあった海岸の石を拾い首里に寄贈。同校庭に、今も甲子園初出場を記念した「友愛の碑」というモニュメントとして飾られている。また、これがメディアで扱われ、沖縄返還運動を加速させる一端ともなったという。
土を持ち帰るのは敗者だけとは限らず、決勝戦出場校は表彰式等のその後のプログラムが全て終わった後、グラウンドから引き揚げるときに土を持ち帰る。
日本のアマチュア野球では、その機能が設置されている野球場の場合、プレイボール時とゲームセット後の挨拶時に、ほとんどの場合モーターサイレンが吹鳴される。甲子園球場での高校野球大会では、春・夏を問わず球場の開場時間、プレイボールとゲームセット後に長吹鳴の、また試合直前のシートノック（守備練習）開始・終了時に短吹鳴のサイレンが吹鳴される。高校野球では決勝戦を除いて、最低でも1日に2試合を行うため、試合待ちの選手や担当係員への伝達のためにサイレンが必要となっている。
アマチュア野球にモーターサイレンが導入された経緯については、詳しくわかっていない。ただ、1937年第23回選手権大会は盧溝橋事件が始まった直後に開会されたため、試合の開始・終了はサイレンを使用せず、進軍ラッパが代用された。
その他、夏の全国高校野球選手権大会期間中の8月15日（終戦の日）の正午には、黙祷を行うため1分間にわたってサイレンが鳴らされる（1963年の第45回大会から）。ただし、正午が試合中でない場合はこの限りではなく、観客の安全面を考慮して試合開始直前に鳴らされており、2010年は12時7分、2014年は12時15分、2016年は12時6分に鳴らされた（各年とも、3試合開催日の第2試合開始前）。なお、当日の試合が中止になった時は黙祷は行われない。
100回記念大会ではレジェンド始球式と称して、大会期間中の第1試合前の全てにおいて始球式を行なったため、第1試合開始時にはプレーボールのサイレン吹鳴は行われなかった。
兵庫県大会や近畿大会でもかつては阪神甲子園球場が使用されたことがあり、全国大会出場歴がなくても地方大会として同球場でプレーしたことのある学校や選手も存在する。
阪神甲子園球場が完成した翌年の1925年（第11回）から地方大会に使用されており、この年から1928年（第14回）までは兵庫県大会の試合全てが阪神甲子園球場で行われた。兵庫県の球児は本大会より一足先に完成されたばかりの阪神甲子園球場でプレーしていた。その後も兵庫県内の球場事情や立地条件が重なり、たびたび阪神甲子園球場が県大会の予選会場として使用されてきた（但し外野席は開放せず）。兵庫県高野連としても、甲子園が『聖地』という認識はなく、「どちらかと言えば、兵庫県としては明石が特別で、甲子園は『その他の県下の球場の一つ』」という認識であった。
ただ、元々地方大会が行われる7月はプロ野球・阪神タイガースが全国大会期間中に遠征に出る（いわゆる長期ロード）前に集中して主催試合を行うことから地方大会の会場としての日程の確保が難しかった上に球場使用料の問題があったこと、加えて後に（淡路島も含めて）兵庫県下各地に多数の野球場ができたことから、阪神甲子園球場を県大会で使用する必要性が薄れたことで頻度は徐々に減っていった。
元々「なぜ地方大会を甲子園でやるのか」という声はあったが、決定的だったのは、2004年の県大会で阪神甲子園球場が使用された当日に試合をした学校がその日の全国放送の番組で取り上げられ、さらに試合風景として阪神甲子園球場が映っていたことだった。放送翌日は兵庫県高野連に抗議の電話が殺到したため、上記の2004年を最後に予選会場としては使用されていない。
選抜・選手権ともに大会の開幕前に、出場が決まった全代表チームによる阪神甲子園球場での事前練習（通称：甲子園練習）が行われる。大会開幕までに阪神甲子園球場のグラウンドの雰囲気を事前に確かめさせるという目的があり、大会開幕の概ね一週間前から、移動が容易な兵庫県や大阪府など主に近畿地方のチームから指名され順次行われている。1チームの練習に参加できる人数は選手・監督・部長・マネージャー等を含めて35人まで、割り当て時間は概ね30〜50分程度で、当日はバックネット裏の座席が開放されているため一般客も無料で練習風景を見学できる。ただし雨天などでグラウンドでの練習が中止となった場合は、代わりに隣接する室内練習場での調整となることもある（室内練習場には一般客向けの見学スペースはないため、この場合は非公開となる）。
なお、夏の選手権大会については、プロ野球阪神タイガースの公式戦日程との関係で、日にちによっては午前中のみとなる場合がある。また、1998年の第80回と2008年の第90回、2018年の第100回の各記念大会、および2015年の第97回（高校野球誕生100周年記念）では、それぞれ日程上の都合で甲子園練習が行われず、代わりに施設見学が行われた。第97回大会の施設見学会では出場チームごとに15分ずつの時間が与えられ、通常の甲子園練習と同じ要領のユニフォーム、またはその学校の制服を着用してグラウンドに下りてもらっての確認作業（ただし出場登録を済ませている選手に限る）と、球場各施設を見学する形を取っていた。第100回記念大会も同様に、各チーム15分ずつの時間が与えられ、選手たちがユニホーム姿でグラウンドに下りてその雰囲気を確認するなどした。
試合で勝負を決した後、勝利校の校歌演奏と校旗掲揚が行われている。
これを発案した人物は、大阪毎日新聞の記者だった人見絹枝である。人見は1928年のアムステルダムオリンピックの女子800mで日本女子陸上初となる銀メダルを獲得しており、このときの表彰式での国歌演奏・国旗掲揚に感激してこれを発案、1929年の春の第6回大会から始められた。最初に校歌演奏と校旗掲揚を行った学校は、八尾中（大阪）だった。阪神甲子園球場での全国大会では、阪神園芸の職員が校歌のテンポ・長さに合わせてスコアボードの裏で手動で掲揚している。
夏の大会での勝利校の校歌演奏と校旗掲揚は、春の大会より28年遅れて、1957年の第39回大会から始められた。。
雨天コールドで勝利した場合、雨に濡れた選手や応援団の体調を考慮し、校歌演奏を省略することがある。また引き分け再試合が決まった場合は両校の校歌は当然のことながら演奏されない。
こうした校歌演奏等は勝利校のみを対象に始められたが、1999年の第71回選抜大会から春・夏の各甲子園大会の初戦の試合中（2回表裏前）に両校の校歌が場内に流されている。千葉県など一部の地区ではこれに倣い、初戦のみならず全試合において2回に両校の校歌を流しているほか、試合前のシートノック中に校歌を流す地区もある。
7回裏の後、校旗が一旦降納され、試合終了後に勝利校の校旗が掲揚される。
夏の甲子園では主催者側が男声合唱による音源を用意するが、センバツや夏の地方大会では学校側のものが使われる。
センバツのみスコアボードに歌詞が表示される。
済美（愛媛）のように、校歌が制定されているが別の応援歌や学園歌が演奏されることもある（済美は女子校から共学化したのを機に「学園歌」が制定された）。
なお、大学の系列・係属・提携校で高校独自の校歌が未制定である場合、母体の大学の校歌が演奏されることがある（近大付や駒大高、駒大岩見沢、駒大苫小牧等）。また同じく独自の校歌を持たない天理（奈良）の場合は「天理教青年会歌」が演奏される（ただし、2009年から同歌が正式に同校の校歌に制定された）。校歌未制定かつ大学系列校でもない場合、夏の選手権大会では大会歌の「栄冠は君に輝く」が演奏される。こうした学校や校歌に相当する楽曲の呼称が「校歌」ではない学校（済美の「学園歌」、天理の「青年会会歌」、慶應義塾系列校の「塾歌」、国士舘の「舘歌」など）においてもアナウンス上は「校歌」で統一される。
校歌が一定の長さ以上の場合、省略したものを用いる場合がある。最近では済美、千葉経大付などが該当する。また沖縄水産や鹿屋中央（鹿児島）は校歌3番を斉唱している（鹿屋中央は、校名が3番にしか入っていないことが理由）。花咲徳栄（埼玉）の校歌は1〜4番でそれぞれ春夏秋冬を題材にしており、春の大会では1番、夏の大会では2番、秋の地区大会では3番を斉唱する。連合チームの場合は試合ごとに1校の校歌のみを演奏する。
また甲子園大会において大会本部の不手際により、本来のものとは異なる校歌が流れたり、校歌が途中で止まってしまった場合がある。
高校野球の全国大会は春と夏で年2回あるが、両大会の優勝校同士による決戦試合が1回行われたことがある。
1927年、春優勝校は和歌山中（和歌山）で夏優勝校は高松商（香川）だったが、阪神間のファンから「ホンマに強いのはどっちやろ。試合やらしてみればどうや」という声があがり、同年11月6日に大阪の寝屋川球場で両校による決戦試合が行われた。この試合は7対4で高松商が和歌山中に勝利した。
翌年度のチームではあるが甲子園大会でも、1961年の選抜大会決勝で前年春優勝の高松商と前年夏優勝の法政二が対戦し、4-0で法政二が勝利し夏春連覇を果たした。
選抜大会では出場対象の学年が2学年しかないことから、部員の総数がベンチ入り選手制限に満たない高校の快進撃が時折起きた。有名処では1974年の池田（徳島…部員11人で準優勝）、1977年の中村（高知…部員12人で準優勝）があり、1987年は大成（和歌山）、2017年は不来方（岩手…21世紀枠での出場）が部員10人で選抜大会に出場した。
従来は蔦文也のようにプロ球団退団後1年間を経るなどすれば監督登録されることが可能だったが、1962年に規定改正（柳川事件を参照）が行われて以降、プロ野球経験者がアマチュア野球の監督に就任することは、相当な困難を伴うことになった（高校野球では1984年に指導者としてのアマ復帰が可能となったが、元プロ野球選手が高校野球チームを指揮する場合、少なくとも高野連加盟の同一高校で10年以上教職員として教鞭をとった上で、日本学生野球協会主催の審査により高校野球指導者としての認定を受けなければいけなかった。その後1994年には5年、1997年には2年と短縮された）その後教員免許や教職経験が無くとも指導が出来るようにプロ・アマ間で検討が行われ、2013年7月1日からは学生野球協会と日本野球機構が実施する学生野球資格回復研修会を修了し、学生野球協会の認定を得れば高校生の指導が可能となった。
保護者と同居し中学校に在学していた都道府県から、公立・私立を問わず遠方の都道府県の特定の学校へ進学をする例、あるいは「スポーツ推薦」で他地域の高校へ進学する例が増えた。これらは一般的に「野球留学」と称されるが、高校野球における野球留学は「保護者が同居する自宅からの通学者以外の者」、を言い、他の都府県の中学校出身の生徒であっても保護者が同居する自宅からの通学者は越境通学であり、地元の高校に進学した選手でも親元を離れ寮や下宿で生活をする者は全て野球留学となる。
これは戦前から佐藤平七（育英商）、沢村栄治（京都商）のように野球留学する例や、学校自体が多くないため仕方なく遠方の学校に進学し野球部に入部する例などがあった（当時は進学を機に本格的に野球を始める例が多かった）。1990年の第62回選抜大会で複数の出場校で選手の半数以上が県外の生徒だったことから、選抜大会終了後に行われた衆議院の文部教育委員会で社会党の沢藤礼次郎議員が野球留学について触れ、こういう事（野球留学）は果たして良いのかと文部省に質問した。文部教育委員会の議論を受け高野連は1990年5月、高校側から中学生の勧誘を戒める通達を出している。
以前、高野連が県外から入学している生徒にその理由を尋ねたところ、高校数・生徒数が少ない都道府県の学校に入学すれば、全国大会に出場する難易度が低くなることを理由として挙げた生徒が一番多く、次に多かったのが学校の環境や施設の充実、良い指導者（監督）がいるためを挙げ、学費や寮費の減免や高校側からの勧誘を挙げた生徒は3番目、4番目に多い答えだった。また2007年に行われた高校野球特待生問題有識者会議でも全国大会に出場する難易度が低くなることや学校の環境や施設の充実を理由に野球留学をすることは問題視していない事が明らかにされている（野球留学をしたからといってチームのレギュラー入りや全国大会出場が簡単に出来るわけではないので）。
日本学生野球憲章で禁じられている（教育基本法や学校教育法では禁止していない）はずの野球による特待生制度が報じられたこともある。2007年春には高野連と朝日新聞社が、特待生の糾弾と根絶をめざすキャンペーンを始めたが、有識者からの反対意見や、生活困窮者がやむを得ず学費や寮費の減免がある学校へ特待生として進学した現状を高野連も考慮、結果として、高野連や朝日新聞の意図とは逆の方向に日本学生野球憲章が改変され、特待生は条件付きで容認することになった。ただし、前述の特待生の糾弾と根絶をめざすキャンペーンの対象は特待生全体ではなく、生徒たちを有力高校に斡旋し金銭を得ていたブローカーの問題や有力校からの勧誘を歓迎する一部の保護者たちであった。また高野連は特待生制度の改革を理由とした転校者、退学者を出すことは改革の本末転倒になるとし十分な緩和措置を講じた結果、転校者、退学者は一人も出なかったとしている。
公立校では体育科を設置しスポーツ推薦を行ったり、商業科など実業系の学科や総合学科に選手を集めるなどして強化を行っている。また一般的に進学校とされる学校の中には秋田、静岡、今治西のように、一般推薦の中に「野球部枠」のある学校も存在する。強豪校の監督の中には福井商・北野尚文、池田・蔦文也（蔦に関しては、徳島県教育委員会が池田高校の全日制と定時制を交互に異動させていた）のように、教員でありながら長年にわたり同じ学校で指揮を執り続けるケースもある。また、観音寺中央が他県出身の中学生を3年次に地元中学に転校させたり、鵡川が同一都道府県における通学圏外の選手を多数入部させるなどしていた（2002年春に21世紀枠で出場した際はベンチ入り16人中10人が地元・胆振支庁の出身ではなかった）というケースもある。
中高一貫校では中学3年の夏の大会終了後に高校の野球部の練習に参加できる特例がある。
出場校の不祥事（暴力事件やその他の問題行為、出場選手の期末試験免除等学校側の規約違反など）により地方大会、及び全国大会の出場を辞退するケースがある。これらは後日高野連からの処分も受けることもある。また地方大会では規定人数未満などやむを得ない理由で出場を辞退したケースもある。全国大会では第8回の新潟商が出場直前に急病人が続出し、出場を辞退している。以下は選抜大会・選手権大会における全国大会出場決定後に辞退した学校の一覧。
夏の大会から10年後に春の大会が始まった。回を重ねるごとに春夏の甲子園出場の高校が増えてくる一方で、夏の甲子園しか出場できていない高校もある。原則1府県1校の夏と違い、春は1地区2、3校と甲子園の出場枠が狭いため、特に夏に比べ枠の数が少ない地区で顕著である（例：東北地区）。
新潟の中越は1978年夏に甲子園へ初出場を決め、2018年夏に新潟県勢最多の11度目の夏の甲子園出場となったが、春の甲子園には一度も出場していない。また岩手の福岡も1927年夏から1985年夏まで10度甲子園に出場しベスト8進出も2度あるが、春の甲子園には一度も出場していない（1928年と1929年には、選抜されたが予算不足で辞退）。夏の甲子園に2ケタの出場経験があり春出場なしというのは福岡と中越の2校しかない（戦前は満州・朝鮮・台湾からも出場があり、満州の大連商が夏12回出場し準優勝もありながら、春の出場がないという例がある）。長年福岡が春未出場の夏の甲子園最多出場校として知られていたが、2018年に中越が抜いた。
夏の出場回数の方が極端に多い高校は他にもあり、青森の青森山田は夏は2004年から2009年までの6年連続で出場し、計10回出場して11勝をあげているが、春の出場は2005年・2016年の2回のみで、いずれも初戦敗退に終わったため春は未勝利である。2ケタ以上の甲子園勝利がありながら春の勝利がない学校は2017年現在、青森山田と沖縄の浦添商（出場1回）だけである。
主に夏に強い学校を「夏将軍」「夏の○○」と呼ぶ。北海道の駒大苫小牧、福井の福井商、京都の龍谷大平安（旧平安）、広島の広島商、愛媛の松山商、高知の明徳義塾、沖縄の沖縄水産などが代表例である。春の出場のみという高校は、2018年夏現在、甲子園の出場回数は最高でも4回である。兵庫の三田学園、福岡の博多工がそれぞれ4度春の大会に出場しているが夏の出場はない。その2校と同じく春に4回出場した東京の二松学舎大付は、春は準優勝の経験がありながら夏は東京大会・東東京大会の決勝で10回敗れていたが、2014年に初出場。同じく東京の国士舘は2005年に夏の初出場を果たすまで春は7回出場し、夏の未出場校では最多だった。山口の岩国は2000年まで春は6回の出場があったが、夏は2000年が初出場だった（ちなみに春夏通算8回目の出場となった2003年夏にベスト8に進出するまで甲子園未勝利だった。春はまだ勝利がない）。博多工は過去3度夏の福岡大会決勝に進出するも、現在のところ夏の甲子園出場は実現できていない。21世紀以降に限定すると北海道の鵡川は春は2002年・2004年・2009年の3度出場があるが夏の出場はない。他に和歌山の海南（旧海南中、春14回・夏4回）や大阪の上宮（春8回・夏1回）、履正社（春7回・夏3回、春13勝・夏3勝）のように、春の出場回数の方が極端に多い学校は出場枠の多い大都市圏を中心に多数存在する。例えば東海大相模（神奈川）は、2000年、2011年のセンバツを制覇したほか、1992年（準優勝）、1995年、2005年、2006年と近年もセンバツで好成績を残しているが、夏の甲子園は1977年の次の出場が2010年（準優勝）であった（その後、2015年に優勝）。
春夏両方の出場経験はあるが、勝利したのは春だけという高校も存在し、香川の丸亀城西（旧丸亀商）、兵庫の県尼崎は春は7勝しているが夏の勝利はない。北海道の北照は春は5回出場、ベスト8を2回経験しているが夏の勝利はない。なお、和歌山の向陽（旧海草中）は出場回数は春15回・夏7回と倍の差があるが、勝利数は春7勝・夏14勝と逆転している。夏は1929年に準優勝、1939年・1940年は連覇を達成しているが、春はベスト8が最高である。
主に春に強い学校を「春将軍」「春の○○」「桜の○○」と呼ぶ。愛知の東邦（旧東邦商）、愛工大名電（旧名古屋電工→名古屋電気）、広島の広陵（旧広陵中）などが代表例である。新設の野球部（最近では主に女子校の共学化）が突如として地方大会や全国大会を勝ち進むことがある。選手権大会では、駒大苫小牧（南北海道）は1966年に、明野（茨城）は1979年に、共に創部3年目で出場した。選抜大会では、八千代松陰は1980年に、東筑紫学園は1993年に、上宮太子は2000年に、共に創部3年目で出場した。済美（愛媛）は創部2年目の2003年の夏までは目立った成績はあげられなかったが、その年の秋の四国大会でいきなり優勝し、2004年春の選抜でも快進撃は続き優勝、夏の選手権で準優勝（共に初出場）に輝いた。同様な例に、神村学園（鹿児島）の2005年春選抜準優勝などがある。また、2002年夏の選手権で、創部2年目でベスト8に進出した遊学館（石川）は実質創部1年4ヶ月後である。2011年春の選抜に出場した創志学園（岡山）は前年春の創部後、全員1年生で秋季中国大会準優勝を果たし、創部2年目で甲子園出場となった。この記録は史上最速で全国大会に出場した記録である。しかし結果は初戦敗退に終わった。なお創志学園は2010年、2011年夏の岡山大会は初戦で敗退しており、2012年夏に初勝利を挙げるまで甲子園出場経験がありながら夏の地方大会未勝利という珍しい状況であった。この他、2014年夏に春夏通じて初の甲子園出場を決めた角館（2代目）（秋田）は同年4月開校だが、1925年に開校した同名の旧校（初代、女子校の角館南と統合）から野球部の歴史を引き継いでいる。また、2016年の第98回大会では、北北海道代表校としてクラーク国際が2014年春の創部から3年目で、通信制高校としても初の夏の甲子園出場を果たした。なお、創部1年目で、その年の夏に甲子園出場を果たした高校は、未だかつてない。
都立高校は夏の地区予選である東京大会が東西に分かれた1974年まで甲子園には出場できず、初出場したのはエース・市川武史を擁した1980年夏の国立とかなり遅い（箕島に0-5で敗戦。現在も国立は西東京代表唯一の都立校である）。その後城東が1999年と2001年の夏に、2003年夏にも雪谷が出場した。また、選抜高等学校野球大会においては日野が2002年、2010年、2017年の3大会に21世紀枠推薦校として選出され出場とはならなかったが、2014年には同じく21世紀枠として選出された小山台が初めて都立高校として出場した。しかし前述の夏の大会を含めいずれも勝利を挙げることは出来ていない。つまり100年近く続いている大会で東京都のみ公立高校が甲子園大会で勝利しておらず、長い甲子園大会の歴史とは裏腹に都立高校にとって甲子園は程遠い存在となっている。その理由として歴史的に東京では私立高校を多く抱えていることが大きい。よって都立高校に甲子園出場の可能性が出てくるだけでも都立の星と報道される場合が珍しくない。（都立高等学校参照）全国高等学校野球選手権大会（夏の甲子園）東京大会、東西東京大会では甲子園出場経験のある小山台（1949年、2018年）、雪谷（2009年）を含め、日比谷（1946年）、東大和（1978年、1985年）、日野（2013年）が準優勝し甲子園出場をあと一歩のところで逃している。
日本学生野球憲章では都道府県の高等学校野球連盟に加入できない特別支援学校（学校教育法の扱いが異なる）の出場を認めていない。しかし1983年、『北城ろう学校高等部』が当時の高野連会長牧野直隆の計らいで特例として沖縄県予選に出場を果たした。この話は戸部良也『青春の記録 遥かなる甲子園 聴こえぬ球音に賭けた16人』、小野卓司の『廃校の夏〜風疹児たちのプレイボール』（講談社刊）としてノベル化や映画化された。2015年秋からは鹿児島高等特別支援学校の選手が連合チームに参加している。
プロ野球選手経験者を除く。また高校名は出場当時の学校名で記述している。
放棄試合・没収試合は全国大会での例はないが、地方大会で発生している。主な原因は一方的な試合展開による人数不足が原因であるが、下記のような例もある。
1984年選抜大会、佐賀商業対高島で、ラッキーゾーンのフェンス手前でワンバウンドしてスタンドインしたエンタイトル二塁打の打球を本塁打と誤審。試合後に高野連が会見して誤審を認め、誤審の原因となった選抜高等学校野球大会歴代優勝校ボード（白地に歴代優勝校の校章が描かれていたパネルボードであった。また、このパネルボードは夏の全国高等学校野球大会では掲出されていない） を全て撤去し、翌1985年の大会から掲出されなくなった。
当時の高野連会長・牧野直隆は試合後、誤審を行った審判と共同での記者会見を行い、誤審の原因を説明し「選手が判定に疑問を持ったらどんどんアピールしてよい」と発言している。太平洋戦争中の1942年8月、文部省主催（本大会のみ朝日新聞社ではなかった）の大日本学徒体育振興大会の一つとして、全国から16代表を集めて開催された。2010年8月のNHK「戦争と平和」特集で「幻の甲子園」として採り上げられた。
高校野球では高野連や文部科学省が通達を出し禁止あるいは自粛となった事例がある。この項の内容は2007年に行われた高校野球特待生問題有識者会議で明らかにされたものである。
昭和20年代後半、山梨県の高校が県下の中学校を集めて野球大会を主催し有力選手をスカウトしていた。その後、文部省が事務次官レベルで全国に通達を出し、上位（高校）の学校が下位（小中学校）の学校の大会を主催する事を禁止した。
1955年、全日本ハワイ遠征の際、プロ野球関係者が選手たちの見送りに混ざり全日本の選手たちに「餞別」の名目で現金を渡していたことが発覚した。当時の高野連副会長佐伯達夫はこの行為に激怒し高校球児はプロ野球の札束攻勢に惑わされてはいけないとの理由で「通達」（佐伯通達）を出した。佐伯は高校側に罰則を設け、それに違反した学校には連座罰則を課すという強い態度で臨んだ。
昭和40年代、高校野球がマスメディアによって盛大に報道され始めると、宣伝効果を狙い、スポーツメーカーや商店が甲子園出場校に甲子園出場祝いの名目で、野球用具などを無償で提供するようになった。高野連はこれをすぐに禁止したが、今度は出場校の宿舎に商品の宣伝を主とした飲食物の無償提供までもが行われた。高野連は改めて商標規制や無償提供の禁止を通達、高校野球が商業主義に冒されることが無いよう関係各位に自粛、自戒を求めた。
1980年の選手権大会で横浜高校が優勝した際、新横浜駅に2万人の人だかりができ横浜高校ナインの到着を待った事に起因し雑踏警備の対策として優勝パレードの禁止や、商店街による「優勝セール」などの便乗商法も合わせて禁止する対策が必要になってきたとまとめている。2015年の第87回選抜高等学校野球大会で優勝した敦賀気比に対し日本高野連が「出場校の手引き」の中で「華やかなパレードは高校生を英雄扱いし間違った心情を植え付ける」ことや「ファンの熱狂が無統制を招き思わぬ事故を誘発する」としており、また「日本学生野球憲章」においても「学生野球を商業的に利用することを禁じている」ため自粛を求めた。
以前は応援の際、『◇◇倒せ』『やっつけろ◇◇』のような応援や『打倒◇◇高校』のような横断幕などの使用が行われていたが、近年では日本高野連が『◇◇倒せ』『やっつけろ◇◇』のような応援や『打倒◇◇高校』のような横断幕などの使用を禁止。応援は自校のチームおよび選手の激励・賞賛とし、相手校に対しては、健闘を称えるものに限るという通達を出した事が明らかにされている。しかし、高野連が通達を出した時期や経緯・理由は一切明らかにされていない。ただし、保護者、教員、観客などによるヤジ・罵倒は行われており、出場校の監督が21世紀枠の高校に敗北後「21世紀枠に負けたのは末代までの恥」と発言したことを受け責任を取り監督を辞任した ケースがある。
高校野球では一部の例外 を除き抗議は原則禁止されている。また、抗議は主将、伝令または当該選手のみが可能であり、監督が抗議を行うことは禁止されている。ただし、高校球児が出場する国際大会ではルール上、監督のみ抗議権が認められていることから監督の抗議禁止は高校野球（高野連）特有のルールであることには留意が必要である。
単なる高校部活動の対抗戦に留まらず、時には社会的関心を集めるほど人気の高い高校野球であるが、学校関係者や保護者、主催する高野連やマスコミに対し様々な角度から問題提起が行われている。
学校の部活動の一つである高校野球が、新聞やテレビなどのメディアにおいて、他のスポーツの部活動に比べて突出して扱われている（あるいは他の高校スポーツの取り上げられ方が高校野球に比べて極めて少ない）ことを問題視する意見がある。スポーツライターの相沢光一は、NHKが2010年夏の大会では約130時間にわたって全試合を完全中継した（NHKテレビが朝9時、NHKラジオ第1放送が朝8時から、一日最大10時間もの放送枠を設定し、通常の番組は全て休止）のに対し、同じ高校の総合大会である全国高等学校総合体育大会（インターハイ）の放送時間はNHK Eテレで10時間のダイジェストに過ぎなかったことを指摘し、NHKは他スポーツの放送をもう少し増やしてもいいのではないかとの意見を述べている。またネット上では「高校野球だけが地域代表じゃない、人気は主催する朝日新聞社や長時間放送をするNHKによる創作」「メディアと高野連が選手によるドラマを創り崇めている」という指摘もある。これらのネット上の批判に対し、出崎敦史は高校野球の記事が多いのは書く側から言わせてもらえば「読みたい」という読者のニーズが多いからだと反論している。
選手権と選抜は夏休みと春休みに開催されるが、休み期間中に集中して行うため選手への負担が大きい。特に投手はエース同等の力量を持つリリーフを育てる余裕がないという選手層の問題もあって一人の主戦投手に頼らざるを得ないケースが多く、地方大会や全国大会で勝ち進んだ学校などでスポーツ障害や燃え尽き症候群になることがある。燃え尽き症候群は近年に限った事ではなく、古くは王貞治（現福岡ソフトバンクホークス取締役会長）も「もし5季連続出場を果たしていたら野球にけじめをつけて大学にいっていたと思う。最後に出られなかったことで気持ちが宙ぶらりんになった」と後年語っている。
選抜は秋季大会の結果が反映され参加校数が絞られるが、選手権は高気温・強い日照のもとで行われる試合が地区予選でも珍しくない。2011年には選手が熱中症で次々に倒れて試合続行が不可能となり没収試合となる例まで出た。また、2013年には38度を超える猛暑の中で試合が行われた熱中症になった選手に対して、チームの監督や県高野連の関係者が選手の体調管理に問題がある旨の発言をした 事を受け、インターネット上では「虐待」「体罰」「死者が出るまで同じことが続きそう」といった批判や、「開催時期をずらすべきだ」「ドームでやった方がいい」などの意見がツイッターなどで見られた。ライターの松谷創一郎は夏の甲子園を「残酷ショー」と評し、高校野球はあくまでも教育の一環であるのに現行（2015年現在）の甲子園の日程はそれをまるで無視していると述べた。
実際、日本体育協会が推奨する熱中症予防のための運動指針では気温35度以上時の運動は特別の場合を除き原則禁止（対象が子供の場合は中止すべき）としていることから、「もう夏のスポーツはやめよう」といった意見まで出ている。このような批判が出る事に対しスポーツジャーナリストの玉木正之は「人気の裏返しでもあるのだろうが、長年マスコミが封印してきた高校野球への本音が、ネットでは言えるからだろう」と指摘、さらには「マスコミが大会を主催することで競技を発展させた面はあるが高校野球が商売と切り離せなくなった結果、開催時期などの問題点を指摘できず、健全なジャーナリズムが機能しなくなっている。（高野連は）選手がアマチュアであることに甘えている」とも指摘した。ダルビッシュ有は「見直すべきだと思うが、壁となるのが50年以上もの歴史」と発言した。
このため、春・夏とも2004年 から、全国大会の準々決勝を2試合ずつ・2日に分けて開催していたが、夏は2013年から、春は2015年 から、準々決勝を1日で4試合一括開催に戻し、準々決勝の次の日を休養日とする日程に見直した（なお、夏の大会の地方予選ではこれ以前からも準々決勝の翌日、あるいは、高校の1学期の終業式が行われる7月20日前後の平日を予め開催しない日に制定しているものも多くある）。
また、2018年の京都大会では猛暑の為、準々決勝を当初の4連続試合から午前中に2試合行い、日中に休憩時間を設け16時から第3試合以降を開催する措置を取った。
夏の日中に集中して行われる大会運営に対しては野球に批判が集中しがちではあるが、全国高等学校総合体育大会（インターハイ）においてもその状況に大差はない。
数々の問題が指摘される中、高校球児自身やその保護者の対応を批判する声もある。横浜高校監督・渡辺元智は著書「高校野球って何だろう?」（報知新聞社刊）の中で「教育としての高校野球」「人を育てるのも人」を強調。その上で最近の生徒たちを「（昔の生徒に比べ）あいさつができない」「（悪い事をしても）謝らず言い訳をする」「口のきき方を知らない」「一般常識が欠けている」と批判。保護者へは「（他校の監督より）高校野球に熱が入るあまり、肝心な生徒さんの教育にはそっちのけで監督にかけあう、お届けものをする、監督や選手の人事に口を出す保護者、父母会まであると聞いている」と苦言。「生徒さんを強豪校へ入学させたりプロを目指したいならまずは野球の技術よりも生徒さんの教育（人間形成）が一番必要ではないのか」と批判した。
また、近年、高校球児が刑事事件を起こし逮捕され学校や高野連が謝罪や釈明に追われるケースが急増している。特に2012年夏の選手権大会では甲子園出場校の高校球児が大会期間中に刑事事件を起こし逮捕されたことを受け 高野連が緊急の会見を開く事態となった。これら刑事事件を起こした高校が出場を辞退したケースはなく、問題を起こした者を外し大会に出場している。また2012年の地区大会ではサヨナラ負けを喫した高校の野球部員が判定を不服として整列を拒否したりインターネット掲示板「2ちゃんねる」で審判を批判する書き込みや、Twitterを通じて対戦校の関係者や女子生徒への脅迫、強姦予告、殺害予告などが行われたため、学校側が野球部の活動自粛を決めた例もある。
東映や巨人でプレーし、引退後は数々のプロ球団でコーチを歴任、また母校・中央大学でも監督を務めた高橋善正も「野球部はプロ養成所ではない。規律や社会のルールを破った者には以後1年間活動を認めない、部も一定期間活動停止にする、この位の厳しさが必要だ。高校野球部の不祥事は起きるべくして起きている」と論評している。
高校野球も他のスポーツと同様に「勝利至上主義」基づく体罰などの「過剰な指導」、根性論に根ざすシゴキ、「指導者・先輩への絶対服従、上意下達」、「連帯責任」的な処分 が存在する。シゴキの一例として黒田博樹は高校時代、夏の府大会で、自分の起こしたミスに対し監督から朝6時から夜9時まで15時間、ポールとポールの間のフェンス際を、水さえ与えられず際限なくただ「走れ」と命じられたという内容を2012年7月、ニューヨーク・タイムズで告白、掲載された。このようなシゴキがエスカレート、地方・全国大会の出場を辞退したケースや先輩の暴行による後輩部員の死亡事故まで起きている。連帯責任は1960年代から70年代にかけては野球部とは全く無関係の在校生徒が起こした問題を受け連帯責任で甲子園出場を辞退したケースもあった（佐伯達夫の項も参照。）。1980年代から対象が在校生徒から野球部関係者と範囲が狭くなり、近年は問題を起こした者を外すのみと対象範囲が縮小されている。
田中将大がニューヨークヤンキースに移籍した際に、地元の新聞ニューヨーク・タイムズが1面トップで大特集を行ったが、田中の高校時代の野球生活を紹介し、チームへの絶対的な献身や規律の厳守を要求する日本の野球チームの実態を伝えている。この記事を自身のコラムで取り上げた国際ジャーナリストのロバートソン黎子は、アメリカの青少年に日本の高校の野球部で行われている苦行僧的日々の強制は、まず無理だろうし、児童虐待という声も上がりかねないだろうと指摘している。
体罰に関してはプロ野球経験者の間でも意見が二分している。松坂大輔はリトルリーグ時代「野球でミスをしても怒られないが、悪い事をすれば尻をバットで叩かれること位は当たり前だった」と回顧。松井秀喜も中学時代、度重なる敬遠四球にふてくされた態度をとったところ試合後、監督から体罰を受けたと証言するが、一方で監督の体罰が無ければ今の自分はいなかったと回顧。逆に桑田真澄は、自らが殴られた経験を踏まえ「体罰は不要。子どもの自立を妨げ、成長の芽を摘みかねない」と指摘している。
2013年1月、社会問題化した桜宮高校バスケの体罰問題を受け、翌2月高野連は、加盟校全校に体罰根絶の徹底を求める通達を出した。また選抜大会開会式のスピーチで下村博文文部科学大臣が体罰根絶を改めて訴えるなど体罰根絶に努めた。しかし同年6月、高野連が野球部指導者にアンケートを行った結果、指導者から部員への体罰問題の項目では、全体の9.7%が「（体罰は）指導する上で必要」と回答したことを発表。アンケート結果を受け、西岡宏堂・審議委員長は「間違った考えの人がまだこれだけいることはショックだ。体罰がなくなるまで言い続けないといけない」と厳しい口調で語り体罰根絶に改めて努めていく旨を示した。
岐阜商高硬式野球部監督の鍛冶舎巧は、「引き出しの少ない指導者は生徒を型にはめたがる。個性を尊重し奔放にやらせると自分が対応できなくなるから」競技経験の無い部活の顧問を任される教員も多い。高校球児の頭髪に限れば周囲の固定観念が根強い。九州地方のチームが甲子園に立った時、監督は選手の頭髪を自由化すると、OBやファンから「球児らしくない」と苦情が殺到した。頭を丸めることを強制することは明確な体罰(暴力)と定義されている。
高校野球では選手やコーチに抗議権が認められ、監督に抗議権が無い。しかし抗議権の無い者による抗議として次の事例がある。
高校野球が主に「対象試合の勝敗予想」「優勝校の予想」など対象に賭博対象となっている問題。かつては暴力団が胴元となり一試合に数百万から数千万円が動いたケースもあったが 近年では高校野球賭博が暴力団だけでなく一般市民や身内のグループ、会社のサラリーマン内で横行し検挙された例や 2015年プロ野球選手が野球賭博に関与していた問題では高校野球の勝敗に現金を賭けていたことも明らかにされた
主催する高野連が学校や周辺に過度な干渉をしているという問題。部の場合、ユニフォームはともかくマネージャーの服装 だけでなく、抽選会に出席する責任教師や監督、選手の服装に至るまで指定され、過去に出場校のユニフォームに入っている刺繍が好ましくないとして説明を求めた結果、学校側が刺繍をはずした事例がある。部外では当時の長野県知事（田中康夫）の応援に対して干渉した例、開会式当日、広島への原子爆弾投下の時刻にあわせて他の出場校とともに開会式前に室内練習場で黙祷を捧げようと計画した選手を制止し、自校のみで黙祷させた例もある。
報道への干渉例として読売新聞が2007年8月1日から2007年8月3日にかけ、3回シリーズで連載した高野連の在り方や問題点を取り上げた特集記事「高野連ってなに？」 を掲載。高野連が読売新聞に対し、記事の訂正と謝罪を求めたが読売新聞は回答をしていない。
観客や高校野球ファンによる問題。「8号門クラブ」によるバックネット裏席の占拠が度々問題視されており、2016年からのドリームシート設置に影響しているのではないかとの声もある。
1992年の松井秀喜5打席連続敬遠の際にはグラウンドに大量のメガホンが投げ込まれたり、明徳義塾高校の校歌斉唱の際に球場全体から「帰れ」コールや勝利直後から脅迫の電話や手紙が送られる等の嫌がらせが発生し、一時はパトカーや警備員から守られながら行動せざるを得ない事態となった。
試合の展開等から観客の応援が一方的になる事もあり、2016年選手権の東邦高校対八戸学院光星高校では東邦高校への過度な応援により、八戸学院光星の選手が「周りみんなが敵に見えました……」と発言している。
また、学校や選手に対する偏見、憶測やデマが度々発生する事がある。例えば、学校が県外の生徒で固められていると「第二○○代表」と揶揄される事が多々あり、秀岳館高校は試合に勝利しても冷たい視線や罵声を浴びる事があった。
インターネットの発達により、2010年代以降ではそれが更に顕著となっている。2017年選手権の仙台育英高校対大阪桐蔭高校の試合では仙台育英の選手のプレーがインターネットで問題視され、仙台育英の勝利直後に該当選手に対して誹謗中傷が殺到し、該当選手のtwitterのアカウントも炎上する事態となった。