スター・ウォーズにおける戦いの一覧
スター・ウォーズにおける戦いの一覧（スター・ウォーズにおけるたたかいのいちらん）はアメリカ映画『スター・ウォーズシリーズ』、および同映画のスピンオフ作品において行われた戦争や戦闘の一覧である。
ヤヴィンの戦いから約5,000年前に起きたシス帝国と銀河共和国の戦争。民間のハイパースペース航路開拓者でシス帝国を発見した一人であるジョリ・ダラゴンが銀河共和国に戻る際に後をつけ、銀河共和国の正確な位置を知ったシス帝国のシスの暗黒卿、ナガ・サドウが銀河共和国を侵略したことから起こる。
銀河共和国に帰ったジョリ・ダラゴンは銀河共和国にシス帝国が攻めてくることを伝えたが信じてもらえず遠い惑星に追放されるが、後に脱出し再びシス帝国の脅威を説明し、女帝テタや一部のジェダイの賛同を得ることに成功する。ナガ・サドウはほぼ無防備に近い銀河共和国に攻撃をしかけ、戦いは一気に銀河共和国全体に広がり、応戦したジェダイと銀河共和国の宇宙艦隊は形勢不利な状態が続いた。また、このとき活躍した有名な英雄の一人にエイリアンのジェダイであるオダン・ウーアがいる。形勢不利な状態が続いていた銀河共和国の連合艦隊は赤色巨星のプリマス・ガルードにてナガ・サドウの洗脳されていた部下の裏切りによって、劣勢を挽回することに成功する。以降、銀河共和国の優勢は決定的なものとなり、ジェダイのメミット・ネディルやジェダイ・マスターのウールーなどの活躍もあり、ナガ・サドウ率いるシス帝国を退却させることに成功する。
ナガ・サドウがシス帝国に戻ると、シスであり彼のライバルでもあったルド・クレシュの攻撃を受ける。シス同士の激しい戦闘となっている最中に銀河共和国の艦隊が到着し、2人のシスの軍隊に攻撃するが、ナガ・サドウは追撃をかわしてヤヴィン第4衛星に逃げ込み、そこでシスの魔力で自ら仮死状態にし、復活のときを待つ。
スター・ウォーズ エピソード1/ファントム・メナス』の作中で起きた戦闘。通商連合によるナブーの侵攻である。辺境貿易ルートへの課税に反対する通商連合が、ナブーへの全貿易をストップさせたことが原因で勃発した。この経済封鎖に、スパイス輸出で生計を立てていた惑星の人々は困窮した。そこで銀河共和国元老院に解決のための助力を申し出る。銀河元老院は重い腰を挙げようとしなかったが、銀河元老院最高議長フィニーズ・ヴァローラムの要請を受けジェダイ評議会はこの事態を調停するため、クワイ＝ガン・ジンとその弟子であるオビ＝ワン・ケノービを通商連合に交渉人として派遣する。しかし、経済封鎖にはシスが関与していたため、シスの暗黒卿ダース・シディアスの命によって通商連合はナブーへの軍事作戦を開始。さらに元老院議長の特使であるジェダイも排除しようとする。
ナブーに到着したジェダイらの活躍により首都シードに囚われていたアミダラ女王以下数名の側近が救出された。そして共和国元老院に事態の沈静化を求めるべく直訴団が編成され、ジェダイと共に惑星コルサントに向かうが、元老院は機能不全に陥っていたため、有効な手立てが打てないまま無駄に時間が過ぎる事に不満をもったアミダラは、ナブーを代表するパルパティーン議員の助言を受けヴァローラム議長の不信任案を提出し、議長選挙を求めた。そして国民が次々に虐殺されている現状を憂慮して新議長選出を待つことなくナブーへ帰郷してしまう。
アミダラは、同じく惑星に居住して通商連合の侵攻を受けたグンガン族の協力を得て敵の主力軍をおびき出し、手薄になったシードで通商連合の総督ヌート・ガンレイを拘束することで事態を打開しようとする。また通商連合のドロイド軍隊を無力化するため、ドロイドの集中制御を行っている軌道上の指令艦を宇宙戦闘機で破壊する作戦を立案する。義勇軍の基地を奪取したパナカ隊長率いるナブー部隊は攻撃隊を編成し、通商連合の指令艦を攻め落とすためスクランブル発進する。この混乱の中でジェダイと行動を共にしていたアナキン・スカイウォーカーは、飛び交うブラスターから逃れるため戦闘機のコックピットに入り込み、ドロイディカを相手に苦戦している女王一行を助けようと計器を操作するうちに発進させる。アナキンは他のナブー義勇軍パイロットが次々に飛び出してくるドロイド・スターファイターに苦戦する中、偶発的に指令艦内に突入して内部から攻撃するという戦法で指令艦を破壊する。
地上では、陽動作戦を担っていたグンガンの「聖なる軍隊」が圧倒的な数のドロイド軍と対峙して苦境に陥っていたが、指令艦が破壊されたことでドロイドのコントロールが失われて勝利した。同じ頃、シード宮殿の玉座の間に侵入したアミダラたちによってガンレイと総督補佐官ルーン・ハーコは拘束され、作戦は成功する。2人のニモーディアンは共和国首都へ送還され、通商連合によるナブー統治は終了する。
『スター・ウォーズ エピソード2/クローンの攻撃』で起きた戦争。ナブー侵略はジェダイとナブー残党勢力の反撃により失敗に終わったものの、これによりかねてから共和国の政治や腐敗に不満を高めていた銀河各星系の一部勢力が公然と共和国に反旗を翻した。その火は瞬く間に広がり、遂にはドゥークー伯爵をリーダーとする分離主義勢力の一大軍団を結成するに至った。
戦争の不安に動揺した共和国側でも早急に軍備を整えなければとの意見が大勢を占めていた矢先、10年前にジェダイ騎士団のサイフォ＝ディアスが惑星カミーノに密かに発注していた宇宙船、各種武防具、地上用兵器をフル装備した20万ものクローン・トルーパーの存在がオビ＝ワンによって明らかになる。同じ惑星ナブー出身で元女王のパドメ暗殺未遂事件に業を煮やしていたパルパティーン元老院最高議長は、このクローン軍団で共和国の正規軍を編制し、増大する分離主義勢力の脅威に対処するのが現状に照らしてもっとも合理的だと提案。議会の圧倒的賛同を経て共和国は分離主義勢力との軍事的衝突に備えた。
ジェダイ騎士オビ＝ワン・ケノービによって、分離主義勢力が銀河辺境の工業惑星ジオノーシスに大規模なバトル・ドロイド製造の拠点を造り、対共和国戦争の準備を着々と進めていたことが発覚。この事態を重く見たジェダイ評議会は、その後捕らえられてしまったオビ＝ワン、アナキン・スカイウォーカー、パドメ・アミダラらの救出を名目にメイス・ウィンドゥ率いる200名からなるジェダイ騎士を派遣、反撃に出たバトル・ドロイド軍との間で遂に戦いの火蓋が切られた。
ところが既に製造されていたバトル・ドロイド軍の数は予想を遥かに超えており、ジェダイ騎士も数に圧倒され、そのほとんどが命を落としてしまう危機的状況に陥った。しかし全滅する寸前に、ジェダイ・マスターのヨーダが率いる20万人のクローン・トルーパーの援軍が到着。カミーノにおいて製造段階からよく戦闘訓練され、強力な兵器を携えたクローン兵達は初の実戦で見事に活躍し、ジェダイとクローン・トルーパーの共和国側が逆転勝利した。しかし、敗走したドゥークー伯爵ら分離主義勢力の要人たちをことごとく取り逃がしてしまい、以後銀河各地の星系でゲリラ的に戦争が拡大されることとなる。
なお、オビ＝ワン、アナキンらの救出に駆けつけたジェダイたちの舞台裏エピソードが、ゲームキューブ用ソフト『スターウォーズ クローン大戦』で明らかになっている。
ダーク・リーパーはクローン大戦のおよそ4000年前に起こったシス大戦の頃作られた超兵器だった。このダーク・リーパーの動力源として使われていたフォース・ハーヴェスターの存在に目をつけたドゥークー伯爵は、惑星ラクサス・プライムでハーヴェスターを発掘したのである。
この計画を察知したアナキンはドゥークー伯爵の目論見を阻止しようとするが、ドゥークーが雇った傭兵サイドン・プラックスに行く手を阻まれてしまい、ハーヴェスターはドゥークー伯爵によって惑星モン・カラマリ、バクラ、アガマーで使用されてしまった。
その後ドゥークーは惑星トゥーレで遂にダーク・リーパーを復活させるが、彼の計画はそこで頓挫してしまう。アナキンはこの惑星でプラックスを倒し、ダーク・リーパーを破壊する事に成功したのである。だが、トゥーレでの戦いの間に、惑星オッサスとベスピンが分離主義勢力の手に落ちてしまった。
共和国にとって極めて重要な生命線であるクローン製造施設のある惑星カミーノ。ジオノーシスの戦いから2ヵ月後、分離主義勢力の攻撃計画が明らかになり、施設破壊を狙うドロイド軍と迎え撃つジェダイ・クローン軍が激突。
激しい空中戦でジェダイのパイロット達が奮闘し、精鋭部隊のARCトルーパーも投入されたがドロイド軍の首都ティポカシティへの上陸を防ぎきれず、都市のシールド発生装置がある場所に決定的な打撃を与えられた。だがシールド発生装置の場所は別にあり、その後攻撃を押し返したクローン軍によってドロイド軍の攻撃は結果的に失敗に終わった。
だが、この戦いはダース・シディアスとその弟子のドゥークー伯爵が分離主義勢力内の内通者を見つけ出し、一掃するために仕組まれたものだったのである。また、ロッタ・ザ・ハット救出作戦の数ヵ月後には、第2次カミーノの戦いが行われている。この戦いでは、グリーヴァス、アサージ・ヴェントレスがシャク・ティやアナキン・スカイウォーカーを相手に戦ったのだ。
独立星系連合は新たに開発した毒ガス、スワンプ・ガスを惑星ナブーの衛星オマー＝ダンで使用し、ここに入植していた多くのグンガンを虐殺した。事を聞いてオマー＝ダンに駆けつけたジェダイたちは、ドゥークー伯爵に見出されたダーク・ジェダイのアサージ・ヴェントレスとドゥークー伯爵に雇われた賞金稼ぎダージに遭遇する。何人かのジェダイが殺されたものの、アナキンとオビ＝ワンは生き延び、更に共和国軍特殊部隊ARCトルーパーのアルファ17がスワンプ・ガスを積んだ宇宙船を破壊したのだった。
惑星ムーニリンストは共和国の金融最大手インターギャラクティック銀行グループの本拠地である。
ジオノーシスの戦いから4ヵ月後、共和国だけでなく独立星系連合にも資金や軍備の提供を行っていた銀行グループの本拠地を制圧すべく、共和国はオビ＝ワンとアナキン率いるクローン部隊を派遣、待ち構えていたドロイド軍とすぐ交戦状態となった。ARCトルーパーはムーニリンストの主力兵器である長距離レーザー砲を破壊することに成功し、地上戦では一時優位にたつ。だが、ドゥークー伯爵が派遣したダージ率いるIGランサー・ドロイド部隊が急襲、共和国側も援軍要請を余儀なくされ、戦局は完全に膠着状態に陥った。双方が多大な被害を受けた後、遂にオビ＝ワン・ケノービ将軍とダージが一騎討ちとなり、死闘の末オビ＝ワンが勝利。銀行グループのサン・ヒル会長ら幹部を逮捕し、分離主義勢力の重要な資金源を絶つことに成功した。
一方、ムーニリンスト上空ではアナキン率いる共和国戦闘機部隊とドロイド戦闘機部隊が交戦。アナキンは超人的なテクニックと無謀とも言える見事な作戦で、圧倒的な数のドロイド戦闘機部隊と多数配備されていた敵の宇宙基地を破壊し、部隊を壊滅させることに成功した。しかし、アサージ・ヴェントレスも共和国軍部隊を急襲し1個中隊を全滅させた。アナキンはヴェントレスの挑発に乗り単独で戦場を離れヤヴィン第4衛星まで追跡しヴェントレスと対峙。アナキンはヴェントレスのライトセーバーの二刀流に苦戦するもヴェントレスを退けることに成功した。しかし、アナキンはヴェントレスを倒す際にフォースのダークサイドの力を借りてしまい、また一歩ダークサイドに近づくこととなる。
ほぼ全表面を海に覆われた惑星モン・カラマリでは、出目金のような顔を持つモン・カラマリ族と、イカの様な顔を持つクオレン族が共存していたが、独立星系連合の介入でその関係が一変することとなった。
独立星系連合のコマース・ギルドはこの惑星の豊富な地下資源を狙っており、クオレン族の急進派（クオレン孤立主義連盟）にカーカロドンのリフ・タムソンを通じてアクア・ドロイドの部隊を供給。この状況を利用してクオレン族を勝利に導き、分離主義勢力の一大拠点にしようと画策していた。タムソンがモン・カラマリの王を殺害するとクオレン族とモン・カラマリのリ・チャー王子らの間で後継の王位をめぐる武力衝突が発生したため、共和国はキット・フィストー、アナキン・スカイウォーカー、アソーカ・タノらジェダイと元老院議員であるパドメ・アミダラとミーナ・ティルズ、さらに水中戦に特化したクローン・トルーパー（クローンSCUBAトルーパー）を派遣。タムソンの作戦に苦戦するも、モン・カラマリの騎士団やナブーから救援に駆け付けたグンガン・グランド・アーミーの力を借りてクオレンを圧倒、リ・チャーがタムソンを殺害したことで過激な勢力を排除した。
その後クオレンらはリ・チャーをモン・カラマリの王と認め、再び共存が始まった。
アナキン・スカイウォーカー率いる第501軍団は
代表議員の暗殺を受けて共和国を裏切り分離主義者側についた惑星アンバラに派遣されたが、スカイウォーカーが急遽コルサントに呼び戻され、代わりにベサリスクのポング・クレル将軍が派遣された。クレルの作戦は無謀なもので、あまりの犠牲の多さにキャプテン・レックスらは異を唱えたが、ドグマのようにクレルを信じたクローン・トルーパーもいた。
その中でクローン・トルーパー｢ファイブス｣と｢ハードケース｣、｢ジェシー｣がアンバラ空軍基地を無断で攻撃。クレルは彼らの即時処刑を決めたが、その矢先にオビ=ワン・ケノービ将軍とコマンダー・コーディ率いる第212突撃大隊が到着。クレルは501軍団には212軍団が、212軍団には501軍団がアンバランの変装だと連絡し、2つの大隊に同士討ちをさせた。しかしこの一件でレックスはクレルの逮捕を決めることとなった。クレルはダブルブレード・ライトセーバーを用いて抵抗したが最終的に捕まり、彼を信じていたトルーパー、ドグマに射殺された。
その後ケノービの部隊が首都を制圧し、アンバラの戦いは終わりを告げた。
共和国の大クローン軍による銀河全域の哨戒で、多くの陰謀が明るみに出ると考えていた独立星系連合は、本格的な衝突に備え軍備の増強を急いでいた。重要な資金源であるインターギャラクティック銀行グループの本拠地である惑星ムーニリンストを防衛するため、近隣のあまり目立たない「田舎」惑星ダントゥインに大規模ドロイド軍を密かに準備していた。
ところがこれはジェダイ・マスター、メイス・ウィンドゥ率いる共和国軍に察知されることとなり、そのままこの平和な惑星で戦闘が勃発した。独立星系連合側は巨大な鉱山採掘用要塞サイズミック・タンクを共和国歩兵部隊にぶつけ一掃しようとするも、強大なフォースを身に着けているメイス・ウィンドゥの活躍でタンクは破壊、ドロイド軍も壊滅させた。
モン・カラマリやダントゥイーン、ヤヴィン第4衛星で戦いが起きている中、イラムではルミナーラ・アンドゥリィがバリス・オフィーがジェダイになるための最後のテストを行っていたのだ。
戦争中の海賊行為を取り締まるため、銀河辺境に出動していたジェダイ・マスターのダクマン・バレック将軍は工業惑星ハイポリで大規模なドロイド製造工場を発見した。ジェダイ・マスターのキ＝アディ＝ムンディをはじめとするジェダイ7名が率いる共和国軍が派遣された。しかしこれは罠で、惑星軌道上に設置された大量の偽装機雷で共和国軍を乗せた戦艦は次々に大破し、惑星に墜落していった。この罠によりほとんどのクローン・トルーパーが死亡し、わずかに残ったトルーパーも出撃したドロイド軍によりすべて掃討され、バレックもこの時命を落とした。
残されたジェダイたちも、ジェダイ狩りを生きがいにしているグリーヴァス将軍の餌食となり、キ＝アディの弟子ター・セイアとマスターを失い脅えているシャア・ギの2人が殺され、更にアイラ・セキュラ、シャク・ティの2人が重傷、ジェダイ・マスターのククラークは行方不明になり、死亡したと思われていた。キ＝アディ＝ムンディはバレックからの救援連絡を受けたオビ＝ワン・ケノービが派遣したARCトルーパー・フォードーが駆けつけていなければ殺されていたという悪夢のような大敗北を喫してしまった。
この戦いによって共和国有利で進んでいたクローン大戦はその戦局に変化を見せ、やがて勢いを増したグリーヴァス将軍率いるドロイド軍が大攻勢を始める転機となった。
ブレンタール4は主要な2つの交易ルートが交差する地点にある戦略的に重要な惑星だった。しかしこの惑星でも独立星系連合に加わろうという動きが拡大し、分離主義者ショガー・トックの扇動による暴動が発生してしまう。共和国はブレンタール4を攻撃するがジェダイ・マスターのション・コン・レイが戦死、同じくマスターのエージェン・コーラーが捕虜にされるなど苦戦を強いられる。だが、ジェダイ・マスターのシャク・ティがショガー・トックを殺害するなど活躍し、共和国が何とか勝利を得た。
惑星ジャビムは3000年近く共和国の一員として納税などの義務を果たしてきたが、疫病や盗賊団の襲撃などこの惑星を襲った様々な困難から一度も共和国に助けて貰ったことはなかった。その為ジャビム政府の実権を握ったカリスマ溢れるナショナリストの指導者、アルト・ストレイタスのもとこの惑星が独立星系連合に加わったのも必然といえる結果だったのである。しかし、ジャビムは高価な鉱物資源が豊富に埋蔵された惑星であり、共和国としても分離主義勢力の手に渡すわけにはいかなかったため、戦いは避けられなくなった。
ジャビムは一年の殆どが雨の降りしきる厳しい気候と地形の惑星であるため、オビ＝ワン・ケノービ将軍率いる共和国軍は新兵器のAT-ATなどを投入した。戦闘は厳しく激しいものとなり、多くの兵士が命を落とす。そして遂にはオビ＝ワン・ケノービ将軍とARCトルーパーのアルファ17も戦死したと報じられたのである。その後アナキン・スカイウォーカー率いるマスターを失ったパダワンの部隊「パダワン・パック」が反撃を開始する。
最終的にストレイタスは戦死したが、共和国側もアナキン、オビ＝ワンをのぞくジェダイ全員を失うなどの甚大な被害を被ってしまい、ジャビムの戦いは独立星系連合の勝利に終わったのだった。
ドゥークー伯爵の戦略により、銀河の外縁宙域は中央部から切り離され、そこの共和国軍は補給や支援が滞り苦戦を強いられていた。惑星クリストフシスの上空では、マラステアの戦いで戦死したはずのトレンチ提督に率いられた艦隊をアナキン・スカイウォーカーとウルフ・ユラーレン提督が突破していた。封鎖船を突破すると、アナキンは閉じ込められたベイル・プレスター・オーガナ議員に物資を運び、クリストフシスは分離主義の手から逃れることができたのだ。
そして数日後、アナキン・スカイウォーカーとオビ=ワン・ケノービが大胆な奇襲作戦に打って出たが、スパイのスリックによって作戦は筒抜けであった。
暗殺者アサージ・ヴェントレスはウォーム・ロースサム将軍にクリストフシスの侵略を進めさせたのだ。
翌日、惑星クリストフシスの市街地においてアナキン・スカイウォーカーとオビ=ワン・ケノービが率いるクローン部隊も圧倒的物量を誇るウォーム・ロースサム将軍のドロイド軍団に追い詰められていた。一度は敵部隊を撃退したアナキン達であったが、敵は強力なシールドを展開して再び進撃を開始。重砲を無力化するシールドを消し去るべくアナキンとヨーダに派遣された新たなパダワン、アソーカ・タノはシールド内部に飛び込み、そのままシールド発生装置に向かった。オビ=ワンもロースサム将軍に降伏を申し入れる振りをして時間を稼ぎ、その隙に二人はシールド発生装置の破壊に成功。さらにロースサム将軍もオビ=ワンの手で拘束され、この戦いは共和国軍側の勝利で終わった。また、アナキンはシールドを破壊したアソーカを認め、自分のパダワンとすることを決意したのだった。
クリストフシスの戦いが起きている際、銀河外縁部の航路を支配するジャバ・ザ・ハットの息子、ロッタ・ザ・ハットが何者かに誘拐されるという事件が発生。ジャバは共和国にその救出を依頼した。この依頼に対し、パルパティーンとヨーダはハット族の信用を得る事で彼等が支配する宙域を新たな補給航路に出来ると考え、この依頼を受諾。ヨーダは惑星クリストフシスでの戦いを終えたオビ=ワンとアナキン、そしてそのパダワン・アソーカにロッタ救出を指示した。
オビ=ワンはジャバとの交渉に向かい、一方のアナキンとアソーカ率いるクローン部隊は惑星テスへ行き誘拐犯が立て篭ったという崖の上にある寺院に突入しようとしたがすぐ交戦闘状態へ入った。だが、崖の上にある寺院と崖をのぼりながら戦闘する共和国軍はウォーカーを一機破壊されるもスカイウォーカーの見事な作戦で制圧。ロッタの確保に成功。しかし、これはジャバをも分離主義勢力に取り込もうというドゥークーの計画であり、彼はオビ=ワンが立ち去った後にジャバと接触、息子を誘拐したのはジェダイであり、さらにそのジェダイがジャバの命をも狙っていると吹き込み、分離主義側に付くように要求した。アナキンとアソーカ達もアサージ・ヴェントレス率いるドロイド1個大隊に包囲され、追い詰められていたが、オビ=ワン率いる212攻撃大隊の救援によりどうにか脱出に成功し、奪ったスパイス密輸船「トワイライト」でそのままタトゥイーンに向かった。しかし、そこでもドゥークーの妨害工作に遭い、アナキン達の乗った宇宙船は墜落。二人は徒歩でジャバの元に向う事になる。
その頃、ジャバがジェダイに不信を抱いていると知ったアミダラ議員はコルサントに居るジャバの親戚ズィロ・ザ・ハットに再度の交渉の仲介を頼もうとしていた。しかし、ズィロはドゥークーとつながっており、全ては両者が仕組んだ事であると判明する。一度はズィロに捕らわれたアミダラであったが、C-3POの呼んだコマンダー・フォックス率いるショック・トルーパー部隊により救出され、ズィロを拘束した。アナキンとアソーカ達もドゥークーおよびマグナ・ガード部隊との激しい戦いの末に無事ロッタをジャバの下へ送り届けた。そしてアミダラの手で全てがジャバに伝えられ、ジャバは共和国軍に支配宙域での通行を許可した。
マレボランスとは独立星系連合の新型巨大戦艦の名前で、ドゥークー伯爵からグリーヴァス将軍に与えられた艦だった。この戦艦は船体の両側にそれぞれ一基ずつ巨大なイオン砲を装備し、それによって電子機器を無力化する事が出来た。そしてマレボランスはグリーヴァス将軍の指揮のもと多くの共和国の艦隊を壊滅させ、一人の生還者も帰さなかった。そのため、共和国軍はマレボランスの情報すら得る事が出来なかったのである。
そしてマレボランス撃破のために派遣されたジェダイ・マスターのプロ・クーン指揮下の艦隊も返り討ちにあって全滅させられてしまうが、アナキン・スカイウォーカー将軍と弟子のアソーカ・タノによってプロ・クーンとクーン指揮下のコマンダー・ウルフ以下数名のクローンが救出され、共和国はマレボランスの正体を知る事が出来た。
その後、共和国の医療センターを襲撃したマレボランスに、アナキン率いる爆撃機部隊のシャドー中隊が攻撃を仕掛ける。熾烈な戦闘の末にアナキン達はマレボランスの発射直前のイオン砲を魚雷で破壊し、大ダメージを与える事に成功する。
その後ダース・シディアスの策略でパドメ・アミダラ議員がマレボランスに捕らえられるという事態が発生したが、艦内へ潜入したアナキンとオビ＝ワン・ケノービによって救出され、更にアナキンの破壊工作でマレボランスも月に衝突、破壊されたのだった。
カミーノでは、日々クローン・トルーパーが製造されていた。コマンダー・コーディや、キャプテン・レックス、コマンダー・ウォルフなど、勇敢なトルーパーもいたが、落ちぶれたトルーパーもいた。
CT-782（ヘヴィ）、エコー、ドロイドベイト、CT-4040、ファイブスは、ドミノ分隊と呼ばれる分隊のメンバーだった。ドミノ分隊は、同時期に訓練を受けたブラボー分隊などの他の分隊と比較すると、チームワークに大きな問題を抱えていた。賞金稼ぎのブリック教官からは厳しく、同じく賞金稼ぎのエル＝レスからは少々甘すぎる評価を受け、ジェダイのシャク・ティは、ブリックに賛成する立場をとる。ラマ・スーはドミノ分隊に対して「失敗作」、いわゆる"問題クローン"の烙印を押し、彼らは実戦投入を認められずにいた。
あるとき、ファイブスとエコーはシャク・ティと面会。他の部隊への転属を願い出たが、シャク・ティはチームワークの大切さについて二人に話し、追試を命じたのだった。
一方でCT-4040は、ブリック教官と会い、挑発を受ける。ブリックの目的は分隊を切り捨てる口実にする為だが、CT-4040はこれを拒否。ブリックからは「そういうやつを『カタップ』というんだ！」といわれ、CT-4040はそれを気に入り、その瞬間からニックネームを「カタップ」としたのだった。
遺伝子の不具合による失敗作であり、兵士となるチャンスをもらえなかった雑用係のクローン99は夜中、無断外出しようとしているCT-782に、「ヘヴィ」と声をかけ、シャク・ティと同じくチームワークについて話し、ヘヴィの心を動かした。
翌日、追試に臨んだヘヴィ、エコー、ドロイドベイト、カタップ、ファイブスの5人は、それまでと打って変わったチームワークの良さを見せ付け、分離主義者の刑務所、「シタデル」を想定して作られたコースを攻略。ついに、砦の目の前までやって来た。しかし、砦の前に付くと、アセンション・ケーブルが無いことに気付く。ブリックがわざと隠したのだ。エル＝レスは中止を申し出るが、シャク・ティは「戦場ではフェアプレーなどありえない」と言い、訓練を続行させた。
ドミノ分隊は悩んだあげく、要塞の砲台を使用不能にして足場にし、砦の上に立っているビーコンを取り、見事追試をクリアした。
問題クローンたちを認めたブリックは、エル＝レスと共にドミノ分隊にメダルを授与した。しかし、ヘヴィだけは99と再会を約束。メダルを渡したのだった。
そして、シャク・ティは「フォースが共にあるように」と告げ、クローン・トルーパーたちは戦場へと旅立った。
辺境の星、リシ・ムーンでは晴れてクローン・トルーパーになれたドミノ分隊が、他の分隊と共にオナイナー軍曹の下に配属されていた。ヘヴィ、エコー、ファイヴス、カタップ、さらにドロイドベイトは戦いの無い任務にうんざりしていた。外で暴れまわることを願うヘビーに対し、軍曹は「リシ基地はつまらないだろうが、外縁部で最も重要な星だ」と言う。なぜならば、この星はクローンの故郷、カミーノに一番近い共和国の星だからだ。
その頃、キャプテン・レックスとコマンダー・コーディが新兵のいる最後の星、リシ・ムーンへ視察に向かっていた。リシでは流星群が飛来、ヘヴィがシールドを起動する。しかし、これにはグリーヴァス将軍とアサージ・ヴェントレスの策略によって内部にドロイドを搭載したボーディング・シップ2機が紛れ込んでいた。内部にいたBXシリーズ・ドロイド・コマンドーはまず基地の歩哨（CT-327）をスタン・バトンで即死させると、ゲリラ交戦を始めた。オナイナーは、まずドミノ分隊のドロイドベイトと別の分隊のナブを送り出したが、二人とも即死。軍曹もレーザーで撃たれてしまった。
そしてドロイドベイト以外のドミノ分隊は、外に逃げ出すが、カタップがリシ・イールによって食べられてしまった。基地が乗っ取られたことを知らないレックス達は基地に入ろうとするものの、待ち構えていたコマンドー・ドロイドから奇襲を受け、シャトルを破壊されながらもなんとか脱出に成功する。脱出した先には生き残った三人の新兵がいたが、そこで再びリシ・イールが襲撃。それをレックスはハンド・ブラスターの一発で仕留める。そしてレックスとコーディは新兵達をまだ実戦による傷や汚れのない装甲服を身につけた「シャイニー（ピカピカ組）」と呼んで基地の奪還作戦を立てたのだ。
レックスがコマンドー・ドロイドに成りきりセキュリティを突破、正面ゲートから侵入しコーディや「ピカピカ組」はドロイドたちを全滅、基地の奪還に成功した。レックス達は共和国艦隊に警告しようとするも、通信装置には異常なしの信号を送り続けるよう細工が施してあり修正不可能であった。さらにドロイドからの応答がない様子を見てグリーヴァスは、次にOOMコマンダードロイド率いる増援部隊を向かわせる。これに気づいた五人のクローンは、一年のほとんどが冬であるこの星の寒さを凌ぐために基地に設置された暖房の燃料である液体ティバナで基地と増援部隊ごと爆破させることを計画した。そうすれば、基地からの信号が途絶え共和国艦隊が異変に気づくからだ。
こうして再び、生き残ったクローン達と増援のドロイド部隊との間で交戦が始まった。しかし、肝心の起爆装置のリモコンが作動しなくなってしまう。ヘヴィは一人基地に残って修理を試み、ドロイドたちが侵入するとお気に入りの武器であるヘヴィ・ロータリー・キャノンを使い一人で果敢に応戦した。しかし、足を撃たれ動けなくなってしまう。この最悪の状態にヘヴィは最終手段として、手動で液体ティバナを爆発させる。
ヘヴィの勇敢な行動により、リシ基地が爆発。ヴェントレスが潜入中のカミーノが奇襲を受けることはなく、アナキンたちにカミーノの危機が伝わったのだ。そしてアナキンの旗艦レゾリュートに戻ったレックスは、ファイヴスとエコーを501大隊の隊員に任命したのだ。
カミーノを襲撃するという計画を知ったアナキンとオビ＝ワンは、シャク・ティと、ラマ・スーの待つカミーノの首都・ティポカシティに向かい、戦いに備えていた。501大隊のファイブスとエコーは、99と再会。99は「ヘヴィも、おるんじゃろ？」とたずねるが、二人はヘヴィがリシ・ムーンで奮闘し、戦死したことを告げる。99はヘヴィの死に悲しみ、二人にヘヴィが訓練所を卒業したときにくれたメダルを見せる。
カミーノにグリーヴァスの艦隊が到着。アナキンはファイターを飛ばして以前のマレヴォランスへの攻撃に参加していたパイロット・ブロードサイドと共に、グリーヴァス艦隊を攻撃。オビ＝ワン曰く"簡単に"やり過ごす事ができた。
しかし、戦いの際にカミーノの海に戦艦の破片が落下。海中にて準備していたアクア・ドロイドは、破片と思われていた船の部品を組み立て、カミーノへの攻撃を開始する。グリーヴァスに率いられたトライデント・ドリルは建物を攻撃。この襲撃で、ARCトルーパーが一名（ハヴォック）死亡。また、グリーヴァスを倒そうとしたARCトルーパー・コルトも、ヴェントレスのフォースにはかなわず、ライトセーバーで刺された。ヴェントレスは、グリーヴァスの前から立ち去り、入れ替わりにオビ＝ワンがやって来た。
一方で、エコーとファイブスは、キャプテン・レックス、コマンダー・コーディ、戦闘要員ではないが力になりたいという99、さらには訓練生と共にドロイドを撃破。しかし、この戦いでは99が背後から撃たれて戦死。クローンたちは、"本物の兵士"を失った。
グリーヴァスはオビ＝ワンと戦い、DNAルームに向かったヴェントレスはアナキンと対決。グリーヴァスは逃走する。ヴェントレスもジャンゴ・フェットのDNAサンプルを盗もうとしたが、アナキンたちに止められ、作戦は失敗。シャク・ティと、ARCトルーパー・ブリッツの活躍もあり、共和国軍は、大勝利を収めたのだった。戦いの後、レックスとコーディはファイブスとエコーの活躍をたたえ、二人を正式にARCトルーパーに任命したのだった。
圧倒的な勢いで惑星ファリーンを陥落させた独立星系連合軍は、次なる標的に惑星ボサウイを定めた。グリーヴァス将軍は6隻のフリゲートからなる艦隊を率いてボサウイへ侵攻する。一方、共和国側はアナキン・スカイウォーカー将軍とその弟子アソーカ・タノを派遣してボサウイを防衛しようとした。
戦闘が始まるとボサウイを取り囲む小惑星帯にAT-TE部隊を配置し、敵が小惑星帯に入った所を背後から攻撃するというアナキンの奇策が功を奏し、連合軍艦隊は大混乱に陥り全滅、グリーヴァス将軍一人が辛くも逃げ延びた。こうして戦いは共和国軍の大勝に終わったが、戦闘の最後にアナキンのドロイドR2-D2が行方不明になるというトラブルが発生してしまう。
R2-D2が行方不明になったが、オビ=ワンはアナキンにグリーヴァス将軍の通信傍受基地を発見するよう命令する。アナキンには新たなアストロメク、R3-S6が渡されるが、ドジなR3を「ドジゴー（ドジな金色のドロイド）」と呼んでいた。アナキンは感情を持ったR2が良かった。そしてR3とスカイトップ・ステーションを捜索していると、R2の声が通信チャンネルで入ってきた。これを追跡したアナキンは分離主義勢力のスカイトップ・ステーションを発見したのである。
アソーカ・タノが通信傍受基地の原子炉を探していると、スカイトップ・ステーションでアソーカはグリーヴァスと対決することになった。その頃アナキンは、自分のR2-D2を発見。マグナガード・ドロイドを全滅させ、R2を取り戻し、キャプテン・レックスのいるメインハンガーへ向かった。アソーカがグリーヴァスと対決していると、アソーカが不利になり、ドロイドの棚の上に隠れた。すると、同行していたR3がスパイであることが判明したのだ。
アソーカが捕まり、メインハンガーでは戦いが起きていた。しかし、アソーカがグリーヴァスの元から逃げ出すと、メインハンガーへ行き、マスターを助けたのだ。そしてR2がR3を大破すると、スカイトップステーションからアナキン、アソーカ、キャプテン・レックス、R2、デナル軍曹、その他のクローン2名が脱出したのだ。
惑星ローディアが危機に瀕していたため、元老院のパドメ・アミダラと代議員ジャー・ジャー・ビンクスは実態調査のために、C-3POをつれ、ローディアに向かった。ローディアを代表する元老院議員であるオナコンダ・ファーはパドメの父が若いころに携わっていた難民救済運動を手助けしていた縁でパドメの一家とは家族ぐるみの付き合いをしており、パドメにとっては伯父同然の存在だったのである。しかしローディアに到着すると、パドメが助けようとしていたはずのオナコンダ・ファーがヌート・ガンレイの説得を受け分離主義者に介入してしまったことを知る。メイン・ハンガーに残されたジャー・ジャーと3POはクラブ・ドロイドの攻撃を受け、議員を救出しようとするが、パドメの宇宙船から発見されたジェダイのローブをまとったジャー・ジャーはやってきたヌート・ガンレイにジェダイだと間違われてしまう。ドロイドの攻撃を抑えたジャー・ジャーは、何度か死亡したと思われたが実際は生きていた。グリーン中隊がガンレイを逮捕すると、オナコンダは共和国に戻り、パドメに詫びをした。
ジェダイクルーザー・トランクィリティにガンレイがルミナーラ・アンドゥリィとアソーカ・タノにより連行されると、ドゥークーは、過去に無様な失敗を犯したアサージ・ヴェントレスを向かわせたのだ。クルーザーが攻撃を受け、ルミナーラとコマンダーグリーが通路に向かい、アソーカは、ガンレイ救出にやってきたヴェントレスと戦うことになる。ガンレイが救出されかけ、アソーカが閉じ込められた。そんなところにルミナーラが現れ、形勢が逆転したのだ。アソーカは、ヴェントレスを相手にジェダイ・マスター一人では勝てないことを知っていたが、ルミナーラは、一人で暗殺者を追ってしまう。セネイト・コマンドー・キャプテン・アーガイアスが「よき兵士は正しいと思ったら行動をためらわない。」という。それを聞いたアソーカは、ルミナーラの応援に駆けつけた。ヴェントレスが脱出すると、アーガイアスが裏切り、ヴェントレスとガンレイをつれて逃走してしまったのだ。
ヴァセック3にやってきたキット・フィストーとナダール・ヴェップはガンレイを守るドロイドたちを倒すが、ガンレイはこの星にはいなかった。ガンレイを捕まえられなかった代わりに、ドゥークーはグリーヴァスをこの星に呼び戻した。キット・フィストーらの歓待を受けるが、グリーヴァスは平気で戦い、クローンを色々なやり方で次々と一掃していった。ついにグリーヴァスがペットであるゴアを出し、キット、ナダール、クローン・キャプテンを襲わせるが、ジェダイは生き残り、ゴアを殺してしまったのだ。ナダールが力を身につけてきていると、グリーヴァスが現れ、師と弟子は離れ離れになってしまう。とうとうナダールも殺害されると、キットは唯一、ヴァセック3を脱出したのだ。
惑星ナブーで分離主義者の偵察ドロイドが見つかる。パドメとジャージャーがナブーに向かい秘密のラボがあることを知るが、ドクター・ヴィンディにつかまってしまう。ヴィンディはナブーの秘密ラボでかつて絶滅したはずである猛毒の致死性ウイルス「ブルー・シャドー・ウイルス」を空気中で増殖できるようにし、それをつめた爆弾を銀河中にばらまき銀河中にウイルスを広めようとしていた。ナブーが危機にさらされていることを聞いたアナキン・スカイウォーカーとオビ＝ワン・ケノービさらにパダワン・アソーカはヴィンディの基地を発見、グンガン族のペッピ・バウとともに、ヴィンディを逮捕、ブルー・シャドー・ウイルスの爆弾もすべて処理したのだ。
ナブーの危機を救うと、アナキンたちはシャトルでヌーボ・ヴィンディを連れて行こうとする。そんな中、制圧した地下のラボで、一体のドロイドが爆弾を所持していることが分かった。ヴィンディを首都のシードまでつれてゆくと、地下のラボでは爆弾が爆発し、アソーカとパドメ、さらにジャー・ジャーとレックスその他のクローンがウイルスに感染してしまう。これを聞いたアナキンとオビ＝ワンはアイエゴに行き、ウイルスの解毒剤になる「リークサの根」を発見するが、アイエゴには「ドロル」と呼ばれる幽霊の噂が広がっていた。ためしにアナキンとオビ＝ワンは星を出ようと試みるが、分離主義者が仕掛けたレーザーに狙われてしまう。
アイエゴ評議会でそのことを発表すると、オビ＝ワンはいわゆるドロイドオタクのジェイボ・フッドからヴァルチャー・ドロイドをレンタルする。ジェイボはドロイドを召使いに再プログラムしたので、ヴァルチャー・ドロイドをリモコンで操れるようにしていた。レーザーの発電機を破壊すると、二人はナブーに戻り、ウイルスに感染したジェダイ・パダワンと議員、クローン兵を医療基地まで送り届けたのだ。
それから数日後、アナキン・スカイウォーカーとアソーカ・タノの艦隊がライロスの封鎖船に立ち向かうが、アソーカが率いるブルー中隊と、ヴェネスター級スターデストロイヤー「レディーマー」が全滅してしまう。何とかアソーカとブルー3、「スランマー」とグループ2を率いていた「スゥープ」は「レゾリュート」に着艦する。しかし、その戦いで、ユラーレン提督は重傷を負っていた。
再び封鎖船突破を試みるときが来た。今度はぼろぼろになった「ディフェンダー」号にアナキンとR2だけが乗り、マー・トゥークの戦艦に衝突した。キャプテン・トゥークは逃げ出すが、他のバトル・ドロイドは破壊されてしまった。そして、アナキンとR2も「ディフェンダー」から救命ポッドに乗り、大破してゆく「ディフェンダー」を眺めていた。やがてアソーカの率いる艦隊がやってくると、アナキンを回収し、メイス・ウィンドゥとオビ＝ワンの船を上陸させたのだ。
メイス・ウィンドゥとオビ＝ワン・ケノービがライロスに向かうと、オビ＝ワンはガンシップに乗り、地上に上陸しようとする。メイスはアクラメーターⅠ級アサルト・シップで上陸を試みるが、プロトン砲の弾幕を浴び1隻が大破。メイスとコマンダーポンズはいったん引き返す。
ドゥークーの元から逃走したサヴァージ・オプレスはダソミアのマザー・タルジンから受け取ったペンダントを使い、ダース・モールを捜索する。彼の力はますます増大し、ドゥークーはもちろん、アナキン・スカイウォーカーもそれを感じ取っていたのだった。
オプレスは、ある惑星の貨物ブースに並べられたコンテナに付着していた埃から、モールの手がかりを発見する。彼はこれを運んできた貨物船の船長を問い詰め、これらはロソ・マイナーから運んできたものだと突き止める。オプレスはこの哀れな船長を脅迫し、自分をロソ・マイナーに連れて行かせたのだった。
やがて船が到着するとオプレスは広大な廃品の荒野の中でモールの居場所を正確に感じる。彼は船長を冷酷に船外に放り出すと、兄の捜索を開始する。モールを探すためにマザー・タルジンから受け取っていたアミュレットはすぐに輝きを失ったが、このおぞましい惑星に住み着いたモーレイという名の奇妙な生物が案内を申し出てきた。巨大なファイヤー＝ブレザー、獰猛なジャンカーの一団、激しい酸性雨など、恐ろしい惑星特有の災いに遭遇しながらも、彼らはみすぼらしい小屋にたどり着き、モールが近いことを示すようにアミュレットの輝きも復活する。だが、小屋の中にはジャンカーの死体しかなく、次の瞬間、モーレイがオプレスを裏切った。彼はこのザブラクを廃品の荒野の地下に通じる落とし穴に突き落とし、そこで「主人」に食い殺されろと言い放ったのである。
地下トンネルへと降りたサヴァージ・オプレスは、クモに似た不気味な生物に追われ、襲われた。だがその正体こそ、下半身をサイボーグに置き換え、完全に正気を失ったかつての偉大なるシス卿、ダース・モールだったのだ。するとそこへ、「食べ残し」を求めてモーレイが再び姿を現した。オプレスが怒りに任せてアナコンダンの首を握りしめると、モーレイはモールを自分のために利用していたことは認めたが、彼をサイボーグに改造したのは自分ではないと釈明する。だが、オプレスはまたしても冷酷に彼を絞殺し、その亡骸を炎の中に投げ捨てたのだった。そしてオプレスが話しかけると、モールは弟にこのような痛ましい姿に弱体化させられたことへの狂気の言葉を返し、ジェダイ、特に自分をこのような目に遭わせた者への復讐を果たしたいと告げる。彼は完全に狂気に陥っていたが、自分の脚を切り落としたジェダイ、オビ＝ワン・ケノービへの復讐の念だけは忘れていなかったのだ。モールの憎しみにこたえるように、オプレスの探求と、その存在がもたらす脅威は、既に銀河中の強力なフォース使いたちの知るところとなっていた。ジェダイ聖堂では、ヨーダがオビ＝ワン・ケノービにかつての敵が死の世界から復活したこと、そして再び彼を狙っていることを告げたのである。
再会したダース・モールとサヴァージ・オプレスがダソミアへと帰還し、そこでマザー・タルジンはドゥークーによって廃墟と化した城砦へと導いた。彼女はモールのクモ型生体装置を取り去ると、魔術を使って新しい機械の下半身を作り上げ、同時にモールの精神を修復したのである。万全な状態に戻ったモールは自分をこのような無様な姿にした仇敵、オビ＝ワン・ケノービへの復讐を決意したのだった。
ケノービをおびき寄せるため、モールとオプレスは惑星レイドニアの村へ向かい、子供たちを含む無実の人々を殺戮した。ジェダイをおびき出すには、何の罪もない者を情け容赦なく殺すのが一番なのだ。そして、彼らはオビ＝ワン・ケノービを挑発して誘い出すためのホログラム・メッセージをジェダイ聖堂へ送り付けたのである。メイス・ウィンドゥはジェダイの機動部隊の派遣を提案するが、オビ＝ワンは自分の過ちを正すため1人で行かなければならないと告げる。それでもウィンドゥがこの計画に対する不安を打ち明けると、ヨーダは漠然と、オビ＝ワンは1人でこの苦行に立ち向かうのではないと呟いたのだった。ヨーダの言うとおり、銀河の辺境にあるタトゥイーンで、ある1人の賞金稼ぎがサヴァージ・オプレスの首に掛けられた賞金のことを知り、彼を追っていたのである。
オビ＝ワンはレイドニアの村へ向かい、即座にモールとオプレスによって打ちのめされた。彼らはオビ＝ワンに死の拷問を加えるため、彼をハイジャックしたタートル・タンカーに運び込む。しかし離陸の直前に、アサージ・ヴェントレスが惑星に着陸しており、彼らの船を発見すると、それに忍び込んだのだった。2人のザブラクの兄弟の前に姿を現したヴェントレスは彼らを嘲り、2人は気を失ったオビ＝ワンを放置して彼女を探しに向かう。オビ＝ワンのもとへ戻ったヴェントレスは彼を起こし、モールとオプレスが戻ってきたときに自衛のためにと、彼に自分のライトセイバーを1本手渡した。2人は兄弟と戦うために手を組むが、すぐに圧倒的な力の差に気付かされることになる。戦いのさなか、モールはオビ＝ワンに、クワイ＝ガン・ジンをオビ＝ワンが救えなかったことで挑発する。これを聞いたジェダイ・マスターは、怒りに我を忘れ、モールに斬りかかったのだった。やがて、彼らはモールとオプレスを船内に残して、辛うじて船のコクピットから脱出ポッドで逃走したのだった。しかし、この失敗にもモールは動じていなかった。ジェダイが再び自分を狙ってくるが、彼は復讐を成し遂げる決意だったのである。
マンダロアの中立はアウター・リムでの暴力的な歴史を食い止めることは不可能であった。戦争勃発から2年後、シス卿であるダース・モールはシャドウ・コレクティブとして知られる自身の犯罪組織を利用して平和主義である新マンダロリアンによる支配を廃し、マンダロアを征服した。しかし、シャドウ・コレクティブ内のデス・ウォッチの副官の一人であるボ＝カターン・クライズはモールの支配に異を唱え、反乱を行う。モールの支配への抵抗として、クライズはモールに捕らわれていたジェダイ・マスター、オビ＝ワン・ケノービを救出する。そしてケノービがマンダロアを脱出する前に、クライズは共和国の侵攻こそがモールの支配を打ち破ると信じてケノービに銀河共和国にマンダロアの現況を伝えるように要請する。
一方、モールは彼の以前のシス・マスターであるダース・シディアスと対峙し、シディアスに捕らわれていた。モールはシディアスの拘束から逃げ出すも、マンダロアからは離れていた。マンダロリアンのレジスタンスは共和国に現首相のアルメックはシャドウ・コレクティブの傀儡であることを伝える。ケノービやメイス・ウィンドゥといったジェダイの将軍はマンダロアを独立星系連合の手に落ちることを避けるという点で合意に達し、ケノービとウィンドゥはモールとシャドウ・コレクティブに対して攻撃を開始する。しかし、モールを捕獲することはできず、その存在は依然として大きいものであった。
共和国は最終的にマンダロアでの作戦を開始し、少なくとも501大隊のキャプテン・レックスがその後の包囲に関わっている。レックスはこの戦いで、濡れ衣をかけられた後にジェダイ騎士団から去った元パダワンのアソーカ・タノと再会し、この戦友とクローン戦争で最後となる共闘を果たす。戦争末期のタイミングでタノはマンダロアに帰還したモールの居場所を探し出し、マンダロア包囲に送られたジェダイであるケノービとアナキンに伝えている。しかし、ケノービとスカイウォーカーはパルパティーン最高議長救出のためにコルサントに呼び戻されてしまう。そのため、タノはスカイウォーカーが残したレックス率いるクローン部隊とともにモールの捕獲を行う。モールの捕獲に成功こそしたものの、オーダー66の発令によりタノはクローン・トルーパーの攻撃の対象となり、その混乱に乗じてモールは脱出に成功する。レックスはタノの処刑よりバイオ・チップの摘出を選び、その後タノとレックスもマンダロアから脱出している。
包囲戦は銀河帝国樹立前後まで続き、最終的には共和国に取って代わった銀河帝国がマンダロアの支配を獲得し、軍の士官候補生を養成するために帝国アカデミーを設立した。また、帝国はマンダロリアンの傭兵を非合法化したが、コンコード・ドーンのプロテクターのように忠誠を誓った一部の傭兵は支配下に置いていた。
元々は『スター・ウォーズ/クローン・ウォーズ』のフィナーレとなるエピソードであったが、打ち切りにより描かれることはなく、『スター・ウォーズ 反乱者たち』や小説、イベントなどで断片的に語られるのみにとどまっている。
戦争が3年目に突入した頃、共和国軍は銀河の中心部分の大部分から独立星系連合を追い払う事に成功し、戦局は確実に共和国有利に傾いていった。
グリーヴァス将軍は独立星系連合の戦力を銀河の外縁部分、ミッド・リムやアウター・リムなどに移した。一方勢いに乗った共和国軍はこれらの宙域にあった分離主義勢力の基地へと次々と攻撃を仕掛けていった。クローン大戦最後の戦役がはじまったのである。アウター・リム包囲作戦はこうして終戦まで絶え間なく行われた共和国軍による一連の攻撃を指す。
結果的に見るとアウター・リム包囲作戦は成功し、分離主義勢力を分断・孤立化して、その戦力を減少・崩壊させる事が出来た。 ただこの攻撃に共和国軍が戦力を回し過ぎたために銀河中心部分の守りが手薄になり、グリーヴァスによるコルサントの襲撃を防げなかったのも事実である。
惑星ボミス・クーリ4は企業同盟を牛耳るクーリヴァーの植民惑星であり、銀河の中縁部ミッド・リムにおける独立星系連合の主要拠点の一つだった。
この惑星の指揮官に任命された企業同盟幹部のオロー・ダシーン将軍は、ジェダイが大挙してこの惑星へ押し寄せるだろうと想定して光線シールドで守られた要塞に多数の砲塔とドロイドを配置し、自信満々にジェダイたちの攻撃を待ち構えていた。しかし要塞に乗り込んで来たのはアナキンとオビ=ワンのたった2人のジェダイだけであり、2人の破壊工作によって要塞の光線シールドが消滅すると共和国軍は上空から徹底的な猛爆撃を加えた。こうしてダシーン将軍とボミス・クーリ4のドロイド軍は粉砕されたのである。
アナキン・スカイウォーカー将軍は共和国軍が惑星ボズ・ピティに向かう前に不死身の賞金稼ぎダージとの戦闘を行った。アナキンはダージを脱出ポッドに押し込んで太陽に向けて発射し、ダージを完全に滅ぼすことが出来た。
共和国軍はポズ・ピティを攻撃するが、ジェダイ・マスターのアディ・ガリアがグリーヴァス将軍によって抹殺されてしまう。その後オビ＝ワン・ケノービ将軍がドゥークー伯爵、グリーヴァス将軍、アサージ・ヴェントレスと遭遇した。一方ドゥークーは既にヴェントレスを見限っていた。ヴェントレスにはジェダイ屈指の二人の戦士アナキンとオビ＝ワンを牽制するだけの力しかなく、結局は逃走するドゥークー伯爵とグリーヴァス将軍の盾にされた上味方に銃撃されてしまう。そして、ヴェントレスの過去を知り、自分を助けようとしているオビ＝ワンを前にしてジェダイに対する長年の恨みも雲散霧消したヴェントレスは「コルサントを守りなさい」と言い残し息を引き取った。
オビ＝ワンはヴェントレスをコルサントでジェダイの作法に則り火葬するよう申し出たが、彼女の遺体を載せた宇宙船は行方不明となった。後の調査でヴェントレスは死なずに仮死状態に陥っただけで、復活した後宇宙船を奪い何処かへ消えた事が判明する。その後の彼女の行方は不明のままである。
主要な中継地点であり、戦略上極めて重要な密林惑星キャッシーク。ジオノーシスでの開戦から18ヵ月後、キャッシークは独立星系連合から加入の要請を請けていたが、キャッシーク王グラークチョワーは自国を戦場にしたくないという想いから明確な返答を避けていた。
この状況に苛立ったグリーヴァス将軍は加入を強制させようと森林地帯にドロイドを送り込むが、その襲撃で狩猟中だったリクミー王子がドロイドによって殺害され、その事を知ったグラークチョワー王は態度を一変、独立星系連合への徹底抗戦を宣言した。
戦いはキャッシークに応援に駆けつけたジェダイ・グランド・マスターのヨーダやジェダイ・マスターのルミナーラ・アンドゥリィとクインラン・ヴォス両将軍などが率いる共和国軍と連合のドロイド軍との間で激しい攻防戦が繰り広げられたが、双方決定的な勝利は得られぬまま、戦争終結直前まで膠着状態となった。そしてシディアスによってジェダイ抹殺を指示するオーダー66が発令されると、ルミナーラは配下の兵士によって殺害されてしまう。だが一方でヨーダとヴォスは辛くも生き延びている。
ジオノーシスでの開戦から35ヶ月が経過する頃には、共和国と分離主義勢力、そして銀河系は甚大な被害を受けていた。しかし戦況は共和国に傾いており、分離主義勢力の幹部たちは故郷を追われ、各地の拠点を転々としながら、いつしか当初の大義を喪失して戦争継続に消極的になっていた。
通商連合を牛耳るニモーディアンは、何百もの惑星を植民惑星としており、これらの植民惑星から集められた資源は彼らや彼らの故郷ニモーディアの富の基礎となっていた。その植民惑星のひとつで、ニモーディアンにとって重要な収入源たる金庫惑星であり、分離主義勢力にとってもきわめて重要な惑星ケイト・ニモーディアに、分離主義勢力の幹部の1人である通商連合総督ヌート・ガンレイを捕らえるため、オビ＝ワン・ケノービ将軍とアナキン・スカイウォーカー将軍、クローン・コマンダーコーディが送り込まれる。ガンレイはグリーヴァス将軍の指示で一度は脱出していたが、残した莫大な財宝が共和国軍の手に落ちる前になんとか回収したいという欲から引き返してきたところを襲撃され、辛くも逃走するもケイト･ニモーディアは陥落した。
ジェダイ達はガンレイ総督に逃げられるも、総督がダース・シディアスや分離主義勢力のほかの幹部たちとの交信に使用していた、暗号化ホログラム送受信機付きのメクノ＝チェアを発見したのだった。この発見はジェダイに、シスの暗黒卿が実在するという確固たる証拠をもたらすことになる。
一方で、陥落後もケイト・ニモーディアでは残存勢力によって惑星各地で共和国軍へのゲリラ攻撃が行われ、定期的にクローン・トルーパーとジェダイ・マスタープロ・クーンによるパトロールと掃討戦が行われていた。やがてシディアスによってオーダー66が発令されると、多くのジェダイと同じようにプロ・クーンも配下の兵士に殺された。
3年に及ぶ戦いは徐々に共和国優位に傾いていた。劣勢に立たされたグリーヴァス将軍は、ダース・シディアスから共和国のごく僅かな高官しか知らない最高機密、辺境域から首都惑星コルサントへ通じる秘密航路の情報を受け取った。
当時、共和国軍の戦力の大半は先述のアウター・リム包囲作戦によって辺境域アウター・リムに派遣されており、その影響でコルサントも防衛艦隊が半減しており手薄な状態にあった。その隙を突きコルサントに大規模な奇襲攻撃を仕掛けたグリーヴァスは、まず大気圏上空に旗艦インヴィジブル・ハンドを停泊させ、次々と味方の艦隊を呼び寄せた。突然の襲撃で不意を付かれたコルサント防衛艦隊はあっさりと撃破され、地上には大量のドロイド軍と地上兵器が降下、その圧倒的な軍勢による無差別攻撃でコルサントは大混乱に陥った。
それでもジェダイとコルサントに駐屯していたクローン・トルーパーは地上空中の各戦線で必死に抵抗し、やがて地上戦ではなんとか敵軍を打ち破る事に成功する。だが、ドロイド軍は市街地を攻撃するのみで、元老院議事堂やジェダイ聖堂を無視していた。彼らの本当の目的はパルパティーン元老院最高議長の誘拐で、市街地攻撃は目的を隠すための陽動作戦だったのだ。グリーヴァス将軍は少数の精鋭部隊を率いて護衛のジェダイたちを倒し、パルパティーン議長を捕らえるという決定的な成功を収める。
パルパティーン議長を捕らえたグリーヴァス将軍は、ホロネットを通じて全銀河にパルパティーンを捕らえたという事実を告げ、全軍に撤退の準備を指示した。しかし艦隊はコルサント上空で共和国軍艦隊の待ち伏せを受け、コルサントからの脱出を阻まれていた。そこへ議長救出のためアウター・リムよりコルサントへ戻ってきたオビ＝ワン・ケノービ将軍とアナキン・スカイウォーカー将軍が旗艦インヴィジブル・ハンドに侵入、ドゥークー伯爵を倒し議長の奪還に成功。さらに共和国軍の戦艦からの激しい攻撃によりグリーヴァス将軍も旗艦インヴィジブル・ハンドを放棄し逃亡、分離主義艦隊も退却したことで戦いは終結した。
結局、この戦いは劣勢の分離主義勢力にとって更に多くの艦船とドロイドを失なったばかりか、リーダーのドゥークー伯爵までも失い残された幹部達は動揺し、戦争継続により消極的になっていった。しかし、シディアスにとっては自分の足跡を追うジェダイの眼を自分から逸らせたばかりかアナキンが自分の新しい弟子に相応しいか見極めることができ自身の計画を最終段階へと移らせた。
長い戦いで主要拠点と重要人物のほとんどを失い、コルサントの戦いでリーダーのドゥークー伯爵を亡くした分離主義勢力の残りの幹部たちと、コルサントから敗走したグリーヴァス将軍は、ドロイド軍によって武力制圧され、今では彼らの事実上の拠点となっていた竪穴惑星ウータパウへと逃げ延びた。
この情報を手に入れた共和国はオビ＝ワン・ケノービ将軍とクローン・コマンダーコーディの指揮するクローン軍を出撃させ、ウータパウを強襲する。戦いはオビ＝ワンとグリーヴァスの一騎討ちで始まった。グリーヴァスは惑星の地形を利用し、隠していた全ドロイド軍を展開させ、次々に降下してくるクローン軍と全面衝突となった。
グリーヴァスは四本のライトセーバーでオビ＝ワンに猛攻を仕掛けるが、巧みに攻撃を受け流しながら的確な反撃を入れるオビ＝ワンの絶妙なライトセーバー捌きにより、グリーヴァスは次第に追い詰められていく。形勢不利を悟ったグリーヴァスは一旦その場を離れ、これを追撃するオビ＝ワンだが、その道すがらライトセーバーを落としてしまう。両者は再び激しい格闘戦を繰り広げるが、武器を失ったオビ＝ワンの不利は明確であった。しかし窮地に立たされたオビ＝ワンは咄嗟に構えたブラスターを発砲し、それによりグリーヴァスは生命維持に必要なわずかな有機器官を破壊されると、装甲の中身を激しく燃え上がらせながらその場に倒れ死亡した。
だが、分離主義勢力の幹部たちは戦闘の直前にグリーヴァスがダース・シディアスの指示により惑星ムスタファーに移動させていたため、捕らえることはできなかった。しかし本格的な軍備は既に底をついており、グリーヴァス将軍が死亡した事もあって、三年に渡る共和国クローン戦争は一応の終結を見ることとなる。
コルサント襲撃から数日後、ジェダイ・マスターのメイス・ウィンドゥがパルパティーン元老院最高議長を襲撃するという事件が発生する。
パルパティーンはジェダイ騎士のアナキン・スカイウォーカーに命を救われるが、パルパティーンはこれはクローン大戦で弱体化したジェダイ騎士団が、戦争の混乱に乗じて権力を奪取しようとしたものと判断。元老院にてジェダイの危険性と抹殺の必要性を訴えた。時を同じくして銀河各地でクローン・トルーパーを率いていたジェダイ・マスター達も一斉に反旗を翻したと発表され、オーダー66が発令されクローン軍がジェダイ騎士達を処刑した。コルサントのジェダイ聖堂に残った者たちも全て反乱に加担したとされ、アナキンがクローン・トルーパーの精鋭部隊「」と共にこれを「鎮圧」した。一方故郷やウータパウを追われムスタファーに逃れていた分離主義勢力の幹部達は「戦争を終える」べくムスタファーに降り立ったアナキンによって全員「粛清」され、交戦中だったドロイド軍も機能停止された。クローン大戦も事実上終結した。
実は、これらは全てパルパティーン議長の陰謀であった。パルパティーンこそがシスの暗黒卿ダース・シディアスであり、クローン大戦そのものが彼の手によって仕組まれた壮大な狂言だったのである。
唯一銀河規模の司法集団であったジェダイ騎士団が崩壊したことにより、共和国大クローン軍の指揮は直接パルパティーン議長が統べることが承認された。パルパティーンは全ての反乱の芽を絶ち、新たな秩序と平和を構築し、また腐敗した官僚政治を大改革するために、自分に課せられていた非常時大権を常時大権として銀河全域を直接統治する方針を唱え、元老院による共和制を超越した帝国制をもってこの広大な銀河を統括する政治体制に移行すると宣言した。そしてこの宣言は支持者達の万雷の拍手によって承認され、パルパティーンは皇帝となり、銀河共和国は銀河帝国へと再編された。
銀河内乱の最初の大規模戦闘であるスカリフの戦い(後述)の前にもソウ・ゲレラのパルチザンやバーチ・テラーの反乱組織など多数の勢力が帝国に対して反旗を翻しており、一方でパイク・シンジケートやハット・クラン、クリムゾン・ドーンなどの犯罪シンジケートが暗躍していた。4BBY以降は元ジェダイのケイナン・ジャラスが率いた惑星ロザルを中心に活動する反乱グループやそのグループが所属した｢フェニックス戦隊｣は帝国上層部の注意を集め、遂にはグランドモフ・ターキンやミスローニュオルド(スローン)大提督、更にはシス卿ダース・ベイダーなどの高官までもが鎮圧に乗り出す事態となった。
しかしその鎮圧作戦も｢フルクラム｣(現時点では少なくともアソーカ･タノ、アレクサンドル・カラス、キャシアン・アンドーの3名)の暗躍や帝国からの離反者の続出によって失敗に終わり、2BBYにはベイル、レイア父娘やモン・モスマが中心となり｢共和国再建のための同盟(反乱同盟軍)｣が結成される。
その後、惑星アトロンやロザルにおける小規模戦闘やジャラスの死亡、スローン大提督の失踪などを経てスカリフの戦いへと向かっていくことになる。
『ローグ・ワン/スター・ウォーズ・ストーリー』の題材となった、銀河帝国軍と反乱同盟軍の戦い。
反乱同盟軍は、帝国軍の超兵器｢デス・スター｣について、主任科学者であるゲイレン・アーソがデス・スターに弱点を仕込んだことと、そのデス・スターの設計図が惑星スカリフのシタデル・タワーにあることを知る。その弱点を突くためには設計図が必要とされたが、上層部はスカリフへ攻撃部隊を出すか帝国に降伏するかで紛糾していた。
その中、ゲイレンの娘のジン、反乱軍のスパイのキャシアン、元帝国の貨物船パイロットのボーディーらを中心とする｢ローグ・ワン｣分隊が鹵獲した帝国の貨物シャトルに乗ってスカリフへ出撃し、シールド・ゲートを突破しスカリフへ潜入した。一方でデス・スターの開発責任者であるオーソン・クレニック長官もスカリフを訪れていた。
やがてラダス提督が指揮する反乱軍艦隊がスカリフ上空に現れ、ラダスはブルー中隊にシールド・ゲートの通過と地上部隊の支援を指示する。しかし、Xウィング数機とＵウィングがシールド・ゲートを通過したその時にシールド・ゲートが閉ざされ、以降の侵入が不可能になってしまった。
地上では、無数のストームトルーパーやAT-ACTウォーカーに苦戦するも、シールド・ゲートを突破したXウィングやＵウィングがウォーカーを撃破。タワー内でもジンが設計図データを発見する。しかし、TIEストライカーが戦闘機を撃墜し、さらにローグ・ワン分隊のメンバーも次々と命を落としてしまう。
その上、地表から宇宙空間に設計図データを送信するためにはシールド・ゲートを破壊する必要があったが、2隻のインペリアル級スター・デストロイヤーとTIEファイターに守られていた。戦いの中で反乱軍はスター・デストロイヤーのうちの1隻をＹウィングの魚雷で機能停止させることに成功する。さらにハンマーヘッド・コルベットの特攻によりスター・デストロイヤー同士が衝突、落下したことでシールド・ゲートの破壊に成功。地上でもジンとキャシアンがデータの送信に成功する。
反乱軍が喜ぶのも束の間、デス・スターがスカリフに現れ、グランド・モフ・ウィルハフ・ターキンはスーパーレーザーでの地上砲撃を指示。ジンとキャシアン、クレニックは爆発に巻き込まれて死亡する。
一方、撤退を図る反乱軍艦隊の前にダース・ベイダーのスター・デストロイヤー｢デヴァステイター｣が出現し、艦隊は壊滅。その後ベイダーはデータ奪還のためにストームトルーパーを率いて旗艦「プロファンディティ」に乗り込み、彼のライトセーバーとフォースの力で次から次へと反乱軍兵士を惨殺していくが、彼らの命懸けのリレーにより奪還に失敗。データは旗艦に接舷されていたコルベット｢タンティヴIV｣に乗るレイア・オーガナ議員の手に渡った。
非正史（レジェンズ）ではデス・スターの設計図が二分割された状態で帝国軍に保管されていたものを、トプラワとダヌータという二つの惑星で起きた戦いで反乱同盟軍がそれぞれ奪取し、レイアの部隊が回収・統合したとされている。
特にトプラワの戦いでは正史におけるスカリフの戦いと同様、ブリア・サレンという女性兵士の率いる部隊が設計図の奪取と引き換えに全滅した。
『スター・ウォーズ エピソード4/新たなる希望』の中で起こる、反乱同盟軍と銀河帝国軍の戦い。スター・ウォーズシリーズの歴史軸はこのヤヴィンの戦いを原点に、それ以前の出来事をBBY（Before Battle of Yavin）、以後の出来事をABY（After Battle of Yavin）と呼ぶ。
スカリフでデス・スターの設計図を受け取ったレイアは、反乱同盟軍の指導者であり、父であるベイル・オーガナに設計図を届けるべくオルデランへと向かっていた。しかしその10分後、タトゥイーン上空に差し掛かった時に、スカリフからタンティヴィIVを追跡していたダース・ベイダーに拿捕されてしまう。そしてデス・スターに連行されたレイアの眼前で、デス・スターのスーパーレーザーによってオルデランはベイルら諸共破壊された。
だが、レイアはC-3POとR2-D2に設計図を託し、彼らをオビ=ワン・ケノービの元へと送っていた。その後、2体のドロイドを手に入れた水分農夫ルーク・スカイウォーカーとオビ=ワン・ケノービ、彼らのタトゥイーンからオルデランへの輸送を請け負った密輸業者のハン・ソロらによってレイアは救助され、レイアと設計図は反乱軍の秘密基地のあるヤヴィン第4衛星へ届けられた。そこで設計図は分析され、反乱軍は表面の子午線トレンチの奥深くにある、反応炉に直結するわずか直径2メートルの排熱孔がゲイレン・アーソによって仕込まれたデス・スターの弱点だと知る。反乱同盟軍はこれをもとに、戦闘機によってトレンチに侵入して排熱孔へプロトン魚雷を撃ちこむという作戦を立てた。一方、レイアを密かに追尾していた帝国軍はヤヴィン第4衛星に反乱同盟軍の基地があることを察知。デス・スターで反乱同盟軍を殲滅するため、進軍を開始する。
反乱同盟軍はルーク・スカイウォーカー、ビッグス・ダークライター、ウェッジ・アンティリーズなどの所属するXウイング戦闘機を使用するレッド中隊と、Yウィング戦闘機からなるゴールド中隊、合わせて30機の戦闘機部隊が出撃し、デス・スターに攻撃を仕掛ける。デス・スターの対空兵装は大型戦闘機や戦艦との戦闘のみで小型戦闘機からの攻撃は想定していなかったため照準が合わず、表面を集中的に爆撃される。しかし、表面からの砲台による攻撃でジェック・ポーキンスの乗るXウイングが撃墜され、さらにデス・スターから出撃したTIEファイター隊が襲来、ダース・ベイダーまでもが自身のTIEアドヴァンストx1に乗って迎撃に出てきたために肝心の廃熱孔爆撃隊が撃滅され、ゴールド・レッド両中隊長が戦死する。さらに最後の突入を試みたルークたちもベイダーの猛攻を受けビッグスが戦死、ウェッジ機も被弾して前線離脱し、残るはルーク機のみとなった。そしてそのルーク機が被弾したとき、ハン・ソロのミレニアム・ファルコンが来援、ベイダー機を撃退した。ルークはフォースの力を借りてプロトン魚雷を排熱孔に撃ちこむことに成功し、ヤヴィンが破壊される寸前にデス・スターは破壊される。
この戦いで反乱同盟軍側は多くの戦死者を出し、出撃した30機のうち生還できたのはルーク、アンティリーズが搭乗するXウイング2機に加え、Yウィング1機のみであった。なお、このYウィングの搭乗者の設定は正史（カノン）と非正史（レジェンズ）で異なっている。正史のスピンオフ作品ではエヴァーン・ヴァーレーンという人物が設定されているのに対し、非正史のスピンオフ作品ではキーヤン・ファーランダーという人物が設定され、後にジェダイになっている。一方の帝国軍は、デス・スターとターキン総督を初めとする有力者たちを多数失った。ターキンとその側近たちの死によって、治安の悪いアウター・リムを統治していた権力機構の最高指導部が消滅したため、各地で帝国に対する反乱の火の手が上がり、反乱同盟軍は勢力を拡大した。
『スター・ウォーズ エピソード5/帝国の逆襲』冒頭で勃発した反乱同盟軍と帝国軍の戦い。ヤヴィンの戦いの3年後に行われた。
ヤヴィンの戦いに勝利を収めたものの、その後の帝国軍の攻撃により反乱同盟軍はヤヴィン第4衛星の秘密基地からの撤退を余儀なくされ、帝国の目を避け辺境の極寒の惑星ホスに秘密基地を設置し反撃の機会をうかがっていた。だが、ダース・ベイダーは同盟軍の行方とともに、自らを撃墜しデス・スターを破壊したルークの所在を執拗に追い求め、帝国軍の無人探査メカであるプロボットを銀河の端々に放ち、徹底的な捜索を行っていた。
やがて惑星ホスにも1機のプロボットが隕石を装って侵入、哨戒任務中これを偶然発見したルークは隕石の確認を試みるが、途上ホスの原生生物ワンパに襲われ行方不明になってしまう。彼を捜索に出たハン・ソロも消息を絶ち、反乱同盟軍は謎の隕石に対する初動ができないまま一夜が過ぎてしまう。翌朝、ローグ中隊が捜索中の2人を発見し、行方不明騒ぎはひとまず納まるところとなったが、この騒動の最中、降下したプロボットは探査活動を続け、同盟軍のエネルギー発生装置を発見、帝国艦隊へ向け送信を開始していた。ホスの秘密基地は戦闘よりも隠匿に特化し、極少数の施設以外はすべて地下に隠される徹底したものであったため、プロボットからの報告を受信した帝国艦隊司令官オゼル提督は開拓民の施設に過ぎないと判断した。しかし、艦隊旗艦エクゼキューターのピエット艦長は、人類型生物の住めるような星ではない極寒のホスに大規模なジェネレーターが置かれている事実に作為的なものを感じ、確認を主張する。この騒ぎを聞きつけたベイダーは反乱同盟軍とルークの存在を確信し、全艦隊をホスに向けるよう指示する。一方、同盟軍でもプロボットの暗号送信を傍受、確認に向かったソロとチューバッカはプロボットと交戦しこれを撃破したが、相手が自爆したことやこれまでの経緯から同盟軍のカーリスト・ライカン将軍は秘密基地が既に帝国に察知されたものと判断し、全軍にホスからの撤退準備を指示した。
反乱同盟軍が撤退準備に追われる中、帝国艦隊は超光速のワープ航法でホスに接近していた。しかし、反乱同盟軍を侮るオゼルの怠慢により、艦隊はホス軌道の間近までワープ航法を解除しなかったために、ホスの同盟軍はハイパースペースの「渦」から高速で接近する大艦隊を察知、全エネルギーで基地上空にシールドを展開し、地上戦に備えた。これによって帝国艦隊の常套手段である惑星軌道上からの砲爆撃は使えなくなり、帝国軍は当初より犠牲の大きい地上侵攻戦を強いられることとなった。ベイダーはヴィアーズ将軍に地上部隊の降下を指示すると、怠慢を犯したオゼルを処刑し、後任提督にピエットを任命する。
輸送船が限られているため全ての物資を撤退させる事ができない同盟軍は、宇宙空間では使えないスノースピーダーを迎撃部隊の主力とする地上戦闘によって脱出の時間を稼ぎ、戦闘後は兵員とパイロットのみを回収する予定であった。 間もなくヴィアーズ率いる帝国軍地上戦闘部隊が降下を開始、AT-ATを主力とする部隊が侵攻を開始した。地上戦闘員が塹壕戦で反撃する上空をローグ中隊のスノースピーダーが出撃し、AT-ATに襲いかかった。 地上の重砲ですら跳ね返すAT-ATの厚い装甲にスノースピーダーのブラスターキャノンは全く歯が立たず、逆にAT-ATの強力な対空砲火にスノースピーダーの装甲板は耐えることができなかった。すぐに戦況を理解したローグ中隊長のルークはデルタフォーメーションアタック戦法とトゥ･ケーブルをAT-ATの脚部に絡ませて敵の進攻を止める指示を出すが、スピーダー部隊は帝国軍の対空砲火の餌食となっていく。ルーク機も被弾し、後部座席で砲手を務めるダク・ラルターが戦死する。しかし、ウェッジ・アンティリーズの機体がAT-AT足元への接近に成功し、ケーブルを発射して脚部を絡めとり、1機のAT-ATを前のめりに転倒させる。これを見た同盟軍地上部隊も反撃に移り突撃を開始し、一時的に帝国軍を押し返した。 しかし、数に勝る帝国軍の猛攻は止まらず、ルーク機は被弾墜落し、基地内に帝国軍地上部隊が突入を開始した。防戦の限界と見たレイアは全軍撤退の指令を出す。
墜落した機体から脱出したルークは単身AT-ATの腹部に取り付き、爆弾を放り込んで1機を倒すが、ローグ中隊は味方地上部隊の撤退を援護するため反撃を繰り返し、多くの犠牲者を出した。ヴィアーズのAT-ATは基地のパワージェネレーターを破壊し、ベイダーはルークを確保するため基地に突入するが、間一髪で同盟軍は全軍を撤退させ、ルークも脱出に成功していた。
『スター・ウォーズ エピソード6/ジェダイの帰還』で描かれた戦い。ヤヴィンの戦いの4年後に行われた。
同名のガス巨星の軌道上を周回する衛星エンドア軌道上に建造中の第2デス・スターに視察に訪れる銀河帝国皇帝パルパティーンを急襲して撃破することで帝国軍の弱体化を狙った反乱同盟軍の作戦であったが、視察の情報はパルパティーンが意図的に流したもので、ヤヴィンの戦い以降勢力を拡大した反乱同盟軍を結集させ、壊滅する計画であった。
ボサンの情報網により第2デス・スターの情報を入手した反乱同盟軍はレイアの発案したイエロー・ムーン作戦により帝国の監視を掻い潜って艦隊を集結させ（レジェンズではルークがコスリスの戦いで設計図を奪い取ることに成功し、再び弱点をつかんだ）、全面攻撃を仕掛けることとなる。作戦は、正面から第2デス・スターを攻める宇宙艦隊と、エンドア上に設置されたシールド発生基地を制圧してデス・スターの防衛力を奪う少数精鋭の地上部隊による隠密行動という2段構成となっていた。
ハン・ソロ率いるエンドア地上部隊がシールド発生装置の破壊に向ったが、帝国の精鋭部隊が待ち伏せしていたため少数のハンの部隊は侵入直後に難なく捕縛される。この中でルークは、かつてジェダイの騎士・アナキン・スカイウォーカーであった父ベイダーをフォースのライトサイドに引き戻すため、単身で帝国軍に投降する。ベイダーはエンドアのシールド基地で息子であるルークと対面したが、その心は帝国に尽くすことに囚われており、息子も帝国軍に引き入れるため、パルパティーンとルークを面会させる。ルークはパルパティーンから、自分たちが罠にかかったことを聞かされる。パルパティーンは自身を憎ませることで、ルークをダークサイドに引き入れようとした。ルークは自分の仲間である反乱同盟軍の宇宙艦隊が帝国軍宇宙艦隊に撃墜されていくのを目の当たりにし、パルパティーンに襲いかかるが、ベイダーに阻まれる。
父との戦いに迷い戸惑っていたルークだったが、戦いの最中にベイダーがフォースにより自身の娘の存在を知る。ベイダーから「お前がダークサイドに染まらぬのであれば、彼女をダークサイドに引き込もう」と挑発されたルークは、怒りを露にしてベイダーに襲いかかる。パルパティーンは、かつて父アナキンをダークサイドに転向させたのと同じように、ベイダーをルークに討たせることでダークサイドへ導き、従順ではないベイダーに代わる弟子にしようとしていた。
エンドアの地表では、反乱同盟軍と友好関係を結んだ原住民イウォークが、帝国軍への反撃を開始した。帝国軍シールド発生基地の守備部隊は、少数の反乱同盟軍部隊が使用するレーザーやブラスター兵器に対しては十分な防御力・攻撃力と兵力を有していたが、イウォークの圧倒的な数、落とし穴・大質量（丸太）打撃トラップなど地の利を利用した戦術に対応できず壊滅した。一方、反乱同盟艦隊もランド・カルリジアンが提案した「こちらから帝国艦隊に突入し、乱戦に持ち込むことで第2デス・スターの主砲を封じ、シールド停止まで持久する」策を採用し、抵抗を続けていた。
デス・スター内部では、ルークが激しい打ち合いの中でベイダーを追い詰め、ベイダーの右手をライトセーバーもろとも切り飛ばし、怒りに任せて自分の父を討とうとする。しかし、右手を失い地に膝を突いたベイダーを前にルークは心の平静を取り戻し、「自分はジェダイである」と宣言し、父との戦いを拒絶した。それに失望と怒りを覚えたパルパティーンはルークを始末するため、フォースの稲妻を発してルークを打ちのめす。この最中、息子に敗れてその光景を傍観していたベイダーは、ルークの助けを求めるの声に応じてパルパティーンを抱え上げてデス・スター内部のシャフトに投げ落として殺害する。パルパティーンを倒してジェダイに戻ったアナキンだったが、パルパティーンの雷撃によって生命維持装置が破壊されており、ルークに看取られながら、デス・スターの連絡船プラットフォームで静かに息を引き取った。
ソロ率いる地上部隊とイーウォック族はバンカー基地を制圧し、シールド発生装置の破壊に成功する。反乱同盟軍艦隊もシールドの消失を察知し、ランド・カルリジアンの乗るミレニアム・ファルコンを筆頭に、ウェッジ・アンティリーズら高速戦闘機部隊（Xウィング2機、Yウィング1機、Aウィング2機）が第2デス・スター内部へと突入を図る。一方、本隊も総反撃を開始し、帝国軍最大の戦艦スーパー・スター・デストロイヤー「エグゼキューター」はシールドを失い、そこに制御不能となったAウィングがブリッジに激突する。ブリッジを失った「エグゼキューター」はデス・スターに激突し大爆発を起こし、指揮官を失った帝国軍は総崩れとなる。第2デススター内部に突入した部隊は、最後尾のXウィングが帝国軍に撃墜されたが、分岐点で各機を分散させ攻撃の手数を減らし、ウェッジとランドが中心部に向かう。中心部に到達したランドとウェッジがミサイルを中心部の主反応炉に命中させ反応炉を破壊。先に攻撃したウェッジがまず脱出し、ルークも父の亡骸を伴ってインペリアル･シャトルで脱出。最後に残されたミレニアム･ファルコン号も爆発の炎の中から脱出し、直後に第2デス・スターは爆発する。この戦いで多くの兵力・艦船を失い、さらにパルパティーンとダース・ベイダーという2人の指導者を失った帝国は、モフや将軍たちの派閥が互いに主導権を奪い合う内乱状態へと突入し、急速に勢力は衰えていく。一方で反乱同盟軍は新共和国の樹立を目指し、帝国軍残党の掃討戦を開始することになる。
スピンオフ作品では、帝国残党の置かれた状況を重く見た一部勢力が組織再編と上層部の意思統一を目的として、惑星アキヴァで帝国未来議会と呼ばれる秘密会議の招集を計画していたが、その動きを直前でアンティリーズに発見されたことで事態が新共和国に露見し、新共和国軍の攻撃によって多くの要人を失ってしまう。
エンドアの戦いから1年と4日後に行われた戦闘。銀河内乱の転換期となった戦闘であり、新共和国軍と帝国軍による最後の大規模戦闘が行われた。この戦闘で帝国軍に対して大勝利を収めた新共和国は、帝国の残存勢力に対して莫大な賠償金と大幅な軍縮を課す銀河協定の締結に成功し、銀河内乱は一応の決着を迎える。
この戦いの詳細は、の小説『Star Wars: Lost Stars』、チャック・ウェンディグの小説『Star Wars: Aftermath: Empire's End』で描かれている。
『スター・ウォーズ/フォースの覚醒』及び『スター・ウォーズ/最後のジェダイ』で描かれる、レイア・オーガナが率いる軍事組織｢レジスタンス｣と帝国の残党により結成された｢ファースト・オーダー｣の間で起こった戦争。
ファースト・オーダーの超兵器｢スターキラー基地｣では、ファースト・オーダー軍を指揮するアーミテイジ・ハックス将軍が演説を行った後に、新共和国の首都｢ホズニアン・プライム｣に向けてスターキラービームが放たれ、ファースト・オーダーの目論見通りホズニアン星系は壊滅した。
ほぼ同時にスパイからファースト・オーダーが追跡していたドロイド｢BB-8｣が惑星タコダナにあるマズ・カナタの城にいるという連絡が入り、カイロ･レンらがタコダナへと攻め込んだ。レンはドロイドと接触しルーク・スカイウォーカーの地図を見た女性レイを見つけ、彼女を捕らえることに成功する。その後ポー・ダメロン率いるレジスタンスのスターファイター部隊が到着したことでファースト・オーダーは撤退したが、マズの城は破壊されてしまった。その後、レジスタンス軍とハン・ソロとチューバッカ、ファースト・オーダーからの脱走兵である｢フィン｣ことFN-2187がのるミレニアム・ファルコンはレジスタンスの本部基地がある惑星ディカーへと帰って行った。
レジスタンスはディカーの基地で、フィンの情報によりスターキラー基地の存在を明かされた。スターキラービームの次の目標がディカーであることを知ったレジスタンスは基地のサーマル・オシレーターを破壊する計画を立てる。
先行部隊としてソロ、チューバッカ、フィンがスターキラー基地へと向かうことになり、彼らはキャプテン・ファズマを脅してスターキラー基地を覆うシールドを解除することに成功する。その後スターファイター部隊が基地に攻め込むが、TIEファイターと対空砲火による迎撃を受ける。一方レイはタコダナで捕えられた後にスターキラー基地に連行され、レンによる拷問の中でフォースの力に覚醒。自力で拘束を解いて逃げ出し、フィンたちと合流した。
その後ソロとチューバッカはオシレーター内部に爆弾を仕掛けるが、カイロ･レン(彼の本名は｢ベン・ソロ｣で、ソロとレイアの息子だった)と相対したソロは、レイやフィン、チューバッカの見ている前でレンに刺し殺されてしまう。しかしチューバッカが爆弾を起爆し、それに乗じたポーがオシレーターを爆撃し、スターキラー基地諸共破壊することに成功した。
カイロ･レンは森林でフィンとレイを追い詰め、フィンに重傷を負わせるも、レイとのライトセーバー・デュエルに敗れる。その後両者ともに基地の崩壊寸前で脱出した。
その後ディカーのレジスタンス基地に帰ったレイは完成したルーク・スカイウォーカーの地図を元に水の惑星オク・トーへと旅立った。
スターキラー基地の戦いの数日後、ハックス将軍率いるファースト・オーダー艦隊が報復攻撃のためにディカーへ押し寄せた。艦隊の中核であるマンデイターIV級シージ・ドレッドノートの砲撃で基地は壊滅し、レジスタンスの首脳陣はクルーザー｢ラダス｣
で基地から脱出。その間ポー・ダメロンのXウィングが単機でドレッドノートと交戦した。その後レジスタンスの爆撃機｢スターフォートレス｣の部隊がファースト・オーダーのTIEファイター部隊と戦うが、一機を残して全滅。しかし最後の一機は砲手のペイジ・ティコの活躍でドレッドノートに爆弾を投下し、刺し違える形ではあったがこれを撃沈することに成功した。
その後ラダスをはじめとするレジスタンス艦隊はディカーからジャンプするが、そこに最高指導者スノークやカイロ･レンが乗るファースト・オーダー宇宙軍の総旗艦｢スプレマシー｣率いる艦隊が姿を現す(レジスタンス艦隊は｢ハイパードライブ・トラッキング｣により追跡されていた)。レジスタンス艦隊は速度を生かしてスプレマシーのレーザー砲の有効射程圏外に留まっていたが、そこから出撃したカイロ･レンのTIEサイレンサーが率いる戦闘機部隊が艦隊に大被害を与え、TIEファイターから放たれたミサイルがラダスの艦橋を直撃したことでアクバー提督らが死亡し、宇宙空間からフォースを用いて帰還したレイアも意識不明の重体に陥る。それと並行してフィンとペイジの妹のローズがハイパードライブ・トラッキングを止めるために惑星カントニカのカント・バイトへ赴き、そこでDJというコードブレイカーの協力を得てスプレマシーへと侵入する。しかし長時間に及ぶ逃走の末にラダスを除くレジスタンスの艦船は燃料が尽き、スプレマシーの射程圏内に入った病院船｢アノダイン｣とクルーザー｢ニンカ｣が沈められた。
一方、ルークのもとでジェダイの修行を続けていたレイは、カイロ･レンとの交信をきっかけにスプレマシーへ向かうことになった。フィンとローズはトラッキング装置の元を目指すが、DJの裏切りでファースト・オーダーの罠に嵌められてしまう。またレイもカイロ･レンに捕らえられスノークの前に突き出される。しかしレンは突然スノークを殺害。レイと共にスノークの護衛と戦い、これを倒した。
残りがラダス1隻となったレジスタンス艦隊ではレイアやポーらを乗せたトランスポーターがラダスから惑星クレイトへと避難を始め、ラダスはハイパージャンプの準備をしていた。しかしファースト・オーダーはレジスタンスがラダスを囮にしてトランスポーターで避難していることに気づき、トランスポーターを砲撃し始めた。しかしこの隙を突いて、レイアに代わって指揮を引き継いだアミリン・ホルド中将がスプレマシーに向かって光速でラダスを特攻させる。その結果、スプレマシーと周囲のスター・デストロイヤーの破壊に成功した。
スプレマシーの艦内ではレイとレンがアナキン・スカイウォーカーのライトセーバーをめぐって争い、フィンとローズはファズマに処刑されようとしていたが、レイとレンはそれぞれ脱出し、フィンとローズ、BB-8もファズマを倒して脱出した。レイアをはじめレジスタンスの生き残りは惑星クレイトへ逃れ、カイロ･レンはハックス将軍を抑え自分が最高指導者だと宣言した。
ラダスから脱出したレジスタンスの生き残りは、惑星クレイトに残っていた反乱同盟軍の前哨基地に身を隠すが、そこにファースト・オーダーのAT-M6ウォーカー、AT-ATウォーカーからなる部隊が来襲する。ポーやフィン、ローズらが基地に残っていたスキー・スピーダーで応戦するも、TIEファイターの襲撃で窮地に陥る。そこにレイやチューバッカが乗るミレニアム・ファルコンが現れ、TIEファイター隊を引き付けていった。しかし、ファースト・オーダーは前哨基地の扉を破るためのレーザー砲(バッタリング・ラム・キャノン)を準備していた。フィンはそれを止めるため1人でキャノンに突っ込んだが、衝突直前でローズに止められ、結局キャノンは発射されてしまう。
レジスタンスは万事休すと思われたが、なんとそこにルーク・スカイウォーカー(これは本人がオク・トーから送っていたビジョンだった)が現れる。ルークが自分の身を犠牲にしてカイロ･レンと戦うあいだにレイアらは基地から脱出。レジスタンスの生存者全員がミレニアム・ファルコンに乗って脱出した。
非正史（レジェンズ）におけるエンドアの戦い以降を描いたスピンオフ作品においても、帝国軍残党（インペリアル・レムナント）は再三反攻を行い、時に優位に立つこともあったが結局は敗れ、新共和国を打倒できないまま講和を結んでいる。