東トルキスタン
東トルキスタン（ひがしトルキスタン）は、テュルク（突厥）系民族が居住する中央アジアの地域で、テュルクの土地を意味するトルキスタンの東部地域を指す地域概念である。
トルキスタンは、西トルキスタンと東トルキスタンの東西に分割しており、西トルキスタンにはトルクメニスタン・ウズベキスタン・キルギス・カザフスタン・タジキスタン（ただし、タジキスタンの主要言語であるタジク語はテュルク諸語ではなく、インド・ヨーロッパ語族のインド・イラン語派に属する近世ペルシア語の方言である）が含まれる。
漢民族視点の呼称に「新疆」があり、中華民国は1912年からこの地を新疆省としている。1949年に中華人民共和国に侵略されると、新疆ウイグル自治区と命名された。中国領トルキスタン、ウイグルスタン、東トルケスタンとも呼ばれる。
南にチベット自治区および青海省、東に甘粛省、北東にモンゴル国と接しており、北西から南西にかけては、カザフスタン、キルギス、タジキスタン等西トルキスタン地域と呼称される旧ソビエト連邦領中央アジア諸国、インド・パキスタン間で係争中のカシミール（アクサイチン）地方などと接している。
アジア大陸の内陸部に位置する影響から、年平均降水量はわずか145mmと乾燥した気候となっている。そのために一日の中でも気温の変化が激しく、「朝に綿入れ、昼に半袖、夜に火鉢をかこんでスイカ・メロンを食べる」との喩え話がある程である。
東トルキスタンのほぼ中央にそびえる天山山脈を背骨とし、天山山脈と北のアルタイ山脈（モンゴル国境）の間にジュンガル盆地、天山山脈と南のクンルン山脈（チベット自治区との境）の間にタリム盆地が広がる。そのために中国では、天山山脈を境として、ジュンガル盆地のある北側を北疆、タリム盆地のある南側を南疆として分けている。
タリム盆地の中心はタクラマカン砂漠で、天山山脈南麓とクンルン山脈北麓に沿ってオアシス都市がほぼ連なって点在している。
クンルン山脈や天山山脈などからは、氷河などを主要水源とする河川が570本ほど流れているが、そのほとんどは海まで流れない内陸河川である。なお、東トルキスタン最長の内陸河川は、全長2137kmのタリム川である。
タリム盆地の西は旧ソ連領の西トルキスタン地域であり、天山山脈北麓は、イリ川の渓谷を経てイリ川の注ぐカザフスタンのバルハシ湖や天山山脈北西麓のキルギスタンに繋がっている。
なお、かつての主要な東西交易路（いわゆるシルクロード）は、中国・敦煌付近（甘粛省）から天山山脈南麓を通り、パミール高原などを越えてフェルガナ盆地（ウズベキスタン）に至る経路を辿っていた。
東トルキスタンの住民の約45%はウイグル族が占めているが、他にも漢族、カザフ族、回族、モンゴル族、満族など多くの民族が居住している。特に、中華人民共和国成立以後は漢族の流入が著しい。北西部には漢族と回族が多く、南西部にウイグル族が多い。東トルキスタンには、古くはインド・ヨーロッパ語族の言葉を話す人（いわゆるアーリア人）が居住していた。
タリム盆地の辺りには古くは疏勒、亀茲、焉耆、高昌、楼蘭などの都市国家が交易により栄えたが、しばしば遊牧国家の月氏や匈奴などの影響下に入った。
前漢の武帝の時代に匈奴が衰えると次は前漢に服属し、以後は北方の遊牧国家(突厥など)と東方の諸帝国（唐など）の勢力争いの狭間で何度か宗主が入れ替わった。タリム盆地の都市国家群は7世紀ぐらいまでは存続し、以後は数百年かけて徐々に衰退していった。
一方、タリム盆地の北に位置しモンゴル高原の南西にあるジュンガル盆地には、古来より遊牧民族が暮らしており、主にモンゴル高原を支配する遊牧国家（匈奴、突厥など）の勢力圏となっていた。しかし、突厥の支配時代にテュルク系民族集団の鉄勒の中からウイグル（回鶻）が台頭し、8世紀には突厥を滅ぼした。この時期のウイグルは、タリム盆地、ジュンガル盆地、モンゴル高原など広大な領域を勢力圏とし、多くの部族を従えたため、ウイグル可汗国と呼ばれている。ウイグルの影響力は絶大であり、安史の乱等ではしばしば唐を助け、婚姻関係を結ぶなど関係を深めた。
ウイグル可汗国は840年に崩壊する。これによって、モンゴル高原より逃亡したウイグル人は天山山脈北麓に天山ウイグル王国を建国し、同時期に別のテュルク系民族がタリム盆地にカラ・ハン朝を興した。この結果、東トルキスタンの住民は、次第にテュルク化に向かい、カラ・ハン朝がイスラム教に改宗すると、イスラム化が進んだ。
カラ・ハン朝は後に東西に分裂し、東カラ・ハン朝は金に敗れて西遷してきた遼の皇族耶律大石率いる契丹族によって12世紀に滅ぼされた。彼ら契丹族がトルキスタンに建てた王朝はカラ・キタイ又は西遼などと呼ばれている。カラ・キタイはさらなる勢力拡大を目指し、西トルキスタンに割拠していた西カラ・ハン朝を攻撃して服属させるとともに、その援軍として現れたセルジューク朝の軍に大勝して中央アジアでの覇権を確立した。この結果、天山ウイグル王国やホラズム・シャー朝を影響下に置くこととなった。
13世紀に入ると、モンゴル高原を統一したチンギス・ハン率いるモンゴル帝国が強大化し始めた。この頃になるとカラ・キタイがホラズム・シャー朝の勃興により相対的に弱体化していたため、天山ウイグル王国はいち早くモンゴルに服属し、その駙馬王家としてモンゴルの王族に準ずる待遇を得た。この判断は結果的に正しいものとなり、間もなく中央アジアの全域がモンゴルの勢力下に入ることとなる。
その後、モンゴル帝国は極東から東ヨーロッパに到る大帝国を建設したが、モンゴル帝国支配下の東トルキスタンを大きく分けると、天山ウイグル王国の領域のほか、チンギス・ハンの第三子オゴデイ系の領地（オゴデイ・ハン国）と第二子チャガタイ系の領地（チャガタイ・ハン国）に別れていた。やがてモンゴル帝国は王族間対立などによって徐々に解体へと向かうこととなるが、オゴデイの孫カイドゥは、モンゴル帝国の宗主たる元のクビライに公然と反旗を翻し、帝国の解体に大きな影響を与えた。
その後、モグーリスタン（東トルキスタン）は長らくモンゴル系領主の支配を受けた。16世紀にウイグル人国家であるヤルカンド・ハン国が成立したが、この支配者もチャガタイ系であった。
ヤルカンド・ハン国は、17世紀に北方からやってきたオイラト族のジュンガル部（の後継国家）に滅ぼされた。
さらに、18世紀なかば1757年9月にが敗れ、ジュンガルは清により征服され、その支配下に入った。清朝の支配では、イリ将軍統治下の回部として、藩部の一部を構成することとなり、その土地は「ムスリムの土地」を意味するホイセ・ジェチェン（Hoise jecen、回疆）、もしくは「新しい土地」を意味するイチェ・ジェチェン（Ice jecen、新疆）などと呼ばれた。
19世紀の後期、西トルキスタンのフェルガナ盆地を支配していたコーカンド・ハン国の軍人ヤクブ・ベクの手によっていったん東トルキスタンの大半が清から離脱する。しかし、間もなく清は欽差大臣の左宗棠を派遣して再征服に成功した。この時期になると列強が積極的に東アジアに進出してきており、清はヤクブ・ベクの乱をきっかけにロシア帝国との国境地帯にあたる東トルキスタンの支配を重視し、1884年に清朝内地並の行政制度がしかれることとなった(新疆省)。結果的に見れば、この時期の一連の出来事が21世紀に至るウイグルの歴史に決定的な影響を与えることとなった。
辛亥革命によって清が滅亡した際、東トルキスタンはイリ地方の軍事政権（、広福）、東部の新疆省勢力圏などに分かれたが、やがて漢人勢力（袁大化、楊増新）の新疆省がイリ地方を取り込んだ。この結果、藩部のうち、民族政権が維持されていたチベットとモンゴルは手をたずさえて「中国とは別個の国家」であることを宣言（チベット・モンゴル相互承認条約）したのに対し、漢人科挙官僚によって直接支配が維持された東トルキスタンは、中華民国への合流を表明することとなった。ただし、中華民国中央が軍閥による内戦状態にあったため、新疆省は以後数十年に渡り事実上の独立国（楊増新、金樹仁、盛世才）のような状態であった。
1944年 - 1946年の東トルキスタン共和国をはじめ幾度かウイグル人主体の独立政権が試みられた。
1949年、国共内戦を制して中華人民共和国を建国した中国共産党は、新疆の接収を行うために、鄧力群を派遣し、イリ政府との交渉を行った。毛沢東は、イリ政府に書簡を送り、イリの首脳陣を北京の政治協商会議に招いた。しかし、8月27日、北京に向かった3地域の11人のリーダー達、アフメトジャン・カスィミ(Ehmetjan Qasim)、アブドゥルキリム・アバソフ(Abdulkerim Abbas)、イスハクベグ・モノノフ(Ishaq Beg Munonov)、Luo Zhi、Rakhimjan Sabirhajiev、デレリカン・スグルバヨフ(Dalelkhan Sugirbayev)らイリ首脳陣の乗った飛行機はソ連領内アルマトイで消息を絶った。首脳を失ったイリ政府は混乱に陥ったが、残されたイリ政府幹部のセイプディン・エズィズィが陸路で北京へ赴き、政治協商会議に参加して共産党への服属を表明した。9月26日にはブルハン・シャヒディら新疆省政府幹部も国民政府との関係を断ち共産党政府に服属することを表明した。12月までに中国人民解放軍が新疆全域に展開し、東トルキスタンは完全に中華人民共和国に統合された(新疆侵攻)。ウイグル族とソ連領中央アジア出身者、モンゴル族やシベ族、回族で構成された東トルキスタン共和国軍（）を野戦第五軍に編入した人民解放軍に対抗して、国民党側についたウイグル族のユルバース・カーンは白系ロシア人と中国人ムスリムの軍(帰化軍)を率いていた。1950年、伊吾で国民党勢力の残存していた地域へ侵攻してこれを制圧した()。これによって新疆は中華人民共和国に帰属されることとなった。この地域の中華人民共和国による併合後、民族名称はウイグル族（维吾尔族）と公式に定められ、現在に至っている。1955年には新疆ウイグル自治区が設置された。しかし、自治区とはいえ実際の政治・政策は北京の中国共産党政府圧政のもとで行われている。
また、チベット亡命政府によると、中国政府は「政治犯」として50万人もの東トルキスタン人を虐殺したといわれ、妊婦に対して「計画生育」という名目で胎児の中絶を強制し、犠牲になった胎児は850万に上ると推計されている。チベットでも同様の産児制限と中絶・不妊手術の強制が行われた。
1964年から中国政府は新疆ウイグル自治区のロプノール湖にて、核実験を開始した。1964年10月16日に初の核実験が、1967年6月17日には初の水爆実験が行われた。中国政府はこれまで46回におよぶ核実験を行ったと公式発表しているが、実際は、小規模の実験も含め、同地における核実験は50回以上に及ぶと推定されている。
放射能汚染による健康被害や農作物への影響が指摘されている。
高田純札幌医科大学教授による広島大学原爆放射線医科学研究所時代に、元広島市長平岡敬の率いるヒロシマセミパラチンスクプロジェクトに参加し星正弘の指導の元で調査訪問時に得たデータから、2002年8月以降の調査で、推定で、中国が東トルキスタンで実施した核実験によって、同自治区のウイグル人を中心に19万人が急死し、急性放射線障害など健康被害者は129万人にのぼり、そのうち、死産や奇形などの胎児への影響が3万5000人以上、白血病が3700人以上、甲状腺がんは1万3000人以上に達すると発表された。また、被害はシルクロード周辺を訪れた日本人観光客27万人にも及んでいる恐れがあり、影響調査が必要であると同教授は指摘している。
高田教授による調査は、1996年までの中国の46回の同地区における核実験の爆発威力や放射線量、気象データや人口密度などを基礎データとした。楼蘭遺跡の近くで実施されたメガトン級の核爆発では高エネルギーのガンマ線やベータ線、アルファ線などを放射する「核の砂」が大量に発生、東京都の136倍に相当する広範囲に及んだ。同教授によれば、中国の核実験は、核防護策がずさんで、被災したウイグル人への医療ケアも施されずに、広島原爆被害の4倍を超える被害者を出している。高田教授は「人道的にもこれほどひどい例はない。中国政府の情報の隠蔽も加え国家犯罪にほかならない」と批判した。
このような状況の中で「（中国政府に）実験のモルモットにされた」と訴えるウイグル人も現れており、ウイグル人医師アニワルは、「中国では被曝者が団体を作ることも抗議デモをすることも許されないし、国家から治療費も出ない。中国政府は『核汚染はない』と公言し、被害状況を隠蔽しているので、海外の援助支援団体も入れない。原爆症患者が30年以上も放置されたままなのだ」として、中国政府の対応を激しく批判している。また、核実験場は最も近い居住エリアから10キロしか離れていなかったとも指摘されている。
ウイグル人の悪性腫瘍の発生率が、中国の他の地域の漢人と比べて、35%も高くなっており、漢人であってもウイグル自治区に30年以上滞在しているものは、ウイグル人と同じ発生率となっている。また、先天性異常のために歩くことも話すこともできない障害児ばかりが生まれる地域もある。
中国による同地区核実験についてはイギリスBBCが1998年8月に隠し撮りによるドキュメンタリー「死のシルクロード」(27分)を報道し、この作品は世界83カ国で放映されローリー・ペック賞を受賞している。