ヒトパピローマウイルスワクチン
ヒトパピローマウイルスワクチン (HPVワクチン、HPV予防ワクチン、子宮頸がんワクチン) は、特定のヒトパピローマウイルス（Human papillomavirus：HPV）の持続感染を予防するワクチンである。HPVは、子宮頸癌、尖圭コンジローマ、およびその他の癌の発生に関係する。既に感染している状態への治療効果はない。そのため若年者への予防接種が推奨されている。また接種後も子宮検診が必要である。
国際的な発売年は、2006年にHPVの4つ型を標的とする4価のガーダシル（米国メルク社・MSD）が発売、2007年に2価のサーバリックス（GSK社）が発売、どちらも子宮頸癌の60-70%の原因となるHPV16型と18型がその対象に含まれている（日本では50%）。2014年に9価のガーダシル9が発売され、ワクチン売上高に差が付き、アメリカ合衆国ではサーバリックスは2016年に撤退を決定した。有効性として、対象となる型のHPVの感染を防止しており、がんの前段階である病変の形成の抑制を研究で確認している。
日本では、2009年10月に女性へのサーバリックスの使用が承認され、2010年に接種費用が公費によって負担されるようになり、2011年にガーダシルの承認が続いた。2013年4月に、予防接種法に基づき予防接種が制度化された。しかし6月14日には、疼痛などの訴えがあったことから厚生労働省は「積極的な接種勧奨の差し控え」を通達した。
2013年3月に全国子宮頸がんワクチン被害者連絡会が組織され、2016年に集団訴訟が行われた。2014年に厚生労働省の審議会は、注射針の痛みや不安から起こされた心身の反応（機能性身体症状）との見解を示した（精神障害ではない）。
2015年、世界保健機関が選出したワクチンの安全に関する国際委員会 (GACVS) が、日本の「接種差し控え」の対応を指摘し、WHOなど専門家による報告書では、ワクチン接種との因果関係は無いと日本の対応を非難している。2017年9月までに295人が、HPVワクチン接種との因果関係が否定できないとして、副反応の救済制度の対象となった。
日本国外では、接種率が80%近いオーストラリア、イギリス、スペイン、40-50%と中間はアメリカとドイツ、16%はフランス。補償の決定（アメリカ）や、被害者団体の組織や訴訟がなされている国もある。
2006年に、米国メルク社による、HPV 6、11、16、18型に対する4価のワクチンの「ガーダシル」 (Gardasil)が、アメリカで6月、欧州で9月に発売された。その翌年2007年5月に、競合他社であるグラクソスミスクラインのHPV 16・18型に対する2価のワクチンの「サーバリックス」 (Cervarix)が、オーストラリアで初めて承認され、同年欧州での承認が続いた。
2014年9月には、HPV 31、33、45、52、58型を追加の標的とした9価ワクチンの「ガーダシル9」(GARDASIL9)がアメリカで認可された。日本ではMSD社によって2015年7月3日付承認申請が行われた。両社の製剤はいずれも世界約130か国で承認されている。
2015年の国際的な売上高は、HPVの4つ（あるいは9）の型を対象とするガーダシルで19億ドルであり、2つの型を対象とするサーバリックスは1億700万ドルであった。2016年には、グラクソスミスクラインは、アメリカではHPVの9の型に対応するガーダシル9に市場を譲り撤退することを決定をした。
すでに感染しているHPVの排除や、すでに進行しているHPV関連の病変を抑制する効果はないため、初めての性交の前までに接種することが推奨される。ただし、別の部位への感染も予防されるため、アメリカでは26歳までの未接種の人々に接種を勧めている。日本での適応は9歳以上で、3回の接種で完了する。一部の国では2回接種の導入も進んでいる。妊婦には推奨できない。アメリカや韓国などでは、4価ワクチンの尖圭コンジローマや肛門癌への効果を認め、男性への接種を承認している。
HPVワクチンの接種は定期的な子宮癌検診を代替するものではなく、接種後も定期検診が必要である。
子宮頸癌の最大の特徴は、予防可能な癌であるという点である。これは異形成（子宮頸癌になる前の病変）が発見可能なためであり、定期的な子宮頸癌検診で異形成の段階で発見し、治療することにより癌の発症を未然に防ぐことができる。
日本では、子宮頸癌の人々の87.4%に、あらゆる型のHPVの感染が確認されている。以下、特に断りのない限り本記事では子宮頸部扁平上皮癌について述べる。
HPVには100種類以上の種類があり、そのうち16型と18型のHPVが、子宮頸癌の約60-70%に関係しているとされる。感染頻度の低い、他に高リスクとされる型には全てではないが31、39、51、52、56、58、59などがある。信頼性の高いPCR/シークエンス法による日本での調査では、16型18型は子宮頸癌のほぼ50%から検出されている。
HPVによる感染の大部分は一過性で自覚症状がない。新たに感染したHPVは、1年以内に70%が、2年以内に約90%が自然消失するので、HPVの感染自体が必ずしも致命的な事態ではない。発癌性のある高リスクのHPVによる感染から前癌病変である異形成組織の形成まで1-5年とされ、子宮頸癌の発生までは通常10年以上、平均で20年以上かかるとされる。前癌病変も軽度なCIN2と呼ばれる状態では、24歳までの若年女性で、1年で38%、2年で63%が自然軽快し、CIN2では確率は低いが、CIN3まで進んだ場合には12-30%ががんに進行すると推定されている。結局HPV感染者の0.15%が癌に至るとされる。
HPVウイルスの感染率は、アメリカでの約2500人を対象とした調査で、14-19歳で24.5%、20-24歳で44.8%とされ、多くの女性がHPVに感染していることがわかっている。また別の調査では、性交渉を持ったことがある女性のうち50-80%がHPVに一度は感染するとされている。アメリカ疾病予防管理センター (CDC) は全米で79万人がHPVに感染し、さらに毎年14万人の女性が新たにHPVに感染しているとしている。
世界中で年間52万9000人が子宮頸癌を発症し、27万5000人が死亡していると推計される。子宮頸癌の85%、子宮頸癌による死亡の80%は発展途上国で発生する。
日本では年間約9,800人が子宮頸癌と診断され、2700人が死亡している(2008年と2011年の統計）。肺癌などと異なり、20歳代から高い発生頻度を示すのも特徴である。また一方で、再発や転移のリスクの高い癌とは異なり、治療による生存率が高い。特に20-30歳代で増加しており、若い女性や子育て世代の女性が子宮頸癌に罹患し、妊娠能力や命を失う深刻な問題が発生している。
一方、年齢別死亡者数では、子宮頸癌による主な死亡層は高齢者であり、2008年時点で24歳までの死亡はほとんどなく、30代の10万人あたり1人から50代の同5人前後へと上昇していったまま推移し、80代近くになると急激に10人に達する。定期的な検診で子宮頸がんによる死亡率は最大80%減少する。
子宮頚癌の予防は効果はまだ見出されていない。その理由は、これを検出するには大規模で長期間の試験が必要であり、その代替として前がん病変のCIN2を指標とし感染予防を確認したものである。しかし前述のとおりCIN2ががんへと進行する確率は低い。
2018年5月に公開されたランダム化比較試験のシステマティック・レビューでは、最長7年の研究を含む26研究から、子宮頸がんについて評価するには十分な研究規模、また期間ではない。16型・18型に未感染であることを確認した15-26歳女性では、種類を問わず前がん性病変が生じるリスクは、ワクチン接種群で10000人中106人に病変があり、偽薬では287人であった。感染不明では、同リスクは、ワクチン接種群で391人、偽薬では559人である。
宮城での20-24歳の女性で細胞診による異常が未接種で約5%、ワクチン接種群では約2.4%。秋田での同じく未接種約2%、ワクチン接種群で0.24%。
2011年より被験者の登録を開始し、大阪大学で行われている Ocean Study の2017年12月に日本ワクチン学会で報告された中間解析では、16型と18型の感染を抑制したことで、あらゆる型を含めた感染率はワクチン接種群12.9%、対照群19.7%と差が見られたが（約35%減少）、細胞診の異常率には差がなかった。CIN2の指標は、診断の一致率の低さや、自然退行率が高いため、その妥当性は疑問視されている。
日本における副作用とは薬剤が原因となる目的以外の作用のことで、副反応は予防接種が原因の目的以外の生体反応のことである。有害事象という用語は、原因がなんであれ投薬や予防接種の後に起こる、体にとって有害な出来事のことである。このため有害事象には「紛れ込み」が含まれる。
例えば予防接種の後に、風邪が原因で熱がでても、交通事故に遭っても、その発熱や受傷は『予防接種の有害事象』となる。有害事象は、因果関係の有無に問わず、医療機関は厚生労働省へ予防接種後副反応報告書を報告しなければならない。厚生労働省から公開される予防接種副反応報告書集計は、有害事象を単純計算したものである。アメリカ合衆国でも同様に因果関係を問わず、 (VAERS)によってワクチン接種後の有害事象が集計される。
添付文書に記載される副作用や副反応（一般的に言われる副作用や副反応はこちらである）は、ICH E2A ガイドラインにより、「有害事象のうち当該医薬品・ワクチンとの因果関係が否定できないもの」とされている。。
このように集計して、発症率に差があった場合にワクチンが影響していることが判明する。副作用の被害が認められた際は、予防接種健康被害救済制度の対象となる。
頻度の高い副反応（報告数の20%以上）としては急性期のショック、アナフィラキシーが知られる。多くは、局所の疼痛、発赤、腫脹、全身性の疲労、筋痛、頭痛、胃腸症状（悪心、嘔吐、下痢、腹痛等）、関節痛がある。頻度の低い副反応（20%以下）としては発疹、発熱、蕁麻疹が見られている（いずれもサーバリックスの国内報告による）。
重度の疼痛は接種者の6%が経験する。疼痛は2価ワクチンで強い。
その他に、接種後に、注射による一時的な心因性反応を含む血管迷走神経反射性失神があらわれることがある。失神による転倒を避けるため、接種後30分程度は座らせるなどした上で、被接種者の状態を観察することが望ましいと注意喚起されている。
アメリカでは、ワクチン接種後15分間座位を保つことが推奨されている。
サーバリックスの初期の製品のシリンジキャップ及びプランジャーには天然ゴム（ラテックス）が含有されていたため、ラテックス過敏症のある被接種者においてアレルギー反応が出現する可能性があった。同様の容器を使ったワクチンに共通した問題であったが、2011年までに天然ゴムが含まない素材に変更された。
慢性期のものとしては急性散在性脳脊髄炎（ADEM）などが挙げられるが、HPVワクチンに特有の副反応ではなく、多くのワクチンに普遍的に存在する良く知られた副反応である。
副反応の節で前述したとおり、頻度の低い副反応は個々の治験では検出できない可能性があり、事後に調査される。
日本で接種によって副作用の報告頻度は100万摂取あたりサーバリックスで170人超、ガーダシルで同150人と、他のワクチンでも報告の多い麻疹の同50人をはるかに上回る。けいれん、意識障害めまい、内分泌異常、疲労、麻痺、筋力低下、などなど多彩な症状が複合的に長期にわたる症状が見られ、国外の報告と共通している。日本では、1年以上歩行困難となった事例、また日本の別の少女らでは、身体の痛み、脱力感、寝たきりになる例、一時的な記憶障害を繰り返すようになったといった報道がされた。
2014年に厚生労働省は接種時の痛みや不安が起こした心身の反応としたが、診療にあたった医師はそのような解釈は困難だとした。
医薬品承認以前の5700人超のランダム化比較試験において、2価ワクチンを接種した群は、アルミニウムの偽薬を摂取した群より死亡が多く、また各7000人の比較では4価ワクチンより、9価ワクチンの方が重篤な全身症状を示した数が多かったが、ワクチン関連であるとされておらず、市販後の重篤な症例にもこれらの重篤な有害事象と同様のものがみられる。2014年1月20日、厚生労働省の厚生科学審議会の予防接種・ワクチン分科会副反応検討部会と、薬事・食品衛生審議会医薬品等安全対策部会安全調査会が合同会議を開き、接種後に発生した広範な疼痛または運動障害は、ワクチンの成分ではなく「注射針による痛みや不安から起こされた心身の反応（機能性身体症状）とした。議事録に忠実に記せば「針を刺した痛みや薬液による局所の腫れなどをきっかけとして、心身の反応が惹起され、慢性の症状が続く病態」である。症状としては「失神、頭痛、腹痛、発汗、睡眠障害、月経不整、学習意欲の低下、計算障害、記憶障害等」が挙げられた。心身の反応、または機能性身体症状では、原因に心理的要因が、身体に病理学的所見がなく、身体症状の増悪また慢性化に心理・社会的な要因が関与する。以前のDSM-IV第4版の身体表現性障害の定義による、精神が中心となっているとするには違和感があり、機能性身体症状ではむしろ身体と精神とが一体となって症状が生じるということである。
しかし、審議会のメンバーの15人中11人に利益相反があり、金額が500万円を超える3名は決議に参加できなかったとも言われ、再検討が要求されている。2015年12月、名古屋市は市内在住の7万人の若い女性を対象に、ワクチンの副反応が考えられる症状についてのアンケート調査を行った。
月経不順、関節や体の痛み、光過敏、簡単な計算ができない、簡単な漢字が書けない、不随意運動など、マスコミで繰り返し報道されてきたHPVワクチンとの因果関係を疑うとされる24種類の症状について調査され、7万人超から42%の約3万人の回答が得られた郵便アンケートからの解析によれば、年齢補正前の統計でワクチン接種群には月経量の異常、記憶障害、不随意運動、手足の脱力の4つの症状が多くみられ、ワクチン非接種群には体や関節の疼痛、集中できない、視力低下、めまい、皮膚の荒れ、等が多く見られた。
また24の症状に関与する要素についても検討された。ワクチンの種類や病院受診の有無、など様々なクロス集計も実施された。その結果、症状の間には強い関連性があったのは、ワクチンの接種の有無ではなかった。症状の有無と関連があったのは、年齢のみであった。年齢で補正すると、接種群が非接種群より有意に多い症状は1種類もなかった。むしろ、年齢補正後の接種群は有意に少ない症状が目立った。
これらを元に名古屋市は「接種者と非接種者で統計的に明確な差は確認できない」との見解をまとめたが、薬害防止を訴える市民団体から批判があったため、2016年6月出した最終報告書では、生データの公開と数値の集計にとどめ、因果関係に言及することを避けた。
例えば薬害オンブズパースン会議は、ワクチンの影響がないのであれば差がないはずだが、15症状がワクチン群での方が少なく不自然であると指摘した。
2018年にこの報告は英文論文として出版され、ワクチンと症状との間に、因果関係がないことを示唆するような結果が得られたと結論した。この論文について、薬害オンブズパースン会議から『「名古屋市子宮頸がん予防接種調査」に関する鈴木貞夫論文についての見解』として、年齢調整が不適切であったなど、研究に関する問題点や疑問点が提出された。この見解についての回答は、名古屋市立大学公衆衛生学分野のホームページにアップされている。また、医薬ビジランスセンターの浜六郎は、13症状に現れた統計的なバイアスの影響が無視されているが、認知機能や運動機能の異常が高率であると指摘した。このことを英語圏の論文雑誌に投稿したが、現在未採択である。現在、アンケートの生データは公開されており、だれでも解析できる状況にあるが、鈴木論文以外のものは査読のある雑誌から出版されていない。また、鈴木論文に対する反論のレターも現時点では出ていない。なお、名古屋スタディについての解説が日本医事新報社より発行されているほか、ネットニュースにも取り上げられている。
ワクチンの効果を強める目的で添加される、アジュバント（抗原性補強剤）を問題視する仮説が提唱されている。サーバリックスには水酸化アルミニウム、ガーダシルにはアルミニウムヒドロキシホスフェイト硫酸塩が、アジュバントとして添加されている。
2014年2月に行われた子宮頸がんワクチン国際シンポジウムにおいて、パリ大学のフランソワ・オーシエ教授（神経筋肉病理学）や、元エール大学元准教授・シン・ハン・リー（病理学）らは、抗原性補強剤として添加されているアルミニウム化合物が、神経障害などの副作用を引き起こしていると発表し、ワクチン接種後に急死した少女3人の脳を調べたカナダのブリティッシュコロンビア大学のルチジャ・トムルジェノビック研究助手は、「すべての国で接種を即刻中止すべきだ」と警鐘を鳴らした。
2016年のイスラエル、テルアビブ大学 Rotem Inbarらは、HPVワクチン（ガーダシル）の人体相当量を生後6週目の雌マウスに注射し、対照群と比較する実験を行った。その結果、大脳の免疫組織化学分析で、海馬CA1領域のミクログリア活性化が明らかとなった。またうつ病に類似した行動変化も観察され、アジュバントとして添加されるアルミニウム化合物によって神経炎症および自己免疫反応が誘発されるものと示唆した。アジュバント一般については安全だと言われているが、HPVワクチンの臨床試験の偽薬群にはアルミニウムのアジュバントを使用しているため、アジュバントの有害な影響が隠されてしまうとも指摘されており、新しいタイプのアジュバントAS-04を含めたシステマティック・レビューは2017年時点で存在せず、利益と害についての適切な評価はできないため、システマティック・レビューが予定され、事前にその評価方法が公開された。Autoimmune Syndrome Induced by Adjuvants（ASIA、仮訳・アジュバント誘発性自己免疫症候群）が提唱されており、後述するHANSはそのひとつであるという意見もある。
HPVワクチン接種後の症状が、 (MMF) と呼ばれる疾患概念に似ているという意見もある。MMFはフランスでの報告が多い疾患概念で、同じ水酸化アルミニウムをアジュバントとして含有する、A型肝炎ワクチン・B型肝炎ワクチンによって起こる可能性があることが指摘されており、全身筋肉痛や倦怠感、発熱など。記憶障害や集中力の低下などの症候群を呈するとされる。このような概念で提唱されている症候群としては、マクロファージ性筋膜炎の他にも、湾岸戦争症候群 (GWS)、「ワクチン接種後の各種自己免疫疾患」などがあり、これらは同一疾患である可能性も指摘されている。
村中璃子が『WEDGE Infinity』に掲載した記事では、B型肝炎ワクチンについて、MMFとされる症状との間の因果関係についても既に否定されているとし、WHOも1999年、2002年、2004年に安全声明を出しているとする。
2014年、日本線維筋痛症学会・理事長で東京医科大学医学総合研究所の西岡久寿樹らは、症候群をまとめて （ ハンズ、HPVワクチン関連神経免疫異常症候群）という概念を提唱した。
HANS は、病理学、ワクチン、免疫、精神科、リウマチ科、神経内科、小児科などからなる研究チームが共同で診察した結果、過去に類似する疾患がないとして提唱された。従来のワクチンでは比較的短期間で免疫が獲得されるが、HPVワクチンでは接種からはじめての性行為までの持続が求められているため、効果が10年以上持続する。
接種前は健康だった少女に、症状は自律神経、認知、感覚、運動などあらゆる領域に重層的に多彩に生じているとした。群発頭痛に類似する頭痛、サングラスをかけたり遮光カーテンを使うような感覚過敏、関節痛だけでは言いあらわらせない、これまでリウマチ医が見たことのないような広い痛みで、18か所を調査する繊維筋痛症の診断基準では18か所すべて痛く、倦怠感も起き上がることができないほどダルいというものである。
西岡はHANSの原因は、アジュバントと使用されるアルミニウム化合物であるとし、アルミニウム化合物によって脳内のミクログリアが活性化することがHANSの原因としている。
しかし、村中璃子が『WEDGE Infinity』にて連載した記事によれば、全て仮説であるという。
ほかの鹿児島の研究者は自己免疫性脳症との関連を挙げており、静岡や岐阜の研究者も多くの症例で髄液の免疫学的な変化を確認している。
村中璃子が、雑誌『WEDGE Infinity』にて連載した記事では、以下のように記述している。HPVワクチンが登場する以前から身体表現性障害という概念があり、1994年に発売された精神診断の世界標準であるDSM-IV（米国精神医学会の『精神障害の診断・統計マニュアル』第4版）に掲載されているが、HANSとして報告されている症状と重複が多く、HPVワクチンが開始される以前よりそのような患者が存在していた（厚生労働省の機能性身体症状の定義とは異なる）。注記すると、身体表現性障害はDSM-IVにおける分類名であり、診断名ではない。
ある患者の医師へのインタビューでは、過剰適応や心因性の偽発作（)とされる。偽発作は、脳波にてんかんに特徴的な波形が観察されないことで鑑別される。
村中璃子は、同様のインタビューによって、症状だけを精神科や小児科医師らに説明した場合、複合性局所疼痛症候群(CRPS)や、体位性頻脈症候群(POTS)、慢性疲労症候群(CFS)に似た症状を呈する子供たちをたくさん診察・治療してきたという回答が得られたとして、思春期の少女にはそのような症状が観察されることは珍しくなかったと考えるが、しかしこれらの症状がHPVワクチンの副反応だという報道が大きくなされてからは、そうした意見は「弱者への暴力」とされる雰囲気が蔓延している述べている。
しかし、『神経内科』に投稿された西岡久寿樹の論文によれば、オーストラリアの副作用報告から、例えば男子の失神は約15%、女子では約12%と男女のそれぞれの症状の頻度には大差がなく思春期の女性特有の心因反応だとは考えられない。また、信州大学医学部の医師である池田修一による『神経治療学』に投稿された論文によれば、CRPSの診断基準を満たしているものがある。鹿児島大学神経内科の高嶋博による『神経治療』に掲載された意見では、心因性と診断したほうが治療しやすいわけでもない。また日本医師会と日本医学会が作成した手引きでは、心因という言葉は、実際の身体的な病態の存在を否定し、誤解をまねきやすいため、用いないよう記している。
厚生労働省によると、HPVワクチン接種後、医療機関から報告された発熱やアナフィラキシーショックなどの副反応が、2010年11月-2013年3月に計1196件に上っている。これら副反応が発生するのは稀なケースであるとされるが、106件は障害が残るなど重篤なケースだった。
重篤な障害が発生したケースでは、接種当日から局所反応・強い疼痛等のため入院となり、接種64日たって夜間就寝時に手足をばたつかせる痙攣のような動きが出現(脳波、SPECT等で睡眠時の行動ではなく覚醒時に生じていると診断)し、接種81日後には計算障害を起こしたとする例が報告されている。
2014年5月16日に開催された第1回厚生科学審議会予防接種・ワクチン分科会副反応検討部会では、以下が報告された
発売から3年経過した2009年時点の、アメリカでのワクチン有害事象報告制度(VAERS)によると、不妊の報告はない。サーバリックスを販売するグラクソ・スミスクラインは、ワクチンに不妊を誘発させる成分は含有されず、不妊の報告例もないと記載している。
死亡リスクが増加する可能性は排除されていない。
死亡例は報告されているが、因果関係が認められたケースはない。
2009年4月、世界保健機関（WHO）は、HPVワクチンに関する方針説明書（ポジション・ペーパー）において、発展途上国を含めた世界全体でHPVワクチンの使用を推奨し、ワクチン接種プログラムに導入すること、およびその財政的基盤を作ることの重要性を強調している。またWHOは、各国の政策立案者に向けた、HPVワクチン導入のためのガイドラインを示した。
2014年までに、世界中で4000万回のHPVワクチン接種が実施され、2013-2014年までにオーストラリア、スコットランド、ルワンダでは、ワクチンの接種率は約80%となった。インドでは、2州で2010年よりワクチンの接種を2015年時点で中断している。フランスでは2016年に16%の女子がワクチンを接種しており、45%であったアメリカよりはるかに低い。接種率が高いのは、80%近いオーストラリア、イギリス、スペインであり、40-50%と中間はアメリカとドイツである。デンマークやアイルランドでも接種率の低下は確認され、日本が最大の激戦区であり約70%であった接種率は1%を下回った。
アメリカ合衆国では2013年4月までに、49人の被害者に対して、全国ワクチン傷害補償プログラム（VICP）による588万ドルの補償を決定した。カナダでは2008年以来2015年までに少なくとも60人が、例えば車椅子や栄養チューブを必要とするような状態となった。
推進団体の「子宮頸がん征圧をめざす専門会議」は、ワクチンが承認される前の2008年11月に設立され、世論に影響を与えてきており、調査では、事務局長が元GSKのマーケティング部長で、ワクチンのメーカーから年間に例えば2012年では3500万円の寄付を受けていた。
日本国内では、2009年10月、2価ワクチンである製品名「サーバリックス」（グラクソ・スミスクライン社）が承認され、同年12月から販売が開始された。また、4価ワクチンである製品名「ガーダシル」（MSD社）が2011年7月に承認、同年8月に販売が開始された。しかし、双方とも3回接種の合計で4-5万円程度の費用負担があり、普及を妨げた。
2010年、厚生労働省は「ワクチン接種緊急促進事業」を実施して、ヒブワクチンと小児用肺炎球菌ワクチンに、HPVワクチンを追加し、市区町村が行う接種事業を助成した。これにより、2013年（平成25年）3月31日までは、事業の対象者（おおむね中学1年生から高校3年生相当の女子）は無料もしくは低額で接種を受けられた。4月1日以降は、予防接種法に基づく定期接種としての接種が続けられている。
2012年（平成24年）10月時点の調査では、接種率（接種事業対象者に対する接種済みの者の割合）は67.2%となっていた。
また東京都の中学生がワクチン接種により1年以上歩行困難となった事例があり、2013年3月に無料接種を実施した東京都杉並区は、副反応の被害救済制度の適用の可能性を検討している。2013年4月に杉並区議会に議員が議題として取り上げられた後に、補償に応じない自治体として被害者団体により非難を受け、マスコミによる激しい取材を受けたため、杉並区では被害者とされる接種者に補償を行うことを決定した。このことを日本国民は「自治体が誤りを認めた」と認識してしまい、HPVワクチンに対する反感の転換点となってしまった。
村中璃子によれば、その結果HPVワクチンを過去に接種していれば医療費が無料になるという噂が広まり、それらしい症状が少しでもあれば「ワクチンとの関連性を疑うと診断書を書いてほしい」という求めが首都圏を中心に増える現象が報告されているということである。
また別の少女らでは、身体の痛みを覚えたり、脱力感、疲労感、四肢に力が入らなくなるなどで寝たきりになる例や修学旅行に行った記憶、学校からの帰り道、食事をしたことなどを忘れるなど著しい記憶障害が発生したといった報道がされるようになった。HPVワクチン接種後の体調不良に対して、日本国政府は「任意接種であること」等を理由に、補償には応じていない。
2013年6月14日の専門家会議では、接種のあと原因不明の体中の痛みを訴えるケースが30例以上報告され、回復していない例もあるとして、厚生労働省は定期接種としての公費接種は継続するものの、全国の自治体に対して積極的な接種の呼びかけを中止するよう求めた。接種を希望する場合は、市区町村の担当部署に自ら連絡し、書類の交付を受ける必要があり、呼びかけ中止により、70%程度あった接種率は1%未満に激減した。
村中璃子によれば、この判断は、医学的統計的根拠に基づかず、世論に寄り添う日本の政策決定であるとして非難されることになった。
HPVワクチンの導入以来、日本では好意的な報道が占めていたが、2013年3月に朝日新聞が東京都内の痛みを訴える女子中学生について報じた報道を境に、「ワクチンをネガティブでリスクのあるように取り上げる記事が圧倒的に占めるようになった」と、調査した統計結果から指摘されている。
日本の産婦人科医が自分の娘にワクチンを接種したかについては、50人超の調査から、2014年では0だったが2017年には16.1%であった。2017年9月までに295人が、HPVワクチン接種との因果関係が否定できないとして、副反応の救済制度の対象となった。
2013年7月5日、世界保健機関 (WHO) は公式声明の中で、「日本が報告する慢性疼痛の症例は、同様の徴候が他国で認められないことにより、2013年時点ではHPVワクチンを原因として疑う根拠に乏しい」とコメントし、日本の方針転換を疑問視した。
WHOに独立した科学的助言を提供するために、WHOが委員を選出した、ワクチンの安全に関する国際委員会 (GACVS) の2014年3月の声明では、日本の複合性局所疼痛症候群（CRPS）等の報告について言及し、「2013年に検討したが、因果関係は認められなかった」と結論を出した。
GACVSによる2015年12月の声明では、日本だけが接種中止の勧告を出していることを名指しし、「若い女性が本来なら避けられるはずのHPVの脅威に暴露されている、弱いエビデンスに基づく政策決定は、安全で有効なワクチンの使用を妨げ、真の被害（子宮頚がん）を招きうる」と批判した。日本国内で報告されている有害事象について、日本の専門部会でも関連性を否定しているのに、ワクチン接種推奨再開についての合意に至っていないとして、日本国政府として科学的エビデンスに従った判断を行い、予防接種計画を遂行する必要性を強調した。村中璃子によれば、WHOが1国のみを名指しで非難することは異例だという。日本小児科学会理事は「恥ずかしい限り」と語り、日本産科婦人科学会理事も、2015年の声明全体が、日本への呼びかけのように読めるとして声明への理解を示した。
一方、別府宏圀らが医療倫理誌に寄せた論文では、もともと発生頻度の低い自己免疫疾患を非接種者と比較するためには慎重になる必要があり、名前を与えて分類しカウントしただけでは、重要な情報が喪失されるおそれもあり、抗体価の維持期間が長く従来のワクチンとは異なるということも挙げられる。容易に子宮がん検診を受けられる体制の整備の方が重要である。2018年3月には、日本で国際シンポジウムが開催され、日本のほか、コロンビア、スペイン、イギリス、アイルランドの被害者団体が集った。コロンビアでは2017年に700人以上からの政府と製薬会社に対する集団訴訟が行われた。イギリスにはAHVIDという団体があり、470人のメンバーのうち約400人はHPVワクチンの影響があると信じている。
2013年3月25日、「全国子宮頸がんワクチン被害者連絡会」が設立されている。国にHPVワクチン予防接種の完全中止や副反応患者の救済などを求めている。神奈川・埼玉・群馬・千葉・北海道・愛知・大阪・鹿児島・熊本の9支部が存在する。2017年11月現在の会員数は603人。症状の原因はHPVワクチンの固有成分による脳内での免疫反応であるという仮説を支持している。被害者連絡会の会員たちの間では、免疫吸着療法が症状緩和の手段として有効であると信じられており、免疫吸着療法を受けるために鹿児島まで足を運ぶ会員も少なくない。厚労省に対しては免疫吸着療法に関する成果を公表するように要求している。
厚労省研究班の「牛田班」（牛田享宏・愛知医科大学学際的痛みセンター教授代表）が、「軽い運動や考え方の癖を前向きに変える認知行動療法によって7割の被害者部症状の回復または改善をみたと発表したことに対して、副反応被害の原因が心身の反応や機能性身体症状という前提で研究している、会員は改善したという自覚を持っていないなど不信感を募らせている。
一方で、食事療法で症状が改善したという会員の声を封殺したうえで事実上の除名処分にするなど、「被害者そっちのけでイデオロギー闘争に明け暮れている」という批判もある。また、ワクチンの副反応とされる症状に疑問を呈し、厚労省研究班の「池田班」の研究発表に不備があると主張したジャーナリストの村中璃子及びその関係者に対しても抗議活動を展開している。また厚生労働省への法的責任の確認や、国内での疫学調査の実施を請求している。
2016年3月30日、「HPVワクチン薬害訴訟全国弁護団」が結成され、半身麻痺などが残った女性らが実名を公表して、国とグラクソ・スミスクライン社、MSD社に損害賠償を求める集団提訴を行うことを発表した。2016年、原告124人によって東京、大阪、名古屋、福岡の4つの地方裁判所で国と製薬会社2社に対して、1人あたり1500万円の賠償金を求める集団訴訟が起こされている。