南京事件 (1937年)
南京事件（なんきんじけん）は、1937年（昭和12年）12月の南京戦において日本軍が中華民国の首都南京市を占領した際、約6週間もしくは最大で2か月以内にわたって、当時の日本軍が中国軍の捕虜、敗残兵、便衣兵、そして南京城内や周辺地域の一般市民などに対して殺傷や暴行を行ったとされる事件。「名称の種類と変遷」節で述べるように、南京大虐殺、南京大虐殺事件、南京虐殺事件など多様な呼称がある。
南京事件は、事件直後から欧米の報道機関によって報道されており、日本政府や日本軍に関連した記録の中にも事件直後に行為を認知したとの事実が存在している。一方、その発信源はほぼ全て、現地に残留した米国人宣教師たちであることが明らかになっているとの主張もある。終戦後に行われた南京軍事法廷や極東国際軍事裁判で裁かれたが、その後も南京事件論争で述べるように、事件の規模、虐殺の存否、戦時国際法違反か、犠牲者数などさまざまな論争が存在している。
日本政府は、被害者の具体的な人数について政府としてどれが正しい数かを認定することは困難ではあるものの、日本軍の南京入城（1937年）後に非戦闘員の殺害や略奪行為等があったことは否定できないという歴史認識を示している。この事件については、事件の規模、虐殺の存否、戦時国際法違反か、犠牲者数などさまざまな論争が存在している（南京事件論争）。事件の真相はいまだ不明であり、万人が納得するような説明はいまだなされていないとする意見がある。欧米の一次史料を基にそもそもの南京事件の発信源である米国人宣教師たちの中立性に疑義を唱え、真相は米国人宣教師たちの創り出した虚構を中国政府が利用したものとする主張もある。
1937年7月に始まった日中戦争で当初は華北から戦闘が始まり、その後、双方とも兵員を動員する中、ドイツ軍事顧問を得ていた蒋介石は、国際都市上海にて日本軍をおびき寄せて殲滅する作戦を立てた。その結果、8月に主戦場は上海に移った。日本側も、中国に対して一撃を加えれば大人しく引き下がるものと考えており、暴支膺懲（乱暴な中国をこらしめる）というスローガンを世論に利用し、対決姿勢をとる。日本陸軍は上海派遣軍を送り、上海において、日中両軍の激しい戦闘が起こった（第二次上海事変）。日本海軍は8月より日本海軍機による首都南京への空襲(渡洋爆撃)を開始し、国際社会より非難された。
8月5日、陸軍次官は「ハーグ陸戦条約の精神に準拠し」「交戦規定の一部（害敵手段の選用）は努めて尊重」するとしながら、別の箇所で「これを厳密遵守とまでしなくてよい」こととし、「捕虜という名称もなるべく使わない」ように現地軍に通知した。その結果、現場の将校までが「軍の規律を求めた松井石根軍司令官の通達」を無視した行動を行ったり、また上海戦において、日本軍人が戦友の多くを失い、中国側への復讐感情を芽生えさせたと秦郁彦は指摘する。
他方日本外務省は、10月に中国に駐在するドイツ人外交官のトラウトマンを仲介とする、トラウトマン和平調停工作を開始した。
中国軍の抵抗もあって、日本側は予想に反して苦戦を強いられたが、11月5日には杭州湾に上陸した日本陸軍第10軍に背後を襲われた中国軍は、上海方面より首都南京方面へと潰走した。上海戦は、日本軍に多くの戦死者を出し、日本軍人に中国軍への復讐感情を植え付けた。
11月7日に上海派遣軍は第10軍とともに中支那方面軍（司令官：松井石根）として改編された。11月19日には第10軍が和平工作をすすめる軍中央の方針を無視して、その後上海派遣軍が、撤退する中国軍の追撃を独断で始め、首都南京への侵攻を目指した。12月1日には軍中央が現地軍の方針を追認する形で中支那方面軍に南京攻略命令を下達する。
総退却した中国軍は11月の南京高級幕僚会議で、南京固守作戦の方針が決まった。11月20日蒋介石は南京防衛司令官に唐生智を任命し、同時に首都を南京から重慶に遷都することを宣言し、暫定首都となる漢口に中央諸機関の移動を始めた。中国側は南京に防衛線（複郭陣地）を構築して抗戦する構えを見せた。敗走する中国軍は堅壁清野作戦で村や民家を焼き払った。
また追撃する日本軍は食糧などを途中の農村地域で略奪しながら進軍した。南京に向かうまでの行程で農村部において日本軍による住民の殺害・強姦・強奪が発生するなどの軍紀の緩みがあった。12月7日に松井石根司令官は略奪行為・不法行為を厳罰に処すなど厳しい軍紀を含む「南京城攻略要領」を自軍に示していた。
日本軍が南京城に迫る中、蒋介石ら中国首脳部は南京防衛司令官唐生智と防衛軍を残して、12月7日に南京を脱出した。
日本軍は12月8日には南京を包囲し、12月9日に中国軍に対し無血開城を勧告した。中国軍が開城勧告に応じなかったために、日本軍は12月10日には攻撃を開始した。南京防衛司令官の唐生智も12月12日に逃亡した。しかし、南京の中国軍の大半は組織的撤退を知らないか、知らされても安全に逃げられない状況であった。中国兵の中には塹壕に足を縛られて防戦させられる者もおり、唯一の逃避路である北部の長江へつながる挹江門には仲間を撃つことを躊躇しない督戦隊が置かれ、撤退する者との間で同士撃ちが発生した (挹江門事件)。12月13日には中国軍は総崩れとなり、南京城は陥落した。陥落時には南京城の北側から長江の対岸へと逃げようとした非常に多くの兵隊・一般人が、舟もない中で渡河しようとして、大半が途中で溺れて死んだ。
南京市は東西（中山門〜漢中門）約5.3km、南北（大平門〜中華門）約8kmで、面積は35kmと茅ヶ崎市（35.70km）程の大きさである。城外の下関や水西門市街などを含めると39〜40kmで、鎌倉市（39.67km）程の面積となる。
南京の人口は、日中戦争以前は100万人以上とされるが、上海事変以来の爆撃や、南京攻撃が近づいて中国政府首脳が重慶に移転したり、富豪などの疎開によって、南京戦当時の人口はかなり減少した。スマイス調査によれば、南京攻撃の直前の11月には約50万人（数字にはほかに諸説あり）に半減したが、南京戦直前の12月の人口は諸説あってはっきりしない。
日本軍による南京市民に対する被害は、第二次上海事変の開始直後に起こった8月15日開始の渡洋爆撃と呼ばれる日本海軍機による南京空襲での死傷・戦災が最初であり、中国側の記録では10月までの二か月（その後も続く）の空襲で400人近くの市民が死亡した。日本軍の空襲によって、多くの南京市民が市街から遠方に避難し始め、100万人を越えるとされた南京城市の人口は大きく減少し、一方で11月に日本陸軍の中支那方面軍が南京周辺の広大な農村地域の近郊六県を含む南京行政区に進入したため、農村地域等から多くの被災者が南京城市に流れ込む現象も起きた。
日本軍による南京城市陥落（12月13日）の前後に、日本軍の攻撃や掃討や暴力行為に巻き込まれた市民が少なからず存在したとされる（城外を出て長江を渡って逃げる途中の市民（婦女子も含む）が兵士とともに銃撃を受けて殺されたとの証言、日本兵による攻撃や暴力で殺害されたとの証言（新路口事件）がある）。
ただし、日本軍の南京占領が確定して戦闘が終結した後は、その後も捕虜・敗残兵への組織的な処罰（ないし殺害行為ないし虐殺）はあったものの、城内の一般民間人への暴虐行為は過大にならなかった。その理由として秦郁彦は、南京市陥落前から欧米の宣教師らが組織した南京安全区国際委員会が管理する南京市内の安全区へと多くの被災民が避難したこと、そして一般市民がこの後は欧米による国際委員会に守られていて、日本軍も立ち入りが制限されていたと指摘する。旧日本軍の南京占領時の中国人の南京にて平和に暮らす人々や日本軍と交流する姿を撮影した日本側報道写真の多くは、難民区（安全区）で撮影された。
一方で、安全区の外では、南京占領後も、日本軍による、中国民間人の老若男女の殺害事例が、当時安全区にいた欧米人の記録として報告された。日本軍は、南京占領直後に中国側の発電所の技術者も虐殺したため、日本側が電力インフラの復旧を行った。
南京安全区国際委員会のメンバーによるスマイス調査では、南京市部（南京城区)での日本軍による民間人の殺害・拉致後殺害は計6千6百人と推測し、これを含め総計として1万2千人という推計値を示している。
またスマイス調査では南京城市とその周辺に限定せず、南京を中心とした広大な農村部地域においては2万6千人以上の犠牲があったと推計しているが、これも南京事件の被害に含める見解がある（笠原十九司等）。
とは、南京戦前の11月、ジョン・ラーベ及びアメリカ人宣教師たち（プラウマー・ミルズ、ジョン・マギー、マイナー・シール・ベイツや女性宣教師ミニー・ヴォートリンなどを中心とする約15名）によって、戦災に巻き込まれた市民を救済するという名目で組織された南京安全区国際委員会（別称：南京難民区国際委員会）が、南京城市内に設定した地域である。
安全区設置の実際の目的については、（ヴォートリンの日記に記されていた、安全区設立発案者のミルズの発言'try to encourage and comfort the Chinese army'から）、布教の為に中国軍の支援保護を行うことにあったとする見方がある（安全区内に、戦闘中は中国軍の砲台が置かれ、戦闘後は中国兵の潜伏を許したことが確認されているとの主張がある）。上海安全区とは異なり中立性に疑義があったため日本からは承認されず、非公式なものであったとの主張もある。
この安全区の人口は南京陥落直後は約20万人（諸説あり）との推測値があり、南京城内の南京安全区以外の区域は住民が少ない状況となった。
南京安全区（別称：難民区）に対しては、日本軍は砲撃を仕掛けなかった（いわゆる「ラーベの感謝状」）。また占領後も日本軍は組織的な住民虐殺を行っていないが、ただし、安全区内でも個々の暴虐（例：敗残兵狩りによる一般人の誤認逮捕と区外連れ出し後の処刑など）の記録はあり、決して過少ではない。また、その後、安全区の人口が5万人ほど増えたとされるが、欧米人が設置した安全区が南京市内の中で安全であり、荒廃した市内などから安全区に移動したとされるなお、安全区の人口については、南京事件論争#人口推移、南京事件論争#人口推移の論点を参照。
南京戦では、最も多い殺害事案が、日本軍による中国人捕虜や軍服を脱いで民間人に紛れた敗残兵の組織的殺害であり、その殺害が戦時国際法違反であるかどうかが、問題となった。
中国側の南京防衛軍の当時の全体総数は、6-7万（「南京戦史」偕行社）、10万(秦郁彦説(台湾公式戦史から）、15万（笠原十九司説・孫宅巍説）と諸説あり、その中での捕虜等になる前に戦死した人数や逃亡し終えた人数も諸説がある。南京防衛軍の兵力の諸説は、南京戦#南京防衛軍の総兵力に関する諸説を参照。
また、中国軍の敗残兵には軍服を脱いで民間人に紛れて安全区へ逃走をはかったものが多数あった。これ等の殺害が、戦闘中か戦闘後か、また戦時国際法上、違法行為であるかどうかが、以下の論議で述べられている。
なお、戦時国際法についてだが、日中戦争の当時の戦時国際法として有効なものは、日本と中国の双方が批准したハーグ陸戦条約であるが、その第4条には「俘虜は人道をもって取り扱うこと」となっていたし、第23条には、殺害などの害敵手段として禁止されていることとして、第3項「兵器を捨て、または自衛手段が尽きて降伏を乞う敵兵を殺傷すること」や敵兵に対して第4項「助命しないことを宣言すること」とされている。しかし、一方で、日本陸軍は同年8月に陸軍次官名でハーグ陸戦条約の「厳密遵守の必要なし」、「捕虜という名称もなるべく使わないように」、と現地軍に通知していた。（南京事件論争#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法を参照）
以下は偕行社の『南京戦史』によるが、『南京戦史』は大雑把な目安であり、正確性には議論がある。
南京事件が起きた原因（ただし、規模については論議ある）としての日中両軍の対応について、日中歴史共同研究によると、以下のように評価されている。
日本側の問題としては、宣戦布告のない「事変」であったために日中両国が批准したハーグ陸戦条約を日本陸軍が意識的に徹底せず（戦時国際法関連は南京事件論争#投降兵・捕虜の扱いと戦時国際法説明あり）、そのため中国兵捕虜の取り扱い指針の欠如と占領後の住民保護を含む軍政方針の欠如が発生、また他方、略奪による進軍が原因の軍紀の緩み、非行を取り締まる憲兵の少なさなどが指摘されている。
また、捕虜となることを恥とする習慣から相手国の捕虜への軽侮につながったことなどが指摘されている。また、日中戦争開始頃からの中国軍から受けた戦闘などの被害（通州事件のような民間人の殺害など）への復仇のために、日本兵が中国軍人などを人道的に扱わなかったとする記録もある。
中国側の問題としては、防衛戦の誤り、指揮統制の放棄、民間保護対策の欠如など（南京戦#評価にも記載あるとおり、日本軍の開城勧告に応じずに脱走困難になった部下を見捨てたり、住民保護を怠ったことなど）が指摘されている。南京安全区国際委員会のジョン・ラーベも中華民国政府の対応を批判している。
当時、南京には欧米人記者5名が駐在しており、日本軍占領後に船で上海に移動したが、5名の記者は、ベイツ宣教師から渡された声明を基に、欧米で南京事件を報道した。そして、アメリカの『シカゴ・デイリーニューズ（英語版）』（12月15日付）や『ニューヨーク・タイムズ』（12月18日、19日付）、イギリスの『タイムズ（ロンドン・タイムズ）』（12月20日）のような有力紙の記事、ロイター通信社による新聞記事によって、事件初期の殺人、傷害、強姦、略奪などの犯罪行為（Nanjing Atrocities）が日本軍によって行われたとして伝えられて報道された。1938年以降も新聞記事や雑誌（アメリカ雑誌「ライフ」誌の特集（1月、5月）で報道される。
当時、南京に在住した欧米人は、日本に家族をおいていた人もいて、（南京戦の前の）南京在住の日本人との交際などから得た好印象を日本に対して持つものもいたし、「日本軍の入城後の秩序の安定」への期待が、南京攻略時に在住した記者の書いた『ニューヨーク・タイムズ』（12月18日）の記事やドイツ人ビジネスマンのジョン・ラーベも記録している。しかし、南京戦後は、日本軍入城前後より戦闘終了後に日本軍が戦時国際法違反を行い、それも人道上、非常に問題ある行為を看過できないほど行ったとラーベ、マギー、ベイツらが記述し、またラーベ、ベイツ、ヴォートリンは中国兵による放火や暴行も記録している。
1938年1月に国際連盟の第100回理事会で中国の顧維鈞代表は日本の侵略を訴え、2月2日に理事会は、その前年の10月の総会決議を再度確認（remember）し、日本の軍事行動が九カ国条約及び不戦条約に違反しているとした。中国は経済制裁も求めたが、イギリス・フランスが反対した。
国民党の新聞中央日報、新華日報は、アメリカの上海新聞Shanghai Evening Post and Mercury(大美晩報),The China Weekly Review（John W. Powell主幹）での事件報道記事の翻訳のみを掲載し、独自取材では事件を報じなかった。当時、中国側の新聞は戦意高揚のために戦勝記事を繰り返しており、外国記事翻訳以外で南京事件を報じなかったのは、南京戦での敗北を報じたくなかったためとされる。蒋介石は、1938年7月7日漢口での「日本国民に告ぐ」において、日本軍の略奪、暴行、殺人を非難しているが、南京事件と特定していない。蒋介石夫人の宋美齢は、南京の殺戮を1938年1月のアメリカの友人宛ての手紙においてふれていた。
事件当時、中国共産党軍は陝西省延安の山岳地帯にいたが、1938年1月1日中国共産党広報誌「群衆」では南京事件を残虐行為としてとりあげている。
しかし戦後、中華人民共和国では事件についてほとんど触れられることはなく、1982年の第一次教科書問題をきっかけに、人民日報が初めて「南京大虐殺」を解説したのは1982年8月であった。戦後の中華人民共和国刊行物での記載をみると、中共中央文献研究室編纂『毛沢東年譜』での1937年12月13日欄には、「南京失陥」（南京陥落）とあるだけで、全9冊で6000頁以上あるこの年譜では「南京大虐殺」に一言も触れていない。1957年の中学教科書(江蘇人民出版社)には南京大虐殺が書かれていたが、1958年版の『中学歴史教師指導要領』には「日本軍が南京を占領し、国民政府が重慶に遷都した」とあるのみで、60年版でも1975年版の教科書『新編中国史』の「歴史年表」にも虐殺について記載がない。遠藤誉によれば、毛沢東が虐殺について触れなかったのは、事件当時、中国共産党軍が日本軍とは、まともには戦わなかった事実や、国民党軍の奮闘と犠牲が強調されるのを避けたかったためという。
南京事件発生直後に、日本の東京の外務省に事件の悲惨な情報が入ったため、外務省の石射猪太郎東亜局長が事態を重くみて、陸軍軍務局に伝達したが、その結果、現地の南京総領事が陸軍によって突き上げられる始末であった。広田弘毅外務大臣より陸軍大臣の杉山元への軍紀粛正の要請があり、1月に陸軍参謀本部の本間雅晴が現地に派遣され、その報告を受けて現地の中支那方面軍司令官の松井石根が日本に召還された。ただし広田は閣議では事件を明らかにしなかったために、極東国際軍事裁判では残虐行為に対して不作為と判断された。
また松井石根の後任の畑俊六司令官や第11軍司令官に就いた岡村寧次大将のように当時の南京派遣軍の規律に否定的な評価をした人もいた。
上海戦以前の1937年8月2日、憲兵司令部警務部長通牒「時局に関する言論、文書取締に関する件」では、「国境を超越する人類愛又は生命尊重、肉親愛等を基調として現実を軽蔑する如く強調又は諷刺し、為に犠牲奉公の精神を動揺減退せしむる虞ある事項」などが言論取締りの対象とされた。
1945年6月から1947年3月にかけて敗戦国日本の戦犯裁判にあたって連合国戦争犯罪委員会極東小委員会と中華民国は日本人戦犯合計3147人を選定し、GHQに提出した。1945年冬、国民政府は戦争犯罪処理委員会を設立した。1946年2月15日に国民政府国防部軍事法廷（南京軍事法廷）が成立した。南京での暴行虐殺事件の「主要罪犯」として選定されたのは第6師団長谷寿夫だった。谷は1946年2月に東京で逮捕され、10月南京法廷に送られた。
1947年2月の南京地方院検察所「敵人罪行調査報告」では、「敵（日本）側の欺瞞妨害など激烈にして民心消沈し、進んで自発的に殺人の罪行を申告する者甚だ少」く、日本軍の暴行を語らないもの、否認するもの、体面を憚って告知しないものがおり、調査は困難を極めたが、「確定せる犠牲者は既に30万に達し、この外なおまだ確証を得ざる者20万人を下らない」とされた。南京で集団屠殺（虐殺）を行った部隊は、中島、畑中、山本、長谷川、箕浦、猪木、徳川、水野、大穂の9個単位であった。
1947年3月10日、南京国防部軍事裁判所(裁判長：石美瑜)は、被告の第6師団司令官谷寿夫に対して次のような事実認定と判決を下し、死刑を申し渡した。谷の反論
この弁明について法廷は、「責任を逃れようとする弁解」であるとし、暴行の事実は明白で、強弁する余地はないと以下、判定した。
これらは被告らが共同で暴行をおこなった証拠であり、「被告はついにでまかせで虐殺を抹殺しようとし、偽造であるなどと妄言を弄したが、全く理由にはならない」と難じた。
被告は兵を放任し捕虜および非戦闘員を虐殺し、強姦・略奪・財産破壊などの暴行をおこなった。殺戮にあった者は数十万に達した。これは戦争犯罪および人道に反する罪であり、ハーグ陸戦法規（4条2項、23条3款・7款、28条、46条、47条)違反、戦時捕虜待遇条約(2条、3条)違反、戦争犯罪裁判条例（1条、2条2款、3条1款・4款・24款・27款、11条)、中華民国刑事訴訟法291条前段、中華民国刑法（28・55・56・57条)によって、極刑に処す。
1947年4月26日に谷は銃殺された。その後7月には磯谷廉介中将も南京事件の責任を問われ、終身刑の判決を受けた。1948年1月には第6師団中隊長田中軍吉が三百人斬りを行ったとして、また第16師団歩兵第9連隊の野田毅と向井敏明が百人斬り競争を行ったとして死刑となり、3人は処刑された。8月南京法廷は香港攻略戦等での俘虜および民間人殺害・強姦の罪で酒井隆中将がA級戦犯として死刑とし、9月に処刑した。
谷寿夫への判決文や裁判資料や証言は、中国政府の要請によって2015年10月9日、ユネスコ記憶遺産に登録された。
1946年（昭和21年）5月3日に開廷した東京裁判では「第二類殺人の罪」訴因45として、被告荒木貞夫、橋本欣五郎、畑俊六、平沼騏一郎、広田弘毅、板垣征四郎、賀屋興宣、木戸幸一、松井石根、武藤章、鈴木貞一、梅津美治郎は1937年12月12日以降、訴因2の条約に違反して南京を攻撃し、かつ国際法に反して住民を鏖殺することを日本軍に不法に命じ、かつ許すことにって不法に員数不詳なる数万の中華民国の一般人および武装兵を殺害し殺戮した、と告訴された。このほか1938年10月21日以後の広東攻撃(訴因46)、1938年10月27日前後の漢口攻撃(訴因47)、さらに1944年6月の大陸打通作戦における湖南省長沙・衡陽攻撃、11月の広西省桂林・柳州に対する攻撃と殺戮が告訴された(訴因48-50)。
「第三類通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」訴因55では、被告土肥原・畑・星野・板垣・賀屋・木戸・木村・小磯・武藤・永野・岡・大島・佐藤・重光・嶋田・鈴木・東郷・東条・梅津は、1941年12月7日から1945年9月2日までの間に、アメリカ、イギリス連邦、フランス、英仏・オランダ・フィリピン・中華民国（1931年9月18日以降）の数万の俘虜と一般人に対し戦争の法規慣例上の義務を無視し、戦争法規に違反したとして一括して訴追された。なお、上海派遣軍司令官朝香宮鳩彦王が訴追されなかったのは皇族であるためで、皇族の戦争犯罪を問わないというGHQの方針に基づいている。
1947年11月24日、松井被告への尋問が行われた。
東京裁判に出廷した日本人証言は宣誓した上で証言し、かつ検察官による反対尋問が行われた。なお、中国人証人に対しての反対尋問は行われていない。
被告の松井石根元中支那派遣軍司令官は、検察側の主張するような大規模虐殺は終戦後の米軍放送によって初めて知ったもので、そのような事実は断じてない、一部若年将兵の暴行があったが即刻処罰しているし、また戦乱に乗じて中国兵や一部不逞の民衆が暴行掠奪を行ったものも少なくなかったので全てを日本軍の罪行とすることは事実に反する、と陳述した。
判決は1948年（昭和23年）11月4日に「第二章法（C）起訴状」、11月11日に「第八章 通例の戦争犯罪、南京での暴虐（The Rape of Nanking)」、11月12日に「第十章判定」が朗読された。
「起訴状」では、訴因45から訴因50（訴因44は除く）までの訴因は、攻撃の不法性か、それとも戦争法規違反で訴追しているのか、明瞭ではなく曖昧である。戦争法規違反は訴因54・55とも重複している。訴因39から訴因52まで（訴因44は除外）について判定する必要がない、とされた。
「通例の戦争犯罪（残虐行為）」では、以下が事実認定された。
1937年12月朝、日本軍が南京市に接近すると、百万の住民の半数以上と、南京安全区国際委員会を除く中立国人は市外へ避難した。約5万の残留軍以外の中国軍は撤退した。12月12日夜日本軍が南門に迫ると、中国軍は北門と西門から市外へ遁走したり、武器と軍服を放棄し安全区に避難した。12月13日朝の日本軍入城の際、全抵抗は止まっていた。目撃者によると、日本兵は市内で男女子供を無差別に殺害し、強姦・掠奪・放火を行った。
被告松井は、訴因1・27・29・31・32・35・36・54・55で訴追されたが、共謀罪を構成する共同謀議の証拠は発見できなかった。1937年と1938年の中国での松井の軍務を、侵略戦争とは見倣せない。訴因27について検察は証拠を提示できなかった。
中国軍が撤退し無防備となった都市を占領後、日本軍は、無力な市民に対する身の毛のよだつ残虐行為(atrocities)、大量虐殺、殺人、強姦、略奪、放火を長期間実施した。残虐行為を日本人証人は否認したが、様々な国籍の中立国の目撃者による証言とその疑う余地のない信頼性は圧倒的である。残虐行為は1937年12月13日から1938年2月初めまで続き、数千の婦人が強姦され、10万余の人が殺害され、掠奪され、焼かれた。残虐行為が最高潮にあった12月17日に松井は入城しており、これらの暴行を知っていた。憲兵隊と領事館員から報告を受けていることを松井は認めている。松井は事件を知っていたが、暴行を止めさせる対策をとらなかった。占領前に厳正を命じたが、効果はなかった。指揮官被告には事件の責任があり、軍を統制し、南京市民を保護する義務と権限をもっていた。義務の不履行について刑事責任があり、訴因55について有罪、訴因1・27・29・31・32・35・36・54について無罪とする。
1948年12月23日、松井は処刑された。同日、南京事件時の外務大臣広田弘毅も対策をとらなかった不作為として処刑された(A級戦犯)。その後、この松井への判決や、東京裁判および南京裁判そのものへの批判や疑問点が多数の研究者より提出されており、検察側の主張や判決での事実認定に対する疑義も出されており、論争になっている。
ニュルンベルク裁判の基本法国際軍事裁判所憲章で初めて規定された「人道に対する罪」が南京事件について適用されたと誤解されていることもあるが、南京事件について連合国は交戦法違反として問責したのであって、「人道に関する罪」が適用されたわけではなかった。
東京裁判独自の訴因に「殺人」がある。ニュルンベルク・極東憲章には記載がないが、これはマッカーサーが「殺人に等しい」真珠湾攻撃を追求するための独立訴因として検察に要望し、追加されたものである。これによって「人道に対する罪」は同裁判における訴因としては単独の意味がなくなったともいわれる。しかも、1946年4月26日の憲章改正においては「一般住民に対する」という文言が削除された。最終的に「人道に対する罪」が起訴方針に残された理由は、連合国側がニュルンベルク裁判と東京裁判との間に統一性を求めたためであり、また法的根拠のない訴因「殺人」の補強根拠として使うためだったといわれる。このような起訴方針についてオランダとフィリピン（戦後アメリカの植民地から独立）、中華民国側からアングロサクソン色が強すぎるとして批判し、中華民国側検事の向哲濬(浚)は、南京事件の殺人訴因だけでなく、広東・漢口での残虐行為を追加させた（訴因46-50)。
東京裁判において訴因は55項目であった（ニュルンベルクでは4項目）が、大きくは第一類「平和に対する罪」（訴因1-36）、第二類「殺人」（訴因37-52）、第三類「通例の戦争犯罪及び人道に対する罪」（訴因53-55）の三種類にわかれ、南京事件はこのうち第二類「殺人」（訴因45-50）で扱われた。
朝鮮戦争中の1951年9月8日にサンフランシスコで調印された日本国との平和条約（サンフランシスコ平和条約）で連合国は全ての賠償請求権を放棄するとされた。しかし、国共内戦の敗北によって蒋介石ら中華民国国民党は1949年12月に台湾に移転し、同時に中国共産党が中華人民共和国の建国を宣言しており、二国に分かれていた両国は、アメリカが中華民国を、イギリスが中華人民共和国を別々に承認することもあって、不参加となった。また日本は平和条約にしたがって連合国に以下賠償した。
1945年8月5日の外務省調査では日本の在中華圏資産は、中華民国921億5500万円、満州1465億3200万円、台湾425億4200万円で合計2812億2900万円で、これは現在の価値で56兆2458億円となる（企業物価指数戦前基準）。
このように連合国国内のみならず、中国、台湾、朝鮮にあった一般国民の在外資産まで接収され、さらに中立国にあった日本国民の財産までもが賠償の原資とされた「過酷な負担の見返り」として、請求権が放棄された。
サンフランシスコ平和条約締結の翌年、1952年4月28日には台北で日華平和条約が調印され、中華民国は日本への賠償請求を放棄した。交換公文では「中華民国政府の支配下に現にあり、又は今後入るすべての領域」が適用範囲とされた。
1971年10月25日、 国連でアルバニア決議が採択され、中華民国が中国の代表権を喪失するとともに常任理事国の地位をはく奪され、中華人民共和国が中国の代表権を得た。1972年2月にニクソン大統領の中国訪問が実現し米中が接近するのと並行して日中国交正常化も進展し、1972年9月には日中共同声明が周恩来国務院総理と田中角栄内閣総理大臣によって調印された。声明第五項では「中華人民共和国政府は、中日両国国民の友好のために、日本国に対する戦争賠償の請求を放棄することを宣言する（The Government of the People's Republic of China declares that in the interest of the friendship between the Chinese and the Japanese peoples, it renounces its demand for war reparation from Japan.）」として、中華人民共和国は対日戦争賠償請求を放棄すると宣言された。1978年8月12日には、日中共同声明を踏まえて、日中平和友好条約が締結され、第1条では「主権及び領土保全の相互尊重、相互不可侵、内政に対する相互不干渉」が、第2条ではアジア・太平洋地域他の地域で覇権を求めないと規定された。なお1979年には米中が国交正常化した。
日本は中華人民共和国に対し政府開発援助（ODA）を実施し、1979年から2013年度までに有償資金協力（円借款）約3兆3,164億円、無償資金協力を1,572億円、技術協力を1,817億円、総額約3兆6,553億円のODAを実施した。
日本政府はこれら三つの条約および声明（サンフランシスコ平和条約第14条b、日華平和条約第11条、日中共同声明第5項）によって、日中間における請求権は、個人の請求権の問題も含めて消滅したと認識している。江沢民も1992年4月1日、日本の侵略戦争については真実を求めて厳粛に対処するが、日中共同声明の立場は変わらないと発言している。
また華人労務者への個人賠償が争われた西松建設会社事件での最高裁判決(2007年4月27日)では、サンフランシスコ平和条約は、個人の請求権を含めて、戦争中に生じたすべての請求権を放棄した。また日中共同声明も同様であるとされた。また、重慶爆撃訴訟の東京地裁判決(2015年2月25日)では、国際法の法主体は国家であって個人ではない。また国家でさえ、戦争被害については、国家責任を規定する国際法だけでは賠償を受けることができず、賠償に関する国家間の外交交渉によって合意される必要があるとし、個人の戦争被害については国家間での処理が原則とした。またハーグ陸戦条約第3条も国家間の賠償責任を規定するもので、個人に賠償請求権を付与するものではない、と判決した。
南京事件については、「南京大虐殺事件」「南京虐殺事件」「南京残虐事件」「南京暴虐事件」「南京大虐殺」「南京暴行事件」「南京アトロシティー」「南京大残虐事件」など、多様な表記と呼称がある。
なお、1913年清朝復活を企図した張勲による第二革命での南京事件が「南京虐殺事件」と当時報道されている。
また1927年の南京で中国国民軍が日本人など外国人に暴虐行為を加えた事件は「南京事件（the Nanking Affairs)」や「南京汚辱事件」とも表記された。
1946年（昭和21年）4月29日に起訴され、5月3日に開廷した東京裁判での呼称は「訴因第四十五」であり、ここでは鏖殺・殺戮と記述されている。開廷一週間後の朝日新聞は「南京大虐殺事件」と報道、同年10月9日の貴族院帝国議会では星島二郎が「南京事件」といっている。
中国または中華民国ではほぼ一定して「南京大屠殺」と呼称される。
欧米では「Nanking Atrocities」あるいは「The Rape of Nanking」「Nanking (Nanjing) Massacre」などと呼ばれる。1997年、アイリス・チャンは著書で「ザ・レイプ・オブ・南京 - 忘れられたホロコースト」と表現した。また、イギリスやアメリカメディアでの論説ではNanking massacre（南京虐殺）をNanking Incident（南京事件）と表記することは虐殺の軽視であるという批判もある。
松本健一は、中国では「南京大虐殺」(南京大屠殺)は一つの固有名詞であり、「歴史的に定着している言葉」であるという。また黄文雄によれば、中国の戦争には「屠城」という伝統があった。歴史上の「南京大虐殺」には以下のようなものがあると指摘されている。
この他、南京以外での虐殺で南京大虐殺と記録としてなどの関連性が指摘されているものに、1645年の揚州大虐殺がある。揚州大虐殺の犠牲者は80万人といわれる。
「」も参照。
南京事件の生々しい記述のため、当時新聞紙法に問われ発禁処分、石川も禁固4ヶ月執行猶予3年の判決を受ける。
1937年末から1月までの短い時間に軍部の従軍女性記者として南京に滞在した。従軍した兵隊への敬慕などを描いており、少し後に滞在した石川達三とは異なり、南京事件は記述していない。
2015年10月9日、ユネスコは中国の申請に対して「Documents of Nanjing Massacre」を記憶遺産に登録した。