Star Trek Online
Star Trek Online（スタートレック・オンライン）は、SFドラマ『スタートレック』を原作とするWindows・MacintoshおよびXbox One・PlayStation 4用MMORPG。開発・運営はアメリカの販売はATARI。なお2011年5月にATARIがCryptic Studiosを売却した事により、2012年1月からはこれを買い取ったが運営している。エンターテインメントソフトウェアレイティング委員会でのレイティングは「T」（13歳以上対象）。なお特に注記の無い限り、年月日の記述はPSTを基準とする。
2004年9月に制作発表が行われ、当初はが開発を担当、マイケル・オクダやジョン・イーブスなども参加して2009年初頭にサービスを開始する予定であったが、契約上のトラブルからPerpetual Entertainmentはプロジェクトを脱退し、その後2008年にCryptic StudiosがPerpetual Entertainmentで開発中だったデータの一部を譲渡され開発を引き継いだ。制作発表から5年半を経た2010年2月1日にようやく正式サービスが開始された。2017年3月現在のサービス地域は、北米・カナダ・フランス・ドイツ・トルコ・ポーランドだが、日本などその他の地域からもゲームに参加することは可能。
U.S.S.カークやU.S.S.マッコイなど原作シリーズの代表的な登場人物の名を冠した船が登場する。またマイルズ・オブライエンの息子キラヨシ・オブライエン、トム・パリスとベラナ・トレスの娘ミラル・パリス、サマンサ・ワイルドマンの娘ナオミ・ワイルドマンなど原作シリーズの若い世代の人物も登場する。
スポックが「ケルヴィン・タイムライン（『スター・トレック (2009年の映画)』の世界）」へ去った後の元の時空（『宇宙大作戦』から続く従来シリーズの世界）はどうなったのかを描くというコンセプトに基づき、メインシナリオは『ネメシス/S.T.X』や『Star Trek:Countdown』の直接の続編として作られており、ストーリーミッションは原作シリーズのエピソードと関連したものが多く、ドラマや映画で放置されていた伏線の回収も試みられている。映像作品のみならず、小説などのシリーズ作品の内容も包括している。また『スター・トレック』に始まる一連のリブート映画「ケルヴィン・タイムライン」シリーズ（前日談である『Star Trek:Countdown』を含む）とは制作会社同士が協力した姉妹作品的な関係にあり、本作のオープニングムービーの冒頭が『Star Trek:Countdown』のダイジェストであったり、『Star Trek:Countdown』でデータ大佐がU.S.S.エンタープライズE艦長時代に着ていた制服のデザインが本作の基本制服として採用されていたりと、関連性を持たせる仕掛けが随所に見られ、2016年7月6日実装の大規模拡張第三弾「Agents of Yesterday」からは本格的なクロスオーバーが展開し、一部の登場人物（0718大尉）や宇宙船（コンスティテューション級・ヴェンジェンス級（旧称ドレッドノート級）など）が本作に登場している。なお本作におけるオリジナル要素はCBSの許諾・監修を受けた上で実装されており、例えばU.S.S.エンタープライズFのクルー構成はCBSの意向が反映されている。
ゲーム情報サイト「Massively」の企画にて47.6%という得票率で2位以下に大差をつけ「Best Launch of 2010」を受賞したのを初め10部門中5冠を達成、2010年にアメリカでサービスが開始されたMMOの中で最も高い評価を得た。また映画・ドラマ・ゲームのノベライズやスピンオフノベルのコンテスト「2014 Scribe Awards」（Comic-Con International内のイベント）に、本作のリードシナリオライターであるクリスティン・トンプソンによるU.S.S.エンタープライズFをメインにしたスピンオフショートノベル『Mirror Image（Part1、Part2）』（『Star Trek Magazine』#44と#45に掲載）がノミネートされた。
2013年5月21日、新エキスパンション「Legacy of Romulus」が追加され、ロミュラス人でのプレイが可能となった（詳細は後述）他、多くの要素が追加された。
2014年9月1日、10月実装予定の「Delta Rising」で使用可能となる新規宇宙船8種類と各種新規アイテム類を詰め合わせた有償の追加パック「Delta Rising - Operations Pack」の先行予約販売が開始された（期間限定価格$124.99）。
2015年2月27日に本作に初期から関わり続けてきたレナード・ニモイが死去した事を受け同日中に本作の製作総指揮であるスティーブン・リコッサが公式サイトに追悼コメントを発表、同年3月5日にはゲーム中のバルカン星の地上マップなどにミスター・スポックの記念碑が設置された。
2016年7月6日実装の大規模拡張「Agents of Yesterday」のエピソードで、時間エージェントとなったプレイヤー（23世紀の宇宙艦隊士官）が2270年から2409年までの歴史を31世紀の時間エージェントであるダニエルスから教わるシーンにおいて、これまでのスタートレック・シリーズのTVドラマや映画の様々なシーンを撮影したスチル（『新スタートレック』U.S.S.エンタープライズDがボーグキューブと対峙するシーン、『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』ドミニオン戦争の艦隊シーン、『スタートレック:ヴォイジャー』U.S.SヴォイジャーがDS9に停泊しているシーン、『スタートレック：ファーストコンタクト』フェニックス号が外装をパージしてワープナセルを展開しているシーンなど）が大量に使用された。従来映像作品の内容をCGで再現するのではなく、実際のスチルがゲーム中に登場したのは初めての事である。
2016年9月2日、EUCL3Dとの提携により登場する全宇宙船クラスの模型（ゲーム中のあらゆるカスタマイズを再現可能）のオーダーメイド販売が決定（詳細は後述）。しかしEUCL3Dの事業終了で頓挫。
2016年9月6日より、家庭用ゲーム機（Xbox OneおよびPlayStation 4）移植版のサービスを開始。主にライティングのクオリティなどグラフィック精度がアップした他、ゲームパッドでの操作に対応したユーザーインターフェースの変更などが行われている。なおアップデートパッチ配信過程に大きな差異があるため、PC版と家庭用ゲーム機移植版はサーバーが別個に分けられており、異なるプラットフォームのプレイヤー同士が一緒にプレイする事は出来ない。
2017年3月より、CBSが運営している『スタートレック』シリーズ公式サイト内に本作の特設コーナーが設けられている。
2018年2月20日、Mixed Dimensionsとの提携により登場する500種類以上の宇宙船クラスの模型（ゲーム中のあらゆるカスタマイズを再現可能）のオーダーメイド販売が決定（詳細は後述）。同年3月15日より販売を開始。
プレイヤーは惑星連邦宇宙艦隊（25世紀もしくは23世紀）、クリンゴン帝国防衛軍、）、ロミュラン共和国軍のいずれかの勢力（詳細は後述）を選び、キャラクターを作成する。なお、キャラクタークラスとしてTactical（戦術士官）・Engineering（技術士官）・Science（科学士官）を選択でき、これにより各種スキルだけでなくシナリオ選択肢にも幅が生じる。
プレイヤーの階級が上がるごと（2018年6月時点の最高レベルは65で最高階級は元帥）に搭乗可能な宇宙船の種類が増えていき（2018年6月時点ではレベル50から最高ランクであるTier6の船に乗れるようになる）、これらの宇宙船には自由に船名と登録番号を設定出来、外観・装備などのカスタマイズも可能。またプレイヤーキャラクターの外見（制服や階級章など）や個人装備などもカスタマイズ可能である。様々なスキルを持ったブリッジ士官（NPC）を、艦種毎に定められた人数だけ配置する事が出来る。
プレイヤーが移動可能な艦内施設はブリッジのみだったが、2010年7月27日のシーズン2アップデートより、作戦室・居住区（艦長私室・医療室・ラウンジバー）・機関部（機関室・科学ラボ・転送室）が追加された。
ゲームのメインとなる戦闘は宇宙戦と地上戦があり、地上戦はTPS、宇宙戦はフライトシミュレーションに近い。なおプレイヤーに課されるミッション（クエスト）の中には、戦闘を伴わないものもある。
プレイヤーはレベル60（元帥）になると艦隊司令官に任ぜられ、現在操作している以外の所有宇宙船を任務（クエスト）に派遣して報酬を得られるようになる。
PC版を基準に記述する。
2009年10月22日　クローズドベータテスト開始
2010年1月12日　オープンベータテスト開始
2010年2月2日　正式サービス開始（北米）
2010年3月24日　シーズン1　Common Ground　ゲーム開始時点での時勢は2409年1月。
2010年7月27日　シーズン2　Ancient Enemies
2010年12月9日　シーズン3　Genesis
2011年7月7日　シーズン4　Crossfire
2011年12月1日　シーズン5　Call to Arms
2012年7月12日　シーズン6　Under Siege
2012年11月13日　シーズン7　New Romulus
2013年5月21日　大規模拡張　Legacy of Romulus　新たにロミュラン人（所属はロミュラン共和国）でのプレイが可能に。
2013年11月12日　シーズン8　The Sphere　このシーズンの最終エピソードからゲーム中の時勢が2410年に移行。
2014年1月30日　シーズン8.5
2014年4月22日　シーズン9　A New Accord
2014年7月21日　シーズン9.5
2014年10月14日　大規模拡張　Delta Rising　U.S.S.ヴォイジャーと共にデルタ宇宙域を再探検するエピソード。『スタートレック:ヴォイジャー』のメインキャストが多数出演。
2015年4月21日　シーズン10　The Iconian War　このシーズン開始時点まででゲーム中の時間はシーズン1から約一年半が経過。
2015年7月16日　シーズン10.5　サービス開始時から続いていたアイコニアを巡るストーリーが終結。
2015年10月27日　シーズン11　New Dawn　時間冷戦（タイムトラベル）をテーマにした新ストーリーが開始。
2016年4月12日　シーズン11.5　Temporal Front
2016年7月6日　大規模拡張　Agents of Yesterday　『宇宙大作戦』放送開始50周年記念企画。惑星連邦の時間エージェントとなって『宇宙大作戦』の時代を冒険するエピソード（新規作成した専用キャラでのみプレイ可能）。『宇宙大作戦』のメインキャラ（一部はオリジナルキャストではない）や23世紀・26世紀・31世紀のオリジナルデザイン宇宙船が登場。「ケルヴィン・タイムライン」シリーズとのクロスオーバーも展開。
2016年10月25日　Agents of Yesterday: Artifacts　大規模なシステムアップデートを実施し、グラフィックをXbox One・PlayStation 4に準拠した高精度のものにアップグレード。
2017年1月26日　シーズン12　Reckoning　　未探査宙域とプロトマター（原物質）を巡る新ストーリーが開始。
2017年4月25日　シーズン13　Escalation　新ストーリーの追加と共に、ゲームシステム（主に戦闘関連）の大規模なアップデートを実施。
2017年7月18日　シーズン13.5
2017年10月3日　シーズン14　Emergence　ジョーディ・ラフォージ大佐とコロニー開発を進めるイベントの他、ニューフロンティア編の主敵となるハークの登場など。2018年1月からは『』とのコラボレーションで、クロスフィールド級・ウォーカー級・サルコファガス級などの宇宙船や、衣装・携行武器などを実装。
2018年4月3日　シーズン14.5　スキルの追加の他、NPCを操作しその過去を追体験するという新しい試みを導入したエピソードが配信された。
2018年6月5日　大規模拡張　Victory is Life　『』放映開始25周年記念企画。新たにジェムハダー（所属はドミニオン）・カーデシア人（所属は惑星連邦（25世紀）もしくはクリンゴン帝国）でのプレイが可能に。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』のメインキャストが多数出演。またディープスペース・ナインの3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた。この3Dモデルの製作は、『新スタートレック』のデジタルリマスターや『Star Trek: Alien Domain』の製作を担当したトバイアス・リヒターによる。
2018年10月9日　シーズン15　Age of Discovery　『』とのクロスオーバー。シーズン14におけるコラボでは一部の宇宙船や装備品などが登場するだけだったが、本シーズンでは新たに2250年代の宇宙艦隊の船長としてのプレイが可能となり、ストーリーラインはCBSおよび『スタートレック:ディスカバリー』の脚本家達との共同製作となる。またこのストーリーラインでは外伝コミック『Star Trek: Discovery "The Light of Kahless"』の内容も重要な要素として取り入れられている。
新運営会社の方針により、2012年1月17日から基本利用無料+アイテム課金モデル（F2P）に移行した。サービス会員には無料のシルバー会員と、従来の月額利用契約に当たるゴールド会員があり、シルバー会員はインベントリ枠やゲーム内通貨の所持上限額などに制約を受ける。引き続きライフタイム会員も募集している。ゴールド会員（月額）・ライフタイム会員共に、金額は後述の旧利用額と同じ。
F2P化以前は有料パッケージ+月額課金制で、パッケージは29.99アメリカドル（ダウンロード版）からで、月極契約の料金は月14.99アメリカドル、サービス終了までの一括契約である「ライフタイム契約」の料金は299.99アメリカドルである。なお、ゲームの序盤をプレイ出来る無料体験版も公開されていた。
なお、課金アイテムは、C-Store内でPerfect World Entertainmentのネットゲーム共通の課金ゲーム内通貨「ZEN」を支払って購入する。ただし、本ゲームでは生産システムの原材料となるダイリチウム結晶（プレイ中に無料入手可能）もまた通貨を兼ねており、ダイリチウム結晶でZENを「購入」して支払うことで、（かなりの時間と手間がかかるが）無料で課金アイテムを購入することも一応は可能である。
2011年3月30日に実装された、ミッション（クエスト）作成ツール。キャラクター選択画面よりこのツールを使用したミッション（クエスト）作成モードに入れる。NPCやマップ、スクリプト等を設定し作成したミッション（クエスト）は一般公開することが可能で、他のプレイヤーは公開されたミッション（クエスト）を自由にプレイし、評価（5段階、コメント添付も可能）を付けることが出来る。またこのシステムの実装に伴い、自分で作成したミッション（クエスト）のテストプレイ専用として新規キャラクタースロットが4つ追加された。なお完成度の高いものは運営によって公式にフォローされる事がある。
作品名の記載が無い項は、本作オリジナルの出来事。
本拠地はバルカン・セクターの地球。
初期に選択可能なプリセット種族は、地球人、バルカン人、アンドリア人、ボリア人、トリル人、ベタゾイド、ベンザイト人、ベイジョー人。
この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、クリンゴン人、フェレンギ人、テラライト人、パクレド人、カイティア人、ライジェル人・カーデシア人を作成出来るようになる。
なお各種特典の一部として、ソーリア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。
すべての宇宙艦隊船は船体表面に惑星連邦の国章を大きくペイントするようになっている。
本拠地はクロノス・セクターのクロノス。
初期に選択可能なプリセット種族はクリンゴン人の他、クリンゴン帝国の勢力下にあるゴーン人、オリオン人、ノーシカン人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、トリル人・カーデシア人を作成出来るようになる。なお、ゴーン人とノーシカン人には女性キャラクターが存在しない。
なお各種特典の一部として、レシア人と解放ボーグ（集合体から切り離され自我を取り戻したボーグドローン）を作成可能になるというものがあった。解放ボーグはC-Storeで別途料金を支払う事によってブリッジクルー（NPC）としてのみ使用可能。本拠地はニムバス・セクターのニューロミュラス（旧デワ3号星）。
初期に選択可能なプリセット種族は、ロミュラン人とレムス人。この他にキャラクタークリエイトによってプレイヤーが全く新しい種族を作成する事も可能。ボーグや生命体8472などデルタ宇宙域からの侵略に備え、2409年に惑星連邦・クリンゴン帝国・ロミュラン共和国・カーデシア連合が中心となって結成した軍事同盟。ジェノーラン・ダイソン球に置かれた同盟司令部が統括し、その下にアルファ宇宙域同盟軍を有する。結成当初は加盟国それぞれの思惑もあり一枚岩とはいかなかったが、アイコニア人による天の川銀河全体に対する軍事侵攻を受けて目的通り機能し始めた。なおこの同盟はアイコニア戦争終結後も維持されており、同盟国間で領域や資源を巡るトラブルが発生した場合は対話によって解決を図る努力がなされている。また28世紀に成立した恒星間共同体「銀河連合」の母体にもなった。タイムラインを守るため、時間冷戦に関わりタイムトラベル技術を持つ23世紀から31世紀までの様々な種族が参加して時代を超え結成した特殊部隊。28世紀のニューキトマー星（位置はガンマ宇宙域）を囲むリング型宇宙ステーション内に置かれた時間作戦司令部が統括する。各時代へ派遣されタイムラインの保護・修正を行う事が任務。複数のナンバリング艦隊から構成されており、例えばU.S.S.ディファイアントC（後述）は第5時間艦隊に所属している。なお時間艦隊総旗艦は26世紀のU.S.S.エンタープライズJ（後述）である。31世紀における惑星連邦の機関。29世紀の時間統合委員会が拡大したもの。時間冷戦（時間戦争）を戦う当事者組織の一つで、タイムラインの保護を目的として様々な時代へ時間エージェントを派遣している。29世紀頃までのタイムシップはウェルズ級のようなあくまでもタイムランの調査を目的とする船が主流だったが、時間冷戦が本格的な戦争に発展した事を受け、31世紀の時間局では他勢力のタイムシップと渡り合えるだけの十分な戦闘能力を持ったタイムシップ（クロノス級・エターナル級・ウロボロス級など）を多数保有している。本拠地はガンマ宇宙域のエンプレサ星（位置の詳細は不明）。
初期に選択可能なプリセット種族は、ジェムハダー。またC-Storeで別途料金を支払う事によって、ジェムハダーヴァンガード（後述）を作成出来るようになる。2250年代の惑星連邦の組織。本来の任務は宇宙探査だが、クリンゴン帝国との戦争勃発により多くの構成員が戦場へ送られ、散っている。遮蔽装置を搭載した宇宙船を持つクリンゴン帝国に劣勢を強いられ、防戦一方となっている。スポックらの失策で防げなかった2387年の惑星ロミュラス消滅により、バルカン人との再統一実現どころかロミュラン人としての統一も失われてしまい、いくつかのグループに分裂した。代表的なものは惑星連邦への復讐を果たそうとする女帝シーラ（ナターシャ・ヤーの娘）に率いられたレイター3号星を本拠地とする「ロミュラン帝国」だが、中には惑星連邦と友好関係を築くグループもあり、ジロック大使を筆頭に引き続きバルカンとの平和的再統一を諦めていない者も多い。なおシーラが代表する「ロミュラン帝国」では情報機関タルシアーが台頭して政府による統制が不可能になっており、アイコニア人と結託して様々な策謀をめぐらせている。
ロミュラス崩壊とともに双子星のレムスも崩壊し、その後はハーコナ星系を拠点にロミュランからの独立戦争を続けていた。戦況は不利だったが、惑星連邦の援助を受けて2409年に独立を達成。その後はロミュラン共和国に合流し、主に軍事面で貢献している。また宇宙艦隊に入隊する者も現れている。
アイコニア人に征服され、その復讐の先駆けとしてアルファ宇宙域への本格的な侵略を開始し、その変身能力を活かして既に何人かの惑星連邦やクリンゴン帝国の有力者と入れ替わっている。また領域内に地球を模倣した前哨基地（テラドーム）を建造済み。
トランスワープ・ハブにおけるU.S.S.ヴォイジャーとの攻防以降およそ30年間沈黙していたが、惑星連邦への侵略を再開。ボーグ・クイーンとは別に、「マーナス」という個人名を持つ女性ドローンを現地司令官に据えている。
ガンマ宇宙域のドミニオンとアルファ宇宙域の種族とは表立って敵対関係にはない。しかし固形種を敵視するラーズがジェムハダーの残党を組織し戦争を再開しようとしている。アルファ宇宙域ではオドーと共に派遣された「100人の子供たち」の一部が集まり、オライアス3号星の地表に「新しい繋がり（New Link）」を形成しているが、惑星連邦とは相互不可侵協定を結んでいる。ボルタ人のエローンによると、オドーはガンマ宇宙域のどこかで「偉大なる繋がり（Great Link）」と共にいるらしい。ドミニオン戦争後、惑星連邦とは長く交流が途絶えていたが、2409年にドミニオン戦争当時からタイムスリップしてきたジェムハダー艦隊がDS9を占拠した事件の平和的解決に協力した事から外交関係が復活し、翌年にアイコニア人が太陽系を攻撃した際には艦隊を派遣して地球の防衛に尽力した。その後ハークを巡る騒乱の中で女性創設者グループとオドーグループの間で対立が生じてしまう。
創設者となったオドーの管理の下で製造・育成された特殊なジェムハダーの事。通常のジェムハダーよりも心身共に精強で、最精鋭と看做され多くがオドー艦隊に属し「オドーの先鋒」と呼ばれ有名を馳せている。
文民指導者ギローラ・ルソルなどの活躍で惑星連邦とは比較的友好的な関係にある。しかし領域内には「真実の道」が跋扈している。カーデシア軍および中央司令部はドミニオン戦争後に解体され、カーデシア防衛隊（通称CDF）に改組されている。2409年時点のカステランはクワークの元恋人、ナティマ・ラング教授。
元はベイジョーとの和平に反対するカーデシアのテロ組織だったが、ドミニオン戦争後はジェムハダーの残党やドミニオン派のカーデシア人を糾合し、一大軍事勢力になっている。ガロア級などのカーデシア軍艦をジェムハダーが指揮している場合がある。指導者はかつてジャン＝リュック・ピカードを捕らえ拷問にかけたガル・マドレッド。
アルファ宇宙域に進出。24世紀ではひたすら獲物を追い掛け回すだけだったが、人質をエサに救助部隊を誘き寄せたり、人工的に造り出したワームホール内に罠を仕掛けるなど、トリッキーな「狩り」を行うようになっている。ベータ宇宙域では一部のヒロージェンがロミュランの傘下に入っている。
グランドネーガス・ロムの指導の下、惑星連邦と同盟関係にある。男女問わず宇宙艦隊に入隊する者も増えている。惑星連邦の領域内ではデコラ級マローダーが行き来しており、行商のような商業活動をしている。
ドミニオン戦争後も惑星連邦との対立は続いている。デフェリ人の遺産を狙って彼らの領域を侵略したことから再び惑星連邦と交戦状態になる。
時空テクノロジーを駆使してタイムラインを無視した歴史改変行動を続けている。2410年のアイコニア戦争終結後には、未来人から奪った超兵器トックス・ウタットを使用しタイムラインに反してナクール人の母星を滅ぼした。その理由は2268年にナクール人がソリア人のコロニー艦隊を襲撃して数千人の子供を虐殺した事に対する報復であったが、この2268年のナクール人による攻撃はそもそも2410年に母星を滅ぼされた事に対する報復であるという、タイムパラドックスであった（後に惑星連邦の時間エージェントの活躍により解消）。数百年間にも渡りタイムトラベルを用いて利己的に多くのタイムライン改変を行ってきた種族であるが、このタイムパラドックスへの直面が原因となり28世紀の中頃にはタイムトラベル規制に賛成の立場をとっている。
ENT・TOSの時代から、奴隷売買で悪名高かった星間犯罪組織。政治的には中立だったが、「エメラルドの女帝」と呼ばれるリーダー、Melani D'ianのもとクリンゴン帝国と交渉、正式な政治勢力として傘下に加わった。なお、オリオン人PCとの直接関係はない。
ブリーンと領域を接している種族。調和を何よりも尊び争いを嫌う文化を持った平和的種族で、領域内の古代遺跡を狙ったブリーンの侵略を受け惑星連邦・クリンゴン帝国に援助を求めている。なおこの古代遺跡をデフェリ人の学者はトコン帝国の物ではないかと考えていたが、後にプリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）の保存施設である事が判明した。
再び生命エネルギーを狙い、惑星連邦とクリンゴン帝国との中立地帯に出現。23世紀中頃の過去（つまり、TOSの時代）をターゲットとしている。
「Legacy of Romulus」から登場する新敵対勢力。『』シーズン1エピソード12「言葉なき遭遇（Silent Enemy）」に登場した、音声言語を持たず、痩せた長身でタコのような頭をしている種族である。母星はガンマ・ヴァーティス4号星。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊は彼らの母星の英語名にならって「ヴァーティアン」、またはロミュラン人は「エラチ」という推定仮称をつけている。異種族ヒューマノイドを自分達に似せて生物学的に改造し兵士として使役するという習性を持ち、宇宙で異種族ヒューマノイドに遭遇すると有無を言わさず襲撃して改造に適合性があるかどうかを綿密なスキャンを行って調査する。改造された者は元の人格を失ってしまうという点ではボーグと似ている。また改造に耐えられなければ死亡する上、改造が完了した者を元に戻す方法は25世紀でも発見されていない。ロミュラン帝国タルシアーと協力関係にありその強大な軍事力を提供、各地のコロニーを襲って住人を誘拐しては人体実験を行っている。一般的な宇宙船の他、『宇宙戦争』に登場したトライポッドに似た地上都市侵攻用の大型機動兵器や、蜘蛛のようなロボット兵器を使用する。後にアイコニア人に仕えている事が判明。なお本作では当初、次項で述べる第三次亜空間生命体と同種という設定になっていたが、『スタートレック:エンタープライズ』シリーズのノベル『Star Trek Enterprise: Rise of the Federation "A Choice of Futures"』において母星などの詳細設定が登場したため、それに合わせて本作での設定も変更されている。
『新スタートレック』シーズン6エピソード5「謎の第3次亜空間（Schisms）」に登場した、カスタネットを鳴らすような音で会話し、フジツボのような目に亀のような嘴を持つ種族。第三次亜空間に生息し体組成はソラノジェン分子で構成されている。コミュニケーション不可能なため正式な種族名は不明だが、宇宙艦隊により「ソラナエ」という推定仮称がつけられており、彼らの生息する亜空間へのゲートウェイが発見されたダイソン球は「ソラナエ・ダイソン球」と呼んでいる。アイコニア人に仕え、亜空間に存在するアイコニア人のゲートウェイ基地（ヘラルド艦隊の待機保管場所でもある）の管理を担当しており、本作ではその一つ「保管施設Z98」が登場する。
天の川銀河で最初の知的生命体であり、天の川銀河のヒューマノイド種族の共通祖先。『新スタートレック』ではホログラム映像のみの登場で絶滅が示唆されていたが、本作では少数ながら保存ポッドに入っていた生存者が存在する設定になっている。しかし2410年に復讐に燃えるアイコニア人に保存施設を発見され、わずかに残っていた生存者も皆殺しにされてしまった。
プリザーバー（ヒューマノイド種族の共通祖先）が最初に創り出した完璧な知的生命体。プリザーバーが種としての寿命を迎えた後にその後継者として天の川銀河全域を支配していたが、20万年前に突如滅亡を遂げ、惑星連邦の宇宙考古学では宇宙の謎の一つとなっている。24世紀の宇宙考古学では一般に「アイコニア帝国」と呼ばれているがアイコニア人自身はこのような名称を使用した事が無く、彼ら自身は政体を「The Whole」と呼んでいた。時空の位相変異を認識する事が出来ず、また特異な精神構造のためタイムトラベルに耐えられないという弱点がある。
アイコニア人に仕えているヒューマノイド種族。元々はアイコニア星固有の原始生物だったが、アイコニア人によって知性化された。アイコニア人とは遺伝的に近い生物であるため外見はよく似ているが彼女達より体格が良く、地球人でいうところの眉間辺りと顔の真ん中にスペード型の呼吸孔があるのが相違点。またアイコニア人と同じく外見上の個体差が無い。一人のアイコニア人が複数のヘラルドを抱えており、主人の執事を務めたりまた仕事のサポートをする事が役目である。基本的にとても礼儀正しく温厚な性格をしている。単なる従者という訳ではなく、アイコニア人とヘラルドは種族としてパートナー同士の関係にあり、強い絆で結ばれている。20万年前のアイコニア星では、事故で負傷してしまった自分のヘラルドを献身的に介抱するアイコニア人の姿が見られる。20万年前のアイコニア滅亡後、アイコニア人の復讐を遂行する兵士となった。体はアイコニア人と同様に黒く変色しており、やはり空を飛ぶ。ただし生存数が少ないためいわば軍における高級将校の立場で、膨大な数のアンドロイド兵士を指揮して戦う。なお作中には男性しか登場しないが、性差が無い種族なのか男性しか存在しない種族なのかは不明である。
2769年に惑星連邦の主導で締結されるタイムトラベル規制恒星間条約「時間協定」に反対する勢力が結成した軍事同盟。テラン帝国以外の参加種族は私利私欲ではなく、惑星連邦の独善的な倫理観の押し付けからの解放や自己防衛のため、また宇宙平和を求めて戦っているが、対立している「時間艦隊」側からはテロ組織と認定されている。
後に球体創造者（『スタートレック:エンタープライズ』のシーズン3に登場）として知られるようになる種族。クレニム人と共にアルファ宇宙域同盟に協力しアイコニアと戦ったが、アルファ宇宙域同盟が圧倒的に不利な戦況を打破するために行ったクレニム時空兵器によるタイムライン改変が失敗し、改変後のタイムラインではテューテリア人の母星は過去にボーグに同化されていた事になり、種族としてはほぼ絶滅してしまった。僅かな生存者はクレニム人の協力を得て位相変動空間へ逃れ復讐の機会を伺い、やがてデルフィック領域を生み出す球体創造者となってズィンディを操り地球を攻撃する事になる。
『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン4「時空侵略戦争（前後編）（Year of Hell, Part I・II）」に登場した時空テクノロジーに優れた種族。デルタ宇宙域で強力な帝国を築いていたが、アイコニア人から技術供与されたバードワーの侵略により2409年時点で既に帝国は崩壊し、生存者達は時空テクノロジーを使って位相変動空間に身を潜めバードワーやアイコニアの追撃をかわしている。アルファ宇宙域同盟と接触して対アイコニア戦争に参加、時空テクノロジーを提供して時空兵器船K.I.S.アノラックスを建造、戦争を勝利に導いた。しかしその後、一部のクレニム人はタイムトラベル規制に関してアルファ宇宙域同盟と意見が対立し、K.I.S.アノラックスを用いた時空侵略を開始する。
『スタートレック:エンタープライズ』シーズン4「時間冷戦（前後編）（Storm Front, Part I・II）」に登場した時間冷戦の有力種族。2410年にタイムラインに反してソリア人によって滅ぼされた母星の復活を悲願としているがその手段はタイムトラベルしか有り得ないため、惑星連邦が主導するタイムトラベル規制に反発して時間冷戦の端緒を開いた。時間冷戦におけるナクール人の暗躍の例としていくつかのショートストーリーが公式サイトに掲載されており、17世紀の日本でヒカル・スールーの祖先「すうるう吉太郎」という武士が仲間達と力を合わせて鬼（に間違われたナクール人の時間エージェント）を倒す『Steel and Karma』、19世紀のイギリスで活動した連続殺人鬼「切り裂きジャック」はナクール人の犯罪者であったとする『The Demon of Whitechapel』などがある。なお惑星連邦の時間エージェント（プレイヤー）の活躍によりタイムラインが修正された事で31世紀では母星が復活しており、ナクール人の戦いは終わりを迎えた。
『新スタートレック』シーズン3エピソード19「大いなるホリディ（Captain's Holiday）」に登場した、ライサで休暇中のジャン＝リュック・ピカード大佐に「トックス・ウタット」を求めて接触した種族。惑星連邦が開発した「トックス・ウタット」を大量破壊兵器とみなし、回収・破壊してその脅威から宇宙の平和を守るために戦っている。
鏡像宇宙において「同盟」から独立したテラン人らが結成した勢力。リータ提督やスマイリー（マイルズ・オブライエン）の息子ジェームズ・オブライエンに率いられる。惑星連邦宇宙艦隊のものと同型の宇宙船を多数保有しており、こちら側の宇宙へ艦隊を侵入させ発光体を強奪するなどの活動を行っている。艦隊旗艦はオデッセイ級I.S.S.エンタープライズF（後述）。時間冷戦の存在を知ってからは反時間協定側に加わり、主要宇宙の征服を目論んで他の参加種族を利用している。
フェレンギ人の母星フェレンギナーに近いルカリ星系を故郷とするヒューマノイド種族。元々は後述のケンタリ人と同種で、惑星ケンターが環境汚染が原因で破滅の危機に陥った際に星から脱出した人々の末裔である。プロトマター（原物質）を平和利用している。初期ワープ文明で、初登場時はワープ2の探査機を建造するのがやっとで星系外へ出る技術は持っていなかった。2410年に恒星が突如として活動を停止してしまい滅亡の危機に瀕したが、アルファ宇宙域同盟とのファーストコンタクトによりこの危機を乗り切った。以降はアルファ宇宙域同盟のアドバイスを受けながら深宇宙探査の実現を目指し、時間冷戦の終結後にクリンゴン帝国から贈られた宇宙船L.S.S.コンコーディウム（元はゴーン同盟の駆逐艦）を用いて星系外へ進出、さらにルカリ初となるハイワープ船ホクーン級を完成し本格的な深宇宙探査へ乗り出す。なお母星系の近傍には、『新スタートレック』のパイロットエピソード「未知への飛翔（前後編）（Encounter at Farpoint, Part I･II）」に登場した巨大なクラゲ型の宇宙生物や、同シーズン4エピソード16「ギャラクシー・チャイルド（Galaxy's Child）」に登場した宇宙生物ゲクリの生息域がある。
ルカリと共通の祖先を持つヒューマノイド種族。数百年前に環境汚染を全く考慮しない行き過ぎた科学技術の発展により惑星ケンターを滅亡に追いやった。絶滅したものと考えられていたが、2411年にルカリの深宇宙探査船L.S.S.レスカヴァによってゴンクラ星雲内のある惑星（ニューケンター）で文明を存続している事が確認された。ゼンケシ連合による大規模な侵略を受け、アルファ宇宙域同盟およびルカリと同盟を結んだ。
シーズン12「Reckoning」から登場する新敵対勢力。『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』などで言及されていた、ゼンケシ星系のアブ・ゼンケシ星を故郷とするヒューマノイド種族。厳格な氏族制階級社会で、国家の統治者は専制君主である。サイが直立したような姿で、体型はゴリラのように下半身に対して上半身がかなり大きい。主腕の他に、腹部から一対の小ぶりな副腕が生えているという外見的特徴を持つ。暴力を種族文明の根幹としており、性格は非常に荒々しく好戦的である。しかし科学技術は進んでおり、兵士は高性能なボディアーマーを装備している。ハークの復活を阻止するため、その尖兵であるドランズリを根絶すべくいくつかの惑星を「浄化」（惑星に生きる生命体を全滅させる事）しており、その際にはプロトマター（原物質）を利用した大量殺戮兵器を用いる。惑星連邦とは2312年の外交会談の失敗から断続的に交戦状態となっており、特に2360年代前半の戦争は大規模なものであった。また2320年代にベイジョーを侵略した事で、ベイジョーがカーデシアに援助を求め果ては占領される原因となった。
シーズン13.5から登場する新敵対勢力。『スタートレック 叛乱』に登場した、惑星連邦のマシュー・ドワティ提督の協力のもと惑星バクーの不老長寿の力を狙いU.S.S.エンタープライズEと戦った種族。ブライアーパッチ（茨の園）と呼ばれる星雲を拠点としている。本来は地球人と酷似したバクー人と同種であるが、惑星バクーを離れて不老長寿の力を得られなくなったため、外科的な処置で無理矢理に若さを保とうとしており顔の中心付近だけ皺が伸びているなど異様な姿になってしまっている。2410年、ゼンケシ連合やクリンゴンを追放されたトーグ家と同盟を組んでいる事が判明した。
『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』シーズン4エピソード9「カーレスの剣（The Sword of Khaless）」などで言及されていた種族。ガンマ宇宙域のハヴァス・クール星系を起源とする。巨大なカマキリのような昆虫型種族で、体組成はゲルマニウムベース、体色はメタリックな緑色。地球歴14世紀頃にクリンゴン帝国の母星クロノスを襲い破壊と略奪の限りを尽くし、奪った宝物の中にはカーレスの剣も含まれていた。その後宇宙から姿を消したためクリンゴン帝国では絶滅したものと考えられていたが、ジョドコー星系などいくつかの惑星の地下で休眠状態になっていただけであった。2410年に復活し、紙魚のような形状の超高機動小型宇宙船の大群でベイジョー星系を襲撃、圧倒的な物量で惑星連邦のDS9とゼンケシのスターベースを破壊した。本来は温和で知性的な種族だが、その強靭な肉体能力を兵士として利用しようとしたドミニオンに征服され、ジェムハダー同様にテトラセルホワイトが無いと理性を保てないように改造されてしまった。やがてドミニオンによる制御も不可能となり、本能の赴くまま天の川銀河中を荒らしまわるようになった。
ハークに使役されている巨大なサソリのような姿をした生命体。休眠中のハークの世話をする役目を担っている。軽巡洋艦。
軽護衛艦。
軽科学船。
シャトル・ランナバウト・宇宙戦闘機など。なお、艦載機（Carrier Pets）としてCarrier・Escort Carrier・Flight-Deck Cruiserに搭載、宇宙戦闘に参加させることも可能な艇もある。
巡洋艦。
護衛艦。
科学船。
重巡洋艦。
上級重巡洋艦。
C-STOREで有償購入できる重巡洋艦。
重護衛艦。
科学調査船。
上級科学調査船。
巡洋探査船。
戦術護衛艦。
長距離科学船。
強襲巡洋艦。
上級護衛艦。
偵察科学船。
宇宙巡洋艦。Exploration Cruiserの上位タイプ。ソヴェリン級より大型で、ソヴェリン級とイントレピッド級を合わせたようなデザイン。
高速護衛艦。円盤部は機動戦士ガンダムに登場したアッガイの頭部に似ている。
深宇宙科学船。イントレピッド級に似ているが、船体の下部にデフレクター盤を搭載したモジュールがぶら下がっている。
大型巡洋戦艦。
改造巡洋探査船。
改造長距離科学船。
改造戦術護衛艦。
改造上級重巡洋艦。
改造上級科学調査船。
多方向上級護衛艦。
艦載機運用能力を持つ戦闘に特化した大型艦。
宇宙空母。
バルカン船。
クリンゴンが保有する独自のクラス。宇宙艦隊のEscortよりも機動性に優れる。遮蔽装置を用いた奇襲、一撃離脱戦法に向いている。戦闘中に探知される危険はあるが、自由に遮蔽を行うことができる。
宇宙艦隊のEscortに相当するタイプ。バード・オブ・プレイより耐久力に優れている。ラプター級の遮蔽装置は戦闘中に遮蔽を行うことができない。
小型船。
改造巡洋戦艦
ゴーン船。
オリオン船。
ノーシカン船。
一部NPC船や敵船として登場するクラスは、プレイヤーが使用出来ない。
強襲巡洋艦。
大型戦艦。
特に設定があるものについて記述する。
『Star Trek Magazine』において2012年5月8日発売号（第40号）より本船とそのクルー達を紹介する記事と同時に、U.S.S.エンタープライズFを舞台とするノベルの連載が開始された。またイギリスのイーグルモス社が刊行している『スタートレック・オフィシャル・スターシップ・コレクション』Bonus Issueにラインナップされた。一般販売はされていないが、本船をあしらったTシャツやチャレンジコインなども製作されている。
U.S.S.エンタープライズFは38年間の長きに渡る活躍を終えたU.S.S.エンタープライズEの後を継ぎ就航した、宇宙艦隊の最新鋭フラッグシップ。最初のオデッセイ級改装型として進宙後、ディープスペース・ナイン奪還作戦において初陣を飾った。1200m級のクリンゴン大型空母よりも若干全長は短く、空母タイプのアトロックス級・ジュピター級を除いて宇宙艦隊最大である。最も目立つ特徴はこのクラスで初めて採用された、円盤部と紡錘部の左右両端を繋ぐデュアル・ドーサルネックにある。これにより量子スリップストリーム継続安定時間の倍増に成功している。U.S.S.オデッセイなどのプロトタイプと違い円盤部の分離が可能で、船尾にはディファイアント級よりも一回りほど小さい、ワープ機能を備えたアクエリアス級（Aquarius class）デストロイヤーU.S.S.アクエリアスが搭載されている。本艦のブリッジはスタークルーザーの中でも特異なデザインである。ブリッジ後部から一段下がった所に艦長席があるのはギャラクシー級に類似しているが、更に艦長席のあるフロアの船首側床下にはステーションが4つ儲けられた小部屋があり、ブリッジ全体はほぼ3デッキ分の高さになる。一般的な艦隊船では艦長席正面の壁面がメインビューワーになっているが、本艦ブリッジの正面及び側面・天井は舷窓となっており、艦長席と正面壁面の中程に液晶ディスプレイのようなパネル状のメインビューワーが設置されている。ブリッジ内の全ステーションが完全にホログラフィックコンソール化されており、従来の二次元的なコンソールやディスプレイは存在しない。左舷側のドームに作戦室、右舷側のドームにターボリフトがあり、またブリッジ後部には最大7人乗りのパッドを備えた転送機がある。
宇宙暦87506.7、アイコニア戦争の最終決戦となった地球軌道上の戦いにおいて、U.S.S.ロードアイランド・U.S.S.キメラ・R.R.W.リーセット・I.K.S.ボータスキューなど僅かな残存僚艦と共に艦隊特攻を敢行し、1600名の乗員の内700名が死亡、円盤部左舷の大部分・メインデフレクター盤・左舷ワープナセルなどを失い大破した。しかし廃船処分を免れ再建される事となりこの際に機関部長キラヨシ・オブライエン少佐の発案による大規模な近代化改修を実施し、武装・センサー・脱出ポッド・舷窓の追加やレイアウトの変更・塗装の一部変更などがなされ、ヨークタウン級として生まれ変わった。火星のユートピア・プラニシア造船所のドックにおいて宇宙艦隊造船局による最終検査が行われている最中、ハークによる襲撃を受けたDS9からの救難信号を受信して最終検査を切り上げ緊急出港、DS9防衛戦に参加した。
ヨークタウン級は、最先端技術を導入した第六世代型宇宙船
。より強力で安定したワープフィールドの生成が可能な新型ワープナセルや、ナノメッシュ・コーティングによる船体装甲の強化などの新技術が取り入れられている。またシステムを大胆に自動化し、オデッセイ級では船の運航に1600名必要だった乗員数を900名にまで削減する事に成功している。なおナセルパイロンの傾斜が後方から前方寄りへ変更されたため、全長が20メートルほど縮まっている。同時期にオデッセイ級の改装バリエーションとして、全体的なシルエットが鋭角的なエンデバー級・円盤部が横長の楕円形をしているソジャーナ級が就役している。
オデッセイ級（エンタープライズF）のデザインは、一般公募されたものの中からプレイヤーによる人気投票で決定されたものに、修正を加えている。コンテストで優勝したデザインはAdam Ihleという人物のもので、彼の名はユートピアプラニシア造船所に勤務するU.S.S.オデッセイの建造責任者としてゲーム中に登場している。このコンテストは本作の開発元であるCryptic Studiosと『スタートレック』シリーズの版権元であるCBSとの公式コラボレーション企画であり、デザインの選定や船・クルーの設定作成にCBSも参加している。シーズン11でのオデッセイ級3Dモデルのディテールアップに伴い、U.S.S.エンタープライズFのキラヨシ・オブライエン少佐がユートピアプラニシア造船所の若いエンジニア達と協力して船の大改装に臨むショートストーリー『Utopia Planitia - One Big Ship』が公式サイトに掲載された。ゲーム中で初めて登場したのは2012年3月配信のエピソード『Boldly They Rode』においてだが、これに先んじF2P制移行に合わせて同年1月に公開されたプロモーションムービーの終盤に一瞬だけ姿を見せている。なおオデッセイ・アクエリアスという組み合わせは、アポロ13号の司令船・着陸船のコールサインである。コンテストやデザインの詳細についてはスチュワート・フォーリーとサミュエル・コッキングスによるSF解説番組『Trekyards』のEP222・224にAdam Ihle本人が出演し詳しく述べている。
I.K.S.ボータスキューはクリンゴン帝国防衛軍の最新鋭フラッグシップ。宇宙艦隊のオデッセイ級よりも大型で、Vo'Quv級大型空母（1272m）とほぼ同じ大きさである。ヴォルチャ級やネグヴァー級を踏襲した外見だが船首部分と両翼の先に接続されたワープナセルが特に大きく、この船首正面に装備した8門もの大口径ディスラプターキャノンによる一斉砲撃は非常に強力である。船尾には両翼を折り畳んだHoH'SuS級中型バード・オブ・プレイが船首を母船に突き刺すようなかたちでドッキングしている。
R.R.W.リーセットはロミュラン共和国軍の最新鋭フラッグシップ。タルワール級は、2379年に惑星連邦宇宙艦隊及びロミュラン帝国宇宙海軍と激戦を繰り広げたレムス人のウォーバード・シミターを近代化改修したクラスである。外見上はシミターとほとんど変わらないが、船体は暗緑色で、ワープナセルを保護している装甲や両翼に肉抜きがなされているのが特徴である。強力な兵器群による攻撃力と、シミター級から受け継がれた防御スクリーンの二重構造による高い生存能力を併せ持ち、新しいロミュランの力を象徴するに相応しい性能を誇る。2410年にウンディーネ（生命体8472）の大艦隊が地球とクロノスを襲撃した際には、宇宙艦隊と帝国防衛軍を支援してU.S.S.エンタープライズFやI.K.S.ボータスキューと共闘している。
惑星連邦宇宙艦隊所属。デルフィック領域で強力な重力波を放つ謎の球体構造物を調査中、球体創造者（テューテリア人）に従属する種族の攻撃を受け、その戦闘の最中に異なる世界（プライム・タイムライン）の未来からやって来た宇宙船と遭遇、時間冷戦に巻き込まれる。
「ケルヴィン・タイムライン」シリーズの映画で見られる特徴的なパルスタイプのフェイザービームやワープエフェクトなどが再現されている。また円盤部後端のインパルス・スラスター（赤い発光部）の形状は『イントゥ・ダークネス』のエピローグで改装されるより以前のU.S.S.エンタープライズと同じものである。
惑星連邦宇宙艦隊所属。元は科学調査船だったが、2256年にクリンゴンとの戦争が勃発すると戦闘艦に改造され、連邦の航路をパトロールする任務に就く。定期連絡が途絶えたニミッツ級U.S.S.タイコンデロガを捜索中、クリンゴンの襲撃を受けている宇宙艦隊アカデミーの訓練船を発見、救助に向かう。
クリンゴン・モカイ家の旗艦。船名はカーレスの妻として言い伝えられる伝説の女性戦士ルカラに因む。
エクスカリバー級は、2391年に就役した宇宙艦隊コンスティテューション級のバリエーションである。25世紀を目前にして宇宙艦隊の新たな時代を切り開く船としてコンスティテューション級をアップグレードする形式で開発された。船体装甲の素材には強化トリタニウム合金が採用されている。なお2410年ではこのクラスは既に旧式となっており、コンスティテューション級の最新バリエーションはエクセター級である。
アーミテージ級は、攻撃型空母としての機能に特化させた宇宙艦隊アキラ級のバリエーションである。アキラ級よりもわずかに大きい。アキラ級における空母機能は円盤部の先端にカタパルトを装備する副次的なものに過ぎなかったが、アーミテージ級では円盤部下面に格納庫を兼ねた大型の専用フライトセクションを設けており、戦闘機による航空戦能力を強化している。また近接防御用の兵装として、船の全周囲に向けて大量のマイクロ光子魚雷を拡散射出するポイントディフェンスシステムを備えている。これは機能的にはRAM (ミサイル)であり、装備パーツのアイコンに描かれている外見も類似している。
リージェント級は、宇宙艦隊ソヴェリン級のバリエーションである。ソヴェリン級よりわずかに大きく、円盤部と紡錘部の一体感が増して平べったい外見になっている。2375年にソーナ船と交戦したU.S.S.エンタープライズEの戦術（揮発性の極めて高いメトリオンガスを収集・敵船に向けて噴射してから着火し爆発させダメージを与える、ライカー副長の考案）に基づいて、メトリオンガスを詰め込んだ円筒弾を搭載している。またプロトタイプではあるが、従来のものより射角が広い新型量子魚雷発射管を装備している。就航以降はソヴェリン級に代わり、アサルトクルーザーのスタンダードモデルとなった。
キメラ級は、宇宙船同士の激しい砲撃戦を想定して設計された宇宙艦隊の重駆逐艦である。4基のワープナセルを持ち、プロメテウス級の第一船体を縦長の卵形にしたような外見をしており、大きさはアヴェンジャー級とほぼ同じ。魚雷戦よりもフェイザーの撃ち合いを重視しており、大きさの割りに多くのフェイザー兵器を装備している。このクラスを特異なものとしている点はタクティカル・モードへの変形機能（ダイナミック・タクティカルシステム）である。これはナセルとパイロンを可動させた上、円盤部が3つのブロックに分かれて外側へ展開し、円盤部の中心核をくるむように格納されている大型フェイザーアレイを露出し攻撃力を増強するものである。この大型フェイザーアレイにより全周囲への一斉射撃（ハスの花が開く様子に似ている事から「フェイザー・ロータス」と呼ばれる）が可能となる。なお25世紀の船としては珍しくワープ航行にもナセルとパイロンの可動が必要となる。バリエーションとしてマンティコア級がある。
元々は新しいエンタープライズのデザインを決定するために行われたコンテストの応募作の一つだった。採用はされなかったものの開発スタッフがそのデザインを気に入り、別の船として登場させた。
アヴェンジャー級は、2400年代初頭に対クリンゴン戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊の最新型巡洋戦艦である。クリンゴンで主力となっているような高い攻撃力と機動力を併せ持った中型巡洋艦の配備を目的としており、その重武装に比して船体の全長はエクセルシオール級よりも一回りほど小さい程度である。また船体の剛性強化も試みられており、ドーサルネックやワープナセルパイロンが他の多くの宇宙艦隊船に比べて遙かに重厚な造りになっている。円盤部前面にずらりと並んだ7門ものフェイザーキャノン砲塔、オデッセイ級と同様のデュアル・ドーサルネック、長方形のメイン・ディフレクター盤など外見的にも目立つ要素が多いが、このクラスを最も特徴付けるのは搭載しているヴァリアブル・オートターゲッティング・アーマメント（通称「V.A.T.A.」、可変自動照準兵装）である。これは一種の無人攻撃機で、タキオンビームを撃つものやマイクロ・クロニトン魚雷を射出するものなどいくつかの種類があり、設定された条件に従って自動的に標的を選出し攻撃を行い、最終的にはこの兵器本体が標的に体当たりしてダメージを与える（『スター・トレック イントゥ・ダークネス』の劇中において、U.S.S.ヴェンジェンスが月軌道上でU.S.S.エンタープライズを攻撃しているシーンに同様の兵器が登場している）。なお改装型が存在しており、基本性能の向上以外の主な変更点は船体塗装（ホワイトからグレーへ）、ナセルパイロンの角度（上向きから水平へ）などである。
コンステレーション級（refit）は、23世紀後半から就航している宇宙艦隊コンステレーション級の最新改装型である。フェイザーアレイではなくフェイザーターレットを装備している、円盤部下面のセンサードーム郡など、各部のデザインは旧来と同様だが、船体外壁の構造やシステム面が25世紀のスタンダードタイプにアップグレードされている。ピカード・マニューバー（残像を残して瞬間的に短距離ワープし敵のセンサーをくらます戦術）を再現する特殊なシステム（ワープバースト・キャパシター）を搭載している。
パスファインダー級は、2409年にデルタ宇宙域での調査活動を目的として設計された宇宙艦隊イントレピッド級の最新バリエーションである。ダイソン球の調査解析で得られたアイコニアの技術を一部試験的に導入している。第一船体の輪郭が変わり菱形に近い形状になり、ナセルパイロンは下方および後方に向かって傾斜している。メインデフレクターはディッシュ状のものとドーントレス級に似たライン状の量子スリップストリームフィールド発生器を組み合わせた独特な形状となっている。またワープナセルはイントレピッド級のものよりほぼ倍の長さがあるため、船の全長はイントレピッド級とかなり差がある。
コンコルド級は、2409年にデルタ宇宙域での艦隊行動を指揮する目的で設計された旗艦型巡洋戦艦である。アルファ宇宙域同盟やデルタ宇宙域同盟の成立などにより多国間混成艦隊で活動する機会が増してきた宇宙情勢に対応すべく、多国間混成艦隊の旗艦の役割を果たせるよう設計されている。そのため個艦での戦闘能力よりも移動司令部としての艦隊指揮能力を重視しており、ブリッジである第一デッキの外側には通信アンテナ郡が設置されている。また第一船体後部のメイン・インパルススラスターの上部と第二船体の腹部にターンテーブル状の管制塔をもつ。設定資料では、これらは早期警戒機ホークアイが持つレドームのようなものであると説明されている。武装は標準的だが、巡洋戦艦でありながら弩級戦艦であるオデッセイ級に匹敵する船体強度を持ち、また旋回性能も同規模の他クラスの船より優る。本来は非武装であるタイプ8シャトルクラフトに武装を施して戦闘機化したものを搭載しており、ある程度の航空戦能力を持つ。大きさはソヴェリン級と同程度で、基本的な船体構造はオリンピック級や『』に登場したヨークタウン級などに類似している。卵型の円盤部の後部が延長されており、その延長部から伸びた左右一対のパイロンの端に各1基のワープナセルが接続され、それぞれのワープナセルの下に短いパイロンで各1基のワープナセルが吊るされている。この第一船体セクションの下に、エクセルシオール級のものに似たドーサルネックと第二船体が接続されている。ドーサルネックの横幅は第二船体の横幅とほぼ同一で、後ろは第一船体の延長部分にまで及んでいる剛健なものである。バリエーションとしてジェネバ級とプレシディオ級（全長1023メートル）が存在する。なおこのクラスの就役と同時期にクリンゴン帝国防衛軍ではウォーフ大使の父の名に因んだモーグ級新型巡洋戦艦を就役させている。
アンドロメダ級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊ギャラクシー級の最新バリエーションである。パスファインダー級で蓄積された経験を踏まえ、アイコニアの技術を本格的に導入しており主に防御性能の強化に成功している。メインデフレクター盤は茶釜のような形状で大型化し、ドーサルネックは第二船体の船尾近くまで延長され剛性が高められている。またワープナセルは角張った形状になり、これも大型化している。搭載しているモレキュラー・コヒージョン・ナリフィアー（分子凝集度無力化装置）は船を中心に特殊なフィールドを展開し、フィールド内に入った敵船の船体強度を徐々に低下させていくと同時にあらゆる種類の攻撃を減衰させる機能がある。
マーキュリー級は、2410年に機動性能を追求を目指して設計された新機軸の護衛艦である。ディファイアント級など旧型のエスコートよりも高い機動性を持ち、宇宙船でありながら戦闘機並みの高度な空中戦闘機動が可能となっている。船体はディファイアント級と同様のワープナセル一体型だが、ナセルは船体に完全に埋まっており、船体の左右にはフェイザーキャノンを内蔵した主翼が設けられている。ワープナセルを覆っているスライド式カバーの下にはマイクロプロジェクトリー・バレージランチャー（多連装ミサイルランチャー）が収納されており、一斉射撃により弾幕を張る事が可能である。バリエーションとしてアジャックス級とイカロス級が存在する。
レゾリュート級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊エクセルシオール級の最新バリエーションである。コンコルド級のバリエーションの一つであるプレシディオ級の各部をエクセルシオール級と同じ構成に組み替えた様な外見をしている。搭載しているクティカル・マニューバリング・マトリックスを起動する事により、機動力と防御力のブーストが可能。
アリタ級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊アキラ級の最新バリエーションである。基本的にはアーミテージ級の性能を向上させたクラスで、フライトデッキもアキラ級の様に円盤部先端ではなくアーミテージ級と同様に船体腹部に持つ。デスタビライズド・タキオンエミッターは船の周囲にタキオンバーストを発生させ、範囲内の敵船のシールドにダメージを与える事が出来る。
アキラ級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。
ヘスティア級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊プロメテウス級の最新バリエーションである。基本的にはプロメテウス級の性能を向上させたクラスで、プロメテウス級と同様に船体をアルファ・ベータ・ガンマの三つのセクションに分離する事により、多方向攻撃モードへの移行が可能。ワープナセルの全長がプロメテウス級よりもかなり長くなっている。
プロメテウス級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 1』が公式サイトに掲載された。
ヤマト級は、2410年にアイコニア人との戦争での運用を主眼に設計された宇宙艦隊アンドロメダ級の最新バリエーションである。アンドロメダ級をギャラクシードレッドノートと同様の形態にカスタマイズしたクラスで、それぞれの上面にフェイザーアレイを持つ三基のワープナセルや、ブリッジ周辺の連装フェイザーキャノン・増加魚雷発射管、円盤部下面のフェイザーランスなど装備も同等である。サプリメンタル・サブシステムの起動により、敵が使用したエネルギー兵器によって受けたエネルギーの一部を蓄積し、これを利用した電磁パルスを放射し標的の全サブシステム系統をダウンさせる事が出来る。
ギャラクシー級およびギャラクシードレッドノートの3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 2』が公式サイトに掲載された。
ヴァリアント級は2410年のアイコニア戦争後に、惑星連邦がアイコニア戦争と同規模の危機に見舞われた場合に備えて設計された宇宙艦隊ディファイアント級の最新バリエーションである。基本的にはディファイアント級の性能を向上させたクラスである。船体左右のワープナセルはディファイアント級より大きく外側へ張り出しており、ロミュランのバード・オブ・プレイのようなフォルムになっている。量子弾頭モジュールの使用により量子魚雷の余剰弾頭を船首に蓄積していき、最大六発を任意に一斉発射する事が出来る。
ディファイアント級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。なお外見は、『』では採用されなかったディファイアント級の初期デザインの一つを流用している。また本クラスの開発設計に纏わるショートストーリー『Utopia Planitia Report 3』が公式サイトに掲載された。
ジュピター級は2410年のアイコニア戦争後に、艦隊単位での作戦行動の中核となるべく設計された惑星連邦宇宙艦隊の正規空母である。純粋な宇宙艦隊デザインの空母としては初となる（これまで惑星連邦プレイヤーが使える空母は、連邦加盟国の船として登場したカイティア人のアトロックス級のみだった）。全長はオデッセイ級ドレッドノートの約1.4倍もあり、宇宙艦隊では最大。アキラ級などの軽空母よりも戦闘機の運用能力が高い事はもちろん、その巨体に複数隻の軽護衛艦も搭載している。第二船体を持たないデザインで、ホッキョククジラの様な船体の後部上下からそれぞれ斜め左右にナセルパイロンが伸び、その先にソヴェリン級の物に似たワープナセルが計4基接続されている。船体両舷の中ほどが戦闘機用のフライトデッキとなっており（幅は船体全長の3分の1ほど）、船体上面の中ほどにはカリスト級軽護衛艦用のドックがある。どちらも物理的なハッチやシャッターではなく、フォースフィールドによる封鎖で気密を保っている。機動力が低いこの規模のクラスとしては珍しく、パルスフェイザーキャノンを船体先端のメインディフレクター盤の両脇に装備している。フリートコーディネイション・マトリックスの起動により、自軍艦隊に所属する船の能力を強化する事が出来る。
ジュピター級のデザインは、公式サイトで行われたユーザー投票によるトーナメントで8種類の候補の中から勝ち残ったもの。開発コードはOMEGA。サービス開始当初からNPC専用でプレイヤーが使用する事が出来ないままになっていたジュピター級ドレッドノートをリファインしている。
ワズィール級は2370年代から就航している宇宙艦隊ソヴェリン級の最新改装型である。船体のペイントやバサードコレクターなどの発光色が従来のソヴェリン級とは異なる他、リージェント級で試験運用されていた広射角量子魚雷発射管が正式に採用されている。
次項のアーコン級と同じく、ソヴェリン級の3Dモデルがより『ネメシス/S.T.X』での設定（第一次改装型）に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。アメリカの社が展開している宇宙船のミニチュア模型を用いたボードゲーム「Star Trek Attack Wing」とのコラボレーション企画でもある。WAVE27（第27弾）にラインナップされたU.S.S.エンタープライズEのリペイントモデルに付属しているコードを所定の手続きで入力する事で使用が可能になる。これまでパッケージ予約やダウンロード販売などの特典として『スタートレック』シリーズに登場した既存の宇宙船が付属してくる事はあったが、コラボレーションで他社デザインのオリジナル船を模したものが実装されたのは初めてである。
アーコン級は2410年に就航した宇宙艦隊ソヴェリン級の最新バリエーション。船全体に占めるメインディフレクター盤とワープナセルの割合が大きく、ケルヴィン・タイムラインのコンスティテューション級に似たプロポーションになっている。効果は短く不完全ながら、位相遮蔽装置を標準搭載した宇宙艦隊で初のクラスである。
サザーランド級は2410年に就航した宇宙艦隊ネビュラ級の最新バリエーション。基本的に上述のアンドロメダ級の各部をネビュラ級と同じ配置に組み替えたデザインだが、ナセルパイロンがネビュラ級よりも外側へ張り出している上にナセル自体が長いため、ケンタウロス級にミッションポッドを背負わせたような外見になっている。
パラティーン級は2410年に就航した宇宙艦隊ヴェスタ級の最新バリエーション。全体的に鋭角的なフォルムになり、船首のサブディフレクターが大型化している。ディフレクターシステムに組み込まれた放射線照射マトリックスの起動により、標的に対し致死レベルの放射線を照射する事が出来る。
リライアント級は2411年に就航した宇宙艦隊ミランダ級の最新バリエーションである。基本的にはミランダ級の性能を向上させたクラスで、アーチは小型化してパルスフェイザーキャノンがオミットされた他、イントレピッド級のようにサブデフレクター盤を持っているという特徴がある。
ミランダ級の3Dモデルがより原作の設定に近い形状にアップデートされた際に、合わせて実装された。また同時にU.S.S.サラトガ（Ncc-31911）タイプへのカスタマイズも可能となった。
パラディン級は26世紀で運用されている宇宙艦隊の巡洋戦艦。円盤部の後部が延長された双胴体とポッドで連結されたナセルに一対のパイロンと、基本構成は22世紀のNX級を踏襲している。26世紀の宇宙艦隊船の中では操縦が非常に難しく、パイロットには熟練の技術が求められる。無人フェイザー砲台を搭載しており、投下して戦闘に加える事が出来る。
一番艦は登録番号がNCVである事から、通常の宇宙艦隊船ではなく時間調査委員会所属のタイムシップであると分かる。ただしプレイヤーがこのクラスを使用する場合には、NCVの登録番号は設定する事は出来ない。
クロノス級は31世紀で運用されている時間艦隊のドレッドノート。29世紀のウェルズ級を巨大化したような外見で、大きさは1000m級。時間冷戦における数々の戦場で時間艦隊の主力艦として活躍した。船体の表面に船名・登録番号の表示が無いという特徴がある。クロノタキオン・キャパシターの起動により、船体に当たった敵のエネルギービームを吸収し船体強度とシールド強度を回復する事が出来る。
パイオニア級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊のフリゲート。コンスティテューション級重巡洋艦よりも小型で、主に短距離の宇宙探査や僚船の支援任務などに用いられる。延長された円盤部の後部から左右斜め上方にパイロンが伸びその先に一対のワープナセルが接続されている。円盤部の下には短いドーサルネックと魚雷ポッドを挟んでコンスティテューション級のものの半分ほどの長さの紡錘部が接続されており、前方にパラボラアンテナ状のデフレクター盤が、後方にアンテナ状のセンサーアレイが取り付けられている。
レンジャー級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊の巡洋戦艦。双胴体・魚雷ポッドで繋がれたナセルパイロン・ワープナセルという構成で22世紀のNX級に似た円盤部の下に、コンスティテューション級と同タイプの紡錘部がドーサルネック無しで接続されている。当時の宇宙艦隊における軍事力の中核を成すクラスであり、クンリンゴン帝国やロミュラン帝国との戦いにおいて最前線で活躍した。フォトニック・デコイビーコンの起動によって敵船のターゲットスキャナーを撹乱する事が出来る。
アトラス級は23世紀中頃に運用されていた宇宙艦隊のドレッドノート。船体の基本構成は上述の25世紀のコンコルド級と同じで、いわば祖先とも呼べるデザインとなっている。戦闘機を搭載し航空戦能力を備えた初の宇宙艦隊船である。ダイナミック・パワーレジストリビューター・モジュールの起動により、船体構造維持フィールドを強化する事が出来る。
『宇宙大作戦』の主役船。2268年のいくつかの時点で時間冷戦に巻き込まれ、惑星連邦プレイヤー（25世紀および23世紀のどちらでのプレイでも）と遭遇する。
上記の他にも、ジェームズ・T・カーク、レナード・マッコイ、ウフーラ、ヒカル・スールーが登場するが、いずれもわずかなシーンのみで音声は『宇宙大作戦』放送時のセリフを一部トリミングしたものが使用されている。カークに至っては気絶して床に倒れている1シーンの登場だけでセリフ自体が無い。
『宇宙大作戦』シーズン3エピソード9「異次元空間に入ったカーク船長の危機（The Tholian Web）」および『スタートレック:エンタープライズ』シーズン4エピソード18・19「暗黒の地球帝国・前後編（In The Mirror Darkly, Part I・II）」に登場した船。時空の狭間にはまり込んでいたところを鏡像宇宙のソリア人に鹵獲され、後にテラン帝国女帝ホシ・サトウの旗艦となった。2268年に未来からやって来たナクール艦隊がソリア人のコロニー艦隊を襲いソリア市民を虐殺している最中、ソリア人からの救難信号を受信して救助に駆け付けた。後から現れたパイオニア級宇宙船（プレイヤー船）と共に（本来のタイムラインでは単独で）ソリア人市民を守るためナクール艦隊と戦うが、壊滅的打撃を受けたソリア旗艦がナクール旗艦に体当たりしてこれを巻き添えに自爆した際、エンジンの損傷が原因で十分なスピードが出せず爆発に巻き込まれて時空渦に囚われてしまい、Gil Morrison船長以下クルー400人はその後鏡像宇宙への転移の際に全員死亡した。U.S.S.ディファイアントの犠牲はタイムラインにおいて重要なポイントであったため、救助すべきでないとするダニエルスの意見に従ってパイオニア級宇宙船（プレイヤー）が去った後、しばらくして捜索にやって来たジェームズ・T・カーク船長のコンスティテューション級U.S.S.エンタープライズが鏡像宇宙に転移する直前のU.S.S.ディファイアントを発見する事になる。
『スタートレック:ディープ・スペース・ナイン』の主役船（U.S.S.サンパウロから船名と登録番号を更新された二代目のU.S.S.ディファイアント）。ディープスペース・ナインに配備されているが、度々遠方の任務にも派遣されており、惑星連邦編のプロローグで描かれるヴェガ9号星の戦いにも参加している。なお未来では艦隊登録番号を受け継いだナハトヘキセン級巡洋戦艦U.S.S.ディファイアントCがプロシオン5号星の戦いに参加しており、ナクールの艦隊旗艦N.V.ジェネラル・ヴォスクを撃沈した船として恐れられている。
『スタートレック:ヴォイジャー』の主役船。「オペレーション・デルタライジング」で中心的役割を果たす。またスターベース1が生命体8472艦隊の襲撃を受けた際に奮戦した。
『スタートレック:エンタープライズ』シーズン3エピソード18「爬虫類族の攻撃（Azati Prime）」でダニエルスがNX級エンタープライズのジョナサン・アーチャー船長に見せたプロシオン5号星の戦いに登場した、「時間艦隊」の旗艦。25～31世紀の惑星連邦艦隊に護衛されてプロシオン5号星の球体創造者（テューテリア人）領域の中枢部に突入、艦載型に改造した超兵器「トックス・ウタット」を用いて指令球体の破壊に成功した。
CGモデルの制作にあたり、オリジナルデザインを担当したダグ・ドレックスラーから設定資料の提供を受けている。また当初ユニバース級はこのU.S.S.エンタープライズJ（NPC船）専用のクラスであったが、2017年3月9日のアップデートからプレイヤーもこのクラスの船を使用出来るようになった。
『スタートレック:ヴォイジャー』シーズン5エピソード6「過去を救いに来た男（Timeless）」で、U.S.S.ヴォイジャーが量子スリップストリームドライブ航行に失敗し地球に帰還出来なかったタイムラインの未来に登場した船。本作ではプライム・タイムラインでの存在が確定している。登録番号からも分かる通りかなり古い船で本作での登場時点では進宙から40年が経っており、艦内設備も2370年代のままでアップデートされていない。2410年、ロタネヴ星系に出現したネクサス・リボンの近くから2332世紀に行方不明になったU.S.S.フォレスタルの救難信号が発信されU.S.S.マディソンが救助に向かったが、両船とも音信が途絶えたためプレイヤー船と共に調査のため派遣された。
惑星連邦宇宙艦隊所属。U.S.S.ディスカバリーの姉妹船。2256年、デルタ・ヴォラニス星雲の観測基地がクリンゴンの襲撃を受けた際に救援に駆け付けるが、その戦いの最中にジュラ率いるモカイ家の戦士達に侵入されマイセリウム胞子に関する研究データを奪われる。その後、『スタートレック:ディスカバリー』シーズン1エピソード3「支配する者（Context Is for Kings）」でマイセリウム胞子ドライブに巨大クマムシ型宇宙生物を組み込む実験に失敗しクルーは全員死亡、船体は機密保持のためU.S.S.ディスカバリーによって破壊された。2016年9月2日、運営会社Perfect World・開発会社Cryptic Studios、およびスタートレック・シリーズの版権元であるCBSは、主にゲームに登場する人物やメカを3Dプリンターを用いて模型化し販売するサービスを行っているEUCL3D（カリフォルニア大学バークレー校が行っているグループプロジェクトの一つ）と提携し、『Star Trek Online 』に登場する約400種類にものぼる全宇宙船クラスの12インチ（約30センチ）サイズ・フルカラー模型を販売すると発表した。オンラインオーダーメイドによって、ゲーム中で可能な全てのカスタマイズ（船体のテクスチャやペイント、舷窓の形状、プレイヤーオリジナルの船名・登録番号の表示など）に対応し、プレイヤーがゲーム中で実際に使用している宇宙船を忠実に再現する事が可能。なおEUCL3Dはアメリカ国内配送料金に手数料を加えた19USDで海外発送も行っている。しかし収益を度外視した低価格販売を行っていたEUCL3Dが事業を維持出来なくなったため、この企画は頓挫した。
2018年2日20日、同企画をサンフランシスコを拠点に3Dプリント模型を製造販売しているMixed Dimensionsとの提携で新ブランド「GAMEPRINT」を立ち上げ再始動する事を発表。同年3月15日より販売を開始した。EUCL3Dでの企画と同様にサイズは12インチで、ゲーム中で可能な全てのカスタマイズを再現可能なオーダーメイド発注（ゲーム内の宇宙船カスタム画面から船の3D情報をGAMEPRINTのマイページへアップロードする必要がある）だが、ジュピター級やデルタフライヤー、『スタートレック:ディスカバリー』に登場する船などいくつか対象外になっているクラスがある。またU.S.S.エンタープライズFなど一部モデルの通常販売も予定している（後日公開予定）。相違点としては、EUCL3Dでは表面処理無しのフルカラー出力であったが、GAMEPRINTでは単色で出力した後に表面処理を施した上で手作業で塗装を行う。このためEUCL3Dのものよりかなり精巧な出来になっている。価格は仕上げモデルにより、表面処理のみで未塗装のプライマー・モデル（200USD）、表面処理後に全体を金・銀・銅・黒のいずれかの色で塗装したシングルカラー・モデル（225USD）、表面処理後に手作業でフルカラー塗装したコレクティブ・モデル（350USD）の三種類となっている。なお3月15日時点で配送可能な地域は、北米・カナダ・EU・オーストラリア・ブラジルに限られている。