イネ
イネ（稲、稻、禾）は、イネ科イネ属の植物。属名"Oryza" は古代ギリシア語由来のラテン語で「米」または「イネ」を意味する。種小名 "sativa" は「栽培されている」といった意味である。収穫物は米と呼ばれ、トウモロコシやコムギとともに世界三大穀物の1つとなっている。稲禾（とうか）、禾稲（かとう）などとも呼ばれる。
イネ科イネ属の植物には23種77系統が知られている。このうち20種が野生イネであり、2種が栽培イネである。栽培イネの2種とはアジア栽培イネ（アジアイネ、"Oryza sativa"）とアフリカ栽培イネ（アフリカイネ、グラベリマイネ、"Oryza glaberrima"）である。結実後も親株が枯れず株が生き続ける多年生型と枯れ毎年種子で繁殖する一年生型があるが、2型の変位は連続的で中間型集団も多く存在する。原始的栽培型は、一年生型と多年生型の中間的性質を有した野性イネから生じたとする研究がある。なお、いくつかの野生イネは絶滅したとされている。
アジアイネはアジアのほか、広くヨーロッパ、南北アメリカ大陸、オーストラリア、アフリカで栽培されている。これに対してアフリカイネは西アフリカで局地的に栽培されているにすぎない。イネは狭義にはアジアイネを指す。
アジアイネには耐冷性の高いジャポニカ種（日本型）と耐冷性の低いインディカ種（インド型）の2つの系統がある。また、これらの交雑による中間的品種群が多数存在する。日本の農学者加藤茂苞による研究が嚆矢となったことから、彼の用いた「日本型」「インド型」という呼称が広く使われているが、両者が存在する中国では、加藤の研究以前からこれに相当する「コウ」（粳稻）「セン」（籼稻）という分類が存在している。中国では、淮河と長江との中間地域で両者が混交し、長江以南でセン、淮河以北でコウが優占する。
加藤による命名が象徴するように、それぞれの生態型の栽培地域には耐寒性による地理的勾配が知られている。日本や中国東北部、朝鮮半島では主にジャポニカ種が栽培され、中国南部や東南アジア山岳部ではジャバニカ種が多く、中国南部からインドにかけての広い地域でインディカ種という具合である。ただし、こうした栽培地域の地理的分離は絶対的なものではなく、両方が栽培されている地域も広範囲にわたる。特に雲南からアッサムにかけての地域は、山岳地域ならではの栽培環境の多様性もあり、多くの遺伝変異を蓄積しているとされる。
栽培イネの祖先種とされるのはオリザ・ルフィポゴン（"Oryza rufipogon"）である。このオリザ・ルフィポゴンの生態型には多年生型と一年生型があり、特に一年生型が"Oryza nivara"として別種扱いされることもある。しかし、分子マーカーによる集団構造の解析によっても一年生型と多年生型が種として分化しているという証拠は得られていない。なお、交雑が進んだ結果、今日では栽培イネから遺伝子浸透を受けていない個体群はインドやインドネシアの山岳地帯に残るにすぎない。
イネには亜種や近隣種が多いために予期せぬ雑種交配が起こることがある。特に、亜種の多様な東南アジアにおいては顕著である。日本では雑種交配を防止するため、耕作地周辺を頻繁な雑草刈りで予防している。
栽培イネではなく雑草として生じるものを雑草イネという。こうした雑草イネは生態的および形態的特徴が栽培イネのそれと類似するため、駆除が極めて難しい。雑草イネは水田の強雑草で栽培イネの生育障害、脱粒、収穫種子に赤米として混入し品質低下を引き起こしている。日本では乾田直播栽培で発生しやすい。栽培稲の生産性を落とすだけでなく、栽培イネと交雑することで品質劣化を起こす。東南アジアでは特に顕著で、食用稲の生産性向上の課題となっている。一方で、祖先型野生稲は遺伝資源としての有用性も指摘されており、種子銀行などの施設での保存のほかに、自生地（in situ）での保全の試みもある。
栽培イネ以外では"O. officinalis"（薬稲）が救荒植物として利用されることがある。
原産地は中国南部の長江下流域とする説、東南アジアとする説がある。考古学の調査によれば、人の手に由る栽培については中国長江流域で約1万2千年前に栽培されていることから、栽培の起源は確定している。ただし、品種その物に関して当時のイネはジャポニカ種とインディカ種に分化する以前の両方の特徴を持っているとの指摘もあり断定はされていない。
日本国内に稲の祖先型野生種が存在した形跡はなく、揚子江中流地域において栽培作物として確立してから、栽培技術や食文化などと共に伝播したものと考えられている。日本列島への伝播については、いくつかの説があり、概ね以下のいずれかの経路によると考えられている。
縄文時代前期の遺跡からは複数のイネ科植物の遺骸であるプラント・オパールが出土している。本格的に稲作が始まった時期は地域によって差があり、最も早いのは九州西北部で弥生時代早期にあたる紀元前9世紀からとされる。ただし、初期の稲作は用水路などの栽培環境が整備された水田ではなく、自然地形を利用する形態で低湿地と隣接する微高地を利用していた。
水稲作の日本への伝来は縄文時代後期にあたる紀元前11世紀ごろであるという説もあるが、本格的な栽培が始まるのは近畿地方では紀元前2世紀ごろ、関東地方では2世紀ごろ、本州北端では12世紀ごろ、北海道では明治時代以降である。現在では亜寒帯（亜寒帯湿潤気候）に属する北海道遠別町から熱帯（熱帯雨林気候）に属する沖縄県西表島まで、広い地域で栽培されている。
現在日本で栽培されるイネは、ほぼ全てが温帯日本種に属する品種であるが、過去（2005年2月、岡山市の彦崎貝塚で、縄文時代前期(約6000年前)の土層からイネのプラント・オパールが多量に出土した。同市の朝寝鼻遺跡でも同時期の発見例があり、縄文時代前期から畑作によるイネの栽培が始まっていた可能性が高まった）には熱帯日本種（ジャバニカ種）も伝播し栽培されていた形跡があるとされているが、他地域で栽培されたものが持ち込まれた可能性も否定できないとの見解もある。しかし、2008年国立歴史民俗博物館の研究者らは、岡山県彦崎貝塚のサンプルは異なった時代の付着物に汚染され、正確な年代判定が行えていなかったと指摘している。
多くの節をもつ管状の稈を多数分岐させ、節ごとに1枚の細長い肉薄の葉をもつ。また、葉の付け根には葉舌という器官がある。葉には筋状の葉脈にガラス体（プラントオパール）を蓄積させ、そのガラス体の柱（植物骨格組織）を支えにして直立する。薄手の葉が直立する草型のため、密集状態での受光効率が高い。稈は節の詰まったロゼット状になっており、生殖成長期になると徒長して穂を1つつける。栄養成長期と生殖成長期が明確に分かれており、穂を付けるのは稈を増やす時期が終了してからであり、籾が成熟し生殖成長が終わると、ヒコバエが生え再び栄養成長を再開する。
他殖性の風媒花であり、開花前に稈が徒長して穂を草叢から突き出すのは、開花時に花粉を飛ばしやすくするためである。ただし開花前に花粉が熟し、開花時に葯が破裂するため、栽培稲では98%程度が自家受粉する。開花時間は午前中から昼ごろまでの2-3時間と短い。花は、頴花（えいか）と呼ばれ、開花前後の外観は緑色をした籾（もみ）そのものである。籾の先端には、しなやかな芒（ぼう）が発達する。芒は元々は種子を拡散するための器官であるが、栽培上不要なため近代品種では退化している。
農業上、種子として使われる籾は、生物学上の果実である玄米を穎（=籾殻：もみがら）が包んでいるもの。白米は、玄米から糠（ぬか）層、胚など取り除いた、胚乳の一部である。
元来、イネは湿性植物である。水田で栽培するイネを水稲（すいとう、"lowland rice"）、耐旱性が強く畑地で栽培するイネを陸稲（りくとう、おかぼ、"upland rice"）という。日本では明確に水稲と陸稲が区別されるが、他の国では水稲と陸稲とは明確には区別されていない。
逆転の日本史編集部『日本人のルーツがわかる本によれば、陸稲（熱帯ジャポニカ）に関しては、すでに三内丸山遺跡から「2800年前の『米粒』が見つかっています」と述べ、水稲（温帯ジャポニカ）に関しては「弥生時代頃に、水田耕作技術を持った人々が朝鮮半島の方から日本列島に持って来たもの」と説明している。
水稲には、灌漑稲、天水稲、深水稲、浮稲といった種類がある。水位が著しく上昇して葉が水没するような状況では、節間を急速に伸ばすことで水面から葉を出し、窒息を免れることができる。節間の伸張能力は品種により著しい差があり、数センチから十数メートルまで伸張する品種がある。特に著しく伸張させることができる品種は浮稲（うきいね）と呼称される。
陸稲は水稲に比べて食味の点で劣るとされ、日本においては近年では糯種などが栽培されているにすぎない。
稲の食用部分の主成分であるでんぷんは、分子構造の違いからアミロースとアミロペクチンに別けられる。お米の食感は、両者の含有配分によって大きく異なる。すなわちアミロース含量が少ないお米は加熱時にやわらかくモチモチした食感になり、アミロース含量が多いとパサパサした食感になる。日本人の食文化では、低アミロースのお米を「美味しい」と感じる。この好みは、世界的には少数派となっている。
通常の米は20%程度のアミロースを含んでいるが、遺伝的欠損によりアミロース含量が0%の品種もある。これがモチ性品種である。アミロース含有を0%にする遺伝的欠損をモチ性といい、この特質をもつ作物は稲だけではなく、他にアワ、キビ、ハトムギ、モロコシ、トウモロコシ、オオムギ、アマランサス（けいとう）に見つかっている。これらの作物は世界中で栽培されているにもかかわらず、モチ性品種が栽培されている地域は東南アジア山岳部の照葉樹林帯に限定されている。その特異性から、その地域を「モチ食文化圏」と呼称されることがある。
日本列島自体が西半分を「モチ食文化圏」と同じ照葉樹林に覆われており、またハレの日にもち米を食べる習慣がある（オコワ、赤飯、お餅）ことから、日本文化のルーツ（の一つ）として注目された。
早晩性により早稲（わせ）、中稲（なかて）、晩稲（おくて）などに分類される。一般には早生（わせ）、中生（なかて）、晩生（おくて）と表記されるが、イネの場合には特に早稲（わせ）、中稲（なかて）、晩稲（おくて）と表記される。
黒米、赤米、緑米などを総称して有色米という。野生種に近い米である。
うるち米には次のような品種がある。
日本国内における代表的な栽培品種は以下の通り（2009年の収穫量順）。
作付高上位10品種で80.4%、上位20品種で88.6%を占める。
1980年代に良食味品種として代表格であったササニシキ・コシヒカリは互いに近縁の関係にあり、両品種以降の後の良食味米は多くはコシヒカリの遺伝子を引き継いでいる。
日本で栽培される稲は遺伝的に近縁の品種が多い。そのため、天候不良や特定の病虫害によって大きく収量を落とす可能性がある。従って、食料の安定生産という観点からより多くの遺伝資源を利用した品種改良が必要である。
一般的には知られていないが、イネには食用米品種以外に観賞用品種が存在する。観賞用イネは米を収穫することが目的ではなく、鮮やかに染まった葉や穂を鑑賞して楽しむためのイネである。切り花やドライフラワーなどに適している。
また、近年では青森県田舎館村などで取り組まれている田んぼアートなどに用いられている。イネ（稲）の栽培を稲作（いなさく）という。
栽培する土地を田または田圃（たんぼ）といい、特に水を張っている田を指して水田（すいでん）ともいう。
水田で育成されたものを水稲（すいとう）、畠で育成されたものを陸稲（りくとう・おかぼ）と呼ぶ。日本では、近年では陸稲は少なくなっている。（陸稲は栽培に水が少なくて済むが面積あたりの収穫量が水稲より少ない上に、連作障害が発生する）
水稲は収穫までの間に大量の水を使うが、そのため地力の低下が小さく、永久連作（二期作）が可能である。
イネは夏期にある程度高温になる温暖湿潤の気候が適している。しかし寒冷地向け品種の作出と栽培法の確立により、寒冷地での栽培も可能となった。日本では、現在では総生産高のうち、北海道および東北地方が占める割合が最も大きい。東北地方や新潟県の内陸部は夜間の気温が低いためイネの消耗が少なく良食味の米が収穫できるとされ、近年の食味ランキングでは東北地方および新潟県の産米が上位を占めている。しかし、1931年（昭和6年）に並河成資によって世界初の寒冷地用水稲・早稲である農林1号の育成が成功するまでは、。
なお、温帯原産である温帯日本型は本来熱帯気候には適しておらず、温帯に属する日本でも、夏期に猛暑が続くと登熟障害を起こす。近年は地球温暖化に伴い西日本を中心に猛暑日が増え、登熟障害や食味の低下が問題になっており栽培技術による対応だけで無く、耐高温品種の作出も行われている。コシヒカリに、いもち病の抵抗性遺伝子を連続戻し交配で導入することによって育成されたコシヒカリBLがある。
現在、「新潟県産コシヒカリ」という銘柄は、9割以上がコシヒカリBLという品種群であり、コシヒカリ（品種）とは異なる。
理化学研究所では、重イオンビーム照射により、一般種の1.5倍の耐塩性を獲得した品種の開発に成功。塩害で耕作ができなくなった土地での栽培により、生産可能地域が広がり食糧問題の解決に貢献することが期待される。
イネは、生物学や農学において、植物のモデル生物として用いられている。イネは主要穀物の中ではゲノムサイズが小さく（トウモロコシの1/6、小麦の1/40）、穀物の遺伝情報を知る上でモデルとして好適とされる。
農業生物資源研究所がコシヒカリ・ファミリーである「コシヒカリ」「ひとめぼれ」「あきたこまち」「ヒノヒカリ」を分析した結果、6つのDNAを共通して受け継いでいることが判明している。特に興味深いのは明治時代に東西の横綱と称された「亀の尾」、「朝日」のDNAを引いていることが挙げられる。
ゲノム研究所 (TIGR) やイネゲノム研究プログラム (RGP) 国際チームが「日本晴」のゲノムプロジェクトが進行しており、イネゲノムの塩基配列は、2002年12月に重要部分の解読が完了し、2004年12月には完全解読が達成されている。先述のようにイネは単子葉植物のモデル生物であり、植物としては双子葉植物であるシロイヌナズナに続いて2番目、単子葉植物としては初めての全ゲノム完全解読となった。
イネは洪水などで水没すると呼吸が出来ず枯れてしまうのが弱点だが、名古屋大学の芦苅基行教授らが水没に耐えられるような茎を伸ばす遺伝子を解明した。他にもいもち病にかかりにくいが食感の悪い「おかぼ」の遺伝子を研究し、食感が失われない「ともほなみ」を2009年に開発している。