長崎本線
長崎本線（ながさきほんせん）は、佐賀県鳥栖市の鳥栖駅から長崎県長崎市の長崎駅までを結ぶ九州旅客鉄道（JR九州）の鉄道路線（幹線）である。ほかに喜々津駅 - 長与駅 - 浦上駅間の別線を持つ。長崎線とも呼ばれる。
鹿児島本線の鳥栖駅から分岐し、佐賀市の佐賀駅を経て長崎市の長崎駅まで延びる路線である。福岡市の博多駅から長崎県各地までを結ぶ特急列車が多数運転されており、全国のJR在来線特急利用者数ランキングでは上位4位に入る。
鳥栖駅 - 肥前山口駅間は複線区間である。途中佐賀駅 - 久保田駅間では唐津線の普通列車も走行する（唐津線は久保田駅で分岐するが、全列車が佐賀駅を発着するため）。また、肥前山口駅では佐世保線が分岐する。佐賀駅付近は高架となっている。当区間は佐賀平野を通過するが、軟弱地盤地帯であるゆえ、路盤が非常に悪い。そのため単線用の架線柱の多くが両側支持の門型の物となっている。車窓から見える車道に立つ電柱の多くも、斜めの柱で補強していたり、立っていても僅かに傾いていたりする。
肥前山口駅 - 諫早駅間は単線である。全駅で列車交換が可能であり、駅間の長い多良駅 - 肥前大浦駅 - 小長井駅間には里信号場、土井崎信号場がある。普通列車の本数が肥前鹿島駅 - 諫早駅間では極端に少なく、特急列車の本数が多くなっている。また、途中の特急停車駅は肥前鹿島駅のみである（季節臨時停車を除く）。有明海の入り組んだ沿岸部に沿って線路が通っているため、曲線区間が多い。特に肥前七浦駅 - 諫早駅間の曲線区間の多さは際立っており、この区間の特急列車の速度アップのために振り子式885系電車が投入された。鳥栖駅 - 肥前山口駅間など線路状況の良い区間では特急列車は最高速度130km/h、普通列車817系でも120km/hで走行するが、当区間では曲線区間で速度制限がかかり減速、次の直線で再び加速するもののすぐに次の曲線で減速の繰り返しが続く。所要時間短縮のため、駅構内の配線は原則として一線スルー配線に改良されているほか、曲線の度合いの強い区間のマクラギは通常のPCマクラギより太さが太い強化型のものが使用されていることが多い。
諫早駅 - 喜々津駅間と浦上駅 - 長崎駅間は複線である。喜々津駅 - 浦上駅間は単線の2つのルートに分かれており、このうち大村湾沿いに走り、長与駅を経由する明治時代開業のルートを旧線（長与経由）と呼ぶ。トンネル径が小さいため電化されておらず、長崎本線内唯一の非電化区間である。途中、列車交換は大草駅・長与駅のみ可能である。長与駅 - 浦上駅間では市街地を走り、区間運転の列車が設定されている。一方で、1972年に開通した、長崎トンネルを通る電化されたルートを新線（市布経由）と呼ぶ。旧線に比べ6.7km短縮され、高速運転に適した線形により、諫早駅 - 長崎駅間の所要時間を大幅に改善した。途中肥前古賀駅以外は列車交換ができる。また、長崎トンネル内には肥前三川信号場がある。新線の大半はトンネルであり浦上駅側では市街地の地下を通り地上に抜ける。地上区間に入ると浦上駅までは高架となり、旧線としばらく並走（単線2並列）する。全ての特急「かもめ」・快速「シーサイドライナー」は新線を通る。長崎都市圏輸送として両ルートとも利用者が多い。浦上駅 - 長崎駅間では連続立体交差事業が進行中であり、仮ホーム・仮線路での運転となっている。2019年度末に高架化される予定。
鳥栖駅 - 佐賀駅間および諫早駅 - 長崎駅間（旧線・新線とも）はIC乗車カード「SUGOCA」の利用エリアに含まれている。なお、「福岡・佐賀・大分・熊本エリア」に含まれる鳥栖駅 - 佐賀駅間と「長崎エリア」に含まれる諫早駅 - 長崎駅間を跨っての利用はできない。
一般向けリアルタイム列車位置情報システム「どれどれ」対応路線であり、「長崎本線」（鳥栖駅 - 市布駅 - 長崎駅間）と「長崎本線（長与経由）」（諫早駅 - 長与駅 - 長崎駅間）としてスマートフォン向けに配信されている。
現在、九州新幹線（西九州）長崎ルートが佐世保線の武雄温泉駅から長崎本線の長崎駅まで新幹線フル規格で建設中である。これにより、長崎本線の肥前山口 - 諫早間が並行在来線として指定されている。整備新幹線において並行在来線は新幹線開業時にJRから経営分離してもよいことになっており、当初はJR九州も経営分離する方針で佐賀・長崎両県による第三セクター方式の経営が計画されていた。しかし、経営分離区間の沿線自治体（鹿島市・江北町）の同意が得られなかったため着工の目処がたたず、他の整備新幹線に遅れをとっていた。そのためJR九州と佐賀・長崎両県は経営分離をせずに、両県が線路などの施設を保有し、新幹線開業後20年間はJR九州が運行を行う上下分離方式を採用することで合意し、着工が認可された。これにより2008年に武雄温泉駅 - 諫早駅間が、2012年には諫早駅 - 長崎駅間の着工が決定し、建設工事が始まった。
博多駅 - 新鳥栖駅では九州新幹線鹿児島ルートを使用し、新鳥栖駅 - 武雄温泉駅間について在来線を活用、武雄温泉駅 - 長崎駅間では新幹線規格の新線建設といった整備計画で、線路幅の異なる新幹線と在来線を直通できる開発中の車両FGT（フリーゲージトレイン）を導入する予定であった。しかし、2014年FGTの試作車両の鹿児島ルート及び鹿児島本線での走行試験中に重大な問題が発覚し開発が長期に渡りストップした。これにより仮にFGTが実用化されても2022年度の開業までに運行に必要な数の車両の生産が間に合わないことが判明した。新幹線建設は計画通り進んでおり、完成した設備を年単位で放置できないこと、新幹線沿線自治体では2022年度の開業に合わせて大規模再開発が行われており開業の遅れは許されない状況であり、開業の前倒しを計画していただけに大きな問題となった。結果、2015年12月に2022年度開業のあり方として国やJR九州、長崎・佐賀両県の間で次の合意がなされた。
その後2016年12月に2年ぶりにFGT走行試験を再開するも、再度問題が発覚し、暫定開業時の先行導入車両の製造は間に合わない見通しとなった。運行主体のJR九州は2017年7月、一般の新幹線の2倍以上のコストがかかるうえ、安全性に懸念が残るFGTでの長崎ルート運営は困難としてFGT導入断念を決定した。これにより与党検討委員会は在来線活用予定であった武雄温泉駅 - 新鳥栖駅間の長崎ルートの整備をミニ新幹線方式または全線フル規格新幹線方式での整備を軸に調査を開始した。2018年度中に長崎ルートの整備方針が決定する予定である。鳥栖駅 - 肥前大浦駅間がJR九州本社鉄道事業本部、土井崎信号場 - 長崎駅間と長与駅経由の旧線が同社長崎支社の管轄となっており、佐賀県と長崎県の県境付近（肥前大浦駅 - 土井崎信号場間）に本社と支社の境界がある。
鳥栖駅 - （市布経由） - 長崎駅間に、博多駅 - 長崎駅間の特急「かもめ」が24往復（臨時列車除く、他に区間運転の列車あり）、鳥栖駅 - 肥前山口駅間に、佐世保線に直通する博多駅 - 佐世保駅間の特急「みどり」が16往復（一部は大村線ハウステンボス駅発着の特急「ハウステンボス」を併結）運行されている。ピーク期を除き、長崎本線内を単独運転する「ハウステンボス」は設定されていない。
博多駅 - 佐賀駅間では基本的に「かもめ」毎時1 - 2本、「みどり（・ハウステンボス）」毎時1本と、1時間に2 - 3本の特急が利用可能であり（「かもめ」「みどり」は博多駅 - 肥前山口駅間で運行区間が重複するが、787系の「かもめ」は肥前山口駅を通過するため、肥前山口駅で利用可能な特急は毎時2本となる）、区間運転の「かもめ」も合わせると1時間に5本の特急が運行される時間帯もある。
2011年3月12日の九州新幹線鹿児島ルートの全線開業により、廃止となった「リレーつばめ」などで使用されていた787系電車が783系電車を使用していた「かもめ」に転用された。そのため改正前に行われていた「かもめ」と「みどり」の併結運転廃止が実施され、かもめ号の全便が単独運転となり、佐賀駅 - 鳥栖駅間では増発となった。
2000年代までは、夜行列車としては東京駅 - 長崎駅間の寝台特急「さくら」・京都駅 - 長崎駅間の寝台特急「あかつき」が運転されていたが、「さくら」は2005年3月1日のダイヤ改正で、「あかつき」は2008年3月15日のダイヤ改正で廃止され、夜行列車や本州直通優等列車の運転はなくなった。
なお、JR初期や国鉄時代までさかのぼると、関門トンネルが開通した1942年から東京駅 - 長崎駅間に特急・急行列車が運行されていた。初例としては、特急列車「富士」が1942年から1943年まで運行された。この列車は上海航路への接続列車として長崎駅から長崎港駅まで1駅延長運転された。ただし、この列車以前にも上海航路への接続列車として長崎駅から長崎港駅まで1駅延長運転されたものもあった。
戦後の東京・関西方面 - 長崎駅間の列車としては「さくら」「あかつき」のほか、1950年代から急行列車として「雲仙」・「西海」（-1980年）、特急列車として「かもめ」（1961年 - 1975年、京都駅 - 長崎駅間の運転）、「はやぶさ」（1968年 - 1975年）、「みずほ」（1975年 - 1994年）があった。
また、博多駅 - 長崎駅間には急行「ふたば」・「ながさき」・「出島」が運行されていた。それらの一部には佐世保駅発着の列車を連結しているものもあった。また、佐世保線・大村線経由で運行される列車があり、早岐駅から佐世保駅まで区間運行の列車が接続するダイヤが組まれていた。
鳥栖駅 - 肥前山口駅間では、普通列車は1時間あたり2本程度運転される。鳥栖駅 - 長崎駅間の全区間を通して運転される列車が上下7本あるほか、鳥栖駅 - 佐賀駅・肥前山口駅・肥前鹿島駅・肥前浜駅・多良駅・肥前大浦駅間の区間列車や鳥栖方面から佐世保線に直通する列車もある。朝には肥前大浦発鹿児島本線門司港行き列車の運転もあるほか、夕方以降には鹿児島本線吉塚駅から長崎本線へ直通する列車も存在する。
佐賀・長崎両県の県境を越える（肥前大浦駅 - 諫早駅間）普通列車は本数が極端に少なく、日中は数時間運転がない時間帯もある。なお、小長井駅 - 諫早駅間は並行する路線バス（長崎県営バス）の方が本数が多い。
諫早駅 - 長崎駅間は諫早駅で接続する大村線も含め、都市圏輸送となっている。朝夕ラッシュ時は数分おきに発車するダイヤとなっており、単線の区間では線路容量一杯である。ラッシュ時間帯以外では新線・旧線ともこの区間を通して運転される普通列車が1時間にそれぞれ1 - 2本程度設定されている。長崎駅 - 諫早駅・湯江駅・小長井駅間、長崎駅 - 長与駅・喜々津駅間の区間運転列車も多数設定されている。また、諫早駅 - 長崎駅間では新線経由で大村線直通の快速列車「シーサイドライナー」が1時間に1本運転される。この区間内の標準停車駅は諫早駅・喜々津駅・浦上駅・長崎駅のみであるが、一部時間帯では西諫早駅・現川駅に停車する列車、また同区間内各駅停車で運転する列車もある。長崎本線内において快速運転を行う列車は臨時列車をのぞけば「シーサイドライナー」のみである（毎年ゴールデンウィーク期間に運転される臨時快速「有田陶器市号」は長崎本線内でも快速運転を行う。「有田陶器市号」の線内の停車駅は通常この区間を運行する特急列車に準ずる。また、佐賀インターナショナルバルーンフェスタ開催時は、普通列車に加えて臨時快速「バルーンフェスタ号」が鳥栖方面 - 肥前山口駅間に運転されることがある。「バルーンフェスタ号」は肥前麓駅・伊賀屋駅・鍋島駅をのぞく各駅に停車する）。
全線でワンマン運転を実施している。ワンマン運転の列車は、2006年3月17日まで無人駅および有人駅での営業時間外の停車時に関しては、前の車両のドアのみ開き（中扉は開かず・後ろ乗り前降り）、乗車時には整理券を取り、下車時に乗車券・運賃とともに運転士に渡す必要があったが、2006年3月18日のダイヤ改正後より鳥栖駅 - 肥前山口駅間および諫早駅 - 長崎駅間（新線・旧線）で運転のワンマン列車ではすべてのドアから乗り降りできる都市型ワンマンが実施されている。なお、3両編成以上で運転する列車は車掌が乗務し、ワンマン運転は行われない。
JRKYUSHU SWEET TRAIN「或る列車」が、「長崎コース」として大村線経由で長崎駅 - 佐世保駅間に運行される。長崎発、長崎着ともに旧線を経由する。
また、クルーズトレイン「ななつ星in九州」が1泊2日コースで長崎駅に発着している。2015年3月からは長崎へ向かう往路の肥前山口駅 - 諫早駅間で佐世保線・大村線、諫早駅 - 長崎駅間で旧線、長崎を出発する復路の長崎駅 - 諫早駅間で新線を経由している。
鳥栖駅 - 鍋島駅間で貨物列車が運行されている。
コンテナ車で編成された高速貨物列車が、鳥栖貨物ターミナル方面 - 鍋島間に1日2往復運行されている。2010年時点では、上り列車はそれぞれ東京貨物ターミナル駅・百済貨物ターミナル駅まで直通している。牽引機関車は、ED76形およびEF81形電気機関車。さらに農産物流通のピークである5 - 7月は、ED76形牽引の臨時高速貨物列車が1往復増便される。
線内の貨物列車の発着駅は、鍋島駅のみ。日本貨物鉄道（JR貨物）の第二種鉄道事業区間である鍋島駅 - 長崎駅間では、貨物列車は運行されていない。長崎駅はオフレールステーションの扱いで、コンテナを積載したトラックが鍋島駅との間を結んでいる。
車種はキハおよびキロシとあるのは気動車、他は特記なければ電車。
特急列車
2011年3月12日の九州新幹線鹿児島ルート全線開通に伴うダイヤ改正で、鹿児島本線 博多 - 新八代間で使用されていた特急「リレーつばめ」が運行廃止になったことに伴い、当線で使用されている783系の長崎駅乗り入れを廃止し、新たに787系で運行している。なお、787系は過去に一部の「かもめ」で使用していたことがあり、改正前も臨時列車でまれに運用されていた。
普通・快速列車
団体臨時列車
長崎本線は、九州鉄道の手により現在の佐世保線・大村線のルートで建設された。鳥栖 - 早岐間と長与 - 長崎間が開業した1897年より全通するまでの約1年間は、大村湾に連絡船を開設して暫定的な連絡機関としていた。
1907年の国有化を経て、現在のルート（有明線）が長崎本線となったのは1934年のことである。旧長崎本線（佐世保線・大村線ルート）は佐世保市・大村市といった長崎県内の各都市を結ぶ役割を果たす一方で、大回りとなるため福岡・佐賀方面と長崎市街との往来には長い時間が必要であった。このため、佐世保線・大村線ルートの短絡線として肥前山口 - 肥前鹿島 - 諫早（有明線）が建設され、長崎本線に編入された。旧長崎本線区間は佐世保線・大村線へと分離された。有明線は改正鉄道敷設法別表114号に「佐賀県肥前山口附近ヨリ鹿島ヲ経テ長崎県諌早ニ至ル鉄道」として規定されていた。
1972年、諫早 - 長崎間にも短絡線が建設されたが、旧線・新線共に長崎本線として運行されている。市布経由の新線は改正鉄道敷設法別表114号の2に「長崎県喜々津ヨリ矢上ヲ経テ浦上ニ至ル鉄道」として規定され、日本鉄道建設公団（鉄建公団）が主要幹線（C線）の浦上線（うらかみせん）として計画・建設した。
また、長崎港出島埠頭に発着する上海航路との連絡のため、1930年に長崎駅から長崎港駅までの1.1kmが延伸された。太平洋戦争の激化（1943年頃）により上海航路が廃止された影響で、1946年以降は貨物線として使われていた。正式に廃止されたのは1982年11月14日である。跡地は遊歩道や公園として整備されている。*が付いている駅は、のちに路線分離により長崎本線の駅ではなくなった駅。長崎駅 - 長崎港駅（1.1km。1982年11月14日廃止）「路線別利用状況」（区間別の平均通過人員〈輸送密度〉）、旅客運輸収入は以下の通り。