読売ジャイアンツ
読売ジャイアンツ（よみうりジャイアンツ、、読売巨人軍）は、日本のプロ野球球団。セントラル・リーグに所属する。日本で4番目に成立したプロ野球球団であり、セントラル・リーグとパシフィック・リーグの12球団の中で最も歴史が長い。現在の監督は原辰徳（第19代）、キャプテンは坂本勇人（第19代）。
、読売新聞社社長の正力松太郎が中心となってメジャーリーグ選抜軍を日本に招待し、全日本代表チームや六大学を中心とした強豪大学チームとの試合を行い興行は成功を収めた。これを受けて正力は再度のメジャーリーグ選抜軍の招待、特に前回叶わなかったベーブ・ルースの招聘を目論んだが、1932年に文部省（当時）が発令した野球統制訓令によってメジャーリーグ選抜を招聘したとしても大学チームを対戦相手とすることはできなくなった。
市岡忠男、浅沼誉夫、三宅大輔、鈴木惣太郎の4人は、その対策として職業野球チームを結成することを正力に働きかける。その結果6月9日、日本工業倶楽部で「職業野球団発起人会」が開かれ6月11日には創立事務所が設けられた。平行して選手獲得も行われプロ契約第1号選手として6月6日付で三原脩、第2号選手として6月15日付で苅田久徳を獲得するなどチームが形作られていった。この時日米野球の期間中のみ契約するという選手と日米野球後に発足する職業野球団とも契約するという選手とがあった。
1934年10月15日、千葉県の谷津海岸に新設された谷津球場に30名の選手が集まりチームは結成され11月2日、横浜にメジャーリーグ選抜チームが来日し全日本代表チームと全国で親善試合興行を行った。試合は全日本代表チームの15戦全敗（他に対全東京が1試合、日米混合が2試合）で試合内容も圧倒的だったものの、ベーブ・ルース、ルー・ゲーリッグらを擁した全米代表は読売新聞の報道もあって大きな注目を集めた。この時の1試合が草薙球場にある沢村栄治像とベーブ・ルース像の元となる、沢村が1失点完投した試合である。12月26日に全日本代表チームの選手を中心にした選手19名で、後に巨人軍の前身となる大日本東京野球倶楽部（だいにっぽんとうきょうやきゅうくらぶ）が結成された。このことから、「読売巨人軍発祥の地」の石碑が、かつて谷津球場のあった千葉県習志野市谷津の谷津公園内に設けられており、長嶋茂雄、王貞治、原辰徳ら歴代の巨人軍の監督や選手らの手形とサイン付きの石のプレートが並べられている。現役選手が訪れることもある。
1月14日から2月3日まで草薙球場で練習を重ね、2月14日第1次アメリカ遠征に出発する。当時の選手ら総勢18人で秩父丸に乗船し横浜港からアメリカに向けて出発、選手たちは船上でも試合に向けての練習をこなした。当初は「大日本東京野球倶楽部」と名乗る予定だったが、現地マネジャーのフランク・オドールから「『大日本東京野球倶楽部』はわかりにくい」という指摘を受けることになる。元ジャイアンツであったオドールはトーキョージャイアンツという名前を薦め、結局その名称がつかわれることになった。トーキョージャイアンツは全米各地で128日間109試合（ダブルヘッダー17日34試合含む）という日程を戦った。主な対戦相手はメジャーリーグのマイナークラスのチーム。最初は物珍しさもあって観客が集まったものの徐々に減少。その為ダブルヘッダーを開催することで、ファン確保を狙ったが、選手らは体力の負担を強いられるとして反対意見も相次いだという。75勝33敗1引き分けの好成績でアメリカ遠征は終了した。7月16日に帰国し9月6日からは国内各地を転戦、これが翌年以降の職業野球団の相次ぐ結成の契機となった。
帰国後、大日本東京野球倶楽部の名称問題が再燃する。ジャイアンツという名前を使い続けるか、それとも金鵄勲章から名を取った「金鵄軍」に変えるかというもので、最終的に正力はジャイアンツという名前を選んだ。翌にジャイアンツを巨人と訳した東京巨人軍（とうきょうきょじんぐん）に正式改称する。こうして巨人軍は始まったのであった。
2月5日、日本職業野球連盟が結成され、9日には、名古屋市郊外・鳴海球場で開かれた名古屋金鯱軍との対戦は現在の日本野球機構にあたる職業野球連盟に所属するチーム同士が行った初めての試合である。この試合は巨人軍の2回目のアメリカ遠征の壮行会と金鯱軍の結成記念を兼ねたもので、第1試合は金鯱軍に3対10で敗れたが、翌日行われた第2戦、第3戦は巨人が連勝した。この直後の2月14日に前年に続き、第2次アメリカ遠征に出発。アメリカでは1次と同じくマイナーリーグクラスのチームを相手に10州を巡回して89日間で76試合を行い、対戦成績は42勝33敗1分であった。春には日本国内で初の職業野球リーグが開始されたが、巨人は上記のアメリカ遠征のため春季大会を欠場し夏季大会から参加。7月5日に大東京戦に勝利して、公式戦球団初勝利。この夏季大会で計2勝5敗と惨敗を喫し、9月5日より群馬県館林市の茂林寺・分福球場で緊急キャンプを張った。猛練習は「茂林寺の千本ノック」という名で知られる。なお、この間、1936年7月15日に中島治康が対タイガース戦で放った本塁打が球団第1号本塁打である。1936年の秋季大会は6回の小規模リーグ戦の勝ち点制で開催され5回目のリーグ戦までリードしていたが6回目のリーグ戦で大阪タイガースに並ばれる。9月25日には沢村栄治が対大阪戦において、日本プロ野球史上初のノーヒットノーランを達成。洲崎球場で3戦制の優勝決定戦を行い、12月11日に第3戦に勝利して2勝1敗で大阪を下し公式戦初優勝球団に輝いた。
9月11日には後楽園球場が開場、以来実質的な本拠地として使用する。春季戦は7月11日に対東京セネタース戦（後楽園）に勝利して前年に続く2季連続優勝を達成。秋季戦は首位大阪に9ゲーム差の二位で初めての優勝を逃す。戦前は巨人と大阪の二球団で優勝を分け合うことになった。
より年間通じてのリーグ戦となり、11月9日の対南海戦（後楽園）に勝利して2季連続優勝。1月と12月の2度に渡ってマニラ遠征を行っている。、9月13日には戦局悪化の影響で、連盟より英語禁止の通達が出て、ジャイアンツのニックネームを使わず、ユニフォームのマークが「G」から「巨」に改められている。11月10日の対阪神戦（後楽園）に勝利し、3季連続優勝。は10月29日の対阪神戦（後楽園）に勝利して4季連続優勝。は志度商業学校から川畑博が入団する。捕手だったが、戦時中ということもあって投手も兼任していた。同年の春季リーグ17歳で球団史上最年少の初出場、初登板、初先発、初奪三振、初打席、初安打・二塁打、初打点の記録を樹立、11月1日の対阪急戦（甲子園）に勝利して、5季連続優勝。は10月31日の対名古屋戦（後楽園）に勝利して、6季連続優勝。徴兵により3季ぶりの復帰となった沢村栄治は10月24日の対阪神戦での代打出場を最後に、翌1944年シーズン前に解雇されており、同年3度目の徴兵を受けて12月2日に戦死。
11月10日に野球試合不可能として会社は存続するものの営業が中止され、球団は解散となった。11月13日には国の指導により日本野球連盟が改称していた日本野球報国会がプロ野球の一時休止声明を発表し戦前のプロ野球は終わった。
1937・1938年戦前は11シーズンで8度の優勝を果たし、3度のノーヒットノーランを達成した沢村、42勝をあげたヴィクトル・スタルヒン、2度のノーヒットノーランを達成した中尾碩志、連続無失点記録62回、シーズン防御率0.73（日本記録）を記録した藤本英雄、職業野球契約選手第1号であった三原脩、日本プロ野球史上初の2桁本塁打や三冠王（1965年にプロ野球実行委員会で認定）を記録した中島治康らを擁して第1次黄金時代を築いた。
のリーグ戦再開より参加、この年はグレートリングと1ゲーム差の2位に終わる（松竹ロビンス#没収試合第1号も参照）。1947年には読売新聞社が経営に当たることとなり、球団名を東京読売巨人軍（とうきょうよみうりきょじんぐん）に改称、ニックネームを読売ジャイアンツとする。南海ホークスの台頭や、戦後の混乱で戦力確保への苦慮があり1947年に球団史上初めて勝率5割を切るなど、再開から3シーズン続けて優勝を逃すが、監督・三原脩や「赤バット」の川上哲治、千葉茂、青田昇をはじめとする第1次黄金時代の選手が戦地から帰国しチームに復帰、また1948年オフには南海の別所毅彦を獲得するなどして徐々に戦力が充実。1リーグ最後の1949年には戦後初優勝を飾った。1947年6月23日に黒沢俊夫が死去、黒沢の背番号4と、戦死した沢村栄治の14番は日本プロ野球界初の永久欠番となった。1949年シーズンオフ、日本プロ野球はセントラル・リーグ、パシフィック・リーグに分裂、2リーグ制となり、巨人はセ・リーグに所属することになる。復帰した水原茂を監督に据えて、リーグ分立1年目は8球団中3位。シーズン途中に来日し、入団した与那嶺要の活躍もあって2リーグ分裂後初優勝。8月8日、対広島11回戦の勝利で日本プロ野球史上初の公式戦通算1000勝。初めての海外キャンプをサンタマリアで行う。このシーズンは、開幕から1回も首位から転落することなくリーグ3連覇を達成。シーズンを通しての首位完全独走で優勝したのは球団史上唯一の記録である。日本シリーズでは、1リーグ時代からの宿敵・南海ホークスを3年連続で下し、日本シリーズ3連覇を達成。第2次黄金時代を築き上げた。杉下茂擁する中日ドラゴンズが優勝し、2位となる。リーグ優勝。日本シリーズでは南海との対戦となり、1勝3敗から3連勝。4勝3敗で逆転日本一を達成する。この頃から第2期黄金時代を支えた千葉茂、川上哲治らに衰えが目立ち始め、水原は新旧交代をしなければならなくなった。リーグ優勝を果たし、日本シリーズでは水原茂と入れ替わりに巨人を退団した三原脩が監督で率いる西鉄ライオンズとの対決となる。以後日本シリーズでは、3年連続で巨人は西鉄との対決となり、両者の戦いは「巌流島の決戦」とマスコミに喧伝された。立教大学から長嶋茂雄が入団し、初年度から3割29本37盗塁の活躍を見せる。日本シリーズでは、第1戦から3連勝するも、第4戦から稲尾和久の力投などで4連敗を喫し、3勝4敗の逆転で3年連続で西鉄に敗退。この年限りで川上哲治が現役引退している。
6月25日の阪神11回戦（後楽園）はプロ野球史上初めての天覧試合となった。この試合で王・長嶋がはじめて2人ともホームランを打ち（ONアベック弾第1号）、9回ウラには長嶋が阪神・村山実からこの日2本目となるサヨナラホームランを放ち、5-4で勝利を収めた。
成績はリーグ優勝を果たし4連覇、しかし日本シリーズでは南海ホークスと対戦。南海のエース・杉浦忠の前に打線が沈黙、4連敗のストレート負けで敗退。三原脩が当時6年連続で最下位だった大洋ホエールズの監督に就任し、再び「巌流島の対決」と呼ばれる。大洋は三原の手腕によって巨人と優勝争いを演じ、ついに巨人を破ってリーグ優勝。巨人は大洋と4.5ゲーム差の2位に終わった。シーズン終了後、水原茂は監督を勇退した。川上哲治がヘッドコーチから昇格して監督に就任する。就任1年目ながら打率と本塁打の二冠を獲得した長嶋を中心に2位中日と1ゲーム差でリーグ優勝、日本シリーズでも南海を破って6年ぶりに日本一を達成。この年から一本足打法を始めた王が本塁打王と打点王を獲得したが、長嶋の低迷と投手の駒不足もあって混戦のセ・リーグで勝率.515ながら4位、2リーグ分立後初めてのBクラスに終わる。長嶋の復活と前年は2名に留まった二桁勝利投手を5名出すなど投手陣が安定してリーグ優勝、日本シリーズではこれまでの対戦でいずれも勝利することができなかった西鉄に4勝3敗で勝利し、日本一になる。王と長嶋で打撃三部門だけでなく打点と本塁打の2位までをも占める。一転して、阪神と大洋の首位争いに加わることができず、王がシーズン記録となる55本塁打を記録するものの、優勝した阪神と11ゲーム差の3位に終わる。
この頃から巨人の3、4番に固定された（両名の打順は流動的だった）王と長嶋はON砲と呼ばれ、実力、人気ともに特別な存在となっていた。また牧野茂、荒川博ら他球団出身のコーチが招かれた。1965年に金田正一が国鉄から10年選手制度を利用して移籍した。
ペナントレース及び日本シリーズ9連覇を果たす。この時期は、一般的に「V9」と呼ばれる。
この間、巨人はカラーテレビ普及による露出増加も相まって絶大な人気を博し、当時の子供が好きなものを表した「巨人、大鵬、卵焼き」は流行語となった。また、同時期に連載が開始し、後にアニメ化もされた漫画『巨人の星』や『侍ジャイアンツ』も人気を集め、プロ野球選手、特に巨人軍の選手という職業は当時の子供たちの憧れの職業となった。
V9の間、最優秀選手を王は5回、長嶋は3回受賞している。また、川上監督や牧野ヘッドコーチのもとでロサンゼルス・ドジャースの戦術（スモールボール）を取り入れた。またON以外にも、金田正一・城之内邦雄・堀内恒夫・高橋一三、渡辺秀武などの投手や、森昌彦、土井正三、黒江透修、柴田勲、末次利光、高田繁などの選手が揃っていた。
しかし、V9期後半になると長嶋など主力選手の高齢化と若手の台頭不足があり、徐々に苦戦することが多くなった。1973年には湯口事件が露見。球団の工作や川上の非人道発言が次々に社会的バッシングを受け、以降プロ野球界においてヒールのイメージが付きまとうことになる。中日ドラゴンズに20年ぶりのリーグ優勝を許し、V10を逃す（この年のチーム成績は、優勝した中日とゲーム差なし、勝率1厘差の2位）。この年を最後に川上が監督を勇退し、同時に長嶋茂雄、黒江透修、森昌彦も現役を引退した。前年に引退した長嶋茂雄が監督に就任。「クリーン・ベースボール」のキャッチフレーズを挙げたが自身が引退したことによる戦力の穴を埋められず、開幕6試合目で最下位に転落するとそのまま浮上することができず、全球団に負け越した上に9月には球団史上新記録（当時）の11連敗で球団史上初の最下位(1975年の読売ジャイアンツ)に終わる。その年のオフに日本ハムから張本勲、太平洋から加藤初をトレードし補強する。前年の最下位から一転してリーグ優勝を果たす。しかし、日本シリーズでは、阪急ブレーブスに3勝4敗で敗れる。9月3日、王貞治がハンク・アーロンを抜く通算本塁打756本の世界新記録を樹立。チームも独走状態で2年連続でリーグ優勝を果たす。日本シリーズでは2年連続で阪急と対戦するが1勝4敗で2年連続シリーズ敗退。ヤクルトと優勝争いを繰り広げる。8月末に2位のヤクルトに4.5ゲーム差をつけ首位に立っていたが、9月以降成績が急降下、ヤクルトに逆転を許し2位に終わる。このときの戦いぶりから長嶋に対して監督としての資質に、次第に疑問が投げかけられてゆくようになる。そして1978年オフ、当時法政大学野球部OBで作新学院職員として米留学の江川卓の獲得を巡って、いわゆる江川事件が起きる。最終的には1979年2月に、江川がいったん阪神タイガースに入団し、その直後に小林繁と交換トレードをすることで決着がつく。だが、この江川事件はマスコミの総攻撃を受けることになった。5月まで首位に立ったものの、6月以降は成績が次第に降下していき、Bクラス5位に終わる。一方で中畑清が3塁のレギュラーを獲得するなど若手の台頭も若干見られるようになる。同年オフに、青田昇がヘッドコーチに就任し、伊東での秋季キャンプでは松本匡史、中畑清、江川、西本聖、角三男らを猛練習で特訓した。後に「地獄の伊東キャンプ」として語られていく。開幕早々ペナントレースから脱落し、長嶋茂雄に対する批判はこれまでにないほど高まっていった。シーズン後半から若手を起用して5割Aクラスを確保した。しかしながら、2リーグ分立後では球団史上初となる3年連続V逸であり、10月21日長嶋はチームの不振の責任を取って「男のケジメ」という言葉を残し辞任する。当日スポーツニッポンが「長島解任」とスクープ報道したように、読売新聞の幹部による事実上の解任だった。この動きに対してファンは激怒し、読売新聞・報知新聞（スポーツ報知）の購読打ち切りを行うファンが続出した。同年オフ、王も現役を引退、巨人一筋22年の現役生活にピリオドを打った。藤田元司が監督に就任、また、前年に現役引退した王貞治が助監督に就任。藤田元司、王貞治、牧野茂（ヘッドコーチ）による「トロイカ体制」が誕生。この年20勝の江川卓、18勝の西本聖、11勝の定岡正二、12勝の加藤初ら先発4本柱を形成し4年ぶりのリーグ優勝。日本シリーズでは、巨人と同じく後楽園をフランチャイズにする日本ハムファイターズと対戦。4勝2敗で8年ぶりの日本一を達成。江川が史上5人目の投手5冠王（最優秀防御率、最多勝、最高勝率、最多奪三振、最多完封）、西本は沢村賞、角三男が最優秀救援投手を獲得するなど、投手タイトル独占を達成、藤田監督の投手中心の守りの野球の成果が十分に発揮された。打者ではルーキーの原辰徳が新人王を獲得、篠塚利夫が3割5分7厘の高打率をマークして阪神の藤田平と首位打者争いをするなど若手の台頭が目立った。10月まで中日との優勝争いを繰り広げるも、優勝した中日と0.5ゲーム差の2位となっている。松本匡史が盗塁王（このときの盗塁76はセ・リーグ記録）、原辰徳が打点王（103打点）を獲得するなどしてリーグ優勝するが、日本シリーズでは西武ライオンズと対戦、3勝4敗で敗れる。
この時期投手陣の中心となったのは江川卓、西本聖、定岡正二である。西本は愛媛県立松山商業高等学校からドラフト外で入団したものの、持ち前の反骨心で同年齢の定岡、法政大学卒で米留学経て入団した江川と肩を並べるまでに成長した。藤田の監督在任時の成績は、江川55勝（20-19-16）、西本48勝（18-15-15）、定岡33勝（11-15-7）の成績を残している。藤田政権の「トロイカ体制」で助監督を務めていた王貞治が監督として指揮を執るが、1984年・3位→1985年・3位→1986年・2位（優勝した広島とゲーム差なし、勝率3厘差）→1987年・優勝→1988年・2位と1987年に1度優勝したのみで、同年の日本シリーズは西武に2勝4敗で敗退。1988年には本拠地が後楽園球場から東京ドームへと変わったが、吉村禎章やウォーレン・クロマティのリタイアが響いて結果は2位、優勝した中日に12ゲーム差をつけられる。王はこの年限りで監督を引責辞任。
1987年、二軍がこの年から始まったファーム日本選手権の初代日本一に輝く。藤田元司が監督に復帰。斎藤雅樹（20勝・防御率1.62）、桑田真澄（17勝・防御率2.60）、槙原寛己（12勝・防御率1.79）と三本柱が機能し、チームは2位の広島に9ゲーム差をつけリーグ優勝を達成する。1989年の日本シリーズでは近鉄バファローズに3連敗を喫した後、4連勝し逆転で17回目の日本一に輝く。2年連続20勝した斎藤を筆頭に桑田・宮本和知（各14勝）、木田優夫（12勝）、香田勲男（11勝）と5人が二桁勝利を挙げ槙原も9勝とこの六人だけで合計80勝を挙げチーム勝利が88勝なので約9割を占め、完投数が70（130試合中）という先発投手中心のチームでペナントをリードし、9月8日の対ヤクルト戦（東京ドーム）で、吉村のプロ野球史上初となるサヨナラ優勝決定ホームランにより史上最速で2年連続のリーグ優勝を果たす。2位・広島とのゲーム差を22ゲーム付けた。しかし、西武と対戦した日本シリーズでは、4連敗のストレート負けで敗退している。投手陣では桑田が16勝を上げる大活躍をしたものの、斎藤、槙原、宮本、木田、香田の先発陣は軒並み不調で香田以外貯金を作れず(香田も貯金は1つだけ)前年80勝を上げた6人での合計は56勝に終わる。リリーフ陣はさらに深刻で、最多セーブは水野雄仁の3つが最多。この年優勝した広島、2位中日、3位ヤクルトと盤石のリリーフエースがいるチームとの明暗が別れるシーズンとなった。打撃陣も川相昌弘が犠打で当時の年間犠打数を更新する66個を記録、クリーンナップも原が犠牲フライ数で王貞治の記録を更新するなど数字は出ているが勝利に結びつかず他の打者の不振も響き、特に守備面での失態が多くチーム盗塁阻止率はこの年.156で2年連続12球団ワーストを記録し失策数も前年48個だったのが76個だった。1979年以来12年ぶりのBクラスとなる4位に転落した。シーズン終了後、近藤昭仁ヘッドコーチ・松原誠打撃コーチが、不振の責任を取る形で退団した。序盤の不調が響き、5月には9日の対大洋戦に負け8年ぶりに最下位に転落する。特に前年の勝ち頭桑田が出れば打たれるの繰り返しで結局シーズンを通して尽く連勝ストッパーになってしまった。しかしチームはシーズン途中に西武から移籍の大久保博元と新外国人にロイド・モスビーの加入、生え抜きの石毛博史がリリーフエースとして頭角を現したこと等により大快進撃で、前半戦が終了する頃には首位に立った。しかし8月に入ると失速し、終盤のヤクルト・阪神・広島との大混戦の優勝争いの結果、最終的には阪神と同率2位になるも2年連続のV逸が決定。この年限りで藤田は監督を勇退。後任には長嶋茂雄が13年ぶりに復帰、ドラフト会議で注目されていた松井秀喜の交渉権を阪神・中日・ダイエーとの競合の末獲得する。
この時期投手陣の中心となったのは斎藤雅樹、桑田真澄、槙原寛己。斎藤は安定感、桑田は投球術、槙原は球威と、それぞれ違った持ち味を発揮して白星を積み上げていった。藤田の監督在任時の成績は、斎藤68勝（20-20-11-17）、桑田57勝（17-14-16-10）、槙原42勝（12-9-9-12）の成績を残している。現役大リーガーのジェシー・バーフィールドやヤクルトから長嶋一茂を獲得して3年ぶりのリーグ優勝を期待されたが、打撃陣の不振（チーム打率は12球団最下位、得点、安打もリーグ最下位）、投手陣も斎藤、桑田の不調から3位に終わった。オフに、この年から導入されたフリーエージェント (FA) 制度によりFA宣言をした中日の落合博満を獲得する。その一方駒田徳広が同様にFA宣言を行って横浜へ移籍する。その横浜からは自由契約になった屋鋪要を獲得した。開幕戦で松井・落合のアベックホームランが出てその勢いで前半は首位独走したが、夏場に失速。終盤最大10ゲーム差をつけていた2位・中日が猛烈な勢いで追いつかれ、シーズン最終戦（10月8日の対中日戦〈ナゴヤ球場〉、いわゆる「10.8決戦」）が優勝決定戦となった。史上初の同率チーム同士による最終試合での首位決戦という優勝決定戦は日本全国の注目を集め、各マスコミでも大きく報道。長嶋監督は「国民的行事」と称した。その試合を槙原寛己、斎藤、桑田の当時のエース「三本柱」の継投で、リーグ優勝を達成。日本シリーズでは、4勝2敗で初めて西武ライオンズを破って日本一に輝く。篠塚がこの年引退。近鉄の阿波野秀幸を香田勲男との交換トレードで獲得。広島の川口和久、ヤクルトの広沢克己をFAで獲得。また同じヤクルトを自由契約となったジャック・ハウエル、ミネソタ・ツインズのシェーン・マックを獲得し30億円補強と呼ばれものの、阿波野は未勝利、川口は負けが先行でローテーションを守れず、広澤はチャンスで打てずまた6年ぶりの本格的な外野守備、また初の左翼手へのコンバートが慣れず守備でも足を引っ張ってしまった。斎藤は18勝で最多勝・槙原は11勝をあげローテーションを守ったが前年MVPの桑田が序盤戦でプレイ中に大怪我をしてしまい、翌シーズンも全休してしまった。抑え投手も木田・石毛が連日痛打を浴びて敗戦。投打に渡り歯車が噛み合わず優勝争いからどんどん後退していたが、新人の河原純一、高村良嘉や若手の西山一宇、後藤孝志、杉山直輝、吉岡佑弐など二軍からはい上がった生え抜きを使い出してからチームの歯車がかみ合い連勝を重ね最終的には貯金14個作ったが、優勝したヤクルトにはことごとく負けてしまい、結局優勝争いに加わることができず、優勝したヤクルトと10ゲーム差のシーズン3位で終わった。また、同年の最終戦で原が現役を引退した。桑田の全休、槙原・河原のシーズン途中リタイアがあり、さらにシーズン序盤にリリーフ陣が崩壊し序盤Bクラスに落ちていたが、7月9日の対広島16回戦の2回に9連打のプロ野球タイ記録で勝つとチームは一気に加速。斎藤・新外国人のバルビーノ・ガルベスが共に16勝を上げ最多勝を獲得し、またシーズン中に補強しリリーフエースになったマリオ・ブリトーや日本ハムからFA移籍してきた河野博文がチームを支え、松井が1本差で本塁打王は逃したが主軸として成果を上げる。ルーキーの仁志敏久・清水隆行らの台頭もあり世代交代も決まった。当時リーグ史上最大の11.5ゲーム差をはね返してリーグ優勝を成し遂げた。「メークドラマ」とはこの年の大逆転を指すことが多い。日本シリーズではオリックス・ブルーウェーブと対戦するも、1勝4敗で敗れた。オフに岡崎郁・長嶋一茂が戦力外通告を受け、引退した。西武から清原和博がFA権を行使して入団した。松井とともに、ON（王・長嶋）以来の強打者コンビ「MK砲」として期待された。この際、清原に押し出されるように落合が「長嶋監督を悩ませることはできない」と異例の会見を開いて日本ハムに移籍。ロッテを自由契約となったエリック・ヒルマンを獲得し95年の30億円を超える33億円補強を行ったが、開幕戦で3年連続開幕戦完封勝利をあげていた斎藤がノックアウトされたのをきっかけにヒルマンを含め主力選手に故障者・不調者が続出。桑田が復活しカムバック賞は逃したが再起、松井が本塁打王争いを繰り広げていたが一向にチームが浮上できず夏場まで最下位に沈み大苦戦した。優勝争いから脱落してから調子を上げ最終順位は1991年以来6年ぶりのBクラスとなる4位、第2次長嶋監督時代では2度目の借金でのシーズンを終了した。同年オフにはドラフト1順目で高橋由伸が入団、宮本和知が現役を引退した。開幕戦、前年にカムバックした桑田が勝ち投手になりスタートダッシュに成功。松井、ルーキー高橋由の活躍もあり横浜や中日との首位争いを繰り広げるが、前半戦の勝ち頭趙成珉がオールスターゲームで右肘を故障。さらにガルベスが7月31日の対阪神戦（阪神甲子園球場）において審判に対しボールを投げつける暴挙でチームから離脱するなどアクシデントが響き3位に終わった。松井が2年連続1本差で逃した本塁打王を獲得した。更に打点王、最高出塁率のタイトルも獲得、吉村禎章・川口が現役を引退した。村田真一や広澤の離脱、後半戦は清原の故障によるシーズン離脱などもあったが、20勝を上げた新人の上原浩治や前年西武を解雇されドミンゴ・マルティネスをシーズン途中に獲得し清原の穴を埋める活躍もあり2位となったがチームの貯金は15個。上原がこの年挙げた貯金が16と上原以外の投手陣に課題の残るシーズンとなった。シーズンオフ、広澤が自由契約となり阪神に移籍した。20世紀最後の年、FA宣言をしていたダイエーの工藤公康と広島の江藤智、さらに阪神のダレル・メイを獲得するなど大補強を敢行。長嶋監督は、江藤に背番号33を譲り自らが現役時代に付けていた背番号3を25年ぶりに復活させた。松井が4番として定着、5番にマルティネス・清原、6番に高橋由を擁した打線はシーズンで投打ともに他を圧倒。投手陣も工藤・メイ・ルーキーの高橋尚成の左3枚がしっかりローテーションを守る。9月24日の対中日戦（東京ドーム）では、0-4で迎えた9回裏に江藤の満塁本塁打で同点に追いつき、直後に二岡がサヨナラ本塁打を放ち4年ぶりのリーグ優勝を劇的に決めた。結果的には2位中日に8ゲーム差をつけた。日本シリーズの相手は、長嶋と共にV9時代の主軸を担った王が1995年から率いるダイエーで、2連敗からのスタートだったがその後シーズンで不本意な結果だった上原・斎藤の奮闘もあり4連勝。4勝2敗で19回目の日本一を達成し20世紀の最後を締めた。シーズン終盤までヤクルトと優勝を争ったが2位に終わる。同年限りで長嶋監督は勇退し、「終身名誉監督」に就任した。それと同時に槙原寛己、斎藤雅樹両投手そして村田真一捕手が引退した。長嶋監督の後任として、ヘッドコーチの原辰徳が就任した。原ヘッドコーチが監督に就任、原監督と鹿取義隆ヘッドコーチは投手陣を立て直し不振で苦しんでいた上原、桑田が復活。故障がちで一軍に常時いられなかった河原を抑えに抜擢し年間通して活躍。松井が50本塁打を放ち打線を牽引。1年目でセ・リーグの全球団から勝ち越してのリーグ優勝を果たす。また、日本シリーズでも西武を相手に球団史上初でシリーズとして12年ぶりの4連勝のストレート勝ちで日本一に輝いた。シーズンオフに松井がFA権を行使してメジャーリーグ・ニューヨーク・ヤンキースへ移籍した。松井に代わる大砲としてヤクルトからロベルト・ペタジーニを獲得。原監督は守備位置の問題を解決できず、鹿取コーチは一任されていた投手陣が崩壊し整備できず3位に終わった。6月27日には球団史上初めて6月での自力優勝消滅を記録、シーズン終盤には9連敗を喫するなど、優勝した阪神に15.5ゲーム差をつけられた。また、この頃から巨人戦視聴率の大幅な低下が起こり始めた。そして9月26日、原監督は責任を取り監督を辞任した。辞任をするにあたってのセレモニーも行われなかった。辞任に関して、原監督と渡邉恒雄オーナーとの確執がマスメディアに報じられた。この混乱が原因で川相昌弘がコーチ就任要請を辞退して現役引退も撤回、中日に移籍した。後任監督に堀内恒夫が就任した。V9時代のエースだった堀内が監督に就任、生え抜きの高橋由伸らに加え、前年までで近鉄との契約が終わったタフィ・ローズ、ダイエーから膝の靭帯を断裂した後出場のなかった小久保裕紀を獲得した。かねてより所属する清原和博、ペタジーニ、江藤智などのさまざまな球団で活躍した4番打者が1チームに顔をそろえるという超重量打線となった。長嶋終身名誉監督に「史上最強打線」と名付けられた打線は、事実この年に年間259本塁打のプロ野球新記録を樹立。しかし、259本塁打の新記録を達成したものの100打点を挙げた打者が一人もいなかったことやチーム最多盗塁が鈴木尚広の9と機動力をあまり駆使しなかったことで繋がりを欠いたことや防御率の低下により成績は前年と同じ3位だった。近鉄・オリックスの合併問題に端を発したプロ野球再編問題では、球団スカウトが行った明治大学の投手一場靖弘への不正な金銭授受の責任を取り渡邉恒雄がオーナー職を辞任した。テレビ視聴率も前年より低下した。ポジション争いをやめさせ、打順を固定することにより1年を戦う打線として「不動明王打線」と名付けたが、高橋由、二岡智宏らが軒並み故障。この年から始まった「セ・パ交流戦」では4位（セ・リーグでは阪神に次いで2位）と好調だったものの、抑えとして期待された新外国人のダン・ミセリが極度の不振で4試合に登板したのみで退団するなど、投手陣の崩壊やチームの空中分解により、8年ぶりにBクラスの5位に終わった。また、原監督の辞任騒動から巨人人気が一気に下降した影響により、観客動員数の減少やテレビ視聴率の低下が起こった。そのため日本テレビでも巨人戦中継の延長が中止されたりその他の放送局でも延長時間の短縮・中止や深夜枠での録画・ダイジェスト版放送に差し替えが起きた。この低迷によって2005年シーズン中からストーブリーグを見越した活動が表面化し、成績不振と怪我の重なったローズや清原が8月頃からチーム編成からはずれ、また初の他球団出身監督として阪神のシニアディレクター星野仙一の名前があがった。星野シニアディレクター招聘の報道が表面化すると球団出身者のみが監督となってきた伝統を崩すことに一部OBやファンが反発。星野シニアディレクターは9月10日に会見を開き、阪神に残留することを表明した。10月5日、堀内監督は成績不振の責任を取って任期を1年残し退任し（堀内自身は解任されたと述べている）、翌年からの新監督として原が3年ぶりに復帰することを正式に発表した。
第1次では同じ時期に現役として活躍した選手が中心であったコーチ陣容を組んだ原監督だったが、第2次では彼らに加えて他球団での豊富な経験のある人材を求めた。ヘッドコーチに近藤昭仁、守備走塁コーチに篠塚和典が復帰。投手コーチに尾花高夫を、また1994年から2002年まで打撃コーチを務め、2003年より広島に戻っていた打撃コーチ・内田順三が復帰した。選手補強も積極的に行った。投手陣ではオリックスを自由契約となったジェレミー・パウエル、FA宣言した豊田清（西武）、野口茂樹（中日）を獲得した。野手ではロッテの李承燁を獲得。金銭トレードで過去ゴールデングラブ賞を4度受賞した小坂誠（ロッテ）を獲得した。一方で前年シーズン途中に既に構想から外れていた清原、ローズを自由契約で、豊田の人的補償で江藤を放出した。チーム方針として2005年のワールドシリーズを制したシカゴ・ホワイトソックスに倣い「スモール・ベースボール」を掲げた。開幕当初は首位を独走していたが、5月に始まったセ・パ交流戦の途中で主力選手に負傷者が続出したことで失速することとなった。これに対して西武を自由契約となり米国挑戦したものの契約を結べず帰国していた小関竜也を入団テストで、広島の木村拓也を交換トレードで、前年阪神を解雇されたもののメキシカンリーグで好成績を収めていたジョージ・アリアスを来日させそれぞれ獲得するなど建て直しを図ったが、6 - 7月には8連敗、10連敗、9連敗と立て続けに大型連敗を喫し、一時は最下位にまで転落した。最終的にチーム防御率は1点以上の改善があったものの野手陣の不調で4位に終わり、いずれも球団史上初の4年連続完全V逸と2年連続Bクラスとなった。この結果を重く見た球団はさらなる改革に着手した。首脳陣ではまず走塁面の強化に西武黄金期に三塁ベースコーチとして活躍した伊原春樹を野手総合コーチとして招聘。篠塚守備走塁コーチを打撃コーチへ配置転換、伊勢孝夫スコアラーを打撃コーチ補佐として現場復帰させた。なお近藤ヘッドコーチが退任し、総括ディレクターに就任、それに伴って開幕直前に伊原がヘッドコーチに配置転換することとなった。選手では仁志敏久を交換トレードで横浜に放出、小久保がFAでソフトバンクに移籍したが、ソフトバンクを戦力外となったベテランの大道典嘉を無償トレードで、オリックスの谷佳知を交換トレードで、日本ハムの小笠原道大をFAでそれぞれ獲得したほか、残留を前提としたFA交渉を打ち切られた横浜の門倉健も加入する。一方門倉の加入に伴って補償選手として工藤を放出することとなり、逆にソフトバンクから小久保の補償選手として吉武真太郎を獲得した。5月2日に行われたナゴヤドームの中日5回戦でプロ野球史上初となる球団通算5,000勝を達成した。これまで主にクリーンナップを打っていた高橋由を1番に、怪我で出遅れていた上原浩治を先発からクローザーとして起用するなどの大胆な配置転換を行った。これが成功し、前年のような大型連敗もなく安定した戦いを続けた。鬼門だった交流戦も2位でクリア。そして9月23日の横浜戦に勝利し、この年から導入されたクライマックスシリーズの出場権をセ・リーグ一番乗りで獲得。中日・阪神との三つ巴のデッドヒートの末、優勝マジックナンバーが1となってむかえた10月2日のヤクルト戦、9回裏二死満塁から、清水隆行の遊撃内野安打と、宮本慎也の一塁悪送球の間に二塁走者が生還し、サヨナラ勝ちで5年ぶりのリーグ優勝を達成した。しかし、同年より導入されたクライマックスシリーズ第2ステージで、第1ステージで阪神を2連勝で破った中日に0勝3敗でストレート負け。日本シリーズ出場権を逃し、史上初の「リーグ優勝しながら日本シリーズに出場できないチーム」となっている。球団は、期待不足に終わったジェレミー・ゴンザレスとジェレミー・パウエル、デーモン・ホリンズの外国人3選手を自由契約とすると、ロッテから自由契約となった藤田宗一、横浜から自由契約となったマーク・クルーン、ヤクルトから自由契約となったセス・グライシンガーとアレックス・ラミレスを獲得した。オープン戦から主力選手の故障、台頭した坂本勇人を除いた若手の伸び悩み等でなかなか満足な試合運びができず、黒星を重ねていった。ペナントレース開幕直後もチームはオープン戦の不調を引きずり、開幕戦となる3月28日のヤクルト戦（神宮球場）から4月2日の中日戦（東京ドーム）まで、球団ワースト記録となる開幕5連敗を喫した。開幕戦で4番打者を務めた李承燁、昨年のクローザーから先発に復帰した上原が共に不調で二軍降格するなど戦力が揃わず開幕ダッシュに失敗した。だが、交流戦あたりから調子を上げはじめ、若手の積極的な起用策が功を奏したのに加え、オガラミ弾と呼ばれる3番・小笠原と4番・ラミレスのアベックホームランが7月8日に阪神に敗れて以降最終戦までの66試合で11試合も記録し、7月9日から最終戦までのホームランが100本と198本のホームランにモノを言わせた強力打線でパ・リーグを制した埼玉西武ライオンズをも凌ぐ破壊力とリーグ2位の78盗塁を記録する機動力野球を武器に後半戦も順調に勝ち星を重ね、7連勝中の9月19日から首位阪神に3連勝、最終的に球団32年ぶりの12連勝を記録する等猛追し、同率で迎えた10月8日の最終直接対決で勝利し単独首位に立ち、10日に接戦の末にセ・リーグ記録となる最大13ゲーム差からの逆転優勝を果たし、1989年 - 1990年以来となるリーグ2連覇を達成した。11.5ゲーム差を逆転し「メークドラマ」と呼ばれた1996年の優勝時以上の大差を逆転したことから、マスコミ等は、「メークレジェンド」と呼んだ。クライマックスシリーズでは、第2ステージで昨年ストレートで敗れた中日と対戦、アドバンテージの1勝を含む3勝1敗1分で勝ち抜けし、2002年以来の日本シリーズへの出場を決めるが、3勝4敗で渡辺久信監督率いる埼玉西武に敗れた。日本シリーズ後上原がFA宣言してメジャーリーグ・ボルティモアオリオールズへ移籍し、トレードで日本ハムからマイケル中村・工藤隆人を獲得したが、その2人との交換トレードで坂本の台頭や足の故障、スキャンダルで出番が激減した二岡・林昌範が移籍した。また清水が金銭トレードで西武へ移籍し第2次長嶋政権時代から主力として支えてきた生え抜き選手が形は違えど相次いでチームを去る形になった。なおヤクルトを自由契約になったディッキー・ゴンザレスを獲得した。シーズンは、創設75周年を迎えた。原監督が2009 ワールドベースボールクラシック日本代表監督に就任したこともあり、オープン戦は伊原春樹ヘッドコーチが監督代行を務めた。シーズンに入ると、坂本を1番打者、松本哲也を2番打者に固定するなど選手起用が当たり、開幕8試合目で首位に立つとそのままシーズンを乗り切り、9月23日の対中日ドラゴンズ戦に5-3で勝利し、1965年から1973年のV9時代以来となるリーグ3連覇、33回目のセントラルリーグ優勝を決める。クライマックスシリーズでは、第2ステージで中日と対戦、アドバンテージの1勝を含む3勝1敗で勝ち抜けて日本選手権シリーズに出場を決めた。1981年の後楽園シリーズ以来となった北海道日本ハムとの日本シリーズは、4勝2敗で勝利し2002年以来7年ぶり21回目の日本一を獲得した。11月14日には長崎で行われた韓国シリーズ勝者起亜タイガースとの日韓クラブチャンピオンシップに勝利し、日韓王者に輝いた。ドラフト会議では巨人を熱望してきた長野久義を1位指名で獲得した。開幕直後に前年限りで現役を引退しコーチとなっていた木村拓也が試合前の練習中にクモ膜下出血で倒れ急死、野手では亀井義行、投手ではゴンザレスが不調でグライシンガーも故障で長期離脱だったが、ルーキーの長野久義を加えた強力打線は相変わらずで開幕からしばらくの間は先発投手陣も好調であり、首位に立っている時期も長かったが、7月以降は相次いで好調だった先発投手陣が不調に陥り、野手陣でも坂本と松本が調子を落としてしまう。また、この年のクローザーのマーク・クルーンが不振に陥り、抑え投手がたびたび変わるなど中継ぎ投手陣も安定しなかった。それでも最後まで首位争いに絡み続けるが、前述の投手陣の低迷とナゴヤドームの中日ホームゲームで2勝10敗と大きく負け越したのが響き、優勝した中日と1ゲーム差ながら3位に終わり、リーグ4連覇を逃した。クライマックスシリーズでは第1ステージで阪神に2連勝し勝ち上がるものの、続く第2ステージでは中日相手に1勝4敗で敗れ敗退している。この年、南海ホークスを経験した最後の現役選手であった大道典嘉が引退した。また不安定な投球が目立ったクルーンが翌シーズンの構想から外れ退団した。ドラフト会議では、中央大学の澤村拓一をドラフト1位で指名し獲得した。この年は3月11日に発生した東日本大震災の影響で開幕が3月25日から4月11日に延期。開幕戦は山口県の宇部市野球場で行われ、1952年のフランチャイズ制導入以後、地方球場で初となる巨人主催試合開幕戦となった。また電力の節電要請で4月の東京ドームの使用を自粛、延期になった分を含めて大幅に試合日程が変更となっている。この年から導入された統一球の影響を12球団で一番と言って良い程もろに喰らってしまい、小笠原とラミレスが不調に陥り、打撃陣全体の長打力も2010年までと比べると激減（特に本塁打）する等、打撃陣が不振に陥った。一方で投手陣はルーキーの澤村拓一が4月21日に初勝利を挙げるなど、先発投手陣が引っ張った。その反面、前半は抑え投手が固定出来なかったこと、阿部慎之助が開幕時にケガで離脱したこと、獲得した多くの外国人選手が活躍できなかったこともあり、オールスターまでの前半戦はBクラスに低迷することとなった。後半戦に入り抑え投手に久保裕也が固定できたことなどで8月に7連勝するなど調子を上げていく。終盤は阪神との3位争いとなったが、10月の阪神、中日との6連戦を5勝1敗として、クライマックスシリーズ進出を決め、最終的には首位から3.5ゲーム差の3位で終えている。クライマックスシリーズはヤクルトと対戦するが、先発投手が好投するも継投でつまづき1勝2敗で敗退している。打撃陣では長野が首位打者、藤村大介が盗塁王のタイトルを獲得している。11月11日、ヘッドコーチ人事を巡って清武英利球団代表が渡邉球団会長が不当に介入したとして渡邉球団会長を告発する問題が起きた。清武球団代表はこれを理由に18日付で職を解任されている（詳細は清武の乱参照）。このオフ、FAで横浜DeNAベイスターズから村田修一を、ソフトバンクから杉内俊哉をそれぞれ獲得した。その一方でラミレス、グライシンガー、大村三郎、鶴岡一成らが退団した（ラミレスと鶴岡はDeNAに、大村とグライシンガーはロッテにそれぞれ移籍）。3月15日、球団が1997年から2004年度に6選手と結んだ契約でこのうち計27億円が最高標準額（2007年までは上限ではなく超えても構わないというのがプロ野球全体の理解であり、超過の場合に制裁措置と定められたのは2007年以降）を超過していたのではないかと朝日新聞の記事で報じられた。開幕序盤は球団史上初の開幕戦完封負けを喫するなど低迷し、4月4日の対広島戦（マツダ）に敗れ単独最下位となり、開幕8試合で5度の完封負けで46イニング無得点を記録するなど、4月は2度の5連敗を記録した。しかし、原監督は「必ず噛み合う様になる」と信じた通り、5月は6日の阪神戦から25日のロッテ戦まで破竹の10連勝（3分挟む）を記録、5月14日に勝率5割としている。交流戦に入っても好調は続き、6月6日にリーグ首位に立ち、6月16日の対楽天戦（Kスタ宮城） に勝利して、17勝7敗でセ・リーグ球団初の交流戦優勝を達成。その後中日との首位争いとなるが、東京ドームで行われた6月29日からの中日戦で同一カード3連勝で7月1日に首位に立つと、前半戦を中日と4.5ゲーム差、貯金20の首位で折り返す。後半戦に入っても7月は14勝4敗3分け（勝率.778）と一気に駆け抜けると8月には6連勝と7連勝を記録、8月23日に優勝へのマジックナンバー30を点灯させ、9月8日の対ヤクルト戦（新潟）に勝利してクライマックスシリーズ進出を決め、9月21日の対ヤクルト戦（東京ドーム）で勝利して3年ぶり34度目のリーグ優勝を達成。最終的に86勝43敗15分で、2位中日に10.5ゲーム差。打者では阿部慎之助が首位打者、打点王の二冠、長野と坂本が最多安打を獲得、投手では内海哲也が最多勝、杉内俊哉が最多奪三振、最高勝率の二冠を獲得した。チームとしても防御率2.16は、1966年の西鉄ライオンズ（2.13）以来の好成績となった。クライマックスシリーズファイナルステージでは2位の中日と対戦するが、3連敗で中日に王手をかけられ土俵際まで追い込まれた後に怒涛の3連勝という、クライマックスシリーズ史上初の3連敗からの3連勝で日本シリーズ進出を決める。日本ハムとの日本シリーズは主将の阿部が負傷離脱するアクシデントに見舞われながらその阿部が6戦目で決勝タイムリーを放ち4勝2敗で3年ぶり22度目の日本一を達成。アジアシリーズ2012では決勝戦で台湾のLamigoモンキーズに6対3で勝利し、初のアジア王者となった。これで交流戦、セ・リーグ、クライマックスシリーズ、日本シリーズ、アジアシリーズの全てで優勝し、日本プロ野球史上初の5冠を達成した。ドラフト会議では前年日本ハムの1巡目指名を拒否した東海大の菅野智之を単独指名で獲得した。また東野をオリックスへトレードし、交換で阿南徹と香月良太を獲得した。開幕から球団タイ記録の7連勝を飾り、5月5日の東京ドームでの対広島戦の試合前に長嶋茂雄終身名誉監督と巨人OBの松井秀喜の国民栄誉賞の授与式が行われている。交流戦は13勝10敗の3位。前半戦は2位の阪神と2.5ゲームの首位で折り返し。8月9日に優勝へのマジックナンバー39が点灯。9月7日に7年連続でクライマックスシリーズ進出が決定。9月22日の対広島戦（東京ドーム）の試合開始直後に2位の阪神がヤクルトに6対7で敗れたため、この時点で巨人の2年連続35度目のセ・リーグ優勝が決定した。開幕戦以降、6月に阪神が一時首位に立った以外は、巨人は首位を譲らなかった。広島とのクライマックスシリーズファイナルステージは3連勝で日本シリーズ進出を決めた。迎えた楽天との日本シリーズでは第5戦までに2勝3敗で王手をかけられたものの、第6戦でシーズンから無敗の田中将大にこの年初の黒星をつけタイに持ち込むが、第7戦で敗れて3勝4敗で敗退した。この年のオフにFAで西武の片岡治大と広島の大竹寛、中日を自由契約となった井端弘和を獲得。球団創設80周年を迎えた。4月19日、キューバの国内リーグ「セリエ・ナシオナル・デ・ベイスボル」の中心選手であるフレデリク・セペダと契約。同時に球団はセリエ・ナシオナル・デ・ベイスボルとの友好関係を結ぶことを発表した。シーズン序盤より投打ともに勢いに乗りきれず、交流戦に入る段階では首位の広島とは4.5ゲーム差の3位だったが、交流戦ではソフトバンクと優勝を争い、交流戦の最終戦でのソフトバンクとの直接対決に勝利し、2年ぶりに優勝を達成。6月を11勝5敗とし、6月8日に首位に立つと以降は首位から陥落することはなかった。8月には13勝13敗で一時は2位の阪神と0.5ゲーム差となるが、9月に入り4日にはこの年初めて優勝へのマジックナンバー22が点灯、翌日に消滅したものの、11日には16で再点灯。20日の対ヤクルト戦に勝利し、クライマックスシリーズ進出を決め、優勝へのマジックナンバーを2とした9月26日の対DeNA戦に6対3で勝利し、マジック対象チームの広島が阪神に敗れたため、3年連続通算36度目のセ・リーグ優勝が決定した。なお打線では規定打席に到達しての3割打者がおらず、先発投手においては菅野と大竹寛を欠いた状態でCSに臨んだことが響き、2位の阪神とのCSファイナルステージではCS史上初の4連敗で敗退し、日本シリーズ進出を逃してしまった。同年オフ、東京ヤクルトスワローズから相川亮二がFA権を行使して入団、また横浜DeNAベイスターズから金城龍彦も入団した。さらに、テキサス・レンジャーズからマイルズ・マイコラス、アーロン・ポレダを獲得した。序盤はDeNAと首位を争う展開となった。4月15日に原監督がB型インフルエンザウイルスに感染し、当面自宅で静養となり監督代行を川相ヘッドコーチが務めることが発表された。約1週間の休養を経て、4月21日の広島戦で復帰。4月末、阿部、坂本、亀井が故障離脱、レイズから自由契約になっていたホアン・フランシスコを獲得した。交流戦では4年ぶりに負け越し11位に終わった。6月後半に首位の座を阪神に明け渡すも、7月にはすぐに首位に復帰。しかし前半戦最後のカードの対横浜DeNA戦に3連敗を喫し首位から陥落、前半戦を2位で通過した。7月18日、ニューヨーク・メッツ3Aからアレックス・カステヤーノスを獲得した。8月5日の対ヤクルト戦（神宮）において、公式戦通算10,000試合を達成した。阪神、オリックス、中日に次いでプロ野球4球団目となった。ちなみに試合は村田のホームランなどもあり、6-5で巨人がヤクルトに勝利。後半戦は阪神・ヤクルトとの熾烈な首位争いを演じていた。しかし、カステヤーノスらを補強しても相変わらず打線が不振で、首位に立つチャンスを幾度となく逃し、終盤はヤクルトや阪神の後塵を拝する事になる。そして9月27日に東京ドームでのヤクルト戦を1-2で落としてヤクルトの優勝マジック3を点灯させたことが決定打となり、10月2日にヤクルトの優勝が決定したことでリーグ4連覇への挑戦は失敗に終わり、レギュラーシーズンは2位で終えることになった。CS開幕前の10月5日に所属選手の野球賭博への関与を発表し告発。クライマックスシリーズのファーストステージは、シーズン3位の阪神と対戦、2勝1敗で勝利する。そして迎えたシーズン1位のヤクルトとのファイナルステージに挑み、初戦こそキャプテン・坂本の2ランホームランなどもあり勝利を挙げたものの、2戦目以降は勝ち頭のマイコラス・菅野で落とし、打線も2戦目以降は規定打席越えの3割打者が1人もいなかった事を象徴する貧打、26イニング連続無得点などもあり3連敗した。最終的には1勝4敗(アドバンテージ1敗含む)で、2年連続で日本シリーズ進出を逃す結果となった。なお、巨人が2年連続でCSファイナルステージで敗退したのはこれが初めて。そしてCS終了後、原監督は辞任を表明し、10月19日、記者会見で原監督が監督退任を正式表明し、第2次政権の10年、第1次政権と合わせて12年間の監督生活にピリオドを打った。次期監督として球団OBで野球評論家の江川卓や川相昌弘ヘッドコーチ、高橋由伸打撃コーチ兼外野手などが候補と報道された。10月22日、2016年シーズンから、一軍、二軍のほかに育成選手を中心とした三軍を編成することを発表。10月23日、高橋由伸の新監督就任および2015年限りの現役引退が発表された。同時に井端弘和と金城龍彦が引退し、それぞれ一軍内野守備・走塁コーチ、三軍打撃コーチに就任した。10月26日、高橋監督の就任会見が行われた。3年契約で背番号は現役時代と同じ「24」。また、前監督の原辰徳が2016年1月1日付で、球団特別顧問に就任することが決定。11月23日、この日行われたジャイアンツ・ファンフェスタ2015において高橋由伸の現役引退および監督就任セレモニーが行われた。シーズンオフにはリーグ優勝・日本一奪回に向け補強を行った。埼玉西武ライオンズから脇谷亮太が古巣に復帰、長打復活のためにニューヨーク・ヤンキースから4番候補のギャレット・ジョーンズ（登録名：ギャレット）、千葉ロッテマリーンズから自由契約となったルイス・クルーズを獲得し、打線強化を図った。チームは開幕3連戦（VSヤクルト）において3連勝スタートを切った。なお、巨人が新監督で開幕3連戦を3連勝するのは、1981年の藤田元司監督以来35年ぶり。序盤は阪神・広島と首位争いを繰り広げるも巨人が4月は15勝10敗3分けと一歩先を行く展開が続いていたが、月が替わった5月は21日の中日戦から7連敗で急失速と前年同様打撃陣の低調で特に代打での打率と失策率が12球団最下位だった事や投手陣の見殺しや中継ぎ陣が打たれたり等が大きく響いて負けが込む様になった。交流戦は五分で終えるも6月10日のソフトバンク戦で同一カード3連敗を喫し借金生活に入ったのと同時期に広島の快進撃が始まると、首位を奪われてしまう。その後、首位広島を一時4.5ゲーム差まで追いつめたものの、8月7日の広島戦で7-6とリードしていた9回に澤村が菊池にサヨナラホームランを打たれて同一カード3連勝のチャンスを潰すとそこから広島が持ち直し再び差を広げ始め、8月24日に広島との直接対決で敗れた事でマジックを点灯させてしまい、その後負けが続き、広島のマジックを減らす手助けをする形となり、9月10日の対広島戦で敗戦し広島のリーグ優勝が決まってしまい、2年連続V逸が確定した。その後は終盤はDeNAとの2位争いとなるが、シーズン2位が確定。坂本勇人が初の首位打者になり、菅野智之が2年連続で最優秀防御率と最多奪三振を獲得し、澤村拓一がセーブ王になるもエース・菅野の勝利投手になる権利を3回も消滅させる悪い印象を与え、2桁勝利を達成したのは田口麗斗のみだった。クライマックスシリーズでは、クライマックス初出場の3位・DeNAと対戦。しかし、1勝2敗で1stステージで敗退し、5年連続のファイナル出場の夢は消えた。10月13日に足のスペシャリスト鈴木尚広が現役引退を発表した。また、オフには、総額30億円をかけた大補強を敢行。ソフトバンクから森福允彦、DeNAから山口俊、元楽天のケーシー・マギー、日本ハムから陽岱鋼、抑え候補の新外国人としてアルキメデス・カミネロを獲得した。開幕5連勝と好スタートを切り、序盤は阪神と2位を争った。しかしこの間に、昨シーズンオフにFAで獲得した山口俊、陽岱鋼らFA補強組が不振や故障で相次いで離脱。5月中旬以降は負けが込みだし、5月25日の対阪神戦（甲子園）に敗れるとその後広島に3連敗を喫し、4連敗継続中に交流戦を迎えるが楽天、オリックス、西武と共に同一カード3連敗で負け続け、球団史上ワースト記録となる13連敗を喫した。6月、球団OB初のGMとして、鹿取義隆が就任した。7月中旬に山口俊が傷害事件を起こし、シーズン終了までの出場停止・罰金・減俸という非常に重い処分が科せられた。また、前半戦終了後、二軍監督の斎藤雅樹が一軍投手コーチ（ベンチ）に、ベンチ担当の尾花高夫がブルペン担当、ブルペン担当の田畑一也が前半戦から苦戦している広島専従スコアラー、後任の二軍監督に巡回打撃コーチの内田順三が就任することを発表した。
後半戦以降は二塁にマギーをコンバートする攻撃重視の策が功を奏し、DeNAとの3位争いを演じるまで持ち直すも、10月1日の試合で敗れ、DeNAが勝ったため、シーズン4位が確定。30億円かけ補強した結果がBクラスという信じられない結果に終わった。巨人がBクラスになるのは11年ぶりで、2007年に導入されたCSへの出場を球団史上初めて逃した。カード別の対戦成績では広島に7勝18敗と大きく負け越した以外、他の4球団には勝ち越しているが、同一リーグの4球団に勝ち越しながらBクラスに転落したのはNPB史上初。打撃陣は2位にマギー（20個）、4位に長野（17個）、6位に坂本（16個）、7位に村田（15個）ワースト10に主力選手がランクインしたのに代表される様に球団史上ワーストの129併殺と攻撃もちぐはぐであと一本が出なかったのに合わせ、投手陣は先発が菅野、マイコラス、田口だけで27の貯金を作った先発陣とは対照的に中継ぎ陣は2006年の62を下回る57ホールドとこちらも球団史上ワースト（12球団断トツのワーストで11位の東京ヤクルトは85ホールドである）。27ホールドのマシソンが安定した一方でマシソンに続くのが10ホールドの西村。昨シーズン19ホールドの山口鉄也が3ホールド、新戦力の森福がソフトバンク最後の年は16ホールドだったのが6ホールドと戦力にならず、勝ちパターンを確立出来なかったのが誤算だった。ちなみに10月1日のゲームも含めて1点差のゲームを27試合も落とした一方でものにしたのはセリーグワーストの13勝。接戦の弱さを露呈する結果となった。シーズン後若返りを図る一環として村田に戦力外通告を行い、片岡、相川、松本哲、藤村らが現役を引退。先発の一角を担っていたマイコラスもメジャー復帰が決まり退団した。
なお、9月26日の対ヤクルト戦で内野手の中井大介が相手投手の岩橋慶侍から本塁打を放ち、これが球団通算1万号本塁打となった。主な補強選手として、西武からFA宣言した野上亮磨、前中日のアレックス・ゲレーロ、マイコラスに代わる先発候補として期待される新外国人テイラー・ヤングマンを獲得。さらに、3月上旬には上原浩治が10年ぶりに巨人復帰。3月中旬には野球賭博問題に関与し、失格処分のち育成選手となっていた高木京介を2年ぶり支配下登録することが決まった。この年は開幕から若手の岡本和真や吉川尚輝がスタメンに定着するなど若手の活躍も垣間見えた反面、6月に篠原慎平、河野元貴がInstagramに不適切な動画を投稿し出場停止になり、さらに7月には柿沢貴裕がチームメイトの野球道具・ユニフォームを盗み転売していたことが判明し契約解除となる等、前年に続き不祥事も相次いだ。一連の不祥事の責任を取る形でオーナーの老川祥一が辞任し、後任として山口壽一が新オーナーに就任。
開幕後は打線はの好調で上位にいたが、マイコラスの抜けた穴や田口や野上の不調で負けが込み始め菅野が8完封、昨年傷害事件を起こしシーズン終了までの出場停止を命じられた山口俊が2完封と先発の完投は21と断トツで12球団トップだったものの、先発陣が不調になった時にカバーしなければならない中継ぎ・抑えは抑えのカミネロが度重なるリリーフ失敗で二軍降格になったのを皮切りにマシソン、アダメスと抑えが固定出来ずセーブ数は25と12球団ワースト、そのマシソンも怪我により戦線を離脱したり、本来は先発枠であった山口俊をリリーフに回す等リリーフ陣に至っては生命線であるホールドが73と前年よりは上がったものの2年連続12球団ワースト（12球団11位の中日は82である）と崩壊し始め、前年同様広島に大きく負け越し、首位独走を許す事になった。7月以降は育成から這い上がったメルセデスが菅野と共に先発陣を支えた。しかし、開幕戦から期待がかかっていた吉川尚輝が8月1日のDeNA戦でヘッドスライディングによる左手の骨折で戦線離脱、その前の7月17日の阪神戦で坂本勇人が左脇腹を痛めた事による一軍登録抹消、更に7月27日のヤクルト戦で新外国人投手テイラー・ヤングマンが左手骨折と、夏場に故障者が続出。その影響からか、2位以下を5チームで争う展開の中で9月に借金が込みだし、3位をDeNA、阪神、中日と争う様相を呈す。結局シーズン最終盤までDeNAと3位を争い、1度は自力でのCS進出が消滅するも、10月3日にDeNAがヤクルトに敗れたため3位に浮上すると同時に自力でのCS進出の可能性が復活。10月10日のシーズン最終戦（阪神戦）で勝利し、3位が確定。2年振りのCS進出となった。しかし、球団ワーストタイの4年連続V逸と12年ぶりの勝率5割以下が確定し、オーナーは若手育成の手腕を評価し2019年も続投を要請する意向をするが、高橋監督は「チームの勝敗は監督を背負うものと責任を取って辞めます。」と自ら辞任を申し入れ了承された。同一監督が無冠のまま辞任したのは堀内恒夫以来となった。又、岡本和真が同日望月惇志から放った本塁打がプロ野球史上最年少となる100打点となった。
CSファーストステージではヤクルトと対戦。2連勝で3年ぶり（3位になったシーズンとしては8年ぶり）のファイナルステージ進出を決めたと同時に、第2戦で菅野がCS史上初ノーヒットノーランを達成した。
ファイナルステージでは広島と対戦、第1戦は初回に坂本がヒットで出塁するも田中俊太が併殺打しチャンスを生かせず。その裏に1点を失うと4回に鈴木誠也、7回に丸佳浩にホームランを浴び追加点を許して6-1で敗戦。第2戦はシーズン僅か2勝の田口が6回1安打無失点の好投。6回に1点を先制するも。7回から高橋が田口に変え「予め決めていた」という畠にスイッチ。この投手交代が裏目に出て、8回に2018年シーズン限りでの引退を表明している代打の新井貴浩に同点タイムリーを打たれ、さらに菊池涼介に勝ち越しの3ランホームランを許し逆転負け。第3戦は今村が野間に2点タイムリーを浴び3回にはまたも丸にホームランを浴びるなど追加点を許す。反撃はタイムリーの1点のみにとどまり、投打とも全く奮わず、3連敗でファイナルステージ敗北となった。杉内俊哉、脇谷亮太、山口鉄也、西村健太朗、寺内崇幸が現役引退。2度の連覇を支えた選手が前年に続き、ユニフォームを脱ぐことになった。また、中井大介(DeNAに移籍)、廖任磊(西武に移籍)らが戦力外となり、ケーシー・マギー、アルキメデス・カミネロの両外国人の退団も発表された。
高橋の後任として、前任者の原辰徳の3年ぶりの復帰が発表された。2018年10月22日、全コーチ名が球団から発表された。1999年以来のヘッドコーチ職を置かないという体制であることも発表された。翌23日には両者が並んだ就任会見も行われた。
ドラフト会議では一位指名で高橋優貴との交渉権を獲得した。
新体制発足後、同年オフの11月8日の2018日米野球「エキシビジョンゲーム 巨人×MLBオールスターチーム」が初の公式戦となる。今オフも大型補強を敢行。主な補強選手として、広島からFA宣言し2年連続でセ・リーグのMVPを受賞した丸、西武からFA宣言した炭谷銀仁朗、オリックスを自由契約となった中島宏之、パドレスからクリスチャン・ビヤヌエバ、マリナーズから岩隈久志を獲得した。いっぽうで、炭谷の人的補償として内海哲也が西武に移籍することが決まったほか、丸の人的補償として長野久義が広島に移籍することが発表され、大型補強の代償として生え抜きのベテランが相次いで退団する事態となった。
※太字は優勝達成監督なお、2006年シーズン開幕よりこれら永久欠番の選手のユニフォームをかたどった（背番号のみで選手名ローマ字表記は無し）像を東京ドームの外野スタンド後方部の支柱部に設置。除幕式が同年開幕戦に行われ、本人や遺族等が招かれた。
巨人ではこれまでに球団史上2人の投手が完全試合を、球団史上12人の投手が延べ15回ノーヒットノーランを達成している。また、継投によるノーヒットノーランを1回達成している。
ノーヒットノーランの日本プロ野球第1号達成者は東京巨人軍から誕生した。巨人の当時の豪腕投手だった沢村栄治が1936年9月25日に甲子園で開いた秋季大阪1次リーグ戦・大阪タイガースとの対戦で達成したもので、沢村は翌1937年5月1日に洲崎で開かれた春季戦・大阪タイガース戦、更に1940年7月6日に西宮で開かれた名古屋軍戦の都合3回ノーヒットノーランを達成。これは戦後達成した外木場義郎（広島カープ→広島東洋カープ）と並ぶ日本プロ野球最多タイ記録である。
1936年の日本プロ野球発足時から存続している4球団の一つである巨人で完全試合を達成したのは2人だけである。日本プロ野球初の完全試合を決めたのは、藤本英雄。1950年6月28日、青森市営野球場で開催された西日本パイレーツとの一戦で自身2回目（戦前かつ1リーグ時代の1943年にも名古屋軍戦で達成）のノーヒットノーランを完全試合で飾った。日本プロ野球初の偉業でありながら、北海道遠征の帰路だったため試合を取材した記者が4人、カメラマンは1人もいなかった事もあって報道の扱いは小さく、また新聞も製紙事情からページを割くことができず、写真も掲載されなかった。
そして2016年シーズン終了時点で最後に完全試合を達成したのが槙原寛己である。1994年5月18日福岡ドームでの広島東洋カープ戦において史上15人目、1978年の今井雄太郎（阪急ブレーブス）以来の完全試合を達成した（槙原寛己の完全試合）。この試合は球団創立から7000試合目の公式戦であった。
余談だが、藤本と槙原の両投手は背番号#17を着用して完全試合を達成した。
逆に、巨人が対戦相手に完全試合を許したケースは1回もない。
読売ジャイアンツには球団歌と応援歌の2つの定義があり、球団歌は現在までに3曲が制定されている。それに対して応援歌は球団が作成する応援歌もあるが広義に捉えれば私設応援団による選手別応援歌も応援歌といえるので数は非常に多い。その為ここでは球団歌のみを紹介する。
曲名は球団公式サイトに掲載された年表においては全て「巨人軍の歌」とされているが、区別のため括弧内に通称を記載する。初代巨人軍の歌の作詞・作曲コンビは、阪神タイガースの応援歌「大阪タイガースの歌（六甲おろし）」も作っている。
本拠地東京ドームの最寄り駅であるJR水道橋駅では2006年7月4日から発車メロディに「闘魂こめて」を流すようになった。
「大日本東京野球倶楽部」として設立後、1935年のアメリカ遠征時、フランク・オドールの提案によりニューヨーク・ジャイアンツをもとにした「東京ジャイアンツ」というニックネームが使用された。その後正式なチーム名としてジャイアンツを巨人軍と訳した「東京巨人軍」となった。1947年に日本野球連盟が各球団とも「漢字＋ニックネーム」を導入する事になり「読売ジャイアンツ」となる。
アメリカの新聞・テレビ・映画や英字新聞などで「Tokyo Giants」と呼称されることもあった。また、球団公式Twitterアカウントのアカウント名は「Tokyo Giants」となっている。
野球協約第38条に書かれている構成球団は「株式会社読売巨人軍」、球団呼称は「読売ジャイアンツ」となっている。NPB所属球団は球団呼称のうちの企業名の部分が略称として各種メディアで使われているが、読売ジャイアンツについては例外的に「読売」ではなく「巨人」が一般的な略称とされている。これは球団名が「東京巨人軍」だった時代から使われていた略称（当初は「東京セネタース」や「大東京軍」という東京を名乗るチームが他にもあったため、「東京」ではなく「巨人」が略称とされたのは当然である）が「読売ジャイアンツ」になったあとも、慣習としてそのまま使われ続けているものである（なお本球団を指して「巨人」と言った場合、アクセントは「きょじん」の「きょ」に置かれる）。「巨人」という略称は、テレビ、新聞、ニュースサイト、チケットの印字などで幅広く用いられる。なお、これらのメディアにおいて一文字で球団名を略する場合も「読」ではなく「巨」となる。
一方、日本野球機構（NPB）では公式な略称として「読売」を使用することがある。一般的な略称とは異なり、「東京ヤクルト」「横浜DeNA」「広島東洋」というように機械的に球団名からニックネーム部分を省いたものを略称としているためである。例えば、NPB公式ウェブサイトにおける所属球団の表記やプロ野球ドラフト会議などでは「読売」が使用される。
また、球団、所属選手、OBなどは「巨人軍」という略称を一般的に使用しているが、メディア、他球団がこの略称を使う頻度はそれほど多くない。
ジャイアンツの応援は、それぞれの地域の私設応援団の先導によって行われる。声援とメガホンか手拍子で応援するスタイルとなっている。ただし、応援団としてはメガホンを使用しない応援スタイルを採用している。2010年シーズンまで活動していた東京読売巨人軍応援団（東京）は、東京団員1名が、野球観戦チケットの不正転売を行い、試合観戦契約約款や特別応援許可規程に違反していたことがわかり、その責任を取って東京の応援団は自主解散した。新設される読売ジャイアンツ応援団は東京読売巨人軍応援団の伝統とスタイルを引き継いで応援活動を行うとしている。これにより関東圏は読売ジャイアンツ応援団・北海道は東京読売巨人軍応援団北海道・関西圏は読売ジャイアンツ応援団大阪・中国や四国及び九州は読売巨人軍応援団GLOVE（広島・九州）がそれぞれの地域を先導する。
応援時の格好はロッテを除いた他球団同様、ホームゲームにおいてビジター用のユニフォームやシャツを着ていたり、すでに退団した監督・コーチ（木村拓也など）・選手（特に松井秀喜）のユニフォームやシャツ、松井が2009年まで所属していたニューヨーク・ヤンキース（松井の背番号・55が入っているもの）のユニフォームやシャツを着ていることも多くその統一性はあまり高くなかったが、2012年以降橙魂と称した特定の試合日にオレンジ色の特別ユニフォームのレプリカを配布しているため、通常のユニフォームやオレンジユニフォームの比率が高まっている。
2007年よりサービスが開始された公式ファンクラブ。2013年現在で会員数は30万人を突破している。
サービスはポイント制となっており、巨人軍の主催公式戦（一軍は全試合。二軍は東京ドームでの開催試合のみ）に来場し、ファンクラブ加入時に入手できるカードを持参し専用ブースに行くと「来場ポイント」が加算され、その日の試合での巨人軍のチーム・選手の記録等によってポイントが付き、最終的な合計がその日の「ゲームポイント」として加算される。また、オンラインショップ「GIANTS SHOP ONLINE」（#外部リンク参照）や、東京ソラマチ内の「ジャイアンツオフィシャルストア」での商品購入、BS日テレで中継される巨人戦の視聴、他球団主催公式戦としての巨人戦（不定期）への来場等でもポイントを貯めることができる。ポイントを貯めると、達成ポイントごとにオリジナルグッズや観戦チケット等と交換ができ、抽選で東京ドームのスイートルームやエキサイトシート等での巨人戦観戦に招待される。貯めたポイントは、2013年までは交換しても消滅せずに累積で加算され（つみあげ方式）、1シーズンごとにリセットされていたが、2014年からはグッズ等と交換すると、交換分のポイントが消滅し（引き換え方式）、翌シーズンの11月30日まで有効となった。
会員はプライム・ジュニア（いずれも有料）・エンジョイ（無料）の3種類があるが、会員の種類によって受けられるサービスが異なる。
なお、このファンクラブは、2018年11月より新・ジャイアンツ公式ファンクラブとしてCLUB GIANTSに生まれ変わった。このサービスでは、CLUB GIANTS会員限定のチケット先行販売に参加できるほか、入会記念品のプレゼント、G-Poが貯まりやすいなど様々な特典があるものとなっている。
2012年から、読売ジャイアンツ・東京ヤクルトスワローズ・横浜DeNAベイスターズとの3球団合同で「GSDBプロジェクト」を立ち上げファンクラブ会員に限りヤクルト・DeNA主催の巨人戦で来場ポイント付与の他会員限定イベントの実施や該当試合の前売りチケット優先販売や球場DJ・チアチーム・マスコットキャラクターの相互訪問を行っている。
読売ジャイアンツと阪神タイガースの共同プロジェクト。
80年以上の歴史を持つ日本プロ野球の創世期より、読売ジャイアンツと阪神タイガースの両球団は、球史に残る幾多の名勝負を繰り広げており「永遠のライバル」、また、両者の対決を「伝統の一戦」と呼ばれていた。これに因み、2016年、巨人・高橋由伸、阪神・金本知憲の両新監督を迎え、新体制となったことを契機に、あらためて両球団の戦いを盛り立て、多くのファンに、より一層の夢・感動を与えられるよう、両球団が共通ビジュアル、シリーズロゴの旗のもとに共同で様々な取り組みを実施するという企画。なお、両球団が共同企画を行うのはこれが初めて。
1955年、この年の公式戦は大洋との3試合が天候不順の中止による順延が続いたため、日本シリーズの対南海戦の開幕までに全て消化し切れなかった。そのため、日本シリーズ、更にその後にも日米野球・ニューヨーク・ヤンキースを招待した親善試合が組まれていたこともあって、それらの大会が終了した11月下旬にようやく残った大洋戦3試合を消化。最終戦の開催は11月23日となった。
なお巨人は以下のシーズンに未消化試合を残したままペナントレースを終了している。
1961年9月7日の対国鉄戦（後楽園）で、史上初めての2日間またぎの試合が行われた。事の発端は延長11回表の国鉄の攻撃。3塁ゴロを捕球した長嶋茂雄がベースを踏んでアウトにしたはずが、2塁走者・土屋正孝の脚が早かった。ところが、アウトと思っていた土屋は三塁コーチスボックスに入っていた砂押邦信監督に促されてホームに向って走った。これを見た長嶋が土屋を追いかけ三本間で交錯、そこへ長嶋からの送球を受けた捕手藤尾茂が土屋にタッチした。島秀之助球審は一旦はアウトと宣告したものの国鉄側が長嶋の走塁妨害を主張、審判団協議の結果判定が覆ってホームインが認められることになったため、今度はジャイアンツ側が土屋はラインアウトだったと主張するなど両チームが論争になった。更に興奮したファンがスタンドに火を付けたり物をグラウンドに投げ込んだりするなどの行為を行い、2人のファンが公務執行妨害の現行犯で逮捕された。2時間近くの中断の末、土屋のホームインが認められ試合が再開されたのは23時53分で、結果的に試合終了は翌9月8日の0時11分となり史上初の2日間またぎの試合となった。
2日間またぎの試合は直近では2018年9月20日の阪神対広島21回戦（マツダスタジアム）において試合開始が1時間遅延した上に雨天中断が絡んで試合終了が翌日の0時03分になった事例があるほか、セ・リーグの大会規定で1990年から2000年に「時間無制限・延長15回・引き分け再試合」という取り決めがあった際は15回フルイニングを戦った結果日を跨いだ事例が数例あった。
1990年の開幕戦・ヤクルトスワローズとの地元・東京ドームでの試合で、篠塚利夫が内藤尚行から放った打球が、1塁塁審を務めていた大里晴信審判員によってホームランと判定された。この判定に対して、「打球はライトポールより前方で通過し、ファールスタンドへ入った」と、ヤクルト野村克也監督は抗議したが、判定が覆ることはなかった。同日放送された各局のスポーツニュースではこの打球のVTRを再三放送し、「打球はライトポールより前方で切れ、ファールスタンドへ入った」と結論付けるものが多かった。この年からセントラル・リーグでは外野審判を廃止して4人制で行っていた。この疑惑後、東京ドームのポールは打球がわかるように黄色に塗装され、その後オレンジ色に変更された。
2015年10月、所属選手の福田聡志が野球賭博をしていることが発覚。その後、同じく所属選手の笠原将生と松本竜也の2人も野球賭博を行っていたこともわかった。11月に日本野球機構（NPB）のコミッショナー・熊崎勝彦は、3選手を失格処分とし、それを受けた球団は3選手との契約を解除（事実上の解雇）。また球団に対しては指導、管理が不十分であったとされ1000万円の制裁金が科せられた。NPBコミッショナーによる野球賭博事件による選手の処分は1969年に西鉄ライオンズ（現・埼玉西武ライオンズ）の投手の八百長に端を発した『黒い霧事件』以来のことである。
また球団は、今回の事件の責任を明確化するため、3選手の解雇のほか、原沢敦専務取締役兼球団代表が引責辞任、桃井恒和会長・久保博社長が取締役報酬の50％返上（無期限）、白石興二郎オーナー・渡邉恒雄特別顧問が取締役報酬の全額返上（2か月）といった独自の処分を決定した。
3選手以外にも巨人の一部選手間において賭け麻雀や賭けトランプ、高校野球を使ったギャンブルを読売ジャイアンツ球場のロッカールームでしていたことや、賭け麻雀には野球賭博に関与した3人の投手を含むおよそ10人が参加していたこと、賭けトランプは11人の選手が参加し大富豪やポーカーといったトランプゲームに1回1万円を賭けていたこと、守備練習でミスした選手から罰金を徴収していたことなど、球団内で賭け事が日常的に横行していた事実も発表した。現金を賭けることは賭博罪に該当するが、球団は関わった選手の名前は隠したまま厳重注意処分とした
2016年3月8日、巨人は緊急会見を開き、新たに高木京介が野球賭博に関わっていた疑いがあることが新たに判明。球団は同日付で高木京を謹慎処分にし、野球賭博を禁じた野球協約に違反したとして、NPBに告発した。4人目が発覚したことにより、一連の野球賭博問題の責任を取る形で、巨人の渡邉恒雄最高顧問、白石興二郎オーナー、桃井恒和球団会長が辞任。3月22日にNPBの調査委員会は高木京を1年間の失格処分とし、球団に500万円の制裁金を課す処分案を発表した。その後、熊崎コミッショナーは調査委員会案と同じ処分を正式に下す。これを受けた読売巨人軍は高木京介に対し即日、事実上の解雇となる「契約解除」を通達。
2016年4月、上記4選手以外に1名が違法カジノへの出入りがあることが確認された。しかし、日本の法律では闇カジノが違法であるにも関わらず、野球協約内では闇カジノで金銭を賭けても違反とされていないため、名前の公表はされなかった。また、3月に再度賭博調査を行ったところ、賭け麻雀は14名が参加、賭けトランプは23名が参加をしており、前年11月調査時よりも賭博への参加者が増加していた。
正力松太郎が「巨人軍は常に紳士たれ」という言葉を残したように、巨人の選手は社会人、そして人間として模範となることを求められており、テレビ出演や移動の際はスーツとネクタイ着用が義務付けられてきた。
清原和博の著書『反骨心』によると、荷物の持ち方も決まっている。
ヒゲを生やすこと、染髪、長髪も好ましくないとされる。しかし、ヒゲに関しては容認されることも多く、特に第2次長嶋監督時代は屋鋪要、村田真一、入来祐作、杉山直輝、門奈哲寛などのほか、ロイド・モスビー（長嶋就任の前年より所属）、ジェシー・バーフィールド、ヘンリー・コトー、ダン・グラッデン（ヒゲに加え長髪）、シェーン・マック、バルビーノ・ガルベス、ドミンゴ・マルティネスなど多くの選手がヒゲを生やしプレーした。第2次長嶋監督時代以外では仁村薫、日ハム時代ヒゲがトレードマークだった小笠原道大、外国人選手では大洋時代に「ライオン丸」と形容される顎ヒゲがトレードマークのジョン・シピンや、サンフランシスコ・ジャイアンツから移籍してきたMLB通算314本塁打のレジー・スミス、近鉄バファローズから移籍してきたタフィ・ローズのコーンロウとヒゲを例外として認めた（シピンはキャンプ前に短髪にしヒゲを剃り、小笠原は入団会見前に男のけじめと語りヒゲを自ら剃った）。
シーズンオフ限定という条件付きによる球団からの許可で、高橋由伸が金髪やヒゲ、元木大介が茶髪にしたことがあった。
刺青も推奨されていない。両腕に刺青のあるディッキー・ゴンザレスは夏場でも常に長袖のアンダーシャツを着用し、見えないようにしていた。
また、清原が巨人在籍時代ピアスを付けていたが、OBを中心に「外すべきだ」という意見が存在した。
現在、メジャーリーグに移籍した上原浩治は巨人在籍時、宮崎キャンプへ出発する際にスーツ着用ではあったが、百貨店の紙袋に荷物を詰め込んでいた。
野村克也は自著『巨人軍論』で、上記のような「紳士野球」については肯定的見解を示し、自身が監督を勤める際も茶髪、ピアス、入れ墨他を禁じている。また、堀内恒夫が監督就任後に茶髪やピアスのみを承認した時はかなり否定的な意見を発した。野村曰く「強いチームを作るには厳しいルールが必要で、選手は茶髪・ピアス・入れ墨ではなく、プレーでこそ目立つべきだ」と主張している。また、厳しいルールの下で人間性が鍛えられ、それが野球に良い影響を与えるとしている。
巨人では、登録名は原則として本名およびそれに類する芸名・通名のみであり、イチロー（本名：鈴木一朗）などに代表される愛称の使用は認められておらず、カツノリ（野村克則）やサブロー（大村三郎）も巨人への移籍にあたって登録名を本名に戻している。
1996年に当時の長嶋茂雄監督の発案で、特例として河野博文の登録名を「ゲンちゃん」で申請したことがある。この時は、当時のセ・リーグ会長により却下されている。
その他特例が認められた例としては、ジェレミー・ゴンザレスが、すでに在籍していたルイス・ゴンザレスおよびジェレミー・パウエルと混同しないように「GG」（読みは「ジー・ジー」）となった例や、マイケル中村が登録名を日本ハム時代と同じ「MICHEAL」に変更した例、ギャレット・ジョーンズが、「ジョーンズ」だと登録例が多いことから、よりインパクトを強める形で「ギャレット」となった例などがある。
「ジャイアンツタイム」という定刻の30分前に選手・スタッフが集合する暗黙のルールが存在する。遅刻魔と評される松井秀喜はほとんどがこの「ジャイアンツタイム」に遅れていたとの指摘もある。
主にマスコミなどで、対阪神タイガース戦を「伝統の一戦」と表現されることがある。
ジャイアンツの運営会社は複雑な変遷を辿っている。1934年に大日本東京野球倶楽部が発足したとき、読売新聞は大いにバックアップを行ったが、実際の出資額は僅少で、あくまで正力松太郎の関係による独立企業であった（筆頭株主は正力も一時期出向で在籍していた京成電鉄。東芝、阪神電気鉄道、東京急行電鉄、吉本興業がこれに続いていた）。1947年2月、読売新聞社が全株式を買収し、完全に系列下。球団旗の右肩に「讀賣」の二文字が入り、社名を「大日本東京野球倶楽部」から「読売興業」に改めたが、1950年1月に「読売巨人軍」（第1期）として分離。しかし僅か1年2か月で読売興業に吸収されている。
1963年、読売新聞は九州に進出するに当たり、読売興業に読売会館（当時の有楽町そごう〈現ビックカメラ有楽町店〉や当時の読売新聞東京本社ビル〈現プランタン銀座〉の保有・管理会社）を合併させ、読売興業内に事業本部としての「読売新聞西部本社」を設けた。先が見えない九州での新聞事業の赤字をプロ野球興業と不動産の収入で補填するとの意図であったが、この結果読売興業はプロ野球、不動産、新聞の3事業を抱えるコングロマリット（複合型企業）となった。1988年には経営不振の中部読売新聞社から東海地方での新聞事業を受け継ぎ、「読売新聞中部本社」としている。2002年7月の読売新聞グループの再編により、「よみうり」（1992年6月に読売興業から改称）は新聞事業を読売新聞東京本社中部支社（中部本社が読売新聞社改め読売新聞東京本社に吸収）と読売新聞西部本社に分割してプロ野球専業となり「読売巨人軍」（第2期）の社名が復活した。これに伴いビジター用ユニフォームの胸マークも「TOKYO」から「Y」に変更となった（2004年まで使用）。
戦前の巨人軍は基本的に、ニューヨーク・ヤンキースに倣って打順によって背番号を決めていた。
例えば1936年夏季の場合、1番・田部武雄（上層部との対立により公式戦参加前に退団したので、その後は林清一が受け継いだ）、2番・津田四郎、3番・中島治康、4番・永沢富士雄、5番・伊藤健太郎までは背番号と打順が一致する。当時の巨人軍には背番号6の選手がいなかったため、6番は背番号7の筒井修、7番は背番号8の白石敏男が「繰り上がり」、8番は捕手、9番は投手が入るのが基本オーダーだった。背番号9の山本栄一郎をはさんで捕手の背番号は10番から始まり、10番が中山武、11番が内堀保、12番が倉信雄と続いていた。13番からが投手の背番号で、青柴憲一（13番）、沢村栄治（14番）、畑福俊英（15番）と続く。再び16番が欠番でヴィクトル・スタルヒン（17番）、前川八郎（18番）と続いた。秋季以降に加入した選手はヤンキース方式の背番号が適用されず、19番は田部と同様に上層部との対立により退団したもののその後復帰した水原茂、林が1番に変更して空き番となった20番は青森林友から入団したチーム初の左腕投手・成田友三郎、21番は助監督として入団したものの夏季のチームの不甲斐なさに現役復帰を決意した三原修がつけ、藤本定義監督がチーム最大となる22番をつけた。
選手が増えたため1938年以降はこの基本から外れることが多くなったが、川上哲治が16番をつけたのはヤンキース方式の背番号の名残で、川上が投手として入団した証拠とも言える。
1957年、正力松太郎オーナーが会長を務める日本テレビがカラーテレビ試験放送を開始した。正力はカラーテレビを普及させるためのアイディアとして、巨人のユニフォームを変更した。
最初の変更は1959年9月。袖のオレンジ×黒×オレンジのライン、背番号、胸の「GIANTS」の縁取りが赤に変更された。しかしこの変更はホーム用のみでビジター用は従来通りのユニフォームが使われたため、ファンにも気付かれることのないままこの年の公式戦終了と同時に元のユニフォームに戻された。
次にカラーテレビ用ユニフォームが登場したのは1960年6月11日。ホーム用・ビジター用ともに帽子のつば・胸のロゴ・背番号が赤いユニフォームで、それまでの巨人のチームカラーを覆すものだった。当時のカラーテレビは白いものが映るとハレーションが起こったため、ホーム用の地色もドーラン効果を狙ってベージュに変更された。
しかしこのユニフォームは選手の評判も悪く、全員で号令をかけあって一斉に着替えたとも伝えられている。反対意見を言う選手はいなかったもののその声を代弁したのが解説者たちで、三宅大輔は「考え方が逆。これではカラーテレビのためにプロ野球があるようなものだ」、また小西得郎も「クリーブランド・インディアンスかミルウォーキー・ブレーブス（現：アトランタ・ブレーブス）の真似で、ジャイアンツらしくない」と批判した。
このようにカラーテレビ用ユニフォームは世間の評判が悪かった上、前年まで6年連続最下位だった大洋ホエールズにリーグ優勝をさらわれたこともあって、このユニフォームもこの年限りでお役御免となった。当時の東京23区にはカラーテレビが100台ほどしかなく、当初の目的だった「カラーテレビの普及」にも貢献することが出来なかった（カラーテレビが普及するきっかけとなったのは1964年の東京オリンピックである）。
1983年に若手選手として成長目覚ましい槙原寛己、駒田徳広、吉村禎章の3人が背番号にちなんで50番トリオと呼ばれた。背番号50の駒田は4月10日に日本プロ野球史上初の初打席満塁本塁打を放つ衝撃的デビューを飾って規定打席未到達の199打席で打率.286・12本塁打を放ち、特に満塁機で10打数7安打と強く、満塁男の異名を取った。背番号54の槙原は初登板で初完封勝利を収め、12勝を挙げる活躍で新人王を受賞した。背番号55の吉村は104打席に留まったが、プロ1号本塁打から3打席連続本塁打を放つなど打率.326・5本塁打の成績を残した。この年に巨人はセ・リーグ優勝を果たし、期待の若手として注目された。吉村は86年から背番号7、槙原は87年から背番号17、駒田は88年から背番号10に変更した。
かつては地方都市の球場での開催も積極的に行い、特に北海道シリーズ（円山、旭川、札幌ドームでの2 - 3連戦）、九州シリーズ（平和台、北九州、福岡ドーム、熊本など）、隔年で北陸シリーズ（金沢、富山県営、富山市民（アルペンスタジアム）、福井などでの2 - 3連戦。富山が正力松太郎の出身地であることから継続して開催されてきた）、東北シリーズ（盛岡、仙台、郡山などでの2 - 3連戦）を率先的に実施してきた。また秋田、青森市営なども開催していた。
東京ドームが開場してからは東京ドームでの試合（かつナイトゲーム）を中心に編成したため、東北シリーズ・北陸シリーズは廃止となり、さらに北海道や九州のシリーズも会場を1カ所（福岡ドーム・札幌ドームでナイターのみ）に絞る形にして試合数を減らしていた（2004年度には九州シリーズの1試合に、ジャイアンツのキャンプ地である宮崎での開催がある）。
ただ、地方開催をほぼ廃止したことが災いし、ファン離れが深刻になったことから、2005年以降は東北シリーズ・北陸シリーズを復活させるなど、再び地方都市での開催を増やしている。ただし、このうち札幌と福岡に関しては、2005年以後はセ・パ交流戦が組まれ、パ・リーグ側の球団が主催する試合で（ビジターとしてではあるが）遠征することが恒例になったため、巨人主催によるこれらの地域での試合は2010年以後開催されていない。ただし、球団側は廃止ではなく『休止』扱いとしている。また、東北シリーズのうち仙台での試合においても、2008年以降はこちらもフランチャイズとする球団が現れたこともあり、同じように交流戦で対処できるため、開催されていない。
近年では、ほぼ毎年大阪で1カードが組まれている他、毎年ないし隔年で東北シリーズ（宮城球場以外）と北陸シリーズが、またそれ以外にも稀に中国（広島以外）・四国・九州（福岡ドーム以外）でも組まれることがあり、これらで年間7 - 8試合程度（2015年・2017年・2019年は8試合、2016年は7試合、2018年は9試合）が地方開催として行われている。
東京ドームで都市対抗野球大会が開催されるため、開催期間中とその前後の2週間近くで、毎年長期ロードが毎年組まれている。この間、巨人は主催試合を地方球場で行う。特に、同大会が8月下旬から9月初旬の開催（2002年 - 2010年）だった時には必ず1カードは巨人主催による地方遠征が行われた。例として2007年は、札幌ドームでの主催ゲームを含め、11試合を東京ドーム以外で行った（8月24日 - 9月6日）。
都市対抗が7月下旬から8月初旬の開催だった頃も長期遠征があったが、この時はオールスターを間に挟んだり、また自宅から球場へ通うことができる関東圏の他のビジターでの試合も行われることも頻繁にあったため、主催試合はなかった。
関東以東の球団が近畿圏各地でホームゲームを行う機会は1952年にフランチャイズ制度が確立してからはまれで、確立当初、球場難等を理由に西京極、大阪などでいくつかのチームが試合をした程度であった。特に1955年の大映スターズは西京極で15試合を開催し、事実上準本拠としていた（親会社の大映が京都太秦に撮影所を持っていたことも関係している）。
ジャイアンツもフランチャイズ確立前は近畿圏の球場でもホーム扱い（後攻）となる試合がまれにあったが、それが確立されてからは近畿圏でのホームゲームを行う機会は西京極球場でのオープン戦（主に対阪神戦）を除き、ほとんどなかった。しかし1997年に大阪ドームが竣工し、その年には読売新聞大阪本社の創刊45周年も重なって、ヤクルトを帯同した公式戦2試合を同球場で開いた。その後大阪ドームでは年1回もしくは隔年で開催している。2002年以後は東京ドームで開く都市対抗野球の開催時期が8月下旬から9月初めに移動したためによる処置であった。2006年、2007年及び2010年、2013年は4月に、2012年は7月に開催され、現在も都市対抗開催期間中の長期ロード中の7月下旬に組まれている。また、2007年と2013年に関しては、同一リーグである阪神がフランチャイズとする兵庫県下（神戸）でも組まれた。
なお、対阪神戦は公式戦に限れば大阪・神戸では巨人・阪神のいずれの主催でも開催実績がない。
後楽園球場時代は、夏場を除き日曜日や大型連休中にはデーゲームが開催されていたが、東京ドームが開業した1988年以降は、初期に開幕シリーズや大型連休中などで部分的に開催したことはあるものの、地上波でのテレビ中継による多額の放映権料収入が見込めるためデーゲームで開催されることは無くなり、地方開催も含めてほぼ全ての主催試合がナイトゲームとなった。デーゲームはナイター設備がない札幌円山球場・旭川スタルヒン球場での北海道シリーズ（現在は札幌ドーム）と、優勝チーム決定後の消化試合で組まれる程度となっていた。
その後は、視聴率の低下で地上波によるテレビ中継が減少したことでナイター開催のメリットが減少したことや、ファンサービスのため、週末と休日には再びデーゲームでの開催が増加しており、現状では概ね年間20試合程度がデーゲーム開催となっている。なお、東京ドームは屋内球場であるため、夏場でもデーゲームが組まれている。
巨人軍のナイター開催は長年午後6時に設定されてきたが、2012年7月25日に行われたDeNA戦で試行的に7時開始で行った。これは、この前日まで第83回都市対抗野球大会が開催され、その会場の応援ステージの撤去などの諸作業を行うのと、ファンから「会社帰りでも試合開始から試合が見たい」との意見があったことから、この1試合限定で行った。
2013年についても、7月から8月の5試合で「630ナイター」と銘打って、6時30分からの試合開始に設定した。これも前日の7月23日まで第84回都市対抗野球大会が行われたための撤収作業と、ファンからの要望によるもの。特に期間中の2試合で生ビールを800円から400円に半額とするサービスも行われる。
2014年も、7月の5試合で「630ナイター」として継続し、6時30分からの試合開始に設定。これも、第85回都市対抗野球大会の開催準備とファンからの要望に応えたもの。
ただし、過去にもナイター黎明期のころは午後7時開始が多く存在した。
基本的に、地上波ではナイターは19:00 - 20:54、デーゲームは15:00 - 17:00（放送日による）での中継である。
長年、主催ゲームのテレビ中継は読売新聞系列である日本テレビによる独占状態が続き（1959年6月25日の天覧試合・阪神戦だけNHK総合テレビジョンとの併用中継）、全国の系列局へネットされていた事から、全国に多数の巨人ファンを獲得した。2002年から日本テレビによる独占が崩れ、地上波では土曜日のうちナイトゲームの数試合がNHK総合テレビによる中継となった他、他局による中継（テレビ朝日・テレビ東京）も行われるようになった。地上波では中継試合が削減されており、テレビ朝日・テレビ東京はともに撤退、日本テレビでもナイター中継に限ると年間数試合程度に留まっている。開幕戦や優勝決定試合など特別な事情がある場合を除き、ナイトゲーム中継では中継時間の延長オプション（21:24までの最大30分）も廃止された。
地上波が減少した代わりに、日本における衛星放送であるBS日テレにて、延長オプションも含めて放送されている（上記のようにNHKで中継する試合などで放送されないこともある）。