BSE問題
BSE問題（ビーエスイーもんだい）とは、2000年代初頭より発生した、BSE（牛海綿状脳症、Bovine Spongiform Encephalopathy）に関する一連の社会問題である。BSEそのものに加え、企業による牛肉偽装事件の発生も相次ぎ、畜産業や精肉店などの食肉関連産業、食品加工業や外食産業、スーパーマーケットなどの流通業、そして一般消費者を巻き込んだ一大問題となった。本項ではこれらに関する社会動向を記述する.
またマスメディアによる報道の過熱によって、日本でのBSE感染患者は1人も出なかった（海外での日本人感染者1人のみ）にもかかわらず、BSEが発生したと報道された畜産農家や、目視検査をした女性獣医師など5人が自殺した。
牛海綿状脳症 (BSE) は、伝達性海綿状脳症 (TSE) の一種で、牛に見られる疫病である。BSEは俗に「狂牛病」 (mad cow disease) と呼ばれることもある。
BSE問題は主に牛肉に関してのみクローズアップされる傾向があるが、羊やヤギ類のTSEであるスクレイピーがプリオン病の起源とされる。異常プリオンは高温・高圧でないと変化せず、通常の調理方法では無害化できないため焼却処分かオートクレーブで高温高圧処理を必要とする。したがって、BSEの原因となる異常プリオンが蓄積される特定危険部位 (SRM) の確実な除去が必要である。
BSEは、主に牛などを肥育するための飼料に含まれていた肉骨粉が、異常プリオンというタンパク質に汚染されていたために水平感染したことが確認されている。同様に異常プリオンによって引き起こされる、ヒトの伝達性海綿状脳症 (TSE) であるクロイツフェルト・ヤコブ病との関連性も確認されており、特定危険部位の食品への混入や食肉の異常プリオン汚染を防ぐ対策が講じられている。
食肉への異常プリオン混入に関しては、異常プリオンが蓄積されやすい特定危険部位を除去することによって防ぐことができる。また肉骨粉の使用・混入を禁止するなど、適切な飼料規制（フィードバン）によってもBSEの発生を防止できるため、すでに世界各国で実施されている。
これらの対策の結果、BSEが原因とされるヒトのプリオン病である変異性クロイツフェルト・ヤコブ病 (vCJD) の発見数は減少した。しかし、潜伏期間が長いvCJDは発見から感染経路特定が困難であることもあり、長期の監視が必要であるというプリオン病専門家からの声もある。
なお、日本国内産の牛においては、2009年1月に北海道でBSE患畜（2000年生)が発見されたのを最後に、BSE患畜の発生は見られなくなった。北海道以外で生まれた牛では、2004年2月に神奈川県でBSE陽性とされた乳用牛（1996年生）が最後であった。
BSEはイギリスで初めて特定され、のべ160件弱の発症報告がなされた。当初イギリス政府は牛肉との因果関係を否定していたが、後にメディア報道の活発化にともない、牛由来の物質がもっとも疑わしい旨を表明した。メディアはイギリス政府のこうした対応の不備を大きく報道した。
イギリス政府は、30か月以上の牛をすべて食用から除去するという政策を施行し、370万頭の焼却処分を余儀なくされた。2000年のEUによるBSEのテストキットの認証を待ち、同月齢以上の検査サンプル数を大幅に増やして行った検査の結果、のべ178,000頭のBSEが発見された。
同時にイギリス政府は食品安全機関を組織し、正しい知識の発信と生活者の啓蒙、そしてメディアに対しては冷静な報道を要請し続けた。
2001年9月10日に千葉県でBSEの疑いがある牛が発見されたと農林水産省が発表。10月に食用牛の全頭検査が導入されるなどの対応がされた。日本でのBSE感染牛の発生は、2001年9月21日に千葉県で確認され、その後は北海道（同年11月21日）、神奈川県（2004年2月21日）、熊本県（同年9月13日）で確認されている。
これを受けて日本政府は、2001年10月からBSE対策事業の一環として、全頭検査前の国産牛肉買い取り事業を行ったが、これを悪用した食肉関連企業による牛肉産地偽装事件が相次いで発覚し、大きな社会問題となった。
2002年1月に雪印食品による雪印牛肉偽装事件が発覚し、同年5月に同社関西ミートセンター元本部長ら5人が逮捕（のち3人が有罪判決）。雪印食品は同2002年4月に廃業解散した（精算は2005年8月）。これが最初に発覚したBSE関連の牛肉偽装事件である。
また2000年に雪印集団食中毒事件を起こしていた親会社の雪印乳業は、雪印食品の牛肉偽装事件がとどめとなり、2003年1月に全農など農協系の支援を受けて日本ミルクコミュニティに統合された（2011年4月、雪印メグミルクに吸収合併）。なお、集団食中毒事件の影響で雪印食品から分社化したアクリフーズも、2003年10月にニチロ（現：マルハニチロ）に売却されている。雪印グループの一連の事件は一企業の不祥事にとどまらず、創業の地である北海道内のBSEで打撃を受けた畜産農業に追い打ちをかけた。
同2002年6月には福岡県古賀市のハム・ソーセージメーカー日本食品（同年8月民事再生法適用開始）、同年7月には日本ハムの牛肉産地偽装事件が相次いで発覚し、大手食品メーカーを含む食品偽装と補助金詐欺事件の続発は社会に衝撃を与えた。
その後も、大阪市の食肉卸売業者ハンナンが巨額の補助金詐欺事件「ハンナン事件」を起こし、2004年4月に元会長の浅田満ら11人が逮捕された（のち浅田は実刑判決）。
2007年6月には、苫小牧市の食肉加工卸売業者ミートホープ（自己破産により廃業）の食品偽装が発覚、社長の田中稔が逮捕され実刑判決。ミートホープ事件では加ト吉（現：テーブルマーク）の連結子会社である北海道加ト吉も関与しており、親会社の加ト吉は翌2008年1月に日本たばこ産業 (JT) の子会社となった（2010年1月、テーブルマークに社名変更）。
BSE関連の牛肉偽装事件で相次いだ企業犯罪により、食の安全に対する国民の信頼が大きく揺らぎ、BSEそのもの以上に深刻な打撃を社会に与えた。
BSEによる牛肉産地偽装の影響は、スーパーマーケットなどの流通小売業にも及び、2002年9月には札幌市の西友元町店で西友偽装肉返金事件が発生して騒動となり、暴行による現行犯逮捕者が出ている。
また吉野家が牛丼の販売を2004年2月より2006年9月まで長期間にわたり休止するなど（詳細は吉野家#BSEによる米国産牛肉輸入停止の影響を参照）、外食産業の経営にも大きな影響を及ぼした。一時は全日空、日本航空など航空会社の機内サービスでもビーフコンソメスープのサービスが中止された。
さらに報道の過熱により、BSEが発生したと報道された畜産農家や、後にBSEだと判定された牛の目視検査をした獣医師が相次いで自殺し波紋を呼んだ。BSE感染を目視検査で発見することは不可能である。日本で確認されたBSEのうち、8頭目と9頭目は、異常プリオンの蓄積量が迅速検査の検出限界であろうという24か月齢以下の牛であった。なお、メディアによる報道は、「24か月以下の牛には異常プリオンが蓄積されない」と言い換えられているため、検出限界と病気の如何について誤解が生活者に浸透している。また、牛がいつ感染したのか分からないことと、感染後の蓄積のスピードには個体差があるであろうことから、同一の検出限界のキットを使用しても感染を確認できる牛の月齢分布は正規分布になる事はあり得ない。よって、24か月が検出限界であるというのは経験則であり、統計学な根拠があるわけではない。従って、24か月未満で発見されることは、その牛の個体差などを示しているにすぎない問題である。
また、8例目の異常プリオンの型（日本では2次確定検査に使われるウェスタンプロット法によって得られるタンパク質の分散型のこと）は、BSE特有の型にも当てはまらない型であったため、新しいタイプのBSE（非定型BSE)として考えられている。平成19年5月、厚生労働省の研究班（主任研究者＝佐多徹太郎・国立感染症研究所感染病理部長、担当研究者＝横山隆・動物衛生研究所プリオン病研究チーム長など）は、21か月、23か月齢（8例目）でBSEと判定された牛からは感染性を確認できなかったという中間報告を発表し、その後「最終的に感染性は確認できなかった」と報告された。検出限界を下回る21か月、23か月齢でのBSE判定に関しては、以前より日本国内はもとより海外の専門家の間では疑問視する声が上がっており、感染性を確認出来なかった事実は「BSE判定の失誤」との指摘を裏付けることとなった。
一方、2007年8月25日、国内2例目の非定型BSE感染牛（生後14年1か月＝169か月齢）ではマウスに感染することが、動物衛生研究所・プリオン病研究センターなどの研究チームが確認された。2007年現在の迅速検査によってぎりぎり発見される定形型BSE牛や、8例目で発見された非定型異常プリオンの場合には、人間に対して危険性のないことが示唆された。なお、23か月齢（8例目）、21か月（9例目）でBSEと判定された結果、当時専門家により妥当と考えられていた30か月齢超の牛のBSE検査基準を、世界で最も厳しい20か月齢（検出限界以下）まで押し下げる結果となり、科学的に根拠が疑問視される全頭検査が続くこととなった。なお過去に大規模なBSE患畜の発生をみたヨーロッパは、2011年7月に検査月齢を72か月齢まで緩和した。
2013年1月現在、世界でBSE検査を実施している国は、日本（20か月齢だが全頭検査実施中）とEU（72か月齢）となっている。
米国のアン・ベネマン農務省長官は2003年12月23日夕刻（日本時間12月24日午前）の記者会見で、ワシントン州で飼育されたホルスタイン種の牛一頭が、検査の結果 BSE に陽性とみられる反応を示したことを明らかにした。また、感染したとみられる牛の脳組織サンプル（検体）をイギリスの研究所ウェイブリッジ中央獣医学研究所に送り再検査による確認を求めた、とも述べた。
問題の牛は1999年に生まれ、ワシントン州西部のヤキマ郡マブトンの大規模酪農場で育ったものとされている。2003年12月9日、食肉処理場に運ばれる際に歩行困難の症状が見られたため、念のため脳組織の検体を12月11日アイオワ州エイムズ市の国立獣医学情報研究所（National Animal Disease Center、国立獣医療研究所とも）に送り、BSE 検査を二回にわたって実施した結果、二回とも陽性の反応を示し、12月22日に発覚したとされる。ベネマン農務省長官は「この牛とともに飼育されていた4,000頭の牛はただちに隔離された」とも述べた。
米国農務省は2003年12月25日（日本時間は12月26日）、緊急記者会見を開き、イギリス（ウェイブリッジ獣医学研究所）は、米国農務省がおこなった第2次検査結果の結果と評価に対して同意していた旨を発表した。そして「米国初のBSEであるという米国農務省の判断は〔同研究所の再確認検査結果で確定されるが〕これが覆ることはまずないであろう」と言明（なお、同研究所にはこの時まだ、サンプルは届いていなかった。サンプルは翌日に到着が確認され、再確認検査が行われたはずである。）これによって BSE の発生は事実上確定と見なされた。
2003年12月23日、米国内で BSE の疑いを受けた牛が発見されたと発表されたため、日本と韓国は直ちに今後の状況が判明するまでの間、当面の米国産牛肉輸入差し止め措置を取った。世界最大の牛肉生産国である米国に対し、牛肉輸入量で第1位と第3位を占めるといわれる日本と韓国の輸入停止により、米国経済・国際経済に与える影響は、きわめて大きくなることが予測された。
厚生労働省は、第三者機関による検査結果を待つことなく、米国農務省の独自の検査結果評価への第三者機関の同意をもって、食品衛生法第5条第2項に基づき米国産の牛肉と牛肉加工品について輸入の禁止を正式に決定した。
翌12月24日（日本時間12月25日）朝までの間に、日本と韓国に続き、メキシコ（輸入量第2位）、ロシア、ブラジル、オーストラリア、台湾、シンガポール、タイ、マレーシア、チリ、コロンビアそして香港が相次いで輸入差し止めあるいは一時輸入差し止めを決めた。この時点で、輸入差し止め措置を行なった国は少なくとも12か国と1地域となり、その合計は米国の牛肉輸出量全体の7割に及ぶ。ちなみに、欧州連合は牛の成長ホルモン（成長促進剤）投与をめぐってすでに輸入を禁止していた。
日本国内の報道によれば、農林水産省と厚生労働省は同日午前中に米国産牛肉と牛肉加工品、生体牛の輸入を一時的に取りやめとし、輸入に必要とされる動物検疫所の輸入検疫証明書発行も停止。その日のうちに BSE 対策本部（本部長・金田英行農水副大臣）を設置した。
国内の外食産業やスーパーなど牛肉を取り扱う企業は、終日今後の対応に追われた。日本子孫基金の小若順一事務局長は毎日新聞のインタビュー取材に応え、「米国は BSE は出ないという大前提に立ち、欧州並みの対策すら取ってこなかった」ことを挙げて米国の対応を批判、米国での BSE 発生に違和感を覚えないと述べ、さらにオーストラリア産牛肉など、安全上比較的リスクの少ない市場へシフトしてこなかった企業の対応を批判した。
また、亀井善之農水相は25日午前の記者会見で、（ウェイブリッジ獣医学研究所による検査の）結果次第と条件をつけながらも、米国に対し牛の全頭検査を求めたいと言明した。
日本では2001年10月から、病死・事故死も含め、すべての牛を検査する全頭検査 (blanket testing) を実施してきた。のみならず、2003年6月4日に成立し、6月11日公布、12月1日に施行された「牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法」（牛肉トレーサビリティ法、あるいは牛肉履歴管理法とも呼ぶ）によって、すべての牛に個体識別番号を付けることを罰則つきで義務づけ、識別番号をインターネットで検索すれば「出生年月日」「雌雄の別」「母牛の個体識別番号」「飼養施設の所在地」「牛の種別」など牛の個体がたどった履歴を調べることができるようになっている。これは世界でもっとも厳格な牛の個体管理であるといわれている。
2003年12月25日に行なわれた記者会見で福田康夫官房長官が「〔米国で〕全頭検査をしなくても納得いく状況があれば、〔日本への輸入を〕認めなければいけない状況もあるかもしれない」と述べた発言は、全頭検査なしで輸入解禁を容認するもので、関連業界や酪農団体などからダブルスタンダード（二重基準）だと批判する声が上がっているという報道もあった。実際、日本は2003年5月からカナダからの牛肉輸入を禁止している。このときにカナダ当局へ要求した全頭検査が受け容れられなかったことが、禁輸の理由とされていたからである。
なお、米国からの輸入を停止していたメキシコは2004年3月に輸入再開を決定。台湾は2005年3月、輸入再開を決定し、2005年4月に輸入を再開した。
米国農務省のマイク・ジョハンズ長官は記者会見で2005年6月24日（現地時間）、BSEが疑われる八歳牛一頭から採取した試料を、イギリスの国立ウェイブリッジ獣医学研究所の再検査結果が最終的にBSEであると確認診断したことにより、陽性だったと発表した。
再検査を実施したのは、農務省が免疫組織化学法 (IHC) で陰性であったと結論付けたことに対し、農務省監査局が再検査を指示したため。
米国農務省は問題となった牛についての情報をほとんど公開していない。テキサス州産牛だという報道もあるが、農務省はこれを肯定も否定もしなかった。
農務省動植物保健検査局の責任者ロン・ダヘイヴン（Ron DeHaven、主任獣医官）はシカゴ商業取引所でのパネルディスカッションにおいて、問題の牛はペットフード加工工場で見つかったと述べ、また6月27日付ウォールストリート・ジャーナルは、2004年11月にテキサス州の工場でペットフード用に加工処理された雌牛だと指摘する「政府の誤診で消費者への警告が七カ月遅れた」と表題をつけた記事を掲載した。
これによって農務省が正式にBSE牛であると確認したのは、2003年12月に次ぐ2例目となる。前回のカナダからの輸入牛と違い、ジョハンズ長官は「現時点では輸入されたという根拠は何もない」と明言したため、この発言が正しければ初の米国産陽性牛となる。長官は同時に、免疫組織化学法で陰性の結果となり、検査法によって異なった結果が出たことから、今後は免疫組織化学法 (IHC) に加え、日本政府がこれまで併用を強く要請してきたウエスタンブロット法を併用する方針を明らかにした。
台湾の食物衛生関連部局は同年6月25日、4月に解禁していた米国産牛・牛肉関連製品輸入を、再禁止する方針を発表した。
2頭目陽性牛の発覚によって、米国の検査体制・検査方法に対する信頼は低下し、日本への牛肉輸出再開は遅れる可能性が高まった。日本では全頭検査によって、国内で陽性牛が発見された直後の2001年10月以来、450万頭以上とされるすべての国産牛を対象に検査した結果、20頭の陽性牛を発見（2005年6月現在）してきたのに対し、米国では2004年6月から開始した検査で、約38万頭から1頭の陽性牛を確認したに過ぎず、米国の検査体制の脆弱さを指摘する専門家が少なくなかった。また、国立精神・神経センター武蔵病院の神経内科医師・池田正行ら専門家の中には、全頭検査を実施しても、現行の検査精度は不十分で「検査をすり抜ける陽性牛が存在する」とする主張もある。
全国消費者団体連絡会（略称: 全国消団連）事務局長の神田敏子は、2005年6月25日にNHKの取材に答え「〔安全性に〕疑いがあれば、米国産牛を輸入することになっても消費者として買うことはできない」と述べ、毎日新聞記者・望月靖祥の取材に対し、今回の事態について「米国の検査体制などは日本に比べて不完全なので、（2頭目の発生は）予想通り。内閣府食品安全委員会は外圧に負けず、しっかりと審議してほしい」と述べている。
参議院農林水産委員会は6月27日、集中審理の結果、北米産牛肉の輸入再開では国民の理解が得られるよう配慮するなど政府として万全の措置を講ずべきだとする決議を全会一致で採決した。一方、内閣官房長官・細田博之は6月28日、輸入再開に関し「BSE問題が発生する前の牛なので、（陽性となる）可能性があることは（米国政府によって）認められている。（輸入再開）基準でさまざまな考え方を確定しているので、（輸入再開問題に）直接には影響しない」と述べた。
多くのマスコミはアメリカの検査体制に疑問を呈したが、読売新聞はアメリカからの輸入再開に積極的で、社説で日本の基準を国際基準程度に緩和するよう訴えた。
主なものとして、以下があげられる。
国際獣疫事務局 (OIE, Office International des Epizooties) のTerrestrial Animal Health Code
OIE基準ではそれまで5段階だったリスク評価を2006年5月より3段階（無視できるリスク国・管理されたリスク国・不明のリスク国）に変更。日本はパリで開催されたOIE総会（2010年5月24日～29日）において「管理されたリスク国」に認定された。
欧州食品安全機関 (EFSA, European Food Safety Authority) のGBR (Geographical BSE Risk) 
EFSAのGBR基準では4段階からなるリスク評価となっている。EFSAの前身であるSSCの2002年1月の文書によると日本はGBRレベルIIIとされているが、正式な評価は行われておらず、評価は凍結中とも書かれている。
BSE問題により米国、カナダ産の牛肉が市場で取引されなくなると、代わってブラジル、オーストラリア産の牛肉が取引されるようになった。これにより、日本ではオーストラリア産牛肉の取引量急増によるセーフガードの発動が行われた。
ブラジルについては、牛肉需要が急増した結果、アマゾン川流域の熱帯雨林の伐採、牧場地獲得のための殺人事件などが頻発するようになった。また、ブラジルは口蹄疫の発生国であるため生鮮牛肉の輸入は認めていない。その後ブラジルでも、2012年12月8日にBSEの発生が発覚し、全面輸入禁止となった。
当時政府の対応を批判したメディアによって、各国でBSEの恐ろしさについて大きく報道されたため社会的な不安が巻き起こった。