列車番号の付番方法
列車番号の付番方法（れっしゃばんごうのふばんほうほう）では、各鉄道事業者ごとの列車番号の付番規則について解説する。
JR各社は基本的に日本国有鉄道が定めた付番方式を踏襲しており、原則として以下の基準により付番される。ここで記述する体系は一般的な原則であり、例外的なものも多数存在する。
番号によって列車の「種別」を表したが、列車の「性質（この呼び名は本項目内の便宜的な言い方である）」を、番号の前の文字で表す。
東京近辺の電車区間は、運転本数が非常に多い。このため、1から順に番号を付けると番号が重複してしまう可能性がある。そこで、以下のような独自の規則が採用されている。なお、この符番は、電車特定区間以外の路線やJR以外の鉄道社局でも採用しているケースがある。一般に、鉄道事業者ごとで独自の番号を付すことが多い。よって、N・XなどJRでは使われないアルファベットを使用する場合もある。
一例として、上り・下りの概念を使わずA線・B線と称する東京メトロの場合、頭にA・Bを付し乗り入れ元会社の列車番号を使用する場合もある。また東京都交通局（都営地下鉄）の大江戸線もこの付番方法である
なお、相互乗り入れを行う場合、乗り入れ協定を結ぶ際に使用する車両の在籍会社を示す符号を決める場合がある。
路線が異なる場合は記号の重複が認められている。詳細は次節以降に記述する。
各線とも運用する車両ごとに十位・一位からなる列車番号が付される。範囲は、普段は11から34までが付されるが、東西線では36が付されたこともある。試運転の車両に付される番号は01(例外として、東西線8000形のATOに関する試運転では02が付される)。南北線・東豊線について、大規模なイベントが開催される際に運行する臨時列車には50から89が付され、事故車等の回送には90から99が付される。
各線とも千位・百位が始発駅の時刻（直通列車はその列車の始発駅の時刻）、十位・一位が運行番号となり、以下のアルファベットを末尾につける。
ただし、同じ時間に複数回同一の運行番号の列車が運行される場合は、社局別の英字の後に小文字の英字をabc順に付して識別する（例：801Ta→801Tb）。
名古屋市交通局の鉄道路線では以下の原則で付番される。京王線系統の場合：4桁
例外もあるが、ここでは割愛する。
2006年9月1日のダイヤ改定より、上り下りとも50本を超える場合は末尾にアルファベットを追加する。
1992年5月28日ダイヤ改正以前は、3000番台は通勤急行に使用されていた。
2013年2月22日ダイヤ改定以前は、4000番台は通勤快速に使用されていた。
2015年9月25日ダイヤ改正以前は、4900番台は都営地下鉄新宿線内急行となる相模原線直通の区間急行に使用されていた。
井の頭線の場合：3桁
小田急電鉄では以下の様に定めている（特急の下2桁は号数）。経堂通過の急行は平日夜間時間帯の下りのみに適用される。2018年3月17日のダイヤ改正時。車両には表示されていないが、それぞれの系統で運用番号が設定されている。運用番号の数字によって、使用する車両が決められているが、例外もある。基本的に「○xx」と表記され、○は車種を表す符号（1かアルファベット）、xxは運用番号（数字）を意味する。車種の符号は、1は4両編成、Aは6両編成、Bは8両編成、Cは千代田線直通用、Eは千代田線に直通しない10両編成、Nは特急ロマンスカーである。原則として、xxの数字が最大値になるまで翌日の運用番号の数字は、当日の数字に1を加算し（例：112の翌日は113、A36の翌日はA37、B28の翌日はB29、E24の翌日はE25、N71の翌日はN72など）、最大値の翌日は最小値（11が多い）になるが、予備運用は飛ばしたり、ダイヤ乱れなどで番号が大幅に変更されたり、前日と同じ番号になるなどの例外もある。また、C運用には千代田線の運用番号が振られており、2018年3月16日までは番号がバラバラになっていたが、翌3月17日のダイヤ改正以降は番号が順番通りになっており、C11は41E、C12は43E、C13は45E…となっている。
2018年3月17日ダイヤ改正の運用一覧
京成電鉄と、相互乗り入れを行う北総鉄道・芝山鉄道では以下の付番方法である。都営浅草線もほぼ同一の付番方法である。
ただし、これらの方法では短距離をピストン運行する列車の場合、同一の列車番号が発生してしまうことから、末尾にa,b,cなど小文字のアルファベット1文字をつけて区別している。なお、京成では上記のように種別によって運行番号が変わるので、出庫から入庫までの間に運行番号が変更となる運用が少なからず存在する。
過去には、特急「開運」や不定期の特急・急行で頭部にHを使用していた（現在のAEに相当する列車。京急車を表す末尾のHとは意味が違う）。臨時運用ではSを使用する場合もある。
3桁ないし4桁の数字の末尾に2つ以内のアルファベットを加えて表される。数字の千の位と百の位は列車の始発駅発車時刻の「時」が使用され、下2桁は編成ごとの運行番号を表す。列車番号は乗り入れ先に合わせるため、通例とは逆に下りが偶数、上りが奇数となっている。現在の付番方式は1973年（昭和48年）9月1日より使用されている。
アルファベットの優先順位
使用するアルファベットには優先順位が存在し、他社局車両＞他社局線直通の自社車両＞自社線内完結の自社車両の順となっている。
ただし、これ以外にも例外が存在する。それらについては後に解説する。
自社車両以外で運用する列車（列車番号の付番方法#東京都交通局（都営地下鉄）も参照）
自社車両使用列車
さらに、短区間で折り返す列車の場合に発生する番号の重複を防ぐために下の文字が使用される。
基本的には使われないが、他にも以下の3種類がある。
1973年8月31日以前の付番方法
この頃のアルファベットの付け方は、現在のように種別毎ではなく、直通する支線毎に設定していた。
この他、他社局車両については現行と同じである。
当時は運行番号で列車種別を区分しており、普通は1～、急行は51～、特急は71～、快速特急は71D～を使用していた。快速特急にDがつくのは、設定時、既に運行番号に空きがなかったため、久里浜線直通であるDを付けて区分したためである。
営業列車同士の併結、並びに1本の列車を分割してそれぞれ別個の列車として営業を行う列車については、併結する場合には併結前に8両編成の列車が持っていた番号を使用する。分割する場合には、8両編成の列車は分割前の番号をそのまま使用し、4両編成の列車は分割時刻を基準に上記の方法で新たに付番する（なお、2005年10月現在京急線内における営業中の増解結はすべて8両編成と4両編成の列車とで行われている）。2012年10月のダイヤ改正で、このような営業列車同士の併結・分割は無くなった。
回送列車として出庫し途中駅から営業列車となる場合、また営業列車として運転し途中駅から回送列車となる場合も列車番号の変更は行わない。この場合はその列車の最初の出発駅の発車時刻を基準とし、営業列車のアルファベットを付与した列車番号で全区間運転される。営業列車として運転し折り返し回送列車となる場合、及びその逆の場合は、営業列車の運行番号とアルファベットを使用し、始発駅（折り返し駅も含む）の発車時刻を基準に列車番号が付与される。
東京急行電鉄の列車番号は、6桁の数字で構成されており、以下のような付番方法をとっている。なお、東横線では横浜高速鉄道みなとみらい線と相互直通運転を行っているが、横浜高速鉄道は東急に車両の管理・保守ならびに運転業務を委託しているため、車両の所属社による運用の区別はなされておらず、列車番号の設定も東急と同一視している。東武鉄道では以下の列車番号で設定されている。
（例：長津田13:09発の52T運用の急行列車→1352T、南栗橋22:06発の19K運用の準急列車→4219K）
2003年3月のダイヤ改正で本数が削減されるまではDも存在した。
1997年以前の列車番号（本線系統）回送の列車番号は前後の列車と関連付けさせるため基本的に一の位の前後の数を用いていた。（日比谷線直通は通常の営業列車と同じように付番しそれらの前に回を付けていた。）
例：2501列車の折返しの上り列車の回送→回6502列車
貨物列車種別
行先区間
直通運転列車
東上線系その他の列車
相模鉄道では、以下のように定められている。普通旅客列車とはこの場合、各駅停車のことを表す。
下りが奇数、上りが偶数となっている。2017年3月17日までは下3桁の番号は種別を問わず、本線系統といずみ野線系統でそれぞれ通算され、始発時刻が早い順に付番されるが2017年3月18日以降はそれぞれの種別の系統ずつに付番される。 回送列車にはそれぞれ「回」の文字を数字の前に付ける。
先頭車両の前部には列車番号ではなく運行番号のみを表示する。また、列車番号と運行番号に関連性は無い。
2011年12月17日改正現在
京阪電気鉄道の京阪線関連（鋼索線をのぞく）での列車番号は、頭部と末尾にアルファベット1文字が、その中間に算用数字4桁が入るようになっている。頭部のアルファベットは列車の種別と運行区間・停車駅を、末尾のアルファベットは終着駅をそれぞれ分類し、中間の算用数字4桁は、上2桁が始発時を、下2桁が列車の発車の順位を表している。
京阪部内では前者のアルファベットは種別コード、後者のそれは行先コードとも称されている。
この列車番号の付番方法は列車運行管理システム (ADEC) の導入準備を行った1984年3月29日ダイヤ改正より採用されたものである。なお、同システムの本格使用開始は1987年12月から行っている。
なお、それ以前の列車番号の付番方法、ならびに鋼索線についての説明は本項では割愛する。
以下にアルファベット（頭部・末尾とも）について記述する。
京津線・石山坂本線ともに4桁の算用数字で表され、上2桁が始発駅の出発時、下2桁が列車の発車の順位を表す。阪神電鉄の本線では、2桁から4桁の数字で表されており、山陽電気鉄道線への乗り入れ列車については末尾に『S』の英文字が付けられている。
2009年3月20日より開始する近畿日本鉄道への直通運転時に列車番号の付番方法が一部変更され、近鉄車使用の場合は先頭に『K』が記される（阪神線内のみ）。また直通列車は大阪難波駅で列車番号を変更する（近鉄時刻表 2009年版 奈良線・阪神線ページの列車番号記載欄より。実際列車番号が変わるのは乗務員交代が行われる桜川駅となる）。
阪神梅田 - 山陽姫路間の直通特急・直通B特急については、区間運転を含めて列車番号の千位が『9』となり、また臨時列車（プロ野球および高校野球開催時の臨時特急など）は列車番号の千位が『8』となっている。
直通特急・直通B特急（神戸三宮 - 板宿間各駅停車）は4桁の数字で表され、列車番号の千位が『9』で始まり、中2桁は始発駅の時間（11時台の場合は『11』）を表す。
神戸三宮 - 板宿間の各駅にも停車する直通特急は『列車番号+300』となる（11時台の直通B特急の場合は『41』）。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。山陽の車両で運転される場合は、列車番号の先頭に『S』の英文字が付けられている（この場合、末尾のSは省略）。
また、山陽電鉄では数字の部分に関してはこのルールがそのまま適用されるが、阪神の車両を使う場合は阪神線での列車番号の『S』を外し、先頭に『H』を付け（9xxxS⇒H9xxx）、山陽の車両を使う場合は阪神線での列車番号から『S』を外し、末尾に『H』を付ける（S9xxx⇒9xxxH）。
特急・快速急行・急行・準急・区間準急・普通は3桁または4桁の数字で表され、列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。また快速急行の近鉄車使用列車の場合は先頭に『K』を付ける (Kxxxx) 。
十位はそれぞれの列車種別を表している。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。山陽電鉄線へ乗り入れる列車は、列車番号の末尾に『S』の英文字が付けられている。
なお、運用の関係で線内運転であっても、特急には山陽の車両を使うものが、快速急行には近鉄の車両を使うものがそれぞれ存在するが、この場合も前者は直通特急と同様に先頭に『S』を、後者は本線直通快速急行と同様に『K』を付ける。ただし近鉄車でも阪神なんば線内で折り返す場合は『K』は付かない。また、阪神なんば線では区間準急・準急はすべて各駅停車となっているため普通と同じ番号となっている。快速急行と同じく、近鉄車でも阪神なんば線内で折り返す場合は『K』は付かない。
区間特急の列車番号は通し番号で付番されている。この列車は阪神御影⇒阪神梅田のみの片道運行なので上り列車の番号が10から始まる偶数の通し番号で付番されている。1本目の区間特急は『10』、2本目の区間特急は『12』となっている。
区間急行の列車番号は通し番号で付番されている。40から始まる通し番号で付番され（下りは奇数、上りは偶数）、先頭には『K』の英文字が付けられている。1本目の下り区間急行は『K41』、1本目の上り区間急行は『K40』となっている。
かつては甲子園⇒阪神梅田のみの片道運行で、上り列車の番号が2から始まる通し番号で付番されていた。1本目の区間急行は『2』、2本目の区間急行は『4』となっていた。また列車番号の先頭には現在と同じく、『K』の英文字が付けられていた。
準急の列車番号は100番台・200番台が付けられ朝ラッシュ時の準急は100番台、夕方ラッシュ時の準急は200番台が付けられていた。列車番号は区間急行と同じく通し番号で付番され、上りは100 - 118（朝）、200 - 224（夕方）下りは101 - 117（朝）、201 - 231（夕方）の列車番号が与えられていた。また列車番号の先頭には『S』の英文字が付けられていた。
武庫川線の列車番号は2桁または3桁の数字で表され先頭には『M』の英文字が付けられている。列車番号の先頭2桁が始発駅の時間を表し、下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。ただし、朝や夕方のラッシュ時など6本以上運転される時間帯は前後の時間の番号を使うことがある。
阪急電鉄の神戸線では、3桁から4桁の数字で表されており、神戸高速線への乗り入れ列車については先頭に『K』の英文字が付けられている。
列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。十位はそれぞれの列車種別を表している。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。通勤特急・通勤急行・準急はさらに『+3000』となる。また、梅田 - 西宮北口間の普通は先頭に『L』の英文字が付けられている（後述する入出庫関連のものをのぞく）。最高速度115km/hで運転する特急は末尾に『A』の英文字が付けられている。
4桁の数字で表されており、千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
午前中に西宮車庫を出庫するものは1 - , 午前中に西宮車庫に入庫するものは51 - , 午後に西宮車庫を出庫するものは101 - , 午後に西宮車庫に入庫するものは151 - が付番されている。
4桁から5桁の数字で表されており、万の位・千の位が始発駅の時間を表す。百の位は0をつける。十位はそれぞれの路線を表している。
下1桁は発車順序で付番されている。
8000 - の連番で付番されている。
列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。十位はそれぞれの列車種別を表している。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9, 上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。箕面線の準急はさらに『+3000』となる。
千の位に7をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
百位・十位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。ただし、堺筋系統の直通特急の場合は千の位に6をつけ、神戸線に乗り入れる場合は先頭に『K』をつける。
先頭に『T』を付け、百位・十位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
4 - 5桁で表され、列車番号の先頭1 - 2桁が始発駅の時間を表す。百位は『0』、ただし快速は『1』、を付ける。十位はそれぞれの列車種別を表している。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9, 上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。
千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
3 - 4桁で表され、列車番号の先頭1 - 2桁が始発駅の時間を表す。十位は区間を表している。大阪市交通局所属車については先頭に『S』の英文字が付けられている。
下1桁は発車順序で付番されている。
南海電気鉄道と、相互乗り入れを行う泉北高速鉄道はA桁・B桁・C桁・D桁の4桁の算用数字により表されている。
南海線と高野線では列車番号が重複しても別の列車として扱うので、同じ列車番号の列車がそれぞれの路線で同時に走っていることがある。
臨時回送、試運転列車は南海線は指定区間で運転されるが、高野線は始発駅は任意駅で設定される。
西日本鉄道の天神大牟田線・太宰府線・甘木線では以下の列車番号で設定されている。2桁目と3桁目が基準となる駅（おもに始発駅）の発車時刻が何時台かを表している。たとえば7時台の場合は07, 21時台の場合は21になる。但し試運転に関しては2桁目は必ず9が付番され、3桁目以降は上記の限りではない。4桁目は下りが奇数で上りが偶数で、1 - 3桁目が同じ列車番号のものに順番につけている。ワンマン運転を行う列車は2桁目が5（5 - 14時台）または6（15 - 24時台）になっている。阪神電気鉄道を参照。
3桁または4桁の数字で表され、列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。
十位はそれぞれの列車種別と運行区間を表している。
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。
運行区間が阪急三宮・阪神三宮・高速神戸・新開地 - 東須磨、東須磨 - 山陽須磨、東二見 - 高砂、飾磨 - 山陽姫路のものは『+3000』となる。
阪急三宮発着は末尾に『K』、阪神三宮発着は末尾に『H』を付ける。
また、東二見 - 山陽姫路の特急は先頭に『0』をつける
津軽中里方面を奇数、津軽五所川原方面を偶数として付番している。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。
上総中野方面を奇数、五井方面を偶数として付番している。
羽田空港第2ビル方面を奇数、浜松町方面を偶数としており、4桁の数字の前後にアルファベットをつけている。数字の前のアルファベットは種別を示すが、普通列車はアルファベットをつけない。
4桁の数字は、千位・百位は始発駅の発時刻、十位・一位は運行番号となる。運行番号は奇数のみで、上り列車は運行番号から1を引く。なお、種別にかかわらず同一発時刻で同一方向の2本目となる運行番号は、末尾にHをつける。下館方面を奇数、取手方面を偶数として4桁で付番している。
千の位は行先を表している。
下3桁は発車順序で付番されている。
竜ヶ崎方面を奇数、佐貫方面を偶数として連番で付番されている。
小田急線からの直通電車は、こちらを参照。
強羅方面を奇数、小田原方面を偶数として付番している。
臨時列車は、6000が加わる。
早雲山方面を奇数、強羅方面を偶数として付番している。
大井川本線では千頭方面を奇数、金谷方面を偶数として付番する。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。
井川線では井川方面を奇数、千頭方面を偶数として付番する。
上り（新浜松方面）を偶数、下り（西鹿島方面）を奇数として、始発列車より順番に付番してゆく。臨時列車の場合には臨xxx列車、時刻変更を伴う列車は変xxx列車となる。
なお、団体専用列車などの一般旅客の乗車できない単発的な臨時列車を除き、祭事等の臨時ダイヤで臨時列車を挟む場合でも始発列車より順番に付番してゆき、最終列車側から順に臨時列車扱いとなる。仮に例えば定期列車の下り最終列車を165列車として、161列車と163列車の間に増発臨時列車を挟んだ場合、その増発列車が変163列車、本来の163列車が変165列車、本来の165列車が臨167列車となる。
なお、臨時ダイヤではない団体専用列車などの臨時列車は臨1列車（下り）/臨2列車（上り）から順に付番される。
勝川方面を奇数、枇杷島方面を偶数として、各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。末尾には H をつける。
三岐線では西藤原方面を奇数、近鉄富田方面を偶数とし、各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
北勢線では阿下喜方面を奇数、西桑名方面を偶数として付番する。
南北線
貴志方面を奇数、和歌山方面を偶数として付番する。
西御坊方面を奇数、御坊方面を偶数として付番する。なお全列車が気動車であるが気動車列車を表すDは付かず、数字のみとなっている。
北松江線は松江しんじ湖温泉方面を奇数、電鉄出雲市方面を偶数として、大社線は川跡方面を奇数、出雲大社前方面を偶数として付番する。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
出雲大社前 - 電鉄出雲市を結ぶ列車は川跡で列車番号を変更し、それぞれ原則に当てはめて付番する。琴平・長尾線では琴電琴平・長尾方面を奇数、高松築港方面を偶数として付番する。志度線では琴電志度方面を奇数、瓦町方面を偶数として付番する。
ただし特快速は末尾に'S'を付与する。
島原外港方面を奇数、諫早方面を偶数として付加する。
藤崎宮前 - 御代志間は御代志方面を奇数、藤崎宮前方面を偶数として付加する。上熊本 - 北熊本間も北熊本方面を奇数、上熊本方面を偶数として付加する。
旧国鉄から転換された路線は現在も JR各社と同様の付番形式を採っている場合が多い。
青森方面を奇数、盛岡方面を偶数として付番する。
下2桁は発車順序で付番する。
つくば方面を奇数、秋葉原方面を偶数として4桁付番する。
千の位は種別を表す。
百の位は運行区間を表す。
下2桁は発車順序で付番する。
列車番号の末尾に「D」をつける。
上り水戸方面を偶数、下り鹿島神宮方面を奇数として付番する
上り下館方面を偶数、下り茂木方面を奇数として付番する
軽井沢方面を偶数、妙高高原方面を奇数として付番。下二桁は快速電車が00～10番、普通電車は11番(小諸・軽井沢間は51番)から付番。
岩瀬浜方面を奇数、富山駅北方面を偶数として付番する。上2桁（百・千の位）は、始発駅の発車時刻の「時」が使用される（12時台始発であれば12）。
えちぜん鉄道では、始発駅の出発時刻にアルファベット（路線名の頭文字）を付けることで列車番号としている。ただし、下り列車が偶数分に、あるいは上り列車が奇数分に始発駅を出発する場合は、分から1を減じて下りを奇数、上りを偶数にする。たとえば、15時26分に始発駅である福井を出発する勝山永平寺線の下り列車は「1525K」となる。また、快速列車は3000を、土曜・休日運休の列車には6000を加える。
北濃方面を奇数、美濃太田方面を偶数として付番する。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。なお、数字のみとなっている。
なお、平日のみ運転の列車は1000番台、土曜・休日のみ運転の列車は2000番台となる。
樽見方面を奇数、大垣方面を偶数として付番する。なお、数字のみとなっている。
4桁の数字の末尾に H をつけて表す。高蔵寺方面を奇数、岡崎方面を偶数として付番する。
3桁の数字の末尾に H をつけて表す。金城ふ頭方面を奇数、名古屋方面を偶数とし、300番台から連続して付番する。
平日・土休日ともに列車番号は統一されているが、平日に運転されない土休日のみ運転の列車は500番台から連続して付番する。
3桁の数字にDを付ける。信楽方面は奇数、貴生川方面は偶数。
北条町方面を奇数、粟生方面を偶数として、3桁または4桁の数字を付番する。
一部の列車がJR山陽本線・因美線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ2桁ないし3桁の数字で表され、末尾に気動車を示すDが付番される。智頭・鳥取方面を奇数、上郡方面を偶数として付番している。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。特急スーパーいなばは上郡で、上郡・大原 - 鳥取間を結ぶJR因美線直通の普通列車は智頭で列車番号を変更する。
大半の列車がJR因美線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ4桁の数字で表され、末尾に気動車を示すDが付番される。若桜方面を奇数、郡家・鳥取方面を偶数として付番している。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
水島・三菱自工前方面を奇数、倉敷市方面を偶数として、3桁ないし4桁の数字を付番する。
神辺方面を奇数、清音・総社方面を偶数として付番している。付番後Dをつける。
奈半利方面を偶数、後免方面を奇数にして付番している。
宿毛方面を奇数、窪川方面を偶数にして付番している。
佐世保方面（下り）を奇数、有田方面（上り）を偶数として、3桁の数字とディーゼル車を表す D を付番する。
・100番台 佐々 - 佐世保間
・200番台 たびら平戸口 - 佐世保間
・300番台 伊万里 - 佐世保間
・400番台 伊万里 - たびら平戸口間
・500番台 伊万里 - 松浦間
・600番台 有田 - 伊万里間
快速列車は1000番台を使う。
現在、快速列車は、佐々 - 佐世保間しか運行されていないので1100番台となる。
JR直通列車（通常・臨時とも）に限り、6000番台を付番する。
現在、JR直通運転の通常運転は、たびら平戸口 - ハウステンボス間しかないので、6200番台となる。
臨時列車は、9000番台を付番。
津方面を奇数、四日市方面を偶数として付番する。全列車ワンマン運転のため3桁の数字とワンマンを示す C を付番する。ただし、快速みえ・特急南紀はJR東海の付番方法を参照。
一部の列車がJR鹿児島本線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ4桁の数字で表され、末尾にディーゼル車を現すDが付番される。貨物列車はJR線の運行番号がそのまま使用される（検測などの事業用車、臨時列車は会社境界駅の八代駅や川内駅で列車番号を変更する列車もある）
2017年3月4日のダイヤ改正より列車番号が大きく改番され、上り定期回送列車は下り定期列車と同一列車としたため、上り列車でも例外的に下り列車となる奇数の番号が付番されている（例：米ノ津→野田郷＝6117D、野田郷→出水（回送）＝回6117D・出水→米ノ津（回送）＝回6143D、米ノ津→川内＝6143Dなど）ただし、あくまでも定期回送列車だけの措置であり、臨時回送列車については従来と同じで運行区間に関係なく上り列車は偶数、下り列車は奇数の番号が付番される。
また、回送列車は列車番号の前に「回」が、試運転列車と検測列車は「試」が、救援列車は「救」、貨物列車で機関車のみ運行の場合の単機列車は「単」がそれぞれ付加される。
小牧方面を偶数、桃花台東方面を奇数として付番した。
三木方面を奇数、厄神方面を偶数として、3桁ないし4桁の数字を付番した。
ヨーロッパでは各国の鉄道が相互乗り入れを行っている関係上列車番号も複雑になり、同じ列車が複数の番号を持っている場合が少なくない。過去においては1 - 99が特別急行列車、3桁番号が急行列車、4桁番号が普通列車であったが、この原則も崩れてきている。TEE列車の運転されていた時代は、忠実に守られ、時刻表の列車番号から列車の種別が判別できた。ただ、現在においても優等列車が若い番号を採用することに変わりはない。