熊本地震 (2016年)
熊本地震（くまもとじしん）は、2016年（平成28年）4月14日21時26分以降に熊本県と大分県で相次いで発生した地震。
気象庁震度階級では最も大きい震度7を観測する地震が4月14日夜（前記時刻）および4月16日未明に発生したほか、最大震度が6強の地震が2回、6弱の地震が3回発生している。日本国内の震度7の観測事例としては、4例目（九州地方では初）および5例目に当たり、一連の地震活動において、現在の気象庁震度階級が制定されてから初めて震度7が2回観測された。また、一連の地震回数（M3.5以上）は内陸型地震では1995年以降で最多となっている。政令指定都市で震度6弱以上の地震を観測したのは、2011年の東日本大震災以来5年ぶりのことであった。
4月14日21時26分、熊本県熊本地方を震央とする震源の深さ11 km、気象庁マグニチュード (Mj) 6.5、モーメントマグニチュード (Mw) 6.2の地震（前震）が発生し、同県の益城町で震度7を観測した。
その28時間後の4月16日1時25分には、同じく熊本県熊本地方を震央とする震源の深さ12 km、Mj7.3、Mw7.0の地震（本震）が発生し、西原村と益城町で震度7を観測した。Mj7.3 は1995年（平成7年）に発生した兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）と同規模の大地震である。
当初、14日に発生したMj6.5 の地震が本震と想定されていた。しかし16日未明に上記Mj7.3 の地震が発生したことを受けて気象庁は同日、後者（16日未明）の地震が本震で、前者（14日）の地震は前震であったと考えられるとする見解を発表している。過去に当初の発表から訂正され、本震と余震が入れ替わる事態は海溝型地震である2011年の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）においても起こっているが、内陸型（活断層型）地震でマグニチュード6.5以上の地震の後にさらに大きな地震が発生するのは、地震の観測が日本において開始された1885年（明治18年）以降で初めてのケースであり、また一連の地震活動において震度7が2回観測されるのは、1996年に現在の気象庁震度階級が制定されて以来初めてのことであった。一方で、静岡大学客員教授の吉田明夫は14日と16日の地震のメカニズムが異なるとし、「『前震 - 本震』ではなく独立した活動とみた方がいい」と指摘している。
14日の地震は日奈久断層帯の北端部の活動、16日未明の地震は布田川断層帯の活動によるもので、隣接する二つの断層帯が連動することで発生した連動型地震とみられている。東京大学地震研究所教授の纐纈一起は、「活発な断層帯が隣り合う特別な条件下において一連の地震が発生した」と指摘している。一方、名古屋大学教授の鈴木康弘は「別々の断層帯でなく、一続きの断層帯とみるべき」と主張しており、前震の割れ残りが動いたことで本震が発生したとしている。
さらに16日の本震以降、熊本県熊本地方の北東側に位置する阿蘇地方から大分県西部にかけての地域と、大分県中部（別府-万年山断層帯周辺）地域においても地震が相次ぎ、熊本地方と合わせて3地域で活発な地震活動がみられた（詳細は後節）。熊本地方の大地震が離れた地域の地震活動を誘発した可能性（誘発地震）が考えられているが、このような例は気象庁の担当官も「（日本の）近代観測史上、聞いたことがない」としている。これらの理由により、前震・本震・余震の区別が難しいとされ、気象庁は「16日のものが本震とも言えるが、3種の区別をせずに見ていきたい」と説明している。
最大震度6弱以上が観測された7件の地震の主なデータは次の通りである。
気象庁は最初の4月14日21時26分の地震を「平成28年（2016年）熊本地震」（）と命名し、4月15日に発表した。4月16日には、さらに規模が大きい地震が発生し、同庁は4月17日、今後の状況を見た上で名称を再検討する意向を表明。しかし4月18日に、気象庁地震津波監視課課長の青木元が、記者会見で一連の地震について「熊本地震と引き続く地震活動と捉えている」との見解を示し、名称を変更しない考えを明らかにした。4月21日に気象庁は、「平成28年（2016年）熊本地震」は「4月14日21時26分以降に発生した熊本県を中心とする一連の地震活動」を指すとする説明を発表した。
報道においては朝日、産経、毎日、読売の各全国紙の電子版で熊本県外への地震の影響に言及する記事（2016年5月1日以降）でも見出しなどで「熊本地震」という呼称を使用している例がある。他方、大分県の地方紙である大分合同新聞の記事（4月22日付け朝刊以降）では、「熊本地震」のほか「熊本・大分地震」という呼称も使用している。
4月14日21時26分、一連の地震で最初の地震（Mj6.5）が発生し益城町で震度7（計測震度6.6）を観測した。震度5弱以上が観測された市町村は以下の通り。熊本県の嘉島町では、地震直後に震度情報が未入電となり、震度5弱以上と推定されていた。中部地方の一部から九州地方にかけての範囲で震度1から震度4を観測した。
気象庁は地震検知から3.8秒後の21時26分42.5秒に緊急地震速報（警報）を九州地方7県（鹿児島県から福岡県）、山口県および愛媛県の各県の区域を対象として発表した。
この14日の地震は、北北西 - 南南東方向に張力軸を持つ、この地方で一般的な「右横ずれ断層」型であり、北北東 - 南南西方向に伸びる震源断層を持つと推定されている。政府の地震調査委員会は、この地震および翌日のMj6.4の地震は、日奈久断層帯（約81 km）の北端部に当たる、高野 - 白旗区間（約16 km）の活動によるものとの見解を発表している。地震調査委員会は地震前、同区間で将来M6.8程度の地震が発生すると推定し、発生確率は不明としていた。
最初の地震から約2時間半後の4月15日0時3分に熊本県熊本地方を震央とするMj6.4（Mw6.0）、最大震度6強の地震が発生している。気象庁が発表したこの地震のは、最初の地震のより南西に約5.5 kmずれている。
最初の地震から約28時間後の4月16日午前1時25分5.4秒にMj7.3（Mw7.0）、最大震度7の地震が発生した。気象庁が発表したこの地震のは、4月14日に発生したMj6.5の地震のより西北西に約4.5 kmずれている。この地震の最大震度は当初、震度6強とされていたが、気象庁に送信されていなかった熊本県益城町と熊本県西原村の震度計のデータを同庁の現地調査で解析した結果、震度7を観測していたことが判明し、4月20日に公表された（計測震度は益城町で6.7（国内観測史上最大）、西原村で6.6）。
地震発生直後には、有明海と八代海の沿岸に津波注意報が発表されたが2時14分に解除され、津波は観測されなかった。
気象庁は地震検知から3.9秒後の1時25分14.0秒に緊急地震速報（警報）を九州地方7県（鹿児島県から福岡県）の各県の区域を対象として発表し、さらに4.7秒後（地震検知から8.6秒後）には対象に山口県、高知県、愛媛県、広島県および島根県の各県の区域を追加した続報を発表した。
震度5弱以上が観測された市町村は以下の通り。このほか、山形県の一部から九州地方までの範囲で震度1から震度4を観測した。発震から約32秒後の1時25分37.4秒に大分県中部でMj5.7の地震が発生しており、下記における各地の震度はこの地震によるものも含む。
本震における最大加速度は以下の表のとおり。前震と異なり、"上位10観測地点ですべて600 galを超える値"を観測している。
なお、韓国の釜山広域市では改正メルカリ震度階級IIIと推定されている。
防災科学技術研究所設置のKiK-net益城の速度応答スペクトルでは、周期0.9秒前後に300センチメートル毎秒 (cm/s) 近いピークがある。家屋被害に大きな影響を及ぼす1 - 2秒周期も200 cm/s前後あり、兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）と同程度かそれ以上の、家屋被害を起こしやすい揺れだった。また、非常に強い長周期地震動を観測し、周期3 - 4秒において、兵庫県南部地震時の神戸市、十勝沖地震(2003年)時の北海道苫小牧市、東北地方太平洋沖地震時の宮城県栗原市でそれぞれ観測した揺れを上回った。
この地震は、南北方向に張力軸を持つ右横ずれ断層型（正断層成分を含む）の内陸地殻内地震であり、北東 - 南西方向に伸びる震源断層を持つと推定される。政府の地震調査委員会は発生翌日の17日、布田川断層帯（約64 km以上）の北東端に当たる布田川区間（約19 km）がこの地震の震源断層で、同区間を含む約27 kmが動いたという見解を発表した。同区間で将来的に発生する地震はマグニチュード7.0程度と推定されていたが、今回の地震で動いた断層の範囲は調査委の想定よりも東西に数 kmずつ長く、東側は阿蘇山のカルデラまで達していた。また、この付近では前震の震源域とされる日奈久断層帯と布田川断層帯が交差しており、これらの断層帯が連動して動いたことで、前震と本震を中心とした熊本県熊本地方における一連の地震活動が引き起こされた可能性が指摘されている。
4月14日21時26分の発震からの一連の地震では、気象庁が2013年3月に長周期地震動の観測情報の提供を開始して以来、階級1以上の地震を2018年8月までに計13回を記録して公表している。特に、最初の発震（4月14日21時26分、M6.4）では階級3、その40分後の地震（4月14日22時7分、M5.7）では階級2を記録、さらに翌15日深夜の地震（4月15日0時3分、M6.4）と、翌16日深夜に最大規模となった地震（4月16日1時25分、M7.1）では観測開始以来初めてとなる階級4を共に記録したとしている。
ただし気象庁の事後的なデータ分析によって、2013年2月以前においても、2004年の新潟県中越地震や2011年の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）でも階級4相当の長周期地震動が発生していたことが判明している。
4月16日1時25分の熊本県熊本地方の地震（Mj7.3）以降、熊本県の阿蘇地方（阿蘇山の北東側）および大分県中部（別府市から由布市付近）においても地震活動が活発化した。熊本県の阿蘇地方を震源とするものでは、最大でMj5.9、最大震度6強を観測した。また、大分県中部では熊本地方のMj7.3の直後（同時刻）にM5.7前後の地震が発生して最大震度6弱を観測し、その後も地震活動が続いた。大分県中部の地震活動は別府-万年山断層帯付近において発生している。
気象庁は、熊本県阿蘇地方と大分県の地震について熊本地方における一連の地震の震源域からは離れており、別の地震活動と見ている。一連の地震は九州中部の北東から南西にかけて広がる別府‐島原地溝帯に沿って発生しており、東京大学の平田直や名古屋大学の山岡耕春などの専門家らは、熊本県阿蘇地方と大分県の地震について本震 (Mj7.3) による誘発地震である可能性を指摘している。東北大学教授の遠田晋次は、本震の断層運動によって周辺地域での急激な応力変化が起きた（周辺地域の力のバランスが崩れた）ことにより、阿蘇地方や大分県の地震が発生したと推定している。遠田によれば、このような地震の誘発は科学的に特に異常な現象ではないという。なお別府‐島原地溝帯では、南北方向に引っ張る力がはたらいており、一連の地震活動で発生した地震の多くも、南北方向に張力軸を持つ横ずれ断層型であった。
防災科学技術研究所や気象庁の発表によると、4月16日未明の本震発生の32秒後、大分県（由布市付近）を震源とするM5.7前後の地震が発生していたとみられる。大分県の由布市と九重町で、本震の揺れが始まった後、観測点付近で発生した別の地震によるとみられる、より大きな揺れが観測されていた。本震の際に由布市では震度6弱の激しい揺れを観測したが、これは本震に誘発地震の揺れが重なった結果で、誘発地震がなければ震度4程度だったと考えられるという。
最初の地震から1か月後までには、大分県中部の地震活動は低下した。熊本県熊本地方および阿蘇地方では、5月以降減衰傾向であるが1年後の2017年4月時点でも活動が継続している。
4月14日21時以降、2年後の2018年4月13日までに一連の地震で震度1以上を観測する地震（有感地震）は4,481回発生しており、うち最大震度4以上の地震は145回発生している。最初の地震から1年間の有感地震は4,297回で、新潟県中越地震の999回、鳥取県西部地震の1,196回を超え、内陸または沿岸で発生した地殻内地震としては、震度計による観測が始まった1996年4月以降で最多となっている。
気象庁は、複数の地震を一つの地震としてカウントしていた地震について精査を行い10月11日に発表した。精査の結果、最大震度1以上の地震回数が確定し、最大震度5強の地震が1回(15日0時6分)、5弱の地震が3回（14日23時43分、16日3時9分、16日9時50分）増えるなど、10月10日24時現在で、有感地震は計1,944回増え、2,136回から4,089回へと修正された。
気象庁は通常、大きな規模の地震の後には余震の発生確率を発表しているが、熊本地震では「過去の経験則があてはめられない」として発表を取りやめた。
4月24日午後の気象庁の記者会見で青木元（げん）・地震津波監視課長は熊本県と大分県の地震活動について、「全体的には回数の増減を繰り返しながら地震が継続している」と述べ、それまでの地震で揺れが強かった地域では家屋の倒壊や土砂災害の危険性が高まっているので、引き続き強い揺れに警戒するように呼びかけた。最初の地震から約1か月後の5月13日、政府の地震調査委員会は今後も最低1か月程度は熊本県熊本・阿蘇地方でM5 - 6（最大震度6弱程度）、大分県中部でM5程度（最大震度5強程度）の余震が発生する可能性があるとの評価をまとめた。地震調査委員会はさらに、過去に2 - 3か月の間隔を置いて同程度の地震が発生した例があるとして、「今後も最低2か月程度は、震度6弱以上の揺れに見舞われることも否定できない」と発表した。
離れた地域などでこれまでに経験したことのない地震活動の広がり方をしていることから、活動の範囲がさらに拡大する可能性も指摘された。複数の専門家が、大きな地震がまだ起きていない日奈久断層帯の南西側部分（八代市から水俣市付近）へ地震活動が広がる可能性を指摘しており、最も危惧されている。気象庁も4月17日、地震活動が南西側に広がっているとして注意を呼び掛けた。また、京都大学教授の林愛明は、大分県で大きな地震が発生する可能性やさらに東隣の中央構造線断層帯に影響が及ぶ可能性を指摘した。1596年（文禄5年）には慶長伊予地震、慶長豊後地震、慶長伏見地震が数日の間に連続して発生した例がある。これに対して京都大学名誉教授の岡田篤正は、1596年の地震によって中央構造線断層帯にたまったひずみは解消されており、この断層帯が大きな地震を起こす可能性は低いと考察している。
別府 - 島原地溝帯の延長線上には、九州西方沖から台湾付近へ伸びる海底盆地沖縄トラフがある。熊本地震の約5か月前の2015年11月14日、沖縄トラフ北端付近の薩摩半島西方沖でMj7.1の地震が発生しており、東京大学地震研究所の古村孝志や九州大学准教授の松島健は、この地震と熊本地震との関連性を指摘している。
国際日本文化研究センター准教授の磯田道史は、約400年前の元和5年3月17日（1619年5月1日）に熊本県八代地方で今回の熊本地震と似たケースの地震が起こっていたことを指摘しており、古文書によると余震は長期間続き、現在の大分県に当たる豊後地方も大きく揺れたとの記述があり、さらに度重なる地震で熊本城も崩れたという。
国土地理院による衛星画像の解析によると、一連の地震で、布田川断層帯の北側では最大1 m以上の沈降、南側では最大30 cm以上の隆起が起きたと見られる。また、水平方向には、布田川断層帯の北側で東向きに最大1 m以上、南側で西向きに最大50 cm以上ずれたと見られる。政府の地震調査委員会によると、布田川断層帯沿いで長さ28 km、日奈久断層帯沿いで長さ6 kmの地表地震断層が発見された。益城町では、地表に断層のずれが現れ、水平方向に約2 m食い違っている様子が確認された。
16日午前8時30分ごろに阿蘇山の中岳第一火口で小規模な噴火が発生し火口から噴煙が上空100 mにまで上がった。気象庁は一連の地震との関連性は分からないとしながらも、九州大学教授であり火山噴火予知連絡会副会長でもある清水洋は、「阿蘇山のかなり近い場所で大規模な地震が発生したことで今後の火山活動に影響なしとは言い切れない」と発言した。京都大学火山研究センターの大倉敬宏によると、地震の揺れによって火口内で土砂崩れが発生し、その土砂が火山ガスや蒸気によって噴き上げられたもので、マグマによる本格的な噴火ではなかったとみられる。
一連の地震で、倒壊した住宅の下敷きになったり土砂崩れに巻き込まれるなどして熊本県で合計50人の死亡（直接死）が確認されている。このうち、14日の前震から本震前の15日までには益城町と熊本市で計9人の死亡が確認されていた。熊本市によると同市内の病院には14日23時ごろ時点で、地震で重軽傷を負った70人以上が運ばれていた。死者50人のうち、37人は家屋の倒壊、10人は土砂災害、1人は火災、1人は塀の下敷きになったことによる死者だった。家屋倒壊死37人のうち、7人は前震で、30人は本震で死亡している。また、土砂災害による死者10人はいずれも南阿蘇村で被災している。なお負傷者は熊本県・大分県内だけでなく、佐賀県、福岡県、宮崎県でも出た。
益城町など布田川・日奈久断層帯に沿っておよび周辺の河川に沿って犠牲者が集中したことがわかり、熊本大学教授の渋谷秀敏によると、益城町などに直接死者が集中した原因として、震央に近いこと、活断層の摺動のうち地表部分での変動が大きかったこと、河川跡地や扇状地など地盤の弱い所では揺れが増幅しやすいことを原因としてあげている（表層地盤増幅率）。
避難生活によるストレスや持病の悪化などで亡くなる震災関連死も相次いだ。2018年4月13日現在、この熊本地震による震災関連死と自治体に認定された人は212人に上っている。内訳は、静脈血栓塞栓症（エコノミークラス症候群）などにより車中泊後に死亡した人が少なくとも33人、病院や高齢者施設が被災して転院・移動中に死亡した人が少なくとも27人、などとなっている。熊本県だけでなく、大分県でも3人が震災関連死に認定されている。
衛生管理が悪い避難所もあり、また損傷でガスや水道が使えない一部の病院もあったといわれる。地獄温泉の清風荘で51名、垂玉温泉で17名が道路寸断の影響で孤立しており、宿泊客は建物外に避難し炊き出しを受けている。阿蘇市の避難所で17日、77歳の女性が死亡したがストレス等による災害関連死とみられる。
地震後に車中泊で避難生活を送る被災者も多かった。被災者が挙げた理由は、避難所では他人に気を使うこと、車だとすぐに逃げられること、余震で避難施設が損壊する恐れがあること等。益城町のグランメッセ熊本の駐車場では18日現在、数千人が車中泊している。だが、避難所の外で車中泊していた50 - 60代の女性3人が静脈血栓塞栓症（エコノミークラス症候群）で意識不明の重体となり救急搬送され、他6人が同症候群と診断された。18日、車中泊をしていた50代の女性1人がエコノミークラス症候群で死亡し、5月15日までに同症候群に罹ったとみられるのは51人となった。
その他にも、4月26日までに被災住家の屋根修理の際に転落し17人が重軽傷を負っており注意を呼びかけている。
16日未明の地震後、避難者は最多で18万3882人に上った。19日12時現在、熊本県の避難者は計約11万6900人、大分県の避難者は812人となった。
5月8日までに熊本市は公民館や公共センター施設など、空調や生活施設などが整備された拠点避難所を市内に延べ21か所開設し延べ3,600人を収容する予定であった。避難所の環境改善と市立学校の授業再開に目処をつけるため、同日までに学校施設にある避難所を含め58か所を閉鎖し集約している。テント村も撤去され、避難所へ住民が入った。避難所では、布を使いプライバシーを守ろうとしている。
最初の地震から7か月後の11月18日、最後まで残っていた西原村の避難所が閉鎖され、熊本地震による避難者はゼロとなった。
2016年5月1日時点で官公庁からの推計被害総額の発表は無い。経済財政政策担当大臣は総額の分析は5月連休明け以降になるとしている。以下は報道による。
消防庁の発表によると、2018年4月13日現在、住宅の全壊が8,673棟、半壊が34,726棟、一部破損が162,479棟、床上浸水が114棟、床下浸水が156棟、確認されている。また公共建物の被害が439棟確認されている。
家屋被害は建築基準法が改正された1981年以前に建築された古い木造家屋に集中しており、九州では台風対策のため重い瓦を使う住宅が多い点も被害を拡大させた。一方で、震度7を2回観測した益城町では耐震基準がさらに強化された2000年以降に建てられたと見られる住宅の全壊もあった。同法の耐震基準は、震度6強から7の揺れでも倒壊しない水準を求めているが、強い揺れに2度襲われることは想定されていなかった。また、被災地域における地震地域係数を（東京・大阪などの大都市圏よりも）低く設定されていたことで多少の被害を受けた建物もあった。
被災後の建物の危険性を調べる応急危険度判定は5月1日までに当初予定分を終え、判定を行った46,966棟のうち13,113棟の建物が倒壊するおそれのある「危険」判定を受けた。
九州地方での文化財への被害は自治体指定のものを含め300件を超えた。5月10日時点で九州地方の国の指定文化財の被害は134件、そのうち熊本県内の被害は85件であった。熊本市内の県と市の指定文化財の被害は42件あった。
日本イコモス国内委員会は2016年5月3日から同月6日の期間に日本建築学会、ワールド・モニュメント財団等と共同で18名の調査団を結成して派遣した。2016年5月12日「熊本地震で被災した文化財等の保存に向けた緊急アピール」を発表した。地震によって発生した土砂災害は国土交通省が8月15日までに確認したもので九州6県で190件に達しており、このうち熊本県が158件となっている。大規模な斜面崩壊や土石流、地滑りが発生しており、被害は特に南阿蘇村付近に集中している。
南阿蘇村立野地区では16日の本震による大規模な土砂崩れによって国道57号が崩落、豊肥本線の線路が流出するなどの被害が発生した。県道28号の俵山トンネルも通行止めとなったため、立野地区から東側の村中心部へ行くには大きく迂回しなければならない状態となった（俵山トンネルルートは一部う回路を使って2016年12月24日に復旧）。立野地区では崩落した阿蘇大橋の西方に新たな土砂崩壊地が見つかるなどして、地区のほとんどに避難勧告が出され、同地区の住民の多くが西側の大津町などに避難した。南阿蘇地域で唯一の救急指定病院である阿蘇立野病院も裏山が崖崩れの危険性があるとして閉鎖し、入院患者を他に転院させる方針を5月6日までに決めたため地域の救急搬送体制が不安視された。また同地区にある九州電力の黒川第一発電所で貯水槽の下の斜面が崩壊して貯水が麓の集落に流れ込んだ。
前震の発生から1週間後の4月21日には九州全域が強い風雨に見舞われたことから、地震により地盤が緩んだ地域での土砂災害が警戒され、南阿蘇村で捜索活動中だった自衛隊が二次災害の恐れから捜索を中断した。九州大学の善功企名誉教授は地震で生じた亀裂等や造成地の地盤境界に雨が入り込んで地滑りや土石流など複合災害が発生するおそれがあるとし、警戒を呼びかけている。
本震から約2か月後の6月20日から21日にかけて熊本県内は豪雨に見舞われ、甲佐町で国内史上4番目となる1時間雨量150ミリを観測した。この豪雨による土砂災害によって熊本市・宇土市・上天草市で死亡した5人について熊本県は、「地震で地盤が緩んでいるところに大雨が降り、土砂災害が起こったとみられる」として、熊本地震の関連死と認定した。
熊本市の内陸部でも液状化現象が確認された。
熊本市南区の平田から南高江を経て元三町にかけて、長さ4 km、幅100 m前後の帯状に分布する液状化現象が確認された。中でも近見1丁目から近見2丁目までの旧国道3号線沿いの被害は甚大であり、1 m程度地盤沈下を起こしている場所もある。電柱の沈下も見られ1.5 m程度沈下した物も確認できた。この辺りでは建物も多く沈下しており、前後左右に傾くものが多くみられる。
2016年4月14日の地震直後、九州自動車道（九州道）では、14日の南関ICとえびのICの間で全面通行止めとなった。益城熊本空港ICから松橋ICの間では益城熊本空港IC - 嘉島JCT間にある木山川橋で落橋が発生したほか、のり面崩落、路面陥没、ひび割れ等が発生していた。
2016年4月15日22時30分の時点では、それ以外の区間では通行止めは解除されていた。
2016年4月16日、九州自動車道熊本ICのランプ橋や緑川PA付近にかかる府領第一橋（熊本県道32号小川嘉島線）の橋脚が折れて落橋するなど、さらなる被害が発生した。大分自動車道（大分道）も湯布院ICから日出JCTの間でのり面崩落が発生した。
九州道は橋梁の応急補修などを進め、4月29日の植木IC - 嘉島JCT間を最後に全区間で通行を再開した。ただし益城熊本空港IC - 嘉島JCT間は片側1車線での暫定開通となり、木山川橋付近で速度規制を行うほか、熊本ICは国道57号上り線（熊本市街から阿蘇方面）と接続するランプを使用しない形での暫定開通となった。なお、熊本ICの国道57号上り線と接続するランプは6月27日に通行を再開した。また、大分道の湯布院ICから日出JCTの区間は、5月9日夜に全線開通した。
2017年4月28日には九州道が全線4車線での復旧が完了し、通行規制を解除した。
16日未明の本震により南阿蘇村にある阿蘇大橋（国道325号）が地盤のずれで崩落し、土砂崩れで国道57号も寸断されたほか俵山トンネル（俵山バイパス）も崩落した。一般道路では前述の国道57号など、熊本市と阿蘇山方面を直結する主要国道や俵山バイパスが寸断（2016年12月24日仮復旧）されているなど被害が大きいほか、国道210号の大分県日田市 - 玖珠町方面（2016年4月29日復旧）、国道212号の大分県日田市 - 熊本県小国町、国道442号の福岡県八女市 - 大分県境（2016年4月25日復旧）などが通行止めとなった。宇城市、益城町から南阿蘇村にかけての各地方道路で通行止めが多数残っており、2016年4月28日時点で、市町村道295か所以上が通行止めになっている。
以下は、熊本県が公開した熊本県内の災害に伴う道路情報に基づいた。高速道路・一般道に多大な被害が出たため、高速バス・特急バス路線については熊本・大分と各地方を結ぶ路線だけでなく、大分道や九州道を経由する多くの路線に運休が相次いだ。多くの路線が1 - 2週間で暫定ダイヤで運行再開したものの、未だ減便や迂回ルート経由（一部バス停通過）の路線が多く再開の目途が立っていない路線（快速たかもり号）もある。熊本県内の路線バスでは現在も産交バス、熊本バス、熊本都市バスで一部路線・区間の運休が続いている。
福岡 - 熊本間の「ひのくに号」は、4月21日から全便を益城熊本空港IC経由とした暫定ダイヤ（通常1日100往復以上ところを14往復）で運行を再開した。25日からは28往復に増便し、6時 - 19時の間は30分間隔になる。5月1日からは63往復に増便された。
福岡 - 大分間の「とよのくに号」は4月19日午後から運行を再開、福岡 - 宮崎間の「フェニックス号」は4月22日から大分道・東九州道経由で運行を再開した。ただし、本数は28往復から10往復に減便となった地震の影響による高速バスの運行について 福岡〜宮崎間・延岡間・鹿児島間 高速バス運行再開 - 西鉄 2016年4月21日。28日からは九州道経由に戻り、5月9日には通常ダイヤに復旧する予定である。福岡 - 鹿児島間の「桜島号」は4月22日から夜行便のみ運行を再開した。27日から昼行便も（通常23往復を8往復で）運行再開し、5月1日からは通常ダイヤに復旧した。
4月14日の地震直後には、西日本旅客鉄道（JR西日本）では山陽新幹線の小倉 - 博多間、九州旅客鉄道（JR九州）では九州新幹線と在来線全線で運転を見合わせた。その後、順次運転を再開し、翌4月15日夕方の時点での運転見合わせ区間は、九州新幹線全線、鹿児島本線の宇土 - 八代間、豊肥本線の熊本 - 宮地間、肥薩線の八代 - 吉松間となった。
九州新幹線では、14日の前震で下りの800系6両編成の回送列車が熊本駅から熊本総合車両所へ向かう途中に脱線した。この回送列車は地震発生時に時速80 kmで走行中で、運転士が強い揺れを感じて非常ブレーキをかけたが全車両が脱線した。脱線現場が熊本駅から南に約1.3 kmの本線上であったため、九州新幹線は全線で運転を見合わせとなり、山陽新幹線から九州新幹線へ直通する「みずほ」「さくら」は博多 - 鹿児島中央間で運転を見合わせとなった。地震による新幹線の脱線は、新潟県中越地震、東日本大震災によるものに続き3回目である。4月20日に新水俣 - 鹿児島中央間で運転を再開したが新水俣駅以北では防音壁の落下が約80か所、高架橋の柱に亀裂が入っているのが25か所以上で見つかった。4月23日昼前に博多 - 熊本間で運転を再開。4月27日には午前中に残る熊本と新水俣の区間で試験運転を行い、安全が確認されたため同日14時より熊本 - 新水俣間が開通。これにより九州新幹線は13日ぶりに博多 - 鹿児島中央間の全線が開通した。翌28日には、山陽新幹線との直通運転も再開。なお一部区間で徐行運転することなどから、多くの便が熊本駅までとなり、鹿児島中央駅までの便は一部に限られていたが、7月4日から通常本数の運転に戻った。熊本 - 新八代間の一部で徐行運転を継続していたが、2017年3月4日から通常ダイヤでの運転に戻った。
4月16日の本震により豊肥本線でも赤水駅を出発した回送列車が脱線したが、負傷者はなかった。また赤水駅 - 立野駅間で土砂崩れも発生し、線路内に土砂が流入した。熊本県内の在来線では鹿児島本線や豊肥本線、肥薩線、三角線、くま川鉄道湯前線、南阿蘇鉄道高森線、肥薩おれんじ鉄道線が運休した。このうち南阿蘇鉄道は、土砂崩れによる線路流出などにより特に深刻な被害を受けており、4月29日には復旧に1年以上かかる見通しを明らかにしている。なお、被害が軽度であった中松―高森間は同年7月31日に運転再開を果たした。
その後の復旧工事の進捗にともない、4月18日に鹿児島本線のうち熊本駅以北の区間について運転を再開した。4月21日には残った熊本駅 - 八代駅間についても運転を再開し、18日までに運転を再開した肥薩おれんじ鉄道の区間を含む形ではあるが、在来線経由で福岡 - 熊本 - 鹿児島間がつながった。三角線は4月23日に、肥薩線の八代 - 吉松間も4月24日に運転を再開し、この時点で在来線は豊肥本線と第三セクターの南阿蘇鉄道を除いて、すべて復旧した。なお、ななつ星in九州は5月7日に運行を再開し、当面は豊肥本線を経由しないルートに変更。豊肥本線は、肥後大津駅 - 熊本駅間で4月19日から運転再開、豊後竹田駅 - 宮地駅間で4月22日バス代行輸送を開始し、4月28日には豊後竹田駅 - 豊後荻駅間での運行を再開し、5月9日からは肥後大津駅 - 宮地駅間でも平日朝晩に限りバス代行輸送を開始し、立野・瀬田の両駅は経由しないものの、全線が代行輸送を含め乗り継げるようになった。その後、7月9日には阿蘇駅 - 豊後荻駅間での運行を再開した。
熊本電鉄は4月16日・17日は全線で運転を見合わせ、4月18日に藤崎宮前駅 - 御代志駅間で運転を再開した。北熊本駅 - 上熊本駅間は池田駅構内でのホーム一部倒壊で4月23日まで運転を見合わせていた。
熊本市内の路面電車（熊本市交通局）は4月16日 - 4月18日は全線で運休となった。19日始発から神水・市民病院前停留場以西での折り返し運転で運行を再開、引き続き神水・市民病院前停留場 - 健軍町停留場間は運転を見合わせていたが復旧工事が完了し、20日の始発から全線運行（ただし徐行運転）を再開した。また、福岡県の私鉄・西日本鉄道（西鉄）でも16日の本震では天神大牟田線と貝塚線の運転を一時見合わせた。同日午前の復旧まで両路線で合わせて138本が運休となり、利用客の約2万4800人にも影響が出た。
熊本空港（熊本県益城町）ではターミナルビルが4月16日未明の地震によって天井板の一部が落下するなどして損傷したため、同日から18日まで閉鎖された。
翌4月19日午前にターミナルビルの運用が一部再開され、初めは到着便のみ、15時以降は出発便も運航されて同日中に25便が発着した。同日現在、ビル内で利用できる箇所や搭乗口は限られている。
4月19日現在、同空港は24日7時30分までの予定で航空保安業務を提供中で、救援業務などに従事する航空機を中心に利用されている。
地震後、九州7県で最大44万5857戸で断水した。4月18日午後7時現在、熊本市で断水していた32万戸のうち26万戸へ試験給水が開始された。約1か月たった5月14日時点でも熊本県の約2700戸で断水していた。
また、熊本市内では水道水が濁り飲用できない地域もある。
4月14日の前震の後、最大1万6700戸が停電。16日の本震後は最大47万6600戸が停電した。停電の影響により携帯電話各社は携帯電話充電のために電源車を派遣した。停電は復旧が困難な場所を除いて4月20日に解消した。
九州電力の川内原子力発電所は地震の影響はなく通常運転を行っており、鹿児島県によると九電から異常なしとの連絡を14日21時44分に受けた。
西部ガスによると、熊本県エリアのガス供給を担う熊本工場の安全に問題はないとしたが、熊本地区供給エリアのガス供給停止戸数は、益城町や熊本市などを中心に1123戸、ガス漏れの通報は66件（15日午前11時の時点）。
4月16日の本震後、西部ガスは10万0884戸でガス供給を停止した。4月30日に全戸で供給可能となった。
地震発生の翌日の15日、熊本県内にある公私立の幼稚園や小中高校などのうち計342校が休校の措置をとり、短縮授業とする措置をとった学校は29校（文部科学省調べ）。また、文部科学省の調べで、県内の公立高校8校と特別支援学校2校の計10校に天井やガラスが破損するなどの被害があったこともわかった。大学でも熊本大学、熊本県立大学、熊本学園大学などで休講となった。
東海大学は熊本県内に在所する熊本キャンパス・阿蘇キャンパスでの授業などについて、4月17日から24日まで休講とする措置を執り、その後4月19日に熊本・阿蘇キャンパスの休講期間について熊本は5月15日まで、阿蘇は6月30日までそれぞれ延長することを決定した。
また、東海大学阿蘇キャンパス付近に所在する学生アパートが4月16日の本震で倒壊し、同大学に在籍する農学部生12名が一時生き埋めになり16日午前9時には全員が救助されたものの、その後2名の死亡が確認された。また、南阿蘇では別の学生アパートでも地震による倒壊によって東海大学農学部学生1名が死亡しており、東海大学関係では3名が犠牲となった。
4月19日実施の全国学力・学習状況調査（全国学力テスト）は問題冊子を配送できなかったため、熊本県の全小中学校と宮崎県と大分県の一部の学校でテスト実施が中止となった。
一連の地震による被害地域の生産活動に与えた影響は深刻で、余震が続くため工場内に及んだ地震の被害を正確に把握するに至らず生産再開がままならない状況に追い込まれている企業が多数に及んでおり、自動車部品などの製造分野、食料品、飲料水メーカーなどが4月16日 - 19日時点で操業を停止したままになっている。
これらの現地生産活動への影響により、被害地域周辺に複数の画像用半導体製造工場があったソニーのラインは一部および全面停止、九州唯一の精油所であるJXエネルギー大分精油所の出荷停止および道路事情による輸送遅延から被害地域への燃料遅配など影響が波及している。
2016年4月18日の東京株式市場では熊本地震による生産停滞の懸念が強まり、日経平均株価は大きな値下がりとなり終値572円安となった。
日本政府は4月21日、月例経済報告にてこれらの被害地域における生産活動の停滞について言及した。
地元・熊本を拠点に展開するデパートの鶴屋百貨店では鶴屋本館・東館・WING館、New-S館、ラン・マルシェ、地方各店（荒尾店を除く）等で地震発生翌日の15日からの営業を取りやめ、臨時休業日とした。熊本市中心部の店舗のうちラン・マルシェは4月22日、東館・WING館1階とNew-S館は23日から営業を再開した。熊本市外においては、八代市の2店（八代店、生活彩館）を除き、22日までに営業を再開している。ただ、鶴屋は5月7日に八代市の生活彩館八代店を閉店させることを発表した。一方で、鶴屋本館の隣に店を構える熊本パルコも当初地震の翌日（15日）は臨時休業日とし、翌々日（16日）に一部フロアを除いて営業を再開する予定だったが16日の本震などで延期され、4月22日からH.I.S.熊本パルコ営業所、23日からGU熊本パルコ店といずれも地下1階に入居する店舗から営業を再開し、24日には大部分の売場で営業を再開した。
イオン九州では嘉島町のイオンモール熊本と宇城市のイオンモール宇城が被災し、外壁および天井の一部が破損・崩落などの被害が発生した。4月19日現在は前述の2店舗に加え熊本市のイオン熊本中央店と大津町のイオン大津店・菊陽町のイオン菊陽店・八代市のイオン八代店イオン6店舗は店舗施設の臨時休業または食料品売場以外のフロアの閉鎖・敷地内の仮設店舗での営業を決めている。それ以外の店舗（ホームワイド・ワイドマート4店舗とイオンバイク3店舗）でも営業時間を変更したり安全点検を理由に一部店舗の店舗営業を停止する措置を取っている。また、福岡県大牟田市にあるイオン大牟田店においても2階売り場の営業時間を変更している。また、マックスバリュ九州の店舗では地震の影響で19日現在熊本県内にあるマックスバリュ3店舗の営業を停止している。その他の熊本県内のマックスバリュ（エクスプレス）・ザ・ビッグ店舗では営業時間を変更して運営している。スーパーチェーンイズミは熊本市内の「ゆめタウンはません」、「ゆめタウンサンピアン」と「ゆめマート」の4店が休業した。サンリブ・マルショクグループでは、熊本県内の20店舗のうち15店舗が休業したものの順次再開、半壊となったサンリブ健軍店を含めて、4月23日時点で引き続きサンリブ4店舗が休業していたが、そのうちサンリブ健軍とサンリブ子飼の解体が決定した。サンリブ清水とサンリブシティくまなんは引き続き休業となったが、サンリブシティくまなんについては8月27日に営業を再開した。
益城町にある井関農機の井関熊本製造所で被害が出た他、パナソニック、本田技研工業、トヨタ自動車九州の各工場は操業を停止した。窓が割れる被害が出たアイシン精機の2子会社も操業を停止し、スズケンも宇土市の子会社の操業を停止した。なおこの地震に伴い、トヨタ自動車をはじめ日野自動車・ダイハツ工業らトヨタグループは1週間程度にわたり、国内のすべての工場の操業停止を決定した。トヨタは国内にある15の車工場のうち、4月25日の4工場から順次生産ラインを再稼働させ、大型連休明けの5月6日からは操業停止中の5工場の車両組み立てラインを再稼働させ、国内工場の操業を全面的に再開した。
宇城市にある山崎製パンの熊本工場は、14日の余震の影響で一度生産をストップしていたが1日で復旧した。しかし、16日の本震で再び生産がストップ、また16日の本震では熊本県内のみならず、大分県内にある工場にも被害が及び、大分県日田市にあるサッポロビールの九州日田工場では停電が発生。なお、操業はしておらず、建物の大きな被害もなく従業員への被害もなかった。ブリヂストンの熊本工場（熊本県玉名市）では、14日の地震で停止していた生産の再開準備のため出勤していた従業員全員が作業を中止し帰宅した。新日鉄住金の大分製鉄所（大分市）は、地震直後に操業を一時停止した後、安全確認ができた設備から順次再開した。
上益城郡嘉島町にビールと飲料の製造拠点を持つサントリーホールディングスは、工場の操業を停止。11月8日に一部で生産を再開したが全面復旧は2017年春以降を予定している。コカ・コーラウエストの熊本工場（熊本市）は、18日の完全復旧を予定していたが余震などにより設備の損傷などで生産停止していたが4月25日に製造を再開した。
菊陽町にあるソニーのデジタルカメラ向けのイメージセンサーなどを生産しているソニーセミコンダクタマニュファクチャリング株式会社熊本テクノロジーセンターが地震の影響で生産活動を停止した。生産再開については未定であるという。また、同様にスマートフォン向けのイメージセンサー開発の主力工場である長崎や大分のテクノロジーセンターも生産活動を停止していたが、4月17日に生産再開した。三菱電機は、菊池市の液晶パネル部品の工場と合志市の自動車向け半導体の工場でルネサスエレクトロニクスは熊本市南区の自動車向けの半導体の工場で、それぞれ生産を停止した。益城町に本社や工場がある化粧品メーカーの再春館製薬所も被災し工場の操業を停止、再開のメドは立っていなかったが4月25日から製品の生産を部分的に再開している。また熊本市に本所、菊池市に研究所および工場のある製薬メーカーの化学及血清療法研究所（化血研）は震災前からの行政処分により一部製品を除き生産停止をしていたが、製造ラインが被災した。行政処分解除となった5月6日以降も復旧のめどが立っていない。化血研の業務を継承したKMバイオロジクスによれば、2018年8月現在もB型肝炎ワクチンの製造供給に影響が出ている。
日本郵政では、この地震により熊本市や南阿蘇村などにある16か所の郵便局が被災した。これにより、被災した郵便局は窓口業務を停止している。一方、地震直後は熊本県内宛てのゆうパックの業務を一時停止していたが、震央に近い市町村宛てや保冷が必要なものを除き19日の朝から再開した。佐川急便も地震直後は、熊本県内宛ての配送業務を一時取りやめていたが、18日より被害の大きい一部地域を除いて配送を再開。ヤマト運輸も、19日午後5時より地震の影響で休止していた熊本県での配達と集荷を再開した（被害の大きい一部地域を除く）。なお、前述のゆうパックとは違い、保冷輸送「クール宅急便」を含め対応することとしている。
ティーウェイ航空は地震の影響で利用者が大幅に減少した大分 - ソウル便と佐賀-ソウル便について5月末までの運休を発表した。また5月中に予定していた両路線の増便も見送った。
地震の影響により、九州地方を中心にイベント・スポーツ試合の中止・延期が相次いだ。熊本市民会館（市民会館シアーズホーム夢ホール）、藤崎台県営野球場、熊本市水前寺競技場など建物自体の損壊で営業が不可能なもの、宇城市松橋総合体育文化センター（ウイングまつばせ）ややつしろハーモニーホールなど避難所として開放を行っている施設もある。
日本プロ野球では、前述の藤崎台球場の巨人VS中日戦に加えて翌日に鹿児島県立鴨池野球場で行われる予定であった同カードも「用具輸送のめどが立たない」等の理由により中止となった。また、福岡を本拠地とするソフトバンクが本拠地の福岡ドームで開催予定だったVS楽天戦の1試合も含めた計3試合が中止となった。さらに楽天のジョニー・ゴームズがこの地震の影響などを理由に、チームを退団した。
Jリーグは4月16日・17日の九州で開催する5試合を中止したほか、熊本市をホームタウンとするロアッソ熊本はトップチームの活動を5月1日まで中止、5月7日までの5試合が延期され、ホーム球場の熊本県民総合運動公園陸上競技場（うまかな・よかなスタジアム）の安全確認が取れず、また支援物資の集積場となり準備が困難な理由から、同会場での開催を6月末まで中止している。なおロアッソ主管試合はJ1所属3クラブ（柏・神戸・鳥栖）のバックアップにより、5月22日の水戸ホーリーホック戦は日立柏サッカー場、28日のFC町田ゼルビア戦はノエビアスタジアム神戸、6月の2試合はベストアメニティスタジアムに振り替えて開催した。
ナショナル・バスケットボール・リーグ（NBL）に所属していた熊本ヴォルターズは4月16日以降の6試合が全て中止となり、リーグに復帰すること無くそのままシーズンを終えることになった。その後、チーム滅亡の危機に瀕するも募金やNBLによる資金援助などを受けて存続が決まり、Bリーグ（B2）に参加が出来るようになった。ただし、メインアリーナの1つとして使用していた益城町総合体育館は被害が甚大であり、2019年3月の竣工を目指して建て替えることになっている。
4月15日から17日まで熊本空港カントリークラブにて開催される予定だったJLPGAツアー「KKT杯バンテリンレディスオープン」も、地震の影響により主催者側が15日の競技中止を決定した。さらに15日午前には主催のくまもと県民テレビ（KKT）、特別協賛である興和、女子プロゴルフ協会が大会の開催について協議し、余震が続くことが予想されることや選手の心情などを考慮して大会自体の中止を決定した。
プロレスでは前述の新日本プロレスに加え、4月15日の超花火プロレス（くまもと森都心プラザホール）、16日のWRESTLE-1（熊本市流通情報会館）の興行が中止になった。超花火プロレスについては、14日の時点で既に現地入りしていた大谷晋二郎ら出場選手らががれきの撤去などの作業に協力している。
リアル脱出ゲームでは、地震の影響によりアジトオブスクラップ福岡博多とアジトオブスクラップ鹿児島は4月16・17日の両日に限り臨時休業する措置を取ったほか『名探偵コナン・黒き暗殺者からの脱出』福岡公演の後半日程と熊本公演を中止し、福岡公演の後半日程は同年8月に熊本公演は同年11月に振り替えて開催した。
モータースポーツでは、大分県に所在するオートポリスが被災して5月に開催の予定だったSUPER GT第3戦は中止となり、第3戦の代替レースがツインリンクもてぎで11月に最終戦と同時に開催されることになった。また、9月開催予定だったスーパーフォーミュラ第5戦はコースが岡山国際サーキットに変更された。
地震の影響により4月14日以降、統計がない福岡県を除く九州6県で宿泊施設のキャンセルが約52.8万件に及んでいることが各県の観光業界団体等の調べで判明した。熊本県で約14.6万件、大分県で約15万件となっているほか、甚大な被害のない長崎、宮崎、九州新幹線の減便があった鹿児島の各県でもキャンセルが数万件単位にのぼっており、業界にとってゴールデンウィークのかきいれ時を直撃する形となった。
災害対策基本法に基づき、内閣府に設置された非常災害対策本部が取りまとめた報告書（2016年5月11日現在）によると
4月15日午前、宮内庁は天皇・皇后が同日に予定していた「第18回日本・スペイン・シンポジウム in 静岡」（4月14日 - 16日）に伴う静岡市視察を取りやめると発表した。同日、河相周夫侍従長を通じて蒲島熊本県知事に、被災者への追悼やお見舞いのお気持ち等が伝えられた。4月17日・19日には、『四月大歌舞伎』や各種演奏会などの観賞の取りやめも発表された。
4月22日、天皇・皇后が熊本県に対して見舞金として金一封を贈ったことを宮内庁が発表した。
皇太子徳仁親王は同妃雅子とともに敬宮愛子内親王の学校行事「オール学習院の集い」を観賞する予定だったが、地震被害に配慮し同校OBとしての演奏への出演と共に取りやめた。4月14日21時33分に総務省非常災害対策本部を設置した。職員派遣のほか、総務省災害対策用移動通信機器、移動電源車を貸与。また所管する独立行政法人情報通信研究機構などがICTユニットおよび車載衛星地球局を被災地に搬送し無線LANサービス（衛星経由）を提供した。法務省民事局は、特定非常災害特別措置法に基づいて制定された政令が2016年（平成28年）5月2日から施行されたことを受けて、同政令で指定された措置である相続人の熟慮期間（相続の承認又は放棄をすべき期間）を延長する特例についての説明を、ウェブサイトに掲載。民法の規定では原則として「自己のために相続の開始があったことを知った時から3か月以内」（第915条第1項）とされる熟慮期間が、同年4月14日に熊本県に住所を有していた（熊本県に生活の本拠があった）相続人については、同措置により同年12月28日まで延長される。
熊本刑務所（熊本市中央区）は4月14日の地震の直後から住民の受け入れを開始し、15日夜に職員用の武道場を開放。5月4日未明現在、武道場と待機所を宿泊場所として住民に提供している。刑務所が災害時に住民の避難場所になるのは初めて。熊本県と、熊本県内市町村（熊本市を除く）に対しては、被災直後より九州地方知事会が「九州・山口9県災害時応援協定」（2011年10月31日締結）に基づいて支援を行っており、熊本県には九州・山口地方の各県から応援要員が派遣されているほか、各市町村への支援には被災自治体ごとに支援担当県を割り振る「カウンターパート方式」を採用し、九州地方知事会事務局（大分県）によるマッチングにより以下の13市町村に各県と当該県内の市町村が応援要員を派遣している。なお、3町には「関西広域連合と九州地方知事会との災害時の相互応援に関する協定」（2011年11月21日締結）に基づいて関西広域連合から派遣され、嘉島町には熊本県と災害時の相互応援に関する協定を結んでいる静岡県と、静岡県から要請を受けた福島県から職員が派遣されている。さらに、被害の大きい南阿蘇村に対しては全国知事会に応援を要請し応援要員を送り込んでいる。
一方、政令指定都市である熊本市に対しては「21大都市災害時相互応援に関する協定」（2012年4月1日発効）に基づいて東京都及び各政令指定都市が支援を行っており、4月16日には指定都市市長会が現地支援本部を設置している。
また、北海道から沖縄まで各地の自治体から災害派遣医療チーム (DMAT)・災害派遣精神医療チーム (DPAT)、支援物資、給水車、応急危険度判定士などが派遣されているほか、全国知事会・全国市長会・全国町村会が罹災証明に係る受付業務等の要員及び建物被害認定調査要員を中心に人的支援を行っている。
16日、茨城県支部はブルーシート700枚を提供。高知県支部は救護班を、鳥取県支部は救護班9人を派遣した。秋田県支部は18日、救護班派遣を決定、滋賀県支部も医療救護班17人を、名古屋市からは日赤医療救護班が派遣された。
テレビはNHK・各民放テレビ局とも4月14日21時26分の地震発生から順次、放送中の番組を中断・休止し、緊急報道特別番組を熊本や福岡にある系列局からのリポートを交えて放送した。NHKはインターネット（NHKの公式サイト）でテレビの報道特番を同時配信した。日本テレビは同社が運営する日テレNEWS24のホームページで震災関連ニュースを再送信した。テレビ朝日は同社が関係するAbemaTV（同年4月11日に開局）に報道特番を同時配信した。一方、熊本県に系列局の置局がないテレビ東京は地震関連の緊急特番を組まず、通常放送する番組をそのまま放送していた（ただし、隣県の福岡県にあるTXN系列局のTVQ九州放送では地震情報としてL字型テロップ表示を使って情報提供をすることで対応）。
ラジオでもNHK・民放ともに地震関連の報道特番に切り替えた。このうち地元AM局・熊本放送（ラテ兼局）はテレビ（JNN全国ネット）とのサイマル放送（ただしラジオでは途中で自社発の差し替えを挟む。）に切り替え、翌15日の午前中のワイド番組をすべて中止し、正午まで地震関連の報道特番として放送。なお、この間CMは一切放送されなかった。地元FM局・エフエム熊本（FMK）は、TOKYO FMをキー局とするJFNの報道特別番組を放送した。
コミュニティFMの対応としては、熊本市内を放送エリアとするの熊本シティエフエム（熊本県熊本市、コールサイン JOZZ0AB-FM）が、熊本地震を受け、4月18日から通常の放送を休止し、地震や生活支援の情報を伝える熊本市の臨時災害放送局「くまもとさいがいエフエム」（79.1 MHz、コールサイン JOYZ0O-FM）を局内に開設、放送を開始。熊本市内や益城町の一部を放送エリアとし、避難所や給水所、銭湯、交通機関などの生活情報を断続的に伝えている（30日まで）。また、熊本シティエフエム以外の被災地域のコミュニティFM（エフエムやつしろ（熊本県八代市）・エフエム小国（熊本県小国町）・FMなかつ（大分県中津市）・エフエム佐伯（大分県佐伯市）・ゆふいんラヂオ局（大分県由布市））も地域の避難所情報等を放送している。さらに、熊本シティエフエムのような常設のコミュニティFM局を転換するのではなく、新規に、こうささいがいエフエム（熊本県甲佐町 80.7 MHz 4月23日）・みふねさいがいエフエム（熊本県御船町84.7 MHz 4月25日）・ましきさいがいエフエム（益城町 89.0 MHz 4月27日）の3局の臨時災害放送局が開局し放送を開始した。
新聞は、地元紙の熊本日日新聞が朝刊の1面と社会面および夕刊1面の紙面イメージを無料公開している（5月6日時点で継続中）。全国紙では朝日新聞がオンライン有料サービス「朝日新聞デジタル」を無料開放した。また毎日新聞も、定期購読者限定の紙面イメージ閲覧（有料）を西部本社発行版（朝刊のみ）に限り無料開放した。この他、読売新聞では西部本社発行の朝刊1面と総合面、社会面および熊本県版の紙面イメージを公式サイト「YOMIURI ONLINE」で一時期臨時公開していた。
大手コンビニエンスストアチェーン各社では緊急の支援物資として、セブン-イレブンはおにぎりと2リットル入り飲料水のペットボトルをそれぞれ1000個ずつ、ファミリーマートは555ミリリットル入り飲料水のペットボトルとおにぎりをそれぞれ500個ずつ、ともに益城町役場に、ローソンは500ミリリットル入りのペットボトルの水、カップ麺、割り箸などを熊本市の熊本県民総合運動公園陸上競技場に配送していった。
イオン九州の熊本県内の店舗では店内が使えず臨時休業となっている代わりに、食料や飲料水を駐車場の臨時売り場で販売する措置を取っている。また、自治体からの要望に応える形で食料品や毛布などの物資提供を親会社のイオンやイオンリテールと共同で行っている。物資輸送は日本航空（JAL）との緊急輸送協定に基づき、発送地から長崎空港までの輸送はJALが、長崎空港から御船町の集積地までは陸上自衛隊が輸送を担当している。また、災害用大型テントの設置を陸上自衛隊やJALと共同で実施している。集積先はローソンと同様、熊本県民総合運動公園陸上競技場となっている。
牛丼チェーンの『すき家』を運営するゼンショーホールディングスは益城町の避難所で自社が所有するキッチンカーによる炊き出しを行い、牛丼のミニサイズを約1000食ほど被災者に提供した。同じく牛丼チェーン大手の吉野家は、避難所となっている西原村の小学校で牛丼1000食を提供。なお、吉野家の運営会社によると、西原村のほか甚大な被害があった益城町で実施することとしている。カレー屋チェーンのCoCo壱番屋も自社所有のキッチンカーを使って、カレー約600食を被災者に提供した。また、地元・熊本に本店を置くラーメンチェーン・桂花ラーメンは、系列の味千ラーメンとともに避難所を回ってラーメンの炊き出しを実施した。
非常用缶詰パンを販売している株式会社パン・アキモトは日本国際飢餓対策機構と連携して小規模な避難所を中心に回り、3600食分の缶詰を提供した。
北海道札幌市に本社を置く大手インテリアチェーンのニトリは、毛布500枚・座布団300枚を宇土市に提供した。民放ラジオ局のニッポン放送は被災地に対してラジオ500台を提供することを発表、地元のラジオ局・熊本放送を通じて被災地に配布される。
美容外科の高須クリニックは水など支援物資をヘリコプターを使い、被災地に輸送した。なお救援物資は高須クリニックの高須克弥院長自らのポケットマネーによるもので、輸送や運搬にもすべて高須院長が同行し、自ら被災地に提供した。また1000万円の寄付を行った。通信販売大手のジャパネットたかたもテレビ・ラジオ等で4月21日に紹介した通販のうち、4つの商品の売上金を全額被災地への支援金として寄付することを高田明前社長が発表した。
由利高原鉄道（秋田県）、ひたちなか海浜鉄道（茨城県）、いすみ鉄道（千葉県）、若桜鉄道（鳥取県）の第三セクター鉄道4社は4月29日、甚大な被害を受けた南阿蘇鉄道の復旧を支援するために復興記念切符を発売した。
プラモデルメーカーのタミヤは被災地支援の一環として自社の展開するプラモデルシリーズ「ミニ四駆PRO」シリーズにおいて「ライキリ」の限定特別仕様車「がんばれ!熊本 ミニ四駆 (くまモン版)」を6月より発売する。本商品の利益(最終的に710万円となった)は全額タミヤから熊本県へ寄付された。
NTT西日本は、熊本県・大分県の全域で公衆電話の無料化を行い、硬貨を使わなくても電話をかけられるようにした。
無線LANビジネス推進連絡会が2014年に5月に運用を開始した大規模災害時に誰でも利用できる公衆Wi-Fi接続スポットのネットワーク「00000JAPAN」が、世界初の試みで無料開放された。NTTドコモ・KDDI・ソフトバンクの携帯電話各社、ワイヤ・アンド・ワイヤレス、熊本県などが提供している。
Facebookでは、Facebookの友人に安否を知らせられる災害用サービス「災害時情報センター」を熊本県全域と九州地方の一部で提供開始した。
Airbnbでは被災者に宿泊場所を無料で提供できる緊急災害支援を発表した
LINEでは固定・携帯電話回線向けの電話サービス「LINE Out」を1回あたり10分間無料で解放した。Viberも同様のサービス「Viber Out」を同じく1回あたり10分間無料で解放したが、「電話回線の混雑を助長するものではないか」と指摘された。なお、LINEでは「熊本地震 被災地支援スタンプ」を販売し、売上金全額を日本赤十字社を通じて義援金として寄付することも発表している。
Twitterには商品が散乱するコンビニエンスストアの店内、自宅の家具が倒れた様子、本が落ちて本棚が空っぽになった様子、隆起した道路、倒れた電柱などを撮影した画像などが相次いでアップロードされた。
Twitter、LINE、FacebookなどのSNS運営側、公的機関、東日本大震災を体験した人や著名人などから、被災地の人々へのアドバイスや情報提供も多数寄せられた。一方これらSNS上ではデマ拡散も見られた（#デマ情報）。4月15日ごろから神戸山口組（前年に山口組から分裂）の熊本市中央区に拠点を置く直系組織が、熊本市で被災者に食料や日用品を配布する支援活動を開始した。地震被害により環境・情勢などが変化したために起きた主な犯罪や問題行為、人災（第二の災害）について述べる。前震発生以降、Twitterでは「動物園からライオンが逃亡した」、「朝鮮人が井戸に毒を投げ込んだ」（関東大震災の際のデマを真似たものとみられる）などの悪質なデマ投稿が行われ、拡散した。
その中でも前震の直後、道路にライオンが立っている写真と共に「地震のせいで、うちの近くの動物園からライオンが放たれた」という虚偽の内容文をTwitterへ投稿した神奈川県在住の男は、熊本市動植物園の業務を妨害した偽計業務妨害の疑いで同年7月20日に逮捕された（翌、2017年3月22日に起訴猶予処分）。警察によれば、災害時にデマを流し業務妨害をしたとして逮捕されるのは日本で初という。
本震災発生後になされた、本震災に関する著名人の発言のなかには、「不適切」との批判が寄せられるなど物議を醸すものもあった（以下、役職地位名等は当時時点のもの）。
不適切な行動、表現などとの指摘・抗議がなされ、謝罪があった。
国土交通省熊本復興事務所が地震で破壊された阿蘇大橋を別の場所に移転し架け替える工事において、阿蘇ジオパークの一つである立野峡谷の柱状節理が幅約110 mに亘り破壊されていたことが判明。同省は熊本県に対し柱状節理の破壊について説明しておらず、市民団体などから批判の声が強く出ている。
2017年9月末日ごろに、土木学会のホームページにおいて大阪大学などの研究者が論文発表していた4月16日の震度7本震の地震波データに問題があることが発表され、日本地震学会からもリンクされた。大阪大学や京都大学はこの問題について調査を開始した。問題が指摘されているデータは大阪大学の研究者が臨時に設置した地震計によるものであって気象庁が発表したデータではないが、国土交通省による熊本地震の被害原因分析の報告書において引用がなされているものである。この問題が解決するまで本震の地震波や被害原因分析に関する科学的情報には留意が必要である（詳細は「科学における不正行為#不正行為の具体例」を参照のこと）。
復興工事に関わった下請業者に対し代金の未払いが相次いでおり、熊本県などに多数の相談が寄せられている。人手不足などによる多重下請が背景にあると考えられており、県などは業界への指導に乗り出している。
被災した熊本市では4月22日に熊本市災害ボランティアセンターを設置、同日より災害ボランティアの受け入れを開始した。熊本市に先駆けて同県菊池市、宇土市は18日、南阿蘇村も20日から、益城町は21日よりボランティア受け入れを開始している。
熊本市にて地震により在住住居が全半壊する被害を被った被災者へ向けて、無償で入居出来る熊本市市営住宅の入居申し込みが4月23日より開始された。この申込者には現住住居がなく車中泊生活している被災者も含まれており、在住許可は抽選で決定されることになっている。熊本市住宅課は抽選に漏れた被災者への後日対応として、この無償市営住宅以外にも被災者向けの住宅確保を急ぎたいとしている。
被災者向けの仮設住宅への入居は、6月5日に甲佐町で最初に始まり、特に被害の大きかった益城町では6月14日に始まった。
2016年4月から運用開始された「自然災害による被災者の債務整理に関するガイドライン」が適用される。地震の影響により債務の返済が困難になった、個人の住宅ローンや個人事業主のローンなどの債務が対象となっている。全国銀行協会は、災害救助法の対象外地域でも金融機関が事情に応じて対応すると発表した。熊本地震が本ガイドラインの初適用となる事例である。
科学技術振興機構は、5か国が参加する国際共同研究を始めると発表した。