X-ファイル シーズン2
『X-ファイル』のシーズン2（全25話）は1994年9月16日にFOXでの放送が始まり、1995年5月19日に放送が終了した。
シーズン1最終話「三角フラスコ」でX-ファイル課の閉鎖が決定したことにより、スカリーはFBIアカデミーの教官に戻り、モルダーは盗聴の任務に就くことになった。真実の追及をあきらめてはいなかったモルダーは、自らの支援者であるリチャード・マティソン上院議員からエイリアンに関する情報を入手する。プエルトリコのアレシボ天文台を捜査したモルダーはエイリアンを目撃したが、その存在に関する証拠を入手することができなかった。アレシボから帰って来たモルダーはアレックス・クライチェック捜査官と組むことになる。また、ミスターXという新しい情報提供者が登場した。そんな中、エイリアンに誘拐されたことがあると主張する、デュエイン・ベリーが4人を人質にとって旅行代理店に立てこもる事件が発生し、モルダーはベリーと人質解放の交渉を行う。一度逮捕されたものの、ベリーは脱走し、スカリーを誘拐する。ベリーは自らがエイリアンに誘拐されたスカイランド・マウンテンに向かい、エイリアンに自分の身代わりとしてスカリーを差し出そうとしていた。モルダーはベリーを追いかけるが、クライチェックの妨害工作を受けてしまう。モルダーが山の頂上に到着したときには、スカリーはエイリアンに連れ去られていた。モルダーはベリーを逮捕したが、ベリーはクライチェックに殺される。クライチェックがシンジケート側の人間だと知ったモルダーは彼を告発しようとしたが、クライチェックはすでに姿をくらましていた。それを受けて、スキナー副長官はX-ファイル課の再開を決定する。
それから数か月後、突然、スカリーが昏睡状態のまま病院に運び込まれた。ミスターXはモルダーにエイリアンたちに報復する方法を教えるが、モルダーは病床のスカリーの元を訪れることを優先する。スカリーは無事回復し、仕事に復帰することができた。2人はウィスコンシン州で発生していたティーンエイジャーの連続誘拐事件の捜査に当たる。捜査の過程で、地元の医師が誘拐された若者たちに地球外のバクテリアを投与していたことが判明する。その証拠を隠滅するために、クルー・カット・マン（シーズン1でディープ・スロートを殺した暗殺者）が街にやってくるが、2人に逮捕される前に地元の保安官によって射殺される。
外見が一致している医者たちが次々と殺される事件を捜査していると、2人は姿を自由自在に変えることができるエイリアン、バウンティハンターの襲撃を受けた。バウンティハンターはエイリアンのクローンを次々と殺していった。そんな中、妹のサマンサが成長した姿で戻って来た。サマンサもバウンティハンターに狙われているという。ところが、スカリーがバウンティハンターに誘拐されてしまい、モルダーはサマンサの身柄とスカリーの身柄の交換を強いられることになる。モルダーはバウンティハンターの殺害を試みるが、サマンサが死んでしまう。その死体が溶けていく様子から、サマンサもエイリアンのクローンの一体であることが判明した。ミスターXの協力を得て、モルダーはバウンティハンターを追って北極海へ向かった。モルダーはハンターの有毒な血液を浴びて死にかけるが、スカリーの治療で生還する。
あるハッカーがモルダーに一本のデジタルテープを送って来た。そのテープの中にはロズウェル事件の真相があるという。ところが、そのテープに入っているデータはナバホ語で記述されていた。シガレット・スモーキング・マンはテープの所在を探しまわり、モルダーの父親、ウィリアムの元を訪れる。ウィリアムがモルダーにすべての真実を打ち明けようとしていると察したスモーキング・マンはクライチェックにウィリアムを殺害させた。モルダーとスカリーはニューメキシコ州を訪れ、第二次世界大戦で米軍の暗号を作成したナバホ族の老人、アルバート・ホスティンに会い、テープの翻訳を依頼する。ホスティンの孫はモルダーにエイリアンの死体が入った貨車を見せる。スモーキング・マンはモルダーに追いつき、貨車をモルダーごと焼きはらってしまった。
当初、シーズン2第1話「リトル・グリーン・マン」はクリス・カーター自らその脚本を執筆する予定だった。草稿の段階で、モルダーはモスクワで捜査を行うことになっていた。実際、製作スタッフは第1話をロシアで撮影しようとしていた。しかし、スケジュールの都合でそれを断念しなければならなくなった。その結果、カーターは別のアイデアを出さなければならなくなったが、いいアイデアを思いつくことができなかった。カーターの代わりに、グレン・モーガン、ジェームズ・ウォン、ハワード・ゴードンの3人が第1話の脚本を執筆した。「リトル・グリーン・マン」はエイリアンの姿がはっきりと映るシリーズ最初のエピソードとなった（シーズン1では、エイリアンの存在こそ示唆されていたが、姿までは現さなかった）。第1話の脚本執筆が遅れたことによって生じた時間のおかげで、カーターは第6話「昇天 Part.1」の脚本を書き上げ、X-ファイル課再開に至るまでのストーリーを構想することができた。
シーズン1の製作が終わったとき、スカリー捜査官を演じるジリアン・アンダーソンの妊娠が判明した。FOXの重役の数名がアンダーソンの降板を要求したが、カーターはそれを拒否した。スカリーがエイリアンの子供を出産するというアイデアも出たが、それは没になった。最終的に、製作陣はアンダーソンの産休に伴うスカリーの不在を、スカリーがエイリアンに誘拐されたという設定で乗り切ることを決めた。フランク・スポットニッツは「アンダーソンの妊娠はシリーズにとって僥倖になった。それを乗り切るために思いついた設定が、シリーズ全体で展開される複雑な「ミソロジー」の枠組みを作り出したんだ。」と当時を振り返っている。シーズン1でX-ファイル課が閉鎖され、モルダーとスカリーが離れ離れになったことも、スカリーの妊娠を隠すにあたっては好都合だった。撮影スタッフはカメラなアングルを変えたり、アンダーソンに毛皮のコートを着せたりすることで、スカリーが妊娠しているように見えない工夫を施した。シーズン2第7話「トリニティ」製作中に、アンダーソンは女児を出産した。
シーズン1最終話で殺されたディープ・スロートに代わる情報提供者として、Xが登場することになった。当初、Xにはナタリア・ノグリッチがキャスティングされる予定であったが、脚本家たちがノグリッチと主演2人の相性が悪そうだと判断したため、スティーヴン・ウィリアムズが起用されることとなった。Xはディープ・スロートとは異なるタイプの情報提供者として描かれている。ディープ・スロートは比較的感じのいい人物像だったのに対して、Xは高圧的で傲慢な人物として描かれている。ニコラス・リーはシーズン1第14話「性を曲げるもの」に出演した際の演技がカーターの目に留まり、アレックス・クライチェック役にキャスティングされた。クライチェックはスカリー不在の穴を埋めるためだけに登場する予定であったが、「昇天 Part.2」以降のエピソードにも登場することになった。
ドゥカヴニーの発案を受けて、カーターとスポットニッツはシリーズにエイリアンのバウンティハンターを登場させることにした。バウンティハンターはシーズン3以降も登場させる予定だったので、カーターとスポットニッツはキャスティングを入念に行った。スポットニッツが「ブライアン・トンプソンは特徴的な風貌をしている。特に顔と口が独特だ。」と指摘したこともあって、ブライアン・トンプソンの起用が決まった。サマンサ・モルダーにはミーガン・リーチが起用された。 カーターは最初から本物のサマンサを登場させるつもりはなかったという。カーターはその理由について「『X-ファイル』はサイエンス・フィクションだから、サマンサが本物である必要は特にない。また、視聴者に真実を一気に提示するのはまずいからね」と語っている。
リチャード・マティソン上院議員には、『事件記者コルチャック』で主演を務めたダーレン・マクギャヴィンが起用される予定だった。しかし、後に、マクギャヴィンにはモルダーの父親、ウィリアム・モルダーの方を演じてもらうことになった。ところが、マクギャヴィンのスケジュールの都合がつかなかったため、ピーター・ドゥナットがその代わりに起用された。
シーズン2第1話「リトル・グリーン・マン」は1994年9月16日に放送され、1610万人の視聴者を獲得した（視聴率は10.3%）。これはシーズン1最終話「三角フラスコ」が記録した視聴者数（1400万人）よりも多い。シーズン2の視聴者数最高は第15話「新鮮な死体」が記録した1780万人である。最低は第21話「カルサリ」が記録した1290万人である。シーズン2最終話「アナサジ」は1660万人の視聴者を獲得した。
1994年度に放送されたテレビ番組の視聴者数ランキングで、『X-ファイル』シーズン2は第63位となった。シーズン1が前年度105位であったことを考慮すると、大きな躍進であった。
『DVDジャーナル』はシーズン2に4つ星評価で4つ星満点を与え、「記憶に残る25話だった」と述べている。『IGN』はシーズン2に10点満点で9点の評価を下し、「シーズン1より良くなっている。各ストーリーのプロットが似たものになってきたとはいえ、登場人物が掘り下げられたことで、シリーズの魅力は増したといえる。」と評している。ロバート・シャーマンとラース・パーソンはその著書『"Wanting to Believe: A Critical Guide to The X-Files, Millennium & The Lone Gunmen"』で「トリニティ」、「不老」、「カルサリ」を厳しく批判する一方、「リトル・グリーン・マン」、「昇天 Part.1」、「昇天 Part.3」、「呪文」、「アナサジ」に5つ星評価で5つ星満点の評価を下している。
批評家の多くが、「昇天」三部作のストーリーをシーズン2で最も評価すべきものだと考えている。シャーマンはシーズン2のハイライトを「ストーリーの濃密さ」「感情を率直に表現していること」だとし、それが『X-ファイル』の「ミソロジー」を7年間にわたって展開できるに足るものにしたと指摘している。『"Examination: An Unauthorized Look at Seasons 6–9 of the X-Files"』の著者、トム・ケセニッヒは「今日に至るまで、「昇天」三部作はシリーズの方向性を決定づけたエピソードである。多くの要素がこの3部作に盛り込まれている。きわめて素晴らしいエピソードだ。」と述べている。
CCH・パウンダーのゲスト女優賞、クリス・カーターの脚本賞ノミネートをはじめとして、シーズン2はプライムタイム・エミー賞で7つのノミネーションを得たが、受賞は逃した。また、シーズン1と合わせて、第54回ゴールデングローブ賞の作品賞（ドラマ部門）を受賞し、主演2人もそれぞれ、主演男優賞（ドラマ部門）と主演女優賞（ドラマ部門）を受賞した。