労働安全衛生法による健康診断
労働安全衛生法による健康診断は、労働安全衛生の観点から実施され、その第66条1項では「事業者は、労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、医師による健康診断を行なわなければならない。」と規定される。これは一般健康診断とされ、雇入時および年1回以上行う必要がある。
さらに第66条2項では「事業者は、有害な業務で、政令で定めるものに従事する労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、医師による特別の項目についての健康診断を行なわなければならない。」と規定され、これは特殊健康診断とされる。
加えて2015年（平成27年）12月からは産業精神保健の観念より、職業性ストレスチェックの実施が、常時使用する労働者数が50人以上の事業者の義務となった。
規則第44条に定める以下の11項目（一般項目）について行われる健康診断のことを一般健康診断という。派遣労働者については、派遣元が実施しなければならない。
一般健康診断に含まれるのは、以下の健康診断である。
事業者は、常時使用する労働者を雇い入れるときは、当該労働者に対し、一般項目（喀痰検査を除く）について医師による健康診断を行わなければならない（規則第43条）。他の健康診断と異なり、医師の判断で省略できる項目はない。ただし、医師による健康診断を受けた後、3か月を経過しない者を雇い入れる場合において、その者が当該健康診断の結果を証明する書面を提出したときは、当該健康診断の項目に相当する項目については省略できる（規則第43条但書）。
なお雇い入れ時の健康診断は常時使用する労働者を雇い入れた際における適性配置、入職後の健康管理に役立てるために実施するものであり、採用選考時に実施することを義務付けたものではなく、また応募者の採否を決定するために実施するものでもない。健康診断の必要性を慎重に検討することなく、採用選考時に健康診断を実施することは、応募者の適性と能力を判断する上で必要のない事項を把握する可能性があり、結果として就職差別につながるおそれがあることから、採用選考時に健康診断を実施する場合には、健康診断が応募者の適性と能力を判断する上で真に必要かどうか慎重に検討する必要がある。
パートタイム労働者については、以下の1，2いずれにも該当する場合には、「常時使用する労働者」に該当する（定期健康診断、特定業務従事者の健康診断においても同様）。
事業者は、常時使用する労働者（特定業務従事者を除く）に対し、1年以内ごとに1回、定期に、一般項目について医師による健康診断を行わなければならない（規則第44条）。ただし、雇い入れ時の健康診断・海外派遣労働者の健康診断・特殊健康診断を受けた者については、当該健康診断の実施日から1年間に限り、その者が受けた当該健康診断の項目に相当する項目を省略できる。
医師が必要でないと認めるときは、以下の検査項目を省略できる。
事業者は、特定業務に常時従事する労働者に対し、当該業務への配置替えの際及び6か月以内ごとに1回、定期に、一般項目について医師による健康診断を行わなければならない（規則第45条）。この場合において、胸部エックス線検査、喀痰検査については、1年以内ごとに1回、定期に、行えば足りる。ただし、雇い入れ時の健康診断・海外派遣労働者の健康診断・特殊健康診断を受けた者については、当該健康診断の実施日から6か月間に限り、その者が受けた当該健康診断の項目に相当する項目を省略できる。
省略できる検査項目は胸部エックス線検査、喀痰検査を除き、定期健康診断と共通である。
「特定業務」とは、その業務に常時500人以上の労働者を従事させる場合に、産業医の専属が義務付けられる有害業務（規則第13条2項）のことをいう。なお、産業医の選任義務のある事業場においては、事業者は、当該事業場の労働者の健康管理を担当する産業医に対して、健康診断の計画や実施上の注意等について助言を求めることが必要であるとされる。
事業者は、労働者を本邦外の地域に6か月以上派遣しようとするときは、あらかじめ、当該労働者に対し、一般項目及び以下の項目のうち医師が必要であると認める項目について、医師による健康診断を行わなければならない（規則第45条の2）。事業者は、本邦外の地域に6か月以上派遣した労働者を本邦の地域内における業務に就かせるとき（一時的に就かせるときを除く。）は、当該労働者に対し、一般項目及び以下の項目のうち医師が必要であると認める項目について、医師による健康診断を行わなければならない。
派遣前の健康診断においては、雇い入れ時の健康診断・定期健康診断・特定業務者の健康診断・特殊健康診断を受けた者については、当該健康診断の実施日から6か月間に限り、その者が受けた当該健康診断の項目に相当する項目を省略できる。また派遣前・帰国後とも、医師が必要ないと認めるときは、20歳以上の者についての身長の検査と、胸部エックス線検査で病変の発見されなかった者についての喀痰検査は省略できる。
査証申請の際に、健康診断（またはその証明書）が必要とされる場合がある。
事業者は、事業に附属する食堂又は炊事場における給食の業務に従事する労働者に対し、その雇入れの際又は当該業務への配置替えの際、検便による健康診断を行なわなければならない（規則第47条）。事業者によっては一般健康診断に分類しないところもある。
法文上は「医師による特別の項目についての健康診断」という。一定の有害業務に従事する労働者を対象として行う。派遣労働者については、派遣先が実施しなければならない。
配置替えの際に行う特殊健康診断には、業務適性の判断と、その後の業務の影響を調べるための基礎資料を得る目的がある。また特殊健康診断では、対象とする特定の健康障害と類似の他の疾患との判別が、一般健康診断よりも一層強く求められる。
事業者は、以下の有害業務に従事する労働者に対し、その業務の区分に応じ、雇入れ又は当該業務への配置替えの際及びその後所定の期間（四アルキル鉛業務は3ヶ月、その他は6ヶ月）以内ごとに1回、定期に、医師による特別の項目についての健康診断を行なわなければならない（第66条2項）。有害業務に従事させたことのある労働者で、現に使用しているものについても、労働者が常時従事していた業務の区分に応じ、6か月以内ごとに1回（一定項目については1年以内ごとに1回）、定期に、医師による特別の項目についての健康診断を行なわなければならない。
事業者は、歯又はその支持組織に有害なもののガス、蒸気又は粉じんを発散する場所における業務に常時従事する労働者に対し、その雇入れの際、当該業務への配置替えの際及び当該業務についた後6か月以内ごとに1回、定期に、歯科医師による健康診断を行なわなければならない（第66条3項）。 「歯又はその支持組織に有害なもの」とは以下の物質である。
医師等による「心理的な負担の程度を把握するための検査（ストレスチェック）」の実施が、2015年（平成27年）12月より、常時使用する労働者数が50人以上の事業者の義務となった（第66条の10）。50人未満の事業場については当面の間努力義務とされる（附則第4条）。派遣労働者については、派遣元が事業者としての義務を負う。なお、ストレスチェック制度自体は、メンタルヘルス不調の労働者を把握することを目的とした制度ではない。
事業者は、常時使用する労働者に対し、1年以内ごとに1回、定期に、次に掲げる事項について検査を行わなければならない（規則第52条の9）。
ストレスチェックの実施者は、次に掲げる者とする（規則第52条の10）。ストレスチェックを受ける労働者の所属する事業場の状況を日頃から把握している者が行うことが望ましい。
ストレスチェックを受ける労働者について解雇・昇進又は異動に関して直接の権限を持つ監督的地位にある者はストレスチェックの実施の事務に従事してはならない（規則第52条の10）。従事することができない事務は、ストレスチェックの実施に直接従事すること及び実施に関連してストレスチェックの実施者の指示のもと行われる労働者の健康情報を取り扱う事務をいい、これに含まれない事務であって、労働者の健康情報を取り扱わないものについては、人事に関して直接の権限を持つ監督的地位にある者が従事して差し支えない。当該事務には、例えば、以下の事務が含まれる。
事業者は、ストレスチェックを受けた労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、当該検査を行った医師等から遅滞なく当該検査の結果が通知されるようにしなければならない。この場合において、当該医師等は、あらかじめ当該検査を受けた労働者の同意を得ないで、当該労働者の検査の結果を事業者に提供してはならない（第66条の10第2項）。同意が得られた場合は、事業者は当該ストレスチェックの結果に基づいて記録を作成し、これを5年間保存しなければならない（第66条の10第4項、規則第52条の18）。同意が得られない場合は、ストレスチェックの結果の作成・実施の事務に従事した者による当該記録の保存が適切に行われるよう、必要な措置を講じなければならない。
一般健康診断、特殊健康診断のいずれにも属さないもの、及び医師による指導を取り上げる。
都道府県労働局長は、労働者の健康を保持するため必要があると認めるときは、労働衛生指導医の意見に基づき、事業者に対し、臨時の健康診断の実施その他必要な事項を指示することができる（第66条4項）。
事業場において特定の疾病が流行した場合や、有害物質が多量に流出した場合等が想定されている。
深夜業に従事する労働者であって、常時使用され、自ら受けた健康診断を受けた日前6か月を平均して1か月当たり4回以上深夜業に従事した者は、自ら受けた健康診断の結果を証明する書面を事業者に提出することができる（第66条の2）。ただし、この書面の提出は、当該健康診断を受けた日から3か月以内にしなければならない。
提出すると、法定の健康診断としての扱いを受ける。
労働安全衛生法の規定による一般健康診断等のうち直近のもの（一次健康診断）において、血圧検査、血液検査その他業務上の事由による脳血管疾患及び心臓疾患の発生にかかわる身体の状態に関する検査であって、厚生労働省令で定めるもの（血圧測定、血中脂質検査、血糖検査、肥満度（腹囲の検査又はBMIの測定）の4項目）が行われた場合において、当該検査を受けた労働者がそのいずれの項目にも異常の所見があると診断されたときに、当該労働者（当該一次健康診断の結果その他の事情により既に脳血管疾患又は心臓疾患の症状を有すると認められるものを除く）に対し、その請求に基づいて行う（労働者災害補償保険法第26条）。労災保険法における保険給付として行われる。
二次健康診断とは、脳血管及び心臓の状態を把握するために必要な検査であって厚生労働省令で定めるものを行う医師による健康診断（1年度につき1回に限る）をいう。特定保健指導とは、二次健康診断の結果に基づき、脳血管疾患及び心臓疾患の発生の予防を図るため、面接により行われる医師又は保健師による保健指導（二次健康診断ごとに1回に限る）をいう。二次健康診断の結果その他の事情により既に脳血管疾患又は心臓疾患の症状を有すると認められる労働者については、当該二次健康診断に係る特定保健指導は行われない。
二次健康診断及び特定保健指導は、社会復帰促進事業として設置された病院・診療所もしくは都道府県労働局長の指定する病院・診療所において行われる。これらを受けようとする者は、所定の事項を記載した請求書を、病院等を経由して所轄都道府県労働局長に提出しなければならない。また、これらの請求は、天災その他やむをえない事由があるときを除き、一次健康診断を受けた日から3か月以内に行わなければならない。
事業者は二次健康診断の対象となる労働者を把握し、当該労働者に対して二次健康診断の受診を勧奨するとともに、診断区分に関する医師の判定を受けた当該二次健康診断の結果を事業者に提出するよう働きかけることが適当であるとされる。
二次健康診断等給付は、労働者が一次健康診断の結果を了知しうる日の翌日から起算して2年の時効にかかる。ただし給付の請求は一次健康診断を受けた日から3か月以内に行わなければならないことから、時効が問題となるのは特定保健指導を受ける場合に限られる。
事業者は、上記の健康診断を受けた労働者全員に対して、遅滞なくその結果を通知しなければならない（第66条の6）。異常の所見が無かった者に対しても通知は必要である。
事業者は、上記の健康診断の結果、異常の所見があると診断された労働者については、当該労働者の健康を保持するために必要な措置について、医師又は歯科医師の意見を聴かなければならない（第66条の4）。この意見聴取は、原則として当該健康診断実施の日から3か月以内（自発的健康診断の場合は提出日から2か月以内）に行わなければならない。事業者は、医師又は歯科医師から、意見聴取を行う上で必要となる労働者の業務に関する情報を求められたときは、速やかに、これを提供しなければならない（規則第51条の2）。なお、健康診断において、その雇用する労働者が要再検査又は要精密検査と診断された場合であっても、当該再検査・精密検査の実施は特に有害物質等に係る規則で定められている場合を除き、一律には事業者にその実施が義務付けられているものではない。
事業者は、健康診断の結果に基づき、健康診断個人票を作成して、以下の期間保存しなければならない（規則第51条）。自発的健康診断の提出を受けた場合であっても、その提出された書面に基づいて、健康診断個人票を作成しなければならない。
常時50人以上の労働者を使用する事業者は、定期健康診断・特定業務従事者の健康診断・歯科医師による健康診断（定期のものに限る）を行なったときは、遅滞なく、定期健康診断結果報告書を所轄労働基準監督署長に提出しなければならない（規則第52条）。産業医が選任されている事業場においては、健康診断を産業医でなく健診機関が行った場合でも、報告書には産業医の記名押印がなされなければならない（報告書の提出義務がある事業場は、同時に産業医の選任義務がある事業場であるから、産業医が選任されていないということは、法的にあり得ない）。常時50人以上の労働者を使用する事業者は、1年以内ごとに1回、定期に、心理的な負担の程度を把握するための検査結果等報告書（検査及び面接指導の結果の報告を含む）を所轄労働基準監督署長に提出しなければならない（規則第52条の21）。使用者は、その使用する労働者数に関わらず、有害業務従事者の健康診断のうち指針で定めるものを行ったときは、遅滞なく、健康診断結果報告書を所轄労働基準監督署長に提出しなければならない。
面接指導とは、問診その他の方法により心身の状況を把握し、これに応じて面接により必要な指導を行うことをいう。
事業者は、その労働時間の状況その他の事項が労働者の健康の保持を考慮して厚生労働省令で定める要件（月100時間超の時間外労働により疲労の蓄積が認められる労働者。ただし算定期日前1月以内に面接指導を受けた労働者その他面接指導の必要がないと医師が認めた者を除く）に該当する労働者に対し、当該労働者の申出により、医師による面接指導を行わなければならない。面接指導を行う労働者以外の労働者であって健康への配慮が必要なもの（月80時間超の時間外労働により疲労の蓄積が認められ、または健康上の不安を有している労働者）については、当該労働者の申出により、必要な措置（面接指導またはそれに準ずる措置）を講ずるように努めなければならない（第66条の8、第66条の9）。事業者は、上記超えた時間の算定を行ったときは、速やかに、その超えた時間が一月当たり100時間を超えた労働者の氏名及び当該労働者に係る超えた時間に関する情報を産業医に提供しなければならない（規則第52条の2）。派遣労働者については、派遣元が実施しなければならない。管理監督者（労働基準法第41条）等、労働時間等に係る規定の適用について特段の定めのある労働者については、労働者自らが「疲労の蓄積が認められる」と判断して申し出れば、面接指導を実施する。医師は、面接指導を行うに当たっては、申出を行った労働者に対し、次に掲げる事項について確認を行うものとする（規則第52条の4）。
事業者は、ストレスチェックの通知を受けた労働者であって、検査の結果、心理的な負担の程度が高い者であって医師による面接指導を受けることを受ける必要があると当該検査を行った医師等が認めたものが、面接指導を受けることを希望する旨を申し出たときは、当該申出をした労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、医師による面接指導を行わなければならない（第66条の10第3項、規則第52条の15）。この場合において、事業者は、労働者が当該申出をしたことを理由として、当該労働者に対し、不利益な取扱いをしてはならないし、また、申出の時点においてストレスチェック結果のみで就業上の措置の要否や内容を判断することはできないことから、事業者は、当然、ストレスェックの結果のみを理由とした不利益な取扱いについても、これを行ってはならない。常時使用する労働者50人未満のためストレスチェックの実施が努力義務とされる事業場であっても、ストレスチェックを実施した場合はその後の面接指導の実施は義務となる。医師は、面接指導を行うに当たっては、申出を行った労働者に対し、ストレスチェックの検査事項のほか、次に掲げる事項について確認を行うものとする（規則第52条の17）。
面接指導は、面接指導を受ける労働者の所属する事業場の状況を日頃から把握している当該事業場の産業医その他労働者の健康管理等を行うのに必要な知識を有する医師（以下「産業医等」という。）が行うことが望ましい。面接指導を実施した医師が、当該面接指導を受けた労働者の所属する事業場の産業医等でない場合には、当該事業場の産業医等からも面接指導を実施した医師の意見を踏まえた意見を聴取することが望ましい。
事業者は、医師の意見他所定の事項を記載した面接指導の結果を作成し、これを5年間保存しなければならない（規則第52条の6、規則第52条の18）。産業医・ストレスチェックを行った医師等は、所定の要件に該当する労働者に対し、面接指導の申出を行うよう勧奨することができる。また事業者は面接指導が行われた後、遅滞なく（おおむね1月以内。緊急に就業上の措置を講ずべき必要がある場合には可能な限り速やかに）当該医師から意見を聴かなければならない。事業者は、医師の意見を勘案し、その必要があると認めるときは、当該労働者の実情を考慮して、就業場所の変更、作業の転換、労働時間の短縮、深夜業の回数の減少等の措置を講ずるほか、当該医師の意見の衛生委員会若しくは安全衛生委員会又は労働時間等設定改善委員会への報告その他の適切な措置を講じなければならない。
都道府県労働局長は、ガンその他の重度の健康障害を生ずるおそれのある業務で、政令で定めるものに従事していた者のうち、厚生労働省令で定める要件に該当する者に対し、離職の際に又は離職の後に、当該業務に係る健康管理手帳を交付するものとする。政府は、健康管理手帳を所持している者に対する健康診断に関し、必要な措置を行なう（第67条、規則第55条、規則第57条）。
都道府県労働局長は、健康管理手帳を交付するときは、交付を受ける者に対し、厚生労働大臣が定める健康診断を受けることを勧告するものとする。交付を受けた者は、勧告に係る健康診断を受けるときは、健康管理手帳を健康診断を行う医療機関に提出しなければならない。健康診断を行った医療機関は、その結果を健康管理手帳に記載しなければならず、また、遅滞なく報告書を都道府県労働局長に提出しなければならない。
健康管理手帳の交付を受けた者は、当該健康管理手帳を他人に譲渡し、又は貸与してはならない。
健康診断の実施は事業者の義務であり（第66条1項）、使用者による健康診断の不実施は法違反となり、50万円以下の罰金に処せられる（第120条）。また、事業者の講ずる上記の措置は、労働安全衛生法に定める危険有害要因除去のための各種の措置とは異なり、その性質上労働者の努力なくしては予期した効果が期待できない。それゆえ事業者の実施する健康診断の受診は原則として労働者の義務であり（第66条5項）、労働者による健康診断の受診拒否は、就業規則等によって定める懲戒処分の対象となりうる。なおストレスチェックについては、労働者の受検義務は課せられていないが（第66条では、「健康診断」からストレスチェックを除外している）、メンタルヘルス不調で治療中のため受検の負担が大きいなどの特別な理由がない限り、全ての労働者がストレスチェックを受けることが望ましい。当該事業場でストレスチェックを実施する時点で休業している労働者については、事業者は当該労働者に対してストレスチェックを実施しなくても差し支えない。
健康診断の実施費用を労使いずれが負担すべきかについて法律の定めはないが、法で事業者に健康診断の実施の義務を課している以上、当然、事業者が負担すべきものであるとされる。労働者へ費用負担を強いると、健康診断を受けない労働者が発生するおそれがあり、使用者の健康診断実施義務が果たせないからである。ただし、事業主が実施する健康診断を受けず、労働者本人の都合により各自で受ける場合などには、本人負担となる場合もあり、実際には就業規則等の定めによることになる。
受診時の賃金に際しては、特殊健康診断は、受診に要する時間が労働基準法上の労働時間と算定されるため、健診が法定労働時間外に行われた場合、事業者は割増賃金を支払わなければならない。一般健康診断・ストレスチェック及びその後の面接指導は、受診に要した時間に係る賃金の支払いについては当然には事業者の負担すべきものではなく、労使協議をして定めるべきものであるが、労働者の健康の確保は、事業の円滑な運営の不可欠な条件であることを考えると、一般健康診断・ストレスチェック及び面接指導を受けるのに要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましいとされる。
事業主は、外国人労働者に対して健康診断を実施するに当たっては、健康診断の目的・内容を当該外国人労働者が理解できる方法により説明するよう努めること。また、外国人労働者に対し健康診断の結果に基づく事後措置を実施するときは、健康診断の結果並びに事後措置の必要性及び内容を当該外国人労働者が理解できる方法により説明するよう努めること。また、事業主は、産業医、衛生管理者等を活用して外国人労働者に対して健康指導及び健康相談を行うよう努めること、とされる（「外国人労働者の雇用管理の改善等に関して事業主が適切に対処するための指針」（平成19年厚生労働省告示第276号））。
規模の大きい事業者では、通常の勤務時間内に事業者指定の病院（事業者自身が経営する病院のこともある）や健診センターで一般定期健康診断を受診させることが多く、その間の時間は有給であるのが一般的である。規模が小さい事業者では、勤務時間外に各労働者が選択した病院等で一般定期健康診断を受けさせ、後日、その費用を会社が支給していることもある。この場合は受診時間は無給となる。
なお、50人未満の労働者を使用する事業場の事業者は、特定の要件を満たせば、健康診断の費用として小規模事業場産業保健活動支援促進助成金を受けることができる（新規の申込みの受付は停止中）。