仮面ライダーSPIRITS
『仮面ライダーSPIRITS』（かめんライダースピリッツ）は、原作：石ノ森章太郎、漫画：村枝賢一の漫画。講談社の漫画雑誌「月刊マガジンZ」にて2001年1月号より連載を開始。同誌の休刊後は『月刊少年マガジン』に移籍し、2009年8月号から新たに『新 仮面ライダーSPIRITS』として連載中。
正式タイトルは『仮面ライダーSPIRITS The Legend of Masked Riders』（かめんライダースピリッツ ザ・レジェンド・オブ・マスクド・ライダース）。『仮面ライダー』から『仮面ライダーZX』までの仮面ライダーシリーズを原典とした、ヒーローアクション漫画である。内容的には昭和仮面ライダーシリーズの続編として描きながら、漫画独自の展開も行っている。設定上の時間軸は『仮面ライダースーパー1』の最終回後としている。
『月刊少年マガジン』に移籍後は、2009年8月号から2010年1月号まで、1号の改造人間として生きる苦悩と2号誕生を描いた番外編を連載し、2010年2月号（単行本第2巻第6話）から本編シリーズの続編を掲載。
2011年8月3日、『仮面ライダーSPIRITS』第1部（単行本第1巻 - 第3巻）が、講談社プラチナコミックス (KPC) より「東日本大震災復興支援版『仮面ライダーSPIRITS THE BEGINNINGS』 (ISBN 978-4-06-374920-5)」として発売され、この本での村枝の印税がすべて東日本大震災復興支援の義援金として寄付された。
内容はテレビシリーズ化されなかった『仮面ライダーZX』を中心としており、第1部最終話でそれが明らかになる。第2部以降は『仮面ライダーZX』の雑誌展開やテレビスペシャル『10号誕生!仮面ライダー全員集合!!』に沿って進行している。第2部と第3部の題名は、『仮面ライダーZX』のイメージソングである「FORGET MEMORIE'S」と「ドラゴン・ロード」と同じである。
ジンドグマ壊滅から数年後、世界各地で正体不明の怪人に遭遇する9人の仮面ライダーを描く章。やがて、新たな敵組織「BADAN（バダン）」の存在が明らかになっていく。※各話のサブタイトルはロゴが書き下ろされているが、単行本第1巻では明朝体の文字に全面的に差し替えられたため、第五話までのロゴは単行本未収録。第2巻以降は前編のみロゴになっている。
以降の主人公は仮面ライダーZX（ゼクロス）となる。BADANから脱走した記憶喪失の男・村雨良 / ZXが、追っ手と戦う中で失われた記憶を取り戻し、復讐のためではなく人々を守るために戦う戦士・仮面ライダーZXとして生きることを決意するまでの物語。
ショッカーを始めとする歴代組織を復活させ、日本に総攻撃を開始したBADAN。仮面ライダーとして生きる決意をしたZXは、9人の仮面ライダーとともに戦う。
※第2部以降のサブタイトルは連載時には存在せず、単行本化の際に付けられている。また、第2部第二話が作者急病のために2回に分けて掲載されて以降、単行本での各話の区切りが掲載時と異なることが数回ある。なお、第3部第四十六話は描き下ろし（正確にはマガジンZ未掲載分）である。
掲載誌と題名は変更されたが、ストーリーは第3部の続編である。第2部以降の主人公。ブラジルの大学に通っていた青年。幼い頃に両親を失い、姉の村雨しずかと二人で暮らしていた。セスナの操縦免許を持っており、しずかと共に南米ギアナ高地の上空を飛行していた所をBADANに遭遇・拉致されてしまう。目の前で姉の命をZX実験によって奪われ、自身も改造手術によって完全に記憶を奪われてしまう。第1部第十一話で、BADAN改造人間部隊の隊長・ムラサメ / コマンダーとして登場した。コマンダー期のマスクとマフラーの色は黒色である。
初登場時はBADANの先兵としてストロンガーと対決し、チャージアップ状態だった彼を圧倒するが、超電子ウルトラサイクロンで首から下を吹き飛ばされ、残った首は三影によって回収され、脳髄のみの状態で保管される。その後、第2部第一話においてZXとしての新たな身体を与えられる。
第2部序盤では、タイガーロイド（三影）や無数のコマンドロイド達と共に世界中の軍事拠点を潰しながら大量虐殺を行い、やがてガモン共和国で仮面ライダー1号と遭遇、彼と激闘を繰り広げる。しかし、やがてBADANに対し不信感を抱き、伊藤博士からBADANこそが自身の記憶を奪った元凶である事実と「海堂博士に会え」という助言を聞き脱走、追手を次々に返り討ちにしながら東京へと向かい、辿り着いた新宿でルミや海堂博士等と出会う。
BADANに記憶を奪われてしまったことで冷徹な印象を与えていたが、BADANの怪人達と戦う中で徐々に記憶が戻り始め、やがてメモリーキューブを埋め込まれたことで完全に記憶を取り戻す。記憶が戻った後は本来の陽気な性格を取り戻した（滝いわく、記憶が戻る前が本郷に似ているらしく、記憶が戻った後は「気持ち悪いくらいに明るい」）。だが、常識から外れた行動が多く、がんがんじいの「仮面」を素顔だと思っていたりと、天然な部分が散見される。
脳以外の99%を機械化されたパーフェクトサイボーグのその身体は、大首領JUDOが現世に復活する為の器として作られたもの。第2部では、その身体とともに一条博士が作り上げ、海堂博士とルミからはめ込まれたメモリーキューブにより、魂がJUDOと入れ替わるのを防いでいた。いつJUDOに身体を乗っ取られるか分からない現状に苦悩するが、第2部終盤で本郷から10人目の「仮面ライダー」の称号を与えられ、姉を始め、ZX実験の犠牲となった人々の無念を晴らすべく、「仮面ライダーZX」として命ある限り戦うことを誓う。
「最後の者」を意味する「ZX」の名が示す通り、そのスペックは高く、1号ライダーに半壊させられた身体を一瞬で自己再生し、その直後にZXキックで1号・2号に大きな大ダメージを与えた。ただし、これほどのスペックを完全に発揮するためには全身が赤く発光していなければならず、基本的には発光するためには特定ポーズを取らなければならない。記憶を取り戻す以前はバダンの調整を受けて高いスペックを持っていたと言われるが、「痛覚の喪失（脱走のちに回復）」など、記憶とともに彼が喪失感に苦しむように意図的に調整されていた模様。
髪型は特徴的な天然パーマで、コマンダー時代は完全なパンチパーマだったが、戦いとともに徐々にクセが抜け、現在では軽いパーマ程度になっている。1号ライダーとの初対峙の際に受けたライダーきりもみシュートをのちに会得する、スーパー1の赤心少林拳の一部“梅花の型”を再現するなど、修得能力に長けているようである。
第3部では全国各所にて再生怪人と奮戦している先輩ライダーのもとに駆け付け、共に戦うことで彼らの生き様と触れ合う内に成長していく。
第3部開始時点では、がんがんじいと共に北海道に向かい、摩周湖でスカイライダーと共闘。ゼネラルモンスターと魔神提督を倒し、残党の処理をスカイライダーに託して10分隊と共に京都に移動する。東寺でガラオックスによる作戦を潰すと同時に2号ライダーと協力してブラック将軍を倒し、ゲルショッカーを壊滅に導く。
その後、10分隊と別れてライダーマンと共に瀬戸大橋から時空魔法陣を通って四国に移動。香川県で志郎と藤兵衛と合流し、キバ一族を倒す。四国全土を覆う黒雲が放つ特殊な電磁波によって力を20%以下にまで封じられてしまうが、新技・ZX穿孔キックを編み出したことで徳島でツバサ大僧正を除くツバサ一族を壊滅させ、V3の待つ高知県に向かう。高知県では、3幹部を倒して成長を志郎に見せた。その後、ツクヨミに導かれ「虚無の牢獄」内でJUDOと交戦し、JUDOの振るう全ライダーの力に苦戦するが、JUDOが変身したライダー達の力は元々のスペックに頼ったものでしかないと見破り、彼に初めて恐怖の感情を与え、ツクヨミの手で牢獄から脱出。スーパー1が残したVジェットで時空魔法陣を超えて月面から島根に駆けつけ、10分隊と合流してXライダーを助ける。
アマゾンと6分隊の救援で沖縄に移動し、アマゾン化したゼロ大帝と戦う。ギギとガガの腕輪による破壊の光に呑まれて消滅しかけるが、無事生還。さらに、富山でXライダーと合流し、青森でスカイライダーやスーパー1とも合流。赤心寺でクレイジータイガーを倒したのち、青森市街でテラーマクロ・悪魔元帥の決着をつける一也を見守った。
ドグマとジンドグマの鎮圧後は、ほかのライダーより遅れて東京に到着し、岩石男爵配下の戦闘員に囲まれた石倉五郎を救っている。岩石男爵を1号との共闘で撃破した後、五郎と共に時空魔方陣に飛び込んで海底のショッカー基地に突入し、地獄大使率いる怪人軍団との戦いに向かう1号をサポートし、自身はゾル大佐・死神博士と戦闘を開始する。
乗用しているマシンは、三影が乗っていた特殊戦闘バイクを戦闘時に奪ったものだったが、『新 仮面ライダーSPIRITS』第7話で緑川ルリ子を救出後に大破した。その後、そのマシンはルリ子が海堂博士に「ABSシステム」を届けた際、滝によって村雨邸に待機していた立花藤兵衛のもとに届けられ、立花藤兵衛と谷源次郎の2人によって改造サイクロンのエンジンを移植することで修理・調整され、ZX専用マシンとして完成し、XライダーとがんがんじいによりZXの元に届けられた。JUDOの牢獄に繋がる魔法陣突入の直前、ZXによって「ヘルダイバー」と名付けられた。
村枝は、「ZX」という名称の意味付けを物語に取り込むことが本作品でもっとも生みの苦しみを感じたと述べている。初期にスズキ・カタナを使用していたのは、リトラクタブル・ヘッドライトが特撮ヒーロー風であることと、忍者ライダーという設定から「心」を失った「忍」という連想で「刃」をイメージしたことによる。ショッカーやゲルショッカーから日本を守った最初の改造人間。「はじまりの男」と呼ばれる。
第1部でニューヨークに現れ、滝和也と共に大コウモリ怪人（ペトレスク神父）を倒したことで新たな戦いが始まる予兆を感じた。
第2部で当時BADANの尖兵だったZXと対決し、最後は2号ライダーとのライダーダブルキックで破壊できるところまで追い詰めるが、タイガーロイドが身を挺して庇ったため、未遂に終わる。その後、サザングロスにおける敬介の救出に、一文字やアマゾンとともに乗り込む。その際、復活したモスキラスやシオマネキングのショッカーの再生怪人を「強化された別物」と悟って対峙。
第3部序盤にて東京都で再生ゾル大佐、再生死神博士、再生地獄大使率いる再生ショッカー怪人軍団と戦闘を開始する。戦闘中、援護にきた一文字と共に乱入したデルザー軍団に苦戦する。
ショッカーやゲルショッカーから日本を守った2人目の改造人間。
第1部でガモン共和国の未だ止まない軍人達の戦闘を懸念しながら戦場カメラマンとして活動していたが、BADANの侵攻によって再び仮面ライダーとして前線で戦うことを決意。「力の2号」としての一面だけでなく、明るくコミカルな性格で子供好きな一面が色濃く現れているのが、本作での特徴。第1部でクモロイドからも敵ながら称賛され、戦闘能力の高さも健在であった。
第2部ではBADANに再び襲われたガモン共和国の真美のもとに駆け付け、単身で奮戦。その後、1号ライダーと共にZXにライダーダブルキックを放つが、身を挺したタイガーロイドによって阻まれた。
第3部では、京都府において再生ブラック将軍率いる再生ゲルショッカー怪人達と戦闘する。ZXとの共闘で鎮圧するが、再生ヒルカメレオンとの戦いにおいて、一時は療養が必要となるほどまでに吸血されてしまう。しばらくして、東京で戦っている本郷の援護に向かい、間一髪でデルザーの鋼鉄参謀から本郷を救う。スーパー1と共に鋼鉄参謀やドクロ少佐に立ち向かう。
デストロンから日本を守った3人目の改造人間。
第1部では、エジプトで行方不明になった発掘調査隊を調査していた。結城とは気心が知れた仲であることが強調されている。本作ではクールかつストイックな性格を強調。特に境遇が似ている良には厳しく接し、改造人間として生きる意味や仮面ライダーとして戦う覚悟などを、度々問い掛けている。
第2部では、暗闇大使によって金縛りにされた1号・2号を間一髪のところで救出。その後、復讐心に駆られて我を忘れたZXと対決し、互いの必殺キックをぶつけ合って大ダメージを負った。この時は復讐に囚われた良を同じ仮面ライダーとして認めず、仲間とすることも拒否するが、滝やルミの言葉、良の中にある復讐心以外の「戦う理由」を垣間見たことから、しばらく様子を見ることを決意。
第3部では孤立した四国でサザングロスと戦い、ダブルタイフーンの左側を損傷。四国全域を覆う特殊な電磁場によって本来の力を出せずに焦るZXに、再び仮面ライダーとはどういったものかを語り、再起するきっかけを与える。不完全な体で再生デストロン軍団を、残る力を振り絞ってその性能をフルに活かして制圧。特訓によって新たな技を習得し、助っ人に駆けつけたZXの活躍を見届け、その成長に目を細めると同時に、初めて10人目の仮面ライダーとして認めた。後事を親友である結城に任せ、自らは姿を見せたJUDOに対し、相打ち覚悟の全力攻撃を敢行、JUDOに痛打を与えて四国を開放することに成功する。幸い死ぬことはなかったが、その反動で変身不能に陥る大ダメージを負ってしまう。その後は、結城に託されたカセットアームを頼りに静岡へと移動し、再生ブラックサタンとの戦いで苦戦気味であった茂の援護を行った。
ブラックサタン鎮圧後は1号・2号と合流すべく茂とともに東京に姿を見せる。隊長ブランクと対峙するストロンガーの援護をするが、本郷たちと合流できない現状に苦戦し、戦闘員と戦っている間にはぐれた先でシゲル、純子と再会、石倉育英会の姉ちゃん先生たちと合流した。ジェットコンドル（暗黒大将軍）によって集められた人々を救いださんと地下鉄構内に潜入するが、ジェネラルシャドウが置いていったヘビ女に発見される。自分を追ってきたシゲル・純子を逃がそうとハッタリを駆使して時間稼ぎをし、人々を虐殺せんと加速を始めたジェットコンドルにロープアームで取り付いた。そこをサイクロンで駆け付けた1号・2号のタイフーンからエネルギーチャージを受けて「変身」する。
村枝は、本作品での風見志郎は『V3』のライダーマン編でのうらぶれた感を前面に押し出していると述べている。また、描くのに最も手間がかかる仮面ライダーとしてV3を挙げている。
デストロンから日本を守った4人目の改造人間。
第1部でプルトンロケット爆発からの生還劇とアンリとの出会いを描いている。科学者とあって他の仮面ライダーのメンテナンスも行っている。本作の設定として、研究員時代はデストロン機械合成怪人軍団の武器や能力などは、結城が開発に関わったことが示唆されている。
第3部では、四国（愛媛県）でヨロイ一族と交戦、再生ヨロイ元帥を追って高知に向かう。変身不能に陥った志郎のために自身の右腕をその場に置き、BADAN本拠地に潜入。
富山湾で再生悪魔元帥が繰り出したバダンシンドロームを繰り出す「幻影の竜」を消滅させる大役を果たしている。志郎に託したのはカセットアームのみで、ヘルメットは所持しており、「幻影の竜」制御の折には変身し、新たに開発した「コントロールアーム」によって制御し、青森へと導いた。だが、この制御によって時空破断システムの生体コンピューターのうちの3割が脳死した。結城自身はこのシステムを利用して大首領を倒す準備を進めている。また大首領JUDOと対峙する中で、かつて学会にいた頃に自己保身な世間から受けた仕打ちに怒りを覚え、スカウトとして赴いたヨロイ元帥の勧誘を受けてデストロンに参加したものの、本当はユートピアを作る事が目的ではなく、子供の頃から誰からも必要とされない存在だった故にそうする事で自分の心の中にあった孤独を埋めたかったという理由が明かされている。
GOD機関から日本を守った5人目の改造人間。深海開発用改造人間「カイゾーグ」でもある。
第1部にて、スペインで海難事故の調査でグレコ老人に接近し、身の回りの世話や船仕事などの手伝いとして住み込んでいた。そこでアンリや滝と対面するが、滝からは不興を買う。冷めた態度を見せるがそれは本質ではなく、実際は熱さも思いやりも持つ。周囲に対して一歩引いて接するのも、かつて大切な人を次々と失った心の傷によるものであり、これ以上誰も失いたくないという思いからきているもの。
第2部では、海底に沈んでいた銀のドクロを回収に現れたコマンドロイド部隊を追跡調査中、タイガーロイドに左腕を切り落とされ（のちにアマゾンが回収）、要塞サザングロスに捕らわれの身となった。さらには、他のライダーたちが救出にくることを見越した暗闇大使によって胸部に「肉の種」を植え付けられ、操り人形と化してアマゾンライダーに襲い掛かったが、「肉の種」を取り除かれたことで正気を取り戻した。
第3部では、山口県・秋芳洞でキングダーク2号機を守るGOD悪人軍団と戦闘。ZXやSPIRITS第10分隊とともに、組織を鎮圧。その後、インターポールの佐久間にタイガーロイドと戦った際の情報を提供しており、現在は石川県でジンドグマと戦う一也＝スーパー1の援護に向かい、SPIRITS第九分隊と合流。富山県に現れた悪魔元帥のもとに向かい、スーパー1とも合流した。竜とともにスーパー1が消えた直後にやってきたZXと第10分隊とともに、青森に移動。ドグマとジンドグマの鎮圧後は洋とともに東京へと向かい、ドクターケイトに立ち向かう。
ベルトには武器のライドルを修復する能力もあり、タイガーロイドとの戦いでグリップを残し燃え尽きてしまったが、ベルトのバックルに収納することで完全修理している。また、マーキュリー回路停止という非常時には「セタップ」と「大変身」を使い分けられることも加えられている。ゲドンやガランダー帝国から日本を守った6人目の改造人間。第二の故郷・ブラジルに帰国後は現地ガイドを営んでいた。TV版同様、本名である「山本大介」の名前は本編中には登場せず、一貫して「アマゾン」と呼ばれている。
言葉遣いは、TV版後半や『ストロンガー』客演時で見せたような流暢さを身につけた設定は破棄され、前半時の片言混じりに統一されている。性格は野生児ゆえに子供のように無邪気で人懐っこい。TV版最終回（第24話）で入手したガガの腕輪は、愛車・ジャングラーのカウル内に収納されていた。他のライダーに比べ、良との友情や信頼関係はいち早く熱い一面を見せており、良を信じて自身の技でもあるモンキーアタックを伝授している（その証拠に、ZXと組んで戦った時の相性は抜群であった）。
第1部では、超天才児のビクトル・ハーリンと共に向かったギアナ高地での戦いの中、かつてTV版でマサヒコと「トモダチ」になったように彼との友情を育み、孤独から救った。トカゲロイドに対し、TV版でゼロ大帝を葬った「スーパー大切断」を使用したが、アームカッターを巨大化させて威力を増強した演出もなされている。
第2部では、一文字の台詞によれば単独行動が多いらしく、要塞サザングロスに捕らわれた敬介のもとに現れる。しかし、「肉の種」で操られた敬介＝Xライダーに襲撃されて危機に陥るも、その場に現れた伊藤博士の助言で胸部の「肉の種」を取り除き（胸の一部ごと強引に噛み千切っている）、救出している。後日、地中海の海底に敬介の左腕を回収するといった離れ業を披露。先の「肉の種」を摘出時に涙を浮かべており、友情や肉親間の繋がりを大事にする彼の想いが強調されている。
第3部では熊本県・阿蘇山火口を舞台に、ガガの腕輪を奪われつつも再生十面鬼ゴルゴス率いる再生ゲドン、そして再生ガランダーを相手に戦闘。のちに第10分隊と合流し、ZXと協力してガランダーの獣人たちと戦う。だが、その途中でニードルの針に操られて巨大化・暴走したモグラ獣人に、腕輪を装着した左腕を切断されて瀕死の重傷を負い、仮死状態に陥る。ZXのほか、滝、ゴードン、ビクトル、マサヒコの活躍によってギギ・ガガの腕輪を装着した左腕の奪回に成功。奇跡的に復活を果たし、ゼロ大帝に反撃を開始し、撃退へと追い込んで組織を鎮圧する。
現在はほかのライダーたちと合流すべく東京に到着し、狼長官との戦闘を開始。
まだら模様はCGではなくスクリーントーンで表現している。村枝はCGではこれを表現することはできないと述べており、スタッフの技術を評価している。ブラックサタンやデルザー軍団から日本を守った7人目の改造人間。
ジンドグマ壊滅後は日本に戻り、神奈川県三浦市内で藤兵衛の経営する立花レーシングクラブで住み込みで働く傍ら、岬ユリ子の墓を守っていた。
性格はTV版の初期設定だったニヒリズムかつ荒い性格のもので、TV版後半や『仮面ライダー (スカイライダー)』客演時に見せた温和で大人びた言動は一切見せない。加えてやや直情思考な設定も加えられており、ピンチにも虚勢を張る姿勢も見せていた。
第1部第十一話・第十二話で、コマンダーだった良率いる改造人間部隊に苦戦して満身創痍になる。しかし、かつてユリ子がそうだったように、命を落とす覚悟で超電子ウルトラサイクロンでコマンダーを部隊ごと破壊した。
コマンダーの一件からZXを敵視するようになり、第2部第三話でほぼ同じ顔であるコマンドロイドに対し、必要以上に敵意を剥き出しにして徹底的に破壊。
敬介救出時には、スカイライダーの助けで上空に浮上したサザングロスから1号・2号を救出。
その後、東海地方の自衛隊駐屯地が再生ブラックサタンに壊滅させられた後で遅れて到着したが、何も守れなかった悔しさのあまり、1号ライダーの制止も聞かずに変身する。その際、ZXが1号ライダーとともにいると知り、東京に移動。ZXと戦い、本気で倒そうとするが、その最中にZXが身を挺して心中を図った一家を救う姿を見て、かつてBADANの尖兵であった彼ではないことを悟り、東海地方に戻っていった。
第3部で、富士山山麗で再生百目タイタンとデッドライオンの率いる再生ブラックサタンと交戦。再生タックルとの戦いでは生命装置を損傷してしまうが、かつての親友・沼田五郎に重ねた奇械人・再生スパークの装置を移植して復活。再生百目タイタンを仕留め、組織を鎮圧する。現在は志郎とともに東京に姿を見せる。隊長ブランクとの戦いの中、過去の記憶が残って自分を憎む改造魔人との再戦によって戦意を増す。
村枝は、本作品での城茂は『ストロンガー』前半の荒くれ者のイメージを押し出している。ネオショッカーから日本を守った8人目の改造人間。本作では10人ライダー中、最年少という設定を活かした若々しい容姿にデザインされている。優しさや爽やかさ、人の良さが前面に押し出されているのが本作での特徴。
第1部第十三話で、BADANがボーヒネン博士を狙うと考え、がんがんじいとともにノルウェーを訪れて警護に当たる。
ドクガロイドと空中戦を繰り広げるが、猛毒の鱗紛攻撃の前に重力低減装置を損傷させられ、墜落してしまう。中毒症状に陥って一度敗退し、フレイアの解毒能力によって回復後、ボーヒネン博士によって再改造させられそうになった彼女を助け出す際、彼女と同じ解毒能力を得た（偶然かつ一時的）。ドクガロイドとの再戦の際には鱗紛攻撃を克服し、ライダーブレイクを敢行した。まだ自己修復が済んでいない重力低減装置の代わりに、特技のハンググライダーを用いて追撃し、上空から大回転スカイキックを放って撃破した。ドクガロイドが言い放った「人間は弱いから裏切り、奪い合う。弱いから恐れ、殺し合う。それが人間だ」という言葉に対し、その現実を認めながらも仮面ライダーとして人類のために戦うことを改めて決意。
結果として、フレイアから兄・フレイを奪ってしまったことに対して謝罪の涙を浮かべるなど、TVシリーズの心優しく涙もろい性格は健在である。それ故にZXこと村雨良と最初に心を通わせる仮面ライダーになった。
第2部では、ストロンガーを連れてサザングロスからXライダーとアマゾンライダーを救出。
第3部では、北海道に陣取った再生ネオショッカーに立ち向かう。ZXと共に再生怪人部隊を撃退後、「仮面ライダー」の名を語ることに躊躇する良を叱咤激励した。その後、再生した大首領を相手に奮闘し、大首領の弱点である右足に大ダメージを与えたが、爆発の勢いで生死不明となってしまう。無事に生存が確認されたのは、行方不明になったその日から6日後、かつて改造手術を施した命の恩人・志度敬太郎に救われてからのことであった。
重傷から回復した現在は、石川県で戦うスーパー1に代わってドグマを鎮圧すべく東北に到着。ZX、Xライダー、スーパー1と共にドグマを鎮圧した後は、東京の1号・2号の援護に向かい、その際に荒ワシ師団長の攻撃から滝を救うも手傷を負う。
罪悪感に苦しみつつも、亡き父代わりとして自分を案じる志度に対しては「博士」ではなく、あえて「志度ハングライダークラブ」の「会長」と呼ぶなど、彼を気遣う姿が見られる。
村枝は、筑波洋の人物像は『スカイライダー』の番組自体が原点回帰を目指していたため突出した個性が求められていなかったため他の仮面ライダーとの描き分けに苦心したといい、演じた村上弘明の当時の若さを押し出すことで本郷猛との差別化を図っている。ドグマ王国やジンドグマから日本を守った9人目の改造人間。第1部第十五話ではTV版最終回（第48話）の設定を踏まえ、本来の惑星開発計画の仕事に戻って月面基地の建設に従事していた。
第2部では、志郎や結城と共に良の窮地に駆け付け（TVスペシャルでの俳優顔出し対面の再現）、3人で同時変身を披露。冷熱ハンドの超高温火炎や赤心少林拳“梅花の型”を披露するも、一時的に良の身体を乗っ取ったJUDOによって金縛りに遭い、動けなくなってしまう。第二十話では、ヤマアラシロイド側に付いたZXと対峙。ライダーマンのロープアームにエレキ光線を放つ合体技を披露したり、ヤマアラシロイドの棘攻撃を“梅花の型”で防いで、村雨の復讐心を煽るヤマアラシロイドに対し、TV版同様に毅然とした態度を貫いて見せた。
第3部では、東北地方で再生ドグマ怪人軍団、北陸地方で再生ジンドグマ怪人軍団を相手に戦う。東北でドグマと戦っていた際、宇宙空間に留まっていたZXに通信連絡でVマシンを貸し与え、ZXの地球帰還に協力している。
石川県医王山でジンドグマの幹部怪人と戦っていたが、4幹部の長期戦に持ち込まれ、チェックマシンによるメンテナンスが受けられず、身体機能低下を計られ苦戦の状況に陥った。その中、チェックマシンを用いて応援に駆け付けた谷とチョロの助けもあり、事なきを得た。しかし、悪魔元帥の稲妻電光剣から発せられた稲妻による竜の映像に伴うバダンシンドロームの影響を受け、精神と肉体が分離した状態となってしまう。その後、結城の「幻影の竜」制御によって青森県まで運ばれ、津軽工業高校ねぶた製作部に助けられたが、バダンシンドロームの影響で変身できずにいた。
一也＝スーパー1以外のライダーは、望まずに改造された、組織によって瀕死状態にされたり近親者や友人が殺されたという様々な要因によって免疫が存在しているようだが、自分から望んで仮面ライダーになった一也には免疫はないようである。だが、もう一つ理由があり、スーパー1は赤心少林拳の気功を使うために、ほかのライダーとは違って神経が末端までボディに張り巡らされていた。今回のバダンシンドロームは神経組織に恐怖のプログラムが隠されており、神経から脳へと侵食する。そのため、バダンシンドロームに罹災した。通信能力が回復・作動し始めた時、ZXから竜を服従させていたJUDOのいくつかの記憶を受信し、反対に脳から神経へと浄化されてスーパー1の能力を取り戻した。
カイザーグロウとサタンスネークの合体怪人を倒した後、敬介や洋とともに関東に向かい、鋼鉄参謀とドクロ少佐に追い詰められた2号ライダーを救う。本郷や一文字と共にショッカーやゲルショッカーから日本を守ったFBI捜査官。改造人間ではないが、本作においては彼も仮面ライダーと同等の扱いなので、ここに分類する。
ショッカーやゲルショッカーとの戦いの中で世界の裏側を知りすぎたため、アメリカに帰国した後は閑職に追いやられていたが、新たな敵組織の暗躍に遭遇したことから現場復帰することになる。なお、FBIは本国以外での捜査権を持たないため、本作では「かつての戦いはインターポールに出向中の出来事だった」という設定が追加されている。
本作では村枝の代弁者的存在としても描かれており、歴代ライダーをはじめとする登場人物たちの言動に一喜一憂している。
第1部第一話では実質上の主役を演じている。黒ずくめのスーツとドクロ模様のヘルメットに身を包み、自ら「仮面ライダー」を名乗って、ペトレスク神父が変身する大コウモリ怪人と対決した。力及ばず危機に陥ったが、駆け付けた1号ライダーに助けられた。続いて第二話でも、意気消沈していた一文字を再び立ち直らせ、仮面ライダーの存在を真摯に説くなど重要な役を演じている。
第2部ではBADANの圧倒的な力に心を折られそうになるも、結城との出会いで立ち直り、再び滝ライダーとなって彼と共に反撃の狼煙を上げる。やがて放浪中の良と出会うと、変身能力を失いかけた彼に変身ポーズの大切さを説き、仮面ライダーとなるきっかけを作り、村雨邸に逗留して良に戦い方を教えている。また、復讐に逸る良を仲間にすることを拒否した志郎には、本郷や一文字とともに戦っていた立場から、仲間を信じる心を思い出させている。
第3部では佐久間からの要請を受けてSPIRITSの隊長に就任し、改造人間ではないながらもBADANと戦う人々の代表的存在となっている。京都では再生ゲルショッカーと戦う一文字をサポート。続いて第10分隊と山口へ向かい再生GOD機関との戦いに就くもキングダーク2号機機動の核として脳内を支配されてしまう。途中、魂として現れた神啓太郎に救われ無事に脱出に成功。元の人格を取り戻した。次に沖縄へ再生ガランダー帝国と戦うアマゾンのサポートに向かう。アマゾンとはなかなか馴染めずにいたが、左腕を失って瀕死の状態であったアマゾンを救うべく、ゼロ大帝からSPIRITガンソードで左腕を奪回するという快挙を成し遂げた。現在は第10分隊と別行動を取り、藤兵衛の奨めで東京に向かっている。到着直後、デルザーの荒ワシ師団長の襲撃でバイクを真っ二つにされるが、その直前に駆け付けたスカイライダーに救われている。
第1部での本郷や一文字との再会を皮切りに敬介や茂と接触し、同時に藤兵衛と再会時にユリ子の存在も聞かされる。第2部で良と初対面して志郎、結城、一也とも一時にせよ顔を合わせた。さらに第3部でアマゾン、『新 仮面ライダーSPIRITS』で洋と接触を果し、全ライダーと対面した。『新 仮面ライダーSPIRITS』本編ではルリ子と再会している。他にも源次郎などの9人の歴代仮面ライダーそれぞれの協力者たちとの出会いがいくつか描かれている。
『新 仮面ライダーSPIRITS』第1話では、『仮面ライダー』第11話の結婚式が偽装結婚だったことが描かれている。
使用するマシンはホンダワルキューレの改造車。ライダーとしてのコスチュームは普段はこの車内に収納されている。愛車ワルキューレも対荒ワシ師団長戦で失われ、スカイライダーに救われた後、バイクを欲する彼の目の前にスカイターボが現れた。
原作や特撮版の仮面ライダーシリーズには登場しない、本作オリジナルの仮面ライダー。滝が自作のプロテクタースーツを着用し、火薬やスタンガンを内蔵したナックル、スタンガン仕込みのブーツ、ショットガンなどで武装した姿である。後に結城が開発した特殊ナイフ「SPIRITガンソード」も使用する。その全身は黒一色に統一されており、ヘルメットの顔の位置には大きなドクロが描かれているなど、スカルマンを髣髴とさせる外観となっている。
滝は改造人間ではなく生身の人間だが、この姿で怪人に立ち向かう。茂とともにブラックサタンやデルザー軍団から日本を守った改造人間。しかし、デルザー軍団との戦いで死亡したために仮面ライダーにカウントされていないが、仮面ライダーに近い存在であり、ここに分類する。本作では墓標と回想シーンのみ登場。
テレビ版で仮面ライダーの称号を贈られていない点について、本作では戦いから解放された彼女を仮面ライダーではなく1人の女性として眠らせたいという茂の願いとして、結論づけている。
第3部第三十九話で再生ジェネラル・シャドウの部下としてストロンガーの前に姿を現した。ただし、ユリ子本人が生き返ったのではなく、違う素体から作られた魂のない別個体で、奇械人の1人としての登場。タックルと同じ技を使用できるが、チャージアップしたストロンガーには効果が薄くその面影に躊躇した瞬間、ウルトラサイクロンを放って自爆した。
実際のインターポールについては国際刑事警察機構を参照。『V3』や『X』にも名前が登場していた組織。
滝を隊長とする、総勢2500名で編成された対バダン戦闘部隊。募集はインターポール、命名は「（生身の体である自分は）仮面ライダーの能力には遠く及ばないが、魂だけは共にありたい」と願う滝の想いによるもの。正式名称・「Saving Project Incorporate w/h masked Rider on ImmorTal Soul」の略称でもある。特殊部隊から元軍人や傭兵など、各種戦闘術のエキスパートが集い、バダンへの個人的な復讐のために参加している者も多い。戦闘以外にも、世界へ報道するバダンの情報を、インターポールを通じて提供している。
分隊の番号によって、どのライダーをサポートするかが決められている。また、ライダーは戦闘経験を生かせるよう、かつて戦った組織と戦うように割り振られている。コスチュームのモチーフは第1作『仮面ライダー』の企画案の一つ「クロスファイヤー（十字仮面）」と、快傑ズバットの初期デザインである。
古代の地球に人類創世を促した3神の内、金色の神スサノオに仕える白銀の従者。本作において、人類の始祖的な存在。かつてはJUDOの仲間であったが、人間への情に目覚めて人類を守ることを決意し、JUDOとアマテラスを裏切った。その後アマテラスを破壊し、自らの肉体と引き換えにJUDOを「虚無の牢獄」に幽閉した。肉体がない（JUDOの封印に全ての力を注いでいるため、使えるのは村雨 / ZXへのテレパシーと「虚無の牢獄」でのヴィジョン投影程度）ので自分から手を貸すことはできないが、ZXが月面から帰る際に魔法陣を発動させるなど、間接的なサポートを行うこともある。人類の自由と平和を願っており、静かにそれを見守っている。JUDOの証言によると、BADANで使用される時空魔法陣は元々はツクヨミの能力だった。
名前や過去のエピソードの一部は、日本神話のツクヨミをモデルとしている。
本作における悪の組織。仮面ライダーに敗れたショッカーからジンドグマまでの11の組織を裏から統轄していた上部組織。自分達を「神に愛された者達」「選ばれし民」と称し、世界征服と人類抹殺を目論む。社会の裏で暗躍する歴代の暗黒組織とは異なり、表舞台に現れ大規模な制圧作戦を実行する。巨大な移動要塞「サザングロス」を拠点とし、他にもUFO（バダン・シティ）や改造人間プラント（黒いピラミッド）を多数保有している。
第1部では世界各地で暗躍しており、BADANの怪人達がそれぞれ何らかの計画や科学者の誘拐などを実行していたが、仮面ライダーによって阻止される。第1部第十六話において全人類に対し電波ジャックによる宣戦布告を行い、公に自分達の存在を明らかにした。
第2部以降は暗闇大使の指揮の元、「虚無の牢獄」に幽閉された大首領JUDOの復活を目的に活動し、大首領の器たるZXボディを与えられながらもBADANを抜けた村雨良を付け狙う。第2部終盤では、仮面ライダーに倒された歴代の悪の組織を時空魔法陣の力で復活させ、黒いピラミッドと共に日本各地に送り込む。大首領が日本中にバダンシンドロームを発症させたこともあってか、完全に日本を制圧する。
第3部以降は、「BADANの聖地」と化した日本において、各再生組織に大首領復活とバダン帝国の樹立を実行するように命令するが、日本各地の再生組織が次々と仮面ライダーやSPIRITSの活躍によって鎮圧されていく。そして残りの再生組織がショッカー、デルザー軍団のみとなったタイミングで、大首領が「時空破断システムを操る」という暗闇大使の行動を「増長した」と判断、暗闇大使に対して制裁を加える。結果、この制裁が原因で暗闇大使は大首領JUDOを見限ることを決意。大首領の代わりに三影、シズカ、良の三人をBADANの新たな神々として掲げ、大首領JUDOと彼の配下であるデルザー軍団に反旗を翻し、「仮面ライダーvsデルザー軍団vsBADAN」という三つ巴の戦いとなっていく。
暗闇大使が自身の強化の為にサザングロスを取り込んだことで本拠地を失い、東京湾が凍結して出来た「阿修羅谷」及び凍結に巻き込まれた「豪華客船」を新たな拠点とするようになる。
モデルは『仮面ライダーZX』のバダンであり、以前の組織の怪人達を再生させて使役したり、首領は実体を持たない髑髏のようなイメージで登場したりと共通点も多い。主な怪人達のモデルも同作に登場したバダン怪人とその強化体のUFOサイボーグである（第一話の蝙蝠怪人や他組織の再生怪人は除く）。
古代の地球に人類創世を促した3神の内、金色の神スサノオに仕える白銀の従者。JUDOとは同族であり仲間。遠い昔、肉体は裏切り者のツクヨミによって破壊されたため、銀のドクロの姿になった。
名前のモデルは、日本神話のアマテラス。
銀のドクロ以外には秋芳洞にて登場した個体「シズカ」と、月面の高知にて登場した個体「蘇生体」の二種類が存在。
歴代の暗黒組織が培った技術の粋を集め生み出した改造人間達。原作では、強化兵士、UFOサイボーグと分類があるが劇中では強化兵士で統一されている。
ニードル達のように人間から改造された者ではなく、暗闇大使が自身から直接生み出した怪人（そのため、改造人間ではなく人造人間（ホムンクルス）に近い存在である）。普段こそ人間体だが、人間としての名前はない。
村枝は、他の怪人と異なる設定にしたのは、暗闇大使が不完全な状態であることを表現するための時間稼ぎであると述べている。また合体するという設定は、ゼクロスの成長を描写するためのバトルインフレ表現であったとしている。
第1部と第2部で仮面ライダーに倒されたBADAN怪人のデータを元に、新たに作り出された強化兵士達。全員が原作（特撮版）と同じ姿をしている。BADANが大首領に反旗を翻し、ニードルがデルザー軍団に宣戦布告した際に初登場した。
実はニードルによって、新たなカニロイドに改造された小島秀範（ジュクの秀）が操っている傀儡と呼ぶべき存在。全員が首の付け根辺りにニードルの針を埋め込まれており、秀の精神をリンクさせる為の受信機の役割を果たしている。その為か、ジェネラル・シャドウは目の前に怪人が複数いるにも関わらず、感じられる気配は一人分だけだった。
BADAN以外の組織（ショッカーなどの関連組織）に所属していたキャラクター。後述する再生組織と異なり、一度倒されて復活したわけではない。1号～スーパー1までの仮面ライダー達に倒された歴代の暗黒組織。すべての組織がBADANの下部組織として、時空魔法陣と改造素体を用いることで復活している。以下、再生された幹部および怪人たちは組織ごとに記していく。特に記述のない者は、魂（生前の記憶）の無い存在として登場。また、各組織の戦闘員は基本的にBADANに捕まった人間を洗脳したものである。
村枝は、各幹部のキャラクター像が重複しているものも多く、描き分けを行うことは現実的ではないと考え、一部を除き魂のない存在として登場させた。アポロガイストや百目タイタンなど、原典で姿の変化しているものについては、仮面ライダーに敗れた際の最期の姿で統一している。
仮面ライダー1号、仮面ライダー2号と戦った組織。主に東京都を含む関東地方に出現、首都の奪還と仮面ライダー抹殺を目的としている。東京にデルザー軍団が出現した後は、拠点をかつてのアジトに遷す。ZX、1号、2号の活躍で鎮圧した。仮面ライダー1号、仮面ライダー2号と戦った組織。主に近畿地方に出現。京都府にて、ブラック将軍（ヒルカメレオン）がバダンシンドロームによって理性を失った人間たちから血液を採取し、次々と怪人を復活させる作戦を行っていた。ZX、2号、滝の活躍で鎮圧した。
仮面ライダーV3、ライダーマンと戦った組織。四国地方に出現。四国全体を時空魔法陣を使って月に孤立させていた。高知県をドクトルGが、香川県をキバ男爵が、徳島県をツバサ大僧正が、愛媛県をヨロイ元帥がという具合に、四国四県それぞれを各幹部が支配し、拉致した人々にサタンニウムを採掘させていた。目的はアマテラス（の首から下のボディ）を復活させ、そのエネルギーでJUDOが封じられている「門」を破壊することであったが、ZX、V3、ライダーマンの活躍によって鎮圧した。
なお、この四国編において地獄大使が見たアマテラスの記憶は「邪馬台国四国説」に準じたものとなっている。仮面ライダーXと戦った組織。中国地方に出現。作戦の主目的は、「島根県・出雲大社の奥で呪ステーションを守る」という作戦と、「キングダーク2号機に搭載されたRS装置を起動させ、虚無の牢獄を破壊する」という作戦の2つであった。ZX、X、第10分隊の活躍によって鎮圧した。仮面ライダーアマゾンと戦った組織。九州地方に出現。熊本県の阿蘇山において、十面鬼ゴルゴス自らアマゾンを迎え討つ。獣人たちを犠牲にガガの腕輪を奪い、時空魔法陣で沖縄県のゼロ大帝の元まで届ける。十面鬼の死亡と同時に鎮圧した。なお、本作では戦闘員である赤ジューシャは登場しない。仮面ライダーアマゾンと戦った組織。沖縄県に出現し、多数の人間が獣人によって食い殺されている。ゼロ大帝と支配者（真のゼロ大帝）が十面鬼の奪ったガガの腕輪を所持しており、もう一つのギギの腕輪を狙う。最後は復活したアマゾンの活躍で鎮圧した。仮面ライダーストロンガーと戦った組織。東海地方に出現。富士山麓付近の自衛隊の駐屯地を陣取り、抵抗した多くの自衛隊員を虐殺した。百目タイタンに率いられているが、生き残っていたデッドライオンも作戦に加わっている。また、奇械人タックルや奇械人スパークなど、テレビ本編では敵ではなかった改造人間も従えている。ストロンガー、風見志郎、立花藤兵衛の活躍によって鎮圧した。7人ライダー（1号～ストロンガー）と戦った組織。第3部第三十八話より登場。作中では、各々が大首領JUDO直属の大幹部で構成された改造魔人部隊として設定されている。
歴代組織の中でも一線を画す特異な存在であり、地獄大使より遥かに格上の存在であることが暗闇大使の台詞で示唆されている。
人間を核とする歴代組織の「改造人間」と違い「改造魔人」は、大首領JUDOが太古の昔に鉱物、植物、動物、幽霊など人外を核として生み出した古の魔人たちの子孫であり、その身は人類とは根本的に異なる。人間を恐れさせる事が存在意義であり、その姿は人間の持つ恐怖や嫌悪のイメージを顕現したものである。元より人間の魂を持たず、それ故に復活後も生前の記憶と意志を保持しており、大首領JUDOがいる限り何度でも蘇ると豪語する（大首領JUDOはデルザーは「命」ではなく「呪い」であると評している）。嘗ての戦いで自分達に敗北を与えた仮面ライダーへの再戦に燃えており、その身にはライダーに対する狂気と憎悪を宿している。
その実力は並の怪人とは桁が違い、参戦して間もなく1号や2号を苦戦させ東京に甚大な被害を与えたが、敵味方に関係無く周囲に破壊を撒き散らす様子を地獄大使は核兵器と同じと評し、ショッカーの戦略が台無しになると危険視されている。また、生命力も非常に強靭であり、通常ならば致命傷の筈のダメージを受けてもそのまま活動したり、再生を行う事が可能である。
鋼鉄参謀、荒ワシ師団長、ドクターケイト、ドクロ少佐、狼長官、岩石男爵、隊長ブランクの7人は東京に出現し、ショッカーと交戦中の1号とその援護に駆け付けた2号の前に現れる。其々の再生組織との戦闘を終えて東京に集結した仮面ライダー達に対し、ジェネラル・シャドウによる「より多くの仮面ライダーを葬った者が実権を握る」という提案に乗って互いに競争するなど、相変わらず実権争いに執着している。
集結したライダー達と激闘を繰り広げるが、後にBADANが大首領JUDOを裏切った為、BADANに対して激しい怒りを露わにする。大首領JUDOがサザングロスと共に降臨すると、彼を自分達のピラミッドに迎え入れ、ライダーとBADANの双方を相手に三つ巴の戦闘を開始する。
村枝は、改造人間ではなく改造魔人であるという設定から、他と明確な能力の差を見せるため過去の記憶を有している存在として登場させた。スカイライダーと戦った組織。北海道に出現。札幌市で、次々と人間を捕らえてアリコマンドに仕立て上げる作戦を行っていた。ZX、スカイライダー、村上千弘の活躍によって鎮圧した。TVシリーズでの指揮系統の頂点であったネオショッカー大首領は、他の幹部と同等の扱いとなっている。また、ネオショッカーの飛行能力のある怪人軍団の群れの中にネオショッカー怪人ではないサドンダスが紛れている。仮面ライダースーパー1と戦った組織。東北地方に出現。黒いピラミッド登場の際にメガール将軍（死神バッファロー）が描かれ、その後帝王テラーマクロ（カイザーグロウ）も姿を見せている。最終的にバダンシンドロームを克服したスーパー1の活躍で鎮圧した。仮面ライダースーパー1と戦った組織。北陸地方に出現。黒いピラミッド登場の際に悪魔元帥と4人の幹部（魔女参謀、幽霊博士、妖怪王女、鬼火司令）が登場。5人とも元々宇宙生命体だが、他の組織のように生前の記憶を持っていない状態で再生されている。4幹部はスーパー1に倒され、残る悪魔元帥（サタンスネーク）は上述の「毒の牙と翼の融合」怪人となった後に敗れたことで、ドグマ王国と同時に鎮圧した。本編以前を描いた作品（「右腕の記憶」など）の登場人物。本編にも登場する1号や2号、緑川ルリ子は、そこにまとめて書いてあるが、死神博士やヨロイ元帥は、別個体として登場するため、ここに記述しておく。本作品は、村枝が休憩時間に描いていた仮面ライダーの落書きを『マガジンZ』の担当編集者が偶然見つけ、そのコピーを『テレビマガジン』編集長の田中利雄に見せたところ田中はこれを気に入って石森プロへ相談するよう進言し、連載が決定した。村枝は単なるテレビ版の焼き直しにはしたくないと考え、平山亨による『仮面ライダーZX』の小説を参考にテレビでは描かれなかった『ZX』の物語を描くことを構想した。しかし、石森プロの河野達央から「1号から描かなくてよいのか」と聞かれ、村上も同じ石ノ森作品である『サイボーグ009』のテイストを取り入れることを考え、1号からスーパー1を主役とした第1部を経て本編が開始されることとなった。当初、村枝は単行本2巻程度と想定していたが、各仮面ライダーに平等に見せ場を描いていったため連載期間が長くなっていったという。
登場人物のキャラクター像は、各テレビ作品のイメージを拾うことを心がけている。衣裳もテレビ初登場時のものや劇中で印象に残っているものなどを採用している。怪人についても容姿のほか、鳴き声の再現も行っている。ただし、三影英介についてはライバルとして掘り下げるため、大幅に設定を変更している。
ストーリー中に主題歌などの歌詞を掲載するという演出は、ソノシートを聴きながら絵本をめくる雰囲気をイメージしており、「（作品を読んで）仮面ライダーの歌が聞こえてきた」という読者の感想を受けて取り入れられた。
連載前の予告では『仮面ライダー列伝』というタイトルであったが、村上はこれを個性がないと思い、当時バンダイの玩具「超合金魂」が発売されていたことから、初期案にあった『仮面ライダー魂』をもとに本作品のタイトルが決定した。当初から滝和也率いる部隊名としても考えられていたため複数形の「SPIRITS」となっているが、本来「SPIRIT」は複数形にならないため造語である。
『新 仮面ライダーSPIRITS』というタイトルは、すがやみつるが仮面ライダーのコミカライズ作品を講談社「テレビマガジン」と秋田書店「冒険王」へ2本同時に描いており、前者のタイトルが『仮面ライダー』、後者が『新・仮面ライダー』だったことに対するオマージュとしてタイトルに「新」が冠されている。
登場する仮面ライダーは原作漫画を含めたそれまでの漫画版とは異なり、チャックの位置にあるスリットやマスクのネジなどのディテールも含めて特撮版のスーツに忠実に描かれている。人間のキャラクターは特撮版でそれぞれの役柄を演じた俳優のイメージを残しつつも村枝流にアレンジされている。これに対し、怪人は特撮版のものとはデザインが異なっており、漫画の特性を活かしたデザインへとアレンジされているものが多い。男性のスーツアクターが演じていたために男性体型だった女怪人、特に原始タイガーは変身前の姿キバ一族の母なる魔女=スミロドーンとの設定に従い女体化が施されている。他の女怪人もなるべく女体化が行われている。
仮面ライダーシリーズの『仮面ライダーZX』を元にしているが、再生組織などのそれ以前のキャラクターの登場など、それまでの仮面ライダーシリーズの設定も反映されている。
また、平山亨著小説『仮面ライダーZX オリジナルストーリー』（JUDOという用語の登場)や山田ゴロ版『仮面ライダーZX』(タックルの復活）など、かつての仮面ライダーZXの漫画作品の設定も流用されている。
この他、『スカルマン』（#滝ライダーを参照）など、仮面ライダーシリーズ以外の石ノ森章太郎作品の作品のネタも存在する。
1号からZXまでが客演として登場する『仮面ライダーBLACK RX』と、その前編にあたる『仮面ライダーBLACK』については、村枝が南光太郎（BLACKおよびRX）と秋月信彦（シャドームーン）をそれぞれ『仮面ライダーチップスR』で描き下ろしているが、「本作ではそこまで描かないし、光太郎と信彦も登場させる予定はない」と発言している。
SPIRITS隊員のベイカーは『RED』が初出であり、本作や『RED』の他にも『ジングルベル・アーミー』などにスターシステムとして登場している。
第3章に登場する讃岐麺太郎や瀬戸内小麦や風味掛之介などは本作のオリジナルキャラクターではなく、連載当時に営業していた手打ちうどんの通販店舗『讃岐職人屋本舗』のイメージキャラクターである。店主が村枝の元アシスタント出身の元漫画家という縁から、本作に麺太郎たちが登場することとなった。
本作を掲載していた「月刊マガジンZ」の企画『ヒーロークロスライン』で村枝賢一は、『ジエンド』を描いている。本作が『新仮面ライダーSPIRITS』として連載再開した際、同じく『ヒーロークロスライン』の作品の『ウサ探』のぬいぐるみが『新仮面ライダーSPIRITS』へ登場している。