熊本藩
熊本藩（くまもとはん）は、1600年から1871年まで存在した藩。52万石。1871年肥後国（熊本県）の球磨郡・天草郡を除く地域と豊後国（大分県）の一部（鶴崎・佐賀関等）を知行した。肥後藩（ひごはん）とも呼ばれる。藩庁は熊本城（熊本市）に置かれた。
戦国大名となった各氏（菊池氏、阿蘇氏、相良氏）は、北部、中部、南部と各々に拠点を構えて、ほぼ平穏な戦国前期を送っていた。
やがて菊池氏は阿蘇氏に飲み込まれる形となったが、阿蘇氏も身内の後継争い・内紛を繰り返し、最終的には豊後国の大友氏によって旧菊池領は平定され、阿蘇氏もその影響下に入った。
南で鹿児島・島津などの盾となっていた相良氏だったが、鉄砲伝来後、近代兵器を持った島津軍になすすべなく降伏。
阿蘇氏も島津軍に次々と城を落とされ滅亡した。（九州平定 (日本史)）
九州平定の寸前で島津軍は、大分・大友の要請により挙兵した秀吉の大軍に敗れ、肥後を放棄した。（秀吉の九州平定）
豊臣秀吉より富山城主であった佐々成政に肥後の統治が命じられた。しかし佐々成政が改革を急ぐあまり反感を買い、肥後国人一揆が起きた。秀吉は、加藤・小西に鎮圧を命じ、一揆は収束。佐々成政は責任を取らされて自害させられた。
肥後を平定した両氏は、肥後の所領を与えられ、加藤はおもに北部、小西は中南部を所領にした。
慶長5年（1600年）、肥後南部24万石を領していた宇土城主小西行長は、西軍につき、関ヶ原の戦いで西軍の敗将となり斬首、改易となった。
すでに肥後北部25万石を領有していた隈本城主加藤清正が、関ヶ原の戦いの戦功により行長の旧領を獲得し、また豊後国内にも鶴崎など2万石を加増され、52万石を領したことにより当藩が成立した。
清正は日本三名城に数えられる熊本城を築いた。また、城下町や道路網を整備し、新田開発、灌漑用水の整備により治水を図り、統治を安定させた。土木建設に力を注ぎ領内基盤整備の礎を築いた「清正公さん」（せいしょこさん）の人気は、今日の熊本においても非常に高い。
その一方で、近年の加藤清正研究では、朝鮮出兵に対応するために作られた動員・徴税体制や重臣達を支城主にして大きな権限を与える仕組みが百姓に重みになってのしかかり、更に関ヶ原の戦いやその後の天下普請などに備えるためにこの体制が解消されることなく継承され、農村の疲弊や重臣達の権力争いの原因となったことなど、清正治世の問題点も指摘し始めている。
加藤家2代忠広は、寛永9年（1632年）駿河大納言事件に連座したとされる罪で改易され出羽国庄内に配流、加藤家は断絶した。
代わって同年豊前国小倉藩より、細川忠利が54万石で入部し、以後廃藩置県まで細川家が藩主として存続した。国人の一揆が多く難治の国と言われていた熊本入部に際しては、人気のあった加藤清正の統治を尊重し、清正公位牌を行列の先頭に掲げて入国し、加藤家家臣や肥後国人を多く召抱えたという。細川氏は、手永（てなが）という独自の地方行政制度を敷いた。
熊本藩には上卿三家といわれる世襲家老がおかれていた。松井氏（まつい：歴代八代城代であり、実質上の八代支藩主であった）・米田氏（こめだ：細川別姓である長岡姓も許されていた）・有吉氏（ありよし）の三家で、いずれも藤孝時代からの重臣である。そのほか一門家臣として細川忠隆の内膳家と、細川興孝の刑部家があった。支藩としては、のちに宇土支藩と肥後新田支藩（のち高瀬藩）ができた。
忠利は晩年の宮本武蔵を迎え入れ、島原の乱で活躍した。忠利死去の2年後の寛永20年（1643年）忠利への殉死をめぐり、森鴎外の小説で有名な阿部一族の反乱が起きた。2代光尚は7歳の綱利を残して早死したので御家断絶の危機があったが、無事に3代綱利が家督を継いだ。3代綱利の時には、赤穂浪士大石良雄らの切腹を任された。
5代宗孝は延享4年（1747年）江戸城中で人違い（九曜家紋間違い）により旗本・板倉勝該に斬られて死去。弟の重賢が急遽藩主の座に就いた。この事件のため、以後は細川家では九曜紋は「細川九曜：離れ九曜」に変えた。
重賢は宝暦5年（1755年）藩校時習館を開き、行政と司法を分離して刑法を改正（律令法参照）、藩の機構を整備するなどの宝暦の改革を行い、中興の祖となった。
江戸時代を通じて熊本藩では百姓一揆が無く（島原の乱の天草は唐津藩領）、農民は豊かで領地の統治は良かった。しかし藩財政は火の車で、藩は江戸大坂の大商人からの多額の借金は何度も踏み倒しており（藩内で一揆があれば改易・御家断絶があるが、大商人の借金を返さなくとも一揆の心配はない）、大商人達からは貧乏細川と嫌われたという。
幕末には藩論が勤王党、時習館党、実学党の3派に分かれた。実学党の中心は横井小楠である。彼は藩政改革に携わったが失脚。安政5年（1858年）福井藩主松平慶永の誘いにより政治顧問として福井藩に移った。文久2年（1862年）江戸留守居役らと酒宴中に刺客に襲われ一人逃亡したという罪で翌年、熊本藩士の籍を剥奪された。
また、勤王党の中心人物宮部鼎蔵も元治元年（1864年）の池田屋事件で死亡。これにより時習館党が主流となったが藩論は不統一のままだった。
戊辰戦争では、薩長主導の明治新政府に加わり、江戸無血開城後は、上野の寛永寺一帯に立てこもった彰義隊の討伐に参戦した。
明治3年（1870年）知藩事となり華族に列した護久は、実学党を藩政の中心に据えた。翌明治4年（1871年）廃藩置県により熊本県となった。明治17年（1884年）細川家は侯爵に叙爵された。
昭和58年（1983年）には、細川家第18代当主細川護煕（後の第79代内閣総理大臣）が熊本県知事に就任している。
細川氏入部以後の江戸藩邸は江戸城近くの大名小路に上屋敷、伊皿子台（いさらごだい　現在の港区高輪）と白金に下屋敷があった。また京都藩邸は知恩院古門前西町に、大阪藩邸は中ノ島常安町に、伏見藩邸は土橋町に、長崎藩邸は大黒町にあった。
江戸での菩提寺は品川大徳寺派の寺院、東海寺の内にあった妙解院であった。熊本新田藩も妙解院を菩提寺としていた一方、宇土藩は同じく東海寺内の清光院を菩提寺としていた。
外様 52万石　（1588年～1632年）
外様 54万石　（1632年～1871年）
宇土藩（うとはん）は熊本藩の支藩。藩庁として宇土（宇土市）に陣屋が置かれた。
正保3年（1646年）熊本藩2代藩主細川光尚の従兄弟行孝（初代忠利の弟・立孝の子）が宇土郡・下益城郡に3万石を分与され、現在は新小路町と称される「本町筋南側」の一角に陣屋（御屋敷）を構えた。6代立礼と8代立政は熊本藩主として迎えられている。11代225年在封し、明治3年（1870年）熊本藩に合併し廃藩となった。
江戸藩邸は永田町に上屋敷、愛宕の下と神保こうしに中屋敷、白銀猿町に下屋敷があった。また、大阪中ノ島常安町に大阪藩邸があった。
外様　3万石　（1646年～1870年）
肥後新田藩は熊本藩の支藩。寛文6年（1666年）熊本藩3代藩主・細川綱利の弟・利重が熊本藩の蔵米より3万5千石を分与され立藩した。江戸鉄砲洲に住み参勤交代を行わない定府大名であった。
しかし、明治維新により慶応4年（1868年）に仮藩庁を高瀬町奉行所（玉名市）に置いた。これにより、高瀬藩と改称した。明治3年（1870年）玉名郡岩崎村（玉名市）に正規の陣屋が完成し移った。しかし、同年には熊本藩に合併し廃藩となった。
外様　3万5千石　（1666年～1870年）
細川忠隆－長岡忠春－忠重（忠季）－忠英－忠昌－忠虎－忠寿＝忠顕（忠寿の実弟、のち甥の忠穀に家督を譲って分家）＝細川忠穀（忠寿の子）
細川興孝（細川忠興の五男）－長岡興之－興知－興章－興行＝興彭（細川宣紀の八男）－興真－興礼－興泰－興昌－細川興増
松井興長＝長岡寄之（細川忠興六男）－直之－寿之－豊之－営之－徴之＝督之（一門・松井賀之次男）＝松井章之（徴之の次男、1869年｢松井｣に復姓）－盈之－敏之
米田求政－是政－是季－是長＝是庸－是春－是福－是知－是睦－是容－是豪＝虎雄（是保） 
有吉立言－立行－興道＝英貴－英安＝貞之－貞親－立貞＝立好－立邑＝立喜＝立直＝立憲＝立生＝立元＝立道＝立愛＝立武＝立礼－立生＝登聖
沢村吉重＝友好－友雅－友朗－友常＝友隼－友顕＝友輔－友貞－友正＝友義＝沢村重
各郡の下に「手永」が置かれていた。下記には明治3年（1870年）に編入した高瀬藩領、宇土藩領も含む。
※括弧内は『旧高旧領取調帳』の数字
上記のほか、明治維新後に根室国標津郡・目梨郡を管轄したが、後に仙台藩に移管された。また、幕末から明治初期のわずかな期間ではあったが、豊後国国東郡14村、速見郡36村、大分郡9村、直入郡12村の天領を預かった（全域が日田県に編入）。
藩主細川氏関連資料としては、熊本県立図書館、永青文庫熊本大学分館などの蔵書のほかに、ウェブ史料として「肥後細川藩拾遺」などがある。