X-メン
X- MEN（エックスメン、）は、マーベル・コミック刊行のアメリカン・コミックに登場するヒーローチーム。また、コミック・アニメ・映画。1963年に原作スタン・リー、作画ジャック・カービーによる『The X-MEN』1号で初登場した。当初は人気が出なかったが、1975年にチームを再編成してからはマーベルコミックの中でも人気のあるシリーズのひとつとなり、多くの派生作品を生み出した。
X-メンのコミックは2012年時点で5億部以上が出版され、1991年の原作クリス・クレアモント、作画ジム・リーによる『X-MEN』1号は850万冊以上が出版され、1冊の売上が世界一のコミックとなる。
主人公が後天的に能力を授かるそれまでのヒーローとは逆転する発想で生み出された。X-MENの語源はEXTRA-MEN、生まれながらの超能力者を意味する。
X-メンは、突然変異によって超人的能力を持って生まれたミュータントの集団である。ミュータントはその特異な能力から「将来取って代わられるのではないか」と人間からは危惧されている。現にマグニートーをはじめとする超人的能力で人間を支配しようとするミュータント・テロリストが現れ、この状況はさらに悪化している。これに対抗するのが、プロフェッサーXことチャールズ・エグゼビア教授が結成したX-メンである。エグゼビアはミュータントを保護し、彼らに能力の正しい使い方を教えるために学園を開き、X-メンを指導する。X-メンは、人間たちを守りミュータントに対する世界の偏見を払拭するため戦いを続けている。
X-メンのメンバーはチームの再編成や増強などしているため、一貫して所属しているメンバーは一人もいない。「メン」は「マン」の複数形で「X-メン」は集団全体を指す呼称となるため、メンバー個人を指す場合は「X-マン」と呼ぶ。
ミュータントと一般の人間の紛争は、ユダヤ人、アフリカ系アメリカ人、社会主義者、LGBTなどの、アメリカでのマイノリティたちが経験したことだといわれている。
この物語の根底には、公民権の問題が潜んでいる。ミュータントは迫害を受ける人種的・宗教的マイノリティの暗喩であると見られることがある。プロフェッサーXはアフリカ系アメリカ人の公民権運動の指導者、マーティン・ルーサー・キング・ジュニアに、マグニートーはマルコムXに喩えられる。またマグニートーはホロコーストの生き残りであり、反ナチス・ドイツのメタファーとされる。
1963年、スタン・リーとジャック・カービーにより、『The X-MEN』が創刊される（何回か改題し『Uncanny X-MEN』になる）。刊行から17号までのうちにマグニートー、ジャガーノート、センチネルなど主要なヴィランが登場し、「人類に迫害されるミュータント」というストーリーの方向性も定まった。12号からはカービーの下書きをワーナー・ロスが仕上げており、18号からはロスが作画を引き継いだ。ライターは新人だったロイ・トーマスが抜擢された。当時は過小評価されていたが、トーマスとロスはXMENを魅力的に描写して、賞賛を得た。1965年には隔月誌だった『The X-MEN』誌が月刊化された。読者を獲得しようとする編集部の意向により、1968年に地底人グロテスクとの戦いでプロフェッサーXが死亡しX-メンは一時解散となった。タイトルも『The X-MEN』50号で『X-MEN』に改題された。49号でチームは再結成され、60年代を代表するアーティストのジム・スタランコが参加するが、51号ですぐにX-MENを離れた。売り上げは悪くなる一方であったが、ロイ・トーマスの復帰と、新たに参加したニール・アダムスのダイナミックな作画によって当時の最高レベルのコミックスと評されるようになった。
アダムスらが参加する以前の売り上げが悪かったため、66号を期に『X-MEN』が一時休刊となり、67〜93号までが12〜45号の再録掲載となる。思い直した編集部の判断によって94号で再録掲載が中止となった。トーマスはX-MENの新チームを「世界各国からメンバーが集う国際的な編成にしよう」と閃く。トーマスの提案を受け、レン・ウェインとハーブ・トリンピーが『Hulk』180号にて、将来『X-MEN』に登場させる予定のウルヴァリンを登場させた。そして1975年に『Giant size X-MEN』が創刊され、X-メンの2期メンバーが集結してチームが再編された。「Giant size」と題されるように、当初は従来の倍近いページ数を想定していたが、次号でページ数は元に戻り、これまでのシリーズのナンバリングを継いだ94号が出版された。ウェインは新人ライターのクリス・クレアモントと組み、新たなX-MENの物語を紡いだ。クレアモントはデイブ・コックラムとともに多くのSF要素をX-MENに取り入れた。1978年の『X-MEN』114号で『The Uncanny X-MEN』に改題し、再び月刊化となる。
クレモントと、作画を引き継いだジョン・バーンにより売り上げは伸び続け、80年代の終わり頃にはスーパーヒーローコミックのベストセラーとなった。クレアモントとバーン、そしてテリー・オースティンの三人は81年にチームを解消するまでに『ダークフェニックス』、「デイズ・オブ・フューチャー・パスト」という名作を世に送り出した。クレモントは82年にはX-MENの二期メンバーで一番人気のあったウルヴァリンのミニシリーズを作画のフランク・ミラーとともに描いた。作画にはベテランのデイブ・コックラム、彼の後には若手のポール・スミス、ジョン・ロミータJr、マーク・シルベストリが加わった。バラバラになっていたファースト・ファイブはボブ・レイトンとジャクソン・ガイスによる新シリーズ「X-ファクター」で再結集され、このシリーズはウォルター・サイモンスンとルイーズ・サイモンスンの夫婦が手がけ好評を得た。87年にはクレアモントがかつて創造したキャプテン・ブリテンをリーダーにした『エクスカリバー』を創刊した。X-MENは様々なシリーズと関連作品を形成し、巨大な作品群となった。
1991年にはX-メン関連雑誌で「ミュータント・ジェネシス」と呼ばれる大規模な改変が行われた。再編されメンバーが一新したX-ファクターはピーター・デイビットが担当し、後にこの作品の要素はミュータントXへ引き継がれる。ロブ・ライフェルドが担当するニューミュータンツは、チーム名をXフォースと改めコマンド部隊の活躍を描いた。ニューミュータンツのメンバーが成長を遂げたため、あらたに十代の新チームを活躍させる「ジェネレーションX」が始まり、スコット・ロブデルとクリス・バチャロが担当した。さらにX-メンはブルー、ゴールドの2つのストライクフォースチームに再編成され、純粋な戦闘チームとしての色が濃くなった。ゴールドチームは引き続き『The Uncanny X-MEN』で描かれ、新たにブルーチームの活躍を描く『X-MEN』が創刊した。『X-MEN』の1号はクレアモントとジム・リーがコンビを組み、850万部というアメリカン・コミック史に残る売り上げを記録する。91年が終わる頃にクレアモントは17年という長期に渡った『X-MEN』の執筆活動に区切りをつけた。後任はファビアン・ニシーザ、スコット・ロブデル、マーク・ウェイド、スティーブン・シーグル、アンディ・キュバート、ジョー・ケリーなどが務めた。代表的な作画家はウィルス・ポータシオ、ブランドン・ピータース、アダム・キュバート、アンディ・キュバート、ジョン・ロミータJr、ジョー・マデュレイラ、クリス・バチャロ、アラン・デイビスなどの名があがる。1992年には初のアニメ化作品、『X-メン』が制作された。アニメは日本を含む様々な国で放送され、コミックも国境を越えて広がりを見せた。1995年には『エイジ・オブ・アポカリプス』が発表され、4ヶ月に渡ってX-MENの全シリーズで大々的なクロスオーバーが組まれた。90年代の終わり頃には、60年代にニール・アダムスが発表したファーストファイブの最終号以降の出来事を描く『X-MEN :ザ・ヒドゥン・イヤーズ』がジョン・バーンとトム・パーマーの手により発表された。
2000年より、実写映画の『X-MEN』が公開され、以降も関連映画が定期的に公開されるようになる。クレアモントが『X-MEN』と『アンキャニィX-MEN』のライターとして復帰した。アニメ『X-MEN Evolution』が放送された。
2001年から脚本にグラント・モリソンが加わり、X-メンの関連雑誌で「X-メン・マンス」と呼ばれる大規模な改変が行われた。X-メンが「恵まれし子らの学園」の教師になり、学園の様子を原点回帰させるなど、設定や人員を整理することで脚本の質を上げ対象年齢を引き上げることに成功した。人気のないシリーズは廃刊し、既存シリーズは改題と共に内容を刷新した（『X-MEN』114号で『New X-MEN』に改題。『The Uncanny X-MEN』394号で『Uncanny X-MEN』に改題。『X-Treme X-MEN』創刊）。『Ultimate X-MEN』創刊（この世界は別次元アース1610にあたる）。
2004年に創刊された『Astonishing X-MEN』でアイズナー賞の長編シリーズ賞を受賞する。『New X-MEN』が『X-MEN』に改題。
2009年 ウルヴァリンを中心にしたテレビアニメ、『ウルヴァリン・アンド・ジ・X-メン』が放送開始。
2011年、日本のアニメ会社マッドハウスが制作したテレビアニメ、『ウルヴァリン』、『X-メン』が放送開始。
日本語版は日本で年数を置いて断片的に刊行されている。
1980年代に光文社がアメリカンコミックと日本の漫画を半分ずつ掲載した月刊誌ポップコーンにおいて、クラコアとの戦いで第二期X-MENが結成される話などが2号分収録されている。
1990年代にゲームの制作やアニメの放映により、日本語版の出版も盛んになった。小学館プロダクション（現小学館集英社プロダクション）からジム・リーが活躍していた頃の作品を中心に全17巻の『』が発売。続いてウルヴァリンのスピンオフである『ウェポンX』、シリーズのガイド本である『アンキャニィX-MEN』が発売された。マーヴルコミックのオムニバス雑誌『マーヴルクロス』全17巻においては様々な短編エピソードや長編シリーズが収録された。そしてクロスオーバーを集中的に収録した、『エイジ・オブ・アポカリプス』全3巻、『オンスロート』全4巻、『ゼロトレランス』全6巻が発売された。
原作コミックの出版を受け、メディアワークス（現アスキー・メディアワークス）の電撃文庫から日本語版オリジナル展開のライトノベルが全3巻が出版された。他にも、日本人漫画家によるアニメ版などの再漫画化版が竹書房の『コミックガンマ』に連載され、後に全13巻の単行本に纏められた。これらの漫画作品は後にアメリカで英語訳されマーベル社からも『X-MEN:THE MANGA』として99年までに26巻発売された。
2000年代には新潮社よりパラレルワールド（アルティメット・マーベル・ユニバース）を舞台としたリメイク作『アルティメット』が発売された。だが脚本家のマーク・ミラーが継続して担当した33話分、全11巻を期に発売中止となった。同時期に麻宮騎亜がアーティストとして参加した『アンキャニィ』も発売された。2000年代後半からヴィレッジブックスと小学館集英社プロダクションより『ウルヴァリン:オリジン』、『アストニッシング』、『ハウスオブM』などが発売された。二社は2010年代に入ってからも継続してX-MENの邦訳コミックを出版しているが、X-MENの出版が最優先されていた90年代とは異なり、アベンジャーズやスパイダーマンがメインでX-MEN関連タイトルの出版頻度は低く、シリーズ出版が中断したり、通常書店に流通しない通販専売タイトルとなることも多い。チャールズ・エグゼビアことプロフェッサーXは生まれながらにして超人的な能力を持つ新人類「ミュータント」である。彼はミュータントの子供たちのためにニューヨーク州ウェストチェスター郡のセイラムセンターに「恵まれし子らの学園」と言う私設学校を設立し、テレパシー能力を使って、5人の子供たち（マーベルガール・サイクロップス・アイスマン・ビースト・エンジェル）を集め、日々能力の正しい使い方と正義の心を説いていた。エグゼビアの指導を受け成長した子供たちはX-MENと名乗るようになる。ある日、磁力を操るミュータント・マグニートーがケープ・シタデルにある米軍のミサイル基地の略奪を企てる。事件をいち早く知ったX-MENは現場に駆けつけ、マグニートーを相手にチームワークを武器に戦い退ける。この戦いを機に、X-MENと悪との戦いが始まっていく。マグニートーはX-MENに対抗するべく悪のミュータント（マスターマインド・ブロブ・クイックシルバー・スカーレットウィッチ）を集め「ブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツ」を結成し、X-MENと幾度と戦い続けていった。
マグニートーはナチスの強制収容所送りとなった少年時代に家族を皆殺しにされ、成人した後はミュータント能力を発現させたため迫害されていた。そうした過去から人類に強い憎悪を抱き、ミュータントが人類を統べるべきと信じるようになった。プロフェッサー・Xが人類とミュータントとの平和的共存を目指しているのに対し、マグニートーはミュータントの将来のために人類の根絶または隷属を目的としていた。マグニートーの行いは、しばしばナチスと変わらないとX-MENなどから批判されることもあったが、それでも改心することはなかった。
その後も魔石サイトラックの力を宿す巨漢ジャガーノートなどの強敵たちが次々登場する一方で、世界征服を企む悪のミュータント集団「ファクター・スリー」の一員であったバンシーは正義に目覚めX-MENに参入した。かつてはX-MENの敵だったミミックもX-MENに加わったが、横暴な性格のためX-MENを追放された。
X-MENの敵は悪のミュータントだけでなく、先天的に超能力を持つが故に浴びせられる人類からの差別や憎悪も問題となった。当初は悪のミュータントを撃退したことで英雄扱いをされていたX-MENだったが、次第に暴徒化した群集から言われも無い暴力を受けるようになった。日増しに世間からの反ミュータント感情が高まっていく中で、そうした思想に取り付かれた科学者のボリバー・トラスクは「ミュータントがいずれ人類を征服する存在になるだろう」と報道機関を通じて発表し、さらにミュータントを殲滅すべく「センチネル」と呼ばれるロボットを開発した。だがセンチネルは人間を脆弱な存在と見做し、ミュータントと同じく自らの管理下に置こうとした。過ちに気付いたトラスクはセンチネルを巻き込み自爆した。センチネルは爆散したものの、その設計図は失われていなかったため、この後もトラスクの思想を次ぐ科学者などによってセンチネルは増産と改良を続けている。
マグニートーはストレンジャーと言う超人を仲間にする。だがストレンジャーは異星人であり、拉致されたマグニートーは辺境の星に放逐されてしまう。この間、マグニートーに暴徒から助けられた過去に報いるべく協力していたクイックシルバーとスカーレットウィッチの姉弟だったがマグニートーの行動や思想を信じられなくなったためチームを離脱し、ブラザーフッドは解散となった。姉弟はこれまでの罪を清算するため「アベンジャーズ」へ参加する（後にマグニートーの実子であることが明らかになる）。脱出の機会を探っていたマグニートーは地球へと交信している電磁信号があることを探り当て、能力を駆使して自らを電磁転送し帰還をした。
X-MENは地底人グロテスクとの最後の戦いで師プロフェッサー・Xを失ってしまい、そのショックからチームを一時解散し学園を後にするが、後に再びX-MENを結成した。メスメロが持つ催眠術の能力によって洗脳されていたポラリスや、サイクロップスの弟のハボックも仲間に加わり、新型のセンチネルや恐竜人ソウロン、マグニートーなどの強敵との死闘を繰り広げた。
プロフェッサー・Xの訃報は誤りで、死んだのは彼の影武者を買って出た変身能力を持つチェンジリングであったことが告げられる。異星人ジノックスの侵略を知ったプロフェッサー・Xは、思念波を高めるべくXマンションの地下に秘密裏に製造した特殊な部屋ジノックス・サイチェンバーに身を潜めていた。ジノックスの退治に成功したプロフェッサー・Xは全てを打ち明け、再びX-MENに合流した。
X-MENは生きている島のミュータント・クラコアとの戦いに敗れ、捕らわれの身となってしまう。唯一逃げ延びたサイクロップスから、窮地を聞かされたプロフェッサー・Xは世界の援軍をかき集めた。この時に集まった、バンシー、サンファイア、サンダーバード、ウルヴァリン、ナイトクロウラー、ストーム、コロッサスら7人の協力により、クラコアは宇宙に放逐される。彼らは新たなX-MENとなった。この後、サイクロップスを除くX-MENは学園を去った。しかし、一匹狼が性分のサンファイアはチームに馴染めなかったためすぐに離脱、イタリアの犯罪王ネファリア伯爵との戦いでサンダーバードが死亡するなど困難が続いた。荒くれ者のウルヴァリンと真面目なサイクロップスは折り合いが付かず喧嘩が絶えなかった。
マグニートーは自らの遺伝子工学の知識を駆使して人造ミュータント・アルファを作りだす。だが究極パワーを持つアルファは主人に逆らい、マグニートーを赤ん坊へと退行させてしまう。マグニートーを保護したプロフェッサー・Xは、彼をミューア島に研究所を構えるモイラ・マグダガート博士に預ける。ミュータント学の権威であるモイラは、プロフェッサー・Xとは友人でありX-MENの良き協力者であった。後にマグニートーは地球圏の混乱を望むシャイア帝国の科学者ダバン・シャカリによって、若々しい成人の姿となって復活を果たす。
宇宙でのセンチネルとの戦いを終え帰還する際、X-MENは膨大な量の放射線に遭遇する。スペースシャトルを操縦していたマーベルガールは、仲間達を放射線を完全に遮断できる防護部屋に閉じ込めるが、自らは致死量の放射線を浴びてしまい墜落してしまう。間もなくパワーを増幅させて復活したマーベルガールは自らをフェニックスと名乗るようになり、別人のような性格になっていた。
その頃、宇宙の列強国シャイア帝国では、国王ディケンがエムクランと呼ばれる超神秘的なクリスタルの力を悪用して宇宙を征服しようとしていた。ディケンの妹である王女のリランドラは、プロフェッサー・Xに応援を頼み一行はシャイア帝国へ向かう。ディケンはエムクランを制御できると考えていたが、戦いの中でその力は暴走し、銀河中を飲み込もうとする。だが、フェニックスがエムクランの力を飲み込むかの如く凄まじい力を使って見事に制御し宇宙を破滅から救った。プロフェッサー・Xは新たな女王となったリランドラと恋人になり、シャイアに残った。シャイアによって齎された先進的な工学技術によって、X-MENの施設や乗り物は大幅に増強された。
南極のある人工的に造られたジャングル「サベッジランド」の活火山の麓に新たな基地を構えたマグニートーは、未開の原住民スワンプ・メンに遺伝子操作を施し後天的なミュータント「ミューテイツ」へと変え手駒にした。X-MENはマグニートーと戦い彼を追い詰めるが、基地の保護機能が損傷し、火山の噴火と共に溶岩流に飲まれ行方不明となる。生き残ったフェニックスはX-MENが死んだものと思い、プロフェッサー・Xに報告する。フェニックスは傷心のなか世界中を旅して回った。
生きていたX-MENはサベッジランド、日本、カナダを経てアメリカへと戻りフェニックスと合流した。日本ではウルヴァリンが日本有数のヤクザ・ヤシダ組の親分の一人娘であるヤシダマリコと恋に落ちた。周囲の反対を押し切り結婚しようとするが、マスターマインドがマリコを洗脳し強引に婚約を破談させた。洗脳が解けた後もマリコとウルヴァリンは良き友人であり続けたが、後にマリコはヤシダ組の敵対組織である悪の忍者集団「ザ・ハンド」の手によりフグ毒を盛られて死亡する。カナダでは政府の極秘機関デパートメントHの傘下にあるミュータント・ヒーローチーム「アルファフライト」と戦ったが、後に和解した。
シャドウキャット、ローグ、ダズラー、サイロック、ロングショットが新たにX-MENに参入した。
表向きは財界人の社交クラブだが、悪のミュータント結社である「ヘルファイアークラブ」。その支配者である「インナーサークル」の代表セバスチャン・ショーは、マスターマインドに命じ、フェニックスを洗脳。自らをインナーサークルのブラッククィーンと信じ込ませ、X-MENにとって最悪の敵を作り出した。洗脳によってフェニックスに奥底に眠る無限の力、フェニックス・フォースが目覚め、フェニックスはダークフェニックスへと変貌する。マスターマインドを廃人においやったダークフェニックスは、X-MENやシャイア帝国の超人近衛隊インペリアルガードと戦うが、最後には理性を取り戻し、恋人であるサイクロップスに別れを告げ自害する道を選んだ（『ダークフェニックス』）。
最愛の恋人を失ったサイクロップスは暫くの間悲しみに暮れたが、アラスカでフェニックスに瓜二つの女性マデリーン・プライアーと出会う。マデリーンとジーンの共通点は容姿だけでなく、その能力も共通していた。二人は幼少時に飛行機事故を経験したと言う共通点から意気投合し、マデリーンはX-MENに参入した後、サイクロップスと結婚し息子ネイサンを授かった。
人類によるミュータントの虐殺を恐れたマグニートーは、世界中の核を廃棄するよう各国に警告する。その要求を拒んだソ連は、潜水艦レニングラードを差し向けマグニートーを抹殺しようとするが、マグニートーの能力によって返り討ちにあい、見せしめとしてレニングラードを沈められてしまう。
ミュータントを脅威に思うロバート・ケリー上院議員は「ミュータント登録法」を提唱し、その制定を目指していた。ミュータント・テロリストのミスティークは、新たなブラザーフッド・オブ・イビルミュータンツを結成し（メンバーはデスティニー、アバランチ、パイロ、プロブ）、ミュータントの未来のために暗殺を企む。物語はロバート・ケリーの暗殺が達成された平行世界へと移る。その世界ではケリー暗殺によって、反ミュータント感情が暴走した結果、政府から派遣されたセンチネルの大軍によってX-MENは壊滅。そのまま北米を支配することになったセンチネルによって、ミュータントは強制収容所に隔離されると言う暗黒の未来に変貌していた。未来のシャドウキャットことケイトは、その能力を駆使してケリー暗殺が達成される前の自分に精神の移送を果たし、現代のX-MENにケリー暗殺がもたらす世界の破滅を告げ、共に暗殺を阻止した。この未来からはサイクロップスの娘であるフェニックスIIも母親譲りのフェニックスフォースを利用してタイムトラベルして来ている（『デイズ・オブ・フューチャーパスト』）。
X-MENは他の生物に寄生し繁殖する異星人ブルードと戦い、彼らの星を壊滅に追いやるが、宇宙で消息不明になる。プロフェッサー・Xはブルードとの戦いでX-MENが全滅したのだと思い絶望するが、モイラ博士の助言により、後進の育成に取り掛かる。こうして世界中から、カルマ、ウルフスベーン、サンスポット、ムーンスター、キャノンボールら若いミュータント達が集められ、新チーム「ニューミュータンツ」が結成された。ニューミュータンツには後にマグマ、マジック、サイファー、ウォーロック、リージョンらも加わった。彼らはヘルファイヤークラブの幹部ホワイトクィーンが指揮する10代のミュータントチーム「ヘリオンズ」などと戦った。
異次元「モジョー・ワールド」では、テレビ番組の視聴率こそが力の象徴と言う変わった世界である。その世界は、スパインレス・ワンと呼ばれる脊髄が無い奇妙な種族によって支配されており、支配者として君臨するモジョーは人造人間を使って残酷なテレビショーを製作していた。モジョーのために人造人間を製造していた科学者のアライズは退廃的な世界の有り様に疑問を感じ、強力なミュータント能力を持つロングショットを生みだし、特訓を施した。ロングショットは他の人造人間達と共にパイレーツ・ネットワークと言う反乱軍を組織しモジョーに立ち向かうが、苦戦を続け地球に逃亡する。ロングショットを追う過程で地球の存在を知ったモジョーは、個性的なX-MENに類稀なタレント性を見出し、彼らを自分の製作するTVショーに引きずり込もうとする。モジョーはX-MENと幾度かの戦いを経てロングショットに殺された。だが復活を果たすと、ロングショットの友人であった地球のスタントマンのリタを、自らの配下とすべく6本腕の剣士スパイラルへ改造し、その後もX-MENを狙い続けている。地球でX-MENとして活動を続けたロングショットは後に元歌手のミュータント・ダズラーと恋に落ちた。
ミュータントの進化を研究する科学者のミスター・シニスターは、凶暴なミュータント達を多額の報酬によって集め「マローダーズ」を結成した（メンバーはスクランブラー、セイバートゥース、マリス、スカルプハンター、バーティゴ、ハーブーン、リップタイド）。シニスターは彼の研究に利益をもたらさない惰弱なミュータントを嫌悪しており、マローダーズに命じてマンハッタン地下に密やかに住むミュータント「モーロックス」を襲わせた。X-MENはモーロックスを助けるため、マローダーズと死闘を繰り広げるが、猛攻を凌ぎきれず多数の死傷者を出した。マローダーズ側にも死者は出たが、シニスターは予め彼らのクローンを作っており、欠員が出るたびクローンで穴埋めしていた（『ミュータントマサカー』）。
マグニートーは宇宙から優位種である自分達が愚かな人類を見渡せるようにと、宇宙要塞「アステロイドM」を建造し、新たな拠点としていた。先のレニングラード号の件も影響し、危機的意識を持ったアメリカとソ連は、それぞれアベンジャーズとソビエト・スーパーソルジャーズを派遣し捕縛に向かわせた。X-MENはその逮捕を不当に感じ彼らと戦うが、無用な戦いを好ましく思わなかったマグニートーは自ら投降し、国際法廷に出廷する。この法廷で彼は裁判官の血中の鉄分を操作し、強引に無罪を勝ち取った。だが、そのせいで暴徒化した反ミュータント派の市民によってプロフェッサー・Xが襲われ重傷を負う。ここでプロフェッサー・Xとマグニートーは初めて和解を果たし、マグニートーにX-MENの指揮を任せたプロフェッサー・Xは、治療のため高度な医療技術を持つシャイア帝国へと向かった。
改心したマグニートーは、プロフェッサー・Xの志を継ぎ、X-MENの指導者となった。ニューミュータンツには自ら指導を行ったが、無鉄砲な十代の若者達は戦いとなると勇み足となり、早々に死者を出してしまう。マグニートーは失望しチームを後にする。ニューミュータンツは未来から現れたケーブルに牽引されることになる。
同じ頃、ファンタスティック・フォーが北極で死んだと思われたマーベルガールを発見する。実は彼女が宇宙で放射線を浴びた際に、フェニックスフォースが彼女の人格と能力をコピーした上で、マーベルガールを繭のようにエネルギーで包み保護していたことが明らかとなる。死んだのは自らをマーベルガールと信じ込んでいたフェニックスフォースだった。マーベルガールは自分が数年間世間から隔離されていたことや、恋人のサイクロップスがほかの女性と結婚したことなどに困惑しつつも正義の陣営に復帰する。マグニートーが指導者に立ち、X-MENが乗っ取られたと思った初代X-MEN（ファーストファイブ）は新たなチーム「Xファクター」を結成する。マデリーンとジーンの間に心が揺れたサイクロップスもXファクターに加わった。Xファクターは表向きは政府のミュータント狩りを装っていたが、X-MENと同じく保護と教育を目的としていた。X-MENはXファクターがミュータント狩りをしていると勘違いをしていたが、後に真相を知り和解する。
長命のミュータント族「エクスターナルズ」の中でも、最も長命なミュータント・アポカリプスは「適者生存」の信念の元、世界を作り変えようとしていた。アポカリプスは何千年もの間、世界中を旅し、ある時は人々に自らを神として崇めさせ、またある時は戦争をけしかけ、その強さを推し量っていた。アポカリプスは現代を野望実現の好機と見做し、人類対ミュータントの戦いを焚きつけた。また、戦いで翼を失ったエンジェルを洗脳し、鋼鉄の翼を与えて、悪のミュータント・デスへ変え、配下のフォー・ホースメンに加えニューヨークを襲撃した。その戦いでサイクロップスの能力に興味を持ったアポカリプスは、能力を奪う触媒とすべくサイクロップスの息子であるネイサンをさらい、身体が機械化する生きたウイルス「テクノオーガニックウイルス」に感染させた。アポカリプスは月面に存在する宇宙要塞でXファクターと超人類インヒューマンズの連合軍と戦うが、サイクロップスのオプティック・ブラストを受け、重傷を負い敗北した（『フォール・オブ・ミュータンツ』）。戦いの中でエンジェルは正気に戻るが、暫く精神的に不安定な状態が続いた。後にアポカリプスから与えられた鋼鉄の翼を受け入れ、新たなヒーロー「アークエンジェル」として復活する。ウイルスに感染したネイサンは、未来から彼を救うべく現れたアスカニに預けられた。息子と引き離されたサイクロップスだったが、後にフェニックスIIの能力によってタイムトラベルを果たし、自らをスリムと名乗り幼少のネイサンと数年間を共に過ごした。
悪魔ナスティアがマンハッタンを魔界へと変貌させる。夫と別れ傷心していたマデリーンはシニスターから自分がジーンのクローンであった事を告げられ悪に堕ち、ゴブリン・クィーンへと変貌。さらにハボックを籠絡し、ゴブリンプリンスへと変えX-MENと戦った。最終的にマデリーンはジーンに吸収されるようにして融合を果たした。魔界で魔術を身につけたマジックは、その能力を限界まで使いマンハッタンを元に戻すが、その反動で幼児の姿になってしまう（『インフェルノ』）。
ジェノーシャでミュータント弾圧を続けるキャメロン・ホッジと戦った（『エクスティンクション・アジェンダ』）。
アステロイドMで静観を続けていたマグニートーは驚愕の事実を知る。赤子だった彼がモイラ博士に預けられていた時、モイラは息子を失った悲しみからマグニートーに遺伝子操作を施し、彼の精神から悪の心を取り除いた。この事を知ったマグニートーは怒り狂い、自らを信奉するミュータント集団アコライツと共に人類への闘争を再び開始する。マグニートーはX-MENと戦う最中に配下のファビアン・コルテスの裏切りにあい、アステロイドMと共に散ったかに見えたが、アコライツの捨て身の救出により生き長らえる。
ストライフと名乗るミュータントがプロフェッサー・Xを狙撃。さらにアポカリプスやサマーズ親子など、彼が恨みを持つ相手を狙い復讐を遂げようとする。ストライフはケーブルと戦い敗北する（『エクスキューショナーズ・ソング』）。
その後、再び立ち上がったマグニートーは配下のアコライツやエクソダスらと共に再び人類粛清に乗り出し、自身の宇宙基地アバロンにてX-MENと対決する。マグニートーは能力によってウルヴァリンの全身からアダマンチウムを抜き取り重症を負わせる。その攻撃に怒りを露わにしたプロフェッサー・Xは、マグニートーに対し精神攻撃を行い廃人にさせた（『フェイタル・アトラクション』）。
現実改変能力を持つリージョンは過去へと遡り、今日までのミュータントの苦境を作ったマグニートーの暗殺を試みるが、マグニートーを守ろうとしたプロフェッサー・Xが身代わりとなってしまう（『リージョンクエスト』）。プロフェッサー・Xの消滅により、アポカリプスの侵攻を阻止できなかった世界は、適者生存の名の元に人類が絶滅寸前に追い込まれているエイジ・オブ・アポカリプス（黙示録の時代）へと変貌を遂げる。マグニートーは亡き友の意思を継ぎX-MENを組織し、アポカリプスと戦っていた。唯一、元の世界から漂流していたビショップはマグニートーにすべての事情を話し、世界を元に戻すべく戦う。イリアナの持つ時空移動能力によって、暗殺実行の場面まで戻ったビショップはリージョンを倒し、歴史の修復に成功する。エムクラン・クリスタルの暴走によりエイジ・オブ・アポカリプスは崩壊していくが、ビースト、シュガーマン、ホロコースト、X-MANの4名のみ、クリスタルの余波により正史世界へ転移を果たす（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。
プロフェッサー・Xの精神は、先の戦いで損傷し彼の精神に寄生していたマグニートーの精神と交ざり合い、オンスロートと呼ばれる邪悪なミュータントが誕生する。オンスロートは現実改変能力を持つフランクリン・リチャーズ、X-MANの両名を取り込み、現実を改変させる事を目的としていた。未曾有の危機にX-MENは他のマーベルヒーロー達と共闘し立ち向かう。オンスロートの圧倒的な力の前に苦戦を続けるも、アベンジャーズ等の名だたるヒーローの犠牲により、オンスロートを打ち破る（『オンスロート』）。
進化した未来のセンチネルであるバスチオンが公的にミュータントを排除しようとする（『オペレーション・ゼロトレランス』）。
失踪したプロフェッサーXを追う（『ハント・フォア・エグゼビア』）。
ストームを狙うシャドウキングと戦う（『サイ・ウォー』）。
スクラルと手を組んだアポカリプスが12人のミュータントを拉致し現実改変を企む（『アポカリプス・トゥエルヴ』）。
地球がシャイア帝国の流刑地にされる（『マキシマム・セキュリティ』）。
X-メンの一人エグゾーンが正体（マグニートー、後にクローンと判明）を現し、学園を強襲する（『プラネット・X』）
息子を失った悲しみから精神が錯乱し、アベンジャーズを崩壊寸前に追いやったスカーレットウィッチの処遇を巡りヒーロー達は会合を開く。姉の処刑を恐れたクイックシルバーは、姉をそそのかし、その現実改変能力によって世界をミュータントが特権階級である世界へと作り変える。改変前の世界の出来事を覚えていたウルヴァリンらは仲間達を集め、元凶であるスカーレットウィッチを追い詰めるが、争いによって錯乱したスカーレットウィッチは能力で全体の98%にあたるミュータントの能力を消失させてしまう。世界は一見元通りになったかに見えたが、各地で多数のミュータントが死傷するなど、甚大な被害を出した。また善悪に関わらず、能力が失われた事で、その活動が困難になった者も続出した。
ニューウォリアーズがヴィランとの戦いで敗北し近隣の小学校が焼失。市民の犠牲を受け、ヒーローの情報を政府が登録・管理すべきとする超人登録法が成立し、ヒーロー同士が登録法の是非を巡って争うがミュータント登録法などを経験したX-MENは争いに与せず事態を静観していた（『シビル・ウォー』）。
クイックシルバーによってインヒューマンズとアメリカが戦争することになる（『サイレント・ウォー』）。
消失したと思われたエイジ・オブ・アポカリプスは並行宇宙の1つに加えられ、その後も存続していた。最終局面で人類が放った核爆弾はジーン・グレイによって阻止されていた。宇宙中の生物の進化を観察し、その意にそぐわない種族を根絶させている宇宙種族セレスティアルズが地球に目を付けている事に気づいたウェポンX（ウルヴァリン）は、遺伝子的に劣等種である人類を排除しようとかつてのアポカリプスのような悪行を重ね人類と対立する（『エイジ・オブ・アポカリプス』）。
M・デイ以降初めて生まれたミュータントの子供ホープを巡る戦い（『メサイア・コンプレックス』）。
新指導者となったサイクロップスがミュータント国家を建立する（『ユートピア』）。
マジックが復活する（『Xインフェルナス』）。
テクノオーガニックウイルスによって蘇生したミュータントがユートピアへ侵攻する（『ネクローシャ』）。
ヘルファイア・クラブのユートピアが襲撃される。サイクロップスとウルヴァリンが学園の子供たちの扱いを巡って対立し、チームを二分化させる。ウルヴァリンがジーン・グレイ高等学園を設立（『スキズム』）。
ダークフェニックスとホープを巡りアベンジャーズとX-MENが激突する（『アベンジャーズvsX-MEN』）。
この後Mデイ以降能力を失ったミュータントたちがその力を取り戻す。現在の世界に過去の10代の初代X-MENが出現する （『All-New X-Men』）
X-メンのメンバーには、かつて在籍した者や関連チームに所属する者を含めて記載する。ヒーロー、ヴィランのどちらにも在籍経験がある者は事典などに倣って、どちらかに分けることとする。
アメリカ合衆国では1992年10月31日から1997年9月20日までフォックス放送内のFox Kidsで放送。日本では、1994年から1995年にテレビ東京系で全76話のうち42話まで放映された。音響監督・岩浪美和。後期は放送時間が移動している。2005年12月よりキャストを新たにしてトゥーン・ディズニー（現・ディズニーXD）のJETIX内で全話が放送された。
ストーリーは、比較的原作に忠実。レギュラー登場できなかったメンバーは、コロッサスやアークエンジェルなどがゲストで登場した他、サイロックのように一瞬だけ登場したケースもあった。また、ゴーストライダーなどの、マーベル・コミックの他作品に出演したキャラクターが一瞬だけ登場したケースもある。本作オリジナルのミュータントである「モーフ」は、原作の「チェンジリング」がモデルである。これは1994年の「エイジ・オブ・アポカリプス」ではコミックに逆輸入され、チェンジリングと思われるミュータントのコードネームが「モーフ」になっていた。
なお、カプコンの対戦型格闘ゲーム『エックス・メン チルドレン オブ ジ アトム』におけるキャラクターボイスは、本作米国版のオリジナルキャストによるものである。国内版も同様。
以下は、テレビ東京版の解説である。
テレビ東京版では、歌・映像共に日本側で新たに制作された。
X-メンのメンバーの一部をハイティーンに設定し、学園青春ものの要素を取り入れたリメイク作。サイクロップス、ジーン、ローグ、スパイク、キティなどのX-メンメンバーと、トード、ブロブ、キティに好意を抱くアバランチなどが同じ高校に通う学生となっている。ウルヴァリンやストーム、プロフェッサーX、マグニートーなどはほぼそのまま登場。
ファンになじみのあるキャラが多く登場する作品になっている。ただしストーリーは全くのオリジナルで、登場するキャラの役割が原作コミックと大きく違っていることがある。例えば、コロッサスやガンビットがマグニートーの部下になっていたり、ケリー議員が校長になっていたりする。
また、やや変則的な手法ながらキャプテン・アメリカなどもゲスト出演している。
ワーナー・ホーム・ビデオより第1シーズンが全4枚のDVDで発売中。
日本のアニメ制作会社マッドハウスが制作し、アニメ専門チャンネルアニマックスで放送されるマーベル作品アニメ化シリーズ第3弾。2011年4月1日より放送。
2014年より放送中の東映アニメーション制作のテレビシリーズ。マーベルの世界観がアニメ独自にアレンジされており、第16話から第22話の「X-メン編」ではミュータント問題が取り上げられ、日本を舞台にウルヴァリンやプロフェッサーX、アシダ・ノリコ（サージ）、ジャガーノートやシルバーサムライといったX-メンのヒーローやヴィランが登場している。
特に記載がない場合はアーケードゲーム。