Monofili
Dalam kladistika, kelompok monofiletik adalah kelompok organisme yang membentuk sebuah klad, terdiri dari semua keturunan dari nenek moyang yang sama. Kelompok monofiletik biasanya ditandai oleh karakteristik turunan bersama (sinapomorfi) yang membedakan organisme di dalam klad dengan organisme lain. Susunan anggota kelompok monofiletik disebut monofili.
Monofili kontras dengan parafili dan polifili seperti yang ditunjukkan pada diagram kedua. Kelompok parafiletik terdiri dari semua keturunan leluhur bersama minus satu atau lebih kelompok monofiletik. Artinya, kelompok parafiletik 'hampir' monofiletik, sepadan dengan awalan 'para' yang berarti 'dekat'. Kelompok polifiletik ditandai dengan sifat konvergen atau kebiasaan minat ilmiah (misalnya primata aktif malam, pohon buah-buahan, serangga air, dan lain-lain). Sifat kelompok polifiletik yang membedakan dengan yang lain tidak diwarisi dari nenek moyang yang sama.
Definisi ini telah memakan banyak waktu untuk diterima. Ketika pemikiran kelompok kladistik menjadi umum pada tahun 1960-an, beberapa definisi alternatif telah digunakan. Memang, ahli taksonomi kadang-kadang menggunakan istilah tanpa mendefinisikannya, yang menyebabkan kebingungan dalam literatur awal, sebuah kebingungan yang terus berlanjut.
Diagram pertama menunjukkan pohon filogenetika dengan dua kelompok monofiletik. Beberapa kelompok dan subkelompok terutama terletak sebagai cabang pohon berfungsi untuk menunjukkan hubungan langsung tersusun antara semua organisme yang ditunjukkan. Selanjutnya, setiap kelompok mungkin (atau mungkin tidak) mempertimbangkan takson oleh sistematika modern, tergantung pada pemilihan anggotanya sehubungan dengan nenek moyang bersama; lihat diagram kedua dan ketiga.
Pada skala yang paling luas, definisi terbagi menjadi dua kelompok. Willi Hennig (1966:148) mendefinisikan monofili sebagai kelompok berdasarkan pada sinapomorfi (berbeda dengan kelompok parafiletik yang berdasarkan simplesiomorfi, dan polifiletik yang berdasarkan konvergensi). Beberapa penulis telah berusaha untuk mendefinisikan monofili untuk memasukkan parafili sebagai dua atau lebih kelompok yang memiliki nenek moyang bersama. Namun, definisi yang lebih luas ini mencakup kelompok monofiletik dan parafiletik seperti yang didefinisikan di atas. Oleh karena itu, kebanyakan ilmuwan saat ini membatasi istilah monofiletik untuk merujuk pada kelompok yang terdiri dari semua keturunan dari satu nenek moyang (hipotetis) yang sama. Namun, ketika mempertimbangkan kelompok taksonomi seperti genus dan spesies, sifat leluhur mereka yang paling sesuai tidak jelas. Dengan asumsi bahwa nenek moyang tersebut satu individu atau pasangan kawin merupakan hal yang tidak realistis untuk reproduksi seksual spesies berdasarkan definisi kawin dalam populasi.
Monofili (juga disebut holofili) dan istilah terkait terbatas pada diskusi mengenai taksa, dan tidak selalu akurat bila digunakan untuk mendefinisikan apa yang oleh Hennig sebut hubungan tokogenetik—sekarang disebut sebagai silsilah. Beberapa berpendapat bahwa menggunakan definisi yang lebih luas, seperti spesies dan semua keturunannya, tidak benar-benar bekerja untuk mendefinisikan genus. Menurut D. M. Stamos, definisi kladistika yang memuaskan dari spesies atau genus tidak mungkin ada karena banyak spesies (dan genera) dapat terbentuk dengan "membentuk tunas" dari spesies yang ada, meninggalkan spesies induk secara parafiletik; atau spesies dan genera ini mungkin merupakan hasil spesiasi hibrida.