Naruto Shippuden the Movie: The Lost Tower
Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, dan Sai ditugaskan dalam sebuah misi untuk menangkap Mukade, seorang ninja hilang. Mereka semua memiliki pisau cakra Konoha. Mereka berangkat ke reruntuhan bersejarah Rōran, sebuah kota dengan seribu menara dan terletak di tengah-tengah padang pasir. Mereka mengejar dan menyudutkan Mukade. Tujuan Mukade adalah melakukan perjalanan ke masa lalu dan mengambil alih Lima Negara Besar Shinobi dengan kekuatan Ryūmyaku (Ley Line dalam bahasa Inggris), aliran cakra bawah tanah Rōran kuno. Dia melepaskan kekuatan Ryūmyaku, yang telah disegel oleh Minato Namikaze (yang dikenal sebagai "Si Kilat Kuning Konoha"/"The Yellow Flash of the Leaf"), menyebabkan cahaya menyelubungi Naruto dan Yamato, yang mencoba untuk menghentikan Mukade. Sai menghentikan Sakura yang hampir tersedot oleh Ryūmyaku dengan meraihnya ke tinta burung dan terbang ke tempat yang aman, meninggalkan Naruto dan Yamato dalam cahaya misterius. Sementara itu, Sakura hanya berteriak "Naruto". Naruto dan Yamato terkirim dua puluh tahun ke masa lalu. Ketika Naruto terbangun, ia bertemu dengan ratu Rōran, Sara.
Kota ini kemudian mengungkapkan bahwa Mukade melakukan perjalanan ke 6 tahun terakhir sebelum Naruto melakukannya. Ternyata, disana terdapat Minato Namikaze, Shibi Aburame, dan Chōza Akimichi. Minato Namikaze sekarang terlihat di Konoha, dan Jiraiya menunjukkan Minato bahwa ia telah menyelesaikan Rasengan. Kemudian Shizune, Might Guy, Asuma Sarutobi, dan Kakashi Hatake (yang saat itu masih muda) sedang menunggu dalam antrian panjang pada pembukaan Bar Ramen Ichiraku. Hiruzen Sarutobi telah mendengar rencana jahat Anrokuzan, dan mengirimkan Minato Namikaze, Aburame Shibi, Chōza Akimichi, dan atas permintaan Minato, Kakashi Hatake, untuk mengakhiri rencananya. Naruto kemudian datang dan bertemu dengan Minato, yang sekarang menjadi misinya. Minato memberitahu Naruto bahwa ia juga adalah seorang ninja Konoha, dan memberitahu dia untuk kembali ke periode waktu sendiri, karena tidak aman di Rōran. Dia kemudian memberitahu Naruto keadaan di Rōran, dan memberikan Naruto Hirashin kunai untuk mempertahankan diri. Sementara Minato sedang berbicara dengan Naruto, Sara memiliki kilas balik ketika dia masih kecil dengan ibunya. Mereka bernyanyi sampai Anrokuzan datang dan menikam Sēramu, sementara Sara lari. Pada titik ini ia telah mengubah namanya menjadi Anrokuzan dan berfungsi sebagai menteri Rōran. Dia telah membunuh ibu Sara Sēramu, ratu sebelumnya, dan sekarang berusaha untuk membunuh Sara dan mengambil alih dunia. Naruto memberitahu Sara bahwa dia akan melindungi dirinya. Anrokuzan tampaknya memiliki budak - yang adalah warga Rōran - yang melakukan pekerjaan kotor. Dengan Ryūmyaku tersebut, Anrokuzan mampu menciptakan "Pasukan Ninja Wayang", yang dapat menyerang menggunakan cakra Ryūmyaku, dan dapat menggunakan senjata seperti kunai dan menangkis serangan (Naruto terlihat menggunakan cakra pisaunya untuk menyerang mereka).
Kemudian, keempat shinobi konoha menyerang Mukade. Kemudian Anrokuzan berubah menjadi boneka raksasa, yang dapat menggunakan bagian dari menara Rōran untuk memperbaiki diri dari setiap serangan, yang merupakan bagian dari teknik regenerasi dengan kekuatan Ryūmyaku tersebut. Naruto melawan Anrokuzan dalam pertempuran dengan menggunakan Jurus Seribu Bayangan, Rasengan dan Jurus Angin: Rasenshuriken berkali-kali, namun gagal. Naruto akhirnya kehabisan cakra, dan tidak memiliki cara untuk melawannya. Ketika Naruto dengan cakra yang tersisa dan sudah tak berdaya, Minato datang dan menyelamatkan Naruto dan meminjamkan Naruto cakra untuk membentuk Rasengan di tangannya dan pada saat yang sama Minato membentuk Rasengan juga. Dengan memiliki cakra yang sama, Rasengan mereka beresonasi satu sama lain sehingga rasengan mereka membesar. Mereka kemudian menggabungkan Rasengan mereka untuk membentuk Super Rasengan. Segel Sara membuat Ryūmyaku tidak aktif, membuat Anrokuzan tidak dapat menggunakan teknik regenerasinya. Minato pergi dan mencari titik lemah Anrokuzan itu, kemudian memberitahu Naruto bahwa ini adalah waktu untuk menyerangnya. Naruto berhasil memukul dia dengan Super Rasengan. Anrokuzan menyatakan bahwa ini tidak akan berakhir. Seperti lantai runtuh, ia jatuh ke dalam kolam Ryūmyaku tersebut. Sara masih terlihat di lantai runtuh, Naruto berhasil menangkapnya, tetapi jatuh juga. Yamato, yang berpegang pada Kakashi, datang dan menggunakan Jurus Kayu untuk menangkap Naruto. Minato meminta Naruto untuk memberikan kembali kunai-nya untuk benar-benar menutup Ryūmyaku tersebut. Sebuah cahaya biru terang bersinar sebagai penyegelan Ryūmyaku oleh Minato tersebut. Badan Naruto dan Yamato mulai bersinar. Minato mengatakan sejak Anrokuzan yang sudah mati, mantra yang membuat mereka melakukan perjalanan ke masa lalu, habis. Minato memutuskan yang terbaik untuk menghapus semua kenangan yang dimiliki semua orang agar tidak mengubah sejarah. Naruto mengatakan Minato bahwa mereka masih perlu berbicara, dan jika tidak sekarang, maka dia tidak akan pernah memiliki kesempatan lagi. Minato mulai menempatkan segel, Naruto mulai menyadari sesuatu, tetapi terganggu oleh jawaban Minato bahwa jika ia pernah memiliki seorang anak dia ingin agar dia dibesarkan sebagai seorang ninja seperti Naruto (setelah menyadari bahwa Naruto adalah putra masa depannya). Sara memberitahu Naruto bahwa dia tidak akan pernah melupakan apa yang telah Naruto ajarkan.
Badan Naruto dan Yamato benar-benar lenyap. Pada saat itu, Ryūmyaku yang dilepaskan oleh Mukade menghilang menjauh. Kejadian kembali saat Sakura masih terlihat pada burung tinta Sai dan berteriak "Naruto". Sakura dan Sai menangkap Naruto dan Yamato, yang tampaknya tidak mengingat peristiwa yang baru saja terjadi.
Ketika mereka berjalan di luar, Naruto dan kelompoknya bertemu dengan seseorang yang sangat mirip Ratu Sara - dia mengatakan bahwa dia merasakan adanya gangguan pada Ryūmyaku, menarik keluar pisau cakra, bahwa Naruto telah memberikan kepada Ratu Sara selama peristiwa perjalanan waktu. Pisau itu tergores dan rusak, seolah-olah telah melalui dua puluh tahun penggunaan. Naruto secara refleks meraih selubung di punggungnya. Tapi tentu saja, ia tidak memiliki pisau. Gadis itu mengatakan bahwa itu adalah pisau yang diberikan kepada ibunya oleh "pahlawan dalam mimpi", dan bahwa kehendak ibunya tinggal di dalam dirinya saat ia berusaha untuk melindungi rakyatnya.
Saat ia berjalan pergi, Naruto merenung, dan berargumen bahwa ia mengingatkannya pada seseorang yang telah bertemu sebelumnya. Sakura kemudian meraih dan menarik telinga Naruto dan berteriak kepadanya "lamunan sesat".