Pemanfaatan mikroorganisme
Pemanfaatan mikroorganisme telah dilakukan oleh manusia sejak zaman dahulu. Bahkan sebelum mikroskop ditemukan yaitu saat keberadaan mikroorganisme belum diketahui. Delapan ribu tahun yang lalu, bangsa Babylonia tanpa sadar telah memfermentasikan grain untuk membuat bir. Beribu tahun yang lalu suku kuno Aztek di Meksiko memakan Spirullina. Pada perang dunia ke-1, bangsa Inggris menggunakan "Clostridium acetobutylicum" untuk membuat aseton yang digunakan dalam bahan peledak. Saat ini seiring dengan perkembangan pengetahuan dan teknologi, mikroorganisme makin banyak dimanfaatkan oleh manusia.
Produk pangan hasil pemanfaatan mikroorganisme banyak dikenal di berbagai belahan dunia. Di Eropa, "", "P. camemberti" dan "" dimanfaatkan untuk menfermentasi susu menjadi keju. "" dimanfaatkan untuk fermentasi roti. Di Jepang, "" atau "A. sojae" dimanfaatkan untuk fermentasi kedelai menjadi ("soy sauce"). Di Thailand, , "L. farciminis" dan "Lactococcus lactic" digunakan untuk fermentasi ikan menjadi ("fish sauce").
Di Indonesia, produk pangan yang memanfaatkan mikroorganisme dalam pembuatannya diantaranya adalah tape, tempe dan sawi asin. Bahan baku berupa beras ketan atau singkong difermentasi menggunakan mikroorganisme "Saccharomyces cereviceae", "Amylomyces rouxii" dan "Candida pelliculosa" untuk menghasilkan tape ketan atau tape singkong. Tempe dibuat menggunakan bahan baku kacang kedelai yang difermentasi oleh "Rhizopus oligosporus" dan "". Sawi menjadi sawi asin difermentasi oleh "Lactobacillus farciminis", "L. fermentum, L. namurensis, L. plantarum, L. helveticus, L. brevis, L. versmoldensis, L. casei, L. rhamnosus, L. fabifermentans" dan "L. satsumensis".
Dalam bidang kesehatan, produk dari mikroorganisme yang paling banyak digunakan adalah antibiotik. Antibiotik merupakan hasil metabolit sekunder mikroorganisme. Contoh jenis antibiotik adalah antibiotik penisilin dari "". Selain itu ada juga antibiotik sefalosporin yang dihasilkan oleh "Acremonium chrysogenum". Walaupun pada saat ini telah ditemukan berbagai jenis antibiotik, penemuan antibiotik jenis baru masih terus dilakukan. Hal tersebut dilakukan karena adanya resistensi terhadap antibiotik.
Produk mikroorganisme telah banyak dimanfaatkan dalam industri contohnya yaitu pigmen dan Vitamin B12. Pigmen merupakan hasil metabolit sekunder dari mikroorganisme. Pigmen merupakan zat warna yang aman untuk digunakan pada bahan pangan. Sebagai contoh yaitu pigmen merah yang dihasilkan oleh "" dan "Monascus ruber" yang ditumbuhkan pada beras untuk menghasilkan angkak (obat tradisional cina). Vitamin B12 dibutuhkan oleh manusia untuk fungsi sistem saraf dan pembentukan darah. Vitamin B12 tidak dapat dihasilkan oleh hewan maupun tumbuhan, namun dapat dihasilkan oleh mikroorganisme. Vitamin B12 dapat dihasilkan oleh beberapa mikroorganisme diantaranya "", "S. ruber, S. niveus, S. lusitanus, S. aureofaciens, S. gougeroti, S. albus, S. eurocidicus, S. nitrosporeus, S. erythreus, S. gougeroti, S. rochei, S. candidus, S. fulvissimus" dan "S. olivaceus".
Bioremediasi merupakan pengembangan dari bioteknologi lingkungan dengan memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan pencemaran. Sebagai contoh, mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polutan berupa deterjen. Deterjen merupakan produk industri yang banyak digunakan dalam kehidupan sehari-hari. Di pasaran, deterjen yang beredar mengandung bahan aktif "" (LAS). LAS termasuk deterjen golongan sulfonat (SO3-) yang memiliki rantai alkil lurus panjang. LAS dapat terakumulasi di dalam air. Keberadaan senyawa tersebut dalam konsentrasi tinggi dapat merusak ekosistem, yaitu mengganggu pertumbuhan mikroba tanah dan menghambat pertukaran oksigen di dalam air. LAS dapat didegradasi menjadi senyawa yang lebih sederhana yang tidak berbahaya bagi lingkungan perairan dilakukan oleh konsorsium mikroorganisme ", " dan "Oceanospirillum". Bioremediasi menggunakan mikroorganisme juga dapat diterapkan pada tanah yang tercemar limbah minyak bumi yaitu hidrokarbon. Tanah yang tercemar limbah hidrokarbon berbahaya bagi lingkungan karena senyawa hidrokarbon bersifat toksik dan karsinogenik. Mikroorganisme yang umum digunakan dalam adalah bakteri hidrokarbonoklastik yang memiliki kemampuan mendegradasi senyawa hidrokarbon yang terdapat dalam limbah. Contoh bakteri pendegradasi yang dapat digunakan yaitu "Acinetobacter baumannii, Alcaligenes eutrophus, , Pseudomonas diminuta, , " dan "Flavobacterium branchiophiia."
Biokontrol adalah pemberantasan hama dan penyakit tanaman dengan menggunakan parasit atau musuh alami. Penggunaan mikroorganisme sebagai biokontrol dapat dicontohkan pada rumput teki ("") yang mengganggu tanaman padi gogorancah. Jamur karat "Puccinia" sp. dapat digunakan sebagai musuh alami rumput teki. Jamur karat tersebut akan menyebabkan klorosis sehingga lama-kelamaan rumput teki akan mati. Kecoa ("") yang mudah di temukan di lingkungan tempat tinggal dan aktivitas manusia dapat menyebabkan gangguan berupa bau tidak sedap dan kerusakan pada kertas. Kecoa juga menjadi vektor bagi penyakit yang disebabkan oleh bakteri, fungi dan cacing. Kecoa tersebut dapat diatasi menggunakan musuh alaminya yaitu "". "Metharizhium anisopliae" akan menginfeksi tubuh kecoa. Akibatnya kecoa akan mati dan mengeras seperti mumi.