Pemberontakan Heiji
Pada tahun 1158, Kaisar Go-Shirakawa memutuskan untuk pensiun dan memberikan tahta kepada putranya yang bertahta sebagai Kaisar Nijō. Mantan Kaisar Go-Shirakawa mengangkat diri sebagai kaisar administratif ("Chiten no Kimi") dan memulai pemerintahan dari balik biara. Walaupun masih muda, Kaisar Nijō dikenal sebagai pemimpin yang cerdas dan memiliki banyak pengikut dari kalangan bangsawan. Hal tersebut mengakibatkan kalangan istana terbelah menjadi dua faksi, yakni pengikut Kaisar Nijō dan pengikut Go-Shirakawa (mantan kaisar).
Shinzei (Fujiwara no Michinori) bersekutu dengan Taira no Kiyomori agar pemerintahan dari balik biara (sistem "Insei") yang dijalankan Go-Shirakawa mendapat dukungan kalangan militer. Sementara itu, Fujiwara no Nobuyori memohon kenaikan jabatan karena sudah terus-menerus menjabat kepala pendamping mantan kaisar. Shinzei menolak permohonan Nobuyori sehingga permusuhan terjadi di antara keduanya. Nobuyori mengajak Minamoto no Naritomo serta Minamoto no Moronaka untuk bersekutu dengan faksi Kaisar Nijō yang didukung Fujiwara no Tsunemune dan Fujiwara no Korekata. Selain itu, Nobuyori mengajak Minamoto no Yoshitomo dan kekuatan militernya untuk ikut pemberontakan.
Selepas pertengahan tahun 1159, pengikut mantan kaisar terbelah dua menjadi faksi Shinzei dan faksi Nobuyori. Ketegangan semakin memuncak pada awal tahun 1160 (akhir tahun 1159 menurut kalender lunar), apalagi setelah faksi Nobuyori didukung faksi Kaisar Nijō.
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Setelah kekuasaan pemerintah berada di tangan Nobuyori dan Yoshitomo, keduanya mengangkat diri, keluarga, dan kerabatnya dengan berbagai jabatan. Putra sulung Yoshitomo yang datang memimpin pasukan dari wilayah Kanto, Yoshihira mengusulkan agar diberangkatkan untuk menghabisi Kiyomori yang sedang dalam perjalanan pulang menuju Kyoto. Usul tersebut ditolak Nobuyori yang menganggapnya tidak perlu.
Sekembalinya di Kyoto, Kiyomori kembali ke kediamannya di Rokuhara dan berpura-pura menyerah. Sementara itu, Kiyomori menyusun strategi dengan bantuan Tsunemune dan Korekata. Pasukan yang dipimpin Kiyomori menyerang Istana Nijō pada malam hari, dan melakukan pembakaran untuk mengalihkan perhatian. Di tengah kebakaran, Korekata meminta seorang "kuge" yang bernama Fujiwara no Tadaaki untuk membantu Kaisar Nijō meloloskan diri. Berita tentang lolosnya Tadaaki didengar Go-Shirakawa yang ikut meloloskan diri menuju kuil Ninna-ji. Kiyomori kemudian mengundang Kaisar Nijō beserta Go-Shirakawa ke rumah kediamannya di Rokuhara. Adik Korekata yang bernama Fujiwara no Nariyori menyerbarluaskan berita dibebaskannya kaisar dan mantan kaisar. Tidak lama kemudian, kalangan aristokrat dan pejabat istana berkumpul di Rokuhara, dan menyatakan dukungan terhadap kaisar dan mantan kaisar. Kiyomori ditunjuk sebagai panglima pasukan kekaisaran yang bertugas memadamkan pemberontakan klan Minamoto.
Keesokan harinya, Kiyomori menerima mandat kaisar untuk menyingkirkan Nobuyori dan Yoshitomo. Putra pewaris Kiyomori, Taira no Shigemori dan adiknya, Taira no Yorimori serta Taira no Tsunemori memimpin 3.000 prajurit berkuda pihak kekaisaran menuju istana kaisar yang sedang dikuasai pasukan Yoshitomo dan Nobuyori. Istana dijaga pasukan klan Minamoto terdiri dari 2.000 prajurit berkuda, dan masing-masing pintu gerbang dipertahankan Nobuyori, Yoshitomo, Mitsuyasu, dan Mitsumoto.
Serangan pasukan Shigemori membuat Nobuyori gentar dan melarikan diri. Yoshihira dan pasukannya datang menggantikan Nobuyori dan pasukan Shigemori berhasil dipukul mundur. Pada waktu itu, Yoshihira masih berusia 19 tahun, sedangkan Shigemori berusia 23 tahun. Pertempuran sengit antara dua panglima muda klan Minamoto dan klan Taira menjadi bagian penting dari cerita klasik "Hikayat Heiji" ("Heiji Monogatari"). Beberapa jam kemudian, pasukan Taira pimpinan Shigemori mengundurkan diri, begitu pula pasukan Yorimori yang menyerang pintu gerbang istana yang dipertahankan Yoshitomo.
Ketika pasukan Yoshitomo dan Yoshihira keluar dari istana untuk mengejar pasukan Taira yang sedang mundur, adik Kiyomori yang bernama Taira no Norimori menyerang pintu gerbang yang dijaga Mitsuyasu dan Mitsumoto. Keduanya menyerahkan pintu gerbang yang sedang dijaga dan berbalik memihak klan Taira. Norimori berhasil menguasai istana, dan jalan masuk ke istana dijaga dengan ketat. Pasukan klan Minamoto menjadi kehilangan jalur untuk mundur dan beralih menyerang kediaman Kiyomori di Rokuhara. Di tengah serangan terhadap Rokuhara, Nobuyori kembali menjadi gentar dan melarikan diri. Minamoto no Yorimasa juga bertempur dengan caranya sendiri, dan akhirnya berbalik memihak klan Taira. Pertempuran antara pasukan klan Minamoto dan pasukan klan Taira pecah di Rokujogawara. Pasukan klan Minamoto yang sudah kelelahan melarikan diri, dan pertempuran berakhir dengan kemenangan klan Taira.
Setelah pemberontakan berakhir, Fujiwara no Nobuyori dihukum penggal. Yoshitomo melarikan diri ke provinsi sebelah timur, namun di tengah perjalanan di Provinsi Owari dibunuh oleh Osada Tadamune. Putra pewaris Yoshitomo, Yoshihira kembali ke Kyoto untuk menuntut balas. Ia bersembunyi di Kyoto menanti saat tepat untuk membunuh Kiyomori, tapi tewas setelah lokasi persembunyiannya terbongkar. Pengikut Yoshitomo seperti Minamoto no Yoshitaka, Minamoto no Shigenari, dan Minamoto no Suezane juga tewas. Putra ke-3 Yoshitomo yang bernama Yoritomo beserta sebagian keluarga klan Kawachi Genji diusir dari Kyoto dan hidup dalam pengasingan.
Pada bulan berikutnya, Kaisar Nijō segera menikahi janda permaisuri Kaisar Konoe, Fujiwara no Masaruko sebagai permaisuri. Pernikahan ini dilakukan Kaisar Nijō untuk menunjukkan dirinya sebagai pewaris tahta Kaisar Konoe. Di lain pihak, Go-Shirakawa merasa tidak senang dengan pernikahan Kaisar Nijō. Pertentangan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa belum juga selesai dan menjadi semakin memanas. Sementara itu, Kiyomori menjatuhkan hukuman pengasingan bagi Fujiwara no Tsunemune dan Fujiwara no Korekata. Keduanya adalah pengikut Kaisar Nijō yang diputuskan bersalah menghina mantan kaisar. Setelah dihapuskannya pemerintahan dari balik biara yang dipimpin Go-Shirakawa, Kiyomori menempatkan dirinya di tengah-tengah perselisihan antara Kaisar Nijō dan Go-Shirakawa. Berkat jasanya memadamkan pemberontakan, Kiyomori diangkat sebagai "San-gi", dan menjadi samurai pertama yang diangkat sebagai pejabat tinggi istana. Dengan jabatan yang diperolehnya, karier Kiyomori melaju dengan pesat dan mendirikan Pemerintahan klan Kiyomori.
Karya sastra yang menceritakan Pemberontakan Heiji adalah epik "Hikayat Heiji" karya pengarang tidak dikenal yang terdiri dari 3 jilid. Pemberontakan Heiji digambarkan dalam "Heiji Monogatari Emaki" yang berbentuk gulungan lukisan ("Emakimono").