Patogen
Patogen (Bahasa Yunani: παθογένεια, "penyebab penderitaan") adalah agen biologis yang menyebabkan penyakit pada inangnya. Sebutan lain dari patogen adalah mikroorganisme parasit. Umumnya istilah ini diberikan untuk agen yang mengacaukan fisiologi normal hewan atau tumbuhan . Namun, patogen dapat pula menginfeksi organisme uniselular dari semua kerajaan biologi.
Umumnya, hanya organisme yang sangat patogen yang dapat menyebabkan penyakit, sementara sisanya jarang menimbulkan penyakit. Patogen adalah patogen yang jarang menyebabkan penyakit pada orang-orang yang memiliki imunokompetensi ("immunocompetent") namun dapat menyebabkan penyakit/infeksi yang serius pada orang yang tidak memiliki imunokompetensi (). Patogen oportunis ini umumnya adalah anggota dari flora normal pada tubuh. Istilah oportunis sendiri merujuk kepada kemampuan dari suatu organisme untuk mengambil kesempatan yang diberikan oleh penurunan sistem pertahanan inang untuk menimbulkan penyakit.
Pada umumnya semua patogen pernah berada di luar sel tubuh dengan rentang waktu tertentu (ekstraselular) saat mereka terpapar oleh mekanisme antibodi, namun saat patogen memasuki fase intraselular yang tidak terjangkau oleh antibodi, sel T akan memainkan perannya.
Virulensi adalah derajat tingkat patogenitas yang diukur oleh banyaknya organisme yang diperlukan untuk menimbulkan penyakit pada jangka waktu tertentu. Virulensi berkaitan erat dengan infeksi dan penyakit: infeksi merujuk pada suatu situasi di mana suatu mikroorganisme telah menetap dan tumbuh pada suatu inang, dalam hal ini mikrorganisme tersebut dapat melukai atau tidak melukai inangnya; sementara penyakit adalah kerusakan atau cedera pada inang yang mengganggu fungsi tubuh inang. Sebagai contoh, dosis letal 50%/ 50%"lethal dose" (LD) adalah jumlah organisme yang diperlukan untuk membunuh setengah dari jumlah inang yang diserang. Sementara dosis infeksius 50%/ 50%"infectious dose" (ID) adalah jumlah organisme patogen yang dibutuhkan untuk menginfeksi 50% dari total inang yang diserang. ID dari tiap organisme berbeda-beda, sebagai contoh, "Shigella" memiliki ID kurang dari 100 organisme sementara "Salmonella" memiliki ID sekitar 100.000 organisme. Dosis infeksius dari suatu organisme tergantung dari faktor virulensi mereka.Klasifikasi patogen terbagi menjadi: Virus, bakteri, fungi, protozoa dan cacing.
Virus adalah parasit yang bukan merupakan mahluk hidup namun memiliki materi genetik berupa asam nukleat (DNA/RNA) yang membutuhkan keberadaan sel prokariot atau eukariot yang hidup untuk melakukan replikasi atau perbanyakan dari asam nukleat tersebut. Virus dapat menginfeksi binatang, manusia, tanaman, fungi, bakteri, protozoa, serangga dan hampir semua jenis mahluk hidup. Contoh virus yang menyerang bakteri adalah yang menyerang "Escherichia coli". Sementara pada manusia contohnya adalah Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang menyebabkan penyakit Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) .
Bakteri yang termasuk dalam organisme prokariot selain memiliki kegunaan, juga bisa menimbulkan kerugian karena merupakan patogen yang umum pada mahluk hidup seperti manusia. Contohnya adalah bakteri patogen oportunis "Pseudomonas aeruginosa" yang dapat menginfeksi paru-paru sehingga dapat menimbulkan kematian. Selain "P. aeruginosa" bakteri patogen lain yang populer adalah "Staphylococcus aureus" yang adalah Mikroflora normal manusia pada permukaan kulit, mulut, dan hidung, namun pada saat sistem imun menurun, "S. aureus" akan bersifat patogen dan dapat menimbulkan penyakit seperti penggumpalan darah.
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Protozoa adalah gup organisme bersel satu yang sangat bervariasi dengan lebih dari 50.000 jenis. Banyak yang berukuran kurang dari 1/200 mm tetapi beberapa dapat mencapai 3 mm seperti "Spirostomun". Banyak yang hidup secara soliter (sendiri), ada yang secara berkoloni. Pada manusia, protozoa merupakan salah satu patogen dan dapat menyebabkan penyakit seperti malaria yang disebabkan oleh "Plasmodium falciparum". Protozoa ini ditularkan dari manusia yang satu ke manusia yang lain dengan perantaraan nyamuk betina dari genus anopheles. Terdapat ratusan juta kasus dari penyakit malaria pertahun dengan tingkat kematian yang tinggi pada negara-negara miskin.
Cacing dalam usus merupakan salah satu patogen manusia yang paling umum. Cacing gelang "Ascaris lumbricoides" diperkirakan menginfeksi 1.472 juta manusia di seluruh dunia. Walau jarang membahayakan nyawa, parasit ini merupakan penyebab utama morbiditas pada negara-negara berkembang. Infeksi berat dapat menyebabkan gangguan usus dan gangguan pertumbuhan.