Pemberontakan di Aceh
Pemberontakan di Aceh dikobarkan oleh Gerakan Aceh Merdeka (GAM) untuk memperoleh kemerdekaan dari Indonesia antara tahun 1976 hingga tahun 2005. Operasi militer yang dilakukan TNI dan Polri (2003-2004), beserta kehancuran yang disebabkan oleh gempa bumi Samudra Hindia 2004 menyebabkan diadakannya persetujuan perdamaian dan berakhirnya pemberontakan. Amnesty International merilis laporan "Time To Face The Past" pada April 2013 setelah pemerintah Indonesia dianggap gagal menjalankan kewajibannya sesuai perjanjian damai 2005. Laporan tersebut memperingatkan bahwa kekerasan baru akan terjadi jika masalah ini tidak diselesaikan.
Secara luas di Aceh, agama Islam yang sangat konservatif lebih dipraktikkan. Hal ini berbeda dengan penerapan Islam yang moderat di sebagian besar wilayah Indonesia lain. Perbedaan budaya dan penerapan agama Islam antara Aceh dan banyak daerah lain di Indonesia ini menjadi gambaran sebab konflik yang paling jelas. Selain itu, kebijakan-kebijakan sekuler dalam administrasi Orde Baru Presiden Soeharto (1965-1998) sangat tidak populer di Aceh, di mana banyak tokoh Aceh membenci kebijakan pemerintahan Orde Baru pusat yang mempromosikan satu 'budaya Indonesia'. Selanjutnya, lokasi provinsi Aceh di ujung Barat Indonesia menimbulkan sentimen yang meluas di provinsi Aceh bahwa para pemimpin di Jakarta yang jauh tidak mengerti masalah yang dimiliki Aceh dan tidak bersimpati pada kebutuhan masyarakat Aceh dan adat istiadat di Aceh yang berbeda.
Kecenderungan sistem sentralistik pemerintahan Soeharto, bersama dengan keluhan lain mendorong tokoh masyarakat Aceh Hasan di Tiro untuk membentuk Gerakan Aceh Merdeka (GAM) pada tanggal 4 Desember 1976 dan mendeklarasikan kemerdekaan Aceh. Ancaman utama yang dianggap melatarbelakangi adalah terhadap praktik agama Islam konservatif masyarakat Aceh, budaya pemerintah Indonesia yang dianggap "neo-kolonial", dan meningkatnya jumlah migran dari pulau Jawa ke provinsi Aceh. Distribusi pendapatan yang tidak adil dari sumber daya alam substansial Aceh juga menjadi bahan perdebatan. Serangan pertama GAM pada tahun 1977 dilakukan terhadap Mobil Oil Indonesia yang merupakan pemegang saham PT Arun NGL, perusahaan yang mengoperasikan ladang gas Arun.
Pada tahap ini, jumlah pasukan yang dimobilisasi oleh GAM yang sangat terbatas. Meskipun telah ada ketidakpuasan cukup besar di Aceh dan simpati yang mungkin pada tujuan GAM, hal ini tidak mengundang partisipasi aktif massa. Dalam pengakuan Hasan di Tiro sendiri, hanya 70 orang yang bergabung dengannya dan mereka kebanyakan berasal dari kabupaten Pidie, terutama dari desa di Tiro sendiri, yang bergabung karena loyalitas pribadi kepada keluarga di Tiro, sementara yang lain karena kekecewaan terhadap pemerintah pusat.
Banyak pemimpin GAM adalah pemuda dan profesional berpendidikan tinggi yang merupakan anggota kelas ekonomi atas dan menengah masyarakat Aceh. Kabinet pertama GAM, yang dibentuk oleh di Tiro di Aceh antara tahun 1976 dan 1979, terdiri dari tokoh pemberontakan Darul Islam berikut ini:
Para prajurit kelas menengah dan serdadu yang bergabung dalam GAM sendiri telah berjuang pada tahun 1953-1959 dalam pemberontakan Darul Islam. Banyak dari mereka adalah laki-laki tua yang tetap setia kepada mantan gubernur militer Aceh dan pemimpin pemberontakan Darul Islam di Aceh, Daud Beureueh. Orang yang paling menonjol dari kelompok ini adalah Teungku Ilyas Leube, seorang ulama terkenal yang pernah menjadi pemimpin pemberontakan Darul Islam. Beberapa orang anggota Darul Islam juga kemungkinan terkait dengan di Tiro melalui keluarga atau ikatan regional, namun kesetiaan mereka terutama adalah untuk Beureueh. Orang-orang inilah yang menyediakan pengetahuan militer, pertempuran, pengetahuan lokal dan keterampilan logistik yang tidak memiliki pemimpin muda GAM yang berpendidikan.
Pada akhir tahun 1979, tindakan penekanan yang dilakukan militer Indonesia telah menghancurkan GAM, pemimpin-pemimpin GAM berakhir di pengasingan, dipenjara, atau dibunuh; pengikutnya tercerai berai, melarikan diri dan bersembunyi. Para pemimpinnya seperti Di Tiro, Zaini Abdullah (menteri kesehatan GAM), Malik Mahmud (menteri luar negeri GAM), dan Dr Husaini M. Hasan (menteri pendidikan GAM) telah melarikan diri ke luar negeri dan kabinet GAM yang asli berhenti berfungsi.
Pada tahun 1985, di Tiro mendapat dukungan Libya untuk GAM, dengan mengambil keuntungan dari kebijakan Muammar Gaddafi yang mendukung pemberontakan nasionalis melalui "Mathaba Melawan Imperialisme, Rasisme, Zionisme dan Fasisme". Tidak jelas apakah Libya kemudian telah mendanai GAM, tapi yang pasti disediakan adalah tempat perlindungan di mana para serdadu GAM bisa menerima pelatihan militer yang sangat dibutuhkan. Sejumlah pejuang GAM yang dilatih oleh Libya selama periode 1986-1989 atau 1990 menceritakan pengakuan yang berbeda-beda. Perekrut GAM mengklaim bahwa jumlah mereka ada sekitar 1.000 sampai 2.000 sedangkan laporan pers yang ditulis berdasar laporan militer Indonesia menyatakan bahwa mereka berjumlah 600-800. Di antara para pemimpin GAM yang bergabung selama fase ini adalah Sofyan Dawood (yang kemudian menjadi komandan GAM Pasè, Aceh Utara) dan Ishak Daud (yang menjadi juru bicara GAM di Peureulak, Aceh Timur).
Insiden di tahap kedua dimulai pada tahun 1989 setelah kembalinya peserta pelatihan GAM dari Libya. Operasi yang dilakukan GAM antara lain operasi merampok senjata, serangan terhadap polisi dan pos militer, pembakaran dan pembunuhan yang ditargetkan kepada polisi dan personel militer, informan pemerintah dan tokoh-tokoh yang pro-Republik Indonesia.
Meskipun gagal mendapatkan dukungan yang luas, tindakan kelompok GAM yang lebih agresif ini membuat pemerintah Indonesia untuk memberlakukan tindakan represif. Periode antara tahun 1989 dan 1998 kemudian menjadi dikenal sebagai era "Daerah Operasi Militer" (DOM) Aceh ketika militer Indonesia meningkatkan operasi kontra-pemberontakan di Aceh. Langkah ini, meskipun secara taktik berhasil menghancurkan kekuatan gerilya GAM, telah mengakibatkan korban di kalangan penduduk sipil lokal di Aceh. Karena merasa terasing dari Republik Indonesia setelah operasi militer tersebut, penduduk sipil Aceh kemudian memberi dukungan dan membantu GAM membangun kembali organisasinya ketika militer Indonesia hampir seluruhnya ditarik dari Aceh atas perintah presiden Habibie pada akhir era 1998 setelah kejatuhan Soeharto. Komandan penting GAM telah entah dibunuh (komandan GAM Pasè Yusuf Ali dan panglima senior GAM Keuchik Umar), ditangkap (Ligadinsyah) atau lari (Robert, Arjuna dan Ahmad Kandang).
Pada tahun 1999, terjadi kekacauan di Jawa dan pemerintah pusat yang tidak efektif karena jatuhnya Soeharto memberikan keuntungan bagi Gerakan Aceh Merdeka dan mengakibatkan pemberontakan tahap kedua, kali ini dengan dukungan yang besar dari masyarakat Aceh. Pada tahun 1999 penarikan pasukan diumumkan, namun situasi keamanan yang memburuk di Aceh kemudian menyebabkan pengiriman ulang lebih banyak tentara. Jumlah tentara diyakini telah meningkat menjadi sekitar 15.000 selama masa jabatan Presiden Megawati Soekarnoputri (2001 -2004) pada pertengahan 2002. GAM mampu menguasai 70 persen pedesaan di seluruh Aceh.
Selama fase ini, ada dua periode penghentian konflik singkat: yaitu "Jeda Kemanusiaan" tahun 2000 dan "Cessation of Hostilities Agreement" (COHA) ("Kesepakatan Penghentian Permusuhan") yang hanya berlangsung antara Desember 2002 ketika ditandatangani dan berakhir pada Mei 2003 ketika pemerintah Indonesia menyatakan "darurat militer" di Aceh dan mengumumkan bahwa ingin menghancurkan GAM sekali dan untuk selamanya.
Dalam istirahat dari penggunaan cara-cara militer untuk mencapai kemerdekaan, GAM bergeser posisi mendukung penyelenggaraan referendum. Dalam demonstrasi pro-referendum 8 November 1999 di Banda Aceh, GAM memberikan dukungan dengan menyediakan transportasi pada para pengunjuk rasa dari daerah pedesaan ke ibukota provinsi. Pada tanggal 21 Juli 2002, GAM juga mengeluarkan Deklarasi Stavanger setelah pertemuan ""Worldwide Achehnese Representatives Meeting"" di Stavanger, Norwegia. Dalam deklarasi tersebut, GAM menyatakan bahwa "Negara Aceh mempraktikkan sistem demokrasi." Impuls hak-hak demokratis dan hak asasi manusia dalam GAM ini ini dilihat sebagai akibat dari upaya kelompok berbasis perkotaan di Aceh yang mempromosikan nilai-nilai tersebut karena lingkungan yang lebih bebas dan lebih terbuka setelah jatuhnya rezim otoriter Soeharto.
Memburuknya kondisi keamanan sipil di Aceh menyebabkan tindakan pengamanan keras diluncurkan pada tahun 2001 dan 2002. Pemerintah Megawati akhirnya pada tahun 2003 meluncurkan operasi militer untuk mengakhiri konflik dengan GAM untuk selamanya dan keadaan darurat dinyatakan di Provinsi Aceh. Pada bulan November 2003 darurat militer diperpanjang lagi selama enam bulan karena konflik belum terselesaikan. Menurut laporan "Human Rights Watch", militer Indonesia kembali melakukan pelanggaran hak asasi manusia dalam operasi ini seperti operasi sebelumnya, dengan lebih dari 100.000 orang mengungsi di tujuh bulan pertama darurat militer dan pembunuhan di luar hukum yang umum. Konflik ini masih berlangsung ketika tiba-tiba bencana Tsunami bulan Desember 2004 memporakporandakan provinsi Aceh dan membekukan konflik yang terjadi di tengah bencana alam terbesar dalam sejarah Indonesia tersebut.
Setelah bencana Tsunami dahsyat menghancurkan sebagian besar Aceh dan menelan ratusan ribu korban jiwa, kedua belah pihak, GAM dan pemerintah Indonesia menyatakan gencatan senjata dan menegaskan kebutuhan yang sama untuk menyelesaikan konflik berkepanjangan ini. Namun, bentrokan bersenjata sporadis terus terjadi di seluruh provinsi. Karena gerakan separatis di daerah, pemerintah Indonesia melakukan pembatasan akses terhadap pers dan pekerja bantuan. Namun setelah tsunami, pemerintah Indonesia membuka daerah untuk upaya bantuan internasional.
Bencana tsunami dahsyat tersebut walaupun menyebabkan kerugian manusia dan material yang besar bagi kedua belah pihak, juga menarik perhatian dunia internasional terhadap konflik di Aceh. Upaya-upaya perdamaian sebelumnya telah gagal, tetapi karena sejumlah alasan, termasuk tsunami tersebut, perdamaian akhirnya menang pada tahun 2005 setelah 29 tahun konflik berkepanjangan. Era pasca-Soeharto dan masa reformasi yang liberal-demokratis, serta perubahan dalam sistem militer Indonesia, membantu menciptakan lingkungan yang lebih menguntungkan bagi pembicaraan damai. Peran Presiden Indonesia yang baru terpilih, Susilo Bambang Yudhoyono dan Wakil Presiden Jusuf Kalla adalah sangat signifikan dalam menangnya perdamaian di Aceh. Pada saat yang sama, kepemimpinan juga GAM mengalami perubahan, dan militer Indonesia telah menimbulkan begitu banyak kerusakan pada gerakan pemberontak yang mungkin menempatkan GAM di bawah tekanan kuat untuk bernegosiasi. Perundingan perdamaian tersebut difasilitasi oleh LSM berbasis Finlandia, "Crisis Management Initiative", dan dipimpin oleh mantan Presiden Finlandia Martti Ahtisaari. Perundingan ini menghasilkan kesepakatan damai ditandatangani pada 15 Agustus 2005. Berdasarkan perjanjian tersebut, Aceh akan menerima otonomi khusus di bawah Republik Indonesia, dan tentara non-organik (mis. tentara beretnis non-Aceh) akan ditarik dari provinsi Aceh (hanya menyisakan 25.000 tentara), dan dilakukannya pelucutan senjata GAM. Sebagai bagian dari perjanjian tersebut, Uni Eropa mengirimkan 300 pemantau yang tergabung dalam "Aceh Monitoring Mission" (Misi Pemantau Aceh). Misi mereka berakhir pada tanggal 15 Desember 2006, setelah suksesnya pilkada atau pemilihan daerah gubernur Aceh yang pertama.
Aceh telah diberikan otonomi yang lebih luas melalui UU Pemerintah, meliputi hak khusus yang disepakati pada tahun 2002 serta hak masyarakat Aceh untuk membentuk partai politik lokal untuk mewakili kepentingan mereka. Namun, pendukung HAM menyoroti bahwa pelanggaran HAM sebelumnya di provinsi Aceh akan perlu ditangani.
Selama pilkada gubernur Aceh diadakan pada bulan Desember 2006, mantan anggota GAM dan partai nasional berpartisipasi. Pemilihan itu dimenangkan oleh Irwandi Yusuf, yang basis dukungannya sebagian besar terdiri dari para mantan anggota GAM.
Akademis dari ANU Edward Aspinall berpendapat bahwa pengalaman sejarah Aceh selama Revolusi Nasional Indonesia menyebabkan munculnya separatisme Aceh. Peristiwa masa lalu menyebabkan perkembangan selanjutnya. Dia berargumen bahwa pemberontakan Aceh di bawah pemerintahan Indonesia terjadi berdasarkan jalur sejarah Aceh. Hal ini bisa ditelusuri ke konflik kepentingan dan peristiwa-peristiwa tertentu dalam sejarah Aceh, terutama otonomi yang didapat oleh para ulama Aceh selama revolusi nasional dan kehilangan yang dramatis setelah kemerdekaan Indonesia.
Aspinall berpendapat lebih lanjut bahwa ada dua tonggak jalan sejara berkembangnya separatisme Aceh:
Argumen oleh Aspinall di atas bertentangan dengan pandangan ulama sebelumnya. Sebelumnya pada 1998, Geoffrey Robinson berpendapat bahwa kekalahan dan penyerahan pemberontakan yang dipimpin Daud Beureueh pada 1962 diikuti oleh sekitar 15 tahun periode di mana tidak ada masalah keamanan atau politik khusus di Aceh terhadap pemerintah pusat. Tim Kell juga menunjukkan bahwa mantan pemimpin-pemimpin pemberontakan Darul Islam 1953-1962 telah dengan niat bergabung dengan Angkatan Bersenjata Republik Indonesia dalam operasi penumpasan berdarah Partai Komunis Indonesia (PKI) pada tahun 1965 dan 1966.
Aceh memiliki penganut Islam sebagai kelompok agama mayoritas. Namun, secara umum diakui bahwa Aceh adalah daerah di mana Islam pertama kali masuk ke kepulauan Melayu. Kerajaan Islam pertama yang dikenal adalah Pasai (dekat Lhokseumawe sekarang di Aceh Utara) yang didirikan pertengahan abad ke-13. Bukti arkeologis paling awal yang ditemukan untuk mendukung pandangan ini adalah batu makam Sultan Malik al-Saleh yang meninggal pada tahun 1297. Dalam abad-abad berikutnya, Pasai dikenal sebagai pusat pembelajaran agama Islam dan model "pemerintahan Islam" di mana kerajaan lain di kepulauan Melayu melihat untuk belajar. Bagian identitas Aceh yang berbeda dari daerah lainnya ini berasal dari statusnya tersebut, sebagai wilayah Islam awal dan contoh untuk kesultanan-kesultanan lain di kepulauan Melayu.
Keterpisahan Aceh dari daerah lain di Indonesia karena agama Islam ini bisa dilihat dari sejarah, terutama dari pembentukan "Persatuan Ulama Seluruh Aceh" (PUSA) tahun 1939 oleh ulama Islam modernis Aceh. Organisasi ini secara eksklusif beranggotakan suku Aceh. Perlu dicatat bahwa di Aceh sendiri, sebagian besar ormas pan-Indonesia telah lemah, bahkan Muhammadiyah, organisasi terbesar bagi umat Islam yang berhaluan modernis di Indonesia, gagal membuat terobosan di Aceh di luar daerah perkotaan dan sebagian besar anggotanya beretnis non-Aceh. Namun, juga perlu dicatat bahwa meskipun organisasi PUSA bersifat parokial, organisasi ini tetap diidentifikasi berhaluan pan-Islamisme di mana tujuannya adalah untuk semua umat Islam untuk bersatu di bawah "syariah".
Faktor penyebab keagamaan lain bagi separatisme di Aceh adalah perlakuan yang didapat kelompok Muslim dan partai politik di Aceh oleh administrasi "Orde Baru" rezim Presiden Soeharto. Pertama, adanya penggabungan paksa semua partai politik yang mewakili kepentingan Islam ke dalam "Partai Persatuan Pembangunan" (PPP) pada tahun 1973. Anggota dan simpatisan partai politik Islam di Aceh mengalamiberbagai tingkat pelecehan. Walaupun Aceh mempunyai status wilayah khusus, Aceh tidak diizinkan untuk menerapkan "syariah" atau untuk mengintegrasikan sekolah-sekolah agama Islam ("madrasah") dengan sekolah-sekolah nasional untuk menjadi sistem pendidikan terpadu, kedua proposal Aceh ini diabaikan oleh pemerintah pusat.
Meskipun Indonesia adalah negara bermayoritas penduduk Muslim, dengan membangun adanya "konsepsi diri" di Aceh akan perannya dalam Islam dan dengan adanya sikap bermusuhan "Orde Baru" terhadap pengaruh sosial dalam bentuk-bentuk Islam di Aceh, GAM mampu membingkai perjuangan mereka melawan pemerintah Indonesia sebagai ""prang sabi"" ("perang suci" atau "jihad" menurut Islam). Dalam banyak cara yang sama, istilah ini banyak digunakan dalam "Perang Kafir" (atau Perang Aceh) melawan Belanda tahun 1873-1913. Indikasi tentang ini adalah peminjaman istilah-istilan dalam buku "Hikayat Prang Sabi" ("Cerita Perang Suci"), sebuah kumpulan cerita Aceh yang digunakan untuk menginspirasi perlawanan terhadap Belanda, oleh beberapa simpatisan GAM sebagai propaganda melawan pemerintah Indonesia. Sebelum gelombang kedua pemberontakan oleh GAM pada akhir 1980-an, telah diamati bahwa beberapa orang telah memaksa anak-anak sekolah Aceh untuk malah menyanyikan lagu "Hikayat Prang Sabi", daripada lagu nasional Indonesia, "Indonesia Raya". Bahan publikasi politik GAM juga menggambarkan "Pancasila", ideologi negara resmi Indonesia sebagai "ajaran politeistik" yang dilarang oleh Islam.
Kendati hal di atas, terlihat bahwa pada masa setelah jatuhnya Soeharto pada tahun 1998, agama Islam sebagai faktor pendorong separatisme Aceh mulai mereda, bahkan setelah terjadi proliferasi munculnya serikat mahasiswa Muslim dan kelompok-kelompok ormas Islam lainnya di Aceh. Telah dicatat bahwa kelompok-kelompok baru yang muncul tersebut jarang menyerukan pelaksanaan "syariah" di Aceh. Sebaliknya, mereka menekankan perlunya referendum kemerdekaan Aceh dan menyoroti pelanggaran HAM yang dilakukan oleh Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (TNI) di Aceh. Demikian pula, posisi GAM pada "syariah" juga bergeser. Ketika pemerintah pusat mengeluarkan UU Nomor 44/1999 tentang Otonomi Aceh yang mencakup ketentuan pelaksanaan "syariah" di Aceh, GAM malah mengutuk langkah pemerintah Indonesia tersebut sebagai tidak relevan dan mungkin upaya untuk menipu Aceh atau menggambarkan mereka ke dunia luar sebagai fanatik agama. Meskipun mengubah sikap terhadap "syariah", posisi GAM tidaklah jelas. Hal ini dicatat oleh "International Crisis Group" (ICG) bahwa antara tahun 1999 dan 2001, terjadi beberapa kasus secara periodik di mana komandan militer lokal GAM memaksakan penerapan hukum "syariah" di masyarakat Aceh di mana mereka memiliki pengaruh.
Masalah utama yang berkaitan dengan masalah ekonomi Aceh adalah terkait pendapatan yang diperoleh dari industri minyak dan gas di Aceh. Robinson berpendapat bahwa manajemen "Orde Baru", eksploitasi sumber daya alam Aceh dan pembagian yang tidak adil dari sumber daya tersebut adalah akar penyebab pemberontakan Aceh. Dari tahun 1970-an sampai pertengahan 1980-an, Aceh telah mengalami "booming LNG" setelah penemuan gas alam di pantai timur laut provinsi Aceh. Selama periode yang sama, Aceh menjadi sumber pendapatan utama bagi pemerintah pusat. Pada tahun 1980, Aceh memberikan kontribusi yang signifikan kepada ekspor Indonesia ketika menjadi sumber ekspor terbesar ketiga setelah provinsi Kalimantan Timur dan Riau. Meskipun demikian, hampir semua pendapatan minyak dan gas dari kegiatan produksi dan ekspor di Aceh dialokasikan ke pemerintah pusat baik secara langsung maupun melalui perjanjian bagi hasil dengan perusahaan minyak negara Pertamina. Selain itu, pemerintah pusat tidak kembali menginvestasikan cukup banyak pendapatan tersebut kembali ke provinsi Aceh. Hal ini menyebabkan beberapa teknokratis Aceh yang mulai menonjol saat itu untuk mengeluh bahwa provinsi Aceh telah diperlakukan tidak adil secara ekonomi dan bahwa Aceh telah terpinggirkan dan diabaikan sebagai daerah pinggiran.
Robinson mencatat bahwa meskipun beberapa pengusaha bisnis yang kecil di Aceh telah mendapat manfaat dari masuknya modal asing selama "booming" LNG, ada banyak yang merasa dirugikan saat kalah dari orang lain dengan koneksi politik yang lebih kuat ke pemerintah pusat, terutama pemimpin GAM sendiri, yaitu Hasan di Tiro. Hasan di Tiro adalah salah satu pihak yang dirugikan ketika ia mengajukan tawaran kontrak pipa minyak untuk "Mobil Oil" Indonesia pada tahun 1974, namun dikalahkan oleh sebuah perusahaan Amerika Serikat. Robinson mencatat waktu deklarasi kemerdekaan GAM pada bulan Desember 1976 dan aksi militer pertama GAM pada tahun 1977 terhadap Mobil Oil terjadi pada waktu yang sama ketika fasilitas ekstraksi dan pengolahan gas alam telah diresmikan. Memang, dalam deklarasi kemerdekaan GAM, GAM mengklaim sebagai berikut:
Walaupun demikian, Robinson mencatat bahwa meskipun faktor ini menjelaskan sebagian alasan munculnya pemberontakan GAM pada pertengahan 1970-an, hal ini tidak menjelaskan munculnya kembali GAM pada tahun 1989 dan tingkat kekerasan yang tidak pernah dilihat sebelumnya sejak saat itu. Aspinall juga mendukung sudut pandang ini dan berpendapat bahwa meskipun keluhan mengenai sumber daya alam dan ekonomi tidak boleh dihiraukan sebagai penyebab, faktor ini bukan penyebab secara keseluruhan, dengan contoh provinsi Riau dan Kalimantan Timur yang juga menghadapi eksploitasi ekonomi yang sama atau bahkan lebih buruk oleh pemerintah pusat, tetapi tidak memunculkan pemberontakan separatis karena perbedaan kondisi politik. Dia melanjutkan bahwa keluhan berlatar ekonomi dan sumber daya alam telah menjadi sarana bagi GAM untuk meyakinkan masyarakat Aceh bahwa mereka harus meninggalkan harapan untuk perlakuan khusus dan otonomi di Indonesia dan sebaliknya berjuang untuk memulihkan kejayaan Aceh dengan mendapat kemerdekaan.
Pendiri GAM, Hasan di Tiro dan rekan-rekan pemimpin GAM-nya yang ada di pengasingan di Swedia berperan penting dalam memberikan pesan yang mudah dimengerti tentang kebutuhan dan hak penentuan nasib sendiri untuk Aceh. Oleh karena itu, argumen tentang "perlunya kemerdekaan" Aceh ditargetkan oleh GAM pada penduduk domestik Aceh, sedangkan argumen "hak untuk merdeka" ditargetkan pada komunitas internasional untuk memenangkan dukungan diplomatik terhadap GAM.
Dalam propaganda tersebut, Kesultanan Aceh yang telah lama bubar berperan sebagai aktor yang seolah "masih ada" di panggung internasional dengan penekanan pada hubungan masa lalu Kesultanan Aceh dengan negara-negara Eropa, seperti misi diplomatik, perjanjian, serta pernyataan pengakuan kedaulatan Kesultanan Aceh pada masa lampau. Sesuai dengan logika ini, Aceh yang berdaulat(dan diwakili oleh GAM) akan menjadi negara penerus Kesultanan Aceh yang telah dibubarkan pasca kekalahan pada Belanda setelah Perang Aceh (1873-1914). Perang Aceh kemudian dipandang oleh masyarakat Aceh sebagai perbuatan agresi militer oleh Belanda dan penggabungan Aceh ke Indonesia pada tahun 1949 dianggap sebagai perpanjangan pendudukan yang tidak sah oleh Belanda tersebut. Argumen ini ditargetkan oleh GAM pada masyarakat Aceh sendiri serta komunitas internasional, yaitu melalui seruan pada hukum internasional.
Dalam nada yang sama, negara Indonesia telah dilabeli oleh propaganda GAM sebagai kedok dominasi Jawa. Dalam deskripsi di Tiro sendiri:
Upaya untuk menyebarkan propaganda GAM banyak mengandalkan dari mulut ke mulut. Elizabeth Drexler (akademis Universitas Pennsylvania) telah mengamati bahwa masyarakat Aceh dan pendukung GAM sering mengulangi klaim yang sama yang dibuat dalam propaganda GAM yang mereka telah datangi melalui modus penyebaran ini. Almarhum M. Isa Sulaiman (penulis buku ""Sejarah Aceh"") menulis bahwa ketika di Tiro pertama kali memulai kegiatan separatis itu antara tahun 1974 dan 1976, ia mengandalkan jaringan kerabatnya dan sejumlah intelektual muda yang berpikiran sama untuk menyebarkan pesannya yang kemudian memperoleh massa simpatisan, khususnya di Medan, Sumatera Utara. Aspinall juga menuliskan ingatan para simpatisan GAM tentang hari-hari awal pemberontakan di mana mereka akan menyebarkan pamflet kepada teman atau menyelipkannya secara anonim di bawah pintu kantor rekan-rekan mereka.
Namun hasil dari upaya propaganda tersebut cukup berbeda-beda. Eric Morris ketika mewawancarai pendukung GAM tahun 1983 untuk tesisnya mencatat bahwa, daripada untuk kemerdekaan, para pendukung GAM lebih tertarik baik pada sebuah negara Islam Indonesia atau bagi Aceh untuk diperlakukan lebih adil oleh pemerintah pusat. Aspinall juga mencatat bahwa untuk beberapa daerah, GAM tidak membedakan dirinya dari Darul Islam atau Partai Persatuan Pembangunan yang berkampanye di atas panggung Islam untuk Pemilu legislatif Indonesia tahun 1977. Namun bagi individu yang telah menjadi pendukung inti GAM, pesan kemerdekaan yang ditemukan dalam propaganda GAM dipandang sebagai pewahyuan Islam dan banyak yang merasakan momen kebangkitan Islam.
Banyak anggota GAM adalah entah anggota pemberontakan Darul Islam atau anak-anak dari mereka. Aspinall mencatat bahwa hubungan kekerabatan, antara ayah dan anak serta antara saudara, telah menjadi penting dalam membentuk solidaritas GAM sebagai sebuah organisasi. Banyak yang merasa bahwa mereka sedang melanjutkan aspirasi ayah, paman, saudara atau sepupu laki-laki yang biasanya adalah orang-orang yang melantik mereka menjadi anggota GAM; dan orang-orang yang aktivitas atau kematiannya di tangan aparat keamanan negara telah mengilhami mereka untuk bergabung dengan GAM. Konstituen GAM juga sering merupakan penduduk masyarakat pedesaan di mana semua orang tahu dan kenal erat dengan tetangga mereka. Adanya pertalian erat ini memungkinkan kesinambungan serta resistensi tingkat tinggi terhadap infiltrasi oleh aparat intelijen negara.
Aspinall juga mengakui kuatnya ketahanan GAM ada pada strukturnya yang seperti sel pada tingkat yang lebih rendah. Tingkat di bawah komandan militer regional (atau "panglima wilâyah") adalah satuan yang diperintah oleh komandan junior ("panglima muda") dan bahkan komandan tingkat yang lebih rendah ("Panglima Sagoe" dan "Ulee Sagoe") yang tidak mengetahui identitas rekan-rekan mereka di daerah tetangga dan hanya mengenal mereka yang langsung berpangkat di atas mereka. Karakter ini memungkinkan GAM untuk bertahan sebagai sebuah organisasi meskipun ada di bawah upaya penekanan kuat oleh aparat keamanan negara Indonesia.
Robinson mengatakan bahwa penggunaan teror oleh militer Indonesia dalam aksi kontra-pemberontakan melawan GAM dalam periode rezim "Orde Baru" pertengahan 1990 (dalam tahap kedua pemberontakan) telah menyebabkan meluasnya dukungan dari masyarakat Aceh yang terpengaruh oleh kebijakan militer Indonesia tersebut, dan mendorong mereka untuk menjadi lebih simpatik dan mendukung GAM. Ia menilai bahwa metode militer tersebut malah memiliki efek meningkatkan tingkat kekerasan, mengganggu masyarakat Aceh, dan luka yang ditimbulkan terbukti sulit untuk disembuhkan. "Amnesty International" mencatat:
"Amnesty International" mendokumentasikan penggunaan penangkapan sewenang-wenang, penahanan di luar legalitas, eksekusi, perkosaan dan pembumi-hangusan sebagai karakter operasi militer Indonesia terhadap GAM sejak tahun 1990. Di antara tindakan yang lebih mengerikan diamati oleh "Amnesty International" adalah pembuangan publik mayat-mayat korban eksekusi (atau "Penembakan Misterius") yang dilakukan sebagai peringatan untuk orang Aceh untuk menahan diri dari bergabung atau mendukung GAM. Berikut ini adalah deskripsi tindakan tersebut oleh "Amnesty International":
Taktik TNI lain yang dipertanyakan adalah aktivitas yang disebut "operasi sipil-militer" di mana warga sipil dipaksa untuk berpartisipasi dalam intelijen dan operasi keamanan. Sebuah contoh terkenal dari hal ini adalah "Operasi Pagar Betis" seperti yang dijelaskan oleh "Amnesty International" berikut:
Damien Kingsbury, yang menjabat sebagai penasihat informal pimpinan GAM di Swedia selama Perundingan Damai Helsinki 2005, menyatakan bahwa militer Indonesia memiliki kepentingan tersembunyi di Aceh sehingga mereka sengaja menjaga konflik supaya tetap terjadi di tingkat yang akan membenarkan kehadiran mereka di provinsi bergolak tersebut. ICG juga menegaskan dalam sebuah laporan tahun 2003 bahwa, "Aceh (adalah) tempat yang terlalu menguntungkan untuk para perwira militer yang sangat bergantung pada pendapatan yang bersumber non-anggaran ."
Kingsbury menguraikan berikut sebagai kegiatan usaha yang diduga dilakukan oleh militer Indonesia di Aceh:
Dinyatakannya status darurat militer di Aceh oleh pemerintah Indonesia pada Mei 2003 menghasilkan perlawanan terpadu oleh militer Indonesia terhadap GAM. ICG melaporkan bahwa pada pertengahan 2004, jalur pasokan dan komunikasi GAM terganggu secara serius. GAM juga makin sulit berpindah-pindah dan keberadaan mereka di kawasan perkotaan hilang sepenuhnya. Akibatnya, komando GAM di Pidie menginstruksikan kepada semua komandan lapangan melalui telepon agar mundur dari "sagoe" (subdistrik) ke "daerah" (distrik) dan aksi militer hanya dapat dilaksanakan jika ada perintah dari komandan daerah disertai izin komandan wilayah. Sebelumnya, saat GAM masih kuat, satuan tingkat "sagoe"-nya memiliki otonomi komando yang lebih besar sehingga mampu melancarkan aksi militer atas kemauannya sendiri.
Menurut Endriartono Sutarto yang saat itu menjabat Komandan Jenderal ABRI, pasukan keamanan Indonesia berhasil mengurangi jumlah pasukan GAM sebanyak 9.593 orang — yang diduga mencakup anggota yang menyerahkan diri, ditangkap, dan tewas dalam baku tembak. Meski meragukan keakuratan jumlah tersebut, banyak pemantau sepakat bahwa tekanan militer yang baru terhadap GAM pasca penerapan darurat militer memberikan pukulan telak bagi GAM.
Akan tetapi, Aspinall mencatat bahwa sebagian besar petinggi GAM yang ia wawancarai, terutama petugas lapangan, bersikeras bahwa mereka mengakui MoU Helsinki bukan karena militer mereka semakin lemah. Mantan pemimpin GAM Irwandi Yusuf, yang kelak menjadi Gubernur Aceh melalui pilkada langsung tanggal 11 Desember 2006, mengaku bahwa bukannya bubar, situasi GAM justru membaik sejak anggota yang sakit dan lemah ditangkap militer Indonesia sehingga anggota di lapangan tidak terbebani oleh mereka. Walaupun pasukan GAM tetap komit melanjutkan perjuangan mereka, para petinggi GAM mungkin sudah putus asa membayangkan mungkinkah mencapai kemenangan militer atas pasukan pemerintah Indonesia. Kata mantan perdana menteri GAM Malik Mahmud kepada Aspinall bulan Oktober 2005: "Strategi yang diterapkan oleh kedua pihak berujung pada kebuntuan yang sangat merugikan". Saat diwawancarai "Jakarta Post" tentang apakah mengakui MoU Helsinki adalah tindakan pencitraan oleh GAM pasca kemunduran militernya, Malik menjawab:
Opini internasional pasca-tsunami juga lebih condong ke dialog damai Helsinki yang dilaksanakan antara pemerintah Indonesia dan GAM. Kedua pihak mengirimkan pejabat tertingginya sebagai negosiator, sementara perwakilan pada dialog "Cessation of Hostilities Agreement" (CoHA) yang ditandatangani bulan Desember 2002 adalah perwakilan yang cenderung masih di tingkat junior.
Para petinggi GAM juga menilai bahwa selama dialog damai Helsinki tidak ada komunitas internasional yang mendukung aspirasi kemerdekaan Aceh. Tentang hal ini, Malik berkata:
Saat menjelaskan kepada para komandan GAM mengenai penerimaan tawaran pemerintahan sendiri alih-alih melanjutkan perjuangan kemerdekaan, para petinggi GAM menegaskan bahwa jika mereka terus memaksa menuntut kemerdekaan setelah tsunami 2004, mereka akan terancam dikucilkan oleh komunitas internasional.
Pada Oktober 2004, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Wakil Presiden Jusuf Kalla dilantik setelah memenangkan pemilu presiden 2004, pemilu langsung pertama di Indonesia. Aspinall berpendapat bahwa sebelum pemilu langsung ini, ada keseimbangan posisi antara pejabat pemerintahan Indonesia, yaitu antara pejabat yang percaya bahwa kemenangan militer mustahil tercapai dan negosiasi sangat diperlukan, dengan pihak pejabat garis keras yang percaya bahwa GAM dapat sepenuhnya dilenyapkan. Terpilihnya SBY dan Kalla mendorong kebijakan pemerintah untuk condong ke posisi pertama.
Aspinall menunjukkan bahwa ketika SBY masih menjabat sebagai menteri dalam kabinet Presiden Megawati Soekarnoputri, ia mendukung "pendekatan terintegrasi" berupa penyertaan upaya militer dengan negosiasi terhadap GAM. Kalla, yang saat itu kolega SBY di kementerian, juga mendukung dimulainya kembali dialog dengan GAM pada awal 2004 (yaitu ketika darurat militer masih diberlakukan di Aceh dan operasi militer masih berlangsung). Saat itu, Kalla, melalui orang kepercayaannya, mendekati komandan GAM di lapangan sekaligus pemimpinnya di Swedia. Posisi presiden dan wakil presiden Indonesia yang lebih memilih jalur negosiasi sebagai solusi pemberontakan Aceh memberikan jalan untuk mencapai keberhasilan dialog perdamaian Helsinki.
Kingsbury, penasihat resmi untuk GAM, juga menyebut terpilihnya SBY dan Kalla tahun 2004 sebagai prawarsa upaya damai yang berakhir dengan perjanjian resmi. Selain itu, ia menyebut penunjukan Kalla menjadi pengawas delegasi Indonesia pada dialog damai sebagai faktor penting, dikarenakan status Kalla yang merupakan ketua umum Golkar, partai mayoritas di DPR saat itu, sehingga pemerintahan SBY mudah menghadapi penolakan dari anggota DPR lainnya.
Pada April 2013, "Amnesty International" meluncurkan laporan "Time To Face The Past" ("Saatnya Menghadapi Masa Lalu") yang isinya pernyataan mereka bahwa "sebagian besar korban dan kerabatnya sudah lama dijauhkan dari kebenaran, keadilan, dan pemulihan, dan Indonesia telah melanggar kewajibannya menurut hukum internasional. Mereka masih menunggu otoritas lokal dan nasional Indonesia untuk mengakui dan memperbaiki apa yang telah mereka dan keluarganya alami pada masa konflik." Dalam perumusan laporannya, "Amnesty International" menggunakan hasil penelitiannya saat berkunjung ke Aceh pada Mei 2012. Pada kunjungan tersebut, perwakilan organisasi tersebut mewawancarai lembawa swadaya masyarakat (LSM), organisasi masyarakat, pengacara, anggota dewan, pejabat pemerintah setempat, jurnalis, dan korban dan perwakilan mereka mengenai situasi di Aceh pada saat wawancara dilaksanakan. Korban menyatakan apresiasi mereka terhadap proses perdamaian dan meningkatnya keamanan di provinsi Aceh, tetapi juga menyatakan frustrasi atas tidak adanya tindakan dari pemerintah Indonesia sesuai nota kesepahaman 2005 yang mencantumkan rencana pembentukan Pengadilan Hak Asasi Manusia di Aceh dan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi Aceh.
Selain itu, laporan "Time To Face The Past" berisi peringatan potensi munculnya kekerasan baru di Aceh jika pemerintah Indonesia tetap stagnan dalam pelaksanaan komitmennya yang tercantum pada MoU 2005. Wakil direktur Asia Pasifik "Amnesty International" Isabelle Arradon menjelaskan saat peluncuran laporan tersebut: "Situasi yang sedang terjadi adalah munculnya benih-benih ketidakpuasan yang bisa tumbuh menjadi aksi kekerasan baru". Per 19 April 2013, pemerintah Indonesia belum menanggapi laporan ini. Juru bicara presiden SBY memberitahukan BBC bahwa ia belum bisa memberi komentar karena belum membaca laporan tersebut.