Keshogunan Muromachi
Shogun ke-3 Ashikaga Yoshimitsu mendirikan rumah kediaman resmi shogun yang disebut Istana Muromachi (Muromachi-dono) sehingga pemerintahan shogun klan Ashikaga disebut Keshogunan Muromachi. Nama populer untuk Istana Muromachi adalah Hana no Gosho (Istana Bunga). Sekarang ini, lokasi bekas Istana Muromachi berada di distrik Kamigyō, Kyoto.
Ashikaga Takauji mengumumkan 17 pasal Kemmu Shikimoku (Undang-undang Kemmu) sebagai kebijakan dasar pemerintahan pada bulan November tahun 1336. Peristiwa tersebut menandai berdirinya Keshogunan Muromachi. Walaupun demikian, pendapat yang berbeda mengatakan bahwa Keshogunan Muromachi dimulai sejak Ashikaga Takauji dilantik sebagai Sei-i Taishōgun oleh Kaisar Kōmyō dari Istana Utara pada tahun 1338.
Keshogunan Muromachi berakhir tahun 1573 setelah Oda Nobunaga mengusir shogun ke-15, Ashikaga Yoshiaki dari Kyoto. Namun secara resmi, prosedur pemecatan Yoshiaki tidak pernah dilakukan, sehingga kalangan samurai yang menentang Nobunaga masih memperlakukannya sebagai shogun. Dalam direktori pejabat tinggi istana yang disebut "Kugyōbunin", Yoshiaki menuruti perintah kampaku Toyotomi Hideyoshi agar datang ke istana. Yoshiaki melakukan sumpah setia di hadapan Hideyoshi, dan masih diperlakukan seperti layaknya Jusangū (keluarga kaisar), serta dianggap sebagai shogun hingga 9 Februari 1588.
Dari akhir zaman Meiji hingga akhir Perang Dunia II, garis keturunan kaisar yang sah menurut kebijakan resmi pemerintah Jepang adalah garis keturunan Istana Selatan. Periode pemerintahan Istana Selatan disebut zaman Istana Yoshino dan bukan zaman Nanboku-cho seperti lazimnya dikenal sekarang. Sebagai akibatnya, shogun pertama hingga shogun ketiga, Takauji, Yoshiakira, dan Yoshimitsu tidak dianggap sebagai shogun karena diangkat sebelum bersatunya Istana Utara dan Istana Selatan.
Struktur pemerintah Keshogunan Muromachi secara garis besar mengikuti struktur pemerintahan berikut lembaga-lembaga pemerintah yang didirikan sebelumnya oleh Keshogunan Kamakura. Sebagai landasan hukum dipakai Undang-undang Kemmu (Kemmu Shikimoku) yang ditetapkan oleh Ashikaga Takauji pada tahun 1336. Kitab Undang-undang Goseibai (Goseibai Shikimoku) yang disusun pada zaman Kamakura dipakai dalam praktik sehari-hari. Selain itu, bila diperlukan dipakai kitab hukum pelengkap bagi Goseibai Shikimoku yang disebut Kemmu Iraitsuika.
Pada awalnya, pemerintahan Keshogunan Muromachi (Istana Utara) tidak stabil karena harus menghadapi pemerintah Istana Selatan. Pemerintahan terpusat di tangan shogun dengan bantuan wakil shogun yang disebut kanrei, dan lembaga-lembaga pemerintahan seperti Samurai-dokoro, Mandokoro, Monchūjo, Hyōjōshū, dan Hikitsukeshū.
Dalam menjalankan pemerintahan, shogun dibantu dewan yang beranggotakan para shugo daimyō. Dibandingkan dengan pejabat shikken zaman Kamakura yang sangat berkuasa, pada praktiknya, pejabat kanrei zaman Muromachi tidak memiliki hak dalam pengambilan keputusan. Pada prinsipnya, semua keputusan pemerintah diambil berdasarkan rapat-rapat. Pejabat kanrei yang membantu shogun diangkat secara bergantian dari klan Hosokawa, klan Shiba, klan Hatakeyama yang semuanya merupakan shugo daimyō berpengaruh. Kepala lembaga Mandokoro diangkat secara bergantian dari klan Akamatsu, klan Isshiki, klan Yamana, dan klan Kyōgoku. Pengambilan keputusan oleh keluarga besar klan Ashikaga merupakan ciri khas pemerintah Keshogunan Muromachi. Posisi penting dalam keshogunan dan sebagian besar shugo daimyō berasal dari keluarga besar klan Ashikaga, seperti: klan Hosokawa, klan Shiba, klan Yamana, klan Isshiki, klan Hatakeyama, klan Shibukawa, klan Imagawa, dan klan Uesugi (garis keturunan pihak ibu).
Kepemilikan tanah berdasarkan sistem tanah milik bangsawan dan negara ("shōen kōryō-sei") yang berlaku di zaman Kamakura mengalami keruntuhan di zaman Muromachi. Sebagai penggantinya adalah sistem kepemilikan tanah oleh shugo daimyō ("shugo ryōkoku-sei"). Pada zaman Kamakura, shogun dan kalangan samurai (gokenin) berpengaruh di daerah mengikat secara langsung kerjasama berdasarkan saling percaya. Sebaliknya pada zaman Muromachi, gokenin merupakan bawahan langsung dari shugo daimyō. Shugo daimyō akhirnya tampil sebagai kekuatan militer yang kadang-kadang sama kuatnya dengan kekuatan militer milik shogun Muromachi.
Pada beberapa kasus, shugo daimyō yang telah menjadi terlalu kuat secara militer diusir oleh shogun. Namun, peristiwa shugo daimyō memerangi keshogunan tidak pernah terjadi. Sebagian besar shugo daimyō merasa puas karena sudah diangkat sebagai penguasa daerah oleh shogun.
Seusai Kerusuhan zaman Kan-ō, Ashikaga Takauji mendirikan kantor pemerintah Kamakura (Kamakura-fu) yang memerintah 10 provinsi yang terletak di Jepang bagian timur. Sebagai "Kamakura Kubō" (kepala kantor pemerintah Kamakura) adalah putra Takauji yang bernama Ashikaga Motouji, dan diteruskan oleh anak cucunya. Wakil Kamakura-fu disebut Kantō Kanrei. Pejabat Kamakura Kubō dan klan Uesugi yang menjabat Kantō Kanrei akhirnya berselisih dengan Keshogunan Muromachi.
Keshogunan Muromachi secara langsung merekrut kelompok samurai dari wilayah Kanto dan Tohoku yang disebut Kyōto Fuchishū. Pada masa pemerintahan shogun Ashikaga Yoshinori, Kamakura Kubō generasi ke-4 yang bernama Ashikaga Mochiuji memimpin Pemberontakan Eikyō melawan keshogunan. Setelah Mochiuji diserang dan dihabisi, maka berakhir pula ambisi keshogunan untuk secara langsung menguasai provinsi-provinsi di bagian timur Jepang. Selanjutnya, putra Mochiuji yang bernama Ashikaga Shigeuji diangkat sebagai Kamakura Kubō yang baru. Namun, Shigeuji kembali melancarkan pemberontakan yang disebut Pemberontakan Kyōtoku. Ia melarikan diri ke Istana Kogawa di Provinsi Shimousa, dan menyebut dirinya sebagai Kogawa Kubō (shogun Kogawa). Keadaan daerah Kanto semakin kacau setelah klan Uesugi terpecah dua menjadi keluarga Yamanouchi Uesugi dan keluarga Ōgigayatsu Uesugi.
Dalam keadaan kacau, adik shogun ke-8 (Ashikaga Yoshimasa) yang bernama Ashikaga Masatomo diutus ke wilayah Kanto. Markasnya berada di Horigoe, Provinsi Izu sehingga disebut Horigoe Kubō (shogun Horigoe). Namun setelah meninggalnya Masatomo, Horigoe Kubō dihancurkan oleh pengikut setia klan Imagawa yang bernama Ise Moritoki (Hōjō Sōūn). Di Provinsi Shimousa, keturunan Ashikaga Motouji memisahkan diri dari Kogawa Kubō, dan mendirikan Oyumi Kubō di Istana Oyumi. Oyumi Kubō adalah pemerintah boneka bagi klan Go-Hōjō yang dibentuk dari anak cucu Ise Moritoki.
Sementara itu untuk memerintah Kyushu, keshogunan mendirikan kantor Kyushu Tandai di Hakata. Imagawa Sadayo (Ryōshun) termasuk salah seorang samurai yang pernah bertugas di Kyushu Tandai. Pada mulanya, Sadayo dikirim ke Kyushu untuk menghancurkan kekuatan militer Istana Selatan di bawah pimpinan Pangeran Kaneyoshi. Namun Ryōshun akhirnya membangun kekuatan militer sendiri di Kyushu sehingga membuat Keshogunan Muromachi cemas. Setelah Ryōshun dipecat, Kyushu Tandai dipimpin secara turun temurun oleh klan Shibugawa.
Di daerah Tohoku, keshogunan antara lain menciptakan jabatan Ōshū Kanrei. Kantor pemerintah Kamakura ("Kamakura-fu") yang memerintah Provinsi Mutsu dan Provinsi Dewa dihapus. Sebagai penggantinya, keshogunan untuk sementara menciptakan jabatan Inamura Kubō dan Shinokawa Kubō. Pada masa pemerintahan Ashikaga Yoshimitsu, keshogunan mendirikan Ōshū Tandai, dan menugaskan Shiba Iekane sebagai pimpinan. Setelah Iekane meninggal dunia, Ūshū Tandai didirikan di Provinsi Dewa, sedangkan klan Shiba yang berada di sana menyebut dirinya sebagai klan Mogami.