Biologi sistem
Biologi sistem merupakan penggabungan dari beberapa cabang ilmu, seperti genomik (genomics), biokimia, dan biologi molekuler. Ilmu biologi sistem bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang menyeluruh (holistik) terhadap makhluk hidup sebagai kesatuan sistem. Beberapa strategi yang dipilih dalam biologi sistem antara lain adalah pengukuran kuantitatif komponen seluler dalam tingkat mRNA, protein, dan metabolit, pengembangan model matematika yang menggabungkan pemahaman biokimia dengan data-data yang dihasilkan oleh eksperimen dengan hasil data bervolume tinggi, aplikasi mikroorganisme. Karena yang dianalisis merupakan data bervolume tinggi, dibutuhkan semacam perangkat mutakhir untuk mengolah, menganalisis, memvisualisasi, dan mensimulasikan data tersebut. Oleh karena itu, pengembangan ilmu bioinformatika berperan.
Untuk memudahkan analisa, evaluasi, dan penyebaran data-data eksperimen yang kompleks, dibutuhkan suatu standar informasi. System Biology Markup Language (SBML) adalah suatu format standar untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasinya dalam bentuk formal, kualitatif, maupun kuantitatif. Format ini telah diadopsi oleh lebih dari 180 peranti lunak yang terkait dengan pemodelan informasi biologi.
Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak ("framework software") yang berisi bermacam-macam "tools" biologi sistematik. "Tools" ini dapat berupa "tools" untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, "tools" untuk simulasi, dan "tools" untuk melakukan impor terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai peranti lunak untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisis data biologi sistematik.
CellDesigner adalah program berbasis Java yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan melakukan "import" model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan "tools" simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB.
COPASI adalah simulator model independen yang bekerja untuk "file" yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada "Ordinary Differential Equation" (ODESs) dan model stokastik mengunakan algoritme Gillespie. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state.
Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang. Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik Ralstonia eutropha H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen.