Pemindahan ibukota Republik Indonesia
Pada awal tahun 1946, situasi keamanan di ibukota Republik Indonesia di Jakarta sangat tidak aman. Pasukan Sekutu (AFNEI, "Allied Forces in Netherlands East Indies"), yang diboncengi Belanda dengan nama NICA ("Netherlands Indies Civil Administration") mulai melakukan razia-razia dan penangkapan atas pejuang kemerdekaan Indonesia. Beberapa kali terjadi kontak senjata antara pejuang dengan pasukan Sekutu, terutama di daerah perbatasan kota, seperti Meester Cornelis (Jatinegara dan Bekasi), Pasar Minggu dan lain-lain. Penjarahan dan perampokan terjadi dimana-mana.
Pasukan Jepang pun masih belum ditarik sepenuhnya, justru diminta mendukung operasi pengamanan ibukota tersebut. Belum lagi muncul beberapa konflik antar pemimpin perjuangan. Bahkan terjadi beberapa kali upaya penculikan dan pembunuhan atas Presiden Soekarno dan pejabat tinggi pemerintah RI lainnya, baik oleh pasukan NICA maupun laskar-laskar rakyat yang tidak sepenuhnya tunduk kepada pemerintahan baru. Pada 2 Januari 1946, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Pakualam VIII mengirimkan surat melalui kurir yang mempersilakan apabila pemerintah RI bersedia memindahkan ibukota RI ke Yogyakarta atas jaminan mereka berdua. Tawaran ini pun segera disambut baik oleh Bung Karno dan kawan-kawan yang segera membahas persiapannya keesokan harinya dalam sidang kabinet tertutup.
Mengingat seluruh penjuru kota telah diawasi ketat oleh pasukan NICA dan Sekutu, maka dipikirkanlah cara paling aman untuk melakukan proses evakuasi tersebut. Akhirnya dipilihlah transportasi Kereta Api, mengingat jalur-jalur keretalah yang masih dianggap relatif aman. Jalur yang dilalui: Pegangsaan Timur - Manggarai - Jatinegara - Bekasi - Cikampek - Cirebon - Purwokerto - Kroya - Kutoarjo - Yogyakarta.
"Kita akan memindahkan ibu kota besok malam. Tidak ada seorang pun dari saudara boleh membawa harta benda. Aku juga tidak," kata Soekarno seperti ditulis Cindy Adams dalam biografi Bung Karno, Penyambung Lidah Rakyat Indonesia. Maka disusun satu rencana nekat. Pada tanggal 3 Januari 1946 jelang tengah malam, sebuah gerbong kereta yang ditarik dengan lokomotif uap C.2809 buatan Henschel (Jerman) dan dimatikan lampunya berhenti di belakang rumah Soekarno di Jalan Pegangsaan Timur 56 (Menteng) yang terletak di pinggir rel KA antara Stasiun Manggarai dan Gambir. Diharapkan, tentara Sekutu/NICA akan menyangka kereta tersebut hanyalah kereta biasa yang langsir menuju stasiun Manggarai.
"Dengan diam-diam, tanpa bernapas sedikit pun, kami menyusup ke gerbong. Orang-orang NICA menyangka gerbong itu kosong," kata Soekarno menggambarkan ketegangan saat itu. "Seandainya kami ketahuan, seluruh negara dapat dihancurkan dengan satu granat. Dan kami sesungguhnya tidak berhenti berpikir apakah pekerjaan itu akan berlangsung dengan aman. Sudah tentu tidak. Tetapi republik dilahirkan dengan risiko. Setiap gerakan revolusioner menghendaki keberanian."
Maka tanggal 4 Januari 1946 dini hari, kereta api tersebut membawa Bung Karno dan rombongan ke Yogyakarta di malam buta. Semua penumpang diliputi ketegangan. Alhamdulillah rombongan tersebut berhasil mencapai kota Yogyakarta dengan selamat. Pengelolaan dan pengendalian keamanan kota Jakarta selanjutnya diserahkan kepada Panglima Divisi Siliwangi, Letnan Kolonel Daan Jahja, yang merangkap sebagai Gubernur Militer Kota Jakarta.
Setiba di Stasiun Tugu, rombongan dijemput langsung oleh Sri Sultan Hamengkubuwana IX, Sri Pakualam VIII, Panglima TKR Jenderal Soedirman, para pejabat tinggi negara yang sudah lebih dahulu berada di Yogyakarta dan segenap rakyat kawula Yogyakarta. Mereka berarak-arakan menuju Gedung Agung melewati Jalan Malioboro. Kegiatan roda pemerintahan harus segera berjalan. Hal ini akan lebih mudah dilakukan di Yogyakarta karena tata pemerintahan di Yogyakarta saat itu telah terkoordinasi dan tertata dengan rapi. Hal ini belum tentu bisa dilakukan di daerah lain karena saat itu kondisi di daerah lain belum sebaik dan seaman situasi kota Yogyakarta.
Kraton Yogyakarta juga menanggung biaya operasional para pejabat RI selama berada di Yogyakarta. Kas Negara RI saat itu dalam kondisi sangat buruk, bahkan boleh dikatakan sedang kosong. Untuk pembiayaan ini, jumlah yang dikeluarkan oleh kas Kraton diperkirakan mencapai 6 juta gulden. Jumlah uang yang tidak sedikit pada waktu itu. Dengan modal itu, pemerintahan RI yang masih sangat belia bisa terus menjalankan roda pemerintahannya.
Istana Kepresidenan yang berlokasi di Gedung Agung yang ditinggalkan Jepang tidak memiliki perabotan dan peralatan rumah tangga yang memadai, maka Kraton Yogyakarta dan Puro Pakualaman menyediakan berbagai perabotan dan peralatan secara lengkap, agar kegiatan pemerintahan bisa berjalan semestinya. Selain itu, pihak Kraton Yogyakarta dan Pura Pakualaman juga memberikan tempat penginapan kepada segenap jajaran pejabat tinggi dari Jakarta yang ikut hijrah ke Yogyakarta. Mereka ada yang tinggal di lingkungan Kraton Yogyakarta dan Puro Pakualaman, selain di rumah-rumah penduduk. Hal ini juga diikuti rakyat Yogyakarta dengan menyumbangkan tenaga, makanan dan harta benda.
Dan selanjutnya roda pemerintahan RI pun kembali normal hingga datangnya serbuan pasukan Belanda pada Agresi Militer II 19 Desember 1948, dimana seluruh pemimpin Republik ditangkap Belanda dan diasingkan ke berbagai tempat. Sehingga pemerintah Republik terpaksa membentuk Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI) dipimpin Mr. Sjafroedin Prawiranegara di Sumatera Barat. Ibukota RI baru kembali ke Yogyakarta pada 6 Juli 1949 dan kemudian ke Jakarta pada 17 Agustus 1950 setelah Republik Indonesia Serikat (RIS) membubarkan diri dan kembali ke bentuk Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).