Restorasi Kemmu
Ketidakpuasan terhadap pemerintahan otokrasi dijalankan Kaisar Go-Daigo melanda kalangan samurai. Pemerintah Kaisar Go-Daigo akhirnya ditumbangkan Ashikaga Takauji pada tahun 1336 yang sekaligus menandai berakhirnya periode Restorasi Kemmu.
Sepanjang paruh kedua zaman Kamakura, pemerintah Keshogunan Kamakura berada di tangan keluarga Tokusō dari klan Hōjō, sedangkan kekuasaan berada di tangan klan Nagasaki yang menjabat Naikanrei (pelayan klan Hōjō). Sejak peristiwa invasi Mongolia terhadap Jepang (1274 dan 1281), situasi politik dalam negeri menjadi tidak stabil. Kelompok antipemerintah mulai bergerak di berbagai provinsi. Keshogunan secara bertahap juga mulai kehilangan dukungan dari kalangan samurai. Keshogunan Kamakura memberlakukan sistem Ryōtōtetsuritsu yang menetapkan kaisar dari garis keturunan Daikaku-ji dan garis keturunan Jimyō-in dapat naik tahta secara bergantian. Pada tahun 1318, Kaisar Go-Daigo yang berasal dari garis keturunan Daikaku-ji naik tahta. Kaisar Go-Daigo menginginkan kembalinya sistem pemerintahan yang kekuasaannya secara langsung berada di tangan kaisar seperti rezim Engi-Tenryaku yang dijalankan Kaisar Murakami dan Kaisar Daigo di zaman Heian. Secara diam-diam, Kaisar Go-Daigo bermaksud menumbangkan Keshogunan Kamakura.
Rencana Kaisar Go-Daigo menumbangkan keshogunan terbongkar hingga dua kali: Insiden Shōchū tahun 1324 dan Insiden Genkō tahun 1331. Setelah terjadinya Insiden Genkō, Kaisar Go-Daigo ditangkap dan diasingkan ke Pulau Oki (1331). Sebagai penggantinya, Keshogunan Kamakura mengangkat Kaisar Kōgon dari garis keturunan Jimyō-in sebagai kaisar yang baru.
Sementara itu, Keshogunan Kamakura harus menghadapi perlawanan yang dipimpin Akamatsu Norimura (Akamatsu Enshin) dari Harima dan Kusunoki Masashige dari Kawachi (sekutu Kaisar Go-Daigo dalam menumbangkan keshogunan). Norimura merupakan pendukung Pangeran Morinaga (putra Kaisar Go-Daigo) yang baru kembali ke istana setelah menjalani kehidupan sebagai biksu. Kekuatan militer untuk menumbangkan keshogunan mulai terkumpul di berbagai provinsi, setelah membelotnya dua orang gokenin yang berasal dari keshogunan, Nitta Yoshisada dari Kōzuke, dan Ashikaga Takauji dari Shimotsuke.
Pada tahun 1333, Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Pulau Oki, dan dijemput Nawa Nagatoshi yang berasal Provinsi Hōki. Perlawanan untuk menumbangkan keshogunan dipimpin Kaisar Go-Daigo dari Gunung Senjō, Provinsi Hōki. Pasukan Ashikaga Takauji menghancurkan Rokuhara Tandai di Kyoto. Sementara itu, Nitta Yoshisada menyerang Kamakura dan menewaskan Hōjō Takatoki beserta anggota keluarga klan Hōjō. Setelah Keshogunan Kamakura tumbang, klan Akamatsu dan klan Kusunoki menjemput Kaisar Go-Daigo untuk kembali menduduki tahta kekaisaran di Kyoto.
Kaisar Go-Daigo menurunkan Kaisar Kōgon dari tahta, dan kembali bertahta sebagai kaisar. Kaisar Go-Daigo menyatakan nama zaman yang digunakan Kaisar Kōgon tidak berlaku lagi. Takasukasa Fuyunori dipecat dari jabatannya sebagai Kampaku, dan jabatan Kampaku dihapus.
Di ibu kota, Ashikaga Takauji yang berjasa memimpin penyerbuan ke Rokuhara bersama Pangeran Morinaga meminta masing-masing pemerintah provinsi untuk mengirimkan pasukan untuk mengamankan Kyoto. Sementara itu, Kaisar Go-Daigo mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Chinjufu Shōgun. Pangeran Morinaga yang cemas terhadap kekuatan Ashikaga Takauji mengundurkan diri ke Gunung Sigi di Nara, dan mulai membatasi ruang gerak Takauji dan pengikutnya. Sebagai tindakan kompromi, Kaisar Go-Daigo mengangkat Pangeran Morinaga sebagai Sei-i Taishogun.
Sepanjang tahun 1333, Kaisar Go-Daigo mengeluarkan berbagai perintah kaisar mengenai hak kepemilikan tanah dan proses peradilan yang terkait, seperti peniadaan semua tanah feodal ("Kyūryō Kaifuku-rei"), penyitaan tanah milik kuil, penyitaan tanah musuh kaisar, dan keputusan pengadilan sehubungan dengan perselisihan tanah semata-mata berada di tangan kaisar. Pada pertengahan tahun 1333, Kaisar Go-Daigo menetapkan bahwa hanya seluruh anggota klan Hōjō yang dianggap sebagai musuh kaisar, sedangkan pemeliharan ketertiban di daerah dipercayakan kepada pejabat kokushi.
Selain itu, Kaisar Go-Daigo mendirikan lembaga peninjauan keputusan kebijakan yang diambil pemerintah ("Kiroku-jo"), lembaga urusan pemberian hadiah balas jasa ("Onjō-kata"), dan lembaga peradilan perkara agraria ("Zasso Ketsudansho"). Dalam usaha memperkuat kekuasaan kaisar di wilayah Kanto hingga wilayah Tohoku, Kaisar Go-Daigo menugaskan Kitabatake Akiie ke Provinsi Mutsu sebagai pendamping militer Pangeran Noriyoshi. Akiie juga diangkat sebagai Chinjufu Shogun sekaligus penguasa Mutsu (Mutsu no Kami). Penugasan Akiie ke Mutsu ditemani ayahnya, Kitabatake Chikafusa, dan keduanya mendirikan kantor regional shogun Mutsu ("Mutsu Shōgunfu"). Pada awal tahun 1334, adik Ashikaga Takauji, Ashikaga Tadayoshi ditugaskan sebagai pendamping militer bagi Pangeran Narinaga (putra Kaisar Go-Daigo), dan pergi bersamanya ke Kamakura untuk mendirikan kantor regional shogun Kamakura ("Kamakura Shōgunfu").
Pangeran Tsunenaga dari ibu bernama Ano Yasuko diangkat sebagai putra mahkota dalam upacara yang berlangsung pada hari tahun baru 1334. Selain itu, nama zaman diganti menjadi zaman Kemmu. Pemerintah baru Kaisar Go-Daigo melakukan sensus agraria. Sensus tersebut dilakukan sehubungan dengan rencana pemungutan pajak baru yang besarnya 5 persen. Uang hasil pajak menurut rencana digunakan untuk membangun istana kaisar yang baru. Kaisar Go-Daigo memiliki rencana mengeluarkan uang kertas baru (disebut "Chohei") dan uang logam baru. Selain itu, pemerintah bermaksud mengeluarkan mata uang baru (disebut "Kenkon Tsūhō") dan surat perintah untuk itu sudah dikeluarkan, namun hingga sekarang surat tersebut belum ditemukan. Masalah yang dihadapi pemerintah baru Kaisar Go-Daigo akhirnya terungkap ke permukaan. Wewenang masing-masing lembaga pemerintah yang baru didirikan (seperti "Kiroku-jo") ternyata saling bertabrakan, dan mulai timbul kekacauan. Lembaga-lembaga tersebut kewalahan dalam menghadapi klaim serta tuntutan atas kepemilikan tanah, dan permintaan hadiah tanda jasa sesuai perintah yang dikeluarkan Kaisar Go-Daigo.
Dalam usaha sentralisasi pemerintahan, Kaisar Go-Daigo menghapus sejumlah jabatan di daerah. Selain itu, Kaisar Go-Daigo memecat Pangeran Morinaga dari jabatannya sebagai shogun. Setelah dituduh berniat menggulingkan Ashikaga Takauji, Pangeran Morinaga ditangkap dan diasingkan ke Kamakura.
Pertengahan tahun 1335, pejabat kuge Saionji Kinmunedan kawan-kawan terungkap bersengkongkol untuk menggulingkan pemerintah. Mantan Kaisar Go-Fushimi dari garis keturunan Jimyō-in diduga berada di balik persekongkolan ini. Saionji Kinmune masih memiliki hubungan dengan klan Hōjō, dan menyembunyikan Hōjō Yasuie (adik Hōjō Takatoki). Pada akhirnya, Kinmune dihukum mati karena usaha pembunuhan Kaisar Go-Daigo yang gagal, sedangkan Hōjō Yasuie melarikan diri dan mengumpulkan sisa-sisa kekuatan klan Hōjō di daerah.
Setelah runtuhnya Keshogunan Kamakura, di berbagai daerah marak dengan kegiatan pemberontak, khususnya di provinsi yang dulunya diperintah klan Hōjō. Di Provinsi Shinano terjadi pemberontakan yang dipimpin Hōjō Tokiyuki (putra almarhum Hōjō Takatoki) bersama sang paman, Hōjō Yasuie. Keduanya berhasil menduduki Kamakura, dan mengusir penguasa Kamakura, Ashikaga Tadayoshi dalam peristiwa yang disebut Pemberontakan Nakasendai.
Ashikaga Takauji ingin berangkat ke Kamakura untuk memadamkan pemberontakan. Takauji meminta Kaisar Go-Daigo untuk mengangkatnya sebagai Sei-i Taishogun dan mengeluarkan perintah penangkapan atas Hōjō Tokiyuki. Kaisar Go-Daigo tidak mengabulkan permintaan Takauji, dan justru mengangkat Pangeran Narinaga sebagai Sei-i Taishogun.
Takauji tetap berangkat Kamakura walaupun tidak mendapat surat perintah dari kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Seitō Shōgun. Di Kamakura, Pasukan Ashikaga berhasil mengusir pasukan Hōjō Tokiyuki, tetapi Ashikaga Takauji terus menduduki Kamakura dan tidak mau kembali ke Kyoto. Takauji membangkang surat perintah Kaisar Go-Daigo yang memerintahkannya kembali ke Kyoto. Dengan caranya sendiri, Takauji memberi hadiah kepada samurai yang menjadi anak buahnya. Tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto disitanya dengan sewenang-wenang dan dibagi-bagikan kepada anak buahnya. Dalam pernyataannya, Takauji mengatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro) yang memiliki kekuatan militer yang terbesar adalah pihak yang berbahaya bagi kaisar. Berdasarkan alasan tersebut, Takauji meminta izin Kaisar Go-Daido untuk menghancurkan Nitta Yoshisada dan pengikutnya.
Permintaan Takauji tidak dikabulkan Kaisar Go-Daigo. Sebaliknya, Kaisar Go-Daigo mengirimkan Nitta Yoshisada dan pasukan untuk menghabisi Takauji. Namun pasukan Nitta justru mengalami kekalahan besar dalam pertempuran melawan pasukan Ashikaga. Bulan pertama tahun 1336, pasukan Ashikaga memasuki Kyoto, sedangkan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei. Namun, Takauji dan pasukan Ashikaga kembali diusir untuk sementara dari Kyoto oleh Nitta Yoshisada dengan bantuan Kitabatake Akiie dan pasukan yang diturunkan dari Ōshu. Ashikaga Takauji dan pasukannya mengundurkan diri hingga ke Kyushu, namun kembali memberangkatkan pasukan ke Kyoto setelah menerima perintah mantan Kaisar Kōgon (dari garis keturunan Jimyō-in). Setelah pasukan kekaisaran takluk dalam Pertempuran Minatogawa di Provinsi Harima, pasukan Ashikaga kembali berhasil merebut ibu kota Kyoto, dan sekaligus menandai berakhirnya periode Restorasi Kemmu yang berlangsung selama dua setengah tahun.
Setelah menguasai Kyoto, Ashikaga Takauji mendirikan Istana Utara (Hokuchō) di Kyoto dengan Kaisar Kōmyō sebagai kaisar. Di pihak yang berlawanan, Kaisar Go-Daigo mengutus putranya, Pangeran Kaneyoshi ke Kyushu sebagai Seisei Shōgun, dan menugaskan Nitta Yoshisada ke Hokuriku di bawah komando Pangeran Tsunenaga dan Pangeran Takanaga. Selanjutnya, Kaisar Go-Daigo turun dari Gunung Hiei, dan berdamai dengan pihak Ashikaga. Tiga Harta Suci diserahkannya kepada Kaisar Kōmyō. Namun Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Kyoto, dan mendirikan Istana Selatan (Nanchō) di Nara. Kaisar Go-Daigo menyatakan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō sebagai barang palsu, dan mengklaim dirinya sebagai kaisar yang sah. Masa Jepang terbelah dua menjadi Istana Selatan dan Istana Utara disebut zaman Nanboku-cho (zaman Istana Utara-Istana Selatan) yang berlangsung sekitar 60 tahun hingga bersatunya Istana Selatan dengan Istana Utara pada tahun 1392.