Muhammad Ali Jinnah
Muhammad Ali Jinnah (, , ) adalah seorang pengacara, politikus dan pendiri Pakistan. Jinnah merupakan pemimpin Liga Muslim India dari 1913 sampai kemerdekaan Pakistan pada 14 Agustus 1947, dan menjabat sebagai Gubernur Jenderal Pakistan pertama sampai kematiannya. Di Pakistan, ia dipanggil "Quaid-i-Azam" (Pemimpin Besar) dan "Baba-i-Qaum" (Bapak Bangsa). Ulang tahunnya diperingati sebagai libur nasional di Pakistan.
Lahir di Karachi dan dilatih sebagai barrister di Lincoln's Inn, London, Jinnah meraih pengaruh di Kongres Nasional India dalam dua dekade pertama abad ke-20. Pada tahun-tahun awal karier politiknya, Jinnah mengadvokasi persatuan Hindu–Muslim, membantu pembentukan Pakta Lucknow 1916 antara partai Kongres dan Liga Muslim Seluruh India, dimana Jinnah juga menjadi tokoh penting. Jinnah menjadi pemimpin utama dalam Liga Pemerintahan Dalam Negeri Seluruh India, dan mengusulkan empat belas poin rencana reformasi konstitusional untuk mengamankan hak politik Muslim. Namun, pada 1920, Jinnah mengundurkan diri dari partai Kongres ketika partai tersebut sepakat untuk ikut sebuah kampanye "satyagraha", atau pemberontakan non-kekerasan, yang diadvokasikan oleh Mohandas Gandhi, yang ia anggap sebagai anarki politik.
Pada 1940, Jinnah meyakini bahwa Muslim India harus memiliki negara mereka sendiri. Pada tahun tersebut, Liga Muslim, yang dipimpin oleh Jinnah, mengeluarkan Resolusi Lahore, yang menuntut sebuah negara terpisah. Pada Perang Dunia Kedua, Liga tersebut meraih kekuatan saat para pemimpin partai Kongres ditahan, dan dalam pemilihan-pemilihan yang diadakan tak lama setelah perang, Liga tersebut memenangkan sebagian besar kursi yang disediakan untuk Muslim. Selain itu, partai Kongres dan Liga Muslim tidak meraih kesepakatan rumusan pembagian kekuasaan untuk menyatukan India, membuat seluruh partai sepakat untuk memisahkan kemerdekaan yang didominasi Hindu India, dan sebuah negara mayoritas Muslim, yang disebut Pakistan.
Sebagai Gubernur Jenderal Pakistan pertama, Jinnah bekerja untuk mendirikan pemerintahan dan kebijakan negara baru tersebut, dan membantu jutaan migran Muslim yang bermigrasi dari negara baru India ke Pakistan setelah kemerdekaan, dengan secara pribadi memimpin pendirian kamp-kamp pengungsian. Jinnah wafat pada usia 71 tahun pada September 1948, tepat setahun setelah Pakistan meraih kemerdekaan dari Britania Raya. Ia meninggalkan warisan penting dan mendalam di Pakistan. Menurut biografernya, Stanley Wolpert, ia masih menjadi pemimpin terbesar di Pakistan.
Nama pemberian Jinnah saat lahir adalah Mahomedali Jinnahbhai, dan diyakini lahir pada 1876, dari pasangan Jinnahbhai Poonja dan istrinya Mithibai, di sebuah apartemen sewaan di lantai dua Mansion Wazir, Karachi sekarang di Sind, Pakistan, namun pada waktu itu berada di Kepresidenan Bombay, India Britania. Keluarga Jinnah berasal dari keluarga Ismaili Khoja (Syiah Gujarati, meskipun Jinnah kemudian mengikuti kepercayaan Syiah Dua Belas Imam. Jinnah berasal dari latar belakang pendapatan menengah, ayahnya adalah seorang pedagang dan lahir dari keluarga penenun di desa Paneli, negara kepangeranan Gondal (Kathiawar, Gujarat); ibunya juga berasal dari desa tersebut. Mereka berpindah ke Karachi pada 1875 dan telah meninggal sebelum perpindahan mereka. Karachi pada waktu itu mengalami ledakan ekonomi: pembukaan Terusan Suez pada 1869 mengurangi jarak 200 mil jarak perjalanan menggunakan kapal dari Eropa menuju Bombay. Jinnah merupakan anak kedua; ia memiliki tiga saudara dan tiga saudara, termasuk adik perempuannya Fatima Jinnah. Orangtuanya merupakan pemakai bahasa Gujarati asli, dan anak-anaknya dapat berbicara dalam bahasa Kutchi dan Inggris. Kecuali Fatima, sedikit yang diketahui tentang saudara-saudaranya, karena mereka jarang bertemu dengan saudara-saudara mereka karena kesibukannya dalam karier hukum dan politik.
Pada masa kecil, Jinnah sempat tinggal di Bombay dengan seorang bibi dan masuk SD Gokal Das Tej disana, kemudian belajar di Cathedral and John Connon School. Di Karachi, ia masuk Sindh-Madrasa-tul-Islam dan Christian Missionary Society High School. Ia meraih matrikulasinya dari Universitas Bombay pada masa SMA. Pada tahun-tahun berikutnya dan khususnya setelah kematiannya, sejumlah besar cerita tentang masa kecil pemimpin Pakistan tersebut tersebar: bahwa ia menjalani seluruh waktunya di kantor polisi, mempelajari pemprosesan, dan bahwa ia mempelajari buku-bukunya dengan sinar lampu jalan karena kurangnya penerangan di tempat lainnya. Biografer resminya, Hector Bolitho, yang menulis pada 1954, mewawancarai orang-orang terdekat pada masa kecilnya, dan mengetahui bahwa pada masa mudanya, Jinnah bersama dengan anak-anak lainnya suka memainkan kelereng di tempat berpasir, mendesak mereka untuk bangkit, memastikan tangan dan baju mereka bersih, dan juga bermain kriket.
Pada 1892, Sir Frederick Leigh Croft, seorang teman bisnis Jinnahbhai Poonja, menawarkan Jinnah muda untuk bergabung dengan firma miliknya di London, Graham's Shipping and Trading Company. Ia mendapatkan sebuah jabatan meskipun ditentang ibunya, yang sebelum ia pergi, berusaha untuk menjodohkannya dengan sepupunya yang berusia dua tahun lebih muda darinya yang berasal dari desa leluhur Paneli, Emibai Jinnah. ibu dan istri pertama Jinnah meninggal saat ia berada di Inggris. Meskipun bujukannya ke London dianggap sebagai kesempatan besar bagi Jinnah, salah satu alasan mengirimkannya ke luar negeri adalah proses hukum terhadap ayahnya, dimana harta keluarganya terancam disita oleh pemerintah. Pada 1893, keluarga Jinnahbhai berpindah ke Bombay.
Setelah ia datang ke London, Jinnah memutuskan untuk belajar hukum dan diminta oleh ayahnya untuk memberikannya uang untuk hidup selama tiga tahun sebelum kepergiannya. Ingin menjabat sebagai barrister di Lincoln's Inn, ia kemudian menyatakan bahwa alasannya memilih Lincoln's ketimbang Inns of Court lainnya adalah sebuah balai utama pada Lincoln's Inn dinamai para pembuat hukum besar di dunia, termasuk Muhammad. Biografer Jinnah Stanley Wolpert menyatakan bahwa meskipun tidak ada inskripsi semacam itu, namun didalamnya terdapat sebuah mural yang menampilkan Muhammad dan para pembuat hukum lainnya, dan berkesimpulan bahwa Jinnah mungkin menyunting cerita tersebut dalam pikirannya sendiri untuk menghindari penyebutan sebuah penggambaran yang akan bertentangan dengan beberapa Muslim. Pendidikan hukum Jinnah mengikuti sistem pupillage (pembelajaran hukum), yang telah diberlakukan selama berabad-abad. Untuk menambah pengetahuan hukum, ia mengikuti pelatihan barrister dan memahami kegiatan tersebut, serta mempelajari buku-buku hukum. Pada masa tersebut, ia memperpendek namanya menjadi Muhammad Ali Jinnah.
Pada tahun-tahun belajarnya di Inggris, Jinnah terpengaruhi oleh liberalisme Inggris abad ke-19, seperti beberapa pemimpin kemerdekaan India masa depan lainnya. Pendidikan politik tersebut meliputi gagasan negara demokratis, dan politik progresif. Ia menjadi pengagum pemimpin politik Parsi India Dadabhai Naoroji dan Sir Pherozeshah Mehta. Naoroji menjadi Anggota Parlemen Inggris pertama dari India tak lama sebelum kedatangan Jinnah, dengan meraih mayoritas lima suara di Finsbury Central. Jinnah menyimak pidato Naoroji di Dewan Rakyat dari galeri pengunjung.
Dunia Barat tak hanya menginspirasi Jinnah dalam kehidupan politik, namun juga sangat mempengaruhi preferensi pribadinya, terutama busananya. Jinnah meninggalkan India agar dapat berbusana gaya Barat, dan sepanjang hidupnya, ia selalu berbusana demikian di depan umum. Ia memiliki lebih dari 200 jas, yang ia kenakan dengan bersama dengan kemeja berkerah, dan saat ia menjadi barrister, ia tak pernah mengenakan dasi sutra yang sama sebanyak dua kali. Saat ia ditanya kenapa ia selalu terlihat menggunakan pakaian formal, ia menjawab "Saya tak ingin pergi menggunakan piyamaku." Pada tahun-tahun berikutnya, ia biasanya terlihat mengenakan topi Karakul yang kemudian dikenal sebagai "topi Jinnah".
Tak puas dengan bidang hukum, Jinnah sempat berkarier panggung pada sebuah perusahaan Shakespeare, namun mengundurkan diri setelah mendapatkan surat penolakan dari ayahnya. Pada 1895, pada usia 19 tahun, ia menjadi orang India termuda yang mengikuti ujian hukum di Inggris. Meskipun ia pulang ke Karachi, ia hanya berada disana dalam jangka pendek sebelum berpindah ke Bombay.
Pada usia 20 tahun, Jinnah memulai praktiknya di Bombay, sebagai satu-satunya barrister Muslim di kota tersebut. Bahasa Inggris menjadi bahasa utamanya dan masih menjadi bahasa utamanya sepanjang hidupnya. Pada tiga tahun pertamanya dalam dunia hukum, dari 1897 sampai 1900, ia meraih beberapa prestasi. Langkah pertamanya menuju karier menonjol terjadi saat pelaksana jabatan Advokat Utama Bombay, John Molesworth MacPherson, mengundang Jinnah untuk bekerja di kantornya. Pada 1900, P. H. Dastoor, seorang magistrat kepresidenan Bombay, menginggalkan jabatan tersebut untuk beberapa waktu dan Jinnah menggantikannya untuk sementara waktu. Setelah ia menjabat selama enam bulan, Jinnah ditawarkan sebuah jabatan permanen dengan gaji sejumlah 1,500 rupee per bulan. Jinnah menolak tawaran tersebut, dengan menyatakan bahwa ia menginginkan 1,500 rupee sehari—sebuah angka yang besar pada waktu itu—yang kemudian ia dapatkan. Meskipun demikian, saat ia menjabat sebagai Gubernur-Jenderal Pakistan, ia menolak menerima gaji besar, dan sebagai gantinya ia mendapatkan 1 rupee per bulan.
Saat menjadi pengacara, Jinnah dikenal karena kemampuannya menangani "Kasus Kaukus" 1907. Kontroversi tersebut berkembang pada pemilihan munisipal Bombay, dimana orang-orang India diduga dicurangi oleh sebuah "kaukus" orang-orang Eropa yang diadakan agar Sir Pherozeshah Mehta tetap berada di dewan. Jinnah meraih pujian besar karena menuntut kasus Sir Pherozeshah, yang dirinya sendiri merupakan seorang barrister terkenal. Meskipun Jinnah tidak memenangkan Kasus Kaukus, ia sukses mencetak rekor, menjadikannya dikenal karena advokasi dan logika hukumnya. Pada 1908, pesaing faksionalnya dari partai Kongres Nasional India, Bal Gangadhar Tilak, ditangkap atas tuduhan pencemaran nama baik. Sebelum Tilak gagal mewakilkan dirinya sendiri pada pengadilan, ia meminta Jinnah agar membebaskannya dari dakwaan tersebut. Jinnah gagal, namun berhasil membebaskan Tilak saat ia kembali dituduh dengan dakwaan pencemaran nama baik pada 1916.
Salah satu barrister sejawat Jinnah dari Pengadilan Tinggi Bombay menyatakan bahwa "kepercayaan Jinnah sendiri luar biasa"; ia menyatakan bahwa saat seorang hakim berkata "Tuan Jinnah, saya ingatkan bahwa Anda tidak dapat mengalamatkan seorang magistrat kelas tiga", Jinnah membalas, "Yang Mulia, ijinkan saya untuk memperingatkanmu bahwa aku tidak mengalamatkan seorang pembela kelas tiga." Barrister sejarawannya lainnya menyatakan bahwa:
Pada 1857, beberapa orang India mengumandangkan pemberontakan melawan penjajah Inggris. Akibat konflik tersebut, beberapa Inggris-India, serta orang-orang India di Inggris, mendirikan pemerintahan sendiri yang lebih besar untuk anak benua tersebut, yang dihasilkan dalam pendirian Kongres Nasional India pada 1885. Sebagian besar anggota pendirinya dididik di Inggris, dan diisi dengan upaya reformasi minimal yang dibuat oleh pemerintah. Kaum Muslim tak antusias akan panggilan lembaga-lembaga demokratik di India Britania, karena mereka hanya meliputi seperempat sampai sepertiga populasi, yang sebagian besar diisi oleh umat Hindu. Pertemuan awal Kongres diikuti minoritas Muslim, yang kebanyakan berasal dari kalangan elit.
Jinnah mengisi sebagian besar waktunya untuk melakukan praktik hukum pada awal 1920an, namun masih terlibat politik. Jinnah memulai kehidupan politik dengan ikut pertemuan tahunan kedua puluh Kongres, di Bombay pada Desember 1904. Ia merupakan anggota moderat dalam Kongres tersebut, mengharapkan persatuan Hindu–Muslim dalam mencapai pemerintahan sendiri, dan mengikuti para pemimpin seperti Mehta, Naoroji, dan Gopal Krishna Gokhale. Mereka ditentang oleh para pemimpin seperti Tilak dan Lala Lajpat Rai, yang menginginkan kemerdekaan secepatnya. Pada 1906, sebuah delegasi para pemimpin Muslim yang dikepalai oleh Aga Khan meminta Viceroy India yang baru, Lord Minto, untuk mengabulkan keinginan mereka dan memberikan bantuan terhadap reformasi politik manapun sehingga mereka terlindung dari "mayoritas [Hindu] yang tak bersimpatik". Karena tidak menyetujuinya, Jinnah menulis sebuah surat kepada penyunting surat kabar "Gujarati", yang menyatakan hak-hak anggota delegasi untuk berbicara bagi Muslim India, karena mereka tidak terpilih dan melantik diri sendiri. Saat beberapa pemimpin yang sama bertemu di Dacca pada Desember tahun tersebut untuk membentuk Liga Muslim Seluruh India untuk memperjuangkan kepentingan komunitas mereka, Jinnah kembali menentang. Aga Khan kemudian menyatakan bahwa tindakan "ironis yang aneh" pada Jinnah, yang memimpin Liga tersebut menuju kemerdekaan, "keluar dalam permusuhan pahit terhadap semua orang yang Saya dan teman-teman saya lakukan ... Ia berkata bahwa prinsip elektorat terpisah kami memecah negara tersebut melawan diri sendiri." Namun, pada tahun-tahun terawal, Liga tersebut tidak memiliki pengaruh; Minto menolak menganggap Liga tersebut sebagai perwakilan komunitas Muslim, dan tidak efektif dalam mencegah pemisahan Benggala pada 1911, sebuah tindakan yang dipandang sebagai ledakan kepentingan Muslim.
Meskipun Jinnah awalnya menentang elektorat-elektorat terpisah untuk kaum Muslim, ia menggunakan kesempatan ini untuk meraih jabatan elektif pertamanya pada 1909, sebagai perwakilan Muslim Bombay di Dewan Legislatif Kekaisaran. Ia menjadi kandidat menonjol saat dua Muslim yang lebih senior dan lebih dikenal mencapai akhir masa jabatannya. Dewan tersebut, yang terdiri dari 60 anggota sebagai bagian dari reformasi yang dilakukan oleh Minto, merekomendasikan legislasi kepada Viceroy tersebut. Beberapa pejabat memberikan suara pada dewan tersebut; para anggota non-resmi, seperti Jinnah, tidak memberikan suara. Sepanjang karier hukumnya, Jinnah mempraktikan hukum probate (dengan beberapa klien dari kalangan bangsawan India), dan pada 1911 memperkenalkan Undang-Undang Validasi Wakaf demi mendapatkan kepercayaan Muslim pada peletakan penyuaraan hukum di bawah hukum India Britania. Dua tahun berikutnya, ukurannya ditetapkan, undang-undang pertama disponsori oleh kalangan non-pejabat untuk mengesahkan dewan tersebut dan dilaksanakan oleh Viceroy. Jinnah juga melantik sebuah komite yang membantu pendirian Akademi Militer India di Dehra Dun.
Pada Desember 1912, Jinnah mengalamatkan pertemuan tahunan Liga Muslim, meskipun ia bukanlah anggotanya. Ia bergabung pada tahun berikutnya, meskipun ia juga masih menjadi anggota Kongres dan menyadari bahwa Liga tersebut menempatkan "sebab negara besar" India merdeka sebagai prioritas kedua. Pada April 1913, ia kembali ke Britania, dengan Gokhale, untuk bertemu dengan para pejabat atas perantaraan Kongres. Gokhale, seorang penganut Hindu, kemudian menyatakan bahwa Jinnah "memiliki pemikiran benar di dalamnya, dan bahwa kebebasan dari seluruh ranah sektarian yang akan membuatnya menjadi duta besar Persatuan Hindu–Muslim terbaik". Jinnah memimpin delegasi Kongres lainnya ke London pada 1914, namun karena Perang Dunia Pertama dimulai, para pejabat kurang meminati reformasi India. Bersamaan dengan itu, ia berada di Britania pada saat yang sama sebagai pria yang menjadi saingan politikus besar, Mohandas Gandhi, seorang pengacara Hindu yang menjadi dikenal karena meluncurkan "satyagraha", sebuah gerakan non-kekerasan, saat di Afrika Selatan. Jinnah menghadiri sebuah resepsi untuk Gandhi, dan kembali ke India pada Januari 1915.
Faksi moderat Jinnah dalam Kongres tertekan oleh kematian Mehta dan Gokhale pada 1915; ia kemudian terjerebab oleh kenyataan bahwa Naoroji berada di London, dimana ia menetap sampai ia meninggal pada 1917. Meskipun demikian, Jinnah bekerja untuk Kongres dan Liga bersamaan. Pada 1916, dengan Jinnah menjadi presiden Liga Muslim, dua organisasi tersebut menandatangani Pakta Lucknow, yang menyeting kuota-kuota untuk representasi Muslim dan Hindu dalam berbagai provinsi. Meskipun pakta tersebut tak pernah diterapkan sepenuhnya, penandatanganannya menandai periode kerjasama antara Kongres dan Liga.
Pada masa perang, Jinnah bergabung dengan moderat India lainnya dalam mendukung upaya perang Inggris, dengan harapan bangsa India akan dianugerahi kemerdekaan politik. Jinnah memainkan peran penting dalam pendirian Liga Pemerintahan Dalam Negeri Seluruh India pada 1916. Bersama dengan pemimpin politik Annie Besant dan Tilak, Jinnah menuntut "pemerintahan dalam negeri" untuk India—status sebuah dominion pemerintahan sendiri di Kekaisaran yang mirip dengan Kanada, Selandia Baru dan Australia, meskipun, dengan perang tersebut, para politikus Inggris tidak berkepentingan dalam reformasi konstitusional India. Menteri Kabinet Inggris Edwin Montagu menyebut Jinnah dalam memoir-memoirnya, "muda, sangat santun, terlihat mengesankan, bersenjatakan mulut dengan dialektika, dan insisten pada seluruh skemanya".
Pada 1918, Jinnah menikahi istri keduanya Rattanbai Petit ("Ruttie") yang berusia 24 tahun lebih muda darinya. Ia merupakan putri muda yang bermode dari temannya Sir Dinshaw Petit, dan merupakan bagian dari dua keluarga Parsi elit dari Bombay, keluarga Tata dan Petit. Terdapat penentangan besar terhadap pernikahan tersebut dari keluarga Rattanbai dan komunitas Parsi, serta beberapa pemimpin agama Muslim. Rattanbai dikeluarkan dari keluarganya dan berpindah ke Islam, mengadopsi (meskipun tak pernah digunakan) nama Maryam Jinnah, yang mengakibatkan pengucilan permanen dari keluarganya dan masyarakat Parsi. Pasangan tersebut tinggal di Bombay, dan kemudian berjalan-jalan ke seluruh India dan Eropa. Anak tunggal dari pasangan tersebut, seorang putri bernama Dina, lahir pada 15 Agustus 1919. Pasangan tersebut berpisah sebelum Ruttie meninggal pada 1929, dan kemudian saudari Jinnah Fatima merawatnya dan anaknya.
Hubungan antara bangsa India dan Inggris merenggang pada 1919 saat Dewan Legislatif Kekaisaran menolak permintaan kemerdekaan sipil pada masa perang; Jinnah mengundurkan diri dari Dewan tersebut saat Dewan tersebut melakukannya. Ketegangan terjadi di India, yang memburuk setelah pembantaian Jallianwala Bagh di Amritsar, dimana pasukan Inggris menembaki sebuah pertemuan pengunjuk rasa dan menewaskan ratusan orang. Amritsar, Gandhi, yang pulang ke India dan menjadi pemimpin paling menonjol dan berpengaruh dalam Kongres, menyerukan "satyagraha" melawan Inggris. Rencana Gandhi meraih dukungan dari kaum Hindu, dan juga sokongan beberapa Muslim dari faksi Khilafat. Muslim-Muslim yang didukung oleh Gandhi, menjadi ingat kembali dengan kekhalifahan Utsmaniyah, yang menyuplai kepemimpinan spiritual kepada beberapa Muslim. Kalifahnya adalah Kaisar Utsmaniyah, yang bakal memberikan dua jabatan setelah negaranya kalah pada Perang Dunia Pertama. Gandhi meraih ketenaran dari kalangan Muslim karena karyanya pada masa perang atas perantara Muslim yang ditahan atau terbunuh. Tak seperti Jinnah dan pemimpin Kongres lainnya, Gandhi tak mengenakan busana gaya Barat, lebih suka menggunakan sebuah bahasa India ketimbang Inggris, dan sangat mendalami budaya India. Gaya kepemimpinan lokal Gandhi meraih ketenaran besar pada bangsa India. Jinnah mengkritik advokasi Khilafat-nya Gandhi, yang ia anggap sebagai dukungan kefanatikan agama. Jinnah menganggap kampanye "satyagraha" yang diproposalkan Gandhi sebagai anarki politik, dan meyakini bahwa pemerintahan sendiri harusnya dilakukan melalui cara konstitusional. Ia menentang Gandhi, namun masyarakat India menentangnya. Pada sesi Kongres pada tahun 1920 di Nagpur, Jinnah dicibir oleh para delegasi yang mengesahkan proposal Gandhi, yang menganggap "satyagraha" membuat India dapat meraih kemerdekaan. Jinnah tidak menghadiri Liga berikutnya, yang diadakan di kota yang sama, yang mengesahkan resolusi yang sama. Karena tindakan Kongres dalam mendukung kampanye Gandhi, Jinnah mengundurkan diri dari partai tersebut, meninggalkan seluruh jabatan kecuali dalam Liga Muslim.
Aliansi antara Gandhi dan faksi Khilafat tidak berlangsung lama, dan kampanye pemberontakan kurang efektif ketimbang yang diharapkan, karena lembaga-lembaga India masih berfungsi. Jinnah mengeluarkan gagasan politik alternatif, dan memutuskan untuk membentuk sebuah partai politik baru sebagai pesaing Kongres. Pada September 1923, Jinnah terpilih sebagai anggota Muslim untuk Bombay dalam Majelis Legislatif Pusat yang baru. Ia menampilkan kemampuan sebagai seorang anggota parlementer, mengumpulkan beberapa anggota India untuk bekerja dengan Partai Swaraj, dan melanjutkan tuntutan pers untuk pemerintahan yang bertanggung jawab penuh. Pada 1925, sebagai pengakuan aktivitas legislatifnya, ia diberi gelar knighthood oleh Lord Reading, yang pensiun dari Viceroyalty. Ia berkata: "Aku menyanjung kepolosan Tuan Jinnah."
Pada 1927, pemerintah Inggris, di bawah Perdana Menteri Konservatif Stanley Baldwin, mengeluarkan ulasan kebijakan India yang dimandatkan oleh Undang-Undang Pemerintah India 1919. Ulasan dimulai dua tahun lebih awal karena Baldwin khawatir ia akan kalah pada pemilihan berikutnya (yang diadakan pada 1929). Kabinet dipengaruhi oleh menteri Winston Churchill, yang sangat menentang pemerintahan sendiri untuk India, dan para anggota berharap komisi tersebut dilantik lebih awal, karena mereka beranggapan bahwa kebijakan-kebijakan untuk India yang mereka canangkan akan menyelamatkan pemerintah mereka. Komisi yang dihasilkan, yang dipimpin oleh Anggota Parlemen Liberal John Simon, dengan para anggotanya yang sebagian besar berasal dari Partai Konservatif, datang ke India pada Maret 1928. Mereka datang dengan diboikot oleh para pemimpin, baik dari kalangan Muslim maupun Hindu, yang murka terhadap penolakan Inggris untuk memasukkan perwakilan mereka pada komisi tersebut. Minoritas Muslim yang menarik diri dari Liga memilih untuk menyambut Komisi Simon dan menolak Jinnah. Sebagian besar anggota dewan eksekutif Liga masih loyal dengan Jinnah, yang menghadiri pertemuan Liga pada Desember 1927 dan Januari 1928 yang mengangkatnya sebagai presiden permanen Liga. Pada sesi tersebut, Jinnah berkata kepada para delegasi bahwa "Perang konstitusional telah dideklarasikan terhadap Britania Raya. Negosiasi-negosiasi untuk sebuah pemukiman tak datang dari pihak kami ... Dengan melantik seorang Komisi kulit putih secara eksklusif, [Sekretaris Negara untuk India] Lord Birkenhead telah mendeklarasikam ketidakminatan kami untuk pemerintahan sendiri."
Birkenhead pada 1928 menantang orang-orang India untuk membuat proposal mereka sendiri untuk pengubahan konstitusional bagi India; tanggapannya, Kongres membuat sebuah komite di bawah kepemimpinan Motilal Nehru. Laporan Nehru membuat konstitusi berdasarkan pada geografi pada wilayah-wilayah yang dependen pada setiap pemilihan akan menjilid masyarakat lebih dekat secara bersamaan. Jinnah, meskipun ia mempercayai elektorat-elektorat terpisah, berdasarkan pada agama, khususnya atas persetujuan kaum Muslim yang memiliki sebuah dalam pemerintah, mengkehendakinya pada masa itu, namun perbincangan antara dua partai mengalami kegagalan. Ia mengambil proposal-proposal yang ia harapkan akan melingkupi kaum Muslim dan menyatukan Liga tersebut, dengan memanggil perwakiln untuk kaum Muslim dalam legislatur dan kabinet. Proposal tersebut dikenal sebagai Empat Belas Poin buatannya. Ia tidak terlalu mengadopsi Empat Belas Poin tersebut, karena pertemuan Liga di Delhi dimana ia berharap meraih suara ketimbang tersingkir dalam argumen yang saling bersinggungan.
Setelah Baldwin kalah pada pemilihan parlementer Britania 1929, Ramsay MacDonald dari Partai Buruh menjadi perdana menteri. MacDonald mengadakan konferensi para pemimpin India dan Inggris di London untuk mendiskusikan masa depan India, sebuah acara yang didukung oleh Jinnah. Tiga Konferensi Meja Bundar menyusul beberapa tahun kemudian, yang tidak menghasilkan kesepakatan. Jinnah menjadi delegasi untuk dua konferensi pertama, namun tak diundang untuk konferensi terakhir. Ia masih di Inggris untuk sebagian besar waktu dari 1930 sampai 1934, yang berpraktek sebagai barrister di bawah Dewan Penasihat, dimana ia menangani sejumlah kasus terakhir India. Para biografernya tidak memiliki sepakatan mengenai kenapa ia berada di Inggris dalam jangka waktu yang lama—Wolpert menyatakan bahwa karena Jinnah maju pada Law Lord, ia singgah disana dalam waktu yang lama, dan Jinnah meraih sebuah kursi parlementer. Biografer awal Hector Bolitho menyangkal bahwa Jinnah masuk Parlemen Inggris, sementara Jaswant Singh menyatakan bahwa Jinnah berada di Inggris karena istirahat dari perjuangan India. Bolitho menyebut bahwa masa-masa tersebut adalah "tahun-tahun ordo dan kontemplasi Jinnah, yang berada di antara masa perjuangan awal, dan arus penaklukan akhir".
Pada 1931, Fatima Jinnah bergabung dengan saudaranya di Inggris. Dari masa tersebut, Muhammad Jinnah meraih perawatan dan dukungan pribadi darinya karena ia mulai menua dan mulai terserang penyakit paru-paru yang bakal membunuhnya. Ia tinggal dan berjalan-jalan dengannya, dan menjadi penasehat dekat. Putri Muhammad Jinnah, Dina, dididik di Inggris dan India. Hubungan Jinnah dengan Dina kemudian kemudian merengggang setelah Dina memutuskan untuk menikahi seorang Kristen, Neville Wadia dari sebuah keluarga bisnis Parsi berpengaruh. Saat Jinnah meminta Dina untuk menikahi seorang Muslim, Dina mengingatkan ayahnya bahwa ia telah menikahi seorang wanita yang tak dibesarkan dalam kepercayaannya. Jinnah masih menjalin komunikasi dengan putrinya, namun hubungan pribadi mereka tetap merenggang, dan Dina tak datang ke Pakistan sepanjang masa hidupnya, namun hanya pada saat pemakaman ayahnya.
Pengaruh paling terdokumentasi Muhammad Iqbal terhadap Jinnah, yang dianggap berujung pada pembentukan Pakistan, dianggap "signifikan", "berkuasa" dan bahkan "tak perlu ditanya" oleh para cendekiawan. Ia juga dikenal mempengaruhi Jinnah untuk mengakhiri masa pengasingan dirinya di London dan kembali masuk politik India. Namun, pada awalnya, Iqbal dan Jinnah saling berseberangan, karena Iqbal menganggap Jinnah mengabaikan krisis-krisis yang dihadapi komunitas Muslim di India. Menurut Akbar S. Ahmed, ia mulai mengubah hari-hari terakhir Iqbal, sebelum ia meninggal pada 1938. Iqbal secara bertahap menuntun Jinnah kepada pandangannya, yang kemudian menyebut Iqbal sebagai ""mentor""-nya. Ahmed menyatakan bahwa dalam catatannya pada surat-surat Iqbal, Jinnah mengeluarkan persetujuan terhadap pandangan Iqbal: Bahwa kaum Muslim membutuhkan sebuah tanah air yang terpisah.
Pengaruh Iqbal membawa apresiasi mendalam untuk identitas Muslim pada Jinnah. Ahmed menyatakan bahwa kesepakatan Jinnah terhadap Iqbal tak hanya merasuk pada politiknya namun pemikiran umumnya. Bukti pengaruh tersebut mulai terbongkar semenjak tahun 1937. Jinnah mulai menyebut Iqbal dalam pidato-pidatonya, ia mulai menggunakan simbolisme Islami dan berbicara kepada orang-orang yang kurang mampu. Menurut Ahmed, ""terkadang terdapat perubahan bulat"" dalam perkataan dan perbuatan Jinnah. Meskipun Jinnah masih memperjuangkan kebebasan beragama dan perlindungan kaum minoritas model tersebut ia serap dari Nabi Muhammad. Ahmed juga mengklaim bahwa cendekiawan-cendekiawan yang menggambarkan citra sekuler Jinnah salah memahami pidato-pidatonya yang, ia anggap, harus dibaca dalam konteks sejarah dan budaya Islami. Contohnya, tanah air yang Jinnah sebut berdasarkan pada "konversi"-nya adalah sebuah ""sifat Islami yang tegas."" Perubahan tersebut terlihat pada akhir kehidupan Jinnah, yang membawa gagasan-gagasan ""secara langsung dari Iqbal- yang meliputi pemikiran-pemikirannya tentang persatuan Muslim, tentang gagasan kebebasan, keadilan dan kesetaraan Islami, tentang ekonomi, dan bahkan tentang praktik-praktik seperti salat.""
Dalam sebuah pidato publik pada 1940 setelah kematian Iqbal, Jinnah menyebut pilihan untuk mengimplementasikan visi Iqbal saat ia menjabat sebagai penguasa. Ia berkata: ""Jika Aku hidup untuk melihat gagasan sebuah negara Muslim yang diraih di India, dan Aku kemudian ditawarkan untuk membuat sebuah pilihan antara karya-karya Iqbal dan pemerintahan negara Muslim, Aku akan memilih pilihan pertama.""
Pada 1933, Muslim India, khususnya Provinsi Bersatu, mulai meminta Jinnah untuk kembali ke India dan mengambil kembali kepemimpinannya di Liga Muslim, sebuah organisasi yang nyaris tidak aktif. Ia masih menjadi presiden tetap Liga, namun menolak untuk kembali ke India untuk memimpin sesi 1933-nya pada bulan April, yang beralasan bahwa ia tidak dapat kembali kesana sampai akhir tahun.
Salah satu orang yang menemui Jinnah agar ia kembali adalah Liaquat Ali Khan, yang kelak menjadi orang sejawat politik utama Jinnah pada masa-masa Jinnah datang dan menjadi Perdana Menteri Pakistan pertama. Atas permintaan, Liaquat mendiskusikan kepulangannya dengan sejumlah besar politikus Muslim dan mengkonfirmasi rekomendasinya kepada Jinnah. Pada akhir 1934, Jinnah berpindah ke anak benua tersebut, walau ia pulang pergi antara London dan India untuk urusan bisnis pada beberapa tahun berikutnya, ia kemudian menjual rumahnya di Hampstead dan menutup praktik hukumnya di Inggris.
Kaum Muslim dari Bombay memilih Jinnah, walau saat itu sedang absen di London, sebagai perwakilan mereka dalam Majelis Legislatif Pusat pada Oktober 1934. Undang-Undang Pemerintah India 1935 yang dibuat Parlemen Inggris memberikan kuasa kepada provinsi-provinsi India, dengan parlemen pusat di New Delhi, yang tak memiliki otoritas atas materi-materi seperti kebijakan luar negeri, pertahanan, dan biaya lebih. Namun, kuasa penuh masih berada di tangan Viceroy yang dapat membubarkan legislatur dan peraturan menurut dekret. Liga League menolak menerima skema tersebut, awal mengekspresikan penerimaan terhadap parlemen. Kongres lebih bersiap diri untuk pemilihan provinsional pada 1937, dan Liga gagal memenangkan suara mayoritas untuk kursi-kursi Muslim di provinsi-provinsi manapun dimana kepercayaan para anggotanya menjadi mayoritas. Partai tersebut hanya memenangkan mayoritas kursi Muslim di Delhi, namun tidak membentuk pemerintahan di wilayah lainnya, walau partai tersebut menjadi bagian dari koalisi pemerintahan di Bengal. Kongres dan sekutu-sekutunya membentuk pemerintahan di Provinsi Frontier Barat Laut (N.W.F.P.), dimana Liga tidak memenangkan satupun kursi walau pada kenyataannya hampir seluruh penduduknya adalah Muslim.
Menurut Singh, "peristiwa 1937 telah mengejutkan dan hampir berdampak traumatik bagi Jinnah". Meskipun ia percaya selama dua puluh tahun bahwa kaum Muslim akan terlindung hak-haknya dalam India yang bersatu melalui elektorat-elektorat terpisah, perbatasan-perbatasan provinsial yang ditujukan untuk mayoritas-mayoritas Muslim, dan perlindungan hak minoritas lainnya, para pemilih Muslim gagal untuk bersatu, dengan membawakan Jinnah harapan untuk mengirimkan bagian depan pertarungan faksi yang hilang. Singh menyatakan efek pemilihan 1937 pada opini politik Muslim, "ketika Kongres membentuk sebuah pemerintahan dengan hampir seluruh Anggota Majelis Legislatif Muslim duduk pada kursi-kursi Oposisi, Muslim-Muslim non-Kongres menghadapi kenyataan hampir tak memiliki kuasa politik. Peristiwa tersebut mengirimkan masalah bagi mereka, seperti kilatan petir, yang jika Kongres tidak memenangkan sebuah kursi Muslim tunggal ... seperti halnya kursi tersebut memenangkan mayoritas absolut dalam Dewan, dalam rangka memperkuat kursi-kursi umum, Partai tersebut bakal dan akan membentuk sebuah pemerintahan yang secara keseluruhan berada pada kehendaknya sendiri ..."
Pada dua tahun berikutnya, Jinnah bekerja untuk membangun dukungan beberapa Muslim untuk Liga. Ia memperjuangkan hak berbicara untuk pemerintahan provinsi Benggala dan Punjabi yang dipimpin Muslim dalam pemerintahan pusat di New Delhi. Ia juga bekerja untuk memperluas Liga, mengumpulkan dana keanggotaan sejumlah dua anna (⅛ dari sebuah rupee), setengah dari biaya untuk bergabung dengan Kongres. Ia merestruktur Liga sejalan dengan Kongres, yang memegang sebagian besar kuasa dalam Komite Kerja, dimana ia dilantik. Pada Desember 1939, Liaquat memperkirakan bahwa Liga memiliki tiga juta anggota dua anna.
Sampai akhir 1930an, sebagian besar Muslim di Kemaharajaaan Britania menolak, setelah kemerdekaan, untuk menjadi bagian dari sebuah negara persatuan yang meliputi seluruh India Britania, karena umat Hindu dan lainnya yang mengadvokasikan pemerintahan sendiri. Disamping itu, proposal-proposal nasionalis lainnya dibuat. Dalam pidato yang diberikan di Allahabad kepada sebuah sesi Liga pada 1930, Sir Muhammad Iqbal menyerukan sebuah negara untuk kaum Muslim di India. Choudhary Rahmat Ali menerbitkan sebuah pamflet pada 1933 yang mengadvokasikan negara "Pakistan" di Lembah Indus, dengan nama-nama lainnya yang diberikan kepada kawasan-kawasan mayoritas Muslim lainnya di India. Jinnah dan Iqbal berkoresponden pada 1936 dan 1937; pada tahun-tahun berikutnya, Jinnah menyebut Iqbal sebagai mentornya, dan menggunakan retorik dan pencitraan Iqbal dalam pidato-pidatonya.
Meskipun beberapa pemimpin Kongres sangat mendukung pemerintahan pusat untuk sebuah negara India, beberapa politikus Muslim, termasuk Jinnah, menolak untuk menerima pemerintahan tersebut tanpa perlindungan kuat terhadap komunitas mereka. Muslim lainnya mendukung Konres, yang secara resmi memperjuangkan sebuah negara sekuler setelah kemerdekaan, meskipun sayap tradisionalis (yang meliputi para politikus seperti Madan Mohan Malaviya dan Vallabhbhai Patel) meyakini bahwa India saat sudah merdeka harusnya mengeluarkan hukum-hukum seperti melarang pembunuhan sapi dan menjadikan Hindi sebagai bahasa nasional. Kegagalan kepemimpinan Kongres membuat kaum komunalis Hindu mengkhawatirkan kaum Muslim yang mendukung Kongres. Selain itu, Kongres meraih dukungan Muslim sampai sekitar tahun 1937.
Peristiwa-perisitwa yang memperpecah komunitas meliputi gagalnya upaya untuk membentuk sebuah pemerintahan koalisi yang meliputi Kongres dan Liga dalam Provinsi-Provinsi bersatu setelah pemilihan 1937. Menurut sejarawan Ian Talbot, "Pemerintahan Kongres provinsial tak membuat upaya untuk memberikan pemahaman dan pengertian terhadap sensibilitas budaya dan agama penduduk Muslim mereka. Liga Muslim mengklaim bahwa partai tersebut hanya mementingkan kaum Muslim demi meraih dukungan besar. Secara signifikan, peristiwa tersebut tersebut merupakan satu-satunya peristiwa setelah masa pemerintahan Kongres tersebut dimana partai tersebut [Liga] mengeluarkan tuntutan untuk sebuah negara Pakistan ..."
Balraj Puri dalam artikel jurnalnya tentang Jinnah berkesimpulan bahwa presiden Liga Muslim tersebut, setelah pemungutan suara 1937, beralih ke gagasan partisi dalam "keputusasaan". Sejarawan Akbar S. Ahmed berkesimpulan bahwa Jinnah menarik harapan rekonsiliasi dengan Kongres karena ia "menemukan kembali akar-akar [Islamis]nya sendiri, esensi identitas miliknya sendiri, dari budaya dan sejarah, yang menjadi meningkat pada tahun-tahun akhir hidupnya". Jinnah juga makin mengadopsi busana Muslim pada akhir 1930an. Pada penghitungan perolehan suara pada 1937, Jinnah mengeluarkan pertanyaan pembagian kekuasaan pada sebuah basis seluruh India, dan bahwa ia sebagai presiden Liga, bersedia menjadi jurubicara tunggal bagi komunitas Muslim.
Pada 3 September 1939, Perdana Menteri Inggris Neville Chamberlain mengumumkan perang terhadap Jerman Nazi. Pada hari berikutnya Viceroy Lord Linlithgow, tanpa berkonsultasi dengan para pemimpin politik India, mengumumkan bahwa India memasuki perang bersama dengan Inggris. Unjuk rasa menyebar di India. Setelah pertemuan dengan Jinnah dan dengan Gandhi, Linlithgow mengumumkan bahwa negosiasi-negosiasi tentang pemerintahan sendiri ditunda selama masa perang. Pada 14 September, Kongres menuntut kemerdekaan terhadap majelis kostitusi untuk memutuskan sebuah konstitusi; karena ditolak, delapan pemerintahan provinsialnya mengundurkan diri pada 10 November dan para gubernur di provinsi-provinsi tersebut setelah itu memerintah dengan dekret untuk sisa-sisa masa perang. Di sisi lain, Jinnah lebih berkehendak untuk mengakomodasi Inggris, dan mereka kembali meningkatkan pengakuan kepadanya dan Liga sebagai perwakilan Muslim India. Jinnah kemudian menyatakan, "setelah perang dimulai,  ... Aku diperlakukan pada basis yang sama dengan Tuan Gandhi. Aku takjub saat bagaimana Aku naik pangkat dan diberi tempat bersebelahan dengan Tuan Gandhi." Walau Liga tak aktif mendukung upaya perang Inggris, mereka tidak berupaya untuk menghalanginya.
Dengan Inggris dan Muslim melakukan beberapa kerja sama, Viceroy meminta Jinnah untuk menempatkan posisi Liga Muslim pada pemerintahan sendiri, dengan menyadari bahwa partai tersebut akan sangat berseberangan dengan partai Kongres, Untuk membuat posisi semacam itu, Komite Buruh liga mengadakan pertemuan selama empat hari pada Februari 1940 untuk membuat rujukan-rujukan kepada sebuah anak komite konstitusional. Komite Buruh menganggap bahwa anak komite mengembalikan sebuah proposal yang akan menghasilkan "dominion-dominion independen dalam hubungan langsung dengan Britania Raya" dimana Muslim menjadi dominan. Pada 6 Februari, Jinnah memberitahu Viceroy bahwa Liga Muslim akan menuntut partisi ketimbang federasi yang dicanangkan dalam Undang-Undang 1935. Resolusi Lahore (yang terkadang disebut "Resolusi Pakistan", meskipun resolusi tersebut tidak berisi nama tersebut), yang berdasarkan pada hasil kerja anak komite tersebut, membuahkan teori dua bangsa dan menyerukan penyatuan provinsi-provinsi mayoritas Muslim di barat laut India Britania, dengan otonomi penuh. Hak yang sama diberikan kepada wilayah mayoritas Muslim di bagian timur, dan perlindungan-perlindungan tak spesifik kepada minoritas Muslim di provinsi-provinsi lainnya. Resolusi tersebut dikeluarkan oleh sesi Liga di Lahore pada 23 Maret 1940.
Reaksi Gandhi terhadap Resolusi Lahore meradang, ia menyebut resolusi tersebut "mengherankan", namun berkata kepada murid-muridnya bahwa kaum Muslim, seperti halnya suku bangsa India lainnya, memiliki hak penentuan nasib sendiri. Para pemimpin Kongres lebih nyaring; Jawaharlal Nehru menyebut Lahore sebagai "proposal-proposal fantastik Jinnah" sementara Chakravarti Rajagopalachari menyebut pandangan Jinnah terhadap partisi sebagai "sebuah tanda sakit jiwa". Linlithgow bertemu dengan Jinnah pada Juni 1940, setelah Winston Churchill menjadi perdana menteri Inggris, dan pada bulan Agustus menawarkan agar Kongres dan Liga membuat kesepakatan sesambil bertukar dukungan penuh untuk perang, Linlithgow akan mengijinkan perwakilan India pada dewan-dewan perang utamanya. Viceroy menjanjikan sebuah badan perwakilan setelah perang untuk menentukan masa depan India, dan bahwa tak ada peristiwa kedepannya yang bakal mengusik sebagian besar penduduk. Tawaran tersebut memuaskan Kongres dan Liga, walau Jinnah meminta Inggris untuk mengakui Jinnah sebagai perwakilan kepentingan komunitas Muslim. Jinnah memutuskan untuk mengubah proposal-proposal spesifik tentang batas-batas Pakistan, atau hubungannya dengan Inggris dan dengan sisa anak benua tersebut, karena khawatir rencana tersebut bakal memecah Liga.
Serangan Pearl Harbor yang dilakukan Jepang pada Desember 1941 membuat Amerika Serikat terlibat dalam perang. Pada bulan-bulan berikutnya, Jepang bergerak ke Asia Tenggara, dan Kabinet Inggris mengirim sebuah misi yang dipimpin oleh Sir Stafford Cripps dengan tujuan mengadakan konsiliasi dengan orang-orang India dan menggalang dukungan penuh mereka terhadap perang tersebut. Cripps berencana memberikan beberapa provinsi dengan apa yang dijuluki "opsi lokal" untuk mempertahankan sisi luar pemerintah pusat India untuk waktu sementara atau secara permanen, untuk dijadikan dominion pada wilayah mereka sendiri atau menjadi bagian dari konfederasi lainnya. Liga Muslim masih jauh kemungkinannya untuk memenangkan suara legislatif pada provinsi-provinsi campuran seperti Bengal dan Punjab, dan Jinnah menolak proposal tersebut karena tidak menakui hak Pakistan untuk berdiri. Kongres juga menolak rencana Cripps dan menuntut konkesi imediasi yang tidak Cripps persiapkan untuk diberikan. Walau menolak, Jinnah dan Liga memandang proporsal Cripps sebagai prinsip pengakuan Pakistan.
Pada Agustus 1942, Kongres menyusul misi Cripps yang gagal tersebut dengan menuntut agar Inggris "keluar dari India", memproklamasikan kampanye massa "satyagraha" sampai mereka melakukannya. Inggris lantas menahan sebagian besar pemimpin utama Kongres dan menahan mereka selama sisa masa perang. Namun, Gandhi ditempatkan pada penahanan rumah di salah satu istana Aga Khan sebelum ia dibebaskan karena alasan kesehatan pada 1944. Karena para pemimpin Kongres absen dari ranah politik, Jinnah melawan dominasi Hindu dan mengutamakan tuntutan Pakistan-nya tanpa menghiraukan apa yang akan terjadi pada ujung-ujungnya. Jinnah juga bekerja untuk meningkatkan kontrol politik liga di tingkat provinsi. Ia membantu mendirikan surat kabar "Dawn" pada awal 1940an di Delhi; hal tersebut membantu penyebaran pesan Liga dan kemudian menjadi surat kabar berbahasa Inggris utama di Pakistan.
Pada September 1944, Jinnah dan Gandhi, yang saat itu dibebaskan dari penahanan rumahnya, bertemu untuk pertama kalinya di rumah pemimpin Muslim di Bukit Malabar, Bombay. Dua minggu perbincangan dilakukan, yang tak menghasilkan kesepakatan. Jinnah bersikukuh agar Pakistan diakui sebelum Inggris pergi, dan didirikan saat kepergian mereka, sementara Gandhi merencanakan agar partisi terjadi setelah India yang bersatu meraih kemerdekaannya. Pada awal 1945, Liaquat dan pemimpin Kongres Bhulabhai Desai bertemu, dengan persetujuan Jinnah dan kesepakatan bahwa setelah perang, Kongres dan Liga harus membentuk sebuah pemerintahan sementara dan bahwa para anggota Dewan Eksekutif Viceroy harus dinominasikan oleh Kongres dan Liga dalam jumlah yang setara. Saat para pemimpin Kongres dibebaskan dari penjara pada Juni 1945, mereka menolak perjanjian tersebut dan mengecam Desai karena bertindak tanpa persetujuan otoritas.
Marsekal Lapangan Viscount Wavell menggantikan Linlithgow sebagai Viceroy pada 1943. Pada Juni 1945, setelah pembebasan para pemimpin Kongres, Wavell menyerukan sebuah konferensi, dan mengundang figur-figur utama dari berbagai komunitas untuk bertemu dengannya di Simla. Ia mengusulkan sebuah pemerintahan temporer sejalan dengan kesekapatan Liaquat dan Desai. Namun, Wavell tidak mengkenhendaki bahwa hanya para kandidat Liga yang akan menempati kursi-kursi yang disediakan untuk kaum Muslim. Seluruh kelompok yang diundang lainnya mewakilkan daftar kandidat kepada Viceroy. Wavell memotong jangka waktu konferensi pada pertengahan Juli tanpa memberikan kesepakatan lebih lanjut; dengan sebuah pemilihan umum Inggris diadakan, pemerintahan Churchill tak merasa kesepakatan tersebut akan diproses.
Orang Inggris memulangkan Clement Attlee dan Partai Buruhnya pada bulan Juli. Attlee dan Sekretaris Negara-nya untuk India, Lord Frederick Pethick-Lawrence, diperintahkan untuk meninjau kembali situasi India. Jinnah tidsk memberikan tanggaoan terhadap perubahan pemerintah tersebut, namun menyerukan pertemuan Komite Kerja-nya dan mengeluarkan sebuah pernyataan yang menyerukan pemiliham-pemilihan baru di India. Liga memegang pengaruh di tingkat provinsi di negara-negara bagian mayoritas Muslim yang sebagian besar dikarenakan aliansi, dan Jinnah meyakini bahwa memberikan kesempatan Liga akan mempengaruhi pendirian elektoralnya dan menambah dukungan untuk klaimnya sebagai jurubicara tunggal untuk kaum Muslim. Wavell kembali ke India pada bulan September setelah berkonsultasi dengan master-master barunya di London; baik untuk pusat maupun untuk untuk provinsi-provinsi, pemilihan diumumkan setelahnya. Inggris merasa pembentukan badan pembuat konstitusi bakal dilakukan setelah pemungutan suara tersebut.
Liga Muslim mendeklarasikan bahwa mereka akan mengkampanyekan sebuah masalah tunggal: Pakistan. Saat berpidato di Ahmedabad, Jinnah berkata, "Pakistan adalah masalah hidup-mati bagi kita." Pada pemilihan Desember 1945 untuk Majelis Konstituen India, Liga memenangkan seluruh kursi yang disediakan untuk kaum Muslim. Dalam pemilihan provinsial pada Januari 1946, Liga meraih 75% suara Muslim, yang meninggal dari 4.4% pada 1937. Menurut biografernya Bolitho, "Peristiwa tersebut merupakan jam kemenangan Jinnah: kampanye politik sulitnya, kepercayaan dan klaim kuatnya, pada akhirnya dibenarkan." Wolpert menyatakan bahwa pemilihan Liga menunjukkan "muncul untuk membuktikan daya tarik universal dari Pakistan terhadap kaum Muslim dari anak benua tersebut". Kongres tetap mendominasi majelis pusat, walau kehilangan empat kursi dari kekuatan sebelumnya. Pada masa itu, Muhammad Iqbal mengenalkan Jinnah kepada Ghulam Ahmed Pervez, yang Jinnah lantik untuk menyunting sebuah majalah, Tolu-e-Islam, untuk memasukkan gagasan sebuah negara Muslim terpisah.
Pada Februari 1946, Kabinet Inggris mengirim sebuah delegasi ke India untuk bernegosiasi dengan para pemimpin disana. Misi Kabinet meliputi Cripps dan Pethick-Lawrence. Delegasi tingkat tertinggi yang berupaya untuk mematahkan kebuntuan datang ke New Delhi pada akhir Mareth. Negosiasi kecil dilakukan sejak bualan Oktober sebelumnya karena pemilihan-pemilihan di India. Inggris pada bulan Mei mengeluarkan sebuah rencana untuk negara India bersatu yang terdiri dari provinsi-provinsi otonomi, dan menyerukan "kelompok-kelompok" provinsi membentuk basis agama. Materi-materi seperti pertahanan, hubungan luar negeri dan komunikasi akan ditangani oleh otoritas pusat. Provinsi-provinsi akan memiliki opsi meninggalkan persatuan tersebut secara menyeluruh, dan akan menjadi sebuah pemerintahan sementara dengan perwakilan dari Kongres dan Liga. Jinnah dan Komite Kerja-nya menerima rencana tersebut pada bulan Juni, namun menimbulkan pertanyaaan bagaimana beberapa anggota pemerintah sementara Kongres dan Liga melakukannya, dan atas dasar apa Kongres memajukan anggota Muslim dalam perwakilannya. Sebelum meninggalkan India, menteri-menteri Inggris menyatakan bahwa mereka memutuskan untuk melantik sebuah pemerintahan sementara jika salah satu kelompok besar tak menghendaki untuk berpartisipasi.
Kongrez kemudian bergabung dengan kementerian India yang baru. Liga lebih lambat mengambil keputusan dan tidak masuk sampai Oktober 1946. Dalam menyepakati bergabungnya Liga dalam pemerintah, Jinnah menarik tuntutan-tuntutannya terhadap Kongres dan sebuah veto terhadap kaum Muslim. Kementerian baru tersebut mendatangkan pecahnya kerusuhan, khususnya di Kalkuta. Kongres ingin Viceroy memanggil majelis konstituen dan memulai karya penulisan konstitusi dan menyerukan agar para menteri Liga harus bergabung melalui permintaan atau mundur dari pemerintahan. Wavell berupaya untuk mengamankan situasi dengan menerbangkan para pemimpin seperti Jinnah, Liaquat, dan Jawaharlal Nehru ke London pada December 1946. Pada akhir perbincangan, para partisipan mengeluarkan sebuah pernyataan bahwa konstitusi tidak dapat dipaksakan pada bagian-bagian manapun yang tidak mengkehendaki di India. Saat berpaling dari London, Jinnah dan Liaquat berhenti di Kairo selama beberapa hari untuk menghadiri pertemuan pan-Islamis.
Kongres menepis pernyataan bersama dari konferensi London karena murka terhadap beberapa hal. Liga juga menolaknya, dan tidak ikut dalam diskusi konstitusional. Jinnah telah mengkehendaki beberapa hubungan berkelanjutan pada Hindustan (sebagai negara mayoritas Hindu yang bakal terbentuk pada saat partisi terkadang disebut juga), seperti komunikasi atau militer bersama. Namun, pada Desember 1946, ia bersikeras terhadap kedaulatan penuh Pakistan dengan status dominion.
Setelah kegagalan kunjungan London, Jinnah tidak lagi terburu-buru untuk mencapai kesepakatan, mengingat waktu akan memungkinkannya untuk mendapatkan provinsi yang belum terbagi Bengal dan Punjab untuk Pakistan, namun kedua provinsi padat dan kaya tersebut memiliki jumlah minoritas non-Muslim yang menonjol hingga membentuk sebuah pemukiman. Kementerian Attlee menyambut kepulangan Inggris dari India, namun sedikit kepercayaan terhadap Wavell untuk mencapai tujuan tersebut. Bermula pada Desember 1946, para pejabat Inggris mulai memutuskan untuk mencari pengganti Wavell, dan kemudian mengangkat Laksamana Lord Mountbatten dari Burma, seorang pemimpin perang yang populer di kalangan Partai Konservatif sebagai cicit dari Ratu Victoria dan di kalangan Partai Buruh karena pandangan politiknya.
Pada 20 Februari 1947, Attlee mengumumkan pelantikan Mountbatten, dan menyatakan bahwa Inggris akan menyerahkan kekuasaan di India sebelum Juni 1948. Mountbatten mulai menjabat sebagai Viceroy pada 24 Maret 1947, dua hari setelah ia datang ke India. Pada waktu itu, Kongres mengeluarkan gagasan partisi. Nehru berkata bahwa 1960, "sebenarnya kami telah lelah dan hal tersebut telah berlangsung selama bertahun-tahun ... Rencana untuk partisi memberikan jalan keluar dan kami menerimanya." Para pemimpin Kongres memutuskan agar provinsi-provinsi mayoritas yang kurang tersentuh sebagai bagian dari India pada masa depan tidak kehilangan pengaruh pada pemerintahan pusat yang mereka inginkan. Namun, Kongres menyatakan bahwa jika Pakistan merdeka, Bengal dan Punjab akan terpecah.
Mountbatten menyatakan dalam makalah-makalahnya bahwa Jinnah akan menjadi "pelanggan tersukar"nya yang mengalami gangguan kronis karena "tidak ada satupun di negara tersebut [India] yang sejauh ini merasuk dalam pikiran Jinnah". Orang-orang bertemu selama enam hari yang dimulai pada 5 April. Sesi-sesi mulai disorot saat Jinnah, yang difoto bersama dengan Louis dan Edwina Mountbatten, menyindir pengangkatan Viceroy tersebut sebagai "sebuah mawar di antara dua tanduk" sebagai bukti bahwa pemimpin Muslim tersebut sebelumnya telah merencanakan leluconnya namun mempersilahkan wakil raja tersebut untuk berdiri di tengah. Mountbatten tidak menyukai perkataan yang dilontarkan Jinnah namun secara berulang kali mengeluarkan perasaan frustasi kepada stafnya tentang desakan Jinnah terhadap Pakistan dalam wajah seluruh argumennya.
Jinnah khawatir terhadap akhir campur tangan Inggris di India, mereka akan menyerahkan kontrol kepada majelis konstituen yang didominasi Kongres, dan menempatkan kaum Muslim pada posisi tak menentu dalam upaya memenangkan otonomi. Ia menuntut agar Mountbatten membagi tentaranya sebelum kemerdekaan, yang ditugaskan selama sekitar setahun. Mountbatten berharap agar aransemen pasca-kemerdekaan akan meliputi pasukan pertahanan umum, namun Jinnah memandangnya sebagai persyaratan bahwa sebuah negara berdaulat haruslah memiliki pasukannya sendiri. Mountbatten datang dengan Liaquat pada hari sesi terakhirnya dengan Jinnah, dan menyatakan, seperti yang ia katakan kepada Attlee dan Kabinetnya pada bulan Mei, bahwa "Jelaslah bahwa Liga Muslim akan mengangkat senjata jika Pakistan dalam beberapa bentuk tidak diwujudkan." Viceroy tersebut juga dipengaruhi oleh reaksi negatif Muslim terhadap laporan majelis konstitusional, yang menuntut kekuasaan penuh terhadap pemerintahan pusat pasca-kemerdekaan.
Pada 2 Juni, rencana akhir diberikan oleh Viceroy kepada para pemimpin India: pada 15 Agustus, Inggris menyerahkan kekuasaan kepada dua dominion. Provinsi-provinsi tersebut diberi pilihan untuk tetap mengikuti majelis konstituen yang ada atau bergabung dengan Pakistan. Bengal dan Punjab juga diberi pilihan untuk bergabung dengan majelis, atau partisi. Sebuah komisi perbatasan menentukan garis akhir dalam provinsi-provinsi yang berpartisi. Plebisit-plebisit diadakan di Provinsi Frontier Barat Laut (yang tidak memiliki pemerintahan Liga walau penduduknya sebagian besar Muslim), dan di distrik Sylhet yang mayoritas Muslim di Assam, berdekatan dengan timur Bengal. Pada 3 Juni, Mountbatten, Nehru, Jinnah dan pemimpin Sikh Baldev Singh mengeluarkan pengumuman resmi melalui radio. Jinnah melayangkan kalimat ""Pakistan zindabad "" (Panjang umur Pakistan), yang tidak dituliskan. Pada pekan-pekan tersebut, Punjab dan Bengal pada akhirnya memutuskan untuk melakukan partisi. Sylhet dan N.W.F.P. memilih untuk bergabung dengan Pakistan, sebuah keputusan yang diikuti oleh majelis-majelis di Sind dan Baluchistan.
Pada 4 Juli 1947, Liaquat meminta Mountbatten atas perantara Jinnah untuk meminta restu raja Inggris, George VI, agar Jinnah dilantik menjadi gubernur jenderal pertama Pakistan. Permintaan tersebut ditolak Mountbatten, yang mengharapkan dapat memegang jabatan tersebut di kedua dominion tersebut—ia akan menjadi gubernur-jenderal pasca-kemerdekaan pertama di India—namun Jinnah merasa bahwa Mountbatten akan disukai di negara mayoritas Hindu baru tersebut karena kedekatannya dengan Nehru. Selain itu, gubernur jenderal tersebut awalnya merupakan seorang figur berpengaruh, dan Jinnah dianggap tidak meyakinkan untuk memegang jabatan tersebut. Meskipun Komisi Perbatasan, yang dipimpin oleh pengacara Inggris Sir Cyril Radcliffe, tidak mengabarkannya, gerakan masif masyarakat antar negara, serta kekerasan sektarian terjadi. Jinnah memutuskan untuk menjual rumahnya di Bombay dan membeli rumah baru di Karachi. Pada 7 Agustus, Jinnah, dengan saudarinya dan staf terdekatnya, terbang dari Delhi ke Karachi menggunakan pesawat Mountbatten. Pada 11 Agustus, ia memimpin majelis konstituen baru untuk Pakistan di Karachi, dan menyatakan, "Anda bebas; Anda bebas untuk pergi ke kuil-kuil Anda, Anda bebas untuk pergi ke masjid-masjid Anda atau tempat ibadah lainnya di Negara Pakistan ini ... Anda dapat masuk ke agama atau kasta atau keyakinan manapun—yang tidak ada hubungannya dengan bisnis dengan Negara ... Saya pikir kita haruslah menjaga gagasan kita dan Anda akan mengetahui bahwa saat Hindu akan berhenti menjadi Hindu dan Muslim akan berhenti menjadi Muslim, bukan dalam esensi agama, karena merupakan kepercayaan pribadi setiap orang, namun dalam esensi politik sebagai warga negara." Pada 14 Agustus, Pakistan meraih kemerdekaan; Jinnah memimpin upacara-upacara di Karachi. Salah satu pengamat menyatakan, "disini, Kaisar Raja Pakistan, Uskup Agung Canterbury, Jurubicara dan Perdana Menteri terkonsentrasi pada satu "Quaid-e-Azam"."
Komisi Radcliffe, yang membagi Benggala dan Punjab, menyelesaikan kerjanya dan melaporkannya kepada Mountbatten pada 12 Agustus; Viceroy terakhir yang menjabat sampai tanggal 17, tidak ingin mendiamkan perayaan kemerdekaan di kedua negara tersebut. Terdapat gerakan dan kekerasan etnis di masyarakat; Garis Radcliffe dikeluarkan untuk membagi negara-negara baru memicu migrasi massal, pembunuhan, dan pembersihan etnis. Beberapa orang pada "sisi buruk" dari garis tersebut melarikan diri atau dibunuh, atau membunuh orang-orang lainnya, dengan harapan akan menarik keputusan komisi. Radcliffe menuliskan dalam laporannya bahwa ia mengetahui bahwa setiap sisi akan berbahagia dengan pendiriannya; ia menolak biayanya untuk kerja tersebut. Christopher Beaumont, sekretaris pribadi Radcliffe, kemudian menyatakan bahwa Mountbatten "seharusnya yang dipersalahkan—meskipun bukanlah kesalahan tunggal—untuk pembantaian di Punjab dimana antara 500,000 sampai sejuta pria, wanita dan anak-anak menjadi korbannya". Sekitar 14,500,000 orang berpindah antara India dan Pakistan pada saat dan setelah partisi. Jinnah melakukan apa yang ia bisa agar delapan juta orang dapat bermigrasi ke Pakistan; meskipun saat itu ia telah berusia lebih dari 70 tahun dan terserang penyakit paru-paru, ia berkunjung ke seluruh Pakistan Barat dan secara pribadi memberikan bantuan. Menurut Ahmed, "Apa yang Pakistan butuhkan pada bulan-bulan awal tersebut merupakan sebuah simbol negara, yang akan menyatukan bangsa dan memberikan mereka keberanian dan tekad untuk berhasil."
Jinnah mengalami masalah pertikaian dengan NWFP. Referendum NWFP Juli 1947, yang menentukan apakah wilayah tersebut menjadi bagian dari Pakistan atau India, mendapatkan hasil pemilihan yang rendah karena kurang dari 10% dari total populasi yang diperbolehkan ikut dalam referendum tersebut. Pada 22 Agustus 1947, tepat setelah seminggu menjadi gubernur jenderal, Jinnah membubarkan pemerintahan terpilih Dr. Khan Abdul Jabbar Khan. Kemudian, Abdul Qayyum Khan ditempatkan oleh Jinnah di provinsi yang didominasi Pashtun meskipun ia seorang Kashmiri. Pada 12 Agustus 1948, pembantaian Babrra di Charsadda mengakibatkan kematian 400 orang yang bersekutu dengan gerakan Khudai Khidmatgar.
Bersama dengan Liaquat dan Abdur Rab Nishtar, Jinnah mewakili kepentingan Pakistan dalam Dewan Divisi untuk pembagian aset-aset publik antara India dan Pakistan. Pakistan meraih seperenam aset pemerintah pra-kemerdekaan, yang terbagi berdasarkan perjanjian, yang secara khusus menentukan bagaimana beberapa lembar kertas harus diisi pada setiap sisinya. Namun, negara India yang baru lambat untuk memberikannya, dengan harapan pemerintahan Pakistan runtuh dan bersatu kembali. Beberapa anggota Layanan Sipil India dan Layanan Polisi India telah memilih Pakistan, yang mengakibatkan penurunan jumlah staf. Para petani memasarkan dagangan mereka di sisi lainnya dari perbatasan internasional. Penggunaan mesin menurun karena tidak semuanya dibuat di Pakistan. Selain masalah pengungsi masif, pemerintahan baru menjaga persediaan pangan, mendirikan keamanan dalam situasi runyam, dan menyediakan layanan dasar. Menurut ekonom Yasmeen Niaz Mohiuddin dalam studinya terhadap Pakistan, "meskipun Pakistan lahir dalam pertumpahan darah dan kekacauan, negara tersebut bertahan dalam bulan-bulan awal dan sulit setelah partisi hanya karena pengorbanan luar biasa yang dibuat oleh rakyatnya dan upaya pemimpin besarnya yang tak mementingkan diri sendiri."
Negara-negara Kepangeranan India, yang berjumlah ratusan, diminta oleh Inggris untuk memilih apakah ingin bergabung dengan Pakistan atau India. Sebagian besar melakukannya sebelum kemerdekaan, namun pengambilan keputusan menyokong apa yang menjadi pemisahan abadi antara dua negara tersebut. Para pemimpin India murka kepada Jinnah yang meminta pangeran Jodhpur, Bhopal dan Indore untuk bergabung dengan Pakistan—negara-negara kepangeranan tersebut tidak berbatasan dengan Pakistan, dan semuanya memiliki penduduk mayoritas Hindu. Negara kepangeranan pesisir Junagadh, yang memiliki penduduk mayoritas Hindu, memilih bergabung dengan Pakistan pada September 1947, dengan "dewan" penguasanya, Sir Shah Nawaz Bhutto, secara pribadi mengirimkan makalah-makalah aksesi kepada Jinnah. Angkatan darat India menduduki kepangeranan tersebut pada bulan November, memaksa bekas para pemimpinnya, termasuk Bhutto, melarikan diri ke Pakistan, yang memulai keluarga Bhutto yang berpengaruh secara politik.
Persengketaan paling berkelanjutan terjadi di negara kepangeranan Kashmir. Negara kepangeranan tersebut memiliki penduduk mayoritas Muslim dan seorang maharaja Hindu, Sir Hari Singh, yang tidak memberikan keputusan untuk memilih bergabung dengan negara yang mana. Dengan pemberontakan penduduk pada Oktober 1947, yang dibantu oleh pasukan khusus Pakistan, maharaja bergabung dengan India; pasukan India pun diterjunkan. Jinnah keberatan akan tindakan tersebut, dan memerintahkan agar pasukan Pakistan bergerak ke Kashmir. Angkatan Darat Pakistan masih dikomandai oleh para perwira Inggris, dan perwira komandonya, Sir Jenderal Douglas Gracey, menolak perintah tersebut, dengan alasan bahwa ia tidak dapat berpindah ke apa yang ia anggap teritorial negara lainnya tanpa persetujuan dari otoritas tingginya, yang tidak datang-datang. Jinnah menarik perintah tersebut. Peristiwa tersebut tak menghentikan kekerasan disana, dimana pecah peperangan antara India dan Pakistan dari waktu ke waktu semenjak itu.
Beberapa sejarawan menuduh bahwa bujukan Jinnah terhadap para penguasa negara-negara mayoritas Hindu dan kedekatannya dengan Junagadh merupakan bukti pandangan buruk terhadap India, karena Jinnah yang telah dituduh memisahkan diri atas dasar agama, berusaha untuk meraih aksesi dari negara-negara mayoritas Hindu. Dalam bukunya "Patel: A Life", Rajmohan Gandhi menyatakan bahwa Jinnah berharap mendapatkan Junagadh, yang gagal Pakistan dapatkan, dengan harapan agar juga bisa mendapatkan Kashmir. Namun, saat Mountbatten menyatakan kepada Jinnah bahwa, di seluruh Negara-negara kepangeranan dimana penguasanya tidak masuk sebuah Dominion yang diisi oleh populasi mayoritas (yang meliputi Junagadh, Hyderabad dan juga Kashmir), akses akan ditolak oleh sebuah `rujukan impartial atas kehendak rakyat', Jinnah menolak tawaran tersebut.
Di samping , yang dikeluarkan atas permintaan India untuk mengukuhkan kedaulatannya atas Kashmir setelah penarikan tentara Pakistan, tak pernah terwujud.
Pada Januari 1948, pemerintah India akhirnya sepakat untuk membayar Pakistan atas pembagian aset-aset India Britania-nya. Kesepakatan tersebut dihalangi oleh Gandhi, yang mengancam akan berpuasa sampai mati. Beberapa hari kemudian, Gandhi dibunuh oleh Nathuram Godse, seorang nasionalis Hindu, yang menganggap Gandhi merupakan pro-Muslim. Jinnah membuat pernyataan terkait peristiwa tersebut, dengan menyebut Gandhi "salah satu pria teragung yang dihasilkan oleh komunitas Hindu".
Pada bulan Maret, Jinnah, meskipun kesehatannya menurun, sempat berkunjung ke Pakistan Timur pasca-kemerdekaan. Dalam pidato yang dihadiri sekitar 300,000 orang, Jinnah menyatakan (dalam bahasa Inggris) bahwa Urdu sendiri harus menjadi bahasa nasional, dengan meyakini bahwa sebuah bahasa tunggal dibutuhkan untuk sebuah negara agar tetap bersatu. Orang-orang pemakai bahasa Bengali di Pakistan Timur menentang kebijakan tersebut, dan pada 1971, masalah bahasa resmi menjadi salah satu penyebab pecahnya wilayah tersebut menjadi Bangladesh.
Setelah pendirian Pakistan, uang kertas mata uang Pakistan yang menampilkan gambar George V dicetak. Uang kertas tersebut beredar sampai 3 Juni 1949. Namun pada 1 April 1949, uang-uang kertas tersebut dicap dengan "Pemerintah Pakistan" dan digunakan sebagai tender-tender hukum. Pada hari yang sama, Menteri Keuangan Pakistan pada waktu itu, Malik Ghulam Muhammad, mempersembahkan set baru dari tujuh koin (Re. 1, ₨. , ₨. , A. 2, A. 1, A. dan Pe. 1) kepada Jinnah di Dewan Gubernur dan dikeluarkan sebagai koin-koin pertama yang dicetak oleh Pemerintah Pakistan.
Dari 1930an, Jinnah terserang tuberkulosis; hanya saudarinya dan beberapa orang terdekatnya yang lainnya yang menyadari kondisinya. Jinnah meyakini bila masyarakat mengetahui penyakit paru-parunya akan menyakiti kehidupan politiknya. Dalam sebuah surat 1938, ia menuliskan kepada seorang pendukung bahwa "Anda harus membaca surat kabar tentang perjalanan saya ... Saya menderita, bukan karena ada sesuatu yang salah dengan saya, namun keadaan [jadwal] yang tidak biasa dan sangat berdampak pada kesehatan saya". Beberapa tahun kemudian, Mountbatten menyatakan bahwa jika ia mengetahui bahwa Jinnah terserang penyakit, ia akan berhenti, dengan harapan kematian Jinnah dapat mencegah partisi. Fatima Jinnah kemudian menyatakan bahwa, "bahkan di saat-saat kemenangan, "Quaid-e-Azam" menderita sakit ... Ia bekerja dalam hiruk pikuk untuk mengkonsolidasikan Pakistan. Dan, tentunya, ia sangat mengabaikan kesehatannya ..." Jinnah bekerja dengan sekaleng rokok Craven "A" di lacinya, dimana ia menghisap 50 rokok lebih pada 30 tahun sebelumnya, serta sekotak rokok Kuba. Karena kesehatannya memburuk, ia berbaring di ruang pribadi Dewan Gubernur di Karachi, dimana hanya ia, Fatima dan para pelayan yang boleh masuk.
Pada Juni 1948, ia dan Fatima terbang ke Quetta, pegunungan Baluchistan, dimana cuacanya lebih dingin ketimbang Karachi. Ia tak dapat beristirahat dengan nyaman di sana, dan berkata kepada para perwira di Command and Staff College, "Anda, bersama dengan Pasukan Pakistan lainnya, adalah tumpuan hidup, properti dan kehormatan bangsa Pakistan." Ia kembali ke Karachi pada 1 Juli untuk mengikuti acara pembukaan Bank Negara Pakistan, dimana ia berpidato. Sebuah sambutan oleh seorang komisioner dagang Kanada pada sore hari untuk menghormati Hari Dominion adalah acara publik terakhir yang ia hadiri.
Pada 6 Juli 1948, Jinnah kembali ke Quetta, namun atas nasihat para dokter, ia kemudian pergi ke sebuah tempat retret di tempat tinggi di Ziarat. Jinnah selalu menolak untuk perawatan medis, namun menyadari kondisinya memburuk, pemerintah Pakistan mengirimkan dokter-dokter terbaik untuk mengobatinya. Tes-tes mengkonfirmasi tuberkulosis, dan juga menemukan keberadaan kanker paru-paru yang meningkat. Jinnah memberitahu dan menyampaikan informasi penuh tentang penyakitnya dan perawatan yang saudarinya berikan. Ia diobati dengan "obat ajaib" baru streptomisin, namun tidak menolong. Kondisi Jinnah makin menurun meskipun tetap melakukan salat Id bersama dengan orang-orang lainnya. Ia berpindah ke tempat yang lebih rendah di Quetta pada 13 Agustus, sehari menjelang Hari Kemerdekaan, dimana surat wasiatnya dikeluarkan. Disamping meningkatkan kesembuhan (saat itu, ia memiliki berat lebih dari ), tempat tersebut memudahkan para dokternya menemuinya jika ia kembali ke Karachi. Namun, Jinnah menolak untuk orang-orang yang membantunya melihatnya saat sedang dalam kondisi tidak sehat di atas tandu.
Pada 9 September, Jinnah juga terserang pneumonia. Para dokter memintanya untuk kembali ke Karachi, dimana ia akan diberi perawatan yang lebih baik, dan dengan persetujuannya, ia diterbangkan kesana pada 11 September. Dr. Ilahi Bux, dokter pribadinya, percaya bahwa perubahan pikiran Jinnah disebabkan karena ia mengetahui kematiannya lebih dini. Pesawat mendarat di Karachi pada sore hari, untuk bertemu dengan limousine Jinnah, dan sebuah ambulan yang menandu Jinnah ditempatkan. Ambulan mengalami kerusakan di tengah jalan menuju kota, dan Gubernur-Jenderal dan beberapa orang yang bersamanya menunggu kedatangannya; ia tidak ditempatkan di mobil tersebut karena ia tidak dapat duduk. Mereka menunggu di sisi jalan untuk menghindari panas karena truk-truk dan bus-bus berlalu lalang, yang tidak cocok untuk mengangkut orang wafat dan para penumpangnya tidak menyadari kehadiran Jinnah. Setelah sejam, ambulan pengganti datang, dan membawa Jinnah menuju Dewan Pemerintah, datang kesama dua jam lebih setelah pendaratan. Jinnah wafat pada pukul 22:20 di rumahnya di Karachi pada 11 September 1948 pada usia 71 tahun, tepat setahun setelah pembentukan Pakistan.
Perdana Menteri India Jawahar Lal Nehru menyatakan setelah kematian Jinnah, "Apakah harusnya kita menghakiminya? Aku sangat marah dengannya pada tahun-tahun lampau. Namun sekarang, tak ada kepahitan dalam pikiran saya tentangnya, hanya kesedihan besar atas semuanya yang terjadi ... ia berhasil dalam usahanya dan memperoleh tujuannya, namun tak ternilai harga dan perbedaan dari yang ia berikan." Jinnah dimakamkan pada 12 September 1948 dengan kehadiran para pelayat resmi dari India maupun Pakistan; jutaan orang mendatangi pemakamannya. Gubernur-Jenderal India Rajagopalachari menunda resepsi resmi pada hari itu untuk menghormati pemimpin tersebut. Saat ini, Jinnah disemayamkan di sebuah mausoleum marmer besar, Mazar-e-Quaid, di Karachi.
Dina Wadia, putri Jinnah, masih berada di India setelah kemerdekaan sebelum menetap di New York City. Dalam pemilihan presiden 1965, Fatima Jinnah, yang kemudian dikenal sebagai "Madar-e-Millat" ("Ibu Bangsa"), menjadi kandidat presiden dari koalisi partai politik yang menentang pemerintahan Presiden Muhammad Ayub Khan, namun gagal.
Rumah Jinnah di Bukit Malabar, Bombay, dipegang oleh Pemerintah India, namun kepemilikannya diperebutkan oleh Pemerintah Pakistan. Jinnah secara pribadi meminta Perdana Menteri Nehru agar menyerahkan rumah tersebut dan mengharapkan agar ia datang ke Bombay. Terdapat usulan untuk rumah tersebut yang ditawarkan pemerintah Pakistan untuk mendirikan sebuah konsulat di kota tersebut sebagai tanda persahabatan, namun Dina Wadia juga meminta propertinya.
Setelah Jinnah wafat, saudarinya Fatima meminta pengadilan untuk melaksanakan kehendak Jinnah di bawah hukum Islam Syiah. Permintaan tersebut kemudian menjadi bagian dari perbincangan di Pakistan tentang afiliasi agama Jinnah. Vali Nasr menyatakan bahwa Jinnah "adalah lahir sebagai seorang Ismaili dan mengaku sebagai seorang Syiah Dua Belas Imam, meskipun ia bukanlah seorang pria yang taat beragama." Dalam sebuah tuntutan hukum 1970, Hussain Ali Ganji Walji mengklaim bahwa Jinnah telah berpindah ke Islam Sunni, namun Pengadilan Tinggi menepis klaim tersebut pada 1976, dengan menyatakan bahwa keluarga Jinnah adalah Syiah. Menurut jurnalis Khaled Ahmed, Jinnah adalah seorang non-sektarian dan "menyatukan Muslim dari India di bawah spanduk sebuah kepercayaan Muslim umum dan bukannya di bawah identitas sektarian yang divisif." Ahmed melaporkan sebuah keputusan pengadilan Pakistan 1970 yang menyatakan bahwa Jinnah adalah "seorang Muslim sekuler yang tidak berpihak pada Syiah maupun Sunni", dan pada 1984 ia berkata bahwa ""Quaid" bukanlah sebuah sebutan Syiah". Liaquat H. Merchant, anak dari keponakan Jinnah, menyatakan bahwa "ia juga bukanlah seorang Sunni, ia hanya seorang Muslim".
Warisan Jinnah adalah Pakistan. Menurut Mohiuddin, "Ia merupakan dan masih menjadi orang yang paling dihormati di Pakistan seperti halnya [presiden AS pertama] George Washington di Amerika Serikat ... Pakistan memiliki banyak bukti penyetiran, keuletan, dan keadilannya ... pengaruh Jinnah dalam pembentukan Pakistan bersifat monumental dan tak terukur." Stanley Wolpert, yang memberikan sebuah ceramah dalam menghormati Jinnah pada 1998, menyebutnya sebagai pemimpin Pakistan terbesar. Hari ulang tahunnya dijadikan hari libur nasional di Pakistan. Jinnah meraih gelar "Quaid-e-Azam" (artinya "Pemimpin Besar"). Gelar lainnya adalah "Baba-i-Qaum" (Bapak Bangsa). Gelar "Quaid-e-Azam" dikabarkan diberikan kepada Jinnah mula-mula oleh Mian Ferozuddin Ahmed. Gelar tersebut menjadi sebuah gelar resmi pada sebuah resolusi yang dikeluarkan pada 11 Agustus 1947 oleh Liaquat Ali Khan dalam Majelis Konstituen Pakistan. Terdapat beberapa sumber yang menyatakan bahwa Gandhi memberikannya gelar tersebut.
Menurut Singh, "Dengan kematian Jinnah, Pakistan kehilangan tambatan mereka. Di India, tidak akan mudah menemukan Gandhi yang lain, sementara di Pakistan, [tidak akan mudah menemukan] Jinnah yang lain." Malik menyatakan, "Sepanjang hidup Jinnah, ia dapat membujuk dan bahkan mendesak para pemimpin regional untuk melakukan akomodasi menguntungkan yang lebih besar, namun setelah ia meninggal, kurangnya konsensus atas distribusi kekuasaan politik dan sumber daya ekonomi seringkali berujung kontroversial." Menurut Mohiuddin, "Kematian Jinnah membuat Pakistan kehilangan seorang pemimpin yang dapat mewujudkan pemerintahan stabil dan demokratis ... Jalan berbatu menuju demokrasi di Pakistan dan hubungan lunak di India dapat sedikit mengukur tragedi hilangnya pemimpin paling dihargai dan tak bercacat di Pakistan setelah kemerdekaan."
Jinnah digambarkan pada seluruh mata uang rupee Pakistan, dan namanya disematkan pada beberapa lembaga publik Pakistan. Bekas Bandar Udara Internasional Quaid-i-Azam di Karachi, yang sekarang dinamai Bandar Udara Internasional Jinnah, adalah bandar udara tersibuk di Pakistan. Salah satu jalan terbesar di ibukota Turki Ankara, Cinnah Caddesi, mengambil nama darinya, seperti halnya Jalan Ekspres Mohammad Ali Jenah di Tehran, Iran. Pemerintah royalist Iran juga mengeluarkan sebuah perangko peringatan kelahiran Jinnah keseratus pada 1976. Di Chicago, sebuah bagian dari Devon Avenue dinamai "Mohammed Ali Jinnah Way". Mazar-e-Quaid, mausoleum Jinnah, adalah salah satu markah tanah Karachi. "Menara Jinnah" di Guntur, Andhra Pradesh, India, dibangun untuk memperingati Jinnah.
Terdapat cukup banyak prestasi yang Jinnah cetak di Pakistan; menurut Akbar S. Ahmed, tidak banyak bacaan di luar negara tersebut dan biasanya menghindari kritik tajam terhadap Jinnah. Menurut Ahmed, beberapa buku tentang Jinnah di luar Pakistan menyatakan bahwa ia meminum alkohol, namun pernyataan tersebut tidak tercantum pada buku-buku di dalam Pakistan. Ahmed berkesimpulan bahwa pernyataan "Quaid" meminum alkohol dapat melemahkan identitas Islam Jinnah, dan secara khusus, identitas Pakistan Jinnah. Beberapa sumber menyatakan bahwa ia berhenti meminum alkohol menjelang akhir hidupnya.
Menurut sejarawan Ayesha Jalal, meskipun terhadap tendensi terhadap hagiografi dalam pandangan Pakistan Jinnah, di India ia dipandang buruk. Ahmed menyatakan bahwa Jinnah merupakan "orang paling difitnah dalam sejarah India modern ... Di India, beberapa orang memandangnya sebagai iblis yang memisahkan wilayah." Beberapa Muslim India memandang buruk Jinnah, menuduhnya membuat mereka menjadi minoritas di negara tersebut. Beberapa sejarawan seperti Jalal dan H. M. Seervai menyatakan bahwa Jinnah tak pernah menginginkan partisi India—peristiwa tersebut merupakan kehendak para pemimpin partai Kongres yang tak ingin berbagi kekuasaan dengan Liga Muslim. Mereka menyatakan bahwa Jinnah hanya menggunakan tuntutan Pakistan dalam upaya memobilisasi dukungan hak politik signifikan untuk kaum Muslim. 
Jinnah meraih sanjungan dari para politikus nasionalis India seperti Lal Krishna Advani, yang memuji Jinnah karena menganggapnya telah menggemparkan Partai Bharatiya Janata (PBJ). Buku karya politikus India Jaswant Singh "" (2009) menuai kontroversi di India. Buku tersebut berdasarkan pada ideologi Jinnah dan mengklaim bahwa kebijakan sentralisasi Jawaharlal Nehru bertanggung jawab terhadap Partisi tersebut. Setelah buku tersebut dirilis, Singh dikeluarkan dari Partai Bharatiya Janata. Ia kemudian membalas bahwa PBJ "berpikiran sempit" dan "berpengetahuan terbatas".
Jinnah adalah figur utama dalam film 1998 "Jinnah", yang mendokumentasikan kehidupan Jinnah dan perjuangannya dalam pembentukan Pakistan. Christopher Lee yang memerankan Jinnah, menyebut penampilannya sebagai hal yang terbaik sepanjang kariernya. Buku Hector Bolitho 1954 "Jinnah Creator of Pakistan" mendorong Fatima Jinnah untuk merilis sebuah buku, yang berjudul "My Brother" (1987), karena ia menyadari bahwa buku Bolitho gagal mengeluarkan aspek-aspek politik Jinnah. Buku tersebut meraih sambutan positif di Pakistan. "Jinnah of Pakistan" (1984) karya Stanley Wolpert dianggap sebagai salah satu buku biografi terbaik tentang Jinnah.
Pandangan Jinnah di dunia Barat membentuk batas tertentu pada penggambarannya dalam film 1982 Sir Richard Attenborough, "Gandhi". Film tersebut didedikasikan kepada Nehru dan Mountbatten dan diberi dukungan dari putri Nehru, perdana menteri India, Indira Gandhi. Film tersebut menampilkan Jinnah (diperankan oleh Alyque Padamsee) dalam sebuah aura tak menyenangkan, yang tampaknya bersikap cemburu terhadap Gandhi. Padamsee kemudian menyatakan bahwa perannya tidak sesuai sejarah.
Dalam sebuah artikel jurnal tentang gubernur-jenderal pertama Pakistan, sejarawan R. J. Moore menyatakan bahwa Jinnah banyak diakui sebagai tokoh utama dalam pembentukan Pakistan. Wolpert merangkum efek mendalam yang Jinnah buat di dunia: