Kebebasan beragama di Indonesia
Artikel ini merupakan kajian kebebasan beragama yang terjadi di Indonesia dari sudut pandang akademis dan sejarah serta berlandaskan referensi yang faktual. Artikel ini tidak berkaitan dengan ideologi agama yang menyangkut iman dan kepercayaan dalam suatu agama atau kepercayaan tertentu.
Hukum di Indonesia melindungi kebebasan beragama khusus untuk enam agama yang diakui oleh negara, yaitu Islam, Katolik, Kristen, Buddha, Hindu, dan Konghucu. Meskipun demikian, penganut agama selain keenam agama resmi tetap memperoleh jaminan penuh oleh Pasal 29 (2) UUD 1945 selama tidak melanggar hukum Indonesia. Konstitusi dan hukum yang mengatur kebebasan beragama di Indonesia adalah sebagai berikut:
Versi berikut merupakan versi UUD 1945 setelah perubahan, khususnya amendemen kedua yang berkaitan dengan pasal-pasal berikut.
BAB XA. HAK ASASI MANUSIA
Pasal 28E
Pasal 28I
BAB XI. AGAMA
Pasal 29
Pasal-pasal tersebut di atas penerapannya dibatasi oleh hak-hak asasi orang lain yang diatur dalam pasal 28J sebagai berikut:
Butir-butir pengamalan Pancasila diuraikan dalam Ketetapan MPR No. II/MPR/1978 tentang Ekaprasetia Pancakarsa menjadi 36 butir, khusus Sila Pertama diuraikan menjadi 4 butir. Badan Pembina Pendidikan Pelaksanaan Pedoman Penghayatan dan Pengamalan Pancasila (BP7) menguraikan kembali ke-36 butir tersebut pada tahun 1995 menjadi 45 butir, 7 diantaranya merupakan butir Sila Pertama sebagai berikut:
Pada tahun 1998, TAP MPR No. II/MPR/1978 beserta penetapan Pancasila sebagai asas tunggal dicabut melalui TAP MPR No. XVIII/MPR/1998 dengan alasan politis yaitu penghapusan produk Orde Baru. Penghapusan ini dinilai sebagai suatu kesalahan karena menyebabkan konflik SARA menjadi tidak terbendung. Di sisi lain, wacana penetapan kembali Pancasila sebagai asas tunggal ditentang oleh sebagian Ormas dalam Rapat Dengar Pendapat (RDP) Pansus RUU Ormas (2012) karena sempat menimbulkan ketegangan antara ormas dengan pemerintah Orde Baru yang dinilai represif. Wakil Ketua Gerakan Pemuda Ansor Jawa Timur, Andry Dewanto (2016), berpendapat bahwa pemerintah seharusnya tidak mengesahkan organisasi-organisasi yang bertentangan dengan paham Pancasila. Ketua Pimpinan Besar Nahdlatul Ulama, Saifullah Yusuf (2016), juga menyatakan bahwa ajaran yang ingin mengubah ideologi Pancasila sangat tidak bisa dimaafkan.
1. UU Nomor 39 tahun 1999 tentang Hak Asasi Manusia.
2. UU Nomor 13 tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan.
3. Kitab Undang-undang Hukum Pidana (KUHP)
Masalah kebebasan keberagamaan di Indonesia tidak lepas dari peristiwa politik yang telah terjadi selama berabad-abad, semenjak masa menjelang keruntuhan Majapahit sekitar abad ke-14 M hingga pergolakan politik di awal kemerdekaan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Konflik politik dan kepentingan terjadi antara pemeluk agama Siwa-Buddha dengan pemeluk agama Islam yang relatif masih baru masuk ke wilayah Nusantara; antara pemeluk agama Islam dengan pemeluk agama Kristen yang masuk pada masa Kolonial Belanda; dan antar pemeluk agama Islam sendiri yang dibedakan menjadi Islam Putihan dan Islam Abangan.
Pada masa-masa kerajaan di Jawa (abad ke-7 hingga 10 M), agama Hindu dan agama Buddha hidup berdampingan meskipun terpisah satu sama lain. Ricklefs (1985) berpendapat bahwa intoleransi keberagamaan tidak ada dalam pola berpikir masyarakat Jawa. Penyatuan kedua agama hanya tampak pada isi Prasasti Kelurak (782 M) yang bercorak Buddha Mahayana. Penyatuan kedua tampak pada akhir masa Kerajaan Singhasari, yaitu bahwa Raja Kertanegara dicandikan dalam wujud Siwa dan Buddha. Pada abad ke-14, penyatuan Siwa-Buddha semakin jelas dalam Kakawin Sutasoma yang ditulis oleh Mpu Tantular.
Agama Islam masuk ke Jawa pada abad ke-13 M. Agama baru ini menimbulkan pergesekan antar lapisan masyarakat yang diwarnai oleh nuasa politik. Konflik peralihan kekuasaan dan dominasi agama menyebabkan terjadinya pengungsian pemeluk agama lama ke tempat-tempat terpencil dengan tujuan menjaga warisan leluhur dari revolusi sosio-religi yang tengah terjadi. Misalnya pengungsian para bangsawan dan pandita ke Pulau Bali, Ki Ageng Tunggul Wulung ke Dusun Beji di sebelah timur Sungai Progo, Pangeran Singonegoro yang menyepi ke Umbul Jumprit, pengungsian Suku Tengger, legenda "ngahyang"nya Prabu Siliwangi menjadi "maung Siliwangi" sementara pengikutnya menjadi "maung loreng" setelah menolak bujukan Kian Santang untuk masuk Islam, dan sebagainya.
Kedatangan Portugis pada abad ke-16 M ke Maluku membawa serta agama Katolik untuk diperkenalkan pada penduduk Kesultanan Ternate yang beragama Islam. Namun, terjadi bentrok akibat kepentingan politik yang berakhir dengan pengusiran Portugis, yang digantikan datangnya pasukan Kerajaan Spanyol. Kesultanan Ternate kemudian meminta bantuan Bangsa Belanda yang membawa Kristen, sehingga juga terjadi pergesekan antara agama Katolik dan Kristen. Puncak penyebaran agama Kristen di Pulau Jawa terjadi pada abad ke-19 M dengan misionaris-misionaris yang tidak hanya berasal dari Belanda, melainkan juga misionari pribumi seperti Kiai Ibrahim Tunggul Wulung dan Kiai Sadrach. Penyebaran agama Kristen di Tanah Batak sempat memperoleh perlawanan dari Sisingamangaraja XII sebagai perwakilan Parmalim yang menyerukan pengusiran para zending Kristen disertai pengrusakan dan pembakaran. Namun, hal tersebut menjadi alasan pasukan Belanda untuk menaklukkan Batak.
Aktivitas misionaris Katolik dan Kristen dipandang membahayakan kehidupan beragama masyarakat yang saat itu mayoritas sudah beragama Islam. Muhammadiyah dan Persis melihat adanya upaya kristenisasi dan katolikisasi yang dilakukan para misionaris, sementara NU melihat bahwa Muhammadiyah juga melakukan dakwah dan misionaris. Gesekan antara Islam dan misionaris Kristen terus berlangsung hingga awal masa kemerdekaan Indonesia. Masing-masing pihak menerbitkan buku-buku apologetik yang antara lain berjudul "Islam Menentang Kraemer" (1925), "Tuhan Yesus Dalam Agama Islam" (1957), dan "Isa Dalam Qur’an Muhammad Dalam Bible" (1959). Bahkan, pada tahun 1964 beredar paflet berjudul "Memahami Kegiatan Nasrani" yang memuat rencana kristenisasi dan katolikisasi di Jawa dalam kurun waktu 20 tahun. Isi pamflet tersebut ditolak dan dianggap tidak otentik oleh pihak Kristen dan Katolik.
Diskriminasi yang dialami umat muslim membuat organisasi-organisasi Islam (1930-1940an) membentuk koalisi seperti Madjelis Islam A'la Indonesia (MIAI) dan Madjelis Sjuro Muslimin Indonesia (Masyumi).
Pergesekan antara Islam putihan dan abangan sudah ada semenjak periode dakwah Walisongo. Golongan putihan adalah para wali yang berdakwah di daerah pesisir dengan pusat di Giri, yaitu Sunan Giri, Sunan Ampel, dan Sunan Drajat. Golongan abangan berdakwah di pedalaman dengan pusat di Gunung Muria, yaitu Sunan Kalijaga, Sunan Kudus, Sunan Bonang, Sunan Muria, dan Sunan Gunung Jati. Golongan putihan berdakwah dengan menegakkan syariat dan menolak budaya setempat, sementara golongan abangan menggunakan budaya lokal dalam berdakwah, selama budaya tersebut tidak terlampau bertentangan dengan nilai-nilai Islam.
Golongan putihan atau santri memiliki orientasi politik karena memiliki kedekatan dengan keraton, sementara golongan abangan berorientasi pada dakwah yang merakyat. Terdapat golongan ketiga yang disebut golongan priayi yang lebih condong terhadap pemikiran abangan tetapi merasa memiliki derajat yang lebih tinggi. Para priayi berupaya mengarahkan perkembangan teosofi Islam ke arah "Jawanisasi Islam" melalui berbagai literatur seperti "serat", "suluk", "primbon", dan "wirid". Polemik antara pihak keraton dan pesantren memuncak setelah kekalahan Pangeran Diponegoro yang memiliki cita-cita mendirikan negara Islam di Jawa. Setelah berakhirnya perang Padri dan perang Jawa, hubungan kaum ulama dan pihak keraton semakin menjauh. Meskipun demikian, status desa perdikan yang disahkan oleh pemerintahan kolonial setelahnya, serta pemberlakuan "Cultuurstelsel" pada tahun 1830, memungkinkan kelompok minoritas seperti guru-guru agama memiliki tanah yang luas dan menjadi independen sehingga diperkirakan menjadi penyebab utama islamisasi di Jawa secara berkelanjutan. Selain itu, pembangunan jaringan jalan memungkinkan lebih banyak kaum intelektual muslim dari Arab untuk datang atau intelektual lokal untuk belajar ke luar Jawa. Misalnya Ahmad Rifa'i (1786-1875) yang belajar ke Mekkah dan membawa pulang Mazhab Syafi'i.
Antara paska-Perang Diponegoro (1830an) hingga reformasi Islam (1870an), lahir beberapa karya sastra "anti-islam" seperti Babad Kediri, Suluk Gatoloco, dan Serat Darmagandhul yang diperkirakan ditulis oleh kalangan priayi yang tidak puas terhadap aktivitas islamisasi di Pulau Jawa, atau menurut Phillipus van Akkeren adalah reaksi terhadap kegagalan politik Islami Pangeran Diponegoro. Hal ini berujung pada pelarangan publikasi Suluk Gatholoco berdasarkan UU No 4/PNPS/1963 karena isinya anti-Islam dan porno. Di lain pihak, beberapa kalangan menganggap isi suluk sebenarnya bukan anti-Islam melainkan sebagai "pengingat" karena pada masa tersebut banyak orang yang mengagungkan Syariat Islam.
Pergesekan cara pandang golongan putihan dan abangan masih terjadi hingga masa sekarang. Selepas periode Reformasi, gerakan Islam militan seperti Front Pembela Islam, Hizbut Tahrir Indonesia, Laskar Jihad, dan Jamaah Islamiyah semakin aktif dalam menuntut penerapan syariah bahkan menggelar aksi kekerasan di ruang publik. Aliran-aliran baru seperti Salafi, Wahabi, Majelis Tafsir Al Quran (MTA), Hizbut Tahrir (HTI), dan Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII) menganggap akidah amaliah NU seperti tahlilan, yasinan, dan shalawatan adalah perbuatan bidaah yang haram. Hal tersebut menjadi perhatian Nahdlatul Ulama, yang sekalipun tergolong Islam putihan, akhirnya mengemukakan istilah Islam Nusantara yang sesuai dengan budaya Indonesia.
Meskipun memperoleh dukungan dari presiden ke-7 Indonesia, banyak pihak yang menolak pelabelan "Nusantara" terhadap Islam. Azhar Ibrahim dari Universitas Nasional Singapura memandang Islam Nusantara bisa menjadi teladan bagi negara-negara muslim lain yang sebagian besar mengalami konflik. Islam Nusantara yang memiliki ciri khas Islam Indonesia diklaim mengedepankan nilai-nilai toleransi yang bertolak belakang dengan "Islam Arab".
Menjelang kemerdekaan Indonesia, elit politik di Indonesia terbagi menjadi kelompok yang menginginkan Indonesia menjadi negara Islam dan kelompok nasionalis (terdiri atas Islam sekuler, komunis, dan Kristiani). Pada sidang BPUPKI tanggal 1 Juni 1945, Ir. Soekarno menyampaikan pidato Lahirnya Pancasila yang ditindaklanjuti dengan dibentuknya Panitia Sembilan untuk merumuskan Pancasila sebagai dasar negara Indonesia. Terjadi perdebatan antara kelompok Nasionalis dan kelompok Islam mengenai sila pertama sehingga dibentuk Panitia 94. Akhirnya, tanggal 22 Juni 1945 diperoleh persetujuan berupa Piagam Jakarta yang memenangkan kelompok Islam. Hal tersebut tidak mengakhiri keberatan-keberatan yang diajukan oleh kelompok Kristen (seperti Johannes Latuharhary), kelompok Islam berpendidikan Barat (seperti Hussein Jayadiningrat), dan kelompok abangan/Kejawen (seperti Wongsonegoro), tetapi baru pada tanggal 18 Agustus 1945 ketujuh kata pada Piagam Jakarta dihilangkan akibat tuntutan Umat Kristen di Indonesia Timur. Hal tersebut menjadi salah satu titik ketegangan hubungan antara Islam dan Kristen. Hal tersebut juga menyebabkan timbulnya pemberontakan Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo (1949) yang memproklamasikan Negara Islam Indonesia, dan memperoleh dukungan dari Abdul Kahar Muzakkar dan Daud Beureu'eh. Permasalahan ini juga kembali diangkat oleh Front Pembela Islam melalui Muhammad Rizieq Shihab (1 Juni 2016) yang menuntut Pemerintah Indonesia "kembali pada Pancasila dan UUD 1945 yang asli dan dijiwai Piagam Jakarta".
Pada masa demokrasi liberal tahun 1950an, Muhammadiyah melalui Masyumi berupaya menjalin kerja sama dengan kelompok Islam tradisional dan Nasrani. Namun, insiden pada tahun 1952 menjadi titik kritis perpecahan kelompok Islam modern dan tradisional. Sementara itu, Persis menepatkan diri di tengah-tengah konflik antara Islam-Nasrani, Islam-PKI, dan Islam tradisional-reformis. Setelah perpecahan pada tahun 1952, NU mengambil sikap oposisi terhadap Masyumi sementara masih bersikap kerja sama dengan Nasrani dan komunis. Persis beranggapan bahwa universitas-universitas Islam di Indonesia masih terlalu liberal sehingga mereka mengirim siswa ke Mesir, Libya, Saudi Arabia, dan Pakistan serta bergabung dalam gerakan muslim global dalam melawan kristenisasi.
Setelah Pemilu 1955, Konstituante dibentuk untuk menghasilkan UUD baru yang menggantikan UUDS 1950, keinginan pembentukan negara Islam kembali mencuat. Hal tersebut menyebabkan Konstituante gagal dalam tugasnya sehingga Presiden Soekarno mengeluarkan Dekret Presiden 5 Juli 1959 yang membubarkan Konstituante dan kembalinya UUD 1945 sebagai konstitusi negara.
Jatuhnya komunis di Indonesia menyebabkan konflik Islam-Kristiani semakin memanas, yang beberapa kali meletus menjadi konflik terbuka. Alwi Shihab memperkirakan sekitar dua juta umat muslim abangan berpindah agama ke Kristen dan Katolik untuk menghindari pembataian massal terhadap orang komunis. Pertambahan umat Nasrani tersebut dianggap sebagai proses kristenisasi. Pada tahun 1967, pergesekan terjadi akibat sebuah gereja dibangun di Meulaboh yang masyarakatnya tidak ada yang beragama Nasrani. Hingga tahun 1970an, akibat aktivitas misionaris Katolik dalam bentuk pendidikan dan kesehatan, Suara Muhammadiyah banyak memberikan kritik dan serangan terhadap Katolik, antara lain mengenai praktik selibat yang dilakukan oleh rohaniwan Katolik (September 1971), diskriminasi yang dilakukan umat Katolik di Filipina (Oktober 1971), dan proses kristenisasi di Indonesia (1974). Muhammadiyah, Persis, dan Dewan Da'wah Islamiyah Indonesia (DDII) menjalin hubungan dengan organisasi internasional seperti Organisasi Konferensi Islam dan Rabit'at al-Alam al-Islami, untuk menghambat bahaya kristenisasi.
Selama Orde Baru, agama menjadi alat kontrol stabilitas politik. Jumlah tempat ibadah yang dibangun sangat banyak, tetapi jumlah kasus penutupan, pengrusakan, dan pembakaran rumah ibadah juga meningkat pesat. Pada tahun 1945-1964 tecatat 2 gereja mengalami pengrusakan, sementara periode tahun 1955-1999 meningkat menjadi 55 buah masjid dan 609 gereja (lebih dari 50% terjadi selama tahun 1995-1999). Berbagai penyelesaian konflik dilakukan secara tertutup dan diakhiri dengan kompromi tanpa proses hukum. Menurut Pdt. Weinata Sairin (2002), kasus pengrusakan gereja yang diselesaikan secara hukum hanya terjadi pada kasus pembakaran GKJ Batang (1995).
Pada periode ini, konflik antara Islam dan Kristen terus terjadi. Untuk menyelesaikan konflik, musyawarah antar-agama pertama kali diprakarsai oleh Menag Muhammad Dahlan di Jakarta pada tanggal 30 November 1967. Musyawarah ini gagal karena perwakilan Kristen memprotes masalah pembatasan dakwah sementara perwakilan Islam menolak melakukan dialog. Akhirnya, pada periode Mukti Ali sebagai Menag (1971-1978), dialog antar-agama berhasil dijembatani, meskipun masalah kristenisasi berulang kali diangkat kembali dalam berbagai aspek politik dan sosial.
Disamping konflik antara Islam dan Kristen, peran pemerintah Orde Baru dalam menekan ekstrimis kanan melalui tangan militer juga membawa korban dan intoleransi pada pihak Islam. Selain itu, pergesekan antara kelompok Islam konservatif dan Islam moderat juga terjadi dan saling menjatuhkan, misalnya penggusuran masjid milik minoritas Muhammadiyah (1993) yang dianggap melakukan dakwah di Lamongan.
Suasana kebebasan pada Orde Reformasi dimanfaatkan orang atau golongan untuk kepentingan dan menurut tafsiran masing-masing. Semenjak Orde Baru berakhir, era kebebasan di Indonesia meluas, demikian pula dengan militansi agama. Pemerintah dinilai tidak menanggapi dengan tegas saat terjadi intoleransi keagamaan, seperti kekerasan, intimidasi, dan sebagainya. Bahkan, peristiwa pengeboman semakin marak semenjak Orde Baru berakhir. Temuan peneliti LIPI menyebutkan penyebaran paham radikal meningkat di kalangan anak muda setelah reformasi.
Ketua Dewan Syura Ikatan Jamaah Ahlul Bait Indonesia (IJABI), Jalaluddin Rakhmat, mengatakan bahwa intoleransi keberagamaan disebabkan oleh keinginan kelompok mayoritas untuk dominan. Ia berkesimpulan bahwa paham Islam dan Kristen yang dominan selalu cenderung tidak toleran. Jalaluddin Rakhmat juga menyebutkan survei bahwa wilayah Indonesia bagian timur seperti Papua dan Maluku adalah yang paling toleran sementara Jawa Barat yang paling tidak toleran. Sebagaimana laporan Komnas HAM dalam Kongres Kebebasan Beragama (2016), Jawa Barat tetap menjadi lokasi tertinggi terjadinya pelanggaran kebebasan beragama.
Menurut survei Pew Research Center (2010), Indonesia merupakan salah satu dari empat negara yang tingkat penghambatan dan kekerasan terhadap praktik keagamaannya sangat tinggi. Survei yang sama menyebutkan bahwa Indonesia berada di peringkat ke-5 dari 11 negara yang memiliki kekerasan sosial keagamaan tertinggi.
Semenjak tahun 2014, berbagai gerakan masyarakat mulai aktif untuk menolak masuknya paham radikalisme yang dituduhkan kepada HTI, PKS, dan Wahabi. Pada tahun 2016, mahasiswa Institut Seni Indonesia Yogyakarta menolak gerakan khilafah di kampus mereka. Langkah pertama yang dilakukan oleh Pemerintah Indonesia dalam menangkal gerakan radikal yang dapat mengancam keutuhan Negara Indonesia adalah pembubaran Hizbut Tahrir Indonesia pada bulan Juli 2017.
Prof. Dr. Jimly Asshiddiqie, SH dalam "Dialog Kebangsaan tentang Toleransi Beragama" (Jakarta, 13 Februari 2014) menyatakan bahwa peran pemerintah sangat penting dalam mencegah tindakan intoleransi di Indonesia, misalnya dengan menghilangkan peraturan perundangan yang bertentangan dengan hak asasi manusia dan mencegah pelaksanaan hukum yang timpang antar kelompok sosial. Brian J. Grim, Presiden "Religious Freedom & Business Foundation" (2014), menyatakan bahwa dalam suatu penelitian, tingkat perlindungan pemerintah terhadap kebebasan beragama setara dengan ada atau tidaknya kekerasan terhadap agama minoritas maupun kekerasan sektarian dalam masyarakat.
Menurut Human Rights Watch, oknum pejabat pemerintah dan polisi justru memberikan dukungan baik secara diam-diam maupun terbuka kepada kelompok-kelompok militan yang terlibat atau mendukung penyerangan terhadap minoritas, seperti Forum Umat Islam (FUI), Forum Komunikasi Muslim Indonesia (Forkami), Front Pembela Islam, Hizbut Tahrir Indonesia, dan Gerakan Islam Reformis (Garis). Komnas HAM (2016) mengemukakan bahwa pemerintah kabupaten dan kota menempati peringkat tertinggi dalam daftar pihak yang diadukan sebagai pelaku dugaan pelanggaran hak kebebasan beragama dan keyakinan, bahkan menjadi bagian dan turut serta dalam perbuatan intoleran. Hal tersebut disebabkan Pemda tidak berani menghadapi massa intoleran sehingga mengorbankan yang menjadi korban intoleransi, misalnya dengan dikeluarkannya Peraturan Gubernur Jawa Barat No. 12/2011 tentang larangan kegiatan jemaat Ahmadiyah Indonesia di Jawa Barat.
Eva Kusuma Sundari, anggota Komisi III DPR-RI menegaskan adanya upaya sistematis kelompok intoleran di Indonesia dengan cara membiayai, mencetak buku, menyusup ke dalam Kementerian Agama, dan mengontaminasi aparat keamanan. Ia menyayangkan adanya kapolres yang merujuk kepada fatwa Muspida dan MUI untuk menegakkan hukum, bukan pada konstitusi. Kasus masuknya paham radikal dalam buku-buku pelajaran agama dari TK hingga sekolah menengah, serta dalam lingkungan universitas, mencuat semenjak tahun 2015 dan menjadi perhatian serius dinas pendidikan dan pemerintah.
Semenjak periode Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (2004), Setara Institute melaporkan peningkatan kekerasan terhadap agama dan mazhab minoritas, antara lain penyerangan terhadap lebih dari 430 gereja dan penyegelan puluhan masjid Ahmadiyah. Sesuai laporan ke Komnas HAM serta pemantauan berbagai lembaga seperti Wahid Institute, Setara Institute, dan Moderate Muslim Society, pelanggaran hak kebebasan beragam mengalami peningkatan selama periode tahun 2007-2012. Komnas HAM menilai Indonesia sedang menghadapi "keadaan darurat HAM" pada akhir tahun 2013. Masyarakat mulai apatis untuk melaporkan tindakan kekerasan dan intoleransi karena kasus-kasus yang ditangani tidak ada yang ditangani secara tuntas oleh lembaga-lembaga pemerintah terkait demi "kerukunan umat beragama", misalnya kasus Sampang tahun 2012. Pada tanggal 26 Desember 2012, warga Syiah di Dusun Nangkernang, Desa Karanggayam, Kecamatan Omben, Sampang mengalami penyerangan oleh 200 orang dari mazhab Sunni sehingga terjadi korban tewas 2 orang dan puluhan rumah dibakar. Pemerintah melalui Menag Suryadharma Ali menyatakan bahwa kasus Sampang merupakan murni permasalahan keluarga yang berlarut-larut.
Masalah ketimpangan hukum misalnya terjadi pada puluhan gereja yang memenuhi syarat hukum pembangunan rumah ibadah tetapi akhirnya dicabut izinnya setelah ditekan kelompok militan Islamis, sekalipun bertentangan dengan keputusan Mahkamah Agung yang memberikan izin. Tindakan intoleransi tersebut dilaporkan dan menjadi topik dalam sidang PBB di Jenewa (Mei 2012), tetapi pelaporan tersebut disayangkan oleh beberapa pihak. KH Hasyim Muzadi menyebutkan bahwa Indonesia merupakan negara muslim yang paling toleran di dunia saat ini; selain menyebutkan bahwa Swiss melarang pembangunan menara masjid, Perancis mempermasalahkan jilbab, dan negara-negara lain yang tidak menghormati agama karena melegalkan pernikahan sejenis. Suara Islam (30-5-2012) melalui artikel berjudul "LSM Liberal Jualan Isu Intoleransi ke PBB" juga menyatakan bahwa isu intoleransi di Indonesia adalah tidak benar; bahwa selain Indonesia mengakui hari raya keenam agama, juga disebutkan bahwa di wilayah umat muslim menjadi minoritas "pendirian masjid juga dipersulit". Bahkan, Harits Abu Ulya di Kantor MUI Jakarta (7 Juni 2012) menduga adanya persekongkolan antara pihak gereja dan jaringan liberal berbentuk LSM sehingga Dewan HAM PBB menuding umat Islam Indonesia intoleran. Sementara itu, Ust. Zainal Abidin Al-Floresi menggugat tudingan bahwa umat Islam di Indonesia intoleran dengan membandingkan terhadap kondisi umat muslim minoritas di negara-negara lain serta adanya stigma negatif terhadap syariat Islam serta kelompok-kelompok Islam.
Pada tahun 2014, Indonesia kembali mendapat sorotan PBB dalam Sidang Dewan HAM PBB sesi ke-26 (10 Juni 2014) mengenai masalah "hak kebebasan berkumpul" kelompok agama atau mazhab minoritas, disamping lemahnya penegakan hukum yang melindungi. Muhamad Subhi dari the Wahid Institute menyebutkan bahwa terdapat pihak-pihak tertentu, bahkan dari pihak penyelenggara negara, yang mempertanyakan tindakan advokasi internasional karena dianggap mempermalukan Indonesia di mata internasional. Ia menyatakan bahwa, "Padahal, pelaporan ke dunia internasional terjadi karena ada kebuntuan di nasional, keengganan di tingkat nasional untuk sungguh-sungguh menyelesaikan ancaman intoleransi."
Komnas HAM dan the Wahid Institute menunjukkan data bahwa masih terjadi pengingkatan tindakan kekerasan yang mengatasnamakan agama pada tahun 2015. Intoleransi keberagamaan paling sering dialami jemaat Ahmadiyah. Intoleransi juga dialami oleh komunitas Gafatar. Setara Institute melaporkan adanya peningkatan kasus intoleransi beragama pada tahun 2015 dibandingkan tahun sebelumnya. Namun, Menag Lukman Hakim Saifuddin dalam laporan tahunan kehidupan keagamaan Indonesia 2015 menyebutkan bahwa kerukunan umat beragama di Indonesia dinilai sangat baik (75,36%). Ia menegaskan bahwa isu agama seringkali dilatari oleh motif lain, misalnya saat menjelang pilkada.
Peristiwa separatisme ekstrimis kanan (1950an), munculnya berbagai aliran kepercayaan baru yang dianggap bertentangan dengan ajaran agama, serta ketegangan antara PKI dengan NU pada pertengahan tahun 1960an menyebabkan Menteri Agama Saifuddin Zuhri mendesak Presiden Soekarno mengeluarkan Penpres No. 1/PnPs/1965 tentang Pencegahan Penodaan Agama (PPA) yang ditetapkan menjadi UU melalui UU No. 5/1969 Selain ditujukan untuk melindungi enam agama resmi sebagaimana disebutkan dalam penjelasan pasal demi pasal UU PPA Pasal 1, UU ini dipandang diskriminatif terhadap agama-agama lain. Pada akhir tahun 2009, tujuh LSM (Imparsial, Elsam, PBHI, Demos, Perkumpulan Masyarakat Setara, Desantara Foundation, dan YLBHI) dan empat individu (Abdurrahman Wahid, Musdah Mulia, Dawam Rahardjo, dan Maman Imanul Haq) mengajukan uji materi atas UU PPA.
Menurut Ester I. Jusuf (2010), UU PPA memberikan kewenangan pada pemerintah hingga masuk ke dalam wilayah pribadi antara warga negaranya dengan kepercayaannya. UU PPA mendiskriminasi kelompok yang dianggap memiliki kepercayaan menyimpang oleh suatu kelompok agama tertentu dan seharusnya sudah tidak berlaku semenjak 10 November 2008 dengan diterbitkannya UU Penghapusan Diskriminasi Ras dan Etnis (UU PDRE). Menteri Agama Suryadharma Ali (2010) berpendapat bahwa UU PPA harus dipertahankan untuk mencegah konflik horisontal pada masyarakat karena perlindungan hukum dari pemerintah menjadi hilang, dan pelaku penistaan agama akan lolos dari jerat hukum. Ketua Komisi Kerukunan Antarumat Beragama MUI, Slamet Effendy Yusuf (2010), menyebutkan bahwa Mahkamah Konstitusi harus berhati-hati karena belum ada UU pengganti. Juru Bicara Hizbut Tahrir Indonesia, Ismail Yusanto, menyatakan bahwa UU PPA hanya perlu direvisi atau diganti dengan yang lebih ketat membedakan antara kelompok beragama atau keyakinan dengan kelompok sempalan.
Penerapan UU PPA ini menyebabkan terjadinya diskriminasi terhadap penganut agama asli Nusantara yang tidak termasuk ke dalam enam agama resmi. Penganut agama asli kerap memperoleh perlakuan diskriminatif secara sosial dan hukum, dan sulit dalam mengurus akta seperti KTP dan akta pernikahan. Siti Musdah Mulia dalam Lokakarya Nasional Komnas HAM (2008) menegaskan bahwa UU ini jelas menguntungkan mazhab mayoritas dalam agama-agama resmi untuk mengontrol munculnya mazhab-mazhab lain dalam agama mereka. Aliran mayoritas dilegalkan dalam organisasi-organisasi seperti MUI, Walubi, PGI, KWI, dan PHDI serta diberi wewenang dalam kegiatan dan tafsir keagamaan dalam masyarakat, apakah "menyimpang" atau tidak. Beberapa aliran yang dianggap menyimpang dan dikenai UU ini adalah Lia Eden dengan kelompoknya yang disebut Salamullah (selanjutnya menjadi Kaum Eden) dan aliran Ahmadiyah yang ditetapkan sebagai aliran sesat oleh fatwa MUI. Contoh kasus lain adalah pemuka agama Syiah bernama Tajul Muluk yang dituduh melakukan penistaan agama pada tahun 2012 dan mengalami penganiayaan serta penahanan, dan kasus penodaan agama yang dilakukan oleh Alexander Aan pada tahun 2012 melalui Facebook. Meskipun tindakannya cukup jelas menodai agama Islam, beberapa organisasi dalam dan luar negeri menilai tuntutan hukum terhadap Alexander Aan terlalu berlebihan dan memasung kebebasan berekspresi individu. Di lain pihak, Forum Umat Islam menyatakan bahwa Alexander seharusnya dihukum mati. Mazhab-mazhab yang dianggap menyimpang atau sesat dalam agama lain misalnya adalah aliran Maitreya dalam agama Buddha dan Saksi-Saksi Yehuwa dalam agama Kristen.
Selain UU PPA, beberapa peraturan juga dianggap melanggar kebebasan beragama, misalnya Surat Edaran Menteri Dalam Negeri No. 477/74054/1978 tentang petunjuk pengisian kolom agama pada KTP yang menyebutkan "Agama yang diakui pemerintah, yaitu Islam, Katolik, Kristen/Protestan, Hindu, dan Budha". Semenjak dikeluarkannya SE Mendagri ini, istilah agama resmi dan tidak resmi menjadi muncul sehingga terjadi pengabaian hak-hak agama lain seperti agama-agama asli dan agama Konghucu. Pengakuan terhadap "agama resmi negara" secara eksplisit ditegaskan dalam UU Perubahan atas UU Nomor 23 Tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan, bahwa negara hanya mengakui enam agama resmi.
TAP MPR Nomor II/MPR/1998 tentang GBHN juga dinilai sangat diskriminatif dan menyerang penganut agama asli. Pasal yang dipermasalahkan adalah Butir 6 tentang Agama dan Kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa yang berbunyi:
Pasal tersebut menyebabkan komunitas agama asli seperti Sunda Wiwitan, Parmalim, Tolotang, dan Kaharingan menjadi target islamisasi atau kristenisasi agama-agama pendatang. Sebagian penganut agama asli seperti Sunda Wiwitan berusaha mempertahankan kepercayaan mereka meskipun harus menghadapi perlakuan diskriminasi dalam kehidupan sehari-hari dan memilih untuk mengosongkan kolom agama di KTP semenjak dikeluarkannya UU Nomor 23 tahun 2006 tentang Administrasi Kependudukan. Sementara itu, beberapa agama asli lain seperti Kaharingan dan Tolotang memilih untuk bergabung dengan agama Hindu meskipun disertai ketidakpuasan.
SKB Menag-Mendagri No. 1/Ber/MDN-MAG/1969 diterbitkan setelah terjadi beberapa kerusuhan lintas agama. Namun, SKB tersebut tidak memiliki petunjuk pelaksanaan sehingga dalam praktiknya sering mempersulit pembangunan tempat ibadah non-masjid karena menjadi wewenang bupati atau wali kota setempat untuk tidak atau memberikan izin. Setelah terjadi berbagai peristiwa intoleransi pada tahun 2005 terkait penutupan tempat ibadah, antara Oktober 2005-Maret 2006 dilakukan musyawarah antar majelis-majelis agama (MUI, PGI, KWI, PHDI, dan Walubi) dan SKB tersebut disempurnakan menjadi Perber Menag-Mendagri No. 9/8 Tahun 2006.
Perber Menag-Mendagri 2006 masih menuai protes karena dianggap tidak memberikan toleransi kepada umat agama yang minoritas, khususnya pasal 13 dan 14 (batasan 90 orang pengguna dan 60 orang dukungan masyarakat setempat). Di samping itu, dikeluarkannya Perber 2006 tersebut memicu peningkatan penolakan tempat-tempat ibadah minoritas hingga pemukulan dan penusukan aktivis dan pendeta Gereja Huria Kristen Batak Protestan (HKBP) di Bekasi (12 September 2010), meskipun dalam sambutannya, Menag M.M. Basyuni telah menegaskan bahwa tempat ibadah yang telah dipergunakan secara permanen atau memiliki nilai sejarah tetapi belum memiliki IMB sebelum berlakunya Perber 2006, Bupati/Wali kota wajib membantu memfasilitasi penerbitannya. Perber ini juga meningkatkan ketegangan antar kelompok-kelompok minoritas dan mayoritas, yaitu bahwa ada usaha-usaha kelompok tertentu untuk mencegah pendirian tempat ibadah melalui penolakan atas nama penduduk setempat atau usaha pencegahan kuota 60 orang pendukung tidak terpenuhi.
Kasus pengrusakan tempat ibadah yang terkait dengan Perber Menag-Mendagri 2006 antara lain adalah pengrusakan sebuah rumah yang digunakan sebagai tempat ibadah Kristen Pantekosta di Ngaglik, Sleman oleh Front Jihad Islam pada tanggal 2 Juni 2014, setelah sebelumnya disegel pada tahun 2012 karena izin IMBnya ditolak oleh masyarakat pada tahu 2010. Pembakaran juga dialami Sanggar Sapta Darma di Rembang (11 November 2015) oleh sekelompok orang yang mengatasnamakan Forum Umat Islam (FUI) Desa Plawangan yang disayangkan Lembaga Studi Sosial dan Agama (eLSA) Semarang karena pembangunan sanggar aliran kepercayaan diatur dalam peraturan bersama Mendagri dan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor: 43/41 Tahun 2009 tentang Pedoman Pelayanan Kepada Penghayat Kepercayaan Terhadap Tuhan Yang Maha Esa.
Pasal 28 B (1) UUD 1945 menyebutkan bahwa "Setiap orang berhak membentuk keluarga dan melanjutkan keturunan melalui perkawinan yang sah." Dalam pelaksanaannya, pernikahan diatur dengan UU No. 1 tentang Perkawinan (UPP). Pasal 2 UPP menimbulkan polemik karena tidak mengakui adanya pernikahan di luar hukum masing-masing agama Permohonan uji materi pasal 2 UPP ditolak oleh Mahkamah Konstitusi (2015) dengan alasan bahwa Negara Indonesia "berdasarkan Ketuhanan Yang Maha Esa" sehingga "tindakan atau perbuatan yang dilakukan oleh warga negara mempunyai hubungan yang erat dengan agama dan salah satunya adalah perkawinan". Pemerintah Indonesia saat itu mendukung penolakan karena khawatir akan munculnya "kerawanan dan gejolak sosial di tengah masyarakat" yang menolak pernikahan beda agama. Pemerintah memandang bahwa pernikahan berhubungan erat dengan agama dan hak konstitusional tiap individu tidak bisa dilakukan dengan sebebas-bebasnya tetapi ada batasan-batasan untuk menghormati hak konstitusional orang lain, sesuai dengan Pasal 28 J (22) UUD 1945. Menteri Agama Lukman Hakim Saifuddin menambahkan bahwa tidak diakuinya pernikahan beda agama merupakan ketentuan dari ajaran agama itu sendiri. Sementara itu, lima orang mahasiswa dan alumnus FH UI (2014) menganggap UU Perkawinan mengandung unsur “pemaksaan” dan bertentangan dengan UUD 1945 yang menjamin kebebasan beragama dan berkeyakinan.
Pada tanggal 20-4-1985, Ketua MA melalui surat bernomor KMA/72/IV/1981 yang ditujukan kepada Menag dan Mendagri RI memohon dalam membantu pelaksanaan pernikahan beda agama, mengingat masyarakat Indonesia yang majemuk sehingga pernikahan agama tidak dapat dihindari serta untuk mencegah perkawinan tidak resmi. Pada tahun 1986, MA melalui Putusan MA No. 1400 K/Pdt/1986 mengarahkan Kantor Catatan Sipil untuk mencatat pernikahan pasangan beda agama Andi Vonny Gani P dan Andrianus Petrus Hendrik Nelwan. Pada bulan Mei 2006, Sudhar Indopa, pegawai Kantor Catatan Sipil DKI Jakarta, menyatakan bahwa larangan pernikahan beda agama berasal dari agama dan bukan dari negara, sehingga kantor catatan sipil tidak dapat mencatat perkawinan tersebut.
Pernikahan beda agama dianggap haram dan tidak sah oleh MUI melalui Fatwa Mui Nomor: 4/Munas Vii/Mui/8/2005 serta didukung oleh NU dan Muhammadiyah. PHDI juga tidak mengakui pernikahan beda agama dengan berlandaskan aturan dalam agama Hindu, sedangkan Konghucu melalui MATAKIN menyatakan bahwa pemberkatan pernikahan hanya dapat dilakukan bila kedua mempelai beragama Konghucu, tetapi tetap menghormati dan memberikan surat keterangan pernikahan jika ada umatnya yang menikah berbeda agama. Sementara itu, agama Kristen melalui PGI menilai bahwa UU Pernikahan telah mengabaikan hak seseorang untuk menikah sehingga berpotensi menimbulkan penyimpangan moral. Katolik melalui KWI juga menganggap bahwa negara telah melampaui kewenangannya dengan terlalu jauh mencampuri urusan warga negaranya dengan Tuhan. Walubi menyebutkan bahwa agama Buddha tidak memberikan aturan ketat mengenai pernikahan beda agama meskipun diusahakan seiman.
Fatwa tanggal 7 Maret 1981 dikeluarkan oleh MUI di bawah kepemimpinan Prof. Dr. KH. Abdul Malik Karim Amrullah atau Buya Hamka dengan alasan umat muslim pada saat itu sering menyetarakan perayaan Natal (kelahiran Yesus atau Nabi Isa) dengan perayakan Maulid Nabi Muhammad. Sebagian umat muslim bahkan ikut dalam perayaan dan kepanitiaan Natal. Pada tahun 2012, Ketua MUI KH. Ma'ruf Amin kembali menegaskan agar umat Islam tidak memberikan ucapan Selamat Natal dan mengikuti Natalan bersama karena akan merusak aqidah dan keimanan umat Islam. Namun, ucapan Selamat Tahun Baru masih diperbolehkan. Selain itu, umat Islam diharapkan untuk menghormati perayaan Natal dengan cara tidak mengganggu umat kristiani yang merayakan. Wakil Ketua Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Lukman Hakim Saifuddin, berpendapat bahwa fatwa 1981 hanya tentang mengikuti ritual Natal, pengucapan "Selamat Natal" merupakan upaya memelihara kerukunan beragama dan tidak memasuki wilayah keimanan. Pernyataan tersebut juga dikritik oleh tokoh-tokoh muslim seperti Zuhairi Misrawi (NU), Salahuddin Wahid, dan Jusuf Kalla. Tokoh Kristen Theophilus Bela berpendapat bahwa MUI telah lama mengeluarkan fatwa-fatwa antipluralisme serta anti-toleransi. Pelarangan ini menimbulkan perdebatan hingga aksi pemasangan spanduk pelarangan ucapan Selamat Natal pada berbagai kota di Indonesia. Pada tahun 2014, Ketua Umum MUI Pusat, Din Syamsuddin, menyatakan bahwa memberikan ucapan selamat Natal tidak haram dan tidak diatur dalam fatwa MUI yang dikeluarkan pada tahun 1981. Sementara itu, FPI melalui Muchsin Alatas (2014) menyatakan bahwa pelarangan tersebut bukan merupakan kebencian umat Islam kepada umat Kristiani.
Fatwa MUI 1981 juga digunakan untuk melarang penggunaan pakaian Sinterklas oleh umat Islam, terutama karena adanya keresahan para ulama di Jawa Timur dan Aceh. Hal ini didukung oleh Ketua PP Muhammadiyah Prof. Yunahar Ilyas (2014). Pada tahun 2014, penolakan terhadap instruksi pemakaian jilbab dan atribut muslim lain menjelang Ramadhan 2014 terjadi di Bali karena adanya anggapan upaya islamisasi dan berhubungan dengan pelarangan penggunaan pakaian Sinterklas dan atribut Natal lainnya. Pada tahun tersebut juga terjadi pelarangan penggunaan jilbab pada sekolah-sekolah di Bali yang dianggap sebagai suatu tantangan terhadap umat Islam.
Majelis Permusyawaratan Ulama (MPU) Banda Aceh (2013) juga mengharamkan ucapan ‘"Salam Natal"’ dan perayaan tahun baru karena tidak ada dalam ajaran Islam dan bukan terkait masalah toleransi. Selain Natal dan Tahun Baru, perayaan hari valentine juga diharamkan.
Pada pertengahan tahun 2016, seorang siswa kelas XI SMK Negeri 7 Semarang penganut aliran Kepercayaan yang awalnya ditetapkan tidak naik karena nilai agama Islamnya kosong, dengan mediasi LBH APIK dan Wali kota Semarang Hendrar Prihadi, dinyatakan naik ke kelas XII dan mulai bersekolah kembali sejak 31 Agustus 2016. Pada tahun 2017, terdapat kasus kewajiban berjilbab bagi siswi non-muslim yang diterima bersekolah di SMP Negeri 3 Genteng atas anjuran Pelaksana Tugas (Plt) Kepala Sekolah Teguh Lumekso. Hal tersebut menadapat perhatian serius dari Bupati Banyuwangi Abdullah Azwar Anas yang memerintahkan untuk membatalkan aturan tersebut. Namun, Sekretaris Jenderal Federasi Serikat Guru Indonesia, Retno Listyarti, menyebutkan bahwa aturan serupa juga ditemukan juga di Sumatera Barat dan Kabupaten Bima.
Pada tanggal 10 Desember 2016, Wali kota Bandung, Ridwan Kamil, memberikan sanki tegas kepada ormas Pembela Ahlus Sunnah (PAS) yang memaksa pembubaran KKR di Bandung (6-12-2016). Sebelumnya, KKR dibubarkan dengan alasan panitia KKR belum memenuhi kelengkapan prosedur serta dianjurkan untuk tidak beribadah di luar gereja, tetapi hal tersebut dibantah oleh panitia yang menyatakan bahwa mereka telah melengkapi segala persyaratan yang diperlukan untuk peribadatan pada siang maupun malam harinya.
Brian J. Grim menyatakan bahwa selain peraturan dan tindakan yang dilakukan oleh pemerintah, aksi yang dilakukan oleh individu maupun kelompok juga berpengaruh terhadap kebebasan keberagamaan dalam masyarakat.
Proselitisme seringkali dipandang sebagai upaya islamisasi atau kristenisasi yang dilakukan kelompok agama minoritas terhadap masyarakat mayoritas, misalnya kegiatan dakwah di Tengger yang mayoritas beragama Hindu. Masyarakat atau kelompok tertentu tidak jarang memprotes kegiatan yang diduga sebagai proselitisme, misalnya pembangunan Rumah Sakit Siloam di Padang (2013-2014) dan Solo (2015-2016) yang dianggap sebagai upaya kristenisasi. Menurut MUI, pemilik Rumah Sakit ini, yaitu James T. Riady, pernah menyatakan ingin mengkristenkan desa-desa miskin di Indonesia. Wali kota Padang, Fauzi Bahar, menuduh Gubernur Sumatera Barat, Irwan Prayitno, sebagai dalang di balik demonstrasi masyarakat Minangkabau, terutama karena Irwan Prayitno berasal dari PKS yang dikenal sebagai parta dakwah. Sementara itu, Wali kota Solo, F.X. Hadi Rudyatmo, dianggap tidak mendengarkan aspirasi warga yang menolak pembangunan Rumah Sakit Siloam karena mengkhawatirkan dampak lingkungan dan alasan akidah.
Hubungan antara kelompok agama mayoritas dan minoritas di Indonesia secara keseluruhan atau pada daerah-daerah tertentu beberapa kali mengalami ketimpangan, terutama pada wilayah yang pemeluk agama mayoritasnya memiliki paham radikal. Ketegangan antara mayoritas dan minoritas mulai meningkat pada masa Orde Reformasi karena peran serta pemerintah tidak setegas selama masa Orde Baru yang menekan aliran-aliran agama berpaham radikal.
Selain itu, pemerintah terkesan membiarkan pertumbuhan kelompok-kelompok agama garis keras yang bahkan bertujuan melengserkan dasar negara Pancasila dengan paham agama yang mereka anut. Perselisihan yang terjadi pada daerah-daerah umumnya berupa penolakan kelompok agama mayoritas terhadap pembangunan tempat ibadah atau pelaksanaan ibadah umat minoritas, yang terkadang bahkan diikuti kekerasan. Beberapa pemerintah daerah juga terlibat dan mendukung penekanan yang dilakukan kelompok agama mayoritas terhadap minoritas.
Aksi kekuasan mayoritas di tingkat nasional terjadi pada demonstrasi yang diakhiri kericuhan pada tanggal 4 November 2016 ("Demonstrasi 411") yang melibatkan ormas-ormas Islam berdemonstrasi ke Jakarta untuk menuntut Basuki Tjahaja Purnama agar diproses hukum karena dituduh telah melakukan pelecehan terhadap ayat Al-Qur'an. Hal tersebut dipicu tulisan Buni Yani melalui media Facebook yang mengomentari pidato Pilkada Basuki. The Guardian dan South China Morning Post menganggap pemerintahan Basuki sebagai gubernur di Jakarta sebagai anomali karena ia merupakan bagian dari dua kelompok minoritas, yaitu etnis Tionghoa yang beragama Kristen. Beberapa media luar negeri lain, seperti theThe New York Times, juga mengungkapkan bahwa peristiwa ini merupakan peristiwa politik yang dilatarbelakangi agama karena ketakutan kelompok mayoritas akan kehilangan kekuasaan yang selama ini dipegang oleh mereka. Penetapan Basuki sebagai tersangka oleh kepolisian menyebabkan Indonesia menjadi sorotan dunia internasional yang menunggu bukti terjaminnya pluralisme di Indonesia dan bahkan mempertanyakan kebenaran terjaminnya pluralisme pada masa Orde Baru. Sementara itu, peristiwa Bom Samarinda (13 November 2016) yang terjadi sekitar seminggu setelah Demonstrasi 411 dianggap MUI sebagai pengalihan isu terhadap kasus Basuki. Komentar tersebut dicerca berbagai lapisan masyarakat karena kasus pengeboman gereja Kristen tersebut menyebabkan seorang balita meninggal dan tiga lainnya mengalami luka bakar. Selain itu, sebagian masyarakat juga mempertanyakan mengapa kasus Bom Samarinda tidak ramai ditanggapi sebagaimana Demonstrasi 411, terutama oleh para ulama dan pelaku demo 411. Sebelumnya juga terjadi teror bom pada beberapa tempat, seperti Sekolah Kristen Gloria di Surabaya dan Gereja Katolik Gembala Baik di Kota batu paska-demonstrasi 411.
Berikut ini merupakan daftar kerusuhan dengan latar belakang agama yang terjadi di Indonesia selama masa Orde Reformasi.
Munculnya gerakan terorisme di Indonesia semenjak awal periode Reformasi, seperti kasus bom Mataram dan Poso serta bom malam Natal 2000, Bom Bali 2002, Bom Bali 2005, Bom McDonald's Makassar 2002, Bom Palu 2005, Bom Solo 2011, bom Vihara Ekayana di Jakarta (2013), bom Medan 2016, bom Samarinda 2016, Bom Singkawang 2016, dan sebagainya dikaitkan dengan Jamaah Islamiyah dan ormas-ormas Islam lain seperti Jamaah Ansharut Tauhid (JAT). Meskipun banyak pihak yang menolak kaitan antara Islam dan terorisme, atau mencoba memberikan bukti terorisme yang dilakukan non-muslim, hal tersebut tidak mencegah timbulnya Islamofobia di Indonesia. Misalnya di Bali, munculnya sentimen terhadap Islam paska Bom Bali menyebabkan terjadinya pengawasan ketat terhadap pendatang, penolakan RUU APP, penolakan pembangunan mushola dan masjid, penolakan pendirian bank syariah, sertifikasi halal, dan penolakan pemakaian jilbab.
Menurut Prof. Didin Hafidhuddin, radikalisme dianggap sebagai pangkal dari terorisme meski tidak semua radikalis merupakan teroris. Ia menyatakan bahwa radikalisme diduga memiliki dua ciri, yaitu mudah memberikan cap kafir kepada kelompok lain dan memahami jihad secara sempit dalam arti perang semata. Namun, lanjut Prof. Didin Hafidhuddin, penggunaan istilah "terorisme berbasis agama" adalah kurang tepat karena dapat menimbulkan kesan pembenaran bahwa radikalisme yang merupakan akar terorisme diajarkan dalam agama.
Berdasarkan pernyataan mantan petinggi Jamaah Islamiah (JI) Abdul Rahman Ayub, jaringan teroris saat ini melakukan perekrutan anggota melalui dunia maya. Usaha pihak-pihak tertentu dalam menyebarkan berita kebohongan mengenai agama Islam (dikenal dengan sebutan ""hoax Islami"") kerap kali menyebabkan terjadinya cyberbullying. NU, melalui sekelompok anggotanya yang disebut "Cyber Warriors", mencoba menghadang propaganda Islam radikal dan teroris di internet, antara lain dengan pembuatan meme dan melalui twitter.
Aksi teror juga menimpa Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, pada awal tahun 2016. Bupati Dedi dianggap sebagai penista dan perusak akidah agama Islam karena banyak membangun patung dan mengedepankan budaya Sunda di Purwakarta, yaitu lebih mengedepankan salam menurut budaya Sunda ("sampurasun") dibandingkan salam secara Islam. Selain memperoleh tuntutan hukum atas kasus penistaan agama, Dedi juga memperoleh ancaman melalui media sosial dan secara fisik.
Pada 16 November 2016, Setara Institute melakukan penelitian dan penilaian terhadap 94 kota di Indonesia dalam hal mempromosikan dan mempraktikkan toleransi beragama. Penelitian yang dilakukan sejak Agustus hingga Oktober 2015 ini mengukur tingkat toleransi beragama dari masing-masing kota dari empat variabel utama, yakni regulasi pemerintah, tindakan pemerintah, regulasi sosial atau peristiwa dan juga demografi agama. Hasilnya kota-kota yang dianggap memiliki tingkat toleransi beragama tertinggi meliputi Pematang Siantar, Salatiga, Singkawang, Manado, Tual, Sibolga, Ambon, Sorong, Pontianak, dan Palangkaraya. Sementara itu, kota-kota dengan tingkat toleransi beragama terendah meliputi Bogor, Bekasi, Banda Aceh, Tangerang, Depok, Bandung, Serang, Mataram, Sukabumi, Banjar dan Tasikmalaya.
Dalam paparan hasil pantauan Wahid Institute yang dilakukan selama Januari hingga Desember 2013, Majelis Ulama Indonesia (MUI) menduduki peringkat pertama sebagai pelaku pelanggaran toleransi dalam beragama. Menurut Kalau Subhi Azhari, salah satu peneliti Wahid Institute, hal ini dikarenakan MUI sering mengeluarkan fatwa-fatwa yang cenderung intoleran. Peringkat kedua ditempati oleh Front Pembela Islam (FPI) yang sebelumnya menduduki peringkat pertama. Selain MUI dan FPI, pelaku intitusi lain yang masuk ke dalam pantauan Wahid Institute di antaranya Forum Umat Islam (FUI) dengan 8 kasus, Aliansi Ormas Islam dengan 5 kasus, 3 kasus dikoleksi oleh JAT, perusahaan dan Aliansi Anti Ahmadiyah. Sementara dua kasus pelanggaran oleh GARIS, GP Ansor, Kampus, MMI, MTA, Muhammadiyah, dan LSM Muslim. Sisanya satu kasus oleh BASSRA, FBR, FKUM Pasar Minggu, Formasat Tasik, FUIB, GEMPA, Gerakan Masyarakat Peduli Kerukunan, UNS Solo, Pengelola Website, Solidaritas Indonesia Anti Penindasan, KUIB, LDII, Lembaga Kajian, dan Ormas Almanar. Namun, hasil penelitian tersebut ditepis oleh Ketua MUI Ahmad Cholil Ridwan yang menyatakan bahwa fatwa dibuat atas dasar ayat-ayat Al-Qur'an dan Hadist serta berfungsi untuk menyelamatkan umat Muslim dari kesesatan.
Riset oleh Setara Institute (2015) menyimpulkan Kota Bogor sebagai kota yang paling intoleran di antara 94 kota administratif yang menjadi sampel, antara lain disebabkan penanganan kasus GKI Yasmin, pemerintah memfasilitasi kegiatan kelompok intoleran (Aliansi Nasional Anti Syiah atau ANNAS), dan dikeluarkannya Surat Edaran Nomor: 300/321-Kesbangpol tentang larangan perayaan Asyura oleh Wali Kota Bogor, Bima Arya Sugiarto. Hal tersebut menyebabkan sejumlah warga Bogor yang bernaung dalam Yayasan Satu Keadilan menyomasi wali kotanya untuk menarik kembali surat edaran tersebut. Terkait survei tersebut, Bima Arya berkata bahwa mereka punya cara tersendiri dalam mengelola keberagaman dan kebersamaan di Kota Bogor.
Sementara itu, Kabupaten Purwakarta dinilai sebagai kabupaten yang menghargai kebebasan beragama bagi penduduknya serta menjadi salah satu calon penerima penghargaan sebagai daerah paling toleran oleh Dewan HAM Perserikatan Bangsa-bangsa. Pada Kongres Nasional Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (Jakarta, 23-2-2016), Komnas HAM memberikan penghargaan kepada Bupati Purwakarta, Dedi Mulyadi, atas perannya dalam menegakkan hukum di wilayahnya. Dedi Mulyadi membentuk ""Satgas Toleransi"" dalam usaha membendung massa intoleran, mendirikan sekolah ideologi yang menanamkan nilai-nilai Pancasila, dan mengeluarkan Surat Edaran Nomor 450/2621/Kesra tentang Jaminan Melaksanakan Ibadah Berdasarkan Keyakinan. Sementara itu, FPI dan Manhajus Solihin menyebut Purwakarta sebagai darurat akidah, dengan salah satu alasannya karena Dedi Mulyadi mengubah "Assalamualaikum" menjadi "Sampurasun". Ketua Umum PBNU Said Aqil Siroj menghimbau masyarakat Purwakarta untuk tidak menghiraukan tundingan tersebut dan berkomentar untuk membubarkan ormas yang sudah memprovokasi hingga dianggap meresahkan.
Pemberlakuan Syariat Islam di Aceh ditawarkan oleh Gus Dur (2001) sebagai jalan untuk menyelesaikan kasus Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Meskipun UU No 11 tahun 2006 tentang pemerintahan Aceh menyebutkan bahwa Hukum Syariat berlaku untuk umat Islam sementara masyarakat non-muslim hanya wajib menghormati pelaksanaannya, penerapannya terus memperoleh sorotan dari dalam dan luar negeri. Suraiya Kamaruzzaman, seorang aktivis HAM di Aceh, menilai bahwa peraturan pemberlakuan Syariat di Aceh (2014) atau "Qanun Jinayat" bersifat diskriminatif terhadap non-muslim. Sementara itu, Gubernur Aceh, Zaini Abdullah, memastikan bahwa Syariat Islam hanya diberlakukan bagi penduduk Aceh yang muslim, tidak bagi non-muslim yang menetap atau melakukan kegiatan di Aceh, sesuai Qanun Aceh Nomor 11 Tahun 2002 Pasal 13. Pada tahun 2016, hukuman cambuk diberlakukan kepada seorang wanita non-muslim yang berjualan minuman keras di Takengon. Meskipun hukuman tersebut merupakan pilihannya sendiri untuk menghindari hukuman penjara, Komnas HAM khawatir peristiwa tersebut akan dipraktikkan secara meluas karena "hukum positif tidak berlaku di sana" dan menjadi "suatu pergeseran dalam penerapan hukum Islam."
Setara Institute menyampaikan bahwa Provinsi Aceh berada di urutan kedua tertinggi terjadinya pelanggaran kebebasan beragama di Indonesia dengan pelaku pelanggaran terbanyak adalah aparatur Pemkab atau Pemkot. Intoleransi keberagamaan banyak terjadi di Aceh Singkil. Ketua Forum Cinta Damai Aceh Singkil (Forcidas), Boas Tumangger, dan tokoh muslim Ramli Manik, dan perwakilan Posko Kemanusiaan Lintas Iman mendatangi Komnas HAM (2016) untuk mengadukan persoalan kebebasan beragama dan beribadah di Aceh Singkil. Disebutkan bahwa sesudah peristiwa pembakaran gereja HKI (13 Oktober 2015), izin pembangunan gereja dipersulit. Dinas Pendidikan dan Kementerian Agama Aceh Singkil juga melakukan praktik diskriminasi bahwa semua peserta didik wajib mengikuti pelajaran agama Islam sehingga selama puluhan tahun semua SDN di Singkil tidak memiliki guru agama Nasrani. Semua siswa non-muslim harus mengikuti pelajaran agama Islam, termasuk baca tulis Arab dan Al-Quran, supaya bisa naik atau lulus. Forcidas dan Posko Kemanusiaan Lintas Iman juga menuntut peradilan yang adil dan independen untuk Wahid Tumangger serta menuntut Komisi Yudisial mengusut Majelis Hakim PN Singkil yang terlibat karena diduga memberikan keputusan hukum yang tidak adil.
Peristiwa pembakaran gereja HKI menyebabkan ribuan penduduk Kristen Singkil mengungsi ke beberapa kabupaten di Sumatera Utara. Dewan Pakar NU Aceh, Teuku Kemal Fasya (2015), menilai bahwa proses islamisasi dan kristenisasi berjalan secara alamiah di Singkil, tetapi isu kristenisasi diangkat dalam kampanye hitam dan bernuansa politis. Ia menilai kekerasan di Singkil, termasuk perobohan 10 gereja oleh bupati, dimobilisasi oleh aktor tertentu karena massa mengabaikan himbauan ulama Singkil, polisi kurang memberikan respon, dan massa anarkis datang dari wilayah yang jauh. Ramli Manik menyampaikan bahwa sebenarnya tidak ada ketegangan antar umat Islam dengan Kristen dan Katolik di Aceh Singkil, terutama karena mereka juga terikat hubungan keluarga. Namun, Pemkab Aceh Singkil mengeluarkan kebijakan-kebijakan diskriminatif dan restriktif sehingga menyebabkan terjadinya intoleransi keberagamaan.
Setelah beberapa kasus kekerasan yang terjadi di Indonesia, seperti Cikeusik, Temanggung, dan Jawa Timur, Aliansi Jogja untuk Indonesia Damai (Aji Damai) mendeklarasikan ""Yogya Kota Toleran"" bersama tokoh lintas agama DIY pada tanggal 3 Maret 2011. Menurut koordinator pelaksana, Subkhi Ridho, Yogyakarta sebagai kota budaya dan kota pendidikan pantas menjadi teladan toleransi keberagamaan di Indonesia. Namun, berbagai kasus kekerasan dan intoleransi agama menyebabkan Yogyakarta dinilai sebagai Kota Intoleran, misalnya penyerangan umat Katolik di Sleman (2014 dan 2016), penutupan Lembaga Rausyan Fikr (2014) akibat MUI Yogyakarta mengeluarkan fatwa sesat atas permintaan Front Jihad Islam (FJI), pengusiran dan penganiayaan, penyerangan dan penutupan gereja yang sudah atau belum memiliki IMB, penolakan perayaan keagamaan, pembubaran diskusi, pengrusakan situs makam dan kelenteng, dan sebagainya.
Berdasarkan dokumentasi Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika (ANBTI) di Universitas Gadjah Mada (2016), Kabupaten Gunungkidul merupakan wilayah yang tingkat intoleransinya paling tinggi. Menurut Najib Azca (2014), sosiolog dan peneliti Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian (PSKP) UGM, pada tahun 2000an banyak eksmujahid Poso dan Ambon membangun komunitas di Yogyakarta. Ia menyatakan bahwa, "Mereka dulu giat menyerang minoritas dalam Islam, seperti Syiah dan Ahmadiyah, tapi sekarang sudah menyasar nonmuslim." Pada Desember 2016, Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk menurunkan baliho mereka yang menampilkan mahasiswi berjilbab atas desakan Forum Umat Islam (FUI). Sementara itu, Rektor Universitas Sanata Dharma menyatakan akan menolak tuntutan FUI untuk menurunkan baliho mereka yang juga menampilkan mahasiswi berjilbab, karena selain tidak ingin kewenangan universitas Katolik tersebut diatur oleh ormas tertentu, penampilan mahasiswi berjilbab merupakan bentuk penghargaan terhadap semua mahasiswa muslim yang berkuliah di kampus tersebut.
Serikat Jurnalis untuk Keberagaman (Sejuk) memandang Sultan Hamengkubawana X membiarkan tindakan intoleransi yang terjadi dan mendesak pengusutan serta penangkapan pihak yang melakukan kekerasan. Bahkan, Masyarakat Anti-Kekerasan Yogyakarta (Makaryo) mendesak agar Penghargaan Pluralisme yang diberikan oleh oleh Jaringan Antar-Iman (JAI) kepada Sultan (Mei 2014) untuk dicabut. Sultan Hamengkubuwana X (2014) menyadari bahwa penegakan hukum yang lemah merupakan penyebab permasalahan intoleransi di Yogyakarta, tetapi ia kesulitan "menggunakan otoritas tertingginya sebagai kepala daerah untuk mendesak Kepala Kepolisian Daerah DIY menuntaskan kasus-kasus intoleransi secara hukum".
Pada masyarakat Bali yang mayoritas beragama Hindu, kebebasan beragama tergolong tinggi karena, menurut IDG Ngurah Utama, Hindu memiliki ajaran yang sangat toleran, yaitu ""om basudewa kumtu ba kamyang"" (semua manusia bersaudara). Bimas Islam Bali menyebutkan bahwa kehidupan umat beragama di Bali tergolong tinggi dan patut ditiru oleh provinsi lain di Indonesia. Di Bali tidak pernah terjadi bentrok antar umat beragama, tempat ibadah antar agama banyak yang berdampingan, dan terdapat tradisi "Ngejot" atau mengirim makanan kepada tetangga saat hari raya kepada umat berbeda agama sebagai tanda kehidupan yang rukun dalam bertetangga. Akulturasi budaya juga tampak dalam bidang keagamaan, seperti umat Katolik di Dusun Tuka, Dalung yang beribadah menggunakan pakaian khas Bali serta masih melestarikan nama Balinya. Ketua Matakin Bali, Ahi Matain (2015), juga menegaskan bahwa kerukunan beragama di Bali sudah terjalin sejak lama. Pada tahun 2016, FKUB Bali memutuskan memberi toleransi umat Islam untuk salat sunah gerhana pada saat Nyepi. Meskipun demikian, Perda Nyepi di Bali dianggap sebagai salah satu perda diskriminatif di Indonesia karena memaksakan umat beragama lain untuk tidak beraktivitas sebagaimana mayoritas Hindu. Kegiatan keagamaan Hindu yang kerap menggunakan badan jalan juga dianggap mengganggu oleh sebagian umat non-Hindu, sementara yang lain memaklumi karena kegiatan tersebut merupakan budaya turun-temurun di Bali.
Pasca Bom Bali I dan II, ketegangan kerap terjadi antara umat Hindu dan Islam di Bali, misalnya pelarangan penggunaan jilbab di sekolah-sekolah negeri di Bali. Meskipun akhirnya diterbitkan Permendikbud 45/2014 yang melegalisasi penggunaan jilbab oleh pelajar sehingga sekolah-sekolah bersedia menerima siswi berjilbab. Pada tahun 2014, ratusan pemuda Bali berdemonstrasi di depan kantor Bank Indonesia (BI) Denpasar untuk menolak perbankan syariah. Aliansi Hindu Muda Bali menyatakan bahwa tujuh kabupaten di Bali menolak pendirian bank syariah. Melalui Dr Shri I.G.N. A. Wedakarna M.W.S., ia tidak mempermasalahkan sistem ekonomi syariah, tetapi curiga ada keinginan dari pihak-pihak tertentu di balik "branding" syariah yang dibawa ke Bali, misalnya karena ada karyawan beragama Hindu yang tidak boleh memasang sarana persembahyangan umat Hindu di bank syariah. Selain itu, ia juga menyatakan bahwa umat Islam kurang dapat menyesuaikan dengan unsur budaya lokal. Ali Rama, perwakilan Ikatan Ahli Ekonomi Islam (IAEI), menyayangkan pandangan bahwa perbankan syariah berkaitan dengan agama tertentu.
Instruksi penggunaan peci dan kerudung pada beberapa perusahaan seperti PT Jasamarga Bali Tol (JBT), Hypermart, Smartfren, Hoka Hoka Bento, dan Taman Nusa untuk menyambut Lembaran (2014) juga menuai protes dari Aliansi Hindu Bali yang terdiri atas Cakrawahyu, Yayasan Satu Hati Ngrestiti Bali, Yayasan Hindu Nusantara, dan Pusat Koordinasi Hindu Nusantara karena dianggap atribut khas agama tertentu. Sikap tersebut dinilai Ketua PHDI Jakarta Pusat, IDG Ngurah Utama, sebagai tindakan intoleran yang dilakukan oknum fanatik yang ada di tiap agama. Ketua PHDI Provinsi Bali, I Gusti Ngurah Sudiana, menganjurkan seluruh umat Hindu untuk tidak mengusik kenyamanan kelompok berbeda keyakinan dengan menuntut pelarangan jilbab, peci, atau pendirian bank syariah. Wasekjen MUI Bidang Budaya, Natsir Zubaedi, menegaskan bahwa penggunaan lambang keagamaan adalah hak; pelarangan terhadap hal tersebut merupakan pelanggaran hak asasi manusia.
Menurut survei Lembaga Studi dan Advokasi Masyarakat (ELSAM) bersama dengan Yayasan TIFA selama tahun 2011-2012, Papua merupakan provinsi terbaik di Indonesia berkenaan dengan kebebasan beragama, diikuti oleh Kalimantan Barat. Disebutkan bahwa hampir tidak ada persoalan tentang keberagamaan di Papua, kecuali bahwa tidak ada perda khusus yang mengatur perlindungan kebebasan beragama. Menurut Ketua Presidium Perhimpunan Indonesia Timur (PPIT), Laode Ida (2015), warga asli Papua sangat menghormati kebebasan beragama dan toleran dengan penganut keyakinan yang berbeda. Namun, pada tahun 2015, terjadi pelarangan perayaan Idul Fitri yang berujung pada pembakaran masjid di Tolikara hingga korban meninggal di pihak GIDI (17 Juli 2015). Komnas HAM menyampaikan bahwa Bupati Tolikara, Usman Wanimbo, bersama dua fraksi DPRD Tolikara (2013), mengakui telah menandatangani Perda tentang pelarangan dan pembatasan agama dan pengamalan agama tertentu di Tolikara. Gereja Injili di Indonesia (GIDI) juga mengeluarkan surat nomor 90/SP/GIDI-WT/VII/2015 yang ditujukan kepada umat Islam Tolikara bahwa akan diadakan kegiatan Kebaktian kebangunan rohani (KKR) tingkat Internasional pada tanggal 13-19 Juli 2015. Bersama dengan surat tersebut, umat Islam tidak diizinkan merayakan Lebaran di wilayah Kabupaten Tolikara dan dilarang memakai pakai jilbab. Insiden ini menyebabkan banyak media menyulut kebencian terhadap umat Kristen hingga hoax yang menyebutkan bahwa Idul Fitri sudah dirayakan di Papua semenjak tahun 1945, bahkan terjadi pembakaran gereja di Kota Palu, Yogyakarta, Solo, dan Purworejo sambil menyebut pelaku pembakaran di Tolikara sebagai teroris Kristen. Meskipun pada tanggal 15 Juli 2015, perayaan Idul Fitri di Tolikara sudah tidak lagi dilarang, insiden tanggal 17 Juli 2015 terjadi akibat Arianto Koyoga dan Jundu Wanimbo menghasut 80 orang untuk menyerang 300 warga yang sedang beribadah di halaman Koramil Karubaga.