संयुक्त राज्य अमेरिका में अमेरिकी मूल-निवासी
संयुक्त राज्य अमेरिका में अमेरिकी मूल-निवासी उत्तरी अमेरिका में वर्तमान महाद्वीपीय संयुक्त राज्य अमेरिका, अलास्का के भागों और हवाई के द्वीपीय राज्य की सीमाओं के भीतर रहने वाले मूलनिवासी लोग हैं। वे अनेक, विशिष्ट कबीलों, राज्यों और जाति-समूहों से मिलकर बने हैं, जिनमें से अनेक का अस्तित्व पूर्ण राजनैतिक समुदायों के रूप में मौजूद है। अमेरिकी मूल-निवासियों का उल्लेख करने के लिए प्रयुक्त शब्दावलियाँ विवादास्पद हैं; यूएस सेंसस ब्यूरो (US Census Bureau) के सन 1995 के घरेलू साक्षात्कारों के एक समुच्चय के अनुसार, अभिव्यक्त प्राथमिकता वाले उत्तरदाताओं में से अनेक ने अपना उल्लेख अमेरिकन इन्डियन्स (American Indians) अथवा इन्डियन्स (Indians) के रूप में किया।
पिछले 500 वर्षों में, अमेरिकी महाद्वीप में एफ्रो-यूरेशियाई अप्रवासन के परिणामस्वरूप पुराने और नये विश्व के समाजों के बीच सदियों तक टकराव और समायोजन हुआ है। अमेरिकी मूल-निवासियों के बारे में अधिकांश लिखित ऐतिहासिक रिकॉर्ड की रचना यूरोपीय लोगों द्वारा अमेरिका में उनके अप्रवासन के बाद की गई थी। अनेक अमेरिकी मूल-निवासी शिकारी-संग्राहक समाजों के रूप में रहा करते थे, हालांकि अनेक समूहों में, महिलाएँ कई प्रकार के पदार्थों, मक्का, सेम और स्क्वाश, की परिष्कृत कृषि का कार्य किया करतीं थीं। उनकी संस्कृतियाँ पश्चिमी यूरेशिया से आए ग्राम्य, प्रोटो-औद्योगिक अप्रवासियों की संस्कृतियों से बहुत भिन्न थीं। स्थापित मूलनिवासी अमरीकियों और आप्रवासी यूरोपीयों की संस्कृतियों के बीच अंतर और साथ ही प्रत्येक संस्कृति के विभिन्न राष्ट्रों के बीच गठबंधनों में होने वाले परिवर्तन के कारण बड़े पैमाने पर राजनैतिक तनाव व जातिगत हिंसा उत्पन्न हुई. वर्तमान संयुक्त राज्य अमेरिका की पूर्व-कोलंबियाई जनसंख्या के आकलनों में लक्षणीय अंतर है, जो कि 1 मिलियन से 18 मिलियन के बीच है।
उपनिवेशों द्वारा ग्रेट ब्रिटेन के खिलाफ विद्रोह करने और संयुक्त राज्य अमेरिका की स्थापना किये जाने के बाद, राष्ट्रपति जॉर्ज वॉशिंगटन और हेनरी नॉक्स ने संयुक्त राज्य अमेरिका की नागरिकता की तैयारी के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों को "सभ्य बनाने" का विचार व्यक्त किया। समावेश (चाहे स्वैच्छिक हो, जैसा कि चोकटॉ (Choctaw) के साथ हुआ, या जबरन) पूरे अमेरिकी प्रशासन में एक सुसंगत नीति बन गई। उन्नीसवीं सदी के दौरान, भाग्य के स्पष्टीकरण (Manifest destiny) का सिद्धांत अमेरिकी राष्ट्रवादी आंदोलन का अभिन्न अंग बन गया। अमेरिकी विद्रोह के बाद यूरोपीय-अमेरिकी जनसंख्या के विस्तार का परिणाम अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि पर बढ़ते दबाव, समूहों के बीच आपसी लड़ाइयों और बढ़ते तनाव के रूप में मि्ला. सन 1830 में, अमेरिकी कांग्रेस ने इंडियन रिमूवल ऐक्ट पारित किया, जिसके द्वारा सरकार को इस बात के लिए प्राधिकृत किया गया कि वह अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासियों को उनकी भूमियों से हटाकर मिसीसिपी नदी के पूर्व में डीप साउथ क्षेत्र में स्थलांतरित करे और संयुक्त राज्य अमेरिका से यूरोपीय-अमेरिकी विस्तार को स्थान दे. शासकीय अधिकारियों का विचार था कि समूहों के बीच टकराव को कम करके वे जीवित बचे रहने में इंडियन लोगों की सहायता भी कर सकेंगे. बचे हुए समूहों के वंशज पूरे दक्षिणी भाग में निवासरत हैं। वे संगठित हो चुके हैं और अनेक राज्यों और कुछ मामलों में संघीय सरकार, द्वारा बीसवीं सदी के अंतिम भाग से ही उन्हें जनजातियों के रूप में संगठित किया जा चुका है।
पहले यूरोपीय अमरीकियों का पश्चिमी जनजातियों से सामना फर के व्यापारियों के रूप में हुआ। जब संयुक्त राज्य अमेरिका का विस्तार अमेरिकन वेस्ट तक पहुँच गया, तो निवासी और खनन आप्रवासियों का ग्रेट प्लेन की जनजातियों के साथ टकराव बढ़ने लगा। वे जटिल घुमंतू संस्कृतियाँ थीं, जिनका आधार घोड़ों का प्रयोग करना और मौसमी रूप से बायसन के शिकार के लिए यात्रा करना था। उन्होंने "इंडियन युद्धों", जो कि सन 1890 के दशक तक अक्सर होते रहे, की एक श्रृंखला के द्वारा अमेरिकी गृह-युद्ध के बाद दशकों तक अमेरिकी घुसपैठ का कड़ा विरोध किया। अंतरमहाद्वीपीय रेलमार्ग के आगमन के कारण पश्चिमी जनजातियों पर दबाव बढ़ गया। समय के साथ-साथ, संयुक्त राज्य अमेरिका ने जनजातियों पर संधियाँ करने और भूमि का अधिकार छोड़ देने का दबाव बनाया और अनेक पश्चिमी राज्यों में उनके लिए आरक्षणों की स्थापना की. अमेरिकी एजेंटों ने अमेरिकी मूल-निवासियों को इस बात के लिए प्रेरित किया कि वे यूरोपीय शैली की कृषि और उसी तरह के अन्य कार्यों को अपनाएं, लेकिन भूमि अक्सर इस तरह के प्रयोगों का समर्थन कर पाने योग्य सक्षम नहीं थी।
समकालीन अमेरिकी मूल-निवासियों का संयुक्त राज्य अमेरिका के साथ एक अद्वितीय संबंध है क्योंकि वे राष्ट्रों, जनजातियों या अमेरिकी मूल-निवासियों के बैंड के सदस्य हो सकते हैं, जिन्हें संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार से स्वायत्तता या स्वतंत्रता प्राप्त है। उनके समाज और संस्कृतियाँ अप्रवासियों (स्वैच्छिक या दास दोनों) के वंशजों की एक बड़ी जनसंख्या के बीच फल-फूल रहे हैं: अफ्रीकी, एशियाई, मध्य-पूर्वी और यूरोपीय लोग. जो अमेरिकी मूल-निवासी पहले से ही संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक नहीं थे, संयुक्त राज्य अमेरिका की कांग्रेस द्वारा उन्हें सन 1924 में नागरिकता प्रदान की गई।
अमेरिकियों के स्थलांतर के अब भी विवादित सिद्धांत के अनुसार, यूरेशिया से अमेरिका की ओर मनुष्यों का अप्रवासन बेरिंगिया, एक भूमि-पुल, जो कि पहले इन दो महाद्वीपों को उस स्थान पर जोड़ता था, जिसे अब बेरिंग जलडमरूमध्य कहा जाता है। गिरते हुए समुद्री-स्तरों के कारण साइबेरिया को अलास्का से जोड़ने वाले बेरिंग भूमि-पुल का निर्माण हुआ, जिसकी शुरुआत लगभग 60,000-25,000 वर्षों पूर्व हुई. समय की वह गहराई, जब यह आप्रवासन हुआ था, की पुष्टि 12,000 वर्षों पूर्व के रूप में हो चुकी है और इसकी ऊपरी सीमा (या प्राचीनतम काल) कुछ अनसुलझे दावों का मुद्दा बना हुआ है। ये शुरूआती पैलियोअमेरिकी शीघ्र ही पूरे अमेरिकी महाद्वीप में फैल गए और सैकड़ों विशिष्ट व सांस्कृतिक रूप से भिन्न राष्ट्रों व कबीलों में बदल गए। उत्तर अमेरिका का मौसम अंततः 8000 बीसीई (BCE) में स्थिर हुआ; उस समय के मौसम की स्थितियाँ वर्तमान स्थितियों के समान ही थीं। इसके परिणामस्वरूप बड़े पैमाने पर आप्रवासन व फसलों की खेती की शुरुआत हुई और परिणामित रूप से पूरे अमेरिकी महाद्वीप की जनसंख्या में एक नाटकीय वृद्धि देखी गई।
बड़े जंगली जानवरों के शिकार की संस्कृति, जिसे क्लोविस संस्कृति के रूप में चिह्नित किया जाता है, को मुख्यतः इसके द्वारा निर्मित लंबे धारीदार प्रक्षेप्य नुकीले हथियारों के द्वारा पहचाना जाता है। इस संस्कृति को इसका यह नाम क्लोविस, न्यू मेक्सिको के पास मिली शिल्पाकृतियों से प्राप्त हुआ है; इस उपकरण परिसर के पहले प्रमाण की खुदाई सन 1932 में की गई थी। क्लोविस संस्कृति अधिकांश उत्तरी अमेरिका में फैली हुई थी और इसे दक्षिणी अमेरिका में भी देखा गया है। इस संस्कृति की पहचान विशिष्ट क्लोविस नुकीले हथियार, छिद्रों वाली एक बांसुरी से युक्त भाले का चकमक पत्थर से बना नुकीला टुकड़ा, के द्वारा की जाती है, जिसके द्वारा इसे एक छड़ में प्रविष्ट किया जाता था। क्लोविस पदार्थों का काल-निर्धारण पशुओं की हड्डियों के साथ संबंध व कार्बन डेटिंग विधियों के प्रयोग द्वारा किया किया गया है। उन्नत कार्बन-डेटिंग विधियों का प्रयोग करके क्लोविस पदार्थों के हालिया पुनर्परीक्षणों से उत्पन्न परिणाम 11,050 और 10,800 रेडियोकार्बन वर्ष बी.पी. (B.P.) (मोटे तौर पर 9100 से 8850 ईपू) है।
अनेक पैलियोइंडियन संस्कृतियाँ उत्तरी अमेरिका पर काबिज थीं, जिनमें से कुछ आधुनिक संयुक्त राज्य अमेरिका और कनाडा के महान मैदानों (Great Plains) और महान झीलों (Great Lakes) तक व साथ ही पश्चिम और दक्षिण-पश्चिम के निकटवर्ती भागों तक सीमित थीं। अमेरिकी महाद्वीप के मूल-निवासी लोगों में से अनेक के मौखिक इतिहासों के अनुसार, वे अपने उदगम के समय से ही वहाँ निवासरत थे, जिसका वर्णन रचना के पारंपरिक विवरणों की एक व्यापक श्रेणी के द्वारा किया गया है। फॉल्सम परंपरा (Folsom Tradition) को फॉल्सम नुकीले हथियारों के रूप में फॉल्सम के प्रयोग और हत्या-स्थलों, जहाँ बायसन की हत्या करने और गोश्त निकालने का कार्य किया जाता था, से ज्ञात गतिविधियों के द्वारा पहचाना जाता है। 9000 बीसीई (BCE) और 8000 बीसीई (BCE) के बीच फॉल्सम हथियार पीछे छोड़ दिये गए। ना-डीन (Na-Dené) लोगों ने उत्तरी अमेरिका में लगभग 8000 ईपू प्रवेश किया और 5000 बीसीई (BCE) तक वे उत्तर-पश्चिमी प्रशांत तट तक पहुँचे, और वहाँ से उन्होंने प्रशांत तटीय व भीतरी भागों में प्रवेश किया। भाषाविद, मानविकीविद और पुरातत्वविद मानते हैं कि उनके पूर्वज एक पृथक आप्रवासन के अंतर्गत उत्तरी अमेरिका आए थे, जो कि पैलियो-इंडियन्स के बाद हुआ था। पहले वे वर्तमान क्वीन शैरलोट आइलैंड्स, ब्रिटिश कोलम्बिया के आस-पास बस गए, जहाँ से वे प्रशांत के तट के साथ बढ़ते हुए अलास्का और उत्तरी कनाडा व आंतरिक भागों में पहुँचे। वे वर्तमान और ऐतिहासिक नेवाजो व अपाचे सहित एथाबास्कन-भाषियों के प्राचीनतम पूर्वज थे। उनके गांव बड़े बहु-पारिवारिक आवासों के साथ बने होते थे, जिनका प्रयोग मौसम के अनुसार किया जाता था। लोग वहाँ पूरे वर्ष भर नहीं रहते थे, बल्कि केवल गर्मियों के दौरान शिकार करने और मछली पकड़ने के लिए तथा शीत-काल के लिए भोजन-आपूर्ति एकत्रित करने के लिए वहाँ रहा करते थे। ओशारा परंपरा (Oshara Tradition) के लोग 5500 बीसीई (BCE) से 600 सीई (CE) के बीच निवासरत थे। दक्षिणपश्चिमी आर्काइक परंपरा (Southeastern Archaic Tradition) उत्तर-मध्य न्यू मेक्सिको, सैन जुआन बेसिन, रियो ग्रैंडे घाटी, दक्षिणी कोलोराडो और दक्षिण-पूर्वी यूटा (Utah) में केन्द्रित थी।
पोवर्टी पॉइन्ट संस्कृति (Poverty Point Culture) एक पुरातात्विक संस्कृति है, जिसके निवासी मिसीसिपी घाटी के निचले भाग और इसके आस-पास स्थित खाड़ी के तटीय भाग में निवास करते थे। यह संस्कृति आर्काइक काल के अंतिम भाग के दौरान 2200 ईपू-700 ईपू के बीच विकसित हुई. इस संस्कृति के प्रमाण पोवर्टी पॉइन्ट, लुइज़ियाना से लेकर बेल्ज़ोनी, मिसीसिपी के पास जेकटाउन साइट की 100-मील की सीमा तक, 100 से अधिक स्थानों पर प्राप्त हुए हैं।
उत्तरी अमेरिकी पूर्व-कोलंबियाई संस्कृतियों का वुडलैंड काल मोटे तौर पर उत्तरी अमेरिका के पूर्वी भागों में 1000 ईपू से 1000 सीई (CE) तक की समयावधि को संदर्भित करता है। "वुडलैंड" शब्द सन 1930 के दशक में दिया गया था और यह आर्काइक काल और मिसीसिपीय संस्कृति के बीच की अवधि वाले पूर्व-ऐतिहासिक स्थलों को संदर्भित करता है। होपवेल परंपरा (Hopewell Tradition) शब्द उन अमेरिकी मूलनिवासियों के आम पहलुओं का वर्णन करने के लिए प्रयुक्त शब्द है, जो 200 ईपू से 500 सीई (CE) के बीच उत्तरपूर्वी और मध्यपश्चिमी संयुक्त राज्य अमेरिका में नदियों के आस-पास विकसित हुए. thumb|300px|एल्फ्रेड क्रोएबर के अनुसार पूर्व-कोलंबियाई उत्तरी अमेरिका के सांस्कृतिक क्षेत्र होपवेल परंपरा एकल संस्कृति या समाज नहीं, बल्कि संबंधित जनसंख्याओं का एक व्यापक रूप से वितरित समुच्चय था, जो व्यापारिक मार्गों के एक आम नेटवर्क के द्वारा जुड़े हुए थे, जिसे होपवेल एक्सचेंज सिस्टम (Hopewell Exchange System) के नाम से जाना जाता था। अपने अधिकतम विस्तार पर, "होपवेल एक्सचेंज सिस्टम" दक्षिणपूर्वी संयुक्त राज्य अमेरिका से लेकर दक्षिणपूर्वी कनाडा के भीतर लेक ऑन्टेरियो के तटों तक फैला हुआ था। इस क्षेत्र के भीतर, समाज बहुत बड़ी सीमा में आदान-प्रदान में सहभागी हुए करते थे, जिसमें गतिविधियों की उच्चतम मात्रा जलीय-मार्गों के माध्यम से होती थी, जो कि उनके मुख्य परिवहन मार्ग थे। होपवेल एक्सचेंज सिस्टम पूरे संयुक्त राज्य अमेरिका से पदार्थों का व्यापार करता था।
कोलेस क्रीक संस्कृति (Coles Creek culture) वर्तमान दक्षिणी संयुक्त राज्य अमेरिका में निचली मिसीसिपी घाटी की एक पुरातात्विक संस्कृति है। इस अवधि में इस क्षेत्र के सांस्कृतिक इतिहास में एक लक्षणीय परिवर्तन देखा गया। जनसंख्या में नाटकीय रूप से वृद्धि हुई. बढ़ती हुई सांस्कृतिक व राजनैतिक जटिलता, विशेषतः कोलेस क्रीक क्रम के अंत के दौरान, के पुख्ता सबूत मौजूद हैं। हालांकि चीफडम समाजों के पारंपरिक लक्षणों में से अनेक को अभी तक प्रदर्शित नहीं किया गया है, लेकिन 1000 सीई (CE) तक सरल कुलीन शिष्टों की रचना प्रारम्भ हो चुकी थी। कोलेस क्रीक स्थल अर्कान्सास, लुइज़ियाना, ओक्लाहोमा, मिसीसिपी और टेक्सास में पाये गए हैं। इसे प्लाकमाइन संस्कृति (Plaquemine culture) का पूर्वज माना जाता है।
होहोकाम (Hohokam) वर्तमान दक्षिण-पश्चिम अमेरिका की चार मुख्य पूर्व-ऐतिहासिक पुरातात्विक परंपराओं में से एक है। सरल किसानों के रूप में रहने वाले ये लोग मक्का और सेम उगाया करते थे। प्रारम्भिक होहोकाम लोगों ने मध्य गिला नदी के पास छोटे गांवों की एक श्रृंखला स्थापित की. ये समुदाय अच्छी कृषि-योग्य भूमि के पास स्थित थे और इस काल के शुरुआती वर्षों में शुष्क कृषि आम थी। 300 सीई (CE) से 500 सीई (CE) तक आते-आते घरेलू जल आपूर्ति के लिए कुएं खोदे जाने लगे थे, जो कि सामान्यतः से कम गहरे होते थे। प्रारम्भिक होहोकाम घर एक अर्ध-वृत्ताकार पद्धति में मुड़ी हुई शाखाओं से बनाये जाते थे और इन्हें टहनियों, सरकंडों और बड़ी मात्रा में प्रयुक्त मिट्टी व अन्य उपलब्ध पदार्थों के द्वारा ढंका जाता था।
परिष्कृत पूर्व-कोलंबियाई अनुद्योगशील समाज उत्तरी अमेरिका में विकसित हुए, हालांकि प्रौद्योगिकीय रूप से वे दक्षिण में स्थित मेसोअमेरिकी सभ्यताओं जितने उन्नत नहीं थे। दक्षिणपूर्वी सेरेमोनियल कॉम्प्लेक्स (Ceremonial Complex) पुरातत्वविदों द्वारा मिसीसिपीय संस्कृति, जो कि 1200 सीई (CE) से 1650 सीई (CE) के बीच लोगों द्वारा मक्के की खेती और चीफडम-स्तर की जटिल सामाजिक संरचना को अपनाये जाने के समय ही मौजूद थी, की शिल्पाकृतियों, व्यक्ति-चित्रणों (Iconography), समारोहों व पौराणिक कथाओं की क्षेत्रीय शैलीपूर्ण समानता को दिया गया नाम है। लोकप्रिय विश्वास के विपरीत, ऐसा प्रतीत होता है कि इस विकास का मेसोअमेरिका के साथ कोई प्रत्यक्ष संबंध नहीं है। इसका विकास स्वतंत्र रूप से हुआ और इसका परिष्करण मक्के के अतिरिक्त उत्पादन के संग्रहण, अधिक सघन जनसंख्या और कुशलताओं के विशेषीकरण पर आधारित था। यह सेरेमोनियल कॉम्प्लेक्स मिसीसिपीय लोगों के धर्म के एक प्रमुख घटक का प्रतिनिधित्व करता है और यह उन मुख्य साधनों में से एक है, जिनके द्वारा उनके धर्म को समझा जाता है।
मिसीसिपीय संस्कृति ने मेक्सिको के उत्तर में उत्तरी अमेरिका में मिट्टी के सबसे बड़े बांधों का निर्माण किया, उल्लेखनीय रूप से कैहोकिया में, जो कि वर्तमान इलिनॉइस में मिसीसिपी की एक सहायक नदी पर आधारित था। इसके 10-मंजिला मॉन्क्स माउंड (Monks Mound) की परिधि तियोथुआकान (Teotihuacan) स्थित पिरामिड ऑफ द सन (Pyramid of the Sun) या मिस्र के ग्रेट पिरामिड से भी अधिक थी। छः वर्ग मील में फैला नगर परिसर लोगों के ब्रह्माण्ड-विज्ञान पर आधारित था और इसमें 100 से अधिक टीले (mounds) थे, जो खगोल-शास्र के उनके परिष्कृत ज्ञान की ओर अभिविन्यस्त थे। इसमें एक वुडहेंज शामिल था, जिसके पवित्र देवदार की लकड़ी से बने ध्रुव ग्रीष्म और शीत अयनांतों व शरद और वसंत विषुवों को चिह्नित करने के लिए रखे गए थे। इसकी अधिकतम जनसंख्या सन 1250 ईसवी में 30,000-40,000 थी, जिसकी बराबरी वर्तमान संयुक्त राज्य अमेरिका के किसी भी शहर की सन 1800 तक की जनसंख्या द्वारा नहीं की जा सकती. इसके अलावा, कैहोकिया एक मुख्य क्षेत्रीय चीफडम था, जिसके साथ व्यापारिक व सहायक चीफडम थे, जो कि महान झीलों से मेक्सिको की खाड़ी तक फैले हुए थे।
आइरोक्युइस लीग ऑफ नेशन्स (Iroquois League of Nations) या "पीपल ऑफ द लॉन्ग हाउस (People of the Long House)" का एक संघीय मॉडल था, जिसके बारे में यह दावा किया जात है कि इसने बाद में लोकतांत्रिक संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार के विकास के दौरान राजनैतिक विचारधारा में योगदान दिया. संबद्धता की उनकी प्रणाली एक प्रकार का संघ थी, जो कि उन शक्तिशाली राजतंत्रों, जिनसे यूरोपीय लोग आए थे, से एक प्रस्थान था। नेतृत्व 50 सैशेम (Sachem) के एक समूह तक ही सीमित था, जिनमें से प्रत्येक व्यक्ति एक कबीले के भीतर के एक गोत्र का प्रतिनिधित्व करता था; ओनैडा (Oneidas) और मोहॉक लोगों (Mohawk) में से प्रत्येक के पास नौ स्थान थे, ऑनोंडगा (Onondagas) लोगों के पास चौदह स्थान थे, केयुगों (Cayugas) के पास दस थे और सेनेक (Senecas) लोगों के पास आठ स्थान थे। प्रतिनिधित्व जनसंख्या की मात्रा पर आधारित नहीं था, क्योंकि सेनेका कबीले की जनसंख्या अन्य कबीलों से अधिक थी, संभवतः उन सभी की जनसंख्या को जोड़ दिये जाने पर भी. जब प्रमुख व्यक्तियों में से किसी की मृत्यु हो जाती थी, तो उसके कबीले की वरिष्ठ महिला गोत्र की अन्य महिला सदस्यों के परामर्श से उत्तराधिकारी का चुनाव करती थी और वंश परंपरा मातृसत्तात्मक हुआ करती थी। निर्णय मतदान के द्वारा नहीं, बल्कि सर्वसम्मत निर्णय प्रक्रिया के द्वारा लिए जाते थे, जिसमें प्रत्येक प्रमुख व्यक्ति के पास सैद्धांतिक निषेधाधिकार होता था। ऑनोंडोग लोग "अग्नि-धारक (firekeepers)" थे, जिनका दायित्व चर्चा के लिए मुद्दे उपस्थित करना था और वे तीन-दिशाओं वाली अग्नि के एक ओर बैठते थे (मोहॉक व सेनेक लोग अग्नि के एक ओर व ओनैडा और केयुग दूसरी ओर बैठा करते थे). एलिज़ाबेथ टूकर, टेम्पल यूनिवर्सिटी में मानविकीविद्, के अनुसार इस बात की संभावना नहीं है कि संस्थापक पूर्वजों द्वारा शासन की इस प्रणाली की नकल की गई थी क्योंकि संयुक्त राज्य अमेरिका में अंततः अपनाई गई शासन प्रणाली के साथ इसकी बहुत कम समानता है और इसमें चुने गए नेतृत्व के बजाय कबीले की महिला सदस्यों द्वारा चयनित वंशागत नेतृत्व, जनसंख्या के आकार से निरपेक्ष सर्वसम्मत निर्णय प्रक्रिया और विधायिका के समक्ष मुद्दों को प्रस्तुत करने की क्षमता केवल एक ही समूह को प्राप्त होना आदि शामिल हैं।
लंबी दूरी के व्यापार ने मूल-निवासियों के बीच लड़ाइयों को नहीं रोका. उदाहरण के लिए, पुरातत्व और कबीलों के मौखिक इतिहासों ने इस समझ में एक योगदान दिया है कि आइरोक्युइस लोगों ने लगभग 1200 सीई (CE) में वर्तमान केंटुकी के ओहियो रिवर क्षेत्र में लड़ाइयाँ और आक्रमण किया था। अंततः उन्होंने अनेक लोगों को पश्चिम की ओर उनकी ऐतिहासिक रूप से पारंपरिक भूमि पर मिसीसिपी नदी के पश्चिम में स्थलांतरित कर दिया. ओहियो वैली में उत्पन्न हुए जो कबीले पश्चिम की ओर चले गए, उनमें ओसाज (Osage), कॉ (Kaw), पोंका (Ponca) और ओमाहा लोग (Omaha) शामिल थे। सत्रहवीं सदी के मध्य तक आते-आते, वे वर्तमान कन्सास, नेब्रास्का, आर्कान्सास और ओक्लाहोमा में अपनी ऐतिहासिक भूमि पर पुनर्स्थापित हो चुके थे। ओसाज ने मूल-निवासी कैडो-भाषी अमेरिकी मूल-निवासियों के साथ युद्ध किया और परिणामस्वरूप अठारहवीं सदी के मध्य में उन्हें विस्थापित करके उनके नये ऐतिहासिक क्षेत्रों पर कब्ज़ा कर लिया।
सन 1492 में यूरोपीय लोगों द्वारा अमेरिकी महाद्वीप की खोज किये जाने के बाद पुराने और नये विश्वों के स्वयं को देखने के नज़रिये में क्रांतिकारी बदलाव आया। प्रमुख संपर्कों में से एक, जो कि अमेरिकन डीप साउथ नामक भाग में हुआ, तब हुआ था जब सन 1513 के अप्रैल माह में स्पेनी आक्रमणकारी विजेता जुआन पोन्स डी लियोन (Juan Ponce de León) का ला फ्लोरिडा में आगमन हुआ। पोन्स डी लियोन के बाद अन्य स्पेनी खोजकर्ताओं, जैसे सन 1528 में पैनफिलो डी नार्वाएज़ (Pánfilo de Narváez) और सन 1539 में हर्नान्डो डी सोटो (Hernando de Soto) का आगमन भी हुआ। इनके बाद उत्तरी अमेरिका में आने वाले यूरोपीय उपनिवेशवादियों ने अक्सर साम्राज्य के विस्तार को इस अनुमान के द्वारा युक्तिसंगत ठहराया कि ईसाई सभ्यता का प्रसार करके वे एक बर्बर व मूर्तिपूजक विश्व की रक्षा कर रहे थे। अमेरिकी महाद्वीप के स्पेनी उपनिवेशीकरण में, इंडियन रिडक्शन (Indian Reduction) की नीति के परिणामस्वरूप उत्तरी "नुएवो एस्पाना (Nuevo España)" के देशज लोगों का उनके द्वारा लंबे समय से पालन की जाने वाली आध्यात्मिक और धार्मिक परंपराओं व धार्मिक विश्वासों से जबरन धर्मांतरण कर दिया गया।
सोलहवीं सदी से लेकर उन्नीसवीं सदी तक, अमेरिकी मूल-निवासियों की जनसंख्या निम्नलिखित प्रकार से घटती गई: यूरोप से आई संक्रामक महामारियों के कारण; यूरोपीय खोजकर्ताओं और उपनिवेशवादियों के हाथों और साथ ही कबीलों के बीच होने वाले आपसी नरसंहार और युद्धों के कारण; उनकी भूमियों से विस्थापन के कारण; आंतरिक लड़ाइयों, गुलामी के कारण; और अंतर्विवाह की एक उच्च दर के कारण. मुख्यधारा के अधिकांश विद्वानों का विश्वास है कि योगदान करने वाले विभिन्न कारकों में से, संक्रामक महामारियाँ अमेरिकी मूल-निवासियों की जनसंख्या में कमी का सबसे बड़ा कारण हैं क्योंकि इन मूल-निवासियों में यूरोप से लाई गई नई बीमारियों के विरुद्ध पर्याप्त प्रतिरक्षा मौजूद नहीं थी। कुछ जनसंख्याओं में तीव्र गिरावट और उनके स्वयं के राष्ट्रों के बीच लगातार जारी शत्रुताओं के चलते कभी-कभी अमेरिकी मूल-निवासियों ने पुनर्गठित होकर नये सांस्कृतिक समूहों, जैसे फ्लोरिडा के सेमिनोल (Seminoles) और आल्टा कैलिफोर्निया (Alta California) के मिशन इंडियन्स (Mission Indians), का निर्माण किया।
ठोस सबूतों या लिखित रिकॉर्ड की कमी के कारण यूरोपीय खोजकर्ताओं व उपनिवेशवादियों के आगमन से पूर्व वर्तमान संयुक्त राज्य अमेरिका की सीमा में निवासरत अमेरिकी मूल-निवासियों की संख्या का आकलन अत्यधिक विवादास्पद विषय बन गया है। पहली बार सन 1890 के दशक में मानविकीविद् जेम्स मूनी द्वारा 1 मिलियन के आस-पास आने वाला एक निम्न आकलन प्रस्तुत किया गया, जिसकी गणना प्रत्येक संस्कृति क्षेत्र की वहन क्षमता पर आधारित जनसंख्या घनत्व के द्वारा की गई थी।
सन 1965 में, अमेरिकी मानविकीविद् हेनरी डोबिन्स (Henry Dobyns) ने अपना अध्ययन प्रकाशित किया, जिसके अनुसार मूल जनसंख्या को 10 से 12 मिलियन माना गया था। हालांकि सन 1983 तक आते-आते, उन्होंने अपने आकलन को बढ़ाकर 18 मिलियन कर दिया. उन्होंने यूरोपीय खोजकर्ताओं और उपनिवेशवादियों द्वारा लाई गई संक्रामक महामारियों द्वारा उत्पन्न मृत्यु दरों पर भी विचार किया था, जिनके खिलाफ अमेरिकी मूल-निवासियों में कोई प्राकृतिक प्रतिरक्षा मौजूद नहीं थी। डोबिन्स ने मूलनिवासियों में इन बीमारियों की ज्ञात मृत्यु दरों को उन्नीसवीं सदी के विश्वसनीय जनसंख्या रिकॉर्ड्स के साथ संयोजित करके मूल जनसंख्या के संभाव्य आकार की गणना की.
लघु मसूरिका (Chicken Pox) और खसरा, हालांकि इस समय तक (एशिया से इनके आगमन के बहुत समय बाद) ये यूरोपीय लोगों के बीच स्थानिक और बहुत ही कम मामलों में घातक थे, अक्सर अमेरिकी मूलनिवासियों के लिए जानलेवा साबित हुए. अमेरिकी मूलनिवासी जनसंख्या के लिए चेचक विशिष्ट रूप से जानलेवा साबित हुआ। अक्सर यूरोपीय अन्वेषणों के तुरंत बाद महामारियाँ फैल जातीं थीं और कभी-कभी ये पूरे गांव की जनसंख्या को नष्ट कर देतीं थीं। हालांकि सटीक आंकड़ों का निर्धारण कर पाना कठिन है, लेकिन कुछ इतिहासकारों का अनुमान है कि यूरेशियाई संक्रामक बीमारियों से हुए पहले ही संपर्क के कारण भी कुछ मूल-निवासी जनसंख्याओं में से 80% तक लोगों की मृत्यु हुई. कोलंबियाई आदान-प्रदान के एक सिद्धांत का मानना है कि क्रिस्टोफर कोलंबस के समुद्री अभियान के साथ आए खोजकर्ता मूल-निवासी लोगों के संपर्क के कारण उपदंश (syphilis) से संक्रमित हो गए और वापस लौटते समय वे इस बीमारी को यूरोप ले गए, जहाँ यह बड़े पैमाने पर फैल गई। अन्य अनुसंधानकर्ताओं का विश्वास है कि अमेरिकी महाद्वीप के मूलनिवासी लोगों से संपर्क के बाद कोलंबस और उसके साथियों के वापस लौटने से पहले भी ये बीमारियाँ यूरोप और एशिया में मौजूद थीं, लेकिन ये लोग उन्हें एक अधिक संक्रामक रूप में वापस ले आए. ("उपदंश देखें" .)
सन 1618-1619 में, चेचक ने मैसाच्युसेट्स बे (Massachusetts Bay) के अमेरिकी मूलनिवासियों की 90% जनसंख्या नष्ट कर दी. इतिहासकारों का विश्वास है कि सन 1634 में एल्बनी में डच व्यापारियों के बच्चों के संपर्क में आने के बाद मोहॉक मूल निवासी अमेरिकी वर्तमान न्यूयॉर्क में संक्रमित हो गए थे। यह बीमारी मोहॉक गावों में तेज़ी से फैली और व्यापारिक मार्गों पर यात्रा करने वाले मोहॉक और अन्य अमेरिकी मूलनिवासियों के साथ यह बीमारी सन 1636 तक लेक ऑन्टेरियो में निवासरत मूल निवासी अमेरिकियों तक और सन 1679 तक पश्चिमी आइरोक्युइस की भूमि तक पहुँच गई। मृत्यु की उच्च दर के कारण अमेरिकी मूल-निवासियों के समाज विघटित हो गए और पीढ़ीगत सांस्कृतिक आदान-प्रदान खण्डित हो गए।
सन 1754 और 1763 के बीच अनेक अमेरिकी मूल-निवासी कबीले ब्रिटिश उपनिवेशवादी सेनाओं के विरुद्ध फ्रांसीसी सेनाओं के पक्ष में फ्रांसीसी और इन्डियन युद्ध/सप्तवर्षीय युद्ध में शामिल हो गए थे। अमेरिकी मूल-निवासी इस संघर्ष के दोनों पक्षों की ओर से लड़े. यूरोपीय विस्तार को रोकने की आशा से बड़ी संख्या में कबीलों ने युद्ध में फ्रांसीसियों का साथ दिया. ब्रिटिशों ने कम सहयोगी बनाए थे, लेकिन उनके साथ कुछ ऐसे कबीले थे, जो संधियों के समर्थन में सम्मिलन और वफादारी साबित करना चाहते थे। लेकिन इन्हें उलट दिये जाने के कारण अक्सर उन्हें निराशा हाथ लगती थी। इसके अलावा, कबीलों के स्वयं के भी लक्ष्य थे और वे यूरोपीय शक्तियो। के साथ अपने गठबंधनों का प्रयोग पारंपरिक मूल-निवासी शत्रुओं के साथ लड़ाई के लिए भी करना चाहते थे।
सन 1770 के दशक में जब यूरोपीय खोजकर्ता वेस्ट कोस्ट पर पहुँचे, तो शीघ्र ही चेचक ने नॉर्थ-वेस्ट कोस्ट पर स्थित अमेरिकी मूल-निवासियों की कम से कम 30% जनसंख्या नष्ट कर दी. अगले 80 से 100 वर्षों तक, चेचक और अन्य बीमारियाँ उस क्षेत्र में मूल-निवासियों की जनसंख्या को नष्ट करतीं रहीं. उन्नीसवीं सदी के मध्य में जब उपनिवेशवादी "एक साथ (en masse)" आए, तो पजेट साउंड (Puget Sound) क्षेत्र की जनसंख्या, जिसके बारे में अनुमान है कि कभी यह 37,000 लोगों के उच्चतम स्तर पर थी, घटकर केवल 9,000 रह गई। हालांकि कैलिफोर्निया में स्पेनी अभियानों ने अमेरिकी कैलिफोर्नियाई मूल-निवासियों की जनसंख्या को लक्षणीय रूप से प्रभावित नहीं किया, लेकिन जब कैलिफोर्निया स्पेनी उपनिवेश नहीं रह गया, विशेषतः उन्नसवीं सदी के उत्तरार्ध और बीसवीं सदी के प्रारम्भ के दौरान, तो उनकी संख्या में एक तीव्र गिरावट देखी गई (दायीं ओर प्रदर्शित चार्ट देखें).
सन 1780-1782 और 1837-1838 में लघु मसूरिका (smallpox) की महामारियों के फलस्वरूप प्लेन्स इंडियन्स (Plains Indians) के बीच तबाही और जनसंख्या में अत्यधिक गिरावट उत्पन्न हुई. सन 1832 से, संघीय सरकार ने अमेरिकी मूलनिवासियों के लिए एक लघु मसूरिका टीकाकरण कार्यक्रम स्थापित किया ("सन 1832 का द इंडियन वैक्सीनेशन ऐक्ट"). यह अमेरिकी मूलनिवासियों की स्वास्थ्य समस्या पर ध्यान देने के लिए बनाया गया पहला संघीय कार्यक्रम था।
दो विश्वों के संपर्क के साथ ही इन दोनों के बीच पशुओं, कीटों और वनस्पतियों का आदान-प्रदान भी हुआ। भेड़, सुअर और मवेशी ये सभी पुराने विश्व के पशु थे, जिन्हें तत्कालीन अमेरिकी मूलनिवासियों ने पहली बार देखा था और इनके बारे में उन्हें पहले कुछ भी ज्ञात नहीं था।
सोलहवीं सदी में, स्पेनी मूल वाले और अन्य यूरोपीय लोग अमेरिकी महाद्वीप में घोड़े लेकर आए. प्रारम्भिक अमेरिकी घोड़े इस द्वीप के प्राचीनतम मानवों के लिए शिकार की वस्तु रहे थे। अंतिम हिम-युग के अंत के तुरंत बाद लगभग 7000 ईपू इनके शिकार के कारण ये विलुप्त हो गए थे। घोड़ों से पुनः हुए संपर्क के कारण अमेरिकी मूलनिवासियों को लाभ हुआ। जैसे-जैसे उन्हें पशुओं के प्रयोग को अपनाया, वैसे-वैसे ही उनकी संस्कृतियों में भी महत्वपूर्ण परिवर्तनों की शुरुआत हुई, विशिष्ट रूप से उनकी सीमाओं में विस्तार के द्वारा. कुछ घोड़े भाग निकले और जंगलों में प्रजनन करके अपनी संख्या बढ़ान लगे.
उत्तरी अमेरिका में घोड़ों के पुनरागमन का महान मैदानों (Great Plains) की अमेरिकी मूल-निवासी संस्कृति पर गहरा प्रभाव पड़ा. कबीलों ने घोड़ो को प्रशिक्षित किया और उनका प्रयोग सवारी करने और सामान ढोने या "ट्रेवॉइस" खींचने के लिए करने लगे. उन लोगों ने अपने समाजों में घोड़ों के प्रयोग को पूरी तरह शामिल कर लिया और अपने क्षेत्रों का विस्तार किया। वे घोड़ों का प्रयोग पड़ोसी कबीलों के साथ सामान के आदान-प्रदान के लिए, शिकार के खेल, विशेषतः बायसन के शिकार, के लिए और युद्ध व घोड़ों पर बैठकर धावा बोलने के लिए किया करते थे।
कुछ यूरोपीय समाज अमेरिकी मूलनिवासी समाजों को एक स्वर्ण युग के प्रतिनिधि मानते थे, जिनके बारे में उन्होंने केवल लोक-इतिहास में ही सुना था। राजनैतिक सिद्धांतकार जीन जैक्वेस रॉसो (Jean Jacques Rousseau) ने लिखा कि स्वतंत्रता और लोकतांत्रिक आदर्शों के विचार अमेरिकी महाद्वीप में इसलिए जन्मे क्योंकि "ऐसा केवल अमेरिका में ही हुआ था" कि सन 1500 से 1776 तक यूरोपीय लोग ऐसे समाजों के बारे में जानते थे, जो "पूर्णतः स्वतंत्र" थे।
आइरोक्युइस राष्ट्र के राजनैतिक संघ और लोकतांत्रिक सरकार को परिसंघ के अनुच्छेदों (Articles of Confederation) व संयुक्त राज्य अमेरिका के संविधान (United States Constitution) को प्रभावित करने का श्रेय दिया जाता है। इतिहासकारों के बीच इस बात को लेकर विवाद है कि उपनिवेशवादियों ने अमेरिकी मूलनिवासी सरकारों के मॉडल का कितना भाग अपनाया था। अनेक संस्थापक सदस्य अमेरिकी मूलनिवासी नेताओं के संपर्क में थे जिनसे उन्होंने सरकार की उनकी शैलियों के बारे में शिक्षा प्राप्त की थी। थॉमस जेफरसन और बेंजामिन फ्रैंकलिन जैसे प्रमुख व्यक्तित्व न्यूयॉर्क स्थित आइरोक्युइस संघ के नेताओं के साथ गहन संपर्क में थे। विशिष्ट रूप से साउथ कैरोलिना के जॉन रटलेज (John Rutledge) के बारे में कहा जाता है कि उन्होंने आइरोक्युइस कानून के लंबी पुस्तकें अन्य किसानों को पढ़कर सुनाईं, जिनकी शुरुआत इन पंक्तियों के साथ होती है, "हम, जनता, एक संघ के निर्माण के लिए, शांति, समता और विधि की स्थापना के लिए…"
अमेरिकी संविधान और अधिकारों के विधेयक (Bill of Rights) पर आइरोक्युइस संविधान के प्रभाव को मान्यता प्रदान करने के लिए अमेरिकी कांग्रेस ने अक्टूबर 1988 में कॉन्करन्ट रिज़ॉल्यूशन 331 (Concurrent Resolution 331) पारित किया। आइरोक्युआ के प्रभाव के विरुद्ध तर्क देने वाले लोग इस बात की ओर ध्यान आकर्षित करते हैं कि अमेरिकी संवैधानिक बहस के रिकॉर्ड्स में इस बात के प्रमाण मौजूद नहीं हैं और लोकतांत्रिक अमेरिकी संस्थानों में यूरोपीय विचारों के प्रचुर उपाख्यान मौजूद हैं।
अमेरिकी क्रांति के दौरान, नव-घोषित संयुक्त राज्य अमेरिका ने मिसीसिपी नदी के पूर्व में स्थित अमेरिकी मूल-निवासी राष्ट्रों की निष्ठा प्राप्त करने के लिए ब्रिटिशों के साथ प्रतिस्पर्धा की. इस संघर्ष में शामिल होने वाले अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासियों ने ब्रिटिशों का समर्थन इस आशा से किया कि वे अमेरिकी क्रांति के युद्ध का प्रयोग अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि पर और अधिक औपनिवेशिक विस्तार को रोकने में कर सकेंगे. अनेक मूल-निवासी समुदायों में इस बात को लेकर मतभेद था कि युद्ध में किस पक्ष का समर्थन किया जाए. नए संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार के साथ एक संधि पर हस्ताक्षर करने वाला पहला मूल-निवासी समुदाय लेनापे (Lenape) था। आइरोक्युइस संघ के लिए, अमेरिकी क्रांति का परिणाम एक गृह-युद्ध के रूप में मिला. आइरोक्युइस कबीलों में से केवल ऑनैडा (Oneida) व तस्कारोरा (Tuscarora) ने ही उपनिवेशवादियों के साथ गठबंधन किया।
अमेरिकी क्रांति के दौरान सीमावर्ती युद्ध विशिष्ट रूप से नृशंस था और उपनिवेशवादियों व मूल-निवासी कबीलों दोनों ने समान रूप से अनेक नृशंस घटनाओं को अंजाम दिया. युद्ध के दौरान गैर-योद्धाओं को बहुत अधिक कष्ट झेलने पड़े. प्रत्येक पक्ष के सैन्य अभियानों ने लोगों की लड़ने की क्षमता को प्रभावित करने के लिए गांवों और खाद्य-आपूर्ति को नष्ट किया, जैसा कि मोहॉक घाटी और पश्चिमी न्यूयॉर्क में अक्सर होने वाले आक्रमणों में हुआ था। इन अभियानों में से सबसे बड़ा अभियान सन 1779 का सुलिवन अभियान (Sullivan Expedition) था, जिसमें अमेरिकी औपनिवेशिक टुकड़ियों ने न्यूयॉर्क शहर के बाहरी भाग में आइरोक्युइस हमलों को निष्क्रिय करने के लिए 40 से अधिक आइरोक्युइस गांवों को नष्ट कर दिया. यह अभियान वांछित परिणाम पाने में विफल रहा: अमेरिकी मूल-निवासियों की गतिविधि और भी अधिक दृढ़ हो गई।
thumb|right|125px|वर्जीनिया के गवर्नर थॉमस जेफरसन के आदेश पर गढ़े गए कांस्य पदक, जो जोसेफ मार्टिन द्वारा औपनिवेशिक सेनाओं के शेरोकी सहयोगियों को देने के लिए ले जाए जा रहे हैं। पदक के शीर्ष पर लगी शांति नलिका पर ध्यान दें
पेरिस की संधि (1783) में ब्रिटिशों ने अमेरिकियों के साथ शांति स्थापित की, जिसके अंतर्गत उन्होंने अमेरिकी मूल-निवासियों को जानकारी दिये बिना ही अमेरिकी मूल-निवासियों के विशाल क्षेत्र संयुक्त राज्य अमेरिका को सौंप दिये, जिसके परिणामस्वरूप तुरंत ही नॉर्थवेस्ट इंडियन युद्ध छिड़ गया। प्रारम्भ में संयुक्त राज्य अमेरिका ने ब्रिटिशों के साथ लड़े अमेरिकी मूल-निवासियों के साथ अपनी भूमि को खो चुके पराजित लोगों जैसा व्यवहार किया था। हालांकि अनेक आइरोक्युइस कबीले राजभक्तों के साथ कनाडा चले गए थे, लेकिन अन्य कबीलों ने न्यूयॉर्क और पश्चिमी क्षेत्रों में बने रहने और अपनी भूमि बचाए रखने का प्रयास किया। इसके बावजूद, न्यूयॉर्क राज्य ने आइराक्युअस के साथ एक पृथक संधि की और उस भूमि के को विक्रय के लिए रख दिया, जो पहले उनका क्षेत्र रही थी। राज्य ने साइराक्युस (Syracuse) के निकट उन ऑनोंडग लोगों के लिए एक आरक्षित क्षेत्र की स्थापना की, जो पहले उपनिवेशवादियों के सहयोगी रहे थे।
संयुक्त राज्य अमेरिका विस्तार करने के लिए, नये भागों में कृषि और उपनिवेश बसाने के लिए और न्यू इंग्लैंड से आए उपनिवेशवादियों व नव आप्रवासियों की ज़मीन की भूख मिटाने के लिए उत्सुक था। प्रारम्भ में राष्ट्रीय सरकार ने संधियों के द्वारा अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि खरीदने का प्रयास किया। इस नीति के कारण अक्सर राज्य और उपनिवेशवादियों को कठिनाई का सामना करना पड़ता था।
यूरोपीय राष्ट्रों ने अमेरिकी मूलनिवासियों को (कभी-कभी उनकी इच्छा के विपरीत) उत्सुकता के पदार्थों के रूप में पुराने विश्व में भेजा. अक्सर उन्हें रॉयल्टी दी जाती थी और कभी-कभी वे व्यावसायिक उद्देश्यों के शिकार भी बन जाते थे। अमेरिकी मूल-निवासियों का ईसाईकरण कुछ यूरोपीय उपनिवेशों का एक घोषित उद्देश्य था।
अमेरिकी मूल-निवासियों के प्रति संयुक्त राज्य अमेरिका की नीति का विकास अमेरिकी क्रांति के बाद भी जारी रहा. जॉर्ज वॉशिंगटन और हेनरी नॉक्स का मानना था कि अमेरिकी मूल-निवासी बराबर थे, लेकिन उनका समाज निम्न दर्जे का था। उन्हें "सभ्य बनाने" की प्रक्रिया को प्रोत्साहित करने के लिए वॉशिंगटन ने एक नीति निरूपित की. वॉशिंगटन के पास सभ्यता की एक छः सूत्रीय योजना थी, जिसमें निम्नलिखित बिंदु शामिल थे, 1. अमेरिकी मूल-निवासियों के प्रति निष्पक्ष न्याय  2. अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि की विनियमित खरीद  3. वाणिज्य को प्रोत्साहन  4. अमेरिकी मूल-निवासी समाज को सभ्य बनाने या सुधारने के प्रयोगों को प्रोत्साहन  5. उपहार देने का राष्ट्रपति का प्राधिकार  6. अमेरिकी मूल-निवासियों के अधिकारों का उल्लंघन करने वालों को दण्डित करना.
रॉबर्ट रेमिनी, एक इतिहासकार, ने लिखा कि "एक बार जब इंडियन्स ने निजी भूमि की पद्धति को अपना लिया, वे घरों का निर्माण करने लगे, कृषि करने लगे, अपने बच्चों को शिक्षित बनाने लगे और उन्होंने ईसाइयत को अपना लिया, तो इन अमेरिकी मूल-निवासियों ने श्वेत अमेरिकियों की स्वीकृति हासिल कर ली." संयुक्त राज्य अमेरिका ने अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच रहने और उन्हें श्वेत लोगों की तरह रहने का प्रशिक्षण देने के लिए बेंजामिन हॉकिन्स जैसे एजेंटों की नियुक्ति की.
275px|thumb|right|अमेरिकी पोशाक में अमेरिकी मूल-निवासियों का व्यक्ति चित्र, जिसमें शेरोकी, शेयेने, चोकटॉ, कोमांचे, आइरोक्युइस और मस्कोगी कबीलों के लोग दिखाई दे रहे हैं। सन 1868 से 1924 तक के चित्र.
अठारहवीं सदी के अंतिम दौर में, वॉशिंगटन व नॉक्स से लेकर अन्य सुधारकों ने, अमेरिकी मूल-निवासियों को "सभ्य बनाने" या अन्यथा उन्हें वृहत्तर समाज में सम्मिलित करने के लिए, मूल-निवासियों के बच्चों को (आरक्षणों के द्वारा उनकी अवनति करने के बजाय) शिक्षित करने का समर्थन किया। सन 1819 के सिविलाइज़ेशन फंड ऐक्ट (Civilization Fund Act) ने इस सभ्यता नीति को प्रोत्साहित करने के लिए उन समाजों (अधिकतर धार्मिक) को आर्थिक सहायता प्रदान की, जो अमेरिकी मूल-निवासियों के सुधार के लिए कार्यरत थे।
उन्नीसवीं सदी के अंतिम भाग में अमेरिकी गृह-युद्ध और इंडियन युद्धों के बाद, अमेरिकी मूलनिवासियों के लिए निवासी-विद्यालयों की स्थापना की गई, जो कि अक्सर ईसाई मिशनरियों द्वारा संचालित किये जाते थे या उनसे संबद्ध थे। इस समय अमेरिकी समाज का विचार यह था कि अमेरिकी मूल-निवासियों के बच्चों को सामान्य समाज के साथ सांस्कृतिक रूप से सम्मिलित किये जाने की आवश्यकता थी। निवासी-विद्यालयों का अनुभव अक्सर अमेरिकी मूल-निवासी बच्चों के लिए हानिकारक साबित हुआ, जिन्हें उनकी मूल भाषाएँ बोलने से रोका जाता था, ईसाइयत की शिक्षा दी जाती थी और अपने मूल धर्मों का पालन नहीं करने दिया जाता था और कई अन्य तरीकों से अपनी अमेरिकी मूल-निवासी पहचान छोड़ देने और यूरोपीय-अमेरिकी संस्कृति को अपनाने पर बाध्य किया जाता था। इन विद्यालयों में लैंगिक, शारीरिक और मानसिक शोषण के लेखबद्ध मामले भी उजागर हुए.
सन 1857 में, चीफ जस्टिस रॉजर बी. टैनी (Roger B. Taney) ने कहा कि चूंकि अमेरिकी मूल-निवासी "मुक्त व स्वतंत्र लोग" तथ, अतः वे संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक बन सकते थे। टैनी ने निश्चयपूर्वक कहा कि अमेरिकी मूल-निवासियों को नागरिक बनाया जा सकता था और वे संयुक्त राज्य अमेरिका के "राजनैतिक समुदाय" में शामिल हो सकते थे।
2 जून 1924 को संयुक्त राज्य अमेरिका के रिपब्लिकन राष्ट्रपति कैल्विन कूलिज (Calvin Coolidge) ने इंडियन सिटिज़नशिप ऐक्ट (Indiana Citizenship Act) पर हस्ताक्षर किये, जिसके द्वारा संयुक्त राज्य अमेरिका और इसके अधिकार-क्षेत्रों में जन्मे वे सभी अमेरिकी मूल-निवासी, जिन्हें पहले से नागरिक प्राप्त नहीं थी, संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक बन गए। इस अधिनियम के पारित होने से पहले ही, लगभग दो-तिहाई अमेरिकी मूल-निवासी संयुक्त राज्य अमेरिका की नागरिकता हासिल कर चुके थे। अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा संयुक्त राज्य अमेरिका की नागरिकता प्राप्त करने की सबसे पहली दर्ज तिथि सन 1831 में थी, जब मिसीसिपी चोकटॉ डांसिंग रैबिट क्रीक की संधि (Treaty of Dancing Rabbit Creek) को अंगीकार करने वाले कानून के बाद संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक बने. अनुच्छेद 22 द्वारा संयुक्त राज्य अमेरिका के हाउस ऑफ रिप्रेज़ेंटेटिव्ज़ में एक चोकटॉ प्रतिनिधि की नियुक्ति की बात कही गई है। उस संधि की धारा चौदह (Article XIV) के अंतर्गत, कोई भी चोकटॉ व्यक्ति, जो चोकटॉ राष्ट्र के साथ न बने का विकल्प चुने, वह पंजीकरण करवाने के बाद और यदि वह संधि को अंगीकार किये जाने के बाद पांच वर्षों तक प्राधिकृत भूमि पर निवासरत रहा हो, तो वह अमेरिका का नागरिक बन सकता है। इन वर्षों के दौरान, अमेरिकी मूल-निवासी निम्नलिखित तरीकों से अमेरिका के नागरिक बने: 1. संधि के प्रावधान (जैसा कि मिसीसिपी चोकटॉ में हुआ)  2. 8 फ़रवरी 1887 के डावेस अधिनियम के अंतर्गत पंजीकरण व भूमि आवंटन 3. फी सिंपल में पेटेंट का प्रकाशन  4. सभ्य जीवन की आदतों को अपनाकर  5. नाबालिग बच्चे  6. जन्म से प्राप्त नागरिकता  7. अमेरिकी सैन्य दलों में सैनिक व नाविक बनकर  8. किसी अमेरिकी नागरिक से विवाह करके  9. कांग्रेस के विशेष अधिनियम के द्वारा
आज संयुक्त राज्य अमेरिका में अमेरिकी इंडियन्स को वे सभी अधिकार प्राप्त हैं, जिनकी गारंटी संयुक्त राज्य अमेरिका के संविधान में दी गई है, वे चुनावों में मतदान कर सकते हैं और राजनैतिक कार्यालय भी चला सकते हैं। इस बात को लेकर विवाद होता रहा है कि कबीलाई मामलों, उनकी स्वायत्तता और सांस्कृतिक पद्धतियों पर संघीय सरकार का अधिकार-क्षेत्र कितना है।
जुलाई 1845 में, न्यूयॉर्क के समाचार-पत्र संपादक जॉन एल. ओ'सुलिवन ने "भाग्य का स्पष्टीकरण" शब्दावली इस बात को स्पष्ट करने के लिए प्रस्तुत की कि किस प्रकार "ईश्वरीय रक्षा की रचना" संयुक्त राज्य अमेरिका के क्षेत्रीय विस्तार का समर्थन करती थी। भाग्य के स्पष्टीकरण के अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए गंभीर परिणाम थे क्योंकि महाद्वीपीय विस्तार का अव्यक्त अर्थ अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि था। भाग्य का स्पष्टीकरण विस्तार या पश्चिम की ओर बढ़ते आंदोलन की व्याख्या के लिए एक स्पष्टीकरण या इसके औचित्य का समर्थन था, अथवा, कुछ व्याख्याओं में, एक विचारधारा या सिद्धांत था, जिसने सभ्यता की प्रक्रिया को प्रोत्साहित करने में सहायता प्रदान की. भाग्य के स्पष्टीकरण के समर्थकों का मानना था कि वि्स्तार न केवल अच्छा था, बल्कि यह स्वाभाविक और निश्चित भी था। पहली बार इस शब्द का प्रयोग मुख्यतः जैक्सोनियाई डेमोक्रेट्स द्वारा सन 1840 के दशक में वर्तमान वेस्टर्न यूनाइटेड स्टेट्स (ओरेगॉन टेरिटरी, टेक्सास एनेक्सेशन और मेक्सिकन सेशन) के अधिकांश भाग के सम्मिलन को प्रोत्साहित करने के लिए किया गया था।
भाग्य के स्पष्टीकरण के युग, जिसे "इंडियन रिमूवल" के नाम से जाना जाने लगा, ने आधार प्राप्त कर लिया। हालांकि निष्कासन के कुछ मानवतावादी समर्थकों का विश्वास था कि अमेरिकी मूल-निवासियों का श्वेतों से दूर रहना ही बेहतर है, लेकिन अमेरिकियों की एक बढ़ती हुई संख्या मूल-निवासियों को अमेरिकी विस्तार के मार्ग में खड़े "असभ्य मनुष्यों" से अधिक कुछ नहीं समझती थी। थॉमस जेफरसन का मानना था कि हालांकि अमेरिकी मूल-निवासी बौद्धिक रूप से श्वेतों के समकक्ष थे, लेकिन या तो उन्हें श्वेतों की तरह जीने का विकल्प चुनने था या फिर उन्हें श्वेतों द्वारा अनिवार्य रूप से धकेलकर अलग कर दिया जाता. जेफरसन का यह विश्वास, जिसका मूल ज्ञानोदय के विचार में है, कि श्वेत और अमेरिकी मूल-निवासी मिलकर एक एकल राष्ट्र का निर्माण करेंगे, कायम नहीं रह सका और वे यह मानने लगे कि मूल-निवासियों को मिसीसिपी नदी के उस पार स्थलांतरित हो जाना चाहिये और एक पृथक समाज बनाए रखना चाहिये.
सन 1871 में, कांग्रेस ने इंडियन ऐप्रोप्रियेशन अधिनियम में एक संशोधन जोड़कर संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा अतिरिक्त अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों या स्वतंत्र राष्ट्रों को दी गई मान्यता समाप्त कर दी, तथा अतिरिक्त संधियाँ करने पर प्रतिबंध लगा दिया.
अमेरिकी सरकारी अधिकारियों ने इस अवधि के दौरान अनेक संधियाँ कीं, लेकिन बाद में विभिन्न कारणों से इनमें से अनेक का उल्लंघन किया। अन्य संधियों को "जीवित" दस्तावेज माना गया, जिनकी शर्तों में परिवर्तन किया जा सकता था। मिसीसिपी नदी के पूर्व में हुए मुख्य टकरावों में पेक्वेट युद्ध, क्रीक युद्ध और सेमिनोल युद्ध शामिल हैं। उल्लेखनीय रूप से, तेकुम्सेह (Tecumseh), एक शॉनी प्रमुख, के नेतृत्व में एक बहु-कबीलाई सेना ने सन 1811-12 की अवधि के दौरान अनेक लड़ाइयाँ लड़ीं, जिन्हें तेकुम्सेह का युद्ध के नाम से जाना जाता है। बाद के चरणों में, तेकुम्सेह के समूह ने सन 1812 के युद्ध में ब्रिटिश सेनाओं के साथ गठबंधन कर लिया और डेट्रॉइट की जीत में सहायक साबित हुए. सेंट क्लेयर की हार (1791) संयुक्त राज्य अमेरिका के इतिहास में अमेरिकी मूल-निवासियों के हाथों संयुक्त राज्य अमेरिका की सेना की सबसे बुरी पराजय थी।
मिसीसिपी के पश्चिम में अमेरिकी मूल-निवासियों के अनेक राष्ट्र थे और वे संयुक्त राज्य अमेरिका की सत्ता को स्वीकार करनेवालों में सबसे अंतिम थे। अमेरिकी सरकार और अमेरिकी मूल-निवासी समाजों के बीच छिड़े संघर्षों को सामान्यतः "इंडियन युद्धों" के नाम से जाना जाता है। लिटिल बिगहॉर्न की लड़ाई (1876) अमेरिकी मूल-निवासियों की सबसे बड़ी विजयों में से एक थी। पराजयों में सन 1862 का सियॉक्स विद्रोह, सैंड क्रीक नरसंहार (1864) और सन 1890 में वुंडेड नी शामिल हैं। ये संघर्ष प्रभावी अमेरिकी मूल-निवासी संस्कृति के ह्रास के लिए उत्प्रेरक साबित हुए. सन 1872 तक, संयुक्त राज्य अमेरिका की सेना ने सभी अमेरिकी मूल-निवासियों को जड़ से उखाड़ फेंकने की एक नीति अपनाई, यदि और जब तक कि वे आत्मसमर्पण कर देने और आरक्षित क्षेत्रों, "जहाँ उन्हें ईसाइयत व कृषि की शिक्षा दी जा सके", में रहने पर सहमत न हो जाएं.
उन्नीसवीं सदी में, पश्चिम की ओर संयुक्त राज्य अमेरिका के लगातार जारी विस्तार ने वृद्धिशील रूप से अमेरिकी मूल-निवासियों को बड़ी संख्या में और अधिक पश्चिम की ओर विस्थापित होने पर बाध्य कर दिया, जो कि अक्सर बलप्रयोग के द्वारा और लगभग हमेशा ही अनिच्छुक रूप से किया जाता था। अमेरिकी मूल-निवासी जबरन किये जाने वाले इस विस्थापन को सन 1785 की होपवेल संधि के तहत गैर-कानूनी मानते थे। राष्ट्रपति एंड्र्यू जैक्सन के नेतृत्व में, संयुक्त राज्य अमेरिका की कांग्रेस ने सन 1830 का इंडियन रिमूवल ऐक्ट पारित किया, जिसने राष्ट्रपति को मिसीसिपी नदी के पश्चिम में स्थित भूमि के बदले इस नदी के पूर्व में स्थित अमेरिकी मूल-निवासी भूमि के आदान-प्रदान के लिए संधियाँ करने का अधिकार प्रदान किया। इस इंडियन रिमूवल नीति के परिणामस्वरूप 100,000 अमेरिकी मूल-निवासियों को पश्चिम की ओर स्थलांतरित किया गया। सैद्धांतिक रूप से, यह विस्थापन स्वैच्छिक होना था और अनेक अमेरिकी मूल-निवासी पूर्वी भाग में बने रहे. व्यावहारिक रूप से, निष्कासन संधियों पर हस्ताक्षर करने के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों के नेताओं पर बहुत अधिक दबाव डाला गया था।
निष्कासन नीति के वर्णित उद्देश्य का सबसे बुरा उल्लंघन न्यू एकोटा की संधि (Treaty of New Echota) के अंतर्गत हुआ, जिस पर शेरोकियों (Cherokees) के एक असहमत धड़े ने हस्ताक्षर किये थे, लेकिन चुने हुए नेतृत्व ने नहीं. राष्ट्रपति जैक्सन ने दृढ़तापूर्वक इस संधि को लागू किया, जिसके परिणामस्वरूप ट्रेल ऑफ टीयर्स (Trail of Tears) पर लगभग 4,000 शेरोकियों की मृत्यु हो गई। लगभग 17,000 शेरोकियों और उनके द्वारा गुलाम बनाकर रखे गए लगभग 2,000 अश्वेतों, को उनके घरों से निकाल दिया गया।
आमतौर पर कबीलों को आरक्षित क्षेत्रों में बसाया जाता था, जहाँ उन्हें अधिक सरलता से पारंपरिक जीवन से पृथक किया जा सकता था और यूरोपीय-अमेरिकी समाज में धकेला जा सकता था। उन्नीसवीं सदी में कुछ दक्षिणी राज्यों ने अतिरिक्त रूप से ऐसे कानून लागू किये, जो अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमि पर गैर-मूलनिवासी अमेरिकी बस्तियाँ बसाये जाने को प्रतिबंधित करते थे, जिसका उद्देश्य यह था कि उनके प्रति सहानुभूति रखने वाले श्वेत मिशनरी बिखरे हुए अमेरिकी मूल-निवासियों के प्रतिरोध में सहायता न कर सकें.
यूरोपीय लोगों द्वारा उत्तरी अमेरिका में अफ्रीकी दासता को प्रस्तुत किये जाने के पूर्व भी अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी कबीले दासता के किसी न किसी रूप का पालन किया करते थे, लेकिन इनमें से किसी के द्वारा भी बड़े पैमाने पर दास-श्रमिकों का शोषण नहीं किया जाता था। इसके अलावा, पूर्व-औपनिवेशिक युग में अमेरिकी मूल-निवासी दासों को खरीदते और बेचते नहीं थे, हालांकि कभी-कभी शांति की भावना व्यक्त करने के लिए या अपने स्वयं के सदस्यों के बदले वे दास बनाए गए व्यक्तियों का अन्य कबीलों के साथ आदान-प्रदान किया करते थे। संभव है कि "दास" शब्द गुलामों का प्रयोग करने की उनकी प्रणाली के लिए सटीक शब्द न हो.
दास बनाए गए अमेरिकी मूल-निवासियों की स्थितियाँ कबीलों के बीच भिन्न-भिन्न हुआ करतीं थीं। अनेक मामलों में, दास बनाए गए युवा गुलामों को युद्ध के दौरान या बीमारियों के कारण मारे गए योद्धाओं का स्थान लेने के लिए कबीलों में शामिल कर लिया जाता था। अन्य कबीले कर्ज के कारण दासता या अपराध करने वाले कबीलाई सदस्यों पर आरोपित दासता का पालन किया करते थे; लेकिन उनका दर्जा केवल अस्थायी होता था क्योंकि दास बनाए गए व्यक्ति कबीलाई समाज के प्रति अपने कर्तव्यों की पूर्ति के बाद मुक्त हो जाते थे।
कुछ पैसिफिक नॉर्थवेस्ट कबीलों में, लगभग चौथाई जनसंख्या दासों की थी। दासों को रखने वाले उत्तरी अमेरिका के अन्य कबीलों में, उदाहरणार्थ, टेक्सास का कोमान्चे (Comanche of Texas), जॉर्जिया की क्रीक (Creek of Georgia), पॉनी (Pawnee) और क्लामाथ (Klamath) थे।
जब यूरोपीय लोग उपनिवेशवादियों के रूप में उत्तरी अमेरिका में आए, तो अमेरिकी मूल-निवासियों ने दासता की अपनी पद्धति नाटकीय ढंग से परिवर्तित कर ली. उन्होंने पाया कि ब्रिटिश उपनिवेशवादी, विशेषतः दक्षिणी उपनिवेशों में रहने वाले, तंबाकू, चावल और नील की खेती में बंधुआ मज़दूरों के रूप में प्रयोग करने के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों को खरीदते या पकड़ लेते थे। अमेरिकी मूल-निवासियों ने युद्ध-बंदियों को अपने स्वयं के समाजों में शामिल करने के बजाय उन्हें श्वेतों को बेचना शुरु कर दिया. गन्ने के उत्पादन के साथ जैसे-जैसे वेस्ट इंडीज़ में श्रमिकों की मांग बढ़ती गई, वैसे-वैसे ही यूरोपीय लोगों ने "चीनी द्वीप (Sugar islands)" में निर्यात के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों को दास बनाना शुरु कर दिया. गुलाम बनाए गए लोगों की संख्या के अचूक रिकॉर्ड मौजूद नहीं हैं। विद्वानों का अनुमान हैं कि यूरोपीय लोगों ने कई हज़ार अमेरिकी मूल-निवासियों को अपना गुलाम बनाया गया होगा.
जब दासता एक नस्लीय जाति बन गई, तो वर्जिनिया जनरल एसेम्बली ने सन 1705 में कुछ शब्दावलियाँ परिभाषित कीं: "आयातित और देश में लाए गए सभी सेवक…जो अपने मूल देश में ईसाई नहीं थे…का हिसाब रखा जाएगा और वे दास होंगे. इस स्वतंत्र-उपनिवेश के सभी नीग्रो, म्युलाटो और इन्डियन गुलामों…के साथ स्थावर संपत्ति के रूप में व्यवहार किया जाएगा. यदि कोई दास अपने स्वामी का विरोध करता है…तो ऐसे दास को सुधारा जाएगा और यदि ऐसे सुधार के दौरान उसकी मृत्यु हो जाती है…तो उसका स्वामी सभी प्रकार के दण्ड से मुक्त रहेगा…मानो ऐसा कोई हादसा कभी हुआ ही न हो." वर्जिनिया जनरल एसेम्बली की घोषणा, 1705.
अमेरिकी मूल-निवासियों का दास-व्यापार केवल सन 1730 के आस-पास तक रहा और इसने कबीलों के बीच विनाशक युद्धों की एक श्रृंखला को जन्म दिया, जिसमें यामासी युद्ध भी शामिल है। अठारहवीं सदी के प्रारम्भिक दौर के इन्डियन यु्द्धों, अफ्रीकी दासों के बढ़ते आयात के साथ संयोजित, ने सन 1750 तक अमेरिकी मूल-निवासी दास-व्यापार को प्रभावी रूप से समाप्त कर दिया. उपनिवेशवादियों ने पाया कि अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए भाग जाना बहुत सरल था और युद्धों ने अनेक औपनिवेशिक दास-व्यापारियों की जान ले ली. शेष अमेरिकी मूल-निवासी समूहों ने संगठित होकर एक शक्तिशाली स्थिति में यूरोपीय लोगों का मुकाबला किया। जीवित बचे दक्षिण पूर्व के अनेक अमेरिकी मूल-निवासी लोग सुरक्षा के लिए चोकटॉ, क्रीक और कटॉबा जैसे संघों से जुड़ गए।
अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं पर बलात्कार का जोखिम रहा करता था, भले ही वे गुलाम बनाईं गईं हों या नहीं; अनेक दक्षिणी समुदायों में औपनिवेशिक काल के प्रारम्भिक वर्षों में पुरूषों का अनुपात विषम था और वे यौन-संबंध बनाने के लिए अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं की ओर आकर्षित हुआ करते थे। अमेरिकी मूल-निवासी और अफ्रीकी दास महिलाओं दोनों को ही पुरुष दास-धारकों और अन्य श्वेत पुरूषों से बलात्कार और यौन-उत्पीड़न सहना पड़ता था।
अमेरिकी मूल-निवासियों ने उनकी भूमि पर आंग्ल-अमेरिकी अतिक्रमण का विरोध किया और अपनी सांस्कृतिक पद्धतियाँ बनाए रखीं. अमेरिकी मूल-निवासी दास बनाए गए अफ्रीकी और अफ्रीकी अमेरिकी लोगों के साथ अनेक स्तरों पर संपर्क रखा करते थे। समय के साथ-साथ सभी संस्कृतियों के बीच अंतःक्रिया की शुरुआत हुई. धीरे-धीरे अमेरिकी मूल-निवासियों ने श्वेत संस्कृति को अपनाना शुरु कर दिया. अमेरिकी मूल-निवासी अफ्रीकियों के साथ कुछ अनुभव साझा किया करते थे, विशेषतः उस अवधि के दौरान जब दोनों को ही दास बना लिया गया था।
सभ्य बनाए गए पांच कबीलों ने दासों का स्वामित्व प्राप्त करके सत्ता हासिल करने का प्रयास किया और उन्होंने कुछ अन्य यूरोपीय-अमेरिकी तरीके भी आत्मसात कर लिए. शेरोकी के दास-स्वामित्व वाले वाले परिवारों में से, 78 प्रतिशत ने किसी न किसी श्वेत पितृ-वंश का दावा किया। लोगों के बीच अंतःक्रिया का स्वरूप अमेरिकी मूल-निवासी समूहों, दास बनाए गए लोगों और यूरोपीय दास-धारकों के ऐतिहासिक चरित्र पर निर्भर होता था। अमेरिकी मूल-निवासी अक्सर भगोड़े दासों की सहायताक किया करते थे। वे अफ्रीकियों को श्वेतों के हाथों बेच भी दिया करते थे और अनेक कंबलों या घोड़ों की तरह ही उनका व्यापार किया करते थे।
भले ही अमेरिकी मूल-निवासी दास बनाए गए लोगों के साथ वैसा ही नृशंसतापूर्ण व्यवहार करते थे, जैसा कि यूरोपीय लोगों द्वारा किया जाता था, लेकिन फिर भी अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी स्वामियों ने दक्षिणी श्वेत बंधन (शैटेल दासता) की सबसे बुरी विशेषता को अस्वीकार कर दिया. हालांकि अमेरिकी मूल-निवासियों में से 3% से भी कम लोग दासों के स्वामी थे, बंधन ने अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच विनाशक विदलन निर्मित कर दिये. मिश्रित-नस्ल वाले दास-धारक एक श्रेणी पदानुक्रम का भाग थे, जो कि यूरोपीय पितृ-वंश से संबंधित दिखाई पड़ता था, लेकिन उनका लाभ उनके पूर्वजों से स्थानांतरित हुई सामाजिक संपत्ति पर आधारित था। इंडियन रिमूवल के प्रस्तावों ने सांस्कृतिक परिवर्तनों के तनावों को बढ़ा दिया क्योंकि दक्षिण में मिश्रित-नस्ल वाले अमेरिकी मूल-निवासियों की संख्या बढ़ गई। शुद्ध रक्त वालों ने कभी-कभी, भूमि पर नियंत्रण सहित, पारंपरिक पद्धतियों को बनाए रखने के लिए बहुत अधिक प्रयास किये. अधिक पारंपरिक सदस्य, जो दासों को नहीं रखते थे, अक्सर आंग्ल-अमेरिकियों को भूमि बेचना पसंद नहीं करते थे।
राजा फिलिप का युद्ध, जिसे कभी-कभी मेटाकॉम का युद्ध या मेटाकॉम का विद्रोह कहा जाता है, वर्तमान दक्षिणी न्यू इंग्लैंड में रहने वाले अमेरिकी मूल-निवासियों तथा अंग्रेज़ उपनिवेशवादियों व उनके अमेरिकी मूल-निवासी सहयोगियों के बीच सन 1675-1676 में हुआ एक सशस्र संघर्ष था। राजा फिलिप की हत्या हो जाने के बाद भी, जब तक अप्रैल 1678 में कैस्को की खाड़ी में एक संधि पर हस्ताक्षर नहीं कर लिए गए, तब तक यह उत्तरी न्यू इंग्लैंड में भी (मुख्यतः माइने [Maine] की सीमा पर) जारी रहा. शल्ट्ज़ और टॉगियास की "किंग फिलिप'स वॉर, द हिस्ट्री एंड लीगसी ऑफ अमेरिका'स फॉरगॉटन कॉन्फ्लिक्ट" (डिपार्टमेंट ऑफ डिफेन्स, ब्यूरो ऑफ सेन्सस से प्राप्त स्रोतों और औपनिवेशिक इतिहासकार फ्रांसिस जेनिंग्स के कार्य के आधार पर) में दिये गए मृत्यु के संयुक्त अनुमान के अनुसार, न्यू इंग्लैंड के 52,000 उपनिवेशवादियों में से 800 (प्रत्येक 65 में से 1) और 20,000 मूल-निवासियों में से 3,000 (प्रत्येक 20 में से 1) ने इस युद्ध के दौरान अपनी जान गंवाई, जिसके कारण यह आनुपातिक रूप से अमेरिका के इतिहास के सबसे खूनी और सबसे महंगे युद्धों में से एक बन गया। न्यू इंग्लैंड के नब्बे शहरों में से आधे से अधिक पर अमेरिकी मूल-निवासी योद्धाओं ने आक्रमण किया। दोनों पक्षों के दस में से एक सैनिक या तो घायल हुआ या मारा गया।
इस युद्ध को अमेरिकी मूलनिवासियों के पक्ष के प्रमुख नेता मेटाकॉमेट, मेटाकॉम या पोमेटाकॉम का नाम दिया गया है, जिसे अंग्रेज़ लोग "राजा फिलिप" के नाम से जानते थे। वह पोकानोकेट कबीले/पोकानिकेट संघ और वैम्पेनोआग राष्ट्र का अंतिम मैसासॉइट (महान नेता) था। उपनिवेशवादियों से उनकी हार हो जाने और पोकानोकेट कबीले व राजवंश के नरसंहार का प्रयास किये जाने पर, उनमें से अनेक लोग उत्तर की ओर भागने में सफल रहे और उन्होंने अबानाकी कबीलों व वाबानाकी संघ के साथ मिलकर ब्रिटिशों (मैसाच्युसेट्स बे कॉलोनी) के खिलाफ अपनी लड़ाई जारी रखी.
गृहयुद्ध के दौरान अनेक अमेरिकी मूल-निवासियों ने सेना में अपनी सेवाएं दीं, जिनमें से अधिकांश ने संघ का साथ दिया. अमेरिकी मूल-निवासियों को आशा थी कि वे युद्ध के प्रयास में सहायता देकर व श्वेतों के साथ युद्ध करके तत्कालीन सरकार की कृपा प्राप्त कर सकेंगे. उन्हें यह भी विश्वास था कि युद्ध में उनके द्वारा सेवा दिये जाने का अर्थ भेदभाव और पूर्वजों की भूमि से पश्चिमी क्षेत्रों में होने वाले विस्थापन की समाप्ति भी होगा. हालांकि जब युद्ध ने ज़ोर पकड़ लिया और अफ्रीकी अमेरिकियों को मुक्त घोषित कर दिया गया, तब भी संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार ने अमेरिकी मूल-निवासियों को सम्मिलित करने, अपने अधीन लाने, निष्कासित करने या उनका उन्मूलन कर देने की अपनी नीतियाँ जारी रखीं.
जनरल एली एस. पार्कर, सेनेका कबीले के एक सदस्य, ने समपर्ण की धाराओं की रचना की, जिन पर 9 अप्रैल 1865 को जनरल रॉबर्ट ई. ली ने ऐपोमैटॉक्स कोर्ट हाउस में हस्ताक्षर किये. जनरल पार्कर, जिन्होंने जनरल युलिसेस एस. ग्रांट के सैन्य सचिव के रूप में कार्य किया था और वे एक प्रशिक्षित एटॉर्नी थे, को एक बार उनकी जाति के कारण संघीय सैन्य सेवा में लिए जाने से अस्वीकार कर दिया गया था। ऐसा कहा जाता है कि ऐपोमैटॉक्स में, ली ने पार्कर के लिए यह टिप्पणी की कि, "मैं यहाँ एक सच्चे अमेरिकी को देखकर प्रसन्न हूं", जिसके उत्तर में पार्कर ने कहा कि "हम सभी अमेरिकी हैं। "
स्पेनी-अमेरिकी युद्ध स्पेन और संयुक्त राज्य अमेरिका के बीच क्युबा, फिलिपीन्स और प्युअर्टो रिको पर अधिकार के मुद्दे पर अप्रैल और अगस्त 1898 के बीच हुआ एक सशस्र सैन्य संघर्ष था। थियोडोर रूज़वेल्ट ने सक्रिय रूप से क्युबा में दखल को प्रोत्साहन दिया. रूज़वेल्ट ने लियोनार्ड वुड के साथ मिलकर सेना को एक पूर्णतः-स्वैच्छिक रेजीमेंट, पहली यू.एस. वॉलन्टियर कैवेलरी, खड़ी करने के लिए मना लिया। पहली यूनाइटेड स्टेट्स वॉलन्टियर कैवेलरी और युद्ध करने वाली एकमात्र रेजीमेंट को "रफ राइडर्स (Rough Riders)" नाम दिया गया था। नियोक्ताओं ने पुरूषों का एक विविधतापूर्ण समूह एकत्रित किया, जिसमें काउबॉय, स्वर्ण या खनन पूर्वेक्षक, शिकारी, जुआरी और अमेरिकी मूल-निवासी शामिल थे। ऐसे साठ अमेरिकी मूल-निवासी थे, जिन्होंने "रफ राइडर्स" के रूप में अपनी सेवाएं दीं.
द्वितीय विश्व-युद्ध के दौरान लगभग 44,000 अमेरिकी मूल-निवासियों ने संयुक्त राज्य अमेरिका की सेना में अपनी सेवाएं दीं थीं। उन्नीसवीं सदी के निष्कासन के बाद से आरक्षित क्षेत्रों से मूल-निवासी लोगों के पहले व्यापक-पैमाने पर हुए कूच के रूप में वर्णित यह अंतर्राष्ट्रीय संघर्ष अमेरिकी मूल-निवासियों के इतिहास में एक निर्णायक मोड़ था। अमेरिकी मूल-निवासी वंश के पुरूषों को भी अन्य अमेरिकी पुरूषों की तरह सेना में शामिल किया गया। उनके साथी सैनिक अक्सर उन्हें उच्च सम्मान की नज़रों से देखते थे, आंशिक रूप से इसलिए कि शक्तिशाली अमेरिकी मूल-निवासियों की गाथा अमेरिकी ऐतिहासिक गाथा के ताने-बाने का एक भाग बन चुकी थी। श्वेत सैनिक कभी-कभी प्रसन्नतापूर्वक अमेरिकी मूल-निवासियों को "चीफ" कहकर उनके प्रति अपना सम्मान प्रकट किया करते थे।
आरक्षित क्षेत्रों की प्रणाली से बाहर की दुनिया के संपर्क में आने के परिणामस्वरूप अमेरिकी मूल-निवासी संस्कृति में व्यापक परिवर्तन हुए. "युद्ध ने" सन 1945 में यू.एस. इन्डियन कमिश्नर ने कहा, "आरक्षण युग के प्रारम्भ से लेकर अब तक मूल-निवासी जीवन का सबसे बड़ा व्यवधान उत्पन्न किया", जिससे कबीले के सदस्यों की आदतें, दृष्टिकोण और आर्थिक स्थिति प्रभावित हुई. इन परिवर्तनों में से सबसे महत्वपूर्ण परिवर्तन बेहतर वेतन वाले कार्यों को ढूंढ पाने-युद्धकाल में श्रमिकों की कमी के परिणामस्वरूप-का अवसर था। हालांकि कुछ हानियों का सामना भी करना पड़ा. द्वितीय विश्व युद्ध में कुल 1,200 प्युएब्लो लोगों ने अपनी सेवाएं दीं, जिनमें से केवल आधे ही जीवित लौटकर घर आ सके. इसके अलावा कहीं अधिक नावाजो लोगों ने प्रशांत-क्षेत्र में सेना के लिए कोड भाषियों (Code talkers) के रूप में अपने सेवाएं दीं. उनके द्वारा बनाया गया कोड, हालांकि वह कूटशास्र की दृष्टि से बहुत ही सरल था, जापानियों द्वारा कभी समझा नहीं जा सका.
सन 1975 में इंडियन सेल्फ-डिटरमिनेशन एंड एज्युकेशन असिस्टन्स ऐक्ट (Indian Self-Determination and Educational Assistance Act) पारित किया गया, जिसने नीति परिवर्तन के 15 वर्षों का समापन कर दिया. इन्डियन सक्रियतावाद, नागरिक अधिकार आंदोलन (Civil Rights Movement) और सन 1960 के दशक के सामाजिक कार्यक्रम के सामुदायिक विकास के पहलुओं, से संबंधित इस अधिनियम ने अमेरिकी मूल-निवासियों की आत्म-निर्णय की आवश्यकता को स्वीकृति प्रदान की. इसके साथ ही अमेरिकी सरकार की समापन की नीति का भी त्याग कर दिया गया; अमेरिकी सरकार ने अमेरिकी मूल-निवासियों के स्वशासन और अपने भविष्य का निर्धारण करने के प्रयासों को प्रोत्साहित किया।
संयुक्त राज्य अमेरिका में संघीय मान्यता प्राप्त 562 कबीलाई सरकारें हैं। इन कबीलों के पास अपनी स्वयं की सरकार का गठन करने, कानून (दीवानी व फौजदारी दोनों) लागू करने, कर वसूलने, सदस्यता की आवश्यकताएं स्थापित करने, गतिविधियों के लिए लाइसेंस जारी करने व उनका नियमन करने, क्षेत्रों का विभाजन करने और व्यक्तियों को कबीलाई क्षेत्र से निष्कासित करने का अधिकार है। स्वशासन की कबीलाई शक्तियों की सीमाओं में वही सीमाएँ शामिल हैं, जो राज्य पर लागू होतीं हैं; उदाहरणार्थ, कबीले या राज्य किसी के पास भी युद्ध की शुरुआत करने, विदेशी संबंधों में शामिल होने, या धन छापने (जिसमें कागज़ी मुद्रा शामिल है) की शक्ति नहीं है।
अनेक अमेरिकी मूल-निवासी और अमेरिकी मूल-निवासियों के अधिकारों के समर्थक इस बात की ओर इंगित करते हैं कि अमेरिकी संघीय सरकार का अमेरिकी मूल-निवासियों लोगों की "संप्रभुता" को मान्यता प्रदान करने का दावा कमज़ोर है क्योंकि संयुक्त राज्य अमेरिका अभी भी अमेरिकी मूल-निवासी लोगों पर शासन करना और उनके साथ अमेरिकी कानून के अधीन व्यवहार करना चाहता है। ऐसे समर्थकों के अनुसार अमेरिकी मूल-निवासियों की संप्रभुता के सच्चे सम्मान के लिए यह आवश्यक होगा कि संयुक्त राज्य अमेरिका की संघीय सरकार अमेरिकी मूल-निवासी लोगों के साथ उसी तरह का व्यवहार करे, जैसा वह किसी भी अन्य संप्रभु राष्ट्र के साथ करती है और अमेरिकी मूल-निवासियों के साथ संबंधों से जुड़े मामलों का नियंत्रण सेक्रेटरी ऑफ स्टेट के माध्यम से किया जाए, न कि ब्यूरो ऑफ इंडियन अफेयर्स के माध्यम से. ब्यूरो ऑफ इंडियन अफेयर्स अपनी वेबसाइट पर यह उल्लेख करता है कि इसकी "ज़िम्मेदारी अमेरिकी इन्डियन्स, इन्डियन कबीलों और अलास्का के मूल-निवासियों के लिए संयुक्त राज्य अमेरिका द्वारा विश्वास के तहत अपने अधीन रखी गई भूमि के का प्रशासन और प्रबंधन करना है। " अनेक अमेरिकी मूल-निवासी और अमेरिकी मूल-निवासियों के अधिकारों के समर्थकों का मानना है कि ऐसी भूमियों को "विश्वास के अधीन रखी गई" मानना और किसी भी तरह से इनका नियमन किसी विदेशी शक्ति, चाहे वह संयुक्त राज्य अमेरिका की संघीय सरकार हो, कनाडा की सरकार हो, या कोई भी अन्य गैर-मूलनिवासी अमेरिकी प्राधिकरण हो, द्वारा किया जाना दूसरों को नीचा दिखाने जैसा व्यवहार है।
यूनाइटेड स्टेट्स सेंसस ब्यूरो के सन 2003 के अनुमान के मुताबिक, संयुक्त राज्य अमेरिका में निवासरत 2,786,652 अमेरिकी मूल-निवासियों में से एक-तिहाई से कुछ अधिक लोग तीन राज्यों में रहते हैं: कैलिफोर्निया में 413,382, एरिज़ोना में 294,137 और ओक्लाहोमा में 279,559.
सन 2000 तक प्राप्त जानकारी के अनुसार, जनसंख्या के लिहाज से संयुक्त राज्य अमेरिका में सबसे बड़े कबीले नवाजो (Navajo), शेरोकी (Cherokee), चोकटॉ (Choctaw), सायॉक्स (Sioux), चिपेवा (Chippewa), अपाचे (Apache), ब्लैकफीट (Blackfeet), आइरोक्युइस (Iroquois) और प्युएब्लो (Pueblo) थे। सन 2000 में, अमेरिकी मूल-निवासी वंश के दस में से आठ अमेरिकी मिश्रित रक्त वाले थे। ऐसा अनुमान है कि सन 2100 तक यह आंकड़ा बढ़कर दस में से नौ हो जाएगा. इसके अलावा, ऐसे अनेक कबीले हैं, जिन्हें विशिष्ट राज्यों द्वारा मान्यता प्रदान की गई है, लेकिन संघीय सरकार द्वारा नहीं. राज्यों से प्राप्त मान्यता से जुड़े अधिकार और लाभ राज्य-दर-राज्य भिन्न-भिन्न होते हैं।
कुछ कबीलाई राष्ट्र अपनी परंपरा को स्थापित कर पाने और संघीय मान्यता प्राप्त कर पाने में विफल रहे हैं। सैन फ्रांसिस्को के खाड़ी क्षेत्र में स्थित मुवेक्मा ओहलोन मान्यता प्राप्त करने के लिए संघीय न्यायालयीन प्रणाली में मुकदमा लड़ रहा है। पूर्वी कबीलों में से अनेक अपने कबीलाई दर्जे के लिए आधिकारिक मान्यता प्राप्त करने का प्रयास कर रहे हैं। इस मान्यता से कुछ लाभ प्राप्त होते हैं, जिनमें कला व शिल्प कृतियों पर अमेरिकी मूल-निवासी के रूप में चिह्नित करने और ऐसे अनुदानों के लिए आवेदन करने की अनुमति शामिल हैं, जो विशिष्ट रूप से अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए आरक्षित होते हैं। लेकिन एक कबीले के रूप में मान्यता प्राप्त करना अत्यधिक कठिन होता है; एक कबीलाई समूह के रूप में स्थापित होने के लिए सदस्यों को कबीलाई वंश का व्यापक वांशिकता-संबंधी प्रमाण प्रस्तुत करना पड़ता है।
आरक्षित क्षेत्रों या वृहत्तर समाज में गरीबी के बीच जीवन को बनाए रखने का अमेरिकी मूल-निवासियों के संघर्ष के परिणामस्वरूप स्वास्थ्य से जुड़े विभिन्न प्रकार के मुद्दे उत्पन्न हुए हैं, जिनमें से कुछ पोषण और स्वास्थ्य संबंधी पद्धतियों से जुड़े हुए हैं। यह समुदाय अति-मद्यपान के विषमतापूर्ण अनुपात से ग्रस्त है। अमेरिकी मूल-निवासी समुदाय के साथ कार्य कर रही एजेंसियाँ उनकी परंपराओं का सम्मान करने और उनकी स्वयं की सांस्कृतिक पद्धतियों के भीतर रहते हुए ही पश्चिमी दवाओं के लाभों को एकीकृत करने का बेहतर प्रयास कर रही हैं।
जुलाई 2000 में, वॉशिंगटन रिपब्लिकन पार्टी ने इस बात की अनुशंसा करने वाला एक प्रस्ताव पारित किया कि संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार की संघीय व वैधानिक शाखाएं कबीलाई सरकारों को समाप्त कर दें. सन 2007 में, डेमोक्रेटिक पार्टी के कांग्रेस पुरुष सदस्यों (congressmen) व कांग्रेस महिला सदस्यों (Congresswomen) ने अमेरिकी हाउस ऑफ रिप्रेज़ेंटेटिव्ज़ में शेरोकी राष्ट्र को "समाप्त" करने का एक विधेयक प्रस्तुत किया। सन 2004 तक प्राप्त जानकारी के अनुसार, विभिन्न अमेरिकी मूल-निवासी अन्य लोगों द्वारा प्राकृतिक संसाधनों, जैसे पश्चिम में कोयला व यूरेनियम, की प्राप्ति के लिए उनकी आरक्षित भूमियों पर नियंत्रण प्राप्त करने के लिए किये जाने वाले प्रयासों के प्रति सतर्क हैं।
वर्जीनिया राज्य में, अमेरिकी मूल-निवासियों को एक अनूठी समस्या का सामना करना पड़ता है। वर्जीनिया में कोई भी संघीय मान्यता-प्राप्त कबीला नहीं है। कुछ विश्लेषक इसका श्रेय वॉल्टर ऐशबी प्लेकर को देते हैं, जिन्होंने इस राज्य के ब्यूरो ऑफ वाइटल स्टैटिस्टिक्स के रजिस्ट्रार के रूप में वन-ड्रॉप नियम की अपनी स्वयं की व्याख्या प्रबलता से लागू की थी। वे सन 1912-1946 के दौरान सेवारत रहे. सन 1920 में राज्य की जनरल असेम्बली ने एक कानून पारित किया, जिसके अनुसार केवल दो ही नस्लों को मान्यता प्रदान की गई थी: "श्वेत (White)" और "रंगीन (Colored)". प्लेकर का मानना था कि राज्य के अमेरिकी मूल-निवासी अफ्रीकी अमेरिकियों के साथ अंतर्विवाहों द्वारा "संकरित" बन चुके हैं और, इसके अलावा, यह कि आंशिक अश्वेत परंपरा वाले कुछ लोग अमेरिकी मूल-निवासियों के रूप में मान्यता पाने का प्रयास कर रहे थे। प्लेकर अफ्रीकी परंपरा वाले किसी भी व्यक्ति को रंगीन (Colored) के रूप में ही वर्गीकृत करते थे, भले ही उसकी दिखावट और सांस्कृतिक पहचान कुछ भी हो. प्लेकर ने स्थानीय सरकारों पर राज्य के सभी अमेरिकी मूल-निवासियों को "रंगीन" के रूप में पुनर्वर्गीकृत करने का दबाव डाला और डेटा व कानून की उनकी स्वयं की व्याख्या के आधार पर ऐसे कुलनामों की सूचियाँ दीं जिनका पुनर्वगीकरण के लिए परीक्षण किया जाना था। इसके परिणामस्वरूप अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों व परिवारों से जुड़े राज्य के अचूक रिकॉर्ड नष्ट हो गए। कभी-कभी एक ही परिवार के विभिन्न सदस्यों का वर्गीकरण "श्वेत" और "रंगीन" के रूप में करके उन्हें विभक्त कर दिया गया। अमेरिकी मूल-निवासियों की प्राथमिक पहचान के लिए कोई स्थान नहीं था। हालांकि, सन 2009 में, सीनेट इंडियन अफेयर्स कमिटी ने वर्जिनिया के कबीलों को संघीय मान्यता देने वाले एक विधेयक को अनुमति प्रदान की.
संघीय मान्यता और इसके लाभ प्राप्त करने के लिए, कबीलों के लिए सन 1900 से अपना नियमित अस्तित्व साबित करना अनिवार्य होता है। संघीय सरकार ने यह आवश्यकता बनाए रखी है, आंशिक रूप से इसलिए क्योंकि काउंसिलों व कमिटियों में सहभागिता के माध्यम से, संघीय रूप से मान्यता प्राप्त कबीले इस बात पर अड़े रहे हैं कि समूह भी उन्हीं आवश्यकताओं की पूर्ति करें, जिनकी पूर्ति उन्होंने की थी।
इक्कीसवीं सदी के प्रारम्भिक भाग में, अमेरिकी मूल-निवासी समुदाय संयुक्त राज्य अमेरिका के भूदृश्य पर, अमेरिकी अर्थव्यवस्था में और अमेरिकी मूल-निवासियों के जीवनों में एक चिरस्थायी जोड़ बने हुए हैं। समुदाय लगातार सरकारों का निर्माण करते रहे हैं, जो आग पर काबू पाने, प्राकृतिक संसाधनों का प्रबंधन करने और कानून लागू करने जैसी सेवाओं का प्रशासन करती हैं। अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों ने स्थानीय अध्यादेशों से संबंधित मामलों में निर्णय देने के लिए न्यायालयीन प्रणालियाँ स्थापित कीं हैं और इनमें से अधिकांश द्वारा समुदाय के भीतर पारंपरिक संबद्धता में निहित नैतिक व सामाजिक प्राधिकार के विभिन्न प्रकारों पर भी नज़र रखी जाती है। अमेरिकी मूल-निवासियों की निवास आवश्यकताओं की पूर्ति के लिए, कांग्रेस ने सन 1996 में "नेटिव अमेरिकन हाउसिंग एंड सेल्फ डिटरमिनेशन ऐक्ट" (एनएएचएएसडीए [NAHASDA]) पारित किया। ज कबीलों की ओर निर्देशित एक सामूहिक अनुदान कार्यक्रम के साथ इस कानून ने सार्वजनिक गृहनिर्माण और इन्डियन हाउसिंग अथॉरिटीज़ की ओर निर्देशित सन 1937 के अन्य हाउसिंग ऐक्ट कार्यक्रमों का स्थान लिया।
संभवतः इसलिए कि अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी प्रमुख जनसंख्या केन्द्रों से अपेक्षाकृत पृथक आरक्षित क्षेत्रों में रहते हैं, विश्वविद्यालयों ने सामान्य जनता के बीच उनके प्रति दृष्टिकोण के बारे में अपेक्षाकृत कम सार्वजनिक अभिमत अनुसंधान किया है। सन 2007 में, नॉन-पार्टिसन पब्लिक एजेंटा संगठन ने एक केन्द्रित समूह अध्ययन आयोजित किया। अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासियों ने यह स्वीकार किया कि अपने दैनिक जीवन में शायद ही कभी उनका सामना अमेरिकी मूल-निवासियों से हुआ है। हालांकि वे अमेरिकी मूल-निवासियों के प्रति सहानुभूति रखते थे और अतीत के प्रति खेद व्यक्त कर रहे थे, लेकिन उनमें से अधिकांश लोगों के पास अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा झेली जा रही समस्याओं की केवल एक अस्पष्ट समझ ही थी। जहाँ तक अमेरिकी मूल-निवासियों की बात है, तो उन्होंने अनुसंधानकर्ताओं को बताया कि उन्हें लगता था कि वृहत्तर समाज में आज भी उन्हें पूर्वाग्रह और दुर्व्यवहार का सामना करना पड़ रहा था।
संघीय सरकार और अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच होने वाले टकरावों से अक्सर हिंसा भड़क उठती है। संभवतः बीसवीं सदी की अधिक उल्लेखनीय घटना एक छोटे से नगर साउथ डैकोटा में हुई वुंडेड नी (Wounded Knee) की घटना थी। बढ़ते नागरिक अधिकार विरोधों के काल के दौरान, अमेरिकन इन्डियन मूवमेंट (एआईएम [AIM]) के लगभग 200 सक्रिय सदस्यों ने 27 फ़रवरी 1983 को वुंडेड नी पर अधिकार कर लिया। वे अमेरिकी मूल-निवासियों के अधिकारों और निकटवर्ती पाइन रिज रिज़र्वेशन से जुड़े मुद्दों को लेकर विरोध-प्रदर्शन कर रहे थे। संघीय कानून प्रवर्तन अधिकारियों और संयुक्त राज्य अमेरिका की सेना ने नगर को घेर लिया। इसके परिणामस्वरूप हुई गोलीबारी में, एआईएम (AIM) के दो सदस्यों की मौत हो गई और एक यूनाइटेड स्टेट्स मार्शल घायल और पंगु हो गया। जून 1975 में, पाइन रिज रिज़र्व में एक सशस्र डकैती को रोकने का प्रयास कर रहे दो एफबीआई (FBI) एजेंट एक अग्नि-कांड में घायल हो गए और बाद में पॉइन्ट-ब्लैंक रेंज पर चलाई गई गोलियों से उनकी हत्या कर दी गई। एफबीआई (FBI) एजेंटों की मृत्यु के मामले में एआईएम (AIM) कार्यकर्ता लियोनार्ड पेल्टियर को दो क्रमिक आजीवन कारावासों की सजा सुनाई गई।
इन्डियन कबीलों के संदर्भ में संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार द्वारा अतीत में अपनाई गईं "व्यर्थ नीतियों" के लिए "संयुक्त राज्य अमेरिका की ओर से सभी मूल-निवासी लोगों से क्षमायाचना करने के लिए" सन 2004 में, सीनेटर सैम ब्राउनबैक (कन्सास के रिपब्लिकन) ने एक संयुक्त प्रस्ताव (सीनेट जॉइन्ट रिज़ॉल्यूशन 37) प्रस्तुत किया। सन 2010 रक्षा विनियोजन विधेयक में दफनाए गए इस विधेयक पर राष्ट्रपति बराक ओबामा ने सन 2009 में हस्ताक्षर करके इसे कानून में परिणत किया।
सन 2007 में एआईएम (AIM) कार्यकर्ता जॉन ग्राहम को कनाडा से संयुक्त राज्य अमेरिका को सौंप दिया गया, ताकि उस पर सन 1975 में एन.एस. मिमाक की हत्या का मुकदमा चलाया जा सके. वुंडेड नी की घटना के वर्षों बाद अमेरिकी मूल-निवासी महिला कार्यकर्ता की, कथित रूप से उस समय एफबीआई (FBI) की मुखबिर होने के आरोप में, हत्या कर दी गई।
सन 2010 में, सेनेका नेशन और न्यूयॉर्क सिटी के मेयर ब्लूमबर्ग के बीच सिगरेट पर करों को लेकर हुए एक विवाद के चलते सेनेका नेशन ने मेयर के इस्तीफे की मांग की. 1 सितंबर से प्रभावी होने वाले कर को लेकर हुए इस विवाद ने लोगों का ध्यान खींचा, जब ब्लूमबर्ग ने एक रेडियो शो में कहा कि गवर्नर पीटरसन को एक "काउबॉय हैट और एक शॉटगन" हासिल करने और स्वयं ही धन की मांग करने की आवश्यकता है।
13 सितंबर 2007 को, संयुक्त राष्ट्र संघ की सामान्य सभा (General Assembly) ने लगभग 25 वर्षों तक चली चर्चा के बाद मूल-निवासी लोगों के अधिकारों पर संयुक्त राष्ट्र संघ के घोषणा-पत्र (संयुक्त राष्ट्र Declaration on the Rights of Indigenous Peoples) को अंगीकार किया। इस घोषणा-पत्र के विकास में मूल-निवासी प्रतिनिधियों ने मुख्य भूमिका निभाई थी। इसके पक्ष में 143 मतों का ज़बरदस्त बहुमत था, जबकि इसके विरुद्ध केवल 4 मत (कनाडा, ऑस्ट्रेलिया, न्यूज़ीलैंड, संयुक्त राज्य अमेरिका) पड़े. इसके खिलाफ मतदान करने वाले चारों राज्यों-जिनमें से सभी ने ऐतिहासिक रूप से मूल-निवासी लोगों, जिनकी संख्या बाहर से आकर बसने वाले लोगों की तुलना में बहुत ही कम थी, का दमन किया था और उनकी स्वतंत्रता छीन ली थी-ने सामान्य सभा के समक्ष प्रस्तुत घोषणा-पत्र के अंतिम प्रारूप के बारे में गंभीर आपत्तियाँ व्यक्त करना जारी रखा. विरोध कर रहे चार में से दो देशों, ऑस्ट्रेलिया व न्यूज़ीलैंड, ने बाद में अपना पक्ष बदल कर घोषणा-पत्र के समर्थन में मत दिया.
संयुक्त राष्ट्र संघ में संयुक्त राज्य अमेरिका के मिशन की ओर बोलते हुए, प्रवक्ता बेंजामिन चैंग, जो कि रिचर्ड ग्रेनेल के नेतृत्व में कार्यरत थे, ने कहा कि "आज जो किया गया, वह स्पष्ट नहीं है। अब यह एक ऐसी स्थिति में है, जहाँ इसकी व्याख्या अनेक प्रकार से की जा सकती है और यह एक स्पष्ट वैश्विक सिद्धांत स्थापित नहीं करता." अमेरिकी मिशन ने पटल पर एक दस्तावेज, "मूल-निवासी लोगों के अधिकारों के संदर्भ में संयुक्त राज्य अमेरिका की राय (Observations of the United States with respect to the Declaration on the Rights of Indigenous Peoples)", जारी करते हुए इस घोषणा-पत्र के विरुद्ध अपनी आपत्तियाँ दर्ज करवाईं. इनमें से अधिकांश आपत्तियाँ उन्हीं बिंदुओं पर आधारित थीं, जिनके आधार पर अन्य तीनों देशों ने इस घोषणा-पत्र को अस्वीकार किया था, लेकिन इसके अलावा, संयुक्त राज्य अमेरिका ने इस बात की ओर भी ध्यान आकर्षित किया कि यह घोषणा-पत्र इस बात की एक सटीक परिभाषा दे पाने में विफल था कि शब्दावली "मूल-निवासी लोग" में कौन-कौन शामिल है।
खेलों में अमेरिकी मूल-निवासी शुभंकरों का प्रयोग संयुक्त राज्य अमेरिका और कनाडा में विवाद का एक मुद्दा बन चुका है। अमेरिकियों का "इन्डियन्स के साथ खिलवाड़ करने" का एक इतिहास रहा है, जो कम से कम अठारहवीं सदी से चला आ रहा है। कई लोग पारंपरिक अमेरिकी मूल-निवासी योद्धा की छवि से जुड़े नायकत्व और रूमानियत की प्रशंसा करते हैं, लेकिन अनेक अमेरिकी मूल-निवासी उनसे जुड़ी वस्तुओं का प्रयोग शुभंकर के रूप में किये जाने को आक्रामक और अपमानजनक मानते हैं। हालांकि कई विश्वविद्यालयों (उदाहरणार्थ, नॉर्थ डैकोटा फाइटिंग सायॉक्स ऑफ यूनिवर्सिटी ऑफ नॉर्थ डैकोटा) और व्यावसायिक खेल टीमों (उदाहरणार्थ, चीफ वाहू ऑफ क्लीवलैंड इंडियन्स) अब ऐसी छवियों का प्रयोग अमेरिकी मूल-निवासी राष्ट्रों से परामर्श लिए बिना नहीं करते, लेकिन निम्न स्तर के कुछ विद्यालय, जैसे वैलेजो, सीए (CA) स्थित वैलेजो हाई स्कूल और क्रॉकेट, सीए (CA) स्थित जॉन स्वेट हाई स्कूल, व निम्न स्तर की अन्य खेल टीमें अभी भी ऐसा करती हैं। कैलिफोर्निया के बे एरिया में अनेक हाई स्कूल, जैसे टॉमेलेस बेस हाई और सीक्युआ हाई ने अपने शुभंकरों को सेवानिवृत्त कर दिया है।
अगस्त 2005 में, नैशनल कॉलेजिएट ऐथलेटिक एसोसियेशन (एनसीएए [NCAA]) ने सत्रोपरांत होने वाली स्पर्धाओं में "शत्रुतापूर्ण और अपमानजनक" अमेरिकी मूल-निवासी शुभंकरों का प्रयोग प्रतिबंधित कर दिया. इसके एक अपवाद के रूप में इस बात की अनुमति प्रदान की गई कि यदि किसी कबीले द्वारा अनुमति दी गई हो, तो उस कबीले के नाम का प्रयोग किया जा सकता है (जैसे फ्लोरिडा के सेमिनोल कबीले ने फ्लोरिडा स्टेट यूनिवर्सिटी की टीम को उनके कबीले के नाम का प्रयोग करने की अनुमति दी है). संयुक्त राज्य अमेरिका के व्यावसायिक क्रीड़ा-विश्व में टीमों के अमेरिकी मूल-निवासियों की थीम पर आधारित नामों का व्यापक प्रचलन है। शुभंकर चीफ वाहू और क्लीवलैंड इन्डियन्स तथा वॉशिंगटन रेडस्किन्स जैसी टीमें इसके कुछ उदाहरण हैं, जिन्हें कुछ लोगों द्वारा विवादास्पद माना जाता है।
विभिन्न ऐतिहासिक कालों के दौरान अमेरिकी कलाकारों द्वारा अमेरिकी मूल-निवासियों का चित्रण अनेक प्रकार से किया गया है। सोलहवीं शताब्दी के दौरान, कलाकार जॉन व्हाइट ने दक्षिणपूर्वी राज्यों के मूल-निवासी लोगों के जलरंग चित्र व नक्काशीदार चित्र बनाए. जॉन व्हाइट के चित्र, अधिकांशतः, उनके द्वारा देखे गए लोगों के सच्चे प्रतिरूप थे।
बाद में, कलाकार थिरोडोर डे ब्राय ने श्वेतों के मूल जलरंग चित्रों का प्रयोग करके नक्काशीदार चित्रों की एक पुस्तक बनाई, जिसका शीर्षक "ए ब्रीफ एंड ट्रु रिपोर्ट ऑफ द न्यू फाउंड लैंड ऑफ वर्जिनिया (A briefe and true report of the new found land of virginia)" था। अपनी पुस्तक में, डे ब्राय ने अक्सर श्वेतों की आकृतियों की मुद्राओं व लक्षणों में परिवर्तन कर दिया, ताकि वे अधिक यूरोपीय दिखाई दें. जिस अवधि में व्हाइट और डे ब्राय कार्य कर रहे थे, जब यूरोपीय लोग पहली बार अमेरिकी मूल-निवासियों के संपर्क में आ रहे थे, उस दौरान यूरोपीय लोगों के मन में अमेरिकी मूल-निवासियों की संस्कृतियों के प्रति अत्यधिक रुचि थी। उनकी उत्सुकता ने डे ब्राय की पुस्तक जैसी किसी पुस्तक की मांग उत्पन्न कर दी.
उन्नीसवीं और बीसवीं सदी के अनेक अमेरिकी व कनाडाई चित्रकार, जो कि अक्सर मूल-निवासी संस्कृति को लेखबद्ध करने व संरक्षित रखने की इच्छा द्वारा प्रेरित थे, ने अमेरिकी मूल-निवासियों से जुड़े विषयों में विशेषज्ञता हासिल की. एल्ब्रिज आएर बर्बैंक, जॉर्ज कैटलिन, सेठ और मैरी ईस्टमैन, पॉल केन, डब्ल्यू. लैंग्डन किन, चार्ल्स बर्ड किंग, जोसेफ हेनरी शार्प और जॉन मिक्स स्टैनली इनमें सर्वाधिक विख्यात हैं।
उन्नीसवीं सदी के प्रारम्भ में अमेरिकी संसद भवन (Capitol) के निर्माण के दौरान, संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकार ने रोटुंडा के द्वारमार्ग के शिखर पर स्थापित किये जाने के लिए उभरी हुई नक्काशी वाले चार पैनलों की एक श्रृंखला के प्रयोग की अनुमति प्रदान की. उभरी हुई नक्काशी वाले ये चार पैनल यूरोपीय-अमेरिकी मूलनिवासी संबंधों के दृष्टिकोण को संपुटित करते हैं, जिसने उन्नसवीं सदी में एक पौराणिक ऐतिहासिक समानता प्राप्त कर ली थी। इन चार पैनलों में चित्रित हैं: एन्टोनियो कैपेलानो द्वारा चित्रित "द प्रीज़र्वेशन ऑफ कैप्टन स्मिथ बाय पोकैहोन्टास" (1825), एनरिको कौसिशि द्वारा चित्रित "द लैंडिंग ऑफ द पिलग्रिम्स" (1825) व "द कॉन्फ्लिक्ट ऑफ डैनियल बून एंड द इंडियन्स" (1825-26), तथा निकोलस गेवलॉट द्वारा चित्रित "विलियम पेन'स ट्रीटी विथ द इंडियन्स" (1827). उभरी हुई नक्काशी वाले ये चित्र यूरोपीय व अमेरिकी मूल-निवासी लोगों के आदर्श संस्करण प्रस्तुत करते हैं, जिनमें यूरोपीय लोग अधिक परिष्कृत व मूल-निवासी अति-क्रूर दिखाई देते हैं। वर्जीनिया के व्हिग प्रतिनिधि, हेनरी ए. वाइस, ने इस बात का एक विशिष्ट रूप से चतुर सारांश प्रस्तुत किया कि अमेरिकी मूल-निवासी इन चारों नक्काशीदार पैनलों में निहित संदेश को किस प्रकार पढ़ेंगे: "हम आपको मक्का देते हैं, आप धोखे से हमारी ज़मीनें छीन लेते हैं: हम आपका जीवन बचाते हैं, आप हमें मार डालते हैं। " हालांकि अमेरिकी मूल-निवासियों को चित्रित करने वाले उन्नीसवीं सदी के अनेक चित्रों ने इसी प्रकार के नकारात्मक संदेश दिये, लेकिन चार्ल्स बर्ड किंग जैसे कलाकारों ने अमेरिकी मूल-निवासियों की एक अधिक संतुलित छवि प्रदर्शित करने का प्रयास किया।
इस समय के दौरान कुछ ऐसे काल्पनिक-कथा लेखक थे, जिन्हें अमेरिकी मूल-निवासियों के बारे में बताया गया और जिन्होंने सहानुभूतिपूर्वक इस विषय में लेखन किया। माराह एलिस रयान ऐसी ही एक लेखिका थीं।
बीसवीं सदी में, फिल्मों और टेलीविजन भूमिकाओं में अमेरिकी मूल-निवासियों के प्रारम्भिक चित्रण उपहासपूर्ण तरीके से पारंपरिक पोशाक पहने हुए यूरोपीय-अमेरिकियों द्वारा दर्शाए जाते थे। इसके उदाहरणों में "द लास्ट ऑफ मोहिकान्स" (1920), "हॉकेये एंड द लास्ट ऑफ मोहिकान्स" (1957) और "एफ ट्रूप" (1965-67) शामिल हैं। बाद के दशकों में, अमेरिकी मूल-निवासी अभिनेताओं, जैसे "द लोन रेंजर" टेलीविजन श्रृंखला (1949-57) में जे सिल्वरहील्स, ने प्रसिद्धि प्राप्त की. अमेरिकी मूल-निवासियों की भूमिकाएं सीमित हुआ करतीं थीं और वे अमेरिकी मूल-निवासी संस्कृति को प्रतिबिम्बित नहीं करतीं थीं। सन 1970 के दशक में, फिल्मों में अमेरिकी मूल-निवासियों की कुछ भूमिकाओं में सुधार हुआ: "लिटिल बिग मैन" (1970), "बिली जैक" (1971) और "द आउटलॉ जोसी वेल्स" (1976) में अमेरिकी मूल-निवासियों को छोटी सहायक भूमिकाओं में दिखाया गया।
खुले तौर पर नकारात्मक चित्रण के अलावा, संयुक्त राज्य अमेरिका के टेलीविजन में भी मूल-निवासी लोगों को द्वितीयक, सहायक भूमिकाओं में धकेल दिया गया है। श्रृंखला "बोनन्ज़ा" के वर्षों (1959-1973) के दौरान, कोई भी प्रमुख या द्वितीयक मूल-निवासी पात्र सतत आधार पर दिखाई नहीं दिया. श्रृंखला "द लोन रेंजर" (1949-1957), "शेयेन" (1957-1963) और "लॉ ऑफ द प्लेन्समैन" (1959-1963) में ऐसे अमेरिकी मूल-निवासी पात्र थे, जो आवश्यक रूप से केन्द्रीय श्वेत पात्रों के सहायक थे। यह चरित्र-चित्रण बाद के टेलीविजन प्रयोगों और कार्यक्रमों, जैसे "हाउ द वेस्ट वॉज़ वॉन", की भी एक विशेषता बना रहा. ये कार्यक्रम सन 1990 की "सहानुभूतिपूर्ण", लेकिन फिर भी अंतर्विरोधी फिल्म "डांसेस विथ वोल्वस" के समान था, जिसमें, एला शोहाट और रॉबर्ट स्टैम के अनुसार, कथा-वर्णन का चयन यूरो-अमेरिकी स्वर के माध्य से बताई गई लैकोटास कथा से संबंधित होने के लिए किया गया था, ताकि सामान्य दर्शकों पर इसका व्यापक प्रभाव पड़ सके. "द लास्ट ऑफ द मोहिकान्स" के सन 1992 के पुनर्निर्माण और "" (1993) के की ही तरह "डांसेस विथ वोल्वस" में बड़ी संख्या में अमेरिकी मूल-निवासी अभिनेताओं को लिया गया था और मूल-निवासियों की भाषाओं को प्रदर्शित करने का कुछ प्रयास भी किया गया था।
सन 2004 में, सहायक-निर्माता गाय पेरोटा ने फिल्म "" (2004) प्रस्तुत की, जो कि उपनिवेशवादियों और अमेरिका के मूल-निवासी लोगों के बीच हुए पहले युद्ध पर बना एक टेलीविजन वृत्तचित्र था। पेरोटा और चार्ल्स क्लेमॉन्स का उद्देश्य इस प्रारम्भिक घटना के महत्व की के संदर्भ में जनता की समझ को बढ़ाना था। उनका मानना था कि इसका महत्व केवल उत्तर-पूर्वी मूल-निवासी लोगों और अंग्रेज व डच उपनिवेशवादियों के वंशजों के लिए ही नहीं, बल्कि समस्त वर्तमान अमेरिकियों के लिए था। निर्माता इस वृत्तचित्र को ऐतिहासिक रूप से अचूक और यथासंभव निष्पक्ष बनाना चाहते थे। उन्होंने व्यापक आधार वाले एक परामर्श मंडल को आमंत्रित किया और कथा के वर्णन में सहायता प्रदान करने के लिए विद्वानों, अमेरिकी मूल-निवासियों और उपनिवेशवादियों के वंशजों का प्रयोग किया। उन्होंने समकालीन अमेरिकियों के व्यक्तिगत और अक्सर भावुक दृष्टिकोण प्राप्त किये. इस निर्माण ने उस टकराव का चित्रण विभिन्न मूल्यों वाली प्रणालियों के बीच हुए संघर्ष के रूप में किया, जिसमें केवल पिकोट ही नहीं, बल्कि अनेक अमेरिकी मूल-निवासी कबीले शामिल थे, जिनमें से अधिकांश ने अंग्रेज़ों का साथ दिया. यह न केवल तथ्यों को प्रस्तुत करता है, बल्कि उन लोगों को समझने में दर्शकों की सहायता भी करता है, जिन्होंने युद्ध लड़ा था।
सन 2009 में, रिक बर्न्स द्वारा निर्मित एक टेलीविजन वृत्तचित्र और अमेरिकन एक्सपीरियन्स श्रृंखला के एक भाग, "वी शैल रिमेन" (2009), ने पांच-कड़ियों की एक श्रृंखला "अमेरिकी मूल-निवासियों के दृष्टिकोण से" प्रदर्शित की: यह "मूल-निवासियों और गैर-मूलनिवासी फिल्म निर्माताओं के बीच एक अभूतपूर्व सहयोग का प्रतिनिधित्व करती है और इसमें परियोजना के सभी स्तरों पर मूल-निवासी परामर्शदाताओं व विद्वानों को शामिल किया गया है। " ये पांच कड़ियाँ उत्तर-पूर्वी कबीलों पर किंग फिलिप के युद्ध के प्रभाव, तेकुम्सेह के युद्ध में शामिल "अमेरिकी मूल-निवासी संघ", ट्रेल ऑफ टीयर्स से बलपूर्वक विस्थापन, जेरोनिमो की खोज व अधिकार और अपाचे युद्धों का वर्णन करती हैं, तथा वुंडेड नी की घटना में अमेरिकन इन्डियन आंदोलन की सहभागिता और उसके बाद आधुनिक मूल-निवासी संस्कृति में हुए पुनरुत्थान के वर्णन के साथ समाप्त होतीं हैं।
अधिक आम तौर पर अमेरिकी मूल-निवासियों को इन्डियन्स या अमेरिकन इन्डियन्स के रूप में जाना जाता है और उन्हें अमेरिकी आदिवासियों, अमेरिन्डियन्स, अमेरिन्ड्स, कलर्ड, पहले अमेरिकियों, इन्डियन मूल-निवासियों, मूल-निवासी लोगों, मूल अमेरिकियों, रेड इन्डियन्स, रेडस्किन्स या रेड मेन के नाम से जाना जाता रहा है।  संयुक्त राज्य अमेरिका में विद्वानों द्वारा पुराने "इन्डियन" शब्द के बजाय "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द का प्रयोग मूलतः अमेरिका के मूल-निवासियों व भारत के लोगों के बीच अंतर करने और उन नकारात्मक रूढ़िवादियों से बचने के लिए किया गया था, जो कि "इन्डियन" शब्द से जुड़े माने जाते थे। शैक्षणिक समूहों में इस नई शब्दावली को अपना लिए जाने के कारण, कुछ विद्वानों का विश्वास है कि "इन्डियन्स" को अप्रचलित या आक्रामक मान लिया जाना चाहिये. हालांकि अनेक वास्तविक अमेरिकी मूल-निवासी लोग "अमेरिकन इन्डियन्स" कहलाना पसंद करते हैं। साथ ही, कुछ लोग इस बात का उल्लेख करते हैं कि संयुक्त राज्य अमेरिका में जन्मा कोई भी व्यक्ति, तकनीकी रूप से, अमेरिकी मूल का ही व्यक्ति होता है और इस बात का कि जिन विद्वानों ने पहले-पहल "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द को प्रचारित किया, उन्होंने भ्रमवश "मूल-निवासी (native)" शब्द को "देशज (indigenous)" के अर्थ में लिया। भारत से आए लोग (और उनके वंशज) जो संयुक्त राज्य अमेरिका के नागरिक हैं, उन्हें "इन्डियन अमेरिकन्स" या "एशियन इन्डियन्स" कहा जाता है।  हालांकि, नवनिर्मित प्रयोग "अमेरिकी मूल-निवासी" की आलोचना की शुरुआत विविध स्रोतों से हुई. अनेक अमेरिकन इन्डियन्स के मन में "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द को लेकर संदेह है। रसेल मीन्स, एक अमेरिकन इन्डियन कार्यकर्ता, "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द के विरोधक हैं क्योंकि उनका मानना है कि यह शब्द सरकार द्वारा अमेरिकन इन्डियन्स की सहमति के बिना थोपा गया था। उन्होंने यह तर्क भी दिया है कि इन्डियन शब्द का यह प्रयोग इन्डिया शब्द के साथ भ्रम के कारण नहीं, बल्कि स्पेनी भाषा के वाक्य "एन डियो (En Dio)", जिसका अर्थ है "ईश्वर में", से उत्पन्न हुआ है। इसके अलावा कुछ अमेरिकन इन्डियन्स "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द पर प्रश्न-चिह्न लगाते हैं क्योंकि उनका तर्क है कि यह वर्तमान में "इन्डियन्स" को प्रभावी रूप से दूर हटाकर अतीत में अमेरिकन इन्डियन्स के साथ किये गए अन्याय के संदर्भ में "श्वेत अमेरिका" की अंतरात्मा को राहत प्रदान करता है। अभी भी अन्य लोगों (इन्डियन्स और गैर-इन्डियन्स दोनों) यह तर्क देते हैं कि "अमेरिकी मूल-निवासी" शब्द समस्यामूलक है क्योंकि "के मूल-निवासी" का अर्थ होता है "में जन्मे", अतः अमेरिका में जन्मे किसी भी व्यक्ति को "मूल-निवासी" माना जा सकता है। हालांकि, अक्सर संयुक्त शब्द "अमेरिकी मूल-निवासी (Native American)" को अंग्रेज़ी भाषा में लिखते समय बड़े अक्षरों में लिखा जाता है, ताकि इसके अभीष्ट अर्थ को अन्य अर्थों से अलग पहचाना जा सके. इसी तरह जब अभीष्ट अर्थ केवल जन्म के स्थान या मूल-स्थान को सूचित करना हो, तो शब्द "मूल-निवासी" (छोटे 'n' के साथ लिखा native शब्द) को "जन्म से मूल-निवासी (native-born)" जैसे नि्रूपणों द्वारा और स्पष्ट किया जा सकता है।
सन 1995 में यू.एस. सेन्सस ब्यूरो द्वारा किये गए एक सर्वेक्षण में यह पाया गया कि संयुक्त राज्य अमेरिका में रहने वाले अमेरिकी मूल-निवासियों में से अधिकांश लोग "अमेरिकी मूल-निवासी" के बजाय "अमेरिकन इन्डियन" कहलाना ज्यादा पसंद करते थे। बहरहाल, अधिकांश अमेरिकन इन्डियन लोग "इन्डियन", "अमेरिकन इन्डियन" या "नेटिव अमेरिकन" के साथ सहज महसूस करते हैं और अक्सर इन शब्दों का प्रयोग एक-दूसरे के स्थान पर किया जाता है। परंपरागत शब्द नैशनल म्यूज़ियम ऑफ द अमेरिकन इन्डियन के लिए चुने गए नाम में भी प्रतिबिम्बित होता है, जिसका शुभारंभ सन 2004 में वॉशिंगटन डी.सी. के मॉल में हुआ।
हाल ही में, यू.एस.सेन्सस ब्यूरो ने अस्पष्टता से बचने के लिए "एशियन-इन्डियन" श्रेणी की शुरूआत की है।
जुआ एक अग्रणी उद्योग बन चुका है। संयुक्त राज्य अमेरिका में अनेक अमेरिकी मूल-निवासी सरकारों द्वारा संचालित जुआघर (Casino) बहुत बड़ी मात्रा में जुए से मिलने वाला राजस्व उत्पन्न कर रहे हैं, जिसका लाभ कुछ समुदायों द्वारा विविधतापूर्ण अर्थ-व्यवस्थाओं के निर्माण के लिए भी लिया जाने लगा है। अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों ने आत्म-निर्धारण व प्राकृतिक संसाधनों के प्रयोग के अधिकारों की मान्यता को सुनिश्चित करने के लिए कानूनी लड़ाइयाँ लड़ीं हैं और उनमें जीत भी हासिल की है। उनमें से कुछ अधिकार, जिन्हें संधि अधिकार के नाम से जाना जाता है, नवगठित संयुक्त राज्य अमेरिका की सरकारों के साथ हस्ताक्षरित प्रारम्भिक संधियों में वर्णित हैं। कबीलाई संप्रभुता अमेरिकी न्यायप्रणाली की और कम से कम ऊपरी तौर पर, राष्ट्रीय विधायिका नीतियों में आधारशिला बन गई है। हालांकि अनेक अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों में जुआघर हैं, लेकिन अमेरिकी मूल-निवासी जुए का प्रभाव व्यापक रूप से विवादित है। कुछ कबीले, जैसे रेडिंग, कैलिफोर्निया का विनेमेम विंटु, महसूस करते हैं कि जुआघर और उनसे होने वाली आय संस्कृति को भीतर से बाहर तक पूरी तरह नष्ट कर देती है। ये कबीले जुआ उद्योग में सहभागी होने से इंकार करते हैं।
कोई एक नस्लीय समूह बनाने के विपरीत, अमेरिकी मूल-निवासी सैकड़ों नस्लीय-भाषाई समूहों में बंटे हुए थे और उनमें से अधिकांश को ना-डीन (अथाबास्कन), एल्जिक (अल्गोनिकन सहित), यूटो-एज़्टेकन, आइरोक्वियन, सियुआन-कैटॉबान, योक-यूटियन, सैलिशन और युमान-कोचिमी फाइला व अन्य अनेक छोटे समूहों व कई भाषाई वर्गीकरणों में समूहीकृत किया जाता है। उत्तरी अमेरिका में उपस्थित अत्यधिक भाषाई विविधता के कारण आनुवांशिक संबंधों को प्रदर्शित कर पाना कठिन साबित हुआ है।
उत्तरी अमेरिका के देशज लोगों को अनेक बड़े सांस्कृतिक क्षेत्रों से संबद्ध लोगों के रूप में वर्गीकृत किया जा सकता है:बची हुई भाषाओं में से यूटो-एज़्टेकन बोलने वालों की संख्या सबसे ज़्यादा (1.95 मिलियन है), यदि मेक्सिको में बोली जाने वाले भाषाओं पर भी विचार किया जाए (अधिकांशतः नहुआत्ल भाषा बोलने वाले 1.5 मिलियन लोगों के कारण); 180,200 लोगों के साथ नाडीन दूसरी सर्वाधिक बोली जाने वाली भाषा है (इनमें से 148,500 लोग नवाजो भाषा बोलते हैं). ना-डीन और एल्जिक का भौगोलिक विस्तार सबसे व्यापक है: वर्तमान में एल्जिक का विस्तार उत्तरपूर्वी कनाडा से लेकर अधिकांश महाद्वीप से होते हुए उत्तरपूर्वी मेक्सिको तक (बाद में हुए किकापू आप्रवासन के कारण) है और कैलिफोर्निया में इसके दो विचलन हुए हैं (युरोक व वियोट); ना-डीन का विस्तार अलास्का और पश्चिमी कनाडा से लेकर संयुक्त राज्य अमेरिका में वॉशिंगटन, ओरेगॉन और कैलिफोर्निया से होते हुए दक्षिण-पश्चिमी संयुक्त राज्य अमेरिका व उत्तरी मेक्सिको तक है (जिसका मैदानों में एक विचलन होता है). लक्षणीय विविधता वाला एक और क्षेत्र दक्षिण-पूर्व में दिखाई देता रहा है; हालांकि, इनमें से अनेक भाषाएँ यूरोपीय संपर्क के कारण नष्ट हो गईं और इसके परिणामस्वरूप, अधिकांशतः, वे ऐतिहासिक रिकॉर्ड से नदारद हैं।
हालांकि सांस्कृतिक विशेषताओं, भाषा, पोशाक और परंपराओं में एक से दूसरे कबीले के बीच बहुत अधिक अंतर है, लेकिन कुछ ऐसे निश्चित तत्व हैं जो अक्सर दिखाई देते हैं और कई कबीलों में साझा तौर पर मौजूद हैं।  प्रारम्भिक शिकारी-संग्राहक कबीलों ने लगभग 10,000 वर्षों पूर्व से पत्थर के हथियार बनाना शुरु किया; धातु-विज्ञान के युग की शुरुआत होने पर नई प्रौद्योगिकियों का प्रयोग किया गया और अधिक दक्ष हथियार उत्पादित किये गए। यूरोपीय लोगों के संपर्क में आने से पूर्व, अधिकांश कबीले एक जैसे हथियारों का प्रयोग किया करते थे। सबसे आम साधन तीर और कमान, युद्ध की गदा (War club) और भाला थे। गुणवत्ता, सामग्री और डिज़ाइन में व्यापक अंतर हुआ करता था। अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा आग का प्रयोग किया जाना भोजन बनाने व प्रदान करने दोनों में सहायता करता था और इसने इस महाद्वीप के भूदृश्य को परिवर्तित कर दिया, जिससे मानवीय जनसंख्या के फलने-फूलने में सहायता प्राप्त हुई.
मैमथ व मैस्टोडन जैसे बड़े स्तनपायी जीव 8000 ई.पू. तक लगभग विलुप्त हो चुके थे। अमेरिकी मूल-निवासी अब दूसरे बड़े पशुओं, जैसे बायसन, का शिकार करने लगे. महान मैदानों में बसे कबीले उस समय भी बायसन का शिकार किया करते थे, जब वे पहली बार यूरोपीय लोगों के संपर्क में आए. सत्रहवीं सदी में, स्पेनी लोगों द्वारा उत्तरी अमेरिका में पुनः घोड़ों को लाये जाने और अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा उनके प्रयोग का प्रशिक्षण प्राप्त करने के कारण मूल-निवासियों की संस्कृति में बहुत बड़े पैमाने पर परिवर्तन हुआ, जिसमें बड़े पशुओं के शिकार के तरीके में हुआ परिवर्तन भी शामिल है। (स्पेनी लोगों के आगमन के पूर्व प्रागैतिहासिक काल के घोड़ों के प्रमाण लॉस एंजल्स, सीए (CA) में ला ब्रीया टार पिट्स में प्राप्त हुए हैं। इसके अलावा, घोड़े मूल-निवासियों के जीवन के लिए इतने मूल्यवान और केन्द्रीय तत्व बन गए कि उन्हें संपत्ति के एक माप के रूप में गिना जाने लगा.
प्रारम्भिक यूरोपीय विद्वानों ने अमेरिकी मूल-निवासियों का वर्णन कबीलों के निर्माण से पूर्व वंश या पुरुषों के प्रभुत्व वाले (gentes) समाज (रोमन मॉडल में) के रूप में किया है। इनमें कुछ लक्षण आम थे:
विभिन्न समूहों के बीच उप-विभाजन और अंतर होते थे। उत्तरी अमेरिका में चालीस से अधिक सामान्य भाषाएँ विकसित हुईं और प्रत्येक स्वतंत्र कबीला इनमें से किसी एक भाषा की कोई बोली बोला करता था। कबीलों के कुछ कार्य और विशेषताएं निम्नलिखित हैं: thumb|upright|शॉन्टो बेगे, एरिज़ोना के डायने (Diné) चित्रकार
महान झीलों और विस्तारित पूर्व तथा उत्तर के आस-पास रहनेवाले आइरोक्युइस लोग "वैंपम (Wampum)" नामक रस्सियों या पट्टों का प्रयोग किया करते थे, जो दो कार्यों के लिए उपयोगी थे: इनकी गांठें व मणि-युक्त रचना ऐतिहासिक कबीलाई कहानियों व दन्तकथाओं की याद दिलातीं थीं और साथ ही लेन-देन के माध्यम तथा मापन की एक ईकाई के रूप में भी कार्य करतीं थीं। वस्तुओं के धारकों को कबीले के उच्च-पदाधिकारियों के रूप में देखा जाता था।
प्युएब्लो लोग अपने धार्मिक आयोजनों से संबंधित प्रशंसनीय कलाकृतियाँ बनाया करते थे। विभिन्न पैतृक आत्माओं का रूप धारण करने के लिए "कचिना" नर्तक सुपरिष्कृत रूप से रंगे हुए और सजावटी मुखौटे पहनते थे। मूर्तिकला बहुत अधिक विकसित नहीं थी, लेकिन धार्मिक उपयोग के लिए खुदे हुए पत्थर और लकड़ी की पूजा-वस्तुओं का प्रयोग किया जाता था। उन्नत बुनाई, कशीदाकारी-युक्त सजावट और उन्नत किस्म के रंग वस्र-कला की पहचान थे। फिरोज़ा और सीप दोनों के गहने बनाए जाते थे और मिट्टी के बर्तनों और औपचारिक रूप वाली चित्रात्मक कलाएं भी उच्च-गुणवत्ता वाली हुआ करतीं थीं।
नवाजो आध्यात्मिकता आत्माओं की दुनिया के साथ एक मैत्रीपूर्ण संबंध बनाए रखने पर केन्द्रित थी, जिसके लिए अक्सर आयोजनात्मक कृत्य किये जाते थे, जिनमें अक्सर रंगीन रेत की सहायता से की जाने वाली चित्रकारी (Sandpainting) का प्रयोग किया जाता था। रेत, चारकोल, मोटे मक्के और पराग कणों से बने रंग विशिष्ट आत्माओं के प्रतीक थे। रेत की ये चमकीली, गूढ़ और रंगीन रचनाएं आयोजन के अंत में मिटा दी जातीं थीं।
अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा पहले-पहल उगाई गई एक फसल कुम्हड़ा (Squash) थी। अन्य शुरुआती फसलों में कपास, सूरजमुखी, कद्दू, तंबाकू, गूज़फूट (goosefoot), छोटी घास (knotgrass) और हौदी शैवाल थीं।
दक्षिण पश्चिम में कृषि की शुरुआत 4,000 वर्षों पूर्व हुई, जब व्यापारी मेक्सिको से विशिष्ट पौधे (Cultigen) लाए. बदलती हुई जलवायु के कारण, कृषि की सफलता के लिए किसी तरकीब की आवश्यकता थी। दक्षिण-पश्चिम की जलवायु ठंडे, नमीयुक्त पहाड़ी क्षेत्रों से लेकर रेगिस्तानों में सूखी, रेतीली मिट्टी तक भिन्न-भिन्न थी। उस समय के कुछ आविष्कारों में सूखे क्षेत्रों में पानी लाने के लिए सिंचाई और बीजों का छेदन करने वाले बढ़ते पौधों की प्रवृत्तियों के आधार पर बीजों का चयन शामिल थे। दक्षिण-पश्चिम में, वे लोग से्म उगाया करते थे, जो कि स्व-समर्थित थी, लगभग वैसी ही, जैसी वे लोग आज भी उगाते हैं।
हालांकि पूर्व में, वे लोग मक्का उगाया करते थे, ताकि अंगूर की लताएं मक्के की डंठलों पर "चढ़" सकें. अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा उगाई जाने वाली सबसे महत्वपूर्ण फसल मकई (Maize) थी। इसकी शुरुआत सबसे पहले मेसोअमेरिका में हुई और फिर यह उत्तर की ओर फैली. लगभग 2,000 वर्षों पूर्व यह पूर्वी अमेरिका पहुँची. यह फसल अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए महत्वपूर्ण थी क्योंकि यह उनके दैनिक आहार का एक भाग थी; शीतकाल के दौरान इसे भूमिगत गड्ढों में संचित किया जा सकता था और इसका कोई भाग व्यर्थ नहीं जाता था। इसकी छाल से कलाकृतियाँ बनाईं जातीं थीं और भूसे का प्रयोग आग जलाने के लिए इंधन के रूप में किया जाता था। सन 800 ईसवी तक अमेरिकी मूल-निवासियों ने तीन प्रमुख फसलें-सेम, कुम्हड़ा और मक्का-विकसित कर लीं थीं, जिन्हें तीन बहनें कहा जाता था।
कृषि में अमेरिकी मूल-निवासियों की लिंग आधरित भूमिकाएं क्षेत्रवार बदलतीं रहतीं थीं। दक्षिण-पश्चिमी क्षेत्र में, पुरुष कुदाली की सहायता से मिट्टी तैयार किया करते थे। महिलाओं की ज़िम्मेदारी फसलों की रोपाई करने, घास-पात हटाने और कटाई करने की हुआ करती थी। अधिकांश अन्य भागों में, भूमि की सफाई करने सहित सभी कार्यों को करने की ज़िम्मेदारी महिलाओं की ही होती थी। भूमि को साफ करना एक अत्यधिक उबाऊ काम था क्योंकि अमेरिकी मूल-निवासी लोग बार-बार खेतों को बदला करते थे। एक परंपरा यह है कि स्क्वांटो लोग न्यू इंग्लैंड में तीर्थयात्रियों को यह बताया करते थे कि मछली को किस तरह खेतों में खाद के रूप में डाला जा सकता है, लेकिन इस कथा की सत्यता विवादित है। अमेरिकी मूल-निवासी मक्के के बाद सेम उगाया करते थे; सेम मक्के द्वारा भूमि से ली गई नाइट्रोजन को प्रतिस्थापित करती थी और साथ ही ऊपर चढ़ने के लिए मक्के की डंठलों का प्रयोग करती थी। अमेरिकी मूल-निवासी घास-पात को जलाने और खेतों की सफाई करने के लिए नियंत्रित अग्नि का प्रयोग करते थे; ऐसा करने पर पोषक पदार्थ पुनः भूमि में चले जाते थे। यदि यह कारगर न हो, तो वे उस खेत को बंजर पड़ी रहने के लिए छोड़ दिया करते थे और फसल उगाने के लिए कोई नया स्थान ढूंढते थे।
महाद्वीप के पूर्वी भाग के यूरोपीय लोगों ने देखा कि मूल-निवासी खेती करने के लिए बहुत बड़े क्षेत्रों की सफाई करते थे। न्यू इंग्लैंड में उनके खेत कभी-कभी सैंकड़ों एकड़ में फैले होते थे। वर्जीनिया में बसे उपनिवेशवादियों ने पाया कि अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा हज़ारों एकड़ भूमि पर खेती की गई है।
अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा कुदाली, हथौड़े और खुरपी जैसे उपकरणों का प्रयोग किया जाना आम था। कुदाल भूमि को जोतने और इसे फसल की बुआई के लिए तैयार करने का मुख्य औज़ार था; इसके बाद इसके प्रयोग घास-पात निकालने के लिए किया जाता था। इसके प्रारम्भिक संस्करण लकड़ी और पत्थर के बने हुए थे। जब उपनिवेशवादियों के साथ लोहे का आगमन हुआ, तो अमेरिकी मूल-निवासियों ने लोहे की कुदाल और कुल्हाड़ियों का प्रयोग करना शुरु किया। खुरपी खुदाई के लिए प्रयुक्त एक छड़ी थी, जिसका प्रयोग बीज बोने के लिए किया जाता था। एक बार जब फसल की कटाई हो जाती थी, तो महिलाएँ इसे खाने के लिए तैयार करती थीं। मक्के को पीसने के लिए वे हथौड़े का प्रयोग किया करतीं थीं। इसे पकाकर उसी प्रकार खाया जाता था अथवा मक्के की रोटियाँ पकाईं जातीं थीं।
अमेरिकी मूल-निवासियों के परंपरागत रिवाजों का आज भी अनेक कबीलों और समुदायों द्वारा पालन किया जाता है और धार्मिक विश्वास की पुरानी प्रणालियों को आज भी अनेक "पारंपरिक" लोगों द्वारा माना जाता है। इन आध्यात्मिक बातों के साथ कोई अन्य मत जुड़ा हो सकता है, अथवा ये किसी व्यक्ति की मुख्य धार्मिक पहचान का प्रतिनिधित्व भी कर सकतीं हैं। हालांकि, अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी आध्यात्मिकता एक कबीलाई-सांस्कृतिक सांतत्यक में जारी है और इसे स्वतः कबीलाई पहचान से सरलतापूर्वक पृथक नहीं किया जा सकता, लेकिन अमेरिकी मूल-निवासी अनुयायियों में कुछ अन्य अधिक स्पष्ट रूप से परिभाषित आंदोलन उपजे हैं, जिन्हें नैदानिक अर्थ में "धार्मिक" के रूप में पहचाना जा सकता है। कुछ कबीलों की पारंपरिक पद्धतियों में तंबाकू, मीठी-घास या तेजपात जैसी पवित्र जड़ी-बूटियों का प्रयोग शामिल है। अनेक मैदानी कबीलों में स्वेटलॉज (Sweatlodge) का रिवाज है, हालांकि इस रिवाज की विशिष्ट पद्धति को लेकर कबीलों के बीच अंतर है। उपवास, गायन और उन लोगों की पुरातन भाषाओं में गायन, तथा कभी-कभी ड्रम-वादन भी आम हैं।
मिडविविन लॉज एक पारंपरिक चिकित्सा समुदाय है, जो ओब्जिवा (चिप्पेवा) और संबंधित कबीलों की मौखिक परंपराओं तथा भविष्यवाणियों से प्रेरित है।
मूल-निवासी लोगों के बीच एक अन्य महत्वपूर्ण धार्मिक संस्था को अमेरिकी मूल-निवासी चर्च कहा जाता है। यह विभिन्न धार्मिक विश्वासों को संयोजित करने वाला एक चर्च होता है, जिसमें अनेक भिन्न-भिन्न कबीलों से ली गईं अमेरिकी मूल-निवासियों की आध्यात्मिक परंपराएं और साथ ही ईसाइयत के सांकेतिक तत्व शामिल होते हैं। इसकी मुख्य रस्म पेयोट का रिवाज है। सन 1890 से पूर्व, पारंपरिक धार्मिक विश्वासों में वाकान टंका शामिल था। दक्षिण पश्चिमी अमेरिका, विशेषतः न्यू मेक्सिको में, स्पेनी मिशनरियों के साथ आए कैथोलिकवाद तथा मूल-निवासियों के धर्म के बीच एक संयोजन आम है; प्युएब्लो लोगों के धार्मिक ड्रम, भजन और नृत्य नियमित रूप से सैंटा फे के सेंट फ्रांसिस कैथेड्रल में होने वाली सामूहिक प्रार्थना-सभाओं के भाग होते हैं। अमेरिकी मूल-निवासियों के धर्म और कैथोलिक मत के बीच संयोजन संयुक्त राज्य अमेरिका में अन्यत्र भी देखा जा सकता है (उदाहरणार्थ, फॉन्डा, न्यूयॉर्क स्थित नैशनल कटेरी टेकाक्विथा मंदिर, ऑरीसविल, न्यूयॉर्क स्थित नैशनल श्राइन ऑफ द नॉर्थ अमेरिकन मार्टियर्स).
ईगल फीदर लॉ (संघीय नियमों की विधि का अनुच्छेद 50 भाग 22) कहता है कि केवल संघीय रूप से मान्यताप्राप्त कबीलों में सम्मिलित व अमेरिकी मूल-निवासी वंश को प्रमाणित कर पाने वाले व्यक्ति ही धार्मिक या आध्यात्मिक प्रयोग के लिए चील के पंखों को प्राप्त करने के लिए कानूनी रूप से अधिकृत हैं। यह कानून अमेरिकी मूल-निवासियों को चील के पंख गैर-अमेरिकी मूल-निवासियों को देने की अनुमति प्रदान नहीं करता.
अधिकांश अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों में पारंपरिक रूप से लिंग आधारित भूमिकाएं होती थीं। कुछ कबीलों, जैसे आइरोक्युइस राष्ट्र, में समाज और गोत्र संबंध मातृवंशीय तथा/या मातृसत्तात्मक होते थे, हालांकि अनेक विभिन्न प्रणालियाँ प्रचलित थीं। इसका एक उदाहरण शेरोकी लोगों की वह परंपरा है, जिसके अनुसार परिवार की संपत्ति पर पत्नियों का अधिकार होता है। पुरुष शिकार किया करते थे, व्यापार करते थे और युद्ध लड़ा करते थे, जबकि महिलाएँ पौधे इकट्ठा करतीं थीं, छोटे बच्चों व बूढ़े सदस्यों का लालन-पालन करतीं थीं, वस्रों व वाद्य-यंत्रों की रचना करतीं थीं और मांस को सुखाकर उसमें नमक भरकर रखा करती थीं। कार्य करते या यात्रा करते समय माताएं अपने बच्चों को साथ ले जाने के लिए झूलागाड़ी (Cradleboard) का प्रयोग किया करतीं थीं। कुछ (लेकिन सभी नहीं) कबीलों में, द्वि-लिंगी (two-spirit) व्यक्ति मिश्रित या तृतीय लिंग की भूमिका निभाते थे।
कम से कम कुछ दर्जन कबीलों में बहनों की बहुपत्नी प्रथा की अनुमति थी, लेकिन इसमें कुछ प्रक्रियात्मक और आर्थिक सीमाएँ होतीं थीं।
घर संभालने के अलावा, महिलाओं को ऐसे अनेक कार्य करने होते थे, जो कबीलों के अस्तित्व के लिए आवश्यक थे। वे हथियार और उपकरण बनाती थी, अपने घरों की छतों का ध्यान रखतीं थीं और अक्सर बायसन का शिकार करने में अपने पतियों की सहायता किया करती थी। इस बात की जानकारी भी मिली है कि मैदानी भागों के कुछ इन्डियन कबीलों में चिकित्सक महिलाएँ होतीं थीं, जो जड़ी-बूटियाँ एकत्र करतीं थीं और अस्वस्थ लोगों का उपचार किया करतीं थीं।
सायॉक्स जैसे कुछ कबीलों में लड़कियों को भी घुड़सवारी सीखने, शिकार करने और लड़ाई करने के लिए प्रोत्साहित किया जाता था। हालांकि लड़ने का कार्य अधिकांशतः केवल युवकों व पुरुषों पर छोड़ दिया जाता था, लेकिन उनके साथ-साथ महिलाओं द्वारा भी लड़ाई में शामिल होने के कुछ मामले रहे हैं, विशेषतः उन स्थितियों में, जब कबीले का अस्तित्व संकट में हो.
अमेरिकी मूल-निवासी अपने फुर्सत के समय में स्पर्धात्मक व्यक्तिगत और टीम आधारित खेल खेला करते थे। जिम थोर्पे, नोटाह बेगे तृतीय, जैकबी एल्सबरी और बिली मिल्स प्रख्यात व्यावसायिक खिलाड़ी हैं।
अक्सर विवादों के निपटारे के लिए युद्ध करने के बजाय अमेरिकी मूल-निवासियों द्वारा गेंद से खेले जाने वाले खेलों, जिनका उल्लेख कभी-कभी लैक्रोसे, स्टिकबॉल या बैगाटवे के रूप में किया जाता है, का प्रयोग किया जाता था, जो कि संभावित टकराव को सुलझाने का एक नागरिक तरीका था। चोकटॉ लोग इसे इसीटोबोली (ISITOBOLI) ("युद्ध का छोटा भाई") कहते थे; ओनोंडगा लोगों द्वारा इसे दिया गया नाम डीहंट शिग्वा'एस (DEHUNT SHIGWA'ES) ("पुरूष एक गोल वस्तु को मारते हैं") था। इसके तीन बुनियादी संस्करण हैं, जिन्हें ग्रेट लेक्स, आइरोक्वियन और दक्षिणी के रूप में वर्गीकृत किया गया है। यह खेल एक या दो रैकेट्स/छड़ों व एक गेंद के द्वारा खेला जाता था। इस खेल का उद्देश्य गेंद को विरोधी टीम ले गोल (कोई एकल पोस्ट या जाली) में मारकर स्कोर बनाना और विरोधी टीम को अपने गोल में स्कोर करने से रोकना होता था। इस खेल में न्यूनतम बीस और अधिकतम 300 खिलाड़ी शामिल होते थे और इसमें ऊंचाई या भार के संदर्भ में कोई सीमाएँ और कोई सुरक्षात्मक उपकरण नहीं हुआ करते थे। गोल एक दूसरे कुछ फीट से लेकर कुछ मील तक की दूरी पर लगाए जा सकते थे; लैक्रोसे में मैदान 110 यार्ड का होता था। एक जेसुइट पुजारी ने सन 1729 में स्टिकबॉल का उल्लेख किया और जॉर्ज कैटलिन ने इस विषय को चित्रित किया।
चंकी एक खेल था, जिसमें पत्थर के आकार की एक डिस्क होती थी, जिसका व्यास लगभग 1-2 इंच था। इस डिस्क को एक गलियारे के ढलान पर फेंका जाता था, ताकि यह तेज़ गति में खिलाड़ियों के पास से होकर गुज़रे. डिस्क गलियारे में नीचे की ओर लुढ़कती थी और खिलाड़ियों को घूमती हुई डिस्क पर लकड़ी के तीर फेंकने होते थे। इस खेल का उद्देश्य डिस्क को मारना या अपने प्रतिद्वंद्वी को इसे मारने से रोकना होता था।
जिम थोर्पे, एक सॉक एंड फॉक्स अमेरिकी मूल-निवासी, बीसवीं सदी के प्रारम्भिक भाग में फुटबॉल और बेसबॉल खेलने वाले ऑल-राउंडर खिलाड़ी थे। ड्वाइट आइज़नहॉवर, जो बाद में राष्ट्रपति बने, ने युवा थोर्पे को रोकने के प्रयास में अपना घुटना घायल कर लिया था। सन 1961 के एक भाषण में, आइज़नहॉवर ने थोर्पे को याद करते हुए कहा: "यहाँ या वहाँ, कुछ ऐसे लोग होते हैं, जिन्हें ईश्वरीय वरदान प्राप्त होता है। मेरी स्मृति जिम थोर्पे की ओर वापस जाती है। उन्होंने अपने जीवन में कभी भी अभ्यास नहीं किया और वे मेरे द्वारा आज तक देखे गए किसी भी फुटबॉल खिलाड़ी से बेहतर प्रदर्शन कर सकते थे। "
सन 1912 के ओलिंपिक खेलों में, थोर्पे केवल 10 सेकंड में 100-यार्ड डैश, 21.8 सेकंड में 220, 51.8 सेकंड में 440, 1:57 में 880, 4:35 में एक मील, 15 सेकंड में 120-यार्ड उच्च बाधा दौड़ और 24 सेकंड में 220-यार्ड निम्न बाधा दौड़ पूरी कर सकते थे। वे 23 फीट 6 इंच की लंबी कूद और 6 फीट 5 इंच की ऊंची-कूद लगा सकते थे। 11 फीट पोल वॉल्ट में वे 47 फीट 9 इंच की दूरी तक शॉट रख सकते थे, 163 फीट की दूरी तक भाला फेंक सकते थे और 136 फीट की दूरी तक चकरी (Discus) फेंक सकते थे। थोर्पे पेंटाथ्लॉन व डेकाथ्लॉन दोनों के लिए अमेरिकी ओलिंपिक में शामिल हुए.
बिली मिल्स, एक लैकोटा और यूएसएमसी (USMC) अधिकारी, ने सन 1964 के टोक्यो ओलिंपिक्स में 10,000 मीटर की दौड़ में स्वर्ण पदक जीता. वे इस प्रतियोगिता में ओलिंपिक स्वर्ण जीतने वाले एकमात्र अमेरिकी खिलाड़ी थे। ओलिंपिक से पूर्व गुमनाम रहे मिल्स अमेरिकी ओलिंपिक अभ्यास मुकाबलों में दूसरे स्थान पर रहे थे।
बिली किड, वर्मोंट से आए आंशिक अबेनाकी, ओलिंपिक में एल्पाइन स्कीइंग में पदक पाने वाले पहले अमेरिकी पुरुष बने और उन्होंने इन्सब्रुक, ऑस्ट्रिया में सन 1964 में हुए शीत-कालीन ओलिंपिक मुकाबलों में 20 वर्ष की आयु में स्लालोम में एक रजत पदक हासिल किया।छः वर्षों बाद, सन 1970 की वर्ल्ड चैंपियनशिप में, किड ने संयुक्त मुकाबले में स्वर्ण पदक जीत और स्लालोम में कांस्य पदक हासिल किया।
पारंपरिक अमेरिकी मूल-निवासी संगीत लगभग पूरी तरह एक ध्वन्यात्मक होता है। अमेरिकी मूल-निवासी संगीत में अक्सर ड्रम वादन तथा/या झुनझुने अथवा अन्य तालवाद्य बजाना शामिल होता है, लेकिन अन्य वाद्य-यंत्रों का बहुत कम प्रयोग किया जाता है। लकड़ी, बांस या हड्डियों से बनी बांसुरी और सीटियाँ भी बजाईं जाती हैं, सामान्यतः व्यक्तियों द्वारा, लेकिन प्राचीन काल में ये बड़े समू्हों द्वारा भी बजाई जाती थीं (जैसा कि स्पेनी अभियानकर्ता डी सोटो ने उल्लेख किया है). इन बासुंरियों का समस्वरण सटीक नहीं होता और यह प्रयुक्त लकड़ी की लंबाई और अभीष्ट वादक के हाथ के आकार पर निर्भर होता है, लेकिन अंगुलियों के लिए बने छिद्र अधिकांशतः एक पूरे कदम की दूरी पर होते हैं, कम से कम उत्तरी कैलिफोर्निया में, यदि किसी बांसुरी में यह अंतराल आधे कदम के आस-पास पाया जाता था, तो उसका प्रयोग नहीं किया जाता था।
अमेरिकी मूल-निवासी पितृत्व वाले प्रस्तोता कुछ अवसरों पर अमेरिकी लोकप्रिय संगीत में दिखाई दिये हैं, जैसे रॉबी रॉबर्टसन (द बैण्ड), रिटा कूलिज, वायने न्यूटन, जीन क्लार्क, बफी सैंटे-मैरी, ब्लैकफुट, टोरी एमॉस, रेडबोन और कोकोरॉसी. जॉन ट्रुडेल जैसे कुछ लोगों ने संगीत का प्रयोग अमेरिकी मूल-निवासियों के जीवन पर टिप्पणी करने के लिए किया है और अन्य लोगों, जैसे आर. कार्लोस नकाई ने वाद्य-यंत्रों की रिकॉर्डिंग में पारंपरिक ध्वनियों को आधुनिक ध्वनियों के साथ एकीकृत किया है। छोटे और मध्यम आकार की अनेक रिकॉर्डिंग कंपनियाँ युवा व वृद्ध अमेरिकी मूल-निवासी प्रस्तोताओं का हालिया संगीत प्रचुर मात्रा में उपलब्ध करवातीं हैं, जिनमें पॉव-वॉव ड्रम संगीत से लेकर हार्ड-ड्राइविंग रॉक-एंड-रोल तथा रैप शामिल है।
संयुक्त राज्य अमेरिका में अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच सबसे ज्यादा प्रचलित सार्वजनिक संगीत प्रारूप पॉव-वॉव है। पॉव-वॉव, जैसे कि अल्बुकर्क, न्यू मेक्सिको में होने वाले राष्ट्रों के सम्मेलन, में ड्रम समूहों के सदस्य एक बड़े ड्रम के चारों ओर एक घेरे में बैठते हैं। ड्रम समूह एक साथ मिलकर वादन करते हैं और एक मूल-निवासी भाषा में गीत गाते हैं, तथा रंग-बिरंगे राजचिह्नों से सजे नर्तक केन्द्र में बैठे हुए ड्रम समूहों के चारों ओर घड़ी की सुई की दिशा में घूमते हुए नृत्य करते हैं। परिचित पॉव-वॉव गीतों में सम्मान गीत, अंतर्कबीलाई गीत, क्रो-हॉप, स्नीक-अप गीत, ग्रास-नृत्य, टू-स्टेप, स्वागत गीत, घर लौटते समय गाए जाने वाले गीत और युद्ध के गीत शामिल हैं। संयुक्त राज्य अमेरिका के अधिकांश देशज समुदाय पारंपरिक गीतों व आयोजनों का भी पालन करते हैं, जिनमें से कुछ को केवल समुदाय के भीतर ही साझा किया व पालन किया जाता है।
अमेरिकी मूल-निवासियों की कला विश्व के कला संग्रह की एक मुख्य श्रेणी की रचना करती है। अमेरिकी मूल-निवासियों के योगदान में मिट्टी के बर्तन बनाने की कला (अमेरिकी मूल-निवासियों की मिट्टी के बर्तन बनाने की कला), चित्रकला, आभूषण-निर्माण, बुनाई, शिल्पाकृतियां, डलिया बनाने की कला और नक्काशी की कला शामिल हैं। फ्रैंकलिन ग्रिट्स एक शेरोकी कलाकार थे, जो सन 1940 के दशक, अमेरिकी मूल-निवासी चित्रकारों के "स्वर्ण-काल", में हास्केल इंस्टीट्यूट (अब हास्केल इंडियन नेशन्स यूनिवर्सिटी) में कबीलों से आने वाले छात्रों को शिक्षा दिया करते थे।
कुछ अमेरिकी मूल-निवासी कला-कृतियों की सत्यता की रक्षा कांग्रेस के एक कानून द्वारा की जाती है, जो किसी भी ऐसी कला-कृति, जो किसी नामांकित अमेरिकी मूल-निवासी कलाकार द्वारा न बनाई गई हो, को अमेरिकी मूल-निवासी कलाकृति के रूप में प्रस्तुत किये जाने से रोकता है।
इन्यूइट, या एस्किमो, लोग बहुत बड़ी मात्रा में सूखे मांस और मछलियों को दफनाकर रखते थे। उत्तर-पश्चिमी प्रशांत क्षेत्र में स्थित कबीले मछली पकड़ने के लिए 40-50 फीट लंबी समुद्री डोंगियाँ बनाया करते थे। पूर्वी वुडलैंड्स में रहने वाले किसान कुदाली व खुदाई की लाठियों से मक्के के खेतों की रखवाली किया करते थे, जबकि उनके दक्षिण-पूर्वी पड़ोसी तंबाकू और साथ ही भोज्य फसलें उगाया करते थे। मैदानी भागों में, कुछ कबीले कृषि में सम्मिलित थे, लेकिन साथ ही वे भैसों के झोपड़े भी नियोजित किया करते थे, जिनमें झुंडों को पहाड़ियों पर चराया जाता था। दक्षिण-पश्चिमी रेगिस्तान के निवासी छोटे जानवरों का शिकार किया करते थे और शाहबलूत के फलों को पीसकर उसका आटा बनाते थे, जिससे वे गर्म पत्थरों पर पापड़-जैसी पतली रोटियाँ सेंका करते थे। इस क्षेत्र के ढलुआ पठारों पर रहने वाले कुछ समूहों ने सिंचाई की तकनीकें विकसित कर लीं और इस क्षेत्र में अक्सर पड़ने वाले अकालों से सुरक्षित रहने के लिए वे गोदामों को अनाज से भरकर रखते थे।
प्रारम्भिक वर्षों में, जब इन मूल-निवासी लोगों का सामना यूरोपीय अन्वेषकों व उपनिवेशवादियों से हुआ और ये लोग व्यापार में हिस्सा लेने लगे, तो वे कंबल, लोहे व स्टील की वस्तुओं, घोड़ों, हल्के आभूषणों, बन्दूकों और नशीले पेय-पदार्थों के बदले खाद्य-पदार्थों, कलाकृतियों और फर का आदार-प्रदान करने लगे.
आज, जुआघरों का सफलतापूर्वक संचालन कर रहे कबीलों के अतिरिक्त, अनेक कबीले संघर्षरत हैं। ऐसा अनुमान है कि अमेरिकी मूल-निवासियों की संख्य 2.1 मिलियन है और वे सभी नस्लीय समुदायों में सबसे गरीब हैं। सन 2000 की जनगणना के अनुसार, अनुमानित रूप से 400,000 अमेरिकी मूल-निवासी आरक्षित भूमि पर रहते हैं। हालांकि कुछ कबीलों को गेमिंग में सफलता मिली है, लेकिन संघीय रूप से मान्यता प्राप्त 562 में से केवल 40% कबीले ही जुआघर चलाते हैं। सन 2007 में यू.एस.स्मॉल बिज़नेस एडमिनिस्ट्रेशन द्वारा किये गए एक सर्वेक्षण के अनुसार, केवल 1 प्रतिशत अमेरिकी मूल-निवासी ही किसी व्यापार के स्वामी और संचालक हैं। अमेरिकी मूल-निवासी लगभग प्रत्येक सामाजिक सांख्यिकी में निचले पायदान पर हैं: 18.5 प्रति 100,000 की दर पर सभी अल्पसंख्यकों में उच्चतम किशोर आत्महत्या दर, किशोर गर्भावस्था की उच्चतम दर, उच्च शिक्षा पूरी न करने वालों की 54% की उच्चतम दर, निम्नतम प्रति व्यक्ति आय और 50% से 90% की बेरोज़गारी दरें.
अमेरिकी मूल-निवासियों के आरक्षणों पर आर्थिक विकास की बाधाओं का उल्लेख अन्य लोगों और हार्वर्ड यूनिवर्सिटी के हॉर्वर्ड प्रोजेक्ट ऑन अमेरिकन इन्डियन इकनॉमिक डेवलपमेंट के दो विशेषज्ञों जोसेफ काल्ट और स्टीफन कॉर्नेल द्वारा उनकी उत्कृष्ट रिपोर्ट: "व्हॉट कैन ट्राइब्स डू?" "स्ट्रैटेजीस एंड इन्स्टीट्यूशन्स इन अमेरिकन इन्डियन इकनॉमिक डेवलपमेंट" में निम्नलिखित रूप में किया गया है (यह एक अपूर्ण सूची है, काल्ट व कॉर्नेल की पूरी रिपोर्ट देखें):
इन्डियन आरक्षित-क्षेत्रों में उद्यमितासंबंधी शिक्षा व अनुभव की कमी आर्थिक समस्या से निपटने में आने वाली एक महत्वपूर्ण बाधा है। सन 2004 में नॉर्थवेस्ट एरिया फाउंडेशन द्वारा अमेरिकी मूल-निवासियों की उद्यमिता पर एक अन्य रिपोर्ट भी कहती है कि "व्यापार के बारे में ज्ञान व अनुभव की एक सामान्य कमी संभावित उद्यमियों के लिए एक महत्वपूर्ण चुनौती है। " "अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों में उद्यमितासंबंधी परंपराओं का अभाव होता है और हालिया अनुभव विशिष्ट रूप से उद्यमियों के पनपने के लिए आवश्यक समर्थन प्रदान नहीं करते. इसके परिणामस्वरूप, प्रयोगात्मक उद्यमिता संबंधी शिक्षा को विद्यालयों के पाठ्यक्रमों और स्कूली पढ़ाई पूरी करने के बाद की जाने वाली गतिविधियों तथा अन्य सामुदायिक गतिविधियों में जोड़ा जाना चाहिये. इससे विद्यार्थियों को बहुत कम आयु से ही उद्यमिता के आवश्यक तत्वों को सीखने का मौका मिलेगा और उन्हें जीवन-भर इन तत्वों को लागू करने की प्रेरणा देगा." इन मुद्दों को संबोधित करने के प्रति समर्पित एक प्रकाशन "रेज़ बिज़" पत्रिका है।
अमेरिकी मूल-निवासियों, यूरोपीय लोगों और अफ्रीकियों के बीच अंतर्नस्लीय संबंध एक जटिल मुद्दा है, जिसकी "अंतर्नस्लीय संबंधों पर गहराई से हुए कुछ अध्ययनों" के अलावा अधिकांशतः उपेक्षा ही की जाती रही है। यूरोपीय/अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच आपसी विवाहों और संपर्क के पहले लेखबद्ध मामले उत्तर-कोलंबियाई मेक्सिको में दर्ज किए गए थे। ऐसा ही एक मामला गोंज़ालो गुएरा, स्पेन से आया एक यूरोपीय, का है, जिसका जहाज युकाटन प्रायद्वीप में नष्ट हो गया और जो एक माया कुलीन महिला के तीन मेस्टिज़ो बच्चों का पिता बना. एक अन्य मामला (हर्नन कॉर्टेस) और उसकी पत्नी ला मैलिंचे का है, जिसने अमेरिका में शुरुआती बहु-नस्लीय लोगों में से एक अन्य को जन्म दिया.
यूरोपीय प्रभाव तत्काल, व्यापक और गहन था-उपनिवेशवाद और राष्ट्रवाद के प्रारम्भिक वर्षों के दौरान अमेरिकी मूल-निवासी जिन जातियों के संपर्क में आए थे, उन सभी से अधिक. अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच रहने वाले यूरोपीय लोगों को अक्सर "श्वेत इन्डियन" कहा जाता था। वे "वर्षों तक मूल-निवासी समुदायों के बीच रहे, मूल-निवासियों की भाषा धाराप्रवाह बोलना सीख गए, मूल-निवासी परिषदों में सम्मिलित हुए और अक्सर युद्ध में मूल-निवासी साथियों का साथ भी निभाया."
प्रारम्भिक संपर्क अक्सर तनाव एवं भावनाओं द्वारा प्रेरित था, लेकिन साथ ही इसमें मित्रता, सहयोग और आत्मीयता के क्षण भी थे। अंग्रेज़, स्पेनी और फ्रांसीसी कालोनियों में यूरोपीय पुरुषों व मूल-निवासी महिलाओं के बीच विवाह हुए. सन 1528 में, इसाबेल डी मोक्टेज़ुमा, मोक्टेज़ुमा द्वितीय की एक उत्तराधिकारी, का विवाह एक स्पेनी अभियानकर्ता एलॉन्सो डी ग्रैडो और उसकी मृत्यु के पश्चात जुआन कैनो डी सावेड्रा के साथ हुआ था। कुल मिलाकर उनकी पांच संतानें हुईं. बहुत समय बाद, 5 अप्रैल 1614 को, पोकाहोंटास ने अंग्रेज़ पुरुष जॉन रॉल्फे से विवाह किया और उन्हें एक पुत्र हुआ, जिसका नाम थॉमस रॉल्फे था। इसके अलावा, सम्राट मॉक्टेज़ुमा द्वितीय के उत्तराधिकारियों में से अनेक को स्पेनी ताज द्वारा स्वीकृति प्रदान की गई, जिसने उन्हें ड्युक ऑफ मोक्टेज़ुमा डी टुल्टेंगो सहित अनेक उपाधियाँ दीं.
अमेरिकी मूल-निवासियों और यूरोपीय लोगों के बीच अंतरंग संबंध बहुत व्यापक थे, जिनकी शुरुआत फ्रांसीसी व स्पेनी खोजकर्ताओं और ट्रैपर्स (जाल फेंककर जानवरों को फंसानेवाले लोग) के साथ हुई. उदाहरण के लिए, उन्नीसवीं सदी के प्रारम्भ में, अमेरिकी मूल-निवासी महिला साकागाविया, जो कि लुइस एंड क्लार्क अभियान के लिए अनुवाद में सहायता कर रही थी, का विवाह फ्रांसीसी ट्रैपर टाउसेंट चारबोन्यू के साथ हुआ। उनका एक पुत्र हुआ, जिसका नाम जीन बैप्टिस्टे चारबोन्यू रखा गया। यह व्यापारियों और ट्रैपर्स के बीच सबसे विशिष्ट पैटर्न था।
अनेक उपनिवेशवादी अमेरिकी मूल-निवासियों से भयभीत रहते थे क्योंकि वे भिन्न थे। उनके तरीके श्वेत लोगों को असभ्य लगते थे तथा वे उस संस्कृति के प्रति शंकालु थे, जिसे वे समझ नहीं पाते थे। एक अमेरिकी मूल-निवासी लेखक एंड्र्यु जे. ब्लैकबर्ड ने सन 1897 में पाया कि श्वेत उपनिवेशवादियों ने अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों में कुछ बुरी आदतें शामिल कर दी हैं।
उन्होंने अपनी पुस्तक, हिस्ट्री ऑफ द ओटावा एंड चिप्पेवा इन्डियन्स ऑफ मिशिगन में लिखा, "ओटावा और चिप्पेवा लोग अपनी प्राथमिक अवस्था में काफी चरित्रवान थे, क्योंकि हमारी प्राचीन परंपराओं में किसी भी अवैध संतान की जानकारी नहीं मिलती. लेकिन बहुत बाद में यह बुराई ओटावा लोगों में उत्पन्न हो गई-इतने अधिक समय बाद कि ओटावा लोगों में इसका दूसरा मामला, आर्बर क्रोचे, आज सन 1897 में भी जीवित है। और उस समय से यह बुराई काफी नियमित हो गई क्योंकि इन लोगों में अनैतिकता बुरे श्वेत लोगों द्वारा फैलाई गई है, जो अपनी बुरी आदतें कबीलों में भी फैला देते हैं।
अमेरिकी मूल-निवासियों के साथ भूमि के समझौते करते समय अमेरिकी सरकार के मन में दो उद्देश्य थे। पहला, वे श्वेत लोगों को बसाने के लिए अधिक भूमि को मुक्त करना चाहते थे। दूसरा, मूल-निवासियों को भी भूमि का प्रयोग श्वेतों की तरह करने पर बाध्य करके वे श्वेतों तथा अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच तनावों को कम करना चाहते थे। सरकार के पास इन लक्ष्यों की पूर्ति करने के लिए अनेक रणनीतियाँ थीं; अनेक समझौतों के अनुसार अपनी भूमि बचाए रखने के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए किसान बनना आवश्यक था। सरकारी अधिकारी अक्सर उन दस्तावेजों का अनुवाद नहीं किया करते थे, जिन पर हस्ताक्षर करने के लिए अमेरिकी मूल-निवासियों को बाध्य किया जाता था और मूल-निवासियों के प्रमुखों को अक्सर इस बात की बहुत ही कम या कोई जानकारी नहीं होती थी कि वे किस बात के लिए हस्ताक्षर कर रहे हैं।
यदि कोई अमेरिकी मूल-निवासी पुरुष किसी श्वेत महिला से विवाह करना चाहे, तो उसे उसके अभिभावकों से सहमति लेनी पड़ती थी, जहाँ तक कि "वह यह साबित कर सके कि वह उसे एक अच्छे घर में एक श्वेत महिला के रूप में रह पाने में सहायता कर सकता है". उन्नीसवीं सदी के प्रारम्भ में, शॉनी अमेरिकी मूल-निवासी टेकुम्सेह और सुनहरे बालों व नीली आंखों वाली रेबेका गैलोवे के बीच एक अंतर्जातीय प्रेम-संबंध था। उन्नीसवीं सदी के अंतिम भाग में, तीन यूरोपीय-अमेरिकी मूल-निवासी मध्यम-वर्गीय महिला कर्मियों ने अमेरिकी मूल-निवासी पुरूषों से विवाह किया, जिनसे वे हैम्पटन इन्स्टीट्यूट द्वारा चलाए गए अमेरिकी मूल-निवासी कार्यक्रम के दौरान मिलीं थीं। चार्ल्स इस्टमैन ने अपनी यूरोपीय-अमेरिकी पत्नी एलैन गूडेल से विवाह किया, जिनसे वे डैकोटा टेरिटरी में उस समय मिले थे, जब गूडेल आरक्षित क्षेत्रों की एक सामाजिक कार्यकर्ता और अमेरिकी मूल-निवासियों की शिक्षा की अधीक्षिका थीं। साथ मिलकर उन्होंने छः संतानें उत्पन्न कीं.
अफ्रीकी लोगों और अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच सदियों से संपर्क चला आ रहा है। अफ्रीकी लोगों और अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच संपर्क का सबसे पहला रिकॉर्ड अप्रैल 1502 में हुआ, जब अफ्रीकी लोगों को गुलामों के रूप में कार्य करने के लिए पहली बार हिस्पैनोइला लाया गया।
कभी-कभी अमेरिकी मूल-निवासी अफ्रीकी अमेरिकियों की उपस्थिति से अप्रसन्न हो जाते थे। एक वर्णन में "सन 1752 में जब एक अफ्रिकी अमेरिकी व्यक्ति काटावाबा कबीले के लोगों के बीच व्यापारी के रूप में आया, तो उन्होंने बहुत अधिक क्रोध और बहुत ज़्यादा अप्रसन्नत व्यक्त की." सभी अमेरिकी मूल-निवासियों में से शेरोकी कबीले में रंग-भेद को लेकर सर्वाधिक पूर्वाग्रह था, ताकि वे यूरोपीय लोगों का अनुग्रह प्राप्त कर सकें. इस विद्वेष का श्रेय अमेरिकी मूल-निवासियों और अफ्रीकी अमेरिकियों के एकीकृत विद्रोह के प्रति यूरोपीय लोगों के भय को दिया जाता है: "श्वेत लोगों ने अमेरिकी मूल-निवासियों को इस बात का विश्वास दिलाने का प्रयास किया कि अफ्रीकी अमेरिकी उनके सर्वश्रेष्ठ हितों के विपरीत कार्य कर रहे थे। " सन 1751 में, साउथ कैरोलिना के कानून के अनुसार:  "इन्डियन्स के बीच नीग्रो लोगों को ले जाया जाना पूरी तरह हानिकारक माना जात है क्योंकि इनके बीच अंतरंगता से पूरी तरह बचा जाना चाहिए."
"जिस समय प्रमुख दास-प्रजाति बनने की ओर अफ्रीकियों का संक्रमण हो रहा था, उसी दौरान अमेरिकी मूल-निवासियों को भी गुलाम बनाया गया और उन्होंने दासता का एक आम अनुभव साझा किया। उन्होंने मिलकर काम किया, सामुदायिक आवासों में एक साथ रहे, भोजन के लिए साथ मिलकर व्यंजन बनाए, जड़ी-बूटियों संबंधी उपचार, मिथक और गाथाएं साझा कीं और अंततः उन्होंने अंतर्जातीय विवाह भी किये." इसके कारण अनेक कबीलों ने दोनों समूहों के बीच विवाहों को प्रोत्साहन दिया, ताकि इन संयोजनों से अधिक शक्तिशाली व अधिक स्वस्थ संतानों का निर्माण हो सके. अठारहवीं शताब्दी में, अनेक अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं ने मुक्त किये जा चुके या फरार हो चुके अफ्रीकी पुरुषों से विवाह किया क्योंकि अमेरिकी मूल-निवासी ग्रामों में पुरुषों की जनसंख्या में भारी गिरावट आई थी। इसके अलावा, रिकॉर्ड यह दर्शाते हैं कि अनेक अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं ने वस्तुतः अफ्रीकी पुरुषों को खरीद लिया था, लेकिन यूरोपीय व्यापारियों की जानकारी के बिना इन महिलाओं ने उन पुरुषों को मुक्त कर दिया और अपने कबीले में उनके विवाह कर दिये. किसी अमेरिकी मूल-निवासी महिला से विवाह करना अफ्रीकी पुरुषों के लिए भी लाभदायक था क्योंकि जो महिला दास नहीं थी, उससे जन्म लेने वाली संतानें भी मुक्त मानीं जातीं थीं। यूरोपीय उपनिवेशवादी समझौतों में अक्सर फरार गुलामों की वापसी का निवेदन किया करते थे। सन 1726 में, न्यूयॉर्क के ब्रिटिश गवर्नर ने आइरोक्युइस लोगों से मांग की कि वे उनके साथ शामिल हो चुके सभी फरार गुलामों को लौटा दें. सन 1760 के दशक के मध्य-भाग में, ह्युरॉन और डेलावेर अमेरिकी मूल-निवासियों से भी सभी फरार गुलामों को लौटाने का निवेदन किया गया, हालांकि गुलामों को लौटाए जाने के कोई रिकॉर्ड उपलब्ध नहीं हैं। गुलामों की वापसी का निवेदन करने के लिए विज्ञापनों का प्रयोग किया जाता था।
कुछ अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों, विशेषतः दक्षिण पूर्व में जहाँ शेरोकी, चोकटॉ और क्रीक लोग रहा करते थे, में दास-स्वामित्व प्रचलित था। हालांकि 3% से भी कम अमेरिकी मूल-निवासियों के पास गुलाम थे, लेकिन गुलामी की पद्धतियों के कारण अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच विनाशक विभाजन उत्पन्न हो गए। शेरोकी लोगों के बीच, रिकॉर्ड यह दर्शाते हैं कि गुलामों को रखने वालों में अधिकांशतः उन यूरोपीय पुरुषों की संतानें शामिल थीं, जिन्होंने अपने बच्चों को गुलामी का अर्थशास्र बताया था। यूरोपीय विस्तार के बढ़ते जाने के साथ ही अफ्रीकियों और अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच विवाह भी अधिक प्रचलित होते गए।
कुछ इतिहासकारों का सुझाव है कि अधिकांश अफ्रीकी अमेरिकी लोग मूल रूप से अमेरिकी वंश के हैं। आनुवांशिकी विज्ञानियों द्वारा किए गए कार्य के आधार पर, अफ्रीकी अमेरिकियों पर बनी एक पीबीएस (PBS) श्रृंखला ने यह दर्शाया कि हालांकि अधिकांश अफ्रीकी अमेरिकी लोग मिश्रित नस्ल हैं, लेकिन यह अपेक्षाकृत दुर्लभ है कि वे अमेरिकी मूल-निवासी वंश के हों. पीबीएस (PBS) श्रृंखला के अनुसार, सबसे आम "गैर-अश्वेत" मिश्रित नस्ल अंग्रेज़ व स्कॉट्स-आइरिश हैं। हालांकि, उसी वंश-परंपरा के पुरुष व महिला पूर्वजों के लिए की जाने वाली वाय-गुणसूत्र (Y-Chromosome) तथा एमटीडीएनए (mtDNA) (माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए [mitochondrial DNA]) परीक्षण प्रक्रियाएँ अनेक पूर्वजों की पैतृक विरासत को ग्रहण कर पाने में विफल हो सकतीं हैं। (कुछ आलोचकों का मत था कि पीबीएस (PBS) श्रृंखला पैतृकता के मूल्यांकन के लिए डीएनए (DNA) परीक्षण की सीमाओं को पर्याप्त रूप से स्पष्ट नहीं करती.) एक अन्य अध्ययन का मत है कि अपेक्षाकृत कम अमेरिकी मूल-निवासी ही अफ्रीकी-अमेरिकी वंश के हैं। "द अमेरिकन जर्नल ऑफ ह्युमन जेनेटिक्स" में वर्णित एक अध्ययन के अनुसार, "हमने संयुक्त राज्य अमेरिका में अफ्रीकी वंश के 10 जन-समुदायों (मेवुड, इलिनॉइस; डेट्रॉइट; न्यूयॉर्क; फिलाडेल्फिया; पिट्सबर्ग; बाल्टिमोर; चार्ल्सटन; साउथ कैरोलिना; न्यू ऑर्लिन्स; और ह्युस्टन) में यूरोपीय आनुवांशिक योगदान का विश्लेषण किया…एमटीडीएनए (mtDNA) हैप्लोसमूहों (haplogroups) का विश्लेषण 10 जन-समुदायों में से किसी में भी मातृक अमेरिन्डियन योगदान का लक्षणीय प्रमाण प्रदर्शित नहीं करता.
शोधकर्ताओं ने चेतावनी दी है कि आनुवांशिक पैतृकता डीएनए (DNA) परीक्षण की अपनी सीमाएँ होतीं हैं और वंश संबंधी सभी प्रश्नों के उत्तर पाने के लिए व्यक्तियों को इन पर निर्भर नहीं रहना चाहिए. परीक्षण पृथक अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच विभेद नहीं कर सकता. न ही इसका प्रयोग किसी कबीले की सदस्यता पर अधिकार जताने के लिए किया जा सकता है।
अमेरिकी मूल-निवासी कबीलों में कबीलों के बीच मिश्रण आम था, अतः व्यक्तियों को एक से अधिक कबीले से जन्मे माना जा सकता है। जलवायु, बीमारियों और युद्ध के दबावों की प्रतिक्रिया के रूप में कभी-कभी समूह या पूरे कबीले विभाजित हो जाते थे या साथ मिल जाते थे, ताकि अधिक जीवनक्षम समूहों का निर्माण किया जा सके. पारंपरिक रूप से अनेक कबीले बंदियों को अपने समूह के उन सदस्यों का स्थान लेने के लिए समूह में शामिल कर लेते थे, जिन्हें युद्ध में बंदी बना लिया गया हो या मार दिया गया हो. ये बंदी प्रतिद्वंद्वी कबीलों से और बाद में यूरोपीय उपनिवेशवादी लोगों में से आते थे। कुछ कबीलों ने श्वेत व्यापारियों व फरार गुलामों व अमेरिकी मूल-निवासियों के स्वामित्व वाले गुलामों को भी शरण दी या अपना लिया। जिन कबीलों का यूरोपीय लोगों के साथ व्यापार का लंबा इतिहास रहा है, वे यूरोपीय अधिमिश्रण की एक उच्च दर प्रदर्शित करते हैं, जो यूरोपीय पुरुषों व अमेरिकी मूल-निवासी महिलाओं के बीच अंतर्जातीय विवाह के वर्षों को प्रतिबिंबित करती है। इस प्रकार अमेरिकी मूल-निवासियों के बीच आनुवांशिक विविधता के अनेक रास्ते मौजूद थे।
हालांकि कुछ टिप्पणीकारों के अनुसार हालिया वर्षों में अमेरिकी मूल-निवासियों और अफ्रीकी अमेरिकियों के बीच अधिमिश्रण की दरें उच्च रहीं हैं, लेकिन आनुवांशिक वंशावली विशेषज्ञों ने पाया कि इसकी आवृत्ति कम हुई है। साहित्यिक आलोचक व लेखक हेनरी लुईस गेट्स, जूनियर उन विशेषज्ञों को संदर्भित करते हैं, जिनका तर्क है कि केवल 5 प्रति अफ्रीकी अमेरिकियों में ही कम से कम 12.5 प्रतिशत अमेरिकी मूल-निवासी पैतृकता (एक परदादा के बराबर) है। स्पष्ट रूप से इसका अर्थ यह हुआ कि बहुत अधिक प्रतिशत लोगों में पैतृकता का प्रतिशत बहुत कम हो सकता है, लेकिन यह सुझाव भी दिया जाता है कि अधिमिश्रण के पुराने आकलन बहुत उच्च रहे हों. चूंकि कुछ आनुवांशिक परीक्षण केवल प्रत्यक्ष पुरुष या महिला पूर्वजों का ही मूल्यांकन करते हैं, अतः संभव है कि व्यक्ति अपने अन्य पूर्वजों के माध्यम से अमेरिकी मूल-निवासी पैतृकता को न खोज सके. किसी व्यक्ति के 64 4Xपरदादाओं में से, प्रत्यक्ष परीक्षण केवल 2 का डीएनए (DNA) प्रमाण प्रदान करता है।
इन सीमाओं के अलावा, यदि केवल प्रत्यक्ष पुरुष और महिला वंशावली का परीक्षण किया जाए, तो डीएनए (DNA) परीक्षण का प्रयोग कबीलाई सदस्यता के निर्धारण के लिए नहीं किया जा सकता क्योंकि यह अमेरिकी मूल-निवासी समुदायों के बीच विभेद नहीं कर सकता. अमेरिकी मूल-निवासी पहचान ऐतिहासिक रूप से संस्कृति पर आधारित रही है, केवल जीव-विज्ञान पर नहीं. इंडिजीनस पीपल्स काउंसिल ऑन बायोकॉलोनियलिज़्म (Indigenous Peoples Council on Biocolonialism) (आईपीसीबी [IPCB]) के अनुसार:"अमेरिकी मूल-निवासी चिह्नक" केवल अमेरिकी मूल-निवासियों में नहीं पाए जाते. हालांकि वे अमेरिकी मूल-निवासियों में अधिक पाए जाते हैं, लेकिन वे विश्व के अन्य भागों के लोगों में भी मिलते हैं। आनुवांशिकी विज्ञानी भी कहते हैं कि:सभी अमेरिकी मूल-निवासियों का परीक्षण, विशेष रूप से चेचक जैसी बीमारियों से बड़ी संख्या में हुई मौतों के लिए, किया जा चुका है, इस बात की संभावना नहीं है कि अमेरिकी मूल-निवासियों में केवल वे आनुवांशिक चिह्नक हैं, जिनकी पहचान की जा चुकी है, भले ही उनकी मातृक या पैतृक वंशावली में कोई गैर-अमेरिकी मूलनिवासी शामिल न हो. कबीलाई सेवाएं प्राप्त करने के लिए, एक अमेरिकी मूल-निवासी व्यक्ति को अनिवार्य रूप से एक कबीलाई संगठन का सदस्य व इसके द्वारा प्रमाणित होना चाहिये. प्रत्येक कबीलाई सरकार नागरिकों और कबीलाई सदस्यों के लिए अपने स्वयं के नियम बनाती है। संघीय सरकार के सेवाओं से संबंधित मानक प्रमाणित अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए उपलब्ध होते हैं। उदाहरणार्थ, अमेरिकी मूल-निवासियों के लिए संघीय छात्रवृत्ति के लिए यह आवश्यक है कि विद्यार्थी संघीय रूप से मान्यता-प्राप्त कबीले में नामांकित हो और उसकी कम से कम एक-चौथाई अमेरिकी मूल-निवासी वंश परंपरा (एक दादा-दादी के समकक्ष) हो, जिसे एक सर्टिफिकेट ऑफ डिग्री ऑफ इन्डियन ब्लड कार्ड द्वारा अनुप्रमाणित किया गया हो. कबीलों के बीच, अर्हता अमेरिकी मूल-निवासी "रक्त" के आवश्यक प्रतिशत पर, या मान्यता की इच्छा रखने वाले व्यक्ति में "रक्त की मात्रा" पर निर्भर होती है।
निश्चितता प्राप्त करने के लिए, कुछ कबीलों ने वंशावली विषयक डीएनए (DNA) परीक्षण को आवश्यक बनाना शुरु कर दिया है, लेकिन सामान्यतः यह किसी प्रमाणित सदस्य से पितृत्व या प्रत्यक्ष वंश-परंपरा को साबित करने से संबंधित होता है। कबीलाई सदस्यता के लिए आवश्यकताओं में कबीलों के अनुसार व्यापक अंतर होता है। शेरोकी कबीलों के लिए यह आवश्यक है कि प्राचीन 1906 डावेस रोल्स में सूचीबद्ध किसी अमेरिकी मूल-निवासी से वंशावली विषयक पैतृकता लेखबद्ध हो. एक से अधिक कबीलों की पैतृकता से संबंधित सदस्यों की मान्यता के नियम भी समान रूप से विविध और जटिल हैं।
कबीलाई सदस्यता संबंधी टकरावों के परिणामस्वरूप अनेक कानूनी विवाद, न्यायालयीन मामले और सक्रियतावादी समूहों की स्थापना हुई है। इसका एक उदाहरण शेरोकी फ्रीडमेन हैं। आज, उनमें उन अफ्रीकी अमेरिकियों की वंश-परंपरा शामिल है, जिन्हें किसी समय शेरोकियों द्वारा गुलाम बनाया गया था, जिन्हें संघीय समझौते द्वारा, ऐतिहासिक शेरोकी राष्ट्र में गृह-युद्ध के बाद मुक्त लोगों के रूप में नागरिकता प्रदान की गई थी। सन 1980 के दशक में, आधुनिक शेरोकी राष्ट्र ने उन्हें नागरिकता से बाहर कर दिया-जब तक कि व्यक्ति डावेस रोल्स पर सूचीबद्ध किसी शेरोकी अमेरिकी मूल-निवासी (केवल मुक्त-व्यक्ति नहीं) से पैतृकता साबित कर सकें.
बीसवीं सदी में, कॉकेशियाई-अमेरिकियों की एक बढ़ती हुई संख्या अमेरिकी मूल-निवासियों से पैतृकता का दावा करने में अधिक रूचि रखते प्रतीत होते रहे हैं। कई लोगों ने शेरोकियों से वंशावली का दावा किया है।
सन 2006 में, यू.एस. सेंसस ब्यूरो ने अनुमान व्यक्त किया कि अमेरिकी जनसंख्या के लगभग 0.8 प्रतिशत लोग अमेरिकन इन्डियन या अलास्का मूल-निवासी वंशावली से थे। यह आबादी पूरे देश में विषम रूप से वितरित है। नीचे, सभी 50 राज्यों और डिस्ट्रिक्ट ऑफ कोलंबिया व प्युएर्टो रिको, को निवासियों के अनुपात द्वारा अमेरिकन इन्डियन या अलास्का मूल-निवासी वंशावली के उल्लेख के साथ सूचीबद्ध किया गया है, जो कि सन 2006 के अनुमानों पर आधारित है: सन 2006 में, यू.एस. सेंसस ब्यूरो ने अनुमान व्यक्त किया कि अमेरिकी जनसंख्या के लगभग 1.0 प्रतिशत लोग हवाई के मूल-निवासी या प्रशांत द्वीपीय वंशावली से थे। यह जनसंख्या विषम रूप से 26 राज्यों के बीच वितरित है। नीचे उन 26 राज्यों के नाम दिये गए हैं, जिनमें यह जनसंख्या 0.1% से कम थी। उन्हें हवाई मूल-निवासी या प्रशांत द्वीपीय वंशावली का उल्लेख करते हुए निवासियों का अनुपात सूचीबद्ध किया गया है, जो कि सन 2006 के आकलनों पर आधारित है: चयनित आदिवासी समूहन द्वारा: 2000
अमेरिका के मूल-निवासियों का आनुवांशिक इतिहास मुख्यतः मानवीय वाय-गुणसूत्र (Y-chromosome) डीएनए (DNA) हैप्लोसमूहों और मानवीय माइटोकॉन्ड्रिया डीएनए (DNA) हैप्लोसमूहों पर केन्द्रित होता है। "वाय-डीएनए (Y-DNA)" केवल पैतृक वंशावली में, पिता से पुत्र में, जाता है, जबकि "एमटीडीएनए (mtDNA)" मातृक वंशावली में, माता से पुत्रों व पुत्रियों दोनों में, जाता है। इनमें से कोई भी पुनर्संयोजित नहीं होता और इस प्रकार वाय-डीएनए व एमटीडीएनए केवल संयोग उत्परिवर्तन द्वारा प्रत्येक पीढ़ी में बदलता है और अभिभावकों के आनुवांशिक पदार्थ में कोई अंतर्मिश्रण नहीं होता. ऑटोसोमल "एटीडीएनए (atDNA)" चिह्नकों का प्रयोग भी किया जाता है, लेकिन वे एमटीडीएनए (mtDNA) या वाय-डीएनए (Y-DNA) से इस रूप में भिन्न होता है कि वे लक्षणीय रूप से एक-दूसरे को आच्छादित करते हैं। सामान्यतः एटीडीएनए (AtDNA) का प्रयोग केवल पूरे मानव जीनोम तथा संबंधित पृथक जनसंख्या में औसत पैतृकता-के-महाद्वीप की आनुवांशिक अधिमिश्रण का मापन करने के लिए किया जाता है।
आनुवांशिक पैटर्न यह सूचित करता है कि देशज अमेरिकियों ने दो भिन्न आनुवांशिक कड़ियों का अनुभव किया है; पहले अमेरिकी महाद्वीप में लोगों के पहली बार आगमन के साथ और दूसरी बार अमेरिकी महाद्वीप के यूरोपीय उपनिवेशीकरण के साथ. इनमें से पहला वर्तमान देशज अमेरिन्डियन जन समुदायों में उपस्थित जीन वंशावलियों की संख्या, ज़ाइगोसिटी उत्परिवर्तनों और हैप्लोटाइप्स के निर्माण के लिए निर्धारक कारक है।
नव-विश्व में मानवों का अवस्थापन बेरिंग समुद्री तट-रेखा से विभिन्न चरणों में हुआ और प्रारम्भ में छोटी संस्थापक जनसंख्या ने बेरिंगिया पर 15,000 से 20,000-वर्ष का ठहराव लिया। दक्षिणी अमेरिका के लिए निर्दिष्ट वाय-वंशावली (Y-lineage) की माइक्रो-उपग्रह विविधता और वितरण से यह सूचित होता है कि इस क्षेत्र के प्रारम्भिक औपनिवेशीकरण के समय से ही कुछ विशिष्ट अमेरिन्डियन लोग पृथक रहे हैं। ना-डीन (Na-Dené), इन्यूइट और देशज अलास्काई लोग हैप्लोसमूह क्यू (वाय-डीएनए) उत्परिवर्तन प्रदर्शित करते हैं, हालांकि विभिन्न एमटीडीएनए (mtDNA) एटीडीएनए (atDNA) के साथ वे अन्य देशज अमेरिकियों से भिन्न हैं। इससे यह पता चलता है कि उत्तरी अमेरिका और ग्रीनलैंड के सबसे उत्तरी भागों में हुए सबसे प्रारम्भिक आप्रवासन बाद में आप्रवासित लोगों से व्युत्पन्न थे।