Japanin historia
Japanin historiaan on vaikuttanut erityisesti maan maantieteellinen sijainti. Saarivaltiona Japani on historiansa aikana onnistunut sulauttamaan ulkopuoliset kulttuurivaikutteet rauhassa osaksi kulttuuriaan. Meri on estänyt mantereelta tulevien valloittajien pääsyn saarille. Japanin sijainti on toisaalta mahdollistanut eristäytymisen ulkomaailmasta: maan historialle luonteenomaisia ovat pitkät eristyneet ajanjaksot ja voimakkaat ulkomaisten vaikutteiden kaudet. Japanin edullinen ilmasto on luonut otolliset olosuhteet suurenkin väestön ylläpitämiselle.
Japanin historia jaetaan yleensä aikakausiin, joiden kesto ja määrä voivat vaihdella ja joilla ei varsinkaan varhaishistoriassa ole välttämättä selkeitä alkamis- ja päättymispäivämääriä. Kaudet voivat myös olla päällekkäisiä, ja niillä on usein lyhyempiä alakausia. Kauden vaihtuminen ei myöskään välttämättä merkitse minkäänlaista äkillistä olosuhteiden muuttumista. Japanissa aikaa on laskettu perinteisesti kiinalaistyyppisin aikakausimerkinnöin (nengō), joiden käyttö alkoi 600-luvulla. Aikaisemmin nengōt vaihtuivat usein, ja niitä onkin useita kymmeniä. Meiji-kaudelta vuodesta 1868 lähtien ne ovat vastanneet keisarien hallituskausia.
Japanin väestön alkuperä on edelleen jokseenkin epäselvä. Todennäköisimmin Japanin nykyinen väestö on muodostunut osittain Manner-Aasian eri osista ja osittain etelästä mereltä käsin tulleiden muuttoaaltojen seurauksena. Japanin saaret olivat yhteydessä mantereeseen noin 18 000–12 000 vuotta ennen ajanlaskun alkua, jolloin Hokkaidō oli yhteydessä Siperiaan ja Honshū Koreaan. Nykyinen Japaninmeri muodosti näin ollen suuren sisäjärven.
Toisen maailmansodan jälkeen Japanista on löydetty tuhansia paleoliittisia kohteita. Tutkimusten perusteella näyttää ilmeiseltä, että Japanissa on ollut asutusta vähintään 30 000 - 50 000 vuotta sitten. Kauden väestö eli keräilemällä ja metsästämällä, ja he käyttivät kivityökaluja. Tältä ajanjaksolta on löytynyt ihmisfossiileja kaikilta Japanin pääsaarilta.
Mesoliittinen Jōmon-kausi tunnetaan erityisesti keramiikastaan, josta se on saanut nimensä. Kauden keramiikka on mahdollisesti maailman vanhinta, ja keraamisia esineitä alettiin valmistaa noin 12 500 vuotta sitten. Astiat koristeltiin nauhamaisilla kuvioilla. Koristeaiheet vaihtelivat ja monimutkaistuivat ajan myötä. Astioiden lisäksi kaudella valmistettiin myös mahdollisesti hedelmällisyyttä symboloivia veistoksia, erityisesti naisfiguriineja.
Ravinnoksi käytettiin villieläinten lihaa, sekä meren antimia ja hedelmiä. Jōmon-kulttuuri perustui keräilyyn ja metsästykseen, mutta kauden loppuvaiheilla riisinviljely alkoi levitä mantereelta Kyūshūlle. Aikakauden ihmiset koristautuivat luusta tai simpukankuorista valmistetuilla koruilla. Jōmon-kaudella sai luultavasti alkunsa myös japanin kieli. Japanilaisten esi-isät jakoivat maan ainujen kanssa, jotka joutuivat vähitellen vetäytymään pohjoiseen japanilaisten elinpiirin levittäytyessä. Japanin väkiluvun on arvioitu olleen vuoden 2400 eaa. tienoilla noin 265 000, joten maa on jo varhain ollut maailman tiheimmin asutettuja alueita.
Kulttuurin suurta edistystä merkinnyt Yayoi-kausi ajoitetaan 300-luvusta eaa. noin vuoteen 250 jaa. Yayoi-kulttuuri on Jōmonin tavoin tunnettu keramiikastaan, joka oli aiempaa vähemmän koristeltua ja valmistettiin kehittyneemmällä tekniikalla. Kulttuuri syntyi Kyūshūlla, ja levisi sieltä muualle Japaniin. Kiinan kulttuuripiirin laajetessa korealaiset muuttajat toivat kauden aikana Japaniin useita uusia teknologioita, kuten kankaan valmistuksen, riisin märkäviljelyn, pronssin ja myöhemmin raudan käsittelyn ja uudenlaisen keramiikan. Niiden vaikutuksesta Japani alkoi siirtyä metsästäjä-keräilijäyhteiskunnasta maanviljelykulttuuriin. Ulkopuolinen vaikutus oli kuitenkin Yayoi-kaudella lähinnä materiaalista eikä henkistä.
Yayoi-kaudella Japanin väkiluvun on arveltu olleen noin 600 000. Väestön kasvaessa alkoi myös muotoutua yhteiskuntaluokkia. Asukkaat asuivat maatalouskylissä, joiden asumukset oli tehty puusta ja kivestä. Myös viljaa varastoitiin rakennuksiin.
Yayoi-kauden Japanista on saatu tietoa ajan kiinalaisista kronikoista. Han-dynastian kronikassa "Hòu hànshūssa" Japani mainitaan ensimmäisen kerran nimellä Wa. Kronikka kertoo Wan lähettäneen edustuston Kiinaan vuonna 57. Wei-kuningaskunnan aikaiset tekstit "Kolmen kuningaskunnan kronikassa" kertovat Japanissa 100-luvun lopulla käydystä sisällissodasta, jonka kuningatar Himiko rauhoitti. Hänen kerrotaan hallinneen uskonnollisella auktoriteetillaan yli 30 valtion yhteenliittymää. Kronikka kertoo yksityiskohtaisen reitin Kiinasta Wa-kuningattaren hoviin Yamataissa, joka oli todennäköisesti paikallinen voimakeskus Kyūshūn pohjoisosassa. Yamatain sijainnista ei ole päästy yksimielisyyteen tutkijoiden keskuudessa. Wei-kuningaskunnan kronikan mukaan Japanissa oli suhteellisen kehittynyt luokkayhteiskunta, jossa kansalaiset maksoivat veroja. Osa väestöstä osasi myös luultavimmin lukea ja kirjoittaa, sillä kirjeitä vaihdettiin Wa-valtion ja Kiinan välillä.
Kofun- ja Asuka-kausia nimitetään joskus yhteisesti Yamato-kaudeksi. Kausi on saanut nimensä Japanin keskiosan Yamato-valtiosta, joka sai valtaansa alueen pienemmät hallitsijat mahdollisesti 300-luvun puolivälissä. Korealainen vuonna 414 pystytetty muistomerkki mainitsee Wa-valtiosta vuonna 391 lähetetyn suuren armeijan. Voimannäytteen on oletettu edellyttäneen pitkälle yhdistyneen valtion olemassaoloa. Jotkut ovat liittäneet Yamatoon aiemman Yamatai-valtion, jonka on arveltu tällöin sijainneen Kyūshūn sijaan Keski-Japanissa. Asiasta ei ole kuitenkaan saatu lopullista selvyyttä. Yamaton on esitetty syntyneen joko todennäköisemmin Yayoi-kulttuurin uudesta kehitysvaiheesta tai ulkopuolisen hyökkäyksen seurauksena. Jälkimmäisessä tapauksessa sen hallitsijasuku olisi voinut olla korealaista alkuperää.
Vuosien 300–552 Kofun-kausi on saanut nimensä suurista kofun-hautakummuista, joiden rakentaminen oli aloitettu jo 200-luvulla. Kumpujen viereen asetettiin haniwa-veistoksia. Veistokset saattoivat esittää eläimiä, ihmisiä tai erilaisia rakennuksia. Ihmisveistosten vaatetuksesta, haarniskoista ja aseistuksesta on saatu tietoja ajan elinoloista. Suurten hautojen rakentaminen vaati runsaasti työvoimaa, ja niistä suurimman, keisari Nintokun hautakummun rakentaminen on vaaditun työvoiman puolesta verrattavissa Egyptin pyramidien rakentamiseen. Yamato-hallitsijat hallitsivat merkittäviä työvoimaresursseja, minkä hallintaa auttoi maanviljelytekniikoiden kehittyminen. Niiden avulla Yamato-hovi pystyi laajentamaan valtaansa aikaisempaa suuremmalle alueelle.
Yamato-valtion aikana syntyi pohja maan poliittiselle ja yhteiskunnalliselle järjestelmälle. 300-luvun loppuun mennessä Yamato oli vakiintunut kuningaskunta, joka oli yhteydessä Kiinaan ja Koreaan, erityisesti Baekjeen. Korean niemimaan kautta Kiinan korkeakulttuurin tuotteet saapuivat Japaniin. Ulkomaiset oppineet ja maahanmuuttajat toivat maahan teknologiaa, kiinan kirjoitusjärjestelmän ja kungfutselaisuuden. Valtataistelussa Korean niemimaasta Yamato liittoutuikin 300-luvulla eteläkorealaisen Baekjen kanssa. Kiinnostus Korean aluetta kohtaan syntyi ilmeisesti teknologian ja raaka-aineiden, erityisesti raudan tarpeesta.
Yamaton yhteiskunta jakautui kolmeen pääryhmään. "Ujit" olivat yläluokkaa, jonka on ajateltu syntyneen alkuperäisistä maatalousyhteisöistä. 400-lukuun mennessä uji-ryhmät sitoutuivat Yamaton hallitsijaan taloudellisesti ja uskonnollisesti, ja hallitsija nimitti päälliköt niistä voimakkaimmille. "Bet" olivat vuorostaan klaanityyppisiä ammattiyhteisöjä, jotka valmistivat esimerkiksi keramiikkaa, kalastivat tai viljelivät riisiä. Alimpana oli "yatsuko"-ryhmä, palvelijoina toimineet orjat, jotka käsittivät mahdollisesti noin viisi prosenttia japanilaisista.
500-luvulla Yamaton keskusvaltio alkoi taantua, ja valta siirtyi paikallisille klaaneille, joista erityisesti Soga sai vaikutusvaltaa. Samaan aikaan buddhalaisuus levisi Japaniin Baekjesta. Se merkitsi äärettömän merkittävää vaikutusta Japanin korkeakulttuurin syntymiselle ja uutta kautta maan historiassa.
Buddhalaisuuden saapuminen Japaniin on ajoitettu perinteisesti vuosille 538 tai 552, mutta se oli levinnyt japanilaisten keskuudessa todennäköisesti jo aikaisemmin. Alkanutta aikakautta vuoteen 710 saakka kutsutaan usein Asuka-kaudeksi. Se on saanut nimensä Asukan alueesta nykyisen Naran eteläpuolella, josta Yamato-hovi hallitsi.
Kysymys buddhalaisuudesta aiheutti valtataistelun hovin sisälle. Voitolle pääsi uutta uskontoa kannattanut Soga-klaani, joka näki kiinalaistyyppisen hallinnon ja buddhalaisuuden keinoina vahvistaa omaa valtaansa. Klaani hallitsikin käytännössä Japania vuosina 587–645. Uutta hallintoa ryhdyttiin toteuttamaan 600-luvun vaihteessa valtionhoitaja Shōtoku Taishin johdolla. Ensimmäiset merkittävät uudistukset olivat vuonna 603 käyttöön otettu hovin arvoasteikko ja vuoden 604 seitsemäntoistakohtainen ”perustuslaki”, joka asetti ensimmäistä kertaa ideaalit valtionhallinnolle ja ihmisten välisille suhteille. Ulkopolitiikassa Shōtoku avasi suhteet Kiinan Sui-dynastiaan. Seuraavan kahden vuosisadan aikana Kiinaan lähetettiin lukuisia edustustoja, jotka saattoivat koostua useasta sadasta hengestä ja joilla oli suuri vaikutus kiinalaisen korkeakulttuurin tuomisessa Japaniin. Kiinalaisen kulttuurin omaksuminen ja hallinnon uudistaminen nähtiin myöhemmin myös keinona suojautua vahvistuneelta Tang-dynastialta.
Shōtokun kuoleman jälkeen vuonna 622 hovi joutui jälleen valtataistelun kouriin. Vuoden 645 vallankaappauksessa uudistusmieliset prinssi Naka no Ōe ja Nakatomi no Kamatari hävittivät Soga-klaanin. Heidän aloittamissaan Taika-uudistuksissa ryhdyttiin luomaan keskusvaltiota, jota keisari johti absoluuttisena monarkkina, ja otettiin käyttöön kiinalaistyyppinen aikakausimerkintä. Yksityinen maanomistus lakkautettiin, ja maa jaettiin kaikkien tietyn iän saavuttaneiden kesken vastineeksi keskushallinnolle maksetuista veroista. Käytännössä maauudistus oli kuitenkin lähinnä kosmeettinen, sillä Japani ei ollut valmis vuosisatojen kuluessa kehittyneeseen kiinalaiseen maanjakojärjestelmään. Uudistukset toteutettiin vähitellen vuosisadan loppupuolen aikana. Ne koottiin säädöskokoelmiksi, jotka toimivat perustana ritsuryō-hallintojärjestelmälle. Se oli Kiinasta omaksuttu järjestelmä, joka määritteli selkeän hallintokoneiston ja verotuskäytännön, ja jakoi kansan kahteen pääryhmään, vapaaseen väestöön ja orjiin, joista jälkimmäiset muodostivat kuitenkin alle kymmenesosan väestöstä.
Muinaisen uskon mukaan pääkaupunki siirrettiin aina keisarin kuoltua uuteen paikkaan, sillä uskottiin että keisarin kuolema oli saastuttanut paikan. Vuonna 710 pääkaupunki siirrettiin Heijō-kyōhon, nykyiseen Naraan, mistä aikajakso on saanut nimensä. Vuoteen 794 kestänyt Nara-kausi merkitsi erityisesti buddhalaisuuden ja taiteiden kukoistusta. Buddhalaisuuden airuena toimi keisari Shōmu, joka määräsi perustettavaksi temppelin jokaiseen provinssiin ja jolla oli keskeinen rooli valtavan Tōdai-jin temppelialueen rakentamisessa pääkaupunkiin. Politiikan ja buddhalaisuuden liitto merkitsi kuitenkin papiston kasvavaa vaikutusvaltaa ja sekaantumista valtion asioihin. Vastaliikkeen johtoon nousi vaikutusvaltaa saanut Fujiwara-suku, joka asetti valtaistuimelle buddhalaisuuteen edeltäjiään penseämmin suhtautuvan keisari Kōninin. Hänen poikansa Kammu siirsi maan pääkaupungin ensin Nagaokaan ja myöhemmin Heianiin, katkaisten hovin siteet entisen pääkaupungin temppeleihin.
Nara-kausi oli suhteellisen rauhallista aikaa. Kaudella Japanissa oli noin kuusi miljoonaa asukasta, pääkaupungissa asukkaita oli arviolta 100 000–200 000. Taloudellisista vaikeuksista ja maanjakojärjestelmän romahtamisesta huolimatta vauraus kasvoi. Rahan käyttö maksuvälineenä lisääntyi 700-luvun kuluessa, ja ensimmäiset kultakolikot lyötiin vuonna 760. Korealaisten maahanmuutto Japaniin 600-luvun lopulla nopeutti huomattavasti kiinalaisen kulttuurin omaksumista. Muutenkin ulkosuhteet olivat vilkkaat.
700-luvun alussa laadittiin ensimmäiset nykyaikaan säilyneet historiankirjat. Vuonna 712 valmistunut, 600-luvun alkuun saakka ulottuva "Kojiki" ei ollut hoville mieluinen, mutta vuonna 720 valmistunut "Nihonshoki" sai osakseen tyytyväisen vastaanoton. Kronikat loivat Japanille ja Japanin hoville myyttisen, vuoteen 660 eaa. ulottuvan historian. Niiden tarkoituksena oli kohottaa keisari-instituution asemaa ja luoda valtiolle kiinalaisen perinteen kaltainen menneisyys.
Vaikka buddhalaisuuden vaikutusvalta lisääntyi, se pysyi Nara-kaudella vielä pääosin eliitin uskontona, eikä sen periaatteita yleisesti ymmärretty. Temppeleissä harjoitettava kirjallinen perinne oli kansanomaista buddhalaisuutta lähempänä uskonnon alkuperäistä muotoa.Toisaalta buddhalainen ajattelu alkoi kuitenkin hivuttautua osaksi japanilaista elämää. Erityisesti buddhalaisuuden ja Japanin perinteisen uskonnon synkretismi alkoi kehittyä. Japanissa buddhalaisuus sai erityisen eklektisen muodon, jossa šintolaiset kamit nähtiin usein Buddhan ilmentyminä. Synkretismi johti siihen, että šintolaisia pyhäkköjä alettiin perustaa buddhalaisiin temppeleihin ja toisin päin.
Keisari Kammu siirsi maan pääkaupungin Heian-kyōhon, nykyiseen Kiotoon, vuonna 794. Heian-kaudella Japanin kansallinen kulttuuri kehittyi huomattavasti ja kasvoi itsenäiseksi kiinalaisista esikuvistaan. Viralliset suhteet rappeutuvaan Tang-dynastian Kiinaan lakkautettiin 800-luvun lopussa. Uusi kulttuuri sai jalansijaa kuitenkin varsinaisesti vasta 900-luvulta alkaen. Pääkaupungin huippuunsa kehittynyt hovikulttuuri oli huomattavan erillään sitä ympäröivästä maatalousväestöstä ja provinssien todellisuudesta.
Heian-kausi merkitsi myös keisarin vallan vähittäistä heikkenemistä. Keisari Kammu yritti elvyttää ritsuryō-hallintojärjestelmää, jota hän muokkasi ajan vaatimusten mukaisesti ja joka pysyikin muodollisesti voimassa useiden vuosisatojen ajan. Maan todellinen tilanne kuitenkin erkani vähitellen ritsuryō-hallinnon ihanteista. Maanjakojärjestelmän toteuttaminen käytännössä osoittautui vaikeaksi. Yksityinen maanomistus lisääntyi, ja Heian-kauden puolivälistä lähtien yksityiset suurtilat eli shōenit onnistuivat pääosin saamaan vapautuksen veroista. Tämä johti keskushallinnon verotulojen heikkenemiseen. Valta alkoi siirtyä paikallisille päälliköille, kun valtion ote provinsseista höltyi eikä se enää kyennyt ylläpitämään lakia ja järjestystä. Vähitellen shōenit kehittyivät läänityksiksi, ja maahan syntyi myöhemmin feodaalinen järjestelmä.
Hovissa vaikutusvaltaiseksi nousi Fujiwara-suku, joka onnistui kontrolloimaan sitä huolellisesti suunniteltujen avioliittojen kautta. Käytännössä suku naittoi tyttärensä keisarille, ja suvun jäsenet saivat haltuunsa sesshōn ja kanpakun virat. Sijaishallitsijan eli sesshōn viran otti käyttöön Fujiwara no Yoshifusa 800-luvun puolivälissä, kun valtaistuimelle nousi hänen pojanpoikansa, vain yhdeksänvuotias keisari Seiwa. Neuvonantajan eli kanpakun viran loi Fujiwara no Mototsune vuonna 887 – käytännössä kanpaku toimi jonkinlaisena diktaattorina. Monet keisarit olivat Fujiwarojen huippukautena alaikäisiä, tai heidät pakotettiin eroamaan ennen täysi-ikäisyyttään. Fujiwarojen valta alkoi taantua 1000-luvulla, jolloin keisarit saivatkin valtaansa takaisin insei-luostarikeisarijärjestelmän kautta. Järjestelmässä eronnut keisari hallitsi valtakunnan asioita luostarista käsin. Järjestelmä perustui siihen, että alaikäinen keisari saattoi toimia julkisissa seremoniallisissa tehtävissä, kun todellista valtaa käytti nimellisesti luostariin vetäytynyt aiempi hallitsija.
Nara-kauden buddhalaisuus oli perustunut suoraan kiinalaiseen buddhalaisuuteen, mutta Heian-kaudella kehittyi kaksi japanilaisten munkkien perustamaa suuntausta, Tendai ja Shingon. Lisäksi kauden lopussa 1100-luvulla puhtaan maan buddhalaisuus, Jōdo-shū, muodostui omaksi koulukunnakseen. Kulttuurin japanilaistuminen oli nähtävissä erityisesti kirjallisuudessa. Aiemmin japania oli kirjoitettu kiinalaisin merkein, mutta 900-luvulla niistä kehitettiin japanin kielelle sopivammat kana-tavuaakkoset, hiragana ja katakana. Miesten odotettiin yhä käyttävän kirjoittaessaan kiinaa, joten suurin osa Heian-kauden proosakirjallisuudesta on naisten kirjoittamaa. Ajan merkittävimpien teosten joukkoon nousevatkin Murasaki Shikibun "Genjin tarina" ja Sei Shōnagonin "Tyynykirja", jotka kuvaavat elämää Heian-kauden hovissa. Heian-kauden runoutta kerättiin useaan keisarilliseen runoantologiaan, joista ensimmäinen oli "Kokin-wakashū" vuodelta 905. Aiemmista tyyleistä syntynyt waka-runous kehittyi erottamattomaksi osaksi hovielämää.
Keskushallinnon vallan heikkeneminen johti uuden sotilasluokan, samuraiden, syntymiseen provinsseissa. Samurait toimivat paitsi suurien aatelissukujen myös valtion suojana levottomuuksia vastaan. Vähitellen he saivat valtaa hovissa. Kaksi suurinta samuraisukua olivat Taira- ja Minamoto-klaanit. Fujiwarojen ja hovin sisäiset riidat johtivat vuoden 1156 Hōgen-kapinaan, jossa valta siirtyi ratkaisevasti sotilasluokalle. Heiji-kapinassa kolme vuotta myöhemmin suvut taistelivat toisiaan vastaan, ja voitokkaaksi nousi Taira-klaani. Muutaman vuosikymmenen kuluttua Genpei-sodassa vuonna 1180 Japani joutui ennennäkemättömien taistelujen keskelle. Kamppailu merkitsi myös käännekohtaa Japanin historiassa, kun sen voittaja, Minamoto no Yoritomo, perusti shōgunaatin eli bakufu-sotilashallituksen Kamakuraan. Bakufu oli vallassa eri muodoissa aina vuoteen 1868 saakka.
Genpei-sodan jälkeen Yoritomon ja hänen veljensä Minamoto no Yoshitsunen välinen taistelu jatkui vielä vuoteen 1189 saakka, jolloin Yoritomo tuhosi veljeään suojelleen pohjoisen Fujiwara-suvun. Kolme vuotta myöhemmin Yoritomo sai keisarilta shōgunin arvonimen, korkeimman sotilaalle myönnettävän arvon, josta tuli myöhemmin bakufu-sotilashallituksen johtajan nimitys. Aivan täydellistä sotilashallintoa Kamakura-kaudella ei kuitenkaan saavutettu, vaan nimellisesti maata hallitsivat yhdessä Kioton siviiliaristokratia ja Kamakuran sotilashallitus. Vanhat Heian-kauden instituutiot säilyivät Kamakura-kaudella, ja vasta myöhemmin ne korvattiin uusilla feodaalirakenteilla. Yoritomon kuoleman jälkeen vuonna 1199 todellinen valta siirtyi Hōjō-klaanille, jonka jäsenet toimivat shōgunien sijaishallitsijoina vuoteen 1333 asti.
Kamakuran sotilashallitus ja keisarillinen hovi ajautuivat pian valtataisteluun. Vuonna 1221 keisari Go-Toba yritti kaataa sotilashallituksen Jōkyū-kapinassa, mutta hänet karkotettiin Kiotosta. Vaikka bakufu toi joukkonsa Kiotoon, sillä oli suuria vaikeuksia järjestyksen ylläpitämisessä. Tuhansia Go-Tobaa tukeneiden aristokraattien ja sotilaiden tiloja annettiin hallituksen vasalleille, ja bakufun valta ulottui nyt koko maahan.
Bakufu toimi suhteellisen puolueettomasti ja tehokkaasti pitäessään yllä järjestystä; ensimmäisen kerran uusi feodaalioikeus koottiin yksiin kansiin "Jōei shikimoku" -kokoelmaan vuonna 1232. Sosiaalisista kriiseistä ja mullistuksista huolimatta bakufun luomalla vakaudella oli merkittävä vaikutus maan talouteen. Tavaroiden vaihto alueiden välillä lisääntyi, ja rahan käyttö yleistyi jälleen. Eri alojen käsityöläiset ja kauppiaat alkoivat muodostaa kiltoja (), ja provinsseihin syntyi nyt ensimmäistä kertaa esimerkiksi paperin tai metallin valmistukseen erikoistuneita keskuksia. Maanviljelyn käytössä oleva maa-alue kasvoi nopeasti. Feodaalinen talous alkoi muodostua Kamakura-kaudella, mutta Japani oli edelleen kaukana täydellisestä feodaaliyhteiskunnasta. Aristokratialla ja temppeleillä oli valtavia julkisia shōeneita hallussaan, kun taas sotilasmaanomistajat elivät kylissä ja saattoivat itsekin viljellä maata.
Ajan katastrofit, nälänhädät, luonnononnettomuudet ja sota yhdessä buddhalaisuuden lopun aikojen (mappō) odotuksen kanssa tekivät puhtaan maan buddhalaisuuden suosituksi. Toisin kuin aiemmat tavalliselle japanilaiselle vaikeasti ymmärrettävät buddhalaiset suuntaukset, se tarjosi valaistumista yksinkertaisella uskolla Amida-buddhaan. Toinen uusi koulukunta oli munkki Nichirenin perustama Nichiren-buddhalaisuus, joka oli ristiriidassa Japanin uskonnollisen perinteen kanssa suhtautumalla jyrkästi muihin suuntauksiin. Merkittävin Kamakura-kaudella yleistynyt buddhalaisuuden muoto oli kuitenkin zen, jolla on ollut erityisen syvä vaikutus japanilaiseen taiteeseen, ajatteluun ja estetiikkaan. Se vetosi erityisesti samuraihin.
1200-luvun alussa mongolit olivat ulottaneet valtakuntansa Kiinaan ja Koreaan. Kublai-kaani halusi nyt saada myös Japanin hallintaansa. Marraskuussa 1274 mahdollisesti muutaman kymmenen tuhannen mongolin ja korealaisen sotilaan muodostama armeija rantautui Kyūshūlle Hakatanlahdelta ja miehitti osan Hizenin provinssia. Yllättävä taifuuni kuitenkin upotti kaksisataa hyökkääjien laivaa, ja myrskystä selviytyneet joutuivat vetäytymään takaisin Koreaan. Bakufu aloitti nyt valmistautumisen seuraavaan hyökkäykseen vahvistamalla rannikon puolustusjärjestelyitä. Seuraava hyökkäys vuonna 1281 oli aikaisempaa huomattavasti suurempi. Se koostui 4 400 laivasta ja noin 140 000 sotilaasta, jotka muodostivat kaksi armeijaa. Ensimmäinen, Koreasta saapunut laivasto rantautui jälleen Hakatanlahdelta, mutta japanilaiset onnistuivat estämään sen etenemisen useiden viikkojen ajaksi. Toisen laivaston saapuessa taifuuni nousi jälleen ja tuhosi lähes koko hyökkäävän laivaston. Myrskyjä alettiin myöhemmin kutsua nimellä kamikaze ().
Hyökkäyksen uhka ei kuitenkaan väistynyt. Jatkuva valmistautuminen sotaan söi pahasti hallituksen taloudellisia resursseja ja heikensi sen vakautta. Maataloustuotanto laski erityisesti Kyūshūlla, ja hallitus oli kyvytön korvaamaan vasalliensa kokemia menetyksiä. Hallitsemattomien talousmuutosten sekä Hōjō-klaanin ja kilpailevien sotilaskuvernöörien välisten kiistojen vuoksi bakufu alkoi huojua. Sen heikkous antoi Kioton hoville uuden tilaisuuden tavoitella menettämäänsä valtaa takaisin, mutta hovi oli kuitenkin jakautunut kahteen toistensa kanssa kilpailevaan linjaan. Vuonna 1318 nuoremmasta haarasta keisariksi nousi Go-Daigo.
Vuonna 1331 bakufu karkotti keisari Go-Daigon Okisaarille Japaninmerelle. Kioton alueen paikalliset johtajat kokosivat kuitenkin munkkien tukemina armeijan vastustamaan bakufua, ja Go-Daigo palasi vuonna 1333 aloittamaan uutta vallankaappausta. Sotilashallitus kaatui Hōjō-klaanin tyytymättömien vasallien, Ashikaga Takaujin ja Nitta Yoshisadan tuella, ja Go-Daigo otti nyt tehtäväkseen keisarillisen vallan palauttamisen niin kutsutussa Kemmu-restauraatiossa. Monet keisarin entiset liittolaiset eivät kuitenkaan olleet tyytyväisiä hänen toimiinsa. Vuonna 1336 Takauji kääntyi Go-Daigoa vastaan ja kruunasi keisarin kilpailevasta vanhemmasta sukuhaarasta, jolloin Go-Daigo joutui pakenemaan seuraajineen etelään Naran lähelle, jonne hän pystytti kilpailevan hovin. Seuraavaa 60 vuotta on kutsuttu Nanboku-chō-kaudeksi, eteläisen ja pohjoisen hovin kaudeksi. Se päättyi vasta vuonna 1392 vallanperimyksen jäädessä pohjoiselle hoville.
Muromachi-kausi on saanut nimensä Kioton Muromachin kaupunginosasta, jonne Ashikaga Takaujin perustama uusi shōgunaatti siirrettiin vuonna 1378. Uusi bakufu peri edeltäjänsä rakenteen lähes sellaisenaan. Keskeisin ero oli shugojen eli ”konstaapelien” rooli Ashikagojen hallinnossa: monet shugot saivat huomattavan paljon valtaa hallitsemissaan provinsseissa, ja bakufu rakentuikin käytännössä Ashikaga-shōgunien ja suurimpien shugo-sukujen herkän tasapainon varaan. Uusi hallinto oli kuitenkin huomattavasti edeltäjäänsä heikompi, ja se alkoi menettää vähäistäkin valtaansa shugojen voimistumisen sekä lukuisten samuraiden ja maanviljelijöiden aloittamien kapinoiden myötä. Muromachi-kauden poliittiseen sekasortoon vaikutti myös keisarillisen hovin rappiotila: 1400-luvulla hovi oli köyhtynyt niin, että keisari Go-Tsuchimikadoa ei voitu haudata hautajaisvarojen puutteen vuoksi. Bakufu oli maan ainoa koossa pitävä voima.
Muromachi-kausi merkitsi lähes jatkuvaa sisällissotaa. Suurin osa kahakoista oli kuitenkin pienimuotoisia ja paikallisia, ja kauppa ja kulttuuri kehittyivät huomattavasti poliittisesta epätasapainosta huolimatta. Maataloustuotanto kasvoi, ja Heian-kauden maaorjat pääosin vapautuivat ja ryhtyivät pienviljelijöiksi. Viralliset kauppayhteydet Kiinaan solmittiin uudelleen, vaikka japanilaiset merirosvot (wakō) häiritsivätkin kiinalaisten kauppaa. Suhteet ulkomaihin olivat huomattavan vilkkaat, ja japanilaiset kauppiaat levittäytyivät aina Kaakkois-Aasiaan saakka, jonne syntyi japanilaisia kaupunkiyhteisöjä (nihonmachi). Sisäkaupan kehittymiselle ratkaisevaa oli liikennereittien paraneminen, ja uusia kaupunkeja syntyi satamiin ja muihin solmukohtiin.
Kauden uusi sotilaskulttuuri kehittyi erityisesti yhteydessä zen-buddhalaisuuteen. Kulttuurin kukoistukseen vaikutti keskeisesti shōgunien, esimerkiksi Ashikaga Yoshimitsun ja Yoshimasan, aktiivinen tuki. Kaudella kehittyi useita nykyäänkin arvostettuja japanilaisia kulttuuri-instituutioita, kuten ikebana, teeseremonia, zen-puutarhataide ja kukoistanut nō-teatteri sekä sen välissä esitettävät humoristiset kyōgen-näytelmät. Tee oli ollut suosittu juoma jo Kamakura-kaudella, mutta zenin kautta se sai uudenlaisen henkisen merkityksen teeseremonian kautta. Kaupunkien kauppiaiden ja käsityöläisten vaurastuessa uudet taidemuodot levisivät myös tavallisen kansan keskuuteen. Kirjallisuudessa suosituksi tuli renga-ketjurunous, mutta myös esimerkiksi rakkaudesta ja seksistä kertovat kouta-laulut yleistyivät. Sadut saivat suosiota niin yläluokan kuin tavallisenkin kansan lasten keskuudessa. Maalaustaide sai myös vaikutteita zenistä: yksivärinen suiboku-mustemaalaus tuotiin Kiinasta Japaniin. Yksi merkittävimmistä japanilaisista maalaustaiteen koulukunnista, Kanō-koulukunta, sai alkunsa Muromachi-kaudella.
Vuonna 1467 syttyi Ōnin-sota, valtaannousukiistasta ja taloudellisista vaikeuksista alkanut sisällissota. Aluksi taistelut rajoittuivat Kiotoon ja sen ympäristöön, jossa tuhot olivat vakavia. Itse sota päättyi vuonna 1477 ilman minkäänlaista ratkaisua, mutta taistelut jatkuivat yhä pääkaupungissa ja levisivät nyt myös muualle Japaniin. Ōnin-sodasta alkanutta sadan vuoden sotaista kautta on kutsuttu Sengoku-kaudeksi, sotivien valtioiden kaudeksi. Paikallisten johtajien valta kasvoi huomattavasti. Taistelujen aiheuttamien maaseutukapinoiden yhteydessä monet niiden samuraijohtajista nousivat lääninherroiksi haastaen paikalliset shugot. Aiemmat shugot hävisivätkin lähes kokonaan uusien lääninherrojen, daimioiden, otettua heidän paikkansa. Bakufun poliittinen valta supistui olemattomiin ja siirtyi käytännössä Hosokawa-klaanille. 1500-luvun ensimmäisellä puoliskolla daimioiden hallitsemat provinssit olivatkin käytännössä täysin irti shōgunin hallinnasta.
Ensimmäiset eurooppalaiset, Kyūshūn eteläpuolen Tanegashimalle haaksirikkoutuneet portugalilaiset, saapuivat sisällissotaa käyvään Japaniin vuonna 1543. Heidät otettiin hyvin vastaan, ja heidän tuomansa musketit, joista valmistettiin kopioita, mullistivat nopeasti sodankäynnin Japanissa. Vähitellen säännöllinen kauppa Japanista Portugaliin alkoi kehittyä. Portugalilaisilta karakeilta, joita japanilaiset kutsuivat ”mustiksi laivoiksi” (kurofune), kesti kaksi tai kolme vuotta päästä Portugalista Japaniin.
Ensimmäinen jesuiittalähetyssaarnaaja, Francisco Xavier, saapui Kagoshimaan vuonna 1549. Xavier viipyi maassa vain kahden vuoden ajan, mutta hänen jälkeensä jesuiittoja saapui maahan jatkuvasti. Jesuiitat kohtasivat useita vaikeuksia: buddhalaisuuden tuomitseminen idolatriaksi raivostutti buddhalaiset munkit, šintolaisten kamien hyljeksintä oli ristiriidassa buddhalaisen suvaitsevaisen suhtautumisen kanssa ja samurait, joilla oli sekä hetero- että homoseksuaalisia suhteita, suuttuivat jesuiittojen hyökkäyksistä homoseksuaalisuutta vastaan. Lähetyssaarnaajat käyttivät kauppaa apunaan kristinuskon levittämisessä: ulkomaankaupasta ja uudesta aseteknologiasta hyötyvät daimiot suhtautuivatkin uskontoon myönteisesti, ja jotkut heistä myös kääntyivät kristityiksi. Kristinusko houkutti myös maalaisväestöä, osittain jesuiittojen harjoittaman sosiaalisen työn vuoksi. Vuonna 1582 Alessandro Valignano raportoikin Japanissa olevan jo noin 150 000 kristittyä ja 200 kirkkoa.
1500-luvun lopulla kolmen daimion, Oda Nobunagan, Toyotomi Hideyoshin ja Tokugawa Ieyasun toimet johtivat Japanin asteittaiseen jälleenyhdistymiseen. Erään vertauskuvan mukaan Nobunaga louhi uuden Japanin kivet, Hideyoshi hioi ne ja Ieyasu asetti ne paikalleen. Pääosin Nobunagan ja Hideyoshin valtakautta vuosina 1573–1600 tai 1603 kutsutaan Azuchi-Momoyama-kaudeksi daimioiden hallintolinnojen, Azuchin linnan ja Momoyaman linnan mukaan.
Sengoku-kauden daimioiden välisissä taisteluissa vaikutusvaltaiseksi nousi vähitellen Oda Nobunaga. Hän oli rohkea, joskin huomattavan julma opportunisti ja ensimmäinen menestyksekkäästi eurooppalaisten tuomia tuliaseita taisteluissa käyttänyt daimio. Vuonna 1573 hän syöksi vallasta shōgunin ja auttoi valtaan viimeisen Ashikaga-hallitsijan Yoshiakin. Tämä yritti kuitenkin olla muutakin kuin pelkkä nukkehallitsija, jolloin Nobunaga syöksi hänet vallasta ja Ashikaga-shōgunaatin aika päättyi. Osoitus Nobunagan armottomuudesta on häntä vastustaneen kolmen tuhannen Hieivuoren munkin joukkomurha vuonna 1571. Nobunagan kohtaloksi koituivat hänet oma kapinoiva kenraalinsa Akechi Mitsuhide vuonna 1582. Kun Nobunaga oli matkalla maan länsiosaan kukistamaan puhjenneita levottomuuksia, hän pysähtyi Kiotossa Honnō-jin temppeliin, missä hän joutui Mitsuhiden joukkojen saartamaksi. Kamppailun jälkeen Nobunaga päätti päivänsä tekemällä itsemurhan viiltämällä vatsansa auki. Nobunaga ei ehtinyt saavuttaa tavoitettaan yhtenäisestä Japanista.
Nobunagan tehtävää jatkoi yksi hänen voimakkaimmista komentajistaan, Toyotomi Hideyoshi. Hän voitti nopeasti useita kilpailijoitaan. Vuonna 1587 hän keräsi valtavan 200 000 hengen armeijan kapinoivaa Satsuman aluetta vastaan Kyūshūlla ja palasi voitokkaana Kiotoon, jossa muut feodaaliherrat vannoivat uskollisuuttaan Hideyoshille ja keisarille. Kolme vuotta myöhemmin hän oli saanut koko Japanin hallintaansa. Hideyoshin politiikan keskiössä oli kansan sitominen yhteiskuntaluokkiinsa, missä tärkeintä oli sotilaiden ja maanviljelijöiden tiukka erottaminen toisistaan. Tehtävässä auttoivat laaja maaselvitys, väestönlaskenta ja talonpoikien riisuminen aseista niin sanotussa ”miekkajahdissa” vuonna 1588. Aikaisemmat Sengoku-kauden tasa-arvoiset liittoumat daimioiden välillä korvautuivat selkeämmällä feodaalisella hallitsija-vasalli-suhteella.
Hideyoshin feodaalihallinnolla ei kuitenkaan ollut riittävästi maata hallussaan Japanin lopulliseksi yhdistämiseksi. Hallinnon sisäiset ongelmat ja Hideyoshin suuruudenhulluus ajoivat hänet tavoittelemaan Kiinan valtausta, jonka hän aloitti hyökkäämällä Koreaan vuonna 1592. Valtaus sujui aluksi hyvin, ja japanilaiset etenivät Pjongjangiin asti vallattuaan Soulin jo samana vuonna, mutta korealaisten vastarinta pakotti joukot asteittain vetäytymään. Vuonna 1597 Hideyoshi aloitti 100 000 miehen voimin uuden hyökkäyksen. Hän kuitenkin kuoli seuraavana vuonna, joten uusikin hyökkäys epäonnistui. Vallan sai käsiinsä maan voimakkaimmaksi daimioksi noussut Tokugawa Ieyasu. Hideyoshin invaasiot olivat Japanin laajentumisen kannalta hyödyttömiä ja aiheuttivat maiden välille pysyvän vihamielisyyden. Paradoksaalisesti ne toivat Japaniin lukuisia korealaisia käsityöläisiä, joilla oli huomattava vaikutus erityisesti japanilaiseen keramiikkaan.
Azuchi-Momoyama-kausi muistetaan erityisesti linnojen aikakautena. Nobunaga ja Hideyoshi korostivat saavutuksiaan mahtavilla hallintopalatseillaan, jotka tunnetaan erityisesti loisteliaista fusuma-ovista ja Kanō-koulukunnan suurista ja rikasvärisistä seinämaalauksista. Ne muodostavat vastakohdan Muromachi-kauden maalaustaiteen yksivärisyydelle. Myös teeseremonia eli kultakauttaan mestari Sen no Rikyūn johdolla.
Nanban-kauppa länsimaihin ja kristinuskon leviäminen jatkuivat Azuchi-Momoyama-kaudella. Runsaimmillaan 1600-luvun alussa Japanin noin 20–25 miljoonan hengen suuruisesta väestöstä yli puoli miljoonaa oli kristittyjä, suhteessa enemmän kuin nykyään. Nobunaga suosi kristinuskoa taistellessaan buddhalaisia munkkeja vastaan, ja myös Hideyoshi suhtautui aluksi kristittyihin myönteisesti. Hän kuitenkin muutti linjaansa ja antoi ensimmäiset kristinuskoa vastustavat säädökset vuonna 1587. Kymmenen vuotta myöhemmin hän teloitutti 26 fransiskaania ja kristittyä japanilaista, mutta varsinaiset sortotoimet alkoivat kuitenkin vasta myöhemmin 1600-luvulla. Kun katolilaisiin nyrpeästi suhtautuneet hollantilaiset ja britit aloittivat kaupan Japaniin 1600-luvun alussa, japanilaisten ei enää tarvinnut pelätä kaupan katkeamista uskonnollisista syistä.
Hideyoshin kuoleman jälkeen Ieyasu ja häntä vastustavat daimiot ottivat yhteen Sekigaharan taistelussa vuonna 1600. Ehkä Japanin merkittävimmän sisäisen taistelun voittajaksi nousi Ieyasu, joka perusti vuonna 1603 uuden bakufun Edoon, nykyiseen Tokioon. Otettuaan shōgunin arvonimen hän syöksi vallasta tai siirsi uusille alueille lukuisia häntä vastustaneita daimioita, joiden maat takavarikoitiin Tokugawa-suvulle. Lopullisesti Tokugawa-shōgunaatin vastustajat kukistuivat vuonna 1615, kun Ieyasu voitti Osakan linnan piirityksessä Hideyoshin pojan Hideyorin. Shōgunin asemasta hän luopui poikansa hyväksi jo vuonna 1605, mutta piti kuitenkin vallan käsissään kuolemaansa saakka vuonna 1616.
Ieyasun seuraajien aikana uusi hallintojärjestelmä sai lopullisen muotonsa. Tärkeimmät kaupungit ja kaivokset otettiin bakufun suoraan hallintaan. Daimioiden uskollisuus varmistettiin paitsi tehokkaalla tiedustelutoiminnalla myös niin kutsutulla sankin kōtai -järjestelmällä, jossa daimiot velvoitettiin asumaan kausittain Edossa heidän vaimojensa ja lapsiensa jäädessä kaupunkiin pysyvästi panttivangeiksi. Daimioiden täytyi myös avustaa julkisissa rakennushankkeissa. Matkat Edoon, runsaat lahjat shōgunille ja rakennustyö varmistivat, että daimiot eivät rikastuisi liikaa. Myös maatalousväestön hallintaa tehostettiin. Talonpoikia kiellettiin vaihtamasta ammattiaan tai myymästä maataan, ja kylien asukkaita vaadittiin muodostamaan yhteisvastuullisia gonin-gumi-ryhmiä ().
Ieyasu suhtautui aluksi kristittyihin myöntyväisesti, ja rohkaisi kauppaa eurooppalaisten kanssa voittojen toivossa. Japanilaiset ymmärsivät nyt kuitenkin voivansa jatkaa ulkomaankauppaa ilman portugalilaisten monopoliakin. Alankomaalaiset ja britit ruokkivat japanilaisten epäilyjä katolilaisten valloituspyrkimyksistä – Ieyasu pelkäsi myös kristittyjen tukevan Toyotomi Hideyoria ennen tämän kukistumista Osakassa. Ensimmäiset kristinuskon kieltävät lait annettiin vuosina 1612 ja 1614, ja seuraavan kahden vuosikymmenen aikana vainot kristittyjä kohtaan asteittain lisääntyivät. Vuonna 1630 kiellettiin kaikki kristinuskoon viittaava kirjallisuus. Tokugawa Iemitsun aikana japanilaisia kiellettiin matkustamasta ulkomaille kuolemanrangaistuksen uhalla, ja kaikkien kansalaisten vaadittiin rekisteröityvän buddhalaisiin temppeleihin. Lopulta vuonna 1637 veroja ja sortotoimia vastustavat talonpojat ja kristityt nousivat paikallista daimiotaan vastaan Shimabaran kapinassa. Viiden kuukauden vastarinnan jälkeen bakufu murskasi kapinan julmasti pommituksiin liittyneen alankomaalaisen laivan avustuksella. Japanin ulkomaailmasta eristäneet sakoku-lait valmistuivat vuonna 1639, kun portugalilaisten laivojen pääsy maahan kiellettiin.
Muutamassa vuosikymmenessä Sengoku-kauden halu laajentua ulkomaille oli vaihtunut lähes täydelliseen eristäytymiseen. Vuoden 1639 jälkeen ulkomaankauppa sallittiin vain kiinalaisille ja alankomaisille, joiden toiminta rajoitettiin keinotekoiselle Dejiman saarelle Nagasakissa. Toisaalta eristäytyminen mahdollisti omaperäisen kulttuurin kehittymisen ja 250 vuotta kestäneen rauhan kauden, toisaalta se taas loi sisäänpäin kääntyneen ja jäykän, vanhanaikaisen feodaalihallinnon. Eristäytyminenkin oli kuitenkin suhteellista: ulkomaiset vaikutteet siivilöityivät Japaniin hollantilaisten kautta, lähikauppa korealaisten ja ryūkyūlaisten kanssa jatkui ja esimerkiksi 1600-luvulla Japani oli maailman suurin hopean viejä. Myös kristinuskon harjoittaminen jatkui piilossa pienissä yhteisöissä yli 200 vuoden ajan, kunnes ne tulivat julkisuuteen 1860-luvulla.
1600-luvun loppupuoleen mennessä Edo-kauden bakuhan-järjestelmä (yhdyssana bakufusta ja daimion hallitsemasta alueesta, hanista) oli vakiintunut. Japanilainen yhteiskunta jaettiin tiukasti neljään luokkaan, samuraihin, maanviljelijöihin, käsityöläisiin ja kauppiaisiin. Luokkien ulkopuolelle jäivät lisäksi etat, jotka suorittivat ”epäpuhtaina” pidettyjä töitä, hininit eli ”ei-ihmiset”, jotka olivat pakkotöitä tekeviä kerjäläisiä mutta myös esimerkiksi näyttelijöitä, ja joitakin pieniä ryhmiä, kuten lääkärit ja hoviväki. Liike luokkien välillä oli vähäistä. Jyrkin ero oli samuraiden, jotka muodostivat noin seitsemän prosenttia väestöstä, ja muiden luokkien välillä. Pitkällä rauhankaudella samurailla ei ollut todellista tehtävää: luokka alkoi kiinnittää yhä enemmän huomiota itseensä ja menneisyyteensä, ja kehittyi myyttinen käyttäytymisihanne, bushidō. Samuraiden keskuudessa naisten asema oli kaikista huonoin, ja patriarkaalisen yhteiskunnan vahvistuessa se yleisestikin huononi Edo-kaudella. Isännättömät ja työttömät samurait, rōninit, muodostivat sosiaalisen ongelman koko Edo-kauden ajan.
Virallisen ideologiansa bakufu sai kiinalaisesta Zhū Xīn kehittämästä uuskungfutselaisuudesta. Järjestystä ja uskollisuutta painottanut, konservatiivinen ideologia sopi täydellisesti feodaalihallinnon tarpeisiin – toisin kuin esimerkiksi pikemminkin tuonpuoleisesta huolehtinut buddhalaisuus. Tästä huolimatta ideologia sai myös kritiikkiä osakseen, ja maahan syntyi erilaisia tulkintoja kungfutselaisista opeista. Edo-kauden lopulla painotettiin aiempaa enemmän kungfutselaisuuden ja šintolaisuuden synteesiä, mikä johti shōgunien näkemiseen keisarillisen vallan anastajina. Synteesi sai myös aikaan kiinnostuksen klassiseen japanilaiseen kulttuuriin, jonka tutkimusta alettiin nimittää kokugakuksi, kansalliseksi opiksi. Koulutus perustui Edo-kaudella erityisesti kungfutselaisuuteen, jonka opit iskostuivat kaikkien yhteiskuntaluokkien ajatteluun. Tietoisuus itsestä ja ympäröivästä todellisuudesta lisääntyi kauden aikana huomattavasti: kauden lopussa noin 15 prosenttia naisista ja 40–50 prosenttia miehistä osasi lukea. Koulutuksen leviämistä tavallisen kansan keskuuteen auttoivat temppelikoulut (terakoya).
Bakufun luoma rauhantila sai 1600-luvulla aikaan talouskasvua, jonka keskeisin tekijä oli maan yhdistyminen yhdeksi talousalueeksi. Kauppa lisääntyi ja johti laajamittaiseen kaupungistumiseen. Kaupan ja talouden kasvua auttoi myös liikenneyhteyksien paraneminen, jota siivittivät daimioiden yritykset ja sankin kōtai -järjestelmän lisäämä liikkuvuus. Myös maatalousväestön elintaso vähitellen nousi. Kauppiasluokka, joka oli määritelty yhteiskunnan alimmaksi luokaksi, vaurastui nyt huomattavasti. 1700-luvun alussa Edossa oli sotilaat mukaan luettuna yli miljoona asukasta, joten se kuului maailman suurimpiin kaupunkeihin. Seuraavaksi suurimmat kaupungit olivat uskonto- ja kulttuurikeskus Kioto noin 400 000 asukkaallaan ja hieman pienempi kauppakaupunki Osaka.
1700-luvulla bakuhan-järjestelmä alkoi osoittaa heikkenemisen merkkejä. Japanin talouden ytimen muodosti edelleen maatalous, josta valtio sai pääosan verotuloistaan. Kaupungistumisen vuoksi sen tuottavuutta piti jatkuvasti kasvattaa. Japani oli täysin riippuvainen maassa kasvatetusta riisistä, jonka hinta saattoi vaihdella huomattavasti. Joskus sadon epäonnistuessa hinta kohosi niin korkeaksi, että seurauksena oli nälänhätä. Kiinteillä tuloilla elävä sotilasluokka köyhtyi. Rahatalouden levitessä maaseudulle tuloerot kasvoivat, ja ennen pitkää maaseudun epäkohdat johtivat jatkuviin levottomuuksiin. Edo-kauden jälkipuoliskolla järjestelmää yritettiinkin uudistaa useita kertoja: ensimmäiseksi Kyōhō-uudistuksissa 1700-luvun alkupuoliskolla, Kansei-uudistuksissa 1700-luvun lopulla ja viimeiseksi Tenpō-uudistuksissa 1830-luvulla. Osa uudistuksista helpotti maan taloustilannetta väliaikaisesti, mutta 1800-luvulle tultaessa kävi selväksi, ettei jäykällä feodaalihallinnolla ollut enää kykyä vastata Japanin monimutkaistuviin yhteiskunnallisiin ja taloudellisiin ongelmiin. 1700-luvun lopulta lähtien myös ulkomaiden aiheuttama uhka maan eristäytymiselle alkoi muodostaa bakufulle ongelman.
Sulkeutunut Edo-kausi ei merkinnyt taantumusta kulttuurissa, vaan pikemminkin ennennäkemätöntä kukoistusta. Kaupunkiväestö (chōnin) muodosti ensimmäistä kertaa suuren, erillisen väestöryhmän, jolla oli talouskasvun ja rauhan myötä enemmän aikaa nauttia taiteista ja kirjallisuudesta. He nousivat maan kulttuurin suojelijoiksi ja olivat Japanin avautumisen jälkeisen talouden ydinryhmän edeltäjiä. Edo-kaudella monet hovin ja sotilasluokan tavat vakiintuivat ja levisivät tavallisenkin kansan keskuuteen. Ruoka-, puku- ja asumiskulttuuri standardisoituivat. Nyt Japani kykeni myös ensimmäistä kertaa omaksumaan kokonaisuudessaan kiinalaisen oppineisuuden, johon voitiin jo suhtautua kriittisesti ja innovatiivisesti.
Kasvavan kaupunkiväestön tarpeisiin kehittyi Edo-kaudella kaksi uutta populaaria teatterimuotoa: kabuki-teatteri ja jōruri-balladeista syntynyt bunraku-nukketeatteri. Niiden menestys oli pitkälti näytelmäkirjailijoiden nerokkuuden ansiota. Heistä tunnetuimpiin kuului Chikamatsu Monzaemon, joka vaikutti Kiotossa ja Osakassa 1600- ja 1700-luvuilla.
1600-luvulla kirjat yleistyivät painotekniikan kehittyessä, ja pääosin kana-tavumerkkejä käyttäviä teoksia alettiin julkaista runsaasti. Ajan tunnetuimpiin romaanikirjailijoihin lukeutuu Ihara Saikaku, joka kirjoitti kauppiaselämästä, erotiikasta ja samuraista. Hänen teoksensa saavuttivat valtaisan suosion. 1700-luvulta muistetaan erityisesti Ueda Akinarin vuonna 1776 julkaistu teos "Ugetsu monogatari", joka käsittelee pääosin yliluonnollisia ilmiöitä. Myöhemmin fiktio jakautui useisiin eri lajityyppeihin, joita nimitetään yhteisesti termillä gesaku (). Runoudessa renga-ketjurunoista kehittyivät vinjettimäinen, vuodenaikoja kuvaileva haiku ja sen humoristinen vastine senryū. Haikun mestari ja kehittäjä oli 1600-luvulla elänyt Matsuo Bashō, johon vaikutti erityisesti zen-buddhalaisuus.
Taiteen kannalta Edo-kausi oli kaikkien aikojen tuotteliain. Sotilasaristokratia tuki taiteen kehittymistä, ja kaupunkilaisten vaikutus synnytti uusia taidemuotoja. Niistä huomattavin oli puupiirros, ukiyo-e, joka etenkin monille länsimaalaisille on synonyymi Japanin taiteen kanssa ja jolla oli huomattava vaikutus impressionisteihin. Myöhäisen Edo-kauden huomattavimpiin puupiirrostaiteilijoihin kuuluivat Katsushika Hokusai ja Utagawa Hiroshige. Kuvataiteen lisäksi Edo-kausi merkitsi myös muun muassa keramiikan, lakkatyön, metallinkäsittelyn, silkin tuotannon, teeseremonian ja bonsaitaiteen huomattavaa kehittymistä ja kypsymistä.
Eristäytymisestä huolimatta tieto länsimaista ja niiden kulttuurista ei hävinnyt, ja jotkut japanilaiset olivat jo varhain kiinnostuneita länsimaisesta tieteestä. Kirjojen maahantuontia höllennettiin ensimmäisen kerran vuonna 1720, mikä johti vähitellen hollantilaisen opin eli rangakun syntymiseen 1700-luvun loppupuolella. Ensimmäinen hollannista käännetty teos "Kaitai shinsho" eli ”uusi kirja anatomiasta” ilmestyi vuonna 1774. Rangaku-liike keskittyikin erityisesti lääketieteeseen, mutta myöhemmin myös esimerkiksi tähtitieteeseen, kemiaan ja fysiikkaan. Länsimaisen tieteen opettamiseksi perustettiin yksityisiä akatemioita, joissa saattoi olla satoja opiskelijoita kerrallaan. Vuonna 1811 bakufu perustikin oman toimiston länsimaisten kirjojen kääntämiseksi ja tutkimiseksi. Kun yhteiskunnallinen tila muuttui epävakaammaksi 1800-luvulla, monet rangaku-oppineet alkoivat kuitenkin kritisoida maan eristäytymispolitiikkaa ja joutuivat vainotuiksi. Vaikka he muodostivat vain pienen osan Japanin älymystöstä, heillä oli merkittävä rooli maan pitämisessä ajan tasalla ulkomaailman tapahtumista.
Venäjän painostus Japania kohtaan oli lisääntynyt pohjoisessa jo 1800-luvun alussa, ja seuraavina vuosikymmeninä bakufu oli kyvytön soveltamaan johdonmukaista politiikkaa sakoku-eristäytymistä rikkoviin länsimaisiin aluksiin. Kriisintunnetta lisäsi brittien kiinalaisia vastaan 1840-luvun alussa käymä oopiumisota. Monet nuoret ja kunnianhimoiset samurait ymmärsivät muutoksen tarpeen ja vaativat bakufun kaatamista ja keisarinvallan palauttamista. Filosofiansa he saivat uuskungfutselaisuudesta ja Japanin ainutlaatuisuutta korostavilta šintolais-nationalistisilta kokugaku-oppineilta, etenkin Miton koulukunnalta. Heidän tunnuslauseekseen muodostui "sonnō jōi", ”kunnioittakaa keisaria ja karkottakaa barbaarit”. Ideologian merkittävimpiä edistäjiä oli Chōshūn hanin samurai Yoshida Shōin, joka teloitettiin bakufun vastaisesta toiminnasta vuonna 1859.
1840-luvulla länsivaltojen painostus lisääntyi. Yhdysvaltojen kiinnostus Tyynenmeren kauppaan oli maan länsirannikon asuttamisen myötä kasvanut, ja teollistuneet eurooppalaiset suurvallat etsivät uusia kohteita tuotteilleen. Länsivallat eivät enää hyväksyneet Japanin kieltäytymistä kansainvälisestä kaupasta. Vuonna 1853 Yhdysvaltain laivaston kommodori Matthew Perry saapui Uraganlahdelle vaatimaan kauppasuhteiden avaamista. Seuraavana vuonna hän palasi kahdeksan laivan voimin allekirjoittamaan Kanagawan sopimuksen, jossa Shimodan ja Hakodaten satamat avattiin kaupalle. Sitä seurasivat samantyyppiset sopimukset Yhdistyneen kuningaskunnan, Venäjän ja Alankomaiden kanssa. Ne eivät kuitenkaan tyydyttäneet Itä-Aasiassa toimivia kauppiaita, joten uusi Harrisin sopimus Japanin ja Yhdysvaltain välillä solmittiin vuonna 1858 ja sopimukset muiden länsivaltojen kanssa vielä samana vuonna. Näissä ”epätasa-arvoisissa sopimuksissa” ulkomaalaiset vapautettiin Japanin lainsäädännöstä ja uusia satamia avattiin liikenteelle. Voimankäytön uhka Japania kohtaan oli jatkuvasti läsnä.
Bakufun neuvonantaja (tairō) Ii Naosuke halusi restauroida sotilashallintoa avaamalla ja vahvistamalla maata asteittain. Hänet kuitenkin surmattiin keväällä 1860, ja hänen kuolemaansa seurasivat aktivistisamuraiden ulkomaalaisia kohtaan tekemät väkivaltaisuudet. Bakufun vastustajien keskeiseksi välineeksi nousi nyt keisarillinen hovi, ja sotilashallintoa painostettiin toimintaan ulkomaalaisia vastaan. Opposition johtajina toimivat Chōshūn ja Satsuman hanit. Chōshūn alueen joukot pommittivat ulkomaalaisia laivoja Shimonosekin salmessa vuonna 1863, mutta seuraavana vuonna länsivaltojen yhteishyökkäys pakotti Chōshūn daimion avaamaan salmen uudelleen. Bakufu yritti saada Chōshūn hallintaansa, mutta Chōshūn ja Satsuman liiton myötä vuonna 1866 sen joukot kukistettiin. Samana vuonna valtaan noussut viimeinen shōgun Tokugawa Yoshinobu erosi vuonna 1867 välttääkseen avoimen yhteenoton daimioiden kanssa. Aktivistisamurait vastustivat kuitenkin Yoshinobun jatkamista valtion hallinnossa ja halusivat riistää Tokugawoilta heidän läänityksensä. Vuoden 1868 Boshin-sodassa Satsuman, Chōshūn ja Tosan joukot, jotka olivat nyt ryhmittyneet juuri valtaan nousseen nuoren keisari Meijin keisarilliseksi armeijaksi, voittivat shōgunin tukijat. Samana vuonna keisari ja pääkaupunki siirrettiin Edoon, joka nimettiin Tokioksi, itäiseksi pääkaupungiksi. Ulkovallat tunnustivat nopeasti uuden hallinnon.
Keisarinvallan palauttamista vuonna 1868 kutsutaan yleisesti Meiji-restauraatioksi. Se aloitti usean vuosikymmenen kestäneen voimakkaan länsimaistumisen kauden, jonka aikana länsimaista kulttuuria ja teknologiaa omaksuttiin tietoisesti, jotta Japani kykenisi vastaamaan länsimaiden sille asettamaan haasteeseen. 1890-luvulle mennessä maa oli käynyt läpi valtavan sosiaalisen ja poliittisen vallankumouksen ja noussut suurelta osin tasa-arvoiseksi länsimaiden kanssa.
Boshin-sodan jälkeen uudistusten tarpeesta oltiin yksimielisiä, mutta niiden tahti ja laajuus jakoivat konservatiiveja ja reformisteja. Uuden hallinnon johtoon nousivat erityisesti Satsuman ja Chōshūn samurait. Heidän tärkeimpinä tavoitteinaan oli uudistaa Japanille häpeälliset epätasa-arvoiset sopimukset ja muodostaa vahva, yhtenäinen valtio, joka voisi haastaa länsivallat sotilaallisesti ja teknologisesti. Koska välitöntä ”barbaarien karkottamista” ei kyetty saavuttamaan, uudeksi tunnuslauseeksi omaksuttiin "fukoku kyōhei", "rikas valtio ja vahva armeija". Keisari Meiji toimi käytännössä keulakuvana, kansan symbolisena johtajana, joka tyytyi pitkälti symboliseen asemaansa. Hänen yhteistyönsä oli kuitenkin välttämätöntä uuden hallinnon onnistumiselle. Ulkomailla vierailleet japanilaislähetystöt vahvistivat käsitystä modernisoitumisen tarpeesta.
Sosiaaliset uudistukset aloitettiin feodalismin hajottamisella. Vuonna 1871 daimiot kutsuttiin kuulemaan Tokioon läänitystensä virallisesta lakkauttamisesta, ja kaikki maa otettiin keisarin haltuun. Entisten läänitysten ja provinssien tilalle perustettiin prefektuurijärjestelmä. Suurimpiin häviäjiin kuuluivat samurait, joiden elintaso heikkeni rajusti. Vuonna 1873 aloitettu yleinen asevelvollisuus heikensi edelleen samuraiden asemaa, ja monet heistä siirtyivät muihin töihin, esimerkiksi poliiseiksi, virkamiehiksi tai liike-elämän palvelukseen. Toisena keskeisenä uudistustoimena nähtiin maan teollistuminen. Koska yksityistä pääomaa ei juuri ollut, teollisuuden kehittäminen oli pääosin valtion käsissä. Taloudessa Meiji-kauden alkupuolta hallitsikin valtiokapitalismi. Vuodesta 1880 lähtien teollisuutta yksityistettiin edullisesti, ja teollisuuslaitokset ajautuivat Mitsuin ja Mitsubishin kaltaisten ryhmien käsiin, jotka myöhemmin kehittyivät zaibatsu-konglomeraateiksi. Politiikan ja talouden entisestikin läheinen suhde vahvistui.
Länsimaisen teknologian omaksuminen vaati koulutettua työvoimaa, mutta koulutusta tarvittiin myös kansallisen yhtenäisyyden ja identiteetin luomiseen. Yleinen, keskitetty koulutusjärjestelmä otettiin käyttöön vuonna 1872. Aluksi koulutus noudatti länsimaisia liberalistisia piirteitä, mutta 1880-luvulla ylenmääräisen länsimaistumisen vastustamiseksi koulutuksen merkittäviksi piirteiksi muodostuivat nationalistinen moraalikasvatus ja keisari-instituution kunnioituksen lisääminen. Yhtenäisyyttä oli aluksi haluttu luoda kohottamalla šintolaisuus valtionuskonnoksi, mutta länsimaiden ja buddhalaisten kielteisen suhtautumisen vuoksi koulutus alettiin nähdä parempana keinona yhtenäisyyden saavuttamiseksi. Uusien johtajien mieltymys šintolaisuuteen merkitsi negatiivista suhtautumista buddhalaiseen perinteeseen. Šintolaisuudesta luotiin kansallinen kultti, joka tuki keisarin jumalallista valtaa ja Japanin ainutlaatuista luonnetta (kokutai). Toisaalta yhteiskunnan muuttuessa materialistisemmaksi uskonnon merkitys yleisesti laski. Kristinuskon vaino jatkui Meiji-kauden alkuvuosina, kunnes se vastahakoisesti laillistettiin vuonna 1873. Uskonnonvapaus annettiin vuonna 1889.
Länsimaisten ideoiden levitessä maahan Meiji-oligarkia ymmärsi, ettei Japania voitaisi enää hallita pelkästään perinteisin autoritaarisin keinoin. Vuonna 1868 luotu ensimmäinen daimioiden ja samuraiden neuvosto ei toiminut. Demokraattisempaa, osallistuvaa järjestelmää vaativat toisaalta kyläpäälliköt ja toisaalta entiset, valtaansa takaisin haluavat samurait. Hallinto lupasi maahan perustuslain, jota laativaa komissiota johti Otto von Bismarckiin viehättynyt Itō Hirobumi. Hän näki Preussin keisarinvallan ja perustuslaillisten instituutioiden välisen tasapainon Japaniin sopivana, ja vuoden 1889 perustuslaki laadittiinkin pitkälti saksalaisen esimerkin mukaan. Tulevaa ylähuonetta varten luotiin eurooppalaistyylinen aatelisto. Samaan aikaan muodostettiin länsimaalaismuotoinen hallitus ministeriöineen vanhan dajōkanin tilalle. Uusi perustuslaki osoitettiin selkeästi keisarin lahjaksi kansalleen, ja hänelle varattiin laajat valtaoikeudet. Hallitus oli vastuussa keisarille, ei parlamentille. Epädemokraattisista piirteistään huolimatta uusi perustuslaki kuitenkin takasi paremman mahdollisuuden eriäville mielipiteille kuin aikaisemmin, ja kansalaisoikeudet ja -vapaudet olivat laajemmat kuin ennen. Perustuslain myötä Meiji-kauden vallankumouksellisin osa tuli päätökseensä.
Ulkomaalaisten ekstraterritoriaalisuusoikeudet kumottiin vuonna 1894 ensin brittien ja myöhemmin muiden länsivaltojen kanssa tehdyillä sopimuksilla. Maahan oli rakennettu suhteellisen hyvin varustettu armeija. Kiinnostus muuta Aasiaa kohtaan oli herännyt jo aiemmin: Ryūkyūsaaret liitettiin Japaniin vuonna 1879. Mitään selkeää suunnitelmaa lisäalueiden valloittamiselle Aasiassa ei ollut, mutta armeijan vaikutusvallan kasvaessa imperialistiset tavoitteet lisääntyivät. Äärinationalismia ruokkivat useat tekijät: Japanin johtajien halu päästä osalliseksi eurooppalaisen kolonialismin tuotoista, länsimaalaisten kuviteltu tai havaittu rasismi japanilaisia kohtaan, monien sotilasluokan jäsenten köyhän maanviljelijäalkuperän mukanaan tuoma ksenofobia ja suuryritysten riippuvaisuus sotamenestyksestä. Kansan tuki johtajien toimille saatiin koulutuksen ja median hallinnalla. 1930-luvulla syntynyt fasistinen järjestelmä poikkesi Saksan ja Italian järjestelmistä; Masao Maruyaman mukaan ”prosessissa oli pikemminkin kyse valtion sisäisen fasistisen rakenteen asteittaisesta kypsymisestä, minkä saivat aikaan olemassa olevat poliittiset puolueet, armeija ja byrokratia”.
Kiina piti Koreaa vasallivaltionaan ja oli huolestunut japanilaisten vaikutusvallasta alueella. Japanilaisten Taiwanille vuonna 1874 lähettämä retkikunta oli huonontanut suhteita Kiinaan. Sota maiden välille syttyi useiden 1880-luvulla Koreassa tapahtuneiden välikohtausten jälkeen lopulta vuonna 1894. Ensimmäisessä Kiinan–Japanin sodassa japanilaiset olivat ylivoimaisia sekä maalla että merellä, ja seuraavana vuonna solmitussa Shimonosekin rauhansopimuksessa Kiina joutui luovuttamaan Japanille Taiwanin, Pescadoressaaret sekä Liaodongin niemimaan ja tekemään useita taloudellisia myönnytyksiä. Ranska, Saksa ja Venäjä eivät hyväksyneet Japanin imperialistisia pyrkimyksiä, eivätkä ne halunneet vaikutusvaltaansa Kiinassa uhattavan ja pakottivat Japanin luovuttamaan Liaodongin niemen takaisin Kiinalle niin sanotussa kolmoisinterventiossa. Japanin täytyi nyt suhtautua varovaisemmin länsivaltojen pyrkimyksiä kohtaan. Sodan myötä armeijan vaikutus maan hallinnossa kasvoi huomattavasti.
Japani auttoi länsivaltoja Kiinan boksarikapinan kukistamisessa vuonna 1900, ja Yhdistynyt kuningaskunta ja Japani solmivat liittosopimuksen kaksi vuotta myöhemmin. Sopimuksen tarkoitus oli suojella Japanin ja brittien etuja kolmatta imperialistista suurvaltaa, Venäjää vastaan. Vielä laajempi, japanilaisten intressit Koreassa tunnustanut sopimus solmittiin vuonna 1905. Japani toivoi ensimmäisen liittosopimuksen auttavan Venäjän ja Japanin tavoitteiden sovittelussa Koillis-Aasiassa. Helmikuussa 1904 Japanin laivasto kuitenkin yllättäen hyökkäsi Venäjän aluksia vastaan Port Arthurissa Kiinan rannikolla – Venäjän–Japanin sodassa Japani sai ratkaisevan voiton Venäjän Itämeren-laivastosta Tōgō Heihachirōn johdolla Tsushiman meritaistelussa. Rauhansopimuksessa Venäjä tunnusti Japanin ylivallan Koreassa, sen taloudelliset intressit Etelä-Mantšuriassa ja luovutti Japanille Sahalinin eteläosan. Sota oli kuitenkin aiheuttanut Japanille suuret inhimilliset ja taloudelliset menetykset, ja chauvinistinen yleinen mielipide oli vahvasti sopimusta vastaan. Japani oli silti saavuttanut merkittävän voiton ja osoittanut ensimmäisen kerran aasialaisen valtion voivan kukistaa sodassa eurooppalaisen suurvallan.
Sodan jälkeen Japani sai vapaat kädet Korean valtaukseen. Korea liitettiin Japaniin virallisesti vuonna 1910, länsivaltojen hiljaisessa hyväksynnässä. Maahan sovellettiin siirtomaapolitiikkaa, jossa japanilaiset ottivat täydellisesti haltuunsa Korean taloudellisen ja poliittisen elämän. Useita tuhansia korealaisia kuoli miehitysjoukkojen käsiin jo ennen liitosta. Mantšuriassa Japani laajensi vaikutusvaltaansa erityisesti Etelä-Mantšurian rautatieyhtiön kautta, jota tukivat merkittäviin keskuksiin sijoitetut japanilaiset varuskunnat. Keisari Meijin kuollessa vuonna 1912 Japanista olikin tullut Aasian merkittävin suurvalta. Ensimmäiseen maailmansotaan Japani lähti laajentaakseen vaikutusvaltaansa Kiinassa. Se julisti sodan Saksalle elokuussa 1914 ja miehitti saksalaiset alueet Kiinassa ja pohjoisella Tyynellämerellä. Seuraavana vuonna se esitti Kiinalle niin kutsutut 21 vaatimusta, jotka olisivat käytännössä toteutuessaan tehneet Kiinasta Japanin vasallivaltion. Maailmansodan jälkeen Japanin Siperiaan jääneet, Venäjän sisällissodassa liittoutuneita tukeneet joukot herättivät lisähuolia Japanin laajentumisesta. Vuosina 1921–1922 pidetty Washingtonin konferenssi ja sen aikana solmitut sopimukset kuitenkin lievensivät jännitteitä Itä-Aasiassa tilapäisesti, ja Japani vetäytyi Siperiasta, Pohjois-Sahalinilta ja Kiinan Qīngdǎosta.
Vaikka Japanin parlamentti toimi näennäisesti eurooppalaisen parlamentin tavoin, maan poliittista elämää hallitsivat 1900-luvun vaihteessa pikemminkin puolueiden sisäiset ryhmittymät ja henkilökohtaiset lojaliteetit. Kiinan–Japanin sodan syttyminen yhtenäisti riitaista politiikkaa, eikä hallituksella enää ollut vaikeuksia lisätä esimerkiksi armeijan rahoitusta. Parlamentti ja kansa suhtautuivat ulkopolitiikkaan hallitusta chauvinistisemmin.
Japanin väkiluku kasvoi nopeasti, ja vuonna 1920 se oli noussut lähes 57 miljoonaan. Kasvuun vaikuttivat parantunut hygienia ja pienempi lapsikuolleisuus, mutta elintaso pysyi kaikesta huolimatta alhaisena erityisesti maaseudulla, jossa 72 prosenttia japanilaisista edelleen asui vuonna 1913. Riisin tuotanto yli kaksinkertaistui 1880-luvulta 1930-luvulle kasvavan väestön ruokkimiseksi. Teollisuuden merkitys kasvoi vähitellen: ensimmäiseen maailmansotaan mennessä tekstiiliteollisuus oli noussut maan merkittävimmäksi teollisuudenalaksi. Teollisuuden kasvua auttoivat halvan työvoiman saanti maaseudulta ja raskaassa teollisuudessa valtion omistamat pankit, joilta saatiin tarvittavaa pääomaa. Maailmansota merkitsi huomattavaa kasvua maan taloudelle, sillä japanilaisten tuotteiden kysyntä muualla Aasiassa lisääntyi. Talouskasvu aiheutti kuitenkin inflaatiota, joka johti työkiistoihin, vuoden 1918 riisimellakoihin ja lopulta lamaan vuonna 1920. Vaikeuksia pahensi Tokioon vuonna 1923 iskenyt suuri Kantōn maanjäristys, joka surmasi yli 100 000 henkeä.
1920-luku merkitsi silti uutta, kansainvälistä suuntautumista ja modernin massakulttuurin syntyä. Siihen vaikuttivat uudet viestimet, radio, äänilevyt ja elokuva, joiden kautta esimerkiksi länsimainen, erityisesti yhdysvaltalainen, musiikki ja muoti kasvattivat suosiotaan ja länsimaiset urheilulajit yleistyivät. Modernisoituminen tapahtui erityisesti suurissa kaupungeissa, kun taas maaseutu oli edelleen köyhää ja kehittymätöntä. Tokion uudelleenrakentaminen maanjäristyksen jälkeen moderniksi suurkaupungiksi oli uuden kaupunkiyhteiskunnan symboli. Politiikassa 1920-luvulla oli lyhyt puoluepolitiikan aikakausi, jota on kutsuttu ”Taishō-demokratiaksi”. Vuonna 1925 äänestysoikeutta laajennettiin yli 25-vuotiaille miehille, ja Katō Takaakin hallitus leikkasi byrokratiaa ja armeijan rahoitusta. Yhteiskunnalliset kysymykset, kuten työväenliike ja naisliike olivat esillä aiempaa enemmän. Valtio suhtautui sosialismiin äärimmäisen negatiivisesti, ja 1920-luvulla perustettu kommunistinen puolue joutui poliisin murskaamaksi.
Propagandassa kasvanut, aiempaa suurempi äänestäjäkunta kannatti kuitenkin innokkaasti militaristista laajentumispolitiikkaa, ja äärinationalistit kasvattivat vaikutusvaltaansa erityisesti 1920-luvun lopun maailmantalouden laman jälkeen. Parlamentin epäjärjestys ja heikkous vähensivät luottamusta edustukselliseen järjestelmään. Parlamentti ja Meiji-perustuslaki pysyivät toiminnassa koko militaristisen kauden ajan, mutta toisaalta perustuslaki oli niin epäselvä toimeenpanovallan suhteen, että puoluepolitiikan ajan pääministerit eivät juuri voineet muuta kuin ryhtyä yhteistyöhön demokratialle vihamielisten voimien kanssa. Uuden keskiluokan menestys oli riippunut kansainvälisen kaupan kasvusta, ja laman myötä syytökset epäonnistuneena ja korruptoituneena pidettyä, zaibatsujen hallitsemaa puoluepolitiikkaa kohtaan lisääntyivät. Jalansijaa sai käsitys uusista aluevalloituksista ratkaisuna Japanin taloudellisiin ongelmiin ja raaka-ainepulaan. Maan sotilasjohto oli tietoinen Japanin heikommasta asemasta verrattuna Itä-Aasiasta ja Tyynenmeren alueesta kiinnostuneisiin länsimaihin. Japani jäi kansainvälisesti yhä enemmän eristyksiin länsimaiden asetettua tuontitulleja edullisemmille japanilaisille tuotteille. Japanissa alettiin kokea Yhdysvallat ja Iso-Britannia vihamielisinä valtioina, mikä oli lopulta osasyynä japanilaisten hyökkäykseen Kaakkois-Aasiaan.
18. syyskuuta 1931 Mukdenin välikohtaus aloitti Japanin aggression Itä-Aasiassa. Japanin Guandong-armeija hyökkäsi äkillisesti Mukdenin kiinalaisvaruskuntaa vastaan ja miehitti pian Etelä-Mantšurian. Japanin hallitus oli kyvytön estämään itsenäisesti toiminutta armeijaa, joka perusti alueelle Mantšukuo-nukkevaltion. Joulukuussa 1931 pääministeriksi noussut, keisarillista interventiota yrittänyt Inukai Tsuyoshi surmattiin seuraavana vuonna, ja armeija ilmoitti, ettei se hyväksyisi enää puoluehallitusta. Kun Kansainliitto tuomitsi Japanin toimet, maa erosi liitosta vuonna 1933. Väkivaltaisuudet eivät kuitenkaan rajoittuneet Mantšuriaan: tammikuussa 1932 välikohtaus Shanghaissa johti raskaisiin taisteluihin ja pommituksiin. Vuonna 1934 japanilaiset asettivat Mantšukuon nukkehallitsijaksi Qing-dynastian viimeisen keisarin Pǔ Yín – todellisuudessa koko Mantšurian hallinto oli Guandong-armeijan käsissä.
Menestys Mantšuriassa rohkaisi äärinationalisteja. Maassa vaikutti useita äärioikeistolaisia järjestöjä, jotka vastustivat länsimaista vaikutusta sekä puoluepolitiikkaa ja kannattivat aggressiivisempaa laajentumista. Järjestöt onnistuivat terrorisoimaan vastustajiaan ja surmaamaan 1930-luvun alussa useita huomattavia liike-elämän ja politiikan vaikuttajia. Merkittävimmän vastarinnan puoluepolitiikalle muodostivat nuoret upseerit, joista useilla oli kansallissosialistisluonteisia tavoitteita. Vakavin tapaus oli helmikuun 26. päivän välikohtaus, jossa 1 400 sotilaan joukko otti nuorten upseerien johtamana haltuunsa Tokion keskustan ja murhasi useita henkilöitä. Keisari raivostui, maahan julistettiin sotatila ja joukot, jotka olivat luulleet toimivansa keisarin nimissä, antautuivat. 19 henkeä teloitettiin salaisen oikeudenkäynnin jälkeen. Välikohtauksen jälkeen valtaan noussut konservatiivisempi upseeristo jakoi suureksi osaksi nuorten fanaatikkojen tavoitteet ulkopolitiikassa, ja armeija käytti tapausta valtansa kasvattamiseen. Japanilainen fasismi oli nyt saanut otteen maan sotilasjohdosta.
Täysi sota Kiinan ja Japanin välille syttyi 7. heinäkuuta 1937 Pekingin ulkopuolella Marco Polon sillan välikohtauksessa. Japanin armeija miehitti nopeasti Pekingin ja Tianjinin ja eteni vähitellen Jangtselle ja 13. joulukuuta mennessä Tšiang Kai-šekin Guomindang-hallituksen pääkaupunkiin Nanjingiin. Nanjingin verilöylyssä, yhdessä pahimmista japanilaisten joukkojen suorittamista sotarikoksista, japanilaiset surmasivat Tokion sotarikosoikeudenkäynneissä esitettyjen todisteiden mukaan 42 000 siviiliä sekä 100 000 sotavankia ja raiskasivat 20 000 naista. Sodassa pahimpiin julmuuksiin syyllistyi usein sotilaspoliisi kenpeitai, joka oli kenraali Hideki Tōjōn lempiväline. Japanilaiset ottivat nyt haltuunsa Kiinan tärkeimmät satamat, mutta eivät koskaan onnistuneet kunnolla valloittamaan sisämaata. Nanjingiin japanilaiset perustivat maaliskuussa 1940 Wāng Jīngwèin johtaman nukkehallituksen. Britit ja yhdysvaltalaiset eivät sympatioistaan huolimatta kyenneet estämään Japanin armeijan toimia Kiinassa.
Vuonna 1936 Japani solmi ensin Saksan ja myöhemmin Italian kanssa antikomintern-sopimuksen, ja vuonna 1940 kolmisopimuksen, joka oli suunnattu erityisesti Yhdysvaltoja vastaan. Saksan ja Japanin suhteet eivät olleet kuitenkaan koskaan erityisen lämpimät: osapuolia loitonsivat molempien väitteet rodullisesta ylemmyydestä, välimatka ja epäluottamus. Japanilaiset eivät tienneet natsien tavoitteesta hyökätä Neuvostoliittoon. Japanin poliittinen ja yhteiskunnallinen rakenne ei myöskään milloinkaan saavuttanut Saksan äärimmäistä totalitarismia. Suhteet Neuvostoliittoon olivat huonommat, ja vuosina 1938 ja 1939 Japanin armeija joutui rajataisteluihin puna-armeijan kanssa Ulko-Mongoliassa ja Mantšuriassa. Neutraalisuussopimus suurvaltojen välille solmittiin huhtikuussa 1941. Euroopan vaikea sotatilanne ja Ranskan kukistuminen sallivat Japanin armeijan edetä Ranskan Indokiinaan, joka vallattiin heinäkuussa 1941.
Esteeksi Japanin etenemiselle etelään nousi Yhdysvallat, joka aloitti maata vastaan sarjan talouspakotteita, koska Yhdysvallat oli huolestunut Japanin valloituksista Tyynellä valtamerellä. Teräksen ja raudan vienti Japaniin estettiin. Indokiinan miehitykseen Yhdysvallat reagoi öljysaarrolla ja jäädyttämällä japanilaisten kaiken omaisuuden Yhdysvalloissa. Kun neuvottelut amerikkalaisten kanssa epäonnistuivat, japanilaiset päättivät sotatoimien aloittamisesta Yhdysvaltoja vastaan joulukuuhun 1941 mennessä, sillä kauppasaarto uhkasi lamauttaa koko Japanin sotakoneiston. Koska pääministeri Fumimaro Konoen hallituksen siviilijäsenet eivät hyväksyneet armeijan suunnitelmia, pääministeri erosi lokakuussa 1941. Hänen seuraajakseen nousi entinen sotaministeri Hideki Tōjō. Amerikkalaiset kieltäytyivät edelleen minkäänlaisista myönnytyksistä, ja 7. joulukuuta 1941 japanilaiset iskivät varoittamatta Pearl Harborin laivastotukikohtaan Havaijilla, mikä oli alkusysäys Tyynenmeren sodalle.
Japanilaiset olivat odottaneet, että heidän haltuunsa saamiensa alueiden takaisinvaltaus kävisi ”pehmeille” demokratioille liian kalliiksi ja vaikeaksi. Yllätyshyökkäys toi kuitenkin uutta päättäväisyyttä Yhdysvalloille, joka julisti sodan Japanille ja maan laivasto rakennettiin Pearl Harborin tuhojen jäljiltä uudelleen ennätysajassa. Aluksi japanilaiset saavuttivat useita voittoja: Manila vallattiin tammikuussa 1942, Singapore helmikuussa ja Rangoon briteiltä maaliskuussa. Japanilaisilla ei ollut suuria vaikeuksia Alankomaiden Itä-Intian valtauksessa, ja Tyynellämerellä japanilaiset joukot etenivät Salomonsaarille saakka. Japanilaiset uhkasivat nyt jo Australiaa ja Intiaa, jossa he tunkeutuivat Assamiin vuonna 1944. Maan armeijan resurssit oli kuitenkin venytetty äärimmilleen. Japanin eteneminen onnistuttiin kuitenkin pysäyttämään Korallimeren taistelussa. Yhdysvaltojen laivastoa ei kyetty ajamaan eteläiseltä Tyyneltämereltä, jossa japanilaiset menettivät useita aluksia Midwayn taistelussa kesäkuussa 1942. Tappio Midwayn taistelussa oli käännekohta Japanin menestykselle ja Salomonsaarilta japanilaiset joutuivat vetäytymään keväällä 1943.
Yhdysvaltojen saavuttamien voittojen jälkeen monet japanilaiset johtajat ymmärsivät, että sota tulisi päättymään Japanin tappioon. Armeijan fanaattisuus esti kuitenkin vakavasti otettavat rauhantavoittelut. Itsepäinen taistelu yhdysvaltalaisia vastaan jatkui ja japanilaiset olivat linnoittautuneet hyvin sekä taistelivat viimeiseen mieheen. Japanilaiset hävisivät Leytenlahden taistelu 20. lokakuuta 1944. Saipan vallattiin Japanilta heinäkuussa 1944 ja Filippiinit asteittain maaliskuuhun 1945 mennessä. 7. huhtikuuta 1945 Yhdysvallat upotti Japanin laivaston suurimman sotalaivan Yamaton. Helmikuussa 1945 yhdysvaltalaiset joukot saapuivat Japanin alueelle voitokkaassa Iwo Jiman taistelussa. Huhtikuussa 1945 Okinawalla kuoli raskaissa ja katkerissa taisteluissa yli 150 000 siviiliä. Maaliskuussa yhdysvaltalaiset olivat aloittaneet Japanin kotisaarten massiiviset pommitukset, joissa lähes kaikki japanilaiset kaupungit Kiotoa ja Naraa lukuun ottamatta tuhoutuivat maan tasalle. Toukokuuhun mennessä arviolta 13 miljoonaa japanilaista oli joutunut kodittomaksi ja maan talous oli ajautunut kaaokseen. Kun Kuniaki Koison hallitus kaatui Okinawan jouduttua yhdysvaltalaisten haltuun, valtaan nousi amiraali Kantarō Suzuki. Vaarallisen pitkä tie rauhaan alkoi.
Rauhanneuvottelijaa toivottiin ensin Neuvostoliitosta, joka oli kuitenkin päättänyt liittyä sotaan liittoutuneiden puolelle ja joka osallistui länsivaltojen kanssa Potsdamin konferenssiin. Potsdamin julistuksessa heinäkuussa 1945 Yhdysvaltojen, Kiinan ja Yhdistyneen kuningaskunnan johtajat vaativat Japanin sodankäymiskyvyn estämistä ja maan muuttamista demokraattiseksi valtioksi. Julistuksessa luvattiin, että ”Japania ei tuhottaisi kansakuntana”. Kun Japani kuitenkin jätti julistuksen huomiotta ja liittoutuneiden joukot lähestyivät maan pääsaaria, presidentti Truman päätti käyttää uutta asetta, atomipommia, Japania vastaan. Ensimmäinen pommi pudotettiin Hiroshimaan 6. elokuuta ja toinen pommi Nagasakiin 9. elokuuta. Nyt myös Neuvostoliitto julisti Japanille sodan ja hyökkäsi Mantšuriaan. Keisari Hirohito vaati antautumista, josta hän ilmoitti kansalle radiopuheessa 15. elokuuta. Vielä edellisenä yönä äärimilitaristit olivat yrittäneet tuhota puheen sisältäneen levyn. Antautumissopimus allekirjoitettiin virallisesti 2. syyskuuta 1945 USS Missourilla Tokionlahdella.
Sodan jälkeen liittoutuneet miehittivät Japanin. Teoriassa miehitystä hallinnoivat monikansallinen Itä-Aasian neuvosto Washingtonissa ja liittoutuneiden neuvosto Tokiossa, mutta käytännössä miehittäjinä toimivat yhdysvaltalaiset joukot kenraali Douglas MacArthurin johdolla. Toisin kuin esimerkiksi Saksassa, japanilaiset viranomaiset olivat edelleen toiminnassa ja miehityshallinto toimi niiden kautta. Miehitys merkitsi laajoja ja nopeita sosiaalisia ja poliittisia muutoksia: sen tarkoituksena oli perustaa Japaniin demokraattinen ja rauhanomainen hallinto. Sodan tuhojen jälkeen japanilaiset olivat alttiita muutokselle ja suhtautuivat siihen pragmaattisesti. Kauhukuvat miehittäjästä eivät myöskään osoittautuneet tosiksi, eikä miehityshallintoa juuri vastustettu. Miehityksen onnistumiseen vaikuttivat myös voimaan jäänyt keisari-instituutio, vaikka keisari hylkäsikin muodollisesti jumalallisuutensa, ja MacArthurin persoona.
Ensimmäiseksi miehityshallinto aloitti Japanin demilitarisoinnin. Japanilaiset ulkomailla olevat joukot, noin 3,5 miljoonaa henkeä, kutsuttiin kotiin ja maan armeija lakkautettiin. Aseteollisuus hajotettiin ja kaikki yksityisissä käsissä olevat aseet takavarikoitiin. Nationalistiset järjestöt lakkautettiin. Tärkeä tavoite oli jollain tavalla sotaan syyllisten henkilöiden erottaminen viroistaan ja julkisesta elämästä: toukokuuhun 1946 mennessä yhteensä 210 288 japanilaista oli ”puhdistettu”. Vaikka nopeaan puhdistukseen liittyi väistämättä epäoikeudenmukaisuuksia, se auttoi uusien henkilöiden nousua vaikutusvaltaisiin asemiin ja muiden demokraattisten uudistusten onnistumista. Miehityksen loppupuolella monet puhdistetut palautettiin jälleen yhteiskunnan jäseniksi. Liittoutuneiden oikeuksissa tuomittiin sotarikoksista kuolemaan 920 japanilaista ja vuosien 1946–1948 Kaukoidän kansainvälisessä sotarikostuomioistuimessa syytettiin sota- ja muista rikoksista 28 poliittista ja sotilaallista johtajaa, joista seitsemän teloitettiin.
Militarismin kitkemiseksi tarvittiin uudistuksia koulutusjärjestelmässä, joka muotoiltiin yhdysvaltalaisen mallin mukaiseksi. ”Moraalikasvatus” lopetettiin ja korkeakoulutusta laajennettiin. Šintolaisuus ja valtio erotettiin toisistaan. Talousuudistuksiin kuuluivat zaibatsu-ryhmien hajottaminen, sillä ne olivat olleet tiiviissä yhteistyössä militaristien kanssa. Zaibatsuja vastaan kohdistetut, rajallisiksi jääneet toimet onnistuivat löyhentämään liike-elämän ryhmittymiä, mutta ne eivät estäneet uudenlaisten keiretsu-ryhmien syntymistä myöhemmin. Työpolitiikassa merkittävää oli ammattiliittojen ja lakkojen salliminen. Ammattiliitot kehittyivät nopeasti, ja vuonna 1949 niihin kuului jo kuusi ja puoli miljoonaa henkeä. Kylmän sodan syttyminen ja yleislakon uhka vuonna 1947 johtivat kuitenkin uusiin rajoituksiin ja puhdistuksiin vasemmistossa. Suurin osa Japanin armeijasta oli muodostunut köyhistä maaseudun asukkaista: heidän tilannettaan ryhdyttiin parantamaan laajalla maauudistuksella, jossa suuri osa vuokraviljelijöistä sai omistusoikeuden maihinsa.
Miehityshallinnon merkittävin yksittäinen uudistustoimi oli kuitenkin uusi perustuslaki, joka astui voimaan vuonna 1947. Se toteutti ensimmäistä kertaa yleisen ja yhtäläisen äänioikeuden kaikille japanilaisille. Perustuslain ensimmäisessä kappaleessa keisari julistettiin ”valtion ja kansan yhtenäisyyden symboliksi, joka saa valtansa kansan tahdosta” ja täysin alisteiseksi hallitukselle. Perustuslain kolmas artikla käsitteli yksilönoikeuksia ja takasi tasa-arvon lain edessä. Vanha aatelisto lakkautettiin. Perustuslaki kutsui koolle vaaleilla valittavan kaksikamarisen parlamentin, jonka vaikutusvaltaisemmaksi osaksi tehtiin alahuone. Erityisen merkittävä oli yhdeksäs, toisen kappaleen ainoa artikla, jossa ”sota kansankunnan suvereenina oikeutena ja voimankäyttö tai sen uhka kansainvälisten kiistojen ratkaisun keinona hylätään ikuisiksi ajoiksi” ja jossa armeijan ylläpito kiellettiin. Perustuslaista tuli erittäin suosittu. Mikään poliittinen ryhmä ei ole saanut taakseen tarvittavaa kahden kolmasosan tukea perustuslain muuttamiseksi sen käyttöönoton jälkeen. Yhdeksännen artiklan tulkinta kuitenkin muuttui ja maahan perustettiin itsepuolustusvoimat eli käytännössä asevoimat vuonna 1954.
Japanin talous oli sodan jälkeen raunioina, ja maa oli lähellä nälänhätää. Teollisuustuotanto oli vain 30 prosenttia sotaa edeltäneestä tasosta. Taloustilanteen jatkuessa vaikeana miehityshallinto nimitti vuonna 1948 yhdysvaltalaisen pankkiirin Joseph Dodgen suosittelemaan ratkaisukeinoja. Niin kutsuttu Dodgen linja merkitsi rankkuudestaan huolimatta käännekohtaa maan talouskehityksessä. Myöhemmin kesäkuussa 1950 syttynyt Korean sota veti maan talouden uuteen nousuun, sillä Yhdysvaltain armeijan sotilaat tarvitsivat muonaa ja tarvikkeita. Tuotanto ylitti sotaa edeltäneen tason ensimmäistä kertaa vuonna 1951. Sota lisäsi yhdysvaltalaisten vihamielisyyttä kommunistista Kiinaa kohtaan ja alleviivasi Japanin roolia aluetta vakauttavana tekijänä ja Yhdysvaltojen uutena liittolaisena. Rauhansopimus tarvittiin nyt nopeasti, ja miehityspolitiikan painopiste siirtyi yhteiskunnasta taloudellisen ja poliittisen vakauden saavuttamiseen. San Franciscon sopimus Japanin ja liittoutuneiden välillä solmittiin Japanin kannalta suhteellisen helpoin ehdoin 8. syyskuuta 1951, ja samaan aikaan allekirjoitettiin turvallisuussopimus Yhdysvaltojen kanssa. Siinä Yhdysvaltojen joukkojen sallittiin jäädä Japaniin ja Japania pyydettiin ottamaan enemmän vastuuta omasta puolustuksestaan. Miehitys loppui ja Japani sai muodollisen itsenäisyytensä takaisin seuraavana vuonna. Maan tärkeimmäksi tavoitteeksi nousi nyt taloudellinen toipuminen.
Valtavaa talouskasvua 1950- ja 1960-luvuilla on kutsuttu Japanin talousihmeeksi. Vuosina 1955–1970 talous kasvoi keskimäärin noin 10 prosenttia vuodessa. Kasvua auttoivat useat tekijät: sodan jälkeen maan teollisuus oli lähes tuhoutunut, joten Japaniin rakennetut uudet tehtaat olivat nykyaikaisia ja tehokkaampia kuin ulkomailla, maassa oli runsaasti nuorta ja hyvin koulutettua työvoimaa ja valtio tuki talouskasvua aktiivisesti. Lisäksi japanilaisiin vaikuttivat huomattavasti William Edwards Demingin ajatukset laadunvalvonnasta. 1940-luvun lopulla aloitettu väestösuunnittelu onnistui hillitsemään ja tasaamaan väestön lisääntymistä niin, ettei se syönyt talouskasvua, joka aiheutti suuren rakennemuutoksen kaikille yhteiskunnan osa-alueille. Japani saavutti nyt täystyöllisyyden, ja maassa esiintyi jopa puutetta työvoimasta. Kaksi tärkeää talouskasvuun liittyvää kehitystä olivat kulutusyhteiskunnan syntyminen, johon vaikutti pääministeri Hayato Ikedan ”tulojen kaksinkertaistamissuunnitelma” vuonna 1960, ja teollisuustuotannon keskittyminen korkeateknologisiin tuotteisiin. Japanista tuli maailman johtava autojen, laivojen ja elektroniikan valmistaja: 1960-luvulla maan vienti kasvoi yli 15 prosenttia vuodessa. Suuri talouskasvu jatkui aina 1970-luvun alun öljykriisiin saakka. Ikedan kaudella japanilaisten kansallistunnetta kasvattivat Tokiossa vuonna 1964 järjestetyt kesäolympialaiset.
Laskevan syntyvyyden lisäksi Japanin yhteiskuntaa muuttivat nopea kaupungistuminen ja elintason nousu, jotka hillitsivät väestönkasvua yhteiskunnan toimien lisäksi. Entistä koulutetumman väestön ja kaupunkiasumisen aiheuttamien rajoitusten myötä perinteiset perhesuhteet muuttuivat. Naisten asema parani. Työvoimapulan vuoksi maaseudulta tarvittiin työntekijöitä kaupunkien suurteollisuuteen. Vuoteen 1970 mennessä enää vain 20 prosenttia japanilaisista asui maaseudulla. Myös maaseudun ilme muuttui: maatalous koneellistui ja tehostui, ja perinteistä maalaismaisemaa alkoivat korvata betoni ja tehtaat. Televisio sitoi maaseudunkin asukkaat kansainvälistyvään maailmaan ja länsimaiseen populaarikulttuuriin. Kaupungeista puoleensa veti erityisesti Tokio, japanilaisen urbanisaation huipentuma, jossa asui vuonna 1972 joka yhdeksäs japanilainen. Houkuttelevuudestaan huolimatta kaupunkielämä ei ollut ongelmatonta. Huomattavampiin epäkohtiin kaupungeissa kuului asuminen, johon monilla japanilaisilla oli vähemmän tilaa kuin länsimaalaisilla. Vuoteen 1972 mennessä maan hinta monissa suurissa kaupungeissa oli 25-kertaistunut vuodesta 1955.
Kaupungistuminen merkitsi tiiviyden aiheuttamista ongelmista kuten ruuhkaisuudesta huolimatta elintason kasvua ja uutta viihdeyhteiskuntaa, tavarataloja, elokuvateattereita ja ravintoloita. Nuoriin kaupunkilaisiin vaikutti erityisesti yhdysvaltalainen populaarikulttuuri, jonka he omaksuivat antaumuksella. Yleisesti ottaen siirtyminen kaupunkeihin sujui Japanissa kitkattomammin kuin monissa länsimaissa, eikä esimerkiksi rikollisuus kasvanut erityisesti. Väliinputoajiin vetosivat niin sanotut ”uususkonnot”, kuten Sōka Gakkai, jotka kukoistivat 1950- ja 1960-luvuilla. Uuden kaupunkikulttuurin esiinmarssi aiheutti kuilun vapaamman nuoren sukupolven ja perinteisemmän vanhan sukupolven välille, mikä sai aikaan konflikteja esimerkiksi yliopistoissa. Vaikka kaupungeissa ei enää eletty yhtä konformistisesti kuin maaseudulla, maaseutuyhteiskunnan hierarkkiset rakenteet näkyivät nyt esimerkiksi yrityksissä. Merkittävät, todelliset sosiaaliset muutokset sodan jälkeen ovat usein johtuneet kuitenkin ennemminkin fyysisistä muutoksista elintavoissa kuin ulkopuolisista kulttuurivaikutteista.
1970-luvulle tultaessa voimakkain talouskasvu lakkasi: halpaa työvoimaa ei ollut enää saatavilla, teknologia oli kehittynyt huomattavasti ja kilpailu raskaassa teollisuudessa vähentynyt. Myös ympäristöongelmat herättivät nyt aiempaa enemmän huolta. Öljykriisi ja sen aiheuttama lama toivat esiin Japanin talouden heikkoudet, riippuvuuden Lähi-idän öljystä ja ulkomaisista elintarvikkeista sekä ylituetun maatalouden. 1970- ja 1980-luvuilla Japani alkoikin monipuolistaa talouspohjaansa ja liittää sitä vahvemmin maailmantalouteen. Maan runsaasti energiaa kuluttava raskas teollisuus on saanut tehdä tilaa tietotekniikka-, mekatroniikka-, ja bioteknologia-alan yrityksille. Öljykriisin jälkeen Ydinvoiman käyttöä lisättiin ratkaisuna energiaongelmaan ja energian säästöä kasvatettiin yrityksissä huomattavasti. 1980-luvulla Japani nousi yhdeksi maailman suurimmista talouksista, jonka bruttokansantuote henkeä kohden oli suurempi kuin Yhdysvalloissa. Japani oli nyt maailman suurin kehitysavun antaja. Talouden menestyksen takana oli valtava vienti, jonka kasvattaminen nähtiin tärkeänä 1970-luvun kriisien jälkeen ja joka kompensoi vähäistä kasvua kotimaassa. Vienti ja öljyn hinnan lasku kuitenkin toivat maalle valtavan suuren positiivisen kauppataseen, joka aiheutti kiistoja Yhdysvaltojen ja Euroopan valtioiden kanssa. Ne syyttivät Japania oman markkinansa sulkemisesta, ja Japani alkoikin onnistuneesti avata talouttaan laskemalla tariffeja ja poistamalla sääntelyä ja rajoituksia.
1980-luvun lopulla Japaniin syntyi kuitenkin niin kutsuttu kuplatalous, joka nosti maan kiinteistö- ja pääomahinnat pilviin. Kupla puhkesi 1990-luvun alussa, jolloin Japani ajautui syvään ja pitkäkestoiseen lamaan. Aikaa on kutsuttu ”menetetyksi vuosikymmeneksi”. Lama viivästytti uudistuksia ja pahensi kauppajännitteitä, mutta positiivinen kauppatase jatkoi edelleen kasvuaan. Talousvaikeudet jatkuivat aina 2000-luvulle saakka – työttömyys nousi ensimmäistä kertaa sodan jälkeen yli viiden prosentin vuonna 2000. Pääministeri Ryūtarō Hashimoton 1990-luvun puolivälissä ehdottamat laajat uudistukset, joita kutsuttiin lempinimellä ”Big Bang”, aiheuttivat runsaasti vastustusta. Japanin talouden ongelmiksi ovat jääneet nopeasti ikääntyvä väestö ja tuloerojen kasvu.
Viime vuosikymmeninä kaupungistuminen ja väestönkasvun hidastuminen on jatkunut, ja myös elintaso on noussut huomattavasti. 1980-luvun puoliväliin mennessä syntyvyys ei enää ollut tarpeeksi suuri väestön uudistumiseksi, ja vuoteen 2000 mennessä yli 65-vuotiaiden osuus väestöstä oli ylittänyt alle 15-vuotiaiden osuuden. Ikääntyneen väestön huoltaminen ja työikäisen väestön osuuden pieneneminen tuo suuria haasteita Japanin taloudelle ja yhteiskunnalle. Toisena ongelmana on ollut puute asuintilasta, mikä on nostanut asuntojen hintoja ja tehnyt monille oman asunnon ostamisen mahdottomaksi. Japanin kaupungistuessa ja kansainvälistyessä myös japanilaisten arvot ovat muuttuneet: yhteiskunnan hierarkkisuus on jonkin verran vähentynyt, individualismi lisääntynyt ja naisten asema edelleen parantunut. Japanilaiset ovat 1900-luvun loppupuolella matkustaneet aiempaa enemmän ulkomailla, ja myös maassa asuvien ulkomaalaisten osuus on kasvanut huomattavasti noin 1,3 miljoonaan 1900-luvun lopussa.
Koska Neuvostoliitto ei allekirjoittanut San Franciscon rauhansopimusta, maiden välille jäi kiista neljästä Kuriilista Hokkaidōn pohjoispuolella. Diplomaattisuhteet Neuvostoliittoon solmittiin kuitenkin vuonna 1956. Tällöin Japani hyväksyttiin Yhdistyneiden kansakuntien jäseneksi, kun Neuvostoliitto ei enää estänyt maan liittymistä järjestöön. San Franciscon rauhansopimus jätti auki myös sotakorvaukset Japanin miehittämille alueille, joiden kanssa korvauksista oli tarkoitus sopia tapauskohtaisesti. Sopimukset tehtiin Burman kanssa vuonna 1954, Filippiinien kanssa vuonna 1956 ja Indonesian kanssa vuonna 1958. Yhdysvaltojen vaikutuksesta Japani solmi suhteet Kiinan tasavaltaan, jonka kanssa kehittyi vilkas kauppa. Manner-Kiinan kanssa kauppa kehittyi hitaasti, sillä diplomaattisuhteita maiden välillä ei ollut. Vähitellen Japanista tuli kuitenkin Kiinan kansantasavallan merkittävin kauppakumppani. Kun presidentti Nixon teki yllätysvierailun Kiinaan, Japani joutui harkitsemaan suhtautumistaan uudelleen. Vuonna 1972 Japani solmi Kiinan kansantasavallan kanssa sopimuksen suhteiden normalisoinnista ja katkaisi viralliset siteensä Kiinan tasavaltaan. Rauhansopimus kommunistisen Kiinan kanssa solmittiin vuonna 1978. Kylmän sodan päättyminen salli Japanin omaksua itsenäisemmät suhteet Kiinaan, ja 1990-luvun alkuun mennessä Kiina oli jo kohonnut maan toiseksi suurimmaksi kauppakumppaniksi Yhdysvaltojen jälkeen. Maiden suhteita ovat rasittaneet 2000-luvulle saakka Japanin Kiinassa tekemät sotarikokset.
Kaikkein merkittävin ulkosuhde Japanille oli ja on kuitenkin suhde Yhdysvaltoihin, erityisesti maiden välisen yhteistyösopimuksen mutta myös kauppasuhteiden kautta. Sopimuksen uusiminen vuonna 1960 aiheutti suurmielenosoituksia ja jännitteitä LDP:n ja vasemmiston välille, sillä monet pelkäsivät sen suututtavan kommunistiset suurvallat ja sitovan Japanin uhkaavaan ydinsotaan. 1960-luvun lopulta alkaen Yhdysvaltojen yhä miehittämiä alueita luovutettiin takaisin Japanille: Ogasawarasaaret pääministeri Eisaku Satōn kaudella vuonna 1967 ja Ryūkyūsaaret vuonna 1972. Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen yhteistyösuhteen luonne ei kuitenkaan juuri ole muuttunut. Kitkaa maiden välille on syntynyt usein talouskysymyksissä, kun Japani on noussut vähitellen Yhdysvaltojen taloudelliseksi kilpakumppaniksi.
Sodan jälkeen Japanin poliittiset johtajat pitivät usein matalaa profiilia kansainvälisessä politiikassa. 1980-luvulla Japania kuvattiin usein talousjättiläiseksi ja poliittiseksi kääpiöksi. Japanin rooli maailmanpolitiikassa ja taloudessa on kuitenkin muuttunut huomattavasti 1900-luvun loppupuolella. Japani on muuttunut johtavaksi teollisuusmaaksi ja tärkeäksi luotonantajaksi: japanilaiset investoinnit ja omistukset ulkomailla ovat sitoneet sen aiempaa tiiviimmin kansainväliseen talouteen ja politiikkaan. Japani on osallistunutkin aktiivisesti esimerkiksi Maailman kauppajärjestön ja muiden talousjärjestöjen sekä Yhdistyneiden kansakuntien toimintaan. Vuonna 2003 Japani lähetti pääministeri Jun'ichirō Koizumin johdolla joukkoja tukemaan Yhdysvaltojen miehitystä Irakissa. Operaatiossa japanilaiset joukot olivat ensimmäistä kertaa toiminnassa sota-alueella sitten toisen maailmansodan. Operaatio jakoi mielipiteitä Japanissa, jossa monet uskoivat sen rikkovan maan perustuslain 9. artiklaa.
Japanin politiikka oli miehityskaudella ollut epävakaista ja hallitukset lyhytaikaisia. Merkittäväksi muodostui vuosi 1955, jolloin vasemmisto yhdistyi Japanin sosialistiseksi puolueeksi (JSP) ja liberaalit ja demokraatit uudeksi liberaalidemokraattiseksi puolueeksi (LDP). Japaniin muodostui käytännössä kaksipuoluejärjestelmä. Puolueista vahvempi, konservatiivinen LDP pysyi vallassa yhtäjaksoisesti aina 1990-luvulle saakka. LDP sai äänestäjäkuntansa erityisesti maaseudulta, ja sen ideologiaan kuuluivat talouskasvun edistäminen ja Japanin maailmanlaajuisen roolin kasvattaminen. Japanin politiikalle ja erityisesti konservatiivisille puolueille ovat kuitenkin pikemminkin olleet luonteenomaisia puolueiden sisäiset rymittymät, side byrokratiaan ja henkilökohtaiset lojaliteetit ideologioiden sijaan. LDP muodosti läheiset siteet talouselämään. Oppositiossa ollut JSP vastusti yhdysvaltalaisia tukikohtia, ydinaseita ja mahdollisia muutoksia perustuslakiin ja keskittyi kaupunkien ongelmiin. Se vetosi erityisesti työväenluokkaan ja kaupunkien älymystöön. Vuonna 1959 puolue kuitenkin hajosi, kun osa sen jäsenistä muodosti uuden demokraattisen sosialistisen puolueen (DSP). 1960-ja 1970-luvuilla LDP:n valta näytti vähitellen heikentyvän: Vietnamin sota, opiskelijalevottomuudet, ympäristöongelmat sekä työ- ja talouskysymykset heikensivät puolueen suosiota. Niin kutsutun ”Nixon-šokin” eli Yhdysvaltain presidentin Kiinaan tekemän yllätysvierailun poliittiset ja taloudelliset vaikutukset sekä öljykriisi uhkasivat LDP:tä ja Japanin taloutta.
Japanin talouden nousu 1970-luvulta ja onnistunut siirtyminen savupiipputeollisuudesta korkeateknologian tuotteisiin auttoivat LDP:tä pysymään vallassa 1970- ja 1980-luvuilla. Puolueen kannatusosuus kuitenkin laski jatkuvasti, vaikka sen valta näennäisesti kasvoi. Vuonna 1969 LDP sai kolme viidesosaa äänistä, vuonna 1989 enää alle kolmasosan. Talousvaikeuksien ja kuplatalouden myötä endeemiseksi kasvaneen poliittisen korruption myötä luottamus puolueeseen, jota hajotti sarja poliittisia skandaaleja, laski 1990-luvun vaihteessa. Keisari Hirohiton kuolema ja uuden Heisei-kauden alku toi puolueelle väliaikaisen helpotuksen 1980-luvun lopussa, mutta pian pääministeri Noboru Takeshita joutui eroamaan Recruit-talousskandaalin vuoksi. Häntä seurasi seksiskandaaliin joutunut Sōsuke Uno. Vihdoin vuoden 1993 vaaleissa LDP menetti enemmistönsä parlamentissa oppositiopuolueiden koalitiolle. Morihiro Hosokawan ja Tsutomu Hatan lyhytaikaisten hallitusten jälkeen Tomiichi Murayamasta tuli Japanin ensimmäinen sosialistipääministeri sitten vuoden 1948. Hänen kaudellaan Kōbeen iski yli 5000 henkeä surmannut suuri maanjäristys ja Tokion metro joutui Korkein totuus -lahkon sariinikaasuiskun kohteeksi. Murayama ja Japanin edustajainhuone pyysivät anteeksi Japanin sotatoimia Aasiassa.
Vuonna 1996 LDP nousi takaisin valtaan sosiaalidemokraattisen puolueen vaalitappioiden jälkeen. Puolue kärsi kuitenkin huonosta menestyksestä vaaleissa ja joutui muodostamaan vähemmistöhallituksen vuonna 1996 ja koalitiohallituksen vuonna 2000. Vuonna 2001 pääministeriksi nousi huomattavaa kansansuosiota nauttinut Jun'ichirō Koizumi, jonka vaatimukset talousuudistuksista kohtasivat vastustusta puolueen konservatiivisissa ryhmittymissä. Hänen käyntinsä kiistellyssä Yasukuni-pyhäkössä sekä hänen ja hänen seuraajansa Shinzō Aben ajama perustuslain muutos Japanin armeijan vahvistamiseksi herättivät ärtymystä Japanissa ja erityisesti Japanin sotarikoksista kärsineissä naapurimaissa, Kiinassa ja Etelä-Koreassa.
Vuoden 2008 maailmanlaajuinen talouskriisi iski myös Japaniin. Erityisesti Japanin vienti heikkeni nopeasti vuosina 2008–2009, kun japanilaisten tuotteiden kysyntä väheni laman myötä ja jenin arvo samalla vahvistui. Pian Kiina nousi Japanin ohi maailman toiseksi suurimmaksi taloudeksi. Ensimmäisissä talouskriisin jälkeisissä vaaleissa oppositiopuolue Japanin demokraattinen puolue (DPJ) otti murskavoiton liberaalidemokraateista ja päätti LDP:n yli puoli vuosisataa lähes yhtäjaksoisena jatkuneen valtakauden. Pääministeriksi nousi DPJ:n Yukio Hatoyama.
Japanin väestönkehitys muuttui negatiiviseksi vuonna 2005, jolloin syntyvyys laski alimmalle historialliselle tasolle. Japanin väestön vähenee noin puoli prosenttia vuodessa. Suurimmillaan Japanin väestö oli 127,76 miljoonaa.
11. maaliskuuta 2011 Tōhokun alueelle Sendain kaupungin itäpuolelle iski voimakas 9.0 richterin maanjäristys, joka sai aikaan tsunamin. Tsunamiaallot tuhosivat lukuisia Tōhokun rannikkokaupunkeja ja kuljettivat Tyynellemerelle valtavan määrän jätettä. Katastrofissa arvioidaan kuolleen tai kadonneen lähes 20 000 henkeä, joista valtaosa hukkui. Vaikka tsunami aiheutti suurimman tuhon, myös maanjäristys vahingoitti infrastruktuuria ja sai aikaan tulipaloja. Tsunami iski myös Fukushiman prefektuurin rannikolla sijaitsevaan Fukushima I -ydinvoimalaitokseen ja vahingoitti sen varavoimageneraattoreita. Ydinreaktorien jäähdytysjärjestelmien petettyä kolme reaktoria ylikuumeni ja niiden ytimet sulivat. Vetykaasun aiheuttamat räjähdykset levittivät säteilyä voimalan ympäristöön, etenkin sen luoteispuolelle, ja noin 100 000 asukasta jouduttiin evakuoimaan. Säteilyä levisi myös jäähdytysveden mukana Tyyneenmereen. Vaikka voimalan tila vakaantui vuoden loppuun mennessä, sen purkamisen arvioidaan kestävän vuosikymmeniä.
Vuoden 2012 vaaleissa valtaan palasi vain kolmen vuoden jälkeen LDP entisen pääministerin Shinzō Aben johdolla. Abe aloitti laajat ”Abenomics”-lempinimellä tunnetut talousuudistukset, joiden tavoitteena on nostaa Japani kaksi vuosikymmentä kestäneestä taantumasta.