Itsenäinen Kroatian valtio
Itsenäinen Kroatian valtio (, "NDH") oli Ustašan johtama Kroatian valtio toisen maailmansodan vuosina 1941–1945. Itsenäinen Kroatian valtio oli nimestään huolimatta aluetta miehittävien akselivaltojen protektoraatti. Sen asema verrattuna muihin akselivaltioiden perustamiin protektoraatteihin oli erilainen. Se syntyi Hitlerin ja Mussolinin ohjauksesta ja se nautti melko suurta sisäistä itsenäisyyttä. Sen sallittiin rakentaa oma poliittinen järjestelmänsä ja sen hallinnolla oli huomattavasti enemmän määräysvaltaa kuin Norjassa Vidkun Quislingilla tai myöhemmin Italian sosiaalisen tasavallan hallituksella.
Kroatian alue oli vuosisatojen ajan kuulunut vieraiden valtioiden alaisuuteen. 1800-luvulla se oli osa Itävalta-Unkaria. 1800-luvun Euroopassa nationalismi oli johtavia aatteita. Kroatialainen nationalisti Josip Juraj Strosmayer esitti ajatuksen eteläslaavien liittovaltiosta.
Vuonna 1918 julistettiin Serbien, kroaattien ja sloveenien kuningaskunta ("SHS"), ja 1929 Jugoslavian kuningaskunta. Kroaattinationalistit asettivat uuteen valtioon suuria toiveita. Toiveet vaihtuivat kuitenkin pian pettymykseksi ja myöhemmin osa nationalisteista radikalisoitui.
Heti aluksi Serbia takavarikoi Itävalta-Unkarille kuuluneen omaisuuden luovuttamatta siitä kroaateille näille kuuluvaa osuutta. Kroaattiupseerit erotettiin armeijasta, sillä heihin ei luotettu. Samoin erotettiin kroaattivirkamiehiä ja -opettajia ja tilalle nimitettiin serbejä. Serbian lait tulivat voimaan koko maassa, ilman luvattua kansanäänestystä. Kroaateilla ei ollut mielestään riittävää osuutta valtion hallinnossa eikä diplomaattikunnassa.
Myös talouspolitiikka aiheutti katkeruutta. Itävalta-Unkari oli ollut taloudellisesti Serbiaa kehittyneempi, mutta kroaatit joutuivat valuuttauudistuksessa vaihtamaan rahansa itselleen epäedulliseen kurssiin. Valuutta vaihdettiin kurssiin jossa neljällä Itävallan kruunulla sai yhden Serbian dinaarin. Lisäksi verot olivat Serbiassa alemmat ja suurin osa ulkomaisista lainoista käytettiin serbialaisiin hankkeisiin.
Uuden valtion sisäpolitiikkaa leimasivat levottomuus ja väkivaltaisuudet. Rauhoittaakseen oloja kaappasi kuningas Aleksanteri vuonna 1929 vallan kieltäen samalla puoluepolitiikan. Tämä radikalisoi osan kansallismielisistä, osa vetäytyi maanalaiseen toimintaan ja osa siirtyi ulkomaille. Ante Pavelic ja Mile Budak perustivat Ustašan ja kirjoittivat sen ohjelmanjulistukseen tavoitteekseen: ”"…itsenäinen Kroatia koko historiallisessa laajuudessaan".” Uuden valtion tuli olla vain kroaateille. Ustaša harjoitti Jugoslaviassa terroria surmaten muun muassa poliiseja. Fasistinen Italia tuki sen toimintaa.
Ranska romahti kesällä 1940 Saksan hyökättyä maahan. Jugoslavialla ja Ranskalla oli perinteisesti olleet läheiset välit. Ranskan romahdus ja Unkarin, Slovakian sekä Romanian liittyminen kolmen vallan sopimukseen herättivät Jugoslaviassa turvattomuuden tunnetta. Turvattomuuden tunnetta lisäsi Italian myöhemmin katastrofiksi kääntynyt hyökkäys Kreikkaan. Lisäksi epäiltiin autonomisen aseman saaneen Kroatian uskollisuutta. Kroatian suosituin puolue, talonpoikaispuolue, vakuutti pysyvänsä uskollisena Jugoslavialle jos maahan hyökättäisiin.
Italian kärsittyä tappion Kreikassa alkoi sodan osapuolilla kilpailu siitä, mikä osapuoli saisi Jugoslavian liittolaisekseen. Britannian asiamiehet yrittivät taivutella jugoslaaveja liittymään Kreikan puolelle. Painetta tehdä päätös puolen valinnasta syntyi, kun 1. maaliskuuta 1941 Bulgaria liittyi kolmen vallan sopimukseen. Lopulta Jugoslavia tarttui Hitlerin varsin edulliseen tarjoukseen: Saksa lupasi tukea Jugoslavian itsenäisyyttä, sen läpi ei kuljetettaisi joukkoja ja salaisessa pöytäkirjassa sille tarjottiin Salonikin satamaa. Sopimus allekirjoitettiin 25. maaliskuuta 1941.
Heti sopimuksen allekirjoittamisen jälkeen, maaliskuun 25.- 26. päivän välisenä yönä, käynnistyi sotilasvallankaappaus. Kenraali Dušan Simović johti kaappausta ja kaappaajat julistivat alaikäisen prinssi Pietarin kuninkaaksi. Kaappaajat julistivat mitätöivänsä kolmen vallan sopimuksen Jugoslavian osalta ja palaavansa vuoden 1921 perustuslakiin. Kaikki puolueet ilmoittivat kannattavansa uusia vallanpitäjiä, jotka tekivät myös useita Kroatiaa suosivia päätöksiä. Maassa oleskeli tuohon aikaan brittiläisiä upseereja ja heidän osallisuuttaan kaappaukseen on spekuloitu. Kuultuaan kaappauksesta Hitler päätti heti käynnistää vastatoimet Jugoslaviaa kohtaan. Niihin kuuluivat välittömät sotilaallisen hyökkäyksen valmistelut ja itsenäisyyslupailut kroaateille, bosnialaisille ja makedonialaisille.
Saksa otti salaisesti yhteyttä talonpoikaispuolueen johtajaan Vladko Mačekiin, että voisiko tämä olla mahdollisesti muodostettavan uuden Kroatian valtion johtaja. Maček kieltäytyi. Saksassa ei oltu kaavailtu aluksi minkäänlaista hyökkäystä Jugoslaviaan saati Kroatian itsenäisyyttä ja siksi heillä ei ollut mielessä minkäänlaista valtionpäämiestä. Saksa oli tarjonnut Kroatian liittämistä Unkariin, mutta Unkari kieltäytyi. Nyt otettiin esille Benito Mussolinin luona maanpaossa ollut Ante Pavelić ja hänen johtamansa Ustaša. Akselivaltojen hyökkäys Jugoslaviaan alkoi 6. huhtikuuta 1941.
Jugoslaviaan hyökänneet akselivallat löivät pian Jugoslavian armeijan ("Jugoslovenska vojska"), joka oli huonosti varusteltu ja vielä huonommin johdettu. 10. huhtikuuta 1941 Saksan armeija oli jo tunkeutumassa Zagrebiin, kun Kroatian oikeistopuolueen johtaja Slavko Kvaternik piti radiossa puheen. Kvaternik, joka oli maanalaisen Ustašan varajohtaja julisti, että "Historiallinen käännös on tapahtunut... Itsenäinen Kroatian valtio on syntynyt jumalallisesta tahdosta ja Ustašan ja sen johtajan Ante Pavelićin suurten uhrausten johdosta... " Lisäksi vannottiin liittolaisuutta Saksalle. Kuultuaan julistuksen Vladko Maček kehotti kansaa pysymään rauhallisena ja virkamiesten pysyvän tehtävissään. Maček ei kuitenkaan tunnustanut uutta hallintoa lailliseksi, vaikka kehottikin kansaa tukemaan sitä. Pavelićin mielestä Maček oli vihollinen, minkä takia hänet vietiin vastaperustettuun Jasenovacin keskitysleiriin. Sieltä hänet siirretiin kotiarestiin, missä pysyi toukokuuhun 1945.
Uusi tilanne ei miellyttänyt Italiaa ja Mussolinia, jonka pitkän tähtäimen tavoitteena oli ollut Jugoslavian hajottaminen. Kvaternik ei ollut maininnut julistuksessaan Italiaa lainkaan. Mussolinille tuli kiire julistaa uusi Kroatian Italian vasallivaltioksi. Nyt radiopuheen piti Pavelić, joka kertoi itsenäisyyden syntyneen Italian armeijan ja urhean Ustašan sotajoukkojen taisteluilla. Tilanne oli todellisuudessa kokonaan toisenlainen. Puheen aikana 200 kevyesti aseistettua Ustašan miestä istui junassa matkalla Italiasta Zagrebiin. Heitä johtivat italialaiset upseerit.
Mussolini ja Pavelić kävivät neuvottelun Kroatian hallitusmuodosta ja päätyivät monarkiaan. Kroatian nimelliseksi johtajaksi tuli Italian kuninkaan serkku Spoleton herttua, joka otti hallitsijanimekseen kuningas Tomislav II. Uusi kuningas ei kuitenkaan koskaan edes käynyt Kroatiassa ja luopui arvonimestään 12. lokakuuta 1943 Italian vetäytyessä sodasta. Kesäkuussa 1941 Spoleton herttua kirjoitti pitkän kirjeen Italian kuninkaalle, jossa totesi, että Kroatian kansa ei kannata Ustašaa, vaan talonpoikaispuoluetta ja nykytilanteessa myös kommunisteja ja ovat enimmäkseen tasavaltalaisia. Lisäksi hän totesi, että Dalmatian liittäminen Italiaan on tehnyt italialaiset epäsuosituiksi ja maan serbienkin kanssa pitää tulla toimeen. Siksi hän ei voi siirtyä Kroatiaan.
Saksa ja Italia kokoontuivat neuvottelemaan uudesta tilanteesta Wieniin 21.- 22. huhtikuuta 1941. Siellä sovittiin, että Kroatia jaetaan Saksan ja Italian miehitysvyöhykkeisiin, jotka olivat lähes yhtä suuret. Mailla oli Kroatian suhteen erilaiset intressit. Italia halusi pitää Kroatian heikkona nukkevaltiona, kun taas Saksa halusi tehdä siitä niin vahvan, että se hallitsisi omaa aluettaan ja ylläpitäisi alueellaan rauhaa. Näin Kroatian miehittäminen ei sitoisi Saksan joukkoja rintamilta.
Ante Pavelić saapui Zagrebiin entiseen varakuninkaan palatsiin Italiasta aamuyöllä 20. huhtikuuta 1941. Saapumisajankohta johtui siitä, että hänen turvallisuuttaan ei pystytty takaamaan päiväsaikaan. Edelliset viisi päivää olivat kuluneet Italiassa neuvotteluissa, joissa hän Mussolinin vaatimuksesta luovutti Dalmatian Italialle sen "venetsialaisen luonteen" vuoksi. Sopimuksen vuoksi 350 000 kroaattia joutui Italian alamaisiksi.
Pavelić otti käyttöön tittelin "Poglavnik", joka suomeksi tarkoittaa lähinnä johtajaa. Heti Zagrebiin tulon jälkeisenä päivänä pidettiin juhlallisia radiopuheita, joissa uusi Poglavnik lupasi kansalle työtä ja järjestystä. Voittoisa Poglavnik tarjoaa kansalleen koko sydämensä ja viisautensa ja uhraa kaiken aikansa kansansa vuoksi.
Uuden itsenäisen Kroatian valtion (NDH:n) tukijat löytyivät lähinnä keskiluokasta ja älymystöstä. Ustašan kannattajia oli vuonna 1941 varsin vähäinen määrä; noin 2000 henkilöä, hekin pääosin Zagrebissa. Maaseudun pienillä paikkakunnilla Ustašan kannatus saattoi rajoittua yksittäiseen henkilöön. Eniten Ustaša-hallintoa vastustettiin pienviljelijöiden keskuudessa, jotka perinteisesti kannattivat talonpoikaispuoluetta.
Ustašan hallinto ei perustunut laillisuusperiaatteille eikä Itsenäistä Kroatian valtiota voi pitää laillisesti muodostettuna valtiona. Vapailla vaaleilla valittu Kroatian talonpoikaispuolue kehotti kansalaisia passiiviseen vastarintaan eikä luovuttanut valtaa uusille vallanpitäjille. Ustašan kannatus oli kovin vähäistä itsenäistymisen hetkellä eikä se noussut myöhemminkään. Wehrmachtin kenraali Edmud Glaise von Horstenau totesi muistelmissaan, että todellista otetta yhteiskunnasta Ustaša ei saanut koskaan.
Suurin osa nykyisestä Kroatiasta kuului uuteen valtioon, mutta Dalmatia oli Italian ja Međimurje ja Etelä-Baranja Unkarin hallussa. Kroatia levittäytyi myös Bosnia ja Hertsegovinaan. Tällöin Kroatia omi alueet jotka olivat aikaisemmin Itävalta-Unkarin hallussa. Koillinen osa oli Saksan, lounainen Italian hallinnassa. Saksan vyöhyke oli Bosnian ja Kroatian sisämaassa, sen alueella olivat muun muassa Zagreb, Glina, Banja Luka, Vukovar ja Zemun Vojvodinassa sekä Sarajevo aivan lähellä Italian vyöhykkeen rajaa, joka kulki noin 160–220 kilometrin päässä Adrianmeren rannikosta. Italian vyöhykkeellä olivat Slunj, Bihać, Knin, Split ja Dubrovnik.
Italiaan liitettiin Zadarin kaupunkia ympäröivä Dalmatian rannikkokaistale sekä Adrian meren saaria. Italian antauduttua 1943 NDH sai haltuunsa Dalmatian ja Istrian niemimaan eteläosat. Dalmatian asukkaissa alueen liittäminen Italiaan ja italialaisten viranomaisten harjoittama sorto herätti suurta katkeruutta ja se oli alueita, joissa kommunistien vastarintataistelu sai heti suuren kannatuksen.
Uuden valtion väkiluku oli noin 6 300 000 henkeä. Kroaatteja oli noin 3000 000 henkeä, muslimeja 500 000-600 00henkeä ja ”ei-toivottuja aineksia” eli serbejä noin 2000 000 henkeä sekä juutalaisia suurin piirtein 36 0000 henkeä. Romaneja oli lähes yhtä paljon kuin juutalaisia. Unkarilaisia asui maassa noin 70 000 henkilöä. Serbejä asui paljon Krajinassa ja Bosniassa. Juutalaiset taas asuivat etupäässä Zagrebissa, Sarajevossa ja Osijekissa.
Uuden valtion nimeksi valittiin "Itsenäinen Kroatian valtio", jolla haluttiin korostaa, että kroaattien pitkä unelma valtiollisesta itsenäisyydestä oli nyt täyttynyt. Monet kansalaispiirit ajattelivat ensin, että Kroatiasta tulisi todella itsenäinen, joskin pienin rajoituksin sen suvereenisuudessa, kokivat myös pettymyksen tunteita kun huomasivat Saksan ja Italian olevan maan todellisia isäntiä. Lisää pettymyksen tunteita aiheuttivat Rooman sopimukset, joilla Kroatian joutui luovuttamaan Italialle Dalmatian rannikon ja saaria sekä laivastosopimus, jolla lähes kaikki Kroatian sota-alukset luovutettiin Italialle.
Kroatian itsenäisyyden tunnustivat Saksa, Italia, Slovakia, Bulgaria, Romania, Suomi, Tanska, Espanja, Japani, Mantsukuo ja Thaimaa. Länsiliittoutuneet eivät sitä tunnustaneet.
Heti NDH:n julistamisen jälkeen kiellettiin poliittiset puolueet Ustašaa lukuun ottamatta ja kumottiin kansalaisten oikeus kokoontua vapaasti. Kovin lupaavia eivät olleet myöskään muut uudet lait ja asetukset. 17. huhtikuuta 1941 astui voimaan ”Laki kansan ja valtion puolustamisesta”, jossa säädettiin kuolemantuomio toimista Kroatian kansakunnan ja NDH:n säilymistä vastaan. 30. huhtikuuta 1941 seurasi ”Laki rotujärjestyksestä” ja ”Laki kroaattien arjalaisen veren ja kunnian säilymisestä” mitä seurasi säädös ”Rotupoliittisesta järjestelmästä”. Laki korosti erityisesti juutalaisten ja romanien lopullista poistamista Kroatiasta. Ansioituneiden juutalaisten kohdalla saatettiin tehdä poikkeuksia. Seuraavaksi sortotoimet suunnattiin serbeihin. Serbitaustaiset virkamiehet erotettiin. Serbien kansallinen seuratoiminta kiellettiin, omaisuutta takavarikoitiin ja kouluja suljettiin. Lisää serbivastaista lainsäädäntöä tuli pian lisää; Serbian Ortodoksinen kirkko lakkautettiin, kirkkoja ja luostareita tuhottiin ja pappeja karkotettiin. Vuonna 1942 Pavelić julisti perustetuksi Kroatian ortodoksisen kirkon, jonka 
erosi Serbian ortodoksisesta kirkosta vain nimen osalta. Myös kyrillisten kirjainten käyttö kiellettiin. Lisäksi julkistettiin säädös, joka kielsi kaikki vieraskieliset kauppojen, liikeyritysten ja yhdistysten nimet. Kaikkia edellä mainittuja lakeja vastaan rikkoneille säädettiin kuolemantuomio. Rikkomuksia käsiteltiin paitsi tavallisessa oikeudessa, myös täysin valtuuksin toimineissa liikkuvissa kenttäoikeuksissa.
Pavelić vieraili Hitlerin luona 6. kesäkuuta 1941. Pavelić luennoi Hitlerille Kroatian kansallisuuksista ja totesi, että Bosnian muslimit ovat puhtaimpia kroaatteja. Lisäksi hän tähdensi, että kroaatit eivät ole slaaveja, vaan gootteja. Hitler puolestaan totesi, että on päättänyt karkottaa Saksaan liitetyiltä Jugoslavian alueita neljännesmiljoona sloveenia Kroatiaan ja eikö olisi viisasta jos serbit tekisivät heille tilaa? Väestönsiirrot ovat kivulloisia, totesi Hitler, mutta niistä on aina tulevaisuuden kannalta suuri hyöty. Lisäksi hän neuvoi Pavelićia, että jos hän haluaa perustaa kestävän valtion, hänen täytyy ylläpitää armotonta sortoa valtionsa vihollisia kohtaan seuraavat viisikymmentä vuotta. Pavelić toimi monessa suhteessa mestarinsa neuvojen mukaan, mikä aiheutti tragedian.
Kroatian katolisen kirkon piispa Janko Šimrak protestoi uusia rasistisia lakeja Slavko Kvaternikille, joka totesi, että ei voi vaikuttaa asiohin. Hän totesi että lait on säädetty, jotta hallinnolle saadaan Saksan tuki. Juutalaisvainot olivat hänen mukaansa se hinta, joka oli maksettava liittolaisuudesta Hitlerin kanssa. Monia Uštasan jäseniä motivoi juutalaisvainoihin mahdollisuus saada haltuunsa juutalaisten luulotellut rikkaudet.
Uusien lakien myötä alkoi olla selvää, että serbien asema uudessa Kroatiassa oli tukala. Heillä ei olisi mahdollisuutta elää Kroatiassa muuten kuin kieltämällä kansallisuutensa. Heidät julistettiin vihollisiksi ja alettiin luoda pohjaa kansanmurhalle. Moni äärikansallismielinen katsoi koettaneen hetken, jolloin voidaan kostaa 20 vuotta kestänyt Belgradin määräily. 27-28. huhtikuuta 1941 Uštasan joukot murhasivat 196 serbilaisia maanviljelijää Krajinassa. Seuraavat murhat tehtiin toukokuussa, jolloin murhattiin yli 600 serbiä- Kesä- heinäkuussa 1941 Uštasan johtohenkilöt kiertelivät Bosniassa puhumassa kansalle, että rauha vaatii serbien poistamista maasta. Samaan aikaan jatkuivat joukkomurhat: 30 000 serbimiestä -naista ja lasta surmattiin Krajinassa ja Länsi- Bosniassa. Heinäkuun loppuun mennessä vuonna 1941 arviolta 180 000 serbiä oli karkotettu Serbiaan.
Epätoivoisessa tilanteessa itsensä ja perheensä pelastamiseksi vuosina 1941- 1942 noin 250 000 Itsenäisen Kroatian valtion alueella elänyttä serbiä kääntyi joko katolilaisiksi, protestanteiksi ja jotkut islaminuskoisiksi. Pavelić julisti elokuussa 1941, että "serbikysymys" ratkaistaan parhaimmalla mahdollisella tavalla ja yhteistyössä saksalaisten kanssa 250 000 serbiä siirretään Serbiaan. Loput saisivat jäädä Kroatiaan.
NDH:n kansallisuuspolitiikka perustui kroatialaisen kirjailijan Mile Budakin ohjelmaan, jonka mukaan juutalaiset, romanit ja serbit olivat ”ei-toivottuja ja epäpuhtaita aineksia”. Romanit ja juutalaiset tuli surmata välittömästi. Sen sijaan serbeihin piti käyttää ns. ”kolmasosan menetelmää”. Tämä tarkoitti sitä, että kolmasosa serbeistä tuli käännyttää katolisuuteen, kolmasosa karkottaa maasta ja kolmasosa surmata. NDH:ssa Budak toimi opetus- ja uskontoministerinä sekä suurlähettiläänä Saksassa.
Bosnian muslimiväestö julistettiin ”veljiksi” ja heistä käytettiin nimitystä ”Islamilaista uskoa tunnustavat kroaatit”. Heitä pidettiin myös rodullisesti kaikkein puhtaimpana kansanosana. Pavelić suosi Bosniaa pitäen sitä Kroatian ydinalueena, toisin kuin Dalmatiaa, jonka asukkaisiin hän suhtautui epäluuloisesti. 27. huhtikuuta 1941 hän antoi asetuksen, jonka mukaan Zagreb on vain väliaikainen pääkaupunki ja pääkaupungiksi tulee Bosniassa sijaitseva Banja Luka. Zagrebiin ryhdyttiin rakentamaan moskeijaa joka nimitettiin Ante Pavelicin mukaan "Poglavinikin moskeijaksi" eli suomeksi ”Johtajan moskeijaksi”. Bosnian muslimit muodostivat myös omia armeijan yksiköitä paitsi NDH:n armeijaan, myös SS-joukkoihin.
Aluksi NDH:lla oli aseistettuja Ustašan joukkoja 12 000 miestä, joka määrä kasvoi 110 000 sotilaaseen vuonna 1942. NDH:n armeija jakautui ustaša-eliittiin ja huomattavasti suurempaan "Domobraniin", joka tarkoittaa kodinturvajoukkoja. Domobranin perusti Slavko Kvaternik. Valtion johto laiminlöi Dombrani-joukkoja koko sodan ajan, eikä niitä käytetty kansanmurhaan. Kansanmurhaa tekivät Ustašan eliittijoukot, jotka suhtautuivat puolueen ideologiaan fanaattisesti. Domobranien päällystö oli joko Itävalta-Unkarin tai Jugoslavian armeijan entisiä upseereja jotka eivät voineet sietää Ustašaa. He saivat tietää Ustašan tekemistä rikoksista ja moni katsoi paremmaksi liittyä partisaanien puolelle.
Pavelić oli alusta lähtien huolissaan valtansa säilymisestä. Turvatakseen sen hän muodosti kaksi organisaatiota: Ustašan eliittikaartin, eräänlaisen puolueensa oman armeijan, jonka esikuvana oli SS. Lisäksi perustettiin salainen poliisi UNS, jolla oli laaja tehtäväkenttä. Sen piti valvoa Ustašan jäseniä ja eliminoida puolueen sisäinen oppositio. Lisäksi sen tuli valvoa kaikkia valtionhallinnon virkamiehiä ja ylläpitää keskitysleirejä, joista Jasenovacin keskitysleiri oli kuuluisin. Kaikkiaan keskitysleirejä perustettiin eripuolille Kroatiaa 26 kappaletta.
Kumpikin organisaatio sai alkunsa pienestä ryhmästä miehiä, jotka olivat olleet Pavelićin kanssa maanpaossa. Ryhmä oli liimautunut yhteen ja täytti tehokkaasti johtajansa kaikki määräykset.
Ustašan saapuessa Kroatiaan maalla oli toimiva hallinto. Koska maanpaosta saapuneet uudet hallitsijat eivät luottaneet paikallisiin, alkoi hallinto pian rapautua. Eri hallintokuntiin etsittiin sopivia henkilöitä hoitamaan asioita, joita he hoitivat kuin omia läänityksiään. Järjestelmä synnytti ilmapiirin, jossa kaikki kilpailivat ja jokainen pelkäsi salaista poliisia UNS:ää. Hallinto pysyi toiminnassa vain suurella väkivallan käytöllä, mikä loi lisää tehottomuutta. Saksan sotilasviranomaiset huomasivat pian, että NDH:n virkailijoihin ei voi luottaa. Vuonna 1942 Italian suurlähettiläs ilmoitti hallitukselleen, että Ustaša hallitsee ainoastaa Zagrebia ja muita suuria kaupunkeja. Kansan mieliä he eivät ole saaneet puolelleen vaan he kannattavat yhä talonpoikaispuoluetta.
Talouselämässä Saksa sai ylivallan. Pavelić teki sopimuksen, jonka mukaan Kroatia maksaa koko sodan ajan Wehrmachtin oleskelun maassa. Lisäksi saksalaisten yritysten edut otettaisiin erityissuojeluun. Niille myönnettiin edullisia toimilupia Kroatian luonnonvarojen hyödyntämisessä. Dalmatian anastanut Italia sai haltuunsa Kroatian telakkateollisuuden. Maan elintarviketilanne ajautui kaaokseen jo vuoden 1941 lopussa. Elintarvikkeita ei voitu kuljettaa kaupunkeihin četnikkien ja partisaanien katkaistessa rautateitä. Maata vaivasi inflaatio joka johtui erityisesti elintarvikkeiden hintojen nopeasta noususta.
Suurin osa katolisesta kirkosta ei tukenut Ustašan pakkokäännytysohjelmaa, jolla serbejä käännytettiin ortodokseista katolilaisiksi. Kirkonmiehiä, jotka eivät rukoilleet NDH:n puolesta ja järjestäneet juhlamessuja Pavelicin kunniaksi, pidätettiin ja vietiin keskitysleireihin. Heinäkuussa Ustaša tappoi monia kroatialaisia kommunisteja.
Ustašahallinto hankki uudelle valtiolle monia itsenäisen valtion tuntomerkkejä: vuonna 1941 otettiin käyttöön vanhat Jugoslavian dinaarit korvannut raha kuna ja Jugoslavian Punainen Risti korvattiin Kroatian Punaisella Ristillä. Itsenäisen Kroatian valtion Punaista Ristiä ei koskaan tunnustettu kansainvälisesti.
Ulkopolitiikassaan Itsenäinen Kroatian valtio seurasi akselivaltoja. Se julisti sodan Isolle-Britannialle ja Yhdysvalloille. Se lähetti sotilaita Saksan itärintamalle Neuvostoliittoon, missä kroaattisotilaita oli mukana muun muassa Stalingradin taistelussa.
Vuonna 1942 yritettiin perustaa parlamentti, "Sabor". Parlamentaarikkoja ei valittu vaaleilla, vaan Pavelić kutsui heidät henkilökohtaisesti. Vaikka sen jäsenet olivat uuden hallinnon kannattajia, he eivät voineet olla esittämättä ankaraa kritiikkiä Dalmatian luovuttamisesta Italialialle. Heidän mielestään kyseessä oli petos ja sielun myyminen viholliselle. Parlamentti kokoontui vain muutaman kerran, minkä jälkeen se hajotettiin.
Ustaša halusi rakentaa Kroatiasta kansallissosialistisen mallin mukaisen totalitaristisen valtion. Valtio tuli rakentaa puolueen hierarkialle ja ainoastaan sen ideologian varaan. Joka kylään tulisi yksi Ustašan solu ja kaupungissa jokaiselle kadulle vastaavasti yksi solu. Yhdessä solut hallitsisivat koko paikkakuntaa ja paikkakunnista muodostuisi maakuntia. Maakunnat muodostaisivat valtion, jonka huipulla olisi Poglavnik. Jokaisella solulla olisi johtajansa, joka ottaisi määräykset ylemmältä johtajaltaan ja lopulta Poglavnikilta itseltään. Pyramidimaisen valtiorakenteen huipulla olisi Poglavnikin ohella Ustašan ylin neuvosto, GUS. Neuvostoa ja hallintokoneistoa ei pystytty keväällä 1941 rakentaa, sillä Pavelićin ohella maanpaosta palasi vain 500 miestä. Lopulta Pavelić oli GUS:n ainoa jäsen. Pyramidimaisen puoluehallinnon muodostaminen osoittautui virheeksi. Puolueesta tuli oma valtio valtion sisälle.
Muodostettiin valtiollinen työpalvelu, ammattijärjestöt sekä nais- ja nuorisojärjestöt. Nuorisojärjestössä tehtiin serbivastaista propagandaa ja nuorison keskuudessa lietsottiin suoranaista raivoa serbejä vastaan. Kaikkia suunniteltuja puolueorganisaatioita ei ehditty Ustašan valtakaudella perustaa. 
Ante Pavelić ilmoitti, että NDH:n aikana Ustašan jäsenmäärä kohosi 30 000 henkilöön, mutta todellisuudessa heitä lienee ollut noin 15 000 henkilöä.
Itsenäisen Kroatian Valtion hallinto otti tiukan otteen maansa tiedotusvälineistä. Lehdistöstä ja radiosta ei tavallinen kansalainen saanut mitään tietoa käynnissä olevasta serbien, juutalaisten ja romanien kansanmurhasta. Krajinan ja Bosnian asukkaat näkivät tapahtumia, mutta hekään eivät voineet aluksi tietää että murhajoukot toimivat hallituksen luvalla.
Vuoden 1942 loppuun mennessä Kroatian väestö tiesi Jasenovacin keskitysleirin julmuuksista ja käynnissä olevasta kansanmurhasta. Pavelić myönsi julkisuudessa, että murhia on tapahtunut, mutta niitä tekevät ""villit joukot"". Kyseessä oli ilmiselvä vale, sillä kaikki käskyt sekä salaiselle poliisille että Maks Luburićille tulivat suoraan Pavelićilta.
Četnikit, Titon partisaanien kanssa kilpaileva ei-kommunistinen vastarintaliike, kosti Ustašan julmuuksia kroaateille. Erityisen julmasti Četnikit kohtelivat kuitenkin muslimiväestöä.
Kun Italia luopui sodasta vuonna 1943, Pavelić ilmoitti, että hänen Italian kanssa tekemänsä sopimukset eivät ole enää voimassa. Dalmatian liitettiin takaisin Kroatiaan. Alueen miehitti tosin Saksan armeija taistellakseen partisaaneja vastaan. 
Huhtikuussa vuonna 1941 moni papiston edustajista suhtautui myönteisesti uuteen Itsenäiseen Kroatian valtioon. Arkkipiispa Stepinac kävi heti itsenäisyysjulistuksen kuultuaan onnittelemassa Slavko Kvaternikia. Toisaalta kyseessä oli hengellisen vallan edustajan tervehdys maalliselle vallalle, toisaalta kardinaali Stepinac oli isänmaallisesti ajatteleva kroaatti joka oli ollut tyytymätön Jugoslaviaan. Tavattuaan huhtikuun 1941 loppupuolella Ante Pavelićin hän uskoi tämän olevan vilpittömän katolisen.
Myös tavallinen seurakuntapapisto suhtautui aluksi myönteisesti uuteen hallintoon joka ilmoitti kannattavansa perinteisiä perhearvoja ja vastustavansa aborttia ja pornografiaa. Erityisesti nuorten kirkonmiesten keskuudessa oli vahva kannatus. Asiat alkoivat muuttua jo kesällä 1941.
Kun rasistiset lait julkistettiin huhtikuun lopussa vuonna 1941, arkkipiispa Stepinac kirjoitti oikeusministeri Andrija Artukovićille, että tämä sortaa ihmisiä sellaisten asioiden johdosta, joille nämä eivät voi mitään. Vähän myöhemmin hän sai huolestuttavia kirjeitä krajinalaisilta papeilta, jotka olivat todistaneet serbien joukkomurhia. Stepinac kirjoitti Pavelićille, että tämän pitäisi lopettaa murhaaminen välittömästi. Vetoomuksella ei ollut mitään vaikutusta. Kuulemansa joukkomurhat hän raportoi eteenpäin Vatikaaniin, joka ei enää katsonut voivansa tunnustaa uuden valtion itsenäisyyttä.
Vuoden 1942 aikana katolisen kirkon johtomiehet lopettivat yksityiset vetoomuksensa hallinnon johtomiehille ymmärrettyään että he ovat antaneet luvan murhaamiselle. Vetoomukset muuttuivat yhä julkisemmiksi ja Ustašaan liittyneitä pappeja erotettiin kirkollisista viroistaan. Joukko pappeja pidätettiin ja vietiin Jasenovacin keskitysleiriin, missä heidät teloitettiin pettureina. Stepinac kirjoitti jälleen kirjeen oikeusministerille, mutta turhaan. Lokakuussa 1942 pidetyssä jumalanpalveluksessa Stepinac puhui saarnassaan, että minkäänlaista ihmisten erottelua ja surmaamista ei pidä sallia, sillä se on vastoin kirkon opetuksia. Hän myös lisäsi Jasenovacin keskitysleirin olevan Itsenäisen Kroatian valtion häpeäpilkun. Titon partisaanit lukivat radiossaan useita Stepinacin saarnoja.
Suuren yleisön tietoisuuteen Stepinac tuli lopullisesti lokakuussa vuonna 1943. Saarnassaan hän tuomitsi kaiken rasismin ja satojen ihmisten summittaiset murhat, joiden hän totesi olevan pakanuutta ja pahuutta. Ustašahallinto hyökkäsi Stepinacia vastaan omassa sanomalehdessään "Nova Hrvastkassa", että arkkipiispa ei ymmärrä mistä puhuu, häneltä puuttuu ymmärrys valtion asioista ja hyökkää Kroatian kansan perusteita ja jopa oman kirkkonsa perusteita vastaan. Tämän pidemmälle Stepinac ei kuitenkaan mennyt eikä hallintokaan koskenut häneen.
Jälkeenpäin on vaikea hahmottaa millaiset Ustašahallinnon ja katolisen kirkon suhteet oikein olivat. Toisaalta arkkipiispa Stepinac kävi tervehtimässä uutta hallintoa kun se perustettiin, mutta kyseisessä tilanteessa kukaan ei voinut tietää mihin tilanne johtaa. Hänen vuodesta 1942 alkanutta hallinnon tekojen tuomitsemista on pidetty myöhäisenä. Kirkko ei myöskään saanut rivejään suoriksi: arkkipiispa Stepinac ei voinut estää Sarajevon piispan eikä monen nuoren papin ja munkin liittymistä Ustašaan. Myös pakkokäännyttämiseen oli kahdenlaista mielipidettä: osa kannatti sitä ja osa taas oli sitä mieltä, että kääntyminen on hyväksyttävää vain vapaaehtoisesti. Moni pappi vaaransi henkensä piilottaessaan vainottuja serbejä ja juutalaisia, mutta moni otti myös asenteen, että ei näe mitään, eikä tiedä mitään. 
Huhtikuussa vuonna 1941 monet kroaatit ottivat Saksan Wehrmachtin ja maanpaosta saapuneet Ustašan jäsenet vastaan kukkakimpuin ja suurin juhlallisuuksin. Laajat kansalaispiirit olivat turhautuneita ja pettyneitä Jugoslaviaan. Kroatian itsenäistyminen ja huhtikuussa käyty lyhyt sota sai monet ajattelemaan toiveikkaasti, että maa säästyy suuremmalta hävitykseltä.
Kesä-heinäkuussa samana vuonna monen ensi-innostus oli muuttunut tyrmistykseksi. Asutuskeskuksiin ilmestyi murhanhimoisia propagandajulisteita ja listoja surmatuista ja vangituista uuden hallinnon vastustajista. Monissa kansalaisissa herätti ihmetystä se, miten aiemmin arvostettuina pidettyjä henkilöitä syytettiin nyt epäisänmaallisuudesta. Juutalaisten vainoamista kansa ei voinut ymmärtää. Maassa oli ollut antisemitismiiä, mutta suurin osa työväen- ja keskiluokasta ei sitä suvainnut. Suhteet serbeihin olivat monimutkaisemmat: heidän ylivaltaansa Jugoslaviassa inhottiin, mutta heidän surmaamistaan kannattivat vain ääriainekset. Murhaamisten ja karkotusten tultua suuren yleisön tietoisuuteen, moni katsoi velvollisuudekseen liittyä partisaaneihin. Tosin moni otti asenteen, että ei näe, ei kuule, eikä tiedä mitään.
Italian kanssa tehtyjä sopimuksia vastustivat tavallinen kansa, katolinen kirkko ja jopa Ustašan jäsenet. Muuan ulkoministeriön virkamies, joka oli periaatteessa Ustašan kannattaja, totesi että itsenäistymisjulistuksen tuoma ilo vaihtui pettymykseksi ja hän otti Kroatian trikoloria kuvaavan ruusukkeen pois takistaan. . Jopa Slavko Kvaternik, joka julisti huhtikuussa 1941 radiossa Itsenäisen Kroatian valtion syntyneeksi, kääntyi vastustamaan Ustašaa. Hänen mielestään Ustaša ei ollut vallankumouksellinen itsenäisyysliike, vaan se oli hylännyt uskonnon, moraalin, laillisuuden ja politiikan toimintatavat. Se oli muuttanut jäsentensä toimintatarmon puhtaaksi barbariaksi. Hän ei voinut myöskään hyväksyä Pavelićiin kohdistettua henkilöpalvontaa. Kvaternik erotettiin kaikista viroistaan vuonna 1942.
26. toukokuuta 1941 lukioiden oppilaat koottiin Zagrebin stadionille seisomaan kolmirivissä. Ustašan virkailijat määräsivät juutalaiset ja serbit astumaan esiin. Tuloksena oli, että kaikki oppilaat astuivat rivistä pelkäämättä heitä uhannutta poliisiväkivaltaa. Myöhemmin samana vuonna kuuluisa Sarajevon Haggadah (Juutalaisten Raamattu) piilotettiin museosta maaseudulle. Museon virkailija Jozo Petrovic oli saanut vihjeen, että Ustaša aikoi hävittää sen.
Italiasta saapuneiden maanpaossa olleiden Ustašan jäsenten toiminta herätti sekä inhoa että pelkoa. Heidät oli ylennetty lähes kaikki, suoraan eversteiksi. He käyttivät terroria valtion vihollisia ja erimielisiä Ustašan jäseniä kohtaan. Erityisen inhottuja ja pelättyjä olivat Slavko Kvaternikin poika Eugen "Dido" Kvaternik joka perusti ja johti salaista poliisia UNS:ää ja Maks Luburić, joka perusti ja johti keskitysleirejä. Heidän toiminnastaan raportoitiin Vatikaaniin, jonne heitä kuvailtiin nykyajan keisari Neroina. Heidän toimintansa vuoksi aluksi NDH:ta sympatisoinyt Vatikaani kääntyi Ustašahallinon vastustajaksi. Luburić ja Eugen "Dido" Kvaternik edustivat juuri sellaisia nuoria miehiä, joita Pavelić arvosti ja katsoi hallintonsa eniten tarvitsevan.
Kirjailijat Vladimir Nazor ja Ivan Goran Kovacić pakenivat NDH:sta ja liittyivät Titon partisaaneihin. Italialainen kenraali Mario Roatta puolestaan ryhtyi suojelemaan serbejä ja juutalaisia ja kieltäytyi yhteistyöstä Ustašan kanssa. Hän teki yhteistyötä Četnikien kanssa ja antoi näille apuaan. Wehrmachtin kenraali Edmund Glaise von Horstenau lähetti esimiehilleen Saksaan raportteja, missä ei peitellyt eikä salaillut inhoaan Ustašan politiikkaa ja toimintatapoja kohtaan.
Kroatian kommunistit päättivät ryhtyä aseelliseen vastarintaan 10. huhtikuuta 1941, samana päivänä kuin Itsenäinen Kroatian valtio perustettiin. Zagrebissa sijaitsivat kirjapainot, missä ensimmäiset vastarintaan kehottavat lentolehtiset painettiin.
Titon partisaanit aloittivat taistelun 22. kesäkuuta 1941, aluksi syrjäseuduilla ja Ustašan joukkojen hävittämillä alueilla. Syyskuussa 1941 kommunistit julistivat Pavelićin maanpetturiksi ja kehottivat Domobrani-joukkoja vaihtamaan puolta. Julistuksissa kehotettiin taistelemaan Kroatian, ei Jugoslavian puolesta.
Tito yritti vuonna 1941 neuvotella Četnikkien, Jugoslavian kuningasmielisten partisaanien kanssa, yhteisrintamasta. Neuvottelut eivät johtaneet mihinkään. Četnikkien johto päätti odottaa sodan loppua ja käytti tilaisuuteensa kroaattien ja muslimien vainoamiseen Bosniassa, jonka alueita liitettäisiin tulevaan Suur-Serbiaan. Tito alkoi nyt julistuksissaan puhua uudesta Jugoslaviasta, jossa jokaisella kansalla olisi vapaus ja itsemääräämisoikeus. Hänen vetoomuksensa "veljeydestä ja yhtenäisyydestä" sai vallineessa tilanteessa paljon kannatusta.
Aseellinen taistelu sai alkunsa vuonna 1942 Krajinasta, alueilta joissa Ustaša oli tehnyt joukkomurhiaan. Se vahvistui vuonna 1943 Dalmatiasta, sen jälkeen kun Italia oli vetäytynyt maakunnasta. Enemmistö Jugoslavian partisaaniarmeijan jäsenistä oli peräisin Kroatian alueelta ja siihen kuului sekä kroaatteja että serbejä.
Jo vuonna 1942 raportoi Italian armeijan komentaja Bstiani, että Dalmatiassa on havaittavissa merkittävää partisaanitoimintaa ja he ovat eristämässä Zadarin ja Spilitin kaupungit ympäröivästä maaseudusta. Samana vuonna Domobranien komentaja totesi, että partisaanit taistelevat ihailtavan taitavasti ja sen propaganda on kansan mielestä uskottavaa. Partisaanisoluja tuntui olevan kaikkialla: Dombrani-joukoissa, kouluissa ja jopa Ustašan nuorisojärjestössä. Vuonna 1943 Kroatian partisaanien johto ilmoitti, että sen riveistä löytyy 100 000 motivoitunutta taistelijaa.
Vuonna 1944 Tomislav Sertić Ustašan eliittijoukkojen esikuntapäällikkö totesi, että Kroatian tulevaisuuden ratkaisevat kaksi sotijapuolta, Ustaša ja kommunistipartisaanit. Partisaanit voittivat, sillä heidän kannatuksensa kasvoi, kun taas Ustašan pieneni pienenemistään.
Vuonna 1943 käytiin raskaita taisteluita, jossa Ustašan joukot Saksan ja Italian armeijoiden avustuksella olivat lyödä Titon partisaanit. Myöhemmin samana vuonna tapahtui kuitenkin käänne, joka ratkaisi NDH:n kohtalon.
Italia luopui sodasta 8. syyskuuta 1943. NDH:n hallitus luuli aluksi hyötyvänsä tilanteesta, sillä se sai haltuunsa Italiaan liitettyjä raja-alueita. Kuitenkin suurin osa Italian armeijan aseistuksesta meni Titon partisaaneille ja Četnikeille. Lisäksi 35 000 italialaista sotilasta liittyi Titon partisaaneihin. 
Samana vuonna myös entistä suurempi määrä "Domobranin" miehiä ja upseereita loikkasi Titon partisaanijoukkoihin. Domobranien tykistöjoukkojen komentaja piti puheen, jossa vapautti miehistön vannomastaan sotilasvalasta ja kehotti heitä liittymään partisaaneihin.
29. lokakuuta 1943 NDH:n alueella Jajcen kaupungissa pidetyssä kokouksessa Titon partisaanit sopivat Jugoslavian sosialistisen liittotasavallan muodostamisesta. Sodan päämääriin kuului myös sotarikollisten rankaiseminen. Vuoden 1943 loppuun mennessä Titon partisaaneihin kuului 300 000 henkilöä. Samaan aikaan Saksan joukkojen komentaja raportoi esimiehilleen, että Tito on luonut uuden valtion NDH:n sisälle ja että NDH:n hallitus hallitsee lähinnä Zagrebia.
NDH:n loppuvaihetta on luonnehdittu ”kolmen rintaman sisällissodaksi” tai ”sodaksi ilman rintamalinjoja”. Sitä luonnehtivat erilaiset kiivaat taistelut sekä entistä suurempi määrä siviiliväestöön kohdistuneita julmuuksia. Četnikit liittoutuvat aika ajoin Ustašan ja Saksan Wehrmachtin kanssa taistellakseen Titon partisaaneja vastaan.
Kesällä 1944 alkoi olla selvää, että akselivallat häviäisivät sodan. Elokuussa 1944 kaksi NDH:n hallituksen ministeriä, ulkoministeri Mladen Lorković ja sotaministeri Ante Vokić yrittivät vallankaappausta. Suunnitelmaan kuului paitsi Pavelićin erottaminen, myös yhteishallitus talonpoikaispuolueen kanssa. Tarkoituksena oli houkutella länsiliittoutuneet nousemaan maihin Kroatiassa ja liittää NDH länsiliittoutuneisiin. Vallankaappaus epäonnistui, siihen osallistuneet pidätettiin ja teloitettiin seuraavana vuonna Pavelićin määräyksestä. Suunnitelma oli muutenkin tuomittu epäonnistumaan: liittoutuneiden aikomuksena oli liittää Kroatia osaksi Titon Jugoslaviaa.
Vuonna 1944 loppuun mennessä partisaanit saivat haltuunsa lähes koko Itsenäisen Kroatian valtion alueen ja "Domobrani"-joukkojen huono taistelumoraali mureni entisestään. 
Saksan intressissä oli luoda Kroatiaan oma vahva armeija joka hallitsisi valtion aluetta ja taistelisi menestyksellä partisaaneja vastaan. Näin Saksa voisi siirtää omia joukkojaan sinne missä niitä tarvittaisiin enemmän. Saksa painosti Kroatiaan organisoimaan armeijansa kokonaan uudelleen. Se siirsi itärintamalla taistelevat kroaattivapaaehtoiset takaisin kotimaahansa, missä heidän piti innollaan ja taistelutaidoillaan auttaa kotimaansa armeijaa. Lopulta vuonna 1943 Saksa päätti ottaa Kroatian horjuvan armeijan komentoonsa. .
Näihin aikoihin NDH hallitsi vain noin puolta alueestaan, ja koska maaseutu oli pääosin partisaanien hallussa, vallitsi kaupungeissa pulaa elintarvikkeista. Lisäksi liittoutuneet tekivät pommituslentoja moniin kaupunkeihin, sillä niiden tehtaissa valmistettiin sotatarvikkeita Wehrmachtin tarpeisiin.
Vuonna 1945 Saksa perääntyi niin lännessä kuin idässäkin ja NDH koki lopullisen romahduksen, johon liittyy myös suuria tragedioita. Vielä helmikuussa Maks Luburic ehdotti, että oletetustakin vastarintaryhmiin kuulumisesta voitaisiin rangaista kuolemalla. Näin kovista otteista ei ollut mitään apua. Rintamat alkavat murtua kaikkialla; 6. huhtikuuta menetettiin Vukovar ja 12. huhtikuuta Sarajevo. 30. huhtikuuta partisaanit saartoivat pakolaisia täynnä olleen Zagrebin kolmelta suunnalta. Samana päivänä pidettiin myös NDH:n hallituksen viimeinen kokous. Viimeisenä päivänään Zagrebissa Poglanik, 5. toukokuuta 1945, antoi asetuksen, jolla hän kumosi kaikki rasistiset lait. Mitään käytännön vaikutusta asetuksella ei enää ollut.
Ante Pavelić ja hänen pääteloittajansa Maks Luburić onnistuivat pakenemaan Itävallan kautta ulkomaille. 8. toukokuuta partisaanit valtasivat Zagrebin. Viimeiset kroaattijoukot lopettivat taistelun 14. toukokuuta 1945, viimeisenä akselivaltojen armeijana Euroopassa.
NDH:n romahdukseen liittyy myös Bleiburgin murhenäytelmä. Tuhansia (luku ei ole tarkasti selvillä) entisiä Ustašan virkailijoita perheineen, Ustašan upseereita sekä kommunisteja vastustaneita siviilejä lähti kävelemään kohti Itävallan rajaa toivoen, että sitä miehittävät brittiläiset miehitysjoukot antaisivat heille turvapaikan. Raja pysyi kuitenkin suljettuna ja partisaanit ampuivat summittaisesti tuhansia ihmisiä. Lisäksi kerrotaan kidutuksista ja raiskauksista. Henkiinjääneet joutuivat kävelemään noin 700-800 kilometrin matkan takaisin Kroatiaan.
Ante Pavelić oli halunnut luoda itsenäisen Kroatian valtion, torjua kommunismin ja hävittää Jugoslavian. Kuitenkaan NDH ei milloinkaan hallinnut koko aluettaan, jokin osa oli aina partisaanien hallussa. Pavelićin hallitus joutui monissa asioissa seuraamaan Adolf Hitlerin Saksan ja Benito Mussolinin Italian määräyksiä. NDH:n kukistuttua sen tilalle nousi kommunistinen Jugoslavia.
Ustašahallinto murhautti lähes 36 000 juutalaista ja arviolta lähes yhtä paljon romaneja maahan perustamillaan keskitysleireillä. Arviolta 4000 juutalaisen onnistui paeta, usein Italian armeijan avustamina. Maassa oli vuonna 1941 100 000 henkilöä käsittänyt saksalaisvähemmistö, joista vuonna 1945 siirtyi 90 000 henkilöä Saksan armeijan mukana Saksaan. Noin 2000 saksalaisvähemmistöön kuulunutta katosi. Vuosien 1941-1945 välisenä aikana kuoli 131 000 serbiä ja 106 000 kroaattia. Luvut sisältävät kansanmurhassa kuolleet, sodassa kaatuneet ja Ustašan murhaamat poliittiset vastustajat. Näin suuri kuolleiden määrä luo synkän varjon Itsenäisen Kroatian valtion vuosiin. 
Sodan jälkeen monet tavalliset kroaatit joutuivat todistelemaan, että heillä ei ole mitään tekemistä Ustašan ja sen tekemien rikosten kanssa. Itse asiassa Ustašaa kannatti vain pieni vähemmistö. Asiaa pohdiskeli jo vuonna 1941 Ustašaan kuulunut majuri Ivan Babić toteamalla, että serbien vainoaminen on puhtaasti järjetöntä ja hirvittävä rikos, sillä jos Iso-Britannia voittaa sodan joutuu koko kansa kärsimään.
Kuitenkin on edelleenkin henkilöitä, joiden mielestä NDH:n aikaa pitäisi arvioida positiivisesti. Heidän mielestään Pavelicin hallinnon ja Serbian yhteistoimintahallinnon, jota johti Milan Nedić välille voi vetää yhtäläisyysmerkit. Pavelićin hallinnolla oli kuitenkin paljon suurempi itsenäisyys sisäisää asioissa kuin mitä Nedićillä koskaan oli. Kroatian alueella keskitysleirejä hallinnoivat kroaatit, kun taas Serbian alueella saksalaiset. Lisäksi Pavelić väitti miehityksen tuoneen vapauden ja julisti rasistista politiikkaa. Nedić totesi saksalaismiehityksen olevan kansallinen onnettomuus ja serbejä voi kohdata perikato, jonka hänen hallintonsa yrittää välttää.
Vuosina 1990-1999 Kroatian presidenttinä oli Franjo Tudjman. Hänen suhtautumisensa Itsenäiseen Kroatian valtioon oli horjuvaa. Hän toisaalta tuomitsi hallinnon rikokset, mutta toisaalta piti sitä aitona osoituksena vapaudenkaipuusta ja itsenäisyystahdosta. Hän toivoi että Pavelićin maalliset jäänteet siirrettäisiin Espanjasta Kroatiaan ja Titon maalliset jäänteet Serbiasta Kroatiaan, missä entiset viholliset haudattaisiin sovun merkkinä vierekkäin. Hankkeesta ei tullut mitään, kuten ei myöskään Zagrebiin kaavaillusta Pavelićin aukiosta. Yleisen paheksunnan kohteeksi tuli vuonna 1998 Pavelićin muistolle pidetty messu katolisessa kirkossa, mihin osallistui myös parlamentaarikkoja.
NDH:n hallinto ja Bleiburgin murhenäytelmä aiheuttivat Jugoslaviassa kitkaa kansallisuuksien välille. Jugoslavian hajoamissotien alkaessa vuonna 1991 monissa serbeissä heräsi pelko historian toistumisesta. Serbialainen propaganda yritti samaistaa nykyisen Kroatian ja NDH:n väittämällä niiden valtiosymboleja identtisiksi. Asiaa lähtivät länsimediassa toistamaan myös monet asioihin perehtymättömät journalistit.
Nykyisellä Kroatialla ei ole mitään tekemistä vanhan Itsenäisen Kroatian valtion kanssa. Vuonna 2005 Kroatian presidentti Stjepan Mesić piti puheen, jossa totesi että ne jotka puolustavat Itsenäistä Kroatian valtioita ovat erehtyneet pahasti. Hänen mukaansa se ei ollut itsenäinen, ei valtio, eikä kroatialainen.