Usko ja järki
Usko ja järki ovat kaksi asiaa, joille käsitykset todellisuudesta voivat perustua. James Swindalin mukaan usko on järjen ohella vakaumusten lähtökohta. Järki käsitetään tavallisesti älyllisen, esteettisen, moraalisen tai uskonnollisen tutkimuksen periaatteeksi, joka sisältää jonkinlaisen algoritmisen todistuksen ajatuksen. Usko puolestaan ilmenee vakaumuksena, joka ei ainakaan sillä hetkellä ole todistettavissa järjellä ja on siten eräänlainen luottamuksen ja hyväksymisen asenne. Uskon ja järjen suhde on uskonnonfilosofian keskeisiä ongelmia.
Uskon ja järjen suhteesta voidaan erottaa kolme eriävää näkemystä. Hannu Reimen mukaan katoliseen teologiaan on keskiajalta lähtien kuulunut väittelytaito, joka on edistänyt loogista ja ristiriidatonta ajattelua. Kuitenkin siinä on toisaalta myös ponnisteltu ja tehty kaikki voitava, jotta yhteensopimattomat ainekset saataisiin elämään rinnakkain: usko ja järki, uskonto ja tiede. Daniel Dennettin mukaan väärinymmärtäminen ja ajatusten vaihdon epäonnistuminen ovat uskontojen rakennepiirteitä, jotka estävät täsmällisen väärinkäsitysten kumoamisen.
Alvin Plantingan mukaan usko Jumalaan voi olla tiedollisesti oikeutettu perususkomus, jonka ihminen voi omaksua välittömän kokemuksen perusteella. Swindalin mukaan uskonnollinen usko voi ottaa huomioon todisteita tai jättää ne huomiotta. Näistä jälkimmäinen pitää uskoa vain henkilön tahdon alaisena asiana kun taas ensimmäinen pyrkii sovittamaan uskon yhteen todisteiden, kuten muiden uskovien todistusten ja teosten, kanssa. On myös mahdollista, että henkilöllä on uskonnollinen vakaumus, joka perustuu vain joko järkeen tai uskoon ja lisäksi on mahdollista, että henkilö ei usko jumalaan, mutta kokee silti uskonnon harjoittamisen lohduttavana. Richard Dawkinsin mukaan lohdutussisältö ei kuitenkaan lisää uskon totuusarvoa.
Swindalin mielestä keskeisin filosofinen kysymys uskon ja järjen suhteessa on sen määrittäminen, miten uskon ja järjen vaikutus vuorovaikuttavat siinä prosessissa, jolla uskonnollista uskoa pidetään oikeana tai perusteltuna. Kristinuskon teologista puolustamista kutsutaan usein apologetiikaksi.
Dennettin mielestä uskonnon puolustajat käyttävät todistamisessaan joskus vapaasti kelluvaa selitystä todistajasta, joka väistää luonnontieteilijän tekemällä todistajan kyseenalaistamisesta loukkauksen, epäkohteliaisuuden tai jotain pahempaa. Taktiikka hyödyntää ihmisten laajalle levinnyttä halua olla loukkaamatta, ja se on erittäin tehokas tapa nujertaa luonnontieteen kriittinen laitteisto. Todistuskäytäntöä ei ole tarvinnut keksiä, koska se syntyy itsestään ja toimii usein kilpailijoitaan paremmin, joten se replikoituu eli jäljentyy. Dawkinsin mukaan ateistit samoin kuin teistit noudattavat tiedostamattaan yhteiskunnan käytäntöä, että meidän on oltava erityisen kohteliaita ja kunnioittavia uskonnolle. Koko uskonnollisen uskon ydin, sen voima ja sen kunnia on, että se ei ole riippuvainen rationaalisesta oikeutuksesta.
Kun sanotaan, että on järkevää pitää jotain olemassa olevana, tarkoitetaan yleensä sitä, että käsitykselle on riittäviä todisteita eli hyviä, johdonmukaisia perusteita. Fideismiksi, kutsutaan käsitystä, jonka mukaan usko Jumalaan voi olla ilman perusteita, jotka tulevat uskon ulkopuolelta. Evidentialismiksi kutsutaan käsitystä, jonka mukaan usko Jumalaan pitäisi pystyä perustelemaan järkiargumenteilla. Eksperientialismiksi puolestaan kutsutaan käsitystä, jonka mukaan todisteet Jumalan olemassaolosta ovat luonteeltaan välittömän kokemuksen tasolla, joten niitä ei tarvitse 
välttämättä perustella argumenteilla.
Andrea M. Weisbergerin mukaan kaikkivoivan ja täydellisen hyvän Jumalan olemassaololle ei ole rationaalisia perusteluita, koska maailmassa on pahuutta.
Peter Harrisonin mukaan tieteen ja uskonnon välillä on toisiaan tukeva suhde. Kristinusko vaikutti modernin kokeellisen luonnontieteen vallankumoukseen tarjoamalla sen lähtökohdaksi joitakin perusoletuksia kuten uskon maailmankaikkeuden järjestykseen, ihmisen järjen ja havaintojen luotettavuuteen ja ihmisen itsepetostaipumukseen. Nämä lähtökohdat tekevät mielekkääksi pyrkiä löytämään maailmankaikkeudesta järjestystä ja vaatia tieteeltä itsekriittisyyttä.
Daniel Dennettin mukaan fysiikan totuudet eroavat uskonnosta siinä, että ne ovat todennettavissa, eli niillä on kosketuspintaa joka mahdollistaa niiden käytön muuhunkin kuin julistukseen, kuten esimerkiksi avaruusmatkailuun. Uskonnolliset opit sen sijaan ovat usein täysin järjen vastaisia. Esimerkiksi:
Tämän on arveltu edistävän niiden siirtymistä, koska niitä ei silloin voi ilmaista omin sanoin, vaan ne on toistettava sanatarkasti. Tällainen sokea usko varmistaa säilymisensä myös sitä kautta, ettei se rohkaise tekemään järjellisiä kysymyksiä. Dennettin mukaan on liioittelua antautua kuolemaan sen sijaan, että kieltäisi jonkin opinkappaleen, jota ei ymmärrä.
Uskontotieteilijä Pascal Boyerin mukaan uskonto ei ole järjen tai ajattelun puutetta. Uskonnossa on hänen mukaansa jotain, mikä saa sen välittymään sukupolvelta toiselle. Kyse on elinkelpoisten ajatusten siirrosta eli memetiikasta. Jotkut meemit tarttuvat ihmisaivoihin muita helpommin. Meemit eivät kuitenkaan geenien tavoin monistu äärettömiin samanlaisina, vaan siirtyminen synnyttää outoja muunnelmia. Vaikka aivot vääristävät ja muokkaavat tietoa jatkuvasti uudelleen, ihmismieli ei ole satunnaisten mielleyhtymien sekasotku. Siihen sisältyy mentaalisia aineksia, jotka ohjaavat ihmisen omaksumaan käsitteitä ja käsitteellisiä skeemoja tietyllä tavalla pikemmin kuin toisella. Ihmiset vaientavat kriittisen järkensä, kun jotkin eriskummalliset väitteet ovat muuttuneet heille itsestäänselviksi. Uskonnolliset representaatiot eivät ole täysin läpinäkyviä. Ajatukset jumalista, hengistä ja esi-isistä synnyttävät mutkikkaita prosesseja, jotka pakenevat tietoisuuden otteesta. Uskonnot ovat merkittäviä kognitiivisia artefakteja, jotka kytkevät toimintaan ihmisten elintärkeitä päättelyjärjestelmiä, jotka hallitsevat kaikkein voimakkaimpia tunteita. Tällä tavoin uskonto muovaa ihmisten sosiaalista kanssakäymistä kaltaistensa kanssa, antaa moraalitajun ja organisoi sosiaaliset ryhmät. Mieleen iskostuneiden kognitiivisten luomusten seuraukset voivat olla vakavia.
Boyerin mukaan uskonnolliset perinteet eivät tavallisesti piittaa johdonmukaisuudesta. Esimerkiksi kristinuskon kolminaisuusoppi, jossa kolme henkilöä muodostavat yhden henkilön, tai käsitys, jonka mukaan ihmiset ovat vapaita toimimaan, vaikka Jumala on kaikkivaltias ovat tällaisia perinteitä noudattavia uskomuksia. Jos skeptikot pyytävät täsmennystä tällaisiin kysymyksiin, he saavat vastauksia, jotka onnistuvat välttämään epäjohdonmukaisuuden vain hämäryyden avulla. Psykologit ovat löytöneet kokeellisin menetelmin mentaalisia prosesseja, jotka voivat johtaa pois selkeistä ja perustelluista uskomuksista. Tällaisia ovat muun muassa konsensusvaikutus, valheellinen konsensusvaikutus, tuottamisvaikutus, valemuistot, lähteiden sotkeminen, vahvistamisvääristymä, kognitiivisen dissonanssin vähentäminen ja monet muut prosessit. Epäjohdonmukaiset uskomukset katoavat, jos ihmiset soveltavat mielensä hallintaan seuraavia periaatteita:Intuitiivisesti ajattelevat ihmiset ovat todennäköisemmin uskonnollisia, mutta jos he alkavat ajatella analyyttisesti, heidän uskonnolliset uskomuksensa heikkenevät.
Kognitiivista uskontotiedettä tutkineen Justin Barrettin mukaan usko Jumalaan on seurausta ihmismielen mekanismien toiminnasta.
Professori Richard Lynnin mukaan älykkäät ihmiset ovat muita harvemmin uskossa. Älykkyys vähentää uskon merkitystä paitsi yksilölle myös kokonaisille yhteiskunnille. Lynnin mukaan 1900-luvulla kiihtynyt länsimaisten yhteiskuntien maallistuminen on yhteydessä keskimääräisen älykkyysosamäärän kasvuun. Professorin mukaan uskonnollisuus väheni ja keskimääräinen älykkyys nousi 137 kehittyneessä maassa 1900-luvulla. Kehityspsykologi Satoshi Kanazawan tutkimuksen mukaan ateistit ovat keskimäärin älykkäämpiä kuin muu väestö. Tyhmemmät ihmiset uskovat useammin Jumalaan, mikä on jäännös menneestä. Älykkäämmistä lapsista tulee Kanazawan mukaan todennäköisemmin ateisteja.
Professori Charles Taylorin mukaan länsimaisessa kulttuurissa on laajalle levinnyt käsitys, jonka mukaan älyllisesti rehellinen ja kriittinen ihminen ei voi uskoa Jumalaan.