Toinen intifada
Toinen eli Al-Aqsan intifada on palestiinalaisten kansannousu Israelin miehitystä vastaan, joka alkoi syyskuussa 2000. Usein esitetään, että toinen intifada alkoi Ariel Sharonin vierailtua Al-Aqsan moskeijassa, ja että vierailu olisi tulkittu provokaatioksi. Nykyisin sekä palestiinalaiset että israelilaiset ovat yhtä mieltä siitä ettei intifadan syynä ollut ainoastaan Sharonin toiminta. Israelilaiset katsovat intifadan olevan "osa palestiinalaishallinnon laskelmoivaa politiikkaa suhteissaan Israelin valtioon" ja palestiinalaiset puolestaan katsovat sen olevan enemmän kuin "vain oikeutettu reaktio provokatiiviseen tapaukseen." Palestiinalaisten mukaan se on "palestiinan kansan yksimielinen, julkinen neuvotteluiden epäonnistumisen aiheuttama mielenilmaus ja Israelin toiminnan täydellinen tuomitseminen".
Israelissa uskotaan yleisesti palestiinalaisjohdon aloittaneen kansannousun tietoisesti painostaakseen Israelia väkivallan avulla. Tätä on sanottu tukevan muun muassa se, että Israelin turvallisuusjoukot raportoivat johtavan palestiinalaishallinnon turvallisuudesta vastaavan virkamiehen, Tawfiq Dirawin, olleen paikalla Temppelivuorella Sharonin vierailun aikana sekä Palestiinalaishallinnon viestintäministerin Imad Al-Falujin pitämä puhe, jossa hän toteaa "tämän intifadan olleen ennalta suunniteltu siitä aina asti kun presidentti Arafat palasi Camp Davidin neuvotteluista". Israelin turvallisuusyhteisön sisälläkin on käyty keskustelua Jasser Arafatin henkilökohtaisesta roolista intifadan syttymiseen. Pääasiassa sotilastiedustelun näkemys on ollut, että Arafat kontrolloi väkivallan määrää kun taas Shin Betin näkemys on ollut, että Arafatin vaikutusmahdollisuudet ovat olleet korkeintaan rajalliset. Molemmat kuitenkin katsovat ettei Arafat tehnyt mitään tilanteen rauhoittamiseksi.
Tutkijoiden Alan Dowtyn ja Michelle Gawercin mukaan todisteiden valossa näkemys Arafatin rajallisesta vaikutusvallasta tai ainakin rajallisesta halusta hallita tilannetta näyttää todennäköisemmältä.
Dowtyn ja Gawercin intifadan aikaisten palestiinalaislähteiden tutkimus on paljastanut monipuolisemman kuvan tilanteesta. Jälkikäteen katsottuna oli havaittavissa monia merkkejä potentiaalisesta väkivallasta, joka saattoi syttyä melkein mistä tahansa sattumanvaraisesta tapahtumasta. Yhdysvaltalaisen Foreign Affairs -lehden näkemys on, että Arafat pyrki ohjaamaan toista intifadaa hänelle edulliseen suuntaan ja Fatahin taistelijoita myös mobilisoitiin kansannousun ensimmäisinä päivinä ilmeisesti myös Arafatin suostumuksella. On myös todennäköistä, että sekä PLO että Israel olivat tehneet suunnitelmia uuden aseellisen konfliktin varalle. Mikään ei kuitenkaan viittaa Arafatin toiminnan sellaiseen suunnitelmallisuuteen ja järjestelmällisyyteen, jota useat israelilaiset tutkijat sekä esimerkiksi maan silloinen ulko- ja turvallisuusministeri Shlomo Ben-Ami ovat esittäneet.
Yhteenotoissa kuoli toisen intifadan aikana 945-1010 "israelilaista,ja 3179-3354 palestiinalaista."  . Palestiinalaiset terroristit hyökkäsivät israelilaisia siviilejä kohtaan tekemällä itsemurhapommi-iskuja julkisilla paikoilla, kuten ravintoloissa ja julkisissa kulkuvälineissä. Israel vastasi terrori-iskuihin ja on pyrkinyt valvomaan tarkemmin raja-alueita. Hamasilla, Islamilaisella jihadilla ja Fatahilla on varastossa aseita, joita valmistetaan asepajoissa Hebronin, Nablusin ja Ramallahin kaupungeissa. Euroopan unioni, Yhdysvallat, Israel, Kiina, Venäjä ja YK ovat vaatineet palestiinalaishallintoa puuttumaan terrorismiin alueellaan.
Israelin ja palestiinalaisten konfliktin vuoksi Israelin puolustusvoimat IDF on omaksunut niin sanotun matalan intensiteetin sodankäynnin strategian palestiinalaistaistelijoita vastaan, jotka usein toimivat tiheästi asutuilla alueilla. Taistelijoiden ja israelilaissotilaiden yhteydenotoissa on ajoittain kuollut lähistöllä olleita siviilejä. IDF on käyttänyt myös kiistanalaisia ennalta ehkäiseviä täsmäiskuja () estääkseen tulevia väkivallantekoja tappamalla mahdolliseen tulevaan iskuun liittyviä, esimerkiksi terroristeiksi arvioimiaan, henkilöitä, jotka ovat suunnittelemassa terroristi-iskua.
IDF on tuhonnut itsemurhaterroristien perheiden taloja, todeten sen olevantehokas taktiikka itsemurhaiskujen vähentämiseksi. Itsemurhaiskujen perheet ovatkin joskus estäneet iskun peläten kotinsa menettämistä. Kriitikkojen mielestä taktiikan tehokkuus ei kuitenkaan oikeuta liiallisen voiman käyttöä, ja siviilikohteiden tuhoaminen kostona on kansainvälisen oikeuden vastaista.
Intifadan seurauksena Israel on rakentanut Länsirannan turva-aidan, jonka tarkoituksena sanotaan olevan terroristien pääsyn estäminen Israelin kaupunkeihin. YK:n yleiskokous ja EU ovat kritisoineet aitaa, koska se hajottaa palestiinalaisalueita ja liittää 6–8 prosenttia kiistellyistä alueista Israeliin ennalta määräämättömäksi ajaksi. Israelin näkemyksen mukaan aita on kuitenkin vain väliaikainen ratkaisu. Haagin kansainvälinen tuomioistuin antoi vuonna 2004 päätöksen, jonka mukaan aita on kansainvälisen oikeuden vastainen ja se tulisi heti purkaa. Päätöksen mukaan Israel olisi myös velvollinen korvaamaan aidasta palestiinalaisväestölle aiheutuneet vahingot. Enemmistö israelilaisista tukee hanketta väkivallattomana keinona estää terrori. Gazassa on ollut aita jo vuodesta 1994 lähtien. Israelin puolustusvoimien näkemyksen mukaan aidan avulla itsemurhaiskujen määrä Samariassa väheni vuoden 2002 17:stä vuoden 2002 viiteen iskuun. Lisäksi itsemurhaiskujen kokonaismäärä väheni samana ajanjaksona 30 prosenttia, mikä voi osaksi olla aidan ansiota. Kuitenkin vain neljä prosenttia itsemurhaiskuista on tehty vuoden 1967 rajan läheisyydessä, ja aidan merkitystä itsemurhaiskujen vähentäjänä on tilastojen perusteella vaikea arvioida.