Katolisen kirkon historia
Katolisen kirkon historia eli katolisen kirkon ympärille rakentuva historia ulottuu liki kahden tuhannen vuoden taakse alkukirkon aikoihin. Seuraavina vuosisatoina kristikunnassa käytännössä vallitsi jonkinasteinen jako idän ja lännen kristillisyyden välillä, mutta vasta 1054 kristityt jakaantuivat katolilaisiin ja idän ortodokseihin.
Katolinen kirkko on historiansa aikana ollut voimakas mahtitekijä varsinkin Euroopassa. Sen historiaan liittyy läheisesti myös paaviuden historia, ja voimakkaiden paavien johtamana kirkko on historiansa aikana osallistunut tai ollut aloittajana useissa merkittävissä tapahtumissa. Esimerkiksi ristiretket, inkvisitio ja uskonpuhdistus liittyvät läheisesti katoliseen kirkkoon.
Nykypäivänä katolinen kirkko on kristillisistä kirkkokunnista suurin. Sen yli miljardi kannattajaa muodostaa lähes seitsemäntoista prosenttia koko maailman väkiluvusta. Katolisella kirkolla on yhä maailmanlaajuisesti huomattavaa moraalista valtaa.
Alkuseurakunnan ja ensimmäisten kristittyjen aikana ei voitu vielä puhua erillisestä katolisesta kirkosta. Kristityt muodostivat yhden kirkon, vaikka sen sisällä elikin useita toisistaan poikkeavia ja keskenään ristiriitaisiakin oppeja.
Huomattavaa on katolisen kirkon näkemys paaviuden alkamishetkestä. Kysymys ensimmäisestä paavista on sikäli merkittävä, että myöhemmin Rooman seurakunta alkoi perustella johtajansa valta-asemaa suhteessa muihin piispoihin paaviuden väitetyillä juurilla apostoli Pietariin. Katolinen kirkko pitääkin Taivasten valtakunnan avaimien luovutusta apostoli Pietarille merkkinä tämän julistamisesta kaikkien muiden apostolien johtajaksi ja ensimmäiseksi Rooman piispaksi eli paaviksi. Pietarinkirkon kupolin sisäreunaan onkin kirjoitettu: "Tu es Petrus et super hanc petram aedificabo ecclesiam meam et tibi dabo claves regni caelorum" (suom. "Sinä olet Pietari, ja tälle kalliolle minä rakennan kirkkoni. Minä olen antava sinulle taivasten valtakunnan avaimet") kuten Jeesuksen kerrotaan sanoneen Pietarille Matteuksen evankeliumin mukaan (Matt. 16: 18–19).
Merkittävä virstapylväs katolisen kirkon historiassa oli Rooman seurakunnan perustaminen. Seurakunnan kehittyessä alettiin laatia myös luetteloita sen johtohenkilöistä. Vanhin säilynyt lista Rooman piispoista on vuodelta 185, ja siinä tunnettiin vain muutama silloisen piispan edeltäjistä. Listaa kuitenkin jatkettiin Pietariin saakka, koska aseman periytyminen apostoliruhtinaasta oli seurakunnalle oikean opin tae. Todennäköisesti listassa Pietarin ja piispan viran kaupunkiin tuoneen Anicetuksen välissä olevat nimet eivät ole keksittyjä, vaan kyseessä ovat mahdollisesti seurakunnan johtoryhmän jäsenet.
Vasta Viktor I:n toimintaa pääsiäisenviettokiistassa toisen vuosisadan lopussa voidaan pitää Rooman piispan ensimmäisenä arvovaltaisena väliintulona, jolla hän pyrki säilyttämään kirkon yhtenäisyyden. Kertoman mukaan Viktor I vaati Vähän-Aasian piispoja mukautumaan muun maailman tapaan pääsiäisenvieton päivämäärästä. Tälle tapaukselle ei kuitenkaan ole olemassa muuta välitöntä lähdeaineistoa kuin Eusebios Kesarealaisen välittämät kahden muun piispan kirjeet Rooman piispalle. Eusebios kertoo Rooman piispan myös koettaneen erottaa Vähän-Aasian seurakunnat ja kristityt ehtoollisyhteydestä, vaikka tämä herätti paljon protesteja ihmisten keskuudessa. Nykypäivänä ei voida olla varmoja siitä, mihin Viktor I perusti etuoikeutensa muiden piispojen keskuudessa ja vaatimustensa oikeutuksen.
Kahdensadanviidenkymmenen vuoden ajan kirkko oli marttyyrien kirkko. Kristittyjä vainottiin, koska he kieltäytyivät palvomasta Rooman valtakunnan keisaria ja valtakunnan jumalia jumalina. Epäluuloa lisäsi se, ettei ehtoollinen ollut ulkopuolisille avoin, mikä herätti huhuja ihmisuhreista ja irstaista menoista herättäen pelkoa ja halveksuntaa kristinuskoa kohtaan.
Vuonna 312 Konstantinus Suuri löi vastustajansa Mulviuksen sillan taistelussa. Historioitsija Eusebioksen kertoman mukaan Konstantinus näki ennen taistelua taivaalla merkin, punaisen ristin, ja kuuli äänen: ”Tässä merkissä olet voittava.” Pian tämän jälkeen Konstantinuksesta tuli läntisen Rooman johtaja. Hän salli pian vainotun kristinuskon harjoittamisen, sillä Milanon ediktissä Rooman imperiumista tuli uskonnollisten vakaumusten suhteen neutraali.
Myöhemmin Konstantinus puuttui kristittyjen oppiriitoihin vaatimalla Nikean kirkolliskokouksen kutsumista koolle. Kokoukseen osallistui yli 220 piispaa, Kirkolliskokouksen tärkeimpiä toimia oli areiolaisuuden tuomitseminen harhaoppina.
Konstantinuksesta myös tuli ensimmäinen keisari, joka kääntyi kristinuskoon. Hän antoi kuitenkin kastaa itsensä vasta kuolinvuoteellaan. Ei tiedetä, kääntyikö Konstantinus kristinuskoon vähitellen elämänsä aikana vai omaksuiko hän uskon äitinsä Helenan vaikutuksesta jo nuorena. Nykyaikana on myös esitetty teorioita, ettei Konstantinuksen suopeus kristinuskoa kohtaan olisi ollut uskoa vaan poliittista laskelmointia: kristittyjen määrän ja vaikutusvallan lisääntyessä Konstantinus olisi halunnut lujittaa valtaansa suhtautumalla kristittyihin suopeasti. Joka tapauksessa Konstantinus sekaantui innolla kirkon sisäisiin kiistoihin ja nykypäivään on säilynyt useita kirjeitä, joissa Konstantinus kommentoi muun muassa donatolaisuutta ja areiolaisuutta.
Kirkkoisiksi kutsutaan kristinuskon alkuvaiheen ensimmäisiä ja vaikutusvaltaisimpia teologeja ja kirjoittajia, jotka ovat luoneet pohjan koko kristinuskon teologialle. Kirkkoisät vaikuttivat 100-luvulta 500-luvulle, jolloin kristillinen oppi, teologia ja elämä muotoutuivat voimakkaasti.
Läntisen kristillisyyden kannalta varhaisista kirkkoisistä merkittävin lienee Augustinus. Hän on Tuomas Akvinolaisen ohella vaikutusvaltaisin kristillinen filosofi, ja hän oli kokonaiset kahdeksansataa vuotta ennen Tuomasta yksin merkittävin. Sen lisäksi, että Augustinuksen pääteos "Jumalan valtio" oli merkittävä teologinen ja filosofinen teos, se muodosti myös teoreettisen perustan, jolle paavinvalta saattoi keskiajalla muodostaa maallisen vallan yli asettuvan asemansa.
Augustinus pohti paljolti vapaata tahtoa ja pelastusta. Vaikka katolinen kirkko näkeekin hänet kirkonopettajana, oli Augustinuksen ajattelussa myös protestanttisia piirteitä. Hän muun muassa kannatti predestinaatio-oppia, jonka mukaan toiset ihmiset on jo ennalta määrätty kadotukseen ja toiset pelastukseen. Myöhemmin, reformaation aikaan kalvinistit omaksuivat ennaltamääräämisopin teologi Jean Calvinin johdolla.
400-luvulla alkoi paaviuden vahvistuminen varsinkin Leo I:n aikana. Leo kehitti voimakkaasti teologisia perusteluja paavinvallalle, ja hänen aikanaan vakiintuikin käsitys paavin ylivallasta kirkon sisällä. Leo I katsoikin paavinistuimen nauttivan Jumalan antamaa oikeutusta. Leo I:n mukaan taivasten valtakunnan avainten luovutus ja Jeesuksen sanat apostoli Pietarille pätivät myös muihin Rooman seurakunnan johtajiin. Teologiassaan paaviuden ylivallasta Leo I nojautui Matteuksen evankeliumin sanoihin:
Leo I:n mukaan taivasten valtakunnan avaimien luovuttaminen apostoli Pietarille merkitsi tämän kohottamista muiden apostolien yläpuolelle. Vastaavasti Leo katsoi Pietarin seuraajina pitämiensä Rooman piispojen eli paavien olevan muiden piispojen yläpuolella. Vetoaminen teologiaan paavin asemasta poikkesi tietoisesti Konstantinopolin patriarkkojen vaatimuksista, jotka perustuivat pääosin poliittisille syille.
Myös Länsi-Rooman keisari Valentinianus III tuki Leo I:n vaatimusta paavin ylivallasta kirkon sisällä asettumalla Leon puolelle tämän ja Arlesin piispan välisessä kiistassa. Keisari määräsikin kiistan lopputuloksena, että apostoli Pietarille oli myönnetty ylimmän tuomarin virka sekä ylin hallintovalta kirkossa, kuten myös korkein opetusvirka.
Leo I:llä oli paavinkautensa aikana myös paljon maallista valtaa Länsi-Rooman keisarin aseman heikkouden vuoksi. Leo I tunnetaankin hyvin tapaamisestaan hunnikuningas Attilan kanssa. Kyseisessä tapaamisessa Leo I:n onnistui pysäyttää Attilan Italiaan suuntautunut sotaretki, mihin vallaltaan heikko keisari Valentinianus III ei ollut pystynyt.
Leo I ei ollut ainoastaan voimakas paavi, vaan myös merkittävä teologi. Khalkedonin kirkolliskokouksessa hän esitti kirjoituksensa "Epistola dogmatica ad Flavianum", jossa esiteltiin oppi Kristuksen kahdesta luonnosta. Paavin kirjoitus sai kirkolliskokouksessa yleisen hyväksynnän, kuten piispat myös vaikuttivat hyväksyvän Leo I:n vaatimuksen Rooman piispan erityisasemasta verrattuna muihin piispoihin. Leo I oli myös ensimmäinen, joka esitti vaatimuksen paavin erehtymättömyydestä perustaen vaatimuksensa Raamattuun. Idän kristinuskon näkemysten mukaan Rooman kaupunki oli vain yksi viidestä tasa-arvoisesta patriarkaatista, eikä täten Rooman piispan valta ollut muita piispoja korkeampi. Paavin kunnia-asema tunnustettiin idässä, mutta samalla katsottiin ylimmän päätäntävallan kuuluvan ekumeenisille kokouksille eikä paaville.
Vielä ensimmäisinä vuosisatoina ei voi puhua katolisesta kirkosta erillisenä osana kristikuntaa. Sen sijaan eroja idän ja lännen kristillisyyden välillä alkoi hiljalleen syntyä: myöhemmin juuri lännen kristillisyys erkani roomalaiskatolisuudeksi ja itäinen kristillisyys ortodoksisuudeksi.
Jo Rooman valtakunnassa oli huomattu selkeät erot idän hellenistisen ja lännen latinalaisen kulttuurin välillä. Valtakuntansa hallintoa tehostaakseen Diocletianus oli jo 200-luvun loppupuolella tunnustanut imperiumissa olevan kaksi osaa: itäinen ja läntinen. Myös kristikunta kärsi idän ja lännen kulttuurien vastakkainasettelusta. Pahenevia ongelmia aiheutti jo pelkkä kommunikoinnin vaikeus: idän hallitseva kieli oli kreikka, kun taas lännessä kirkon kieleksi oli vakiintunut latina. Kielten ja kulttuurien eroavaisuus loi eripuraa idän ja lännen kristillisyyden välillä, varsinkin kun erilaiset oppiriidat ja riittikiistat jakoivat jo ennestään kristikuntaa.
Myös lännen paavin ja idän patriarkan väliset keskinäiset valtariidat loivat kuilua kristittyjen välille. Ongelmien taustalla oli Rooman lopullinen jakautuminen Itä-Roomaan ja Länsi-Roomaan, joista Länsi-Rooma tuhoutui 400-luvulla. Itä-Rooma jäi elämään Bysantin valtakuntana. Nyt Konstantinopolista oli tullut ”uusi Rooma”: se oli valtakunnan uusi pää- ja hallintokaupunki. Tämän vuoksi Khalkedonin kirkolliskokous hyväksyi 28. kaanonissaan – mitä paavi Leo I ei suostunut vahvistamaan – paaville annettujen etuoikeuksien antamisen myös Konstantinopolin patriarkalle. Valtakiistat loivat vastakkainasettelua Rooman ja Konstantinopolin välille. Myös maallisten suhteiden eroavaisuus tuli julki: idän kristillisyys nojasi vahvasti Bysanttiin, kun taas Rooma otti etäisyyttä imperiumiin ja kääntyi mieluummin frankkien puoleen.
Ensimmäisiä konkreettisia riitoja Rooman ja Konstantinopolin välillä alkoi näkyä jo 400-luvulla. Tällöin kiista koski patriarkan monofysitismiksi tulkittavia opetuksia. Tämä riita kesti kolmekymmentä vuotta. Toinen vakava kiista koski ikonoklasmia eli kuvainraastoa. Kiistan taustalla oli keisari Leo III:n halu kieltää ja tuhota kaikki pyhimyksistä tehdyt kuvat. Keisari haki paavilta tukea näkemykseensä, mutta sai kieltävän vastauksen. Tämä taas johti kostotoimiin Roomaa vastaan.
Vuonna 590 paaviksi tullut Gregorius Suuri aloitti uuden vaiheen paaviuden ja katolilaisuuden historiassa. Gregorius Suuri oli paaviuden historian kannalta erittäin merkittävä henkilö, ja hänen pontifikaattinsa aikana vuosina 590–604 voidaankin katsoa läntisen kristillisyyden kirkon siirtyneen uuteen aikakauteen.
Gregorius Suuri oli pätevä hallintomies, kokenut juristi ja taitava diplomaatti. Hänen tekoihinsa lukeutuu muun muassa paavillisen keskushallinnon järjestäminen. Hän ei ollut suinkaan pelkkä uskonnollinen johtaja, vaan tämän lisäksi esimerkiksi organisoi kirkon – aikakauden suurin maanomistaja Italiassa – omistamien maatilojen hoidon ja loi toimivan järjestelmän niistä tulevien rahojen jakamiseen.
Gregorius Suuren aikana nykyisen Italian alue kuului Itä-Rooman valtakuntaan, jota hallitsi keisari. Paavi Gregorius tunnusti tämän ylivallan. Vihollisten uhatessa Rooman kaupunkia keisarista ei kuitenkaan ollut apua, joten olosuhteiden pakosta paavin oli neuvoteltava heidän kanssaan ja lahjottava heitä. Maallisen vallan heikkous siis pakotti – tai toisesta näkökulmasta katsottuna mahdollisti – hänet ottamaan vastuuta myös maallisesta hallinnosta Rooman lähiseuduilla. Näillä toimillaan hän aloitti Kirkkovaltion rakentamisen Keski-Italiaan sekä verotusjärjestelyillään varmisti kirkon taloudellisen riippumattomuuden. Näin paavista tuli käytännössä Italian niemimaan maallinen hallitsija. Gregorius ymmärsi, ettei hänen kannattanut yrittääkään levittää ajatusta paavin uskonnollisesta ylimmästä vallasta itään, joten hän päätti keskittyä läntiseen Eurooppaan. Paavi Gregorius solmi tärkeitä suhteita Ranskan ja Espanjan hallitsijoihin sekä lähetti kotiluostarinsa johtajan ja neljäkymmentä munkkia Isoon-Britanniaan käännyttämään pakanoita. Gregorius esiintyikin lännessä kristittynä johtajana ja käskijänä sekä idässä keisarin uskollisena alamaisena.
Gregorius Suuri levitti kristinuskoa Eurooppaan tehokkaammin kuin yksikään häntä paavinistuimella edeltänyt paavi. Samoin Gregoriuksen toimiin paavina kuului kirkon lujittaminen sisäisesti ja sen yhtenäisyyden takaaminen. Gregorius Suuri saavuttikin pontifikaattinsa aikana selvän johtoaseman Rooman piispalle läntisessä Euroopassa.
Vuonna 858 arvostettu maallikko Fotios nimitettiin uudeksi Konstantinopolin patriarkaksi. Kanonisista säännöistä huolimatta viran vaatimat vihkimykset oli toimitettu viiden päivän sisällä. Tämä johti riitaan, johon myös paavi Nikolaus I vedettiin mukaan. Vuonna 863 roomalainen synodi julisti paavin suostumuksella Fotioksen pannaan ja erotti hänet virastaan. Bysantin keisari asettui kuitenkin tukemaan Fotiosta, ja idän patriarkkojen tuen turvin julisti puolestaan Nikolaus I:n pannaan.
Riita näytti aiheuttavan kristillisen kirkon jakautumisen, joten keisari Basileios I päätti joustaa kirkon yhtenäisyyden pelastamiseksi. Hän erotti Fotioksen virastaan ja karkotti hänet maasta. Tämän lisäksi Basileios I kutsui koolle ekumeenisen synodin, jonka tarkoitus oli sinetöidä idän ja lännen yksimielisyys.
Synodissa paavi vaati kaikilta myöntymistä ehdoitta hänen julistamaansa pannaan, vaikka kreikkalaiset patriarkat halusivat ensin kuulla Fotiosta asiassa. Kiivaan sanasodan jälkeen Fotioksen oli hyväksyttävä pannajulistus ja hän joutui kirkon ulkopuolelle. Tässä vaiheessa paavi vaikutti kiistan ehdottomalta voittajalta, jonka tahtoon Bysantin keisari ja idän patriarkat olivat joutuneet taipumaan kirkon yhtenäisyyden pelastamiseksi. Kaiken lisäksi synodin päätöksiin kuului myös sääntö, joka kielsi maallikon valitsemisen patriarkaksi. Itäinen kristillisyys joutui myös hyväksymään "ja Pojasta" -lisäyksen.
Paavin voitto ei kuitenkaan jäänyt lopulliseksi. Vuonna 879, kun Fotioksen kirkosta erottamisesta oli kulunut kymmenen vuotta, Fotios nousi uudelleen Konstantinopolin patriarkaksi. Basileios tuki Fotiosta huolimatta tämän yhä voimassa olevasta kirkonkirouksesta. Idän ja lännen kristillisyys ajautui lopullisesti välirikkoon, vaikkakin kristillisen kirkon jakautuminen ortodoksiseen ja katoliseen kirkkoon vahvistettiin lopullisesti vasta vuonna 1054.
Keskiajalla vaikuttaneen läntisen luostarilaitoksen juuret olivat jo 500-luvulla eläneen Benedictus Nursialaisen opetuksissa. Uudistaakseen rappeutuvaa munkkielämää Benedictus laati oman luostarisääntönsä. Sen lähtökohtia olivat muun muassa erakkoelämä, nöyryys, sitoutuminen yhteen paikkaan sekä kuuliaisuus apottia kohtaan.
Vielä Benedictuksen elinaikana hänen sääntönsä ei ollut kovin merkittävässä roolissa, sillä se oli vain yksi keskenään kilpailevista aatteista. Sen sijaan paavi Gregorius Suuri suosi Benedictuksen luostarisääntöä ja levitti sitä ympäri lännen kristillisyyden alueita. Benedictuksen perustama Monte Cassino nousi lännen luostarilaitoksen esikuvaksi, ja Benedictuksen luostarisäännön seuraajiksi ryhtyivät benediktiinit.
Benediktiinien johtamat suuret munkkiluostarit olivat feodaalisen Euroopan voimatekijöitä, mutta myöhempinä aikoina lisääntyvä kaupungistuminen nakersi niiden arvovaltaa. Erityinen ongelma oli myös munkeille ja nunnille asetettu kielto poistua luostarin alueelta. Tämä osaltaan heikensi suhteellisen kaukana kaupunkikeskuksista ja yliopistoista sijaitsevien luostarien merkitystä. Luostarien heikentynyt asema kaupungistuneessa ympäristössä oli vakava ongelma myös kristinuskolle yleisesti. Pääasiallinen huolenaihe oli, että kaupungeissa toimivat papit eivät olleet tehtäviensä tasalla, eikä heidän teologinen sivistyksensä ollut samaa luokkaa kuin luostarimunkeilla. Pappien heikko koulutustaso kaupungeissa taas loi jalansijaa kerettiläisille aatteille. 1200-luvun alussa paavi ja Ranskan kuningas joutuivatkin käymään useita sotia harhaoppisina pitämiensä lahkojen nujertamiseksi.
Koska uudenlaisessa kaupungistuneessa ympäristössä luostarit eivät enää olleet hengellisille munkkikunnille ihanteellisia ratkaisuja, syntyi 1200-luvulla kilpailevia, luostarielämästä vapaita, sääntökuntia. Varsinkin fransiskaanit ja dominikaanit nousivat benediktiinien kilpailijoiksi.
Paavin valtaoikeudet muuttuivat useaan otteeseen varhais- ja sydänkeskiajalla. Länsi-Rooman romahtamisen jälkeen koko läntinen Eurooppa oli ollut satoja vuosia heikkouden tilassa, kun taas Bysantiksi vaihtunut Itä-Rooma oli ainakin osin säilyttänyt mahtinsa. Vasta läntisen Euroopan voimistuessa myös paavinvalta alkoi merkittävällä tavalla kasvaa: Tilanne helpottui läntisen Euroopan kannalta ensimmäisen vuosituhannen päättymisen aikoihin, jolloin useat Länsi-Eurooppaa uhanneet kansat muslimeja lukuun ottamatta käännytettiin kristityiksi. Samalla väestönkasvu oli läntisessä Euroopassa voimakasta, minkä lisäksi myös talous koheni. Näin myös Länsi-Euroopasta tuli vakavasti otettava poliittinen tekijä Euroopan ja Lähi-idän alueella, missä se saattoi tasavertaisesti haastaa niin Bysantin kuin myös islamin valtapiiriin kuuluneet alueet.
700-luvulla paavinistuimen arvovalta lisääntyi suuresti paavin voidellessa Pipin Pienen frankkien kuninkaaksi, vaikka monien ylimysten mielestä Pipin kuului väärään sukuun ja oli vallankaappaaja. Näin paavi antoi kuninkaanvallalle uuden perustelun: valta ei olisikaan kytketty syntyperään vaan Jumalan tahtoon, jonka välittäjänä paavi toimisi maan päällä. Näin paavius kytkeytyi kiinteäksi osaksi läntisen Euroopan valtarakennetta.
Ennen Pipin Pienen kruunaamista paavinistuin muodollisesti vielä tunnusti Bysantin keisarin vallan myös läntisessä Euroopassa, mutta viimeistään Stefanus II:n ja Pipin Pienen solmiman sopimuksen jälkeen kävi selväksi, että paavinistuin asettui mieluummin Bysantin sijasta frankkien keisarin suojelukseen. Siirtyessään frankkien keisarin suojelukseen paavi ja Rooman kirkko menettivät osan itsenäisyydestään, mutta Pipin Pieni sitoutui "kuulemaan kaikkia paavin kehotuksia ja määräyksiä". Pipin teki pian paaville vastapalveluksen kukistamalla langobardit ja luovuttamalla Rooman ympäristöineen paavin alaisuuteen. Kirkkovaltion voidaan katsoa saaneen alkunsa, mikä teki paavista paitsi hengellisen myös maallisen hallitsijan. Paavinistuin oli samalla saanut itselleen läntisen tukijan johon luottaa ongelmatilanteissa, eikä se siis enää tarvinnut Konstantinopolin tai sen keisarin tukea.
Paavius syöksyi kriisiin, kun vuonna 843 frankkien keisarikunta jaettiin kahteen osaan. Tämä aiheutti ennen yhtenäisen valtakunnankirkon hajaannusta, mikä johti paavin hengellisen auktoriteetin murenemiseen frankkien keskuudessa. Paaville ennen kuulunutta omaisuutta ryöstettiin ympäri Eurooppaa, ja ympäri frankkien valtakuntaa aatelisto otti luostareita omaan käyttöönsä. Astuessaan virkaansa edeltäjänsä Johannes VIII:n vuonna 891 tapahtuneen murhan jälkeen paavi Formosus kuvasi Reimsin arkkipiispalle osoitetussa kirjeessään Roomassa vallitsevaa tilannetta: "Joka puolella puhkeaa harhaoppeja ja kiistoja, eikä ole ketään niitä vastustamassa." Samoin Afrikassa piispat riitelivät keskenään ja odottivat ratkaisua Roomalta. Formosus yritti turhaan löytää frankeista itselleen poliittista tukijaa johon nojata. Formosus kääntyi nykyisen Saksan aluetta hallinnoivan kuninkaan puoleen, mutta kuningas valtasikin Rooman vuonna 895. Formosuksen oli kruunattava tämä keisariksi. Kansannousun vuoksi Formosus syöstiin pian paavinistuimelta, mutta hänen seuraajansa kuoli kahden viikon kuluttua virkaanastumisestaan. Stefanus VI anasti vallan itselleen, minkä jälkeen paavius muuttui useiden sukupolvien ajaksi vain Rooman aateliston valtapeliksi. Myöhemmin tätä sekasortoista ajanjaksoa alettiin nimittää pornokratiaksi. Vaikka paavius menettikin hengellisen kunnioituksensa, itse instituutio pysyi pystyssä.
Sydänkeskiajalle tultaessa läntinen kristillisyys oli rappiolla. Ongelmina nähtiin maallisten hallitsijoiden halu rajoittaa kirkon vapautta, pappisavioliitto sekä simonia. Maallisten hallitsijoiden osalta ongelmat liittyivät siihen, että ruhtinaat halusivat itse olla mukana nimittämässä piispoja ja siten puuttumassa kirkon toimintaan. Pappisavioliitto nähtiin myös huonona asiana, sillä sen katsottiin sitovan papin tiettyyn sukuun ja omaisuuteen.
900-luvulla katolisen kirkon piirissä heräsi halu uudistaa kirkkoa. Ranskalaisessa benediktiiniluostarissa syntynyt Clunyn liike pyrki vapauttamaan kirkon epäkohdiksi katsotuista ongelmista ja samalla vahvistamaan paavin asemaa suhteessa maallisiin ruhtinaisiin. Gregorius VII oli ensimmäinen Clunyn liikkeen jäsen, joka nousi paaviksi. Hän uskoi, että paavinistuimelle kuului täydellinen hallintovalta niin kirkossa kuin koko maailmassakin. Gregorius VII laatikin omaan käyttöönsä 27 teesiä, joiden mukaan esimerkiksi:Gregoriuksen aikana paavinistuimen asema vahvistui. Samoin kirkon sisällä alettiin ajatella, että hengellinen ylivalta saattoi vallita kunnolla ainoastaan sellaisessa tilanteessa, jossa maallinen valta olisi hengellisen vallan ja siten kirkon alaisena kaikissa asioissa, jotka koskisivat moraalia tai uskoa. Paavi Gregorius VII katsoikin jopa, että paavilla oli oikeus erottaa halutessaan keisareita viroistaan. Nämä suuret valtavaatimukset herättivät myös vastustusta, minkä seurauksena paavinistuin kävi useita vuosikymmeniä kestäneen investituurariidan maallisten hallitsijoiden kanssa. Lopulta, kompromissina, tunnustettiin paavin muuttunut asema Euroopassa, sekä maallisten hallitsijoiden valta.
Vuonna 1095 Bysantin keisari Aleksios I Komnenos pyysi apua paavi Urbanus II:lta Seldžukkeja vastaan. Urbanus innostui tästä ja alkoi saarnata ristiretkeä Jerusalemin vapauttamiseksi. Ristiretkiaatteen voidaan katsoa alkaneen vuonna 1095 Paavi Urbanus II:n Clermontin kirkolliskokouksessa pitämän saarnan seurauksena. Urbanus II ei esittänyt kokouksessa ristiretkiaatetta omana ajatuksenaan, vaan ilmoitti sen olevan Jumalan tahto ja käsky. Lisäksi paavi ”antoi Jumalan hänelle suomalla vallalla kaikkien ristiretkissä kuolleiden synnit anteeksi”, kuten Urbanus II asian kirkolliskokoukselle pitämässään puheessa ilmaisi. Clermontin kirkolliskokouksessa Urbanus II myös lupasi jokaiselle taistelussa kuolleelle kristitylle ikuisen autuuden.
Vuonna 1099 Ensimmäiseen ristiretkeen osallistuneiden ristiretkeläisten onnistui vallata Jerusalem. Samalla paavin valta idässä kasvoi. Jerusalemin valtaus jäi kuitenkin väliaikaiseksi, eikä se loppujen lopuksi tuottanut paljoa hyötyä paaveille. Sen sijaan neljäs ristiretki hajotti osittain Bysantin valtakunnan, jolloin Euroopan voimatasapaino järkkyi ja paavinvalta koki huomattavan nousun Innocentius III:n ollessa paavina.
Kaupungistumisen aikakaudella perinteiset benediktiiniluostarit menettivät merkitystään ja vaikutusvaltaansa. Kaupungistuminen asetti munkkitoiminnalle uusia haasteita, joihin benediktiinit eivät pystyneet toimintaansa rajoittavien sääntöjen takia vastaamaan. 1200-luvulla katolisen kirkon sisältä nousi kaksi uutta munkkisääntökuntaa, fransiskaanit ja dominikaanit, jotka eivät olleet sidottuja ehdottomaan luostarielämään.
Fransiskaanien sääntökunnan perusti Franciscus Assisilainen. Hän oli syntyjään rikkaan kauppiaan poika, mutta päätti myöhemmin hylätä omaisuutensa ja sitoutua elämään köyhyydessä. Franciscus seuraajineen muodosti kerjäläismunkkien ryhmän, joka sitoutui ehdottomaan köyhyyteen ja alkoi saarnata sekä auttaa ja hoitaa muita köyhiä. Paavi Innocentius III tunnusti Franciscuksen veljestön vuonna 1212. Fransiskaaniveljestöstä muodostui pian merkittävä voimavara kirkolle, vaikkakin jo alussa pelättiin liikkeen vieraantumista kirkosta. Myöhempinä vuosisatoina fransiskaanien sisältä kumpusikin hurmoshenkisiä ajatuksia köyhyydestä ja katumuksesta. Näin ajattelevien mielestä fransiskaanit olivat liikkuneet liian kauas Franciscuksen alkuperäisestä köyhyyden ja omistamattomuuden ajatuksesta, ja tämä kylvi kirkon sisälle hajanaisuutta. Pahimmillaan fransiskaanien parista kummunneet hurmokselliset liikkeet johtivat väkivaltaisuuksiin ja veritekoihin, kuten kävi esimerkiksi Fra Dolcinon tapauksessa.
1200-luvulla syntyi myös dominikaanien sääntökunta, jonka perustaja oli Dominicus. Hän oli oppinut mies sekä toiminut pitkään myös käännytystyössä. Hän saavutti tavoitteitaan voimakkaiden saarnojensa ja erilaisten väittelyiden avulla, ja vähitellen hänen ympärilleen kerääntyi joukko saarnaustyön kannattajia. Uuden munkkikunnan syntyä tosin vaikeutti se, että kirkolliskokous oli vuonna 1215 kieltänyt uusien munkkikuntien perustamisen. Heinäkuussa 1215 Dominicusta tukeva piispa perusti asiakirjallaan dominikaanien yhteisön, mutta kyseessä ei ollut kirkolliskokouksen vastainen munkkikunta: dominikaaniveljestö otti käyttöönsä jo 400-luvulla eläneen Augustinuksen muotoileman säännön. Siten muodostettiin hengellisten veljien yhteisö, joka ei kuitenkaan Augustinuksen säännön joustavuuden takia ollut sidottu luostarielämään. 22. joulukuuta 216 paavi Honorius III vahvisti dominikaanien säännöt ja hyväksyi heidät katolilaiseksi sääntökunnaksi. Uuden ryhmän sääntöjen laadinnassa Dominicus itse näki korostettavina arvoina kerjäläisajatuksen, kurin, opinnot sekä saarnaamisen. Dominikaaneista kehittyi kerjäläisveljeskunta, jollaista Dominicus siitä halusikin. Hän myös vastusti lihan syömistä ja kannatti nukkumista olkien päällä ja kulkemista yksinkertaisissa asuissa. Sen sijaan naisten osuuteen veljeskunnassa suhtauduttiin suopeasti, ja myöhempinä vuosina kehittyi myös dominikaanien naisyhteisöjä. Yksi kuuluisimmista naispuolisista dominikaaneista oli Katariina Sienalainen.
Sydän- ja myöhäiskeskiajan taitteessa katolinen kirkko eli huippukauttaan niin maallisen kuin hengellisenkin vallan osalta. Clunyn liikkeen ja ristiretkien jälkeen paavin sekä kirkon vaikutusvalta nousi noin kahden vuosisadan ajaksi.
Aikakauden henkilöistä voidaan maallisen vallan kannalta mainita 1200-luvun alussa hallinnut paavi Innocentius III, jota pidetään yhtenä historian mahtavimmista paaveista. Lainoppineen koulutuksen saanut Innocentius johti aikansa tehokkainta hallintokoneistoa koko Euroopassa sekä korkeaa arvoa nauttinutta paavillista oikeuslaitosta. Innocentius III:n aikana paavin valtaoikeudet ulottuivat paikoin yli maallisten kuninkaiden. Paavi pystyi valtaisalla määräysvallallaan muun muassa estämään Ranskan kuningas Filip II:n avioliiton, ekskommunikaation avulla kumoamaan Englannin kuningas Juhana Maattoman tekemän päätöksen Canterburyn arkkipiispasta sekä valitsemaan kahdesta ehdokkaasta Pyhälle saksalais-roomalaiselle keisarikunnalle uuden hallitsijan.
Katolisen kirkon huippukausi näkyi paitsi laajana kontrollina maallisen elämän asioissa, myös hengellisellä puolella. 1100- ja 1200-luvuilla katolinen kirkko piti peräti kuusi konsiilia eli kirkolliskokousta: ensimmäisen, toisen, kolmannen ja neljännen lateraanikonsiilin sekä Lyonin ensimmäisen ja toisen kirkolliskokouksen. Munkkiliikkeen osalta merkittäviä olivat Bernhard Clairvauxlaisen toiminta ja hänen ansiostaan voimistunut sisterssiläismunkisto. Samoin fransiskaanien ja dominikaanien sääntökuntien perustaminen osui juuri katolisen kirkon huippukaudelle.
Keskiaikaisen teologian huippuhetket voidaan ajoittaa myös 1200-luvulle. Tällöin katolisen teologian kannalta merkittävimmässä roolissa olivat skolastikot. Ensimmäiset merkittävät skolastikot kuten Petrus Lombardus, Pierre Abélard ja Anselm Canterburylainen elivät jo 1100-luvulla, mutta kulta-aikaansa skolastiikka eli 1200-luvulla. Tällöin kirkon merkittävimpiä teologeja olivat dominikaanit Tuomas Akvinolainen ja Albert Suuri. Heistä Tuomas Akvinolaisen vaikutus kristilliseen teologiaan oli niin valtaisa, että vuonna 1879 paavi Leo XIII julisti hänet kirkon merkittävimmäksi opettajaksi. Työnsä ansiosta Tuomas Akvinolainen sai arvonimen "doctor angelicus" ("enkeliopettaja"), mikä nosti hänet apostoli Paavalin ja kirkkoisä Augustinuksen tasolle. Tuomaan "Summa theologiae" todettiin jo Trenton kirkolliskokouksessa niin merkittäväksi, että teos sijoitettiin alttarille Raamatun rinnalle.
Paavien asema myös maallisena hallitsijana merkitsi maallisen politiikan riskejä. Paavien valta oli keskiajalla hyvin haluttua: Paavi saattoi vaikuttaa uskonnollisen asemansa turvin kansaan ja hallitsijoihin, joten kuninkaat ja keisarit pyrkivät saamaan virkaan omia suosikkejaan. Vuonna 1309 Ranskan kuninkaan onnistui saada paavi muuttamaan Avignoniin, Ranskaan. Siellä paavinistuin oli aina vuoteen 1377 saakka; aikaa kutsutaan paaviuden Avignonin vankeudeksi. Luonnollisesti tänä aikana Ranskan kuninkaalla oli paljon vaikutusvaltaa paavien päätöksiin. Baabelin vankeuden aikana virassa oli yhteensä seitsemän paavia. Vankeuden loputtua paavi palasi taas Roomaan.
Avignonin vankeus aiheutti myös yhden lukuisista niin sanotuista skismoista, jolloin katolinen kirkko on ollut jakautuneena useita eri paaveja tunnustaneisiin ryhmittymiin. Puhutaan niin sanotuista vastapaaveista. Avignonista palannut paavi Gregorius XI palasi takaisin Roomaan, mutta kuoli jo seuraavana vuonna. Konklaavin valitsema seuraaja Urbanus VI osoittautui nopeasti kelvottomaksi paaviksi; hän oli suuruudenhullu, vainoharhainen ja sai ajoittain hillittömiä vihanpurkauksia. Uudesta paavista saattoi päästä eroon vain julistamalla konklaavin tuloksen mitättömäksi, ja niin kardinaalit tekivätkin. He väittivät valinneensa Urbanus VI:n paaviksi vain kansanjoukkojen painostuksen takia ja kehottivat paavia eroamaan. Tästä paavi kieltäytyi, ja kardinaalikollegion valitessa seuraavaksi paaviksi Klemens VII:n alkoi skisma.
Euroopassa oli nyt kaksi paavia, jotka olivat kironneet toisensa. Oli syntynyt kaksi paavillista hovia ja kardinaalikollegiota: Urbanus VI Roomassa ja Klemens VII Avignonissa. Kristikunta jakautui kysymyksessä oikeasta paavista kahtia. Italia, Englanti, Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta sekä Pohjoismaat asettuivat kannattamaan Rooman paavi Urbanus VI:a, kun taas Ranska, Skotlanti ja Espanja olivat Avignonin paavin puolella. Tilanne aiheutti myös yksittäisten luostarien ja hiippakuntien jakautumisen. Ongelma ei korjaantunut, vaikka molemmat paavit kuolivat, koska heille molemmilla valittiin seuraajat. Ratkaisuksi tarjottiin uutta oppia, konsiliarismia, jonka mukaan korkein päätäntävalta kirkossa ei kuulunut paaville vaan kirkolliskokoukselle eli konsiilille.
Vuonna 1409 kirkolliskokous kokoontui Pisaan. Tällöin molemmat paavit päätettiin erottaa ja tilalle valittiin uusi paavi. Tämä ei kuitenkaan helpottanut tilannetta, koska Avignonin ja Rooman paavit pitivät kiinni oikeuksistaan. Vallassa oli nyt kolme paavia, Avignonin linjan paavi, Pisan linjan paavi sekä Rooman linjan paavi.
Vuonna 1414 alkoi suuri kirkolliskokous Konstanz -nimisessä kaupungissa aivan Sveitsin rajalla nykyisen Saksan alueella. Kokous kesti yhteensä neljä vuotta ja kokosi kaupunkiin yli kolmensadan piispan sekä kolmensadan oppineen teologin lisäksi paljon muitakin kirkonmiehiä ja ruhtinaita. Palvelusväet mukaan lukien vieraita oli jopa kymmeniä tuhansia. Konsiili päätti erottaa kaikki kolme virassa olevaa paavia. Rooman paavi suostui eroamaan vapaaehtoisesti, ja Pisan linjan paavi vangittiin. Avignonin linjan paavi Benedictus XIII kieltäytyi eroamasta ja pakeni Espanjaan, mutta samalla käytännössä menetti vaikutusvaltansa. Konsiili valitsi uudeksi paaviksi Martinus V:n ja skisma loppui tähän. Valta palasi pian kirkolliskokoukselta takaisin paaville. Ensin kirkolliskokouksille asetettiin aikaväli, joka piti kulua edellisen päättymisestä, ennen kuin seuraava saatiin kutsua koolle. Paavi Pius II:n julistus kielsi kirkolliskokouksen koolle kutsumisen ja näin valta oli palannut paaville.
1400- ja 1500-luvuilla Eurooppa siirtyi renessanssin kautta uuteen aikaan. Tärkeitä seikkoja olivat muun muassa kirjapainotaidon keksiminen, joka nopeutti tekstien ja ajatusten leviämistä, sekä löytöretkien seurauksena laajentunut maailmankuva.
1400-luvulla katolinen ja ortodoksinen kirkko pyrkivät lähentymään vuosisatoja kestäneiden oppiriitojen jälkeen. Paikoin sopu kirkkojen yhdistymisestä näytti olevan lähellä: Firenzen kirkolliskokouksessa saatiin jopa aikaan "Laetentur caeli" -niminen bulla kirkkojen yhdistymisestä. Kirkolliskokouksessa oli ollut mukana paavin ja läntisen kirkon edustajien lisäksi myös Bysantin keisari Johannes VIII Palaiologos sekä 700 edustajaa idästä ja Venäjältä. Tosin loppujen lopuksi kirkot eivät koskaan päässeet yhdistymään. Ensinnäkin ihmisten reaktioista huolestunut keisari Johannes VIII ei uskaltanut julkistaa yhdistymistä konstantinopolilaisille. Lisäksi Venäjän kirkko päätti vetäytyä Firenzessä solmitusta sopimuksesta. 12. joulukuuta 1452 Bysantin uusi keisari Konstantinos XI Palaiologos julisti katolisen ja ortodoksisen kirkon yhtyneen. Vain muutaman kuukauden jälkeen Konstantinopoli vallattiin piirityksessä ja liitettiin Osmanien valtakuntaan. Bysantin luhistuminen esti kirkkojen välisen sovun toteutumisen käytännössä.
Renessanssin aikana paavinistuimen valta oli jälleen nousussa, mutta 1200-luvun huippukauden kaltaista hengellistä uudistumista ei ollut nähtävissä kovin laajalti. Yleistä uudistumista ei kirkon sisällä nähty, koska varsinkin paavit olivat siihen haluttomia. Renessanssin aikana hallitsi useita sivistyneitä tieteitä ja taiteita suosineita paaveja, mutta myös moraaliltaan turmeltuneita kirkkoruhtinaita. Esimerkiksi Nikolaus V oli ensimmäinen humanistisista paaveista, ja hän suosikin suuresti tieteitä ja taiteita. Vatikaanin tieteitä hän tuki erityisesti kirjojen osalta, sillä innokkaana bibliofilian harrastajana paavi Nikolaus päätti perustaa Roomaan kirjaston "oppineiden yhteiseksi hyväksi", sekä hankkia sinne "kaikki kreikkalaiset ja latinalaiset kirjat, jotka ovat paavin ja apostolisen istuimen arvoisia". Toisaalta vallassa oli myös turmeltuneita paaveja, kuten lahjusten turvin valtaan noussut Aleksanteri VI. Siveetöntä ja maallisten rikkauksien täyttämää elämää eläneestä paavista todettiin myöhemmin, ettei hän "tehnyt koskaan muuta kuin petti toisia eikä ajatellut muuta kuin toisten pettämistä".
Kirkon hengellisen elämän puolella esiintyi epätasapainoa, sillä Tuomas Kempiläisestä ja muista merkittävistä teologeista huolimatta skolastiikka oli rappeutunutta. Skolastiikan rinnalle nousikin kilpailevaksi ajattelumalliksi ns. "via moderna" (uusi tie), jossa Vilhelm Okkamilaisen nominalismi oli tärkeässä osassa. Nousussa oli myös humanismi, joka torjui paljolti keskiaikaisen skolastiikan. Humanistit tarjosivat keskiaikaisten oppien tilalle "kristillistä renessanssia", jossa pohjana olisivat paitsi Jeesuksen vuorisaarna ja Paavalin opetukset, myös Ciceron ja Platonin ajatukset.
Katolisen opin mukaan synneistä oli mahdollisuus vapautua joko hyvitystöiden taikka kiirastulen kautta. Myöhäiskeskiajalla anekirjeistä eli ostettavista vapautuksista muodostui yhä kasvava tulonlähde paavin kuurialle. Rahoja ei kuitenkaan käytetty esimerkiksi köyhien auttamiseen, vaan puolet tuloista kuului paavi Leo X:lle ja puolet tämän valtuuttamalle ”anekomissaarille”, Mainzin arkkipiispa Albrechtille. Yksi kohde anekaupasta saaduille varoille oli Pietarinkirkon rakentaminen. Kirkon rakentaminen kysyi paljon varoja, joita kerättiin kirkon siunaamalla anekaupalla pohjoista Eurooppaa myöten, mikä johti lopulta uskonpuhdistukseen ja protestanttisten kirkkojen eroamiseen katolisesta kirkosta.
Uskonpuhdistus oli 1500-luvulla Länsi-Euroopassa alkanut liike, joka pyrki oikaisemaan katolisen kirkon opissa näkemiään epäkohtia. Uskonpuhdistuksen taustalla oli jo kauan jatkunut paaviuden alennustila sekä levinnyt turmeltuneisuus kirkon piirissä. Uskonpuhdistuksen aloittajana pidetään yleisesti saksalaista augustinolaismunkki Martti Lutheria, vaikkakin jo ennen häntä jotkin ”esiuskonpuhdistajat”, esimerkiksi John Wycliffe ja Jan Hus, olivat hyökänneet kirkon virallista oppia vastaan. Lutherin anekauppaa vastaan suuntautuneet 95 teesiä aloittivat levitessään laajan liikkeen, joka myöhemmin sai uusia muotoja. Uskonpuhdistukseen liittyi Lutherin lisäksi joukko muita teologeja, joiden näkemykset poikkesivat paljoltikin Lutherin ajatuksista. Niinpä katolisen kirkon jakaantuminen ei loppunut vain luterilaisten syntyyn, vaan synnytti myös anglikaanisen ja reformoidun kirkon sekä lukuisan joukon erilaisia vapaita suuntia.
Uskonpuhdistuksen keskeisiä henkilöitä olivat eräät saksalaiset, sveitsiläiset ja ranskalaiset teologit. Lutherin lisäksi tärkeimpiä olivat Ulrich Zwingli, Philipp Melanchthon ja Jean Calvin. Näiden hengellisten uskonpuhdistajien lisäksi myös maallisten ruhtinaiden valtatavoitteet korostuivat uskonpuhdistuksessa: reformaatio tarjosi maallisille ruhtinaille tilaisuuden vapautua katolisen kirkon vallasta. Euroopassa oli lähes koko keskiajan käyty kiivasta valtataistelua paavin ja piispojen sekä maallisten ruhtinaiden vallanjaosta (muun muassa investituurariita). Esimerkiksi Ruotsin uskonpuhdistus toteutettiin täysin kuningasjohtoisesti, sillä se tarjosi kuningas Kustaa Vaasalle mahdollisuuden ottaa kirkko hallintaansa ja peruuttaa sen runsas omaisuus kruunulle. Toinen tärkeä esimerkki oli Henrik VIII:n johdolla toteutettu uskonpuhdistus Englannissa.
Uskonpuhdistus muutti syvästi Euroopan alueiden uskonnollista jakautumista. Ennen uskonpuhdistusta Euroopan kristilliset alueet olivat jakautuneet joko katolisuuteen tai ortodoksisuuteen. Käytännössä katolisuus oli vallitsevassa asemassa kaikkialla Länsi- ja Keski-Euroopassa. Uskonpuhdistuksen jälkeen tilanne oli muuttunut huomattavasti. Ruotsin valtakunta ja muut Pohjoismaat olivat hylänneet katolisuuden ja siirtyneet lähes täysin luterilaisuuteen. Kustaa II Aadolfin aikakaudella Ruotsissa oli jopa säädetty kuolemantuomio kaikille maassa tavattaville katolisille papeille paavin lähettejä lukuun ottamatta. Saksalais-roomalaisen keisarikunnan osalta tilanne oli monimutkaisempi. Pohjoiset alueet ja Preussi olivat vahvasti luterilaisia, kun taas etelässä oli katolisten alueiden lisäksi myös kalvinistisia seutuja. Puola ja Itävalta säilyivät pääosin katolisina alueina, kun taas Böömi, Määri ja Unkarin kuningaskunta kääntyivät pääosin luterilaisuuteen. Etelä-Euroopassa ja varsinkin Italiassa katolisuus pysyi vankassa asemassa. Sveitsistä taas tuli reformoidun kirkon kannatusalue. Uskonpuhdistuksen loppuvaiheissa protestantismi saavutti myös Ranskan, missä protestantteja oli arvioiden mukaan parhaimmillaan noin kymmenen prosenttia väestöstä. Tosin seuraavina vuosikymmeninä katolinen vastauskonpuhdistus palautti kirkolle sen jo menettämiä alueita.
Uskonpuhdistajien tarkoituksena ei ollut synnyttää uutta, katolisesta kirkosta irtautunutta kirkkoa, vaan uudistaa katolilaisuutta. Katolinen kirkko oli kuitenkin haluton uudistumaan. Tosin jo kuuden vuoden kuluttua Lutherin teesien julkaisemisesta paavi Hadrianus VI oli tunnustanut paavin, prelaattien ja pappien parissa esiintyneet synnit ja väärinkäytökset, mutta hänen aikainen kuolemansa lopetti toiveet kirkon uudistumisesta.
Vasta vuosikymmeniä uskonpuhdistuksen alkamisen jälkeen paavi Paavali III kutsui Trenton kirkolliskokouksen koolle vastauksena protestanttiseen reformaatioon, ja tarkoitus oli vahvistaa katolisen kirkon oppia ja rakenteita. Kirkolliskokous kesti yhteensä kahdeksantoista vuotta. Syynä olivat kulloisenkin paavin ja keisarin väliset riidat ja poliittisten tilanteiden vaihtelu. Kirkolliskokous kesti paavien Julius III, Marcellus II ja Paavali IV hallintojen ajan ja päättyi Pius IV:n paaviuden aikana, joten kulloinenkin paavi vaikutti omalta osaltaan kokouksen pitkittymiseen. Esimerkiksi Paavali III:n riitaannuttua keisari Kaarle V:n kanssa kirkolliskokous siirrettiin Bolognaan.
Lopulta kirkolliskokous saatiin päätökseen 1563. Sen tuloksena katolinen kirkko uudistui monella osa-alueella, minkä lisäksi aikaisempia uskonkappaleita dogmatisoitiin. Uskonopin alueella kirkolliskokous otti kantaa muun muassa Raamattuun ja traditioon, perisyntiin ja sakramentteihin. Esimerkiksi erään päätöksen mukaan apostoliseen traditioon tuli suhtautua yhtä kunnioittavasti kuin Raamattuun, mikä oli muun muassa Lutherin ajatusten vastainen kanta. Kirkolliskokous osallistui myös kirkon reformoimiseen. Kirkolliskokous päätti esimerkiksi, että Paavi Paavali III antoi vuonna 1540 vahvistuksensa ja siunauksensa kuusi vuotta aikaisemmin perustetulle jesuiittajärjestölle. Jesuiittaveljeskunta kehittyi Pariisissa opiskelleiden nuorten miesten ryhmästä, jonka johtajana toimi entinen ritari Inigo López de Loyola, tunnetumpi nimellä Ignatius Loyola (1491–1556). Uskonpuhdistuksen aikakaudella jesuiitat olivat paaville uskollisia ja halusivat palvella kirkkoa. Jesuiitoilla oli myös oma sotilaallinen organisaatio, jonka johtaja toimi paavin alaisuudessa. Jesuiitat eivät muiden hengellisten seurojen tapaan olleet sidottuja luostareihin tai muihin keskuksiin, mikä mahdollisti jäsenille liikkuvan elämän. Jäsenmäärä kasvoi huomattavasti vuoden 1556 tuhannesta jäsenestä, ja vuonna 1750 jesuiittoja oli jo 22 590.
Jesuiittoja alettiin pian järjestön perustamisen jälkeen syyttää siitä, että he noudattivat "tarkoitus pyhittää keinot" -tyyppistä toimintamallia ja että järjestön tavoitteekseen ilmoittama "sielujen pelastumisen auttaminen" sisälsi myös joukon muita päämääriä. Jesuiitat toimivat ympäri Eurooppaa katolisten ruhtinaiden hoveissa mutta harjoittivat myös laajaa käännytystyötä varsinkin Amerikassa ja Itä-Aasiassa.
Yksi jesuiittaveljeskunnan alkuperäisistä tavoitteista oli päästä "valtaamaan" takaisin katolisuudelle sen protestanttisuudelle menettämät alueet Euroopasta. Euroopassa tapahtuvan työn keinoina olivat koulutus ja diplomatia. Jesuiittojen toiminta Euroopassa oli osaltaan pysäyttämässä protestanttisuuden leviämistä Puolaan, Itävaltaan ja eteläiseen Saksaan.
Amerikan tultua eurooppalaisille tunnetuksi aloitti myös katolinen kirkko lähetystoimintansa siellä. Tärkeässä roolissa olivat varsinkin jesuiitat. He olivat paitsi vapaita luostarielämästä, pyrkivät myös käännytystyössään mukautumaan paikalliseen kulttuuriin. Tällainen lähetystyön tapa oli erittäin tehokas, mutta aiheutti myös riitaa katolisen kirkon sisällä. Muun muassa dominikaanit ja fransiskaanit pitivät jesuiittojen "sopeutumista pakanuuteen" suoranaisena "paholaisen palvontana".
Joka tapauksessa katolinen lähetystyö osoittautui tehokkaaksi Amerikassa ja Aasiassa, vaikka jälkimmäisessä tulokset eivät jääneetkään järin pysyviksi. Amerikassa kristinuskoon kääntyneiden määrä oli jo alusta asti suurta. "Catholic Encyclopedian" mukaan 1500-luvun puolivälin ja 1630-luvun välisenä aikana pelkästään Etelä-Amerikassa kastettiin noin 70 000 uutta kristittyä. Aasiassa taas tuloksia saavutettiin niin Intiassa, Kiinassa kuin myös Japanissa, mutta myöhemmin jesuiitat joutuivat paikallisväestön vihamielisyyksien takia luopumaan Kaukoidän lähetystyöstä. Lopullinen kuolinisku jesuiittojen lähetystyölle oli sääntökunnan hetkellinen lakkauttaminen 1700-luvun loppupuolella.
Myös dominikaanit harjoittivat lähetystyötä, vaikkakin pääosa Amerikan käännytystyöstä suoritettiin jesuiittojen johdolla. Kristillisten sääntökuntien parissa elävät ajatukset yksilönvapaudesta ja sen kautta myös jonkinasteisesta demokratiasta eivät saaneet vastakaikua Euroopan yksinvaltaisten monarkioiden alueella. mutta työ Latinalaisessa Amerikassa vaikutti myös dominikaanien yhteiskunnalliseen ajatteluun ja antoi aihetta pohtia moraalisia kysymyksiä. Jo vuonna 1511 dominikaani Antonio de Montesinosin Santo Domingossa pitämä saarna hyökkäsi eurooppalaista imperialismia vastaan:
Yksi kuuluisa löytöretkiajan dominikaani oli Amerikan intiaaniväestön oikeuksia 1500-luvulla ajanut Bartolomé de las Casas. Hänen ansioihinsa voidaan lukea intiaanien orjuuden lakkauttaminen vuonna 1542. De las Casas työskenteli ahkerasti paikallisväestön oikeuksien parantamiseksi, eikä hän suhtautunut ymmärtäväisesti intiaaneja kohtaan tehtyyn väkivaltaan. Hän kirjoittikin erääseen teokseensa: "Kristittyjen ainoa todellinen ja perimmäinen syy surmata ja tuomita perikatoon suunnaton määrä viattomia ihmisiä oli saada haltuunsa heidän kultansa". Nykyaikana de las Casasia on alettu pitää yhtenä vapautuksen teologian edelläkävijöistä. Tosin hän on yhä kiistelty hahmo, sillä hän ehdotti intiaaneja "vastustuskykyisempien" orjien tuomista Afrikasta turvaamaan intiaaneja. Myöhemmin, nähtyään ehdotuksensa seuraukset orjakauppana, de las Casas alkoi katua syvästi ja kirjoitti: "En tiennyt mitä tein, ja kadun ehdotustani mitä syvimmin".
Uskonpuhdistusta seuraavaa vuosisataa Euroopassa leimasivat uskonsodat katolilaisten ja protestanttien välillä. Uskonpuhdistuksen levitessä syntyi myös avointa väkivaltaa protestanttien ja katolilaisten välillä, mistä esimerkkinä voidaan mainita Ranskan uskonsodat sekä 1600-luvun kolmikymmenvuotinen sota. Erimielisyydet purkautuivat paitsi sotina, myös verilöylyinä ja vainoina. Tunnetuimpiin niistä kuuluu Pärttylinyön verilöyly, jossa arvioidaan saaneen surmansa noin 30 000 ihmistä. Myös "Pariisin verihäinä" tunnettu verilöyly oli katolilaisten väkivaltaista mellakointia protestanttisia hugenotteja vastaan.
Trenton kirkolliskokouksen jälkeen katolinen kirkko alkoi jälleen voimistua ja saada jälleen jalansijaa protestantismille menettämillään alueilla. Katolilaisuus saavutti voittoja useilla tahoilla: Lepanton taistelussa paavin ja Venetsian laivastot löivät turkkilaiset, Ranskan uskonsotien tuloksena maa jäi katolilaiseksi ja lähetystyö palautti protestantismiin kallistuneita Sveitsiä, Puolaa ja Böömiä katolilaisemmiksi. Kirkon voimistuminen nähtiin huolenaiheena Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueilla, missä luterilaisuus oli päässyt voitolla katolilaisuudesta. Pelkona oli muun muassa mahdollinen katolilaisuuden uusi valta-asema Saksassa. Lopulta huolenaiheet johtivat sotatilaan Euroopan katolilaisten ja protestanttisten maiden välillä.
Protestanttien ja katolilaisten ristiriidoista alkunsa saanut kolmikymmenvuotinen sota muuttui pian suurvaltapoliittiseksi sodaksi. Alussa Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta oli jäämässä tappiolle, mutta Ranskan liityttyä sotaan voimatasapaino osapuolten välillä muuttui ratkaisevasti. Ranska lähti taistelemaan protestanttien puolella, vaikka valtionjohdossa toimi kaksi katolisen kirkon kardinaalia: Richelieu ja Mazarin. Protestanttien puolelle he liittyivät saavuttaakseen poliittiset tavoitteensa Euroopassa. Sota lopetti Espanjan aseman Euroopan voimakkaimpana valtiona sekä heikensi Habsburgien suvun mahtia. Ranska hyötyi sodasta, mutta katolisen kirkon eteneminen Saksassa kärsi. Seuraavina vuosikymmeninä voimistuneesta Ranskasta kehittyi merkittävä maa katolisen kirkon kannalta.
Kolmikymmenvuotinen sota nosti Ranskan Euroopan johtavaksi valtioksi. Huolimatta ulkopoliittisesta protestanttisuudestaan maa oli sisäpoliittisesti tiukan katolilainen. Ranskan 1600-luvun kukoistusaika ulottui myös hengelliseen elämään.
1600-luvulla Ranskan hengellisen elämän puolella oltiin halukkaita korottamaan tavallisen papiston tasoa. Tavoite oli sikäli tärkeä, että hiippakuntapapiston koulutuksellisessa ja moraalisessa tasossa oli ympäri Eurooppaa pahojakin puutteita. Papiston tason kohottamiseksi perustettiin pappisseminaareja, joissa pappien lisäksi koulutettiin myös opettajia toisiin seminaareihin. Samaan aikaan merkittävät ajattelijat kuten Blaise Pascal, Jean Mabillon, Jacques Bénigne Bossuet ja François Fénelon antoivat oman panoksensa ranskan katolilaisuudelle. Kaiken lisäksi Ludvig XIII lupasi 1638 "pyhittää kuningaskuntansa pyhälle Neitsyelle".
Ranskassa ei kuitenkaan vältytty teologisilta oppiriidoilta. Merkittävä oli jansenistinen liike katolisen kirkon sisällä. Sitä edusti Cornelius Jansen, joka vuonna 1640 julkaistussa teoksessaan esitteli osin katolisen opin vastaisia pelastuskäsityksiään. Jansenismi hyökkäsi varsinkin Ranskassa toimivien jesuiittojen ajatuksia vastaan. He näkivät, että jesuiittojen optimistinen tapa korostaa ihmisen kykyä hyvään saattoi johtaa "hengelliseen leväperäisyyteen". Taustalla oli jansenistien vahva fatalistinen, paljolti kirkkoisä Augustinuksen predestinaatio-oppia mukaileva ajatus siitä, että pelastus tulisi vain Jumalan ennalta valitsemien ihmisten osaksi. Samaten jansenistit vaativat ihmisiltä vahvaa katumusta, eivätkä he hyväksyneet jesuiittojen ihmiskuvaa. Ristiriidat jansenistien ja jesuiittojen välillä johtivat pitkään teologiseen riitaan, joka lopulta johti jansenistien pääluostarin tuhoamiseen. Jansenistit kukistettiin Ranskassa, mutta he perustivat Alankomaihin jansenistikirkon, joka ajautui skismaan katolisen kirkon kanssa. Jansenistikiistan pitkän aikavälin seurausta oli, että se loi pohjaa 1700-luvun valistusajan uskonnonvastaisille näkemyksille.
1700-luvulla noussut valistusajan liike horjutti kirkon ennen voimakasta valta-asemaa. Liikkeen syntyyn ja kehitykseen vaikuttaneet filosofit ja ajattelijat korostivat uskon sijasta järkeä, eikä Jumalaa nähty kuin enää korkeintaan maailmankaikkeuden ulkopuolisena alkusyynä. "Valistus on ihmisen ulospääsy itse aiheuttamastaan holhottavuudesta, joka on kyvyttömyyttä käyttää järkeään ilman toisen ohjausta. "Sapere aude!" Ole rohkea ja käytä omaa järkeäsi! on siis valistuksen tunnuslause", määritteli saksalaisfilosofi Immanuel Kant.
Valistusajattelijat arvostelivat myös sokeaa uskoa valtion ja kirkon arvovaltaan. Luonnontieteet olivat edistyneet edellisillä vuosisadoilla, ja tämä vaikutti todellisuuskäsitykseen. Myös tiedot muista maanosista vaikuttivat käsityksiin yhteiskunnasta ja uskonnosta.
1600- ja 1700-luvulla varsinkin paaviuden ongelmaksi muodostui yhä kasvava yksinvaltiuden korostus ympäri Eurooppaa. Esimerkiksi Ranskassa gallikanismi korosti tarvetta kirkon riippumattomuuteen paavin vallasta. Käytännössä Ranskan katolisessa kirkossa valta olikin pääosin piispojen kokouksilla sekä maan hallitsijalla. Varsinkin 1700-luvun valistunut yksinvaltius, huolimatta katolilaisuuden asemasta valtionkirkkona, näki paavinvallan epäluotettavana.
Ranskassa absolutismi vakiintui "Aurinkokuningas" Ludvig XIV:n valtakaudella. Hänen aikaisessaan Ranskassa katolilaisuus nostettiin tärkeään asemaan perumalla protestanttisille hugenoteille taatut oikeudet. Huolimatta katolilaisuuden suosimisesta kuningas ajautui myös riitoihin paavinistuimen kanssa. Kiistan syynä oli kuninkaan halu laajentaa oikeuttaan piispannimityksiin. Paavina ollut Innocentius XI ilmaisi vastustuksensa, mutta ranskalaiset piispat asettuivat paavin sijasta tukemaan kuningasta. Samaten Ranskassa muotoiltiin paavinvaltaa rajoittavat "Neljä artiklaa", joiden mukaan paavi saattoi esittää erehtymättömänä vain sellaisia asioita, jotka oli jo kirkon piirissä hyväksytty.
Valtion halu sekaantua katolisen kirkon toimintaan ei rajoittunut vain Ranskaan, vaan monet katolisten maiden monarkiat omaksuivat halun rajoittaa paavinvaltaa. Muun muassa Habsburg-ruhtinas Joosef II näki yhtenä valtion tehtävänä koko kirkon hallinnon valvomisen. Eurooppalaisten valtioiden halu kontrolloida kirkkoa näkyi varsinkin tapauksessa, jossa paavinistuin painostettiin lakkauttamaan jesuiittojen sääntökunta. Sääntökunta nähtiin paavin voimakkaana vaikutusvälineenä, minkä vuoksi yhä useampi katolinen monarkia alkoi vaatia sen lakkauttamista. Lopulta Bourbon-sukuiset valtiot uhkailivat paavinistuinta jo suoranaisilla sotatoimilla Kirkkovaltiota vastaan. Lopulta Klemens XIV taipui ja lakkautti sääntökunnan 16. elokuuta 1773.
Vuonna 1789 niin sanotun "kolmannen säädyn" jäsenet eli porvarit, käsityöläiset ja talonpojat sekä säädyttömät nousivat vallankumoukseen vallitsevaa yhteiskuntajärjestystä vastaan. Samalla aateliston ja papiston harvainvalta lopetettiin.
Ranskan suuri vallankumous oli isku paitsi eurooppalaisille monarkeille, myös katoliselle kirkolle. Helpottaakseen Ranskan huonoa taloustilannetta uusi hallinto kansallisti katolisen kirkon omaisuuden. Vuonna 1790 piispoista ja papeista tuli kansalliskokouksen päätöksellä valtion virkamiehiä. Myös luostarit lakkautettiin. Paavina ollut Pius VI pysytteli rauhallisena, mutta ryhtyi vastatoimiin kansalliskokouksen vaadittua kaikilta papeilta uskonnollisuudenvalaa uudelle perustuslaille. Paavi paitsi erotti uskollisuudenvalan hyväksyneet papit, myös tuomitsi vuonna 1789 annetun ihmisoikeuksien julistuksen.
Noin puolet Ranskan katolisista papeista suostui vannomaan uskollisuudenvalan. Piispoista sen hyväksyi seitsemän. Ranskan papisto oli jakautunut kahtia. Samalla uusi hallitus Ranskassa katkaisi suhteensa paaviin ja Avignon miehitettiin. Myös kirkkoja alettiin ryöstää ja pappeja surmata. Samaten Neitsyt Marialle rakennettu Notre Dame vihittiin uudelleen "Järjen ja vapauden temppeliksi". Edes kristillistä ajanlaskua ei säästetty, vaan käyttöön otettiin uusi vallankumouskalenteri.
Ranskan ajautuessa sotaan muuta Eurooppaa vastaan paavi asettui tukemaan Ranskan vastustajia. Silloinen kenraali Napoleon Bonaparte lähetettiin valloittamaan Italiaa, ja vähitellen Ranskan valta ulottui yhä lähemmäs Roomaa ja paavinistuinta. Helmikuussa 1797 paavin oli pakko solmia itselleen epäedullinen rauhansopimus Ranskan kanssa. Sopimus maksoi Kirkkovaltiolle raskaiden sotakorvausten lisäksi sata taideteosta ja viisisataa käsikirjoitusta paavinistuimen kokoelmista. Roomassa puhjenneiden mellakoiden jälkeen Napoleonin joukot miehittivät kaupungin. Roomasta tehtiin tasavalta ja paavi vietiin vangittuna Rhônen varrella sijaitsevaan linnakkeeseen. Siellä hän myös kuoli vuonna 1799. Hänelle ei lopulta myönnetty edes kristillistä hautausta.
1. joulukuuta 1799 kardinaalit eivät kokoontuneet normaaliin tapaan Sikstuksen kappelissa Roomassa vaan Itävalta-Unkarin hallitsemalla alueella sijaitsevassa benediktiiniluostarissa. Pius VI oli ennen marttyyrikuolemaansa antanut vanhimmalle kardinaalille määräyksen järjestää seuraava konklaavi turvallisessa paikassa. Uudeksi paaviksi valittiin pitkän pattitilanteen jälkeen Pius VII. Uusi paavi palasi Roomaan, joka nyt kuului Napoleonin Ranskalle. Napoleonista oli tullut Ranskan tosiasiallinen hallitsija ja hän halusikin tehdä sovinnon paavin ja katolisen kirkon kanssa. Hän muun muassa järjesti Pius VII:n edeltäjälle Pius VI:lle hautajaiset, jotka häneltä oli aikanaan evätty.
Milanon papeille pitämässään puheessa Napoleon osoitti haluavansa saada aikaan sovun paavinistuimen kanssa, ja myös paavi oli valmis neuvottelemaan Napoleonin kanssa. Kahdeksan kuukautta kestäneiden neuvottelujen jälkeen Napoleon allekirjoitti niiden tuloksena syntyneen konkordaatin heinäkuussa 1801. Konkordaatissa katolilaisuuden status laski valtionuskonnosta "Ranskan kansalaisten enemmistön uskonnoksi", mutta sen harjoittaminen sallittiin. Katolinen kirkko ei kuitenkaan saanut takaisin Ranskan suuressa vallankumouksessa menettämäänsä omaisuutta, vaikkakin Ranskan valtio lupasi korvauksena maksaa papistolle palkkaa kirkon puolesta. Myös Kirkkovaltio palautettiin paaville.
Kiistan molemmat osapuolet hyötyivät sovun solmimisesta ja konkordaatista. Tosin molemmat osapuolet joutuivat myös tinkimään vaatimuksistaan ja tekemään kompromisseja. Paavi olisi toivonut kirkon takavarikoitua omaisuutta takaisin, eikä kirkko myöskään saanut menettämäänsä Avignonia takaisin. Lisäksi paavin oli hyväksyttävä Ranskassa vallitseva uskonnonvapaus. Vaikka paavi joutuikin antamaan periksi joissakin vaatimuksissaan, voidaan konkordaattia silti pitää todisteena kirkon voitosta, sillä Ranskan vallanpitäjien oli myönnettävä, etteivät he olleet pystyneet kitkemään kristinuskoa Ranskasta. Konkordaatti ei tarkoittanut voittoa pelkästään paaville ja kirkolle vaan myös Napoleonille, sillä enää hänen arvostelijansa eivät voineet väittää Ranskan tasavaltaa pakanalliseksi ja jumalattomaksi valtakunnaksi.
Jonkin aikaa Napoleonin ja paavin välillä vallitsi sopu, mutta pian välit jälleen viilenivät. Kun Napoleon vaati paavia sulkemaan Kirkkovaltion satamat brittiläisiltä aluksilta, paavi kieltäytyi vedoten asemaansa puolueettomana rauhan puolustajana. Ranskan joukot tunkeutuivat jälleen Roomaan, ja paavin lippu vaihdettiin trikoloriin. Vatikaani oli nyt liitetty osaksi Napoleonin imperiumia. Paavi taas julisti "Pietarin perinnön ryöstäjät" kirkonkiroukseen eli pannaan, muttei kuitenkaan maininnut Napoleonia nimeltä. Paavi vangittiin ja kuljetettiin Genovan länsipuolella sijaitsevaan Savonaan, missä häntä pidettiin kolme vuotta kotiarestissa.
Napoleonin kärsittyä tappion liittoutuneille paavi pääsi palaamaan Roomaan 24. toukokuuta 1814. Wienin kongressin kokoontuessa järjestämään sekasortoista Eurooppaa Napoleonin jäljiltä paavilla oli nyt puolellaan aikakauden mukanaan tuoma muuttunut ilmapiiri. Kirkkoa vastustaneiden valistusfilosofien valistusaatteita pidettiin syynä vallankumoukseen ja sekasortoiseen kaaokseen Euroopassa. 1800-luvun alun uudet aatesuuntaukset, kuten romantiikka, pitivät arvossa useita valistusaatteen halveksimia asioita kuten uskoa, historiaa, perinteitä ja arvovaltaa, mikä hyödytti juuri näitä ominaisuuksia edustavaa kirkkoa.
Paavin onnistui Wienin kongressissa palauttaa Kirkkovaltiolle sille ennen kuuluneet alueet Avignonia lukuun ottamatta. Kirkkovaltion palauttaminen paaville sopi hyvin sekä Britannian että kukistetun Ranskan suunnitelmiin, sillä vahva Kirkkovaltio Apenniinien niemimaalla tasapainotti Itävalta-Unkarin ja muiden alueen valtioiden keskinäistä voimatasapainoa.
Napoleonin kukistuttua paavi Pius VII päätti perustaa uudelleen 1700-luvulla lakkautetun jesuiittasääntökunnan. Vaikka jesuiitat olivat asteittain päässeet aloittamaan työtään uudelleen jo aiemmin, vasta Napoleonin Ranskan kukistuttua Pius VII saattoi perustaa veljeskunnan uudelleen koko katolisen kirkon alueelle. Päätöksen virallisti hänen 7. elokuuta 1814 julkaisemansa bulla nimeltä "Sollicitudo omnium ecclesiarum".
Katolinen lähetystoiminta oli kärsinyt syvästi kirkon heikkoudesta Napoleonin sotien aikana. Myös jesuiittojen puuttuminen oli nakertanut lähetystyön tehokkuutta, eikä kirkko ollut pystynyt korvaamaan jesuiittoja jollain toisella sääntökunnalla. Jesuiittasääntökunnan uudelleenperustamisen jälkeen katolinen lähetystyö lähti jälleen nousuun, vaikkakin taustalla oli myös se, että lähetystehtäviä uskottiin nyt myös pappien lisäksi maallikoille.
Katolisen kirkon lisäksi myös protestanttiset kirkot harjoittivat 1800-luvulla laajaa lähetystoimintaa. Yhdeksännellätoista vuosisadalla kristinusko alkoikin levitä voimakkaasti myös Euroopan ja Pohjois-Amerikan ulkopuolelle, jolloin kristinuskon voidaan katsoa tulleen maailmanuskonnoksi. Huolimatta ympäri kristikuntaa vallinneesta lähetysinnosta lopputulokset jäivät uusien kristittyjen määrän kannalta lopulta varsin vähäisiksi. Esimerkiksi 1800-luvun Aasiassa katolilaisten määrä kohosi noin 3,3 miljoonaan, mikä merkitsi alle prosenttia koko väkiluvusta.
Vielä 1800-luvun alkupuoliskolla kristillinen lähetysliike ei sotkeutunut imperialismiin. Myös kolonialismi torjuttiin vielä 1800-luvun puoliväliin saakka. Yhdeksännentoista vuosisadan loppupuolella imperialismin arvostelu oli huomattavasti vähäisempää. Imperialismin vastustamisessa kunnostautuivat vain muutamat amerikkalaiset lähetysseurat.
Tärkeä seikka tarkasteltaessa katolisen kirkon ja paaviuden kehitystä 1800- ja 1900-luvuilla on törmäys vanhoillisen kirkon ja modernisoituvan maailman välillä. Kyse ei ollut yksittäisestä tapahtumasta vaan usean paavin aikakaudella tapahtuneesta kehityksestä, joka leimasi paavinistuimen suhteita ulkomaailmaan. Ristiriitoja oli omiaan pahentamaan syvästi uskonnollisten hurskaiden kardinaalien valitseminen paaviksi 1800-luvun alkupuoliskolla. Esimerkiksi 1800-luvun alkupuoliskolla hallinnut Leo XII oli hyvin taantumuksellinen mies ja vailla kunnollista suhteellisuudentajua, minkä vuoksi hän muun muassa lopetti isorokkorokotusten antamisen Kirkkovaltiossa sekä sulki Rooman juutalaiset ghettoon. Samaten kortinpeluusta sunnuntaina saattoi saada vankeutta. Naiset eivät myöskään saaneet käyttää liian tiukkoja pukuja. Leo XII:n kuoltua historioitsija Leopold von Ranke lausui hänestä: "Myös muut paavit ovat tehneet itsensä vihattaviksi, mutta joitain kannattajia heillä on aina ollut. Leo XII oli kaikkien vihaama, ruhtinaista kerjäläisiin, kukaan ei ollut hänen ystävänsä."
Samoin toiveet Kirkkovaltion vanhan pappisjohtoisen hallintojärjestelmän muuttamisesta kokivat kolauksen 1800-luvun alkupuolella, sillä vaikka uudistusmieliset paavit saattoivat yrittää uudistaa vanhaa Kirkkovaltiota, peruivat heidän seuraajansa nämä uudistukset nopeasti. Esimerkiksi paavi Gregorius XVI perui edeltäjänsä Pius VIII:n uudistukset, joilla oli yritetty modernisoida Kirkkovaltiota. Kirkkovaltiota pidettiinkin Gregorius XVI:n paavinkaudella yhtenä Euroopan takapajuisimmista maista. Gregorius XVI antoi myös tukensa erilaisille sananvapautta rajoittaville toimille eri puolilla Eurooppaa, koska Kirkkovaltio oli sotilaallisesti riippuvainen näiden Euroopan valtioiden antamasta tuesta.
Paavi Gregorius XVI:n kauden aikana ympäri katolista kirkkoa esitettiin kommentteja uudenlaisen maailman puolesta. Teologitkin esittivät toiveita, joiden mukaan paavin tulisi liittoutua mieluummin demokratian kuin monarkian puolelle. Esimerkiksi pappi, teologi ja poliittinen kirjailija Hughes Felicité Robert de Lamennais toivoi kirkon asettuvan "vapauteen pyrkivien kansojen" puolelle "niitä orjuuttavien hallitsijoiden" sijaan. Lamennais yritti turhaan saada paavi Gregoriusta hyväksymään ohjelmansa. Sen sijaan paavi julkaisi kiertokirjeen, jossa hän tuomitsi niin omantunnon-, sanan- kuin mielipiteenvapaudenkin. Lisäksi paavi torjui kirkkoon kohdistetut uudistusvaatimukset sanoen:
Vuonna 1867 paavi Pius IX kutsui koolle 20. yleisen kirkolliskokouksen eli Vatikaanin ensimmäisen kirkolliskokouksen. Koska paavin maallinen valta oli samaan aikaan päättymässä, katsoivat kardinaalit ja piispat tarpeelliseksi lisätä tämän kirkollista valtaa. Tämän vuoksi kirkolliskokouksen edustajat päättivät julistaa opin paavin erehtymättömyydestä. Kardinaalien ja piispojen joukossa enemmistö kannatti julistusta, minkä vuoksi se toteutuikin, mutta sitä myös vastustettiin. Useimmat vastustajista eivät sinänsä vastustaneet oppia paavin erehtymättömyydestä, joka oli jo sangen vanha, vaan kirkolliskokouksen julistusta ja paavillisen erehtymättömyyden määrittelemistä. Julistus nimittäin sitoisi piispat ja kardinaalit myöntämään myös kiistanalaisiksi tulkittavien paavillisten julistusten erehtymättömyyden.
Vastustuksesta huolimatta julistus kuitenkin hyväksyttiin vuonna 1870 ensimmäisessä äänestyksessä äänin 451–88. Noin viisikymmentä kardinaalia jättäytyi pois äänestyksestä ja 88 ”kannatti varauksin”. Lopullisessa äänestyksessä vastustajat lähtivät kotiin ennen äänestyksen alkamista, minkä vuoksi asiakirja hyväksyttiin virallisesti äänin 533–2 – joista vastustavatkin äänet olivat ilmeisesti annettu vahingossa. Kirkolliskokouksen mukaan paavi ei siis ollut erehtymätön, mutta hän saattoi antaa lausunnon piispanistuimelta "ex cathedra". Julistuksen tärkeimpiin kuuluva kohta määrittelee paavin erehtymättömyyden seuraavasti:
Julistusta vastustava vähemmistö oli toivonut, että asiakirjaan olisi lisätty lieventävä huomautus, jonka mukaan paavin oppi perustuisi kirkon traditioon. Pius IX:n vaatimuksesta tällaista huomautusta ei lisätty, vaan julistukseen lisättiin seuraava teksti: ”"Rooman paavin määritelmät ovat muuttamattomia oman itsensä perusteella, eikä siis kirkon myöntymyksen perusteella"”.
Joka tapauksessa Vatikaanin ensimmäinen kirkolliskokous oli aikanaan ainutlaatuinen kirkollinen kokoontuminen, sillä teollistumisen tuomat paremmat kulkuvälineet olivat mahdollistaneet maailmanlaajuisten kokousten pitämisen. Vatikaanin ensimmäisen kirkolliskokouksen ensimmäiseen istuntoon osallistuikin 47 kardinaalia, 9 patriarkkaa, 7 priimasta, 117 arkkipiispaa, 479 piispaa ja jonkin verran muita osanottajia, eli yhteensä kokouksen ensimmäiseen istuntoon osallistui 698 henkilöä.
Nationalismin aikakaudella alettiin tavoitella Italian yhdistämistä yhdeksi kuningaskunnaksi. Toteutuessaan suunnitelma merkitsi loppua paavin hallitsemalle Kirkkovaltiolle. Suurimmaksi osaksi Italia yhdistyikin jo vuonna 1860, ja siihen liitettiin myös Kirkkovaltion itäosa Adrianmeren rannikolla. Paavin hallintaan jäi silloin vielä Rooma ympäristöineen, mutta 20. syyskuuta 1870, Pius IX:n ollessa paavina, Italian kuningas Viktor Emanuel II:n joukot hyökkäsivät Roomaan. Kaupunki miehitettiin nopeasti, eikä väestönkään puolelta juuri esiintynyt vastarintaa. Lokakuussa 1870 järjestetty kansanäänestys puolsi äänin 133 681–1500 Rooman liittämistä osaksi yhdistynyttä Italiaa.
Paavi Pius IX julisti Rooman valtaajat kirkonkiroukseen. Viktor Emanuel II tarjosi paaville oikeutta Vatikaaniin, Lateraanikirkkoon sekä Castel Gandolfoon. Lisäksi paaville tarjottiin 3,23 miljoonaa liiraa vuosittain maksettavaksi, mutta paavi kieltäytyi. Hän julisti olevansa "Vatikaanin vanki". Välirikko jatkui hänen seuraajiensa aikanakin, ja vasta vuonna 1929 paavi Pius XI pääsi Italian valtion kanssa sopimukseen, jolla perustettiin nykyinen Vatikaanivaltio.
Vasta Kirkkovaltion tuhon jälkeen paavius lopulta vapautui maallisen hallitsemisen kahleista. Paavista tuli huomattavasti aiempaa riippumattomampi eurooppalaisista sotamahdeista. Paavius alkoikin kehittyä hengellisen ja maallisen instituution sekoituksesta yhä hengellisempään suuntaan.
Pius IX:n paavinkaudella laadittiin kiertokirje, josta tuli kuuluisa sen liitteenä olleen "Syllabus errorum" -nimisen erehdysten luettelon ansiosta. Luettelossa paavi tuomitsi kahdeksankymmentä modernia asiaa, joita hän piti harhaoppina. Luettelo tuomitsi muassa omantunnonvapauden, protestantismin, siviiliavioliiton sekä sosialismin. Luettelon kahdeksaskymmenes kohta tuomitsi väitteen, jonka mukaan ""Rooman paavi voisi ja että hänen tulisi sopia edistyksen, vapaamielisyyden ja modernin kulttuurin kanssa"". "Syllabus errorum" luokitteli harhaopit kymmeneen eri ryhmään:Itse kiertokirje oli nimeltään "Quanta cura" (suom. Suuri huoli). Sekin tuomitsi useita paavin erehdyksiksi katsomia asioita. Erityisen raskaan tuomion saivat rationalismi ja kriittinen raamattutiede. Kielteisen tuomion saivat myös valtion ja kirkon erottaminen toisistaan sekä vaatimukset paavin maallisen vallan poistamiseksi. Pius IX:n kiertokirje tuomittiin ympäri Euroopan kohtuuttomana, ja katolisetkin teologit yrittivät tulkita sitä maltillisesta näkökulmasta ongelmia välttääkseen.
1800-luvun alkupuolella ympäri katolista Eurooppaa heräsi haluja osin yhdistää "kristilliset ja sosiaaliset tavoitteet". Tosin vielä yhdeksännentoista vuosisadan alussa katolinen kirkko torjui talousliberalismin vastaisia ajatuksia. Siitä huolimatta katolilainen pappi Adolf Kolping alkoi 1800-luvun puolivaiheilla työskennellä työväestön olojen parantamiseksi. Hän muun muassa perusti Kölniin kisälliseuran ja asuntoja käsityöläiskisälleille. "Der Gesellenverein" (Kisälliseura) -nimisessä julkaisussaan hän totesi: "Nuorella työmiehellä ei ole muuta turvapaikkaa kuin majatalo ja kapakka, hän ei oikeastaan voi missään levähtää ja saada ravintoa hengelleen [--] Sitä paitsi uskonto on viritettävä ja elvytettävä uudestaan hänen sydämessään." Kolpingin kisälliyhdistysajatus sai jo lähivuosina laajaa kannatusta ja levisi muuallekin Eurooppaan. Vuonna 1865 Kolping-seurojen yhteenlaskettu jäsenmäärä oli noin 24 000.
1800-luvun lopussa myös paavi alkoi ottaa kantaa työläisten asemaan. Vuonna 1891 julkistettiin Leo XIII:n ensyklika "Rerum novarum". Edeltäjiensä tapaan paavi Leo torjui jälleen sosialismin pitäen sitä "ihmisen luonnollisen omistamisoikeuden vastaisena". Toisaalta kiertokirjeessä myös esiteltiin uudenlainen katolinen sosiaalioppi. Myös katolilaiset työväenyhdistykset hyväksyttiin. Vaikka kiertokirje ei juurikaan palauttanut työväestöä kirkon yhteyteen, muodostui se silti kulmakiveksi modernille katolilaiselle sosiaaliopille. Myöhemmin 1930-luvulla paavi Pius IX otti jälleen kantaa sosiaalipoliittisiin asioihin. Vuonna 1931 julkaistu kiertokirje "Quadragesimo anno" otti "Rerum novarumin" tapaan kielteisen kannan luokkataisteluun, mutta myös pyrki hahmottelemaan uusia ohjeita työelämän järjestystä varten. Samalla paavi myös esitti toiveen siitä, että työelämän osapuolet jakaisivat saamiaan etuja solidaarisuus mielessään, jolloin he tulisivat toimineeksi kokonaisuuden parhaaksi. Paavi myös vierasti voimakkaasti Italian fasistien ajamaa ja Itävallan käyttämää säätyjärjestelmää.
23. syyskuuta 1871 pidettiin Münchenissä teologien kokous. Osallistujat edustivat katolisen kirkon "oppositiota", joka vastusti paavin asemaa ja erehtymättömyyttä. Kokouksen jälkeen päätettiinkin perustaa vanhakatolinen kirkko. Sen jäsenet katsoivat edustavansa vanhaa, "uudenaikaisista virheistä vapaata kirkollista perinnettä". Uudessa vanhakatolisessa kirkossa oli mukana joukko Vatikaanin kirkolliskokouksen arvostelijoita.
Vanhakatolilaisuudesta ei koskaan kehittynyt katolisen kirkon valtaa horjuttavaa protestiliikettä. Nykyaikanakin vanhakatolisten liikkeiden jäsenmäärät ovat alle puolen miljoonan. Valtaosa nykypäivän vanhakatolilaisista asuu Pohjois-Amerikassa. Opillisilta perusasioiltaan vanhakatolinen kirkko on suhteellisen lähellä katolista kirkkoa. Sakramentti- ja eukaristiakäsitykset ovat molemmilla kirkoille suhteellisen samankaltaiset, mutta vanhakatolinen kirkko ei hyväksy selibaattia eikä 1900-luvulla annettuja Neitsyt Mariaan liittyviä dogmeja. Nykyään vanhakatolilaisuus hyväksyy myös naispappeuden.
Halki 1800-luvun oli nähtävillä konflikteja katolisen kirkon ja eurooppalaisten valtioiden välillä. Lopulta kiistat johtivat joissain Euroopan maissa kirkon ja valtion erottamiseen toisistaan.
1870-luvulla syntyi tunnettu konflikti Preussin ja katolisen kirkon välillä. Protestanttisessa Preussissa pyrittiin rajoittamaan katolilaisten valtaa ns. "toukokuun laeilla". Niissä muun muassa annettiin valtiolle oikeus erottaa pappeja sekä helpotettiin kirkosta eroamista. Samaten papeilta vaadittiin "kulttuuritutkintoa" ja opiskelua saksalaisessa yliopistossa. Jo aiemmin rikoslaissa oli säädetty rangaistus papille, joka "ammattiaan harjoittaen tai sen yhteydessä julkisesti väkijoukon edessä, tai joka kirkossa tai muussa uskonnolliseen kokoontumiseen tarkoitetussa paikassa useiden henkilöiden edessä ottaa valtiollisia asioita yleistä rauhaa vaarantavalla tavalla julistuksen tai keskustelun kohteeksi". Lopulta valtion ja kirkon riita saatiin sovittua.
Vaikka katolinen kirkko oli selvinnyt Preussin kanssa käydystä kiistasta voittajana, joutui se pian hankaluuksiin muualla. Ranskassa jesuiitat karkotettiin jälleen kerran maasta, uskonnonopetus valtion kouluissa kiellettiin ja 241 munkkiluostaria suljettiin. Myös kirkon ylläpitämän koululaitoksen toimintaa hankaloitettiin. 11. joulukuuta 1905 hyväksyttiin laki, joka erotti Ranskan valtion ja kirkon. Vuonna 1910 toteutetun vallankumouksen jälkeen Portugali seurasi Ranskan mallia.
Ensimmäisen maailmansodan alussa hallinnut paavi Pius X yritti omalta osaltaan estää maailmansodan syttymisen. Hän puuttui alkavaan kriisiin jo Itävalta-Unkarin vaatiessa Serbiaa rankaisemaan Frans Ferdinandin salamurhan osallisia sekä muuttamaan sisäpolitiikkaansa. 23. heinäkuuta 1914 paavi Pius X yritti vielä neuvotella sopua Itävalta-Unkarin ja Serbian välille, mutta tuloksetta. Viisi päivää myöhemmin Itävalta-Unkari julisti sodan, joka tuli vaatineeksi noin 10 miljoonaa ihmishenkeä. Paavi Pius X oli kuitenkin sympatioineen Itävalta-Unkarin puolella, koska Ranskan politiikan muutosten takia se oli viimeinen jäljellä oleva katolinen eurooppalainen suurvalta. Joidenkin väitösten mukaan Itävalta-Unkarin keisari olisi jopa pyytänyt paavia siunaamaan maan aseet, mihin paavi ei kuitenkaan suostunut.
Pius X:n seuraajan Benedictus XV:n paavius ylsi yli ensimmäisen maailmansodan. Benedictus XV kutsui maailmansotaa "Euroopan itsemurhaksi" ja yritti useasti saada rauhaa osapuolten välille. Pasifistisen paavin useat rauhansovitteluyritykset eivät kuitenkaan tuottaneet tulosta. Uuden paavin valinnasta oli kulunut vasta viisi päivää, kun hän esitti ensimmäisen monista vetoomuksistaan sodan ja "mielettömän teurastuksen" lopettamiseksi. Benedictus XV vetosi rauhan puolesta myös esimerkiksi kiertokirjeissään "Ad beatissimi apostolorum" ja "Humani Generis redemptionem". Lisäksi sodanjälkeisessä kiertokirjeessään "Quod iam diu" Benedictus XV myös esitti ajatuksiaan rauhasta. Pasifistinen paavi koetti vedota sodan osapuoliin taistelujen lopettamiseksi, mutta molemmat osapuolet tuomitsivat paavin lausunnon. Benedictus XV yritti sodan lopettamisen ohella muun muassa saada aikaan aselepoa joulupyhiksi sekä järjestää yhteisen hartaushetken rauhan puolesta. Kumpaakaan ehdotusta ei hyväksytty. Yksikään paavin vetoomus ei saanut vastakaikua, eivätkä osapuolet liiemmin hyväksyneet paavin laajinta rauhanvälitysehdotusta 1917. Syy tämän rauhanvälitysehdotuksen kaatamiseen oli tilanne sodassa: englantilaisten ja ranskalaisten mielestä ehdotus oli heille epäedullinen, eivätkä myöskään Venäjän luhistumisesta innostuneet keskusvallat halunneet hyväksyä ehdotusta. Paavia ei otettu mukaan edes sodanjälkeisiin neuvotteluihin, vaan hän joutui pysymään ulkopuolisena loppuun saakka.
Toisen maailmansodan ajan paavina oli Pius XII. Paaviksi tultuaan hän yritti estää maailmansodan syttymisen ja ehdottikin Euroopan valtioille neuvotteluja rauhan säilyttämiseksi. Hänen pyyntönsä torjuttiin. Sodan puhjettua paavi yritti vielä pitää Italian erossa siitä, mutta epäonnistui tässäkin. Sodan molemmat osapuolet pyrkivät saamaan Pyhän istuimen puolelleen, mutta Vatikaani oli päättänyt paavin johdolla pysyä puolueettomana, kuten se oli tehnyt ensimmäisessäkin maailmansodassa.
Vaikka Pius XII toimikin sodan aikana rauhan puolesta ja pyrki auttamaan eri maiden hätää kärsiviä asukkaita ja sotavankeja, kiinnitetään nykyaikana enemmän huomiota hänen vaikenemiseensa juutalaisten joukkotuhoamisesta. On totta, että Vatikaani tiesi muita valtioita paremmin juutalaisten järjestelmällisestä tuhoamisesta. Sopimus Mussolinin kanssa ja toisen maailmansodan tapahtumat olivat alentaneet paavin arvovaltaa maailmalla, minkä vuoksi sodanaikaista paavia Pius XII:a jopa syytettiin aikanaan natsiksi ja hänen epäiltiin suojelevan natsirikollisia. Joka tapauksessa paavi ei toiminut aktiivisesti saksalaisia vastaan, vaikka katolinen kirkko ei tukenut kansallissosialismia. Tosin paavilla ei olisi todennäköisesti ollut mahdollisuutta estää tai edes hillitä holokaustia, vaikka hän olisikin tuominnut sen. Paavilla oli syytä olettaa, että asian suora tuomitseminen olisi vain pahentanut tilannetta. Eräänäkin päivänä paavi poltti keskitysleirejä vastustavan kirjoituksensa, jonka oli aikonut julkaista Italian lehdissä, koska samantyyppinen julkilausuma oli Alankomaissa johtanut kymmenientuhansien juutalaissyntyisten katolilaisten vangitsemiseen. Paavin toimien puolustajat muistavat yleensä myös paavin toiminnan saksalaisten miehittäessä Rooman 1943, jolloin paavi antoi piilottaa noin viitisen tuhatta juutalaista Vatikaaniin ja kaupungin luostareihin.
Vuonna 1928 espanjalainen pappi Josemaría Escrivá de Balaguer y Albás perusti Opus Dein, josta myöhemmin tuli katolisen kirkon personaaliprelatuuri. Opus Dein ensimmäisinä vuosina Josémaría Escrivá kehotti niitä, jotka seurasivat häntä olemaan diskreettejä Opus Deistä siihen asti, kun järjestö saisi ensimmäisen juridisen muotonsa. Silloin isä Josémaría Escrivá kirjoitti:" Työ kasvoi sisällä, syntymättömänä, raskaudessa, oli vain henkilökohtaista apostolaattia".. Luemme myös Tie- kirjan mietelmässä numero 970: "On totta, että olen antanut viisaalle apostolaatillesi nimen " hiljainen ja toimiva tehtävä ".- Minulla ei ole mitään syytä muuttaa sitä, mitä sanoin". Tämän vuoksi Kristinuskon historia 2000: Uskonpuhdistuksesta nykyaikaan -kirjassa sanotaan, että Josemaría Escrivá de Balaguer velvoitti Opus Dein jäseniä vaikenemaan toiminnastaan seurassa.
Vuodesta 1950 lähtien Opus Dei laajeni jatkuvasti. Toimintakeskuksia syntyi Saksaan, Alankomaihin, Argentiinaan, Kanadaan, Venezuelaan ja muihin Länsi-Euroopan ja Amerikan maihin. Sen jälkeen seurasivat Japani, Filippiinit, Nigeria, Australia, Kenia, Kongo, Norsunluurannikko, Hongkong, Singapore, Ruotsi (1984), Taiwan, Suomi (1987), sen jälkeen mm. Puola (1989), Unkari ja Tšekki (1990), Intia, Israel, Liettua (1993) ja Viro (1996). Vuonna 2015 Opus Deihin kuului n. 93 986 jäsentä, joista 2 094 on pappeja, loput maallikoita ja nykyaikana Opus Dei toimii maailmanlaajuisesti. Jäsenmäärien perusteella se on selkeästi suurempi kuin yksikään katolinen sääntökunta. Lukuihin vaikuttaa osin se, että Opus Dei hyväksyy myös naisjäseniä, mutta erot sen ja erilaisten sääntökuntien jäsenmäärissä ovat silti valtaisat. Esimerkiksi vuosina 2004–2005 jesuiittoja laskettiin olevan noin 20 200, kun taas Opus Dein jäsenmäärä oli peräti 85 000. Samaan aikaan fransiskaaneihin kuului noin 16 000 jäsentä ja benediktiineihin 7 900. Tämän lisäksi on otettava huomioon, että esimerkiksi vuoden 1990 lukuihin verrattuna jesuiittojen, fransiskaanien ja benediktiinien jäsenmäärät ovat laskeneet tuhansilla, kun taas Opus Dei on vuosivälillä 1990–2005 kasvanut noin seitsemällä tuhannella jäsenellä. Vuonna 2015 Opus Deissä oli jäseniä jo 91 892.
Roomaan Josemaría Escrivá muutti pysyvästi vuonna 1946, jonne hän perusti Opus Dein päämajan. Hän kuoli Roomassa 26. kesäkuuta 1975. Toimiin hänen pyhäksijulistamisekseen ryhdyttiin Roomassa 19. helmikuuta 1981 69 kardinaalin ja n. 1300 piispan pyynnöstä. 9. huhtikuuta 1990 paavi Johannes Paavali II julisti sankarillisiksi hänen kristilliset hyveensä ja 6. heinäkuuta 1991 paavi julisti erään hänen esirukoustensa ansioksi luetun parantumisen luonteeltaan ihmeeksi. Johannes Paavali II julisti Roomassa Opus Dein perustajan autuaaksi 17. toukokuuta 1992 ja pyhäksi 6. lokakuuta 2002.
Opus Dein perustajaa kunnioitetaan yhteisössä syvästi ja pyhä Josemaría Escrivá kuuluu erottamattomasti Opus Deihin. Hänen opetuksensa ydin on Jumalan lapseus sekä pyhän elämän eläminen tavallisen arjen keskellä. Tämä opetus oli etenkin vielä Opus Dein perustamisen aikaan radikaalisti vastakohtaista katolisessa kirkossa vallinneelle ajattelulle, että Jumalalle omistautuvan ihmisen tuli mennä luostariin.
1960-luvulla hallinneen paavi Johannes XXIII:n koolle kutsuma Vatikaanin toinen kirkolliskokous oli erittäin merkittävä tapahtuma katolisen kirkon kannalta ja kuuluu katoliselle kirkolle merkittävimpiin tapahtumiin 1900-luvulla. Kirkolliskokous aiheutti käänteen katolisen kirkon suhtautumisessa muihin kristillisiin kirkkoihin ja uskontoihin. Samoin kirkolliskokouksen seurauksena katolisen kirkon käsitys itsestään ja modernisoituvasta maailmasta muuttui. Varsinkin jälkimmäinen muutos oli erittäin merkittävä, koska paavinistuimen konflikti tieteen ja modernismin kanssa oli leimannut koko uuden ajan paaviutta ja näkynyt selvästi varsinkin 1800- ja 1900-luvulla hallinneiden paavien politiikassa.
Vatikaanin toinen kirkolliskokous poikkesi suuresti edellisistä kirkolliskokouksista, sillä kyseisessä kirkolliskokouksessa uudistettiin suuresti vanhanaikaisena pidettyä katolista kirkkoa. Esimerkiksi 90 vuotta ennen Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen alkua pidetty Vatikaanin ensimmäinen kirkolliskokous ei ollut uudistanut katolista kirkkoa vaan vahvistanut paavin valtaa. Lisäksi Vatikaanin toisessa kirkolliskokouksessa valmistellut asiakirjat pyrittiin kompromissiratkaisujen avulla hyväksymään mahdollisimman suurilla äänienemmistöillä, toisin kuin esimerkiksi Vatikaanin ensimmäisessä kirkolliskokouksessa, jossa paavi Pius IX oli vastustanut useita kompromisseja ja vienyt paavin tahdon läpi suuresta vastustavasta oppositiosta huolimatta.
Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen tuloksia olivat muun muassa kuusitoista hyväksyttyä asiakirjaa. Neljä konstituutioksi kutsuttua dokumenttia olivat erityisen tärkeitä:Kirkolliskokouksen hyväksymiin päätöksiin kuului myös yhdeksän dekriittiä, jotka liittyivät sosiaalisiin viestintätapoihin, katolisiin itäkirkkoihin, ekumeniaan, piispoihin, pappien koulutukseen, sääntökuntiin, maallikkoapostolaatteihin sekä pappeihin ja lähetystyöhön. Kirkolliskokous myös hyväksyi kolme lausuntoa, joiden aiheena olivat kristillinen kasvatus, ei-kristilliset uskonnot ja uskonnonvapaus.
Vatikaanin toinen kirkolliskokous myös kehotti katolisia yhteistyöhön sekä keskusteluun muidenkin uskontojen kuin vain kristinuskon kanssa. Kirkolliskokouksen asiakirjaan liittyen myös julkaistiin kannanotto, jossa kirkko sanoutui irti juutalaisvastaisuudesta.
Kirkolliskokous myös otti sitä edeltäneestä Vatikaanin ensimmäisestä kirkolliskokouksesta poikkeavan linjan hyväksymällä uskonnonvapauden vetoamalla ihmisarvoon sekä kristilliseen uskonkäsitykseen. Kanta poikkesi suuresti Vatikaanin ensimmäisen kirkolliskokouksen aikaisen paavi Pius IX:n julistuksista, joilla paavinistuin oli vielä alle sata vuotta sitten ilmoittanut vastustavansa uskonnonvapautta nimeämällä sen harhaopiksi.
Paavi Paavali VI:n pontifikaatin aikana katolinen kirkko oli murrosvaiheessa. Vatikaanin toinen kirkolliskokous oli tehnyt päätöksiä kirkon uudistamisesta, mutta päätöksien saattaminen voimaan kesti aikaa. Paikoin uudistukset pyrittiin saattamaan voimaan varsin nopeasti.
Katolisen kirkolla oli sisäisiäkin ongelmia. Esimerkkinä kirkon sisällä tapahtuvasta kuohunnasta voidaan pitää Alankomaiden katolista kirkkoa, joka vielä 1950-luvulle tultaessa oli pysynyt selkeästi uskollisena Roomassa olevalle kirkkojohdolle. Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen jälkeen Alankomaissa tapahtui kuitenkin kehitystä, jonka seurauksena julkaistiin "Hollantilainen katekismus". Kyseiseen kirjaan oli liitetty muun muassa raamatuntutkimuksen tuloksia ja muuta uudempaa teologiaa. Lisäksi Alankomaiden katolisessa kirkossa kirkkojen yhtenäisyyteen ja jumalanpalvelukseen liittyvissä käytännöissä ei enää noudatettu täysin katolisen kirkon virallista linjaa.
Katolisessa kirkossa heräsi myös kysymys seurakuntapappien selibaattisäännöstä, jonka käsittelyn Paavali VI oli vetänyt pois Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen asialistalta. Läntisessä ja keskisessä Euroopassa kärsittiin pulaa papeista, ja pappiskokelaiden määrä oli selvässä laskussa. Syynä oli katolisen kirkon selibaattisääntö, joka ei houkuttanut monia nuoria liittymään kirkon palvelukseen.
Katolisen kirkon sisällä kiisteltiin lisäksi kirkolliskokouksen uudistamasta jumalanpalvelusjärjestyksestä. Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen jälkeen perustettiin erilaisia vanhaa latinankielistä messua puoltavia ryhmiä. Näiden ryhmien mukaan messujen pitäminen kansankielellä "protestantisoi" katolista kirkkoa. Tavallisienkin seurakuntalaisten joukossa muutokset saivat aikaan epävarmuutta, vaikkakin jotkin seurakunnat ottivat innolla vastaan uuden käytännön.
Myös paavin "Humanae vitae" -kiertokirje herätti vastustusta. Ehkäisyn, perhesuunnittelun ja abortin kieltäminen vastoin paavin neuvonantajien suosituksia herätti paljon keskustelua ja kiistaa, eikä tämä kiista ole vieläkään laantunut. Arvostelu kiertokirjettä kohtaan jakaantui pääosin kahteen erilaiseen näkökohtaan: kiistaan kirkollisesta sukupuolimoraalista ja kiistaan paavin auktoriteetin käytöstä kiistassa. Essenissä järjestetyillä katolisilla kirkkopäivillä vuonna 1968 käsiteltiin muun muassa paavin auktoriteetinkäyttöä. Kirkkopäivillä selvisi, että seurakunnan jäsenet vastustivat paavin auktoriteetinkäyttöä, jossa tavallisia uskovaisia ei kuunneltu. Huomattavaa on kuitenkin se, ettei itse paaviutta tai paavin opetusvirkaa kirkossa kyseenalaistettu.
Nykypäivänä katolinen kirkko on maailman suurin kristillinen kirkkokunta. Sillä on yli miljardi jäsentä maailmanlaajuisesti. Katolisen kirkon nykyinen johtaja on vuodesta 2013 hallinnut argentiinalainen Franciscus. Nykyajan katolisella kirkolla on useita haasteita, muun muassa sen suhtautuminen vapautuksen teologiaan on herättänyt keskustelua. Samaten kirkon sisällä on haluttu arvioida uudelleen seksuaalimoraaliin liittyviä opetuksia ja toivottu uudenlaista suhtautumista esimerkiksi naispappeuskysymykseen. Toisaalta on myös esitetty huolia maallistumisen vaikutuksista kirkkoon. Myös ekumenia on ollut viime vuosina keskustelujen aiheena.
1990-luvulta lähtien kertomuksia katolisen kirkon työntekijöiden harjoittamasta lasten seksuaalisesta hyväksikäytöstä erilaissa kirkon oppilaitoksissa on tullut ilmi ympäri maailman. Skandaalia on pahentanut kirkon johdon jopa useita vuosikymmeniä kestänyt salailu ja hiljainen hyväksyntä.