Toinen Tšetšenian sota
Toinen Tšetšenian sota käytiin Venäjän ja Tšetšenian välillä vuosina 1999–2009. Ensimmäinen Tšetšenian sota oli päätynyt Venäjän tappioon, mutta Tšetšenian itsenäisyyttä ei ollut tunnustettu. Terrori-iskut saivat Putinin lähettämään Venäjän joukot takaisin Tšetšeniaan.
Suurimmat taistelut käytiin sodan alussa 1999–2000. Groznyitä puolustaneet tšetšeenit pakenivat vuorille, ja kevättalvella 2000 alkoi pitkä sissisotavaihe. Vuonna 2009 Venäjä julisti lopettavansa terrorisminvastaisen operaationsa rauhoittuneen tilanteen vuoksi.
Ensimmäinen Tšetšenian sota oli päätynyt Venäjälle nöyryyttävään tappioon vuonna 1996. Vuonna 1997 kapinallisjohtaja Aslan Mashadov oli valittu Tšetšenian presidentiksi, ja Venäjä oli tunnustanut hänen hallituksensa mutta ei ottanut kantaa Tšetšenian itsenäisyyteen.
Elokuussa 1999 Šamil Basajevin ja Khattabin johtamat islamilaistaistelijat tunkeutuivat Tšetšeniasta Dagestaniin ja perustivat sinne valtion nimeltä "Pohjois-Kaukasian islamilainen tasavalta", jota oli tarkoitus laajentaa muuallekin Kaukasiaan.. Seuraavien viikkojen aikana Venäjän joukot valtasivat alueet takaisin.
Syyskuussa 1999 Dagestanissa ja Venäjän eri osissa räjäytettiin kerrostaloja. Iskuissa kuoli 300 ihmistä. Venäjän viranomaiset syyttivät iskusta tšetšeenejä ja heitä tukeneita islamilaistaistelijoita.
Venäjä vaati syyskuun lopussa jyrkin sanoin Tšetšenian presidentti Aslan Mashadovia pidättämään terroristi Šamil Basajevin, mutta Mashadov ei suostunut. Vaikka Basajev ei ollutkaan poliittisesti suosittu Tšetšeniassa, hänellä oli ulkomaisia tukijoita ja sen verran vaikutusvaltaa maassa, ettei Mashadov kyennyt pidättämään häntä.
23. syyskuuta venäläiset pommittivat Groznyia ensimmäistä kertaa neljään vuoteen. Mashadov julisti Pyhän sodan, mikä oli liikennekannallekutsu kaikille aikuisille miehille.
1. lokakuuta Venäjän pääministeri Vladimir Putin lähetti joukot Tšetšeniaan.
Joulukuussa 1999 Mashadov julisti että Groznyia puolustetaan viimeiseen asti. Venäläiset kehottivat siviilejä poistumaan kaupungista 11. joulukuuta mennessä, minkä johdosta Euroopan unioni uhkasi Moskovaa pakotteilla. Läntisten lähteiden mukaan Groznyssä oli tuolloin 50  000 ihmistä. Venäläiset viranomaislähteet ovat väittäneet siellä olleen vain toistakymmentätuhatta ihmistä. Kaupungista taisteltiin viikkojen ajan kovasti, ja helmikuussa 2000 Venäjä valtasi sen.
Presidentiksi vuodenvaihteessa noussut Putin julisti että kaupunki oli vallattu, mutta taistelut jatkuivat vuorilla.
Lokakuussa 2002 ryhmä tšetšeenimilitantteja otti 700 henkeä panttivangeiksi moskovalaisessa teatterissa. Välikohtauksessa sai surmansa 130 henkeä, useimmat heistä turvallisuusjoukkojen vapautusiskussa. Tapahtuman jälkeen Venäjä voimisti iskujaan Tšetšeniassa.
Beslanin koulukaappauksessa vuonna 2004 kuoli 340 lasta. Venäjä syytti kaappauksesta kansainvälisiä terroristeja ja etsintäkuulutti Mashadovin ja Basajevin.
Sisseillä on epäilty olevan yhteyksiä al-Qaidaan, mutta niitä ei ole voitu todistaa.
Lokakuussa 2004 Alu Alhanov valittiin Tšetšenian presidentiksi. Seuraavassa helmikuussa kapinallisjohtaja Mashadov tarjosi tulitaukoa ja yritti taivutella venäläisiä rauhanneuvotteluihin. Alhanovin hallitus vaati Mashadovia antautumaan. Mashadov sai surmansa maaliskuussa venäläisjoukkojen erikoisoperaatiossa.
Venäjä ilmoitti lopettaneensa terrorisminvastaisen operaationsa 16. huhtikuuta vuonna 2009.
Sekä Venäjän joukot ja heitä tukevat tšetšeenit että heitä vastustavat tšetšeeniseparatistit rikkoivat törkeästi ihmisoikeuksia ja sodan sääntöjä toisessa Tšetšenian sodassa. Venäjän tekemistä ihmisoikeusrikoksista on raportoinut muun muassa kansainvälinen ihmisoikeusjärjestö Human Rights Watch ja Euroopan neuvosto.
Venäläiset raiskasivat, ryöstivät, kiduttivat, tappoivat ja vangitsivat terroristien tukijoiksi epäilemiään. Venäjän joukoilla oli Tšetšeniassa joitain kidutusleirejä, joissa ihmisiä pidettiin vankeina maakuopissa talvellakin.
Tiedot sodan uhrien määrästä ovat hyvin epävarmoja. Venäjä on myöntänyt 4 572 sotilaan menehtyneen vuoden 2002 loppuun mennessä, mutta esim. venäläisten sotilaiden äitien järjestön tietojen mukaan kaatuneita sotilaita olisi noin kolminkertainen määrä. Kuolleiden tšetšeenien lukumäärä on paljon korkeampi ja myös vielä epävarmempi: venäläisten sotilaslähteiden mukaan yli 20 000 kapinallista on kuollut, mutta tšetšeenilähteiden mukaan luku on yli puolet pienempi. Tšetšeenien mukaan sodan siviiliuhrien määrä on huomattavasti yli 10 000, joidenkin arvioiden mukaan peräti 250 000. Tšetšenian sisäisten pakolaisten määrän arvioidaan olevan yli 230 000.
Venäjälläkin riippumattomat tiedotusvälineet ovat kritisoineet avoimesti Tšetšenian sotaa, muun muassa viikkolehti Novaja gazeta. Sodanvastustuksestaan tuli kuuluisaksi myös Novaja Gazetan toimittaja Anna Politkovskaja, jolta on ilmestynyt muun muassa kirja "Toinen Tšetšenian sota". Aleksandr Litvinenko ja Juri Felštinski julkaisivat aluksi Venäjältä paenneen oligarkki Boris Berezovskin tuella kirjan "Venäjä kuilun partaalla – turvallisuuspalvelut demokratian uhkana". Kirjan mukaan FSB teki terrori-iskut Moskovassa ja muualla, ja pani ne tšetšeenien syyksi. Siten Venäjän hajoamista pelkäävät poliitikot saivat syyn tšetšeenien separatismin kukistamiseen. Putin pystyi kirjan mukaan häikäilemättömästi ratsastamaan juonitellen aloitetulla sodalla presidentiksi, kun esiintyi kovaotteisena terroristi-tšetšeenejä vastaan taistelevana sankarina.
Sekä Litvinenko että Politkovskaja murhattiin.
Samoin heinäkuun 15. päivänä vuonna 2009 tuntemattomat miehet sieppasivat ja murhasivat metsässä Anna Politkovskaja -palkinnon saaneen toimittajan Natalia Estemirovan sen jälkeen, kun Tšetšenian sota oli jo päättynyt. Estemirova oli tutkinut Tšetšenian sodan ihmisoikeusrikkomuksia jo vuodesta 1999, jolloin toinen Tšetšenian sota alkoi. Estemirovan työtoveri Stanislav Markelov oli murhattu jo tammikuussa 2009 Moskovassa. Estemirovan murha oli jo viides Tšetšenian ihmisoikeusloukkauksia tutkineiden aktivistien murha vuonna 2009. Venäjän ihmisoikeusjärjestö Memorial veti murhan takia toimintansa pois Tšetšeniasta. Järjestön johtaja Oleg Orlov syytti murhasta Tšetšenian johtaja Kadyrovia, joka uhkasi nostaa Orlovia vastaan syytteen kunnianloukkauksesta.