Mutaatiojalostus
Mutaatiojalostus tarkoittaa kasvien jalostamista pommittamalla niitä säteilyllä tai kemikaaleilla satunnaisten mutaatioiden synnyttämiseksi kunnes jokin yksilö sattuu saamaan toivotun tai hyödyllisen mutaation - mahdollisten tuntemattomien mutaatioiden lisäksi. Mutaatiojalostusta ei säännellä kuin Kanadassa, jossa se lasketaan geenimuunteluksi. Esimerkiksi EU:n GM-sääntelystä se on vapautettu.
Mutaatiojalostus alkoi 1930-luvulla. Nopeamman, halvemman ja turvallisemman "geenimuuntelun" odotettiin syrjäyttävän sen, mutta GM-vastustuksen vuoksi näin ei olekaan käynyt. Mutaatiojalostuksen tuotteita on suuri osa nykyisin viljeltävistä lajikkeista USA:n luomulajikkeita myöten.
Vuosina 1927-1928 röntgensäteiden havaittiin aiheuttavan mutaatioita hedelmäkärpäsessä ja ohrassa. Tästä alkoi nopeasti menetelmän käyttö kasvinjalostajien ja geneetikkojen keskuudessa.
Säteilytys on yleisin mutatointikeino, 89 %. Gammasäteilytyksen osuus on 64 % ja röntgensäteilytyksen 22 %. Myös (karsinogeenisia) kemikaaleja käytetään mutaatioiden aiheuttamiseen.
Tyypillisesti säteilytysteho valitaan niin suureksi, että puolet kohteista tuhoutuu, jotta mutaatioita syntyisi mahdollisimman paljon.
Vuonna 2000 mutanttilajikkeita oli yli 2250, joista 60 % oli kehitetty vuoden 1985 jälkeen, useimmiten Kiinassa, Intiassa, NL/Venäjällä, Alankomaissa, USA:ssa tai Japanissa. Näistä 30 % oli syntynyt mutanttien risteytyksistä ja 70 % suoraan mutatoimalla.
Mutatoinnin merkitys on kasvamassa mm. öljy-, proteiini- ja tärkkelysominaisuuksien sääntelyssä sekä kuivuuden, sairauksien ja suolaisuuden siedossa maatalouden kestävässä kehityksessä.
Mutageenisistä lajeista 75 % on satokasveja, 25 % koristekasveja. Useimmat ovat siemenistä lisääntyviä.
Esimerkiksi suurin osa maailman vehnästä, ohrasta ja riisistä on mutanttilajikkeista. Pelkästään YK:n ruoan ja maanviljelyn ydinsäteilytysohjelma on tuottanut yli 3000 mutanttilajiketta. Mutaatiojalostus on tehnyt Vietnamin riisiomavaraiseksi. 
Myös mm. mutageeniset ohra-, durumvehnä-, puuvilla-, auringonkukka- ja greippilajikkeet ovat taloudellisesti hyvin merkittäviä.
Vuonna 2014 FAO/IAEA:n tietokannassa oli yli 3200 mutanttilajiketta 214 lajista 60 maassa.
National Academies of Science (NAS) varoitti vuosina 1989 ja 2004 siitä, että on tieteellisesti perusteetonta säännellä GMO:ita kun mutaatiojalostettuja tuotteita ei säännellä. Professori Kevin Folta arvioi, että kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, koska mutaatiojalostus on ennustamattomampaa. Siinä sadat tai tuhannet geenit poistetaan tai uudelleenjärjestetään satunnaisesti, mikä voi aiheuttaa terveyshaittoja. Tosin sekin riski on erittäin pieni verrattuna esim. salmonellan ja muiden ruokien levittämien tautien tuottamaan riskiin. NAS:n jälkimmäisen GMO-raportin osakirjoittaja Alan McHughen (UCLA) totesi, että jokainen GMO on turvallisempi kuin mikään tarkastamaton tuote. Vain Kanada sääntelee mutaatiojalostusta. GMO-sääntelyn vuoksi moni jalostaja turvautuu mutaatiojalostukseen.
Säteilytyksellä ja kemikaaleilla tuotetuilla mutaatioilla kasveja on jalostettu 1930-luvulta asti. Tällaiseen GMO-vastustus ei kohdistu, koska menetelmä on "vanha". Toimittaja Ismo Heinisuo ihmettelee sitä, että tällaisella "mutanttijalostuksella" tuotettua Europlan-perunaa pidetään "luonnollisena", mutta kun sama geeninsammutus tehtiin helposti 29 vuotta vanhalla geenitekniikkamenetelmällä, kyseistä Amflora-perunaa pidetään "luonnonvastaisena", vaikka näissä samaan aikaan kehitetyistä perunalajikkeissa ei ole mitään eroa. Tämä johti Amflora-koeviljelmien vandalisointiin ja siihen, että lupahakemuksen käsittely kesti EU:lta 14 vuotta, jolloin markkinat oli jo menetetty Europlanille. Syynä Heinisuo pitää sitä, että 75 vuotta sitten ei vielä ollut vihreää liikettä. Luonnossa tällaisia mutantteja löytää lähinnä Tshernobyl-tyyppisistä ympäristöistä. Basf joutui siirtämään tutkimustyönsä muihin maanosiin ja luopumaan myös saman hakemuksen rutonkestävästä perunasta. Siksi rutontorjuntaruiskutuksia tarvitaan yhä.
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Mutaatiojalostuksessa tuhotaan ja järjestetään uudelleen satoja tai tuhansia geenejä satunnaisesti. Tämä jäljittelee sitä, mitä auringon säteily tekee kasvien ja eläinten geeneillä vuosituhansien kuluessa. NASin mukaan se tuottaa ihmiselle vahingollisia mutaatioita todennäköisemmin kuin geenimuuntelu.
Vuonna 2012 saksalainen BASF siirsi kasvitiedeosastonsa Saksasta Yhdysvaltoihin. Monsantokin veti hakemuksensa pois EU:sta, koska EU oli hyväksynyt vain yhden GM-lajikkeen 20 vuodessa. Professori Wayne Parrott varoittaa, että EU:n nykyinen sääntely ajaa käyttämään mutaatiojalostusta, vaikka siinä tuotetaan paljon tuntemattomia muutoksia kasvien geeneihin. Vanhoilla jalostustavoilla on kuitenkin tuotettu terveyshaittoja. Toisaalta Parrott myöntää, että jopa mutaatiojalostuksessa terveysriskit ovat hyvin pieniä verrattuna salmonellan kaltaisiin normaaleihin ruokariskeihin.
Tiedetoimittaja Hank Campbellin mukaan GMO:t kehitettiin siksi, että mutaatiojalostus vaihdettaisiin turvallisempaan tekniikkaan, mutta GMO-vastustus on estänyt tämän ja jättänyt vuoden 1936 teknologian käyttöön.
Sertifioidut luomutuotteet voivat olla mutaatiojalostettuja Yhdysvalloissa. 
Niitä tuotetaan sekä kemiallisella mutaatiojalostuksella että säteilytysmutatoinnilla.
Koska luomuyhteisö on sallinut säteilytysmutaatiojalostuksen ja kromosomimutatoinnin, USA:n maatalousministeriö (USDA) katsoi, että myös GM-kasvien ja GM-eläinten tulisi saada kuulua luomutuotantoon, sillä niihin ei liity suurempia riskejä. Organic Watch -luomujärjestön Roger Blobaum vastusti ehdotusta vedoten siihen, että luomuviljelijät eivät ole koskaan väittäneetkään luomun olevan turvallisempaa tai ravinteikkaampaa kuin muut tuotteet tai tuholaismyrkytöntä.
Esimerkiksi säteilytysmutageenisiä Rio Red -greippejä myydään sertifioituina luomutuotteina.