Skientologian kritiikki
Skientologian kritiikki on "skientologia"-nimisen dianetiikasta sovelletun uskonnollisen filosofian sekä siihen liittyvien järjestöjen ja yksityisten henkilöiden toimien arvostelua. Skientologian arvostelijat yleensä katsovat skientologiakirkon käyttävän jäseniään taloudellisesti hyväkseen, mm. koska skientologia vaatii kalliita kurssimaksuja, jotka ajavat monet velkoihin. Skientologit myös teettävät käännynnäisillä paljon työtä nälkäpalkalla. Arvostelijat katsovat myös skientologien pyrkineen ainakin joskus rajoittamaan sananvapautta laittomilla keinoilla, kuten järjestön Suojelutoimisto teki 1970-luvulla Yhdysvalloissa. Skientologisten hoitojen katsotaan olevan lääketieteen vastaisia, mistä on amerikkalainen oikeuden päätös vuodelta 1971.
Ron Hubbardin perustamaa skientologiaa alettiin julkisuudessa syytellä jo 1950-luvulla. 1960-luvulla skientologit ryhtyivät voimakkaisiin kostotoimiin arvostelijoitaan vastaan. 1970-luvulla skientologit muun muassa salakuuntelivat puhelimia, murtautuivat valtion virastoihin ja soluttautuivat viranomaisten keskuuteen. Tämä johti lopulta pidätyksiin ja toi vankilatuomioita monille johtaville skientologeille. Ranskassa liikkeen vastustajat yrittivät kieltää sen 2000-luvun lopulla, mutta vain jotkut liikkeen jäsenet saivat tuomioita ja paikallinen liikkeen haara joutui maksamaan korvauksia. Monesti arvostelu kohdistuu nimenomaan negatiivisena koettuun skientologiakirkon toimintaan. Kirkon toimia ovat arvostelleet liikkeen entiset huippujäsenetkin. 2000-luvulla useita johtavia skientologeja on loikannut liikkeestä pois. Skientologiakritiikki on joskus hyvinkin räikeää, se saattaa väittää liikettä aina hengenvaaralliseksi tai liioitella
kirkon pakkovaltaa jäseniinsä. Myös skientologien vastustajat ovat joskus käyttäneet laittomia keinoja, kuten Anonymous-ryhmä Yhdysvalloissa teki vuonna 2008 hyökätessään skientologien internet-sivustoja vastaan.
Liikkeen luonut henkilö Ron Hubbard oli seikkailija ja melko menestynyt tieteiskirjailija vuoteen 1950. Hubbard aloitti
toimintansa tarjoamalla dianetiikkahoitoja, mutta hänen sanotaan muuttaneen liikkeen uskonnoksi vuonna 1954 vain veroilta välttyäkseen. Lopullisesti liike muuntui uskonnoksi vuonna 1971, kun skientologit hävisivät Yhdysvalloissa oikeusjutun, jonka päätöksen mukaan skientologien tarjoama vaihtoehtohoito ei ole lääketieteen mukaista. Joka tapauksessa skientologiaan jäi vahva liiketoiminnan leima. Monissa maissa skientologit ovat saaneet kamppailla pitkään saadakseen uskonnon aseman.
Suomessa Opetusministeriö ei ole vieläkään myöntänyt liikkeelle uskonnon asemaa. Skientologiaa pidetään usein autoritaarisena, epätieteellisenä ja lääketieteen vastaisena. Liikkeen toimintaan on pitkään liittynyt erilaisia taloudellisia epäselvyyksiä.
"Kokonaisvaltaisena ratkaisuna" itseään julistava skientologia hämärtää arvostelijoiden mukaan harjoittajiensa harkintakyvyn. Lisäksi skientologiakirkkoa moititaan siitä että se rajoittaa jäsentensä itsemääräämisoikeutta arvovallallaan. Skientologiakirkon vallalle ovat erityisen alttiita sen kantahenkilökunnan, Sea Orgin jäsenet, jotka sitoutuvat järjestöön "miljardiksi vuodeksi" ja joutuvat usein työskentelemään kirkon hyväksi nälkäpalkalla. . Tyypilliselle rivityöntekijälle saatetaan maksaa 10-20 dollaria päivässä.
Skientologien kurssimaksut, palvelut ja tuotteet ovat usein hyvin kalliita.
Näin siitä huolimatta, että jotkut varsinkin suurelle yleisölle esillä olevat palvelut ovat ilmaisia tai halpoja asiakkaiden houkuttelemiseksi. Uskossa eteneminen ja/tai hyvään taloudelliseen asemaan pääsy järjestössä vaatii yhä uusien kalliiden kurssien käymistä . Alussa on ilmainen persoonallisuustesti, sitten melko halpa viestintäkurssi. Maksulliset kurssit tulevat vasta jos henkilö lähtee liikkeen toimintaan mukaan . Alun vielä melko halpojen kurssien jälkeen tulee kalliimpia. 
Kurssitus on käytännössä loputonta ja
muiden liikkeen jäsenten kehotukset ja painostukset saavat liikkeessä olevat monestikin menettämään elämänhallinnan, niin että he ottavat isoja velkoja kurssimaksuihin. Esimerkiksi Suomessa sopivien kurssien käymisestä on luvattu isoja kuukausituloja ja yliluonnollisia kykyjä.
Skientologien tietoisuuskartan mukaan on käytännössä 18 koulutusastetta, joista ylin on luokan XII auditoija. Tunnetummat ovat 26 astetta, joista ylin on OT XV, ja clear-tilaan saavutaan 11. asteella.
Erään tiedon mukaan esim. OT-tason kurssit maksaisivat 27 500 dollaria kappale. Toisen tiedon mukaan vuonna 1991 "OT II" olisi maksanut 5225 dollaria ja "OT VI" 12800 dollaria. Skientologiaan liittyvät kustannukset ovat nousseet vuosi vuodelta ja vuonna 2011 OT VIII-tasolle pääsy vei ainakin 300 000 dollaria.
Skientologiaopinnot keskeytyvät usein, tai järjestössä toimiva saattaa karata pois. Karkaajia pelotellaan mm. sairastumisilla. Velkaantuneet eronneet ovat kokeneet monesti tulleensa järjestön pettämäksi. Monet skientologeista eronneet ovatkin suunnitelleet järjestön haastamista oikeuteen ja muun muassa Ranskassa ovat jotkut tehneetkin näin . Skientologien johtaja Hubbard tuomittiin Ranskassa poissaolevana petoksesta neljän vuoden vankeuteen jo aiemmin, mutta tuomiota ei kyetty panemaan täytäntöön.
Skientologit etsivät usein käännynnäisiä onnettomuuden uhreista, heidän omaisistaan tms. Skientologit saattavat luvata apua auto-onnettomuuksien uhreille, ja
viedä heidän vakuutusrahansa. Skientologien tarjoama hoito tai vastaava voi maksaa satojatuhansia dollareita. Skientologeihin liittyvää, käytännössä Hubbardin muun ohjelman mukaista Narconon-hoitoa mainostetaan tehokkaaksi ja sen väitetään parantavan jopa yli puolet huumeriippuvaisista, vaikka vain kymmenes parantuu mikä on huonommin kuin muilla hoidoilla.
Suomessakin noin 400 liikkeen jäsentä on joutunut noin miljoonan markan velkoihin. Myös Suomessa keskusrikospoliisi on tutkinut joitain skientologiaan liittyneitä tapauksia .
Useiden liikkeen arvostelijoiden mielestä skientologia on järjestäytynyttä taloudellista ja henkistä hyväksikäyttöä , armotonta maailmanlaajuista huijausta , josta hyötyy vain järjestön pieni ydinryhmä . Skientologiakirkkoa pidetään korruptoituneena organisaationa , jonka jäsenten toimintaan usein liittyy jopa oikeuteen päätyviä taloudellisia epäselvyyksiä.
Skientologien mukaan heidän liikkeensä pelastaa Hubbardin johdolla maailman, joka puhdistetaan kaikesta pahasta ja rikollisuudesta. Tämän takia skientologit käännyttävät kannattajansa toimimaan muuta maailmaa vastaan. Skientologia on puhtaimmillaan muut ajatustavat
poissulkeva hyvin fanaattinen uskonto, joka vaatii ainakin joiltain jäseniltään vahvaa sitoutumista liikkeen ajatusmaailmaan. Skientologian vastustajien mielestä skientologia on näennäistieteellinen "kultti" , joka pohjautuu perustajansa, liikkeessä palvotun Hubbardin ajatuksiin. Koska liikkeen toiminnassa on niin paljon negatiivisina pidettyjä asioita, monen mielestä skientologia on "vaarallinen kultti" jollainen tulisi kieltää kokonaan , kuten Ranskassa yritettiin 2000-luvun lopulla.
Skientologit itse kiistävät kulttimääritelmän muun muassa vedoten itse kultin määrittelyn epämääräisyyteen. Skientologien sanotaan murtavan vastustuksen mafiamaisilla menetelmillä . Kirkosta 1987 eronnut johtoryhmän jäsen Vicki Aznaran kutsui sitä rikollisjärjestöksi . Skientologit näkevät ulkomaailman uhkaavan heidän uskontoaan. Toisaalta skientologian katsotaan joskus ulkopuolella olevan vakava uhka, koska tämän ihmiskunnan pelastajana itseään pitävän liikkeen uskotaan pyrkivän valtavirtaan ja ehkä jopa johtoasemaan maapallolla. Joidenkin skientologien antamien lausuntojen mukaan skientologit nousisivat johtoon vasta mahdollisen ydinsodan jälkeen. Suomalaistaustainen, liikkeessä 18 vuotta ollut, korkealle noussut mutta myöhemmin eronnut ei pidä uskottavana, että skientologialiike nykymuodossaan kykenisi ratkaisemaan ihmiskunnan suuria ongelmia.
Skientologian dianetiikka on eräänlainen vaihtoehtoinen mielen hoitotapa, jossa on eräänlaista psykoterapiaa ja itsensä kehittämistä.
Ihmiset hakevat yleensä skientologeilta parempaa psyykkistä elämää tai hoitoa ongelmiinsa. Mutta skientologit eivät ole ammattimaisia psyyken ongelmien ratkojia. Auditoinnit aiheuttavat monesti psyykkistä riippuvuutta ja sitoutumista skientologiaan, mikä aiheuttaa rahojen suuren kulutuksen ja talousongelmat. Ihmisten elämänhallinta katoaa. Skientolgit pyrkivät käännyttämään puhumalla ihmiset kannattajikseen eri keinoin mm usein kehuvat mukaan tulevaa ihmistä älykkääksi. Joidenkin mielestä skientologit pyrkivät ohjaamaan ihmisten mieltä ja "aivopesemään" ihmisiä eri keinoin skientologian kannattajiksi.
Skientologian on väitetty esimerkiksi suomalaisen Hymy-lehden artikkelissa olevan mielenterveydelle haitallista. Skientologien auditointien ja vastaavien väitetään joissain tapauksissa murtaneen ihmisten mielenterveyden.
Skientologiakriittisen "Going Clear"-dokumenttifilmin mukaan skientologit keräävät ihmisistä auditoinneissaan myös arkaluonteisia tietoja. Nämä he merkitsevät muistiin.
Jos joku uhkaa erota liikkestä, skientologit voivat uhata julkistaa näitä yksityisiä asioita. Tällä on merkitystä varsinkin silloin, kun henkilö on tunnettu julkisuudessa, esimerkiksi Hollywoodin elokuvanäyttelijä. Eronneesta he voivat julkistaa näitä tietoja, esimerkiksi seksielämän yksityskohtia. Näin skientologit vangitsevat ihmisiä liikkeeseensä. Amy Scobeen erottua kirkosta lehtiin vuosi jostain tietoja hänen seksielämästään ennen avioliittoaan.
Arvostelijat nostavat esille liikkeen tieteistarinoita muistuttavia oppeja, joita ei kerrota aloitteleville jäsenille..
Joka tapauksessa skientologien toiminta-ajatuksena on peitellä salattua tietoa, jota paljastetaan pala palalta 
järjestön sisällä käymällä sillä kauppaa suurilla rahasummilla. Skientologien vaikenemisen laki murtui Yhdysvalloissa osin jo 1970-luvulla, kun järjestöstä erosi jäseniä.
Internet yleistyi länsimaissa nopeasti 1990-luvulla. Internetiin alkoi ilmestyä laittomia skientologien materiaalipaljastuksia tai muuten vain skientologiaa vastustavia sivustoja. Niinpä Internet teki käytännössä mahdottomaksi opin salailun, joka on käytännössä olennainen osa liikkeen toimintaa. Kaiken kukkuraksi joissain maissa skientologien materiaalin esittäminen verkossa ei ole näiden maiden lakien vastaista.
2000-luvunkin skientologiapaljastukset ovat skientologeille suuri uhka, koska ne romuttavat liikkeen toimintapohjaa.
Monestikaan pienten paikkakuntien skientologit eivät tiedä, mitä kaikkea kielteistä 
järjestön toimintaan liittyy ja heillä saattaa olla liian positiivinen kuva skientologian ylemmistä portaista. Myöskään johdossa olevat eivät aina tiedä, mitä ruohonjuuritasolla tehdään, mm lasten miljoonan vuoden työsopimuksia.
Suomessa skientologia oli voimissaan 1980- ja 1990-luvuilla, mutta
liikkeen täällä saama Yhdysvaltoihin verrattuna vähäinen suosio hiipui melko nopeasti, vaikka liike toimii yhä Suomessa.
Skientologian käsitys sairaanhoidosta on omavaltainen, ja se sulkee pois yleisesti käytössä olevia hoitokeinoja. Pahimmillaan tämä johtaa siihen, että sairastunut henkilö kieltäytyy toimivasta hoidosta tai häneltä evätään sellainen.
Syyskuun 11. päivän terrori-iskujen jälkeen skientologiakirkko joutui arvostelun kohteeksi, kun se esitti iskujen järkyttämille ihmisille harhaanjohtavia tarjouksia "mielenterveysavusta" ohi terveydenhuollon ammattiavun . Skientologit olivat näkyvästi esillä New Yorkin World Trade Centerin pelastustöissä. Joidenkuiden heistä väitetään esiintyneen amerikkalaisen mielenterveysjärjestön jäseninä.
Skientologia joutui oikeusriidan kohteeksi 36-vuotiaan yhdysvaltalaisen Lisa McPhersonin kuoltua 5. joulukuuta 1995. Skientologian väitettiin kieltäneen häneltä lääketieteellisen hoidon ja tarjonneen omia hoitojaan, mikä olisi ollut syynä naisen kuolemaan. Tapaus johti pitkälliseen oikeusprosessiin, mutta jutussa syytetyt skientologit saivat lopulta vapautuksen heihin kohdistetuista syytteistä Juttu päättyi 28. toukokuuta 2004.
Yhdysvalloissa skientologit suhtautuivat alussa näennäisen välinpitämättömästi Peter N. Alexanderin vuonna 2001 julkaisemaan elokuvaan "The Profit" , joka on kertomus paranoidista, joka perustaa uskonnon tullakseen miljonääriksi. Heidän mielestään elokuvalla ei ollut mitään tekemistä heidän kanssaan . Englannin kielessä sana "The Profit" muistuttaa lausuttuna sanaa "The prophet", "profeetta", Alexanderin mukaan elokuvalla oli tarkoitus kuvata kultteja yleisesti, ei skientologiaa. Alexander on entinen skientologi, joka erosi kirkostaan vuonna 1997 ja pitää skientologiaa kulttina ja huijauksena .
Pian vuonna 2002 elokuva kiellettiin Yhdysvalloissa skientologiakirkon oikeudellisten vaatimusten pohjalta. Skientologien mielestä elokuvan antama skientologiakäsitys olisi saattanut vaikuttaa silloin meneillään olleeseen skientologiaan liittyneeseen MacPherson-juttuun häiriten tuomarien puolueettomuutta. McPherson-jutussa skientologeja syytettiin psyykkisesti sairaan Lisa McPhersonin painostuksesta ja kuolemasta ilman asiallista lääkärin hoitoa. Loppujen lopuksi jutusta ei tullut tuomioita skientologeille. The Profitin tyyppisen elokuvan kieltäminen on ainutlaatuista yhdysvaltalaisen elokuvan historiassa.
Alexanderin mielestä elokuvan henkilöt ovat kuvitteellisia, mutta niissä on samankaltaisuuksia todellisuuden kanssa. "The Profit" nähdään yleensä julkisuudessa skientologiaparodiana . Kielletyssä elokuvassa skientologiakirkon paikalla on "Church of Scientific Spiritualism" ja rikastuva huijari on nimeltään "Leland Conrad Powers". L. Conrad Powersia näyttelee Eric Rath. Ajatustenlukukone "Mind Meter" muistuttaa E-mittaria. Powers on tieteiskirjailija . Muita samankaltaisuuksia skientologian kanssa ovat sotilasunivormut, soluttautuminen FBI:hin ja konflikti veroviranomaisten kanssa. Pian kiellon jälkeen "The Profitia" tuottamassa
ollut skientologien arkkivihollisena pidetty Minton alkoi riidellä oikeudessa rahoista Alexanderin kanssa .
Skientologit ovat kohdistaneet oikeustoimia ja muuta vastakampanjaa vuonna 1991 Time magazinessa julkaistun artikkelin "Scientology: The Thriving Cult of Greed and Power" tekijää Richard Beharia vastaan. Sama kirjoittaja julkaisi jo 80-luvulla Forbes-lehdessä artikkelin "The Prophet and Profits of Scientology".
Lawrence Wright julkaisi vuonna 2011 skientologiakriittisen kirjan "Going Clear", jota myytiin Yhdysvalloissa paljon. Mutta brittiläinen Transworld ei halunnut julkaista kirjaa Iso-Britanniassa, lakineuvon pohjalta.
HBO valmisteli kirjaan pohjautuvaa elokuvaa "Going Clear: Scientology and the Prison of Belief" vuonna 2014, hakien tukea 160 juristilta. 
Alex Gibneyn ohjaama elokuva ilmestyi, mutta skientologit vastasivat siihen omalla kritiikillään syyttäen Internetissä elokuvaa väärän tiedon julkaisusta. Joitain filmissä esiintyviä ex-skientologeja uhkailtiin ja seurattiin.
Kirkon arvostelijat ja sen työlle haitallisiksi koetut henkilöt leimataan SP:iksi ("Suppressive Person", "torjuja"). Näitä ovat monesti muun muassa lehtimiehet ja psykiatrit. Jos joku liikkeen yhteydessä oleva on tekemisissä SP:n kanssa hänet luokitellaan
"ongelmatapaukseksi" (PTS "Potential Trouble Source").
Niin sanottu "Disconnection"-käytäntö on rikkonut perheitä, joissa ihmisiltä on kielletty yhteydenpito SP:iksi leimattuihin perheenjäseniin. .
Ongelmatapauksia on myös usein Yhdysvalloissa käytännössä pidetty vankina tai liikkeen työleirillä .
Skientologit eivät usein julkisessa tiedotuksessa puhu liikkeen toiminnan kääntöpuolesta sekä kaunistelevat ja vähättelevät ongelmia, joista liike tunnetaan ympäri maailman. Päinvastoin skientologit pyrkivät varsinkin Yhdysvalloissa varjelemaan julkisuuskuvaansa, vaikka ainakin joskus itse tahraavat sitä omalla toiminnallaan. Skientologit usein katsovat muiden vainoavan heidän uskontoaan, mutta eivät huomaa sitä, että suurin osa tästä johtuu loppujen lopuksi heidän omasta toiminnastaan.
Skientologia on pyrkinyt erilaisin keinoin torjumaan itseensä kohdistuvan asiallisen ja asiattoman arvostelun. Keinot ovat olleet asiallisia ja asiattomia, joskus laittomia. Skientologit pyrkivät usein häiritsemään ja arvostelemaan vastustajiaan. Kirkkoa on syytetty olemattomien vihollisten keksimisestä.
Koska skientologit pyrkivät tukahduttamaan liikettä koskevan asiallisenkin kritiikin, on heidän usein ajateltu toiminnallaan pyrkivän rajoittamaan yksilönvapauksiin ja perusihmisoikeuksiin kuuluvaa sananvapautta.
Skientologia tunnetaan uskontona, joka ei käännä toista poskeaan liikkeen julkisia arvostelijoita kohtaan. Liike pyrkii "hyökkäämään hyökkääjää vastaan" eli kostamaan liikkeen todellisille ja kuvitelluille vihollisilleen. Tämä linja alkoi 1960-luvulla Yhdysvaltain viranomaisia vastaan. Kostamista liikkeen arvostelijoiksi kutsutaan myös "reiluksi peliksi" (fair game), käytäntö, jonka liike virallisesti peruutti jo 60-luvun lopulla, mutta jota liike aktiivisesti viljeli 1970-luvulla.
Tyypillisiä skientologien vihollisia ovat skientologeista kielteistä tai kriittistä aineistoa julkaisevan median piirissä toimivat yritykset ja henkilöt, skientologien toimintaa jarruttavat poliitikot, lakimiehet,
psykiatrian ja psykologian ammattilaiset. Skientologit eivät myöskään pidä liikkeistä eronneista, varsinkaan silloin jos nämä esittävät julkisuudessa liikkeen toiminnan kielteisessä valossa.
Skientologia on turvautunut muun muassa oikeustoimiin, kun tekijänoikeuslain vastaisesti on internetissä levitetty skientologien liikesalaisuudella suojattua materiaalia. Oikeusjutuissa pyritään pääsääntöisesti lannistamaan henkisesti ja taloudellisesti, ei niinkään 
välttämättä voittamaan oikeusjuttuja.
Liike on myös melko aggressiivisesti häirinnyt vastustajiaan pyrkien tuottamaan muun muassa entisiä liikkeen hylänneitä jäseniä mustamaalaavaa propagandaa. Skientologia on hyökännyt internetissä liikettä kritisoivien sivustojen kimppuun . Vaikka skientologit ovatkin usein turvautumassa oikeuden apuun, ovat he myös itse joskus sortuneet laajoihin laittomuuksiin asemansa suojatakseen. Skientologiaa onkin joskus verrattu mafiaan, joka harjoittaa tietoisesti huijausta ja pyrkii kovin ottein vaientamaan vastustuksen.
1970-luvulla Hubbard johti operaatio Snow Whiteä, jossa skientologit murtautuivat valtion virastoihin 136 liittovaltion virastoon varastaakseen järjestön vastaista aineistoa . Tämä johti FBI-tutkimuksiin ja sen takia jotkut operoivat thetanit saivat sakkoja ja jopa viiden vuoden vankeustuomioita . Hubbardin vaimo Sue istui tämän takia vankilassa neljä vuotta. Skientologit ovat myös joissain tapauksessa harrastaneet heitä vastustavien henkilöiden yksityiselämän häirintää. 70-luvulla skientologit häiritsivät, pyrkivät oikeustoimiin ja sulkemaan mielisairaalaan "Operation PC Freakout":issa kirjailija ja journalisti Paulette Cooperin. Cooper oli kirjoittanut vuonna 1968 "Queen"-lehteen vuonna 1969 kielteisen artikkelin skientologeista. Tämän jälkeen Cooper julkaisi aiheesta kirjan "The Scandal of Scientology- A chilling examination of the nature, beliefs and practices of the ‘now religion", Kirkko vaati vuonna 1971 $300000 korvauksia heidän mielestään valheellisesta kirkon vastaisesta kirjasta. Sitten kirkon "Guardian’s Office" määräsi laajan häirinnän 
Cooperia vastaan. Cooperin nimi ja puhelinnumero ilmestyi kaduille seiniin. Cooper liitettiin pornografisille postituslistoille. Cooper myös sai nimettömiä tappouhkauksia ja Cooperin naapurit tiedon, että Cooperilla olisi sukupuolitauti. Cooperin asunnosta varastettiin kirjoitustarvikkeita. Skientologiakirkko sai "pommi-uhkauksia", joissa oli Cooperin sormenjäljet.
Skientologit ovat murtautuneet valtion virastoihin itseään koskevia asiakirjoja hakeakseen myös mm Kanadassa ja Saksassa.
Skientologit nostivat Euroopan ihmisoikeustuomioistuimessa kanteen Venäjää vastaan, koska maa oli kieltänyt järjestön toiminnan 90-luvulla. Skientologit voittivat jutun. Moskovan oikeus kielsi skientologien toiminnan maaliskuussa 2012
a, jolloin Venäjän hallitus muutenkin jahtasi kiivaasti ääriryhmiä ja oppositiota.
Skientologeista eronneet ovat arvostelleet järjestöä julkisesti.
Esimerkiksi vuonna 1987 eronnut RTC:n johtaja Vicky Aznaran kutsui erässää lausunnossaan skientologiaa rikollisjärjestöksi, joka murtaa vastustuksen mafiamaisin menetelmin.
2000-luvulla on liikkeestä eronnut monia jäseniä, joista osa on ollut liikkeessä kymmeniä vuosia ja ylennyt korkealle liikkeen hierarkiassa. Paul Haggis ja Amy Scobee, jotka ovat tuoneet esille juuri niitä liikkeen ongelmia, joista se tunnetaan laajalti.
Liikkeen perustajan Ron Hubbardin poika arvosteli Hubbardia ankarasti, ja liikkeen johtajan veljentytär Jenna Miscavige Hill jätti kirkon 2005 ja perusti parin muun kanssa sivuston "exscientologykids.com". 2000-luvulla korkeissa asemissa ollut Mike Rinder erosi skientologiakirkosta itsenäiseksi skientologiksi, samoin kuin aiemmin Mark "Marty" Rathbun. Jotkut eronneet ovat väittäneet, että liikkeen johtajalla Miscavigella olisi usein tapana nöyryyttää henkilökuntaansa.
Ruotsalainen Mariette Lindstein kuului liikkeeseen 25 vuotta. Paettuaan siitä hän palasi Ruotsiin ja on kirjoittanut aiheesta kolme romaania, joissa hän hyödyntää kokemuksiaan.
Skientologit osittavat itse usein mieltä mm niitä mediayrityksiä vastaan, jotka julkaisevat liikkeen toiminnan varjopuolia kuvaavaa aineistoa.
Julkisia mielenosoituksia organisaatiota vastaan on järjestetty lukuisissa kohteissa eri puolilla maailmaa , myös Suomessa. Vuonna 2009 Ranska tuomitsi skientologiakirkon 600 000 euron korvauksiin järjestäytyneestä petoksesta. Ranskan skientologien johtaja tuomittiin 30 000 euron korvausten lisäksi kahden vuoden ehdolliseen vankeuteen. Saksan sisäministeri Wolfgang Schäuble ja kuudentoista eri osavaltion sisäministerit ovat julistaneet kirkon toiminnan perustuslain vastaiseksi.. Suomessa kansainvälinen aktivistiliike Anonymous osoitti mieltään skientologeja vastaan Lahdessa maaliskuussa 2008 ja Helsingissä saman vuoden toukokuussa.
Skientologien piirissä eivät kaikki jäsenet tiedä esim. joidenkin liikkeen osioiden harjoittamista laittomuuksista tai eivät ole osallisina niissä. Näin ollen ei ole aina asiallista syytellä koko kirkkoa kaikesta, mitä skientologian nimissä on tehty. Hubbard peruutti virallisesti vastustajille kostamiseen oikeuttavan Fair Play-käytännön ainakin virallisesti jo 60-luvulla. Skientologiakirkko yleensä vakuuttaa, että rikoksia tehneet erotetaan.
Skientologian vastustajat saattavat turhaan liioitella skientologiakirkon
pakkovaltaa jäseniinsä tai vaikkapa väittää liikettä aina hengenvaaralliseksi, vaikka monet skientologit ovat terveitä ja hengissä. Yhdysvaltain laittomia keinoja käyttänyt antikulttiliike kohdisti toimintaansa 1970- ja 1980-luvuilla myös skientolgeihin. Kultteja vastaan mm laittomin sieppauksin toiminut CAN-liike joutuikin lopulta skientologien ostamaksi ja valvontaan. CAN oli julistanut skientologian Yhdysvaltain vaarallisimmaksi kultiksi, ja kohtasi senkin takia monia oikeusjuttuja skientologien taholta.
Yhdysvalloissa toimiva skientologeja vastustava Anonymous-ryhmä käytti vuonna 2008 internetiä palvelunestohyökkäykseen, jolla
se aiheutti skientologien sivustolle tilapäistä tuntuvaa haittaa . Tämä on Yhdysvaltain lain vastaista. Laittomia verkkohyökkäyksiä on kritisoinut skientologiapaljastuksiin erikoistuneen Operation Clambaken Andreas Heldal-Lund, jonka antaman lausunnon mukaan sananvapaus tarkoittaa sananvapautta kaikille, myös skientologeille, niin että ihmiset voivat päästä sekä skientologien että heidän vastustajiensa kotisivuille vertailemaan niissä esitettyjä ajatuksia mielipiteittensä pohjaksi.