Koulutusjohtamisen instituutti
Koulutusjohtamisen instituutti (ent. Rehtori-instituutti) tarjoaa yliopistollisia koulutusjohtamisen opintoja. Koulutustarjontaan kuuluvat perus- ja aineopinnot sekä englanninkielinen maisteriohjelma, minkä lisäksi instituutti toteuttaa koulutus- ja kehittämishankkeita sekä räätälöi koulutuksia eri kohderyhmille. Opinnot ovat tarkoitettu kaikille koulutusjohtamisen alalla työskenteleville ja alalle tähtääville kuten opettajille, tiimijohtajille sekä vara- ja apulaisrehtoreille tai muille konsernien johtajille kuten sivistysjohtajille, kaikkien koulutusmuotojen edustajille ja opetushallinnon asiantuntijoille. Instituutti toimii yhteistyöverkostona Jyväskylän yliopiston eri laitosten, instituutin omien tutoreiden ja alumnien, yhteistyöoppilaitosten, kouluviranomaisten sekä kansainvälisten toimijoiden kesken. Instituutilla on myös Suomen ainoa koulutusjohtamisen professuuri. 
Instituutti on aktiivinen yhteiskunnallinen toimija ja mukana useissa työryhmissä, järjestöissä ja verkostoissa sekä kotimaassa että kansainvälisesti.
Yhteistyökumppaneina toimivat etenkin: Instituutti tarjoaa räätälöityjä koulutuksia yksiköille, konserneille, seutukunnille ja yhteisöille. Koulutusten sisältö ja rakenne suunnitellaan ja toteutetaan yhdessä asiakkaan kanssa.
Koulutusjohtamisen instituutissa ensimmäinen jatko-opintoryhmä käynnistyi vuonna 2002. Jatko-opiskelijoina toimivilla rehtoreilla on keskeinen rooli instituutissa, sillä useat heistä toimivat perusopintojen tutoreina sekä kouluttajina.
Syksyllä 2014 Kasvatustieteiden tiedekuntaan saatiin uusi koulutusjohtamisen professuuri, joka on ensimmäinen laatuaan Suomessa. Professori vastaa koulutusjohtamiseen liittyvästä tutkimuksesta ja koulutuksesta sekä niiden kehittämisestä. Hänen tehtävänään on edistää verkostoitumista alan muuhun koulukseen ja tutkimukseen.
Meneillään olevia projekteja on menossa kolme: Onnistu yhdessä: Työhyvinvointia yhteisöllisen johtajuuden keinoin, LED-projekti ja Opetusministeriön rahoittama tutkimushanke.
Onnistu yhdessä -hankkeessa tullaan innovoimaan prof. Jäppisen monivuotisiin tutkimuksiin ja ’Onnistu yhdessä! Työyhteisön kehittämisen 10 avainta’ kirjaan (PS-Kustannus 2012) perustuen yli 20 suomalaisen koulutusorganisaation kanssa yhteisöllisen johtajuuden kehittämiskeinojen tuotepaketti. Tuotepaketin sähköinen pilottiversio on valmis elokuussa 2016. Tarkoitus on, että tuotetta voidaan soveltaa myös muissa kuin koulutusorganisaatioissa, kun halutaan yhteisöllisesti kehittää työhyvinvointia ja oppia ja kehittyä yhdessä.
LED-projektissa (2015-2019) tutkitaan sitä, miten yhteisöllisen johtajuuden avulla pystytään ratkaisemaan ns. ’ilkeitä’ ongelmia (wicked problems), jotka juontuvat yhteiskunnan kompleksisista tekijöistä. Tutkimusprojektia johtaa professori Jäppinen. Kansalliseen tutkimusryhmään kuuluvat prof. Jäppisen lisäksi KT Leena Halttunen, tutkija Mari Simola ja tohtorikoulutettavia. Kansainväliseen tutkimusryhmään kuuluvat Kanadasta Quebeckin yliopistosta johtamisen professorit Andréanne Gelinas-Proulx ja Martine Leclerc, Israelista vanhempi tutkija Dorit Tubin sekä Belgian katolisesta koulutuksesta vastaavasta VSKO-järjestöstä koulutusjohtaja Rik Vanderhauwaert.
Rehtori-instituutti toteutti Opetus- ja kulttuuriministeriölle tutkimushankkeen (2008-2015) kuntien yleissivistävän koulutuksen opetuspalveluiden johtamisen nykytilasta ja muutoksesta Suomessa. Instituutin johtaja Mika Riskun johtamaan hankkeen tutkimusryhmään kuuluvat myös KT Pekka Kanervio ja FT Seppo Pulkkinen ja kansainvälisiä yhteistyökumppaneita.