Malesian historia
Nykyisen Malesian valtion alue oli 800-luvulta 1400-luvulle asti Jaavan ja Sumatran suunnalta tulleiden kuningaskuntien vallan alla. Kun kuningaskunnat rappeutuivat, Malakan niemimaalle syntyi useita pienempiä kuningaskuntia, jotka harjoittivat elinkeinoinaan merenkulkua ja kaupankäyntiä. Huomattavin valtio oli Malakan sulttaanikunta, joka kehittyi tärkeäksi satamakaupungiksi. Malakan niemimaa on jo varhaisista ajoista lähtien sijainnut Kiinan ja Intian välisten kauppareittien varrella, ja maa on historiansa aikana saanut kulttuuriinsa vaikutteita Kiinan, Intian ja Arabian suunnalta.
Eurooppalaiset tulivat alueelle 1500-luvulla ja Malakan sulttaanikunnan valloittivat ensin portugalilaiset ja 1600-luvulla hollantilaiset. Britit saapuivat alueelle 1800-luvulla ja perustivat ensin Singaporen kauppatukikohdan ja yhdistivät sen jälkeen Singaporen, Malakan ja Penangin Salmisiirtokunniksi. 1900-luvulle tultaessa koko nykyisen Malesian alue oli vähitellen siirtynyt brittien hallintaan.
Toisen maailmansodan aikana japanilaiset miehittivät maan. Sodan päätyttyä niemimaan sulttaanikunnat yhdistettiin vuonna 1946 Malaijan liitoksi, joka muutettiin vuonna 1948 Malaijan federaatioksi. Britannia myönsi Malaijalle itsenäisyyden vuonna 1957. Vuonna 1963 Malaijaan liitettiin Singapore, Sarawak ja Pohjois-Borneo, samalla valtion nimeksi tuli Malesian liittovaltio. Singaporen ja Malesian valtioliitto purettiin jo kahden vuoden kuluttua, syynä olivat jännitteet Malesian malaijiväestön ja Singaporen kiinalaisväestön välillä.
Malesiassa on 1980-luvulta lähtien kehitetty määrätietoisesti maan teollisuutta ja maa on noussut Aasian merkittävien talouksien joukkoon.
Varhaisin todiste asutuksesta Borneolla on Sarawakin osavaltion alueella olevan Niahin kansallispuiston luolista löydetty ihmisen pääkallo, joka on radiohiiliajoituksen perusteella noin 40 000 vuotta vanha. Malakan niemimaalta löytyneet vanhimmat ihmisasutuksen merkit ovat noin 10 000 vuoden takaa. Tuolla ajanjaksolla orang asli -alkuasukasheimojen elinalue levisi pohjoisesta niemimaan eteläosiin. Ensimmäinen muuttoaalto Malakan niemimaalle saapui nykyisen Etelä-Kiinan alueelta noin 3000 eaa. Alueen varhaiset asukkaat olivat metsästäjä-keräilijöitä, ja heitä kutsutaan protomalaijeiksi.
Noin vuonna 300 eaa. alueelle saapui deuteromalaijeja ja protomalaijit siirtyivät heidän tieltään sisämaahan. Orang asli -alkuasukasheimoja elää edelleen maan sademetsäalueen reservaateissa. Deuteromalaijeja pidetään nykyisten malaijien kantaisinä. Deuteromalaijit asettuivat rannikoille ja jokien varsiin, ja he solmivat kauppasuhteita Kiinan ja Intian suunnalta tulleiden kauppiaiden kanssa. Intian ja Kiinan väliset kauppalaivat kulkivat Malakansalmea pitkin ja näin malaijikansat saivat vaikutteita kiinalaisista ja intialaisista kulttuureista. Ajanlaskun alussa hindulaisuus ja buddhalaisuus levisivät Malesian alueelle. Levittäjinä olivat nykyisen Intian alueella sijainneesta Pallavan kuningaskunnasta tulleet kauppiaat. Myös sanskritin kirjoitusjärjestelmä omaksuttiin 400-luvulla.
Malakan niemimaalla oli 300–400-luvulla kolmisenkymmentä varhaista kuningaskuntaa, jotka sijaitsivat pääosin maan itäosissa. Malaijilaisten kirjoitusten mukaan Gangga Negaran hindukuningaskunta sijaitsi nykyisen Perakin alueella. Ajankohdasta ei ole varmuutta, mutta sen epäillään olleen olemassa 200–1100-luvulla. Kelantanin tai Terengganun osavaltion alueella uskotaan sijainneen 300–500-luvuilla Pan Panin kuningaskunta. Muinaisen Langkasukan kuningaskunta sijaitsi 200-luvulta aina 1400-luvulle asti nykyisen Malesian pohjoisosassa ja Thaimaan eteläosassa. 600-luvulla myös nykyisen Kambodžan alueella sijainnut Funanin kuningaskunta hallitsi niemimaan itäosia.
Malaijien ensimmäinen merkittävä kauppaa harjoittanut kuningaskunta oli Sumatralta lähtöisin ollut Srivijaya, joka hallitsi 700-luvulta lähtien Malakansalmen laivaliikennettä ja merkittävää osaa niemimaan eteläosasta. Srivijayan mukana Malakan niemimaalle levisi myös malaijin kieli. Srivijayan valtakunnan vaikutusalue ulottui laajimmillaan muidenkin varhaisten kuningaskuntien alueelle. Srivijayan pääkaupunki oli Sumatralla sijaitseva Palembang, ja epäillään että maalla oli valtakeskus Malakan niemimaalla Kedahin alueella tai eteläisen Thaimaan alueella.
Shrivijaya kohtasi 1000-luvun alussa ulkoisia uhkia, kun Jaavan ja Intian kuningaskunnat yrittivät horjuttaa sen valta-asemaa. Intialainen Chola-dynastia sai Malakan niemimaan haltuunsa vuonna 1025 noin 20 vuoden ajaksi. Chola valloitti 1068 Kedahin Srivijayalta lopullisesti. Chola ei saanut koko Shrivijayan valtakuntaa haltuunsa, mutta valtakunta heikkeni niin paljon, että sen vaikutusalueelle alkoi muodostua pienempiä kuningaskuntia, kuten Kedirin kuningaskunta Jaavalle. Shrivijaya jakoi 1100-luvulla valta-asemansa Kedirin kanssa Malaijien saaristossa. Shrivijaya hallitsi länsiosia ja Malakan niemimaan aluetta ja Kediri saariston itäosia.
Srivijayan voimakas vaikutus alueella alkoi hiipua 1200-luvulla. Valtakunnalla oli toistuvasti konflikteja jaavalaisten kuningaskuntien kanssa, joille se jäi alakynteen. Pääsyynä valtakunnan murenemiseen oli sen kauppavallan heikkeneminen. Valta jakautui tasaisemmin alueen pienemmille keskuksille, kuten Shrivijayasta irtautuneelle Jambille ja Kedahin satamalle.
Vuonna 1288 Kedirin kuningaskunnan valtaansa alistanut Singhasari valloitti Shrivijayalta Malakan niemimaan itä- ja eteläosat sekä Sumatralla sijainneita alueita. Singhasarin valtakausi ei kestänyt kauan, sillä mongolit saapuivat 1270-luvulla Kiinan alueelle. Kublai-kaanin johtaman mongolien Yuan-dynastian lähettiläät saapuivat Kiinasta Kaakkois-Aasiaan ja vaativat jaavalaisilta vasalliveron maksamista. Tähän ei Singhasarin hallitsija Kertanagara suostunut, vaan lähetti mongolien lähetystön takaisin. Kublai-kaani kokosi suuren laivaston jaavalaisten rankaisemiseksi, mutta ennen mongolien hyökkäystä Kertanagara murhattiin vuonna 1292 Kedirin kapinoidessa Singhasaria vastaan.
Shrivijayan uusi kuningas Kertarajasa, Kertanegaran vävy, pakeni Kedirin kapinaa Majapahitiin, mihin hän perusti uuden pääkaupungin. Kertarajasa liittoutui mongolien kanssa 1293 Kedirin kukistamiseksi. Kun Kedirin joukot oli kukistettu, Kertarajasan johtamat majapahijoukot tekivät yllätyshyökkäyksen mongoleja vastaan ja karkottivat heidät juuri syntyneestä Majapahitin valtakunnasta. Näin myös nykyinen Malakan niemimaan alue päätyi Majapahitien hallintaan. Myös pohjoisesta tullut Ayutthayan kuningaskunta valtasi hallintaansa Shrivijayan entisten vasallimaiden alueita.
Majapahitin kuningaskunta hallitsi 1300-luvulla suurinta osaa nykyisestä Malesiasta ja Indonesiasta. Vuonna 1377 Majapahitin laivasto valloitti myös Palembangin, joka oli viimeisiä jäänteitä Shrivijayan valtakunnasta. Palembangin prinssi Paramesvara kapinoi Majapahitin hallintoa vastaan perustamalla uuden valtakeskuksen Malakan niemimaalle. Hän pakeni Majapahitin valloituksia Temasekin, nykyisen Singaporen saarelle. Hän perusti Temasekiin uuden valtakeskuksen syrjäytettyään sen hallitsijan, mutta saari osoittautui liian turvattomaksi. Vuonna 1398 Paramesvara pakeni Temasekista ja yritti perustaa uuden tukikohdan Malakaan.
Majapahitin valtakausi alueella ei kestänyt kauan. Valtakunnan viimeisimmän pääministerin Gajah Madan kuoltua vuonna 1364 maa alkoi rapistua. 1400-luvun alussa maa ajautui sisällissotaan ja sen hallitsemat alueet alkoivat itsenäistyä. Myös Malakan niemimaan alueelle muodostui useita pieniä sulttaanikuntia ja kaupunkivaltioita, jotka harjoittivat elinkeinoinaan kauppaa ja merenkulkua.
Sumatralta ja Temasekista paennut prinssi Paramesvara perusti vuonna 1402 Malakansalmen länsirannikolle Malakan sulttaanikunnan. Kapinoidessaan Majapahitien valloituksia vastaan Paramesvara loi hyvät suhteet kiinalaisiin, ja Malakan sulttaanikunta pääsi Kiinan Ming-dynastian keisarin suojelukseen. Malakka kasvoi nopeasti kiinalaisten suojeluksessa alueen merkittävimmäksi satamakaupungiksi. Malakan niemimaan alueelle muodostui ensimmäistä kertaa poliittista yhtenäisyyttä, mitä pidetään myös nykyisen Malesian historiassa kansakunnan alkuna.
Islam saapui alueelle alun perin arabialaisten ja Pohjois- ja Etelä-Intiasta tulleiden muslimikauppiaiden mukana. Sulttaanikunnan alkuvuosina myös kuningas Paramesvara omaksui islaminuskon ja otti käyttöön nimen Iskandar Shah. Samalla Malakan alun perin hindulais-buddhalainen kuningaskunta muuttui sulttaanikunnaksi, koska sulttaani on islamilainen arvonimi hallitsijalle. Islamista oli myös kaupallista hyötyä, sillä arvonimi sulttaani erotti Malakan alueen aiemmista hallitsijoista. Sulttaanikuntaan saatiin helpommin houkuteltua muslimikauppiaita Persian ja Intian suunnalta. Poliittisen vallan ansiosta Malakasta käsin islamia levitettiin myös muualle Kaakkois-Aasiaan.
Sijaintinsa ansiosta Malakka pystyi hallinnoimaan Kiinan ja Intian välistä kauppamerenkulkua, josta tuli yhä merkittävämpää, sillä 1400-luvulla merireitit korvasivat mongolien hallitseman silkkitien Kiinan ja Lähi-idän ja Euroopan välillä. Monsuunituulet pitivät välillä kauppa-aluksia Malakan satamassa useiden kuukausien ajan, minkä vuoksi kaupunki oli täynnä ulkomaalaisia kauppiaita. Malakka oli merkittävä kangaskaupan keskus, ja kaupunkiin tuotiin runsaasti riisiä Jaavasta, Burmasta ja Ayutthayasta, koska Malakassa ei ollut tarpeeksi omaa ruoantuotantoa. Malakka kasvoi 1400-luvulla alueen tärkeimmäksi ja vauraaksi kaupan keskukseksi. Malakan sulttaanikunta hallitsi suurta osaa nykyisestä Malakan niemimaasta ja nykyisestä Indonesiasta.
Malakan sulttaanikunnan valtakausi kesti hieman yli sata vuotta. Tällä ajanjaksolla luotiin malaijikulttuurin keskus, ja ajanjaksolta ovat peräisin myös monet tulevat sulttaanikunnat. Malakasta tuli kulttuurikeskus, jossa on nykyäänkin jäljellä kiinalaisten, intialaisten ja muslimien kulttuuriperinteitä. Malaijin kieli muodostui alueen valtakieleksi.
Malakan sulttaanikunnan vauraus houkutteli alueelle myös eurooppalaisia. Ottomaanien valtakunta sulki eurooppalaisten maareitin Kiinaan ja Intiaan, mikä ajoi eurooppalaisia etsimään merireittiä Kaukoitään. 1500-luvulle asti Malakalla oli valta-asema Kaakkois-Aasian kansainvälisenä markkinapaikkana. Portugalilaiset pyrkivät 1500-luvun alussa saamaan itselleen monopoliaseman maustekaupassa. Vuonna 1510 Portugali valloitti Goan, johon Afonso de Albuquerque perusti tukikohdan. Goalta käsin suunniteltiin Malakan valloitusta. Albuquerquen johtamat portugalilaiset hyökkäsivät 1511 Malakan sulttaanikuntaan. Eurooppalaiset olivat raskaammin aseistettuja, ja heidän aluksensa olivat nopeampia ja suurempia kuin aasialaisten alukset. Myös malaijeilla oli raskaita tykkejä, joita käytettiin portugalilaisia valloittajia vastaan. Portugalilaiset kokivat taistelussa huomattavia tappioita, ja Malakka kukistui vasta kuukauden mittaisen kiivaan meri- ja maataistelun jälkeen. Malakan kukistuttua Malakan sulttaani pakeni niemimaan eteläosiin, mihin hän perusti Johoren sulttaanikunnan.
Malakan valloituksen jälkeen Malakasta kehittyi Portugalin hallintokeskus Kaakkois-Aasiassa, ja maa sai hallintaansa Malakansalmen. Malakkaan rakennettiin A Famosan linnoitus ja hallintorakennuksia, joista portugalilaiset hallinnoivat Aasian kauppaansa ja Malakan ohella valloittamiaan Maustesaaria. Portugalilaiset toivat mukanaan katolisuuden, ja kaupunkiin rakennettiin uskonnollisia rakennuksia kristinuskon levittämiseksi.
Portugalilaisten vaikutus Malakan niemimaan alueella jäi valloituksista huolimatta vähäiseksi. Samalla kun he pyrkivät haalimaan maustemonopolin itselleen ja estämään islamin leviämisen, muslimikauppiaat hajaantuivat muihin alueen satamiin. Malakan väkimäärä väheni portugalilaisten alaisuudessa merkittävästi. Kaupungissa asui 1480-luvulla noin satatuhatta ihmistä ja asukasluku oli 1500-luvulla vähentynyt noin 25 000:een.
Johoren sulttaanikunta yritti johtaa muitakin malaijilaisvaltioita sotaan portugalilaisia vastaan, mutta kaikki yritykset Malakan takaisinvaltaamiseksi epäonnistuivat, koska malaijivaltiot kärsivät myös keskinäisistä kiistoista. Johoren sulttaanikunta kamppaili Acehin sulttaanikuntaa vastaan Sumatran ja Malakan niemimaan alueen hallinnasta. Nykyisen Itä-Malesian alueella Sulu ja Brunei kiistelivät Borneon hallinnasta. Myös Aceh teki hyökkäyksiä Malakkaan vallatakseen alueen portugalilaisilta, mutta sotaretket eurooppalaisia vastaan epäonnistuivat. Johore joutui jopa liittoutumaan portugalilaisten vihollisten kanssa vuonna 1568, jotta acehlaiset saatiin ajettua pois niemimaalta. Aceh ei saanut hallintaansa Malakkaa eikä Johorea, mutta Acehin hallintaan Malakan niemimaalla päätyivät Perak, Kedah ja Pahang. Acehlaiset hävittivät Malakan niemimaan kaupunkeja ja tuhansia asukkaita surmattiin.
Hollantilaiset ryhtyivät kasvattamaan Kaakkois-Aasiassa vaikutusvaltaansa 1600-luvulla. Hollannin Itä-Intian kauppakomppania hallitsi Jaavan ja Sumatran välissä olevaa Sundasalmea, joka oli Malakansalmen ohella merkittävä reitti Kaakkois-Aasiasta länteen. Hollanti otti Portugalin valta-aseman Kaakkois-Aasiassa, kun hollantilaiset saivat hallintaansa Maustesaaret. Hollanti valtasi 1641 Malakan portugalilaisilta. Myös Johore liittoutui hollantilaisten kanssa portugalilaisten ajamiseksi pois niemimaalta. Johor kärsi kuitenkin sisäisistä kiistoista, eikä Malakka palannut enää Johoren hallintaan.
Hollantilaiset eivät osoittaneet Malakan niemimaan asioihin suurta mielenkiintoa, eivätkä he juuri puuttuneet niemimaan sulttaanikuntien sisäisiin asioihin. Hollantilaisten päätukikohta Kaakkois-Aasiassa oli Jaavalla sijaitseva Batavia, nykyinen Jakarta, jonne kauppa keskittyi. Hollantilaisvallan alla Malakka jäi toissijaiseen asemaan. Malakan niemimaan sulttaanikunnat olivat hollantilaisten valtakaudella suhteellisen heikkoja. Sulttaanikunnat olivat pieniä, minkä ansiosta eurooppalaiset ja muut Kaakkois-Aasian kansat kasvattivat vaikutusvaltaansa. Heikkous johti siihen, että Malakan niemimaalle virtasi bugiseja, jotka pakenivat Sulawesiltä hollantilaisten siirtomaavaltaa. Bugisit perustivat useita siirtokuntia, joiden pyrkimyksenä oli häiritä hollantilaisten kaupankäyntiä.
Johoren sisäisten kiistojen ansiosta bugisisiirtolaiset saivat hallintaansa myös Johoren sulttaanikunnan hallinnon. Erikoinen tapahtumaketju alkoi, kun sulttaani Mahmud Shah II:n hallintoon tyytymättömät ylimykset murhasivat sulttaanin vuonna 1699. Mahmud oli Malaka-Johorin sulttaanisuvun viimeinen jäsen, ja häntä seurasi hallitsijana pääministerinä toiminut Abdul Jalil. Johoren sulttanikunnan monet johtavassa asemassa olevat henkilöt ja orang asli -johtajat olivat kuitenkin niin tyytymättömiä sulttaanikunnan tilaan, että sumatralainen minangkabau-ruhtinas Raja Kechil, joka väitti olleensa murhatun sulttaanin poika, nousi valtaan vuonna 1717. Syrjäytetty Abdul liittoutui bugisi-johtaja Daing Paranin kanssa, ja bugisien tuella valtaan nousi Abdul Jalilin poika Sulaiman. Todellinen valta alueella oli kuitenkin bugeilla, joiden valtakeskus sijaitsi Riausaarilla. Riausaaret pysyivät Johorella vuoteen 1784, jolloin Hollanti otti ne hallintaansa.
Syrjäytetty minangkabau-hallitsija Raja Kechil pakeni Johore-Riausta vuonna 1722. Johoren valtaistuimelta syrjäytetyt sumatralaiset perustivat Malakan niemimaan länsirannikolle entisen kotimaansa tuella uuden kauppatukikohdan, josta muodostui Negeri Sembilanin sulttaanikunta, joten minangkabaun vaikutusvalta Malakan niemimaalla säilyi. Minangkabaulaiset poikkesivat toisesta Sumatran suunnasta tulleesta Acehin sulttaanikunnasta siinä, että he eivät yleensä käyttäneet väkivaltaa valta-asemansa säilyttämiseksi. Minangkabau myös suostui hollantilaisten läsnäoloon sen jälkeen, kun hollantilaiset voittivat 1667 yhteisen vihollisen Acehin.
Pohjoisimmat sulttaanikunnat vapautuivat Acehin vallasta 1640-luvulla, mutta ne jäivät hollantilaisten taloudellisen ylivallan alaisiksi. Kedah, Terengganu ja Kelantan jäivät Bangkokin vallan alle 1700-luvulla. Islamilaiset sulttaanikunnat olivat kuitenkin ongelmallisia vasallivaltioita buddhalaiselle Siamille, ja sulttaanikunnat oli usein pakotettava maksamaan veronsa. Siam hamusi myös Perakin tinamalmivarantojen vuoksi, mutta Perak liittoutui hollantilaisten kanssa vuonna 1746 ja antoi Hollannin Itä-Intian kauppakomppanialle tinamonopolin vastineeksi suojelusta Siamia vastaan.
Nykyisen Itä-Malesian alueella Brunein sulttaanikunta nousi Malakan kukistumisen jälkeen hallitsevaan asemaan. Sulttaanikunta muodostui 1500-luvulla, ja se hallitsi suurta osaa Borneon saaresta. 1600-luvulla Sulun sulttaanikunta sai oikeudet hallita Borneon saaren pohjoisinta osaa, jossa nykyisin sijaitsee Sabah. Brunein hallinnassa säilyi 1830-luvulle saakka suuri osa nykyisen Sarawakin osavaltion alueesta.
Britit saapuivat Malakan niemimaalle 1700-1800 lukujen vaihteessa. Ensimmäinen brittien satama perustettiin Penangin saarelle vuonna 1786, kun Francis Light allekirjoitti Kedahin sulttaanin Abdullahin kanssa sopimuksen alueen hallinnasta, vastineeksi suojelusta Siamia vastaan. Britit nimesivät saaren Prince of Wales Islandiksi ja pääkaupunki George Town nimettiin Walesin prinssin mukaan. Penang kasvoi hyvin nopeasti, sillä britit pyrkivät politiikallaan houkuttelemaan alueelle maahanmuuttajia. Alueelle saapui tuhansittain kiinalaisia, intialaisia, malaijeja ja sumatralaisia.
Brittien vaikutus Malaijien saaristossa kasvoi 1800-luvun alussa, kun maa sai voiton Napoleonin sodissa Ranskasta ja Hollannista vuonna 1815. Sitä ennen brittiläiset eivät onnistuneet horjuttamaan Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian valta-asemaa alueella. Vuonna 1811 britit valloittivat hollantilaisten hallitsemat siirtomaa-alueet Malakan niemimaalla ja Malaijien saaristossa. Kun sota päättyi Jaava palautettiin hollantilaisille ja brittiläinen Thomas Stamford Raffles perusti uuden brittien kauppatukikohdan Singaporen saarelle, Malakan niemimaan eteläkärkeen vuonna 1819. Aluetta hallitsi Johoren sulttaani, mutta Johoressa oli meneillään vallanperimyskiista edellisen sulttaanin kuoltua, jolloin osapuolien valta Johoressa oli kyseenalainen. Raffles ryhtyi tukemaan Tengku Husseinia ja hankki tältä Englannin Itä-Intian kauppakomppanialle oikeuden perustaa saarelle brittien kauppatukikohdan. Rafflesia pidetään myös Singaporen historiassa maan perustajana.
Hollantilaisia brittien Singaporen-sopimus ei miellyttänyt. Vuonna 1824 solmittiin Lontoossa Britannian ja Hollannin välillä sopimus joka ratkaisi maiden välit. Britit luopuivat Länsi-Sumatralla sijainneesta Bengkulusta ja kaikki nykyisen Indonesian alueella sijainneet alueet jätettiin hollantilaisille. Hollanti luopui Malakasta ja suostui brittien hallintaan Singaporessa ja Malakan niemimaalla. Vuonna 1826 britit perustivat hallinnoimistaan alueistaan Singaporesta, Penangista ja Malakasta hallinnollisen kokonaisuuden, Salmisiirtokunnat. Sen pääkaupungiksi tuli ensin Penang ja vuonna 1832 Singaporesta tehtiin pääkaupunki.
Britit eivät olleet kiinnostuneita laajentamaan alueitaan Malakan niemimaan sisäosiin. Sisämaa oli harvaan asuttua, eikä kaupunkeja ollut. Iso osa väestöstä oli orang asli -alkuasukkaita. Malakan niemimaan pohjoisosan sulttaanikunnat jäivät Siamin vaikutusvaltaan. Kedah luopui Penangin alueesta siinä toivossa, että britit suojelisivat aluetta siamilaisia vastaan. Näin ei kuitenkaan tapahtunut. Vuonna 1821 Siam hyökkäsi Kedahiin, mutta Penangilla olleet britit seurasivat tapahtumia vain sivusta. Siamilaiset tuhosivat Kedahin, ja alueen pohjoisosa, Perlis jäi siamilaisten hallintaan.
Pohjoisessa Kelantan oli alueen vahvin valtio, se oli väkiluvultaan suurin ja sillä oli hyvät suhteet siamilaisiin ja indokiinalaisiin. Itärannikon Kelantan ja Terengganu olivat myös välttyneet sumatralaisten toistuvilta hyökkäyksiltä, kun länsirannikko kärsi useista sodista. Länsirannikon Selangor oli bugisien alaisuudessa ja se oli vähäväkisin lännessä sijainneista valtioista. Lännessä Negeri Sembilan oli minangkabau-päällikköjen alaisuudessa jakautunut yhdeksään pienempään päällikkökuntaan. Eteläisin sulttaanikunta Johore oli sekavassa tilanteessa perimyskiistojen ja Singaporen-sopimuksen takia, britit olivat Singaporessa sulttaani Husseinin allekirjoittamalla sopimuksella, jonka valtaa malaijit eivät tunnustaneet. Johore oli myös menettänyt otteensa Pahangin alueesta.
Nykyisen Itä-Malesian alue Borneon saarella oli erillään Malakan niemimaan tapahtumista. Alue ei koskaan ollut hollantilaisten vaikutuspiirissä ja britit saapuivat saarelle 1800-luvulla. Saaren pohjoisin osa, nykyinen Sabah oli Sulun sulttaanikunnan hallussa, joka oli Espanjan siirtomaa. Loput alueet nykyisen Itä-Malesian alueesta kuuluivat Brunein sulttaanikuntaan. Britti James Brooke saapui saarelle 1841. Hänen tavoitteenaan oli saada brittihallitus kiinnostumaan alueen hallintaan ottamisesta. Brooke liittoutui Brunein sulttaanin kanssa Sarawakin kapinallisia vastaan. Brooke nujersi kapinan, ja Brunein sulttaani teki Brookesta kiitokseksi Kuchingin rajahin ja antoi tälle palan maata. Vuonna 1846 hänen arvonimestään tuli perinnöllinen ja näin sai alkunsa valkoisten rajahien dynastia.
Brittihallitus ei ollut kiinnostunut Sarawakista, vaikka Brooke yritti vakuuttaa hallitusta alueen kaupan rajattomista mahdollisuuksista. Britit liittivät alueisiinsa ainoastaan Labuanin saaren Borneon luoteisrannikolla, Intian ja Kiinan välisellä merireitillä. 1850- ja 60-luvuilla Brooke laajensi aluettaan Brunein kustannuksella brittihallinnosta riippumatta. Brooke hallitsi Sarawakia kuin henkilökohtaista maataan. Brooken kuoltua 1868 hänen veljenpoikansa Charles Brooke jatkoi alueen hallitsijana, ja hän laajensi Sarawakin alueen sen nykyiseen laajuuteen. Vuonna 1888 brittihallitus otti viimein alueen suojelukseensa, koska Saksan keisarikunta esitti aluevaatimuksia Borneolla ja Ranska oli saanut pysyvän jalansijan Indokiinassa. Alueen sisäpolitiikka säilyi edelleen Brooken suvulla.
Taloudellisen ja sotilaallisen kilpailun takia britit kiinnostuivat 1880-luvulla myös Borneon saaren pohjoisemmasta osasta, nykyisestä Sabahista. Britit pyrkivät ottamaan alueen Pohjois-Borneon kauppakomppanian haltuun, jotta muut siirtomaavallat eivät pääsisi hyötymään alueesta. Kauppakomppania hankki alueluovutuksia Brunein ja Sulun sulttaaneilta ja vuonna 1881 se sai määräysvallan alueella, josta muodostettiin Pohjois-Borneo. Vuonna 1888 siitä osasta mitä oli jäljellä Brunein sulttaanikunnasta, tehtiin brittiläinen protektoraatti.
Britannia luopui 1870-1880 -luvuilla politiikasta, jonka mukaan brittihallinto ei puuttunut sulttaanikuntien sisäisiin ja keskinäisiin asioihin. Syyt brittien sekaantumiseen sulttaanikuntien politiikkaan olivat kaupalliset. Malakan niemimaa oli merkittävä tinan tuottaja, ja kun Suezin kanava avattiin 1869, matka-aika Euroopasta Kaakkois-Aasiaan puolittui ja tinan kysyntä kasvoi. Malaijivaltiot eivät olleet kuitenkaan varma sijoituskohde epävakautensa ansiosta, mikä aiheutti Britannian sekaantumisen asioihin. Myös malaijit olivat itse huolissaan asioiden tilasta. Ongelmana oli merirosvot ja valtioiden sisäiset kiistat, joita kärjisti kasvava kiinalaisväestö. Oli myös varsin tavallista että rikkaudet kertyivät alueen pienelle johtavalle eliitille. Britit pelkäsivät myös saksalaisten tuloa alueelle, mikä saattaisi uhata brittien ylivalta-asemaa.
Tärkeintä briteille oli luoda vakautta Perakiin, koska alue oli merkittävä tinantuottaja. Perakin alueen ongelmana olivat sisäiset valtataistelut ja kiinalaisten vaatimat tinakaivosoikeudet. Britti William A. Pickering taivutteli kiinalaiset suostumaan siihen että britit toimivat kiistan välittäjänä. Neuvottelut johtivat vuonna 1874 solmittuun Pangkorin sopimukseen, jossa britit tunnustivat Perakin hallitsijaksi sulttaani Abdullahin ja Perak luovutti brittihallinnon alaisuuteen Dindingin alueen, johon sisältyi myös Pangkorin saari. Dinding liitettiin Salmisiirtokuntien hallintoalueeseen. Seuraavana vuonna kuitenkin brittien ja Abdullahin välit kiristyivät, kun brittihallinnon edustaja Perakissa murhattiin. Tapauksen seurauksena Abdullah syrjäytettiin.
Vuonna 1876 britit perustivat Liittoutuneiden malaijivaltioiden valtioliiton, joka toimi brittihallinnon alaisuudessa. Perak oli ensimmäinen malaijivaltio, joka suostui brittien valvontaan alueellaan. Britit painostivat myös Negeri Sembilanin yhdeksän pienemmän valtion päälliköt yhdistymään ja liittymään valtioliittoon. Muut valtiot jotka hyväksyivät liitoksen, olivat Selangor ja Pahang. Liittoutuneiden malaijivaltioiden valtioliiton pääkaupungiksi tuli Kuala Lumpur, jossa brittihallinnon edustajat pitivät asemapaikkaansa. Muut Malakan niemimaan sulttaanikunnat säilyivät liittoutumattomina malaijivaltioina.
Britit jättivät paikallisen määräysvallan edelleen sulttaaneille. Brittihallinnon edustajat toimivat nimellisesti vain ulkopoliittisina neuvonantajina, jotka eivät puuttuneet maan uskontoon tai tapoihin. Monissa sulttaanikunnissa malaijieliitti ei kuitenkaan hyväksynyt brittihallinnon puuttumista asioihin.
Pohjoisemmat malaijivaltiot Terengganu, Kelantan, Kedah ja Perlis, jotka eivät kuuluneet valtioliittoon, kuuluivat Siamin vaikutuspiiriin 1900-luvun alkuun asti. Vuonna 1909 ne siirrettiin Siamilta Britannian suojelukseen. Malaijivaltioista Patani säilyi Siamin osana. Johor pysyi itsenäisenä vuoteen 1914 asti.
Brittien määräysvalta Malaijan alueella laajeni vähitellen kun brittejä nimitettiin valtion virkoihin yhä enemmän. Tämä johtui pääasiassa 1900-luvun alussa tapahtuneesta teollisuuden laajenemisesta, jolloin britit alkoivat hyödyntää Malakan niemimaan luonnonvaroja yhä enemmän. Purkkiruoan keksiminen kasvatti tinan kysyntää. Luonnonkumiteollisuus laajeni kumin kysynnän kasvun takia auton keksimisen myötä. Palmuöljy oli myös tärkeä tuote. Luonnonvaroista hyödynnettiin myös puuta, jota saatiin Sarawakin ja Pohjois-Borneon sademetsistä. Tästä alkoi vakavaa ekologista tuhoa aiheuttanut prosessi.
Siirtomaahallinnon aikana väestön etninen koostumus muuttui Malakan niemimaalla. Britit rohkaisivat kiinalaisia siirtotyöläisiä ja kauppiaita ja intialaisia työläisiä muuttamaan alueelle. Alueelle oli aiemminkin tullut kiinalaisia ja intialaisia, mutta nyt väestöä virtasi tuhansittain täyttämään alueen työvoimapulaa. Intialaisväestö koostui enimmäkseen tamileista, jotka tulivat Intiasta ja Sri Lankasta. Kiinalaisia muutti erityisesti kaupunkeihin; Singaporeen, Kuala Lumpuriin, Ipohiin, sekä Penangiin. Kiinalaisväestön hallinnassa on edelleen pääosa Malesian elinkeinoelämästä. Suurin osa kiinalaisista työskenteli kuitenkin tinakaivoksilla, kumipuuviljelmillä tai maataloudessa, eläen vaatimatonta elämää. Malaijiväestö teki enimmäkseen maataloustyötä ja intialaiset työskentelivät kumipuuviljelmillä.
Aasialaisyhteisöjen kesken oli myös eriarvoisuutta; malaijit, kiinalaiset ja intialaiset elivät omissa yhteisöissään, eivätkä olleet paljoa kosketuksessa toisiinsa. Eristyneimmän väestönosan muodostivat eurooppalaiset, joita oli hyvin pieni vähemmistö, vain 0,2 prosenttia väestöstä. Eurooppalaiset katsoivat olevansa parempia aasialaisiin nähden, ja he olivat harvoin tekemisissä aasialaisten kanssa.
Ensimmäisen maailmansodan jälkeen Aasiassa alkoi näkyä merkkejä kansallismielisestä heräämisestä. Malakan niemimaalla kiinalaiset ja intialaiset olivat kuitenkin kiinnostuneempia entisten kotimaidensa politiikasta, kun taas malaijit kokivat brittien suojelevan heitä kiinalaisten ja intialaisten ylivallalta. 1930-luvulla 40 prosenttia väestöstä oli kiinalaisia, mikä herätti pelkoa malaijien keskuudessa että he joutuvat kokemaan saman kohtalon kuin Pohjois-Amerikan alkuperäiskansat. Monet olivat uskollisia brittien siirtomaahallinnolle, etenkin Salmisiirtokuntien väestö. Siirtomaahallintoa vastaan käyty kamppailu oli kuitenkin yhtä näkyvää, kuin aasialaisten keskinäinen vastakkainasettelu.
Etenkin alempien yhteiskuntaluokkien olot kurjistuivat 1930-luvun laman aikana. Malakan niemimaalta saatavien hyödykkeiden, kuten kumin hinta laski, jolloin työläisiä irtisanottiin ja palkkoja laskettiin. Borneolla sijainneet alueet eivät olleet yhtä riippuvaisia maailmantalouden heilahteluista, ja ne selvisivät vähemmillä vahingoilla.
Ensimmäinen maailmansota alkoi 1914. Penangin edustalla käytiin meritaistelu lokakuussa 1914, jossa venäläiset saivat upotettua saksalaisten aluksen SMS Emdenin. Muuten Malakan niemimaalla ja Pohjois-Borneolla elettiin suhteellisen rauhassa. Britit pelkäsivät saksalaisten hyökkäystä, mutta sitä ei tullut. Singaporessa oli pieni saksalaisyhteisö, joka internoitiin. Britit olivat varautuneet levottomuuksiin linnoittamalla alueen hallintokeskusta Singaporea, mutta Malakan niemimaan kaupungit jäivät vähemmälle huomiolle.
1930-luvun laman takia Britannia koki alueen nousevan talousmahdin Japanin yhä suuremmaksi uhaksi Kaakkois-Aasiassa. Edullisemmille japanilaisille tuotteille asetettiin tuontirajoituksia omien markkinoiden suojelemiseksi. Japani koki jääneensä eristyneemmäksi ja se koki Yhdysvallat ja Britannian vihamielisinä valtioina, mikä oli lopulta osasyynä japanilaisten hyökkäykseen Malakan niemimaalle.
Japani aloitti Tyynenmeren sodan 7. joulukuuta 1941, kun se hyökkäsi Pearl Harborin Yhdysvaltain laivastotukikohtaan ja tuhosi suurimman osan Yhdysvaltain Tyynenmeren laivastosta. Seuraavaksi japanilaisjoukot etenivät muualle Kaakkois-Aasiaan. Japanilaiset aloittivat Malaijan taistelun ja hyökkäsivät Brittiläiseen Malaijaan 8. joulukuuta 1941. Japanin joukot nousivat maihin lähellä Kota Bharun kaupunkia niemimaan itärannikolla, lähellä Thaimaan rajaa. Britit olivat tuoneet siirtomaidensa suojaksi sota-alukset HMS "Prince of Walesin" ja HMS "Repulsen", jotka japanilaiset upottivat Malaijan rannikolla. Brittien suurimmat voimavarat olivat kiinni Euroopassa käytävässä sodassa, eivätkä Malaijalla olleet joukot kyenneet estämään japanilaisten etenemistä. Japanilaiset etenivät niemimaan itä- ja länsirannikkoa pitkin ja brittijoukot vetäytyivät Singaporeen. Helmikuuhun 1942 mennessä Japani oli valloittanut koko Malakan niemimaan.
Japanilaiset jatkoivat etenemistään Singaporen saarelle ja Singaporen taistelun jälkeen Japani miehitti myös Singaporen. Japanin joukot etenivät myös Borneolla. Ensin Japani valtasi Brunein, sekä Mirin ja Kuchingin kaupungit, jonka jälkeen japanilaiset etenivät Labuanille, Jesseltoniin ja Sandakaniin. Singaporen valtauksen jälkeen japanilaiset valtasivat Indonesian, Burman ja Filippiinit ja Kaakkois-Aasia joutui japanilaismiehityksen valtaan.
Japani teki Singaporesta alueen päätukikohtansa, mistä käsin se hallitsi valloittamiaan alueita. Malaijan vallattuaan japanilaiset levittivät propagandaa ja väittivät tukevansa nousevaa malaijinationalismia, ja sallivat malaijien perustaa puolisotilaallisia järjestöjä, joita pystyttäisiin käyttämään eurooppalaisia vastaan. Japanilaiset siirsivät valtaa eurooppalaisilta kaakkoisaasialaisille Aasia aasialaisille -propagandansa tuella, mutta propaganda ajoi vain japanilaisten omaa etua, sillä todellisuudessa Japanin tavoitteena oli hallita koko Kaakkois-Aasiaa. Ristiriidassa malaijinationalismin tukemisen kanssa oli myös se että Japani luovutti Malaijan pohjoisten sulttaanikuntien hallinnan Thaimaalle, joka onnistui välttämään Japanin miehityksen solmimalla sopimuksen japanilaisten kanssa.
Kiinalaisväestö oli japanilaisten riiston kohteena, koska Kiina tuki japanilaismiehityksen vastustajia. Kiinalaisia teloitettiin Singaporessa ja Kuala Lumpurissa tuhansittain. Japanilaiset kohtelivat valloitettujen alueiden kansoja julmasti ja eurooppalaisten ja kaakkoisaasialaisten vankien olot keskitysleireillä olivat surkeat.
Japanin vallan alla Malaijan talous romahti, väestö kärsi nälänhädästä ja epidemioista. Surkeat olot aiheuttivat Kaakkois-Aasian kansoissa vastarintaa japanilaismiehitystä vastaan. Malaijassa japanilaisia vastaan kapinoi kommunistien ja kiinalaisten muodostama armeija brittien tuella. Japanilaisten hallinto ei kuitenkaan kukistunut kaakkoisaasialaisten vastarintaan. Sota päättyi elokuussa 1945 kun Yhdysvallat pudotti atomipommit Hiroshimaan ja Nagasakiin. Japanin hirmuvallan aika kesti Kaakkois-Aasiassa kolme ja puoli vuotta.
Japani antautui 15. elokuuta 1945 ja britit palasivat Malakan niemimaalle kolme viikkoa myöhemmin. Malakan niemimaa oli briteille tärkeä luonnonvarojensa takia, koska muualla alkanut siirtomaavallan purkautuminen nakersi Britannian jälleenrakentamiseen tarvittavia luonnonvaroja. Sodan aikana brittihallinto laati Kaakkois-Aasian siirtomailleen uuden poliittisen järjestyksen ja lokakuussa 1945 Britannia ilmoitti Malaijan liiton perustamisesta. Siihen kuului Malakan niemimaan 9 sulttaanikuntaa ja Salmisiirtokunnat. Brittien tavoitteena oli yhdistää poliittisesti hajanainen alue yhden hallinnon alaisuuteen. Tavoitteena oli saada Malaijaan itsehallinnollinen alue ja purkaa siirtomaavalta, säilyttäen kuitenkin Britannian edut alueella. Britit vastasivat näin myös Yhdysvaltain ja nationalistien painostukseen, jotka kohdistivat arvostelua eurooppalaisten siirtomaahallintoja kohtaan.
Malaijan liitto syntyi huhtikuussa 1946. Brittien päätös Malaijan liiton perustamisesta sai aikaan rajun vastalausemyrskyn. Toisaalta vastustettiin brittien ylivaltaa Malaijan liitossa ja toisaalta taas liittoon kuuluneen Singaporen kiinalaisväestöä. Tämän seurauksena malaijinationalismi nosti päätään ja malaijit perustivat Yhtyneiden malaijien kansallisjärjestön ("United Malays National Organization," UMNO), jonka tavoitteena oli kumota Malaijan liiton perustaminen, sekä palauttaa sulttaanien valta ja estää kiinalaisenemmistöisen Singaporen kuuluminen Malaijan liittoon. Brittihallinto pelkäsi tilanteen hallinnan menettämistä ja naapurimaa Indonesian levottomuuksien leviämistä Malaijaan.
Useiden neuvottelujen jälkeen Britannian ja UMNO:n välillä britit luopuivat suunnitellusta Malaijan liitosta, ja perustettiin helmikuussa 1948 Malaijan federaatio, johon Singapore ei kuulunut. Federaatioon kuuluneissa valtioissa valta jaettiin jälleen sulttaanien kesken. Kiinalaiset vastustivat uutta liittovaltiota, koska kiinalaisenemmistöinen Singapore jäi sen ulkopuolelle ja siten liittovaltion kiinalaisten asema heikentyi. Federaation perustamisen jälkeen Singapore jäi edelleen Britannian kruununsiirtomaaksi. Brittien kruununsiirtomaiksi jäivät myös Borneolla sijainneet Sarawak ja Sabah.
Malaijit olivat tyytyväisiä uuden liittovaltion syntymiseen, mutta kiinalaiset kokivat itsensä syrjäytetyiksi. Etenkin Malaijan kommunistiseen puolueeseen (KPM) liittyneiden kiinalaisten tyytymättömyys kasvoi, sillä federaatio edusti heille brittien ja yläluokkaisten malaijien hallintoa. KPM oli suosittu kiinalaisväestön alempien luokkien keskuudessa ja se pyrki hallitsemaan Malaijan plantaasien ja kaivosten kiinalais- ja intialaistyöntekijöitä. KPM perusti ammattiyhdistyksiä ja järjesti maassa lakkoja, jotka kärjistyivät usein väkivaltaisiksi.
Federaation ja kommunistisissien välisten jännitteiden takia alkoi Malaijan kriisi kesäkuussa 1948. Kriisi alkoi kun KPM:n terroristit murhasivat kesäkuussa 1948 kolme brittien työnjohtajaa Perakissa. Tapahtumien jälkeen britit julistivat Malaijaan ja Singaporeen poikkeustilan. KPM ei saanut levitettyä kommunismia Singaporessa eikä Malaijan federaatiossa rauhanomaisin keinoin, vaan se tukeutui terroriin ja sissisotaan. Tavoitteena oli vahingoittaa Malaijan taloutta tuhoamalla plantaaseja ja kaivoksia, ja pakottaa britit luopumaan alueen hallinnasta.
Britit eivät saaneet tilannetta hallintaansa kriisin alkuvuosina. Britit pääsivät KPM:n terrorissa voitolle vuonna 1952, kun armeijan johtajaksi nimettiin Gerald Templer. Hän turvautui varsin häikäilemättömiinkin otteisiin kapinallisten nujertamiseksi ja Britanniassakin hänen toimintaansa arvosteltiin. Korean sodan alkaminen nostatti Malaijan kumin ja tinan kysyntää, jolloin federaatio pystyi saaduilla tuloilla laajentamaan sotilasvoimia. Tuloilla myös pakkoasutettiin kiinalaisia kauemmas viidakossa tukikohtaansa pitävistä kommunistisisseistä. Tämä eristi viidakon sissit ja elämä viidakossa kävi kurjemmaksi, mikä sai sissit vähitellen antautumaan.
Varoja riitti myös väestön elinolojen parantamiseen kun maan infrastruktuuria ja koulutusta kehitettiin, mikä osaltaan nosti väestön tyytyväisyyttä. Asutusohjelmaa varten perustettiin vuonna 1949 Malaijan kiinalaisten liitto, "(Malayan Chinese Association)" MCA, jonka tehtävänä oli huolehtia väestön asuttamiseen liittyvistä mahdollisista sosiaalisista ongelmista ja uusien kylien perustamisesta. Viimeiset sissijoukot vetäytyivät Thaimaan puolelle, mutta poikkeustila kumottiin vasta vuonna 1960. UMNO:lle ja brittien siirtomaahallinnolle KPM:n kukistuminen oli suuri voitto kommunismin vastaisessa taistelussa.
Brittiläisten tavoitteena oli luoda Malaijaan yhtenäinen kommunismin vastainen valtio, jonka väestö koostui malaijien, kiinalaisten ja intialaisten yhteisöistä. Britit uskoivat että Malaijan nationalistisia aatteita tukemalla saataisiin kommunismin uhka torjuttua. Britit tukivat Malaijan itsenäisyyspuolueen perustamista, joka vaalisi kaikkien Malaijan etnisten ryhmien etuja. Monikulttuurisuus ei ollut maassa suosittua, joten puolueen kannatus jäi vähäiseksi.
Brittien tavoite toteutui kuitenkin toista kautta, sillä kommunismin vastainen liitto syntyi eri kansanryhmien puolueliitosta. MCA ja UMNO sopivat yhteistyössä periaatesopimuksesta, jossa Malaijassa tunnustettiin malaijien poliittinen ylivalta vastineeksi kiinalaisväestön taloudellisen ylivallan palauttamisesta. Myöhemmin malaijien erityisasema tultaisiin kirjaamaan Malaijan perustuslakiin. Myöhemmin MCP:n ja UMNO:n allianssiin liittyi myös Malaijan intialainen kongressipuolue "(Malayan Indian Congress)" MIC. Malaijan itsenäisyyteen tähtäävää liittoa johti Kedahin prinssi Tunku Abdul Rahman. Allianssi voitti vuonna 1955 ylivoimaisesti sisäistä itsehallintoa koskeneet vaalit ja sai 51 paikkaa 52 edustajan paikasta.
Britit arvostivat Malaijan hallintoa kommunisminvastaisuuden vuoksi. 31. elokuuta 1957 Malaijan liittovaltio julistettiin itsenäiseksi. Itsenäinen liittovaltio liittyi Kansainyhteisöön ja se solmi puolustussopimuksen Britannian kanssa.
Malaijan itsenäistymisen jälkeen Britannian hallussa olivat edelleen Singapore, sekä Borneolla sijaitsevat Brunei, Sarawak ja Pohjois-Borneo. Borneon saarella olleita alueita uhkasi Indonesian laajentumispyrkimykset ja Singaporen selviämiseen itsenäisenä valtiona ei uskottu. Lisäksi brittejä huoletti Singaporen valtapuolueessa Kansan toimintapuolueessa, PAP:ssa vaikuttaneet kommunistit, vaikka puolueen johtaja Lee Kuan Yew olikin itse kommunisminvastainen.
Malaijan liittovaltion pääministeri Tunku Abdul Rahman ehdotti vuonna 1961 valtioliittoa, johon kuuluivat Malaijan liittovaltio, Singapore, Sarawak, Pohjois-Borneo ja Brunei. Britannia kannatti valtioliittoa, sillä Tunku oli kommunismin vastustaja. Britit pelkäsivät kommunistien suosion nousua Singaporen kiinalaisten keskuudessa, eivätkä britit olleet näin halukkaita myöntämään maalle itsenäisyyttä. Singaporessa taas katsottiin että maan selviytyminen itsenäisenä olisi vaikeaa, koska maassa ei ollut hyödynnettäviä luonnonvaroja, kaupankäynti oli hiipunut ja väkiluku oli kasvussa, eikä kasvavalle väestölle ollut tarpeeksi työpaikkoja.
Singapore, Sarawak ja Pohjois-Borneo liitettiin Malaijaan 16. syyskuuta 1963, jolloin perustettiin Malesian valtio. Alueet itsenäistyivät Britanniasta ja niistä tuli Malesian liittovaltion osavaltioita. Pohjois-Borneosta muodostettiin Sabahin osavaltio. Brunei jäi valtioliiton ulkopuolelle, koska maan sulttaani Omar ei halunnut jakaa maan öljyvaroista syntynyttä omaisuutta muiden kanssa.
Malesian liittovaltion ensimmäiset vuodet eivät sujuneet hyvin. Valtion perustamista ei katsottu hyvällä naapurimaa Indonesiassa, sillä maan presidentti Sukarno katsoi Borneon saarella olevat osavaltiot Sarawak ja Sabah kuuluivat Indonesian vaikutuspiiriin. Indonesia katkaisi diplomaattisuhteet Malesiaan ja aloitti Malesiaa vastaan Konfrontasiksi kutsutun väkivaltaisen konfliktin ilman sodanjulistusta, jossa kiisteltiin Sabahin ja Sarawakin hallinnasta. Indonesian kommandot tekivät terrori-iskuja Itä-Malesiaan ja Sukarnon politiikka pyrki luomaan poliittista epävakautta levittämällä poliittista propagandaa etenkin Singaporen malaijiväestön keskuudessa.
Kiinalaisenemmistöisen Singaporen liittäminen Malesiaan toi myös sisäisiä kiistoja. Entisen Malaijan alueella valtapuolue UMNO:n poliitikot pelkäsivät Singaporen kiinalaisväestöä ja sen valtapuolueen PAP:n ja Singaporen pääministeri Leen suuren suosion leviämistä koko Malesian kiinalaisväestön keskuudessa. Singaporessa taas ei oltu valmiita hyväksymään sitä, että Singaporeen leviäisi malaijien ylivalta. Vuoden 1963 vaaleissa Malesiaa hallinnut UMNO ei onnistunut saamaan jalansijaa kiinalaisvaltaisessa Singaporessa, eikä Singaporea hallinnut PAP menestynyt malaijienemmistöisessä Malesiassa.
Myös Singaporessa oltiin pettyneitä Malesiaan liittymiseen, sillä Singaporen eliitti ei hyväksynyt sitä, että Malesiaan maksetuilla verovaroilla rahoitettiin Malesian köyhimpiä alueita. Yhteismarkkinoiden toteutuksessa ei myöskään edistytty. Singaporen malaijiväestö taas oli toivonut, että Malesiaan liittyminen toisi heille samoja poliittisia ja yhteiskunnallisia etuoikeuksia, mitä oli Malaijan liittovaltion malaijienemmistöllä. Konfrontasin jatkuessa Kuala Lumpurissa vaadittiin myös suurempaa osuutta Singaporen tuloista, jotta voitiin ylläpitää kasvaneita maanpuolustusmenoja. Poliittiset jännitteet Kuala Lumpurin ja Singaporen välillä olivat suuret.
Vastakkainasettelu malaijiväestön ja kiinalaisväestön välillä kasvoi ja Singaporessa puhkesi väkivaltaisia yhteenottoja malaijien ja kiinalaisten kesken heinäkuussa 1964. Malesian mannermaalla katsottiin, että Singaporen erottaminen valtioliitosta oli ainoa ratkaisu pitkään rotukiistaan. Malesiaa hallinnut UMNO pelkäsi myös kiinalaisten vallan kasvua mannermaan oppositiopuolueissa, sekä Itä-Malesian Sabahissa ja Sarawakissa. Ristiriidat johtivat siihen että kesällä 1965 Malesian valtiopäivät sääti lain, jolla Singapore erotettiin Malesiasta. Erottamisen jälkeen syntyi itsenäinen Singaporen valtio 9. elokuuta 1965.
Indonesiaa vastaan käyty Konfrontasi päättyi vuonna 1966 Britannian ja Yhdysvaltain tuella. Länsimaat näkivät Malesian esteenä kommunismin leviämiselle ja Indonesiassa kommunismimieliset saivat Sukarnon hallinnossa yhä enemmän valtaa. Malesia sai briteiltä aseapua Borneolla ja Yhdysvallat lopetti avun antamisen Sukarnon hallinnolle. Indonesia joutui lähes konkurssin partaalle, Malesian ohella maalla oli yhteenottoja hollantilaisten kanssa. Lopulta Konfrontasi päättyi Sukarnon hallinnon kukistumiseen.
Maa kärsi sisäisistä kriiseistä Malesian perustamisen jälkeen, kun jännitteet etnisten ryhmien välillä kasvoivat. Maan pääministeri Tunku Abdul Rahmanin johtama politiikka pyrki yhdistämään maan eri väestönosat, mutta 1960-luvun loppupuolella UMNO:n, MCA:n ja MIC:n koalitiohallitus sai yhä vähemmän tukea. Hallituksen ajama monikulttuurisuusaate ei saanut juuri kannatusta. Kiinalaisväestö muodosti Malesian vauraimman väestönosan, mikä katkeroitti malaijiväestöä. Malaijien oikeuksien puolustamista ajanut Malaijien Islamilainen Puolue, "(Partai Islam Sa Melayu)" PAS, sai yhä enemmän kannatusta. Kiinalaisen väestönosan keskuudessa kasvoi myös tyytymättömyys maan hallintoon ja Demokraattinen Toimintapuolue, "(Democratic Action Party)" DAP, kasvatti kiinalaisväestön keskuudessa suosiotaan, koska kiinalaiset kokivat että MCA ei ajanut kiinalaisten oikeuksia tarpeeksi tehokkaasti.
UMNO:n, MCA:n ja MIC:n allianssi sai vuoden 1969 vaaleissa vain 48% äänistä, mutta se riitti pitämään puolueiden yhteenliittymän hallituksessa. DAP ja PAS saivat molemmat myös paljon kannatusta. Vaalien jälkeen DAP:n paraati Kuala Lumpurissa päättyi verisesti, kun kiinalais- ja malaijiryhmät ottivat yhteen 13. toukokuuta 1969. Mellakoissa sai surmansa lähes 200 ihmistä ja kiinalaisten omistamia kiinteistöjä poltettiin. Verilöylyn jälkeen maahan julistettiin hätätila, maan parlamentti hajotettiin ja Tunku Abdul Rahman erosi pääministerin paikalta. Hänen virkaansa astui varapääministerinä toiminut Abdul Razak. Razak kuoli vuonna 1976 ja hänen tilalleen valittiin Hussein Onn.
Malesian politiikkaa muutettiin vuoden 1969 verilöylyn jälkeen. Maassa kiellettiin keskustelu yhteiskunnallisesti aroista aiheista, kuten malaijien erityisasemasta ja malaijin kielen tai sulttaanien asemasta, myös hallituksen kritisointi kiellettiin. Vuonna 1971 uusi hallituskoalitio astui virkaansa. UMNO:n rinnalle muodostettiin laaja kansallisrintama, johon kuului useita vähemmistöpuolueita. Maan uusi politiikka pyrki tasaamaan eroja eri väestönosien välillä. Maassa luotiin muun muassa erilaisia kiintiöitä, jotka suosivat malaijien nimittämistä korkeampiin virkoihin ja malaijiomisteisia yrityksiä. Politiikan johdosta kiinalaisväestön oli vaikeampaa päästä hallintovirkoihin tai yliopistoihin. 1970-luvulla monet kiinalaiset muuttivat pois Malesiasta.
Vuoden 1981 vaalien jälkeen maan pääministeriksi nousi Mahathir Mohamad. Vuoden 1969 mellakoiden jälkeen Mahathir oli erotettu UMNO:sta, sillä hän oli arvostellut maan hallintoa liian feodaalisuuden takia. Valtaan noustuaan Mahathir kavensi sulttaanien valtaoikeuksia, joiden joukosta valitaan maan kuningas. Mahathirin aikana Malesiaan laadittiin pitkän tähtäimen kehityssuunnitelma, "wawasan 2020", jonka tavoitteena oli luoda Malesiasta täysin teollistunut maa vuoteen 2020 mennessä. Maassa kehitettiin kumiteollisuutta ja raskasta teollisuutta, kuten autonvalmistusta. Teollisuustuotteiden vienti kasvoi ja maa koki Mahathirin virkakauden aikana taloudellisen nousukauden ja Malesiasta tuli kehittyvä teollisuusvaltio. Köyhyysrajan alapuolella elävä väestönosa kutistui 50 prosentista alle kymmeneen prosenttiin ja bruttokansantuote kolminkertaistui. Hänen aikanaan korostettiin Malesian riippumattomuutta länsimaista ja suosittiin aasialaisia arvoja. Kehittymistä vauhditti Yhdysvaltain antama tuki kommunismin vastaisille maille ja japanilaiset yritykset, jotka siirsivät tuotantoaan Malesiaan.
Mahathirin pääministerikaudella Malesian hallinto muuttui autoritaariseen suuntaan, sillä hän uskoi että talouskasvu ja hyvinvointi voidaan saavuttaa ilman länsimaistyyppistä demokratiaa, ja että Malesian tyyppisessä monikulttuurisessa valtiossa etniset jännitteet pysyvät paremmin kurissa kun demokratia on rajoitetumpaa. Mahathir nautti suurta kansansuosiota talouskasvun takia ja hänen noudattamansa politiikka myös suosi malaijiväestöä. Mahathir hallitsi ilman varteenotettavaa oppositiota, ja hallinnon arvostelijoita ja toisinajattelijoita pidätettiin. Mahathir varoi myös suosimasta malaijiväestöä liikaa, jotta hänen suosionsa maan kiinalais- ja intialaisväestön keskuudessa säilyisi.
Aasian talouskriisin aikaan vuonna 1997 Malesian talous romahti, mikä johti Mahathirin hallinnon suosion putoamiseen. Mahathirin entinen yhteistyökumppani Anwar Ibrahim yhtyi hallinnon arvostelijoihin. Mahathir syrjäytti Anwarin varapääministerin paikalta ja myöhemmin tämä pidätettiin ja vangittiin tekaistuin syyttein. Anwar tuomittiin vuonna 1999 kuudeksi vuodeksi vankeuteen korruption takia ja seuraavana vuonna hän sai yhdeksän vuoden lisätuomion homoseksuaalisuuden harjoittamisen takia. Anwarin tueksi järjestettiin mielenosoituksia ja lopulta vetoomustuomioistuin kumosi hänen jälkimmäisen tuomionsa. Mahathir erosi lopulta vapaaehtoisesti pääministerin paikalta 22 vuoden virassaolon jälkeen vuonna 2003 ja vetäytyi eläkkeelle. Hänen seuraajakseen nimettiin UMNO:n Abdullah Ahmad Badawi. Anwar vapautui vuonna 2004, mihin uusi pääministeri oli osaltaan vaikuttamassa.
Abdullah Badawin virkaanastumisen jälkeisenä vuonna 2004, hänen johtamansa hallituskoalitio Barisan Nasional voitti vaalit ylivoimaisesti. Badawin pääministerikaudella maan talous lähti talouskriisin jälkeen taas nousuun, mikä nosti kansan elintasoa. Myös Mahathirin aikakaudella aloitettua kehitysprojektia voitiin taas jatkaa. Anwar palasi vapautumisensa jälkeen politiikkaan ja johti opposition vaalivoittoon vuonna 2008. Vaaleissa Abdullah Badawin johtama Barisan Nasional säilytti yksinkertaisen enemmistön, mutta menetti kahden kolmasosan enemmistön, jonka se olisi tarvinnut perustuslakien muuttamiseen. Huonon vaalimenestyksen takia Abdullah Badawi väistyi virasta ja pääministeriksi tuli hänen entinen varamiehensä Najib Razak huhtikuussa 2009.
Myös Najib Razakin pääministerikaudella maa on kohdannut talousvaikeuksia kansainvälisen finanssikriisin vuoksi. Malesia on kuitenkin selvinnyt Aasian maista parhaiten talouden taantumasta ja talous on ollut hienoisessa kasvussa. Malesia on Mahathirin aikakaudesta lähtien noussut vähitellen Aasian merkittävien talousmaiden joukkoon. Maan vahvan kasvun vertauskuvana on pidetty Kuala Lumpuriin rakennettua öljy-yhtiö Petronasin kaksoistornia.