Saharan pumppu -teoria
Saharan pumppu - teoria väittää, että Saharan ilmastonmuutokset ovat vaikuttaneet ihmisen ja eläinten vaellukseen. Saharan tiedetään olleen välillä aavikkoa, välillä kosteampaa savannia. Kun Sahara oli aavikkoa, eläinten ja ihmisten kulku sen läpi estyi. Esimerkiksi alkuihminen ei osannut kulkea kamelikaravaaneilla aavikon halki. Eräässä vaiheessa Niilikin lakkasi virtaamasta, mikä esti kulun pitkin sen vartta. Kun Sahara oli savannia, sen läpi saattoi helpommin kulkea pohjoisesta etelään ja toisin päin. Tällöin Sahara toimi kuin pumppu, joka välillä estää, välillä sallii kulun lävitseen. Näin "Saharan pumpun" on väitetty vaikuttaneen varsinkin ihmisten ja eläinten vaellukseen Afrikasta Aasiaan.
Sahara on osa Afrikkaa, joka on liikkunut mannerliikuntojen mukana satojen miljoonien vuosien ajan. Näin ollen Saharassa on ollut milloin mannerta, merta, jäätikköä, trooppista kasvillisuutta, autiomaata ja muita maastotyyppejä.
Noin 450 miljoonaa vuotta sitten Saharassa oli jääkausi, kun alue oli mannerliikuntojen takia lähellä etelänapaa.
Myöhäisdevonilla 360 miljoonaa vuotta sitten Sahara oli eteläisen pallonpuoliskon lämpimänlauhkealla alueella. Saharan pohjoisosassa oli kuivaa, ehkä jopa aavikkoa alakivihiilikaudella. Näihin aikoihin maa-alaa kuivattanut jättimanner Pangaia oli muotoutumassa. Pangaian aikoihin Saharassa saattoi olla aavikkoa. Hiilikaudella suuri meri peitti ison osan aavikosta, mutta se kuivui.
Jurakaudella dinosaurusten vallitessa eläimistöä Saharassa oli jopa 5000 metriä syvä meri ja manneralueiden ilmasto yläjurakaudella kostean trooppinen. Saharan suuria pinnanmuotoja syntyi noin 125 miljoonaa vuotta sitten, jolloin Gondwanamantereen hajoamiseen liittyneet mannerliikunnot rutistivat Afrikkaa synnyttäen muun muassa Tšadin altaan. Liitukaudella 130 miljoonaa vuotta sitten pohjoisessa ja etelässä oli suuria merialueita. 70 miljoonaa vuotta sitten Saharassa oli yhä joillain alueilla merta ja maa-alue oli kuivunut liitukauden varhaisvaiheesta. Välimeren leveyksillä olleen Tethysmeren sulkeutuminen linee ainakin osin kuivattanut Saharaa.
Viime jääkauden alusta lähtien Saharan alue on ollut ajoittain aavikkoa, ajoittain kosteaa ruohosavannia. Tiedot Saharan ilmastogeologisesta historiasta ovat vieläkin varsin niukkoja. Todella lujat todisteet mantereelta Saharan aavikkoluonteesta ovat TL-ajoitusten mukaan Tunisiasta vasta 86000
vuoden takaa. Merenpohjakerrostumat ja maapallon ilmaston yleinen kehitys viittaavat siihen että Sahara olisi huomattavasti vanhempi. 
Maapallon ilmaston kuivuessa ja kylmetessä viimeisten muutaman kymmenen miljoonan vuoden aikana, on Saharan taipumus aavikoitumiseen lisääntynyt. 
Mioseenilla tapahtui suuri ilmaston kylmeneminen, joka lienee liittynyt ainakin osin Saharan ainakin tilapäiseen ilmestymiseen viimeistään noin 7 miljoonaa vuotta sitten. 
Jotkut merenpohjan pälykerrostumat viittaavat siihen että Sahara olisi ollut ajoittain aavikkoa mioseenilla ja plioseenilla. Pöly olisi kulkeutunut Saharan hiekkamyrskyistä merenpohjaan. Tämä sopii kuvaan, jonka mukaan maapallon ilmasto kuivui neogeenilla, jolloin se myös viileni. Sahara ilmaantui viimeistään varhaisplioseenilla noin 5 miljoonaa vuotta sitten. Kosteana kautena monsuunirintama vaelsi jopa 1200 kilometriä nykyisestä pohjoiseen. Niili lakkasi virtaamasta noin 1,8–0,8 miljoonaa vuotta sitten, mikä esti eliöiden kulun sen kautta.
Jääkausien ja niiden välisten interglasiaalien vuorottelu lienee vaikuttanut huomattavasti Saharaan. Kylmän Saale-jääkauden ollessa huipussaan noin 150 000 vuotta sitten Sahara oli luultavasti nykyistä viileämpi ja laajempi. Eem-lämpökaudella saattoi taas kulkea Saharan läpi. Silloin oli menossa Abbassian pluviaali. Noin 100 000 vuotta sitten Sahara oli nykyistä kosteampi, ja Välimeren kasvillisuus pihlajoineen ja mäntyineen ulottui Saharan keskiosiin Ahaggar- ja Tibesti-vuorille asti.
Viime jääkaudella joka alkoi noin 115 000 vuotta sitten Sahara oli kuiva kylminä stadiaaleina ja kostea lämpiminä interstadiaaleina. Lämpimällä kaudella trooppinen nousuvirtaus synnytti Afrikkaan laajemman matalapaineen joka imi mereltä kosteaa ilmaa Saharaankin. 
Näin Afrikan monsuuni oli voimakkaampi.
Kylmällä kaudella kosteutta siirtyi mereltä vähemmän.
Saharassa oli viime jääkauden lopuilla suuria järviä, mm Megetshad ja Arawanjärvi Timbuktun pohjoispuolella. Sahara kuivui Eem-kauden jälkeen ajaksi 115 000–90 000 vuotta sitten ja noin 85 000 vuotta sitten päätellen sen vieressä olevasta Israelin Negevistä. Kun Sahar kuivui, akaasiat levisivät Ahaggarin seuduille Saharan eteläpuolelta.
Noin 50 000 vuotta sitten akaasiatkin eristyivät kuivumisen takia suojaisiin paikkoihin Saharan vuorille ja 40000 vuotta sitten Sahara oli jo aavikkoa. Jossain jääkauden keskivaiheilla koettiin Mousterin pluviaali. Viimeisten muutaman kymmenen tuhannen vuoden aikana Sahara on ollut välillä savannia, välillä aavikkoa. Silloin kun Sahara kuivui, mereltä puhaltavat monsuunituulet heikkenivät.
Jääkauden huippukaudella monsuuni ulottui vain kapealle alueelle päiväntasaajalla heinäkuussa. Laajoilla alueilla Pohjois-Afrikassa tuuli puhalsi lännestä ja luoteesta.
Jääkauden ollessa ankarana noin 22 000–10 500 vuotta sitten Sahara oli huomattavasti nykyistä laajempi. Sahara ulottui 400 km nykyistä etelämmäs. Monsuunirintama ITCZ toi sateita vain noin 20:nnelle leveyspiirille asti.
Asutusta oli silloin lähinnä vain Niilin laaksossa. Noin 14500 vuotta sitten tapahtui äkillinen kostuminen, kun ilmasto lämpeni jääkauden lopussa Bölling-Alleröd-kauteen. Mutta sitten tuli kuiva kausi.
Noin 10500 vuotta sitten kosteat sateet muuttivat Saharan vähitellen savanniksi. Aivan jääkauden päättymisen jälkeisellä kaudella Sahara oli noin 10 400–8 900 vuotta sitten huomattavasti nykyistä kosteampi ja laajalti savannia.
Noin 7500–7000 eaa alkoi kosteahko neoliittinen subpluviaali. 7000–5300 eaa kosteassa Saharassa paimennettiin muun muassa vuohia, lampaita ja nautojakin ja ihmisasutus oli laajaa. Noin 6000 eaa piirsivät Ahaggar-vuorten silloisella savannilla eläneet metsästäjät kalliomaalauksia joissa näkyi savannieläimistöä. Maalaukset esittävät puhveleita, krokotiileja, kirahveja jne. Noin vuoteen 4000 eaa. asti Välimeren kasvillisuutta muistuttava pensasto ulottui Keski-Saharaan asti ja Keski-Saharan vuorilla kasvoi Välimerelle tyypillisiä vaahteroita, saarneja, saksanpähkinöitä ja lehmuksia.
Tämän jälkeen ilmasto kuivui, mutta kosteus palasi vielä aaltoillen muutaman kerran. Kuivuminen aavikoksi tapahtui 7300–5500 eaa. aikana, jolloin aavikko laajeni ja kosteat alueet supistuivat. Noin 4000 eaa. Niili virtasi nykyistä vuolaammin, kun Etiopian ylämailla satoi enemmän kuin nykyään. Se johtui pääosin voimakkaammasta monsuunista.
Melko kosteaa oli vielä 5 000 vuotta sitten, jolloin Sahara lienee muistuttanut lähinnä kuivaa savannia. Sahara kuivui nykyiselleen noin 3 700 vuotta sitten.
Noin vuoden 1 200 eaa tienoilla laajalti vielä nykyistä kosteammassa Saharassa matkusteli sotureita hevosella ratsastaen ja kulkien hevosten vetämissä sotavaunuissa mm. maalauksista päätellen. Näihin aikoihin Saharassa ollut Välimeren kasvillisuus korvautui etelästä tulleilla piikkipensailla. Hevosetkin hävisivät maalauksista, ja noin 100-luvulla jaa. oli jo kameleita, jotka yleistyivät 300-luvulle tultaessa.