Indonesian historia
Indonesian historia ulottuu tuhansien vuosien taakse. Maan nykyiset asukkaat ovat Kaakkois-Aasian mantereelta saapuneiden kansojen jälkeläisiä, jotka muuttivat nykyisen Indonesian alueelle 4 000 vuotta sitten. Alueella oli ihmisiä jo paljon aiemminkin, sillä varhaisimmat todisteet ihmisistä on 1,5 miljoonaa vuotta vanhoja.
Kiinan ja Intian suunnalta tulleet merenkävijät kävivät Indonesian alueella 200-luvulta lähtien. He toivat mukanaan vaikutteita hindulaisuudesta ja buddhalaisuudesta. Ensimmäinen saariston yhdistänyt kuningaskunta oli 600-luvulla syntynyt Srivijaya, joka hallitsi aluetta 1300-luvulle asti. Arabialaisten kauppiaiden mukana alkoi islam 1300-luvulla levitä alueelle, ja syntyi useita keskenään kilpailevia sulttaanien hallitsemia kuningaskuntia.
Maan rikkaiden luonnonvarojen houkuttelemina alueelle tuli 1500-luvulla myös eurooppalaisia. Ensin saapuivat portugalilaiset, mutta he saivat 1600-luvulla väistyä hollantilaisten tieltä, jotka hallitsivat Indonesian aluetta 1600-luvulta lähtien. Siirtomaavaltaa ei kuitenkaan kaikkialla hyväksytty, ja Hollannin Itä-Intiassa puhkesi aika ajoin kapinoita eurooppalaisten valtaa vastaan.
Indonesia pysyi Alankomaiden siirtomaana aina toiseen maailmansotaan asti, jolloin Japani miehitti sen. Sodan päätyttyä Indonesia itsenäistyi Sukarnon johdolla. Itsenäinen Indonesian tasavalta syntyi virallisesti vuonna 1949, kun Alankomaat tunnusti maan itsenäisyyden. Sukarno syrjäytettiin vuonna 1967 presidentin paikalta Suharton johtamassa sotilasvallankaappauksessa. Suharto hallitsi maata 1990-luvun lopulle saakka itsevaltaisin ottein. Maan itsenäisyyden aikaa ovat leimanneet Indonesian eri kansallisuuksien väliset kahakat.
Ensimmäisen kerran "Homo erectus" -ihmislajin jäänteitä löydettiin Jaavan saarelta vuonna 1891. Löytö tunnetaan yleisesti jaavanihmisenä. Fossiilijäänteistä on päätelty, että Malaijien saaristossa on ollut asutusta ainakin 500 000 vuotta sitten. Ei tiedetä varmasti, miten "Homo erectus" ja myöhemmin "Homo sapiens" saapuivat Malaijien saaristoon, mutta todennäköisesti Sumatra, Borneo ja Jaava olivat yhteydessä mantereeseen, sillä pleistoseenikaudella merenpinta oli alempana kuin nykyään. Jaavanihmiset saattoivat saapua Jaavalle kävellen 1,7 miljoonaa vuotta sitten. "Homo erectuksen" elintavoista ei ole tarkkaa tietoa, ja "homo sapiens" myöhempänä saapujana syrjäytti "H. erectuksen". On kuitenkin myös esitetty, että "H. sapiens" ei täysin syrjäyttänyt "H. erectusta", vaan "H. erectus" sopeutui elämään "H. sapiensin" rinnalla ja lajit saattoivat risteytyä keskenään. "H. erectus" -lajin edustajat saattavat olla näin nykyisten kaakkoisaasialaisten hyvin kaukaisia esivanhempia.
Varmaa tietoa ihmisten kehityksestä alueella on pystytty tutkimaan 40 000 vuoden taakse: tuolta ajalta löytyneet ihmisjäänteet ja alkeelliset kivityökalut on voitu ajoittaa. Aluetta 40 000–7 000 vuotta sitten asuttaneita ihmisiä on kutsuttu australo-melanesialaisiksi. He olivat metsästäjä-keräilijöitä ja ensimmäisiä, jotka saapuivat nykyiseen Itä-Indonesiaan. Varhaisimpia todisteita heistä on löytynyt Borneolta 40 000–20 000 vuoden takaa.
Malaijien saaristoon saapui 3 000–500 vuotta ennen ajanlaskun alkua austronesialaisia. He olivat todennäköisesti lähtöisin Etelä-Kiinasta, josta he Taiwanin kautta saapuivat Filippiineille noin 3 000 eaa., Itä-Indonesian saarille ja Borneoon noin 2 000 eaa. sekä Uuteen-Guineaan, Jaavalle ja Sumatralle noin 1 500–1 000 eaa. Tuon ajan ihmiset olivat jo taitavia merenkävijöitä ja harjoittivat maataloutta. Villiriisiä viljeltiin Sulawesin saarella jo noin vuonna 3 000 eaa. Varhaisimmat todisteet riisin märkäviljelystä ovat 700-luvulta jaa. Pronssin ja raudan valmistuksesta varhaisimmat todisteet ovat vuosilta 500–200 eaa. Tuona aikana alueelle saapui lisää ihmisiä Vietnamin suunnalta. He kehittivät edelleen kaupankäyntiä ja merenkulkua.
Varhaisimmat arkeologiset todisteet Kiinaan ja Intiaan suuntautuneesta kaupankäynnistä ovat kahdelta viimeiseltä vuosisadalta ennen ajanlaskun alkua, sillä Balilta on löydetty ensimmäiseltä vuosisadalta peräisin olevista haudoista intialaisia esineitä ja Intian kaakkoisrannikolta on löydetty 100-luvulta eaa. peräisin olevia indonesialaisten veneiden hylkyjä. Todennäköisesti tuon ajanjakson malaijit olivat ensimmäisiä Kaakkois-Aasian merillä kauppaa käyneitä ihmisiä, jotka ylläpitivät kansainvälisiä yhteyksiä.
Intiassa, Kiinassa ja Indokiinassa alkoi muodostua varhaisia kuningaskuntia jo ennen ajanlaskun alkua, mutta malaijialueilla todisteita vanhimmista valtion kaltaisista yhteisöistä on vasta vuoden 500 jaa. jälkeen. Kehitys kohti monimutkaisempaa ja jakautuneempaa yhteiskuntarakennetta levisi nykyisen Indonesiaan Intiasta. Indonesiasta on löytynyt kivikirjoituksia, vanhoja piirustuksia ylhäisemmin pukeutuneista ihmisistä ja hautakammioita, joiden perusteella on tehty päätelmiä luokkayhteiskunnan syntymisestä Sumatralla, Jaavalla ja Balilla.
Luokkayhteiskunnan syntyä edesauttoi myös tehokkaampien viljelymenetelmien kehittyminen. Riisin viljely veden peittämillä pelloilla ja vesipuhvelien käyttö tehostivat ravinnontuotantoa. Ruokaa kasvoi jo yli oman tarpeen, jolloin sillä saatettiin ruokkia kauppiaita ja yhteisön eliittiä, joka ei viljellyt maata. Vastineeksi kauppiaat tarjosivat omia tuotteitaan ja yhteisön ylimystö järjestyksen ja paikkoja uskonnon harjoittamiseen. Ajanlaskun alun vuosisatoina harjoitettujen kansanuskontojen tavoista ja rituaaleista tiedetään vähän. Silloisten ihmisten käsitykset maailmasta olivat todennäköisesti animistisia, kuten suuressa osassa Kaakkois-Aasiaa.
500-luvulla jaa. Malaijien saaristoon levisi intialaisen kulttuurin piirteitä, ja Sumatran ja Jaavan asukkaat joutuivat kosketuksiin hindulaisuuden ja buddhalaisuuden kanssa, kun Intian suunnalta tulleet kauppiaat kävivät nykyisen Indonesian alueella. Historiantutkijoiden keskuudessa on kuitenkin erimielisyyttä siitä, milloin intialainen kulttuuri tarkalleen levisi Indonesian alueelle. Kulttuurin leviäminen edisti kuitenkin valtiomuotoisten hallintorakenteiden syntymistä.
Malaijien saariston ensimmäinen nimeltä tunnettu poliittinen yksikkö oli Kantoli, josta ei nimen lisäksi tiedetä kovinkaan paljon. Se oli kuitenkin sumatralaisen Srivijayan valtakunnan edeltäjä. Srivijayan kuningaskunnan on päätelty syntyneen 500-luvulla, sillä kiinalaisten tullessa sinne 600-luvun lopulla yhteiskunta oli pitkälle kehittynyt. Srivijayan keskus oli Sumatran eteläosassa sijainnut Palembang. Palembang ja pohjoisempana Sumatralla sijainnut Jambi saivat alkunsa pieninä satamakaupunkeina, joihin intialaiset kauppiaat poikkesivat. Kauppiaiden mukana levisi buddhalaisuuden lisäksi myös käsitys monarkiasta. Palembang nousi todennäköisesti merkittävimmäksi hedelmällisen maaston ja menestyvän maatalouden ansiosta, sillä ylimääräistä ruokaa saatettiin tarjota muualta tulleille kauppiaille.
Srivijaya alkoi 600-luvun lopulla laajeta, ja 1100-luvun lopulla sen alueet käsittivät Sumatran, Malakan niemimaan sekä osia Jaavan ja Borneon saarista. Srivijaya oli talassokratia eli merivalta. Sen hallussa olivat alueen tärkeimmät merireitit Malakansalmi ja Sundansalmi, joiden kautta kulkivat Kiinan ja Intian väliset kauppareitit sekä Malaijien saariston koko kaupankäynti. Srivijayan kuninkaan välitön hallinto ylsi kuitenkin vain Palembangin lähialueille. Srivijayan laivasto käytti voimaansa alistaakseen mahdolliset kilpailevat kuningaskunnat. Voimankäyttö ei kuitenkaan taannut Srivijayan ylivaltaa Malaijien saaristossa, vaan maa solmi liittoja Malakan niemimaan, Jaavan ja Sumatran pienempien satamakaupunkien kanssa, sillä vapaa kulku Malakan- ja Sundansalmien läpi oli kaikkien kannalta tärkeää. Srivijaya oli malaijivaltioiden poliittinen ja taloudellinen keskus 600-luvulta 1200-luvulle asti.
Srivijayan valtakuntaan alkoi 1000-luvulla kohdistua yhä enemmän ulkoisia uhkia, kun muut kuningaskunnat yrittivät horjuttaa sen valta-asemaa. Intian nykyisen Tamil Nadun suunnasta tullut Chola-valtakunta hyökkäsi 1025 Palembangiin ja tuhosi sen. Chola ei kuitenkaan saanut kukistettua Srivijayaa, mutta se sai hallintaansa Srivijayalle kuuluneita Länsi-Malesian alueen pohjoisosia. Srivijayan rappiota edistivät Jaavan ja Intian suunnasta tulleet toistuvat hyökkäykset ja kauppavallan siirtyminen alueen muille satamakaupungeille. Srivijayan heikkeneminen myös edisti pienempien kuningaskuntien syntymistä.
Srivijayan voimakas vaikutus alueella alkoi lopullisesti hiipua 1200-luvulla. Valtakunnalla oli toistuvia konflikteja jaavalaisten kuningaskuntien kanssa, joille se jäi alakynteen. Pääsyynä valtakunnan murenemiseen oli kauppavallan heikkeneminen. Valta jakautui tasaisemmin alueen pienemmille keskuksille, kuten Shrivijayasta irtautuneelle Jambille ja Kedahin satamalle. Singhasarin kuningaskunta valloitti Srivijayan lopullisesti 1280-luvulla, ja kuningaskunnan alueiden rippeitä havitteli myös pohjoisesta tullut Ayutthayan kuningaskunta.
Jaavalla syntyi 700-luvulla kuningas Sanjayan johtama Mataramin kuningaskunta. Sen kukoistusaika oli 700-luvulta 1000-luvulle asti. Mataram jäi kuitenkin 800-luvulla Sailendran buddhalaisen kuningaskunnan varjoon. Sailendrakuninkaat rakennuttivat Jaavalle, nykyisen Yogyakartan kaupungin lähelle, Borobudurin temppelin. Sanjayan jälkeläinen Pikatan kukisti Sailendran dynastian 800-luvun puolivälin jälkeen. Pikatanin seuraajat rakensivat toisen kuuluisan temppelialueen, Prambananin, joka oli hindulainen vastine buddhalaiselle Borobudurille.
Mataramin kuningaskunnan valtakeskus siirtyi Jaavan itäosiin vuonna 929. Syyksi on arveltu Merapin tulivuorenpurkausta. Mataram harjoitti myös kauppaa, minkä takia se ajautui törmäyskurssille Srivijayan kanssa. Srivijaya teki sotaretken Mataramiin vuonna 1016, tuhosi Mataramin pääkaupungin ja surmasi maan kuninkaan Dharmavamsan. Dharmavamsan perillinen, hänen sisaruksensa jälkeläinen Airlangga, onnistui kuitenkin pakenemaan.
Airlangga palasi 1019 ja perusti valtakunnan uudelleen Kahuripanin kuningaskunnan nimellä. Sen vaikutusalueeseen kuuluivat aluksi entisen Mataramin kuningaskunnan jäänteet Jaavan itäosissa ja Balilla. Airlangga käytti hyväkseen Srivijayan kuningaskunnan heikkoutta Cholan tekemän sotaretken jälkeen, ja Kahuripanin valta laajeni koko Jaavan alueelle. Kahuripanin historia jäi kuitenkin lyhyeksi, sillä Airlangga luopui vallasta vuonna 1045 ja jakoi maan kahtia kahden poikansa hyväksi. Itään muodostui Janggala ja länteen Kediri. Kediri oli niistä hallitsevampi, ja Janggala jäi sen varjoon. Janggala hävisi vähitellen olemattomiin. Kediri hallitsi 1100-luvulla Malaijien saariston itäosia, Srivijaya länsiosia ja Malakan niemimaata.
Itä-Jaava yhdistyi vuonna 1221 Singhasarin kuningaskunnaksi, kun Ken Angrok päihitti Kedirin kuninkaan armeijan. Singhasarin pääkaupunkina toimi Janggala. Ken Angrok kuoli vuonna 1227 pian Singhasarin perustamisen jälkeen, ja hänen jälkeensä valtaan nousi Vishnuvardhana, jonka kaudella Kedirin kuningaskunta alistettiin Singhasarin alaisuuteen. Singhasarin merkittävin kuningas oli Kertanagara, joka hallitsi vuosina 1268–1292. Hänen kaudellaan Singhasari valloitti Shrivijayalta Malakan niemimaan itä- ja eteläosat sekä Sumatralla sijainneita alueita.
Singhasarin valtakausi ei kestänyt kauan, sillä mongolivaltakunta levittäytyi 1270-luvulla Kiinan alueelle. Kublai-kaanin johtamat mongolien Yuan-dynastian lähettiläät saapuivat Kiinasta Kaakkois-Aasian ja vaativat Singhasarilta vasalliveron maksamista. Tähän ei Singhasarin kuningas Kertanagara suostunut, vaan lähetti mongolien lähetystön takaisin. Kublai-kaani lähetti suuren laivasto-osaston Jaavalle Kertanagaran rankaisemiseksi, mutta ennen mongolien hyökkäystä Kertanagara oli murhattu vuonna 1292 Kedirin kapinoidessa Singhasaria vastaan.
Singhasarin kuninkaaksi nousi Kertanagaran vävy Kertarajasa, joka pakeni Kedirin kapinaa Majapahitiin, mihin hän perusti uuden pääkaupungin. Kun mongolijoukot saapuivat, Kertarajasa liittoutui mongolijoukkojen kanssa 1293 Kedirin kukistamiseksi. Tämän jälkeen Kertarajasa kääntyi mongoleja vastaan ja Majapahitien uuden kuningaskunnan joukot karkottivat mongolit Jaavalta.
Majapahit syntyi Singhasarin kuningaskunnan raunioille, ja se hallitsi 1300-luvulla suurinta osaa nykyisistä Malesiasta ja Indonesiasta. Vuonna 1377 Majapahitin laivasto valloitti myös Palembangin, joka oli viimeisiä jäänteitä Srivijayan valtakunnasta. Palembangin prinssi Paramesvara yritti kapinoida Majapahitin hallintoa vastaan perustamalla uuden valtakeskuksen Malakan niemimaalle. Hän pakeni Majapahitin valloituksia ensin Temasekin, nykyisen Singaporen saarelle, mistä hän edelleen siirtyi Malakan niemimaalle, jonne hän perusti Malakan sulttaanikunnan 1400-luvun alussa.
Majapahitin viimeisen pääministerin Gajah Madan kuoltua vuonna 1364 maa alkoi hiljalleen rappeutua. 1400-luvun alussa maa ajautui sisällissotaan ja sen hallitsemat alueet alkoivat itsenäistyä. Islam saapui alueelle vuoden 1500 tienoilla, ja Majapahitien hallitsemalle alueelle muodostui useita pieniä sulttaanikuntia ja kaupunkivaltioita, jotka harjoittivat kauppaa ja merenkulkua. Merkittävämmäksi niistä kasvoi 1400-luvulla Malakan sulttaanikunta.
Malakka kehittyi ja laajeni nopeasti alueen merkittävämmäksi kauppavallaksi. Malakan voimistuessa Majapahit kävi yhä heikommaksi taloudellisen kilpailun jatkuessa Malakan kanssa. Pohjois-Jaavalla sijainneet satamakaupungit irtautuivat itäjaavalaisen Majapahitin vallasta, ja monet niistä siirtyivät islaminuskoon. Vuonna 1513 hindulaiseen Majapahitiin hyökkäsi islamilaisten satamakaupunkien liittoutuma, ja vuonna 1528 Majapahitin valtakunta kukistui lopullisesti, kun Demakin sulttaanikunta valloitti sen.
Majapahitin kukistumisen seurauksena kuningasperhe ja monet Jaavan hindut pakenivat Balille, josta muodostui hindulainen saareke islamilaistuvassa Malaijan saaristossa. Hindukulttuurin jäänteet ovat Balilla edelleen nähtävissä. Srivijaya ja Majapahit ovat indonesialaisten suuri kansallisen ylpeyden aihe ja samalla osoitus Indonesian historian suuruudesta. Poliitikot ovat käyttäneet Srivijayan ja Majapahitin kuningaskuntien hallitsemia alueita perusteluna Indonesian nykyisille rajoille.
Hindulais-buddhalaisten kuningaskuntien näkyvin perintö on maailman suurin buddhalainen temppeli Borobudur Jaavalla ja Indonesian suurin hindutemppeli Prambanan. Molemmat kuuluvat Unescon maailmanperintöluetteloon.
Vaikka muslimikauppiaat matkustivat Kaakkois-Aasiassa jo varhain islamilaisella kaudella, vanhimmat todisteet islamiin kääntyneistä ovat 1200-luvulta Pohjois-Sumatralta. Muut Indonesian alueet omaksuivat islamin asteittain. Ensimmäiset sumatralaiset heimot kääntyivät islamiin 1400-luvulla, ja 1500-luvun lopulla siitä tuli Jaavan ja Sumatran valtauskonto. Islam levisi arabikauppiaiden mukana ensin maan länsiosiin ja hiljalleen myös itäosiin. Ensin sen omaksui maan eliitti. Islam sekoittui suureksi osaksi jo olemassa oleviin kulttuurin ja uskonnon piirteisiin, ja niin syntyi Indonesiassa, erityisesti Jaavalla, nykyisin pääosin harjoitettava islamin muoto.
1400-luvulla Malakan sulttaanikunta voimistui merkittävästi, sillä islamilaisuuden omaksunut kaupunkivaltio ja maata johtanut sulttaani houkuttelivat runsaasti muslimikauppiaita Intiasta ja Arabiasta. Sulttaanikunta hallitsi Malakan niemimaata ja lähes koko Malaijien saariston länsiosia. Malakasta käsin islamia levitettiin muualle nykyisen Indonesian alueelle. Ensimmäiset muslimikauppiaiden tukikohdat nykyisen Indonesian alueella muodostuivat Pohjois-Sumatralle. Tiettävästi Samudera Pasain hallitsija oli ensimmäinen islaminuskoon kääntynyt hallitsija. Islamilaistumista edisti kaupankäynnin kasvu, joka takasi paremmat suhteet Intian suunnalta tulleisiin muslimikauppiaisiin ja sen myötä korkeamman elintason. Merkittävimmäksi islamilaiseksi valtioksi Sumatralla kasvoi Acehin sulttaanikunta.
1500-luvun alussa islam ei ollut vielä vakiinnuttanut asemaansa Jaavalla. Saaren tärkeimmän sataman Demakin hallitsija kääntyi islamiin ja otti sulttaanin arvonimen vuonna 1524. Demak, Gresik ja Banten liittoutuivat Demakin johdolla Majapahitia vastaan 1520-luvulla, ja hindulaisen Majapahitin kukistuttua islamin vaikutus levisi Jaavan itäosiin ja muualle nykyiseen Itä-Indonesiaan.
Islam nousi vuoteen 1600 mennessä Jaavan ja Sumatran valtauskonnoksi. Muualle nykyisen Indonesian alueelle se levisi parin seuraavan vuosisadan aikana. Sumatralla Acehin sulttaanikunta kääntyi islamiin 1400-luvun puolivälissä ja Sumatran minangkabaulaiset 1500–1600-luvuilla. Sulawesilla islamiin kääntyivät 1600-luvulla Makassarin sulttaanikunta ja saaren bugisväestö.
Ainoastaan Balin saari jäi nykyisen Indonesian alueella hindulaisuuden keskukseksi. Islamilaisten sulttaanikuntien keskellä sijainnut saari yhdistyi 1500-luvulla hindulaiseksi Gelgelin kuningaskunnaksi. Valtakunta hajosi 1600-luvulla useaksi pieneksi kuningaskunnaksi.
Portugalilaiset saapuivat Kaakkois-Aasiaan 1500-luvun alussa tarkoituksenaan vallata muslimikauppiaiden maustekauppamonopoli itselleen. Portugalilaiset hyökkäsivät Malakan sulttaanikuntaan vuonna 1511 ja valloittivat sen. He tekivät Malakasta Kaakkois-Aasian hallintokeskuksensa ja pyrkivät levittämään sieltä käsin kristinuskoa alueelle. Francisco Serrãon johtamina he haalivat Molukkien maustesaarilla vuonna 1512 itselleen muskotin, mausteneilikan ja kubebapippurin lähteet. Timorin saaren portugalilaiset valtasivat vuonna 1522 ja Jaavan pohjoisosat vuonna 1532.
Portugalilaiset eivät kuitenkaan onnistuneet monopolisoimaan maustekauppaa, kun muslimikauppiaat eivät enää tulleet kristinuskoisen Portugalin valtaamaan Malakaan, vaan hajaantuivat muihin satamiin. Malakan sulttaanikunnan kukistuttua pohjoissumatralainen Acehin sulttaanikunta alkoi 1500-luvun alussa kasvattaa valtaansa. Aceh piti itseään Malakan seuraajana ja muslimien pääsatamana Malaijien saaristossa portugalilaisten Kaakkois-Aasiaan tunkeutumisen jälkeen. Aceh kasvoi 1500-luvulla alueen islamilaiseksi keskukseksi, jossa Koraania käännettiin malaijiksi ja josta islamia pyrittiin levittämään muualle nykyisen Indonesian alueelle. Aceh teki hyökkäyksiä Malakaan portugalilaisia valloittajia vastaan vuosina 1566–1568, mutta epäonnistuivat portugalilaisten karkottamisessa.
Acehin sulttaanina toimi vuosina 1607–1636 Iskandar Muda, joka hallitsi itsevaltiaana tyrannina. Hänen aikanaan Aceh teki useita sotaretkiä Sumatran eteläosiin ja Malakan niemimaalle. Aceh ei onnistunut pyrkimyksissään karkottaa portugalilaisia, mutta Acehin alaisuuteen Malakan niemimaalla joutuivat Kedah, Perak ja Pahang.
Portugalilaisten kilpailijoiksi Kaakkois-Aasiassa tulivat myös muut eurooppalaiset. 1500-luvun puolivälissä saapuivat espanjalaiset ja 1600-luvulle tultaessa englantilaiset ja hollantilaiset. Espanjalaisten Kaakkois-Aasian alusmaihin kuului nykyinen Filippiinien alue. Englantilaiset taas perustivat Itä-Indonesiaan Sulawesin saarelle Makassariin ja Sumatran länsirannikolle Bengkuluun sekä Jaavan Banteniin omat kauppasatamansa.
Jaavalla Demakin sulttaanikunta ei ollut kehittynyt saarta yhdistäväksi valtioksi, ja 1600-luvulla Keski-Jaavaa hallinnut Mataramin sulttaanikunta yritti yhtenäistää Jaavan yhden sulttaanin alaisuuteen. Vuonna 1625 Mataram alisti valtaansa pahimman kilpailijansa, Pohjois-Jaavan Surabayan. Laajimmillaan Mataramin vaikutuspiiriin kuului alueita myös Etelä-Sumatralta ja Etelä-Borneolta sekä Maduran saari.
Hollantilaiset yritykset perustivat vuonna 1602 Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian (VOC). Kauppakomppania hankki alueita nykyisestä Indonesiasta osin sotilaallisin keinoin ja osin liittoutumalla paikallisten hallitsijoiden kanssa. Se valtasi vuonna 1619 Jaavalla sijainneelta Bantenin sulttaanikunnalta nykyisen Jakartan kaupungin alueen ja perusti sinne Batavian. Kaupungin sijainti oli strategisesti tärkeä, sillä sieltä hollantilaiset pystyivät valvomaan Sumatran ja Jaavan välissä olevaa Sundasalmea. Malakan portugalilaiset pystyivät hallitsemaan pohjoisempaa Malakansalmea, joka oli toinen merkittävä Intian ja Kiinan välinen reitti.
Batavian valloituksen jälkeen hollantilaiset pyrkivät edelleen laajentamaan kauppavaltaansa Malaijien saaristossa. Vuonna 1621 he valloittivat Bandasaaret saarten alkuperäiskansoilta. He valloittivat alueita myös muilta eurooppalaisilta. He liittoutuivat portugalilaisvaltaa vastustaneen Johoren kanssa ja valloittivat portugalilaisilta Malakan vuonna 1641. Malakan kukistumisen jälkeen hollantilaiset valtasivat Acehilta Sumatran hallinnan. Brittiläisten hallitsemat Makassar ja Banten siirtyivät hollantilaisille 1669 ja 1682. 1700-luvulle tultaessa Hollannista oli tullut hallitseva eurooppalainen valta alueella.
Hollantilaiset perustivat pysyvän sotilastukikohdan Kaakkois-Aasiaan ja linnoittivat alueen pääkaupunkinsa Batavian. Tärkeimmät hollantilaisten havittelemat luonnonvarat olivat alun perin mausteet. Myöhemmin kauppakomppanian tärkeiksi tuotteiksi nousivat sokeri ja kahvi. Hollantilaisvallan alla Bataviaan muutti runsaasti kiinalaisia, sillä heihin luotettiin enemmän kuin indonesialaisiin tai muslimeihin. Kiinalaiset kävivät kauppaa ja käyttivät raskaimmissa töissä orjatyövoimaa. Hollantilaiset pyrkivät tekemään alkuperäisten hallitsijoiden kanssa yhteistyötä, eikä alueelle siksi syntynyt hollantilaisvaltaa vastustavaa liittoumaa, joka olisi pystynyt horjuttamaan kauppakomppanian valta-asemaa.
Hollantilaiset onnistuivat myös kylvämään eripuraa alueen sulttaanikuntien ja paikallishallitsijoiden välille. He liittoutuivat Sulawesilla bugisien kanssa Makassaria vastaan. Bugisit karkottivat Makassarista 1666–1669 muut eurooppalaiset kauppiaat, ja vastineeksi hollantilaiset tunnustivat heidät koko Sulawesin valtiaaksi. Sumatralla pohjoisen Aceh ja länsisumatralaiset minangkabaut olivat saaren merkittävimmät valtakunnat. Minangkabaut sopeutuivat hollantilaisten läsnäoloon, kun Hollanti oli kukistanut Acehin 1667. Minangkabaun vaikutus levisi Acehin kukistumisen jälkeen myös Malakan niemimaalle, jonne hollantilaisten valtakaudella muutti myös Sulawesin bugislaisia.
Jaavalla hollantilaiset sekaantuivat Mataramin sulttaanikunnan sisäisiin asioihin. He tukivat Mataramin sisällissotaa, jonka seurauksena osia Mataramista liitettiin Hollannin hallitsemiin alueisiin ja Mataram jakautui Yogyakartan ja Surakartan sulttaanikuntiin vuonna 1755.
Hollannin Itä-Intian kauppakomppanialla oli 1700-luvun loppupuoliskolla yhä enemmän taloudellisia huolia, joita eivät aiheuttaneet pelkästään jatkuvat sodat jaavalaisia vastaan. Hollantilaiset joutuivat kilpailemaan taloudellisesti muita siirtomaavaltioita, erityisesti Englantia ja Ranskaa vastaan. Näin ollen hollantilaiset joutuivat viemään Euroopan markkinoille halvempia tuotteita. Lisäksi vuosina 1780–1784 käyty Neljäs Englannin-Hollannin sota esti hollantilaisaluksilta pääsyn Hollantiin.
Ranskan vallankumoussodissa vuonna 1795 Ranska miehitti Hollannin, ja kauppakomppania ajautui vuosisadan lopussa vararikkoon. Hollantilaiset perustivat vuonna 1800 kauppakomppanian tilalle siirtomaakseen Alankomaiden Itä-Intian, ja kauppakomppanian hallitsemat alueet siirtyivät Hollannin valtiolle.
1800-luvun alussa käydyissä Napoleonin sodissa Hollanti joutui Ranskan vaikutusvallan alaisuuteen, ja britit lähtivät Thomas Stamford Rafflesin johtamina Jaavalle valloittamaan hollantilaisten siirtomaa-alueita. Sotien päätyttyä Jaava palautettiin hollantilaisille vuonna 1816. Brittien hallintaan nykyisen Indonesian alueella jäi vielä vähäksi aikaa Länsi-Sumatran Bengkulu. Vuonna 1824 maat solmivat sopimuksen, jossa Britannia luovutti Bengkulun Hollannille ja vastaavasti hollantilaiset luovuttivat briteille Malakan niemimaalla sijainneen Malakan. Näin Malaijien saaristo jaettiin hollantilaisten ja brittien vaikutuspiireihin. Hollantilaiset suostuivat brittien ylivaltaan Malakan niemimaalla, ja britit tunnustivat Hollannin Itä-Intian vaikutuspiiriin kuuluvaksi muun muassa Jaavan, Sumatran, Sulawesin ja Irian Jayan.
Brittien muodostama uhka Alankomaiden Itä-Intialle väistyi 1820-luvulle tultaessa, mutta jaavalaiset uhkasivat Hollannin siirtomaahallintoa sisäisesti. Yogyakartan hallitsijahuoneen prinssi Diponegoro johti Jaavan sotana tunnettua kapinaa hollantilaisia vastaan. Kapinan pyrkimyksenä oli ajaa eurooppalaiset pois Jaavalta ja palauttaa islamin valta-asema, ja sitä tuki maan talonpoikaisväestö, joka ei hyväksynyt hollantilaisten taloudellista ylivaltaa.
Kapina nujerrettiin vuonna 1830, ja Diponegoro karkotettiin loppuiäkseen Sulawesille. Sota maksoi noin 200 000 jaavalaisen hengen. Sodan jälkeen hollantilaiset veivät jaavalaisilta kuningashuoneilta niiden alueet. Sulttaaneille jäi vain seremoniallinen rooli, eivätkä he osallistuneet enää politiikkaan. Hollannin asema Jaavalla vain voimistui, kun maan yläluokka oli muuttumassa hollantilaisia palveleviksi virkamiehiksi.
Hollantilaiset perustivat Jaavalle viljelyjärjestelmän, jossa paikalliset talonpojat pakotettiin kasvattamaan muun muassa kahvia, sokeria ja viljaa, jotka hollantilaiset myivät eteenpäin hyvällä voitolla. Jaavalaisille hollantilaisvallan aika oli valtava taakka, sillä paikalliset maanviljelijät olivat käytännössä pakkotyötä tekeviä maaorjia. Hollantilaisille Jaava oli tärkein sen Kaakkois-Aasian siirtomaa-alueista, ja se tuotti 1850-luvulla Alankomaiden valtion tuloista noin kolmasosan. He pyrkivät myös laajentamaan alueitaan muillekin nykyisen Indonesian saarille.
Hollantilaisvalta vahvistui vähitellen Sumatralla Alankomaiden ja Britannian vuoden 1824 sopimuksen jälkeen. 1820–1830-luvuilla minangkabaulaisten keskuudessa nousi siirtomaahallinnon vastainen Padri-liike, joka, kuten Jaavalla, pyrki myös palauttamaan islamilaisen valta-aseman Sumatralle. Kapina kärjistyi vuosina 1821–1838 sodaksi, jota kutsutaan Padrisodaksi Pedirin sataman mukaan.
Hollantilaiset kävivät samanaikaisesti Jaavan sotaa, ja vasta sen jälkeen hollantilaiset pystyivät keskittymään Sumatralla käytävään sotaan. Hollantilaiset saivat kapinan hallintaansa vuonna 1838, ja Minangkabau liitettiin Alankomaiden Itä-Intiaan. 1840-luvulle tultaessa myös suuri osa Sumatran muista sulttaanikunnista oli tunnustanut hollantilaisvallan saarella. Ainoastaan Acehin sulttaanikunta säilyi Sumatran pohjoisosassa itsenäisenä Britannian ja Alankomaiden välisen sopimuksen mukaisesti.
Acehilaisten käymä kauppa Penangilla ärsytti hollantilaisia, jotka näkivät Acehin mahdollisen taipumisen jonkin muun siirtomaavallan vaikutuspiiriin suurena uhkana. Vuonna 1871 Alankomaat ja Britannia tekivät uuden sopimuksen, jonka mukaan hollantilaiset saivat Sumatralla vapaat kädet Acehin kysymyksessä. Aceh läheni Yhdysvaltoja ja Italiaa ja tarjosi laivastotukikohtaa ja alueen kauppaoikeuksia vastineeksi sotilaallisesta suojelusta. Neuvottelut antoivat hollantilaisille syyn aloittaa Acehin sodan, joka kesti lopulta neljä vuosikymmentä. Alankomaat hyökkäsi Banda Acehiin, ja sulttaanikunta lakkautettiin seuraavana vuonna. Sota kuitenkin jatkui acehilaisten päälliköiden johdolla, ja 1900-luvulle tultaessa Acehin sota oli muuttunut sissisodaksi. Sota saatiin lopulta päätökseen vuonna 1913, mutta viha hollantilaisvaltaa kohtaan jäi.
Hollantilaiset pyrkivät laajentamaan alueitaan myös muualle Malaijien saaristoon luodakseen näin puskurivyöhykkeen tärkeimmälle alueelleen Jaavalle. Hollanti pyrki siksi ottamaan haltuunsa myös nykyisen Indonesian itäosat.
Alankomaat vaati Lombokin valtiota hyväksymään maassaan hollantilaisedustuksen 1890-luvulla, sillä alankomaalaisia huoletti Saksan keisarikunnan vaikutusvallan kasvu Aasiassa. Lombokilla syttyi vuonna 1894 kapina kuningasta vastaan, mistä hollantilaiset saivat tekosyyn puuttua maan tapahtumiin. He tunkeutuivat Lombokin saarelle, ja kuningasta tukeneet surmattiin.
Hollantilaiset hyökkäsivät Balille ensimmäisen kerran jo 1840-luvulla, mutta balilaiset onnistuivat torjumaan hyökkäyksen. Vuonna 1906 hollantilaisjoukot lähetettiin Balille alistamaan saari hallintaansa. He suorittivat Balilla joukkomurhan, jonka jälkeen saari alistettiin siirtomaahallinnon alaisuuteen. Samana vuonna hollantilaiset saivat alaisuuteensa myös Sulawesin saaren, jossa Makassarin ja Bugisin vastarinta saatiin kukistettua.
Vuosina 1898–1911 Hollannin alaisuuteen tuli noin 300 alkuperäisasukkaiden valtiota. Hollantilaiset turvautuivat väkivallan lisäksi myös diplomatiaan, sillä siirtomaahallinnon alueellaan hyväksyneet hallitsijat vahvistettiin alueidensa laillisiksi hallitsijoiksi. Monet hallitsijat suostuivat Alankomaiden vaatimuksiin, sillä Lombokin ja Balin tapahtumien pelästyttäminä he eivät uskaltaneet kieltäytyä.
Borneon aluejaosta Alankomaat teki vuonna 1891 sopimuksen Britannian kanssa. Saaren pohjoisosat Pohjois-Borneo, Sarawakin kuningaskunta ja Brunei jäivät Britannialle, ja Alankomaat sai saaren eteläosan Kalimantanin, jossa hollantilaisvaltaa ei kuitenkaan hyväksytty. Banjarmasinin sulttaani oli syrjäytetty 1850-luvulla, ja tilalle oli tullut hollantilaisten siirtomaahallinto. Alueella käytiin siitä lähtien Banjarmasinin kuningassuvun johtamaa islamilaista kapinaa 1900-luvun alkuun asti.
Vuonna 1902 Alankomaat otti haltuunsa Uuden-Guinean länsipuoliskon Irian Jayan, jolla asui alkuperäiskansoja. Alankomaiden Itä-Intia jakoi saaren yhdessä Britannian ja Saksan keisarikunnan kanssa. Timorin saari taas jaettiin vuonna 1913 Alankomaiden ja Portugalin kesken.
Nykyisen Indonesian rajat muotoutuivat Sumatralta Uuteen-Guineaan 1900-luvun alussa ensimmäiseen maailmansotaan mennessä. Maan hallinto keskittyi Jaavan Bataviaan, nykyiseen Jakartaan, ja muiden alueiden tehtävänä oli pääasiassa palvella Jaavaa ja toimia suojakilpenä. Suurimman osan siirtomaakautta hollantilaisvalta oli kuitenkin heikkoa ja paikallisia päälliköitä arvostettiin enemmän. Hollantilaiset joukot osallistuivat jatkuvasti kapinoiden kukistamiseen Jaavalla ja muilla ulkosaarilla. Paikallisten johtajien vaikutusvalta, kuten prinssi Diponegoron Jaavan keskiosassa, Imam Bonjolin Sumatralla ja Pattimuran Molukeilla, ja neljäkymmentä vuotta kestänyt verinen sota Acehissa heikensivät Alankomaiden hallintoa ja sitoivat siirtomaajoukot konflikteihin.
Hollantilaiset kehittivät siirtomaidensa, lähinnä Jaavan ja Sumatran, infrastruktuuria ja rakensivat rautateitä sisämaasta rannikon satamiin, joissa sisämaan tuotteet saatiin lastattua laivoihin. Alueelle syntyi pankkitoimintaa, kauppoja, kaivosyrityksiä ja plantaaseja, jotka turvasivat eurooppalaiseen järjestykseen. 1900-luvulle tultaessa auton keksiminen nosti kumin kysyntää, jolloin myös Alankomaiden Itä-Intiassa aloitettiin laajamittainen kumipuun viljely. Alueen luonnonvaroista eurooppalaiset kaivosyritykset hyödynsivät muun muassa Sumatran tinaa, jonka kysyntä kasvoi säilykeruoan keksimisen myötä. Tärkeä alueelta saatava luonnonvara oli myös Sumatralta ja Borneolta saatava öljy. Öljyntuotantoa hallitsi Royal Dutch Shell.
Paikallisväestö alkoi ensimmäisen maailmansodan jälkeisinä vuosina kokea Alankomaiden Itä-Intian siirtomaavallan entistä epäoikeutetummaksi. Alankomaalaisten ylläpitämien koulujen tarkoitus oli tuottaa alemman tason työläisiä valkoisen väestön avustajiksi. Ihmisten mahdollisuudet määritti kuitenkin ihonväri, eikä paikallisia huolittu ylempiin virkoihin. Kouluissa opiskeltiin maan oman historian sijasta Euroopan historiaa, ja indonesialaiset määrättiin juhlimaan päivää, jolloin Hollanti vapautui Ranskan vallasta Napoleonin kukistuttua. Siirtomaahallinto pyrki luomaan Indonesiasta yhden yksikön, vaikka maassa puhuttiin satoja kieliä ja siellä asui satoja etnisiä ryhmiä, ja määräsi alueen viralliseksi kieleksi malaijin latinalaistetuilla aakkosilla. Työläisväestön olot plantaaseilla olivat epäinhimilliset, ja heidän tekemästään ruumiillisesta työstä hyötyi vain siirtomaahallinto. Rasismin ja syrjinnän vuoksi 1920-luvulla kansallismielinen liikehdintä nosti päätään.
Hollantilaisvallan vastineeksi perustettiin vuonna 1912 islamilainen puolue Sarekat Islam ja vuonna 1920 Indonesian kommunistinen puolue. Vuonna 1927 perustettiin Sukarnon johdolla Indonesian kansallispuolue (PNI). Sukarnon johtama PNI pyrki yhdistämään kommunismin, islamin ja nationalismin. Alankomaiden siirtomaahallinto ei hyväksynyt nationalismin nousua, ja Sukarno pidätettiin. Jaavan ja Sumatran islamilaiset ja kommunismimieliset mellakat kukistettiin väkivalloin ampumalla mellakoitsijat, ja PKI:n toiminta tukahdutettiin täysin ajamalla kommunistijohtajat maanpakoon. PKI elpyi vasta toisen maailmansodan jälkeen.
Kansallismielisten liikkeiden heikkoutena oli epäyhtenäisyys, sillä islamilaiset, kommunistit ja nationalistit kävivät keskinäistä kilpailua, eivätkä Sukarnon yritykset yhteisen siirtomaahallinnon vastaisen liiton muodostamiseksi onnistuneet. Lisäksi maan keskeisimpien alueiden Jaavan ja Sumatran ulkopuolella suurin osa Indonesian kansoista oli täysin tietämätön Jaavan ja Sumatran tapahtumista.
Japani syrjäytettiin 1930-luvulla eurooppalaisten hallitsemilta Kaakkois-Aasian markkinoilta. Euroopassa taas Saksa miehitti Alankomaat vuonna 1940, jolloin Alankomaiden Itä-Intian öljynvienti keskitettiin Britanniaan ja Yhdysvaltoihin ja Japanin öljynsaanti tyrehtyi. Kun Yhdysvallat jäädytti Japanin varat ja asetti maan öljynvientikieltoon, tyytymättömyys Japanissa kasvoi entisestään. Öljy oli Japanille tärkeää Kiinan kanssa käydyn sodan takia.
Japani aloitti toiseen maailmansotaan kuuluneen Tyynenmeren sodan vuonna 1941 hyökkäämällä Pearl Harboriin ja Kaakkois-Aasiaan. Sitä seuranneella sotaretkellä Japani valtasi Alankomaiden Itä-Intian. Jaavanmeren taistelun jälkeen maaliskuussa 1942 se antautui ilman maissa käytävää vastarintaa.
Japanilaiset jatkoivat Indonesian luonnonvarojen hyödyntämistä. He himoitsivat erityisesti öljyä ja rautaa, jotka olivat tärkeitä sotakoneiston ylläpitoa varten. Japani harjoitti maassa Aasia aasialaisille -propagandaa, mikä oli paikallisväestön keskuudessa houkutteleva lähestymistapa hollantilaishallintoon verraten. Propaganda osoittautui pian valheelliseksi, sillä japanilaismiehityksen aikana indonesialaisväestö kärsi julmuuksista, väestöä orjuutettiin ja ruokaa ja muita välttämättömiä elintarvikkeita takavarikoitiin paikallisilta japanilaisille. Miehityksen aikana maassa kärsittiin nälänhädästä ja kulkutaudeista.
Japanilaiset nimittivät kuitenkin aluehallintoon paikallisväestöä ja rohkaisivat aiemmin vaiennettua Indonesian itsenäisyysliikettä. Poliitikoista Sukarno ja Muhammed Hatta suostuivat yhteistyöhön japanilaisten kanssa, sillä he katsoivat sen olevan paras keino taata Indonesian riippumattomuus siirtomaavallasta. Sukarno ja Hatta toimivat maan itsenäisyysliikkeen johtajina. Yhteistyö japanilaisten kanssa kuitenkin osaltaan tahrasi Sukarnon mainetta.
Japani alkoi jäädä alakynteen sodassa, ja syyskuussa vuonna 1944 Japani ilmoitti, että koko Indonesian saaristolle myönnettäisiin itsenäisyys, mikä oli voitto Sukarnon ja Hattan politiikalle. Japanilaiset järjestivät komitean (BPUPKI), joka järjesteli Indonesian itsenäisyyttä. Toukokuussa 1945 pidettiin BPUPKI:n ensimmäinen kokous, jossa radikaalein ehdotus oli, että uuteen Indonesian valtioon kuuluisivat Alankomaiden Itä-Intian lisäksi Portugalin hallitsema Itä-Timor sekä brittien hallitsemat Pohjois-Borneo, Brunei, Sarawak ja Malaija. Sukarno tuki ehdotusta. Japani ilmoitti elokuussa 1945, että Indonesialle myönnettäisiin itsenäisyys 24. elokuuta 1945. Japani kuitenkin antautui Hiroshiman ja Nagasakin pommitusten jälkeen 15. elokuuta. Antautumisen jälkeen Sukarno julisti Jakartassa 17. elokuuta Indonesian tasavallan itsenäiseksi, ja Sukarnosta tuli maan presidentti.
Indonesian tasavalta otti haltuunsa alueensa suurimmat kaupungit vuoden 1945 aikana ennen liittoutuneiden saapumista maahan. Kaikki saariston asukkaat eivät olleet kuitenkaan yhdistyneet yhdeksi itsenäisyysliikkeeksi, joka koostui useista paikallisista kamppailuista siirtomaahallintoa vastaan. Indonesian ongelma oli hajanaisuus, sillä ennen siirtomaa-aikaa ei ollut olemassa käsitettä Indonesia sen paremmin alueena kuin kansakuntanakaan. Ainoa yhdistävä asia oli Alankomaiden siirtomaaisännyys.
Indonesia palasi lokakuussa 1945 siirtomaahallintoon, jota ylläpitivät aluksi Britannian ja Australian sotilasjoukot, sillä Saksan hävittämällä Alankomailla ei ollut resursseja lähettää omia joukkoja Aasiaan. Alankomaalaisjoukot saapuivat Indonesiaan vasta kesällä 1946. Sodan aikana myös Alankomaissa oli kytenyt ajatus Indonesian osittaisesta itsemääräämisoikeudesta, mutta hollantilaisten edut Indonesiassa haluttiin edelleen säilyttää. Hollantilaiset pitivät kesällä 1946 kokouksen yhteistyöhaluisten indonesialaisnationalistien kanssa. Kokouksessa suunniteltiin liittovaltio, jonka osat olisivat Jaava, Sumatra, Borneo ja Itä-Indonesia. Liittovaltio vahvistettiin Linggajatin sopimuksella maaliskuussa 1947.
Indonesiassa oli kuitenkin sisäisiä ristiriitoja maan tulevaisuudesta, eivätkä Sukarno ja Hatta sitoutuneet liittovaltioon. He halusivat Indonesiasta tasavallan, jonka alue käsittäisi koko entisen Alankomaiden Itä-Intian. Hollantilaiset väittivät, että Indonesian väestön enemmistö ei hyväksynyt tasavaltamuotoa. Sukarnoa ja Hattaa myös halveksittiin, koska he olivat suostuneet sodan aikana yhteistyöhön japanilaisten kanssa.
Koska tasavaltalaismieliset eivät noudattaneet Linggajatin sopimusta, alankomaalaiset pyrkivät ylläpitämään järjestystä miehittämällä heinäkuussa 1947 suurimman osan Jaavasta ja osan Sumatrasta. Tasavaltalaiset pitivät hallussaan yhä Jaavan keskiosia, jonne Alankomaat hyökkäsi joulukuussa 1948 ja yritti näin saattaa siirtomaahallinnon purkamisen päätökseen. Alankomaat miehitti tasavallan pääkaupungin, ja Sukarno ja Hatta pidätettiin. Sukarnolla oli myös sisäisiä ongelmia, sillä hänellä oli vastassaan myös kommunistit ja islamistit, jotka aiheuttivat levottomuuksia Jaavalla. Tasavaltalaisaate näytti tulleen tiensä päähän, mutta Indonesian itsenäisyyssota muuttui vain sissisodaksi. Sen aikana tasavaltalaiset tekivät iskuja Sumatran ja Jaavan syrjäseuduilta hollantilaisalueille.
Yhdysvallat puuttui Indonesian tilanteeseen vuoden 1947 lopulla. Yhdysvalloissa pidettiin Sukarnoa kommunismin vastustajana, ja siellä pelättiin, että Alankomaiden kasvava valta voisi aiheuttaa kommunismin leviämisen ja tuen hakemisen Neuvostoliitosta. Lisäksi Yhdysvallat oli sitä mieltä, että Alankomaiden armeijaa tarvittiin enemmän Euroopan jälleenrakentamisessa ja seisomassa muiden länsimaiden rinnalla Neuvostoliiton uhkaa vastaan.
YK:n ja Yhdysvaltain painostamana Alankomaat suostui tunnustamaan Indonesian itsenäiseksi vuonna 1949. Hollantilaisten hallintaan jäi edelleen Uuden-Guinean länsiosa Irian Jaya. Siitä uhkasi kuitenkin 1950-luvun lopulla syttyä uusi sota Indonesian ja Alankomaiden välillä. Yhdysvallat asettui taas Indonesian puolelle, ja alue liitettiin Indonesiaan. Suomi tunnusti Indonesian itsenäisyyden 10. helmikuuta 1950.
Indonesian itsenäisyyden alkuajat olivat vaikeita, sillä maa oli edelleen jakautunut tasavaltaa ja liittovaltiota kannattaneiden sekä kommunistien ja islamistien välille. Sukarnon politiikka ajautui yhä enemmän autoritaariseen suuntaan, ja samalla parlamentaarinen päätöksenteko kävi mahdottomaksi. Maan hallinto keskitettiin yhä vahvemmin Jakartaan, jolloin Itä-Indonesiassa katsottiin, että alankomaalaisen imperialismin tilalle oli tullut Jaavan imperialismi. Maassa syttyi useita kapinoita jaavalaista hallintoa vastaan. Etelä-Molukkien tasavalta julistautui itsenäiseksi vuonna 1950. Acehissa syttyi kapina vuonna 1953 ja muita kapinoita Sumatralla ja Sulawesillä. Kapinat kukistettiin armeijan avulla vuoteen 1962 mennessä, ja Sukarno alkoi hallita maata yhä itsevaltaisemmin. Hän otti käyttöön ohjatun demokratian, jossa kiellettiin poliittisia puolueita.
Sukarno puuttui myös naapurimaiden sisäpolitiikkaan. Vuonna 1962 perustettiin Malesian liittovaltio, johon liittyivät Malaija, Pohjois-Borneo, Sarawak ja Singapore. Alkujaan Malaijan pääministerin Tunku Abdul Rahmanin ehdottamaan liittoon ehdotettiin myös Bruneita, joka kuitenkin jättäytyi sen ulkopuolelle. Sukarno ei hyväksynyt Borneon pohjoisten osien Sarawakin ja Pohjois-Borneon liittämistä Malesiaan, vaan hänen näkemyksensä mukaan alueet kuuluivat Indonesian vaikutuspiiriin, ja hän vaati alueita liitettäväksi Indonesiaan. Kun Bruneissa syttyi kapina joulukuussa 1962 maan hallinnon ja kapinallisten välillä, Sukarno asettui tukemaan kapinallisia. Brittijoukot kuitenkin kukistivat kapinan nopeasti.
Brunein kapina oli Konfrontasiksi sanotun Indonesian ja Malesian välisen konfliktin alkusysäys. Se alkoi tammikuussa 1963, kun Sukarno ei hyväksynyt Malesian liittovaltion perustamista vaan katsoi, että kyseessä oli Britannian uuskolonialistinen juoni, jonka tarkoitus oli hallita Malaijien saaristoa. Konfrontasi kärjistyi, kun Indonesia lähetti Malakansalmelle partioaluksia takavarikoimaan singaporelaisia ja malesialaisia kalastusaluksia ja Borneolla Malesian ja Indonesian rajalla käytiin aseellisia yhteenottoja.
Yhteenotot Malesian ja Alankomaiden kanssa sekä sisäiset ristiriidat ja alati heikkenevä taloudellinen tilanne, joka osaltaan johtui kalliiksi käyneestä sotimisesta, johti Sukarnon hallinnon murenemiseen. Varoja ohjattiin yhä enemmän ruoantuotannon sijasta sotimiseen, vaikka joillakin Indonesian alueilla oli pulaa elintarvikkeista. Heikkenevässä taloudellisessa tilanteessa Sukarno kääntyi yhä enemmän kommunistien puoleen, ja vallassa pysyäkseen hän tasapainoili kommunistien ja armeijan välillä. Kommunismin leviämisen uhka Indonesiassa ja pitkittynyt Konfrontasi vahvasti kommunisminvastaista Malesiaa vastaan ärsyttivät eritoten Yhdysvaltoja, joka lopetti Indonesian taloudellisen tukemisen, mikä vaikeutti Indonesian tilannetta entisestään. Indonesian armeijassa ei myöskään hyväksytty Sukarnon veljeilyä kommunistien kanssa.
Maan surkea taloudellinen tilanne johti vallankaappausyritykseen vuonna 1965. Tilanne kärjistyi 30. syyskuuta, kun korkea-arvoisia armeijan upseereita kidnapattiin ja murhattiin. Armeija syytti tapauksesta kommunistipuolue PKI:n kannattajia, kun taas PKI:n mukaan kyse oli armeijan sisäisestä välikohtauksesta, jota käytettiin oikeutuksena heidän vainolleen. Tapauksen jälkeen Indonesian armeijan johtaja kenraali Suharto katsoi, että orastava kommunismi oli kukistettava. Armeija kukisti PKI:n verisesti, ja satojatuhansia kommunisteja surmattiin. PKI:n toiminta kiellettiin ja armeija otti Indonesiassa vallan itselleen. Sukarno jatkoi kuitenkin presidenttinä vuoteen 1967, mutta käytännön valta siirtyi Suhartolle.
Suharto nousi virallisesti Indonesian presidentiksi vuonna 1968. Hän johti niin sanottua uuden järjestyksen politiikkaa. Käytännössä Suharton uusi järjestys "(Orde baru)" oli jatkoa Sukarnon ohjatulle demokratialle, mutta ilman kommunisteja. Yhdysvallat tuki Suhartoa ja rohkaisi tekemään investointeja Indonesiaan. Ne olivat merkittävä tekijä seuraavan kolmen vuosikymmenen taloudellisessa kasvussa mutta myös hallinnon suorittamissa kommunisminvastaisissa joukkoteurastuksissa.
Suharton aikana armeijan määräysvalta vahvistui ja Indonesiasta tuli armeijan hallitsema valtio. Armeijan upseereita nimitettiin siviilihallinnon ja oikeusjärjestelmän virkoihin sekä kansallisen öljy-yhtiön Pertaminan johtoon. Suharto itse hoiti korkeimpia virkoja. Presidentin tehtävien lisäksi hän hoiti puolustusministerin ja turvallisuusministerin tehtäviä. Puoluepolitiikka sivuutettiin Orde baru -politiikassa, eikä Indonesiassa ollut Suharton aikana demokratiaa. Ainoat sallitut puolueet olivat Indonesian demokraattinen puolue (PDI) ja Muslimien yhdistynyt kehityspuolue. Ihmisoikeusjärjestö Amnesty Internationalin mukaan Indonesiassa oli 1977 noin 100 000 poliittista vankia.
Kommunismin vastaisena maana Indonesia sai Yhdysvaltain tuen, ja maahan tuli muun muassa monikansallisten japanilaisten yhtiöiden sijoituksia, joilla oli merkittävä rooli maan talouskasvussa. Indonesia koki Suharton kauden alkuvuosikymmeninä taloudellisen nousukauden, mikä tuki Suharton suosiota 1970- ja 1980-luvuilla.
Sukarnon ja Suharton politiikkaa yhdisti myös halu luoda yhtenäinen valtio Sumatralta Uudelle-Guinealle asti. Sukarnon kukistumisen jälkeen Konfrontasi päättyi ja Indonesia luopui aluevaatimuksistaan Malesialta. Indonesia laajeni Suharton aikakaudella, kun Uuden-Guinean saaren länsiosassa sijainnut Irian Jaya siirrettiin vuonna 1964 Alankomailta Indonesialle. Alueella syntyi Vapaa Papua -liike (OPM), joka olisi halunnut liittää Irian Jayan Papua-Uuteen-Guineaan, mutta kansanäänestyksellä ja osin paikallisia päälliköitä painostamalla alue liitettiin Indonesiaan vuonna 1969. OPM:n toiminta taas tukahdutettiin sotilaallisesti.
Timorin saari oli vuoteen 1975 asti jaettu Indonesian hallitsemaan länsiosaan ja Portugalin itäosaan. Itä-Timor oli köyhää siirtomaa-aluetta, mutta sen itsenäisyysliike edistyi vuonna 1974, kun maassa tapahtui vallankaappaus. Vuonna 1975 maassa syttyi sisällissota, mutta Portugali ei katsonut tarpeelliseksi puuttua Itä-Timorin tapahtumiin vaan antoi alueen itsenäistyä vuonna 1975. Indonesia yritti alun perin liittää Itä-Timorin itseensä rauhanomaisin keinoin. Vasemmistolainen vallankumouksellinen liike pääsi kuitenkin sisällissodassa voitolle, jolloin Indonesian armeija aloitti maahantunkeutumisen joulukuussa 1975. Suharton hallinto ei voinut hyväksyä sitä että, Indonesian kaakkoisosaan saattaisi syntyä pieni kommunistinen valtio. Indonesian hyökkäyksessä Itä-Timoriin ja sitä seuranneessa miehityksessä sai seuraavan kahden vuosikymmenen aikana surmansa kymmeniätuhansia ihmisiä. Arvioiden mukaan Itä-Timorin 650 000 asukkaasta 100 000 – 250 000 kuoli miehityksen aikana vallinneessa nälänhädässä.
Itä-Timor liitettiin Indonesiaan vuonna 1976, mutta sissivastarinta Indonesian miehitystä vastaan jatkui. Monet YK:n maat tuomitsivat Indonesian toimet Itä-Timorissa, mutta kylmän sodan hengessä Yhdysvallat ei puuttunut Indonesian suorittamiin julmuuksiin eikä näin vaarantanut kommunisminvastaisen Suharton kanssa luotuja suhteita. Indonesian eteläinen naapurimaa Australia ei puolestaan halunnut vaarantaa suhteita Indonesiaan Timorinmeren öljyvarojen hyödyntämisen takia.
Indonesian vahvan talouskasvun ansiosta maahan syntyi keskiluokka, jonka tyytymättömyys Suharton politiikkaan kasvoi kasvoi. Hallinto oli hyvin korruptoitunutta, demokratiaa ei ollut ja Suhartoa syytettiin nepotismista ja lähipiirin monopoleista. Tyytymättömyys kasvoi erityisesti PDI:ssä, jota johti vuodesta 1993 alkaen Sukarnon tytär Megawati Sukarnoputri.
Aasian talouskriisi iski vuosina 1997–1998 pahiten juuri Indonesiaan, mikä lisäsi tyytymättömyyttä Suharton hallintoa kohtaan. Indonesiassa syntyi mielenosoituksia inflaation, työttömyyden ja ruokapulan vuoksi, jotka olivat seurausta maan valuutan, Indonesian rupian arvon romahtamisesta. Mielenosoitukset äityivät väkivaltaisiksi, ja niissä sai surmansa useita ihmisiä. Kriisin aikana useilla maan alueilla esiintyi myös itsenäisyyspyrkimyksiä, jotka tukahdutettiin sortotoimin.
Armeija taivutteli kriisin aikana Suharton eroamaan tehtävästään Jusuf Habibien hyväksi. Suharto erosi tehtävästään toukokuussa 1998. Habibie oli edeltäjäänsä liberaalimpi ja salli suuremman sananvapauden. Habibie lupasi myös järjestää maan neuvoa antavassa kongressissa (MPR) vaalit, joissa valittaisiin presidentti. Habibie ei kuitenkaan ollut Suharto-yhteyksiensä ja jatkuvien korruptioskandaalien myötä suosittu, ja vuonna 1999 MPR:ssä Indonesian presidentiksi valittiin Abdurrahman Wahid.
Wahidin valinta hyväksyttiin laajalti, mutta sitä seurasi myös mielenosoituksia, sillä PDI:n johtaja Megawati Sukarnoputri nautti laajaa suosiota etenkin Jaavan ja Balin keskiluokassa. Wahidin presidenttikauden alussa maan syrjäisemmissä osissa syntyi etnisiä yhteenottoja. Vuodesta 1969 Indonesiassa oli noudatettu Jaavan ja Maduran liikakansoittumisen takia asutusohjelmaa, jossa väestöä siirrettiin syrjäisempiin osiin Kalimantaniin, Sulawesille, Etelä-Sumatralle Timoriin ja Irian Jayaan. "Transmigrasi"-muuttoliike aiheutti suuria sosiaalisia ongelmia, sillä siirtolaisille ei ollut riittävästi työpaikkoja, eivätkä alueiden alkuperäisasukkaat hyväksyneet uudisasukkaita. Väkivaltaisia yhteenottoja oli muun muassa Kalimantanin dajakkien ja Maduralta tulleiden muslimien välillä sekä Ambonilla muslimien ja kristittyjen välillä.
Wahid ei kyennyt hoitamaan maassa tapana ollutta korruptiota, vaan sotkeutui siihen myös itse. Kansalliskokous päätti erottaa Wahidin vuonna 2001 tämän epäpätevyyden ja korruptoituneisuuden vuoksi. Tilalle nimettiin varapresidenttinä toiminut Megawati Sukarnoputri. Wahid kieltäytyi eroamasta, turvautui edeltäjiensä Sukarnon ja Suharton tavoin itsevaltiaan otteisiin ja tukeutui armeijan apuun julistamalla maahan poikkeustilan. Armeija asettui kuitenkin tukemaan Megawatia, josta tuli presidentti elokuussa 2001.
Megawati joutui edeltäjänsä tavoin ratkomaan maan sisäisiä kiistoja eri kansallisuuksien välillä. Hän teki selväksi, ettei koskaan tulisi hyväksymään isänsä Sukarnon perustaman Indonesian tasavallan hajoamista. Hallinto tarjosi suurempaa autonomiaa separatistisille Acehille ja Papualle. Myös Molukeilla ja Riaulla vaadittiin itsenäisyyttä.
Itä-Timorissa oli äänestetty maan itsenäistymisen puolesta vuonna 1999 presidentti Habibien aikana. Itä-Timorin tapahtumia pelättiin maan armeijassa, sillä sen irtautuminen saattaisi rohkaista itsenäisyysliikkeitä myös muualla. Indonesia myönsi kuitenkin vuonna 2002 Itä-Timorille itsenäisyyden yli 25 vuotta kestäneen miehityksen jälkeen, kun YK:n väliaikainen hallitus luovutti hallinnon itätimorilaisille. Miehityksen aikaiset sortotoimet ja ihmisoikeusloukkaukset oli tuomittu kansainvälisesti.
Suharton kauden jälkeen demokratia on vahvistunut, ja Indonesiassa järjestettiin vuonna 2004 ensimmäinen suora presidentinvaali. Megawatin kansansuosio ei ollut riittävä demokraattisten vaalien voittamiseen, vaan presidentiksi nousi entinen armeijan kenraali Susilo Bambang Yudhoyono. Hänen kautensa alussa Indonesian poliittiset olot alkoivat vakiintua. Acehin konfliktissa päästiin vuonna 2005 sopuun, kun Acehin itsenäisyys­liike ja Indonesian hallitus sopivat Helsingissä tehdyllä sopimuksella vihamielisyyksien lopettamisesta. Martti Ahtisaaren johtamien neuvottelujen tuloksena Acehille myönnettiin laaja autonomia.
Yudhoyonon presidenttikauden aikana Indonesian talous otti edistysaskelia, mutta varat jakautuvat edelleen epätasaisesti maan eri alueiden kesken. Globaali finanssikriisi aiheutti myös taloudellisia ongelmia. Korruptio on edelleen suuri ongelma maan hallinnossa ja etnisiä ja uskonnollisia konflikteja esiintyy edelleen.
Vuonna 2014 Susilo Bambang Yudhoyono väistyi presidentin virasta ja hänen tilalleen astui Joko Widodo. Widodon vastaehdokas Prabowo Subianto väitti vaaleja vilpilliseksi, mutta istuvan presidentti Yudhoyono kehotti Subiantoa tunnustamaan Widodon vaalivoitto, jotta levottomuuksilta vältyttäisiin. Presidentiksi noussutta Widodoa kerrotaan lehdistössä pidettävän maassa maineeltaan puhtaana ja uudistusmielisenä.