Turku 1800-luvulla
Turussa ei ryhdytty minkäänlaiseen vastarintaan venäläisten marssiessa kaupunkiin lokakuussa 1809 Suomen sodan yhteydessä. Elämä Turussa jatkui miehityksestä huolimatta rauhallisena. Turun hovioikeus jatkoi venäläisten saapuessa istuntoaan ja myöhemmin keväällä Turun piispa Jacob Tengström ja Turun akatemian opettajakunta vannoivat uskollisuudenvalan keisarille.
Ruotsin hävittyä sodan Venäjän kanssa ja luovutettua Suomen alueen Haminan rauhassa, Turusta tuli 1809 Suomen suuriruhtinaskunnan keskushallinnon sijoituspaikka eli autonomisen Suomen pääkaupunki. Turussa oli historiallisen asemansa vuoksi entuudestaan tärkeitä virastoja. Turun tuomiokapituli ja piispa olivat maan johtava kirkollinen auktoriteetti. Turussa sijaitsi yliopisto, ja kaupunki oli Suomen kaupan ja merenkulun keskus.
Pääkaupunki siirrettiin kuitenkin Helsinkiin vuonna 1812, koska keisari Aleksanteri I:n mielestä Turku oli ruotsalaismielinen ja liian lähellä entistä emämaata. Myöhemmin Carl Erik Mannerheim, jota pidetään Suomen ensimmäisenä pääministerinä, kommentoi muistelmissaan, että pääkaupungin siirtäminen Turusta Helsinkiin oli hänen mielestään virhe, johon olivat vaikuttaneet suomalaiset "onnenonkijat ja projektimaakarit". Kaupunki säilytti kirkollisen keskuksen asemansa, ja vuonna 1817 Turun hiippakunta muutettiin arkkihiippakunnaksi.
Suomen pääkaupunkina Turku ehti virallisesti olla vain kolme vuotta, mutta suurimpana kaupunkina Turku pysyi vielä parikymmentä vuotta tämän jälkeen. Uuden pääkaupungin suunnittelijaksi valittiin arkkitehti C. L. Engel ja viimeisetkin Turkuun jääneet virastot siirrettiin Helsinkiin Turun palon (1827) jälkeen. Turun akatemia, joka oli vielä tuolloin maan ainoa yliopisto, siirrettiin Helsinkiin 1828. Se nimettiin samalla uudelleen "Suomen Keisarilliseksi Aleksanterin Yliopistoksi" ja myöhemmin Suomen itsenäistyttyä siitä tuli Helsingin yliopisto.
Pohjoismaiden historian tuhoisimman kaupunkipalon jälkeen uuden asemakaavan Turkuun laati Carl Ludvig Engel. Uusi asemakaava oli aikaisempaa väljempi ja paloturvallisempi. Jälleenrakennuksen jälkeen kaupunki oli arkkitehtuuriltaan Euroopan yhtenäisimpiä kokonaisuuksia. 1800-lukua leimasi kaupungin uuden nousun lisäksi kansallinen herätys, fennomania. Perusta liikkeelle oli niin sanotussa Turun romantiikassa.
1800-luvun puolivälissä Turku oli Helsingin rinnalla Suomen merkittävin käsityöläiskaupunki. 1870-luvulle mennessä oli kaupunkiin alkanut jo muodostua suuria käsityötehtaita, manufaktuureja. Vuonna 1880 Turusta tuli Suomen ensimmäinen raitiotiekaupunki, kun sinne rakennettiin hevosraitiotie. Raitiotie lakkautettiin jo vuonna 1892 kannattamattomana. Raitiovaunut kuitenkin palasivat kaupunkiin vuonna 1908, jolloin Turkuun perustettiin sähköraitiotieverkosto. Raitiotiet säilyivät Turussa aina 1970-luvulle asti. Turun lisäksi Suomessa on kautta aikain ollut kaksi muuta raitiotiekaupunkia, Helsinki ja Viipuri.
Teollinen vallankumous höyry- ja sähkökoneineen koettiin Turussa vasta vuoden 1900 tienoilla. Ensimmäinen maailmansota tarjosi kaupungin teollisuudelle piristysruiskeen, sillä vientivaikeudet koskivat kovimmin metsäteollisuutta, jota Turussa ei liiemmin ollut ja Turkuun oli helppo saada kipeästi kaivattuja raaka-aineita puolueettomasta Ruotsista.