Hondurasin historia
Hondurasin historia alkoi noin 10 000 vuotta sitten, kun ensimmäiset asukkaat tulivat alueelle. Mayat saapuivat Hondurasiin 400-luvulla ja loivat alueen ensimmäisen korkeakulttuurin. Copánin kaupunki oli merkittävä mayakeskus, joka kuitenkin hylättiin mayojen huippukauden aikana. Vuonna 1502 Kristoffer Kolumbus saapui Hondurasin rannikolle ja antoi sille sen nykyisen nimen. Espanjalaiset asuttivat Hondurasin vähitellen. Alueelta löydettiin kultaa ja hopeaa 1530-luvulla, minkä jälkeen espanjalaiset vakiinnuttivat asemansa Hondurasissa. Vuosisadan lopulla kaivosteollisuus taantui ja alue ajautui rappiolle.
Englantilaiset merirosvot ja siirtolaiset aiheuttivat epävakautta 1600- ja 1700-luvuilla. Lontoon sopimus 1786 myönsi rannikkoalueet espanjalaisille, mutta pian tämän jälkeen Hondurasissa alkoivat levitä itsenäistymisajatukset. Keski-Amerikan tasavallat itsenäistyivät Espanjasta vuonna 1821 ja liittyivät pian tämän jälkeen Meksikon keisarikuntaan, josta erosivat 1823, ja perustivat Keski-Amerikan liittotasavallan. Liittotasavalta kaatui sisäisiin erimielisyyksiin, ja Honduras itsenäistyi 13. marraskuuta 1838.
Hondurasin itsenäisyyden aikaa ovat luonnehtineet useat vallankaappaukset. Vallasta ovat taistelleet kaksi poliittista liittoumaa, konservatiivit ja liberaalit. Lisäksi Hondurasin rajanaapurit Guatemala, El Salvador ja Nicaragua ovat useasti puuttuneet Hondurasin sisäisiin asioihin. Hondurasista tuli 1900-luvun alussa niin sanottu banaanitasavalta, kun yhdysvaltalaiset banaaniyhtiöt United Fruit Companyn johdolla tulivat maahan. Ne vaikuttivat runsaasti Hondurasin politiikkaan ja talouteen 1950-luvulle asti. Pian tämän jälkeen Hondurasin asevoimat kaappasivat ensimmäisen kerran oma-aloitteisesti vallan ja asettivat maan johtoon Oswaldo López Arellanon johtaman sotilasjuntan.
Juntan aikakaudella 1969 Honduras kävi El Salvadoria vastaan lyhyen jalkapallosodan, joka vaurioitti maiden taloutta. Honduras palasi siviilihallintoon vuonna 1981, kun Roberto Suazo Córdova valittiin uudeksi presidentiksi. Samaan aikaan maassa oli yhdysvaltalaisia sotilasyksiköitä, jotka kouluttivat elsalvadorilaisia sotilaita ja niin sanottuja contria vastustamaan vasemmiston leviämistä. Vuosikymmenen lopulla Iran-Contra-skandaalin jälkeen contrat ajettiin maasta. Hondurasissa alkoi 1990-luvulla Carlos Roberto Reinan aikakaudella yhteiskunnan demilitarisointi, ja asevoimatkin siirrettiin siviilijohtoon. Maan muutenkin heikko talous koki kovan takaiskun vuonna 1998, kun hurrikaani Mitch iski maahan. Manuel Zelaya alkoi viedä Hondurasia vasemmalle, ja hänet syrjäytettiin 2009. Honduras suljettiin vähäksi aikaa kansainvälisestä yhteistyöstä, mutta pääsi taas mukaan Porfirio Lobo Sosan voitettua vaalit, joita kuitenkin osa valtioista piti laittomina.
Honduras sijaitsee Väli-Amerikassa, joten monet varhaiset Pohjois- ja Etelä-Amerikan välillä kulkeneet heimot ovat todennäköisesti kulkeneet sen alueen kautta, ja osa on todennäköisesti myös asuttanut Hondurasia. Varhaisimmat asukkaat saapuivat yli 10 000 vuotta sitten. He asuivat luultavasti luolissa tai yksinkertaisissa asumuksissa ja olivat metsästäjiä. Tuhansia vuosia myöhemmin maanviljelystaito saapui alueelle, ja ensimmäinen viljakasvi oli todennäköisesti maissi. Vanhimmat tunnetut todisteet Hondurasin asukkaista ovat 6 000–8 000 vuotta vanhat kivityökalut, jotka löytyivät La Esperanzan läheltä 1962. Ensimmäiset asukkaat olivat todennäköisesti Pohjois-Amerikan paleointiaaneja.
Mayat saapuivat Hondurasin alueelle 400-luvulla. Jukatanin niemimaalta ja Guatemalasta tulleet mayat asuttivat erityisesti Motaguajoen laaksoa Hondurasin länsiosissa. Mayat rakensivat laajan tieverkoston, joka ulottui Meksikon keskiosiin saakka. Hondurasilaisesta Copánin kaupungista tuli mayojen tähtitieteellisten tutkimusten, matematiikan ja taiteen keskus.
Copán oli suurimmillaan mayojen kultakauden loppuvaiheessa, jolloin siellä asui kaikkiaan noin 30 000 ihmistä. Kaupungin tuottamia maanviljelystuotteita ja vaatteita levisi kauppareittejä pitkin itäiseen Hondurasiin ja Meksikon keskiosiin saakka. Copán rappioitui kuitenkin vuoden 822 jälkeen ja jäi raunioiksi. Mayakulttuurin romahduksen syitä ei tiedetä, mutta arvellaan, että Copánin romahdukseen saattoivat vaikuttaa maatalouskatastrofit, hallitsematon väestönkasvu, ulkopuoliset valloittajat tai sisäiset ristiriidat. Vaikka mayojen papit ja hallitsijat jättivät kaupungin, sinne jäi kuitenkin paljon alempien luokkien väestöä. Kaupungin asukasluku oli vuonna 900 enää alle 5 000. Hondurasin alue ajautui monien kilpailevien heimojen haltuun. Sinne ei syntynyt hallitsevaa voimaa, vaan heimot taistelivat keskenään vallasta. Espanjalaiset onnistuivatkin valtaamaan alueen liittoutumalla toisten heimojen kanssa ja alistamalla toiset.
Mosquitian sademetsän keskellä sijaitsee tuntemattomalle kansalle kuuluneen suurkaupungin rauniot, joiden arvioidaan olevan peräisin ajanjaksolta 1 000–1 400 jaa. Vuonna 2015 julkistetun löydön yhteydessä on hylätty ajatus legendaarisesta Ciudad Blancasta, sillä kyse on useista kaupungeista ja kokonaisesta kulttuurista.
Kristoffer Kolumbus saapui Hondurasiin vuonna 1502 ja antoi maalle nimen sen syvien rannikkovesien mukaan (, 'syvyys'). Kolumbus nousi maihin lähellä nykyistä Trujilloa 14. elokuuta. Sitä ennen hän oli kohdannut ensimmäisen kerran Amerikan mannermaan asukkaita, kun hän oli havainnut Islas de la Bahían alueella kanootillisen intiaanikauppiaita, jotka olivat todennäköisesti mayojen jälkeläisiä. Kolumbus ei tutkinut Hondurasin rannikkoa kovinkaan tarkasti, mutta nimesi muutamia paikkoja: maan lisäksi myös Guanajan saaren ja Gracias a Diosin niemen.
Espanjalaiset jättivät Hondurasin alueen rauhaan parin vuosikymmenen ajan. Heidän tutkimusmatkansa suuntautuivat pääasiassa Meksikoon, Panamaan ja Karibialle, mutta Hernán Cortésin tutkimusmatka asteekkien sydänmaille lisäsi jälleen kiinnostusta myös Keski-Amerikkaa kohtaan. Monet keskenään kilpailevat retkikunnat kiinnostuivat myös Hondurasin alueesta. Gil González Dávila löysi Fonsecanlahden 1523 ja nimesi sen piispa Juan Rodríguez de Fonsecan mukaan. Meksikosta saapui Cortésin organisoimia retkikuntia. Cristóbal de Olidin johtama retkikunta perusti ensimmäisen espanjalaisen asutuskeskuksen Hondurasiin 3. toukokuuta 1524. Sen nimeksi tuli Triunfo de la Cruz. Olid julisti siirtokunnan itsenäiseksi, mutta alue palautui Espanjalle, kun Olid tapettiin. Cortés matkusti itse Hondurasiin 1525 ja siirsi päämajan Trujilloon. Hän onnistui rauhoittamaan siirtokunnan hetkeksi, mutta hänen palattuaan huhtikuussa 1526 Meksikoon espanjalaiset jatkoivat keskinäistä nahinointiaan.
Hondurasin ensimmäinen kuvernööri Diego López de Salcedo saapui maahan lokakuussa 1526 ja rauhoitti tilanteen. Silti alkuperäisasukkaat, jotka olivat tehneet rauhan Cortésin kanssa, nousivat usein kapinaan Lopez de Salcedon aikana. Hän pyrki laajentamaan määräysvaltaansa Nicaraguaan, minkä takia nicaragualaiset vangitsivat hänet. Pian tämän jälkeen Hondurasin ja Nicaraguan rajoista sovittiin ja López de Salcedo vapautettiin.
Honduras oli 1530-luvun alussa sekasortoisessa tilassa, sillä espanjalaiset taistelivat keskenään ja alkuperäisasukkaat kapinoivat. Lisäksi alkuperäisasukkaiden määrä väheni radikaalisti, sillä heitä menehtyi paljon sairauksiin ja heitä vietiin orjiksi Karibian saarille. Espanja jakoi siirtokuntansa kahteen piirikuntaan rauhoittaakseen oloja. Higueras käsitti alueen länsiosan ja Honduras muut alueet. Väkiluku jatkoi silti vähenemistään, ja käytännössä vain Pedro de Alvaradon väliintulo pelasti Higuerasin. Hän oli kiinnostunut alueen mahdollisista kultaesiintymistä ja onnistui muutamien guatemalalaisten apureidensa kanssa luomaan tuottoisan kaivosteollisuuden, jonka keskukseksi kehittyi Graciasin kaupunki.
Kullan ja hopean löytyminen houkutteli maahan uusia siirtolaisia, jotka pakottivat paikallisia asukkaita työskentelemään kaivoksissa. Se johti 1537 laajaan kapinaan, jota johti nuori lencajohtaja Lempira. Hänen innoittaminaan monet muutkin ryhmät alkoivat kapinoida. Espanjalaiset murhasivat Lempiran 1538 rauhanneuvotteluiden aikana ja pystyivät kukistamaan kapinan pian sen jälkeen. Lempiran kapinaa seurasi kuitenkin useita pienempiä levottomuuksia, jotka espanjalaiset kukistivat raa'asti, minkä seurauksena alkuperäisasukkaiden määrä väheni nopeasti. Heitä oli vuonna 1539 arviolta 15 000 ja kaksi vuotta myöhemmin enää vain 8 000. Suurin osa alkuperäisasukkaista jaettiin niin kutsutun "encomiendan" mukaan. Järjestelmässä alkuperäisasukkaat sijoitettiin kyliin, joita yksittäiset uudisasukkaat, "encomenderot" hallitsivat. "Encomenderoiden" tehtävänä oli jakaa kyläläisille kristillistä opetusta ja kerätä veroja kruunulle. Vastapainoksi he saivat käyttää alkuperäisasukkaita rajoitetuissa työtehtävissä. Työvoimapulan takia Hondurasiin alettiin tuoda afrikkalaisia orjia 1540-luvulla.
Espanjalaisasutus levisi Hondurasissa 1540-luvulla, kun espanjalaisten keskinäiset kiistat loppuivat ja Hondurasiin nimettiin ensimmäinen piispa. Honduras vaurastui ja sen merkitys Keski-Amerikassa kasvoi, minkä ansiosta Graciasiin perustettiin 1544 hallintokeskus eli "audiencia". Honduras ei kuitenkaan pystynyt kilpailemaan poliittisesti suurempien keskusten kanssa. Graciasin "audiencia" siirrettiin 1549 Guatemalan Antiguaan, ja Hondurasista tuli Guatemalan maakunta.
Kaivosteollisuus oli Hondurasin pääelinkeino, minkä lisäksi harjoitettiin jonkin verran karjankasvatusta. Samaan aikaan espanjalaiset levittivät omaa kulttuuriaan ja pakottivat kaikkia käyttämään espanjaa. Uudet tavat alkoivat sekoittua perinteisiin tapoihin. Kaivosteollisuus alkoi rapistua 1560-luvulla ja Hondurasin taloudellinen merkitys väheni nopeasti. Talous elpyi välillä, kun sisämaasta löytyi uusia hopeaesiintymiä 1569, ja löytö johti myös Tegucigalpan perustamiseen. Hopeatuotanto oli huipussaan 1584, mutta sen jälkeen talous taantui jälleen. Uusia kaivauksia vaikeuttivat usein kuitenkin raha- ja työvoimapula, vaikea maasto, malmisuonten pienuus ja byrokraattiset ongelmat. Hondurasista oli tullut 1600-luvulle tultaessa köyhä, takapajuinen ja huonosti hoidettu alue.
Ongelmia Hondurasissa aiheuttivat myös englantilaiset merirosvot, jotka alkoivat 1500-luvun lopulla hyökkäillä maan rannikkoseudulle. Hondurasin merkittävimpiin kuulunut satamakaupunki Trujillo tuhoutui hyökkäyksessä 1643 ja oli sen jälkeen hylättynä lähes vuosisadan ajan. Englantilaiset uhkasivat lisäksi espanjalaisten herruutta perustamalla siirtokuntia rannikkoseudulle ja Islas de la Bahía -saaristoon. He saivat apua intiaanien ja afrikkalaisten jälkeläisiltä, zamboilta ja miskitoilta. Samaan aikaan Hondurasin hallitseminen oli vaikeutunut, sillä hyvien satamien puutteen takia alue oli eristyksissä. Lisäksi vain Comayaguassa ja Tegucigalpassa asui yli 100 espanjalaista uudisasukasta. Espanjalaiset yrittivät siirtää intiaaneja työvoimaksi Tegucigalpaan, mutta laittomat muutot ja korruptio heikensivät kaivosteollisuuden tuottoa.
Espanjan kruunu siirtyi 1700 Habsburgeilta Bourboneille, joiden tavoitteena oli lisätä Amerikan siirtokuntiensa tuottoa. Bourbonit pyrkivät vähentämään korruptiota ja edistämään kehitystä myös Hondurasissa. Espanja pyrki myös saamaan uudestaan hallintaansa Karibian rannikon. Omoaan, lähelle Guatemalan rajaa perustettiin merkittävä linnoitus vuonna 1752 ja Trujillo vallattiin takaisin 1780. Trujillosta tuli englantilaisia vastaan suunnattujen retkikuntien keskuspaikka. Espanjalaiset saivatkin 1780-luvun aikana haltuunsa Islas de la Bahían ja valtaosan rannikosta. Lontoon sopimuksessa 1786 englantilaiset tunnustivat Karibianmeren rannikon kuuluvan espanjalaisille.
Kun espanjalaisten ja englantilaisten erimielisyydet oli sovittu, Hondurasissakin alkoi vaikuttaa paikallinen poliittinen voima, kreolit, joiksi kutsuttiin espanjalaisille vanhemmille siirtokunnissa syntyneitä lapsia. He halusivat vapauttaa kaupan ja lopettaa Espanjan monopoliaseman ja valta-aseman kirkollisissa, oikeudellisissa ja poliittisissa asioissa. Napoleon I asetti 1808 Espanjan johtoon Bonaparten, mikä aiheutti kansannousuja sekä Espanjassa että Latinalaisessa Amerikassa. Samaan aikaan Hondurasissa Comayaguan ja Tegucigalpan väliset ristiriidat syvenivät, eikä uusi espanjalainen hallinto saanut 1810-luvulla niitä rauhoittumaan. Tilanne oli jo ajautunut konfliktin partaalle, kun Keski-Amerikan maat julistautuivat itsenäisiksi 15. syyskuuta 1821.
Honduras, Guatemala, El Salvador, Costa Rica ja Nicaragua liittyivät pian itsenäistymisensä jälkeen Meksikon keisarikuntaan. Tämä vaihe jäi kuitenkin lyhyeksi, sillä jo vuonna 1823 samat valtiot irtautuivat Meksikosta ja muodostivat Keski-Amerikan liittotasavallan. Liittotasavalta koostui viidestä itsenäisestä valtiosta, joilla jokaisella oli oma hallinto. Liitovaltion pääkaupunki oli Ciudad de Guatemala. Keski-Amerikan konservatiivit, jotka kannattivat liittoa Meksikon kanssa, ja liberaalit, jotka kannattivat itsenäisyyttä, ajautuivat riitoihin ja vaikuttivat Hondurasinkin tulevaisuuteen. Vaikka Honduras oli liittovaltion köyhin osa, sieltä tuli joitain sen merkittävimmistä johtajista, kuten 1830 presidentiksi valittu kenraali Francisco Morazán.
Morazán johti liittotasavaltaa vuoteen 1838, kunnes konservatiivien ja liberaalien väliset ristiriidat lopulta kaatoivat sen. Guatemalasta alkoi 1837 papiston tukema konservatiivien kansannousu, ja toukokuussa 1838 kongressi siirsi Morazánin pois vallasta ja julisti, että valtiot ovat vapaita itsenäistymään. Honduras julistautui itsenäiseksi 13. marraskuuta 1838, ja pari kuukautta myöhemmin maalle luotiin ensimmäinen perustuslaki.
Hondurasin itsenäisyyden ensimmäiset vuosikymmenet olivat vaikeita. Se oli ainoa Keski-Amerikan maa, jolla on kolme rajanaapuria, joten sillä oli myös useampia kilpailijoita alueellisen vallan hallinnasta. Hondurasin naapurimaat ovatkin puuttuneet useasti maan sisäisiin oloihin. Hondurasissa toimivan valtion luominen oli itsenäistymisen jälkeen hankalaa, sillä maa oli kuulunut liittotasavaltaan eikä sinne ollut syntynyt kunnollista hallintokulttuuria. Lisäksi Hondurasille jäi huomattavasti ulkomaanvelkaa, jonka maksamiseen noin 300 000 ihmisen väestöllä oli huonot edellytykset. Britit valtasivatkin Islas de la Bahían saataviensa pantiksi.
Itsenäisyyden ensimmäiset 15 kuukautta presidentin virkaa hoiti väliaikaisesti Francisco Zelaya y Ayes. Hondurasin ensimmäiseksi presidentiksi valittiin konservatiivinen kenraali Francisco Ferrera, joka oli vallassa 1841–1842. Seuraavat viisi vuotta Ferrera oli vuoroin presidenttinä, vuoroin taas antoi viransijaisen hoitaa virkaa, vaikka itse pitikin taustalla valtaa hallussaan. Ferrera luovutti vallan 1847 Juan Lindolle, jonka aikana hyväksyttiin uusi perustuslaki ja pyrittiin uudistamaan maata. Britannia alkoi myös vaatia Hondurasin velkoja maksettaviksi ja kaappasi 1849 hetkellisesti Trujillon kaupungin. Seuraavana vuonna Lindon varapresidentti yritti kaapata vallan, mutta yritys epäonnistui El Salvadorin ja Nicaraguan väliintulon ansiosta. Lindo luovutti vallan liberaalille José Trinidad Cabañasille 1852. Guatemala syrjäytti Cabañasin 1855 ja asetti presidentiksi konservatiivisen José Santos Guardiolan.
Konservatiivien ja liberaalien väliset kiistat rauhoittuivat hetkeksi, kun Keski-Amerikkaan saapui yhdysvaltalainen palkkasoturi William Walker, josta tuli Nicaraguan presidentti 1856. Muut Keski-Amerikan valtiot ajoivat Walkerin pois 1857, mutta osa Islas de la Bahían brittisiirtolaisista kääntyi Walkerin puoleen, kun brittiläiset olivat myöntäneet saarien hallinnon Hondurasille. Walker oletti, että Hondurasin liberaalit, jotka yrittivät syrjäyttää Guardiolan, ottaisivat hänet hyvin vastaan. Hän ei kuitenkaan saanut tukea, ja niin britit pidättivät hänet 1860 ja luovuttivat Hondurasin viranomaisille, jotka teloittivat Walkerin.
Guardiola joutui kunniakaartinsa murhaamaksi 1862, ja seuraavan vuosikymmenen aikana presidentti vaihtui lähes 20 kertaa. José María Medina oli tuona aikana diktaattorina useita kertoja, kunnes guatemalalaiset syrjäyttivät hänet lopullisesti 1876. Liberaali Marco Aurelio Soto oli vallassa Guatemalan Justo Rufino Barriosin tuella 1876–1883. Hänen aikanaan maassa oli suhteellisen rauhallista, ja hän onnistui myös uudistamaan maan taloutta, koulutusta ja hallintoa. Soto ajautui kuitenkin Barriosin epäsuosioon ja joutui eroamaan 1883. Hänen seuraajansa Luis Bográn oli vallassa vuoteen 1891. Tuona aikana yhdysvaltalaiset yritykset saapuivat Hondurasiin, ja Rosario Mining Company elvytti kuihtuneen kaivosteollisuuden. Yrityksellä oli lähes vapaa pääsy Tegucigalpan itäpuolella oleviin malmivaroihin. Rosarion perässä Hondurasiin tuli muitakin yrityksiä, mutta pääosa kansalaisista sai silti elantonsa maanviljelystä.
Kenraali Ponciano Leiva nousi vilpillisten vaalien jälkeen presidentiksi 1891. Hän oli ollut jo 1870-luvulla vallassa lyhytaikaisesti kolme kertaa. Vaikka Leiva olikin liberaali, hän pyrki johtamaan itsevaltiaasti ja hajotti Hondurasin liberaalipuolueen. Nicaraguan José Santos Zelayan tukemana liberaalit joukot kuitenkin onnistuivat syrjäyttämään Leivan, ja Policarpo Bonillasta tuli presidentti 1894. Hän uudisti maan politiikkaa, ja vuonna 1895 hyväksyttiin uusi perustuslaki. Hondurasin, El Salvadorin ja Nicaraguan liberaalijohtajat pyrkivät 1890-luvulla uudistamaan Keski-Amerikan valtioliittoa, ja maat muodostivatkin 1895–1898 Keski-Amerikan suurtasavallan.
Valta siirtyi rauhanomaisesti ensimmäisen kerran pitkään aikaan vuonna 1899, kun Terencio Sierrasta tuli presidentti. Samana vuonna vastaperustettu Standard Fruit Company kuljetti ensimmäisen banaanilastinsa Hondurasista New Orleansiin. Banaanimarkkinat alkoivat pian kasvaa. Hondurasin viennistä 42 prosenttia koostui banaaneista 1902, ja vuonna 1929 osuus oli jo 80 prosenttia. Samalla banaaniyritysten poliittinen vaikutusvalta Hondurasissa kasvoi huomattavasti.
Sierran jälkeen presidentiksi nousi 1903 Manuel Bonilla, joka suhtautui banaaniyrityksiin edeltäjäänsäkin suopeammin. Hän antoi niille verohelpotuksia ja luvan rakentaa satamalaitureita ja teitä. Manuel Bonilla vangitsi ex-presidentti Policarpo Bonillan ja vaikeutti liberaalien toimintaa. Liberaalit olivat Hondurasin ainoa järjestäytynyt poliittinen liike. Manuel Bonilla pyrki muodostamaan konservatiiveista kansallispuolueen, ja nykyisen Hondurasin kansallispuolueen juuret ovatkin Bonillan valtakaudella. Hän onnistui saamaan aikaan rajasopimuksen Nicaraguan kanssa. Maat valitsivat sovittelijaksi Espanjan kuninkaan Alfonso XIII:n, joka ehdotti 1906 valtioiden rajaksi Moskiittorannikon Cocojokea. Maat hyväksyivät ehdotuksen, mutta rajasta tuli vielä myöhemmin epäselvyyksiä, ja lopullinen rajasopimus muotoutui vasta 1960.
Guatemala ja El Salvador tekivät ystävyyssopimuksen 1906, mitä pidettiin Nicaraguassa vihamielisenä toimenpiteenä. Nicaraguan presidentti Zelaya alkoi tukea Hondurasin liberaaleja, jotka tunkeutuvat maahan helmikuussa 1907 Hondurasin–Nicaraguan sodassa. Maaliskuussa elsalvadorilaisten tukema Bonillan armeija kaatui. Yhdysvallat oli kuitenkin vuoden 1898 Espanjan ja Yhdysvaltain sodan ja Panaman kanavan rakentamisen aloittamisen jälkeen alkanut kiinnittää lisää huomiota Keski-Amerikan tilanteeseen, ja Nicaraguan joukkojen tunkeuduttua Hondurasiin Yhdysvallat ryhtyi suojelemaan Hondurasin presidentin tukialueita. Yhdysvaltain Hondurasin-asianhoitaja osallistui aktiivisesti rauhanneuvotteluihin, joissa nostettiin kompromissiehdokkaana uudeksi presidentiksi Miguel R. Dávila. Yhdysvallat järjesti vuonna 1907 Washingtonissa viiden Keski-Amerikan valtion rauhankonferenssin, jonka tarkoituksena oli tasapainottaa alueen tilannetta. Presidentit perustivat Keski-Amerikan oikeuslaitoksen, joka oli merkittävä askel alueen vakauttamiseksi.
Luultavasti pelko Yhdysvaltain väliintulosta esti vuoden 1908 vallankaappauksen. Yhdysvaltain presidentti William Howard Taft oli silti huolissaan alueen epävakaudesta, jota lisäsi Hondurasin suuri valtionvelka. John Pierpont Morganin johtama pankkiiriryhmä sai vuoden 1909 loppuun mennessä Hondurasissa aikaan sopimuksen velan pienentämisestä. Dávilan vastainen kapina 1911 keskeytti kuitenkin velkajärjestelyt. Vallankaappaajat, joita johti entinen presidentti Manuel Bonilla, suostuivat Yhdysvaltain ehdotukseen väliaikaispresidentin valitsemisesta. Valinta osui Francisco Bertrandiin, joka lupasi vapaat vaalit. Bonilla voitti vaalit 1912, mutta hän kuoli oltuaan virassa vain vuoden. Bertrand tuli hänen tilalleen ja voitti vielä jatkokauden 1916.
United Fruit Company saapui Hondurasiin 1910, ja se perusti pian rautatieyhtiöitä, jotka saivat isoja maakorvauksia jokaisesta rakentamastaan rautatiekilometristä. Hallitus uskoi, että yhtiöt rakentaisivat kansallisen rautatieverkon, mutta niiden tavoitteena oli vain avata yhteyksiä banaaniviljelmille. Maakorvausten takia banaaniyritykset omistivat pian merkittävän osan Hondurasin rannikkoseudusta, ja monet rannikkokaupungit olivat käytännössä yritysten hallussa. Yritykset olivat myös keskenään riidoissa, sillä Hondurasin tukema Cuyamel Fruit Company aikoi rakentaa rautatien Guatemalan rajaseudulle. United Fruit Companyn tukemat guatemalalaiset lähettivät alueelle joukkoja, mutta Yhdysvaltain väliintulo esti sodan. Ensimmäinen maailmansota vaikutti banaanitalouteen. Banaanien hinta alkoi laskea 1914, ja kun Yhdysvallat liittyi sotaan 1917, Hondurasin ulkomaankauppa tyrehtyi. Maa tuki silti Yhdysvaltoja ja julisti sodan Saksalle 1918.
Yhdysvallat painosti Bertrandin eroamaan 1918. Syyksi on arveltu joko sitä, että Bertrand yritti nostaa banaaniveroa, tai sitä, että hän halusi nostaa lankonsa seuraajakseen, mistä olisi voinut syntyä sisällissota. Francisco Bográn asetettiin väliaikaiseksi presidentiksi, ja hän lupasi järjestää vapaat vaalit. Kenraali Rafael López Gutiérrezilla oli kuitenkin armeijan tuki takanaan, ja hänet valittiin presidentiksi vilpillisissä vaaleissa 1920. Seuraavien kolmen vuoden aikana Hondurasissa oli 17 kapinaa ja vallankaappausyritystä. Yhdysvallat kutsuikin syyskuussa 1922 Hondurasin, Nicaraguan ja El Salvadorin presidentit "USS Tacomalle" Fonsecanlahdelle. Presidentit vannoivat, etteivät enää jatkossa tukisi naapurimaiden vallankumousyrityksiä.
Honduras ajautui jälleen sisällissodan partaalle 1923, kun presidentinvaaleissa ei ollut selkeää voittajaa. López Gutiérrez oli sallinut painostuksen alaisena vapaat vaalit, mutta kukaan kolmesta ehdokkaasta ei saanut valintaan tarvittavaa äänimäärää. Eniten ääniä saanut Kansallispuolueen Tiburcio Carías Andino julistautui voittajaksi, mutta López Gutiérrez ilmoitti pysyvänsä vallassa uusiin vaaleihin asti. Hallituksen joukot ja kapinalliset ottivat yhteen helmikuussa 1924 La Ceibassa, ja taisteluissa kuoli 50 ihmistä. Seuraavien viikkojen aikana Yhdysvallat keskitti alueelle lisää joukkoja. Pian sen jälkeen López Gutiérrez kuoli ja väliaikainen presidentti Vicente Tosta lupasi järjestää uudet vaalit. Konservatiivien ehdokas ja siviilipoliitikko Miguel Paz Barahona valittiin presidentiksi 1925, kun liberaalit eivät lopulta asettaneet omaa ehdokasta.
Paz Barahonan valtakausi oli suhteellisen rauhallinen, ja sen aikana Hondurasin talous kehittyi hieman. Seuraavaksi presidentiksi valittiin 1929 Vicente Mejía Colindres. Hondurasin tilanne näytti paremmalta kuin aikoihin. Maasta oli tullut maailman johtava banaaneiden tuottaja: jopa kolmasosa maailman banaaneista tuli Hondurasista, ja ne muodostivat 80 prosenttia maan viennistä. Tilannetta helpotti se, että United Fruit oli 1929 ostanut vanhan kilpailijansa Cuyamel Fruit Companyn. Tilanne vaikeutui kuitenkin pian, kun 1930-luvun lama iski Hondurasiin. Tuhansia työläisiä irtisanottiin ja palkkoja pienennettiin, mistä seurasi mellakoita ja lakkoja, jotka hallitus rikkoi armeijan avulla. Levottomuuksista huolimatta Tiburcio Carías Andino astui valtaan rauhallisesti 1932.
Hondurasin taloudellinen tilanne heikkeni entisestään 1930-luvulla, kun kasvitaudit tuhosivat banaanisadon 1935. Tilanne saatiin hallintaan 1937, mutta toiset maat olivat saaneet jo ison osuuden banaanimarkkinoista. Carías pystyi silti maksamaan pois Hondurasin velkoja. Samaan aikaan hän myös alkoi keskittää valtaa itselleen. Hän uusi perustuslain 1936, jolloin muun muassa presidentin valtakautta pidennettiin neljästä kuuteen vuoteen, parlamentin valtaa pienennettiin ja Caríasin kautta jatkettiin vuoteen 1943. Sitä jatkettiin myöhemmin vielä vuoteen 1949. Liberaalipuolue yritti syrjäyttää Caríasin useasti 1936 ja 1937. Epäonnistuneet yritykset heikensivät liberaaleja, ja 1930-luvun lopulla Kansallispuolue oli käytännössä maan ainoa toimiva puolue. Caríasin aika oli Hondurasissa suhteellisen vakaata, mutta talous taantui. Maan kansantuote oli ollut 1930-luvulla Keski-Amerikan toiseksi korkein, mutta 1940-luvulla se oli taantunut Latinalaisen Amerikan pienimmäksi, saarivaltioita lukuun ottamatta. Tähän vaikutti erityisesti banaanitalouden alamäki, joka oli alkanut 1930-luvun lamasta. Kun kasvitauteja oli opittu torjumaan, banaanilaivat joutuivat muihin tehtäviin toisessa maailmansodassa.
Carías muodosti läheiset suhteet muiden Keski-Amerikan diktaattoreiden, Guatemalan Jorge Ubicon, El Salvadorin Maximiliano Hernández Martínezin ja Nicaraguan Anastasio Somoza Garcían kanssa. Ubico auttoi Caríasta muun muassa organisoimaan salaisen poliisin. Ubico ja Hernández Martínez syrjäytettiin 1944, mutta Carías pysyi vallassa, vaikka maassa nousi mellakoita. Armeija tukahdutti väkivaltaisesti muun muassa mielenosoituksen San Pedro Sulassa. Yhdysvallat puuttui jälleen tilanteeseen, ja Carías myöntyi lopulta lokakuussa 1948 järjestämään vaalit. Hänen ehdokkaansa Juan Manuel Gálvez voitti vaalit, joita liberaalit boikotoivat. Vaikka Carías olikin diktaattori, hänen aikanaan Hondurasin koululaitosta kehitettiin, tieverkkoa laajennettiin ja armeija modernisoitiin. Gálvez vapautti opposition toiminnan ja palautti monia oikeuksia, joita Carías oli lakkauttanut. Hän jatkoi edeltäjänsä talouspolitiikkaa ja keskittyi myös tieverkon laajentamiseen. Lähes kolmannes valtion budjetista käytettiin 1953 teiden rakentamiseen.
Yhdysvallat oli vuodesta 1952 etsinyt keinoa syrjäyttää Guatemalan vasemmistolainen Jacobo Árbenz Guzmán. Guatemalan hallitus oli muun muassa pakkolunastanut United Fruit Companyn ja kiihottanut työläisiä. Honduras osallistui 1954 merkittävään operaatioon Guatemalassa, sillä maassa pelättiin työläislevottomuuksien leviämistä. Toukokuussa 1954 maahan levisikin laajoja lakkoja, jotka lamauttivat täysin banaanintuotannon. Samaan aikaan Honduras liittyi Guatemalan-operaatioon yhä syvemmin ja maahan virtasi aseita, jotka menivät karkotetuille kapinallisille. Kapinalliset hyökkäsivät Guatemalaan kesäkuussa, syrjäyttivät Árbenzin ja asettivat maan johtoon Carlos Castillo Armasin. Hondurasin lakot onnistuttiin päättämään sopimalla, kun lakkolaisten ulkomaalainen tuki oli katkaistu. Lakon seurauksena banaaniyhtiöiden vuosikymmeniä kestänyt poliittinen valta kutistui. Hondurasin hallinto oli jo vuodesta 1950 pyrkinyt laajentamaan maan talouspohjaa, ja 1950-luvun aikana banaanin rinnalle merkittäviksi vientituotteiksi nousivat naudanliha, puuvilla ja kahvi.
Banaanilakkojen aikana 1954 Hondurasissa järjestettiin presidentinvaalit, joihin osallistui kolme ehdokasta. Kun Kansallispuolue oli asettanut ehdokkaakseen Caríaksen, puolueesta erosi sen maltillisempi siipi Kansallinen vallankumouksellinen liike (MNR), joka asetti ehdokkaakseen Abraham Williams Calderónin. Liberaalien Ramón Villeda Morales sai eniten ääni mutta jäi silti vain noin 8 000 äänen päähän tarvittavasta ääniosuudesta. Koska Kansallispuolueen ja MNR:n edustajat boikotoivat kansalliskongressin äänestystä, uutta presidenttiä ei onnistuttu valitsemaan parlamentissa, jolloin valinnan olisi pitänyt siirtyä korkeimmalle oikeudelle. Samaan aikaan Gálvez erosi virasta terveyssyistä ja varapresidentti Julio Luzano Díaz julisti itsensä virkaatekeväksi presidentiksi. Puolueet suostuivat ratkaisuun uusien vaalien suunnittelun ajaksi. Luzano Díaz kokosi uuden hallituksen kolmessa puolueesta ja nimitti valtakunnanneuvoston korvaamaan kongressin.
Luzano Díaz alkoi kuitenkin pian siirtää valtaa itselleen. Neuvostosta tuli lähinnä neuvoa-antava elin, ja hän siirsi vaaleja ja perusti oman puolueen, Kansallisen yhtenäisyyden puolueen (PUN). Villeda Morales ja monia muita liberaalijohtajia pidätettiin heinäkuussa 1956. Pian tämän jälkeen hallitus murskasi Tegucigalpassa alkaneen kapinan, ja yleinen mielipide kääntyi Lozano Díazia vastaan. Lokakuun 21. päivänä Roberto Gálvezin johtama armeija syrjäytti Lozano Díazin ja asetti sotilasjuntan johtamaan maata. Tämä oli ensimmäinen kerta Hondurasin historiassa, kun armeija syrjäytti hallitsevan johtajan oma-aloitteisesti eikä poliittisen johtajan tai puolueen ajamana. Juntta oli johdossa vuoden, ja se järjesti 1957 vaalit, jotka Villeda Morales voitti.
Villeda Moralesin hallinto lähti uudistamaan Hondurasia voimakkaasti. Se haki Kansainväliseltä valuuttarahastolta varoja valuutan tasapainottamiseksi ja Maailmanpankilta pääkaupungin ja Karibian rannikon välisten teiden päällystämiseksi. Lisäksi hallinto paransi koululaitosta ja ajoi maatalousuudistusta, jota erityisesti konservatiivit vastustivat. Villeda Moralesin aikana maahan perustettiin ensimmäinen varsinainen koulujärjestelmä. Ennen vuonna 1957 käynnistettyjä uudistuksia vain rikkaat pystyivät hankkimaan lapsilleen peruskoulutuksen. Kaksi vuotta myöhemmin Hondurasiin perustettiin myös kansallinen terveydenhuoltojärjestelmä, joka käynnistyi kuitenkin hitaasti ja oli ensimmäiset vuosikymmenet käytössä vain suurimmissa asutuskeskuksissa.
Armeija pysyi alkuun uskollisena presidentille, mutta tilanne muuttui lopulta maaseudun jatkuvien levottomuuksien takia. Lisäksi Villeda Moralesin ja armeijan välejä kiristi hänen perustamansa puolisotilaallinen siviilikaarti, joka oli suoraan presidentin alaisuudessa. Hieman ennen lokakuun 1963 vaaleja armeija syrjäytti Villeda Moralesin, vaikka tämä oli pyrkinyt rauhoittamaan tilannetta riisumalla siviilikaartinsa karbiinit ja vastustamalla perustuslain lisäystä, joka olisi siirtänyt asevoimat presidentin alaisuuteen. Uusi sotilasjuntta hajotti parlamentin ja kumosi perustuslain, ja eversti Oswaldo López Arellano julistautui presidentiksi. Villeda Morales ja muut liberaalipoliitikot joutuivat lähtemään maanpakoon. Uusi hallinto julisti pian lopettavansa kommunistien soluttautumisen, minkä ansiosta se sai Yhdysvaltain Lyndon B. Johnsonin tunnustuksen.
Juntta solmi läheiset suhteet Kansallispuolueeseen, joka lupasi valita López Arellanon presidentiksi, jos se saisi enemmistön kongressinvaaleissa. Juntta armahti maanpakolaiset marraskuussa 1964, ja Liberaalipuolue jatkoi jälleen toimintansa. Kansallispuolue sai 1965 enemmistön kongressista, joka valitsi López Arellanon kuusivuotiskaudelle presidentiksi. López Arellano onnistui parantamaan suhteita Guatemalaan ja Nicaguaan, kun maat perustivat Keski-Amerikan puolustusneuvoston 1965. El Salvadorkin liittyi pian neuvostoon, joka piti vielä samana vuonna ensimmäisen yhteisen sotaharjoituksen Hondurasin rannikolla. Honduras antoi myös Amerikan valtioiden järjestöjen käyttöön joukkoja Dominikaanisen tasavallan vaalien valvomiseen.
Hondurasin ja El Salvadorin välit alkoivat pian huonontua, kun maiden välisellä rajalla oli useita yhteydenottoja touko-kesäkuussa 1967. Hondurasin sisäpoliittinen tilanne heikentyi 1960-luvun lopulla, ja hallitus alkoi pian syyttää talousongelmista noin 300 000:ta elsalvadorilaista maahanmuuttajaa. Heidän väitettiin käyttäneen hyväkseen maiden välistä avointa rajaa ja Hondurasin maatalousuudistuksia. El Salvadorissa puolestaan närkästyttiin, kun Keski-Amerikan yhteismarkkinat (CACM) suostui maaliskuussa 1969 antamaan Hondurasille erityisetuja. Keski-Amerikan maiden välistä kauppaa vapauttanut CACM oli perustettu 1960-luvulla, ja joitain hondurasilaisia teollisuustuotteita, kuten saippuaa, oli myyty sen avulla naapurimaihin. Hondurasin kauppatase oli kuitenkin koko ajan negatiivinen, ja maahan tuotiin enemmän teollisuustuotteita kuin vietiin . Honduras alkoikin siksi vaatia erityiskohtelua CACM:lta.
Honduras ei halunnut uusia maahanmuuttosopimusta El Salvadorin kanssa, ja toukokuussa 1969 tuhannet elsalvadorilaiset alkoivat muuttaa takaisin kotimaahansa. Samaan aikaan maiden jalkapallomaajoukkueet pelasivat kolme MM-karsintaottelua, joiden aikana molemmissa maissa oli huomattavia levottomuuksia. Honduras katkaisi diplomaattiset suhteensa El Salvadoriin 27. kesäkuuta, ja 14. heinäkuuta El Salvador aloitti sotatoimet niin sanotussa jalkapallosodassa. El Salvadorin armeija oli paremmin varustautunut, ja se murtautui nopeasti Hondurasiin ja valtasi seuraavana päivänä Nueva Ocotepequen kaupungin. Pian eteneminen hidastui, ja Hondurasin ilmavoimat pystyivät vaurioittamaan El Salvadorin öljynjakelua. Sota kesti lopulta vain neljä päivää, ja aselepo kirjoitettiin 18. heinäkuuta. El Salvadorin joukot olivat poistuneet Hondurasista 1. syyskuuta. Sota oli kuitenkin ehtinyt vaurioittamaan maiden taloutta, ja sen aikana noin 2 000 ihmistä – pääasiassa hondurasilaisia siviilejä – oli kuollut. Sodan jälkeen Honduras erosi CACM:sta mutta teki erillissopimukset kaikkien CACM-maiden kanssa, El Salvadoria lukuun ottamatta.
Sodan aikana Hondurasin sisäiset ristiriidat olivat vaimenneet, mutta ne alkoivat taas pian sodan jälkeen. Sotilashallituksen oli pakko järjestää vaalit maaliskuussa 1971, ja uudeksi presidentiksi valittiin Ramón Ernesto Cruz. Cruz oli presidenttinä lopulta vain joulukuulle 1972, jolloin asevoimat syrjäytti hänet ja asetti López Arellanon uudestaan presidentiksi. López Arellanon hallinto ei onnistunut elvyttämään maan taloutta, ja tilannetta vaikeutti syyskuussa 1974 Hurrikaani Fifi, joka tappoi tuhansia ihmisiä ja tuhosi kalastuslaivaston sekä 95 prosenttia banaanisadosta. Lisäksi hallitusta syytettiin yli miljoonan dollarin lahjusten ottamisesta United Fruit Companyltä, kun banaanin vientiä koskenut vero purettiin neljä kuukautta sen voimaan astumisen jälkeen. Asevoimien johtava neuvosto vastasi syytteisiin korvaamalla huhtikuussa 1975 López Arellanon Juan Alberto Melgarilla. Melgar syrjäytettiin puolestaan 1978, kun hänen hallintoaan syytettiin korruptiosta ja asevoimia yhteyksistä huumekauppaan. Melgar ei saanut missään vaiheessa suurten maanomistajien tukea, ja asevoimat siirsi 7. syyskuuta 1978 vallan Policarpo Paz Garcían johtamalle kolmehenkiselle juntalle.
Paz Garcían hallitus lupasi siirtää Hondurasin jälleen takaisin siviilihallintoon. Samaan aikaa Hondurasin suhteet naapurivaltoihin eivät edelleenkään olleet hyvät. El Salvadorin kanssa oli ollut sekä 1976 että 1978 pieniä rajalevottomuuksia, mutta maat tekivät lopulta rauhansopimuksen Limassa lokakuussa 1980. Hondurasin joukot olivat vanginneet Nicaraguan Anastasio Somoza Debaylen hallintoa vastaan taistelevien sandinistien johtajan Germán Pomaresin maaliskuussa 1978. Honduras ei luovuttanut Pomaresia Nicaraguaan, sillä maa ei halunnut tukea Somozan hallitusta. Toisaalta Hondurasissa pelättiin sandinistien marxilaista vaikutusta.
Hondurasissa valittiin uusi parlamentti huhtikuussa 1980. Sillä kesti yli vuoden kirjoittaa uusi perustuslaki ja vaalilaki tulevia presidentinvaaleja varten. Maa siirtyi takaisin siviilihallintoon, kun marraskuussa 1981 Roberto Suazo Córdova valittiin uudeksi presidentiksi. Suazo Córdovasta tuli astui virkaansa tammikuussa 1982. Asevoimat piti kuitenkin edelleen tarkasti silmällä maan tapahtumia, eikä se halunnut luopua asemastaan, mistä kertoi myös kovaa linjaa kannattaneen eversti Gustavo Alvarez Martínezin nimittäminen asevoimien komentajaksi tammikuussa 1982. Asevoimat onnistuikin vuoteen 1983 mennessä tukahduttamaan maassa 1980-luvun taitteessa syntyneet pienet ja irralliset sissiliikkeet. Näyttävin sissioperaatio oli ollut MPL:n huhtikuussa 1981 yrittämä lentokonekaappaus.
Suazo Córdovan hallinto alkoi pian pitää Nicaraguan sandinisteja uhkana, ja armeijan komentaja Álvarez kannatti kovaa linjaa sandinisteja vastaan. Hän julisti, että Honduras oli Nicaraguan kanssa ”sodassa kuolemaan asti”. Kun vasemmistolainen liikehdintä lisääntyi Hondurasissa ja armeija onnistui pysäyttämään syyskuussa 1983 vasemmistosissien tunkeutumisen Nicaraguasta Olanchon departementtiin, Álvarezin kannatus nousi sekä Hondurasissa että Yhdysvalloissa. Yhdysvalloissa Hondurasia pidettiin merkittävänä kommunismin leviämisen estämisen kannalta. Maa alkoi saadakin huomiota, sillä joulukuussa 1982 Ronald Reagan vieraili San Pedro Sulassa ja Hondurasille aseita myyvän Israelin puolustusministeri Ariel Sharon Tegucigalpassa. Yhdysvallat oli jo aiemmin nimittänyt Hondurasin-suurlähettilääksi Vietnamin sodan upseerin John Negroponten, joka puuttui melko avoimesti asemamaansa politiikkaan. Yhdysvaltain tarjoaman sotilasavun arvo nousi 3,3 miljoonasta dollarista 31,3 miljoonaan vuosina 1980–1982. Yhdysvallat alkoi kouluttaa pakolaisleireillä nicaragualaisia sandinisteja vastustavia contrasissejä ja El Salvadorin asevoimia.
Suazo Córdovan hallinto oli melko epäitsenäinen, sillä se oli velkakriisin vuoksi täysin riippuvainen lisälainoista ja Yhdysvaltain avusta. Hallinto ei edes yrittänyt noudattaa omaa politiikkaa vaan omaksui kaikki ehdotetut rakennesopeutukset. Monet päätökset hyväksytettiin suoraan Negropontella, jolla oli neuvotteluyhteydet myös Hondurasin sotilasjohtoon. Alkuun Hondurasin saama taloudellinen tuki vaiensi Yhdysvaltain vastaiset protestit, mutta pian kymmenettuhannet osoittivat mieltään Tegucigalpassa ja San Pedro Sulassa. Armeija puolestaan kidnappasi ja murhasi satoja oppositiojohtajia. Armeijan sisäisessä vallankaappauksessa maaliskuussa 1984 Álvarez syrjäytettiin, ja uudeksi komentajaksi nimettiin Walter López Reyes. El Salvadorin joukot ajettiin pois Hondurasista elokuussa 1984.
Hallinnon suhtautuminen contriin muuttui, ja ulkoministeri Edgardo Paz Barnica ilmoitti tammikuussa 1985, että hallitus suunnittelee contrien poisajamista. Samaan aikaan Suazo Córdova halusi seuraajakseen Oscar Mejía Arellanon, joka kuului Suazo Córdovan tavoin liberaalipuolueen rodista-nimiseen ryhmittymään, jonka oli perustanut Modesto Rodas Alvarado. Uuden perustuslain mukaan Suazo Córdova ei voinut asettua uudelleen ehdokkaaksi, mutta hänen arveltiin säilyttävän valta-asemansa Mejían avulla. Presidentti ja parlamentti ajautuivat vaalikysymyksessä riitoihin, ja lopulta armeijan sovitteluehdotuksena kaikki puolueryhmät saivat asettaa oman ehdokkaansa. Lopulta vaaleihin ilmoittautui neljä ehdokasta liberaaleista, kolme Kansallispuolueesta ja muutama pienemmistä puoleista. Eniten ääniä saaneen puolueen eniten ääniä saanut ehdokas valittaisiin presidentiksi. Voiton vei liberaalien José Azcona del Hoyo, vaikka hän saikin huomattavasti vähemmän ääniä kuin Kansallispuolueen Rafael Leonardo Callejas. Liberaalit saivat kuitenkin yhteensä enemmän ääniä.
Iran-Contra-skandaali ravisutti Yhdysvaltoja 1986, kun paljastui, että Reaganin hallinto oli laittomasti rahoittanut Iranin asekaupoilla contrasissejä Hondurasissa. Skandaali aiheutti Hondurasissa mielenosoituksia. Hondurasin hallinto ei enää uusinut marraskuussa 1988 sotilassopimusta Yhdysvaltain kanssa, ja presidentti Azcona ilmoitti pian, että contrien on lähdettävä maasta. Lopullisesti contrat lähtivät, kun Violeta Chamorro oli 1990 valittu Nicaraguan presidentiksi.
Hondurasin sisäpolitiikassa annettiin ihmisoikeusrikkomuksista yleinen armahdus 1987, mutta vielä 1988 Amnesty Internationalin raportti syytti asevoimia ja oikeistolaisia kuolemanpartioita lisääntyvästä väkivallasta. Vasemmistosissit salamurhasivat kenraali Alvárezin tammikuussa 1989 Tegucigalpassa.
Nationalistipuolueen Rafael Leonardo Callejas valittiin presidentiksi ja hän aloitti kautensa tammikuussa 1990. Callejas aloitti uusliberaalin talouspolitiikan soveltamisen ja lupasi toteuttaa ankaran säästöohjelman. Hän oli luvannut pitää lempiran vakaana, mutta sen arvo romahti. Hinnat nousivat, mutta palkat pysyivät ennallaan ja hondurasilaiset köyhtyivät entisestään. Callejasin aikana 1992 Haagin kansainvälinen tuomioistuin vahvisti uuden rajan Hondurasin ja El Salvadorin välillä ja päätti näin vuodesta 1861 jatkuneen rajariidan.
Hondurasin budjetin alijäämä kasvoi hallitsemattomasti, ja elinkustannusten nousu ja syytökset hallituksen laajasta korruptiosta saivat äänestäjät valitsemaan liberaalipuolueen Carlos Roberto Reinan presidentiksi suurella enemmistöllä 1993. Reina julisti ”moraalisen vallankumouksen”, ja maassa alettiin tutkia 1980-luvun ihmisoikeusrikkomuksia ja korruptiota. Hän loi ensimmäisen modernin syyttäjänviraston ja otti asevoimat siviilihallintoon. Huhtikuussa 1995 yleinen asevelvollisuus lakkautettiin, ja ensimmäiset upseerit joutuivat syytteeseen ihmisoikeusrikkomuksista heinäkuussa 1995.
Liberaalien valta jatkui, kun Carlos Roberto Flores nousi presidentiksi 1998. Hän aloitti talousuudistukset ja pyrki parantamaan maan kilpailukykyä sekä turvaamaan köyhimpien kansalaisten aseman. Floresin uudistukset kävivät mahdottomiksi, kun hurrikaani Mitch iski Hondurasiin lokakuussa 1998. Flores on myöhemmin sanonut, että Mitch vei Hondurasin 50 vuotta kehityksessä taaksepäin. Hurrikaani surmasi 5 000 ihmistä ja jätti 1,5 miljoonaa kodittomaksi. Aineelliset vahingot kasvoivat lähes kolmeen miljardiin dollariin.
Flores perusti siviilien hallitseman puolustusministeriön ja siirsi poliisin asevoimien alaisuudesta siviileille. Vuoden 2001 raportin mukaan poliisien tukemat kuolemanpartiot olivat surmanneet edellisenä vuonna yli 1000 katulasta. Samaan aikaan katuväkivalta oli lisääntymässä, kun marajengit olivat siirtyneet El Salvadorista myös Hondurasin puolelle.
Kansallispuolueen Ricardo Maduro voitti 2001 presidentinvaalit ja aloitti kautensa 2002. Hän lupasi vähentää rikollisuutta ja taistella korruptiota vastaan. Hän laajensi jälleen poliisin ja asevoimien yhteistoimintaa ja lähetti välittömästi virkaan astuttuaan poliisien ja asevoimien yhteisyksiköt partioimaan kaduille. Maduro tuki myös vahvasti Yhdysvaltain terrorismin vastaista sotaa ja lähetti vuonna 2003 Irakin koalitioon 370 sotilasta. Honduras ratifioi Yhdysvaltain kanssa Yhdysvaltain-Keski-Amerikan vapaakauppasopimuksen (CAFTA), mistä se sai vastineeksi velkojaan anteeksi. Honduras oli myös ensimmäinen Latinalaisen Amerikan maa, joka solmi Millennium Challenge Account -sopimuksen Yhdysvaltain kanssa, ja on toistaiseksi ainoa, joka on saanut siitä apua.
Vuonna 2003 maassa toimi kuolemanpartioita kaduilla liikkuvia rikollisjengejä vastaan.
Liberaalien Manuel Zelaya Rosales voitti 27. marraskuuta 2005 presidentinvaalit niukasti ja astui virkaansa tammikuussa 2006. Liberaalipuolue sai myös 62 paikkaa kongressin 128:sta, eli jäi muutaman paikan päähän yksinkertaisesta enemmistöstä. Zelaya lupasi muun muassa lisää voimavaroja huumekauppaa vastaan. Hän herätti huomiota, kun hän alkoi seurata politiikassaan ja retoriikassaan Venezuelan Hugo Chávezin esimerkkiä. Hän vei Hondurasin myös vasemmistolaiseen ALBA-järjestöön. Zelaya halusi kansanäänestyksen perustuslain muutoksesta, joka olisi mahdollistanut presidentin toimikausien lisäämisen. Vaikka perustuslain muuttaminen olisi tullut voimaan vasta Zelayan kauden jälkeen, sitä käytettiin häntä vastaan, ja Hondurasin korkein oikeus sekä parlamentti määräsivät armeijan syrjäyttämään Zelayan vallasta 28. kesäkuuta 2009. Presidentti haki turvapaikkaa Costa Ricasta.
Muu maailma on tuominnut kaappauksen ja pitää Zelayaa todellisena presidenttinä. Zelaya lupasi palata Hondurasiin, vaikka valtaapitävät uhkasivat pidättää hänet. Hän palasikin syyskuussa 2009 ja sai turvapaikan Brasilian-suurlähetystöstä. Neuvottelut Zelayan ja presidenttinä toimineen Roberto Michelettin välillä eivät tuoneet tulosta. Lokakuussa 2009 julkaistiin kysely, jonka mukaan 53 % kansasta vastusti vallankaappausta ja 60 % oli sitä mieltä, että vallan kaapanneen Michelettin tulisi siirtyä syrjään. Virallisen virkakautensa päätyttyä Zelaya poistui Brasilian-suurlähetystöstä tuhansien kannattajiensa saattelemana ja matkusti maanpakoon Dominikaaniseen tasavaltaan.
Vallankaappauksen jälkeen Honduras menetti Maailmanpankin ja Amerikan kehityspankin tuet sekä Venezuelan ja Euroopan unionin kehitysavun. Ulkomainen tuki oli käsittänyt viidenneksen maan budjetista. Myös ulkomainen matkailu laski 70 prosenttia kaappauksen jälkeen. Marraskuussa 2009 maassa pidettiin vaalit, jotka voitti konservatiivien Pepe Lobo. Äänestysprosentti kohosi lähes 60:een. Monet Latinalaisen Amerikan maat pitivät vaaleja laittomina, mutta Yhdysvallat piti vaaleja rehellisenä ja palautti suhteensa Hondurasiin. Lobo asetti totuuskomission tutkimaan vallankaappausta palauttaaksensa maansa maineen. Totuuskomissio ilmoitti 2011, että kaappaus ja sitä edeltäneet Zelayan pyrkimykset keskittää valtaa itselleen olivat laittomia.