جعفر صادق
ابوعبدالله جعفر بن محمد صادق معروف به امام صادق یا امام جعفر صادق مشهور به رئیس مذهب جعفری و همین‌طور رئیس مذهب شیعه و امام ششم شیعیان دوازده امامی و امام پنجم شیعیان اسماعیلیه بعد از پدرش محمد باقر و قبل از پسرش موسی کاظم می‌باشد. او از جانب پدر از نسل علی بن ابیطالب و از جانب مادرش ام‌فروه از نسل محمد بن ابوبکر می‌باشد.
صادق تقریباً تمامِ ۶۵ سال عمر خود را، که بالاترین عمر در میان ائمه شیعه است، را در مدینه گذراند. جز سفرهای محدودی که پدرش محمد باقر را همراهی می کرد. در یکی از این سفرها که به قصد حج صورت گرفته بود، صادق در دفاع از امامت پدرش محمد باقر سخنرانی کرد که موجبات بدگمانی هشام بن عبدالملک و احضار او و پدرش به شام را در پی داشت.
دوران امامت صادق مصادف با شورشهای متعدد و سرنگونی حکومت بنی امیه و روی کار آمدن خلافت بنی عباس بود. از جمله این قیامها می توان به قیام زید، قیام ابومسلم خراسانی و قیام محمد ابن عبدالله نفس زکیه، اشاره کرد که صادق در هیچ یک از آنها دخالت نکرد و سیاست بی طرفیِ پدرش محمد باقر و پدربزرگش زین العابدین را ادامه داد. بعد از روی کار آمدن عباسیان، شمشیر آنها به سمت شیعیانی برگشت که در کنار آنها علیه امویان جنگیده بودند. صادق به رغم اعمال سیاست بیطرفی، از سوء ظن عباسیان مصون نماند. منصور عباسی که به او بدگمان شده بود او را به عراق فراخواند. صادق در ابتدا با نقل حدیثی از پیامبر از زیر بار اطاعت دستور منصور شانه خالی کرد اما بعداً مجبور شد برای مدتی کوتاه در عراق زیر نظر خلیفه به سر ببرد.
صادق در مدرسه‌ای که بیش از ۴۰۰۰ شاگرد را در خود تربیت کرده بود، نفوذ و شهرت زیادی کسب کرده بود که موجبات سوء ظن حکومت را فراهم می کرد. از میان این شاگردان می‌توان ابوحنیفه و مالک بن انس، بنیان‌گذاران دو مکتب فقهی اهل سنت، حنفیه و مالکیه را می‌توان نام برد. فقه شیعه بعد از جعفر صادق به فقه جعفری معروف شد، به این دلیل که احکام فقهی جعفر مهم‌ترین منبع قوانین فقهی فقه شیعه می‌باشد. فقه جعفری همانند فقه اهل سنت بر اساس قرآن، حدیث و اجماع شکل گرفته‌است. اما تفاوت این دو در این است که در حالی که شیعه وزن بیشتری به عقل می‌دهد، فقه اهل سنت از نوعی قیاس در قوانین فقهی استفاده می‌کند. به عقیدهٔ هی وود، نیم جین از کتاب‌های دینی نام صادق را به عنوان نویسنده بر خود حک دارند، با این حال نمی‌توان با اطمینان هیچ‌کدام از آن‌ها را به صادق نسبت داد. محتمل است که صادق نویسنده‌ای بوده که کار نوشتن را به شاگردانش واگذار می‌کرده‌است.
دوران زندگی صادق مصادف با ده تن از خلفای اموی به نامهای عبد الملک بن مروان، ولید بن عبدالملک (ولید اول)، سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدالعزیز، یزید بین عبدالملک (یزید دوم)، هشام بن عبدالملک ، ولید بن یزید (ولید دوم)، یزید بن ولید (یزید سوم)، ابراهیم بن ولید، مروان بن محمد(مروان دوم) و دو تن از خلفای عباسی به نامهای سفاح و منصور بود. صادق چندین بار بوسیلهٔ خلفای اموی و عباسی (هشام، سفاح و منصور) دستگیر شد تا اینکه عاقبت، بر طبق منابعی چون دلائل الامامه، به دستور منصور مسموم شد و در کنار قبر پدرش در قبرستان بقیع شهر مدینه به خاک سپرده شد.
مسئله جانشینی بعد از جعفر صادق زمینه گسست بین شیعیان را فراهم کرد. کسانی که معتقد بودند پسر ارشد صادق، اسماعیل که قبل از پدرش مرد، امام ششم می‌باشد به نام اسماعیلی معروف شدند. گروه دیگری که سومین پسر صادق، موسی کاظم را امام بعدی می‌دانند به نام شیعه جعفری یا شیعه دوازده امامی معروف شدند. این گروه اکثریت شیعه را تشکیل می‌دهند. اسماعیل، امام ششم فرقه اسماعیلیه، از فاطمه، همسر اول صادق و موسی کاظم، امام هفتم شیعیان دوازده امامی، از حمیده، دیگر همسر صادق متولد شد.
پدرِ جعفر صادق، محمد باقر، امامِ پنجم شیعیان دوازده‌امامی است. نام مادرش را فاطمه یا قریبه و کنیه‌اش را «اُمِّ فَروَه» گزارش کرده‌اند. مادرِ ام فروه، دختر قاسم بن محمد بن ابی‌بکر است. مادربزرگِ مادری صادق، اسماء دختر عبدُالرَّحمٰن بن ابی‌بَکر بود. ازاین‌رو در روایتی از صادق آمده ابوبکر دو بار در تولد من شرکت داشته‌است. بدین سبب ابن خَرَّبوذ صادق را «اِبنُ الْمُکّرَّمة» نامیده است.
بنابراین، صادق از جانب پدر، نوهٔ نوهٔ علی بن ابی‌طالب و از جانب مادر، نوهٔ نوهٔ ابوبکر است. بر این اساس صادق نخستین امام شیعیان است که هم از نسل ابوبکر، نخستین خلیفهٔ راشِدین، و هم از نسل علی بن ابی‌طالب، اولین امام شیعیان، است. پدربزرگ مادری صادق، قاسم بن محمد بن ابی‌بکر نیز به‌عنوان محدثی مشهور، مورد احترام مردم مدینه بود. امام ششم شیعیان دوازده‌امامی، نامش «جعفر» و کنیهٔ مشهورش «ابوعبدالله» است که برگرفته از نام فرزند دومش، عبدالله اَفطَح است. دومین کنیهٔ معروفش «ابواسماعیل» است که از نام فرزند بزرگش، اسماعیل گرفته شده‌است. «ابوموسی» — که از نام فرزند دیگرش موسی کاظم گرفته شده — کمتر شهرت دارد. «صادق» در میان القابش معروف‌ترین است. دیگر القابش، عادِل، صابِر، طاهِر، فاضِل، قاهِر، تامّ، کامِل و مُنجی است.
لقب «صادق» به‌معنای «راستگو» است. به‌نوشته سید جعفر شهیدی، علت اطلاق این لقب بدو آن است که مُحَدِّثان و فُقَهای روزگارش — که شیعه نیز نبودند — او را به درستی و صداقت در نقل حدیث می‌ستودند. ابن خَلِّکان علت این لقب را راستی در گفتارِ صادق می‌داند. به‌نوشته احمد پاکتچی، مشهورترین روایتی که دربارهٔ علتِ اطلاقِ لقب «صادق» به امام ششم، روایتی از پیامبر اسلام مبنی بر نامیدنِ فرزندِ امام پنجم به لقب «صادق» است، و علتش به‌دنیاآمدنِ جعفرِ دیگری در نسل او بیان شده که کَذّاب است و او را «جعفر کَذّاب» می‌نامند. ابوالْفَرَج اصفهانی دلیل شهرت «صادق» را تحقّقِ پیش‌بینی جعفر در قتلِ نَفْسِ زَکیّه عنوان می‌کند که سبب شد منصور عباسی پس از دستیابی به حکومت، جعفر را «صادق» بنامند و پس از آن بدین لقب شهرت پیدا کرد.
به‌نوشتهٔ کُلِیْنی، صادق با ۶۵ سال عمر، طولانی‌ترین زندگی را در میان امامان شیعه داشت. او تمام دورهٔ زندگیش را در مدینه گذراند و تنها برای حَجّ یا برخی الزامات سیاسی، سفرهای کوتاهی به مکّه یا عراق داشت. دوران زندگی صادق مصادف با ده تن از خلفای اموی به نام‌های عبدُالْمَلِک بن مَروان، وَلید بن عبدالملک (ولید اول)، سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدُالْعَزیز، یزید دوم، هُشام بن عبدالملک، ولید دوم، یزید سوم، ابراهیم بن ولید، مروان دوم و دو تن از خلفای عباسی به نام‌های سَفّاح و منصور بود.
در تاریخ دقیق تولد صادق تردید وجود دارد، اما بیشتر منابع سال ۸۳ ه‍.ق را ذکر می‌کنند. برخی چون کشف الغمه و اثبات الوصیه، سال ۸۰ ه‍.ق را هم آورده‌اند. از «ام داود» به عنوان مادر رضاعی صادق یاد می‌شود که علاوه بر پسرش داود، به صادق هم شیر می‌داده‌است. صادق در طول چهارده سال اولیه زندگی شاهد امامت پدربزرگش زین العابدین و کناره‌گیری او از صحنه درگیری‌های سیاسی بود. با وجود پیروان اندکِ سجاد، صادق همچنین می‌دید مردم و فقهای مدینه چه احترامی برایش قائل بودند. در سالهای بعد، صادق پدرش باقر را در سفرهای حچ همراهی می‌کرد. بنا به روایاتی که در اصول کافی آمده، باقر برخی پرسشهای شیعیان را به فرزندش صادق ارجاع می‌داد تا پاسخ بگوید.
در یکی از سفرهای حج، که صادق پدرش را همراهی می‌کرد، در دفاع از امامت پدرش سخنانی گفت که موجب بدگمانی هشام شد و او را به همراه پدرش به مرکز خلافتش، دمشق، احضار کرد. به نوشته رسول جعفریان، هشام برای تحقیر آنها، سه روز آنها را به حضور نپذیرفت و در روز چهارم از باقر که سن و سالی از او گذشته بود، خواست در مسابقه تیراندازی شرکت کند.
دوران صادق از لحاظ سیاسی و هم از لحاظ تنوع عقاید دینی اهمیت زیادی دارد. بر طبق روایاتی که مفید و طبرسی نقل کرده‌اند، وصیت باقر مبنی بر جانشینیِ صادق، وصیتی جلی (آشکار) بوده‌است و از آنجاییکه صادق فرزند ارشد هم بوده‌است، اختلافی بر سر جانشینیِ باقر صورت نگرفته‌است.
امامت صادق مصادف با اواخر دوران حکومت بنی امیه بود، دوره‌ای که شورش‌های فراوانی از جانب شیعیان و غیر شیعیان به خود دید که عاقبت منجر به شکست خونین بنی امیه توسط عباسیان یا بنی عباس، فرزندان عباس، عموی پیامبر، شد. صادق اما به همان سیاست پدر و پدربزرگش ادامه داد و نقشی در این شورش‌ها ایفا نکرد. بعلاوه از شورش زیدیها که اطراف عمویش زید گرد آمده بودند و مورد حمایت معتزله و محدثان مدینه و کوفه بودند دوری می‌کرد. همچنین از شورش محمد ابن عبدالله نفس زکیه که ملهم از کیسانیها بودند حمایت نکرد. بر این اساس صادق هیچ نقشی در سرنگونی امویان توسط عباسیان نداشت. پاسخش به پیکِ ابوسلمه، که از او خواسته بود به حضورش برود و با اعلام امامت، بیعت مردم خراسان را بپذیرد، مشهور است. صادق چراغی خواست و نامه ابوسلمه را سوزاند و به پیک گفت: «آنچه را دیدی با اربابت در میان بگذار». موقع سوزاندن نامه همچنین گفت: «این مرد از ما نیست و این زمان، زمان من نیست.» صادق همچنین دیگر تقاضاهای کمک را رد کرد و خودش هم ادعایی حکومت نکرد. از او نقل است که گفته بود هر چند به عنوان امام منتخب رهبری امت اسلامی را بر عهده دارد، اما ادعای حکومت بر مسلمین را به کسی تحمیل نخواهد کرد.
عباسیان با شعار بازگرداندن حکومت به «اهل بیت»، علیه امویان قیام کرده بودند و مصداق این اهل بیت بیش از آنکه خاندان عباس باشند، آل علی به‌شمار می‌آمدند که این صادق را، به نوشته پاکتچی، در «مضان احراز منصب خلافت» قرار می‌داد و نگرانی بنی عباس را برمی‌انگیخت. با این وجود فعالیت علمی و اجتماعی صادق در ۱۶ سال حکومتِ دو خلیفه نخست عباسی بی وقفه ادامه پیدا کرد که این خود نشان از احتیاط صادق در فعالیتهای سیاسی و اجتماعی اش دارد. روابطش با خلفای عباسی در این دوران «سرد، اما غیرخصمانه» توصیف شده‌است. به نوشته ابوالفرج، منصور عباسی از صادق تمجید می‌کرده‌است و شاید به این دلیل که احادیثی هم از او نقل می‌کرده‌است، در برخی منابع امامیه چون رجال طوسی، از جمله اصحابش به‌شمار رفته‌است. طوسی برخی دیگر از رجال عباسی را در زمره شاگردان صادق به‌شمار می‌آورد و طبری وصلت محمد، پسرِ ابراهیم بن محمد امام با فاطمه دختر صادق را به عنوان یک وصلت خانوادگی در بین آنها ذکر می‌کند. به نوشته دانشنامهٔ جهان اسلام، بعد از اینکه انقلاب عباسیان، اموی‌ها را برانداخت، شمشیر عباسیان به سمت شیعیانی برگشت که سابقاً در کنار عباسیان علیه اموی‌ها می‌جنگیدند. عباسیان همچنین به جعفر صادق بدگمان بودند، چون شیعه همیشه معتقد بود رهبری امت اسلامی مقامی بود که با امر الهی و توسط امام قبلی به هر امام داده می‌شود. به‌علاوه صادق پیروان زیادی، هم در میان شاگردانش و هم در میان کسانی که او را امام امت می‌دانستند داشت. داود بن علی بن عباس، والی مدینه، که از این موقعیت آگاه بود به نوشته شیخ مفید در سال ۱۳۳ ه‍.ق بخشی از اموال صادق را مصادره کرد و معلی بن خنیس، از موالی او را به قتل رساند. بر مبنای روایت دیگری داود قصد داشت صادق را هم به قتل برساند اما اندکی بعد خودش از دنیا رفت. در سال ۱۳۴ ه‍.ق بسام بن ابراهیم علیه عباسیان شورش کرد و به صادق پیشنهاد داد برایش از اهل خراسان بیعت بگیرد اما صادق این حرکت بسام را تلقی به توطئه کرد و خلیفه را از نیت او آگاه کرد. همچنین ابوالخطاب اسدی که دربارهٔ صادق غلو می‌کرد با انتصاب خود به او در حدود سال ۱۳۸ ه‍.ق در کوفه دست به قیام زد اما صادق از او هم بیزاری جست. در سالهای آغازین حکومت منصور با وجود انتقاد صادق از جباریت و دنیاطلبی خلیفه، صلح نسبی بین آنها برقرار بود. با این وجود صادق همواره تحت نظر بود. مهمترین موجب نگرانی خلفای عباسی در این دوران وجوه شرعی بود که به او پرداخت می‌شد. در اواخر سال ۱۴۴ ه‍.ق منصور در ضمن زیارت حج با صادق دیدارهایی داشته‌است و در ضمن وقوف به نفوذ و شهرت او در مدینه، به او اتهام تمرّد و توطئه زده و در صدد قتلش برآمده است اما ظاهرا صادق موفق شده‌است از خود رفع اتهام کند. با قیام نفس زکیه در سال ۱۴۵ ه‍.ق و در حالی که صادق قبلاً عبدالله بن حسن، پدر نفس زکیه، را که برای جلب حمایت صادق نزدش آمده بود، از عواقب قیام بیم داده بود، راهی فرع در حومه مدینه شد و تنها پس از شکست نفس زکیه به آن شهر برگشت. عیسی بن موسی عباسی پس از سرکوب قیام و مصادره اموال، بخشی از از اموال صادق را هم مصادره کرد که بعدها توسط مهدی عباسی به او بازگردانده شد.
در دوران حکومت منصور، صادق به همراه چند تن از اشخاص مطرح مدینه به بغداد فرا خوانده شد. به این منظور که خلیفه بتواند از نزدیک آن‌ها را زیر نظر داشته باشد. صادق اما ترجیح داد در مدینه بماند و با نقل حدیثی از پیامبر به این کارش وجاهت بخشید. حدیث این‌گونه روایت می‌شود که: «مردی که در طلب معاش از دیارش مهاجرت کرده به هدفش خواهد رسید اما کسی که در کنار خانواده اش بماند زندگی طولانی تری خواهد داشت.» بعد از شکست و مرگ محمد نفس زکیه در سال ۷۶۲، اما، صادق کار معقول تر را آن دید تا فراخوان منصور مبنی بر رفتن به بغداد را اطاعت کند. بعد از اقامت کوتاهی در بغداد، اما، صادق خلیفه را قانع کرد که برایش خطری ندارد و اجازه یافت به مدینه برگردد. این زندگی آرام اما برای همیشه دوام نداشت. بنا بر گزارش کلینی، والی مدینه از منصور دستور گرفته بود تا خانه صادق را آتش بزند، حادثه‌ای که باعث آسیب او نشد. احمد پاکتچی این روایت را خیلی قابل اتکا نمی‌داند به این دلیل که والی مذکور، حسن بن زید علوی، در دوران صادق حکومت نمی‌کرده‌است. صادق همچنین به منظور اینکه ارتباط کمتری با پیروانش داشته باشد زیر نظارت شدید بود و گاهگاهی هم به زندان می‌افتاد. بنا به شهادت منابع شیعی و برخی منابع اهل سنت نظیر المنتظم ابن جوزی، جعفر صادق در پایان عمر به موسی کاظم، پسر سوم خود علناً وصیت کرده‌است.
صادق چندین بار بوسیلهٔ خلفای اموی و عباسی (هشام، سفاح و منصور) دستگیر شد تا اینکه عاقبت، بر اساس منابعی چون دلائل الامامه به دستور منصور مسموم شد حمال الدین شبراوی، عالم سنی مذهب در کتابش این اتهام را روا می‌داند. اما ابوزهره آنرا نادرست می‌داند؛ و دلیلش را تمجیدهایی می‌داند که منصور از صادق کرده‌است؛ همچنین این مسئله که قتل صادق پایه‌های حکومت منصور را سست می‌کرده‌است. جعفریان این دلایل را مانع قتل نمی‌داند. علاوه بر صاحبِ دلائل الامامه، ابن بابویه هم منصور را مسئول قتل صادق می‌دانند. همچنین جاحظ در رساله «فضل هاشم علی عبدشمس» این اتهام را درست می‌داند. برخی علمای شیعه از جمله شیخ مفید درگذشت صادق را به مرگ طبیعی دانسته‌اند. در مورد وفات صادق، علمای شیعی از قبیل شیخ کلینی و ابن ابی الثلج و علمای اهل سنت از قبیل ابونعیم فضل بن دکین، خلیفه بن خیاط، محمد بن عمر واقدی و ابوالحسن مدائنی سال وفات او را به اتفاق ۱۴۸ ه‍.ق ذکر کرده‌اند اما در روز و ماه آن اختلاف نظر وجود دارد. منابع قدیمی تر، ماه شوال را نوشته‌اند و جدیدترها برخی نیمه رجب را ذکر کرده‌اند. در تقویم کنونی شیعه ۲۵ شوال به عنوان روز وفات صادق ثبت شده‌است. صادق در مدینه در قبرستان بقیع به خاک سپرده شد و تا اوایل قرن بیستم قبرش محل زیارت زائران بود، تا اینکه در سال ۱۹۲۶ وهابیها پس از فتح مدینه ساختمان همه قبور متبرکه به جز قبر پیامبر را با خاک یکسان کردند. به گفتهٔ طباطبایی با شنیدن خبر مرگ صادق، منصور می‌خواست به امامت امامان شیعه خاتمه دهد. پس نامه‌ای به حاکم مدینه نوشته از او خواست به خانهٔ صادق رفته وصیت‌نامه‌اش را خوانده و هر که در آن به عنوان جانشینش ذکر شده گردن بزند. حاکم مدینه اما با خواندن وصیت‌نامه مشاهده کرد که صادق چهار نفر را به جانشینی اش انتخاب کرده. خود خلیفه، حاکم مدینه، عبدالله افطح بزرگترین فرزند صادق و موسی کاظم، فرزند کوچکترش از جانشینان وی برای امامت بودند.
جعفر صادق با فاطمه که از نسل حسن بن علی بود، ازدواج کرد. از او دو پسر به نام‌های اسماعیل بن جعفر (امام ششم فرقهٔ اسماعیلیه)، عبدالله افطح و یک دختر به نام ام فروه متولد شدند. به جز فاطمه، صادق با دختری به نام حمیده نیز ازدواج کرد که از او موسی، اسحاق، محمد و فاطمه متولد شدند. حمیده مورد احترام شیعیان، مخصوصاً زنانی است که او را به خاطر درایت و دانایی اش می ستایند. جعفر صادق زنان را به حضورش می‌فرستاد تا عقاید اسلامی را از او یاد بگیرند. معروف است از صادق که در حقش گفته‌است که حمیده مثل طلای ناب از هر ناخالصی پاک است.
فرزندان دیگرِ صادق، یحیی (علی)، عباس، اسماء و فاطمه بودند که مادرانی دیگر داشتند. ذهبی از پسر دیگری به اسم احمد هم نام می‌برد که مورد اتفاق نسب شناسان نیست. به نوشته دونالدسون، صادق در مجموع ده فرزند داشته است که هفت نفر از آنها فرزندان فاطمه و حمیده و باقی مادران دیگری داشته اند.
جعفر صادق دارای قدی کوتاه، چهره و پوستِ سفید و لطیف، موهای مجعد سیاه، بینی بلند(و تا حدی خمیده)، فرقی از میان سر و دارای خالهایی بر گونه و بدن توصیف شده است. نقش انگشتری او «الله پروردگارم مرا از خلقش مصون بدارد» بوده‌است.
به نقل از مالک بن انس، فقیه مدینه، صادق همیشه در یکی از سه حالتِ نماز، تلاوت قرآن یا صمت (سکوت) بوده است. همو نقل می‌کند که صادق اهل شوخی بود و همیشه تبسم ملایمی به لب داشت. وقتی اسمی از پیامبر می‌آمد رنگش به سبزی و سپس به زردی می‌گرایید. مالک همچنین نقل می‌کند که وقتی به حضورش می رسید، صادق زیرانداز خودش را از زیر خودش برمیداشت و برای او پهن می‌کرد.
سفیان ثوری وقتی صادق را با جُبه ای از خز سیاه دید نصیحتش کرد که: «این پوشش تو و پدرانت نیست.» صادق با تایید شرایط سخت زندگی پدرانش، شرایطِ جدید را مویّد سلوکش دانسته می گوید: «چون دنیا رو آورَد، سزاوارتر بدان نیکوان‌اند نه فاجران، مومنان اند نه منافقان، و مسلمانان اند نه کافران...» در ادامۀ این روایت، صادق راه میانه‌روی در بذل و بخشش را برای سفیان و گروهی دیگر از زاهدان شرح داد.
در مناقب آمده است که مردی از حاجیان در مدینه به خواب رفت و چون بیدار شد پنداشت همیان او را دزدیده اند. پس به جعفربن محمد مشکوک شد. صادق او را به خانه برد و هزار دینار به او داد. وقتی مرد به خانه اش برگشت، کیسه پولش را در آنجا پیدا کرد و عذرخواهان نزد صادق برگشت اما صادق حاضر نشد پول را پس بگیرد. همچنین از سفیان ثوری نقل شده است که روزی صادق را منقلب دید و دلیلش را پرسید. صادق پاسخ داد به اهل خانه سپرده بودم پشت بام نروند. وقتی به خانه برگشتم کنیزی که پرستار کودکم بود را بر بالای نردبان دیدم. کنیز وقتی مرا دید به خود لرزید و کودک از دستش افتاد و جان داد. از آن نگرانم که از من ترسیده باشد. صادق سپس کنیز را در راه خدا آزاد کرد. همچنین نقل شده است که وقتی خبر مرگ اسماعیل (فرزند صادق) را به او دادند، مهمان داشت اما شکیبایی اش را از دست نداد و همچنان به پذیرایی مهمانها ادامه داد. از یعقوب سراج نقل شده است که به همراه صادق برای تغزیت یکی از خویشان او می رفت. در راه بند نعلین صادق پاره شد. صادق کفش را از پای در آورد و پابرهنه راه افتاد. ابن ابی یعقور کفش خودش را از پا درآورد و به او داد. صادق عتابش کرد که؛ «صاحب مصیبت بر تحمل مصیبت سزاوارتر است» و پای برهنه به راه خودش ادامه داد.
اواخر دوره بنی امیه و اوایل دوران بنی عباس دوران ضعف حکومت مرکزی بود و این فرصتی را در اختیار صادق گذاشته بود تا آزادانه در مدرسه‌ای که بیش از ۴۰۰۰ شاگرد را تربیت کرده بود، تدریس کند. از میان این شاگردان می‌توان ابوحنیفه و مالک بن انس، بنیان‌گذاران دو مکتب فقهی اهل سنت، حنفیه و مالکیه را می‌توان نام برد. واصل بن عطا، بنیان‌گذار مکتب معتزلی هم در میان این شاگردان بود.
ارجاعاتی که به عقاید جعفر صادق در میان نوشته‌های گروه‌های متضاد از قبیل صوفیان، دانشمندان، شیعیان، فقه اهل سنت، اسماعیلیان، افراطیون و غیره یافت می‌شود نشان می‌دهد که صادق شخصیتی با نفوذ در میان همه مکاتب دینی مهم زمان خویش بوده‌است. به گفته یعقوبی معمول بود برای هر کس که می‌خواست حدیثی از صادق بیاورد می‌گفت: «دانشمند به ما خبر داد که…» مالک بن انس وقتی می‌خواست چیزی را از صادق نقل کند می‌گفت: "ثقه (معتمد)، جعفربن محمد، خودش به من گفت که …" از ابوحنیفه هم مشابه این عبارت روایت شده‌است. اگر چه فرقه‌ها و گروه‌های مختلف سعی کرده‌اند میراث علمی باقی‌مانده از صادق را به نفع خودشان به کار گیرند، با این حال کتب شیعی مهم‌ترین منبع تعلیمات صادق می‌باشد. برای شیعیان دوازده امامی، جعفر صادق، ششمین امامی است که تشیع را به عنوان یک دستگاه فکری نیرومند و جدی در اواخر دوران بنی امیه و اوایل حکومت عباسیان پایه‌گذاری کرد. به گفته طباطبایی شمار احادیثی که از صادق و پدرش باقر روایت شده از تمام احادیثی که از پیامبر و دیگر امامان شیعه روایت شده بیشتر است. تفکر عرفانی شیعی که از میر حیدر آملی آغاز شد و با فیلسوفان دوره صفویه از قبیل میرداماد، ملاصدرا و قاضی سعید قمی ادامه پیدا کرده و تا زمان حاضر ادامه دارد، برپایهٔ احادیث امامان شیعی به خصوص جعفر صادق شکل گرفته‌است.
تقسیم عقل به عقل نظری و عقل عملی که به زمان ارسطو برمی گردد گرچه در اوایل قرن دوم هجری در سنت اسلامی دیده نمی‌شود اما به عقیده احمد پاکتچی تقسیم بندی مشابهی را با زبانی کمتر فلسفی در سخنان صادق می توان پیدا کرد. در حدیثی از صادق، از عقل به عنوان ابزاری برای شناخت خالق و صفات او و همچنین ابزاری برای تمایز نیک از بد، یاد شده است؛ که از قسمت اول به عنوان عقل نظری و قسمت دوم به عنوان عقل عملی تعبیر می شود. این تقسیم بندی در حدیث دیگری از صادق اینطور روایت شده است که: «عاقل به دلالت عقل خود در می‌یابد که خداوند حق است و همو ربّ او ست، درمی‌یابد که خالقش اموری را دوست و اموری را مکروه می‌دارد و او را طاعتی و معصیّتی هست» حعفر صادق قائل به جبر نیست، از این رو اعمالِ نیکِ ارادیِ انسان، و سلوک عملیِ او را، در به کمال رسیدنِ عقل موثر می داند. صادق از سوی دیگر، عقل را انگیزانندهٔ انسان به سمتِ اعمال نیک و اطاعت خداوند می داند. به این ترتیب از نظر صادق، بین عقل و عمل رابطه تعاضدی وجود دارد. به این معنا که هر یک به رشدِ دیگری کمک می کند. در حدیث دیگری از نیکی به عنوان وزیر عقل و از خصال اخلاقی مثل تواضع و صبر و امانت و صداقت و غیره به عنوان جنود عقل و از عکس آنها به عنوان جنود جهل نام برده می شود. در این حدیث تاکید شده که با زیاد شدن جنود یاری رسان، عقل فرد رو به کمال می رود. در همین راستا میزانِ میل و گرایش آدمی به عمل، بسته به میزان عقل او قلمداد شده است. از صادق است که می گوید «عقل آن چیزی است که با آن (خدای) رحمان پرستیده می‌شود و بهشت با آن به دست می‌آید» و «هر کس در عقل کامل‌تر است، در خلق نیکوتر است» بر همین مبنا در حدیث دیگری از صادق آمده است که کمی عقل، انسان را از ایمان به کفر می کشاند. در بیان مقایسه عقل و علم از دیدگاه صادق، علم امری آموختنی و عقل امری ناآموختنی بیان شده است. در این دیدگاه، علمِ دینی تنها از مسیر ویژه ای قابل دستیابی است و با علمِ دنیای (مثل یادگیری پیشه های مختلف) متفاوت است. در دیدگاه صادق، عقل، بدون علم، برای هدایت بشر کافی نیست. به این معنا که عقل به تنهایی قادر نیست وجوه طاعت و معصیت الهی را دریابد و به همین دلیل «بر عاقل واجب است تا طلب «علم» کند و بدون آن قوامی نیست». در دیدگاه صادق «آن کس که عقل ندارد، رستگار نمی‌شود و آن‌که علم ندارد، عقل نمی‌ورزد». در این دیدگاه، علم به دو دسته «علم عام» و «علم خاص» تقسیم بندی می شود؛ که اولی اکتسابی، و دومی موهبتی است که از طرف خداوند به بندگان خاصش داده می شود. صادق در پاسخ به سوال ابوحمزه درباره اینکه آیا علمِ امام از طریقِ افواهِ رجال (زبانِ مردم) بدست می آید یا از طریق نوشته هایی که می خوانند؛ پاسخ می دهد «مسئله عظیم‌تر از این است» و با استناد به آیه « ... روحاً مِنْ اَمْرِنا ... » (شوری / ۴۲ / ۵۲) استدلال می کند که خداوند از طریق «روح»ی که بر پیامبر و ائمه می فرستد، علم را به قلب آنها القا می کند. در حدیث دیگری از صادق آمده است که کسی که علم دین را از افواه رجال بگیرد، همان رجال او را هلاک خواهند کرد. صادق همچنین می گوید اهل علم کم اند و اهل جهل بسیار و با استناد به آیه « ... وَفَوْقَ کُلِّ ذی عِلْمٍ عَلیمٌ» (یوسف / ۱۲ / ۷۶)یک عالمِ برتر را در راس این علمای اندک قرار می دهد. این عالم برتر به اعتقاد شیعه همان امام است. در دیدگاه شیعه، امام جز از امام علم نمی‌آموزد و بخش زیادی از علم ائمه هم علم لدنّی است. از دیدگاه اهل سنت، صادق بر اساس عرفِ رایج، از هم عصران خود تعلیم گرفته است؛ و محمد باقر و چند نفر از تابعین را به عنوان مشایخِ او نام می برند. این تعداد، به عقیده پاکتچی به نسبتِ شخصیت علمی صادق، بسیار کم هستند. برخی منابعِ اهل سنت مثل ذهبی، اتکای صادق را بر روایات پدرش باقر می دانند. به همین دلیل افرادی چون ابوحنیفه، صادق را «صحفی»، یعنی کسی که از روی کتب می آموزد، دانسته اند. پاکتچی از این دیدگاه علمای غیرشیعی اینطور نتیجه می گیرد که علم آموزی صادق از مشایخ عصر خود، اندک، یا مطابق نظر شیعه، منتفی بوده است. بر اساس احادیث باقی مانده از صادق، او منبعِ علم دینی را علاوه بر کتاب و سنت، «روح» می داند؛ و این علم را مکمل عقل می داند. عقلی که به اعتقاد شیعه در ائمه به کمال رسیده است.
فقه شیعه بعد از جعفر صادق به فقه جعفری معروف شد، به این دلیل که احکام فقهی جعفر مهم‌ترین منبع قوانین فقهی فقه شیعه می‌باشد. فقه جعفری همانند فقه اهل سنت بر اساس قرآن، حدیث و اجماع شکل گرفته‌است. اما تفاوت این دو در این است که در حالی که شیعه وزن بیشتری به عقل می‌دهد، فقه اهل سنت از نوعی قیاس در قوانین فقهی استفاده می‌کند. صادق به عنوان کسی که توسل به رأی و قیاس را رد می‌کند، معتقد است که قوانین خداوند بسته به موقعیت تغییر می‌کنند و پیش‌بینی ناپذیرند پس وظیفهٔ بندگان این نیست که با استدلال قانون آنها را کشف کنند بلکه می‌بایست با گرفتن دستور این احکام از امام تسلیم ارادهٔ خلل ناپذیر خداوند باشند. در همین رابطه از مناظرهٔ صادق با ابوحنیفه یاد می‌شود. صادق در مخالفت با قیاس و برای اثبات اینکه استفاده از قیاس، فقیه را به دادن فتوا علیه احکام مسلم اسلام می‌کشاند؛ از ابوحنیفه پرسید: «آیا زنا مهمتر است یا قتل نفس؟» ابوحنیفه پاسخ می‌دهد قتل نفس. صادق به او یادآور می‌شود که خداوند برای زنا چهار شاهد خواسته اما برای قتل دو شاهد؛ و این بر خلاف مقتضیات قیاس است. مثال دیگر مقایسه نماز و روزه است. نماز نزد خداوند مهمتر از روزه است. این در حالی است که زن در ایام حیض موظف به قضای نماز نیست ولی روزه اش را باید قضا کند؛ که این هم با قیاس قابل توجیه نیست.  عمر بن حنظله (از شاگردان صادق) در کتابش با عنوان "مقبوله"، از صادق می‌پرسد چگونه اختلافات پیش آمده در میان امت باید حل و فصل شود و آیا کسی می‌تواند این اختلاف را به درگاه سلطان یا قاضی حکومتی ببرد. صادق به این سؤال پاسخ منفی داده در عوض یک سیستم غیررسمی قضاوت را پیشنهاد داده، ایراد می‌دارد که مردم باید به «کسانی که احادیث ما را روایت می‌کنند مراجعه کنند.» به این دلیل که امام «چنین شخصی را قاضی و حکم شما قرار داده‌است.»
در دوران صادق، خلاء سیاسی ناشی از انتقال قدرت از امویان به عباسیان، به شیعیان آزادی نسبی داده بود. از این رو بیشترین حدیث و روایت از او ثبت شده‌است. طوری که شیعیان از مراجعه به سایر احادیث بی‌نیاز شده و در نتیجه فقه جعفری به‌طور مستقل شکل گرفت. در همین رابطه آبان بن تغلب شیعیان را اینطور تعریف می‌کند که «شیعیان کسانی هستند که هرگاه مردم در قول رسول خدا اختلاف می کنند، سخن امیر مؤمنان را می‌گیرند و وقتی در سخن علی اختلاف می‌کنند، قول جعفر بن محمد صادق را می‌پذیرند» به عقیده جعفریان، اتصال تقریباً تمامی احادیثِ منقول از امامان شیعه، از قول پدرانشان (ائمه قبل) تا پیامبر اسلام ادامه پیدا می‌کند، به همین دلیل از یکدستی بیشتری نسبت به احادیث اهل سنت برخوردار است. به نوشته جعفریان اهل سنت مشکل کمبود احادیث معتبر و تشتت آراء پیش آمده را با توسل به رای و قیاس چاره جویی کردند، چیزی که جعفر صادق ضمن مقابله با آن، علتِ توسل به آنرا فقر روایی اهل سنت در نتیجهٔ رویگردانی از معارف اهل بیت می‌داند.
عقاید جعفر صادق در الهیات از طریق مفضل که سوالات خود و جواب‌های صادق را در کتابی تحت عنوان توحید مفضل گردآوری کرده، ثبت شده‌است. در این کتاب که در آن، صادق دلایلی برای یگانگی خداوند می‌آورد، به نظر، همان "کتاب الاهلیلجه" است که در پاسخ به درخواست مفضل که از صادق خواسته بود ردیه‌ای بر کسانی که خداوند را انکار می‌کنند بنویسد، است. هشام بن حکم از دیگر شاگردان مشهور صادق است که نظریاتش بعدها جزئی از الهیات شیعهٔ دوازده امامی شد. از جمله این نظریات ضرورت عقلی وجود امام در هر عصر است، که خداوند او را مسئول تعلیم و رهبری امت قرار داده‌است.
در دیدگاه صادق، شناختِ خداوند و صفات او از طریق عقل بدست می آید. اما عقل در شناخت خداوند با محدودیت روبروست و در جایی متوقف می شود. به عبارتی، علم به کلیّات از طریق عقل بدست می آید اما در مورد برخی مسائلی که مومنان باید در مورد خدا بدانند - از قبیل تاویلِ برخی آیات و مباحث مستقل از قرآن - مومنان متکی بر نقل یا علم ویژه امام هستند. چنانچه در حدیثی از صادق آمده است «امر خداوند همه‌اش عجیب است، مگر اینکه خداوند شما را به آن چیزی مأخوذ کرده است که خود از خویش به شما شناسانیـده است.» عصر صادق، عصر شکل گیری دستگاههای کلامی و تضارب آراء اندیشمندانی بود که مخصوصا در ایام حج از شرق و غرب عالم حضور به هم می رساندند و مباحثه می کردند. در این شرایط صادق نیاز داشت برخی مفاهیم دینی را نظری سازی کند. به عنوان نمونه به مفاهیمی چون انیت و مائیت (معادل وجود و ماهیت) و ازلی و دیمومی(از دوام) می توان اشاره کرد که قبل از صادق سابقه نداشته است.
این سخن که: «هر که ادعا کند خداوند باعث شرّ است، به خدا دروغ بسته‌است. همچنین هر که ادعا کند خیر و شر هر دو از جانب خداست، به خدا دروغ بسته‌است،» منتسب به صادق است. این دیدگاه با دیدگاه معتزله که خداوند را از مسئولیت وجود شر در دنیا مبری می‌کنند، سنخیت دارد. به عقیدهٔ صادق خداوند به مخلوقات دستوری نمی‌دهد مگر اینکه به آن‌ها توانایی انجام دادن آن دستور را عطا کند، هر چند بدون اجازه او قادر به انجام آن نیستند. در واقع دیدگاه صادق چیزی بین جبر و اختیار (تفویض) است. بر این اساس، حکم خداوند بر برخی چیزها به صورت قطعی قرار می‌گیرد، اما برخی دیگر بر عهدهٔ انسان قرار می‌گیرند. این دیدگاه بعدها کاربرد زیادی پیدا کرده به «امرا بین الامرین» شهرت یافت. به این معنی که نه جبر مطلق، نه اختیار مطلق، بلکه چیزی بین این دو! همچنین، روایت شده که سؤال‌کننده‌ای از صادق پرسید: «آیا خداوند بندگانش را مجبور به انجام شر می‌کند یا آنکه اختیار آن را به خودشان واگذار کرده؟» صادق به هر دوی این سوالات جواب منفی داد. سؤال‌کننده پرسید: «پس چه؟» صادق جواب داد: «موهبت خداوند چیزی بین این دو قرار می‌گیرد.» حجت از نظر صادق، نقطه وصل آموزهٔ توحید و سایر آموزه های دینی قلمداد می شود. به این معنا که خداوند که مسئول هدایت بشر است، حجت هایی بر روی زمین برای این کار قرار داده است: حجت ظاهر که پیامبران هستند و حجت باطن که عقل آدمی است. در احادیثی که از صادق باقی مانده، بارها به این نکته تاکید شده که زمین هیچ گاه از حجت خدا خالی نمی‌شود. معنای ضمنی این سخن این است که با ختم نبوت، این ائمه هستند که حجت خدا بر روی زمین می باشند و نبود آنها به معنای این است که خداوند بندگانش را بدون هدایت گذاشته است. به همین دلیل در آموزه های صادق شناخت حجت در کنار شناخت خداوند قرار می گیرد. در همین رابطه صادق به بیان وجوه ممیزهٔ پیامبران و امامان می پردازد. صادق دارا بودن علم لدنّی، مفترض الطاعه بودن و نصب از طرف خداوند را وجوه مشترک ائمه و پیامبران می داند. به این ترتیب، پس از نصب حجت، موضوع شناخت و تشخیص او از دیگران مطرح می شود. پیامبران از طریق معجزاتشان شناخته می شوند اما شناخت ائمه، بنا بر آموزه های صادق، وابسته به «نص» است. در دیدگاه عامه مسلمانان اما، مسئله امامت یا جانشینیِ پیامبر، امری زمینی و انتخابی است.
مرجئه گروهی بودند که معرفت دینی را برای ایمان کافی می دانستند و عمل را در آن موثر نمی‌دانستند. حدیثی نزدیک به این مضمون از صادق روایت شده است که «هنگامی‌که به معرفت رسیدی هرگونه که خواهی عمل کن». یکی از شاگردان صادق که از شنیدن این حدیث حیرت کرده بود، برای توضیح نزد صادق رفت. صادق ضمن تایید این حدیث، توضیح داد که مراد این است که هر وقت به معرفت رسیدی در اقدام به عملِ خیر، هر گونه خواهی عمل کن. به این معنا که در صورت معرفت، اقدام به خیر، اندک باشد یا بسیار، مقبول خواهد بود. صادق برای روشن شدن بیشتر مطلب به طعنه می گوید بی انصافی است ما مکلف به عمل باشیم و شیعیان ما از آن معاف باشند. احادیث باقی مانده از صادق نشان می دهد، ایمان در نظر او با وجود نزدیکی به دیدگاه مرجعه، دارای مضامین متفاوت و مخالف مرجعه است. هر چند مستقیماً از در مخالفت با مرجعه در نیامده است. به عنوان مثال این نظریهٔ صادق که اسلام، اعم از ایمان است، و ارتکاب کبیره، ایمان را زایل می کند، اما اسلام باقی است، در واقع پی جوییِ راهی میانه است.
از دوران صادق می توان به عنوان عصر شکل گیری علم کلام یاد کرد. با وجود اینکه بسیاری از اصحاب صادق متکلم بودند؛ و صادق خودش با متکلمان از مذاهب مختلف بحث و مناظره داشت است، به نقل از برخی از اصحابش از جمله یونس بن یعقوب، صادق روی خوشی به علم کلام نشان نمی داده است. در روایتی از یونس بن یعقوب از قول صادق آمده است: «وای بر اصحاب کلام، می‌گویند این پیروی کردنی است و آن نیست، این راه رفتنی است و آن نیست، این با عقلمان سازگار است و آن نیست». وقتی درباره این تناقض از صادق سوال شد، اینطور پاسخ داد که پرداختن به کلام وقتی ناپسند است که اصحاب کلام، سخن ائمه را کنار بگذارند و فقط به استدلالات خودشان بسنده کننده کنند. در همین راستا، صادق برخی اصحابش (مثل ابوخالد کابلی) را از مباحثه کلامی نهی کرده و برخی (مثل ابوجعفر صاحب الطاق) را به این کار تشویق کرده است؛ و از برخی دیگر (مثل قیس ماصر) انتقاد کرده است که در مباحثه حق را به باطل می آمیزند، یا باطل را با باطل می کوبند، یا استدلال معتبری به کار نمی‌برند.
در حوزه اخلاق هم مثل سایر بخشها، احادیث باقی مانده از صادق نقش محوری ایفا می کند. کلیّتِ تعالیم او در حوزه اخلاق، درباره این بود که شیعیان چگونه بین کار برای دنیا و کار برای آخرت تعادل برقرار کنند، چگونه در میان همدیگر و در رابطه با سایر مسلمانان سلوک کنند؛ و چگونه از رذایل دوری و به فضایل نزدیک شوند. در این رابطه رساله هایی از صادق مانده که در بخش آثار معرفی می شود.
بر اساس آموزه های صادق، هدایت انسانها در نتیجه اطاعت او از دو هدایت گر بیرونی و درونی، پیامبر و عقل، و ضلالت او در نتیجه اطاعت او از دو فریبندهٔ بیرونی و درونی، شیطان و نفس، انجام می گیرد. از نظر صادق اطاعت همان عبادت است. از این رو انسان بی آنکه معترف باشد با اطاعت از شیطان در حال عبادت اوست و مرتکب شرک می شود. در آموزه های صادق، بی مبالاتی در سخن و بی احترامی به دیگران از نشانه های مشارکت شیطان در اعمال انسان دانسته شده است. به گفته صادق، باوجودیکه شیطان از راههای گوناگون وارد می شود، «مال دنیا»، به عنوان دروازهٔ ورود شیطان معرفی می شود. صادق با یادآوری آیه ای از قرآن که «هرگاه خداوند روزی او فراخ سازد، تصور کند که مورد نوازش خداوند قرار گرفته، و هرگاه خداوند روزی او را تنگ گرداند، گمان برد که خداوند او را خوار داشته است»(فجر/۸۹/ ۱۵-۱۶)از دو مفهوم "ابتلا" و "استدراج" سخن به میان می آورد. استدراج که ریشه قرآنی دارد(اعراف / ۷ / ۱۸۲؛ قلم / ۶۸ / ۴۴) به معنای نزدیک شدن تدریجی عذابِ کسانی است که از خداوند فاصله گرفته اند و خدا آنها را با افزودن نعمتها می آزماید. نعمتهایی که بر غفلت بنده می افزاید.
در دیدگاه صادق، اخلاق یا عملِ خوب رابطه مستقیمی با ایمان؛ و اخلاق یا عملِ بد، نسبت مستقیمی با شرک دارد. از این رو از دیدگاه صادق، حسد، حرص، استکبار و ریا به عنوان اعمال یا اخلاقِ شرک آمیز(ضدِ ایمانی) به شمار می آیند. در همین راستا این حدیثِ صادق که «با ایمان هیچ عملی ضرر نخواهد رساند»، را می توان چنین برداشت کرد که درستیِ عمل، بیش از آنکه به چگونگی عمل مربوط باشد، به مبنایِ ایمانیِ آن ربط دارد. از همین رو است که تقیه، ضرری به ایمان وارد نمی‌کند. در همین خصوص، از صادق نقل شده است که برخی افراد، ایمانِ عاریتی دارند و اگر دست به اعمال خیر می زنند، اعمال آنها انگیزشی متزلزل دارد و به زودی به بی ایمانی برخواهند گشت. از همین رو است که از دیدگاه صادق مداومت بر عملِ خیر، مهمتر از بسیاریِ عمل است. در آموزه های اخلاقیِ صادق، مدوامت بر عملِ اخلاقی که منجر به ایجاد ملکات اخلاقی می شود، اهمیت بیشتری از اعمالِ اخلاقیِ با انگیزشهای مقطعی دارد. علاوه بر تکرارِ عمل، یقین و آگاهی به عمل نیز در اخلاقی بودنِ آن عمل اهمیت اساسی دارد. بر همین اساس است که به عقیده صادق، تفکر بالاترین عبادت به شمار می رود. به عقیدهٔ صادق، تقوا به عنوان یکی دیگر از جنبه های عملِ اخلاقی مورد تاکید قرار می گیرد. در این خصوص، صادق شخصی را مثال می زند که در اطعام مردم، رسیدگی به همسایگان و پذیرایی از مسافران اهتمام می ورزد اما وقتی دری از گناه به روی او باز می شود، پرهیزکار نیست. این عملِ بدون تقوا است.
به نوشته کربن، به عقیده صادق، کتاب خدا از چهار قسمت تشکیل شده‌است: عبارات روشن، معانی تلویحی، معانی پنهان مربوط به عوالم روحانی و حکمت‌های روحی. به عقیده او معانی روشن مربوط به عامهٔ مردم است. معانی پنهانی برای برگزیدگان است، معانی تلویحی برای دوستان خداست و حکمت‌های روحی مخصوص پیامبران است. صادق همچنین تأکید می‌کند که احادیث منتسب به پیامبر که با قرآن همخوانی ندارد باید کنار گذاشته شود. به نوشته پاکتچی، در حوزه تفسیر، کتب قدیمی تر تفسیری از مذاهب مختلف، مملو از دیدگاههای او است. در همین رابطه ابن طلحه شافعی، صادق را مفسّری «متتبع در معانی قرآن» می داند که «از دریای قرآن گوهرهایش را استخراج و عجائبش را استنتاج می‌کند» در احادیثی که از صادق در خصوص تفسیر قرآن باقی مانده، دسته ای از آنها قرآن را دارای ظاهری قابل فهم و دسته ای دیگر آن را از قلوب مردم دور دانسته و از تفسیر به رأی در قرآن پرهیز داده اند. به عقیده پاکتچی این دو رویکرد ناظر به دو سطح از دانایی است. به این معنا که تفسیر در حد متعالیِ آن تنها در نزد ائمه یافت می شود، اما سطوح پایین تر تفسیر برای بقیه مردم قابل دسترسی است. در همین خصوص، صادق «راسخان در علم» در آیه ۷ سوره آل عمران که تاویلِ «متشابهات» قرآن را می دانند، را ائمه می داند. از جمله ویژگیهای تفسیریِ صادق، رویکرد جامع نگر او به قرآن است که آیات قرآن را در رابطه با یکدیگر تفسیر می کند. روشی که امروزه به «تفسیر قرآن به قرآن» شهرت یافته است. با این وجود صادق از ربط دادن بی رویه آیات به یکدیگر منع کرده است و آن را مصداق «ضرب القرآن بعضه ببعض» دانسته است که در حدیث نبوی نهی شده است. توجه به «اسباب النزول» یکی دیگر از ویژگیهای تفسیری صادق می باشد. روایات تفسیری صادق از خلال تفاسیر روایی مانند تفسیر الصافیِ فیض کاشانی، کتب البرهانِ بحرانی و نورالثقلینِ جویزی قابل جستجو است.
صادق ملاک درستی حدیث را قرآن می دانست و می گفت حدیثی را که کتاب خدا آن را تایید نکند باطل است. به عقیده جعفریان این نظریه از کجروی های فکری که نظریۀ «السنهٔ قاضیهٔ علی الکتاب» به بار می آورد جلوگیری می کرد. همچنین مانع گسترش افکار غالیان می شد که سعی داشتند به بهانه تحریف قرآن مطالب نادرست خود را با نام ائمه نشر دهند.
به نوشته جعفریان پس از رحلت پیامبر، نوشتن حدیث ممنوع بود و این در حالی بود که ائمه همواره پیروانشان را به ضبط احادیث تشویق می کردند. در زمان صادق و اوایل قرن دوم ه.ق گرچه نوشتن حدیث شروع شد اما عملاً تا اواخر قرن دوم و اویل قرن سوم این امر شایع نشد. چنانچه ابوحنیفه در این باره هیچگونه کتابی ننوشته است.
صادق با وجودی که اصحابش را به نوشتن احادیث تشویق می کرد، اما دلیلی بر تکرار اِسنادِ هر آن چه نقل می کرد، نمی دید. هر چند به مناسبتهایی تاکید می کرد که حدیثِ من، حدیثِ پدرم؛ حدیثِ او، حدیث پدرانش؛ و حدیثِ آنان حدیثِ پیامبر است. در همین رابطه از ابن دراج و ابوبصیر خواسته بود هر چه از او می شنوند از پدرش، محمد باقر، نقل کنند. با این وجود صادق در خصوص اسانید، جز اسانیدِ اهل بیت، بر حفظ آن اسناد تاکید داشت و در این رابطه به حدیثی از علی بن ابیطالب ارجاع می داد که «اگر حدیثی را نقل کردید، آن را به کسی که برای شما بازگفته اسناد دهید؛ اگر حق باشد به نفع شما ست و اگر دروغ باشد، به عهدهٔ او ست». بر این مبنا، صادق پیروانش را از «کذب مفترع» منع می کرد. کذب مفترع به معنای این است که کسی حدیثی از طریق کسی بشنود و در نقلِ حدیث، واسطه را حذف کند و وانمود کند که خودش شنیده است. این شیوه بعدها در کتب علم الحدیث به شدت نهی شده است. در موارد «اختلاف الحدیث»، روشهای صادق از یک سو به «نقد صدور»، از طرفی به «شرایط صدور» و از طرف دیگر به «نقد فهم» برمی گشت؛ که فهمِ حدیث یا «فقه الحدیث» در این میان نقش پررنگ تری داشت. در حالی که محافل حدیثی آن دوره درگیرِ نقل حدیث و کثرت روایت بودند، صادق فهم حدیث را مهمتر می دانست. در همین رابطه از او نقل شده است که «خبری که آن را فهم کنی بهتر از هزار حدیث است که آن روایت کنی و کسی از شما فقیه نخواهد شد، مگر آنکه جوانب سخن ما را بشناسد». صادق برای فهم حدیث پیغمبر از روشهایی مشابه تفسیر قرآن استفاده می کرد و مبحث نسخ (تفسیر) در سنت نبوی را مطرح میکرد. صادق همچنین در تبیینِ معنای احادیث پیامبر، از آیات قرآن کمک می گرفت. همچنین از تفسیر حدیث با حدیث، به قرینهٔ تفسیرِ قرآن با قرآن سخن می گفت. همینطور از زبان چند سطحی احادیث سخن به میان می آورد که به تناسب مخاطب و همچنین شرایط تقیه تغییر می کرد. در همین رابطه صادق از شیعیان میخواست که اگر در دریافت حدیثی به مشکل خوردند، از تاویل های شتاب زده خودداری کرده و علم آن را از ائمه طلب کنند.
علاوه بر قرآن و حدیث، صادق در نقل سیره پیامبر و صحابه و ائمه، مرجع مهمی به شمار می آید. به نوشته پاکتچی، در کتب حدیثی اهل سنت، صادق راوی اصلی حدیث حج پیامبر اسلام است. نیز احادیث زیادی در صحاح سته درباره سیره پیامبر از صادق نقل شده است. همچنین مورخانی چون ابن اسحاق، هیثم بن عدی، ابوالحسن مدائنی، ابان بن عثمان و قاضی ابوالبختری در آثار تاریخی خود از صادق به فراوانی نقل کرده اند. اخبار گستردهٔ صادق در آثار کهن تاریخ و سیره در آثاری چون: کتب عمومی‌تاریخی مانند تاریخ یعقوبی، انساب الاشراف بلاذری و تاریخ طبری، کتب سیره همچون سیرهٔ ابن‌هشام، مغازی واقدی و الشمائل ترمذی و تک‌نگاشتهای اخبار صدر اسلام مانند الغارات ابراهیم ثقفی و صفین نصر بن مزاحم، کتب مربوط به صحابه و رجال متقدم مانند طبقات ابـن سعـد، فضائل الصحابهٔ احمد بن حنبل و الاستیعاب ابن‌عبدالبر و تواریخ محلی حجاز مانند اخبار مکة از فاکهی و تاریخ المدینة از ابن شبـه قابل مشاهده است.
همچنین برخی سعی کرده اند از خلال روایات صادق، مفاهیم فلسفی استخراج کنند. در این خصوص به کتاب محمد جواد جزایری با عنوان "فلسفة الامام الصادق" اشاره می شود که نویسنده سعی کرده مفاهیمی چون حقیقت شیء و اقسام معانی، تقسیم وجود به ظلی و طبیعی، مسئلهٔ خیر و شر، اراده و مبادی حرکت ارادیه، شبهات مربوط به کیفیت حشر مانند شبههٔ آکل و مأکول و قاعدهٔ امکان اشرف، را از میان روایات صادق استخراج کند. به عقیده پاکتچی صورت‌بندیها در احادیث صادق نشان از رویارویی او با فلسفه به معنای خاص آن دارد، هرچند این احادیث باید چه از حیث استناد و چه از حیث خاستگاه، مورد دقت فراوان قرار گیرد. از آن جمله است زوج مفهومی انیت و مائیت، ساخت مفاهیم کیفوفیة و اینونیة وامثال آن. در زمینه علوم محض، گفته می شود جابربن حیان آثار زیادی در کیمیا دارد که بخش زیادی از آن برگرفته از تعالیم صادق است. هر چند جندی و ابوزهره این ادعا را تایید کردند، تردیدهایی در این انتساب وجود دارد. به نوشته پاکتچی بخشی از این تردید از جانب امثال ابن ندیم است که مایل نبوده این فخر نصیب صادق شود. به نوشته پاکتچی بخش دیگری از این تردید از جانب امثال صفدی است که کیمیا را در شان صادق نمی دانسته اند. بخش دیگرِ تردید متعلق به محققانِ معاصر از قبیل روسکا است که شواهد لازم برای اثبات این ادعا را کافی نمی‌دانند. برخی مستشرقان، از جمله کراوس و سزگین، اصل تاریخی بودن شخصیت جابر را مورد تردید قرار می دهند که این خود باعث شده کسانی چون استادی، آثارِ جابر را در اصل، آثارِ صادق بدانند. محمد یحیی هاشمی در کتابِ "الامام الصادق ملهم الکیمیاء" در این رابطه بحث مفصلی دارد درباره نقش صادق در آموزش جابر و تأسیس کیمیا در عالم اسلامی. در زمینهٔ طب، بخش زیادی از کتاب "طب الائمة" از پسرانِ بسطام، سخنان و روایات صادق است. رساله ای با عنوان "اختلاج الاعضاء" نسخه‌ای خطی با عنوان "سراج الظلمة فی طب الائمة" منتسب به صادق است. از متاخران محمد خلیلی اقوال طبی صادق را در کتابی با عنوان "طب الصادق" و عارف سلیم در "الامام الصادق (ع) و الطب" جمع آوری کرده اند. در زمینه نجوم علاوه بر روایاتی که از صادق در منابع امامیه آمده، به خصوص از کتابِ "فرج المهمومِ" نام برده می شود که ابن طاووس در آن به بخشهایی از "رساله اهلیلجه" دربارهٔ دانش نجومی صادق تمسک کرده است. همچنین رساله دیگری درباره روزها و ماهها و خواصِ سعد و نحس آنها به صادق نسبت داده می شود. کتاب "الامام الصادق (ع) فی نظر علماء الغرب " بر خلاف اسمش بیشتر به تنوع علوم نزد صادق و ارتباط آن با علوم جدید پرداخته است. همچنین توفیق فهد، صادق را به عنوان بنیانگذار و الهام بخشِ برخی علوم محض نزد مسلمانان می داند. همچنین در علم جفر که میراث علی تلقی می شود، نوآوری هایی به صادق نسبت می دهند، هر چند در کتب اهل سنت درباره آن تردید می شود. همچنین در کتب تعبیر خواب مثل "تعطیر الانامِ" نابلسی گفته های زیادی به صادق نسبت داده شده است. علی صراط الحق این سخنان را در کتابی با عنوان "تفسیر الاحلام للامام الصادق" گرد آورده است. برخی چون جندی، سعی کرده اند رد تجربه گرایی در علم را از آموزه های صادق استخراج کنند و با شیوه نوین تجربه علمی مقایسه کنند.
گفته می‌شود که صادق تقیه را به عنوان ابزاری دفاعی در مقابل فشار و تهدیدی که علیه او و شیعیانش روا داشته می‌شد، به کار می‌برد. تقیه در واقع نوعی طفره یا رازپوشی دینی است که در آن مؤمنی که در معرض ترس یا خطر آزار و اذیت شدید قرار می‌گیرد، دینش را انکار می‌کند. به عبارتی دیگر، بر مبنای تقیه، این قابل قبول است که عقیدهٔ واقعی خود را پنهان کنید، در صورتی که با ابراز آن جان خود یا دیگری را به خطر می‌اندازید. دکترین تقیه در واقع هنگامی به وسیلهٔ صادق توسعه یافت که منصور عباسی حملات وحشیانه‌ای را علیه علویان و حامیان آنان براه انداخته بود. به گفتهٔ معزی در منابع اولیه اسلامی تقیه به معنای «حفظ و نگهداری رمز و راز تعلیمات امامان بود.» تباین و تضاد موجود در احادیث ائمه، بر این اساس، به عنوان محصول نیاز به تقیه تلقی می‌شد. بر همین منوال از صادق روایت شده‌است که: «کسی که می‌داند ما (ائمه) حقیقت را می‌گوییم، از تعلیمات ما خرسند است و اگر ببیند بعداً چیزی خلاف آنچه شنیده ایراد کردیم، باید بداند که این تنها به نفع خودش است.» تقیه همچنین برای کسانی که نمی‌خواستند تعلیمات آن‌ها برای همهٔ علما قابل درک باشد یا می‌خواستند معانی عمیق‌تر را از دید علمای معمولی پنهان کنند، معنایی رمزی داشت.
به عقیده جعفریان، فشار سیاسی دوران صادق، او را وامی‌داشت اصحابش را پیوسته سفارش به تقیه کند تا جایی‌که ترک آن را مساوی با ترک نماز می‌دانست. صادق با وجود این که در قیام زید مشارکت نکرد، درباره زید گفته است که «خدا او را رحمت کند، مرد مؤمن و عارف و عالم و راست‌گویی بود، که اگر پیروز می‌شد وفا می‌کرد و اگر زمام امور را به دسـت می‌گرفت، می‌دانست آن را به دست چه کسی بسپارد.» به نوشته جعفریان، روایاتی متعارض با این روایت هم از صادق نقل‌شده است که نشان می‌دهد زید، با وجود اذعان به برتری علمی صادق، امامتِ سیاسیِ او را نپذیرفته است و ممکن است بدون رضایتِ صادق دست به قیام زده باشد. روایات باقی مانده از صادق باوجودی‌که رضایت او را از قیام زید نشان نمی‌دهد، اما آن را «قیامی بر ضد ستمگری» می‌بیند. صادق در هر صورت شخصیت اخلاقی زید را تایید می کرد و اجازه نمی‌داد کسی به او جسارت کند. در حدیثِ دیگری، صادق در پاسخ به زیدیان که او را متهم کردند اعتقاد به جهاد در راه خدا ندارد، در ضمن رد این اتهام گفت «ولی من نمی‌خواهم علم خود را در کنار جهل آنها بگذارم.» در مقابل دعوت ابوسلمه و ابومسلم، صادق موضع مشابهی گرفت و حاضر نشد با آنها همکاری کند. به عقیده جعفریان، وقاداری ابوسلمه به بنی عباس و کشته شدن ابومسلم و ابوسلمه گواه مناسبی بر درستیِ موضع صادق است.
به نوشته جعفریان، صادق شورشِ نظامی را قبل از زمینه سازی فرهنگیِ مناسب، به صلاح شیعه نمی‌دانست و آنرا موجب سوء استفادهٔ فرصت طلبان می‌دانست. همچنان‌که قیام زید و پس از او یحیی بن زید فقط زمینه بهره برداری عباسیان را فراهم کرد. نتیجه اینکه زیدیه و خوارج که فقط در خط سیاست حرکت می‌کردند موضع قدرتمند خود را از دست دادند اما مذهب جعفری به مرور پایه های فکری خود را مستحکم کرد و به شیعه هویت مستقلی بخشید.
صادق باوجودیکه شورش نظامی را راه چاره نمی‌دانست، در مواضع گوناگون از ابراز نارضایتی خود از حکومت موجود و یادآوری حق خود به عنوان امام امت، خودداری نمی‌کرد. در همین رابطه روایت شده است که روزی منصور از او پرسید چرا مثل بقیه به دیدار او نمی‌رود. جواب صادق این بود که «مـا کـاری نکرده ایم که به جهت آن از تو بترسـیم؛ و از امر آخرت پیش تو چیزی نیست که به آن امیـدوار باشـیم؛ و این مقـام تو در واقـع نعمـتی نیست که آن را به تـو تبریـک بگـوییم و تو آن را مصـیبتی برای خود نمی‌دانی که تو را دلـداری بـدهیم، پس پیش تو چه کار داریم؟» از نظر صادق اسلام بر پنچ اصل استوار است: نماز، زکات، حج، روزه و ولایت. صادق ولایت را مهمتر از چهار اصل دیگر می‌دانست زیرا معتقد بود والی است که مردم را به چهار اصل دیگر هدایت می‌کند. به نقل از ابن عنبه، منصور با آگاهی از این مطلب بارها تصمیم به قتل او گرفت.
در همین زمینه روزی منصور به صادق گفت نسبت ما و شما به رسول خدا برابر است. صادق در جواب گفت رسول خدا «اگر از دختران شما خواستگاری کند مجاز است اما از ما نمی‌تواند. این دلیل آن است که ما از او هستیم و او از ما.»
قیام عبدالله بن حسن از جلمه قیامهایی بود که صادق مخالفت خود را با آن ابراز داشت. بعد از نافرجام ماندن این قیام و به قدرت رسیدن عباسیان، نفس زکیه در مدینه دست به قیام مشابهی زد که آن هم منجر به شکست و کشته شدن او شد. در طول این قیام، صادق از مدینه خارج شد و بعد از تمام شدن ماجرا به این شهر برگشت.
بیشتر اصحاب و روایان احادیث صادق اهل عراق و مخصوصاً کوفی بوده‌اند. تعدادی نیز از اهل خراسان بودند که بنا به روایتی گرد صادق جمع آمده بودند تا سوالات فقهی خود را از او بپرسند. در بصره اما شرایط به گونه متفاوتی بود که به نوشته رسول جعفریان ناشی از روحیه عثمانی اهل شهر بود که از زمان جنگ جمل شکل گرفته بود.. از حفص بن غیاث که برای نقل حدیث به آن شهر رفته بود، خواسته بودند از چند نفر، از جمله صادق، روایت نکند. حسن بن علی الولشاء نقل میکند که در مسجد کوفه ۹۰۰ نفر را دیده‌است که «حدثنی جعفربن محمد» می‌گفتند. برخی منابع مثل کشف الغمه تعداد کسانی که نزد صادق درس آموخته و از او حدیث نقل کرده‌اند را ۴۰۰۰ نفر می دانند. در این میان برخی مقام بالاتری نسبت به بقیه داشتند. از صادق نقل است که می‌گوید اگر زراره بن اعین و امثال او نبودند احادیث پدرم از بین می‌رفت. در جای دیگری می‌گوید اگر زراره، ابو بصیر مرادی، محمد بن مسلم و برید بن معاویه عجلی نبودند کسی از ما و احادیث ما اطلاع پیدا نمی‌کرد. صادق همچنین از ابو بصیر و محمدبن مسلم به عنوان مرجع شیعیان برای پرسیدن سوالات دینی خود یاد می‌کند.
سید حمیری یکی از شعرای معروف شیعه است که در ابتدا به مذهب کیسانی معتقد بود اما بعد از دیدار با صادق تغییر عقیده داد.
از برخی رجال مدینه مثل یزید بن عبدالله بن هاد و یحیی بن سعید انصاری که سن بالاتری از صادق داشتند، به عنوان روایان احادیث او یاد می‌کنند. از میان هم نسلان صادق که که در کتب رجال اهل سنت از آنها به عنوان شاگرد و راوی احادیث صادق یاد می‌شود به تفکیک شهر محل اقامت به شرح زیر است:
از مدینه مالک بن انس، ابوضمرهٔ مدنی، حاتم بن اسماعیل حارثی، سلیمان بن بلال تیمی، محمد بن اسحاق بن یسار، اسماعیل بن جعفر، سعید بن سفیان اسلمی، عبدالعزیز بن عمران زهری، عبدالعزیز بن محمد دراوردی و عبدالله بن عمر عمری؛ از مکه ابن جریج، سفیان بن عیینه، عبدالله بن میمون قداح و مسلم بن خالد زنجی؛ از کوفه ابوحنیفه، سفیان ثوری، شعبة بن حجاج، حفص بن غیاث نخعی، حسن بن صالح بن حی، حسن بن عیاش، آبان بن تغلب، معاویة بن عمار، زید بن حسن انماطی و محمد بن میمون زعفرانی؛ از بصره عبدالوهاب بن عبدالمجید ثقفی، وهیب بن خالد باهلی، عثمان بن فرقد عطار، محمد بن ثابت بنانی، ابوعاصم ضحاک بن مخلد نبیل، روح بن قاسم عنبری و عبدالعزیز بن مختار دباغ؛ و از خراسان ابراهیم بن طهمان و زهیر بن محمد تمیمی.
در کتب رجال شیعه، از ۱۲ نفر از یاران صادق به عنوان «اصحاب اجماع» یاد می‌شود که رجل مورد اعتماد امامیه به حساب می‌آیند و احادیث شان معتبر است. ۶ تن از این رجال به نامهای زرارة بن اعین، معروف بن خربوذ مکی، بریدة بن معاویه، ابو بصیر اسدی، فضیل بن یسار و محمد بن مسلم از اصحاب مشترک صادق و پدرش باقر هستند. شش تن دیگر جمیل بن دراج، عبدالله ابن مسکان، عبدالله بن بکیر، حماد بن عیسی، حماد بن عثمان و آبان بن عثمان می‌باشند.
به عقیدهٔ هی وود، نیم جین از کتاب‌های دینی نام صادق را به عنوان نویسنده بر خود حک دارند، با این حال نمی‌توان با اطمینان هیچ‌کدام از آن‌ها را به صادق نسبت داد. محتمل است که صادق نویسنده‌ای بوده که کار نوشتن را به شاگردانش واگذار می‌کرده‌است. جابر به عنوان مثال ابراز می‌دارد که آثارش یک جور بازنویسی تعلیمات صادق است و از خود چیز زیادی به آن‌ها اضافه نکرده‌است. به عقیده احمد پاکتچی از میان آثاری که به صادق منتسب است، برخی آثار ضبط شده با سلسله اسانید در کتب امامبه از قبیل الکافی از انتساب قوی تری برخوردار است. در منابع تاریخی زیادی از قبیل طبری، یعقوبی و مسعودی همچنین نقل قول‌های زیادی از صادق یافت می‌شود. ذهبی نیز به آثار روایی اهل سنت و دانشمندان اسماعیلی از قبیل قاضی نعمان اشاره کرده که اقوال صادق را در اثارشان ضبط کرده‌اند.
از دید شیعه بر عهده امام است که معانی ظاهری و باطنی قرآن را برای مردم تبیین کند. تفاسیر قرآن منتسب به جعفر صادق از قبیل «تفسیر القرآن»، «منافع سور القرآن» و «خواص القرآن الاعظم» بیشتر به عنوان کتب رمزی-عرفانی شناخته شده و در انتساب آن‌ها به صادق تردید وجود دارد. عبدالرحمان سلامی در کتب «حقائق التفسیر» و «زیادات حقائق التفسیر»، جعفر صادق را به عنوان یکی از منابع اصلی (اگرنه منبع اصلی) معانی قرآن نامبرده است. کتاب جفر، به عنوان یک تفسیر عرفانی بر قرآن کریم، به گفتهٔ ابن خلدون توسط صادق دربارهٔ معانی پنهان قرآن نگاشته شده‌است. به گفتهٔ ابن خلدون این تفسیر که ابتدا بر پوست گوساله نوشته شده بود در واقع به منظور روشن کردن معانی پنهانی قرآن نگاشته شده‌است. این کتاب توسط هارون بن سعید عجلی، از جعفر صادق روایت و به نگارش درآمده است.
یکی از تفاسیر رمزی عرفانی منتسب به صادق کتابی است که به روایت ابوعبدالرحمان سلمی، از رجال صوفیه نگاشته شده است. انتساب این تفسیر به صادق در منابع اهل سنت با تردید روبرو شده است. به نوشته پاکتچی، این متن ابتدا بوسیله لوئی ماسینیون معرفی شده، سپس به کوشش پل نویا و علی زیعور به چاپ محققانه رسیده است. از ویژگیهای این تفسیر توجه به تفسیر حروف است.
تفسیر النعمانی از دیگر تفاسیر منتسب به صادق است که صادق آن را به روایت علی بن ابیطالب از پیامبر اسلام نقل کرده است. این رساله توسط محمد ابراهیم نعمانی(معروف به ابن ابی زینب) گردآوری شده است. منابع متقدم شیعه اسمی از این تفسیر نمی‌برند اما محمد باقر مجلسی آن را در کتابش بحارالانوار، به روایت النعمانی، ثبت کرده است. خلاصه ای از این تفسیر همچنین منتسب به شریف مرتضی می باشد که تحت عنوان رساله محکم و متشابه، باقی مانده است.
تفسیر امام صادق از دیگر تفاسیر منتست به صادق است که آقابزرگ تهرانی در کتاب الذریعه الی تصانیف الشیعه از آن با عنوان «تفسیر الامام جعفر بن محمد الصادق » نام می برد و حدس می زند یکی از شاگردان صادق آن را از او روایت کرده است. فؤاد سزگین از آن به عنوان «تفسیر القرآن» اسم می برد. در کتابخانه شرق شناسی بانکی‌پور نسخه ای از آن با عنوان «تفسیر الامام الصادق»، به روایت النعمانی، ثبت شده است. این تفسیر به ترتیب سوره های قرآن مرتب شده و فقط عباراتی از قرآن را که نیاز به توضیح دارد را پوشش می دهد. این تفسیر که نوعی تفسیر عرفانی می باشد به ظاهر و باطن قرآن پرداخته و بیشتر دربارهٔ رابطه بشر و دانش او از خداوند و همچنین رابطه محمد و خداست.
تفسیر امام جعفر صادق که به روایت ابوعبدالرحمان سلمی به ما رسیده و کاملاً مستقل از آن کتابی است که کسانی چون مجلسی با عنوان کتاب التفسیر یا "تفسیر النعمانی" از آن نام برده اند. این تفسیر در کتاب «حقائق التفسیر» اثر ابوعبدالرحمن محمد سلمی ثبت شده است و بعد از تفسیر تستری به عنوان قدیمی ترین تفسیر عرفانی قرآن به حساب می آید. این تفسیر رمزی قرآن نخستین بار توسط لویی ماسینیون شناسانده شد. این تفسیر با حدیثی از صادق آغاز می شود که بر طبق دکترین صوفیه، معانیِ پنهان قرآن را تایید می کند. همچنین چند نسخه خطی درباره منافع سوره‌های قرآن و به‌طورکلی خواص قرآن منسوب به صادق است.
جعفر صادق بعد از مجلس درس روزانه خود به مناظره با افراد مختلف از جمله خداناباوران می‌پرداخت. مفضل بن عمر جعفی در کتابی که به توحید مفضل مشهور شده، مباحثی را به نقل ار ایشان نوشته‌است که از دیگاه کالبدشناسی و تن کارشناسی (آناتومی و فیزیولوژی)، فلسفی و جهان‌شناسی به تحکیم پایه‌های خدا باوری طرف مباحثه می‌پردازد. در متن بعضی از این مناظرات به مسایلی علمی همچون گردش خون -که در آن زمان ناشناخته بوده- اشاره شده‌است. این کتاب بـه سبب تکرار عبارت «فکّر یا مفضل ... »، نزد متقدمان به کتاب فکّر شهرت داشته است. ظاهراً از این کتاب در نسخ خطی گاهی با اسم رسالهٔ اثبات صانع نام برده شده است. شرح و ترجمه های زیادی بر این کتاب نوشته شده است.
از جمله این نامه ها، توصیه هایی است به شیعیان که کلینی آنها را جمع آوری کرده است مثل منهج الیقین به شرح "محمد حسن بن عین". رسالهٔ شرائع الدین به روایت اعمش شامل گزاره‌هایی در اصول و فروع دین است که ابن بابویه آن را نقل کرده است. قطعه ای از یک نامه در تفسیر و قسمتی از یک نامه دیگر در نقد اصحاب رأی و قیاس از جمله این آثار است. رساله در معایش عباد و وجوه اخراج اموال از دیگر آثار منسوب به صادق است که که درباره فقه اقتصادی است. این کتاب نخست به وسیله شیخ حر عاملی در وسائـل الشیعة نشر یافت. سپس بـا راه پیدا کردن بـه کتب فقهی امامیان متأخر اعتبار و کاربرد جدی پیدا کرد. الرسالة الاهوازیة، خطاب به نجاشی، والی اهواز، نگاشته شده است. نجاشی از این رساله به عنوان تنها تصنیف معتبر صادق نام می برد. متن این رساله در ضمن «کشف الریبة» شهید ثانی برجای مانده، و به چاپ رسیده است.
اهلیلجه رساله دیگری است به روایت مفضل بن عمر نقل شده است. این رساله شامل مکالمات صادق با یک طبیب هندی در باب آفرینش و اثبات صانع می باشد. نجاشی از آن با عنوان کتاب بدء الخلق و الحث علی الاعتبار یاد می کند. به نوشته پاکتچی، مجلسی و آقابزرگ این رساله را نام دیگر توحید المفضل پنداشته‌اند، اما در رجال نجاشی این اثر از کتاب «فکّر» جدا شده است. برخی از اهل رجال متأخر مثل خویی و معجم نیز استقلال این رساله را تأیید کرده‌اند.
در میان کتبی که در سده‌های نخست و میانه ناشناخته بوده اما در سده های اخیر با آنها آشنا شده اند، می توان به مصباح‌الشریعه و تقسیم الرؤیا اشاره کرد. مصباح‌الشریعه درباره اخلاق است و به شیوه‌ی آموزه‌های صوفیه نگاشته شده است. ابن طاووس به عنوان اولین کسی که در در قرن هفتم ه.ق با این کتاب آشنا شد، آن را مجموعه ای از احادیث جعفر صادق می دانست. اما در واقع این کتاب پیشگویی وقایع و مصائب آینده است. نسخه خطی آن با عنوان الملحمة در کتابخانه گوتا موجود است. "تقسیم الرؤیا" به عقیدهٔ آقابزرگ، می تواند نوشتهٔ برخی از امامیه، مثلاً تفسیر الرؤیای صابونی باشد. نسخه‌ای حاوی مناظرهٔ صادق با برخی شیعیان در باره برتری میان ابوبکر و علی به صورت خطی در کتابخانهٔ ظاهریهٔ دمشق و نسخه های دیگری دربردارندهٔ پرسشهای پیامبر از خداوند در شب معراج، در قاهره و اسکندریه وجود دارد. مقالة فی السلوک از دیگر آثار منتسب به صادق است که با یک ترجمه ترکی در تکیه عشقاقی استانبول موجود است.
نسخه‌های مختلفی از یک وصیت‌نامه و همچنین مجموعه‌ای از احکام حقوقی نیز به صادق نسبت داده شده‌اند. همچنین اصول کافی اثر شیخ کلینی که از منابع اصلی حدیث شیعه است، حاوی مطالب و گزارش‌های زیادی از صادق می‌باشد.
دربارهٔ شخصیت صادق عبارات زیادی از علما نقل شده‌است. استاد اسد حیدر قسمت زیادی از آنها را در کتاب «الامام الصادق و المذاهب الاربعه» آورده‌است.
در منابع اهل سنت، از صادق به عنوان یک راوی مورد اعتماد یاد شده است هر چند به نسبت شیعه، علمای اهل سنت احادیث بسیار کمتری از صادق نقل کرده اند. احمد بن محمدبن ثعلبی در اثری تفسیری الکشف و البیان، به چهل حدیث از صادق استناد جسته است. برخی از این احادیث مبیّن برتری اهل بیت است از جمله در جایی که صادق اشاره کرده است که در آیه «به ریسمان محکم الهی چنگ بزنید و پراکنده نشوید.»(03:103)، مقصود از ریسمان الهی، اهل بیت می باشند. یا در رابطه با آیه 23 سوره شوری، صادق از علی و حسن و حسین در کنار پیامبر اسلام اسم برده می شود است که مودّت و محبّت مردم در مورد آنها توصیه شده است. به عقیده باکلی آمدن چنین احادیثی در تفسیر الکشف و البیان نشان می دهد که ثعلبی اینگونه روایات را مخالف عقیده اهل سنت- که از علی و فاطمه و حسن و حسین به بزرگی یاد می کنند- نمی‌داند. هر چند که به واسطه اینگونه اظهارات بسیاری از مفسرین متاخر سنی مذهب از جمله ابن تیمیه، از ثعلبی به عنوان یک راوی غیر قابل اعتماد نام برده اند. با این وجود موقعیت صادق در میان صوفیان اهل سنت بسیار والاتر گزارش شده است. به عقیده باکلی، در متون عرفانی اهل سنت، صادق از موقعیت محوری برخوردار است.
همچنین در اسناد اهل سنت، از صادق به عنوان یک فقیه والامقام یاد می شود. ابن حجر هیتمی ضمن اینکه آوازه صادق را همه گیر می داند، از یحیی بن سعید، ابن جریح، مالک، سفیان بن عیینه، سفیان ثوری، ابوحنیفه، شعبه و ایوب سختیانی به عنوان امامانی که از او روایت کرده اند، یاد می کند. بنا به روایتی از یعقوبی، منصور عباسی پس از وفات صادق او را «سرور، عالِم و بازماندهٔ نیکان اهل بیت»، برگزیده خداوند و پیشی گیرندگان به خیرات و مصداق آیهٔ «ثُمَّ اَوْرَثْنا الْکِتابَ الَّذینَ اصْطَفَیْنا مِنْ عِبادِنا …» (فاطر / ۳۵ / ۳۲) می نامد. برخی از علمای اهل سنت چون ابن کثیر، مقدسی و ابن عبدریه از صادق با عبارت «رضی الله عنه» یاد می‌کنند که از عبارات رایج در مورد صحابه پیامبر اسلام است. جاحظ علم و فقه صادق را عالمگیر می داند و شاگردی ابوحنیقه و سفیان ثوری در نزد او را گواه عظمتش می داند. علی بن عیسی اربلی از قول محمد بن طلحه شافعی نقل می‌کند که بزرگانی چون یحیی بن سعید انصاری، ابن جریح، مالک بن انس، سفیان ثوری، عثمان بن عیینه، شعبه و ایوب سختیانی از علم صادق بهره گرفتند و به آن بهره‌مندی مباهات کرده اند. ابوزهره علمای اسلام را با تمام اختلافشان، درباره صادق متفق می داند. ابوزهره دانشِ صادق را محدود به فقه و حدیث نمی داند و کلام را هم به آن اضافه می کند. همچنین در زمینه اخلاق و علل و انگیزه فساد آنها، آگاهی گسترده‌ای داشت. شهرستانی در کتاب ملل و نحل می‌نویسد صادق «در امور و مسائل دینی از دانشی بی پایان و در حکمت از ادبی کامل و نسبت به امور دنیا و زرق و برقهای آن از زهدی نیرومند برخوردار بود و از شهوتهای نفسانی دوری می‌گزید» ابوحنیفه ضمن اینکه می‌گوید «من هرگز فقیه تر از جعفر بن محمد ندیدم»، برخی احادیث صادق را در کتاب «الآثار» خود جمع‌آوری کرده‌است. تعبیر مشابهی از ذهبی نقل شده است. ابن خلکان، فضل صادق را مشهورتر از آن می داند که نیاز به توضیح داشته باشد. ابن خلکان در شرح حال جعفر صادق، جابر بن حیان را یکی از شاگردان او می داند که کتابی در هزار ورق تالیف کرده و پانصد تا از رساله های صادق را در آن گنجانده است.
جعفر صادق آخرین امامی بود که هم شیعیان اسماعیلی و هم شیعیان دوازده امامی او را امام می دانستند. به نوشته شیخ مفید، علمای اسلام از کسی به اندازه صادق، حدیث نقل نکرده‌اند. عمرو بن ابی مقدام می‌گوید هر وقت جعفر صادق را می‌دیدم، می‌فهمیدم او از نسل پیامبران است. بنا بر آنچه در مناقب آمده است زید، عموی صادق، درباره اش می گوید: «در هر زمان مردی از ما اهل بیت است که خدا بدو بر خلق خود احتجاج می کند و حجت زمان ما برادرزاده ام جعفر است، آنکه او را پیروی کند، گمراه نگردد و آنکه مخالف وی بود، هدایت نشود.»
امامت صادق مصادف با دوران بحرانیِ انتقال قدرت از بنی امیه به بنی عباس بود و آن دسته از شیعیان پدرش که شیوه امامتِ غیرنظامی صادق را ترجیح می دادند از او پیروی کردند. قبل از صادق اکثریت شیعیان سیاست‌های انقلابی زید (عموی جعفر صادق) را به سکوت رازآلود پدر و پدربزرگ صادق ترجیح می‌دادند.
زید ادعا می‌کرد که مقام امامت بسته به مطالبهٔ عمومی این مقام توسط خود امام است. صادق از طرف دیگر دکترین امامت را برای شیعیان اینطور توضیح می‌داد که «امامت بسته به انتخاب بشر یا مطالبهٔ عمومی آن نیست»، بلکه هر امام دارای علم بخصوصی است که او را برای آن مقام شایسته می‌کند. این علم از محمد پیامبر به علی و سپس دیگر جانشینان علی می‌رسد. بر این اساس، دکترین "نص" یا «انتصاب هر امام بوسیله امام قبل به فرمان خداوند» توسط صادق کامل شد. صادق با این حال می‌گفت که به رغم اینکه به منصب امامت انتخاب شده، ادعای خلافت نخواهد کرد.
صادق در پایان عمر خود به پسر سوم خود، موسی کاظم وصیت کرده است. این وصیت علنی بوده و علاوه بر منابع شیعی در کتب اهل سنت نظیر ابن جوزی و دمیری هم ثبت شده‌است. با این وجود پس از مرگ صادق و حتی پیش از مرگش، وقتی پسر ارشدش اسماعیل پیش از خودش از دنیا رفت، شیعیان شروع به انشعاب به دسته‌های مختلف کردند. پس از مرگ صادق این دسته‌بندی‌ها بیشتر شد. گروه بزرگی از شیعیان دوازده امامی به امامت پسر سوم صادق، موسی کاظم، معتقد شدند. گروه کوچکتری معتقد بودند اسماعیل توسط پدرش به جانشینی انتخاب شده بود اما چون قبل از پدرش از دنیا رفته است، جانشینی به محمد بن اسماعیل و جانشینانش منتقل می‌شود. این گروه اخیر به اسماعیلیه معروف شدند. برخی اسماعیلیان معتقد بودند اسماعیل در واقع نمرده است بلکه به عنوان مهدی و ناجی آخرالزمان ظهور خواهد کرد، و این در حالی است که به گفتۀ طباطبایی، عالم و مفسر امامی، مرگ اسماعیل با حضور شاهدان زیادی اتفاق افتاد. گروه‌های دیگری هم بودند که دو پسر دیگر صادق، عبدالله افطح و محمد بن جعفر را امام می‌دانستند. عبدالله، ملقب به افطح، مسن‌ترین فرزندِ صادق بود که برخی شیعیان با این تلقی که امامت به فرزندِ ارشد می رسد، او را امام می دانستند. این گروه فطحیه نام گرفتند. مرگ عبدالله با فاصله چند ماه پس از مرگ پدرش، فطحیه را در حیرت فرو برد. محمد، مشهور به دیباج، هم فرزند دیگر صادق بود که ادعای خلافت کرد و به شیوه زیدیان قیامی بر پا کرد که با شکست و دستگیری‌اش خاتمه پیدا کرد. گروه کوچکتری هم معتقد بودند صادق آخرین امام بوده و امامت با او به پایان رسیده است. پس از مرگ موسی کاظم، که شیعیان دوازده امامی، امام هفتم می‌دانند، اکثریت شیعیان به امامت پسرش علی بن موسی الرضا معتقد شدند. در حالی که عدهٔ دیگری معتقد بودند امامت با موسی کاظم پایان رسیده که این گروه اخیر به واقفیه معروف شدند. از امام هشتم تا امام دوازدهم، که اکثریت شیعیان مهدی موعود می‌دانند، انشعاب مهم دیگری رخ نداده‌است. از میان فرقه‌هایی که از اکثریتِ دوازده امامی منشعب شده‌اند امروزه فقط اسماعیلیه و زیدیه باقی مانده‌اند. به عقیده شیعه، در جریان به آتش کشیدن منزل صادق به دستور منصور، نجات صادق به مانند فرار ابراهیم نبی از آتش، معجز گونه بوده است. به نوشته کلینی، آتش به راهرو رسیده بود که صادق بیرون آمد و خطی جلوی آتش کشید و جسورانه در آن قدم گذاشت در حالی که می گفت «من پسر اسماعیل هستم. من پسر ابراهیم خلیل الله هستم.» همچنین بنا به روایتی که در بحار و بصائر الدرجات آمده است، داود بن علی (حاکم مدینه)، معلی بن خنیس — که ظاهراً از یاران صادق بوده — را کشت. صادق به مدت یک ماه در خانه ماند و به دیدار حاکم نرفت. داود او را احضار کرد اما صادق اطاعت نکرد تا اینکه حاکم، پنج نگهبان به خانه صادق فرستاد و از آنها خواست اگر صادق دوباره استنکاف کرد، سرش را برای او ببرند. بر طبق این روایت صادق در مقابل نگهبانهایی که حاضر نبودند بدون او خانه را ترک کنند، دست به دعا برداشت و سپس به آنها گفت «برخیزید! آنکه شما را فرمان داده بود مرد!»
همچنین از محمد بن قیس روایت شده که از صادق پرسید به چه نشانی می توان امام را شناخت. بر طبق این روایت، صادق دستش را بر ستونی کشید و ستون به صورت درخت، برگ و بار آورد. به نوشته رسول جعفریان، شهرت و محبوبیت تدریجی شیعه، عده ای از غالیان را واداشت به این جریان نفوذ کنند و آنرا از درون نابود کنند و چهره خارجی ناخوشایندی به آن بدهند یا در چشم نظاره گر بیرونی شیعه را جریانی لاقید نشان می‌داد که اهمیتی به فروعات دینی نمی‌دهند. از جمله این غالیان، بیان بن سمعان بود که این عقیده را ترویج می کرد که شناخت امام از تمام واجبات و روزه و نماز و … کفایت می‌کند. غلات که خود را مرتبط با ائمه معرفی می‌کردند، در برابر انکارِ آنها، مدعی می شدند که ائمه برای تقیّه آنها را طرد می‌کنند. غلات در دسته‌بندی فرق و مذاهب، از شیعیان به حساب نمی‌آیند، اما مذاهب اهل سنت در عمل تفاوت چندانی بین آنها و شیعه قائل نشده، و پیروانشان را از پذیرش احادیث آنها منع می‌کنند. امامان شیعی با تمام مخالفت شان با اندیشه غلو، نتوانسته‌اند به‌طور کامل از رسوخ آن جلوگیری کنند. نمونه این رسوخ از نظر جعفریان، اندیشۀ تحریف قرآن است که به شیعه نفوذ کرده است. همچنین این عقیده که دوستی اهل بیت، شیعیانِ آنها را از انجام عمل صالح بی‌نیاز کرده، از آتش جهنم نجات می‌دهد. به گونه ای که این اندیشه‌های سهل انگارانه جذابیتی برای برخی شیعیان ایجاد کرد. غلات همچنین به ائمه جنبه ربوبی دادند یا شایع کردند که به ائمه وحی می‌شود. صادق برای مقابله با این جریان، ضمن اینکه از شیعیانش خواست با غلات نشست و برخاست نکنند، از اصحابش خواست کتاب خدا را میزان درست و نادرست احادیث قرار دهند. صادق حتی در مواردی غلات را تکفیر کرد. دادن حکم قتل ابوالخطاب از جمله این موارد بود. دربارهٔ یکی از غلات به نام مغیره از صادق روایت شده است که می گفت، مغیره کتابهایی که اصحاب پدرم می‌نوشتند، به بهانه خواندن به خانه می‌برد و احادیثی در کفر و زندقه به آنها می‌افزود و به پدرم نسبت می‌داد و دوباره به آنها برمی‌گرداند. در مناقب از «ناآگاهی» به عنوان یکی از ریشه های غلو یاد شده است. از دنیاخواهی و شهرت طلبی به عنوان انگیزه‌های پیدایش غلات نام برده شده است. چنانچه برخی غلات به ائمه جنبه خدایی می‌دادند تا خودشان را پیامبران آنها معرفی کنند. از جمله آنها مفضل بن عمر بود که عده ای او را بابِ صادق می دانستند. اعتقادی که بعداً توسط عده ی کثیری از شیعیان جدی گرفته شد. عده ای از شیعیانِ صادق که ناووسیه خوانده میشدند، به معنای اصطلاحی، غالی نبودند اما اعتقاد داشتند صادق از دنیا نرفته و در آخرالزمان به عنوان مهدی ظهور خواهد کرد.
به عقیده باکلی، بیشتر شاخه های تصوف از موقعیت صادق برای پایه گذاری دکترین خود بهره گرفته اند. ستایش‌های فراوانی که از او در میان این آثار به عمل آمده است، بیانگر این موقعیت است. از جمله ابونعیم اصفهانی در کتاب حلیة الاولیاء، که یکی از اولین زندگینامه های اولیاء به شمار می رود، از صادق به خاطر تقوا و فروتنی و خلوت گزینی و کناره گیری از قدرت دنیوی تحسین کرده است. همچنین هجویری در کشف‌المحجوب از صادق به خاطر ظرافت سخن و آشنایی او به حقایق معنوی تقدیر کرده است. عطار نیشابوری در کتاب تذکره الاولیا از صادق به عنوان عارف، عاشق و کسی که معانی رمزی قرآن و جنبه های باطنی آن توسط او آشکار شده است، نام می برد.
عطار نیشابوری، همچنین نام صادق را به عنوانِ اولین نفر از اولیاء، در ابتدای کتاب تذکره الاولیا قرار داده است. او در این باره می‌نویسد:
مصباح‌الشریعه از آثار صوفیانه منتسب به صادق است که درباره معانی معنوی برخی احکام دینی و اخلاقی بحث می کند. ابوعبدالرحمان سلمی در طبقات، او را دارای "زهدی بالغ در دنیا و برخوردار از ورعی تام از شهوات، و ادبی کامل در حکمت" دانسته است. نویسندگان صوفی با وجود این که صادق را از صوفیه به حساب نمی‌آوردند، او را مرجع معنوی خود می دانستند. سفیان ثوری و عباد بن کثیر از بزرگان صوفیه، باوجودیکه به خاطر پشمینه پوشی و ترک دنیا مورد انتقاد صادق بودند، از مریدان او به شمار می رفتند.
از کتابهای متقدم درباره زندگی جعفر صادق می توان به دو مورد زیر اشاره کرد که در قرن چهارم ه.ق نگاشته شده است: "اخبار الصادق (ع) مع ابی حنیفة و اخبار الصادق(ع) مع المنصور" از محمد بن وهبان دبیلی، و "اخبار جعفر بن محمد (ع)" از عبدالعزیز بن یحیی جلودی. اثر دوم را با اثر مشابه دیگری با عنوان "قصة خبر الصادق (ع) مع المنصور" مرتبط می دانند. این اثر در کتابخانهٔ ظاهـریـه موجود است. "الهفت الشریف"، کتاب دیگری است درباره فضایل و احوال صادق که فضایی باطن گرا دارد و ظاهراً از طریق مفضل بن عمر روایت شده است. این کتاب در محافل اصلی شیعه شناخته شده نبوده است. "الحکمة الخالدة" مجموعه ای از آموزه هایی است که ابوعلی مسکویه با بهره گیری از سخنان صادق گردآوری کرده است. "الاخلاق عند الامام الصادق" عنوان کتابی است که محمد امین زین الدین تلاشی در جهت مدون کردن اخلاق در نظر صادق است. "اخلاقیة فی فقه الامام الصادق" عنوان کتاب دیگری است که در آن محمد جواد مغنیه تلاش کرده مبانی اخلاقی در فقه صادق را تبیین کند.