جانشینی محمد
در میان مسلمانان در مورد جانشین محمد اختلافاتی وجود داشته ‌است، و همچنین اساس اختلافات مذاهب شیعه و سنی بر سر همین موضوع است. بر طبق تاریخ محمد ده سال پس از هجرت، و چند ماه پس از بازگشت از حجةالوداع، بیمار شد و ظهر روز دوشنبه در ۱۲ ربیع‌الاول سال ۱۱ مصادف با ۷ ژوئن سال ۶۳۲م در خانهٔ همسرش عایشه در شهر مدینه در حالی که ۶۳ سال داشت درگذشت. گروهی از مردم به سقیفه بنی ساعده رفتند، با اینکه همهٔ مسلمانان یا نمایندگان همهٔ مسلمانان در شورا شرکت نداشتند (از جمله عباس عموی محمد و علی بن ابیطالب داماد ایشان) تا در مورد جانشینی محمد گفتگو کنند. این امر درحالی بود که هنوز بدن محمد دفن نشده‌بود و علی به همراه طلحه و زبیر و جمعی از خویشان و صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند، نتیجه گردهمایی مسلمانان در سقیفه، انتخاب ابوبکر به‌عنوان جانشین محمد بود. گروهی از انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به رهبری علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. پوناوالا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام‌های ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آن‌ها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی منصوب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آن‌ها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد. به نوشته پوناوالا علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد. بدین ترتیب به تدریج نهاد خلافت پدید آمد که در خارج از جهان اسلام معادلی ندارد. خلیفه از منزلت رهبری و حق گزینش زمامداران برخوردار بود. انتصاب به خلافت نوعی قرارداد بود که تعهدات متقابلی را بین خلیفه و اتباع وی (امت) پدیدمی‌آورد.
بنا به اعتقاد شیعیان محمد در راه بازگشت از آخرین سفر حج خود از سوی خدا مأمور شد و آیه «یا أَیّهَا الرّسُولُ بَلِّغْ ما أُنْزِلَ إِلَیْکَ مِنْ رَبِّکَ وَ إِنْ لَمْ تَفْعَلْ فَما بَلّغْتَ رِسالَتَهُ وَ اللّهُ یَعْصِمُکَ مِنَ النّاسِ إِنّ اللّهَ لا یَهْدِی الْقَوْمَ الْکافِرینَ» در مورد غدیر نازل شد، که برای خود جانشینی انتخاب کند. در کنار چاهی به نام غدیر خم او ضمن خواندن خطبه‌ای علی را به جانشینی خود منصوب کرد. روایتی که اهل سنت نیز آن را نقل کرده‌اند و شیعیان جانشینی محمد را با استناد به آن مختص علی می‌دانند این است: «هر کس من مولای اویم، زین پس علی مولای اوست.» و بعد از این ابلاغ آیه «الْیَوْمَ یَئس الَّذِینَ کَفَرُوا مِن دِینِکُمْ فَلا تخْشوْهُمْ وَ اخْشوْنِ الْیَوْمَ أَکْمَلْت لَکُمْ دِینَکُمْ وَ أَتمَمْت عَلَیْکُمْ نِعْمَتی وَ رَضِیت لَکُمُ الاسلَمَ دِیناً» نازل شد و خداوند دین اسلام را در این روز و پس از ابلاغ ولایت علی کامل شده دانسته‌است. اما اهل تسنن به خلاف معتقدند محمد (به دلیل ممانعت عمر از محمد) برای خود جانشینی انتخاب نکرد، بلکه بعد از مرگ وی جمعی از یاران او با تشکیل شورا ابوبکر را به عنوان جانشین انتخاب کرده‌اند.
محمد ده سال پس از هجرت، و چند ماه پس از بازگشت از حجةالوداع، بیمار شد و ظهر روز دوشنبه در ۱۲ ربیع‌الاول سال ۱۱ مصادف با ۷ ژوئن سال ۶۳۲م در خانهٔ همسرش عایشه در شهر مدینه در حالی که ۶۳ سال داشت درگذشت. مردم در اطراف خانهٔ محمد تجمع کرده بودند و می‌خواستند مطمئن شود محمد واقعاً فوت شده‌است. عمر بن خطاب خبر درگذشت محمد را تکذیب می‌کرد و هرکس که این خبر را می‌گفت او را به مرگ تهدید می‌کرد. این شرایط گذشت تا ابوبکر در مسجد النبی سخنرانی کرد وگفت: «اگر کسی از میان شما محمد را می‌پرستیده‌است، محمد درگشته و هرکس خدا را می‌پرستیده او هیچگاه نمی‌میرد» و سپس آیهٔ ۱۴۴ از آل عمران را خواند: پس از این سخنرانی مردم از سردرگمی خارج شدند و عمر نیز مرگ محمد را قبول کرد و بلافاصله سقیفه بنی ساعده رفتند تا در مورد جانشینی محمد گفتگو کنند. این امر درحالی بود که، علی به همراه طلحه و زبیر و جمعی از خویشان و صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند، نتیجه گردهمایی مسلمانان در سقیفه، انتخاب ابوبکر به‌عنوان جانشین محمد بود. گروهی از انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به رهبری علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. پوناوالا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام‌های ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آن‌ها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی منصوب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آن‌ها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد. به نوشته پوناوالا علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به نوشته ویلفرد مادلونگ پس از واقعه سقیفه و انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد، وضعیت خلیفه در ابتدا بسیار ناپایدار بود و این صرفاً به خاطر سر باززدن قبایل نبود. عمر در مدینه با کمک برخی از افراد قبیله اوس کنترل خیابان‌ها را بر عهده گرفت و مسوول بیعت ستاندن از مردم شد. زبیر به همراه جمعی از مهاجرین در خانه فاطمه بود. عمر تهدید کرد که خانه را به آتش می‌کشد مگر آنکه آن‌ها بیرون آیند و با ابوبکر بیعت کنند. زبیر با شمشیر در دست بیرون آمد؛ ولی لغزید و شمشیر را از دست داد و همراهان عمر بر روی او افتادند و او را دستگیر کردند یا به قول طبری شمشیر او را قبضه کردند. استفاده از زور در مورد زبیر تنها موردی بوده‌است که منابع اشاره کرده‌اند. شواهدی وجود دارد که خانه فاطمه مورد تفتیش قرار گرفت. گفته می‌شود که علی بعدها بارها گفته بود که اگر چهل مرد همراه خود داشت او مقاومت می‌کرد. به گفته مادلونگ گزارش‌های نادر از کاربرد زور علیه بنی‌هاشم را احتمالاً باید مردود دانست و تهدید به استفاده از زور معمولاً برای بیعت گرفتن از کسانی که متمایل نبودند کافی بود. به گفته وی بدون شک ابوبکر داناتر از آن بود که علیه بنی‌هاشم به زور متوسل شود. زیرا این کار حس اتحاد بین خاندان عبدالمناف را برمی‌انگیخت؛ گروهی که ابوبکر به رضایت آن‌ها نیاز داشت. سیاست ابوبکر انزوای بنی‌هاشم تا حد ممکن بود و در نهایت بنی هاشم که خود را در شرایطی مشابه محاصره اقتصادی شعب ابی طالب می‌دیدند بعد از شش ماه (به همراه علی) با ابوبکر بیعت کردند.
حدود سه سال از بعثت گذشته بود که فرمانی از سوی خدا نازل شد:
«و خاندان خویشاوندت را هشدار ده»
محمد، خویشاوندانش در بنی‌هاشم و گروهی از فرزندان المطلب ابن عبد مناف را که حدود ۴۵ نفر می‌شدند، دعوت کرد و ایشان را چنین موعظه کرد: همهٔ مهمانان سکوت کردند و جوابی ندادند. درمیان سکوت، علی که نوجوانی ۱۳ ساله بود برخاست و گفت: محمد این ابلاغ را سه مرتبه تکرار کرد و هر بار همگی خاموش بودند و تنها علی هر مرتبه قاطعانه اعلام آمادگی و وفاداری کرد. سپس محمد دست علی را در دست گرفت، بیعت او را پذیرفت و گفت: این کار محمد باعث تمسخر او در میان خویشاوندانش و طعنه به ابو طالب پدر علی شد که در آن مجلس حضور داشت؛ محمد جانشینی بعد خود را مزد یاری‌کننده‌اش در استقرار اسلام قرار داد که این مزد در آغاز دعوت علنی به علی وعده داده شد.
در یکی از روزها، نزدیک ظهر، آیه‌ای بر محمد نازل شد که در آن ویژگی‌های ولی و سرپرست مسلمانان مشخص شده بود: إِنَّمَا وَلِیُّکُمُ ٱللَّهُ وَ رَسُولُهُۥ وَ ٱلَّذِینَ ءَامَنُواْ ٱلَّذِینَ یُقِیمُونَ ٱلصَّلَوٰةَ وَ یُؤۡتُونَ ٱلزَّکَوٰةَ وَ هُمۡ رٰکِعُونَ «سرپرست و دوست شما فقط خدا و رسول اوست و مؤمنانی که همواره نماز را برپا می‌دارند، و در حالی که در رکوعند [به تهیدستان] زکات می‌دهند». با نزول این آیه محمد دریافت که چنین واقعه‌ای رخ داده و کسی در رکوع صدقه داده‌است و خداوند قصد معرفی او را دارد؛ با شتاب و در حالی که این آیه را می‌خواند و مردم را از آن آگاه می‌کرد، به مسجد آمد و پرسید: چه کسی در حال رکوع صدقه داده‌است؟ فقیری که انگشتری در دست داشت، به علی که در حال نماز بود، اشاره کرد و گفت: این مرد در حال رکوع، انگشتر خود را به من بخشید. مردم که از محتوای آیه با خبر شده‌بودند، تکبیر گفتند و محمد نیز، ستایش و سپاس خداوند را بجا آورد.
محمد به صورت مکرر، ازجمله در روزهای آخر عمر خود، می‌فرمود: ... إِنِّی تَارِک فِیکمْ الثَّقَلَینِ کتَابَ اللَّهِ عَزَّ وَ جَلَّ وَ أَهْلَ بَیتِی عِتْرَتِی ما إِنْ تَمَسَّکتُم بِهِما لَنْ تَضِلُّوا اَبَداً و اِنَّهُما لَن یَفتَرِقا حَتّی یَرِدا عَلَیَّ الحَوضَ … «من در میان شما دو چیز گرانبها می‌گذارم؛ کتاب خدا و عترتم، اهل بیتم را. اگر به این دو تمسک بجویید هرگز گمراه نمی‌شوید و این دو هرگز ازهم جدا نمی‌شوند تا اینکه در حوض کوثر بر من وارد شوند.»
محمد، مدت کوتاهی قبل از مرگش، همه مسلمانانی را که در حجةالوداع او را همراهی کرده بودند، در محلی به نام غدیر خم گرد آورد. محمد یک خطبه طولانی خواند؛ در بخشی از آن می‌گوید: ای مردم! در قرآن تفکر کنید و آیات آن را بفهمید. به آیات واضح و مبرهم آن نگاه کنید و از بخش‌های مبهم و دوپهلوی آن (خودسرانه) پیروی نکنید؛ از طرف خداوند هیج‌کس قادر به توضیح دادن هشدارها و اسرار آن نیست، و هیچ‌کس نمی‌تواند تفسیرش را روشن کند، غیر از آنکسی که دستش را در دست گرفتم، او را در کنار خودم آوردم (و بازویش را بلند کردم)، آن شخصی که من به شما اطلاع می‌دهم که هرکسی که من مولای او هستم، این علی مولای او است؛ و او علی بن ابی طالب، برادر من و وصیّ من است، که منتصب شده به عنوان سرپرست شما و رهبر فرستاده شده بر من از جانب الله، که قوی‌العزیز است. (بسیار قدرتمند و با شکوه). این رویداد توسط منابع شیعه و سنی نقل شده‌است. علاوه بر این، پس از خطبه، ابوبکر، عمر و عثمان، همه با علی بیعت کردند، این واقعیت نیز از سوی منابع شیعه و سنی گزارش شده‌است.
در مدینه، پس از حجة الوداع و واقعه غدیر خم، محمّد دستور داد سپاهی تحت فرمان اسامة بن زید قرار گیرند. او دستور داد که همهٔ اصحاب، به جز اهل بیتش، همراه اسامة برای انتقام شکست مسلمانان در نبرد مؤته به سوریه بروند. محمد عَلم اسلام را در روز ۱۸ صفر سال ۱۱ ه‍.ق به اسامة داد. ابوبکر و عمر از جمله کسانی بودند که محمد دستور داد تا به ارتش اسامة ملحق شوند.
با این حال، ابوبکر و عمر از فرمانبری اسامة سر باز زدند. زیرا فکر می‌کردند که او، که ۱۸ یا ۲۰ سال داشت، برای رهبری یک ارتش زیادی جوان بود. به رغم تعالیم محمد که می‌گفت سن و موقعیت اجتماعی لزوماً برای یک فرمانده خوب بودن مرتبط نبود.
در پاسخ به این سرپیچی‌ها، محمد اظهار داشت:
هرزمان که محمد احساس آسودگی از بیماری وخیمش می‌کرد، می‌پرسید که آیا ارتش اسامة به سوریه رفته‌است؛ و همچنان برای حرکت اصحابش به سمت سوریه پافشاری می‌کرد. محمد حتی گفت:
با این حال، زمانیکه چند تن از اصحاب آماده برای پیوستن به ارتش اسامة بودند، بسیاری دیگر از اصحاب، از جمله ابوبکر و عمر، دستورهای محمد را نادیده گرفتند. همچنین ذکر شده‌است که این تنها جنگی بود که محمد از اصحاب خود خواست تا بدون هیچ استثنایی به جنگ بروند. برای جنگ‌های دیگر، اگر کسی قادر به رفتن به جنگ نبود، محمد اجازه می‌داد آن‌ها در خانه باقی بمانند. در تاریخ ذکر شده‌است که این واقعیت که محمد به اصحاب خود، بجز اهل بیتش، دستور داد که مدینه را ترک کنند، درست زمانی که می‌دانست اواخر عمرش است؛ اثبات می‌کند که او قصد ندارد که اصحابش دربارهٔ جانشینی بعد از او تصمیم بگیرند.
گزارش شده‌است که محمد ابزار نوشتن خواسته برای نوشتن بیانیه ای که مانع از گمراه شدن ملت مسلمان می‌شود. عمر پاسخ داد: «دست نگه دارید! او دارد هذیان می‌گوید و کتاب خدا برای ما کافی است.» این رویداد در هر دو سنت شیعه و سنی اشاره شده‌است و رویداد یکی از بزرگترین مصیبت‌های تاریخ اسلام نامیده شده‌است.
هنگامی که محمد در بستر مرگش بود، و در خانه عده‌ای از اصحاب از جمله عمر بن خطاب حضور داشتند، گفت:
ابوالفضل احمد بن ابی طاهر و ابن ابی الحدید در شرح حال عمر نوشته‌اند: محمد گفت: «هرکه مرا اطاعت کند خدا را اطاعت کرده و هرکه مرا عصیان کند خدا را عصیان نموده‌است و آنکه اطاعت علی نماید از من اطاعت کرده و آنکه علی را عصیان نماید مراعصیان نموده‌است.»
محمد در برابر شکایت چند نفر از اصحاب از علی فرمود: «از جان علی چه می‌خواهید… علی از من و من از اویم و ولی و مولای هرمؤمنی بعد از من است.»