برگزیدن رهبر جمهوری اسلامی ایران (۱۳۶۸)
نخستین برگزیدن رهبر جمهوری اسلامی ایران در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ خورشیدی پس از درگذشت سید روح‌الله خمینی رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران، در جلسهٔ فوق‌العادهٔ مجلس خبرگان رهبری برگزار شد. در این جلسه سید علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت، به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد.
چند روز پس از همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران (۶ مرداد ۱۳۶۸) و رسمیت یافتن قانون جدید و حذف «مرجعیت» از شروط رهبری، خبرگان مجدداً تشکیل جلسه می‌دهند و در رای‌گیری مجدد، سید علی خامنه‌ای با اکثریت ۶۰ رأی از ۶۴ عضو حاضر ، رهبر (دائم) جمهوری اسلامی ایران شد.
پس از استعفا یا برکناری حسینعلی منتظری از قائم‌مقامی رهبر ایران، آیت‌الله خمینی در بازنگری قانون اساسی، تقاضای تجدید نظر در ماده ۱۰۹ را داد که طبق آن رهبر جمهوری اسلامی باید «مرجع تقلید» باشد. خمینی قبل از تغییر رسمی قانون اساسی با همه‌پرسی (۶ مرداد ۱۳۶۸)، در ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ درگذشت و سید علی خامنه‌ای، شرط مرجعیت را بر اساس قانون اساسی وقت نداشت از این رو مجلس خبرگان وی را به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران تا زمان برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی جدید انتخاب کرد. البته سمت «رهبر موقت» در قانون اساسی وقت ذکر نشده‌بود و موقت بودن این انتخاب نیز در آن زمان به اطلاع عموم نرسید و حتی تا انتشار ویدیو کامل جلسه در سال ۱۳۹۷ هنوز عموم مردم از این مسئله بی‌اطلاع بودند.
تصمیم برای برگزاری جلسه در ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ اتخاذ شد، هنگامی که احمد خمینی حدود ساعت ۳:۰۰ بعد از ظهر با اکبر هاشمی رفسنجانی تماس گرفت و به او خبر داد که حال پدرش وخیم است. وقتی معلوم شد که انتخاب جانشین ضروری است، رفسنجانی و محسن رضایی نمایندگان مجلس را برای جلسه اضطراری به تهران فراخواندند. روح‌الله خمینی حدود ساعت ۱۰:۱۵ شب همان روز درگذشت. صبح روز بعد جلسه برگزار شد. با این‌که به‌صورت رسمی علی مشکینی رئیس مجلس خبرگان بود، در بیشتر اوقات نائب رئیس مجلس، اکبر هاشمی رفسنجانی، جلسه را مدیریت و رهبری می‌کرد. جلسه با آوردن وصیت نامه مهر و موم شده‌ای در گاوصندوق توسط رفسنجانی رسماً آغاز به کار کرد. پس از آنکه احمد خمینی به دلیل اندوه از خواندن وصیت‌نامه امتناع ورزید، رئیس‌جمهور وقت سید علی خامنه‌ای، وصیت‌نامه را در میان گریه‌های نمایندگان قرائت کرد. خواندن ۳۵ صفحه از وصیت نامه حدود دو و نیم ساعت به طول انجامید.
خبرگان در سال ۱۳۶۴ وی را به قائم‌مقامی رهبری برگزیده‌بود که چندی پیش از درگذشت سید روح‌الله خمینی خبر استعفای وی منتشر گردید. پیش از تعیین رهبر، مجلس خبرگان رهبری به سخنگویی هاشمی رفسنجانی، با قریب به اتفاق آرا نامهٔ استعفای حسینعلی منتظری از قائم‌مقامی رهبری را تأیید نمود.
چند سال بعد هاشمی رفسنجانی و برخی افراد دیگر با انتشار نامهٔ برکناری حسینعلی منتظری از سوی سید روح‌الله خمینی اعلام کردند که استعفای وی پس از برکناری بوده‌است.
پس از این‌که نمایندگان خبرگان به صورت رسمی استعفای حسینعلی منتظری را پذیرفتند، موضوعی که برای بحث مطرح شد این بود که آیا رهبری باید تا همه‌پرسی به صورت موقت شورایی باشد یا این‌که مجلس باید یک فرد را به رهبری منصوب کند. چندین شورا در میان صحبت‌ها پیشنهاد شد از جمله:
قانون اساسی وقت تعبیه کرده بود که مجلس خبرگان رهبری در صورت نبود شرایط لازم برای رهبری در هیچ‌یک از مراجع تقلید وقت باید شورای رهبری تشکیل دهد.
نمایندگانی در موافقت و نمایندگانی در مخالفت با این طرح صحبت‌هایی ایراد کردند. اکبر هاشمی رفسنجانی، علی خامنه‌ای و علی مشکینی از جمله موافقان شورای رهبری بودند. پس از رأی نمایندگان به کفایت بحث، در نهایت رفسنجانی اعلام کرد «آقایانی که با فردی بودن رهبر، تو این مقطع، همین مقطع تا رفراندوم موافق هستند قیام کنند» و پس از شمارش آرای افراد حاضر در رای‌گیری، با اعلام هاشمی که "۴۴–۴۵ نفر" ایستاده‌اند، رهبری شورایی رای نیاورد و موضوع بر روی رهبری فردی متمرکز شد. در منبعی آرای افرادی که نشسته بودند ۲۳ و در خاطرات رفسنجانی ۳۵ نفر ذکر شده‌است.
در مورد رای‌گیری برای رهبری سید محمدرضا گلپایگانی هیچ فیلم یا سندی رسمی دال بر این‌که رای‌گیری انجام شده‌است یا نه، وجود ندارد و برخی نمایندگان اعلام می‌کنند که غیر از علی خامنه‌ای برای هیچ‌کسی رای‌گیری نشد و تنها منبع این خبر کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی است که وی در آن می‌نویسد «ابتدا به پیشنهاد اعضای جامعه مدرسین (حوزه علمیه قم) که عضو مجلس خبرگان بودند، آیت الله گلپایگانی مطرح شد. حدود ۱۴ نفر به ایشان رای دادند.» اکثر نمایندگان به مطرح شدن نام گلپایگانی اشاره می‌کنند، ولی رای‌گیری در مورد رهبری او را صحیح نمی‌دانند.
جزئیات بحث در مورد رای‌گیری رهبری خامنه‌ای برای دهه‌ها مخفی نگه داشته می‌شد. در سال ۱۳۸۷، بخشهایی از فیلمهای دیده نشده جلسه توسط صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش شد که نشان می‌داد اکبر هاشمی رفسنجانی نقشی اساسی در ترغیب اعضای مجلس به رای دادن به خامنه ای داشته‌است. رفسنجانی گفت:
پس از این هم رفسنجانی یک روایت از ملاقات خصوصی‌اش با خمینی در این زمینه و صحبتی از قول احمد خمینی نقل کرد با مضمون این که آیت‌الله خمینی، خامنه‌ای را برای رهبری می‌پسندید. در نتیجه این صحبت‌ها او از سوی بسیاری لقب تاج بخش را گرفت.
در فیلم دیگری که در دی ماه ۱۳۹۶ از آرشیو طبقه‌بندی صدا و سیما بیرون آمده، نکات جدیدی دربارهٔ جلسه انتخاب رهبر جمهوری مشخص شده‌است که در روایات رسمی وجود ندارد و حذف شده‌اند. در جلسه خودِ شخص خامنه‌ای که به عنوان کاندید مطرح شده‌است شروع به سخنرانی می‌کند و می‌گوید که:
آذری‌قمی در پاسخ به این پرسش خامنه‌ای گفت «بله!» خامنه‌ای اما ادامه داد: «قطعاً قبول نمی‌کنند.» صادق خلخالی گفت: «بعد از رهبر شدن بله…» چند تن دیگر از اعضا از جایگاه خود بلند شده و همزمان به احتجاج با خامنه‌ای پرداختند. در مقابل موافقان انتخاب او می‌گویند که "موقت است آقای خامنه ای. موقت است! اشکالی ندارد!"
در نهایت هاشمی رفسنجانی در آستانه رای‌گیری بر سر علی خامنه ای به عنوان جانشین رهبری اعلام می‌کند: «آقایانی که با رهبری جناب آقای خامنه ای تا رفراندوم - البته این موقت است، دائمی نیست - موافق هستند قیام بفرمایند»؛ و سپس به کسانی که گویی می‌خواهند از موقت بودن انتخاب و عدم اعلام عمومی آن مطمئن شوند می‌گوید: «موقت گفتم … اعلام نمی‌شود.» ۶۰ نفر از ۷۴ نمایندهٔ حاضر قیام کردند و به خامنه‌ای رأی دادند. آرای مخالف و ممتنع به ۱۴ نفر رسید که یکی از آنان خود سید علی خامنه‌ای بود.
پس از انتخاب موقت خامنه‌ای، همه‌پرسی تغییر قانون اساسی، در ۶ مرداد به انجام رسید و جلسه بعدی مجلس خبرگان برای دائمی کردن دوران رهبری خامنه‌ای، در ۱۵ مرداد ۱۳۶۸، یعنی تنها دو ماه پس از انتخاب موقت وی به این سمت تشکیل شد. طبق قانون اساسی جدید (فعلی)، رهبر جمهوری اسلامی لازم بود علاوه بر شرایط دیگر، دارای «صلاحیت علمی لازم برای افتاء در ابواب مختلف فقه» باشد. از این رو باید فرض کرد که در طول دو ماه وی به حد مورد تصریح قانون اساسی جدید رسیده باشد. برخی رسیدن در طول دو ماه از جایگاه فردی که با توجه به جلسه برگزار شده اعلام می‌شود که «صاحب نظر» بودن او در مسائل فقهی در معرض تردید جدی بوده، به جایگاه کسی که دارای «صلاحیت علمی لازم» برای صدور فتوا در «ابواب مختلف فقه» را دارد، امری به دور از واقعیت می‌دانند.
در نقلی از رفسنجانی آمده‌است که انتخاب در آن روز به دلیل توصیهٔ سید روح‌الله خمینی بوده‌است و پس از بازنگری در قانون اساسی دوباره انتخابات دیگری برای دائمی کردن رهبری برگزار شد که درصد بیشتری از بار نخست به سید علی خامنه‌ای رأی دادند.
انتخاب سید علی خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را نداشت. بر اساس اصل صدونهم قانون اساسی ۱۳۵۸ شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: «صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری». ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. اما سید روح‌الله خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که: در سال ۸۳ قاسم شعله سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای، وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است. نامبرده چند سال پیش از آن با بکار بردن لقب آیت الله برای سید علی خامنه‌ای، بر تبعیت از رهبری وی تأکید کرده و مدعی شده بود رساله دکترای خود را در دفاع از ولایت نوشته‌است.
مرجعیت سید علی خامنه‌ای در سال ۱۳۷۳ و پس از فوت محمدعلی اراکی اعلام شد. در آن هنگام جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای هفت نفر را به عنوان مراجع جایزالتقلید اعلام کرد که یکی از آن‌ها او بود.
احمد آذری قمی، اولین کسی بوده که در جلسه ۱۴ خرداد، نام آقای خامنه ای را به عنوان جانشین رهبر بر زبان رانده‌است. در ۵ آبان ۱۳۷۶ وی از اعضای مهم جامعه مدرسین که تا آن هنگام از حامیان جدی سید علی خامنه‌ای بود، در نامه‌ای به سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت به انتقادات بی‌سابقه‌ای از حکومت و رهبری پرداخته و در مورد بیانیه جامعه مدرسین در تأیید مرجعیت وی نوشت:
از این رو آذری قمی تأکید کرد از بابت «اشتباه خود و به اشتباه انداختن دیگر خبرگان» در مورد اجتهاد آقای خامنه ای «از خدا و ملت ایران پوزش می‌طلبد».
۱۸ روز بعد حسینعلی منتظری نیز در یک سخنرانی عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن این انتخاب را مطرح کرد. وی دربارهٔ مرجعیت سید علی خامنه‌ای گفت: پس از این انتخاب، علماء و شخصیت‌های سیاسی متعددی برای وی پیام تبریک دادند که از این افراد می‌توان به عنوان نمونه مراجع تقلید فاضل لنکرانی، محمدعلی اراکی، سید محمدرضا گلپایگانی و یوسف صانعی و روحانیونی نظیر علی مشکینی و سید رضا بهاءالدینی را نام برد.
«اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای مدظله العالی ثبوتاً و اثباتاً نیاز به نظر دادن نداشته و ندارد و نه تنها مجتهد مسلم می‌باشد بلکه فقیه جامع الشرائط واجب الاتباع است. امید آنکه سایه اش بر سر مسلمین مستدام.»