نقد قرآن
منتقدان قرآن، ضمن به چالش کشیدن وثاقت تاریخی این متن-که بنا به باورهای متعارف اسلامی، توسط جبرئیل به محمد، وحی شده‌است- تلاش می‌کنند تا نشان بدهند که دلایل اثبات نبوت محمد و آسمانی‌بودن قرآن، ضعیف و غیرقابل دفاعند و در نقد قرآن چنین ادعاهایی مورد نقد و بررسی است: اینکه قرآن از عیب‌ها و کاستی‌ها پیراسته‌است، هیچ سخن باطل، تناقض‌آمیز و بیهوده‌ای در آن، پیدا نمی‌شود یا همه مطالب آن، بدون استثنا مطابق وجدان و اخلاق و فطرت پاک انسانی است و با واقعیات و مسلمات علمی و عقلی سازگار است.
دسته‌ای از منتقدان، ضمن رد اعجاز قرآن، روایت تاریخی ارائه‌شده توسط مورخان مسلمان را رد می‌کنند. و نیز از لحاظ تاریخی، آن را متکی به متون مقدسی می‌دانند که قبلاً وجود داشته‌است.
دسته‌ای از منتقدان، قرآن را از جهت اخلاقی، نقد می‌کنند؛ از جمله: آیات جهاد و همچنین خشونتی که در جاهای قابل توجهی از قرآن دربارهٔ کافران روا داشته می‌شود و همچنین مسائل اخلاقی شخص محمد به عنوان حامل قرآن.
ابن وراق تضادهای درونی و ایرادات علمی در قرآن یافت و همچنین اشتباهات را با شفافیت و صحت و پیام اخلاقی آنها ارائه نمود. رایج‌ترین انتقادات شامل نوشته شدن قرآن بر اساس منابع از پیش موجود، ثبات درونی، شفافیت و آموزه‌های اخلاقی آن می‌باشند.
مایکل کوک و پاتریشا کرون ضمن رد دیدگاه سنتی نسبت به نحوهٔ تدوین قرآن، مدعی هستند هیچ شاهد قوی‌ای مبنی بر اینکه قرآنی قبل از دههٔ پایانی قرن هفتم میلادی وجود داشته نداریم. در مقابل برخی از اسلام‌شناسان غربی صحت فقط آیاتی خاص را مورد تردید قرار داده‌اند جان وانسبرو اما معتقد است که قرآن کنار هم گذاشته شدهٔ متون مقدس دیگر، از جمله متون مقدس مسیحی-یهودی است.
ویلیام مونتگمری وات و ریچارد بل اعتبار قرآن را رد نمی‌کنند اما بر این امر صحه می‌گذارند که در قرآن شاهد تغییرات سریع ریتم، تکرار کلمات یا عبارات در آیات کنار هم، حضور ناگهانی آیه‌ای که موضوعی متفاوت با آیات اطرافش دارد، برخورد متفاوت با یک موضوع در آیات کنار هم، شکاف‌ها در ساختار گرامری، تغییرات ناگهانی در طول آیات، تغییر ناگهانی سوم شخص به اول شخص، یا مفرد به جمع، و کنار هم آمدن آیاتی که در ظاهر معنی متفاوتی دارند، هستیم؛ هر چند این‌ها عموماً مشخصهٔ خاص متن قرآن در نظر گرفته شده‌اند. بل و وات این نظر را مطرح می‌کنند که ممکن است دلیل این‌ها تغییر، اصلاح و بازنویسی در متن آن باشد. به گفتهٔ آن‌ها حتی اگر این دیدگاه نیز پذیرفته نشود، لازم است که توجیهی برای این حالت متن قرآن داده شود. وات و بل، در عین حال معتقدند مطالعات مدرنِ قرآن هیچ دلیل جدی‌ای بر وقوع تحریف برجسته در قرآن ارائه نکرده‌است. اگر چه سبک قرآن تغییر می‌کند ولی تقریباً تردیدی از صحت آن باقی نمی‌گذارد. به گفتهٔ تئودور نلدکه شخصیت‌های پیامبرانی که در قرآن از آن‌ها اسم برده شده، کپی‌برداری از شخصیت محمد است و همه به سان محمد سخن می‌گویند و با مخالفان مشابهی طرفند؛ و برای تأیید حرفش مثال می‌آورد که نوح در قرآن، قوم خود را از پرستش خدایانی نهی می‌کند (با ذکر نام این خدایان) که در واقع همان بت‌هایی هستند که عرب‌های زمان محمد می‌پرستیدند. مفسرین مسلمان اما در توضیح آیه ۲۳ سوره نوح که چرا قرآن، مشرکین عرب را از پرستش خدایان زمان نوح بر حذر می‌دارد، گفته‌اند بت‌های قوم نوح یعنی ود، سواع، یغوث، یعوق و نسر –که بر گرفته از شخصیت‌های حقیقی زمان نوح با همین نام‌ها بودند– پس از طوفان تا مدت‌ها زیر خاک ماندند تا اینکه اعراب آن‌ها را بیرون آوردند و خود به پرستش آن‌ها روی آوردند.
منتقدان اسلام، قرآن را سخنان خودِ محمد بن عبدالله دانسته و گفته‌اند: محتوای آن از منابع یهودی و مسیحی و اشعار دوره جاهلیت، اقتباس شده‌است؛ برخی نیز هر چند قرآن را برتر از کلام انسانی شمرده‌اند، اما در وحیانی بودن آن تشکیک کرده‌اند.
تئودور نلدکه، پدر علم مطالعات قرآنی در اروپا، ضمن قابل شمردن ارزش بلاغی قرآن، قرآن را از نظر زیباشناختی به هیچ روی اثر تراز اولی به حساب نمی‌آورد. از نظر نلدکه محمد به هیچ وجه در سبکْ استاد نیست و این تعصب مسلمانان است که یک تولید معیوب ادبی را تا حد شاهکاری بی‌بدیل بالا برده‌اند. از نظر نلدکه اگر قرآن بی‌نقص از آب درآمده بود حقاً آن را می‌شد معجزه شمرد. چون تا پیش از قرآن اثر قابلی در نثر عربی تولید نشده بود و هرچه بود به شعر بود. از این رو از دید یک ناباور بر محمد نمی‌توان خرده گرفت که چرا نثری که تولید کرده‌است معیوب است چرا که کارهای آغازین هیچوقت بی‌نقص نیست. نلدکه در این عقیده تنها نیست. مستشرقانی نظیر نیکلسن و شوالی، همانند نلدکه قرآن را از نظر ادبی بی‌دقت، پراشتباه، ناقص و ملال‌آور می‌دانستند. انتساب «قطعه، قطعه بودن» و «عدم پیوستگی» متن قرآن در نوشتارهای مستشرقین بعدی تا به امروز نیز تکرار شده‌است.
بگفته استفان وایلد، استاد دانشگاه بن، این‌گونه قضاوت‌ها از متن ادبی قرآن عموماً هم توسط اعراب مسیحی و هم محققان مسلمان رد می‌شوند.از دیگر دلایلی که منتقدان برای بشری بودن قرآن ذکر کرده‌اند، نسبت دادن صفات بشری به خدا توسط قرآن است. خدا در قرآن خشم می‌کند، دوستی می‌کند و غیره. این افعال و حالات که به نظر یک منتقد، عارض شدنش بر شخص، ناشی از ضعف روح و نیازمندی آدمی‌است در قرآن به چشم می‌خورد و منتقد را به این نتیجه می‌رساند که صفات و عکس‌العمل‌های خداوند با روحیات محمد آمیخته‌است. علمای مسلمان به اقتضای دلایل عقلی و نقلی، تشبیه (دادن صفات مخلوق به خداوند) را نفی، و تنزیه (نفیِ صفات خلق) را ثابت می‌کنند و معتقدند نه خداوند شبیه چیزی است و نه چیزی شبیه خداوند است. و به عنوان دلیل آیاتی از قرآن را ذکر می‌کنند: «لیس کمثله شیء» (یعنی هیچ چیز مثل خدا نیست) و «لایدرکه الابصار» (یعنی چشم‌ها قادر به دیدن او نیستند) که به اصطلاح به تنزیه خدا می‌پردازند. با این حال شناخت خداوند را لازمهٔ جمع بین تشبیه و تنزیه می‌دانند و معتقدند تشبیهِ صرف و تنزیهِ صرف، خداوند را محدود می‌کند. ابن عربی عارف قرن ششم و هفتم بر این اساس دیدگاه معروفی دارد که از آن به «تنزیه در عین تشبیه» یاد می‌شود. او شناخت خدا را با جمع بین تشبیه و تنزیه ممکن و هر یک از تشبیه و تنزیه را به تنهایی ناکافی می‌داند. از نظر علی بن ابیطالب «خداوند عقل‌ها و خردها را بر چگونگی و تحدید صفات خود آگاه نکرد لکن هرگز آن‌ها را از مقدار لازم معرفت خود، محجوب نساخت».
مسئلهٔ ناسخ و منسوخ (نسخ یک آیه و جایگزینی آن با آیه ای دیگر) از وجوهی است که منتقدان در اثبات بشری بودن قرآن بر می‌شمرند. آن‌ها محمد را متهم می‌کنند که به فراخور حالِ خود حکم‌های متضادی صادر می‌کرده‌است چون خدا اگر خدا باشد از همان اول آیاتی نمی‌آورد که مجبور باشد بعداً آن‌ها را نسخ کند. قرآن می‌گوید: «هر آیه‌ای را نسخ کنیم یا آن را به [دست] فراموشی بسپاریم بهتر از آن یا مانندش را می‌آوریم مگر ندانستی که خدا بر هر کاری تواناست.» همچنین می‌گوید: «چون آیه‌ای را به جای آیه دیگر بیاوریم - و خدا به آنچه به تدریج نازل می‌کند داناتر است- می‌گویند جز این نیست که تو دروغ‌بافی [نه] بلکه بیشتر آنان نمی‌دانند. بگو آن را روح القدس از طرف پروردگارت به حق فرود آورده تا کسانی را که ایمان آورده‌اند استوار گرداند و برای مسلمانان هدایت و بشارتی است.» ابن وراق در این‌باره می‌گوید: آیه‌های مکی-که در آغازِ ادعای پیامبری محمد نازل شده-همه، حکایت از بردباری و شکیبایی و تحمل اندیشه‌ها و کردار دیگران را دارد؛ ولی آیه‌های مدنی-که در زمان فرمانروایی محمد نازل شده-همه از کشتن و نابود کردن و گردن زدن و قطع عضو دم می‌زنند. (برای مثال، آیه ۵ سوره توبه که می‌گوید: «پس چون ماه‌های حرام سپری شد مشرکان را هر کجا یافتید بکشید و آنان را دستگیر کنید و به محاصره درآورید و در هر کمینگاهی به کمین آنان بنشینید پس اگر توبه کردند و نماز برپا داشتند و زکات دادند راه برایشان گشاده گردانید زیرا خدا آمرزنده مهربان است»، آیه‌های با مضمون بردباری و صبر و تحمل اندیشه‌ها و کردار دیگران را نسخ می‌کند.
سید محمدحسین طباطبایی در المیزان در توضیح اینگونه آیات معتقد است، نسخ آیات از جنس تناقضِ احکام نیست بلکه از نوع تکمیل است و آیات زیر را شاهد می‌آورد: «فاعفوا و اصفحوا حتی یاتی اللّه بامره» (ترجمه: فعلاً عفو کنید و نادیده بگیرید تا خداوند امر خود را بفرستد)، که می‌خواهد بگوید: حکم عفو و گذشت دائمی نیست و بزودی حکمی دیگر می‌آید، که بعدها به صورت حکم جهاد آمد؛ و مانند حکم زنان بدکاره که گفته: «فامسکو هن فی البیوت، حتی یتوفیهن الموت او یجعل اللّه لهن سبیلا» (ترجمه: ایشان را در خانه‌ها حبس کنید تا مرگشان برسد یا خدا راهی برایشان معین کند)، که باز می‌خواهد بگوید حکم حبس موقتی است و همین‌طور هم شد و این آیه با آیه تازیانه زدن به زناکاران نسخ گردید، پس جمله: «حتی یاتی اللّه بامره» در آیه اول و جمله «او یجعل اللّه لهن سبیلا» در آیه دوم خالی از این اشعار نیستند که حکم آیه موقتی است و بزودی دستخوش نسخ خواهند شد.»
سورهٔ فاتحه سوره آغازین قرآن و از مهم‌ترین سوره‌های قرآن است ولی از آنجاییکه محتوای آن دعایی و خطاب بشر به درگاه خداوند است، منتقدین را به یکی دیگر از دلایل بشری بودن قرآن رسانده‌است. برای نمونه در بندهایی از سوره آمده‌است «تنها تو را پرستیم و تنها از تو یاری می‌جوییم. به راه راست هدایتمان کن.» به گفته دشتی این سوره در شماری از نسخه‌های قرآن نبود؛ مثلاً عبدالله بن مسعود از کاتبان وحی و حافظان قرآن این سوره و دو سورهٔ معوذتین را کلام خدا نمی‌دانست. بر اساس برخی روایات هنگام تدوین قرآن اختلافی بین صحابه در مورد اینکه آیا سورهٔ فاتحه از اول قرار بوده که در مصحف قرآن قرار بگیرد یا نه رخ داد. عبدالله بن مسعود با قرار دادن سوره فاتحه (و دو سورهٔ معوذتین) در مصحف مخالف بود زیرا می‌گفت که سوره فاتحه به هیچ جای خاصی از قرآن تعلق ندارد و اگر بخواهد آن را در مصحف قرار دهد باید آن را در اول هر بخش از قرآن تکرار کند. رسول جعفریان به دو دلیل روایاتی که در باب تفاوت‌های مصحف ابن مسعود با قرآن فعلی نقل شده‌اند را نادرست می‌داند: اول اینکه برخی بزرگان اهل سنت مانند فخر رازی و ابن حزم نسبت دادن این روایت به ابن مسعود را ناروا دانسته‌اند. دوم اینکه عاصم روایتش از قرآن را از ابن مسعود گرفته و معوذتین در قرآنِ عاصم آورده شده‌اند.
منتقدین می‌گویند قرآن به جای مبارزه اصولی با سنت‌های غلط جاهلی، در مواردی آن‌ها را تلویحاً به رسمیت شناخته و فقط کمی تعدیل کرده و در مواردی نیز روش‌های نامعقولی را در پیش گرفته‌است. از قرآن انتقاد شده‌است که بر اوهام و خرافات عرب جاهلی از جمله اعتقاد به جن و سحر و چشم‌زخم صحه گذاشته‌است. علی دشتی در بیست و سه سال از این موضوع اظهار شگفتی کرده و می‌گوید: آیا آمدن این مطالب «در کتابی که آن را کلام خدا می‌گویند آن هم از طرف شخصی که بر ضد خرافات و عادات جاهلانهٔ قوم خود قیام کرده‌است و در مقام اصلاح فکر و اخلاق آن‌ها برآمده‌است موجب تأمل و حیرت نمی‌شود؟» نصر حامد ابوزید هم در این مورد با دشتی هم عقیده است؛ وقتی با تأکید بر وجود عینی و حقیقی نداشتن اموری نظیر سحر، جن، شیاطین، وجود اینگونه عقاید در قرآن را ناشی از باور مردمان زمان محمد می‌داند و فتوا می‌دهد که همه آیات دال بر این امور جزء شواهد تاریخی محسوب می‌شوند و به گذشته پیوسته‌اند و برای بشر معاصر که از این باورها فاصله گرفته‌است پیامی در برندارند.
از نظر علمای اسلام اما اینکه بخش وسیعی از انسان‌های مدرن به امور غیبی باور ندارند، دلیلی بر نبودن و غیرواقعی بودن این امور نیست. بعلاوه آن‌ها امور غیبی را مختص اسلام نمی‌دانند چون در دیگر ادیان توحیدی سابقه داشته و پاره‌ای از باورداشت‌های مشرکین عصر محمد هم ریشه در همین کتب توحیدی داشته‌است. همچنان که مفاهیمی کلیدی در متن قرآن نظیرالله، نبی، قیامت، جنت، جهنم، ملک، جن، شفاعت، تقوا، کرامت، کفر، اسلام، ایمان، وحی، غیب، دنیا، آخرت، یوم الحساب، و برخی واژگان فقه اسلامی همگی برای عرب عصر نزول وحی معهود و آشنا بوده‌است و این نه از سر آن است که قرآن منفعل از فرهنگ زمانه است، بلکه به سبب آن است که ادیان توحیدی در آن سرزمین ریشه داشته‌است و قرآن در ادامه نبوت دیگر انبیای توحیدی نازل شده‌است. از دیگر رسوم دوران جاهلی که قرآن بر آن صحه گذاشته و موجب انتقاد منتقدین شده به موارد زیر می‌توان اشاره کرد:
آیات ۲۲۶–۲۲۷ سوره بقره در رابطه با نمونه‌ای از سوگندهای لغو و بیهوده و ناسنجیده می‌گویند:آنان که سوگند می‌خورند تا [برای همیشه] از همخوابگی با زنان خود اجتناب کنند، چهار ماه مهلت دارند [تا از سوگند خود برگردند و با همسر خود آشتی کنند] پس اگر بازآیند، خداوند آمرزگار مهربان است و اگر آهنگ طلاق کردند، هر آینه خداوند شنوا و داناست.به زعم منتقدین روش عادلانه و حکیمانه این بود که قرآن به مردانی که چنین سوگند ظالمانه و نابخردانه‌ای خورده‌اند تذکر دهد که: سوگندشان باطل، نامشروع و لذا بی‌اعتبار است و باید فوراً به آغوش همسران خود بازگردند، یا این‌که –اگر مایل به ادامه زندگی با آن‌ها نیستند– طلاق بگیرند، تا حق زناشویی، پایمال سنت‌های غلط جاهلی نشود، نه این که چهار ماه به مردان مهلت دهد و بگوید که پس از آن اگر خواستید آشتی کنید، خدا مهربان است و اگر آهنگ طلاق کردید، خدا شنوا و داناست.
یک انتقاد در این زمینه به این صورت مطرح می‌شود که اگر پس از چهار ماه، مرد تصمیم بگیرد که همسر خود را طلاق دهد، «زن بیچاره پس از طلاق، سه ماه نیز باید عده طلاق را نگه دارد، یعنی مجموعاً هفت ماه بلاتکلیفی و محرومیت از ارضاء غریزه جنسی»، و به زعم منتقد این اولا، ظلمی بزرگ در حق زن است و ثانیاً، ممکن است زمینه‌ساز انحرافات جنسی و فساد و فحشاء شود؛ و این مسئله مطرح است که معلوم نیست چرا میزان مهلت باید چهار ماه باشد نه به عنوان مثال چهار روز و اگر در پاسخ گفته شود «به دلیل شیوع این سنت در زمان جاهلیت و جا افتاده بودن آن در میان اعراب، قرآن نمی‌توانست به یک‌باره مهر بطلان بر آن بزند و آن را نامشروع اعلام کند. روش قرآن در این مورد، مبارزه تدریجی بوده‌است.» سه مشکل عمده به این توجیه وارد دانسته می‌شود:
منتقدان همچنین با بررسی آیات دیگری از قرآن استدلال می‌کنند که قرآن نه تنها با پدیده سوگندهای باطل و ناسنجیده مبارزه نمی‌کند، بلکه به‌طور تلویحی، جواز این کار را هم صادر می‌کند. (آیه ۸۹ سوره مائده و آیه ۴۴ سوره ص).
برخی از منتقدان می‌گویند که قرآن در موارد متعددی، «دلایل ضعیفی» آورده‌است: «قرآن در موارد متعددی برای اثبات مدعیات خود (و یا توجیه بعضی احکام شرعی) دلایل ضعیفی آورده‌است و همین مرا به شک می‌اندازد که مگر ممکن است خدایی عالم و حکیم چنین استدلال‌های ضعیفی را بیاورد.» در زیر به برخی از چنین مواردی اشاره می‌شود.
آیه ۱۰۳ سوره نحل، در رفع این شبهه که بسیاری از کافران و مشرکان اعتقاد داشتند که محمد آیات قرآن را از افراد دیگری می‌آموزد و برای مردم بیان می‌کند:و نیک می‌دانیم که آنان می‌گویند: «جز این نیست که بشری به او می‌آموزد» [نه، چنین نیست. زیرا] زبان کسی که این نسبت را به او می‌دهند، غیر عربی است [در حالی‌که] این [قرآن] به زبان عربی روشن است.منتقدان ضمن ذکر این‌که بسیاری از ناباوران اعتقاد داشتند که محمد آیات قرآن را از افرادی دیگر می‌آموزد و بیان می‌کند، و برای نمونه، عده‌ای نظرشان به سلمان فارسی بود و عده دیگری نیز به فردی عبری‌زبان مشکوک بودند، با مطرح‌کردن موارد فوق می‌گویند دلیل بیان‌شده در آیه نمی‌تواند شک و شبهه مخالفان را رفع کند:
محمد حسین طباطبایی در تفسیر این آیه بیان می‌کند: «خدای تعالی در نقل کلام آنان رعایت اختصار را کرده و گر نه تقدیرش: (انما یعلمه بشر و ینسب ما تعلمه منه الی الله افتراء علیه: بشری به او درس می‌دهد و او آنچه را از وی یادمی‌گیرد از روی افتراء به خدا نسبت می‌دهد) می‌باشد؛ و معلوم است که جواب دادن به صرف اینکه آن مرد زبانش غیر عربی است و قرآن به زبان عربی فصیح و آشکار است، ماده اشکال را به کلی از بین نمی‌برد،[...]و از اینجا به خوبی روشن می‌گردد که جمله (لسان الذی یلحدون الیه… مبین) به تنهایی جواب از شبهه آنان نیست، بلکه جواب از این جمله شروع شده، و تا تمامی دو آیه تمام می‌شود.
و خلاصه جوابی که از مجموع سه آیه استفاده می‌شود این است که: تهمتی که شما به وی می‌زنید که بشری به او تعلیم می‌دهد، و او آن را به خدا نسبت داده افتراء می‌بندد، اگر مقصود شما از تعلیم، تلقین الفاظ است و قرآن کریم کلام آن مرد است، نه کلام خدا، جوابش این است که آن مرد غیر عرب است، و این قرآن به زبان عربی مبین است.
و اگر منظورتان این است که آن مرد معانی و معارف قرآنی را به او یاد می‌دهد، و الفاظ از رسول خدا (صلی الله علیه و آله و سلم) است، و او الفاظ خود را به خدا افتراء می‌بندد، جوابتان این است که معارف حقیقی ای قرآن دربردارد که هیچ صاحب عقلی در حقیقی بودن آن شک ننموده و تمامی عقول مجبور و مضطر در قبول آنند، اگر رسول خدا (صلی الله علیه و آله و سلم) آنها را از بشری گرفته بود خودش نسبت به آنها ایمان نمی‌داشت، و حال آنکه او به آیات خدا ایمان دارد و اگر ایمان نمی‌داشت خدا هدایتش نمی‌کرد، چون خدا کسی را که به آیاتش ایمان ندارد هدایت نمی‌کند، و چون مؤمن به آیات خداست، دیگر به خدا افتراء نمی‌بندد، چون به خدا افتراء نمی‌بندد مگر کسی که ایمان به آیات او نداشته باشد، پس این قرآن افتراء نیست، و از بشری گرفته نشده، بلکه منسوب به خدای سبحان است.»
به گفته تفسیر نمونه «مشرکان عرب، کسی را در میان خود نمی‌یافتند که بتوانند قرآن را به او نسبت دهند، لذا دست و پا کردند بلکه بتوانند شخص ناشناسی را که زندگانیش برای مردم آن سامان گنگ و مبهم است پیدا کنند، و این مطالب را به او نسبت دهند شاید بتوانند چند روزی ساده دلان را اغفال کنند.»
آیه ۲۲ سوره انبیاء، در دلیل آوری برای توحید:اگر در زمین و آسمان، خدای دیگری غیر از الله وجود داشت، نظام جهان از هم می‌پاشید. [اما همین که می‌بینیم نظم جهان برقرار است، نتیجه می‌گیریم که در زمین و آسمان فقط یک خدا حکومت می‌کند]منتقدان با ذکر دلایل ذیل می‌گویند برهان مذکور در آیه قابل دفاع نیست:
به ترتیب آیات ۳۷ تا ۴۰ سوره قیامه و همچنین آیه ۵ سوره حج، در دلیل آوری برای قدرت خدا در زنده کردن مردگان:آیا او (انسان) نطفه‌ای منی از منی که در رحم ریخته می‌شود نبود؟ سپس به‌صورت خون بسته درآمد و خداوند او را آفرید و موزون ساخت؛ و از او دو زوج مرد و زن آفرید؛ آیا چنین کسی قادر نیست که مردگان را [در قیامت، دوباره] زنده کند؟ای مردم، اگر از [زنده شدن مردگان در] روز رستاخیز در شک [و تردید] هستید [و فکر می‌کنید چنین امری از عهده ما برنمی‌آید] پس [بدانید که] ما شما را از خاک و سپس از نطفه و… آفریده‌ایم…
آیه ۱۱ سوره حجرات، در نهی تمسخر:ای کسانی که ایمان آورده‌اید! نباید گروهی از مردان شما گروه دیگر را مسخره کنند، شاید آن‌ها از این‌ها [شما] بهتر باشند؟ و نه زنانی، زنان دیگر را، شاید آنان بهتر از اینان باشند…
آیه ۱۰۸ سوره انعام، از مؤمنان خواسته‌است که به مشرکان (و یا خدایان آن‌ها) ناسزا نگویند:به [معبود] کسانی که غیر خدا را می‌خوانند دشنام ندهید، [تا] مبادا آن‌ها [نیز] از روی جهل، خدا را دشنام دهند…منتقد می‌پرسد «دشنام دادن به مشرکان (و یا خدایان آن‌ها) به این دلیل ممنوع است که ممکن است آن‌ها نیز به خدا (و یا مؤمنان) دشنام دهند؟!» و در ادامه می‌گوید اگر قرآن می‌گفت که به مشرکان یا هر کس که با او دشمنی دارید، دشنام ندهید، زیرا این عمل اولا با منش انسان‌های خوب و با شخصیت ناسازگار است و ثانیاً نوعی ظلم محسوب می‌شود، شاید کمی معقول تر می‌نمود و فلسفه‌ای که قرآن برای نهی از دشنام دادن به دیگران مطرح کرده، مانند این است که بگوییم «به ناموس دیگران تجاوز نکنید، چون ممکن است آن‌ها نیز به ناموس شما تجاوز کنند! حقوق دیگران را پایمان نکنید چون ممکن است دیگران نیز حقوق شما را پایمان کنند!» منتقد در ادامه انتقاد می‌کند که: اشتباه نشود، آیه مورد بحث به هیچ وجه مصداق قاعده طلایی اخلاق که می‌گوید: هر چه را بر خود می‌پسندی بر دیگران نیز بپسند، و هر چه را بر خود نمی‌پسندی، بر دیگران نیز مپسند نیست. مطابق این اصل، ما باید دیگران را مانند خود دوست بداریم و با آن‌ها به‌گونه‌ای رفتار کنیم که دوست داریم دیگران نیز با ما همان‌گونه رفتار کنند. به عبارت دیگر مبنای این قاعده طلابی اخلاق این است که ما باید تکبر و خودخواهی و خودپرستی را کنار بگذاریم و خود را تافته جدابافته‌ای از دیگران ندانیم، در چنین حالتی ما هرگز به کسی توهین نمی‌کنیم حتی اگر بدانیم که او در عمل نمی‌تواند (و یا نمی‌خواهد) پاسخ توهین ما را بدهید، اما آیه قرآن می‌گوید: به آن‌ها ناسزا نگویید مبادا آن‌ها نیز به شما یا خدایتان ناسزا گویند، و فرق بین این دو را آشکار است.
آیه ۳۷ سوره اسراء، در نهی از راه رفتن بر روی زمین با نخوت و تکبر و خودپسندی:و در [روی] زمین به نخوت گام برمدار، چرا که هرگز نمی‌توانی زمین را بشکافی و در بلندی نمی‌توانی به کوه‌ها برسی.
آیه ۲۵۸ سوره بقره، این که خدای حقیقی کیست در مناظره بین ابراهیم و پادشاه وقت:آیا آن کس را که خدا به او پادشاهی داده بود ندیدی که با ابراهیم دربارهٔ پروردگارش محاجه می‌کرد؟ آن‌گاه که ابراهیم گفت: پروردگار من زنده می‌کند و می‌می‌راند. پادشاه گفت: من نیز زنده می‌کنم و می‌می‌رانم. ابراهیم گفت: خدا[ی من] خورشید را از مشرق برمی‌آورد، تو [اگر راست می‌گویی] آن را از مغرب برآور. آن کافر حیران شد…
آیه ۲۸۲ سوره بقره، در استدلال آیه برای توجیه این که چرا شهادت دو زن معادل شهادت یک مرد است:و دو مرد را به عنوان شاهد بگیرید، و اگر دو مرد نبود، یک مرد و دو زن را به گواه گیرید تا اگر یکی از آن دو زن فراموش کرد (یا به اشتباه افتاد) دیگری به او یادآوری کند…
آیه ۳۲ سوره اسراء برای نفی وجود خدایان دیگر غیر از الله می‌گوید:بگو: اگر چنان‌که می‌گویند، با او خدایانی [دیگر] بود، در آن‌صورت حتماً در صدد جستن راهی به سوی [خداوند] صاحب عرش برمی‌آمدند.
طباطبایی با ذکر آیه ۸۲ سوره نساء مدعی می‌شود که اگر قرآن از جانب غیر خدا بود و ساخته و پرداخته بشر بود تناقض و تضاد بسیاری در آن پدید می‌آمد و ناگریز آخر آن از اولش بهتر و مترقی‌تر بود و حال آن‌که این‌طور نیست و در ادامه می‌گوید «قرآن کتابی است متشابه‌الاجزاء و در قدرت بیان حیرت‌انگیز خود به یک نسق»:آیا در [معانی] قرآن نمی‌اندیشند؟ اگر [این کتاب] از جانب غیر خدا بود، قطعاً در آن اختلاف بسیار می‌یافتند. منتقدان به این شکل استدلال می‌کنند که آوردن دلیلی این‌چنینی برای اثبات آسمانی بودن قرآن، از دو جهت، مخدوش است و ضعف و ناتوانی دلیل فوق را آشکار می‌خوانند:
محمد بن عبدالله در آیه ۵۰ سوره احزاب، برای خود، حق آزادی کامل در ازدواج با زنان، قائل می‌شود؛ ولی چون یکی از زنانش یعنی عایشه و نیز برخی از افراد دیگر، اعتراض می‌کنند که این چه خدایی است که تو را در استفاده بدون قید و شرط از زنان، آزاد می‌گذارد، فوراً آیه ۵۰ احزاب را لغو کرده و آیهٔ ۵۲ احزاب را ایجاد می‌کند.
از دیدگاه منتقدان مجموعه آیات قرآن نه تنها با هم هماهنگ نیستند، بلکه در بعضی موارد یکدیگر را نقض می‌کنند. محققین مسلمان علت اختلافات ظاهری آیات قرآن را ناشی از عدم درک درست «عامّ و خاصّ»، «ناسخ و منسوخ» و «محکم و متشابه» در آیات قرآن می‌دانند. چیزی که قرآن خودش هم به آن اشاره کرده‌است: «اوست کسی که این کتاب را بر تو فرو فرستاد. پاره ای از آن آیات محکم است آنها اساس کتابند و [پاره ای] دیگر متشابهاتند؛ اما کسانی که در دلهایشان انحراف است برای فتنه جویی و طلب تاویلِ آن، از متشابهِ آن پیروی می‌کنند با آنکه تاویلش را جز خدا و ریشه داران در دانش کسی نمی‌داند. [آنان که] می‌گویند ما بدان ایمان آوردیم همه [چه محکم و چه متشابه] از جانب پروردگار ماست و جز خردمندان کسی متذکر نمی‌شود.»
مراد از «آیات محکم» آیاتی است که مفهوم آن به قدری روشن است که جای گفتگو و بحث در آن نیست، آیاتی همچون «قل هو الله أحد» (بگو اوست خدای یگانه)، «لیس کمثله شیء» (هیچ چیز مانند او نیست)، «الله خالق کلّ شیء» (خداوند آفریننده و آفریدگار همه چیز است) و هزاران آیه مانند آن‌ها دربارهٔ عقاید و احکام و مواعظ، همه از محکمات می‌باشند. اما «آیات متشابه» یعنی آیاتی که معانی آن در نگاه ظاهری معناهای متعددی دارد. برای نمونه قسمتی از آیات مربوط به صفات خدا و چگونگی معاد را می‌توان ذکر کرد. مانند «یدالله فوق أیدیهم، دست خدا بالای دستهای آنها است» که دربارهٔ قدرت خداوند می‌باشد، «و الله سمیع علیم، خداوند شنوا و دانا است» که اشاره به علم خدا است، «و نضع الموازین القسط لیوم القیامة، ترازوهای عدالت را در روز رستاخیز قرار می‌دهیم» که دربارهٔ وسیله سنجش اعمال سخن می‌گوید. بدیهی است نه خداوند دست (به معنی عضو مخصوص) دارد و نه گوش دارد؛ و نه ترازوی سنجش اعمال، شبیه ترازوهای ماست. در این‌جا به چند نمونه از تناقض‌گویی‌های قرآن از دید منتقدین اشاره می‌شود.
آیه ۵۴ سوره انعام می‌گوید:... هر کس از شما که از روی نادانی کار بدی کند، آن‌گاه توبه کند و نیکوکار شود، بداند که خدا [نسبت به او] آمرزنده و مهربان است.آیه ۱۱۹ سوره نحل نیز همین مضمون را تکرار می‌کند:پروردگار تو برای کسانی که از روی نادانی مرتکب کاری زشت شوند، سپس توبه کنند و به اصلاح آیند، آمرزنده و مهربان است.آیه ۱۷ سوره نساء نیز با صراحت بیش‌تری، شرط قبولی توبه را جهل به گناه می‌داند:[قبول] توبه بر خدا فقط برای کسانی است که بدی (گناه) به نادانی کنند، سپس بزودی توبه کنند. آنانند که خدا بسویشان بازمی‌گردد [و توبه‌شان را می‌پذیرد]...طبق آیات فوق، توبه افرادی که با علم به گناه بودن یک عمل، مرتکب آن شده‌اند قبول نمی‌شود. اما آیه ۱۵۳ سوره نساء می‌گوید:اهل کتاب از تو می‌خواهند که کتابی از آسمان بر آنان فرو آری، همانا از موسی بزرگ‌تر از این خواستند که گفتند: خدای را آشکارا به ما نشان بده، پس صاعقه آنان را به سبب [گستاخی و] ستمشان بگرفت. سپس گوساله را پس از آن‌که نشانه‌های روشن و آشکار [معجزات] برایشان آمده بود [به خدایی] گرفتند و ما [پس از آن‌که توبه کردند] از آن گناه ذرگذشتیم…سؤال منتقد این است که خداوند چگونه توبه بنی‌اسرائیل را - با آن‌که عالمانه (و پس از آن که حجت بر آن‌ها تمام شده بود) مرتکب شرک شدند، قبول کرد و گناه‌شان را بخشید، و آیا این با مفاد آیه ۱۷ سوره نساء در تناقض نیست.
آیات ۸۶–۸۹ سوره آل‌عمران می‌گوید:چگونه خداوند، قومی را که بعد از ایمانشان کافر شدند، هدایت کند؟ با آن‌که شهادت دادند که این رسول، بر حق است و برایشان دلایل روشن آمد و خداوند قوم ستمگر را هدایت نمی‌کند؛ آنان سزایشان این است که لعنت خدا و فرشتگان و مردم، همگی بر ایشان است؛ در آن (جهنم) جاودانه بمانند، نه عذاب از آن‌ها کم می‌شود و نه مهلت می‌یابند؛ مگر کسانی که پس از آن توبه کردند و درستکاری پیشه کردند که خداوند آمرزنده مهربان است.طبق این آیات، کسانی که دلایل روشن (بینات) برایشان آمده و به حقانیت رسول خدا پی‌برده و ایمان آورده‌اند، چنانچه دوباره کافر شوند، عذاب ابدی در انتظارشان است، مگر آن‌که توبه کنند و راه درستکاری در پیش گیرند. منتقد پس از ذکر این موارد می‌پرسد «یعنی توبه چنین افرادی -که عالمانه و آگاهانه از ایمان خود دست کشیده‌اند و دوباره کافر شده‌اند- نیز مورد قبول واقع می‌شود؟!» و آن را تناقضی دیگر به‌شمار می‌آورد.
آیه ۹۰ همان سوره قبل یعنی آل عمران می‌گوید:کسانی که پس از ایمان خود کافر شدند، سپس بر کفر خود افزودند، هرگز توبه آن‌ها پذیرفته نخواهد شد، و آنان، خود گمراهانند.در ادامه منتقد با ذکر این که این آیه درست پس از آیات فوق (آیات ۸۶–۸۹ سوره آل عمران) آمده، همین را مایه سرگیجه خود می‌خواند و با شگفتی اظهار می‌کند مطابق آیات قبل، توبه کسانی که ایمان آورده و سپس (با آن‌که برایشان دلایل روشن آمده)، دوباره کافر شده‌اند، قبول می‌شود، اما مطابق این آیه ۹۰، توبه این افراد هرگز پذیرفته نمی‌شود. در پاسخ به توجیهی احتمالی مبنی بر این که در آیه ۹۰ قیدی وجود دارد که در آیات ۸۶–۸۹ وجود ندارد، یعنی قید «سپس بر کفر خود افزودند»، می‌گوید معنای چنین توجیهی این است که خداوند می‌خواهد به کسانی که پس از ایمان آوردن دوباره کافر شده‌اند بگوید «اگر میزان کفر شما ثابت بماند، چنانچه به اشتباه خود پی‌برده و پشیمان شوید و توبه کنید، توبه شما پذیرفته می‌شود، اما اگر پس از کافر شدن، میزان کفر شما ثابت نماند و چیزی بر آن افزوده شود، دیگر هرگز امید بازشگتی برای شما نیست؛ یعنی حتی اگر به اشتباه خود پی برده و پشیمان شوید و هزار بار توبه کنید، باز هم فایده ای ندارد و توبه شما پذیرفته نمی‌شود» و در ادامه می‌گوید اما این توجیه به دو دلیل ایراد دارد:
در آیه ۱۵۲ سوره نساء که پیش‌تر آمد، بنی اسرائیل پس از آن که دوباره کافر شدند و تعالیم موسی را نادیده گرفتند، مجسمه گوساله ای را ساخته و آن را پرستیدند یعنی نه تنها بر کفر خود افزودند بلکه حتی از مرحله کفر بالاتر رفته و مشرک شدند، به عبارت دیگر مرتکب بزرگ‌ترین ظلم و گناه شدند، اما توبه آن‌ها پذیرفته شد و خداوند گناهشان را بخشید؛ و بنابراین موارد به زعم منتقد، توجیه فوق ناتوان از حل تناقضات مطرح‌شده دانسته شده‌است.
پاسخ احتمالی دیگر که مورد بررسی قرار گرفته این است که آیه ۹۱ در زیر، معنای آیه ۹۰ را روشن می‌کند، و اگر این آیه را در کنار آیه قبل قرار دهیم، معلوم می‌شود که آیه ۹۰ از عدم قبول توبه این افراد پس از مرگ سخن می‌گوید، نه در زمان حیات:در حقیقت، کسانی که کافر شده و در حال کفر مرده‌اند، اگرچه [فراخنای] زمین را پر از طلا کنند و آن را نوید دهند، هرگز از هیچ‌یک از آنان پذیرفته نخواهد شد، آنان را عذابی دردناک خواهد بود…اما این‌گونه استدلال می‌شود که این توجیه نیز نادرست است و مشکلی را حل نمی‌کند:
این درحالی است که تفسیر نمونه در مورد آیات سوره آل عمران را بدین صورت توضیح می‌دهد: «ترجمه :۹۰ - کسانی که پس از ایمان کافر شدند و سپس بر کفر (خود) افزودند، (و در این راه اصرار ورزیدند) هیچگاه توبه آنان، (که از روی ناچاری یا در آستانه مرگ صورت می‌گیرد) قبول نمی‌شود، و آنها گمراهان (واقعی) اند (چرا که هم راه خدا را گم کرده‌اند، و هم راه توبه را!). ۹۱ - کسانی که کافر شدند و در حال کفر از دنیا رفتند، اگر چه در روی زمین پر از طلا باشد، و آن را به عنوان فدیه (و کفاره اعمال بد خویش) بپردازند، هرگز از هیچ‌یک آنها قبول نخواهد شد، و برای آنان، مجازات دردناک است، و یاورانی ندارند. شان نزول :بعضی گفته‌اند آیه اول در مورد اهل کتاب که قبل از بعثت پیامبر اسلام (صلی الله علیه و آله و سلم) به او ایمان آورده بودند اما پس از مبعث به او کفر ورزیدند نازل شده، و بعضی دیگر گفته‌اند در مورد (حارث بن سوید) و یازده نفر از یاران او که از اسلام برگشته بودند نازل شده ولی حارث پشیمان شد و توبه کرد و چنان‌که در شاءن نزول آیه قبل نیز اشاره شد یازده نفر از همراهان او به حال خود باقی ماندند و بازنگشتند و در پاسخ دعوت حارث به او گفتند: ما در مکه می‌مانیم و به کار خود بر ضد محمد (صلی الله علیه و آله و سلم) ادامه می‌دهیم و انتظار شکست او را داریم اگر مقصود ما حاصل شد چه بهتر و در غیر این صورت راه توبه باز است و هر گاه برگردیم (او ما را می‌پذیرد و) دربارهٔ ما همان چیزی که دربارهٔ حارث نازل شد نازل می‌گردد. هنگامی که رسول‌الله (صلی الله علیه و آله و سلم) مکه را فتح کرد بعضی از آنها وارد اسلام شدند و توبه آنها پذیرفته شد و اما در مورد کسانی که در حال کفر از دنیا رفته بودند آیه دوم نازل گردید. تفسیر: توبه بی‌فایده در آیات قبل سخن از کسانی در میان بود که از راه انحرافی خود پشیمان شده و توبه حقیقی نموده بودند و لذا توبه آنها قبول شد ولی در این آیه سخن از کسانی است که توبه آنها پذیرفته نیست اینها کسانی هستند که نخست ایمان آورده سپس کافر شده و در کفر پافشاری و اصرار دارند و به همین دلیل هیچگاه حاضر به پیروی از دستور[های] حق نیستند مگر اینکه کار بر آنها مشکل شود و راهی جز اطاعت و توبه و تسلیم نبینند یقیناً خداوند توبه این گونه افراد را قبول نخواهد کرد.»
آیه ۱۳۴ سوره بقره می‌گوید:آن جماعت را روزگار سپری شد، آنچه آن‌ها کردند، از آن آن‌هاست و آنچه شما می‌کنید، از آن شماست؛ و شما را به خاصر اعمال آن‌ها مورد سؤال و مؤاخذه قرار نمی‌دهند.در باب نقد در این آیه گفته می‌شود که مطابق این آیه، هر کس مسئول اعمال خودش است نه اعمالی که گذشتگان یا دیگران انجام داده‌اند و این قاعده‌ای است عقلی، اخلافی، و وجدانی که جای هیچ چون و چرایی ندارد، لکن خود قرآن به این قاعده پایبند نمی‌ماند و در بسیاری از موارد، خصوصاً در برخورد با یهودی‌ها، مخالفان خود را به خاطر اعمالی که گذشتگانشان مرتکب شده‌اند مورد سرزنش و ملامت قرار می‌دهد. آیه ۸۷ سوره بقره خطاب به یهودیان می‌گوید:و همانا به موسی کتاب [تورات] را دادیم و پس از او پیامبران را پشت سر هم فرستادیم و به عیسی‌بن‌مریم معجزه‌های آشکار بخشیدیم و او را با روح‌القدس تأیید کردیم، [پس چرا] هرگاه پیامبری چیزی را که خوشایند شما نبود برایتان آورد، کبر ورزیدند و گروهی را دروغ‌گو خواندید و گروهی را کشتید؟آیه ۹۱ سوره بقره نیز می‌گوید:و چون به آنان گفته شود: به آنچه خدا نازل کرده ایمان بیاورید، می‌گویند: ما به آنچه بر [پیامبر] خودمان نازل شده ایمان می‌آوریم، و غیر آن را… انکار می‌کنند. بگو: اگر مؤمن بودید، پس چرا پیش از این، پیامبران خدا را می‌کشتید؟آیه ۱۸۳ سوره آل‌عمران نیز می‌گوید:... [به آنان] بگو: قطعاً پیش از من، پیامبرانی بودند که دلایل آشکار را با آنچه گفتید، برای شما آوردند. اگر راست می‌گویید، پس چرا آنان را کشتید؟آیه ۵۹ سوره اسراء نیز علت عدم ارائه معجزه از طرف خدا و برای مخاطبان پیامبر اسلام را می‌گوید:و [چیزی] ما را از فرستادن معجزات [برای شما امت پیامبر اسلام] بازنداشت جز این‌که پیشینیان، آن‌ها را به دروغ گرفتند، و [به عنوان مثال] به ثمود ماد شتر دادیم که [پدیده‌ای] روشن‌گر بود، ولی به آن ستم کردند…از دید منتقد یعنی خداوند به این دلیل به پیامبر اسلام معجزه نمی‌دهد که در گذشته‌های دور برای هر امتی که معجزه فرستاد، آن امت قدر آن معجزه را ندانستند و آن را تکذیب کردند و به عبارتی «امت پیامبر باید چوب گناهان قوم نوح و ثمود و عاد و… را بخورد».
مدت خلقت آسمان و زمین در قرآن متفاوت ذکر شده‌است. در آیات ۹ تا ۱۲ سوره فصلّت آمده که زمین و آسمان در هشت روز آفریده شد؛ اما در آیه چهارم از سوره سجده و هفت آیه دیگر گفته شده: «فِی سِتَّةِ أَیَّام» یعنی در شش روز آفریده شده‌است: عدد ۸ از جمع اعداد موجود در این آیه محاسبه شده‌است: «بگو: آیا شما به آن کس که زمین را در "دو روز" آفرید کافر می‌شوید و برای او همانندهایی قرار می‌دهید؟! او پروردگار جهانیان است. او بر فراز زمین کوه‌های استواری قرار داد و برکاتی در آن نهاد و مواد غذایی آن را مقدّر فرمود، ـ اینها همه در "چهار روز" بود ـ درست به اندازه نیاز تقاضا کنندگان. آنگاه آنها را به‌صورت هفت آسمان در "دو روز" آفرید، ...». منتقدان با جمع زدن عدد ۲ و ۴ و ۲ به عدد ۸ رسیده‌اند.
انتقاد دیگری که توسط منتقدین ایراد می‌شود، این است که در سوره بقره "اول زمین آفریده شده‌است سپس آسمان" اما در سوره النازعات "اول آسمان آفریده شده‌است سپس زمین" پاسخ مراجع دینی این است که، قرآن در رابطه با خلقت آسمان و زمین در سوره بقره می‌گوید: «او ـ خداوند ـ کسی است که همه آنچه را در زمین وجود دارد، برای شما آفرید، سپس به آسمان پرداخت». در این آیه خلقت زمین قبل از خلقت آسمان بیان شده‌است. امّا به ادّعای منتقدین، در سوره نازعات این مسئله بر عکس بیان شده‌است. در آیه ۲۷ ابتدا به آفرینش آسمان اشاره کرده و می‌گوید: «السَّماءُ بَناها» و در ادامه می‌فرماید: «وَ الْأَرْضَ بَعْدَ ذالِکَ دَحاها»؛ (و زمین را بعد از آن گسترش داد).
برخی دربارهٔ اینکه در قرآن انسان از چه چیز آفریده شده، مدعی تناقض در قرآن هستند. قرآن سر منشأ خلقت انسان را به صورت‌های متفاوتی بیان کرده‌است. گاهی می‌گوید انسان از خاک خلق شده‌است و گاهی می‌گوید از گل یا از خون یا قطره آبی و… آفریده شده! این انتقاد وجود دارد که بالاخره انسان از چه چیزی آفریده شده‌است؟
در این رابطه منابع اسلامی به حدیثی از صادق اشاره می‌کنند که شیخ کلینی در کافی و شیخ طوسی در آمالی آن را نقل کرده‌اند. صادق می‌گوید: «در قیامت پنجاه موقف است که هر موقفی به اندازه یک هزار سال از سال هائی است که شما می‌شمرید»، سپس این آیه را تلاوت نمود: در روزی که مقدارش پنجاه هزار سال است. برخی این احتمال را هم مطرح کرده‌اند که عدد «هزار» و «پنجاه هزار» در اینجا برای بیان کثرت و فزونی باشد، یعنی در قیامت موقف زیادی است که هر یک مدّت زیادی طول می‌کشد.
دشتی معتقد است محمد از قرآن به عنوان ابزاری برای پیشبرد نظرات شخصی اش استفاده کرده‌است و خواسته‌های نفسانی خود را در ظرف کلام خدا به اطرافیان تحمیل کرده‌است. از همین رو بوده‌است که عایشه، یکی از همسران محمد، در مقام انتقاد از محمد گفته‌است «می‌بینم که پروردگارت به انجام خواسته‌هایت [=هواهای نفسانی] می‌شتابد.» (انی اری ربک یسارع فی هواک). این قضیه به‌خصوص در زمینهٔ تمتع محمد از زنان منظور نظر بوده‌است. دشتی می‌گوید قرآن مشحون است از حکم‌هایی که تمتع‌های محمد از زنان را به انحای مختلف حلال می‌شمرد و همان تمتع‌ها را بر دیگران حرام. گفتهٔ بالا از عایشه هم در یکی از همین ماجراها (بخشیدن ام شریک دوسیه خویشتن را به محمد) بر زبان رانده شده‌است. دشتی در ادامه می‌گوید: قرآن به مسائلی پرداخته‌است که ممکن است در دیدهٔ منتقد حقیر جلوه کند. از آن جمله‌است: مسائل خصوصی محمد یا آنِ زنان وی یا نزاع‌های لفظی وی با مخالفانش. آمدن چنین مطالبی در قرآن دون شأن کتابی دانسته شده‌است که بنا به ادعا کتاب هدایت بشر در همه اعصار است. ابن وراق به نقل از کائناتی رسالت قرآن را این می‌داند تا مشکلات محمد را با آیه هائی که به سودش نازل می‌کند، بر طرف می‌سازد. اشتباهاتش را هموار می‌کند؛ لغزش‌هایش را مشروع جلوه می‌دهد و در مقام یک خدای ستمگر، وحشی و غیراخلاقی سامی، تحقق غریزه‌های ددمنشانه پیامبرش را تشویق می‌کند سوره مسد یکی از این سوره‌های مورد انتقاد است؛ که دربارهٔ ابولهب و همسرش (دشمنان پیامبر) است. در این سوره از نابودی ابولهب و اعمالش سخن به میان آمده‌است و او و همسرش به گرفتاری در عذاب جهنم تهدید شده‌اند.
به گفته دشتی از ساحت کبریای آفرینندهٔ جهان و قادر مطلق دور است که به یک عرب نادانی دشنام دهد و نفرین کند و زن او را حمالةالحطب بنامد. دشتی همچنین سوره کوثر را مثال می‌آورد که در واکنش به ماجرای کنایه زدن شخصی به پیامبر اسلام دربارهٔ بی‌دنباله بودن وی، پس از درگذشتِ قاسم و عبدالله، فرزندان پیامبر اسلام، نازل شده‌است. واکنش عمومی مسلمانان به این دست انتقادها این است که آیات قرآن در واکنش به واقعیات فرهنگی و اجتماعی زمانه خویش نازل شده‌است. مثل مخالفت اسلام با فرهنگ آن زمان که پسران را بزرگ می‌شمردند و دختران را زنده بگور می‌کردند؛ در ماجرای بی دنباله خواندن پیامبر، همچنین شکستن یک سنت جاهلی در ارتباط با ازدواج با همسر مطلقهٔ فرزندخوانده در ماجرای ازدواج محمد با زینب بنت حجش است.
ماجرای زینب به روایت منتقدان به شرح زیر است:«روزی محمد برای دیدار پسر خوانده‌اش زید، رهسپار خانه او شد. زید با زینب بنت حجش، دختر عموی محمد که زن بسیار زیبائی بود ازدواج کرده بود. در آنروز زید در خانه نبود و زینب که کم و بیش نیمه لخت بود، در را بروی محمد باز کرد و او را به درون خانه فراخواند. زیبائی زینب از بدن نیمه لختش آشکار شده بود و محمد را در جا میخکوب کرد. پس از لختی سکوت، محمد اظهار داشت: «فتبارک الله الحسن الخالقین» سپس در حالیکه مشاهده زیبائی زینب، محمد را به خود آورده بود، خانه زید را ترک کرد. هنگامی که زید به خانه برگشت و زینب رویداد رخ داده را به اطلاعش رساند، زید یکسره نزد محمد رفت و اظهار داشت که میل دارد زنش را طلاق دهد. اما محمد مخالفت کرده و گفت: «از الله بترس و همسرت را نگه دار». زید که درک کرده بود عشق زینب در دل محمد خانه کرده‌است، او را طلاق داد ولی محمد از ترس سرزنش مردم، هنوز در ازدواج با زینب تردید داشت. علاوه بر آن در سنت عرب، پسرخوانده با پسر تفاوتی نمی‌کرد و عرب‌ها ازدواج با همسرِ پسرخوانده را ازدواج با محارم به‌شمار می‌آوردند؛ ولی بنابر رسم معمول همیشگی، آیه هایی از طرف الله به محمد وحی شد و به او جرأت داد تا این هنجار را نقض کند. به‌طوری‌که در روزی که محمد در خانه عایشه بود، به گونه‌ای ناگهانی وارد یکی از غش و ضعف‌های هنگام وحی گردید. هنگامی که از آن حالت بیرون آمد، اظهار داشت: «چه کسی نزد زینب خواهد رفت و به او شادباش خواهد گفت، زیرا، الله ازدواج او را با من تجویز کرده‌است» در مقابل روایتی که مراجع اسلام به آن استناد می‌کنند روایت انس است. بر طبق این روایت، زید به قصد شکایت از زینب به نزد محمد رفت. نه به قصد پیش قدم شدن برای ازدواج زینب با محمد. محمد او را به ترس از خدا و نگهداشتن زنش نصیحت کرد.به اعتقاد موافقان، داستان ازدواج محمد با زینب بنت حجش با تمام صراحتی که در قرآن آمده و هدف آن شکستن یک سنت جاهلی در ارتباط با ازدواج با همسر مطلقه فرزندخوانده معرفی شده، باز مورد سوء استفادهٔ دشمنان اسلام شده که خواسته‌اند از آن یک داستان عشقی بسازند تا شخصیت محمد را با آن آلوده کنند و برای اینکار احادیث مشکوک یا مجعولی را دستاویز قرار داده‌اند. از جمله اینکه نوشته‌اند:«هنگامی که پیامبر برای حالپرسی زید به خانه او آمد همینکه در را گشود چشمش به جمال زینب افتاد، و گفت: سبحان الله خالق النور تبارک الله احسن الخالقین !: (منزه است خداوندی که خالق نور است و جاوید و پر برکت است خدائی که احسن الخالقین می‌باشد) و این جمله را دلیلی بر علاقه محمد به زینب گرفته‌اند. در حالی که شواهد روشنی – قطع نظر از مسئله نبوت و عصمت – در دست است که این افسانه‌ها را تکذیب می‌کند. نخست اینکه: زینب دختر عمه پیامبر بود و در محیط خانوادگی تقریباً با او بزرگ شده بود، پیامبر شخصاً او را برای زید خواستگاری کرد، و اگر زینب جمال فوق‌العاده‌ای داشت و فرضاً جمال او جلب توجه محمد را کرده بود، نه جمالش امر مخفی بود و نه ازدواج با او قبل از این ماجرا مشکلی داشت، بلکه با توجه به اینکه زینب هیچگونه تمایلی برای ازدواج با زید نشان نمی‌داد بلکه مخالفت خود را صریحاً، بیان کرد، و کاملاً ترجیح می‌داد همسر پیامبر شود به‌طوری‌که وقتی پیامبر به خواستگاری او برای زید رفت خوشحال شد زیرا تصور می‌کرد محمد او را برای خود خواستگاری می‌کند، اما بعداً با نزول آیه قرآن و امر به تسلیم در برابر فرمان خدا و پیامبر تن به ازدواج با زید داد. با این مقدمات چه جای این توهم که او از چگونگی زینب با خبر نباشد؟ و چه جای این توهم که تمایل ازدواج با او را داشته باشد و نتواند اقدام کند؟ دیگر اینکه هنگامی که زید برای طلاق دادن همسرش زینب به پیامبر مراجعه می‌نماید پیامبر بارها او را نصیحت می‌کند و مانع این طلاق می‌شود، این خود شاهد دیگری بر نفی آن افسانه‌ها است. از سوی دیگر قرآن با صراحت هدف این ازدواج را بیان کرده تا جائی برای گفتگوهای دیگر نباشد. از سوی چهارم در آیات فوق خواندیم که خدا به پیامبر می‌گوید: (در ماجرای ازدواج با همسر مطلقه زید جریانی وجود داشت که پیامبر از مردم می‌ترسید در حالی که باید از خدا بترسد) از دیدگاه مسلمانان مسئله ترس از خدا نشان می‌دهد که این ازدواج به عنوان یک وظیفه انجام شده که باید به خاطر پروردگار ملاحظات شخصی را کنار بگذارد تا یک هدف مقدس الهی تأمین شود، هر چند به قیمت انتقاد منتقدان و متهم ساختن محمد تمام گردد.»ماجرای ماریه، یکی دیگر از همسران محمد، و آیه ای که در این مورد نازل شده، هم انتقاد برخی را که معتقدند محمد این آیات را به نفع خودش ساخته‌است، را برانگیخته است. ماجرای ماریه از این قرار است که توجه محمد به ماریه و شایستگی‌های این بانو حساسیت برخی از زنان پیامبر به‌خصوص عایشه و حفصه را برانگیخته بود. آن‌ها از رفتار پیامبر با ماریه و علاقه خاص محمد به او در رنج و تعب بودند تا اینکه روزی حفصه در روز مخصوص خود نزد محمد آمده از او اجازه خواست جهت کاری نزد پدر برود. محمد به او اجازه داد، پس از رفتن حفصه، محمد ماریه را به خود طلبید. حفصه به خانه برگشت و چون در بسته بود بیرون در نشسته بود وقتی حفصه محمد را با ماریه دید ناراحت شد و با پیامبر درشتی کرد. محمد برای رضایت او ماریه را بر خود حرام کرد و از او خواست قضیه را مخفی کند؛ اما حفصه فوراً به عایشه خبر داد و گفت: «تو را بشارت می‌دهم که رسول‌خدا کنیزش را بر خود حرام کرده‌است و خداوند ما را از دست او راحت کرد.» در این هنگام آیات اول سوره تحریم نازل شد (ای پیامبر چرا چیزی را که خدا بر تو حلال کرده به خاطر جلب رضایت همسرانت بر خود حرام می‌کنی…) و پیامبر را به خاطر اینکه حلال خدا را حرام کرده، عتاب نموده، بعد دستور می‌دهد سوگندش را بشکند.
در تمام آیات مکی، قرآن در همهٔ موارد مؤیّدِ خط فکری اعتقادی یهودیان و مسیحیان است. اولین نشانه‌های اصطکاک با یهودیان در قرآن در سال دوم هجرت آغاز می‌شود در حالی که مسیحیان همچنان مورد تأیید و حتی ستایش قرار می‌گیرند. بعداً بنا به دلایلی به تدریج در آیه‌ها نشانه‌های انتقادی‌ای به یهودیان نمایان می‌شود. یهودیان به رباخواری (بر خلاف دستورها تورات) و به دستکاری در کتاب مقدس خود از طریق حذف برخی از قسمت‌های آن متهم می‌شوند و بابت خطاهای گذشتهٔ خود مورد نکوهش قرار می‌گیرند، روزه یوم کیپور یهودیان تبدیل به روزه ماه رمضان مسلمانان می‌شود و بیت‌المقدس جای خود را به مکه به عنوان قبله مسلمین می‌دهد. اما در نهایت با به وجود آمدن برخی مسائل میان محمد و یهودیان آیات قرآن جنبهٔ رویارویی و بعضاً جنگ‌طلبی به خود می‌گیرد. یهودیان در قرآن معمولاً به قبایل سه‌گانه یهود در زمان محمد یعنی بنی‌نضیر، بنی‌قینقاع و بنی‌قریظه اشاره دارد.
تا قبل از هجرت، محمد اسلام را جزئی از یهودیت و مسیحیت قلمداد می‌کرد و انتظار داشت او و یهودیان جبهه مشترکی علیه شرک قریشیان و دیگر اعراب تشکیل دهند. در تمام سال‌های مکه محمد در آیین خود از پیوستگی آیینش با دو آیین گذشته سخن می‌گفت و از پرستش خدای ابراهیم و موسی حرف می‌زد. از همین رو شماری از آیین‌های یهودیان من‌جمله نیایش به سوی بیت‌المقدس، روزه روز کیپور (دهم ماه تشرین، روز عاشورا در اصطلاح عربی) و نماز نیمروز جزء آیین‌های مسلمانان قرار گرفته بود. همچنین در مورد احکام حلال و حرام نیز همچون نجاست خون و گوشت خوک و مردار احکام یهودیت تبعیت می‌شد. در این دوره عموماً آیاتی ارائه می‌شد که پا به پای تورات در ستایش بنی‌اسراییل سخن می‌گفت: «ما به بنی اسرائیل کتاب و علم داوری و نبوت عطا کردیم و از چیزهای پاکیزه و خوش روزیشان کردیم و بر جهانیان برتریشان دادیم» «و به آن مردمی که به ناتوانی افتاده بودند، شرق و غرب آن سرزمین را که برکت داده بودیم به میراث دادیم، و وعده نیکویی که پروردگار تو به بنی اسرائیل داده بود بدان سبب که شکیبایی ورزیده بودند، به کمال رسیدند» حتی این حُسن نیت تا هفته‌های اولیه هجرت به مدینه ادامه یافت: «ای بنی اسرائیل، نعمتی را که بر شما ارزانی داشتم به یاد بیاورید و شما را بر جهانیان برتری دادم» «کسانی که ایمان آوردند و کسانی که آیین یهودان و ترسایان و صابئان را برگزیدند، اگر به خدا و روز بازپسین ایمان داشته باشند و کاری شایسته کنند، خدا به آن‌ها پاداش نیک می‌دهد و نه بیمناک می‌شوند و نه محزون» اما با وجود این، یهودیان یثرب به حُسن نیت محمد آن طور که انتظار داشت پاسخ نگفتند و (به نقل از تاریخ طبری) حتی وقتی که فهمیدند محمد عرب است و یهودی نیست اصولاً گفته‌هایش را باور نکردند. در ماه‌های اولیه مهاجرت، یک معاهدهٔ همکاری میان محمد و سه قبیله یهود منعقد شد که در آیه ۸۴ سوره بقره به آن اشاره شده‌است. به موجب این قرارداد، محمد در سال‌های پیش از جنگ بدر که خطر حمله قریش به مدینه بود از یهودیان طلب پول کرد اما ایشان تنها در ازای پرداخت سود از سوی محمد، حاضر به این کار شدند. از سوی دیگر خودداری یهودیان از شرکت بی‌قید و شرط در جنگ‌ها علیه مشرکان نیز باعث بدبینی محمد نسبت به یهودیان شد. پس از این دوره کم‌کم لحن آیات قرآن در خصوص یهودیان تغییر می‌کند.
در این دوره محمد با وجود برخی ناکامی‌ها و دلسردی‌ها، مایل نیست رشتهٔ روابط با یهودیان را به‌کلّی بُگسلد. در اینجا قرآن از یهودیان انتقاد می‌کند کما اینکه لحن آن حالت موعظه‌آمیزی در خود دارد: «[ای بنی اسراییل] و به آنچه نازل کرده‌ام و کتاب شما را تصدیق می‌کند ایمان بیاورید، و از نخستین کسانی که انکارش می‌کنند مباشید و آیات مرا به بهای اندک مفروشید و از من بیمناک باشید.» «به تحقیق موسی را کتاب دادیم و از پی او پیامبران فرستادیم و به عیسی بن مریم دلیلهای روشن عنایت کردیم و او را به روح القدس تأیید نمودیم و هر گاه پیامبری آمد و چیزهایی آورد که پسند نفس شما نبود سرکشی کردید، و گروهی را دروغگو خواندید و گروهی را کشتید.» «از بنی اسرائیل آنان که کافر شدند به زبان داود و عیسی بن مریم لعنت شدند، و این لعنت پاداش عصیان و تجاوزشان بود. از کار زشتی که می‌کردند بازنمی‌ایستادند و هر آینه بدکاری می‌کردند.» اما به تدریج برخورد یهودیان «محمد را واقعاً به خشم آورد» خصوصاً هنگامی که هیچ‌یک از آن‌ها داوطلب شرکت در جنگ بدر نشدند. همراه با تیرگی روابط محمد با یهودیان ماهیت آیات نیز تغییر کرد و حالتی یهودی‌ستیزانه به خود گرفت.
آیاتی که در این دوره بیان شده‌است از جدایی قاطع یهودیان و مسلمانان حکایت می‌کند تا بدانجا که در سورهٔ بقره آیه ۶۵ از تبدیل‌شدن گروهی از یهودیان به بوزینه نقل می‌شود. یکی از نشانه‌های این جدایی تغییر قبله از بیت‌المقدس به مکه بود که یهودیان از آن به استهزا سخن می‌گفتند: «از مردم، آنان که کم خردند، خواهند گفت: چه چیز آن‌ها را از قبله‌ای که رو به روی آن می‌ایستادند برگردانید؟ بگو مشرق و مغرب از آن خداست و خدا هر کس را که بخواهد به راه راست هدایت می‌کند.» در سوره‌های بعد نیز آیات چندی به نکوهش یهودیان می‌پردازد: «و (به خاطر بیاورید) هنگامی را که خدا، از کسانی که کتاب (آسمانی) به آن‌ها داده شده، پیمان گرفت که حتماً آن را برای مردم آشکار سازید و کتمان نکنید؛ ولی آنها، آن را پشت سر افکندند؛ و به بهای کمی فروختند؛ و چه بد متاعی می‌خرند.» «(ولی) بخاطر پیمان‌شکنی آنها، و انکار آیات خدا، و کشتن پیامبران به ناحق، و بخاطر اینکه (از روی استهزا) می‌گفتند: «بر دلهای ما، پرده افکنده (شده و سخنان پیامبر را درک نمی‌کنیم» رانده درگاه خدا شدند. آری، خداوند بعلّت کفرشان، بر دل‌های آن‌ها مهر زده؛ که جز عده کمی از آن‌ها ایمان نمی‌آورند.» «ولی بخاطر پیمان‌شکنی، آن‌ها را از رحمت خویش دور ساختیم؛ و دلهای آنان را سخت و سنگین نمودیم؛ سخنان (خدا) را (از موردش) تحریف می‌کنند؛ و بخشی از آنچه را به آن‌ها گوشزد شده بود، فراموش کردند؛ و هر زمان، از خیانتی (تازه) از آن‌ها آگاه می‌شوی، مگر عده کمی از آنان؛ ولی از آن‌ها درگذر و صرف‌نظر کن، که خداوند نیکوکاران را دوست می‌دارد.» «یهود گفتند که دست خدا بسته‌است. دستهای خودشان بسته باد! و بدین سخن که گفتند ملعون گشتند. دستهای خدا گشاده‌است به هر سان که بخواهد روزی می‌دهد و آنچه بر تو از جانب پروردگارت نازل شده‌است، به طغیان و کفر بیشترشان خواهد افزود ما تا روز قیامت میانشان دشمنی و کینه افکنده‌ایم هر گاه که آتش جنگ را افروختند خدا خاموشش ساخت و آنان در روی زمین به فساد می‌کوشند، و خدا مفسدان را دوست ندارد.» «مَثل کسانی که تورات بر آن‌ها تحمیل گشته و بدان عمل نمی‌کنند مثل آن خر است که کتابهایی را حمل می‌کند. بد داستانی است داستان مردمی که آیات خدا را دروغ می‌شمرده‌اند و خدا ستمکاران را هدایت نمی‌کند.»
در مقابل، منتقدان به بخش دیگری از آیات قرآن برای ردّ مطابقت قرآن با علم اشاره می‌کنند. از این جمله می‌توان به آیات مربوط به تبدیل کفار و یهودیان به خوک و بوزینه اشاره کرد.
به عقیده منتقدان، در زمان محمد، درجهٔ خشونتِ آیاتی که محمد بیان می‌کرد با گسترش اسلام افزایش می‌یافت. اولین آیاتی که مسلمانان را به خشونتی نسبی دعوت می‌کرد هنگامی بود که در زمان دومین پیمان عقبه بیان شد. در این آیات (سوره حج، آیات ۴۱–۳۹) برای اولین بار حق حمل سلاح و دفاع به مسلمانان داده شد. اما حکم بعدی با قاطعیت بیشتری ابلاغ شد. در سال دوم هجری حکم دوم در مدینه در حالی صادر شد که به مسلمانان هشدار داده شده بود که اندازه را نگه دارند و در اقدام به جنگ پیشی نجویند: «با کسانی که با شما جنگ می‌کنند، در راه خدا بجنگید و تعدی مکنید زیرا خدا تعدی کنندگان را دوست ندارد.» به عقیده منتقدان به تدریج که برتری مسلمانان بر دیگران آشکارتر شد، آن لحن نسبتاً ملایم آیه‌های قبلی جای خود را به احکام سخت‌تر و خشمگین‌تر داد و دیری نپایید که به حالت کاملاً خشن و آشتی‌ناپذیر درآمد؛ و آیهٔ زیر را به عنوان یک نمونه آیهٔ آشتی ناپذیر ذکر می‌شود: «دوست دارند همچنان که خود به راه کفر می‌روند شما نیز کافر شوید، تا برابر گردید پس با هیچ‌یک از آنان دوستی مکنید تا آنگاه که در راه خدا مهاجرت کنند و اگر سر باز زدند در هر جا که آن‌ها را بیابید بگیرید و بکشید و هیچ‌یک از آن‌ها را به دوستی و یاری برمگزینید.» آیه بعد دو استثنا برای این حکم قائل می‌شود. «مگر آن افراد و اقوامی که با قومی پیمان دارند، که بین شما و آن قوم پیمان صلح برقرار باشد یا با شما سر جنگ نداشته باشند و توان جنگ با قوم خود را نیز ندارند و اگر خدا می‌خواست بر شما تسلّطشان می‌داد و با شما پیکار می‌کردند، اگر اینان از شما کناره گرفتند، نه با شما شدند و نه با دشمن شما، و اطاعت و تسلیم عرضه کردند، خدا برای شما علیه آنها تسلّطی نگذاشته‌است»
پس از فتح مکه در سال هشتم هجری، آیاتی نازل شد که به ظاهر، بر جنگ با همه مشرکان، در هر مکان و زمان، دلالت دارد. به نظر برخی از مفسران و فقها، این آیات، به ویژه آیه ۵ سوره توبه، مشهور به آیه «سیف» آیات دیگری را که به گونه‌ای دالّ بر مدارا کردن با مشرکان هستند، نسخ کرده‌است. شماری از مستشرقان نیز در موافقت با حکم نسخ، گفته‌اند که تنها آیاتی که به ظاهر مسلمانان را به جهاد با مشرکان، از جمله اهل کتاب، در هر زمان و مکان، دعوت می‌کنند، به قوّت خود باقی‌اند و بقیه آیات، که وجوب جهاد را منوط به وجود شرایط خاصی مانند فتنه‌انگیزی دشمنان کرده‌اند، منسوخ شده‌اند. در مقابل، مخالفانِ نسخ، عقیده دارند که با توجه به قواعدِ نسخِ آیات قرآن و تاریخ و شأن نزول آیات مورد نظر، امکان نسخِ آن‌ها وجود ندارد.
قرآن در آیه ۵ سوره توبه (آیه سیف) خاطر نشان می‌کند: «وقتی ماه‌های حرام پایان گرفت، مشرکان را هر جا یافتید به قتل برسانید؛ و آن‌ها را اسیر سازید، و محاصره کنید، و در هر کمین گاه بر سر راه آن‌ها بنشینید! هرگاه توبه کنند و نماز را برپا دارند، و زکات را بپردازند، آن‌ها را رها سازید؛ زیرا خداوند آمرزنده و مهربان است.» مسلمانان این آیه را مخصوص مشرکان پیمان‌شکنی می‌دانند که پیمان صلح با مسلمانان را نقض کرده و به مؤمنان شبیخون زده و آنان را مظلومانه کشته‌اند. خداوند به پیامبرش اعلام می‌کند به این مشرکان اعلام بی زاری کن و به آنان چهار ماه مهلت بده تا ایمان بیاورند و بعد از چهارماه دیگر هیچ امنیتی ندارند و شما حق دارید هر جا این مشرکان محارب متجاوز پیمان‌شکن را یافتید، بکشید. قرآن در ادامه سوره توبه ملاک حلال بودن خون مشرکان را بیان می‌کند: چگونه خون آنان حلال نباشد حال آن که آنان دربارهٔ مؤمنان هیچ حق خویشاوندی و پیمانی را رعایت نمی‌کنند و اگر بعد از عهد، پیمان شکستند و دین شما را به طعنه و تمسخر گرفتند، پس آن پیشوایان کفر را بکشید؛ زیرا آنان را پیمان و عهد نیست. شاید دست از پیمان‌شکنی بردارند. چرا با قومی که پیمان شکستند و تصمیم بر اخراج پیامبر از وطنش گرفتند وابتدای بر دشمنی و جنگ با شما کردند، نمی‌جنگید؟
این آیه به صراحت اعلام می‌کند که این مشرکان هستند که وضعیت جنگ یا صلح را معین می‌کنند. در آیات زیر این امر صریح تر بیان می‌شود. «اگر به صلح متمایل شدند، تو هم با توکل بر خدا تمایل نشان بده و پیشنهاد صلح را بپذیر.» «گروهی دیگر هستند که می‌خواهند شما و قومشان در امنیت باشید. البته این قوم یک نفاق درونی دارند و هرگاه راه شرک و فتنه و ستم بر مؤمنان باز شود، بدان رو می‌کنند (بر عکس گروه قبل که واقعاً دنبال صلح بودند). با این گروه اگر از جنگ با شما کناره نگرفتند و به شما صلح را پیشنهاد ندادند و دست از کشتار شما برنداشتند، بجنگید و هر جا یافتیدشان، بکشیدشان که ما برای شما علیه اینان تسلط کامل قرار داده‌ایم.» محققین مدافع اسلام اعتقاد دارند که آیات دعوت به جنگ خارج از زمینه ترجمه شده‌اند و اگر آیه‌ها را در متن ترجمه شوند، مشاهده می‌شود که قرآن با خشونت مخالف است و جنگ را تنها در حالت دفاع از خود مجاز می‌داند.
به عقیده منتقدین در ذهن یک مسلمان هیچ خدایی نیست مگر خدای محمدی که فرستاده اوست. تمام اصول زیستن نیز بر پایه درست بودن این ادعا است و مشرکین تهدید به مجازات شده‌اند. روح خشونت‌ورزی در جای‌جای قرآن به چشم می‌خورد. به‌طور مثال قرآن در مورد نحوه مجازات ناباوران در جهنم می‌گوید: «آنان را که به آیات ما کافر شدند به آتش خواهیم افکند هر گاه پوست تنشان کامل برشته شود، پوستشان را از نو دهیم، تا عذاب خدا را بچشند. خدا پیروزمند و حکیم است.»
قرآن چندین نمونه از داستان‌های متون قدیمی‌تر مذهبی همچون داستان ابراهیم را تکرار می‌کند. اغلب داستان‌های اینچنینی بر مجازات‌های الله تأکید می‌کنند یا در مورد خشونت او سخن می‌گویند و در نهایت مردم را به ترسیدن از الله وامی‌دارند. «فرعون در میان مردمش ندا داد که: ای قوم من، آیا پادشاهی مصر و این، جویباران که از زیر پای من جاری هستند از آن من نیستند؟ آیا نمی‌بینید؟ آیا من بهترم یا این مرد خوار ذلیل که درست سخن گفتن نتواند؟ چرا دستهایش را به دستبندهای طلا نیاراسته‌اند؟ و چرا گروهی از فرشتگان همراهش نیامده‌اند؟ پس قوم خود را گمراه ساخت تا از او اطاعت کردند، که مردمی تبهکار بودند. چون ما را به خشم آوردند، از آن‌ها انتقام گرفتیم و همگان را غرقه ساختیم. آنان را در شمار گذشتگان و داستان برای آیندگان کردیم.» شکست خوردن جالوت از داوود در قرآن به الله نسبت داده شده و به طرز مذهبی‌مأبانه‌ای نقل می‌شود: «چون با جالوت و سپاهش رو به رو شدند، گفتند: ای پروردگار ما، بر ما شکیبایی ببار و ما را ثابت قدم گردان و بر کافران پیروز ساز. پس به خواست خدا ایشان را بشکستند و داود جالوت را بکشت و خدا به، او پادشاهی و حکمت داد، و آنچه می‌خواست به او بیاموخت و اگر خدا بعضی از مردم را به وسیله بعضی دیگر دفع نمی‌کرد، زمین تباه می‌شد، ولی خدا بر جهانیان فضل و کرم خویش را ارزانی می‌دارد.»
در داستان موسی و خضر، خضر جوانی را می‌کشد:
منتقدان درباب این آیه معتقدند که مجموعه قوانین کیفری دنیای مدرن، مجازات کودکان نابالغ را نمی‌پذیرند. همچنین هیچ فردی را نمی‌توان به احتمال آنکه ممکن است در آینده مرتکب جرم شود، مجازات کرد. مجازات به جرم ارتکابی تعلق می‌گیرد، نه جرم ناکرده.
اکبر گنجی با اشاره به آیاتی از سوره‌های قرآنی قمر و شمس دربارهٔ نابودی تمام قوم ثمود به دلیل آنکه یکی از آنان شتر صالح را می‌کشد، و همچنین خطبه ۲۰۱ نهج البلاغه دربارهٔ نابودی همه آنان به دلیل سکوت همراه با رضایت، معتقد است این مجازات به هیچ‌وجه با جرم ارتکابی تناسب ندارد و در ادامه می‌گوید حتی مدافعان حقوق حیوان‌ها، کسی را به دلیل کشتن یک شتر نمی‌کشند، چه رسد به نابودی کل مردمی که این فرد از آن‌ها بوده‌است:
بر طبق آیه ۳۸ سوره مائده قرآن، دست دزد را باید برید.
بر پایه آیه ۳۳ سوره مائده قرآن، یک دست و یک پای محارب (قیام کنند بر ضد حکومت اسلامی) را باید قطع کرد.به گفته گری ویلز، این مسئله که فرد باید تا حد ممکن از خشونت خودداری کند در قرآن هویداست. وی بیان می‌دارد که قرآن نماد یک دین صلح‌جویانه است. اما این مسئله متفاوت از آن است که اسلام (آن طور که توسط مسلمانان عمل شده) هم صلح‌جویانه باشد. به گفته او همین مسئله در مورد انجیل و مسیحیت هم برقرار است. به این ترتیب که انجیل نماد یک دین صلح‌جویانه است اما مسیحیان بعد از آن همه جنگ مذهبی دیگر صلح‌جو به حساب نمی‌آیند.