مکتب در فرایند تکامل
کتاب مکتب در فرایند تکامل با عنوان فرعی «نظری بر تطور مبانی فکری تشیع در سه قرن نخستین»، ترجمهٔ کتاب «بحران و تثبیت در دوره تکوینی اسلام شیعی؛ ابوجعفر ابن قبه رازی و سهم او در اندیشهٔ شیعیِ امامی» است که در سال ۱۹۹۳ از سوی انتشارات داروین به قلم سید حسین مدرسی طباطبایی در شهر پرینستون منتشر شد. هاشم ایزدپناه کتاب را به فارسی ترجمه کرد.
ویرایش جدید این کتاب با ترجمهٔ «هاشم ایزد پناه» در سال ۱۳۸۶ با مجوز وزارت ارشاد، به‌طور عمومی و رسمی منتشر شد.
سید حسین مدرسی طباطبائی در مقدمه ویرایش جدید کتاب می‌نویسد: "اصل انگلیسی کتاب بدین گونه بیست سالی پیش ازاین، برای حال و هوایی دیگر و در پاسخ به نیازی در شرایط زمانی و مکانی و فرهنگی خاص تدوین شده بود. در آغاز بر این باور بودم که به خاطر همین مسائل جنبی مطرح شده در کتاب، برگردان فارسی آن سودمند نیست چه برخی از مباحث زمینه‌ساز تدوین آن در جوامع ما مطرح نبود و تحریک ساکن، موجبی نداشت. حتی وقتی کتاب به هر صورت در آمریکا ترجمه شد خوشدل بودم که در ایران جز چند نسخه بسیار معدود[زیراکس]، چیزی از آن در دسترس قرار نگرفت… "بر سر هم، اکنون پس از گذشت سال‌ها به نظر می‌رسد که دیگر آن ملاحظات پیشین، زمینه‌ای ندارد. "
سعید بهمن‌پور، در مصاحبه‌ای با ویژه‌نامهٔ دین و مدرنیته، از نخستین کسانی بود که به این کتاب اشاره کرد و دیدگاه‌های محسن کدیور را زیر تأثیر آن دانست. از نظر بهمن‌پور روشِ به کار رفته در کتاب «مکتب در فرایند تکامل» در ادامهٔ سنت شرق‌شناسانی چون ایگناز گلدزیهر و یوزف شاخت است. اما خود وی در مصاحبه‌ای، برخی از دیدگاه‌های مشابه با کتابش، از جمله دیدگاه محسن کدیور را که در سلسله سخنرانی‌ها و مقالات «بازخوانی شیعه» منتشر شده بود را متفاوت می‌داند. حسن انصاری این کتاب را «تحقیق نمونه» نامیده و گفته‌است: اما چند تن از نویسندگان مانند محمد تقی سبحانی و حسن طارمی راد نیز بر این کتاب نقدهایی وارد کرده‌اند که نویسنده کتاب در چند مقاله به پاره‌ای از اشکالات آنان پاسخ داده‌است. نویسنده در پاسخ حسن طارمی راد: آیا این سخن رهنمون بزرگی برای همه ما نیست که بدانیم حرمت اجتماعی و عزت مسلمان چه میزان اهمیت دارد و تا کجا اجازه عمل داده و ایجاد تکلیف می‌کند؟
آیا نباید پیش از آن که به فکر بهره‌گیری از امکانات عظیم ارتباطات مدرن در راه هدایت و جذب توده‌ها و گسترش پیام اسلام بیافتیم مکتب خود و تعالیم آن را برای کسانی که در فرهنگی جز فرهنگ سنتی ما برآمده و الگوهای ذهنی متفاوتی دارند قابل فهم کنیم و دست‌کم‌کاری کنیم که آن سه چهارم دیگر مردم جهان به ما و ارزش‌های ما به دیده احترام بنگرند تا نابکاران نتوانند به آسانی و بی‌نگرانی از مردم خود و عواطف همدردی ملت‌ها، چنین بر ما ستم کنند و آنچه را که خشونت و تبعیض و غیرمتمدنانه بودن احکام اسلام می‌خوانند توجیه اعمال غیرانسانی خود قرار دهند؟ مهدی چهل تنی نیز در مقاله‌ای نوشته‌است که برخی از ارجاعات تاریخی این کتاب گزینشی انجام شده. وی در این مقاله به چند مورد از آنچه که وی اشتباه در ارجاعات تاریخی می‌نامد اشاره می‌کند.
به دنبال انتشار ترجمه فارسی کتاب، اکبر گنجی مقالاتی منتشر نمود که در آن‌ها با استناد به کتاب مکتب در فرایند تکامل، مدعی شد بسیاری از اعتقادات فعلی شیعه از جمله اعتقاد به امام دوازدهم، عید غدیر، زیارت عاشورا و ولایت فقیه برساخته شیعیان و نه حقایق ازلی هستند.
گنجی در ادامه افزود که مطالب مورد ادعای وی اقتضائات تاریخی کتاب مدرسی هستند که ممکن است مطابق با اعتقادات نویسنده کتاب مکتب در فرایند تکامل نیز نباشند.
سید حسین مدرسی طباطبایی نیز در پاسخی به گنجی برداشت وی از کتاب را نادرست دانسته و از کسانی که پیام کتاب را در مسئله مهدی و شمار ائمه درنیافتند تعجب می‌کند: نقدهایی به این کتاب وارد شد. این نقدها به دو دسته روشی و محتوایی است.
منتقدین از حیث روش‌شناختی به این کتاب نقدهای متعدد وارد کردند: