دوره ششم مجلس شورای اسلامی
ششمین دورهٔ مجلس شورای اسلامی (مجلس ششم) از ۷ خرداد ۱۳۷۹ تا چهار سال قانون‌گذاری ایران را بر عهده داشت. در این دوره اصلاح‌طلبان اکثریت مطلق را در دست داشتند.
انتخابات ششمین دوره مجلس شورای اسلامی، در تاریخ ۲۹ بهمن ۱۳۷۸ خورشیدی، برگزار گردید. از مجموع ۳۸٬۷۲۶٬۴۳۱نفر واجد شرایط رای دادن، ۲۶٬۰۸۲٬۱۵۷ نفر، در انتخابات شرکت کردند. در این دوره از انتخابات، جبهه دوم خرداد توانست که اکثریت مطلق مجلس را به دست آورد. در تهران بزرگ، فهرست نامزدهای پیشنهادی حزب جبهه مشارکت ایران اسلامی، ۹۰٪ کرسی‌های این حوزه را کسب کرد.
جلسهٔ گشایش مجلس در ۷ خرداد ۱۳۷۹ آغاز شد و محمدعلی شیخ شوشتری نمایندهٔ شوشتر رئیس سنی مجلس شد. سپس نمایندهٔ رهبری پیام سید علی خامنه‌ای را خواند. وی در این پیام با اشاره به اقدامات دشمنان در این دوره از نمایندگان درخواست هوشیاری کرد. سپس سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور و عبدالواحد موسوی لاری وزیر کشور سخنرانی کردند. وزیر کشور به کارشکنی‌های شورای نگهبان از جمله رد شمارش ماشینی آرا سه روز مانده به برگزاری انتخابات و ابطال تعرفه‌های رای در روزهای پایانی مانده به برگزاری و مشکلات عدیده‌ای که در شمارش آرا ایجاد کرده بود اشاره کرد. در دومین جلسه مجلس در ۱۰ خرداد ۱۳۷۹ هیئت‌رئیسهٔ موقت انتخاب شدند. در این رای‌گیری مهدی کروبی با ۱۸۶ رای مثبت و ۶۳ رای ممتنع رئیس مجلس شد و مجید انصاری با ۱۴۶ رای مثبت و ابوالقاسم سرحدی‌زاده با ۸۵ رای مثبت نیز نایب‌رئیس اول و دوم شده؛ سهیلا جلودارزاده، ناصر خالقی، محمد قمی، علی شکوری راد، اسماعیل جبارزاده، جلال جلالی‌زاده منشیان؛ تابش، سید حسین هاشمی، سازگارنژاد نیز کارپردازان موقت شدند.
تصمیم برای انتخاب کروبی به عنوان رئیس مجلس ناشی از مصلحت سنجی و هماهنگی قبلی بهزاد نبوی و برای کاهش تنش در روابط مجلس ششم با جناح راست و رهبری نظام بود. ۸ تن از جبهه مشارکت، ۷ تن از حزب کارگزاران سازندگی، ۶ نفر در فهرست مجمع روحانیون مبارز قرار داشتند. این ترکیب که در آن رهبران حزب مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب حضور نداشتند با استقبال جناح راست مواجه شد.  با این حال هنگام انتخاب هیئت‌رئیسهٔ دایم دوتن از چهره‌های شاخص اصلاح‌طلب بهزاد نبوی و سید محمدرضا خاتمی به سمت نایب‌رئیسان اول ودوم مجلس ششم انتخاب شدند. مهدی کروبی بلافاصله پس از انتخاب، طی سخنانی گفت که من یک سخنگو نیستم و جایگاه رئیس قوه مقننه در حد رییسان دو قوه دیگر است. این اظهارات با واکنش برخی دیگر از نمایندگان مواجه شد که عقیده داشتند همه نمایندگان از یک جایگاه و شان برخوردارند. جناح راست محمد میرمحمدی نمایندهٔ قم را کاندید ریاست مجلس کرد که با کسب ۸۰ رای ناکام ماند در عین حال تعداد نمایندگان نزدیک به این جناح در همین حدود ارزیابی شد.
همزمان با برگزاری جلسه دوم مجلس، «انجمن‌های صنفی کارفرمایی ایران» و «کانون عالی شوراهای اسلامی کار» (دو نهاد کارفرمایی و کارگری ایران) در بیانیه‌ای که از مذاکرات خود منتشر ساختند از تصمیم مجلس پنجم در اصلاح قانون کار و خارج کردن کارگاه‌های کمتر از پنج نفر از شمول این قانون اعتراض کرده و خواستار اصلاح آن در مجلس ششم شدند.
همچنین طی روزهای بعد مهدی کروبی با حضور در بیمارستان از عبدالله نوری (وزیر کشور استیضاح شده خاتمی و مدیرمسئول روزنامه خرداد که در طی دوران زندان بیمار و به بیمارستان منتقل شده بود)، عیادت کرد. گرچه عبدالله نوری با ممانعت شورای نگهبان نتوانست در انتخابات حضور یابد، اما برادر وی که در روزهای آخر ثبت نام کرد با اقبال عمومی مواجه شد. کروبی وعدهٔ رایزنی با سید علی خامنه‌ای و آزادی عبدالله نوری را داد، که هیچگاه محقق نشد.
هیئت رئیسه دایم مجلس هماهنگی بیشتری با خواست افکار عمومی و نتیجه انتخابات داشت. گرچه کروبی همچنان به ریاست رسید، اما بهزاد نبوی (از سازمان مجاهدین انقلاب) و محمدرضا خاتمی از جبهه مشارکت نایب‌رئیس اول و دوم رئیس انتخاب شدند. ۲۴۸ نماینده در رای‌گیری حضور داشتند.
همزمان با برگزاری افتتاحیه، اکبر هاشمی رفسنجانی (رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام) که در شمارش رای‌ها توسط شورای نگهبان نفر آخر شد و با رایی پایینی از تهران به مجلس راه یافته بود کناره گرفت.
با تشکیل کارگروه بررسی اعتبارنامهٔ نمایندگان، از میان ۲۵۷ نماینده به اعتبارنامهٔ ۱۸ نفر مورد اعتراض قرار گرفت. اکثر این افراد از نمایندگان جناح راست بودند که به مجلس راه یافته بودند. از جمله این افراد غلامعلی حدادعادل بود. بیش از ۱۲۰ نماینده اصلاح‌طلب اعتراض خود را به اعتبارنامهٔ غلامعلی حدادعادل که در پی ابطال ۵۳۴ صندوق توسط شورای نگهبان، نهایتاً از رتبه ۳۳ تهران به رتبهٔ ۲۸ ارتقا پیدا کرد و در میان سی نماینده تهران به مجلس راه یافت. در شهریور ۱۳۹۶ مصطفی تاج زاده رئیس وقت ستاد انتخابات از جزئیات نحوه حذف علیرضا رجایی و جایگزینی حدادعادل می‌گوید و تصریح می‌کند که رئیس بخش کامپیوتری شورای نگهبان مستقیماً به او خبر داده‌است که تحت فشار قرار گرفته‌است تا اشتباه شورای نگهبان از تأیید صلاحیت علیرضا رجایی را با ابطال بیش از ۵۰۰ صندوق جبران نمایند. گرچه مهدی کروبی با رد اعتبار نامهٔ حداد عادل مخالفت کرد. به گفتهٔ وی بنا به آیین‌نامه، نمایندگان نمی‌توانند به مواردی که از نظر شورای نگهبان گذشته‌است اعتراض کنند
نزدیک به شصت تن از نمایندگان مجلس ششم را قوه قضائیه به دادگاه فراخواند که از این میان احکام قضایی چهار نفر از آنان صادر و قطعی شد.
درحالی که نمایندگان از مصونیت قضایی برخوردار بودند برای نخستین بار در دورهٔ هاشمی شاهرودی این مصونیت برداشته شد. حسین لقمانیان نمایندهٔ همدان دستگیر و به زندان اوین فرستاده شد تا دوره ده ساله حبس خود را طی کند. این اقدام که برخلاف اصل ۸۴ و ۸۶ قانون اساسی بود و «مصونیت پارلمانی نمایندگان» را «نقض» می‌کرد، با واکنش شدید و معترضانهٔ نمایندگان مجلس ششم و دولت محمد خاتمی، احزاب و فعالان سیاسی - اجتماعی رو به رو شد. سرانجام پس از بیست روز از زندانی شدن لقمانیان، واکنش شدید مهدی کروبی، رئیس مجلس ششم، قوه قضاییه را مجبور به آزادی حسین لقمانیان کرد.مهدی کروبی از پشت تریبون مجلس اعلام کرد که اگر قوه قضائیه لقمانیان را آزاد نکند، او از ریاست مجلس استعفا می‌دهد. پس از این سخنان، مهدی کروبی مجلس را ترک و به منزل خود رفت و گفت تا زمانی که این نماینده مجلس و دیگر نمایندگان مصونیت نداشته باشند، پا به مجلس نمی‌گذارد. ساعتی پس از این اعتراض مدنی که از سوی کروبی انجام شد، سرانجام با درخواست شاهرودی و موافقت سید علی خامنه‌ای حسین لقمانیان آزاد شد. لقمانیان در شهریور ۱۳۸۴ بار دیگر از سوی شعبهٔ هفتم بازپرسی دادسرای کارکنان دولت احضار شد.
در پی توقیف فله‌ای مطبوعات در سال ۱۳۷۹, اصلاح طلبان که به پیروزی بزرگی در انتخابات مجلس ششم دست یافته بودند، تلاش کردند تا با ارائه طرح اصلاح قانون مطبوعات (که در ماه‌های پایانی عمر مجلس پنجم تغییر و محدودیت‌های بیشتری را برای مطبوعات وضع کرده بود) مجدداً فضای رسانه‌ای کشور را به آزادی نسبی ایجاد شده پس از دوم خرداد بازگردانند. در این هنگام نامه‌ای از سوی آیت الله خامنه ای به مهدی کروبی فرستاده شد که مهدی کروبی با استناد به این نامه طرح اصلاح قانون مطبوعات را از دستور کار مجلس خارج کرد و بدین ترتیب جلوی بررسی و اظهار نظر نمایندگان در مورد این طرح را گرفت که این امر موجب وقوع اعتراضات و درگیری‌هایی در صحن مجلس شد. پس از آن احمد جنتی دبیر شورای نگهبان طی نامه‌ای از این اقدام مهدی کروبی تقدیر کرد و آن را نشانه ولایت مداری ایشان دانست. رسانه‌های حکومتی از نامه آیت الله خامنه ای به مجلس به عنوان حکم حکومتی یاد کردند و این اصطلاح از آن تاریخ در ادبیات رسمی جمهوری اسلامی وارد شد.
در اردیبهشت ۱۳۸۱، ۱۲۷ تن از نمایندگان در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای، نسبت به تقابل فزایندهٔ نهادهای انتصابی با خواست و اراده مردم هشدار دادند. این نامه که محرمانه ارسال شده بود را محافل خاص بعد از سه روز علنی کردند. آن زمان، شورای عالی امنیت ملی طبق دستوری اعلام کرد که متن و حتی خبرِ نامه، در هیچ رسانه‌ای منتشر نشود. با اعلام این دستور، تارنماهای خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) و رویداد، متن و خبر انتشار این نامه را از صفحات خود برداشتند. بخشی از متن این نامه از این قرار است: آنچه ما را بر آن داشت تا بدین صورت مصدع اوقات شویم حساسیت شرایط، فرصت اندک و بزرگی خطریست که پیش روی کشور است و با کمال تأسف نجواهای خیرخواهانه و پیشنهادهای آرام و مکتوم ما در سال‌های گذشته ره به جایی نبرده‌است پس اجازه دهید بر مبنای وظیفه شرعی و قانونی خود و تعهد و مسؤولیتی که در برابر خدا و مردم داریم، آنچه را به خیر و صلاح همه می‌دانیم با حضرتعالی، که بر اساس قانون اساسی _ یعنی میثاق ملی همه ما _ شخص اول کشور هستید در میان بگذاریم، به آن امید که این خیرخواهی منشأ آثار و برکات برای نظام باشد … هنوز فضای سیاسی کشور را در سال از یاد نبرده‌ایم که به دلایل گوناگون در عرصه سیاست خارجی، ایران در انزوای کامل و حتی کشور در معرض تهدید نظامی خارجی قرار داشت و متأسفانه وضعیت انفعال بر فضای سیاسی کشور حاکم بود اما دوم خرداد همه این تهدیدها را از بین برد … اما هنوز دو سال از این نعمت بزرگ الهی نگذشته بود که جریانهایی که تا مدتی در بهت و حیرت ناشی از رأی مردم در دوم خرداد به سر می‌بردند، با برنامه‌ای حساب شده، برای فرصت سوزی و شکست آنچه اصلاحات نام گرفته و در برنامه رئیس‌جمهور تجلی یافته بود، به منظور بازگرداندن اوضاع به وضعیت قبل از دوم خرداد، فعال شدند سیاهه اقدامات تخریبی آن‌ها طولانی و مکرر و اندوه‌بار است و به قول آقای خاتمی هر روز یک بحران آفریدند از آن جمله است قتل‌های زنجیره‌ای، جنایت کوی دانشگاه، تعطیلی مطبوعات و رسانه‌ها، دستگیری فعالان سیاسی، سرکوب دانشجویان و دانشگاهیان، اجرای علنی احکام قضایی بسیار کم سابقه، خنثی کردن تصمیمات مجلس و دولت و انتقال قدرت از آن‌ها به نهادهایی مانند شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت، شورای انقلاب فرهنگی و حتی برتری دادن اساسنامه کمیته امداد و آئین‌نامه فروش وسائل اسقاطی نیروی انتظامی بر قوانین مصوب مجلس! بی‌اختیار و بی‌اراده کردن مدیران و مسؤولان اجرایی با پرونده‌سازی‌ها، مچگیری‌ها و تبلیغات سیاه، برخورد با نهادهای مستقل مدنی مانند احزاب، کانون وکلا، سازمان‌های علمی و پژوهشی و مؤسسات فرهنگی و نتیجه خواسته و ناخواسته این همه، جز این نبود که به مردم ایران و جهان نشان داده شود در ایران هیچ تغییری اتفاق نیفتاده و نخواهد افتاد و ثابت شود رأی مردمی که خواست اصلی آن‌ها تغییر در روش‌ها و بینش‌ها بوده‌است، هیچ اثری ندارد و اعلام گردد که نهادهای مظهر اراده ملت قدرتی ندارند و آشکار شود که نهادهایی که باید کانون حل منازعه و مظهر حاکمیت ملی و جایگاه اجماع و وحدت ملی باشند، به دست تندترین نیروهای مخالف اصلاحات سپرده می‌شود، تا در نهایت رأی مردم بلاموضوع گردد … اگر جام زهری باید نوشید قبل از آنکه کیان نظام و مهمتر از آن، استقلال و تمامیت ارضی کشور در مخاطره قرار گیرد باید نوشیده شود و بی تردید این برخورد خردمندانه و متواضعانه، از سوی ملت با همان پاداشی مواجه می‌شود که امام عزیز راحل روبرو شد "
این نامه که به نامهٔ «جام زهر» معروف شده‌است اشاره به سخن نمایندگان دارد که گفتند اگر جام زهری باید نوشید بشود (آیت‌الله خمینی هنگام پذیرش قطعنامهٔ پایان جنگ از این عبارت استفاده کرده بود).
درپی رویدادهای مجلس و برخوردها و رفتارهای نمایندگان، هنگام انتخابات مجلس هفتم شورای نگهبان با اعمال نظارت استصوابی حدود نیمی از نامزدان را به دلیل نداشتن پایبندی عملی به اسلام یا ثابت نشدن این پایبندی برای شورای نگهبان ردصلاحیت کرد. در میان ردصلاحیت شدگان، جمع زیادی از نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس ششم بودند. ۱۳۹ نماینده، در اعتراض به ردصلاحیت‌ها در ساختمان مجلس بست نشستند. فرجام ایشان با بی‌اثر ماندن اعتراض‌ها و برگزاری انتخابات مجلس هفتم سر موعد مقرر، استعفا دادند.
۳ سال بعد آیت‌الله خامنه‌ای در دیدار نمایندگان دوره هفتم مجلس شورای اسلامی، دیدگاه خود را دربارهٔ مسائل دوره ششم مجلس شورای اسلامی، گفت:
وی، بدون اشاره به رد صلاحیت‌ها گفت: طبق اظهارات جواد منصوری اولین فرمانده سپاه پاسداران تلاش‌هایی برای ادغام سپاه در ارتش در طی مجلس ششم اتفاق افتاد و تلاش شد تا این موضوع به رای گذاشته شود اما تغییر حزب حاکم مجلس باعث توقف این روند شد.