روابط اسرائیل و ایران
روابط ایران و اسرائیل را می‌توان به چهار دوره عمده تقسیم کرد: دوره روابط دوستانه این دو کشور از سال ۱۳۲۶ تا ۱۳۵۷ در دوران دودمان پهلوی، وخامت روابط پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران تا سال ۱۳۶۹ و سرانجام روابط خصمانه پس از پایان جنگ اول خلیج فارس. ایران در سال ۱۳۲۶ در بین ۱۳ کشور جهان بود که با طرح سازمان ملل برای تقسیم فلسطین مخالفت کرد. دو سال بعد نیز ایران به پذیرش اسرائیل در سازمان ملل متحد رای منفی داد.
با این وجود، ایران پس از ترکیه، دومین کشور با اکثریت مسلمان بود که اسرائیل را به عنوان کشور مستقل به رسمیت شناخت. پس از کودتای ۲۸ مرداد، که محمدرضا پهلوی را به قدرت رساند، روابط دو کشور به‌طور قابل توجهی بهبود یافت. محمدرضا پهلوی از دخالت مستقیم در جنگ‌های اعراب و اسرائیل پرهیز کرد و با شرق و غرب روابط مطلوبی داشت.
پس از انقلاب ۱۳۵۷، ایران تمام روابط دیپلماتیک و تجاری با اسرائیل را قطع کرد و حکومت اسلامی ایران، اسرائیل را به عنوان یک کشور به رسمیت نمی‌شناسد. چرخش از صلح سرد به خصومت در اوایل دهه ۷۰ شمسی رخ داد، اندکی پس از فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی و شکست ارتش عراق در جنگ خلیج فارس پس از آن قطب‌های قدرت در خاورمیانه به سمت ایران و اسرائیل تغییر یافتند. این درگیری در اوایل دهه ۷۰ تشدید شد، زیرا دولت اسحاق رابین مواضع تهاجمی‌تری علیه ایران اتخاذ کرد. درگیری لفظی این دو کشور در دوران ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد که اظهارات ستیزه‌جویانه‌ای علیه اسرائیل انجام داده بود، افزایش یافت. سایر عواملی که به تشدید این تنش‌ها دامن‌زد عبارتند از: توسعه برنامه هسته‌ای در ایران، حمایت ایران از گروه‌هایی مانند حزب‌الله، جهاد اسلامی و حماس و اتهام دست‌داشتن ایران در حملات تروریستی ازجمله حمله به سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس در سال ۱۳۷۱ و بمب‌گذاری آمیا و ادعای ایران مبنی بر حمایت اسرائیل از گروه‌هایی مانند مجاهدین خلق ایران و جندالله و نیز عملیات‌های مخفیانه تروریستی در ایران.
در سال ۱۹۴۸ میلادی که طرح تشکیل کشور اسرائیل در دستور کار سازمان ملل متحد گذاشته شد، نصرالله انتظام نماینده ایران در سازمان ملل به عضویت کمیسیونی از نمایندگان یازده کشور انتخاب شد که به قضیه فلسطین رسیدگی کنند. او در این کمیسیون با تقسیم فلسطین و تشکیل کشور اسرائیل مخالفت کرد و خواهان تشکیل دولتی واحد اما فدرال در فلسطین شد.
تشکیل کشور اسرائیل اعتراض‌های گسترده‌ای در ایران بر پا کرد، در سطوح رسمی نیز نمایندگان مجلس شورای ملی علیه اسرائیل موضع‌گیری می‌کردند و خواهان اقداماتی علیه دولت تازه تأسیس اسرائیل می‌شدند. نخستین موضع‌گیری علنی در سطوح رسمی را با اسرائیل، محمدرضا آشتیانی‌زاده نماینده ورامین در مجلس شورای ملی کرد که تأسیس اسرائیل را ضربه‌ای خواند که «آمریکا و شوروی بر قلب عالم اسلام زده‌اند».
هنگام تشکیل کشور اسرائیل، حدود ۴۵۰۰ نفر از اتباع ایران در فلسطین زندگی می‌کردند که ۲۵۰۰ نفر از آنان مسلمان بودند. جنگ اعراب و اسرائیل در سال ۱۹۴۸ باعث آوارگی آنان شد. تلاش دولت ایران (در زمان نخست‌وزیری محمد ساعد مراغه‌ای) برای کمک به اتباع خود باعث نخستین تماس میان دولت‌های اسرائیل شد. در پی این تماس‌ها، با اینکه اسرائیلی‌ها حتی به شهروندان اروپایی مانند یونانی‌ها، ایتالیایی‌ها و بلژیکی‌ها که آواره شده بودند، اجازه بازگشت به خاک اسرائیل ندادند، همه شهروندان ایرانی را به خانه‌های خود بازگردانده، اموالشان را به آنان پس دادند و امکانی برایشان فراهم آوردند که به کسب و کار خود ادامه دهند. این شهروندان ایرانی هم با ارسال تلگراف‌هایی به دولت ایران، از «حسن رفتار و مهربانی‌های مأمورین دولت اسرائیل نسبت به ایرانی‌ها» خبر دادند.
بدین ترتیب دولت ایران در اوائل زمستان ۱۳۲۸ یک نماینده کنسولی برای رسیدگی به وضعیت شهروندان ایرانی به اسرائیل فرستاد و سه ماه بعد با وجود مخالفت افکار عمومی، دولت ساعد یک سال و نیم پس از تشکیل کشور اسرائیل، آن کشور را به صورت دو فاکتو به رسمیت شناخت. این تصمیم در نشست هیئت دولت در شب چهاردهم اسفند ۱۳۲۸ به اتفاق آراء گرفته و به نصرالله انتظام نماینده ایران در سازمان ملل متحد ابلاغ شد که با تماس با نماینده دولت اسرائیل، شناسایی بالفعل (دو فاکتو) را به او اعلام کند.
تا آن هنگام حدود پنجاه کشور اسرائیل را به رسمیت شناخته بودند و ترکیه تنها کشور مسلمان بود که اسرائیل را به صورت مشروع (دو ژور) به رسمیت شناخته بود. اقدام دولت ایران در شناسایی دو فاکتوی اسرائیل که بدون در جریان گذاشتن کمیسیون خارجه مجلس هم انجام گرفته بود، هم در داخل ایران و هم در کشورهای عربی اعتراض برانگیخت. در هر دو مجلس سنا و شورای ملی نیز از وزارت امورخارجه برای این اقدام توضیح خواستند. محمد ساعد که مدت کوتاهی پس از تصمیم‌گیری برای شناسایی دو فاکتوی اسرائیل از نخست‌وزیری کنار رفته و به فرمان شاه، عضو مجلس سنا شده بود، در این مجلس نطقی در توجیه تصمیم خود کرد و گفت بدون شناسایی دو فاکتو، دولت نمی‌توانست مأموری برای حل مشکلات ایرانیان ساکن اسرائیل بکند.
ساعد در این نطق همچنین به تماس‌های مستقیم و محرمانه بعضی از دولت‌های عرب با دولت اسرائیل برای چیدن مقدمات برقراری رابطه رسمی و صلح و سازش اشاره کرد و گفت تصمیم دولتش برای شناسایی اسرائیل پس از آن انجام گرفت که اطمینان حاصل کرد نمایندگان دولت‌های عربی و اسرائیل روی یک کشتی انگلیسی سازش‌نامه‌ای تنظیم و امضا کرده‌اند و قرار است در ۲۱ اسفند (۱۲ مارس) کنفرانسی در قاهره تشکیل و موضوع برقراری رابطه با دولت اسرائیل در آن بررسی شود اما نه از امضای سازش‌نامه روی کشتی انگلیسی و نه از کنفرانس قاهره هیچ اطلاعی به دولت ایران نداده بودند. در نتیجه دولت او شایسته ایران ندید که از سیاست دولت‌های عربی پیروی کند و تصمیم گرفت سیاست مستقلی در قبال اسرائیل پیشه سازد.
برخی مورخان همچون حسین مکی در نطق‌های خود در مجلس در دوران جنگ اعراب و اسراییل به رشوه پرداخت شده به نخست‌وزیر وقت ایران محمد ساعد برای به رسمیت شناختن اسراییل اشاره کردند. روزنامه اسراییلی تایمز اسرائیل مبلغ این رشوه را چهارصد هزار دلار (معادل ۳ میلیون و نهصد هزار دلار سال ۲۰۱۴) نوشته که به شخص محمد ساعد پرداخت شده و بخشی از آن نیز برای خرید افکار عمومی میان مطبوعات خرج شده بود.
اما با روی کار آمدن محمد مصدق، دولت ایران در پانزدهم تیر ۱۳۳۰ سرکنسولگری خود را در بیت‌المقدس بود منحل کرد. مهذب‌الدوله کاظمی وزیر امورخارجه ایران با اعلام این تصمیم در مجلس شورای ملی گفت: «دولت مصمم نیست راجع به شناسایی رسمی دولت اسرائیل اقدام دیگری بکند و نماینده‌ای هم از اسرائیل در ایران قبول نکرده و نخواهد کرد». بدین ترتیب، دولت ایران رسماَ نه شناسایی دوفاکتو را پس گرفت و نه تأیید کرد.
در دوران سلطنت محمدرضا شاه پهلوی، روابط ایران و اسرائیل، زائیدهٔ «منافع مشترک» ایران و اسرائیل از جمله رویارویی با قدرت‌طلبی کشورهای عربی منطقه خلیج فارس با خط مشی سیاسی پان-عربیستی، همانند جمال عبدالناصر و صدام حسین بود. در همین راستا اسرائیل به‌طور منظم تحرکات سیاسی مصر در میان اعراب منطقه، گزارش پیشرفت‌های عراق در زمینه‌های گوناگون و گزارش‌های مرتبط با فعالیت زیرزمینی کمونیست‌ها در ایران را در اختیار دولت شاهنشاهی ایران قرار می‌داد. محمدرضا شاه یک بار در پاسخ به خبرنگاری چنین گفت که در صورت شروع جنگ بین اعراب و اسرائیل او طرف اسرائیل را خواهد گرفت.
مناسبات ایران و اسرائیل در زمینه‌های مختلف گسترش می‌یافت؛ ولی عمده تبادلات صورت گرفته بین ایران و اسرائیل مربوط به معامله سلاح و تجهیزات نظامی بوده‌است. همانند آمریکا، اسرائیل نیز اساس معاملات خود با ایران را به فروش سلاح به ایران در ازای دریافت نفت از این کشور نهاده بود. اهمیت ادامهٔ این رابطه در زمان تحریم صادرات نفت از جانب اوپک بیشتر آشکار گشت. دولت ایران در جریان جنگ هشت ساله با عراق بیش از ۵۰۰ میلیون دلار در سال سلاح آمریکایی از انبارهای دولت اسرائیل خریداری می‌نمود که همه نوع سلاح و انواع تجهیزات نظامی را شامل می‌شد.
اسرائیل در زمان دودمان پهلوی کمک‌های بزرگی به مدرنیزه‌سازی کشاورزی، دفاع هوایی، پایگاه‌های نیروی دریایی و گردشگری در ایران کرد. اسرائیل همچنین تعداد ۱۵۰۰ متخصص تعاونی‌های سازندگی در ایران را آموزش داد.
دولت اسرائیل با هدف تحکیم روابط ایران و اسرائیل، در سال ۱۹۵۸ میلادی، بخش فارسی رادیو اسرائیل را افتتاح کرد. امنون نتصر، آغازگر و مؤسس بخش فارسی صدای اسرائیل به زبان فارسی بود. در حیطه روابط تجاری، در سال ۱۹۷۳ اسرائیل ۳۳ میلیون دلار صادرات به ایران داشت. این مقدار در ۱۹۷۴ به ۶۳ میلیون و در ۱۹۷۷ به ۱۹۵ میلیون دلار رسید. در سال ۱۹۷۸، اسرائیل ۷٪ کل صادرات خود (بالغ بر ۲۲۵ میلیون دلار) را به ایران فرستاد.
مئیر عزری نخستین سفیر سیاسی اسرائیل در ایران بود. در زمان سفارت یوری لوبرانی نماینده اسرائیل در تهران، بین سال‌های ۱۹۷۴ تا ۱۹۷۹، اسحاق رابین، ایگال آلون، موشه دایان و شیمون پرز به کرات به ایران سفر نمودند و علی‌عباس خلعتبری نیز در سال ۱۹۷۷ رسماً به تل‌آویو سفر نمود.
هواپیمایی ال عال از سال ۱۹۶۰ به بعد، دارای پروازهای ثابت روزانه از فرودگاه بین‌المللی مهرآباد به فرودگاه بین‌المللی بن گوریون بود. هم‌چنین ساختمان مرکزی هواپیمایی ایران ایر توسط مهندسان اسرائیلی ساخته شد.
در سال ۱۹۶۸ میلادی و به منظور تسهیل صادرات نفت ایران به اروپا، شرکت خط لوله نفتی ایلات - اشکلون با ۲۴۲ کیلومتر برای انتقال نفت خام ایران به اروپا از خاک اسرائیل بدون عبور از کانال سوئز مصر با شراکت ۵۰ درصدی دولت ایران و اسرائیل تأسیس شد.
در سال ۱۹۷۵ ایران به قطعنامه ۳۳۷۹ مجمع عمومی سازمان ملل متحد که به موجب آن صهیونیسم از انواع نژادپرستی شمرده شد، رای مثبت داد.
بر اساس آرشیوهای وزارت امور خارجه اسرائیل، در آن دوره بیش از ۵۰۰ خانواده اسرائیلی در ایران زندگی می‌کردند و دانش‌آموزان اسرائیلی مقیم تهران به مدرسهٔ عبری‌زبان تحت نظر وزارت آموزش اسرائیل می‌رفتند که توسط سفارت اسرائیل در تهران اداره می‌شد.
بزرگترین پروژهٔ مهندسان اسرائیلی در ایران، ساخت پایگاه‌های نیروی دریایی ایران در بندرعباس و بندر بوشهر و خانه‌های سازمانی افسران، در مجاورت پایگاه‌ها بود.
اسرائیل در دوران حکومت پهلوی در مقابل خرید نفت به ایران سلاح می‌فروخت. در سال ۱۹۷۷ قراردادی ۱ میلیارد دلاری میان ایران و اسرائیل به امضاء رسید. هدف این برنامه که به پروژه شکوفه معروف بود ساخت یک موشک بالستیک سطح‌به‌سطح با قابلیت حمل کلاهک هسته‌ای بود.
در خلال سالهای ۱۹۶۵ تا ۱۹۷۵، ساواک و موساد همکاری مشترکی را در جهت حمایت از نیروی استقلال‌طلب کرد عراقی انجام دادند. این حمایت‌ها شامل آموزش، کمک مالی و جهت‌دهی فعالیت‌ها و عملیات‌های کردهای بارزانی علیه دولت مرکزی بعثی عراق بوده‌است. این فعالیت‌ها با پشتیبانی فنی و مالی سیا همراه بود. پس از امضای پیمان ۱۹۷۵ الجزایر بین ایران و عراق، دولت ایران از ادامه این همکاری مشترک اجتناب کرد ولی اسرائیل به تنهایی این اقدامات را دنبال کرد، که تا امروز ادامه داشته‌است.
در تاریخ ۳۰ بهمن ۱۳۵۷، دولت انقلابی ایران در اولین موضع‌گیری رسمی خود، طی اطلاعیه‌ای، دستور اخراج ۳۲ کارمند اسرائیلی شعبه هواپیمایی ال عال از ایران را صادر کرد و خواستار قطع کامل "روابط ایران و اسرائیل" شد.
روز قدس، یک مراسم در ایران است که از یک‌سال پس از انقلاب ایران، در آخرین جمعه ماه رمضان و در حمایت از فلسطینی‌ها برگزار می‌شود.
روابط ایران و اسرائیل پس از جنگ ایران و عراق نیز ادامه یافت. در نوامبر ۱۹۸۹، پس از درگذشت سید روح‌الله خمینی، وزارت امور خارجه اسرائیل، وزارت امور خارجه ایالات متحده آمریکا را مطلع ساخت که خرید نفت از ایران را از سر بگیرد و موشه شاهال، وزیر نیروی اسرائیل در سال ۱۹۹۰ در کنست اعلام کرد که دولت مطبوعش در معاملات نفتی با ایران دو و نیم میلیون دلار سود کرده‌است. البته ایران وقوع هرگونه روابطی را تکذیب کرد.
در سال ۱۹۹۸، ناهوم منبار یک تاجر رده بالای اسرائیلی به دلیل فروش اسلحه و فناوری نظامی به ایران، به ۱۷ سال زندان محکوم گشت. در جریان رسیدگی به پرونده وی در دادگاه‌های اسرائیل، اسامی بیش از ۱۰۰ شرکت اسرائیلی فاش شد که با ایران در دههٔ ۹۰ میلادی روابط تجاری و نظامی برقرار کرده بودند، که بسیاری از آنان با اطلاع دولت انجام شده بود. این واقعه باعث بروز جنجال سرتاسری سیاسی در اسرائیل گردید. قطع رابطهٔ کامل ایران با اسرائیل در زمان آیت‌الله خامنه‌ای نیز ادامه داشته‌است.
در ۱۸ مارس ۱۹۹۲ میلادی (۲۸ اسفند ۱۳۷۰) ساختمان سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس، پایتخت آرژانتین در اثر یک انفجار مهیب فرو ریخت که در جریان آن ۲۹ نفر از کارمندان سفارت و عابرین محلی کشته شده و بیش از صد نفر زخمی گردیدند. دولت آرژانتین پس از انجام تحقیقاتی جامع، این انفجار و عوامل آن را به تروریست‌های تحت خدمت نظام جمهوری اسلامی ایران نسبت داد. دو سال پس از فروریختن ساختمان سفارت اسرائیل در بوئنوس آیرس و در ۱۸ ژوئیه ۱۹۹۴ (۲۷ تیر ۱۳۷۳) انفجار مشابهی در ساختمان کانون همیاری یهودیان آرژانتین رخ داد که بر اثر آن، ۸۵ نفر کشته و بیش از سیصد نفر زخمی شدند.
دادگاه آرژانتین ۷ نفر از مقامات ایرانی به همراه عماد مغنیه از مقامات نظامی وقت حزب‌الله لبنان را به دخالت در حادثه آمیا متهم کرده‌است. این هفت مقام اکبر هاشمی رفسنجانی (رئیس‌جمهور وقت)، علی فلاحیان (وزیر اطلاعات وقت)، علی‌اکبر ولایتی (وزیر خارجه وقت)، محسن رضایی (فرمانده وقت سپاه)، احمد وحیدی (فرمانده وقت سپاه قدس)، احمدرضا اصغری (دبیر سوم وقت سفارت ایران در آرژانتین) و محسن ربانی (رایزن فرهنگی وقت سفارت ایران در آرژانتین) هستند. در مارس ۲۰۰۷ میلادی و پس از مدت تقریباً سیزده سال، دولت آرژانتین با درخواستی رسمی به پلیس بین‌الملل، درخواست جلب پنج مقام بلندپایه نظام جمهوری اسلامی در ارتباط با انفجار آمیا را صادر کرد.
در هشتم بهمن ماه ۱۳۹۱، وزرای خارجه ایران و آرژانتین توافقنامه‌ای برای تشکیل «کمیته حقیقت‌یاب» برای بررسی موضوع انفجار آمیا را امضاء کردند. این کمیته می‌بایست متشکل از پنج قاضی مستقل باشد که هیچ‌یک شهروند ایران یا آرژانتین نباشند را امضاء کردند. اما در ۲۵ اردیبهشت سال ۱۳۹۳، دادگاه عالی فدرال آرژانتین حکم به لغو این تفاهم‌نامه داد و آن را خلاف روح قانون اساسی آرژانتین نامید.
آلبرتو نیسمان دادستان پرونده آمیا شاکی اصلی علیه تشکیل این کمیته حقیقت‌یاب بود و کریستینا فرناندز، رئیس‌جمهور آرژانتین را متهم به «سرپوش گذاشتن بر پروندهٔ انفجار در مرکز یهودیان» کرده بود. نیسمان قرار بود ۳۰ دی ماه در جلسه غیرعلنی پارلمانِ آرژانتین حضور پیدا کند و دربارهٔ اتهاماتی که به رئیس‌جمهور این کشور وارد کرده بود توضیحاتی ارائه دهد، اما یک روز قبل از حضور در این جلسه، جسد او در آپارتمانش در حومه بوئنوس‌آیرس کشف شد. موضوعی که سبب شد انگشت اتهام به سوی دولت آرژانتین نشانه رود. هرچند دادستانی فدرال احتمال خودکشی را مطرح کرده اما کریستینا فرناندز اعلام کرده که عوامل خودسر دستگاه‌های امنیتی این قتل را انجام داده‌اند.
چند روز بعد هکتور تیمرمن، وزیر خارجه آرژانتین، اعلام کرد که کشورش از آمریکا می‌خواهد تا مسئله انفجار آمیا را به مذاکرات مربوط به پرونده هسته‌ای ایران اضافه کند. وی گفت که قبلاً هم چنین درخواستی را داشته‌است.
در شرایطی که ظن دست داشتن ایران در بمب‌گذاریهای آمیا، مرکز نظامیان آمریکایی در ظهران عربستان و حکم نهایی دادگاه میکونوس که رهبران ایران را مقصر ترور سه تن از کردهای ایرانی در آلمان دانست ایران را در آستانه حمله نظامی آمریکا قرار داده بود، پیروزی غیرمنتظره محمد خاتمی و آغاز سیاست تنش زدایی او روابط ایران و غرب را تا حدود زیادی بهبود بخشید.
دولت خاتمی در آغازین روزهای خود (آبان ۱۳۷۶) میزبان اجلاس سران سازمان کنفرانس اسلامی در تهران بود. وی در اظهار نظری دربارهٔ اسرائیل اعلام کرد که اگر فلسطینیان موجودیت اسرائیل را بپذیرند ایران نیز با آن‌ها موافقت خواهد کرد.
همچنین از مهمترین رویدادهای در این دوره اتهام تلاش نافرجام ایران و حزب‌الله لبنان و برای ارسال یک کشتی (کشتی کارین آ) اسلحه برای عرفات بود. با اقدام نظامی اسرائیل در دریای سرخ کشتی (حاوی ۵۰ تن اسلحه) را توقیف کردند. گرچه ایران ارسال اسلحه را تکذیب کرد اما عرفات در نامه‌ای به مقامات آمریکا تلاش برای دریافت اسلحه از ایران را تأیید کرد. دولت ایران خود را از ارسال اسلحه مبری دانست، با این حال جرج بوش ایران را در کنار کشورهایی همچون کره شمالی، لیبی و عراق در محور شرارت قرار داد.
ایران و اسرائیل امروزه روابطی خصمانه با یکدیگر دارند که گاهی تا حد تهدیدهای نظامی متقابل نیز پیش رفته‌است. در ایران حتی نام بردن از دوستی با مردم (و نه دولت) اسرائیل به واکنشهای تند و خشمگین می‌انجامد. بارها رهبران جمهوری اسلامی خواهان محو و نابودی اسرائیل از روی نقشه جهان شده‌اند، در مقابل به گزارش بعضی از مطبوعات بریتانیا، اسرائیل طرح‌هایی برای «حمله اتمی» به ایران نیز آماده کرده‌است.
همچنین وزارت خارجه اسرائیل همواره گفته که «اسرائیل همیشه حساب ملت صلح طلب و آرامش طلب ایران را از حساب رژیمی که با گفتارها و کردارهای خویش موجب انزوای ایران می‌گردد» جدا دانسته‌است.
از موانع امروزی روابط ایران و اسرائیل می‌توان به واقعه دستگیری عده‌ای از یهودیان ایرانی در شیراز به ظن جاسوسی برای اسراییل که بازتاب‌های فروانی یافت، حمایت مالی و نظامی گروه‌های ضد اسرائیلی همچون حزب‌الله لبنان و حماس، تشکیل نیروی قدس سپاه، اعلام روز جهانی قدس از سوی روح‌الله خمینی و برگزاری آن، خواندن اسرائیل با القابی همچون «"رژیم صهیونیستی"» و «"رژیم اشغالگر قدس"»، استقرار نیروی نظامی اسراییل در خاک ترکیه در استان وان در جوار مرزهای ایران، مخالفت سرسخت اسراییل با برنامه هسته‌ای ایران و سرنوشت نامعلوم ۴ دیپلمات ایرانی ربوده شده در لبنان که به گفته سید حسن نصرالله در زندان‌های اسرائیل نگهداری می‌شوند اشاره کرد.
حملهٔ نیروی هوایی اسرائیل به کاروان تسلیحاتی، برای حماس از طریق کشور سودان (که دارای روابط گرمی با ایران است) در فروردین ۱۳۸۸ از سوی رسانه‌های جهانی به عنوان هشدار به ایران تعبیر شد.
در تاریخ ۲۶ آوریل ۲۰۰۹ میلادی، محمود احمدی‌نژاد در مصاحبه‌ای با شبکهٔ تلویزیونی آمریکایی ای‌بی‌سی، سیاست نظام جمهوری اسلامی ایران در مناقشهٔ خاورمیانه را تعدیل کرد. محمود احمدی‌نژاد به‌طور غیر صریح مدّعی شد که نظام جمهوری اسلامی با چاره دو کشوری و به رسمیت‌شناختن کشور اسرائیل توسط فلسطینی‌ها بر اساس طرح دو دولت برای دو ملت مخالفتی ندارد.
در ژانویه ۲۰۱۲ منابع اطلاعاتی آمریکا ضمن افشای خبر ارتباط موساد اسرائیل با گروه جندالله از این موضوع که اسرائیل از هویت جعلی آمریکایی برای افسران اطلاعاتی خود بهره برده و به عنوان افسران دستگاه امنیتی آمریکا با جندالله در انگلیس تماس بر قرار کرده ابراز نگرانی و نارضایتی کردند.
با روی کار آمدن حسن روحانی به عنوان رئیس یازدهمین دولت ایران و افزایش امید بین‌المللی نسبت به حل بحران‌های مرتبط با ایران، اسرائیل از همان ابتدای امر نارضایتی خود را نسبت به این انتخاب ابراز می‌کرد و از سایر کشورها درخواست داشت نسبت به از سرگیری مجدد روابط دوستانه با ایران خوش‌بین نباشند و در پی راه حل نظامی برای مقابله با ایران هسته‌ای برآیند.
مخالفت سرسخت اسرائیل با برنامه هسته‌ای ایران حضور نظامی ایران در سوریه و عراق حمایت از حزب‌الله لبنان و حماس و حمایت از شورشیان حوثی در جنگ داخلی یمن باعث خصمانه تر شدن روابط دو کشور شد .
دولت اسرائیل معتقد است که جمهوری اسلامی علاقه‌مند به ایجاد همسایگی سرزمینی از ایران به دریای مدیترانه و انتقال نیروهای نظامی - از جمله شناورهای دریایی، هواپیماهای جنگنده و هزاران نیرو - به پایگاه‌های دائمی در سوریه است و در تلاش است تا «لبنان» سوریه را بدست آورد و بر آن مسلط شود. ایران با استفاده از شبه نظامیان شیعه (همان‌طور که با حزب‌الله در لبنان انجام داد) قصد انجام این کار را دارد.
همچنین آویگدور لیبرمن، وزیر دفاع اسرائیل هشدار داد که «همه کارها برای جلوگیری از وجود یک راهرو شیعه از تهران به دمشق انجام خواهد شد .
در سال ۲۰۱۷، اطلاعات اسرائیل یک پایگاه ایرانی در حال احداث را در سوریه را کشف کرد که فقط ۵۰ کیلومتر از مرز اسرائیل فاصله داشت از این رو حمله اسرائیل به مواضع نیروهای مورد حمایت ایران در سوریه افزایش یافت .
در ۲۲ اسفند ۱۳۹۹ (مارس ۲۰۲۱)، روزنامه وال استریت جورنال به نقل از مقام‌های آمریکایی گزارش داد که اسرائیل در اواخر سال ۲۰۱۹، دست‌کم به ۱۲ کشتی که بیشتر آننها حامل نفت ایران به سوریه بودند، حمله کرده‌است. این حملات در دریای سرخ و در نقاط دیگر روی داد .
تقابل اسرائیل با هسته ای شدن جمهوری اسلامی بعد از خارج شدن آمریکا از برجام افزایش یافته است که از جمله اقدامات آنها میتوان به آتش‌سوزی‌ها و انفجارهای ایران در ۲۰۲۰، حادثه نطنز و ترور محسن فخری‌زاده حمله سایبری به سایت نیروگاه‌های اتمی انفجار در سایت نطنز اشاره کرد .
در دوران احمدی‌نژاد جنگ نیابتی بین ایران و اسرائیل شدت یافت.
ویکی لیکس با ارائه اسنادی مدعی شد که در اوت ۲۰۰۷، در جلسه میر داگان (رئیس موساد) با ریچارد جونز، سفیر آمریکا در اسرائیل، داگان دربارهٔ اهرم‌های فشار علیه ایران چنین می‌گوید: در قسمت دیگری از این گفتگو، به رسانه صدای آمریکا اشاره می‌کند:
مهاجرت ایرانیان غالباً کلیمی به کشور اسرائیل از حدود هشتاد سال پیش آغاز شده و کماکان ادامه دارد. گفتنی است که بنابر آمار موجود بیش از ۱۳۵٬۰۰۰ ایرانی‌تبار در کشور اسرائیل زندگی می‌کنند که بسیاری از آن‌ها با وجود سال‌ها زندگی در اسرائیل، هنوز ایران را وطن و کشور نخستین و واقعی خود می‌دانند؛ و بر گفته صدای اسرائیل در حدود ۲۵۰٬۰۰۰ ایرانی و ایرانی زاده در اسرائیل زندگی می‌کنند. منظور از ایرانی و ایرانی زاده ایرانیانی که فرزندان آن‌ها نیز با اتباع سایر کشورها ازدواج کرده‌اند نیز هست.
موشه کاتساو هشتمین رئیس‌جمهور کشور اسرائیل، نمونه‌ای از ایرانیان موفق در کشور اسرائیل است. وی که در شهر یزد در ایران و از یک خانواده کلیمی ایرانی متولد شده و در کودکی به همراه خانواده‌اش به اسرائیل مهاجرت کرده، اولین ایرانی تباری در تاریخ ایران است که توانسته در پروسه و روند دموکراسی و انتخابات آزاد به بالاترین مقام سیاسی در کشوری جز ایران نایل آید.
از ایرانیان معروف دیگر در اسرائیل می‌توان به دان حالوتس و شائول موفاز اشاره کرد.
در ۱۴ آوریل ۲۰۱۵ (۲۵ فروردین ۱۳۹۴) مصادف با روز یادبود هولوکاست در اسرائیل، دولت وقت اسرائیل از تمبر گرامیداشت کوروش بزرگ، بنیانگذار شاهنشاهی هخامنشی رونمایی کرد.
اداره پست اسرائیل در توضیح این تمبر نوشته که کوروش کبیر پس از فتح بابل، دستور آزادی یهودیان از بردگی را در بابل صادر می‌کند و به آن‌ها اجازه می‌دهد که آزادانه به سرزمین یهودا بازگردند و معبد مقدس خود را در اورشلیم از نو بنا کنند. بر روی تمبر گرامیداشت کوروش، به سه زبان عبری، انگلیسی و فارسی جملاتی به نقل از او و خطاب به یهودیان در کتاب مقدس آمده‌است: «خداوند با همه شما که قوم او هستید همراه است، شما اجازه دارید که به اورشلیم بازگردید».
پیروان دین یهود احترام زیادی برای کوروش پادشاه ایران قائل‌اند و خیابانی نیز در اورشلیم به نام کوروش وجود دارد.
اسراییل که از دارندگان تسلیحات هسته‌ای است، پیش از انقلاب طی پروژه‌ای موسوم به Operation Tzor ساخت شش نوع تسلیحات نظامی با ایران را آغاز کرد که یکی از آنان وعده تولید موشک اسراییلی Jericho بود که قابلیت حمل کلاهک هسته‌ای را دارد هرچند مقامات نظامی اسراییل پس از سرنگونی حکومت پهلوی اذعان کردند که در تمام شش پروژه سر ایران را کلاه گذاشته و عملاً با پول و سرمایه ایران در اسراییل تسلیحات را توسعه داده و به ایران نمونه از رده خارج را ارائه داده‌اند. گرچه دولت اسرائیل معتقد است که در صورت دست‌یابی حکومت جمهوری اسلامی ایران به ساخت سلاح‌های اتمی، موجودیت کشور یهود در خطر جدی قرار خواهد گرفت و این کشور اولین هدف حمله احتمالی اتمی ایران خواهد بود. بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر پیشین اسرائیل که از وی به عنوان یکی از موافقان «حمله پیش‌گیرانه» اسرائیل به تأسیسات هسته‌ای ایران یاد می‌شود، بارها در سخنرانی‌های رسمی تأکید کرده‌است که «همه خطرها در مقایسه با خطر ناشی از هسته‌ای شدن ایران کوچک و بی‌اهمیت است».
در واکنش، دولت ایران بارها تأکید کرده‌است که به «سناریوی حمله» اسرائیل به ایران «پاسخی سنگین» و از طریق ارتش، سپاه و بسیج «سیلی‌های محکم و مشت‌های پولادین» خواهد داد.
ترور دانشمندان مرتبط با برنامه هسته‌ای ایران، تهاجم بدافزارها و ویروس‌های رایانه‌ای به تأسیسات هسته‌ای ایران و تهدیدهای مکرر مقامات نظامی و سیاسی اسرائیل در «حمله پیش‌گیرانه» به تأسیسات هسته‌ای ایران از موضوعات مورد مناقشه دو کشور ایران و اسرائیل در سال‌های اخیر بوده‌اند.
اسرائیل همچنین جدی‌ترین مخالف برنامه جامع اقدام مشترک بین ایران و گروه پنج بعلاوه یک می‌باشد که به بسته شدن پرونده هسته‌ای ایران در شورای امنیت انجامید.
عموماً تصور می‌شود ویروس استاکس‌نت که در سال ۲۰۱۰ آسیب‌های جدی به برنامه هسته‌ای ایران وارد نمود، توسط اسرائیل با کمک آمریکا ساخته شده باشد. در دستنامهٔ حقوق بین‌المللی مربوط به جنگ سایبری که گروهی از استادان حقوق بین‌الملل به دعوت ناتو نوشته‌اند، این حمله به عنوان مصداقی از توسل به زور معرفی شده‌است و به دلیل هدف قرار دادند توامان غیر نظامیان، می‌تواند به عنوان جنایت جنگی و نقض حقوق جنگ معرفی شود.