سید علی خامنه‌ای
سید علی حسینی خامنه‌ای (زادهٔ ۲۹ فروردین ۱۳۱۸) مرجع تقلید شیعی و دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران است. او طبق اصول ۱۰۷ و ۱۱۰ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران عالی‌ترین مقام کشور و فرمانده کل نیروهای مسلح محسوب می‌شود. او همچنین امام جمعهٔ تهران است و ریاست بنیاد دائرةالمعارف اسلامی را بر عهده دارد.
خامنه‌ای از ۴ سالگی در مکتب‌خانه شروع به تحصیل کرد. سپس به دبستان رفت و پس از پایان تحصیلات ابتدایی وارد حوزهٔ علمیه شد. تحصیلات کلاسیک را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. او تحصیلات حوزوی خود را در حوزه‌های علمیهٔ مشهد، نجف و قم فرا گرفت. حدود ۱۸ سال داشت که از سید محمدهادی میلانی اجازه روایت را کسب کرده بود. خامنه‌ای در نوجوانی با سید مجتبی نواب صفوی طلبه و بنیان‌گذار و رهبر جمعیت فدائیان اسلام آشنا شد. به گفتهٔ خودش اولین جرقه‌های انگیزش انقلابی اسلامی را نواب صفوی در وی به وجود آورد. او در سال ۱۳۳۶ با سید روح‌الله خمینی دیدار کرد. آشنایی و دیدار با خمینی باعث تقویت روحیهٔ انقلابی خامنه‌ای شد. او در راستای اهدافِ نهضت خمینی، به فعالیت‌های ضد حکومت پهلوی ادامه داد و در جریان این مبارزات، حکومت پهلوی شش بار او را بازداشت کرد. در سال ۱۳۵۶ ژاندارمری او را به مدت سه سال به ایرانشهر تبعید کرد که با اوج‌گیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۵۷ این حکم بی‌اثر شده و سپس به تهران بازگشت. پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران، خامنه‌ای عضوی از شورای انقلاب، امام جمعه تهران، و معاون وزیر دفاع شد. پس از آن، یک دوره نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی و دو دوره رئیس‌جمهور ایران شد. بعد از مرگ روح‌الله خمینی در سال ۱۳۶۸ مجلس خبرگان او را به عنوان دومین رهبر ایران انتخاب کرد. او از سال ۱۳۷۳ به عنوان یکی از مراجع تقلید شیعیان مورد قبول جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اعلام شده اما برخلاف عرف، تاکنون به جای انتشار توضیح المسائل، تنها به انتشار استفتائات اکتفا کرده‌است.
نام خامنه‌ای در سال ۲۰۱۵ از سوی "فوربز" در رتبهٔ ۱۸ فهرست قدرتمندترین افراد جهان قرار گرفت. اکبر گنجی در مجلهٔ "فارن افرز" می‌نویسد که خامنه‌ای از زمان رهبر شدنش تاکنون، از راه‌های متفاوتی برای افزایش نفوذش در بخش‌های مختلف نظام ایران پس از انقلاب استفاده کرده‌است. خامنه‌ای در دوره رهبری خود با امواج اعتراضی گسترده‌ای از جمله اعتراضات دانشجویی ۱۳۷۸، اعتراضات جنبش سبز در سال‌های ۱۳۸۸ و ۱۳۸۹، اعتراضات دی ۱۳۹۶، اعتصابات ۱۳۹۷–۱۳۹۸، اعتراضات آبان و دی ۱۳۹۸ مواجه شده‌است. خبرنگاران، وبلاگ‌نویسان و دیگر افراد در ایران به جرم توهین به او محاکمه و به مجازات‌هایی مانند زندان و شلاق محکوم شده‌اند و برخی از آن‌ها نیز در زندان درگذشتند. همه‌گیری کووید-۱۹ در دوره حاکمیتش اتفاق افتاد که او آن را احتمال «حمله بیولوژیکی» توصیف و واردات واکسن آمریکایی و انگلیسی به ایران را ممنوع کرد.
جد بزرگ خامنه‌ای، سید محمد حسینی تفرشی، از سلسله سادات افطسی است. شجرهٔ وی به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف علی بن الحسین، امام چهارم شیعیان، است. جدش سید حسین خامنه‌ای در خامنه به دنیا آمد و در حوزهٔ علمیهٔ نجف، در زمرهٔ فقها و مدرسان آن حوزه و از علمای طرف‌دار جنبش مشروطه ایران بود. پدرش، سید جواد خامنه‌ای از علما و مجتهدان عصر خود بود و از محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی اجازه اجتهاد داشت.
سید هاشم نجفی میردامادی، پدربزرگ مادری خامنه‌ای، مفسر قرآن و امام جماعت مسجد گوهرشاد بوده که در زمان رضاشاه به علت اعتراض به کشتار مردم در واقعه مسجد گوهرشاد، به سمنان تبعید می‌شود. به گفته علی‌اکبر ولایتی در "دائرةالمعارف بزرگ اسلامی"، سلسلهٔ نسب خامنه‌ای از سوی مادر به جعفر صادق، امام ششم شیعیان، می‌رسد. بنا به گفتهٔ مراد ویسی در رادیو فردا، پدر بزرگ مادری او، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف و نیز از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. وی سالیان بسیار امام جماعت مسجد گوهرشاد بود و به تفسیر قرآن اشتغال داشت و کتاب تفسیر قرآن "خلاصةالبیان" را نوشت. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد.
ید علی حسینی خامنه‌ای ۲۹ فروردین ۱۳۱۸ ه.ش در مشهد متولد شد. تاریخ تولد او در شناسنامه ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ ه.ش ثبت شده‌است که با ۱۶ ژوئیهٔ ۱۹۳۹ میلادی برابر است، اما خود او تاریخ صحیح زادروزش را ۲۹ فروردین همان سال می‌داند. او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت. بنابر گزارش خود او از دوران کودکی‌اش این دوران در فقر گذشت و تا حدود پنج سالگی در خانه‌ای نسبتاً کوچک در محله‌ای فقیرنشین در مشهد ساکن بود که فقط یک اتاق و یک زیرزمین داشت. بعدها جمعی از ارادتمندان به سید جواد خامنه‌ای زمین کوچکی را در کنار آن خانه خریداری و هدیه کردند و خانه‌اش دارای سه اتاق شد. او تحصیل را از چهار سالگی به همراه سید محمد، برادر بزرگش در مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن آغاز کرد و پس از مدتی دورهٔ دبستان را در نخستین مدرسهٔ اسلامی مشهد، به نام دارالتعلیم دیانتی گذراند. در همین روزها، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد.
خامنه‌ای با علاقه شخصی و تشویق والدین، هم‌زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را در مدرسهٔ سلیمان‌خان مشهد آغاز کرد. وی بخشی از مقدمات را نزد پدرش آموخت. به اعتقاد وی تحصیلش در مدرسه سلیمان خان در سال‌های اول دهه ۱۳۳۰ ه. که همزمان با حضور نواب صفوی در مشهد بود، تاثیر زیادی در آینده سیاسی او داشت. او ادامه تحصیلاتش را در مدرسهٔ نواب گذراند و دورهٔ سطح را در آنجا به پایان رساند. او همچنین هم‌زمان با تحصیلات حوزوی، دورهٔ دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
خامنه‌ای "معالم الاصول" را نزد سید جلیل حسینی سیستانی، "شرح لمعه" را نزد پدر و میرزا احمد حسینی سیستانی، "فرائد‌الاصول"، "مكاسب" و "كفایه الاصول" را نیز نزد پدر و هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ ه.ش در درس خارج فقه سید محمدهادی میلانی حاضر شد. وی در سال ۱۳۳۶ ه.ش طی سفر كوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و درسرچند وس مانِ بنام حوزه علمیه نجف، از‌جمله سید محسن حكیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی شرکت کرد؛ ولی به دلیل عدم تمایل پدرش برای اقامت در نجف، به مشهد بازگشت. در همین سال و پیش از رفتن به قم، محمدهادی میلانی به او اجازه روایت داد.
سید علی خامنه‌ای، در اواخر سال ۱۳۳۷ ه.ش در ۱۹ سالگی به قم رفت. در هنگام ورودش به حوزه علمیه قم در مدرسه حجتیه مستقر شد و حجره گرفت. دوران اقامتش در قم با شرکت در درس استادانی همچون سید حسین بروجردی، ‌سید روح‌الله خمینی، مرتضى حائری یزدی و سید محمد محقق داماد در فقه و اصول و سید محمدحسین طباطبایی در فلسفه گذشت.و بیشتر وقتش در این دوره را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند و در مجموع پنج سال بین سال‌های ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ ه.ش را در قم ماند. در سال ۱۳۴۳ ه.ش با نابینا شدن یکی از چشمان پدرش به دلیل آب‌مروارید، برای کمک به پدر به مشهد بازگشت و در آنجا بار دیگر در جلسات درس سید هادی میلانی حضور یافت كه تا ۱۳۴۹ ه.ش تداوم داشت.
سابقه کنش‌های سیاسی وی برگرفته از سابقه خاندان اوست که زمینه‌ای سیاسی و مذهبی را فراهم ساخته بودند. اولین بارقه برای ورود وی به فعالیت سیاسی با دیدن سید مجتبی نواب صفوی در مشهد آغاز شده‌است. تنها دیدار او با نواب صفوی در سال ۱۳۳۱ ه.ش و در پی سفر نواب به مشهد و سخنرانی او در مدرسهٔ سلیمان خان بوده‌است. خامنه‌ای درباره این دیدار می‌گوید: «همان وقت جرقه‌های انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نواب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نواب در دل ما روشن کرد.
سیدعلی خامنه‌ای خود را از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی و انقلابی سید روح‌الله خمینی می‌داند. گرچه اولین دیدار وی با روح‌الله خمینی در سال ۱۳۳۶ ه.ش صورت پذیرفت اما شخصیت سیاسی خمینی در جریان طرح انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای او هویدا شد. خامنه‌ای در سال ۱۳۴۱ ه.ش در جریان لایحۀ انجمن‌های ایالتی و ولایتی به نهضت خمینی پیوست و مبارزه با حکومت پهلوی می‌پردازد. علی اکبر ولایتی وی را از نخستین افرادی می‌داند که قبل از قیام پانزده خرداد سال ۱۳۴۲ با خمینی همراه شد. در بهمن ۱۳۴۱ ه.ق پس از همه‌پرسی آن لایحۀ، سید علی خامنه‌ای و برادرش سید محمد مأمور رساندن گزارش محمدهادی میلانی به خمینی در قالب نامه در مورد واكنش مردم مشهد به این همه‌‏پرسی شدند. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول کرد. این پیام‌ها شامل ترسیم خط‌مشی مبارزه بود. در یکی از این پیام‌ها، از علما و روحانیون خواسته بود تا از روز هفتم محرم، واقعۀ مدرسۀ فیضیه را بازگو کنند تا رفتار رژیم پهلوی با مخالفان برای مردم تبیین شود.
خامنه‌ای در منابر و مجالس برخی شهرهای خراسان همچون بیرجند، دربارهٔ مسائلی همچون «یورش به مدرسه فیضیه» و «سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی» سخنرانی می‌کرد. به دنبال این سخنرانی‌ها حکومت پهلوی وی را برای اولین بار در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ ه.ش در بیرجند توسط شهربانی بازداشت و زندانی کرد. با تظاهرات ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ ه.ش او را از بیرجند به مشهد منتقل و تحویل بازداشتگاه نظامی کردند. مدت حبس او در این بازداشت ۱۰ روز عنوان شده‌است. وی پس از آزادی اول از زندان، با حضور در جلساتی كه در منزل سید هادی میلانی به منظور تداوم نهضت خمینی در غیاب وی ‌ــ كه در حصر به سر می‌برد ــ تشكیل شد، ارتباط خود را با میلانی حفظ کرد و پس از مدتی راهی قم می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از سیدمحمود طالقانی، یدالله سحابی و مهدی بازرگان، که به دلیل حمایت از سید روح‌الله خمینی زندانی بودند، تلگرافی برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی رهبری کرد و نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشت.
بازداشت دوم او مربوط به سفرش به زاهدان است. وی در دی ۱۳۴۲ ه.ش با عده‌ای از دوستانش به کرمان رفت و پس از سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی توسط شهربانی بازداشت و در ۱۲ بهمن تحویل ساواک شد. از آنجا به زندان قزل‌قلعه در تهران منتقل شد. خامنه‌ای اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ همواره تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت پهلوی وقت قرار داشت.
در پاییز ۱۳۴۳ ه.ش پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ ه.ش به تبعید سید روح‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به امیر عباس هویدا اعتراض کرد. وی به همراه روحانیونی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، محمد حسینی بهشتی، علی فیض مشكینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اكبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت شان مبارزه با حکومت پهلوی بود. این گروه که به‏ عنوان اولین تشكیلات سرّی حوزۀ علمیۀ قم شناخته می‌شود، در اواخر سال ۱۳۴۵ توسط ساواک کشف شد و خامنه‌ای نیز به همین دلیل مورد تعقیب قرار گرفت. در همین دوران سید علی به ترجمه کتاب "آینده در قلمرو اسلام" اقدام کرد. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی نمی‌تواند او را بازداشت کند. مدتی پس از آن، او امامت مسجد امیرالمؤمنین را بر عهده گرفت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی آن مبتنی بر تدوین جهان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. با دستگیری سید حسین قمی و اعتراض خامنه‌ای، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ ه.ش وی را در مراسم تشییع مجتبی قزوینی برای سومین بار دستگیر می‌کند. او تا ۲۶ تیرماه همان سال در بازداشت بود تا آنکه آزاد شد.
در پی کشته‌شدن سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ ه.ش توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین مرجعیت خمینی در آن مقطع بود، خامنه‌ای تلاش کرد به همراه شمار دیگری اعتراضات مردمی به کشته شدن وی را به نفع مبارزه هدایت کند. بر اثر همین فعالیت‌ها بود که عده‌ای از طلاب دست به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از خمینی و انتقاد از حکومت پهلوی و ساواک زدند. به دنبال این فعالیت‌ها و با گسترش اعتراض‌ها و مبارزه‌ها، ساواک در ۲ مهر ۱۳۴۹ ه.ش خامنه‌ای را برای بار چهارم دستگیر، و تا ۲۱ دی ماه آن سال در زندان لشکر خراسان در بازداشت نگهداشت. وی پس از آزادی از این حبس، مجدد سخنرانی‌هایی در مخالفت با حکومت در هیئت انصار الحسین تهران ایراد کرد. خامنه‌ای در نهم شهریور ۱۳۴۹ ه.ش به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان و فردوس می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد.
خامنه‌ای در سال ۱۳۵۰ ه.ش به درخواست سید محمود طالقانی سخنرانی‌هایی در مسجد هدایت تهران، كه مورد توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، انجام داد. به مناسبت مخالفت‌ها با جشن‌های ۲۵۰۰ ساله از سوی خمینی، ساواک نسبت به فعالیت روحانیون مبارز بسیار حساس شد. به همین جهت خامنه‌ای در مرداد ۱۳۵۰ ه.ش به ساواک مشهد احضار، و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد. او پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یک مرتبه در آبان كه بازداشت كوتاه‌مدتی در زندان لشکر خراسان بود. و دیگر بار در ۲۱ آذر كه با اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به ۳ ماه حبس محكوم شد.
در خلال سال‌های ۱۳۵۰–۱۳۵۳ ه.ش درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد. این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ه.ش ساواک به خانه‌اش در مشهد هجوم ببرد، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند. خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ ه.ش برای تبلیغ عازم نیشابور می‌شود و جلساتی را در مساجد آن شهر برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ ه.ش جلسات تفسیر وی را ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌کند. در آذر ۱۳۵۲ ه.ش به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آنجا دنبال می‌کند ولی ساواک او را بازداشت می‌کند. در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ ه.ش باز بازداشت می‌شود و به زندان کمیته مشترک ضد خرابکاری در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس همین دوران بوده‌است. وی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ ه.ش از زندان آزاد شد. پس از آزادی از زندان به مشهد بازگشت و مجدد به فعالیت‌های سیاسی خود ادامه داد، اما دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق به او داده‌نشد. خامنه‌ای دربارهٔ پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک می‌نویسد:از سال ۴۸ زمینهٔ حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌های جاری رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانی نمی‌تواند با افرادی از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و برای پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهای خشونت‌آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان می‌داد که دستگاه از پیوستن جریان‌های مبارزهٔ مسلحانه به کانون‌های تفکر اسلامی به‌شدت بیمناک است و نمی‌تواند بپذیرد که فعالیت‌های فکری و تبلیغاتی من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به‌کنار است. پس از آزادی، دایرهٔ درس‌های عمومی تفسیر و کلاس‌های مخفی ایدئولوژی و… گسترش بیشتری پیدا کرد.وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت عتبات عالیات و دیدار با سید روح‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور منع شد.
با درگذشت سید مصطفى خمینی، مبارزات جدی تر شد. رژیم پهلوی هم در واكنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، به سركوب مبارزان پرداخت. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محكوم شدند كه خامنه‌ای هم جز آنان بود. در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و ز سوی كمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به مدت ۳ سال به ایرانشهر تبعید شد.
ودر اواسط سال ۱۳۵۷ با اوج‌گیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت. به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت‌وآمد قشرهای مختلف به منزل وی شدیداً نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند. به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در یزد، نامه‌ای در محکومیت این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد. در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ در پی اعتراض طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید سید علی خامنه‌ای، مأموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند.
به نظر ولایتی در دائرةالمعارف، فعالیت‌های انقلابی و مردمی سید علی خامنه‌ای سبب آن شده بود که محل تبعید وی به جیرفت نقل مکان پیدا کند. وی در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شده‌است. وی در جیرفت نیز به فعالیت خود بر ضد رژیم ادامه داد و سخنرانی‌هایی در مسجد جامع ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به سید علی‌محمد دستغیب پیرامون حوادث کشور و مبارزه با رژیم پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه رژیم مخفیانه راهی کهنوج شد.
در اول مهر ۱۳۵۷ از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت سید روح‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی از فرانسه بود. هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنرانی‌هایی افشاگرانه را ایراد می‌نمود. سید روح‌الله خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و صدوقی شده بود. سید علی خامنه‌ای در سخنرانی که در ورزشگاه سعد آباد مشهد ایراد کرد خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، قوچان، شیروان و بجنورد بار دیگر مأموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده‌است. در خطبه شب عاشورا در حرم علی ابن موسی الرضا، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای محمد رضا پهلوی خوانده می‌شد وی خطبه را به نام سید روح‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله مأموران رژیم وقت به بیمارستان شاهرضای مشهد یا امام رضای کنونی بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ با فرمان سید روح‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای انقلاب اسلامی انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در مدرسه رفاه در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از سید روح‌الله خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه "بسته شدن فرودگاه توسط بختیار"، صادر شده بود، نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتاً دانشگاه تهران بود. وی پس از آن عمدتاً مسئول کمیته دفتر تبلیغات سید روح‌الله خمینی بود و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت.
سید روح‌الله خمینی پیش از بازگشت از پاریس به تهران او را در کنار مطهری و بهشتی و هاشمی رفسنجانی در شورای انقلاب منصوب کرد. هنگامی که مطهری پیام خمینی را بدو رساند از مشهد به تهران آمد. از جمله فعالیت‌های او در این دوره عبارت اند از:
پس از انقلاب ۱۳۵۷، سید روح‌الله خمینی در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ مهدی بازرگان را به نخست‌وزیری دولت موقت انتقالی برگزید. پس از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸ دولت موقت استعفا کرد. با پذیرش این استعفا از آبان ۱۳۵۸ تا بهمن همان سال (روی‌هم‌رفته به مدت سه ماه) ادارهٔ کشور را به شورای انقلاب سپردند. در این سه ماه سید علی خامنه‌ای سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت. او سپس برای کاندیداتوری در انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.
در اردیبهشت ۱۳۵۹ با کسب ۶۵٫۸۰ درصد از مجموع ۲٬۱۳۴٬۴۳۴ رای بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان، علی اکبر معین فر، در حوزهٔ انتخابیهٔ تهران پنجم شد و به اولین دورهٔ مجلس شورای ملی پس از انقلاب راه یافت.
در ضبط صوتی بزرگ که بر میز سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بمب کار گذاشتند. به واسطه نوشته داخل ضبط صوت، رهروان فرقان که بازماندهٔ گروه فرقان بودند را عامل این بمب‌گذاری دانسته‌اند، این بمب ۶ تیر ۱۳۶۰ هنگام سخنرانی او منفجر شد. البته بمب کامل عمل نکرد. امام جمعهٔ تهران و نمایندهٔ خمینی در شورای‌عالی دفاع، از این سوءقصد که ممکن بود به مرگ وی بینجامد، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشره در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.
احمد قدیریان این ترور را کار جواد قدیری و سازمان مجاهدین خلق می‌داند. البته گزارش روزنامهٔ کیهان در شماره فردای ترور در داخل ضبط صوت نوشته شده‌بود: «هدیهٔ گروه فرقان». اعضای گروه فرقان پس از ترورهای سال ۱۳۵۸ دستگیر و اعدام شده‌بودند اما برخی از پیروان آن‌ها گروه رهروان فرقان را تأسیس کردند و قاسم اسلامی و سید علی خامنه‌ای را ترور کردند. ایرج مصداقی عاملان ترور را ایرج افشاری و اروج امیرخان‌زاده معرفی کرده‌است. مرکز اسناد انقلاب اسلامی نیز این ترور را کار بازماندگان گروه فرقان می‌داند با این تفاوت که نام عامل اصلی را امیرمسعود تقی‌زاده می‌داند.
پدر خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و جد او از تفرش به آذربایجان هجرت کرده بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است. سید جواد خامنه‌ای زاده نجف است و در کودکی از نجف به تبریز آمد. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در مشهد زندگی کرد و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد و مسجد گوهرشاد فعالیت می‌کند. عموی وی، سید محمد خامنه‌ای، و شوهر عمه‌اش، محمد خیابانی، از طرفداران جنبش مشروطه ایران بوده‌اند. مادرش خدیجه میردامادی، دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. او دختر هاشم میردامادی بود، که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود.
سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر (علویه، بتول و فاطمه‌سلطان) داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری) شد. سید محمد، برادر بزرگتر، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود. او در دوره‌های اول و دوم مجلس شورای اسلامی نماینده مشهد بود. او در دوران نمایندگی‌اش ترور شد اما از این ترور جان سالم بدر برد. در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. سیدهادی، برادر کوچکتر، نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد، که بعداً به خاطر کاریکاتور اهانت آمیز به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد. خواهر تنی او بدری همسر علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت. سید حسن، تنها برادر غیر روحانی، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت، و عضو شورای پروانه نمایش است.
همسر او منصوره خجسته باقرزاده متولد ۱۳۲۶ در مشهد است. او در خانواده‌ای بازاری و مذهبی اهل مشهد بزرگ شده و بنا به تأکید سید علی خامنه‌ای تاکنون فعالیت سیاسی رسمی نداشته‌است. اما معمولاً به دیدار خانواده کشته شدگان جنگ ایران و عراق می‌رود. تاکنون هیچ تصویری از او در رسانه‌ها به طور رسمی منتشر نشده‌است.
خامنه‌ای دارای ۶ فرزند دو دختر و چهار پسر است. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی، مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است. سید مصطفی بزرگترین پسر سید علی خامنه‌ای است. او بیشتر به مطالعات حوزوی مشغول است. سید مجتبی، همچون پدرش به جنگ رفته و در چند عملیات هم شرکت کرده است. ارتباطی نزدیک با بسیج و سپاه دارد. سید مسعود که به نام محسن هم شناخته می شود، از اعضای مجلس خبرگان رهبری است. او بیشتر به جمع آوری خاطرات پدر و اداره سایت او مشغول است. خامنه‌ای پسرانش را از فعالیت های اقتصادی یا داشتن مناسبت های حکومتی منع کرده است.
سید علی خامنه‌ای در انتخابات مهرماه ۱۳۶۰ به مقام ریاست جمهوری رسید. در این انتخابات ۴۲ نفر از ۴۶ نامزد رقیب وی در این انتخابات رد صلاحیت شدند و در آخر هم هر سه نامزد رقیب وی، یک روز پیش از انتخابات، خامنه‌ای را نامزد «اصلح» معرفی کردند و گفتند که خودشان هم به خامنه‌ای رای خواهند داد. بنابراین مشخص بود که نامزد اول مورد حمایت نظام، علی خامنه‌ای است. او در این انتخابات که با مشارکت ۷۵٪ی مردم برگزار شد که از دو انتخابات پیش بیشتر بود، ۹۵٪ رای‌ها را به دست آورد که تا کنون بالاترین نسبت در تمامی انتخابات ریاست جمهوری ایران بوده‌است.
در انتخابات سال ۱۳۶۴ نیز، بسیاری از رقیبان خامنه‌ای از جمله نامزدان نهضت آزادی یعنی مهدی بازرگان و ابراهیم یزدی و احمد صدر حاج‌سیدجوادی، رد صلاحیت شدند. او بار دیگر با کسب ۸۵٪ رای در سمت ریاست‌جمهوری ماند. مهدی بازرگان، دربارهٔ رد صلاحیت خود در این انتخابات گفته‌است:
از جمله سمت‌های وی در این دوران عبارتند از ریاست شورای انقلاب فرهنگ در سال ۱۳۶۰ و ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام در سال ۱۳۶۶ شمسی.
پس از درگذشت خمینی، خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنه‌ای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را به‌عهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» برگزیدند.
پیش از درگذشت خمینی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده بود. در ۶ فروردین سال ۱۳۶۸ و همزمان با درگیری منتظری با نظام، روح‌الله خمینی وی را از این سمت عزل کرد و سپس وی نیز استعفا داد. به گفته محمدرضا مهدوی کنی در کتاب خاطراتش، مسئلهٔ قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود. اما به دلیل مریضی و سالخوردگی خمینی، مجلس خبرگان پیش‌دستی کرد و موضوع قائم مقامی رهبری را پیش‌بینی نمود تا اگر حادثه‌ای برای خمینی پیش بیاید کشور با خلأ روبه‌رو نشود.
پس از مرگ روح‌الله خمینی، در ۱۵ خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان جلسه فوق‌العاده‌ای تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت مطلق آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک مرجع تقلید بالفعل، که در آن زمان تنها سید محمدرضا گلپایگانی مطرح بود، بحث شد و توافق حاصل نگردید. نظر اکثریت آن بود که توان مدیریت سیاسی بر مرجعیت دینی اولویت دارد. قانون اساسی در آن زمان مرجعیت را از شرایط رهبری می‌دانست. خبرگان در این موضوع از شورای بازنگری قانون اساسی و استفساریه روح‌الله خمینی مبنی بر ضروری نبودن شرط مرجعیت پیروی کرد. در ادامه، موضوع شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد، که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. نهایتاً اغلب اعضا رأی به رهبری سید علی خامنه‌ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایسته این مقام نمی‌دانست. سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که ۷۲ درصد کل اعضا را تشکیل می‌دادند، به رهبری سید علی خامنه‌ای رای دادند. در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای‌گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.
در پی بازنگری قانون اساسی، در ۶ مرداد ۱۳۶۸ متن جدید از طریق همه‌پرسی به تصویب عمومی رسید و مرجعیت را از شروط رهبری حذف گردید. سپس، خبرگان رهبری مجدداً جلسه فوق‌العاده ای را در ۱۵ مرداد ماه آن سال تشکیل داد و با رأی موافق ۶۰ تن از ۶۴ تن از اعضای حاضر، رهبری سید علی خامنه‌ای را طبق قانون اساسی جدید مجدداً تصویب و تأیید کرد.
انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت. بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت. هاشمی رفسنجانی به نقل از خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست. خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است. مهدی کروبی نیز بعد از حادثه سرنگونی هواپیمای اوکراینی گفت: خامنه‌ای چه علت سرنگونی را می‌دانسته و به سران حکومت اجازه فریب داده و چه بی‌خبر بوده، در هر دو صورت شرایط رهبری را ندارد، چرا که او فرمانده کل قوا است و در این رابطه مسئولیت مستقیم دارد. در ۷ تیر ۱۳۹۹ محمد موسوی خوئینی در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای اوضاع اقتصادی و غیرقابل دوام و وخامت مشکلات مردم و عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی مردم را نشات گرفته از مدیریت در بالاترین سطح جمهوری اسلامی دانست. برخی از منابع، بیت و دفتر وی را یک شبکه پیچیده و بلکه دولت پنهان (و اصلی) نظام جمهوری اسلامی ایران معرفی کرده‌اند.
سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی یعنی رسائل، مکاسب و کفایه را انجام می‌داده‌است. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری‌اش درس تفسیر را ادامه می‌داد. از سال ۱۳۶۹ به این سو وی تدریس دروس خارج فقه را تا کنون ادامه داده‌است.
محمد یزدی، به گفته خودش، اولین شخصی بود که مرجعیت خامنه‌ای را طرح کرد چون بر اساس جلساتی که در زمان ریاست جمهوری و رهبری با وی داشت معتقد بود که وی حائز پایه علمی و قدرت استنباط و اجتهاد می‌باشد؛ لذا این مطلب را در خطبه‌های نماز جمعه تهران اعلام کرد. در آذر سال ۱۳۷۳، با درگذشت محمدعلی اراکی، مرجع تقلید وقت، موضوع مرجعیت تقلید بعدی مطرح شد. در این زمان برخی از علما نظیر سیدمحمود هاشمی شاهرودی، محمدعلی تسخیری، سید جلال الدین طاهری رضا استادی، سید محمدباقر حکیم حسین راستی کاشانی و هادی روحانی بر مرجعیت وی گواهی دادند. همچنین جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز تهران فهرستی از افراد صاحب صلاحیت برای مرجعیت را منتشر کردند که یکی از این افراد سید علی خامنه‌ای بود.
در مقابل برخی از علما نیز وی را حائز صلاحیت مرجعیت نمی‌دانستند. در سال ۱۳۷۶، حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن انتخاب خامنه‌ای را مطرح کرد. وی به فهرست مراجع منتشر شده از سوی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بعد از فوت محمدعلی اراکی اعتراض کرد و گفت که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. احمد آذری قمی نیز با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد. مهدی خزعلی در این زمینه می‌گوید: ابوالقاسم خزعلی، پدرش، مخالف مرجعیت خامنه‌ای بود و زیر فشار دفتر رهبری از شورای نگهبان استعفا داد. به گفته وی خزعلی به فرزندانش توصیه کرده که از سید علی سیستانی تقلید کنند و این انتخاب را تضعیف رهبری ایشان می‌دانستند، چرا که حکم حکومتی رهبر بر مراجع هم نافذ است.
به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن «حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای» به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و همکارش «حجت‌الاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی» را به عنوان آیت‌الله معرفی کردند. وبگاه صالحات ادعا می‌کند که اجتهاد وی در سال ۱۳۶۹ یک سال پس از درگذشت خمینی و انتصاب وی به عنوان رهبری را ۷ آیت‌الله به‌طور رسمی و عمومی تأیید کردند.
مراجع تقلیدی همچون: منتظری، فضل‌الله، اردبیلی، آذری قمی، مؤمن، طاهری و طاهر شمس مخالف مرجع خواندن سید علی خامنه‌ای بودند. در آذر ۱۳۷۳ طاهری خرم‌آبادی و مؤمن قمی در هنگام انتخاب مرجعیت سید علی خامنه‌ای به اعتراض جلسهٔ جامعه را ترک کردند.
از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند.
طبق گزارش "فوربز"، خامنه‌ای هجدهمین فرد قدرتمند دنیا در سال ۲۰۱۵ و تنها فرد ایرانی است که جزو صد مرد قدرتمند دنیا قرار گرفته‌است. قبل از این، او بیست و ششمین شخص قدرتمند جهان در سال ۲۰۱۱ و بیست و یکمین در سال ۲۰۱۲ میلادی بوده‌است. موقوفه کارنگی برای صلح بین‌المللی در سال ۲۰۰۸ مقاله‌ای با عنوان «بازخوانی خامنه‌ای: دیدگاه جهانی قدرتمندترین رهبر ایران» به قلم کریم سجادپور منتشر کرد. مقاله این‌چنین آغاز می‌شود: «شاید در دنیا هیچ رهبری نباشد که به اندازهٔ سیدعلی خامنه‌ای برای مسایل جاری جهان اهمیت داشته باشد اما درعین‌حال تا این حد برای جهانیان ناشناخته باشد». به نظر می‌رسد این تحلیل که خود مؤسسهٔ کارنگی آن را «تحلیل عمیق سیاسیِ» سیدعلی خامنه‌ای و بر اساس سخنرانی‌ها و نوشته‌های وی در ۳ دهه اخیر می‌داند، در ایران چندان با واکنش‌های تند داخلی مواجه نشده‌است. در مستندی از بزرگمهر شرف الدین در شبکهٔ بی‌بی‌سی فارسی، آنچه خامنه‌ای را از اکثر رهبران و حاکمان تاریخ معاصر ایران متمایز کرده‌است، نگاه منطقی او به سیاست است.
سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود. خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است. به عقیدهٔ خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ. وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید که بر اساس تجربه، ایالات متحده با استفاده از قدرت رسانه ای، اقتصادی و نظامی‌اش، کشور طرف مذاکره را وادار به پذیرش مطالبات این کشور می‌کند و در شرایطی که مطالبات خود را نقد می‌گیرد، در برابر وعده‌هایی زیبا می‌دهد که عمدتاً در عمل محقق نمی‌شود؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است.
در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»
سید علی خامنه‌ای، معتقد است:
او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقه فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند. از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست، بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایرهٔ این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش برود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آن را مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامد، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:
او معتقد است «ولایت مطلقه فقیه یعنی انعطاف‌پذیری دستگاه ولایت» بدین معنی که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در رأس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل‌تر است، خود را به‌طور مدام متحول کنند. او به تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته و گفته‌است که «آنها می‌گویند ولایت فقیه یعنی عمل کردن به فهم فقیه عادل، درحالی‌که فقیهی که عادل است نمی‌تواند به میل خود عمل کند». ولی نظر سید علی خامنه‌ای در این زمینه در تناقض با نظرات حسینعلی منتظری است. به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسوولان حکومتی جهت عمل نکردن به سخنان او گلایه کرد.
در گزارش سالانه گزارشگران بدون مرز سید علی خامنه‌ای در «زمره درندگان آزادی رسانه‌ها» در جهان قرار گرفته‌است. در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد. در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود. این طرح در مجلس پنجم تصویب شده‌بود. تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند. مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.
خامنه‌ای تا کنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران را دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌کنند. بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.
پس از درگذشت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت: این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «ساده‌لوح» و عامل غرب و ضدانقلاب می‌نامیدند. حسینعلی منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.
پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نیروهای اطلاعاتی نوری‌زاد و خزعلی را بارها دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار دادند. در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.
سید علی خامنه‌ای، پیرامون علاقه به ایران بر این باور است که به جای تأکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تأکید شود، زیرا به عقیدهٔ او، افتخارات ایران بعد از اسلام در هیچ دوره‌ای از تاریخ ایران وجود نداشته‌است. او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.
وی به شعر و ادبیات فارسی و روسی علاقه‌مند است. میخاییل شولوخف و الکسی تولستوی از نویسندگان مورد توجه وی هستند. به‌آذین و ابوالحسن نجفی نیز از مترجمانی هستند که او به کارشان علاقه نشان داده‌است. وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که خامنه‌ای برگزار می‌کند، تبدیل به یکی از آیین‌های فرهنگی حکومت شده‌است که احتمالاً حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است. ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که به موجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند. گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند.
او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و رمانهای ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است. و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد. او در هنگامی که در شهر مشهد، حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعارش «امین» است. او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»
معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است. خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام دربارهٔ موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تأثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست. وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این‌گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تأثیر یک اثر موسیقایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها.
خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او دربارهٔ زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد. در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند. به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود. او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.
همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود. سرکوب زنان از راه کنترل پوشش را هر سال گشت‌های ارشاد اعمال می‌کند و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد. در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون مجله زنان بود.
او در خطبه‌های نماز عید فطر سال ۱۳۹۷ شمسی، در انتقاد از سفرهای خارجی مردم گفت: علی خامنه‌ای ۱۹ بهمن ۱۴۰۰ در دیدار با گروهی از فرماندهان نیروی هوایی ارتش، با استفاده از واژهٔ «تهاجم ترکیبی» که در ادبیات مقامات جمهوری اسلامی سابقه نداشت، بار دیگر با اشاره به وجود تهاجم فرهنگی علیه جمهوری اسلامی گفت: «نظام اسلامی نیازمند یک حرکت دفاعی و تهاجم ترکیبی با محوریت فریضه فوری و قطعی جهاد تبیین است.» او با حمله به فضای مجازی و رسانه‌های خارج از کشور، خواستار اتخاذ موضع «تهاجم ترکیبی» شد.
بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است. خود خامنه‌ای در جلسه مجلس شورای اسلامی می‌گوید: «شانزدهم [دی ماه] هم تا حدود ساعت سه تا سه و نیم بعد از ظهر من بودم که آقای بنی صدر هم بود و نیروهای ما به تدریج شروع کردند به ضربت خوردن؛ یعنی نیروهای عراقی، نیروی کمکی بزرگی به کمکشان آمد و نیروهای ما را از پهلو مورد هدف قرار دادند که این برای ما قابل محاسبه نبود، و محاسبه نشده بود برای نیروهای ما و دستگاه اطلاعاتی ما، این بود، که نیروهای ما شروع کردند به عقب‌نشینی کردن… و همه آن ساعت بینی و بین الله تلاش می‌کردند، یعنی من آن کسانی را که مسئولان سطح بالا هستند، نظامی یا غیرنظامی نیافتم که تلاش نکنند. البته در آن ساعت که من آمدم آقای بنی صدر نبود. یا غذا می‌خورد یا نماز می‌خواند یا خوابیده بود، به هر حال نبود. یکی دو ساعتی، لکن بعد که آمدیم، ایشان بوده آنجا حدود چند ساعت هم آنجا بود و نیروهای ما وقتی منهدم شدند، ایشان آنجا بود، شاهد بود و بعداً آمده بود برای ما نقل می‌کرد. علی‌أی‌حال، در هویزه که بچه‌های ما شهید شدند، من به‌طور قطع نفی نمی‌کنم، ولی من به هیچ وجه از کسانی یک تعلل عمدی، سستی عمدی، خیانت خدای نکرده مشاهده نکردم.» از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سؤال‌کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.
حسین علایی بی‌تجربگی و عدم برنامه‌ریزی درست برای رزمندگان سپاه پاسداران و نیز ناهماهنگی در عقب‌نشینی نیروها را عامل شکست می‌داند و می‌گوید: «عقب‌نشینی سریع واحدهای لشکر ۱۶ در این عملیات، آسیب روحی زیادی به رزمندگان وارد نمود و آن‌ها را دچار یأس و سردرگمی کرد.» در خاطرات علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش در زمان جنگ، نیز ذکر شده در سال نخست جنگ قرارگاه مشترکی برای هماهنگی نیروهای عملیاتی ارتش و سپاه وجود نداشته‌است.
در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی "کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی" را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد. مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»
پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند. ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد. که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت. این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت. صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابان‌های آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.
"نیویورک تایمز" مدعی است که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایهٔ وزارت اطلاعات ایران که در سال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب‌گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی دربارهٔ خامنه‌ای صادر نکرد و مقامات ایرانی مدعی هستند که تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی صهیونیست‌ها و آمریکا تلقی می‌کنند.
به گفته محمدحسن رحیمیان و احمد مروی، از مسئولان سابق بیت رهبری زندگی شخصی خامنه‌ای بیشتر با استفاده از نذورات مردمی گذران می‌شود و حقوقی دریافت نمی‌کند. محمد محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر علی خامنه ای، سطح زندگی وی را پایین‌تر از حد متوسط ایران توصیف کرده‌است. حیدر رحیم پور ازغدی و غلامعلی حداد عادل می‌گویند که وی زندگی ساده ای دارد و اوایل در دهه ۶۰ کل وسایل زندگی وی در حد یک وانت بوده‌است و غذایشان ساده‌تر از حالت معمول است. کریم سجادپور، مشاور بنیاد کارنگی، نیز وی را ساده زیست توصیف کرده‌است. همچنین بنا بر گزارش رویترز، این خبرگزاری هیچ سندی یافت نکرده که نشان دهد علی خامنه ای از اموالی که تحت اختیار وی در بیت رهبری قرار دارد، برای زندگی شخصی استفاده کرده باشد. در ۱۱ نوامبر ۲۰۱۳ خبرگزاری رویترز تحقیقاتی شش ماه خود را بدین شکل انتشار داد: سید علی خامنه‌ای ۹۵ میلیارد دلار را در کنترل و مدیریت خود دارد. اصلی‌ترین کانون این دارایی «ستاد اجرایی فرمان امام» می‌باشد. این کانون اقتصادی تقریباً بخش‌های اصلی اقتصاد ایران از صنایع نفت تا بازار پول و ارتباطات و … را در دست دارد. این ستاد سرمایه اولیه‌اش را از طریق ضبط و مصادرهٔ اموال مردم عادی ایران، از اعضای اقلیت‌های دینی گرفته تا تجار و ایرانیان خارج از کشور، تشکیل داده‌است.
برخی خبرگزاری‌ها، ادعای ساده‌زیستی خامنه‌ای را رد کرده و دارایی امپراتوری مالی وی را «۲۰۰ میلیارد دلار» می‌دانند. به گفته بهزاد نبوی، چهار نهاد «ستاد اجرایی فرمان امام»، «قرارگاه خاتم‌الانبیاء»، «آستان قدس رضوی» و «بنیاد مستضعفان» ۶۰ درصد از ثروت ایران را به خود اختصاص داده و در اختیار دارند. این چهار نهاد وابسته به دفتر رهبر جمهوری اسلامی می‌باشد. خرید سهام یکی از بزرگترین بانکهای ایران در سال ۲۰۰۷ میلادی، و خرید سهام بزرگترین شرکت مخابراتی کشور در سال ۲۰۰۹ میلادی یکی از اقدامات خامنه‌ای بود که توسط ستاد اجرایی فرمان امام اجرا شد و در نتیجه این ستاد بعنوان یکی از صندوق‌های بزرگ سرمایه‌گذاری خصوصی جهان در سال ۲۰۱۰ درآمد. سید پرویز فتاح، رئیس بنیاد مستضعفان که زیر نظر سید علی خامنه‌ای می‌باشد، در روز دوشنبه ۶ مرداد ۱۳۹۹ در یک نشست خبری اعلام کرد که این بنیاد در سال ۱۳۹۸، ۳۶ هزار میلیارد تومان درآمد و ۷ هزار میلیارد تومان سود از گردش مالی این بنیاد داشته‌است. توکلی در گفتگویی با روزنامه "اعتماد" در مرداد ۹۹ با اشاره به ۳۶ هزار میلیارد تومان گردش مالی بنیاد مستضعفان در سال، گفت، برای به اجرا درآمدن طرح شفافیت مالی کشور باید از دفتر علی خامنه‌ای شروع شود، در حالی که این دفتر مانع‌تراشی کرده و نمی‌گذارد این طرح پیش رود.
ایالات متحده در ژوئن ۲۰۱۹ خامنه‌ای و دفتر او را تحریم کرد. دونالد ترامپ گفت: «تحریم‌ها از طریق حکم اجرایی اعمال خواهد شد … و رهبر عالی و دفتر رهبری و آن‌هایی که با او و دفترش در ارتباط نزدیکی هستند، هدف قرار می‌دهد و آن‌ها را از دسترسی به منابع مالی کلیدی و پشتیبانی محروم خواهد کرد». ۱۶ ژوئیه ۲۰۲۱، ۱۷ سناتور جمهوری‌خواه آمریکایی به رهبری تد کروز، سناتور ایالت تگزاس، طرحی را به مجلس سنا جهت اعمال تحریم علیه خامنه‌ای و ابراهیم رئیسی ارائه کردند. تد کروز دربارهٔ این تحریم‌ها، او را متهم به «فساد، خشونت و دزدیدن اموال ایرانیان» کرد و از رئیسی به عنوان «مسئول قتل‌عام هزاران ایرانی» نام برد.
خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ از ترور طرح‌ریزی‌شدهٔ رهروان گروه فرقان در مسجد ابوذر در هنگام سخنرانی، جان سالم به در برد، ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشرشده در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.
در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبگاه رسمی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز در تاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.» او پیش از رفتن به بیمارستان در مصاحبه با شبکهٔ خبر ایران گفت: «جای نگرانی نیست. این به معنای آن نیست که مردم دعا نکنند، لیکن ان‌شاالله جای نگرانی نیست و یک عمل خیلی معمولی و عادی است.»
در ۲۸ نوامبر ۲۰۱۰، ویکی‌لیکس بخش‌هایی از اسناد و گزارش‌های طبقه‌بندی شده وزارت امور خارجه ایالات متحده آمریکا را افشا کرد. در یکی از اسناد، یک پیام در تابستان سال ۲۰۰۹ توسط کنسولگری آمریکا در استانبول ارسال شده. در این پیام یک تاجر که نام و هویتش فاش نشده و از نزدیکان اکبر هاشمی رفسنجانی است، گفت که علی خامنه‌ای به نوع نادری از سرطان خون مبتلاست و انتظار می‌رود در ماه‌های آینده بمیرد و هاشمی رفسنجانی تمایلی برای اقدام پس از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ ندارد چون می‌خواهد جانشین او شود و سپس، انتخابات محمود احمدی‌نژاد را لغو کند.
در سال ۲۰۱۵ روزنامه فرانسوی "فیگارو" ادعا کرد که خامنه‌ای مبتلا به سرطان درجه چهار پروستات است و این خبر را از «چندین منبع در محافل اطلاعاتی غربی» به دست آورده. مرحله چهارم این نوع سرطان وخیم‌ترین مرحله تلقی می‌شود و به گفته این روزنامه، منابع پزشکی اعتقاد داشتند که خامنه‌ای بیش از ۲ سال عمر نخواهد کرد.
در آذر ۱۳۹۹، یک کاربر تأیید شده از سوی توییتر با حدود ۵۰۰ هزار دنبال‌کننده به اسم «محمد مجید» (با نام کاربری محمد اهوازی) نوشت که حال خامنه‌ای رو به وخامت است و به این علت، دیدار او با حسن روحانی در روز جمعه لغو شده و مسئولیت بیت رهبر به مجتبی خامنه‌ای منتقل شده‌است. او نوشت که اطرافیان وی این دفعه نگران شده‌اند و پزشکان ارشد بیمارستان مسیح دانشوری برای معاینه حضور یافتند. این خبر در وبگاه "نیوزویک" و "سان" بازتاب یافت. مهدی فضائلی، از چهره اصولگرایان و از اعضای دفتر خامنه‌ای این موضوع را تکذیب کرد.
کتاب
دانشنامه انگلیسی