نقد رهبر جمهوری اسلامی ایران
نقد رهبری به معنای انتقاد از بالاترین مقام حکومت، ولی مطلقهٔ فقیه و سازمان‌ها و نهادهای زیر نظرِ اوست؛ با این حال، انتقاد از عملکرد رهبری در زمان سید روح‌الله خمینی و سید علی خامنه‌ای و نیز انتقاد از نهادهای تابعه‌اش همچنان یکی از خطِ قرمزهای رسانه‌های ایران است و نزدیک شدن به این محدوده می‌تواند برای صاحبان این رسانه‌ها خطرآفرین باشد. برای نقد رهبری باید در ابتدا از وظایف و قدرت رسمی و غیررسمی این «بلندپایه‌ترین مقام رسمی» کشور، اطلاع داشت.
رهبر در جمهوری اسلامی ایران، براساس قانون اساسی، به عنوان «عالی‌ترین مقام رسمی کشور» و «ولی فقیه» بر مردم ولایت مطلق دارد. از اختیارات قانونی وی می‌توان به تدوین سیاست‌های کلیِ نظام، نظارت بر اجرای آن و همچنین نصب و عزل برخی از مسئولان بلندپایهٔ کشوری و لشکری، همچون: ریاست قوه قضائیه، صدا و سیما، مجمع تشخیص مصلحت نظام، بنیاد مستضعفان و ستاد اجرایی فرمان امام و نیروهای مسلح از جمله، سپاه پاسداران... نام برد؛ با وجود این، خود رهبر در مواجه با انتقادات انگشت‌شماری که بیشتر در دیدار با دانشجویان در بیت رهبری، انجام می‌شود، انتخاب مدیران نهادهای حساس حکومتی را به معنای نظارت بر آن‌ها ندانسته و تأکید می‌کند که خود نیز به برخی از آن‌ها همانند صدا و سیما منتقد است. وی در بیشتر مواقع، از خود سلب مسئولیت می‌کند و انتخاب رئیس‌های نهادهای گوناگون را به معنای مدیریت آن‌ها نمی‌داند و از مسئولیت‌پذیری نسبت به عملکرد زیرمجموعه‌های خود، پرهیز می‌کند.
این در حالی است که شواهد نشان می‌دهد که نهادهای زیر نظر رهبری، همگی به صورت کاملاً هماهنگ با نهاد رهبری، عمل می‌کنند و انتقاد شخص رهبر از این نهادها (همان‌طور که در دیدارهای گوناگونش گفته) بیشتر دربارهٔ عملکرد مسئولان سازمان صدا و سیما است و از نظر وی، دستگاه‌های دیگر به‌ویژه سپاه پاسداران، به درستی، عمل می‌کنند. نقد رهبر ایران به صدا و سیما نیز در اصل و به گفتهٔ خودش به دلیل نبودن «عناصر جوان و مؤمن و پُرانگیزه و انقلابی در بدنهٔ این دستگاه‌هاست» که باعث می‌شود «رسانهٔ ملی» در برخی از مواقع، خارج از مسیر اصلی «انقلاب»، حرکت کند. رهبر جمهوری اسلامی در این انگشت‌شمار انتقاداتِ رودرروی دانشجویان در جواب به نقدهای آن‌ها، معمولاً می‌گوید که «از انتقاد استقبال می‌کنم» و از «گله‌ها و شِکوه‌های مردم» اطلاع دارم؛ با این حال، برخی منتقدان و فعالان سیاسی معتقدند که در پی ابراز این انتقادها در حضور رهبر ایران، عملاً اتفاق خاصی نمی‌افتد و رهبر بنا ندارد که وضعیت بحرانی کشور در عرصه‌های گوناگون را بپذیرد. خامنه‌ای حتی پس از این جلسات دانشجویی در پی انتقاد سحر مهرابی به عملکرد رهبری و نظام، گفت: «آن جوانی که می‌گوید وضع خیلی بد است، من احساسش را تأیید می‌کنم؛ اما حرفش را مطلقاً نه». خامنه‌ای از مخاطبان جوان خود می‌خواهد که از وضعیت کشور، «ناامید» نباشند و «صبر و حوصله انقلابی» توأم با «مشی انقلابی» در پیش گیرند؛ انقلابی‌گری‌ای که باید «فقط در بستر نظام» باشد و بدون «زیر سؤال بردن ارزش‌ها و بنیان‌های نظام». بنابراین، رهبر جمهوری اسلامی همچنان به جامعه مدنی و خواسته‌های آن بی‌توجهی نشان می‌دهد و در سوی مقابل، از بدنه اجتماعی حامی خود، همراهی انقلابی برای رویارو شدن با شرایط سخت، طلب می‌کند.
در سال‌های اخیر و به ویژه در دوران ریاست جمهوری حسن روحانی، رهبر ایران، تقریباً به‌طور مستمر از وضعیت کشور به‌ویژه در امور اقتصادی انتقاد می‌کند. وی این انتقادات را بیشتر به دستگاه‌ها و نهادهایی می‌کند که توسط رأی مستقیم مردم به روی کار آمده‌اند. خامنه‌ای گاه تلویحاً و گاه صراحتاً مسئولان را در این خصوص، مورد نقد و سرزنش قرار می‌دهد؛ اما به گفتهٔ منتقدان، شاید مهمترین عاملی که به نظر می‌رسد شخص خامنه‌ای از آن غفلت می‌کند، نقش خودش در بروز این مشکلات به‌ویژه در زمینه اقتصادی است. خامنه‌ای در دو عرصه سیاست داخلی و خارجی، روش‌هایی در پیش می‌گیرد که می‌توان گفت آثار تخریبی غیرقابل انکاری بر اقتصاد دارد. در عرصه سیاست داخلی نیز خامنه‌ای، نقش فراجناحی نداشته و بارها وارد جنگ قدرت بین جناح‌های مختلف شده و در موارد متعدد، قاطعانه به نفع محافظه‌کاران و مذهبی‌های تندرو موضع گرفته‌است. وی در موارد متعدد با رئیس‌جمهورهای وقت-که با انتخاب مستقیم مردم به قدرت رسیده‌اند-به مجادله پرداخته‌است و بر اساس شواهد موجود، اگر در برخی موارد انگشت‌شمار به پشتیبانی از رئیس‌جمهورهای وقت پرداخته، در عمل به دلیل محذوریت‌اش در بیان مواضع بوده‌است. دخالت‌های فراقانونی رهبر ایران در سیاست‌های خارجی نیز همواره مورد بحث بوده‌است. اصطلاح‌هایی همانند «صدور انقلاب» یا «دیپلماسی انقلابی» مد نظر رهبر ایران، توسط بسیاری از منتقدان، واژه‌هایی مبهم و متناقض تعبیر شده‌است.
صحبت‌های انگشت‌شمار رهبر جمهوری اسلامی در باب مجاز بودن نقد از رهبری و نظام اکثراً در دههٔ ۹۰ شمسی، پس از عصر گسترش اینترنت همراه و آغاز دستیابی عموم مردم به اطلاعات و به وجود آمدن بحران‌های شدید داخلی و خارجی همانند: جنبش سبز، بحران موسسات مالی، اعتراضات دی ۱۳۹۶ و اعتراضات آبان ۱۳۹۸ اتفاق افتاده‌است. وی در یک سخنرانی گفت که «انتقاد مردم، فقط از دولت و مجلس و قوه قضائیه نیست» و ممکن است مردم از رهبر جمهوری اسلامی هم «انتقاد داشته باشند» اما این انتقاد «منافاتی با ایستادگی پای نظام ندارد». وی معتقد است مردم منتقد، اما «از اصل نظام با همه وجود دفاع می‌کنند». مرتضی کاظمیان، روزنامه‌نگار و تحلیلگر سیاسی مقیم پاریس، می‌گوید: «هرچند، ظاهر سخن رهبر جمهوری اسلامی در پذیرش وجود انتقاد از شخص وی، مهم و قابل‌تأمل است؛ اما متأسفانه رفتار سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در مقام شخص اول نظام، نسبت چندانی با ادعای وی برقرار نمی‌کند. چنان‌که کم نبوده‌اند فعالان سیاسی (مانند احمد زیدآبادی) که به‌خاطر نوشتن نامه سرگشاده به وی، هدف خشونت امنیتی و قضایی قرار گرفته‌اند … حصر رهبران جنبش سبز نیز با کم‌تحملی و کینه‌جویی شخصی آیت‌الله خامنه‌ای گره خورده‌است. افزون بر اینها، اگرچه رهبری نظام از شنیدن صدای انتقادها علیه خود می‌گوید، اما نشانه‌ای از گشایش در فضای سیاسی و مطبوعاتی نشان نمی‌دهد و همچنان ایران را بی‌نیاز از توسعه سیاسی می‌داند و تنها بر اقتصاد تأکید دارد».
در بسیاری از موارد نقد از رهبر منجر به بازداشت یا محاکمه قضایی تحت عنوان «اجماع و تبانی علیه نظام یا تشویش اذهان عمومی و دروغ پراکنی و براندازی نظام» و صدور احکام سنگین قضایی شده‌است. یک نمونهٔ اخیر از این نقدها، بیانیه ۱۴ فعال سیاسی است که در ۲۲ خرداد ۹۸ منتشر شد و در نهایت منجر به صدور احکام طویل زندان، تبعید و ممنوعیت از هرگونه فعالیت برای برخی از امضا کنندگان شد.
در ۷ تیر ۹۹ محمد موسوی خوئینی در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای با اشاره به مشکلات اقتصادی مردم، علت بی‌اعتمادی مردم را مدیریت در بالاترین سطح جمهوری اسلامی دانست.
چهار دهه از ایجاد نظام جمهوری اسلامی و به وجود آمدن مقام رهبری به عنوان «عالی‌ترین مقام رسمی کشور» می‌گذرد و به ترتیب سید روح‌الله خمینی (۱۳۵۸ تا ۱۳۶۸) و سید علی خامنه‌ای (۱۳۶۸ تاکنون) به این مقام رسیدند. رهبر که «ولایت مطلق» دارد، سیاست‌های کلیِ نظام و نظارت بر اجرای آن را بر عهده دارد و از جمله وظیفه‌های او گماشتن برخی سمت‌های اساسی کشوری و لشکری است. وی با رأی دوسِوم (۲/۳) نمایندگان مجلس خبرگان رهبری به‌مدت نامحدود برگزیده می‌شود؛ اما بر اساس اصل ۱۱۱ این قانون، درصورتی‌که رهبر از انجام وظایف خود ناتوان شود یا یکی از ویژگی‌های رهبری را از دست دهد، مجلس خبرگان رهبری می‌تواند وی را از مقامش برکنار یا خلع کند. در اصل ۵ قانون اساسی ایران که در سال ۶۸ بازنگری شد آمده‌است:
و در اصل ۵۷ نیز: در مراوده‌های رسمی یا دولتی از این سمت اغلب با عنوان «رهبر معظم انقلاب اسلامی»، «مقام معظم رهبری»، «ولی امر مسلمین جهان»، «حضرت آیت‌الله‌العظمی»، «مقام عظمای ولایت» و «معظم‌له» یاد می‌شود. در مراوده‌های غیررسمی، علاوه بر صفات ذکرشده، از «آقا» و «امام» نیز برای نام بردن از رهبری استفاده می‌شود.
به عقیدهٔ فعالانِ سیاسیِ مختلف، نقد رهبری از همین ابتدا آغاز می‌شود. تغییرات قانون اساسی در سال ۱۳۶۸ و افزایش اختیارات رهبری و افزودن واژه «مطلقه» به عبارت «ولایت فقیه»، و همین‌طور افزایش اختیارات شورای نگهبان (که در عمل زیر نظر رهبری است) در نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان رهبری؛ باعث قدرت بسیار بالا و در نتیجه عدم پاسخ‌گویی مقام رهبری و سازمان‌های زیر نظر او شده‌است.
به نظر آن‌ها، قانون اساسی جمهوری اسلامی برخی ایرادهای ساختاری دارد که مانع اجرای بی‌کم و کاست همه اصول آن می‌شود. برای مثال مطابق اصل ۹۸ قانون اساسی، شورای نگهبان که فقهای آن منصوب رهبری هستند، تنها مرجع تفسیر اصول قانون اساسی است. بر اساس همین اصل، این شورا نظارت خود بر انتخابات ریاست جمهوری، مجلس خبرگان رهبری و مجلس شورای اسلامی را «استصوابی» تفسیر کرده و بر مبنای آن تأیید یا رد صلاحیت داوطلبان نامزدی در انتخابات را جزو اختیارات خود می‌داند. تعیین صلاحیت نامزدهای مجلس خبرگان توسط شواری نگهبان از این منظر نقد می‌شود که شورای نگهبان در عمل نهادی زیر نظر رهبر است و سید علی خامنه‌ای شش عضو از ۱۲ عضو این شورا را مستقیماً انتخاب می‌کند و ۶ عضو دیگر را رئیس قوه قضاییه (که خود توسط رهبر انتخاب می‌شود) انتخاب می‌کند و برای اخذ رای اعتماد به مجلس شورای اسلامی معرفی می‌کند.
این تفسیرِ شواری نگهبان که اصلاح‌طلبان و بخشی از محافظه‌کارانِ میانه‌رو با آن مخالفت می‌کنند از سویی مبنایی قانونی دارد، و از سوی دیگر ناقض برخی دیگر از اصول قانون اساسی از جمله اصل ۳۷ است. بنابراین درخواست‌هایی مانند کنار گذاشتن نظارت استصوابی و برگزاری انتخابات آزاد و ملی، مستلزم تغییر قانون اساسی کنونی است. اما مطابق اصل ۱۷۷، بازنگری و اصلاح قانون اساسی با حکم رهبر جمهوری اسلامی به شورایی ۷۳ نفره واگذار می‌شود که ۴۱ نفر آنها منصوبان مستقیم خود او هستند.
در اکثر مواقع برای نام بردن از سید روح‌الله خمینی از عناوینی همچون «امام» استفاده می‌شد. لقب «امام» برای خمینی، اولین بار در سال ۱۳۴۲ توسط محمدرضا حکیمی در کتاب «سرود جهش‌ها» به وی نسبت داده شد: «... در این روز و روزگار، دیگر این نشان تشیع را بر کسی ندیدیم و این سخن عزیز شیعی «انتم علی احدی الحسنین» را از کسی نشنیدیم، مگر از پیشوای شیعی اندیش معاصر و یادگار پیشینه‌های شیعه، امام خمینی…» این لقب اما در بین عموم مردم استفاده نمی‌شد تا در ۱۳۵۶، حسن روحانی در یک سخنرانی این چنین گفت: «...ابراهیم خلیل وقتی از همه آزمایش‌ها سربلند بیرون آمد، به جایی رسید که خداوند دربارهٔ او فرمود: «انی جاعلک للناس اماما». من تو را به امامت مردم برگزیدم، بنابراین من هم برای رهبر عزیز انقلاب لقب «امام» را پیشنهاد می‌کنم و می‌گویم «امام‌خمینی». پس از این سخنرانی استفاده از لقب «امام» برای خمینی در بین عموم رواج یافت. استفاده از لقب «امام» برای خمینی در حالی رواج یافت که از حتی حسن روحانی نیز برای استفاده از آن برای اولین بار تردید داشت. از آن جهت که واژهٔ امام در جامعهٔ ایران، کلمه مقدسی بود که مردم صرفاً آن را دربارهٔ علی بن ابی‌طالب و ۱۱ نفر دیگر از خاندانش به کار می‌برندند. شبهه‌ای که با این لقب ایجاد می‌شد این بود که خمینی را در کنار دوازده امام قرار می‌دهد و امام سیزدهم می‌شود.
پس از مرگ خمینی سید علی خامنه‌ای در سال ۱۳۶۸ به رهبری انتخاب شد. وی که فاقد مرجعیت بود از همان ابتدا با بحران عدم مقبولیت (در مقایسه با خمینی) در بین مردم روبه‌رو بود؛ بنابراین استفاده از لقب «امام» برای خامنه‌ای بلافاصله پس از مرگ خمینی، زمینه‌ای در افکار عمومی وفاداران به جمهوری اسلامی نداشت.
از این رو، مسولان دفترِ خامنه‌ای (بیت رهبری) از یک‌سری عناوین برای نشان دادن جایگاهِ فراتر رهبری نسبت به دیگران استفاده کردند. این القاب هیچ جایی در متون قانونی کشور ندارد و استفاده از آن‌ها صرفاً در جهت بالا بردن مصنوعی شأن رهبر کشور از آن استفاده می‌شود. قانون اساسی هیچگاه از رهبر کشور با این عنوان‌ها یاد نکرده‌است. در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، سید روح‌الله خمینی رسماً با لقب «امام» و «بنیانگذار» یاد می‌شود اما در مورد مقام رهبر، هیچگونه لقبی استفاده نشده‌است. برای نمونه، از خامنه‌ای در مراوده‌های رسمی یا دولتی، اغلب با عنوان «مقام معظم رهبری»، «رهبر معظم انقلاب اسلامی»، «ولی امر مسلمین جهان» و «مقام عظمای ولایت» یاد می‌شود. بعدها در مراوده‌های غیررسمی، علاوه بر صفات ذکرشده، از «آقا»، «حضرت آقا»، «امام» و «نظام» نیز برای نام بردن از سید علی خامنه‌ای استفاده می‌شود.
استفاده از این القاب و عناوین برای نام بردن از رهبران جمهوری اسلامی ایران توسط بسیاری از مردم و منتقدین به استفاده از القاب در نظام‌های پادشاهی و استبدادی تشبیه شده‌است.
«محذوریت رهبری در بیان علنی مواضع» یکی از مفاهیم شناخته‌شده در میان محافل تندروی حامی سید علی خامنه‌ای است که بحث علنی در مورد آن، در زمان ریاست جمهوری سید محمد خاتمی به عرصه مطبوعات کشیده شد. بنابراین مفهوم، رهبر ایران به خاطر مسئولیت رسمی خود، دارای محذوریت‌های داخلی و بین‌المللی متعددی است و در نتیجه، امکان بیان همه دیدگاه‌ها و فرمان‌های خود را ندارد. معتقدان به این تئوری می‌گویند که پیروان رهبر، به همین علت نباید تنها ظاهر سخنان وی را مبنای عمل قرار دهند و باید بکوشند با پی بردن به «خواسته‌های قلبی» ولی فقیه، این خواسته‌ها را برآورده کنند.
محمد تقی مصباح یزدی، نظریه‌پرداز با نفوذ محافل اصولگرای ایران، که رهبر ایران زمانی او را با مرتضی مطهری از نظریه پردازان اصلی جمهوری اسلامی مقایسه کرده، در ۱۶ مرداد ۱۳۸۶ در توضیح این برداشت گفته‌است: «فهمیدن نظرات مقام رهبری معظم انقلاب کار ساده‌ای نیست و باید از طریق قراین و سخنان از اصل نظراتشان مطلع شد.» هرچند که شخص رهبر جمهوری اسلامی، در اظهارنظرهای رسمی خود چنین رویه‌ای را انکار کرده‌است. به عنوان نمونه، وی در ۳۱ مرداد ۱۳۸۹، در اشاره‌ای مستقیم به دیدگاه قائلان به محذوریت رهبری گفته‌است: «مبادا کسی تصور کند که رهبری یک نظری دارد که برخلاف آنچه که به عنوان نظر رسمی مطرح می‌شود، در خفا به بعضی از خواص و خلّصین، آن نظر را منتقل می‌کند که اجراء کنند؛ مطلقاً چنین چیزی نیست.» سید علی خامنه‌ای در عین حال پیش از آن، این موضوع را رد نکرده که احتمال دارد به خاطر مصالح حکومتی، برخی از دیدگاه‌های خود را پنهان کند، اما گفته حتی در چنان شرایطی «خلاف واقع» نمی‌گوید.
وی در ۱۸ تیر ۱۳۸۶، به نمایندهٔ اتحادیه انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل دانشگاه‌های سراسر کشور که پرسید: «آیا برخی اظهار نظرها که عنوان می‌شود نظر رهبری در جلسات خصوصی است، صحیح است یا خیر؟» چنین پاسخ داده: «سخن رسمی بنده آن چیزی است که از من در دیدارهای مختلف با مردم و مسئولان می‌شنوید، ممکن است به دلائلی از جمله [جلوگیری از] آگاه شدن دشمن مصلحت نباشد چیزی را بیان کنم، ولی این بدان معنی نیست که خلاف واقع را بیان می‌کنم.»
با وجود تمام این اظهارات، کماکان به نظر می‌رسد که برخی از مدافعان خامنه ای، بهترین مرجع برای پی بردن به دیدگاه‌های واقعی رهبر را، مواضع رسمی او نمی‌دانند.
به عقیدهٔ حسین باستانی، روزنامه‌نگار، نخستین نتیجهٔ عملی تئوری محذوریت رهبری، سردرگمی در فهم نیات واقعی خامنه‌ای است. در حقیقت، در مواردی که رهبر به‌طور شفاف در مورد موضوعی اعلام نظر نمی‌کند و مسئولان هم خبر موثقی در مورد تمایلات واقعی او ندارند، روند تصمیم‌گیری‌های مهم در داخل حکومت ایران دچار بن‌بست می‌شود. بسیاری از موارد سردرگمی یا تأخیر نهادها و مسئولان ایرانی در اتخاذ مواضع شفاف، ریشه در همین فرایند دارند.
یه عقیدهٔ حسین باستانی، یکی دیگر از تأثیرات تئوری محذوریت رهبری، ایجاد انگیزه در بعضی محافل تندرو است تا در مواردی که معتقدند خامنه ای زمینه را برای بیان دیدگاه‌های «واقعی» خود مساعد نمی‌بیند، زمینه‌های لازم را برای بیان چنین دیدگاه‌هایی فراهم کنند. به عقیده این محافل، یکی از مهمترین دلایل پرهیز رهبر از بیان دیدگاه‌های واقعی خود، آن است که احساس می‌کند در صورت انجام این کار، جامعه و به ویژه مدافعان حکومت، آمادگی لازم را برای اجرای دیدگاه‌های وی نخواهند داشت. این محافل نتیجه می‌گیرند که اگر مدافعان رهبر، بدون آنکه منتظر موضع‌گیری علنی او باشند، خود به انجام کارهایی بپردازند که متقاعد شده‌اند خامنه ای «در دل خود» با آنها موافق است، در واقع به او کمک کرده‌اند تا راحت تر به نتایجی که می‌خواهد برسد. ظاهراً یکی از مصداق‌های معروف این تفکر، مربوط به مواقعی است که ولی فقیه در اظهارات رسمی خود از مقامی حکومتی حمایت می‌کند، ولی هواداران او همان شخص را مورد حمله قرار می‌دهند و استدلال می‌کنند که حمایت رهبر، نشانه رضایت درونی وی از فرد مورد حمایت نیست. به عقیده این هواداران، دلیل حمایت رهبر آن است که وی زمینه اجتماعی را برای برخورد با برخی مسئولان آماده نمی‌بیند و در نتیجه لازم است که نیروهای هوادار او، چنین زمینه ای را فراهم آورند. هواداران تندروی رهبر جمهوری اسلامی، اعلام حمایت‌های اولیه او از رئیس‌جمهور سابق محمد خاتمی و نیز اظهارات خمینی در پشتیبانی از ابوالحسن بنی صدر، نخستین رئیس‌جمهور ایران را دارای چنین ماهیتی می‌دانند.
برای نمونه، محمدتقی مصباح یزدی در سال ۱۳۸۸ در پاسخ به این سؤال که «چرا مقام معظم رهبری آنجاهایی که ما حتی یقین داریم که فردی صالح نیست، ایشان باز هم در شرایطی به صورتی [از آن شخص] حمایت می‌کنند» اظهار داشت: «در یک کلمه باید گفت: ایشان افقی را می‌بیند که حفظ یک مصلحت اقوا [قوی‌تر] و اهمّ [مهم‌تر] دینی است. این مسئله باید به جایی برسد که همه مردم حقیقت را بفهمند». در سال ۱۳۸۷، سعید قاسمی، از فرماندهان سپاه پاسداران در زمان جنگ با توصیه به مدافعان حکومت به «خط شکنی»، از کسانی انتقاد کرد که «با این بهانه که باید پشت سر رهبری حرکت کنیم، از حرکت آفندی انقلاب ممانعت کرده‌اند». وی توضیح داده که خط شکنی همان کاری است که، به عقیده او، تسخیرکنندگان سفارت آمریکا در سال ۱۳۵۸ انجام داده بودند، یعنی تسخیر این سفارتخانه «بدون اذن امام»، در حالی که این کار بعداً با «تقدیر» خمینی مواجه شده بود.
تأثیر مهم دیگر تئوری محذوریت رهبری، زمینه‌سازی اقدامات به اصطلاح «خودسرانه» توسط گروه‌های تندرو است. این نیروها، همواره خود را آماده مقابله شدید با «دشمنان» حکومت از روش‌هایی دانسته‌اند که معتقدند منطبق با خواست‌های قلبی رهبری است، اما وی به علت محذوریت‌های داخلی و بین‌المللی، امکان بیان علنی آنها را ندارد. شاید شناخته‌شده‌ترین نمونه از این گونه اقدامات، حملات خشونت‌آمیز گروه‌های وفادار به رهبر (که در بین مخالفان با نام «لباس‌شخصی» معروف هستند) به تجمع‌های دانشجویان و دیگر منتقدان حکومت باشد. حکومت ایران، تاکنون هرگز مسئولیت عملیات این گروه‌ها را قبول نکرده‌است. حتی در مواردی هم رهبر ایران علناً به انتقاد از عملیات خشونت‌آمیز این گروه‌ها پرداخته که معروف‌ترین نمونه‌های آن، سخنان سید علی خامنه‌ای بعد از دو حمله خبرساز ۱۸ تیر ۱۳۷۸ و ۲۵ خرداد ۱۳۸۸ نیروهای پلیس و لباس شخصی به خوابگاه دانشجویان دانشگاه تهران (معروف به کوی دانشگاه تهران) بوده‌است. در نخستین مورد، رهبر ایران با محکوم کردن فوری حمله به دانشجویان گفت که به خاطر این واقعه «قلبش جریحه دار شده» و در مورد دوم، با تأخیری چند هفته‌ای، این حملات را «جنایت» دانست؛ ولی با وجود تمام این واکنش‌های رسمی، عملیات نیروهای لباس شخص علیه منتقدان حکومت ایران در طول سال‌های گذشته کمابیش ادامه داشته و این نیروها به خاطر چنین حملاتی مورد محاکمه قرار نگرفته‌اند. برای درک بهتر میزان مصونیت این گروه‌های لباس شخصی‌ها کافی است یادآوری شود که پس از حمله به کوی دانشگاه تهران در ۱۸ تیر ۱۳۷۸، حتی مقام‌هایی در حد رئیس پلیس تهران به دادگاه کشیده شدند. (هرچند که دادگاه نهایتاً همه مسئولان پلیس را تبرئه کرد) اما حتی یکی از نیروهای جزء لباس شخصی هم محاکمه نشد. پس از حمله به کوی دانشگاه تهران در ۲۵ خرداد ۱۳۸۸ نیز، علی‌رغم جنایت نامیده شدن این حمله توسط خامنه ای، تاکنون لباس شخصی‌های مهاجم به دانشجویان محاکمه نشده‌اند، در حالی که در مقابل، بسیاری از دانشجویانی که مورد حمله قرار گرفته بودند، دستگیر و به زندان محکوم شده‌اند. نکته قابل تأمل در زمینه اقدامات این مهاجمان آن است که به نظر می‌رسد تمام آنها متقاعد شده‌اند که حتی در صورت انتقاد ظاهری رهبر جمهوری اسلامی از حملات خشونت آمیزشان، نهادهای قضایی و امنیتی زیر نظر رهبر با آنها برخورد نخواهند کرد.
در نهایت، نتیجه مشخص تئوری محذوریت رهبری آن است که نیروهای فدایی رهبر برای فهمیدن تکلیف خود، به قواعد شفاف و قابل استناد رجوع نمی‌کنند یا حتی لزوماً همه اظهارات رهبر را مبنای کار خود قرار نمی‌دهند. بلکه در کنار اظهارات علنی رهبر، خواست‌های غیرعلنی او را نیز مبنای عمل قرار می‌دهند. درخواست‌هایی که بیان‌کنندهٔ آنها، فرماندهان، روحانیون یا سیاسیونی هستند که تمایلات قلبی رهبر را در جلسات غیرعلنی به اطلاع دیگران می‌رسانند و عموماً نیز به هیچ نهادی پاسخگوی نیستند.
برخی از این محذوریت‌های مشهور در زیر آمده‌است:
این نظریه از اوایل ریاست جمهوری محمد خاتمی در سال ۱۳۷۶ در سطح برخی محافل مخالف دولتِ خاتمی و طرفدار رهبر بالا گرفت. زمانی که در پی غافلگیری نیروهای سیاسی از نتایج انتخابات، آیت خامنه ای برای مدتی از مقابله با رئیس‌جمهور وقت پرهیز کرد و حتی خود را مدافع وی دانست. محمدتقی مصباح یزدی در ۱۰ دی ۱۳۸۸، در توضیح این رفتار خامنه ای، مقطع ریاست جمهوری ابوالحسن بنی صدر را یادآوری کرده‌است: «رفتار امام طوری بود که مردم خیال می‌کردند که خود ایشان هم با او [بنی صدر] موافق است… تا روزی که همه مردم فهمیدند که این دیگر به درد ریاست جمهوری نمی‌خورد… بعدها ایشان [خمینی] فرموده بود: من از اول با این شخص [بنی صدر] مخالف بودم.»
با روی کار آمدن احمدی‌نژاد که همسو با نظر خامنه‌ای بود، همچنان شاهد زاویه داشتن برخی سخنان رسمی رهبر ایران با منویات اعلام نشده او، در فضای سیاسی ایران می‌بودیم. یکی از برجسته‌ترین شواهد در همین زمینه، ماجرای مذاکرهٔ وزارت امور خارجه ایران با آمریکایی‌ها در مورد امنیت عراق بود. خامنه ای در ۲۶ اردیبهشت ۱۳۸۶ در اظهار نظری بی‌سابقه، گفت: "وزارت امور خارجه به درخواست دولت عراق تصمیم گرفته در یک گفت وگوی رودررو با آمریکایی‌ها مسئولیت و وظایف آنان را در قبال امنیت عراق یادآوری و با آنها اتمام حجت کند." اما چهار روز بعد از این سخنانِ رهبر ایران، حسین شریعتمداری، نمایندهٔ سید علی خامنه‌ای در روزنامهٔ کیهان، در سرمقاله ای به وزارت امور خارجه ایران تذکر داد که اظهارات علنی رهبر جمهوری اسلامی در مورد "گفت و گوی رو در رو با آمریکا"، با آنچه در "ژرفای قلب" وی می‌گذرد متفاوت است. شریعتمداری، در سرمقاله روزنامه خود نوشت: "از دولت نهم انتظار می‌رود منویات اصلی آقا را به درستی دریابد و به عرصه‌ای که سمت و سوی فریب و رنگ و بوی سوءاستفاده آمریکایی‌ها از آن به مشام می‌رسد پای نگذارد. ممکن است آقا اجازه داده باشند [که با آمریکا مذاکره شود]، ولی باید حضرت ایشان از ژرفای قلب مبارک خویش راضی هم باشند. آیا راضی هستند؟"
در موردی دیگر، که خبرساز هم شد، سرنوشت سؤال از محمود احمدی‌نژاد در مجلس هشتم بود. بعد از آنکه ۵ تیر ۱۳۹۰ این طرح با ۱۰۰ امضا تقدیم هیئت رئیسهٔ مجلس شد، عده ای از نمایندگان مجلس در مورد احتمال عدم موافقت خامنه ای با احضار رئیس‌جمهور سخن گفتند و در چنین فضایی بود که هیئت رئیس مجلس هم، از قرار دادن این طرح در دستور کار خودداری کرد. با گذشت سه ماه و نیم از بلاتکیفی نمایندگان مجلس ایران بر سر این طرح، روز ۲۳ مهر فاش شد که یکی از نمایندگان به نام علی مطهری در نامه ای به خامنه ای از او خواسته‌است تا «دست مجلس را در موضوع سؤال از رئیس‌جمهور باز بگذارد.» به گفتهٔ مطهری، خامنه ای پاسخی به این نامه نداده بود و وی سکوت رهبر را «دلیل رضایت و لااقل بی نظری» او در مورد سؤال از رئیس‌جمهور تلقی کرد. اما تنها ۴ روز بعد، محمدرضا باهنر، نایب رئیس مجلس ایران گفت که «بزرگان نظام» (اصطلاحی که برای اشاره به رهبر جمهوری اسلامی مورد استفاده قرار می‌گیرد) «کش دادن» ماجرای سؤال از محمود احمدی‌نژاد توسط نمایندگان مجلس را به صلاح ندانسته‌اند. دو روز بعد، محمد دهقان یک عضو هیئت رئیسه مجلس، اعلام کرد که ۲۹ نماینده امضای خود را برای طرح سؤال از آقای احمدی‌نژاد پس گرفته‌اند و به این ترتیب، این طرح در صحن علنی مجلس مطرح نخواهد شد.
سید روح‌الله خمینی قبل از انقلاب ۵۷ به عنوان شخصیت اصلی در رهبری انقلابیان از خارج از کشور، با گسترش ناآرامی‌ها و خروج محمدرضا پهلوی، واپسین پادشاه ایران، به ایران آمد و با پیروزی انقلاب با استفاده از کمیته‌های مختلف شروع به انجام تغییرات بنیادین در ساختار اداری و فرهنگی، نظامی و روابط خارجی کشور کرد. از جمله این تغییرات می‌توان به صدور فرمان‌های مختلف جهت تأسیس سازمان‌های کمیته امداد، جهاد سازندگی، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، نهضت سوادآموزی، سازمان بسیج مستضعفین و شورای عالی انقلاب فرهنگی نام برد. همچین دستور تشکیل دادگاه‌های انقلاب را داد و این دادگاه‌ها شروع به محاکمهٔ سریع و بدون انجام آیین دادرسی منصفانه، در مورد سیاست‌مداران و اشخاص مرتبط با حکومت پهلوی کردند. این دستورها که گاهی حتی در تناقض آشکار با برخی از اصل‌های قانون اساسی بود، واکنش بسیاری از فعالان سیاسی و اجتماعی و همچنین گروه‌های مختلف حامی خمینی را در پی داشت. در ابتدا نقدهای بسیاری به خمینی می‌شد اما با گذشت زمان، فضای کشور روز به روز و به سرعت به سوی عدم امکان نقد خمینی پیش رفت. بخش بزرگی از این عدم امکان نقد، به خاطر محبوبیت بالای خمینی در بین اکثریت مردم ایران بود که باعث می‌شد هرگونه مخالفتی با خمینی، توسط مردم و کمیته‌های تحت فرمان او به شدت سرکوب بشود. از این رو گروه‌های مختلف که زمانی حامی سیاست‌های خمینی بودند، و اما حالا تبدیل به مخالف شده بودند، به شدت از طرف شخص خمینی و طرفدارانش طرد می‌شدند و یکی پس از دیگری از صحنهٔ سیاست حذف کردند. با آغاز گنجاندن نظریهٔ ولایت فقیه در قانون اساسی و این که رهبری در زمان غیبت امام زمان جانشین وی است، کم‌کم نقد خمینی به خط قرمز تبدیل شد و هیچکسی حق نقد به او را نداشت و این خط قرمز تا زمان مرگ وی در سال ۱۳۶۸ ادامه داشت.
خمینی تا قبل از پیروزی انقلاب ۵۷ مصاحبه‌های گوناگونی با خبرگزاری‌های داخلی و به خصوص خارجی انجام می‌داد. نفس انجام این مصاحبه‌ها، توسط بسیاری از فعالان سیاسی و اجتماعی به عنوان تعهد رهبر جمهوری اسلامی به پاسخ‌گویی در برابر افکار عمومی و رسانه‌ها مورد توجه قرار گرفت و این باور را به وجود آورد که رهبری ایران قابل نقد و همچنین قابل پرسش و پاسخ است. پس از پیروزی انقلاب نیز به‌عنوان نمونه، در مهرماه ۱۳۵۸ با اوریانا فالاچی، روزنامه‌نگار معروف ایتالیایی، مصاحبه داشت؛ در آبان همان سال با تلویزیون سی‌بی‌اس ایالات متحده و نیز خبرنگاران آلمانی مصاحبه کرد؛ در آذر همان سال با هفته‌نامه آمریکایی تایم، روزنامه لوموند، با پنج نفر از خبرنگاران مطبوعات اروپا و نیز با حسنین هیکل، روزنامه‌نگار مشهور مصری، گفت‌وگو کرد. اما این مصاحبه‌های پی در پی آیت‌الله خمینی، پس از سال ۱۳۵۹ به صفر رسید و دیگر هیچ مصاحبه‌ای انجام نداد. این آغاز عدمِ پاسخ‌گویی آیت‌الله خمینی به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران بود.
در دوران ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای (۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸)، وی اختلافاتی با مقام رهبری که در دست خمینی بود پیدا کرد. در آن روزها، جناح موسوم به «راست» که از آقای خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت حمایت می‌کرد، خواستار کنار رفتن میرحسین موسوی از نخست‌وزیری بود. اما مخالفت خمینی مانع اصلی کنار گذاشتن او شد. پس از آنکه علی خامنه‌ای مجدداً به ریاست‌جمهوری رسید، اختلاف‌های این دو جریان به اوج خود رسید.
علی‌اکبر ناطق‌نوری در خاطرات خود گفته‌است: «وقتی برای بار دوم مقام معظم رهبری به ریاست جمهوری برگزیده شدند، بین ایشان و امام یک بحثی در مورد انتخاب نخست‌وزیر بود، ایشان می‌گفت اگر من رئیس‌جمهور بشوم، در انتخاب نخست‌وزیر هر کسی را که بخواهم خودم باید تصمیم بگیرم و این علامت را هم امام ظاهراً داده بودند که خود شما تصمیم بگیر، لذا ایشان کاندیدا شدند [...] چند روزی که گذشت، نظر امام عوض شد. علتش این بود که گویا آقای محسن رضایی به عنوان فرمانده سپاه خدمت امام رسیده و گفته بود که موقعیت آقای موسوی در جنگ و بین جوان‌ها به گونه‌ای است که اگر ایشان نخست‌وزیر نشوند، جنگ لطمه می‌خورد.»
به این صورت بود که علیرغم مخالفت علی خامنه‌ای، میرحسین موسوی با حمایت خمینی نخست‌وزیر شد. در این بین، احمد آذری قمی که از بنیان‌گذاران جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عضو مجلس خبرگان، نمایندهٔ مجلس و یکی از مهم‌ترین اشخاص در تثبیت «ولایت» در قانون اساسی و از منتقدان سرسخت سیاست‌های اقتصادی دولت میرحسین موسوی و از حامیان سرسخت خامنه‌ای بود؛ در مرکز این اختلاف‌ها قرار گرفت و حتی از نقد نظرات خمینی هم ابایی نداشت. آذری قمی در مرداد ۱۳۶۴ و در جریان رای اعتماد به دولت میرحسین موسوی، به عنوان مخالف سخن گفت: این سخنان خشم خمینی را درپی داشت. چند روز بعد، آذری‌قمی در نامه‌ای علنی که خطاب به «علمای اعلام» نوشت، افشا کرد: این اختلاف‌ها موجب رنجش خمینی از آذری‌قمی شد و به گفته اکبر هاشمی‌رفسنجانی، خمینی علی‌رغم درخواست آذری‌قمی، حاضر نشده بود که به روزنامهٔ او (رسالت) کمک مالی کند. او همچنین دستور داده بود که روزنامه رسالت به جبهه ارسال نشود تا باعث تضعیف روحیه رزمندگان نشود. حتی اسدالله بیات از خمینی نقل قول می‌کند که یک بار گفته بود: «اگر ترس از این نبود که مردم بگویند این‌ها خودشان را هم تحمل نمی‌کنند، دستور توقیف این روزنامه را می‌دادم.»
بعداها ماجرای اختلاف با دولت موسوی حتی به جدال علنی خمینی با علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت هم منجر شد. در ماجرای قانون کار که دولت موسوی به دنبال تصویب آن بود، اما شورای نگهبان مقاومت می‌کرد، نهایتاً خمینی به نفع دولت وارد عمل شده و برداشتی از ولایت‌مطلقه را مطرح کرد که بر اساس آن حاکم اسلامی، اختیار تعطیل برخی احکام مذهبی را هم داشت.
خامنه‌ای در واکنش به سخنان خمینی، در نمازجمعهٔ تهران اعلام کرد که ولی‌فقیه نمی‌تواند احکام اسلام را تغییر دهد و این برداشتی اشتباه از سخنان خمینی است؛ اما خمینی در شانزدهم دی‌ماه ۱۳۶۶، خطاب به وی نوشت:
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ سید روح‌الله خمینی، اولین رهبر جمهوری اسلامی ایران، در تهران درگذشت و مجلس خبرگان رهبری به ریاست اکبر هاشمی رفسنجانی، سید علی خامنه‌ای که در آن زمان ریاست جمهوری را برعهده داشت به عنوان «رهبر موقت» برگزیدند. سید علی خامنه‌ای، شرط مرجعیت را که یکی از شرط‌های لازم رهبری در قانون اساسی بود نداشت، از این رو مجلس خبرگان وی را به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران تا زمان برگزاری همه‌پرسی قانون اساسی جدید انتخاب شد. در آن تاریخ قانون اساسی به دستور سید روح‌الله خمینی در دست بازنگری بود. البته سمت «رهبر موقت» در قانون اساسی وقت ذکر نشده‌بود و موقت بودن این انتخاب نیز به اطلاع عموم نرسید. از ۸۰ عضو مجلس خبرگان، ۷۴ نفر در جلسه حاضر بودند که از این تعداد، ۶۸ نفر به سید علی خامنه‌ای رأی دادند. چند روز پس از همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی (۶ مرداد ۱۳۶۸) و رسمیت یافتن قانون جدید و حذف «مرجعیت» از شروط رهبری، مجلس خبرگان مجدداً تشکیل جلسه می‌دهند و در رای‌گیری مجدد، رهبری سید علی خامنه‌ای با ۶۰ رأی از ۶۴ عضو حاضر، به تصویب می‌رسد.
کارنامه خامنه‌ای را در راس هرم نظام سیاسی ایران را می‌توان از زاویه‌های گوناگون ارزیابی و نقد کرد. موضوع «عدم پاسخگویی» خامنه‌ای یکی از این مباحث است. به عقیدهٔ بسیاری از منتقدان، خامنه‌ای، رهبری ایران، در طول ۳۰ سال دوران حکومت، «متکلم وحده» بوده‌است و پرسشگر محض و مطالبه‌گر و مدعی. او فقط سخنرانی کرده و حتی یک بار هم به مصاحبه‌ای چالشی و انتقادی با رسانه‌ها و نمایندگان افکار عمومی تن نداده‌است. این در حالی است که خمینی، نخستین رهبر ایران، حداقل در سال‌های قبل از پیروزی انقلاب ۵۷ تا دو سال بعد از آن، در مصاحبه و پرسش و پاسخ‌های بسیاری شرکت کرد. هر چند که پس از سال ۱۳۵۹ دیگر هیچ مصاحبه‌کننده‌ای را نپذیرفت. اما روشِ رهبر دوم جمهوری اسلامی ایران با روش ابتدایی رهبرِ نخست، فاصله‌ای ملموس دارد. رهبر دوم جمهوری اسلامی ایران از همان آغاز، چنین سوگیری و مواجهه‌ای با رسانه را برگزید.
اندک مصاحبه‌های خامنه‌ای وجهی نمایشی، فرمایشی و تبلیغاتی داشته‌است؛ او حداکثر در برش‌های انتخاباتی، پای صندوق رای، یا در حاشیه سفر یا مراسمی حکومتی و زیر پوشش امنیتی و حفاظتی سنگین، به پرسش‌های کلیشه‌ای و رسمی خبرنگار صدا و سیما پاسخ داده، یا به تعبیر دقیق‌تر، از این امکان برای بازنشر مواضع خود بهره گرفته‌است. در موارد بسیار کم‌شماری نیز او در برخی جلسه‌های عمومی در بیت رهبری و در دیدار با گروهی از دانشجویان، استادان یا طلاب همسو با حکومت و «دعوت‌شده به مراسم»، به برخی انتقادهای کلی یا پرسش‌های عمدتاً کتبی و کنترل‌شده و همدلانه با سوگیری‌های اساسیِ خود پاسخ داده‌است.
قابل‌تامل این‌که خامنه‌ای تنها در دوران ریاست جمهوری سید محمد خاتمی، مشهور به دوران «اصلاحات» و پس از انتخابات ریاست جمهوری در دوم خرداد ۱۳۷۶ بود که متأثر از شرایط سیاسی‌ـاجتماعی، چند بار در دانشگاه‌ها حضور یافت (اردیبهشت ۱۳۷۷ در دانشگاه تهران؛ شهریور همین سال در دانشگاه تربیت مدرس؛ آذر ۱۳۷۸ در دانشگاه صنعتی شریف؛ اسفند ۱۳۷۹ دو بار در دانشگاه امیرکبیر؛ و اردیبهشت ۱۳۸۲ در دانشگاه شهید بهشتی). اما حتی فضای کلی این جلسه‌ها و اکثر پرسش‌های مطرح‌شده در آن‌ها نیز، به‌شکل محسوسی، وجهی تشریفاتی، حکومتی و تبلیغاتی داشت و سؤال‌ها از زاویه «پیرو به پیشوا» عنوان می‌شد.
براساس اصل‌های ۹۹، ۱۰۷، ۱۰۸، ۱۱۱ و ۱۷۷ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مجلس خبرگان رهبری مجلسی متشکل از فقیه‌های «واجد شرایط» است که مسئولیت نصب و عزل ولی فقیه (رهبر جمهوری اسلامی) را دارد و تعداد اعضای خبرگان، شرایط و کیفیت انتخاب آن‌ها و آیین‌نامه‌های داخلی جلسات آنان، همگی در صلاحیت خود اعضای مجلس خبرگان قرار گرفته‌است. براساس تعریفی که در بالا شد، مجلس خبرگان، یک مجلسِ انتخابی تمام عیار است نه انتصابی؛ و به‌علت حساسیتی که در انتخاب رهبر دارد دارای استقلالی است که هیچ نهاد دیگر ندارد. اما این آزادی عمل خبرگان رهبری، در عمل فاصلهٔ بسیاری با تعاریف بالا پیدا کرد.
در ۱۹ آذر ۱۳۶۱ انتخابات اولین دوره مجلس خبرگان رهبری برگزار شد و ۸۳ نفر به مجلسی راه یافتند که سرنوشت‌سازترین تصمیمات خبرگان تاکنون را گرفته‌اند. انتخاب سید علی خامنه‌ای به عنوان رهبر جدید بعد از درگذشت بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران در خرداد ۱۳۶۸ تنها تصمیم سرنوشت‌ساز اولین دوره مجلس خبرگان رهبری نبود. اعضای مجلس بر اساس آیین‌نامه‌ای که به امضای خمینی رسانده بودند، تصویب کردند که فقط کسانی می‌توانستند نامزد مجلس خبرگان رهبری شوند که «صلاحیت آن‌ها را دو نفر از مدرسین شناخته شده حوزه علمیه قم یا علمای بزرگ کشور تأیید کرده باشند.» سپس در اقدامی عجیب پس از درگذشت خمینی و تنها سه ماه مانده به پایان دوره اول مجلس خبرگان رهبری، اعضای این مجلس تعیین صلاحیت‌ها برای ورود به مجلس خبرگان را بر عهده شورای نگهبان گذاشتند. تصمیمی که جناح چپ و راست آن زمان یعنی مجمع روحانیون مبارز و جامعه روحانیت مبارز را رودرروی هم قرار داد. اسدالله بیات زنجانی، از مراجع تقلید شیعه در مصاحبه‌ای با روزنامه اعتماد ملی گفته‌است که در این تصمیم «بحث علمی نبود و هدف از این تغییرِ روش، عدم راه‌یابی رقبای سیاسی‌شان به مجلس خبرگان بود.» تصمیم به تعیین صلاحیت نامزدهای مجلس خبرگان توسط شواری نگهبان از این منظر نقد می‌شود که شورای نگهبان در عمل نهادی زیر نظر رهبر است و سید علی خامنه‌ای شش عضو از ۱۲ عضو این شورا را مستقیماً انتخاب می‌کند و ۶ عضو دیگر را رئیس قوه قضاییه (که خود توسط رهبر انتخاب می‌شود) انتخاب می‌کند و برای اخذ رای اعتماد به مجلس شورای اسلامی معرفی می‌کند.
نتیجهٔ این اقدامات اعضای نخستین مجلس خبرگان رهبری، به حاشیه رفتن فزاینده مجلس خبرگان رهبری در سه دهه بعد بود، نهادی که مطابق قانون اساسی باید بر کارنامه و عملکرد رهبری نظام نظارت کند اما در عمل، به یکی از بازوهای سیاسی و مدیریتی او تبدیل شد. برخی از اعضای ارشد مجلس خبرگان، از جمله رئیس پیشین آن محمدرضا مهدوی کنی و رئیس کنونی، احمد جنتی ادعا کرده‌اند که وظیفه اصلی این مجلس نه نظارت که حفاظت از رهبری است. خامنه‌ای در سال‌های بعد حتی از ایفای نقش نظارتی مجلس خبرگان رهبری نیز جلوگیری کرد.
اکبر هاشمی رفسنجانی در مصاحبه‌ای گفت: خامنه‌ای در حالی به عنوان «رهبر»، «عالی‌ترین مقام رسمی» و «جانشین ولی عصر» به این مقام رسید که این انتخاب از همان ابتدا مورد نقد بسیاری از سیاست‌مداران و فعالان سیاسی قرار گرفت. عبدالمجید شرع پسند، نمایندهٔ مردم کرج در دوره‌های دوم و سوم مجلس شورای اسلامی، اولین منتقد رسمی رهبری در دوران سید علی خامنه‌ای بود. وی بعد از نطقی که در ۱۱ تیر ۱۳۶۸ در مجلس در نقد شیوهٔ انتخاب خامنه‌ای به سمت رهبری انجام داد، بازداشت و بیش از ۴۰ روز تحت بازجویی قرار گرفت. او از نحوهٔ انتخاب آقای خامنه‌ای به عنوان رهبر انتقاد کرد و از قدرت‌داشتن عده‌ای معدود و «حضور تشریفاتی و سطحی مردم به جای مشارکت عمیق و مؤثر آنان» ابراز نگرانی کرد. وی در رابطه با حوادث بعد از نطق‌اش می‌گوید: «یکشنبه این نطق را کردم، استعفایم طبق قانون باید سه‌شنبه در دستور جلسه اعلام می‌شد و یکشنبه بعد باید در دستور کار قرار می‌گرفت، اما سه‌شنبه که من رفتم و حضورم هم در مجلس اعلام شد فردای همان روز یعنی چهارشنبه دستگیر شدم و عملاً دیگر امکان نبود بروم مجلس … تعدادی از دوستان ما را هم صرفاً به خاطر دوستی با من یا کار در دفتر من گرفته بودند. برایشان معلوم شد فرضیه‌هایی که داشتند درست نبوده و بعد آزاد شدیم. البته آزاد که شدیم پرونده ام تا ۱۳ سال باز بود. ممنوع الخروج بودم و محدودیت‌های زیادی داشتم.» برخوردی که با این نماینده مجلس صورت می‌گیرد، نمونه ای -مقدماتی- از سرنوشت منتقدان رهبری علی خامنه‌ای در سی سال بعدی است.
پس از مرگ خمینی، جانشینی او به مسئله‌ای مهم تبدیل شد. در آن زمان احمد آذری قمی تا آستانه انتخاب به عنوان رهبر پیش رفت. آذری قمی و علی خامنه‌ای، در ماجراهای اختلافات ریاست جمهوری خودش و نخست‌وزیری میرحسین موسوی، چنان به هم نزدیک شده بودند که در ماجرای انتخاب رهبر جدید، آقای خامنه‌ای پیشنهاد کرد که آذری‌قمی رهبر جمهوری اسلامی شود. محمد امامی کاشانی در سال ۱۳۹۲ در مصاحبه‌ای برای اولین‌بار افشا کرد که آقای خامنه‌ای «روی انتخاب مرحوم آذری‌قمی» به عنوان جانشین خمینی اصرار داشته‌است. وی افزود: «حتی بین آقا (خامنه‌ای) و آقای آذری صحبت‌هایی هم رد و بدل شد، اما در نهایت مجلس به مقام معظم رهبری (خامنه‌ای) رای داد.» بعدها در بخشی از ویدئویی که از جلسهٔ ۱۴ خرداد مجلس خبرگان در مورد انتخاب رهبری جدید منتشر شد، مشخص شد احمد آذری قمی، اولین کسی بوده که در آن جلسه، نام آقای خامنه‌ای را به عنوان جانشین رهبر بر زبان رانده. از طرفی آقای خامنه‌ای در همان جلسه خطاب به احمد آذری قمی می‌گوید: «همین آقای آذری که اسم من را اولین بار آوردند در این جلسه، بنده اگر حکم [فقهی] بکنم ایشان قبول خواهند کرد؟» و صدای پاسخی می‌آید که تصریح دارد: «ما که نمی‌خواهیم از شما تقلید بکنیم.»
در ۱۹ تیر ۱۳۶۸ یک ماه بعد از مرگ خمینی، و در حالی که علی خامنه‌ای کار خود را به عنوان دومین رهبر ایران به تازگی آغاز کرده بود، احمد آذری قمی مقاله‌ای با عنوان «انتخاب خبرگان و ولایت فقیه» منتشر کرد که در آن آمده بود ولی‌فقیه اگر بخواهد می‌تواند «حتی توحید را به‌طور موقت تعطیل نماید.» بعدها این سخنان به یکی از خبرسازترین متن‌های منتشر شده در دفاع از ولایت‌فقیه تبدیل شد. در اعتراض به این مقاله، نهضت آزادی ایران نوشت که «اگر کسی پس از شنیدن این صحبت‌ها شاخ در بیاورد، نباید تعجب کرد … شیخ نفرموده‌اید که منظورتان از 'تعطیل توحید' چیست. آیا نپرستیدن خدا و پیروی نکردن از راهنمایی‌ها و رهبری او، به خاطر قدرت حکومت یا مصالح اُمت است یا شریک گرفتن و شرک به خدا؟»
با وجود انتقادهای شدید به احمد آذری قمی بابت این اظهارات، شخص خامنه‌ای یا منسوبان او، هیچ گونه اعتراضی به تعبیر آذری قمی از اختیارات ولی فقیه نشان ندادند و سکوت‌شان نشانهٔ تأیید این سخنان را داشت.
با وجود حمایت‌های بسیار زیاد و گاهی خارج از عرف احمد آذری قمی از جایگاه ولایت فقیه و شخص سید علی خامنه‌ای، اما بعدها، در آبان ۱۳۷۶، تأکید کرد از بابت «اشتباه خود و به اشتباه انداختن دیگر خبرگان» در مورد اجتهاد آقای خامنه‌ای «از خدا و ملت ایران پوزش می‌طلبد». در صفحه ۱۵۱ کتاب «فراز و فرود آذری قمی» نوشته محسن کدیور اسلام‌شناس، متن اظهارات آقای آذری قمی در سال ۱۳۷۶ نقل شده که در بخشی از آن آمده: «ولایت‌فقیه طبق اصل ۱۰۹ [قانون اساسی جدید]... احاطهٔ فقهی بر جمیع مسائل مستحدثه و غیر مستحدثه نظام مقدس اسلامی و قدرت استنباط سریع و مستحکم را می‌طلبد که بدون تردید ایشان [آقای خامنه‌ای] فاقد آن، حتی بر حسب اقرار خود ایشان نزد حقیر می‌باشد.»
آذری قمی در تاریخ ۵ آبان ۱۳۷۶ (۱۸ روز قبل از سخنرانی مشهور حسینعلی منتظری) در مورد صلاحیت علی خامنه‌ای برای مرجعیت، نامه‌ای به محمد خاتمی (رئیس‌جمهور وقت) نوشت. در بخشی از این نامه آمده بود: پس از این انتقاد، به منزل و محل درس او حمله کردند و شعارهایی همچون «آذری و منتظری، خوارج زمانند»، «مرگ بر سه خائن دین فروش، منتظری و آذری و سروش» و «مرگ بر آذری» در تجمعات آبان ۱۳۷۶ در قم سر داده شد. این نامه در آبان ۱۳۷۶ بازتاب وسیعی در محافل دینی سیاسی کشور داشت و منجر به تعطیلی کلاس‌های درس، حمله به دفتر و بالاخره حصر خانگی احمد آذری قمی از ۲۸ آبان ۱۳۷۶ تا پایان عمرش شد. حصر وی حتی با بیماری‌اش نیز برداشته نشد.
رهبری ایران در دوران سید علی خامنه‌ای تقریباً هر ساله جلسه‌های مختلفی با جمعی از نهادها، تشکل‌ها و اشخاص برگزار می‌کند. یکی از این جلسات سالانه، دیدار با دانشجویان است. رویه معمول دفتر خامنه‌ای این است که بازتاب سخنرانی رهبر ایران و اشخاص شرکت‌کننده در آن جلسه بر مبنای گزارشی صورت می‌گیرد که بیت او تنظیم می‌کند و در اختیار خبرگزاری‌ها و مطبوعات می‌گذارد.
محمود وحیدنیا که دانشجوی رشتهٔ ریاضیات دانشگاه صنعتی شریف و برنده مدال طلای المپیاد ریاضی ایران معرفی شد، در روز ۶ آبان ۱۳۸۸ در دیدار رودرروی جمعی از نخبگان کشور با سید علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی از عملکرد وی انتقاد کرد. به گفتهٔ برخی صاحبنظران، اقدام وحیدنیا حداقل در تاریخ معاصر ایران بی‌سابقه بوده‌است و موجی از حیرت و تحسین را در افکار عمومی ایران برانگیخت. پس از سخنرانی، برخی از رسانه‌ها خبر دستگیری وی را منتشر کردند. برخی دیگر نیز سخنان وی را برنامه‌ریزی‌شده و بخشی از یک نمایش توصیف کرند. هر چند خود وحیدنیا در چندین مصاحبه، خبر دستگیری خودش را شایعه دانست و از قبل برنامه‌ریزی بودن سخنان و نمایشی بودنش را نیز تکذیب کرد.
انتقادهای وی شامل انتقاد از عملکرد صدا و سیما، انتقاد از نبود آزادی بیان، انتقاد از قابل نقد نبودن رهبری، انتقاد از روش سرکوب معترضان توسط نیروهای نظامی و انتقاد از نهادهای حکومتی مختلف بود.
علی خامنه‌ای در پاسخ به دانشجو از وی تشکر کرد و به برخی از نقدهایش پاسخ داد. وی اضافه کرد: «خیال نکنید من از شنیدن اینجور حرفها ناراحت می‌شوم. نه من از اینکه این حرفها زده نشود، ناراحت می‌شوم. در جلساتِ دانشجوئی، دانشگاهی که اینجا هستند، بنده گاهی که ببینم حالا بعضی‌ها روی ملاحظه، روی احترام، روی هرچه، بعضی از این حرفها را که خیال می‌کنند من خوشم نمی‌آید، نمی‌زنند؛ از نگفتنش ناراحت می‌شوم؛ از گفتنش مطلقاً ناراحت نمی‌شوم.»
در دیدار گروهی از دانشجویان ایرانی با رهبر که در خرداد ۱۳۹۷ برگزار شد، سحر مهرابی، نمایندهٔ مدیران مسئول در شورای مرکزی ناظر بر نشریات دانشگاهی وزارت علوم، با شکایت از اوضاع نابسامان اجتماعی، اقتصادی و سیاسی ایران خواستار پاسخگویی رهبران این کشور از جمله خامنه ای شد. این سخنان در حالی مطرح می‌شد که در شش ماه قبل از آن، اعتراضات عمومی، از جمله اعتراضات دی ۱۳۹۶ و گروه‌های مختلف کارگری خوزستان به شدت بالا گرفته بود.
خانم مهرابی با انتقاد شدید از عملکرد دستگاه‌های حکومتی ایران به خصوص آنهایی که زیر نظر رهبر ایران اداره می‌شود خواستار حاکمیت کامل قانون و گسترش دمکراسی از جمله امکان جابجایی قدرت شد. مهرابی گفت: «تشدید نابرابری سیستماتیک میان طبقات جامعه، کاهش میزان اعتماد عمومی، فروپاشی ارزش‌های اخلاقی، شیوع آسیب‌های اجتماعی، بحران‌های محیط زیستی، افزایش حاشیه نشینی و طرد اقلیت‌ها و وضعیت وخیم اشتغال، تأثیر مخربی بر همبستگی اجتماعی گذاشته‌است.» او از «عدم امکان عملی تحقیق و تفحص از برخی نهادهای تحت امر جنابعالی (رهبر ایران) مانند سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران، قوه قضایی، صدا و سیما، بنیاد مستضعفان و ستاد اجرایی فرمان حضرت امام، در کنار ضعف روحیه پاسخگویی در مسئولان» به عنوان یکی از مشکلات کشور نام برد. او گفت که «رد صلاحیت‌های سلیقه‌ای و دخالت‌های فراقانونی قوه قضایی» در امور سایر قوا باعث تضعیف حق حاکمیت ملی شده‌است. به گفته او «نقض حق برگزاری اجتماعات، تعرض مکرر به حق آزادی بیان، محدودسازی روزافزون حق دسترسی آزاد به اطلاعات با اعمال فیلترینگ غیرقانونی و برخورد با مطبوعات، همه و همه فضایی را به وجود آورده که اعتراض مدنی و قانونی به عنوان انتخابی ساده و ممکن از دسترس شهروندان خارج شده‌است.» مهرابی همچنین از فساد ساختاری و تبعیض‌ها انتقاد کرد و گفت که انتقادها و اعتراض‌ها از جمله در میان کارگران و معلمان با پرونده‌سازی پاسخ داده می‌شود که هرچند صورت مسئله را موقتاً پاک می‌کند اصل مشکل را دست نخورده باقی می‌گذارد … لذا این سؤال جدی مطرح است که رئیس دولتی که مسئولیت نهادهای اجرایی را بر عهده دارد، یا رئیس قوه قضاییه ای که اختیارات نظارتی و قضایی دارد یا جنابعالی که برخی، اختیارات مندرج در اصل ۱۱۰ قانون اساسی را کف اختیاراتتان می‌دانند، در برابر پرسش‌ها، انتقادات و اعتراضات مردم چه پاسخی دارید؟» این دانشجو پاسخ‌های «فرمایشی» را بی‌فایده دانست و گفت که پاسخ واقعی مشکلات کشور در بازگشت به قانون اساسی نهفته‌است. او خواستار به رسمیت شناختن حق مردم در تعیین سرنوشت خود و تشکیل یک دستگاه قضایی «سالم، بی‌طرف و سفارش ناپذیر» شد. مهرابی سخنان خود را با این جمله که «راهکار در جمهوری اسلامی است، نه یک‌کلام بیشتر، نه یک‌کلام کمتر» به پایان برد. خامنه‌ای در پاسخ به نقدهای این سحر مهرابی، سخنان او را نشانهٔ نشاط در میان آنها دانست اما همزمان از «القا مردمسالاری واقعی ایران به عنوان دیکتاتوری» انتقاد کرد. او در پاسخ به انتقادها از صدا و سیما گفت: «مدیریت نهادهایی همچون نیروهای مسلح با رهبری است اما در قوه قضاییه و صداوسیما با وجود آنکه رؤسای آنها از طرف رهبری منصوب می‌شوند، مدیریت آنها با رهبری نیست و به عنوان مثال بنده در مواجهه با صداوسیما، چه در مدیریت فعلی و چه در مدیریت‌های قبلی، همواره در موضوعات مختلف موضع انتقادی داشته و دارم … راه حل اساسی برای برطرف کردن عیوب و مشکلات در برخی دستگاه‌ها همچون صداوسیما، تزریق عناصر جوان، فعال، مؤمن و پرانگیزه به این دستگاه‌ها است و من به آنها در این خصوص تأکید کرده‌ام … من از مسائل جامعه از راه‌های مختلف مطلع و در جریان امور هستم و با در نظر گرفتن همه مسائل معتقدم نظام اسلامی در چهل سال گذشته در همه این آرمان‌ها پیشرفت کرده‌است … برخی می‌گویند چرا رهبری همه مشکلات را گردن آمریکا و انگلیس خبیث می‌اندازد، این یک برداشت اشتباه است چرا که بنده بیشتر مشکلات و موانع را داخلی و درونی می‌دانم که البته دشمنان از آنها سوءاستفاده می‌کنند.»
در جلسهٔ رهبر ایران با دانشجویان در خرداد ۱۳۹۸ برگزار شد، اصل صحبت‌های دانشجویان حاضر با رهبر به انتقاد و حملات به دولت حسن روحانی گذشت، اما در اتفاقی نادر، محمدحسین صبوری، دبیر جنبش عدالت‌خواه دانشجویی، به انتقاد از بیت خامنه‌ای پرداخت. این اظهارات تقریباً در اکثر گزارش‌های رسمی از این مراسم بازتاب نیافت. عدم پوشش خبری این اظهارات می‌تواند به رویه معمولی بازگردد که بازتاب سخنرانی رهبر ایران بر مبنای گزارشی صورت می‌گیرد که بیت او تنظیم می‌کند و در اختیار خبرگزاری‌ها و مطبوعات می‌گذارد. در معدود ویدیوها و گزارش‌هایی که از گفته‌های محمدحسین صبوری در برابر خامنه‌ای به بیرون درز کرده، او از «نحوه مدیریت بیت رهبری» انتقاد می‌کند.
وی از «رفتارهای غیرشفاف برخی اعضای ارشد دفتر، دخالت در موضوعات نامربوط با وظایف شان، و حضور چند دهه‌ای بعضی از افراد» انتقاد کرد. همچنین سوالاتی نیز مطرح کرد که به عنوان نمونه می‌توان از «ماجرای تصویب برجام، تلاش برخی برای تصویب لوایح مربوط به fatf، انتخاب دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، جلوگیری از تحول‌های انقلابی در نهادهایی مثل صداوسیما، و استفساریه‌گیری برای بستن دهان کارشناسان» نام برد. محمدحسین صبوری از افرادی در بیت رهبری انتقاد کرده که به گفته او «با استفاده از انتساب به رهبری، جمع‌بندی خود و جناح‌شان را به عنوان جمع‌بندی دفتر رهبری طرح می‌کنند». او گفته «مسئولان بیت رهبری باید پاسخگو باشند و از مصونیت انتساب به رهبری بیرون بیایند». محمدحسین صبوری از اینکه «موضوعات حیثیتی» در ایران با «تصمیم نظام» حل می‌شود، انتقاد کرد و پرسید: «این نظام چیست که اکثر تصمیماتش مخالف منافع ملی و اظهارات آیت‌الله رهبری است؟»
این انتقادات در شرایطی مطرح می‌شد که سال گذشته نیز انتقادات محمدجواد معتمدی‌نژاد، دبیر پیشین این تشکیلات دانشجویی در جلسه‌ای با رهبر ایران خبرساز شده بود. او در جلسه ۷ خرداد ۱۳۹۷ دانشجویان با خامنه‌ای از قوه قضاییه انتقاد کرده بود. محمدجواد معتمدی‌نژاد یک روز پس از این اظهاراتش بازداشت شد. هر چند بازداشت وی به علت اظهاراتش در بیت رهبری نبود اما دو ماه پس از بازداشتش، این تشکیلات دانشجویی محمدحسین صبوری را به عنوان دبیر جدید خود برگزید.
رهبر ایران در پایان دیدار خرداد ۱۳۹۸ خود با دانشجویان به آن‌ها گفت: «لحن انتقاد را تند نکنید، جوری حرف نزنید که بتوانند شما را در مراجع قضائی محکوم کنند، از نفی قاطع یک مجموعه بپرهیزید و تلاش کنید صحبتتان درست بیان شود.»
در ۲۴ آبان ۱۳۹۸ مجموعهٔ اعتراضات مردمی و ضد حکومتی در سراسر ایران به‌دنبال انجام مجدد سهمیه‌بندی سوخت و افزایش ۲۰۰ درصدی قیمت بنزین آغاز شد. شرکت ملی پخش فراورده‌های نفتی ایران، بدون اطلاع و اعلام قبلی، در نیمه‌شب ۲۴ آبان ۹۸ اعلام کرد سهمیه‌بندی بنزین دوباره آغاز شده و قیمت هر لیتر بنزین سهمیه‌ای ۱۵۰۰ تومان، و نرخ هر لیتر بنزین آزاد از ۱۰۰۰ به ۳۰۰۰ تومان افزایش یافت. به دنبال اعلام این خبر، اعتراضات سراسری در کل کشور گسترش یافت. بر اساس گزارش نهادهای امنیتی ایران، ۲۹ استان و صدها شهر دستخوش ناآرامی‌های پس از افزایش قیمت بنزین بودند. از شنبه ۲۵ آبان به دستور شورای امنیت کشور قطعی سراسری اینترنت آغاز شد. مقام‌های ایرانی اعلام کردند اینترنت به‌دلایل امنیتی قطع است و زمان بازگشت آن هم مشخص نیست. اعتراضات نخست در واکنش به افزایش سه‌برابری قیمت بنزین آغاز شد ولی سپس حکومت جمهوری اسلامی و رهبران ایران را هدف گرفت. تصاویر فراوانی که توسط شهروندان گرفته شده‌است، نشان می‌دهد که نیروهای امنیتی، سپاه پاسداران و بسیج با استفاده از سلاح‌های جنگی در نقاط مختلف کشور، به سوی معترضان به صورت مستقیم و هدفمند تیراندازی مستقیم کرده‌اند. خبرگزاری‌ها و سازمان‌های حقوق بشری خارج از کشور، بر اساس تحقیقات و منابع خود، تعداد کشته‌ها را تا ۱۵۰۰ (حداقل ۴۰۰ زن و ۱۷ کودک و نوجوان) نفر اعلام کردند. همچنین دستکم ۸۶۰۰ نفر در ۲۲ استان ایران بازداشت شده‌اند. این در حالی است که مقامات رسمی جمهوری اسلامی ایران از اعلام کردن تعداد کشته‌شدگان و بازداشت شده‌ها سر باز زدند.
قیمت بنزین براساس مصوبه‌ای از شورای هماهنگی سران قوا افزایش یافته بود. شوارای هماهنگی سران قوا به دستور مستقیم رهبر ایران در ۱۳۹۷ و با هدف مقابله با بحران‌های اقتصادی تحریم‌های ایالات متحده علیه ایران تشکیل شد. بعد از تشکیل این شورا، بسیاری از سیاست‌مداران این تصمیم رهبر را نقد کردند. شماری از نمایندگان مجلس نیز به تندی از تشکیل این شورا انتقاد کرده و شکل‌گیری آن را نفی اختیارات و فلسفه وجودی مجلس عنوان کرده‌اند. برخی از نمایندگانِ منتقد می‌گفتند در شورای عالی هماهنگی اقتصادی سران سه قوه تصمیماتی اخذ می‌شود که نمایندگان مردم از آن اطلاعی ندارند و «بهتر است در مجلس را ببندیم.» پس از افزایش سه برابری بنزین توسط تصمیم این شورا، شماری از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و کارشناسان حقوقی نسبت به تداخل وظایف این شورا با امور مجلس انتقاد کردند. آن‌ها معتقد بودند افزایش قیمت بنزین در مجلس تصویب نشده و به همین دلیل «غیرقانونی» است. حتی تعدادی از نمایندگان اعلام کردند که در اعتراض به بی‌اعتنایی دولت به نظر آن‌ها در مورد افزایش قیمت بنزین استعفا خواهند کرد. در دومین روز اعتراضات (۲۵ آبان) فراکسیون امید مجلس طرح فوریتی «بازگشت قیمت بنزین به قیمت قبل» را تهیه کرد و بنا بود روز بعد، آن را تقدیم هیئت رئیسهٔ مجلس کند. اما پس از سخنرانی خامنه‌ای در ۲۶ آبان و تأکید او بر حمایت از تصمیم سران قوا، سخنگوی این فراکسیون اعلام کرد به دلیل «تاکیدات رهبر جمهوری اسلامی» طرح مزبور از دستور کار خارج شده‌است. علی خامنه‌ای در سخنرانی خودش، از تصمیم سران قوا مبنی بر افزایش قیمت بنزین حمایت کرده بود. هم‌زمان محمود صادقی، نمایندهٔ مجلس، گفت که رهبر ایران با ارسال یادداشتی خطاب به نمایندگان، آن‌ها را از مخالفت با مصوبهٔ سران قوا برحذر داشته‌است.
خامنه‌ای در آن سخنرانی، اجرای طرح افزایش قیمت سوخت را ضروری دانست. خامنه‌ای در این سخنرانی پنج بار بر سررشته نداشتن یا تخصص نداشتنش در مورد مسائل اقتصادی تأکید کرد.
به عقیدهٔ حسین باستانی، خبرنگار، «روایت آیت الله خامنه ای از تصمیمی که اعتراضاتِ بی‌سابقه آبان ۱۳۹۸ (از لحاظ تلفات) را کلید زد و با معیشت ده‌ها میلیون شهروند سر و کار داشت این بود که یک ""مصوبه سران کشور"" به اجرا درآمده (گویی رهبر جمهوری اسلامی خود را جزو سران کشور نمی‌دانست) و او نیز چون ""صاحب نظر نیست"" صرفاً تصمیم دیگران را قبول کرده‌است.»
حسین علیزاده، تحلیل‌گر سیاسی و دیپلمات سابق ایران می‌گوید: عفو بین‌الملل، دستور علی خامنه‌ای دربارهٔ ممنوع کردن خرید واکسن ساخت بریتانیا و آمریکا را بازی با جان میلیون‌ها ایرانی و نیز شرم‌آور، اعلام کرد.
بر پایه منابع رسمی و گوناگون حکومت بریتانیا به دفتر علی خامنه‌ای (مرکز اسلامی انگلستان) در لندن بیش از ۱۰۰ هزار پوند (و ۱۳۶ هزار دلار) کمک مالی کرد. در پی کمک مالی حکومت بریتانیا واکنش‌های گوناگونی به این مسئله، ابراز شد. برخی از کاربران با عبارت‌هایی همچون: «پول انگلیسی»، «شیعه انگلیسی» و «پوند شیرین‌تر از عسل» به تناقض رفتاری حکومت جمهوری اسلامی با ادعاهایش پرداختند. برخی از هنرمندان هم نوشتند که ورود واکسن کرونا از انگلستان، حرام است؛ ولی ریختن خون مردم و نیز خوردن کمک‌های نقدی انگلستان، حلال است.
رسانه‌ها و مطبوعات در ایران همیشه تحت فشار و سانسور بوده‌اند. اما از سال ۱۳۷۶ تحولی چشمگیر در آن‌ها رخ داد. پس از انتخابات دوم خرداد ۱۳۷۶ که منجر به انتخاب سید محمد خاتمی به عنوان رئیس‌جمهور شد، دولت وی که به «دولت اصلاحات» معروف شد با شعار توسعه سیاسی و حمایت از آزادی‌های مدنی، فضا را اندکی برای گروه‌های مختلف اجتماعی و سیاسی باز کرد. تعداد زیادی نشریه مجوز انتشار گرفتند و تیراژ روزنامه‌ها میلیونی شد. با این تغییرات، نقش رسانه‌ها هم از اطلاع‌رسانیِ صرف فراتر رفت. روزنامه‌ها با استفاده از آزادی به دست آورده نه تنها سیاست‌ها و عملکرد حاکمیت به ویژه نهادها و چهره‌های نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی را نقد می‌کردند، بلکه در مواردی ایدئولوژی حاکمان را هم زیر سؤال می‌بردند. در چنین فضایی، رسانه‌های رسمی حاکمیت همچون صدا و سیما و منابر مذهبی از رقابت با رسانه‌ها جا مانده بودند. این فضایِ نقدِ جدیدِ به وجود آمده توسط دولت اصلاحات، باعث شد که برخورد و فشار حاکمیت بر رسانه‌ها نیز بیشتر شود. اما سخنرانی سید علی خامنه‌ای در ۱ اردیبهشت ۱۳۷۹، نقطهٔ عطفی در برخورد با رسانه‌ها آغاز کرد که به صورت تلویحی «دستور» جمع کردن مطبوعات تلقی شد. خامنه‌ای گفته بود: سه روز پس از این سخنرانی، نامه‌های توقیف دسته‌جمعی مطبوعات با امضای سه قاضی از جمله سعید مرتضوی، که همگی یک متن داشتند و در متن آن با استناد به ماده ۱۳ قانون اقدامات تأمینی و تربیتی سال ۱۳۳۹، می‌گفت: «از امشب تا اطلاع ثانوی روزنامه توقیف است». این توقیف، شامل ۱۸ روزنامه و نشریه می‌شد. روزنامه‌های صبح امروز، آفتاب امروز، عصر آزادگان، آزاد، مشارکت، فتح، آریا و نیز مجله‌های ایران فردا و پیام هاجر از جمله رسانه‌هایی بودند که «با بیش از یک میلیون تیراژ» به صورت ضربتی توقیف شدند. نتیجه آن «بیکار شدن نزدیک به هزار روزنامه‌نگار و کادر فنی و اداری» بود. این روند ادامه پیدا کرد و باعث شد در دورهٔ اول ریاست جمهوری خاتمی، دستکم ۸۷ روزنامه و مجله توقیف شوند.
پس از توقیف‌های فله‌ای روزنامه‌ها که با «دستور تلویحی رهبر» انجام گرفت، مجلس ششم (۱۳۷۹ تا ۱۳۸۳) که اکثریت آن در دست اصلاح‌طلبان بود، تصمیم به اصلاح قانون مطبوعات و کاهش محدودیت‌ها و فشارها بر فعالیت‌های رسانه‌ها گرفت. اما رهبر ایران در نامه‌ای محرمانه به مجلس و با «حکم حکومتی»، دستور کنار گذاشتن آن را صادر کرد.
رهبر ایران بارها با دخالت‌های شدید در کارهای قانونی قوهٔ مجریه، باعث به وجود آمدن بحران با رئیس‌جمهورهای وقت شده‌است. برخی از این مداخله‌های رهبر بر اساس قانون اساسی ایران، از وظایف وی است، اما در بسیاری از موارد نیز فاقد وجاهت قانونی است. این دخالت‌های غیرقانونی، که تحت عنوان «حکم حکومتی» یا «حکم ولایی» انجام می‌شود، رابطه او با تک تکِ روسای جمهور را، به ویژه در دورهٔ دوم مسئولیت هر یک، بحرانی کرده‌است.
یکی دیگر از نقدهایی که به رهبری در ایران می‌شود، ایجاد نهادها و شورای‌های بالادستی و عالی (همانند شواری عالی هماهنگی سران قوا) است که عملاً قوهٔ قانون‌گذاری مجلس و دیگر نهادهای قانونی تعریف شده در قانون اساسی را نادیده می‌گیرد. تأسیس این شوراها در اکثر مواقع پس ایجاد یک بحران انجام می‌شود که عملاً باعث می‌شود تصمیم‌های مهم کشور توسط عده‌ای خاص صورت بگیرد و به تبع آن، جایگاه قانونی مجلس نادیده گرفته بشود.
در موارد زیادی، حتی رهبر ایران تمام نهادهای قانونی را نادیده می‌گیرد و خودش شخصاً با دادن «حکم حکومتی»، جلوی رویهٔ قانونی برخی از تصمیمات را می‌گیرد. این رویهٔ رهبری در ایران، بارها مخالفت نمایندگان مجلس را در پی داشته‌است. در موارد بسیار، نمایندگانی که از تصمیمات «غیرقانونی» رهبر ایران یا نهادهای زیر نظر او انتقاد می‌کنند، توسط مقامات حکومتی و هواداران وی مورد حمله قرار می‌گیرند و در اغلب موارد صلاحیت آن‌ها برای نامزد شدن دوباره در مجلس، توسط شورای نگهبان تحت عناوینی همچون «عدم التزام عملی به ولایت فقیه» رد می‌شود یا در مواردی نیز توسط قوهٔ قضائیه مورد پیگرد قرار می‌گیرند.
برخی از منتقدان معتقدند که دخالت‌های مکرر رهبر در وظایف قوه‌های دیگر، نه فقط تغییر جایگاه قوایی خاص در ارتباط با یکدیگر، که انهدام کلی ساختار مدیریتی در جمهوری اسلامی است. برخی می‌گویند که این تغییرات باعث به وجود آمدن یک نظام حقیقی جدید است که در آن، حداقل وقتی پای تصمیم‌های کلان در میان باشد، فلسفه وجودی نهادهایی که مستقیماً زیر نظر رهبر نیستند روشن نیست. آن‌ها این پرسش را مطرح می‌کنند که «با فرض تداوم جمهوری اسلامی تا پایان مقطع رهبری خامنه‌ای، رهبر بعدی در چه شرایطی قرار می‌گیرد؟ … به عبارت دیگر، نظامی که قوای حکومتی آن به شدت تضعیف شده و به میزانی نامتعارف به شخص رهبر متکی شده، در غیاب او چه سرنوشتی خواهد یافت؟».
حسین باستانی، روزنامه‌نگار می‌گوید: بر اساس اصل ۱۱۰ قانون اساسی ایران، «تعیین سیاست‌های کلی نظام جمهوری اسلامی ایران پس از مشورت با مجمع تشخیص مصلحت نظام» و نظارت بر حسن اجرای آن، برعهدهٔ رهبر است. باوجودی که در این اصل فقط به تعیین سیاست‌های کلی توسط رهبر آن هم در مشورت با تشخیص مصلحت نظام اشاره شده، اما به گواه بسیاری از دولتمردان ایرانی، رهبر ایران در عمل تمام ساختار تصمیم‌سازی در سیاست خارجی را کاملاً متمرکز زیر نظر خود دارد و دولت‌ها در ایران مجری سیاست‌های شخص وی هستند.»
در حالی که تمام کشورهای توسعه‌یافته، «منافع ملی» را مهم‌ترین فاکتور در تعیین سیاست‌های خارجی می‌دانند، اما از نظر رهبر ایران، منافع ملی تعریفی دیگری دارد. در ۲۲ خرداد ۱۳۹۶، خامنه‌ای در جمع مسئولان نظام می‌گوید: در حالی که در سخنان علی خامنه‌ای، «منافع ملی» ظاهراً مورد توجه قرار گرفته، اما در یک نگاه عمیق، حاشیه‌ای بودن «منافع ملی» در نظر رهبر، مشخص است. به عبارت دیگر، رهبری جمهوری اسلامی موضوعی عینی و ملموس مثل «منافع ملی» که تأثیری مستقیم بر کیفیت زندگی شهروندان دارد را با مفهومی انتزاعی به نام «هویت ملی» و «هویت انقلابی» که موضوعِ مطالعات نظری است و هر جامعه‌شناسی می‌تواند تعریف متفاوتی از آن ارایه دهد را گره می‌زند.
نکتهٔ دیگر، استفادهٔ رهبر از واژهٔ «هویت انقلابی» در سخنرانی‌هایش است. اصطلاح، هویت انقلابی یا انقلابی بودن یا انقلابی‌گری، با وجود تأکید فراوان رهبر به آن، اصولاً تعریف مشخصی ندارد و فقط تکرار شعارهای نامرتبط است. واژهٔ «انقلاب» به معنای زیر و رو شدن یا پشت و رو شدن است و «انقلابی» کسی است که یا فعالانه در یک انقلاب شرکت کند، یا از آن دفاع کند. با وجود آنکه حدود ۴ دهه از وقوع انقلاب ۵۷ می‌گذرد و روزهای وقوع انقلاب، جایش را به حاکمیتِ قوانین داده‌اند؛ مفهوم انقلابی بودن یا هویت انقلابی معنا ندارد.
خامنه‌ای در ادامهٔ سخنرانی‌اش دربارهٔ «منافع ملی»، «هویت ملی» مورد نظرش را هم بر اساس سه عنصر «مسلمان بودن، انقلابی بودن و عمق تاریخی» می‌داند. جواد کوروشی، روزنامه‌نگار، می‌گوید: «[سخنان رهبر] به‌این معناست که در شاکله تفکر و نگرش رهبر جمهوری اسلامی نه تنها «منافع ملی» در تعریف کلاسیک خود جایی ندارد، بلکه متغیری است از تعریف شخصی او از «مسلمان» بودن، تعریف شخصی او از انقلاب و «انقلابی» بودن، و دانش شخصی او از تاریخ و «عمق تاریخی» … دکترین آقای خامنه‌ای به حکومت و فرماندهان ارشد سپاه اجازه داده‌است با دخالت‌های سیاسی و نظامی در کشورهای منطقه، «منافع ملی» ایران را فدای مفهومی به نام «انقلابی بودن» کنند.»
رهبر ایران همچنین بر «دیپلماسی انقلابی» نیز تأکید می‌کند. این اصطلاح هم توسط تحلیل‌گران موهوم و بی‌معنا تعبیر شده‌است. دیپلماسی به معنای گفت‌وگو و تلاش برای رسیدن به توافق بر اساس عرف‌ها و مقررات و پیمان‌های بین‌المللی و منافع متقابل کشورها و تلاش برای پیدا کردن مخرج مشترک‌ها برای افزایش ضریب منافع و امنیت ملی است.
مجید محمدی، تحلیل‌گر سیاسی و جامعه‌شناس می‌گوید: «عبارت «دیپلماسی انقلابی» مثل شتر-گاو-پلنگ در درون خود تناقض دارد چون دیپلماسی مبنایی عقلانی (محاسبه هزینه‌ها و فواید) و قانونی دارد و انقلاب مبنایی غیر عقلانی (بی‌توجهی یا کم‌توجهی به محاسبه هزینه‌ها و فواید) و غیرقانونی یا فراقانونی. دیپلماسی برای سر و سامان دادن وضع موجود است و انقلاب برای برهم ریختن نظم موجود … دیپلماسی برای یافتن نقاط و منافع مشترک برای همکاری و پرهیز از تنش و خشونت و جنگ است. وقتی رژیمی مستقر خود را به نحوی تناقض‌آمیز و بی‌پایه «انقلابی» معرفی می‌کند و رهبر آن «رهبر انقلاب» نامیده می‌شود، طبعاً دیپلماسی به هم ریخته و ناسازگار و تبلیغاتی و ناسزاگونه آن نیز باید انقلابی نامیده شود.»
در تاریخ ۲۳ خرداد ۱۳۹۶ شورای انقلاب فرهنگی دولت ایران، اجرای سند ۲۰۳۰ یونسکو را از دستور کار دولت، خارج کرد. این تصمیم، پس از آن گرفته شد که خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران در ۱۷ اردیبهشت ۱۳۹۶ اجرای این سند را «غیرمجاز» و مغایر با اسلام و قرآن، اعلام کرد. رهبر جمهوری اسلامی در انتقاد از سند یونسکو گفت: «اینجا جمهوری اسلامی ایران است و در این کشور مبنا اسلام و قرآن است. اینجا جایی نیست که سبک زندگی معیوب و ویرانگر و فاسد غربی بتواند اعمال نفوذ کند. در نظام جمهوری اسلامی پذیرش چنین سندی، معنا ندارد.»
رهبران نظام جمهوری اسلامی ایران یعنی خمینی و خامنه‌ای به نقض حقوق بشر در ایران، متهم هستند.
برخی از موارد نقض حقوق بشر توسط خمینی عبارتند از: و مواردی دیگر.
برخی از موارد نقض حقوق بشر توسط خامنه‌ای عبارتند از: و مواردی دیگر.
رضا پهلوی در پاسخ به یکی از ادعاهای خامنه‌ای گفت:
علی‌اکبر سعیدی سیرجانی (۱۳۱۰–۱۳۷۳)؛ ادیب، پژوهشگر، نویسنده و فعال سیاسی بود. او در زمان حکومت محمدرضا پهلوی از منتقدین او بود. سعیدی سیرجانی پس از انقلاب ۵۷ نیز به نقد جمهوری اسلامی پرداخت. به‌گفتهٔ جلال متینی، او در هر دو حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی به فقدان آزادی اعتراض می‌کرد. او با نفس انقلاب موافق بود بی‌آنکه «در زیر علم هیچ‌یک از دسته‌های سیاسی و مذهبی دوران پیش از انقلاب سینه‌ای زده باشد». سعیدی سیرجانی چند روز پس از انقلاب ۵۷ و شروع اقدامات انتقامی و مناقشه‌برانگیز انقلابیون مذهبی گفته بود: «درست گوش کنید. صدای نعلین به گوش می‌رسد، صدایی به مراتب وحشتناک‌تر از صدای چکمه».
کتاب‌های وی در دوران پس از انقلاب ۵۷ از طرف وزارت ارشاد ممیزی می‌خورد. «شیخ صنعان»، «وقایع اتفاقیه»، «یادداشت‌های صدرالدین عینی»، «سیمای دو زن»، «ضحاک مار به دوش» و «تصحیح تفسیر سورآبادی» (تفسیر قرآن اثر ابوبکر عتیق نیشاپوری در قرن پنجم) از جمله آثار وی بعد از انقلاب ۵۷ است.
از نظر جلال متینی، رمان «شیخ صنعان» (۱۳۵۷) در اصل داستانی است از عطار نیشابوری دربارهٔ پیر وارسته‌ای که به دختری جوان دل می‌بازد، اما سعیدی سیرجانی آن را به نقد قدرت و «صنعان زمان خویش» برمی‌گرداند. این نخستین اثر انتقادی سیرجانی پس از انقلاب است که در سال ۱۳۵۸ نوشته می‌شود. همچنین کتاب «سیمای دو زن» نیز اشاره به وضعیت زنان در حاکمیت تازه داشت. در کتاب «بیچاره اسفندیار» نیز، سعیدی سیرجانی از پادشاه مستبدی می‌گوید که برای «حتی یک روز بیشتر بر اریکه قدرت ماندن، فرزند برومندش را آگاهانه روانه قتلگاه ساخت تا چه رسد به دیگران».
به اعتقاد حمید علوی، روزنامه‌نگار، این نشانه رفتن قدرت، بهای سنگینی برای سعیدی سیرجانی داشت؛ هر چند که خود بارها گفته بود که حاضر است این بها را بپردازد و معتقد بود «مرگ در راه دفاع از حق، شهادت است». سیرجانی نامه‌های متعددی به برخی مسئولان حکومت جمهوری اسلامی ارسال کرد. او در این نامه‌ها به خاطر جلوگیری از چاپ کتاب‌هایش شکوه کرده بود. اما به نظر می‌رسد نامه‌هایش به خامنه‌ای، که به تازگی به جانشینی خمینی انتخاب شده بود، به دستگیری و قتل او منجر شد.
او در نامهٔ خود به خامنه‌ای، به‌خاطر سانسور و جلوگیری از چاپ و نشر آثارش زبان به انتقاد گشود و نوشت: «رفتار مأموران حکومت اسلامی در هشت سال اخیر با شخص بنده لبریز از عناد و ظلم و تبعیض بوده‌است و فرزندان و بستگانم نیز به آتش این بی عدالتی‌ها سوخته‌اند». سیرجانی یادآوری می‌کند که ناشران ایرانی در خارج از ایران حاضر به چاپ کتاب‌هایش هستند، اما او ترجیح می‌دهد آثارش در ایران چاپ شوند. او در این نامه به بی‌قانونی در نظارت وزارت ارشاد بر کتاب اعتراض کرده و خواستار آن شده بود که ضابطه‌ای مشخص حاکم شود «چرا حکومت قانون را جانشین شیوه‌های بدنام کننده و واقعاً بی‌حاصل وزارت ارشاد نمی‌کنید و نویسندگانی را که مرتکب خلافی شده‌اند به محکمه نمی‌کشید. اکنون نه جنگی در میان است که بهانه ادامه اختناق گردد و نه خطری رژیم محکم اساس اسلامی را تهدید کند که لازمه اش توسل به شیوه‌های سر کوبگرانه استبدادی باشد». سیرجانی اضافه کرده بود: «مادام که حلقوم متفکران و صاحب نظران از پنجه مخوف قانون شکنان وزارت ارشاد رهایی نیابد و حاصل عمری جان کندن اهل تحقیق از سلطه سلیقه و اغراض شخصی نرهد، یقین داشته باشید که در بر همین پاشنه می‌گردد». در مقابل این نامه، آقای خامنه‌ای پیغامی به واسطه کیومرث صابری فومنی (معروف به گل‌آقا) به او رساند که موجب شد سیرجانی نامه‌ای گزنده‌تر برای رهبر بنویسد. در این نامه با اشاره به پیغام خامنه‌ای نوشت که «قاصد را نیز شرمنده کرده بود و از هر مسلمان با تقوایی بعید می‌نمود». گویا خامنه‌ای در آن پیغام سیرجانی را «مرتد و نامعتقد به اسلام» اعلام کرده بود زیرا سیرجانی از او می‌پرسد: «جناب عالی به استناد کدامین سند و قرینه و امارت مرا مرتد قلمداد کردید و نامعتقد به اسلام». او در این نامه بار دیگر انتقادهای آتشین خود را تکرار کرد و آمادگی خود را برای «شهادت» اعلام کرد. در پایان نوشت: «آدمیزاده‌ام، آزاده‌ام و دلیلش همین نامه که در حکم فرمان آتش است و نوشیدن جام شوکران. بگذارید آیندگان بدانند که در سرزمین بلاخیز ایران هم بودند مردمی که دلیرانه از جان خود گذشتند و مردانه به استقبال مرگ رفتند».
سعیدی سیرجانی چندی بعد در ۲۳ اسفند ۱۳۷۲، خارج از منزلش توسط مأمورین وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی بازداشت شد و پس از نه ماه، بدون هیچ ملاقات یا خبری از محل زندانی بودن او، در ۴ آذرماه ۱۳۷۳ و در اسارت درگذشت. با دستگیری سعیدی سیرجانی مقامات اطلاعاتی و امنیتی جمهوری اسلامی ابتدا با صدور اطلاعیه‌ای وی را متهم به «نگهداری و استعمال مواد مخدر و مشروبات الکلی و نیز همجنس‌بازی و لواط» کردند؛ و پس از آن، اتهاماتی دیگری همچون جاسوسی برای دولت‌های خارجی، دریافت پول از دولت‌های اروپایی و ایالات متحده، همکاری با افسران ساواک، شرکت در کودتای نوژه و اقدام علیه امنیت ملی را به اتهامات وی افزودنند.
در زمان بازداشت علی‌اکبر سعیدی سیرجانی، جمع مشورتی کانون نویسندگان ایران در نامه‌ای با بیش از ۶۰ امضا به بازداشت وی توسط وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی، اعتراض و متن معروف «ما نویسنده‌ایم» را با ۱۳۴ امضا منتشر کرد. آرتور میلر متن را در اجلاس سالانه پن در پراگ قرائت کرد. متن در رسانه‌های جهانی منعکس شد و توجه جهانیان را به وضعیت دشوار نویسندگان و فرهنگ در ایران برانگیخت. متن جدید منشور کانون که در آن بر «آزادی اندیشه و بیان و نشر در همه عرصه‌ها بی هیچ حصر و استثنا»، «مخالفت با هر گونه سانسورِ اندیشه و بیان» و مخالفت «با تک صدایی بودن رسانه‌ها» تأکید شده‌است نیز در جمع مشورتی تصویب شد. ربودن فرج سرکوهی و قتل محمد مختاری، دو تن از گروه ۸ نفره ای که متن نامهٔ ۱۳۴ را تنظیم و منتشر کرده بودند، کشتن احمد میرعلائی، غفار حسینی و محمدجعفر پوینده، از اعضای فعال کانون، تلاش برای به دره انداختن اتوبوسی که ۲۱ نویسنده عضو کانون سرنشین آن بودند و بازداشت برخی اعضای کانون پاسخی بود که در آن روزگار به کانون نویسندگان داده شد که بعدها با عنوان «قتل‌های زنجیره‌ای» معروف شد.
کانون نویسندگان پس از افشای پرونده قتل‌های زنجیره‌ای موفق شد مجمع عمومی خود را یک بار در زمان ریاست جمهوری خاتمی، برگزار کند اما از آن پس تمامی نشست‌های آن تعطیل و از برگزاری مجمع عمومی آن جلوگیری شد.
مهدی کروبی یکی از نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۸۸ است. کروبی بعد از اعتراض به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ و پیامدهای پس از آن، از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به سر می‌برد. از آن زمان تاکنون نامه‌هایی در انتقاد به رهبری جمهوری اسلامی نوشته‌است.
مهدی کروبی در دی ۱۳۹۸ پس از سرنگونی هواپیمای اوکرانی توسط موشک‌های سپاه در نامه‌ای به خامنه‌ای گفت: «بدون شک هیچ‌یک از شرایط و صفات احراز مسئولیت رهبری را بر اساس قانون اساسی ندارید.» این نامه در حالی منتشر می‌شد که مهدی کروبی و میرحسین موسوی در پی اعتراض به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ و پیامدهای پس از آن، از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به سر می‌برد. وی در این نامه گفت:
میرحسین موسوی، پنجمین و آخرین نخست‌وزیر جمهوری اسلامی ایران است که پس از همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی (۱۳۶۸) و حذف پست نخست‌وزیری، از فعالیت‌های اجرایی کناره گرفت. او در دورهٔ اول ریاست جمهوری سید علی خامنه‌ای، به‌مدت ۴ سال نخست‌وزیر بود. این درحالی بود که علی خامنه‌ای در آغاز دورهٔ دوم ریاست جمهوری‌اش، با انتخاب وی به عنوان نخست‌وزیر مخالفت می‌کرد اما با حکم خمینی، نخست‌وزیریِ موسوی برای چهارسال دیگر تمدید شد.
در دوران رهبری سید علی خامنه‌ای، در دهمین دورهٔ انتخابات ریاست جمهوری (۱۳۸۸) به همراه مهدی کروبی، محسن رضایی و محمود احمدی‌نژاد، نامزد شد و پس از اعلام نتایج همراه با دیگر معترضان، نتیجهٔ انتخابات را ناشی از تقلب گسترده دانست. به فاصلهٔ کمتر از ۱۸ ماه پس از انتخابات، در ۲۵ بهمن ۱۳۸۹ وی به همراه همسرش در اقدامی «غیرقانونی» در حصر خانگی قرار گرفت که تاکنون ادامه دارد. موسوی از آن زمان با انتشار چندین نامه و بیانه، از رهبر جمهوری اسلامی و نهادهای تحت امر وی انتقادات شدیدی کرده‌است.
علی مطهری نمایندهٔ سه دورهٔ مجلس شورای اسلامی و فرزند سوم مرتضی مطهری، از نظریه پردازان نظام جمهوری اسلامی ایران است. نقدهای فراوان او به عملکرد رهبری و نهادهای تحت امر او، باعث توجه ویژه رسانه‌های داخلی و خارجی به وی شده‌است. انتقادهای او از رهبر و نهادهای تحت امرش، بروز حوادث گوناگونی را برایش رقم زد. از فیلترینگ وب‌سایت شخصی تا استراق سمع از دفتر کارش، از حمله گروهی از لباس شخصی‌ها در شیراز تا رد صلاحیتش در انتخابات دورهٔ یازدهم مجلس توسط شورای نگهبان؛ به نظر خودش، همگی، نتیجهٔ انتقادهایش از رهبری و دستگاه‌های زیر نظرش بود.
مطهری در رابطه با حصر «غیرقانونی» رهبران معترض به انتخابات ۱۳۸۸ بارها از «مجموعهٔ نظام» و شخص رهبر انتقاد کرده‌است.
علی مطهری در دی ۱۳۹۲، در جمع دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی شیراز گفت: وی همچنین در آذر ۱۳۹۳ در همایش تبیین حماسه حسینی که توسط انجمن اسلامی دانشگاه فردوسی مشهد در دانشکده ریاضی این دانشگاه برگزار شد صراحتاً اعلام کرد که نظر رهبری در مورد حصر خلاف عدالت است و اظهار داشت: رهبری از نظر خودشان می‌گویند که در مورد حصر موسوی و کروبی، عدالت را رعایت کرده و به آن‌ها لطف می‌کنند ولی از نظر من این مخالف عدالت است و نظر ایشان را قبول ندارم.
حسینعلی منتظری (۱۳۰۱–۱۳۸۸) از مراجع تقلید شیعه بود. او پس از انقلاب ۵۷ به ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی رسید و در گنجانده شدن اصل ولایت فقیه در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران نقش مهمی داشت. منتظری در سال ۱۳۶۴ از سوی مجلس خبرگان رهبری به قائم‌مقامی ولی فقیه انتخاب شد اما پس اختلاف با خمینی بر سر مسایل حقوق بشری به‌ویژه کشتار زندانیان سیاسی در شهریور ۱۳۶۷، از مقام خود استعفا کرد. به دنبال آن، هواداران خمینی به خانهٔ وی حمله کردند، نام و عکس منتظری از کتب درسی و ادارات دولتی و معابر عمومی حذف شد، نام خیابان‌ها و اماکنی که به نام وی بود، عوض شد و رساله و تألیفات او جمع‌آوری شد؛ و مزاحمت نسبت به بسیاری از شاگردان و علاقه‌مندان او ادامه یافت. پس از مرگ خمینی به انتقاد از سیاست‌های حکومت ادامه داد و پس از انتقادی شدید از سید علی خامنه‌ای شش سال را در حبس خانگی به‌سر برد.
محمد موسوی خوئینی در ۷ تیر ۹۹ به سید علی خامنه‌ای نامه‌ای نوشت که در آن با اشاره به اوضاع اقتصادی و غیرقابل دوام و وخامت مشکلات مردم، عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی مردم را نشات گرفته از مدیریت در بالاترین سطح جمهوری اسلامی دانست.
در آستانه ۲۲ خرداد ماه سال ۱۳۹۸ هجری شمسی، همزمان با سالگرد انتخابات مناقشه برانگیز ۱۳۸۸ ایران، نامه‌ای توسط ۱۴ تن از فعالان مدنی و کنشگران سیاسی داخل ایران با هدف طرح یک سری خواسته‌های سیاسی و مدنی منتشر شد. این نامه بعدها به «بیانیه ۱۴ فعال سیاسی» و «بیانیهٔ ۱۴» معروف شد. امضاکنندگان این بیانیه با طرح مشکلات اقتصادی، مدنی و سیاسی داخل ایران ضمن انتقاد از وضعیت جاری کشور در زمینه‌های سیاسی، اجتماعی و اقتصادی خواستار اعمال اصلاحات در قانون اساسی کشور، کناره‌گیری سید علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی از قدرت و گذار از نظام جمهوری اسلامی شدند. امضاکنندگان این سند دلایل خود برای طرح چنین مطالبه‌ای را «نقص گسترده حقوق مدنی، به‌خصوص زنان»، «ناتوانی در رهبری و اداره درست کشور» و «استبداد نظام حاکم، عدم استقلال قوا و عدم امکان برگزاری انتخابات آزاد» عنوان کردند. بیانیه مذکور «مردم ایران» را مخاطب خود قرار می‌دهد. کمال جعفری یزدی، محمد نوری‌زاد، گوهر عشقی و محمد ملکی از جمله چهره‌هایی بودند که بیانیه را امضا کردند. به فاصله چندی پس از انتشار بیانیه فوق، ۱۴ زن ایرانی از چهره‌های کنشگر خارج کشور نیز با امضای بیانیه‌ای حمایت خود را از این ۱۴ تن اعلام داشتند. نام چهره‌هایی چون مسیح علی‌نژاد و نازنین بنیادی در بین این افراد به چشم می‌خورد. در همین حین ۱۴ نفر از کنشگران زن داخل ایران ضمن انتشار نامه‌ای با اعلام مطالبات مدنی و سیاسی خود و اعلام حمایت از بیانیه ۱۴ تن، اعلام موجودیت نمودند.
پس از انتشار این بیانیه‌ها تعدادی از امضاکنندگان آن احضار یا توسط نهادهای امنیتی بازداشت شدند. عده‌ای از امضاکنندگان نیز گزارش کردند که توسط افرادی ناشناس مورد تهدید، ضرب شتم و ارعاب قرار گرفتند. تعدادی از احزاب سیاسی، چهره‌های سرشناس نیز در واکنش به بازداشت گسترهٔ امضاکنندگان بیانهٔ ۱۴ اقدام به اعلام حمایت از این کنشگران و بیانیهٔ آنها کردند.
از سوی دیگر طیف وسیعی از شهروندان نیز در اعتراض به بازداشت‌های گستردهٔ امضاکنندگان بیانیهٔ ۱۴، اقدام به راه‌اندازی یک پویش در فضای مجازی تحت عنوان «من نفر پانزدهم هستم» کردند و با ارسال ویدیوهایی، خود را نفر پانزدهم بیانیه معرفی کردند. افراد در این ویدیوها با بیان انتقادات خود نسبت به وضعیت مدنی، معیشتی و سیاسی حاکم بر کشور، مخالفتشان با حکومت را ابراز داشتند.
پس از انتشار نامه فوق تعدادی از امضاکنندگان در همان روزهای اول و تعدادی دیگر در ماه‌های آتی توسط نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی بازداشت و زندانی شدند. محمد نوری‌زاد ۱۷ تیرماه بابت امضای این نامه به دادسرای اوین احضار شد. کمال جعفری یزدی، از دیگر امضاکنندگان بیانیه، نیز که پیشتر به حکم ۱۳ سال زندان بدوی محکوم شده بود. در همین ارتباط جمعی از افراد با مسافرت به مشهد و تجمع برابر دادگستری مشهد قصد اعتراض به حکم وی را داشتند که عموماً بازداشت شدند. در میان این بازداشت‌شدگان دست کم ۴ نفر شامل جواد لعل محمدی، هاشم خواستار، محمدحسین سپهری و محمد نوری‌زاد جزو امضاکنندگان بیانیه ۱۴ نفره بودند.
رضا مهرگان از امضاکنندگان بیانیه اولیه نیز خبر داد که از سوی سه فرد ناشناس با شوکر و چاقو مورد حمله و ضرب و شتم قرار گرفته. محمدحسین سپهری از دیگر چهره‌های امضاکننده این بیانیه اظهار کرد فردی با چاقو به منزل وی مراجعه کرده و او نیز اقدام به تماس با نیروی انتظامی کرده اما هیچ مأموری برای بررسی مسئله به منزلش اعزام نشده‌است. در برخی از رسانه‌ها نیز گزارش شد که جواد لعل‌محمدی پس از انتشار این نامه تماس‌هایی تهدیدآمیز دریافت کرده‌است. لعل محمدی در این باره با انتشار بیانیه‌ای خبر از وجود تهدیدات و سوءقصد احتمالی به جان این ۱۴ تن داد. رادیو فردا از گوهر عشقی نیز به عنوان دیگر شخصی که پیام‌های تهدیدآمیز دریافت کرده یاد کرد.
در ۱۳ بهمن ۱۳۹۸ تعدادی از امضاکنندگان بیانیه و حامیانشان به اتهام «تشکیل گروه غیرقانونی و تبلیغ علیه نظام» در مجموع به ۷۲ سال زندان، ۶ سال تبعید و ۶ سال ممنوعیت از هرگونه فعالیت محکوم شدند. این احکام مورد اعتراض محکومان قرار گرفت و درخواست تجدیدنظر کردند. در فروردین ۱۳۹۹ احکام قطعی چهار نفر از امضاکنندگان بیانهٔ ۱۴ منتشر شد. بر اساس حکم دادگاه تجدیدنظر مشهد، هاشم خواستار، محمد نوری، محمد حسین سپهری و فاطمه سپهری جمعاً به بیش از ۴۰ سال حبس تعزیری، ۴ سال تبعید و ۴ سال ممنوعیت خروج از کشور محکوم شدند.
محمود امجد، استاد اخلاق حوزه علمیه قم در ۱۶ آذر ۱۳۹۹ ضمن اظهار تاسف از اعدام روح‌الله زم و در واکنش به این جنایت، مسئول تمام جنایت‌ها و کشته‌شدگان از سال ۸۸ را سید علی خامنه‌ای دانسته و به او توصیه کرده تا دست از این استبداد بردارد.
احمد زیدآبادی، روزنامه‌نگار، تحلیل‌گر سیاسی و دکترای علوم سیاسی از دانشکده حقوق دانشگاه تهران است. او در سال ۱۳۷۹ به جرم تبلیغ علیه نظام، تشویش اذهان عمومی و اقدام افسارگسیخته علیه نظام، ۱۳ ماه در زندان به سربرد. همچنین دو روز پس از انتخابات مناقشه‌برانگیز ریاست‌جمهوری در سال ۱۳۸۸ مجدد دستگیر و این بار دادگاه او را به شش سال زندان، پنج سال تبعید به گناباد و محرومیت مادام‌العمر از هر گونه فعالیت سیاسی و شرکت در احزاب و هواداری و مصاحبه و سخنرانی و تحلیل حوادث، به صورت کتبی یا شفاهی، محکوم کرد. دلیل این برخورد حکومت با وی، نگارش نامه‌ای سرگشاده، خطاب به رهبر جمهوری اسلامی بود که در این نامه دو پرسش را از وی مطرح کرده بود. یکی اینکه بر اساس کدام علت شرعی، قانونی یا عرفی پرسش از رهبری و نقد گفته‌ها و عملکرد وی ممنوع است؛ و پرسش دوم مربوط به پرونده هسته‌ای ایران بود. وی در این مورد از خامنه‌ای پرسیده بود حکومت ایران با صرف چه هزینه‌ای می‌خواهد به چرخه سوخت هسته‌ای دست پیدا کند. زیدآبادی سپس از خامنه‌ای خواسته بود تصمیم در این مورد را به مردم ایران واگذار کند.
در ۱ فروردین ۱۳۹۹ امیر نوری، بازیگر ایرانی، ویدئویی از خود در صفحهٔ اینستاگرامش منتشر کرد که در آن یک قورباغه کاغذی را می‌پراند و می‌گفت «دارم جهش تولید می‌کنم.» سپس به شوخی افزود: «دعا کن همین هم تحریم نشه.» اشاره وی به نام‌گذاری سالانهٔ خامنه‌ای بود که سال ۱۳۹۹ خورشیدی را سال «جهش تولید» نامیده بود، او برای سال ۱۳۹۸ هم شعار «رونق تولید» را مطرح کرده بود. این شعار درحالی مطرح شد که اقتصاد ایران با رشد منفی و تورم و بیکاری بالا روبرو بود بسیاری از منتقدان با توجه به فشار تحریم‌ها، فساد گسترده و سقوط قیمت نفت چشم‌انداز روشنی از آیندهٔ اقتصادی ایران متصور نیستند.
پس از این اقدام امیر نوری، گزارش‌هایی از بازداشت او منتشر شد که او یا منبع دیگری صراحتاً آنها را تأیید یا تکذیب نکردند. برخی از چهره‌های حزب‌اللهی و ولایی در شبکه‌های اجتماعی، درخواست برخورد قضایی با امیر نوری را کردند و برخی هشتگی را با نام «نواب صفوی زنده است» را منتشر کردند؛ که تلویحاً تهدید به قتل این بازیگر بود.وی همچنین گفت:
او همچنین در خطاب به خامنه‌ای گفت: