تاریخ تاجیکستان
تاجیکستان مشمتل بر نواحی تاریخی خجند، فرغانه، زرافشان و پامیر است. این نواحی چهارگانه هیچ‌گاه وحدت سیاسی امروزی را نداشتند و هرکدام از آن‌ها در درازای تاریخ در حدود قلمروی دولت‌ها و حکومت‌هایی بودند که مرکز آن‌ها در بیرون از تاجیکستان کنونی بوده‌است. از این‌رو، سرزمین تاجیکستان را نمی‌توان ملاک تاریخ آن کشور قرار داد، هرچند که تاجیک‌ها خود را میراث‌دار سغدیان، بلخیان، خوارزمیان و سکائیان می‌دانند.
کهن‌ترین آثار یافت‌شده در تاجیکستان مربوط به مغارهٔ شخته در پامیر شرقی است که متعلق به دورهٔ میان‌سنگی‌اند و نیز بقایای قدیم‌ترین خانه‌ها در جلگه‌های جنوبی تاجیکستان کشف شده‌است و متعلق به دورهٔ نوسنگی است. تعداد بسیاری از زیستگاه‌های گروه‌های انسانی همراه با ابزارها و وسایل آن‌ها، مربوط به عصر برنز در منطقهٔ گلستان کاوش شده‌است. آثار عصر آهن آغازین به ویژه در پامیر فراوان است و غالباً به قبایل کوچندهٔ سکایی منسوب است.
در دورهٔ تاریخی، تا زمان ورود اسلام به تاجیکستان، قلمرو کنونی تاجیکستان در حیطهٔ قلمرو دولت‌های بلخ در جنوب و سغد در شمال بود که به وسیلهٔ رشته‌کوه‌هایی که امروزه ترکستان خوانده می‌شوند، از یکدیگر جدا می‌شدند. نخستین آگاهی‌های تاریخی از بلخ و سغد در سنگ‌نوشتهٔ داریوش بزرگ در بیستون بازتاب دارد که بر اساس این منبع، این دو سرزمین در آن روزگار در شمار ساتراپ‌های خراج‌گزار شاهنشاهی هخامنشی بوده‌اند. از این روزگار در قبادیان، واقع در کافرنهان سفلا، آثاری به دست آمده‌است؛ از جمله «قلعهٔ میر» در نزدیکی آبادی ناصر خسرو که مشتمل بر خانه‌ای گلین است. «خزانهٔ جیحون» نیز که در اواخر سدهٔ ۱۹ میلادی به دست گنج‌یابان، ظاهراً در «تخت سنگین» یافت شده‌است، حاوی اشیاء طلا و نقرهٔ سکایی متأثر از فرهنگ و هنر هخامنشی است.
برخی از تاریخدانان عقیده دارند که در سده‌های ۷ و ۶ پیش از میلاد، بخش‌هایی از تاجیکستان امروزی، همچون ناحیه‌هایی در درهٔ زرافشان، پیش از پیوستن به شاهنشاهی هخامنشی، بخشی از کمبوجه بوده‌است.
پس از شاهنشاهی هخامنشیان، اسکندر مقدونی در سال ۳۲۹ پیش از میلاد به آن سوی آمودریا و سیردریا لشکرکشی کرد که جنگ‌های آن چندین سال به درازا کشید. در دفع مقدونیان، اسپنتمان، سرداری سغدی از خود رشادت‌ها نشان داد. سلوکوس یکم جانشین اسکندر در متصرفات شرقی او، آپاما دختر اسپنتمان را به عقد خود درآورد و فرزندشان آنتیوخوس پس از پدر به سلطنت ایران و سوریه رسید.
پس از اسکندر، تاجیکستان بخشی از دولت یونانی بلخ شد. تاجیکستان شمالی (شهرهای خجند و پنجکنت) بخشی از سغد شدند، مجموعه‌ای از دولت-شهرهایی که توسط سکاها و قبای کوچ‌نشین یوئه‌چی در حدود سال ۱۵۰ پیش از میلاد اداره می‌شدند. جادهٔ ابریشم از میان این منطقه می‌گذشت و چانگ چیان در زمان امپراتور وو، باعث ایجاد روابط اقتصادی بین دولت یونانی بلخ و دودمان هان شد.
کوشانیان که مجموعه‌ای از قبایل یوئه‌چی بودند، در سدهٔ یکم میلادی بر بلخ چیره شدند و تسلط خود را تا سدهٔ ۴ میلادی حفظ کردند. در قلمرو کوشانیان افزون بر دین مزدیسنا که از دیرباز در آنجا رایج بود، آیین‌های مانوی و بودایی نیز رواج داشت. آیین بودا به احتمالی از جانب کانیشکا حمایت می‌شد و فراوانی آثار بودایی در دو سوی جیحون گواه بر نفوذ فرهنگ هندی در آن صفحات است.
در اواخر سدهٔ چهارم میلادی، باختر و تخارستان از قلمرو دولت کوشانی به تصرف ساسانیان درآمد. در نیمه‌های سدهٔ ششم میلادی اقوام تُرک بیابان‌گرد به‌تدریج به آسیای مرکزی آمدند و با ساسانیان درگیر شدند. در این زمان سرزمین‌های کنونی تاجیکستان جنوبی و ازبکستان و ترکمنستان در تصرف ایران و نواحی شمالی در دست ترک‌ها بود. این نوآمدگان رفته‌رفته با ایرانی‌زبانان درآمیختند و ایشان را در خود مستحیل ساختند. در اواسط سدهٔ ۶ میلادی، هپتالیان را مغلوب کردند و دولت پهناور، اما نامتمرکزی را به وجود آوردند که ماوراءالنهر و از جمله شهرهای سغد را تابع خود ساختند.
در آستانهٔ حملهٔ اعراب، سغد و بلخ دو کانون مهم تمدن ایرانی بودند. سغد بیشتر به بازرگانی و صنعت‌گری و بلخ بیشتر به کشاورزی گرایش داشت و این وضعیت تا امروز نیز در شمال و جنوب تاجیکستان مشهود است. به فراخور گذران متفاوت، اوضاع اجتماعی دو سرزمین نیز تفاوت داشت. بلخ همانند باخترِ فلات ایران از قدیم دارای دولت بزرگ و متمرکز بود که عواید آن از دهقانان صاحب ملک تأمین می‌شد؛ بزرگ ـ مالکان در کوشک‌های منفردی می‌زیستند که پیرامونشان کشتزارها و روستاها حلقه می‌زد. اما سغدیان بیشتر شهرنشین بودند و هر شهر، دولتی مستقل به‌شمار می‌آمد. فرهنگ غالب در سغد بیشتر دنیوی و در بلخ بیشتر دینی بود. آنچه بر دورهٔ باستانی سغد و بلخ نقطهٔ پایان نهاد، فتوحات عرب در مرو، تخارستان، خوارزم و جز آن‌ها بود که یک سده به درازا کشید و با شکست سپاهیان چینی در سال ۷۵۱ میلادی در کارزار طراز چیرگی اعراب بر سراسر ماوراءالنهر مسلم شد.
مسلمانان حدوداً از سال پنجاه تا اوایل دههٔ ۱۳۰ مهمترین ولایات این منطقه را فتح کردند و اسلام به‌تدریج در میان مردم نفوذ یافت. در سده‌های ۳ و ۴ قمری، ماوراءالنهر شاهد بالندگی فرهنگ و تمدن ایرانی، و رواج مجدد بازرگانی و صنعتگری بود. جغرافیانویسان آن روزگار ماوراءالنهر را در زمرهٔ آبادترین سرزمین‌های اسلامی توصیف کرده‌اند. کاوش‌های باستان‌شناسی نیز از رشد و توسعهٔ شهرها و افزایش بی‌سابقهٔ جمعیت در آن دوران حکایت دارد. دورهٔ سامانی که با نوزایی فرهنگی ماوراءالنهر و خراسان قرین بود، از نظر تاریخ‌نگاران معاصر تاجیک آخرین مرحلهٔ تشکل قومیت تاجیک به‌شمار می‌آید. اهمیت این دوره بیشتر به سبب ظهور زبان ادبی فارسی دری است که در نهایت شالودهٔ ملیت تاجیکان آسیای مرکزی و علت وجودی جمهوری تاجیکستان شد. با فراگیر شدن فارسی دری در مقام زبان ارتباطی اقوام ایرانی، زبان‌های ایرانی سغدی، بلخی و خوارزمی به تدریج رنگ باختند و فرهنگ‌های محلی نیز در فرهنگ پهناوری که ادب فارسی جلوه‌گاهش بود، آمیخت. در فاصلهٔ ۲۶۱ تا ۳۸۹ قمری تاجیکستان بخشی از قلمرو سامانیان بود تا اینکه ترکان قراخانی با تصرف بخارا، سامانیان را سرنگون کردند و بر آسیای مرکزی مسلط شدند.
در نیمهٔ دوم سدهٔ پنجم ترکان سلجوقی با هجوم به آسیای مرکزی، قراخانیان را خراج‌گزار خود کردند. سلطان محمد خوارزمشاه در ۶۰۹ قمری قراخانیان را سرنگون کرد. مهاجرت ترکان از جانب شمال باعث شد که پس از سامانیان و غزنویان، ماوراءالنهر به تصرف دودمان‌های ترک درآید که خود سرانجام مغلوب حملهٔ مغول شد. با ورود مغولان به آسیای مرکزی از ۶۱۷ تا ۶۱۹ قمری دولت خوارزمشاهیان فروپاشید. در حملهٔ مغول به فرغانه، تیمور ملک حاکم خجند، تسلیم نشد و در برابر مغول‌ها از خود مقاومت نشان داد. تیمور ملک را شاعران و نویسندگان معاصر تاجیک در مقام قهرمان ملی ستوده‌اند و بارها موضوع آفرینش‌های ادبی قرار داده‌اند.
از آن پس تا ۱۵۰ سال بعد قبایل مختلفی، از جمله جغتایی‌ها، بر آسیای مرکزی مسلط بودند تا اینکه تیمور در ۷۷۱ قمری دولت مستقل خود را در این منطقه بنا نهاد و از جمله تاجیکستان کنونی را به تصرف درآورد. دورهٔ تیموریان از دوره‌های رونق اقتصادی و مدنی ماوراءالنهر است. در این دوره عمارت‌های عظیم و فاخری بنا شد که مخصوصاً سمرقند شهرت جهانی خود را مدیون آن‌هاست. اما در تاجیکستان نیز آثار فراوانی از عهد تیموری برجای مانده‌است که از نظر تاریخ معماری دامنه‌اش تا دورهٔ شیبانیان کشیده می‌شود و عموماً تابع سبک معماری سمرقندی است؛ از آن جمله است: بارگاه امیر سید علی همدانی، پیشوای بزرگ تصوف در سدهٔ ۸ قمری در کولاب. از دیگر آثار کولاب، مقبرهٔ یارمحمد ولی در روستای بخارک و مسجد و مقبرهٔ شاه خاموش در لنگر کلان است. مسجد و مزار مولانا یعقوب چرخی در نزدیکی شهر دوشنبه، و مقبرهٔ منسوب به عبدالقادر گیلانی نیز بر رونق بازار تصوف در آن روزگار گواه است. مجموعهٔ موسوم به شیخ مصلح‌الدین دارای بناهایی از سده‌های ۶–۱۳ قمری و دیدنی‌ترین یادگار شهر خجند است. نمازگاه‌های نوگلیم و عبدالله خان در اسفره و مسجد کوک گنبد و مزار بابا طغا و مجتمع سرمزار در اوراتپه نیز از آثار سده‌های ۸–۱۰ق به‌شمار می‌آید
سده‌های۴–۷ قمری (۱۰–۱۳ میلادی)، عصر بالندگی معماری ماوراءالنهر است و تاجیکستان هم از آثار این دوره بی‌بهره نیست؛ بیشتر این آثار آرامگاه‌های پیشوایان دین و امیران است؛ از آن جمله است: آرامگاه خواجه مشهد، طلا حلاجی، خواجه سرباز، خواجه دُربد و آق مزار در شهر توز، مزار محمد بشارا در پنجکنت، مقبرهٔ خواجه نقشران در نزدیکی ریگر (تورسون‌زادهٔ کنونی)، مقبرهٔ امیر حمزه و مزار چارکوه در اسفره، و آرامگاه حضرت شاه در اوراتپه. برخی از این آثار حالتی نیمه‌ویران دارند. دو محراب از دهکده‌های اشت و اسکادر که در موزهٔ بهزاد شهر دوشنبه محفوظ است، از نمونه‌های عالی گچ‌بری روزگار سامانیان است. نامی‌ترین بنای دورهٔ سامانی، آرامگاه منسوب به نصر بن احمد در بخارا است که اگر چه از قلمرو تاجیکستان بیرون مانده، اما تاجیکان آن را از یادگارهای تاریخی خود می‌شمارند.
دولت تیموریان در اوایل سدهٔ دهم قمری با حملهٔ ازبک‌های شیبانی از میان رفت. با چیرگی ازبکان در اوایل سدهٔ ۱۰ قمری (۱۶ میلادی) ترکیب قومی ماوراءالنهر به سرعت روبه دگرگونی نهاد که در نتیجه بعدها زمینه‌ساز ایجاد جمهوری‌های شوروی بر حسب تقسیمات زبانی گشت. در دورهٔ حکومت خانات شیبانی و هشترخانی در بخارا بسیاری از اراضی جمهوری ازبکستان کنونی به تصرف ایلات ازبک درآمد و زبان ترکی جغتایی در روستاهای فارسی‌زبان رو به‌پیشرفت نهاد. آن گروه از شهرنشینان و ده‌نشینان ایرانی‌نژاد که تغییر زبان داده بودند، «سارت» خوانده می‌شدند.
در ۱۰۰۷ قمری ازبک‌های هشترخانی جای شیبانیان را گرفتند. در ۱۱۵۳ قمری نادرشاه بخارا را تصرف کرد و اشترخانیان تا ۱۱۶۰ قمری که نادرشاه کشته شد، خراجگزار ایران بودند. در ۱۱۵۳ قمری محمد رحیم بی، ابوالفیض خان اشترخانی را به قتل رساند و پایه‌گذار سلسلهٔ مَنْغیت در بخارا شد. بخش‌های مرکزی و جنوبی تاجیکستان کنونی جزئی از امارت بخارا و بخش‌های شمالی آن عمدتاً در تصرف امارت خوقند بود. امیرنشین بخارا در عهد منغیتیان حکومت نسبتاً متمرکزی بود. بخارای شرقی که تقریباً منطبق با نواحی جنوبی و مرکزی تاجیکستان کنونی است، بیگ‌نشین‌های نیمه‌مستقل قبادیان، حصار، درواز، قراتگین، بلجوان، قرغان‌تپه و کولاب را شامل می‌شد. اخذ مالیات سنگین به خصوص از توابع شرقی، شورش‌هایی را بر ضد امرای محلی دامن زد که مشهورترین آنها شورش «واسع» در۱۳۰۲ قمری (۱۸۸۵ میلادی) در کولاب و بلجوان به عنوان نمادی از ستم‌ستیزی و استقلال‌خواهی کوه‌نشینان تاجیک در کتاب‌های تاریخ تاجیکستان بازتاب یافته‌است. نام واسع را امروزه بر بخشی از ناحیهٔ کولاب نهاده‌اند و شورش او موضوع اپرای معروفی شده‌است.
از سده‌های ۱۱–۱۳ قمری چند یادگار معماری در خاک تاجیکستان بر جای مانده‌است که از لحاظ سبک عموماً تابع سبک معماری بخارا و هم نمایانگر دورهٔ انحطاط معماری ماوراءالنهر است. در حصار مجموعه‌ای از بناهای تاریخی در «ممنوعگاه تاریخ و مدنیت قلعهٔ حصار» نگهداری می‌شود که دارای آثار فراوان از سدهٔ ۳ پیش از میلاد به بعد است. دروازهٔ قلعه، ارگ بخارا را به یاد می‌آورد که شاخص معماری سدهٔ ۱۲ قمری است. در نزدیکی قلعه دو مدرسه به نام‌های کهنه و نو، و کمی دورتر آرامگاه مخدوم اعظم و مسجد سنگین همه از آثار همین دوره است. مدرسهٔ میرعالم دادخواه در پنجکنت، مقبرهٔ خال‌بایقرا در خاور شهر دوشنبه، مزار ملااکرم در کولاب، مدرسه‌های میر رجب دادخواه و آییم و آرامگاه لنگر بالا در کان بادام، مسجد چارباغ در خجند، و مدرسه‌های نمازگاه و رستم‌بیک در اوراتپه از دیگر آثار قابل ذکر در تاجیکستان است
در ۱۲۸۳ قمری (۱۸۶۶ میلادی) روس‌ها خجند و اوراتپه و قلعه ناو و در ۱۲۸۵ قمری (۱۸۶۸ میلادی) بخش علیای رود زرافشان از جمله پنجکنت را گرفتند، در ۱۲۸۶ قمری (۱۸۶۹ میلادی) امیر بخارا، حصار و کولاب را به قلمرو خود ضمیمه کرد؛ بدین ترتیب، شمال تاجیکستان به روسیهٔ تزاری و جنوب آن به امارت بخارا ملحق شد. در ۱۳۰۹ قمری (۱۸۹۲ میلادی) نیروهای روسی وارد پامیر شرقی شدند. در ۱۳۱۳ قمری (۱۸۹۵ میلادی) هیئت مشترک انگلستان و روسیه مرز آسیای مرکزی را، از جمله در پامیر، تعیین کردند. در ۱۳۳۴ قمری (۱۹۱۶ میلادی) مردم آسیای مرکزی، از جمله اهالی خجند و دیگر بخش‌های تاجیکستان شمالی، به سبب فرمان تزار روسیه برای سربازگیری، بر او شوریدند.
پس از انقلاب روسیه در سال ۱۹۱۷ میلادی، در رجب ۱۳۳۶ قمری (آوریل ۱۹۱۸ میلادی) شمال تاجیکستان بخشی از جمهوری خودمختار شوروی ترکستان گردید. در ۲ سپتامبر ۱۹۲۰، ارتش شوروی بخارا را تصرف کرد و بساط فرمانروایی منغیتیان را برچید. امیر عالم‌خان، آخرین امیر بخارا به بخارای شرقی گریخت و برای مقابله با ارتش سرخ درصدد گردآوری سپاه برآمد. در ۲۱ فوریهٔ ۱۹۲۱ میلادی نیروهای شوروی به روستای دوشنبه رسیدند و آنجا را مقر حکومت خویش در بخارای شرقی ساختند اما موفق به تصرف کامل بخارای شرقی و از جمله شهر دوشنبه نشدند.
جمهوری خلق بخارا که پس از سرنگونی امیر بخارا در محرّم ۱۳۳۹ قمری (سپتامبر ۱۹۲۰ میلادی) به این نام خوانده می‌شد و از استقلال برخوردار بود، در سپتامبر ۱۹۲۴ میلادی منحل شد و با نام «جمهوری شوروی سوسیالیستی بخارا» به اتحاد جماهیر شوروی ضمیمه گردید؛ اما چون نام جمهوری‌های شوروی برپایهٔ نام اقوام ساکن در آن استوار بود، در ۱۴ اکتبر همان سال عنوان نهایی جمهوری سوسیالیستی ازبکستان شوروی تثبیت گردید. ازبکستان کمابیش قلمرو امیرنشین بخارا را دربرمی‌گرفت. در همان تاریخ ناحیهٔ بخارای شرقی با نام «جمهوریت اجتماعی شوروی مختار تاجیکستان» در درون جمهوری ازبکستان تأسیس شد و چون هیچ شهری در تاجیکستان نبود، آبادی مهاجرنشین دوشنبه به پایتختی برگزیده شد. جمهوری خودمختار شوروی سوسیالیستی تاجیکستان که شامل دوازده ناحیه از جمهوری خودمختار ترکستان و پنج ولایت بخارای شرقی می‌شد، در درون جمهوری شوروی سوسیالیستی ازبکستان قرار داشت. بنابراین، تاجیکان نه‌تنها از سرزمین‌های فارسی‌زبان ماوراءالنهر و کانون‌های معتبری چون سمرقند و بخارا بی‌بهره مانده‌بودند، بلکه از لحاظ سیاسی نیز تابع ازبکستان شدند و این وضعیت برای آن‌ها ناخوشایند بود. تا آن زمان میدان‌داری پان‌ترکیست‌ها، معدود تاجیکان اهل قلم را محتاط و خاموش نگاه داشته‌بود. از این گذشته، اندیشهٔ تشکیل ملت برپایهٔ قومیت که در میان مردم اروپا ریشه داشت، در امیرنشین بخارا و دیگر نواحی آسیای مرکزی سابقه‌ای نداشت و اجرای این اندیشه به دست دولت انقلابی شوروی، فارسی‌زبانان آنجا را به کلی غافل‌گیر کرده بود. اما رشد معرفت تاریخی و هویت قومی در میان فارسی‌زبانان بخارا از یک سو، و آغاز سرکوب اندیشهٔ پان‌ترکیسم از جانب حکومت شوروی از سوی دیگر، به تاجیکان مجال ابراز وجود و دادخواهی داد.
در دی ۱۳۰۴ خورشیدی (ژانویهٔ ۱۹۲۵ میلادی) ولایت پامیر به عنوان بخشی از جمهوری خودمختار تاجیکستان ایجاد شد. قیام باسماچیان تا ۱۳۰۵ خورشیدی (۱۹۲۶ میلادی) با شدت تمام در قلمرو تاجیکستان کنونی ادامه یافت. در ۲۴ مهر ۱۳۰۸ خورشیدی (۱۶ اکتبر ۱۹۲۹ میلادی) جمهوری شوروی سوسیالیستی تاجیکستان با الحاق ولایت خجند، که پیش از آن بخشی از ازبکستان بود، رسماً ایجاد شد و نخستین قانون اساسی آن در ۱۳۱۰ خورشیدی (۱۹۳۱ میلادی) تصویب شد؛ با این حال، نه‌تنها سمرقند و بخارا، بلکه برخی از حاصل‌خیزترین جلگه‌های تاجیک‌نشین هم در تملک ازبکستان باقی ماند.
در دورهٔ شوروی، مزارع تاجیکستان اشتراکی شد و صنایع سبک و سنگین گوناگونی به‌ویژه پس از جنگ جهانی دوم در آن‌جا ایجاد گردید، ولی سطح زندگی مردم پایین باقی ماند. در این دوره مبارزه با مذهب منجر به تعطیلی بیشتر مساجد و مدارس دینی گردید. از سال ۱۳۰۶ خورشیدی (۱۹۲۷ میلادی) تغییر تدریجی خط از فارسی به الفبای لاتینی آغاز شد تا اینکه در ۱۳۰۸ خورشیدی (۱۹۲۹ میلادی) خط لاتینی رسمیت یافت و در ۱۳۱۹ خورشیدی (۱۹۴۰ میلادی) الفبای سیریلیک جای آن را گرفت.
در دههٔ اول حکومت شوروی بسیاری از کسانی که از حاکمیت شوروی بر تاجیکستان ناراضی بودند یا در قیام باسماچیان مبارزهٔ مسلحانه کرده بودند، راهی شمال افغانستان شدند. در فاصلهٔ ۱۳۰۶ تا ۱۳۱۰ خورشیدی (۱۹۲۷ تا ۱۹۳۱ میلادی) استالین، با متهم‌کردن رهبران حزب کمونیست تاجیکستان به ملی‌گرایی و خیانت ــ که آن را ناشی از تماس این رهبران با بریتانیا می‌دانست ــ بسیاری از آنان را برکنار کرد و تا ۱۳۱۴ خورشیدی (۱۹۳۵ میلادی) حدود ۶۶٪ از رهبران برجستهٔ حزب که در اواخر دههٔ ۱۹۳۰ میلادی به مقامات حزبی رسیده‌بودند، برکنار شدند. در محاکماتی که در سال ۱۳۱۶ خورشیدی (۱۹۳۷ میلادی) برگزار شد، رئیس‌جمهور و دبیر شورای مرکزی و رئیس کنگرهٔ خلق از حزب کمونیست تاجیکستان اخراج و با چند رهبر دیگر اعدام شدند. در دورهٔ سرکوب‌های دههٔ ۱۳۱۰ خورشیدی (۱۹۳۰ میلادی) تقریباً تمامی مقامات تاجیک در حکومت تاجیکستان جای خود را به روس‌ها دادند.
در دورهٔ شوروی قدرت در دست خجندی‌ها و متحدان کولابی آن‌ها بود. از دههٔ ۱۳۵۰ خورشیدی (۱۹۷۰ میلادی) به‌تدریج باورهای اسلامی در میان مردم تاجیکستان رشد یافت، از جمله در ۱۳۵۷ خورشیدی (۱۹۷۸ میلادی) شورشی بر ضد روس‌ها به‌پا شد که ۱۳ هزار نفر در آن شرکت داشتند و پس از حملهٔ شوروی به افغانستان، شماری از مردم تاجیکستان به علت مخالفت با این حمله بازداشت شدند.
با روی کارآمدن گورباچف در سال ۱۳۶۴ خورشیدی (۱۹۸۵ میلادی) در تاجیکستان همانند دیگر جمهوری‌های شوروی، مبارزه با فساد آغاز شد. در نتیجهٔ این سیاست، رحمان نبی‌اف که از ۱۳۶۱ خورشیدی (۱۹۸۲ میلادی) دبیر اول حزب کمونیست تاجیکستان بود، به فساد مالی و خویش و قوم بازی متهم شد و جای خود را به قهار محکموف داد. در این دوره به‌تدریج از شدت سانسور کاسته و آزادی بیان به‌ویژه در مطبوعات بیشتر شد.
در بهمن ۱۳۶۸ خورشیدی (فوریهٔ ۱۹۹۰ میلادی) به‌دنبال شایعاتی مبنی بر اسکان آوارگان ارمنی در شهر دوشنبه، مردم اعتراض کردند و در نتیجهٔ درگیری آنان و نیروهای پلیس عده‌ای زخمی یا کشته شدند. مردم در تظاهرات خود خواستار اصلاحات اقتصادی و سیاسی، بازگشایی مساجد و احیای فرهنگ ملی خود بودند. به‌دنبال این درگیری‌ها، فعالیت حزب رستاخیز و حزب دموکراتیک تاجیکستان و حزب نهضت اسلامی غیرقانونی اعلام شد. در نوامبر ۱۹۹۰ میلادی قهار محکموف به ریاست جمهوری برگزیده شد. در ۳۱ اوت ۱۹۹۰ محکموف که با کودتای نظامیان بر ضد گورباچف مخالفت نکرده‌بود، به‌دنبال تظاهرات گستردهٔ مردم مجبور به استعفا شد. در نهم سپتامبر شورای عالی تاجیکستان به استقلال تاجیکستان رأی داد. قدرالدین اصلانف، رئیس شورای عالی و کفیل ریاست جمهوری، فعالیت حزب کمونیست را ممنوع و دارایی آن را ملی کرد، اما شورای عالی ــ که اکثر نمایندگان آن کمونیست بودند ــ اصلانف را برکنار و نبی‌اف را جانشین وی کرد و ممنوعیت فعالیت حزب کمونیست را لغو نمود. در ششم اکتبر شورای عالی در نتیجهٔ فشار مخالفان، فعالیت حزب کمونیست را به حال تعلیق درآورد و فعالیت حزب نهضت اسلامی را آزاد اعلام کرد. نبی‌اف بلافاصله پس از آن از کفالت ریاست جمهوری استعفا کرد تا زمینهٔ برگزاری انتخابات فراهم شود. انتخابات ریاست جمهوری سرانجام در ۲۴ نوامبر ۱۹۹۱ برگزار و نبی‌اف با ۵۷٪ آرا رئیس‌جمهور شد. رقیب اصلی وی، دولت خدانظروف که از پشتیبانی احزاب اصلی مخالف کمونیست‌های پیشین برخوردار بود، ۳۴٪ آرا را به دست آورد، هرچند که مخالفان صحت برگزاری انتخابات را رد کردند. در ماه بعد تاجیکستان به عضویت جامعهٔ کشورهای مستقل مشترک المنافع درآمد.
نبی‌اف بار دیگر در چهارم ژانویهٔ ۱۹۹۲ به حزب کمونیست تاجیکستان اجازهٔ فعالیت داد. در مارس ۱۹۹۲ در دوشنبه در اعتراض به برکناری نوجوانف، از اهالی بدخشان، از وزارت کشور، تظاهرات ضدحکومتی آغاز شد. در آوریل ۱۹۹۲ به دنبال دستگیری مقصود اکرام‌اف، شهردار دوشنبه که اجازهٔ نصب مجسمهٔ فردوسی به جای مجسمهٔ لنین را داده بود، تظاهرات مردم شدت بیش‌تری گرفت. مخالفان حکومتی تقریباً دو ماه در مرکز دوشنبه ماندند. حکومت نیز با آوردن هواداران خود از کولاب و خجند ــ که از دورهٔ شوروی حامی حزب کمونیست بودند ــ تظاهراتی در دوشنبه ترتیب داد. پس از ۵۱ روز از شروع تظاهرات و کشته‌شدن حدود ۱۵۰ تن، مذاکرات مخالفان با نبی‌اف به نتیجه رسید و حکومت مصالحهٔ ملی در یازدهم مه ۱۹۹۲ تشکیل شد که از ۲۴ وزیر آن هشت وزیر از احزاب مخالف بودند. پس از این مصالحه درگیری در دوشنبه خاتمه یافت، ولی در همان ماه نیروهای کولابی طرفدار کمونیسم ضمن مخالفت با حکومت مصالحهٔ ملی و خلع سلاح خود، با هواداران احزاب اسلامی و دموکراتیک در آن منطقه درگیر شدند.
در اواخر مه ۱۹۹۲ شبه‌نظامیان جبههٔ خلق تاجیک به فرماندهی سنگک صفروف ــ که پس از ۲۳ سال زندان به جرم اعمال جنایی، آزاد شده بود ــ از کولاب به قرغان تپه، پایگاه اصلی احزاب اسلامی و دموکراتیک، حمله کردند. کولابی‌ها ادعا می‌کردند که مخالفان از گروه‌های اسلامی افغانستان، به‌ویژه حزب اسلامی گلبدین حکمتیار، اسلحه می‌گیرند و در پایگاه‌های این حزب آموزش می‌بینند. اتحاد دموکراتیک ـ اسلامی نیز ادعا می‌کرد که نیروهای نظامی روسیه مستقر در تاجیکستان، شبه‌نظامیان طرفدار حکومت را مسلح می‌کنند. در اواخر اوت ۱۹۹۲ شبه‌نظامیان کولابی صدها تن را در قرغان تپه کشتند. تظاهرکنندگان مخالف حکومت با ورود به کاخ ریاست جمهوری ۳۵ تن از مقامات را گروگان گرفتند. درنتیجهٔ فشار مخالفان، نبی‌اف در هفتم سپتامبر مجبور به استعفا گردید و اکبرشاه اسکندراف، رئیس شورای عالی، کفالت ریاست جمهوری را عهده‌دار شد و عبدالملک عبداللّه جانف از خجند را به نخست‌وزیری برگزید. در ۲۷ سپتامبر کولابی‌ها با تصرف قرغان تپه موجب فرار هزاران تن (تا نیمهٔ نوامبر ۰۰۰، ۱۲۶ تن) به دوشنبه شدند.
اسکندراف که در پایان دادن به جنگ داخلی شکست خورده بود مجبور شد برگزاری نشست شورای عالی را در خجند بپذیرد؛ ازین‌رو در دهم نوامبر ۱۹۹۲ به همراه دولت خود استعفا کرد. نشست فوق‌العادهٔ دو هفته‌ای شورای عالی، که کمونیست‌ها در آن بیشترین سهم را داشتند، امامعلی رحمانف از کولاب را به ریاست کشور و عبدالملک عبداللّه جانف را به نخست‌وزیری برگزید. در حکومت جدید، وابستگان به احزاب اسلامی و دموکراتیک مناصب خود را از دست دادند و بیشتر وزرای جدید نیز کولابی بودند. شورای عالی همچنین با ادغام کولاب و قرغان تپه ولایت جدید ختلان را ایجاد کرد تا اطمینان یابد که جنوب کشور را نیروهای کولابی طرفدار کمونیسم اداره می‌کنند.
در دسامبر ۱۹۹۲ نیروهای وفادار به حکومت جدید و شبه‌نظامیان کولابی ـ حصاری، دوشنبه را تصرف کردند و صدها تن از شبه‌نظامیان هوادار گروه‌های اسلامی و دموکراتیک را کشتند و در پایتخت و جنوب کشور به‌ویژه نسبت به مردم غَرم (از پایگاه‌های اصلی نیروهای اسلامی و دموکراتیک) و بدخشان، قساوت زیادی به خرج دادند. در همین ماه به درخواست امامعلی رحمانف نیروهای ارتش روسیه و ازبکستان وارد تاجیکستان شدند و در سرکوب نیروهای مخالف به حکومت تاجیکستان کمک کردند. تا مارس ۱۹۹۳ حکومت اختیار بخش اعظم کشور و از جمله غرم را به دست گرفت. در نتیجهٔ این درگیری‌ها حدود پنجاه هزار تن کشته شدند؛ هرچند که برخی، شمار کشتگان جنگ داخلی را تا صد هزار تن برآورد کرده‌اند. شمار زیادی از روس‌ها و غیربومیان، تاجیکستان را ترک کردند و در داخل کشور حدود هشتصد هزار تن جابجا شدند که این بزرگترین جابجایی جمعیت در آسیای مرکزی از زمان اشتراکی‌کردن اراضی در دههٔ ۱۹۳۰ بود. ضمناً چند شهر و شمار زیادی روستا و کشتزار و کارخانه به‌کلی تخریب شد.
در دسامبر ۱۹۹۲ و ژانویهٔ ۱۹۹۳، حدود شصت هزار تن در پی حملات کولابی‌ها به افغانستان گریختند، از جمله قاضی اکبر تورجان‌زاده بالاترین مقام مذهبی تاجیکستان که حکومت، او را به تلاش برای برقراری دولتی اسلامی متهم کرده بود. در فوریهٔ ۱۹۹۳ فتح‌اللّه شریف‌زاده به جای وی مفتی تاجیکستان شد که او نیز در ژانویهٔ ۱۹۹۶ به دست افراد ناشناسی کشته شد.
جنگ داخلی تاجیکستان در ۱۹۹۳ تا حد زیادی آرام شد، ولی درگیری‌ها با شدت کمتری تا چند سال بعد ادامه یافت. در ژوئن ۱۹۹۳ دیوان عالی رسماً فعالیت حزب نهضت اسلامی تاجیکستان، سازمان لعل بدخشان، سازمان رستاخیز و حزب دموکراتیک تاجیکستان را غیرقانونی اعلام کرد و عملاً تنها حزب کمونیست تاجیکستان را قانونی دانست. در دسامبر ۱۹۹۳ در نتیجهٔ اختلاف کولابی‌ها و خجندی‌ها، عبداللّه جانف از نخست‌وزیری استعفا کرد. مذاکرات صلح میان حکومت و مخالفانش از آوریل ۱۹۹۴ در مسکو تحت نظارت سازمان ملل و در حضور نمایندگانی از ایران، پاکستان، روسیه و ایالات متحدهٔ آمریکا آغاز شد.
در انتخابات ریاست جمهوری در ششم نوامبر ۱۹۹۴، رحمانف با ۵۸٪ آرا بر تنها رقیب خود عبداللّه جانف، که ۳۵٪ آرا را کسب کرد، پیروز شد. در همین انتخابات ۹۰٪ رأی دهندگان قانون اساسی جدید را تأیید کردند.
پس از مذاکرات طولانی نمایندگان حکومت با مخالفان آن، در مسکو، کابل، آلماتی، عشق‌آباد، بیشکک، مشهد و تهران، سرانجام سیدعبداللّه نوری رهبر حزب نهضت اسلامی و امامعلی رحمانف، سازش‌نامهٔ عمومی استقرار صلح و سازگاری ملی را در ۲۷ ژوئن ۱۹۹۷ در مسکو امضا کردند و رسماً به جنگ داخلی پنج ساله پایان دادند. به دنبال آن شبه‌نظامیان مخالف حکومت عفو شدند و به آنها اجازهٔ بازگشت به کشور داده شد. بسیاری از این شبه‌نظامیان بنابر سازشنامهٔ صلح، در ارتش تاجیکستان ادغام شدند. ضمناً در شورای مصالحهٔ ملی که در نتیجهٔ پیمان صلح به وجود آمد، و هریک از طرفین سیزده کرسی به دست آوردند و ۳۰٪ از مناصب حکومتی در سطح ملی و منطقه‌ای به مخالفان داده شد.
در اوایل نوامبر ۱۹۹۸ نیروهای فرمانده شورشی ارتش، محمود خدای بِردی اف، به خجند حمله کردند و پنج روز نبرد شدید میان نیروهای او و سربازان حکومتی درگرفت. پس از سرکوبی تهاجم، خدای بردی اف به ازبکستان گریخت. رحمانف، چند تن از جمله عبداللّه جانف نخست‌وزیر سابق، و دوستوف معاون پیشین رئیس‌جمهور، را از محرکان این واقعه اعلام کرد. وی همچنین اسلام کریموف، رئیس‌جمهور ازبکستان، را به دست داشتن در این توطئه متهم کرد. این وقایع به تیرگی روابط دو کشور انجامید.
در اواخر سال ۱۹۹۹ مجلس عالی به طرح‌های رحمانف مبنی بر اصلاحاتی در قانون اساسی رأی داد. این اصلاحات که شامل تمدید دورهٔ ریاست جمهوری از پنج به هفت سال و قانونی‌کردن احزاب سیاسی و مذهبی می‌شد، در همه‌پرسی ۲۶ سپتامبر ۱۹۹۹ به تأیید مردم رسید. در انتخابات ریاست جمهوری در ششم نوامبر ۱۹۹۹، رحمانف در رقابت با تنها رقیبش، دولت عثمان، به پیروزی دست یافت.