استیضاح رضا فرجی‌دانا
استیضاح رضا فرجی‌دانا، نخستین استیضاح وزراء دولت یازدهم جمهوری اسلامی بود که در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ برگزار شد. نهایتاً استیضاح با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع از مجموع ۲۷۰ رأی مأخوذه رأی آورد و فرجی دانا از وزارت علوم برکنار شد. ساعاتی پس از استیضاح و برکناری فرجی‌دانا، حسن روحانی رئیس جمهور ایران در احکامی جداگانه دکتر محمدعلی نجفی را به عنوان سرپرست وزرات علوم و دکتر فرجی‌دانا را به عنوان مشاور رئیس‌جمهوری در امور علمی و آموزشی منصوب کرد.
فرجی دانا در ۱۲ آبان ۱۳۹۲، طی حکمی جعفر میلی منفرد را به عنوان معاون آموزشی، جعفر توفیقی را به عنوان مشاور ارشد، مجتبی صدیقی را به عنوان معاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان کشور و سعید سمنانیان را به عنوان معاون وزیر علوم و رئیس مرکز هیأت‌های امنا و هیأت‌های ممیزه مرکزی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منصوب نمود. انتصاب جعفر میلی منفرد و جعفر توفیقی با واکنش منفی برخی از نمایندگان مجلس روبرو شد و ۸۲ نماینده مجلس در این مورد تذکر کتبی دادند. چند روز بعد ۱۵۰ نفر از نمایندگان مجلس در نامه‌ای به رئیس‌جمهور از او درخواست کردند، تا در برخی انتصابات وزارت علوم مداخله کند و خواستار تجدیدنظر در بعضی از این انتصابات شدند.
در ۱۹ خرداد ۱۳۹۳، فرجی دانا، محمود نیلی احمدآبادی را به عنوان سرپرست دانشگاه تهران منصوب نمود. فرجی دانا روز بعد اعلام کرد که نیلی به عنوان رئیس دانشگاه تهران به شورای عالی انقلاب فرهنگی معرفی خواهد شد. پس از معرفی نیلی، غلامعلی حداد عادل، رئیس فراکسیون اصولگرایان مجلس شورای اسلامی، اعلام کرد که انتخاب سرپرست دانشگاه تهران منجر به تیره شدن روابط مجلس و وزارت علوم می‌شود.
به گزارش خبرگزاری مهر، فرجی دانا برای کسب پشتیبانی فراکسیون اکثریت مجلس یعنی فراکسیون رهروان ولایت، با عزل دو معاونش ۱۰ روز پس از طرح استیضاح در جلسه علنی موافقت کرده بود. به ادعای این خبرگزاری وی تصمیم داشت دست به یک معامله سیاسی بزند و متن استعفای دو معاونش را در سایت وزارت علوم قرار دهد.
مجتبی صدیقی معاون وزیر علوم و رئیس سازمان امور دانشجویان ۴ خرداد ۱۳۹۳ در یک نشست خبری از پاره‌ای از تخلفاتی که زیر عنوان بورسیه بیش از ۳۰۰۰ دانشجوی دکتری رخ داده بود، پرده برداشت و اعلام کرد: «۱۸۸۴ مورد تبدیل بورس خارج به داخل شدند از این تعداد ۲۲۸ نفر معدل کارشناسی زیر ۱۴ داشتند. معدل کارشناسی ارشد ۳۰۵ نفر از تبدیل به داخل کنندگان زیر ۱۶ بوده‌است. در مقابل نام ۲۳۵ نفر هیچ عددی به عنوان معدل ذکر نشده است. شرط سنی ۳۳ سال دربارهٔ ۳۲۵ نفر رعایت نشده است. ۱۸۳ نفرهم در پرونده خود سند محضری برای تعهد خدمت نسپرده‌اند» {نیازمند مرجع} این در حالی بود که نه تنها در متن استیضاح وی عوامل مهمتری همچون انتصاب افراد بدون صلاحیت همچون مجتبی صدیقی و سعید سمنانیان اشاره شده‌است. بلکه بارها توسط نمایندگان و خصوصاً علی لاریجانی -رئیس مجلس- یادآوری شده‌است که مسایل دیگری در زمینه رفتار سیاسی و فرهنگی وزیر سابق علوم و انتصابات وی بیشتر دلیل استیضاح فرجی دانا بود
پس از برکناری فرجی‌دانا، مصطفی پورمحمدی وزیر دادگستری دولت حسن روحانی، با اعلام لغو امتیازات تخلف بورسیه شده‌ها، گفت: آن‌هایی که در این پرونده با تخلف بورسیه گرفتند می‌توانند ادامه تحصیل دهند اما مانند یک دانشگاه خصوصی هزینه تحصیلی را باید خود پرداخت کنند و از امتیازاتی که نصیب‌شان شده مانند استخدام و تدریس، سلب شده‌اند. چنان‌که سرانجام وزارت علوم نتایج بررسی پرونده‌های دانشجویان بورسیه را در روز جمعه، دوم آبان ماه ۱۳۹۳ اعلام کرد که طی آن ۳۶ نفر به دلیل اظهارات غیرواقعی و گمراه‌کننده از تحصیل و بورسیه محروم شدند و ۵۰۸ نفر با عنوان آنچه وزارت علوم آن را عدم تکمیل مدارک، نظیر جایابی و غیره عنوان کرده‌است لغو بورسیه شدند
روح‌الله حسینیان از چهره‌های شاخص جبهه پایداری و امضاکنندگان استیضاح فرجی دانا «برخی انتصابات و همچنین بحث لغو بورسیه‌هایی در دولت گذشته که او قانونی می‌خواند» را از مهم‌ترین محورهای استیضاح دانسته است. شماری از نمایندگانِ امضاءکننده طرح استیضاح، بورسیه‌های غیرقانونی دوره احمدی‌نژاد هستند. برخی رسانه‌ها استفاده از افرادی که آن‌ها فتنه‌گر می‌خوانند در وزارت علوم، که بیم تشنج در دانشگاه‌ها را قوت بخشیده، باعث این‌اعلام‌کرده‌اند که رضا فرجی‌دانا با استیضاح از سوی نمایندگان در مجلس مواجه شود. سید ناصر موسوی لارگانی عضو «کمیته منتخب استیضاح‌کنندگان» در خصوص شروط انصراف از استیضاح وزیر علوم گفته است: «دانشجویان ستاره‌داری که به دانشگاه بازگشته‌اند و افرادی که در فتنه ۸۸ فعال بوده و دستگیر هم شدند و هم اکنون در پست‌های کلیدی وزارت علوم سمت دارند باید اخراج شوند.» نمایندگان استیضاح‌کننده یکی از محورهای استیضاح را افشای بورسیه‌های غیرقانونی و جلوگیری از ادامه تحصیل این عده اعلام کردند.
نمایندگان دو شرط را برای عدم استیضاح او برشمردند: «اخراج دانشجویان ستاره‌دار که به دانشگاه بازگشته‌اند و اخراج افرادی که در فتنه ۸۸ فعال بوده‌اند و دستگیر هم شده‌اند و هم اکنون در پست‌های کلیدی وزارت علوم سمت دارند». فرجی دانا زیر بار این دو شرط نرفت و نمایندگان به‌این ترتیب مصمم به اجرای استیضاح شدند. از جمله دلایل نمایندگان طراح استیضاح به شرح ذیل است: «بازگرداندن برخی اساتید اخراج شده، تغییر شیوه انتخاب رؤسای دانشگاه‌ها، منصوب کردن عناصر دارای سابقه مشخص در فتنه ۸۸ (معترضان به نتایج انتخابات سال ۱۳۸۸)، عدم مواجهه درست با تحرکات سیاسی، ضد انقلاب و ضد نظام و برخی عناصر فعال در دانشگاه‌ها و میدان دادن به برخی نشریه‌های دارای رویکرد ضد دینی و گرایش‌های شدیداً قومی و تجزیه‌طلبانه یا الحادی در محیط‌های دانشگاهی و احیای برخی تشکل‌های افراطی و آشوب طلب» این در حالی بود که گفته می‌شد برخی از نمایندگان به وزیر علوم گفته بودند اگر رؤسای هفت هشت دانشگاه را تغییری ندهید ما با شما کاری نداریم. حجت‌الله درویش‌پور، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس گفت: مطالبات متقاضیان استیضاح فرجی دانا به گونه‌ای نیست که در حد استیضاح باشد. البته پس از مدتی دو دلیل دیگر نیز به فهرست دلایل استیضاح اضافه شد، یکی نفوذ گروه‌های تجزیه‌طلب و جناح‌های سیاسی مخالف به دانشگاه‌ها و دیگری کم شدن تعداد مقالات ISI منتشر شده که نشان دهنده کند شدن رشد علمی دانشگاه‌هاست. گروهی از کارشناسان آموزش‌عالی با اینکه دو دلیل آخر را فقط بهانه‌جویی می‌نامند دلایل اصلی استیضاح را ترس بخش‌هایی از حکومت از استقلال دانشگاه‌ها و کم شدن کنترل حکومت می‌دانند که در همه بندهای دلایل استیضاح مستتر است. از نظر آن‌ها مسئله بورسیه‌ها فقط انگیزه لازم را به برخی از نمایندگان داده است وگرنه از دست دادن کنترل دانشگاه‌ها برای حکومت بسیار حیاتی‌تر از وجود بورسیه‌های غیرقانونی است. به عنوان نمونه انتصاب جعفر میلی منفرد و جعفر توفیقی در وزارت علوم آنقدر جناح تندرو را برآشفته کرد که کار را به فحاشی در صحن مجلس کشاند.
با وجود آنکه روز شنبه ۱۸ مرداد وزیر علوم یک بار دیگر برای پاسخ به پرسش‌های نمایندگان در مجلس حاضر شد، اما سرانجام استیضاح وزیر علوم، تحقیقات و فناوری در ۲۱ مرداد ۱۳۹۳ با امضای ۵۱ نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی اعلام وصول شد. بنابر اظهارات نزدیکان فرجی دانا، وی قصد دارد در جلسه استیضاح خود، جزئیات پشت پرده مسائلی را که به این استیضاح منتهی شده‌است، اعلام کند. خبرگزاری انتخاب یک روز پیش از استیضاح به نقل از مهر و از زبان وزیر اعلام کرده بود که وی در صورت رای آوردن استیضاح، از ایران خارج می‌شود و به کانادا بازمی‌گردد. این خبر چند روز بعد توسط فرجی‌دانا تکذیب شد. سه روز پیش از استیضاح، در مجلس یک نامه تخریبی علیه حسن روحانی پخش شد که درجه دکترای رئیس‌جمهور را زیر پرسش برد. گفته شد علت نگارش این نامه طرح استیضاح وزیر علوم و افشاگری‌هایی است که او احتمالاً می‌خواهد در مجلس کند. مهدی کوچک زاده شخصاً این شبنامه را تهیه کرد. این جدی‌ترین رویارویی مجلس و دولت در یک سال گذشته محسوب می‌شود. سایت ایران وایر لیست اسامی ۵۹۳ نفر از کسانی که گفته شده به‌طور غیرقانونی از بورسیه‌های علمی وزارت علوم دوران احمدی‌نژاد استفاده کرده‌اند را منتشر کرد. گفته می‌شود که سوءاستفاده از سوابق کاری، مذهبی، سیاسی و وابستگی‌های خانوادگی و سیاسی، مهم‌ترین منشأ برخورداری این افراد از رانت‌های علمی بوده‌است.
۵۱ تن از نمایندگان مجلس خواستار استیضاح‌اند و نامه درخواست استیضاح را امضا کرده‌اند، آن‌ها عمدتاً از اقلیت اصولگرایان رادیکال مجلس موسوم به جبهه پایداری هستند. چندین تن از نمایندگانی که خواستار استیضاح بودند، قصد پس گرفتن امضای خود را داشتند.جلسه استیضاح فرجی دانا در روز چهارشنبه ۲۹ مرداد ۱۳۹۳ بدون حضور حسن روحانی برگزار شد و موافقان و مخالفان به سخنرانی پرداختند. نهایتاً استیضاح با ۱۴۵ رأی موافق، ۱۱۰ رأی مخالف و ۱۵ رأی ممتنع از مجموع ۲۷۰ رأی مأخوذه رأی آورد و فرجی دانا از وزارت علوم برکنار شد. وی که نخستین وزیر استیضاحی کابینه یازدهم بود در فضایی آرام، بدون تنش و فروتنانه با نمایندگان خداحافظی و مجلس را ترک کرد.