فصل‌الخطاب فی تحریف کتاب رب‌الارباب
میرزا حسین نوری در سال ۱۲۹۲ ه.ق. کتابی تحت عنوان فصل الخطاب فی تحریف کتاب رب الارباب نگاشته و در آن دلایلی در تحریف قرآن ارائه نمود. شمارگان این روایت‌هابیش از هزار است و تحریف آن را نه از جهت تغییر و زیاده بلکه فقط از جهت نقیصه خواسته‌است به اثبات برساند.
وی در دیباچه این کتاب می نویسد: «این کتابی است لطیف که در اثبات تحریف قرآن، و فضایح اهل جور و عدوان فراهم آورده ام، و آنرا فصل الخطاب فی تحریف کتاب رب الارباب نام نهادم، و بر سه سرآغاز و دو باب قرار دادم».
همین امر سبب اعتراضات گسترده‌ای در جهان اسلام شد و در ردّ آن کتب و مقالات بسیاری نوشته شد. آقا بزرگ تهرانی از شاگردان وی می‌نویسد: «استاد ما حاجی در اواخر عمر خویش می‌گفت: این‌جانب در نام گذاری کتابم اشتباه کردم و سزاوار بود نام آن را فصل الخطاب فی عدم تحریف الکتاب می‌گذاشتم چرا که در آن ثابت می‌کنم قرآن شریف موجود، با تمامی سوره‌ها و آیات و جملاتش وحی الهی است که هیچ گونه تغییر و تبدیل و زیاده و نقصان از هنگام جمع آوری آن به امروز در آن واقع نشده‌است.
و عليهذا ناميدن‌ آن‌ به‌ اين‌ نامی كه‌ مردم‌ آن‌ را بر خلاف‌ منظور و مراد من‌ حمل‌ می‌كنند، اشتباهی‌ است‌ در نامگذاری‌. ولیكن‌ من‌ در اين‌ كتاب‌ نیاورده‌ام‌ آنچه‌ را كه‌ آن‌ را بر او حمل‌ می‌نمايند. بلكه‌ مراد من‌، اسقاط‌ بعضی‌ وحی مُنْزَل‌ الهی‌ است‌؛ و اگر می‌خواهی تو نام‌ آن‌ را بگذار الْقَوْلُ الفَاصِلُ فِي‌ إسْقَاطِ بَعْضِ الْوَحْيِ النَّازِلِ».
محدث نوری سوره نورین را با نام سوره ولایت از کتاب دبستان مذاهب نقل کرده‌است. وی دربارهٔ این سوره می‌نویسد: هيچ اثرى از اين سوره در كتابهاى شيعه نيافتم جز آنچه از كتاب مثالب منسوب به ابن شهر آشوب حكايت شده كه آنان تمام سوره ولايت را ساقط كردند, پس شايد اين سوره بوده‌است:
«ياايها الذين آمنوا آمنوا بالنورين انزلناهما يتلوان عليكم آياتى و يحذرانكم عذاب يوم عظيم ب ان الذين يوفون بعهداللّه ورسوله فى آيات لهم جنات النعيم. واصطفى من الملائكة والرسل و جعل من المومنين اولئك فى خلقه يفعل اللّه مايشاء قد خسر الذين كانوا عن اياتى و حكمى معروضون. وان عليا من المتيقن. يا ايها الرسول قدانزلنا اليك آيات بينات فيها من يتوفاه مومنا ومن يتوليه من بعدك يظهرون. ولقد آتيناك بك الحكم كالذين من قبلك من المرسلين. وجعلنا لك منهم وصيا لعلهم يرجعون. ان عليا قانتا بالليل ساجدا يحذر الاخرة ويرجو ثواب ربه. قل هل يستوى الذين ظلموا وهم بعذابى يعلمون». یعنی:  «اى كسانى كه ايمان آورده ايد، به دو نور ايمان بياوريد. آن دو را نازل كرديم كه آياتم را بر شما بخوانند و شما را از عذاب روزى بزرگ بر حذر دارند. آنان كه به عهد خدا و پيامبرش وفا مى كنند در آياتى برايشان بهشتهاى نعمت است و برگزيد از فرشتگان و پيامبران و قرارداد از مومنان, آنان را در خلقش. خدا هرچه بخواهد مى كند. زيان كردند آنها كه از آيات و حكم من دور گردانده شدند. و على از متقيان است اى پيامبر، ما به سوى تو آياتى روشن نازل كرديم كه در آن است, هركس او را در حال ايمان دريابد و هركس ولايت او را بـپذيرد بعد از تو نمايان مى شوند. و تو را به تو حكم داديم, همانند كسانى كه پيش از تو بودند از پـيامبران. و قرارداديم براى تو از ايشان جانشينى شايد بازگردند. همانا على در شب قنوت مى گرفت, سجده مى كرد از آخرت مى ترسيد و ثواب پروردگارش را اميدداشت. بگو آيا مساويند آنها كه ظلم كردند درحالى كه به عذاب من آگاهى دارند». در کتاب فصل الخطاب به نقل از احادیثی آمده است که سوره احزاب از سوره بقره کوچکتر نبوده و آيه رجم (سنگسار) نيز در آن بوده و آن آیه چنين است:  «اذا زنى الشيخ والشيخة فارجموهمها البتة نكالا من الله والله عزيز حكيم». یعنی: «هرگاه پيرمرد و پـيرزن زناكردند حتما آنها را سنگسار كنيد، اين عذاب و كيفرى است از ناحيه خداوند و خداوند شكست ناپذير و حكيم است». از امام صادق دربارهٔ آیه «فاغسلوا وجوهکم وأیدیکم إلى المرافق» می‌پرسند. پاسخ می‌دهد تنزیلش چنین نیست؛ بلکه چنین است: «فاغسلوا وجوهکم وأیدیکم من المرافق». این روایت را شیخ حر عاملی نقل کرده و محدث نوری نیز در کتاب خود آورده است. در کتاب فصل الخطاب آیه تبلیغ به نقل از قرائت ابن مسعود اين گونه است: «يا ايها الرسول بلغ ماانزل اليك من ربك، ان عليا مولى المومنين ...» یعنی: «ای پیامبر آن چه به تو نازل شده است را ابلاغ کن كه على مولای مومنان است ...». در کتاب فصل الخطاب آیةالکرسی را به نقل از ثقةالاسلام کلینی این گونه بیان می‌کند: «... له مافی السموات والارض و ما بینهما و ما تحت الثری عالم الغیب والشهادة الرّحمن الرحیم من ذی الذی یشفع عنده الاّ بإذنه...» همین آیه در مفاتیح الجنان در حاشیه باقیات الصالحات، در اعمال روز جمعه ، ص ۳۶، انتشارات اسوه ، جلد دوم نیز اینچنین آمده است: کتابهایى که در رد کتاب فصل الخطاب نوشته‌اند عبارتند از: