سازمان مجاهدین خلق ایران
سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلام‌گرا و چپ‌گرا با ساختار شبه‌نظامی است. رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد. از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است.
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴ به رهبری محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین پایه‌گذاری شد؛ اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیک‌بین از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و علی‌اصغر بدیع‌زادگان-که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود-جایگزین او شد سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند و با به‌دست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی درباره اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روح‌الله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد. پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنی‌صدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد. اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد. این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰ تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زده‌اند.
این سازمان به وسیله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده‌است. برخی دولت‌های غربی نیز برای حدود یک دهه این سازمان را در فهرست گروه‌های تروریستی قرار داده بودند اما بعداً این سازمان را از این فهرست خارج کردند.
در دوران حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی از لقب «مارکسیست اسلامی» برای این سازمان استفاده می‌شده‌است. در "ادبیّاتِ حکومتی ایران" از سازمان مجاهدین خلق با عناوینی چون «سازمان منافقین» یاد می‌شود. بسیاری از اعضای جدا شده و همچنین محققین این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای دانسته و از عنوان فرقه رجوی برای اشاره بدان استفاده می‌گردد.
طبق گزارش سال ۱۳۸۸ مؤسسه بروکینز این سازمان به نظر غیر دموکراتیک است و محبوبیت ندارد اما به عنوان یک پروکسی در داخل ایران علیه حکومت تهران حضور عملیاتی دارد. یگانه ترابی خبرنگار رویترز و جاناتان وایت استاد علوم سیاسی مؤسسه اروپا گفته‌اند که این گروه هنوز هم میان ایرانیان نامحبوب است.
بنیان‌گذاران این سازمان، محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و علی‌اصغر بدیع‌زادگان که از فعالان مسلمان جبهه ملی دوم ایران بودند (که پس از تشکیل نهضت آزادی، از فعّالان یا هواداران آن سازمان شدند) و یکی از اعضای نهضت آزادی به نام عبدالرضا نیک بین رودسری معروف به «عبدی»، گرد هم آمدند و سازمانی را بنیان نهادند. در نخستین بیانیهٔ سازمان که در ۲۰ بهمن ۱۳۵۰ پخش گردید، آمده‌است:
حنیف‌نژاد در بازجویی‌های خود چنین گفت: نام سازمانی گروه، در دورانی «سازمان آزادی‌بخش ایران» خوانده می‌شد و سپس «سازمان مجاهدین خلق» نام گرفت. البته هیچ‌یک از دو نام «آزادی‌بخش ایران» و «مجاهدین خلق» تا آن‌جا که بررسی‌ها نشان می‌دهد، از سوی بنیان‌گذاران و کادر مرکزی سازمان برگزیده نشده‌است. لیکن در مورد این که نام و آرم سازمان از سوی چه کسانی پیشنهاد، تصویب و در چه تاریخی روی آن توافق شد، سکوت شده‌است. تا قبل از شهریور ماه ۱۳۵۰ که بیش از هفتاد تن از بنیان‌گذاران، کادر مرکزی و شماری از اعضای هواداران و سمپات سازمان از سوی رژیم شاه بازداشت شدند، هنوز سازمان دارای نام و آرمی نبوده‌است. حنیف‌نژاد پس از بازداشت در بازجو یی‌های خود صریحاً اعلام کرده‌است که:
سعید محسن نیز در این زمینه در بازجویی‌های خود یادآور شده‌است: علی میهن‌دوست نیز در بازجویی‌های خود اظهار داشته‌است که:
برخی از بنیان‌گذاران سازمان در بازجویی‌های خود به نقش قیام ۱۵ خرداد در گرایش آنان به مبارزهٔ مسلحانه اعتراف کرده‌اند. محمد حنیف‌نژاد در بازجویی‌های خود آورده‌است:
سعید محسن نیز در بازجویی‌های خود گفت: پس از دستگیری، محاکمه و محکومیت رهبران نهضت مانند مهدی بازرگان، یدالله سحابی و محمود طالقانی، تحت تأثیر برخوردهای خشن حکومت شاه با مخالفان و سرکوب قیام ۱۵ خرداد و شکست مبارزات مسالمت آمیز، پاسخ‌ها و رویکردهای سیاسی نهضت آزادی در نگاه این جوانان، پاسخ‌های معقول و راه‌گشا به حساب نمی‌آمد و آنان در جریان تدوین استراتژی به مبازره قهرآمیز و تفسیری رادیکال از اسلام رسیده و به تدریج با بهره‌گیری از تئوری‌های انقلابیون آمریکای لاتین، شیوهٔ جنگ چریکی شهری و کار مخفی سازمانی و مسلح شدن را در تاکتیک پذیرفتند.
در شهریور سال ۱۳۵۰ و در آستانهٔ برگزاری جشن‌های ۲۵۰۰ سال شاهنشاهی، ۱۳ نفر از سران سازمان دستگیر و پس از شکنجه ۱۲ نفر از آنان اعدام شدند. مسعود رجوی از مجازات اعدام نجات یافت و بعدها رهبری سازمان را در اختیار گرفت. در آذر ماه همان سال رضا رضایی از کادرهای سازمان توانست از زندان فرار کند و تا روز کشته شدنش در ۲۵ خرداد ۱۳۵۲، نقش مهمی در رهبری و سازماندهی مجدد و عملیات نظامی مجاهدین ایفا کرد. بدین ترتیب بقایای سازمان به فعّالیّت خود ادامه دادند و سازمان با چند عمل مسلحانه در جامعه ایران شناخته شد. در دهه ۱۳۵۰ با مقابله شدید ساواک با نیروهای سیاسی مسلح، سازمان مجاهدین نیز در شرایط دشواری به فعّالیّت مخفی خود ادامه می‌داد و از حمایت بعضی از روشنفکران مذهبی مسلمان و روحانیون شیعه برخوردار بود.
تغییر ایدئولوژی سازمان مجاهدین در سال ۱۳۵۴ کمی بعد از فرار تقی شهرام از زندان ساری صورت گرفت. در آن زمان اکثریت اعضای مرکزیت «سازمان مجاهدین خلق» که خارج از زندان بودند، تحت تأثیر تقی شهرام و بهرام آرام به مارکسیسم گرویدند. آن‌ها در نخستین اعلامیه خود پس از تغییر ایدئولوژی آوردند:«در آغاز گمان می‌کردیم می‌توانیم مارکسیسم و اسلام را ترکیب دهیم و فلسفه جبر تاریخ را بدون ماتریالیسم و دیالکتیک بپذیریم. اینک دریافتیم که چنین پنداری ناممکن است… ما مارکسیسم را انتخاب کردیم زیرا راه درست و واقعی برای رها ساختن طبقه کارگر زیر سلطه است».پس از این اعلامیه، مجاهدین مارکسیست با حفظ آرم سازمان و تغییر علائم و نشان‌های گذشته، حذف آیات قرآن و تاریخ پیدایش سازمان و نیز افزودن مشت گره کرده به نشانه وابستگی به طبقه کارگر، آرم جدیدی را برای خود تهیه کردند. نشریه «جنگل» را به جای «مجاهد» به عنوان ارگان سازمان منتشر کردند و هر سه ماه یکبار نیز نشریه «قیام کارگر» را انتشار دادند.
اما اکثریت اعضای سازمان در داخل زندان که در راس آن‌ها افرادی چون مسعود رجوی، مهدی ابریشمچی و موسی خیابانی قرار داشتند در اصول خود و پایبندی به اسلام باقی ماندند. مسعود رجوی اعلام گرایش سازمان به مارکسیسم را یک حرکت فرصت‌طلبانه اعلام نمود و آن را زمینه‌ساز رشد تمایلات راست ارتجاعی خواند. بخش خارج از کشور نیز به‌طور جداگانه مخالفت خود را با این حرکت فرصت طلبانه با صدور اعلامیه‌ای با امضای «تعدادی از اعضای سازمان» اعلام نمودند.
درگیری‌های خونینی نیز بر اثر اختلافات مجاهدین مارکسیست و مسلمان رخ داد. مجید شریف واقفی، لبافی‌نژاد و مرتضی صمدیه لباف به دست مارکسیست‌های حاکم بر سازمان ترور شدند. تراب حق‌شناس از بازماندگان جمع اولیه تشکیل‌دهنده سازمان مجاهدین خلق که در سال ۵۴ به مارکسیسم گرایید، در توضیح این تغییر ایدئولوژی می‌گوید:
انشعاب سال ۱۳۵۴ به‌طور کلی ضربات مهلکی را بر این سازمان وارد کرد. ساواک طی مدت کوتاهی توانست تعداد زیادی از افراد و گروه‌های پراکنده مارکسیست و مذهبی وابسته به سازمان مجاهدین را به تدریج شناسایی کند و از بین ببرد؛ به‌طوری‌که از اواسط سال ۱۳۵۵ دیگر عملاً سازمانی وجود نداشت. از طرف دیگر انشعاب در سازمان مجاهدین باعث شد که برخلاف دوره‌های قبل اتحاد استراتژیک بین نیروهای مارکسیست و مذهبی در مقابله با شاه از بین رفته و جای خود را به بدبینی شدید و مرزبندی دقیق بین مارکسیستها و مذهبی‌ها بدهد. گروه‌های مسلح مذهبی جدید بر خلاف قبل، از همکاری با نیروهای مارکسیست به خاطر عقاید ضد دینی و ترس از خیانت آن‌ها پرهیز می‌کردند. گفته شده که سرخوردگی مجاهدین از پشتیبانی روحانیون و ناتوانی در جذب روشنفکران جدید که غیرمذهبی بودند از جمله علل گرایش نهایی سازمان به مارکسیسم می‌باشد.
بعد از این اتفاق، برخی از روحانیون (از جمله طالقانی، منتظری، ربانی شیرازی، مهدوی کنی، انواری، لاهوتی، و رفسنجانی) که از قبل در زندان درگیرهایی با زندانیان مارکسیست داشتند، در اطلاعیه‌ای در اسفند ۱۳۵۴ با اشاره به نجاست کفار، اعلام کردند که تمامی زندانیان مسلمان باید از هرگونه ارتباط با مارکسیستها (غذا خوردن، تماس بدنی، وسایل مشترک زندانیان هم‌بند، ...) پرهیز کنند.
در پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، مجاهدین خلق این واقعه را به رهبر انقلاب (سید روح‌الله خمینی) و ملّت ایران تبریک گفتند و او را «امام» نامیدند. مسعود رجوی که مدتی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ و سرنگونی شاه، در ۳۰ دی ۱۳۵۷ از زندان آزاد شده و ریاست سازمان مجاهدین را به عهده گرفته بود، به همراه موسی خیابانی به دیدار سید روح‌الله خمینی رفتند. مجاهدین با استفاده از فضای آزادتری که پدید آمده بود، با بالا گرفتن تب فعّالیت‌های سیاسی همچون سایر احزاب به سرعت رشد کرد. دیدگاه‌ها و نگرش‌های مختلف احزاب و گروه‌ها پیرامون نوع حکومت پس از سرنگونی حکومت پهلوی، مطالبات قومی و در خواست فدرالیسم در میان برخی اقوام ایران، دخالت برخی دولت‌های خارجی و نهایتاً ضعف نهادهای مدنی و فرهنگ فعالیت دموکراتیک، تب شدید فعالیت‌های سیاسی در ایران پس از انقلاب را به سمت تنش و درگیری مسلحانه پیش برد. مرگ سید محمود طالقانی، باعث افزایش تنش میان دو طرف گردید، چرا که با توجّه به محبوبیت فراوان او در میان مجاهدین و مقبولیتش در بین روحانیون سنتی و دیگر گروه‌های مذهبی، دعوت او به آرامش ممکن بود کارساز واقع شود.
پس از انقلاب سازمان مجاهدین خلق با نام رسمی جنبش ملی مجاهدین فعالیت خود را آغاز کرده و در تراکت‌های رسمی نیز خود را به همین نام می‌خواند.
در پی تعیین صلاحیت نامزدهای اولین انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۵۸، مسعود رجوی به عنوان کاندید سازمان مجاهدین، اعلام آمادگی نمود که مخالفت برخی همچون جمعیت فدائیان اسلام را برانگیخت. این گروه طی نامهٔ سرگشاده‌ای به شورای انقلاب، خواستار حذف برخی کاندیداها، که منحرف نامیده بود، شد و عنوان داشت که در غیر این صورت، خود وارد عمل خواهد شد. متعاقباً در تاریخ ۲۹ دی، از سید روح‌الله خمینی دربارهٔ انتخابات ریاست جمهوری و اعتقاد نامزدها به قانون اساسی، پرسشی به عمل آمد و وی در پاسخ نوشت:
با اعلام نظر خمینی، رجوی از دور انتخابات کنار رفت و سازمان مجاهدین خلق تلویحاً وزارت کشور را در این امر مقصر قلمداد کرد. از آن روز به بعد، مجاهدین به صورت علنی به محکوم کردن حکم خمینی پرداختند و مقامات دولتی نیز در پاسخ، به توقیف روزنامهٔ مجاهدین، که فروش آن ۱۶ برابر بیشتر از روزنامهٔ روحانیون حاکم (حزب جمهوری اسلامی) بود، بازداشت چندین تن از سران آن سازمان و ممنوع اعلام کردن فعّالیّت آن‌ها پرداختند. اتفاقات دیگری همچون دستگیری محمدرضا سعادتی، یکی از مهم‌ترین اعضای سازمان، آن هم به اتهام جاسوسی، وضعیت را وخیم‌تر کرد.
در این مرحله، یعنی بعد از سرنگونی نظام سلطنتی، تا سرفصل ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ که مجاهدین به آن فاز سیاسی می‌گویند، برنامهٔ کار مجاهدین فعالیت افشاگرانهٔ سیاسی بود. در همین ایام نشریهٔ مجاهد که ارگان رسمی سازمان مجاهدین بود با تیراژ قریب به ۵۰۰ هزار نسخه در سراسر کشور منتشر می‌گردید. مسعود رجوی از چند ماه پیش از وقایع خرداد ۱۳۶۰ در مصاحبه‌ای در اسفند ماه ۵۹ پیش‌بینی کرده بود که در صورت عدم تشکیل «یک مجلس واقعاً ملی فراگیر» به معنی مجلسی که شامل اعضای سازمان باشد، «خبری از زندگی مسالمت‌آمیز در کار نخواهد بود.» به گفته سعید حجاریان، در اسنادی که سال ۶۶ از سازمان مجاهدین به دست آمد، مسعود رجوی تحلیل کرده بود که اگر با بنی‌صدر متحد شود «قطعی است که می‌تواند رژیم را جارو کند» و پیشنهاد کرده بود که با ریختن نیروها به خیابان بنی‌صدر را تحریک به مقابله با رژیم کنند. ابراهیم یزدی، گفته‌است که رهبری سازمان پیشتر از وقایع خرداد ۶۰ دچار «تخیلات انقلابی» شده بود و در دیداری به او گفته بودند که می‌خواهند «تجربه انقلاب را تکرار کنند» اما او به صراحت به آن‌ها گفته‌است «شما اشتباه می‌کنید.. امروز بدنه جامعه با شما نیست. شما یک گروه اقلیت و کوچکی هستید و اگر بخواهید این کارها را بکنید… متلاشی خواهید شد.» کیهان در ۳۱ خرداد ۶۰ نوشت که مجاهدین خلق انتظار سقوط بنی‌صدر و عدم حمایت مردم از او را نداشتند و به همین دلیل به شیوه نهایی خود که جنگ مسلحانه با نظام بود روی آوردند. به گفته یکی از مسئولان حفاظت مرکزی سازمان، مسعود رجوی از قبل طی سفرهایی نظر مساعد دولت‌های خارجی از جمله عراق، فرانسه و آمریکا را برای قیام مسلحانه به دست آورده بود.
به دنبال کشمکش‌ها و اختلاف نظرهای رئیس‌جمهور وقت، ابوالحسن بنی‌صدر با حزب جمهوری اسلامی و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت خمینی، از آن‌جا که او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیش‌تر هیچ‌گاه به ایجاد یک حزب یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق که پیش‌تر از آن‌ها به شدت انتقاد کرده بود، متحد شد. در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در اختفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواند. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با نظام جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۹، از بنی‌صدر حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰ از هوادارانشان خواستند تا علیه نظام به خیابان‌ها بریزند. یک روز پس از آن، تظاهرات خشونت‌آمیزی در شهرهای مختلف کشور به راه افتاد. در تهران حدود پانصد هزار نفر در خیابان‌ها به دادن شعار و اعتراض و درگیری با نیروهای نظام پرداختند. نظام نیز با اعلام خمینی، مبنی بر اینکه «آنان که علیه حاکمان شرع حرف می‌زنند، با اسلام به مبارزه می‌پردازند»، به سرعت عکس‌العمل نشان داد. چنان‌که تنها در اطراف دانشگاه تهران حدود ۵۰ نفر کشته، ۲۰۰ نفر مجروح و ۱۰۰۰ نفر دستگیر شدند. روز بعد، بنی‌صدر برکنار و دستور بازداشت او توسط خمینی، به اتهام خیانت و توطئه علیه نظام، صادر شد و به این ترتیب رقابت‌های سیاسی وارد عرصهٔ خشونت‌آمیزی گشت.
در روز هفتم تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور بهشتی، چهار تن از وزرای کابینهٔ دولت، ۲۳ نمایندهٔ مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند. مدتی بعد کرسی ریاست جمهوری به محمدعلی رجایی سپرده شد و به سمت دبیرکل حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد. هم چنین وی محمدجواد باهنر را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، بهزاد معزی، طی یک عملیات پروازی از پایگاه یکم شکاری مهرآباد به وسیلهٔ یک هواپیمای جت از کشور خارج و در فرودگاه پاریس فرود آمدند. رجوی و بنی‌صدر به همراه برخی گروه‌های دیگر، آغاز فعالیت شورای ملی مقاومت را برای مبارزه با نظام جمهوری اسلامی اعلام کردند.
دو ماه پس از حادثهٔ بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر ریاست جمهوری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود. با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل بنی‌صدر پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور امام جمعهٔ شهرهای تبریز، کرمان، شیراز، یزد و باختران، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد.
در ماه شهریور ۱۳۶۰، مجاهدین، هواداران جوان خود را برای اعتراض و درگیری مسلحانه با عوامل حکومتی به خیابان‌ها فرستادند. در تاریخ ۵ مهر ماه ۱۳۶۰ آنان از تیربار و موشک انداز آر پی جی علیه نیروهای سپاه پاسداران استفاده نموده و برخی از گروه‌های کوچکتر چپ‌گرا همچون چریک‌های فدایی، دست به اقدامات چریکی مشابهی زدند. حکومت وقت در پاسخ به اقدامات مسلحانه، نیروهای ضداطلاعاتی سپاه را بسط داد و در ابعادی وسیع به دستگیری بسیاری از اعضای گروه و افراد مشکوک به همکاری با آنان شد.
در روز ۱۹ بهمن ۱۳۶۰ نیروهای سپاه پاسداران موفق به کشف محل اختفای اصلی رهبران مجاهدین در تهران در محلهٔ زعفرانیه شده و پس از محاصرهٔ آن محل و چند ساعت درگیری مسلحانه آن را تصرف کردند. در این واقعه ۲۳ نفر از جمله موسی خیابانی مرد شماره ۲ سازمان، آذر رضایی همسر موسی خیابانی و اشرف ربیعی، همسر اول مسعود رجوی، کشته و پسر خردسال مسعود و اشرف نیز به اسارت درآمد. این واقعه از سوی مجاهدین به «عاشورای مجاهدین» نامیده شد.
با وجود وقوع حوادث خشونت‌آمیز سال ۱۳۶۰ و کشته شدن برخی مقامات بلندپایه، بر خلاف پیش‌بینی مجاهدین خلق و سایر مبارزان مسلح که با ضربه وارد آوردن به وسیلهٔ عملیات مسلحانه و حذف فیزیکی نیروهای «مکتبی»، امید به سلب قدرت و ضعیف نمودن آنان داشتند، نه تنها از قدرت این نیروها کاسته نگردید، بلکه تمامی مراکز تصمیم‌گیری نیز در اختیار آنان قرار گرفته و فضای سیاسی کشور بسته شد. بدین ترتیب، همه گروه‌های سیاسی، جز آن‌هایی که در ردیف نیروهای «مکتبی» قرار داشتند، از میدان خارج شدند.
در سپتامبر ۱۹۸۰ این گروه با انتقال به عراق، شروع به مبارزه علیه ایران با همکاری ارتش بعث عراق نمودند. در سال ۱۹۸۶ میلادی دولت فرانسه مجاهدین را به خروج از پاریس مجبور کرد و از آن پس مرکز استقرار آن‌ها شهر بغداد پایتخت عراق شد. مجاهدین پس از آن به تأسیس شهری در شمال بغداد، در استان دیاله اقدام کردند. این شهر که شهر اشرف نامیده می‌شد، مرکز اقامت مجاهدین بود و پس از اشغال عراق توسط نیروهای ائتلاف ضد ترور از سال ۲۰۰۳ تا اول ژانویه ۲۰۰۹ توسط آمریکائی‌ها حفاظت می‌شد. دولت عراق از اول ژانویه سال ۲۰۰۹ مسولیت ادارهٔ اردوگاه اشرف را به دست گرفت که این موضوع باعث نگرانی ساکنین این اردوگاه و حامیان آن‌ها شد.
پس از انتقال اعضا به عراق، زوج‌ها ملزم به جدایی از یکدیگر شدند و سازمان فرزندانشان را به اروپا منتقل کرد. بسیاری از آنان دیگر فرزندانشان را ندیدند. یک بازدیدکنندهٔ اروپایی از قرارگاه اشرف می‌گوید:
پس از بازگشت مسعود رجوی در سال ۱۳۶۵ به عراق، در سال ۱۳۶۶ مجاهدین، ارتش آزادی‌بخش ملی را به منظور سرنگونی نظام جمهوری اسلامی، تأسیس کرده و در سراسر مرز ایران و عراق، با همراهی با ارتش عراق در جنگ عراق علیه ایران، دست به تهاجم علیه نیروهای نظامی ایران زدند و تا مرداد ۱۳۶۷ بیش از صد رشته عملیات نظامی علیه سپاه پاسداران و ارتش جمهوری اسلامی انجام دادند.
این سازمان هم چنین متهم به همکاری با صدام در سرکوب و قتل‌عام کردها و شیعیان عراق است. هرچند که سازمان این اتهام را رد می‌کند.
چندی پس از انتقال اغلب نیروهای سازمان به عراق و تغییر استراتژی جنگ چریکی به جنگ کلاسیک، در آخرین سال جنگ ایران و عراق و در شرایطی که توان نظامی ایران در پی چندین سال جنگ فرسایشی و توان اقتصادی و روحی ایرانیان با کاهش بسیار شدید درآمدهای نفتی شدیداً تحلیل رفته‌است، سازمان مجاهدین، رویارویی علنی با نیروهای ایرانی در جبهه‌ها را آغاز می‌کند.
این عملیات برای اول فروردین سال ۱۳۶۷ در اطراف شوش برنامه‌ریزی شده بود، امّا درگیری دو تن از نیروهای شناسایی سازمان و دستگیر شدن آن‌ها توسط نیروهای ایرانی، منجر به تردیدهایی پیرامون لو رفتن احتمالی عملیات و تعویق یک هفته‌ای آن شد. نهایتاً این عملیات در ۸ فروردین آغاز شد.
در جریان این عملیات و بر اساس ادعای مجاهدین، تلفات وارده به لشکر ۷۷ خراسان ۳۵۰۰ تن کشته و مجروح و ۵۰۸ اسیر، بیان می‌شود و مقدار زیادی تجهیزات جنگی به غنیمت آنان درآمد. مجاهدین تعداد تلفات خود را ۱۲۳ نفر گزارش داده و پس از اجرای عملیات منطقه را ترک و به خاک عراق بازگشتند.
سه ماه پس از عملیات آفتاب که مجاهدین را در موقعیت سیاسی و تبلیغاتی مناسبی قرار داد، در ۲۸ خرداد ۱۳۶۷، سازمان عملیات چلچراغ را اجرا می‌کند. هدف از این عملیات تصرف شهر مهران است که محقّق می‌شود. این عملیات در ابتدا به صورت مشترک بین تیپ‌های زرهی عراق و پیاده سازمان مجاهدین شروع شد. این تهاجم در چهار محور به‌طور ۵۰ کیلومتر و عمق ۲۰ کیلومتر صورت گرفت. گفته می‌شود شب قبل از آغاز عملیات، ارتش عراق اقدام به آتش بر روی محورهای منطقه می‌کرد.
مجاهدین برای حمله و تصرف مهران از از چهار محور به شهر مرزی مهران هجوم برده و شهر را تصرف کردند.
بنا به ادعای سازمان مجاهدین در عملیات چلچراغ لشکر ۱۶ زرهی قزوین، لشکر ۱۱ سپاه پاسداران و گردان‌های مختلف توپخانه و کاتیوشای حکومت اسلامی به‌طور کامل از بین رفته و ۸ هزار تن از نیروهای نظامی کشته و زخمی شدند. ۱۵۰۰ نفر نیز در داخل این عملیات اسیر شدند. پس از انجام عملیات و تصرف مهران، نیروهای سازمان اقدام به جمع‌آوری تجهیزات و وسایل خود کرده و در ظرف دو روز به پشت مرزهای عراق برگشتند.
منابع ایرانی ضمن پذیرش شکست در مهران، اعلام کردند که پیروزی مجاهدین ناشی از پشتیبانی ارتش عراق و استفاده از تسلیحات شیمیایی بوده‌است.
شش روز پس از قبول قطعنامهٔ آتش‌بس توسط ایران و در شرایطی که نیروهای عراقی با بهره‌برداری از ضعف شدید روحیهٔ نیروهای ایرانی، مجدداً به خرمشهر حمله کرده و تا آستانهٔ تصرّف آن پیش می‌روند، سازمان مجاهدین عملیاتی با نام فروغ جاویدان را آغاز می‌کند.
مسعود رجوی در شب آغاز عملیات گفت: «براساس تقسیمات انجام شده، ۴۸ ساعته به تهران خواهیم رسید… کاری که ما می‌خواهیم انجام دهیم در حد توان و اشل یک ابرقدرت است؛ چون فقط یک ابرقدرت می‌تواند کشوری را ظرف این مدت تسخیر کند… از پایگاه نوژه هم ترسی نداشته باشید؛ هر سه ساعت به سه ساعت دستور می‌دهم هواپیماهای عراقی بیایند و آن‌جا را بمباران کنند. پایگاه هوایی تبریز را هم با هواپیما هر سه ساعت به سه ساعت مورد هدف قرار خواهیم داد… علاوه بر آن، ضدهوایی و موشک سام ۷ هم که داریم… هوانیروز عراق تا سرپل ذهاب به همراه ستون‌ها خواهد بود. از نظر هوایی ناراحت نباشید چون هواپیماهای عراقی پشتیبان ما هستند و تمام ماشین‌ها به صورت ستون حرکت می‌کنند.»
هدف مجاهدین از این عملیات تصرف تهران اعلام شد امّا بر خلاف دو عملیات قبلی، به شکست گسترده و تلفات شدید سازمان منتهی می‌شود. مطابق اعلام رسمی مجاهدین ۱۳۰۴ نفر از اعضای آن طی این عملیات کشته شدند. هاشمی رفسنجانی در این مورد می‌گوید: «تدارک منافقین خیلی وسیع بوده و ضربه وارده بر آن‌ها خیلی عمیق است. ۱۲۰ تانک زرهی دجله، ۶۰ نفربر و ۶۰۰ خودرو دیگر، حدود ۵۰۰۰ رزمنده و همین تعداد پشتیبانی و تدارک‌چی و طرح رسیدن به تهران، خیلی احمقانه و ساده لوحانه و هفتاد درصد انهدام»
این آخرین فرصتی بود که از سوی صدام به مجاهدین برای تجزیهٔ بخشی از خاک ایران و ایجاد یک منطقهٔ خودمختار داده شده بود.
پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل در هجدهم ژوئیه ۱۹۸۸ میلادی، توسط ایران، برای آتش‌بس جنگ هشت ساله بین این کشور و عراق، در ۲۴ ژوئیه، سازمان مجاهدین خلق، برای براندازی دولت اقدام به حمله‌ای گسترده به مرزهای غربی و جنوب غربی ایران تحت عنوان «عملیات فروغ جاویدان» نمود و جمهوری اسلامی در پاسخ به این حمله، «عملیات مرصاد» را به اجرا گذاشت. اگرچه عملیات نظامی مجاهدین به راحتی توسط نیروهای ایرانی خنثی شد، امّا دستاویزی برای مقامات حکومتی فراهم کرد تا بسیاری از مخالفان سیاسی از جمله مجاهدین را که چندین سال پیش از آن دستگیر و محکوم شده بودند را به صورت فیزیکی حذف نمایند. حسین‌علی منتظری، که هنگام اعدام‌ها از مقامات بلندپایهٔ جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بود، بعدها در خاطرات خود مطالبی دربارهٔ آن اعدام‌ها نگاشت که نشان می‌دهد دستور اعدام تمامی زندانیان سیاسی که تا آن زمان بر عقیدهٔ خود پابرجا بودند، توسط خمینی، در اواخر تابستان سال ۱۳۶۷ صادر شده‌است. بنا به گزارش سازمان دیده‌بان حقوق بشر، این اعدام‌ها که در اقصی نقاط ایران به انجام پیوست، اغلب در نقاطی بسیار دور از محل حمله و شامل زندانیان سیاسی از جمله تعداد نامعلومی زندانیان عقیدتی که پیشتر سال‌ها در زندان به سر می‌برده‌اند بوده‌است. بدین دلیل این افراد نمی‌توانستند نقشی در حمله یا جاسوسی ایفا کرده باشند. بسیاری از آنان پیش از اعدام، محاکمه و به مدت‌های مختلفی به حبس در سال‌های آغازین دههٔ هشتاد محکوم شده بودند و در فعّالیت‌های غیرخشونت‌آمیز از جمله پخش روزنامه یا اعلامیه یا تظاهرات شرکت داشتند و بسیاری نیز در زمان دستگیری دانشجو یا دانش‌آموز و کم سن و سال بوده‌اند. سازمان عفو بین‌الملل طی سال ۱۹۸۱ این اعدام‌ها را ثبت کرده‌است. گزارش‌ها حاکی است که محاکمه‌ها در صورتی که اصلاً محاکمه‌ای در کار می‌بود، شتاب‌زده انجام می‌شد و به متهمان امکان تعیین وکیل یا دفاع از خود داده نمی‌شد. در میان قربانیان آن سال تعداد زیادی از نوجوانان و زنان وجود داشتند اکثریت اعدام‌شدگان آن سال از هواداران سازمان مجاهدین خلق بودند، اما صدها عضو و هوادار گروه‌های سیاسی دیگر از جمله سازمان چریک‌های فدایی خلق ایران (جناحهای مختلف)، حزب توده، حزب دموکرات کردستان، راه کارگر و دیگران نیز به‌همراه آنان اعدام گشتند.
پس از شکست در عرصه جنگ با ایران مسعود رجوی دستور انقلاب ایدئولوژیک را صادر کرد. در انقلاب ایدئولوژیک جدایی اجباری اعضای متأهل، فرستادن فرزندان این افراد به اروپا و برگزاری جلسات اعتراف به گناهان در حضور جمع به اعضای سازمان تحمیل شد. در این فرایند به اعضای سازمان گفته می‌شده که آن‌ها در صورت تبعیت از رجوی مسئولیتی در برابر خدا نخواهند داشت زیرا رجوی مسئولیت پیروانش را بر عهده خواهد گرفت. یرواند آبراهامیان بر این عقیده است که در اوایل سال ۱۳۶۷(۱۹۸۷ میلادی) سازمان مجاهدین خلق همه ویژگی‌های اصلی یک فرقه مذهبی - سیاسی را دارا بود. رهبری ستایش شده که عنوان رسمی رهبر یا مسئول اول و به‌طور غیررسمی امام نامیده می‌شد. لقب امام حال شباهت زیادی به لقب امام زمان منجی مورد انتظار شیعیان دارد. رجوی با اشاره قلم شورای مرکزی سازمان مجاهدین خلق را منحل کرد و شورایی پانصد نفره را جایگزین آن کرد. مجاهدین سلسله مراتبی خشک خلق کرد که در آن دستورات از بالا میِآمد و افراد رده پایین سازمان وظیفه‌ای جز اطاعت کردن بدون پرسش زیاد ندارند. سازمان کتابچه‌های راهنمای خاص خودش، فهرست سانسور و البته یک ایدائولوژی منقرض را تولید کرد. ایدائولوژی سازمان به رغم اینکه این موضوع را تکذیب می‌کرد عبارت بود از ترکیب پیام‌های مذهب تشیع با علوم اجتماعی مارکسیستی.
بعد از خاتمهٔ جنگ، مجاهدین کلیهٔ نیروهای خود را در شهر اشرف متمرکز نمودند. مسعود رجوی رهبر گروه از آن زمان به بعد دیده نشده و به احتمال فراوان کشته شده‌است. گرچه سازمان مجاهدین با پخش پیام‌هایی منسوب به وی مدعی زنده بودن اوست. این شهر موضوع اصلی‌ترین اختلاف بین مجاهدین و جمهوری اسلامی بود. جمهوری اسلامی تلاش‌های زیادی برای منحل کردن و اخراج اعضای مجاهدین یا بازگرداندن آن‌ها به ایران چه مستقیماً و چه از طریق افراد وابسته به خود در دولت عراق به کار بست. متقابلاً مجاهدین نیز دست به کمپین گسترده‌ای در میان مردم عراق زدند تا حمایت‌هایی را کسب نمایند؛ از جمله اعلام نمودند که ۵ میلیون و دویست هزار نفراز مردم عراق با امضای بیانیه‌ای، حمایت خودشان را از مجاهدین اعلام کرده و خواهان خلع ید از جمهوری اسلامی در عراق شدند. در این حال مشاور امنیت ملّی عراق اعلام کرد که دولت عراق به اعضای گروه مجاهدین خلق اعلام کرده‌است که دو راه بیش‌تر ندارند، یا این که به ایران بازگردند یا کشور دومی را برای حضور خود انتخاب کنند، چرا که تحت هیچ شرایطی دیگر نمی‌توانند در خاک عراق بمانند. با شروع انتقال اکثر ساکنین اشرف به کمپ لیبرتی آخرین گروه از اعضای سازمان مجاهدین خلق در تاریخ ۱۶ سپتامبر ۲۰۱۲ میلادی از قرارگاه اشرف خارج، و بیشتر از ۲۰۰۰ نفر از اعضای این گروه در لیبرتی ساکن شدند. با این حال همچنان شمار اندکی از اعضا در اردوگاه ماندند که در پی حمله‌ای در سپتامبر ۲۰۱۳ این اردوگاه به‌طور کامل تخلیه شد. در نهایت در سال ۱۳۹۵ کمپ لیبرتی تعطیل شد و آخرین افراد سازمان مجاهدین خلق ایران به کشورهای اروپایی و بیشتر به آلبانی کمپ تیرانا منتقل شدند.
بعد از آن که محمد خاتمی به ریاست جمهوری ایران انتخاب گردید، سیاست‌مداران آمریکایی در دولت وقت آمریکا، یعنی دولت کلینتون که سالیان به دنبال جناح میانه‌رویی درون نظام جمهوری اسلامی بودند، از انتخاب محمد خاتمی استقبال کرده و برای نزدیک شدن به وی و بنا به درخواست وی به منظور نشان دادن حسن نیّت خود، نام سازمان مجاهدین را در لیست سازمان‌های تروریستی قرار دادند. در همان اوان، مارتین ایندیک، معاون وزارت خارجهٔ آمریکا در امور خاور نزدیک، به این واقعیت اذعان نمود. این واقعیّت توسّط مقامات دیگری از ایالات متّحده نیز اذعان شده‌است. بار دیگر در تاریخ ۱۲ ژانویه سال ۲۰۰۹ وزارت امور خارجه آمریکا، مجاهدین خلق را یک گروه تروریستی شناخت.
در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۸۹، یک دادگاه استیناف در واشینگتن دی سی آمریکا حکم کرد که نگه داشتن سازمان مجاهدین در لیست تروریستی آمریکا اشتباه بوده‌است و اینکه وزارت خارجه آمریکا می‌باید در این نامگذاری تجدید نظر کند. این موضوع برای این سازمان که ۱۳ سال برای خارج شدن از لیست تروریستی آمریکا تلاش می‌کرد یک پیروزی بزرگ محسوب می‌شود.
روز دوشنبه، ۷ بهمن ۱۳۸۷، شورای وزیران اتحادیه اروپا با خارج شدن نام سازمان مجاهدین خلق ایران از لیست تروریستی اتحادیه اروپا موافقت کرد. مریم رجوی در اطلاعیه‌ای که از سوی شورای ملی مقاومت صادر گردید گفت:
پیش از آن نیز در ۳۰ نوامبر ۲۰۰۷، دادگاه ویژه‌ای در بریتانیا رأی داد که دولت این کشور، بایستی نام سازمان مجاهدین خلق ایران را از فهرست گروه‌های تروریستی حذف و فعالیت‌شان را در بریتانیا قانونی اعلام کرد. بیش از ۱۰۰ عضو پارلمان اروپا از باراک اوباما خواستند که نام مجاهدین خلق را از لیست سازمان‌های تروریستی آمریکا حذف نماید. قانون‌گذاران در نامه‌ای گفتند که سازمان مجاهدین خلق ایران به‌وضوح نشان داده‌است که دشمن بنیادگرایی اسلامی است.
کمیتهٔ پارلمانی ایران آزاد که از حمایت اکثریت مجلس عوام و بیش از ۲۰۰ عضو مجلس اعیان برخوردار است، روز ۱۵ مه ۲۰۰۹ اعلام کرد: اقدام اتحادیه اروپا با اعتراض جمهوری اسلامی ایران مواجه شد. قشقایی سخنگوی وقت وزارت خارجه ایران گفت: «این مسئله برخورد کاملاً دوگانه و گزینشی با موضوع تروریسم را نشان می‌دهد. اتحادیه اروپا که در راستای سیاست تروریسم خوب و تروریسم بد، حرکت می‌کند، علاوه بر جنایاتی که منافقین در ایران و عراق انجام داده‌اند کاملاً واضح و روشن است که این گروهک فرقه‌گرا، جزئی از تروریسم هستند و دستشان به خون ۱۶ هزار ایرانی آغشته‌است.»
الیزابت روبین در مقاله‌ای در روزنامهٔ نیویورک تایمز بر این نکته تأکید کرده بود که حذف این گروه از سازمان‌های تروریستی اقدامی اشتباه خواهد بود. وی در مورد توضیح در مورد این گروه نوشت: هم‌اکنون این سازمان تنها در دو کشور عراق و ایران به عنوان سازمان تروریستی شناخته می‌شود و هیچ کشور دیگری این سازمان را به عنوان تروریست ذکر نکرده‌است.
سازمان مجاهدین خلق از طریق لابی‌ها و آکسیون‌های برنامه‌ریزی شده و صرف هزینه‌های هنگفت، سعی در جلب شخصیت‌های پرنفوذ سیاسی به عنوان «حامی» خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در اتحادیه اروپا و ایالات متحده آمریکا کرده‌است.
به عنوان نمونه شرکت اکین گامپ استراوس هائور اند فد با بیش از ۸۰۰ وکیل دادگستری که در استخدام دارد، نقش مهمی را در حذف نام سازمان مجاهدین خلق ایران از «فهرست گروه‌های تروریستی اتحادیه اروپا» داشت. روزنامه نیویورک تایمز، هزینه این شرکت لابی‌گر در آن دعاوی به نفع سازمان مجاهدین را چندین میلیون دلار برآورد کرده‌است.
همچنین، روزنامه نیویورک تایمز نوشت که برخی افراد و سیاستمداران آمریکایی که در میانشان از مدیران سابق سازمان سیا و اف‌بی‌آی نیز دیده می‌شود از مجاهدین خلق برای حضور در اجتماعات و سخنرانی و حمایت‌های سیاسی رشوه می‌گیرند. «جیمز ولسی» و «پورتو گاس» از رؤسای سابق سیا، «لوئیس جی. فری» مدیرکل سابق اف‌بی‌آی، «تام ریچ» وزیر امنیت ملی در دولت جورج بوش، «مایکل بی. موکیزی» دادستان کل سابق و ژنرال «جیمز جونز» اولین مشاور امنیت ملی در دوره باراک اوباما از جمله این افراد هستند. ادوارد رندل، فرماندار پیشین ایالت پنسیلوانیا در ایالات متحده آمریکا که به نفع خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در ایالات متحده آمریکا فعالیت و در همایش‌های طرفداران این سازمان سخنرانی می‌کند، دریافت مبلغ ۱۵۰ هزار دلار را به عنوان «حق سخنرانی» به نفع این سازمان تأیید کرده‌است.
دادگاهی در عراق روز ۲۰ تیر ۱۳۸۹، حکم دستگیری ۳۹ تن از اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران، از جمله مریم و مسعود رجوی، رهبران این گروه، را به اتهام «جنایت علیه بشریت» صادر کرد. اتهام کمک به صدام حسین در سرکوب اکثریت شیعه و اقلیت کُرد این کشور مبنای این حکم دادگاه را تشکیل می‌دهد. در سال ۱۹۹۱ و به دنبال جنگ خلیج فارس، شورش‌هایی ضددولتی در جنوب و شمال عراق به راه افتاد که صدام حسین با خشونت بسیار آن‌ها را فرونشاند. سازمان مجاهدین خلق هرگونه کمک به صدام حسین در فرونشاندن این شورش‌ها را تکذیب می‌کند. خبرگزاری رویترز از قول یکی از سخنگویان این سازمان «تصمیم دادگاه عراقی را سیاسی و آخرین هدیه دولت نوری المالکی به دولت ایران» توصیف کرد.
کنگره سراسری سازمان مجاهدین هم‌زمان به مناسبت پنجاه و دومین سالگرد تأسیس سازمان روز چهارشنبه ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ در تیرانا پایتخت آلبانی و ۵ پایتخت دیگر اروپایی برگزار شد. این کنگره در اجتماع خود زهرا مریخی را به عنوان دبیرکل جدید انتخاب کرد. ریاست این کنگره را زهره اخیانی به عهده داشت که از شهریور ۱۳۹۰ دبیرکل این سازمان بود. براساس آئین‌نامه داخلی سازمان مجاهدین خلق دبیرکل هر دو سال یک بار انتخاب می‌شود. این انتخابات در سه مرحله انجام می‌شود. در شور اول که در ۲۹ مرداد ۱۳۹۶ برگزار شد، زهرا مریخی ۸۶ درصد آرای شورای مرکزی این سازمان را از میان ۱۲ کاندیدا به دست آورد. در شور دوم که روز ۱۲ شهریور ۱۳۹۶ در ۱۰ مرکز برگزار شد وی ۸۴ درصد آرای مسئولان و کادرهای سازمان را از میان ۴ کاندیدا کسب کرد؛ و سرانجام در شور سوم و نهایی در ۱۵ شهریور در یک رأی‌گیری علنی در اجتماع سراسری، وی به اتفاق آرا به‌عنوان مسئول اول سازمان مجاهدین خلق ایران انتخاب شد.
زهرا مریخی پس از انتخاب، با دست گذاشتن بر قرآن و ادای احترام به پرچم ایران و آرم سازمان مجاهدین سوگند خورد که همواره به تعهدات سنگین این مسئولیت پایبند باشد و تمام توانایی خود و سازمانش را، برای استقرار آزادی و دمکراسی در ایران بکار بگیرد. وی قدردانی خود را از تلاش‌های سلف خود، زهره اخیانی و مژگان پارسایی، رئیس شورای مرکزی مجاهدین خلق، ابراز نمود. او تلاش‌های آن‌ها و دیگر اعضای مجاهدین خلق را در طی ۱۴ سال گذشته، در طول یکی از خطرناک‌ترین و پیچیده‌ترین دوره‌های سازمان در قرارگاه اشرف و کمپ لیبرتی، مورد ستایش قرار داد. مریخی گفت: «سازمان مجاهدین خلق در حال حاضر دارای ۱۸ همردیف دبیرکل از جمله هفت دبیرکل سابق است.» وی همچنین نرگس عضدانلو ۳۶ ساله، ربیعه مفیدی ۳۵ ساله و نسرین مسیح ۳۹ ساله را به عنوان معاونین دبیرکل معرفی کرد.
مریم رجوی رئیس شورای ملی مقاومت ایران که در این اجتماع شرکت داشت با تبریک به مناسبت انتخاب زهرا مریخی به عنوان دبیرکل جدید مجاهدین گفت: «این یک انتخاب درخشان، در اوج دموکراتیسم و انسجام و شکوفایی و در راستای سرنگونی فاشیسم دینی است که در هم شکستن طلسم ارتجاع و اختناق را نوید می‌دهد.»
در مرداد ماه سال ۱۳۹۲ استراتژی جدیدی تحت عنوان «برنامه ۱۰ ماده ای برای آیندهٔ ایران» توسط سازمان مجاهدین خلق منتشر شد که نشان از تغییر و چرخشِ دیدگاه اقتصادی این سازمان از سوسیالیسم به بازار آزاد حکایت داشت. دربند هشتم این برنامه آمده‌است: «ما مالکیت شخصی، سرمایه‌گذاری خصوصی و بازار آزاد را به رسمیت می‌شناسیم و این اصل را پیشاروی خود داریم که چه در اشتغال و چه در کسب و کار، تمام مردم ایران باید از فرصت‌های برابر برخوردار باشند.»
سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، اعلام مبارزهٔ مسلحانه کرد. مسعود رجوی در گزارشی گفته‌است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱، ۱۲ هزار نفر کشته شده‌اند. به همین جهت این سازمان از سوی جمهوری اسلامی ایران سازمان تروریستی محسوب می‌شود. علاوه بر عملیات‌های مسلحانه‌ای که سازمان مسئولیت آن را پذیرفته‌است، برخی ترورها و عملیات‌های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده‌است:
به مجموعه اقدامات سازمان مجاهدین در برخورد با اعضای سپاه پاسداران و بسیج و مردم و تلاش برای کسب اطلاعات از طریق شکنجه آنان در مرداد ۱۳۶۱ گفته می‌شود.
در پی لو رفتن خانه‌های تیمی در اوایل سال ۱۳۶۱ مجاهدین اعضای سپاه و افرادی مشکوکی را که در اطراف خانه‌های تیمی مشاهده می‌کردند، ربوده و برای کسب اطلاعات مورد شکنجه قرار می‌دادند. یکی از اعضای جداشدهٔ سازمان در کتاب خاطرات خود می‌نویسد: «ما شکنجه می‌کنیم چون مجبور هستیم، ولی وقتی حاکم شویم، نمی‌کنیم … جنگ ما با رژیم، جنگ دو سازمان مهندسی است. هر کدام بیشتر شکنجه کند، برنده است.» در این عملیات، که از اوایل مرداد تا ۲۵ همان ماه به طول انجامید در مجموع سه پاسدار کمیته انقلاب اسلامی، یک کفاش، یک معلم و یک مهندس هوادار سازمان قربانی شدند.سازمان مجاهدین خلق اجتماعات و تظاهراتی‌هایی را در مخالف با جمهوری اسلامی ایران برگزار می‌کند و در آن‌ها اغلب از افراد غیر ایرانی با پرداخت هزینه سفر، اقامت، غذا و .. استفاده می‌کند. در برخی موارد رسانه‌ها گزارش داده‌اند که برخی از شرکت کنندگان در تظاهرات از ماهیت این سازمان یا اهداف تظاهرات بی‌خبر هستند و گاه حتی از اینکه موضوع اجتماع ایران است بی‌خبر بوده و تصور می‌کردند در مورد عراق اجتماع کرده‌اند. هرچند شاهین قبادی سخنگوی این سازمان این مطلب را رد کرده و به حکومت ایران نسبت می‌دهد، اما گزارش‌ها فراوانی از سوی رسانه‌های غیروابسته نظیر گاردین در اینباره منتشر شده‌است. برای نمونه آلینا آلیمکووا، دختر دانشجوی قرقیز و خبرنگار آزاد سرویس قرقیزی رادیو اروپای آزاد، در مصاحبه‌ای با رادیو فردا چگونگی جذب شدن و ترغیب شدن برای سفر به پاریس و حضور در اجتماع مجاهدین خلق را تشریح کرده‌است. وی می‌گوید که یک آگهی برای سفر با پاریس با قیمتی باور نکردنی و بسیار ارزان قیمت را دیده‌است و با آگهی دهنده تماس گرفته. به وی گفته شده که با پرداخت تقریباً ۱۵۰ هزار تومان می‌تواند به پاریس برود و یک هفته در یک هتل چهار ستاره همراه با صبحانه اقامت کند به شرط آنکه تنها در یک میتینگ سیاسی حضور داشته باشد. وی می‌گوید که ۳۱ خردادماه ۱۳۹۲ ساعت ۹ شب سوار هشت دستگاه اتوبوس شده و همراه دیگر جذب شدگان که اغلب داشته بوده و شیفته هزینه پایین سر بودند به پاریس منتقل می‌شوند. قبل از حضور در میتینگ تلفن‌ها ی همراه و دوربین‌های همه گرفته می‌شود اما به آنان کوپنی برای دریافت ساندویچ و نوشیدنی رایگان ارائه می‌دهند.
سازمان مجاهدین خلق در کنفرانسی در سال ۲۰۰۲ اطلاعاتی پیرامون سایت نطنز ارائه کرده و مدعی افشای برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار شد. اما منابع آمریکایی و اسراییلی چندی بعد افشا کردند که این اطلاعات تماماً از منابع دیگر از جمله دستگاه اطلاعاتی اسراییل بدست آنان رسیده بوده‌است و همچنین پیش از این کنفرانس تصاویر ماهواره‌ای نطنز از سوی برخی سازمان‌های دیگر در آمریکا ارائه شده بود. همچنین در سال ۲۰۰۹ (میلادی)، این سازمان ادعاهای تازه‌ای پیرامون برنامهٔ اتمی ایران ارائه داد که صحت آن را هنوز ثابت نکردند.
برخی از رسانه‌های معتبر آمریکا از جمله ان‌بی‌سی، نیویورک تایمز و نشریه نیویورکر در گزارش‌هایی در سال ۲۰۱۲ میلادی، با استناد به دو مقام آمریکایی مدعی شدند که دولت اسرائیل با همکاری سازمان مجاهدین خلق در ترور دانشمندان هسته‌ای در ایران دست داشته‌است. در واکنش، مقام‌های وابسته به سازمان مجاهدین این موضوع را همواره تکذیب کرده‌اند و آن را «کاملاً دروغ» خوانده‌اند.
بسیاری از اعضای جداشده سازمان و همچنین محققین این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای می‌دانند. مخالفت با خانواده و مغزشویی از ویژگی‌های اصلی فرقه است. مسعود رجوی در سال ۱۹۸۵ اولین مرحله از آنچه انقلاب ایدئولوژیک می‌خواند را اعلام کرد. مرحله تبدیل شدن مجاهدین خلق از سازمان به فرقه از این مرحله آغاز گردید. در این مرحله مهدی ابریشمچی از اعضای رده بالای سازمان همسر خود مریم قجَر عضدانلو را طلاق داد و مریم قجر با مسعود رجوی ازدواج کرد.
در فاز بعدی از آنچه رجوی انقلاب ایدئولوژیک می‌نامید در سال ۱۹۹۰ و پس از پایان جنگ ایران و عراق و شکست سازمان در برابر ایران، همه اعضا متأهل ملزم شدند که طلاق بگیرند و یکسال بعد وی فرزندان اعضا را از پایگاه اشرف به اروپا منتقل کرد و از خانواده‌ها جدا نمود. حدود ۸۰۰ کودک از خانواده‌ها جدا شده و اروپا انتقال یافتند تا تحت نظر سازمان بزرگ شوند.
خبرگزاری ایرنا نیز به نقل از سایت الحدث نیوز گفته‌است که ویکی لیکس اسنادی منتشر کرده که «اعضای گروهک تروریستی منافقین در سال ۲۰۱۱ وارد سوریه شدند تا با کشتار مردم و معارضان دولت این کشور، مسئولیت این کشتارها را به گردن ایران بیندازند.»
سایت «اینتر لینک» از سایت‌های مخالف این سازمان نیز مدعی اعزام دو تن از اعضای این سازمان به سوریه و کشته شدن آنان در آن کشور است. رضا تقی‌زاده در تحلیلی در بخش فارسی رادیو فرانسه معتقد است که «محتوای این گزارش با اطلاعات رسمی انتشاریافته توسط دولت بریتانیا مبنی بر «حضور اتباع اروپایی در جنگ داخلی سوریه» و همچنین گزارش رسمی اخضر ابراهیمی نماینده سازمان ملل در این زمینه کاملاً همسو و قابل توجیه بنظر می‌رسد.» Georges Malbrunot خبرنگار روزنامه فیگارو در سال ۲۰۱۳ مدعی شد که برخی اعضای این سازمان در درگیری‌های ادلب کشته شده‌اند. یکی از نمایندگان پارلمان عراق نیز مدعی حضور این سازمان در سوریه شده‌است. عبدالله البشیر النعیمی از رهبران ارتش آزاد سوریه نیز در سال ۲۰۱۴ در اجتماعی از مجاهدین خلق در پاریس حضور یافت و سخنرانی کرد.
سازمان مجاهدین خلق سال‌ها در پوشش انجمن‌های خیریه و به ادعای کمک به فقرا در ایران به جمع‌آوری پول در کشورهای اروپایی اشتغال داشته و مبالغ قابل توجهی از این طریق بدست آورده‌است. پس از رویداد ۱۱ سپتامبر و زیر نظر گرفتن شدید تر نقل و انتقال پول در کشورهای غربی کمیسون نظارت بر خیریه‌های انگلیس Charity Commission for England and Wales پس از یکسال تحقیقات دستور بستن این خیریه و حسابهای آن را صادر کرد.
سید مرتضی بختیاری دادستان وقت در مورد ایدئولوژی سازمان می‌گوید «شاید یکی از دلایل انحراف نفاق که با صراحت مشخص شد، رسیدن به این نظریه بود که هدف وسیله را توجه می‌کند و می‌گفتند ما به هدف برسیم ولو اینکه یک بچه شیرخوار کشته شود. این بر می‌گردد به ایدئولوژی که اینها داشتند… منافقین به بچه در بیمارستان اسلام‌آباد رحم نکردند و بیماران را کشتند (مجروحان جنگی هم نبودند) ما از اسلام یادگرفتیم مجروح جنگی را هم به عنوان اسیر درمان کنیم نه اینکه بکشیم. در شهر ببینید چه جنایاتی را آفریدند نه به بچه رحم می‌کردند و نه به پیر این همان چیزی است که برای رسیدن به هدف از هر وسیله‌ای استفاده می‌کردند و مهم رسیدن به هدف بود و ابزار برایشان مهم نبود.» علاوه بر این تغییر مواضع رادیکالی و پای گذاشتن بر مواضعی که زمانی به عنوان اصول این سازمان ادعا می‌شدند موجب شده که برخی منتقدین مشی این سازمان را ماکیاولیستی تعریف کنند، به‌طوری‌که ایرانپور و رضائیان می‌نویسند: «یکی دیگر از راهبردهای اساسی این فرقه در سالیان حیات سیاسی اش، تکیه بر مشی ماکیاولیستی بوده و دقیقاً بر همین اساس در نقاط حساس تاریخی حیات سیاسی خود به راحتی آرمان‌ها و شعارهای خود را زیر پا نهاده و بر خلاف آن عمل نموده‌است چرا که به باور ایشان “هدف وسیله را توجیه می‌کند”»
سازمان مجاهدین خلق با توجه به تغییرات ایدئولوژیک و رهبران هم در دوران قبل و هم بعد از انقلاب ۱۳۵۷ دچار انشعاباتی شده‌است. مهم‌ترین انشعاب قبل از انقلاب با تغییر ایدئولوژی سازمان به رهبری تقی شهرام به مارکسیست صورت گرفت.
عناصری که در بیرون از زندان گرایش سازمان به مارکسیسم را اعلام کرده بودند، بعد از انقلاب ۱۳۵۷ از نام مجاهدین دست کشیده و تحت عنوان سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر به فعالیت خود ادامه دادند و پس از انقلاب نیز رفته رفته به مخالفت با نظام جمهوری اسلامی پرداختند. تقی شهرام اوایل انقلاب ایران توسط دادگاه انقلاب اسلامی اعدام شد. یک نگرش دیگر که از طرف مدعیان این سازمان نسبت به تغییر ایدئولوژی آن عنوان می‌شود این است که: این سازمان در حال استحاله بوده‌است و ایدئولوژی همیشگی این سازمان قدرت طلبی از طریق ستیزه‌جویی بوده و در نقاط حساس تاریخی حیات سیاسی خود به راحتی آرمان‌ها و شعارهای خود را زیر پا نهاده و بر خلاف آن عمل نموده‌است چرا که به باور ایشان «هدف وسیله را توجیه می‌کند»
دومین انشعاب از مجموعه مجاهدین به رهبری لطف‌الله میثمی و بعد از انقلاب صورت گرفت. وی که از مجاهدین مسلمان بود و با رهبری مسعود رجوی مخالفت داشت بعد از انقلاب اقدام به تشکیل گروهی با نام مجاهدین راستین فعالیت کرده و نشریه ای بنام راه مجاهد راه اندازی کردند. فعالیت این گروه تا زمان دستگیری لطف‌الله میثمی ادامه داشت و بعد از آن میثمی را راه اندازی نشریه چشم‌انداز به فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی خود ادامه داد.
بعد از انقلاب ایدئولوژیک در این سازمان گروهی از افراد در اعتراض به این موضوع در پاریس گرد هم آمده و ضمن وفاداری به ارمان مجاهدین اولیه و موسی خیابانی اعلام گروهی بنام مجاهدین خلق ایران: راه موسی خواندند.
گروه دیگری که از این مجموعه جدا شدند افرادی به رهبری پرویز یعقوبی همسر سابق مینا ربیعی (خواهر اشرف ربیعی و باجناغ سابق مسعود رجوی) بودند. پرویز یعقوبی که از گروه مجاهدین اولیه بوده و از سال ۱۳۴۷ در این مجموعه فعالیت داشت.وبگاه رسمی