تبار سید روح‌الله خمینی
تبار سید روح‌الله خمینی به پیشینه نسبی سید روح‌الله خمینی، نخستین رهبر جمهوری اسلامی ایران، پس از انقلاب ۱۳۵۷ در ایران اشاره دارد. سید روح‌الله خمینی در خانواده‌ای به دنیا آمد، که سابقهٔ فعالیت‌های دینی و مذهبی در آن به قرن‌ها قبل برمی‌گشت. آن‌ها «سید موسوی» بودند، به این معنی که نسب‌شان از طریق موسی کاظم، هفتمین پیشوای شیعیان، به محمد پیامبر اسلام می‌رسد.
خاندان خمینی اصالتاً از نیشابور (دزق سر ولایت نیشابور) بودند  اما در اواسط قرن یازدهم هجری برای ترویج مذهب و راهنمایی امور دینی جامعهٔ شیعیان هند، راهی شمال این کشور و شهر لکنو، واقع در ناحیهٔ اوده ( یا "'اَوَد") شدند. در این منطقه قوانین اسلام و شیعهٔ دوازده‌امامی که از زمان صفویان دین و مذهب رسمی ایران به حساب می‌آمد، برقرار بود.
در آن‌جا، آن‌ها ساکن شهر کوچکی به نام کینتور شده و آغاز به رسیدگی به امور دینی شیعیان آن ناحیه کردند. جد اعلای او یکی از علمای نیشابور، به نام «محمد» بود، که به هندوستان رفت و در دهلی یا کشمیر اقامت گزید. عمادالدین باقی نوشته‌است:
چون در میان شیعیان، سنت شجره نویسی برای سادات مرسوم بوده و بدین وسیله سلسله نسب سادات تا رسیدن آن‌ها به یکی از ائمهٔ شیعه کم و بیش ثبت می‌شده‌است، سیادت خمینی از این نظر امتیازی محسوب می‌شد که راه گمانه‌زنی و شناخت در شجره‌نامه و خاندان ایشان را هموار می‌کرد.
یکی از روایات مذکور در این مورد چنین است که طبق نظر یکی از نسابیون در سال ۷۶۶ ه‍.ق کاروان کوچکی از طرف میر سید علی همدانی به سرپرستی سیدحیدر موسوی صفوی اردبیلی از ایران که آن زمان در شورش و جنگ و خون گرفتار بود، عازم کشمیر می‌شوند تا اسلام را تبلیغ کنند. سیدحیدر داماد و خواهرزاده علی همدانی بود که علی همدانی با ۱۷ واسطه از پدر و ۱۶ واسطه از مادر به حسین بن علی می‌رسد و این سیدحیدر، جد اعلای خمینی است و اما روایتی که بیشتر از همه مشهور شده، این است که سلسله نسب روح‌الله خمینی به میرحامدحسین می‌رسد. در زمان شاه سلطان حسین صفوی، یکی از علمای نیشابور به نام «سیدمحمد» به هندوستان رفت و در دهلی اقامت گزید. فرزندان وی در مناصب دولتی درآمدند و کم‌کم‌اهمیت پیدا کردند. سیداحمد چندی پس از شهادت پدرش دین‌علیشاه، از کشمیر به نجف و کربلا عزیمت کرد. شاید این سفر (در حدود سال‌های ۱۲۴۰ تا ۱۲۵۰ هجری قمری) به این منظور بوده که هم از خصومت‌ها در امان باشد و بتواند در آتیه، جای خالی پدر را پر کند و هم تعالیم دین را بیاموزد. او به دلیل حافظه نیرومندی که داشته به سرعت به مقامات علمی والایی نائل می‌شود و از مراجع وقت نجف اجازه اجتهاد دریافت می‌کند. او در نجف با افراد مهاجر آشنا می‌شود که یکی از آنها فردی به نام یوسف‌خان است که اهل روستای «فرفهان» یا «فراهان» از توابع خمین بوده‌است.
سید مرتضی پسندیده نیز در خاطراتش، حضور نیاکانشان را در هند توصیف کرده‌است.
جان اسپوزیتو نیز این نظر را تأیید می‌کند و می‌نویسد: برای نمونه «ادوارد ویلت» می‌نویسد که پدربزرگ پدری وی سید احمد موسوی هندی زاده روستای کینتور در منطقه بربنکی در ایالت اوتار پرادش هندوستان بود.
سید احمد موسوی هندی؛ پدربزرگ سید روح‌الله، در شهر کینتور هند به دنیا آمد. او که از هم‌دوره‌های میرحامد حسین محسوب می‌شد، در اواسط قرن سیزدهم هجری، لکهنو و کشور هند را ترک کرده و راهی نجف شد. این‌طور به نظر می‌آید که علت این تصمیم، فرار از قوانین استعمارگرایانهٔ دولت بریتانیا در هند آن زمان بود.
سید احمد در نجف کربلا با شخصی به نام یوسف‌خان کمره‌ای، از اهالی صاحب‌نام خمین آشنا شد. در آن زمان مردم خمین یوسف‌خان را که خود ساکن فراهان، از شهرهای نزدیک خمین بود، از سوی خود نیابت داده بودند که به نجف رفته و یک مجتهد باتقوا و آشنا به امور دین را با خود به خمین بیاورد تا امور مربوط به شریعت آن‌ها را بر عهده بگیرد. بعد از این آشنایی، یوسف‌خان سیداحمد را به‌این منظور انتخاب کرد و در نتیجه او به دعوت یوسف خان تصمیم به اقامت در خمین و به‌عهده گرفتن مسئولیت رسیدگی به امور دینی مردم آن منطقه گرفت. سیداحمد در خمین هم‌چنین با دختر یوسف خان – سکینه - ازدواج کرد.
اگرچه با این تصمیم او، پیوندش با کشور هند قطع شد، اما بعد از آن نیز وی هم‌چنان در بین معاصرین با لقب هندی شناخته می‌شد. این لقب بعدها نیز به نوادگان او منتقل شد، به‌گونه‌ای که خمینی خود در برخی از غزل‌هایش از تخلص هندی برای خود استفاده می‌کند. هم‌چنین مدت زمان کوتاهی پیش از انقلاب اسلامی ایران، رژیم شاه از این موضوع در جهت نسبت دادن خمینی به بیگانگان و خائن قلمداد کردن او استفاده کرد.
سید مصطفی، پدر سید روح‌الله خمینی در سال ۱٢۷۸ قمری (۱۲۴۰ شمسی) به دنیا آمد. (از سید احمد پس از مرگ تنها سید مصطفی و دختری بنام صاحبه باقی‌ماند) سید مصطفی مقدمات را در خمین و نزد میرزا احمد خوانساری آموخت. میرزا احمد از نوادگان حیدربن محمد خوانساری مؤلف زبدةالتصانیف است. رابطهٔ نزدیک آن دو سبب شد تا سیدمصطفی دختر میرزا احمد را که پیش از ازدواج حاجیه‌خانم نام داشت و پس از آن – در خانهٔ سید مصطفی – هاجر صدا زده می‌شد به همسری برگزیند. سیدمصطفی موسوی که در خمین او را «آقای موسوی»، «آسید مصطفی» یا «آسید هندی» خطاب می‌کردند، کمی پس از ازدواج برای ادامهٔ تحصیلات راهی اصفهان شد.
سید مصطفی تحصیلات دینی خود را در اصفهان و تحت نظر میر محمدتقی مدرسی ادامه داد. پس از آن به همراه همسر و نخستین فرزندش – مولود آغا – راهی نجف و سامرا شد و تحصیلات خود را به مدت بیش از پنج سال و با هدایت مراجعی هم‌چون میرزا حسن شیرازی – مرجع تقلید و فقیه شیعه - ادامه داد. این شیوه، شیوهٔ رایج تحصیلات دینی آن زمان بود، به‌گونه‌ای که تحصیلات پایه‌ای و مقدماتی در ایران صورت می‌گرفت و ادامهٔ تحصیلات در مقاطع بالاتر در شهرهای مذهبی عراق – عتبات – ادامه می‌یافت. در واقع سید روح‌الله خمینی اولین رهبر مذهبی محسوب می‌شد که تمام مراحل تحصیلات دینی‌اش در داخل ایران صورت گرفت.
در سال ۱۳۱۲ هجری قمری (معادل با ۱۲۷۴ هجری شمسی) سید مصطفی بعد از اتمام تحصیلات خود در عراق، به خمین بازگشت. آن‌طور که از اجازه‌ها و اوراق و کتاب‌های او برمی‌آید، سیدمصطفی به درجهٔ اجتهاد رسیده و لقب «فخرالمجتهدین» را گرفته بود.
حاصل ازدواج "سید مصطفی" با "هاجر"، دو فرزند دختر بنام "مولودآغا خانم" و "فاطمه" و سه فرزند پسر به نام‌های "مرتضی"، "نورالدین" و "روح‌الله" بود. روح‌الله آخرین فرزند بود در حالی که هاجر به فرزند آخر آبستن بود، سید مصطفی به همراه مردم روستا که برای سرجانشاندن اربابان و مالکان اطراف به خارج از شهر می‌رود و پیش از بازگشت به خانه "هاجر" فرزند خود را به دنیا می‌آورد و او را سید روح‌الله نام می‌نهد.
فرزندان به‌ترتیب تولد: مولودآغا خانم (متولد ۱۳۰۵ قمری)، فاطمه (متولد ۱۳۱۲ قمری)، مرتضی (متولد ۱۳۱۳ قمری) و نورالدین (متولد ۱۳۱۵ قمری) و روح‌الله، پنجمین و آخرین فرزند (متولد ۱۳۲۰ قمری) می‌باشند. به نوشته سید مرتضی پسندیده، سید مصطفی بسیار با نفوذ بود و خدمه و تفنگچی و املاک متعددی داشت. این املاک در دهات زَوَرقان و واسوران، طنجران، خمین و کرمو بود و شامل یک کاروانسرا می‌شد و کل درآمد املاک و کاروانسرا در سال حدود یک هزار تومان بود. منزل سید مصطفی شامل بیرونی و اندرونی، بالاخانه‌ها، سر طویله، برج بزرگ، برج کوچک، سنگرها و باغچه بزرگ، خیابان کشی و دارای درختان مختلف میوه بود. به نوشته سید مرتضی پسندیده، سید مصطفی سفرهای متعددی به تهران داشت که در آنها با اشخاصی همچون اتابک و صدراعظم تماس می‌گرفت. در یکی از این سفرها، او با گوهر ملک تاج خانم که دختر یکی از شاهزادگان بود به تاریخ سوم ربیع الاول ۱۳۱۷ قمری ازدواج کرده بود. سید مصطفی در اسفند ۱۲۸۱ و در پنج‌ماهگی روح‌الله، در مسیر خمین به اراک مورد حمله قرار گرفت (از منابع محلی در منطقه یاد می‌شود که این حمله توسط طایفه ذلکی، ایل بختیاری صورت گرفت، که در آن زمان به غارت شهر خمین شهرت داشتند و در یکی از سخنرانی‌های خمینی آمده که آنها و اهالی خمین با ذلقی‌ها (یا همان ذلکی‌ها) در جنگ بودند و با اصابت چند گلوله به ناحیه کتف و کمر کشته شد و جنازه وی به نجف منتقل و در آنجا دفن شد. برخی منابع سن او را در هنگام مرگ ۴۲ و برخی دیگر ۴۷ در نظر گرفته‌اند.
هویت مهاجمین به سرعت شناسایی شد. قاتل جعفر قلی‌خان، پسرعموی شخصی به نام بهرام‌خان – از حاکمین ثروتمند آن ناحیه – نام داشت. در مورد علت قتل اظهار نظر دقیق و معتبری وجود ندارد. بر اساس گزارشی که بعد از انقلاب ۱۳۵۷ منتشر شد، سیدمصطفی در آن دوران به دلیل اعتراضاتی که نسبت به ظلم و ستمی که به رعایا روا داشته می‌شد، خشم حاکمین منطقه را برانگیخته بود. البته دلیل دیگری نیز مطرح است و آن این است که با توجه به این‌که سیدمصطفی خود نیز در کنار انجام امور مذهبی مربوط به مردم منطقه، یک کشاورز ساده با زندگی‌ای متوسط محسوب می‌شد، در آن زمان بر اثر یک نزاع بر سر نوبت‌بندی آبیاری مزارع – چنان‌که از این قبیل نزاع‌ها در آن دوران مرسوم بود – به قتل رسیده‌است. روایت سومی نیز وجود دارد و آن این است که سیدمصطفی، در مقام قضاوت به عنوان قاضی خمین، حکمی علیه یک نفر که در ماه رمضان در ملاءعام اقدام به روزه‌خواری کرده بود، صادر می‌کند و خانوادهٔ فرد محکوم به عنوان انتقام، او را به قتل می‌رسانند.
بعد از مرگ او، تلاش‌های خواهرش صاحبه در خمین، برای اجرای حکم قصاص قاتل به نتیجه نرسید و در نتیجه همسرش هاجر – مادر روح‌الله – برای گرفتن حکم قصاص قاتل راهی تهران – دارالحکومه وقت – شد. در این سفر، دو پسر بزرگ هاجر – مرتضی و نورالدین – هم همراه او بودند و براساس یک روایت، روح‌الله شش‌ماهه نیز بر آغوش وی بود. سرانجام در ربیع‌الاول ۱۳۲۳، جعفر قلی‌خان قاتل سیدمصطفی به دستور عین‌الدوله، صدراعظم آن دوران، در تهران و در ملاءعام به دار آویخته شد.
بعدها سید مرتضی پسندیده، فرزند دیگر سیدمصطفی که در آن زمان به سیدمرتضی شهرت داشت و دوران نوجوانی را می‌گذراند، ماجرای قصاص قاتل پدرش را این‌گونه توضیح می‌دهد: «در چهارم ربیع‌الاول ۱۳۲۳ قمری، قاتل را برای اعدام به میدان بهارستان بردند. به من و برادرم گفتند به منزل برویم. چون بچه بودیم و متأثر می‌شدیم، ولی سایرین به میدان رفتند. مطابق رسم آن روزگار، قاتل، میرغضب و شاه (ولیعهد) که همگی در میدان حاضر بودند، لباس قرمز برتن داشتند. سر جعفرقلی‌خان را بریدند. چند روز بعد از اعدام قاتل، همراهان برای بازگشت به خمین گاری کرایه کردند.»
مادر او هاجر آغا خانم (بانو هاجر)، نیز از پیشینهٔ مذهبی برخوردار بود. او دختر بزرگ میرزا احمد مجتهد خوانساری و از نوادگان ملا حیدر بن محمد خوانساری (نویسنده "زبدة التصانیف") بود.