نقض حقوق اقلیت‌ها در جمهوری اسلامی ایران
نقض حقوق اقلیت‌های عقیدتی دینی، قومی و زبانی و نیز جنسیتی توسط نظام جمهوری اسلامی ایران پس از بررسی از سوی سازمان‌های پشتیبان حقوق بشر، گزارش شده و به بخشی از آن در این مقاله، اشاره شده‌است.
در نظام جمهوری اسلامی ایران، خداناباوران، دین‌ناباوران، بهائیان، دراویش گنابادی، یارسانی‌ها، شیطان‌پرستان، مندائیان، سیک‌های ایران، رائلیان و همهٔ مسلمانانی که به کیشِ دیگری بگروند (نوکیشان اسلام‌ناباور)، فاقدِ هرگونه حقوقِ شهروندی، قانونی و بشری هستند.
در نظام جمهوری اسلامی ایران زندانیان عقیدتی و سیاسی به‌گونه سیستماتیک، شکنجه شده و حقوق انسانی‌شان مانند حقوق انسانی معلمان، استادان دانشگاه، کنشگران سیاسی و مدنی، کارگران و نیز اقلیت‌های عقیدتی…، نقض می‌شود.
در سال ۲۰۱۶ میلادی، دست‌کم ۱۱۵ نفر سنی، ۸۰ بهائی، ۲۶ نفر نوکیش مسیحی، ۱۸ درویش و ۱۰ یارسانی به دلیل گرایش دینی یا فعالیت در زمینه دینشان در زندان بودند.
روحانیون در اوایل انقلاب ۱۳۵۷، با درخواست نمایندگان جامعه‌های غیرمسلمان (همچون: یهودیان، بهائیان و زرتشتیان…) مبنی بر به رسمیت شناخته شدن دین‌هایشان به عنوان دین‌های رسمی کشور مخالفت کردند و بر این اصرار کردند که نامسلمانان باید مشمول «ذمه» به‌شمار روند. در نهایت اصل ۱۳ قانون اساسی با تنها ۶ رأی مخالف (چهار نماینده غیرمسلمان و دو نماینده دیگر) به تصویب رسید. بر طبق این اصل
به باور عده‌ای، ذکر قید «تنها اقلیت‌های دینی» در این اصل در نهایت باعث شد تا دیگر جوامع دینی (از جمله بهائیان به عنوان بزرگترین جامعه دینی در ایران پس از مسلمانان) از داشتن حقوق شناخته شده محروم گردند.
پیروان آیین زرتشتی (مزدیسنا، بهی) نیز از سوی مراکز امنیتی رژیم جمهوری اسلامی، تحت آزار و محدودیت هستند.
حقوق انسانی مندائیان (صابئیان)، با اینکه جزو اقلیت‌های دینی هستند، در حکومت جمهوری اسلامی، در موارد قابل توجهی، نقض می‌شود.
یهودی‌ستیزی در ایران به عقاید محمد و قرآن بازمی‌گردد. کشمکش‌های یهودیان با مسلمانان و همچنین قتل‌عام‌های مسلمانان بر ضد یهودیان نیز پیشینه‌ای طولانی دارد. چنین قتل‌عام‌هایی علیه یهودیان بنی‌نضیر و بنی‌قریظه، هیچگاه علیه مسیحیان وجود نداشته‌است. یهودیان در دوران باستان منجی و مسیح خود را کوروش بزرگ می‌دانستند. حال آنکه با حمله اعراب به ایران و ورود اسلام به ایران، روابط ایرانیان و یهودی‌تباران به دلایل مذهبی و عقیدتی به شدت خدشه‌دار شده‌است. مسئله یهودی‌ستیزی در ایران، سیستماتیک و نهادینه شده‌است. در نظام جمهوری اسلامی ایران، یهودی‌ستیزی و صهیونیسم‌ستیزی و اسرائیلی‌ستیزی همگی دارای یک بار معنایی می‌باشند و هیچ‌گونه تفاوتی قائل نمی‌شوند.
نظام جمهوری اسلامی ایران اتهاماتی را که علیه یهودیان وارد کرده، به هیچ گروهی وارد نکرده‌است؛ وجود پدیده هولوکاست، گروه‌های اسلام‌گرای تندرو مانند داعش، همجنس‌گرایی، آئین بهائیت، جنبش فمنیسم، فراماسونری، و دیگر مسائل، همگی را توطئه یهودیان برای نابودی اسلام و جمهوری اسلامی ایران می‌دانند؛ کارشناسان اپوزیسیون می‌گویند، جمهوری اسلامی ایران همیشه مقصر خطاها و ناکامی‌هایش را به گردن آمریکا و اسرائیل می‌اندازد و از مکانیسم دفاعی فرافکنی استفاده می‌کند. درضمن چنین بدگمانی و تفکرات هجومی مقامات جمهوری اسلامی ایران نسبت به اسرائیل را در علم اختلالات روانشناسی، «پارانویا» می‌نامند. انکار هولوکاست در ایران، سیاست خصمانه و پیاپی علیه یهودیان و اسرائیل، نوشتن عبارت «اسرائیل باید از صفحه روزگار محو شود» روی بدنه موشک‌های بالستیک، بیان عبارت «اسرائیل ۲۵ سال آینده را نخواهد دید» توسط علی خامنه‌ای، نفرت‌پراکنی اکبر عبدی در سال ۲۰۱۳ میلادی علیه یهودیان به کار بردن عبارت رژیم اشغالگر قدس و رژیم صهیونیستی، نوعی یهودستیزی به حساب می‌آید.
فدراسیون یهودیان ایرانی–آمریکایی، اعلام کرده‌است که مقامات ایرانی هیچ اطلاعاتی را دربارهٔ ۱۱ مرد یهودی که در ۱۹۹۴ و ۱۹۹۷ ناپدید شدند، نداده‌اند
نظام آموزشی جمهوری اسلامی ایران کودکان یهودی را در استفاده از کتب غیر مذهبی یهودی محدود می‌کند و مدارس یهودی را ملزم به باز نگهداشتن مدارس در روز شنبه می‌کند. در مورد سطح ترقی یهودیان از نظر مشاغل تخصصی و به ویژه در دستگاه دولت محدودیت‌هایی وجود دارد. سید علی خامنه‌ای در سخنرانی ۲۹ تیر ۱۳۷۴ گفت دولت بی اصل و نسب؛ دولت جعلی؛ ملتِ دروغی. از اطراف دنیا آدم‌های شریر را گرد آوردند و ملغمه‌ای به اسم اسرائیل درست کردند. این ملّت است؟! هر جا یهودی‌های شریر و خبیثی بودند، در آنجا جمع شدند.
حکومت جمهوری اسلامی ایران، بیش از ۱۰۰ مسیحی را در عرض یک هفته، دستگیر کرده‌است و گروه فعالان مسیحی درب‌های باز (Christian advocacy group Open Doors) در تاریخ ۲۰ آذر ۱۳۹۷ گفته‌است که حکومت ایران، بی‌رحمانه پیروان مسیحی را در جمهوری اسلامی سرکوب می‌کند و این افزایش شدید دستگیری‌ها، به شدت، نگران کننده‌است.
در جمهوری اسلامی ایران، مسلمانانی که مسیحی شوند (نوکیش)، به اعدام یا زندان…، محکوم می‌شوند.
محمدتقی بهجت دربارهٔ طهارت اهل نصار و یهود در پاسخ به سؤال ۳۶۴: «نظر اسلام را دربارهٔ مسیحی، کلیمی، و زرتشتی بفرمایید»؛ فتوا داده‌است «همه نجس و کافر هستند»مهرداد نشاطی ملکیانس، زندانی عقیدتی-سیاسی می‌گوید که ارمنی بود؛ ولی بعدها کمونیست (عضو سازمان چریک‌های فدایی خلق) شد، با شلاق، شکنجه می‌شد تا نماز بخواند.
با وجود اینکه جمهوری اسلامی ایران رسماً یک حکومت شیعه اثنی‌عشری است، اقلیت‌های قومی متعددی هستند که پیرو آئین تسنن بوده‌اند و تابع حکومت مرکزی نبوده‌اند. از کشتار کردهای ایران توسط حکومت مرکزی می‌توان کشتار قارنا را نام برد. شکنجه و کشتار کردهای ایران تا به امروز توسط جمهوری اسلامی ادامه دارد.
در نظام جمهوری اسلامی ایران، دین‌ناباوران (آتئیست، کمونیست، دادارباور، ندانم‌گرا) و مرتدان، سرکوب (اعدام یا زندانی…) می‌شوند؛
افراد خداناباور (آتئیست) به زندگی پس از مرگ عقیده نداشته و به اصالت لذت، گرایش دارند. آن‌ها موافق با آزار رساندن به دیگران نبوده و در عین حال، اصراری هم به رساندن خیر به دیگران ندارند.
این افراد نیز اگر باورشان را آشکار کنند، با کیفر مرگ (اعدام) روبه‌رو می‌شوند.
ایران قوانین سختگیرانه‌ای دربارهٔ خداناباوران یا به‌طور کلی، افراد مرتد دارد، زیرا در قوانین اسلامی، حکم ارتداد برای مرد اعدام (چه توبه کند یا نکند) و برای زن، حبس ابد (در صورت عدم توبه) است. برطبق گزارش اتحادیه جهانی انسان‌گرا و اخلاق‌گرا، در مقایسه با سایر کشورها، افراد مرتد در کشورهای اسلامی با شدیدترین برخورد روبرو می‌شوند. ایران یکی از هفت کشوری است که مجازات افراد مرتد در آن، اعدام است. افراد مرتد در ایران، شهروند حساب نمی‌شوند و از حق و حقوق شهروندی نیز، محرومند؛ آنها برای برخورداری از این حق و حقوق، باید خود را جزو یکی از چهار دین رسمی در کشور، اعلام کنند(اسلام، مسیحیت، یهودیت و زرتشتیت). تاکنون افراد بسیاری در ایران به‌خاطر مرتد شدن، به زندان رفته یا اعدام شده‌اند. سینا دهقان، نوکیش مسیحی، یکی از چنین افرادی است. مشکلات او با حکومت از زمانی شروع شد که وی تصمیم می‌گیرد یک کانال در لاین برای نوشتن ایده‌های خود علیه اسلام و انتقاد از قرآن ایجاد کند. سپس ماجرایی برای او اتفاق می‌افتد: ۲۱ اکتبر ۲۰۱۵ بود و من از مرکز آموزش خدمت سربازی به خانه برمی‌گشتم، جایی که در میانه راه، توسط سازمان اطلاعات ایران (اطلاعات سپاه) دستگیر شدم تا مرا به زندان مرکزی اراک بفرستند. پس از شکنجه و بازجویی طولانی تحت فشار شدید، آن‌ها مرا مجبور به اعتراف به اقدامات خود کردند و آنها مرا به مجازات اعدام محکوم کردند.اکنون او تا زمان مجازات اعدام، در زندان به سر می‌برد.
اساساً اقلیت‌های دینی و غیر دینی در نظام جمهوری اسلامی ایران سرکوب می‌شوند. خداناباوران، دین‌ناباوران، بهائیان، یارسانی‌ها، مندائیان، سیک‌های ایران، رائلیان و همهٔ مسلمانانی که به کیشِ دیگری بگروند (نوکیشان اسلام‌ناباور)، فاقدِ هرگونه حقوقِ شهروندی، قانونی و بشری هستند و به‌شدت، سرکوب می‌شوند.
حقوق انسانی یارسانی‌ها نیز به دلیل غیر کتابی بودن، به شدت، نقض می‌شود به طوری که برخی از آن‌ها خودسوزی کردند.
بابیان نیز مانند بهائیان و دیگر اقلیت‌های دیگر در جمهوری اسلامی، از حقوق انسانی، محرومند.
در دورهٔ نظام جمهوری اسلامی ایران، بیش از ۲۰۰ (دویست) بهائی، کشته شده‌اند. بهائیان در جمهوری اسلامی، از حقوق شهروندی و انسانی، محروم بوده و سرکوب می‌شوند. آن‌ها معمولاً به دو شیوه، کشته می‌شوند، یا به حکم دادگاه انقلاب یا به دست مأموران حکومتی (بدون صدور حکم دادگاه).
حکومت ایران آیین بهائیت را به عنوان انحراف از اسلام و ارتداد می‌داند و بر خلاف ادیان مسیحیت، یهود و زرتشتی، آن را به رسمیت نمی‌شناسد. بهایی‌ها در ایران نمی‌توانند آزادانه و بدون مزاحمت اعمال مذهبی خود را در محیط‌های عمومی انجام دهند.
بیشتر مسلمانان جهان، ادیان پسااسلامی را به عنوان ادیان رسمی نمی‌شناسند؛ بلکه پیروان چنین ادیانی را کافر و نجس و مهدور الدم می‌دانند. بهائیت یک دین پسااسلامی است. نظام جمهوری اسلامی ایران متهم به کشتار جمعی و «نسل‌کشی سیستماتیک» اقلیت‌های مذهبی همانند بهائیان است.
فتوای سید علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران دربارهٔ نحوه معاشرت با بهائیان مورخ ۲۵ اردیبهشت ۱۳۹۵ می‌گوید «همه پیروان فرقه گمراه بهائیت محکوم به نجاست هستند و در صورت تماس آنها با چیزی، مراعات مسائل طهارت در رابطه با آنها، نسبت به اموری که مشروط به طهارت است، واجب است.»
به گفته مایک پمپئو وزیر امورخارجه ایالات متحده آمریکا: «در ایران نه تنها اقلیت‌های دینی، بلکه هرکس از آن‌ها حمایت کند تحت تعقیب قرار می‌گیرد» بنابر مسئله تئوری‌های توطئه در ایران اعتقاد به توطئه پیروان آیین بهائیت بر پایه سندی جعلی منسوب به شاهزاده دیمیتری دلگروکف (معروف به کینیاز دالگورکی)، سفیر کبیر روسیه در ایران در سال‌هایی ۱۲۷۰–۱۲۶۳ است. این سند مدّعی است شاهزاده بابیت و بهائیت را صرفاً به منظور تضعیف تشیع و به‌طور کلی تضعیف ایران به وجود آورده‌است. این سند در تهران در اواخر دهه ۳۰ میلادی پخش شد و از آن به بعد در مباحثات مسلمانان به‌طور وسیعی برای اثبات اینکه بهائیان توسط روس‌ها، و بعد انگلیس‌ها یا آمریکایی‌ها یا هر دو کنترل می‌شدند استفاده می‌شد. علاوه بر این، از آنجایی که دفتر مرکزی این آئین در شهر حیفا در اسرائیل قرار گرفته‌است، آئین بهایی توسط برخی، یک سازمان صهیونیستی در نظر گرفته می‌شود تا یک مذهب. برخی نویسندگان حتی آن را با فراماسونری و بنیادگرایی اسلامی مرتبط دانسته‌اند. بهاییان به علاوه متهم به حمایت مالی از انقلاب اسلامی ۱۳۵۷ ایران هستند.
کمیسیون آمریکایی آزادی بین‌المللی مذهبی، روز ۹ بهمن ۱۳۹۸ طی بیانیه‌ای اقدامات حکومت ایران علیه بهائیان را محکوم کرد. جمهوری اسلامی ایران، بهائیان را به رسمیت نمی‌شناسد و با آنها به انحای مختلف برخورد می‌کند.
همچنین در راستای بهائی‌ستیزی، برخی از بهائیان شهمیرزاد سمنان، در اوایل انقلاب ۱۳۵۷، سوزانده شدند.
در راستای بهائی‌ستیزی، برخی از بهائیان شهمیرزاد سمنان، در اوایل انقلاب ۱۳۵۷، سوزانده شدند.
آزادی مذهبی درویشان گنابادی از دوره ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد در ایران، مورد تهدید و آزار بیشتری قرار گرفت تا جایی که چند حسینیه این سلسله، در شهرهای گوناگون، ویران شد. همچنین بیش از ۳۰ تن از کارکنان خبرگزاری تارنمای مجذوبان نور (وابسته به سلسله نعمت‌اللهی گنابادی) بازداشت و زندانی شدند.
گسترده‌ترین سرکوب مذهبی در جمهوری اسلامی هم در رابطه با دراویش در خیابان پاسداران تهران رخ داد. این درگیری‌ها و اعتراضات دراویش گنابادی منجر به اعدام یک نفر و کشته شدن ۶ نفر از هر دو طرف درگیر ماجرا شد. همچنین نورعلی تابنده پس از این حوادث در حصر خانگی قرار گرفت و پس از گذشت دو سال در حصر درگذشت.
در ایران مجازات شیطان‌پرستان، برابر با مرگ (اعدام) می‌باشد و ضمناً هرگونه آسیب و آزار رساندن به آن‌ها نیز از دید قوه قضاییه، مُجاز است. قاضی صفر خاکی، دادیار دادسرای جنایی تهران در پاسخ به این سؤال که آیا قانون کشور ایران در رابطه با شیطان‌پرستان چه می‌گوید؟ گفت که از نظر قانونی هر نوع خروج از اسلام و مقابله با خداوند، ارتداد به‌شمار می‌رود و اگر از نوع فطری باشد یعنی که خودش مسلمان یا از والدین مسلمان باشد حکمش اعدام است.
همه کسانی که از دین اسلام، روی‌گردان شوند، حکمشان اعدام است.
سیک‌ها، شیطان‌پرستان، رائلیان... و نیز همهٔ مسلمانانی که به کیش دیگری بگرَوند (نوکیشان)، به‌مانند دین‌ناباوران و بهائیان و بابیان (بیانی‌ها) و یارسانی‌ها، فاقد هر گونه حقوق شهروندی، قانونی و بشری هستند و به‌شدت، سرکوب می‌شوند.
آذربایجانی‌ها همواره نسبت به مسالی مانند: از جمله عدم تدریس به زبان ترکی به جای زبان رسمی، آزار و اذیت فعالان مدنی آذربایجانی، و اختلاف در خصوص نام‌های جغرافیایی مشترک با کردها یا ارامنه اعتراض داشته‌اند. در اردیبهشت ۱۳۸۶ تظاهرات گسترده‌ای در شهرهای ترک‌نشین ایران در اعتراض به کاریکاتور روزنامه ایران برگزارشد که منجر به دستگیری ۳۰۰ نفر و کشته شدن ۴ نفر از تظاهرات کنندگان شد. مقامات حکومت ایران عوامل این تظاهرات را به اسرائیل مربوط دانستند. عباس بنایی کاظمی به جرم شرکت در این تظاهرات به ۱۶ ماه زندان محکوم شد.
از ابتدای تشکیل جمهوری اسلامی بین گروه‌های کرد و مقامات جمهوری اسلامی بر سر مسئله خودمختاری کردستان همواره منازعاتی وجود داشته‌است؛ که در این بین برخوردهای شدید در مناطق کردنشین از سوی دولت با معارضان کرد اعم از گروه‌های تجزیه طلب یا خواهان خودمختار یو یا گروه‌های فرهنگی کرد درگرفته‌است.
بر پایهٔ گزارش‌های حقوق بشری، تنها در سال ۱۳۹۸ خورشیدی، ۱٫۷۴۷ مورد نقض حقوق توسط نظام جمهوری اسلامی ایران در کردستان انجام شده‌است.
در مارس ۲۰۰۶ درگیری کردها با نیروی انتظامی به کشته شدن سه نفر و دستگیری ۲۵۰ نفر منجر شد. درگیری‌هایی نیز در ژوئن ۲۰۰۵ اتفاق افتاد، و تظاهرات و اعتصاباتی در ژوئیه و اوت ۲۰۰۵ به دنبال کشته شدن یکی از فعالان کرد به دست نیروهای امنیتی رخ داد. به گفته دیده‌بان حقوق بشر و منابع دیگر، نیروهای امنیتی حداقل ۱۷ نفر را کشتند و تعداد زیاد دیگری را دستگیر کردند.
سرکوب ایرانیان عرب در نظام جمهوری اسلامی ایران، پیشینه دارد.
بیش از ۱۰۰٫۰۰۰ (صد هزار) تن از مردم سیستان و بلوچستان، دارای هویت و شناسنامه نیستند.
سالانه ده‌ها شهروند ایرانی (بلوچ و غیر بلوچ) سوخت‌بَر (و کولبر) در استان‌های سیستان و بلوچستان، کرمان و هرمزگان (و کردستان)... بر اثر تیراندازی مأموران، کشته می‌شوند.
آمار دقیقی از تعداد اعدام‌شدگان انسان‌های همجنس‌گرا پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ در ایران، در دست نیست؛ ولی فعالان حقوق بشر، معتقدند که بیش از ۴۰۰۰ (چهار هزار) مرد و زن همجنس‌گرا، از زمان انقلاب ۱۳۵۷ تا کنون در ایران اعدام شده‌اند.
قوانین ایران، مردانی را که برای اولین بار، مرتکب اعمال جنسی همجنس‌گرایانه شده باشند× در صورتی که عمل دخول، صورت گرفته باشد، به مجازات‌های مختلف، از جمله، اعدام محکوم می‌کند. در مواردی که عمل دخول، واقع نشده باشد، کیفرش ۱۰۰ ضربه شلاق است. بر اساس قوانین جزایی ایران، برای اثبات لواط، نیاز به چهار بار تکرارِ اعتراف شخص، یا شهادت چهار شاهد مردِ عادل است؛ ولی قضات می‌توانند شواهد مبتنی بر قرائن را نیز بپذیرند.
زنانی که برای چهارمین بار، مرتکب اعمال همجنس‌گرایانه (مساحقه) شوند، به مرگ محکوم می‌شوند.
ماده ۸۸۱ مکرر قانون مدنی چالش برانگیزترین قانون در ایران دربارهٔ اقلیت‌های دینی بود. این ماده که به مسئله ارث برمیگردد می‌گوید: «کافر از مسلم ارث نمی‌برد و اگر در بین ورثه متوفای کافر، مسلم باشد، وراثِ کافر ارث نمی‌برند؛ اگرچه از لحاظ طبقه و درجه مقدم بر مسلم باشند.» در دادگاه‌های ایران اقلیت‌های دینی، مشمول این ماده از قانون قرار می‌گیرند و در قضیه ارث جزو «کفار» محسوب می‌شوند. به گفته اسفندیار اختیاری این قانون راهی برای سوءاستفاده افراد سودجو است.
یوناتن بت کلیا، نماینده آشوریان در مجلس در بیست و چهارم دی ماه ۱۳۹۱ اظهار داشت: مشکلاتی که در سال ۱۳۸۲ رفع شد نابرابری دیه مسلمان و غیرمسلمان بود که بعد از استفتاء از مراجع تقلید و با حکم حکومتی علی خامنه‌ای، دیه مسلمان و غیرمسلمان برابر شد. در این ارتباط دولت لایحه داد سپس مراحل قانونی و مختلف آن در مجلس شورای اسلامی سپری شده و به مجمع تشخیص مصلحت نظام ارجاع داده شد که در نهایت با حکم حکومتی رهبری و با استفتاء مراجع تقلید این قانون اصلاح شد.
در قانون مجازات اسلامی برای مجازات قاتل اگر مقتول مسلمان باشد قصاص در نظر گرفته شده اما در همین قانون اگر مقتول از اقلیت‌های دینی (غیرمسلمان) باشد مجازات قاتل دیه است. از دیگر تفاوت‌ها و تبعیض‌های قانونی علیه شهروندان غیرمسلمان در ایران مسئله شهادت در دادگاه است که شهادت غیرمسلمانان علیه مسلمانان پذیرفته نمی‌شود.
مسئله عدم برابری دیه مسلمانان و غیرمسلمانان در ایران از دیگر تبعیض‌های قانونی بود که در مجلس ششم تغییر کرد. این مجلس برابری دیه مسلمان و غیرمسلمان را تصویب کرد، اما علی‌رغم رد این مصوبه از سوی شورای نگهبان و با اصرار مجلس بر مصوبه خود، مجمع تشخیص مصلحت نظام، مصوبه مجلس را مورد تأیید قرار داد.
تصرف موقوفه‌های شهروندان غیرمسلمان در ایران و تخریب مدارس آن‌ها و بی‌توجهی مسولان از دیگر مشکلات شهروندان غیرمسلمان ایرانی است. بعد از پیروزی انقلاب ۵۷ تا سال‌ها اقلیت‌های دینی از داشتن مدارس خود محروم بودند. نطق‌های پیش از دستور و مشروح مذاکرات مجلس حاکی از اعتراضات مکرر نماینده‌های آن‌ها در مجلس است. پس از بازگشایی این مدارس هم سپردن مدیریت مدارس به افراد مسلمان علی‌رغم اعتراض‌های اقلیت‌های دینی از دیگر مشکلات این دسته از ایرانیان بوده‌است. مسئله‌ای که پس از گذشت سال‌ها همچنان به‌طور کامل رفع نشده و برخی مدارس اقلیت‌های دینی با مدیرانی مسلمان اداره می‌شوند.
مجموعه این مسائل باعث شده‌است که به گفته روبرت بگلریان، نماینده ارامنه جنوب در دوره‌های هفتم، هشتم و نهم مجلس شورای اسلامی، مهم‌ترین چالش اقلیت‌های دینی در حال حاضر پدیده مهاجرت باشد. اسفندیار اختیاری هم گفته‌است که جامعه زرتشتیان امروز در ایران با چند مشکل رو برو است از جمله بیکاری جوانان که عامل اصلی مهاجرت آنان به کشورهای دیگر شده، نبودن امکان مالی مناسب برای برخی از خانواده‌ها و چند محدودیت قانونی که باید به آن‌ها نیز رسیدگی کند.
حکومت ایران تا سال ۱۳۸۳ داوطلبان کنکور سراسری را موظف می‌کرد تا اعتقادات مذهبی‌شان را اعلام کنند. در فرم مربوط به ثبت نام فقط گزینه‌های اسلام، یهود، مسیحیت و زرتشت قرار داده شده بود در نتیجه افراد بهایی فاقد صلاحیت برای تحصیل در دانشگاه‌ها بودند. پس از اینکه این شرط در سال ۱۳۸۳ منتفی شد، دانشجویان بهایی (و پیروان دیگر عقاید) توانستند در کنکور شرکت کنند اما آن‌ها در مراحل بعدی پذیرش و ثبت نام رد شدند تا اینکه در سال ۱۳۸۶ بیش از ۲۰۰ دانش آموز بهایی اجازه یافتند تا در دانشگاه‌های دولتی تحصیل کنند. در همان سال دو دانش آموز دیگر که به صورت شخصی به دفتر سازمان سنجش و آموزش کشور در تهران مراجعه و پرسش کرده بودند، به سازمان دیده‌بان حقوق بشر گزارش دادند که به روشنی معلوم بود که اعتقاد آن‌ها به آئین بهائیت دلیل عدم دسترسی به نتایج بود. یکی از این دانش آموزان گفت که یک مقام مسئول به وی گفته‌است آن‌ها دستورهایی از «مقامات بالا» داشته‌اند تا امتحانات دانش آموزان بهایی را مورد ارزیابی و سنجش قرار ندهند. دانش آموز دیگر گفت که یکی از مقامات سازمان سنجش آموزش کشور به وی پیشنهاد کرده‌است وی می‌تواند نتایجش را دریافت کند به شرط اینکه خانواده‌اش، اعتقاد به بهائیت را انکار کنند.
سید روح‌الله خمینی دربارهٔ بهائیان فتوا داد که این طائفه ضاله، کافر و نجس هستند و به حمام مسلمین نباید وارد شوند. پول قرض دادن به بهائیان و قرض گرفتن از آن‌ها اشکال دارد و باید از معامله با آن‌ها اجتناب شود.
در تابستان ۱۳۹۲ انتشار فتاوای سید علی خامنه‌ای رهبر ایران دربارهٔ بهائیان نگرانی‌های آن‌ها را دربارهٔ برخورد حکومت با پیروان آیین بهائی بیشتر کرد. "دفتر حفظ و نشر آثار خامنه‌ای" در قسمت استفتائات بخش "احکام کافر" نظر او دربارهٔ معاشرت و رابطه با پیروان دین بهائیت را منتشر کرده‌است. خامنه‌ای در این فتوا که به شکل استفتاء (پرسش و پاسخ) منتشر شده دیانت بهائیت را «فرقه گمراه»، «نجس» و «دشمن ایمان» مسلمانان خواند. خامنه‌ای در این اظهار نظر خود از مسلمانان خواست که از هرگونه ارتباط با بهائیان خودداری کنند. بهائیان در ایران فاقد امکان تحصیل در دانشگاه یا اشتغال در اداره‌های دولتی هستند و اجازه برگزاری علنی مناسک دینی خود را ندارند.در ایران به علت فضای اجتماعی بسته، همجنس‌گرایان را تحت تحقیر و فشارهای روانی قرار می‌دهند. آنها را بیمار و ناهنجار می‌دانند، همچنین به آنان توهین می‌شود. رها بحرینی در سال ۲۰۱۳ در مصاحبه‌ای گفت، سالیانه صدها همجنس‌گرا به دلیل آسیب‌دیدگی به کشورهای دیگر پناهنده می‌شوند.
درحال حاضر در عربستان سعودی، ایران، سودان، یمن، موریتانی، بخش‌هایی از سومالی و بخش‌هایی از نیجریه مجازات سنگینی تا حد اعدام را درپی دارد.
در ایران بوسیدن و لمس‌کردن با حس شهوت جرم حساب می‌آید؛ محمد مصطفایی می‌گوید:
همچنین در تعریف لواط ادامه گفت: در ۲۲ آبان ۱۳۸۴ روزنامه کیهان از اعدام دو مرد در میدان شهید باهنر شهر گرگان در «ملاء عام» خبر داد و جرم آن‌ها را لواط عنوان کرد. اعدام همجنس‌گرایان در ملأ عام به‌خودی‌خود نوعی آبروریزی و تحقیر آنان است. هرساله در ۱۷ مه هزاران همجنس‌گرا در کشورهای جهان علیه همجنس‌گراستیزی و همجنس‌گراهراسی جشن می‌گیرند. همجنس‌گراستیزان آنها با القابی که بار توهین‌آمیز دارند مثل «بیمار روانی»، «همجنس‌باز»، «نجس»، «غیرطبیعی»، «بچه‌باز»، «نابهنجار» جلوه می‌دهند که این القاب بسیار حساسیت‌برانگیز اند.
از دیگر اعدام‌های جنجال‌برانگیز در رابطه با همجنس‌گرایان کودک (زیر ۱۸ سال)، می‌توان به اعدام محمود عسگری و عیاض مرهونی به اتهام لواط در مشهد اشاره داشت.
تا کنون افراد بسیاری در ایران به‌دلیل بی‌دین بودن، نوکیش (مرتد) شدن یا صرفاً به دلیل متهم شدن به توهین به دین، به زندان رفته، شکنجه شده یا اعدام شده‌اند؛ از جمله:
در دورهٔ جمهوری اسلامی، سابقهٔ محکومیت افراد به شرکت در مراسم دینی وجود داشته‌است. در آذر ۱۳۹۹، یک شاعر ایرانی به نام ابوالحسن کمالی، با شکایت سازمان اطلاعات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و با حکم دادگاه انقلاب یاسوج، به هفت ماه زندان در خانه با پابند الکترونیکی و شرکت در مراسم‌های مذهبی (با تأیید روحانی مسجد) محکوم شد. اتهامات وی، «توهین به مقدسات و نشر اکاذیب» بوده‌است.