طاهر بن حسین
ابوالطَیّب طاهر بن حسین (۱۵۹–۲۰۷ هجری قمری/۷۷۵–۸۲۲ میلادی) ملقب به طاهر ذوالیمینین، در پوشنگ زاده شد و در مرو درگذشت. وی از سرداران ایرانی‌تبار مأمون، خلیفهٔ عباسی، بود و سلسله طاهریان را در خراسان بزرگ بنیان نهاد.
در ابتدا، وی مانند پدران خود در خدمت عباسیان درآمد و از سمت آنان بر پوشنگ امارت یافت. او سپهسالار مأمون، در جریان جنگ وی با خلیفهٔ وقت، یعنی امین، بود. وی در نبرد ری با علی بن عیسی، سردار امین، توانست بر وی غلبه کند. سپس در سلسله جنگ‌هایی سرزمین‌های خلافت را تحت سلطهٔ مأمون درآورد و با محاصره و فتح بغداد و قتل امین، راه را برای خلافت رسمی مأمون بر سرزمین‌های اسلامی هموار کرد.
طاهر همچنین به فرمان مأمون، مأموریت سرکوب شورش نصر بن شبث در غرب خلافت را بر عهده گرفت، که در این راه ناکام ماند. او سپس، از جانب مأمون به مناصب مهمی در بغداد از جمله ریاست شرطه گماشته شد و پس از طی مدتی، با تلاش‌های مستمر و همچنین سوابق خدماتش، امارت خراسان بزرگ و سرزمین‌های شرقی خلافت عباسی را به دست آورد. وی در شرق به سرکوب خوارج پرداخت و تا حدودی آنان را عقب راند. طاهر پس از مدتی و در نتیجهٔ شرایط موجود، با حذف نام خلیفه از سکه و خطبهٔ نماز جمعه، اعلام استقلال کرد؛ اما پس از مدتی کوتاه به مرگ طبیعی وفات یافت یا ترور شد. بدین ترتیب، نخستین سلسلهٔ نیمه مستقل ایرانی پس از اسلام با نام طاهریان در شرق خلافت اسلامی شکل گرفت و نیم قرن دوام یافت.
گفته می‌شود که او دارای کفایت و توانایی زیادی در امر حکومت و نظارت بر کارگزارانش بود و همچنین به شعر و ادبیات عرب و شعرا و دانشمندان علاقه داشت و آنان را مورد حمایت قرار می‌داد؛ چنان‌که فرزندان و نوادگانش نیز بر طریق او رفتند. همچنین توانایی او در استعمال و نگارش زبان عربی زبانزد بود و اثری از او در اثبات این امر به یادگار مانده‌است.
منابع مربوط مربوط به عهد طاهریان را می‌توان به چند گروه تقسیم کرد.
منابع معاصر با موضوع بحث که به صورت مستقیم در سیر برخی از حوادث حضور داشتند یا با فاصلهٔ زمانی کمی به روایت آنان پرداخته‌اند را می‌توان به چند دسته تقسیم کرد که شامل تاریخ‌های عمومی و محلی می‌شود.تاریخ‌های عمومی سده سوم ه‍.ق با توجه به دورهٔ حکومت طاهریان، از منابع معاصر و اولیه به‌شمار می‌آیند و به علت نزدیکی با جریان حوادث، حاوی اطلاعات مفیدی در این زمینه هستند.منابعی نیز برای مطالعهٔ این عصر موجودند که در قرون بعدی تألیف شده‌اند، اما حاوی اطلاعات مفیدی پیرامون موضوعات مختلف از جمله عباسیان و سرداران و امیرانشان همچون طاهر بن حسین می‌باشند.
پیرامون نسب طاهر میان مورخان مباحث بسیاری شکل گرفته و نظرات گوناگونی مطرح شده‌است، که بر اساس آن نسب طاهر به یکی از دو شکل ذیل است: طاهر بن حسین بن مصعب بن رزیق بن ماهان یا طاهر بن حسین بن مصعب بن زریق بن اسعد بن زادان. طاهریان دارای‌تبار ایرانی بودند و لقب خزاعی را به سبب این که از موالی قبیلهٔ خزاعه بودند، به دست آورده‌اند. به همین سبب، نسب خود را به قبیلهٔ خزاعه که در دوران دعوت پیامبر از قبایل بزرگ مکه بودند، می‌رساندند. عده‌ای از راویان و مورخان از یک سو و طاهریان نیز از سویی دیگر خاندان طاهری را منسوب به رستم، پهلوان ایرانی و منوچهر، پادشاه ایرانی می‌دانستند. مورخان بر این عقیده‌اند که علت این نسب سازی‌ها، اهمیت نسب و ریشه هر خاندان در آن دوره بوده‌است، که طاهریان و به‌طور ویژه طاهر با تلاش‌های هوادارانشان، توانستند از این راه حمایت و دوستی خاندان‌های محلی را جلب کنند و از این طریق نفوذ و قدرت خویش را افزایش دهند.
بر اساس روایاتی که مطرح شده‌است رزیق، جد طاهر، از موالی طلحه بن عبدالله خزاعی معروف به طلحه الطلحات بوده که این شخص امارت سیستان را در اواخر سدهٔ اول ه‍.ق/ هفتم م یا اوایل حکومت عباسیان، بر عهده داشته‌است. مصعب، نیای طاهر، نیز در آغاز جنبش عباسیان به آنان پیوست و به عنوان دبیر در خدمت یکی از داعیان عباسی به نام سلیمان بن کثیر خزاعی درآمده‌است. پس از پیروزی عباسیان، مصعب به پاداش خدمات خود و خاندانش از سوی عباسیان، امارت هرات و پوشنگ را عهده‌دار گردید. در سال ۱۶۰ ه‍.ق/ ۷۷۶ م که مصادف با خلافت مهدی عباسی بود، در نواحی تحت حکومت مصعب، شورشی به رهبری یوسف بن ابراهیم ثقفی صورت گرفت که به سبب آن مصعب از قلمرو خود رانده شد. اما در دورهٔ هارون الرشید و به فرمان او، حکومت پوشنگ به حسین، پدر طاهر، واگذار گردید. پس از پدر نیز، طاهر عهده‌دار این سمت گشت.
در باب لقب ذوالیمینین، که طاهر در تاریخ بدان ملقب است، سخنان متفاوتی بیان شده‌است. ذوالیمینین در لغت به معنای (آنکه دو دست راست دارد یا شخصی که دو دستش به‌طور یکسان از او پیروی کنند) می‌باشد. به‌طور خلاصه در اکثر موارد، مهارت طاهر در فنون نظامی و توانایی او در ادارهٔ امور حکومت و دارا بودن جایگاه والا در نزد مأمون را از دلایل این نامگذاری می‌دانند. روایات پیرامون برگزیدن این لقب برای طاهر فراوان است. عادت طاهر در استفاده از شمشیر با دو دست را علت ملقب شدن او به ذوالیمینین می‌دانند. یکی دیگر از دلایل را، ضربت کاری طاهر با دو دست بر سر یکی از سربازان لشکر علی بن عیسی در نبرد ری می‌دانند که سر را به همراه کلاهخودش شکافت و آوازه‌اش موجب گشت، تا مأمون لقب موردنظر را به طاهر بدهد. یکی از دلایل ذکر شده را، دو نیم کردن یکی از سربازان دشمن توسط طاهر با استفاده از دست چپ یا دو دست، در جریان جنگ با لشکر علی بن عیسی می‌دانند. همچنین از دیگر دلایل این لقب‌گذاری را قتل علی بن عیسی به دست طاهر می‌دانند، در حالی که طاهر با دو دست شمشیر می‌زد. دلیل دیگر را نیز دلیری و چابکی طاهر در جریان همین جنگ می‌دانند. از دیگر دلایل این نامگذاری را، اعطای این لقب توسط مأمون به طاهر پس از دریافت خبر پیروزی وی بر علی بن عیسی نام می‌برند. همچنین، می‌گویند مأمون در هنگام اعزام طاهر برای جنگ با علی بن عیسی به او گفت: دست راست تو دست راست من است و دست چپ تو دست راست توست و هرکه را امان دهی از جانب من ایمن است، که معتقدند این رویداد یکی دیگر از دلایل ملقب شدن طاهر به ذوالیمینین است. علاوه بر آن گفته می‌شود که علت ملقب شدن طاهر به ذوالیمینین، نگارش نامه‌ای است که در آن بیان کرده «سر علی بن عیسی در دست راست من است و انگشتری او در انگشت چپ من» در بیان علتی دیگر نیز می‌گویند که طاهر اولین شخصی بوده که با علی بن موسی‌الرضا بیعت کرد، بدین گونه که با دست چپ خویش به بیعت با علی بن موسی‌الرضا اقدام نمود و در جواب چرایی این کار، در بیعت بودن دست راست خویش با مأمون را بیان کرد و به همین سبب ملقب به ذوالیمینین گشت؛ که البته این روایت، از نظر زمانی و مکانی دارای اشکالاتی می‌باشد. عده‌ای دیگر این لقب را ناشی از کفایت و لیاقت طاهر در ادارهٔ امور حکومت می‌دانند. و نیز، این لقب را به علت دارا بودن دو شایستگی توسط وی می‌داند که شامل شایستگی رزیق، نیای طاهر در امور حکومت و شایستگی طاهر در دستگاه مأمون بوده‌است. در بیان یکی دیگر از علت‌ها که احتمال آن را نیز کمتر دانسته‌اند گردیزی گفته «هنگامی که مأمون طاهر را پیش علی بن عیسی می‌فرستاد فضل بن سهل آن ساعت خروج را اختیار کرد و طالع بنهاد و دو ستارهٔ یمانی یکی سهیل و دیگر شعرای یمانی اندر وسط السما یافت، بدین سبب او را ذوالیمینین نام کرد.»
طاهر در سال ۱۵۹ ه‍.ق / ۷۷۵ م در پوشنگ دیده به جهان گشود. ایام کودکی را به همراه پدر در بغداد گذرانید. طاهر، دوران نوجوانی و بالندگی خود را در پوشنگ طی کرد. او در جوانی از سمت علی بن عیسی بن ماهان، والی خراسان، عهده‌دار حکومت پوشنگ گردید. طاهر در این دوران، نخستین فعالیت‌های جدی خود در زمینه خدمت به عباسیان و تثبیت موقعیت سیاسی خویش را آغاز کرد. خراسان و سرزمین‌های اطراف آن در این زمان محل تاخت و تاز و غارت خوارج شده بود و آنان در این نواحی سر به شورش برداشته بودند. طاهر با شدت و قاطعیت تمام به سرکوب خوارج همت گماشت و با انجام اعمال خشونت‌آمیز، هیبت او بر این سرزمین‌ها سایه انداخت و آرامش نسبی بر سراسر خراسان بزرگ حکمفرما گشت. به عنوان مثال، طاهر به تلافی قتل ۳۰ کودک به همراه معلمشان توسط حمزه بن عبدالله الشاری در نزدیکی پوشنگ، اقدام به قتل‌عام تمامی ساکنان یک روستا، که پیرو فرقهٔ حمزیه بودند، کرد؛ در حالی که آنان نقش فعالی در روند جنگ با وی نداشتند. همچنین او به همراه عبدالرحمان نیشابوری، در جهت جلوگیری از پیشروی حمزه خارجی از جنوب تلاش کردند. در ادامه فعالیت‌های طاهر و ایفای نقش او، در جریان سرکوب شورش رافع بن لیث بود، که در طی آن طاهر به هرثمه بن اعین و مأمون که مأمور سرکوب این شورش بودند، پیوست و آنان را یاری کرد. البته روایتی مطرح است که طاهر در ابتدا از هواخواهان رافع بوده و با او متحد گشته‌است، اما پس از برکناری علی بن عیسی توسط هارون‌الرشید و ارسال هرثمه بن اعین از سمت هارون جهت سرکوب خوارج، طاهر تغییر جبهه داده‌است.
هارون الرشید در دوران حکومت خویش، به منظور تحکیم قدرت خلافت و پیشگیری از هرگونه مشکلات احتمالی در روند انتقال قدرت، سلسله تمهیداتی را در نظر گرفت و بر اساس آن نظام جانشینی پیچیده‌ای را طراحی کرد. بدین ترتیب، بنا شد امین، پسر ارشد هارون، پس از وی به خلافت برسد و مأمون نیز به عنوان جانشین امین منصوب گردد و قاسم، فرزند دیگر هارون، جانشین مأمون باشد. تمام این تصمیمات تبدیل به عهدنامه‌ای گشت که بر کعبه آویخته شد و به ایالات فرستاده شد.
سرزمین‌هایی را که هارون به هریک از پسرانش بخشید، که بدین شرح است:
اما پس از مرگ هارون، امین با سلسله اقداماتی مأمون را تحت فشار قرار داد و مدتی پس از عزل قاسم، مأمون را از جانشینی عزل کرد و فرزند خود موسی را با لقب الناطق بالحق به عنوان جانشین خویش اعلام کرد، که نامش در خطبه جایگزین نام مأمون شد. مأمون نیز در اقدامی متقابل هرگونه ارتباط با بغداد را قطع کرد و از فرامین امین سرپیچی کرد و به ستیزی آشکار با وی پرداخت که نتیجهٔ آن، درگیری نظامی میان دو برادر بود.
پس از مرگ هارون الرشید و آشکار شدن اختلاف و درگیری میان مأمون و امین بر سر خلافت، طاهر عهده‌دار وظایف سنگین تری از سمت مأمون گشت و به کنشگری فعال و عنصری مهم در روند تصاحب قدرت توسط مأمون تبدیل گشت. امین در سال ۱۹۵ ه‍.ق علی بن عیسی را در راس سپاهی به جنگ با مأمون و دستگیری او گسیل کرد. مأمون نیز پس از مشورت با فضل بن سهل، وزیر خود، طاهر را به فرماندهی بخشی از لشکر خود منصوب کرد و او را به جنگ با علی بن عیسی فرستاد.
طاهر در سال ۱۹۵ ه‍.ق/ ۱۱–۸۱۰ م برای جنگ با علی بن عیسی به سمت ری حرکت و بر آن تسلط پیدا کرد و خود را مهیای نبرد با علی نمود. در طی مدتی که طاهر مشغول به تجهیز و آماده‌سازی لشکر خویش در ری بود، از اطراف و به خصوص خراسان، برای او کمک‌های زیادی ارسال شد. او سپس پادگان‌هایی را در راه‌ها مستقر ساخت و در همه‌جا دیده‌بان قرار داد و به اطراف جاسوسانی را برای کسب اطلاعات و وصول اخبار گسیل کرد.
پس از آن، طاهر به گزینش آرایش سپاهیان و تاکتیک خود برای نبرد پیش‌رو پرداخت. فرماندهان او پیشنهاد کردند که در شهر ری مستقر شوند، تا در صورت طولانی گشتن جنگ از نظر آذوقه دچار مشکل نشوند، از سرمای هوا نیز مصون باشند و بتوانند در صورت لزوم منتظر کمک از سوی خراسان بمانند. اما طاهر پیشنهاد آنان را نپذیرفت و بیان داشت که سنگر گرفتن در شهر، ناتوان پنداشتن خود می‌باشد و موجب تمایل عامهٔ مردم به سمت دشمن می‌گردد؛ زیرا قدرت دشمن افزون جلوه می‌کند و در نتیجه مشکلی بزرگ از جانب مردم شهر متوجه خودشان می‌شود. پس، طاهر پیشنهاد داد که در صورت شکست به شهر پناه بیاورند، که این نظر مورد قبول فرماندهان قرار گرفت و او به همراه لشکرش در سال ۱۹۵ ه‍.ق/ ۸۱۱ م از شهر خارج شد و در قسطانه یا قسطاطنیه یا قلوصه اردو زدند. تعداد سپاهیان طاهر را از ۳۸۰۰ تا ۲۰۰۰۰ تن بیان کرده‌اند، که اکثریت آنان را خراسانیان تشکیل می‌دادند. طاهر در طی مدتی که به آماده‌سازی سپاه اشتغال داشت به تقویت روحیه و تهییج آنان می‌پرداخت و سعی می‌کرد، تا آنان را برای جنگ مهیا نماید. به همین سبب از تعلل در جنگ اجتناب می‌ورزید تا روحیهٔ سپاهیان خودی از مشاهدهٔ فزونی لشکر علی بن عیسی تضعیف نگردد و دشمنان نیز بی‌پروا نگردند. اما، تعدادی از سپاهیان طاهر با مشاهدهٔ سپاه عظیم علی بن عیسی، به علی پیوستند. همچنین، او با تلاش مداوم و شبانه‌روزی به تجهیز سپاهیان خویش می‌پرداخت و لحظه‌ای قرار و توقف نداشت. طاهر به علت تعداد زیاد لشکریان دشمن و قلت لشکرش به اتخاذ آرایشی در جنگ پرداخت که به روایت خود او خارجی‌گونه بود و بر اساس آن سپاهیانش را به دسته‌های چهارگوش تقسیم کرد و هفتصد تن از خوارزمیان را در قلب سپاه جای داد. او برای پیروزی در نبرد، از روش‌های دیگر نیز بهره گرفت. احمد بن هشام را مأمور ساخت تا عهدنامه‌ای را که علی به فرمان هارون و در پایان حکومت خویش بر خراسان از مردم و برای مأمون اخذ کرده بود، بر سر نیزه کند و پیمان‌شکنی علی را برای سپاهیان به تصویر بکشد، تا در لشکر علی، ایجاد بی‌نظمی‌کرده و جبههٔ او را تضعیف نماید. طاهر همچنین به سپاهش تأکید می‌کرد که با درنده‌خویی خوارج بر دشمن بتازند. علاوه بر آن سپاهیان را تشویق می‌کرد تا سعی نمایند یکی از پرچمداران دشمن را به عقب برانند و عقیده داشت که عقب‌نشینی یکی از آنان موجب عقب‌نشینی سایر پرچمداران خواهد گشت، که این راهکار مؤثر واقع شد و یکی از دلایل پیروزی طاهر در میدان نبرد بود. بر طبق روایات، در لشکر طاهر سردارانی همچون داوود سیاه، میکاییل، سبسل، الرستمی و محمد بن مصعب حضور داشتند.
علی بن عیسی در سال ۱۹۵ ه‍.ق/ ۸۱۱ م به همراه سپاهی که تعدادش را ۴۰۰۰۰ تا ۶۰۰۰۰ تن ذکر کرده‌اند به سمت ری به راه افتاد. امین نیز تا دروازهٔ خراسان یا نهروان به همراه لشکر آمد و سخنان و نصایحی را برای لشکریان ایراد کرد و با خراسانیان نیز به خوبی برخورد و سپس آنان را روانه کرد. سپاه علی، بسیار کامل و آراسته بود و علاوه بر آن در مسیر لشکرکشی از سوی حاکمان محلی نیز مورد حمایت قرار می‌گرفت، به‌طوری‌که به دستور امین ابودلف عجلی و هلال بن عبدالله حضرمی، علی را یاری می‌دادند. علی نیز نامه و هدایایی برای حاکمان دیلم و طبرستان ارسال و از آنان درخواست یاری و اخلال در کار لشکر خراسان را طلب کرد. او عقیده داشت که سپاهیان طاهر با مشاهدهٔ لشکر وی پا به فرار خواهند گذاشت، که چنین اتفاقی رخ نداد و علی به‌ناچار به توانمندی طاهر اعتراف کرد. علی آرایش جنگی خود را این‌گونه برگزید، که ده پرچم برای سپاه تعیین کرد که در زیر هر پرچم هزار نفر قرار داشتند و به اندازهٔ مسافت یک تیر رها شده با یکدیگر فاصله داشتند. زره‌پوشان را پیشاپیش لشکر خود قرار داد و مقرر کرد هنگامی که گروه اولین پرچم از جنگ فرسوده گشتند، گروه بعدی جای آنان را بگیرند، تا بدین ترتیب همواره افراد تازه‌نفس به نبرد با لشکریان طاهر بپردازند. او سپس نیزه‌داران را پیشاپیش پرچمداران مستقر ساخت و خود به همراه یارانش در قلب لشکر جای گرفت. علی به سربازانش توصیه کرد که به سرعت بر لشکریان خراسان بتازند، زیرا موجب عقب‌نشینی آنان می‌گردد. وی، به حدی به توانایی خود و پیروزی‌اش اطمینان داشت که زنجیری نقره‌ای همراه خود داشت، تا به وسیلهٔ آن مأمون را دربند کند.
پس از گفتارها و اعمال معمول قبل از جنگ، نبرد میان دو لشکر آغاز شد و به زودی شدت گرفت. طاهر در اثنای نبرد نیز به تهییج سپاهیان خویش می‌پرداخت و آنان را در جهت شکست دشمن راهنمایی می‌کرد. جنگ ادامه داشت تا زمانی که علی بن عیسی در جریان جنگ، بر اثر تیر یا ضربت داوود سیاه از اسب سرنگون گشت و کشته شد و با مرگ او، سپاهیان امین همگی راه فرار در پیش گرفتند. البته به روایتی علی بن عیسی در همدان از طاهر شکست یافت. عدهٔ زیادی از لشکریان امین تسلیم طاهر گشتند و غنایم و ثروت بسیاری از جمله هفتصد کیسه هزار درهمی به چنگ طاهر افتاد. طاهر به شکرانه این پیروزی نماز شکر به جای آورد و نامه‌ای در اعلام پیروزی خود برای مأمون یا فضل بن سهل ارسال کرد. مردم نیز از شنیدن خبر پیروزی وی سراسر سرور شده و مأمون را تحت عنوان خلیفه تهنیت گفتند.
مأمون، هرثمه را به همراه سپاهی برای یاری طاهر گسیل کرد، اما با توجه به تأخیر آنان در پیوستن به طاهر و دریافت گزارش‌هایی مبنی بر شورش سپاهیان در خراسان علیه مأمون، ممکن است که این لشکر رغبت زیادی برای جنگ را دارا نبوده‌است. مأمون پس از این پیروزی در خطبه‌ای خطاب به مردم وعدهٔ اجرای حق و رعایت حال آنان را داد. در سمتی دیگر، امین نیز پس از شنیدن خبر شکست لشکر علی، بسیار مضطرب و پریشان گشت و سپاهی دیگر را برای جلوگیری از پیشروی طاهر مهیا و اعزام کرد.
طاهر، پس از این پیروزی در نبرد ری، به مقابله با لشکرهایی که به صورت پیاپی از سمت امین گسیل می‌گشتند، پرداخت و به پیشروی به سمت عراق ادامه داد. وی در همدان با یکی از سرداران امین، به نام عبدالرحمن بن جبله ابناوی، روبرو گشت و پس از جنگی سخت با آنان و محاصره چند ماهه همدان، وی را از پای درآورد و لشکرش را وادار به هزیمت کرد. پس از این واقعه، طاهر شهرها را یکی پس از دیگری با جنگ‌های پراکنده یا روش‌های دیگر فتح کرد. در ادامه، پس از نبردی که با محمد بن یزید مهلبی، از سواران جنگاور عرب، و لشکرش در نزدیکی اهواز رخ داد، طاهر و سپاهش موفق به کشتن محمد و شکست لشکرش گشتند و پس از فتح اهواز به سمت بغداد، مقر خلافت امین، به راه افتادند. طاهر در راه رسیدن به بغداد، به مناطق مختلف مانند عراق، حجاز و یمن نماینده ارسال می‌کرد و برای مأمون به جمع‌آوری بیعت می‌پرداخت. اگرچه عده‌ای این اقدام را پس از فتح بغداد و در زمان حکمرانی طاهر بر بغداد می‌دانند. از سمت دیگر هرثمه بن اعین نیز به دستور مأمون با سپاهی از سمت نهروان به بغداد حرکت کرد و برای یاری طاهر در فتح بغداد، به او پیوست.
طاهر و هرثمه به وسیلهٔ لشکریانی که در اختیار داشتند، در سال ۱۹۷ ه‍.ق/۸۱۲ م، به محاصرهٔ اطراف بغداد مشغول گشتند و با شدت بخشیدن به این محاصره، فشار را بر لشکریان امین افزون کردند. خزانهٔ امین نیز در آغاز سال ۱۹۷ ه‍.ق/ ۸۱۲ م خالی و این امر موجب خلل در صفوف یاران او شد. به همین دلیل امین هرآنچه از جامه‌های طلا و نقره در اختیار داشت، به لشکریان می‌بخشید تا در امر ترمیم و استحکام دروازه‌های بغداد بکوشند.
یکی از عوامل ایجاد هرج و مرج، واگذاری تمامی امور به وزیران و مشاورانی مانند فضل بن ربیع از سوی امین بود، در حالی که خود از امور کناره گرفته بود و به تفریح و معاشرت با زنان و جمع‌آوری ثروت و طرب مشغول بود. امین در کنار ویژگی‌های برجسته همچون نسب هاشمی از سمت پدر و مادر و همچنین تربیت شایسته و توان جسمی، در امور حکومت و تصمیم‌گیری‌ها ناتوان و سست‌عنصر بود، که همین امر موجب می‌گشت تا صلاحیت خلافت از وی سلب شود. به علت وجود چنین ضعف‌هایی در امین، مخصوصاً در هنگام نبرد با طاهر، اطرافیانش که به آینده‌اش امیدی نداشتند و تدریجاً از اطرافش پراکنده می‌گشتند.
در سمت دیگر جبهه، طاهر نیز، با به‌کارگیری حربه‌های مختلف بر وضعیت آشفتهٔ بغداد دامن می‌زد، به‌طوری‌که مقدمات محاصره و فتح این شهر بزرگ و مهم برای او میسر گشت. طاهر در آغاز سال ۱۹۷ ه‍.ق/ ۸۱۲ م، با همراهی سردارانی چون هرثمه و زهیر بن المسیب به محاصرهٔ بغداد اقدام کرد و هریک از سرداران خویش را مسئول فتح قسمتی از این شهر کرد. سپس با جمع‌آوری دستگاه‌های نابودکنندهٔ حصار، به شهر حمله برد و بغداد را آماج حملهٔ منجنیقها و عراده‌ها کرد، به‌طوری‌که خسارت و ویرانی فوق‌العاده‌ای بر جای گذاشت و با جدیت خود در این زمینه، وحشت را بر ساکنان این شهر حاکم گرداند. طاهر از روش‌های دیگری نیز در این راه بهره می‌جست، از جمله این که برای جذب یا تسلیم گشتن بزرگان و اطرافیان امین، اموال و املاکشان را مصادره می‌کرد و آنان را به بیعت با مأمون فرا می‌خواند، که این روش بسیار مؤثر واقع گشت و صاحب‌منصبان که آیندهٔ نبرد و در نتیجهٔ آن، پیروزی طاهر را پیش روی خود می‌دیدند، از اطراف امین پراکنده می‌شدند.
این جنگ، تلفات فراوانی از دو طرف درگیر به جای گذاشت و حتی هرثمه نیز در جریان یکی از حملات اسیر گشت که با یاری سربازانش رهایی یافت و مورد سرزنش طاهر قرار گرفت. طرفداران امین، علی‌الخصوص عیاران که به دفاع از مظلومان هم‌قسم بودند، به وسیلهٔ سلاح‌های مختصر خود که مشتمل بر سپری از حصیر قیراندود، شمشیر، گرز و فلاخن بود به دفاع سرسختانه از او می‌پرداختند و بسیار در این راه پایداری می‌کردند. اگرچه سرانجام، آنان نیز به غارت اموال مردم و ستم بر آنان روی آوردند. مردم نیز با سخت گشتن شرایط حیات در شهر، به بهانه‌های مختلف همچون حج از شهر می‌گریختند و به اطراف پناه می‌بردند. طاهر برای سخت‌تر کردن شرایط به نابود ساختن و به آتش کشیدن منازل روی آورد که نتیجه‌ای در پی نداشت و سپس نظارت خود را بر ورود و خروج آذوقه و خواربار شدید ساخت، به‌طوری‌که شرایط حاکم، دفاع از شهر را بسیار سخت کرد و موجبات سقوط آن را فراهم کرد.
محاصرهٔ بغداد تا سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م، به صورت فرسایشی به درازا کشید، تا در محرم همین سال، طاهر بر شدت حملات خود افزود و محلات را یکی پس از دیگری فتح کرد و به لشکر دستور داد که برای فتح نهایی بغداد، حمله را آغاز نمایند و سرانجام بغداد، در همین زمان فتح گردید. یاران امین نیز با مشاهدهٔ این وضعیت، پراکنده گشتند و به طاهر پناه می‌بردند. در طی این درگیری بسیاری از افراد دو طرف درگیر کشته شدند و فقط کسانی که به اردوی طاهر می‌پیوستند، در امان بودند. طاهر با ورود به بغداد اعلام کرد که کسانی که در خانهٔ خود ساکن باشند، در امان هستند. امین با تعدادی از یاران خویش در مدینه‌المنصور مورد محاصره قرار گرفت و در فکر تسلیم شدن به هرثمه بود، اما یارانش پیشنهاد کردند که محاصره را شکسته و به جانب شام یا جزیره بگریزد و پس از تجدید قوا به مقابله با طاهر بپردازد، که مورد پذیرش امین قرار گرفت. اما طاهر با اطلاع از این تصمیم، با نگارش نامه‌ای به یاران امین، آنان را به واسطهٔ اموال و املاکشان تهدید کرد، که در نتیجهٔ آن افرادی مانند سلیمان بن منصور، محمد بن عیسی و سندی بن شاهک، دچار وحشت گشتند و با آوردن عذر و بهانه امین را از این تصمیم منصرف کردند و او را نسبت به تسلیم شدن به طاهر خوشبین ساختند. امین نیز در نامه‌ای با تحکم و آمرانه از طاهر خواست که او را به نزد مأمون ببرد تا او تصمیم نهایی را بگیرد. اما طاهر که به پیروزی خود و سرانجام امین واقف بود، با بی‌توجهی برخورد کرد و گفت که باید تسلیم حکم او گردد. البته روایت دیگری هم موجود است، که امین این پیشنهاد را نپذیرفت. امین نیز از اهداف و امیال طاهر مطلع بود و تصمیم او را پیش‌بینی می‌کرد و از جهتی به علت وجود شایستگی‌های متعدد، متمایل بود که او را در خدمت داشته باشد، اما این‌گونه نشد.
امین پس از ناامیدی از جانب طاهر، به هرثمه بن اعین روی آورد. در نظر امین، هرثمه بهترین شخص برای تسلیم گشتن بود. او هرثمه را از موالی و خدمتگزاران خود و پدرش می‌دانست و به وفاداری‌اش نیز اطمینان داشت و در اثر شرایط پیش آمده، شناخت و اعتمادش نسبت به او فزونی یافته بود؛ بنابراین در نامه‌ای از هرثمه درخواست کمک و امان کرد. هرثمه نیز این رویداد را افتخاری برای خود می‌دانست، زیرا به سبب آن می‌توانست به پیروزی بزرگی در برابر طاهر نائل آید. هرثمه همچنین تحت تأثیر غیرت و تعصب عربی خویش، مخالف هرگونه اقدام خراسانیان دربارهٔ امین بود؛ به همین سبب با امین پیمان بست، که او را از هر گزندی محفوظ دارد و به درگاه مأمون گسیل نماید. حتی در صورت نیاز، شفاعت امین را در نزد مأمون کند و در صورت مخالفت مأمون با او درگیر گردد. تعهداتی که هرثمه پیشنهاد کرد، خوشایند امین واقع گشت و با قبول آن، تصمیمات لازم برای تسلیم شدن به هرثمه اتخاذ گشت. اما در طرف دیگر، طاهر از وصول این خبر ناراحت و خشمگین شد و از آنجا که قصد نداشت، تا امتیازات و پیروزی نهایی را برای هرثمه گذاشته یا او را شریک خود نماید، تصمیم گرفت مانع این اتفاق گردد. هرثمه با اطلاع از مخالفت طاهر، مجلسی از بزرگان بغداد تشکیل داد، که در طی آن به طاهر یادآور شدند، که امین هرگز تسلیم وی نمی‌گردد؛ اما انگشتری، عصا و ردای خلافت را برای طاهر خواهد فرستاد، که مورد موافقتش واقع شد و مخالفتی با تسلیم امین به هرثمه نکرد. اما، یکی از سران دربار امین که هرش نام داشت، از توطئهٔ موجود پرده برداشت که بر اساس آن امین به همراه نشانه‌های خلافت، تسلیم هرثمه خواهد گشت. طاهر نیز با توجه به عدم اعتماد نسبت به امین و هرثمه، در صدد محبوس یا مقتول ساختن امین برآمد و به همین منظور به وسیلهٔ افرادش، کاخ امین و مادرش را تحت نظر گرفت و دستورهای لازم در جهت جلوگیری از پیوستن امین به هرثمه را به سپاهیان ابلاغ کرد.
پنج شب مانده از محرم سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م، امین با وجود اخطار هرثمه به او دربارهٔ تأمین امنیتش و توصیه به تسلیم گشتنش در روز بعد، برای محافظت از جانش، به علت جایز ندانستن هرگونه تعلل و تأخیر، از کاخ خود بیرون آمد و به اخطار هرثمه بی‌توجهی کرد. امین بر قایقی که برای او در کنار دجله آماده کرده‌بودند و هرثمه خود با آن به استقبال امین آمده بود، سوار شد. هرثمه در مواجهه با امین، اظهار اطاعت و بندگی کرد. مسیری طی نشده بود که سپاهیان طاهر از کمینگاه خویش خارج شدند و به سوی قایق، سنگ و تیر پرتاب کردند. در ادامه افرادی به زیر قایق رفتند و آن را واژگون ساختند. یکی از یاران هرثمه او را نجات داد و امین نیز با شنا، خود را به کنار آب رساند. پیش از اسارت امین، یکی از یارانش که احمد بن سلام نام داشت را اسیر کردند، که پس از پرسش از او دربارهٔ امین، وی اظهار بی‌اطلاعی کرد. سرانجام امین اسیر گشت و توسط محمد بن حمید طاهری شناسایی شد. این خبر به اطلاع طاهر رسید، که او نیز بلافاصله دستور قتل امین را به قریش دندانی، حاجب خویش، ابلاغ کرد. بدین ترتیب امین در اسارت کشته شد.
بدن امین در باغ مونسه دفن گردید و سرش به همراه فتحنامه‌ای توسط قاصدی به نزد مأمون در مرو، فرستاده شد. البته پیش از آن، سر امین را به یکی از سرداران هرثمه نشان دادند، تا سپاهیانش و طرفداران امین، کار را پایان یافته بیابند. هرثمه در برابر مرگ امین هیچگونه واکنشی نشان نداد، که البته پژوهشگران معتقدند، هرثمه قادر به انجام هیچ عکس‌العملی در مقابل طاهر نبود. نکتهٔ قابل توجهی که می‌توان بدان اشاره کرد رقابت شدید طاهر با هرثمه، سردار عرب، می‌باشد که از نشانه‌های آن می‌توان به ارسال این دو سردار توسط مأمون از دو مسیر مجزا به بغداد، همچنین ماجرای امان خواستن امین از هرثمه و پیشدستی طاهر در قتل امین و تشریح اقدامات هرثمه و خیانت او به زعم طاهر، در نامه‌ای که برای فتح بغداد به مأمون نگارش کرده بود، اشاره کرد.
خبر در روز دوازدهم صفر سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م، به مأمون رسید که موجب خوشحالی او گشت و سجدهٔ شکر به جای آورد و به قاصد انعام فراوان داد. اگرچه روایات در باب عکس‌العمل مأمون و فضل بن سهل در این زمینه، متفاوت و متناقض است و گروهی ناراحتی و عده‌ای دیگر خوشحالی مأمون و فضل از این واقعه را بیان می‌دارند. طاهر از این امر خوشحال گشت و به ذکر اشعاری پرداخت و عبدالله بن طاهر نیز به اقدام پدر مباهات کرد. طاهر، سر امین را برای تسلیم گشتن مردم، در معرض دید عموم قرار داد و همه را امان داد. او در جمعه وارد بغداد شد و در طی خطبه‌ای بلیغ به همراه استناد فراوان به آیات قرآن، پیروزی خود را از جانب خداوند دانست، که خلافت را بر عهدهٔ مأمون گذاشته و بار آن را بر دوش او قرار داده‌است و سپس مردم را به اطاعت و اتحاد فراخواند.
پس از فتح بغداد، شورشی در میان سپاهیان طاهر به علت عدم دریافت مقرری شکل گرفت، که با تصمیم طاهر و اطلاع شورشیان از عزم راسخ طاهر برای سرکوبشان، آنان اظهار ندامت کردند و شورش خاموش گشت.
فتح بغداد در سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م، همانگونه که آغازگر خلافت مأمون و قدرت‌گیری ایرانیان در مناصب متعدد بود، بسترساز ایجاد اولین اختلاف جدی میان طاهر و فضل بن سهل شد، که در نتیجهٔ آن مشکلاتی گریبانگیر عباسیان گشت و تا مدت‌ها آنان را به خود مشغول نگه داشت. فضل بن سهل دبیر سیاستمدار مأمون و شخصیت ارشد در میان ایرانی‌ها در دربار عباسیان بود. فضل کوشید حق مأمون را در خلافت محفوظ نگه دارد و از او در مقابل برادر و اطرافیانش حمایت کند. مورخان برای اختلافات میان فضل و طاهر دلایل مختلفی را ذکر کرده‌اند و تعدادی از این علت‌ها، که مورد تأیید اکثر مورخین می‌باشد، بدین شرح است: طاهر پس از فتح بغداد علی‌رغم درخواست مأمون و فضل مبنی بر فرستادن امین به نزد آنان، او را به قتل رساند و این امر موجب ایجاد کدورت میان طرفین گشت. همچنین قبل از این واقعه و به دنبال پیروزی طاهر بر علی بن عیسی در سال ۱۹۵ ه‍.ق/ ۱۱–۸۱۰ م، وی نامهٔ پیروزی را برای فضل بن سهل ارسال کرد و برای اولین بار وی را امیر خطاب نکرد، که موجب ناراحتی فضل گردید. پس از فتح بغداد در سال ۱۹۸ ه‍.ق/ ۸۱۳ م نیز، به عللی که در سطور گذشته ذکر شد و همچنین به علت ترس فضل از قدرت‌گیری طاهر و ناراحتی از بعضی اقدامات خودسرانهٔ وی در بغداد، وی به اقداماتی علیه طاهر دست زد. هدف فضل دور کردن دو فرمانده ارشد سپاه، یعنی طاهر بن حسین و هرثمة بن اعین، از عراق و در انحصار درآوردن حکومت بود.
در نتیجهٔ اقدامات فضل بن سهل، مأمون امارت سرزمین‌های عراق، جبال، اهواز، یمن، حجاز را به حسن بن سهل، برادر فضل، واگذار کرد و با بخشیدن امارت سرزمین‌های موصل، جزیره، شام و مغرب به طاهر، وی را مأمور سرکوب شورش نصر بن شبث (۱۹۹ ه‍.ق تا ۲۰۹ ه‍.ق/ ۸۲۴ م) در آن دیار کرد. طاهر، با وجود نارضایتی از تصمیم خلیفه، به آن سمت حرکت کرد و مقر خود را در رقه قرار داد و از ۱۹۹ ه‍.ق تا ۲۰۴ ه‍.ق در آنجا بود. دور کردن طاهر و هرثمه از عراق و بی‌کفایتی حسن بن سهل در ادارهٔ امور، موجب گسترش ناآرامی‌ها در آنجا شد؛ اما مأمون از این شورش‌ها که ضد حکومتش بود خبر نداشت؛ زیرا وی در مرو بود و فضل بن سهل مانع رسیدن اخبار بغداد به او بود و کارها را از او مخفی می‌کرد. خلیفه لقب جدید ذوالریاستین به معنای رئیس کشوری و لشکری را به عنوان پاداش به وزیرش، فضل بن سهل، هدیه کرد. این ویژگی دلالت بر نفوذی گسترده دارد، که این مرد ایرانی به آن رسید. در کنار این ویژگی، فضل از امارت هم بهره‌مند بود. او نخستین وزیری بود که لقب گرفت و همچنین امارت و ادارهٔ حکومت به او تفویض شد. با عزیمت طاهر، مردم بغداد و چندین ایالت عراق به علت نارضایتی از حکومت حسن بن سهل و برتری عجمان بر عرب در دستگاه خلافت مأمون، دست به شورش زدند (۱۹۹ ه‍.ق/ ۸۱۴ م) و کار آنان تا حدود زیادی بالا گرفت، تا سرانجام توسط هرثمه بن اعین سرکوب گشتند.
طاهر برای به نمایش گذاشتن نارضایتی اش از خلیفه، در انجام مأموریت خود که سرکوب شورش نصر بن شبث بود، سستی ورزید و اقدامی جدی در این زمینه انجام نداد و فقط به محاصرهٔ نصر در قلعه‌ای بسنده کرد، تا سرانجام به دستور مأمون، فرزند طاهر، عبدالله، مأمور سرکوب شورش گردید و طاهر در سال ۲۰۴ ه‍.ق به عراق مراجعت کرد. البته در طولانی شدن روند ده ساله سرکوب نصر، باید به نقش حسن بن سهل نیز اشاره کرد، که به علت اختلاف با طاهر، از ارسال هرگونه کمک و پشتیبانی برای وی خودداری کرد و وی را به حال خود واگذاشت. به هر صورت، در اثر اقدام فضل بن سهل، طاهر چندین سال از صحنهٔ سیاست دور گشت و نقش جدی و فعال خود را به‌طور موقت از دست داد. البته برای بهبود روابط میان طاهر و فضل تلاش‌هایی نیز صورت گرفت که بی‌اثر بودند و اختلافات تا مرگ فضل در سال ۲۰۲ ه‍.ق پابرجا بود.
در دوران اقامت طاهر در رقه، بغداد و سرزمین‌های مجاور آن در نابسامانی و آشوب ناشی از نارضایتی خاندان بنی عباس و اعراب از سلطهٔ فضل بن سهل ایرانی بر امور حکومت به سر می‌برد. همچنین مسئلهٔ ولایتعهدی علی بن موسی‌الرضا، امام هشتم شیعه، بر دامنهٔ نارضایتی خاندان بنی عباس از مأمون افزوده بود. آنان در واکنش به این اقدام مأمون، ابراهیم بن مهدی، عموی مأمون، را به خلافت انتخاب و با او بیعت کردند. به علت وخامت اوضاع، مأمون به سوی بغداد حرکت کرد و بنابر برخی روایات نقشهٔ قتل فضل بن سهل (۲۰۲ ه‍.ق/ ۸۱۸ م) و علی بن موسی‌الرضا را طراحی و عملی کرد، تا به مخالفت‌ها علیه خود پایان دهد. مأمون پس از انجام این اعمال، با نگارش نامه‌ای در صدد دلجویی از مردم بغداد و خاندان بنی عباس برآمد. اما با بی‌توجهی آنان، به سمت بغداد حرکت کرد و طاهر را نیز همراه با سپاهیانش برای افزایش شوکت و قدرت خود از رقه فراخواند. طاهر به سرعت حرکت کرد و خود را در نهروان به مأمون رساند و در سال ۲۰۴ ه‍.ق / ۸۱۹ م به اتفاق یکدیگر وارد بغداد شدند. این حادثه آغازگر روابط حسنه میان طاهر و خلیفه گشت. در همین دوران به پیشنهاد طاهر، بار دیگر مأمون، جامهٔ سبز علوی را کنار گذاشت و جامهٔ سیاه بنی عباس را به تن کرد و بدین ترتیب پیوند خود را با این خاندان تجدید کرد.
مأمون پس از ورود به بغداد، به علت نیاز به شخصی مقتدر برای مهار ناآرامی‌ها و برقراری امنیت، طاهر را به ریاست شرطهٔ بغداد برگزید، که سرآغاز قدرت‌گیری دوبارهٔ طاهر بود. پس از آن امارت تمامی ولایت‌های خلافت عباسی از بغداد تا نواحی دورافتادهٔ مشرق، علاوه بر حکومت شام که از گذشته در اختیار طاهر بود، به وی اهدا گشت. وی همچنین مسئولیت نظارت بر امور دیوان‌ها را عهده‌دار گشت و علاوه بر آن به عنوان مسئول جمع‌آوری خراج سواد عراق که منطقه‌ای سرسبز و پر رونق بود، منصوب شد. علاوه بر این، طاهر، در مقام فرماندهی سپاه نیز ابقا گشت. در این دوره، طاهر از قدرت زیادی برخوردار بود و بر اکثر نقاط خلافت نظارت داشت. همچنین در همین دوره روابط مابین طاهر و خلیفه تا حد زیادی بهبود یافت، به‌طوری‌که طاهر در محفل‌های خصوصی مأمون حضور داشت و رابطهٔ صمیمی با خلیفه برقرار کرده بود.
طاهر در مدت اقامتش در بغداد به ساخت ابنیه پرداخت و امارت باشکوهی به نام حریم طاهری بنا کرد، که پس از وی نیز محل اقامت اعضای خاندان طاهری و از شهرت زیادی برخوردار بود. علاوه بر آن محلی به نام خندق طاهر در بغداد توسط طاهر ساخته شد و به نام او خوانده می‌شد. همچنین مسجدی را نیز در بغداد بنا کرد و عمارت‌های متعددی به دستور وی در بغداد برپا گشت. خاندان طاهریان نیز بعدها از طریق املاک، زمین‌ها و مناصبی که به طاهر یا پسران وی واگذار شده بود، به ثروت و نفوذ زیادی دست یافتند و علاوه بر درآمد حاصل از مالیات خراسان بزرگ، هر ساله مبالغ هنگفتی از محل دارایی‌هایشان در عراق، نصیبشان می‌گشت.
مورخین برای واگذاری خراسان و قلمرو شرقی خلافت به طاهر، دلایل متعددی را ذکر کرده‌اند، که در ادامه، آن دسته از دلایل که مورد اتفاق اکثر مورخین می‌باشند، بیان می‌گردد. زمینه‌های واگذاری خراسان به طاهر، از دو زاویه مورد بررسی قرار می‌گیرد، که در سمتی مأمون و در سمت دیگر طاهر قرار دارد. آنچه موجب گشت تا مأمون امارت خراسان را به طاهر واگذار کند، معلول تفکرات سیاسی و احساسی وی می‌باشد. به عبارتی پس از قتل فضل بن سهل و علی بن موسی الرضا، احتمال شورش لشکریان و مردم خراسان تا حد زیادی قوت گرفت، زیرا شخصیت‌های نامبرده از محبوبیت بالایی در میان مردم برخوردار بودند. طاهر و خاندانش نیز در میان عامهٔ مردم خراسان و اشراف و حکام محلی آن دیار دارای محبوبیت و نفوذ بالایی بودند. به همین علت، مأمون، طاهر را به امارت آن دیار برگزید، تا با استفاده از محبوبیت وی بر نارضایتی مردم و لشکریان فائق آید. همچنین مأمون، به علت دسیسه چینی‌های طاهر و اطرافیانش، از عملکرد والی خراسان، غسان بن عباد، رضایت نداشت. علاوه بر آن، آزادی عمل افرادی مانند عبدالرحمان نیشابوری در جمع‌آوری سپاه ضد خوارج بدون اجازهٔ حاکم و حملات ترکان و خوارج نیز به تشویش خاطر مأمون در زمینهٔ ولایات شرقی می‌افزود. البته کدورت و رنجش خاطری از جانب مأمون متوجه طاهر گشته بود، که سعایت و دسیسه چینی درباریان و اهالی حرم علیه طاهر و یادآوری قتل امین توسط او را از عوامل آن می‌دانند. در سمتی دیگر نیز، طاهر برای دست یافتن به امارت خراسان، به اقدامات وسیعی روی آورد. در وهلهٔ اول طاهر تلاش زیادی می‌کرد، که تا حد ممکن از مأمون و مرکز خلافت وی، بغداد، فاصله گیرد؛ زیرا سرگذشت حامیان قبلی عباسیان مانند ابومسلم را به خوبی می‌دانست و سعی داشت تا با توجه به ناراحتی مأمون از قتل برادر به دست خود، تا حد ممکن فاصلهٔ میان خود و مأمون را افزایش دهد و خود را از خشم وی در امان بدارد. همچنین وی پس از خدماتی که به خلافت عباسیان کرده بود، تحقق خواستهٔ خویش مبنی بر حاکمیت بر ایالت‌های شرقی را حق مسلم خویش می‌دانست و تلاش زیادی می‌کرد تا بدان دست یابد. البته، عده‌ای نیز سخن از دلتنگی طاهر نسبت به وطن خویش، خراسان، را به میان آورده‌اند و آن را از دلایل کوشش طاهر برای نیل به امارت خراسان دانسته‌اند. سرانجام به علت تمایل مأمون برای واگذاری خراسان به طاهر و همچنین تلاش بی‌وقفهٔ طاهر و اطرافیانش، به خصوص وزیر مأمون، احمد بن ابی‌خالد احول، حکومت خراسان بزرگ و ایالات شرقی در سال ۲۰۵ ه‍.ق / ۸۲۱ م به طاهر واگذار شد.
طاهر پس از دریافت امارت خراسان و سرزمین‌های شرقی خلافت از جانب مأمون در سال ۲۰۵ ه‍.ق/ ۸۲۱ م، خارج از بغداد اردوی خود را برپا کرد و به آماده‌سازی مقدمات سفر خود به خراسان پرداخت و فرزندش، طلحه را پیش از حرکت خود، به عنوان جانشین، راهی مرو کرد. سرزمین‌هایی که با حکم مأمون به طاهر واگذار گشتند تمامی نواحی شرقی تا حلوان را در بر می‌گرفت، شامل: خراسان بزرگ، سیستان، کرمان، قومس، طبرستان، رویان و ری. وی سرانجام، در پایان توقف چند ماهه پیرامون بغداد و با کسب آمادگی کامل، پس از وصول خبر شورش عبدالرحمان نیشابوری، به سمت خراسان حرکت کرد. بنابر روایتی، طاهر در مدت آماده‌سازی اردوی خود، مبالغی را به‌طور ماهیانه از سمت مأمون دریافت می‌کرد که در پایان، مجموع مبالغ دریافت شده، ده میلیون درهم بوده‌است. وی پس از مدتی به خراسان رسید و در مرو، مقر شرقی حکومت سیاسی عباسیان در دوره‌های پیشین، اقامت گزید. بنابر گزارش‌ها، خراسان در آستانهٔ ورود طاهر، محل تاخت و تاز خوارج به رهبری حمزه بن عبدالله الشاری بوده‌است. عبدالرحمان نیشابوری با مشاهدهٔ ضعف حکومت، بدون اجازهٔ حاکم خراسان، اقدام به جمع‌آوری نیرو برای مقابله با خوارج کرد، که به نوعی، طغیان در برابر خلیفه تلقی می‌گشت.
پس از ورود طاهر به خراسان، به علت هیبت و آوازه‌ای که وی در نبرد با خوارج در گذشته به دست آورده بود و شدت عمل وی در سرکوبی شورش آنان، خوارج در خراسان آرام گرفتند و عبدالرحمان نیز به گوشه‌ای رفته و ساکت گشت. اما مشکل خوارج همچنان ادامه یافت و در تمامی ایالات به خصوص سیستان موجب زحمت برای طاهر گشتند. اگرچه او به اعزام پیاپی نیرو برای سرکوب آنان می‌پرداخت، اما وسعت قلمرو وی و کمبود نیرو، مانع از کامیابی کامل وی در این امر می‌گشت، که به همین علت از سوی مأمون، متهم به کم‌کاری در این زمینه شد و مورد عتاب او قرار گرفت و طاهر نیز به درشتی و با قاطعیت پاسخ وی را داد و این امر موجب تیره گشتن مجدد روابط مابین طاهر و خلیفه گردید.
مسئلهٔ خوارج و عدم کامیابی کامل طاهر در کنترل و سرکوب تحرکات آنان یا امری دیگر، موجب ایجاد تنش میان او و مأمون گردید. مأمون، به خاطر نگرانی خاطری که از زمان بخشیدن حکومت خراسان، نسبت به طاهر داشت و همچنین در اثر سعایت دشمنان طاهر در نزد وی، پس از بروز مجدد تنش در روابطش با او، اقدام به بخشیدن کنیزکی به وی به قصد مسموم کردنش کرد، اما با اطلاع طاهر از این موضوع و ارسال پیامی حاوی ابراز وفاداری و عدم پیمان‌شکنی به مأمون، خاطر وی از جانب طاهر آسوده گشت.
طاهر که مترصد فرصتی مناسب برای اعلام استقلال بود، تنش موجود را دستاویزی قرار داد و یک سال و شش ماه پس از حکومت خود بر خراسان، در سال ۲۰۷ ه‍.ق/ ۸۲۲ م با حذف نام خلیفه از خطبهٔ نماز جمعه، استقلال حکومت خود را اعلام کرد. طاهر با جایگزین کردن جملهٔ «خدایا نیکو دار تمام پیروان محمد (ص) بدانچه نیکو داشته‌ای بدان برگزیدگان خود را» به جای «خدایا بندهٔ خویش و خلیفت خویش، عبدالله مأمون را نیکو دار» در خطبهٔ نماز جمعه، اعلام استقلال کرد. برخی معتقدند این حرکت، از قبل برنامه‌ریزی شده بود زیرا طاهر به مدت چند هفته، این نوع از خطبه‌خوانی را تکرار کرد، تا بر این مسئله تأکید نماید. همچنین طاهر پس از اعلام استقلال، به نام یکی از علویان که قاسم بن علی نام داشت، خطبه خواند تا بدین ترتیب، رویگردانی خود از بنی‌عباس و گرایش به علویان را به نمایش بگذارد. گرچه منابع معتقدند که این اقدام طاهر، نوعی اقدام سیاسی همانند بیعت مأمون با علی بن موسی‌الرضا بود، تا بدین وسیله از محبوبیت و پایگاه اجتماعی علویان برای تحکیم قدرت خویش بهره‌برداری نماید. از دیگر علائم اعلام استقلال را، حذف نام خلیفه از سکه‌های دورهٔ طاهر که ذوالیمینین بر روی آن‌ها ضرب گشته بود (۲۰۶ ه‍.ق/ ۸۲۱ م)، می‌دانند.
طاهر در همان شبی که نام مأمون را از خطبه حذف کرد یا مدت کوتاهی پس از آن در سال ۲۰۷ ه‍.ق/ ۸۲۲ م، درگذشت. عده‌ای مرگ وی را ناشی از تبی شدید و ناگهانی می‌دانند که بر وی عارض گشت. اما مرگ طاهر پس از مدت کوتاهی که از اعلام استقلال وی می‌گذشت، احتمال ترور و مسمومیتش را تا حد زیادی تقویت کرد و زمینه‌ساز بحث‌های طولانی به همراه نظرات گوناگون پیرامون این موضوع گشت. در شکل‌گیری این واقعه، دو شخصیت مأمون و احمد بن ابی خالد بسیار در معرض اتهام قراردارند و مورخین، دلایلی را نیز برای مظنون بودن به آنان ذکر کرده‌اند. مأمون به علت اختلافاتی که با طاهر داشته و سابقهٔ اقدامی نافرجام در جهت ترور طاهر توسط کنیزکی که به وی اهدا کرده‌بود و همچنین اعلام استقلال طاهر، ظاهراً دارای انگیزهٔ کافی برای قتل وی بوده‌است.
نامهٔ تندی که طاهر در جواب مأمون نسبت به کم‌کاری وی در زمینهٔ سرکوب خوارج، نگارش و برای او ارسال کرد، خشم مأمون را برانگیخت، چنان‌که او پیش از اعلام استقلال طاهر، کنیزی را با هدف مسموم ساختن او، به مرو گسیل داشت، اما طاهر از نیت کنیز آگاهی یافت. طاهر موهای سر خویش را تراشید و سپس قرآنی را مقابل خویش قرار داد و کنیز را احضار نمود و سپس به او گفت: «ما فرستادهٔ امیرالمؤمنین یعنی سم را قبول کردیم ولی تو را قبول نکردیم» کنیز این مطلب را به استحضار مأمون رساند و مأمون نیز به اطرافیان خود گفت: «تراشیدن سر و نشستن بر روی فرش سفید نشان از اطاعت طاهر است و قرآن گشوده، یادآوری عهد و پیمان میان ماست و مراد وی از شمشیر نیز نشان جنگ در صورت پیمان‌شکنی است» مأمون سپس به اطرافیان خود گفت که دیگر حرف طاهر را نزنند که این سخن، نشانگر سعایت‌ها و توطئه‌های مداوم در دربار خلیفه، علیه طاهر می‌باشد.
احمد بن ابی خالد نیز به سبب نقش مؤثری که در اهدای حکومت خراسان به طاهر داشت و اطلاع مأمون از توطئه‌های وی در جهت قدرت‌گیری طاهر، پس از اعلام استقلال طاهر درصدد تجدید جایگاه خویش در نزد خلیفه و جبران اشتباهش برآمد و اقدام به مسمومیت طاهر، (بنا بر روایتی از طریق عسل یا کامخ) کرده‌است. روایت می‌شود که این عمل از سوی جاسوسان و عمال خلیفه و احمد که در مقر خلافت طاهر حضور داشته و دارای دستورها مشخصی در صورت طغیان وی بوده‌اند، انجام پذیرفته‌است. مشهور است که آخرین جملهٔ طاهر قبل از مرگ بدین شرح بوده‌است: در مرگ نیز مردی باید.
در خصوص شیوهٔ حکمرانی طاهر، وی بر تمام مسائل حکومت نظارت داشته و با کفایت و تدبیر، به حل و فصل مشکلات می‌پرداخته و از اعمال و تصمیمات وی در ادارهٔ امور مملکت، به نیکی یاد گشته‌است. به سبب همین نظارت‌های مستمر و منش شخصیتی خاص وی، تمام مسائل طبق نظر وی انجام می‌پذیرفت و شیرازهٔ امور از دست وی خارج نمی‌گشت. یکی از اقدامات طاهر، که موجب انتقاداتی از وی شد، اهدای بعضی از مناصب حساس به تعدادی از دوستانش بود. اینان معمولاً در مناصبی که دریافت می‌کردند، دارای هیچ گونه تجربه و تخصصی نبودند و بیم آن می‌رفت که خسارات جبران‌ناپذیری بر حکومت وارد آورند؛ اما طاهر در پاسخ به مخالفان، نظارت مستمر خود بر همهٔ امور را یادآوری می‌کرد و بیان می‌کرد که تصمیم گیرندهٔ اصلی اوست و آنان دارای مناصبی ظاهری هستند، که در واقع نیز این‌گونه بود و صلابت و اقتدار طاهر همراه با کفایت او بر همهٔ امور سایه افکنده بود و حکومت را در مسیری که وی می‌خواست به پیش می‌برد. علت این اقدام طاهر را نیز، احساس دینی می‌دانند که به دوستانش داشت و معتقد بود، آنان که در قدرت‌گیری وی حریص بوده‌اند، حال مستحق الطاف او هستند. او به فرزند خود نیز توصیه می‌کرد که مراعات حال نزدیکان و حامیان خود و بزرگان را بکند و آنان را مورد الطاف خود قراردهد.
طاهر همچنین به دستگیری از فقرا و مستمندان می‌پرداخت و سعی می‌کرد تا نیازهایشان را برطرف سازد. او حتی در نامهٔ خویش نیز، انجام این اعمال را به فرزندش توصیه کرد. همچنین طاهر و جانشینانش به حمایت از روستاییان می‌پرداختند و به دلایلی از حقوق آنان دفاع می‌کردند. او کاریزهای بسیار در خراسان حفر کرد و هنوز پس از گذشت قرن‌ها، یادگار آن روزگار میان مردم خراسان است، چنان‌که در آن ایام، بهترین کاریزهای خراسانی را «قناط طاهری» می‌خواندند. روایت سنتی در میان مردم خراسان، تا روزگار قرن نهم متداول بود که مردم این دیار، طاهر را به نام «طاهرِ آب‌شناس» می‌خواندند.
طاهر در طی مدتی که بر ایالات شرقی حکومت می‌کرد، انتصابات متعددی را انجام داد. بعضی از این انتصابات، به علت موقعیت برجستهٔ آن منصب یا دلیل واگذاری آن به شخصی خاص، دارای اهمیت ویژه‌ای بودند که در ادامه، به مهم‌ترین مصادیق آن اشاره می‌گردد.
انتصابات مهم وی عبارت بودند از:
علاوه بر موارد بالا در جایی دیگر چند تن از خدمتگزاران طاهر که ظاهراً از فرهیختگان زمانه بودند را به همراه منصبشان این‌گونه شرح داده‌اند:پیرامون شخصیت طاهر، در طول دوران حیاتش، مطالب فراوانی بیان گشته‌است. طاهر در ادارهٔ امور حکومت، با جدیت و دقت فراوان عمل می‌کرد و در مقابل خطای کارگزارانش، واکنش‌های قاطع نشان می‌داد. وی از هرگونه شوخی بیهوده و یاوه‌گویی دوری می‌جست و اطرافیانش را نیز از خیره‌سری نهی می‌کرد. او همچنین به علم و هنر علاقه داشت و در تشویق عالمان و نوازش شاعران می‌کوشید و هدایای فراوانی را به آنان اعطا می‌کرد، که به همین علت و همچنین پیوندهای قومی و قبیله‌ای، از سوی برخی از آنان مورد ستایش و تمجید قرار می‌گرفت. اگرچه به علت خدمت به عباسیان، از سوی برخی شاعران عجم یا عرب و همچنین شیعه، مورد هجو نیز قرار می‌گرفت و بعضی از آنان، نقص طاهر در یک چشمش را که ظاهراً معلول حادثه‌ای در کودکی یا یادگار یکی از جنگ‌هایش بوده را، دستمایهٔ تمسخر وی قرار می‌دادند.
او به زبان فارسی سخن می‌گفت، که آن را ناشی از تبار ایرانی وی می‌دانند. علاوه بر آن، طاهر در نگارش به زبان عربی مهارت کامل داشت و دارای نثری شیوا بود و قدرت نگارشش به زبان عربی زبانزد خاص و عام بود، که می‌توان نمود آن را در نامهٔ مشهوری که برای فرزندش عبدالله، حاکم رقه نوشت، مشاهده کرد. همچنین می‌توان از نامه‌ای که به مناسبت پیروزی بر علی بن عیسی برای فضل بن سهل به رشتهٔ تحریر درآورد یا گزارش فتح بغداد که به مأمون ارسال کرد، نام برد. درونمایهٔ نامهٔ مشهور طاهر، یادآوری مسایل اخلاقی، شیوه‌های صحیح حکمرانی و توصیه‌هایی در باب مسائل مختلف حکومت و روش زندگی بود، که پس از اطلاع مردم از محتوای آن، همگان زبان به تحسین طاهر گشودند و به گفتگو پیرامون مطالب نامه پرداختند و مأمون آن را برای تمامی عاملان خود فرستاد. بعضی از اشعار طاهر در کتبی نظیر: نهایه الارب فی فنون الادب و در اغانی آمده‌است.
پس از انتصاب عبدالله به حکومت رقه و عزم او برای حرکت به آن سرزمین، طاهر نامه‌ای برای وی به نگارش درآورد که مشتمل بر پند و اندرزهای فراوان، نکات اخلاقی و امور حکمرانی بود. این نامه در نزد ادیبان و مورخان مشهور است و پندهایی در آن موجود است که منتسب به پادشاهان بزرگ ایران همچون اردشیر و انوشیروان می‌باشد. این نامه پس از گذر مدتی از زمان نگارش، میان مردم پراکنده شد و آن را مطالعه کردند و در همین راستا، گزارش آن به مأمون نیز رسید. او نامه را درخواست کرد و پس از خواندن نامه برای وی، اینچنین گفت:
به فرمان مأمون، نسخه‌هایی از این نامه تهیه و به کارگزارانش ارسال شد، تا اندرزهای موجود در آن را بکار بندند و بر طبق آن عمل کنند.
بنابر روایات، نام طاهر به علت شهرتی که در عهد مأمون دارا بود و از سرداران نامدار سپاه مأمون به حساب می‌آمد، بر روی برخی از سکه‌های این خلیفه، ضرب شده‌است. از جمله این سکه‌ها می‌توان به درهم‌های ضرب محمدیه در سال‌های ۱۹۵ قمری- ۱۹۶ قمری اشاره نمود. در بعضی از آن سکه‌ها که در سال ۱۹۵ قمری ضرب شدند، به صورت «طاهر» آمده‌است؛ اما در برخی دیگر از درهم‌ها که در این سال ضرب شدند و همچنین تمامی درهم‌های ضرب محمدیه که به سال ۱۹۶ قمری ضرب گشتند، به شکل «طاهر بن الحسین» آمده‌اند. علاوه بر آن، دینارهایی نیز با نام طاهر ضرب گشتند، که نوعی از آن، محصول ضرابخانه‌ای نامعلوم در سال ۱۹۸ قمری می‌باشد و نوعی دیگر نیز دینارهای ضرب شده در مصر هستند، که در سال ۲۰۰ قمری - ۲۰۶ قمری، ضرب گشته‌اند. بر این دینارها نیز «طاهر» ضرب شده‌است. بنا بر گزارش‌ها، طاهریان سکه‌های طلا ضرب نمی‌کردند و سکه‌هایی که در دورهٔ طاهر و فرزندش، طلحه، ضرب شده، از جنس نقره (درهم) و مس (فلس) بودند و سکه‌های فرمانروایان پس از آنان نیز از جنس مس بوده‌است. در دورهٔ طاهری در خراسان ارزش هر دینار عباسی را برابر با ۱۵ درهم ذکر کرده‌اند. در دوران حکومت طاهر، بر درهم‌ها و فلس‌ها غالباً، لقب او که «ذوالیمینین» بود، به تنهایی ضرب می‌گشت و در اغلب موارد نیز نام یکی از حکام محلی نیز بر روی سکه‌ها ضرب می‌شد، که می‌توان برای نمونه به درهم‌های ضرب هرات در سال ۲۰۶ قمری که مضروب به نام شکر بن ابراهیم، حاکم هرات، بودند، اشاره کرد. یحیی بن اسد سامانی نیز پس از روی کار آمدن طاهریان تابعیت آنان را پذیرفت، که به همین دلیل در پیرامون برخی از فلس‌های خود که در بنکث ضرب شده و بدون تاریخ می‌باشند، و نیز فلس‌هایی دیگر که در سال ۲۱۴ قمری ضرب کرده و فلس‌هایی که در سال ۲۳۳ قمری ضرب نموده، نام طاهر بن عبدالله را آورده‌است. پس از او نیز نصر بن احمد سامانی بر برخی از فلس‌های ضرب شاش به سال ۲۵۵ قمری، نام محمد بن طاهر را ضرب کرده‌است. اکثر سکه‌های طاهری، به ویژه سکه‌های طلحه، در سمرقند ضرب شده‌اند. اگرچه نمونه‌های مضروب محمدیه و زرنج نیز کم نیستند. سکه‌های ضرابخانه‌های دیگر، به جز نمونهٔ ضرب هرات در سال ۲۰۶ قمری، نادر می‌باشند. نام ضرابخانه‌هایی که در ادامه ذکر می‌شوند در سکه‌های طاهریان دیده شده‌است: بخارا، بست، خوارزم، زرنج، سمرقند، سیستان، شاش، محمدیه، مرو، نیشابور و هرات.
اقدامات سیاسی طاهر در اواخر دورهٔ حیاتش و نتایج این اقدامات پس از مرگ او، منجر به ایجاد تحولی عظیم و بدیع در شرق خلافت اسلامی گردید که حاصل آن همچون یادگاری از طاهر بن حسین برجای ماند و در قالب حکومت نیمه مستقل طاهریان، در خراسان و قلمرو شرقی خلافت، سر برآورد. اما پس از طاهر، تمامی فرزندان و نوادگانش به علت عدم دارا بودن تمام توانایی و ظرفیت‌های او در حکومت و سیاست، نسبت به خلیفه مطیع و وفادار ماندند و بر طبق سیاست‌های بغداد حرکت کردند و فقط می‌توان گفت به سبب موروثی ماندن حکومت خراسان در بینشان و آزادی عمل قابل توجه در امور حکومت خراسان، نیمه‌مستقل نامیده شدند؛ که آن نیز به سبب همکاری آنان با خلفا و مدارای بغداد و حتی روابط صمیمی و دوستانه به علل متفاوت با آنان بود. نمود آن نیز نفوذ خاندان طاهری در مناصب مهم در مرکز خلافت، یعنی بغداد، و تداوم آن حتی تا مدت‌ها پس از سقوط حکومتشان در خراسان، مشهود بود. خلفای بغداد در طی نیم قرن تسلط طاهریان بر خراسان، آنان را تأیید و ابقا کردند که دلایل آن بدین شرح است: قدرت بعضی از طاهریان همچون عبدالله بن طاهر که فرماندهی لشکری قدرتمند در غرب را بر عهده داشت و مشغول سرکوب شورشی در آن ناحیه بود، هم به علت واهمه از عکس‌العمل او در برابر اقدامی علیه طاهریان و هم به سبب خدمتی که بدان مشغول بود، مورد تأیید بود. در قدم بعدی، خلفای مستقر در بغداد بر این امر واقف بودند که امکان مدیریت و تسلط کامل بر سرزمین‌های وسیع شرقی، از طریق نظارت مرکز ممکن نیست و ارسال پیاپی لشکر بدانجا نیز، علاوه بر بی‌فایده بودن، موجب فشاری بر خلافت می‌گردید که به همین علت حکومت طاهریان را بر نواحی شرقی تأیید می‌کردند، زیرا آنان از نفوذ و محبوبیت محلی برخوردار بودند و توانایی اعادهٔ قدرت و امنیت بر آن نواحی را داشتند و علاوه بر آن بیش از دیگران مورد وثوق و اعتماد بودند و وفاداری خود را به دفعات و در طی شورش‌ها و حوادث متعدد ثابت کرده بودند. علی‌الخصوص شورش سپاهیان و همچنین برادر طاهر، حسن، پس از وفات طاهر، موجب گشت که مأمون با وجود عصیان شخص طاهر، حکومت فرزند وی را تأیید کند و حتی احمد بن ابی خالد را برای کمک به او و ایجاد ثبات در آن ناحیه گسیل دارد، که مأمون به علت نفوذ خاندان طاهری و واهمه از وقوع ناآرامی‌های بعدی، حسن را عفو کرد و پس از آن نیز همواره میان آنان و خلفا روابط دوستانه برقرار باشد. علاوه بر آن، در همان زمان و در شرق خلافت مانند آذربایجان، کسانی همچون بابک فعالیت داشتند و آن نواحی وضعیت خوبی نداشت و حمزه نیز همچنان به تاخت و تاز در نواحی شرقی می‌پرداخت که این امر خلیفه را قانع می‌ساخت که با ستیز با طاهریان، آرامش پایداری که آنان در حوزهٔ حکومتشان برقرار ساخته بودند را دچار دگرگونی و اختلال ننماید. به‌طور کلی می‌توان گفت که استقلال به صورت کامل فقط در پایان عمر طاهر دارای معنا بود و آن هم به علت شخصیت او و پشتوانه‌هایش بود و پس از آن میان نوادگان او و خلفا روابطی متأثر از احساس محبت، احترام، ترس و نیاز برقرار بود که در قالب خادم و مخدوم، می‌توان آن را بیان کرد و در چارچوب نیازهای هریک از دوطرف به یکدیگر در گذر زمان، به شرح و تفسیرش پرداخت.
به هر صورت، پس از مرگ طاهر، مأمون با وجود طغیان او، حکومت نواحی شرقی را به پسران وی واگذار کرد، زیرا قصد داشت تا شورش سپاهیان طاهر، که بر اثر مرگ وی شکل گرفته بود را آرام نماید و همچنین به نفوذ خاندان ایشان در آن نواحی واقف بود و به تجربه دریافته بود که فقط ایرانیان توانایی ادارهٔ ایالات مختلف و حل مسائل داخلی ایران را دارند و به سبب اطلاع از شایستگی افراد این خاندان در ادارهٔ امور آن نواحی، حکومتشان را بر مناطق شرقی تأیید کرد و این واقعه آغازگر، حکومت ۵۰ سالهٔ طاهریان، به عنوان نخستین حکومت نیمه مستقل ایرانی گشت.
پس از مرگ طاهر، فرزندان و نوادگانش در نتیجهٔ دلایل فوق و به‌طور کلی مشتمل بر ناتوانی مرکز خلافت در نظارت مستقیم بر خراسان و لیاقت و حسن رفتار طاهریان می‌باشد، به حکمرانی در شرق پرداختند. اینان به دلیل حمایت همیشگی از سنت‌های عربی و مذهب رسمی تسنن و مبارزه با یاغیان، مورد تأیید خلفا بودند و بر طبق سیاست‌های کلی خلافت پیش می‌رفتند، اما دارای حکومتی موروثی بودند و مهم‌تر از آن، استقلال تقریبی سیاسی و مالی آنان، بر نقش استقلال‌گستر آنان می‌افزود و علاوه بر آن، در همان دوره نیز در بغداد دارای نفوذ و مناصب کلیدی بودند. به‌طور خلاصه، میراث طاهر، حکومتی نیمه‌مستقل ،امارت استکفا، بود که توسط حکامی اداره می‌گشت که به‌طور کلی نسبت به خلفا وفادار بودند، اما در سیاست‌های داخلی و مالی خود، استقلال داشتند و بر پایه آن، به آبادانی و ادارهٔ صحیح آن نواحی پرداختند، شعرا و دانشمندان را مورد نوازش قرار دادند و حتی خود نیز در طریق آنان آمدند، شورش‌ها و بدعت‌ها را سرکوب کردند و اقتصاد و تجارت را بهبود بخشیدند و در یک جمله، با تأیید خلفا اما در قالب حاکمانی با گسترهٔ اقدامات وسیع و استقلال کافی به حکمرانی پرداختند و همچنان نفوذ خود را در پایتخت نیز حتی تا سالیان دراز بعد از سقوط حکومتشان در نواحی شرقی به دست یعقوب لیث، حفظ کردند. اما تکامل میراث طاهر و نوادگانش به وسیلهٔ کارگزاران یا دشمنانشان همچون سامانیان و صفاریان انجام پذیرفت، که طریق آنان را در برپایی حکومت‌هایی با رنگ استقلال‌طلبی پیمودند و در طی سالیان طولانی، به تدریج با افزودن بر دامنهٔ اختیارات و استقلالشان، به برپایی حکومت‌هایی حقیقتاً مستقل نائل آمدند.