مسجد جامع اصفهان
مسجد جامع اصفهان که به مسجد جامع عتیق و مسجد جمعه اصفهان هم معروف است، یکی از بناهای تاریخی شهر اصفهان است که قدمت آن به قرن دوم هجری قمری بازمی‌گردد. این مسجد در سال ۱۵۶ هجری قمری/۷۷۷ میلادی ساخته شد؛ مسجدی که کوچک و متناسب با جمعیت شهر اصفهان ساخته شده‌بود و باعث رشد شهرنشینی اصفهان شد. در سال ۲۲۶ ه‍.ق/۸۴۶ م به فرمان خلیفه معتصم عباسی، مسجد پیشین تخریب شد و بنایی ستون‌دار به همراه سقفی چوبی ساخته شد که هم‌اکنون هم قسمتی از ستون‌ها و دیوارهای آن باقی مانده‌است. اما مهم‌ترین تغییرات مسجد در دوران سلجوقی انجام شد؛ معماران این دوره از الگوی «مسجد عربی» فاصله گرفتند و با ساخت چهار ایوان در ضلع‌های شمالی، جنوبی، شرقی و غربی، سبکی جدید پدیدآوردند که به «مسجد ایرانی» معروف شد. در ماه ربیع‌الاول سال ۵۱۵ ه‍.ق این مسجد توسط اسماعیلیان به آتش کشیده‌شد که در دوران‌های بعد دوباره ترمیم شد. در سده‌های بعد و در دوره‌های ایلخانی، مظفری، تیموری، صفوی و قاجار نیز این مسجد تغییرات مهمی داشته است.
مسجد جامع اصفهان ابتدا از خشت خام ساخته شده‌بود اما به خاطر پایداری آجر، سرعت ساخت بالا و عوامل دیگر، در بازسازی آن از آجر استفاده شد. طاق‌های چشمه‌ای، ایوانهای چهارگانه، سردرها، جرزهای آجری و تزئینات متفاوتی که متناسب با معماری هر دوره از تاریخ ایران و در سبک‌های خراسانی (یا عربی) و رازی در این مسجد به کار برده شده، اثری را پدید آورده که الگویی برای مساجد ایران و حتی مناطق مسلمان‌نشین دیگر شده‌است.
ضلع شمالی مسجد از ایوان درویش، مدرسهٔ مظفری، گنبد تاج‌الملک یا گنبد خاکی، چهلستون، شبستان و کتیبه‌های مختلفی که از دوران‌های سلجوقی و صفوی به‌جا مانده، تشکیل شده‌است. این کتیبه‌ها با استفاده از گچ و آجر ساخته شده و با خط‌هایی چون کوفی، ثلث، نستعلیق و بنایی و آیاتی از قرآن تزئین شده‌است. ضلع جنوبی مسجد، ضلعی است که ساختمان‌های اساسیِ بنا در آن به سبک عربی و به وسیلهٔ خشت خام ساخته شده‌بود. در دوران نظام‌الملک با تخریب شبستان، گنبدی به صورت دوپوسته ساخته شد که باعث می‌شد ترک‌بندی‌ها پوشیده بماند و گنبد بزرگ‌تر نشان داده‌شود. در دوران آل مظفر، آق قویونلو و صفوی نیز کتیبه‌هایی به این قسمت اضافه شد و بنای ضلع جنوبی کمی تغییر کرد. کتیبهٔ شاه طهماسب مبنی بر بخشش مالیات و توبه‌نامهٔ وی، کتیبهٔ شاه اسماعیل برای صدور حواله به نام افراد اصفهان، کتیبهٔ سنگ‌فرش و کتبیهٔ آب مباح مسجد از جمله آثار این ضلع است. ضلع غربی از شبستان زمستانی، مسجد مصلی، مسجد و محراب الجایتو، کتیبه‌های شاهان صفوی و محمد امین اصفهانی ساخته شده‌است. قسمتی از دیوار این ضلع باقی‌ماندهٔ دیوار خشتی ساخته شده در قرن هشتم هجری است. الجایتو، محمد بن بایسنقر تیموری و شاه سلطان حسین صفوی از جمله افرادی بودند که باعث تغییراتی در این قسمت شدند. تازه‌ترین قسمت مسجد، ضلع شرقی است که متعلق به دوران سلجوقی است. این قسمت به مرور زمان تخریب و در دوران شاه سلیمان صفوی دوباره ساخته شد و کتیبه‌ای مربوط به این بازسازی نیز در ایوان شرقی قرار دارد. کتیبه‌هایی از دوران هوتکیان، آل مظفر و شاه طهماسب صفوی نیز در این قسمت باقی مانده‌است.
هم اکنون، مسجد جامع در میدان قیام، خیابان مجلسی و در آخر بازار بزرگ قرار دارد. این اثر در تاریخ با شمارهٔ ثبت ۹۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران و در سال ۱۳۹۰ هجری شمسی نیز به عنوان میراث جهانی یونسکو به ثبت رسید.
مسجد جامع عبادتگاه مسلمانان، محل برگزاری نماز جماعت و به ویژه نماز جمعه و مکان گردهمایی‌های سیاسی، اجتماعی و آموزشی آن‌هاست. در شهرسازی مسلمانان مسجد جامع در مرکز شهر بنا می‌شود. نام مسجد جامع به برپایی نماز جمعه در آن اشاره دارد و بزرگی و وسعت آن هیچ دخلی در نامش نداشته‌است. پس از ظهور اسلام، محمد مسجدی را در مدینه پایه‌گذاری کرد که مسجد النبی نام گرفت و مقر رئیس حکومت و مسجد اصلی بود و دیگر مساجد برای عبادت و تعلیم انتخاب شده‌بودند. این مسجد الگوی اصلی مسجد جامع در تمدن اسلامی بوده‌است. احتمال دارد نخستین بار از زمان عمر بن خطاب یا علی بن ابی‌طالب از خلفای راشدین این نام به کار برده شده باشد. در فتوحات اولیه، مساجد را بسیار کوچک و به همان شیوهٔ مسجد النبی می‌ساختند؛ در واقع معتقد بودند هیچ‌چیز مثل مسجد نمی‌تواند وحدت مسلمانان را حفظ کند. مساجد اولیه با سقفی از حصیر و چوب پوشانده می‌شد و دیواری گلی آن را دربرمی‌گرفت. به مرور زمان و با گسترش شهرها، مساجد تغییر شکل دادند. معماران ایرانی از خشت و آجر برای ساخت دیوارها و سقف استفاده کردند؛ به مرور زمان ایوان‌ها، طاق‌های چشمه‌ای، جرزها، ستون‌ها و… اضافه شد.
هانری کربن می‌گوید در مقابل پرستشگاه آسمانی، مسجد پرستشگاهی زمینی است که در واقع، این محل مکان ارتباط میان آسمان و زمین است. در معماری مسجدهای ایرانی، در میان صحن، حوض آبی قرار دارد که تصویری از آسمان، که همان پرستشگاه مثالی است، در آن پدیدار می‌شود و کاشی‌های گنبد را نمایان می‌کند. مساجد دارای ۴ ایوان هستند که در امتداد ۴ افق هم قرار دارند.
اصفهان به خاطر وجود زاینده‌رود و شرایط طبیعی مناسب، احتمالاً از نیمهٔ دوم هزاره ۴ ق. م شاهد شکل‌گیری آبادی‌های بسیاری بوده‌است. سال شکل‌گیری شهر اصفهان با ابهام روبه‌رو است و اطلاع دقیقی از آن در دست نیست. در اواخر عصر ساسانیان هفت شهر نزدیک به هم در این ناحیه بوده‌است که عبارت بودند از جی، مهرین، شادریه، درام، قه، کهنه و جار. به گفته لاکهارت اصفهان تا قرن ۴ ه‍.ق/ ۱۰ م با این عنوان امروزی و به این صورت وجود نداشته، در واقع جی شهر اصلی بوده‌است.
حسن بن محمد قمی می‌گوید اصفهان در سال ۲۱ ه‍.ق فتح شد، با این حال عده‌ای سال ۲۳/۲۴ ه‍.ق را سال فتح اصفهان دانسته‌اند. به گفته مجمل التواریخ و القصص مدتی پس از آن، از ۷ شهری که وجود داشت ۳ شهر باقی مانده‌بود، که این ۳ شهر مجموعاً اصفهان نامیده‌می‌شدند. جی، قه و مهرین این سه شهر بودند. "جبل عاملی" معتقد است روستایی به نام «یاوان» هم در مرکز این مجموعه قرار داشته که مسجد جامع آنجا ساخته می‌شود؛ او همچنین به نهری اشاره کرده‌است که به هنگام بهره‌برداری از زاینده‌رود ایجاد شده و دقیقاً از وسط مسجد جامع گذر می‌کرد. در زمان خلافت منصور عباسی اصفهان دوباره رو به آبادانی رفت و افراد بسیاری در شهر ساکن شدند. به نقل از مافروخی به فرمان منصور در سال ۱۵۲ ه‍. ق، قصر و مسجد جامع در شهر بنا شد، دیواری به دور آن کشیده‌شد اما پیش از آن اصفهان خراب و ده‌های پراکندهٔ بسیاری داشت.
مسجد جامع در طول ۱۲ قرن تغییرات مهمی به خود دیده که باعث تکامل آن نسبت به دوران‌های قبل شد. شکل‌گیری شهر اصفهان را باید مطابق با ساخت مسجد جامع دانست. در سال ۱۵۶ ه‍.ق/۷۷۷ م مسجدی وجود داشت که متناسب با جمعیت شهر بود و در شمال غربی میدان مرکزی اصفهان قرار داشت. این بنا در دوران منصور و به سبک خراسانی ایجاد شده‌بود و در واقع اولین بنای اسلامی این محل بوده‌است. این احتمال وجود دارد که این بنا بر روی بقایای یک آتشکده ساخته شده‌باشد. این قسمت که بسیار ساده و از خشت خام ساخته شده‌بود، بعداً تخریب شد، و تنها نشانه‌های اندکی از آن در حفاری‌ها یافت شده‌است.
در قرن سوم ه‍.ق/نهم م. در اثر افزایش جمعیت شهر و گسترش نیازهای مردم و ساکنان آن، نیاز به ایجاد تغییراتی در ساختمان مسجد احساس شد؛ پس در زمان معتصم در سال ۲۲۶ ه‍.ق/۸۴۶ م. مسجد جامع پیشین را خراب کردند، زمین‌ها و خانه‌های اطراف مسجد را از مردم خریدند و در همان مکان قبلی، مسجدی بزرگتر به مساحت حدود یک هکتار و بنابر شیوه خراسانی ساختند. جهت قبله را که حدود ۲۰ تا ۳۰ درجه با قبلهٔ فعلی اختلاف داشت، اصلاح کردند و شبستان‌های ستون‌دار و سقف چوبی در آن ایجاد کردند. کتابخانه‌ای هم در همین دوران در مسجد ساخته شد که کتب علمی زمانه را در آن جمع‌آوری کردند و کنار هر ستونی کلاس درس تشکیل دادند. شبستان در سمت جنوبی ۶ دهانه، در قسمت شرق و غرب ۲ دهانه و در شمال ۴ دهانه داشت. در ضلع‌های شرقی و غربی مسجد ۲ ردیف ستون، در ضلع شمالی ۴ ردیف و در ضلع جنوبی ۶ ردیف ستون وجود داشت. دیوارها به رنگ قرمز و کاه‌گلی بود و در اطراف آن دیوار خشتی بلند و قطوری بود که مسجد را فرامی‌گرفت. گالدیری طی مطالعات و خاک‌برداری‌هایی که در قسمت‌های گنبد خواجه نظام‌الملک و قسمت‌های شرقی، شمالی و غربی انجام داد، ستون‌های شبستان مسجد متعلق به قرن سوم قمری را کشف کرد و موفق شد نقشهٔ آن را رسم کند. ورودی اصلی مسجد در این دوران، ورودی ضلع شمالی بوده‌است و در ضلع‌های شرقی و غربی نیز ۴ ورودی فرعی وجود داشته‌است.
پس از ضعف خلافت عباسی، اصفهان به مدت چندین دهه دستخوش ناآرامی سیاسی و رقابت حکام محلی بود. نهایتاً با استقرار آل بویه، این شهر آرامش خود را بازیافت و از ۳۲۳ تا ۴۲۱ قمری، به‌خصوص در دوران وزارت صاحب بن عباد، شهر رونق گرفت و کانون گردهم‌آمدن دانشوران و بازرگانان از اقصی نقاط جهان اسلام شد. توسعهٔ شهر بر مسجد جامع آن هم تأثیر گذاشت و آن را دچار تغییراتی کرد. دهانه‌ای به آن اضافه شد که ارتفاع آن را طبق دیگر دهانه‌ها در نظر گرفتند و ستون‌ها نیز با نوعی از آجر پخته و نقش‌های هندسی تزئین شد. این ستون‌ها در ادوار بعد کاملاً پوشیده شد و معماری جدیدی جایگزین آنها شد، اما در همان زمان ستون‌های آل‌بویه به صورتی متناسب و زیبا و موزون برپا بوده‌اند. "گالدیری" به هنگام کشف ستون‌های قرن سومی بنا، به وجود ستون‌های دیگری پی برد که سبک‌ساخت بودند و مصالح به‌کاررفته در آنها با دیگر ستون‌ها متفاوت بود؛ و این چنین ستون‌های مسجد آل‌بویه را یافتند.
آل بویه در مسجد کتابخانه‌ای بنا کرده بودند که فهرست کتاب‌هایش در ۳ جلد قطور ثبت شده‌بود. کتابخانهٔ این قسمت توسط استادالرئیس ابوالعباس احمد الضَبی ساخته شده‌است. وی کتبی را که مربوط به موضوعات تفسیر قرآن، حدیث، صرف و نحو، لغت، ادبیات، شعر، منطق، ریاضی و طبیعیات بوده، در این کتابخانه گرد آورده‌است. بنابه نقلی دیگر، کتاب‌های این کتابخانه به ۱۷۰ هزار جلد می‌رسیده. در دوران بعد کتاب‌هایی که متعلق به کتابخانهٔ اصفهان بوده، به کتابخانهٔ داخل مسجد جامع شهر منتقل شده‌است.
در سال ۴۴۲ هجری قمری طغرل سلجوقی دروازه‌های اصفهان را پس از یک محاصره طولانی و ویرانگر گشود. البته شهر به زودی بازسازی شد. با این حال ناصرخسرو در سال ۴۴۳ اصفهان را پررونق‌ترین و بهترین شهر فارس‌زبانی که از آن گذر کرده، توصیف می‌کند. پس از استقرار پایتخت طغرل در اصفهان، توسعهٔ سریع شهر، مردمی که در جریان درگیری‌ها گریخته بودند را دوباره به شهر کشاند. گسترش شهر در زمان آلب ارسلان نیز ادامه یافت، اما در دوران ملکشاه و وزیر باتدبیرش خواجه نظام‌الملک طوسی بود که شهر به اوج شکوهش رسید به‌طوری‌که جمعیت شهر دو برابر شد و بناهای بسیاری در آن ساخته شد. اصفهان در دوران این سه پادشاه سلجوقی، شاهد پیشرفت شگرفی بود و هر روز بر رونق و شکوه آن افزوده می‌شد. در این زمان آنچه از غنایم جیحون تا انطاکیه به کشور می‌رسید، در این شهر انباشته می‌شد و باعث ساخت‌وسازهای فراوانی شد. امیران سلجوقی و خواجه نظام‌الملک عمارت‌های بسیاری را احداث کردند و اصفهان جزئی از شهرهای مهم شد.
بدین ترتیب، مهم‌ترین تحول مسجد جامع اصفهان در پنجم-ششم ه‍.ق/یازدهم-دوازدهم م رخ داد و مسجد جامع وارد مرحلهٔ جدیدی شد. این تحول همان تبدیل شبستان به ایوان است که بر مبنای سبک رازی صورت گرفته‌است. گنبد نظام‌الملک با تخریب تعدادی از ستون‌های شبستان ضلع جنوبی و به صورت منفرد، به طریقی که ۳ ضلع آن جدا بوده و بدون فضای سرپوشیده ایجاد شد و تنها قسمت جنوبی گنبد به دیوارهای اطراف متصل بود. گنبد تاج‌الملک در شمال ساخته شد و بر هر کدام از محورهای اصلی مسجد ایوانی ساخته‌شد. ایوان شمالی با تخریب تعداد محدودی از ستون‌های دهانهٔ شمالی مسجد ایجاد شده و ایوان جنوبی نیز برای ایجاد فضایی مرتبط با مسجد نظام‌الملک بنا شد. در قسمت شرقی ایوان شاگرد ساخته شد و برای احداث این قسمت معماران ناگزیر تعدادی از ستون‌های قرن ۳ ه‍.ق را تخریب کردند. ایوان غربی نیز که به ایوان شرقی شباهت بسیار دارد با تخریب همان دهانه‌های قرن ۳ ه‍.ق ایجاد شد؛ و این چنین مسجد شبستانی به مسجدی به سبک چهارایوانی تبدیل شد. گالدیری از طریق پی‌گردی‌ها و خاک‌برداری‌های پشت‌بام‌ها موفق شد توسعهٔ مسجد از جانب شرق در دورهٔ سلجوقی و از جانب غرب در دورهٔ تیموری را مشخص کند.
با مرگ ملکشاه در سال ۴۸۵ قمری، اصفهان کانون رقابت و درگیری جانشینان وی و نیز منازعات مذهبی شد. شهر در اثر اختلافات سیاسی و مناقشات مذهبی به‌تدریج شکوه خود را از دست داد.
اسماعیلیان در نقاط مختلف اطراف اصفهان ساکن بودند. آنان به خاطر اعمال‌شان تحت فشار حکومت قرار گرفتند که به دنبال آن سلجوقیان، عبدالملک بن عطاش، داعی بزرگ اسماعیلی را به طرز فجیعی به قتل رساندند و دیگر افراد مشکوک به باطنی‌گری را هم در خرمن‌ها آتش زدند. اسماعیلیان هم که از این اوضاع به شدت خشمگین بودند، در ربیع‌الاول ۵۱۵ ه‍.ق مسجد جامع و کتابخانهٔ آن را به آتش کشیدند. در آتش‌سوزی سال ۵۱۵ ه‍.ق آموزشگاه‌ها، صومعهها، مخزن‌ها و کتابخانهٔ بزرگ مسجد از بین رفتند.
مافروخی می‌گوید یکی از اصفهانیان معروف به «ابومُضِر دومی»، بر دو فیلوار که ابتدای بازار رنگ‌رزان بوده، یک طاق و دو منار بنا کرد و دری قرار داد که خرج آن مجموعاً هزار دینار می‌شده. پس از این آتش‌سوزی، در ضلع شمالی و جنوبی فضای وسیع و گنبدداری باقی ماند و در ضلع‌های شرقی و غربی هم تنها ویرانه‌ای به چشم می‌خورد.
ترمیم مسجد پس از آتش‌سوزی: پس از آتش‌سوزی سال ۵۱۵ ه‍.ق، تجدید ساختمان مسجد آغاز شد و به جای بناهایی که منهدم شده بودند، ایوان‌هایی چهارگانه، شبستان‌ها و چهلستون‌هایی به شیوهٔ رازی ساخته شدند. این سازه‌ها در قرون بعدی هم تکمیل شدند. در شمال شرق مسجد کتیبه‌ای به خط کوفی وجود دارد که از این آتش‌سوزی حکایت می‌کند:
پایتخت در زمان سلطان سنجر از اصفهان منتقل شد و مردم به‌شدت فقیر و آبادی‌ها خراب شدند. نهایتاً، در سال ۵۹۰ با انقراض سلجوقیان عراق، اصفهان به دست علاءالدین تکش خوارزمشاه افتاد. پس از آن تا زمان حمله مغول به ایران، امیران محلی با استقلال نسبی بر اصفهان حکومت می‌کردند. در سال ۶۳۳ ه‍.ق سپاه مغول به شهر حمله کرد و بر آن چیره شد و چنان کرد که به تعبیر رشیدالدین فضل الله همدانی: «چندان خلق که ایشان کشته‌اند، کس نکشته».
در زمان حکومت غازان خان و الجایتو اقداماتی برای بازسازی و رونق شهر اصفهان صورت گرفت و شهر بسیار توسعه یافت. در دورهٔ ایلخانان محرابی در قسمت غربی ساخته شد که با بهترین استفاده از هنر گچ‌بری و خطاطی، مبدل به زیباترین محراب گچ‌بری عصر ایلخانی شد. در مقابل این محراب، شبستانی با ستون‌های متعدد مربوط به قرن سوم هجری وجود داشت. کمتر از نیم قرن بعد این شبستان تخریب شد و فضایی یک‌دست و بدون ستون ایجاد گردید. اما در حفاری‌های ادوار بعد، زیر همین فضای ایجادشده، باقی‌ماندهٔ ستون‌های اعصار قبل همچنان وجود داشته‌است. فضای جدیدی که ساخته شد، طاق و تویزه داشت؛ تویزه‌هایی که به صورت ضربی ایجاد شده بود. طاق‌ها هر کدام پوشش مختلفی داشت؛ پوششی که در دیگر ادوار تاریخی بی‌سابقه بوده‌است. در همین زمان طاق‌های دوطبقه هم ساخته شد.
پس از ایلخانان، حکومت به مظفریان رسید. آنها در یزد، شیراز، اصفهان و کرمان قدرت بسیار یافتند و محمودشاه هم حاکم اصفهان شد و اقدامات بسیاری از جمله ساخت مدرسهٔ مظفری و مسجد مصلی در این دوره صورت گرفت.
با سقوط ایلخانان، شهر میان حاکمان محلی، آل مظفر و آل اینجو دست‌به‌دست شد و این وضعیت به‌شدت از رونق آن کاست. نهایتاً، تیمور در ۷۸۹ قمری به شهر دست‌یافت و عده زیادی از مردم را کشت. با این حال، در دوران تیموری (طی قرن نهم هجری) این مسجد همچنان اهمیت خود را حفظ کرد و حاکمان در چند قسمت تغییراتی به وجود آوردند و نماهایی از مسجد را هم تزئین کردند. در قسمت جنوب غربی شبستانی ساخته شد که به‌خاطر اینکه خارج از دیوار خشتی قرن سوم ه‍.ق قرار گرفت، آن را تخریب کردند و ستون‌هایی جایگزین آن کردند تا ارتباط شبستان فعلی با شبستان قبلی باقی بماند. شبستانی که در دورهٔ تیموری ساخته شد، کاملاً ساده بود و تزئین خاصی نداشت و حتی ستون‌های آن هم فاقد تزئینات برجسته بودند. با ایجاد این شبستان، دسترسی به غرب مسجد دچار تغییراتی شد و راهرویی جدید به‌وسیلهٔ ستون و طاق‌نما، با ضخامت بسیار ایجاد شد که قسمت غربی را به حیاط اصلی متصل می‌کرد. سردر این راهرو را در دوران صفوی تزئین کردند.
نمای صحن مسجد در دورهٔ عباسی ساده بود. در دورهٔ آل‌بویه هم تنها یک ردیف طاق چشمه به آن اضافه شد. در زمان ایلخانی غرفه‌های داخلی از یک‌طبقه به دوطبقه تغییر یافت و لبهٔ پشت‌بام ۱/۵ متر بالاتر برده شد و همین امر باعث ایجاد معماری جدیدی شد. این تغییرات در دوران تیمور و جانشینانش با کاشی و آجر مرمت شد و این مرمت تا حال باقی مانده‌است.
پس از دوره‌ای طولانی از ضعف زندگی شهری و منازعات خوانین در اصفهان، در سال ۸۷۴ اوزون حسن آق قویونلو به اصفهان دست یافت و کوشید تا شهر را رونق بخشد؛ هرچند بازسازی حیات شهری عملاً یک سده به طول انجامید. با این حال، به عقیدهٔ شماری از باستان‌شناسان، دخالت اوزون حسن در تغییر وضع قبلی مسجد خیلی بیشتر از پادشاهان صفوی بوده‌است.
در عصر صفوی (قرن دهم ه‍.ق) در جانب غربی مسجد و در شبستان تیموری تغییراتی اعمال شد. این تغییرها برای ایجاد فضایی روباز بود که بتواند برای اجرای نماز استفاده شود و به این خاطر تعدادی از ستون‌ها و دهانهٔ قسمت غربی این شبستان به‌طور کامل تخریب شد. بنایی که ایجاد شد پوشش طاق و تویزه داشت و مدخل ورودی آن در راهروی شمالی قرار داشت. روشنایی این مکان نوساخته به حد کافی نبود پس نورگیرهایی در طاق ایجاد کردند که کمی فضا روشن‌تر شود. در دیوار شمالی هم دری چوبی قرار دادند که طرح‌های گره‌چینی داشت و اطرافش به وسیلهٔ کاشی‌های معقلی تزئین شد. دیوار غربی هم پنجره‌هایی داشت که روشنایی را دوچندان می‌کرد. در این دوران مقبرهٔ علامه مجلسی هم تعمیر شد. صفویان همچنین کاشی‌ها، لوح‌ها و کتیبه‌هایی با خط ثلث و نستعلیق به ضلع‌های شرقی، غربی و جنوبی افزودند. در همین زمان پوشش ایوان شرقی که مربوط به دوران سلجوقی بود فروریخت و با مقرنس‌های صفوی آراسته شد.
در دوران قاجار چون وضع اقتصادی و سیاسی کشور خوب نبود و پایتخت هم به تهران منتقل شد، بی‌توجهی به این بنا دوچندان شد. بازسازی‌هایی این دوران هم بسیار محدود است. مثلاً مرمتی در قسمت شرقی و ورودی آن، در دوران فتحعلی شاه قاجار انجام شد. کتیبه‌ای نیز در آن قرار دارد که مربوط به سال ۱۲۱۸ ه‍.ق است. در همین زمان سکوهایی آجری هم ایجاد شد که حدود نیم‌متر ارتفاع داشت و برای ادای نمازهای مغرب و عشا در تابستان ساخته شده‌بود. مقبرهٔ علامه مجلسی هم که در شمال غربی مسجد قرار داشت در همین زمان مرمت شد. مقبرهٔ علامه مجلسی در بین مردم از احترام بسیاری برخوردار بود و از زمان صفوی تاکنون زیارتگاه عموم بوده‌است. ساخت این بنا از زمان صفویان آغاز شد. در دورهٔ قاجار هم حیاط و غرفه‌هایی که برای زائران تعبیه شده‌بود گسترش یافت، نمای خارجی آن هم به وسیلهٔ کاشی تزئین شد و نقاشی‌های داخل بنا هم دوباره تجدید شدند.
از آغاز قرن چهاردهم هجری شمسی رسیدگی به بناهای تاریخی شهر اصفهان اهمیت بسیاری یافت. مسجد جامع اصفهان جز آثار ملی ثبت شد (۱۳۱۰ ه‍.ش) و هر ساله قسمتی از بودجهٔ دولتی به آن اختصاص داده شده‌است. هنگامی که وزارت فرهنگ و هنر اصفهان تصمیم گرفت مرمت مسجد را آغاز کند، از "حسین معارفی" خواسته شد این کار را به انجام برساند. در این زمان مدرسهٔ مظفری، ایوان شرقی و منارهٔ غربی مسجد دچار ناپایداری شده‌بود و "معارفی" دربارهٔ همین موضوع با باستان‌شناس و آرشیتکتی فرانسوی که در اصفهان حضور یافته بود گفتگو کرد. مشکل این قسمت‌ها چرخیدن لبهٔ خارجی ایوان به بیرون بود، پس آن‌ها به وسیلهٔ نصب دو تیرآهن قرینه و ادامه‌دادن آن‌ها تا انتهای ایوان شرقی، حرکت آجرها را مهار کردند. پایین منارهٔ غربی را هم به وسیلهٔ کمربندی فولادی محکم کردند و با کشیدن سیم بکسلی در جهت عکس آن موفق شدند از حرکت آن جلوگیری کنند. با ایجاد پشت‌بندها و نصب سیم بکسل‌ها از تخریب مدرسهٔ مظفری هم جلوگیری شد. کاشی‌های شبستان الجایتو و نماهای خارجی ایوان شمالی و جنوبی نیز تعمیر شد. مؤسسهٔ ایتالیایی ایزمئو هم به سرپرستی "گالدیری" روابط خوبی را با ایران آغاز کرد و مرمت و مطالعهٔ بناهایی از ایران را به‌عهده گرفت. او از سال ۱۳۴۹ ه‍.ش/ ۱۹۷۱ م تا ۱۳۶۲ ه‍.ش/ ۱۹۸۴ م، مرمت قسمت‌های مختلف مسجد را انجام داد. "گالدیری" می‌گوید رطوبتی که از طریق پشت بام یا از طریق صعود از زمین وارد مسجد شده‌بود به شدت معماری آن را دچار آسیب کرده‌بود؛ پس سقف به‌طور کامل به همان شیوهٔ قدیمی کاهگل شد و برای قسمت‌های دیگر هم هواکش قرار داده‌شد.
پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران با وقفه‌ای یک‌ساله مرمت مسجد ادامه پیدا کرد و سازمان میراث فرهنگی هم ایجاد شد. در اسفند ماه سال ۱۳۶۳ ه‍.ش/ ۱۹۸۵ م بود که بمبی از هواپیمای بمب‌افکن عراقی در شبستان جنوب شرقی افتاد و باعث تخریب کامل این محوطه شد. البته تأثیرات این بمب فراتر از تخریب یک قسمت بود. امواج حاصل شده از آن طاق‌ها و چشمه‌ها را لرزاند و ترکِش‌هایش باعث ضربه به کاشی‌ها و گنبد شد. مدتی بعد آوارها جمع‌آوری شد، آجرهای سالم برای بهره‌برداری دوباره جدا شد، نقشه‌ای از محیط برای بازسازی آماده شد، کاشی‌های گنبد خاکی و نظام‌الملک هم تعمیر شد، سنگ‌های مرمر به وسیلهٔ بست‌های فلزی به زمین متصل شد، سنگفرش‌های مسجد کامل جدا شد و پس از زیرسازی دوباره نصب شد. سکوهای آجری مسجد مرمت شده و در نهایت ایوان شمالی که گاهی برای نماز استفاده می‌شد و سنگ‌فرش‌هایش دچار نم‌زدگی شده‌بود، دوباره کف‌سازی شده و هواکشی برای تهویهٔ هوا قرار داده‌شد.
هم اکنون، مسجد جامع فعلی که به «مسجد عتیق» هم معروف است در میدان قیام، خیابان مجلسی و در آخر بازار بزرگ قرار دارد. برای حفظ بنا ورودی‌های مختلف آن را مسدود کرده‌اند و تنها ورودیِ جنوب شرقی باز است. مسجد جامع اصفهان در طول این سال‌ها به دلیل تأثیرپذیری از اندیشه‌های مختلف و شیوهٔ زندگی مردم دچار تغییرات بسیار شده‌است. به عقیدهٔ "قلعه‌نویی" «نقشه و موقعیت مسجد نسبت به سال‌های قبل در نظام شهر و به عنوان فضایی شهری تضعیف شده‌است.»
ساخت این مسجد و معماری آن، اثرات ماندگاری هم بر شهر اصفهان و هم بر مساجدی که پس از آن ساخته شدند داشته‌است.
ساخت مسجد جامع باعث یکی شدن روستاهای منطقهٔ سپاهان شد و اینچنین در قرن دوم ه‍.ق هستهٔ اولیهٔ شهر اصفهان ایجاد شد و از همان زمان بود که تأثیرگذاری این مسجد آغاز شد. اولین میدان در کنار آن شکل گرفت، بازارها در نزدیک آن ایجاد شدند و به مرور زمان مردمان بیشتری در کنار آن سکنی گزیدند و محلات و بناهای عمومی ساختند؛ معابر و گذرگاه‌ها تشکیل شد و به تدریج شهرسازی رونق گرفت. مصادف با قرن سوم ه‍.ق/دهم م بود که مسجد همزمان با گسترش شهر توسعه یافت و وسیع‌تر و جدیدتر از پیش شد. در واقع از همان دوران بود که نقش چشمگیر آن آغاز شد و به مرکزی برای فعالیت‌های فرهنگی و مذهبی مردم در دوران آل‌بویه، سلجوقی، ایلخانان و تیموریان تبدیل شد.
اصفهان شهری است که زندگی، کار مردم و عبادت در آن در نزدیکی یکدیگر انجام می‌شود. مردم در روز چند نوبت برای ادای نماز و همچنین برای برپایی نماز جمعه وارد مسجد می‌شدند و به خاطر دسترسی آسان به مسجد، در نزدیکی آن بازار و خانه‌های مردم هم ایجاد شده و گسترش محله‌ها از آن منطقه آغاز شده‌است. مدتی بعد حمام، مدرسه و دیگر عناصر مهم شهری نیز در مجاورت آن پدید آمد. راه‌های شهر به سوی مسجد جامع می‌رفته؛ چنان که مسجد جزئی از این راه‌ها بوده‌است. به‌خاطر اینکه دسترسی آسان مدنظر بوده، ورودی‌های مسجد در معابر مهم شهری قرار گرفته‌است. درست است که مسجد در شاهراه‌های اصلی و معابر قرار داشت و جزئی از شهر بود، اما نمی‌توان قداست و قوانین مربوط به آن را در نظر نگرفت. مسجد برای ورود، خروج، توقف، عبور و… دارای احکام خاصی است و مردم هم برای آن احترام ویژه‌ای قائل هستند که همین موضوع باعث می‌شود مکانی آرام و امن ایجاد شود. صحن اصلی مسجد هم به عنوان یک "میدان محلی" عمل می‌کند؛ مردم پس از عبور از قسمت‌های مختلف وارد صحن می‌شوند و تعاملات اجتماعی در آنجا صورت می‌گیرد.
در گذشته به سبب اینکه مردم در طول شبانه‌روز در مسجد به عبادت و طلاب در آنجا به تحصیل می‌پرداختند و مسافران در آن استراحت می‌کردند، در مساجد بسته نمی‌شد، اما ورود غیر مسلمان به آن ممنوع بود؛ تا اینکه در دوران رضاشاه پهلوی امکان ورود به مسجد به غیر مسلمانان هم داده شد. در مسجد جامع تنها فعالیت‌های مذهبی انجام نمی‌شد، بلکه آنجا محلی بود برای تبادل علوم مختلف. بزرگان و علما، هنگامی که وارد شهر می‌شدند، به مسجد می‌رفتند تا خود و عقایدشان را در آنجا معرفی و مطرح کنند. حاکمان هنگامی که قصد بخشش مالیات‌ها یا تغییر مذهب را داشتند، آنها را بر سنگ‌های مسجد حک می‌کردند. مردم هم برای آگاهی از اخبار شهر وارد مسجد می‌شدند و به تعامل می‌پرداختند. مسجد شادی، هیجان و غم را در خود جای می‌داد و همانند "قلب تپندهٔ شهر" بود. ضرب‌المثلی هم در این باره هست که «اگر خواستی نسبت به شهری اسلامی که تازه وارد آن شده‌ای، اطلاعات کاملی حاصل کنی، کافی است ابتدا سری به مسجد جامع آن شهر بزنی».
عمده تغییرات این مسجد مربوط به عصر سلجوقی است. پیش از آن مساجد از تزئینات و ساخت هنرمندانه‌ای برخوردار نبودند. مسجد النبی، مسجد قرطبه در اندلس، مسجد جامع قیروان در تونس، مسجد ابن طولون در قاهره، و مسجد جامع سامرا و مسجد جامع بغداد نمونه این نوع مساجد بودند. در قرن پنجم هجری معماری مسجد جامع اصفهان تغییر یافت و مسجد شبستانی قبلی به مسجدی چهارایوانی تبدیل شد. سبک چهارایوانی جدیدی که ایجاد شده‌بود به عنوان «مسجد ایرانی» شناخته شد و از آن پس بود که مساجد جامع ایران به صورت چهارایوان ساخته شده و حتی تعدادی از مساجدی هم که پیش‌تر ایجاد شده‌بود تغییر یافته و به این صورت درآمد. این سبک از معماری به کشورهای مسلمان‌نشین خارج از ایران هم رسید و باعث شد آن‌ها هم تغییر یابند. مسجد جامع اصفهان نقطه‌عطفی بود که باعث ایجاد الگویی جدید در تاریخ معماری ایران شد. مسجد جامع اصفهان بر مساجد بِرسیان و زَوارِه هم اثر گذاشت و مساجد گلپایگان و اردستان هم از آن سبک پیروی کردند و قسمت‌هایی را مطابق اصول آن تغییر دادند. ایلخانان و تیموریان هم از همین سبک و الگو برای ساخت مساجد بهره بردند. تیمور ضمن ساخت مساجدی در مناطقی از اصفهان، تبریز و شیراز، معماران ماهر این شهرها را هم به سمرقند انتقال داد تا در آنجا هم دست به خلق آثار جدید بزنند و این چنین بود که مساجدی به سبک چهارایوانه حتی در سمرقند ایجاد شد و گنبدها هم از چهارضلعی به شانزده‌ضلعی تغییر شکل دادند. بنابراین مسجد جامع اصفهان الگوی ساخت و تغییر بسیاری از مساجد بوده‌است.
مسجد جامع اصفهان، ساختمانی مستطیل‌شکل است که صحن اصلی آن ابعادی برابر ۷۰×۶۰ متر دارد. این مسجد دو حوض دارد؛ یک حوض میانی چهارضلعی که دقیقاً در وسط صحن قرار دارد و سکویی در دوران شاه محمد خدابنده صفوی بر آن ساخته شده‌است. از این سکو بیشتر برای تمرین اعمال حج و صداکردن طلاب مسجد به هنگام اجتماع مردم استفاده می‌شده‌است و یک حوض دیگر که در قسمت شمالی ساخته شده و چند ضلعی است. این مسجد ده ورودی دارد؛ دو ورودی در ضلع شمالی، دو ورودی در ضلع شرقی، چهار ورودی در ضلع جنوبی و دو ورودی دیگر در ضلع غربی قرار دارد؛ قدیمی‌ترین ورودی مسجد در ضلع شمالی قرار دارد. بنای مسجد دارای چهارده محراب است؛ شش محراب از کاشی، پنج محراب از سنگ و سه محراب از گچ ساخته شده‌است. چهار ایوان در وسط چهار ضلع آن ساخته‌شده که محلی برای حضور پادشاهان، عبادت مردم و برگزاری نماز و تحصیل طلاب و تدریس استادان بوده‌است. این ایوان‌ها در دورهٔ سلجوقی و بر اساس سبک رازی ایجاد شده‌اند. ایوان جنوبی ابعادی برابر با ۱۳/۵×۱۳/۸۰ متر دارد. این ضلع دارای دو مناره به ارتفاع سی‌وپنج‌متر و گنبدی به نام گنبد نظام‌الملک است؛ مناره‌ها احتمالاً مربوط به دوران صفوی و گنبد مربوط به زمان سلجوقی است. در کنار گنبد نظام‌الملک هم دو چهلستون قرار دارد که در زمان حکمرانی ملکشاه سلجوقی ایجاد شده‌است. شبستان صفوی نیز در این ضلع قرار دارد؛ عموماً شبستان‌ها برای برگزاری نمازها و عبادت در نظر گرفته می‌شدند. ایوان غربی به طول و عرض ۱۲ متر است و دارای کتیبه‌های فراوان و یک شاه‌نشین است. شبستان الجایتو و محراب الجایتو هم در این قسمت قرار دارد. شبستان دیگری به نام شبستان زمستانی درست در محل مصلای مظفری در دورهٔ صفوی ایجاد شده‌است. ایوان شمالی به ابعاد ۲۱/۶۰×۹ متر است و دارای دو گنبد به نام‌های خسروی و تاج‌الملک است. گنبد تاج‌الملک از قدمت بیشتری برخوردار است و تاج‌الملک بر سر رقابت با نظام‌الملک آن را ایجاد کرده‌است؛ اما گنبد خسروی متعلق به دوران صفوی است. ایوان شرقی با طول و عرض ۱۲ متر ایجاد شده‌است. این ضلع دارای دو شبستان، یک محراب در دالان ورودی شرقی، یک شاه‌نشین و یک مدرسه که محل تحصیل طلاب در دورهٔ آل مظفر بوده، است.
مسجد در کل دارای ۴۸۴ فضای سرپوشیده است؛ هرکدام از طاق‌ها دارای یک نوع معماری و سبکی متمایز است و به جرئت می‌توان گفت ۴۸۴ طاق‌چشمهٔ متفاوت در مسجد جامع موجود است.
در مسجد جامع اصفهان از سبک‌های مختلف معماری ایران استفاده شده‌است و البته می‌توان معماری کشورهای همسایه را هم در آن یافت. ستون‌های آجری دوبخشی، سه‌بخشی و چهاربخشی، جرزهای آجری طاق‌های چشمه‌ای، ایوان‌های چهارگانه، سردرهای دوگانه که هر کدام برای معبری است و تزئینات متفاوت در هر بخش از مسجد و روش‌های ابداعی جدید از اجزای مهم آن محسوب می‌شود. طرح نخستین مسجد از نوع مسجد شبستانی بود که در سبک مسجد عربی یا خراسانی ساخته می‌شد. در قرن پنجم هجری معماری مسجد تغییر کرد و مسجد شبستانی قبلی به مسجدی چهارایوانی تبدیل شد. مسجدهایی که به سبک چهارایوانی جدید ساخته شده‌بود «مسجد ایرانی» نامیده می‌شود.
اصل مهمی که در معماری چهارایوانی وجود دارد، فضاهای داخلی است؛ فضای روبروی محراب و گنبدخانه در مسجد جزو همین اجزای مهم است. در قرن پنجم هجری فضای شبستانی با ستون‌های متعددی که در مقابل محراب کار می‌شد، تغییر یافت و فنونی به کار رفت که جزو معماری دورهٔ اسلامی ایران بود. دیگر خصوصیات منحصربه‌فرد این بنا اسکلت باربر گنبد است که گنبد ترکینه نام دارد و باعث شده امکان ایجاد صدها گنبد فراهم شود؛ این شیوه نخستین بار در مسجد جامع اصفهان اجرا شد. پلان گنبدها نیز از چهارضلعی به هشت‌ضلعی، هشت‌ضلعی به شانزده‌ضلعی و در نهایت به سی‌ودوضلعی تغییر پیدا کرد و در آخر به شکل دایره درآمد. در این سبک ابتدا گنبد ترکینه بر استوانهٔ گنبد ایجاد می‌شود. سپس از داخل و خارج پوسته‌ای قرار می‌گیرد تا ترک‌ها و اسکلت باربر را بپوشاند. در گنبد تاج‌الملک چنین چیزی دیده نمی‌شود و گنبد از جرزهای مکعبی ساخته شده‌است، اما در گنبد نظام‌الملک ستون‌هایی با چهار دایره دیده می‌شود. در مسجد جامع اصفهان نباید از پوشش طاق چشمه‌ها غافل شد؛ ۴۷ دهانه ساخته شده و از ۵۰ روش مختلف برای تزئین آن استفاده شده‌است.
در کتیبه‌های مسجد نام پادشاهانی همچون ملکشاه سلجوقی، شاه عباس صفوی و… نوشته شده‌است و اسم هفت وزیر و مشاور هم ثبت شده که خواجه نظام‌الملک و محمدحسین خان صدر از آن جمله بوده‌اند. نام ۹ نفر از بانیان و ۲۰ نفر از هنرمندان و خطاطان نیز در کتیبه‌ها حک شده‌است.
مادهٔ اصلی ساختمانی که در ساخت مسجد به کار رفته‌است آجر است. ما فروخی، ابن اثیر، مقدسی، ابن حوقل، یاقوت و ناصرخسرو همگی معتقدند بنای اصلی مسجد با خشت خام تکمیل شده اما بنای فعلی تنها از آجر است و با بنای پیشین نامرتبط است. در دورهٔ سلجوقی استفاده از آجر هم از جهت زیبایی و هم از جهت ساختاری به حد اعلی رسید؛ در همین زمان گنبد مسجد با آجرهایی که اغلب هفده در بیست‌ودو سانتی‌متر بودند و دوونیم کیلو وزن داشتند، ساخته شد. گاهی معماران این دوره آنقدر مجذوب شکل، اندازه و رنگ آجرهای تزئینی می‌شدند که تزئینات دیگری استفاده نمی‌کردند؛ مانند آنچه در گنبد شمالی مسجد به چشم می‌خورد. آجر به غیر از آنکه برای تزئین اماکن مختلف به‌کار می‌رود، جهت نشان دادن فشارها هم استفاده می‌شود. مثلاً در طاق‌های قدیمی مسجد جامع ساختار آجری به شکلی است که جهت فشارهای مختلف احساس می‌شود.
صحن اصلی مسجد با ابعاد تقریبی ۷۰×۶۰ متر دارای چهار ایوان در چهار ضلع، رواق‌ها و غرفه‌های دوطبقه در اطراف و دو حوض در مرکز صحن است. حوضی مربعی‌شکل در مرکز و حوض چند ضلعی دیگری در قسمت شمالی قرار دارد. براساس کتیبه‌ای که از قسمت دهلیز روبه‌روی درِ مجلسی یافت شده، صحن مسجد در سال ۱۰۸۴ ه‍.ق توسط محمدقلی سنگ‌فرش شده‌است.
لوحی که در قسمت غربی قرار دارد، مربوط به سال ۹۸۵ ه‍.ق مصادف با دوران محمد خدابنده است که از سال سلطنت شاه حکایت می‌کند. لوحی دیگر در قسمت شرقی قرار دارد که اشعاری به فارسی روی آن نوشته شده‌است. این اشعار به خط نستعلیق است و به این اشاره دارد که به فرمان صدراعظم، فردی به نام یوسف آقا، بر روی این حوض بنا و سجده‌گاهی ساخته‌است. در شبستان‌ها و صحن اصلی مسجد، محلی برای اعلان مراحل نماز پیش‌بینی شده بود تا مکبر حین نماز جماعت بر آن مستقر شود. به این محل‌ها «دکه» می‌گویند که در مسجد جامع اصفهان هم در حدفاصل صفهٔ صاحب و گنبد نظام‌الملک قرار دارد و در وسط صحن نیز موجود است.
در قرن ششم هجری بخشی از ستون‌ها و دهانهٔ شبستان ضلع شمالی برای ایجاد ایوان وسط این ضلع تخریب شد. سنگی مرمری در قسمت انتهایی این ایوان نصب شده‌است؛ این سنگ با گُل، بوته‌ها و خطوط کوفی تزئین شده‌است. ایوان این ضلع تزئیناتی آجری و کتیبه‌ای گچ‌بری‌شده دارد که متعلق به دورهٔ شاه سلیمان صفوی در اواخر قرن یازدهم هجری است. دو طرف این ایوان چهلستون‌های بزرگی از دورهٔ دوم سلجوقی (سده ششم) قرار دارد. طاق‌های آجری چهلستون شرقی آن از لحاظ تنوع و جنبهٔ معماری جزو قسمت‌های جالب مسجد جامع است. در این ضلع نیم‌طبقه‌ای قرار دارد که از طریق دو ردیف پله در خارج بنا می‌توان به آن دست پیدا کرد.
در شمال این ایوان و چهلستون‌های آن، چهلستون دیگری نیز وجود دارد که واسطهٔ اتصال ساختمان‌های دورهٔ دوم سلجوقی با گنبد تاج‌الملک (سدهٔ پنجم) ایجاد شده‌است. این چهلستون در انتهای ضلع شمالی مسجد قرار گرفته‌است. آخرین بنای این ضلع، گنبد تاج‌الملک است که به «گنبد خاکی» مشهور است و آن را وزیر ملکشاه سلجوقی ساخته و در کتیبه‌ای که در آن نصب شده، نام وزیر و سال ساختمان آن، ۴۸۱ ه‍.ق ذکر شده‌است. حفاری‌هایی که در شبستان شمال شرقی انجام شد، تا دو متر ادامه داشت و بقایایی از روستای یاوان به دست آمد. در کتب تاریخی اصفهان اشاره شده که روستای یاوان و خانه‌های آن خریداری و مسجد بر روی آن ساخته شده‌است. همین کشفیات باعث شد به تاریخی از مسجد که قبل از قرن سوم ه‍.ق است، دست پیدا کنند.
در جانب شمال غربی مسجد جامع، غسالخانه‌ای وجود دارد که محلی برای غسل و کفن افراد بوده‌است.
در قسمت شرقی ایوان شمالی، ساعتی آفتابی از جنس سنگی مستطیل‌شکل وجود دارد که در روزهای آفتابی از آن برای آگاهی از زمان استفاده می‌شد و به‌وسیلهٔ آن از وقت شرعی برای اقامهٔ نماز آگاه می‌شدند. وَتَر این سنگ در جهت شمال - جنوب است. صفهٔ درویش پیش از سال ۵۱۵ ه‍.ق به عنوان آخرین ایوان در دورهٔ سلجوقی در ضلع شمالی این مسجد به صورتی متفاوت ایجاد شد. ابعاد آن ۲۱/۶۰×۹ متر است و کم‌عرض‌ترین و عمیق‌ترین ایوان این مسجد است. یکی از وجوه تسمیهٔ این ایوان که به دوران صفوی بازمی‌گردد، فردی است به نام درویش محمد که جد مادری علامه مجلسی بود و در روزهای تابستان در این ایوان حدیث تدریس می‌کرد. داخل بنا تزئینات آجری و گچی دارد، اما خارج آن ساده است. ایوان مزبور بزرگ‌تر از دیگر ایوان‌های این بنا است. طاق آن را با نام «طاق آهنگ» می‌شناسند که به صورت کشیده و عمیق است. این سقف دارای گهواره است و هیچ مقرنسی در آن کار نشده‌است؛ ایوانی مستطیل‌شکل دارد و می‌توان گفت تنها ایوانی است که دارای شالودهٔ عمیق است. صفهٔ درویش در آغاز درگاه‌هایی داشته، اما امروزه به‌وسیلهٔ آجر مسدود شده‌است. در قرون هشتم، نهم و دهم ه‍.ق این قسمت از مسجد تغییرات اندکی به خود دید و جرزهای آن به شکلی که امروزه است، درآمد. با این حال بخش بزرگی از دیواره‌های این بنا، محدود به دیوار خشتی قدیمی مسجد است و سالن انتهایی آن احتمالاً راهرویی تشریفاتی بوده‌است. کتیبه‌های گچ‌بری شده به خط کوفی و بر زمینهٔ قرمز، عناصر تزئینی این قسمت است. این ایوان از پنج جهت با شبستان‌های دیگر مرتبط است و چون فاقد دیوارهای مسطح است، جایی برای تزئین ندارد. در انتهای این ایوان، شاه‌نشینی با پنجره‌های مشبک مرمری وجود دارد که قسمت فوقانی آن به وسیلهٔ گچ مقرنس‌کاری شده‌است. کتیبه‌ای هشت‌ضلعی به وسیلهٔ همین گچ‌ها و به صورت برجسته ساخته شده که آیات ۳۶ یا ۳۸ سورهٔ نور بر آن حک شده و به وسیلهٔ گُل و بوته هم تزئین شده‌است. ستون‌های ایوان‌ها به وسیلهٔ خط کوفیَ بنایی و آجر تزئین شده‌اند، اما به خاطر بافت یک‌دستی که دارند، قرائت آنچه بر آن حک شده، دشوار است. کتیبه‌هایی که در این صفه یافت می‌شود، به آداب شرعی، اخلاقی و فضیلت‌های نماز اشاره می‌کنند. این ایوان به خاطر استفادهٔ نمازگزاران و عوامل دیگر دچار نم‌زدگی شده بود و پس از خارج‌سازی خاک‌ها، نصب هواکش در اطراف ایوان و کف‌سازی، مرمت آن به پایان رسید. در قسمت انتهایی ایوان هم دهانهٔ تورفته‌ای وجود داشت که شبیه بالکن بود و به شدت تخریب شده بود. به همین جهت با استفاده از پایه‌های چوبی و شمع‌گذاری در زیر گچ‌ها، از ریزش بیشتر مواد جلوگیری شد.
در سال‌های ۱۳۳۴ ه‍.ق و ۱۳۳۷ ه‍.ق نمای خارجی این ایوان با لوح‌های بنایی جدید تزئین شد. این نما هم به‌وسیلهٔ چند اسپر تشکیل شده و با گود، برجسته شدن، سایه‌روشن‌ها و به‌وسیلهٔ آجر و کاشی تزئین شده‌است و نوشته‌های کوفی، بنایی، کاشی‌کاری مَعْقِلی دارد.
قرینهٔ گنبد نظام‌الملک، در شمال مسجد گنبد دیگری هست به نام «تاج‌الملک» که مردم آن را «گنبد خاکی» یا «خاگی» نیز می‌نامند. به دلیل رقابتی که میان تاج‌الملک و نظام‌الملک وجود داشت، این گنبد به سبک رازی ساخته شد و در آن زمان خارج از مسجد قرار داشت و ملکشاه سلجوقی پیش از ادای نماز جمعه در زیر این گنبد تشریفات را انجام می‌داد. البته کاربری کتابخانه و مکان بارعام نیز به آن نسبت داده شده‌است و چون دو سمت این اثر باز است و تنها سمت شمالی و غربی آن بسته است و محراب هم ندارد، عده‌ای معتقدند حکم مقبره را داشته‌است. بنای مذکور کوچکتر از سازهٔ نظام‌الملک است، اما از نظر ظرافت و تناسب بر آن برتری دارد. آجرها و تزئینات هندسی و نقوشی که در گنبد تاج‌الملک کار شده بسیار هنرمندانه است و همین امر باعث شده این گنبد دارای ارزش و اعتبار بسیاری باشد. این گنبد همانند گنبد نظام‌الملک از صورت مربعی به هشت‌ضلعی و سپس به شانزده‌ضلعی رسیده و بر استوانه‌ای بنا گشته‌است. قطر آن ۱۰/۵ متر و ارتفاع آن ۱۹/۵ متر است.
گنبد دارای دو پوسته است و پوستهٔ خارجی به وسیلهٔ آجرهای زیبا پوشانده شده‌است. در داخل همین گنبد، کتیبه‌ای موجود است که سال ساخت آن ۴۸۱ ه‍.ق/۱۱۰۱ م ذکر شده و بانی آن تاج‌الملک معرفی شده‌است. به این خاطر تعدادی از باستان‌شناسان معتقدند این بنا آرامگاه، سایبان، آب‌نما یا کتابخانه بوده‌است. اما این نظریه‌ها مورد قبول واقع نشد چرا که اگر کتابخانه بود دلیلی برای بازبودن دو سمت گنبد نداشت و البته برای سایبان بودن هم بسیار گران بوده‌است. مدخل اصلی ورودی آن در ادوار بعدی در جانب شرقی گنبد ایجاد شد.
این گنبد در قسمت شمال شرقی، درست در کنار قدیمی‌ترین سردر مسجد قرار دارد. کاربرد و سال ساخت آن به درستی مشخص نیست، اما براساس آنچه در ساخت آن استفاده شده و شیوهٔ ایجاد آن، احتمالاً مربوط به دوران صفوی است. بسیاری از جهانگردان و محققان که در مورد مسجد جامع اصفهان نوشته‌اند به این گنبد اشاره نکرده‌اند، البته بی‌ربط هم نیست چرا که این گنبد اصلاً با گنبد تاج‌الملک و نظام‌الملک برابری نمی‌کند. طاق آن به قطر ۱۰/۲۰ متر و ارتفاع آن ۱۲/۲۰ است. آجری که در این گنبد استفاده شده‌است همانند آجرهای استفاده شده در شبستان صفوی است. راه‌پله‌ای در قسمت شمالی آن وجود دارد که به پشت‌بام وصل می‌شود و سبک آن حدوداً جدید است. طبق آنچه مافروخی در کتاب خود به ثبت رسانده، در قسمت شمالی کتابخانه‌ای وجود داشته‌است و طی بررسی‌ها و حفاری‌های شراتو نیز ستون‌ها و دیوارهای آجری در عمق این قسمت پیدا شده‌است.
در این ضلع مسجد ساختمان‌های اساسی و اصلی مسجد به سبک عربی و از خشت خام ساخته شده‌است. در مجاورت این بناها در قرن پنجم ه‍.ق مصادف با عصر سلجوقیان، مسجدی زیباتر با تزئیناتی آجری و گچی ساخته شده و مابین سال‌های ۴۶۵ تا ۴۸۵ ه‍.ق گنبد نظام‌الملک در همین ضلع از مسجد ساخته شده‌است. در برابر همین گنبد آجری شکل، صحن جنوبی مسجد واقع شده‌است؛ در اوایل قرن ششم ه‍.ق ساختمان آن به سبک معماری سلجوقیان و با مقرنس‌های درشت ساخته شد. در قرن نهم ه‍.ق این بنا از نو به فرمان حسن‌بیک آق‌قویونلو ساخته شد و مناره‌های اطراف ایوان آن هم ظاهراً در زمان او بنا شده‌است. ازاره‌های آن مرمری‌شکل است و کاشی‌کاری‌های معرق برجسته‌ای دارد که قسمت‌های پایینی ایوان را تزئین کرده و کاشی‌کاری اطراف صحن هم از دورهٔ اوزون حسن باقی مانده‌است. پوشش ایوان دو لایه است، لایهٔ اول وظیفهٔ پوشش ایوان را داشته و لایهٔ دوم برای تزئینات آجری آن بوده‌است.
بیشتر اقداماتی که در این ایوان صورت گرفته مربوط به قرن دهم ه‍.ق/شانزدهم-هفدهم م یعنی دورهٔ صفوی است. در زمان شاه طهماسب چهار لوح بزرگ و سیزده لوح کوچک برای نمای دور طاق و داخل هلال این بنا به‌کار رفته‌است و کتیبه‌ای مربوط به سال ۹۳۸ ه‍.ق مربوط به این پادشاه در مسجد قرار دارد. کتیبه‌ای دیگر مربوط به دورهٔ شاه عباس از سال ۱۰۷۰ ه‍.ق در ایوان جنوبی قرار دارد که تعمیرات آن زمان در آن شرح داده شده‌است. در دو طرف گنبد دو چهلستون است که در دورهٔ دوم سلجوقی، در قرن ششم ه‍.ق زمان ملکشاه ساخته شده‌است. در دو طرف چهلستون‌ها در سمت شرق، بناهای مربوط به دورهٔ آل مظفر است. از قرن ششم ه‍. ق، سمت چپ دالان ورودی مسجد است. طاق‌ها و ستون‌های آن آجری شکل و جالب است و یک راهرو، جنوب شرقی مسجد را از ساختمان‌های دورهٔ سلجوقی تفکیک می‌کند. در غرب آن چهلستون دیگری باقی مانده که مربوط به دوران شاه عباس است. طاق‌ها و ستون‌ها از سبک سلجوقی بهره گرفته‌است و آن را به نام «چهلستون شاه عباسی» می‌شناسند. در سمت راست بنایی که ایوان جنوبی مسجد یا همان صفه صاحب را به گنبد نظام‌الملک متصل می‌کند دو فرمان از شاه اسماعیل و شاه طهماسب صفوی در یک صفحهٔ بزرگ کاشی‌کاری که متعلق به قرن نهم ه‍.ق است، وجود دارد: در سال ۹۱۱ ه‍.ق این فرمان به خط ثلث و بر سنگ سفید شرح داده شده که مضمونش چنین است که شاه اسماعیل صفوی خلیفه پیامبر است و «من بعد هر کس که بر خان‌ها و محلات اصفهان و سکنه آن‌ها چیزی حواله نماید یا هرکس که دهد و… ستاند واجب القتل باشد.» در این کتیبه رنگ و خط تغییر یافته و کلماتی قابل خواندن نیست اما مفهوم آن این است که از بابت عوارض و عبور و مرور به دستور سابق چیزی مطالبه نکنند. در بین این الواح، لوح‌های بسیار کوچکی هستند به شکل مربع، که با خط بنایی به وسیلهٔ کاشی در زمینهٔ گچی در آن «یا حجة الله، یا یدالله، یا اسدالله، یا عصمة الله، یا صفوة الله، یا ولی‌الله» نوشته شده‌است. در زیر همین الواح سه لوح دیگر است که اشعار فارسی در آن گچ‌بری شده‌است. در دو طرف ضلعی که ایوان جنوبی را به گنبد خواجه نظام‌الملک متصل می‌کند دو محراب از جنس سنگ مرمر وجود دارد که هرکدام دارای عباراتی است:
در دو طرف این مدخل دو ستون سنگی و مرمری وجود دارد که شامل نقوش برجسته‌ای است و عبارات دعای نادعلی به خط ثلث بر آن نوشته شده‌است؛ ستون سمت راست: «ناد علیا مظهر العجائب تجده عونا لک فی النوائب» ستون سمت چپ: «کل هم و غم سینجلی بولایتک یا علی یا علی یا علی.»
در دوران حکمرانی ملکشاه در اصفهان (۴۶۵–۴۸۵ ه‍.ق) توسط خواجه نظام‌الملک — وزیر سلجوقی — در ضلع جنوبی مسجد با تخریب شبستان گنبدی عظیم با دهانه‌ای بیش از ۱۵ متر و ارتفاعی بیش از ۳۰ متر به سبک رازی ایجاد شد. بنایی که ایجاد شد به صورت کاملاً آزاد بود یعنی در قسمت شرقی، غربی و شمالی هیچ فضای سرپوشیده‌ای قرار نداشت و بناهایی که اکنون به چشم می‌خورد، بعداً اضافه شده‌اند. قاعدهٔ این گنبد مربع‌شکل است، در قسمت‌های بالاتر هشت‌ضلعی و بعد دایره‌ای می‌شود و پس از آن ساختمان گنبد شروع می‌شود؛ این گنبد عظیم بر گوشواره‌های سه‌پره‌ای قرار دارد و دارای دو پوسته است که پوستهٔ اول بین ترکبندی‌ها قرار دارد و پوستهٔ دوم که همان پوستهٔ خارجی است ترکبندی‌ها را می‌پوشاند. گنبد بر هشت ستون گچ‌بریشدهٔ چندبخشی قرار گرفته که این ستون‌های باربر از ترکیب چهار دایره ایجاد شده تا به جای ستون‌های مربع‌شکل و حجیم باشد. اضلاع داخلی تالار این گنبد ۱۴/۳۰ تا ۱۴/۶۰ متر است و اضلاع خارجی آن ۲۱ متر و ارتفاعی حدود ۲۶/۸۱ بنا شده‌است. این گنبد نسبت به جمعیت آن زمان کوچک ساخته شده و در واقع برای شهری مثل اصفهان که یکی از مهم‌ترین مراکز حکومتی بود کافی نبوده و احتمال دارد که این بنا تنها برای اعیان و اشراف ساخته شده‌باشد، نه مردم عادی.
کتیبهٔ داخل این گنبد به خط کوفی سادهٔ آجری است و نام ملکشاه سلجوقی و خواجه نظام‌الملک و اجراکنندهٔ این بنا، ابی الفتح احمد بن محمد خازن بر روی آن حک شده‌است. زمان دقیق ساخت این گنبد و نصب کتیبه ذکر نشده اما "پوپ" سال ۴۷۳ ه‍.ق/۱۰۸۰ م را تاریخ ساخت بنا می‌داند. شیلا بلر نیز با بررسی این کتیبه و القاب ملکشاه و مقایسه آن با ۱۱ نوشتهٔ دیگر، تاریخ این بنا را میان سال‌های جمادی‌الثانی ۴۷۹- ذی الحجه ۴۸۰ ه‍.ق/ سپتامبر ۱۰۸۶ و مارس ۱۰۸۸ م می‌داند. محراب این مسجد احتمالاً در قرن دهم ه‍.ق مصادف با دورهٔ سلطنت شاه طهماسب اول با مرمر و کاشی بر روی محرای عصر سلجوقی ساخته و تزئین شده‌است. کتیبه‌ای به خط ثلث در این قسمت وجود دارد که جمله «قال الله تبارک و تعالی» و آیهٔ ۱۴۲ و ۱۴۳ تا اواخر ۱۴۴ سورهٔ بقره بر آن نوشته شده‌است. در ضلع شمالی گنبدخانه هم سوره‌های انشراح و دهر گچ‌بری شده‌است. گروه باستان‌شناسی «ایزمئو» به سرپرستی «"اومبرتو شراتو"» حفاری‌هایی در گنبد نظام‌الملک انجام دادند. لایهٔ اول سنگ مرمر بود و متعلق به دوران صفوی، لایهٔ دوم مربوط به سنگ‌فرش‌های دوران سلجوقی بود که حدود ۵۰ سانتی‌متر پایین‌تر از کف‌سازی دوران صفوی بود. سپس کف‌سازی قرن سوم ه‍.ق قرار داشت که به دیوار محراب و کف‌سازی آن قرن برخورده‌اند، اما پس از آن به گل‌های هشت‌پر و ستونی دست یافتند که به وسیلهٔ گچ تزئین شده‌بود و تاکنون آن را مربوط به دوران ساسانی دانسته‌اند. در غرب گنبد نظام‌الملک یک چهلستون از دورهٔ سلجوقیان باقی مانده که محرابی از جنس مرمر دارد و با عبارت «قال النبی صلی الله علیه و آله و سلم انا مدینه العلم و علی بابها» تزئین شده‌است. در قسمت جنوب غربی مسجد چهلستون دیگری است که مربوط به دوران شاه عباس اول است. چهلستون مذکور محرابی از جنس مرمر دارد و در دو طرف آن به خط ثلث عباراتی به صورت برجسته نوشته شده‌است.
گابریل معتقد است مناره‌های اطراف ایوان جنوبی، قدمت بسیاری ندارد و بررسی مقیاس، جزئیات و تناسب آن نشان می‌دهد که همانند مناره‌های مسجد جامع عباسی است، پس تاریخ ساخت آن هم نباید خیلی قبل‌تر از دورهٔ صفوی باشد. ایوان جنوبی و مناره‌های آن در طول زمان دچار آسیب‌های جدی شده‌بودند که در سال ۱۳۲۸ ه‍.ق/ ۱۹۴۹ م مرمت و با کلاف‌های فلزی محکم شد. کتیبهٔ مناره‌ها در دو طرف ایوان جنوبی بنا شده‌است و از جمله بناهایی است که در دورهٔ اوزون حسن آق‌قویونلو در زیر مقرنس‌های هر دو مناره بر زمینهٔ فیروزه‌ای و به خط کوفی نوشته شده‌است.
ایوان صاحب به ابعاد ۱۳/۸۰ × ۱۳/۵۰ متر در ضلع جنوبی واقع شده‌است. نام این ایوان از نام صاحب بن عباد — ادیب، نویسنده، شاعر و وزیر شیعه‌مذهب دربار رکن‌الدوله دیلمی — گرفته شده‌است که در این مکان تدریس می‌کرد. او در سال ۳۸۵ ه‍.ق در ری درگذشت و جسدش را به اصفهان انتقال داده و در منزلش به خاک سپردند. مردم پس از گذشت چندین سال همچنان مقبرهٔ او را که در محلهٔ طوقچی است زیارت می‌کنند. در دورهٔ شاه طهماسب، کاشی‌های معرق بسیاری در نمای خارجی این ایوان به کار رفت که از طرح‌ها و رنگ‌های مختلف تشکیل شده‌بود، اما بنای اصلی این ایوان به سبک رازی است. در داخل مقرنس‌های صفهٔ صاحب، عبارت‌هایی به خط بنایی مشکی بر زمینهٔ شطرنجی آجری حک شده‌است که تعدادی از آن‌ها اسامی خداوند است. روی دیوار جنوبی صفهٔ صاحب یک صفحهٔ کاشی‌کاری‌شده موجود است که دقیقاً قرینهٔ الواح شاه طهماسب و اسماعیل است. بالای کتیبهٔ کاشی‌کاری — که به خط کمال‌الدین حسین حافظ هروی است — نام یکی از استادان بر لوحه‌ای شش‌ضلعی در کتیبه‌ای مستطیلی بر زمینهٔ لاجوردی نوشته شده‌است.
ایوان ضلع غربی با تخریب ستون‌هایی که متعلق به دورهٔ عباسی بود و در قرن ششم ه‍.ق ساخته شد. البته قسمت غربی آن به دیوارهای خشتی قرن سوم ه‍.ق می‌رسد. ایوان، اساسی سلجوقی دارد و سقف آن همانند ایوان جنوبی از مقرنس‌های درشت ساخته شده‌است. در ابتدای قرن دوازدهم ه‍.ق در دورهٔ شاه سلطان حسین، داخل و خارج آن با خطوط بنایی و کاشی‌های مختلف تزئین و از صورت سادهٔ سلجوقی خارج شد. در قسمت جنوب ایوان، شبستان بزرگ و کوچک مسجد قرن نهم ه‍.ق باقی مانده‌است. شمال این ایوان با کاشی‌های نفیس قرن نهم ه‍.ق تزئین شده‌است. شبستان کوچک دیگری از عهد الجایتو ایلخان در این قسمت واقع شده که محراب آن دارای گچ‌بری‌های ارزنده‌ای است و این گچ‌بری‌ها شامل گل، بوته و کتیبه‌های ترکیب شده‌است و در وسط آن کتیبه‌ای تاریخی قرار دارد که نام الجایتو، وزیر دانشمندش و تاریخ ساخت اثر به سال ۷۱۰ ه‍.ق در آن بیان شده‌است. در آخرین قسمت این ساختمان شبستان بزرگی مربوط به دورهٔ سلطان محمد پسر بایسنقر تیموری واقع شده‌است، که سال ساخت آن در کتیبه‌ای قرن هشتم ه‍.ق ذکر شده‌است. جدا از سبک معماری ساختمان، مرمرهای شفاف و درخشانی در طاق این شبستان به کار رفته‌است که آن را از فضای تاریک خود دور می‌کند و به آن روشنایی و جلوه می‌بخشد. این شبستان دارای ۱۸ چشمه طاق است.
ایوان غربی به طول و عرض ۱۲ متر با طاق‌های گهواره‌ای و مقرنس‌های درشت ایجاد شده‌است. این ایوان به «صفه استاد» معروف بوده‌است که این نام به زمانی بازمی‌گردد که استادی این ایوان را به «سبک رازی» بنا کرده و شاگردش نیز ایوان شرقی را ساخته‌است؛ به همین خاطر مردم این دو ایوان را به نام صفه استاد و شاگرد می‌شناسند. داخل و خارج این صفه در دوران شاه سلطان حسین صفوی با نقوش، خطوط و کتیبه‌های کاشی تزئین شده‌است. بالای این ایوان گلدسته‌ای برای اذان نیز ساخته شده‌است.
بالای این شاه‌نشین پنجره مشبک بزرگی قرار دارد که از کاشی ساخته‌شده و در هلال خارجی این شاه‌نشین اشعار عربی و فارسی بسیاری در لوح‌های مجزا و به خط نستعلیق بر زمینهٔ کاشی خشت لاجوردی نوشته شده‌است: چون به حکم کارفرمای جهان (علی حبه جنه)شد عمارت سجده‌گاه مسلمان (قسیم النار و الجنه)خسرو دوران شه کیوان غلام (ناد علیا مظهر العجائب)
محراب الجایتو در شمال «ایوان استاد» واقع شده‌است. در قرن هشتم هجری ایلخانان دست به بازسازی اماکن مختلف می‌زدند و در همین زمان بناهایی عالی دارای گچ‌بری‌های بسیار ماهرانه ساخته شده است. البته ساخت طبقهٔ دوم نمای اصلی مسجد که رو به صحن قرار دارد هم در همین دوره و به دستور اولجایتو و به شیوهٔ رازی انجام شده‌است. محراب الجایتو جزو این نمونه‌هاست که اجزای آن با منطقی دقیق ترکیب شده‌است. این محراب دارای گچ‌بری، نقوش گیاهی و هندسی بسیار زیبایی است و بنابر کتیبه‌ای که بر لوح مرکزی طاق فوقانی آن قرار گرفته‌است. در ۷۱۰ ه‍.ق به کمک وزیر محمد ساوی و زیر نظر عضد بن علی ماستری ایجاد شده‌است. در سمت راست این محراب منبری قرار دارد که سال ساخت آن ذکر نشده و اطلاعاتی از آن در دست نیست اما زیباترین منبر منبت‌کاری شده موجود در کل بناست. محراب الجایتو دارای چهار کتیبه است؛ در کتیبهٔ اول نام سلطان محمد خدابنده ذکر شده که برای احترام در قسمت بالا قرار دارد و سه کتیبهٔ دیگر هم آیات قرآنی، احادیث و اخبار را دربردارد که به خط ثلث نوشته‌شده‌اند. احتمالاً این کتیبه‌ها پس از آتش‌سوزی به مسجد اضافه شده و حاوی اطلاعاتی از ساخت محراب، محمد خدابنده و وزیرش محمد ساوی است.
سلطان محمد بن بایسنقر بن شاهرخ که در دوره تیموری حاکم اصفهان بود، دستور ساخت «بیت الشتاء» را داد. این بنا در ضلع غربی، پشت ایوان استاد، کنار شبستان الجایتو و به سبک رازی بنا شده‌است. طاق متقاطع باعث می‌شد حرارت داخل بنا از آن خارج نشود و بالعکس، پس در نتیجه در تابستان خنک و در زمستان گرم بود و همچنین پشت‌بام‌های مسطحی را به وجود می‌آورد که اجازه می‌داد گاهی نماز صبحگاهی در آن برپا شود. این شبستان همچون مدرسهٔ مظفری ساخته شده‌است. این مکان دارای ستون‌های بسیار قطور، قوس‌های مغولی و سقف‌های خیمه‌ای شکل است و در میان هر یک از چشمه طاق‌ها، قطعه سنگ مرمری وجود دارد که برای روشنایی بیشتر فضا و دریافت نور خورشید به کار رفته‌است و برای ادای نماز در زمستان از آن استفاده می‌شده‌است و دارای ۱۸ طاق چشمه‌ای است. علت این پوشش بیشتر به دلیل جلوگیری از تبادل حرارت در زمستان بوده‌است. طول این شبستان ۵۰ متر و عرض آن ۲۵ متر است.
ورودی شبستان در قسمت جنوبی ایوان غربی قرار دارد در زمان ایلخان مغول، الجایتو برای آن دری دیگر ایجاد شد. این شبستان تزئین خاصی ندارد و با گچ پوشیده شده، اما به دلیل معماری خاصی که داراست ویژگی‌های مهمی نسبت به دیگر شبستان‌های ایران دارد. "گدار" معتقد است این شبستان در سال ۸۵۱ ه‍.ق به دست محمد فرزند بایسنقر از طریق تغییر نمای روبه‌روی صحن ایجاد شده‌است، اما در سال ۸۸۰ ه‍.ق در دوران اوزون حسن آق قویونلو بوده که این قسمت تزئین شده و همچنان هم پابرجاست.
دری در مسجد وجود داد که به خاطر نزدیکی به مقبرهٔ مجلسی به این نام خوانده می‌شود. در گوشهٔ شمال غربی مسجد بقعه‌ای قرار دارد که آخوند محمد تقی مجلسی و فرزندش محمدباقر مجلسی و البته چند نفر دیگر در آن به خاک سپرده شدند و به این خاطر این بقعه با نقاشی، ازاره‌های کاشی و آیینه‌کاری تزئین شده‌است. همچنین دو تصویر موجود در آن زیبایی‌اش را دوچندان کرده‌است. نقاشی توسط شخصی به نام ملا محمد باقر، طراحی و بر آیینه‌کاری نصب شده‌است. در شب‌های جمعه و ایام سوگواری این مکان جزو زیارت‌گاه‌های مهم است. حیاط آن به کوچه‌ای در شمال مسجد متصل می‌شود.
بر لنگه‌های این در مطالبی به قلم صحیفی جوهری نوشته شده‌است که شامل بخش‌هایی از آیات ۳۶ و ۳۷ سوره نور است. کتیبه‌ای سنگی نیز بر سردر مقبره مجلسی وجود دارد. این دو کتیبه با مقرنس‌های گچی تزئین شده‌است و مضمون آن حاکی از تعمیر و بازسازی مقبره است و علت آن را حضور حجت بن الحسن در خواب مؤمنی در این مکان دانسته‌اند.
این مکان که پشت دیوار غربی مسجد قرن سوم ه‍.ق قرار دارد فضایی سر باز برای ادای نماز است و ورود و خروج آن از طریق راهروی جنوبی ایوان غربی صورت می‌پذیرد. این مصلی الان به شبستانی زمستانی با طاق‌های مخصوص تبدیل شده و حالت اولیهٔ خود را از دست داده‌است ،اما پیش از آن دیوارهای آجری و طاق‌های بلند داشته و در ضلع جنوبی آن محراب وجود داشته‌است. "گالدیری" در بررسی‌های خود به وجود این اجزا پی برده‌است که بر اساس نوع معماری و مصالحی که استفاده شده این مصلی را به دوران آل مظفر نسبت می‌دهند اما در واقع کتیبه یا نشانه‌ای که سال ساخت آن را مشخص کند وجود ندارد.
این گاوچاه که در غرب مسجد واقع است از سمت شرق به شبستان الجایتو، از سمت جنوب به بیت‌الشتاء و از سمت شمال به وضوخانه می‌رسد. این محل در دورهٔ صفوی به مسجد اضافه شده‌است. این نقاشی روی دو طاق حک شده‌است و به این خاطر که هیچ تناسبی با دیگر نقاشی‌ها و تزئینات داخل مسجد ندارد، جذاب است. این نقاشی به صورت سنتی طراحی و ایجاد شده‌است؛ اما به سبک اروپایی است، تاریخ دقیق ساخت آن هم مشخص نیست، اما بنابر تاریخی که زیر اثر ثبت شده، سال ۱۱۹۹ ه‍.ق برای آن در نظر گرفته شده‌است.
دروازه‌ای در این قسمت قرار دارد که ورودی فعلی مسجد است و در سال ۱۲۱۸ ه‍.ق توسط محمدحسین‌خان صدر ترمیم شده‌است. این قسمت دارای تزئیناتی از دورهٔ قاجاریه است و بر سردر آن نام فتحعلی شاه قاجار به چشم می‌خورد. سال ساخت این دروازه به‌درستی مشخص نیست اما اشخاصی همچون گالدیری و گدار معتقد هستند، این بنا در قرن ۸ ه‍.ق ایجاد شده‌است. ایوانی که در وسط این ضلع بنا شده از بیرون معماری سلجوقی و در واقع سبک رازی خود را حفظ کرده و از داخل هم دارای تزئینات و معماری دوران سلاجقه است. دیوار قسمت شرقی آن به همان دیوار خشتی قرن سوم ه‍.ق بازمی‌گردد. سقف مقرنس‌کاری‌شده آن نیز به دوران سلجوقی مربوط بوده که به‌خاطر تخریبی که به مرور زمان دچار آن شده در زمان صفوی دوباره ساخته شده‌است. در داخل این ایوان کتیبه‌ای کاشی‌کاری‌شده وجود دارد که تحولات و تعمیراتی که در دوران شاه شاه سلیمان صفوی در این بنا ایجاد شده را نشان می‌دهد. در شمال این ایوان، صفه، مدرسهٔ عمر و شبستان وسیعی وجود دارد که ۱۸ ستون دارد. این بنا مربوط به دورهٔ آل‌مظفر است، یعنی حدود قرن هشتم ه‍.ق و طاق‌های آجری‌شکل زیبایی دارد. صفه و مدرسهٔ عمر بین ایوان سلجوقی و شبستان هجده‌ستونی آل‌مظفر قرار دارد. این بنا نیز مربوط به قرن ششم-هفتم ه‍.ق و دوران آل‌مظفر است و در دوران سلطنت قطب‌الدین شاه محمود بنا شده‌است. کتیبه‌ای در داخل این صفه موجود است که نام پادشاه و تاریخ ساخت بنا در آن ذکر شده‌است. کاشی‌کاری مقرنس محراب صفهٔ عمر متعلق به سال ۷۷۸ ه‍.ق و جزو اولین نمونه‌های کاشی‌کاری داخل مساجد است. در اطراف این صفه کتیبه‌هایی هم از دورهٔ حکومت اشرف افغان باقی مانده که جزو جدیدترین آثار به‌جامانده در مسجد جامع اصفهان است.
ایوان ضلع شرقی — که معروف به ایوان شاگرد و صفهٔ سنگ‌تراشان است — مقابل ایوان استاد که در ضلع غربی واقع شده بنا شده و طول و عرض ۱۲ متری و ارتفاع ۱۹/۲۰ متری دارد. نمای خارجی این ایوان تزئیناتی آجری دارد که مربوط به دورهٔ سلجوقیان است. این ایوان در طول مدتی که بنا شده دچار تغییراتی شده و می‌توان سبک تزئینات سلجوقی در مسجدها را که مربوط به قرن ششم ه‍.ق است به‌خوبی مشاهده کرد. نمای داخلی دچار تغییرات بسیاری شده به‌طوری که در طول تاریخ حکمرانان، خیرخواهان و سلاطین مختلف با نیات متفاوت قسمتی از بنای داخلی را تغییر داده یا تعمیر کرده‌اند؛ مثل سنگ‌های سنگ مرمر، کتیبه‌های متعدد، گچ‌بری‌ها و معرق‌کاری‌های متفاوتی که در این زمان در بنا تعبیه شده‌اند. در قسمت مرکزی دیوار شرقی کتیبه‌ای وجود دارد که متعلق به شاه سلطان حسین صفوی است و کاتب معروف آن دوران، محمدصالح آن را نوشته‌است. کتیبهٔ داخلی ایوان که متعلق به دورهٔ شاه سلیمان صفوی است و در سال ۱۰۹۳ ه‍.ق به خط ثلث سفید و بر زمینهٔ کاشی خشت لاجوردی حک شده‌است و هنر محسن امامی است؛ این کتیبه به فضیلت‌های مسجد و آداب شرعی اشاره می‌کند.
در جانب شمال ایوان شرقی و غرب مدرسهٔ مظفری مسجدی قرار دارد که متعلق به قرن ۸ ه‍.ق است. این شبستان از هجده ستون و طاق‌های آجری تشکیل شده‌است. طی مطالعاتی که انجام شد این بنا هم همانند قسمت‌های دیگر در دوران عباسی ایجاد شده‌است و دارای ستون‌های استوانه‌ای شکل است. در کاوش‌هایی که در سال ۱۳۵۳ ه‍.ش انجام شده، کف این بنا آثاری کشف شده که متعلق به دوران پیش از اسلام است و دچار آسیب‌های جدی شده‌اند. نکتهٔ مهم دیگر وجود قبری در زیر یکی از این ستون‌هاست.
در قسمت جنوبی ایوان شرقی و شمال راهروی جنوب شرقی، فضایی قرار گرفته‌است که بر اساس معماری‌اش مربوط به دورهٔ صفوی است. طبق بررسی‌هایی که در این قسمت صورت گرفته، مشخص شده که در دورهٔ عباسی این قسمت به صورت فضایی پوشیده، همانند دیگر قسمت‌های مسجد ایجاد شده‌است. این قسمت در همان دوران عباسی دارای ستون‌های استوانه‌ای بوده و قسمت نزدیکِ حیاط نیز از ستون‌های سه‌بخشی تشکیل شده‌است. در دورهٔ صفوی شش دهانه از این قسمت برای ایجاد محل اجتماعات تخریب شد و سپس به شیوهٔ صفوی در همان عصر طاق‌ها و چشمه‌های بزرگ‌تری جایگزینش شدند.
در انتهای این ضلع صفهٔ عمر ساخته شده که عده‌ای بدون توجه به کتیبه‌های داخل بنا آن را به دوران عمر عبدالعزیز خلیفهٔ اموی و بعضی دیگر به عمربن عبدالعزیز ابی دُلَف از سلسلهٔ آل ابی دلف نسبت داده‌اند که آثار بسیاری ساخته‌است. این مدرسهٔ دینی با ابعاد ۲۵×۶۵ متر و در سال‌های ۷۵۷–۷۷۸ ه‍.ق ساخته شده‌است. مدرسه دارای دو طبقه است و حجره‌هایی در دو طرف شرقی و غربی دارد و سمت جنوبی آن هم ایوان، گنبدخانه و محراب است. ایوان اصلی آن به ابعاد ۱۰×۱۰ متر است و عرض دالان‌ها هرکدام پنج متر است. این ایوان یک ورودی به ابعاد ۵ متر و عمق ۲/۵ متری دارد. در این مکان هم تدریس و تعلیم صورت می‌پذیرفت و هم عبادت. کاشی‌کاری‌ها و خط ثلثی که در آن به‌کار رفته بر زیبایی مدرسه افزوده‌است. شبستان این قسمت با ابعاد ۱۹×۱۱ متر ساخته شده‌است و هشت درگاه دارد که هرکدام با آجرهای رنگی مختلفی تزئین شده‌است. کتیبه‌های این مسجد از روزگار سلطان محمد و آل مظفر حکایت دارد. بانی آن را مرتضی بن الحسین العباسی الزینبی می‌دانند که قصد داشته قسمتی به بناهای موجود بیفزاید. راهروی اصلی این مدرسه بین ایوان شاگرد و شبستان قرار دارد. صفهٔ عمر ۱۰ متر طول و ۱۰ متر عرض دارد و به شیوهٔ رازی ساخته شده‌است. در طرفین آن دو دالان دوطبقهٔ سرپوشیده بنا شده و عرض هر یک از آن‌ها به پنج متر می‌رسد. دیوار غربی بسیار قطور و قدیمی است و از خشت خام ساخته شده‌است. دالان ورودی شرقی را عده‌ای مربوط به دورهٔ ساسانی می‌دانند که به جای مسجد، آتشکده برپا بوده و عده‌ای دیگر آن را مربوط به دورهٔ منصور دوانیقی می‌دانند. این ایوان از طریق ورودی دیگری که پنج متر طول و ۲/۵ متر عرض دارد به شبستان جنوبی متصل می‌شود. این شبستان ۱۹ متر طول و ۱۱ متر عرض دارد. از نظر معماری ساختمانی هشت‌درگاه است که هرکدام از آن‌ها به وسیلهٔ مقرنس‌های آجری سفید، قرمز و سبز تزئین شده‌است. این ترکیب رنگ مربوط به سبک هنرمندان قرن هشتم ه‍.ق است و در ادوار بعد به چنین چیزی برنمی‌خوریم. به این مکان کتابخانه هم می‌گویند و علت آن گفته‌های مافروخی، نویسندهٔ کتاب محاسن اصفهان است؛ اما این مکان بیشتر برای نماز و عبادت در نظر گرفته می‌شده‌است. پس از تخریب سبک سلجوقی، این قسمت در دوره‌های بعد ترمیم و بازسازی شد. در تاریخ ۷۶۸ ه‍.ق/ ۱۳۸۸ م سردری برای این قسمت ساخته شد که ورودی آن از بازار بود و راه اتصال آن با حیاط از طریق راهروی ایوان شرقی صورت می‌گرفت.
تغییرات دورهٔ هوتکیان: در دورانی که افغان‌ها بر ایران مسلط شده و اصفهان را به تصرف خود درآورده‌بودند، به فرمان اشرف افغان صفهٔ عمر برای نماز اهل تسنن، سربازان افغان و نزدیکان اشرف در نظر گرفته شد، اما به خاطر جلوگیری از اختلاف آن‌ها با اهل تشیع، دری دیگر به سمت بازار باز کرده و راهروی صفهٔ عمر را به صحن مسدود کردند؛ این در همچنان موجود است.
در ابتدای دالان شرقی سمت جنوبی آن، سه لوح قرار دارد که مربوط به شاهان صفوی است.
ین اثر در تاریخ با شمارهٔ ثبت ۹۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌است.
در سال ۱۳۸۹ ه‍.ش بود که موضوع ارسال پرونده «مسجد جامع اصفهان» به یونسکو پیش آمد و مدیران میراث فرهنگی اصفهان مسئول این امر شدند. البته به گفتهٔ "جبل عاملی" در سه دهه پیش از آن هم تلاش‌هایی صورت گرفته، اما به دلیل وسعت بنا و عدم تداوم آن هربار به صورتی کار بی‌نتیجه می‌ماند. تا اینکه در دی ماه سال ۱۳۸۹ ه‍.ش تمام معیارهای یونسکو برآورده شده و در پرونده‌ای جامع ثبت و ارسال شد. پس از آن موزه‌ای برای آثار کشف‌شده در مسجد و ماکتی برای بنا ایجاد شد. تابلوهای راهنما را به دو زبان در مسجد قرار دادند؛ پایگاه و فضایی برای معرفی مسجد مختص آشنایی بازدیدکنندگان ایجاد شد و دستگاه‌هایی برای نمایش و فیلم هم در مسجد قرار داده‌شد. در سال ۱۳۹۰ متخصصان از مسجد دیدن کردند و پس از بررسی‌های لازم، این بنا ثبت جهانی شد.
سیاحان و مورخان در قرون مختلف اطلاعاتی از اماکن تاریخی شهر را در متون تاریخی ثبت کردند که حاوی اطلاعاتی از مسجد جامع اصفهان نیز هست.