الطائفية والأقليات في الحرب الأهلية السورية
خلال الحرب الأهلية السورية الجارية، حصلت انتهاكات ذات أساس طائفي وعرقي. ويمكن النظر إلى بعض أجزاء الصراع في سوريا على أنها جزء من صراع طائفي أوسع، وانعكاس للانقسام الطائفي على المستوى الإقليمي. بالإضافة لذلك، كان للخلافات والصراعات والتحالفات الإقليمية المرتبطة بالقضايا القومية أثر على طبيعة بعض الانتهاكات الحاصلة، والتي اتسمت بطابع عرقي. نتيجة لما سبق، تعرّضت مُختلف الطوائف الدينية والمجموعات العرقيّة لانتهاكات حقوقية، من قبل القوات الرئيسية المتصارعة في الحرب الأهليّة.
هناك اختلاف كبير في وجهات النظر بين الأطراف المتحاربة فيما يخص تحديد أسباب الحرب الأهلية وتوصيف مجرياتها والتعامل مع نتائجها، فقد حددت الحكومة السورية وحلفائها رؤيتهم لما يحصل في سوريا على أنه صراع الحكومة العلمانية السورية التي تتكون من جميع الطوائف، ضد مجموعات الإسلام السياسي المُعارضة التي تهدف إلى إقامة إمارة إسلاميّة في سوريا، وقالوا بأن الحركة الاحتجاجية احتوت على عمليات تخريب من قبل متشددين وإرهابيين من شأنهم زعزعة أمن البلاد. في حين يرى الائتلاف السوري المعارض أن الحرب الأهلية هي ثورة اجتماعية ضد الاستبداد والقمع، أمّا بعض مجموعات المعارضة ذات الطابع الإسلامي فقد رأت الصراعَ على أنه انتفاضة الأغلبية المسلمة السنية ضد حكم الأقليّة العلوية، التي يستلم أبناؤها قيادة مراكز حساسة في الدولة مثل المؤسستين العسكرية والأمنية. في حين يشدد كل من هيئة تحرير الشام وتنظيم الدولة الإسلامية وغيرها من الجماعات المُتطرفة على تحكيم الشرع الإسلامي، وإن كان لكل منها وجهة نظر مختلفة في تحقيق ذلك. أما قوات سوريا الديمقراطية فقد قامت بتأسيس منطقة إدارة ذاتية وقالت إنها تسعى لإقامة "نظام فيدرالي ديمقراطي توافقي" تسوده الحرية الدينية والإثنية واللغوية والثقافية الكاملة، وأعربت عن رفضها لمبدأ "الدولة القومية" التي بناها البعث.
تتبادل الأطراف المشاركة في الحرب الأهلية الاتهامات بارتكاب انتهاكات ذات طابع طائفي أو عرقي. اتهمت جماعات معارضة مختلفة، حكومة الأسد بالقيام بانتهاكات طائفية ضد أهل السنة خصوصًا خلال قمع المظاهرات، وحملات القوة الأمنية في المدن الكبرى.
وجّهت قوى الإسلام السياسي العربية وكبار داعمي المعارضة، اتهامات إلى حكومة الأسد بتحويل الدولة السورية إلى دولة طائفية، والقيام بانتهاكات طائفية ضد السكان المسلمين.
وفي منطقة الحكم الذاتي الكردية، هناك اتهامات موجهة للقوات الكردية بالقيام بانتهاكات عرقية بحق التركمان والعرب والآشوريين.كما أشرف تنظيم الدولة الإسلامية على عمليات تهجير واسعة شملت الأقليات الدينية في مناطق سيطرته في سوريا والعراق.
اختلفت تقديرات الطوائف والإثنيات في سوريا من جهة لأخرى، وهذا تبعًا للتركيب الطائفي المعقد والمتميز الذي يتمتع به الشعب السوري.
وبشكل عام، العرب المسلمين الذين ينتمون إلى مذهب أهل السنة والجماعة يشكلون غالبية الشعب السوري، بنسبة تفوق 65٪.
ويتركز المسلمون السنة في المدن الرئيسية، بينما تعد الأرياف والمدن الصغيرة والبلدات المركز الرئيسي لمعظم الأقليات.
المسلمون
يشكل المسلمون السنّة أكبر طائفة إسلامية في سوريا، ويعد المذهب الأوسع انتشارًا في البلاد هو المذهب الحنفي، مع تواجد بضع جيوب للمذاهب الأخرى، كما تنتشر في سوريا الصوفية، خصوصًا الطريقة النقشبندية.
يتركز المسلمون السنة في المدن الكبرى، مثل دمشق وحلب وحمص وحماة، ويشكلون الغالبية في المحافظات، باستثناء محافظة اللاذقية حيث يشكلون الأغلبية في مدينة اللاذقية فقط،
ويشكلون أقلية في محافظة طرطوس حيث يتركزون في مدينة بانياس وبعض القرى، كما يشكلون أقلية في محافظتي الجولان والسويداء حيث تسود أغلبية درزية.
أمّا العلويون فيتركزون في جبال الساحل السوري عمومًا، وهي المنطقة حيث نشأت هذه الطائفة الإسلامية الصغيرة.
يشكل العلويون أقلية في سوريا بنسبة تقارب 10٪ ، لكنهم يشكلون أغلبية في محافظتي اللاذقية وطوطوس، ويتواجدون بشكل متوسط في منطقة مصياف بريف حماة الغربي، وأيضًا في منطقة تلكلخ بريف حمص الغربي. وقد انتقل عدد من العلويين للعيش في دمشق وريفها بعد وصول حافظ الأسد إلى السلطة.
ومن المناطق التي يشكل فيها العلويون أقلية مدينة حمص، كما يقطنون في . هذا فضلاً عن تواجدهم في منطقة لواء اسكندرون، وعن وجود أقلية علوية في الجولان المحتل، كما أن لهم تواجد كبير في شمال لبنان على الحدود مع سورية.
الشيعة الإثنا عشرية هم أقلية صغيرة في سوريا. ينتشر الشيعة السوريون في العديد من القرى بمحافظة حلب مثل نبل والزهراء، وأيضًا في محافظة حمص على الحدود مع لبنان مثل أكوم والعقربية والمصرية والمزرعة والثابتية والزورزورية والغور الغربية وحوش السيد علي وأم العمد وزيتا الغربية. كما يشكلون الأغلبية في مدينتي الفوعة وكفريا بمحافظة إدلب.
ومن أهم مناطق تواجد الشيعة تاريخيًا هي بلدة السيدة زينب بريف دمشق حيث يوجد مرقد السيدة زينب، وأيضاً في حي الأمين بدمشق.
وينتشرون بشكل أقل في محافظة درعا ومحافظة دير الزور ومحافظة الرقة، وفي مدنتي حمص وجسر الشغور و.
العرب
سعت حملات عدة منها حملة رسالة الشام إلى تسليط الضوء على الطبيعة الطائفية للمارسات التي تقوم بها الحكومة السورية مدعومةً من إيران، والتي تتضمن محاولات تغيير التركيبة الديموغرافية في مناطق من سوريا عن طريق إزالة السكان السنّة من المدن.
في أواخر عام 2015، صرح رئيس لجنة الشؤون الخارجية في الولايات المتحدة الأمريكية إد رويس، أن القادة العسكريين قد أبلغوه عن "حملات التطهير العرقي" التي يقودها "حزب الله"؛ وقال "لقد كنت أطلع على حقيقة أن إيران قامت بجلب ميليشيات حزب الله وعائلاتهم إلى المناطق والأحياء السنية في دمشق وتقوم بترحيل السكان السنّة منها حيث تقوم بحملة تطهير طائفي".
جاء الانتداب الفرنسي بدايةً ليحكم سوريا بشكل مباشر بعد قضائه على المملكة السورية العربية، التي حلت محل السلطنة العثمانية التي كانت قائمة لقرون على نظام الخلافة الإسلامية. تجلت أولى المحاولات لبناء "جمهورية مدنية" في سوريا بعد إصدار دستور 1930، الذي بدأ مرحلة اتجاه نحو العلمانية بفصل أكبر للدين عن الدولة.
أكدّ الدستور على صلاحيات فرنسا كدولة مُنتدِبة على سوريا، وشدد على سيادة الطابع العروبي فيها، وضمن استقلال القضاء، والمساواة بين المواطنين على اختلاف دياناتهم أمام القانون، كما جعل من سوريا "دولة نيابية".
أبرز مواد الدستور التي تمس القضايا الدينية والعرقية:
وضع دستور 1930م الصياغة العامة للمواد التي تمسل المسائل الدينية والعرقية، واعتمدت الدساتير اللاحقة على مادته التشريعية بهذه القضايا.
بعد انقلاب البعث في 1963، جمع نظامه بين الاشتراكية والقومية العربية في حكم سوريا. بعد الحركة التصحيحية التي أوصلت حافظ الأسد إلى السلطة، أصدر دستور 1973 جديداً للبلاد، تطرّق كسابقه، دستور 1950م، إلى مدى العلاقة بين الدين والدولة. حيث نصّ دستور 1973 في مادته الثالثة على أن دين رئيس الجمهورية هو الإسلام، وبأنّ الفقه الإسلامي هو مصدر رئيسي للتشريع، لكن كفلت المادة الثالثة الحقوق والحريات الدينية للطوائف المختلفة. أبقى دستور 2012 الذي وضع بعد حركة الاحتجاجات، على المادة الثالثة كما هي بدون أي تغيير.
وقد كانت المدارس السورية ومازالت تحوي تعليم ديني إلزامي (إسلامي أو مسيحي). كما تم إنشاء محاكم مدنية جنائية، إضافة إلى المحاكم الشرعية التي تختص بأمور الإرث والزواج. قانون الأحوال الشخصية السوري كان قائماً على الشريعة الإسلامية، لكن وبعد تولي الأسد الابن للسلطة عمل على إصدار قوانين أحوال شخصية خاصة بالطوائف المختلفة، نتيجة لذلك، لدى الطوائف المسيحية في سوريا وبعض الطوائف المستقلة الأخرى قوانين أحوال شخصية خاصة بها.
وفي كل الحالات، كان النظام القانوني السوري يستند على القوانين المدنية، مع تأثر ملحوظ من أنظمة قوانين بعض الدول مثل فرنسا ومصر، ومن قانون الدولة العثمانية..
تأسست حركة الإخوان المسلمين في ثلاثينات القرن العشرين، ووصفت نفسها بأنها حركة إصلاحية دينية، وكانت موجودة بنشاط في البرلمانات التي تبعت استقلال سوريا.
صدرت في الثمانينات قوانين تنص على عقوبة الإعدام لكل من يثبت انتماؤه للإخوان، بدافع محاربة الإسلام السياسي وعلمنة الدولة.
وبعد أن أصبح حافظ الاسد رئيسا للبلاد، عمل على تفتيت الإخوان المسلمين، وحدثت صدامات عدة بين الجيش السوري ومقاتلي الجماعة، انتصر القوات الحكومية في معظمها وأخرجت مقاتلي الإخوان من مدن مهمة مثل حلب وأعادت الوضع إلى طبيعته بسرعة.
وقد توًجت هذه المعارك بأحداث حماة عام 1982 التي أدت إلى تدمير معظم المدينة ومقتل الألوف من سكانها.
سعت الجماعة في سنوات اشتباكها مع السلطات إلى إثارة الشعب على نظام البعث بدافع إسقاط القادة العلويين، وتشكيل دولة إسلامية، لكنهم لم ينجحوا في ذلك، وبعد انتصار الجيش السوري في المعارك الكبرى على جماعة الإخوان المسلمين، استمرت ملاحقة عناصر الإخوان من الأجهزة الأمنية.
بعد ظهور آمال في أن يبدأ بشار الأسد عصر التحرر السياسي بعد خلافته لوالده، اختفت هذه الآمال بعد تشديد الأسد قبضته. قام الأسد الابن بكبح جماعة الإسلاميين المعارضين لكنه سعى إلى توسيع قاعدة سلطته خارج الأقليات والطوائف. روّج السنة إلى السلطة واستعاد العلاقات مع حلب - المعقل السني الذي توترت علاقته بالسلطة منذ قمع الإخوان المسلمين في أوائل الثمانينات.
حاول الأسد الابن الحصول على دعم واسع من الشعب ذو الغالبية المسلمة، فكان تبنيه للدين ضروريًا بعد بداية الانفتاح في ربيع دمشق، ليبتعد عن مرحلة الصراع مع الإسلام السياسي التي بدأها والده، باتجاه نظام متسامح مع الأيدلوجيات الأخرى، وقد تم تسريب بعض أشرطة فيديو لأحد أبنائه يقرأ القرآن. استمر الأسد بالاعتماد على إيران للحصول على الإمدادات العسكرية لكنه قام بتحسين العلاقات مع تركيا. كان اعتماد الأسد سياسة "الخطاب الجهادي" على العراق وفلسطين تنطوي على مخاطر، فسمحت للتوترات العرقية والطائفية الكامنة من الظهور، وبتنظيم جماعات سنية وطوائف أخرى غير مستقرة ومجموعات نشيطة ازدهرت في عهد والده حافظ الأسد.
في مقابلة مع تلفزيون راي نيوز 24 الإيطالي، شدد الأسد على تكامل النسيج الاجتماعي السوري من خلال الطوائف المختلفة، وأعرب عن قلقه لما تتعرض له الأقليات كالمسيحيين، من تدمير الكنائس وهدم القرى. وأن سوريا وفق منظوره دولة علمانية متكاملة، عندما قال:
وفي مقابلة مع صحيفة صنداي تايمز، وصف بشار الأسد النظام الحالي في سوريا بأنه القوة العلمانية الوحيدة المتبقية في المنطقة، وقال أن تنظيم القاعدة يشكل خطراً ليس فقط على سورية بل على المنطقة كلها، واتهم دولًا مثل بريطانيا بدعم التنظيمات المتطرفة من أجل إسقاطه.
وعند سؤاله عن البعد الطائفي للحرب الدائرة قال:
ظهرت دعوات ومحاولات جدية من دول تلعب دور هام في الحرب مثل روسيا، التي أصدرت مشروع دستور سوري، دعا إلى إزالة الطابع القومي العربي من البلاد، واستبدال كل الأنظمة الحالية بأنظمة جديدة تضمن التنوع العرقي والديني للمجتمع السوري، مثل استبدال "الجمهورية العربية السورية" ب"الجمهورية السورية"، والاعتراف بجهاز إدارة ذاتية كردي في الشمال، والمساواة بين اللغة العربية واللغات السورية المحكية الأخرى حيث أعطى البلديات حق إضافة أي لغة موجودة في منطقتها إلى نطاق اللغات الرسمية.
واعتبر كثيرون هذه المحاولة "تغيير لهوية سوريا العربية".
تبادلت كل من المعارضة والحكومة الاتهامات بالتحريض الطائفي. مجلة تايم ذكرت أن العاملين في الحكومة داخل حمص عُرِض عليهم تلقي راتب إضافي يصل إلى 500 دولار شهريا للتظاهر بأنهم أنصار للمعارضة يحرضون الطوائف على بعضها. حيث يقومون بالكتابة على الجدران ورسائل أخرى مثل "المسيحيين إلى بيروت والعلويين إلى التابوت" ويهتفون بهذه الشعارات الطائفية في الاحتجاجات المناهضة للحكومة. مع أن بعض المتظاهرين يرددون هتافات "المسيحيون إلى بيروت ؛ العلويون إلى التابوت". 
استنتج محققو حقوق الإنسان التابعون للأمم المتحدة أن الحرب الأهلية السورية تتحول بسرعة إلى "صراع طائفي" صريح وعرقي، مما يثير شبح عمليات القتل الانتقامية والعنف المطول الذي قد يستمر لسنوات بعد سقوط الحكومة. "في الأشهر الأخيرة، كان هناك تحول واضح في طبيعة النزاع، حيث أصبح عدد أكبر من المقاتلين والمدنيين على الجانبين يصف الحرب الأهلية أنها حرب عرقية أو دينية ،الشعور بالتهديد وتحت الهجوم، ومجموعات الأقليات العرقية والدينية "وقال التقرير: "إنهم ينضمون بشكل متزايد إلى أطراف النزاع، مما يعمق الانقسامات الطائفية".
وأشارت اللجنة إلى أن الانقسام الأخطر بين الطائفة العلوية الحاكمة، وهي طائفة إسلامية ينتمي لها كبار القادة السياسيين والعسكريين للرئيس الأسد، وبين الأغلبية السنية في البلاد، الذين ينسجم معظمهم مع المعارضة. لكنها قالت إن الصراع قد انجرف إلى أقليات أخرى، بما في ذلك المسيحيون الأرمن والمسيحيون الآشوريون والدروز والفلسطينيون والأكراد واليزيدية والتركمان. 
ومع ذلك، كانت هناك بعض الاتجاهات في هذه المرحلة التي لا تتماشى مع وضع الحرب الطائفية. في 12 شباط / فبراير 2013, كشف تقرير ل(CNN) من داخل تلكلخ أن المدينة نفسها كانت تحت سيطرة المتمردين، على الرغم من أن القوات الحكومية كانت تتواجد في المنطقة المحيطة بالبلدة. ومع ذلك، لم يكن هناك أي قتال في أنحاء المدينة بفضل اتفاق هش لوقف إطلاق النار بين الجانبين المتحاربين بوساطة شيخ علوي عضو في البرلمان. على الرغم من وقوغ اشتباكات أدت إلى قتل ثلاثة من المتمردين، وعلى الرغم من اتهام القوات الحكومية بمضايقة المدنيين، استمر تنفيذ وقف إطلاق النار إلى حد كبير. المدينة عادت إلى درجة من وظيفة طبيعية وبعض المحلات التجارية قد بدأت في إعادة فتح. حتى أن محافظ حمص استطاع أن يجتمع مع الثوار في المدينة، وقد يسمى وقف إطلاق النار "التجربة". كلا الجانبين رفض الطائفية، مشددا على ضرورة إبقاء المقاتلين الجهاديين الأجانب خارج البلاد. ومع ذلك الثوار السنة في المدينة قالوا إنهم ملتزمون بإسقاط الأسد.
هناك اتهامات موجهة للسلطة بإنشاء ميليشيا طائفية تدعى "الشبيحة" التي تتكون في معظمها من العلويين، والمتهمة بقمع الاحتجاجات بالطرق العنيفة. كما عملت السلطات على اقتياد السكان إلى قوات موالية لها وساقت عمليات تجنيد اجباري، وقد رفضت بعض الأقليات مثل الدروز والإسماعيليين، الانضمام إلى هذه الميليشيات أو التحالف مع الحكومة، حتى أن بعض العلويين والمسيحيين الموالين للحكومة قالوا علنًا انهم يرفضون الانضمام إلى هذه الميليشيات أو إلى عمليات التجنيد الاجباري، وقد نتج عن ذلك مشاحنات عديدة بين شباب الأقليات وقوات الجيش.
يذكر أن إيران تقوم بتدريب وتجهيز المقاتلين الشيعة من لبنان والعراق وسوريا وأفغانستان للقتال ضد مختلف المليشيات السنية في سوريا، ويُزعم كذلك أن الحكومة السورية تقوم بالتنسيق مع الحوثيين في اليمن.
عرفت الحرب الأهلية تشكل عدة قوات مسيحية حاربت ضد التنظيمات المتطرفة المعادية للمسيحية، لكن جميع هذه الميليشيات لم تعمل منفردة، بل كانت قياداتها موجودة ضمن الأطراف الرئيسية للصراع، مثل الجيش العربي السوري وقوات سوريا الديمقراطية.
في عام 2015 ، تشكلت ميليشيا مسيحية باسم "حراس الفجر" للدفاع عن القرى والبلدات ذات الغالبية المسيحية في وجه الجماعات المتطرفة مثل جبهة النصرة وتنظيم الدولة الإسلامية. وقد تعاونت هذه الجماعات مع قوات الجيش السوري، وشاركت في العمليات العسكرية ضد تنظيم الدولة في مناطق مختلفة.
وفي عام 2012 ، ادعى الجيش السوري الحر تشكيل الوحدة المسيحية العسكرية الأولى فيه، ومع ذلك تم التشكيك بصحتها ولم تلقَ اهتماما كبيراً، وقد ذُكر أن حكومة الأسد لا تزال تحظى بدعم غالبية المسيحيين في البلاد من مختلف الأعراق والطوائف.
في عام 2014، شكل المجلس العسكري السرياني تحالفًا مع "الجيش السوري الحر"، كما وقفت بضعة ميليشيات آشورية مثل شرطة سوتورو التابعة لحزب الاتحاد السرياني إلى جانب المعارضة السورية ضد الحكومة السورية، ثم ما لبث أن انضم المجلس العسكري السرياني وقوة سوتورو المعارضة إلى قوات سوريا الديمقراطية بقيادة وحدات حماية الشعب الكردية، وبنفس الوقت انضمت قوات سوتورو (ذات التسمية المشابهة) إلى الحكومة السورية ضد كل من التنظيمات المتطرفة والمعارضة.
وقد كان لقوات المجلس العسكري السرياني دور كبير في تحرير قرى محافظة الحسكة السريانية والآشورية من سيطرة داعش، ودعم الحملة الكردية في سوريا.
في عام 2011, قالت وزيرة الخارجية الأمريكية هيلاري كلينتون إن المتظاهرين (السنة) "لديهم الكثير من العمل للقيام به داخليا" من أجل الحصول على دعم شعبي واسع لتشكيل حركة وطنية حقيقية وأضافت: " العديد من الجماعات داخل سوريا لا تقبل أن حياتهم ستكون أفضل من دون الأسد من أن تكون مع الأسد. وهناك الكثير من الأقليات التي هي قلقة للغاية" المعارضة لا تشمل بعض البارزين من العلويين والمسيحيين، ولكنها ذات الغالبية السنية.
رئيس الوزراء التركي رجب طيب أردوغان قال إن تركيا قد تحاول "زراعة علاقة إيجابية مع أي حكومة تحل محل الأسد" بغض النظر عن الجماعة.
الداعية السعودي سعد عتيق آل عتيق قد دعا إلى تدمير الشيعة والمسيحيين والعلويين واليهود في  مسجد الإمام ابن عبد الوهاب بقطر.
شكّل الإسلام أكبر ديانة في بلاد الشام على مر قرون منذ وصول الفتوحات الإسلامية إليها. ويشكل الملسمون الغالبية في كل الأطراف المتصارعة، الحكومة والمعارضة وقوات سوريا الديمقراطية والتنظيمات المتطرفة مثل داعش وجبهة النصرة وغيرها.
تتنوع الطوائف الإسلامية في سوريا، فهناك أهل السنة والجماعة وهم يشكلون الغالبية العظمى ومعظمهم على المذهب الحنفي، وهناك أقلية شيعية ممثلة بالعلويين والشيعة إثني عشريّة والإسماعيليين بالإضافة إلى وجود أقليبة صغيرة من الدروز. ينتمي المسلمون في سوريا إلى جماعات عرقيّة مُختلفة في مقدمتها العرب، والأكراد والتركمان.
تتكون قيادة المراكز الحساسة في الدولة، "بشكل ملحوظ" من أبناء الطائفة العلوية، مثل المؤسستين العسكرية والأمنية
، رغم ذلك يبقى للمسلمين السنة مراكز عديدة في وسط الهرم بحكم تشكيلهم الأغلبية، ويشغلون مناصب مهمة في الدولة، مثل وزير الخارجية وليد المعلم، وممثل سوريا في الأمم المتحدة بشار الجعفري، ووزير الداخلية السابق محمد الشعار، غير أن هؤلاء ينتمون لحزب البعث ويتبنون مواقف السلطة.
تتكون المعارضة في معظمها من المسلمين السنة، مع وجود ملحوظ للأقليات الدينية والعرقية في الائتلاف الوطني لقوى الثورة والمعارضة السورية وفي المجلس الوطني السوري المعارض. أما قوات سوريا الديمقراطية فتتكون في معظمها من الأكراد، الذين ينتمون لمذهب أهل السنة.
رغم وجود خلافات في المنطلقات النظرية بين جبهة النصرة وتنظيم الدولة الإسلامية، فقد تبنت هاتان الجماعتان مواقف مُتشددة تجاه الأقليات الأخرى، كما وجّهت إليها اتهامات بارتكاب انتهاكات مروّعة بحق جميع الطوائف. مما أدى إلى نبذها من معظم المسلمين السوريين،.
تعرض المسلمون الشيعية الإثني عشرية إلى انتهاكات من قبل تنظيم الدولة الإسلامية وجماعات إسلامية متشددة ويشار إليهم بشكل مستمر في وسائل الإعلام المتشددة باستعمال ألفاظ مثل "مرتدين ورافضة". بنفس الوقت، تشكلت عدة ميليشيات شيعية في سوريا، أو قدمت من دول الجوار، ادعت أن وجودها في سوريا هدفه الدفاع عن المقدسات الشيعية في مواجهة تهديدات التنظيمات المتشددة، وأحيانًا الجيش الحر،. ثُمّ انخرطت مع الحكومة في هجماتها ضد جماعات المعارضة، وجبهة النصرة وتنظيم الدولة، وتتهم هذه المليشيات بأنها تحصل على دعم وتسليح من حزب الله وإيران.
نأى الدروز بنفسهم عن الصراع الدائر، وقد تعرضت بعض قراهم جنوب سوريا إلى هجمات عديدة من تنظيم الدولة الإسلامية، إضافةً لذلك، رفض العديد من شباب الدروزالانضمام إلى الميليشيات الموالية للحكومة، واعتزلوا التجنيد الإجباري في الجيش السوري، مما أدى لحدوث مشاحنات بين الدروز والحكومة السورية.
السوريون من أهل السنة والجماعة، هم أكبر الطوائف الإسلامية في سوريا. وعلى الرغم من أن المعارضة تتألف في معظمها من السوريين السنة، إلا أن ذلك لا يلغي حقيقة أنهم -بحكم الواقع - ممثلون تمثيلًا جيّدًا في الحكومة والقوات الموالية للحكومة أيضًا. . معظم المناطق التي سقطت تحت سيطرة الثوار هي مناطق سنية.
على الرغم من أن الحرب في سوريا قد تكون "الانتفاضة السنية ضد الحكومة العلوية"، إلا أن هذا بعيد عن الحقيقة. ففي محافظة حلب، الشبيحة بكاملها مكونة من القبائل السنية الموالية للأسد. الجيش العربي السوري منذ بداية الصراع وحتى الآن يتكون أساسًا من السنة السوريين (على سبيل المثال الشعبة الميكانيكية 4 تتكون تماما من القادة السنة )، مع وجود قيادة دينية مختلطة في المناصب العسكرية العليا.
على الرغم من الفرار السكاني الضحم للمسلمين السنة نتيجة الحرب، إلا أن بعض الأفراد السنة العلمانيون لا زالوا يخدمون في القوات المسلحة السورية. وبالإضافة إلى ذلك، بعض المواطنين السنة لا يدعمون المعارضة ويعانون من انتشار الدمار نتيجة الحرب الأهلية ويخافون من مستقبل الإسلاميين في سوريا.
الصوفيون
المتصوّفون السوريون أو السوريون أتباع الصوفية في سوريا يعيشون في الغالب في دمشق ،حلب ودير الزور. بسبب الحرب الأهلية السورية ينقسم تأييد الكثير منهم إلى التيارات الموالية للحكومة والتيارات الموالية للمعارضة والتيارات المحايدة. الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي رجل الدين الصوفي المعروف، الذي لم ينضم إلى المعارضة السورية، حيث انتقد بشدة المتظاهرين وأظهر دعمه للحكومة، قُتل في تفجير في مسجد الإيمان بدمشق. اتهمت الحكومة والمعارضة بعضهم البعض بالاغتيال. ظهر ابنه على التلفزيون السوري حيث دعم رواية الحكومة عن الحادثة.
الطائفة العلوية هي ثاني أكبر طائفة إسلامية في سوريا، ويعتبرون أقلية دينية، ويمثلون أقل من %20 من إجمالي السوريين البالغ عددهم 23 مليون نسمة.
وقد أجرت رويترز تحقيقًا عن مزاج وحالة الطائفة العلوية في أوائل عام 2012. حيث قال العديد من العلويين أنهم تعرضوا للتهديد خلال الانتفاضة بسبب دينهم وأنهم يخشون تسريب أسمائهم في المدن ذات الغالبية السنية. وقد حاول بعضهم استخدام لهجات مميزة لإخفاء أنماط الكلام خشية أن يتم التعرف عليهم أنهم علويين.
وذكر الكاتب "نير روزن" الذي يكتب في قناة الجزيرة في نفس الوقت تقريبًا، أنها ليست ظاهرة فريدة بالنسبة إلى العلويين في الصراع الطائفي المتزايد.
وأفاد الصحفي "نير روزن" أيضًا، بأن العلويين يخافون من الهيمنة السنية، لأنهم تعرضوا للاضطهاد من قبل السنة خلال العصور العثمانية. في السنوات الأولى من القرن العشرين، كانت طبقة التجار السُنّة تدير سياسة البلاد وثرواتها. 
بعد الحركة التصحيحية التي قام بها حافظ الأسد في سوريا، تحسّن وضع الطائفة العلوية في ظل حكومته. 
خلال الحرب الأهلية السورية تعرض العلويون إلى سلسلة من التهديدات المتزايدة والهجمات القادمة من بعض المسلمين السنة الذين يشكلون غالبية الشعب السوري. 
وأفادت رويترز بأن الانتفاضة عززت فيما يبدو دعم الرئيس بشار الأسد والحكومة بين العلويين العاديين، وشهد أحد مراسليها مجموعة من العلويين يهتفون لماهر الأسد "لإنهاء" المتمردين.
كان العلويون أيضًا على قناعة بأنه في حال سقوط الأسد سيتم قتلهم أو نفيهم، وفقًا للتحقيق. وقال بعض العلويين في بعض المدن كحمص، أنهم يتعرضون للقتل أو الخطف إذا غامروا في الأحياء السنية. وكثيرون منهم يفرون من منازلهم خوفًا من تعرضهم للقتل.
ذكرت صحيفة "جلوب اند ميل" أن العلويين في تركيا أصبحوا مهتمين على نحو متزايد بالصراع وقد أعرب كثيرون عن المخاوف من "نهر من الدم" إذا قام السنة بذبح العلويين في سوريا المجاورة، وحشدوا لقضية الأسد وإخوانهم العلويين، على الرغم من أن التقرير قال أنه لا يوجد أي دليل على أن العلويين في تركيا قد حملوا أو سيحملون السلاح في الصراع السوري.
أدّى ارتفاع الوتيرة الطائفية التي يخشاها العلويون، إلى تكهنات من إعادة إنشاء الدولة العلوية كملاذ آمن لقيادة الأسد إذا سقطت دمشق في النهاية. شكل العلويون تاريخيًا الغالبية السكانية في محافظتي اللاذقية وطرطوس، وقامت فيهما الدولة العلوية التي كانت موجودة بين 1920-1936. ظلت هاتان المحافظتان حتى الآن هادئتان نسبيًا خلال الحرب. مع ذلك، إعادة إنشاء الدولة العلوية وتفكّك سوريا ليس إلا رؤية مستقبلية خطيرة من قبل معظم المحللين السياسيين. وصف الملك الأردني عبد الله الثاني هذا السيناريو "بأسوأ حالة" للصراع، خوفًا من أن يحمل دومينو تفتيت سوريا عواقب كبيرة ويؤثر تأثيرًا سلبيًا على المنطقة.
لا يزال العلويون يتواجدون في قلب الحكومة السورية لكن في أبريل 2016 أصدر بعض القادة العلويون وثيقة تسعى إلى النأي بأنفسهم عن كل من بشار الأسد والشيعة. وقيل أن حوادث طائفية عديدة وقعت بين السكان السنة وقوات النظام لأن كل من حافظ الأسد وبشار الأسد ينتميان للطائفة العلوية التي يرى بعض الأصوليين السنة أنها طائفة تقوم على الهرطقة. بالإضافة إلى ذلك، الحكومة السورية تحتفظ بشبكة مسلحة تعرف باسم "الشبيحة" وميليشات خفية (تتكون في معظمها من العلويين) يقول ناشطون أنها جاهزة لاستخدام القوة والعنف والأسلحة والابتزاز ضد المعارضين السنة.
بالرغم من وجود العديد من الناشطين العويين المعارضين للأسد، إلا أن "رويترز" تقول أنهم معزولون عن الصراع.مثلًا فدوى سليمان وهي ممثلة سورية من أصل علوي معروف عنها بتزعم الاحتجاجات في حمص، قد أصبحت واحدة من أبرز وجوه الانتفاضة. 
وأيضًا، منذر مخوص ممثل الائتلاف الوطني السوري المعارض في فرنسا، هو علوي. وفي 2012، أصبحت اللواء "زيدة المالكي"، وهي علوية من الجولان المحتل، أول ضابطة في الجيش السوري تنشق عنه وتنضم للمعارضة. 
وفقًا لصحيفة "فاينانشال تايمز":فإن "نشطاء المعارضة قد عملوا بجد لإيصال رسالة غير طائفية".
وقد أظهرت لقطات فيديو من ضواحي دمشق المتظاهرين يحملون ملصقات إلى جانب كل من الهلال الإسلامي والصليب المسيحي. وقد تجنب ممثلوا "للإخوان المسلمين" (المحظور في سوريا)، الخطاب الطائفي." كانت مجموعة تسمى "تحالف الشباب العلوي الحر"، قد قدمت نفسها بديلًا عن العلويين الذين لا يريدون حمل السلاح حيث دعتهم للفرار إلى تركيا ووعدتهم بالإقامة المجانية وتقديم راتب شهري. 
تأسست حركة علوية معارضة جديدة تدعى "سوريا القادمة"، في 21 تشرين الثاني / نوفمبر 2015.
يتواجد الشيعة الإسماعيليون في منطقة حماة فى مصياف والقدموس والسلمية وكان جزء كبير منهم مؤيد للانتفاضة ضد الحكومة. اعتبارًا من مارس 2015 اتهم نشطاء المعارضة الحكومة بمحاولة تأجيج توترات طائفية في شرق حماة والسلمية وهي مكان دفن مؤسس الطائفة الإسماعيلية إسماعيل بن جعفر إضافة إلى حملات التجنيد التي تستهدف الإسماعيليين لضمّهم إلى الميليشيات الموالية للحكومة من أجل إعداد حواجز تفتيش لمضايقة وسرقة وقتل السنة. لطالما عُرف المجتمع الإسماعيلي بأنه سلمي ويهدف إلى عدم الانخراط في أي شكل من أشكال الطائفية وتجنب الصراع الوطني، ربما كان ذلك تحت توجيه روحي من الإمام المثقف في الخارج (الآغا خان الرابع).
المسيحيون في سوريا هم مزيج من الطوائف الأرثوذوكسية الشرقية، الأرثوذوكسية المشرقية، الكاثوليكية،
البروتستانتية وكنيسة المشرق، كما تتنوع انتماءتهم العرقيّة من عرب وسريان وأرمن، ويشكلون حوالي 10% من السكان ويتمتعون بالحقوق والحريات الدينية الكاملة، ولكنهم ليسوا على قدم المساواة في الحقوق المدنية مع بقية الطوائف، حيث نصت الدساتير المتتابعة في الجمهورية العربية السورية على وجود قيود دينية على منصب رئاسة الجمهورية، تمنع المسيحيين من الترشح له.
لعب المسيحيون دوراً فعالاً في الحياة السياسية والاجتماعية في سوريا، كما أثروا وتأثروا في الحرب الأهلية الجارية. 
يشار بشكل متقطع في أوقات مُختلفة من الصراع أن الحكومة السورية تحظى بدعم جزء كبير من المسيحيين من مختلف الأعراق والطوائف. 
لكن هذا التأييد ليس مطلقًا، حيث تظهر حالات تذمر من الخدمة العسكرية، ورفض للالتحاق بالقوات النظامية بعملية التجنيد الإجباري، وتطوّر هذا التذمر في المناطق ذات الغالبية المسيحية إلى حالات تهرب من خدمة العلم أو إطلاق نار على القوات الحكومية. 
بعد أن أخذ الصراع طابع عسكري، تم تناقل تقاير عن "مصادر سورية أرثوذكسية" تتهم الجيش السوري الحر بتهجير المسيحيين،
إضافة إلى ذلك، فالمؤسسة الدينيّة الرسميّة المسيحيّة قامت بنبذ الحراك متخوفة من مصير مشابه لمسيحيي العراق ومصر، ودعت لإعطاء «فرصة للإصلاح»،
أصدرت صحيفة "CBS" تقريرًا ذكرت فيه أن المسيحيين يقفون بجانب الحكومة إلى حد كبير، حيث ذكر التقرير أن المسيحيين يظنون بقائهم مرتبط ببقاء حكومة علمانية. كما ذكرت مقالة في صحيفة "الأهرام" أن المسؤولين في العديد من الكنائس السورية أيدوا الحكومة رغم تحول العديد من أعضاء الكنائس إلى المعارضة. ادعت صحيفة "The Economist" أن العلاقات بين المسيحيين و قوات المعارضة المسلحة في بعض المناطق كانت إيجابية، حيث يحضر المسيحيون والمسلمون معًا جنازات قتلى المعارضة، إضافة أن بعض الجماعات القائمة على الكنائس تقوم بنقل الأدوية إلى قوات المتمردين، سواء عن طريق اللجنة الوطنية العليا أو اللجان المحلية. وذكر التقرير أيضًا أن العداوات الطائفية تميل إلى أن تكون مباشرة على العلويين بدلًا من المسيحيين، وبالرغم من دعم العديد من الأساقفة السوريين للحكومة إلا أن الأساقفة قالوا أنهم "لا يحملون قطعانهم معهم".
هناك خوف لكثير من المسيحيين الذين يخافون من هيمنة تيارات إسلامية سياسية على الحكومة، مثلما حدث في الحكومات التي انبثقت عن الربيع العربي، والتي أصبحت أقل تسامحًا مع المسيحيين وأقل اعترافًا بحقوقهم. كما يخشى بعض المسيحيين من أنهم سوف يعانون نفس نتائج الاضطهاد والتطهير العرقي والتمييز الطائفي، (مثل الآشوريين، المسيحيين العراقيين والمسيحيين الأقباط في مصر)، إذا تمت الإطاحة بالسلطة. 
ومن الناحية التاريخية للأزمة، وقعت معظم الاجتجاجات بعد "صلاة الجمعة" لدى المسلمين، فكان عدد المتظاهرين المسيحيين يقل شيئًا فشيئًا رغم دعم العديد منهم للانتفاضة.
لقد قال رئيس أساقفة الكنيسة السريانية الأرثوذكسية في حلب للمؤسسة اللبنانية "ديلي ستار" "نريد أن نكون صادقين، الجميع هنا قلق، نحن لا نريد لما حدث في العراق أن يحدث في سوريا. نحن لا نريد للبلاد أن تكون مقسمة. ونحن لا نريد أن يغادر المسيحيون سوريا".
وفقًا لمؤسسات مسيحية دولية، تعرض المسيحيون لهجمات من قبل المتظاهرين المناهضين للحكومة في منتصف عام 2011 بسبب عدم انضمامهم إلى الاحتجاجات. كان المسيحيون حاضرين في أوائل المظاهرات في حمص، ولكن بعد ذلك خرجت جميع المظاهرات بإعلان شعارات سلفية إسلامية.
وبالرغم من مشاركة البعض في الاحتجاجت، إلا أن الطوائف المسيحية المتعددة لم تستجب بشكل موحد إلى الحرب. 
في مقابلة جرت على شاشة روسيا اليوم، قال "عبد الأحد أسطيفو" ممثل المنظمة الآثورية الديمقراطية في الإئتلاف السوري المعارض أن «النظام يستخدم المسيحيين كورقة لبث الفتنة الطائفية بين أبناء الشعب السوري» و«يتبع سياسة ذكية حيث يقدم نفسه كحامي للأقليات».
تحالفت بعض الميليشيات المسيحية السريانية مثل قوات المجلس العسكري السرياني مع القوات الكردية المناهضة للحكومة والتي تتصف بالعلمانية والتسامح مع الأقليات مما سمح للقوة الآشورية/السريانية أن تعمل بشكل جيد في القتال ضد "داعش" عدو كل الشعوب. وقد أعربت عن معارضتها العلنية للنظام.
يقول أحد أفراد هذه الميليشيا "نظام الأسد يريد منا أن نكون دمى بيده وننكر عرقيتنا ونطالب بدولة عربية فقط". وبنفس الوقت انضمت بعض الميليشيات المسيحية السريانية الأخرى في الحسكة مثل سوتورو، إلى الحكومة، واشتبكت مع وحدات حماية الشعب الكردية التي يتهمها بعض السكان السريان بمحاولة سرقة أراضيهم.
ينتمي معظم الأرمن السوريون (الذين يعدون جزءًا من الشتات الأرمني) إلى كنيسة الأرمن الأرثوذكس، والقليل منهم إلى كنيسة الأرمن الكاثوليك، وقد فر كثيرون منهم من الحرب الأهلية الجارية، 7,000 وعاد البعض إلى بلدهم الأصلي أرمينيا 5,000 وهاجر آخرون إلى لبنان. ومع ذلك، بحسب بعض المصادر معظم الأرمن يدعمون بشار الأسد كما يخافون من سقوط حكومة الأسد، وذلك للنظر إليه باعتباره حامي المسيحيين من الاضطهاد من قبل الإسلاميين المتطرفين.
يشكل الروم الأرثوذوكس القسم الأول من
الروم الأنطاكيين، وهم العرب المسيحيون السوريون، ويتواجدون أساسًا في غرب سوريا، في منطقة وادي النصارى وفي المدن الهامة مثل دمشق خاصة أحياء "باب توما" و"القصاع" وأيضًا في مدينة حلب، ويتبعون لكنيسة أنطاكية الأرثوذوكسية. أكبر الطوائف المسيحية في سوريا هي طائفة الروم الأرثوذوكس، ثم طائفة الروم الكاثوليك، تليها طائفة السريان الأرثوذكس.
ويشار لعبارة الروم الارثوذوكس في الغرب باسم "الطائفة اليونانية الأرثوذوكسية" التي تستخدم كدلالة على الطقوس وعلى العرق والأصل الديني. أما التسمية العربية الشائعة هي "روم" التي تعني بيزنطيين وذلك للدلالة على اتباع هذه الطائفة للطقوس البيزنطية حتى هذا اليوم.
اللغة العربية هي الآن اللغة الرئيسية للعرب المسيحيين على الرغم من اختلاف الطقوس.
الروم الملكيين الكاثوليك هم القسم الثاني من الروم الأنطاكيين في سوريا، ويشكلون ثاني أكبر طائفية مسيحية في سوريا، ينتشرون في الأحياء ذات الأغلبية المسيحية في دمشق وحلب، وقرى وبلدات مسيحية أخرى. يتبعون لكنيسة الروم الملكيين الكاثوليك، ومركزهم في دمشق هو أبرشية دمشق للروم الملكيين الكاثوليك، ويعرفون بانتماءهم الشرقي مع صلة مباشرة مع البابا.
وهذا يشمل الموارنة، الكلدان الكاثوليك، السريان الكاثوليك والأرمن الكاثوليك.
يتركز الموحدون الدروز السوريون في محافظة السويداء وقد أصبحوا أكثر تعارضًا مع الحكومة في فترة الحرب الأهلية، حيث أصدر بعض قادة الدروز بيانات مناهضة للسلطة، وقد حُكم على زعماء دينيين دروز بالسجن لرفضهم الدعوة إلى إعادة انتخاب بشار الأسد، كما يرفص الكثير من الدروز خدمة التجنيد الإجباري في الجيش العربي السوري أو الانضمام للميليشات الموالية للحكومة، وقد أكد بعض من السكان الدروز الذين يقطنون في هضبة الجولان التي تحتلها إسرائيل (< 3% من السوريين الدروز) ولائهم الأسد فيما يعد موقف باقي الوطنيين الدروز من الحرب الأهلية غامضًا. 
في عام 2012 أفادت الأنباء أن غالبية القرى الدرزية في شمال محافظة إدلب دعمت المعارضة ولكنها لم تشارك في القتال.
في أوائل عام 2013، ذُكر أن الدروز ينضمون بشكل متزايد إلى المعارضة وقد شكلوا كتائب لهم في " الجيش السوري الحر ". في كانون الثاني 2013 "انضم العشرات من المقاتلين الدروز إلى هجوم المتمردين على قاعدة مراقبة حكومية في " محافظة السويداء ".
وفي 2013، قامت عشرات القيادات الدينية الدرزية في السويداء بدعوة الدروز إلى ترك الجيش السوري والانضمام إلى جماعات المعارضة وباركت قتل عدة شخصيات في الحكومة السورية ووصفتهم ب"القتلة".
في عام 2013، أشارت تقارير إلى سعي إسرائيل على نحو متزايد للتواصل مع الدروز في الجولان بقصد خلق علاقة معززة وموثوقة معهم في حال انهيار سوريا إثر الصراع الطائفي والعرقي فيها.
العرب السوريون هم الغالبية العرقية في الشعب السوري بنسبة تفوق 80٪ ، ويشكل العرب العرقية الرئيسية للقوات الرئيسية المتصارعة، بما فيهم السلطة والمعارضة، باستثناء قوات قسد ذات الغالبية الكردية. وتعد اللغة العربية اللغة الرئيسية والوحيدة في سوريا منذ التحرر من العهد العثماني.
ولطالما كانت سوريا –بشكل واقعي– "دولة قومية عربية" منذ وصول حزب البعث ذو الطابع القومي إلى السلطة. وتم منذ تلك المرحلة تجاهل باقي العرقيات مثل الأكراد والآشوريين والتركمان، فتم اعتبار كل مواطني الجمهورية العربية السورية ك"عرب سوريين" مما أحدث مشاحنات وتوترات عرقية بعد بدء الحرب الأهلية.
الفلسطينيون
انقسمت ردة فعل ما يقارب 500.000 فلسطيني يعيشون في سوريا بين دعم المعارضة ودعم الحكومة وقد حاول العديد منهم الابتعاد عن الصراع. هناك عدد من مخيمات اللاجئين الفلسطينيين في سورية، وكان هناك عدد من المنظمات الفلسطينية قبل الحرب.
خلال الحرب الأهلية وقعت اشتباكات بين الفلسطينيين الموالين للأسد (بدعم من القوات الحكومية) والفلسطينيين المناهضين للأسد (بدعم من الجيش السوري الحر) في اليرموك، وهي منطقة في دمشق تضم أكبر تجمع للاجئين الفلسطينيين في سوريا وتعد عاصمة الشتات الفلسطيني. عندما بدأت الانتفاضة كانت الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين متمركزة في اليرموك ودعمت القوات الحكومية بقوة. أدى هذا إلى توترات مع الفلسطينيين المناهضين للأسد في اليرموك. في يونيو 2011، أحرق الآلاف من المعارضين الفلسطينيين مقر الجبهة هناك.
عندما أصبحت المعارضة عسكرية ساعدت الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين القوات الحكومية في قتال قوات المعارضة السورية من الفلسطينيين والسوريين في اليرموك. عارض العديد من أعضاء اللجنة المركزية للجبهة الشعبية لتحرير فلسطين - القيادة العامة هذا التحالف مع الحكومة واستقالوا احتجاجًا. كما ورد أن عددًا من مقاتليها انشقوا عنها وانضموا إلى المعارضة.
قُتل عشرات الفلسطينيين من جراء الضربات الحكومية على اليرموك، مما أدى إلى قيام عدد من الجماعات الفلسطينية بإدانة القوات الحكومية والجبهة الشعبية لتحرير فلسطين - القيادة العامة. ذكرت مقالة في صحيفة نيويورك تايمز أن هذه الهجمات تسببت في تحول العديد من الفلسطينيين ضد النظام السوري. في أكتوبر 2012 ساعد الجيش السوري الحر الفلسطينيين المناهضين للأسد على تشكيل لواء العاصفة. في ديسمبر 2012 دفع الجيش السوري الحر ولواء العاصفة، الجبهة الشعبية والقوات الحكومية للخروج من اليرموك.
منذ بداية الحرب نأت حماس بنفسها عن الحكومة السورية وبدأ أعضاؤها في مغادرة سوريا. في سبتمبر 2012 أعلن رئيس المكتب السياسي لحركة حماس خالد مشعل عن دعمه للمعارضة السورية. في 5 نوفمبر 2012، أغلقت القوات الحكومية جميع مكاتب حماس في البلاد. وقال مشعل إن حماس "أُجبرت على الخروج" من دمشق بسبب خلافاتها مع الحكومة السورية. عُثر على عدد من مسؤولي حماس في سوريا. يدعي نشطاء المعارضة السورية والفلسطينية أنهم "أُعدموا" من قبل القوات الحكومية.
العراقيون
يتواجد الآشوريون في شمال شرق سوريا (مع وجود قسم كبير منهم في شمال العراق، وجنوب شرق تركيا وشمال غرب إيران)، 
ويتميزون إثنيًا ولغويًا عن باقي المسيحيين السوريين، فهم يتبعون التراث الآرامي التراث ولكن الآن يتحدثون العربية بشكل كبير. يعود أصلهم إلى الحضارات الآشورية القديمة وحضارة بلاد ما بين النهرين كما يحتظون باللغة الآرامية الشرقية كلغة إضافية منطوقة.
وبالنسبة لانتماءاتهم الكنسية، ينتمي معظمهم إلى الكنيسة السريانية الأرثوذكسية، ويتوزع الباقي بين الكنيسة السريانية الكاثوليكية وكنيسة المشرق الآشورية والكنيسة الكلدانية الكاثوليكية.
يعد الأرمن السوريون جماعة عرقية-دينية تنتمي بشكل عام إلى باقي الطوائف المسيحية السورية، وقد انخفضت أعدادهم بشكل ملحوظ بعد الحرب وعاد كثيرون الى الوطن الأم أرمينيا.
وضعت التنظيمات الكردية في سوريا نفسها كطرف ثالث في الحرب الأهلية السورية واتبعت سياسة تعارض الحكومة دون دعم المعارضة السورية، حيث استغل الأكراد انشغال الجيش العربي السوري بالمعارك مع مسلحي المعارضة السورية، ليقوموا بدعم من كردستان العراق وحزب العمال الكردستاني ودعم أمريكي عسكري مباشر، بإنشاء منطقة حكم ذاتي خاصة بهم في شمال شرق سوريا، يريدون فرضها على الجغرافية السورية وفق سياسة الأمر الواقع، وهي منطقة تعدها الحكومة السورية غير شرعية ولم تنل اعترافًا حكوميًا أو دوليًا بوصفها منطقة مستقلة ذاتيًا. وقوات سوريا الديمقراطية الكردية التي تحكم اليوم المنطقة، تعمل على أن ترتبط بعلاقات عدة مع كل من الحكومة والمعارضة للحفاظ على مكتسباتها في منطقة الحكم الذاتي الكردي في الشمال.
الغجر فى سوريا هم مجموعة عرقية تنتسب لمجموعة الشعوب الهندو-آريّة ويبلغ عددهم 37000. نتيجة للحرب الأهلية لجأت العديد من مجموعات الغجر إلى دول مثل لبنان والأردن والعراق.
اليزيديون السوريون هم مجموعة عرقية دينية يبلغ عددهم حوالي 500،000 مع 10000-15000 يعيشون في الغالب في محافظة الحسكة ومحافظة حلب (منطقة عفرين) بالقرب من الحدود السورية التركية. عانى الإيزيديون لمدة 40 عامًا من عدم اعتراف الحكومة السورية بهم حيث ينظر إليهم على أنهم أكراد.
يؤيد أتراك وتركمان سوريا المعارضة بشكل عام ويتطلعون إلى تركيا للحصول على المساعدة والدعم. وقد شكلوا قواتهم الخاصة التي تعمل مع الجيش السوري الحر وكانت تركيا قد أصدرت بيانات رسمية لدعم التركمان السوريين . زعم أحد قادة المتمردين التركمان في حلب أن أكثر من 700 تركماني انضموا إلى كتيبته وأن 3000 آخرين كانوا يقاتلون الحكومة في المحافظة. 
يزعم بعض التركمان أنهم عانوا 40 سنة في ظل حكومة الأسد، موضحين أن السلطات في عهد حافظ الأسد أخذت أراضيهم ومنعت لغتهم ومنعتهم من معرفة تاريخهم وثقافتهم. وجردتهم من حقوقهم وقامت بتغيير أسماء قراهم إلى أسماء عربية. وبحسب بعض المصادر فإن تعداد الميليشيات التركمانية اعتبارًا من حزيران 2013 وصل إلى 10 آلاف عنصر.
اتُّهمت الشبيحة، وهي ميليشيا يزعم أنها حكومية علوية، بقتل المعارضين السنة مما أدى إلى بعض أعمال قتل العلويين من الجانب السني. وبالإضافة إلى ذلك، تحدثت عدة تقارير عن العنف الطائفية الذي ترتكبه الميليشيات الشيعية غير الحكومية بحق المسلمين السنة، حيث زعم مقاتلو هذه الميليشيات: "نحن نقوم بواجبنا، ونقتل الثوار السنة المتهمين بالقيام بجرائم حرب".
في 25 أيار 2012، وقعت أولى المجازر ذات الصبغة الطائفية في سوريا، وهي مجزرة الحولة التي راح ضحيتها أكثر من 200 مدني، وقد اتهم السكان وبعض نشطاء المعارضة ميليشيا الشبيحة وسكان القرى العلوية المجاورة بارتكاب المجزرة، رغم نفي السلطة السورية لذلك وتحميلها لتنظيم القاعدة مسؤولية الهجوم. كانت القرية إحدى المعاقل السّنية الكبيرة التي شاركت في الانتفاضة كما تواجدت فيها ميليشيات الجيش السوري الحر التي كانت تهاجم قوات ومنشآت الجيش السوري والقرى المجاورة التي تدعم الحكومة.
أدت المجزرة إلى أزمة سياسية هي الأولى منذ اندلاع الاحتجاجات، حيث قامت أكثر من 20 دولة بما فيهم الولايات المتحدة وبريطانيا وفرنسا وباقي دول الاتحاد الأوروبي بطرد السفراء السوريين من أراضيهم، وقد أدانت روسيا والصين حليفتي حكومة الأسد المجزرة ووصفوها ب«الوحشية»، وبعد زيارة فريق الأمم المتحدة، أكدت وقوع المجزرة في الجولة ومقتل 32 طفلًا.
كما وقعت مجازر طائفية أخرى ضد اسكان الذين يدعمون المعارضة مثل مجزرة القبير.
وفي أواخر كانون الثاني عام 2012، ذكرت رويترز أن 14 فرد من عائلة سنية قُتلوا على يد الشبيحة إضافة إلى 16 سني آخرين قُتلوا سابقًا في أحد الأحياء المختلطة في حمص الذي يدعي العلويون أنهم فروا منه قبل أربعة أيام من الحادثة. العديد من التقارير تحدثت أن استهداف قوات الأمن للمناطق والقرى السنية يعود تقريبًا إلى بداية الثورة، بما في ذلك القصف على الأحياء السنية في اللاذقية من قبل زوارق البحرية السورية في آب 2011. وفي بعض المناطق، تخلّى السكان السنة عن منازلهم التي تعرضت للنهب المنهجي من الجماعات الطائفية، لدرجة أن سوق السلع المستعملة المزدهرة في البلاد أخذت اسم "سوق السنّة". 
وكانت قد حدثت العديد من المجازر ضد السكان السنّة منها المجازر في الحولة، المجازر في القبير والمجازر في المستوطنات الزراعية السنية على خط المواجهة بين المناطق ذات الأغلبية السنية ومعقل العلويين في جبال اللاذقية. ويقال أن هذه المجازرَ جزءٌ من خطةِ بعض العناصر العلوية المتجذرة في شمال غرب المحافظة لمسح القرى المجاورة السنية من أجل إنشاء "دولة رابضة" يسهل الدفاع عنها.
الحركة الصوفية الوحيدة التي وقفت بوضوح مع المعارضة هي "حركة زيد الصوفية". قاوم شيوخها الضغط الحكومي لإدانة مظاهرات المعارضة. بل على العكس، دعا شيخ الحركة "الرفاعي" إلى إطلاق سراح المعتقلين ووقف تعذيبهم وطالب بإصلاحات سياسية. حدثت نقطة التحول في موقف حركة زيد عندما قام موالون للحكومة بضرب الشيخ الرفاعي وهاجموا مسجده ومؤيديه. هو وأخوه الأصغر تركا للبلاد وأعلنوا دعمهم الواضح للانتفاضة. بالإضافة إلى "حركة زيد"، قام عدد من المشايخ السوريين المعروفين من بينهم محمد راتب النابلسي وطلابه بدعم المعارضة المسلحة. على الرغم من أن الصوفية لا تملك حاليًا فصائل مسلحة هامة مثلما تفعل الجماعات الاسلامية الأخرى، إلا أن المراقبين يدّعون أن العديد من الأفراد الصوفيين قد انضموا إلى الكفاح المسلح. حتى أن بعضهم أنشأ فصائل مسلحة من بينها "كتائب مجاور" و"كتائب الصحابة" و"كتائب أحفاد النبي". 
خلال عامي 2013 و2014 تم تدمير العديد من الأماكن المقدسة والمقابر في محافظة دير الزور السورية الشرقية المرتبطة بالصوفية من قبل تنظيم الدولة الإسلامية (داعش)، والتي كانت من بين الأهداف الرئيسية للمجموعة.
إن التمييز ضد الطائفة العلوية واتهام العلويين أنهم " كفار " من قبل الإسلاميين المتطرفين له تاريخ طويل، ولا يزال السلفيون يشيرون إلى الفتاوى مثل فتوى ابن تيمية (1268-1328)، الذي اعتبر العلويين "أكفر من اليهود النصارى وأكفر من كثيرٍ من المشركين وأعظم ضرراً على أمة محمد من كثير من الكفار المحاربين مثل كفار التتار والفرنج".
تحدثت عدة تقارير لوسائل الإعلام الغربية عن العنف الطائفي ضد العلويين الذي يرتكبه كل من "جبهة النصرة" المدعومة من تركيا والسعودية، و"الجيش السوري الحر"، كما في مجزرة عقرب (ديسمبر 2012) ومجزرة حطلة (يونيو 2013).
قال عدنان عرعور وهو واعظ تلفزيوني سوري مقره في السعودية، أن العلويين الذين أيدوا الحكومة "سيتم تقطيعهم وتغذيتهم للكلاب". 
حذر عمان مأمون الحمصي أحد الأصوات المعارضة في رسالة مسجلة في ديسمبر 2011، أن العلويين يجب أن يتخلوا عن الأسد وإلا فإن "سوريا ستصبح مقبرة للعلويين".
في سبتمبر عام 2013، أعدم مقاتلو "جبهة النصرة" ما لا يقل عن 16 من العلويين المدنيين في قرية مكسر الحصان شرق حمص بينهم سبع نساء وثلاثة رجال فوق سن 65 سنة وأربعة أطفال تحت سن 16.
في أكتوبر 2015، دعا أبو محمد الجولاني زعيم جبهة النصرة (الفرع السوري لتنظيم القاعدة)، إلى شن هجمات عشوائية على القرى العلوية في سوريا. وقال:"لا يوجد خيار سوى تصعيد المعركة واستهداف المدن والقرى العلوية في اللاذقية". 
في مارس 2013، تم تصوير أحد قادة الجيش السوري الحر "أبو بساكار" وهو يقطع أعضاء من جثة جندي سوري قائلا:
وقد أدانت قيادة الجيش السوري الحر الحادث. وادّعى أحد القادة "أبو صقر" أن التشويه كان انتقامًا. وزعم إنه عثر على شريط فيديو على الهاتف المحمول للجندي حيث يقوم الجندي بالاعتداء الجنسي على امرأة وابنتيها. بالإضافة لذلك، وتعذيب تمزيق وقتل السنة، بما في ذلك الأطفال.
في مايو 2013، قالت منظمة الصحة العالمية أن من بين 94,000 فرد قتل خلال الحرب، على الأقل 41,000 كانوا علويين. 
قال متحدث باسم الجيش السوري الحر إنه سيتم تدمير المستوطنات العلوية إذا استولت قوات النظام على مدينة القصير ذات الأغلبية السنية. وأضاف "لا نريد أن يحدث هذا، لكنه سيكون حقيقة مفروضة على الجميع". قال أيضًا زعيم جيش الإسلام زهران علوش أن العلويين هم "أشدّ كفرًا من اليهود والنصارى". مخاطبًا العلويين بـ"النصيريين". حيث يعود أصل هذه التسمية إلى فتوى ابن تيمية حول العلويين.
كما وتعرض العلويون لهجوم من قبل يوسف القرضاوي. وتعهد عبد الله المحيسني بإبادة الرجال العلويين وقال إن النساء العلويات قد يتم إعدامهن بوصفهن "مرتدّات". ألقى "أبو رضا التركستاني" قائد حزب تركستان الإسلامي في سوريا خطابًا بعد استيلاء قواته على جسر الشغور، دعا فيه "المسلمين" من "تركستان الشرقية" أن يأتوا إلى الشام من أجل "قتل" العلويين. وفي 12 مايو 2016، ارتكب المتمرّدون مجزرة بعد القبض على أشخاص معظمهم من العلويين في قرية الزارة في محافظة حماة.
أفادت التقارير أن وفدًا إسماعيليًا سافر إلى دمشق طلبًا للمساعدات بسبب تزايد هجمات تنظيم داعش وقد تم اتهام أجهزة الأمن برفض حماية القرى الإسماعيلية وترك الإسماعيليين ضحايا لهجمات تنظيم داعش.
في أكتوبر 2012 انضمت مختلف الطوائف الدينية العراقية إلى الصراع في سوريا من كلا الجانبين. وقد سافر الشيعة العراقيون (من محافظة بابل ومحافظة ديالى) إلى دمشق انطلاقًا من طهران أو من مدينة النجف الشيعية المقدسة في العراق لحماية ضريح السيدة زينب وهو مزار شيعي هام في دمشق.
في ديسمبر 2012 أحرقت قوات المعارضة السورية مسجد للشيعة يقع في "الحسينية" في بلدة جسر الشغور شمال سوريا مما أثار مخاوف من أن الجماعات السلفية ستشن حربًا شاملة ضد ديانات الأقليات في سوريا.
في 25 مايو 2013، أعلن حسن نصر الله أمين عام حزب الله في لبنان أن قوات حزب الله تقاتل في الحرب الأهلية السورية ضد المتطرفين الإسلاميين وتعهد"بأن قواته لن تسمح للمتمردين السوريين بالسيطرة على المناطق التي تقع على الحدود مع لبنان ". وفي خطاب متلفز قال: "إذا وقعت سوريا في أيدي أمريكا وإسرائيل والتكفيريين فإن شعوب منطقتنا ستدخل في فترة مظلمة". 
ألقى زعيم جيش الإسلام زهران علوش خطابًا خلال شهر رمضان عام 2013 مهاجمًا الشيعة (الذين وصفهم بـ "الرافضة") والعلويين (الذين سماهم "النصيرية") والإيرانيين (الذين سماهم "بالمجوس")، قائلًا "إن مجاهدي الشام سوف يطهرون قذارة الرافضة وسوف يطهرونها إلى الأبد إلى ما شا الله حتى يقومون بتطهير أرض الشام من قذارة المجوس الذين حاربوا دين الله عز وجل".
عندما سأل أحد المحاورين علوش "هل يمكنك قبول دولة مدنية وديمقراطية وتعددية؟" رد علوش بمهاجمة الديمقراطية وزعم أن "أمتنا لديها شوق كبير لدولة إسلامية". 
أصدر جيش الإسلام شريط فيديو يمجد فيه عصر الأمويين وغزو بلاد الشام من قبل المسلمين. انتقدت "الجبهة الإسلامية" تنظيم داعش قائلة: "لقد قتلوا أهل الإسلام وتركوا عبدة الأوثان" و"يستخدمون الآيات التي تتحدث عن الكفار وينفذونها على المسلمين". أصدر جيش الإسلام شريط فيديو يظهر إعدام أعضاء من تنظيم داعش، وأظهر مسؤولًا في جيش الإسلام الشرعي يدعى الشيخ أبو عبد الرحمن ألقى خطابًا يدين فيه مؤيدي تنظيم داعش كما وصفهم بأنهم على مذهب الخوارج ومذهب النفاق وهو مذهب "عبد الله بن سبأ اليهودي" ووصفهم بأنهم كلاب أهل النار. ألقى زهران علوش خطابًا يحض فيه مقاتليه على محاربة "المجوس والرافضة" الذين اتهمهم بمحاولة إقامة "دولة مجوسية" و"دولة فارسية".
كانت هناك العديد من التقارير من مصادر مختلفة عن تعرض المسيحيين للاضطهاد إما من الحكومة أو من المعارضة، وقد أفادت مصادر داخل الكنيسة السريانية الأرثوذكسية أنه "يجري تطهير عرقي للمسيحيين" يقوم به الجيش السوري الحر. وفي بلاغ تلقته وكالة فيدس، زعمت المصادر أن أكثر من 90% من المسيحيين في حمص تم طردهم من قبل المتشددين الإسلاميين من كتائب الفاروق التي ذهب عناصرها من الباب إلى الباب، وأجبروا المسيحيين على الفرار دون ممتلكاتهم وصادروا منازلهم. انخفض عدد السكان المسيحيين في حمص من 160 ألف قبل الصراع إلى أقل من 1000 بعده.
وأفادت مصادر محلية بأن المسيحيين في القصير وهي بلدة تقع بالقرب من مدينة حمص، تسلموا إنذارًا من الجماعات السنية المتمردة يطلب منهم مغادرة المنطقة. وقال اللاجئون المسيحيون من القصير, المدينة التي كان عدد السكان المسيحيين حوالي 10 آلاف قبل الحرب، أن أقاربهم الذكور قد قُتلوا على يد الثوار.
في 26 فبراير 2012، ادعت قناة"العربية" أن المسيحيين في سوريا يتعرضون للاضطهاد من قبل الحكومة، لكن بعض المصادر المسيحية الرسمية في الداخل نفت تلك المزاعم. كما ادعى تقرير صادر عن "قناة العربية" أن الحكومة كانت تستهدف الكنائس بسبب دعمها المزعوم للمعارضة. لكن مصادر أرثوذكسية مستقلة رسمية أكدت أن الهجوم على صيدنايا ارتكبه الجيش السوري الحر.
وفي حادث آخر، ادعت "العربية" أن القوات الحكومية هاجمت وداهمت الكنيسة السريانية الأرثوذكسية التاريخية في حمص. المصادر الكنسية الرسمية السورية أكدت أن الميليشيات المناهضة للحكومة كانت تستخدم الكنيسة كدرع وبعدها تقوم بتدمير ونهب محتوياتها.
كما أصدرت "قناة العربية" تقريرًا يدعي أن الحكومة السورية تقوم باضطهاد قادة المجتمع المسيحي من خلال وسائل مختلفة. وفي إحدى المرات، أخبر ناشط مسيحي متعاطف مع المعارضة الصحيفة أن أحد القساوسة قد قُتل على أيدي قوات الحكومة، ثم ألقى التلفزيون الحكومي الرسمي باللوم على المعارضة لمقتله. لكن تم دحض هذه المزاعم من قبل مصادر أرثوذكسية وكاثوليكية ألقت باللوم على المعارضة مثلما فعلت الحكومة. 
عادة ما يعبر اللاجئون المسيحيون السوريون عن مخاوفهم من المتمردين المناهضين للحكومة. عندما استولت الجماعات الإسلامية على بلدة رأس العين التي يسيطر عليها حزب الاتحاد الديمقراطي في أواخر عام 2012، فر الكثير من السكان المسيحيين الآشوريين خلال الليل. أحد اللاجئين المسيحيين قال إن "ما يسمى الجيش السوري الحر أو الثوار أو أيا ما يدعونهم في الغرب، قاموا بإفراغ المدينة من المسيحيين، وقريبا لن يكون هناك مسيحي واحد في البلاد كلها."
في 23 نيسان 2013، تعرض مطران في الكنيسة الأنطاكية الارثوذوكسية ومطران في الكنيسة السريانية الأرثوذكسية في حلب للاختطاف قرب المدينة من قبل المسلحين الشيشان. أكد رئيس المجلس الوطني السوري جورج صبرا أن الأساقفة محتجزين من قبل مجموعة من الثوار في محيط مدينة حلب. 
في 2 تموز ذكرت الفاتيكان أن القس "فرانسوا مراد" العضو في الكنيسة السريانية الكاثوليكية قُتل على يد الميليشيات المتمردة في الغسانية في 23 حزيران أثناء لجوئه إلى دير الفرنسيسكان.
تعرضت الكنائس المسيحية السورية للهدم من قبل الحزب الإسلامي التركستاني "الأويغور" وتعظم مقاتلوه بأعمال التدمير, وفي ساحات القتال بحمص وإدلب تعاون "الحزب التركستاني الإسلامي" مع "ألوية الأوزبكي" وكتائب "جبهة النصرة" وكانت جبهة النصرة تتنافس مع داعش على تجنيد المقاتلين الأويغور. في جسر الشغور كان صليب الكنيسة علامة مميزة توضع فوقها بعد انتهاء المعارك. أصدرت كتائب التوحيد والجهاد في الجماعة الأوزبكية الإسلامية شريط فيديو يظهر قيام مقاتلي الجماعة والمقاتلين الأويغور بمهاجمة وتدنيس الكنائس المسيحية في جسر الشغور. قام مقاتلو جبهة النصرة والحزب التركستاني الإسلامي بتطهير المنطقة الريفية حول جسر الشغور من المسيحيين وقاموا بإعدام رجل مسيحي سوري مع زوجته لاتهامهم بالولاء للحكومة السورية. وهو نصرالله الحايك الذي كان يبلغ من العمر 75 عامًا. وذكرت وكالة الأنباء السعودية وقناة "العربية" أن المنطقة كانت علوية. في ريف حلب الغربي، أفاد مسيحي سوري أن مقاتلي الإيغور الإرهابيين دخلوا من تركيا واستولوا على قرية البوابية. وقد قال وزير الخارجية السوري وليد المعلم أن سوريا أبلغت الصين بدخول الإرهابيين الإيغور إلى سوريا بالتنسيق مع تركيا. 
في كانون الثاني 2016، قالت قوات الأسايش الكردية أن الميليشيات الموالية للحكومة وقوات الدفاع الوطني كانت وراء تفجيرين في القسم المسيحي من مدينة القامشلي قُتل فيهما 20 شخصًا. 
وفي إدلب، قامت "جبهة النصرة" في إدلب بسرقة منازل المسيحيين.
على الصعيد الدولي، احتدم رجل الدين المرتبط بالقاعدة "عبد الله المحيسني " ضد البابا فرنسيس بسبب حادثة وقعت في لسبوس.
كان النائب الكاثوليكي الرسولي في حلب، "جوزيبي نازارو" غير قادر على تأكيد هذه التقارير لكنه أشار إلى أن الجماعات المتعصبة الإسلامية والحركات الإرهابية أصبحت أكثر وضوحا. ويُذكر أن سيارة مفخخة انفجرت بالقرب من مدرسة الفرنسيسكان في حلب مما أدى لمقتل أطفال. لكن جماعات المعارضة كذبت هذه التقارير وزعمت أن القوات الحكومية هي المسؤولة عن الضرر. من جانبه نفى سفير الفاتيكان في سوريا،"ماريو زناري"، أن المسيحيين يتعرضون للتمييز، قائلا أنهم يشاركون "نفس المصير المؤسف لبقية الشعب السوري".
قالت مصادر يسوعية في حمص أن سبب نزوح المسيحيين كان مخاوفهم من الوضع، وقد غادروا من تلقاء أنفسهم هربًا من الصراع بين القوات الحكومية والمتمردين. بعض المنظمات الخيرية المحلية الأخرى قالت ل"وكالة فيدس" أن العائلات المسيحية طردت من حمص لأنها كانت تعتبر "مقربة من النظام". جماعات الإسلام السياسي المعارضة لم تستهدف فقط أولئك الذين رفضوا الانضمام إلى المظاهرات، بل أيضا غيرهم من المسيحيين الذين يؤيدون المعارضة. وفقا لجمعية الرعاية الكاثوليكية في الشرق الأدنى، قوى المعارضة تحصنت في بعض الكنائس التاريخية في المدينة القديمة في حمص، مما أدى إلى حصول دمار فيها خلال الاشتباكات مع الجيش السوري، مثل كنيسة أم الزنار، جماعات المعارضة قامت أيضًا بتخريب الأيقونات في الكنائس.
قامت قوات المعارضة بالإطاحة بقرية اليعقوبية المسيحية ذات الغالبية المسيحية في محافظة إدلب في أواخر يناير 2013. حيث انسحبت القوات الحكومية من القرية بعد قتال قصير في نقطة تفتيش على مشارف القرية، مما جنب القرية حرب الشوارع والتدمير ولم يقتل أحد أثناء المعركة. كان السكان قبل الحرب مزيج من الأرمن والكاثوليك الشرقيين، لكن معظم الأرمن هربوا من القرية برفقة الجيش، حيث كان يُشتبه في تعاونهم مع الحكومة على نطاق واسع. بقي بعض الكاثوليكيين فقط، وقد رفضوا بشكل كبير حمل السلاح مع الحكومة في اليعقوبية. عانت الكنيستان الأرمنيتان من الضرر نتيجة الحرب. وكانت حديقة إحدى الكنيستان تضم عربات مدرعة تابعة لبعض وحدات الجيش التي كانت محتجزة في داخل القرية، وكان الجنود يستخدمون فناءها كمكب نفايات. بعد أن استولى المتمردون على المدينة، وقعت الكنائس الأرمينية ضحية للناهبين، الذين سرقوا كل شيء تقريبا منها، لكنهم تركوا النصوص الدينية وحدها. الكنيسة الكاثوليكية الوحيدة في القرية بقيت على حالها. وأفاد السكان الذين لم يفروا من القتال عن وجود علاقة ودية مع وحدات المتمردين التي تحتل المدينة. وبالرغم من هذه العلاقة، لم تلبث العلاقة بين الثوار السنة وما تبقى من مدنيين مسيحيين في المدينة أن انهارت على مدى الأشهر اللاحقة. حيث اتهم المتمردون المسيحيين بالولاء للحكومة وإيواء عناصر الجيش، إضافة إلى رغبة المترمدين السنة بالاستيلاء على ممتلكات المسيحيين.
بدءًا من العائلات الأكثر ثراءً، بدأ الثوار باستهداف واضطهاد مسيحيي اليعقوبية. في نوفمبر 2013 جرت مقابلة مع أحد مسيحيي القرية الذين فروا إلى تركيا في بلدة مديات، وقال إن اليعقوبية الآن فارغة تقريبًا من المسيحيين بعد قطع رؤوس 6 أشخاص وخطف 20. وأضاف أن مسؤولي القوات المسيطرة على المدينة لم يكونوا جهاديين قائلا: "النصرة لم تدخل إلى قريتنا؛ لقد جاؤوا من قرى قريبة وكانوا من الجيش السوري الحر."
في 2015، تعرضت كنيسة القديسة ريتا للأرمن الكاثوليك في "حي التلل" بمدينة حلب للقصف من قبل مسلحي جبهة النصرة.
بعيدًا عن الصراع بين المعارضة والحكومة وقوات سوريا الديمقراطية، تعرضت المجتمعات والبلدات والقرى الآشورية للاستهداف من قبل المتمردين الإسلاميين، وقد حمل الآشوريين السلاح ضد هؤلاء المتطرفين مثل تنظيم "داعش"، لكن معظم المنظمات العسكرية والسياسية الآشورية لا تقف بجانب الحكومة ويأخذ البعض موقف الحياد في الحرب. وتدعو هذه المنظمات جميع الأطراف المتنازعة للاعتراف بالعرقية الآشورية في سوريا. 
من بين هذه المنظمات، المنظمة الآثورية الديمقراطية والتي تعد عضوًا مؤسس في المجلس الوطني السوري المعارض وعضوًا في لجنته التنفيذية. ADO ومع ذلك لم تشارك المنظمات الآشورية إلا في المظاهرات السلمية بعيدًا عن "موجة من التطرف القومي والطائفي".
في 15 أغسطس 2012، اقتحم أعضاء في حزب الاتحاد السرياني السفارة السورية في ستوكهولم احتجاجًا على الحكومة السورية. وتم اعتقال العشرات منهم في وقت لاحق من قبل الشرطة السويدية. 
بحلول تشرين الأول 2012.
، تم تشكيل المجلس الوطني السرياني السوري وفي يناير 2013، تم تشكيل الجناح العسكري ( المجلس العسكري السرياني ) في الحسكة محافظة التي تحوي معظم المسيحيين الآشوريين في سوريا.
العديد من المسيحيين الآشوريين وجدوا ملجأً في منطقة طور عبدين في جنوب تركيا بعدما وصل القتال إلى شمال شرق سوريا بحلول ربيع عام 2013. كثير منهم فروا بعد أن تم استهداف منازلهم من قبل متمردين مسلحين.
بحلول يناير 2014، تحالف المجلس العسكري السرياني مع حزب الاتحاد الديمقراطي. 
وقد قُتل العديد من المقاتلين الآشوريين بعد قيامهم بإنشاء نقطة تفتيش في مدخل مدينة القامشلي خوفًا من داعش.
وفي يناير 2016 تظاهر الآشوريون في السويد ضد المجموعات الكردية المسلحة المتواجدة في سوريا وشارك بالمظاهرة أكثر من 200 شخص.
حصل الجدل حول دور تركيا في الحرب الأهلية السورية بسبب الطريقة والوسائل التي دمرت بها جبهة النصرة مدينة كسب ،حيث كان يُنظر إليها باعتبارها واحدة من أهم المدن ذات الغالبية الأرمنية في سوريا. قال سكان كسب لوكالات أنباء محلية أن الكنائس الأرمنية قد دُمّرت وأحرقت من قبل الجماعات الإسلامية، كما تم تدمير مركز "ميساكيان" الثقافي. وقد عادت 250 أسرة إلى كسب كانت قد قد لجأت إلى اللاذقية بعد يوم واحد فقط من استعادة الجيش السوري السيطرة على المدينة.
كما تعرض السكان الأمن إلى الاضطهاد وتدمير كنائسهم في بلدة اليعقوبية التي يسكنها مزيج كاثوليكي-أرمني.
في عام 2012 كانت هناك على الأقل أربع عمليات تفجير سيارات في منطقة جرمانا الموالية للحكومة وهي بلدة تقع بالقرب من دمشق تقطنها غالبية درزية-مسيحية. الحكومة السورية قالت إن هذه الهجمات الطائفية على الدروز والمسيحيين تمت من قبل المتمردين الاسلاميين. ادّعى نشطاء في المعارضة أن الحكومة نفسها هي من قامت بتنفيذ هذه الهجمات من أجل تأجيج التوترات الطائفية ودفع الدروز للمواجهة مع المعارضة.
عارض الدروز أكثر من غيرهم الانضمام إلى قوات الحكومة وميليشياتها وقد قامت الدولة بعمليات اعتقال عديدة لإجبارهم على ذلك، وكان هناك عدة حوادث لتحرير السجناء الدروز من سجون النظام
في أوائل عام 2015، تم رفض وفد درزي وطني من محافظة السويداء يسعى إلى الحصول على مساعدات من الحكومة بسبب زيادة هجمات داعش. وقد اشترطت السلطة انضمام الدروز إلى قوات النظام والميليشيات الموالية له. بعض الشبان الدروز رفضوا الانضمام إلى "حزب الله" يعد إرسال الحكومة وفدًا بقيادة حزب الله لإقناعهم، وقد خشي الكثير منهم ذلك خوفًا من أن يتم إرسالهم إلى محاربة أهل السنة.
شهدت محافظة إدلب مجزرة بحق الدروز على أيدي تنظيم جبهة النصرة التابعة ل"القاعدة" في حزيران 2015. وقد "اعتذرت " النصرة بعد الحادث. وقد أشار سياسيون إلى أنه لا توجد إشارة من الدروز بخصوص اعتذار النصرة، لأن النصرة أجبرت الدروز على التخلي عن دينهم قسرًا وأجبرتهم بالتحول إلى المذهب السنّي، كما دمرت أضرحتهم ومعابدهم. النصرة وداعش على حد سواء يقفون ضد الدروز، والفرق أن "جبهة النصرة" تبدو راضية عن تدمير الأضرحة 
الدرزية وتحويلهم إلى المذهب السني في حين أن "داعش" يريد إبادتهم بعنف مثل ما فعل مع اليزيديين. وقد استولت القوات التركمانية على الأراضي الدرزية في إدلب.
وفي حادث حصل في الجيش السوري
في سبتمبر 2017، أعلنت قيادة الجيش السوري تحرير مدينة دير الزور من تنظيم داعش الإرهابي، وبعد فترة وجيزة قُتل عصام زهر الدين قائد قوة عسكرية درزية وضابط في الحرس الجمهوري، بعد حصار دام 3 سنوات في المدينة، وأعلن التلفزيون الحكومي مقتله بسبب انفجار لغم أثناء تملية تمشيط المدينة، فيما ادعت "المعارضة" أن السلطات السورية هي من دبرت اغتياله لحصول خلاف بينه وبين قادة عسكريين سوريين، وتم تشييعه في جنازة رسمية حضرها كبار القادة العسكريين السوريين والقادة الدينيين الدروز.
ونتج عن ذلك انقسام وخلافات بين الدورز داعمي السلطة والدروز المعارضين.
قامت الميليشيات الكردية في مناطق سيطرتها بتغيير أسماء مدن وقرى عربية إلى أسماء كردية من اختراعها (مثل "سري كانيه" بدل رأس العين، "جيري سبي" بدل القحطانية، "قامشلو" بدل القامشلي)، أو أعادت استخدام أسماء آرامية قديمة ادعت أنها أسماء كردية (مثل ديريك بدل المالكية). كما قامت هذه الميليشيات بإغلاق مدارس تتبع منهاج وزارة التربية، وفرض "منهاج تعليم كردي" من صياغتها وأيضًا قامت بسوق آلاف الشبان إلى التجنيد الإجباري في ميليشياتها واعتقال آلاف المعارضين السياسيين.
كانت أبرز انتهاكات الميليشيات الكردية تتعلق بالقيام بتطهير عرقي في مناطق غير كردية استولت عليها. على سبيل المثال، نشرت منظمة العفو الدولية تقريرًا في تشرين الأول 2015 اتهمت فيه وحدات حماية الشعب الكردية بتهجير ممنهج لسكان قرى عربية وتركمانية وتدمير منازلهم في منطقة تل أبيض.
الفلسطينيون
العراقيون
رغم اختلافاتهم الدينية، فإن السريان والآشوريين والكلدان ينتمون إلى مجموعة عرقية واحدة، وتعرضت هذه المجموعة العرقية لانتهاكات بحقها خلال الحرب الأهلية.
يعد الأرمن السوريون جماعة عرقية-دينية تنتمي بشكل عام إلى باقي الطوائف المسيحية السورية، وقد انخفضت أعدادهم بشكل ملحوظ بعد الحرب وعاد كثيرون الى الوطن الأم أرمينيا.
واجه هذا المجتمع القديم في بلاد ما بين النهرين تقريبًا وحشية تطهير عرقي على يد تنظيم داعش في العراق.
منذ التدخل العسكري الروسي في الحرب الأهلية السورية، اتهمت تركيا روسيا بدعم عملية التطهير العرقي الطائفي التي تقوم بها الحكومة ضد الأقلية التركمانية في اللاذقية. زاد هذا القلق مع نزوح مئات من اللاجئين بسبب سيطرة النظام على بلدة ربيعة قرب كسب في كانون الثاني 2016، إضافة إلى حوالي 10،000 شخص يعيشون في "يامادي" وما حولها معرضين لخطر مزيد من النزوح.
وفقا للوثائق التاريخية يناضل الشركس في سوريا مثل الأقليات الصغيرة في سوريا ويفضلون أخذ موقف محايد من الحرب. تعرضت قراهم القريبة من مرتفعات الجولان لمناوشات بين قوات المعارضة والقوات الحكومية. يحاول العديد من الشركس العودة إلى أوطانهم في شمال القوقاز.. جرى تناول الانتهاكات بحق (الآشوريين/سريان/كلدان) ومواقفهم وأوضاعهم، في الأقسام الخاصة بالطوائف الدينية باعتباهم جزء من المسيحيين في سوريا، وقد تم توزيعهم حسب انتماءاتهم الكنسية والعقائدية.
. جرى تناول الانتهاكات بحق الأرمن وأوضاعهم ومواقفهم، في الأقسام الخاصة بالطوائف الدينية باعتبارهم جزء من المسيحيين في سوريا، وقد تم توزريعهم الى أرمن أرثوذكس وأرمن كاثوليك.
. تعود جذور هذه المادة إلى النص القرآني .