الجدل حول حكم مبارك
أعيد انتخابه رئيساً للجمهورية خلال استفتاء علي الرئاسة في أعوام 1987 و1993 و1999 و2005 لخمس فترات متتالية وطالب الكثيرين بتعديل الدستور ليسمح بتعدد المرشحين لرئاسة الجمهورية وان يصبح بالانتخاب المباشر عوضا عن الاستفتاء؛ وبذلك تكون فترة حكمه من أطول فترات الحكم في المنطقة العربية. في فبراير 2005 دعي حسني مبارك الي تعديل المادة 76 من الدستور المصري والتي تنظم كيفيه اختيار رئيس الجمهورية وتم التصويت بمجلس الشعب لصالح هذا التعديل الدستوري الذي جعل رئاسة الجمهورية بالانتخاب المباشر لأول مرة في مصر من قبل المواطنين وليس بالاستفتاء كما كان متبعا سابقا.
وجهت إليه انتقادات من قبل حركات معارضة سياسية في مصر مثل كفاية لتمسكه بالحكم خاصة قبل التجديد الأخير الذي شهد انتخابات بين عدد من المرشحين لأول مرة (أبرزهم أيمن نور ونعمان جمعة) وصفت من قبل الحكومة المصرية بالنزاهة ومن قبل بعض قوي المعارضة بالمسرحية الهزلية المقصود بها إرضاء بعض القوى الخارجية .
ومن الناحية الاقتصادية يعتقد البعض أن حسني مبارك لم يستطيع أن يحقق ما كان يعد به دائما من تحقيق الاستقرار الاقتصادي وحماية محدودي الدخل بل ظل الاقتصاد يعاني حتي الآن من مشاكل كبيرة وخاصة بعد تبنيه عمليات الخصخصة التي أثير حولها الكثير من الشكوك والمشاكل من حيث عدم جدوها وإهدارها للمال العام.. وأنها كانت في صالح المستثمرين وأصحاب روؤس الأموال فقط.. كما أنه لم يستطع تحقيق معدلات معقولة من نسبة البطالة للبلد ويرجع هذا السبب الي السبب الأولي بجانب تحكم عدد قليل من أصحاب روؤس الأموال في مقدورات البلد، بالرغم من هذا فان مصر احتلت مركزا متقدما في منطقة الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في جذب رؤوس الأموال الأجنبية للاستثمار المباشر في 2007..
شهد عصره تزايد الإضرابات العمالية وانتشار ظاهرة التعذيب في مراكز الشرطة، واستفحال ظاهرة العنف ضد المرأة.، وازداد عدد المعتقلين في السجون، إذ وصل عدد المعتقلين السياسيين إلى ما يقرب من ثمانية عشر ألف معتقل إداري ، وحسب تقدير ورد في كتاب من تأليف الصحفي عبد الحليم قنديل وصل عدد العاملين في أجهزة الأمن المصرية" 1.7 مليون ضابط وجندي ومخبر، وهو ما يعني أن هناك عسكريا لكل 37 مواطنا مصريا" حسب الكتاب.
وفي عصره تزايد عدد الفقراء حيث أشار تقرير نشر في فبراير 2008 أن "11 مليون مواطن يعيشون في 961 منطقة عشوائية"، وتفاقمت الأزمة الاقتصادية على إثر بعض السياسات الاقتصادية ،ويتحكم 2% من المصريين في 40% من جملة الدخل القومي وقد أتخذت الأزمة الاقتصادية في عهده منعطفاً خطيرا بعد عام 1998، إذ زاد معدلات التضخم بصورة ضخمة في هذا العام وتضاعفت الأسعار بسبب قرار اتخذه رئيس الوزراء وقتها عاطف عبيد بتحرير سعر الدولار.
ومنذ توليه الرئاسة ظل تطبيق قوانين الطوارئ ساريا إلى الآن.
في مايو 2007 عارض الرئيس مبارك بشدة مشروع مفترض لبناء جسر بري يربط مصر والسعودية عبر جزيرة تيران في خليج العقبة بين رأس حميد في تبوك شمال السعودية، ومنتجع شرم الشيخ المصري لتسيير حركة تنقل الحجاج ونقل البضائع بين البلدين ولكن الرئيس رفض حتي لا يؤثر علي المنتجعات السياحية في مدينة شرم الشيخ 
انخفضت نسبة دعم مبارك بشكل كبير مع وجود أخبار تشير أن ابنه علاء وابنه جمال كانا يُفضلا ويُحبّذا في المناقصات الحكومية والخصخصة. ومع تملك كلا ابنيه لحصص في عدد كبير من الشركات والمشاريع الصغيرة بشكل مباشر وغير مباشر، فإن فساد نظام مبارك جر سلسلة من قضايا الفساد في صفوف حكومته من الموظفين الحكوميين الصغار.
بينما كان في منصبه، والفساد السياسي في إدارة الرئيس مبارك وزارة الداخلية قد ارتفعت بشكل كبير، نتيجة لزيادة القوة على النظام المؤسسي الذي هو ضروري لضمان الرئاسة لفترات طويلة. مثل هذا الفساد الذي أدى إلى السجن المتكرر لعدد من الشخصيات السياسية والناشطين الشباب من دون محاكمة وقانونيه الاحتجاز غير الشرعية، السرية والغير موثقة أو معلن عنها، ورفض التوظيف في الجامعات والمساجد والصحف بناء على الميول السياسية للمتقدمين. على مستوى الأفراد، يمكن لكل موظف على حدة، وتنتهك خصوصية المواطنين في منطقته، وذلك باستخدام عمليات الاعتقال من دون شروط، عام التعذيب والتعسف في استعمال السلطة، وهذا يتوقف على مجرد القوة الغاشمة، بدلا من القانون، لفرض النظام في المنطقة الضابط المعين. وقد أدى ذلك إلى الاعتقاد الشائع بأن "شرطي هو أكثر خطورة من ألف مجرم". 
ارتفاع عدد القتلى إلى السلطة من رجال الأعمال نفوذا في الحزب الوطني في الحكومة الاتحادية ومجلس الشعب أدى إلى موجات ضخمة من الغضب خلال السنوات من حكومة الدكتور أحمد نظيف. نتيجة لذلك، والقوانين بشكل متكرر ويتم تمرير مشاريع القوانين، مع المحتكرين (مثل أحمد عز) تأثير العامل الشريك في المصالح الشخصية والمالية بدلا من الجمهور. منظمة الشفافية الدولية) هي منظمة دولية للتصدي للفساد، بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر، والفساد السياسي. في عام 2008، منظمة الشفافية الدولية مؤشر مدركات الفساد تقرير المقررة مصر برصيد مؤشر سعر المستهلك بنسبة 2.8، على أساس تصورات لدرجة الفساد من رجال الأعمال والمحللين في كل دولة، وامتناع 10 نظيف جدا ويجري حاليا 0 فاسد جدا. احتلت مصر المرتبة 115 من أصل 180 دولة مدرجة في التقرير.
حسب تصنيف مجلة باردي الأمريكية يعتبر مبارك الديكتاتور رقم 20 الأسوء على مستوى العالم لعام 2009 بينما حل في المركز السابع عشر في عام 2008 لنفس القائمة
ثورة 25 ينايرهي ثورة شعبية لإسقاط النظام الحاكم في مصر أو كما يقول البعض مؤامرة خارجية وان الثورة بدايتها تدخل أجنبي عززتها القوة الثورية للشعب وكان هناك عدة اشتباكات بما ادي الي سقوط قتلي وجرحي وقد ظهر فيها الرئيس المصري حسني مبارك بالتردد في قراراته والتأخير في إصدارها بما ادي الي زيادة الرفض الشعبي اتجاهه. 
قدم الرئيس المصري استقالته بعد أن قام المتظاهرون بحصار مبني التلفيزون ومجلس الشعب والشوري وقصر العروبة ومجمع التحرير وكان بيان الاستقالة عن طريق نائبه عمر سليمان فيه وقال "بسم الله الرحمن الرحيم. ايها المواطنون في ظل هذه الظروف العصيبة التي تمر بها البلاد قرر الرئيس محمد حسنى مبارك تخليه عن منصب رئيس الجمهورية وكلف المجلس الأعلى للقوات المسلحة بادارة شئون البلاد. والله الموفق والمستعان"