جزاء الفجوة
جزاء فجوة هي وسيلة لتحديد ما إذا كان يجب عدم قبول فجوة أو إدخال في محاذاة عندما يكون من الممكن تحقيق توازن جيد بين المتبقي إلى بقايا عند نقطة مجاورة أخرى في التسلسل يجب أن يكون من الأسهل على البروتين قبول بقايا مختلفة في موضع ما بدلا من جعل أجزاء من التسلسل تقطع.
التطبيقات:
محاذاة التسلسل الجيني -في المعلوماتية الحيوية، تستخدم الفجوات لحساب الطفرات الوراثية التي تحدث من عمليات الإدراج أو الحذف الحذف يمكن أن تحدث نتيجة لطفرات واحدة، تقاطع غير متوازن في الانقسام الاختزالي إن فكرة وجود فجوة في المحاذاة مهمة في العديد من التطبيقات البيولوجية ، حيث أن عمليات الإدراج أو الحذف تشتمل على تسلسل فرعي كامل وغالباً ما تحدث من حدث تحويلي وحيد علاوة على ذلك ، يمكن للأحداث الطفرية المفردة أن تخلق فجوات بأحجام مختلفة لذلك، عند تسجيل النقاط ، يجب تسجيل الفجوات ككل عند محاذاة تسلسلين من الحمض النووي وبالنظر إلى وجود ثغرات متعددة في تسلسل ما كالفجوة الواحدة الأكبر ، فإن ذلك سيقلل من تخصيص تكلفة عالية للطفرات  على سبيل المثال ، قد يكون متتابعين من البروتين متشابهين نسبيًا ، ومع ذلك ، قد يختلفان في فواصل معينة ، حيث قد يكون.
إن تمثيل هذه التتابعات الفرعية المختلفة حيث تسمح لنا الفجوات بمعالجة هذه الحالات على أنها "تطابقات جيدة" على الرغم من وجود عمليات تشغيل متتالية طويلة مع عمليات في التسلسل. لذلك ، فإن استخدام نموذج عقوبة فجوة جيد سيؤدي إلى تجنب انخفاض الدرجات في المواءمة وتحسين فرص العثور على محاذاة حقيقية في محاذاة التسلسل الجيني ، يتم تمثيل الفجوات كشرطات (-) على محاذاة تسلسل البروتين / DNA.     لبروتين واحد وحدة فرعية مختلفة مقارنةً بالآخر
·       - يمكن أن تساعد العقوبات الفجوة في العثور على الكلمات الصحيحة بشكل صحيح مع أقصر  للكلمة التي بها خطأ إملائي. يمكن :  التدقيق الإملائي  تشير الفجوات إلى حرف مفقود في الكلمة مكتوبة بطريقة غير صحيحة. .
·        الكشف عن الانتحال : تسمح العقوبات الفجوة الخوارزميات بالكشف عن مكان سرقة أجزاء من المستند بوضع الفجوات في الأقسام الأصلية ومطابقة ما هو الفجوة لوثيقة معينة كم من وثيقة معينة من المحتمل أن تكون أصلية أو مسروقة.
·       أنواع
ATTGACCTGA
AT --- CCTGA
الخطي :
بالمقارنة مع عقوبة الفجوة الثابتة ، تأخذ عقوبة الفجوة الخطية بعين الاعتبار طول لكل إدراج / حذف في الفجوة إذا كانت الطول الفجوة لكل عنصر مدرج / محذوف تكون نتاج وجود فجوات أقصر مع انخفاض إجمالي الدرجات في كل فجوة.
محدب
يتطلب استخدام عقوبة الفجوة الإلزامية تعيين قيم جزائية ثابتة لكل من فتح الفجوة وتوسيعها. يمكن أن يكون هذا صعبًا جدًا للاستخدام في سياق بيولوجي.
تأخذ الفجوة اللوغاريتمية الشكل كما أظهرت الدراسات توزيع أحجام طاعة قانون السلطة. وثمة قضية مقترحة أخرى مع استخدام الفجوات الصعبة هي المحاباة لمحاذاة التسلسلات ذات الفجوات الأقصر. لقد تم اختراع عقوبة الفجوة اللوغاريتمية لتعديل الفجوة بين الأضداد حتى تكون الفجوات الطويلة مرغوبة. ومع ذلك ، وعلى النقيض من ذلك ، فقد وجد أن استخدام النماذج اللوغاريتمية قد أنتج محاذاة ضعيفة عند مقارنته بالنماذج القاسية.
هناك بعض التحديات عندما يتعلق الأمر بالعمل مع الفجوات. عند التعامل مع الخوارزميات الشائعة ، يبدو أن هناك أساس نظري بسيط لشكل وظائف عقوبة الفجوة. ونتيجة لذلك ، يجب تحديد موضع الفجوة تجريبيا بالنسبة لأية حالة محاذاة. كذلك ، غالباً ما يتم تطبيق عقوبات فجوة المحاذاة الثنائية ، مثل عقوبة الفجوة الزائدة ، مستقلة عن أنواع الأحماض التأمينية في الجزء المدرج أو المحذوف أو عند النهايات المكسورة ، على الرغم من وجود أدلة على أن أنواع متبقية معينة مفضلة في مناطق الفجوة وأخيرًا ، فإن محاذاة التسلسلات تشير إلى محاذاة التراكيب المقابلة ، ولكن العلاقات بين السمات الهيكلية للفجوات في البروتينات والتتابعات المقابلة لها لا تُعرف إلا بشكل ناقص. بسبب هذا دمج المعلومات الهيكلية في عقوبات الفجوة يصعب القيام ب الخوارزميات معلومات هيكلية متوقعة أو فعلية للتحيز لوضع الثغرات. ومع ذلك ، فإن أقلية فقط من التتابعات لها بني معروفة ، ومعظم مشاكل المحاذاة تتضمن تسلسلات من بنية ثانوية وجامعية غير معروفة