표적 뉴클레오타이드 서열을 표적화하는 방법으로서, 세포 중에, (i) CRISPR 타입 I-D 관련 단백질 Cas5d, Cas6d 및 Cas7d, 또는 이들 단백질을 인코딩하는 핵산, 및 (ii) 상기 표적 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열 및 해당 서열의 전후에 CRISPR 유전자자리에서 유래하는 공통 반복 서열을 포함하는 가이드 RNA, 또는 해당 가이드 RNA를 인코딩하는 DNA를 도입하는 것을 포함하는 방법 등이 제공된다.