본 발명은 높은 변성율을 가지는 변성 공액 디엔 중합체를 용이하게 제조할 수 있는, 변성 공액 디엔 중합체 제조 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다. 본 발명의 변성 공액 디엔 중합체 제조 방법은 중합 촉매 조성물의 존재 하에서 공액 디엔 모노머를 중합 반응시켜 공액 디엔 중합체를 얻는 중합 반응 공정과 상기 중합 반응 공정 후에 반응계를 냉각하는 냉각 공정과 상기 냉각 공정 후에 상기 공액 디엔 중합체를 변성하는 변성 반응 공정를 포함한, 것을 특징으로 한다.