본 발명은 여주의 가지는 기능적 성분을 가능한 한 훼손하지 않고 여주 과일에서 여주의 분말을 제조하는 방법과 그 여주 분말을 제공한다. 여주의 종자를 포함한 과일을 분쇄해 슬러리화하는 공정과 상기 슬러리를 소분한 동결형에 예비 냉동하는 공정과 상기 냉동품을 수분3~5%로 저하하는 진공 동결 건조 처리를 실시하는 공정과 상기 공정에서 얻어진 건조 처리품을 분말 조정하는 공정로 구성되는 것을 특징으로 한다. 또한 건조 처리로서 진공 건조, 분무 건조를 적용하는 것을 특징으로 한다.