이중 스택 연료전지 시스템은 연료를 수취하고 제1아노드 배기를 배출하도록 적용된 제1아노드측과 제1캐소드측을 포함하는 제1연료전지 스택과, 상기 아노드 배기로부터 유도된 처리된 아노드 배기를 수취하고 제2아노드 배기를 배출하도록 적용된 제2아노드측과 옥시던트 가스를 수취하고 제1캐소드 배기를 배출하도록 적용된 제2캐소드측을 구비하는 제2연료전지 스택을 포함하며; 상기 제1캐소드측은 적어도 상기 제2캐소드측으로부터 배출된 상기 제1캐소드 배기를 수취하며, 상기 제1연료전지 스택은 간접 내부 리포밍을 포함하고, 상기 제2연료전지 스택은 간접 내부 리포밍을 포함하지 않는다.