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타카우지는 무사히 규슈(九州)로 달아나 이듬해에 규슈에서 체제를 정비하고, 훗날 북조가 되는 지묘인 왕통의 고곤 상황의 인센(院宣)를 얻어 다시 한 번 교토로 진격했다.
타카우지 등이 이끄는 아시카가군은 미나토가와 전투에서 닛타-구스노키 군을 상대로 승리를 거두었고, 마사시게는 죽고 요시사다는 교토로 도망쳐 왔다.
아시카가군이 교토로 들어오자, 천황은 그를 피해 히에이 산으로 도망쳐 저항했지만, 아시카가측의 화친 요청에 따라 삼종의 신기(三種の神器)를 아시카가측에게 건네주었고, 다카우지는 고곤 상황이 인세이를 행하는 형식으로 지묘인 왕통에서 고묘 천황(光明天皇)을 새로운 천황으로 옹립하였으며, 겐무 시키모쿠(建武式目)를 제정하고 교토에 새로이 바쿠후를 열었다(한편 《태평기》에 따르면 고다이고 천황은 히에이 산에서 내려올 때 선수를 쳐서 쓰네요시 친왕에 대한 양위를 행했었다). 한편 폐위된 고다이고 천황은 유폐되어 있던 가잔인(花山院)에서 도망쳐서, 타카우지에게 넘겨주었던 신기는 가짜라 주장하며, 천황은 요시노(吉野)에 따로 자신이 주재하는 조정을 세웠다.
이로써 교토의 조정(북조)과 요시노의 조정(남조)이 병립하는 남북조 시대(南北朝時代)가 시작된다.
고다이고 천황은, 다카요시 친왕이나 쓰네요시 친왕 등을 닛타 요시사다에게 받들게 하여 호쿠리쿠(北陸)로 보내고, 가네요시 친왕(懐良親王)은 정서장군(征西將軍)으로 삼아 규슈로, 무네요시 친왕(宗良親王)은 도고쿠, 노리요시 친왕(義良親王)은 붙여 오슈로 보내는 등, 자신의 아들들을 각지에 보내 북조측에 맞서려 했다. 하지만 열세를 뒤집지 못하고 끝내 병으로 쓰러져 엔겐(延元) 4년/랴쿠오(曆應) 2년(1339년) 8월 15일에 오슈로 가지 않고 요시노로 돌아와 있던 노리요시 친왕에게 양위한다.
그리고 다음 날, 요시노의 금륜왕사(金輪王寺)에서 붕어한다.
셋쓰 국의 스미요시 행궁(住吉行宮)에 있던 고무라카미 천황은 남조측의 스미요시 대사(住吉大社)의 궁사(宮司)인 쓰마모리 씨(津守氏) 집안이 맡고 있던 사찰인 장엄정토사(莊嚴淨土寺)에서 고다이고 천황의 대법요(大法要)를 실시했고, 또한 북조의 아시카가 다카우지도 고다이고 천황의 명복을 빌고자 교토에 덴류사(天竜寺)를 지었다.
고다이고 천황을 직접 보았던 적이 있을 것으로 여겨지는 『마스카가미』(増鏡)를 저술한 귀족은, 천황인 고다이고 자신의 용모에 대해서는 그렇게 직접적으로 언급하지 않는다. 『마스카가미』의 저자는 고다이고의 일화를 겐지 이야기 속의 히카루 겐지(光源氏)에 빗대어 서술하는 경향이 많은데(「秋のみ山」「久米のさら山」등) 이는 어느 쪽인가 하면 헤이안 왕조 문학(王朝文学)의 분위기를 보여주고 있는 것이라고도 한다.
혈족에 관해 말하자면 고다이고 천황의 장남인 다카요시 친왕은 「전과 같이 아름답다」(ふりがたくなまめかし)고, 유랑하는 신세가 되었음에도 그 용모가 쇠하지 않은 미남자였다고 언급되어 있다(「久米のさら山」). 둘째 아들인 요요시 친왕(世良親王) 또한 「단정하고 아름답다」(いときらきらし)라고 적고 있다(「春の別れ」). 다카요시와 요요시 및 친족 쓰네요시 친왕 세 사람은 함께 있는 경우가 많았는데, 세 사람이 고다이고 천황의 뒤를 따라 나란히 걸어가는 모습에 젊은 여관들은 홀린 듯 바라보았던 것이 아니었을까, 라고 『마스카가미』의 저자는 추측하고 있다(「春の別れ」).
고다이고 천황은 가족애가 깊은 사람으로 가족간의 교류를 늘 빠뜨리지 않았으며, 이것이 고다이고 천황에 대한 주위의 강한 경모를 불러일으켰다.
정비였던 중궁 ・ 사이온지 기시와는 소설적인 도피행에서 만난 사이로, 두 사람의 열애와 부부간의 화목함은 『마스카가미』 등에서 널리 알려져 있다.
고다이고 천황은 정비를 가장 소중하게 대하고 총애하였으며, 측실에 대해서도 소홀히 대하지 않는 인물이었다.
제1왕자 다카요시 친왕에게는 중무경(中務卿) 등 정계의 중직 경험을 쌓게 하고, 절회(節会)에도 출석시키는 등 자기 자신의 친왕 시대와 같은 커리어를 밟도록 하였다.
비록 낙선하였지만, 황태자 후보권에 추거하기도 하였다.
제2왕자 요요시 친왕은 고다이고 천황이 출어할 때에 모시고서 곁에 따르는 일이 많았다.
가레키(嘉暦) 3년(1328년) 10월 9일에는 관백 니조 미치히라(二条道平)에게 부탁하여 요요시 친왕이 의주(議奏)하였다는 중요한 공무를 행하는 것을 지지했으면 한다고 말했고, 그 날로 요요시 친왕이 공무를 큰 문제없이 해낸 것을 보며 고다이고 천황은 몹시 흐뭇해하였다고 한다(『道平公記』). 일본사 연구자인 나가이 유우코(中井裕子)는 「아들의 성장을 기뻐하는 아버지의 얼굴이 눈앞에 떠오르는 듯하다」(息子の成長を喜ぶ父親の顔が目に浮かぶようである)라고 평하고 있다.
자식들과의 관계에 대해서 특히 쟁점이 있는 것은, 제3왕자 모리요시 친왕과의 관계였다.
결과론적으로 보자면 모리요시 친왕은 겐무 정권으로부터 배척당한 가운데 젊은 나이에 나카센다이의 난이라는 혼란 속에 아시카가 다다요시의 부하에게 암살당하고 만다는 비극성으로 인해, 대부분 고다이고 천황이 그를 악인으로 그렸으며, 모리요시 친왕은 (한국의 해명태자나 호동왕자, 사도세자처럼) '공적도 재능도 뛰어난 인물이었음에도 아버지로부터 미움받은 비운의 자식이었다'고 보는 설도 있다(아라이 다카시게新井孝重의 저서 등). 하지만 사학자 가메다 도시카즈에 따르면 실제로 고다이고 천황과 모리요시 친왕, 부자의 사이의 애정이란 결코 약한 것이 아니었다.
애당초 모리요시 친왕은 세이이타이쇼군에 정식으로 보임되기 전부터 자신을 '쇼군'이라 참칭하였고, 윤지(綸旨, 천황의 명령문)와 모순되는 영지(令旨, 황족의 명령문)을 난발하였으며 무가의 지지를 얻고 있던 아시카가 다카우지와는 공연히 대립하고 또한 사병을 함부로 교토에 주류시키기도 하였다.
객관적으로 보면 아무리 그가 겐코의 난 1등 공신의 한 사람이라고 한들 당장 숙청당해도 할 말이 없는 행위였다.
가메다는 「모리요시가 1년 몇 개월만에 실각한 것은 고다이고가 모리요시를 싫어했기 때문」이라 해석하기보다도, 도리어 「모리요시가 1년 몇 개월씩이나 실각하지 않고 있었던 것은 고다이고가 모리요시에 대한 온정이 있었기 때문」이라고 해석하는 쪽이 보다 적당할 것이라고 하였다.
그렇다면 어째서 이와 같이 모리요시 친왕이 문제행동을 일으킨 것인가에 대해서 말하자면, 자신의 친족도 아니고 무사임에도 아버지로부터의 총애를 한 몸에 모으고 있는 다카우지를 보면서 다카우지에 대한 질투심이 일어난 것은 아니었을까, 라고 가메다는 추측하고 있다.
정비 기시와의 사이에서 태어난 딸 긴시 내친왕(懽子内親王)에 대해서는 겐토쿠(元徳) 3년(1331년) 8월 20일, 겐코의 난으로 막부에 포박되고부터 가사기 산 전투를 일으키기까지에 이르는 그 긴박한 시기에도 불구하고 딸을 위해 일부러 시간을 내서 이세 신궁(伊勢神宮)의 사이구(斎宮) 의식의 하나인 노노미야(野宮, ののみや) 입시의 수속을 행하고 있었다(『마스카가미』「久米のさら山」). 이 시기에 긴시가 노노미야 입시를 행한 것에 대해서, 이노우에 무네오(井上宗雄)에 따르면 거병하기 전에 딸의 중요한 의식을 완료해 두고 싶었던 것으로 보인다.
긴시는 북조에 의해 옹립된 고곤 상황(光厳上皇)의 비였음에도 불구하고 26세의 나이로 출가를 결정하였는데, 안자이 나오코(安西奈保子)의 추측에 따르면 시기적으로 아버지 고다이고 천황의 붕어를 애도하기 위한 것은 아니었을까, 라고 한다.
아버지 고우다 상황과는 사이가 나빴다는 설이 있다.
그러나 그 뒤, 소송 정책이나 종교 정책 등에서 고우다 천황으로부터의 강한 영향이 지적되고 거듭 문헌 탐구를 통해 심정적으로도 부자는 사이가 좋았다고 볼 수 있다는 것이 판명되었다.
오기마치산조 사네미(正親町三条実躬)의 일기인 『실궁경기』(実躬卿記)에는 도쿠지(徳治) 2년(1307년) 1월 7일의 백마절회(白馬節会)에서 같은 고쇼(御所)에 묵었던 것을 비롯하여, 이 무렵부터 부자는 함께 활동하는 경우가 많았고, 축국(蹴鞠)을 하기도 하였다는 기록 등이 남아 있다.
특히 부자의 애정을 보여주는 일화로, 고우다의 총희였던 유기몬인(遊義門院) 레이시 내친왕(姈子内親王)이 위독해졌을 때, 이와시미즈 하치만구(石清水八幡宮)로의 쾌유 기도의 대리 참배라는 대임을 다카하루 즉 고다이고 천황에게 맡겼다.
다카하루 친왕은 행차 도중에 유기몬인이 결국 붕어하였다는 소식을 듣고도 그럼에도 불구하고 아버지의 기대에 부응하고자 발길을 돌리지 않고 기어이 처음의 목적대로 이와시미즈 하치만구에 참배하였다고 한다.
고우다의 명으로 제왕학 도서인 『군서치요』(群書治要)를 배우기도 한 것을 보면, 고우다 역시 정치의 추요에 다카하루 즉 고다이고 천황을 두고 있었던 것은 아닐까 보기도 한다.
어머니 이쓰쓰지 주시(五辻忠子)에게는 천황이 되고 두 달 뒤에 뇨인(女院)으로써 「단텐몬인」(談天門院)이라는 칭호를 주었고, 자신의 출세를 지지해 준 어머니를 위로하였다.
할아버지 가메야마 상황으로부터는 어머니 주시가 후에 가메야마에게 의지한 적도 있는 등 가메야마 상황이 붕어할 때까지 비호를 받고 있었다.
가장 만년의 가메야마는 쓰네요시 친왕이 태어나고 그에게로 총애가 옮겨갔어도 가메야마는 고다이고를 걱정하여 주시와 고다이고 천황의 저택이나 장원 등의 소유 영지를 남겨주고 있었다.
친여동생인 조시 내친왕(奨子内親王, 다치몬인達智門院)과는 20세 전후 무렵부터 『마스카가미』「さしぐし」에서 와카를 주고 받는 모습이 그려져 있는 등, 사이가 좋은 남매로써 당시에도 알려져 있었다.
고다이고 천황이 즉위한 뒤에도 천황의 처가 아니었지만 황후로 책립되어 황후에 준하는 대우를 받았다.
그 뒤에도 종종 와카를 주고 받은 것이 『속천재화가집』(続千載和歌集), 『신천재화가집』(新千載和歌集) 등에 실리기도 하였다.『신엽화가집』(新葉和歌集)에서는 고다이고 천황을 추도하는 와카가 2수 수록되기도 하였다.
가족으로 유일하게 다이카쿠지 왕통의 정통 적자이자 조카인 구니요시 친왕 및 그 계통과는 사이가 나빴다.
나가이의 추측에 따르면 천황으로써 차근차근 실적을 쌓아가는 고다이고에게 구니요시 측이 초조해하지 않았을까,라고 추측하였다.
또한 고다이고 천황의 유부(乳父)인 요시다 사다후사(吉田定房)와 구니요시파의 나카미카도 쓰네쓰구(中御門経継)는 견원지간이었기 때문에(『花園天皇宸記』 元応 원년(1319년) 10월 28일조) 조정 신료끼리의 대립이 더욱 그러한 싸움을 부추겼던 것이 아닐까, 라고도 지적하였다.
『마스카가미』의 저자는 쓰네요시 친왕(고다이고 천황의 할아버지인 가메야마 상황이 가장 만년일 때 태어난 아들)도 고다이고 천황과의 교류가 깊었고, 특히 고다이고 천황의 아들인 다카요시 ・ 요요시와 함께 있는 일이 많았다고 묘사하고 있다(「春の別れ」). 실제, 쓰네요시파로부터 요요시를 거쳐 고다이고파로 노선을 갈아탄 정신(廷臣)들도 많았으며, 기타바타케 지카후사도 그 대표적인 사례였다.
혈연뿐만 아니라 처의 가족에게도 교류가 있었다.
중궁 기시의 아버지 사이온지 사네카네(西園寺実兼)나 그 친형인 이마데가와 가네히데(今出川兼季)로부터 비파를 배웠고, 그 명수였다.
또한 측실인 니조 이시(二条為子)의 친정인 니조파에게 배워서 그 대표적인 가인이기도 하였다.
공무 시간과 소송 제도에 대한 관심.
『태평기』유포본 권1「관소 정지」(関所停止の事)에서는 즉위 직후 ・ 겐코의 난 전의 일화로써 아래의 호소가 자신의 귀에 들어오지 않으면 문제라며 기록소(記録所, 즉위한 직후 당시에는 분쟁 처리 기관)에 임석하여 백성의 진정에 귀를 기울이면서 소송문제의 해결에 활동하였다는 묘사가 있다.
그러나 20세기에 들어서는 이를 뒷받침할 사료가 거의 발견되지 않아, 이는 단지 이야기일 뿐으로 고다이고 천황의 진짜 흥미는 막부 타도 활동을 위한 책모에 있었고 실제로는 소송 제도에는 전혀 관심을 갖고 있지 않았다고 생각되고 있었다.
그 뒤 2007년에 구노 노부요시(久野修義)에 의해 『각영소송상락일기』(覚英訴訟上洛日記)가 소개되면서, 고다이고 천황이 재판에 임석해 있었던 것이 사실로 판명되었다.
이에 따르면 기록소의 개정은 오전 10시 무렵이었고, 하루 몇 건의 구두 변론에 고다이고 천황이 임석하여 그날 내로 윤지의 형태로 판결문을 당사자에게 발행하였고, 모든 공무를 끝내는 날이 저물고 그 날짜가 바뀔 무렵이라는 초인적인 스케줄이었다고 한다.
그 밖의 연구로는 소송의 처리뿐만 아니라 제도 개혁에 대해서도 고다이고 천황의 독단 전횡이 아니라 아버지 고우다인(後宇多院) 등 다이카쿠지 왕통이 행해왔던 소송 제도 개혁을 계승 ・ 발전시키고 있는 것이 지적되어 고다이고 천황은 소송 문제에 관해 실행력 ・ 지식과 함께 일정한 역량도 가지고 있었던 것이 알려지고 있다.
측근인 기타바타케 지카후사의 증언(『신황정통기』)에 따르면 고다이고 천황은 당시의 구게 사회의 일원으로써는 특이하다고 평가될 정도로까지 무사들을 좋아했고, 나아가서는 무사들을 후하게 대우하는 정책을 펼치고 있었기 때문에, 구게들로부터 비판을 받기도 했을 정도였다.
우선 가마쿠라 막부의 고케닌 신분을 철폐했다.
이는 첫째로는 당시 고케닌 제도가 사회의 실태에 맞지 않았던 것이 거론되고 있는데 또 한 가지 이유는 고케닌은 천황의 입장에서 보자면 배신(陪臣, 가신의 가신)에 해당하는 것으로 이를 폐지하여 모든 무사들을 천황의 직신(直臣)으로 「승격」시키는 것으로 무사 전체의 지위 향상을 노리고 있었다(『結城錦一氏所蔵結城家文書』에 수록되어 있는 「後醍醐天皇事書」).
또한 은상으로써 관위를 준다는 제도를 재흥시켜 수많은 무사들을 조정의 고관으로 끌어들였다.
공경(公卿) 지카후사로부터는 엄혹한 비판을 받았지만, 후에 가서는 지카후사 자신이 이 제도를 이용하여 남조 운영을 크게 성공시키기도 하였다.(→기타바타케 지카후사의 평가 항목 참조).
고다이고 천황이 좋아한 것은 행정적으로 실무 수완이 뛰어난 관료형 무사였고, 기록소 ・ 은상방 ・ 잡소결단소라는 신정권의 중요기관에(특히 잡소결단소에) 가마쿠라 이래의 실무 관료 무가 씨족들이 대거 등용되었다.
가마쿠라 막부의 본거지였던 가마쿠라로부터의 채용보다는 가마쿠라 막부의 옛 교토 주재 통치기관이었던 로쿠하라 단다이(六波羅探題)로부터의 채용이 많았고, 이는 가마쿠라에서는 호조 씨와 연결이 있는 씨족들로부터의 연고 채용이 많았던 것에 비해 로쿠하라 단다이에는 순수하게 관료적 능력에 의해 승진한 실력파들이 모여 있었기 때문은 아니었을까, 라고 해석되기도 한다.
또한 모리 유키오(森幸夫)에 따르면 일반적으로는 무장으로써의 인상이 강한 구스노키 마사시게나 나와 나가토시이지만 이들 두 사람은 특히 겐무 정권의 최고 정무 기관이었던 기록소 기인(記録所寄人)에 대대적으로 발탁되어 있었기 때문에, 실무 관료로써도 상응하는 수완을 가지고 있었던 것이 아니냐, 라는 해석도 있다.
고다이고 천황에게 발탁되어 지방으로부터 교토로 모여든 무가 관료들은 교토라는 정치 ・ 문화의 중추에 몸을 두는 것으로, 능력이나 지위를 향상시켰다.
예를 들면 스와 엔추(諏訪円忠)는 가마쿠라 막부에서는 일개 부교닌(奉行人)에 지나지 않았으나, 겐무 정권에서 잡소결단소 직원을 경험하여 능력과 인맥을 갈고 닦은 가운데, 무로마치 막부에서는 최고 정무기관인 효조슈(評定衆)의 한 사람이 되기까지 하였다.
그 가운데서도 저명한 인물은 훗날 무로마치 막부의 초대 집사가 되는 아시카가 집안의 집사 고 모로나오(高師直)로, 가메다 도시카즈에 따르면 지방의 힘 있는 집안의 일개 가재(家宰)에 지나지 않았던 모로나오가 정치가로써도 무장으로써도 전국적인 수준으로 일류가 될 수 있었던 데에는 겐무 정권 하에서 구스노키 마사시게 등 우수한 인재와의 교류가 있었기 때문은 아니었을까, 라고 하였다.
고 모로나오는 훗날 고다이고 천황의 정책 대부분을 개량을 거쳐서 무로마치 막부에까지 도입하였다.
또한 (겐무의 난이 발생할 때까지는) 아시카가 타카우지를 매우 총애하였다.
타카우지라는 이름은 처음에는 「다카우지」(高氏)로 표기되었는데, 이는 가마쿠라 막부의 싯켄 호조 다카토키(北条高時)의 이름자 한 자를 받은 것이었다.
겐코(元弘) 3년/쇼쿄(正慶) 2년(1333년）8월 5일에 고다이고 천황으로부터 천황의 본명 「타카하루」(尊治)의 이름자 한 자 「타카」(尊)를 하사받아 이후 아시카가 타카우지(足利尊氏)라는 이름을 받기도 하였다.
겐코의 난 이후의 군공 인정은 타카우지와 모리요시 친왕(고다이고 천황의 친아들)이 맡았는데, 모리요시 친왕이 독자적인 권한으로 인정된 것에 비해 타카우지는 고다이고 천황의 충실한 대행자로써 모리요시 친왕 이상의 근면함으로 군공을 인정받았고 고다이고 천황은 타카우지에게 30개 소의 토지 그리고 진주후쇼군 ・ 사효에노카미(左兵衛督) ・ 무사시노카미(武蔵守) ・ 산기(参議) 등 중요 관직을 아낌없이 주었으며 나아가 진주후쇼군으로써 겐무 정권의 전군 지휘권을 위임받고 정치의 중추에 편입되었다.
진주후쇼군은 장식뿐인 지위가 아니라 다카우지가 규슈에서의 호조 씨 잔당 토벌 등의 때에 실제로 이들의 권한을 행사하였다.
동생 다다요시 또한 15개 소의 토지 그리고 가마쿠라 쇼군후(鎌倉将軍府)의 싯켄(실질적인 간토의 지도자) 등에 임명되었다.
한편 『매송론』(梅松論)에 기록되어 있는, 구게들이 「無高氏（尊氏なし）」라고 소문을 퍼뜨렸다는 사건은 이전에는 다카우지가 정치 중추로부터 배제된 것이라고 해석되고 있었는데, 요시하라 히로미치(吉原弘道)는 신연구의 성과에 힘입어, 다카우지가 받았던 이례적인 후대를 구게들이 질투하고자 묘사한 것은 아니었을까, 라고 해석하고 있다.
고다이고 천황은 이미 무너뜨린 가마쿠라 막부의 도쿠소(得宗) 호조 다카토키에 대해서는 그 명복을 빌며 겐무 2년(1335년) 3월 무렵 그의 복심인 다카우지에게 명하여 가마쿠라의 다카토키의 옛 저택에 호케이지(宝戒寺)를 세울 것을 계획하였다.
그 후 전란으로 호케이지 건립은 일시 중단되었지만, 간노의 소란(観応の擾乱, 1350–1352)을 제압하고 막부의 실권을 쥐게 된 다카우지는 엔칸(円観)의 명의상의 개산(開山, 2세 유현惟賢을 실질적인 개산으로 한다)으로 해서 쇼헤이(正平) 8년/분나(文和) 2년(1353년 봄 무렵부터 재개하여, 이듬해 무렵에는 완성시키고 고다이고 천황의 유지를 완수하였다.
또한 다카토키의 어린 아들 호조 도키유키(北条時行)는 나카센다이의 난에서 일시 고다이고 천황에게 반기를 들기는 했지만 훗날 남북조 내란이 시작되자 다카우지가 아닌 고다이고 편에 서기를 바랐고, 고다이고 천황도 이를 허락하여 유력 무장으로 중용되었다.
그렇다고 해서 고다이고 천황에 끝까지 대립을 지속한 무가 씨족에 대해서까지 겐무 정권이 신임을 보낸 것은 아니었다.
예를 들어 셋쓰 씨(摂津氏) ・ 마쓰다 씨(松田氏) ・ 사이토 씨(斎藤氏) 등은 가마쿠라 막부 ・ 로쿠하라 단다이에 대대로 실무 관료를 맡아왔던 씨족으로 능력으로써는 고다이고 천황이 선호할 만한 부류였을 텐데도 호조 씨에 마지막까지 충성을 바쳤으므로 몇 사람의 예외를 제외하고는 겐무 정권 아래서 거의 등용되지 않았다.
겐무의 난 발생 이후에는 이전에는 총애하고 후대했던 타카우지를 「흉도」(凶徒)라고 부르는 등 대결 노선을 명확히 하였다(『阿蘇文書』（『南北朝遺文 九州編一』514号）). 그런 한편으로 기타바타케 지카후사나 지카후사를 신임한 고무라카미 천황이 다카우지가 앞서 고다이고 천황으로부터 이름자 한 자를 하사받았던 사실까지도 다카우지(尊氏)가 아닌 「다카우지」(高氏)라고 부른 것과는 달리 고다이고 천황은 끝까지 그를 「다카우지」(尊氏)라고 부르고 그렇게 표기하였다.
이에 대해 모리 시게아키는 「고다이고의 최소한의 배려였는지도 모른다」고 하였고, 오카노 도모히코(岡野友彦) 또한 다카우지를 철저하게 싫어한 지카후사와는 온도차가 있었고 겐무의 난 발생 후에도 고다이고는 지카후사 정도로까지 다카우지를 적대시하고 있지는 않았던 것 아닐까, 라고 하였다.
가마쿠라 시대 후기, 덕정(徳政)이라는 사상이 보급되고 악한 정치는 천변지이로도 이어진다고 여겨졌다.
이를 천인상관설(天人相関説)이라고 한다.
위정자들에게는 선정(善政)이 요구되었고, 그렇게 함으로써 천재지변을 막는다는 것이었다.
덕정 가운데서도 중대한 사항이 바로 소송 제도 개혁이었는데 그 다음으로 중요하게 여겨진 것이 조의(朝儀) 즉 고대로부터 내려오는 일본 조정의 주요 의례, 의식들을 부흥시키는 것이었다.
조정 의례를 부흥시키는 것 또한 소송 제도 개혁과 마찬가지로 중요한 과제로 여겨지고 있었다.
고다이고 천황은 특히 10세기 다이고(醍醐) ・ 무라카미(村上) 두 천황이 셋칸이나 인세이 같은 특수한 정치적 구조 없이 친정을 행했던 엔기 ・ 덴랴쿠의 치(延喜・天暦の治)를 부흥시키고자 했고, 그 시대를 덕정 ・ 조정 의례의 이상적 모습으로 삼았다.
조정 의식의 부흥자로써 고다이고 천황은 가마쿠라 시대 말기의 세상 사람들로부터 그의 치세를 「성대」(聖代)라 추앙받았으며(『後伏見天皇事書』) 남북조 시대에는 북조의 준삼궁(准三宮) 니조 요시모토(二条良基) 역시 그에게 경의를 표하였다.
고다이고 천황은 특히 조정 의식의 연구 방면에 있어서도 유직고실(有職故実)에 정통하였으며 그 자신이 직접 『겐무 연중행사』(建武年中行事)라는 의례 서적을 짓기도 하는 등 조정의 건위를 고양시키고자 하였다.
이 서적은 행사의 기원 등의 일화를 생략하고 언제 어떻게 실행할 것인가 하는 차례가 기록된 실용 서적이었고, 사카이 노부히코(酒井信彦)는 겐무 신정 하에서의 의례 집행에 대한 안내서로써 실천 목적으로 편찬되었던 것이 아닐까 추측하고 있다.
『겐무 연중행사』는 궁중에서 높은 평가를 받았다.
무로마치 시대 고하나조노 천황(後花園天皇, 재위 1428년 - 1464년)은 이를 필사하여 주석을 달고, 폐지되어 있던 행사들을 이 책을 모방하여 부흥시키도록 아들 고쓰치미카도 천황(後土御門天皇, 재위 1464년 - 1500년)에게 추천하기도 하였다.
훗날 본인이 직접 『고미즈노오인 연중행사』(後水尾院年中行事)를 저술했던 에도 시대의 고미즈노오 천황(後水尾天皇, 재위 1611년 - 1629년) 역시 이 책을 준토쿠 천황(順徳天皇)의 『금비초』(禁秘抄)와 나란히 중시하였으며, 후세에 남을 보감(寶鑑)이라 칭찬하기도 하였다.
또한 고다이고 천황은 겐무 신정 아래서 대내리(大内裏) 조영을 계획하였는데, 일본의 사학자 가이 겐요(甲斐玄洋)는 이는 단순한 권력 과시뿐만 아니라 「성대(聖代)의 정무의 장(場)」(聖代の政務の場)을 부흥시키는 것으로 덕정을 목표로 한 것은 아니었을까 주장하고 있다. 하지만 그런 반면 대내리 조영 계획은 세금 부담으로도 연결되는 것이었다.
구교 ・ 진주후다이쇼군(鎮守府大将軍)이었던 기타바타케 아키이에(北畠顕家, 기타바타케 지카후사의 장남)는 엔겐 3년/랴쿠오 원년(1338년)에 올린 유명한 『기타바타케 아키이에 상주문』(北畠顕家上奏文)에서 무거운 세금에 대해 간언하였는데, 이는 일반적으로 대내리 조영에 대한 비판도 포함하고 있는 것으로 여겨지고 있다.
가메다 도시카즈는 조영 계획 자체는 잘못되었다고 생각하지는 않지만 겐코의 난을 거친 뒤의 피폐상을 미처 다 회복하지도 못한 시기에 행했다는 점에서는 문제가 있다고 지적했다.
고다이고 천황은 겐무 신정 후기에는 천황 자신의 명령문인 윤지 대신 태정관(太政官, 일본 율렁제의 최고기관)의 정식 공문서인 태정관부(太政官符)를 많이 발급하였다.
1960년대의 사토 신이치(佐藤進一) 등의 설에서는 고다이고 천황은 「윤지 만능주의」를 선호한 독재 군주였는데 암우한 정책으로 윤지의 권위가 실추하고 그에 따라 독재 체제를 형식상 제한하는 태정관부를 발급할 수 밖에 없었던 것이리라고 제창하였으며 고다이고 천황의 「패배」라고 부정적인 면을 포착하고 있었다.
그러나 2007년 가이 겐료는 가마쿠라 시대의 덕정과 구게 법(公家法)에 관한 20세기 말부터의 연구 진전을 딛고, 대내리 조영이 시기가 연동되어 있는 것까지 감안할 때 태정관부 발급은 오히려 조정 의식의 부흥의 일환으로 보아야 마땅할 것이라고 지적하고, 사토의 설과는 반대로 구게 덕정(公家徳政)을 뜻하고 있던 고다이고 천황의 정치 구상과도 연관되어 있다고 주장하였다.
고다이고 천황은 양통질립 시기(1242년 - 1392년)에 있어서도 특히 선종을 비호한 천황이었다.
고사가 천황에서 고가메야마 천황에 이르는 치세까지 불교 승려에 대한 국사(国師) 칭호 수여는 모두 25회 행해졌으며, 그 가운데 20회가 임제종 선종 승려에 대한 것이었는데, 고다이고 천황은 총 12회의 국사(国師) 칭호를 수여를 행하였고 이 가운데 10회가 임제종에 대한 것으로 단독으로 이 시기의 모든 천황의 선종 흥성 사업의 반수를 점한다.
중세 일본에서 천태종(天台宗)이나 진언종(真言宗)이라는 구세대 불교는 학문 편중 경향이 있었고, 그것도 고귀한 집안에서 태어난 승려만이 요직에 취임하는 것이 가능하였다.
선종이나 율종(律宗)의 승려는 이와는 다른 길을 제창하고 계율을 중시하였기 때문에 신분으로써는 낮았지만 무가나 대중들로부터 높은 인기를 모으고 있었다.
고다이고 천황이 속한 다이카쿠지 왕통 또한 선종에 주목하였는데 가메야마 상황(고다이고 천황의 할아버지)은 교토 난젠지(南禅寺)를 열었고, 고우다 상황(고다이고 천황의 아버지)은 가마쿠라 막부로부터 허가를 받아 난젠지에 가마쿠라 5산(鎌倉五山)에 준하는 사격(寺格)을 인정받았다.
고다이고 천황의 선종 흥성 사업은 그 아버지나 할아버지의 연장인 것이다.
다음은 고다이고 천황이 임제종에 대해 임명한 국사(国師)이다.
이 다음, 고산 문학(五山文学)의 기수로 유학자 ・ 수학자로써도 알려진 승려 쥬간 엔게쓰(中巌円月)를 불러들여 『상건무천자표』(上建武天子表), 『원민』(原民), 『원승』(原僧)이라는 정치론을 헌정받았다.
겐토쿠(元徳) 2년(1330년)、원(元)로부터 내방한 승려 민키 소슌(明極楚俊)이 가마쿠라로 가는 길에 민키를 불러서 고쇼에 참내하도록 하였는데, 당시의 천황이 외국인과 직접 대면하는 것은 이례적인 사건이었다.
민키 외에 원의 임제종 승려로써는 세이세쓰 쇼쵸(清拙正澄)도 중용되었다.
고다이고 천황의 아들로써도 알려져 있는 무몬 겐센(無文元選)은 임제종의 고승으로써도 대성하였고, 도토미 국(遠江国) 호코지(方広寺)의 개산조(開山祖)가 되어 「성감국사」(聖鑑国師), 「원명대사」(円明大師)라는 시호를 추증받았다.
사학자 가와세 가즈마(川瀬一馬)는 무소 소세키(夢窓疎石)가 난젠지 주지를 고사하였을 때 고다이고 천황이 「불법의 융성하고 그렇지 못하고는 사람을 얻느냐 못 얻느냐에 달려 있다」라는 열의를 가지고 무소 소세키를 설득하였다는 고사를 들고 선종이 가마쿠라 시대에도 멸망하지 않고 그 뒤로도 이어지게 된 것은 이 시기 고다이고 천황의 인선 덕분이었다고, 높이 평가받고 있다.
또한 이후의 무가 사상이나 무가 문화가 선종에 뿌리를 두게 된 것을 생각하면, 이들 분야에 있어서 고다이고 천황의 영향도 적지 않다, 고 하고 있다.
사학자 오쓰카 노리히로(大塚紀弘)는 선종 흥행은 대중으로부터의 지지를 모으기 위한 정치적인 의도도 커서, 선종에 대한 어느 정도의 귀의는 했다고 해도 기본 노선으로써는 밀교(密教) 쪽을 중심으로 하고 있었던 것은 아닐까 하였다.
우치다 게이이치(内田啓一)에 따르면 구카이(空海)를 정점으로 하는 커다란 삼각형을 이루고 있던 진언밀교에 대해 고다이고 천황의 시점에서는 임제종 선은 「작은 삼각형」의 결집체로 보였으며 그 각 삼각형의 정점에 국사의 칭호를 주는 것으로 선종계의 장악을 도모하였던 것은 아닐까 해석하였다.
호타테 미치히사(保立道久)는 종교계의 융성이나 대중의 인기를 모으고 있던 것으로 고다이고 천황은 어쩌면 국가 통치의 상징이라는, 보다 큰 틀에서 선종을 파악하고 있던 것은 아닐까 해석하였고, 일본사에 결정적인 영향을 주었다고 높은 평가를 내렸다(선종국가 사상 항목 참조).
2018년, 일본사 연구자인 호타테 미치히사(保立道久)가 제창한 설에 따르면 고다이고 천황의 선종 정책으로부터 그가 융화 노선을 지향하는 정치가였음을 알 수 있으며, 왕통이 분열되어 양통질립 을 우호적으로 해소하기 위한 수단으로써 선종을 활용하고자 했던 흔적을 볼 수 있다고 하였다.
또한 그 선종 정책은 역사적 의의로써도 가마쿠라 시대 → 겐무 정권 → 무로마치 시대 → 에도 막부(江戸幕府)라는 일본사의 연속성을 찾아볼 수 있으며, 공무(公武)를 초월한 국가 통치의 틀로써 고다이고 천황이 구체적으로 선종을 제시하였기에 그 뒤 메이지 유신에 이르기까지 500년 이상 이어져온 일본의 이른바 '무가 선종 국가'(武家禪宗国家) 체제가 성립될 수 있었던 것이 아닐까, 주장하였다.
원래부터 선종은 어느 쪽이었느냐 하면 고다이고 천황 등 다이가쿠지 혈통이 지지하는 신흥 종교였는데, 지묘인 왕통이라고 해도 예외적으로 가잔 천황(花園天皇)은 선종에 깊이 귀의하여 특히 다이토쿠지(大徳寺)의 슈호 묘쵸(宗峰妙超)를 숭경하였다.
고다이고 천황측도 가잔 천황의 자세에 호의를 품었고 가잔 천황을 따라 다이토쿠지와 슈호 묘쵸를 독실히 공경하였으며 두 천황 모두 다이토쿠지를 기원소(祈願所)로 선정한다.
그 뒤, 고다이고 천황은 가마쿠라 막부를 타도하고 교토로 돌아와서 겐무 신정을 개시한 바로 다음날인 겐코 3년/쇼쿄 2년(1333년) 6월 7일이라는 상당히 단기적인 단계에서 다이토쿠지에 「다이토쿠지 영지의 일은 관령함에 서로 다른 것이 있어서는 안 될 것이다」(大徳寺領事、管領不可有相違者)라는 윤지를 내린다(『大日本古文書 大徳寺文書』67、中御門宣明奉). 이후로도 종종 다이토쿠지는 소유 영지 기진 등을 으레 받았으며, 그 극진함은 진언율종(真言律宗)의 본거지 사이다이지(西大寺)와 나란히 설 정도였다고 한다.
이듬해 1월 26일에 고다이고 천황은 난젠지(南禅寺)를 교토 고산(京都五山)의 제일로 정하고, 이틀 뒤인 28일에 다시금 다이토쿠지를 난젠지와 나란히 그 사격(寺格)을 정하고 「남종 단전의 정량」(南宗単伝の浄場なり)이라 칭하였다(『大日本古文書 大徳寺文書』15). 남종 운운한 것은 곧 다이토쿠지가 국가 사원이라 선언한 것으로 해석할 수 있다.
또한 다이토쿠지에 대한 사찰 소유 영지 안도 시기(6월 7일)를 보면, 그것은 실은 지묘인 왕통으로의 왕가 소유 영지 안도의 시기와 같은 날이다.
따라서 호타테에 따르면 이 두 가지는 연동되는 정책이었던 것은 아닐까 해석되고 있다.
특히 주목할 만한 것은 일찍이 가잔 상황이 다이토쿠지의 슈호 묘쵸에게 기진하고 있던 무로마치인(室町院) 소유 영지 「도모노 장(伴野床) ・ 가쓰니시 미하야(葛西御厨)」의 안도에 대해서는 가잔 천황으로부터의 다이토쿠지로의 기진을 고후시미 상황(後伏見上皇)에게 확인시킨다, 라는 번접한 수속을 밟아서 행한 것이었다(『鎌倉遺文』32242・『大日本古文書 大徳寺文書』30). 이 조치에 의해 다이토쿠지가 다시금 다이가쿠지 왕통과 지묘인 왕통 양측으로부터 숭경을 받는 형식이 되는 것이다.
무로마치인 소유의 영지는 원래부터 다이카쿠지 왕통 ・ 지묘인 왕통이라는 천황가 내부의 분쟁의 불씨가 되고 있던 장원들이었으므로 이들이 다이토쿠지라는 종교적 ・ 중립적인 조직에 붙여진 것에 대한 의미는 크다.
。즉 고다이고 천황은 지묘인 왕통과의 융화 노선을 목표로 공가일통(公家一統)의 상징으로써 다이토쿠지를 전면에 세우고 있었던 것은 아닐까, 라고 하였다.
그것도 고다이고 천황은 「본조에 비길 데 없는 선종의 원림」, 「5산의 으뜸」이라는 그저 그럴싸한 명목으로 다이토쿠지를 장식하였던 것뿐만 아니라, 실제의 사찰 조영이나 사찰 부지 확보에 있어서도 다른 불교 종파와의 분쟁을 야기하지 않도록 세심하게 부심한 흔적이 엿보이는데 예를 들면 고다이고 천황이 겐무 신정 시기에 다이토쿠지에 제공한 사찰 권역은 천태종(天台宗) 사찰인 엔류인(円融院) ・ 가지이몬제키(梶井門跡) 수준에 달하는 것이었다.
여기서 당시의 가지이 몬제키를 관령하고 있던 것은 고다이고 천황의 아들로 천태좌주(天台座主)였던 소초 법친왕(尊澄法親王), 훗날 (모리요시 친왕이 그토록 바랐던 지위인) 세이이타이쇼군으로 임명되는 무네요시 친왕(宗良親王)이었다.
소초 법친왕(무네요시 친왕)은 겐코의 난 이전, 자신과 관련이 있는 선지사(善持寺)라는 사원의 토지가 개당된지 얼마되지 않은 다이토쿠지로 유입되어 버린 것에 대한 건을 흔쾌히 승낙하기도 하는 등(『大日本古文書 大徳寺文書』1-168)、천태종 사찰인 엔랴쿠지(延暦寺) 최고의 지위에 있었던 승려이면서 선종에도 이해가 있는 인물이었다.
이와 같이 수도 교토에 새로이 대규모의 선종 사원을 짓고 확대시킴으로써 자신의 인맥에 의해 가장 강한 장애물로 여겨지고 있던 불교계의 구세력 천태종과의 알력을 일으키지 않으려는 의도가 있었다.
이후 고다이고의 융화적인 자세는 겐무 정권 시기 내내 일관된 것이었다고 보이며, 겐무 원년(1334년) 10월 20일 윤지에서 다시금 부지 확인이 행해졌다(『大日本古文書 大徳寺文書』50).
물론 그 뒤의 겐무의 난으로 겐무 정권이 붕괴해버렸기 때문에 결과론으로만 본다면 고다이고 천황의 유화 계획이었을 다이토쿠지를 통한 구게 일통(公家一統) 그 자체는 성공하지 못하였다.
그렇다고 해도 역사적인 의의가 없다고 할 수는 없으며, 어쩌면 거꾸로 고다이고 천황의 선종 정책은 그 뒤의 일본의 역사에 결정적인 영향을 주었다.
송학(신유학)은 종종, 원래는 송학 가운데 하나에 지나지 않는 주자학(朱子学)과 동일한 것으로 오해되는 경우가 많았는데, 그것은 사실이 아니며 이 시대의 송학은 선종과는 뗄 수 없는 일체적인 것이었다.
가마쿠라 시대, 일본이 몽골 제국의 위협에 노출되자, 공무(公武)의 각 유식자는 그때까지의 민족주의를 버리고 일본의 근대화를 도모하였으며 송학과 선종이 일체화된 사상을 남송의 선종 승려였던 부쥰 시한(無準師範)의 문하나 남송으로부터 일본으로 건너온 승려 란케이 도류(蘭渓道隆)를 통해 배웠다.
이 시점에서는 선종 ・ 송학은 여러 세력들에 의해 제각기 배우던 것에 지나지 않았는데, 고다이고 천황에 의해 처음으로 선종국가라는 하나의 그림이 구체적으로 제시되었으며, 국가 통합의 상징으로써 사용되었던 것으로 그 뒤의 융성이 보증되게 되었던 것이다.
호타테에 따르면 고다이고 천황의 초상화가 율종의 사이다이지 출신의 몬칸과 선종의 다이토쿠지에 의해 소장되었던 점이 그 단적인 상징은 아닐까, 라고 하였다.
고다이고 천황의 정책은 겐무 정권 붕괴 이후에도 아시카가 정권에 의해 무가 선종 국가로써 발전적으로 이어지게 된다.
아시카가 다카우지 ・ 다다요시 형제에 의해 고다이고 천황의 명복을 빌기 위해 덴류지(天龍寺)가 창건된 것은 너무도 유명한 것으로, 3대 쇼군 아시카가 요시미쓰(足利義満) 또한 、고다이고 천황에 의해 재각이 발굴된 선종 승려 무소 소세키를 명목상의 개산으로 삼고 쇼고쿠지(相国寺)를 건립하고 있다.
이에 의해 아시카가 씨 정권이 선종 ・ 유학을 국가의 이념으로 위치시키고 그것도 선종 사원이 종교상 뿐만 아니라 경제적 ・ 사회적으로도 큰 역할을 맡게 된 것은 겐무 정권로부터의 연속성을 부정할 수 없다.
그 뒤 무가 선종 국가는 에도 막부가 붕괴되기까지 500년 이상 이어지게 되는데, 「선종은 무가의 것」이라는 인식은 에도 막부가 선종을 심화시키는 것을 과거소급적으로 적용시킨 이해에 지나지 않으며, 실제로는 공무를 초월한 국가적인 사업에 선종을 다룬 고다이고 천황이야말로 무가 선종 국가의 성립을 열어젖힌 인물이었다고 말할 수 있지 않을까, 라고 하였다.
고다이고 천황의 할아버지인 가메야마 천황(亀山天皇)은 진언율종(真言律宗)의 개조(開祖)인 에이손(叡尊)에 깊이 귀의하였는데, 고다이고 또한 율종의 진흥을 도모하였다.
율종이란 특히 그 대표적인 에이손의 활동에 대하여 말하면 1. 불교계의 타락에 대처하기 위하여 계율(戒律, 불교에 있어서 규율 ・ 규범)을 중시하여 부흥을 도모하는 것(율종), 2. 석가모니 ・ 문수보살(文殊菩薩) ・ 사리(舎利, 석가모니 부처의 유골)에 대한 신앙을 중시하고 황폐화된 사원을 부흥시켜 다양한 불상을 조성하는 것, 3. 대중과의 관계성을 중시하고 빈민 구제 등의 자선 사업을 활발히 행하는 것(닌쇼 항목도 참조), 4. 밀교승(密教僧)으로써 가마쿠라 시대를 대표하는 밀교 미술의 제작을 많이 지휘 ・ 감독하는 것, 등을 들 수 있다.
고다이고 천황은 가레키 3년(1328년) 5월 26일부터 시작하여 겐토쿠(元徳) 2년(1330년)까지의 3년 동안 진언율종의 승려 닌쇼(忍性)에게 「닌쇼 보살」(忍性菩薩), 신쿠(信空)에게 「자진화상」(慈真和尚), 도쇼다이지(唐招提寺)의 중흥조(中興祖) 가쿠죠(覚盛)에게 「대비보살」(大悲菩薩)이라는 시호를 내렸다(『僧官補任』). 이들은 모두 진언종(真言宗)의 고승들로 진언율종 출신이자 고다이고 자신의 복심이기도 했던 몬칸보 고신(文観房弘真)의 추거가 크게 작용했던 것으로 보이고 있다.
닌쇼는 빈민이나 한센병 환자, 히닌(非人)이라 불리던 피차별대상자들에 대한 구제에 생애를 바친 율승(律僧)이었다.
고후시미 천황(後伏見天皇)이 에이손에게 「흥정보살」(興正菩薩)의 시호를 내린 것이 쇼안(正安) 2년(1300년) 윤7월 3일의 일로, 율승이 시호를 추증받은 것은 그로부터 약 28년 만의 일이자 동시에 닌쇼의 입멸로부터도 25년이 지난 때의 일이었다.
고다이고 천황은 또한 명예직을 추증하는 것뿐 아니라 일본 각지 율종의 민중 구제 사업에 대한 지원도 보였다.
예를 들어 동부 하리마(播磨, 효고 현 동부)에서는 가코 강(加古川) 수계의 고가이 용수(五ヶ井用水)에 대해 중세에 몇 번에 걸쳐 대규모 치수 사업이 이루어졌는데 그 결과 700헥타르의 논에 물을 댈 수 있는 대형 용수 시설이기도 했고, 가고가와 오제키(加古川大堰)라 불리는 대규모 방죽이 1989년 완성되기까지 지역의 부를 만들어내는 심장부가 되었다고 알려져 있다.
일본의 역사학자 가네코 데쓰(金子哲)는 당대의 기록들을 조사하여 이 사업은 당시 겨우 20대 후반에서 30대 정도였던 몬칸에 의해 개시된 것이 아니었을까라는 주장을 내놓았다.
그리고 같은 시기 그 지역에 몬칸에 의해 세워졌던 석탑들이 다이카쿠지 통(大覚寺統)의 세력 범위 내에 있어 「금륜성왕」(金輪聖王, 천황) 운운하는 명문이 새겨져 있는 것에서 이러한 사업들은 고우다 상황(後宇多上皇, 고다이고 천황의 아버지)이나 당시 황태자(皇太子)의 신분이었던 다카하루 친왕(즉 고다이고 본인)으로부터의 지원이 있었던 것은 아닐까, 라고 추측하였다.
신도가(神道家)로써도 고다이고 천황은 다이카쿠지 왕통의 관례를 따라 당시 거의 방폐되어 있던 이세 신궁(伊勢神宮)을 보호하고 외궁(外宮)의 와타라이 이에유키(度会家行)으로부터 이세 신토(伊勢神道)를 배웠다.
그 인연으로 고다이고 천황의 제일 측근으로 일본 중세 최대의 사상가이자 역사가이기도 했던 기타바타케 지카후사도 이세 신토의 사상을 받아들여 자신의 명저 『신황정통기』 등에 표현하는 등, 일본의 철학, 역사학에 대한 사상적 영향은 컸다.
이세 신궁은 고대 일본에서는 특수한 지위를 쌓고 있었는데, 율령제 붕괴나 하치만 궁(八幡宮) ・ 구마노 신사(熊野神社)의 대두로 중세에는 그 권세를 잃고 있었다.
이에 외궁의 와타라이 씨는 이세 신궁의 독자성을 지키고자 독특한 신도관을 형성하였다.
그런데 고후카쿠사 천황을 비롯하여 지묘인 왕통의 일본 군주들은 사이오(斎王) 제도를 무시했기에 이세 신궁은 곧 타격을 입었고 천황가와의 연줄도 잃게 되었다.
이러한 가운데 다이카쿠지 왕통의 일본 군주들은 되도록 사이오를 보내는 제도를 존중하였으므로 와타라이 씨 입장에서도 그에 대한 보답으로 비전(秘伝)으로 내려오던 이세 신토의 서적들을 바치기도 하였다.
일본의 사학자 오카노 도모히코(岡野友彦)에 따르면 「신본부쓰쟈쿠」(神本仏迹, しんぽんぶつじゃく) 즉 일본 신토의 전통 신들이 실은 부처가 중생을 구제하고자 신의 모습을 빌려 나타난 것이라는 사상인 본지수적(本地垂迹)과는 반대로 일본의 전통 신들이 그 본체이고 부처가 그 신들의 화신이라고 하는, 이세 신토 고유의 독특한 신도 우위주의가 가마쿠라 막부로부터 자립하고자 하는 경향이 있던 다이카쿠지 왕통의 사상과 상통하였던 것은 아닐까, 하는 견해를 제시하였다.
와타라이 씨는 겐코(元弘) 2년/쇼쿄(正慶) 원년(1332년)까지 고우다 천황 즉 고다이고 자신의 아버지와 고다이고 본인에게, 와타라이 이에유키가 편찬한 『류취신기본원』(類聚神祇本源)을 헌상하였고, 부자 모두 이 책을 몸소 열람하였다.
또한 고다이고 천황은 다이카쿠지 왕통의 관습대로 겐토쿠 2년(1330년)에 중궁(中宮) 사이온지 기시(西園寺禧子)와의 사이에서 태어난 딸 겐시 내친왕(懽子内親王)을 이세 신궁의 사이오로 보쿠죠(卜定, ぼくじょう: 지명)하였는데 이 직후에 고다이고 천황은 가마쿠라 막부 전복을 꾀하다 오키(隠岐)로 유배되었고(겐코의 난) 실제로 겐시 내친왕이 이세에 오는 일은 없었다.
겐코 3년(1333년) 가마쿠라 막부를 타도하고 겐무 신정을 시작한 고다이고 천황은 총비 아노 렌시(阿野廉子)와의 사이에서 둔 딸 쇼시 내친왕(祥子内親王)을 이세 신궁의 사이오로 다시금 복정하였으나, 몇 년 뒤에 겐무의 난(建武の乱)으로 겐무 정권이 붕괴되어 버려서 결국 쇼시 내친왕은 일본 역사상 마지막 사이오가 되고 말았다.
그뒤 엔겐(延元) 원년/겐무 3년(1336년) 10월 10일 고다이고 천황의 측근이었던 기타바타케 지카후사가 무네요시 친왕(宗良親王)을 받들고 이세 국으로 내려갔는데 이때 지카후사가 의지한 인물이 앞서 고다이고 천황과의 연줄이 있었던 와타라이 이에유키였다.
그곳에서 지카후사는 이에유키로부터 처음으로 이세 신토를 배웠고 특히 이세 신토의 여러 서적들의 개요를 편집하여 성립한 『류취신기본원』에 흥미를 보여 손수 필사하기 시작하여 엔겐 2년/겐무 4년(1337년) 7월 이후에 그 필사를 마쳤다.
그 뒤의 지카후사의 저작들, 특히 『신황정통기』, 『원원집』(元々集)에는 이세 신토로부터의 영향이 짙게 보이고 있다.
오가사와라 하루오(小笠原春夫)는 이 시기의 와타라이 이에유키 ・ 와타라이 쓰네마사(度会常昌) ・ 기타바타케 지카후사 ・ 승려 지헨(慈遍) 등의 학파의 활동에 대하여 「일본 신토 역사상 획기적인 하나의 출발을 이루었다」(神道史上画期的な一出発の趣をなす)라고 평하였고, 일본 중세 말기의 요시다 신토(吉田神道)나 근세 초기의 유가 신토(儒家神道) 등 후세 일본 신토에 대해 다대한 영향이 있었다고 서술하였다.
또한 고다이고 천황과 이세 신토와의 결탁은 남조의 군사적인 측면에서도 공헌하여, 종교 권문(宗教権門)으로써 이세 국의 8개 군을 지배하던 이세 신궁으로부터의 지원을 얻은 기타바타케 집안은 이세 국에서 기반을 쌓는데 성공하였고, 이세 고쿠시 기타바타케 집안으로써 센고쿠 시대(戦国時代) 말기까지도 200년 이상에 걸쳐 그 지역의 대세력으로 군림할 수 있었다.
한편 이세 신궁의 모두가 남조에 협력한 것은 아니었고, 그 중에 북조의 편에 선 신주(神主)도 있었다.
이는 신궁 내부의 파벌 싸움과도 관련이 있는 것으로 보이는데, 상세한 것은 알 수 없으나 고다이고 천황과 이세 신궁의 관계는 2010년대 시점에서도 연구가 다 된 것은 아니다.
서예가로써는 화풍(和風)이라는 고유 일본 양식에 중국의 송풍(宋風)으로부터 파생된 선종양(禅宗様) 양식을 더해, 「신한양」(宸翰様, しんかんよう)이라 불리는 서예풍을 확립하였고(신한宸翰은 어필을 가리킨다) 새로운 기풍을 당시 일본 서도계에 가져왔다.
서예사 연구자 자이쓰 나가쓰기(財津永次)에 따르면 고다이고 천황은 북송(北宋)의 문인으로 「송사대가」(宋四大家)의 한 사람인 황정견(黄庭堅)의 서풍을 임제선(臨済禅)의 고승 슈호 묘초(宗峰妙超, 대등국사大燈国師)를 통해 습득한 것으로 보인다.
자이쓰는 고다이고 천황의 서예 작품을 「패기가 넘치는 것으로 이름 높다」(覇気横溢した書として名高い)고 평하였다.
또한 고필(古筆) 연구가 고마쓰 시게미(小松茂美)는 고다이고 천황을 일본 역사상 가장 이름 높았던 명필 군주로써 후시미 천황(伏見天皇)에도 버금간다
고 평하였고, 「힘이 넘치고 패기가 흐르는 글씨」(力に満ちた覇気あふれる書)를 남겼다고 평가한다.
당시에는 고다이고 천황에 그치지 않고 남북조 모두 천황들이 다투어 글씨를 연찬하였기에 이 시기 여러 군주들의 어필은 사료로써 뿐만 아니라 서예 예술 작품으로써도 중요하다.
그런 한편으로 가쿠이 히로시(角井博)에 따르면 신한양은 서풍 그 자체의 예술적 가치라는 측면에서는 평가가 높지만 화양(和様) 즉 일본 양식의 서도의 일부라는 측면에서 보아 후세의 서도에 준 영향이라는 측면에서는 특기할 만한 것이 없다고 평하였다.
아시카가 다카우지의 평가.
무로마치 막부 초대 쇼군이었던 아시카가 다카우지의 경우는 고다이고 천황을 거의 전면 긍정하였다.
이를 잘 보여주는 문서로써 고다이고 천황이 붕어하고 백일째 되던 날에 다카우지가 쓴 「고다이고인(後醍醐院) 백일제 원문」(後醍醐院百ヶ日御願文)이 알려져 있다.
그 대체적인 요는 다음과 같다.
가메다 도시카즈(亀田俊和)에 따르면 다카우지의 고다이고 천황에 대한 경모는 그 실체를 수반한 것이었다고 한다. 2010년대 이후의 연구에서는 겐무 정권의 여러 정책들은 현실적으로 뛰어난 것이었다고 하는 재평가도 이루어지고 있으며, 다카우지의 무로마치 막부도 대부분 그것을 이어받고 있었기 때문이라고 하였다.
예를 들어 고다이고 천황은 토지 급부의 명령 문서에 추가 문서(雑訴決断所施行牒)를 발급하고, 오류는 없는지를 검사하는 동시에 강제집행권을 도입하고, 자기 부담이 강한 무력을 가지지 않는 약소한 무사·사찰에서도 안전하게 토지를 수령할 수 있는 시스템을 만들었다.
이는 무로마치 막부의 집사(執事) 고 모로나오(高師直)를 매개로 아시카가 다카우지에게도 이어졌으며, 훗날 정식으로 막부의 기본법의 하나가 되었다고 한다.
가메다는 다카우지는 그 이념도 정책도 고다이고를 충실히 이어받고 있었다
며, "아시카가 다카우지야말로 고다이고 천황에게 있어서 최대의 충신이었다"고 말할 수도 있지 않을까, 라고 평하였다.
기타바타케 지카후사의 평가.
기타바타케 지카후사는 헤이안 시대 말기 《구칸쇼》의 저자 지엔(慈円)와 함께 일본 중세의 역사가로써 쌍벽을 이루는 대학자로, 고다이고 천황의 측근으로써 「後の三房」의 한 사람으로 꼽히며, 고다이고 천황이 붕어한 뒤에는 남조를 주도하였고 남조 준삼후(准三宮)로써 황후 등에 버금가는 자리에까지 올랐던 구교이다.
지카후사의 주요 저작인 『신황정통기』(神皇正統記)에서, 고다이고 천황의 붕어를 기록하는 부분에서 「늙은 몸에서 흘러나오는 눈물을 닦지도 못하고 붓의 흐름마저 멈추어 버렸다.」라고, 자신의 친아들 아키이에(顕家)가 전사한 장면 이상으로 힘을 쏟아 자신의 한탄을 기록하고 있다.
지카후사는 『신황정통기』에서 통합 평가로써는 고다이고 천황을 가장 뛰어난 천황의 한 명으로 평가하였다.
예를 들어 진언밀교로의 귀의가 깊었을 뿐만 아니라 그 외의 종파, 예를 들면 선종 등에 대해서도 두터운 보호를 행하였고, 중국으로부터 온 선승들에게도 참내를 허락하는 것에 대해서 높게 평가하였다.
지카후사가 특별히 상찬한 것은 고다이고 천황의 학문적 능력으로 화한(和漢) 즉 일본과 중국의 학문의 도에 통달하였다는 면에 대하여 중비(中比, 중고) 이래로 고다이고에 필적할 천황은 없다고까지 하였다.
또한 고우다 천황이 치천의 군(治天の君)을 사임하고 고다이고가 처음으로 친정(親政)을 개시한 때의 정치에 대해서 뛰어난 소송 처리를 행하였다며 천하의 백성들이 고다이고를 공경하였다고 주장한다.
그러나 지카후사는 정치 사상상으로 고다이고 천황의 정책을 전면적으로 지지하였다고는 보기 어렵다.
특히 『신황정통기』의 경우 겐무 정권의 인사정책에 대해서 고다이고 천황이 다소 아시카가 형제와 무가 전체에 대해 호의적인 태도가 과했으며, 황족 ・ 귀족의 소유 영지까지도 무사의 은상으로 빠져나가버렸다고 비판적인 모습을 보인다.
또한 사학자 우와요코테 마사타카(上横手雅敬)의 지적과 같이 분지 5년(1189년)의 오슈 합전(奥州合戦, 분지 5년) 은상으로써 관위를 주는 관례는 끊어져 있었는데 고다이고 천황은 이를 부활시켜서 아시카가 다카우지를 진주후쇼군(鎮守府将軍) ・ 사효에노카미(左兵衛督) ・ 무사시노카미(武蔵守) ・ 산기(参議)로 서위된 것을 시작으로 차례차례 무사들에게 관위를 나누어 주기 시작했다.
이 또한 지카후사는 「기껏 구게의 세상으로 돌아왔다고 생각했는데, 마치 무사의 세상이 된 것 같다, 고 말하는 사람까지 있다」고 맹렬하게 항의하였다.
그러나 현실주의자이자 마키아벨리스트였던 지카후사는 정치사상상으로 고다이고 천황을 비판하면서도 그 후 정치 실무상으로는 고다이고 천황의 정책을 적극 활용하기도 했다.
남조의 지방 지휘관들은 고다이고 천황의 정책을 인수받아 예하 무사에게 관위를 수여하는 독자적인 재량을 부여받았다.
그중에서도 꽤 열심히 은상으로서의 벼슬을 나눠준 것이 실은 이 정책을 비판한 바로 지카후사 자신이었고, 도고쿠 무사들에게 관위 추천서를 남발했다.
군사적 ・ 영토적으로 열세였던 남조에 있어서 고다이고 천황이 도입한 「은상으로써의 관위」 정책은 토지가 없어도 무사들로부터 구심력을 얻을 수 있었기 때문에, 뛰어난 은상 시스템이라고 지카후사는 이해하고 있었던 것이다.
이에 비해 무로마치 막부가 은상으로써의 관위 수여를 도입한 것은 간노의 소란으로 보수파의 아시카가 다다요시가 멸망하고 나서로, 남조보다 꽤 시기가 늦은 것이었다.
야마다 타카시(山田貴司)에 의하면 남조가 실제로 이 시책으로 성공한 것을 목격했기 때문에 이에 대항할 목적으로 도입한 것이었다고 한다.
지금까지 고다이고 천황이 고안하고 기타바타케 지카후사가 입으로는 비판하면서도 손으로는 실시했던 정책들은 선진적이었던 것이다.
기타바타케 아키이에의 평가.
기타바타케 지카후사의 아들로 남조측 구교(公卿) ・ 진주후다이쇼군(鎮守府大将軍)이었던 기타바타케 아키이에 또한 고다이고 천황에게 상주한 『기타바타케 아키이에 상주문』(北畠顕家上奏文, 엔겐 3年/랴쿠오 원년 5월 15일(1338년 6월 3일))에서 고다이고 천황에 대한 비판을 남기고 있다.
7개 조만이 남아 있는 그 내용은 분명하지 않으나 적어도 남아 있는 내용들을 가지고 본다면 고다이고 천황의 정치에 대한 실질적인 부정이 전부이다.