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서재필과 평소 가까이 지냈다는 이유로 그의 친구들 역시 투옥, 심한 고문을 당했다.
정변의 실패와 그의 가족, 친지들이 몰살당하자 민중에 대한 증오와 함께 조선 사회에 대한 환멸감을 느꼈고, 이후 일본에서는 노동으로 생계를 유지하면서 국내 문제에는 관심을 서서히 줄여나가게 되었다.
갑신정변이 3일 천하로 실패하고 해외로 망명할 때 박영효, 서광범과 함께 일본에 건너갔다.
12월 13일 인천 제물포항을 출발한 배는 다음 날 일본 나가사키에 도착하였다.
망명 초기 그는 조선에서 보낸 자객들의 위협에 시달려 은신하였으나 후쿠자와 유키치와 친분이 있던 독지가의 후원으로 도쿄 근처의 판자촌에 숨어 지냈다.
일본 도착 직후 그는 혁명의 실패와 서툴렀음을 자책하며 대성통곡을 하다 실신했다.
한달 가까이 통곡하며 식음을 전폐하다가 1개월 뒤 가까스로 정신을 차렸다.
그러나 조선에서는 수시로 자객을 보냈고 그는 변장하고 은신해야 했다.
후쿠자와 유키치와 이노우에 가오루 등이 그의 딱한 소식을 듣고 생활비와 음식과 옷을 지원해 주었다.
서재필 자신은 1년간 일본에 피신해 있었지만, 갑신정변 주역들을 둘러싸고 일본-청나라 사이의 외교문제가 생겼고, 일본은 조선의 갑신정변에 깊이 참여했다는 국제 사회의 비난에서 벗어나고자 이들을 냉대하였다.
그는 자객을 피해 걸인 생활을 했다.
그러나 일본 정부의 박대에 분개한 그는 미국으로 건너갈 것을 결심, 김옥균을 제외한 나머지 세 명은 [[기독교] [[선교사]가 써준 소개장을 들고 [[미국]] [[샌프란시스코]]로 넘어가게 된다.
비용이 없었고 능통하지 못한 [[영어]] 실력과, [[조선]] 조정에서 보낸 자객을 피해 숨어있어야 했던 이들은 [[조선]]에 [[기독교]] [[선교사]]를 보내려는 [[미국인]] [[선교사]]들의 후원과 [[후쿠자와 유키치]]와 [[이노우에 가오루]] 씨가 보내준 생활비와 차비 덕분에 [[미국]]으로 건너갈 수 있었다.
[[조병옥]]에 의하면, 이들은 배를 타고 미국에 도착하였으나 상륙하자마자 낯선 환경에 적응하지 못하고, 닥쳐올 생활위협을 헤쳐나갈 자신이 없었던 [[박영효]]는 다시 [[일본]]으로 돌아가고 말았다고 한다. [[서광범]]도 얼마 동안은 [[언더우드]] [[박사]]의 후원으로 [[뉴욕 시|뉴욕]]에 체류하며 지냈으나, 결국 앞서 돌아간 [[박영효]]의 뒤를 따라 그도 양반이라는 자존심을 버리지 못해 힘든 일을 하지 못하고 [[일본]]으로 되돌아갔다.
훗날 서재필은 그가 처음 [[미국]] 땅에서 살기 위해서 발버둥쳤던 기억을 평생 잊을 수 없었다.
그가 처음으로 [[미국]]에 도착하였을 때 한국 사람이라고는 자기 혼자 뿐, 말도 모르고 풍속이 다른 남의 나라에서 스스로의 진로를 개척하려던, 고독에 겨운 참담한 생활은 그의 자립정신을 더욱 굳게 해주었다.
그리하여 그는 자신이 운영하는 문방구점의 경영에 온갖 노력을 기울였으며, 그의 근면과 창의력은 상점의 번영을 가져왔던 것이다.
그러나 유색인종에 대한 무시와, 차별에 시달림을 당했고 열차에 탑승할 때도 짐칸으로 밀려나는 등의 모욕을 당한다.
[[미국]] 망명 초기 [[장로교]] 선교사이자 안면이 있던 [[호러스 그랜트 언더우드]] [[선교사]]가 편지로 보낸 소개장 덕에 거처를 구할 수 있었다. [[미국]]생활 중 [[감리교회]]에 나가 [[감리교]] 신자로 개종하였다.
한편 [[조선]]에서는 [[1887년]] [[3월]]부터 [[1894년]] [[3월 10일]]까지 [[사헌부]], [[사간원]], [[홍문관]]에서 번갈아가며 [[홍국영]]을 부관참시하고 노륙을 청하는 상소를 올리면서 동시에 서재필과 [[서광범]], [[박영효]]도 기한을 정해 잡아들이거나 사살할 것을 청하는 상소를 매일 올렸다.
이는 [[승정원 일기]]에 기록되어 있다.
동일한 내용의 상소가 수시로 계속되자 [[대한제국 고종|고종]]은 나중에 이를 모두 물리쳤다.
[[1885년]] [[미국]]으로 건너간 후 [[캘리포니아주]] [[샌프란시스코]]에 도착한 서재필은 [[영어]]도 모르고 아는 사람도 없는 낯선 곳에서 서재필이 처음 구한 일자리는 [[가구]]점의 [[광고]]지를 붙이는 일이었다.
서재필은 다른 노동자들이 하루 5마일을 다닐때 10마일을 뛰어 다니면서 일했다.
낮선 땅에서 대화가 통하지 않아 손짓과 발짓으로 어렵게 일자리를 구하기도 했고, [[정신병자]], [[부랑아]]로 몰려 쫓겨나기를 반복했다. [[막노동]]으로 생계를 이으며 1년을 보낸다.
언어도 통하지 않은 데다가 노동법령의 보호를 받지 못하여 임금도 못받고 사업장에서 쫓겨나는 등의 수난을 겪기도 한다.
처음에 [[미국]]에서 생활하며 외로움과 고독에 시달렸다. [[언어]] 장벽과 [[유색인종]]이라는 부정적인 시선 등으로 불이익과 차별을 당하는 것에 좌절하여 사람들을 기피하기도 했다.
낮선 환경에 적응하기 쉽지 않아 여러번 일자리를 바꾸기도 하며 차가운 시골과 변두리의 판자집을 전전해야 했는데, [[위생]]상태의 불결함 등으로 [[감기]]와 [[피부염]]증, [[동상]]에 자주 걸려 육체적으로 고생하기도 했다.
서재필은 막노동과 잡역, 식당 서빙, 청소부, 인쇄소 전단지 돌리는 일 등 잡일을 가리지 않고 이역만리를 헤매며 [[오렌지]] 농장과 [[사탕수수]] 농장의 노동자, [[가구점]] 점원, 잡화상회 점원 등을 전전하며 [[미국]]생활을 견뎌냈다 한다.
고단한 [[미국]]생활에서 연락을 주고 받은 유일한 친구는 [[윤치호]]였다.
여러번 [[윤치호]]에게 도움을 청하는 편지를 보냈고 [[윤치호]]는 선뜻 그에게 생활비를 [[우편환]]으로 [[송금]]해주었다.
주소가 수시로 바뀌었지만 그가 먼저 [[윤치호]]에게 연락을 하였으므로 연락이 계속될 수 있었다. [[윤치호]]와 서재필은 한 차례 만났었다. [[1893년]] [[가을]] [[에모리 대학]]을 마치고 [[상하이]]로 되돌아가기 전인 [[윤치호]]는 인사차 서재필을 방문했었다.
서재필은 [[윤치호]]의 방문이 내키지 않았다.
서재필은 졸업을 축하한다는 의례적인 인사만 하고 서둘러 자리에서 일어났고, [[윤치호]]는 왜 그런지 알면서도 무척 서운해했다.
[[조선]]에서는 [[미국]]에 있는 그를 제거하려고 자객을 보내는 한편 그와 친분이 있던 인물들에 대한 감시, 탄압에 들어갔다.
이후 그는 [[조선]]에 대한 애정을 버리고, 민중에 대한 희망과 기대 역시 배신감과 증오로 변하게 된다.
낮에는 [[아르바이트]]와 노동을 하고 밤에는 [[기독교청년회]](YMCA) 야간학교에서 [[영어]]를 공부했다.
주말에는 교회를 다니며 영어를 배웠다. [[교회]]에 나가던 그는 곧 [[기독교]]를 받아들이게 됐고, 이것을 계기로 기독교적 인권사상과 [[자유민주주의]]에 대한 신념을 키울 수 있었다.
그러던 중 어느 날 운 좋게 [[교회]] 신자를 통해 [[존 홀렌벡]](John Wells Hollenbeck)이라는 사업가를 소개받는다. [[펜실베이니아주]]에서 [[탄광]]업을 통해 많은 돈을 번 대부호이자 자선사업가였던 홀렌벡은 서재필에게 [[미국]]에서 정식으로 교육을 받을 수 있는 기회를 주겠다고 제안했다. [[1886년]] [[9월]] 서재필은 홀렌백과 독지가들의 도움으로 [[대륙횡단 열차]]를 타고 [[펜실베이니아주]] [[윌크스 배리]](Wilkes-Barre)에 당도하여 "[[해리 힐만 아카데미]](Harry Hillman Academy)"라는 명문 [[고등학교]]에 입학하게 되었다.
머무를 거처가 없었던 서재필은 [[해리힐맨 고등학교]] 교장 집에서 집안 일과 정원 조경을 도우며 숙식을 해결하고 있었는데, 마침 [[법관]]으로 퇴임한 교장의 장인이 함께 살고 있어서 그에게서 [[미국의 역사]] 및 [[민주주의]] 제도에 대해 많은 것을 배웠다.
필립 제이슨은 "서재필"을 거꾸로 하여 "필재서"로 만든 다음, "필"을 "필립(Philip)"으로 "재서"를 "제이슨(Jaisohn)"으로 음역한 것으로, Jaisohn이라는 성의 철자는 [[미국]]인들도 전혀 사용하지 않는 고유한 철자 표기였다.
그는 [[펜실베이니아 사립고]]를 다녔다.
서재필은 [[해리 힐맨 고등학교]]에서 [[라틴어]], 헬라어(그리스어), [[수학]] 등 여러 과목에서 우등생이 되었고, 특히 [[웅변]]을 잘 하여 웅변대회에서 입상도 하였다. [[고등학교]] 졸업식에서는 졸업생 대표로 고별 연설도 하였다.
[[1889년]] [[6월]] 서재필이 [[코크란 단과대학]] 물리학과를 졸업하자, 홀렌벡은 서재필을 불러 놓고, 이미 입학허가를 받은 라파예트(Lafayette) 대학에서 일단 공부를 마치고 그 다음 [[프린스턴 대학교]] [[신학대]]를 졸업하여 [[조선]]에 [[기독교]][[선교사]]로 돌아가겠다는 것을 서면으로 약속하라고 말했다.
그래야 앞으로 더 지원해 주겠다는 것이다.
당시 역적의 신세에 묶여 [[조선]]으로 돌아 갈 수 없었던 서재필은 홀렌벡의 제안을 거절할 수 밖에 없었고, 결국 은인과 결별하게 된다. [[1890년]] 서재필은 그해의 라파예트 대학 입학 시험에 합격했고, 곧 라파예트 대학 하트 교수의 도움으로 [[라파예트 대학교]]에 입학한다.
대학에 다닐 무렵, 서재필은 하루 3불의 품삯을 받고 유리창닦이 등 잡역부로 노동을 하였고, 여가를 틈타 독학으로 [[영어]]를 공부했다 한다.
그 뒤 교회당을 찾아 신앙을 발견하려고 꾸준히 노력하기도 했다.
그러나 서재필은 [[라파예트 대학교]]를 중퇴하고 일자리를 찾아 [[워싱턴 D.C.]]로 떠났는데, 그가 찾은 일자리는 [[미국 육군 의학박물관]]에서 중국과 일본에서 온 의서들을 [[영어]]로 번역하는 일이었다.
의학 서적을 번역하면서 서재필은 의학에 관심을 가지게 되었고, 마침내 [[1889년]] [[워싱턴 D.C.]]의 [[컬럼비안 대학]] (Columbian University, 현 [[조지워싱턴 대학교]]의 전신) 의과대학에서 워싱턴의 고등학교 졸업자 공무원들을 위해 설립한 야간학부에 입학하였다.
그는 문구점을 설립했는데 낮에는 문구점 주인으로 밤에는 학생의 신분으로 공부하였다.
의사 면허, 미국 시민권 획득.
컬럼비안 대학 예과를 마친 서재필은 [[컬럼비안 대학교]]의 본과로 진학, [[1893년]] 컬럼비안 대학교를 졸업하여 미국에서는 한인 최초로 [[세균학]] 전공으로 [[의학]] [[학사]]가 되었다.
[[1893년]] [[8월]] [[워싱턴 D.C]]에서 만난 [[윤치호]]의 일기에 의하면, 그는 의과대학 졸업 후에도 박물관에 계속 근무하였다.
컬럼비안 대학교 의과대학을 졸업한 그는 [[1893년]] [[6월]] 바로 모교인 컬럼비안 대학교의 강사가 될 목적으로 모교의 조교가 되었다.
그러나 유색인종에게서 강의를 들을 수 없다는 일부 학생들의 반발로 1년만에 그만두고 만다.
[[미국]]에서의 생활은 서재필로 하여금 근대적 [[민주주의]] 사상과 제도에 대한 믿음을 더욱 강하게 확신하게 했다. [[미국]]과 [[서구]]적 안목으로 [[조선]]을 돌아볼 때 그의 피는 끓지 않을 수 없었다. [[조선]]은 여전히 열강의 각축장이 된 채 외세종속적이면서 후진적인 사회로 정체되어 있었기 때문이다.
조선 사회의 불결함과 미개함, 민주주의 정치를 정착시키려던 [[개화당]] 인사들에 대한 민중들의 분노와 증오에 환멸을 느낀 그는 [[미국]] 사회를 동경하게 되었다.
서재필은 [[1894년]] [[미국]] 초대 [[철도]][[우체국|우체국장]]의 딸인 [[뮤리엘 메리 암스트롱]](Muriel Mary Armstrong)을 만나 그의 [[과외]] [[가정교사]]가 되었다. [[뮤리엘 암스트롱]]의 [[가정교사]]로 있다가 연애를 시작, 유색인종이라는 이유로 무시와 차별, 냉대 등으로 이국 생활에 어려움을 겪던 그에게 [[뮤리엘 암스트롱]]은 친절하게 대했고, 때로는 그의 고충을 들어주기도 한다.
뮤리엘의 인간미에 감격한 서재필은 곧 [[뮤리엘 암스트롱|뮤리엘]]에게 청혼하였고, 뮤리엘은 가난할 것이다, 힘들 것이다, [[유색인종]]이다 등등의 이유로, 주변의 반대와 조언, 만류에도 불구하고 서재필의 [[결혼|청혼]]을 받아들인다.
그리고 결혼 비용에 부담을 느낀 서재필을 배려하여 같은 해 [[6월 20일]] [[워싱턴 D.C]] 교외에 있는 [[카버넌트 교회]]에서 친지들을 불러 간소하게 결혼식을 올리고 미국 주류사회에 편입됐다. [[미국]] [[시민권]]을 받자 바로 [[병원]]에 처음 취직한 그는 [[세균학]] 연구를 주로 하였다.
그의 아버지는 이미 사망했지만, 의붓아버지인 예비역 육군 대위 출신 [[제임스 화이트]]가 워싱턴에서 유명 인사였던 탓에 그는 ‘워싱턴 포스트’를 비롯한 언론의 조명을 받았다.
서재필은 뮤리엘 암스트롱과 결혼한 후 [[1894년]] [[6월]] [[워싱턴 D.C.|워싱턴]]에서 의사 개업을 하였으나, [[백인]]들의 유색인에 대한 편견과 인종차별로 생계유지에 많은 어려움을 겪었고, 신혼 살림도 워싱턴에 있던 [[미국|주미]][[조선]][[공사관]] 직원 관사에 방을 빌려 차렸다.
이후 평생을 독립운동 참여 등 그가 가정 생계에 초연하여 빚과 파산, 굶주림에 시달리면서도 아내 뮤리엘은 남편을 탓하거나 원망하지 않았고, 이는 그가 전심전력으로 독립운동에 전념할 수 있는 배경이 되었다.
또한 [[1930년대]]까지만 해도 [[미국]] 내에는 [[노예]]와 [[시민]]에 대한 차별대우가 당연하다는 시각과 [[흑인]], [[유색 인종]]에 대한 차별이 당연하다는 시각이 존재했는데 그는 [[노예 해방론]]과 [[노예제]] 폐지를 주장하는 [[제임스 뷰캐넌]]의 사상에 감동, 깊이 공감하게 된다.
서재필은 개업 후 [[백인]]들의 [[인종 차별]] 의식 때문에 병원을 별로 찾지 않아 매우 심한 궁핍에 시달렸다. [[1894년]](고종 31년) [[3월]] [[김옥균]]의 암살 소식과, [[5월]] 뉴스와 신문을 통해 [[김옥균]]의 부관참시 소식을 접하게 된다. [[조선]] 조정이 [[상하이]]에 자객을 보내 김옥균을 암살하고, 시신을 환국시킨 뒤 능지처사한 것은 당시 세계적으로 보도되었다. [[김옥균]]의 참혹한 죽음과 부관참시를 보고 그는 [[조선]] 조정과 조선 민중에 대한 불신과 분노를 한층 증폭시켰다.
한편 [[1894년]] [[6월]] [[김홍집 (1842년)|김홍집]] 내각이 들어서면서 [[조선]]에서는 개화파 인사들에 대한 복권 여론이 나타나기 시작했다. [[1895년]]초 모교인 [[컬럼비아 대학]] 의과대학의 [[세균학]] 강사로 출강하였다.
서재필은 귀국 요청을 받아들이지 않았으나, 주미[[조선]] 공사관에서는 그에게 공사관의 방 하나를 무료로 빌려주었고, 식비까지 제공하였다. [[갑오개혁]]으로 [[갑신정변]] 당시 서재필 등의 급진[[개화파]]에게 내려진 역적의 죄명이 벗겨지자 [[1895년]] [[가을]], [[미국]]을 방문 중 [[워싱턴 시]]에 들른 [[박영효]]를 [[워싱턴 시]] 내에서 10년만에 만나게 되고, 그에게서 [[조선]]의 정세를 접하게 된다. [[박영효]]를 만난 뒤 다시 조선을 개혁해 보겠다는 생각을 품게 된 그는 [[김홍집 (1842년)|김홍집]] 내각이 다시 서재필에게 귀국을 요청함에 따라 귀국을 결심한다.
생활이 어려웠던 그는 조선으로 돌아올 때 주미조선공사관에서 추가로 마련해준 여비까지 더 받고, [[1895년]] [[11월]] 10일 워싱턴을 떠나 필라델피아를 출발, [[하와이]]와 [[일본]]을 경유하여 [[조선]]으로 귀환하게 된다.
그는 [[조선]]으로 돌아오는 길에 [[일본]]을 경유할 때 일본 [[도쿄|동경]]의 모교 [[육군 도야마 학교|토야마 사관학교]]를 방문하였고, [[후쿠자와 유키치]]를 만났으며, 다시 일본 [[나가사키]]를 출발하여 배편으로 [[12월 26일]] [[인천]] 제물포에 도착하였다. [[인천항]]에 도착한 서재필과 그의 부인 뮤리엘은 출국 전 고용한 [[미국인]] 경호원을 대동하고, [[인력거]]로 비밀리에 [[한성부]]에 당도하였다.
그는 귀국 직후 [[외무]] [[협판]]과 학부대신 서리 직을 사직한다.
후일 [[1900년]] [[6월]] [[윤용선]]은 그가 이름뿐이지만, 당시 [[학부]]대신 서리에 임명된 것을 근거로 [[을미사변]] 관련자로 몰아 사형에 처할 것을 상주하기도 한다.
당시 그는 [[조선]]의 모든 것에 대해 극히 부정적인 태도를 보였다. [[갑신정변]]의 실패에 크게 낙심, 좌절했고 이를 역적시하는 [[조선 고종|고종]] 등의 태도, 일가족이 처참하게 희생된 것, [[일본]] 망명 중에 [[조선]] 조정에서 자신을 암살할 자객을 보낸 것, [[미국]]생활 초에 당했던 온갖 인종차별과 멸시는 그에게 원한과 증오심을 더욱 증폭시켰다.
귀국 직후부터 그는 거의 [[영어]]로 대화했고, 독립문 기공식 때에도 [[영어]]로 연설했다.
또한 [[윤치호]] 등과 살아남은 조카들이 그에게 자결로 죽은 전처의 묘소와 [[논산]] 연무대 근처에 있던 생모 [[성주이씨]]의 묘소 위치를 알려주었으나 그는 한번도 방문하지 않았고, 오히려 가보라는 권고를 거절한다.
그를 파양했지만 [[연좌제]]에 의해 천민으로 격하된 양아버지이자 7촌 당숙인 [[서광하]]가 찾아왔지만 못본 척 냉정하게 외면하였다.
역시 [[연좌 제도|연좌]]되어 삭탈관작 당하고 거지가 된 본부인 광산 김씨의 친정부모 김영석과 박씨 내외 역시 외면했다.
서재필은 김영석 내외에게 그대가 어떻게 나의 장인인가, 자신의 딸과 어린 외손을 외면한 금수(禽獸)에게 내가 왜 인사하느냐며 박대하고 내쫓았다.
그는 양복 차림으로 [[안경]]을 끼고 입궐하였으며, 입궐한 뒤에 [[대한제국 고종|고종]]의 앞에서 절하지 않은 채 고개를 빳빳이 들고 [[악수]]를 청하였다.
영재 [[이건창]]은 이를 듣고 사람이 망가졌다며 그를 비난하였다.
그는 귀국 후 단 한 번도 자신을 서재필이라는 이름으로 부른 적이 없었고, 자기 이름을 필립 제이슨(Philip Jaisohn) 또는 제이슨(Philip Jason), 피제손으로 지칭하였다.
피제손은 그의 이름 서재필의 글자 순서를 거꾸로 한 필재서를 한글로 음역한 것이다. [[1900년]]대 당시 조선에서는 이를 다시 제선(堤仙) 또는 피제선(皮堤仙)으로 음역하였다.
[[1894년]](고종 31년) [[청일전쟁]]에서 [[일본]]이 승리하고, [[명성황후]]를 정점으로 한 민씨 정권이 몰락한 후 개혁 내각이 들어서자 [[1894년]] [[김홍집 (1842년)|김홍집]]에 의한 [[갑오개혁]]이 단행되었다. [[청나라]]의 패망을 두고 그는 [[조선]]이 [[중국]]의 속국에서 벗어날 절호의 기회라고 하였다.
귀국 직후 그는 공개 연설회에서 [[박영효]]를 만나, 그의 권유를 받아들여 귀국을 결심하였다고 밝혔다.
그러나 당시 내각을 맡고 있던 [[유길준]]이 그를 초빙형식으로 귀국시키는 데 노력하였다. [[서울대]] 사학과 명예교수 [[신용하]]에 따르면 갑신정변이 민중의 지지가 결여되었기에 실패했던 교훈을 되새긴 유길준은 민중을 계몽하는 사업으로 신문 창간이 절박했다. [[갑오경장]]이 [[개화파]] 내각의 주도로 제도 개혁을 하면서 [[일본]]측의 [[한성신보]]에 대항할 신문을 만들 [[한국인]]을 물색했는데, 그가 서재필이었다.
그에 의하면 [[유길준]]은 [[유길준]] 대로 개혁과 민중을 계몽하는 사업으로 [[신문]] 창간이 절박했고, [[일본]]은 일본 대로 [[1895년]] 무렵부터 [[조선]]에 [[신문]] 창간을 후원한다는 명목으로 신문 개설을 권고하였고, 이에 내부대신 [[유길준]]은 [[미국인]]으로 귀화하여 의사 생활을 하던 필립 제이슨을 초빙하기에 이르렀다는 것이다.
[[유길준]]과 [[박영효]] 등의 적극적인 후원과 주선으로 쉽게 [[조선]]에 입국할 수 있었으며, 귀국 직후 그는 [[대한제국 고종|고종]]을 찾아가 [[연좌제]]와 [[고]]문 등 신체를 상하게 하는 악법을 폐지할 것과, 문벌과 집안을 살피지 말고 인재를 등용할 것과, [[과거 제도]]에 평민들도 응시할 수 있지만 가난한 농사와 기술에 종사하는 평민 자제들이 가정 형편이 어려운 점을 들어 조정에서 비용을 들여 인재를 기를 것을 건의하였다.
귀국 직후 연설에서, 그는 [[조선]]이 [[단군]]이래의 4천년의 유구한 역사를 지닌 자주국임을 전제하고, 과거 [[조선]]이 대대로 [[한나라]], [[당나라]], [[송나라]], [[명나라]] 등의 식민지 노예와 다를 바 없는 생활을 하였으며, [[조선]]이 살 길은 [[청나라]]로부터 독립해야 된다고 주장하였다.
그는 [[유길준]], [[박영효]], [[박정양]] 등을 만나 '[[조선]]이 [[근대화]]를 하려면 반드시 [[청나라]]로부터 독립을 해야 한다'고 주장하였다.
우리가 중국의 노예가 아닌데도 [[중국]]에 해마다 [[인삼]]과 황금, 석탄, 여성, [[환관]] 등을 조공으로 바쳐야 되는 이유가 무엇이냐는 것이었다.
동시에 평민들에 대한 교육, 계몽활동과 언론의 필요성을 역설했다.
이어 [[유길준]]에게 신문간행계획을 알리고 협조를 구하였다.
이어 [[1월 19일]] [[한성부]]에서 최초의 공개강연회를 개최하였다.
서재필의 귀향은 장안의 화젯거리가 되었는데, 이는 특히 그가 서양인 부인을 데리고 왔기 때문이었다.
당시 한국에서 서양 사람을 본다는 일 자체가 아주 드물게 있는 기이한 일이었다. [[조선]] 거리에 [[백인]] 여자가 나타나기만 해도 구경꾼이 모여 들었을 터인데, 서재필이 서양 여자와 결혼했고, 또 그 여인을 데리고 돌아왔다고 하니 관심을 모을 수 밖에 없었다.
특히 25살인 서재필 부인은 키가 충천하고 1미터 72센티, 피부가 희고, 머리가 갈색이었으니 장안이 떠들썩할 수밖에 없었다.
서재필이 처음 귀국했을 때 [[윤치호]]는 [[춘생문 사건]]에 가담했다가 체포대상이 되어 [[미국]][[공사관]]에 피신해 있었다.
서재필은 두문불출하던 [[윤치호]]를 찾아 정세에 대해 자문했고, [[윤치호]]는 선배 서재필의 공백기에 [[조선]] [[정세]]를 친절하게 알려주면서 동시에 [[정동구락부]] 인사들과 접촉할 수 있도록 다리를 놓아주기도 했다.
서재필이 귀국하자 정부의 외척 고관들은 그가 [[갑신정변]]으로 동료들이 처형당하고 가족까지 연좌된 것에 원한을 품고 자신들에게 보복할 것을 우려, 서재필을 제거하려 했다.
그가 [[미국]]과 외국의 힘을 빌어 조선을 식민지화하려 한다는 것이다. [[윤치호]]는 이를 서재필에게 알려주고 각별히 조심할 것을 부탁했다.
서재필은 [[미국]]인 경호원들을 대동하였다.
그는 조선인으로서 관직을 임명받는 것을 거부하는 대신 [[1896년]](고종 33년) [[1월]] [[김홍집 내각]]으로부터 10년 계약으로 [[총리]][[대신]]과 같은 액수였던 월봉 300원(연봉 3,600원)을 받는 [[중추원]] 고문에 임명되었다.
이런 우대가 가능했던 것은 그가 미국인이었기 때문이었다.
당시 환율은 원과 달러가 같았으며 [[미국]]에서 받는 월급은 100달러였다.
이어 장기체류를 결심하고 우편으로 [[컬럼비아 대학]] 의과대학의 [[세균학]] 강사직 사직서를 제출하였다.
한편 그는 철저하게 미국인으로 행세하였다.
고종 앞에서 자신을 부를 때에도 외국인 고문관과 같이 '외신'이라고 하였고, [[담배]]를 피우기도 하였다.
서재필은 [[갑신정변]]의 실패 이유를 '[[개화파]]들의 계획에 까닭도 모르고 배일을 부르짖으며 반대하는 민중의 무지와 몰각때문'이라 하였다.
그는 [[갑신정변]] 직후의 쓰라린 기억을 생각하는 것을 고통스러워했고, 오히려 냉정해지려 했다.
그러나 이는 오히려 [[윤치호]], [[유길준]], [[박정양]], [[이상재]]를 비롯한 동지들과 다른 [[조선인]]들에게 반감과 거부감을 주게 된다.
한편 그는 다른 [[조선인]]들에게도 상당히 냉담하게 대하였다.
그의 [[미국인]] 친구와 함께 [[한성부|한성]]을 다니던 중 [[미국인]]이 구걸하러 오는 [[조선인]] 거지를 발로 걷어차고 모욕을 해도 그는 이를 지켜보면서 못본 척 방관하였다. [[영어]]를 주로 구사하는 그의 태도를 의문스럽게 여긴 친구 [[윤치호]]는 왜 [[영어]]만 쓰느냐고 물었고, 그는 모국어를 거의 잊어버렸다고 답했다.
그러나 그는 한국어를 구사할 수 있었고 이를 알던 [[윤치호]]는 '나는 서재필이 쓰거나 말하는 모든 것에 걸쳐 [[모국어]]를 거의 잊어 버렸다는 사실에 크게 놀랐다'는 기록을 남겼다.
서재필은 [[진사]](進士) 정모씨가 올린 ‘거짓 상소(上疏)’ 때문에 명예를 훼손당했다며 손해배상금 2,000원을 청구한 사건이다.
재판부는 “서재필을 상하게 하려던 정씨의 나쁜 마음이 드러났다”며 “피고 정씨는 손해배상금 1,000원을 지급하라”고 판결했다.
당시 [[의정대신]](議政大臣, 국무총리)의 연봉이 5,000원(현재 1억 2,000만원)인 점에 비추어 손해배상금은 요즘 돈으로 2,400여만원 정도의 고액인 셈이다.
이는 또한번 [[조선]]사회에 충격을 주었다.
당시까지만 해도 [[고려]]와 [[조선]]에서는 명예를 중시 여겨, 탄핵 상소가 사실여부를 떠나 자신에 대한 [[탄핵]]상소가 올라오면 관직을 사양하고 물러나거나 반론을 제기하였지, 자신을 탄핵한 사람을 고소하는 일은 없었다.
[[파일:독립신문.jpg|섬네일|독립신문 초판]]
[[대한제국 정부]]의 고문 겸 [[대한제국 중추원]] 고문에 임명되었다. [[개화파]]정부는 개화인사 중 몇 안되는 지도자인 서재필을 [[외무부]]협판으로 기용하려 했으나, 서재필은 보수파와 민씨 척족들로부터의 만약의 방해와 모략에 대비하기 위해 권력의 내부에 들어가기보다는 권력의 외부에서 안전한 미국시민으로 민중을 계몽 하려고 하였다.
그의 포부를 본 [[박영효]]는 5천원의 자금을 지원하기로 약속했으나 약속은 [[박정양]] 내각이 들어선 뒤에 이행되었다.
대신 그는 개화파 정부와 [[근대화 운동]]의 한 방편으로 [[신문]]의 발간을 합의하고 신문 창간의 자금과 생활비를 지원 받아 활동하였다.
자신이 미국인이라는 점과 민씨 내각의 반대를 잘 알던 그는 [[내각]]에 입각하는 대신 [[대한제국 중추원|중추원 고문직]]으로 계속 돕겠다고 반복하여 개화파 정치인들을 일단 안심시킨다.
신문 창립 비용으로 국고에서 3천원과 정착 자금으로 1,400원 등 4,400원을 받았다.
[[1895년]] [[12월]] 중순에 그가 귀국한 직후부터 시도했던 [[신문]] 간행이 [[일본]]에 의해 좌절될 뻔했을 때, 서재필의 상심을 들어주던 유일한 대화 상대는 [[윤치호]]였다. [[윤치호]]는 [[아관파천]] 직후 신문 간행을 위해 분주하게 움직이던 서재필을 돕고 싶었지만, 이미 [[민영환]]을 수행해 [[러시아]]에 다녀오라는 [[대한제국 고종|고종]]의 명을 받았기에 도울 수 없었다. [[1895년]] [[유길준]]은 그에게 벼슬할 것을 권했다.
그러나 사양하였다. '[[갑신정변]]이 민중에 뿌리를 박지 못해서 실패했다'고 느껴 민중 계몽 사업을 하겠다며 조용히 거절했다.
귀국 직후부터 [[신문]]은 계몽의 한 방법이라는 [[유길준]]의 설명을 듣고, 그는 신문 발간을 준비해 왔고, 국내 온건 개화파의 각종 보호와 지원 그리고 정부의 재정지원, 일부 지식인들의 자발적인 성금 모금 등으로 그는 신문을 발간하게 되었다.
유길준은 서재필에게 신문 발간 계획을 위촉하였으며, 아관파천에 의해 정권이 바뀌었음에도 불구하고 신정부의 적극적인 지원으로 마침내 [[독립신문]]이 창간될 수 있었다.
그는 내무대신 [[유길준]]과 교섭, 5천원의 추가 지원 비용을 얻어내 [[독립신문]]을 창간하게 된다.
그는 [[사회계약론]]을 소개하며 조정이 인민의 재산과 행복을 지켜주는 조건부로 인민이 조정에 충성하는 것이라 하였다.
그러나 임금에 대한 맹목적인 충성을 당연시 여기던 당시의 백성들은 그가 소개한 [[사회계약론]]을 사회를 혼란으로 몰고 갈 괴상한 신사상 정도로 취급하였다.
독립신문을 창간하려고 하던 때였다.
서재필이 [[대한제국 고종|고종]]황제를 알현하러 궁중으로 들어가는데 [[안경]]을 끼고 갔다.
그가 입궐하자 입구에서는 그에게 [[안경]]을 벗도록 했다.
임금 앞에서 안경을 끼면 [[불경죄]]로 다스렸던 시대였기 때문이었다. [[조선]] 말기 이후 [[1920년]]대 까지만 해도 한국은 어른 앞에서 안경을 끼는 것을 무례한 것으로 간주하기도 했다.
궐앞에 이르러 나인들이 다시 저지하였다.
나인들이 '임금 앞에서는 [[안경]]을 쓸 수 없으니 안경을 벗으라'고 했다.
그때 서재필은 '나는 [[미국]][[시민권]]을 얻은 외신(外臣)의 신분'이라고 고집하면서 끝내 안경을 벗지 않고 빤들빤들한 안경을 쓴 채 고종을 알현했다.
바로 [[대한제국 고종|고종]]을 면담하는 자리에서 그는 절하지 않고, 안경을 쓰고 허리를 꼿꼿이 펴고 팔짱을 낀 채 [[대한제국 고종|고종]]의 물음에 그대로 말대답을 하였는데 이는 임석한 조정 대신들을 경악하게 하였다.
그러나 고종은 서재필의 말대로 그는 '외신'이니까 어쩌지 못하고 애꿎은 통역관만 그 안경 사건을 트집잡아 섬으로 귀양 보냈다.
고종은 그 '[[안경]]' 때문에 심기가 대단히 좋지 않았던 것이다. [[이범진 (1852년)|이범진]] 등은 이를 계속 소문을 내서 그를 곤경에 빠뜨리려 했지만 그는 상관하지 않았다.
매천 [[황현]] 역시 같은 기록을 남겼다.
서재필은 시종일관 절 한번 하지 않고 뒷짐진 채 짝다리 짚고, [[대한제국 고종|고종]] 앞에서 손가락 [[담배]]를 피운 채 면대하였다.
그가 [[서양]] 도깨비에게 홀려서 정신이상이 됐다는 소문도 유포되었다.
서재필은 [[아관파천]] 당시 [[러시아]][[공사관]]에 파천해 있는 고종을 찾아가 뵈었다.
이때에도 그는 안경을 끼고 고종을 면담했다. [[안경]]을 끼고 [[대한제국 고종|고종]]을 배알했던 서재필은 친로파로부터 역신이라는 정치적 공격을 받았다.
반면에 [[독일]]인 [[묄렌도르프]]는 고도의 [[근시]]이면서도 (입궐할 때는) [[안경]]을 벗고 배알한 탓에 [[대한제국 고종|고종]]의 환심을 샀다. [[일제강점기]]와 [[대한민국]] 시절의 [[한글]]학자 [[최현배]]는 "조선민족의 병폐를 가져온 원인으로 온갖 예절이 조선 사람의 생활을 구속했고, 생기를 잃게 했다"며 서재필의 안경 일화를 소개하기도 했다.
서재필은 정부로부터 창립 자금 4400원을 지원 받아 시작하였다.
독립신문은 주 3회 발행되었다.
그 중 [[주시경]]은 [[독립신문|독립신문사]] [[회계]][[사무원]] 겸 교보원(校補員)으로 임명하여 신문사의 재정과 교열을 담당하게 했다.
또한 [[언더우드 학당]]에서 [[호러스 그랜트 언더우드|언더우드]] [[목사]]와 관계가 다소 소원해졌으며 직업이 없어 고민인 [[김규식]]을 영입하여 취재기자로 고용하기도 했다. [[독립신문]]을 편집할 때 그는 [[띄어쓰기]]를 반영하였다.
그는 [[독립신문]]의 논설이며 모든 것은 내가 혼자 원고를 썼다"고 회고하는데, 이보다 전인 [[윤치호]]가 [[1893년]] 그를 미국에서 만났을 때, "서재필이 모국어 쓰기와 말하기를 거의 잊어 버려 놀랐다"는 기록이 있다.
신문 발간 추진 과정에서 윤치호에게 영어를 한글로 번역하는 번역 업무를 맡아줄 것을 제안하였다.
그는 [[신문]]을 발행하면서 전문 용어보다는 쉽게 [[한글]]로 풀이하도록 했는데, 처음에 300부를 찍었던 ‘[[독립신문]]’은 이내 발행부수 3,000부가 넘는 신문으로 발전했고, 10여명으로 시작된 [[독립협회]]는 이내 4,000명이 넘는 회원을 가진 큰 단체로 발전하면서 국민적 개혁 운동 을 본격적으로 추진하게 된다.
[[1896년]] [[4월]] [[독립신문]] 설립 직후 그는 조선도 감사나 수령, 관찰사나 군수, 부윤 등은 주민이 직접 선출해야 된다고 주장하였다.
주민이 직접 선출하는 지방관이 황제나 정부에서 임명하는 지방관보다 훨씬 낫고, 훨씬 자기 소신껏 일할 수 있다고 지적했다. [[4월 15일]]~[[4월 16일]]에는 그는 [[독립신문]] 사설에도 지방관을 백성들이 직접 선출하게 할 것을 서술하였다.
1896년 우리나라 최초의 민간발행신문인 〈독립신문〉이 자치단체장의 주민직선제를 골간으로 한 지방자치제를 주장한 사실이 새롭게 밝혀져 관심을 끌고 있다. 〈독립신문〉 논설에는 “관찰사와 고을 원은 정부의 내각 대신이나 협판(協辦 ·구한말 당시 궁내부와 각 부의 차관급)이 천거할 것이 아니라, 지방 백성이 투표로 뽑아야 한다”는 내용이 실려 있다.
이는 오랫동안 알려지지 않다가 1991년에 알려지게 되었다. [[1991년]] [[5월]] 이 내용을 발견한 경북대학교 물리학과 주창호(朱昌護) 교수(54 ·양자역학)는 “독립신문 논설을 쓴 것으로 알려진 徐載弼 박사 과거의 1세기 전에 자치제를 거론했다는 사실을 눈여겨봐야 할 것”이라고 말했다. [[1980년]]대 주창호 교수는 한국교회사 관계 자료를 모아 오던 중 [[1991년]] [[5월]] 독립신문 논설에서 지자제 주장 대목을 발견했다.
한편 귀국 직후 그는 부패한 외척 출신을 관리로 중용하고 무속인을 신봉했던 [[대한제국 고종|고종]]과 [[명성황후]]를 경멸했다.
또한 수구파 대신들의 탐욕과 비리를 거침없이 질타, 지적하는 한편 참정권을 그릇된 것으로만 이해하고, [[갑신정변]]에 부정적이었던 민중들에 대한 혐오와 경멸감을 감추지 않았다. [[윤치호]]에 의하면 서재필은 30대의 나이에도 불구하고 모든 [[조선]] 사람을 어린애나 미개인 다루듯이 하여 분노를 느끼는 사람이 많았지만 그가 [[미국인]]이어서 다들 어떻게 할 수가 없었다는 기록을 남기기도 했다.
[[윤치호]], [[유길준]]은 그에게 시정과 자제를 요구했지만 오히려 서재필의 말을 듣고 깊이 공감하는 점을 느끼면서 훈계를 그만둔다. [[미국]]공사관 공사 [[알렌]]은 그에게 분노하더라도 겉으로는 웃으며 좀 외교적인 태도를 가지라고 충고하기도 한다.
고국에 체류하는 동안 그는 [[이상재]], [[윤치호]], [[이승만]], [[남궁억]] 등과 함께 한국 최초의 근대적 시민단체인 [[독립협회]]를 만들고 그 첫 사업으로는 독립문 건립 계획을 수립한다.
그는 또 [[조선 고종|고종]]에게 [[청나라]]로부터의 독립, 자주권을 주장할 것을 요구하였다.
또한 [[독립협회]]의 동지들에게도 [[조선]]은 오랜 역사와 전통을 지닌 민족이며 [[청나라]]로부터 독립하여 자주국가를 이루자고 주장하였다. '어서 빨리 청나라와 결별해야 된다.
그게 이 나라가 사는 길이다.
그리고 고루한 [[중국]] 서적과 [[유교]] 서적은 쓰지 말아야 된다'고 역설하였다.
일본은 조선의 [[유길준]], [[윤치호]]가 국민들을 개화한다는 취지로 신문을 제작하는 것으로 보았으나, 반외세, 교육 계몽, 자립, 실력 양성 등을 논설로 내보내는 것을 내심 경계하였다. [[아관파천]]을 단행하는 [[조선 고종|고종]]을 보고 그는 [[조선]]에 가능성이 없음을 간파하고 단념하게 된다.
민중들은 개화파를 왕실에 저항하는 역적 정도로 취급하였고, 계몽운동이 실패로 돌아간 것과 민중의 냉대에 좌절한다.
[[1896년]] [[3월 14일]], 그는 [[대한제국 중추원|중추원 고문]]으로 재직 중이면서 신문 담당 부서인 [[농상공부]] 임시 고문을 겸하게 되었다. [[학부]]에서는 각급 학교의 학생들에게 신문을 구독하라는 지시를 내리고, 내부에서는 각 지방관청에 구독을 명령함은 물론 우송 상의 혜택까지 부여했다. [[아관파천]] 전후 [[대한제국 고종|고종]]이 [[러시아]] 공사관에 머물러 있던 상황에서 [[조선]]에 대한 경제적·문화적 침투에 한계를 느끼던 [[러시아]]는 [[조선]]에 군사적·정치적 압력을 확대하면서 만주와 조선에 대한 침략정책을 폈다.
이에 서재필은 러시아의 대한정책과 동아시아 정책에 대해 비판적인 논조의 기사를 쓰는 한편 만민공동회를 개최하여 러시아 고문단의 철수를 요구했다.
서재필은 [[독립신문]] 창간호에서 신분이 낮은 사람들과 여성들이 쉽게 읽을 수 있도록 '[[한글|언문]]'을 공식적인 인쇄 [[언어]]로 채택하며 띄어쓰기를 도입한다고 밝혔다. [[독립신문]]을 통해 서재필은 독립된 나라를 만들기 위하여 내부적으로는 교육 확대 및 산업 발전을 강조하였고, 그를 위해 의무 교육 도입, 서양 과학 기술의 도입, 식생활과 위생의 개선에 대한 여러 가지 안들을 제시하였다.
그리고 [[러시아]]와 [[일본]]이 [[한반도]]를 둘러싸고 대립하고 있는 상황에서 어느 한 쪽에 의존하면 조선이 위험에 처할 수 있으니, 외부적으로는 [[중립 외교]]를 펼쳐야 한다고 주장하였다.
[[파일:독립협회 도장.png|섬네일|오른쪽|150px|[[독립협회]] 법인 도장]]
서재필은 [[독립신문]]을 일반 민초들이 쉽게 알아보게 하기 위해 [[한글]] 단어 사용을 신중히 고려하였고, [[국문학]]자인 [[주시경]]을 영입하려 했고, 주시경의 노력에 힘입어 순[[한글]]로 간행할 수 있었다.
'[[독립신문]]'은 근대적 여론 형성의 기틀을 마련했다.
독립신문 창간은 당시 권력을 잡고 있던 정동구락부, 정동파, 친미파 등으로 불린 영어파 세력의 전폭적인 지원 아래 이뤄졌다.
4면 가운데 3면은 한글 전용 '독립신문'으로 편집하고, 마지막 1면은 영문판 'The Independent'로 편집하였다. [[1898년]] [[7월 4일]]자 [[독립신문]]에는 [[영어]] 교습 광고도 실려 있었다. "대한 사람들이 영어를 배우고자 하나 학교에는 다닐 수 없고, 또 선생이 없어서 못 배우는 이가 많다 하기로, 영국 선비 하나가 특별히 밤이면 몇 시간씩 가르치려 하니, 이 기회를 타서 종용히 영어를 공부하려는 사람들은 [[독립신문]]사로 와서 물으면 자세한 말을 알지어다."라고 발표했다.
서재필은 조선인의 의식부터 개조해야 진정한 독립국으로 발돋움할 수 있고, 민권이 존중되는 [[민주주의]] 체제가 들어설 수 있다고 보았다.
다만 당대에는 민주주의 체제의 등장이 어렵다고 내다봤다.
서재필을 비롯한 개화주의자들은 '[[독립신문]]'에서 “조선인의 타고난 체형은 동양 인종 가운데 가장 우수하다”고 자랑하거나 한때 ’상것’이라고 금기시했던 상민들의 석전(돌 싸움)을 긍정적으로 재조명했다.
또한 그는 [[독립신문]]에 칼럼을 기고하면서 서구식의 개선된 생활도 보급되어야 함을 역설하였다. [[1896년]] [[11월 14일]]자의 [[독립신문]] 칼럼에서 그는 [[조선]]사람들의 매너없는 행동을 지적, '남의 집에 갈 때 파, 마늘을 먹고 가는 것은 아니며(실례이며), 남 앞으로 지나갈 때는 용서해 달라고 하고 지나가야 한다'고 했고, [[1896년]] [[10월 10일]]자에서는 '[[조선]] 사람들은 [[김치]]와 밥만 먹지 말고 소고기와 브레드도 먹게 되어야 한다'고 주장했다.
또한 외부 문명과 외부인에 대해 배타적이고 폐쇄적인 자세를 버려야 한다고 역설하였다.
한편 [[일본]]에서는 [[독립신문]]이 반일 사상을 고취한다며 [[조선]] 정부에 압력을 놓았다. [[러시아]]는 [[러시아]]대로 [[독립신문]]을 [[일본]]이 서재필과 필진들을 앞세워서 운영하는 것으로 판단, [[조선]] [[정부]]에 압력을 넣어 [[독립신문]] [[후원금]]은 점차 감소, 끊어지게 된다.
그는 [[독립신문]]을 통해 국내외의 사정, [[대한제국 고종|고종]]과 대신들, 조정에서 결정한 사항, 국외의 정세를 한글로 번역하여 보도하고 그 옆면은 영어로 된 기사를 보도했다.
그는 [[조선]] 사회의 혼란의 원인을 무능한 [[탐관오리]]들과 인맥, 문벌, 연줄로 사람을 선발하는 것을 원인으로 지적했다.
또한 지방관이나 아전 등이 뇌물수수를 한 것이 적발되면 바로 신문에 보도하거나 특별 호외를 내서 사건의 전말을 보도하기도 했다.
그는 [[매관매직]]과 인맥, 문벌로 채용된 인사들, 탐관오리들이야 말로 민중의 고혈을 짜는 자들이라며 '[[매관매직]]을 하는 [[탐관오리]]들은 (이유를 막론하고) 모조리 죽여야 하고, 그 시체를 실은 배도 바다 한 가운데서 침몰시켜야 한다.'며 신랄하게 지적하기도 했다.
[[1896년]] 내내 계몽강연 활동과 [[독립신문]]을 발행하는 일 이외에도, 서재필은 [[목요일]]마다 매주 비용 한푼 받지 않고 무료로 [[배재학당]]에 출강해 [[이승만]], [[주시경]], [[신흥우]], [[김규식 (1881년)|김규식]] 등의 젊은이들에게 세계사를 강의하면서 [[자유 민주주의]]와 [[참정권]], [[인권]] 개념, [[사회 계약론]] 등을 가르치기도 했는데, 이 때 [[이승만]]도 그의 강의를 듣고 깊은 감명을 받았다.
다. [[1896년]] [[11월]] 학생들은 13명의 회원으로 협성회(協成會)라는 학생토론회를 조직했는데, 1년 만에 회원이 약 200명으로 증가했다. [[협성회]]에도 [[이승만]](李承晩), [[김규식]] 등의 학생지사(志士)들이 모여들었고, 서재필은 학생 토론 모임인 [[협성회]]를 지도하였다.
그 밖에 그는 [[만민공동회]]의 연사로 [[조선]] 팔도를 순회강연하기도 했다.
조선을 순행할 때 그는 항상 [[미국]]인 [[경호원]]을 대동하고 돌아다녔다.
그는 [[배재학당]]과 [[언더우드 학당]]의 학생들에게 수업 이외에도 별도로 논리적 설득의 필요성과 토론하는 방법을 틈틈이 가르치기도 했다. [[1897년]] [[7월 8일]] [[정동]]에 새로 지은 [[감리교회]] [[예배당]]에서 [[배재학당]] 졸업식이 있었고, 600명의 청중이 모였다.
1부는 [[문학]] 시강으로 [[한문]]과 [[영어]]의 공개 강독이 시행되었다.
2부는 갈고 닦은 [[협성회]] 토론 시범을 보이는 차례였다.
토론은 성공적이었고 서재필은 1년간 자신의 강연을 수강한 학생들 가운데 우등 1명, 이등 1명, 삼등 2명의 학생을 뽑아 각각 5원, 3원, 2원씩의 상금을 수여하였다.
그 순간 서재필은 [[해리 힐맨 고등학교]]에서 [[영어]]로 연설하여 우등상을 받았을 때의 감격을 다시금 느꼈다 한다.
그는 '이제 이 학생들로 크게 변하여 [[조선]]을 위한 큰 인재가 될 것이다.'라고 확신하고 토론 기술과 방법을 계속해서 가르치고 교정시켰다.
행사를 마친 학생들은 인근 [[배재학당]]으로 가서 [[다과]]로 연회를 열었다.
서재필은 귀국하며 세웠던 목표를 거의 달성했다고 생각했다.
마지막으로 학생들에게 연설했다.
학생들은 서재필의 연설이 끝나자 사은의 예로 준비한 선물([[영어 사전]])을 정중히 올렸다.
이때 그를 도운 이승만과는 오래도록 친분관계를 형성했다.
서재필과 이승만의 관계는 오래도록 지속되었는데, 1920년경에 이르러 서재필은 임시정부의 대통령이기도 한 이승만에게 이군이라는 호칭 대신 이형(李兄) 또는 우남이라 부르기 시작하였다.
이승만은 역시 서재필을 선생님이라 칭하였다.
[[협성회]] 공개 토론회의 성공은 그날 하객으로 참석했던 [[독립협회]] 회원들에게도 큰 자극이 되었다. [[러시아]]에 다녀온 뒤 의기소침했던 [[윤치호]]에게 남다른 감격이었다.
이후에도 서재필은 [[협성회]] 활동과 계몽강연을 지도하며 전국을 순회하였다.
그는 학생들에게 토론하는 방법과 절차에 대해 하나하나 설명했고 초기에는 억지로 참석하였으나 나중에는 자발적으로 참여하여 토론하는 문화가 조성되었다.
서재필은 한국에 민권 사상, [[참정권]], [[민주주의]] [[시민]]의식이 싹트려면 일단 다른 사람의 뜻을 듣고, 토론, 조절하는 능력부터 배양해야 된다고 하였다.
이런 성공적인 토의 활동은 [[윤치호]], [[박정양]], [[유길준]] 등을 고무시키게 된다.
독립문 건립과 독립협회 활동.
서재필은 [[1896년]] 초부터 서울 영천에 있는 [[영은문]]이 [[청나라]] 사신을 영접하기 위해 사용되었던, 치욕스러운 존재라고 하여 [[영은문]]을 헐고 그 자리에 독립문을 세울 것을 건의하였다.
그 중에서도 서재필은 [[독립협회]] 고문에 선출되어 윤치호와 함께 협회의 제반사무를 총괄하였다. [[윤치호]]는 [[미국]]에서 서재필을 만났을 때 혹시나 조선의 정국이 변한다고 해도 서재필이 아픈 기억을 되살리고 싶지 않아 귀국하지는 않을 것으로 내다봤다.
그리고 [[윤치호]]와 서재필은 [[독립협회]]에서 의기투합하여 활동했다.
그는 [[미국]]에 있을 때 입수한 [[프랑스]] [[파리 (프랑스)|파리]]의 [[개선문]]을 그린 그림을 소지하고 있었다. [[독립협회]]가 기금을 모아 완공한 독립문은 서재필이 가지고 있던 화첩 중에서 파리의 개선문을 모델로, 그 규모를 축소하되 모양만은 똑같이 한 것으로 알려져 있다.
독립문은 서재필이 특별히 초빙한 건축사 [[아파나시 세레딘사바틴]]이 설계하였다.
후일 사적 32호로 지정된 [[독립문]]은 서재필이 독립문의 윤곽을 스케치한 것을 바탕으로 [[독일]] 공사관의 [[스위스]]인 기사가 설계를 담당했다.
토목·건축공사는 한국인 건축 기사 [[심의석]]이 담당하고 중국인 노무자들이 노역을 맡았다.
공사비는 기부금으로 해결했다.
후일 [[아파나시 세레딘사바틴]]의 출신과 관련, 서재필은 그의 자서전에서 독립문 설계자를 [[스위스]]인 기사라고 언급했다.
그는 사대사상의 증거인 [[한성부]] 서대문방 현저동(峴底洞) 모화관과 영은문을 헐어야 된다고 주장하였다. [[모화관]]은 조선 말기인 1897년 서재필 같은 독립협회 인사들에 의해 '독립관'(獨立館)으로 개축돼 독립협회 회관으로 쓰였다.
또한 [[독립협회]]보를 발간, [[자유]] 민권활동과 참정권, 독립 사상을 고취시켰다.
그는 [[조선]]이 [[신라]], [[고려]], [[조선]]의 1,200년간 [[중국]]의 속국이자 종으로 살아왔다며 중국의 속국이 아니라 자주국가임을 천명해야 된다고 역설하였다.
초기 관료 중심의 [[독립협회]]를 탈바꿈시켜 대중 토론회를 조직하였고, 이 토론회는 [[만민공동회]]로 발전하였다.
그리고 독립협회는 이 경험을 바탕으로 의회 설립 및 입헌군주제로 개혁을 추진하였다.
그러나 정부 관료들은 그가 황제에 불충하는 선동을 한다고 비난했다. [[대한제국]] 조정의 수구파는 서재필을 제거할 계획을 세웠으나, 그가 [[미국]] [[미국 시민권|시민권자]]이므로 해코지하였다가 [[외교]]문제로 비화될 것을 우려하여 중단하게 되었다.
한편 서재필은 자신을 찾아오는 수많은 젊은이들에게 [[영어]]를 배우고 유학을 가서 신문물을 보고, 보는 시야를 넓혀야 된다고 하였다. [[이승만]]과 [[김규식]]에게 미국 유학을 적극 권고한 것도 서재필이었다.
[[1897년]](고종 34년) [[7월 30일]]의 한 강연에서 서재필은 "인간의 자신의 권리와 자유를 지키기 위해서 임금이나 아버지를 죽일 수도 있다"는 발언을 하였다.
서재필은 인간의 권리는 하늘이 내린 것([[천부인권]])이며 아무런 잘못 없이 누구도 다른 인간의 권리를 함부로 침해해서는 안 된다고 역설하였다.
한편 [[대한제국 중추원]]에서 대신의 물망에 적합한 인사들을 추천하고 그 명단에 서재필이 들어있는 것을 본 대신들은 그가 [[대한제국 중추원|중추원]]을 사주하여 체제 전복을 꾀한다고 무고하였다.
그는 계속해서 [[배재학당]]과 [[언더우드 학당]]을 비롯, 학생 청년들을 모아 [[배재학당]] 회관에서 토론, 토의하는 법을 비용없이 무료로 가르쳤다.
또한 [[원산부|원산]]에 있는 [[원산학사]]에도 매주 주말에 방문하여 토론 기술과 화법을 가르쳤다.
그는 배움을 청하러 찾아오는 젊은이들을 신분 차별을 두지 않고 받아들였다.
서재필의 귀국 직후부터 [[노비 해방]]문제를 상의하던 윤치호와 서재필은 [[노비]]들을 해방시킬 것을 결의하고, [[1897년]] [[10월]], [[독립협회]]와 [[만민공동회]]에 노비 해방 문제를 상정시키기로 계획하고 [[1897년]] [[11월 1일]] [[독립협회]]의 토론에 노비제도가 필요한 것인가에 대한 여론을 공론화시켰다.
[[1897년]] [[11월 1일]]의 제8회 토론회의 광경을 보면, 약 500명의 회중이 참석한 가운데 먼저 회원의 호명이 있었고, 다음 지난 회의 토론회 기록의 확인이 있었으며, 내빈 소개와 신입 회원 소개가 있었다.
서재필은 독립협회의 회장에게 노비 해방에 대한 것을 건의하였고, [[11월 1일]] 독립협회 회의의 주제로 채택된다.
회장이 토론회의 주제, 이날의 주제는 '[[노예해방운동|동포 형제간에 남녀를 팔고 사고 하는 것이 의리 상에 대단히 불가하다]]'고 선언하였다.
이에 따라 전 주의 선정에 의거하여, 주제에 대한 찬성편은 힘껏 주제의 정당성을 설명하고, 주제에 대한 반대편은 토론이 잘못된 방향으로 나가는 것을 막는 발언을 했으며, 토론회에 참석한 일반 회중은 토론에 자유롭게 토론하였다.
이 중 한 발언자가 용역은 '하나의 필요한 제도이며 [[노비 제도]](奴婢制度)는 그러한 용역의 하나라고 발언하자, 회중의 하나가 일어서서 토론자가 명제를 정확히 말하고 있지않다고 의사 규칙 위반을 들어 항의했으며, 많은 회원들이 주제의 찬성편에 서서 발언하였다. [[1897년]] [[11월 1일]] 윤치호는 노비제도의 폐해와 비인간성을 구체적 사례를 들면서 설명하는 연설을 하고, 서재필은 [[미국]]에서의 [[아프리카]] [[흑인 노예]] 들의 참상을 들어 설명하였다.
다음으로 주제에 대한 회중의 의견을 투표에 붙인 결과 만장일치로 주제에 대한 찬성이 의결되었으며, 주제에 찬성한 사람은 자기가 실제로 소유한 노비를 모두 해방시키도록 하자는 동의가 가결됨으로써 토론회를 끝내었다. [[독립협회]]의 결의에 따라 한성부의 양반 가에서는 노비문서를 불태우고 노비들을 석방시키는 이들이 나타나기 시작하였다.
윤치호와 서재필은 각각 인간은 물건이 아니며 재산이 되어서는 안된다, 인간의 생명은 하늘이 부여한 것이라고 역설하고 다녔다.
그러나 [[1897년]] [[11월 1일]]의 노비해방에 대한 기습 토론 이후 [[노비 해방] 풍조가 [[한국]]사회에 점차적으로 확산되었다.
은신처에서 그는 척신파 대신들의 [[김홍륙 사건]]을 계기로 [[연좌 제도]]와 [[노륙형]]을 부활하려는 움직임을 규탄, 항의하는 소를 지어 올렸다.