「犯罪捜査をする機関」と聞いて多くの人が思い浮かべるのは警察であろう。
しかし、犯罪捜査をする公的組織は警察だけでなく、海上保安官、麻薬取締官、など、法律によってそれぞれの担当する分野での犯罪捜査の権限を与えられた機関も存在している。
刑事訴訟法では、「司法警察職員」という権限を設定しており、この司法警察職員の資格があれば、少なくとも特定の分野での犯罪捜査ができる。
警察官は、司法警察職員の資格が与えられている（189条1項）。
また個々の法律で捜査権限を与えられている海上保安官、麻薬取締官、労働基準監督官、なども刑訴法では司法警察職員と呼んでいる（190条） 田中、P41 。
区別のため、警察官を「一般司法警察職員」と呼ぶ。警察官以外の海上保安官、麻薬取締官、労働基準監督官などを「特別職司法職員」と呼ぶ。
司法警察職員は、さらに縦の関係で、上級の「司法警察員」と下級の「司法巡査」とに分類される（39条3項参照）。
逮捕状の請求（199条2項）など重要な権限は司法警察員にのみ与えられている場合があるので、注意が必要である 田中、P42 。
※ 警察の組織階級について、警視総監、警視監、警視庁、警視正、警視、警部、警部補、巡査部長、巡査の9階級がある（警62条）。警察では、原則として巡査部長以上が司法警察員である（昭和29年国家公安委員会規則5号） 田中、P42 宇藤、P30。
検察官は、いかなる犯罪についても捜査をする亊ができる（検察6条）。検察官は、必要と認めるときは、自ら犯罪を捜査する亊ができる（191条1項）。
その補佐機関である検察事務官は、検察官の指揮を受けて捜査をしなればならない（検察27条）。
大多数の事件では、警察が先に捜査をし、検察は必要に応じて補充的に捜査するのが一般的である。しかし大規模な脱税事件や経済事件、政治事件など、複雑な事件だったり高度の専門性が必要な事件に関しては検察官が主体となって捜査をするのが一般的である（いわゆる「独自捜査」宇藤、P32）。
検察官には、司法警察職員に対して「一般的指示」と「一般的指揮」（※最後の文字が揮）と「具体的指揮」をする権利が与えられている。
検察官は、司法警察職員に対して指揮をする権限があり、この指揮のことを「一般的指揮」といい（193条）、この指揮の権利のことを「一般的指揮権」宇藤、P32という。具体的指揮権も、検察が独自に捜査をする場合における司法警察職員に対する指揮権であるが、個別の司法警察職員に命じて捜査の補助をさせる場合をいう。司法警察職員は、正当な理由が無いのに検察のこれらの指揮に従わない場合、懲戒または罷免などの処分をされる（194条）。
「一般的指揮」とは異なり、「一般的指示」（※最後の文字が揮ではなく示）というものがある。一般的指示は、準則の制定のことであり、「司法警察職員捜査書類基本書式例」、微罪処分の基準準則、などがある。
捜査については、まず、197条1項で「捜査については、その目的を達するため必要な取調をすることができる」と定められている。
さらに、但書で、「強制の処分」（強制処分）にあたる場合は、「強制の処分は、この法律に特別の定のある場合でなければ、これをすることができない。」と定められている（197条1項但書）。しかし、実は刑訴法には、強制処分の定義は無い。
そのため、何が強制処分に当たるかが、裁判で論争になる場合がある。
学説的には、まず、刑訴法に直接の明文の規定がある逮捕や拘留、捜索や差押が強制処分である亊は疑いがないとされている田中、P59。
なお、逮捕や拘留、捜索や差押は「強制捜査」とも言われる田中、P57。
強制の処分でない方法による捜査を任意捜査という。具体的には、実況見分（けんぶん）、聞き込み、目視による尾行、張り込み、任意の出頭および任意の取り調べが、任意捜査とされる田中、P57。
捜査はなるべく任意捜査によらなければならない（任意捜査の原則）。学説上、197条1項は、任意捜査の原則を定めていると考えられている。
また、犯罪捜査規範99条で任意捜査の原則が明文化されている。
令状主義
日本国憲法35条では、令状がなければ、「住居、書類及び所持品」への捜索、押収などは、一定の場合を除いて出来無いと規定されている。
また、令状は「正当な理由」に基づいて発せられないければならないと憲法にあるので、従って、裁判官は必ず理由を審査しなければならない。
憲法33条は、裁判官のみが令状を発する亊ができる亊を規定したものだと考えられている。現行の刑訴法も、これを受けて裁判官のみが令状を発することができる亊を前提とした構成になっているとされる田中、P59宇藤、P47。
このような、事前の令状が必要な定めのことを令状主義という。
また、令状には、処分の対象が明示されなければならない（一般令状の禁止）宇藤、P47。憲法35条に「捜索する場所及び押収する物を明示する令状」とあるが、これは一般令状（general warrant田中、P103）を禁止した定めだと解釈されている。歴史的には17世紀イギリスで対象不特定の一般令状が濫用され、のちにその弊害が痛感された田中、P103。
告訴とは、※調査中
親告罪とは、告訴が無ければ公訴を提起できない罪のことである。親告罪の起訴は、犯人を知った日から6ヶ月以内にしなければならない（235条1項本文）。
告発は、第三者が、捜査機関に対し、犯罪事実を申告し、犯人の訴追・処罰を求める意思表示である（239条1項）。
自首とは、犯罪事実または犯人が誰であるかが発覚する前に、犯人が自ら捜査機関に罪を犯したことを申し出ることをいう。刑法上は刑の減刑の理由となる（刑42条）。自主に関する手続は、告訴・告発の規定が準用される（245条）。
犯罪の被害者は、犯罪の被害を告訴できる。被害者本人のほか、その法定代理人、その他一定の関係者が告訴をする亊ができる（231〜233条）。
告訴は、書面または口頭で、検察官または司法警察員に対してしなければならない（241条）。口頭で告訴がなされた場合は、調書を作成しなければならない（241条）。
告訴を受けた司法警察員は、速やかにこれに関する書類および証拠物を検察官に送付しなければならない（242条）。
また、検察官は、告訴があった事件について、起訴・不起訴の処分をしたときは、速やかにその旨を告訴人に通知しなければならず（260条）、また不起訴処分にした場合は請求がある場合にはその理由を告げなければならない（261条）。
「職務質問」とは、警察官が、いわゆる挙動不審者を発見した際に、停止させて質問する亊である。
その対象になるのは、警職法2条1項により、「異常な挙動その他周囲の事情から合理的に判断して、」
である。警察官は、これらの者に職務質問をすることができる。
その場で質問することが交通の妨害になるときは、警察官は、対象者に駐在所への任意の同行を求めることができる（警職2条2項）（「任意同行」と言われる）。
任意同行は文字どおり任意の同行を求めるだけなので、強制手段を用いることが許されない。具体的には、派出所に連行することは許されないし（警職2条3項）、また、答弁を強要することも許されない（憲33条・38条）田中、P52。
ただし、身体拘束に至らない程度の自由の制限は許されるとする見解もある田中、P52宇藤、P56。
判例では、酒気帯び運転の疑いのある自動車に対し、相手が自動車を発信させようとしたところ、警察官が窓から手を差し入れエンジン・キーを回してスイッチを切った事例が、適法と認められている（最決昭和53・9・22刑集32巻6号1774頁）。
他の判例では、覚醒剤使用の疑いのある者が、自動車を発進させるおそれがあったので、警察官が、エンジン・キーを取り上げた行為を、判例は適法だとしている（最決平成6・9・16刑集48巻6号420頁）。
自動車検問
警察官が、一定の場所を通行している者に対し、その者を停止させて、停止させた通行者に質問をすることを一般に「検問」といい、職務質問の一類型でもある。
特に、警察官が、一定の場所を通行している自動車を運転している者に対し、それを停止させて、運転者や同乗者に質問をすることを「自動車検問」という。
学説的には、この自動車検問では、警察官が恣意的に不審者を選んで検問するのは許されないと考えられている。つまり自動車検問では、一定の基準で無差別的に車を停止させなければならない田中、P56宇藤、P63。
なお、既に犯行に使われたことが分かっていてナンバーの割れている車両を停止させる亊は刑訴法にもとづき可能だが宇藤、P64、検問とは異なる。
警察実務上、自動車権門は、
の3種に分けられる。
これらの法的根拠の議論がある。
学説的には、緊急配備検問は刑訴法197条に基づく任意捜査として許されると解釈されている。
交通検問については、判例で最高裁は、「交通の取締」を警察の責務として掲げた警察法2条1項を根拠として、任意の手段で行われる限りは交通検問は許されるという判断を示した（最決昭和55・9・22刑集34巻5号272頁）。
警戒検問については、警察法2条1項で「犯罪の予防、鎮圧」が警察の責務として掲げられているので援用できる。
逮捕も拘留も、令状主義の規制が及ぶ。
留置は、被疑者に比較的短時間の拘束をする処分であり、48時間または72時間の「留置」である。
この「留置」は、憲法34条の「抑留」に当たる。
刑訴規則143条3によると、逮捕の目的は、「逃亡する虞（おそれ）」や「証拠を隠滅する虞（おそれ）」に対応するためのものでなければならない。つまり、逃亡や証拠隠滅のおそれがないのに逮捕する亊は許されない。
例外的に軽微な罪状で逮捕される場合としては、被疑者が住所不定である場合と、正当な理由なく出頭の求めに応じない場合に、逮捕をされる場合があり、現在のところその軽微さの基準は30万円以下の罰金、拘留または過料にあたる罪の場合である（199条1項但書）。ただし、住所不定である場合の被疑者の逮捕については「逃亡する虞」に含まれるとして、例外視しない学説もある田中、P65。
刑訴法は、逮捕の種類として、通常逮捕（199条以下）、緊急逮捕（210条以下）、現行犯逮捕（212条以下）の3種類を規定している。通常逮捕は、事前に裁判官の発する令状が必要な方法による逮捕である。刑訴法では、令状によらない逮捕として現行犯逮捕と緊急逮捕がある。
通常逮捕
一般的には、通常逮捕が、令状主義に則った原則的な逮捕の形態である。
なお令状主義では、単に形式的に令状があるだけでは不十分であり、裁判官が中立的な立場で、逮捕をするほどの「理由」があるかを審査しなければならないとされる。
憲法33条にも「理由となっている犯罪」という言い回しがある。刑訴法では「被疑者が罪を犯したことを疑うに足りる相当な理由がある」ときに逮捕を認める（199条1項）。
逮捕の執行自体は、検察官・検察事務官・司法検察員に令状が所持されていて、その令状を提示すれば、逮捕を行える。
（※要出典）つまり、司法巡査でも逮捕は行える。
しかし逮捕状の請求は、検察官・司法警察員に限られる。つまり、検察事務官と司法巡査は請求できない宇藤、P68。
逮捕は重大な処分であるため、濫用を防ぐために、逮捕状の請求に上記のような制約をつけている。
現行犯逮捕
現行犯逮捕は、現に罪を行い、または罪を行い終わった直後田中、P66の者を、逮捕状なしに逮捕できるというものである（212条、213条）。
現行犯逮捕は、令状主義の例外である。
犯行直後なので逮捕者にとって犯人が明白であるという事情と、仮に令状を取っていると犯人が逃亡するおそれが高いので令状をとっている余裕が無い、という考えにより現行犯逮捕は正当化されている。
212条2項は、犯人として追呼されている者など（1号）を、現行犯人とみなす亊を認めている（準現行犯人）。
現行犯逮捕は、私人でも行える。ただし、私人が逮捕した場合、ただちに検察官または司法警察員に引き渡さなければいけない（214条）。
緊急逮捕
死刑または無期または禁固3年以上の刑の被疑者で、被疑者が犯罪を犯した亊を疑うのに「充分な理由」のある場合には、逮捕状がなくても、急速を要する場合には捜査機関は被疑者を逮捕でき、これを緊急逮捕という。
事件の重大性と、「充分な理由」のほか、「急速を要し、裁判官の逮捕状を求めることができない」という「緊急性」が必要とされる。
逮捕に際して、逮捕する捜査機関は被疑者に対して、
を告げなければならない（210条1項）。
ただし、逮捕後に速やかに裁判所に逮捕状を請求しなければならず、もし逮捕状が発せられないなら、直ちに釈放しなければならない。
警察が被疑者を逮捕した場合、勾留状がなければ、72時間までしか被疑者を拘束できない田中、P72。
なお、検察官による逮捕の場合は勾留状なしでは48時間までしか被疑者を拘束できない。
制限時間の72時間（または48時間）を過ぎても拘束しつづけることを勾留という。
勾留の請求は検察官が行わなければならず、その請求を受けた裁判官が勾留状を発する（207条5項）。
また、勾留を請求するのは、勾留の「理由」が必要である。勾留の「理由」は、
の少なくとも一つ以上に該当する必要がある。
請求を受けた裁判官は、被疑者の陳述を聴いて、また、請求にある勾留の理由などを審査しなければならない。
裁判官は、勾留の理由が無い場合は、勾留状を発してはならず、ただちに釈放を命じなければならない（207条5項）田中、P73。
勾留の理由などの審査の結果、勾留が妥当であれな、裁判官は勾留状を発する。
勾留の期間
勾留の請求が法定の時間制限内になされなかった遅延の場合は、その原因が突発的な交通の途絶田中、P74などのやむをえない理由にもとづく正当なものでない限り、裁判官は被疑者の釈放を命じなければならない。
勾留の期間は、原則として勾留請求した日から10日である。
検察官が、勾留請求した日から10日以内に公訴提起しなければ、裁判官は直ちに被疑者の釈放を命じなければならない。
実務上は、裁判官が10日よりも短い勾留状を発することはない。
やむを得ない事由がある場合、勾留の期間を延長できる。事件が複雑な場合、被疑者が多数の場合田中、P74などが、やむを得ない場合に相当するとされる。
勾留の延長は原則として最大10日間である（208条2項）。（※つまり合計で、最初の勾留状請求から20日間）
内乱罪・外患罪については、さらに5日を限度として延長できる（208条の2）。
勾留の場所
被疑者の勾留場所は、勾留状に記載された刑事施設であり、裁判官がその刑事施設を指定する（207条1項6号、64条1項）。なお刑事施設については、刑事収容施設法で規定されている。
実務的には、被疑者の勾留場所になるのは、通常は、起訴前はその事件を捜査している警察署の留置場であり、起訴後は拘置所に移送するのが通例である田中、P75。
社会的な議論として、留置場を勾留場所とすることを「代用監獄」問題として批判する意見もある。
もっとも、このような議論を受けて、留置担当官と捜査担当官を分離する制度が法制化されており、刑事課から総務課に留置担当が移されている（刑事収容16条3項）。
不服申し立て
裁判官がした「勾留・・・（※中略）に関する裁判」に不服がある者は、その取消・変更を請求することができる（429条1項2号）。
この手続は「準抗告」といわれるものの一種である。
「犯罪の嫌疑がないこと」を理由に準抗告できるかは議論がある。
逮捕前置主義
現行の刑訴法は、一般に、勾留の前に逮捕がなされている亊を前提としており、これを逮捕前置主義という。つまり、逮捕されていないのに、いきなり勾留することは許されない。
逮捕手続きに違法があった場合に勾留請求が許されるかどうかが、よく学問的な議論になる。
重大な違法手続があった場合なら勾留は許されないという点では意見がほぼ一致してるが、しかしその基準が学説によって異なる宇藤、P86。
事件単位の原則
逮捕も勾留も、被疑者単位ではなく、事件単位で行われる。このことを事件単位の原則という。
つまり、たとえば同一の被疑者Xが犯罪事件A事実およびB事実を犯した場合、2つの事件を犯しているので、2度の逮捕がありえて、また、既に逮捕・勾留されている被疑者が重複的に再逮捕される亊も許される。
B事実を考慮してA事実の勾留期間を延長する亊は許されない。つまり、一般的に言えば、
一罪一逮捕の原則
一罪について複数の逮捕を行うことは原則として禁止されており宇藤、P88、これを一罪一逮捕の原則という。
「分割の禁止」の原則とも言われる田中、P84。
ここでいう「一罪」とは、実体法上での一罪とするのが通説である。
捜査機関（検察官・検察事務官・司法警察員）は、犯罪の捜査をするについて必要があれば、被疑者の出頭を求め、これを取り調べる亊ができる（198条1項）。ただし、被疑者は、逮捕または勾留されている場合を除いては、出頭を拒むことができるし、一度出頭しても途中で退去できる（同項但書）宇藤、P104。なお、逮捕も勾留もされてない場合に出頭した場合は、これは任意の出頭であるので、任意出頭という宇藤、P104。
特に、捜査機関が被疑者の住居や職場に赴いた上、警察署等への同行を求める場合はこれを「任意同行」と言う。任意同行を明示的に定めた規定はないが、しかし任意同行も198条1項による任意出頭の一形態であるとするのが多数説である宇藤、P104田中、P89。
ただし、任意同行は事実上の強制性が高いおそれもあるという指摘がされており、学問的には議論もある。
調書
なお任意出頭の際、捜査機関は、被疑者の供述を調書に録取することができるが（193条3項）、これを被疑者に閲覧させ、または読み聞かせて、誤りが無いかを問い、被疑者の確認をとらねばならない（198条4項）。
被疑者が調書に誤りがないことを申立てたときは、捜査機関は、被疑者に署名・押印を求めることができるが（198条5項）、それに被疑者が応じるか否かを決めるのは被疑者の任意である（5項）。
被疑者の署名・押印は、その調書をのちの公判で証拠として用いるための要件でもある。
取調受忍義務
198条によると、逮捕または勾留されている場合を除いて出頭をこばめるという内容であるが、このことから現時点で逮捕または勾留されている者は出頭をこばめないと解釈（反対解釈）するのが素直な読み方であろう。
取り調べを受ける義務のことを取調受忍義務といい、例文をあげるなら「逮捕または勾留されている者には取調受忍義務があると考えられる」のような言い回しで用いる。
例文でも説明したが、かつては逮捕または勾留されている者には取調受忍義務があると解釈されており、つまりかつては取締受忍義務の肯定説が有力であった。
しかし最近では、取調受忍義務を否定する意見が有力説になっている。
取調受忍義務肯定説でも、黙秘権などの理由もあり供述は義務でなく、肯定されるのはあくまで取調べを受けることまでである。
余罪取調べ
実務上、逮捕・勾留されている被疑者を、逮捕・勾留の理由とされている被疑事実（本罪）とは別の事実（余罪）について調べることを、余罪取調べという。
余罪取調べの是非について、学問的には、色々な見解が議論されている。
捜査機関は、犯罪の捜査に必要があるときは、被疑者以外に出頭を求め、これを取り調べることができ（223条1項）、これはいわゆる「参考人取調べ」というものであり宇藤、P114、任意宇藤、P114の出頭を求めている規定である。
具体例としては、被害者・目撃者などが参考人となる。
取調べをした際は供述調書を作成する亊ができる（223条2項）。
証人尋問請求
被疑者以外の者に対しては、一定の場合に限り、検察官が、裁判官にその者の証人尋問を請求できる。
一定の場合とは、
であり、この場合に限り、検察官が証人尋問を請求できる。
これらの証人尋問の請求を受けた裁判官は、証人の尋問に関し、裁判所または裁判長と同一の権限を有する（228条1項）。この結果、証人尋問の方法や手続については、刑訴法の総則の『証人尋問』の規定が準用される。この結果、証人には出頭義務・宣誓義務・証言義務が課される（228条1項）宇藤、P115。なお偽証は処罰される宇藤、P115。
憲法35条の令状主義を受けて、刑訴法は、捜索・押収には令状が必要である亊を規定している（218条1項）。
なお実務上、捜索と差押えは「捜索差押許可状」という一通の令状でまとめて行うのが通例である宇藤、P120田中、P104。
刑訴法には捜査機関が捜索・差押などの手続を濫用しないような規定がある。差押の対象は、「証拠物」または「没収すべきもの」と思料されるものである（222条1項・99条1項）。
捜索については、被疑者などの身体・場所または住居その他についてする亊ができる（222条1項・102条2項）。さらに被疑者以外の捜索については「押収すべき物の存在を認めるに足りる状況」のある場合に限られる（102条2項）。
領置
なお、被疑者が遺留したものや、任意に提出されたものを保全することは「領置」という。領置は強制力をともわないため憲法35条の「押収」ではないので、領置は令状が不要である（221条）。
もっとも、いったん領置したのちの効果は、差押えと同様である。
憲法上の「押収」と刑訴法上の「押収」は意味が異なる。刑訴法上の「押収」は、差押えと領置を含む（222条1項、430条など）。
判例では、被疑者の出したゴミ袋を、条件付きであるが遺留物として領置できるとした事例がある。その判例は、被疑者が「不要物として公道上のごみ集積所に排出し、その占有を放棄していた」「ごみ」は、「その内容がみられることはないという期待があるとしても」、「捜査の必要がある場合は・・・これを遺留物として領置できる」としている（最決平成20・4・15刑集62巻5号1398頁）。
捜索差押令状
捜索差押令状を請求できるのは検察官・検察事務官・司法警察員である（218条4項）。司法巡査は含まれない宇藤、P123。
逮捕状の場合よりも範囲が広い田中、P103。
請求書には、
その他所定の事項を記載する。
そして令状が出された場合、その令状には上記の情報（氏名、罪名、捜索すべき場所など）に加え、有効期限（原則として7日）が記載されている。
もっとも、請求とは異なり、捜索差押令状のほうでは被疑事実の要旨は書かない。これは捜査の秘密保持や、被疑者の名誉やプライバシー保護などの理由による宇藤、P125。
令状において、このように対象が具体的かつ限定的に書かれる理由は、憲法35条の要請でもある、一般令状を禁止するという要請に従うという背景がある。
「差し押さえるべき物」は、憲法や刑訴法からの要請上、できるかぎり個別・具体的に書かなければならないが、しかし捜索前の時点では、目的の場所に何が存在しているか分からないので、実務上は・・・ ※ 調査中
押収拒絶権
公務員が保管または所持する物について、「職務」（公務）上の秘密に関する旨の申立てがあった場合は、監督官庁の承諾がなければ、その物を押収できない（222条1項・103条）。
ただし、監督官庁は、国の重大な利益を害する場合を除いては、承諾を拒むことができない（103条・104条）。
ほか、医師・歯科医師・助産師・看護師・弁護士・弁理士・公証人宇藤、P122などが業務上委託を受けたために保管・所持する物で、他人の秘密に関するものについては、押収を拒むことができる（222条1項・105条）。他人の秘密を扱うことの多い上述の職業の、社会的信頼を守ろうという趣旨である。
ただし、委託した本人が押収を承諾した場合や、被疑者のためだけにする「権利の濫用」と認められる場合は、押収を拒めない（同条但書）。
執行終了後の措置
捜索をしたが証拠物・没収すべきものが発見されなかった場合は、捜索を受けた者の請求により、その旨の証明書を交付しなければならない（222条1項・119条）。
差押えをしたときは、その目録（「押収目録」宇藤、P130または「押収品目録」田中、P109と呼ぶ）を作成し、これを所有者・所持者・保管者またはこれらに代わるべき者に交付しなければならない（222条1項・120条）。
なお、差し押さえた物の保管・売却・廃棄・還付・仮還付などについては222条1項・121条〜124条参照。
令状によらない捜索・差押えなど
被疑者を逮捕した場合、令状なしで住居などを捜索できる。また、「逮捕の現場で」、令状なしで捜索・差押え・検証が行える（220条1項〜3項）。なお、逮捕の種類は問わない（1項柱書）。
検証の対象が人の身体である場合、これを身体検査といい、通常の検査令状ではなく身体検査令状が必要である（218条1項）。
令状の請求にあたっては、身体検査を必要とする理由、対象者の性別および健康状態を示さなければならない（218条5項）。
また令状を発する裁判官は、「適当と認める条件」（たとえば検査の場所や日時の指定、医師の立ち会いなど）を付することができる（同条6項）。
身体検査の実施にあたっては、対象者の性別・健康状態などを考慮した上、特にその方法に注意し、対象者の名誉を害しないように注意しなければならない（222条1項、131条1項）。特に女子の身体検査については、例外なく医師または成年の女子の立ち会いが必要である（131条2項）。
身体検査では、血液や胃液などの体液、皮膚片などの採取は許されない田中、P117。体液・血液などの採取をする場合は、鑑定嘱託のため、鑑定処分許可状が必要になる。
対象者が正当な理由なく身体検査を拒んだとき、過料、費用賠償を命じ、さらに罰金・勾留に処することもできる（間接強制）。さらに、これらの間接強制では効果が無い場合は、直接強制の方法で身体検査を行うこともできる（222条1項・137〜139条. なお140条参照）。
令状によらない検証
逮捕・勾留されている被疑者は、令状がなくても身体検査でき、被疑者の指紋・足型の採取、身長・体重の測定、写真撮影が可能であり、被疑者を裸にしないかぎり令状を要しない（218条3項）。
刑訴法の条文では、検察官、警察事務官または司法警察職員は、被疑者以外の者に鑑定、通訳、または翻訳を「嘱託」できる（223条）旨が規定されている。
※ なお捜査機関による鑑定の嘱託（223条）とは別に、裁判所による鑑定（165条）がある。区別のため、捜査機関による223条の鑑定は「嘱託鑑定」と呼ばれる。
ただし、嘱託を受けて鑑定をする者は誰でも良いわけではなく、学識経験者に鑑定を嘱託する亊になる（165条）。女子に対する鑑定では、身体検査と同様、医師または成年の女性の立会を必要とする規定が鑑定にも準用されている（131条2項）。
しかし、身体検査を拒んだ者に対する直接強制の規定は無い。
かつて実務上は、体液の強制的な採取を行う場合には、鑑定処分許可状のほか身体検査令状も合わせて発布を得て、体液の強制的な採取を行うのが実務の運用であった（併用説）田中、P119。学説でも併用説が多数説である田中、P119。
しかし最決昭和55・10・23刑集34巻5号300頁の覚醒剤使用疑いの採尿の身体検査の事件についての判例では、最高裁は捜索付き差押え令状によるべきだと判断した宇藤、P156。
このため、実務の運用は変更され、上記の判決以降、採尿の強制をするのは捜索差押令状となった。このような経緯があるため、強制採尿については、通常の捜索差押令状による対応とは異なり、強制採尿をするには特別の対応が必要となる。
なお採血については、実務は以前として併用説である宇藤、P161。
※ 平成15年（2003年）以降の近年、公判に先立って、事前に鑑定人と裁判官と捜査側と弁護人との4者を交えて鑑定内容を説明する「カンファレンス」を開くことが、裁判所から提案されることもある。東京地裁だけで行われている制度であるが、弁護士会も協力している制度である。刑事訴訟だけでなく民事訴訟でもカンファレンスの制度が存在している。
カンファレンスの制度が出来た理由としては、鑑定の内容は一般に専門用語も多く、高度で複雑な場合もあるので、そのような場合に法廷だけで審理すると審理が長引くなど不都合だからである。しかし現行の刑事訴訟法には、カンファレンス鑑定に関する規定はまだ無い。
カンファレンスは公判ではないので、証拠能力は発生しておらず、また、鑑定人も厳密な説明をする必要は無い。このため鑑定人は、分かり易さを重視した説明をすることができるという利点がある（ただし、真実の解明のために最低限の正確さは、カンファレンスでの鑑定人の説明にも必要ではあろう）。
なお、原則的に、口頭で説明や質問をする。書類のやりとりは原則、行わない。カンファレンスは証人尋問ではないので、もし疑問があればその場で質問もできる。
現状では、医療訴訟のみ、カンファレンス鑑定が行われる。また、現状では東京地裁でしか行われてない（医大が東京には多い亊も理由のひとつだろう）。
公判ではないが、一般的にカンファレンスも公開する事が多いとされる。
通信傍受を実施するには、通信管理者の立ち会いが必要である（通信傍受13条）。これらの者が存在いない場合は、地方公共団体の職員の立ち会いが必要である。
通信傍受中に、死刑、無期または禁固1年以上に当たるものの実行をしたこと、または実行することを内容とするもとの明らかい認められる通信が行われた場合は、これを傍受できる（通信傍受15条）。
写真撮影については、拘束された被疑者については、刑訴法218条により撮影が令状なしで可能である。
それ以外の場合については、法規定が乏しいので、主に判例による。
判例では、デモ行進に対しての警察官による写真撮影の事件である最大判昭和44・12・24刑集23巻12号1625頁では、かつては現行犯または準現行犯的な状況でなら令状なしで撮影が可能であるとしていた。
平成になって、さらに撮影の可能な範囲を広げた判決が出され、その事件はパチンコ店でのビデオ撮影を扱ったものであるが、パチンコ店および公道などのように慣習的にある程度は他人から観察されることが通例である場所ならば、捜査機関は必要に応じて令状なしで撮影をすることは適法であるとする判決が出た（最決平20・4・15刑集62巻5号1398頁）。
なお、昭和44の判例では、憲法13条に配慮すべし旨が裁判官の判決から言われている。いわゆる「肖像権」については、昭和44の判決ではその語句を紹介しつつも、「肖像権」の定義については判決では避けている。「これを肖像権とするかどうかは別として、」とその判決文の中で言われている。
昭和44の判決では、令状なしでの撮影が認められる条件として
という条件を上げており、「撮影される本人の同意がなく、また裁判官の令状がなくても、警察官による個人の容ぼう等の撮影が許容される」としている（最大判昭和44・12・24刑集23巻12号1625頁）。
憲法との兼ね合いについては、昭和44の判決では、原則では「何人も、その承諾なしに、みだりにその容ぼう・姿態を撮影されない自由を有し・・・・・・（中略）警察官が、正当な理由もないのに、個人の容ぼう等を撮影することは、憲法13条の趣旨に反し、許されない」としているが、つづく文章で上述のように証拠保全や緊急性などの要件のもとに例外的に許されると判決されている。
平成20の判決では、隠し撮りでのビデオ撮影について適当と認められるための条件を挙げており、判決文では「捜査機関において被告人が、犯人である疑いを持つ合理的な理由」が存在し、場所について「通常、人が他人から容ぼうを観察されることは受忍せざるをえない場所における」等の理由により、撮影を適法とした（最決平20・4・15刑集62巻5号1398頁）。
「おとり捜査」は、法令上の用語ではない。したがって、その捜査方法の内容や適否は、主に判例による。
近年の判例によると、おとり捜査の定義についは「捜査機関又はその依頼を受けた捜査協力者が、その身分や意図を相手方に秘して犯罪を実行するように働き掛け、相手方がこれに応じて犯罪の実行に出たところで現行犯逮捕等により検挙する」捜査方法であるといった定義である（最決平成16・7・12刑集58巻5号333頁＜百選10＞）。
黙秘権
憲法38条1項「何人も、自己に不利益な供述を強要されない」という定めにもある黙秘権により、自己に不利益な供述を強要されない。
なお、この規定は、アメリカ合衆国憲法5条「何人も、・・・刑事事件において、自己に不利益な証人（a witness aganinst himself ）になることを強制されない」に由来する田中、P136。これはアメリカでは「自己負罪拒否権」（priviledge aganinst self-incrimination）と言われるものであり、日本でいう黙秘権に近いものである田中、P136。
憲法38条では「不利益な供述」だけしか強要されないと定めているが、刑訴法ではさらに、被告人は、不利益かどうかを問わず、一切の供述をしないで沈黙する権利を有しており（311条1項）、またこのような権利のことを「包括的黙秘権」という。
ただし、これはあくまで被疑者・被告人の場合であり、証人における供述の権利は異なる。
弁護人の援助
弁護人の援助を受ける権利については、憲法37条では被告人は身体の拘束を受けたときに弁護人の援助を受ける権利を保障している。
刑訴法ではさらに、拘束の有無にかぎらず、対象者を被告人だけでなく被疑者にも広げて（つまり、被告人または被疑者は）、つねに弁護人選任権があると規定している（30条1項）。
身体拘束中の被疑者が外部者と直接面会する機会を「接見」または「接見交通」という。被疑者には接見の機会が保障されている。接見の際に書類の授受が許されることがある。
弁護人は、この接見の機会を利用し、被疑者に法的な助言を与えたり、支援したりする。また、被疑者の家族も接見で被疑者に面会できる。
弁護人との接見と、家族との接見とでは、規制が異なる。
家族との接見のほうが制限が多い。また、弁護人と家族以外との接見は、原則禁止である。
家族との接見では、必ず職員の立ち会いが必要である。
また、一定の場合、家族との接見が禁じられたり、書類・証拠の授受の禁止・差押・検閲などの措置がなされる亊もある。
その場合とは、被疑者が逃亡するおそれ、または罪状を隠滅するおそれがある場合であり、検察官の請求により、または職権で、裁判官が接見禁止または差押などの制限をする（81条）。ただし、糧食の授受の禁止、差押はできない（81条但書）。
弁護人との接見では、立会人なしで弁護士は接見できる。また、書類や物の授受をすることができる（39条1項）。
ただし実務では、書類・物の授受については、接見場所の職員を介して行われる田中、P140。
準抗告
起訴前段階でなされた裁判官のした勾留・押収などに関する裁判については、これに対しての不服のある者は、裁判所にその取消・変更を請求することができる（429条・430条）。この請求は、実務上および講学上、「準抗告」と呼ばれている。
証拠排除
公判段階で認められるものとしては、証拠の収集の際に拷問・脅迫などのあとになされた自白は、不任意自白として排除されるので、証拠能力が否定される（319条1項、憲38条2項）。
いわゆる違法収集証拠の排除である。
公訴棄却
上述の準抗告や証拠排除では、救済しきれない場合がある。
そのような場合に、学説だが、捜査手続の違法の程度が大きい場合、裁判所は公訴を棄却できるとする学説がある。しかし最高裁判所は
国家賠償法に基づいた、国または地方公共団体に対する損害賠償請求（国賠1条）
当該公務員に対する懲戒処分。
人身保護手続（人身保護法）
事件の送致
刑訴法は、司法警察員が犯罪の捜査をしたときには、「この法律に特別の定めのある場合を除いては、速やかに書類及び証拠物とともに事件を検察官に送致しなければならない」と定める（246条）。