Lactobacillus bulgaricus Fajlarının Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi, Protein Profilleri ve Konakçı Özgüllüklerine Göre Tanımlanması
Identification of Lactobacillus bulgaricus Phages According to Their Restriction Fragment Length Polymorphisim, Protein Profiles and Host Spectrum (Turkish with English Abstract)
Yazar: Soykut, Esra Acar; Tunail, Nezihe
Dergi: Gıda, Vol. 39 No. 2, 2015
Anahtar kelimeler: Lactobacillus bulgaricus, phage, host spectrum, protein profiles, restriction fragment length polymorphism ; Lactobacillus bulgaricus, faj, konakçı spektrumu, protein profilleri, restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi

Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus suşlarına etkili 19 adet faj, restriksiyon fragment uzunluk polimorfizmi (RFLP), yapısal protein şablonları ve konakçı spektrumlarına göre tanımlanmış ve sınıflandırılmıştır. Fajlar, farklı süt ürünlerinden L. bulgaricus starter kültürleri (Y4, V1 ve V2) ile izole edilmiştir. Konakçı spektrumunun belirlenmesi için; doğal ve ticari L. bulgaricus suşlarının L. bulgaricus V1 ve V2 fajları ile S. thermophilus B3 fajlarına duyarlılıkları test edilmiştir. Doğal L. bulgaricus suşlarının tamamının, L. bulgaricus fajlarının hepsine duyarlılık gösterdiği tespit edilmiştir. Bununla birlikte bazı doğal L. bulgaricus suşlarının, S. thermophilus fajlarına duyarlı olduğu ve heterolog konakçı görevi gördüğü anlaşılmıştır. Çalışılan bu L. bulgaricus fajlarının yapısal protein profilleri ortaya çıkarılmış, fajların iki veya üç major (29.6, 29.2, 26.2 kDa) ve ortak olan üç minor (100.8, 65, 50 kDa) yapısal proteine sahip oldukları tespit edilmiştir. Bu fajlara ait DNA’lar Eco RI, Pvu II, HindIII, Hha I ve Bam HI restriksiyon enzimleri ile kesime alınmıştır. Oluşan fragmentler doğrultusunda fajlar gruplara ayrılmıştır. Kesim sonucu oluşan fragmentlerin toplamından faj genom büyüklüklerinin 29–34 kb arasında olduğu tespit edilmiştir.

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) and structural protein patterns and host spectrum analysis were used for identification and classification of nineteen Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus phages. They were isolated from different dairy product using L. bulgaricus starter cultures (Y4, V1, and V2). For the determination of host spectrum, natural and commercial L. bulgaricus strains to both of L. bulgaricus V1, V2 phages and Streptococcus thermophilus B3 have been investigated. It has been observed that natural L. bulgaricus strains have shown to be sensitive to L. bulgaricus phages. Besides, some of natural L. bulgaricus strains show sensitivity to some S. thermophilus phages as a heterolog hosts. We have also identified that the electrophoretic profiles of the structural proteins of L. bulgaricus phages. They have possess two and/or three major (29.6, 29.2, 26.2 kDa) and minor (100.8, 65, 50 kDa) structural proteins. We have classified these phages into three groups based on major protein bands. These phage DNA’s were digested with EcoRI, PvuII, HindIII, HhaI, BamHI restriction enzymes. The phages have been divided into groups according to fragment profiles. The genome size that ranges from 29-32 kb was calculated according to DNA fragment sizes.