Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi
Yaygın Salmonella Serovarlarının Moleküler Tekniklerle Tiplendirilmesi
Yazar: Günaydın, Elçin; Şen, Selahattin; Diker, K. Serdar; Karataş Yeni, Derya; Kardoğan, Özlem; Müştak, H. Kaan; Şahan, Özlem
Dergi: Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, Vol. 28 No. 2, 2017
Anahtar kelimeler: Salmonella serovarları,Multiplex-PZR

Bu çalışmanın amacı, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü (VKMAE), Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı sorumluluğunda 2009-2011 yılları arasında Salmonella Prevalans çalışması kapsamında, Kauffmann-White serotiplendirme şeması ile tiplendirmesi yapılan toplam 907 Salmonella izolatının, serogrup Salmonella multiplex- PZR, Faz 1 Salmonella multiplex-PZR ve Faz 2 Salmonella multiplex-PZR kullanarak sahada yaygın olarak sirküle olan Salmonellla serovarları için dizayn edilen primerler ile maksimum 2-3 gün gibi kısa sürede, düşük maliyetle tiplendirmesini yapabilmektir. Bu çalışmayla, konvansiyonel yöntemle faz 1 ve faz 2 antijenlerinin eş zamanlı sergilenmemesi sonucunda ekstra laboratuvar iş yükü, olası çarpraz reaksiyonlar sebepli ekstra antiserum harcanması dolayısıyla yaşanılan zaman kaybı ve yüksek maliyetin üstesinden gelineceği öngörüldü. Ayrıca, 2 testin (multiplex-PZR ve konvansiyel serotiplendirme) örtüşmediği durumlar bakterilerin 6.5 kb operonunu inceleyen ribotiplendirme desteğiyle çözülmesi yoluna gidilmiştir. Çalışmada kullanılacak primerler ile 907 izolatın % 29.32’sinin (266 izolat; 15 farklı serovar) üç antijenik yapısı da tam olarak identifiye edilip, isimlendirilebilmiştir. İncelenen izolatların somatik, flagellar 1 ve flagellar 2 antijenlerinin sırasıyla; %54.56 (490), %90.95 (825) ve %78.94 (716)’ü tespit edilebilmiştir. İzolatların en azından % 50’sinin tam olarak isimlendirilebileceği öngörülmüştür ancak Salmonella Infantis (S. Infantis) ve S. Mbandaka suşarında somatik antijeni amplifiye eden primer olmasına rağmen somatik antijen tespit edilememiştir. Bu suşlar ribotiplendirmeye alınmıştır. Konvansiyonel seroloji, multiplex-PZR ve ribotiplendirme değerlendirildiğinde; ribotiplendirme ve multiplex-PZR’ların gold standart metoda destek metodlar olarak kullanabileceği tespit edilmiştir. Özet olarak; çalışmada mevcut olan primerler sadece sahada yaygın olan serovarların somatik, faz 1 ve faz 2 antijenlerine spesifik oldukları için PZR tüm serovarları identifiye etmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR’ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.

Bu çalışmanın amacı, Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü (VKMAE), Bakteriyolojik Teşhis Laboratuvarı sorumluluğunda 2009-2011 yılları arasında Salmonella Prevalans çalışması kapsamında, Kauffmann-White serotiplendirme şeması ile tiplendirmesi yapılan toplam 907 Salmonella izolatının, serogrup Salmonella multiplex- PZR, Faz 1 Salmonella multiplex-PZR ve Faz 2 Salmonella multiplex-PZR kullanarak sahada yaygın olarak sirküle olan Salmonellla serovarları için dizayn edilen primerler ile maksimum 2-3 gün gibi kısa sürede, düşük maliyetle tiplendirmesini yapabilmektir. Bu çalışmayla, konvansiyonel yöntemle faz 1 ve faz 2 antijenlerinin eş zamanlı sergilenmemesi sonucunda ekstra laboratuvar iş yükü, olası çarpraz reaksiyonlar sebepli ekstra antiserum harcanması dolayısıyla yaşanılan zaman kaybı ve yüksek maliyetin üstesinden gelineceği öngörüldü. Ayrıca, 2 testin (multiplex-PZR ve konvansiyel serotiplendirme) örtüşmediği durumlar bakterilerin 6.5 kb operonunu inceleyen ribotiplendirme desteğiyle çözülmesi yoluna gidilmiştir. Çalışmada kullanılacak primerler ile 907 izolatın % 29.32’sinin (266 izolat; 15 farklı serovar) üç antijenik yapısı da tam olarak identifiye edilip, isimlendirilebilmiştir. İncelenen izolatların somatik, flagellar 1 ve flagellar 2 antijenlerinin sırasıyla; %54.56 (490), %90.95 (825) ve %78.94 (716)’ü tespit edilebilmiştir. İzolatların en azından % 50’sinin tam olarak isimlendirilebileceği öngörülmüştür ancak Salmonella Infantis (S. Infantis) ve S. Mbandaka suşarında somatik antijeni amplifiye eden primer olmasına rağmen somatik antijen tespit edilememiştir. Bu suşlar ribotiplendirmeye alınmıştır. Konvansiyonel seroloji, multiplex-PZR ve ribotiplendirme değerlendirildiğinde; ribotiplendirme ve multiplex-PZR’ların gold standart metoda destek metodlar olarak kullanabileceği tespit edilmiştir. Özet olarak; çalışmada mevcut olan primerler sadece sahada yaygın olan serovarların somatik, faz 1 ve faz 2 antijenlerine spesifik oldukları için PZR tüm serovarları identifiye etmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak ucuz, hızlı ve duyarlı metot olan multiplex-PZR’ların belirli somatik, flagellar 1 ve 2 antijenlerinin tespitinde konvansiyonel serolojik yönteme destek olarak kullanılabileceği kanısına varılmıştır.