hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
KANSER ARAŞTIRMALARI VE DENEYSEL MODELLER
KANSER ARAŞTIRMALARI VE DENEYSEL MODELLER
Yazar: Zeybek, Ümit
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 5, 2013

Kanser alanında uygulanan tedaviler ya bir önceki dönemin öğreti ve tekniklerini kullanarak veya sistemli ilaç uygulamaları ile günümüze kadar gelişme kaydetmiştir. Yalnız hangi metod kullanılırsa kullanılsın ilaç geliştirme araştırmalarında hayvan modellerinden yararlanmak bir yerde zorunluluk göstermektedir. Zira son yıllarda ön plana çıkan hücre kültürü veya moleküler biyoloji tekniklerine rağmen, uygulanan ajanlara karşı metabolizma cevabında yaşanan eksiklikler, hayvan modellerinin kullanımından vazgeçilmesine engel  olmaktadır.                                 Deneysel kanser araştırmalarının yapıldığı üç yüzyıllık dönem içinde özellikle kimyasal karsinojenler ile spontan veya transplante edilebilen tümörlerin kullanılması ön plana çıkmaktadır. Zira bu modeller her araştırma biriminde kolaylıkla üretilebilen, özellikleri iyi tanımlanmış, saklanabilen, uygulanması da diğer modellere nazaran daha kolay olan yöntemleri içermektedir. Son 35 senede ise önceleri xenograft çalışmaları (1969), sonraları ise transgenik (1984) hayvan üretimlerinde hızlı gelişmeler kaydedilmiş ve bilimsel amaçlı bu üretim alanı, bir ticaret sektörü halini almaya başlamıştır.                                                       Makalemizde hayvan modellerinin her sınıfına ait tanımlamalar yaparak uygulama özellikleri hakkında bilgiler vermeye çalışacağız

Kanser alanında uygulanan tedaviler ya bir önceki dönemin öğreti ve tekniklerini kullanarak veya sistemli ilaç uygulamaları ile günümüze kadar gelişme kaydetmiştir. Yalnız hangi metod kullanılırsa kullanılsın ilaç geliştirme araştırmalarında hayvan modellerinden yararlanmak bir yerde zorunluluk göstermektedir. Zira son yıllarda ön plana çıkan hücre kültürü veya moleküler biyoloji tekniklerine rağmen, uygulanan ajanlara karşı metabolizma cevabında yaşanan eksiklikler, hayvan modellerinin kullanımından vazgeçilmesine engel  olmaktadır.                                 Deneysel kanser araştırmalarının yapıldığı üç yüzyıllık dönem içinde özellikle kimyasal karsinojenler ile spontan veya transplante edilebilen tümörlerin kullanılması ön plana çıkmaktadır. Zira bu modeller her araştırma biriminde kolaylıkla üretilebilen, özellikleri iyi tanımlanmış, saklanabilen, uygulanması da diğer modellere nazaran daha kolay olan yöntemleri içermektedir. Son 35 senede ise önceleri xenograft çalışmaları (1969), sonraları ise transgenik (1984) hayvan üretimlerinde hızlı gelişmeler kaydedilmiş ve bilimsel amaçlı bu üretim alanı, bir ticaret sektörü halini almaya başlamıştır.                                                       Makalemizde hayvan modellerinin her sınıfına ait tanımlamalar yaparak uygulama özellikleri hakkında bilgiler vermeye çalışacağız
miRNAlar ve Meme Kanserindeki Etkileri
miRNAlar ve Meme Kanserindeki Etkileri
Yazar: Küçükhüseyin, Özlem; Öztürk, Oğuz
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 5, 2013

Meme kanserinde etkili olan moleküler mekanizmalarının tarifi için son yıllarda yoğun çalışmalar yapılmaktadır. Bununla birlikte bugüne kadar, bu hastalık için birçok tedavi stratejisi geliştirilmiştir. Ancak ne yazık ki bu tedaviler, hastalarda farklı yanıtların ve/veya adjuvan tedavi resistansı gelişiminin oluşumuna neden olmuştur. miRNAların gen ekspresyonunun regülatörleri olarak görev yaptıklarının belirlenmesinden sonra hem potansiyel terapötik hedef haline gelmiş hem de aday diagnostik ve prognostik indikatör olarak değerlendirilmiştir. Sonuçta meme kanseri gen ekspresyon işaretlerine dayanan alt tiplendirmesine benzer olarak miRNA işaretlerinin de tümörlerin sınıflandırılmasında biyomarker ve prognostik indikatör olarak kullanılmasının yakın gelekte mümkün olacağı ve bu şekilde bireysel rasyonel tedavilerin sağlanabileceği gösterilmiştir. Ayrıca miRNA ekspresyon modellemelerinin yapılması, bu alt tiplerin altında yatan moleküler temelleri de açıklayabilir ve hedeflenen tedavi modellerinin geliştirilmesine katkıda bulunabileceği düşünülmektedir.  Bu derlemede miRNAların genel etki mekanizmaları ve meme kanserindeki etki mekanizmaları tartışılacaktır.

In recent years studies are accelerated in determining the possible molecular mechanisms of breast cancer in addition to the development of many treatment strategies. However these treatment strategies cause different curative responses and/or development of adjuvant therapy resistance in breast cancer patients. On the other hand, with more recent studies declaring the roles of miRNAs as the regulators of gene expression miRNAs became new potential therapeutic targets and thus evaluated as candidate diagnostic and prognostic indicators of breast cancer. Eventually it was expected that in near future miRNAs have parts in both tumor classification and efficient treatment strategies as novel biomarkers and prognostic indicators as well as in the classification of breast cancer according to tumor gene expression markers. İn addition it was thought that creating of miRNA expression models could explain the molecular basis of the subtypes and also could contribute to the development of targeted treatment models. Thus the biological roles of miRNAs in several diseases and effective mechanisms in breast cancers will be discussed in this review.
NİTRİK OKSİT SENTAZ 3 (NOS3) GLU298ASP GEN VARYASYONUNUN MEME KANSERLİ HASTALARDA İNCELENMESİ
NİTRİK OKSİT SENTAZ 3 (NOS3) GLU298ASP GEN VARYASYONUNUN MEME KANSERLİ HASTALARDA İNCELENMESİ
Yazar: Cacına, CANAN; Arıkan, SOYKAN; Yıldız, YEMLİHA; Toptaş, BAHAR; Turan, SAİME; Özkan, NAZLI; Korkmaz, GURBET; Küçücük, SEDEN; Yaylım, ILHAN; İsbir, TURGAY
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 5, 2013
Anahtar kelimeler: oxidative stress, NOS3 gene, variation ; oksidatif stres, NOS3 geni, varyasyon

Nitrik Oksit'in (NO) tümör biyolojisindeki rolü tam olarak anlaşılamamış olmasına karşın  tümörün büyümesi, gelişmesi ve metastaz gibi durumlarda  önemli rol oynayan bir serbest radikal olduğu ileri sürülmektedir.  Nitrik oksit sentaz (NOS) enzim ailesi L-sitrulinin, L-arginine dönüşümü sırasında Nitrik oksit (NO),  sentezine aracılık eden bir grup katalizörlerdir. Bu çalışmanın amacı Nitrik Oksit Sentaz (NOS3) Glu298Asp polimorfizmini meme kanserli hastalarda araştırmaktır. Bu amaçla 49 meme ve 89 sağlıklı kontrol grubu çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışma gruplarımızda NOS3 Glu298Asp polimorfizmi periferal kan örnekleri kullanarak PCR-RFLP yöntemiyle tayin edilmiştir. Meme kanserli hastalarda NOS3 Glu298Asp genotip dağılımı [GG: 2 (4.1%), GT: 22(44.9%), TT: 25(51%)] sağlıklı kontrol grubundan [GG: 25(28.1%), GT: 34(38.2%), TT: 30(33.7%)] istatistiksel olarak anlamlı derecede farklı bulunmuştur (p=0.024). NOS3 Glu298Asp gen varyasyonu T allel frekansı meme kanserli hastalarda kontrol grubuna göre  anlamlı şekilde yüksek olarak saptanmıştır (Ï‡2=7.229; p=0.007; OR: 1.228;%95 CI: 1.065-1.415).Çalışmamız sonucunda NOS3 Glu298Asp polimorfizminin meme kanseri riski ile ilişkili olabileceği kanısına varılmıştır.

The role of Nitric Oxide (NO) in tumour biology is not well understood. However, it has been proposed that NO is a highly reactive free radical and plays important roles in growth, progression or metastasis of tumour. Nitric oxide synthases (NOSs) are a family of enzymes that catalyzing the production of (NO) by converting L-arginine to L-citrulline. The aim of present study was to examine Nitric Oxide Synthase 3 (NOS3) Glu298Asp polymorphism in patients with breast cancer. For this purpose, 49 patients with breast cancer and 89 healthy controls were included in the study. The NOS3 Glu298Asp polymorphism were genotyped by PCR-RFLP using peripheral blood samples in our study groups. NOS3 Glu298Asp genotype distribution in the breast cancer patients [GG: 2(4.1%), GT: 22(44.9%), TT: 25(51%)] was statistically different from the healthy control group [GG: 25(28.1%), GT: 34(38.2%), TT: 30(33.7%)] (p=0.024). NOS3 Glu298Asp gene variation T allele frequency was significantly higher in breast cancer patients that of controls (χ2=7.229; p=0.007; OR: 1.228;%95 CI: 1.065-1.415). Conclusion: Our finding suggest that NOS3 Glu298Asp might be associated with breast cancer risk.
Kromozom İmmunopresipitasyon Metodu (ChIP Dizileme) ile Transkripsiyon Faktörü Bağlanma Bölgelerinin Saptanması
Kromozom İmmunopresipitasyon Metodu (ChIP Dizileme) ile Transkripsiyon Faktörü Bağlanma Bölgelerinin Saptanması
Yazar: Sırma-ekmekçi, Sema; Abacı, Neslihan; Güleç, Çağrı; Üstek, Duran
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 6, 2014

Kromozom İmmunopresipitasyon (ChIP) dizileme translripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, histon modifikasyonları ve kromotin modifiye edici proteinlerin araştırılmasında kullanılabilir. Bu makalede bu uygulamalardan sadece transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin tespitinde ChIP dizileme yönteminin uygulanması tartışılacaktır. Transkripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, evrimin , embriyonik gelişimin ve hastalıkların gelişimine neden olan biyolojik süreçlerin altında yatan transkripsiypon düzenleyici ağların anlaşılması için son derece önemlidir. ChIP dizileme metodunda bir transkripsiyon faktörünün bağlandığı DNA parçacıkları ChIP ile elde edilir ve yüksek verimli dizileme uygulanarak dizilenir. Son yıllarda geliştirilmiş olan ChIP dizileme yönteminin önceki yöntemlere göre birçok avantajı bulunmasına rağmen hala çözülmesi gereken bazı zorluklar vardır. Bu makalede bu zorluklardan ve uygulanması gereken stratejilerden bahsedilecektir.

Kromozom İmmunopresipitasyon (ChIP) dizileme translripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, histon modifikasyonları ve kromotin modifiye edici proteinlerin araştırılmasında kullanılabilir. Bu makalede bu uygulamalardan sadece transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin tespitinde ChIP dizileme yönteminin uygulanması tartışılacaktır. Transkripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, evrimin , embriyonik gelişimin ve hastalıkların gelişimine neden olan biyolojik süreçlerin altında yatan transkripsiypon düzenleyici ağların anlaşılması için son derece önemlidir. ChIP dizileme metodunda bir transkripsiyon faktörünün bağlandığı DNA parçacıkları ChIP ile elde edilir ve yüksek verimli dizileme uygulanarak dizilenir. Son yıllarda geliştirilmiş olan ChIP dizileme yönteminin önceki yöntemlere göre birçok avantajı bulunmasına rağmen hala çözülmesi gereken bazı zorluklar vardır. Bu makalede bu zorluklardan ve uygulanması gereken stratejilerden bahsedilecektir.
Plateletten Zengin Plazmanın Kullanım Alanları
Plateletten Zengin Plazmanın Kullanım Alanları
Yazar: İnal Gultekin, Guldal; Yaylım, İlhan; İsbir, Turgay
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 6, 2014

Plateletten zengin plazma (PZP), son 10 yıldır diş tedavilerinde, ortopedik travmalar ve osteoartritlerde, tendon yırtıklan ve yara tedavileri gibi pek çok alanda, bölgeye enjekte edilmekte suretiyle kullanılan otolog bir kan ürünü olarak klinik kullanım alanı bulmuştur. Özellikle Profesyonel sporcuların eklem ve tendon yaralanmalarında konvansiyonel tedaviler yerine PZP’yi tercih etmeleri, sağlık sektörünün ürün hazırlanmasına yönelik 16 farklı sistem geliştirmesine yol açmıştır. Plateletlerin degranülasyonu ile salman biyolojik materyaller, hücresel geri çağınm, büyüme ve morfogenezisi arttıran gen ekspresyonlannı arttırarak etki gösterdiği düşünülmektedir. Bu derlemede, PZP hazırlanmasındaki farklılıklar, beşeri ve veteriner hekimlikteki kullanım alanları ve bilimsel veriler tartışılmaktadır.

Plateletten zengin plazma (PZP), son 10 yıldır diş tedavilerinde, ortopedik travmalar ve osteoartritlerde, tendon yırtıklan ve yara tedavileri gibi pek çok alanda, bölgeye enjekte edilmekte suretiyle kullanılan otolog bir kan ürünü olarak klinik kullanım alanı bulmuştur. Özellikle Profesyonel sporcuların eklem ve tendon yaralanmalarında konvansiyonel tedaviler yerine PZP’yi tercih etmeleri, sağlık sektörünün ürün hazırlanmasına yönelik 16 farklı sistem geliştirmesine yol açmıştır. Plateletlerin degranülasyonu ile salman biyolojik materyaller, hücresel geri çağınm, büyüme ve morfogenezisi arttıran gen ekspresyonlannı arttırarak etki gösterdiği düşünülmektedir. Bu derlemede, PZP hazırlanmasındaki farklılıklar, beşeri ve veteriner hekimlikteki kullanım alanları ve bilimsel veriler tartışılmaktadır.
Üvietli Behçet Hastalarında Atak Remisyon Dönemi NK İzolasyon Saflıklarının Karşılaştırılması
Üvietli Behçet Hastalarında Atak Remisyon Dönemi NK İzolasyon Saflıklarının Karşılaştırılması
Yazar: Küçüksezer, Umut; Tahralı, İlhan; Bilgiç-gazioğlu, Sema; Aktaş-çetin, Esin; Aktaş-çetin, Esin; Gül, Ahmet; Tuğal-tutkun, İlknur; Deniz, Günnur
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 3 No. 6, 2014
Anahtar kelimeler: Behçet hastalığı, üveit, NK hücreleri, atak, remisyon

Doğal öldürücü hücreler, doğal immünitede yer alan, sitotoksik etkileriyle viral enfeksiyonlar ve tümörlerle mücadele eden ayrıca sitokin salınımları ile de immün yanıtları şekillendirme kapasitesine sahip olan, büyük granüllü lenfositlerdir. Farklı alt grupları tanımlanan NK hücrelerinin pek çok hastalıkla olan başlatıcı veya düzenleyici ilişkileri günden güne açığa çıkmaktadır. Araştırmaların bazıları saf NK hücrelerinin incelenmesi gerekmektedir. Bu çalışmada NK hücrelerinin manyetik saflaştırılmaları sonucunda elde edilen saflık dereceleri incelenmiştir. Bulgular, hücrelerin yüksek saflıkta saflaştırılabildiği, saflık açısından hasta grupları ile sağlıklılar arasında fark bulamadığını göstermektedir. Behçet hastalığı atak ve remisyon dönemlerinde tekrarlı saflaştırmalarda ise bireyler arası farklar olduğu, ancak bireysel farklılıkların hem atak hem remisyon dönemlerinde korunduğu, iki dönemde bireylerin saflık oranlarının farklı olmadığı gözlenmiştir. Oluşan bu farkın antikor özgüllüğünün bireyden bireye değişmesiyle ayrıca zaten yüksek olan saflık oranlarının daha da yükseltilebileceği düşünülmektedir.

Doğal öldürücü hücreler, doğal immünitede yer alan, sitotoksik etkileriyle viral enfeksiyonlar ve tümörlerle mücadele eden ayrıca sitokin salınımları ile de immün yanıtları şekillendirme kapasitesine sahip olan, büyük granüllü lenfositlerdir. Farklı alt grupları tanımlanan NK hücrelerinin pek çok hastalıkla olan başlatıcı veya düzenleyici ilişkileri günden güne açığa çıkmaktadır. Araştırmaların bazıları saf NK hücrelerinin incelenmesi gerekmektedir. Bu çalışmada NK hücrelerinin manyetik saflaştırılmaları sonucunda elde edilen saflık dereceleri incelenmiştir. Bulgular, hücrelerin yüksek saflıkta saflaştırılabildiği, saflık açısından hasta grupları ile sağlıklılar arasında fark bulamadığını göstermektedir. Behçet hastalığı atak ve remisyon dönemlerinde tekrarlı saflaştırmalarda ise bireyler arası farklar olduğu, ancak bireysel farklılıkların hem atak hem remisyon dönemlerinde korunduğu, iki dönemde bireylerin saflık oranlarının farklı olmadığı gözlenmiştir. Oluşan bu farkın antikor özgüllüğünün bireyden bireye değişmesiyle ayrıca zaten yüksek olan saflık oranlarının daha da yükseltilebileceği düşünülmektedir.
KONJENİTAL NÖTROPENİ VE GENETİK ETYOLOJİSİ
KONJENİTAL NÖTROPENİ VE GENETİK ETYOLOJİSİ
Yazar: Ozsait Selcuk, Bilge; Özbek, Ugur
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 5 No. 10, 2015

Konjenital nötropeni, yaşamın ilk haftalarında kronik nötropeni ile ortaya çıkan genetik kökenli bir hastalıktır. Nadir hastalıklar kapsamında olan bu hastalığın seyrinde kemik iliğinde nötrofillerin azalmış üretimi veya olgun nötrofillerin perifere salınımın azalması (<0,5x109/l) nedeni ile gelişen ağır bir immün yetmezlik tablosu gözlenmektedir. Konjenital nötropeni, heterojen bir grup düzensizliği kapsayan genel bir tanımlamadır. Bu düzensizliklerin bir bölümünde sadece hematolojik bulgular gözlenirken, diğer bölümünde genetik etyolojiye bağlı olarak ekstra-hematopoetik bulgular da eşlik etmektedir. Bu hastalıklar, kalıcı (ağır konjenital nötropeni) ve döngüsel nötropeni olarak tanımlanan iki grup altında incelenmektedir. Konjenital nötropeni, sorumlu olan gene bağlı olarak aile içerisinde otozomal dominant, otozomal resesif ya da X’e bağlı kalıtım gösterebilmekte ya da sporadik mutasyonlar sonucunda ortaya çıkabilmektedir. Bu derleme kapsamında ise ELANE, HAX1, WAS, G6PC3, GFI1, JAGN1 ve CSF3R gen mutasyonlarına bağlı olarak gelişen konjenital nötropeni hastalıkları daha detaylı olarak ele alınmıştır.

Konjenital nötropeni, yaşamın ilk haftalarında kronik nötropeni ile ortaya çıkan genetik kökenli bir hastalıktır. Nadir hastalıklar kapsamında olan bu hastalığın seyrinde kemik iliğinde nötrofillerin azalmış üretimi veya olgun nötrofillerin perifere salınımın azalması (<0,5x109/l) nedeni ile gelişen ağır bir immün yetmezlik tablosu gözlenmektedir. Konjenital nötropeni, heterojen bir grup düzensizliği kapsayan genel bir tanımlamadır. Bu düzensizliklerin bir bölümünde sadece hematolojik bulgular gözlenirken, diğer bölümünde genetik etyolojiye bağlı olarak ekstra-hematopoetik bulgular da eşlik etmektedir. Bu hastalıklar, kalıcı (ağır konjenital nötropeni) ve döngüsel nötropeni olarak tanımlanan iki grup altında incelenmektedir. Konjenital nötropeni, sorumlu olan gene bağlı olarak aile içerisinde otozomal dominant, otozomal resesif ya da X’e bağlı kalıtım gösterebilmekte ya da sporadik mutasyonlar sonucunda ortaya çıkabilmektedir. Bu derleme kapsamında ise ELANE, HAX1, WAS, G6PC3, GFI1, JAGN1 ve CSF3R gen mutasyonlarına bağlı olarak gelişen konjenital nötropeni hastalıkları daha detaylı olarak ele alınmıştır.
YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİSİ İLE TRANSKRİPTOM ANALİZİ
YENİ NESİL DİZİLEME TEKNOLOJİSİ İLE TRANSKRİPTOM ANALİZİ
Yazar: Sarıman, Melda; Sırma Ekmekci, Sema; Abacı, Neslihan; Çakiris, Aris; Paçal, Ferda; Emrence, Zeliha; Üstek, Duran; Öztürk, Şükrü
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 5 No. 10, 2015

ÖZETYeni Nesil Dizileme  platformları sayesinde, RNA materyali  paralel ve eş zamanlı olarak transkriptom dizileme yöntemiyle  transkripte olan tüm  genler ve izoformları, genlerin 5’ ve 3’ uçlarının belirlenmesi, tek nükleotid değişimleri, insersiyon, delesyon, füzyon genler, ve genlerin ifadesi incelenebilmektedir. Bu makalede transkriptom dizileme uygulamaları ile dizileme sonuçlarının analizinde kullanılan bioinformatik araçlar hakkında genel bir bakış  sunulmuştur. AbstractBy means of the  next generation sequencing platforms, RNA material can be analyzed all genes and isoforms, annotation of 5’ and 3’ ends of genes, single nucleotide polymorphisms, insertion, deletion, fusion genes, and gene expression by using massively parallel and simultaneously transcriptome sequencing method. This article provides a general overview to the transcriptome sequencing, applications and the bioinformatics tools to the analysis of the sequencing data.

ÖZETYeni Nesil Dizileme  platformları sayesinde, RNA materyali  paralel ve eş zamanlı olarak transkriptom dizileme yöntemiyle  transkripte olan tüm  genler ve izoformları, genlerin 5’ ve 3’ uçlarının belirlenmesi, tek nükleotid değişimleri, insersiyon, delesyon, füzyon genler, ve genlerin ifadesi incelenebilmektedir. Bu makalede transkriptom dizileme uygulamaları ile dizileme sonuçlarının analizinde kullanılan bioinformatik araçlar hakkında genel bir bakış  sunulmuştur. AbstractBy means of the  next generation sequencing platforms, RNA material can be analyzed all genes and isoforms, annotation of 5’ and 3’ ends of genes, single nucleotide polymorphisms, insertion, deletion, fusion genes, and gene expression by using massively parallel and simultaneously transcriptome sequencing method. This article provides a general overview to the transcriptome sequencing, applications and the bioinformatics tools to the analysis of the sequencing data.
Fosfoproteomik Uygulama Basamaklarına Genel Bakış
An Overview of The Phosphoproteomic Workflow
Yazar: Sürmen, Mustafa Gani; Sürmen, Saime; Pençe, Sadrettin
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 8 No. 1, 2018
Anahtar kelimeler: Health Care Administration ; Sağlık Kurumları Yönetimi ; Phosphoproteomics,sample preparation,enrichment,quantitative phosphoproteomics,mass spectrometry ; Fosfoproteomik,örnek hazırlığı,zenginleştirme,niceliksel fosfoproteomik,kütle spetrometresi

Proteomik çalışmalar, kütle spektrometresi ve kromatografi alanındaki teknolojik gelişmeler sayesinde patolojik ya da fizyolojik olayları daha detaylı olarak değerlendirebilmemize imkan sağlamaktadır. Kütle spektrometresi tabanlı proteomik çalışmaların önemli bir araştırma alanı olan protein fosforilasyonları, hücresel işleyişin patolojik değişiminde moleküler aktivitenin dinamik belirteçleri olarak etkin rol oynar. Bu nedenle hastalıkların moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasında ve etkin tanı-tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde fosfoproteomik çalışmalar artan öneme sahiptir. Fosfoproteinlerin tanımlanması ve miktar analizlerinin yapılabilmesi oldukça verimli tekrarlanabilir yöntemlerin kullanılmasını gerektirir. Bu amaçla fosfoproteomik uygulamalardaki verimliliğin en üst düzeye çıkarılmasında mevcut yöntemler geliştirilmeye devam etmektedir. Kütle spektrometresi tabanlı fosfoproteomik araştırmaların temel metodolojisinin anlatıldığı ve uygulamalarda karşılaşılan zorlukların tartışıldığı bu çalışmanın, MS tabanlı fosfoproteomik alanına ilgi duyan araştırmacılara yardımcı olacağını umuyoruz.

Proteomic studies permit the evaluation of pathological or physiological events in more detail through technological developments in the fields of mass spectrometry and chromatography. Protein phosphorylation, an important research area of mass spectrometry-based proteomic studies, plays an active role as a dynamic marker of molecular activity in the pathological alteration of cellular processes. Therefore, phosphoproteomic studies are gaining importance in the elucidation of molecular mechanisms of diseases and the development of effective diagnostic and treatment methods. Identification and quantitative analysis of phosphoproteins requires the use of highly efficient and reproducible methods. The development of existing methods is ongoing in order to maximize the efficiency of phosphoproteomic applications. We hope that this study, which explains the basic methodology of mass spectrometry-based phosphoproteomic research and discusses its practical challenges, will be useful for researchers interested in MS-based phosphoproteomics.