Klinik Örneklerden İzole Edilen Aspergillus Türlerinin Tanımlanmasında Geleneksel Yöntemler, MALDI-TOF MS ve Dizi Analizi Yöntemlerinin Karşılaştırılması
Klinik Örneklerden İzole Edilen Aspergillus Türlerinin Tanımlanmasında Geleneksel Yöntemler, MALDI-TOF MS ve Dizi Analizi Yöntemlerinin Karşılaştırılması
Yazar: Bilgi, Esma Akkoyun; Kiraz, Nuri
Dergi: Dicle Tıp Dergisi, Vol. 46 No. 3, 2019
Anahtar kelimeler: Health Care Administration ; Sağlık Kurumları Yönetimi ; Aspergillus,MALDI-TOF,Kütle spektrometri

Amaç: Aspergillus türü mantar enfeksiyonları immün sistemi baskılanmış hastalarda, yüksek mortalite ve morbidite ile sonuçlanan invazif hastalıklara yol açmaktadır. Bu nedenle hızlı ve doğru tanı konularak uygun antifungal tedavi başlanması invazif aspergillozlu hastalar için hayati öneme sahiptir. Günümüzde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip yeni tanı yöntemleri tercih edilmektedir. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen Aspergillus türlerinin; geleneksel yöntemler, MALDI-TOF MS sistemi ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tanımlanması ve bu yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Yöntemler: Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 50 Aspergillus izolatı çalışmaya dahil edildi. Aspergillus suşlarından 2 tanesi kontaminasyondan dolayı çalışma dışı bırakıldı.Bulgular: Çalışmamızda referans tanımlama yöntemi olarak kullandığımız ITS bölgesinin dizi analiziyle, suşların 25 tanesi A.fumigatus tür kompleksi (%52,08), 17’si A.flavus tür kompleksi (%35,42), 3’ü A.niger tür kompleksi (%6,25), 2’si A.terreus tür kompleksi (%4,17), 1’i A.sydowii tür kompleksi (%2,08) olarak tanımlandı. Altın standart yöntemin dizi analizi olduğu ve geleneksel yöntem ile karşılaştırıldığında %97,9 uyum olduğu gözlendi. İki farklı yazılım kullandığımız MALDI-TOF MS sisteminde ise güncel IVD (invitro diagnostik) VITEK MS V.2.0 yazılımı ile doğru tanımlanan köken 37(%77,1) iken SARAMIS 4.12 RUO yazılımı ile doğru tanımlanan köken 42(%87,5) olarak bulundu.Sonuç: Moleküler yöntemler, geleneksel yöntemlerin yetersiz kaldığı ve tür tanımının yapılamadığı durumlarda tamamlayıcı yöntem olarak kullanılabilir. Zaman açısından değerlendirildiğinde MALDI-TOF yöntemi hızlı ve duyarlı bir yöntem olmasına rağmen veri tabanının geliştirilmesi amacıyla suş sayısının arttırılarak bu tür çalışmaların tekrarlanması gerekir.

Amaç: Aspergillus türü mantar enfeksiyonları immün sistemi baskılanmış hastalarda, yüksek mortalite ve morbidite ile sonuçlanan invazif hastalıklara yol açmaktadır. Bu nedenle hızlı ve doğru tanı konularak uygun antifungal tedavi başlanması invazif aspergillozlu hastalar için hayati öneme sahiptir. Günümüzde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip yeni tanı yöntemleri tercih edilmektedir. Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen Aspergillus türlerinin; geleneksel yöntemler, MALDI-TOF MS sistemi ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tanımlanması ve bu yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Yöntemler: Bu çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 50 Aspergillus izolatı çalışmaya dahil edildi. Aspergillus suşlarından 2 tanesi kontaminasyondan dolayı çalışma dışı bırakıldı.Bulgular: Çalışmamızda referans tanımlama yöntemi olarak kullandığımız ITS bölgesinin dizi analiziyle, suşların 25 tanesi A.fumigatus tür kompleksi (%52,08), 17’si A.flavus tür kompleksi (%35,42), 3’ü A.niger tür kompleksi (%6,25), 2’si A.terreus tür kompleksi (%4,17), 1’i A.sydowii tür kompleksi (%2,08) olarak tanımlandı. Altın standart yöntemin dizi analizi olduğu ve geleneksel yöntem ile karşılaştırıldığında %97,9 uyum olduğu gözlendi. İki farklı yazılım kullandığımız MALDI-TOF MS sisteminde ise güncel IVD (invitro diagnostik) VITEK MS V.2.0 yazılımı ile doğru tanımlanan köken 37(%77,1) iken SARAMIS 4.12 RUO yazılımı ile doğru tanımlanan köken 42(%87,5) olarak bulundu.Sonuç: Moleküler yöntemler, geleneksel yöntemlerin yetersiz kaldığı ve tür tanımının yapılamadığı durumlarda tamamlayıcı yöntem olarak kullanılabilir. Zaman açısından değerlendirildiğinde MALDI-TOF yöntemi hızlı ve duyarlı bir yöntem olmasına rağmen veri tabanının geliştirilmesi amacıyla suş sayısının arttırılarak bu tür çalışmaların tekrarlanması gerekir.