KALBE ÖZGÜ “SUBTRACTIVE” HIBRIDIZASYON CDNA KÜTÜPHANESINDEN ELDE EDILEN MFN2, MT-ATP6, MIDN VE KPNB1 GENLERININ YETIŞKIN, NEONATAL VE EMBRIYONIK DOKULARDAKI EKSPRESYON ANALIZI
EXPRESSION ANALYSIS OF MFN2, MT-ATP6, MIDN AND KPNB1 GENES ISOLATED FROM HEART-SPECIFIC SUBTRACTIVE HYBRIDIZATION CDNA LIBRARY IN ADULT, NEONATAL AND EMBRYONIC TISSUES
Yazar: Ozsait Selcuk, Bilge; Komurcu Bayrak, Evrim; Kalkan, Muhammed Abdulvahid; Çelebi, Gizem; Erginel Ünaltuna, Nihan
Dergi: Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, Vol. 7 No. 14, 2017
Anahtar kelimeler: Health Care Administration ; Sağlık Kurumları Yönetimi ; subtractive hybridization,qRT-PCR,Mfn2,mt-Atp6,Midn,Kpnb1 ; “subtractive” hibridizasyon,qRT-PCR,Mfn2,mt-Atp6,Midn,Kpn1b

Amaç: Eş zamanlı eksprese olan genlerin belirlenmesinde vefarklılaşmış gen ekspresyonunun tanımlanmasında dokuya özgü moleküleryolakların belirlenmesi önem taşımaktadır. Daha önceki çalışmalarımızda, “subtractive”hibridizasyon cDNA kütüphanesi (SHL) oluşturulmuş ve ardından butranskriptlerin kalp dokusundaki rollerinin tanımlanabilmesi amacı ile çoksayıda fonksiyonel çalışma yürütülmüştür. Bu çalışmadaki amacımız, SHL’denseçilen dört transkriptin çoklu doku ve farklı evrelerdeki total embriyodokularındaki ekspresyon özelliklerinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Toplam 16farklı yetişkin BALB/c fare dokusu, neonatal kalp ve iskelet kası dokusu ve 5farklı embriyonik döneme ait dokularda total RNA izolasyonu ve cDNA sentezigerçekleştirildi. SHL’den elde edilen dört genin, mitofusin-2 (Mfn2), mitokondriyal ATP sentaz 6 (mt-Atp6), midnolin (Midn) ve karyoferin (importin) beta 1 (Kpnb1) genlerinin qRT-PCR yöntemi ile gen ekspresyon analiziyapıldı. Ek olarak, mt-Atp6 genininekspresyonu çoklu doku Northern blot analizi ile araştırıldı.Bulgular: Araştırılan dört transkriptinneonatal dönemde iskelet kasına oranla kalp dokusundaki ekspresyon seviyelerinindaha fazla olduğu tespit edildi. Yetişkin kalp ve iskelet dokularında da benzeryapı gözlendi. Diğer yandan, mt-Atp6 ve Mfn2 genlerinin diğer tüm dokular ilekarşılaştırıldığında kalp dokusunda daha fazla ekspresyonunun olduğubelirlendi.Sonuç: Farklı dokular ve embriyonik dönemler arasında farklılaşmışgen ekspresyonlarının olması, bu dört transkriptin hücre fizyolojisinde önemlibir role sahip olduğunu düşündürmektedir. SHL’den izole edilen butranskriptlerin seviyelerinin sağlıklı dokularda ve embriyonik gelişim dönemlerindegösterilmesi, kalp fizyolojisi ile ilişkili metabolik yolaklardaki işlevlerinintanımlanması için önem taşımaktadır.

Objective: Identification ofdifferential gene expression and determination of co-expressed genes isimportant in the characterization of tissue specific molecular pathways. In ourprevious studies, we constructed a heart-specific subtractive hybridizationcDNA library (SHL) and conducted several functional studies in order to analyzethe role of the isolated transcripts in heart tissue. In this study, our aimwas to investigate the expression patterns of four selected transcripts fromSHL in multiple tissues and, total embryos tissues of different stages.Materialsand Methods:Total RNA isolation and cDNA synthesis were performed from 16 differenttissues, 5 different stages of total embryos and neonatal heart and skeletalmuscle of BALB/c mice. The expression profiles of SHL isolated four genes,mitofusin-2 (Mfn2), mitochondrial ATPsynthase 6 (mt-Atp6), midnolin (Midn) and karyopherin (importin) beta 1(Kpnb1) were analyzed by quantitativereal time PCR. Additionally, Northern blot analysis of mt-Atp6 in multiple tissues was performed.Results: Gene expression levelsof the four transcripts were higher in neonatal heart than in neonatal skeletalmuscle. Similar pattern was observed in adult heart and skeletal muscle.However, mt-Atp6 and Mfn2 genes were over-expressed in hearttissue compared to all other tissues and embryonic stages. Conclusion: Differential expressionof the transcripts among different tissues as well as in different embryonicstages suggests that these four genes have crucial roles in cellular physiology.Demonstration of the gene expression levels of the transcripts in the SHL inhealthy tissues and embryonic development will contribute to the identificationof the function of the genes in related metabolic pathways.