Phytophthora capsici'ye dayanıklı bazı biber genotiplerinin SRAP ve SSR belirteçlerle genetik farklılıklarının belirlenmesi
Investigation of genetic diversity of different accessions of resistance against Phytophthora capsici L. using SRAP and SSR markers
Yazar: Göçmen, Münevver; Abak, Kazım
Dergi: Derim, Vol. 36 No. 2, 2019
Anahtar kelimeler: Pepper,Phytophthora capsici L.,SRAP,SSR,Genetic relationship ; Biber,kök boğazı yanıklığı,SRAP,SSR,Genetik ilişki

Dünyada biber yetiştiriciliğini sınırlayan enönemli hastalıklardan birisi, kök boğazı yanıklığıdır. Bazı başka türlerdeolduğu gibi Capsicum annuum L. türüneait farklı genotiplerde de etmene karşı dayanıklılık kaynakları mevcuttur.Dayanıklılık düzeyi farklı biber genotiplerinin genetik ilişkilerininbelirlenmesi, dayanıklılık ile ilgili gen/genlerin kültür çeşitlerineaktarılması açısından önemlidir. Bu çalışmada, P. capsici’ye karşı dayanıklılık düzeyi ve orijini farklı 12dayanıklı ve 4 duyarlı biber genotipin filogenetik ilişkileri SRAP (SequenceRelated Amplified Polymorphism) ve SSR (Simple SequenceRepeat) molekülerbelirteçleriyle belirlenmiştir. Bunun için, 144 SRAP primer kombinasyonu ve 27SSR primer çifti kullanılmıştır. Otuz iki SRAP primeri herhangi bir PCR ürünüvermemiştir. Elli primer kombinasyonunda yalnızca monomorfik DNA bantıoluşurken 31 primer kombinasyonu polimorfizm sağlamış toplam 254 DNA fragmentielde edilmiş, bunların, 99’u (%39) monomorfik, 155’i (%61) polimorfik DNAbandıolarak değerlendirilmiştir. SRAP belirteçleri ile 16 biber genotipi birbirindengenetik olarak ayrılmıştır. SSR primerinin 15’i monomorfik bant oluşturmasınakarşın 12 SSR primeri ile toplam 36 DNA bandı elde edilmiş bunların 33'ü (%93)polimorfik olmuştur. SSR belirteç sistemi ile 16 biber genotipinin bazıları(PM-217 KM2-11, Perennial LS-279, PBC-178, Sera Demre, PBC 179 KMAE-12)birbirinden ayrılamamıştır. SRAP ve SSR belirteç verileri birliktedeğerlendirildiğinde, genotiplerin genetik ilişkisi, orijine göre kümelemesidaha bilgi verici olmuştur. P. capsici’yekarşı dayanıklılık genitörü olarak kullanılan CM 334'den, PM 702, Perennial,PM-217, Tayvan'da temin edilen PBC grubu (1364, 1365, 178, 179 ve 413) ileKahramanmaraş biber populasyonundan selekte edilen KM211genotipleri genetikolarak farklı gruplarda yer aldığı belirlenmiştir.

Phytophthora capsici L. is one of the most important pathogens of pepper in the world.Different genetic resources that resistant to P. capsici have been reported so far. Determination of thephylogenetic relationships of resistant pepper genotypes is important fortransferring of resistance gene/genes to cultivated varieties. In this study,12 pepper genotypes from different accessions of resistance and 4 susceptiblegenotypes tested with P.capsici were identified genetic relationship among genotypes using 144 SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism) and 27 SSR (Simple Sequence Repeat)primer combinations. 31 SRAP primers were polymorphic and yielded 254polymorphic DNA fragments. Fifty SRAP primers were only monomorphic. However,32 SRAP primers were not produced PCR products. Results showed that 16 peppergenotypes were genetically separated from each other by SRAP primers. TwelveSSR primers yielded total 36 DNA fragments, 33 of these were polymorphic (93%).However 15 SSR primers only produced monomorphic DNA bands. Results showed thatPepper genotypes PM-217 KM2-11, Perennial LS-279, PBC-178, Sera Demre, PBC 179and KMAE-12 were not separated with SSR markers. When the SRAP and SSRmarker data were evaluated together, the results were more informative about thegenetic relationship of genotypes and clustering by origin. Findings indicated that the genotype CM 334 which is resistance resourceto P. capsici was geneticallydifferent from PM 702, Perennial, PM-217, Taiwan's group called as PBC label(1364, 1365, 178, 179 and 413) and KM211 selected from Kahramanmaraş pepperpopulations.