Bazı Sebze ve Meyvelerde Yumuşak Çürüklük Oluşturan Pektolitik Bakterilerin Tanı ve Karakterizasyonu
Identifcation and Characterization of Pectolytic Bacteria which is Causing Soft Rot in some Fruits and Vegetables
Yazar: Dadaşoğlu, Fatih; Kotan, Recep
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 7 No. 1, 2016
Anahtar kelimeler: MIS,Molecular identifcation,Pectobacterium,Soft rot ; MIS,Moleküler tanı,Pectobacterium,Yumuşak çürüklük

Bu çalışmada meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklük hastalığına sebep olan Pectobacterium caratovorumsubsp. atrosepticum ve Erwinia chrysanthemi türlerinin klasik ve moleküler yöntemler kullanılarak kesin tanısınınyapılması hedeﬂenmiştir. Bu amaçla farklı meyve ve sebzelerde yumuşak çürüklük etmeni olduğu tespit edilenizolatlar ilk olarak mikrobiyal tanı sistemi (MIS) kullanılarak tanılanmış ve 7 farklı P. c. subsp. atrosepticumizolatı ile 5 farklı E. chrysanthemi izolatı elde edilmiştir. Ayrıca, strainler yine BIOLOG sistemi kullanılarak datanılanmış olup elde edilen sonuçların MIS sisteminde alınan sonuçlardan farklı olduğu gözlemlenmiştir. Yapılanhypersensitive reaction (HR), patojenite ve pektolitik aktivite testleri sonucu bu strainlerin tamamının patojenolduğu belirlenmiştir. Patojen olduğu belirlenen strainlerin kesin tanı ve karakterizasyonu için çeşitli biyokimyasalve moleküler testler (16S rDNA PCR ve spesifk PCR) yapılmıştır. 16S rDNA PCR testleri sonucunda strainlerincins düzeyinde tanısı yapılmış olup, izolatların tamamının yaklaşık 1500 bp uzunluğunda bant verdiği tespitedilmiştir. Patojen olduğu belirlenen ve tanılanan P. carotovorum subsp. atrosepticum izolatlarının çilek, dut,maydanoz, lahana, patates, biber ve patlıcanda, E. chrysanthemi izolatlarının ise; 2 tanesinin soğanda, 2 tanesininbiberde ve 1 tanesinin de maydanozda yumuşak çürüklük hastalığına neden olduğu belirlenmiştir.

In this study, it is aimed to be determined make a defnitive diagnosis of Pectobacterium caratovorumsubsp. atrosepticum and Erwinia chrysanthemi, which are the agent of Soft Rot for some fruits and vegetables. Forthis purpose, initially microbial diagnostic systems (MIS) are defned using, causing soft rot strains in differentfruits and vegetables, and 7 different strains of P. carotovorum subsp. atrosepticum and 5 different strains of E.chrysanthemi were obtained. Also identifed using the system of BIOLOG and it was observed that the resultsare different from results obtained in the MIS system. According to hypersensitive reaction (HR), pathogenicityand pectolytic activity tests results it was determined that all of the pathogenic strains. Several biochemical andmolecular tests (16S rDNA PCR and spesifc PCR) for the diagnosis and characterization of certain strains weremade identifed as pathogen. The diagnosis of bacterial species conducted using the 16S rDNA PCR and all of thestrains given band of approximately 1500 bp in length was determined. P. carotovorum subsp. atrosepticum strainsof identifed as pathogen in strawberry, mulberry, parsley, cabbage, potatoes, peppers and eggplant and the strainsof E. chrysanthemi; 2 of them in onion, 2 of them in pepper and one of them also in parsley, it has been found tocause soft rot disease.