Çanakkale İlinde Leek yellow stripe virus Enfeksiyonunun Güncel  Durumu ve İki farklı Gen Bölgesine Göre Kısmi Moleküler Karakterizasyonu
Current Status of Leek yellow stripe virus in Çanakkale Province of  Turkey and Partial Molecular Characterization of Turkish Isolates Based on Two Gene Regions
Yazar: Sarı, Merve; Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
Dergi: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 6 No. 1, 2020
Anahtar kelimeler: Agricultural Engineering (Other) ; Ziraat Mühendisliği (Diğer) ; ELISA,RT-PCR,NIb,CP,Phylogenetic ; ELISA,RT-PCR,NIb,CP,Filogenetik

Pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus, LYSV) pırasa tarımında ekonomik kayıplara neden olan en önemli viral hastalık etmenlerinden birisidir. Ülkemizin farklı illeri ve bölgelerinden LYSV’nin varlığı bugüne kadar yapılan birçok çalışmada bildirilmiştir. Ancak, yapılan bu çalışmalar virüsün tespiti ve kılıf protein (Coat Protein; CP) geninin moleküler karakterizasyonuna yöneliktir. Ayrıca etmenin enfeksiyonu yıldan yıla değişkenlik gösterebilmektedir. Bu nedenlerle virüsün güncel enfeksiyon durumun belirlenmesi ve iki farklı gen bölgesine göre virüsün kısmi moleküler karakterizasyonunun yapılması amacıyla bu çalışma planlanmıştır. Bu amaçla, 2019 yılında Çanakkale’nin 3 ilçesinde (Merkez, Ezine ve Ayvacık) arazi çalışmaları yapılarak virüs ve virüs benzeri belirti gösteren 35 pırasa bitkilerinden örnekler alınmıştır. Alınan örnekler double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile LYSV varlığı açısından testlenmiş ve 32 tanesinin enfekteli olduğu bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 2, daha önce yapılan bir çalışmadan (Korkmaz ve Çevik, 2009) elde edilen örneklerden de 2 tane olmak üzere toplam 4 örneğin nüklear inclusion b (Nuclear Inclusion b; NIb) ve CP gen bölgesi çoğaltılıp dizilenerek kısmi moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Yapılan çoklu dizi analizleri sonucunda Çanakkale LYSV izolatlarının her iki gen bölgesine göre de birbirleri ile %90’ın üzerinde dizi benzerliği gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise özellikle NIb bölgesine göre Çanakkale LYSV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu belirlenmiştir

Leek yellow stripe virus (LYSV) is one of the most important viral disease agents causing economic losses in leek cultivation. The presence of this virus has been previously reported in different provinces and regions of Turkey. However, those studies to date in Turkey were limited to the detection of LYSV and characterization the coat protein (CP) gene of LYSV isolates. Moreover, the infection rate of LYSV may vary from year to year. Therefore, this study was initiated to determine the current infection situation of LYSV in Çanakkale province, Turkey and partial molecular characterization of the virus based on two different genomic regions. For those purposes, field studies were conducted in 3 districts of Çanakkale province (Merkez, Ezine and Ayvacık), and 35 leek plants showing virus-like symptoms were sampled in 2019. The samples were tested with double antibody sandwich-enzyme-linked immunosorbent (DAS-ELISA) assay for the presence of LYSV and 32 of 35 collected samples were infected with LYSV. The nuclear inclusion b (NIb) and the CP genes of two new and two 2 previously obtained isolates (Korkmaz and Cevik, 2009) were amplified and sequenced for partial molecular characterization. Multiple sequence alignment studies showed that Çanakkale LSYV isolates have over %90 sequence identities with each other based on two genomic regions. Moreover, phylogenetic analysis revealed that Çanakkale LYSV isolates are closely related to each other especially based on NIb region.