Çanakkale İli Ispanak Üretim Alanlarında Pancar Nekrotik Sarı Damar Virüsü (Beet Necrotic Yellow Vein Virus; BNYVV)’nün Tespiti ve Moleküler Karakterizasyonu
Detection and Molecular Characterization of Beet Necrotic Yellow Vein Virus (BNYVV) in Spinach Production Fields of Çanakkale Province, Turkey
Yazar: Bağlan, Zeynep; Korkmaz, Savaş
Dergi: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 5 No. 2, 2019
Anahtar kelimeler: PCR,similarity,phylogenetic,spinach,BNYVV ; PCR,benzerlik,filogenetik,ıspanak,BNYVV

Ispanak önemli bir kışlık sebze olup ülkemizin her bölgesindeüretimi yapılmaktadır. Ispanak üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen birçokhastalık etmeni vardır ve bunlar içerisinden virüsler önemli bir yertutmaktadır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi “Rhizomonia” olarak taadlandırılan Pancar nekrotik sarı damar virüsü (Beet necrotic yellow vein virus;BNYVV)’dür. BNYVV’nin ülkemizde ıspanak bitkisinde varlığı serolojikyöntemlerle belirlenmiş ancak moleküler düzeyde bir çalışma yapılmamıştır. Buamaçla Çanakkale’de il ve ilçe düzeyinde ıspanak yetiştiriciliği yapılanalanlara BNYVV’nin varlığını belirlemek ve tanısını yapmak amacı ile 2017-2018üretim yılında bir arazi çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu arazi çalışmasıkapsamında tipik virüs simptomları gösteren ıspanak bitkilerinden 66 örnekalınmıştır. Alınan örneklerdeki BNYVV varlığı virüs proteinine dayalı biryöntem olan DAS-ELISA testi ile belirlenmiştir. DAS-ELISA testi sonuçlarınagöre 66 örneğin 12’si BNYVV ile enfekteli bulunmuştur. Enfekteli bulunanörnekler içerisinden bir tanesi seçilerek (CNKSpinach39) örtü protein geni(coat protein; CP) RT-PCR ile çoğaltılmıştır. CP geni çoğaltılan izolatınRT-PCR ürünleri saflaştırılmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. Eldeedilen nükleotit (nt) dizileri kullanılarak seçilen izolata ait CP genininamino asit (aa) dizileri çıkarılmıştır. Bu nükleotid ve amino asit dizileridünya BNYVV izolatlarının CP genlerinin nükleotid ve amino asit dizileri ilekarşılaştırılarak, göstermiş oldukları benzerlik oranları ve filogenetikilişkileri saptanmıştır. Gerçekleştirilen çoklu nt ve aa temelli dizikarşılaştırmaları sonucunda CNKSpinach39 izolatının dünya izolatları ile %95-99oranında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetikanalizler sonucunda ise CNKSpinach39 izolatının B patotipinde yer aldığı tespitedilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde ıspanakta ilk defa BNYVV’nin B patotipibulunmuştur.

Spinach is an important winter vegetable andit is produced in all regions in Turkey. There are many diseases affecting theyield and quality in its production. Viruses have an important role among them.One of these virus diseases is Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), calledRhizomania disease. The presence of BNYVV in the spinach plant was determinedby serological methods in Turkey, but no studies were conducted at themolecular level. For this purpose, field studies were carried out in 2017-2018in order to determine the presence of BNYVV in the fields of spinachcultivation at the level of Çanakkale province and its districts. In thesefield studies, 66 samples were collected from spinach plants showing typicalvirus symptoms. The presence of BNYVV in the samples was determined byDAS-ELISA test, a method based on virus protein. According to the DAS-ELISAtest, 12 out of 66 samples were infected with BNYVV. One of the infectedsamples was selected (CNKSpinach39) and the coat protein gene (CP) wasamplified by RT-PCR. Its RT-PCR product was purified and sequenced. The aminoacid (aa) sequences of this isolate was deduced based on its nt sequence. Thesent and aa sequences were compared with the related sequences of the world BNYVVisolates and their similarities and phylogenetic relationships were determined.As a result of multiple sequence comparisons based on nt and aa, it wasdetermined that CNKSpinach39 isolates showed similarities with 95-99% of theworld isolates. As a result of the phylogenetic analysis, it was determinedthat the isolate CNKSpinach39 was found in the B pathotype. In this study, thefirst BNYVV B pathotype was found in spinach in our country.