HT29 Hücre Hattında Sirkadiyen Ritme Bağlı Gen İfadesinin Kontrolünde Referans Gen Farklılığının Senkronizasyondaki Rolü
The Role of Reference Gene Differences in Synchronization Control of Circadian Rhythm-Induced Gene Expression in the HT29 Cell Line
Yazar: Göncü, Beyza; Öztürk, Dilek
Dergi: Erzincan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 12 No. 3, 2019
Anahtar kelimeler: Engineering ; Mühendislik ; Synchronization,Circadien rthym,HT29,PER2 ; Senkronizasyon,Sirkadiyen ritim,HT29,PER2

Sirkadiyenzamanlama sistemi, memeli organ ve hücrelerinde bulunan moleküler saatleraracılığı ile pek çok hayati fonksiyonu kontrol etmektedir. Son yıllardayapılan çalışmalar ile sirkadiyen ritmin hastalıklardaki rolü daha iyianlaşılmıştır. Bu kapsamda gerçekleştirilecek hücre kültürü çalışmalarındaöncelikli olarak senkronizasyonun sağlanması ve kontrolü önem arz etmektedir.Sunduğumuz çalışmada besin aracılığı ile senkronize edilen HT-29 hücrelerinde,senkronizasyon saat geni olarak da bilinen PER2ve iki farklı referans gen ile kontrol edilmiştir. Amacımız senkronizasyonkontrolünde referans genlerin rolünü incelemektir. Bu amaçla; serum şokunutakiben HT-29 hücreleri T0 zamanından itibaren 6 farklı zamanda toplanarak RNAizole edilmiş ve PER2, ACTB ve RPLP0 gen ekspresyonları gerçek zamanlı PZR (RT-PZR) deneyi ilekantifiye edilmiştir. Sonuçlar Fourier transformasyon ve Lineer Cosinoranalizleri ile değerlendirilmiştir. ACTBreferans geni seçildiğinde Fourier transformasyon analizi ile 24 ve 30 saatlikperiyotlar anlamlı değişim gösterirken, Lineer Cosinor analizi ile sadece 24saatlik periyot süresi anlamlı değişim göstermiştir. RPLP0 referans geni seçildiğinde her iki analiz ile de 18 saatlikperiyot süresi anlamlılık göstermiştir. Bulguların gösterdiği gibisenkronizasyonun başlatılması ve kontrolünde referans gen ve analiz yöntemigibi pek çok parametrenin birlikte değerlendirilmesi önem arz etmektedir.Yapılan çalışmanın bu alanda yapılacak in vitro çalışmalar içinfarkındalık yaratacağı düşünülmektedir.

Circadian timing system controls  many important vital functions through molecular clocks in mammalian organs  and cells. The role of circadian rhythm in diseases has been better understood  in recent years. In cell culture studies to be carried out in this area,  primarily important things are ensuring synchronization and its control. In  this study, the synchronization was controlled by PER2 clock gene and the two reference genes in nutrient-mediated  synchronized HT-29 cells. Our aim is to investigate the role of reference  genes in synchronization control. For this purpose, following serum shock  HT-29 cells were harvested at 6 different times, RNA isolation was made and  PER2,  ACTB, and RPLP0 gene expressions were quantified by real-time PCR (RT-PCR)  assay. The results were evaluated with Fourier transformation and Linear  Cosinor analysis. When the ACTB  reference gene was selected, 24 and 30 hour periods showed a significant  change by Fourier analysis and 24-hour period showed a significant change  with Cosinor analysis. When the RPLP0  reference gene was selected, the 18 hour cycle time was significant with both  analyzes. As the findings show, it is important to evaluate several  parameters such as reference gene and analysis method in the initiation and  control of synchronization. It is thought that this study will create  awareness for in vitro studies in this area.