Türkiye’de Bir Yaban Domuzunda Akciğer Kıl Kurdu Metastrongylus pudentodectus’un (Metastrongylidae: Nematoda) DNA Barkodlaması ve Filogenetik Karakterizasyonu
DNA Barcoding and Phylogenetic Characterization of the Lungworm Metastrongylus pudendotectus (Metastrongylidae: Nematoda) Detected in a Wild Boar in Turkey
Yazar: Atelge, Mübeccel
Dergi: Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Vol. 19 No. 1, 2022
Anahtar kelimeler: Akciğer kıl kurdu,filogenetik karakterizasyon,Metastrongylus pudendotectus,Türkiye,yaban domuzu ; Lungworm,Metastrongylus pudendotectus,mitochondrial DNA,phylogenetic characterization,Turkey,wild boar

Bu çalışmada Kastamonu’nun merkez ilçesinde bir yaban domuzunun nekropsi analizi sonucunda akciğerlerinde belirlenen ve morfolojik identifikasyonla Metastrongylus pudentodectus olarak teşhis edilen akciğer kıl kurtlarının mitokondrial DNA cytochrome oxidase subunit 1 (COX1) gen bölgesi moleküler olarak karakterize edilmiş ve filogenetik ilişkileri araştırılmıştır. DNA barkodlama analizlerine 10 adet M. pudontedectus izolatı dahil edilmiş olup genomik DNA izolasyonu sonrası COX1 gen bölgesi tasarlanan primerlerle çoğaltılmış ve sekans analizlerine tabii tutulmuştur. Sekans analizleri sonucu morfolojik tür konfirmasyonları sağlanmıştır. COX1 gen bölgesi sekans analizleri sonucunda aralarında %0.4 genetik farklılık belirlenen 2 haplotip belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde her iki haplotipe ait izolatların GenBank veri tabanındaki referans ve çeşitli ülkelerden bildirilmiş M. pudendotectus izolatlarıyla birlikte monofiletik küme oluşturduğu belirlenmiştir. Metastrongylus pudendotectus izolatlarının ayrıca aynı soydaki M. apri ve M. salmi ile ortalama %10.8 ve %12.5, Dictyocaulus türleriyle ortalama %15.0 ve Syngamus trachea ile de %15.8 genetik farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. Bu çalışma ile Türkiye’de yaban domuzlarında enfeksiyona yol açan akciğer kıl kurdu M. pudendotectus için ilk filogenetik karakterizasyon verileri sağlanmıştır. Elde edilen sonuçlar domuzlarda akciğer kıl kurtlarının moleküler epidemiyolojisine katkı sağlamıştır.

In this study, lungworms detected in the necropsy analyses of a wild boar in central district of Kastamonu and diagnosed as Metastrongylus pudendotectus by morphological identification were molecularly characterized using mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 (COX1) gene sequences and their phylogenetic relationships were investigated. Totally 10 M. pudendotectus isolates were included in DNA barcoding analyses. COX1 gene region was amplified with newly designed primers and subjected to the sequence analyses after genomic DNA isolations. Morphological species identifications were confirmed by sequence analyses results. Two haplotypes with 0.4% genetic difference were determined by sequence analyses of the COX1 gene region. In paleogenetic analyses, both haplotypes were placed into a monophyletic cluster with the reference and published isolates of M. pudendotectus from several countries in GenBank. Furthermore M. pudendotectus isolates showed genetic differences of 10.8% and 12.5% with M. apri and M. salmi in the same genus, 15.0% with Dictyocaulus species and 15.8% with Syngamus trachea. The first phylogenetic characterization data on the lungworm M. pudendotectus infecting wild boars in Turkey is provided with this study. The obtained results also contribute to molecular epidemiology of lungworms in boars.