Türkiye Florasından Toplanan Geofitlerin DNA Miktar ve Saflıklarının Karşılaştırılması
Comparison of DNA Quantity and Purity of Geophytes Collected from Turkey Flora
Yazar: Atak, Arif; Doyğacı, Yeşim; Doğan, Adnan; Kaya, Erdal
Dergi: Bahçe, Vol. 45 No. (Özel Sayı 1) 7. Ulusal Bahçe Bitkileri Kongresi, 2016
Anahtar kelimeler: Agricultural Engineering (Other) ; Ziraat Mühendisliği (Diğer) ; İzolasyon,geofitler,popülasyon,DNA,karşılaştırma ; DNA isolation,isolation,geophytes genus,population

Türkiye florası farklı geofit cinsleri yönünden oldukça zengindir. Ayrıca pek çok endemik türede ev sahipliği yapmaktadır. Bu zenginlik pek çok tür ve çeşidin benzerlik ve farklılığını belirlemede zorlukları da beraberinde getirmektedir. Bu amaçla çeşitlerin birbirleri ile olan benzerlik ve farklılıkları için moleküler düzeyde tanımlamalar zorunludur. Bu moleküler çalışmaların temelini ise yeterli saflıkta ve miktarda DNA izolasyonu oluşturmaktadır. Ancak bu izolasyonun çok farklı cinslere mensup oldukça da fazla sayıda geofit popülasyonlarında yapılması için en uygun yöntemin belirlenmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışma ülkemizde şimdiye kadar yapılan en kapsamlı DNA izolasyon çalışmasıdır. 110G007 no.lu Tübitak projesi kapsamında 38 farklı geofit cinsine ait toplam 3403 popülasyon ile 4 yıl süre ile çalışılmıştır. Ön denemeler ile 8 farklı metot karşılaştırılmış ve tüm cinsler baz alındığında en uygun DNA izolasyon metodu olarak Dneasy Plant Kit seçilmiştir. Daha sonra tüm popülasyonların DNA izolasyonu bu kit ile yapılmıştır. Bunlardan 2513 tanesinde DNA izolasyonu sorunsuz olurken 890 popülasyona ait DNA’lar istenen kalitede izole edilememiştir. En iyi sonuç veren cinsler Leontice (%100), Eranthis (%100), Colchicum (%100), Erodium (%100), Fritillaria (%96), Cyclamen (%93), Tulipa (%92), Pelorgonium (%91), Geranium (%88), Ranunculus (%88 ve Allium (%86) olurken en sorunlu cinsler ise Eremurus (%0), Hyancinthella (%25), Oxalis (%27), Asphodeline (%28), Biarum (%36) ve Eminium (%40) olmuştur.

Turkey has very rich flora in terms of geophyte species. Also, Turkey homeland of many endemic species. This richness also causes some difficulties to determine the similarities and differences of species. For this reason, molecular identifıcation is essential in order to determine their similarity and differences. The basis of molecular studies are sufficient purity and quantity of DNA isolation. However, determining the most appropriate method for the isolation of many different genus belonging to quite a large number of the population is of great importance due to be held in geophytes. This study is the most comprehensive study ever done for DNA isolation. 38 different genus and total 3403 geophyte population was studied for 4 years in this project (Tübitak Project Number 110G007). 8 different methods were compared with the pre-trials and finally DNeasy Plant DNA isolation kit method was selected as he most appropriates method. DNA isolation of the all populations were made with this kit. Desired amount and purity of DNA was obtained from 2513 population on the other hand desired quality DNA couldn't be isolated from 890 population. The best results obtained genus Leontice (100%), Eranthis (100%), Colchicum (100%), Erodium (100%), Fritillaria (96%), Cyclamen (93%), Tulipa (92%), Pelorgonium (91%), Geranium (88%), Ranunculus (88% and Allium (86%), while the most problematic genus Eremurus (0%), Hyancinthella (25%), Oxalis (21%),Asphodeline (28%), Biarum (36%) and Eminium (40%), respectively.