Zygaenidae (Lepidoptera) familyasında DNA izolasyonu ve PCR optimizasyonu üzerine araştırmalar
Investigations on DNA isolation and PCR optimization in Zygaenidae (Lepidoptera) family
Yazar: Ulaşlı, Başak; Can Cengiz, Feza
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 12 No. 2, 2021
Anahtar kelimeler: Structural Biology ; Yapısal Biyoloji ; Lepidoptera,zygaenidae,DNA isolation,PCR,optimization,COI ; Lepidoptera,zygaenidae,DNA izolasyonu,PCR,optimizasyon,COI

Son yıllarda pek çok böcek grubuyla birlikte Lepidoptera takımında da türlerin teşhis edilmesinde moleküler çalışmalar artarak önem kazanmış ve karşılaştırmalı morfolojik sınıflandırmanın tamamlayıcısı olmuştur. Tüm dünyaya yayılmış ve kendi içinde beş alt familyaya bölünmüş Zygaenidae familyasının ülkemizde 54 türü bulunmaktadır. Bu çalışmada Doğu Akdeniz Bölgesi’ndeki 31 lokasyondan toplanan 13 Zygaenidae türü kullanılarak DNA izolasyonu ve PCR analizlerinde optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. DNA izolasyonu aşamasında “Qiagen DNeasy DNA izolasyon kiti” (QDNA) ve “Macherey Nagel Nucleospin DNA Insect kiti” (MN) kullanılmıştır. Zygaenidae familyası ile ilgili yapılacak çalışmalarda MN kitinin, QDNA kitinden daha etkili ve başarılı sonuç verdiği belirlenmiştir. Ayrıca çalışmada nanodrop ölçüm sonuçlarının yol gösterici olmadığı görülmüştür. Gelecekte yapılacak çalışmalarda ise daha farklı DNA ölçüm tekniklerinin denenmesinin faydalı olacağı düşünülmektedir. PCR analizlerinde ise iki farklı karışım, DreamTaq PCR karışımı ile primer ve laboratuvar koşullarına göre modifiye edilmiş PCR karışımı, denenmiştir. Ticari karışımın çok daha hızlı ve etkin sonuç verdiği ancak olanaklar doğrultusunda ihtiyaç duyulması halinde ise laboratuvarda oluşturulan karışımla da başarılı sonuçlar elde edilebileceği görülmüştür. Çalışmada kullanılan LCO1490/HCO2198 primer çiftinin Zygaenidae türlerinin tanılanması için uygun olduğu saptanmış ve analizlerde tür tanılamasında %92.7 oranında başarı elde edilmiştir

In recent years, molecular studies have gained increasing importance in the identification of species in Lepidoptera as well as in many insect groups and have become complementary to the comparative morphological classification. There are 54 species of the Zygaenidae family, which is spread all over the world and divided into five subfamilies, in our country In this study, optimization studies were carried out in DNA isolation and PCR analyzes using 13 Zygaenidae species collected from 31 locations in the Eastern Mediterranean Region. for DNA isolation, Qiagen DNeasy DNA isolation kit (QDNA) and Macherey Nagel Nucleospin DNA insect kit were used. It has been determined that the MN kit gives more effective and successful results than those of QDNA isolation kit in the studies on the Zygaenidae family. In addition, it was observed that the nanodrop measurement results were not instructive in the study. It is thought that it would be beneficial to try different DNA measurement techniques in future studies In PCR analysis, two different mixtures, DreamTaq PCR mixture and a modified PCR mixture according to primer and laboratory conditions, were tested. It has been seen that the commercial mixture gives much faster and more effective results, but if needed in line with the feasibilities, successful results will be obtained with the mixture created in the laboratory. In the study, the LCO1490/HCO2198 primer pair was used and it was found to be suitable for the identification of Zygaenidae species, and a success rate of 92.7% was obtained in the analysis.