The identification of Candida species isolated from clinical specimens of immunocompromised patients with PCR and determination of antifungal resistance genes with RFLP and sequencing analysis
The identification of Candida species isolated from clinical specimens of immunocompromised patients with PCR and determination of antifungal resistance genes with RFLP and sequencing analysis
Yazar: Susever, Serdar; Yeğenoğlu, Yıldız
Dergi: Dicle Tıp Dergisi, Vol. 39 No. 2, 2015
Anahtar kelimeler: antifungal direnç, Candida, E-test, Erg11 proteini, kesilmiş parçaların uzunluk farklılığı (RFLP), polimeraz zincir reaksiyonu (PCR),sekans analizi

Amaç: Bu çalışmanın amacı immun sistemi baskılı hastalardan elde edilen klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinde PCR tekniğinin ve RFLP ve sekans analizi ile antifungal direnç genlerinin araştırılmasıdır.    Gereç ve yöntem: Çalışmada immün sistemi baskılı 200 hastadan alınan klinik örnekler (96 bronkoalveoler lavaj, 56 biyopsi-apse, 8 kan, 15 periton diyaliz sıvısı, 15 plevra sıvısı, 5 beyin omurilik ve 5 perikard sıvısı) geleneksel ve moleküler yöntemler ile incelenmiş ve sonuçlar değerlendirilmiştir. Örneklerden mantar DNA\'sı saptandıktan sonra elde edilen ürünün, multipleks PCR yardımı ile tür düzeyinde tanısı yapılmış, antifungal direnci E-test, direnç genleri ise RFLP analizi ile saptanmıştır.    Bulgular: İkiyüz örneğin 30\'unda (%15) kültür yöntemleri ile pozitif sonuç alınmış [20 Candida albicans (%67), beş Candida parapsilosis (%17), beş Candida tropicalis (%17)], 170 (%85) örnekte üreme olmamıştır. Genel primerler ile yapılan PCR testi sonucunda kültürleri olumlu bulunan 30 örneğin tümünün mantar DNA\'sı içerdiği belirlenmiştir. İzole edilen suşların biri E-test yöntemiyle flukanozole dirençli, ikisi flukanozole doza bağlı duyarlı olarak saptanırken 27\'si duyarlı olarak bulunmuştur. Seçilen uygun primerler ile BamHI ve SalI enzimleri kullanılarak RFLP uygulanmış, yapılan analizler sonucunda dirençli bir C.albicans suşunda 600 bp\'lik bant görülmüştür. Candida dubliniensis (950 bp) ve Candida krusei (360 bp) ile yapılan multipleks PCR optimizasyonunda başarı sağlanmıştır. Suşların ERG genine uygun primer çiftleri ile PCR\'ları yapıldıktan sonra yapılan sekans analizi sonucunda dirençli C.albicans suşu referans gen ile karşılaştırıldığında D132E, E216D mutasyonları belirlenmiştir.    Sonuç: Moleküler test yöntemleri özellikle immün sistemi baskılanmış hasta populasyonunun kısa sürede doğru tedavisine olanak sağladıkları için yaşamsal açıdan önemlidir.

Amaç: Bu çalışmanın amacı immun sistemi baskılı hastalardan elde edilen klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinde PCR tekniğinin ve RFLP ve sekans analizi ile antifungal direnç genlerinin araştırılmasıdır.    Gereç ve yöntem: Çalışmada immün sistemi baskılı 200 hastadan alınan klinik örnekler (96 bronkoalveoler lavaj, 56 biyopsi-apse, 8 kan, 15 periton diyaliz sıvısı, 15 plevra sıvısı, 5 beyin omurilik ve 5 perikard sıvısı) geleneksel ve moleküler yöntemler ile incelenmiş ve sonuçlar değerlendirilmiştir. Örneklerden mantar DNA\'sı saptandıktan sonra elde edilen ürünün, multipleks PCR yardımı ile tür düzeyinde tanısı yapılmış, antifungal direnci E-test, direnç genleri ise RFLP analizi ile saptanmıştır.    Bulgular: İkiyüz örneğin 30\'unda (%15) kültür yöntemleri ile pozitif sonuç alınmış [20 Candida albicans (%67), beş Candida parapsilosis (%17), beş Candida tropicalis (%17)], 170 (%85) örnekte üreme olmamıştır. Genel primerler ile yapılan PCR testi sonucunda kültürleri olumlu bulunan 30 örneğin tümünün mantar DNA\'sı içerdiği belirlenmiştir. İzole edilen suşların biri E-test yöntemiyle flukanozole dirençli, ikisi flukanozole doza bağlı duyarlı olarak saptanırken 27\'si duyarlı olarak bulunmuştur. Seçilen uygun primerler ile BamHI ve SalI enzimleri kullanılarak RFLP uygulanmış, yapılan analizler sonucunda dirençli bir C.albicans suşunda 600 bp\'lik bant görülmüştür. Candida dubliniensis (950 bp) ve Candida krusei (360 bp) ile yapılan multipleks PCR optimizasyonunda başarı sağlanmıştır. Suşların ERG genine uygun primer çiftleri ile PCR\'ları yapıldıktan sonra yapılan sekans analizi sonucunda dirençli C.albicans suşu referans gen ile karşılaştırıldığında D132E, E216D mutasyonları belirlenmiştir.    Sonuç: Moleküler test yöntemleri özellikle immün sistemi baskılanmış hasta populasyonunun kısa sürede doğru tedavisine olanak sağladıkları için yaşamsal açıdan önemlidir.