ANDROCTONUS CRASSICAUDA TOKSİN SCX8 İLE ASETİLKOLİN NİKOTİNİK RESEPTÖR ETKİLEŞMESİNDE GXXXG MOTİFİNİN ROLÜ The role of GXXXG motif on the interaction of SCX8 toxin of Androctonus crassicauda and acetylcholine nicotinic receptor.
ANDROCTONUS CRASSICAUDA TOKSİN SCX8 İLE ASETİLKOLİN NİKOTİNİK RESEPTÖR ETKİLEŞMESİNDE GXXXG MOTİFİNİN ROLÜ The role of GXXXG motif on the interaction of SCX8 toxin of Androctonus crassicauda and acetylcholine nicotinic receptor.
Yazar: Çakmak, Ayça
Dergi: Bozok Tıp Dergisi, Vol. 9 No. 1, 2019
Anahtar kelimeler: ANDROCTONUS CRASSICAUDA TOKSİN SCX8 İLE ASETİLKOLİN NİKOTİNİK RESEPTÖR ETKİLEŞMESİNDE GXXXG MOTİFİNİN ROLÜ The role of GXXXG motif on the interaction of SCX8 toxin of Androctonus crassicauda and acetylcholine nicotinic receptor.

ÖZETAmaç: Dünyanın en zehirli akrepleri arasında bulunan Androctonus crassicauda, Türkiye’de önemlienvenomasyon nedenleri arasında yer alır; ancak üzerinde yeterince farmakolojik çalışma bulunmamaktadır.Bu türün venomunda bulunan SCX8 isimli toksinin sodyum kanalı özelliğindeki nikotinikreseptörler ile etkileşmesinde GXXXG (GG4) motifinin rolü araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: Biyoinformatik çalışmalarda kullanılan uniprot.org veri bankasından protein bilgileriindirilmiş, Linux işletim sistemi GNU/Bash komutları kullanılarak insan nikotinik reseptör veakrep SCX8 toksin bilgileri ekstrakte edilmiştir. Clustal omega programı ile nikotinik reseptörler veSCX8 toksin dizileri sıralanmış ve GG4 motif ilişkileri saptanmıştır. R programlama dili kullanılarakSCX8 toksinine ait amino asit dağılımları işlenmiş ve gösterilmiştir.Bulgular: SCX8 toksini ile insan nikotinik reseptörleri arasından sadece ACM3 alt biriminde GG4motif benzerliği bulunduğu görülmüştür.Sonuç: Türkiye’de önemli bir zehirlenme nedeni olan Androctonus crassicauda türünde bulunanSCX8 toksininin etki yöresi arasında ACM3 nikotinik reseptör alt biriminin rolü olabileceği, Androctonuscrassicauda ile envenomasyon sonucunda gözlenen enflamatuvar reaksiyonların, SCX8toksini ile ACHA3 nikotinik reseptör alt birimi arasındaki bu etkileşmeye bağlı olabileceği ve buspefisik etkisine bağlı olarak SCX8’in yeni ilaç geliştirilmesinde önemli rol oynayabileceği sonucunavarılmıştır.Anahtar Kelimeler: GXXXG motif; Toksin; Nikotinik reseptör; BiyoinformatikABSTRACTObjectives: Androctonus crassicauda is one of the deadly scorpions of the world and one of theimportant cause of envenomation lacking sufficient pharmacological investigations. Objective ofthis study is to investigate the role of GXXXG (GG4) motif on the interaction of one of the toxins ofthis scorpion named SCX8 and nicotinic receptors.Materials and Methods: Data on toxins were downloaded from the uniprot.org database,extracted and processed using GNU/Bash commands of Linux operating system. Nicotinicreceptor subunits and SCX8 toxin sequences were aligned using Clustal omega software. Theamino acid distribution of the SCX8 toxin was depicted using the R programming language.Results: Presence of GG4 motif similarity was only found on ACM3 subunit of sodium channelsand the toxin SCX8.Conclusion: ACM3 subunit of nicotinic acetylcholine receptor may be a site of action of the toxinSCX8 of Androctonus crassicauda, which is an important envenomation factor, and this specificinteraction indicating the role of SCX8 on the inflammatory reactions due to envenomations ofthis scorpion venom and suggesting this toxin may have a role in the new drug developmentstudies.Keywords: GXXXG motif; Toxin; Nicotinic receptor; Bioinformatics

ÖZETAmaç: Dünyanın en zehirli akrepleri arasında bulunan Androctonus crassicauda, Türkiye’de önemlienvenomasyon nedenleri arasında yer alır; ancak üzerinde yeterince farmakolojik çalışma bulunmamaktadır.Bu türün venomunda bulunan SCX8 isimli toksinin sodyum kanalı özelliğindeki nikotinikreseptörler ile etkileşmesinde GXXXG (GG4) motifinin rolü araştırılmıştır.Gereç ve Yöntem: Biyoinformatik çalışmalarda kullanılan uniprot.org veri bankasından protein bilgileriindirilmiş, Linux işletim sistemi GNU/Bash komutları kullanılarak insan nikotinik reseptör veakrep SCX8 toksin bilgileri ekstrakte edilmiştir. Clustal omega programı ile nikotinik reseptörler veSCX8 toksin dizileri sıralanmış ve GG4 motif ilişkileri saptanmıştır. R programlama dili kullanılarakSCX8 toksinine ait amino asit dağılımları işlenmiş ve gösterilmiştir.Bulgular: SCX8 toksini ile insan nikotinik reseptörleri arasından sadece ACM3 alt biriminde GG4motif benzerliği bulunduğu görülmüştür.Sonuç: Türkiye’de önemli bir zehirlenme nedeni olan Androctonus crassicauda türünde bulunanSCX8 toksininin etki yöresi arasında ACM3 nikotinik reseptör alt biriminin rolü olabileceği, Androctonuscrassicauda ile envenomasyon sonucunda gözlenen enflamatuvar reaksiyonların, SCX8toksini ile ACHA3 nikotinik reseptör alt birimi arasındaki bu etkileşmeye bağlı olabileceği ve buspefisik etkisine bağlı olarak SCX8’in yeni ilaç geliştirilmesinde önemli rol oynayabileceği sonucunavarılmıştır.Anahtar Kelimeler: GXXXG motif; Toksin; Nikotinik reseptör; BiyoinformatikABSTRACTObjectives: Androctonus crassicauda is one of the deadly scorpions of the world and one of theimportant cause of envenomation lacking sufficient pharmacological investigations. Objective ofthis study is to investigate the role of GXXXG (GG4) motif on the interaction of one of the toxins ofthis scorpion named SCX8 and nicotinic receptors.Materials and Methods: Data on toxins were downloaded from the uniprot.org database,extracted and processed using GNU/Bash commands of Linux operating system. Nicotinicreceptor subunits and SCX8 toxin sequences were aligned using Clustal omega software. Theamino acid distribution of the SCX8 toxin was depicted using the R programming language.Results: Presence of GG4 motif similarity was only found on ACM3 subunit of sodium channelsand the toxin SCX8.Conclusion: ACM3 subunit of nicotinic acetylcholine receptor may be a site of action of the toxinSCX8 of Androctonus crassicauda, which is an important envenomation factor, and this specificinteraction indicating the role of SCX8 on the inflammatory reactions due to envenomations ofthis scorpion venom and suggesting this toxin may have a role in the new drug developmentstudies.Keywords: GXXXG motif; Toxin; Nicotinic receptor; Bioinformatics