Biber Bitkilerini Enfekte Eden Tobamovirüsler’in Simptomatolojisi ve L4 Genini Tanılayan Farklı Markırlar İle Realtime PCR Sonuçlarının Karşılaştırılması
Symptomatology of Tobamoviruses Infecting Pepper Plants and The Comparison of Realtime PCR Results With Different Markers Diagnosing The L4 Gene
Yazar: Sarıkaya, Pelin; Toksöz, Tuğba; Çoban, Sevgül; Fidan, Hakan
Dergi: Bahçe, Vol. 51 No. (Özel Sayı 1) 13. Sebze Tarımı Sempozyumu, 2022
Anahtar kelimeler: Agricultural Engineering (Other) ; Ziraat Mühendisliği (Diğer) ; MAS,L4 dayanıklılık geni,PMMoV,ToBRFV,virüs ; MAS,L4 resistance gene,PMMoV,ToBRFV,virus

Biber (Capsicum annuum L.) dünyada en yaygın olarak yetiştirilen ve ekonomik olarak önemli yere sahip sebzelerden gruplarından biridir. Biber yetiştiriciliği yapılan açık alanlar ve seralarda üretim girdilerini sınırlandıran faktörlerin başında virüs hastalıkları gelmektedir. Tohumla ve mekanik yollarla taşınabilen Tobamovirus grubuna ait virüslerden özellikle Pepper mild mottle virus (PMMoV) ve son yıllarda özellikle domates üretiminde ciddi problemlere sebep olan Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) biber yetiştiriciliği yapılan alanlarda ciddi enfeksiyonlara sebep olmaktadır. Bu iki virüs de biber bitkilerinde benzer simptomlar meydana getirmeleri sebebiyle simptomatolojik olarak ayırt etmek oldukça zordur. Teşhis için virüslere spesifik primerler ile RT-PCR yapılması gerekmektedir. Virüs enfeksiyonlarından korunmanın en etkili yöntemi dayanıklı çeşit kullanmaktır. Bu çalışmada biber bitkilerinde L4 dayanıklılık genini tanılayan farklı klasik markırlar ve DYN firmasına ait ‘simple probe’ teknolojisiyle çalışan L4 RealTime kiti kullanılarak, MAS (Marker-Assisted Selection) çalışmalarıyla L4 geni tanılaması hem klasik PCR hem de qPCR (quantitative PCR) sonuçlarıyla kıyaslanmıştır. MAS analizlerinde ise L4 genini tanılamak için kullanılan markırlar ile kıyaslama çalışması yapılmıştır. RealTime PCR ile uyumlu çalışan, beklenen-gözlenen sonuçlarını doğrulayan klasik PCR markırı da belirlenmiştir. Laboratuvar imkanları elverişli olduğu sürece L4 klasik markırlarının qPCR kitleri ile doğrulanması gerektiği, tek markıra bağlı kalınarak alınan sonuçların güvenilir olmadığı ortaya konmuştur.

Pepper (Capsicum annuum L.) is one of the most widely grown and economically important vegetable groups in the world. The primary factors limiting production inputs in open fields and greenhouses where pepper is cultivated are virus infections. Major infections in pepper growing areas are caused on by the PMMoV, one of the Tobamovirus group’s viruses that can spread mechanically and by seeds, and the ToBRFV, which has recently caused serious issues with tomato production. It is quite difficult to diagnose these two viruses symptomatologically, requiring RT-PCR with virus-specific primers for complete diagnosis. The usage of resistant cultivars is the best defense against viral infections. In this study, the results of MAS analyze performed with both classical PCR and qPCR using various markers identifying the L4 gene in pepper plants were compared. The markers used to identify the L4 gene were compared with the results of the MAS analysis. Additionally, a traditional PCR marker was identified, which enhances RealTime PCR and supports the observed results. As long as there are laboratory facilities available, it has been revealed that L4 classical markers should be confirmed using qPCR kits and that the results from using only one marker are unreliable.