Tek hücre jel elektroforezi yöntemi için alternatif güvenli boyalar
Tek hücre jel elektroforezi yöntemi için alternatif güvenli boyalar
Yazar: Ünlü, Sibel; Sağlar, Emel
Dergi: Cumhuriyet Tıp Dergisi, Vol. 34 No. 4, 2012
Anahtar kelimeler: Comet assay, DNA hasarı, floresan boyalar

Özet Amaç. Tek hücre jel elektroforezi veya yaygın olarak kullanılan diğer adı ile Comet Assay tekniği DNA hasarını belirlemek için kullanılan hassas, hızlı ve ucuz bir sitogenetik yöntemdir. Temel olarak bu metod hücrelerin mikroskop lamı üzerinde agaroz içine gömülüp, lizizi sonrası elektroforeze tabi tutularak floresan boyalar ile boyanması ardından DNA’daki hasarın görüntülenmesine dayanmaktadır. Görüntüleme aşamasında interkalatör boyalar olan etidyum bromür ve propidyum iyodit yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak bu boyalar mutajenik ve olası karsinojenik özelliklerinden dolayı kullanım aşamasında oldukça dikkat gerektirmektedir. Bu çalışmada DNA’nın tek hücre jel elektroforezinde görüntülenebilmesi için alternatif olabilecek iki karsinojenik olmayan güvenli boyanın kullanılabilirliği araştırılmıştır. Sağlıklı ve gönüllü bir bireyden alınan periferal kan örneğinden ayrıştırılan lenfositler hücre kültüründe çoğaltılmış, kültür örneği ikiye ayrılarak biri kontrol olarak kullanılmış, diğeri 0,527 kGy/h doz hızlı Cs137 kaynağında 2 Gy ışınlanmıştır. Kontrol ve ışınlanmış örneklere alkalin comet assay yöntemi uygulandıktan sonra lamlar hem etidyum bromür ve propidyum iyodit ile hem de alternatif olarak SafeView ve GelStar boyaları ile boyanmıştır. Bulgular. Elde edilen veriler, klasik boyalarla karşılaştırıldığında bu iki alternatif boyanın son derece etkin çalıştığını göstermiştir. Sonuç. Bu çalışma sonucunda klasik agaroz jel elektroforezi yönteminde DNA ve RNA’yı görüntülemek amaçlı kullanılan SafeView ve GelStar boyalarının, literatürde ilk kez tek hücre jel elektroforezi yönteminde DNA’yı görüntülemek için hassas ve etkin şekilde kullanılabildiği gösterilmiştir.  Anahtar sözcükler: Comet assay, DNA hasarı, floresan boyalar   Abstract Aim. Single cell gel electrophoresis or the other common name Comet assay technique is a sensitive, fast and cheap cytogenetic method for DNA damage assessment. Method consists of embedding cells to the agarose on microscope slides, electrophoresis following lysis and staining with fluorescent dyes for DNA damage visualization basically. At the staining stage intercalator dyes ethidium bromide and propidium iodide are used widely. However because of the mutagenic and possible carcinogenic properties of these dyes, they must be used very carefully. Method. In this study applicability of two safe non-carcinogenic dyes for DNA visualization in single cell gel electrophoresis is investigated. Lymphocytes from blood sample of a healthy volunteer donor were separated and propagated in cell culture, divided into two, one of them used as control and the other is irradiated 2Gy at a 0,527 kGy/h dose rated 137Cs source. Alkaline comet assay was applied and slides were stained with ethidium bromide and propidium iodide also with alternative SafeView and GelStar dyes. Results. Optained data shows that, when compared with the conventional ones these two alternative dyes worked efficiently. Conclusion. Results of this study showed that SafeView and GelStar dyes which are used in classical agarose gel electrophoresis method for DNA and RNA staining, can also be used efficiently in single cell gel electrophoresis for the first time in literature. Keywords: Comet assay, DNA damage, fluorescent dyes

Özet Amaç. Tek hücre jel elektroforezi veya yaygın olarak kullanılan diğer adı ile Comet Assay tekniği DNA hasarını belirlemek için kullanılan hassas, hızlı ve ucuz bir sitogenetik yöntemdir. Temel olarak bu metod hücrelerin mikroskop lamı üzerinde agaroz içine gömülüp, lizizi sonrası elektroforeze tabi tutularak floresan boyalar ile boyanması ardından DNA’daki hasarın görüntülenmesine dayanmaktadır. Görüntüleme aşamasında interkalatör boyalar olan etidyum bromür ve propidyum iyodit yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak bu boyalar mutajenik ve olası karsinojenik özelliklerinden dolayı kullanım aşamasında oldukça dikkat gerektirmektedir. Bu çalışmada DNA’nın tek hücre jel elektroforezinde görüntülenebilmesi için alternatif olabilecek iki karsinojenik olmayan güvenli boyanın kullanılabilirliği araştırılmıştır. Sağlıklı ve gönüllü bir bireyden alınan periferal kan örneğinden ayrıştırılan lenfositler hücre kültüründe çoğaltılmış, kültür örneği ikiye ayrılarak biri kontrol olarak kullanılmış, diğeri 0,527 kGy/h doz hızlı Cs137 kaynağında 2 Gy ışınlanmıştır. Kontrol ve ışınlanmış örneklere alkalin comet assay yöntemi uygulandıktan sonra lamlar hem etidyum bromür ve propidyum iyodit ile hem de alternatif olarak SafeView ve GelStar boyaları ile boyanmıştır. Bulgular. Elde edilen veriler, klasik boyalarla karşılaştırıldığında bu iki alternatif boyanın son derece etkin çalıştığını göstermiştir. Sonuç. Bu çalışma sonucunda klasik agaroz jel elektroforezi yönteminde DNA ve RNA’yı görüntülemek amaçlı kullanılan SafeView ve GelStar boyalarının, literatürde ilk kez tek hücre jel elektroforezi yönteminde DNA’yı görüntülemek için hassas ve etkin şekilde kullanılabildiği gösterilmiştir.  Anahtar sözcükler: Comet assay, DNA hasarı, floresan boyalar   Abstract Aim. Single cell gel electrophoresis or the other common name Comet assay technique is a sensitive, fast and cheap cytogenetic method for DNA damage assessment. Method consists of embedding cells to the agarose on microscope slides, electrophoresis following lysis and staining with fluorescent dyes for DNA damage visualization basically. At the staining stage intercalator dyes ethidium bromide and propidium iodide are used widely. However because of the mutagenic and possible carcinogenic properties of these dyes, they must be used very carefully. Method. In this study applicability of two safe non-carcinogenic dyes for DNA visualization in single cell gel electrophoresis is investigated. Lymphocytes from blood sample of a healthy volunteer donor were separated and propagated in cell culture, divided into two, one of them used as control and the other is irradiated 2Gy at a 0,527 kGy/h dose rated 137Cs source. Alkaline comet assay was applied and slides were stained with ethidium bromide and propidium iodide also with alternative SafeView and GelStar dyes. Results. Optained data shows that, when compared with the conventional ones these two alternative dyes worked efficiently. Conclusion. Results of this study showed that SafeView and GelStar dyes which are used in classical agarose gel electrophoresis method for DNA and RNA staining, can also be used efficiently in single cell gel electrophoresis for the first time in literature. Keywords: Comet assay, DNA damage, fluorescent dyes