Güney Marmara Bölgesi kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus enfeksiyonunun tespiti ve kılıf protein gen diziliminin filogenetik analizi
Detection and phylogenetic analysis of coat protein gene region of cucumber mosaic virus Infecting cucurbit plants in South Marmara Region of Turkey
Yazar: Karanfil, Ali; Korkmaz, Savaş
Dergi: Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, Vol. 58 No. 2, 2020
Anahtar kelimeler: CMV,DAS-ELISA,RT-PCR,sekanslama ; CMV,DAS-ELISA,RT-PCR,sekanslama

Amaç: Güney Marmara Bölgesi (GMB) kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus (CMV) enfeksiyonunun tespiti ve elde edilen CMV izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile bu çalışma yürütülmüştür.  Materyal ve Yöntem: GMB’yi oluşturan Çanakkale, Balıkesir ve Bursa illerinde arazi çalışmaları gerçekleştirilerek virüs ve virüs-benzeri simptom gösteren bitkilerden örnekler alınmış ve DAS-ELISA yöntemi ile CMV enfeksiyonu açısından testlenmiştir. İleri analizler için toplanan örnekler içerisinden 3 tanesi elde edildikleri coğrafik orijine göre seçilerek, RT-PCR ile kılıf protein genlerinin tamamı çoğaltılarak klonlanmış ve sekanslanmıştır.Araştırma Bulguları: Arazi çalışmaları sonucunda 72 bitkiden örnek alınmıştır. Virüs tanılama çalışmaları sonucunda ise 10 bitkide CMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen sekans analizleri sonucunda GMB CMV izolatları birbirleri ile nükleotit düzeyinde %93.15-99.70 oranında, amino asit düzeyinde ise bu izolatların %97.71-100 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen karşılaştırmalar sonucunda ise GMB izolatlarının nükleotit ve aminoasit düzeyinde %76-100 benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise GMB CMV izolatlarının ikisinin altgrup IA, birinin ise altgrup IB’de olduğu belirlenmiştir.Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile GMB kabakgil üretim alanlarında CMV enfeksiyonu tespit edilerek ülkemizden ilk kabakgil CMV izolatlarının kılıf protein gen dizilimlerinin genbankasında yer alması sağlanmıştır.

Objective: This study was carried out for the detection and molecular characterization of cucumber mosaic virus (CMV) infecting cucurbit plants in the Southern Marmara Region (SMR) of Turkey.Material and Methods: Surveys were performed in the SMR (Çanakkale, Balıkesir and Bursa provinces) and, samples showing virus and virus-like symptoms were collected. The samples were tested by DAS-ELISA to detect CMV infection. For further analysis, three isolates were selected according to the geographic origin which they were obtained from. Their complete coat protein genes were amplified by RT-PCR, cloned and sequenced.Results: While seventy-two samples were collected, CMV infection was found in 10 plants. As a result of sequence analysis, SMR CMV isolates were 93.15-99.70% and 97.71-100% similar to each other at nucleotide (nt) and amino acid (aa) levels, respectively. And, it was determined that 76-100% similarities with world isolates at nt and aa levels. Moreover, based on the phylogenetic analysis, it was determined that two of the GMB CMV isolates were in subgroup IA and remaining was in subgroup IB.Conclusion: CMV infections were detected in cucurbit plant production areas of SMR. And, for the first time, complete coat protein gene sequences of Turkish cucurbit CMV isolates were deposited in Genbank.