Hepatit C Virusu Genotip Dağılımı ve 5’ UTR Nükleotid Değişiklikleri
Genotype Distribution and 5' UTR Nucleotide Changes in Hepatitis C Virus
Yazar: Karslıgil, Tekin; Savaş, Eda; Savaş, M. Cemil
Dergi: Balkan Medical Journal, Vol. 2011 No. 3, 2014
Anahtar kelimeler: HCV, Genotyping, 5' UTR nucleotid changes ; HCV, Genotip, 5’UTR nükleotid değişiklikleri

Amaç: HCV, tek zincirli 9500 nükleotid uzunluğunda bir RNA virusdür. Genomun 3’ ve 5’ uçlarında oldukça korunmuş ve farklı HCV tipleri arasında %92 oranında homoloji gösteren iki adet translasyona uğramayan bölge (untranslated region=UTR) bulunmaktadır. 5’UTR bölgesi genotip saptanmasında kullanılmaktadır. Çalışmada genotip ve bu bölgedeki nükleik asid değişiklikleri araştırılmıştır. Gereç ve Yöntemler: HCV tanısı almış 51 hastanın serumunda HCV RNA ekstraksiyonu ve pürifikasyonu yapılmıştır. Genomun 5’ucundaki 341 nükleotid uzunluğundaki UTR bölgesinin sekans analizi yapılmış ve HCV genotipleri saptanmıştır. On-line BLAST programı kullanılarak elde edilen dizilerdeki nükleotid değişiklikleri araştırılmıştır. Bulgular: Ellibir hastanın 45’inde (%88.2) genotip 1 (tüm genotiplerin %78.4’ü 1b, %9.8’i 1a) saptanmıştır. Dizilerin 41’inde (%80.4) nükleik asit değişiklikleri belirlenmiştir. Bu değişiklikler genellikle 84. kodonda insersiyon, 43. ve 46. kodonlarda delesyon, 15., 17. ve 18. kodonlarda transversiyon, 62. kodonda ise transisyon şeklinde görülmektedir. Nükleik asit değişiklikleri ile viral yük arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Sonuç: 5’UTR bölgesi korunmuş bölge olmasına rağmen bu bölgede mutasyonlar görülebilmektedir ve bu mutasyonlar genotipi, viral yükü ve tedavi cevabını etkileyebilir. Bu nedenle geniş serilerde ileri araştırmalara gereksinim vardır.

Objective: HCV is a single-stranded RNA virus which has 9500 nucleotide. On the 3&amp;#39; and 5&amp;#39; ends of the genome, there are two untranslated regions (UTR) which are highly protected and which have 92% homology among various HCV types. 5&amp;#39; UTR is used for the genotype detection. In this study, genotype and nucleic acid changes in this region were analyzed.         Material and Methods: In 51 patients diagnosed with HCV, HCV-RNA was isolated and purified from serum samples. The 341 nucleotide-long UTR region at the 5&amp;#39;end of the genome was sequenced and genotypes were detected. Nucleotide changes were analyzed with on-line BLAST program.         Results: In 45 (88.2%) of 51 patients, genotype-1 (78.4% of all genotypes were 1b, 9.8% were 1a) was detected. In 41 (80.4%) of the 51 sequences, nucleic acid changes were detected. These changes generally occurred as an insertion in codon 84 ; deletion in codon 43 and codon 46; transversion in codon 15, 17 and 18, and transition in codon 62. No significant relationship was found between viral load and nucleic acid changes.         Conclusion: Although the 5&amp;#39;UTR region is a protected region, mutation can be observed, and the mutations may affect the genotype, viral load and treatment response. Therefore, further investigation is required in a large series                Turkish         Başlık:    Hepatit C Virusu Genotip Dağılımı ve 5&amp;#39; UTR Nükleotid Değişiklikleri    Anahtar Kelimeler:    HCV, Genotip, 5&amp;#39;UTR nükleotid değişiklikleri         Amaç: HCV, tek zincirli 9500 nükleotid uzunluğunda bir RNA virusdür. Genomun 3&amp;#39; ve 5&amp;#39; uçlarında oldukça korunmuş ve farklı HCV tipleri arasında %92 oranında homoloji gösteren iki adet translasyona uğramayan bölge (untranslated region=UTR) bulunmaktadır. 5&amp;#39;UTR bölgesi genotip saptanmasında kullanılmaktadır. Çalışmada genotip ve bu bölgedeki nükleik asid değişiklikleri araştırılmıştır.         Gereç ve Yöntemler: HCV tanısı almış 51 hastanın serumunda HCV RNA ekstraksiyonu ve pürifikasyonu yapılmıştır. Genomun 5&amp;#39;ucundaki 341 nükleotid uzunluğundaki UTR bölgesinin sekans analizi yapılmış ve HCV genotipleri saptanmıştır. On-line BLAST programı kullanılarak elde edilen dizilerdeki nükleotid değişiklikleri araştırılmıştır.         Bulgular: Ellibir hastanın 45&amp;#39;inde (%88.2) genotip 1 (tüm genotiplerin %78.4&amp;#39;ü 1b, %9.8&amp;#39;i 1a) saptanmıştır. Dizilerin 41&amp;#39;inde (%80.4) nükleik asit değişiklikleri belirlenmiştir. Bu değişiklikler genellikle 84. kodonda insersiyon, 43. ve 46. kodonlarda delesyon, 15., 17. ve 18. kodonlarda transversiyon, 62. kodonda ise transisyon şeklinde görülmektedir. Nükleik asit değişiklikleri ile viral yük arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır.         Sonuç: 5&amp;#39;UTR bölgesi korunmuş bölge olmasına rağmen bu bölgede mutasyonlar görülebilmektedir ve bu mutasyonlar genotipi, viral yükü ve tedavi cevabını etkileyebilir. Bu nedenle geniş serilerde ileri araştırmalara gereksinim vardır.