hakansabunis/tr-academic-research-agent-index huggingface dataset:
Diyabetik Komplikasyonlara Karşı Alfa-amilazı Hedef Alan Selekoksib Türevleri
Celecoxib Derivatives Targeting Alpha-Amylase Against Diabetic Complications
Yazar: Bayrak, Songül
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 3, 2024
Anahtar kelimeler: Biochemistry and Cell Biology (Other) ; Biyokimya ve Hücre Biyolojisi (Diğer) ; Biocatalysis and Enzyme Technology ; Biyokataliz ve Enzim Teknolojisi ; a-Amilaz,İnhibisyon,Pirazoller,Tip 2 diyabet ; α-amylase,Inhibition,Pyrazoles,Type 2 diabetes

Tip 2 diyabet, dünya genelinde önemli bir halk sağlığı sorunu olup, etkili tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi ve yeni ilaç adaylarının keşfi büyük bir öneme sahiptir. Bu bağlamda, heterosiklik pirazol türevleri, sitotoksik, antikanser, antimikrobiyal ve anti-inflamatuar gibi geniş bir farmakolojik özellik yelpazesi sergileyen önemli bir molekül sınıfı olarak dikkat çekmektedir. Özellikle, sülfonamid grubu içeren türevlerin enzim inhibitörleri olarak potansiyel taşıdığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, önceden sentezlenmiş selekoksib türevi bileşiklerin, alfa-amilaz(α-amilaz) enzimi üzerindeki inhibisyon etkileri değerlendirilmiştir. İncelemeler sonucunda, bu bileşiklerin IC50 değerlerinin 0.00083 µM ile 2.46 µM arasında değiştiği belirlenmiştir. Özellikle, sülfonamid grubu ve 2,3-dimetoksifenil fonksiyonel grupları içeren bileşik 2'nin, α-amilaz enzimi için 0.00082 µM IC50 değeriyle güçlü bir inhibisyon etkisi gösterdiği tespit edilmiştir. Buna karşılık, bileşik 4, 2.46619 µM IC50 değeriyle en düşük inhibisyon etkisini sergilemiştir. Ek olarak, bu bileşiklerin etkileri, α-amilaz enzimi için standart inhibitör olarak kullanılan akarboz ile karşılaştırılmış ve sonuçlar detaylı bir şekilde analiz edilmiştir.

Type 2 diabetes represents a significant global public health challenge, underscoring the importance of developing effective treatment strategies and identifying novel drug candidates. In this context, heterocyclic pyrazole derivatives emerge as a crucial class of molecules due to their diverse pharmacological properties, including cytotoxic, anticancer, antimicrobial, and anti-inflammatory activities. Notably, derivatives containing sulfonamide groups have demonstrated potential as enzyme inhibitors. This study evaluated the inhibitory effects of previously synthesized celecoxib derivative compounds on the alpha-amylase (α-amylase) enzyme. The findings revealed that the IC50 values of these compounds ranged from 0.00083 µM to 2.46 µM. Compound 2, which contains sulfonamide groups and dimethoxy phenyl functional groups, exhibited a potent inhibitory effect with an IC50 value of 0.00082 µM against the α-amylase enzyme. In contrast, compound 4 displayed the lowest inhibitory effect, with an IC50 value of 2.46619 µM. Furthermore, the inhibitory effects of these compounds were compared to acarbose, a standard α-amylase inhibitor, and the results were analyzed comprehensively.
Şeker Pancarında Enzimatik Esmerleşmenin Önlenmesi İçin Yeni Bir Yaklaşım: Herbisit İnhibitörleri
A New Approach to Prevent Enzymatic Browning in Sugar Beet: Herbiside Inhibitors
Yazar: Öztürk, Cansu
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 2, 2024
Anahtar kelimeler: Biocatalysis and Enzyme Technology ; Biyokataliz ve Enzim Teknolojisi ; •Polyphenol oxidase,•purification,•inhibition,•herbicide ; Polifenol oksidaz,saflaştırma,inhibisyon,herbisit

Enzimatik esmerleşme, tüketici tercihlerini olumsuz etkileyebileceğinden, gıda endüstrisinde taze ürünlerin işlenmesi ve depolanmasında önemli bir zorluk teşkil etmektedir. Ürünlerin raf ömrünü uzatmak amacıyla, polifenoloksidaz enzim aktivitesini inhibe eden çeşitli fiziksel ve kimyasal yöntemler denenmiştir. Bu çalışmada, seçilmiş herbisitlerle polifenol oksidaz (PFO) aktivitesini sınırlayarak şeker pancarı (Beta vulgaris L. subsp. vulgaris) bitkisinde enzimatik esmerleşmenin önlenmesi amaçlanmıştır. Polifenol oksidaz enzimi, Sepharose-4B-L-tirozin-p-aminobenzoik asit afinite jeli kullanılarak afinite kromatografisi ile 46,35 kat saflaştırıldı. Enzimin molekül ağırlığı SDS-PAGE ile tek bant olarak yaklaşık 40 kDa olarak bulundu. Daha sonra, pendimetalin, bentazon ve glifosatın saflaştırılmış PFO enzimi üzerindeki inhibisyon etkileri araştırıldı. IC50 değerleri pendimetalin, bentazon ve glifosat herbisitleri için sırasıyla 0,157, 0,081 ve 0,230 µM olarak belirlendi. Kinetik analizler, bentazonun PFO üzerinde 0,092 µM'lik Ki değeriyle dikkate değer bir inhibitör olduğunu gösterdi.

Enzymatic browning represents a significant challenge in the processing and storage of fresh produce within the food industry, as it can adversely affect consumer preferences. Various physical and chemical methods have been explored to inhibit the activity of polyphenol oxidase in order to extend the shelf life of products. In this study, it was aimed to prevent enzymatic browning in sugar beet (Beta vulgaris L. subsp. vulgaris) by limiting the polyphenol oxidase (PPO) activity with selected herbicides. Polyphenol oxidase enzyme was purified 46.35-fold by affinity chromatography using Sepharose-4B-L-tyrosine-p-aminobenzoic acid affinity gel. The molecular weight of the enzyme was found to be about 40 kDa by SDS-PAGE as a single band. Then, the inhibition effects of pendimethalin, bentazone, and glyphosate on purified PFO enzyme were investigated. IC50 values were determined as 0.157, 0.081, and 0.230 µM for pendimethalin, bentazone, and glyphosate herbicides, respectively. Kinetic assays indicated that bentazone was a remarkable inhibitor with the Ki value of 0.092 µM on PPO.
Kentsel Yol Ağlarında Kritik Kenar Tespiti için Etkin Bir Algoritma
An Effective Algorithm for Critical Edge Detection in Urban Road Networks
Yazar: Aygül, Yeşim; Uğurlu, Onur; Akram, Vahid; Türsel Eliiyi, Deniz
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 3, 2024
Anahtar kelimeler: Software Engineering (Other) ; Yazılım Mühendisliği (Diğer) ; Trafik ağları,Ağ analizi,Kritik kenarlar,Ağ algoritmaları ; Traffic networks,Network analysis,Critical edges,Graph algorithms

Bu çalışma, trafik ağlarının etkin yönetimi ve optimizasyonu için önemli bir problem olan Kritik Kenar Problemine odaklanmaktadır. Kritik Kenar Problemi, ağdan çıkarılması ile ağın bağlantısallığına en çok zarar verecek kenar kümesini belirlemeyi amaçlayan bir optimizasyon problemidir. Kritik Kenar Problemi trafik yönetimi, acil durum müdahaleleri, altyapı yatırımları ve ağ dayanıklılığını artırma gibi çok sayıda önemli uygulama alanına sahiptir.  Bu çalışmanın temel motivasyonu özellikle büyük ölçekli gerçek hayat ağları üzerinde verimli bir şekilde kullanılabilecek yeni bir polinom zamanlı algoritmanın geliştirilmesidir. Geliştirilen algoritmanın efektifliği küçük ölçekli ağlar üzerinde klasik kaba-kuvvet yaklaşımıyla elde edilen optimal sonuçlarla karşılaştırılarak test edilmiştir. Önerilen yöntem, trafik sıkışıklığını azaltma, seyahat sürelerini kısaltma ve çevresel etkileri minimize etme gibi çeşitli kentsel zorluklarla başa çıkma potansiyeli taşımaktadır. Bu araştırma, büyük ölçekli trafik ağlarının anlaşılmasını ve verimli ulaşım sistemlerinin geliştirilmesini teşvik etmek için etkin bir yaklaşım sunmaktadır.

This study focuses on the Critical Edge Problem, which is an important problem for effectively managing and optimizing traffic networks. The Critical Edge Problem is an optimization problem that aims to determine the set of edges whose removal from the network will cause the most damage to the network's connectivity. The Critical Edge Problem has many important application areas, such as traffic management, emergency responses, infrastructure investments, and increasing network resilience. The primary motivation of this study is the development of a new polynomial-time algorithm that can be used efficiently, especially on large-scale real-life networks. The effectiveness of the developed algorithm was tested by comparing it with the optimal results obtained by classical brute-force approaches on small-scale networks, and the theoretical foundations and practical applications of the algorithm were comprehensively examined. The proposed method has the potential to tackle various urban challenges, such as reducing traffic congestion, shortening travel times, and minimizing environmental impacts. This research provides an effective method to promote the understanding of large-scale traffic networks and the development of efficient transportation systems.
24 GHz’de Geniş Bantlı ve Düşük Maliyetli Mikroşerit Slot Anten Tasarımı ve Analizi
Design and Analysis of A Wideband and Low-Cost Microstrip Slot Antenna at 24 GHz
Yazar: Kalınay, Gürkan; Kaburcuk, Fatih; Kök, Mehmet Onur
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 2, 2024
Anahtar kelimeler: Engineering Electromagnetics ; Mühendislik Elektromanyetiği ; 5G anten,Genişbant anten,Slot anten,Düşük maliyetli anten,FDTD ; 5G,Wideband antenna,Slot antenna,Low cost antenna,FDTD

Bu çalışmada, beşinci nesil (5G) mobil iletişim uygulamaları için düşük maliyetli bir mikroşerit slot anteninin tasarımına, sayısal analizine ve üretimine odaklanılmıştır. Bu araştırmanın temel amacı 5G frekans bandında 24 GHz frekansında çalışan bir mikroşerit slot anteninin incelenmesidir. Bu frekans bandı, yüksek hızlı kablosuz iletişim için çeşitli frekans bantlarını kullanan 5G iletişim aralığının oldukça içerisindedir. Anten düşük maliyetli ve mobil iletişim cihazlarına uygun olacak şekilde tasarlanmıştır. Anten, baskılı devre kartlarında yaygın ve uygun fiyatlı olarak kullanılan ve 25 × 20 × 1.6 〖mm〗^3 kompakt boyutuna sahip bir FR-4 alt tabaka üzerine tasarlanmış ve üretilmiştir. Bu alt tabaka seçimi, uygun maliyetli bir anten oluşturma hedefiyle uyumludur. Antenin performansını analiz etmek için iki hesaplama aracı kullanıldı. Bunlardan ilki, Sonlu Fark Zaman Alanı (FDTD) yöntemini temel alan Hesaplamalı Elektromanyetik Simülatör (CEMS) yazılımı, ikincisi ise Sonlu Entegrasyon Tekniği (FIT) tabanlı CST yazılımıdır. Bu araçlar, çeşitli parametreleri değerlendirmek için anten tasarımında ve simülasyonunda yaygın olarak kullanılmaktadır. 24 GHz’de önerilen antenin maksimum kazanç değeri 3.56 dBi'dir. Önerilen antenin ölçümleri Keysight Network Analizörü kullanılarak yapılmıştır.

In this study the design and numerical analysis of a low-cost microstrip patch antenna for fifth-generation (5G) mobile communication applications are focused. The main objective of this research is to investigate a microstrip patch antenna that operates in the 5G frequency band at 24 GHz. These frequency band is well within the range of 5G communication, which utilizes a variety of frequency band for high-speed wireless communication. The antenna is designed to be low-cost and suitable for mobile communication devices. The antenna is designed and fabricated on a low-cost FR-4 substrate having compact size 25 × 20 × 1.6 〖mm〗^3, which is a common and affordable material used in printed circuit boards. This choice of substrate aligns with the goal of creating a cost-effective antenna. Two computational tools are used to analyze the antenna's performance. The first is a Computational Electromagnetic Simulator (CEMS) software based on the Finite-Difference Time-Domain (FDTD) method, and the second is CST software, which is based on the Finite Integration Technique (FIT). These tools are commonly used in antenna design and simulation to assess various parameters. The maximum gain value of the antenna is 3.56 dBi at 24 GHz.  The measurement of the proposed antenna has been performed using the Keysight Network analyzer.
Hidrostatik Basınç ve Sıcaklığın GaAs/Ga1-xAlxAs Küresel Kuantum Noktasındaki Yabancı Atom Self-Polarizasyonu ve Bağlanma Enerjisi Üzerindeki Etkileri
Effects of Hydrostatic Pressure and Temperature on İmpurity Self-Polarization and Binding Energy in GaAs/Ga1-xAlxAs Spherical Quantum Dot
Yazar: Meşe, Ali İhsan
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 2, 2024
Anahtar kelimeler: Condensed Matter Physics (Other) ; Yoğun Madde Fiziği (Diğer) ; Hidrostatik basınç,Sıcaklık,Bağlanma enerjisi,Yabancı atom self-polarizasyon,Uyarılmış durum ; Hydrostatic pressure,Temperature,Binding energy,Impurity self-polarization,Excited state

2p uyarılmış durumunda, hidrostatik basınç ve sıcaklığın GaAs/Ga1-xAlxAs küresel kuantum noktasındaki yabancı atom self- polarizasyonu ve bağlanma enerjisi üzerindeki etkileri, etkin kütle yaklaşımı altında varyasyonel yöntem ile hesaplanmıştır. Bağlanma enerjisi ve yabancı atom self-polarizasyonu, sıcaklık, hidrostatik basınç, yabancı atomun konumu ve nokta yarıçapının bir fonksiyonu olarak incelenmiştir. Sonuçlar, yabancı atom self-polarizasyonunun ve bağlanma enerjisinin hidrostatik basınca ve sıcaklığa bağlı olduğunu göstermektedir. Ayrıca, bağlanma enerjisi hidrostatik basınçla artarken sıcaklık ile azalmakta, yabancı atom self-polarizasyonu ise hidrostatik basınçla azalırken sıcaklık ile artmaktadır. Bununla birlikte, sıcaklık ve hidrostatik basıncın etkisi altında yabancı atom self-polarizasyonunun hesaplanması, yabancı atomun sistemdeki konumu hakkında önemli bilgiler vermektedir.

The effects of hydrostatic pressure and temperature on impurity self-polarization and binding energy in GaAs/Ga1-xAlxAs spherical quantum dot in 2p excited state were calculated by variational method under effective mass approach. Binding energy and impurity self-polarization were investigated as a function of temperature, hydrostatic pressure, impurity position and dot radius. The results show that impurity self-polarization and binding energy depend on hydrostatic pressure and temperature. In addition, binding energy increases with hydrostatic pressure and decreases with temperature, while impurity self-polarization decreases with hydrostatic pressure and increases with temperature. However, calculation of impurity self-polarization under the effect of temperature and hydrostatic pressure provides important information about the position of impurity in the system.
Karakoçan (Elazığ) Trifolium Florası Üzerine Floristik Çalışmalar ve Elazığ Özelinde Trifolium Taksonlarının Değerlendirilmesi
Floristic Studies on the Trifolium Flora of Karakoçan (Elazığ) and Evaluation of Trifolium Taxa in Elazığ
Yazar: Keskin, Mustafa; Sonay, Veysel; Akan, Hasan
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 2, 2024
Anahtar kelimeler: Botany (Other) ; Bitki Bilimi (Diğer) ; Trifolium flora,Karakoçan,Elazığ,Biological richness ; Trifolium flora,Karakoçan,Elazığ,Biyolojik zenginlik

Son yıllarda Elazığ ili çeşitli floristik çalışmalara konu olmakla beraber Karakoçan ilçesi bunlardan biri değildir. Bu çalışmada Karakoçan yonca florası, arazi çalışmalarına göre ortaya konulmaktadır. Ayrıca Elazığ genelinde yapılan çalışmalar, gerek yurt içi gerekse yurt dışı herbaryumlardaki kayıtlar incelenerek Elazığ’ın Trifolium florasına da yer verilmiştir. Yapılan çalışmalar ışığında Elazığ özelinde 35 Trifolium taksonunun yetiştiği saptanmıştır. Karakoçan florasında ise 30 Trifolium taksonu olduğu yapılan arazi çalışmaları sonucunda ortaya konulmuştur. Bu araştırma sonucunda T. aintabense, T. cherleri, T. michelianum, T. pallidum, T. leucanthum, T. repens var. macrorrhizum, T. repens var. biasolettii ve T. retusum taksonları Elazığ florasına ek olarak rapor edilmektedir. Böylelikle Elazığ florasında yapılan literatür taramasına ve Karakoçan ilçesindeki arazi çalışmalarının sonuçlarına göre 43 Trifolium taksonunun yetiştiği sonucuna varılmıştır.

Although Elazığ province has been the subject of various floristic studies in recent years, Karakoçan district is not one of them. In this study, the clover flora of Karakoçan is presented according to field studies. In addition, the Trifolium flora of Elazığ is also included by analyzing the studies carried out throughout Elazığ and the records in both domestic and foreign herbaria. In the light of the studies, it was determined that 35 Trifolium taxa grow in Elazığ. In Karakoçan flora, 30 Trifolium taxa were found due to field studies. As a result of this research, T. aintabense, T. cherleri, T. michelianum, T. pallidum, T. leucanthum, T. repens var. macrorrhizum, T. repens var. biasolettii and T. retusum taxa are reported in addition to the flora of Elazığ. Thus, it was concluded that 43 Trifolium taxa grow in the flora of Elazığ according to the literature review and the results of field studies in Karakoçan district.
Reaksiyon-Konveksiyon-Difüzyon Sisteminde Ters Yönde İlerleyen Dalgaların Kararlılık Analizi
Stability Analysis of Counterflow Traveling Waves in Reaction-Convection-Diffusion System
Yazar: Özbağ, Fatih; Yokuş, Hacire
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 3, 2024
Anahtar kelimeler: Ordinary Differential Equations, Difference Equations and Dynamical Systems ; Adi Diferansiyel Denklemler, Fark Denklemleri ve Dinamik Sistemler ; Partial Differential Equations ; Kısmi Diferansiyel Denklemler ; Gözenekli ortam,Kararlılık,Spektrum,Yanma dalgası,İlerleyen dalgalar ; Porous media,Stability,Spectrum,Combustion waves,Traveling waves

Bu çalışma, akışkan olmayan petrol geri kazanım tekniklerindeki önemi nedeniyle yanma dalgalarını incelemektedir. Çalışmanın temel amacı, başlangıçta gözenekli bir ortamda bulunan sınırlı miktardaki katı yakıta hava pompalandığında ortaya çıkan ilerleyen dalgaların varlığını ve kararlılığını göstermektir. İncelenen yanma sistemi, sıcaklık, oksijen ve katı yakıt denge yasalarını veren üç farklı kısmi diferansiyel denklemle modellenmiş olup, bu denklemlerden birinde difüzyon terimi bulunurken diğerlerinde bulunmamaktadır. Literatürdeki mevcut çalışmalardan farklı olarak, bu araştırmada yanma sisteminin oksijen denklemine bir difüzyon terimi eklenmiş ve bu değişikliğin yanma dalgalarını etkilemediği gösterilmiştir. Daha sonra, sistemin spektrumu ve ağırlık fonksiyonu analiz edilmiştir. Son olarak, ters yönde hareket eden yanma dalgaları için lineer kararlılık analizi yapılmıştır. Bu analizler, oksijen ve sıcaklık hızlarının eşit olduğu ve ilerleyen dalga hızının negatif olduğu varsayımı altında gerçekleştirilmiştir.

This study examines combustion waves due to their importance in non-fluid oil recovery techniques. The primary objective is to demonstrate the existence and stability of traveling waves that emerge when air is injected into a porous medium initially containing a limited amount of solid fuel. The investigated combustion system is modeled using three different partial differential equations that govern the conservation of temperature, oxygen, and solid fuel. Among these equations, only one includes a diffusion term, while the others do not. Unlike previous studies in the literature, this research introduces a diffusion term into the oxygen equation of the combustion system and demonstrates that this modification does not affect the combustion waves. Subsequently, the spectrum and weight function of the system are analyzed. Finally, a linear stability analysis is conducted for combustion waves propagating in the reverse direction. These analyses are performed under the assumption that the velocities of oxygen and temperature are equal and that the traveling wave velocity is negative.
Cilt Kanseri Tanısı için Farklı Evrişimsel Sinir Ağı Modellerinin Karşılaştırılması
A Comparison of Different Convolutional Neural Network Models for Skin Cancer Diagnosis
Yazar: Aruk, İbrahim; Toprak, Ahmet Nusret
Dergi: Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Vol. 15 No. 1, 2024
Anahtar kelimeler: Computer Software ; Bilgisayar Yazılımı ; Skin cancer classification,Convolutional neural networks,Melanoma ; Cilt kanseri sınıflandırması,Evrişimsel sinir ağları,Melanom

Son yıllarda, dünya genelinde cilt kanseri görülme oranında önemli bir artış gözlemlenmektedir. Cilt kanserinin zamanında ve doğru bir şekilde teşhis edilmesi, tedavi başarı oranlarını artırmakta ve aynı zamanda hastaların yaşam kalitesinin iyileşmesine büyük katkı sağlamaktadır. Geleneksel cilt kanseri tanı yöntemleri genellikle görsel değerlendirmelere dayanmakta ve öznel bir yaklaşım içermektedir. Bununla birlikte, derin öğrenme algoritmaları, cilt kanseri teşhislerinin doğruluğunu ve verimliliğini artırmak için etkili çözümler sunmaktadır. Bu çalışmada, EfficientNet, VGG, Inception, DenseNet ve DarkNet gibi gelişmiş Evrişimsel Sinir Ağı (CNN) modellerinin cilt kanseri sınıflandırmasındaki performansları incelenmiştir. Toplamda yirmi bir CNN modeli, ISIC 2017 veri seti üzerinde, veri artırma ve transfer öğrenme teknikleri kullanılarak eğitilmiş ve detaylı bir şekilde değerlendirilmiştir. Deneysel sonuçlar, EfficientNet-b0 modelinin %84.00 doğruluk, %83.63 kesinlik, %74.96 duyarlılık ve %78.59 F1-skoru ile en yüksek performansı sergilediğini göstermiştir. Bu kapsamlı analiz, CNN tabanlı modellerin cilt kanseri teşhisindeki etkinliğini göstermekte ve gelecekteki araştırmalar için bu algoritmaların potansiyelini ortaya koymaktadır.

In recent years, a notable rise in the prevalence of skin cancer has been seen worldwide. Early and correct diagnosis of skin cancer improves treatment success rates and substantially enhances patients' quality of life. Traditional skin cancer diagnostic techniques generally depend on visual evaluations and include a subjective methodology. On the other hand, deep learning algorithms provide effective solutions to improve the accuracy and time of skin cancer diagnostics. This study evaluates the efficacy of advanced Convolutional Neural Network (CNN) models, including EfficientNet, VGG, Inception, DenseNet, and DarkNet, in the classification of skin cancer. Twenty-one CNN models were trained and extensively analyzed on the ISIC 2017 dataset utilizing data augmentation and transfer learning methodologies. The results of the study demonstrated that the EfficientNet-b0 model attained superior performance with an accuracy of 84.00%, precision of 83.63%, sensitivity of 74.96%, and an F1-score of 78.59%. This comprehensive study shows the efficacy of CNN-based models in skin cancer diagnosis and illustrates the promise of these algorithms for future research.