COVID-19 PCR Testi Veri Analizinde CAtenA Smart PCR Bioinformatik Programının Sunduğu Ön Değerlendirme Sonuçlarının Uzman Sonuçları ile Uyumunun Araştırılması
Assessment of the Compatibility of the Preliminary Analysis Results of the CAtenA Smart PCR Bioinformatics Program with the Expert Results in COVID-19 PCR Test Data Analysis
Yazar: Uğur, Ayşe Rüveyda; Taşdelen, Abdulkadir
Dergi: Avrupa Bilim ve Teknoloji Dergisi No. 29, 2021
Anahtar kelimeler: Engineering ; Mühendislik ; CAtenA,COVID-19,PCR,SARS-CoV-2,uzman analizi,yapay zeka ; COVID-19,SARS-CoV-2,PCR,CAtenA,yapay zeka,uzman analizi,COVID-19, SARS-CoV-2, PCR, CAtenA,  yapay zeka, uzman analizi

Amaç: Dünya Sağlık Örgütü tarafından COVID-19 için standart tanı yöntemi olarak bildirilen yöntemler arasında en yaygın kullanılanı, SARS-CoV-2 real time polimeraz zincir reaksiyonu (polymerase chain reaction, PCR) testidir.  Yöntem uygulandıktan sonra, PCR veri dosyalarının uzman hekim tarafından analiz edilerek sonuçların web tabanlı Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi’ne aktarılması gerekmektedir.  Bu testlerin hızlı şekilde sonuçlandırılması ve sisteme hatasız olarak aktarılması COVID-19 tanı, tedavi ve takibi için oldukça önemli bir basamaktır. CAtenA Smart PCR programı, PCR veri dosyalarını yapay zeka ile değerlendirerek uzman onayına sunan ve onaylanmış sonuçları Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi’ne aktarabilen web tabanlı yerli bir biyoinformatik programdır. Bu çalışmanın amacı, CAtenA Smart PCR programı tarafından gerçekleştirilen ön değerlendirme sonuçlarının uzman hekim analiz sonuçları ile uyumunun araştırılmasıdır. Materyal-Metot: Bu amaçla, Meram Devlet Hastanesi COVID-19 PCR Laboratuvarı’nda real time PCR cihazında (Bio-Rad CFX96 Touch, Singapore) çalışılmış 846 PCR testi, yapay zeka kullanan biyoinformatik programı CAtenA Smart PCR’ın (Ventura, Ankara, Türkiye) sunduğu ön değerlendirme ve uzman analiz sonuçları açısından istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Bulgular ve Sonuç: CAtenA Smart PCR programının verdiği negatif ön değerlendirme sonuçlarının uzman analizi ile %100, pozitif sonuçların ise %97.7 uyum sağladığı belirlenmiştir. CAtenA’nın PCR tekrarı önerdiği 84 test sonucunun %96.4’ü uzman analizi tarafından negatif; %3.6’sı pozitif olarak sonuçlandırılmıştır. Yapılan McNemar-Bowker istatistik analizine göre yapay zeka tabanlı CAtenA ile uzman analizi arasında anlamlı bir fark belirlenmiştir ( χ² = 84,2; p = 0,0001). Sonuç olarak, uzman analizi olmadan yapılacak test onaylarında düşük de olsa hatalı pozitif sonuç onaylama riski olduğu, test tekrarlarının ise ek maliyete ve zaman kaybına neden olacağı düşünülmüştür. CAtenA’da kullanılan PCR analizinin özellikle test tekrarları konusunda iyileştirilmesi gerektiği önerisi getirilmiştir.

Amaç: Dünya Sağlık Örgütü tarafından COVID-19 için standart tanı yöntemi olarak bildirilen yöntemler arasında en yaygın kullanılanı, SARS-CoV-2 real time polimeraz zincir reaksiyonu (polymerase chain reaction, PCR) testidir.  Yöntem uygulandıktan sonra, PCR veri dosyalarının uzman hekim tarafından analiz edilerek sonuçların web tabanlı Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi’ne aktarılması gerekmektedir.  Bu testlerin hızlı şekilde sonuçlandırılması ve sisteme hatasız olarak aktarılması COVID-19 tanı, tedavi ve takibi için oldukça önemli bir basamaktır. CAtenA Smart PCR programı, PCR veri dosyalarını yapay zeka ile değerlendirerek uzman onayına sunan ve onaylanmış sonuçları Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi’ne aktarabilen web tabanlı yerli bir biyoinformatik programdır. Bu çalışmanın amacı, CAtenA Smart PCR programı tarafından gerçekleştirilen ön değerlendirme sonuçlarının uzman hekim analiz sonuçları ile uyumunun araştırılmasıdır. Materyal-Metot: Bu amaçla, Meram Devlet Hastanesi COVID-19 PCR Laboratuvarı’nda real time PCR cihazında (Bio-Rad CFX96 Touch, Singapore) çalışılmış 846 PCR testi, yapay zeka kullanan biyoinformatik programı CAtenA Smart PCR’ın (Ventura, Ankara, Türkiye) sunduğu ön değerlendirme ve uzman analiz sonuçları açısından istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. Bulgular ve Sonuç: CAtenA Smart PCR programının verdiği negatif ön değerlendirme sonuçlarının uzman analizi ile %100, pozitif sonuçların ise %97.7 uyum sağladığı belirlenmiştir. CAtenA’nın PCR tekrarı önerdiği 84 test sonucunun %96.4’ü uzman analizi tarafından negatif; %3.6’sı pozitif olarak sonuçlandırılmıştır. Yapılan McNemar-Bowker istatistik analizine göre yapay zeka tabanlı CAtenA ile uzman analizi arasında anlamlı bir fark belirlenmiştir ( χ² = 84,2; p = 0,0001). Sonuç olarak, uzman analizi olmadan yapılacak test onaylarında düşük de olsa hatalı pozitif sonuç onaylama riski olduğu, test tekrarlarının ise ek maliyete ve zaman kaybına neden olacağı düşünülmüştür. CAtenA’da kullanılan PCR analizinin özellikle test tekrarları konusunda iyileştirilmesi gerektiği önerisi getirilmiştir.